// File: chhylp123[P]hifiasm/ecovlp.cpp
// Function: flip_paf_rc(unsigned long, ma_hit_t_alloc*, All_reads*)
void flip_paf_rc(uint64_t rid, ma_hit_t_alloc *paf, All_reads *rref)
{
    ma_hit_t *z; uint64_t k, m; int64_t ql = Get_READ_LENGTH((*rref), rid), tl, qs, qe, ts, te;
    for (k = m = 0; k < paf->length; k++) {
        z = &(paf->buffer[k]); tl = Get_READ_LENGTH((*rref), z->tn);
        qs = (uint32_t)z->qns; if(qs < 0) qs = 0; if(qs > ql) qs = ql;
        qe = z->qe; if(qe < 0) qe = 0; if(qe > ql) qe = ql;
        ts = z->ts; if(ts < 0) ts = 0; if(ts > tl) ts = tl;
        te = z->te; if(te < 0) te = 0; if(te > tl) te = tl;
        if(qe > qs && te > ts) {
            z->qns >>= 32; z->qns <<= 32;  
            z->qns |= ((uint64_t)(ql - qe));
            z->qe = ql - qs;
            z->ts = tl - te;
            z->te = tl - ts;
            paf->buffer[m++] = *z;
        }
    }
    paf->length = m;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x60, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq $0x0, -0x30(%rbp)
movq $0x0, -0x28(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movl 0xc(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x25b1b3
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x28, -0x28(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movl 0xc(%rcx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x48(%rbp)
cmpq $0x0, -0x48(%rbp)
jge 0x25b062
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jle 0x25b074
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq %rax, -0x50(%rbp)
cmpq $0x0, -0x50(%rbp)
jge 0x25b08e
movq $0x0, -0x50(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jle 0x25b0a0
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movl 0x10(%rax), %eax
movq %rax, -0x58(%rbp)
cmpq $0x0, -0x58(%rbp)
jge 0x25b0ba
movq $0x0, -0x58(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
cmpq -0x40(%rbp), %rax
jle 0x25b0cc
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movl 0x14(%rax), %eax
movq %rax, -0x60(%rbp)
cmpq $0x0, -0x60(%rbp)
jge 0x25b0e6
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
cmpq -0x40(%rbp), %rax
jle 0x25b0f8
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jle 0x25b1a0
movq -0x60(%rbp), %rax
cmpq -0x58(%rbp), %rax
jle 0x25b1a0
movq -0x20(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
shrq $0x20, %rcx
movq %rcx, (%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
shlq $0x20, %rcx
movq %rcx, (%rax)
movq -0x38(%rbp), %rcx
subq -0x50(%rbp), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq (%rax), %rcx
movq %rcx, (%rax)
movq -0x38(%rbp), %rax
subq -0x48(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x20(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x8(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
subq -0x60(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x20(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x10(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
subq -0x58(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x20(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x14(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rsi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, -0x30(%rbp)
imulq $0x28, %rax, %rax
addq %rax, %rdi
movl $0x28, %edx
callq 0x2180
jmp 0x25b1a2
movq -0x28(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
jmp 0x25b008
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x10(%rbp), %rax
movl %ecx, 0xc(%rax)
addq $0x60, %rsp
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)