Sejm

Dywizji Piechoty Armii ˝Prusy˝ jako dowódca plutonu kawalerii dywizyjnej. Po zakończeni kampanii przedostał się do Warszawy, gdzie stał się jednym z organizatorów powołanej 9 listopada 1939 r. konspiracyjnej Tajnej Armii Polskiej pod dowództwem mjr. Jana Włodarkiewicza, podporządkowanej później Związkowi Walki Zbrojnej. 19 września 1940 r. podczas niemieckiej łapanki pozwolił się aresztować, by przedostać się do Auschwitz i zdobyć informacje o panujących tam warunkach. Był głównym inicjatorem konspiracji w obozie. Założył Związek Organizacji Wojskowej, który miał wspierać więźniów, zdobywać żywność, lekarstwa, odzież, przekazywać wiadomości, a także przygotowywać kadry, które w przyszłości mogłyby opanować obóz w przypadku ataku partyzantów z zewnątrz. Opracował sprawozdanie przesyłane później do dowództwa Warszawy i dalej, na Zachód. Nocą z 26 na 27 kwietnia 1943 r. wraz z dwoma współwięźniami uciekł z obozu. Znalazł schronienie w Nowym Wiśniczu. Próbował zorganizować oddział zbrojny, który podjąłby atak na Auschwitz i uwolnił więźniów. Komenda okręgu AK w Krakowie uznała te plany za nierealne, wówczas Pilecki wyjechał do Warszawy. Działał w Kedywie, uczestniczył w powstaniu warszawskim. Po jego upadku trafił do niemieckiej niewoli.