// File: chhylp123[P]hifiasm/Correct.cpp
// Function: gen_sub_ov_cigar(ul_idx_t const*, unsigned long, overlap_region*, double, kv_ul_ov_t*)
uint64_t gen_sub_ov_cigar(const ul_idx_t *udb, uint64_t ql, overlap_region* o, double o_rate, kv_ul_ov_t *res)
{
	uint64_t ts, te, i, l, tl, id = o->y_id, rn = res->n, s, e, rev = o->y_pos_strand; utg_ct_t p; 
    ma_utg_t *u = &(udb->ug->u.a[id]); ul_ov_t rr; int64_t wn, k;

    wn = o->w_list.n; tl = u->len;
    for (k = 0; (k < wn) && (is_ualn_win(o->w_list.a[k])); k++);
    if(k >= wn) return 0;
    if(!rev) {
        ts = o->w_list.a[k].x_start;
    } else {
        te = tl-o->w_list.a[k].x_start;
    }
    for (k = wn-1; (k >= 0) && (is_ualn_win(o->w_list.a[k])); k--);
    if(k < 0) return 0;
    if(!rev) {
        te = o->w_list.a[k].x_end+1;
    } else {
        ts = tl-o->w_list.a[k].x_end-1;
    }
    if(ts >= te) return 0;///[ts, te)
    

    for (i = l = 0; i < u->n; i++) {
        p.x = u->a[i]>>32; s = l; e = l + Get_READ_LENGTH(R_INF, (u->a[i]>>33));
        l += (uint32_t)u->a[i];
        if(e <= ts) continue; if(s >= te) break;
        if(!rev) {
            p.s = s; p.e = e;
        }
        else {
            p.s = tl - e; p.e = tl - s;
        }

        if(get_win_off(ql, &p, o, o_rate, &rr)) {
            rr.el = 0; kv_push(ul_ov_t, *res, rr);
        }
    }
    return res->n-rn;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0xe0, %rsp
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movsd %xmm0, -0x28(%rbp)
movq %rcx, -0x30(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movl 0x10(%rax), %eax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movl 0x1c(%rax), %eax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x28, -0x60(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
movq -0x98(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq $0x0, -0xc8(%rbp)
movq -0xc8(%rbp), %rcx
xorl %eax, %eax
cmpq -0xc0(%rbp), %rcx
movb %al, -0xc9(%rbp)
jge 0x8c856
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x14(%rax), %ecx
xorl %eax, %eax
cmpl $0x7fff, %ecx           # imm = 0x7FFF
movb %al, -0xca(%rbp)
jne 0x8c84a
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rcx
movq -0xc8(%rbp), %rax
shlq $0x5, %rax
addq %rax, %rcx
xorl %eax, %eax
cmpl $0x0, 0x1c(%rcx)
movb %al, -0xca(%rbp)
jne 0x8c84a
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x12(%rax), %eax
cmpl $0x0, %eax
setl %al
movb %al, -0xca(%rbp)
movb -0xca(%rbp), %al
movb %al, -0xc9(%rbp)
movb -0xc9(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x8c862
jmp 0x8c87b
jmp 0x8c864
movq -0xc8(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
jmp 0x8c7ba
movq -0xc8(%rbp), %rax
cmpq -0xc0(%rbp), %rax
jl 0x8c898
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x8cc39
cmpq $0x0, -0x80(%rbp)
jne 0x8c8be
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0x8c8e2
movq -0x58(%rbp), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x58(%rcx), %rcx
movq -0xc8(%rbp), %rdx
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rcx
movslq (%rcx), %rcx
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0xc0(%rbp), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
xorl %eax, %eax
cmpq $0x0, -0xc8(%rbp)
movb %al, -0xcb(%rbp)
jl 0x8c98a
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x14(%rax), %ecx
xorl %eax, %eax
cmpl $0x7fff, %ecx           # imm = 0x7FFF
movb %al, -0xcc(%rbp)
jne 0x8c97e
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rcx
movq -0xc8(%rbp), %rax
shlq $0x5, %rax
addq %rax, %rcx
xorl %eax, %eax
cmpl $0x0, 0x1c(%rcx)
movb %al, -0xcc(%rbp)
jne 0x8c97e
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x12(%rax), %eax
cmpl $0x0, %eax
setl %al
movb %al, -0xcc(%rbp)
movb -0xcc(%rbp), %al
movb %al, -0xcb(%rbp)
movb -0xcb(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x8c996
jmp 0x8c9af
jmp 0x8c998
movq -0xc8(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
jmp 0x8c8f4
cmpq $0x0, -0xc8(%rbp)
jge 0x8c9c6
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x8cc39
cmpq $0x0, -0x80(%rbp)
jne 0x8c9f1
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
cltq
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x8ca1a
movq -0x58(%rbp), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x58(%rcx), %rcx
movq -0xc8(%rbp), %rdx
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
subq %rcx, %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
cmpq -0x40(%rbp), %rax
jb 0x8ca31
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x8cc39
movq $0x0, -0x50(%rbp)
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x98(%rbp), %rcx
movl 0x10(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x8cc29
movq -0x98(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x20, %rax
movl %eax, -0x8c(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
leaq 0x338848(%rip), %rcx    # 0x3c52d0
movq 0x18(%rcx), %rcx
movq -0x98(%rbp), %rdx
movq 0x18(%rdx), %rdx
movq -0x48(%rbp), %rsi
movq (%rdx,%rsi,8), %rdx
shrq $0x21, %rdx
addq (%rcx,%rdx,8), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq -0x98(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %eax
addq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x78(%rbp), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
ja 0x8cad7
jmp 0x8cc18
movq -0x70(%rbp), %rax
cmpq -0x40(%rbp), %rax
jb 0x8cae6
jmp 0x8cc29
cmpq $0x0, -0x80(%rbp)
jne 0x8cb03
movq -0x70(%rbp), %rax
movl %eax, -0x88(%rbp)
movq -0x78(%rbp), %rax
movl %eax, -0x84(%rbp)
jmp 0x8cb1f
movq -0x58(%rbp), %rax
subq -0x78(%rbp), %rax
movl %eax, -0x88(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
subq -0x70(%rbp), %rax
movl %eax, -0x84(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rdx
movsd -0x28(%rbp), %xmm0
leaq -0x8c(%rbp), %rsi
leaq -0xb4(%rbp), %rcx
callq 0x8c2e0
cmpq $0x0, %rax
je 0x8cc16
movl -0x9c(%rbp), %eax
andl $0xbfffffff, %eax       # imm = 0xBFFFFFFF
orl $0x0, %eax
movl %eax, -0x9c(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jne 0x8cbca
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x10(%rax)
je 0x8cb8e
movq -0x30(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
jmp 0x8cb9c
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
jmp 0x8cb9c
movq -0xd8(%rbp), %rcx
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x1c, 0x10(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rdx
movq 0x8(%rdx), %rcx
movq %rcx, %rsi
addq $0x1, %rsi
movq %rsi, 0x8(%rdx)
imulq $0x1c, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq -0xb4(%rbp), %rcx
movq %rcx, (%rax)
movq -0xac(%rbp), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0xa4(%rbp), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movl -0x9c(%rbp), %ecx
movl %ecx, 0x18(%rax)
jmp 0x8cc16
jmp 0x8cc18
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x8ca41
movq -0x30(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
subq -0x68(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
addq $0xe0, %rsp
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)