CELEX: 62020CJ0153
Apeliacinis skundas
Europos žemės ūkio garantijų fondas (EŽŪGF) ir Europos žemės ūkio fondas kaimo plėtrai (EŽŪFKP)
Europos Sąjungos nefinansuojamos išlaidos
Lietuvos Respublikos patirtos išlaidos
Reglamentas (ES) Nr. 65/2011
Administracinis patikrinimas
Patikrinimas vietoje
Patikrinimų kokybė
Pareiškėjų statusas
Dirbtinai sukurtos sąlygos
Vykdant projektus patirtos išlaidos

Savo apeliaciniu skundu Lietuvos Respublika prašo panaikinti 2020 m. sausio 22 d. Sprendimą
Lietuva / Komisija
(T‑19/18, nepaskelbtas Rink., toliau – skundžiamas sprendimas, EU:T:2020:4), kuriuo atmestas jos ieškinys, pateiktas prašant panaikinti 2017 m. lapkričio 8 d. Komisijos įgyvendinimo sprendimą (ES) 2017/2014 dėl valstybių narių patirtų tam tikrų išlaidų nefinansavimo Europos Sąjungos lėšomis iš Europos žemės ūkio garantijų fondo (EŽŪGF) ir Europos žemės ūkio fondo kaimo plėtrai (EŽŪFKP) (OL L 292, 2017, p. 61), kiek jame numatyta taikyti 9 745 705,88 EUR finansinę pataisą Lietuvos Respublikai dėl išlaidų, susijusių su Europos žemės ūkio fondo kaimo plėtrai (EŽŪFKP) lėšomis, už 2007–2013 m. laikotarpį ir 546 351,91 EUR finansinę pataisą dėl išlaidų, susijusių su Europos žemės ūkio garantijų fondo (EŽŪGF) ir EŽŪFKP lėšomis, už 2012–2014 m. laikotarpį (toliau – ginčijamas sprendimas).

Teisinis pagrindas

Reglamentas (ES)
Nr. 1
698/2005
2005 m. rugsėjo 20 d. Tarybos reglamentas (EB) Nr. 1698/2005 dėl Europos žemės ūkio fondo kaimo plėtrai (EŽŪFKP) paramos kaimo plėtrai (OL L 277, 2005, p. 1, klaidų ištaisymas OL L 206, 2012, p. 23) buvo panaikintas 2013 m. gruodžio 17 d. Europos Parlamento ir Tarybos reglamentu (ES) Nr. 1305/2013 (OL L 347, 2013, p. 487; klaidų ištaisymas OL L 130, 2016, p. 1), taikomu nuo 2014 m. sausio 1 d. Vis dėlto Reglamentas Nr. 1698/2005 ir toliau buvo taikomas veiksmams, įgyvendinamiems pagal programas, kurias Komisija pagal tą reglamentą patvirtino iki 2014 m. sausio 1 d.
Reglamento Nr. 1698/2005 20 straipsnio „Priemonės“ b punkto iii papunktyje buvo numatyta:
„Parama, skirta žemės ūkio ir miškininkystės sektoriaus konkurencingumui, apima:
<...>
b)      priemones, skirtas fiziniam potencialui restruktūrizuoti ir vystyti bei inovacijoms skatinti per:
<...>
iii)      didinant žemės ūkio ir miškų ūkio produktų [pridėtinę] vertę;
<...>“
Šio reglamento 28 straipsnio „Žemės ūkio ir miškų ūkio produktų pridėtinės vertės didinimas“ 1 ir 3 dalyse buvo nustatyta:
„1.      Parama, numatyta 20 straipsnio b punkto iii papunktyje, skiriama investicijoms į materialų ir (arba) nematerialų turtą, kurios:
a)      gerina bendrus įmonės veiklos rezultatus;
b)      yra susijusios:
–        su Sutarties I priede išvardytų produktų, išskyrus žuvininkystės produktus, ir miškininkystės produktų perdirbimu ir (arba) pardavimu, ir (arba)
–        su naujų produktų, procesų ir technologijų, susijusių su Sutarties I priede išvardytais produktais, išskyrus žuvininkystės produktus, ir miškininkystės produktais, kūrimu, ir
c)      daromos laikantis Bendrijos standartų, taikomų atitinkamai investicijai.
Jei investicijos daromos siekiant laikytis Bendrijos standartų, parama gali būti skiriama tik toms investicijoms, kurias daro mikroįmonės, kaip nurodyta 3 dalyje, siekdamos laikytis naujausių Bendrijos standartų. Tuo atveju šio standarto laikymuisi skirtas laikotarpis gali būti pratęstas ne ilgesniam kaip 36 mėnesių laikotarpiui nuo tos dienos, kurią tas standartas tampa privalomas įmonei.
<...>
3.      Paramos pagal 1 dalį didžiausias lygis taikomas tik mikroįmonėms, mažosioms ir vidutinėms įmonėms, kaip apibrėžta [2003 m. gegužės 6 d. Komisijos rekomendacijoje 2003/361/EB dėl mikro, mažųjų ir vidutinių įmonių apibrėžties (OL L 124, 2003, p. 36)]. <...>“
Minėto reglamento 52 straipsnio „Priemonės“ a punkto ii papunktyje buvo numatyta:
„Parama pagal šį skirsnį apima:
a)      priemones kaimo ekonomikai įvairinti, kurias sudaro:
<...>
ii)      parama mikroįmonių kūrimui ir plėtrai siekiant skatinti verslumą ir plėtoti ekonominę struktūrą.“
To paties reglamento 54 straipsnyje buvo nurodyta:
„Parama, numatyta 52 straipsnio a punkto ii papunktyje, yra susijusi tik su mikroįmonėms, kaip apibrėžta Komisijos rekomendacijoje 2003/361/EB.“

Reglamentas (ES)
Nr. 6
5/2011
2011 m. sausio 27 d. Komisijos reglamentu (ES) Nr. 65/2011, kuriuo nustatomos išsamios Reglamento Nr. 1698/2005 įgyvendinimo taisyklės (OL L 25, 2011, p. 8; klaidų ištaisymas OL L 201, 2011, p. 20), nuo 2011 m. sausio 1 d. panaikintas 2006 m. gruodžio 7 d. Komisijos reglamentas (EB) Nr. 1975/2006, nustatantis išsamias Tarybos reglamento Nr. 1698/2005 įgyvendinimo taisykles (OL L 368, 2006, p. 74), kuris vis dėlto toliau buvo taikomas mokėjimo prašymams, pateiktiems iki 2011 m. sausio 1 d. Nuorodos į pastarąjį reglamentą laikomos nuorodomis į Reglamentą Nr. 65/2011.
Reglamento Nr. 65/2011 I dalyje „Taikymo sritis ir bendrosios nuostatos“ buvo 4 straipsnis „Bendrieji kontrolės principai“, jo 1, 2 ir 8 dalyse buvo numatyta:
„1.      Valstybės narės nustato kontrolės sistemą, kuria užtikrinama, jog visi būtini patikrinimai atliekami siekiant veiksmingai patikrinti, kaip laikomasi paramos skyrimo sąlygų.
2.      Nepažeidžiant specialiųjų šio reglamento nuostatų, valstybės narės užtikrina, kad visi Sąjungos ar nacionalinės teisės aktuose arba kaimo plėtros programose nustatyti tinkamumo kriterijai būtų tikrinami pagal valstybių narių nustatomus rodiklius, kuriuos galima patikrinti.
<...>
8.      Nepažeidžiant specialiųjų nuostatų, kai nustatoma, kad siekdami įgyti paramos schemos tikslams prieštaraujantį pranašumą, paramos gavėjai dirbtinai sukūrė tokioms išmokoms gauti reikalingas sąlygas, jiems išmokos neskiriamos.“
Šio reglamento II dalyje „Administravimo ir kontrolės taisyklės“ buvo II antraštinė dalis „Parama kaimo plėtrai pagal 1 ir 3 krypties priemones ir pagal tam tikras 2 ir 4 krypties priemones“, kurios II skyrius „Kontrolė, sumažinimas arba [ir] neskyrimas“ apėmė 24–30 straipsnius.
Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnyje „Administraciniai patikrinimai“ buvo nurodyta:
„1.      Administraciniai patikrinimai taikomi visoms paramos paraiškoms, mokėjimų prašymams ar kitoms deklaracijoms, kurias turi pateikti paramos gavėjas arba trečioji šalis, ir apima visus aspektus, kuriuos įmanoma ir reikia patikrinti administracinėmis priemonėmis. Pagal procedūras reikia registruoti vykdomą kontrolės veiklą, patikrinimo rezultatus ir priemones, kurių imtasi neatitikties atveju.
2.      Atliekant administracinius paramos paraiškų patikrinimus, visų pirma tikrinama:
a)      operacijos, dėl kurios prašoma paramos, atitiktis reikalavimams;
b)      atrankos kriterijų, nustatytų kaimo plėtros programoje, laikymasis;
c)      operacijos, dėl kurios prašoma paramos, atitiktis galiojančioms nacionalinėms ir Sąjungos taisyklėms, visų pirma taisyklėms, taikomoms, kai tinka, viešiesiems pirkimams, valstybės pagalbai ir kitiems privalomiems standartams, nustatytiems nacionalinės teisės aktuose ar kaimo plėtros programoje;
d)      pateiktų išlaidų, įvertinamų naudojant tinkamą vertinimo sistemą, pvz., standartines išlaidas, skirtingų pasiūlymų palyginimą ar pasitelkiant vertinimo komitetą, pagrįstumas;
<...>“
Šio reglamento 26 straipsnio „Patikrinimų vietoje turinys“ 1 ir 2 dalyse buvo nustatyta:
„1.      Atlikdamos patikrinimus vietoje valstybės narės siekia įsitikinti, ar:
a)      paramos gavėjo pateikti mokėjimo prašymai yra pagrįsti apskaitos ar kitais dokumentais, įskaitant, kai reikia, mokėjimo prašyme pateiktų duomenų tikslumo tikrinimą remiantis trečiųjų šalių turimais duomenimis ar komerciniais dokumentais;
b)      atitinkamo išlaidų kategorijų skaičiaus atitinkamų išlaidų pobūdis ir laikas atitinka Sąjungos nuostatas ir patvirtintas operacijos specifikacijas bei faktiškai atliktus darbus ar faktiškai suteiktas paslaugas;
c)      operacijos naudojimas ar ketinimas naudoti atitinka paraiškoje paramai gauti nurodytus tikslus;
d)      viešai finansuotos operacijos buvo įgyvendintos laikantis Sąjungos taisyklių ir politikos, visų pirma viešųjų pirkimų taisyklių ir atitinkamų privalomų standartų, nustatytų nacionalinės teisės aktuose ar kaimo plėtros programoje.
2.      Atliekant mokėjimo prašymų, atrinktų patikrinti kaip nurodyta šio reglamento 25 straipsnio 3 dalyje, patikrinimus vietoje tikrinami visi paramos gavėjo įsipareigojimai ir prievolės, kuriuos galima patikrinti pas jį apsilankius.“

