台湾考古遗址列表中的内容，是台湾本岛与周围岛屿的史前时代考古遗址。一个遗址可能包含多个不同时期的考古文化。
台湾史前时期年代史序
旧石器时代晚期（距今约5万年至5,000年前，台湾时期自5万年至6,500年间），以敲打石头制成的石质工具为主。
台湾代表有：圆山遗址：先陶文化（距今约6,000年前）
新石器时代（距今约1万年至2,000多年前，台湾时期自6,500年至1,900年间），以磨制石器和制作陶器为主。
台湾史前时期年代史（距今约6,500年至350年前）。
北部
基隆市
* 和平岛B考古遗址（县〈市〉定考古遗址－含诸圣教堂考古遗址，亦含史前贝冢及与相似十三行遗址出土的粗绳纹陶出处，最远可追溯至4,000年前的讯塘埔文化遗留），位于和平岛平一路、和一路处。
* 大沙湾考古遗址（县〈市〉定考古遗址），含新石器时代的讯塘埔文化、圆山文化、铁器时代的十三行文化层。位于基隆市中正区。
台北市
* 圆山遗址（国定考古遗址－唯一以「碳十四年代测定」，并以地层堆积与绝对年代测定，确认各文化层年代指标），具先陶文化（旧石器时代晚期－距今6,000年）／大坌坑文化（距今约5,500年至4,500年－含粗绳纹陶文化层，或6,000年至5,000年间）／讯塘埔文化（距今4,500至3,600年，或4,500年至3,500年间）／芝山岩文化（零星－距今3,600年至3,000年）／圆山文化（距今3,200年至2,300年，或3,200年至1,800年间）／植物园文化（距今2,500年至1,800年，或2,800年至1,800年间）／十三行文化（距今约1,000年以内，或1,800年至400年间）晚期。出土有贝冢、石、玉、陶、骨角、木器及墓葬等物。位于台北市中山区。邻近遗址有芝山岩遗址。
* 芝山岩遗址（直辖市定考古遗址），具大坌坑文化（距今约5,500年至4,500年，或6,000年至5,000年间）／讯塘埔文化（距今4,500至3,600年，或4,500年至3,500年间）／芝山岩文化（距今3,600年至3,000年）／圆山文化（距今3,200年至2,300年，或3,200年至1,800年间）／植物园文化（距今2,500年至1,800年，或2,800年至1,800年间）／清汉人文化（距今380至100年）。位于台北市士林区芝山岩附近。
* 植物园文化遗址（距今2,500年至1,800年，或2,800年至1,800年间）位于台北市南海路与建国中学附近、淡水区油车口遗址及新北市树林区狗蹄山、潭底等处。
* 大直遗址（地点已佚失），台北市将部分资讯暂列为「未建档遗址」。
新北市
* 大坌坑遗址（国定考古遗址），具多文化层堆积，包括大坌坑文化（距今7,000至5,000年间）、讯塘埔文化、圆山文化、植物园文化、十三行文化及近代汉文化等六文化层。位于新北市八里区枫柜段、邻近普查遗址 、十三行遗址。
* 斩龙山遗址（直辖市定考古遗址），隶属圆山文化土地公山遗址类型（距今约2,800年前至2,300年前），位于新北市土城区、邻近普查遗址 ，斩龙山遗址。
* 狗蹄山遗址（直辖市定考古遗址），隶属植物园文化晚期阶段（新北市新石器时代晚期，测定年代距今2,200年至1,800年）。位于新北市树林区树林国小西侧，大安路以西坡地。
