Pertempuran Gunung Putih
Ferdinand II memutuskan untuk menghukum penduduk Ceko akibat serangkaian pemberontakan yang merupakan perlawanan terhadap peraturan Habsburg atas wilayah tersebut. Dia mengembalikan agama Katolik sebagai bagian dari identitas nasional Ceko, yang terkenal dengan motto-nya, "Lebih baik sebuah negeri padang pasir daripada suatu negara yang dipenuhi orang-orang sesat." Pada tanggal 21 Juni 1621 pagi, sebanyak 27 warga kota dan bangsawan dieksekusi di alun-alun Old Town, Praha. Kepala mereka dipenggal dan dipertontonkan pada salah satu menara di Jembatan Charles. Penggalan kepala tersebut masih terdapat di sana hingga dilakukan penguburan formal di Katedral Týn beberapa dekade berikutnya. Pada tahun 1622, Friedrich V, seorang raja dari Palatine melarang praktik iman Lutheran. Dia juga memerintahkan semua orang Lutheran (yang kebanyakan dari mereka tidak terlibat pemberontakan) untuk mengubah keyakinannya atau meninggalkan negara tersebut pada tahun 1626. Dua tahun kemudian, Friedrich V juga melakukan pengusiran imam non-Katolik dan melarang orang awam menerima komuni dengan sebuah Keputusan Kekaisaran, bahwa Katolik adalah satu-satunya denominasi yang diizinkan di Kerajaan Bohemia. Tiga tahun kemudian, pada bulan Juli 1627, Paten Pengkatolikan memaksa bangsawan Protestan untuk memilih agama Katolik atau keluar dari wilayah tersebut. Kebijakan ini mengakibatkan berpindahnya sekitar 20 persen bangsawan Bohemia dan Moravia.
Dua puluh tujuh salib putih, kini ditanam di trotoar alun-alun Old Town, sebagai bentuk penghormatan bagi para korban eksekusi. Setelah eksekusi, Friedrich V melawan para bangsawan dan warga Ceko dengan merebut tanah milik bangsawan Protestan dan menjualnya atau memberikannya kepada kerabatnya di Habsburg. Tentara bayaran pasukan Habsburg diberi kompensasi dengan tanah, hal ini menyebabkan bangsawan asal Spanyol, Flemish, Irlandia, Italia, dan Jerman menjadi elite baru di jajaran pemilik tanah. Klerus Katolik mendapatkan kembali status mereka yang hilang sebagai ahli waris dan tetap menjadi sekutu kuat dinasti Habsburg. Peraturan Pemerintah atas tanah Ceko (1627) menetapkan dasar hukum bagi absolutisme dinasti Habsburg. Semua tanah di Ceko dinyatakan sebagai properti turun temurun dinasti Habsburg. Fungsi legislatif dewan dari Bohemia dan Moravia dicabut. Semua undang-undang berikutnya harus berdasarkan keputusan kerajaan, dan hanya menerima persetujuan formal dari dewan. Pejabat tertinggi kerajaan, yang dipilih dari kalangan bangsawan setempat, akan dipilih dengan ketat oleh raja. Dengan demikian, Kerajaan di Bohemia yang otonom berubah. Penduduk Jerman Katolik yang berasal dari Jerman Bagian Selatan yang bermigrasi ke Bohemia banyak mempengaruhi aturan dinasti Habsburg. Penduduk Jerman menjadi pemilik sebagian besar tanah Ceko dan menjadi bangsawan Bohemia baru. Para bangsawan Katolik Ceko yang tersisa secara bertahap meninggalkan Ceko dan menjadi pelayan setia sistem Kekaisaran. Imigran Katolik Jerman mengambil alih perdagangan dan industri. Setelah kekalahan Ceko, perang agama tetap berlanjut. Perang Tiga Puluh Tahun (1618-48) antara pangeran Protestan Jerman melawan Kaisar Romawi Suci melibatkan kekuatan asing yang melampaui wilayah Jerman sendiri. Ceko bertempur di semua sisi, dan sebagian besar jenderal Ceko yang memberontak bergabung dengan tentara Protestan.