CELEX: 62009CJ0385
Directive 2006/112/CE
Droit à la déduction de la TVA versée en amont
Réglementation nationale excluant le droit à déduction pour des biens revendus avant l’identification de l’assujetti à la TVA

La demande de décision préjudicielle porte sur l’interprétation des dispositions de la directive 2006/112/CE du Conseil, du
28 novembre 2006, relative au système commun de taxe sur la valeur ajoutée (JO L 347, p. 1).
Cette demande a été présentée dans le cadre d’un litige opposant Nidera Handelscompagnie BV (ci-après «Nidera») à la Valstybinė
mokesčių inspekcija prie Lietuvos Respublikos finansų ministerijos (direction nationale des impôts auprès du ministère des
Finances de la République de Lituanie) au sujet du droit à la déduction de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après la «TVA»)
acquittée à l’occasion de l’achat en Lituanie de biens exportés dans des États tiers.

Le cadre juridique

Le droit de l’Union
Aux termes de l’article 9, paragraphe 1, de la directive 2006/112:
«Est considéré comme ‘assujetti’ quiconque exerce, d’une façon indépendante et quel qu’en soit le lieu, une activité économique,
quels que soient les buts ou les résultats de cette activité.
Est considérée comme ‘activité économique’ toute activité de producteur, de commerçant ou de prestataire de services, y compris
les activités extractives, agricoles et celles des professions libérales ou assimilées. Est en particulier considérée comme
activité économique, l’exploitation d’un bien corporel ou incorporel en vue d’en tirer des recettes ayant un caractère de
permanence.»
L’article 167 de cette directive énonce:
«Le droit à déduction prend naissance au moment où la taxe déductible devient exigible.»
Selon l’article 168 de ladite directive:
«Dans la mesure où les biens et les services sont utilisés pour les besoins de ses opérations taxées, l’assujetti a le droit,
dans l’État membre dans lequel il effectue ces opérations, de déduire du montant de la taxe dont il est redevable les montants
suivants:
a)      la TVA due ou acquittée dans cet État membre pour les biens qui lui sont ou lui seront livrés et pour les services qui lui
sont ou lui seront fournis par un autre assujetti;
[…]»
L’article 178 de la même directive dispose:
«Pour pouvoir exercer le droit à déduction, l’assujetti doit remplir les conditions suivantes:
a)      pour la déduction visée à l’article 168, [sous] a), en ce qui concerne les livraisons de biens et les prestations de services,
détenir une facture établie conformément aux articles 220 à 236 et aux articles 238, 239 et 240;
[…]»
Conformément à l’article 213 de la directive 2006/112:
«1.      Tout assujetti déclare le commencement, le changement et la cessation de son activité en qualité d’assujetti.
[…]»
L’article 214, paragraphe 1, de cette directive prévoit:
«Les États membres prennent les mesures nécessaires pour que soient identifiées par un numéro individuel les personnes suivantes:
[…]
c)      tout assujetti qui effectue sur leur territoire respectif des acquisitions intracommunautaires de biens pour les besoins de
ses opérations qui relèvent des activités visées à l’article 9, paragraphe 1, deuxième alinéa, et qu’il effectue en dehors
de ce territoire.
[…]»
L’article 273 de ladite directive est libellé comme suit:
«Les États membres peuvent prévoir d’autres obligations qu’ils jugeraient nécessaires pour assurer l’exacte perception de
la TVA et pour éviter la fraude, sous réserve du respect de l’égalité de traitement des opérations intérieures et des opérations
effectuées entre États membres par des assujettis, et à condition que ces obligations ne donnent pas lieu dans les échanges
entre les États membres à des formalités liées au passage d’une frontière.
La faculté prévue au premier alinéa ne peut être utilisée pour imposer des obligations de facturation supplémentaires à celles
fixées au chapitre 3.»

