Avaliação do efeito de um probiótico na performance zootécnica e microbiota entérica em coelhos (Oryctolagus cuniculus) de produção

vi Índice . 1 Índice de abreviaturas. 3 Índice de Tabelas . 5 Índice de Figuras . 7 Capítulo I Introdução . 9 1.Cunicultura . 10 2.Uso de antimicrobianos na produção animal . 11 2.1. Antimicrobianos: modo de ação . 13 2.2. Mecanismos de resistência aos antimicrobianos . 14 3. Probióticos . 15 3.1. Enterococcus spp. 17 3.2. Escherichia coli . 19 4.Genotipagem . 20 4.1. Enterobacterial repetitive intergenic consensos (ERIC-PCR) . 21 4.2. Genotipagem por campo pulsado (PFGE) . 22 Objetivos . 24 Capítulo II Materiais e Métodos . 25 1.Amostras . 26 2. Análise do fenótipo de resistência dos isolados de Escherichia coli e Enterococcus spp. 27 3. Análise genética dos probióticos administrados e dos isolados recolhidos. 28 3.1. Análise genética de Escherichia coli. 28 Avaliação do efeito de um probiótico na performance zootécnica e microbiota entérica em coelhos (Oryctolagus cuniculus) de produção 2 3.1. 1. Extração de DNA . 28 3.1. 2. Caracterização filogenética . 29 3.1. 3.Genotipagem por Electroforese em campo pulsado (PFGE) . 30 3.2. Análise Genética de Enterococcus spp. 32 3.2.1. Extração de DNA . 32 3.2.2. Identificação genética das espécies . 33 3.2. 3.Genotipagem por Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus ERIC-PCR . 35 3.3. Análise dos perfis de genotipagem . 35 Capítulo III Resultados . 36 1. Análise da performance zootécnica dos coelhos . 37 2. Análise microbiológica das fezes dos coelhos . 41 3. Análise da prevalência das estirpes constituintes do probiótico ao longo do estudo . 43 3.1. Análise das estirpes de E. coli . 43 3.1. 1. Análise do fenótipo de resistência . 43 3.1. 2. Análise da caracterização filogenética das estirpes constituintes do probiótico . 45 3.1. 3. Análise da genotipagem por PFGE . 47 3.2. Análise das estirpes de Enterococcus spp. 51 3.2.1. Análise do fenótipo de resistência . 51 3.2.2. Análise da caracterização das espécies . 53 3.2. 3. Análise da genotipagem por ERIC-PCR . 55 Capítulo IV Discussão . 59 Capítulo V Conclusão . 67 Referências Bibliográficas . 69 Avaliação do efeito de um probiótico na performance zootécnica e microbiota entérica em coelhos (Oryctolagus cuniculus) de produção 3 Índice de abreviaturas AB Antibiótico AK Amicacina AMC Amoxicilina/ácido clavulânico AMP Ampicilina ATM Aztreonam BHI Brain heart infusion C Cloranfenicol CAZ Ceftazidima CIP Ciprofloxacina CN Gentamicina CTX Cefotaxima DNA Ácido desoxirribonucleico E Eritromicina E. coli Escherichia coli ERIC-PCR Enterobacterial repetitive intergenic consensus F Nitrofurantoína FOX Cefoxitina IPM Imipenem K Canamicina KAA Kanamycin aesculin azide agar base LAB Bactérias ácido lácticas LMP Low melting point agarose MH Mueller-Hinton NA Ácido nalidíxico PB Probiótico PCR Polymerase chain reaction PFGE Genotipagem por campo pulsado QD Quinupristina/dalfopristina RD Rifampicina S Estreptomicina S-B Slanetz and Bartley Avaliação do efeito de um probiótico na performance zootécnica e microbiota entérica em coelhos (Oryctolagus cuniculus) de produção 4 SXT Sulfametoxazol/trimedoprima TBE Tampão Tris/Borato/EDTA TBX Tryptone Bile XGlucuronide TE Tetraciclina TEC Teicoplanina TOB Tobramicina UFC Unidades formadoras de colónias UPGMA Unweighted pair group method using arithmetic averages VAN Vancomicina Avaliação do efeito de um probiótico na performance zootécnica e microbiota entérica em coelhos (Oryctolagus cuniculus) de produção