// File: chhylp123[P]hifiasm/Overlaps.cpp
// Function: double_scaffold(ma_ug_t*, ma_ug_t*, ma_ug_t*, scaf_res_t*, scaf_res_t*, asg_t*, ma_sub_t*, ma_hit_t_alloc*, ma_hit_t_alloc*, long long, float, long long, R_to_U*, float, float, int, int, bub_label_t*, ug_opt_t*, kvect_sec_t**, kvect_sec_t**, ma_ug_t**, kvec_asg_arc_t_warp*, kv_u_trans_t**)
void double_scaffold(ma_ug_t *ref, ma_ug_t *hu0, ma_ug_t *hu1, scaf_res_t *cp0, scaf_res_t *cp1, asg_t *sg, ma_sub_t* cover, ma_hit_t_alloc* src, ma_hit_t_alloc* rev,
long long tipsLen, float tip_drop_ratio, long long stops_threshold, R_to_U* ruIndex, float chimeric_rate, float drop_ratio, int max_hang, int min_ovlp, bub_label_t* b_mask_t, ug_opt_t *opt, kvect_sec_t **sc0, kvect_sec_t **sc1, ma_ug_t **rmg, kvec_asg_arc_t_warp *arcs, kv_u_trans_t **rs_trans)
{
    bubble_type *bu = NULL; uint8_t *bf = NULL; scaf_res_t *rms = NULL;
    bu = gen_bubble_chain(sg, ref, opt, &bf, 0); free(bf);

    kv_u_trans_t *bs = gen_shallow_ref_trans(bu, cp0, cp1, sg, ref, cover, src, rev, tipsLen, tip_drop_ratio, stops_threshold, ruIndex, chimeric_rate, drop_ratio, max_hang, min_ovlp, b_mask_t);
    kv_u_trans_t *bd = gen_deep_ref_trans(bs, cp0, cp1, sg, ref, cover, src, rev, tipsLen, tip_drop_ratio, stops_threshold, ruIndex, chimeric_rate, drop_ratio, max_hang, min_ovlp, b_mask_t, opt);
    kv_destroy((*bs)); kv_destroy(bs->idx); free(bs);

    kv_u_trans_t *os = gen_contig_trans_func(ref, hu0, hu1, cp0, cp1, sg, bu, opt, bd, 0/**1**/, rmg, (rs_trans?(&rms):(NULL)));
    

    // print_ctg_trans_ovlp(os, ref, hu0, cp0, hu1, cp1);
    gen_double_scaffold_gfa(ref, hu0, hu1, cp0, cp1, sg, os, 100, sc0, sc1); kv_destroy((*os)); kv_destroy(os->idx); free(os);

    if(rs_trans) {
        (*rs_trans) = cal_scaf_trans(opt, ref, bu, bd, sg, *sc0, *sc1, *rmg, rms);
        destroy_scaf_res_t(rms);
    }
    destory_bubbles(bu); free(bu); kv_destroy((*bd)); kv_destroy(bd->idx); free(bd);

    gen_scaffold_bases(*sc0, *sc1, *rmg, sg, cover, src, arcs, max_hang, min_ovlp, ((rs_trans)?(*rs_trans):(NULL)));

    // ma_ug_seq(*rmg, sg, cover, src, arcs, max_hang, min_ovlp, 0, 1);

    // if(rs_trans) adjust_scaffold_ovlp(sc0, sc1, rmg, (*rs_trans));
    
