SILICO IDENTIFICATION AND EXPRESSION ANALYSIS OF M ETAL-NICOTIANAMINE TRANSPORTER ( YSL 3 ) AND O LIGOPEPTIDE TRANSPORTER 3 ( OPT 3 ) UNDER C D STRESS

Metal-nicotianamine transporter (YSL) family protein belongs to the oligopeptide heavy metal transporter group, as characterized in Arabidopsis thaliana. Oligopeptide transporters (OPTs) are a group of membrane-localized proteins, involved in different transport mechanisms, contributing to nitrogen mobilization, glutathione transport and long-distance metal distribution. Metal-nicotianamine transporter gene 3 (YSL3) incorporates the oligopeptide transporter domain, found to transfer several heavy metals in diverse plant species, and among them cadmium transport in Brassica oleracea. To evaluate and confirm the expression of Metal-nicotianamine transporter (YSL3) under cadmium stress. Brassica oleracea var. acephala Brassica oleracea var. acephala samples were collected from Blagaj region, Bosnia and Herzegovina. Through a simple bioinformatic approach the interactome partner of Metal-nicotianamine transporter (YSL3) was discovered and annotated. Oligopeptide transporter 3 (OPT3) and Metal-nicotianamine transporter (YSL3) genes were checked for expression levels under cadmium stress. We have identified a strong interacting partner of YSL3, later confirmed as Oligopeptide transporter 3 (OPT3) protein in Brassica oleracea. The in vitro expression analysis by using a qRT-PCR revealed a significant upregulation of YSL3 and OPT3, during Cd stress. These findings indicate that the represented in-silico approach, followed by in vitro gene expression study, successfully confirmed YSL3 and identified OPT3 as a new gene, in correlation to cadmium stress. Bioinformatics, Gene expression, Heavy metals, Uncharacterized protein. Resumen La proteína transportadora de metales quelados con nicotianamina (yellow-stripe-like -YSL) pertenece a la familia de transportadores de oligopéptidos, caracterizada en Arabidopsis thaliana. Los oligopéptidos transportadores (TOPS) son un grupo de proteínas localizadas en la membrana, involucrados en movilizar nitrógeno, transportar glutatión y distribuir metales a larga distancia. El gen para el transportador de metal-nicotianamina 3 (YSL3) incorpora un dominio transportador que ha sido reportado en la transferencia de varios metales en diversas especies, entre ellos el transporte de cadmio en B. oleracea. Evaluar y confirmar la expresión del transportador de metal-nicotianamina (YSL3) bajo estrés de cadmio. Brassica oleracea var. acephala Las muestras de B. oleracea var. acephala se recolectaron en Blagaj region, Bosnia y Herzegovina. Mediante un enfoque bioinformático simple se descubrió y anotó el interactoma del transportador de metal-nicotianamina (YSL3) y se determinaron los niveles de expresión de TOP3 y YSL3 por medio de qRT-PCR. Hemos identificado un compañero de interacción fuerte de YSL3, más tarde confirmado como proteína transportadora de oligopéptido 3 (TOP3) en B. oleracea. El análisis de expresión in vitro mediante el uso de una qRT-PCR reveló una regulación positiva significativa de YSL3 y TOP3, inducida por el estrés de Cd. Estos hallazgos indican que el enfoque representado in-silico, seguido del estudio de expresión génica in vitro, confirmó con éxito YSL3 e identificó a TOP3 como un nuevo gen de Brassica oleracea, en correlación con el estrés de cadmio. bioinformática, proteína no caracterizada, expresión génica, metales pesados. Background: Objective: Studied species: Study site and dates: Methods: