CELEX: 62015TJ0157
FEAGA et Feader
Dépenses exclues du financement
Dépenses effectuées par l’Estonie
Conditionnalité
Obligation de motivation
Proportionnalité
Principe de bonne administration
Sécurité juridique

Dans le cadre d’une vérification portant sur le respect des exigences nécessaires pour bénéficier du soutien des fonds agricoles dans les États membres, la Commission européenne a effectué un audit en Estonie du 23 au 27 mai 2011 portant sur les années 2009 à 2011.
Le 24 août 2011, la Commission a informé la République d’Estonie que des insuffisances avaient été relevées lors de l’audit et a demandé à celle-ci de prendre position à leur sujet. Les parties ont en conséquence échangé des informations et ont participé à une réunion bilatérale le 25 avril 2013 (ci-après la « réunion bilatérale »).
Le 10 novembre 2014, la Commission a établi un rapport de synthèse (ci-après le « rapport de synthèse ») sur l’application, par la République d’Estonie, durant les années 2009 à 2011, du régime de la conditionnalité, consistant en un ensemble de règles à respecter par tout agriculteur qui bénéficie d’une ou de plusieurs aides. Dans ce rapport, la Commission est parvenue à la conclusion que l’application de ce régime n’avait pas été conforme en huit points aux règles applicables.
Par conséquent, la Commission a adopté la décision d’exécution (UE) 2015/103, du 16 janvier 2015, écartant du financement de l’Union européenne certaines dépenses effectuées par les États membres au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (JO 2015, L 16, p. 33, ci-après la « décision attaquée »). Cette décision écarte du financement de l’Union européenne certaines dépenses effectuées par la République d’Estonie pour un montant total de 717 934,24 euros. La République d’Estonie a néanmoins accepté quatre des griefs soulevés dans le rapport de synthèse, à savoir les troisième, quatrième, cinquième et huitième griefs, aboutissant à rejeter des dépenses pour un montant de 26 187,71 euros. Elle conteste en revanche les quatre autres griefs, à savoir les premier, deuxième, sixième et septième, conduisant à écarter du financement de l’Union un montant total de 691 746,53 euros. Selon le rapport de synthèse, ces griefs sont les suivants :
–        le premier grief de la Commission porte sur le fait que la République d’Estonie n’aurait ni défini, ni appliqué, ni contrôlé, dans le cadre du régime de la conditionnalité, la norme de bonnes conditions agricoles et environnementales (ci-après les « BCAE ») imposant de « [m]aintenir les particularités topographiques », figurant à l’annexe III du règlement (CE) nº 73/2009 du Conseil, du 19 janvier 2009, établissant des règles communes pour les régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs dans le cadre de la politique agricole commune et établissant certains régimes de soutien en faveur des agriculteurs, modifiant les règlements (CE) n° 1290/2005, (CE) n° 247/2006 et (CE) n° 378/2007, et abrogeant le règlement (CE) n° 1782/2003 (JO 2009, L 30, p. 16) ;
–        le deuxième grief de la Commission a trait aux exigences règlementaires en matière de gestion (ci-après les « ERMG ») énumérées par l’annexe II du règlement n° 73/2009. Plus précisément, ce deuxième grief concerne la méconnaissance, d’une part, au titre de l’ERMG 1, de dispositions de la directive 79/409/CEE du Conseil, du 2 avril 1979, concernant la conservation des oiseaux sauvages (JO 1979, L 103, p. 1), et, d’autre part, au titre de l’ERMG 5, de dispositions de la directive 92/43/CEE du Conseil, du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages (JO 1992, L 206, p. 7). Selon la Commission, la définition de ces ERMG n’aurait été applicable qu’à certaines zones protégées. De plus, la République d’Estonie n’aurait pas défini les exigences visées, au titre de l’ERMG 1, par l’article 5 de la directive 79/409 et, au titre de l’ERMG 5, par l’article 13, paragraphe 1, sous a), de la directive 92/43. Dans le même grief, la Commission a enfin reproché aux autorités estoniennes de ne pas avoir contrôlé le respect des ERMG 1 et 5 par tous les bénéficiaires d’une aide ;
–        le sixième grief de la Commission porte sur le fait que la République d’Estonie n’aurait pas apporté la preuve qu’elle avait effectivement contrôlé, durant les années 2009 et 2010, si les agriculteurs respectaient, au titre de l’ERMG 4 figurant à l’annexe II du règlement n° 73/2009, l’interdiction d’épandre une quantité d’effluents d’élevage correspondant à plus de 170 kg d’azote par hectare, comme prévu à l’annexe III, paragraphe 2, de la directive 91/676/CEE du Conseil, du 12 décembre 1991, concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles (JO 1991, L 375, p. 1). La preuve de ces contrôles n’aurait pu être apportée parce que, selon la République d’Estonie, les calculs effectués par ses inspecteurs n’étaient conservés que dans l’hypothèse où l’interdiction en question avait été violée et parce qu’aucune infraction n’avait été constatée au cours des années en cause. Or, selon la Commission, en vertu de l’article 54, paragraphe 1, sous b), ii), du règlement (CE) n° 1122/2009 de la Commission, du 30 novembre 2009, fixant les modalités d’application du règlement n° 73/2009 du Conseil en ce qui concerne la conditionnalité, la modulation et le système intégré de gestion et de contrôle dans le cadre des régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs prévus par ce règlement ainsi que les modalités d’application du règlement (CE) n° 1234/2007 du Conseil en ce qui concerne la conditionnalité dans le cadre du régime d’aide prévu pour le secteur vitivinicole (JO 2009, L 316, p. 65), un rapport de contrôle aurait dû être établi par l’autorité compétente et ce rapport aurait dû comporter une partie décrivant les contrôles effectués au regard de chaque acte et norme et précisant en particulier la nature et l’étendue des vérifications opérées ;
–        le septième grief de la Commission a également trait à l’ERMG 4, visée par l’annexe II du règlement n° 73/2009. Il est plus précisément relatif à l’annexe II, A 5, de la directive 91/676. La Commission reproche à la République d’Estonie de ne pas lui avoir transmis la preuve que ses inspecteurs effectuaient un travail préalable aux contrôles sur place des contenants destinés au stockage du fumier, comme celle-ci le soutenait pourtant. De plus, s’agissant de ces contrôles sur place, seuls des contrôles visuels auraient été effectués.

Procédure et conclusions des parties
Par requête déposée au greffe du Tribunal le 30 mars 2015, la République d’Estonie a introduit le présent recours.
Par courrier du 13 juillet 2016, le Tribunal a signifié aux parties des mesures d’organisation de la procédure auxquelles celles-ci ont répondu par courriers des 3 août et 2 septembre 2016.
La République d’Estonie conclut à ce qu’il plaise au Tribunal :
–        annuler la décision attaquée en ce qu’elle concerne les dépenses qu’elle a effectuées pour un montant de 691 746,53 euros ;
–        condamner la Commission aux dépens.
La Commission conclut à ce qu’il plaise au Tribunal :
–        rejeter le recours ;
–        condamner la République d’Estonie aux dépens.

En droit

Remarques liminaires
La République d’Estonie avance cinq moyens au soutien du recours. Le premier moyen est tiré, d’une part, d’erreurs de la Commission quant à la constatation et à l’appréciation des éléments de fait à l’origine de la décision attaquée et, d’autre part, d’une mauvaise application du droit de l’Union. Le deuxième moyen est tiré d’une violation du principe de proportionnalité et de l’article 52, paragraphe 2, du règlement (UE) n° 1306/2013 du Parlement européen et du Conseil, du 17 décembre 2013, relatif au financement, à la gestion et au suivi de la politique agricole commune et abrogeant les règlements (CEE) n° 352/78, (CE) n° 165/94, (CE) n° 2799/98, (CE) n° 814/2000, (CE) n° 1200/2005 et n° 485/2008 du Conseil (JO 2013, L 347, p. 549). Le troisième moyen est déduit d’une violation du principe de bonne administration. Le quatrième moyen est pris d’une méconnaissance de l’obligation de motivation. Le cinquième moyen est basé sur une violation du principe de sécurité juridique.
Il y a cependant lieu d’examiner le quatrième moyen, relatif à la motivation de la correction forfaitaire imposée à la République d’Estonie, avant le deuxième moyen, consacré au prétendu caractère inapproprié de cette correction.
Par ailleurs, il convient d’observer que le rapport de synthèse, la décision attaquée et les parties dans leurs écrits de procédure visent la directive 79/409. Or, cette dernière a été abrogée par la directive 2009/147/CE du Parlement européen et du Conseil, du 30 novembre 2009, concernant la conservation des oiseaux sauvages (JO 2010, L 20, p. 7), laquelle est entrée en vigueur le 15 février 2010, soit au cours de la période allant de 2009 à 2011, période sur laquelle porte le contrôle des dépenses effectuées par la République d’Estonie. Toutefois, la directive 2009/147 est une directive de codification et les références faites à la directive 79/409 s’entendent comme faites à la directive 2009/147 et sont à lire selon le tableau de correspondance figurant à l’annexe VII de cette directive.
Les parties se réfèrent également, dans leurs écrits de procédure, à l’article 52 du règlement n° 1306/2013. Il ressort cependant de l’article 119, paragraphe 1, et de l’article 121 dudit règlement que celui-ci n’a été rendu applicable qu’au 1
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janvier 2014, pour la plupart de ses dispositions, et qu’au 1
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janvier 2015, pour son article 52. Le règlement (CE) n° 1290/2005 du Conseil, du 21 juin 2005, relatif au financement de la politique agricole commune (JO 2005, L 209, p. 1), était ainsi en vigueur au cours de la période en cause allant de 2009 à 2011. Toutefois, l’article 52 du règlement n° 1306/2013 concerne la manière de procéder aux apurements de conformité et était donc effectivement applicable à la décision attaquée, qui, d’ailleurs, a été adoptée sur son fondement.
Les parties se réfèrent enfin, dans leurs écrits de procédure, à l’article 54, paragraphe 1, sous b), ii), du règlement n° 1122/2009. Cependant, en vertu de l’article 86, paragraphe 1, deuxième alinéa, dudit règlement, le règlement (CE) n° 796/2004 de la Commission, du 21 avril 2004, portant modalités d’application de la conditionnalité, de la modulation et du système intégré de gestion et de contrôle prévus par le règlement (CE) n° 1782/2003 du Conseil établissant des règles communes pour les régimes de soutien direct dans le cadre de la politique agricole commune et établissant certains régimes de soutien en faveur des agriculteurs (JO 2004, L 141, p. 18), est demeuré applicable aux demandes d’aides relatives aux campagnes de commercialisation ou aux périodes de référence des primes commençant avant le 1
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janvier 2010. Toutefois, les références faites au règlement n° 796/2004 s’entendent comme faites au règlement n° 1122/2009 et sont à lire selon le tableau de correspondance figurant à l’annexe II de ce règlement. Ainsi, l’article 54, paragraphe 1, sous b), ii), du règlement n° 1122/2009 correspond, en substance, à l’article 48, paragraphe 1, sous b), ii), du règlement n° 796/2004.

