// File: gjoni[P]iPot/src/Chain.cpp
// Function: Chain::Transform(double*, double (*) [3])
void Chain::Transform(double t[3], double u[3][3]) {

	for (int i = 0; i < nRes; i++) {

		for (int j = 0; j < residue[i].nAtoms; j++) {

			Atom *A = &(residue[i].atom[j]);

			double x = A->x;
			double y = A->y;
			double z = A->z;

			A->x = u[0][0] * x + u[0][1] * y + u[0][2] * z + t[0];
			A->y = u[1][0] * x + u[1][1] * y + u[1][2] * z + t[1];
			A->z = u[2][0] * x + u[2][1] * y + u[2][2] * z + t[2];

		}

		residue[i].SetCentroid();

	}

	SetKD();

	for (int i = 0; i < nRes; i++) {
		ca_trace[i][0] = residue[i].CA->x;
		ca_trace[i][1] = residue[i].CA->y;
		ca_trace[i][2] = residue[i].CA->z;
	}

}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x50, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movl $0x0, -0x1c(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rcx
movl -0x1c(%rbp), %eax
cmpl 0x48(%rcx), %eax
jge 0x1af38
movl $0x0, -0x20(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rcx
movl -0x20(%rbp), %eax
movq 0x40(%rcx), %rcx
movslq -0x1c(%rbp), %rdx
imulq $0x188, %rdx, %rdx      # imm = 0x188
addq %rdx, %rcx
cmpl 0x18(%rcx), %eax
jge 0x1af0f
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movslq -0x1c(%rbp), %rcx
imulq $0x188, %rcx, %rcx      # imm = 0x188
addq %rcx, %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movslq -0x20(%rbp), %rcx
imulq $0x60, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x10(%rax), %xmm0
movsd %xmm0, -0x30(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x18(%rax), %xmm0
movsd %xmm0, -0x38(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x20(%rax), %xmm0
movsd %xmm0, -0x40(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movsd (%rax), %xmm1
movsd -0x30(%rbp), %xmm2
movq -0x18(%rbp), %rax
movsd 0x8(%rax), %xmm0
mulsd -0x38(%rbp), %xmm0
mulsd %xmm2, %xmm1
addsd %xmm0, %xmm1
movq -0x18(%rbp), %rax
movsd 0x10(%rax), %xmm0
movsd -0x40(%rbp), %xmm2
mulsd %xmm2, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
movq -0x10(%rbp), %rax
addsd (%rax), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd %xmm0, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movsd 0x18(%rax), %xmm1
movsd -0x30(%rbp), %xmm2
movq -0x18(%rbp), %rax
movsd 0x20(%rax), %xmm0
mulsd -0x38(%rbp), %xmm0
mulsd %xmm2, %xmm1
addsd %xmm0, %xmm1
movq -0x18(%rbp), %rax
movsd 0x28(%rax), %xmm0
movsd -0x40(%rbp), %xmm2
mulsd %xmm2, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
movq -0x10(%rbp), %rax
addsd 0x8(%rax), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd %xmm0, 0x18(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movsd 0x30(%rax), %xmm1
movsd -0x30(%rbp), %xmm2
movq -0x18(%rbp), %rax
movsd 0x38(%rax), %xmm0
mulsd -0x38(%rbp), %xmm0
mulsd %xmm2, %xmm1
addsd %xmm0, %xmm1
movq -0x18(%rbp), %rax
movsd 0x40(%rax), %xmm0
movsd -0x40(%rbp), %xmm2
mulsd %xmm2, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
movq -0x10(%rbp), %rax
addsd 0x10(%rax), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd %xmm0, 0x20(%rax)
movl -0x20(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x20(%rbp)
jmp 0x1adaa
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rdi
movslq -0x1c(%rbp), %rax
imulq $0x188, %rax, %rax      # imm = 0x188
addq %rax, %rdi
callq 0x28650
movl -0x1c(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x1c(%rbp)
jmp 0x1ad93
movq -0x50(%rbp), %rdi
callq 0x1a0c0
movl $0x0, -0x44(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rcx
movl -0x44(%rbp), %eax
cmpl 0x48(%rcx), %eax
jge 0x1aff6
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rcx
movslq -0x44(%rbp), %rdx
imulq $0x188, %rdx, %rdx      # imm = 0x188
addq %rdx, %rcx
movq 0x168(%rcx), %rcx
movsd 0x10(%rcx), %xmm0
movq 0x68(%rax), %rcx
movslq -0x44(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movsd %xmm0, (%rcx)
movq 0x40(%rax), %rcx
movslq -0x44(%rbp), %rdx
imulq $0x188, %rdx, %rdx      # imm = 0x188
addq %rdx, %rcx
movq 0x168(%rcx), %rcx
movsd 0x18(%rcx), %xmm0
movq 0x68(%rax), %rcx
movslq -0x44(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movsd %xmm0, 0x8(%rcx)
movq 0x40(%rax), %rcx
movslq -0x44(%rbp), %rdx
imulq $0x188, %rdx, %rdx      # imm = 0x188
addq %rdx, %rcx
movq 0x168(%rcx), %rcx
movsd 0x20(%rcx), %xmm0
movq 0x68(%rax), %rax
movslq -0x44(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movsd %xmm0, 0x10(%rax)
movl -0x44(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x44(%rbp)
jmp 0x1af48
addq $0x50, %rsp
popq %rbp
retq
nopl (%rax)