مسجد بغدادی‌ مربوط به دوره آل مظفر است که با توجه به نوشته ای که بر سنگ محراب مسجد حک شده است، سال ۷۶۸ هجری قمری(ثمان و ستین بعد سبع مأة) را نشان می‌دهد، تعمیر کلی شده است و در دوره قاجار نیز به خاطر زلزله های شدیدی که رخ داده است، دوباره تعمیر کلی شده است.زمان ساخت اولیه مسجد نا مشخص است. همچنین در جوار این مسجد، آرامگاه امامزاده "بی بی سته" که گفته می شود از نوادگان امام صادق علیه السلام است.قرار دارد‌.

کاشی کاری مسجد  کاشیکاری بکار رفته در این مسجد از نوع معقلی می باشد که تنها در تعداد محدودی از مساجد از جمله مسجد حاج غنی، مسجد طاهریه،مسجد فتح و حاج باقر بکار رفته است. استفاده از این نوع کاشیکاری با توجه به تاریخ ساخت مسجد امری رایج بوده است. از این نوع کاشیکاری بیشتر در جرز بیرونی و فیلگوش ها استفاده شده است.

وجه تسمیه مسجد بغدادی

قدیمی ترین منبعی که از مسجد بغدادی نام برده است شیراز نامه اثر زرکوب شیرازی است  که در آن در ذیل نام بزرگان و مشایخ شیراز از شخصی به نام محمد بن الامام مقری می نویسد: الشیخ الامام العالم اسوة الافاضل و الائمة المتبرزين ملک المشایخ الواعظین جمال الدین محمد بن الامام المقری الامام بالمسجد البغدادی از کبار ائمه و افاضل عصر بوده و در فنون علوم از احادیث و علم کلام و عربیه تصانیف معتبر داشت توفی سنه  اربع و سبعین و ستمأة و در رباطی که قریب دروازه کازرون افتاده مدفدن است. ( زرکوب شیرازی ابوالعباس احمد بن ابی الخیر شیرازنامه   ۷۳۴ قمری به تصحیح بهمن کریمی، ص ۱۳۷) 
بنا بر گفته محمدهادی امامی بغدادی، مبلغی از جانب یک تاجر بغدادی به والی فارس فرستاده می‌شود تا با آن، مسجدی در شیراز بنا گردد اما چون آن بودجه، کفاف خرید زمین و ساخت مسجد را نمی‌داده است والی فارس نامه ای به آن تاجر می نویسد: که این مبلغ برای ساخت مسجد کم است، اما مسجد نیمه مخروبه ای در شیراز وجود دارد(مسجد بغدادی کنونی) که با این هزینه می‌توان آن را تعمیر کلی و قابل استفاده کرد. تاجر نیز قبول می کند و این مسجد تعمیر کلی می شود و از آن زمان مورد بهره برداری مجدد قرار می گیرد و مقداری از سکه های ارسالی آن تاجر که از مخارج بازسازی مسجد اضافه آمده بوده است نیز زیر یکی از ستون های مسجد دفن شده است. (نیازمند منبع) 
لذا نام این مسجد بغدادی است که در عوام گاهی  بغدادی‌ها خوانده می شود که صحیح نیست.
این مسجد در محله قدیمی سردُزَک(سر‌ دِژَک-دژِ کوچک) شیراز واقع شده و این اثر در تاریخ  با شمارهٔ ثبت ۲۹۶۱ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
ائمه جماعت 
در مورد ائمه جماعت این مسجد از سال ۱۲۵۴ هجری شمسی تا سال ۱۲۹۹ هجری شمسی به مدت چهل و پنج سال شیخ محمود شیرازی(ره) و پس از آن تا بهمن ماه سال ۱۳۵۹ شمسی فرزند آن، شیخ محمد نبی امام بغدادی(ره) به مدت ۶۱ سال  امام جماعت این مسجد بوده اند و از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۵ نیز آیت الله حاج سید مصطفی محمدی امامت جماعت مسجد را عهده دار بوده اند و پس از آن نیز تا کنون تعدادی از علما به صورت پراکنده امام جماعت بوده اند.
در زمان فتحعلی شاه قاجار نیز در سفری به شیراز به والی فارس دستور می دهد که تمام علمای شیراز را در شاهچراغ جمع کن میخواهم با آن‌ها دیدار حضوری داشته باشم.والی فارس هم همه‌ی علما را جمع می کند اما تنها امام جماعت مسجد بغدادی که سیدی پیر بوده و در زیر درختی در مسجد به گیوه دوختن گیوه مشغول بوده از دیدار با شاه امتناع می ورزد. شاه پس از دیدار به والی فارس می گوید همه علما را حاضر کردی؟ می گوید بله قربان اما تنها یک عالم حاضر به حضور نشد شاه می گوید پس خود ما به دیدارش می رویم و شاه با خدم و حشم به سوی مسجد بغدادی روانه می‌شود. اطرافیان شاه زودتر نزد سید می آیند و عزیمت شاه به مسجد را خبر می دهند اما سید با بی اعتنایی مشغول به دوختن گیوه می شود تا شاه به درب مسجد می‌رسد، سید هم به درب مسجد می آید و خوش‌آمد می‌گوید و پس از تفقد و جویا شدن احوال سید به او می گوید درخواستی از ما داشته باش! سید می گوید درخواستی ندارم دوباره اصرار می کند، سید کنایتا می گوید زیر این درخت که مشغول کار هستم پشه ها اذیتم می کنند اگر می توانی این پشه ها را از من دور کن! شاه می گوید ملکی در شهر آباده را وقف بر این مسجد کنم سید می‌گوید مانعی نیست و تشکر می‌کند
محمد هادی امامی از قول پدرش نقل می کند که این ملک تا ابتدای حکومت پهلوی اول (حدود سال ۱۳۰۵) وقف بر مسجد بود و در ماه محرم  نیز از درآمد آن توسط والیان حکومتی در مسجد، مجلس سوگواری برگزار می‌شد و پس از منع عزاداری سید الشهداء علیه السلام توسط رضاخان به مرور این ملک از دست والیان خارج و مقرری هر ساله قطع شد.

جستارهای وابسته 
 فهرست آثار ملی ایران
 سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری

منابع 

آثار دوره قاجاریان در شهرستان شیراز
مسجدهای تاریخی شهرستان شیراز
ب