Influence des rejets humains et animaux sur la diffusion de l'antibiorésistance à l'homme, aux animaux et à l'environnement en Guadeloupe

La resistance aux antibiotiques represente un probleme de sante publique majeur. La pression de selection liee a la surutilisation des antibiotiques en medecines humaine et veterinaire est responsable de cette augmentation, mais l’environnement joue egalement son role dans la diffusion de ces resistances.En Guadeloupe, tres peu d’etudes ont ete realisees sur l’etat de la resistance aux antibiotiques, mais l’utilisation veterinaire et humaine des antibiotiques est intensive. Les amendements issus de dechets humains et animaux sont egalement largement utilises en production vegetale.Cependant, les analyses moleculaires ont pu mettre evidence la persistance des genes de resistance aux antibiotiques et des genes de mobilite dans les composts et les sols amendes. L’abondance et la persistance des genes de resistance de mobilite aux antibiotiques dans les cultures maraicheres (concombres et patates douces) sont liees a leur concentration dans les amendements. Un epandage realise jusqu’a trois fois consecutivement ne modifie pas la structure genetique des communautes bacteriennes dans les sols quel que soit l’amendement utilise. Les phylums bacteriens majoritairement retrouves dans les composts et les sols sont les Proteobacteria, les Firmicutes et les Bacteroidetes qui sont susceptibles de porter les genes de resistance aux antibiotiques. L’apport d’amendements organiques dans les sols ne semble pas constituer un risque majeur d’acquisition de resistances par l’homme via les legumes consommes. En revanche, dans les elevages de grande taille ou les animaux confines sont pourvoyeurs de BRAs et de GRAs, les eleveurs pourraient etre exposes via les aerosols en cas d’exposition prolongee. En Guadeloupe, la valorisation des dechets organiques, quelle que soit leur origine, pour leur utilisation en production vegetale ne semble pas favoriser la diffusion d’E. coli resistants de l’environnement a l’homme. Cependant, la qualite du compostage, les caracteristiques physico-chimiques des sols et les conditions climatiques sont a prendre en compte pour la planification des apports d’amendements afin de reduire le risque d’exposition, de diffusion et de persistance de isolats d’E. coli resistants.Quinze souches d’E. coli productrices de Betalactamase a spectre etendu (BLSE) ont ete isolees des feces des chevaux durant leur traitement antibiotique, trois pour le premier cheval et 12 pour le second. Les profils de resistance aux antibiotiques etaient congruents avec l'analyse des plasmides, les genes de resistance detectes au moyen de WGS, et avec l'analyse phylogenetique basee sur le genome du noyau. On peut distinguer trois clones et quatre singletons indiquant qu'une grande diversite genetique existe parmi les souches d’E. coli producteurs de BLSE.Cette etude a permis de mettre en evidence la persistance des E. coli productrices de BLSE (E. coli BLSE) dans le microbiote des chevaux traites par des antibiotiques. Cette etude a pu demontrer qu’il y a resurgence d’E. coli BLSE des les premiers jours de traitement avec une persistance de ces souches plus d’un mois apres le traitement. En effet, deux mois apres la fin du traitement, les E. coli BLSE n’etaient plus detectables. Cette surprenante diversite clonales et l’apparition d’E. coli BLSE avant tout traitement antibiotique laisse supposer que le portage d’E. coli BLSE est frequent chez les chevaux de cet elevage et probablement a plus grande echelle.