Apport des informations moléculaires et cellulaires pour la caractérisation de la résistance de l'huître plate européenne vis-à-vis de la bonamiose, et pour la détection de signatures de la sélection naturelle

L'huitre plate europeenne, espece endemique des cotes europeennes, est classee dans la categorie des « especes menacees et/ou en declin ». En effet, les gisements naturels de cette huitre ont ete progressivement decimes par la sur-exploitation et par l'emergence successive de maladies parasitaires. Le parasite responsable de la bonamiose a notamment contribue a reduire de facon drastique l'exploitation de cette huitre en France, et en Europe. Les mollusques bivalves marins presentent deux caracteristiques qui restreignent de fait le potentiel d'action pour lutter contre les maladies : ils sont cultives en milieu ouvert, et possedent un systeme immunitaire inne depourvu de la capacite de reponse adaptative. Dans ce contexte, la selection d'animaux naturellement resistants a la bonamiose est une voie prometteuse pour relancer la culture de l'huitre plate europeenne. Afin de mieux comprendre le phenomene de resistance a la bonamiose, plusieurs etudes ont porte sur les mecanismes de reponse de l'huitre plate et sur l'identification de regions genomiques potentiellement impliquees dans les mecanismes de resistance a la maladie.Le present travail de these consistait a ameliorer la comprehension de la resistance de l'huitre plate europeenne vis-a-vis de la bonamiose, mais egalement a mieux caracteriser la ressource genetique et la structuration de ses populations naturelles. L'huitre plate n'etant pas un organisme modele, seule une carte genetique preliminaire etait disponible chez cette espece. Il a donc ete necessaire de developper de nouveaux outils moleculaires afin d'optimiser la couverture de son genome. Des marqueurs de type SNP (polymorphisme d'une seule base) ont ainsi ete developpes par sequencage de produits PCR et par sequencage a haut debit. Afin d'ameliorer la comprehension de la resistance a la bonamiose, trois experiences d'infection avec le parasite responsable de cette maladie ont ete realisees et ont permis de caracteriser les phenotypes de reponse de l'huitre plate a plusieurs echelles d'etudes.1- A l'echelle inter-familiale, il s'agissait de detecter des regions du genome (QTL) associees aux mecanismes de reponse (survie / mortalite) a la bonamiose chez plusieurs familles d'huitres. Cette approche a permis d'identifier plusieurs regions genomiques d'interet communes entre les familles, et de nouvelles regions d'interet qui n'avaient pas encore ete detectees.2- A l'echelle intra-familiale, il s'agissait de detecter des regions genomiques associees a la regulation d'activites hemocytaires (QTL) ou a l'expression de genes (eQTL) prealablement identifies comme potentiellement impliques dans la reponse a la bonamiose. Cette approche, nouvelle chez un mollusque bivalve, a notamment permis de mettre en evidence une concordance positionnelle entre les regions genomiques impliquees dans la survie ou la mortalite a la bonamiose et celles impliquees dans la regulation des reponses cellulaires et/ou moleculaires.3- A l'echelle des populations, il s'agissait d'etudier un eventuel differentiel de reponse a la bonamiose chez des huitres provenant de trois populations naturelles geographiquement et ecologiquement distinctes. Cette etude a notamment permis d'identifier une possible adaptation a la parasitose des huitres provenant de la baie de Quiberon. Afin de mieux caracteriser les ressources naturelles de l'huitre plate europeenne, plusieurs populations couvrant l'ensemble de l'aire de distribution de l'espece ont egalement ete etudiees. Cette etude a permis de confirmer la forte diversite nucleotidique de l'huitre plate, en evaluant pour la premiere fois la diversite genetique globale des populations naturelles d'un mollusque bivalve marin. Cette etude a egalement permis d'identifier une structuration genetique des populations, avec coincidence entre les discontinuites dans la distribution des frequences alleliques des marqueurs moleculaires sous selection positive ou divergente et les barrieres biogeographiques.