// File: chhylp123[P]hifiasm/Purge_Dups.cpp
// Function: get_chain_score(ma_utg_t*, asg_t*, kvec_asg_arc_t_offset*, kvec_t_i32_warp*, kvec_t_i32_warp*, ma_hit_t_alloc*, long long, long long)
long long get_chain_score(ma_utg_t *xReads, asg_t *read_g, kvec_asg_arc_t_offset* u_buffer, kvec_t_i32_warp* tailIndex, kvec_t_i32_warp* idx, 
ma_hit_t_alloc* reverse_sources, long long xBegPos, long long xEndPos)
{
    long long offset, r_beg, r_end, inp_beg, inp_end, hap_beg, hap_end, inp_match, hap_match, ovlp;
    uint64_t i, k, rId;
    idx->a.n = 0;
    
    for (i = k = 0; i < tailIndex->a.n; i++)
    {
        rId = u_buffer->a.a[tailIndex->a.a[i]].x.ul>>33;
        
        
        for (; k < xReads->n; k++)
        {
            if(rId == (xReads->a[k]>>33)) break;
        }

        if(k >= xReads->n)
        {
            for (k = 0; k < xReads->n; k++)
            {
                if(rId == (xReads->a[k]>>33)) break;
            }
        }

        if(k < xReads->n) kv_push(int32_t, idx->a, k);
        else
        {
            fprintf(stderr, "\nERROR-get_chain_score: tailIndex->a.n: %lu, xReads->n: %lu\n", (uint64_t)tailIndex->a.n, (uint64_t)xReads->n);
        } 
    }
    

    radix_sort_i32(idx->a.a, idx->a.a + idx->a.n);
    inp_beg = -1; inp_end = -2;
    hap_beg = -1; hap_end = -2;
    for (i = k = 0, offset = 0, inp_match = hap_match = 0; i < xReads->n; i++)
    {
        rId = xReads->a[i]>>33;
        r_beg = offset; r_end = offset + (long long)(read_g->seq[rId].len) - 1;
        offset += (uint32_t)xReads->a[i];

        if(reverse_sources[rId].length > 0)
        {
            if(r_beg <= hap_end)
            {
                hap_end = MAX(hap_end, r_end);
            } 
            else
            {
                ///match += (hap_end - hap_beg + 1);
                ovlp = (long long)(MIN(hap_end, xEndPos)) - (long long)(MAX(hap_beg, xBegPos)) + 1;
                hap_match += (ovlp >= 0? ovlp : 0);
                hap_beg = r_beg; hap_end = r_end;
            }
        }

        for (; k < idx->a.n; k++)
        {
            if(i <= (uint64_t)idx->a.a[k]) break;
        }

        if(k >= idx->a.n) continue;
        
        if(i == (uint64_t)idx->a.a[k])
        {
            if(r_beg <= inp_end)
            {
                inp_end = MAX(inp_end, r_end);
            } 
            else
            {
                ovlp = (long long)(MIN(inp_end, xEndPos)) - (long long)(MAX(inp_beg, xBegPos)) + 1;
                inp_match += (ovlp >= 0? ovlp : 0);
                inp_beg = r_beg; inp_end = r_end;
            }
        }
    }
    
    ovlp = (long long)(MIN(inp_end, xEndPos)) - (long long)(MAX(inp_beg, xBegPos)) + 1;
    inp_match += (ovlp >= 0? ovlp : 0);
    
    ovlp = (long long)(MIN(hap_end, xEndPos)) - (long long)(MAX(hap_beg, xBegPos)) + 1;
    hap_match += (ovlp >= 0? ovlp : 0);

