穗深城际铁路（旧称“穗莞深城际轨道交通”），是珠江三角洲地区城际轨道交通的一条路线，走线大致沿珠江东岸，连接广州、东莞和深圳机场，其中新塘南至深圳机场段全长73.996公里，新塘南至花都站段（二期北延段，又称新白广城际铁路）全长77.6公里，最高时速140公里，改造既有广深铁路III、IV线30公里，另有琶洲支线17.6公里，使用CRH6A、CRH6F动车组营运。穗深城际铁路已于2019年12月15日正式开通。
历史
2005年3月16日，国务院审议并原则通过《环渤海京津冀地区、长江三角洲地区、珠江三角洲地区城际轨道交通网规划》，此规划中提到建设全长131公里的广州—东莞—深圳城际轨道交通线。
2008年2月，广东省政府原则同意批准穗莞深城际轨道交通项目建议书，初步设15个站，全长约97.608公里。
2008年12月21日，穗莞深城轨东莞—深圳机场段在深圳宝安区举行开工仪式。按当时的规划，穗莞深城轨起于广州地铁5号线鱼珠站，经广州庙头、开发区，东莞麻涌、洪梅、沙田、厚街、虎门、长安，深圳松岗、沙井、福永、机场北，终点为深圳机场站，设16个站，全长约86.62公里，总投资196.9亿元。东莞—深圳机场段先行开工，全长70.4公里，总投资156.78亿元，原计划总工期3年。另外深圳地铁11号线在松岗站将预留向西北延伸与穗莞深城轨东莞段衔接的条件，若条件成熟，穗莞深城轨列车将利用11号线轨道直通福田中心区，线路全长118公里，设站22个，全程运行时间约83分钟。此外穗莞深城轨东莞段原计划经麻涌、望牛墩、道滘、汽车总站、会展中心、厚街、虎门、长安进入深圳，途经东莞市中心，但在2008年方案改为经东莞西部，经麻涌、洪梅、沙田、厚街、虎门、长安。
2009年5月，媒体报道穗莞深城轨广州段将有重大调整，调整后的线路将不走鱼珠、庙头、开发区，改道从增城区新塘镇始发，直入东莞洪梅镇，并在新塘站接驳当时仍在规划中的广州地铁13号线和16号线。
2009年11月，穗莞深城轨东莞长安段动工，当时计划在长安设厦边站、金沙站和锦厦站三站，东莞段其余五个站点为洪梅、沙田、厚街、虎门白沙和虎门商贸城。
2012年6月5日，穗莞深城轨广州至东莞段环境影响报告书公示，广州至东莞段正线全长17.934公里，设新塘站、中堂站、望牛墩站、望洪站4座高架车站，原计划的东莞麻涌站被撤销，东莞起点站改为中堂站，望洪站（后改名为东莞西站）将连接莞惠城际轨道和东莞轨道交通1号线。另外公示资料显示其余车站为洪梅、沙田、厚街、虎门火车站、虎门商贸城、长安厦边、长安金沙、海上田园（后改名为沙井西站）、和平（后改名为福海西站）、机场北、机场东，深圳段因沿线拆迁问题不再经沙井和松岗等地。报告书亦提到，线路建成后列车通过时会影响沿线用天线看电视的用户，并建议对受影响的电视用户预留有线电视接入条件补偿费。同年9月，东莞至深圳段动工。
2012年10月16日，穗莞深城轨广州段规划再度改动，从新塘站通过改造广深铁路III线和IV线的方式延伸至广州东站，广州东站将增建北侧站房，并对站台进行调整，广深铁路沿线的吉山站和石牌站将改造为城际轨道站点，总工期暂定2年，投资估算总额7.8亿元。
2012年，穗莞深城轨深圳境内线路方案已基本确定，在深圳预设两个站点：机场东站和前海湾站。但在2013年4月的莞深段变更环评第二次公示中，深圳段路线调整，终点改设于深圳机场站，取消2个车站，不再进入深圳市中心区，莞深段由全长70.4公里缩短至58.027公里，而由于隧道路段增多，投资增加16.29亿元。深圳机场站与深圳地铁11号线的机场站平行，中间修建300米的地下通道相联通。2014年底，穗莞深城轨深圳段开工建设。
2015年7月，穗莞深城轨广深铁路III、IV线新塘至广州东站沿线车站规划修改方案获通过，新方案中新塘至广州东站沿线将设石牌站、奥体中心站、吉山站和夏园站4个车站，相关路段全长30公里。
