Institut Agama Kristen Negeri Ambon
Asal mula berdirinya IAKN Ambon diawali dengan adanya terobosan-terobosan baru dari para tokoh Kristen di Pemerintahan khususnya Ditjen Bimas Kristen terhadap kemungkinan yang selama 52 tahun Kemerdekaan Indonesia sangat tidak mungkin terwujud yaitu bagaimana Pemerintah secara arif dan bijaksana melayani dan mendukung secara adil semua organisasi keagamaan yang ada dalam melaksanakan kegiatan-kegiatan keagamaannya. Salah satu terobosan itu adalah mendorong peningkatan status Akademi Pendidikan Guru Agama Kristen menjadi Sekolah Tinggi atau Institut Agama Kristen yang dikelola Pemerintah. Selain secara imania diyakini adanya penyertaan Tuhan, namun dengan semangat tinggi refarmasi maka usulan tersebut diterima Pemerintah yaitu mengintegrasikan Akademi Pendidikan Guru Agama Kristen Protestan Negeri menjadi Sekolah Tinggi Agama Kriten Protestan negeri dengan dikeluarkannya Keputusan Presiden RI (B. J. Habibie) Nomor 19 Tahun 1999, yang ditandatangani pada tanggal 13 Maret 1999 atau tidak cukup satu tahun reformasi bergulir. Dengan Keputusan Presiden RI Nomor 19 tahun 1999,ini, maka Menteri Agama menerapkan untuk pada tahap awal meningkatkan AKGAKPN Ambon dan Tarutung menjadi Sekolah Tinggi Agama Kristen Prostestan Negeri masing-masing dengan Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 85 tahun 1999, Tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja STAKPN Tarutung, dan KMA Nomor 86 tahun 1999, tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja STAKPN Ambon. Sumber daya untuk kebutuhan tenaga Pengajar saja Kepala Kanwil Departemen Agama Provinsi Maluku terpaksa merekomendasikan para pegawai untuk dimutasikan dari Kantor wilayah dan Kantor Departemen Agama Kota Ambon sebaagai Pegawai Administrasi dan Tenaga Pengajar pada APGAKPN Ambon. Dengan demikian realitas bahwa belum tersedianya tenaga Dosen pada APGAKPN Ambon, sekaligus untuk memenuhi persyaratan formal Lembaga Pendidikan Tinggi termasuk STAKPN yang sementara digodok untuk diperjuangkan oleh para pemimpin Kristen yang dipelopori oleh jajaran Ditjen Bimas Kristen Protestan. APGAKPN Ambon pada waktu itu dipimpin oleh Drs. Listen Sirait selaku Direktur, dan R. Souhaly SH, Selaku Kepala Urusan Tata Usaha. Hanya dua jabatan ini yang terisi secara resmi, sementara jabatan lain semisal wakil direktur hanya ditentukan pelaksanaan tugas.
Sarana dan prasarana Pendidikan, meliputi Gedung Kuliah, Kantor, Perpustakaan, dan perlengkapan Kuliah dan Kantor meliputi kursi kuliah, lemari, buku perpustakaan, meja kantor, sebagian besarnya masih merupakan peninggalan PGAKP Negeri Ambon, dan sebagian kecil adalah pengadaan oleh APTK, dan APGAKPN. Sementara dengan sumber daya manusia meliputi Pegawai Administrasi dan Dosen, tanggal 25 April 1998, dan oleh Menteri Agama Cq. Ditjen Bimas Kristen Protestan, mengangkat Drs. Listen Sirait selaku Direktur, dan R. Souhaly SH, selaku Kepala Urusan Akademik, Administrasi dan Umum, sedangkan untuk tenaga Dosen, dan Pegawai Administrasi Direktur dari Pegawai Departemen Agama di Kanwil Maluku, terdiri dari mantan Guru dan Pegawai PGAKPN Ambon, serta Pegawai Kanwil depag Provinsi Maluku yang dipandang memiliki kompetensi Akademik. Selain itu tambahan formasi pegawai dan Dosen APGAKPN sebanyak empat tenaga.