Sejm

W II rundzie wstępnej edycji Pucharu Polski 2006/2007 15 sierpnia 2006 r. piłkarze pokonali KSZO II Ostrowiec Świętokrzyski 1:0, a 22 sierpnia w 1/16 finału Polonię Bytom 2:0. 20 września 2006 r. w 1/16 finału Stal pokonała 2:1 Legię Warszawa, eliminując tym samym aktualnego mistrza Polski z 2006 r., sprawiając tym samym jedną z największych sensacji piłkarskich w Polsce. Jednocześnie było to osiągnięcie uświetniające 60-lecie istnienia klubu. Drużyna awansowała do 1/8 finału PP. W tej rundzie „stalowcy” ulegli Arce Gdynia 0:1, tracąc gola na 2 minuty przed końcem dogrywki. Początek 2011 r. ujawnił narastające problemy finansowe klubu spowodowane wycofaniem się inwestora z zakupu terenów klubu przy ul. Stróżowskiej, a kolejne lata ukazały ich narastanie. 30 czerwca 2014 r. Podkarpacki Związek Piłki Nożnej podał do wiadomości, że Stal Sanok nie uzyskała licencji na grę w nowej edycji III ligi. Władze klubu poinformowały wówczas o wycofaniu się z rozgrywek. MKS Stal Sanok zadeklarował zawieszenie funkcjonowania i podjęcie działań w kierunku całkowitego oddłużenia klubu.