Miracle-dz/UniFAR-FTUs huggingface dataset:
Holocene palaeoflood events recorded by slackwater deposits along the middle Beiluohe River valley, middle Yellow River basin, China

Palaeohydrological investigations were carried out in the middle Beiluohe River valley in the middle Yellow River basin. Palaeoflood slackwater deposits (SWDs) are natural records of overbank flooding and are often identified in the Holocene aeolian loess–soil profiles along the river valley. Three bedsets of palaeoflood SWDs were found within the mid‐Holocene Climatic Optimum palaeosol (S0) on the right riverbank. Both the sedimentary and the analytical results, including magnetic susceptibility, grain‐size distribution and concentrations of chemical elements, indicate that these palaeoflood SWDs were deposited from the suspended sediment load of overbank flooding. We identified three episodes of extraordinary overbank flooding events. These hydro‐climatic events were dated to 7600–7400, 5800–5000 and 4200–4000 a BP, from optically stimulated luminescence (OSL) dating and pedostratigraphical correlation. The minimum flood peak discharges were estimated to have been between 12 600 and 14 100 m3 s−1 using the slope–area method. These hydro‐climatic events are considered to be a regional expression of known climatic events and demonstrate that the mid‐Holocene climate was far from stable. These results show that the magnitudes of floods are highly sensitive to climate change in semi‐arid and sub‐humid regions with a monsoonal climate.
Low dose oestrogen combined oral contraception and risk of pulmonary embolism, stroke, and myocardial infarction in five million French women: cohort study

Objective To assess the risk of pulmonary embolism, ischaemic stroke, and myocardial infarction associated with combined oral contraceptives according to dose of oestrogen (ethinylestradiol) and progestogen. Design Observational cohort study. Setting Data from the French national health insurance database linked with data from the French national hospital discharge database. Participants 4 945 088 women aged 15-49 years, living in France, with at least one reimbursement for oral contraceptives and no previous hospital admission for cancer, pulmonary embolism, ischaemic stroke, or myocardial infarction, between July 2010 and September 2012. Main outcome measures Relative and absolute risks of first pulmonary embolism, ischaemic stroke, and myocardial infarction. Results The cohort generated 5 443 916 women years of oral contraceptive use, and 3253 events were observed: 1800 pulmonary embolisms (33 per 100 000 women years), 1046 ischaemic strokes (19 per 100 000 women years), and 407 myocardial infarctions (7 per 100 000 women years). After adjustment for progestogen and risk factors, the relative risks for women using low dose oestrogen (20 µg v 30-40 µg) were 0.75 (95% confidence interval 0.67 to 0.85) for pulmonary embolism, 0.82 (0.70 to 0.96) for ischaemic stroke, and 0.56 (0.39 to 0.79) for myocardial infarction. After adjustment for oestrogen dose and risk factors, desogestrel and gestodene were associated with statistically significantly higher relative risks for pulmonary embolism (2.16, 1.93 to 2.41 and 1.63, 1.34 to 1.97, respectively) compared with levonorgestrel. Levonorgestrel combined with 20 µg oestrogen was associated with a statistically significantly lower risk than levonorgestrel with 30-40 µg oestrogen for each of the three serious adverse events. Conclusions For the same dose of oestrogen, desogestrel and gestodene were associated with statistically significantly higher risks of pulmonary embolism but not arterial thromboembolism compared with levonorgestrel. For the same type of progestogen, an oestrogen dose of 20 µg versus 30-40 µg was associated with lower risks of pulmonary embolism, ischaemic stroke, and myocardial infarction.
Professional Guidelines for the Care of Extremely Premature Neonates: Clinical Reasoning versus Ethical Theory

Professional statements guide neonatal resuscitation thresholds at the border of viability. A 2015 systematic review of international guidelines by Guillen et al. found considerable variability between statements’ clinical recommendations for infants at 23–24 weeks gestational age (GA). The authors concluded that differences in the type of data included were one potential source for differing resuscitation thresholds within this “ethical gray zone. ” How statements present ethical considerations that support their recommendations, and how this may account for variability, has not been as rigorously explored. We performed a mixed-methods exploratory analysis of 25 current international guidelines for neonatal resuscitation at 22+0−25+0 weeks GA. Qualitative analysis using a modified grounded theory yielded 34 distinct codes, eight categories, and four overarching themes. Three themes, consequentialism, principlism, and rights-based, consisted of concepts central to these ethical frameworks. The fourth theme, clinical reasoning, described counseling practices, medical management, outcomes data, and prognostic uncertainty, without any ethical context. The theme of clinical reasoning appeared in 22 of 25 guidelines. Ten guidelines lacked any ethical theme. Guidelines with an identified ethical theme were more likely to recommend comfort care than guidelines without an identified ethical theme, and recommended it at a higher average GA (22.7 weeks vs. 22.0 weeks, p = 0.03). Thus, how ethical concepts are incorporated into guidelines potentially impacts resuscitation thresholds. We argue that inclusion of explicit discussion of ethical considerations surrounding resuscitation in the “gray zone” would clarify values that inform recommendations and facilitate discussions about how neonatology ought to approach periviability as outcomes continue to evolve.
Lignes directrices simplifiées de PEER sur les lipides : actualisation 2023

