波希战争，又称希波战争，为公元前499年至前449年，波斯与古希腊城邦之间爆发的一系列冲突。
公元前547年，波斯的居鲁士大帝征服了爱奥尼亚，但此后爱奥尼亚的希腊语城邦一直在寻求独立。波斯人为了便于统治，遂给这些城邦委任了僭主。到了前499年，米利都的僭主阿里斯塔格拉斯在波斯的支持下出海远征纳克索斯岛失败而被解任。阿里斯塔格拉斯趁机鼓动整个小亚细亚的希腊语地区起来反抗波斯的统治，由此拉开了伊奥尼亚起义的序幕。随着叛乱的发展，越来越多的小亚细亚小国被卷入到这场纷争中。雅典和埃雷特里亚则为阿里司塔格拉斯提供军事援助，于前498年协助后者占领并焚毁了波斯的地方首府萨第斯。前497年至前495年之间战况一时陷于胶着，但波斯人随后重组军队进击叛乱的米利都，在Battle of Lade中彻底击溃了叛军，于前493年将叛乱镇压了下去。
为了确保波斯帝国日后不受叛乱的威胁，同时加大对内陆希腊人的影响，大流士一世决定先发制人征服希腊。他誓言要向雅典和埃雷特里亚报萨第斯被焚的一箭之仇。第一次入侵始于前492年，在波斯将军马铎尼斯指挥下军队攻下了色雷斯和马其顿，却因征途中的小差错而功败垂成。波斯人又于前490年派去了第二支军队，在Datis和阿塔佛涅斯的指挥下横渡爱琴海，占领了基克拉泽斯，围困了埃雷特里亚并最终将其毁掉。他们随后挥师雅典，却在马拉松战役被雅典军队打败。波斯人的第一次入侵就此止步，大流士也在前486年死去。
前480年，大流士之子薛西斯一世亲率一支古代历史上首屈一指的大军开始了对希腊的第二次入侵。波斯军队在温泉关战役击败由斯巴达和雅典领导的希腊联军后，曾一度占领了希腊的大部分土地，然而他们的海军却在接下来的萨拉米斯海战中被希腊联合海军击溃。随后希腊人转守为攻，在普拉提亚战役中再次得胜，从而结束了波斯的侵略。
希腊联军乘胜追击，在Battle of Mycale中扫除波斯海军残部，并在前479年和前478年分别击溃屯于Sestos和拜占庭的波斯守军。在围困拜占庭期间希腊联军的Pausanias (general)将军的所作所为让许多希腊城邦疏远了斯巴达，他们转而接受雅典的领导，形成了提洛同盟并在随后的战斗里将波斯军队彻底驱逐出欧洲。在前466年的欧里梅敦战役中同盟军终于解放了爱奥尼亚全境。提洛同盟在前460年至454年间插手埃及叛乱时遭受灭顶之灾，被迫停止进军。在前451年他们还派出过一支海军到塞浦路斯却无功而返。此后希波战争的战火逐渐冷却。一些史料表明双方的敌对状态最终在前449年雅典和波斯签署卡里阿斯和约后结束。
伊奥尼亚起义
伊奥尼亚起义(Ionian Revolt)牵涉到伊奥利亚(Aeolis)、多利斯(Dorian Hexapolis)、赛普勒斯(Cyprus)、卡里亚(Caria)等位于小亚细亚上的希腊城邦一系列反叛波斯帝国的军事行动，从西元前499前持续到西元前493年。位于小亚细亚的希腊城邦反叛的主要原因是不满波斯帝国指派僭主。
由于伊奥尼亚地区的城邦始终有独立之心，波斯帝国便指派当地人为僭主统治当地，却直接造成波斯人与希腊人的冲突。在西元前498年，伊奥尼亚地区城邦得到雅典和埃雷特里亚两个希腊本土城邦的出兵支持，以雅典军为首，占领并焚毁波斯帝国位于小亚细亚的首府萨第斯(Sardis)。然而，当希腊联军返回伊奥尼亚时，被波斯军队赶上，并在以弗所战役(Battle of Ephesus)中被波斯帝国打败。这场军事行动由伊奥尼亚的羞辱性攻击展开，随后却又转攻为守。
在西元前497年，波斯展开报复行动，目标是位于小亚细亚偏远的叛乱希腊城邦。当起义蔓延到卡里亚时，这意味著大流士精锐步队也会来到卡里亚镇压，随后，起义军在佩达苏斯战役(Battle of Pedasus)中了波斯的埋伏，全数被歼。这使得伊奥尼亚起义在西元前496年到西元前495年陷入胶著。
到了西元前494年，波斯重整了陆军和海军，大军直扑起义军的中心米利都而来，伊奥尼亚的舰队试著从海上保护米利都，却在拉德海战(Battle of Lade)大输波斯。随后，萨摩斯岛(Samos)倒向了波斯一方，米利都随即被大流士的军队包围和沦陷，市民沦为奴隶。连三次的战败直接导致起义失败，卡里亚也投降于波斯。在西元前493年，波斯减少了小亚细亚西海岸的城市数量，因为仍有些城邦在抵抗帝国的统治。
伊奥尼亚起义直接导致了希腊和波斯帝国的冲突，引发了第一次波希战争。波斯帝国镇压住这次起义反抗运动后，战火并未就此熄灭。波斯皇帝大流士一世誓言要向雅典和埃雷特里亚报萨第斯被焚及帮助叛军的一箭之仇，确保帝国日后不受叛乱的威胁，波斯帝国的战略转为全面征服希腊，战争就由此次起义，持续、扩大为波斯大军征讨希腊诸城邦的波希战争。
第一次入侵希腊 (西元前492~490年)
重新控制伊奥尼亚地区后，波斯帝国开始计划如何消灭希腊对自身威胁的第一步，以及处罚雅典和埃雷特里亚。这场由伊奥尼亚起义导致的第一次波斯入侵希腊由两场军事行动为主。
西元前492年：马铎尼斯的军事行动
