Du chromosome au gène par un criblage global des altérations génomiques dans la malignité pour isoler de nouvelles cibles thérapeutiques

Le cancer est desormais considere comme une maladie genomique de la cellule. Les moyens d’etude de l’oncogenome etaient bases sur les differentes modalites du caryotype, peu resolutif. L’application des techniques de micromatrices d’oligonucleotides, notamment l’aCGH, a permis une avancee majeure dans la caracterisation des genomes des cancers.La premiere partie de notre travail a porte sur les lymphomes de Burkitt (LB), caracterises par une translocation entre un gene d'immunoglobuline et MYC. L’etude portait sur 12 tumeurs primaires et 15 lignees cellulaires. L’aCGH (44K et 244K), concordait avec les cytogenetiques morphologique et moleculaire (FISH) sauf pour les translocations. Plus de la moitie des variations du nombre de copies (<2Mb) etaient des polymorphismes (CNV). Les anomalies pathologiques (CNA) (n=136) interessaient les regions suivantes : gains 1q, 13q, 7q, 8q, 2p, 11q et 15q ; pertes 3p, 4p, 4q, 9p, 6p, 17p, 6q, 11pterp13 et 14q12q21.3. Vingt regions minimales critiques (MCR) d’une taille varie entre 0.07-71.36 Mb, etaient delimitees. Trois MCR etaient identifiees sur le 1q : 1q21.1q25. 2, 1q32.1 et 1q44. La region proximale de 1q21.1q25. 2 etait le siege d’une amplification, contenant entre autres les genes BCA2, PIAS, BCL9. L’etude par transcriptome, sur 15 lignees, a demontre la surexpression uniquement de BCL9, remanie dans les LAL B et faisant partie de la voie de signalisation de MYC. Sur la region 11q23.1, le gain interessait le gene POU2AF1 dont le messager etait eleve. La MCR 13q31.3q32. 1 etait le siege d’une amplification contenant ABCC4, et le polycistron miR17-92. La correlation des resultats d’aCGH a ceux du transcriptome et du mirnome ont demontre une surexpression du miR17-92 qui controle le developpement des lymphocytes B et intervient dans la voie de signalisation de MYC. Sur le 9p21.3, la perte emportait le locus p16INK4A/p15INK4B. Le transcriptome avait demontre une sous expression de p15INK4B. Le locus p16INK4A/p15INK4B controle les 2 voies majeures, pRB et p53.La seconde partie de notre travail a consiste a etudier 17 tumeurs congelees de carcinomes adenoides kystiques (CAK) par aCGH 44K. Les CNA etaient validees par FISH et/ou MLPA. L’expression proteique etait etudiee par immunohistochimie. Les pertes excedaient les gains (41 versus 24). La t(6;9)(q23;p22) recurrente dans les CAK etait indetectable car equilibree. Dans un seul cas, le der(6)t(6;9) est probablement present sur le profil aCGH. Les MCR les plus frequentes (-6q22 et -6q24) n’incluaient pas 6q23. Treize MCR etaient identifiees. La MCR deletee en 8q impliquait le miR-124A2 qui regule les genes CDK6 et MMP2. Sur le 9p21.3, le locus p16INK4A/p15INK4B etait de nouveau perdu. Des gains isoles etaient observes au niveau des locus CCND1, KIT/PDGFRA/KDR, MDM2 et JAK2. Le gene MDM2, qui etait amplifie sous forme de double minutes, est un element cle de l’axe p16INK4A-ARF-p53.Pour la troisieme partie de notre travail nous avons etudie 60 tumeurs primaires d’adenocarcinomes pulmonaires (AD) de non fumeur par aCGH (244K). Dans 50/60 tumeurs, le nombre de MCR etait de 14. Cinq MCR contenaient un seul gene (MOCS2, NSUN3, KHDRBS2, SNTG1 et ST18). Une MCR gagnee, 5q35, contenait le gene NSD1. Une amplification, sous forme de HSR et mise en evidence par FISH, interessait l’oncogene FUS. Une PCR quantitative avait permis de confirmer la surexpression FUS. A notre connaissance, c’est la premiere etude qui incrimine le gene FUS dans la carcinogenese de l’AD du non-fumeur. D’autres genes etaient egalement impliques : ARNT, BCL9, CDK4, p15INK4B, EGFR, ERBB2, MDM2, MDM4, MET, MYC, NKX2-1 et KRAS. Un clustering non supervise avait permis de degager un groupe avec un gain de MYC ; un autre groupe caracterise par la perte des genes suppresseurs RB et WRN et un dernier groupe caracterise par un gain 7p et 7q, et presentait une frequence elevee de mutations de l’EGFR. Dans 10/60, le nombre de CNA etait tres rare et aucune MCR n’etait detectee.