El investigador ha recibido varios reconocimientos por sus enseñanza, incluyendo el Premio a la Labor Docente en 1997 y el Premio a la Labor Docente e Investigación en 2006.[4]​[5]​ En 1984 fue aceptado en el Sistema Nacional de Investigadores y en 1988 consiguió el nivel II de miembros.[2]​[5]​ En 1993 y 1999, fue nombrado ""profesor distinguido en telecomunicaciones"" por su trabajo respectivamente en Bell Northern Research y en Nortel Networks, y recibió el Premio Nacional de Tecnología Ericsson.[3]​ En 2012, recibió el premio Rómulo Garza por su carrera en el Tec de Monterrey.[1]​[4]​ Muñoz Rodríguez también es miembro de alto rango del Instituto de Ingenieros Eléctricos y Electrónicos, miembro de la Academia Mexicana de Ciencias desde 2005 y de la Academia Mexicana de Ingeniería desde el 2011.[5]​

Con motivo de la celebración del Septuagésimoquinto (75°) Aniversario de la fundación del Departamento en 1980, Guillermo Ceballos Espinosa presentó a la Gobernación de Caldas, por encargo de su titular Dilia Estrada de Gómez, el himno que fue adoptado para solemnizar dicha efemérides y que siguieron interpretando las bandas de música y los planteles de educación de esta sección del país en retretas y actos oficiales con gran aceptación.[9]​