मोहंती यांना 1988 मधे भारतीय भौतिक सोसायटीच्या युवा वैज्ञानिक पुरस्काराने, 1991 मध्ये भारतीय राष्ट्रीय विज्ञान अकादमीच्या युवा भौतिकशास्त्रज्ञ पुरस्काराने तर 2001 मध्ये होमी भाभा विज्ञान आणि तंत्रज्ञान अणू ऊर्जा विभागाच्या पुरस्काराने सन्मानित करण्यात आले आहे.