西元前492年，波斯发动第一场军事行动，由波斯皇帝大流士一世的女婿马铎尼斯(Mardonius)领导。马铎尼斯曾征服色雷斯(Thrace)，该地在西元前513年正式成为波斯帝国的一部份；马铎尼斯也成功迫使马其顿王国(Macedon)沦为波斯帝国的属国。然而，马铎尼斯的这场军事行动却因为波斯舰队在阿索斯山(Mount Athos)海岸附近遇到风暴失事而受阻，马铎尼斯本人也在色雷斯部落扎营时遭遇突袭而受伤，随后他与剩下的波斯远征军回到了西亚。
隔年，在做完详尽规画后，大流士一世运用外交攻势，派出波斯使节到希腊所有城邦招降，并离间希腊诸城邦的关系。所有希腊城邦都投降了，除了雅典和斯巴达，以处决波斯使节作为回应。雅典始终不降波斯，现在加入斯巴达几乎是对波斯宣战的态度，大流士一世在隔年发动了一场更浩大的军事行动。
西元前490年：达提斯与阿塔佛涅斯的军事行动
西元前490年，达提斯(Daits)和阿塔佛涅斯(Artaphernes)波斯总督阿塔佛涅斯的同名儿子得到了两栖作战的军事命令，并从奇里乞亚(Cilicia)出航。波斯舰队最开始抵达罗德岛(Rhodes)，在《林多斯神庙编年史》中记载达提斯包围了林多斯 (希腊)(Lindos)，但未成功。
波斯舰队随后行驶到纳克索斯岛(Naxos)，为了惩罚纳克索斯人在十年前抗拒登陆在此的波斯远征军。大部分的居民逃进山里，被波斯人抓到的居民则沦为奴隶，波斯人烧毁了纳克索斯的城市和神庙。波斯舰队一路往埃雷特里亚前进，一路上将经过的爱琴海岛屿驻军击败，并俘虏为人质。
波斯舰队登上了尤比亚岛(Euboea)，直捣第一个目标：埃雷特里亚城邦。埃雷特里亚人毫无抵抗能力去阻止波斯大军登陆，只能让城邦被波斯大军包围。到了第六天，波斯军队进攻城墙，却被飞扬的黄土暂时阻挡攻势。但是到了第七天，两个具有声望的埃雷特里亚人竟然背叛城邦，打开城门迎接波斯军队。埃雷特里亚于是被彻底摧毁，神庙和神龛都被洗劫和烧毁殆尽。不仅如此，大流士一世还命令将所有剩下的市民贬为奴隶。
马拉松战役
摧毁埃雷特里亚后，波斯舰队南下到阿提卡(Attica)海岸，在马拉松海湾登陆，大约距离雅典40公里(25英里)。雅典面对波斯大军压境，曾求助于斯巴达，但斯巴达因宗教节日的因素，必须到9月中旬后才能出兵，雅典无奈之下只有孤军作战。
小米太亚德(Miltiades)是色雷斯的僭主，对波斯军队了若指掌，他组编了一万雅典重装步兵，前赴波斯军的著陆地点马拉松平原，堵住了平原的两处出口，将精锐安插在两翼作为防守。波希双方对峙了五天，波斯决定继续对雅典用兵，下令部队回到舰队上，对雅典进行海上偷袭。
波斯骑兵回到船上后，平原上还未撤的是战斗力和武装较弱的波斯步兵，一万雅典重装步兵从山丘冲入平原，在波斯步兵能返回舰队求援主力的时候，先将这批波斯步兵击溃。剩下的波斯步兵仓皇逃回舰队，离开平原。希罗多德纪录在马拉松战役里，波斯损失6,400名士兵，而雅典只有192名士兵阵亡。
当波斯步兵的生还者启航之时，雅典军以最快的速度回到雅典，在波斯将军阿塔佛涅斯于雅典登陆前进城防守。看到攻城机会大势已去，阿塔佛涅斯决定结束这一年的军事行动，班师回朝。小米太亚德于战后被雅典控「叛国罪」并被囚禁，随后因无法支付赎金而死于西元前489年。
马拉松战役是波希战争的分水岭，这场战役给希腊人的启示是有可能打败强大的波斯帝国。它也凸显了希腊重甲步兵的装备优越性。
值得一提的是，在马拉松战役获胜后，一位名叫费里皮德斯（Pheilippides）的雅典士兵跑回雅典报捷，但他因为疾速跑了大约40公里，所以在报捷后便倒地身亡，而这亦是马拉松长跑的来源。在第四届奥运会上马拉松长跑的标准距离被定为42.195公里。
对波斯帝国而言，马拉松战役的失败并不是重大的打击，因此仍时刻寻找机会进攻希腊。在十年后，第二次波希战争爆发。
战间期(西元前490~480年)
波斯的战前准备
在第一次入侵行动失败后，大流士一世决定养一批新的大型军队进攻希腊，让希腊彻底臣服。然而，在西元前486年，埃及属地发生叛乱，这场叛乱迫使希腊的远征计划必须无限延期。大流士一世在准备平叛埃及的途中过世，将波斯皇位传给他的儿子，薛西斯一世(Xerxes I)。
薛西斯一世很快地平定埃及叛乱，随后马上准备再次入侵希腊。由于这是一场全面性的入侵，必须要有长时间的战前计划、军资粮饷的储备、以及大规模的征兵。薛西斯一世认为达达尼尔海峡(Hellespont)是让波斯大军进入欧洲的路上桥梁，因此必须在阿索斯山地峡挖运河，鉴于在西元前492前时，一条波斯战舰在此地绕行时沉没。波斯对希腊大规模的入侵行动与开凿运河的壮志无疑是时代壮举，当时并非任何国家都能有这样的能力。但是，这场军事行动又被延后一年，因为波斯治下的埃及和巴比伦尼亚又发生另场叛乱。
波斯对一些希腊城邦抱有怜悯之心，包括阿尔戈斯(Argos)，其在波斯大军压境时，向波斯发誓要脱离希腊；色萨利(Thessaly)的主要贵族阿雷乌阿斯族(Aleuadae)，其统治拉里萨(Larissa)，也臣服于波斯，因为看见这是一个能在当地扩展自身势力的好机会；底比斯 (希腊)(Thebes)，虽然不是那么直接「私通波斯」，却始终犹豫在波斯大军压境时是否帮助波斯军。