Sur le premier moyen, tiré, d’une part, d’erreurs de la Commission dans la constatation et dans l’appréciation des éléments de fait à l’origine de la décision attaquée et, d’autre part, d’une mauvaise application du droit de l’Union
Par le premier moyen, la République d’Estonie conteste successivement les quatre griefs fondant la décision attaquée sur lesquels elle n’a pas marqué son accord. Il est ainsi permis de diviser ce moyen en quatre branches.
Par ailleurs, il ressort des développements du moyen que, en faisant référence à une « mauvaise application du droit de l’Union », la République d’Estonie vise en réalité l’article 52, paragraphe 1, du règlement n° 1306/2013, en vertu duquel, lorsqu’elle considère que des dépenses n’ont pas été effectuées conformément au droit de l’Union, la Commission adopte des actes d’exécution déterminant les montants à exclure du financement de l’Union. À cet égard, bien que la décision attaquée concerne l’apurement des comptes des années 2009 à 2011, il résulte de son préambule qu’elle a effectivement été adoptée sur la base de cette disposition, qui était d’application, selon l’article 121, paragraphe 2, sous c), du même règlement, à compter du 1
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janvier 2015 (voir, en ce sens, arrêt du 20 octobre 2016, République tchèque/Commission, T‑141/15, non publié, sous pourvoi, EU:T:2016:621, points 30 et 103).