* 土地公山遗址（直辖市定考古遗址），具讯塘埔文化，圆山文化晚期、植物园文化等三文化层。。
* 十三行遗址（国定考古遗址），隶属圆山文化、十三行文化、汉文化等三文化层。位于新北市八里区顶罟段，邻近普查遗址 ，大坌坑遗址。
* 水源校区遗址，含十三行文化层、清代农田及台湾日治时期建筑地基。位于台北市中正区新店溪岸边。
* 植物园文化遗址（距今2,500年至1,800年，或2,800年至1,800年间）位于台北市南海路与建国中学附近、淡水区油车口遗址及新北市树林区狗蹄山、潭底等处。
* 西新庄子遗址，日治时代，日本研究者曾于基隆河南岸发现过，故推测其遗址应位于滨江街、民族东路一带，隶属十三行文化层。
* 营盘口遗址，具含新石器时代中、晚期之圆山文化层及植物园文化层（遗址可能遭受严重破坏）。此址位于新北市新庄区营盘里中正路附近。
* 十八份遗址，此遗址位于新北市新庄区丹凤里附近，向南延伸则为营盘口遗址。
* 顶埤角遗址，此遗址位于回龙区域（乃新北市新庄区、树林区与桃园市龟山区三行政区交界之区域地名，旧名为塔寮坑）。
桃园市
* 大园尖山遗址（直辖市定考古遗址），隶属圆山文化晚期、植物园文化等二文化层。位于桃园市大园区东园段，邻近普查遗址。
* 虎头山公园遗址，推论隶属植物园文化层（推论距今2,800年间） 。此遗址位于桃园市桃园区虎头山公园儿童乐园区域。
* 过溪遗址（地点已佚失及遭改建民房破坏），推论为新石器时代早期或中期（距今5,000至3,000年间），此遗址位于桃园市龟山区区域。
* 榕树下遗址，此遗址位于桃园市新屋区。
* 草漯遗址（又称：青山遗址），此遗址位于桃园市观音区树林国小前波地处 。
* 塔脚遗址，此遗址位于桃园市观音区塔脚里区域。
* 高义遗址，曾出土石制网坠、纺轮、石锛、砥石、凹石、石斧、石锄等物，此遗址位于桃园市大汉溪上游河谷（复兴区高义教会）附近区域。
新竹县市
* 南港遗址，出土遗物有陶器碎片与贝壳残骸等物，此遗址位于新竹市香山区南港里附近区域。
* 红毛港遗址，推估隶属新石器时代中期（与中部之牛骂头文化相近－距今4,000年至3,000年间）。出土遗物有红、褐、淡褐色等的绳纹夹沙陶及石斧、石锄、石锛、边刃刮削器、凹石等石器。位置主要分布起自淡水河口终至苗栗县后龙溪口止（例：新北市八里区之旧城遗址、新竹县新丰乡之红毛港遗址、苗栗县后龙镇白沙屯之过港遗址及造桥乡之谈文湖遗址）之海岸地带 。
* 南山遗址
* 东光遗址
* 内立遗址
中部
苗栗县
* 伯公垄遗址（旧石器时代，又称网形遗址）
* 苑里遗址：苑里镇苑东
* 后龙底遗址：后龙镇龙坑
* 新港遗址
* 山佳遗址：竹南镇
台中市
* 番仔园遗址，具墓葬行为（与卑南遗址文化类似），曾发现铁刀。以陶器（印纹灰黑陶）为主，石器较少，有贝冢、骨角器、玻璃手镯、玻璃珠、玛瑙珠的出土。（距今约1,500年前）。位海线铁路东侧（高约海拔100公尺）。
* 营埔遗址，于1999年8月23日至10月18日试发掘，出土有陶器、玉玦、石器等物。位于台中市大肚区营埔里，大肚溪支流（乌溪）北岸河阶上（海拔高约23至25公尺），
* 牛骂头遗址（直辖市定考古遗址），具农耕、渔捞、狩猎。墓葬行为。为多文化层遗址，含史前时期牛骂头文化（距今4,500至3,400年）和营埔文化层，亦出现大坌坑文化及番仔园文化遗物。位于台中市清水区鳌峰山公园。
* 七家湾遗址（直辖市定考古遗址），具农耕、渔捞、狩猎。墓葬行为。出土器有石板棺、火塘、墓葬。灰黑陶、橙细砂陶、泥质陶、刃石器（斧、锄、镞、锛、凿）、陶偶、纺轮、槽石棒、磨制网坠、铁器、玉器、圆盘、玻璃器。为多文化层遗址，下文化层隶属新石器时代中期到晚期（距今4,300至2,600年左右）间，上文化层分布属于金属器及金石并用时代晚期文化（距今约1,200年内、延续至400年前）。位于台中市和平区武陵段、邻近列册遗址（七家湾Ⅱ遗址）。
* 志乐溪遗址，雪山西棱登山步道沿途分布的石屋群构造遗址群，分布在雪山一号圈谷下黑森林内、翠池、雪山西峰东南坡志乐溪源头、火石山等地，为台湾目前已发现海拔最高之遗址。距今658至550年左右，属金属器时代晚期，与主要分布于大甲溪中上游的谷关文化有关。
* 惠来遗址（直辖市定考古遗址），隶属牛骂头文化、营埔文化、番仔园文化等三文化层。（距今3,600至100年），位于台中市西屯区惠民段。
* 清水中社遗址（直辖市定考古遗址），隶属番仔园文化层。位于台中市清水区信义新村眷舍区，邻近牛骂头遗址及社口遗址。
* 安和遗址（直辖市定考古遗址），隶属新石器时代之大坌坑文化、牛骂头文化及汉人文化等三文化层。位于西屯区福和段。
* 麻糍埔遗址（直辖市定考古遗址），丰富的史前遗留，隶属牛骂头、营埔及番仔园等三文化层。位于南屯区镇平里及丰乐里。
* 西大墩遗址（直辖市定考古遗址），隶属牛骂头文化（距今4,250至3,880年前）、番仔园文化层（距今1,740至1,300年前）、汉人文化时期（距今约300至60年前）等三文化层。推测为筏子溪侧牛骂头时期之政治或信仰中心。位于台中市西屯区福德段。
彰化县
* 牛埔遗址（县〈市〉定考古遗址），隶属牛骂头文化、营埔文化层等二文化层。位于彰化市台凤段（联兴国小棒球场及自然生态教学园区），邻近普查遗址 ，快官、上快官、石碑里、福田里、八卦山、培元中学普查遗址。
* 八卦山遗址
* 上快官遗址，此处遗址隶属营埔文化层。位于快官里南境，为八卦台地山麓带。
* 快官遗址，与上快官遗址文化层有共同点，位于快官里东境，为八卦台地山麓带。
* 石牌里遗址
云林县
* 大坪顶遗址 (古坑)（县〈市〉定考古遗址），遗址具绳纹陶及营埔式灰黑陶二层文化层之原始堆积。推论隶属绳纹红陶文化、营埔文化等二文化层（文化层断面不明显）。位于云林县古坑乡棋盘厝段。
* 古笨港遗址（县〈市〉定考古遗址），隶属清代汉人文化层（遗物年代属清代晚期，偶现少许日治时期遗物）。位于云林县北港溪，西至堤防，东至县境内。
* 云林崁顶遗址
* 崁顶遗址：仑背乡丰荣村
* 丰荣遗址：仑背乡丰荣村
* 雷厝遗址：麦寮乡雷厝村
* 施厝寮遗址：麦寮乡施厝村
南投县
* 曲冰遗址（国定考古遗址），隶属新石器时代中期至金属器时代，为大马璘文化（水蛙窟(堀)、大马璘、曲冰晚期）类型，曲冰人于（2,700年至1,000年前）即移居此地。位于南投县仁爱乡万丰村河阶地上。
* 水蛙窟考古遗址（县〈市〉定考古遗址），遗址占据的年代大抵距今在3,6002,400年之间，为一处大型聚落及室内墓地。位于埔里镇史港坑段，或邻近普查遗址，大马璘遗址。
* 大马璘考古遗址（县〈市〉定考古遗址），保留了大马璘文化之完整地层。位于埔里镇大马璘段，或邻近普查遗址 ，水蛙窟遗址。
* 复鼎金考古遗址（县〈市〉定考古遗址）。
* 草鞋墩遗址，出土许多原住民文化之陶片、石刀、石斧、石镞等物，经检测距今约4,000年前。位于南投县草屯镇敦和里。
* 东埔一邻遗址，遗址位居于南投县信义乡东浦村（玉山国家公园西北园区东埔地区。又称东光部落，早期为布农族猎场）。遗址年代距今1,000年至清朝年间。于1987年2月至12月试挖掘。发现二类型文化层，一为汉人文化层（出土有青花瓷、汉民硬陶、清代钱币等物）。一为史前文化层，出土陶片多数为素面红褐色夹砂陶，及少数打制斧锄形石器等物。依据碳14测定，年代距今1.000年间。
南部
嘉义地区
平原地区
鹿野忠雄四处遗址(1942年)
* 太保市鱼寮遗址（县〈市〉定考古遗址），下层遗存，新石器时代中期，素面陶文化、绳纹红陶文化、牛稠子文化类型（年代距今4,500年至3,500年）。上层遗存，新石器时代晚期，鱼寮类型（年代距今2,000年）。位于太保市白鸽厝段白鸽厝小段（鱼寮聚落旁200公尺）。
* 白鸽厝遗址(地点已佚失)
* 水上遗址(地点已佚失)
* 柴头港遗址(地点已佚失)
* 新港乡牛斗山遗址(新石器时代中期，年代距今4,500年至3,500年)
* 水上乡下庄尾遗址(金属器时代，「东原类型」，年代距今2,000年至400年，或1,500年至300年)
* 大葛遗址(朴子市大葛里)(数量稀少，不具保存价值)
丘陵地区
* 曾文溪地区各遗址(新石器时代晚期，年代距今3,000年至2,000年)
* 竹崎乡王公园遗址(新石器时代晚期，「王公园类型」，年代距今3,000年至2000年)
* 竹崎乡火炭埔子遗址(金属器时代，「东原类型」，年代距今2,000年至400年，或1,500年至300年)
* 大埔乡嘉义农场遗址（新石器时代晚期，「鹿陶类型」，距今3,000年至2,000年）
* 大埔乡大埔村遗址（新石器时代晚期，「鹿陶类型」，距今3,000年至2,000年）
* 番路乡半天岩遗址（新石器时代晚期，距今3,000年至2,000年）
阿里山地区
伊吉亚那(Yingiana)下层文化（新石器时代中期，距今约3,800年）。
伊吉亚那(Yingiana)上层文化（新石器时代晚期至金属器时代，距今约3,000年至200年
* 伊吉亚那(Yingiana)遗址(达邦村)
* 知母唠社(Tfuya)遗址(达邦村)
* Tamayana遗址
* Taipicana之1号遗址(茶山村)
* 瓦伊窝(Veiyo)遗址(乐野村)
* Teova遗址(达邦村)
* 达邦社(Daban)遗址(达邦村)
* 尼雅后萨(Niahosa)遗址(新美村)
* Cayam-avana遗址(茶山村)
* 耶比亚毕(Epiapi)遗址(新美村)
* Tatapancou遗址
* 达布特安遗址
* Beiyo遗址
* 悖仔社遗址
* 里佳（Nia-e'utsna）遗址
* 竹脚社（Ptso'ptso'pkn）遗址
* 伊姆诸(Imutsu)遗址
台南地区
新营区
* 后镇遗址
* 新营·过港遗址
* 菜寮I遗址
* 菜寮II遗址
盐水区
* 盐水港遗址
* 番子寮遗址
* 后寮遗址
* 盐水·番子寮遗址
* 盐水·土库遗址
白河区
* 新厝遗址
* 下秀祐遗址
* 匏子园遗址
* 西势尾遗址
* 客庄内遗址
