// File: chhylp123[P]hifiasm/Process_Read.cpp
// Function: produce_u_cov(ul_idx_t*, unsigned long, unsigned char, unsigned long, ma_hit_t_alloc*, long, long, long, unsigned char*, kvec_t_u64_warp*)
uint32_t produce_u_cov(ul_idx_t *ul, uint64_t id, uint8_t strand, uint64_t pos, ma_hit_t_alloc* src, int64_t min_ovlp, int64_t max_hang, int64_t gap_fuzz,
uint8_t *sset, kvec_t_u64_warp *buf)
{
	uint64_t k, l, i, z, s = 0, e = 0, qn, tn, qs, qe;
	ma_utg_t *u = NULL;
	int64_t dp, r; 
	asg_arc_t t;

	if(strand == (uint8_t)-1 || pos == (uint64_t)-1) {
		u = &(ul->ug->u.a[id]);
		buf->a.n = 0; kv_resize(uint64_t, buf->a, u->n*2);
		for (k = l = 0; k < u->n; k++) {
			kv_push(uint64_t, buf->a, l<<1);
			kv_push(uint64_t, buf->a, ((l + Get_READ_LENGTH(R_INF, u->a[k]>>33))<<1)|1);


			i = u->a[k]>>33;///rid
			for (z = 0; z < src[i].length; z++) {
				if(!src[i].buffer[z].el) continue;
				qn = Get_qn(src[i].buffer[z]); tn = Get_tn(src[i].buffer[z]);
				if(sset[tn]) continue;
				if((Get_qe(src[i].buffer[z]) - Get_qs(src[i].buffer[z])) < min_ovlp) continue;
				if((Get_te(src[i].buffer[z]) - Get_ts(src[i].buffer[z])) < min_ovlp) continue;
				r = ma_hit2arc(&(src[i].buffer[z]), Get_READ_LENGTH(R_INF, qn), Get_READ_LENGTH(R_INF, tn), 
				max_hang, asm_opt.max_hang_rate, min_ovlp, &t);
				if(r != MA_HT_TCONT) continue;///tn is contained
				if(((u->a[k]>>32)&1) == 0) {
					qs = Get_qs(src[i].buffer[z]); qe = Get_qe(src[i].buffer[z]);
				} else {
					qs = (Get_READ_LENGTH(R_INF, i)) - Get_qe(src[i].buffer[z]);
					qe = (Get_READ_LENGTH(R_INF, i)) - Get_qs(src[i].buffer[z]);
				}
				kv_push(uint64_t, buf->a, (l+qs)<<1);
				kv_push(uint64_t, buf->a, ((l+qe)<<1)|1);
			}

			l += (uint32_t)u->a[k];
		}
		sort_kvec_t_u64_warp(buf, 0);
		return 0;
	}

	if(strand) pos = ul->ug->u.a[id].len - pos - 1;
	for (k = 0, dp = 0, s = e = 0; k < buf->a.n; k++) {        
		e = buf->a.a[k]>>1;
		// fprintf(stderr, "[M::%s::k:%lu] [s, e)->[%lu, %lu), dp->%ld\n", __func__, k, s, e, dp);
		if(pos >= s && pos < e) break;
		s = buf->a.a[k]>>1;
        if (buf->a.a[k]&1) --dp;
        else ++dp;
	}