Objectif Actualiser le guide de pratique clinique de 2015 et présenter une approche simplifiée de la prise en charge des lipides dans la prévention des maladies cardiovasculaires (MCV) en première ligne. Méthodes Conformément aux recommandations de l’Institute of Medicine dans Clinical Practice Guidelines We Can Trust, un panel pancanadien d’experts multidisciplinaires en lignes directrices a été formé. Ce panel était représentatif des cliniciens en soins primaires, libre de tout conflit d’intérêts avec l’industrie, et il tenait compte des points de vue des patients. Une équipe distincte, responsable des données probantes scientifiques, a passé en revue l’information sur les statines, l’ézétimibe, les inhibiteurs de la proprotéine convertase subtilisine-kexine de type 9, les fibrates, les chélateurs des acides biliaires, la niacine et les suppléments d’omega-3 (acide docosahexaénoïque avec acide eicosapentaénoïque [EPA] ou ester éthylique de l’EPA seul [icosapent]), ainsi que sur la réponse à 11 questions supplémentaires. Le panel des lignes directrices a finalisé les recommandations en utilisant la méthodologie GRADE (Grading of Recommendations Assessment, Development and Evaluation). Recommandations Toutes les recommandations sont présentées de manière à être centrées sur le patient et conçues en ayant à l’esprit les besoins des médecins de famille et des autres cliniciens des soins primaires. De nombreuses recommandations sont semblables à celles publiées en 2015. Les statines demeurent le traitement de première intention pour la prévention tant primaire que secondaire des MCV, et le régime méditerranéen et l’activité physique sont recommandés pour réduire le risque cardiovasculaire (en prévention primaire et secondaire). Le panel des lignes directrices a recommandé de ne pas utiliser le dosage des lipoprotéines a, des apolipoprotéines B ou le score calcique coronarien (SCC) dans l’évaluation du risque cardiovasculaire, et de ne pas cibler de seuils précis de taux lipidiques. L’équipe a aussi passé en revue de nouvelles données concernant les acides gras omega-3 (y compris l’ester éthylique d’EAP [icosapent]) et les inhibiteurs de la proprotéine convertase subtilisine-kexine de type 9, et a précisé les moments où il convient de procéder à une prise de décision partagée avec les patients sur les interventions pour diminuer le risque cardiovasculaire. Conclusion Ces lignes directrices actualisées et fondées sur des données probantes présentent une approche simplifiée de la prise en charge des lipides pour la prévention et le traitement des MCV. Ce guide de pratique clinique a été conçu par et pour des professionnels de la santé en soins primaires et leurs patients.
Aspectos diagnósticos, evolutivos y terapéuticos de la leucemia mieloide crónica

Introduccion: La leucemia mieloide cronica (LMC) es un sindrome mieloproliferativo cronico caracterizado por la presencia de una alteracion citogenetica en las celulas proliferantes, el cromosoma Filadelfia (Ph), que da lugar a la formacion de un gen hibrido BCR-ABL, fundamental en la patogenesis de la enfermedad. Objetivo: Describir el comportamiento de esta enfermedad en los pacientes tratados en el Instituto de Hematologia e Inmunologia. Material y metodos: Se estudiaron las caracteristicas de esta enfermedad en sus aspectos diagnosticos, evolutivos y terapeuticos, en los pacientes atendidos desde marzo de 1974 hasta junio de 2012. Resultados: El grupo de edad que predomino para ambos sexos fue de 30 a 39 anos. El 21 % de los pacientes se encontraban asintomaticos en el momento del diagnostico. La esplenomegalia fue el signo predominante en el 64 % de los pacientes. Los hallazgos iniciales mas significativos del hemograma consistieron en leucocitosis, basofilia y anemia. El 81 % de los casos se encontraba en fase cronica al inicio de la enfermedad. La mayoria de los pacientes debutaron con niveles de LDH elevados. Se observo el cromosoma Filadelfia en el 68 % de los pacientes a quienes se les realizo estudio citogenetico. El estudio del reordenamiento del gen BCR/ABL se realizo en el 70 % de los casos, siendo positivo en su totalidad. La media de supervivencia en relacion con el tratamiento fue mayor en los pacientes tratados con mesilato de imatinib desde el momento del diagnostico (11.7 anos). La media de supervivencia global es de 11.44 anos y la mediana es de 8.18 anos. Conclusiones: Todos los parametros demograficos, clinicos, de laboratorio y terapeuticos coincidieron con lo descrito en la literatura, excepto la edad de aparicion de la LMC que evidencio una disminucion.
Trends (2020–2022) toward Reduced Prevalence of Postcoronavirus Disease Syndrome and Improved Quality of Life for Hospitalized Coronavirus Disease 2019 Patients with Severe Infection and Venous Thromboembolism