* 白河·大浦遗址
* 顶山子脚遗址
* 桥头遗址
* 上茄苳遗址
* 白河水库坝顶遗址
* 白河水库遗址
* 林子内遗址
* 岩前遗址
* 白河·檨子坑遗址
* 顶埔遗址
* 崁子头遗址
柳营区
* 八老爷遗址
* 龟子港遗址
* 温厝廍遗址
* 小脚腿遗址
* 五军营遗址
* 顶窝遗址
* 太康遗址
* 果毅后遗址
后壁区
* 菁寮II遗址
* 后壁·鱼寮遗址
* 后壁·白沙屯遗址
* 寮子遗址
* 后壁·乌树林遗址
* 下寮遗址
* 竹围后遗址
* 上茄苳遗址
东山区
* 东山·木栅I遗址
* 东山·木栅II遗址
* 东山·木栅III遗址
* 东山·旧社遗址
* 番社遗址
* 凹子脚遗址
* 许秀才遗址
* 北马遗址
* 牛稠埔I遗址
* 牛稠埔II遗址
* 枋子林遗址
* 吉贝耍遗址
* 坪园子遗址
* 牛肉崎遗址
* 东原遗址
麻豆区
* 麻豆水堀头遗址（直辖市定考古遗址）。
* 前班遗址
* 西寮遗址
下营区
* 火烧珠遗址
* 麻豆寮遗址
* 下营·上帝庙遗址
* 右武卫遗址
* 桥南遗址
* 西寮遗址
* 茅港尾遗址
* 下营·大港遗址
* 开化遗址
六甲区
* 六甲·中社遗址
* 菁埔寮遗址
* 水漆林遗址
* 九重桥遗址
* 大丘园遗址
* 六甲·岭顶遗址
官田区
* 隆田车站遗址
* 官田村遗址
* 三结义I遗址
* 三结义II遗址
* 番子田碑遗址
* 南廍遗址
* 老师园遗址
* 官田营区遗址
* 国母山遗址
* 水雉复育区遗址
* 大松崎遗址
* 拔子林遗址
* 渡子头I遗址
* 渡子头II遗址
* 渡子头III遗址
* 凤梨山遗址
* 新中营区遗址
* 乌山头遗址
* 乌山头西遗址
* 乌山头水库遗址
大内区
* 大内遗址
* 二重溪遗址
* 头社遗址
山上区
* 山上遗址
* 大庄遗址
* 新庄遗址
* 新庄II遗址
* 牛稠埔遗址
* 石子崎遗址
* 山上·隙仔口遗址
* 卓猴遗址
玉井区
* 玉井桥遗址
* 噍吧哖遗址
* 玉井·山脚遗址
* 鹿陶遗址
* 内宵遗址
* 厝尾遗址
* 望明遗址
* 芒子芒I遗址
* 芒子芒II遗址
* 沙子田遗址
* 番子埤遗址
* 斗六子旧社遗址
楠西区
* 楠西遗址
* 楠西国小遗址
* 楠西国中遗址
* 内埔仔遗址
* 湾丘遗址
* 湾潭遗址
* 王莱宅遗址
* 照兴遗址
* 楠西·圆山遗址
* 密枝遗址
* 楠西·檨子坑遗址
* 兴北遗址
* 顶湖遗址
* 两奶山遗址
* 卢芝潭遗址
* 溅尿仔遗址
* 大林遗址
南化区
* 下牛埔遗址
* 下牛埔II遗址
* 四埔遗址
* 南寮遗址
* 南寮II遗址
* 南寮III遗址
* 春厝埔遗址
* 苏贞埔遗址
* 望顶遗址
* 盐水坑遗址
* 下头仔遗址
* 南仔脚遗址
* 柚仔脚遗址
* 枫仔坪遗址
* 龟子头遗址
* 南化·湾丘遗址
* 过岭遗址
* 大条埔遗址
左镇区
* 菜寮溪遗址
* 睦光遗址
* 光和遗址
佳里区
* 北头洋遗址
* 佳通桥遗址
* 佳龙桥遗址
* 外渡头遗址
* 港墘子遗址
西港区
* 西港·土库遗址
* 西港·港东遗址
* 佳中桥遗址
七股区
* 番子塭遗址
* 盐埕地遗址
善化区
* 善化农会遗址
* 北仔店遗址
* 善化·社内遗址
* 溪尾遗址
* 曾文遗址
* 座驾遗址
* 和庄遗址
