自体免疫性疾病（Autoimmune disease），是指人体异常的免疫反应攻击正常细胞所产生的状况。目前发现的至少有80种这类的疾病。几乎可发生在人体的任何部位。常见症状包括发烧、感到疲劳。症状经常是断续式的发作。
病因通常不明。一些自体免疫性疾病，例如全身性红斑狼疮会在家族内传布，在某些情况下可能是由感染或其他environmental factor所诱发。一般常被归类为自体免疫性疾病的有乳糜泻、1型糖尿病、弥漫性毒性甲状腺肿（另称格雷夫斯症）、炎症性肠病、多发性硬化症、银屑病（另称为干癣、牛皮癣）、类风湿性关节炎、和全身性红斑狼疮。有时不易诊断。
治疗方式取决于病情的类型和严重程度。常用到非类固醇抗发炎药（NSAIDs，或称为非甾体抗炎药）和免疫抑制剂。偶尔需要使用静脉注射免疫球蛋白。治疗通常能改善症状，但无法治愈。
美国约有2,400万人（占总人口7％）患有自体免疫性疾病。女性发生率比男性要高。通常在成年期开始发作。自体免疫性疾病首度在1900年代初期受到描述。
体征和症状
这80多种不同的自体免疫性疾病有类似的症状表现。自体免疫反应症状表现和严重程度取决于发生所在的身体部位和类型。一个人可能同时患有超过一种这类疾病，并可见其多重疾病的症状。出现的症状和体征及疾病本身会受到其他因素影响，例如年龄、激素、和环境因素。常见的症状有：
* 疲劳
* 低度发烧
* 身体不舒服（不适）
* 肌肉酸痛和关节痛
* 皮肤不同部位出疹
前述体征和症状表现可能起起伏伏，当再次发作时，称为复发（Flare-up）。这些体征和症状可在使用自体免疫性疾病的生物标记作诊断时提供佐助。
常会受到自体免疫性疾病影响的人体部位包括有：血管、结缔组织、关节和肌肉、红血球、皮肤、和内分泌腺（例如甲状腺或胰脏）。
这些疾病通常具有自体免疫性疾病特有的病理特征。依据疾病不同的位置，这些特征包括对发生异常免疫反应的组织造成损伤和破坏、改变器官的生长或功能。有些疾病只针对特定器官并仅影响某些组织，而另一些则是影响到全身组织的systemic disease。疾病类别不同的病患可能有不同的体征和症状。
癌症
研究显示自体免疫性疾病与癌症有高关联性，罹患自体免疫性疾病会增加某些癌症的风险或机率。自体免疫性疾病透过各种机制引起发炎，造成发炎的方式并不会大幅影响罹癌风险，相对的，风险取决于自体免疫性疾病增加癌症相关的慢性发炎。常见与癌症相关的自体免疫性疾病包括：乳糜泻、炎症性肠病（克隆氏症和溃疡性结肠炎）、多发性硬化症、类风湿性关节炎、和全身性红斑狼疮。
例子
以下是自体免疫性疾病的一些例子。有关更详尽的资料，请参见List of autoimmune diseases。
乳糜泻
乳糜泻与gastrointestinal cancer和淋巴球增生性癌症有很密切的关系。在乳糜泻，自体免疫性反应是由于人体对摄入的麸质（主要是来自小麦、大麦、和裸麦）丧失免疫耐受性所引起。因为胃肠道包括食道、胃、小肠、大肠、直肠、和肛门，摄入的麸质在过程中都会经过，人体罹患胃肠道癌症的风险会增加。如果在饮食中把麸质去除，则可部分减少或者消除胃肠道癌的发生率。另外，乳糜泻与淋巴球增生性癌症，两者之间有关联性。
炎症性肠病
炎症性肠病与胃肠道癌症，以及一些淋巴球增生性癌症有关。炎症性肠病（IBD）可进一步分类为克隆氏或溃疡性结肠炎两类。罹患IBD的个人对存在肠道中的正常microbiome失去免疫耐受性。由于患者的免疫系统会攻击细菌并诱发慢性发炎，这情况与癌症风险增加有关联。
多发性硬化症
