// File: readmapping[P]alfalfa/src/mapper.cpp
// Function: alignment_t::setMate(alignment_t const*, bool, bool)
void alignment_t::setMate(const alignment_t * o, bool concordant, bool upstream){
    mate.flag.set(0,true);//positions for mate to be important: 0,1,5,6,7
    mate.flag.set(1,true);
    mate.flag.set(5,o->flag.test(4));
    mate.flag.set(6,upstream);
    mate.flag.set(7,!upstream);
    mate.concordant = concordant;
    mate.pnext = o->pos;
    mate.pnextGlob = o->refB;
    mate.tLength = max(refE,o->refE) - min(refB,o->refB) + 1;
    long firstPos = flag.test(4) ? refE : refB;
    long secondPos = o->flag.test(4) ? o->refE : o->refB;
    if(firstPos > secondPos) mate.tLength *= -1;
    mate.rnext = rname == o->rname ? "=" : o->rname;
    if(concordant)
        mate.alignmentScore = o->alignmentScore;
}

// Assembly:
subq $0x98, %rsp
movb %cl, %al
movb %dl, %cl
movq %rdi, 0x90(%rsp)
movq %rsi, 0x88(%rsp)
andb $0x1, %cl
movb %cl, 0x87(%rsp)
andb $0x1, %al
movb %al, 0x86(%rsp)
movq 0x90(%rsp), %rdi
movq %rdi, 0x28(%rsp)
addq $0xa0, %rdi
xorl %eax, %eax
movl %eax, %esi
movl $0x1, %edx
callq 0xe640
movq 0x28(%rsp), %rdi
addq $0xa0, %rdi
movl $0x1, %esi
movl $0x1, %edx
callq 0xe640
movq 0x28(%rsp), %rax
addq $0xa0, %rax
movq %rax, 0x20(%rsp)
movq 0x88(%rsp), %rdi
addq $0x40, %rdi
movl $0x4, %esi
callq 0xe340
movq 0x20(%rsp), %rdi
movzbl %al, %edx
andl $0x1, %edx
movl $0x5, %esi
callq 0xe640
movq 0x28(%rsp), %rdi
addq $0xa0, %rdi
movb 0x86(%rsp), %al
movl $0x6, %esi
andb $0x1, %al
movzbl %al, %edx
callq 0xe640
movq 0x28(%rsp), %rdi
addq $0xa0, %rdi
movb 0x86(%rsp), %al
xorb $-0x1, %al
movzbl %al, %edx
andl $0x1, %edx
movl $0x7, %esi
callq 0xe640
movq 0x28(%rsp), %rdi
movb 0x87(%rsp), %al
andb $0x1, %al
movb %al, 0xdc(%rdi)
movq 0x88(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, 0xc8(%rdi)
movq 0x88(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, 0xd0(%rdi)
addq $0x8, %rdi
movq 0x88(%rsp), %rsi
addq $0x8, %rsi
callq 0x1ec80
movq 0x28(%rsp), %rdi
movq (%rax), %rax
movq %rax, 0x30(%rsp)
movq 0x88(%rsp), %rsi
callq 0x1efc0
movq 0x28(%rsp), %rdi
movq %rax, %rcx
movq 0x30(%rsp), %rax
subq (%rcx), %rax
addq $0x1, %rax
movl %eax, 0xd8(%rdi)
addq $0x40, %rdi
movl $0x4, %esi
callq 0xe340
testb $0x1, %al
jne 0x3c3f3
jmp 0x3c403
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq %rax, 0x18(%rsp)
jmp 0x3c410
movq 0x28(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, 0x18(%rsp)
movq 0x18(%rsp), %rax
movq %rax, 0x78(%rsp)
movq 0x88(%rsp), %rdi
addq $0x40, %rdi
movl $0x4, %esi
callq 0xe340
testb $0x1, %al
jne 0x3c436
jmp 0x3c449
movq 0x88(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
jmp 0x3c459
movq 0x88(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq %rax, 0x70(%rsp)
movq 0x78(%rsp), %rax
cmpq 0x70(%rsp), %rax
jle 0x3c481
movq 0x28(%rsp), %rax
imull $-0x1, 0xd8(%rax), %ecx
movl %ecx, 0xd8(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rdi
addq $0x48, %rdi
movq 0x88(%rsp), %rsi
addq $0x48, %rsi
callq 0xe490
movb $0x0, 0x4e(%rsp)
testb $0x1, %al
jne 0x3c4a6
jmp 0x3c4d4
leaq 0x4f(%rsp), %rdi
movq %rdi, 0x8(%rsp)
callq 0x8750
movq 0x8(%rsp), %rdx
movb $0x1, 0x4e(%rsp)
leaq 0x3d003(%rip), %rsi     # 0x794c9
leaq 0x50(%rsp), %rdi
callq 0xb8b0
jmp 0x3c4d2
jmp 0x3c4ee
movq 0x88(%rsp), %rsi
addq $0x48, %rsi
leaq 0x50(%rsp), %rdi
callq 0x8180
jmp 0x3c4ec
jmp 0x3c4ee
movq 0x28(%rsp), %rdi
addq $0xa8, %rdi
leaq 0x50(%rsp), %rsi
callq 0x8060
jmp 0x3c506
leaq 0x50(%rsp), %rdi
callq 0x8858
testb $0x1, 0x4e(%rsp)
jne 0x3c519
jmp 0x3c523
leaq 0x4f(%rsp), %rdi
callq 0x83e0
testb $0x1, 0x87(%rsp)
je 0x3c582
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x88(%rsp), %rcx
movl 0x70(%rcx), %ecx
movl %ecx, 0xe0(%rax)
jmp 0x3c582
movq %rax, %rcx
movl %edx, %eax
movq %rcx, 0x40(%rsp)
movl %eax, 0x3c(%rsp)
jmp 0x3c56d
movq %rax, %rcx
movl %edx, %eax
movq %rcx, 0x40(%rsp)
movl %eax, 0x3c(%rsp)
leaq 0x50(%rsp), %rdi
callq 0x8858
testb $0x1, 0x4e(%rsp)
jne 0x3c576
jmp 0x3c580
leaq 0x4f(%rsp), %rdi
callq 0x83e0
jmp 0x3c58a
addq $0x98, %rsp
retq
movq 0x40(%rsp), %rdi
callq 0x8730
nopw %cs:(%rax,%rax)