* 善化·莲池潭遗址
* 半路店遗址
* 大洲里埔遗址
* 益民寮遗址
* 益民寮II遗址
* 火光头遗址
* 旗竿地遗址
* 旗竿地北遗址
* 柑港遗址
* 木栅北遗址
* 南关里遗址
* 南关里东遗址（直辖市定考古遗址）。
* 三抱竹遗址
* 善化·左营遗址
* 湾港南遗址
* 右先方遗址（直辖市定考古遗址）。
* 右先方南I遗址
* 右先方南II遗址
* 月眉园遗址
新市区
* 南科考古遗址（泛指南科地区发现的遗址），含：
 * 道爷古墓（直辖市定考古遗址），墓碑佚失，无法确认其建立确切年代，惟伴随之铜钱(万历、康熙通宝)及邻近文化遗留判断，应属清代。位于台南市新市区道爷段，邻近普查遗址，道爷遗址。
 * 道爷南糖廍遗址（直辖市定考古遗址），糖廍隶属临时建筑，制糖时节后即予以拆除，发掘过程中并未发现有足以断定确切年代之证据，惟伴随出土之遗物中见厚胎安平壶等属于清领初期至清领中期之遗物，初步判断年代约在18世纪左右。道爷南遗址位居道爷遗址南侧，文化层有大湖文化、茑松文化、近代汉人文化。位于台南市新市区道爷段，邻近普查遗址 ，道爷南遗址。
 * 南关里东及右先方遗址（直辖市定考古遗址），南关里东遗址，隶属大坌坑文化菓叶类型（约4,800年至4,200年间），右先方遗址，隶属牛稠子文化牛稠子类型（约3,800年至3,300年间）、茑松文化鞍子类型约（1,800年至1,400年间）。位于善化区善科段，邻近普查遗址 、南关里遗址、右先方南壹遗址 。
 * 五间厝南遗址（直辖市定考古遗址），大湖文化乌山头类型（约2,800年至2,000年间）、茑松文化鞍子类型（约1,400年至1,000年间）、西拉雅文化类型（约500年至300年间）。位于新市区新科段，邻近普查遗址 ，五间厝遗址。
 * 新市．木栅遗址（直辖市定考古遗址），隶属近代汉人文化类型。位于新市区新科段，邻近普查遗址 ，木栅西遗址、柑港遗址。
 * 旗竿地遗址（直辖市定考古遗址），隶属大湖文化乌山头类型、茑松文化茑松晚期类型、近代汉人文化。位于新市区新晶段，邻近普查遗址 ，旗竿地东遗址。
 * 瘦砂遗址（直辖市定考古遗址），具三层史前文化遗留堆积，上文化层属茑松文化鞍子类型，中层为大湖文化乌山头类型，下层属大湖文化大湖类型。位于新市区新晶段，邻近普查遗址 ，道爷遗址.道爷南遗址。
安定区
* 看西遗址
* 港仔尾遗址
* 船头地遗址
* 郑拐北遗址
* 牛尿港遗址
* 牛尿港北遗址
* 牛尿港西遗址
* 苏厝遗址
* 大道公营遗址
* 三宝埤遗址
* 三宝埤南遗址
* 湾港遗址
仁德区
* 牛稠子遗址
* 十三甲遗址
* 虎山遗址
* 山甲东遗址
* 中洲遗址
* 德仑遗址
* 狗肉遗址
* 清风庄遗址
* 崁脚遗址
归仁区
* 归仁窑遗址
* 妈庙遗址
* 大昌桥遗址
* 丰德桥遗址
* 刣猪厝遗址
* 武东遗址
* 八甲遗址
* 大潭遗址
* 大潭II遗址
* 林子边I遗址
* 林子边II遗址
* 大岭遗址
* 南沙仑农场遗址
关庙区
* 八甲遗址
* 五甲遗址
* 埤子头遗址
* 下湖遗址
* 湖子内遗址
* 牛稠后遗址
* 许厝湖遗址
* 新埔遗址
* 刣牛窝遗址
永康区
* 圣功女中遗址
* 茑松遗址
* 六甲顶遗址
* 三本木高地东遗址
* 网寮遗址（永康公园内）