在西元前481年，将近四年的准备后，薛西斯一世检阅了入侵希腊的军队。希罗多德纪录薛西斯从46个波斯属国征兵，组成波斯大军。在西元前481年的夏秋两季，波斯大军在小亚细亚集结，帝国东部各省军在卡帕多奇亚(Cappadocia)的克里塔拉(Critalla)集结，由薛西斯一世亲自带队到萨蒂斯(Sardis)，并度过了冬天。隔年早春时，大军开到阿卑多斯(Abydos)，并在这里与帝国西部各省军会师。薛西斯一世检阅的大军从达达尼尔海峡的两座浮桥上就此开进欧洲。
波斯大军的规模
薛西斯一世用来入侵希腊的波斯大军数量一直颇有争论，现今大部分学者否决了希罗多德给的250万的数字，除了过于不切实际以外，从其他古代的胜利方资料显示，数值往往会误算或夸大。这个主题一直被高度讨论，但现代学界一致认为波斯大军的数量约在20万人。
波斯舰队的数量也是争论点，尽管没有像陆军数量被讨论得这么频繁。古代历史学者都同意希罗多德给的数字：1,207艘战舰。这个数字是古代的标准舰队数量，因此说约1,200艘战舰是正确的。现代历史学者有些接受了这个数字，但有些学者认为波斯舰队的数量应该再更少一点，是根据萨拉米斯战役(Battle of Salamis)的资料显示。还有些近年的学术报告表示1,207艘的波斯舰队数量仅是一个参考，因为它也将希腊舰队数量算了进去。在这些报告中，普遍都认为进入爱琴海的波斯舰队不超过600艘。
希腊诸城邦的战前准备
雅典
西元前489年，在马拉松战役后一年，这场战役的英雄小米太亚德(Miltiades)带领70艘舰队的雅典远征军，攻打在第一次波希战争中支持波斯的希腊城邦，主要目标是攻击由波斯控制的帕罗斯岛(Paros)。然而，这次行动并不成功，小米太亚德的腿因为严重受伤而残废。行动的失败引发雅典人的强烈不满，小米太亚德的政敌──雅典传统的强大贵族阿尔克马埃翁家族(Alcmaeonid)──趁势以行动失败为由起诉了他，伺机让小米太亚德下野并从中获利。
小米太亚德最后被雅典裁定「叛国罪」与死刑，认为小米太亚德「欺骗了雅典人」，然而死刑得以用50塔伦巨额交付。但由于伤势过重，小米太亚德在数周后死于狱中，最后由儿子客蒙(Cimon)交钱领回大体。
地米斯托克利(Themistocles)，一位得到下层公民支持的雅典政治人物，在小米太亚德死后跃升为雅典最炙手可热的政治明星，担任雅典执政官十余年。在他当政时期，他持续支持雅典扩充海军，雅典也在这时意识到波斯对希腊的兴趣并未减退，且地米托克斯利的海军政策也被波斯视为最大的潜在威胁。阿里斯提德(Aristides)是地米斯托克利的主要政敌，也是农民阶级的支持者，就极力反对地米斯托克利的海军政策。
在西元前483年，雅典在劳里安(Laurium)发现大量的新银矿，地米斯托克利提议银矿应该用来建造新的三列桨座战船(triremes)舰队，表面上是为了协助与埃伊纳岛(Aegina)的长年战争，普鲁塔克(Plutarch)则认为地米斯托克利是故意回避波斯的议题，以为波斯对雅典的威胁还太过遥远，不需要即刻行动。然而，恰恰相反的是，地米斯托克利建造新舰队正是用来对付波斯。美国历史学家小约翰·范安特卫普·法恩(John V. A. Fine Jr.)从普鲁塔克的建议论断，大部分的雅典人都认为建造舰队来抵抗波斯是必须的，因为波斯准备入侵希腊的军事行动极为明目张胆。
尽管阿里斯提德强烈反对，地米斯托克利的动议轻而易举就通过了。这场争辩大约是由于许多贫困的雅典人想要在新的舰队中担任有薪的划桨手。
透过古代资料，我们不清楚最初授权建造新舰队的数量是100或200艘，法恩和英国史学家汤姆‧霍兰(Tom Holland)都认为最初是建造100艘新战船，在波斯第二次入侵希腊后，鉴于波斯大军的规模，雅典才决定扩建到200艘战船数量。
阿里斯提德持续反对地米斯托克利的政策，两方阵营在西元前483年冬天剑拔弩张到最高峰，因此西元前482年的贝壳流放变成地米斯托克利和阿里斯提德的直接较量。就汤姆‧霍兰的叙述，这是人类最早的公民投票，阿里斯提德被公投流放，而地米斯托克利的政策有了公民背书。的确，由于雅典人普遍已经意识到波斯正为将来的入侵大作准备，因此投票要求地米斯托克利建造更多战船。综上，在波斯准备入侵希腊的期间，地米斯托克利成为雅典主要的领导人。
斯巴达
斯巴达国王狄马拉托斯(Demaratus)在西元前491年被削去王职，改由他的表弟莱奥蒂希德斯(Leotychides)接任。在西元前490年前之后，受到羞辱的前国王狄马拉托斯决定自我流放到波斯，并到了大流士一世于苏萨(Susa)的法庭。狄马拉托斯自此之后成为大流士一世与薛西斯一世的希腊事务顾问，甚至在第二次波希战争期间伴随薛西斯一世。