	return dp;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0xe0, %rsp
movb %dl, %al
movq 0x28(%rbp), %rdx
movq 0x20(%rbp), %rdx
movq 0x18(%rbp), %rdx
movq 0x10(%rbp), %rdx
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movb %al, -0x19(%rbp)
movq %rcx, -0x28(%rbp)
movq %r8, -0x30(%rbp)
movq %r9, -0x38(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq $0x0, -0x68(%rbp)
movq $0x0, -0x90(%rbp)
movzbl -0x19(%rbp), %eax
cmpl $0xff, %eax
je 0x119f5
cmpq $-0x1, -0x28(%rbp)
jne 0x120ae
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x28, -0x18(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq $0x0, (%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movl 0x10(%rcx), %ecx
shll %ecx
movl %ecx, %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x11b0c
movq -0x90(%rbp), %rax
movl 0x10(%rax), %eax
shll %eax
movl %eax, %eax
movl %eax, %ecx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
jmp 0x11b0e
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq $0x0, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movl 0x10(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x12097
jmp 0x11b37
movq 0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x11ba8
movq 0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x11b67
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
jmp 0x11b75
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
jmp 0x11b75
movq -0xc0(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rdx
shlq %rdx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rsi
movq (%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, (%rsi)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x11bce
movq 0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x11c3f
movq 0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x11bfe
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
jmp 0x11c0c
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
jmp 0x11c0c
movq -0xc8(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rdx
leaq 0x3b3686(%rip), %rax    # 0x3c52d0
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movq 0x18(%rcx), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rsi
movq (%rcx,%rsi,8), %rcx
shrq $0x21, %rcx
addq (%rax,%rcx,8), %rdx
shlq %rdx
orq $0x1, %rdx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rsi
movq (%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, (%rsi)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x90(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x21, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq $0x0, -0x58(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0xc(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x12069
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
cmpb $0x0, 0x20(%rax)
jne 0x11cee
jmp 0x12058
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
shrq $0x20, %rax
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0xc(%rax), %eax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq 0x20(%rbp), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
cmpb $0x0, (%rax,%rcx)
je 0x11d43
jmp 0x12058
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq -0x30(%rbp), %rcx
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movq (%rcx), %rcx
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movq (%rcx), %rcx
subl %ecx, %eax
movl %eax, %eax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jge 0x11d86
jmp 0x12058
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x14(%rax), %eax
movq -0x30(%rbp), %rcx
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movq (%rcx), %rcx
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
subl 0x10(%rcx), %eax
movl %eax, %eax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jge 0x11dc7
jmp 0x12058
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rdi
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rax
addq %rax, %rdi
leaq 0x3b34eb(%rip), %rax    # 0x3c52d0
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x70(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %esi
leaq 0x3b34d6(%rip), %rax    # 0x3c52d0
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %edx
movq 0x10(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
leaq 0x3b29e3(%rip), %rax    # 0x3c47f8
movss 0x158(%rax), %xmm0
movq -0x38(%rbp), %rax
movl %eax, %r8d
leaq -0xb8(%rbp), %r9
callq 0xe840
cltq
movq %rax, -0xa0(%rbp)
cmpq $-0x3, -0xa0(%rbp)
je 0x11e48
jmp 0x12058
movq -0x90(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x20, %rax
andq $0x1, %rax
cmpq $0x0, %rax
jne 0x11eac
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq %rax, -0x88(%rbp)
jmp 0x11f19
leaq 0x3b341d(%rip), %rax    # 0x3c52d0
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movq (%rcx), %rcx
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
leaq 0x3b33e9(%rip), %rax    # 0x3c52d0
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
imulq $0x18, -0x50(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movq (%rcx), %rcx
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movq (%rcx), %rcx
movl %ecx, %ecx
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
jmp 0x11f1b
movq 0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x11f8c
movq 0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x11f4b
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xd0(%rbp)
jmp 0x11f59
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xd0(%rbp)
jmp 0x11f59
movq -0xd0(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rdx
addq -0x80(%rbp), %rdx
shlq %rdx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rsi
movq (%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, (%rsi)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x11fb6
movq 0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x12027
movq 0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x11fe6
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
jmp 0x11ff4
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
jmp 0x11ff4
movq -0xd8(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rdx
addq -0x88(%rbp), %rdx
shlq %rdx
orq $0x1, %rdx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rsi
movq (%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, (%rsi)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x12058
movq -0x58(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x11cb0
movq -0x90(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %eax
addq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x11b1e
movq 0x28(%rbp), %rdi
xorl %esi, %esi
callq 0xcd080
movl $0x0, -0x4(%rbp)
jmp 0x121b1
cmpb $0x0, -0x19(%rbp)
je 0x120dc
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x28, -0x18(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
subq -0x28(%rbp), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq $0x0, -0x40(%rbp)
movq $0x0, -0x98(%rbp)
movq $0x0, -0x68(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
jae 0x121a7
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq -0x60(%rbp), %rax
jb 0x1213d
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq -0x68(%rbp), %rax
jae 0x1213d
jmp 0x121a7
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
andq $0x1, %rax
cmpq $0x0, %rax
je 0x12182
movq -0x98(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
jmp 0x12194
movq -0x98(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
jmp 0x12196
movq -0x40(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x120ff
movq -0x98(%rbp), %rax
movl %eax, -0x4(%rbp)
movl -0x4(%rbp), %eax
addq $0xe0, %rsp
popq %rbp
retq
nopl (%rax)