Reglamentas (ES) Nr. 1306/2013
2013 m. gruodžio 17 d. Europos Parlamento ir Tarybos reglamento (ES) Nr. 1306/2013 dėl bendros žemės ūkio politikos finansavimo, valdymo ir stebėsenos, kuriuo panaikinami Tarybos reglamentai (EEB) Nr. 352/78, (EB) Nr. 165/94, (EB) Nr. 2799/98, (EB) Nr. 814/2000, (EB) Nr. 1290/2005 ir (EB) Nr. 485/2008 (OL L 347, 2013, p. 549; klaidų ištaisymas OL L 130, 2016, p. 13), 52 straipsnio „Atitikties patvirtinimas“ 2 dalyje numatyta:
„Komisija įvertina sumas, kurios nebus finansuojamos, atsižvelgdama į nustatytą neatitikties mastą. Ji tinkamai atsižvelgia į pažeidimo pobūdį ir į Sąjungai padarytą finansinę žalą. Sprendimą neskirti finansavimo ji pagrindžia nurodydama neteisėtai išleistas sumas ir, jei dedant proporcingas pastangas tų sumų nurodyti neįmanoma, gali taikyti ekstrapoliuotojo arba fiksuoto dydžio pataisas. Fiksuoto dydžio pataisos taikomos tik tais atvejais, kai dėl atvejo pobūdžio ar dėl to, kad valstybė narė nepateikė Komisijai būtinos informacijos, dedant proporcingas pastangas neįmanoma tiksliau nustatyti Sąjungai padarytos finansinės žalos.“

Įgyvendinimo reglamentas (ES)
Nr. 8
09/2014
2014 m. liepos 17 d. Komisijos įgyvendinimo reglamente (ES) Nr. 809/2014, kuriuo nustatomos Europos Parlamento ir Tarybos reglamento Nr. 1306/2013 nuostatų dėl integruotos administravimo ir kontrolės sistemos, kaimo plėtros priemonių ir kompleksinės paramos taikymo taisyklės (OL L 227, 2014, p. 69), yra IV antraštinė dalis „Su plotu ir su gyvuliais nesusijusios kaimo plėtros priemonės“, kuri apima II skyrių „Patikros“. Jo 2 skirsnio „Nuostatos dėl patikrų“ 51 straipsnis „Patikrų vietoje turinys“ suformuluotas taip:
„Per patikras vietoje tikrinama, ar veiksmas buvo įgyvendintas laikantis taikytinų taisyklių – šios patikros apima visų atitikties reikalavimams kriterijų atitikimo ir įsipareigojimų bei kitų su paramos skyrimu susijusių pareigų vykdymo patikrinimą, kurį galima atlikti per apsilankymą. Patikromis vietoje užtikrinama, kad veiksmas atitinka EŽŪFKP paramos skyrimo reikalavimus.“
2017 m. liepos 10 d. Komisijos įgyvendinimo reglamento (ES) 2017/1242, kuriuo iš dalies keičiamas Įgyvendinimo reglamentas Nr. 809/2014 (OL L 178, 2017, p. 4), 2 straipsnio antroje pastraipoje numatyta, kad jis taikomas paramos paraiškoms arba mokėjimo prašymams, susijusiems su 2018 m. sausio 1 d. prasidedančiais paraiškų teikimo metais arba išmokų mokėjimo laikotarpiais.

Rekomendacija 2003/361
2003 m. gegužės 6 d. Komisijos rekomendacijos 2003/361 1, 4 ir 9 konstatuojamosiose dalyse nurodyta:
„(1)      <...> Be to, buvo manoma, kad jei tos pačios apibrėžties laikytųsi Komisija, valstybės narės, Europos investicijų bankas (EIB) ir Europos investicijų fondas (FEI), tai sustiprintų visų [mikro, mažųjų ir vidutinių įmonių (MVĮ)] politikų nuoseklumą ir veiksmingumą ir sumažintų konkurencijos iškraipymo riziką.
<...>
(4)      Įdarbintų asmenų skaičiaus kriterijus (toliau – darbuotojų skaičiaus kriterijus), be abejo, lieka vienas svarbiausių ir jo reikia laikytis kaip pagrindinio kriterijaus; tačiau būtina papildomai įvesti finansinį kriterijų, norint suvokti realų įmonės mastą, jos rezultatus ir padėtį, palyginti su konkurentais. Vis dėlto būtų nepageidautina atsižvelgti į apyvartą, kaip į vienintelį finansinį kriterijų, visų pirma todėl, kad dėl veiklos pobūdžio prekybos ir platinimo sektoriaus įmonių apyvarta paprastai yra didesnė nei gamybos sektoriaus. Todėl apyvartos kriterijų reikėtų derinti su bendros balanso sumos kriterijumi, atspindinčiu bendrą įmonės gerovę (vieną iš šių dviejų kriterijų galima viršyti).
<...>
(9)      Norint geriau suvokti realią ekonominę MVĮ padėtį ir pašalinti iš tos kategorijos grupes įmonių, kurių ekonominė galia gali viršyti tikrosios MVĮ ekonominę galią, reikėtų išskirti įvairias įmonių rūšis pagal tai, ar jos yra savarankiškos, ar turi akcijų paketų, dėl kurių neįgyjama kontrolinės padėties (įmonės partnerės), ir ar jos yra susijusios su kitomis įmonėmis. Rekomendacijoje 96/280/EB nustatyta 25 % akcijų paketo riba, kurios nesiekianti įmonė laikoma savarankiška, išlieka.“
Šios rekomendacijos priedo 2 straipsnyje „Įmonių kategorijos, apibrėžtos pagal darbuotojų skaičių ir finansines ribas“ nustatyta:
„1.      [MVĮ] kategorijai priklauso įmonės, kuriose dirba mažiau kaip 250 asmenų ir kurių metinė apyvarta neviršija 50 mln. EUR arba bendra metinė balanso suma neviršija 43 mln. EUR.
2.      MVĮ kategorijoje mažoji įmonė apibrėžiama kaip įmonė, kurioje dirba mažiau kaip 50 asmenų ir kurios metinė apyvarta arba bendra metinė balanso suma neviršija 10 mln. EUR.
3.      MVĮ kategorijoje mikroįmonė apibrėžiama kaip įmonė, kurioje dirba mažiau kaip 10 asmenų ir kurios metinė apyvarta arba bendra metinė balanso suma neviršija 2 mln. EUR.“
Šio priedo 3 straipsnyje „Įmonių rūšys, į kurias atsižvelgiama apskaičiuojant darbuotojų skaičių ir finansines sumas“ numatyta:
„1.      Savarankiška įmonė – įmonė, kuri nepriskiriama prie įmonių partnerių, kaip apibrėžta 2 dalyje, arba prie susijusių įmonių, kaip apibrėžta 3 dalyje.
2.      Įmonės partnerės – visos įmonės, kurios nepriskiriamos prie susijusių įmonių, kaip apibrėžta 3 dalyje, ir kurios viena su kita susietos tokiu santykiu: įmonė (pradinės grandies įmonė) viena arba kartu su kita ar kitomis susijusiomis įmonėmis, kaip apibrėžta 3 dalyje, turi 25 % ar daugiau kitos įmonės (galutinės grandies įmonės) kapitalo arba balsavimo teisių.
<...>
3.      Susijusios įmonės – įmonės, kurios viena su kita susietos kuriais nors iš šių santykių:
a)      viena įmonė turi kitos įmonės akcininkų arba narių balsavimo teisių daugumą;
b)      viena įmonė turi teisę skirti arba atleisti daugumą kitos įmonės administracinio, valdymo arba priežiūros organo narių;
c)      viena įmonė turi teisę kitai įmonei daryti lemiamą įtaką, remdamasi su šia įmone sudaryta sutartimi arba vadovaudamasi steigimo sutarties ar įstatų nuostata;
d)      viena įmonė, kuri yra kitos įmonės akcininkė arba narė, pagal susitarimą su kitais tos įmonės akcininkais ar nariais viena kontroliuoja tos įmonės akcininkų arba narių balsavimo teisių daugumą.
<...>“

Ginčo aplinkybės
Ginčo aplinkybes Bendrasis Teismas išdėstė skundžiamo sprendimo 1–22 punktuose ir šio proceso tikslais jas galima apibendrinti taip, kaip nurodyta toliau.
Ginčas kilo dėl dviejų finansinių pataisų, kuriomis Komisija atsisakė iš Sąjungos lėšų finansuoti 10 292 057,79 EUR sumą, atitinkančią tam tikras Lietuvos Respublikos patirtas išlaidas, susijusias su EŽŪGF ir EŽŪFKP lėšomis, grupių, t. y. pirma, finansinių pataisų (9 745 705,88 EUR), taikomų su EŽŪFKP lėšomis susijusioms išlaidoms, patirtoms dėl Lietuvos kaimo plėtros 2007–2013 m. programos 1 ir 3 krypčių investicinių priemonių įgyvendinimo pagal programą „Kaimo plėtra, EŽŪFKP investavimas – Privatieji paramos gavėjai“, grupe ir, antra, finansinių pataisų (1 560 650,67 EUR), taikomų su EŽŪGF ir EŽŪFKP lėšomis susijusioms išlaidoms, patirtoms remiantis kompleksinės paramos sistema 2012–2014 m., grupe.
Dėl pirmos finansinių pataisų grupės 2015 m. sausio 27 d. Komisija pateikė Lietuvos valdžios institucijoms preliminarias pastabas dėl 2014 m. atlikto tyrimo dėl Lietuvos kaimo plėtros programos 1 ir 3 krypčių investavimo priemonių.
2015 m. kovo 25 d. raštu Lietuvos institucijos pateikė informaciją ir paaiškinimus dėl šio tyrimo.
2015 m. birželio 15 d. įvyko dvišalis posėdis.
2015 m. rugsėjo 14 d. ir spalio 13 d. raštais Lietuvos valdžios institucijos pateikė Komisijai prašomą papildomą informaciją ir duomenis.
2016 m. kovo 8 d. raštu Komisija Lietuvos valdžios institucijoms pateikė tyrimo išvadą, joje nurodė, kad 2013–2015 finansiniais metais programa „Kaimo plėtra, EŽŪFKP investavimas – Privatieji paramos gavėjai“ Lietuvoje buvo taikoma nesilaikant Sąjungos taisyklių.
2016 m. balandžio 15 d. Lietuvos institucijos kreipėsi su prašymu dėl taikinimo.
2017 m. spalio 26 d. raštu Komisija persiuntė Lietuvos valdžios institucijoms taikinimo institucijos ataskaitą; joje padaryta išvada, kad šalių taikinimas neįmanomas.
2017 m. kovo 28 d. Komisija Lietuvos valdžios institucijoms pateikė galutines tyrimo išvadas ir nurodė, kad toliau laikosi sprendimo taikyti 9 745 705,88 EUR finansinę pataisą, susijusią su aptariamomis išlaidomis.
Galiausiai 2017 m. spalio 24 d. raštu Komisija atsiuntė Lietuvos valdžios institucijoms suvestinę ataskaitą, joje siūlė taikyti 9 745 705,88 EUR finansinę pataisą už 2013–2015 m. laikotarpį.
Kiek tai susiję su antra finansinių pataisų grupe, Komisija atliko tyrimą, po jo Lietuvos valdžios institucijoms pranešė apie ketinimą nustatyti 1 560 650,67 EUR finansinę pataisą, taikytiną su EŽŪGF ir EŽŪFKP lėšomis susijusioms išlaidoms, patirtoms remiantis kompleksinės paramos sistema 2012–2014 m.
Ginčijamu sprendimu Komisija patvirtino ir pirmą, ir antrą finansinių pataisų grupes.