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x168, %rsp            # imm = 0x168
movq 0x80(%rbp), %rax
movq 0x78(%rbp), %rax
movq 0x70(%rbp), %rax
movq 0x68(%rbp), %rax
movq 0x60(%rbp), %rax
movq 0x58(%rbp), %rax
movq 0x50(%rbp), %rax
movl 0x48(%rbp), %eax
movl 0x40(%rbp), %eax
movq 0x38(%rbp), %rax
movq 0x30(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rbp), %rax
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x30(%rbp)
movq %rsi, -0x38(%rbp)
movq %rdx, -0x40(%rbp)
movq %rcx, -0x48(%rbp)
movq %r8, -0x50(%rbp)
movq %r9, -0x58(%rbp)
movss %xmm0, -0x5c(%rbp)
movss %xmm1, -0x60(%rbp)
movss %xmm2, -0x64(%rbp)
movq $0x0, -0x70(%rbp)
movq $0x0, -0x78(%rbp)
movq $0x0, -0x80(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rdi
movq -0x30(%rbp), %rsi
movq 0x58(%rbp), %rdx
leaq -0x78(%rbp), %rcx
xorl %r8d, %r8d
callq 0x322770
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x78(%rbp), %rdi
callq 0x2210
movq -0x70(%rbp), %rdi
movq -0x48(%rbp), %rsi
movq -0x50(%rbp), %rdx
movq -0x58(%rbp), %rcx
movq -0x30(%rbp), %r8
movq 0x10(%rbp), %r9
movq 0x18(%rbp), %r13
movq 0x20(%rbp), %r12
movq 0x28(%rbp), %r15
movss -0x5c(%rbp), %xmm0
movq 0x30(%rbp), %r14
movq 0x38(%rbp), %rbx
movss -0x60(%rbp), %xmm1
movss -0x64(%rbp), %xmm2
movl 0x40(%rbp), %r11d
movl 0x48(%rbp), %r10d
movq 0x50(%rbp), %rax
movq %r13, (%rsp)
movq %r12, 0x8(%rsp)
movq %r15, 0x10(%rsp)
movq %r14, 0x18(%rsp)
movq %rbx, 0x20(%rsp)
movl %r11d, 0x28(%rsp)
movl %r10d, 0x30(%rsp)
movq %rax, 0x38(%rsp)
callq 0x12f160
movq %rax, -0x88(%rbp)
movq -0x88(%rbp), %rdi
movq -0x48(%rbp), %rsi
movq -0x50(%rbp), %rdx
movq -0x58(%rbp), %rcx
movq -0x30(%rbp), %r8
movq 0x10(%rbp), %r9
movq 0x18(%rbp), %rax
movq %rax, -0xf8(%rbp)
movq 0x20(%rbp), %r13
movq 0x28(%rbp), %r12
movss -0x5c(%rbp), %xmm0
movq 0x30(%rbp), %r15
movq 0x38(%rbp), %r14
movss -0x60(%rbp), %xmm1
movss -0x64(%rbp), %xmm2
movl 0x40(%rbp), %ebx
movl 0x48(%rbp), %r11d
movq 0x50(%rbp), %r10
movq 0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0xf0(%rbp)
movq -0xf8(%rbp), %rax
movq %rax, (%rsp)
movq -0xf0(%rbp), %rax
movq %r13, 0x8(%rsp)
movq %r12, 0x10(%rsp)
movq %r15, 0x18(%rsp)
movq %r14, 0x20(%rsp)
movl %ebx, 0x28(%rsp)
movl %r11d, 0x30(%rsp)
movq %r10, 0x38(%rsp)
movq %rax, 0x40(%rsp)
callq 0x12f470
movq %rax, -0x90(%rbp)
movq -0x88(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x88(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x88(%rbp), %rdi
callq 0x2210
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, -0xe8(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rax, -0xe0(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0xd0(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
movq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0xb8(%rbp)
movq 0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0xb0(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
movq 0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
cmpq $0x0, 0x80(%rbp)
je 0x131fd3
leaq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0x100(%rbp)
jmp 0x131fde
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0x100(%rbp)
jmp 0x131fde
movq -0xa0(%rbp), %r10
movq -0xa8(%rbp), %r11
movq -0xb0(%rbp), %rbx
movq -0xb8(%rbp), %r14
movq -0xc0(%rbp), %r9
movq -0xc8(%rbp), %r8
movq -0xd0(%rbp), %rcx
movq -0xd8(%rbp), %rdx
movq -0xe0(%rbp), %rsi
movq -0xe8(%rbp), %rdi
movq -0x100(%rbp), %rax
xorl %r15d, %r15d
movq %r14, (%rsp)
movq %rbx, 0x8(%rsp)
movq %r11, 0x10(%rsp)
movl $0x0, 0x18(%rsp)
movq %r10, 0x20(%rsp)
movq %rax, 0x28(%rsp)
callq 0x1303e0
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rdi
movq -0x38(%rbp), %rsi
movq -0x40(%rbp), %rdx
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq -0x50(%rbp), %r8
movq -0x58(%rbp), %r9
movq -0x98(%rbp), %r11
movq 0x60(%rbp), %r10
movq 0x68(%rbp), %rax
movq %r11, (%rsp)
movq $0x64, 0x8(%rsp)
movq %r10, 0x10(%rsp)
movq %rax, 0x18(%rsp)
callq 0x12d740
movq -0x98(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x98(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x98(%rbp), %rdi
callq 0x2210
cmpq $0x0, 0x80(%rbp)
je 0x13212c
movq 0x58(%rbp), %rdi
movq -0x30(%rbp), %rsi
movq -0x70(%rbp), %rdx
movq -0x90(%rbp), %rcx
movq -0x58(%rbp), %r8
movq 0x60(%rbp), %rax
movq (%rax), %r9
movq 0x68(%rbp), %rax
movq (%rax), %r11
movq 0x70(%rbp), %rax
movq (%rax), %r10
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %r11, (%rsp)
movq %r10, 0x8(%rsp)
movq %rax, 0x10(%rsp)
callq 0x131210
movq %rax, %rcx
movq 0x80(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x80(%rbp), %rdi
callq 0x13c50
movq -0x70(%rbp), %rdi
callq 0x1c4a90
movq -0x70(%rbp), %rdi
callq 0x2210
movq -0x90(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x90(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x90(%rbp), %rdi
callq 0x2210
movq 0x60(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x140(%rbp)
movq 0x68(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x138(%rbp)
movq 0x70(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x130(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x128(%rbp)
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x120(%rbp)
movq 0x18(%rbp), %rax
movq %rax, -0x118(%rbp)
movq 0x78(%rbp), %rax
movq %rax, -0x110(%rbp)
movl 0x40(%rbp), %eax
movl %eax, -0x108(%rbp)
movl 0x48(%rbp), %eax
movl %eax, -0x104(%rbp)
cmpq $0x0, 0x80(%rbp)
je 0x1321ef
movq 0x80(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x148(%rbp)
jmp 0x1321fa
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0x148(%rbp)
jmp 0x1321fa
movl -0x104(%rbp), %r10d
movl -0x108(%rbp), %r11d
movq -0x110(%rbp), %rbx
movq -0x118(%rbp), %r9
movq -0x120(%rbp), %r8
movq -0x128(%rbp), %rcx
movq -0x130(%rbp), %rdx
movq -0x138(%rbp), %rsi
movq -0x140(%rbp), %rdi
movq -0x148(%rbp), %rax
movq %rbx, (%rsp)
movl %r11d, 0x8(%rsp)
movl %r10d, 0x10(%rsp)
movq %rax, 0x18(%rsp)
callq 0x1315d0
addq $0x168, %rsp            # imm = 0x168
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq
nopw (%rax,%rax)