// File: chhylp123[P]hifiasm/Process_Read.cpp
// Function: retrieve_ul_t(UC_Read*, char*, all_ul_t*, unsigned long, unsigned char, long, long)
void retrieve_ul_t(UC_Read* i_r, char *i_s, all_ul_t *ref, uint64_t ID, uint8_t strand, int64_t s, int64_t l) {
	ul_vec_t *p = &(ref->a[ID]); 
	if(l < 0) l = p->rlen;
	uc_block_t *b = NULL;
	char *r = NULL;
	uint8_t *src = NULL;
	int64_t k, i, a_n, e = s + l, ssp, sep, sl, rts, rte;
	int64_t offset, begLen, tailLen, src_i, des_i;
	if(i_r) {
		i_r->length = l; i_r->RID = ID;
		if(i_r->length > i_r->size) {
			i_r->size = i_r->length;
			i_r->seq = (char*)realloc(i_r->seq,sizeof(char)*(i_r->size));
		}
		r = i_r->seq;
	}
	if(i_s) r = i_s;
	
	

	if(strand == 0) {
		for (k = 0, des_i = 0; k < (int64_t)p->bb.n; k++) {
			b = &(p->bb.a[k]); 
			if(b->qe <= s) continue;
			if(b->qs >= e) break;
			src = p->r_base.a + b->ts; 
			ssp = MAX(s, b->qs) - b->qs; 
			sep = MIN(e, b->qe) - b->qs;
			sl = sep - ssp;
			
			if(b->base/**b->hid&ref->mm**/){///original bases
				offset = ssp&3; 
				begLen = 4-offset;
				if(begLen > sl) begLen = sl;
				tailLen = (sl-begLen)&3;
				a_n = (sl - begLen - tailLen)>>2;

				src_i = ssp; i = 0;
				if(begLen > 0) {
					memcpy(r+des_i, bit_t_seq_table[src[src_i>>2]]+offset, begLen);
					des_i += begLen; src_i += begLen;
				}

				for (i = 0; i < a_n; i++) {
					memcpy(r+des_i, bit_t_seq_table[src[src_i>>2]], 4);
					des_i += 4; src_i += 4;
				}

				if(tailLen > 0) {
					memcpy(r+des_i, bit_t_seq_table[src[src_i>>2]], tailLen);
					des_i += tailLen; src_i += tailLen;
				}
			} else {///ovlps
				if(b->rev == 0) {
					recover_UC_Read_sub_region(r+des_i, b->ts + ssp, sep - ssp, b->rev, ref->hR, b->hid);
				} else{
					rts = b->ts + (b->qe - sep); rte = rts + sep - ssp;
					recover_UC_Read_sub_region(r+des_i, Get_READ_LENGTH((*ref->hR), b->hid) - rte, 
					sep - ssp, b->rev, ref->hR, b->hid);
				}
				des_i += sep - ssp;
			}
		}
		for (k = 0; k < (int64_t)p->N_site.n; k++) {
			if(p->N_site.a[k] >= s && p->N_site.a[k] < e){
				r[p->N_site.a[k]-s] = 'N';
			}
			else if(p->N_site.a[k] >= e) {
				break;
			}
		}
	} else {
		sep = p->rlen - s; 
		ssp = p->rlen - e;
		s = ssp; e = sep; 
		///[s, e)
		for (k = ((int64_t)p->bb.n)-1, des_i = 0; k >= 0; k--) {
			b = &(p->bb.a[k]); 
			if(b->qe <= s) break;
			if(b->qs >= e) continue;
            src = p->r_base.a + b->ts; 
            ssp = MAX(s, b->qs) - b->qs; 
            sep = MIN(e, b->qe) - b->qs;
            sl = sep - ssp;
			///[ssp, sep)
			
			if(b->base/**b->hid&ref->mm**/){///original bases
				begLen = sep&3;
        		offset = 4 - begLen;
				if(begLen > sl) begLen = sl;
				tailLen = (sl-begLen)&3;
				a_n = (sl - begLen - tailLen)>>2;
				src_i = sep-1; i = 0;