    // if(inp_match > (xEndPos - xBegPos + 1)) fprintf(stderr, "ERROR1\n");
    // if(hap_match > (xEndPos - xBegPos + 1)) fprintf(stderr, "ERRO2\n");
    // if(inp_match > hap_match) fprintf(stderr, "ERROR3\n");
    // fprintf(stderr, "tailIndex->a.n: %u, xReads->n: %u, total_match: %lld, hap_match: %lld, inp_match: %lld\n", 
    //                     tailIndex->a.n, xReads->n, (xEndPos - xBegPos + 1), hap_match, inp_match);

    return ((double)(inp_match)*CHAIN_MATCH) - ((double)(hap_match-inp_match)*CHAIN_UNMATCH);
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x130, %rsp            # imm = 0x130
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq %rcx, -0x20(%rbp)
movq %r8, -0x28(%rbp)
movq %r9, -0x30(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq $0x0, (%rax)
movq $0x0, -0x90(%rbp)
movq $0x0, -0x88(%rbp)
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
jae 0x176e0e
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x88(%rbp), %rdx
movslq (%rcx,%rdx,4), %rcx
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
shrq $0x21, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movl 0x10(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x176cae
movq -0x98(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x18(%rcx), %rcx
movq -0x90(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
shrq $0x21, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jne 0x176c98
jmp 0x176cae
jmp 0x176c9a
movq -0x90(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x176c60
movq -0x90(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movl 0x10(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jb 0x176d1c
movq $0x0, -0x90(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movl 0x10(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x176d1a
movq -0x98(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x18(%rcx), %rcx
movq -0x90(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
shrq $0x21, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jne 0x176d04
jmp 0x176d1a
jmp 0x176d06
movq -0x90(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x176ccc
jmp 0x176d1c
movq -0x90(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movl 0x10(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x176dcd
jmp 0x176d35
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x176da6
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x176d65
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
jmp 0x176d73
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
jmp 0x176d73
movq -0xa0(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x2, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x90(%rbp), %rax
movl %eax, %edx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rsi
movq (%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, (%rsi)
movl %edx, (%rax,%rcx,4)
jmp 0x176df5
movq 0x24d20c(%rip), %rax    # 0x3c3fe0
movq (%rax), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x10(%rax), %eax
movl %eax, %ecx
leaq 0x213588(%rip), %rsi    # 0x38a376
movb $0x0, %al
callq 0x22a0
jmp 0x176df7
movq -0x88(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
jmp 0x176c1c
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
shlq $0x2, %rax
addq %rax, %rsi
callq 0x176740
movq $-0x1, -0x50(%rbp)
movq $-0x2, -0x58(%rbp)
movq $-0x1, -0x60(%rbp)
movq $-0x2, -0x68(%rbp)
movq $0x0, -0x90(%rbp)
movq $0x0, -0x88(%rbp)
movq $0x0, -0x38(%rbp)
movq $0x0, -0x78(%rbp)
movq $0x0, -0x70(%rbp)
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movl 0x10(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x177183
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x88(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x21, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0x20(%rcx), %rcx
movq -0x98(%rbp), %rdx
movl (%rcx,%rdx,8), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %ecx, %ecx
addq %rcx, %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x88(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %eax
addq -0x38(%rbp), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x98(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
cmpl $0x0, 0xc(%rax)
jbe 0x177002
movq -0x40(%rbp), %rax
cmpq -0x68(%rbp), %rax
jg 0x176f57
movq -0x68(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jl 0x176f3c
movq -0x68(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
jmp 0x176f47
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
movq -0xa8(%rbp), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
jmp 0x177000
movq -0x68(%rbp), %rax
cmpq 0x18(%rbp), %rax
jg 0x176f6e
