// File: chhylp123[P]hifiasm/Correct.cpp
// Function: extract_sub_cigar_err_rr(overlap_region*, long, long, ul_ov_t*)
int64_t extract_sub_cigar_err_rr(overlap_region *z, int64_t s, int64_t e, ul_ov_t *p)
{
    int64_t wk = ovlp_cur_wid(*p), xk = ovlp_cur_xoff(*p), ck = ovlp_cur_coff(*p);
    int64_t min_w = ovlp_min_wid(*p), max_w = ovlp_max_wid(*p);//[min_w, max_w]
    bit_extz_t ez; window_list *m; int64_t bd = ovlp_bd(*p), s0, e0;
    s0 = ((int64_t)(z->w_list.a[min_w].x_start)) + bd; 
    e0 = ((int64_t)(z->w_list.a[max_w].x_end))+1-bd;
    if(s < s0) s = s0; if(e > e0) e = e0;///exclude boundary
    if(s >= e) return -1;

    int64_t ws, we, os, oe, ovlp, err = 0, xl, yl, werr, tot = e - s;
    if(wk < min_w || wk > max_w) wk = min_w;
    for (; wk >= min_w && z->w_list.a[wk].x_start > s; wk--); 
    if(wk < min_w || wk > max_w) return -1;
    for (; wk <= max_w && z->w_list.a[wk].x_end < s; wk++); 
    if(wk < min_w || wk > max_w) return -1;
    //s >= w_list.a[wk].x_start && s <= w_list.a[wk].x_end
    if(wk != ovlp_cur_wid(*p)) {//xk is global, while ck is local
        xk = z->w_list.a[wk].x_start; ck = 0;
    }

    while(wk <= max_w && z->w_list.a[wk].x_start < e) {///[s, e); [min_w, max_w]
        m = &(z->w_list.a[wk]); 
        ws = m->x_start; we = m->x_end+1;
        os = MAX(s, ws); oe = MIN(e, we);
        ovlp = ((oe>os)? (oe-os):0);
        
        if(ovlp) {
            xl = m->x_end+1-m->x_start;
            yl = m->y_end+1-m->y_start;
            if((is_ualn_win((*m))) || (is_est_aln((*m)))) {
                if(is_ualn_win((*m))) { //unmapped
                    werr = gen_err_unaligned(xl, yl);
                } else {
                    werr = m->error;//shared window
                }
                if(ovlp < xl) {
                    werr = (((double)ovlp)/((double)xl))*((double)werr);
                }
                //skip the whole window
                err += werr; xk = m->x_end+1; ck = m->clen;
            } else {
                if(ovlp == xl) {
                    //skip the whole window
                    err += m->error; xk = m->x_end+1; ck = m->clen;
                } else {
                    set_bit_extz_t(ez, (*z), wk); 
                    err += retrieve_cigar_err(&ez, os, oe, &xk, &ck);
                }                
            }
        }
        tot -= ovlp; 
        if(xk >= e) break;//[min_w, max_w] && [s, e)
        wk++; if(wk > max_w) break;
        xk = z->w_list.a[wk].x_start; ck = 0;//reset
    }
    assert(!tot);
    ovlp_cur_wid(*p) = wk; ovlp_cur_xoff(*p) = xk; ovlp_cur_coff(*p) = ck;
    return err;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x1e0, %rsp            # imm = 0x1E0
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movq %rcx, -0x28(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x10(%rax), %eax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x14(%rax), %eax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %eax
andl $0x3fffffff, %eax       # imm = 0x3FFFFFFF
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x138(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
addq -0x138(%rbp), %rax
movq %rax, -0x140(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq 0x4(%rax), %rax
addq $0x1, %rax
subq -0x138(%rbp), %rax
movq %rax, -0x148(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
cmpq -0x140(%rbp), %rax
jge 0x6d85b
movq -0x140(%rbp), %rax
movq %rax, -0x18(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
cmpq -0x148(%rbp), %rax
jle 0x6d873
movq -0x148(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
cmpq -0x20(%rbp), %rax
jl 0x6d88a
movq $-0x1, -0x8(%rbp)
jmp 0x6dffd
movq $0x0, -0x178(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
subq -0x18(%rbp), %rax
movq %rax, -0x198(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jl 0x6d8b8
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jle 0x6d8c0
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0x6d8c2
movq -0x30(%rbp), %rcx
xorl %eax, %eax
cmpq -0x48(%rbp), %rcx
movb %al, -0x199(%rbp)
jl 0x6d8f7
