Prospects of genomic selection for disease resistances in winter wheat (Triticum aestivum L.)

The aims of this study were to improve selection for FHB and STB resistances by (i) evaluating the effect of the recently described dwarfing locus Rht24 in comparison to the widely used Rht-D1 on FHB and STB resistances, plant height, and heading date for the first time, (ii) investigating the potential of the non-adapted QTL Fhb1 and Fhb5 for breeding semi-dwarf wheat, (iii) analyzing the prediction accuracy achieved by within- and among-family prediction comparing the models ridge regression-best linear unbiased prediction (RR-BLUP) and weighted RR-BLUP (wRRBLUP), and (iv) computing the advantage from genomic selection and determine the percentage of correctly selected top 10 % individuals for FHB and STB resistances. The results of this study demonstrated that the most recently described gibberellic acid sensitive dwarfing gene Rht24 on chromosome 6A reduces plant height by 8.96 cm without adverse effects on FHB and STB resistances. Further, no association with heading date was observed. In contrast, Rht-D1b decreased FHB resistance by 10.05 percentage points. This work has further shown, that the resistance alleles of Fhb1 and Fhb5 reduced FHB severity by 6.54 and 11.33 percentage points, respectively, and that the non-adapted allele Fhb5b alone was able to counterbalance the negative impact of Rht-D1b on FHB resistance in a population consisting of eight bi-parental families segregating for these resistance loci. This indicates that in breeding programs the choice of semi-dwarfing and FHB resistance genes is of crucial importance where improvement of FHB resistance is a relevant breeding goal and breeders must select the appropriate dwarfing source that may confer resistance. In this study, furthermore, the potential of GS within and among families was investigated. The prediction accuracies evaluated within individual families were higher than those among families for all traits and differed between families and prediction constellations. The upweighting of significant markers by using the wRR-BLUP model was superior to the commonly used RR-BLUP model when large effect loci like Rht-D1 or Fhb5 were present. In this study, the genomic estimated breeding values (GEBVs) of 2,500 untested genotypes were calculated based on a partially related training population of 1,120 genotypes and the 10 % most resistant FHB and STB individuals were selected as well as a random sample under consideration of plant height. The best linear unbiased estimators (BLUES) of the selected genotypes were evaluated at four ecologically different locations relative to a randomly selected sample of genotypes. For FHB resistance, a genomic selection advantage of 10.62 percentage points relative to the random sample was achieved. However, GS improved resistance to STB only by 2.14 percentage points. The results of this study indicate that a rigorous selection of breeding parents based on GEBVs for high FHB resistance seems not to be sufficiently reliable as the percentage of correctly selected individuals of the observed 10 % top individuals for the whole selection population was only 19 %. In summary, GS has shown to be a valuable tool to support the breeding progress for the complex inherited FHB resistance over short cycles and increased population sizes. Increased resistance to FHB in winter wheat could be achieved by that approach in combination with the choice of the appropriate dwarfing source and the potential use of the non-adapted QTL Fhb5. Die Ziele dieser Arbeit waren (i) die erstmalige Evaluierung des Effekts des Zwerggens Rht24 auf FHB- und STB-Resistenzen, Wuchshohe und Ahrenschieben im Vergleich zum weit genutzten Locus Rht-D1, (ii) die Untersuchung des Potenzials der nichtadaptierten QTL Fhb1 und Fhb5 fur die Entwicklung von Kurzstrohweizen, (iii) die Analyse der Vorhersagegenauigkeit von GS innerhalb und zwischen Familien durch die Anwendung der beiden Modelle RR-BLUP (ridge-regression best linear unbiased prediction) und wRR-BLUP (weighted RR-BLUP) und (iv) die Berechnung des Selektionsgewinns bzw. die Bestimmung der korrekt selektierten Top-10 %-Genotypen fur FHB- und STB-Resistenzen durch GS. Die Ergebnisse dieser Studie zeigten, dass das gibberellinsauresensitive Zwerggen Rht24 auf Chromosom 6 die Wuchshohe um durchschnittlich 8,96 cm senkte, ohne dabei die FHB- und STB-Resistenzen oder den Zeitpunkt des Ahrenschiebens ungunstig zu beeinflussen. Demgegenuber senkte das weitlaufig verwendete Allel Rht-D1b die FHB-Resistenz um durchschnittlich 10,05 Prozentpunkte in einer Winterweizenpopulation bestehend aus acht biparentalen Familien, die fur diese Resistenzloci segregierten. Diese Arbeit hat zusatzlich aufgezeigt, dass die Resistenzallele von Fhb1 und Fhb5 die FHB-Anfalligkeit um 6,54 bzw. 11,33 Prozentpunkte reduzierten und somit bereits allein das nicht-adaptierte Allel Fhb5b in der Lage ist, den negativen Effekt von Rht-D1b auf die FHB-Resistenz im untersuchten Material auszugleichen. Das verdeutlicht, dass die Wahl der Zwerg- und Resistenzgene in Zuchtprogrammen, in denen FHB-Resistenz ein Selektionsmerkmal ist, von entscheidender Bedeutung ist. In dieser Studie wurde des Weiteren das Potenzial der GS innerhalb und zwischen Familien untersucht. Die Vorhersagegenauigkeiten innerhalb einer Familie waren fur alle Zielmerkmale hoher als die zwischen Familien und unterschieden sich zwischen den einzelnen Familien und Vorhersagekonstellationen. Die starkere Gewichtung von signifikanten Markern durch das wRR-BLUP-Modell fuhrte zu einer Verbesserung der Vorhersagegenauigkeit im Vergleich zum weit genutzten RR-BLUP-Modell, wenn einzelne Gene, wie Rht-D1, oder Major-QTL, wie Fhb5, vorhanden waren. In dieser Studie wurden die genomisch geschatzten Zuchtwerte (GEBVs) von 2.500 ungepruften Genotypen bestimmt, basierend auf einer partiell verwandten Trainingspopulation von 1.120 Genotypen. Die 10 % FHB- und STB-resistentesten Linien und eine zufallige Stichprobe wurden unter Berucksichtigung der Wuchshohe genomisch selektiert und phanotypisch in einem vierortigen Feldversuch evaluiert. Fur die FHB-Resistenz wurde ein Selektionserfolg von 10,62 Prozentpunkten relativ zur zufallig selektierten Populationsstichprobe ermittelt. Die GS erhohte die STB-Resistenz allerdings nur um 2,14 Prozentpunkte. Auch die Selektion von neuen Kreuzungseltern auf der Basis von GS erscheint nicht ausreichend zuverlassig, da nur 19 % der Top-10 %-Individuen korrekt selektiert wurden. Zusammenfassend stellt die GS ein wertvolles Werkzeug dar, um den Zuchtfortschritt fur die komplex vererbte FHB-Resistenz uber kurzere Zyklen und grosere Populationen zu unterstutzen. In Kombination mit der Nutzung geeigneter Zwerggene und des nicht adaptierten QTL Fhb5 kann dadurch eine Steigerung der FHB-Resistenz im Winterweizen erzielt werden.