多发性硬化症与降低罹患全身性癌症的风险有关联，但与中枢神经系统癌症（主要是大脑）的风险增加有关。多发性硬化症是一种神经退化障碍性疾病，其中T细胞（一种特定类型的免疫细胞）攻击大脑神经元中重要的髓鞘。神经系统的功能因此降低，导致发炎和随后的脑部癌症发生。
类风湿性关节炎
类风湿性关节炎与人体身体各部的局灶性癌症，以及淋巴球增生性癌症呈现轻度但重要的关联。类风湿性关节炎的发生是因为构成人体关节和软骨的细胞变得有攻击性并引起局部发炎。另外，慢性发炎和过度激活的免疫系统创造出有利于其他细胞转化为恶性的环境。这可解释慢性发炎与肺癌和皮肤癌的关联性，以及其他血液癌症的风险增加，这些癌症均非受关节发炎的直接影响。
全身性红斑狼疮
全身性红斑狼疮与身体各部的局灶性癌症，以及淋巴球增生性癌症有关联。这种病对多个器官系统发生影响，特征是人体免疫耐受性广泛的丧失。遍布全身的慢性发炎会促使其他细胞转化为恶性，从而提高罹患全身性和淋巴球增生性癌症的风险。相反的，全身性红斑狼疮与某些癌症的减少有关联。最好的解释是这些区域的免疫监控（请参考免疫系统#肿瘤免疫）会增强，但是，坊间对于这些人体区域发病率较低的机制所知尚有限。
再生不良性贫血
再生不良性贫血的情况是人体无法产生足够数量的血球。血球由骨髓中的干细胞制造。再生不良性贫血造成所有血球类型（红血球、白血球、和血小板）的贫乏。（请参考再生不良性贫血）
原因
自体免疫性疾病的原因目前尚难了解。其中一些，例如全身性红斑狼疮会在家族内传布，在某些情况下可能是由感染或其他环境因素所引起。自体免疫性疾病的种类超过100种。一般常见的有乳糜泻、1型糖尿病、格雷夫斯症、炎症性肠病、多发性硬化症、银屑病、类风湿性关节炎、和全身性红斑狼疮。
遗传学
自体免疫性疾病是人体的免疫系统攻击体内健康组织所产生的状况。导致各个疾病的确切基因尚未被完全分离出来。然而，一些实验方法，例如全基因组关联分析已被用于辨识某些遗传风险变异。专注于基因组分析和家族特征遗传分析的研究，让科学家能进一步了解自体免疫性疾病，例如是1型糖尿病和类风湿型关节炎，它们的病原。
* 1型糖尿病是胰脏β细胞被免疫系统当作攻击目标，破坏之后而罹患的疾病。该病是胰岛素基因（insulin gene，INS）在新生儿时期发生突变的结果（胰岛素基因负责介导胰脏产生胰岛素）。INS基因位于11p15.5号染色体的短臂上，位于酪氨酸羟化酶和Insulin-like growth factor 2两个基因之间。除了11号染色体外，另外一个1型糖尿病的遗传决定因素是位于6p21号染色体上的一个称为主要组织相容性复合体（MHC）的基因座。
* 类风湿性关节炎（RA）：目前还没有针对这种状况的完整遗传图谱，但有几种基因被认为在类风性湿关节炎上发生作用。TNF receptor associated factor 1（TRAF1）是其中之一。TRAF1位于9q33-34号染色体上。此外，在RA患者的人类基因组中的B1基因里面，常含有较高浓度的HLA-DRB1等位基因。由于各人基因内的Gene polymorphism，所导致RA的严重程度会不一样。
环境因素
人们开始察觉到许多环境因素对自体免疫性疾病的发生，或是催化，有直接的影响。当前的研究显示，有高达70％的自体免疫性疾病是受环境因素所引起，包括：化学物质、感染、饮食、和肠道dysbiosis。下列的任一情况都很有可能是导致自体免疫性疾病发作的理论。
* environmental factor
* 口服免疫耐受性降低（请参考免疫耐受中英文部分#Oral tolerance and hypersensitivity）
* 肠道菌丛失衡