Procesas Bendrajame Teisme ir skundžiamas sprendimas
2018 m. sausio 19 d. Bendrojo Teismo kanceliarija gavo Lietuvos Respublikos ieškinį dėl ginčijamo sprendimo panaikinimo tiek, kiek juo nuspręsta jai taikyti 9 745 705,88 EUR finansinę pataisą dėl išlaidų, susijusių su EŽŪFKP lėšomis, ir 546 351,91 EUR finansinę pataisą dėl išlaidų, susijusių su EŽŪGF ir EŽŪFKP lėšomis, patirtų 2014 paraiškų teikimo metais. Lietuvos Respublika iš esmės nurodė du pagrindus.
Pirmasis pagrindas buvo susijęs su pirma finansinių pataisų grupe ir grindžiamas Reglamento Nr. 1306/2013 52 straipsnio 2 dalies pažeidimu, padarytu dėl klaidingo Reglamento Nr. 65/2011 aiškinimo ir taikymo. Šį pagrindą sudarė keturios dalys.
Antrasis pagrindas buvo susijęs su antra finansinių pataisų grupe ir grindžiamas Reglamento Nr. 1306/2013 52 straipsnio 2 dalies pažeidimu, padarytu dėl klaidingo, pirma, 2009 m. sausio 19 d. Tarybos reglamento (EB) Nr. 73/2009, nustatančio bendrąsias tiesioginės paramos schemų ūkininkams pagal bendrą žemės ūkio politiką taisykles ir nustatančio tam tikras paramos schemas ūkininkams, iš dalies keičiančio reglamentus (EB) Nr. 1290/2005, (EB) Nr. 247/2006, (EB) Nr. 378/2007 ir panaikinančio Reglamentą (EB) Nr. 1782/2003 (OL L 30, 2009, p. 16), ir, antra, 2009 m. lapkričio 30 d. Komisijos reglamento (EB) Nr. 1122/2009, kuriuo nustatomos išsamios Tarybos reglamento (EB) Nr. 73/2009 įgyvendinimo taisyklės, susijusios su kompleksiniu paramos susiejimu, moduliavimu ir integruota administravimo ir kontrolės sistema pagal tame reglamente numatytas ūkininkams skirtas tiesioginės paramos schemas, ir Tarybos reglamento (EB) Nr. 1234/2007 įgyvendinimo taisyklės, susijusios su kompleksiniu paramos susiejimu pagal vyno sektoriui numatytą paramos schemą (OL L 316, 2009, p. 65), aiškinimo ir taikymo.
Skundžiamu sprendimu Bendrasis Teismas atmetė ieškinį kaip nepagrįstą.
Skundžiamo sprendimo 52–212 punktuose Bendrasis Teismas išnagrinėjo ir atmetė pirmąjį pagrindą, suskirstytą į keturias dalis.
Pateikdama šio pagrindo pirmą dalį (to sprendimo 57–60 punktai) Lietuvos Respublika iš esmės teigė, kad Komisija neteisingai aiškino Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 1 dalį ir 2 dalies a punktą, kai nusprendė, jog Lietuvos institucijų atlikti patikrinimai siekiant nustatyti pareiškėjų MVĮ statusą buvo nepakankami. Šią dalį sudarė du prieštaravimai.
Skundžiamo sprendimo 61–79 punktuose išnagrinėjęs pirmąjį prieštaravimą, susijusį su kriterijais, taikytais siekiant patikrinti pareiškėjų MVĮ statusą, sprendimo80 punkte Bendrasis Teismas jį atmetė. To sprendimo 64–66 punktuose jis priminė Reglamento Nr. 65/2011 4 ir 24 straipsnių formuluotę, iš kurios padarė išvadą, „kad valstybės narės, naudodamosi visais jų nustatomais rodikliais, privalo įsitikinti, kad pagalbos paraiška priimtina, atlikdamos administracinius patikrinimus, apimančius visus elementus, kuriuos galima ir yra tinkama patikrinti administracinėmis priemonėmis“. Toliau to paties sprendimo 68–70 punktuose jis nagrinėjo, ar Lietuvos valdžios institucijų naudoti rodikliai, siekiant apriboti pagalbos skyrimą MVĮ, buvo pakankami siekiant patikrinti, ar pareiškėjai buvo įmonės partnerės arba įmonės, susijusios su įmonėmis užsienyje, ir atitinkamai užtikrinti, kad visi pareiškėjai iš tikrųjų turėjo MVĮ statusą. Skundžiamo sprendimo 71 punkte jis nusprendė, kad taip nebuvo.
Skundžiamo sprendimo 72–76 punktuose Bendrasis Teismas atmetė Lietuvos Respublikos pateiktą argumentą, kad Komisijos reikalavimas, susijęs su tikrinimu užsienio duomenų bazėse ir registruose internete siekiant patikrinti, ar pareiškėjai buvo susiję su užsienyje esančiomis įmonėmis ir (arba) buvo jų partneriai, yra perteklinis ir nerealistiškas, ir nusprendė, kad Komisija stengėsi palengvinti šios valstybės narės patikrinimus, informuodama apie tai, kad internete yra prieinamų įrankių, kuriuos, kaip per posėdį nurodė pati minėta valstybė narė, ji jau naudojo.
To sprendimo 77–79 punktuose Bendrasis Teismas taip pat atmetė Lietuvos Respublikos argumentą, kad
ex post
atliktų kryžminių patikrinimų rezultatai liudija apie patikrinimų kokybę ir tinkamumą, nusprendęs, kad Komisija teisingai manė, jog šiuos kryžminius patikrinimus atliko ne nepriklausoma tarnyba, ir per juos netikrinta, ar buvo galimų partnerių ir (arba) susijusių įmonių užsienyje.
Skundžiamo sprendimo 83–94 punktuose Bendrasis Teismas išnagrinėjo antrąjį prieštaravimą, susijusį su projektų, priskirtų prie rizikos projektų, kontrolės veiksmingumu.
Skundžiamo sprendimo 85 ir 86 punktuose Bendrasis Teismas pažymėjo, kad, kaip matyti iš 2013 m. rugsėjo 12 d. Sprendimo
Slancheva sila
(C‑434/12, EU:C:2013:546), Reglamento Nr. 65/2011 4 straipsnio 8 dalis turi būti aiškinama taip, kad ji gali būti taikoma, jei yra objektyvus ir subjektyvus elementas. Jis nurodė, kad taikydamas objektyvų elementą teismas turėjo atsižvelgti į objektyvias nagrinėjamo atvejo aplinkybes, dėl kurių būtų galima daryti išvadą, kad nebus galima pasiekti EŽŪFKP paramos schema siekiamo tikslo. Bendrasis Teismas teigė, kad taikydamas subjektyvų elementą teismas turėjo įvertinti objektyvius įrodymus, kuriais remiantis būtų galima daryti išvadą, kad dirbtinai sukūręs sąlygas, reikalingas išmokoms pagal EŽŪFKP paramos schemą gauti, pareiškėjas išimtinai siekė įgyti šios schemos tikslams prieštaraujantį pranašumą.
Tuo remdamasis skundžiamo sprendimo 87 punkte jis padarė išvadą, kad „paramos paraiška turi būti atmesta, jeigu paaiškėja, kad jos prašantis asmuo dirbtinai sukūrė sąlygas, būtinas norint pasinaudoti šia parama“.
To sprendimo 88–90 punktuose Bendrasis Teismas pažymėjo, kad nors Lietuvos Respublika nurodė, jog, kai ji įtarė, kad tam tikriems projektams buvo sudarytos dirbtinės sąlygos, šiuos projektus priskyrė prie rizikos projektų, kuriems taikomos papildomos priežiūros priemonės, prašymai finansuoti tokius projektus buvo atmesti tik pateikus Komisijos audito išvadas. Jis taip pat priminė, kad Komisija buvo nurodžiusi, jog aplinkybės, susijusios su vienu iš dviejų patikrintų projektų, nepalieka jokių abejonių dėl siekiant gauti finansavimą dirbtinai sukurtų sąlygų, todėl jau paramos paraiškos pateikimo etape projektas neturėjo būti įtrauktas į finansuotinų projektų sąrašą.
Minėto skundžiamo sprendimo 91 punkte Bendrasis Teismas konstatavo, kad „Lietuvos Respublika nepateikė jokių įrodymų, kad užtikrino veiksmingą rizikos projektų stebėseną“.
Skundžiamo sprendimo 92 ir 93 punktuose Bendrasis Teismas nusprendė, kad ši valstybė narė negalėjo pagrįstai ginčyti Komisijos išreikštų abejonių ir nepagrįsdama savo pačios teiginių patikimos ir veiksmingos kontrolės sistemos įrodymais tik teigti, kad dirbtinio sąlygų sukūrimo atvejų nustatymas yra ilga ir sudėtinga procedūra, taip pat neįrodyti, jog tikrinti projektai buvo jautrūs projektai, dėl kurių tyrimas galėjo užtrukti kelerius metus.
Skundžiamo sprendimo 96–174 punktuose Bendrasis Teismas išnagrinėjo ir atmetė pirmojo pagrindo antrą dalį, susijusią su Komisijos tariamai padaryta klaida, kai ji nusprendė, kad išlaidų pagrįstumo vertinimo metodai, kurie aiškiai nenurodyti Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 2 dalies d punkte, turėjo būti laikomi netinkamais.
Skundžiamo sprendimo 175–194 punktuose Bendrasis Teismas išnagrinėjo ir atmetė šio pagrindo trečią dalį, susijusią su Komisijos klaida, padaryta nusprendus, kad Lietuvos valdžios institucijų atlikti patikrinimai vietoje buvo nepakankami.
Skundžiamo sprendimo 178 punkte Bendrasis Teismas priminė, kad, kaip matyti iš suvestinės ataskaitos, Komisija nusprendė, jog patikrinimai vietoje neatitiko Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnio 1 dalies d punkto ir 2 dalies, nes neapėmė visų paramos gavėjo įsipareigojimų ir pareigų, kurie (be kita ko, viešųjų pirkimų suderinamumas su nustatytomis procedūromis) galėjo būti patikrinti per apsilankymą. Skundžiamo sprendimo 181 punkte Bendrasis Teismas pažymėjo, kad suvestinėje ataskaitoje Komisija nurodė, jog „per patikrinimus vietoje nepatikrinta, ar sudarytos viešojo pirkimo sutartys atitiko taikytinas procedūras“.
Minėto sprendimo 185 punkte jis nurodė, jog iš šio reglamento 24 straipsnio 2 dalies ir 26 straipsnio 2 dalies matyti, „kad per patikrinimus vietoje valstybės narės
in situ
privalo įsitikinti, ar paramos gavėjas laikosi visų įsipareigojimų ir pareigų, kuriuos galima patikrinti pas jį apsilankius. Kiek tai susiję su šiais įsipareigojimais ir pareigomis, valstybės narės turi įsitikinti, kad paramos gavėjas <...> laikėsi taisyklių, susijusių su viešųjų pirkimų konkursais ir reikšmingomis privalomomis normomis, nustatytomis nacionalinės teisės aktuose arba kaimo plėtros programoje“.
Skundžiamo sprendimo 186 ir 187 punktuose jis taip pat nusprendė, kad patikrinimai vietoje gali būti susiję su administraciniais aspektais, kaip antai viešųjų pirkimų taisyklių laikymusi, ir kad Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnyje numatyti patikrinimai vietoje yra ne pakartotiniai administraciniai patikrinimai, bet patikrinimai, kurie, būdami visiškai atskiri, papildo numatytuosius to paties reglamento 24 straipsnyje ir gali būti atlikti tik vietoje. Tuo remdamasis to sprendimo 188 punkte jis padarė išvadą, kad Komisija nepažeidė Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnio, kai nusprendė, kad Lietuvos valdžios institucijų atlikti patikrinimai vietoje neatitiko šiame straipsnyje nustatytų reikalavimų.
Skundžiamo sprendimo 191 ir 192 punktuose Bendrasis Teismas atmetė Lietuvos Respublikos ir Čekijos Respublikos argumentą, grindžiamą Lietuvoje taikomos procedūros atitiktimi Įgyvendinimo reglamentui Nr. 2017/1242, motyvuodamas tuo, kad tuo metu, kai klostėsi šios bylos faktinės aplinkybės, šis reglamentas dar nebuvo įsigaliojęs. Pastarajame punkte Bendrasis Teismas pridūrė, kad Komisija nereikalavo iš Lietuvos Respublikos vietoje atlikti pakartotinius administracinius patikrinimus.
Skundžiamo sprendimo 195–212 punktuose Bendrasis Teismas išnagrinėjo ir atmetė pirmojo pagrindo ketvirtą dalį, susijusią su Komisijos klaida, padaryta nusprendus, kad operacija, kuria buvo grindžiamas paramos prašymas, neatitiko reikalavimų, kaip tai suprantama pagal Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 2 dalies a punktą, nes išlaidos, susijusios su vienu iš projektų, buvo nepagrįstos.
Skundžiamo sprendimo 200–202 punktuose priminęs patikimo finansų valdymo ir patikrinimų vietoje principus, Bendrasis Teismas šio sprendimo 203 punkte nusprendė, „pirma, kad tinkamos finansuoti yra tik išlaidos, skirtos išimtinai projektui, kuriuo grindžiama paramos paraiška, įgyvendinti, ir, antra, kad valstybės narės, atlikdamos patikrinimus, turi užtikrinti tinkamą fondų lėšų panaudojimą“.
Minėto sprendimo 204–208 punktuose Bendrasis Teismas konstatavo, kad Lietuvos Respublika tinkamai neužginčijo Europos Audito Rūmų pateikto ir Komisijos pakartoto vertinimo, pagal kurį prekės, įsigytos įgyvendinant iš EŽŪFKP finansuojamą projektą, buvo naudojamos ne tik projektui, bet ir bendrai jį įgyvendinančios įstaigos veiklai plėtoti, todėl išlaidos, susijusios su šių prekių įsigijimu, negalėjo būti laikomos atitinkančiomis reikalavimus, kaip tai suprantama pagal Reglamento Nr. 65/2011 24 punkto 2 dalies a punktą.
Skundžiamo sprendimo 210 ir 211 punktuose Bendrasis Teismas atmetė Lietuvos Respublikos argumentą, susijusį su tuo, kad dėl šio naudojimo kitiems nei projekto tikslams nebuvo padaryta finansinės žalos EŽŪFKP, motyvuodamas tuo, kad net pažeidimai, neturintys konkrečių finansinių pasekmių, gali kelti rimtą grėsmę Sąjungos finansiniams interesams  ir pateisinti finansinių pataisų taikymą.
Skundžiamo sprendimo 213–292 punktuose Bendrasis Teismas išnagrinėjo ir atmetė antrąjį pagrindą.

