Detection and Characterization of Newcastle Disease Virus in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Tissues from Commercial Broilers in Egypt

SUMMARY Newcastle disease (ND) is highly contagious and causes severe economic losses to the poultry industry due to high morbidity and mortality. In this report, we describe the detection of Newcastle disease virus (NDV) in formalin-fixed tissues from an outbreak of ND on broiler farms in Egypt. The affected birds experienced respiratory and/or nervous signs and a 75% mortality rate. Tissue samples were collected and placed in 10% neutral buffered formalin followed by embedding in paraffin. RNA was extracted from 80-µm formalin-fixed paraffin-embedded tissue blocks and recovered in 60 µl of elution buffer. All samples were negative for influenza virus by real-time reverse-transcription (RT)-PCR but positive for NDV. These flocks were known to have been vaccinated with a live NDV vaccine (LaSota strain). The nucleic acid sequences of the virus detected in this study were similar to those of a velogenic virus at its cleavage site 111GRRQKR*F117 and clustered with class II genogroup VII lineage of NDV, with a nucleotide sequence identity of 94%–99%. Although extraction and amplification of NDV from paraffin-embedded tissues from experimentally infected birds has been reported previously, this study reports on the use of RT-PCR on formalin-fixed tissues from actual field samples. RESEMEN Detección y caracterización del virus de la enfermedad de Newcastle en tejidos fijados en formalina e incluidos en parafina y provenientes de pollos de engorde de Egipto. La enfermedad de Newcastle (ND) es altamente contagiosa y causa graves pérdidas económicas a la industria avícola debido a la alta morbilidad y mortalidad. En este reporte se describe la detección del virus de la enfermedad de Newcastle (NDV) en tejidos fijados en formalina recolectados durante un brote de la enfermedad de Newcastle en las granjas de engorde en Egipto. Las aves afectadas experimentaron signos respiratorios y/o nerviosos y una tasa de mortalidad del 75%. Se recolectaron muestras de tejidos y se colocaron en formalina neutra amortiguada al 10% y finalmente las muestras se incluyeron en parafina. Se extrajo el ARN a partir de bloques de tejido fijado con formalina e incluido en parafina de 80 micras y se recuperó en 60 µl del buffer de elución. Todas las muestras fueron negativas para el virus de la influenza aviar mediante un método de transcripción reversa y PCR en tiempo real, pero resultaron positivas para la presencia del virus de Newcastle. Se conocía que estas parvadas habían sido vacunadas con una vacuna viva de Newcastle (cepa LaSota). Las secuencias de los ácidos nucleicos del virus detectado en este estudio fueron similares a las secuencias de un virus velogénico en el sitio de disociación 111GRRQKR*F117 y se agruparon en el genogrupo clase II, linaje VII del virus de Newcastle, con una identidad en la secuencia de nucleótidos del 94% al 99%. Aunque la extracción y la amplificación del virus de Newcastle a partir de tejidos en parafina procedentes de aves infectadas experimentalmente se ha reportado anteriormente, este estudio informa sobre el uso de un método de RT-PCR en tiempo real con tejidos fijados en formalina provenientes de muestras reales de campo.