Lembaga Negara Indonesia
Lembaga negara yang masuk dalam lapis kedua yang disebutkan dalam UUD 1945:
selain enam lembaga yang disebutkan dalam UUD diatas, terdapat juga lembaga lain yang disejajarkan dengan organisasi lapis ke dua yakni lembaga negara yang dibentuk dengan UU, yang disusun antara DPR dan Presiden. Lembaga ini dapat dibubarkan apabila UU atau pasal yang mengatur lembaga tersebut dibatalkan melalui judicial review di Mahkamah Konstitusi. Beberapa contoh lembaga ini yaitu:
Kelompok ketiga adalah organ konstitusi yang termasuk kategori lembaga negara yang sumber kewenangannya berasal dari regulator atau pembentuk peraturan di bawah undang-undang. Artinya, keberadaannya secara hukum hanya didasarkan atas kebijakan presiden (presidential policy) atau beleid presiden. Jika presiden hendak membubarkannya lagi, maka tentu presiden berwenang untuk itu. Artinya, keberadaannya sepenuhnya tergantung kepada beleid presiden. Contoh lembaga-lembaga ini yaitu:
Penataan Lembaga Negara 
Berdasarkan Pasal 17 UUD 1945, Presiden sebagai pemegang kekuasaan pemerintahan dalam menjalankan tugasnya dibantu oleh menteri-menteri. Keberadaan menteri-menteri tersebut telah diatur secara jelas dan tegas dalam sebuah payung hukum Undang-Undang Nomor 39 Tahun 2008 tentang Kementerian Negara. Menteri-menteri tersebut mempunyai tugas untuk melaksanakan urusan tertentu dalam pemerintahan sehingga dapat diartikan bahwa semua fungsi pemerintahan sudah terbagi habis dalam tugas Kementerian. Saat ini, terdapat 34 (tiga puluh empat) Kementerian yang membidangi urusan tertentu dalam pemerintahan.
Selain itu, untuk mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi tertentu di bidang pemerintahan, Presiden dengan mengacu kepada kewenangannya berdasarkan Pasal 4 UUD 1945, juga membentuk Lembaga Pemerintah Non Kementerian (LPNK) yang merupakan special agency yang melaksanakan tugas dan fungsi spesifik tertentu dalam rangka mendukung kebijakan pemerintah yang dilaksanakan oleh Kementerian. Saat ini telah dibentuk dua puluh tujuh Lembaga Pemerintah Non Kementerian. Selain itu, terdapat 6 (enam) dipimpin oleh pejabat setingkat menteri, yakni Kepolisian Negara Republik Indonesia, Sekretariat Kabinet, Kejaksaan Agung, Tentara Nasional Indonesia, Badan Intelijen Negara dan Badan Siber dan Sandi Negara. Jumlah pejabat setingkat menteri ditentukan oleh Presiden saat pembentukan Kabinet.
Di luar Kementerian Negara, LPNK, dan lembaga yang dipimpin Pejabat setingkat Menteri tersebut, dalam praktik penyelenggaraan negara dan pemerintahan, juga terdapat lembaga-lembaga lain, yaitu Lembaga Non Struktural (LNS) sebagai perwujudan partisipasi masyarakat dalam pemerintahan. LNS merupakan lembaga di luar struktur organisasi instansi pemerintah, yang bersifat independen serta memiliki otonomi dalam menjalankan mandatnya sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Untuk memberikan pelayanan penyiaran radio dan televisi juga telah dibentuk Lembaga Penyiaran Publik (LPP) berdasarkan Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2002 tentang Penyiaran. LPP merupakan lembaga penyiaran yang berbentuk badan hukum yang didirikan oleh negara, bersifat independen, netral, tidak komersial, dan berfungsi memberikan layanan untuk kepentingan masyarakat. LPP yang ada yaitu LPP Televisi Republik Indonesia dan LPP Radio Republik Indonesia
Lembaga ini dibentuk melalui Undang-Undang akan tetapi secara struktural bertanggungjawab kepada Menteri yang bertanggungjawab diurusan tertentu.