在希罗多德《历史》第七册结尾，有一段关于第二次波希战争的重要轶事──狄马拉托斯送了一块空白的蜡制匾额到斯巴达，当表面的蜡被去除后，在木匾上出现一道刮出来的密讯，是狄马拉托斯警告故土关于薛西斯一世的阴谋。然而，许多史学家认为这段轶事是被别的作者刻意加写进文本中的，可能是为了填补第七册结尾和第八册开卷之间的时代空白。因此，这段轶事的真实性仍有待考证。
希腊城邦同盟
在西元前481年，薛西斯一世派遣使节到希腊诸城邦，要求食物、土地、水资源，作为对波斯帝国臣服的象征举动。然而，薛西斯一世的使节故意略过雅典和斯巴达，希望其他城邦不知道波斯真正心怀的是全面的入侵计划。反对波斯的城邦因此与雅典和斯巴达结成同盟，诸城邦议会于西元前481年晚秋在科林斯(Corinth)召开，希腊城邦同盟正式形成。
同盟拥有派遣全权公使的权力，在成员国联合商讨后，能够向成员国要求协助和派遣军队到防守点。希罗多德并没有为这个同盟命名，只是简单称呼为「οἱ Ἕλληνες」(希腊人)、「发誓结盟的希腊人」(A. D. Godley译版)、「结盟在一起的希腊人」(George Rawlinson译版)。从那时起，希腊城邦同盟就被唤作「希腊城邦同盟」。斯巴达和雅典虽是诸城邦议会的领导角色，但诸城邦在防务政策上都能说得上话且影响决策。
诸城邦议会的内部运作或是会议的讨论内容现代所知甚少，在希腊将近700个城邦中，只有70个城邦送出代表。尽管如此，这仍是在各自为政的希腊世界中值得注意的，尤其在当时，诸多城邦之间仍在互相战争。
第二次入侵希腊(西元前480~479年)
波斯行军与希腊计划
波斯军队在西元前480年4月进入欧洲，并开始向希腊进军，从达达尼尔海峡(Hellenspont)到塞尔马(Therma)前后花费3个月，没有得到任何抵抗。军队在多里斯库斯(Doriskos)暂歇，与舰队会师。薛西斯一世重组了部队，取代原先以属国为单位，改以战略部队为单位前进。
诸城邦议会在西元前480年春天再次召开，同意在色萨利(Thessaly)边境狭窄的坦佩谷(Vale of Tempe)防守，阻挡薛西斯一世的前进。然而就在这时，希腊同盟军被马其顿王国的亚历山大一世(Alexander I of Macedon)警告波因为波斯军队过于庞大，并不会经过坦佩谷，希腊同盟军于是撤退。
没过多久，希腊同盟军收到薛西斯一世已跨过达达尼尔海峡的消息。此时，地米斯托克利(Themistocles)给出同盟第二个策略：薛西斯一世的大军要抵达希腊南部维奥蒂亚(Boeotia)、阿提卡(Attica)、和伯罗奔尼撒的路，势必要经过温泉关(Thermopylae)关口。温泉关可以轻易让希腊装甲步兵堵住，即使兵数远逊于波斯大军。此外，为了防止波斯大军走水路绕过温泉关，雅典与同盟海军可以堵住阿提密西安海峡(Straits of Artemisium)。这个双向策略被诸城邦议会采纳了，但是伯罗奔尼撒诸城采取的是撤退计划，当雅典妇孺撤退到伯罗奔尼撒的特里真城时(Troezen)，伯罗奔尼撒的退守军必须防守科林斯地狭(Isthmus of Corinth)。
温泉关战役
薛西斯一世预估抵达温泉关(Thermopylae)的时间恰好和奥运与卡尼亚节(Carneia)重叠，对斯巴达而言，在这段期间发生战争是对诸神的亵渎，是要受天谴的。尽管是这么令人不适的时候，斯巴达认为波斯大军的威胁是对城邦生死攸关之事，因此由国王列奥尼达一世(Leonidas I)与其本国精兵300人(同时也是禁军)、400名底比斯人(Thebes)和6000名希腊同盟军前往迎敌。
斯巴达的菁英骑兵向来是从年轻人里挑选菁英，这次却换成已经有小孩的退伍将士上阵。列奥尼达一世的决定受到伯伦奔尼撒的城邦代表团支持，除了斯巴达自身的兵力以外，其余同盟军是在往温泉关的路上挑选的。
希腊同盟军先行占领关口，重建过去福基斯人(Phocis)在关口最窄处所建的城墙，然后等待薛西斯一世大军的到来。
当波斯大军在八月中旬抵达温泉关时，最初花了三天等待希腊同盟军的分散，大军丝毫不得寸进。当薛西斯一世被说服希腊同盟军打算要争夺关口时，派出波斯大军进攻。然而，希腊同盟军所处的位置恰好非常适合希腊重甲步兵作战，波斯分队被迫与希腊重甲步兵的方阵正面迎击，死伤惨重。希腊同盟军则整整两天遭受波斯大军的攻击，包括远近驰名的波斯精兵──不死军。
根据希罗多德《历史》一书，就在第二天战事结束时，希腊同盟军竟被一个叫厄菲阿尔特(Ephialtes)的当地居民背叛。厄菲阿尔特带领薛西斯一世的大军沿著山区小径，来到同盟军的后方。希罗多德时常被认为是一个「说书人」，包括亚里斯多德(Aristotle)本人也对其他人这么评价过希罗多德，尽管这段战事可能只是为了让叙述更引人入胜的民间传说。无论如何，论断厄菲阿尔特是否真的有干涉战事的事实与否，现在是几乎不可能被考证的。
