// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/lh3[P]miniprot/ntseq.c
// Function: mp_ntseq_read
mp_ntdb_t *mp_ntseq_read(const char *fn)
{
	gzFile fp;
	kseq_t *ks;
	mp_ntdb_t *d = 0;
	int64_t off = 0;

	fp = gzopen(fn, "r");
	if (fp == 0) return 0;
	ks = kseq_init(fp);

	d = Kcalloc(0, mp_ntdb_t, 1);
	while (kseq_read(ks) >= 0) {
		int64_t i, ltmp;
		mp_ctg_t *c;

		// update mp_ntdb_t::ctg
		if (d->n_ctg == d->m_ctg) {
			d->m_ctg += (d->m_ctg>>1) + 16;
			d->ctg = Krealloc(0, mp_ctg_t, d->ctg, d->m_ctg);
		}
		c = &d->ctg[d->n_ctg++];
		c->name = mp_strdup(ks->name.s);
		c->off = off;
		c->len = ks->seq.l;

		// update mp_ntdb_t::seq
		ltmp = (d->l_seq + ks->seq.l + 1) >> 1 << 1;
		if (ltmp > d->m_seq) {
			int64_t oldm = d->m_seq;
			d->m_seq = ltmp;
			kroundup64(d->m_seq);
			d->seq = Krealloc(0, uint8_t, d->seq, d->m_seq >> 1);
			memset(&d->seq[oldm>>1], 0, (d->m_seq - oldm) >> 1);
		}
		for (i = 0; i < ks->seq.l; ++i, ++off) {
			uint8_t b = ns_tab_nt4[(uint8_t)ks->seq.s[i]];
			d->seq[off >> 1] |= b << (off&1) * 4;
		}
		d->l_seq += ks->seq.l;
	}

	kseq_destroy(ks);
	gzclose(fp);
	mp_ntseq_merge_name(d);
	if (mp_verbose >= 3)
		fprintf(stderr, "[M::%s@%.3f*%.2f] read %ld bases in %d contigs\n", __func__, mp_realtime(), mp_percent_cpu(), (long)d->l_seq, d->n_ctg);
	return d;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x70, %rsp
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq $0x0, -0x28(%rbp)
movq $0x0, -0x30(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rdi
leaq 0xa299(%rip), %rsi      # 0x202a0
callq 0x2290
movq %rax, -0x18(%rbp)
cmpq $0x0, -0x18(%rbp)
jne 0x16024
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x16358
movq -0x18(%rbp), %rdi
callq 0x15a10
movq %rax, -0x20(%rbp)
xorl %eax, %eax
movl %eax, %edi
movl $0x1, %esi
movl $0x48, %edx
callq 0xab60
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rdi
callq 0x15ac0
cmpq $0x0, %rax
jl 0x162dc
movq -0x28(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jne 0x160a8
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %ecx
sarl %ecx
addl $0x10, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
addl 0x4(%rax), %ecx
movl %ecx, 0x4(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq 0x4(%rax), %rax
imulq $0x18, %rax, %rdx
xorl %eax, %eax
movl %eax, %edi
callq 0xb100
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rdx
movl (%rdx), %ecx
movl %ecx, %esi
addl $0x1, %esi
movl %esi, (%rdx)
movslq %ecx, %rcx
imulq $0x18, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
callq 0x4c50
movq %rax, %rcx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rcx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
addq 0x30(%rcx), %rax
addq $0x1, %rax
shrq %rax
shlq %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x18(%rcx), %rax
jle 0x16248
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
sarq %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0x18(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
sarq $0x2, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0x18(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
sarq $0x4, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0x18(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
sarq $0x8, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0x18(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
sarq $0x10, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0x18(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
sarq $0x20, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0x18(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rdx
sarq %rdx
shlq $0x0, %rdx
xorl %eax, %eax
movl %eax, %edi
callq 0xb100
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rdi
movq -0x50(%rbp), %rax
sarq %rax
addq %rax, %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rdx
subq -0x50(%rbp), %rdx
sarq %rdx
xorl %esi, %esi
callq 0x2190
movq $0x0, -0x38(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpq 0x30(%rcx), %rax
jae 0x162c3
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movzbl (%rax,%rcx), %eax
movl %eax, %ecx
leaq 0x10479(%rip), %rax     # 0x266f0
movb (%rax,%rcx), %al
movb %al, -0x51(%rbp)
movzbl -0x51(%rbp), %esi
movq -0x30(%rbp), %rax
andq $0x1, %rax
shlq $0x2, %rax
movl %eax, %ecx
shll %cl, %esi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
sarq %rcx
movzbl (%rax,%rcx), %edx
orl %esi, %edx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movq -0x38(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0x16250
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
addq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
jmp 0x16048
movq -0x20(%rbp), %rdi
callq 0x15a50
movq -0x18(%rbp), %rdi
callq 0x2030
movq -0x28(%rbp), %rdi
callq 0x16370
leaq 0x103da(%rip), %rax     # 0x266d8
cmpl $0x3, (%rax)
jl 0x16350
movq 0xfcee(%rip), %rax      # 0x25ff8
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
callq 0x41a0
movsd %xmm0, -0x60(%rbp)
callq 0x4210
movq -0x68(%rbp), %rdi
movaps %xmm0, %xmm1
movsd -0x60(%rbp), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl (%rax), %r8d
leaq 0xb66e(%rip), %rsi      # 0x219b0
leaq 0xb697(%rip), %rdx      # 0x219e0
movb $0x2, %al
callq 0x21f0
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
addq $0x70, %rsp
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)