Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis and antibiotic resistance in Lao PDR

La tuberculose (TB) reste parmi les 10 premieres causes de deces dans le monde ; l’emergence/reemergence de la TB resistante aux antituberculeux aggrave la situation et represente un defi majeur pour l’eradication de la TB. Le Laos est entoure par des pays fortement touches par la TB et la TB multi-resistante (MDR) et cette maladie represente une priorite en termes de sante publique dans ce pays. Il n’existe encore aucune donnee sur la structure genetique et la resistance aux antibiotiques de la population de M. tuberculosis au Laos.Dans ce contexte, ce travail avait pour but d’analyser la diversite genetique et la structure des populations de M. tuberculosis ainsi que les determinants genetiques associes a la resistance a partir d’echantillons collectes lors de l’enquete de prevalence nationale de la Tuberculose (TBPS) 2010-2011, l’enquete de resistance aux antituberculeux (DRS) 2016-2017 et chez les cas suspects de MDR-TB au Laos (2010-2014). Plusieurs techniques d’analyses ont ete utilisees, comprenant les tests de sensibilite aux medicaments (phenotypique et genotypique), le sequencage et le genotypage par spoligotypage et MIRU-VNTR. Les donnees ont ete analysees par des methodes statistiques et phylogenetiques.Premierement, ce travail s’est focalise sur la diversite des familles de M. tuberculosis circulant au Laos. Les familles EAI et Beijing (76.7% et 14.4% respectivement) ont ete principalement observees dans les echantillons de TBPS, alors que la famille Beijing etait plus frequente dans les echantillons de DRS et chez les patients suspectes de MDR-TB (35% et 41% respectivement). La transmission recente etait non-negligeable avec un taux de « clustering » global de 11.9%, et des taux pour Beijing de 20 % et EAI de 11 %. Deuxiemement, les resultats ont revele des profils de resistance tres diverses allant de la mono-resistance jusqu’a la pre-XDR (ultraresistance). Les mutations associees aux profils de resistance ont montre une grande diversite, avec cependant certaines mutations majeures dans les genes rpoB, katG, et rpsL. Le gene pncA a montre un pattern different avec de la diversite sans mutations preeminentes. En plus des mutations detectees, des deletions et insertions de bases ont ete egalement observees. Le sequencage a montre son utilite pour la detection de la resistance aux antibiotiques dans les trois echantillons a l’etude. Enfin, la famille Beijing, famille la plus problematique au niveau mondial en termes de resistance et de transmissibilite, a ete identifiee de maniere significative dans le groupe de patients <35 ans, principalement dans les provinces du Nord, dans les cas de transmissions recentes et chez les isolats tres resistants. Tous ces points suggerent un risque d’emergence de la MDR-TB accrue au Laos du a la famille Beijing.En conclusion, cette etude permet d’avoir pour la premiere fois un apercu de la structure des populations de M. tuberculosis au Laos. Les resultats soulignent le risque d’augmentation du nombre de cas infectes par la famille Beijing et donc des cas de resistance. Pour empecher une degradation de la situation, il est essentiel d’ameliorer les strategies pour le depistage des resistances et de developper des tests moleculaires capables de couvrir un large nombre de mutations qui soit simple a implementer dans les pays a ressources limites. Les resultats de ce travail serviront de base en termes de famille/sous-famille/genotype et de mutations associees a la resistance au Laos. Ces donnees pourront etre comparees avec de futures etudes/analyses pour etudier l’evolution de la TB et de la TB resistante et ainsi d’evaluer l’efficacite des politiques de controle mises en place. La description des mutations associees aux resistances est utilisee pour creer une base de donnees regionale en collaboration avec le Vietnam et le Cambodge pour developper un outil de diagnostic base sur la technologie des puces a ADN pour ameliorer la detection de la resistance dans la region.