// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/c-zhou[P]oatk/syncmer.c
// Function: sr_read
void sr_read(sstream_t *s_stream, sr_db_t *sr_db, size_t mD, int n_threads)
{
    if (n_threads == 1) {
        sr_read_single_thread(s_stream, sr_db, mD);
        return;
    }

    sr_db_clean(sr_db);
    sr_db_init(sr_db, sr_db->k, sr_db->s);
    
    if (mD == 0)
        mD = SIZE_MAX;

    p_data_t *dat;
    int t;
    uint64_t batch_n;
    MYCALLOC(dat, n_threads);
    batch_n = 10000;
    for (t = 0; t < n_threads; ++t) {
        dat[t].n_reads = 0;
        MYMALLOC(dat[t].sid, batch_n);
        MYMALLOC(dat[t].name, batch_n);
        MYMALLOC(dat[t].seq, batch_n);
        MYMALLOC(dat[t].len, batch_n);
        MYMALLOC(dat[t].sr_db, 1);
        sr_db_init(dat[t].sr_db, sr_db->k, sr_db->s);
        kv_resize(sr_t, *dat[t].sr_db, batch_n);
    }

    pthread_t threads[n_threads];
    int l;
    uint64_t i, j, n;
    size_t D;
    i = j = n = 0;
    D = 0;
    while ((l = sstream_read(s_stream)) >= 0) {
        t = j / batch_n;
        n = dat[t].n_reads;
        dat[t].sid[n] = i;
        dat[t].name[n] = strdup(s_stream->s->ks->name.s);
        dat[t].seq[n] = strdup(s_stream->s->ks->seq.s);
        dat[t].len[n] = l;
        dat[t].n_reads++;

        ++i, ++j;
        if (j == batch_n * n_threads) {
            do_analysis(dat, threads, n_threads, sr_db);
            j = 0;
        }

        D += l;
        if (D >= mD) {
            fprintf(stderr, "[M::%s] data limit (%lu) reached. Discard the remaining sequences...\n", __func__, mD);
            break;
        }
    }
    if (j > 0) do_analysis(dat, threads, n_threads, sr_db);

    for (t = 0; t < n_threads; ++t) {
        free(dat[t].sid);
        free(dat[t].name);
        free(dat[t].seq);
        free(dat[t].len);
        free(dat[t].sr_db->a);
        free(dat[t].sr_db);
    }
    free(dat);

    return;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x80, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movl %ecx, -0x1c(%rbp)
cmpl $0x1, -0x1c(%rbp)
jne 0x11a56
movq -0x8(%rbp), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rsi
movq -0x18(%rbp), %rdx
callq 0x12030
jmp 0x12022
movq -0x10(%rbp), %rdi
callq 0x12210
movq -0x10(%rbp), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %esi
movq -0x10(%rbp), %rax
movl 0x1c(%rax), %edx
callq 0x12280
cmpq $0x0, -0x18(%rbp)
jne 0x11a85
movq $-0x1, -0x18(%rbp)
movslq -0x1c(%rbp), %rdi
movl $0x30, %esi
callq 0x2250
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq $0x2710, -0x38(%rbp)    # imm = 0x2710
movl $0x0, -0x2c(%rbp)
movl -0x2c(%rbp), %eax
cmpl -0x1c(%rbp), %eax
jge 0x11d80
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movl $0x0, (%rax)
movq -0x38(%rbp), %rdi
shlq $0x3, %rdi
callq 0x2320
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x38(%rbp), %rdi
shlq $0x3, %rdi
callq 0x2320
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x38(%rbp), %rdi
shlq $0x3, %rdi
callq 0x2320
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x38(%rbp), %rdi
shlq $0x2, %rdi
callq 0x2320
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movl $0x28, %edi
callq 0x2320
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %esi
movq -0x10(%rbp), %rax
movl 0x1c(%rax), %edx
callq 0x12280
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jae 0x11d6e
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
imulq $0x58, 0x8(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x30, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
jmp 0x11d70
jmp 0x11d72
movl -0x2c(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x2c(%rbp)
jmp 0x11aa6
movl -0x1c(%rbp), %eax
movq %rsp, %rcx
movq %rcx, -0x40(%rbp)
leaq 0xf(,%rax,8), %rdx
andq $-0x10, %rdx
movq %rsp, %rcx
subq %rdx, %rcx
movq %rcx, -0x78(%rbp)
movq %rcx, %rsp
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq $0x0, -0x68(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq $0x0, -0x58(%rbp)
movq $0x0, -0x70(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rdi
callq 0x284f0
movl %eax, -0x4c(%rbp)
cmpl $0x0, %eax
jl 0x11f42
movq -0x60(%rbp), %rax
xorl %ecx, %ecx
movl %ecx, %edx
divq -0x38(%rbp)
movl %eax, -0x2c(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
callq 0x24b0
movq %rax, %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x40(%rax), %rdi
callq 0x24b0
movq %rax, %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movl -0x4c(%rbp), %edx
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
movl %edx, (%rax,%rcx,4)
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %ecx
addl $0x1, %ecx
movl %ecx, (%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movslq -0x1c(%rbp), %rdx
imulq %rdx, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jne 0x11f02
movq -0x78(%rbp), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rdi
movl -0x1c(%rbp), %edx
movq -0x10(%rbp), %rcx
callq 0x122e0
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movslq -0x4c(%rbp), %rax
addq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x70(%rbp), %rax
cmpq -0x18(%rbp), %rax
jb 0x11f3d
movq 0x220d9(%rip), %rax     # 0x33ff8
movq (%rax), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rcx
leaq 0x1c02b(%rip), %rsi     # 0x2df58
leaq 0x1c06a(%rip), %rdx     # 0x2df9e
movb $0x0, %al
callq 0x2290
jmp 0x11f42
jmp 0x11dc7
cmpq $0x0, -0x60(%rbp)
jbe 0x11f5d
movq -0x78(%rbp), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rdi
movl -0x1c(%rbp), %edx
movq -0x10(%rbp), %rcx
callq 0x122e0
movl $0x0, -0x2c(%rbp)
movl -0x2c(%rbp), %eax
cmpl -0x1c(%rbp), %eax
jge 0x12012
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
callq 0x2060
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
callq 0x2060
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x18(%rax), %rdi
callq 0x2060
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x20(%rax), %rdi
callq 0x2060
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
callq 0x2060
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
callq 0x2060
movl -0x2c(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x2c(%rbp)
jmp 0x11f64
movq -0x28(%rbp), %rdi
callq 0x2060
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, %rsp
movq %rbp, %rsp
popq %rbp
retq
nopw (%rax,%rax)