Sejm

Grzegorza Wielkiego z Gwiazdą, Odznakę Żołnierzy Armii Krajowej, Medal Pro Ecclesia et Pontifice, Medal Prymasowski „Zasłużony w Posłudze dla Kościoła i Narodu”, odznaczenie „Za Zasługi dla Miasta Łodzi” i Nagrodę Towarzystwa Naukowego KUL im. Księdza Idziego Radziszewskiego. Łączył wysoki profesjonalizm zawodowy z głębokim etosem człowieka i uczonego. Obok twórczości naukowej angażował się w rozległą działalność organizacyjną i społeczną. Był troskliwym mężem i ojcem czwórki dzieci. Przez kilkadziesiąt lat był zaangażowanym członkiem Ruchu Focolari. Papież Jan Paweł II bardzo cenił profesora, czytał jego publikacje, na uroczystość pogrzebową wystosował list, w którym wyrażał wdzięczność Bogu za życie i dzieło profesora. W czasie przemówień pogrzebowych profesor Włodzimierz Fijałkowski został określony jako „człowiek niezłomny”, „prorok naszych czasów”, „człowiek epoki”, „człowiek, który wyprzedzał epokę”, „człowiek nie z tej ziemi” oraz „wzór wielkiego człowieka chrześcijanina, lekarza i Polaka”. Po śmierci profesora zostało już zorganizowanych wiele konferencji naukowych i spotkań poświęconych jego życiu, działalności i dorobkowi. W kilku miastach Polski jego imieniem zostały nazwane ulice, szkoły rodzenia i poradnie. Całą jego twórczość cechuje głęboki humanizm, przeniknięty wartościami chrześcijańskimi.