Abstract The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic seems to be at its end. During the first outbreak, alfa was the dominant variant, and in the two following years, delta was the dominant variant. Questions remain about the prevalence and severity of post-COVID syndrome (PCS). We compared the medium-term outcomes of a selected group of patients considered at high risk for PCS: hospitalized patients with severe COVID-19 infection who presented clinical evidence of the acute onset of venous thromboembolism. Weighted Cox regression was used to estimate the adjusted hazard ratios for the risk of early and medium-term complications and quality of life (QoL) in COVID-19 patients developing acute venous thrombo-embolism according to the period of admission to the hospital. The primary outcome was the modification of QoL at a median follow-up of 24 months in patients hospitalized for COVID-19. The secondary outcome was the modification of QoL related to COVID-19 severity. The absolute risk of mortality for hospitalized COVID-19 patients was higher during the first outbreak (risk difference, 19% [95% confidence interval [CI], 16–22%]). Patients with acute onset of thromboembolism during the first outbreak had increased mortality, hospital stay, and need for intensive care unit treatment ( p < 0.01). In patients who suffered from severe COVID-19 infection and thromboembolism in the following 2 years, symptoms during follow-up were less common and milder (risk difference 45% [95% CI, 40–52%]. In total, 19 patients were alive at 24 months follow-up: 12 patients (63%) reported important physical symptoms and 10 patients (52%) relevant emotional/mental symptoms. All patients reported reduced QoL in comparison with the preinfection time; in 15 patients (79%), the reduced QoL limited significantly their social and work activities. All patients reported permanent worsening of QoL after discharge from the hospital. Comparing the three different February to April interval years (2020, 2021, and 2022), patients reported a somewhat worse perception of health condition in comparison with the preinfection time, respectively, in 100, 79, and 56% respectively. The findings of our study show reduced prevalence and severity of PCS in the last 2 years. Less virulent variants, herd immunity, and vaccination may played a significant role.
Electroencephalography as a Biomarker of Prognosis in Acute Brain Injury

Abstract Electroencephalography (EEG) is a noninvasive tool that allows the monitoring of cerebral brain function in critically ill patients, aiding with diagnosis, management, and prognostication. Specific EEG features have shown utility in the prediction of outcomes in critically ill patients with status epilepticus, acute brain injury (ischemic stroke, intracranial hemorrhage, subarachnoid hemorrhage, and traumatic brain injury), anoxic brain injury, and toxic-metabolic encephalopathy. Studies have also found an association between particular EEG patterns and long-term functional and cognitive outcomes as well as prediction of recovery of consciousness following acute brain injury. This review summarizes these findings and demonstrates the value of utilizing EEG findings in the determination of prognosis.
Biomarker in der Brustschmerz-Ambulanz (BSA)

Zusammenfassung Die Abklärung des akuten Brustschmerzes ist eine häufige Aufgabenstellung in Notaufnahmen und im ärztlichen Notdienst, nicht selten auch in der Haus- oder Facharztpraxis. Der Risikostratifikation des akuten Brustschmerzes kommt eine vitale Bedeutung zu, damit Patienten mit hochwahrscheinlicher Diagnose eines akuten kardiovaskulären Ereignisses zeitnah einer fachärztlichen Sofortdiagnostik und -therapie zugeführt werden können. Andererseits sollten unnötige Krankenhausaufnahmen vermieden werden, sofern ein Brustschmerz eindeutig als nicht kardial identifiziert werden kann. Deshalb wurden in den vergangenen Jahren zertifizierte Brustschmerz-Ambulanzen (BSA) etabliert. Neben weiteren Voraussetzungen stellt die jederzeitige Verfügbarkeit der Bestimmung kardialer Biomarker einen obligaten Eckpfeiler der Abklärung in der BSA dar. Neben einem Standard-12-Kanal-EKG erfolgt bei jedem BSA-Patienten die Bestimmung von Troponin und D-Dimeren sowie ggf. NT-pro BNP. Zusätzlich präzisiert die Anwendung klinischer Scores die Risikostratifikation von Brustschmerzpatienten. Besonders der HEART-Score bietet die Möglichkeit, eine Risikoabschätzung nach objektiven Kriterien vorzunehmen.
Évaluation d’un générateur automatique de reformulations médicales

