Diversité de Ralstonia Solanacearum au Cameroun et bases génétiques de la résistance chez le piment (Capsicum Annuum) et les Solanacées

La connaissance de la diversite genetique de R. solanacearum autant que la connaissance du determinisme genetique de la resistance sont importantes pour etablir une strategie de lutte contre cette bacterie ubiquiste. Elles permettent de choisir et d'orienter des methodes de lutte et le developpement d'outils de controle de quarantaine adaptes. Dans un contexte scientifique de plus en plus tourne en genetique par l'approche plante modele et dans lequel les Solanacees occupent la place de plante pionniere d'une part, et d'autre part par l'emergence de contournement des resistances liees a la grande diversite genotypique et phenotypique de R. solanacearum (au point ou on parle ici de complexe d'espece), l'objectif de cette these est de contribuer a etablir les bases d'un programme d'amelioration des Solanacees contre cette phytobacteriose majeure au Cameroun. En recourant a une approche moleculaire, notamment la methode de caracterisation phylophasique qui decrit la diversite genetique des souches de R. solanacearum en quatre phylotypes et sequevars, nous avons revele l'existence de trois phylotypes dans ce pays d'Afrique dont la diversite agro-climatique lui vaut le surnom d'" Afrique en miniature ". Ces phylotopes sont le I (Asiaticum), II (Americanum) et III (Africanum). Les souches du phylotype III du Cameroun se sont revelees genetiquement distinctes des souches africaines de reference originaires du Zimbabwe et de l'Ocean Indien. Les souches isolees sur pomme de terre dans les hauts plateaux de l'Ouest du Cameroun se classent dans les deux phylotypes, a savoir le II (r3-bv2) et le III. Ces souches du phylotype II et III des hauts plateaux de l'Ouest infectent aussi bien la pomme de terre que la tomate, et pourraient constituer une menace economique pour ces cultures dans cette region. Dans cette etude, les souches du phylotype I emergent en zone forestiere humide comme une contrainte majeure a la culture des Solanacees. Ce constat a oriente le choix d'une souche de ce phylotype (CMR143) dans les travaux de la cartographie genetique de la resistance chez le piment. Pour ce faire, deux geniteurs de resistance differents CM334 et PM687 ont ete consideres. Ces etudes genetiques ont montre une forte heritabilite de la resistance au fletrissement bacterien chez le piment. La detection de QTL par analyse de variance (ANOVA), par cartographie d'intervalle, simple (SIM) et composite (CIM), ont revele l'existence de 3 a 6 QTLs et d'interactions digeniques dans le controle de la resistance du piment au fletrissement bacterien. Ces resultats confirment le caractere oligogenique de la resistance du piment au fletrissement bacterien. En mettant ensemble ces QTLs et ces interactions digeniques, 47 a 64 % de la variance phenotypique sont expliques selon le caractere de resistance considere. Par ailleurs, il est montre que la resistance du piment au fletrissement bacterien est fortement associee a la limitation de l'envahissement de la tige par la bacterie. De plus, cette etude a mis en evidence le caractere phylotype-specifique de la resistance, car seulement 33% de facteurs genetiques contribuent au controle du fletrissement bacterien lors de tests avec le phylotype 2. La localisation de ces derniers permet de conclure en validant partiellement l'hypothese de syntenie entre la tomate et le piment.