再据希罗多德《历史》一书，这个关口由近1,000名福基斯人防守，当与波斯大军迎面对抗时，福基斯人却逃跑了。希腊同盟军的探子回报列奥尼达一世，盟军正被波斯大军侧翼包抄，列奥尼达一世于是下令同盟军撤退，亲自率领300名斯巴达精兵与其他近2,000名士兵于后方志愿留下垫后。在最后一天的战斗中，留下的盟军从岸口的城墙出帆，与波斯大军在较为开阔之处展开决战，能多杀波斯军一人是一人。在经过一番激烈厮杀后，垫后的志愿军全军覆灭，但其英勇的事迹却留传后世，为后人所景仰。
阿提密西安海战
温泉关战役同时，希腊同盟海军的271艘新式三列桨座战船在阿提密西安海峡(Straits of Artemisium)抵御波斯大军，因此保护了从温泉关撤退的同盟军。
在阿提密西安海峡，同盟海军拖住波斯大军整整三天，但就在第三天晚上，同盟海军得知了列奥尼达一世与其余盟军在温泉关惨烈阵亡的消息，这时同盟海军的战舰也因战争严重受损，且已经不再需要保护从温泉关撤退的同盟军，同盟海军于是从阿提密西安海峡撤退到萨拉米斯岛(Salamis)。
空城计
温泉关一役的胜利意味著整个维奥蒂亚(Boeotia)都落入薛西斯一世的手中，阿提卡(Attica)门户洞开，只能坐等侵略。斯巴达国王及其士兵的牺牲为雅典军主帅地米斯托克利(Themistocles)赢得了宝贵的时间，在同盟海军的协助下，留在雅典的人全部撤退到萨拉米斯岛(Salamis)。
伯罗奔尼撒的守军著手准备跨越科林斯地峡(Isthmus of Corinth)的防线。守军建造城墙，拆除墨伽拉(Megara)通往希腊南部的道路，等同于拱手放弃雅典城给波斯大军。波斯抵达雅典时，发现这里只剩一座空城，但仍有小部分的雅典人不愿离开，躲在卫城里，被波斯大军击溃后，薛西斯一世只能下令烧毁雅典。
波斯大军现在已控制希腊大部分地区，但是薛西斯一世也许未曾想过会受到如此羞辱，他的最佳盘算是速战速决，如果能够摧毁希腊同盟海军，便能强势要求盟军投降。相反地，希腊盟军竟然逃过一劫，或许也是地米斯托克利所希望的，透过摧毁波斯战舰，希腊同盟军能够躲过被迫投降的劫难。
萨拉米斯海战
即使雅典陷落，波斯大军逼近，希腊同盟海军300艘战舰仍在萨拉米斯岛(Salamis)海岸留到9月，并派人假装逃兵，向薛西斯一世(Xerxes I)谎报盟军内讧，应即时出兵，试图引诱波斯先行开战。许是薛西斯一世真的上了地米斯托克利(Themistocles)的当，薛西斯一世下令波斯全部600多艘巨型战舰驶进狭窄的萨拉米斯海湾。
数量众多的波斯巨型舰队不再是作战优势，波斯舰队不能自由行驶，逐渐变得毫无组织。抓到这样的机会，同盟海军展开攻击，以船头的撞角来撞击波斯舰支的侧面，结果波斯舰队乱成一团，为同盟海军大败。同盟海军取得了第二次波希战争的决定性胜利，击沉或掳获了至少200艘波斯战舰，也确保了伯罗奔尼撒(Peloponnessus)的安全。最后，波斯大军只能撤退。
根据希罗多德所说，萨拉米斯海战的损失让薛西斯一世尝试建造跨越萨拉米斯海峡(Strait of Salamis)的堤道来攻击撤退到岛上的雅典人，但是这项计划迅速被放弃，因为波斯海军的优越性不再了，薛西斯一世害怕希腊同盟海军会驶到达达尼尔海峡(Hellespont)摧毁浮桥，让波斯大军无法班师回朝。
波斯将军马铎尼斯(Mardonius)则自愿留在希腊，精挑细选出一批五万人的部队，以完成这次的入侵计划，而薛西斯一世则与大批波斯军队撤退回亚洲。马铎尼斯在维奥蒂亚(Boeotia)和色萨利(Thessaly)度过了冬天，因此雅典人得以在冬天时回到了他们被焚毁的家园。
普拉提亚战役
冬天过去后，希腊同盟军出现了内哄，尤其是雅典人，因为不再被地峡保护，然而雅典的舰队却是保护伯罗奔尼撒(Peloponnesus)安全的关键而滞留该地，因此感到不平，并在西元前479年春天拒绝加入希腊同盟海军。
留在色萨利(Thessaly)的马铎尼斯(Mardonius)，得知攻击地狭是没有意义的，因为希腊盟军拒绝向伯伦奔尼撒以外派遣任何军队，马铎尼斯为了打破僵局，向雅典人提出了和平协议，利用马其顿国王亚历山大一世(Alexander I of Macedon)当作中间人以取信雅典。雅典确认在场有名斯巴达代表听见了雅典拒绝了波斯帝国的提议后，再次弃城，因此波斯得以向南进军，重新占领雅典。
马铎尼斯对撤守到萨拉米斯岛(Salamis)上的雅典难民再次提出和平协议，雅典以及墨伽拉(Megara)、普拉提亚(Plataea)派了密使到斯巴达寻求协助，并且威胁斯巴达若袖手旁观，就要接受波斯帝国的和平条件。作为回应，斯巴达从伯罗奔尼撒各城邦召集了一支庞大的3万军队迎击波斯军。
当马铎尼斯得知希腊盟军已集结行军后，撤退到维奥蒂亚(Boeotia)，靠近普拉提亚，试著要将希腊盟军引入空旷的地带，这样就能使用波斯的精锐骑兵。希腊盟军则在斯巴达国王帕萨尼亚斯(Pausanias)的命令下，留在普拉提亚高地保护自己，不上波斯的当。
经过几天的僵局后，帕萨尼亚斯下令盟军于夜晚撤退。这个军令是有误的，让雅典军、斯巴达军和特基亚军(Tegean)分散在不同山丘，而其他的分队则零星散落在普拉提亚附近。