* 网寮II遗址
* 后田遗址
东区
* 竹园町遗址（台南一中附近）
* 东门外遗址
* 竹篙厝遗址
南区
* 桶盘浅A遗址
* 桶盘浅B遗址
* 芭蕉脚遗址
* 鞍子遗址
北区
* 三分子日军射击场遗址（直辖市定考古遗址）。
* 圣功女中遗址
* 三本木高地遗址
中西区
* 邮政局遗址
高雄地区
* 后劲遗址
* 左营旧城遗址（直辖市定考古遗址），具二大阶段文化层，其中史前时期可能包含大坌坑文化晚期与牛稠子文化，并出土凤鼻头文化遗物，历史时期则以清代后期的文化遗物为主。
* 内惟﹝小溪贝冢﹞考古遗址（直辖市定考古遗址），此区具史前贝冢遗迹遗址，且为原住民平埔族马卡道族打狗社民族生活空间。位于寿山国家自然公园内。
* 东沙考古遗址（直辖市定考古遗址），为十八世纪晚期至十九世纪-清朝中晚期遗址。位于东沙群岛，东沙岛潟湖中段。
* 万山岩雕群考古遗址（国定考古遗址），万山岩雕为原住民原始艺术遗迹，发现者依露天石刻早于原住民石板屋内木雕，参酌刻纹、图腾风格变迁，推估岩雕约有500年到1,600年历史。位于高雄市茂林区万头兰山区。
* 凤鼻头遗址 (中坑门遗址)（国定考古遗址），（新石器时代早期），具大坌坑、牛稠子、大湖和茑松文化等四文化层，位于高雄市林园区中坑门聚落北侧约350公尺处。
* 龙泉寺遗址
* 复鼎金遗址
* 二苓遗址
* 后庄遗址
* 福德爷庙遗址
* 拷潭遗址
* 六和遗址（新石器时代早期）
* 陈厝巷遗址
* 董宅遗址（新石器时代早期）
* 大坪顶遗址 (高雄)
* 甲高地遗址
* 凤山水库遗址
* 潭头遗址
* 清水岩遗址
* 天明园遗址
* 林家村遗址
* 灰窑遗址 (石灰窑遗址)
屏东地区
东部
宜兰县
* Blihun汉本考古遗址（国定考古遗址），隶属金属器时代晚期十三行文化普洛湾类型，文化层堆积连续1,000年以上，亦具完整度极高之聚落型态。位于南澳乡澳花段（苏花改公路谷风隧道南口）。
* 丸山遗址（国定考古遗址），隶属宜兰新石器时代晚期的代表遗址。论述台湾东北地区新石器时代中期进入晚期的线索。位于宜兰县冬山乡丸山村与八宝村间的丸山小丘。
* 宜兰农校遗址
* 淇武兰遗址
* 大竹围遗址
花莲县
秀林乡
* 富世遗址（县〈市〉定考古遗址），又名太鲁阁遗址、立雾高地遗址，有两层不同的文化层，上层为约一千二百年前的十三行文化普洛湾类型，下层为约二、三千年前麒麟文化、卑南文化的混合文化相。具巨石文化北迁以及十三行文化南移等南北文化汇流之文化相。位于秀林乡富世村。
* 崇德考古遗址（列册考古遗址），位于秀林乡。
花莲市
* 花冈山考古遗址（列册考古遗址），位于花莲市。
* 德兴考古遗址（列册考古遗址），位于花莲市。
吉安乡
* 七脚川考古遗址（列册考古遗址），位于吉安乡。
寿丰乡
* 大坑考古遗址（列册考古遗址），位于寿丰乡。
* 岭顶考古遗址（列册考古遗址），位于寿丰乡。
* 水琏考古遗址（列册考古遗址），位于寿丰乡。
* 水琏V考古遗址（列册考古遗址），位于寿丰乡。
万荣乡
* 支亚干（万荣．平林）遗址（县〈市〉定及列册考古遗址），隶属东部绳纹红陶文化、花冈山文化平林类型，为新石器时代全台唯一大型玉器制造中心遗址，罕见于台湾、东亚与东南亚地区，具备国定遗址的价值，此遗址所构成的玉器制作体系在距今45001500年之间。位于花莲县万荣乡西林村西林段，邻近列册遗址 ，万荣‧平林遗址。
