Miracle-dz/UniFAR-FTUs huggingface dataset:
Approche supervisée de calcul de similarité sémantique entre paires de phrases (Supervised approach to compute semantic similarity between sentence pairs)

Ce papier décrit les méthodes que nous avons développées pour participer aux tâches 1 et 2 de l’édition 2020 du défi fouille de textes (DEFT 2020). Pour la première tâche, qui s’intéresse au calcul de scores de similarité sémantique entre paires de phrases, sur une échelle de 0 à 5, une approche supervisée où chaque paire de phrases est représentée par un ensemble d’attributs a été proposée. Des algorithmes classiques d’apprentissage automatique sont ensuite utilisés pour entrainer les modèles. Différentes mesures de similarité textuelle sont explorées et les plus pertinentes sont combinées pour supporter nos méthodes. Différentes combinaisons ont été testées et évaluées sur les données de test du DEFT 2020. Notre meilleur système qui s’appuie sur un modèle Random Forest a obtenu les meilleures performances sur la première tâche avec une EDRM de 0,8216.
Analyse de l’effet de la réverbération sur la reconnaissance automatique de la parole (Analyzing how reverberation affects Automatic Speech Recognition)

La Reconnaissance Automatique de la Parole (RAP) est moins performante lorsque le signal de parole est de mauvaise qualité. Dans cette étude, nous analysons les erreurs commises par les systèmes de RAP lorsque la parole transcrite est réverbérée afin de mieux comprendre les raisons de ces erreurs. Notre analyse permet de mettre en valeur les erreurs dues notamment à un mauvais alignement phonétique. Nous avons pu constater que les phonèmes de courte durée sont majoritairement supprimés lors du décodage phonétique. De plus, les phonèmes détectés, qu’ils soient corrects ou pas, ont tendance à avoir la même durée, ce qui est anormal pour certaines classes phonétiques comme les voyelles courtes ou les plosives. Nous avons aussi analysé les principales confusions entre les différentes classes phonétiques. Finalement, nous avons pu montrer que les erreurs lors de l’alignement phonétique des systèmes de transcription automatique entraînent beaucoup d’erreurs de détection.
Muzeeglot : annotation multilingue et multi-sources d’entités musicales à partir de représentations de genres musicaux (Muzeeglot : cross-lingual multi-source music item annotation from music genre embeddings)

Au sein de cette démonstration, nous présentons Muzeeglot, une interface web permettant de visualiser des espaces de représentations de genres musicaux provenant de sources variées et de langues différentes. Nous montrons l’efficacité de notre système à prédire automatiquement les genres correspondant à une entité musicale (titre, artiste, album.) selon une certaine source ou langue, étant données des annotations provenant de sources ou de langues différentes.
Du bon usage d’ingrédients linguistiques spéciaux pour classer des recettes exceptionnelles (Using Special Linguistic Ingredients to Classify Exceptional Recipes )

Nous présentons un modèle d’apprentissage automatique qui combine modèles neuronaux et linguistiques pour traiter les tâches de classification dans lesquelles la distribution des étiquettes des instances est déséquilibrée. Les performances de ce modèle sont mesurées à l’aide d’expériences menées sur les tâches de classification de recettes de cuisine de la campagne DEFT 2013 (Grouin et al., 2013). Nous montrons que les plongements lexicaux (word embeddings) associés à des méthodes d’apprentissage profond obtiennent de meilleures performances que tous les algorithmes déployés lors de la campagne DEFT. Nous montrons aussi que ces mêmes classifieurs avec plongements lexicaux peuvent gagner en performance lorsqu’un modèle linguistique est ajouté au modèle neuronal. Nous observons que l’ajout d’un modèle linguistique au modèle neuronal améliore les performances de classification sur les classes rares.
Variability within α- and β-adrenoreceptor genes as a predictor of cardiovascular function at rest and in response to mental challenge