Sur la première branche, relative au premier grief, portant sur l’absence de mise en œuvre, en 2009, de la BCAE concernant l’obligation de « [m]aintenir les particularités topographiques »
Le premier grief, contesté par la République d’Estonie, porte sur le fait qu’elle n’aurait pas mis en œuvre, en 2009, une BCAE imposant de « [m]aintenir les particularités topographiques », figurant à l’annexe III du règlement nº 73/2009.
Dans la requête, la République d’Estonie fait valoir qu’il ressort de la version en estonien de l’article 149, troisième alinéa, sous b), du règlement nº 73/2009 que la BCAE concernant l’obligation de maintenir les particularités topographiques, visée à l’annexe III dudit règlement, n’était applicable qu’à partir du 1
er
janvier 2010.
En réponse aux mesures d’organisation de la procédure mentionnées au point 6 ci-dessus, la République d’Estonie expose que le règlement (CE) n° 1782/2003 du Conseil, du 29 septembre 2003, établissant des règles communes pour les régimes de soutien direct dans le cadre de la politique agricole commune et établissant certains régimes de soutien en faveur des agriculteurs et modifiant les règlements (CEE) n° 2019/93, (CE) n° 1452/2001, (CE) n° 1453/2001, (CE) n° 1454/2001, (CE) n° 1868/94, (CE) n° 1251/1999, (CE) n° 1254/1999, (CE) n° 1673/2000, (CEE) n° 2358/71 et (CE) n° 2529/2001 (JO 2003, L 270, p. 1), comportait déjà, en son annexe IV, une obligation de maintenir les particularités topographiques, mais que ce règlement a été abrogé par l’article 146, paragraphe 1, du règlement n° 73/2009 avec effet au 1
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janvier 2009, cela conformément à l’article 149, deuxième alinéa, de ce dernier. En outre, il résulterait de l’article 149, troisième alinéa, sous b), du règlement n° 73/2009 que les normes relatives à la spécification des particularités topographiques prévues à l’annexe III de celui-ci ne seraient devenues applicables qu’à partir du 1
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janvier 2010. Par conséquent, la BCAE litigieuse n’aurait pas été applicable durant l’année 2009.
La Commission conteste le bien-fondé des arguments avancés au soutien de la première branche du moyen.
Il importe d’observer que l’annexe IV du règlement n° 1782/2003, dans sa version d’origine, se limitait à prescrire, au titre des BCAE, l’obligation de « [m]aintenir les particularités topographiques », sans autre précision. Cette disposition a été complétée par le règlement (CE) n° 864/2004 du Conseil, du 29 avril 2004, modifiant le règlement n° 1782/2003 et adaptant ce règlement en raison de l’adhésion de la République tchèque, de l’Estonie, de Chypre, de la Lettonie, de la Lituanie, de la Hongrie, de Malte, de la Pologne, de la Slovénie et de la Slovaquie à l’Union européenne (JO 2004, L 161, p. 48, rectificatif JO 2004, L 206, p. 20). Cette modification a eu pour objet d’ajouter à l’obligation initiale une précision consistant en les termes « y compris, le cas échéant, interdire l’arrachage d’oliviers ».
L’article 146, paragraphe 1, premier alinéa, du règlement n° 73/2009 a abrogé le règlement n° 1782/2003, en ce compris la BCAE mentionnée au point 20 ci-dessus. Conformément à l’article 149, deuxième alinéa, du règlement n° 73/2009, cette abrogation est intervenue à compter du 1
er
janvier 2009.
L’article 6, paragraphe 1, premier alinéa, du règlement n° 73/2009, tel qu’en vigueur au moment des faits, prévoyait cependant que les États membres devaient « défini[r], au niveau national ou régional, des exigences minimales pour les [BCAE] sur la base du cadre fixé à l’annexe III »
Selon l’annexe III du règlement n° 73/2009, une BCAE consistait en l’obligation de « [m]aintenir les particularités topographiques, y compris, le cas échéant, les haies, étangs, fossés, alignements d’arbres, en groupe ou isolés, et bordures de champs ».
Toutefois, alors que le règlement n° 73/2009 devait s’appliquer à partir du 1
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janvier 2009 en vertu de son article 149, deuxième alinéa, le même article, en son troisième alinéa, sous b), disposait, dans ses différentes versions linguistiques, que « la spécification des particularités topographiques, comme indiqué à l’annexe III, s’appliqu[ai]t à partir du 1
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janvier 2010 ».
Aux fins de l’interprétation de cette dernière disposition, il convient de relever qu’il découle du règlement n° 1782/2003 dans sa version initiale que l’obligation de « maintenir les particularités topographiques » peut exister comme telle, mais aussi que le législateur l’assortit au besoin de spécifications telles que l’interdiction d’arracher des oliviers, sous le régime du règlement n° 1782/2003 modifié par le règlement n° 864/2004, et telles que l’obligation de préserver les haies, étangs, fossés, alignements d’arbres, en groupe ou isolés, et bordures de champs, sous le régime du règlement n° 73/2009. Une distinction doit ainsi être opérée entre l’obligation générique de « maintenir les particularités topographiques » et les spécifications qui l’assortissent.
De plus, il ressort des considérants 5 et 53 du règlement n° 73/2009 qu’un des objectifs de ce règlement était de renforcer les dispositions visant à protéger des particularités spécifiques du paysage, tout en reportant l’application de certaines dispositions au 1
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janvier 2010 parce qu’elles étaient susceptibles de créer de nouvelles obligations pour les agriculteurs.
Partant, il y a lieu de considérer que l’obligation générique de « maintenir les particularités topographiques » sous le régime du règlement n° 73/2009 est entrée en vigueur dès le 1
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janvier 2009, conformément à l’article 149, deuxième alinéa, dudit règlement. En revanche, seule, au vu de l’article 149, troisième alinéa, sous b), du même règlement, la « spécification des particularités topographiques, comme indiqué à l’annexe III, [a été applicable] à partir du 1
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janvier 2010 », à savoir la mention, nouvelle, des « haies, étangs, fossés, alignements d’arbres, en groupe ou isolés, et bordures de champs », qui ne figurait pas dans le règlement n° 1782/2003.
Dans ce contexte, il convient également d’observer que l’absence temporaire, invoquée par la République d’Estonie, de toute obligation de maintenir des particularités topographiques durant l’année 2009 avant l’imposition l’année suivante de contraintes plus sévères que précédemment aurait constitué une transition chaotique, alors que, au contraire, le maintien des particularités topographiques appelle une protection constante et qu’une disposition transitoire, tel l’article 149, troisième alinéa, sous b), du règlement n° 73/2009, a précisément pour objet d’assurer un passage ordonné d’un régime à un autre (voir, en ce sens, arrêts du 19 octobre 2006, Buendía Sierra/Commission, T‑311/04, EU:T:2006:329, point 213, et du 22 mai 2008, Ott e.a./Commission, T‑250/06 P, EU:T:2008:164, point 113).
Enfin, l’interprétation de l’article 149, troisième alinéa, sous b), du règlement n° 73/2009 figurant au point 27 ci-dessus est en accord avec l’interprétation stricte qu’il convient, selon une jurisprudence constante, de donner aux dispositions dérogatoires et transitoires (voir, en ce sens, arrêts du 28 octobre 2010, Commission/Pologne, C‑49/09, EU:C:2010:644, point 41 ; du 28 février 2012, Commission/France, C‑119/11, non publié, EU:C:2012:104, point 29, et ordonnance du 13 décembre 2012, Mische/Commission, T‑641/11 P, EU:T:2012:695, point 45).
Au demeurant, le Tribunal a déjà jugé, au point 64 de l’arrêt du 14 juillet 2016, Lettonie/Commission (T‑661/14, EU:T:2016:412), que la Commission était notamment en droit d’exiger la mise en œuvre de la norme imposant de maintenir les particularités topographiques en 2009.
Il s’ensuit que, contrairement à ce que soutient la République d’Estonie, la BCAE imposant de maintenir les particularités topographiques était applicable en 2009.
Durant l’audience, la République d’Estonie a néanmoins soutenu que les articles 6 et 149 ainsi que l’annexe III du règlement n° 73/2009 étaient obscurs et qu’un doute régnait quant à la date d’entrée en vigueur de l’obligation de maintenir les particularités topographiques, de telle sorte que, en présence d’une telle incertitude, elle avait interprété ledit règlement comme ayant créé un vide juridique en 2009.
Toutefois, à supposer même que l’article 149 du règlement n° 73/2009 ait pu être perçu comme étant équivoque, un État membre ne saurait invoquer des difficultés liées à l’interprétation d’un texte de l’Union pour en différer unilatéralement la mise en œuvre (voir, en ce sens, arrêts du 20 mars 2003, Commission/Allemagne, C‑135/01, EU:C:2003:171, point 25, et du 27 octobre 2011, Commission/Pologne, C‑311/10, non publié, EU:C:2011:702, point 16). Il incombe, au contraire, à l’État concerné de soumettre ces difficultés à l’appréciation de la Commission en vertu de la règle imposant aux États membres et aux institutions des devoirs réciproques de coopération loyale, qui inspire, notamment, l’article 4, paragraphe 3, TUE (voir, en ce sens, arrêts du 3 juillet 2001, Commission/Belgique, C‑378/98, EU:C:2001:370, point 31, et du 22 décembre 2010, Commission/Italie, C‑304/09, EU:C:2010:812, point 37).
À cet égard, la République d’Estonie expose que, le 15 septembre 2009, elle a présenté un visuel « PowerPoint » devant un groupe de travail de la Commission montrant que la BCAE relative au maintien des particularités topographiques serait applicable à partir de l’année 2010, sans que cette présentation provoque une réaction de la part de l’institution. Cependant, la République d’Estonie n’explique pas en quoi cette prétendue absence de réaction a pu vicier la décision attaquée. De surcroît, la diapositive du visuel « PowerPoint » sur laquelle la République d’Estonie se fonde n’était pas présentée d’une manière qui aurait permis à la Commission de déceler une difficulté. En effet, cette diapositive se limitait à indiquer, conformément au texte de l’annexe III du règlement n° 73/2009 et à la précision figurant à l’article 149, troisième alinéa, sous b), de ce règlement, que le « maintien des particularités topographiques, y compris, le cas échéant, les haies, étangs, fossés, alignements d’arbres, en groupe ou isolés, et bordures de champs [...] sera[it] applicable en Estonie à partir du 1
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janvier 2010 », ce qui, ainsi libellé, n’était pas incorrect.
En tout état de cause, la République d’Estonie soutient que, en 2009, la looduskaitseseadus (loi relative à la protection de la nature), du 21 avril 2004 (RT I 2004, 38, 258), et la muinsuskaitseseadus (loi relative à la protection du patrimoine), du 27 février 2002 (RT I 2002, 27, 153), ont servi de base à l’application de la BCAE relative à l’obligation de maintenir les particularités topographiques.
Il y a cependant lieu de rappeler que la simple énumération de dispositions internes, dépourvues d’explications quant au caractère erroné des constatations de la Commission, est insuffisante pour remettre celles-ci en question. En particulier, un État membre ne saurait infirmer les constatations de la Commission sans étayer ses propres allégations par des éléments établissant l’existence d’un système fiable et opérationnel de contrôle (voir, en ce sens, arrêt du 13 décembre 2012, Grèce/Commission, T‑588/10, non publié, EU:T:2012:688, points 74 et 341).
En l’espèce, la République d’Estonie n’explique ni n’étaye en quoi les deux lois mentionnées au point 35 ci-dessus s’inscrivaient dans le régime de la conditionnalité, alors que l’absence de lien avec ce régime constitue précisément le grief de la Commission. Il ressort au contraire des écrits de la République d’Estonie que ce n’est qu’après 2009 que les exigences définies dans la loi relative à la protection de la nature et dans la loi relative à la protection du patrimoine « ont été traitées comme une norme relative aux BCAE » et ont été définies dans le cadre de la conditionnalité.
Il convient de rappeler à ce propos qu’il ressort du considérant 3 et de l’article 4 du règlement n° 73/2009 que le système de conditionnalité fait partie intégrante du soutien de l’Union octroyé dans le cadre des paiements directs aux agriculteurs. Plus précisément, la conditionnalité de rigueur dans la matière des fonds agricoles est un ensemble d’exigences, prenant la forme de BCAE et d’ERMG, que l’agriculteur doit respecter et dont la méconnaissance entraîne, conformément aux articles 23 et suivants du règlement n° 73/2009, une réduction du montant total des aides susceptibles de lui être allouées, voire une exclusion du bénéfice de celles-ci. Partant, dans la mesure où est en cause un financement agricole et non une pure question de protection des paysages, il convenait que la BCAE en question ait été définie dans le cadre du régime de la conditionnalité et que les contrôles aient été effectués en application de celui-ci, de telle manière que, en cas de constatation d’une violation de la BCAE par un agriculteur, le paiement des sommes dues à celui-ci soit diminué ou exclu.
Enfin, la République d’Estonie soutient que les services d’inspection, opérant sur la base de la loi relative à la protection de la nature et de la loi relative à la protection du patrimoine, n’ont décelé aucune infraction dans les zones agricoles au cours de l’année 2009. Elle en déduit que, en toute hypothèse, elle n’a pas pu mettre en péril les fonds de l’Union et que la Commission a ainsi fait une application erronée de l’article 52, paragraphe 1, du règlement n° 1306/2013.
À cet égard, il y a lieu de rappeler qu’il découle de l’article 52, paragraphe 1, du règlement n° 1306/2013 que les fonds agricoles ne financent que les interventions effectuées conformément aux dispositions du droit de l’Union. En outre, selon l’article 9, paragraphe 1, sous a), i), du règlement n° 1290/2005, alors en vigueur, les États membres devaient prendre, dans le cadre de la politique agricole commune, toutes les dispositions législatives, réglementaires et administratives ainsi que toute autre mesure nécessaire pour assurer une protection efficace des intérêts financiers de l’Union et, en particulier, pour s’assurer de la réalité et de la régularité des opérations financées par les fonds en question.
Les États membres ne peuvent, par conséquent, substituer aux contrôles devant s’inscrire dans le régime de la conditionnalité d’autres types de contrôles extérieurs à celui-ci, non susceptibles, comme tels, de conduire, en cas d’irrégularité, à la réduction ou à l’exclusion des paiements directs auxquels les agriculteurs concernés pourraient normalement prétendre.
En outre, même des irrégularités qui, par hypothèse, n’auraient pas d’impact financier précis peuvent sérieusement affecter les intérêts financiers de l’Union ainsi que le respect du droit de l’Union et justifier, dès lors, l’application de corrections financières par la Commission (arrêts du 15 septembre 2005, Irlande/Commission, C‑199/03, EU:C:2005:548, point 31, et du 4 octobre 2012, ED et F Man Alcohols, C‑669/11, non publié, EU:C:2012:618, point 34).
En l’espèce, la République d’Estonie s’est limitée, dans ses écrits de procédure, à invoquer les « contrôles de routine » effectués sur la base de la loi relative à la protection de la nature et de la loi relative à la protection du patrimoine, sans démontrer que ces contrôles pouvaient au besoin conduire à une réduction ou à une exclusion des paiements aux agriculteurs. Surtout, elle n’a pas démontré que ces contrôles étaient suffisamment fiables et opérationnels pour déceler effectivement des manquements à la BCAE en cause. Force est d’observer, à cet égard, que, dans une lettre du 24 août 2011, la Commission a constaté que, lors de l’audit réalisé du 23 au 27 mai 2011, les services d’inspection de la République d’Estonie ne savaient pas encore à quoi correspondaient exactement les particularités topographiques du terrain d’un producteur agricole et que, malgré cela, ils indiquaient dans leurs rapports « oui – contrôlé ».
Dans ces conditions, la Commission n’a pas entaché d’illégalité la décision attaquée en ce qui concerne les conséquences financières à tirer des irrégularités constatées dans le premier grief.
Au vu de ce qui précède, la première branche du premier moyen n’est pas fondée.

