// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/josch[P]stride/helix.c
// Function: Helix
void Helix(CHAIN **Chain, int Cn, HBOND **HBond, COMMAND *Cmd, float **PhiPsiMap)
{

  int BondNumb, i;
  float *Prob, CONST;
  RESIDUE **r;

  CONST = 1+Cmd->C1_H;

  Prob = (float *)ckalloc(MAX_RES*sizeof(float));

  for( i=0; i<Chain[Cn]->NRes; i++ )
    Prob[i] = 0.0; 


  for( i=0; i<Chain[Cn]->NRes-5; i++ ) {

    r = &Chain[Cn]->Rsd[i];

    if( r[0]->Prop->PhiZn != ERR && r[0]->Prop->PsiZn != ERR &&
        r[1]->Prop->PhiZn != ERR && r[1]->Prop->PsiZn != ERR &&
        r[2]->Prop->PhiZn != ERR && r[2]->Prop->PsiZn != ERR &&
        r[3]->Prop->PhiZn != ERR && r[3]->Prop->PsiZn != ERR &&
        r[4]->Prop->PhiZn != ERR && r[4]->Prop->PsiZn != ERR ) {

      if( (BondNumb = FindPolInt(HBond,r[4],r[0])) != ERR ) {
	Prob[i] = HBond[BondNumb]->Energy*(CONST+Cmd->C2_H*
	    0.5*(PhiPsiMap[r[0]->Prop->PhiZn][r[0]->Prop->PsiZn]+
		 PhiPsiMap[r[4]->Prop->PhiZn][r[4]->Prop->PsiZn]));

      }
    }
  }
  
  for( i=0; i<Chain[Cn]->NRes-5; i++ ) {

    if( Prob[i] < Cmd->Treshold_H1 && Prob[i+1] < Cmd->Treshold_H1 ) {

      r = &Chain[Cn]->Rsd[i];

      r[1]->Prop->Asn = 'H'; 
      r[2]->Prop->Asn = 'H'; 
      r[3]->Prop->Asn = 'H'; 
      r[4]->Prop->Asn = 'H';
      if( r[0]->Prop->PhiZn!= ERR && r[0]->Prop->PsiZn != ERR &&
	  PhiPsiMap[r[0]->Prop->PhiZn][r[0]->Prop->PsiZn] > Cmd->Treshold_H3 )
	r[0]->Prop->Asn = 'H';
      if( r[5]->Prop->PhiZn != ERR && r[5]->Prop->PsiZn != ERR &&
	  PhiPsiMap[r[5]->Prop->PhiZn][r[5]->Prop->PsiZn] > Cmd->Treshold_H4 )
	r[5]->Prop->Asn = 'H';
    }
  }

  for( i=0; i<Chain[Cn]->NRes-4; i++ ) {

    r = &Chain[Cn]->Rsd[i];

    if(  FindBnd(HBond,r[3],r[0]) != ERR && FindBnd(HBond,r[4],r[1]) != ERR &&
       /*************************** This should be improved **************************/
         ( (r[1]->Prop->Asn != 'H' && r[2]->Prop->Asn != 'H') ||
	   (r[2]->Prop->Asn != 'H' && r[3]->Prop->Asn != 'H') ) ) 
       /******************************************************************************/
      {
	r[1]->Prop->Asn = 'G'; 
	r[2]->Prop->Asn = 'G'; 
	r[3]->Prop->Asn = 'G'; 
      }
  }

  for( i=0; i<Chain[Cn]->NRes-6; i++ ) {

    r = &Chain[Cn]->Rsd[i];

