Genetic diversity of domestic pigs in Tierralta (Colombia) using microsatellites

Summary Background: according to several authors, domestic pigs come from different wild boar populations with varied geographic distribution and are grouped in the genus Sus . Pig domestication occurred gradually. The first animals were small and gathered in small numbers. Several civilizations domesticated this animal as an important source of protein. Tierralta, in Cordoba province, has a large population of domestic pigs, which are a mixture of creole and other breeds. The genetic characterization of populations is used to check the status of genetic diversity, a conclusive element in determining breeding strategies and genetic conservation programs. PCR is the most commonly used technique for studying highly polymorphic markers, such as microsatellites or SSRs. The use of microsatellites is a powerful tool in genetic studies. They have been used for characterization studies of genetic diversity, genetic relationships between populations, paternity testing, inbreeding and genetic bottlenecks. Objective : the purpose of this study was to determine the genetic diversity of domestic pigs in Tierralta (Cordoba, Colombia) using 20 microsatellites. Methods: fifty four samples were studied. Twenty microsatellites recommended by the FAO/ISAG for swine biodiversity studies were used. Results: all the microsatellites were polymorphic, and were detected between 3 ( SW911 ) and 14 ( TNFB ) alleles (the average number was 6.9 alleles) and a total of 138 alleles were detected. Average expected heterozygosity was 0.5259 and the observed heterozygosity was 0.5120. PIC values ranged from 0.3212 to 0.7980 for loci SW2410 and IFNG , respectively. Conclusions: the results suggest that the analyzed population represents a group with high genetic diversity. Keywords: genetic variation, Hardy-Weinberg, probability of exclusion, Sus scrofa domestica . Resumen Antecedentes: varios autores concuerdan en afirmar que los cerdos domesticos provienen de diferentes poblaciones de jabali salvaje con distinta distribucion geografica y se agrupan en el genero Sus . Es aceptado que la domesticacion del cerdo, ocurrio de manera lenta y progresiva y que los primeros animales eran pequenos, se reunian en grupos poco numerosos. La preferencia para la domesticacion de estos animales en varias civilizaciones, se debio a que ellos representaban una importante fuente proteica. El departamento de Cordoba es una de las regiones de Colombia con mayor poblacion de cerdo domestico, formada en su mayoria por la mezcla de la raza criolla con otras razas. La caracterizacion genetica de las poblaciones, permite comprobar el estado de la diversidad genetica, elemento concluyente en la determinacion de estrategias de crianza y de programas geneticos de conservacion. La PCR es la tecnica mas utilizada para el estudio de marcadores extremadamente polimorficos como son los microsatelites o SSRs. Los microsatelites son una poderosa herramienta para estudios geneticos, los cuales han sido utilizados para estudios de caracterizacion y diversidad genetica, relaciones geneticas entre poblaciones, pruebas de paternidad, consanguinidad, cuellos de botella geneticos, entre otros. Objetivo: el objetivo del presente estudio fue determinar la diversidad genetica de la poblacion de cerdo domestico en Tierralta (Cordoba, Cordoba). Metodo: fueron estudiadas 54 muestras de este grupo. Se usaron 20 microsatelites de los recomendados por la FAO/ISAG para estudios de biodiversidad porcina. Resultados: se determino que todos los microsatelites utilizados resultaron polimorficos y se detectaron entre 3 ( SW911 ) y 14 ( TNFB ) alelos, con un numero medio de alelos de 6,9 y un total de 138 alelos. La heterocigosidad media esperada fue 0,5259 y la observada 0,5120. Los valores del PIC oscilaron entre 0,3212 y 0,7980 para los loci SW2410 y IFNG, respectivamente. Conclusion: los resultados sugieren que la poblacion de cerdos analizada, representa un grupo con alta diversidad genetica. Palabras clave: Hardy-Weinberg, probabilidad de exclusion, Sus scrofa domestica , variacion genetica . Resumo Antecedentes: varios autores concordam em afirmar que os porcos domesticos vem de diferentes populacoes de javalis com distribuicao geografica variada e estao agrupados no genero Sus. Aceita-se que a domesticacao ocorreu lenta e gradualmente e que os primeiros animais eram pequenos e que eles se reuniram em pequenos numeros. A preferencia para a domesticacao desses animais em varias civilizacoes deveu-se ao fato de que eles eram uma importante fonte de proteina. O departamento de Cordoba e uma das regioes com o maior numero de porcos domesticos, composto principalmente da raca crioulo misturado com outras racas. A caracterizacao genetica de populacoes nos permite verificar o estado da diversidade genetica, um elemento conclusivo para determinar estrategias de melhoramento e programas de conservacao genetica. A PCR e uma das tecnicas utilizadas no estudo de marcadores polimorficos, como microssatelites ou SSR. Os microssatelites sao uma ferramenta poderosa para estudos geneticos, que tem sido usado para estudos de caracterizacao da diversidade genetica, relacoes geneticas entre populacoes, testes de paternidade, endogamia e gargalos geneticos, entre outros. Objetivo: o objetivo deste estudo foi determinar a diversidade genetica do porco domestico em Tierralta (Cordoba, Colombia) utilizando-se 20 microssatelites. Metodo: foram estudados 54 amostras neste grupo. Foram usados 20 microssatelites recomendado pela FAO/ISAG para estudos de biodiversidade suina. Resultados: foram utilizados vinte microssatelites recomendados pela FAO/ISAG para estudos de biodiversidade suina. Determinouse que todos os microssatelites utilizados foram polimorficos e foram detectados entre 3 ( SW911 ) e 14 ( TNFB ) alelos, com um numero medio de 6,9 alelos e um total de 138 alelos. A heterozigosidade media esperada foi de 0,5259 e o observado foi de 0,5120. Os valores PIC variaram entre 0,3212-0,7980 para loci SW2410 e IFNG , respectivamente. Conclusoes: os resultados sugerem que se trata de uma populacao significativamente diversa. Palabras chave: Hardy-Weinberg, probabilidade de exclusao, Sus scrofa domestica , variacao genetica.