Sur la deuxième branche, relative au deuxième grief, portant sur la définition et le contrôle insuffisants de l’ERMG 1 et de l’ERMG 5 durant la période allant de 2009 à 2011
Le deuxième grief, contesté par la République d’Estonie, concerne l’ERMG 1, résultant de la directive 79/409, et l’ERMG 5, résultant de la directive 92/43. Selon la Commission, la République d’Estonie n’aurait pas défini les exigences visées, au titre de l’ERMG 1, par l'article 5 de la directive 79/409 et, au titre de l’ERMG 5, par l'article 13, paragraphe 1, sous a), de la directive 92/43. Dans le même grief, la Commission a également reproché aux autorités estoniennes d’avoir limité l’application et le contrôle de ces ERMG à certains types de zones. En outre, elles n’auraient pas contrôlé le respect de ces exigences par tous les bénéficiaires d'une aide.
La République d’Estonie fait valoir que les ERMG 1 et 5 étaient définies et contrôlées dans des zones protégées qui couvraient des parties importantes de son territoire et que les objectifs de ces ERMG étaient atteints dès lors que les exigences du régime de la conditionnalité s’appliquaient à ces zones.
La République d’Estonie fait également observer que l’article 55, paragraphes 6 et 7, de la loi relative à la protection de la nature reprenait les exigences susmentionnées et que, même en dehors du régime de la conditionnalité, cette loi était applicable à tout le territoire national, en ce compris dans les parties non incluses dans les zones protégées.
De surcroît, en ce qui concerne les oiseaux qui nichent dans les terres agricoles, la République d’Estonie aurait interdit, au titre des BCAE, et donc dans le cadre du régime de la conditionnalité, de faucher les prairies avant le 1
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juillet de chaque année, de telle sorte que leur protection aurait ainsi été également assurée. Enfin, elle aurait imposé, en dehors des zones protégées, une trêve dans la coupe des forêts appartenant à l’État au cours de la période printanière de reproduction et de dépendance des oiseaux.
En tout état de cause, les parties du territoire non couvertes au titre de la conditionnalité n’auraient pas été significatives. En effet, s’agissant de l’ERMG 1, tous les habitats importants des espèces d’oiseaux menacées feraient l’objet d’une protection et les zones protégées représenteraient 18 % du territoire continental de l’Estonie, ce qui serait suffisant. Quant à l’ERMG 5, les reproches de la Commission concernant la protection des espèces végétales visées à l’annexe IV de la directive 92/43 n’auraient porté que sur le contrôle de 20 lieux situés en dehors des zones de protection, lesquels ne représenteraient que 0,8 % du champ d’application de cette ERMG.
En définitive, la République d’Estonie aurait appliqué et contrôlé les ERMG 1 et 5 tant dans les zones protégées qu’à l’extérieur de celles-ci, et donc à l’égard de tous les bénéficiaires d’une aide. Au cours de la période litigieuse, elle aurait constaté des infractions à ces exigences, mais aucune d’entre elles n’aurait été le fait de ces bénéficiaires.
Au vu de ce qui précède, la Commission aurait commis une erreur de droit en faisant application de l’article 52, paragraphe 1, du règlement n° 1306/2013.
La Commission s’oppose aux arguments de la République d’Estonie.
En vertu de l’annexe II du règlement n° 73/2009, l’ERMG 1 correspondait aux exigences formulées par l’article 3, paragraphe 1 et paragraphe 2, sous b), par l’article 4, paragraphes 1, 2 et 4, et par l’article 5, sous a), b) et d), de la directive 79/409. Quant à l’ERMG 5, elle correspondait aux exigences formulées par l’article 6 et par l’article 13, paragraphe 1, sous a), de la directive 92/43.
Il ressort des explications fournies par la République d’Estonie que le champ d’application des ERMG 1 et 5 était, au titre de la conditionnalité, circonscrit à des zones protégées. Or, il ressort notamment de l’article 3, paragraphe 2, sous b), de la directive 79/409 que les habitats des oiseaux concernés se trouvant à l’intérieur et à l’extérieur des zones de protection devaient être entretenus et aménagés conformément à des impératifs écologiques. De même, l’article 5 de ladite directive imposait aux États membres d’instaurer un régime général de protection comprenant, notamment, l’interdiction de tuer, de capturer ou de perturber les oiseaux visés à l’article 1
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de celle-ci et de détruire leurs nids.
Par ailleurs, en réponse aux mesures d’organisation de la procédure visées au point 6 ci-dessus, la République d’Estonie a concédé que l’exigence résultant, au titre de l’ERMG 1, de l’article 5, sous a), b) et d), de la directive 79/409 n’avait pas été définie dans le cadre du régime de la conditionnalité. Elle a, de même, admis que l’exigence découlant, en vertu de l’ERMG 5, de l’article 13, paragraphe 1, sous a), de la directive 92/43 n’avait pas davantage été définie dans le cadre de ce régime.
La République d’Estonie fait néanmoins valoir que les dispositions correspondant à l’article 5, sous a), b) et d), de la directive 79/409 et à l’article 13, paragraphe 1, sous a), de la directive 92/43 avaient été transposées en droit interne par l’article 55, paragraphes 6 et 7, de la loi relative à la protection de la nature et que cette loi était applicable à tout le territoire national.
Toutefois, la République d’Estonie n’explique pas en quoi la loi relative à la protection de la nature, en général, et son article 55, paragraphes 6 et 7, en particulier, répondaient aux objectifs de la conditionnalité dans les cas où celle-ci n’était pas appliquée comme telle, alors que la Commission lui reproche, en substance, de ne pas avoir défini, appliqué et contrôlé à l’égard de tous les bénéficiaires d’aide toutes les exigences figurant dans les directives 79/409 et 92/43, en tant qu’ERMG et donc, précisément, dans le cadre de la conditionnalité.
Au demeurant, dans ses réponses à une mesure d’organisation de la procédure , la République d’Estonie a renvoyé à l’article 55, paragraphe 6 bis, de la loi relative à la protection de la nature, censé satisfaire à l’ERMG 1, alors qu’il ne ressort pas de cette disposition qu’elle interdirait de tuer les oiseaux sauvages, conformément à l’article 5, sous a), de la directive 79/409 . De même, s’agissant de l’ERMG 5, la Commission a exposé durant l’audience que la directive 92/43 comportait une liste de végétaux à protéger plus longue que celle établie par la République d’Estonie , sans que celle-ci ne l’ait contredit. De plus, la Commission a produit une publication des autorités estoniennes à l’attention des agriculteurs datant de l’année 2009 révélant que, contrairement aux affirmations non étayées de la République d’Estonie, une partie des exigences au titre des ERMG 1 et 5 n’était considérée comme obligatoire que dans certaines zones protégées et non dans l’ensemble de celles-ci.
Par ailleurs, l’allégation de la République d’Estonie selon laquelle les oiseaux qui nichent, non pas dans les zones protégées, mais dans les terres agricoles, sont protégés au titre des BCAE qui interdisent de faucher les prairies avant le 1
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juillet de chaque année ne suffit pas à établir que les exigences, plus précises, au titre de l’ERMG 1, auraient été totalement respectées. De surcroît, comme l’observe la Commission et comme la République d’Estonie l’admet elle-même, les prairies ne représentent qu’environ un tiers de la surface des terres agricoles.
De même, la mesure « supplémentaire » selon laquelle, en dehors des zones protégées, la République d’Estonie aurait imposé une « trêve » dans la coupe des forêts appartenant à l’État au cours de la période printanière de reproduction et de dépendance des oiseaux n’apparaît pas davantage établir que les exigences, clairement identifiées par la directive 79/409, au titre de l’ERMG 1, auraient été pleinement respectées dans le cadre du régime de la conditionnalité.
S’agissant du contrôle du respect des ERMG 1 et 5, il y a lieu de rappeler que c’est à l’État membre qu’il incombe d’établir que l’insuffisance des contrôles relevée par la Commission ne correspond pas à la réalité (voir, en ce sens, arrêt du 4 février 2016, Italie/Commission, T‑686/14, non publié, EU:T:2016:58, point 65 et jurisprudence citée).
En l’espèce, l’affirmation, par la République d’Estonie, que des contrôles ont été effectués tant dans les zones protégées qu’à l’extérieur de celles-ci, que ces contrôles ont visé tous les bénéficiaires des fonds agricoles et que des infractions ont été constatées uniquement à charge de personnes non bénéficiaires d’une aide au cours de la période allant de 2009 à 2011 est une allégation non étayée qui n’établit pas à suffisance de droit l’existence de contrôles fiables et opérationnels garantissant que les conditions d’octroi des aides financières ont été correctement observées.
Au demeurant, dès lors qu’il ressort des constatations opérées aux points 55 à 61 ci-dessus que les ERMG 1 et 5 n’ont que partiellement été définies et appliquées sur le territoire estonien dans le cadre du régime de la conditionnalité, les contrôles prétendument exercés n’ont pu être opérés, au titre de cette conditionnalité, que d’une manière tout aussi partielle. À tout le moins, la République d’Estonie n’a pas expliqué comment ces ERMG auraient pu être appliquées et contrôlées dans le cadre du régime de la conditionnalité et conduire le cas échéant à une réduction des aides allouées aux agriculteurs dans les cas et dans la mesure où les exigences en question n’avaient pas été préalablement définies à ce titre.
Par ailleurs, c’est vainement que la République d’Estonie invoque la difficulté de contrôler en pratique le respect des ERMG 1 et 5, car, selon une jurisprudence bien établie, un État membre ne saurait invoquer des difficultés d’ordre pratique pour justifier le défaut de mise en œuvre de contrôles appropriés imposés par la réglementation de l’Union (voir, en ce sens, arrêt du 22 janvier 2013, Grèce/Commission, T‑46/09, EU:T:2013:32, point 241).
Enfin, l’argument que la République d’Estonie tire de ce que le grief de la Commission relatif à l’ERMG 5 ne concernerait que 0,8 % du champ d’application de cette ERMG sur son territoire est reproduit dans le cadre du deuxième moyen et sera traité lors de l’examen de celui-ci.
Il découle de ce qui précède que, même si la Commission a admis, dans ses écrits de procédure, que la République d’Estonie avait atteint nombre des objectifs des ERMG 1 et ERMG 5 , c’est à bon droit qu’elle a constaté les lacunes mentionnées dans le deuxième grief.
Partant, la deuxième branche du premier moyen doit être rejetée.

