Analyse des dynamiques spatiales et épidémiologie moléculaire de la maladie du swollen shoot du cacaoyer au Togo

Le Cacao swollen shoot virus (CSSV) est un virus infectant le cacaoyer transmis par des cochenilles farineuses de la famille des Pseudococcidae. La maladie qui en decoule existe aujourd'hui dans les principales zones de production de cacao d'Afrique de l'Ouest qui representent 72% de la production mondiale de cacao. Le CSSV a ete decouvert en 1922 au Ghana et identifie avec certitude dans le Kloto au Togo en 1955 ; le premier isolat etudie moleculairement est l'isolat tres virulent Agou1 du Togo. Cet isolat provoque des gonflements de tiges et de rameaux ainsi que des colorations rouge intense au niveau des nervures des jeunes feuilles engendrant ensuite une defoliation complete de l'arbre et sa mort au bout de 5 ans. La progression actuelle du CSSV dans les nouvelles zones de production, notamment au Togo (Litime) en 1996 et en Cote d'Ivoire (Issia, Bouafle, Sinfra) en 2000, indique une nouvelle emergence de la maladie. La decouverte de ces nouveaux foyers souleve des questionnements sur l'origine des isolats et sur les mecanismes epidemiologiques impliques dans la propagation de la maladie a l'echelle parcellaire et a l'echelle des territoires. Ces questionnements scientifiques sont pris en compte dans cette etude a trois niveaux : i) l'analyse statistique de la repartition spatiale et temporelle de la maladie a l'echelle des parcelles (fonctions de Ripley et analyse du nombre de liens entre arbres malades) et la cartographie des dynamiques d'evolution au moyen de systemes d'information geographique (SIG), ii) la diversite moleculaire des isolats de CSSV en lien avec leur repartition geographique afin d'etablir une carte de repartition dans les deux regions de production (Kloto et Litime) et d'essayer de retracer l'historique de la propagation du virus, iii) la cartographie des zones cacaoyeres, des cacaoyeres saines en comparaison aux cacaoyeres malades, a l'echelle des territoires par la combinaison des donnees satellites Spot5 a 2.5 m de resolution spatiale et des motifs de paysage releves sur le terrain. L'analyse spatiale avec les fonctions de Ripley et l'analyse du nombre de liens ont montre que les differents etats sanitaires (sain, malade, mort) des cacaoyers sont agreges indiquant ainsi une propagation a partir de foyers d'infection au niveau parcellaire. L'analyse du nombre de liens indique un processus de contamination de plante a plante dans les parcelles. Les etudes des dynamiques d'evolution au moyen de SIG ont montre a travers des cartes de densites que les cacaoyers malades et les cacaoyers morts sont regroupes en agregats dans les parcelles et que la taille de ces agregats augmente entre les deux annees d'observation (2008 et 2009). Les dynamiques de changement ont permis de detecter une progression de la maladie plus rapide dans certaines parcelles, qui peut s'expliquer par leur moins bon entretien. La caracterisation des isolats de virus dans les cacaoyeres togolaises a montre l'existence de trois groupes dont les groupes A et B uniquement dans le Litime, et le groupe C uniquement dans le Kloto, indiquant une forte differenciation geographique. Les coefficients de correlation de Pearson et de Spearman indiquent qu'il existe un lien entre distance genetique et distance geographique des isolats du groupe A, ce qui implique une contamination de proche en proche pour ce groupe a l'echelle du territoire. Compte tenu de la differenciation marquee entre les groupes du Kloto et du Litime, nous pouvons conclure que les cacaoyeres du Litime n'ont pas ete contaminees par du materiel venant du Kloto mais plus probablement a partir de parcelles cacaoyeres situees au Ghana et contaminees precedemment pour se repandre ensuite dans le Litime. L'etude des images satellites a montre qu'il n'existait pas de relation simple entre l'etat sanitaire des motifs de cacaoyers et leur radiometrie en raison de la forte heterogeneite du systeme agroforestier du Litime. La combinaison des motifs de paysage et leur radiometrie a toute