Šalių prašymai Teisingumo Teisme
Lietuvos Respublika Teisingumo Teismo prašo:
–        panaikinti skundžiamą sprendimą,
–        grąžinti bylą Bendrajam Teismui arba priimti galutinį sprendimą byloje ir
–        priteisti iš Komisijos bylinėjimosi išlaidas.
Komisija prašo atmesti apeliacinį skundą ir priteisti iš Lietuvos Respublikos bylinėjimosi išlaidas.
Čekijos Respublika Teisingumo Teismo prašo:
–        panaikinti skundžiamą sprendimą,
–        grąžinti bylą Bendrajam Teismui arba priimti galutinį sprendimą šioje byloje ir
–        priteisti iš Komisijos bylinėjimosi išlaidas.

Dėl apeliacinio skundo
Grįsdama savo apeliacinį skundą Lietuvos Respublika nurodo keturis pagrindus. Pirmasis pagrindas susijęs su klaidingu Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 1 ir 2 dalių aiškinimu ir nepakankamais Bendrojo Teismo motyvais dėl kriterijų, taikomų siekiant patikrinti, ar pareiškėjai yra MVĮ. Antrasis pagrindas susijęs su SESV 256 straipsnio 2 dalies ir teisinio saugumo principo pažeidimu, taip pat su kelių skundžiamo sprendimo 88–92 punktuose nurodytų faktinių aplinkybių iškraipymu. Trečiasis pagrindas susijęs su klaidingu Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnio aiškinimu ir to sprendimo 178–188 punktuose nurodytų įrodymų iškraipymu. Ketvirtasis pagrindas susijęs su SESV 263 ir 256 straipsnių pažeidimu ir minėto sprendimo 195–212 punktuose nurodytų įrodymų iškraipymu.

Dėl pirmojo pagrindo

Šalių argumentai
Pirmąjį pagrindą sudaro dvi dalys.
Pateikdama šio pagrindo pirmą dalį Lietuvos Respublika nurodo, kad skundžiamo sprendimo 61–80 punktuose Bendrasis Teismas klaidingai aiškino Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 1 ir 2 dalis ir neįvykdė savo pareigos motyvuoti, nes nenurodė motyvų, dėl kurių Lietuvos valdžios institucijų taikyti kriterijai buvo nepakankami siekiant patikrinti pareiškėjų MVĮ statusą.
Konkrečiai kalbant, Lietuvos Respublika teigia, pirma, kad Bendrasis Teismas klaidingai aiškino Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 1 dalį, siejamą su šio reglamento 4 straipsnio 2 dalimi, kai reikalavo, kad Lietuvos valdžios institucijos patikrintų pareiškėjų MVĮ statusą, pasinaudodamos užsienio duomenų bazėmis ar registrais internete, nors valstybės narės turi teisę patikrinti šį statusą pagal jų turimus nustatyti kriterijus. Nė viena iš šių nuostatų neleidžia daryti išvados, kad nacionalinės priežiūros institucijos privalo naudotis užsienio duomenų bazėmis ar registrais internete, kad patikrintų informaciją apie įmones partneres ir (arba) susijusias įmones užsienyje, siekdamos įsitikinti pareiškėjų MVĮ statusu.
Antra, skundžiamo sprendimo 64–80 punktai yra nepakankamai motyvuoti. Bendrasis Teismas nenurodė, nei kodėl pagal Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 1 ir 2 dalis reikalaujama konkrečių administracinių patikrinimų, nei iš šių patikrinimų kylančios patikrinimo pareigos apimties ir tvarkos.
Antroje šio pagrindo dalyje Lietuvos Respublika tvirtina, kad skundžiamo sprendimo 78 punkte Bendrasis Teismas nenurodė motyvų, dėl kurių
ex post
patikrinimus turi atlikti nepriklausoma įstaiga, nors to nereikalaujama Reglamente Nr. 65/2011. Todėl skundžiamas sprendimas yra nepakankamai motyvuotas.
Komisija teigia, kad visą pirmąjį pagrindą reikia atmesti kaip nepagrįstą.

