军种对立是指一国军队内各个军种（如陆军、海军、空军）之间的不和、竞争等对立关系。在英语中，用以称呼军种对立的词汇「Interservice rivalry」，亦可形容同一国的情治单位（如美国的中央情报局和联邦调查局）之间的对立。
概述
产生军种对立的原因，包括了海陆空军等部门间竞夺参谋本部中的关键职位、争取国防预算的拨予、特定任务的执行权或特定武器的拥有权，后者例子包括海军在作战中出动航空母舰及舰载机队时，可能会被空军视为对其传统职责的侵害。
军种对立现象常是部门本位主义的具体表现。虽然适度的竞争是好事，但类似的不和若程度加剧，可对军队效率或战力造成耗损。
各国情形
美国
在美国，早期近代军种对立之著名案例，于1900年代起头，美国海军陆战队首次永久担当远征作战及登陆作战角色，在海陆军间引发争端。此项称作「Advanced Base Force」的概念，旨在使海军陆战队的定位不再限于十三州殖民地时期的船上警卫队，而是发展为联合的海上登陆战部队。许多海军军官对于陆战队的任务性质产生困惑，并展开争论此个单位应该成为舰上部队还是沿岸强袭部队。而美国陆军军官们则担心海军陆战队逾越了其先前的职责和角色。这种纷扰持续逾50年。
除了陆战队之外，从1900年开始各自成立下属航空部队的海军和陆军，也对于空中武力的应用有很大的歧见。陆军航空勤务队准将威廉·米切尔曾以空权至上论和陆军轰炸机攻克水面舰艇的能力为由，主张成立独立空军（并使海军的航空兵和航母改归之管辖），而海军方面基于反对独立空军而加以抵制，最后经过国会的否决而使海军保有自己的航空队。
第二次世界大战后，由于杜鲁门政府在任内面临国人要求让海外士兵返美的声浪，开始进行大规模复员工作和军事规模、预算上的裁减。面对国防架构的重组，各军种间对于各自扮演的防御角色也产生争执。在这其中，包含了两任陆军参谋长——德怀特·艾森豪以及乔治·马歇尔在内的陆军体系，试图透过改变国防编制，分拆美国海军陆战队的组织和功能，以使自己成为美国唯一陆上作战部队的角色。另一方面，陆军航空军则要求独立为与陆、海军同级且对等的空军，并接掌美国陆海两军内所有的飞行部队和空战指挥权。而由于核武器的运用，无论是陆战队的两栖作战能力或海军任务，都受到质疑是否必要，而陆军航空军主张未来以远程轰炸机取代水面舰艇执行海防工作，也使海军以制海权之重要、和舰载机队灵活于陆航机队为由展开辩驳。之后根据通过的《1947年国家安全法》，陆军航空军如望脱离陆军而自立为美国空军，却仍没有收编海军的航空队和美国海军陆战队航空兵管辖的联队于其下。而海军陆战队本身也没如陆军官员计划被废。
但军种之间的冲突，从二战时对日总攻计划——没落行动战区总司令的人选、战后的十字路口行动后海军与新空军对核武投射权的争执，到了1947年之后还是依然持续著。同样由1947年国安法催生的陆海空三军指挥单位「国家军事机构」（National Military Establishment），在1949年更名为美国国防部，并负责提供整体的协调，来解决美军各军种间历史悠久、并且在二战时不利军事效率的内讧。
美军采用过数种方法或手段来管制、或遏止军种对立的发生，例如《戈德华特－尼科尔斯国防部重构法案》在1986年生效后，针对希望晋升（尤其是升为将领）的军官，追加了「须担任过至少一个（跨军种）联合勤务职位」等条件作为门槛。类似的军官被形容为「著紫装」（wearing purple）以与美国陆军的绿军装、美国海军陆战队的卡其／橄榄绿军装、海军的白军装和空军的蓝军装区别。同样诞生于1980年代的美军特战司令部（SOCOM）则置陆海空三军的特种部队于统一指挥架构下，以改善伊朗人质营救行动、入侵格瑞纳达和入侵巴拿马等投入特殊部队参战的军事行动中，由于特战单位间缺乏指挥、管制与协调，而导致失利及谬误的状况。
日本
战前大日本帝国陆军与大日本帝国海军的长期不睦，是军种对立中最为恶名远扬的案例，并且也影响了日军在日中战争和第二次世界大战中的军事行动。明治维新时代建军之时，陆军和海军分别由长州藩和萨摩藩所掌控，但两大雄藩在幕末时期已开始存在严重私怨。之后由于陆军参照法国、德国作为蓝本，海军则师法英国，使得两者在体制、国际观上的分歧开始日渐扩大。
