// File: chhylp123[P]hifiasm/inter.cpp
// Function: worker_ul_pipeline(void*, int, void*)
static void *worker_ul_pipeline(void *data, int step, void *in) // callback for kt_pipeline()
{
    uldat_t *p = (uldat_t*)data;
    ///uint64_t total_base = 0, total_pair = 0;
    if (step == 0) { // step 1: read a block of sequences
        int ret;
        uint64_t l;
		utepdat_t *s;
		CALLOC(s, 1);
        s->ha_flt_tab = p->ha_flt_tab; s->ha_idx = p->ha_idx; s->id = p->total_pair; 
		s->opt = p->opt; s->ug = p->ug; s->uopt = p->uopt; s->rg = p->rg;
        while ((ret = kseq_read(p->ks)) >= 0) 
        {
            if (p->ks->seq.l < (uint64_t)p->opt->k) continue;
            if (s->n == s->m) {
                s->m = s->m < 16? 16 : s->m + (s->n>>1);
                REALLOC(s->len, s->m);
                REALLOC(s->seq, s->m);
            }
			/**if(asm_opt.flag & HA_F_VERBOSE_GFA)**/ {
				kv_push(uint64_t, p->nn, p->ks->name.l+p->nn.tl);
				kv_resize(char, p->nn.cc, p->ks->name.l+p->nn.tl);
				memcpy(p->nn.cc.a+p->nn.tl, p->ks->name.s, p->ks->name.l);
				p->nn.tl += p->ks->name.l;
			}
            l = p->ks->seq.l;
            MALLOC(s->seq[s->n], l);
            s->sum_len += l;
            memcpy(s->seq[s->n], p->ks->seq.s, l);
            s->len[s->n++] = l;
            if (s->sum_len >= p->chunk_size) break;            
        }
        p->total_pair += s->n;
        if (s->sum_len == 0) free(s);
		else return s;
    }
    else if (step == 1) { // step 2: alignment
		uint64_t i;
        utepdat_t *s = (utepdat_t*)in;
        CALLOC(s->mzs, p->n_thread);
        CALLOC(s->sps, p->n_thread);
		CALLOC(s->gcs, s->n);

		s->buf = (mg_tbuf_t**)calloc(p->n_thread, sizeof(mg_tbuf_t*));
		for (i = 0; i < p->n_thread; ++i) s->buf[i] = mg_tbuf_init();
        
        kt_for(p->n_thread, worker_for_ul_alignment, s, s->n);
        for (i = 0; i < (uint64_t)s->n; ++i) {
            free(s->seq[i]);
            p->total_base += s->len[i];
        }
        free(s->seq); free(s->len); 
		
		for (i = 0; i < p->n_thread; ++i) {
			mg_tbuf_destroy(s->buf[i]);
			free(s->mzs[i].a); free(s->sps[i].a);
		}
		