Objectives To investigate the association between polymorphic variation in α- and β-adrenoreceptor genes and cardiovascular activity at rest and in response to psychological challenge in a sample in which the heritability of these cardiovascular phenotypes may be established. Methods Several common polymorphisms were characterized within ADRA1B (α1B), ADRA2A (α2A), ADRB1 (β1) and ADRB2 (β2) and examined in relation to heart rate (HR) and systolic (SBP) and diastolic (DBP) blood pressure, both at rest and in response to stress. Participants were 309 European-American, young adult men and women (including 101 monozygotic and 44 dizygotic twin pairs). Results In the full sample, participants carrying any G allele at base pair (bp) 1165 in ADRB1 exhibited elevated resting SBP and DBP and a larger DBP response to mental challenge compared to homozygotes for the C allele (P < 0.04). An AA genotype at bp 145 in ADRB1 was also associated with higher resting SBP and DBP than AG or GG genotypes (P < 0.03). At bp 46 in ADRB2, GG homozygotes had higher resting DBP than subjects possessing any A allele (P < 0.05). For the same polymorphism, however, AG heterozygotes showed lower SBP than both AA and GG homozygotes (P < 0.05). In a subsample of genetically unrelated individuals, ADRB1 (1165) continued to predict resting SBP, DBP and DBP response to stress (P < 0.03), while ADRB2 (46) was associated with resting SBP (P < 0.04) but not DBP. Finally, the degree of allele sharing at ADRB1 (1165) also predicted variability in SBP and DBP at rest among dizygotic twin pairs (P < 0.04). Conclusions These results indicate that some polymorphic variation within adrenoreceptor genes contributes to interindividual variability in resting SBP and DBP and in DBP response to mental challenge.
Lénition et fortition des occlusives en coda finale dans deux langues romanes : le français et le roumain (Lenition and fortition of word-final stops in two Romance languages: French and Romanian)

L’exploration automatisée de grands corpus permet d’analyser plus finement la relation entre motifs de variation phonétique synchronique et changements diachroniques : les erreurs dans les transcriptions automatiques sont riches d’enseignements sur la variation contextuelle en parole continue et sur les possibles mutations systémiques sur le point d’apparaître. Dès lors, il est intéressant de se pencher sur des phénomènes phonologiques largement attestés dans les langues en diachronie comme en synchronie pour établir leur émergence ou non dans des langues qui n’y sont pas encore sujettes. La présente étude propose donc d’utiliser l’alignement forcé avec variantes de prononciation pour observer les alternances de voisement en coda finale de mot dans deux langues romanes : le français et le roumain. Il sera mis en évidence, notamment, que voisement et dévoisement non-canoniques des codas françaises comme roumaines ne sont pas le fruit du hasard mais bien des instances de dévoisement final et d’assimilation régressive de trait laryngal, qu’il s’agisse de voisement ou de non-voisement.
Inférence des relations sémantiques dans un réseau lexico-sémantique multilingue (Inferring semantic relations in a multilingual lexical semantic network)

Les méthodes endogènes se trouvent au coeur de la construction des ressources de connaissance telles que les réseaux lexico-sémantiques. Dans le cadre de l’expérience décrite dans le présent article, nous nous focalisons sur les méthodes d’inférence des relations. Nous considérons, en particulier, les cas d’inférence des relations sémantiques et des raffinements de sens. Les différents mécanismes d’inférence des relations sémantiques y compris dans le contexte de polysémie de termes ont été décrits par Zarrouk (2015) pour le contexte monolingue. À notre connaissance, il n’existe pas de travaux concernant l’inférence des relations sémantiques et des raffinements dans le contexte d’amélioration d’une ressource multilingue.
DEFT 2020 - Extraction d’information fine dans les données cliniques : terminologies spécialisées et graphes de connaissance (Fine-grained Information Extraction in Clinical Data : Dedicated Terminologies and Knowledge Graphs )

Nous présentons dans cet article notre approche à base de règles conçue pour répondre à la tâche 3 de la campagne d’évaluation DEFT 2020. Selon le type d’information à extraire, nous construisons (1) une terminologie spécialisée à partir de ressources médicales et (2) un graphe orienté basé sur les informations extraites de la base de connaissances généraliste et de grande taille - JeuxDeMots.
Étude sur le résumé comparatif grâce aux plongements de mots (Comparative summarization study using word embeddings)

