الجزیره متهم است که در جریان پوشش خبری جریان سرنگونی محمد مرسی رئیس جمهور سابق مصر در ۴ جولای، بی طرفانه عمل نکرده و آنچنان که گفته می‌شود دارای «جهت گیری» بوده است.