Les textes médicaux sont difficiles à comprendre pour le grand public à cause des termes de spécialité. Ces notions médicales ont besoin d’être reformulées en utilisant des mots de la langue commune. La reformulation représente le processus de réécriture qui a le rôle d’expliquer ou simplifier une phrase ou syntagme. Nous présentons la méthodologie de construction d’un jeu de données original (termes et reformulations) permettant la détection et génération des nouvelles reformulations médicales. Pour compléter ce corpus, nous menons des expériences de génération automatique de reformulations médicales sous-phrastiques avec l’outil APT (Nighojkar & Licato, 2021), qui s’appuie sur des techniques d’apprentissage profond. Nous adaptons le modèle de langue de type Transformer T5 (Raffel et al., 2020) avec des termes médicaux et leur reformulations annotés manuellement en français et en roumain, langue romane peu dotée en ressources pour le TAL. Nous présentons une analyse détaillée des résultats de la génération automatique des paraphrases.
Un traitement hybride du vague textuel : du système expert VAGO à son clone neuronal

L’outil VAGO est un système expert de détection du vague lexical qui mesure aussi le degré de subjectivité du discours, ainsi que son niveau de détail. Dans cet article, nous construisons un clone neuronal de VAGO, fondé sur une architecture de type BERT, entraîné à partir des scores du VAGO symbolique sur un corpus de presse française (FreSaDa). L’analyse qualitative et quantitative montre la fidélité de la version neuronale. En exploitant des outils d’explicabilité (LIME), nous montrons ensuite l’intérêt de cette version neuronale d’une part pour l’enrichissement des lexiques de la version symbolique, et d’autre part pour la production de versions dans d’autres langues.
Enrichissement des modèles de langue pré-entraînés par la distillation mutuelle des connaissances

Les bases de connaissances sont des ressources essentielles dans un large éventail d’applications à forte intensité de connaissances. Cependant, leur incomplétude limite intrinsèquement leur utilisation et souligne l’importance de les compléter. À cette fin, la littérature a récemment adopté un point de vue de monde ouvert en associant la capacité des bases de connaissances à représenter des connaissances factuelles aux capacités des modèles de langage pré-entraînés (PLM) à capturer des connaissances linguistiques de haut niveau et contextuelles à partir de corpus de textes. Dans ce travail, nous proposons un cadre de distillation pour la complétion des bases de connaissances où les PLMs exploitent les étiquettes souples sous la forme de prédictions d’entités et de relations fournies par un modèle de plongements de bases de connaissances, tout en conservant leur pouvoir de prédiction d’entités sur de grandes collections des textes. Pour mieux s’adapter à la tâche de complétion des connaissances, nous étendons la modélisation traditionnelle du langage masqué des PLM à la prédiction d’entités et d’entités liées dans le contexte. Des expériences utilisant les tâches à forte intensité de connaissances dans le cadre du benchmark d’évaluation KILT montrent le potentiel de notre approche.
Les jeux de données en compréhension du langage naturel et parlé : paradigmes d’annotation et représentations sémantiques

La compréhension du langage naturel et parlé (NLU/SLU) couvre le problème d’extraire et d’annoter la structure sémantique, à partir des énoncés des utilisateurs dans le contexte des interactions humain/machine, telles que les systèmes de dialogue. Elle se compose souvent de deux tâches principales : la détection des intentions et la classification des concepts. Dans cet article, différents corpora SLU sont étudiés au niveau formel et sémantique : leurs différents formats d’annotations (à plat et structuré) et leurs ontologies ont été comparés et discutés. Avec leur pouvoir expressif gardant la hiérarchie sémantique entre les intentions et les concepts, les représentations sémantiques structurées sous forme de graphe ont été mises en exergue. En se positionnant vis à vis de la littérature et pour les futures études, une projection sémantique et une modification au niveau de l’ontologie du corpus MultiWOZ ont été proposées.
Classification de relation pour la génération de mots-clés absents