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
cmpq -0x18(%rbp), %rax
setg %al
movb %al, -0x199(%rbp)
movb -0x199(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x6d903
jmp 0x6d913
jmp 0x6d905
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0x6d8c2
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jl 0x6d927
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jle 0x6d934
movq $-0x1, -0x8(%rbp)
jmp 0x6dffd
jmp 0x6d936
movq -0x30(%rbp), %rcx
xorl %eax, %eax
cmpq -0x50(%rbp), %rcx
movb %al, -0x19a(%rbp)
jg 0x6d96c
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq 0x4(%rax), %rax
cmpq -0x18(%rbp), %rax
setl %al
movb %al, -0x19a(%rbp)
movb -0x19a(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x6d978
jmp 0x6d988
jmp 0x6d97a
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0x6d936
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jl 0x6d99c
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jle 0x6d9a9
movq $-0x1, -0x8(%rbp)
jmp 0x6dffd
movq -0x30(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movl (%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
je 0x6d9da
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq $0x0, -0x40(%rbp)
jmp 0x6d9dc
movq -0x30(%rbp), %rcx
xorl %eax, %eax
cmpq -0x50(%rbp), %rcx
movb %al, -0x19b(%rbp)
jg 0x6da11
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
cmpq -0x20(%rbp), %rax
setl %al
movb %al, -0x19b(%rbp)
movb -0x19b(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x6da20
jmp 0x6df98
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x130(%rbp)
movq -0x130(%rbp), %rax
movslq (%rax), %rax
movq %rax, -0x150(%rbp)
movq -0x130(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
cltq
movq %rax, -0x158(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
cmpq -0x150(%rbp), %rax
jl 0x6da7b
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1a8(%rbp)
jmp 0x6da89
movq -0x150(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1a8(%rbp)
movq -0x1a8(%rbp), %rax
movq %rax, -0x160(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
cmpq -0x158(%rbp), %rax
jg 0x6dab1
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1b0(%rbp)
jmp 0x6dabf
movq -0x158(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1b0(%rbp)
movq -0x1b0(%rbp), %rax
movq %rax, -0x168(%rbp)
movq -0x168(%rbp), %rax
cmpq -0x160(%rbp), %rax
jle 0x6daf4
movq -0x168(%rbp), %rax
subq -0x160(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1b8(%rbp)
jmp 0x6daff
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0x1b8(%rbp)
jmp 0x6daff
movq -0x1b8(%rbp), %rax
movq %rax, -0x170(%rbp)
cmpq $0x0, -0x170(%rbp)
je 0x6df35
movq -0x130(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
movq -0x130(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
cltq
movq %rax, -0x180(%rbp)
movq -0x130(%rbp), %rax
movl 0xc(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
movq -0x130(%rbp), %rcx
subl 0x8(%rcx), %eax
cltq
movq %rax, -0x188(%rbp)
movq -0x130(%rbp), %rax
movswl 0x14(%rax), %eax
cmpl $0x7fff, %eax           # imm = 0x7FFF
jne 0x6db89
movq -0x130(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x1c(%rax)
jne 0x6db89
movq -0x130(%rbp), %rax
movswl 0x12(%rax), %eax
cmpl $0x0, %eax
jl 0x6dbb0
movq -0x130(%rbp), %rax
movswl 0x14(%rax), %eax
cmpl $0x7fff, %eax           # imm = 0x7FFF
jge 0x6ddc0
movq -0x130(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x1c(%rax)
jne 0x6ddc0
movq -0x130(%rbp), %rax
movswl 0x14(%rax), %eax
cmpl $0x7fff, %eax           # imm = 0x7FFF
jne 0x6dd33
movq -0x130(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x1c(%rax)
jne 0x6dd33
movq -0x130(%rbp), %rax
movswl 0x12(%rax), %eax
cmpl $0x0, %eax
jge 0x6dd33
cmpq $0x200, -0x180(%rbp) # imm = 0x200
jg 0x6dc3f
movq -0x180(%rbp), %rax
cmpq -0x188(%rbp), %rax
jl 0x6dc18
movq -0x180(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1c0(%rbp)
jmp 0x6dc26
movq -0x188(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1c0(%rbp)
movq -0x1c0(%rbp), %rax
cvtsi2sd %rax, %xmm0
movsd %xmm0, -0x1c8(%rbp)
jmp 0x6dd1d
movq -0x180(%rbp), %rax