Dans cet article, nous présentons une nouvelle méthode de résumé automatique comparatif. Ce type de résumé a pour objectif de permettre de saisir rapidement les différences d’information entre deux jeux de documents. En raison de l’absence de ressources disponibles pour cette tâche, nous avons composé un corpus d’évaluation. Nous présentons à la fois la méthodologie de son élaboration ainsi que le corpus lui-même. Notre méthode utilise les avancées récentes dans le calcul de similarité entre phrases afin de détecter les informations comparatives. Nous montrons que sur ce corpus, notre méthode est comparable en termes de qualité de résultats à une méthode de l’état de l’art, tout en réduisant d’un facteur dix le temps de calcul, la rendant donc exploitable dans le cadre de l’aide à l’analyse de documents.
Observation de l’expérience client dans les restaurants (Mapping Reviewers’ Experience in Restaurants)

Ces dernières années, les recherches sur la fouille d’opinions ou l’analyse des sentiments sont menées activement dans le domaine du Traitement Automatique des Langues (TAL). De nombreuses études scientifiques portent sur l’extraction automatique des opinions positives ou négatives et de leurs cibles. Ce travail propose d’identifier automatiquement une évaluation, exprimée explicitement ou implicitement par des internautes dans le corpus d’avis tiré du Web. Six catégories d’évaluation sont proposées : opinion positive, opinion négative, opinion mixte, intention, suggestion et description. La méthode utilisée est fondée sur l’apprentissage supervisé qui tient compte des caractéristiques linguistiques de chaque catégorie retenue. L’une des difficultés que nous avons rencontrée concerne le déséquilibre entre les classes d’évaluation créées, cependant, cet obstacle a pu être surmonté dans l’apprentissage grâce aux stratégies de sur-échantillonnage et aux stratégies algorithmiques.
Apprentissage faiblement supervisé de la structure discursive (Learning discourse structure using weak supervision )

L’avènement des techniques d’apprentissage automatique profond a fait naître un besoin énorme de données d’entraînement. De telles données d’entraînement sont extrêmement coûteuses à créer, surtout lorsqu’une expertise dans le domaine est requise. L’une de ces tâches est l’apprentissage de la structure sémantique du discours, tâche très complexe avec des structures récursives avec des données éparses, mais qui est essentielle pour extraire des informations sémantiques profondes du texte. Nous décrivons nos expérimentations sur l’attachement des unités discursives pour former une structure, en utilisant le paradigme du data programming dans lequel peu ou pas d’annotations sont utilisées pour construire un ensemble de données d’entraînement “bruité”. Le corpus de dialogues utilisé illustre des contraintes à la fois linguistiques et non-linguistiques intéressantes qui doivent être apprises. Nous nous concentrons sur la structure des règles utilisées pour construire un modèle génératif et montrons la compétitivité de notre approche par rapport à l’apprentissage supervisé classique.
Indexation et appariement de documents cliniques avec le modèle vectoriel (Indexing and matching clinical documents using the vector space model)

Dans ce papier, nous présentons les méthodes que nous avons développées pour participer aux tâches 1 et 2 de l’édition 2019 du défi fouille de textes (DEFT 2019). Pour la première tâche, qui s’intéresse à l’indexation de cas cliniques, une méthode utilisant la pondération TF-IDF (term frequency – inverse document frequency) a été proposée. Quant à la seconde tâche, la méthode proposée repose sur le modèle vectoriel pour apparier des discussions aux cas cliniques correspondants ; pour cela, le cosinus est utilisé comme mesure de similarité. L’indexation sémantique latente (latent semantic indexing – LSI) est également expérimentée pour étendre cette méthode. Pour chaque méthode, différentes configurations ont été testées et évaluées sur les données de test du DEFT 2019.
Pharmacogenomics of aromatase inhibitors in postmenopausal breast cancer and additional mechanisms of anastrozole action

Aromatase inhibitors (AIs) reduce breast cancer recurrence and prolong survival, but up to 30% of patients exhibit recurrence. Using a genome-wide association study of patients entered on MA.27, a phase III randomized trial of anastrozole versus exemestane, we identified a single nucleotide polymorphism (SNP) in CUB And Sushi multiple domains 1 (CSMD1) associated with breast cancer–free interval, with the variant allele associated with fewer distant recurrences. Mechanistically, CSMD1 regulates CYP19 expression in an SNP- and drug-dependent fashion, and this regulation is different among 3 AIs: anastrozole, exemestane, and letrozole. Overexpression of CSMD1 sensitized AI-resistant cells to anastrozole but not to the other 2 AIs. The SNP in CSMD1 that was associated with increased CSMD1 and CYP19 expression levels increased anastrozole sensitivity, but not letrozole or exemestane sensitivity. Anastrozole degrades estrogen receptor α (ERα), especially in the presence of estradiol (E2). ER+ breast cancer organoids and AI- or fulvestrant-resistant breast cancer cells were more sensitive to anastrozole plus E2 than to AI alone. Our findings suggest that the CSMD1 SNP might help to predict AI response, and anastrozole plus E2 serves as a potential new therapeutic strategy for patients with AI- or fulvestrant-resistant breast cancers.
CoA synthase influences adherence-independent growth and survival of mammalian cells in vitro

