Sabah
Pada abad ke-7 Masehi, sebuah negeri jajahan Sriwijaya bernama Wijayapura diperkirakan berada di barat laut Borneo. Berdasarkan kitab berbahasa Tionghoa "Taiping Huanyu Ji", kerajaan pertama di wilayah itu adalah Po Ni yang diduga berdiri pada awal abad ke-9. Diyakini bahwa Po Ni berada di mulut Sungai Brunei dan merupakan cikal bakal Kesultanan Brunei. Pada abad ke-14, menjadi negara vasal Majapahit, tetapi tahun 1370 kesetiannya beralih ke Dinasti Ming dari Tiongkok. Maharaja Karna dari Borneo kemudian melakukan kunjungan ke Beijing bersama keluarganya hingga ia mangkat. Ia digantikan oleh putranya Hiawang yang setuju untuk mengirimkan upeti ke Tiongkok sekali setiap tiga tahun. Sejak itu, Kapal jung Tiongkok datang ke utara Borneo dengan kargo berupa rempah-rempah, sarang burung, sirip hiu, kapur barus, rotan, dan mutiara. Banyak pedagang Tionghoa akhirnya tinggal dan menetap di Sungai Kinabatangan berdasarkan catatan sejarah Brunei dan Sulu. Saudara perempuan Gubernur permukiman Tionghoa, Huang Senping (Ong Sum Ping) kemudian menikah dengan Muhammad Shah (pendiri Kesultanan Brunei setelah memeluk agama Islam). Mungkin karena hubungan ini, sebuah tempat pemakaman dengan 2.000 peti mati dari kayu yang diestimasikan berusia 1.000 tahun ditemukan di Gua Agop Batu Tulug, juga di daerah Kinabatangan. Budaya pemakaman tersebut diyakini dibawa oleh para pedagang dari Tiongkok Daratan dan Indochina ke Borneo utara karena peti mati-peti mati kayu yang sejenis ditemukan juga di negara-negara di wilayah tersebut. Selain itu, ditemukan pula nekara di Bukit Timbang Dayang di Pulau Banggi yang berasal dari 2.000–2.500 tahun yang lalu.
Pada masa kekuasaan sultan kelima, yaitu Sultan Bolkiah, antara 1485–1524, thalasokrasi kesultanan meluas ke luar wilayah Borneo utara dan Kepulauan Sulu, sejauh "Kota Seludong" (sekarang Manila) dengan pengaruhnya mencapai Banjarmasin, yang memperoleh keuntungan dari perdagangan maritim setelah jatuhnya Malaka ke tangan Portugis. Banyak orang Brunei pindah ke wilayah ini pada saat itu, meskipun perpindahan telah dimulai sejak abad ke-15 setelah Brunei menaklukkan teritori itu. Kesultanan Brunei mulai mengalami kemunduran akibat perselisihan internal, perang saudara, perampokan/pembajakan, dan munculnya imperialisme barat. Bangsa Eropa pertama yang datang ke Brunei adalah Portugis, yang menggambarkan ibu kota Brunei pada saat itu dikelilingi oleh tembok batu. Diikuti oleh Spanyol segera setelah Fernando de Magelhaens meninggal tahun 1521, ketika mereka berlayar ke Pulau Balambangan dan Banggi di ujung utara Borneo yang kemudian menjadi pemicu suatu konflik yang terkenal dengan nama Perang Kastila. Sulu memperoleh kemerdekaan tahun 1578 dengan membentuk kesultanan sendiri dengan nama Kesultanan Sulu.
Ketika perang saudara pecah di Brunei antara Sultan Abdul Hakkul Mubin dan Muhyiddin, Sulu menuntut klaim mereka atas wilayah Brunei di utara Borneo. Sulu mengklaim bahwa Sultan Muhyiddin telah berjanji untuk menyerahkan bagian utara dan timur Borneo pada mereka sebagai kompensasi atas bantuan mereka dalam menyelesaikan perang saudara. Dalam praktiknya, wilayah itu tidak pernah diserahkan, tetapi Sulu tetap mengklaim wilayah tersebut sebagai milik mereka. Pada saat itu Brunei tidak dapat berbuat banyak karena mereka semakin lemah setelah berperang dengan Spanyol dan wilayah di utara Borneo mulai berada di bawah pengaruh Kesultanan Sulu. Pelaut-pelaut suku Bajau, Suluk, dan orang Lanun kemudian mulai menetap di pesisir utara dan timur Borneo. Karena Sulu juga terancam oleh kedatangan bangsa Spanyol, banyak orang Sulu yang melarikan diri dari koloni Spanyol di wilayah mereka. Meskipun Kesultanan Brunei dan Sulu masing-masing menguasai pesisir barat dan timur Sabah, wilayah pedalaman masih merdeka dari keduanya.