    if( FindBnd(HBond,r[5],r[0]) != ERR && FindBnd(HBond,r[6],r[1]) != ERR &&
        r[1]->Prop->Asn == 'C' && r[2]->Prop->Asn == 'C' && 
        r[3]->Prop->Asn == 'C' && r[4]->Prop->Asn == 'C' && 
        r[5]->Prop->Asn == 'C' ) {
      r[1]->Prop->Asn = 'I'; 
      r[2]->Prop->Asn = 'I';
      r[3]->Prop->Asn = 'I'; 
      r[4]->Prop->Asn = 'I'; 
      r[5]->Prop->Asn = 'I'; 
    }
  }

  if( Cmd->Info ) {
    fprintf(stdout,"%s%c\n",Chain[Cn]->File,Chain[Cn]->Id);

    for( i=0; i<Chain[Cn]->NRes-4; i++ ) {

      r = &Chain[Cn]->Rsd[i];

      if( r[0]->Prop->PhiZn != ERR && r[0]->Prop->PsiZn != ERR &&
	  r[4]->Prop->PhiZn != ERR && r[4]->Prop->PsiZn != ERR ) {
	
	fprintf(stdout,"%s (%d) %c %10.7f %8.5f %8.5f | %4d %4d\n",
		r[0]->PDB_ResNumb,i,r[0]->Prop->Asn,Prob[i],
		PhiPsiMap[r[0]->Prop->PhiZn][r[0]->Prop->PsiZn],
		PhiPsiMap[r[4]->Prop->PhiZn][r[4]->Prop->PsiZn],
		r[4]->Prop->PhiZn,r[4]->Prop->PsiZn);
      }
    }
  }
  free(Prob);
}

