Identificación genómica de loci y rutas génicas que afectan al crecimiento y deposición grasa en porcino

El crecimiento y la deposicion grasa son algunos de los caracteres economicos mas relevantes en la produccion porcina, ademas, el cerdo es utilizado como especie modelo en el estudio de la obesidad y patologias humanas con ella relacionadas, por lo que el estudio de estos caracteres suscita un gran interes. El objetivo general de esta tesis ha sido profundizar en el conocimiento de la base genetica de la regulacion del crecimiento y la deposicion grasa en porcino, identificando genes, rutas genicas y mutaciones que afecten a estos caracteres. Este objetivo general ha sido abordado desde distintas perspectivas utilizando tanto metodologias de analisis masivos como metodologias mas tradicionales. Se han utilizado dos aproximaciones complementarias de analisis masivo del genoma sobre el material animal IBMAP para conseguir abordar el estudio de estos caracteres desde distintas perspectivas. El analisis de deteccion de regiones QTL explotando informacion de genotipado del chip de genotipado masivo de SNPs ha permitido corroborar e identificar nuevas regiones del genoma asociadas a los caracteres de interes, asi como proponer potentes genes candidatos dentro de las mismas. Por otro lado, la secuenciacion mediante RNA-Seq del transcriptoma hipotalamico, principal tejido regulador de la ingesta de alimentos, el balance energetico y el peso corporal, ha mostrado la elevada complejidad de este tejido. Ademas, mediante un analisis de expresion diferencial llevado a cabo en animales divergentes para los caracteres de interes, se han podido identificar genes, transcritos y potenciales reguladores transcripcionales involucrados en rutas relacionadas con el control del crecimiento y la deposicion grasa. Asi mismo, se han identificado potentes genes candidatos que se localizan dentro de las regiones QTL identificadas en el estudio anterior. [ABSTRACT]Growth and fatness are some of the most important economic traits in swine production. Moreover, the pig has been used as a model species for the study of obesity and related diseases in human, therefore the study of these traits is of great interest. The overall objective of this thesis was to deepen the understanding of the genetic basis of the regulation of growth and fatness in pigs, identifying genes, gene pathways and mutations affecting these traits. This general objective has been approached from different perspectives using high-throughput analyses and traditional methodologies. Two complementary high-throughput approaches have been used on IBMAP experimental cross animal material to study growth and fatness traits from different perspectives. A QTL detection analysis was performed exploiting the genotyping information from the high-density porcine SNP chip to corroborate and identify genomic regions associated with the traits of interest and identify potent candidate genes underlying these QTL regions. Furthermore, the analysis carried out by RNA–seq to sequence the hypothalamic transcriptome, main tissue regulating food intake, energy balance and body weight, showed the high complexity of this tissue. In addition, a differential expression analysis carried out in animals divergent for the traits of interest, has allowed us to identify genes, transcripts and potential transcriptional regulators of pathways involved in growth and fatness control. Likewise, powerful candidate genes located within the QTL regions identified in the previous study have been proposed. Traditional analytical strategies have also been used for the study of the candidate genes leptin (LEP) and leptin receptor (LEPR). Both genes are particularly relevant in this study because of their important role on the regulation of growth and fatness and previous results of the porcine LEPRc.1987C>T polymorphism.