Prévalence, circulation et caractérisation des bactéries multirésistantes au Burkina Faso

La resistance aux antibiotiques demeure un probleme majeur de sante publique particulierement dans les pays en voie de developpement (PVD) ou les conditions d’hygiene sont encore precaires et ou l’utilisation des antibiotiques est souvent abusive et tres peu controlee. Cette these a pour objectif principal d’etudier la prevalence, la circulation et la caracterisation genetique des bacteries multiresistantes (BMR) dans un PVD, le Burkina Faso. Ce travail permet de mieux comprendre la propagation de ces BMR dans ce pays et de donner des informations indispensables pour les services de sante publique. Dans cette region, c’est la premiere etude du genre et cette these represente donc un travail original et informatif. A partir d’une revue de la litterature realisee sur la problematique de l’emergence des BMR en Afrique de l’ouest, les objectifs specifiques sont : i) d’etudier la prevalence et la caracterisation phenotypique et genotypique des beta-lactamases a spectre elargi (BLSE) chez les enterobacteries isolees en portage et dans les processus infectieux ; ii) d’evaluer la sensibilite des enterobacteries aux carbapenemes ; iii) de documenter la prevalence du portage nasal de Staphylococcus aureus (SAUR) resistant a la meticilline (SARM) ainsi que d’effectuer la caracterisation moleculaire les isolats de SAUR. Les isolats ont ete preleves par les services de sante publique au sein des 3 CHU du Burkina et ont ete remis en culture au laboratoire de bacteriologie du CHU de Montpellier [un total de 594 souches, 522 enterobacteries (214 en portage et 308 dans les processus infectieux) et 72 SAUR]. L’identification des especes bacteriennes repose sur la spectrometrie de masse MALDI-TOF. L’evaluation de la sensibilite aux antibiotiques s’appuie sur la methode de diffusion en milieu gelose. Les BLSE et les carbapenemases chez les enterobacteries sont identifiees par methodes moleculaires (PCR et sequencage) et la caracterisation genetique des isolats de SAUR par une technique de puce a ADN. Au Burkina Faso, les points importants sont : des taux tres eleves en portage et dans les infections d’enterobacteries secretrices de BLSE en hospitalier et en communautaire; les antecedents de consommation d’antibiotiques ou d’hospitalisation sont des facteurs de risque de portage ; par les isolats BLSE, Escherichia coli est l’espece predominante ; la majorite des BLSE sont des CTX-M-15, suivi de CTX-M-14, 27 et SHV-12 ; l’etude des phylogroupes d’E. coli suggere une expansion des genes CTX-M-15 d’origine plasmidique et non liee a une epidemie de clone ; des isolats d’E. coli producteurs de carbapenemase OXA-181 avec un support genetique plasmidique de type IncX3 sont identifies. On observe un taux de portage nasal de SAUR classique avec une tres faible prevalence de SARM ; on note dans une forte proportion des genes de virulence (Leucocidine de Panton Valentin et du facteur EDIN) parmi les SAUR en portage constituant des facteurs de risques de gravite lors des infections ; l’analyse genetique des isolats de SAUR montre une grande diversite de clones. Les etudes de prevalence et de genetiques apportent des informations fondamentales pour l’epidemiologie des BMR, base indispensable pour apprehender la lutte et le controle de ces organismes pathogenes resistants. En conclusion, ces premieres etudes realisees au Burkina permettent de definir les perspectives de recherche et les strategies a developper pour le controle l’emergence et la diffusion de ces BMR.