错过这次，波斯军便永远没有更好的机会能攻下希腊盟军了。马铎尼斯于是命令所有5万波斯军进攻，然而，波斯军的装备完全不是希腊重甲步兵的对手，斯巴达军突破了马铎尼斯的卫军防线，并杀了他。群龙无首的波斯军四处溃散，有4万步兵设法逃回色萨利，但剩下的波斯军逃回波斯大营，在那里却被希腊盟军困住，并且歼灭殆尽。至此，希腊获胜。
米卡勒战役
希罗多德叙述道，在普拉提亚战役当日中午，关于同盟军战胜的传言传到同盟海军营帐，此时同盟海军才从伊奥尼亚(Ionia)的米卡勒山(Mount Mycale)海岸出发。同盟海军士气大振，乘胜追击，在米卡勒战役(Battle of Mycale)扫荡波斯海军残部，拔除了薛西斯一世(Xerxes I)的海上霸权，此后希腊海军成为地中海新的海上霸主。
同时，现代许多史学家怀疑米卡勒战役是否真的与普拉提亚战役发生在同一天，因为米卡勒战役仅仅会在整个希腊收到普拉堤亚的战胜消息后，盟军才有可能展开这场对波斯的最后战役。
希腊反击(西元前479~478年)
米卡勒与伊奥尼亚
米卡勒(Mycale)是波希战争的新扉页，希腊人得以全面羞辱性地反击波斯帝国之始。战役的胜利导致小亚细亚伊奥尼亚地区的希腊城邦的二次反叛，萨摩斯岛(Samos)与米利都(Miletus)积极在米卡勒对抗波斯帝国，高调宣传他们的独立宣言，希腊城邦纷纷加入这次起义。
塞斯托斯
在解放米卡勒后，希腊同盟海军驶近达达尼尔海峡(Hellespont)准备毁坏浮桥以阻挡波斯再次进入欧洲，但是发现浮桥已经被毁。伯罗奔尼撒联军航行回希腊，但雅典舰队则留在小亚细亚攻击波斯帝国仍控制的赫尔松涅斯(Chersonesos)，波斯守军则和其联军留在塞斯托斯(Sestos)──该地区最强大的城市。
塞斯托斯的波斯长官阿特克底斯(Artayctes)尚未准备随之迎来的围城，因为他不相信希腊同盟军能够攻击塞斯托斯，雅典军因而能够包围这座城市。围城一围就是数月，使雅典一些部队不满，但最后当塞斯多斯城里的食物被吃光后，波斯守军连夜弃城逃跑，雅典军于是在隔日拿下塞斯托斯。
雅典军追击逃跑的波斯守军，最终抓获阿特克底斯，杀了一些跟随他的波斯守军，但大部分皆以俘虏方式带走这批波斯军，包括阿特克底斯。在伊莱厄斯(Elaeus)──一座当阿特克底斯在赫尔松涅斯做总督时长官时，被无情抢劫的城市──市民的要求下，阿特克底斯被钉在十字架上处死。雅典军顺利解放该区，然后返航。
赛普勒斯
西元前478年，在希腊城邦同盟的要求下，盟军派出一条由20艘伯罗奔尼撒和30艘雅典所组成的舰队，前去支持在斯巴达国王帕萨尼亚斯(Pausanias)领导下的舰队，该舰队的确切兵力不明。根据修昔底德(Thucydides)所言，这条舰队是要前往赛普勒斯(Cyprus)，攻击并镇压全岛。究竟为何修昔底德会出此言仍旧不确定，加州大学柏克莱分校历史系教授Raphael Sealey认为希腊同盟军此举是为了突击和掠夺波斯驻军于岛上要塞的宝物，并没有证据表示希腊同盟军想要占领赛普勒斯。且，没过多久，盟军舰队就行驶到拜占庭(Byzantium)。
可以确定的是，提洛同盟多次对赛普勒斯展开军事行动能够证明该岛在西元前478年时并不由希腊同盟军驻防，或是他们原在此地驻防，却很快被赶走。
拜占庭
希腊舰队行驶到拜占庭(Byzantium)，并包围和占领该城(拜占庭在西元前513年被波斯皇地大流士一世占领)。同时拥有塞斯托斯和拜占庭后，希腊同盟军等同掌控了在来往欧亚两大洲之间海峡，而这一带先前一直由波斯帝国控制，也得以使希腊到黑海地区经商。
围城之后的行动证明斯巴达国王帕萨尼亚斯(Pausanias)是个麻烦的存在，历史上究竟发生什么事仍旧不清楚，但修昔底德给了一些线索，帕萨尼亚斯傲慢和武断的各种行为和军令(修昔底德原话是「暴力」)，并设法远离许多盟军代表团，尤其是那些刚从波斯帝国解放的希腊城邦。伊奥尼亚人和其余希腊城邦要求雅典担任未来行动的领导者，而雅典也同意了。
消息传回斯巴达，帕萨尼亚斯被召回，被控私通敌军的罪名。尽管帕萨尼亚斯最后被宣判无罪，他的名声却从此败坏，并再也没有回到领导人的位置。
西元前477年，帕萨尼亚斯以一名普通公民的身分回到拜占庭，直到他被雅典驱逐出境。帕萨尼亚斯翻越博斯普拉斯海峡(Bosporus)，定居在特罗德(Troad)地区的科罗纳基(Kolonai)，直到他再次被控私通波斯，并且被斯巴达召回审判，而帕萨尼亚斯则在审判期间绝食身亡。这个时间段尚不清楚，但帕萨尼亚斯至少在拜占庭待到西元前470年。
同时，斯巴达派遣多基斯(Dorkis)和一小批军队抵达拜占庭，准备接替帕萨尼亚斯留下的残局。然而，在多基斯抵达拜占庭后，却发现同盟军不再接受斯巴达的领导，只能灰头土脸地回家。
提洛同盟战争(西元前477~449年)
提洛同盟
拜占庭之后，斯巴达极力想摆脱对战争的涉入，从斯巴达的角度而言，解放了希腊本土和小亚细亚的希腊城邦，波希战争的目的就达到了，也有可能是因为替位于亚洲小亚细亚的希腊人提供长期保护是不可能的。