* Intestinal permeability被强化
* 免疫性反应情况增加
* 自体免疫发生
化学物质可直接存在环境中，或以药物形式存在，譬如：联氨、染发剂、三氯乙烯、柠檬黄、Hazardous waste、和工业排放物。
紫外线辐射是产生皮肌炎（一种自体免疫性疾病）的可能原因，接触农药可能有产生RA的作用，而维生素D被发现在预防老年人免疫性功能异常上有关键作用。感染介质被认为是T细胞的Activator (genetics)，T细胞被激活是种激活自体免疫性疾病的步骤。坊间对于这些机制所知相对有限，但是当前有用在解释由感染所引发的自体免疫性疾病（例如格林－巴利综合征和风湿热）的理论其中的一种。
病理生理学
人体的免疫系统通常会产生T细胞和B细胞，能与self-protein发生反应，但是这些自身反应性细胞通常：1）.在免疫系统中变得活跃之前就被杀死，或者2）.是处于株落失能状态（由于过度激活而在免疫系统中被静默地移除），或3).被调节T细胞将它从免疫系统中的作用中移除。当前述三项机制中的任何一种失效的时候，在免疫系统中的自我反应细胞库中仍可找到细胞来发挥功能。当T细胞发展成为成熟的免疫细胞过程中，胸腺内有逆向选择机制会阻止自我反应性T细胞的形成。
某些感染，例如空肠弯曲菌，具有与我们自己的自我分子相似（但不相同）的抗原。在这种情况下，对空肠弯曲菌的正常免疫反应会导致产生抗体，这些抗体也会与神经轴突周围的髓鞘神经节苷脂发生较小程度的反应（即格林－巴利症候群）。对自体免疫性疾病的病理生理学的重要理解，是利用全基因组关联分析，这种分析已辨识出自体免疫性疾病之间的遗传关联程度。
另一方面，自体免疫是自体反应的表现（例如，自体抗体，自我反应性T细胞），但不一定会因此会产生损害或病理。也可能仅发生在某些器官（例如桥本氏甲状腺炎），或者在身体不同区域的特定组织（例如古巴斯捷氏症候群导致肺部和肾脏的基底膜受到影响）。
关于自体免疫疾病如何产生的理论很多。下面列出一些常见的看法。
诊断
要将一种疾病视为自体免疫性疾病，需要符合维特斯基法则（维特斯基及其同事于1957年首次提出，并于1994年修改过）：
* 直接证据，来自致病的抗体，或者是致病的T细胞的传导
* 间接证据，来自实验动物身上复制出的自体免疫性疾病
* 根据临床迹象得到的Circumstantial evidence
早期自体免疫性疾病的症状通常与常见疾病完全相同，包括：疲劳、发烧、不适、关节痛、和出疹。由于症状因受影响的身体部位、致病因素、和不同个人而异，因此难以正确诊断。通常，诊断要从调查患者家族的genetic predisposition历史开始。然后结合各种测试，因为没有单独一种测试就可识别出自体免疫性疾病。
抗核抗体
一种用于辨识出异常蛋白质的测试，称为抗核抗体，是人体攻击自身组织时所产生。它可对几种疾病呈现出阳性反应。这种测试对诊断全身性红斑狼疮用处最大，呈阳性反应的比率为95％。
全血细胞计数
全血细胞计数是一项测量血细胞成熟度、数量、和体积的测试。针对的细胞包括：红血球、白血球、血红蛋白、血细胞比容、和血小板。根据这些计数的增或减，表示可能存有潜在的身体状况；通常，自体免疫性疾病所表现的为白细胞计数低（白细胞减少症）。要作正确的诊断，仍需做进一步测试。
补体蛋白检测
一种用于测量免疫系统蛋白质组（称为血液补体系统）水准的作法，。如果补体的水准低，就可能是有疾病的征兆。
C反应蛋白
C反应蛋白是一种由肝脏产生的蛋白，通常随著身体发炎而增加，并且在有自体免疫性疾病时会大增。
红细胞沉降率
