Epidémiologie moléculaire des géminivirus responsables de maladies émergentes sur les cultures maraîchères au Burkina Faso

Les epidemies virales constituent une menace majeure pour les cultures dans de nombreuses regions tropicales et subtropicales du monde. En Afrique de l'Ouest et Centrale, malgre la caracterisation d'une multitude de nouvelles especes de geminivirus, les connaissances sur l'epidemiologie des maladies virales emergentes restent incompletes, notamment concernant la diversite et l'identification precise des especes virales incriminees. Paradoxalement, si l'on considere que la plupart des maladies emergentes causees par les geminivirus sont liees a des virus infectant naturellement les plantes sauvages, et qui se seraient adaptes aux plantes cultivees introduites, la diversite des populations virales dans leurs ecosystemes naturels reste tres largement meconnue. De plus, le caractere non perenne de la majorite des plantes maraicheres suggere l'existence de plant es hotes alternatives ou reservoirs, qui permettent aux populations virales de se maintenir lors des periodes d'intercultures. Par consequent, pour lutter contre ces nouvelles maladies virales devastatrices, il est primordial d'acquerir de meilleures connaissances de la diversite des populations virales des plantes cultivees et sauvages, de leurs repartitions geographiques, de leurs liens phylogenetiques, de leurs pathogenicites et des principaux facteurs epidemiologiques a l'echelle des agro-ecosystemes. Ainsi, les travaux entrepris dans cette these ont porte sur l'analyse d'echantillons de plantes maraicheres et non cultivees provenant de 48 localites reparties sur le territoire du Burkina Faso et de Cote d'Ivoire. Nos principaux resultats confirment a la fois la non-exhaustivite de notre connaissance de la diversite des geminivirus present sur les cultures maraicheres, avec l'existence d'au moins cinq especes de geminivirus impliques dans la maladie du ToLCD-TYLCD, d'un gradient Nord-Sud de complexite des especes de geminivirus au Burkina Faso, la predominance du PepYVMLV sur les solanees cultivees et la presence de nombreuses plantes alternatives ou reservoirs. Au regard de la decouverte d'un nouveau composant d'ADN-B en association avec le PepYVMLV, les principaux parametres du pouvoir pathogene du PepYVMLV en infection simple ou mixte avec le composant d'ADN-B ont ete evalues en conditions controlees. Nos resultats demontrent que meme si le PepYVMLV n'est pas un begomovirus bipartite strict, l'ADN-B represente a la fois un activateur fort de la virulence, de l'accumulation du virus dans la plante et de la transmission par son insecte vecteur Bemisia tabaci, qui semblent concourir a sa predominance sur le terrain. Une diffusion plus large de ce composant d'ADN- B representerait une menace majeure pour la culture de la tomate au Burkina Faso, en Afrique et plus largement dans le monde. L'elargissement des analyses par l'utilisation d'une approche metagenomique a non seulement permis de confirmer la presence d'une majorite des virus decrits prealablement avec les approches classiques, mais egalement la caracterisation de nouvelles especes virales. L'analyse des reseaux d'associations virus-plantes hotes et virus-virus ont montre des liens forts entre les populations virales associes a des groupes de genres de plantes cultivees et non cultivees soulignant la necessite de considerer les agro-ecosystemes dans leur totalite pour lutter contre les maladies a geminivirus. L'ensemble de nos resultats soulignent l'importance des travaux d'epidemiosurveillance et d'inventaire des populations virales sur les plantes cultivees et sauvages afin de comprendre le fonctionnement des communautes virales a l'echelle des agroecosystemes et l'impact des perturbations anthropiques sur les processus d'emergence de nouvelles maladies.