				if(begLen > 0) {
					memcpy(r+des_i, bit_t_seq_table_rc[src[src_i>>2]]+offset, begLen);
					des_i += begLen; src_i -= begLen;
				}

				for (i = 0; i < a_n; i++) {
					memcpy(r+des_i, bit_t_seq_table_rc[src[src_i>>2]], 4);
					des_i += 4; src_i -= 4;
				}

				if(tailLen > 0) {
					memcpy(r+des_i, bit_t_seq_table_rc[src[src_i>>2]], tailLen);
					des_i += tailLen; src_i -= tailLen;
				}
			} else {///ovlps
				if(b->rev == 0) {///b->rev != strand
					rts = b->ts + ssp; rte = rts + sep - ssp;
					recover_UC_Read_sub_region(r+des_i, Get_READ_LENGTH((*ref->hR), b->hid) - rte, sep - ssp, 1, ref->hR, b->hid);
				} else {///b->rev == strand
					rts = b->ts + (b->qe - sep); rte = rts + sep - ssp;
					recover_UC_Read_sub_region(r+des_i, rts, sep - ssp, 0, ref->hR, b->hid);
				}
				des_i += sep - ssp;
			}
		}

		sep = p->rlen - s; 
		ssp = p->rlen - e;
		s = ssp; e = sep; 
		for (k = 0; k < (int64_t)p->N_site.n; k++) {
			sl = p->rlen - p->N_site.a[k] - 1;
			if(sl >= s && sl < e) r[sl-s] = 'N';
			else if(sl < s) {
				break;
			}
		}		
	}
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0xe0, %rsp
movb %r8b, %al
movq 0x10(%rbp), %r8
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq %rcx, -0x20(%rbp)
movb %al, -0x21(%rbp)
movq %r9, -0x30(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
imulq $0x58, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
cmpq $0x0, 0x10(%rbp)
jge 0xff3f
movq -0x38(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %eax
movq %rax, 0x10(%rbp)
movq $0x0, -0x40(%rbp)
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq $0x0, -0x50(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
addq 0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
cmpq $0x0, -0x8(%rbp)
je 0xffd1
movq 0x10(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jle 0xffc6
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
shlq $0x0, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
cmpq $0x0, -0x10(%rbp)
je 0xffe0
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movzbl -0x21(%rbp), %eax
cmpl $0x0, %eax
jne 0x1047a
movq $0x0, -0x58(%rbp)
movq $0x0, -0xc0(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
cmpq 0x20(%rcx), %rax
jge 0x103ef
movq -0x38(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
imulq $0x24, -0x58(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
cmpq -0x30(%rbp), %rax
jg 0x10038
jmp 0x103de
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
cmpq -0x70(%rbp), %rax
jl 0x1004a
jmp 0x103ef
movq -0x38(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0xc(%rcx), %ecx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x4(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jl 0x1007d
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
jmp 0x1008b
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
movq -0xc8(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x4(%rcx), %ecx
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq -0x70(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jg 0x100bd
movq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0xd0(%rbp)
jmp 0x100cb
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq %rax, -0xd0(%rbp)
movq -0xd0(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x4(%rcx), %ecx
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x80(%rbp), %rax
subq -0x78(%rbp), %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movb 0x20(%rax), %al
shrb $0x6, %al
andb $0x1, %al
cmpb $0x0, %al
je 0x102e1
movq -0x78(%rbp), %rax
andq $0x3, %rax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
movl $0x4, %eax
subq -0xa0(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
movq -0xa8(%rbp), %rax
cmpq -0x88(%rbp), %rax
jle 0x10143
movq -0x88(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
movq -0x88(%rbp), %rax
subq -0xa8(%rbp), %rax
andq $0x3, %rax
movq %rax, -0xb0(%rbp)
movq -0x88(%rbp), %rax
subq -0xa8(%rbp), %rax
subq -0xb0(%rbp), %rax
