// File: chhylp123[P]hifiasm/hic.cpp
// Function: worker_pipeline(void*, int, void*)
static void *worker_pipeline(void *data, int step, void *in) // callback for kt_pipeline()
{
    sldat_t *p = (sldat_t*)data;
    ///uint64_t total_base = 0, total_pair = 0;
    if (step == 0) { // step 1: read a block of sequences
        int ret1, ret2;
        uint64_t l1, l2;
		stepdat_t *s;
		CALLOC(s, 1);
        s->idx = p->idx; s->id = p->total_pair; s->t_ch = p->t_ch;
        while (((ret1 = kseq_read(p->ks1)) >= 0)&&((ret2 = kseq_read(p->ks2)) >= 0)) 
        {
            if (p->ks1->seq.l < p->idx->k || p->ks2->seq.l < p->idx->k) continue;
            if (s->n == s->m) {
                s->m = s->m < 16? 16 : s->m + (s->n>>1);
                REALLOC(s->len, s->m);
                REALLOC(s->seq, s->m);
            }

            l1 = p->ks1->seq.l; l2 = p->ks2->seq.l;
            MALLOC(s->seq[s->n], l1+l2);
            s->sum_len += l1+l2;
            memcpy(s->seq[s->n], p->ks1->seq.s, l1);
            memcpy(s->seq[s->n]+l1, p->ks2->seq.s, l2);
            s->len[s->n++] = (uint64_t)(l1<<32)|(uint64_t)l2;

            if (s->sum_len >= p->chunk_size) break;            
        }
        p->total_pair += s->n;
        if (s->sum_len == 0) free(s);
		else return s;
    }
    else if (step == 1) { // step 2: alignment
        stepdat_t *s = (stepdat_t*)in;
        CALLOC(s->pos_buf, p->n_thread);
        CALLOC(s->pos, s->n);
        int i;
        kt_for(p->n_thread, worker_for_alignment, s, s->n);
        for (i = 0; i < s->n; ++i) {
            free(s->seq[i]);
            p->total_base += (s->len[i]>>32) + (uint32_t)s->len[i];
        }
        