Sur la troisième branche, relative au sixième grief, portant sur le manque de preuves de contrôle du respect de l’ERMG 4 durant les années 2009 et 2010
Le sixième grief, contesté par la République d’Estonie, concerne le fait que celle-ci n’aurait pas apporté la preuve qu’elle avait effectivement contrôlé le respect, par les agriculteurs, de l’interdiction, prévue à l’annexe III, paragraphe 2, de la directive 91/676, au titre de l’ERMG 4, d’épandre par hectare plus de 170 kg d’azote provenant des effluents d’élevage.
La République d’Estonie fait valoir que, conformément à un manuel d’instruction, les agents chargés de contrôler le respect de l’ERMG 4 devaient, préalablement à tout contrôle sur place, prendre connaissance du cahier d’exploitation, en particulier du cheptel détenu, et du plan de fertilisation de tout agriculteur afin de calculer si la norme de 170 kg d’azote par hectare était respectée. La République d’Estonie ajoute que, lorsque, au vu du résultat de ce travail préalable, aucune violation de la norme n’était constatée lors du contrôle sur place qui suit toujours ce travail, les résultats des calculs n’étaient pas consignés et le rapport de contrôle était seulement assorti de la mention « contrôlé : oui ». Par conséquent, le fait que les calculs ne figuraient pas dans ces rapports signifierait non pas, comme le soutient la Commission, que les contrôles n’avaient pas été effectués, mais que la norme de 170 kg d’azote par hectare n’avait pas été dépassée.
Cette manière de procéder serait conforme à l’article 54, paragraphe 1, sous b), ii), du règlement n° 1122/2009. De plus, elle permettrait à la Commission de s’assurer des contrôles et notamment de la réalité du travail effectué préalablement aux contrôles sur place. En effet, même dans les cas où aucune infraction n’a été observée, les calculs pourraient être refaits a posteriori sur la base des données disponibles.
La Commission conteste ces arguments.
L’article 54, paragraphe 1, sous b), ii), du règlement n° 1122/2009 dispose, en substance, que tout contrôle sur place fait l’objet d’un rapport de contrôle établi par l’autorité de contrôle compétente et que ce rapport comporte notamment une partie décrivant, séparément, les contrôles effectués au regard de chaque exigence et norme et précisant en particulier la nature et l’étendue des vérifications opérées.
Ainsi que le soutient la République d’Estonie , l’article 54, paragraphe 1, sous b), ii), du règlement n° 1122/2009 de même que d’autres dispositions de celui-ci, telles que son article 53, paragraphe 4, relatif aux contrôles administratifs, laissent une marge de manœuvre aux États membres quant à la manière de présenter les rapports de contrôle. Toutefois, les États membres ont l’obligation de mettre en œuvre un système efficace de contrôle et de surveillance permettant d’assurer que les conditions matérielles et formelles d’octroi des aides sont correctement observées (voir, en ce sens, arrêts du 14 avril 2005, Espagne/Commission, C‑468/02, non publié, EU:C:2005:221, points 35 et 36 ; du 5 juillet 2012, Grèce/Commission, T‑86/08, EU:T:2012:345, point 114, et du 17 mai 2013, Bulgarie/Commission, T‑335/11, non publié, EU:T:2013:262, point 133). Partant, ceux-ci sont tenus d’organiser leurs contrôles administratifs et leurs contrôles sur place de telle sorte que ces contrôles soient en mesure de prouver le respect de cette obligation.
En l’espèce, la République d’Estonie ne conteste pas la constatation faite dans le rapport de synthèse selon laquelle les calculs prétendument effectués par les inspecteurs n’étaient conservés dans les dossiers que dans l’hypothèse où la norme de 170 kg d’azote par hectare avait été violée.
La République d’Estonie a, certes, affirmé, au cours de la procédure administrative, que, dans l’hypothèse où les calculs auraient montré un dépassement de la norme, ceux-ci auraient été inscrits sur une fiche décrivant l’infraction. Cependant, cette affirmation est invérifiable dès lors que, au cours des années 2009 à 2011, aucun dépassement de ces valeurs n’a été constaté aux dires de la République d’Estonie.
Dans ce contexte, l’absence de calculs et le caractère lapidaire des rapports de contrôle, réduits à la mention « contrôlé : oui », ont pu raisonnablement conduire la Commission à douter de l’effectivité des vérifications prétendument opérées et à considérer que l’article 54, paragraphe 1, sous b), ii), du règlement n° 1122/2009 avait été méconnu.
La République d’Estonie a allégué, il est vrai, au cours de la procédure administrative, que l’obligation de contrôler le respect de la norme en cause résulte de la Veeseadus (loi relative à l’eau), du 11 mai 1994 (RT I 1994, 40, 655).
Toutefois, cette loi ne prouve pas la réalité et l’efficacité des contrôles.
De même, la possibilité de procéder aux calculs a posteriori sur la base des données disponibles ne saurait en elle-même donner l’assurance que les vérifications requises ont été réalisées en temps opportun. Il en va d’autant plus ainsi qu’il ressort du rapport de synthèse que, s’agissant des contrôles effectués sur place en présence des auditeurs, lors de l’audit effectué du 23 au 27 mai 2011, les autorités estoniennes ont expliqué que leurs inspecteurs avaient renoncé à faire les calculs notamment parce qu’il résultait du registre des terres agricoles que la norme en cause avait été respectée.
La République d’Estonie fait enfin valoir que, compte tenu des données disponibles, il était impossible que la norme de 170 kg d’azote par hectare ait été dépassée, de telle sorte que les fonds européens n’ont pu être mis en péril, et que la Commission a mal appliqué l’article 52, paragraphe 1, du règlement n° 1306/2013.
Cependant, à défaut de rapports de contrôle suffisamment probants, la Commission a pu estimer ne pas avoir de garantie que les données disponibles en question étaient fiables et correspondaient à la réalité. Par conséquent, la République d’Estonie ne peut, au vu de ces données, contester l’existence d’un risque de préjudice pour les fonds européens.
La troisième branche du premier moyen doit par conséquent être rejetée.

Sur la quatrième branche, relative au septième grief, portant sur le caractère insuffisant du contrôle des contenants destinés au stockage de fumier au titre de l’ERMG 4
Le septième grief, contesté par la République d’Estonie, a trait à l’ERMG 4 et, plus précisément, à l’annexe II, A 5, de la directive 91/676. Il concerne le fait que la République d’Estonie n’aurait pas transmis à la Commission la preuve que ses inspecteurs effectuaient un travail préalable aux contrôles sur place des contenants destinés au stockage du fumier. De plus, s’agissant de ces contrôles sur place, seuls des contrôles visuels auraient été effectués.
La République d’Estonie conteste l’appréciation de la Commission selon laquelle les contrôles concernant la capacité des contenants destinés au stockage de fumier présentaient un caractère insuffisant.
La République d’Estonie fait valoir à ce propos que les contrôles en question se basaient sur le travail préalable des inspecteurs, suivi par un contrôle sur place. Le travail préalable aurait consisté en des calculs sur la base d’un ensemble de données disponibles relatives notamment au nombre et aux espèces d’animaux détenus par l’agriculteur concerné. Le contrôle sur place aurait, quant à lui, servi à vérifier si les données utilisées dans le cadre du travail préalable étaient exactes. Par conséquent, sur place, un simple contrôle visuel aurait été suffisant. En effet, il se serait surtout agi de vérifier si le nombre et les espèces d’animaux détenus par les agriculteurs correspondaient aux données ayant servi de base aux calculs préalables. De même, la vérification d’un éventuel manque d’étanchéité des contenants n’aurait nécessité qu’un contrôle visuel. Enfin, les données relatives à la construction des contenants figurant dans des registres et les inspecteurs pouvant supposer que les autres administrations avaient correctement accompli leur travail, il n’aurait pas été nécessaire de procéder à un mesurage sur place. Il n’en resterait pas moins que, au vu du travail préalable effectué par les inspecteurs, il ne saurait être considéré que le contrôle de la capacité des contenants destinés au stockage de fumier était limité à un contrôle visuel, comme le soutient la Commission.
Au demeurant, la preuve du caractère suffisant des contrôles exercés résulterait de ce que des infractions ont été constatées au cours des années 2009 à 2011. En outre, la Commission n’aurait, pour la première fois, conclu à l’absence de preuve des contrôles en question que dans une lettre du 11 mars 2014.
De surcroît, durant l’audit réalisé du 23 au 27 mai 2011, la Commission n’aurait visité aucune exploitation d’un bénéficiaire d’aide dont les bâtiments abritant des animaux auraient exigé la présence d’un réservoir de stockage de fumier. Elle aurait seulement visité une exploitation dont les animaux étaient gardés dans une stabulation à litière profonde. Or, la loi relative à l’eau n’exigerait pas de réservoir de stockage si l’aire de stabulation est capable de contenir la production de fumier sur une période de huit mois et les installations de stabulation à litière profonde feraient l’objet de méthodes de contrôle différentes de celles relatives aux autres réservoirs de stockage de fumier.
Enfin, les autorités estoniennes auraient remis à la Commission la preuve du travail préalable que les inspecteurs effectuaient.
La Commission considère que la quatrième branche du moyen est dépourvue de fondement.
Il y a lieu de rappeler qu’il incombe aux États membres d’aménager un système efficace de contrôle et de surveillance permettant d’assurer que les conditions matérielles et formelles d’octroi des aides sont correctement observées (voir la jurisprudence citée au point 74 ci-dessus) et d’être en mesure d’établir son existence de manière étayée (arrêt du 13 décembre 2012, Grèce/Commission, T‑588/10, non publié, EU:T:2012:688, point 74).
À cet égard, la République d’Estonie ne peut se retrancher derrière l’argument selon lequel les installations de stabulation à litière profonde, telle celle visitée par la Commission lors de l’audit, feraient l’objet de méthodes de contrôle différentes de celles relatives aux autres contenants de fumier. En effet, l’annexe II, A 5, de la directive 91/676 ne distingue pas, au titre de l’ERMG 4, les installations de stabulation à litière profonde des autres contenants de fumier. Par conséquent, même si de telles installations ne nécessitent pas d’autre équipement d’entreposage lorsqu’elles disposent d’une capacité de stockage suffisante, elles doivent elles-mêmes faire l’objet de contrôles fiables et opérationnels portant sur leur capacité et sur leur étanchéité. Or, la République d’Estonie ne précise pas quelles seraient les méthodes de contrôle propres aux installations en question auxquelles elle fait allusion.
S’agissant en particulier du travail préalable effectué par les inspecteurs, il ressort du dossier que la République d’Estonie a remis un document comportant des « instructions de contrôle » à la Commission. Toutefois, ces instructions ne prouvent pas en elles-mêmes la réalité et la fiabilité du travail préalable qui aurait été concrètement réalisé. À cet égard, il y a lieu de relever que les autorités estoniennes ont concédé dans des explications transmises par courriel le 11 avril 2013 que « [l]es actes estoniens ne précis[ai]ent aucune méthode de calcul de la capacité des contenants destinés au stockage du fumier ».
Dans ses écrits de procédure, la République d’Estonie se prévaut également de deux autres documents communiqués à la Commission respectivement les 10 mai et 1
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novembre 2013, l’un portant sur le stockage et la manipulation du fumier et l’autre sur la construction de contenants destinés à ce stockage.
Force est, cependant, d’observer que la République d’Estonie se limite ainsi à renvoyer à deux annexes volumineuses de la requête, respectivement de 117 et de 183 pages et comportant de surcroît des liens vers d’autres documents, sans apporter d’explication ni identifier les passages de celles-ci qui pourraient démontrer la réalité et la fiabilité du travail préalable de ses inspecteurs, alors que ces documents n’apparaissent pas d’emblée de nature à en constituer la preuve. Or, il découle de l’article 44, paragraphe 1, sous c), du règlement de procédure du Tribunal du 2 juin 1991, tel qu’en vigueur au moment du dépôt de la requête, que les éléments de droit et de fait sur lesquels se fonde un recours doivent ressortir, de manière à tout le moins sommaire, du texte même de la requête et qu’il ne suffit donc pas de faire référence à de volumineuses annexes dans les écrits de procédure (voir, en ce sens, arrêt du 2 février 2012, Grèce/Commission, T‑469/09, non publié, EU:T:2012:50, point 47). Le simple renvoi à ces deux annexes ne sera donc pas pris en considération par le Tribunal dès lors qu’il n’appartient pas à celui-ci de rechercher et d’identifier, dans les annexes, les arguments pertinents au soutien du recours et dès lors que ce renvoi ne détermine pas avec précision, parmi les éléments que ces annexes contiennent, ceux qui étayeraient les affirmations de la République d’Estonie (voir, en ce sens, arrêt du 17 septembre 2007, Microsoft/Commission, T‑201/04, EU:T:2007:289, points 94 et 99).
En toute hypothèse, il ne ressort pas des débats que la République d’Estonie aurait présenté à la Commission des éléments établissant la réalité du travail préalable de ses inspecteurs.
S’agissant des contrôles sur place, la République d’Estonie a exposé, en particulier durant l’audience, que des contrôles visuels étaient par principe suffisants dans la mesure où il s’agissait seulement à ce stade de vérifier l’exactitude des données utilisées lors du travail préalable.
Toutefois, dans la mesure où, ainsi que cela ressort des points 91 à 95 ci-dessus, la Commission a pu, à bon droit, douter de la réalité et de la fiabilité de ce travail préalable, force est de constater qu’elle a pu par conséquent également douter à bon droit de l’efficacité des contrôles visuels sur place.
De surcroît, la République d’Estonie ne réfute pas à suffisance de droit le doute que la Commission a pu avoir concernant le caractère fiable et opérationnel du contrôle visuel de la capacité des contenants lorsqu’elle affirme qu’un contrôle plus poussé, tel le mesurage de ceux-ci, n’était par principe pas nécessaire au motif que ses inspecteurs pouvaient s’appuyer sur les données relatives à la construction des contenants et sur le travail d’autres administrations qu’ils supposaient correctement accompli. En effet, la République d’Estonie ne démontre pas avoir inclus ces données et ce travail dans les rapports de contrôle ni les avoir mis à la disposition de la Commission. De même, la République d’Estonie n’a pas davantage établi qu’il était déraisonnable, pour la Commission, de considérer qu’un contrôle par principe visuel de l’étanchéité des contenants était insuffisant pour s’assurer que des mesures visant à éviter les fuites avaient effectivement été prises.
Par ailleurs, si, comme le soutient la République d’Estonie, le constat d’infractions révèle l’existence de contrôles, il ne permet pas d’en mesurer la nature, l’étendue et l’efficacité réelle. Or, la Commission critique précisément, au titre du septième grief, la nature des contrôles en question et leur efficacité.
Enfin, la République d’Estonie fait vainement valoir que la Commission a seulement constaté dans une lettre du 11 mars 2014, soit après la période pendant laquelle elle aurait pu réagir, qu’elle n’avait aucune preuve de l’exécution effective des contrôles du respect de l’exigence figurant à l’annexe II, A 5, de la directive 91/676. En effet, il ressort du dossier que, dès le 24 août 2011, la Commission a critiqué le caractère seulement visuel de ces contrôles et qu’elle lui a demandé des explications sur ceux-ci. De surcroît, il ne saurait être perdu de vue que la décision attaquée n’a été adoptée que le 16 janvier 2015, de telle sorte que la République d’Estonie a encore disposé, après le 11 mars 2014, d’un temps suffisant pour communiquer des preuves convaincantes à la Commission.
Partant, la quatrième branche du premier moyen doit être rejetée.
Eu égard à l’ensemble des considérations qui précèdent, il y a lieu de rejeter le premier moyen dans son ensemble.