Teisingumo Teismo vertinimas
Pirma, reikia priminti, kad Reglamente Nr. 1698/2005 numatyta parama kaimo plėtrai įgyvendinama keturiomis kryptimis, nurodytomis šio reglamento IV antraštinės dalies I skyriuje. Šio skyriaus 1 skirsnis susijęs su 1 kryptimi „Žemės ūkio ir miškininkystės sektorių konkurencingumo didinimas“ ir jį sudaro šio reglamento 20–35 straipsniai. Šio skyriaus 3 skirsnis susijęs su 3 kryptimi „Gyvenimo kokybė kaimo vietovėse ir kaimo ekonomikos įvairinimas“ ir jį sudaro to paties reglamento 52–60 straipsniai.
Iš Reglamento Nr. 1698/2005 28 straipsnio 1 ir 3 dalių matyti, kad šio reglamento 20 straipsnio b punkto iii papunktyje numatyta parama, kuria siekiama padidinti su 1 kryptimi susijusių žemės ūkio ir miškininkystės produktų pridėtinę vertę, kai ji skiriama didžiausio dydžio ir tik MVĮ, kaip jos apibrėžtos Rekomendacijoje 2003/361.
Be to, Reglamento Nr. 1698/2005 54 straipsnyje nurodyta, kad šio reglamento 52 straipsnio a punkto ii papunktyje numatyta parama, kuria siekiama sukurti ir plėtoti su 3 kryptimi susijusias įmones, skiriama tik mikroįmonėms, kaip jos suprantamos pagal šią rekomendaciją.
Kaip matyti iš minėtos rekomendacijos 1 ir 4 konstatuojamųjų dalių, Komisija manė, kad būtina Sąjungos lygmeniu apibrėžti mikro, mažųjų ir vidutinių įmonių sąvokas, siekiant sustiprinti visų MVĮ politikų nuoseklumą ir veiksmingumą ir taip apriboti konkurencijos iškraipymo riziką. Tam darbuotojų skaičiaus kriterijų ji laikė pagrindiniu, o finansinį kriterijų – papildomu. Tos pačios rekomendacijos priedo 2 straipsnio 1 dalyje numatyta, kad MVĮ kategoriją sudaro įmonės, kuriose dirba mažiau nei 250 asmenų ir kurių metinė apyvarta neviršija 50 mln. EUR arba kurių bendra metinė balanso suma neviršija 43 mln. EUR.
Be to, siekdama geriau atspindėti MVĮ ekonominę realybę ir prie šios kategorijos įmonių nepriskirti įmonių, kurių ekonominė galia viršija MVĮ galią, Rekomendacijos 2003/361 priedo 3 straipsnyje, siejamame su šios rekomendacijos 9 konstatuojamąja dalimi, Komisija pagal kapitalo ar balsavimo teisių turėjimą išskiria skirtingas MVĮ rūšis, atsižvelgiant į tai, ar jos yra savarankiškos, ar turi kapitalo dalių, kurios nereiškia kontrolės pozicijos (įmonė partnerė), ar yra susijusios su kitomis įmonėmis (susijusi įmonė).
Reikia pažymėti, kad, atsižvelgiant į tai, jog šioje MVĮ sąvokoje nėra jokio reikalavimo dėl įmonės partnerės ir (arba) susijusios įmonės įsisteigimo vietos, ji apima įmonę partnerę ir (arba) susijusią įmonę, esančią ir nacionalinėje teritorijoje, ir užsienyje.
Antra, Reglamento 65/2011 4 straipsnio 1 dalyje numatyta, kad valstybės narės nustato kontrolės sistemą, kuria užtikrinama, jog visi būtini patikrinimai atliekami siekiant veiksmingai patikrinti, kaip laikomasi paramos skyrimo sąlygų. Be to, šio straipsnio 2 dalyje nustatyta, kad, nepažeidžiant specialiųjų šio reglamento nuostatų, valstybės narės užtikrina, kad visi Sąjungos ar nacionalinės teisės aktuose arba kaimo plėtros programose nustatyti tinkamumo kriterijai būtų tikrinami pagal valstybių narių nustatomus rodiklius, kuriuos galima patikrinti.
Dėl patikrinimų, konkrečiai susijusių su paramos kaimo plėtrai priemonėmis pagal 1 ir 3 kryptis, Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 1 dalyje numatyta, kad administraciniai patikrinimai taikomi visoms paramos paraiškoms ir apima visus aspektus, kuriuos įmanoma ir reikia patikrinti administracinėmis priemonėmis. Kaip matyti iš šio straipsnio 2 dalies a punkto, tarp šių aspektų yra veiklos, dėl kurios prašoma paramos, atitiktis reikalavimams.
Taigi iš kartu aiškintinų šio reglamento 4 ir 24 straipsnių matyti, kad valstybės narės, naudodamosi visais jų nustatytais objektyviais rodikliais, privalo įsitikinti, kad pagal Sąjungos teisės aktus ir kaimo plėtros programą paramos paraiška atitinka reikalavimus, ir atlikti administracinius patikrinimus, apimančius visus aspektus, kuriuos galima ir yra tinkama patikrinti administracinėmis priemonėmis.
Tuo remiantis darytina išvada, kad nagrinėjamu atveju Lietuvos Respublika turėjo nustatyti kontrolės sistemą, užtikrinančią veiksmingą visų pareiškėjų, siekiančių EŽŪFKP finansavimo, atitikties reikalavimams kriterijų (ypač dėl MVĮ pareiškėjų statuso) patikrinimą. Ši kontrolės sistema turėjo sudaryti sąlygas patikrinti, ar pareiškėjas yra MVĮ, nepriklausanti įmonių, kurių ekonominė galia viršija MVĮ galią, grupei; tai reiškia, kad turėjo būti patikrinta, ar pareiškėjas turi kapitalo dalių ir balsavimo teisių, taip pat, ar yra įmonių partnerių ir (arba) įmonių, susijusių su šiuo pareiškėju, neatsižvelgiant į tai, ar šios įmonės yra Lietuvoje, ar užsienyje.
Kaip matyti iš skundžiamo sprendimo 61–80 punktų, Lietuvos valdžios institucijos naudojo du rodiklius, siekdamos patikrinti pareiškėjų MVĮ statusą, t. y. pirma, atliko paiešką nacionaliniame juridinių asmenų registre, kuriame kaupiami duomenys, susiję su Lietuvoje įregistruotais juridiniais asmenimis, filialais ir atstovybių biurais, ir, antra, patikrino pareiškėjų pareiškimus, kuriuose pateikta įvairios informacijos apie įmones partneres ir (arba) įmones, susijusias su šiais pareiškėjais; šie rodikliai neleido užtikrinti, kad visi pareiškėjai iš tikrųjų turėjo MVĮ statusą. Vadinasi, Bendrasis Teismas nepadarė teisės klaidos, kai skundžiamo sprendimo 71 punkte nusprendė, kad šių rodiklių nepakako užtikrinti, jog buvo laikomasi reikalavimo, kad pareiškėjai turėtų MVĮ statusą. To sprendimo 75 punkte siekdamas apibūdinti kontrolės nepakankamumą toje byloje, o ne reikalauti, kad šios institucijos taikytų specialų kontrolės metodą, Bendrasis Teismas pažymėjo, jog pati Lietuvos Respublika per teismo posėdį nurodė, kad nuo to laiko ji naudojasi  užsienio duomenų bazėmis ir registrais internete, kad patikrintų informaciją apie su pareiškėjais susijusias įmones ir įmones partneres užsienyje.
Taigi pirmojo pagrindo pirma dalis, kiek ji grindžiama klaidingu Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 1 ir 2 dalių, siejamų su šio reglamento 4 straipsnio 2 dalimi, aiškinimu, t. y. kad skundžiamo sprendimo 64–71 punktuose Bendrasis Teismas reikalavo, kad ši valstybė narė patikrintų pareiškėjų MVĮ statusą, naudodamasi užsienio duomenų bazėmis ar registrais internete, yra nepagrįsta.
Be to, šioje pagrindo pirmoje dalyje, kiek ji susijusi su tuo, kad skundžiamame sprendime nepakankamai motyvuotos priežastys, dėl kurių naudoti rodikliai buvo nepakankami, Lietuvos Respublika klaidingai aiškina šį sprendimą. Iš tiesų Bendrasis Teismas tame sprendime išdėstė Komisijos prieštaravimus šiuo klausimu ir jo 79 punkte nurodė, kad Lietuvos Respublikos argumentai jų nepaneigė.
Pirmojo pagrindo antroje dalyje Lietuvos Respublika teigia, kad skundžiamas sprendimas yra nepakankamai motyvuotas, nes Bendrasis Teismas nepaaiškino motyvų, dėl kurių to sprendimo 78 punkte nusprendė, kad
ex post
patikrinimus turėjo atlikti nepriklausoma tarnyba, nors tokio reikalavimo nėra Reglamente Nr. 65/2011.
Nors tame 78 punkte Bendrasis Teismas iš tiesų pažymėjo, kad, kaip teigė Komisija,
ex post
kryžminiai patikrinimai buvo atlikti ne nepriklausomos tarnybos, jis taip pat konstatavo, kad „iš pateiktų audito rezultatų matyti, kad per šiuos patikrinimus netikrinta, ar buvo su pareiškėjais susijusių įmonių arba jų įmonių partnerių užsienyje“. Taigi konstatavus, kad bet kuriuo atveju nebuvo atlikta jokios kontrolės siekiant patikrinti pareiškėjų MVĮ statusą, klausimas, ar reikėjo pasitelkti nepriklausomą tarnybą, neturi reikšmės.
Atsižvelgiant į tai, kas išdėstyta, reikia atmesti visą pirmąjį apeliacinio skundo pagrindą.