cmpq -0x188(%rbp), %rax
jg 0x6dc5f
movq -0x180(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1d0(%rbp)
jmp 0x6dc6d
movq -0x188(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1d0(%rbp)
movq -0x1d0(%rbp), %rax
cvtsi2sd %rax, %xmm0
cvtsi2sdq -0x180(%rbp), %xmm1
movsd 0x31462e(%rip), %xmm2   # 0x3822b8
mulsd %xmm2, %xmm1
movsd 0x31436a(%rip), %xmm2   # 0x382000
addsd %xmm2, %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jb 0x6dce4
movq -0x180(%rbp), %rax
cmpq -0x188(%rbp), %rax
jg 0x6dcc0
movq -0x180(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1d8(%rbp)
jmp 0x6dcce
movq -0x188(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1d8(%rbp)
movq -0x1d8(%rbp), %rax
cvtsi2sd %rax, %xmm0
movsd %xmm0, -0x1e0(%rbp)
jmp 0x6dd0d
cvtsi2sdq -0x180(%rbp), %xmm0
movsd 0x3145c3(%rip), %xmm1   # 0x3822b8
mulsd %xmm1, %xmm0
movsd 0x3142ff(%rip), %xmm1   # 0x382000
addsd %xmm1, %xmm0
movsd %xmm0, -0x1e0(%rbp)
movsd -0x1e0(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, -0x1c8(%rbp)
movsd -0x1c8(%rbp), %xmm0
cvttsd2si %xmm0, %rax
movq %rax, -0x190(%rbp)
jmp 0x6dd46
movq -0x130(%rbp), %rax
movswq 0x14(%rax), %rax
movq %rax, -0x190(%rbp)
movq -0x170(%rbp), %rax
cmpq -0x180(%rbp), %rax
jge 0x6dd85
cvtsi2sdq -0x170(%rbp), %xmm0
cvtsi2sdq -0x180(%rbp), %xmm1
divsd %xmm1, %xmm0
cvtsi2sdq -0x190(%rbp), %xmm1
mulsd %xmm1, %xmm0
cvttsd2si %xmm0, %rax
movq %rax, -0x190(%rbp)
movq -0x190(%rbp), %rax
addq -0x178(%rbp), %rax
movq %rax, -0x178(%rbp)
movq -0x130(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
cltq
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x130(%rbp), %rax
movl 0x1c(%rax), %eax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x6df33
movq -0x170(%rbp), %rax
cmpq -0x180(%rbp), %rax
jne 0x6de10
movq -0x130(%rbp), %rax
movswq 0x14(%rax), %rax
addq -0x178(%rbp), %rax
movq %rax, -0x178(%rbp)
movq -0x130(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
cltq
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x130(%rbp), %rax
movl 0x1c(%rax), %eax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x6df31
jmp 0x6de12
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x70(%rax), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0x58(%rcx), %rcx
movq -0x30(%rbp), %rdx
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x18(%rcx), %ecx
shlq %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x1c(%rax), %eax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %eax
movl %eax, -0x10c(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movl %eax, -0x108(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movl %eax, -0x118(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0xc(%rax), %eax
movl %eax, -0x114(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x14(%rax), %eax
movl %eax, -0xfc(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x14(%rax), %eax
movl %eax, -0x100(%rbp)
movq -0x160(%rbp), %rsi
movq -0x168(%rbp), %rdx
leaq -0x128(%rbp), %rdi
leaq -0x38(%rbp), %rcx
leaq -0x40(%rbp), %r8
callq 0x6b470
addq -0x178(%rbp), %rax
movq %rax, -0x178(%rbp)
jmp 0x6df33
jmp 0x6df35
movq -0x170(%rbp), %rcx
movq -0x198(%rbp), %rax
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x198(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
cmpq -0x20(%rbp), %rax
jl 0x6df59
jmp 0x6df98
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jle 0x6df71
jmp 0x6df98
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq $0x0, -0x40(%rbp)
jmp 0x6d9dc
cmpq $0x0, -0x198(%rbp)
setne %al
xorb $-0x1, %al
testb $0x1, %al
jne 0x6dfab
jmp 0x6dfad
jmp 0x6dfcc
leaq 0x31677b(%rip), %rdi    # 0x38472f
leaq 0x314360(%rip), %rsi    # 0x38231b
movl $0x484c, %edx           # imm = 0x484C
leaq 0x31690f(%rip), %rcx    # 0x3848d6
callq 0x2130
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, (%rax)
movq -0x38(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x4(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x8(%rax)
movq -0x178(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
addq $0x1e0, %rsp            # imm = 0x1E0
popq %rbp
retq
nopw (%rax,%rax)