Sur le quatrième moyen, pris d’une méconnaissance de l’obligation de motivation
La République d’Estonie fait valoir, au vu de l’article 52, paragraphe 2, du règlement n° 1306/2013, que ni la décision attaquée ni le rapport de synthèse n’indiquent les motifs pour lesquels la Commission a décidé de lui imposer une correction financière forfaitaire de 2 %, alors que cette correction serait plus sévère qu’une correction fondée sur un calcul du préjudice réellement subi.
La Commission considère que ce moyen est dépourvu de fondement.
En vertu de l’article 52, paragraphe 2, du règlement n° 1306/2013, une correction forfaitaire ne peut être appliquée que lorsque, en raison de la nature du cas ou parce que l’État membre n’a pas fourni les informations nécessaires à la Commission, il n’est pas possible, en déployant des efforts proportionnés, de déterminer plus précisément le préjudice financier causé à l’Union.
Selon une jurisprudence constante, la motivation exigée à l’article 296 TFUE doit faire apparaître d’une façon claire et non équivoque le raisonnement de l’institution, auteur de l’acte, de manière à permettre aux intéressés de connaître les justifications de la mesure prise et à la juridiction de l’Union d’exercer son contrôle. Néanmoins, la mesure de l’obligation de motivation dépend de la nature de l’acte en cause et du contexte dans lequel il a été adopté (arrêt du 6 juillet 2015, Italie/Commission, T‑44/11, non publié, EU:T:2015:469, points 78 et 79 et jurisprudence citée).
S’agissant plus précisément des décisions de la Commission en matière d’apurement des comptes des fonds agricoles, la jurisprudence rappelle que ces décisions sont prises sur le fondement d’un rapport de synthèse ainsi que d’une correspondance entre la Commission et l’État membre concerné. Dans ces conditions, la motivation de telles décisions doit être considérée comme suffisante dès lors que l’État destinataire a été étroitement associé au processus d’élaboration desdites décisions et qu’il connaissait les raisons pour lesquelles la Commission estimait ne pas devoir mettre la somme litigieuse à la charge des fonds européens (arrêts du 26 septembre 2012, Italie/Commission, T‑84/09, non publié, EU:T:2012:471, point 17 et jurisprudence citée, et du 6 juillet 2015, Italie/Commission, T‑44/11, non publié, EU:T:2015:469, point 80 et jurisprudence citée).
En l’espèce, il ressort en premier lieu du dossier que les autorités estoniennes ont été associées au processus d’élaboration de la décision attaquée, et ce tout au long de la procédure administrative.
En second lieu, le rapport de synthèse recense les irrégularités commises en mentionnant les exigences méconnues. Il se réfère également au document AGRI-2005-64043, intitulé « Communication sur le traitement, par la Commission, dans le contexte de l’apurement des comptes du FEOGA, section “Garantie”, des insuffisances constatées dans les systèmes de contrôle de la conditionnalité mis en œuvre par les États membres », dont il reproduit certains éléments. Ce document décrit notamment les conditions dans lesquelles sont appliqués les taux de correction de 2, 5 ou de 10 %. Le rapport de synthèse énumère en outre des « circonstances atténuantes » justifiant en l’occurrence l’application d’un taux de correction forfaitaire de 2 %, qui correspond au taux de correction forfaitaire le plus bas
Dans ce contexte, la République d’Estonie ne pouvait ignorer les motifs pour lesquels la correction forfaitaire de 2 % de l’aide versée pendant la période allant de 2009 à 2011 lui a été appliquée.
Le quatrième moyen doit dès lors être rejeté.

Sur le deuxième moyen, tiré d’une violation du principe de proportionnalité et de l’article 52, paragraphe 2, du règlement n° 1306/2013
Par le deuxième moyen, la République d’Estonie fait valoir que la décision attaquée viole le principe de proportionnalité et est le résultat d’une « mauvaise application » de l’article 52, paragraphe 2, du règlement n° 1306/2013. Il ressort cependant des développements de ce moyen que la République d’Estonie conteste la correction forfaitaire qui lui a été appliquée aux motifs, premièrement, qu’elle n’avait pas commis d’erreur systémique, deuxièmement, que les conditions n’étaient pas réunies pour que la Commission puisse appliquer un tel type de correction et, troisièmement, que le taux appliqué était en toute hypothèse disproportionné. Dans ce contexte, il y a lieu de diviser le moyen en trois branches.

Sur la première branche, tirée de l’absence d’erreur systémique
La République d’Estonie prétend avoir démontré dans le cadre du premier moyen que son système de contrôle ne comportait pas d’erreur systémique. Il ressortirait du premier moyen que les griefs de la Commission n’étaient pas fondés ou qu’ils ne concernaient que des cas isolés ne remettant pas en question la crédibilité des mécanismes de contrôle dans leur ensemble. Par conséquent, la Commission aurait abouti à tort à la conclusion qu’elle n’avait pas procédé aux dépenses conformément au droit de l’Union et qu’elle avait, de ce fait, mis en péril les fonds agricoles.
La Commission conteste cet argument.
En l’occurrence, il y a lieu de rappeler que le premier moyen a été rejeté, de sorte que la prémisse sur laquelle la République d’Estonie se fonde est erronée. Plus précisément, il résulte de l’examen de ce moyen que la République d’Estonie n’a pas établi que les griefs de la Commission étaient injustifiés ni qu’ils ne concernaient que des cas isolés.
De plus, il ressort de l’article 52, paragraphes 1 et 2, du règlement n° 1306/2013 que la décision d’exclure du financement de l’Union certaines dépenses n’exige pas que soit constatée une carence systémique ou significative dans l’application des règles de l’Union (voir, en ce sens, arrêt du 28 janvier 2016, Slovénie/Commission, T‑667/14, EU:T:2016:34, point 24). Une telle décision peut être la conséquence d’irrégularités limitées, voire occasionnelles. Seule son ampleur doit être le reflet de la dimension, le cas échéant systémique, des irrégularités commises.

