// File: chhylp123[P]hifiasm/Correct.cpp
// Function: gen_rphase_dp0_multiple_path(SnpStats*, long, haplotype_evdience*, Chain_Data*, asg64_v*, asg64_v*)
void gen_rphase_dp0_multiple_path(SnpStats *a, int64_t an, haplotype_evdience *za, Chain_Data *dp, asg64_v *idx, asg64_v *res)
{
    if(an <= 0) return;
    int64_t *p, *t, i, k, j, max_f, sc, ch_n, plus = 0, rn; int32_t *f, *ii; uint64_t m;
    resize_Chain_Data(dp, an, NULL); idx->n = res->n = 0;
    t = dp->tmp; f = dp->score; p = dp->pre; ii = dp->occ;

    for (i = 0; i < an; ++i) {
        max_f = 1; ch_n = idx->n;
        for (j = i - 1; j >= 0; --j) {
            sc = comput_sc_rphase(&a[i], i, &a[j], j, za, 0);
            if (sc == INT64_MIN) continue;
            sc += f[j];
            if (sc > max_f) {
                max_f = sc; 
                idx->n = ch_n; kv_push(uint64_t, *idx, j);
            } else if (sc == max_f) {
                kv_push(uint64_t, *idx, j);
            }
        }

        f[i] = max_f; p[i] = idx->n; ii[i] = 0;
        if(f[i] < plus) plus = f[i];
    }
    ch_n = idx->n;

    for (i = 0; i < an; i++) {
        f[i] -= plus;
        m = f[i]; m = ((uint32_t)-1) - m; m <<= 32; m |= i;
        kv_push(uint64_t, *idx, m);
    }
    radix_sort_bc64(idx->a + ch_n, idx->a + idx->n);

    for (i = 0; i < an; i++) {///idx->a:: [0, ch_n) -> tree; [ch_n, ch_n + an) -> sort; [ch_n + an, -1) -> path
        k = (uint32_t)idx->a[ch_n + i];
        if(ii[k]) continue;
        gen_rphase_path(idx, p, ii, t, k, res);
    }

    rn = res->n;
    for (k = 1, i = 0; k <= rn; k++) {
        if(k == rn || (res->a[i]>>32) != (res->a[k]>>32)) {
            if(k - i > 0) {
                fprintf(stderr, "\n[M::%s]\tcnt::%lu\n", __func__, k - i);
                for (j = i; j < k; j++) {
                    fprintf(stderr, "pos::%u\n", a[(uint32_t)res->a[j]].site);
                    // if(k - i == 2) {
                    //     dbg_prt_rphase_vec(&(a[(uint32_t)res->a[j]]), (uint32_t)res->a[j], za);
                    // }
                }
            }
            i = k;
        }
    }
    
