Phylogenetic relationships of a class of hominoid-specific retro-elements (SINE-R) on human chromosomes 7 and 17

SINE-R elements are a class of retroposon derived from the human endogenous retrovirus HERV-K that has been active in hominoid evolution and may include some members that are Homo sapiens specific. Both SINE-R elements and the HERV-K class of element have potential relevance to recent genome change. Here we report on sequences in the SINE-R class that can be detected on human chromosomes 7 and 17 and compare them with sequences that we have previously reported on the X chromosome and in hominoid primates. The retroposons on chromosomes 7 and 17 showed a high degree of sequence homology (88-96%) with other human retroposons (SINE-R.C2, 11, 14, 19, and HS307/ HS408). Phylogenetic analysis using the neighbour-joining method revealed that SINE-R-type retroposons on chromosomes 7 and 17 were inter-related with those of hominoid primates, suggesting that various sub-classes of these retroposons have been evolving independently during hominoid evolution. One element (17-11) on chromosome 17 shares one hundred per cent identity with a 7-11 element on chromosome 7 which suggests either recent transposition or a chromosomal translocation. Thus further investigation of the chromosomal locations of SINE-R elements that together with the HERV-K LTR sequence from which they are derived have the capacity to influence the function of neighbouring cellular genes may be expected to clarify the potential role of these elements in recent hominoid evolution. SINE-R Elemente sind eine Klasse von Retroposons, die sich vom endogenen Retrovirus HERV-K ableiten, das wahrend der Evolution der Hominiden aktiv war und einige Vertreter umfassen konnte, die spezifisch sind fur Homo sapiens. Sowohl die SINE-R Elemente als auch die HERV-K Klasse von Elementen hat eine potentielle Bedeutung im Hinblick auf rezente Veranderungen des Genoms. In dieser Arbeit wird uber Sequenzen der SINE-R Klasse berichtet, die auf den Chromosomen 7 und 17 des menschlichen Genoms entdeckt worden sind. Sie werden mit entsprechenden Sequenzen des X-Chromosoms sowie von non-humanen Primaten verglichen, uber die zuvor berichtet wurde. Die Retroposons auf den Chromosomen 7 und 17 weisen ein hohes Ausmass an Sequenzhomologie (88-96%) mit anderen Retroposons auf (SINE-R.C2, 11, 14, 19 und HS307/HS408). Eine phylogenetische Analyse mit der Neighbor-Joining-Methode zeigte, dass die Retroposons vom Typ SINE-R der Chromosomen 7 und 17 mit denen von non-humanen Primaten in Zusammenhang stehen, was nahelegt, dass sich im Verlauf der menschlichen Evolution verschiedene Subklassen dieser Retroposons unabhangig voneinander entwickelt haben. Ein Element auf Chromosom 17 (17-11) weist eine 100%ige Ubereinstimmung mit einem 7-11 Element auf Chromsom 7 auf, was entweder fur eine rezente Transposition oder eine chromosomale Translokation hinweist. Es kann erwartet werden, dass weitere Untersuchungen zur chromosomalen Lokalisation von SINE-R Elementen, die zusammen mit der HERV-K LTR Sequenz, von der sie abstammen, die Kapazitat zur Beeinflussung der Funktion benachbarter zellularer Gene haben, zur Klarung der potentiellen Bedeutung dieser Elemente fur die rezente Hominidenevolution beitragen konnen. Les elements SINE-R sont une classe de retroposons derives du retrovirus endogene HERV-K qui a ete actif au cours de l'evolution des Hominides et qui peut comprendre quelques formes specifiques de l'Homo sapiens. Aussi bien les elements SINE-R que HERV-K ont potentiellement rapport avec le changement recent du genome. Ici, nous decrivons des sequences de la classe SINE-R qui peuvent etre detectees sur les chromosomes humains 7 et 17 et on les compare avec des sequences que nous avons precedemment decrites sur le chromosome X et chez les primates anthropomorphes. Les retroposons des chromosomes 7 et 17 presentent une forte homologie sequentielle (88-96%) avec d'autres retroposons humains (SINE-R.C2,11,14,19 et HS307/HS408). Une analyse phylogenetique utilisant la methode de recherche du voisin a revele que les retroposons de type SINE-R sur les chromosomes 7 et 17 sont relies a ceux des primates anthropomorphes, suggerant ainsi que diverses sous-classes de ces retroposons ont evolue de maniere independante au cours de l'evolution humaine. Un element (17-11) du chromosome 17 partage une identite a 100% avec un element 7-11 du chromosome 7, ce qui suggere soit une transposition recente, soit une translocation chromosomique. On peut attendre des futures recherches sur les emplacements chromosomiques des elements SINE-R, qui avec la sequence HERV-K LTR dont ils sont derives ont la capacite d'influencer la fonction des genes cellulaires proches, qu'elles eclaircissent le role de ces elements au cours de l'evolution humaine recente.