Le droit national
L’article 2, point 28, de la loi de la République de Lituanie n° IX-751 relative à la taxe sur la valeur ajoutée (Lietuvos
Respublikos pridėtinės vertės mokesčio įstatymas n° IX-751, Žin., 2002, n° 35-1271, 2002, n° 40, 2002, n° 46, 2002, n° 48),
telle que modifiée (Žin., 2004, n° 17-505, 2005, n° 81-2944, ci-après la «loi sur la TVA»), définit comme suit la notion d’«assujetti
identifié à la TVA»:
«[U]ne personne, enregistrée par l’administration fiscale en tant qu’assujettie à la TVA, y compris toute autre identification
aux fins de la TVA, dès lors que cette personne possède un numéro d’identification correspondant, à l’exception de l’identification
aux fins du régime de compensation forfaitaire.»
Selon l’article 41 de la loi sur le TVA:
«1.      Sauf disposition contraire du présent chapitre, les livraisons de biens sont taxées au taux de 0 % lorsque les biens sont
transportés hors du territoire des Communautés européennes par leur fournisseur ou par une personne tierce pour son compte.
[…]»
L’article 57 de la loi sur la TVA est libellé comme suit:
«1.      Seuls les assujettis identifiés à la TVA sont en droit de déduire la TVA, à l’exception de ceux relevant des dispositions
du chapitre XII, section 5, de la présente loi. […]
[…]
3.      Les personnes en droit de déduire la TVA peuvent ne pas faire usage de ce droit.»
Selon l’article 58 de la loi sur la TVA:
«1.      L’assujetti identifié à la TVA peut déduire la TVA en amont et (ou) à l’importation due au titre de biens et (ou) de services
acquis et (ou) importés dès lors que ces biens et (ou) services sont destinés à être utilisés pour les besoins de ses opérations
ci-après:
1)      la livraison de biens et (ou) la prestation de services soumis à TVA;
2)      la livraison de biens et (ou) la prestation de services effectuées en dehors du territoire national qui, en vertu de la présente
loi, ne seraient pas exonérées de TVA si elles étaient effectuées sur le territoire national. Cette condition est sans application
en cas de prestation, en dehors des Communautés européennes, de services d’assurance et (ou) de services financiers, visés
à l’article 28 de la présente loi.
[…]»
Aux termes de l’article 63 de la loi sur la TVA:
«1.      L’assujetti identifié à la TVA peut déduire, selon les dispositions du présent chapitre et dans les limites fixées par le
présent article, la TVA en amont et (ou) à l’importation due au titre de biens et (ou) de services acquis et (ou) importés
avant la date de son enregistrement en tant qu’assujetti à la TVA dès lors qu’ils seront utilisés pour les besoins de ses
opérations visées à l’article 58, paragraphe 1, de la présente loi.
[…]»
En vertu de l’article 71 de la loi sur la TVA:
«[…]
3.      L’assujetti étranger doit se faire enregistrer en tant qu’assujetti à la TVA à travers un établissement sur le territoire
national ou, en l’absence d’établissement, par l’intermédiaire d’un représentant fiscal en Lituanie. Ne sont pas soumis à
l’obligation de désigner un représentant fiscal les assujettis établis dans d’autres États membres qui peuvent se faire enregistrer
directement en tant qu’assujettis à la TVA. L’assujetti étranger n’est pas tenu de se faire enregistrer en tant qu’assujetti
à la TVA si son activité sur le territoire national se limite à:
[…]
3)      la livraison de biens et (ou) la prestation de services qui, en vertu de la présente loi, sont taxés au taux de 0 %, […]»
L’article 117 de la loi sur la TVA est libellé comme suit:
«1.      Un assujetti étranger ne peut introduire de demande de remboursement de la TVA dont il s’est acquitté en Lituanie que si,
au cours de la période pendant laquelle la TVA, dont le remboursement est demandé, a été acquittée, il satisfaisait aux critères
suivants:
1)      il n’avait pas d’établissement en Lituanie ou, s’il s’agit d’une personne physique, n’était pas domicilié en Lituanie, et
2)      il n’exerçait pas, sur le territoire national, d’activité soumise à TVA en vertu de la présente loi, sous réserve des dispositions
du présent article.
