Contribution à l'étude de la domestication de la variété de cacaoyer Nacional d'Equateur : recherche de la variété native et de ses ancêtres sauvages

La variete de cacaoyer native d'Equateur, appelee «Nacional» est connue et recherchee pour son arome floral qui la classe parmi les cacaos fins. Cependant, de par les introductions successives de genotypes etrangers qui se sont hybrides avec elle, cette variete est entrain de disparaitre et sa qualite specifique aussi. Depuis le debut du XXeme siecle, un complexe hybride, a remplace graduellement les plantations natives. Afin d'accroitre notre connaissance de la diversite genetique de ce complexe hybride Nacional, 40 marqueurs microsatellites ont ete utilises pour analyser 322 genotypes collectes le long de la cote pacifique de l'Equateur et conserves dans les collections de Tenguel et de EET-Pichilingue. Un total de 169 alleles ont ete observes dans ces accessions qui montrent en general un niveau d'heterozygotie eleve et une variation continue entre elles. Quelques genotypes presentent cependant un niveau homozygotie plus eleve. Ces genotypes apparaissent aussi les moins introgresses par les Trinitario introduits au siecle dernier et se placent a l'extremite du nuage de points d'une AFC forme par le complexe hybride. Par une etude de paternite, ces genotypes plus homozygotes apparaissent a l'origine de plus de 90% de la population analysee dont la majorite des elements correspondent a des generations plus avancees de recombinaison, impliquant des croisements entre hybrides. Nos analyses suggerent que ces genotypes plus homozygotes pourraient etre des representants de la variete native presente en Equateur avant les introductions de materiel etranger. Jusqu'a present, l'origine du Nacional est restee inconnue. Au cours de ce travail, l'etude des relations genetiques entre des representants de la variete native et un large echantillonnage de cacaoyers sauvages ou cultives principalement issus d'Equateur, du Perou et de Guyane a ete realisee a l'aide de 80 microsatellites issus d'EST. Une forte similarite genetique a ete observee entre les Nacional et des genotypes presents dans le sud de l'Amazonie equatorienne, et en particulier ceux collectes le long des rivieres Yacuambi et Nangaritza. Ces resultats ont ete confirmes par des analyses de paternite montrant que ces genotypes amazoniens pourraient representer la population ancestrale a l'origine de la domestication du Nacional. Cette hypothese est aussi coherente avec des donnees historiques et archeologiques liees aux populations pre-colombiennes, les Valdivia et Chorrera, qui habitaient la cote pacifique et qui entretenaient des echanges commerciaux avec les communautes de l'Amazonie. Les Valdivia etendaient leurs voyages jusqu'en Amerique centrale par voie maritime et ont peut-etre ete aussi les acteurs principaux de la migration d'autres varietes de cacaoyer vers le Mexique, tel que le Criollo dont l'origine , encore inconnue, est probablement sud americaine. C'est la premiere fois qu'une population de cacaoyers sauvages a ete identifiee comme possible point de depart de la domestication d'une variete de cacaoyer. Ces resultats ouvrent de nouvelles perspectives pour enrichir les collections de ressources genetiques lies en particulier au cacao aromatique. De larges forets inexplorees existent encore dans l'Amazonie equatorienne et pourraient faire l'objet de nouvelles prospections. (Resume d'auteur)