Les modèles encodeur-décodeur constituent l’état de l’art en génération de mots-clés. Cependant, malgré de nombreuses adaptations de cette architecture, générer des mots-clés absents du texte du document est toujours une tâche difficile. Cette étude montre qu’entraîner au préalable un modèle sur une tâche de classification de relation entre un document et un mot-clé, permet d’améliorer la génération de mots-clés absents.
Normalisation lexicale de contenus générés par les utilisateurs sur les réseaux sociaux

L’essor du traitement automatique des langues (TAL) se vit dans un monde où l’on produit de plus en plus de contenus en ligne. En particulier sur les réseaux sociaux, les textes publiés par les internautes sont remplis de phénomènes « non standards » tels que les fautes d’orthographe, l’argot, les marques d’expressivité, etc. Ainsi, les modèles de TAL, en grande partie entraînés sur des données « standards », voient leur performance diminuer lorsqu’ils sont appliqués aux contenus générés par les utilisateurs (CGU). L’une des approches pour atténuer cette dégradation est la normalisation lexicale : les mots non standards sont remplacés par leurs formes standards. Dans cet article, nous réalisons un état de l’art de la normalisation lexicale des CGU, ainsi qu’une étude expérimentale préliminaire pour montrer les avantages et les difficultés de cette tâche.
De l’interprétabilité des dimensions à l’interprétabilité du vecteur : parcimonie et stabilité

Les modèles d’apprentissage de plongements parcimonieux (SPINE, SINr) ont pour objectif de produire un espace dont les dimensions peuvent être interprétées. Ces modèles visent des cas d’application critiques du traitement de la langue naturelle (usages médicaux ou judiciaires) et une utilisation des représentations dans le cadre des humanités numériques. Nous proposons de considérer non plus seulement l’interprétabilité des dimensions de l’espace de description, mais celle des vecteurs de mots en eux-mêmes. Pour cela, nous introduisons un cadre d’évaluation incluant le critère de stabilité, et redéfinissant celui de la parcimonie en accord avec les théories psycholinguistiques. Tout d’abord, les évaluations en stabilité indiquent une faible variabilité sur les modèles considérés. Ensuite, pour redéfinir le critère de parcimonie, nous proposons une méthode d’éparsification des vecteurs de plongements en gardant les composantes les plus fortement activées de chaque vecteur. Il apparaît que pour les deux modèles SPINE et SINr, de bonnes performances en similarité sont permises par des vecteurs avec un très faible nombre de dimensions activées. Ces résultats permettent d’envisager l’interprétabilité de représentations éparses sans remettre en cause les performances.
iQPP: Une Référence pour la Prédiction de Performances des Requêtes d’Images

La prédiction de la performance des requêtes (QPP) dans le contexte de la recherche d’images basée sur le contenu reste une tâche largement inexplorée, en particulier dans le scénario de la recherche par l’exemple, où la requête est une image. Pour stimuler les recherches dans ce domaine, nous proposons la première collection de référence. Nous proposons un ensemble de quatre jeux de données (PASCAL VOC 2012, Caltech-101, ROxford5k et RParis6k) avec les performances attendues pour chaque requête à l’aide de deux modèles de recherche d’images état de l’art. Nous proposons également de nouveaux prédicteurs pré et post-recherche. Les résultats empiriques montrent que la plupart des prédicteurs ne se généralisent pas aux différents scénarios d’évaluation. Nos expériences exhaustives indiquent que l’iQPP est une référence difficile, révélant une importante lacune dans la recherche qui doit être abordée dans les travaux futurs. Nous publions notre code et nos données.
Le théâtre français du XVIIe siècle : une expérience en catégorisation de textes

La catégorisation de documents (attribution d’un texte à une ou plusieurs catégories prédéfinies) possède de multiples applications. Cette communication se focalise sur l’attribution d’auteur en analysant le style de vingt pièces de théâtre du XVIIe siècle. L’hypothèse que nous souhaitons vérifier admet que le véritable auteur est le nom apparaissant sur la couverture. Afin de vérifier la qualité de deux méthodes d’attribution, nous avons repris deux corpus additionnels basés sur des romans écrits en français et italien. Nous proposons une amélioration de la méthode Delta ainsi qu’une nouvelle grille d’analyse pour cette approche. Ensuite, nous avons appliqué ces approches sur notre collection de comédies. Les résultats démontrent que l’hypothèse de base doit être écartée. De plus, ces œuvres présentent des styles proches rendant toute attribution difficile.