Etudes descriptive, épidémiologique, moléculaire et spatiale des souches Mycobacterium tuberculosis circulant à Antananarivo, Madagascar

Pour l’amelioration de la lutte contre la tuberculose a Madagascar, nous avons decide de mener des etudes sur l’analyse de la diversite et la distribution des genotypes de BK y circulant au cours du temps et dans l’espace afin de connaitre le mode de transmission de la TB et les sources potentielles de la TB malgache. Plus specifiquement il s’agit premierement, d’etudier la diversite genetique et la distribution des genotypes des BK dans le pays pour evaluer le niveau de transmission de la maladie et d’essayer de retracer les sources potentielles d’importation de la TB malgache ; deuxiemement, etudier la diversite de la souche endemique de Madagascar, le SIT109, afin de voir le niveau de transmission d’une souche a l’interieur de l’ile ainsi que son niveau d’evolution ; et troisiemement, identifier les zones de transmission de la TB par combinaison d’analyse spatiale et de genotypage en commencant par une etude pilote dans la capitale.Pour realiser cela, 1014 souches representatives de Madagascar isoles de 2005 a 2007 ont ete types par le spoligotypage. Les genotypes definis ont servi pour l’estimation de la transmission de la TB et l’identification des sources potentielles de la TB ; ensuite, 156 BK endemiques de Madagascar portant l’identite SIT109 ont ete types par la methode des MIRU-VNTR (« Mycobacterial Interspersed Repetitive Units – Variable Number of Tandem Repeat ») afin d’etudier leur diversite, leur niveau d’evolution et le niveau de distribution de la TB au niveau d’une seule souche et enfin, 523 patients ont ete recrutes a Antananarivo en 2013 afin de typer par le spoligotypage leur BK, d’identifier a partir de leur genotype ceux qui sont potentiellement associes a des cas de transmission recente et d’analyser leur clusterisation spatiale par la methode de Kulldorff.Les resultats nous ont montre une grande diversite genetique des BK circulant dans le pays avec une predomination de deux lignees de BK qui sont les souches « East african Indian » et « Tuscan » ; une distribution particuliere des BK dans la capitale par rapport aux autres provinces ; des similitudes particulieres des BK circulant avec des pays comme les USA, la France, l’Italie, le Danemark, l’Arabie Saoudite ou encore le Pays Bas ; une grande diversite des souches SIT109 ainsi que leur distribution dans tout le pays ; ainsi que quatre clusters spatiaux de cas de TB associe a la transmission recente dans la capitale.Cette etude nous a permis de determiner que la transmission de la TB a Madagascar est toujours tres active et se fait a tres grande echelle, une petite part de la TB a Madagascar a pu etre importee par les populations d’origines mais la majorite des cas actuels provient d’importation assez recente de BK de plusieurs regions du monde. Douze Fokontany de la capitale correspondent a des zones a risque de transmission de la TB et meritent une attention particuliere aux responsables de la lutte contre la TB a Madagascar et enfin la methode combinant genotypage et analyse spatiale permet la detection de ces zones a risque et pourrait servir pour le « Programme National de Lutte contre la Tuberculose » d’outil d’aide a la decision pour les strategies de lutte contre la TB dans tout Madagascar.