[…]»
L’article 147 de la loi de la République de Lituanie n° IX-2112 sur l’administration de la fiscalité (Lietuvos Respublikos
mokesčių administravimo įstatymas n° IX-2112, Žin., 2004, n° 63-2243), telle que modifiée (Žin., 2007, n° 80-3220, 2008, n° 131-5036,
ci-après la «loi sur l’administration de la fiscalité»), dispose:
«Les litiges fiscaux sont examinés par l’administration centrale des impôts, la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos
vyriausybės (commission des litiges fiscaux auprès du gouvernement de la République de Lituanie)] […] et les tribunaux.»
Selon l’article 148 de la loi sur l’administration de la fiscalité:
«1.      La Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] est une personne morale de droit public, financée par
le budget de l’État.
2.      La Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] a pour mission d’examiner de façon impartiale les recours
des contribuables et de prendre des décisions conformes au droit et motivées.
3.      La Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] est constitué d’un président et d’autres membres. Le
nombre total de membres de [cette] commission et son règlement intérieur sont arrêtés par le gouvernement.
4.      Les membres de la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] sont nommés pour six ans. Ils sont nommés
par le gouvernement sur proposition commune du ministre des Finances et du ministre de la Justice. Seule peut être nommée
membre de [cette] commission une personne de réputation irréprochable, titulaire d’un master en finances, en droit ou en économie
ou d’un diplôme d’études supérieures équivalent et possédant au moins trois années d’expérience professionnelle dans le domaine
du droit fiscal, du droit des douanes ou du droit des entreprises. Les membres de [ladite] commission doivent être citoyens
de la République de Lituanie.
5.      Un membre de la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] peut être révoqué avant terme par le gouvernement
lorsque:
1)      il démissionne;
2)      il perd la nationalité lituanienne;
3)      en raison d’une incapacité temporaire de travail, il ne travaille pas pendant plus de 120 jours consécutifs ou pendant plus
de 140 jours sur douze mois ou qu’une commission médicale ou d’invalidité a conclu qu’il ne pouvait plus s’acquitter de ses
fonctions;
4)      il est condamné, par jugement définitif, pour un crime ou délit intentionnel grave ou très grave ou pour un crime ou délit
contre la propriété, contre des droits et intérêts patrimoniaux, contre l’ordre économique ou contre le système financier;
5)      il manque grossièrement à ses obligations professionnelles.
6.      Le travail des membres de la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] au sein de [cette] commission
est à considérer comme emploi principal et est rémunéré conformément à la loi sur la rémunération des élus, responsables politiques
et certains fonctionnaires de l’État. Ils ne peuvent occuper d’autre emploi que celui au sein de [ladite] commission, mais
sont autorisés à se livrer à des activités de recherche ou d’enseignement.
7.      À l’expiration de leur mandat, les membres de la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] continuent
d’occuper leur poste jusqu’à ce que les nouveaux membres aient été nommés.
[…]»
Conformément à l’article 151 de la loi sur l’administration de la fiscalité:
«La Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] examine:
1)      les litiges fiscaux survenant entre un contribuable et l’administration fiscale centrale;
2)      les litiges fiscaux entre un contribuable et l’administration fiscale centrale au sujet de la décision prise par l’administration
fiscale centrale sur réclamation du contribuable contre une décision de l’administration fiscale locale;
3)      les litiges fiscaux entre un contribuable et l’administration fiscale centrale lorsque l’administration fiscale centrale n’a
pas pris de décision sur le litige fiscal dans le délai fixé par la présente loi.»
L’article 158 de la loi sur l’administration de la fiscalité dispose:
«Après expiration du délai fixé par la présente loi pour contester la décision sur le litige fiscal, les parties au litige,
tout comme les personnes tierces concernées par le litige, sont tenues d’exécuter la décision prise par l’administration fiscale
centrale ou par la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės].»
L’article 159 de la loi sur l’administration de la fiscalité est libellé comme suit:
«1.      S’il est mécontent de la décision de l’administration fiscale centrale ou de la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos
vyriausybės] concernant le litige fiscal, le contribuable peut l’attaquer devant les tribunaux.