在米卡勒战役之后，斯巴达国王莱奥蒂希德斯(Leotychides)曾提议将小亚细亚所有的希腊人全部迁回欧洲，这才是让希腊人从波斯统治解放的一劳永逸之策，时位于米卡勒的雅典将军科桑西普斯(Xanthippus)愤怒地拒绝这个提议，认为伊奥尼亚城邦是来自雅典的殖民城邦，就算没有其他人愿意，雅典也会保护伊奥尼亚人，这标示著希腊同盟军的领导位置落到了雅典手中。在斯巴达撤出拜占庭后，雅典的领导地位变得极为明确。
抵御薛西斯一世侵略的松散同盟主要是由伯罗奔尼撒联盟和斯巴达组织起来，随著伯罗奔尼撒的退出，新的议会在神圣的提洛岛(Delos)上召开，议会决定组织新的军事同盟以继续对抗波斯帝国。这个新同盟，现在有了大部分爱琴海城邦的参与，正式命名为「雅典第一同盟」，俗称提洛同盟(Delain League)。根据修昔底德所言，联盟的主要目的是「为被掠夺的土地与被欺负的同胞复仇」。这个目标共有三个面向，一是准备未来的侵略，二是对波斯的复仇，三是瓜分战利品的方法。成员国可以选择是要提供盟军军备物资，抑或赋税给盟军作为军费之用。大部分的城邦选择赋税。
对波斯的军事行动
在西元前470年代，在雅典政治家客蒙(Cimon)的领导下，提洛同盟向波斯控制的色雷斯(Thrace)和爱琴海区域发动攻击，攻破波斯帝国于该区域的驻防，在西元前470~465年期间，客蒙对波斯帝国的小亚细亚领土展开军事行动，寻求扩大希腊的影响。在位于庞非利亚(Pamphylia)的欧里梅敦战役(Battle of the Eurymedon)中，雅典和盟军舰队获得令人震惊的双重胜利，摧毁了一条波斯舰队和准备登陆的波斯海军，成功分散了波斯军队。这场战役之后，波斯在两国的冲突当中采取绝对被动的角色，不希望再有发生战争的可能。
在西元前460年代末，雅典做了一个野心勃勃的决定，支持在波斯帝国治下的埃及叛乱，尽管希腊盟军在最初取得成功并花了长达三年的围城，他们也无法攻破波斯于孟斐斯(Memphis)的驻防。波斯帝国接著反击，而雅典军在被波斯歼灭前，反被包围18个月。这场灾难的战火也被带回希腊本土，希腊诸城邦都劝阻雅典不要再与波斯帝国发生冲突。
然而在西元前451年，诸城邦一致通过停战协议，执政官客蒙因而带著远征军抵达赛普勒斯，但客蒙却在包围基提翁(Kition)的时候去世，雅典军决定放弃停战协议，在另一场萨拉米斯于赛普勒斯战役(Battle of Salamis-in-Cyprus)中大获全胜，象征著提洛同盟和波斯帝国的对峙结束，也意味著波希战争就此画上休止符。
与波斯帝国的和平
在萨拉米斯于赛普勒斯战役后，修昔底德不再提到希腊与波斯有任何冲突，仅单单指出提洛同盟班师回朝。西西里的狄奥多罗斯(Diodorus)却声称在这场战役之后，波希双方签下了一纸和平协议──卡里阿斯和约。狄奥多罗斯大约是跟循埃福罗斯(Ephorus)做出的历史论断，而据推测，埃福罗斯的论断又是来自于他的老师伊索克拉底(Isocrates)的影响，伊索克拉底是迄今为止最早认为波希战争以和平协议画上休止的学者。
在西元前380年，甚至在整个西元前4世纪，有没有和平协议是极具争议性的。两位当时代的作家，卡利斯提尼(Callisthenes)和塞奥彭普斯(Theopompus)皆否决了有和平协议的说法。
极有可能的是，雅典尝试和波斯帝国谈判，普鲁塔克(Plutarch)认为谈判是发生在欧里梅敦战役之后，波斯皇帝阿尔塔薛西斯一世(Artaxerxes I)同意与希腊人签订和平协议，甚至让卡里阿斯(Callias)作为雅典使节加入谈判。然而，普鲁塔克承认卡利斯提尼的说法，否定了在当时(西元前466年)有和平协议的存在。
希罗多德也指出，当时，确实有一个雅典使节团是由卡里阿斯领导，被命令前往苏萨(Susa)和阿尔塔薛西斯一世谈判。使节团包含了一些阿尔戈斯(Argos)代表，可以从西元前461年以前雅典和阿尔戈斯的结盟推论出。这个使节团可能尝试要签订一些和平条款，且被事前警告，若与波斯帝国的和谈破裂，将会导致雅典决定对埃及叛乱的支持。从古代资料来看，不论波希两国有没有签下官方承认的和平协议，都会对外宣称签订和约。
现代史学家的看法也呈现分歧，比如美国历史学家小约翰·范安特卫普·法恩(John V. A. Fine Jr.)就接受卡里阿斯和约(Peace of Callias)的说法，然而加州大学柏克莱分校历史系教授Raphael Sealey否定和约存在，英国史学家汤姆‧霍兰(Tom Holland)则认为两国应该有一些和解，却没有白纸黑字的和约。综上，现代史学家对于和约的存在性并未有一致看法。
古代史料关于双方协定的是相当客观的：
1.所有位于亚洲的希腊城邦都被允许生活在希腊的法律治下，或容许自治。
2.波斯总督与军队不会踏上哈里斯河(Halys River)西岸(伊索克拉底说法)，或是骑马一天抵达爱琴海的距离(卡利斯提尼说法)，或是步行三天抵达爱琴海的距离(埃福罗斯和西西里的狄奥多罗斯说法)。