sarq $0x2, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x78(%rbp), %rax
movq %rax, -0xb8(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
cmpq $0x0, -0xa8(%rbp)
jle 0x101ff
movq -0x48(%rbp), %rdi
addq -0xc0(%rbp), %rdi
movq -0x50(%rbp), %rax
movq -0xb8(%rbp), %rcx
sarq $0x2, %rcx
movzbl (%rax,%rcx), %eax
leaq 0x3b4915(%rip), %rsi    # 0x3c4ad0
shlq $0x2, %rax
addq %rax, %rsi
addq -0xa0(%rbp), %rsi
movq -0xa8(%rbp), %rdx
callq 0x2180
movq -0xa8(%rbp), %rax
addq -0xc0(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
movq -0xa8(%rbp), %rax
addq -0xb8(%rbp), %rax
movq %rax, -0xb8(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
cmpq -0x68(%rbp), %rax
jge 0x10270
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0xc0(%rbp), %rcx
movq -0x50(%rbp), %rdx
movq -0xb8(%rbp), %rsi
sarq $0x2, %rsi
movzbl (%rdx,%rsi), %edx
movl %edx, %esi
leaq 0x3b4898(%rip), %rdx    # 0x3c4ad0
movl (%rdx,%rsi,4), %edx
movl %edx, (%rax,%rcx)
movq -0xc0(%rbp), %rax
addq $0x4, %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
movq -0xb8(%rbp), %rax
addq $0x4, %rax
movq %rax, -0xb8(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x10207
cmpq $0x0, -0xb0(%rbp)
jle 0x102dc
movq -0x48(%rbp), %rdi
addq -0xc0(%rbp), %rdi
movq -0x50(%rbp), %rax
movq -0xb8(%rbp), %rcx
sarq $0x2, %rcx
movzbl (%rax,%rcx), %eax
leaq 0x3b4831(%rip), %rsi    # 0x3c4ad0
shlq $0x2, %rax
addq %rax, %rsi
movq -0xb0(%rbp), %rdx
callq 0x2180
movq -0xb0(%rbp), %rax
addq -0xc0(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
movq -0xb0(%rbp), %rax
addq -0xb8(%rbp), %rax
movq %rax, -0xb8(%rbp)
jmp 0x103dc
movq -0x40(%rbp), %rax
movb 0x20(%rax), %al
shrb $0x5, %al
andb $0x1, %al
movzbl %al, %eax
cmpl $0x0, %eax
jne 0x1033f
movq -0x48(%rbp), %rdi
addq -0xc0(%rbp), %rdi
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0xc(%rax), %eax
movl %eax, %esi
addq -0x78(%rbp), %rsi
movq -0x80(%rbp), %rdx
subq -0x78(%rbp), %rdx
movq -0x40(%rbp), %rax
movb 0x20(%rax), %al
shrb $0x5, %al
andb $0x1, %al
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq 0x60(%rcx), %r8
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl (%rcx), %ecx
movl %ecx, %r9d
movzbl %al, %ecx
callq 0x9a30
jmp 0x103c6
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0xc(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
subq -0x80(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
addq -0x80(%rbp), %rax
subq -0x78(%rbp), %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rdi
addq -0xc0(%rbp), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x60(%rax), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl (%rcx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %rsi
subq -0x98(%rbp), %rsi
movq -0x80(%rbp), %rdx
subq -0x78(%rbp), %rdx
movq -0x40(%rbp), %rax
movb 0x20(%rax), %al
shrb $0x5, %al
andb $0x1, %al
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq 0x60(%rcx), %r8
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl (%rcx), %ecx
movl %ecx, %r9d
movzbl %al, %ecx
callq 0x9a30
movq -0x80(%rbp), %rax
subq -0x78(%rbp), %rax
addq -0xc0(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
jmp 0x103de
movq -0x58(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x10000
movq $0x0, -0x58(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
cmpq 0x40(%rcx), %rax
jge 0x10475
movq -0x38(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rax
movq -0x58(%rbp), %rcx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
cmpq -0x30(%rbp), %rax
jl 0x1044c
movq -0x38(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rax
movq -0x58(%rbp), %rcx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
cmpq -0x70(%rbp), %rax
jge 0x1044c
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq 0x38(%rcx), %rcx
movq -0x58(%rbp), %rdx
movl (%rcx,%rdx,4), %ecx
subq -0x30(%rbp), %rcx
movb $0x4e, (%rax,%rcx)
jmp 0x10465
movq -0x38(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rax