movq -0x68(%rbp), %rax
movq %rax, -0xb0(%rbp)
jmp 0x176f79
movq 0x18(%rbp), %rax
movq %rax, -0xb0(%rbp)
movq -0xb0(%rbp), %rax
movq %rax, -0xb8(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
cmpq 0x10(%rbp), %rax
jl 0x176f9e
movq -0x60(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
jmp 0x176fa9
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
movq -0xb8(%rbp), %rax
movq -0xc0(%rbp), %rcx
subq %rcx, %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
cmpq $0x0, -0x80(%rbp)
jl 0x176fd6
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
jmp 0x176fe1
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
jmp 0x176fe1
movq -0xc8(%rbp), %rax
addq -0x78(%rbp), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
jmp 0x177002
jmp 0x177004
movq -0x90(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
jae 0x17704b
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x90(%rbp), %rdx
movslq (%rcx,%rdx,4), %rcx
cmpq %rcx, %rax
ja 0x177035
jmp 0x17704b
jmp 0x177037
movq -0x90(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x177004
movq -0x90(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
jb 0x177060
jmp 0x17716c
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x90(%rbp), %rdx
movslq (%rcx,%rdx,4), %rcx
cmpq %rcx, %rax
jne 0x17716a
movq -0x40(%rbp), %rax
cmpq -0x58(%rbp), %rax
jg 0x1770bf
movq -0x58(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jl 0x1770a4
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0xd0(%rbp)
jmp 0x1770af
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0xd0(%rbp)
movq -0xd0(%rbp), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x177168
movq -0x58(%rbp), %rax
cmpq 0x18(%rbp), %rax
jg 0x1770d6
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
jmp 0x1770e1
movq 0x18(%rbp), %rax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
movq -0xd8(%rbp), %rax
movq %rax, -0xe0(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq 0x10(%rbp), %rax
jl 0x177106
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0xe8(%rbp)
jmp 0x177111
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0xe8(%rbp)
movq -0xe0(%rbp), %rax
movq -0xe8(%rbp), %rcx
subq %rcx, %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
cmpq $0x0, -0x80(%rbp)
jl 0x17713e
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0xf0(%rbp)
jmp 0x177149
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0xf0(%rbp)
jmp 0x177149
movq -0xf0(%rbp), %rax
addq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x17716a
jmp 0x17716c
movq -0x88(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
jmp 0x176e7f
movq -0x58(%rbp), %rax
cmpq 0x18(%rbp), %rax
jg 0x17719a
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0xf8(%rbp)
jmp 0x1771a5
movq 0x18(%rbp), %rax
movq %rax, -0xf8(%rbp)
movq -0xf8(%rbp), %rax
movq %rax, -0x100(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq 0x10(%rbp), %rax
jl 0x1771ca
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x108(%rbp)
jmp 0x1771d5
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x108(%rbp)
movq -0x100(%rbp), %rax
movq -0x108(%rbp), %rcx
subq %rcx, %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
cmpq $0x0, -0x80(%rbp)
jl 0x177202
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0x110(%rbp)
jmp 0x17720d
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0x110(%rbp)
jmp 0x17720d
movq -0x110(%rbp), %rax
addq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rax
cmpq 0x18(%rbp), %rax
jg 0x177233
movq -0x68(%rbp), %rax
movq %rax, -0x118(%rbp)
jmp 0x17723e
movq 0x18(%rbp), %rax
movq %rax, -0x118(%rbp)
movq -0x118(%rbp), %rax
movq %rax, -0x120(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
cmpq 0x10(%rbp), %rax
jl 0x177263
movq -0x60(%rbp), %rax
movq %rax, -0x128(%rbp)
jmp 0x17726e
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x128(%rbp)
movq -0x120(%rbp), %rax
movq -0x128(%rbp), %rcx
subq %rcx, %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
cmpq $0x0, -0x80(%rbp)
jl 0x17729b
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0x130(%rbp)
jmp 0x1772a6
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0x130(%rbp)
jmp 0x1772a6
movq -0x130(%rbp), %rax
addq -0x78(%rbp), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
cvtsi2sdq -0x70(%rbp), %xmm0
movq -0x78(%rbp), %rax
subq -0x70(%rbp), %rax
cvtsi2sd %rax, %xmm1
movsd 0x20f588(%rip), %xmm2   # 0x386858
mulsd %xmm2, %xmm1
movq %xmm1, %rax
movabsq $-0x8000000000000000, %rcx # imm = 0x8000000000000000
xorq %rcx, %rax
movq %rax, %xmm1
addsd %xmm1, %xmm0
cvttsd2si %xmm0, %rax
addq $0x130, %rsp            # imm = 0x130
popq %rbp
retq
nopl (%rax)