Structure génétique des populations de trois espèces de poissons de récifs cubains : stegastes partitus, haemulon flavolineatum et acanthurus tractus

La dispersion des poissons des recifs coralliens depend, pour une large part, de l’existence de larves pelagiques qui peuvent etre transportees au sein des courants marins loin de la population source. De l’efficacite de ce transport dependra l’existence de populations formant un continuum, plus ou moins connectees, tout le long des zones de recifs. Toutefois, ce phenomene de dispersion est complexe et il implique aussi d’autres facteurs, physiques et biologiques, qui influent sur la dispersion de ces organismes.L’objectif de cette these a ete d’etudier les effets des caracteristiques geographiques de l’archipel cubain et de la biologie des especes sur la structure genetique et la connectivite des populations de poissons de recifs en utilisant comme modele trois especes presentant des traits d’histoire de vie differents : Stegastes partitus, Haemulon flavolineatum et Acanthurus tractus.Nous avons echantillonne des individus adultes dans cinq localites situees autour de l´archipel cubain pendant la periode 2005-2010. Le polymorphisme de marqueurs microsatellites a ete etudie chez S. partitus et H. flavolineatum, celui de la region non codante de l’ADNmt chez les trois especes et celui du gene cytb chez A. tractus.L’analyse de la diversite genetique des locus microsatellites revele des taux d’heterozygotie observes (Ho) et attendus (He) eleves a chaque locus et pour les deux especes, mais elles presentent differents patrons d’organisation de la diversite genetique. Chez S. partitus, la comparaison des localites prises deux a deux nous montre une differentiation exprimee par des valeurs de FST tres faibles mais significatives, alors que chez H. flavolineatum aucune structuration geographique n’est observee. Ces resultats sont confirmes au niveau de l’ADN mitochondrial, lequel indique aussi une absence de differentiation d’A. tractus pour l’ensemble des localites etudiees. Les differences de structuration genetique des especes etudiees pourraient etre le resultat des effets des courants marins autour de l’ile qui agissent de facon differente sur la dispersion des especes en fonction de leur comportement reproducteur (e.g. sites de fraie, œufs pelagiques ou benthiques et capacite des larves de rester pret des recifs natals ou d’etre transportes au loin). Pour les marqueurs mitochondriaux, nous avons obtenu des valeurs elevees de diversite haplotypique pour les trois especes, mais la diversite nucleotidique est tres differente selon les especes, faible chez S. partitus, grande chez H. flavolineatum, et tres grande chez A. tractus. La distribution du nombre de differences entre les sequences suggere que ces populations sont passees par des periodes d’expansion demographique. Ceci est confirme par les estimations des parametres de tests de neutralite. Les parametres caracterisant la croissance des populations qui ont ete obtenus pour les trois especes ne sont pas semblables, ce qui suggere que le temps et l’ampleur des evenements d’expansion ont ete differents pour les trois especes.L’analyse du gene cytb nous a permis d’identifier des haplotypes chez A. tractus qui n’avaient ete observes prealablement que chez A. bahianus. L’aire de repartition de cette derniere espece a ete recemment restreinte a l’Atlantique Sud sur la base de la divergence genetique avec A. tractus et de la separation geographique qui est maintenu par la barriere que constitue l’embouchure des rivieres Orenoque et Amazone. La presence d’haplotypes du sud a Cuba suggere que des individus du sud ont ete capables de traverser cette barriere.