// File: /workspace/github_cpp_makefile_star2_O3/ncbi[P]amr/alignment.cpp
// Function: Alignment_sp::AmrMutation::qc() const
void AmrMutation::qc () const
{
  if (! qc_on)
    return;
    
  if (empty ())
    return;
    
  QC_ASSERT (! geneMutation. empty ());
	QC_ASSERT (isUpper (reference));
	QC_ASSERT (isUpper (allele));
	QC_ASSERT (reference != allele);
	QC_ASSERT (! contains (reference, '-'));
	QC_ASSERT (! contains (allele,    '-'));
	QC_ASSERT (! gene. empty ());
	QC_ASSERT (! reference. empty ());  
	QC_IMPLY (frameshift != no_index, ! allele. empty ());
	QC_IMPLY (frameshift != no_index, pos_std >= 0);
	QC_ASSERT ((frameshift == no_index) == (frameshift_insertion == 0));
	QC_IMPLY (frameshift_insertion, frameshift_insertion % 3);
}

// Assembly:
pushq %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x108, %rsp            # imm = 0x108
leaq 0x61884(%rip), %rax     # 0xb9a98
cmpb $0x1, (%rax)
jne 0x5835e
movq %rdi, %rbx
cmpq $0x0, 0x18(%rdi)
je 0x5835e
callq 0xb070
movl $0x0, (%rax)
cmpq $0x0, 0xb0(%rbx)
je 0x58370
movq %rax, %r14
leaq 0x30(%rbx), %r12
movq %r12, %rdi
callq 0x148fc
testb %al, %al
je 0x5840f
movl $0x0, (%r14)
leaq 0x50(%rbx), %r15
movq %r15, %rdi
callq 0x148fc
testb %al, %al
je 0x584ae
movl $0x0, (%r14)
movq 0x38(%rbx), %rdx
cmpq 0x58(%rbx), %rdx
jne 0x582a4
testq %rdx, %rdx
je 0x5854d
movq (%r15), %rsi
movq (%r12), %rdi
callq 0xb5c0
testl %eax, %eax
je 0x5854d
movq %r12, %rdi
movl $0x2d, %esi
xorl %edx, %edx
callq 0xb760
cmpq $-0x1, %rax
jne 0x585ec
movl $0x0, (%r14)
movq %r15, %rdi
movl $0x2d, %esi
xorl %edx, %edx
callq 0xb760
cmpq $-0x1, %rax
jne 0x5868b
movl $0x0, (%r14)
cmpq $0x0, 0x78(%rbx)
je 0x5872a
cmpq $0x0, 0x38(%rbx)
je 0x587c9
movq 0x98(%rbx), %rax
cmpq $-0x1, %rax
je 0x5831f
cmpq $0x0, 0x58(%rbx)
je 0x58907
cmpl $0x0, 0x90(%rbx)
js 0x589a6
cmpq $-0x1, %rax
sete %cl
movl $0x0, (%r14)
movl 0xa0(%rbx), %eax
testl %eax, %eax
setne %dl
xorb %cl, %dl
je 0x58868
testl %eax, %eax
je 0x5835e
imull $0xaaaaaaab, 0xa0(%rbx), %eax # imm = 0xAAAAAAAB
addl $0x2aaaaaaa, %eax       # imm = 0x2AAAAAAA
cmpl $0x55555554, %eax       # imm = 0x55555554
jbe 0x58a45
addq $0x108, %rsp            # imm = 0x108
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3ec88(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3ec97(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb3, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3adf7(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58aee
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58afb
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3ebe9(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3ebf8(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb4, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3ad58(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58b6f
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58b7c
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3eb4a(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3eb59(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb5, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3acb9(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58bf0
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58bfd
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3eaab(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3eaba(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb6, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3ac1a(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58c71
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58c7e
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3ea0c(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3ea1b(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb7, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3ab7b(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58cf2
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58cff
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e96d(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3e97c(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb8, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3aadc(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58d73
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58d80
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e8ce(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3e8dd(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb9, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3aa3d(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58df4
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58e01
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e82f(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3e83e(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xba, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3a99e(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58e75
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58e82
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e790(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3e79f(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xbd, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3a8ff(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58ef6
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58f03
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e6f1(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3e700(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xbb, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3a860(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58f77
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58f84
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e652(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3e661(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xbc, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3a7c1(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58ff8
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x59005
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58ae4
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e5b3(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3e5c2(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xbe, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3a722(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x59079
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x59086
movl $0x1, %edi
callq 0xb6d0
movq %rdx, 0x8(%rsp)
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x18(%rsp)
movq 0x8(%rax), %rdx
movq %rdx, 0x10(%rsp)
movq %rcx, (%rax)
movq $0x0, 0x8(%rax)
movb $0x0, 0x10(%rax)
leaq 0x78(%rsp), %r12
movq %r12, -0x10(%r12)
leaq 0x3e6eb(%rip), %rsi     # 0x9720f
leaq 0x3e716(%rip), %rdx     # 0x97241
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0x3ad75(%rip), %rsi     # 0x938b1
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x38(%rsp), %r13
movq %r13, -0x10(%r13)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x590fa
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r13)
jmp 0x59107
movq %rdx, 0x8(%rsp)
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x18(%rsp)
movq 0x8(%rax), %rdx
movq %rdx, 0x10(%rsp)
movq %rcx, (%rax)
movq $0x0, 0x8(%rax)
movb $0x0, 0x10(%rax)
leaq 0x78(%rsp), %r12
movq %r12, -0x10(%r12)
leaq 0x3e66a(%rip), %rsi     # 0x9720f
leaq 0x3e695(%rip), %rdx     # 0x97241
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0x3acf4(%rip), %rsi     # 0x938b1
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x38(%rsp), %r13
movq %r13, -0x10(%r13)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x59171
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r13)
jmp 0x5917e
movq %rdx, 0x8(%rsp)
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x18(%rsp)
movq 0x8(%rax), %rdx
movq %rdx, 0x10(%rsp)
movq %rcx, (%rax)
movq $0x0, 0x8(%rax)
movb $0x0, 0x10(%rax)
leaq 0x78(%rsp), %r12
movq %r12, -0x10(%r12)
leaq 0x3e5e9(%rip), %rsi     # 0x9720f
leaq 0x3e614(%rip), %rdx     # 0x97241
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0x3ac73(%rip), %rsi     # 0x938b1
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x38(%rsp), %r13
movq %r13, -0x10(%r13)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x591e8
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r13)
jmp 0x591f5
movq %rdx, 0x8(%rsp)
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x18(%rsp)
movq 0x8(%rax), %rdx
movq %rdx, 0x10(%rsp)
movq %rcx, (%rax)
movq $0x0, 0x8(%rax)
movb $0x0, 0x10(%rax)
leaq 0x78(%rsp), %r12
movq %r12, -0x10(%r12)
leaq 0x3e568(%rip), %rsi     # 0x9720f
leaq 0x3e593(%rip), %rdx     # 0x97241
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0x3abf2(%rip), %rsi     # 0x938b1
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x38(%rsp), %r13
movq %r13, -0x10(%r13)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5925f
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r13)
jmp 0x5926c
movq %rdx, 0x8(%rsp)
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x18(%rsp)
movq 0x8(%rax), %rdx
movq %rdx, 0x10(%rsp)
movq %rcx, (%rax)
movq $0x0, 0x8(%rax)
movb $0x0, 0x10(%rax)
leaq 0x78(%rsp), %r12
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