Disseminació i traçabilitat de la contaminació viral en conques fluvials = Dissemination and source tracking of viral contamination in river catchments

Aquesta Tesi Doctoral ha estat pensada per avaluar, mitjancant l’estudi de virus contaminants, l’origen de la contaminacio fecal i l’avast de la disseminacio a l’aigua. Amb aquesta finalitat s’han utilitzat eines moleculars per a la deteccio i quantificacio de virus especifics humans, bovins i porcins i a mes a mes s’ha desenvolupat una nova eina per tracar la contaminacio ovina a l’ambient. Els principals agents virals amb risc per als humans son d’origen huma pero les femtes animals, amb potencials patogens zoonotics, representen tambe un risc per a la salut humana. La intensificacio de la produccio animal o l’increment de plujes torrencials previst amb els escenaris proposats per al canvi climatic presenten nous reptes per al control de la contaminacio fecal a l’aigua. Bona part de la Tesi, ha anat lligada al projecte europeu VIROCLIME permetent dur a terme estudis a nivell internacional. S’ha caracteritzat la disseminacio de virus humans contaminants a l’aigua d’un riu situat en una conca Mediterrania. Mitjancant el registre de variables hidro-climatiques, la recollida de mostres d’aigua de riu, aigua de mar i aigua residual, i l’analisi de FIB i virus indicadors de contaminacio fecal humana (HAdV i JCPyV), virus patogens (NoVGII, HEV), i un virus emergent (MCPyV), s’ha estudiat durant un any, l’impacte que l’aigua residual crua o els efluents de les depuradores tenen en la qualitat microbiologica del riu. En un segon estudi realitzat conjuntament amb laboratoris de Suecia, Grecia, Hongria i Brasil, s’ha pogut estandarditzar el metode de floculacio amb llet descremada, per a la concentracio de virus, i els assajos de qPCR per identificar i tracar l’origen de la contaminacio fecal a l’aigua. Durant 18 mesos de mostrejos a conques de rius situats a les regions Mediterrania, Artica, Continental i Tropical, s’han identificat virus humans (HAdV i JCPyV), bovins (BPyV) i porcins (PAdV), demostrant que aquestes eines virals son fiables i utils per a qualsevol area geografica o matriu d’aigua. Fins al principi d’aquesta tesi, nomes es disposava de marcadors virals de contaminacio fecal porcina i bovina. Analitzant mostres de femta i orina d’ovella, amb un assaig de PCR d’ample espectre per a la deteccio de poliomavirus, es van obtenir per primera vegada sequencies d’un putatiu nou poliomavirus ovi. A partir d’aqui, s’han dissenyat dos assajos de PCR especifics per poder tracar la contaminacio fecal ovina a l’ambient. Arrel d’aquest treball, durant l’ultim any de la tesi, es va plantejar una estada a Nova Zelanda perque es tracta del pais amb mes ovelles per capita i representa bona part de la industria ramadera del pais. Tracar i identificar l’origen de la contaminacio fecal animal a l’aigua es doncs basic, tant per la gestio dels residus com per l’avaluacio dels riscos per a la salut humana. El quart estudi inclos a la tesi, es va dissenyar per identificar les fonts principals de contaminacio fecal i avaluar, al mateix temps, les diferents eines de MST utilitzades a Nova Zelanda i al laboratori de la doctoranda. S’han recollit mostres de riu als territoris ramaders mes importants de l’illa del sud, i s’han analitzat E. coli, virus especifics indicadors de contaminacio fecal humana (HAdV, JCPyV) bovina (BPyV) i ovina (OPyV), marcadors bacterians especifics d’humans (BacH, BacHum-UCD, BiAdo) i de remugants (BacR) i esterols i estanols indicadors de contaminacio fecal humana o de remugant.