// Assembly:
subq $0x58, %rsp
movq %rdi, 0x50(%rsp)
movl %esi, 0x4c(%rsp)
movq %rdx, 0x40(%rsp)
movq %rcx, 0x38(%rsp)
movq %r8, 0x30(%rsp)
movq 0x38(%rsp), %rax
movss 0x232df(%rip), %xmm0    # 0x2b028
addss 0x1d38(%rax), %xmm0
movss %xmm0, 0x1c(%rsp)
movl $0x13880, %edi          # imm = 0x13880
callq 0x7360
movq %rax, 0x20(%rsp)
movl $0x0, 0x28(%rsp)
movl 0x28(%rsp), %eax
movq 0x50(%rsp), %rcx
movslq 0x4c(%rsp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jge 0x7da3
movq 0x20(%rsp), %rax
movslq 0x28(%rsp), %rcx
xorps %xmm0, %xmm0
movss %xmm0, (%rax,%rcx,4)
movl 0x28(%rsp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, 0x28(%rsp)
jmp 0x7d6e
movl $0x0, 0x28(%rsp)
movl 0x28(%rsp), %eax
movq 0x50(%rsp), %rcx
movslq 0x4c(%rsp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movl (%rcx), %ecx
subl $0x5, %ecx
cmpl %ecx, %eax
jge 0x7ff6
movq 0x50(%rsp), %rax
movslq 0x4c(%rsp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x68(%rax), %rax
movslq 0x28(%rsp), %rcx
shlq $0x3, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x7fe4
movq 0x10(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0x10(%rax)
je 0x7fe4
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x7fe4
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0x10(%rax)
je 0x7fe4
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x7fe4
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0x10(%rax)
je 0x7fe4
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x7fe4
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0x10(%rax)
je 0x7fe4
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x7fe4
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0x10(%rax)
je 0x7fe4
movq 0x40(%rsp), %rdi
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x20(%rax), %rsi
movq 0x10(%rsp), %rax
movq (%rax), %rdx
callq 0x10860
movl %eax, 0x2c(%rsp)
cmpl $-0x1, %eax
je 0x7fe2
movq 0x40(%rsp), %rax
movslq 0x2c(%rsp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movss 0x1c(%rax), %xmm0
cvtss2sd %xmm0, %xmm0
movss 0x1c(%rsp), %xmm1
cvtss2sd %xmm1, %xmm2
movq 0x38(%rsp), %rax
movss 0x1d3c(%rax), %xmm1
cvtss2sd %xmm1, %xmm1
movsd 0x23bb7(%rip), %xmm3    # 0x2bb08
mulsd %xmm3, %xmm1
movq 0x30(%rsp), %rax
movq 0x10(%rsp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
movq 0x768(%rcx), %rcx
movslq 0xc(%rcx), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x10(%rsp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
movq 0x768(%rcx), %rcx
movslq 0x10(%rcx), %rcx
movss (%rax,%rcx,4), %xmm3
movq 0x30(%rsp), %rax
movq 0x10(%rsp), %rcx
movq 0x20(%rcx), %rcx
movq 0x768(%rcx), %rcx
movslq 0xc(%rcx), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x10(%rsp), %rcx
movq 0x20(%rcx), %rcx
movq 0x768(%rcx), %rcx
movslq 0x10(%rcx), %rcx
addss (%rax,%rcx,4), %xmm3
cvtss2sd %xmm3, %xmm3
mulsd %xmm3, %xmm1
addsd %xmm2, %xmm1
mulsd %xmm1, %xmm0
cvtsd2ss %xmm0, %xmm0
movq 0x20(%rsp), %rax
movslq 0x28(%rsp), %rcx
movss %xmm0, (%rax,%rcx,4)
jmp 0x7fe4
jmp 0x7fe6
movl 0x28(%rsp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, 0x28(%rsp)
jmp 0x7dab
movl $0x0, 0x28(%rsp)
movl 0x28(%rsp), %eax
movq 0x50(%rsp), %rcx
movslq 0x4c(%rsp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movl (%rcx), %ecx
subl $0x5, %ecx
cmpl %ecx, %eax
jge 0x81f6
movq 0x20(%rsp), %rax
movslq 0x28(%rsp), %rcx
movss (%rax,%rcx,4), %xmm1
movq 0x38(%rsp), %rax
movss 0x1d10(%rax), %xmm0
ucomiss %xmm1, %xmm0
jbe 0x81e4
movq 0x20(%rsp), %rax
movl 0x28(%rsp), %ecx
addl $0x1, %ecx
movslq %ecx, %rcx
movss (%rax,%rcx,4), %xmm1
movq 0x38(%rsp), %rax
movss 0x1d10(%rax), %xmm0
ucomiss %xmm1, %xmm0
jbe 0x81e4
movq 0x50(%rsp), %rax
movslq 0x4c(%rsp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x68(%rax), %rax
movslq 0x28(%rsp), %rcx
shlq $0x3, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x48, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x48, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x48, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x48, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x815e
movq 0x10(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0x10(%rax)
je 0x815e
movq 0x30(%rsp), %rax
movq 0x10(%rsp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
movq 0x768(%rcx), %rcx
movslq 0xc(%rcx), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x10(%rsp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
movq 0x768(%rcx), %rcx
movslq 0x10(%rcx), %rcx
movss (%rax,%rcx,4), %xmm0
movq 0x38(%rsp), %rax
ucomiss 0x1d18(%rax), %xmm0
jbe 0x815e
movq 0x10(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x48, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x81e2
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0x10(%rax)
je 0x81e2