Dėl antrojo pagrindo

Šalių argumentai
Lietuvos Respublikos pateiktą antrąjį pagrindą sudaro dvi dalys.
Šio pagrindo pirmoje dalyje Lietuvos Respublika teigia, kad skundžiamo sprendimo 81–90 punktuose Bendrasis Teismas pažeidė SESV 256 straipsnio 2 dalį ir teisinio saugumo principą, nes klaidingai aiškino Reglamento Nr. 65/2011 4 straipsnio 8 dalį, siejamą su 2013 m. rugsėjo 12 d. Sprendimu
Slancheva sila
(C‑434/12, EU:C:2013:546).
Konkrečiai kalbant, Bendrasis Teismas iš esmės nusprendė, kad paramos paraiška turi būti atmesta nuo paraiškos vertinimo etapo, jeigu yra požymių ar įrodymų, kad buvo dirbtinai sukurtos sąlygos, būtinos norint pasinaudoti šia parama.
Iš 2013 m. rugsėjo 12 d. Sprendimo
Slancheva sila
(C‑434/12, EU:C:2013:546) matyti, kad atsisakymas suteikti paramą tai pagrindžiant tuo, kad pareiškėjas dirbtinai sukūrė būtinas sąlygas, galimas tik kai yra objektyvus ir subjektyvus elementas; to Bendrasis Teismas nepatikrino. Taigi vien ketinimas apeiti teisės aktus, jo nepagrindžiant konkrečiais įrodymais, savaime neleidžia atmesti galimybės, kad atitinkamas projektas padės pasiekti fondo siekiamus tikslus. Be to, iš šio sprendimo taip pat matyti, kad tai, jog pareiškėjas dirbtinai sukūrė būtinas sąlygas, galima įrodyti tik atlikus ilgą ir sudėtingą tyrimą, kuris vienintelis gali leisti priežiūros institucijai surinkti įrodymų, būtinų atsisakyti finansuoti. Tuo remiantis darytina išvada, kad negalima atsisakyti finansuoti projekto dar pačioje atrankos etapo pradžioje.
Šio pagrindo antroje dalyje Lietuvos Respublika teigia, kad skundžiamo sprendimo 88–93 punktuose Bendrasis Teismas prieštaringai įvertino kai kuriuos įrodymus, o kai kuriuos kitus iškraipė.
Pirma, nors skundžiamo sprendimo 91 punkte Bendrasis Teismas nurodė, jog ši valstybė „nepateikė jokių įrodymų“, kad užtikrino veiksmingą rizikos projektų stebėseną, to sprendimo 88 punkte pažymėjo, kad, kai „vertinant paraišką nebūdavo pakankamai pagrindo ją atmesti, bet būdavo dirbtinių sąlygų požymių, kompetentingos institucijos projektus priskirdavo prie rizikos projektų ir jiems taikydavo papildomas stebėsenos priemones“.
Antra, Bendrasis Teismas iškraipė įrodymus, kai skundžiamo sprendimo 89–91 punktuose nusprendė, kad atsisakyta finansuoti, motyvuojant tuo, kad būtinos sąlygos buvo dirbtinai sukurtos dviejų projektų, kompetentingų institucijų priskirtų prie rizikingų, atveju, nors iš dokumentų, kuriais pasikeista šiame teisme, matyti, kad tas atsisakymas buvo pagrįstas tik dėl vieno projekto. Nepatikrinęs, ar ši aplinkybė teisinga, to sprendimo 89 punkte Bendrasis Teismas klaidingai nusprendė, kad paraiška dėl šių projektų finansavimo buvo atmesta po Komisijos audito išvadų.
Trečia, Lietuvos Respublika kaltina Bendrąjį Teismą tuo, kad skundžiamo sprendimo 93 punkte iškraipė jam pateiktus įrodymus, kai atmetė kaip nepagrįstą šios valstybės narės argumentą, kad tyrimas, susijęs su dirbtinio finansavimo sąlygų sukūrimo atvejų kontrole, yra ilgas ir sudėtingas.
Komisija prašo atmesti šį pagrindą.

Teisingumo Teismo vertinimas
Dėl antrojo pagrindo pirmos dalies pažymėtina, kad iš Reglamento Nr. 65/2011 4 straipsnio 8 dalies matyti, jog išmokos neskiriamos tais atvejais, kai siekdami įgyti paramos schemos tikslams prieštaraujantį pranašumą paramos gavėjai dirbtinai sukūrė tokioms išmokoms gauti būtinas sąlygas.
Priešingai, nei teigia Lietuvos Respublika, iš šios nuostatos formuluotės nematyti, kad nacionalinės priežiūros institucijos gali atsisakyti finansuoti iš Sąjungos lėšų pagal EŽŪFKP programą konkretų projektą tik per šio projekto įgyvendinimo etapą, o ne per ankstesnį šio projekto atrankos etapą.
Teisingumo Teismo jurisprudencijoje įtvirtinta, kad, kai šios institucijos nusprendžia atsisakyti skirti tokį finansavimą, remdamosi Reglamento Nr. 65/2011 4 straipsnio 8 dalimi, galimo paramos gavėjo piktnaudžiavimo įrodymas turi būti pagrįstas objektyviu elementu, t. y. tuo, kad, nepaisant formalaus atitinkamuose teisės aktuose numatytų sąlygų laikymosi, šiais teisės aktais siekiamas tikslas nebuvo pasiektas, ir subjektyviu elementu, kurį sudaro pareiškėjo noras gauti pagal Sąjungos teisės aktus atsirandančią naudą, dirbtinai sukuriant jai atsirasti būtinas sąlygas. Teisingumo Teismas taip pat patikslino, kad teismas turi nustatyti šių dviejų elementų buvimą (2013 m. rugsėjo 12 d. Sprendimo
Slancheva sila
, C‑434/12, EU:C:2013:546, 29, 30 ir 37 punktai).
Nagrinėjamu atveju Bendrasis Teismas priminė šią jurisprudenciją skundžiamo sprendimo 86 punkte. Vis dėlto to sprendimo 87–91 punktuose jis neįvertino, ar, atsižvelgiant į bylos aplinkybes, nagrinėjamų projektų atveju buvo objektyvus ir subjektyvus elementai, kurie yra galimo paramos gavėjo piktnaudžiavimo įrodymas.
Iš tiesų Lietuvos Respublikos nurodytas pagrindas, kaip matyti iš Bendrajame Teisme pareikšto ieškinio 54 ir 57 punktų, buvo susijęs ne su šių dviejų elementų buvimu šioje byloje, jame tik buvo ginčijama nacionalinių institucijų teisė atsisakyti finansuoti projektą  dar paraiškos atrankos etape, nes, šios valstybės narės nuomone, toks atsisakymas buvo galimas tik šioms institucijoms atlikus tyrimą, iš kurio būtų matyti, kad paramai gauti būtinos sąlygos buvo dirbtinai sukurtos.
Vadinasi, apeliacinio skundo antrojo pagrindo pirmoje dalyje nurodyti argumentai pirmą kartą pateikiami Teisingumo Teisme ir dėl to yra naujas pagrindas. Pagal suformuotą jurisprudenciją, jeigu šaliai būtų leista Teisingumo Teisme pirmą kartą remtis pagrindu, kuris nebuvo pateiktas Bendrajame Teisme, tai reikštų leidimą jai pateikti Teisingumo Teismui, kurio kompetencija apeliaciniame procese yra ribota, nagrinėti platesnės apimties ginčą nei tas, kurį nagrinėjo Bendrasis Teismas. Nagrinėdamas apeliacinį skundą Teisingumo Teismas turi kompetenciją tik įvertinti pirmojoje instancijoje išnagrinėtų pagrindų teisinį kvalifikavimą (šiuo klausimu žr. 2019 m. sausio 30 d. Sprendimo
Belgija / Komisija
, C‑587/17 P, EU:C:2019:75, 39 punktą).
Tuo remiantis darytina išvada, kad antrojo pagrindo pirmą dalį reikia atmesti kaip nepriimtiną.
Dėl šio pagrindo antros dalies pažymėtina, kad negalima pritarti nė vienam iš prieštaravimų dėl motyvų prieštaringumo ar įrodymų iškraipymo, kiek tai susiję su skundžiamo sprendimo 88–93 punktais.
Pirma, skundžiamo sprendimo 88 ir 91 punktuose nėra jokio motyvų prieštaringumo. Iš tiesų to sprendimo 88 punkte Bendrasis Teismas tik apibendrino Lietuvos Respublikos argumentus, nepareikšdamas pozicijos dėl jų pagrįstumo, o minėto sprendimo 91 punkte konstatavo, kad ši valstybė narė nepateikė veiksmingos rizikos projektų stebėsenos įrodymų.
Antra, kiek tai susiję su tariamai skundžiamo sprendimo 89–91 punktuose iškraipytais įrodymais Bendrajam Teismui nusprendus, kad atsisakymas finansuoti buvo susijęs su dviem projektais, nors iš tame teisme pasikeistų dokumentų matyti, kad tas atsisakymas buvo pagrįstas tik dėl vieno projekto, reikia pažymėti, kad šis prieštaravimas grindžiamas klaidingu aiškinimu ir turi būti atmestas.
Iš tiesų to sprendimo 90 punkte Bendrasis Teismas nurodė tik vieną iš auditorių patikrintų dviejų projektų.
Trečia, Lietuvos Respublika tvirtina, kad skundžiamo sprendimo 93 punkte Bendrasis Teismas klaidingai įvertino jos pateiktus argumentus, jog patikrinimai dėl dirbtinio finansavimo sąlygų sukūrimo turi būti ilgi ir sudėtingi dėl reikalavimų, susijusių su finansavimo paraiškos nesąžiningumo įrodymu.
Šiuo klausimu reikia priminti, kad iš SESV 256 straipsnio ir Europos Sąjungos Teisingumo Teismo statuto 58 straipsnio pirmos pastraipos matyti, kad tik Bendrasis Teismas turi jurisdikciją, pirma, konstatuoti faktines aplinkybes, išskyrus atvejus, kai jo konstatuotų aplinkybių ir tikrovės neatitiktis matyti iš jam pateiktos bylos medžiagos, ir, antra, tokias faktines aplinkybes įvertinti; toks vertinimas nėra teisės klausimas, dėl kurio galima pateikti apeliacinį skundą Teisingumo Teismui, nebent šios aplinkybės būtų iškraipytos (2019 m. rugsėjo 19 d. Sprendimo
Lenkija / Komisija
, C‑358/18 P, nepaskelbtas Rink., EU:C:2019:763, 44 punktas ir jame nurodyta jurisprudencija).
Toks iškraipymas konstatuotinas, kai, nesiremiant naujais įrodymais, esamų įrodymų vertinimas yra akivaizdžiai klaidingas. Vis dėlto toks iškraipymas turi būti akivaizdžiai matomas iš bylos dokumentų ir dėl to nebūtina iš naujo atlikti faktinių aplinkybių ir įrodymų vertinimo. Be to, jeigu apeliantas teigia, kad Bendrasis Teismas iškraipė įrodymus, jis privalo aiškiai nurodyti, kokie įrodymai buvo iškreipti, ir įrodyti analizės klaidas, dėl kurių mano, kad Bendrasis Teismas iškraipė įrodymus (2019 m. rugsėjo 19 d. Sprendimo
Lenkija / Komisija
, C‑358/18 P, nepaskelbtas Rink., EU:C:2019:763, 45 punktas ir jame nurodyta jurisprudencija).
Nagrinėjamu atveju pakanka pažymėti, kad Lietuvos Respublika tik teigia, jog Bendrasis Teismas nevertino jos pateiktų įrodymų ir dėl to juos iškraipė, tačiau nenurodė šių tariamų įrodymų. Todėl šį prieštaravimą reikia atmesti.
Atsižvelgiant į visa tai, kas išdėstyta, visą antrąjį apeliacinio skundo pagrindą reikia atmesti kaip iš dalies nepriimtiną ir iš dalies nepagrįstą.