2017年9月6日，广深铁路III线新建站点奥体中心站线路改造完成。同年11月17日，石牌站员工天桥完成吊装，站房施工进入收尾阶段，线路改造工程则在2018年5月开工。
2018年10月16日，新塘至中堂站区间第一对500米长轨落槽，全线铺轨施工正式启动。预计穗莞深城轨新塘至深圳机场段将于2019年中正式通车。
穗莞深城际轨道交通原定于2019年9月30日通车，但因工程进展影响而延迟，于2019年12月15日通车。
二期北延段（新白广城际铁路）
穗深城际铁路二期北延段起于广深铁路和穗深城际铁路一期新塘南站，经广州白云机场，向北延伸至花都站，二期线路全长77.573公里，穗深城际铁路广州境内路段总长相应增加到约97.608公里（不含广深铁路改造段），新建车站13座，设计时速160km/h。
2011年，广东省发改委《关于珠江三角洲地区城际轨道交通网规划实施方案调整的函》（粤发改交通函［2011］1484号）中明确，穗莞深城际延长线新塘至白云机场段提前到2015年实施。项目于2013年8月获广东省政府同意，并在2014年5月21日开始招标，2015年12月26日正式开工。
2020年5月20日，新白广城际铁路广州北站至机场T2站段接触网冷滑试验顺利完成。7月21日，新白广城际花都至白云机场北段联调联试工作进入关键阶段。11月30日，广州东环城际（花都站至白云机场北站）开通运营，全长22.6公里，共设4个车站。
2022年3月25日，随着新塘至白云机场北段全线箱梁架设圆满完成，新白广城际项目主体工程基本完工。6月，竹料站配电所送电完成，亦为后续调试奠定了基础。9月，全线开始铺轨工作，并于12月29日铺轨完成。
琶洲支线
穗莞深城际轨道琶洲支线自广佛环线东环琶洲站引出，向东南方向经大学城东站、化龙站后，在广州莲花山站并入佛莞城际，全长17.6公里，设计时速160km/h。广州莲花山站预留线路继续南延的条件。
广东省发改委于2017年对项目进行审批公示，项目环境影响报告书在2018年进行全文公示，于2018年12月26日开工建设。
2022年4月，琶洲支线（贝岗公园-大学城东）右线顺利贯通，同时这也是该线首个贯通的区间同月27日，大学城东-新造竖井区间右线盾构机顺利完成下穿沥窖水道施工任务。
2023年6月30日，琶洲支线全线洞通。
南延线
2019年8月27日，多方媒体发布新闻，穗莞深城际前海延长线起于深圳机场站，出深圳宝安国际机场后下穿西湾海域，经碧海高尔夫俱乐部至宝安大道，沿宝安大道地下敷设至前海综合交通枢纽，线路全长15千米，全线地下敷设，设西乡、前海2座车站。
2019年11月27日，《穗莞深城际轨道深圳机场至前海段工程项目社会稳定风险分析》公布，确定恢复南延线的西乡、宝安、前海3座地下车站的方案。2020年4月23日，本段线路的环境影响评价第二次信息公告公布。
2021年6月8日，本线前海——皇岗段可行性研究报告获深圳市发展和改革委员会核准批复同意。
2022年3月23日，深圳市地铁集团有限公司和中铁建南方建设投资有限公司合资成立了广东穗深城际铁路有限公司负责南延段的建设运营管理。
车站及接驳路线
主要车站广州东站、新塘南站、深圳机场北站、深圳机场站
运营
行车
2019年12月16日的首通段只从新塘南到深圳机场，所有前往广州的列车都要通过位于新塘站和新塘南站附近、连接广深铁路的联络线直通广深铁路III、IV线。
本线的列车采取“公交化”的运行模式；开通初期，本线每日最多开行37趟列车，包括深圳机场往返广州东站的33趟，和深圳机场往返新塘南站的4趟。目前从广州东站到深圳机场站最快仅需1小时9分钟，从新塘南站到深圳机场站最快仅需53分钟。
车票
全线只售卖自由席车票，形式为电子车票或者铁路e卡通直接进站。2020年，无须购票，实现刷支付宝扫码乘车功能。
列车
本线目前采用中车广东制造并配属于中堂动车所的CRH6A型动车组及CRH6F型动车组；相比广深动车组列车，穗深城际列车的座位更少，每排共4个座位，车厢的其中一端的窗边还设置了6个折叠座椅，另一边则是行李架。