		free(s->buf); free(s->mzs); free(s->sps);
		return s;
    }
    else if (step == 2) { // step 3: dump
        utepdat_t *s = (utepdat_t*)in;
		uint64_t i;
        for (i = 0; i < (uint64_t)s->n; ++i) {
            // if(s->pos[i].s == (uint64_t)-1) continue;
            // kv_push(pe_hit, p->hits.a, s->pos[i]);
			if(!s->gcs[i]) continue;
			dump_gaf(&(p->hits), s->gcs[i], 1);
			free(s->gcs[i]->gc); free(s->gcs[i]->a); free(s->gcs[i]->lc); free(s->gcs[i]);
        }
        free(s->gcs);
        free(s);
    }
    return 0;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x70, %rsp
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movl %esi, -0x14(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
cmpl $0x0, -0x14(%rbp)
jne 0x2ceb4a
movl $0x1, %edi
movl $0xd0, %esi
callq 0x2140
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rdi
callq 0x2cf590
movl %eax, -0x2c(%rbp)
cmpl $0x0, %eax
jl 0x2ceb0f
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x2ce77e
jmp 0x2ce746
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x38(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl 0x3c(%rcx), %eax
jne 0x2ce809
movq -0x40(%rbp), %rax
cmpl $0x10, 0x3c(%rax)
jge 0x2ce7a2
movl $0x10, %eax
movl %eax, -0x64(%rbp)
jmp 0x2ce7b7
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x3c(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x38(%rcx), %ecx
sarl %ecx
addl %ecx, %eax
movl %eax, -0x64(%rbp)
movl -0x64(%rbp), %ecx
movq -0x40(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x3c(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rdi
movq -0x40(%rbp), %rax
movslq 0x3c(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x48(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rdi
movq -0x40(%rbp), %rax
movslq 0x3c(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x58(%rax)
jmp 0x2ce80b
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x98(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0xa0(%rcx), %rax
jne 0x2ce88c
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0xa0(%rax)
je 0x2ce845
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xa0(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
jmp 0x2ce850
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0x70(%rbp)
jmp 0x2ce850
movq -0x70(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xa0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xa8(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xa0(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xa8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq (%rax), %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
addq 0xb0(%rax), %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xa8(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rsi
movq 0x98(%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, 0x98(%rsi)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x2ce8cc
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq 0x48(%rcx), %rcx
movq (%rcx), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rdx
addq 0xb0(%rdx), %rcx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x2cea14
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
addq 0xb0(%rax), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xc0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0xc0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0xc0(%rax), %rcx
movq %rcx, 0xc0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0xc0(%rax), %rcx
movq %rcx, 0xc0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0xc0(%rax), %rcx
movq %rcx, 0xc0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0xc0(%rax), %rcx
movq %rcx, 0xc0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
orq 0xc0(%rax), %rcx
movq %rcx, 0xc0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0xc0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc8(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rax), %rsi
shlq $0x0, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xc8(%rax)
jmp 0x2cea16
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0xc8(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
addq 0xb0(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq (%rax), %rdx
callq 0x2180
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
addq 0xb0(%rax), %rcx
movq %rcx, 0xb0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rdi
shlq $0x0, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rdx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movslq 0x38(%rcx), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq -0x40(%rbp), %rax
movslq 0x40(%rax), %rcx
addq %rdx, %rcx
movl %ecx, 0x40(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movslq 0x38(%rcx), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq 0x40(%rax), %rsi
movq -0x38(%rbp), %rdx
callq 0x2180
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rsi
movl 0x38(%rsi), %ecx
movl %ecx, %edi
addl $0x1, %edi
movl %edi, 0x38(%rsi)
movslq %ecx, %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x40(%rbp), %rax
movslq 0x40(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x50(%rcx), %rax
jl 0x2ceb0a
jmp 0x2ceb0f
jmp 0x2ce746
movq -0x40(%rbp), %rax
movslq 0x38(%rax), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
addq 0x68(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x40(%rax)
jne 0x2ceb38
movq -0x40(%rbp), %rdi
callq 0x2210
jmp 0x2ceb45
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
jmp 0x2cee3e
jmp 0x2cee36
cmpl $0x1, -0x14(%rbp)
jne 0x2ced42
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rdi
movl $0x10, %esi
callq 0x2140
movq %rax, %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x60(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rdi
movl $0x18, %esi
callq 0x2140
movq %rax, %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq -0x50(%rbp), %rax
movslq 0x38(%rax), %rdi
movl $0x8, %esi
callq 0x2140
movq %rax, %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x70(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rdi
movl $0x8, %esi
callq 0x2140
movq %rax, %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x78(%rax)
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x58(%rcx), %rax
jae 0x2cec0c
callq 0x27e560
movq %rax, %rdx
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x78(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x2cebd8
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movl %eax, %edi
movq -0x50(%rbp), %rdx
movq -0x50(%rbp), %rax
movslq 0x38(%rax), %rcx
leaq 0x3bb27(%rip), %rsi     # 0x30a750
callq 0x16d710
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movslq 0x38(%rcx), %rcx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x2cec86
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
callq 0x2210
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
addq 0x60(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x60(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x2cec36
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x58(%rcx), %rax
jae 0x2ced0e
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x78(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
callq 0x27e5a0
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x60(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
shlq $0x4, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rax
imulq $0x18, -0x48(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x2ceca8
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x78(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x60(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
jmp 0x2cee3e
cmpl $0x2, -0x14(%rbp)
jne 0x2cee32
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x58(%rbp), %rcx
movslq 0x38(%rcx), %rcx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x2cee1c
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x70(%rax), %rax
movq -0x60(%rbp), %rcx
cmpq $0x0, (%rax,%rcx,8)
jne 0x2ced89
jmp 0x2cee0b
movq -0x28(%rbp), %rdi
addq $0x70, %rdi
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x70(%rax), %rax
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rsi
movl $0x1, %edx
callq 0x2cde20
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x70(%rax), %rax
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x18(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x70(%rax), %rax
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x70(%rax), %rax
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq 0x20(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x70(%rax), %rax
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
callq 0x2210
movq -0x60(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x2ced5c
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x70(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x58(%rbp), %rdi
callq 0x2210
jmp 0x2cee34
jmp 0x2cee36
movq $0x0, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
addq $0x70, %rsp
popq %rbp
retq
nopl (%rax,%rax)