Dėl trečiojo pagrindo

Šalių argumentai
Trečiąjį pagrindą sudaro dvi dalys.
Trečiojo pagrindo pirmoje dalyje Lietuvos Respublika teigia, kad skundžiamo sprendimo 178–188 punktuose Bendrasis Teismas klaidingai aiškino Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnį, kai išplėtė šiame straipsnyje numatytų patikrinimų vietoje apimtį, įtraukdamas elementus, kurie yra šio reglamento 24 straipsnyje nurodytų administracinių patikrinimų dalis.
Konkrečiai kalbant, skundžiamo sprendimo 185–188 punktuose nusprendęs, kad per patikrinimus vietoje gali būti tikrinama, ar laikytasi taisyklių, susijusių su viešųjų pirkimų konkursais arba viešojo pirkimo sutarčių sudarymu, Bendrasis Teismas padarė teisės klaidą. Iš Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio, siejamo su šio reglamento 26 straipsnio 1 dalies d punktu ir 2 dalimi, matyti, kad administracinių patikrinimų tikslas – išnagrinėti paramos suteikimo sąlygas, įskaitant operacijos atitiktį viešųjų pirkimų taisyklėms, o patikrinimų vietoje tikslas yra tik patikrinti konkretaus projekto tikrumą ir reikšmingumą atsižvelgiant į aspektus, kurių neįmanoma patikrinti per administracinį patikrinimą. Tokį aiškinimą patvirtina jurisprudencija, pagal kurią administraciniai patikrinimai ir patikrinimai vietoje buvo suprantami kaip dvi atskiros viena kitą papildančios patikros priemonės. Todėl Bendrasis Teismas klaidingai reikalavo dalį administracinio patikrinimo veiksmų atlikti per patikrinimus vietoje – taip reikalaujama pakartotinių patikrinimų, t. y. tiek per administracinį patikrinimą, tiek per patikrinimą vietoje inspektorius turėtų patikrinti, ar laikomasi viešojo pirkimo sutarčių sudarymo taisyklių.
Be to, Lietuvos Respublika ir Čekijos Respublika kaltina Bendrąjį Teismą tuo, kad aiškindamas Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnį skundžiamo sprendimo 191 ir 192 punktuose jis nusprendė nesiremti Įgyvendinimo reglamento Nr. 809/2014, iš dalies pakeisto Įgyvendinimo reglamentu Nr. 2017/1242, 51 straipsnio 1 dalimi, pagal kurią patikrinimai vietoje atliekami siekiant įsitikinti, ar veiksmas įgyvendintas laikantis taikytinų taisyklių, taip pat apima visus atitikties reikalavimams kriterijus, įsipareigojimų bei kitų su paramos skyrimu susijusių pareigų vykdymo patikrinimą, kurį galima atlikti per apsilankymą ir kurio neapėmė administraciniai patikrinimai. Taigi šių valstybių narių teigimu, nors neginčijama, kad Įgyvendinimo reglamentas Nr. 2017/1242
ratione temporis
netaikomas ginčui, jame patikslinama, kad atliekant patikrinimus vietoje nebūtina iš naujo tikrinti informacijos ir veiksmų, kurie jau buvo patikrinti per administracinį patikrinimą.
Trečiojo pagrindo antroje dalyje Lietuvos Respublika teigia, kad skundžiamo sprendimo 181 ir 187 punktuose Bendrasis Teismas iškraipė įrodymus. Priešingai, nei nurodama to sprendimo 181 punkte, nei iš suvestinės ataskaitos, nei iš pareiškimų, kuriuos Komisija pateikė pirmojoje instancijoje, nematyti, kad Komisija kaltino Lietuvos valdžios institucijas per patikrinimus vietoje nepatikrinus, ar sudarytos viešojo pirkimo sutartys atitiko taikytinas procedūras. Iš tiesų ši suvestinė ataskaita susijusi tik su viešųjų pirkimų atitikties taikytinoms procedūroms klausimu. Taigi Bendrasis Teismas klaidingai atmetė šios valstybės argumentą, susijusį su tuo, kad jei per patikrinimus vietoje būtų tikrinami su viešųjų pirkimų konkursais susiję veiksmai, kurie jau buvo patikrinti per administracinius patikrinimus, tai reikštų, kad pastarieji patikrinimai atliekami pakartotinai.
Komisija ginčija šio pagrindo, kurį sudaro dvi dalys, pagrįstumą.

Teisingumo Teismo vertinimas
Dėl trečiojo pagrindo pirmos dalies reikia pažymėti, kad Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 2 dalies c punkte numatyta, jog atliekant administracinius paramos paraiškų patikrinimus tikrinamos operacijos, dėl kurios prašoma paramos, atitiktis galiojančioms nacionalinėms ir Sąjungos taisyklėms, be kita ko, esant reikalui, taisyklėms, taikomoms viešiesiems pirkimams.
Be to, pagal Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnio 1 dalies d punktą atlikdamos patikrinimus vietoje valstybės narės siekia įsitikinti, ar viešai finansuotos operacijos buvo įgyvendintos laikantis Sąjungos taisyklių ir politikos, pirma, viešųjų pirkimų taisyklių ir, antra, atitinkamų standartų, nustatytų nacionalinės teisės aktuose ar kaimo plėtros programoje.
Iš šių kartu aiškintinų nuostatų matyti, kad viešojo pirkimo sutarčių sudarymo taisyklių, kurios apima, be kita ko, viešųjų pirkimų konkursų taisykles, laikymąsi reikia patikrinti atliekant tiek administracinius patikrinimus, tiek patikrinimus vietoje.
Be to, kaip matyti iš suformuotos jurisprudencijos, Sąjungos teisės aktų leidėjas administracinį patikrinimą ir patikrinimą vietoje supranta kaip du patikrinimo būdus, kurie, nors ir skirtingi, vienas kitą papildo. Administracinis patikrinimas, vykdomas prieš atliekant patikrinimą vietoje, turi būti atliekamas taip, kad nacionalinės valdžios institucijos galėtų padaryti visas įmanomas išvadas (neabejotinas ar vis dar keliančias abejonių) dėl paramos skyrimo sąlygų laikymosi (žr., be kita ko, 2008 m. balandžio 24 d. Sprendimo
Belgija / Komisija
, C‑418/06 P, EU:C:2008:247, 72 punktą ir jame nurodytą jurisprudenciją).
Vadinasi, Bendrasis Teismas nepadarė teisės klaidos, kai, skundžiamo sprendimo 182 ir 183 punktuose priminęs Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnį, to sprendimo 185–188 punktuose nusprendė, kad tam tikri patikrinimai vietoje gali būti susiję su administraciniais aspektais, kaip antai viešojo pirkimo sutarčių sudarymo taisyklių laikymusi, ir taip papildyti administracinius patikrinimus, jų nepakartojant.
Šiuo klausimu neturi reikšmės tai, kad patikrinimai vietoje apima aspektus, susijusius su operacijos atitiktimi viešuosius pirkimus reglamentuojantiems teisės aktams bei patikrintus ir per administracinius patikrinimus, nes patikrinimai vietoje, atlikti po administracinių patikrinimų, leidžia įsitikinti pastarųjų rezultatų tikslumu.
Lietuvos Respublikos argumentą, kad Bendrasis Teismas skundžiamo sprendimo 192 punkte padarė teisės klaidą, nes aiškindamas Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnį neatsižvelgė į Įgyvendinimo reglamento Nr. 809/2014, iš dalies pakeisto Įgyvendinimo reglamentu Nr. 2017/1242, 51 straipsnio 1 dalį, taip pat reikia atmesti, nes šis reglamentas bet kuriuo atveju netaikomas ginčui. Iš tiesų, kaip matyti iš Įgyvendinimo reglamento 2017/1242 2 straipsnio, šis reglamentas „taikomas paramos paraiškoms arba mokėjimo prašymams, susijusiems su 2018 m. sausio 1 d. prasidedančiais paraiškų teikimo metais arba išmokų mokėjimo laikotarpiais“.
Tuo remiantis darytina išvada, kad trečiojo pagrindo pirma dalis yra nepagrįsta.
Kalbant apie šio pagrindo antrą dalį, reikia priminti, kad pagal šio sprendimo 104 ir 105 punktuose minėtą jurisprudenciją tik Bendrasis Teismas yra kompetentingas, pirma, konstatuoti faktines aplinkybes ar nagrinėti įrodymus, kuriais grindžiamos šios aplinkybės, ir, antra, jas įvertinti, nes nagrinėdamas apeliacinį skundą Teisingumo Teismas turi jurisdikciją tik patikrinti minėtų faktinių aplinkybių teisinę kvalifikaciją ir teisines išvadas, kurias Bendrasis Teismas padarė jomis remdamasis. Taigi šis vertinimas, išskyrus akivaizdaus faktinių aplinkybių ar įrodymų iškraipymo atvejį, nėra teisės klausimas, kurio kontrolę vykdo Teisingumo Teismas. Be to, toks iškraipymas turi būti akivaizdžiai matomas iš bylos medžiagos, o šalis, kuri juo remiasi, turi tiksliai nurodyti Bendrojo Teismo iškraipytus įrodymus ir įrodyti Bendrojo Teismo analizės klaidas, dėl kurių įrodymai buvo iškraipyti.
Nagrinėjamu atveju dėl Lietuvos Respublikos teiginio, kad skundžiamo sprendimo 181 punkte Bendrasis Teismas iškraipė suvestinę ataskaitą, kai konstatavo, jog iš šios ataskaitos matyti, kad per patikrinimus vietoje „nepatikrinta, ar sudarytos viešojo pirkimo sutartys atitiko taikytinas procedūras“, reikia pažymėti, kad jis grindžiamas akivaizdžiai klaidingu šio skundžiamo sprendimo punkto aiškinimu.
Iš tiesų šiuo motyvu, priešingai, nei teigia Lietuvos Respublika, Bendrasis Teismas tik pateikė paaiškinimų apie suvestinę ataskaitą, apie kurią nurodė to sprendimo 178 punkte.
Šiuo klausimu iš minėto sprendimo 178 punkto matyti, kad Bendrasis Teismas konstatavo, jog iš esmės iš suvestinės ataskaitos matyti, kad Lietuvos institucijų atlikti patikrinimai vietoje neatitinka Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnio 1 dalies d punkto ir 2 dalies, nes neapėmė visų 2007–2013 m. programavimo laikotarpio paramos gavėjo įsipareigojimų ir pareigų, kurie (be kita ko, viešųjų pirkimų suderinamumas su nustatytomis procedūromis) galėjo būti patikrinti per apsilankymą.
Kadangi Lietuvos Respublika nenurodė priežasčių, dėl kurių atlikęs šį vertinimą Bendrasis Teismas akivaizdžiai iškraipė suvestinę ataskaitą, trečiojo pagrindo antrą dalį reikia atmesti.
Atsižvelgiant į tai, kas išdėstyta, reikia atmesti visą trečiąjį apeliacinio skundo pagrindą.