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0xb0, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq %rcx, -0x20(%rbp)
movq %r8, -0x28(%rbp)
movq %r9, -0x30(%rbp)
cmpq $0x0, -0x10(%rbp)
jg 0x4467f
jmp 0x44c42
movq $0x0, -0x78(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rsi
xorl %eax, %eax
movl %eax, %edx
callq 0x226f0
movq -0x30(%rbp), %rax
movq $0x0, (%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq $0x0, (%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x10(%rbp), %rax
jge 0x44966
movq $0x1, -0x60(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
cmpq $0x0, -0x58(%rbp)
jl 0x448f2
movq -0x8(%rbp), %rdi
imulq $0x28, -0x48(%rbp), %rax
addq %rax, %rdi
movq -0x48(%rbp), %rsi
movq -0x8(%rbp), %rdx
imulq $0x28, -0x58(%rbp), %rax
addq %rax, %rdx
movq -0x58(%rbp), %rcx
movq -0x18(%rbp), %r8
xorl %eax, %eax
movl %eax, %r9d
callq 0xa1fa0
movq %rax, -0x68(%rbp)
movabsq $-0x8000000000000000, %rax # imm = 0x8000000000000000
cmpq %rax, -0x68(%rbp)
jne 0x4476a
jmp 0x448e1
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x58(%rbp), %rcx
movslq (%rax,%rcx,4), %rax
addq -0x68(%rbp), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rax
cmpq -0x60(%rbp), %rax
jle 0x44839
movq -0x68(%rbp), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x70(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x44813
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x447d2
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
jmp 0x447e0
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
jmp 0x447e0
movq -0xa0(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rsi
movq (%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, (%rsi)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x448df
movq -0x68(%rbp), %rax
cmpq -0x60(%rbp), %rax
jne 0x448dd
jmp 0x44849
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x448ba
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x44879
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
jmp 0x44887
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
jmp 0x44887
movq -0xa8(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rsi
movq (%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, (%rsi)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x448dd
jmp 0x448df
jmp 0x448e1
movq -0x58(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x44718
movq -0x60(%rbp), %rax
movl %eax, %edx
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movl %edx, (%rax,%rcx,4)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdx
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x90(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movl $0x0, (%rax,%rcx,4)
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movslq (%rax,%rcx,4), %rax
cmpq -0x78(%rbp), %rax
jge 0x44953
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movslq (%rax,%rcx,4), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x44955
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x446eb
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x10(%rbp), %rax
jge 0x44a95
movq -0x78(%rbp), %rsi
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movslq (%rax,%rcx,4), %rdx
subq %rsi, %rdx
movl %edx, (%rax,%rcx,4)
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movslq (%rax,%rcx,4), %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movl $0xffffffff, %eax       # imm = 0xFFFFFFFF
subq -0x98(%rbp), %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x98(%rbp), %rax
shlq $0x20, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
orq -0x98(%rbp), %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x44a5e
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x44a1d
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xb0(%rbp)
jmp 0x44a2b
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xb0(%rbp)
jmp 0x44a2b
movq -0xb0(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x98(%rbp), %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rsi
movq (%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, (%rsi)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x44a84
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x44979
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x70(%rbp), %rax
shlq $0x3, %rax
addq %rax, %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
shlq $0x3, %rax
addq %rax, %rsi
callq 0x2da20
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x10(%rbp), %rax
jge 0x44b30
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x70(%rbp), %rcx
addq -0x48(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
cmpl $0x0, (%rax,%rcx,4)
je 0x44b02
jmp 0x44b22
movq -0x28(%rbp), %rdi
movq -0x38(%rbp), %rsi
movq -0x90(%rbp), %rdx
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq -0x50(%rbp), %r8
movq -0x30(%rbp), %r9
callq 0x44190
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x44acb
movq -0x30(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq $0x1, -0x50(%rbp)
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq -0x80(%rbp), %rax
jg 0x44c42
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq -0x80(%rbp), %rax
je 0x44b94
movq -0x30(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x20, %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x50(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
shrq $0x20, %rcx
cmpq %rcx, %rax
je 0x44c2f
movq -0x50(%rbp), %rax
subq -0x48(%rbp), %rax
cmpq $0x0, %rax
jle 0x44c27
movq 0x37f433(%rip), %rax    # 0x3c3fe0
movq (%rax), %rdi
movq -0x50(%rbp), %rcx
subq -0x48(%rbp), %rcx
leaq 0x33debd(%rip), %rsi    # 0x382a7c
leaq 0x33dec9(%rip), %rdx    # 0x382a8f
movb $0x0, %al
callq 0x22a0
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jge 0x44c25
movq 0x37f3fa(%rip), %rax    # 0x3c3fe0
movq (%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x58(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movl %ecx, %ecx
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x20(%rax), %edx
leaq 0x33de9c(%rip), %rsi    # 0x382aac
movb $0x0, %al
callq 0x22a0
movq -0x58(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x44bd5
jmp 0x44c27
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x44c31
movq -0x50(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x44b4b
addq $0xb0, %rsp
popq %rbp
retq
nopl (%rax,%rax)