© Institute of Molecular Biology and Genetics NAS of Ukraine, 2009. Aims. We aimed to study the influence of the expression level, activity and subcellular localization of CoA Synthase (CoASy) on anchoring independent growth and viability of in vitro cultured cells. Methods. Abilities of cells to form colonies in semisolid agarose and survive in growth factor depleted conditions were tested. A panel of HEK293 stable cell lines which over express wild type, catalytically inactive or mitochondria association mutants of CoASy were used in the study. Effects of CoASy down regulation by siRNA on malignant phenotype of HepG2 cells have been studied. Results. We report here that changes in CoASy expression level affect anchoring independent growth and viability of mammalian cells. Catalytic activity of CoASy and its association with mitochondria are crucial for mediating of the observed effects. Conclusions. Presented data indicate CoASy has positive impact on activity of signalling pathways in the cell and reveal unknown before functional link between signal transduction and metabolism.
IDENTIFICATION OF VALUABLE TRAITS THROUGH MOLECULAR AND MORPHOLOGICAL MARKERS IN DIPLOID WHEAT

Bread wheat (Triticum aestivum L.) harbors hexaploid genome with a complex of three diploid genomes (A, B and D). Major goals of today’s research in the wheat world count basically on improvement of grain quality and high yielding genotypes. It is relatively easier to target its diploid lineages for identification of high yielding genomic segments as compared to hexaploid with least polymorphism. The current study was aimed at the detection of genes/QTLs of high economic interest on ‘A’ genome of diploid progenitors. Segregating population from cross of Triticum monococcum and Triticum boeoticum was utilized for the purpose. 98 RILs along with parents were analyzed for various quantitative and qualitative traits. The molecular data obtained from RAPD markers was analyzed along with morphological traits data to identify association among them. Single factor ANOVA gave association (α= 0.01) of days to booting, days to heading and days to flowering with plant type and leaf orientation, flag leaf width with crown color, number of spikes per experimental unit with leaf orientation, 1000 kernel weight with aleurone color and RAPD-11 (locus b).
030-039 Nixon.p65

Until the high dam at Aswan was closed in 1965, the Nile river fertilized 2 deserts—1 terrestrial, 1 marine. The role of the annual flood in bringing water and nutrient-rich sediments to sustain life along the Nile valley floodplain and in the river delta is clearly manifest in the long history of Egyptian agriculture (1– Recent satellite images (Fig. 2) document the continuing fertility of the Nile valley and delta where anthropogenic interventions in the form of continuous irrigation and intensive applications of fertilizer have replaced the traditional flood-based agriculture. This is not to say that the high dam has been without impact on land. For example, salinization of soils due to irrigation and the early lack of effective drainage as well as erosion of the delta due to sediment loss have been significant problems (5, 7, 15–17). Overall, however, agricultural production per hectare remained stable or increased modestly following closure of the dam (2). The production of Egyptian Mediterranean waters, however, did not. With the loss of over 90% of the floodwater and the dissolved and particle-bound nutrients it contained (18), the “Nile bloom” disappeared, and the fisheries collapsed (Fig. 3) (7, 12). The decline in the catch of sardines was especially dramatic, from an annual average of almost 37 000 t between 1962 and 1965 to 6500 t in 1966 through 1970 (19). Fishery independent bottom trawl surveys off the western part of the Nile Delta showed almost an 80% decline in average fish and shrimp abundance between 1960–1961 and 1969–1970 (20). The depressed state of the fisheries persisted for about 15 years. But beginning in the early 1980s, the landings of major groups of finfish and prawns began to increase. They continued to do so until the fish landings now greatly exceed those prior to the closure of the high dam, and the landings of prawns have reached 75% of their pre-dam value (Fig. 3). Bebars et al. (21) analyzed the species composition of the Nile delta fishery from 1962 to 1989 and found virtually no change in species richness throughout the period. The relative abundance of species, however, shifted after 1966 and remained different until 1979, when it returned to pre-dam conditions. The ratio of pelagic to Article
ON LOCALLY-BALANCED 2-PARTITIONS OF SOME CLASSES OF GRAPHS