2.      L’administration fiscale centrale peut également attaquer la décision de la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos
vyriausybės], toutefois uniquement en cas de divergence de l’interprétation faite des dispositions de la législation ou d’autres
actes par l’administration fiscale centrale et par [cette] commission lorsqu’elles ont tranché le litige fiscal (ou au cours
du litige fiscal).
[…]
4.      Les recours contre les décisions de l’administration fiscale centrale ou de [ladite] commission sur des litiges fiscaux sont
examinés par le Vilniaus apygardos administracinis teismas.
[…]»
Selon le point 4 du règlement intérieur de la Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos vyriausybės (Mokestinių
ginčų komisijos nuostatos), adopté par décision n° 1119 du gouvernement lituanien, du 2 septembre 2004 (Žin., 2004, n° 136-4947,
ci-après le «règlement intérieur»):
«Dans le cadre de son activité, la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] applique la constitution
de la République de Lituanie, la loi [...] sur l’administration de la fiscalité, les autres actes législatifs et réglementaires
ainsi que les présents statuts.»
Les points 26 et 27 du règlement intérieur disposent notamment ce qui suit:
«26.      La Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] examine les recours en séance. […]
Un membre de [cette] commission ne peut participer à l’examen d’un litige fiscal et doit être écarté (se récuser) s’il a un
intérêt direct ou indirect à l’issue du litige, s’il existe un lien de famille ou de parenté proche avec l’une des parties
au litige fiscal ou s’il a été employé par une entreprise qui participe au litige fiscal et que moins de trois ans se sont
écoulés depuis que cette relation de travail a pris fin ou s’il existe toute autre circonstance susceptible d’influencer l’impartialité
du membre de [ladite] commission. Le membre de la [même] commission doit en informer celle-ci. Les personnes participant au
litige fiscal peuvent également demander sa récusation. La demande de récusation doit être motivée et présentée avant que
la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės] ne commence d’examiner le litige en séance. [Cette] commission
se prononce sur la récusation de son (ses) membre(s) par voie de décision séparée.
27.      Le contribuable (ses représentants) et les représentants de l’administration fiscale sont conviés à la séance de la Mokestinių
ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės]. Le secrétaire de séance assiste à la séance de [cette] commission,
tout comme peuvent y participer un interprète, les spécialistes de [ladite] commission qui ont participé à l’instruction de
l’affaire et des experts. Si les parties au litige ne se présentent pas à la séance, le recours peut être examiné en leur
absence. Si, avant de commencer l’examen du recours en séance, la Mokestinių ginčų komisija [prie Lietuvos Respublikos vyriausybės]
reçoit de ces personnes une demande de report de l’examen du recours pour des motifs dont [cette] commission reconnaît le
caractère sérieux, [ladite] commission peut reporter l’examen du recours à une date ultérieure.
[…]»

Le litige au principal et les questions préjudicielles
Le litige au principal porte, en substance, sur la question de savoir si Nidera est en droit de déduire la TVA, acquittée
à l’occasion de l’achat en Lituanie de biens qui ont été exportés dans des États tiers, étant donné qu’elle ne s’était pas
identifiée en Lituanie comme assujettie à la TVA au moment de ces opérations commerciales.
Entre les mois de février et de mai 2008, Nidera a acquis en Lituanie du blé auprès de fournisseurs de produits agricoles.
Sur le prix payé, 11 743 259 LTL (soit environ 3,4 millions d’euros) représentaient la TVA comptabilisée par les fournisseurs
et versée à ceux-ci. Nidera a ensuite exporté l’intégralité de ce blé, entre les mois de février et de mai 2008, vers des
États tiers, l’Algérie et la Turquie, en appliquant un taux de TVA de 0 %, conformément à l’article 49 de la loi sur la TVA.
Le 12 août 2008, Nidera a été enregistrée en Lituanie en tant qu’assujettie à la TVA. Dans sa déclaration de TVA pour la période
du 12 au 31 août 2008, elle a déclaré la somme de 11 743 259 LTL au titre de la TVA acquittée en amont et a demandé le remboursement
de ce même montant par le Trésor public. Ainsi, elle a demandé à pouvoir déduire la TVA acquittée au titre de biens acquis
en Lituanie et exportés vers des États tiers avant son identification comme assujettie à la TVA.