Dėl ketvirtojo pagrindo

Šalių argumentai
Pateikdama ketvirtąjį pagrindą Lietuvos Respublika nurodo, kad skundžiamo sprendimo 195–212 punktuose Bendrasis Teismas pažeidė SESV 256 ir 263 straipsnius, nes nepatikrino, ar Komisijos informacija apie nepakankamą projektų išlaidų kontrolę buvo tiksli, patikima ir nuosekli.
Visų pirma Lietuvos Respublika teigia, kad, priešingai, nei Bendrasis Teismas nusprendė skundžiamo sprendimo 204 ir 207 punktuose, iš Audito Rūmų audito ataskaitos ar kito įrodymo, esančio bylos medžiagoje, nematyti, kad vykdant aptariamą projektą įsigytos prekės buvo naudojamos kitiems tikslams nei numatytiems tame projekte. Taigi šiuose skundžiamo sprendimo punktuose pateiktas Bendrojo Teismo vertinimas grindžiamas tik Komisijos padaryta prielaida.
Be to, Lietuvos Respublika teigia, kad, priešingai, nei Bendrasis Teismas pažymėjo skundžiamo sprendimo 205 punkte, ji ginčijo Komisijos vertinimą, pagal kurį įsigytos prekės buvo naudojamos ne tik projektui, ir pateikė įrodymų Bendrajam Teismui pateikto ieškinio 163 ir 164 punktuose, tačiau Bendrasis Teismas jų nepatikrino.
Galiausiai skundžiamo sprendimo 210 punkte, Lietuvos Respublikos nuomone, Bendrasis Teismas iškraipė jos argumentą, kai nusprendė, kad prekių naudojimas kitiems nei projekto tikslams nepadarė EŽŪFKP žalos. Iš tiesų ši valstybė narė tvirtina, kad ieškinio 165 punkte ji teigė, jog nėra jokių įrodymų, patvirtinančių, kad įsigytos prekės buvo naudojamos kitiems tikslams nei tie, kurių siekiama projektu, todėl nebuvo galima nustatyti jokio pažeidimo, galinčio sukelti žalą EŽŪFKP.
Komisija teigia, kad ketvirtajam pagrindui paremti pateikti argumentai yra nepriimtini ir bet kuriuo atveju nepagrįsti.

Teisingumo Teismo vertinimas
Pagal suformuotą jurisprudenciją, susijusią su fondų sąskaitų patvirtinimo procedūra, Komisijos įrodinėjimo pareiga yra palengvinta. Ši institucija turi ne išsamiai įrodyti, kad nacionalinių institucijų atlikti patikrinimai buvo nepakankami ar kad jų pateikti skaičiai neteisingi, o pateikti rimtų ir pagrįstų abejonių, kurių jai kyla dėl šių patikrinimų ar skaičių, įrodymą. Savo ruožtu valstybė narė gali paneigti Komisijos išvadas tik jei savo teiginius pagrindžia patikimos ir veiksmingos kontrolės sistemos buvimo įrodymais. Jei valstybei nepavyksta įrodyti, kad Komisijos išvados netikslios, tokiu atveju šios išvados tampa įrodymais, galinčiais sukelti didelių abejonių dėl tinkamų ir veiksmingų priežiūros ir kontrolės priemonių buvimo. Ji turi pateikti kuo detalesnę ir išsamesnę informaciją apie savo patikrinimų ir skaičių realumą (2019 m. rugsėjo 19 d. Sprendimo
Lenkija / Komisija
, C‑358/18 P, nepaskelbtas Rink., EU:C:2019:763, 42 punktas ir jame nurodyta jurisprudencija).
Be to, Bendrasis Teismas, atsižvelgdamas į jam pateiktus nagrinėti įrodymus, turi įvertinti Komisijos po tokių patikrinimų priimtų sprendimų dėl finansinių pataisų teisėtumą ir patikrinti, ar ji nepadarė klaidos dėl finansinių nustatytų pažeidimų pasekmių (žr., be kita ko, 2014 m. spalio 16 d. Sprendimo
Lenkija / Komisija
, C‑273/13 P, nepaskelbtas Rink., EU:C:2014:2295, 66 punktą).
Nagrinėjamu atveju skundžiamo sprendimo 197 punkte Bendrasis Teismas pažymėjo, kad remdamasi Audito Rūmų patikrinimo ataskaita, kurioje konstatuota, kad prekės, įsigytos įgyvendinant iš EŽŪFKP finansuojamą projektą, buvo naudojamos kitiems nei projekto tikslams, Komisija nusprendė, jog išlaidos, susijusios su šiuo projektu, neatitiko reikalavimų, todėl turėjo būti taikoma finansinė pataisa.
Kadangi Bendrajame Teisme pareikšto ieškinio 160–164 punktuose, kurie iš esmės išdėstyti skundžiamo sprendimo 198 punkte, Lietuvos Respublika tik tvirtino, kad, pirma, pagal EŽŪFKP finansuojamą projektą įsigytos prekės buvo naudojamos įgyvendinant šį projektą ir, antra, šių prekių naudojimas atitiko tinkamą teisinį pagrindą, pagal kurį minėtos prekės buvo naudojamos tik projektui įgyvendinti skirtiems veiksmams atlikti, to sprendimo 199 punkte Bendrasis Teismas teisingai nusprendė, kad šiais argumentais nebuvo galima paneigti Komisijos išvados.
Vadinasi, Bendrasis Teismas nepadarė teisės klaidos, kai, skundžiamo sprendimo 197 ir 204 punktuose pripažinęs, kad vykdant iš EŽŪFKP finansuojamą projektą įsigytos prekės buvo naudojamos ne tik projektui, skundžiamo sprendimo 205 punkte nusprendė, kad Lietuvos Respublika aiškiai neginčijo šios išvados, o tik bandė įrodyti, kad visos vykdant šį projektą įsigytos prekės buvo būtinos paties projekto tikslams pasiekti.
Galiausiai negalima pritarti argumentui, kad skundžiamo sprendimo 210 punkte Bendrasis Teismas iškraipė jos argumentus. Iš tiesų reikia konstatuoti, kad Bendrajam Teismui pateikto ieškinio 165 punkte Lietuvos Respublika tik pakartojo (kaip išvadą) savo argumentus, išdėstytus šio ieškinio 156–164 punktuose, kad operacijos, dėl kurios pateiktas paramos prašymas, atitiktis reikalavimams, kaip tai suprantama pagal Reglamento Nr. 65/2011 26 straipsnio 2 dalies a punktą, buvo užtikrinta atsižvelgiant į įvairius jos pateiktus įrodymus, todėl nebuvo padaryta jokios žalos EŽŪFKP.
Skundžiamo sprendimo 204–209 punktuose nusprendęs, kad išlaidos, susijusios su projektu, neatitiko Reglamento Nr. 65/2011 24 straipsnio 2 dalies a punkto reikalavimų, nes įsigytos prekės buvo naudojamos kitiems nei projektu siekiamiems tikslams, to sprendimo 210 punkte Bendrasis Teismas konkrečiai atmetė Lietuvos Respublikos teiginį, kad nebuvo padaryta finansinės žalos EŽŪFKP dėl šių prekių naudojimo kitiems nei šio projekto tikslams.
Vadinasi, prieštaravimas, grindžiamas Lietuvos Respublikos argumentų iškraipymu, susijusiu su skundžiamo sprendimo 210 punktu,  yra nepagrįstas.
Taigi reikia atmesti visą Lietuvos Respublikos apeliacinio skundo ketvirtąjį pagrindą.
Atsižvelgiant į tai, kas išdėstyta, reikia atmesti apeliacinį skundą.

Dėl bylinėjimosi išlaidų
Pagal Procedūros reglamento 138 straipsnio 1 dalį, taikomą apeliaciniame procese pagal jo 184 straipsnio 1 dalį, iš pralaimėjusios šalies priteisiamos bylinėjimosi išlaidos, jei laimėjusi šalis to reikalavo.
Kadangi Komisija reikalavo priteisti bylinėjimosi išlaidas ir Lietuvos Respublika pralaimėjo bylą, ji turi padengti ne tik savo, bet ir Komisijos patirtas bylinėjimosi išlaidas.
Pagal to paties Procedūros reglamento 184 straipsnio 4 dalį, jeigu apeliacinį skundą pateikia ne pirmojoje instancijoje įstojusi į bylą šalis, iš šios šalies gali būti priteistos bylinėjimosi apeliaciniame procese išlaidos tik tuo atveju, jeigu ji dalyvavo Teisingumo Teisme vykusio proceso rašytinėje arba žodinėje dalyje. Jeigu tokia šalis dalyvauja procese, Teisingumo Teismas gali nuspręsti, kad ji padengia savo bylinėjimosi išlaidas.
Kadangi Čekijos Respublika dalyvavo procese Teisingumo Teisme, šios bylos aplinkybėmis reikia nuspręsti, kad ji padengia savo bylinėjimosi išlaidas.
Remdamasis šiais motyvais, Teisingumo Teismas (devintoji kolegija) nusprendžia:
1.
Atmesti apeliacinį skundą.
2.
Lietuvos Respublika padengia savo ir Komisijos patirtas bylinėjimosi išlaidas.
3.
Čekijos Respublika padengia savo bylinėjimosi išlaidas.
Piçarra
Šváby
Rodin
Paskelbta 2021 m. birželio 17 d. viešame posėdyje Liuksemburge.
Kancleris

Devintosios kolegijos pirmininkas
A. Calot Escobar

N. Piçarra
*
Proceso kalba: lietuvių.