Sur la deuxième branche, tirée de ce que les conditions n’étaient pas réunies pour que la Commission puisse appliquer une correction forfaitaire
La République d’Estonie considère que, en lui imposant, par la décision attaquée, une correction financière forfaitaire de 2 %, la Commission a mal appliqué l’article 52, paragraphe 2, du règlement n° 1306/2013. En effet, il résulterait de cette disposition que la Commission ne peut appliquer des corrections financières forfaitaires que lorsque, en raison de la nature du cas ou parce que l’État membre ne lui a pas fourni les informations nécessaires, il n’est pas possible, en déployant des efforts proportionnés, de déterminer plus précisément le préjudice financier causé à l’Union. Or, selon la République d’Estonie, aucune de ces conditions n’était remplie en l’espèce. En effet, elle aurait communiqué à la Commission toutes les informations nécessaires à cet égard.
La Commission soutient que la deuxième branche du moyen est dépourvue de fondement.
Aux termes de l’article 52, paragraphe 1, du règlement n° 1306/2013, «[l]orsqu'elle considère que des dépenses […] n'ont pas été effectuées conformément au droit de l'Union […], la Commission adopte des actes d’exécution déterminant les montants à exclure du financement de l’Union ». En vertu de l’article 52, paragraphe 2, du même règlement, à cette fin, « [l]a Commission évalue les montants à exclure au vu, notamment, de l'importance de la non-conformité constatée [et] tient compte de la nature de l’infraction, ainsi que du préjudice financier causé à l’Union ».
En outre, toujours aux termes de l’article 52, paragraphe 2, du règlement n° 1306/2013 :
« [La Commission] fonde l'exclusion sur la mise en évidence des montants indûment dépensés et, lorsque ceux-ci ne peuvent être mis en évidence en déployant des efforts proportionnés, elle peut appliquer des corrections extrapolées ou forfaitaires. Des corrections forfaitaires ne sont appliquées que lorsque, en raison de la nature du cas ou parce que l'État membre n'a pas fourni les informations nécessaires à la Commission, il n'est pas possible, en déployant des efforts proportionnés, de déterminer plus précisément le préjudice financier causé à l'Union. »
Enfin, c’est à l’État membre qu’il incombe de démontrer que la Commission a commis une erreur quant aux conséquences financières à tirer des irrégularités constatées (arrêt du 5 février 2015, Italie/Commission, T‑387/12, non publié, EU:T:2015:7, point 61).
En l’espèce, il ressort de l’examen de la première branche du présent moyen qu’une correction financière, telle que celle appliquée dans la décision attaquée, n’est pas subordonnée à la démonstration du caractère systémique des irrégularités constatées.
En outre, la République d’Estonie n’apporte aucune précision à l’appui de son affirmation selon laquelle les informations qu’elle a communiquées à la Commission auraient permis à celle-ci de déterminer le préjudice financier exact subi par l’Union au terme d’efforts proportionnés à l’enjeu.
À cet égard, contrairement à ce que soutient la République d’Estonie, le fait que celle-ci a indiqué à la Commission le montant du préjudice causé aux fonds de l’Union du fait des irrégularités qu’elle admettait ne constitue pas la preuve que, en déployant des efforts proportionnés, la Commission aurait pu déterminer également le montant du préjudice causé à l’Union du fait des irrégularités que la République d’Estonie a contestées. Dans ces conditions, la deuxième branche du deuxième moyen n’est pas fondée.

Sur la troisième branche, tirée de la violation du principe de proportionnalité
La République d’Estonie soutient que, dans la mesure où les irrégularités reprochées par la Commission seraient établies, la correction forfaitaire de 2 % que celle-ci lui a imposée était disproportionnée par rapport à leur type, à leur étendue et à leur gravité.
La Commission conteste cet argument.
La jurisprudence est fixée en ce sens que, en ce qui concerne le montant de la correction financière, la Commission doit effectivement respecter le principe de proportionnalité qui exige que les actes des institutions ne dépassent pas les limites de ce qui est approprié et nécessaire pour atteindre le but recherché (arrêt du 2 février 2012, Grèce/Commission, T‑469/09, non publié, EU:T:2012:50, point 137).
En l’espèce, la Commission a concédé que, de manière générale, le régime estonien était presque parfait. Elle a également exposé, lors de l’audience et sans être contredite, que c’était au vu de cette situation que, pour la période allant de l’année 2009 à l’année 2011, elle avait seulement appliqué le taux de correction le plus bas de 2 %. Or, il ne saurait être perdu de vue qu’une correction à hauteur de 2 % est susceptible de correspondre à un faible risque de pertes pour le budget de l’Union et à une faible gravité de l’infraction (arrêt du 5 février 2015, Italie/Commission, T‑387/12, non publié, EU:T:2015:7, point 64).
De surcroît, il ne saurait être perdu de vue que, ainsi que l’a également exposé la Commission à l’audience, le taux de correction de 2 % n’a été appliqué qu’à 10 % des dépenses engagées. En d’autres termes, la République d’Estonie a pu bénéficier du soutien de l’Union à hauteur de 99,8 % de l’ensemble des montants en cause et les dépenses qu’elle a effectuées n’ont subi, au total, qu’une réduction de 0,2 %.
Il résulte en outre de l’examen du premier moyen dans son ensemble que la République d’Estonie a erronément considéré à plusieurs reprises que des contrôles extérieurs au régime de la conditionnalité pouvaient combler les lacunes des contrôles inhérents à ce régime, et cela, de surcroît, sans préciser la portée de ces contrôles et la conséquence du constat d’une irrégularité sur le montant des aides a priori dues à l’agriculteur en cause.
S’agissant plus précisément du deuxième grief de la Commission relatif aux ERMG 1 et 5, la République d’Estonie soutient que, dans la mesure où la Commission était satisfaite du contrôle opéré dans les zones protégées, le grief au titre de l’ERMG 5 ne se rapportait qu’à des espèces végétales se trouvant hors de ces zones, soit dans 20 lieux qui ne représenteraient que 0,8 % du champ d’application de cette ERMG sur son territoire. Dans ces conditions, elle considère que la situation ne justifiait pas l’application d’une correction financière de 2 %.
Toutefois, il ressort de l’examen de la deuxième branche du premier moyen que la République d’Estonie n’a pas fourni d’éléments susceptibles de remettre en question les constatations, plus larges, de la Commission relatives au caractère insuffisant de la définition, de l’application et du contrôle non seulement de l’ERMG 5, mais aussi de l’ERMG 1, durant la période allant de 2009 à 2011.
S’agissant du sixième grief, relatif à l’ERMG 4, la République d’Estonie expose que la Commission a commis une erreur en calculant la correction financière sur la base de la totalité des bénéficiaires d’aides, alors que cette ERMG ne s’appliquait qu’à ceux situés dans des zones vulnérables aux nitrates et que, en Estonie, la majorité desdits bénéficiaires étaient situés en dehors de ces zones.
Cependant, dès lors que les États membres sont les mieux placés pour fournir les données concernant les bénéficiaires d’aides, la République d’Estonie ne saurait valablement contester la correction forfaitaire fixée à son niveau minimal de 2 % dans la mesure où, par son argument, elle reconnaît, en toute hypothèse, a contrario, qu’une minorité de bénéficiaires, qu’elle n’évalue pas de manière chiffrée, étaient établis dans les zones sensibles en question et donc astreints au respect de l’ERMG en question.
S’agissant du septième grief, également relatif à l’ERMG 4, la République d’Estonie soutient que, dans sa correction financière, la Commission aurait dû tenir compte du fait que, lors de l’audit du 23 au 27 mai 2011, elle n’avait relevé qu’une erreur isolée.
Toutefois, la Commission n’est pas tenue de démontrer d’une façon exhaustive l’insuffisance des contrôles effectués par les administrations nationales ou l’irrégularité des chiffres transmis par celles-ci, mais doit seulement présenter des éléments de preuve du doute sérieux et raisonnable qu’elle éprouve à l’égard de ces contrôles et de ces chiffres (arrêts du 18 mai 2000, Belgique/Commission, C‑242/97, EU:C:2000:255, point 33, et du 12 mai 2016, Italie/Commission, T‑384/14, EU:T:2016:298, point 31).
De plus, il a été exposé, lors de l’examen de la quatrième branche du premier moyen, que l’annexe II, A 5, de la directive 91/676 ne distinguait pas, au titre de l’ERMG 4, les installations de stabulation à litière profonde, telle que celle visitée par la Commission lors de l’audit, des autres contenants de fumier et que la République d’Estonie ne pouvait se retrancher derrière l’argument selon lequel ces installations auraient fait l’objet de méthodes de contrôle spécifiques à défaut de les préciser.
De surcroît, le septième grief reposait non seulement sur le caractère insuffisant des contrôles sur place, mais aussi sur le fait que les autorités estoniennes n’avaient pas apporté la preuve du travail préalable prétendument effectué par leurs inspecteurs. Or, il ressort de l’examen de la quatrième branche du premier moyen que la République d’Estonie n’a pas valablement contesté le bien-fondé de cette double critique.
Dans ces conditions, la Commission a pu considérer que l’irrégularité constatée lors de l’audit du 23 au 27 mai 2011 n’était pas isolée.
Il résulte ainsi de l’examen de la troisième branche du moyen que celle-ci n’est pas fondée.
Partant, l’ensemble du deuxième moyen doit être rejeté.