Par décision du 16 janvier 2009, confirmée le 19 mars suivant, la direction des impôts du district de Vilnius a décidé que
Nidera ne pouvait déduire ladite TVA acquittée en amont, au motif que les biens en cause, ayant déjà été vendus, ne seraient
plus utilisés pour les besoins de ses opérations assujetties à la TVA.
Nidera a introduit, le 14 avril 2009, un recours auprès de la Valstybinė mokesčių inspekcija prie Lietuvos Respublikos finansų
ministerijos. Par décision du 22 juin 2009, ce dernier a rejeté ce recours et approuvé la position de la direction des impôts
du district de Vilnius. Selon cette décision, seuls les assujettis identifiés à la TVA disposent du droit à la déduction de
cette taxe et même si la législation nationale n’obligeait pas Nidera à se faire enregistrer en tant qu’assujettie à la TVA
en Lituanie, elle devait néanmoins faire cette démarche si elle souhaitait obtenir le remboursement de la TVA acquittée en
amont.
Le 29 juillet 2009, Nidera a introduit un recours devant la Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos vyriausybės.
Par ce recours, elle fait valoir qu’elle n’était pas tenue de se faire enregistrer en Lituanie en tant qu’assujettie à la
TVA, conformément à l’article 71, paragraphe 3, de la loi sur la TVA, dès lors qu’elle avait la qualité d’assujettie étrangère
et que son activité consistait uniquement en la livraison de biens dans des États tiers, opération taxée au taux de 0 %. Selon
Nidera, la circonstance qu’elle a fait usage de la possibilité de ne pas s’identifier à la TVA en Lituanie ne saurait éteindre
son droit à la déduction de la TVA.
Dans sa décision de renvoi, la Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos vyriausybės s’interroge sur le point de
savoir si les dispositions de la loi sur la TVA, en vertu desquelles, pour être titulaire d’un droit à déduction, l’intéressé
doit non seulement exercer une activité assujettie et détenir les documents adéquats, mais également s’être formellement identifié
à la TVA en Lituanie, sont conformes à la directive 2006/112 et compatibles avec les principes généraux du système de la TVA,
selon lesquels la TVA est une taxe à la consommation dont le droit à déduction est un élément fondamental.
Dans ces conditions, la Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos vyriausybės a décidé de surseoir à statuer et
de poser à la Cour les questions préjudicielles suivantes:
«1)      Une réglementation en vertu de laquelle seuls sont en droit de déduire la TVA les assujettis identifiés à la TVA, c’est-à-dire
seuls les assujettis qui se sont fait enregistrer en tant qu’assujettis à la TVA dans l’État membre concerné (en l’espèce,
en Lituanie) conformément à la réglementation en vigueur, est-elle conforme aux dispositions de la directive 2006/112 [...]
régissant le droit à déduction?
2)      En cas de réponse affirmative à la première question, une réglementation, en vertu de laquelle l’assujetti identifié à la
TVA peut déduire la TVA en amont et (ou) à l’importation frappant des biens et (ou) des services acquis avant son identification
à la TVA uniquement dans l’hypothèse où ces biens seront utilisés aux fins de son activité assujettie à la TVA, c’est-à-dire
qu’il ne sera pas autorisé à déduire la TVA en amont (à l’importation) frappant des biens et des services acquis avant son
identification à la TVA si ces biens ont déjà été utilisés pour les besoins de cette activité, est-elle conforme aux principes
généraux de déduction de la TVA édictés par la directive 2006/112 [...]?»

