Il paese ritornò tristemente alla ribalta a pochi giorni dalla fine della seconda guerra mondiale. Dal 20 al 23 aprile 1945 fu sottoposto a bombardamenti alleati, che avevano come obiettivo la distruzione del ponte sull'Adige per contrastare la ritirata tedesca di un esercito ormai vinto e pensava di più a salvataggi individuali che alla ricerca di nuovi punti di difesa. Il risultato per il paese fu disastroso, furono distrutti tutti i simboli della piccola comunità: la chiesa, il municipio, le scuole e molte delle case che si affacciavano sulla piazza principale.

Durante la seconda guerra mondiale a Bonavigo esisteva un campo di prigionia per britannici che dipendeva dal campo base di Pol di Bussolengo. Vi erano rinchiusi qualche decina di prigionieri che lavoravano nelle aziende agricole circostanti. Il rapporto con la popolazione era ottimo tanto che dopo la guerra alcune donne del paese si sposarono con ex prigionieri. Trattati in modo umano e secondo la convenzione di Ginevra dal Regio Esercito, dopo l'8 settembre 1943 i prigionieri si diedero alla fuga. Furono aiutati in questo dalle famiglie contadine che rischiarono la vita e la prigione per offrire loro vitto e alloggio in attesa di poterli aiutare a fuggire dai rastrellamenti e dalla deportazione in Germania. Queste storie, dei Perlasca e dei Schindler di Bonavigo, insieme a quella della storia dei campi di prigionia per P.O.W (prigionieri di guerra) del veronese è mirabilmente raccontata dal regista Mauro Vittorio Quattrina nel documentario ""Quei giorni di coraggio e paura"" realizzato nel 2008.

I Militia divengono protagonisti di fatto della emergente New Wave italiana al fianco di gruppi come Diaframma, Litfiba, CCCP Fedeli alla linea, Moda, Neon, Bu bu sex, ecc.: addirittura il settimanale Panorama dedica un servizio alla scena dark perugina (rappresentata da Militia, Aidons La Norvege, X-Offender, T.V. Voodoo e Axa Vanea) segnalandola come uno dei fenomeni di spicco a livello nazionale al pari di realtà consolidate come quelle di città come Firenze, Bologna e Pordenone.

Nel 1999 negli stabilimenti Moto Guzzi, viene presentato alla stampa un nuovo propulsore di 1000 cm³ raffreddato a liquido denominato VA10, caratterizzato dalla classica architettura a V ma di 75º capace di erogare una potenza di oltre 140 cv. Questo avveniristico motore, sviluppato in collaborazione con l'Ing. Danilo Mojoli, nacque con l'intento di ricondurre Guzzi alle competizioni internazionali SBK. Il progetto, nonostante fosse giunto alle fasi conclusive, a causa di un nuovo cambio dei vertici di gestione, venne abbandonato.