        free(s->seq); free(s->len);
        for (i = 0; i < (int)p->n_thread; ++i) {
            free(s->pos_buf[i].a.a);
        }
        free(s->pos_buf);
		return s;
    }
    else if (step == 2) { // step 3: dump
        stepdat_t *s = (stepdat_t*)in;
        int i;
        for (i = 0; i < s->n; ++i) {
            // if(s->pos[i].a == NULL) continue;
            // kv_push(pe_hit_hap, p->hits, s->pos[i]);
            if(s->pos[i].s == (uint64_t)-1) continue;
            kv_push(pe_hit, p->hits.a, s->pos[i]);
        }
        free(s->pos);
        free(s);
    }
    return 0;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x80, %rsp
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movl %esi, -0x14(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
cmpl $0x0, -0x14(%rbp)
jne 0x20127e
movl $0x1, %edi
movl $0x50, %esi
callq 0x2140
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rcx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x90(%rax), %rcx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x48(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
callq 0x1c3df0
movl %eax, %ecx
movl %ecx, -0x2c(%rbp)
xorl %eax, %eax
cmpl $0x0, %ecx
movb %al, -0x65(%rbp)
jl 0x201081
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
callq 0x1c3df0
movl %eax, -0x30(%rbp)
cmpl $0x0, %eax
setge %al
movb %al, -0x65(%rbp)
movb -0x65(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x20108d
jmp 0x201243
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
cmpq 0x40(%rcx), %rax
jb 0x2010bf
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
cmpq 0x40(%rcx), %rax
jae 0x2010c1
jmp 0x20104c
movq -0x48(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq -0x48(%rbp), %rcx
cmpl 0xc(%rcx), %eax
jne 0x20114c
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpl $0x10, 0xc(%rax)
jge 0x2010e5
movl $0x10, %eax
movl %eax, -0x6c(%rbp)
jmp 0x2010fa
movq -0x48(%rbp), %rax
movl 0xc(%rax), %eax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
sarl %ecx
addl %ecx, %eax
movl %eax, -0x6c(%rbp)
movl -0x6c(%rbp), %ecx
movq -0x48(%rbp), %rax
movl %ecx, 0xc(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rdi
movq -0x48(%rbp), %rax
movslq 0xc(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq -0x48(%rbp), %rax
movslq 0xc(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rdi
addq -0x40(%rbp), %rdi
shlq $0x0, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rdx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movslq 0x8(%rcx), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x38(%rbp), %rdx
addq -0x40(%rbp), %rdx
movq -0x48(%rbp), %rax
movslq 0x10(%rax), %rcx
addq %rdx, %rcx
movl %ecx, 0x10(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movslq 0x8(%rcx), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x40(%rax), %rsi
movq -0x38(%rbp), %rdx
callq 0x2180
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movslq 0x8(%rcx), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
addq -0x38(%rbp), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq 0x40(%rax), %rsi
movq -0x40(%rbp), %rdx
callq 0x2180
movq -0x38(%rbp), %rdx
shlq $0x20, %rdx
orq -0x40(%rbp), %rdx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rsi
movl 0x8(%rsi), %ecx
movl %ecx, %edi
addl $0x1, %edi
movl %edi, 0x8(%rsi)
movslq %ecx, %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x48(%rbp), %rax
movslq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x18(%rcx), %rax
jl 0x20123e
jmp 0x201243
jmp 0x20104c
movq -0x48(%rbp), %rax
movslq 0x8(%rax), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
addq 0x30(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x30(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x10(%rax)
jne 0x20126c
movq -0x48(%rbp), %rdi
callq 0x2210
jmp 0x201279
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
jmp 0x2014fc
jmp 0x2014f4
cmpl $0x1, -0x14(%rbp)
jne 0x2013c5
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rdi
movl $0x18, %esi
callq 0x2140
movq %rax, %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x38(%rax)
movq -0x50(%rbp), %rax
movslq 0x8(%rax), %rdi
movl $0x20, %esi
callq 0x2140
movq %rax, %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x40(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movl %eax, %edi
movq -0x50(%rbp), %rdx
movq -0x50(%rbp), %rax
movslq 0x8(%rax), %rcx
leaq 0x11a49(%rip), %rsi     # 0x212d30
callq 0x16d710
movl $0x0, -0x54(%rbp)
movl -0x54(%rbp), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
cmpl 0x8(%rcx), %eax
jge 0x201354
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movslq -0x54(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
callq 0x2210
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movslq -0x54(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rcx
shrq $0x20, %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movslq -0x54(%rbp), %rdx
movq (%rax,%rdx,8), %rax
movl %eax, %eax
addq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
addq 0x28(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x28(%rax)
movl -0x54(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
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jmp 0x2012f3
movq -0x50(%rbp), %rax
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callq 0x2210
movq -0x50(%rbp), %rax
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callq 0x2210
movl $0x0, -0x54(%rbp)
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movq -0x28(%rbp), %rcx
movq 0x20(%rcx), %rcx
cmpl %ecx, %eax
jge 0x2013ab
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rax
movslq -0x54(%rbp), %rcx
imulq $0x18, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
callq 0x2210
movl -0x54(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x54(%rbp)
jmp 0x201375
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
jmp 0x2014fc
cmpl $0x2, -0x14(%rbp)
jne 0x2014f0
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movl $0x0, -0x64(%rbp)
movl -0x64(%rbp), %eax
movq -0x60(%rbp), %rcx
cmpl 0x8(%rcx), %eax
jge 0x2014da
movq -0x60(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movslq -0x64(%rbp), %rcx
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jne 0x20140c
jmp 0x2014cc
jmp 0x20140e
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
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jne 0x201477
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x40(%rax)
je 0x20143c
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x201447
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x201447
movq -0x78(%rbp), %rcx
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movq %rcx, 0x40(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
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movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rsi
shlq $0x5, %rsi
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shlq $0x5, %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rsi
movq 0x38(%rsi), %rdx
movq %rdx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, 0x38(%rsi)
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rax
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, (%rax)
movq 0x8(%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x8(%rax)
movq 0x10(%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x10(%rax)
movq 0x18(%rcx), %rcx
movq %rcx, 0x18(%rax)
jmp 0x2014cc
movl -0x64(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x64(%rbp)
jmp 0x2013de
movq -0x60(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x60(%rbp), %rdi
callq 0x2210
jmp 0x2014f2
jmp 0x2014f4
movq $0x0, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
addq $0x80, %rsp
popq %rbp
retq
nopl (%rax)