Sur les questions préjudicielles
Dans la mesure où la juridiction de renvoi demande à la Cour de se prononcer sur la compatibilité avec les règles du droit
de l’Union d’une législation telle que celle en cause dans l’affaire au principal, il convient de rappeler que, s’il n’appartient
pas à la Cour de se prononcer, dans le cadre de la procédure préjudicielle, sur la compatibilité de dispositions du droit
national avec lesdites règles, celle-ci a itérativement jugé qu’elle est compétente pour fournir à la juridiction de renvoi
tous les éléments d’interprétation relevant du droit de l’Union qui peuvent permettre à cette dernière d’apprécier une telle
conformité pour le jugement de l’affaire dont elle est saisie (arrêt du 26 janvier 2010, Transportes Urbanos y Servicios Generales,
C-118/08, non encore publié au Recueil, point 23 et jurisprudence citée).
Compte tenu du contexte factuel de l’affaire au principal, il y a lieu de comprendre les questions posées par la juridiction
de renvoi comme visant à savoir, en substance, si la directive 2006/112 doit être interprétée en ce sens qu’elle s’oppose
à ce qu’un assujetti à la TVA qui remplit les conditions de fond pour déduire celle-ci, conformément aux dispositions de cette
directive, puisse être privé de la possibilité d’exercer son droit à déduction par une législation nationale qui interdit
la déduction de la TVA acquittée à l’occasion de l’achat de biens dès lors que cet assujetti ne se serait pas identifié à
la TVA avant d’utiliser ceux-ci aux fins de son activité assujettie.

Sur la recevabilité
Le gouvernement lituanien remet en cause la qualité de juridiction de la Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos
vyriausybės, au motif que cette commission ne serait pas indépendante. En effet, elle serait liée à la structure organisationnelle
du ministère des Finances, auquel elle serait tenue de faire des rapports annuels et avec lequel elle aurait l’obligation
de coopérer.
À cet égard, il convient de rappeler que, selon une jurisprudence constante, pour apprécier si l’organisme de renvoi possède
le caractère d’une juridiction au sens de l’article 234 CE, la Cour tient compte d’un ensemble d’éléments, tels l’origine
légale de l’organe, sa permanence, le caractère obligatoire de sa juridiction, la nature contradictoire de la procédure, l’application,
par l’organe, des règles de droit, ainsi que son indépendance (arrêt du 17 septembre 1997, Dorsch Consult, C-54/96, Rec. p.
I-4961, point 23 et jurisprudence citée).
Dans l’affaire au principal, il ressort de l’article 148, paragraphe 2, de la loi sur l’administration de la fiscalité que
la Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos vyriausybės a pour mission d’examiner de façon impartiale les recours
des contribuables et de prendre des décisions conformes au droit et motivées. Conformément à cet article 148, paragraphe 4,
les membres de cette commission sont nommés pour six ans et doivent être des personnes de réputation irréprochable. Selon
ledit article 148, paragraphe 6, les membres de ladite commission ne peuvent occuper d’autre emploi que celui au sein de celle-ci.
Enfin, l’article 26 du règlement intérieur prévoit une procédure de récusation des membres de cette même commission en cas
de conflit d’intérêts.
Il y a lieu de constater que ces dispositions confèrent à la Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos vyriausybės
l’indépendance nécessaire pour pouvoir être considéré comme une juridiction au sens de l’article 234 CE. La circonstance selon
laquelle cette commission serait liée à la structure organisationnelle du ministère des Finances et serait tenue de faire
des rapports annuels à celui-ci ne saurait infirmer cette analyse.
Quant à l’obligation de coopérer avec le ministère des Finances, le gouvernement lituanien, interrogé à ce sujet lors de l’audience,
a indiqué qu’il n’avait pas connaissance de cas dans lesquels la Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos vyriausybės
aurait reçu, de la part de ce ministère, des instructions ou des indications quant à la solution à laquelle il serait souhaitable
d’arriver dans telle ou telle affaire. Dans ces conditions, l’existence d’une telle obligation générale de coopération n’est
pas non plus incompatible avec l’indépendance de cette commission par rapport audit ministère.
Pour le surplus, il ressort de la réglementation nationale reproduite aux points 17 à 23 du présent arrêt que la Mokestinių
ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos vyriausybės remplit les autres critères retenus par la jurisprudence de la Cour citée
au point 35 du présent arrêt pour qualifier un organisme de juridiction.