Sur le troisième moyen, tiré d’une violation du principe de bonne administration
La République d’Estonie fait valoir, en se reportant notamment à son premier moyen, que, lors de l’adoption de la décision attaquée, la Commission n’a pas examiné avec soin et impartialité les preuves et les explications qu’elle avait produites et qui démontraient que, durant les années 2009 à 2011, soit il n’y avait pas eu de défaillance quant à l’application de la conditionnalité, soit ces défaillances étaient beaucoup moins importantes que celles reprochées.
La Commission conteste le bien-fondé de ce moyen.
Parmi les garanties conférées par le droit de l’Union dans les procédures administratives figure, notamment, le principe de bonne administration, consacré par l’article 41 de la charte des droits fondamentaux de l’Union européenne, auquel se rattache le devoir de diligence, c’est-à-dire l’obligation pour l’institution compétente d’examiner, avec soin et impartialité, tous les éléments pertinents du cas d’espèce (arrêt du 27 septembre 2012, Applied Microengineering/Commission, T‑387/09, EU:T:2012:501, point 76 ; voir également, en ce sens, arrêt du 16 septembre 2013, ATC e.a./Commission, T‑333/10, EU:T:2013:451, point 84).
Néanmoins, il convient, en l’espèce, de relever d’emblée que la République d’Estonie se réfère vainement à son premier moyen pour démontrer l’absence d’examen avec soin et impartialité des preuves et des explications qu’elle avait produites, puisque ce premier moyen doit être rejeté.
Cela étant, la République d’Estonie expose également qu’elle avait transmis des documents dont la Commission n’avait pas encore pris connaissance lors de la réunion bilatérale, faute pour celle-ci de les avoir déjà traduits, et que cette absence de traduction a empêché toute discussion de fond durant cette réunion.
Or, comme le souligne la République d’Estonie, l’article 11, paragraphe 1, troisième alinéa, du règlement (CE) n° 885/2006 de la Commission, du 21 juin 2006, portant modalités d’application du règlement (CE) n° 1290/2005 du Conseil en ce qui concerne l’agrément des organismes payeurs et autres entités ainsi que l’apurement des comptes du FEAGA et du Feader (JO 2006, L 171, p. 90), dispose que, lorsque la Commission considère que des dépenses n’ont pas été effectuées conformément à la réglementation de l’Union, elle convoque une réunion bilatérale au cours de laquelle elle s’efforce, avec l’État membre concerné, de parvenir à un accord notamment sur le préjudice financier causé à l’Union.
Ainsi que la Cour l’a déjà jugé, cette réunion bilatérale ne constitue qu’une étape préliminaire à la décision de la Commission, mais il importe néanmoins que celle-ci ait permis un débat contradictoire sur tous les points en litige et que tous les points débattus au cours de celle-ci soient pris en compte par la Commission au moment d’adopter sa décision (arrêt du 18 septembre 2003, Royaume-Uni/Commission, C‑346/00, EU:C:2003:474, points 69 et 70).
En l’espèce, la Commission ne conteste pas que le retard dans la traduction des documents transmis par la République d’Estonie a pu contrarier le déroulement de la réunion.
Toutefois, il n’apparaît pas que, face au retard dans la traduction de leurs documents, les autorités estoniennes auraient demandé le report de la réunion bilatérale et que celui-ci leur aurait été refusé.
De plus, la réunion bilatérale, qui tend à garantir un examen avec soin et impartialité de tous les éléments pertinents en donnant aux autorités nationales la possibilité de faire valoir leur point de vue sur les propositions d’apurement des comptes, est une expression du principe du respect des droits de la défense (voir, en ce sens, arrêt du 9 juin 2005, Espagne/Commission, C‑287/02, EU:C:2005:368, point 38), également consacré par l’article 41 de la charte des droits fondamentaux. Or, l’existence d’une irrégularité se rapportant à ce principe ne saurait conduire à une annulation que dans la mesure où la procédure en cause aurait pu aboutir à un résultat différent si la partie requérante avait pu mieux assurer sa défense en l’absence de cette irrégularité (voir, en ce sens, arrêt du 26 septembre 2014, Flying Holding e.a./Commission, T‑91/12 et T‑280/12, EU:T:2014:832, point 72).
Cependant, la République d’Estonie n’apporte à cet égard aucun élément et la Commission a fait valoir, sans que cela soit contesté, que les documents en question avaient en définitive été traduits et qu’il en avait été tenu compte avant l’adoption de la décision attaquée. De surcroît, il ressort du dossier que la République d’Estonie a, après la réunion bilatérale, encore transmis de nombreuses informations supplémentaires à la Commission.
La République d’Estonie fait également observer en vain que, le 22 avril 2014, elle a saisi l’organe institué par l’article 12 du règlement n° 885/2006 d’une demande de conciliation et que cet organe a rejeté sa demande au seul motif qu’elle n’avait pas trait à une question de principe. En effet, la République d’Estonie ne conteste pas que sa demande n’avait pas un tel objet. Or, il ressort effectivement de l’article 16, paragraphe 2, deuxième alinéa, du règlement n° 885/2006 que le président de l’organe de conciliation n’est pas tenu de déclarer recevable une demande de conciliation lorsque celle-ci ne soulève aucune question de principe.
La République d’Estonie allègue également avoir vainement informé la Commission, par un courriel du 24 octobre 2011, que l’article 55, paragraphe 6 bis, de la loi relative à la protection de la nature avait transposé l’article 5, sous a), de la directive 79/409 dans le droit interne.
Toutefois, il ressort de l’examen de la deuxième branche du premier moyen que l’exigence résultant, au titre de l’ERMG 1, de l’article 5, sous a), b) et d), de la directive 79/409 n’avait pas été définie dans le cadre du régime de la conditionnalité (voir point 56 ci-dessus). Il ne saurait dès lors être fait grief à la Commission de ne pas avoir tenu compte de l’information en cause. Au demeurant, le texte de l’article 55, paragraphe 6 bis, de la loi relative à la protection de la nature communiquée à la Commission ne comporte pas l’interdiction de tuer les oiseaux sauvages, contrairement à ce que prescrit l’article 5, sous a), de la directive 79/409.
La République d’Estonie conteste encore le reproche que lui a fait la Commission de ne pas avoir communiqué les calculs attestant que les inspecteurs estoniens auraient effectivement contrôlé le respect, par les agriculteurs, de l’exigence, au titre de l’ERMG 4, de ne pas épandre des effluents d’élevage correspondant à plus de 170 kg d’azote par hectare, comme prévu à l’annexe III, paragraphe 2, de la directive 91/676, alors qu’elle aurait fourni la preuve que ces contrôles avaient été effectués.
La République d’Estonie n’étaye guère cette affirmation. Dans ses écrits de procédure, elle se réfère uniquement à un courriel du 11 avril 2013 qui ne comporte cependant pas comme tels les calculs qui auraient été effectués par les inspecteurs dans le cadre de leur travail préalable. Ce courriel comporte seulement des exemples de calculs a posteriori et la Commission a fait valoir à juste titre que ceux-ci ne pouvaient être la preuve que des contrôles avaient réellement été effectués en temps opportun..
Or, ainsi que cela a déjà été exposé au point 36 ci-dessus, il incombe aux États membres d’organiser un système efficace de surveillance et l’État membre concerné ne saurait infirmer les constatations de la Commission sans étayer ses propres allégations par des éléments établissant l’existence d’un système fiable et opérationnel de contrôle. Il s’ensuit que la Commission a pu, en tenant compte des documents produits, considérer, sans méconnaître le principe de bonne administration, que les exemples de calculs fournis par la République d’Estonie n’étaient pas suffisamment convaincants.
La République d’Estonie soutient enfin que la Commission lui reproche à tort d’avoir communiqué les instructions de contrôle destinées aux inspecteurs chargés de vérifier les réservoirs de stockage de fumier conformément à une exigence de l’ERMG 4 et les preuves attestant de leur travail préalable aux contrôles sur place après l’audit réalisé du 23 au 27 mai 2011 et même après la réunion bilatérale.
Il n’apparaît cependant pas que ces reproches, figurant seulement dans les écrits de procédure de la Commission, aient été un motif déterminant de la décision attaquée. L’argument de la République d’Estonie est, par conséquent, dépourvu de pertinence. En toute hypothèse, le fait que la Commission a mentionné, dans ses écrits devant le Tribunal, que les documents en question lui avaient été communiqués après la réunion bilatérale ne saurait signifier qu’elle n’en a pas tenu compte avant l’adoption de la décision attaquée et, partant, ne saurait constituer la preuve d’une méconnaissance du principe de bonne administration.
Le troisième moyen doit, par conséquent, être rejeté.

Sur le cinquième moyen, tiré d’une violation du principe de sécurité juridique
La République d’Estonie soutient que la Commission a méconnu le principe de sécurité juridique en lui reprochant de ne pas avoir veillé, en 2009, à l’application de la BCAE imposant de « [m]aintenir les particularités topographiques », figurant à l’annexe III du règlement nº 73/2009, alors qu’il résultait de la version en estonien de l’article 149, troisième alinéa, sous b), dudit règlement que cette norme n’était applicable qu’à compter de l’année 2010.
Ainsi que le relève la Commission, ce moyen se confond avec la première branche du premier moyen, à l’examen duquel il convient de se reporter.
Aussi, pour les motifs déjà exposés aux points 20 à 45 ci-dessus, il y a lieu de rejeter le cinquième moyen.
Aucun des moyens invoqués par la République d’Estonie n’étant fondé, il convient de rejeter le présent recours dans son intégralité.

Sur les dépens
Aux termes de l’article 134, paragraphe 1, du règlement de procédure, toute partie qui succombe est condamnée aux dépens, s’il est conclu en ce sens.
La République d’Estonie ayant succombé, il y a lieu de la condamner à supporter ses propres dépens ainsi que ceux exposés par la Commission, conformément aux conclusions de cette dernière.
Par ces motifs,
LE TRIBUNAL (quatrième chambre)
déclare et arrête :
1)
Le recours est rejeté.
2)
La République d’Estonie supportera ses propres dépens ainsi que ceux exposés par la Commission européenne.
Kanninen
Calvo-Sotelo Ibáñez-Martín
Reine
Ainsi prononcé en audience publique à Luxembourg, le 12 juillet 2017.
Signatures
*
Langue de procédure : l’estonien.