A-SCALA: an age-structured statistical catch-at-length analysis for assessing tuna stocks in the eastern tropical Pacific Ocean

English: We describe an age-structured statistical catch-at-length analysis (A-SCALA) based on the MULTIFAN-CL model of Fournier et al. (1998). The analysis is applied independently to both the yellowfin and the bigeye tuna populations of the eastern Pacific Ocean (EPO). We model the populations from 1975 to 1999, based on quarterly time steps. Only a single stock for each species is assumed for each analysis, but multiple fisheries that are spatially separate are modeled to allow for spatial differences in catchability and selectivity. The analysis allows for error in the effort-fishing mortality relationship, temporal trends in catchability, temporal variation in recruitment, relationships between the environment and recruitment and between the environment and catchability, and differences in selectivity and catchability among fisheries. The model is fit to total catch data and proportional catch-at-length data conditioned on effort. The A-SCALA method is a statistical approach, and therefore recognizes that the data collected from the fishery do not perfectly represent the population. Also, there is uncertainty in our knowledge about the dynamics of the system and uncertainty about how the observed data relate to the real population. The use of likelihood functions allow us to model the uncertainty in the data collected from the population, and the inclusion of estimable process error allows us to model the uncertainties in the dynamics of the system. The statistical approach allows for the calculation of confidence intervals and the testing of hypotheses. We use a Bayesian version of the maximum likelihood framework that includes distributional constraints on temporal variation in recruitment, the effort-fishing mortality relationship, and catchability. Curvature penalties for selectivity parameters and penalties on extreme fishing mortality rates are also included in the objective function. The mode of the joint posterior distribution is used as an estimate of the model parameters. Confidence intervals are calculated using the normal approximation method. It should be noted that the estimation method includes constraints and priors and therefore the confidence intervals are different from traditionally calculated confidence intervals. Management reference points are calculated, and forward projections are carried out to provide advice for making management decisions for the yellowfin and bigeye populations. Spanish: Describimos un analisis estadistico de captura a talla estructurado por edad, A-SCALA (del ingles age-structured statistical catch-at-length analysis), basado en el modelo MULTIFAN- CL de Fournier et al. (1998). Se aplica el analisis independientemente a las poblaciones de atunes aleta amarilla y patudo del Oceano Pacifico oriental (OPO). Modelamos las poblaciones de 1975 a 1999, en pasos trimestrales. Se supone solamente una sola poblacion para cada especie para cada analisis, pero se modelan pesquerias multiples espacialmente separadas para tomar en cuenta diferencias espaciales en la capturabilidad y selectividad. El analisis toma en cuenta error en la relacion esfuerzo-mortalidad por pesca, tendencias temporales en la capturabilidad, variacion temporal en el reclutamiento, relaciones entre el medio ambiente y el reclutamiento y entre el medio ambiente y la capturabilidad, y diferencias en selectividad y capturabilidad entre pesquerias. Se ajusta el modelo a datos de captura total y a datos de captura a talla proporcional condicionados sobre esfuerzo. El metodo A-SCALA es un enfoque estadistico, y reconoce por lo tanto que los datos obtenidos de la pesca no representan la poblacion perfectamente. Ademas, hay incertidumbre en nuestros conocimientos de la dinamica del sistema e incertidumbre sobre la relacion entre los datos observados y la poblacion real. El uso de funciones de verosimilitud nos permite modelar la incertidumbre en los datos obtenidos de la poblacion, y la inclusion de un error de proceso estimable nos permite modelar las incertidumbres en la dinamica del sistema. El enfoque estadistico permite calcular intervalos de confianza y comprobar hipotesis. Usamos una version bayesiana del marco de verosimilitud maxima que incluye constrenimientos distribucionales sobre la variacion temporal en el reclutamiento, la relacion esfuerzo-mortalidad por pesca, y la capturabilidad. Se incluyen tambien en la funcion objetivo penalidades por curvatura para los parametros de selectividad y penalidades por tasas extremas de mortalidad por pesca. Se usa la moda de la distribucion posterior conjunta como estimacion de los parametros del modelo. Se calculan los intervalos de confianza usando el metodo de aproximacion normal. Cabe destacar que el metodo de estimacion incluye constrenimientos y distribuciones previas y por lo tanto los intervalos de confianza son diferentes de los intervalos de confianza calculados de forma tradicional. Se calculan puntos de referencia para el ordenamiento, y se realizan proyecciones a futuro para asesorar la toma de decisiones para el ordenamiento de las poblaciones de aleta amarilla y patudo.