光复乡
* 太巴塱考古遗址（列册考古遗址），位于光复乡。
丰滨乡
* 丰滨、宫下考古遗址（列册考古遗址），位于丰滨乡。
* 港口考古遗址（列册考古遗址），位于丰滨乡。
* 猫公考古遗址（列册考古遗址），位于丰滨乡。
* 静浦考古遗址（列册考古遗址），位于丰滨乡。
* 新社考古遗址（列册考古遗址），位于丰滨乡。
瑞穗乡
* Satokoay（舞鹤）遗址（县〈市〉定考古遗址），其出土陶器:隶属卑南文化：为橙红色夹粗砂陶。遗址上竖立之石柱为为全台最大者（柱高613公分），所具遗址结构极具学术价值，石柱的侧面可见许多人为凿孔，为史前打石技术遗留迹象。位于花莲县瑞穗乡舞鹤村，邻近普查遗址 ，马立云遗址。
富里乡
* 公埔遗址（县〈市〉定考古遗址），隶属花莲纵谷南段卑南文化代表性遗址，并立有板岩石壁结构遗迹，为重要性遗址。位于花莲县富里乡石牌村。
台东县
长滨乡
* 八仙洞遗址（国定考古遗址），隶属长滨文化、富山文化等二文化层。位于八仙洞风景区所在。邻近普查遗址 ，大坝来、樟原第一、樟原第二遗址。位于台东县长滨乡。
东河乡
* 都兰遗址（县〈市〉定考古遗址），隶属史前文化层含绳纹陶文化、卑南文化、麒麟文化（巨石文化）、阿美文化等。位于台东县东河乡都兰村，沿都兰产业道路往西约1公里处，先抵「岩棺区」；再往西约300公尺则为「石壁区」，邻近列册遗址，八仙洞遗址。
* 小马遗址，位于东河乡。
卑南乡
* 巴兰遗址（县〈市〉定考古遗址），隶属花东纵谷巨石文化层。位于台东县卑南乡初鹿村，海拔约600公尺山麓，邻近普查遗址 ，老番社遗址。
台东市
* 卑南遗址（国定考古遗址），隶属大坌坑文化、富山文化、卑南文化等三文化层。位于台东县台东市石壁段，邻近普查遗址 ，台东鲤鱼山遗址。位于台东县台东市。
* 鲤鱼山遗址，位于台东市旁。
* 猫山遗址，位于台东市旁。
太麻里乡
* 旧香兰遗址（县〈市〉定考古遗址），应属铁器时代三和文化层（出土文有1.带百步蛇纹饰器物：已出现近代排湾族、鲁凯族的常用的百步蛇纹饰风格。2.文化层堆积中的玻璃质与铁质标本：大量的玻璃质与铁质标本出现在文化堆积当中。3.金属器铸造模具：文化层的堆积中出现44件以砂岩雕成的模具），位于太麻里乡兰里段，邻近列册遗址 ，卑南遗址。
* 麻竹岭遗址
* 白桑安遗址
* 樟原遗址
* 麒麟遗址
* 老番社遗址
台湾海峡
澎湖群岛
* 七美史前石器制造场考古遗址群（县〈市〉定考古遗址）。考古遗址距今4,000多至3,000多年前，七美岛出现多处玄武岩打石场，并将初步打制的石材运送至台湾南部。采石、制造、生活运用、产业运输，形成澎湖群岛与台湾南部的共同史前文化分布图。位于七美乡。
金门
* 金龟山遗址，位于金沙镇西园里。
* 浦边遗址，位于金沙镇浦山里。
* 后丰港史前遗址
* 西湖遗址
* 后头遗址
* 复国墩遗址，位于金湖镇溪湖里。
* 小金门青歧遗址
马祖
* 炽坪陇遗址（县〈市〉定考古遗址），隶属昙石山下层类型/昙石山文化类型/历史时代早期类型（距今约6,000年前）及宋、元时代的青瓷片。是沙丘与贝丘的混合性遗址。位于莒光乡大坪村大坪段。
* 亮岛岛尾遗址（国定及县〈市〉定考古遗址），位于北竿乡亮岛岛尾。
* 塘歧遗址
* 福沃遗址
* 蔡园里遗址