朱印船为17世纪前期日本江户幕府时代，自政府得到海外贸易特许的船只。之所以称为朱印船，是因为这些船只都有来自幕府签发的「朱印状」（海外渡航许可证）。朱印状是一种类似许可证的证件，上面详细记载贸易核可项目与核发日期等资料。
背景
明朝在1371年开始实施海禁，对外采纳贡制度，只有朝贡国的船只才能合法停靠中国港口。1404年明朝与日本间的勘合贸易开始，是属于朝贡贸易的型态，1523年发生宁波之乱，1549年后明朝与日本贸易断绝。日朝贸易则是在1510年三浦之乱后中断，仅能委托对马藩进行贸易。此时由于琉球国是明朝的朝贡国，日本仍可透过琉球进行仲介贸易，因此15世纪琉日贸易开始兴盛；但1567年明朝放宽海禁，开放漳州月港对外贸易（但禁止外国船停泊），许多福建商人开始出海从事走私贸易，这导致琉球贸易迅速没落。在明日贸易断绝、日朝贸易衰微、琉球贸易衰退的同时，南蛮贸易出现，对日本的军事、经济都带来重大影响。葡萄牙人在1557年取得澳门作为贸易据点，1571年开设澳门－长崎的贸易路线，葡明日之间的三角贸易开始，葡萄牙人更垄断了明日之间的丝绸贸易。
丰臣秀吉在16世纪末平定日本的连年战乱后，为了保护及鼓励海外贸易，在1588年发布《海贼停止令》取缔倭寇；另外为了区别商船与海贼船，于1592年给予堺及长崎的商人渡航朱印状，这被认为是最早的海外渡航许可证。不过，目前没有实物留存下来。
朱印船制度的创设
1600年关原合战后，江户幕府的霸权确立。徳川家康基本上沿袭豊臣秀吉的政策，保护及鼓励对外贸易以及欢迎外国人来航。徳川家康将豊臣秀吉创设的朱印船贸易更明确的制度化：任何船只需持有幕府发行的朱印状才可合法从事海外贸易，借此完全支配对外贸易。另外将长崎纳入幕府直辖领，设长崎奉行所管理。规定所有朱印船统一由长崎出航及归航。1601年徳川家康向安南国大都统阮潢致信，要求保护持有朱印状的日本商船、禁止与朱印船以外的商船交易，「朱印船制度」确立。
另外为了排除葡萄牙人对长崎生丝贸易的利益独占，1604年幕府任命京都、堺、长崎的御用商人为丝割符年寄，与葡萄牙人交涉生丝的价格，再批发给日本各地的商人（丝割符制度）。
据官方统计，从1604年至1635年的32年间，共有356船次的日本商船得到了海外贸易许可证渡航海外，平均每年有11船次，而不在官方统计的走私船更是不计其数。朱印船主包含大名、幕吏、商人及外国人等100多人，目的地主要有高砂（台湾）、吕宋、柬埔寨、东京、交趾及暹罗等东南亚地区。朱印船贸易促使许多日本人移居海外，迁移到东南亚各地形成日本人町。
由于日本需要中国的货物，但不能直接到中国进行贸易，所以日本商人只好南下到台湾与中国商人会合，在此进行生丝、布匹、金银等商品的交易，使得台湾成为中国、日本二地商人的贸易转运站。
目的地
17世纪初的日本海外贸易
―贸易路线
●重要贸易城市
★日本人町
★日本人聚居地
* 安南：当时领有越南北部的东京（河内）郑氏政权。需33日左右的航海。
* 交趾：当时领有越南中部的顺化阮氏政权（广南国）。主要贸易据点为会安及岘港。日本－岘港间约需40日航海。主要交易品是生丝。
* 占城：位于越南南部（宾童龙）的佛教王国。
* 暹罗：泰国的阿育陀耶王朝。当时在阿育陀耶形成了有规模的日本人町。加上溯流湄南河而上约需35-6日的航海。
* 柬埔寨：以湄公河流域的金边为首府的柬埔寨王国。加上湄公河溯流而上的时间，需60日弱的航海。
* 汰泥：马来半岛中部东海岸的伊斯兰王国北大年，当时是南中国海贸易的重要港口。
* 吕宋：西班牙的殖民地吕宋岛。首府马尼拉是与新西班牙的阿卡普尔科贸易的要港，也有许多明船来航。一年两回，5月及10月出航的日本船约20日可达马尼拉。
* 高砂：以热兰遮城为据点的荷兰属福尔摩沙（今台湾）。主要交易品是鹿皮和砂糖。是与福建商人进行出会贸易的重要据点。15日左右的航海。
