The need for a Colombian bioinformatics and computational biology centre

The main, most revolutionary advances in biology during this century have arisen from information being provided from revealing different organisms’ complete genomes. The discoveries deriving from genomics are leading to a new paradigm in biology, the era of gene-centred biology being substituted for that centred on genomes. Such new concepts 1 Grupo de investigacion en evolucion y sistematica molecular, Intropic, Universidad del Magdalena, Santa Marta, Colombia. 2 Division de Ciencias Basicas, Grupo de investigacion en quimica y biologia, Universidad del Norte, Atlantico, Colombia. 3 Centro Nacional de Investigacion de Cafe (Cenicafe), Caldas, Colombia. Rev. Colomb. Biotecnol. Vol. XII No. 1 Juli 2010 179-189 180 Rev. Colomb. Biotecnol. Vol. XII No. 1 Julio 2010 179-189 represent the basis for developments with great potential and social impact in different areas such as medicine, agriculture and industry. The successful development of latestgeneration methods for genome sequencing, proteomics and all the other “-omics” has contributed towards an enormous amount of genetic data being produced that needs to be analyzed using computational tools. This has led to the development of a new area called bioinformatics or computational biology. The present work gives a general overview of the development of bioinformatics and computational biology in Colombia. The justification for the establishment of a National bioinformatics and computational biology centre is discussed, as well as some aspects that will be crucial for developing this science in Colombia. Recibido: febrero 26 de 2010 Aprobado: junio 17 de 2010 Breve definicion e historia La reciente revolucion de la genomica y la bioinformatica ha invadido el mundo entero de una manera sorprendentemente rapida. En muchas conversaciones y escritos, inclusive de personas no cientificas, el dilema del genoma humano incluyendo el analisis de la variacion genetica, el acceso a la informacion genetica y el alcance que implica conocer esta secuencia, es tema de debate (Ouzounis y Valencia, 2003). En las dos ultimas decadas, el almacenamiento de datos biologicos en bases de datos publicas se ha vuelto extremadamente comun, y estas bases de datos han crecido a una velocidad enorme (Gibas y Jamebeck, 2001). Para ser mas explicitos respecto a la tasa de crecimiento de la informacion, en agosto del 2000, la base de datos GenBank contenia 8’,214.000 secuencias (Benson et al., 2000), mientras que para agosto del 2009 este numero habia aumentado a 108’431.692 (Benson et al., 2010). Once millones de secuencias fueron agregadas en el 2009. Desde su comienzo, GenBank ha crecido exponencialmente y continua haciendolo, doblando su tamano aproximadamente cada 35 meses. Los genomas completos representan un area de la base de datos con alta tasa de crecimiento. En este momento GenBank contiene mas de 1000 genomas completos de bacteria y archae, de los cuales 30% fueron depositados durante el 2009. El numero de genomas eucariotas asciende a 380 WGS de ensamblajes disponibles (Benson et al., 2010). Como resultado de esta enorme cantidad de informacion, los computadores se han vuelto indispensables para analizar los datos biologicos. La bioinformatica se ha definido, entonces, como la aplicacion de las tecnicas computacionales para entender, organizar y analizar la informacion asociada a las macromoleculas (Luscombe et al., 2001). La biologia computacional, en cambio, abarca mas alla de la bioinformatica, podriamos definirla como todos los aspectos de la biologia computacional aplicados a las diferentes areas de la biologia en todas sus escalas, desde moleculas y celulas hasta poblaciones y ecosistemas. La investigacion en biologia computacional comprende entonces cualquier cosa, desde abstraccion de las propiedades de un sistema biologico en un modelo fisico o matematico, hasta la implementacion de nuevos algoritmos