Prevalence and Distribution of Avian Influenza A(H5N1) Virus Clade Variants in Live Bird Markets of Vietnam, 2011–2013

SUMMARY Active surveillance for avian influenza (AI) viruses in poultry sold at live bird markets (LBMs) was conducted in 44 of 63 provinces throughout Vietnam over two periods from September 2011 to February 2012 and October 2012 to June 2013. The study objectives were to assess the prevalence of avian influenza type A, H5, and H5N1 subtype viruses and characterize the geographical and temporal distribution of H5N1 virus genetic variants across the country. Monthly sampling was conducted in 394 LBMs located in 372 communes. A total of 9790 oropharyngeal swabs from poultry were screened for influenza A virus by real-time reverse-transcriptase PCR. Virus isolation was attempted on all positive samples in embryonated chicken eggs, and the HA1 region of each H5 virus isolate was sequenced. Market prevalence of H5 subtype virus was 32.2% (127/394) over the cumulative 15 mo of surveillance. Phylogenetic analyses indicated that clade 1.1 viruses persisted in the south, whereas three genetically distinct subgroups of clade 2.3. 2.1 were found simultaneously in northern, central, and southern Vietnam. Clade 2.3. 2.1c viruses first appeared in July 2012 and spread rapidly to the center and south of Vietnam in late 2012, where they were predominant among clade 2.3. 2.1 viruses and were detected in both active LBM surveillance and poultry outbreaks. Given the overlapping geographic distribution of clade variants and the antigenic divergence previously described for these clades, current AI poultry vaccines used in Vietnam may require bivalent formulations containing representatives of both clade 1.1 and clade 2.3. 2.1 viruses. RESUMEN Prevalencia y distribución de virus variantes de clado de la influenza aviar A H5N1 en mercados de aves vivas en Vietnam, 2011-2013. Se llevó a cabo vigilancia activa para virus de influenza aviar (IA) en las aves que se venden en los mercados de aves vivas en 44 de 63 provincias de Vietnam por dos períodos entre septiembre del 2011 a febrero 2012 y entre octubre del 2012 hasta junio de 2013. Los objetivos del estudio fueron evaluar la prevalencia del virus de la influenza aviar tipo A, H5 y subtipo H5N1 y caracterizar la distribución geográfica y temporal de las variantes genéticas del virus H5N1 en todo el país. Se realizó un muestreo mensual en 394 mercados de aves vivas ubicados en 372 municipios. Un total de 9,790 hisopos orofaríngeos de aves fueron analizados para detectar la presencia de influenza A virus por transcripción reversa y PCR en tiempo real. Se intentó el aislamiento del virus en huevos embrionados de todas las muestras positivas y se secuenció la región de HA1 de cada aislamiento viral H5. La prevalencia en los mercados del subtipo H5 fue del 32.2% (127/394) acumulada durante los 15 meses de vigilancia. Los análisis filogenéticos indican que los virus del clado 1.1 persistieron en el sur, mientras que se encontraron tres subgrupos genéticamente diferentes del clado 2.3. 2.1 al mismo tiempo en el norte, en el centro y en el sur de Vietnam. Los virus del clado 2.3. 2.1c aparecieron por primera vez en julio de 2012 y se extendieron rápidamente al centro y sur de Vietnam a finales del 2012, donde predominaron dentro de los virus del clado 2.3. 2.1 y se detectaron tanto en el muestreo activo de mercados de aves vivas y en los brotes avícolas. Considerando la superposición de la distribución geográfica de los clados variantes y la divergencia antigénica descrita previamente para estos subtipos, las vacunas actuales contra influenza aviar utilizadas en la avicultura de Vietnam pueden requerir formulaciones bivalentes que contengan virus representantes de ambos clados; clado 1.1 y clado 2.3. 2.1.