Détection et validation fonctionnelle de régions du génome affectant la résistance aux strongles gastro-intestinaux chez le mouton

Les strongles gastro-intestinaux, dont Haemonchus contortus constituent un probleme majeur pour l'elevage des ovins allaitants. Ils entrainent des pertes de production et le recours aux anthelminthiques est remis en question par l'apparition de souches de vers resistantes. La selection d'ovins plus resistants fait partie des strategies complementaires de lutte les plus serieuses. Cependant sa mise en oeuvre requiert une meilleure comprehension des mecanismes sous-jacents. Cette these vise a identifier les regions du genome ovin impliquees dans la resistance aux strongles gastro-intestinaux. Une analyse statistique d'association entre des marqueurs genetiques et des mesures de resistance d'un troupeau d'ovins croises Martinik Black-belly x Romane a mis en evidence un nombre limite de regions d'interet. Parmi celles-ci, un segment du chromosome 12 a ete choisi pour effectuer des accouplements raisonnes et valider son role dans la resistance a H. contortus. L'effet de cette region a ete valide chez les descendants issus d'accouplements assistes par marqueurs genetiques. Cette region semble limiter fertilite des vers femelles tout en contribuant a une reponse immunitaire plus forte. Le role d'une region du chromosome 21 dans la variation de concentration plasmatique en pepsinogene, un marqueur de lesions abomasales, a egalement ete confirme. Un gene candidat sous-jacent est en cours de sequencage et l'analyse des polymorphismes devrait contribuer a la validation de son role. Deux autres genes tres proches pourraient egalement etre impliques et meriteraient une consideration future. Ces travaux illustrent a la fois la variation genetique disponible pour les caracteres de resistance a H. contortus et la complexite des mecanismes mis en jeu. Des etudes complementaires de sequencage et d'etude d'expression par sequencage devrait contribuer a une meilleure comprehension des fonctions des genes impliques et de leurs interactions. ABSTRACT : Gastro-intestinal nematodes, among which Haemonchus contortus are a major threat to the meat sheep industry. They are responsible for production losses and the apparition of worm populations resistant to drugs limits their use as worm control strategy. Breeding more resistant sheep is among the most practicable alternative strategy. However its implementation requires a deeper understanding of underlying mechanisms. This PhD aims at identifying regions of the ovine genome affecting resistance to gastro-intestinal nematodes. A statistical analysis of existing associations between genetic markers and resistance traits of a Martinik Black-belly x Romane cross-bred sheep flock unraveled a limited number of key players. Among these, a fragment of the chromosome 12 was chosen to perform marker-assisted matings and to validate its role in resistance to H. contortus. The effect of this region was validated in the progenies born from matings. It seems this chromosomic fragment limits female worms fertility and is associated to a stronger immune response. The putative role played by a fragment of the chromosome 21 in plasmatic pepsinogen concentration (a biomarker of abomasal lesions) was also confirmed in this work. A candidate gene underlying this region has been sequenced and the analysis of the detected polymorphisms should confirm its role. Further, two other genes in its vicinity could also play a role in this biological phenomenon and they should also deserve future considerations. This work illustrated both the existing genetic variation for resistance to H. contortus and the associated complexity of underlying mechanisms. Additional sequencing and gene expression sequencing studies should help understanding gene functions and interactions.