Au vu de ce qui précède, il y a lieu de conclure que la Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos vyriausybės possède
le caractère d’une juridiction, au sens de l’article 234 CE, et que la présente demande de décision préjudicielle est recevable.

Sur le fond
Il convient de relever que les États membres ne peuvent limiter le droit à la déduction de la TVA que dans les cas expressément
prévus par la directive 2006/112 (voir, par analogie, arrêts du 21 septembre 1988, Commission/France, 50/87, Rec. p. 4797,
points 16 et 17; du 11 juillet 1991, Lennartz, C‑97/90, Rec. p. I‑3795, point 27, ainsi que du 15 janvier 1998, Ghent Coal
Terminal, C-37/95, Rec. p. I-1, point 16).
Par ailleurs, la Cour a jugé, dans le contexte du régime de l’autoliquidation, que le principe fondamental de neutralité de
la TVA exige que la déduction de celle-ci en amont soit accordée si les exigences de fond sont satisfaites, même si certaines
exigences formelles ont été omises par les assujettis (arrêts du 8 mai 2008, Ecotrade, C-95/07 et C-96/07, Rec. p. I-3457,
point 63, et du 30 septembre 2010, Uszodaépítö, C-392/09, non encore publié au Recueil, point 39). Dès lors que l’administration
fiscale dispose des données nécessaires pour établir que l’assujetti, en tant que destinataire des transactions en cause,
est redevable de la TVA, elle ne saurait imposer, en ce qui concerne le droit de ce dernier de déduire cette taxe, des conditions
supplémentaires pouvant avoir pour effet de réduire à néant l’exercice de ce droit (arrêts précités Ecotrade, point 64, et
Uszodaépítö, point 40).
C’est à l’aune de ces principes qu’il convient d’examiner les questions posées par la juridiction de renvoi.
À cet égard, il résulte de l’article 168, sous a), de la directive 2006/112 que l’assujetti a le droit de déduire la TVA due
ou acquittée dans un État membre pour les biens qui lui sont ou lui seront livrés et pour les services qui lui sont ou lui
seront fournis par un autre assujetti qui sont utilisés pour les besoins de ses activités taxées.
Il ressort de la décision de renvoi que Nidera a exporté l’intégralité du blé en cause, qu’il avait acquis en Lituanie, vers
des États tiers, en appliquant un taux de TVA de 0 %, conformément au droit national applicable.
Il est constant que, dans ces conditions, Nidera bénéficie du droit à déduction, visé à l’article 168, sous a), de la directive
2006/112, en ce qui concerne la TVA acquittée sur ces biens en Lituanie. Conformément à l’article 167 de cette directive,
ce droit à déduction prend naissance au moment où la taxe déductible devient exigible.
En vertu de l’article 178, sous a), de la directive 2006/112, l’exercice du droit à la déduction visée à l’article 168, sous
a), de celle-ci, en ce qui concerne les livraisons de biens et les prestations de services, est soumis à une seule condition
de forme tenant à la détention par l’assujetti d’une facture établie conformément aux articles 220 à 236 et 238 à 240 de cette
directive.
Certes, les assujettis ont également l’obligation de déclarer le commencement, le changement et la cessation de leurs activités,
conformément aux mesures adoptées à cette fin par les États membres, et cela en vertu de l’article 213 de la directive 2006/112.
Cependant, la Cour a déjà jugé qu’une telle disposition n’autorise nullement les États membres, en cas de défaut de présentation
d’une déclaration, à reporter l’exercice du droit à déduction jusqu’au début effectif de la réalisation habituelle des opérations
taxées ou à priver l’assujetti de l’exercice de ce droit (voir, par analogie, arrêt du 21 mars 2000, Gabalfrisa e.a., C‑110/98
à C-147/98, Rec. p. I-1577, point 51).
En outre, la Cour a déjà jugé que les mesures que les États membres ont la faculté d’adopter, en vertu de l’article 273 de
la directive 2006/112, afin d’assurer l’exacte perception de la taxe et d’éviter la fraude ne doivent pas aller au-delà de
ce qui est nécessaire pour atteindre de tels objectifs et ne doivent pas remettre en cause la neutralité de la TVA (voir,
par analogie, arrêt du 27 septembre 2007, Collée, C-146/05, Rec. p. I-7861, point 26 et jurisprudence citée).