随著1905年日俄战争结束而进行的「帝国国防方针」中，陆军著手推动「平时25个师团、战时50个师团」的军备扩张计划，海军方面也致力于八八舰队的组织建设，耗去了大比例的预算，两者的对立更因争夺国防经费而更趋白热化。之后的1930年代里，陆海两军又在对外扩张策略上产生了歧见。「北进论」的方案中，提倡以陆军充当行动主力、征服中国大陆和满洲，并将之当作向西伯利亚方向进发的腹地；而「南进政策」的方案则主张透过海军力量，以台湾和华南为起点跳板，朝著被视为经济、军事战略目标的东南亚实施势力扩张。对内，双方的基层军官中都有付诸暗杀来铲除政府部门中反对派人士的动作；对外，这种扩张方针随即导致了九一八事变和全面性的日中战争。之后由于日本财阀认为满足海军对南洋的需求，能让自己的利益最大化而开始对太平洋战争予以支持。
在军事外交方面，为了配合扩张而在1936年与纳粹德国签定的《防共协定》，也造成之后两军种间的不和。1938年上任的德国外交部长约阿希姆·冯·里宾特洛甫希望透过防共协定的强化，推动德日与义大利之间的三国军事联盟。这再度造成陆军亲德派与关注美日关系、英日关系的海军和内阁之间的冲突。但德军在1939年与1940年发动闪电战袭卷欧洲大陆后，偏向日本陆军与德意日轴心联盟的舆论使得海军高层停止反对。
空中与海上的发展也同样成为日本帝国陆军与海军之间的冲突点。在单位编制及作战角色上，陆军拥有属于自己的潜艇、水上舰艇（包括驱潜舰）以及造船厂，甚至还有专门负责海运的部门；而海军亦拥有自己的两栖部队及伞兵部队以在无需依靠陆军地面支援的情况下独立作战，而这些带「越俎代庖」性质的单位与另一军种之间并完全没有资讯交换或协调的机制，导致未能协同行动。航空方面，两者的飞行部队也竞相对立。技术部分，两者的研发单位及生产单位，也由于陆海长期的内斗而完全隔离、未进行合作。
陆海两军的龃龉不合到了战争时期更显得严重。显著例子是日本海军在1942年中途岛海战中严重挫败后，隔了数周才通知陆军这场灾难性的结果。两军对资源的争夺也使得战况对日不利，日本海军的舰艇消耗大量燃料，但荷属东印度的石油却掌握在对燃料需求较少的日本陆军手中。油料的分配不均，间接导致了1944年菲律宾海海战和雷伊泰湾海战中，均发生了战场附近的日本海军舰队无法支援的情形。
日本昭和天皇在《昭和天皇独白录》里提到，日本输在陆海两军之间的恶劣关系和作战上的不一致。
德国
在纳粹德国，国防军（陆海空三军）和武装亲卫队时常因为在战斗序列中（尤其是投入装甲部队的战斗里）被排为同级而生成摩擦。在国防军内部，纳粹德国空军司令赫尔曼·戈林被多种因素，包括他与陆军的政治分歧在内，让他创立了空军野战师，变成陆军之外的、也是德国第三支的陆上战斗部队。同样在二战大部分时间里都隶属于空军司令部下辖的空降猎兵，直到1944年底才变成陆军所属部队。
空军和纳粹德国海军之间在二战时也有一段时间，持续地在若干议题上存有芥蒂，其中一个就是海军舰载航空大队（Bordfliegergruppe）的建构。
英国
在1918年英国皇家空军创设之后，英国皇家海军和英国陆军飞行队在战前拥有的飞机都大量划归于空军之下，引发了海军高层的怨怼。嗣后，为了因应二战局势，才使得皇家海军再次取得舰载飞机的指挥控制权。
较新的案例是陆军体系的伞兵团和海军体系的皇家海军陆战队。由于两者具备的一些作战能力是重叠的，因此在这两者中选定执行任务的部队时，常会对军事指挥官或政治决策者形成压力。也由于各军种所属的特种部队会有摩擦，使得英国国防部成立了英国特种部队（UKSF），作为特战任务部队的跨军种联合指挥机构，同时也使特殊舟艇队（SBS）不再仅将海军陆战队员作为兵员补充来源，而开始吸纳陆空两军的官兵。
印度
印度陆军和印度空军之间，已经因为互相争夺攻击用直升机的拥有权，而持续了多年的内讧。这场冲突是从1999年印度与巴基斯坦的卡吉尔战争之后开始浮上台面的。
2012年5月上任的印度陆军参谋长Bikram Singh (general)上将，数次要求能拥有陆军所属的武装直升机。之后政府同意将270多架新型武装直升机从空军移交给陆军航空兵，其中包含了美国制造的AH-64D阿帕契长弓直升机，该系列直升机于之前的战场测试中已胜过了空军使用的俄制Mi-28攻击直升机。采用机种向来在性能、品质上优于陆军直升机的印度空军，很快对于印度政府该次的决策产生不满，并表示所有的攻击用直升机和中型空运直升机都应该归空军管辖，且要是陆军获得重复的资源来构成自己的「小空军」的话，将会所费不赀，还会使得两支采用俄机的空军直升机中队在指挥体系上接受陆军管制。
2013年，因为直升机问题而与陆军针锋相对的空军参谋长Norman Anil Kumar Browne上将，表示原本要移交给陆军的AH-64D直升机会继续由空军持有。