movq -0x58(%rbp), %rcx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
cmpq -0x70(%rbp), %rax
jl 0x10463
jmp 0x10475
jmp 0x10465
jmp 0x10467
movq -0x58(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x103f7
jmp 0x10975
movq -0x38(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %eax
subq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %eax
subq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq -0x78(%rbp), %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq $0x0, -0xc0(%rbp)
cmpq $0x0, -0x58(%rbp)
jl 0x108bd
movq -0x38(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
imulq $0x24, -0x58(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
cmpq -0x30(%rbp), %rax
jg 0x104f4
jmp 0x108bd
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
cmpq -0x70(%rbp), %rax
jl 0x10506
jmp 0x108ac
movq -0x38(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0xc(%rcx), %ecx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x4(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jl 0x10539
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
jmp 0x10547
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
movq -0xd8(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x4(%rcx), %ecx
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq -0x70(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jg 0x10579
movq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0xe0(%rbp)
jmp 0x10587
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq %rax, -0xe0(%rbp)
movq -0xe0(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x4(%rcx), %ecx
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x80(%rbp), %rax
subq -0x78(%rbp), %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movb 0x20(%rax), %al
shrb $0x6, %al
andb $0x1, %al
cmpb $0x0, %al
je 0x107a7
movq -0x80(%rbp), %rax
andq $0x3, %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
movl $0x4, %eax
subq -0xa8(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
movq -0xa8(%rbp), %rax
cmpq -0x88(%rbp), %rax
jle 0x105ff
movq -0x88(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
movq -0x88(%rbp), %rax
subq -0xa8(%rbp), %rax
andq $0x3, %rax
movq %rax, -0xb0(%rbp)
movq -0x88(%rbp), %rax
subq -0xa8(%rbp), %rax
subq -0xb0(%rbp), %rax
sarq $0x2, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x80(%rbp), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0xb8(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
cmpq $0x0, -0xa8(%rbp)
jle 0x106c2
movq -0x48(%rbp), %rdi
addq -0xc0(%rbp), %rdi
movq -0x50(%rbp), %rax
movq -0xb8(%rbp), %rcx
sarq $0x2, %rcx
movzbl (%rax,%rcx), %eax
leaq 0x3b4855(%rip), %rsi    # 0x3c4ed0
shlq $0x2, %rax
addq %rax, %rsi
addq -0xa0(%rbp), %rsi
movq -0xa8(%rbp), %rdx
callq 0x2180
movq -0xa8(%rbp), %rax
addq -0xc0(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
movq -0xa8(%rbp), %rcx
movq -0xb8(%rbp), %rax
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0xb8(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
cmpq -0x68(%rbp), %rax
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movq -0xb8(%rbp), %rsi
sarq $0x2, %rsi
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subq $0x4, %rax
movq %rax, -0xb8(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
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jmp 0x106ca
cmpq $0x0, -0xb0(%rbp)
jle 0x107a2
movq -0x48(%rbp), %rdi
addq -0xc0(%rbp), %rdi
movq -0x50(%rbp), %rax
movq -0xb8(%rbp), %rcx
sarq $0x2, %rcx
movzbl (%rax,%rcx), %eax
leaq 0x3b476e(%rip), %rsi    # 0x3c4ed0
shlq $0x2, %rax
addq %rax, %rsi
movq -0xb0(%rbp), %rdx
callq 0x2180
movq -0xb0(%rbp), %rax
addq -0xc0(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
movq -0xb0(%rbp), %rcx
movq -0xb8(%rbp), %rax
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jmp 0x108aa
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movq 0x60(%rax), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
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nop