Caractérisation de la flore (fongique, bactérienne, acariens) des logements par QPCR et impact sanitaire

Objectifs L'objectif de la these est de caracteriser par PCR quantitative en temps reel (QPCR) l'environnement fongique, bacterien ainsi que l'exposition a d'autres organismes allergisants (acariens et animaux de compagnie). Cette caracterisation des logements a pour but de mieux comprendre les interactions entre les differents micro-organismes de l'environnement interieur et leurs relations aux maladies allergiques, dans le cadre d'une etude de grande cohorte. L'objectif secondaire est la mise en place de nouvelles QPCR dans d'autres circonstances sanitaires (infections, PHS) afin de mieux caracteriser l'impact des microorganismes de l'environnement. L'etude EBRA-ELFE L'etude ELFE incluant 18 319 enfants est la premiere cohorte francaise qui s'interesse au developpement des enfants de la naissance a leur majorite dans une approche multi­disciplinaire. Une etude nichee EBRA (Environnement microBiologique et Risque Allergique) est centree sur l'etude microbiologique des poussieres dans les chambres d'enfant. Le mode d'echantillonnage (par capteur electrostatique a poussiere, EDC) et d'analyse (QPCR) ont ete valides et optimises pour garantir l'acceptabilite du dispositif et la qualite des quantifications. Un panel de 10 cibles (moisissures, acariens, bacteries) selectionnees pour leur caractere allergisant, toxique, infectieux ou potentiellement protecteur vis-a-vis des maladies allergiques a ete initialement utilise. Ainsi lors de la premiere collecte a la naissance des enfants en 2011, 3217 CEP ont ete quantifies par QPCR. Les concentrations de six moisissures (Aspergillus fumigatus, Aspergillus versicolor, Alternaria alternata, Cladosporium sphaerospermum, Penicillium chrysogenum, Stachybotrys chartarum), trois groupes de bacteries (Enterobacteriaceae, Mycobacteria et Streptomyces) et un acarien (Dermatophagoides pteronissynus) de l'environnement immediat du nouveau-ne ont ete obtenues. Ces donnees ont permis d'identifier six profils de logements differents avec un gradient geographique E-O recouvrant la distribution des sifflements de l'asthme en France. Un deuxieme panel de 10 cibles a ete choisi et documente. Il inclut entre autres des cibles « chien » et « chat » pour proposer un test complet comprenant les allergenes principaux des logements. La collaboration avec le groupe ELFE continue et un projet pour une deuxieme campagne d'echantillonnage a 5 ans se met en place. L'utilisation de la QPCR pour caracteriser d'autres situations a risque. La QPCR est un outil de quantification standardise et reproductible et ses applications sont multiples. Au cours de ce travail de these, elle a ete utilisee pour caracteriser d'autres situations a risque : quantifier la presence de Thermoactinomyces vulgaris dans les aerosols des stations de compostages, detecter la presence d'Aspergillus fumigatus dans des environnements pouvant recevoir des patients immunodeprimes, mettre en evidence la presence d'ADN d' Aspergillus fumigatus ou de mucorales dans le serum de patients immunodeprimes. Conclusion Les outils developpes et les resultats obtenus pendant la these representent une avancee pour une meilleure connaissance du monde microbien qui nous entoure et contribueront a mieux comprendre les mecanismes de developpement des maladies allergiques