In this paper we obtain some conditions for the existence of locally-balanced 2-partitions with an open (with a closed) neighborhood of some classes of graphs. In particular, we give necessary conditions for the existence of locallybalanced 2-partitions of even and odd graphs. We also obtain some results on the existence of locally-balanced 2-partitions of rook’s graphs and powers of cycles. In particular, we prove that if m,n ≥ 2, then the graph Km Kn has a locally-balanced 2-partition with a closed neighborhood if and only if m and n are even. Moreover, all our proofs are constructive and provide polynomial time algorithms for constructing the required 2-partitions.
High expression of carcinoembryonic antigen-associated cell adhesion molecule 1 is associated with microangiogenesis in esophageal squamous cell carcinoma

Background Carcinoembryonic antigen-associated cell adhesion molecule 1 (CEACAM1) plays an important role in tumor progression, invasion, and metastasis by regulating angiogenesis. However, the expression of CEACAM1 in esophageal cancer tissues and its relationship with microvessel density (MVD) has not been investigated before. Methods MVD and the expression of CEACAM1 in 80 esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) tissues were determined by immunohistochemistry (IHC). Statistical analyses were conducted to test the associations between CEACAM1 expression, MVD level, clinicopathologic factors, and prognosis. Results The expression level of CEACAM1 was significantly correlated with the level of MVD. Kaplan-Meier analysis showed no significant correlations between local recurrence and distant metastasis in high MVD and high CEACAM-1 expression group. Kaplan-Meier analysis also showed a poorer survival rate in patients with high MVD or high CEACAM-1. Univariate analysis showed that MVD levels, CEACAM1 expression, lymph node metastasis, and patient’s age were prognostic factors for postoperative ESCC. The results of multivariate analysis indicated that the significance of the prognostic effect of CEACAM-1 expression observed by univariate analysis disappeared when analyzed together with MVD, suggesting that the prognostic impact of CEACAM1 expression was dependent on MVD level, while MVD was still a significant prognostic factor for adverse cancer-related survival (P=0.001). Conclusions The CEACAM1 expression is a potential prognostic factor for postoperative ESCC combined with MVD level.
Evaluation of Bacillus Species with Antimicrobial Producing Potentials from Dump Sites in Abakaliki

Thisstudy was carried out to evaluate the potentials of Bacillus species isolated from soil collected from different dumpsites in Abakaliki with antibiotic producing potentials. Thirty soil samples were collected from different waste dumpsites and Bacillus species was isolated by serial dilution technique and 0.5 mL of the 5 dilution inoculated on freshly prepared Bushnell Haas broth solidified using agar. Microbial colonies were th counted after 48 hours and representative of each colony was purified using the same media. Each Bacillus isolate was identified using standard microbiology procedure. Pure cultures of each Bacillus isolate was then cultured in nutrient broth and allowed for 5 daysand thereafter, used for antimicrobial screening against selected human pathogens including E. coli, S. aureus, C. albicans and Klebsiellapneumoniae. The result showed that number of colonies ranged from 0 to 468 x10 cfu/g. The morphology showed that all the isolates were Gram 5 positive, rod shaped, catalase positive, oxidasepositive, indole negative and were motile. Out of 35Bacillus species isolated 30 (85.71%) were active against E. coli with inhibition zones ranging from 15-30 mm, 24 (69.57%) were active against S. aureus with inhibition diameter ranging from 12-30 mm, 23 (65.71) of the isolates showed antibacterial activity against K. pneumonia with zones of inhibition ranging from 10-30 mm but against C. albicans, 28 (80%) of the isolates showed antifungal activities with inhibition zones that ranged from 15-34. This study has shown that most of the Bacillus isolates showed antibacterial and antifungal activities. Hence, there is need to harness these isolates with antimicrobial producing potentials for the treatment of human diseases.