// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/sheneman[P]clearcut/clearcut.c
// Function: NJ_decompose
NJ_TREE *
NJ_decompose(DMAT *dmat,
	     NJ_VERTEX *vertex,
	     long int x,
	     long int y,
	     int last_flag) {

  NJ_TREE *new_node;
  float x2clade, y2clade;

  /* compute the distance from the clade components to the new node */
  if(last_flag) {
    x2clade = 
      (dmat->val[NJ_MAP(x, y, dmat->size)]);  
  } else {
    x2clade = 
      (dmat->val[NJ_MAP(x, y, dmat->size)])/2 +   
      ((dmat->r2[x] - dmat->r2[y])/2);
  }

  vertex->nodes[x]->dist = x2clade;

  if(last_flag) {
    y2clade = 
      (dmat->val[NJ_MAP(x, y, dmat->size)]);  
  } else {
    y2clade = 
      (dmat->val[NJ_MAP(x, y, dmat->size)])/2 +  
      ((dmat->r2[y] - dmat->r2[x])/2);
  }

  vertex->nodes[y]->dist = y2clade;

  /* allocate new node to connect two sub-clades */
  new_node = (NJ_TREE *)calloc(1, sizeof(NJ_TREE));

  new_node->left  = vertex->nodes[x];
  new_node->right = vertex->nodes[y];
  new_node->taxa_index = NJ_INTERNAL_NODE;  /* this is not a terminal node, no taxa index */
  
  if(last_flag) {
    return(new_node);
  }

  vertex->nodes[x] = new_node;
  vertex->nodes[y] = vertex->nodes[0];
  
  vertex->nodes = &(vertex->nodes[1]);
  
  vertex->nactive--;

  return(new_node);
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x60, %rsp
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movq %rcx, -0x28(%rbp)
movl %r8d, -0x2c(%rbp)
cmpl $0x0, -0x2c(%rbp)
je 0x37f6
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rsi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdx
callq 0x4b70
movq %rax, %rcx
movq -0x48(%rbp), %rax
movss (%rax,%rcx,4), %xmm0
movss %xmm0, -0x3c(%rbp)
jmp 0x3866
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rsi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdx
callq 0x4b70
movq %rax, %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
movss (%rax,%rcx,4), %xmm0
movss 0x77f9(%rip), %xmm1     # 0xb024
divss %xmm1, %xmm0
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movss (%rax,%rcx,4), %xmm1
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
subss (%rax,%rcx,4), %xmm1
movss 0x77cb(%rip), %xmm2     # 0xb024
divss %xmm2, %xmm1
addss %xmm1, %xmm0
movss %xmm0, -0x3c(%rbp)
movss -0x3c(%rbp), %xmm0
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movss %xmm0, 0x10(%rax)
cmpl $0x0, -0x2c(%rbp)
je 0x38b9
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rsi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdx
callq 0x4b70
movq %rax, %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
movss (%rax,%rcx,4), %xmm0
movss %xmm0, -0x40(%rbp)
jmp 0x3929
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rsi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdx
callq 0x4b70
movq %rax, %rcx
movq -0x60(%rbp), %rax
movss (%rax,%rcx,4), %xmm0
movss 0x7736(%rip), %xmm1     # 0xb024
divss %xmm1, %xmm0
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movss (%rax,%rcx,4), %xmm1
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
subss (%rax,%rcx,4), %xmm1
movss 0x7708(%rip), %xmm2     # 0xb024
divss %xmm2, %xmm1
addss %xmm1, %xmm0
movss %xmm0, -0x40(%rbp)
movss -0x40(%rbp), %xmm0
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movss %xmm0, 0x10(%rax)
movl $0x1, %edi
movl $0x20, %esi
callq 0x2130
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq $-0x1, 0x18(%rax)
cmpl $0x0, -0x2c(%rbp)
je 0x399e
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
jmp 0x39f4
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq (%rax), %rdx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
addq $0x8, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
addq $0x60, %rsp
popq %rbp
retq
nop