Par conséquent, l’identification prévue à l’article 214 de la directive 2006/112, de même que les obligations prévues à l’article
213 de cette dernière, citées au point 48 du présent arrêt, n’est pas un acte constitutif du droit à déduction, qui prend
naissance au moment où la taxe déductible devient exigible, mais constitue une exigence formelle à des fins de contrôle.
Il résulte de ce qui précède qu’un assujetti à la TVA ne saurait être empêché d’exercer son droit à déduction au motif qu’il
ne se serait pas identifié à la TVA avant d’utiliser les biens acquis dans le cadre de son activité taxée.
Certes, l’assujetti qui ne respecte pas les exigences formelles établies par la directive 2006/112 peut être passible d’une
peine administrative, conformément aux mesures nationales transposant cette directive en droit national. En outre, ainsi que
l’observe à juste titre la Commission, si l’exercice du droit à la déduction de la TVA n’était soumis à aucune limitation
dans le temps, la sécurité juridique ne serait pas pleinement respectée. En effet, l’obligation pour les assujettis de s’identifier
à la TVA pourrait être vidée de son sens si les États membres n’étaient pas en droit d’imposer un délai raisonnable à cette
fin.
Dans l’affaire au principal, toutefois, il apparaît que Nidera n’était pas obligée de s’identifier à la TVA en Lituanie, conformément
à l’article 71, paragraphe 3, de la loi sur la TVA, même si selon l’article 63, paragraphe 1, de cette loi, les assujettis
ne peuvent déduire la TVA que s’ils font cette démarche. Dans la mesure où Nidera avait donc besoin de s’identifier à la TVA
pour exercer son droit à déduction, il y a lieu de constater qu’elle l’a fait moins de six mois après avoir réalisé les opérations
donnant lieu à ce droit et, partant, dans un délai raisonnable.
Eu égard à l’ensemble des considérations qui précèdent, il convient de répondre aux questions posées que la directive 2006/112
doit être interprétée en ce sens qu’elle s’oppose à ce qu’un assujetti à la TVA qui remplit les conditions de fond pour déduire
celle-ci, conformément aux dispositions de cette directive, et qui s’identifie à la TVA dans un délai raisonnable à partir
de la réalisation des opérations qui donnent lieu au droit à déduction puisse être privé de la possibilité d’exercer ce droit
par une législation nationale qui interdit la déduction de la TVA acquittée à l’occasion de l’achat de biens dès lors que
cet assujetti ne se serait pas identifié à la TVA avant d’utiliser ceux-ci aux fins de son activité assujettie.

Sur les dépens
La procédure revêtant, à l’égard des parties au principal, le caractère d’un incident soulevé devant la juridiction de renvoi,
il appartient à celle-ci de statuer sur les dépens. Les frais exposés pour soumettre des observations à la Cour, autres que
ceux desdites parties, ne peuvent faire l’objet d’un remboursement.
Par ces motifs, la Cour (troisième chambre) dit pour droit:
La directive 2006/112/CE du Conseil, du 28 novembre 2006, relative au système commun de taxe sur la valeur ajoutée, doit être
interprétée en ce sens qu’elle s’oppose à ce qu’un assujetti à la taxe sur la valeur ajoutée qui remplit les conditions de
fond pour déduire celle-ci, conformément aux dispositions de cette directive, et qui s’identifie à la taxe sur la valeur ajoutée
dans un délai raisonnable à partir de la réalisation des opérations qui donnent lieu au droit à déduction puisse être privé
de la possibilité d’exercer ce droit par une législation nationale qui interdit la déduction de la taxe sur la valeur ajoutée
acquittée à l’occasion de l’achat de biens dès lors que cet assujetti ne se serait pas identifié à la taxe sur la valeur ajoutée
avant d’utiliser ceux-ci aux fins de son activité assujettie.
Signatures
*
Langue de procédure: le lituanien.