movq 0x30(%rsp), %rax
movq 0x10(%rsp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movq 0x768(%rcx), %rcx
movslq 0xc(%rcx), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x10(%rsp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movq 0x768(%rcx), %rcx
movslq 0x10(%rcx), %rcx
movss (%rax,%rcx,4), %xmm0
movq 0x38(%rsp), %rax
ucomiss 0x1d1c(%rax), %xmm0
jbe 0x81e2
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x48, 0x1c(%rax)
jmp 0x81e4
jmp 0x81e6
movl 0x28(%rsp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, 0x28(%rsp)
jmp 0x7ffe
movl $0x0, 0x28(%rsp)
movl 0x28(%rsp), %eax
movq 0x50(%rsp), %rcx
movslq 0x4c(%rsp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movl (%rcx), %ecx
subl $0x4, %ecx
cmpl %ecx, %eax
jge 0x833b
movq 0x50(%rsp), %rax
movslq 0x4c(%rsp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x68(%rax), %rax
movslq 0x28(%rsp), %rcx
shlq $0x3, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq 0x40(%rsp), %rdi
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rsi
movq 0x10(%rsp), %rax
movq (%rax), %rdx
callq 0x10950
cmpl $-0x1, %eax
je 0x8329
movq 0x40(%rsp), %rdi
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x20(%rax), %rsi
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdx
callq 0x10950
cmpl $-0x1, %eax
je 0x8329
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movsbl 0x1c(%rax), %eax
cmpl $0x48, %eax
je 0x82bb
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movsbl 0x1c(%rax), %eax
cmpl $0x48, %eax
jne 0x82ed
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movsbl 0x1c(%rax), %eax
cmpl $0x48, %eax
je 0x8329
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movsbl 0x1c(%rax), %eax
cmpl $0x48, %eax
je 0x8329
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x47, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x47, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x47, 0x1c(%rax)
jmp 0x832b
movl 0x28(%rsp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, 0x28(%rsp)
jmp 0x81fe
movl $0x0, 0x28(%rsp)
movl 0x28(%rsp), %eax
movq 0x50(%rsp), %rcx
movslq 0x4c(%rsp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movl (%rcx), %ecx
subl $0x6, %ecx
cmpl %ecx, %eax
jge 0x84cd
movq 0x50(%rsp), %rax
movslq 0x4c(%rsp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x68(%rax), %rax
movslq 0x28(%rsp), %rcx
shlq $0x3, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq 0x40(%rsp), %rdi
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rsi
movq 0x10(%rsp), %rax
movq (%rax), %rdx
callq 0x10950
cmpl $-0x1, %eax
je 0x84bb
movq 0x40(%rsp), %rdi
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x30(%rax), %rsi
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdx
callq 0x10950
cmpl $-0x1, %eax
je 0x84bb
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movsbl 0x1c(%rax), %eax
cmpl $0x43, %eax
jne 0x84bb
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movsbl 0x1c(%rax), %eax
cmpl $0x43, %eax
jne 0x84bb
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movsbl 0x1c(%rax), %eax
cmpl $0x43, %eax
jne 0x84bb
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movsbl 0x1c(%rax), %eax
cmpl $0x43, %eax
jne 0x84bb
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movsbl 0x1c(%rax), %eax
cmpl $0x43, %eax
jne 0x84bb
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x49, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x49, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x49, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x49, 0x1c(%rax)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
movb $0x49, 0x1c(%rax)
jmp 0x84bd
movl 0x28(%rsp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, 0x28(%rsp)
jmp 0x8343
movq 0x38(%rsp), %rax
cmpl $0x0, 0x1d60(%rax)
je 0x86ca
movq 0x27af2(%rip), %rax     # 0x2ffd8
movq (%rax), %rdi
movq 0x50(%rsp), %rax
movslq 0x4c(%rsp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x48(%rax), %rdx
movq 0x50(%rsp), %rax
movslq 0x4c(%rsp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movsbl 0x40(%rax), %ecx
leaq 0x2462f(%rip), %rsi     # 0x2cb43
movb $0x0, %al
callq 0x2140
movl $0x0, 0x28(%rsp)
movl 0x28(%rsp), %eax
movq 0x50(%rsp), %rcx
movslq 0x4c(%rsp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movl (%rcx), %ecx
subl $0x4, %ecx
cmpl %ecx, %eax
jge 0x86c8
movq 0x50(%rsp), %rax
movslq 0x4c(%rsp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x68(%rax), %rax
movslq 0x28(%rsp), %rcx
shlq $0x3, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq 0x10(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x86b6
movq 0x10(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x768(%rax), %rax
cmpl $-0x1, 0x10(%rax)
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