3.没有波斯战舰会航行到瑟里斯(Phaselis)(位于小亚细亚南境海岸线)，也不得航行到坚爱(Cyanaean)岩石的西侧(约位于博斯普拉斯海峡东端点(Bosporus)，小亚细亚的北岸)。
4.如果上述条款被波斯皇帝和他的将军们遵守，雅典人便不得进入波斯统治的土地。
从波斯帝国的观点来看，这些协议并没有最初想的那么具有羞辱性，在伊奥尼亚起义之后，总督阿塔佛涅斯(Artaphernes)重新整顿了小亚细亚的希腊城邦，允许市民以希腊本土的法律生活。
通过这些协议来看，伊奥尼亚地区仍是波斯帝国的臣民。此外，雅典也在欧里梅敦战役和萨拉米斯于赛普勒斯战役中确立他们的海上霸权，因此任何法律上的限制对波斯海军来说，都只是透过法律来承认双方军队实力的状况。在承诺波斯帝国的大军不能再踏入希腊本土分毫后，波斯皇帝阿尔塔薛西斯一世也从雅典的交换条件中，确保了希腊盟军将会从此远离他的帝国。
后续与冲突
随著与波斯帝国的冲突结束，提洛同盟演变为雅典帝国是不可避免的。追随雅典的盟军并没有从赋税或提供军事物资的义务中解脱，尽管提洛同盟已与波斯停止敌对状态。
在希腊，因雅典与斯巴达阵营敌对，第一次伯罗奔尼撒战争(First Peloponnesian War)爆发，约从西元前460年接续与波斯帝国的停战之后，战事一直持续到西元前445年，双方达成停战30年的协议。然而，斯巴达和雅典之间的仇恨却不断上升，仅仅在14年之后，第二次伯罗奔尼撒战争便爆发，这场毁灭性的冲突前后拖了27年，以雅典权力被彻底摧毁收场，也肢解了雅典帝国，建立了斯巴达对希腊的霸权。然而，战争带来的不只是让雅典遭受灭顶之灾，整个希腊世界的实力都被大幅削弱。希腊城邦长年的交战，以及内部叛乱带来的麻烦，阻碍了为希腊世界奋斗的能力。
在西元前449年之后，波斯皇帝阿尔塔薛西斯一世(Artaxerxes I)与他的继承人对希腊采取了分化策略。不直接出兵攻打希腊城邦，波斯帝国尝试扶植雅典反抗斯巴达，定期贿赂雅典政客以达到波斯的目的。透过分化策略，波斯确保希腊会持续因为内部冲突而分心，就无法将注意力放在波斯上。两国并没有台面上的冲突，直到西元前396年斯巴达国王阿格西莱二世(Agesilaus II)短暂入侵小亚细亚。普鲁塔克(Plutarch)指出，希腊忙于内部斗争，忽略整体实力的衰弱，也忽略要维持实力打击「野蛮人」。
提洛同盟不将战事著眼于平衡希腊和波斯帝国的实力，而是著眼于争夺希腊世界的霸权，因此希腊在接下来的半世纪里互相残杀，导致波斯帝国在这段期间重建了与希腊之间的实力平衡。
波斯帝国在西元前411年加入伯罗奔尼撒战争，与斯巴达建立共同防御条约，并将波斯与伯罗奔尼萨联盟的海军资源结合，共同对抗雅典，以波斯完全控制伊奥尼亚地区、希腊势力完全撤出作为交换条件。在西元前404年，小居鲁士(Cyrus the Younger)为了争夺波斯皇位，从希腊世界征募了13,000名希腊雇佣兵，斯巴达也派遣700名到800名士兵，相信波斯帝国会遵守共同防御条约的协定，却没有察觉小居鲁士的真正野心。
小居鲁士夺位之败后，波斯帝国尝试要重新控制伊奥尼亚的希腊城邦，却遭遇抵抗。伊奥尼亚拒绝臣服，并向斯巴达求援，而斯巴达在西元前396~395年也出兵增援伊奥尼亚。雅典此时却与波斯帝国战在一线，这引发了另一场希腊内部大规模的冲突，科林斯战争(Corinthian War)。
在西元前387年，斯巴达求助波斯以巩固其在希腊的地位，这就是所谓《大王和约》(King's Peace)，也称作《安塔尔基达斯和约》(Peace of Antalcidas)，为战事带来句点。波斯皇帝阿尔塔薛西斯二世(Artaxerxes II)命令斯巴达完全割让并归还小亚细亚的城邦，同时，波斯还威胁倘若有任何希腊城邦不愿意接受和平协议，波斯帝国便会对其发动战争。
这个极具羞辱性的协议，彻底毁灭了希腊在前一世纪做出的努力。透过牺牲小亚细亚的希腊城邦，如此一来，斯巴达就能继续维持在希腊世界的霸权。就在《大王和约》签订后，希腊演说家开始提及《卡里阿斯和约》(Peace of Callias)，不论它是否真实存在，因为前一世纪战胜波斯帝国的《卡里阿斯和约》与极具羞辱性的《大王和约》呈现明显对比。《卡里阿斯和约》是「希腊美好的旧年代」，一段让爱琴海的希腊人缅怀提洛同盟解放被波斯统治的希腊城邦的光荣过往。
影响
西方中心史观
希腊在波希战争里取胜，使得西方世界的历史中心由两河流域向地中海地区推移，希腊文明得以保存并发扬光大，成为日后西方文明的基础。此后，世界文明发展的格局逐渐形成东西方并立共存之势，一直延续至今。
希腊
希腊战胜亦确保了希腊诸城邦的独立及安全，使得希腊继续称霸东地中海，雅典更在波希战争后进入黄金时期，并为经济、政治、社会和文化的进一步发展创造了条件。战争进程和结局对雅典城邦制度的发展和雅典的对外扩张影响尤深，促进了雅典民主政治制度和奴隶制的发展。
波斯
波斯在这场战争里战败，使其对外扩张的气焰一度受挫，并逐渐走向内乱和衰落。