由于明帝国与朝鲜实施海禁(锁国)，因此并不发行前往中国与朝鲜的朱印状（除了葡属澳门以外）。
朱印船主
* 商人：角仓了以、末吉孙左卫门、末次平藏、伊丹宗味、平戸伝介、大黒屋助左卫门、桧皮屋孙兵卫、浦井宗晋、皮屋助右卫门、茶屋四郎次郎、田辺又左卫门、木屋弥二郎、船本弥七郎、小西长左卫门、高瀬屋新藏、平戸助太夫、长井四郎左卫门、大黒屋长左卫门、长崎喜安、长崎惣右卫门、原弥次右卫门、今屋宗忠、大贺九郎左卫门、伊藤新九郎等60余人。
* 大名：岛津忠恒、锅岛直茂、加藤清正、大村纯信、松浦镇信、细川忠兴、五岛玄雅、有马晴信、龟井兹矩、山口直友等10人。
* 武士：村山等安、今井宗薰等4人。
* 寺院：金地院、円光寺、豊光寺等。
* 明人：林三官、四官、二官、计泉、安当仁等日本在住的明国商人11人。
* 欧洲人：三浦按针（William Adams）、耶杨子（Jan Joosten）等日本在住的欧洲人12人。
朱印船乘组员
朱印船除了船长以外，还有按针（航海士）、书记、水手等乘组员，多数是日本人。在初期对于不熟悉的海域，通常会雇用熟悉海况的明国人作为航海士、甚至是葡萄牙人、英国人、荷兰人等。乘组员大约有200人左右。
贸易品
令人意外的是，前往东南亚贸易的朱印船进口的大多是明国产的生丝和绢织物。日本古代也有产绢，但是品质较差。太平之世的到来使得制作高级衣料的生丝需求大增。但是自1549年勘合贸易断绝后，受到倭寇所苦的明国禁止日本船入港，明国的商船也被禁止渡航日本，致使日本无法获得明国产的生丝与绢织物。1598年朝鲜之役后双方关系更加恶劣，而透过朝鲜、琉球、葡萄牙的仲介贸易也有其限制，于是日本商船便到东南亚的港口与明国商船会合进行交易。除了生丝和绢织物外，也输入作为护具的鲛皮和鹿皮，以及砂糖等东南亚产品。
另一方面，日本则是出口银、铜、硫黄等矿产物以及铜钱、刀剑等工艺品及杂货。1581年明国推行《一条鞭法》，所有租税皆用白银折纳，银的需求量大增，并造成银的流通供给不足，正好日本的石见银山出产当时全世界三分之一的银矿，明国的生丝交换日本的银成为当时最主要的交易项目。
另一项大宗的交易物品则是铜钱。15世纪，由于硬币需要的增加，室町幕府多次由明国输入铜钱到日本，于是嘉定通宝、洪武通宝、永乐通宝等渡来钱开始在日本流通。不过，由于商业交易的扩大，渡来钱的供应还是不足，因此市面上便出现品质参差不齐的私铸钱。到了16世纪，被磨耗的渡来钱与品质不佳的私铸钱被称为鐚钱，人们拒绝承认鐚钱拥有和渡来钱等同的价值。到了徳川时代，鐚钱的实际价值只有渡来钱的四分之一。为了独占货币铸造权、将日本的货币标准化、以及解决市场上货币混乱的情况，江户幕府在1606年发行了庆长通宝，并在1608年禁止渡来钱与鐚钱的流通。于是日本商人以便宜的价格收购这些贬值和被禁的铜钱，再以有利的价格出口到东南亚地区。在交趾支那，正处于郑阮纷争时期，因此需要大量的铜来铸造大砲。在东京，品质好的铜钱被当作通货流通，品质差的则被熔铸成器皿。
朱印船使用的船只
朱印船所使用的船只，初期多是使用100吨级的戎克船，后期则有末次平蔵的末次船以及荒木宗太郎的荒木船为代表的戎克船、融入盖伦帆船的特点，如三角帆、舵、船尾楼等设计，成为一种独特的折衷式航洋型帆船。
朱印船的吨位并没有详细的资料留下，根据前人的研究，推定在500至700吨之间，吨位与欧洲一般的盖伦帆船相当或稍大，但是比葡萄牙人所使用的卡瑞克帆船（通常大于1000吨）为小。
朱印船贸易的终结
为了禁止基督教与削弱西国诸大名的经济实力，江户幕府的锁国政策逐渐紧缩，即使是幕府认可的朱印船也难以渡航海外。1620年发生西班牙传教士潜伏在朱印船偷渡到日本的事件（平山常陈事件）。1633年幕府禁止奉书船以外的船只渡航海外。1635年幕府禁止日本人渡航海外及禁止海外日本人归国，另外发布《大船建造禁止令》，禁止建造500石（约75吨）以上的航海船舶，这使得朱印船贸易走向终结。