这种测试用来测量患者的血细胞在试管中下降的速率。较快速的下降可能显示有发炎，而发炎是自体免疫性疾病的常见症状。
如果这些测试显示有抗体异常和发炎，就需进一步测试以确定自体免疫性疾病是否存在。
治疗
治疗方式取决于疾病的类型和严重程度。大多数的自体免疫性疾病是慢性病，尚无法确定可完全治愈，但症状可因治疗而得到缓解，以及受到控制。总体而言，各种治疗方法的目的是缓解症状，并控制身体的自身免疫反应，同时让患者保留能力，以抵抗可能遇到因做这种治疗而有意想不到的其他疾病发生。传统的治疗方式包括使用免疫抑制剂，用来降低患者的整体免疫反应，例如：
* 非类固醇抗发炎药，减轻发炎症状
* 糖皮质激素，减轻发炎症状
* Disease-modifying anti-rheumatic drugs（DMARD），减轻发炎性自体免疫反应对组织和器官的破坏作用
其他标准治疗方法有：
* 维生素或激素补充剂，用于因发病而导致人体缺乏的物质（胰岛素，维生素B12，甲状腺激素等）
* 如果疾病与血液有关，则进行输血
* 如果疾病影响到骨骼，关节或肌肉，则进行物理治疗
由于这些药物是用来减少针对患者自体组织的免疫反应，因此传统治疗法会有副作用，例如容易受到致命性感染的威胁。当传统治疗方法失效的时候，目前在治疗自体免疫性疾病方面的研究、开发、和应用则有新的进展。这些方法或者是阻断体内病原细胞的激活，或者改变抑制这些细胞的自然路径。这些进展的目标是提供对患者毒性较小，而目标更明确的治疗方式。这些方式包括：
* 可以用来阻断促炎细胞因子的单株抗体
* 抗原特异性免疫疗法，可使免疫细胞专门导引攻击引起那些自体免疫性疾病的异常细胞
* Co-stimulation阻断，把导致自身免疫反应的途径给阻断
* 调节性T细胞疗法，利用这种特殊类型的T细胞来抑制自体免疫反应
流行病学
由DL Jacobson等人于1997年发表的资料，针对美国人在自体免疫性疾病整体流行率做首次的估计。他们报告说，在2.79亿的美国人之中，对24种疾病的患病率的估算，人数约为900万。DL Jacobson的资料在2012年由Scott M Hayter以及Matthew C Cook两位更新。这项研究使用Rose NR和Bona C修订的维特斯基法则，将疾病名单扩展到81种，在这81种自体免疫性疾病中美国人的总体患病率为5.0％，其中男性为3.0％，女性为7.1％。由于许多人患有一种以上的疾病，修正后估计的整体社区患病率为4.5％，其中男性为2.7％，女性为6.4％。
研究
人类自体免疫性和发炎性疾病，都是后天性，或者是先天性免疫系统的异常反应所引起。在自身免疫，患者的免疫系统被激活而攻击人体自身的蛋白质。在慢性发炎性疾病，中性粒细胞和其他白血球被细胞因子和趋化因子持续性地吸收，导致组织损伤。
利用激活抗发炎基因以及抑制免疫细胞中的发炎基因的方式来减轻发炎，是一种前景不错的治疗方法。有众多的证据显示，一旦自身抗体的产出被启动之后，自身抗体便有能力维持自动的产出。
干细胞移植的方式也被研究，并且在某些案例有不错的成果。
改变聚糖理论
根据这项理论，免疫反应的Effector (biology)功能是由免疫系统的细胞和体液免疫成分所有的聚糖（多糖）所介导。具有自体免疫问题的患者，免疫细胞内的糖基化调整，也会倾向促炎性免疫反应。这可进一步假设患者个体自身的免疫性疾病，各自具有独特的聚糖特征。
卫生学假说
根据卫生学假说，与过往相比，今日的高度清洁让儿童接触到较少的抗原，导致他们的免疫系统会过度活跃，更有可能将他们自己的组织误认为是异物，而导致自体免疫性或过敏性疾病，譬如说像是哮喘的发生。