// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O1/ugobas[P]tnm/McLachlan.c
// Function: rmsd_mclachlan
double rmsd_mclachlan(double *x1, double *x2, double *wt1, int n)
{
    
  int i=0,j=0,m=0, ncoord=3*n;
  double cent1[3], cent2[3], rm[3][3];
  double tmpcent[3];
  double rmsd;

  double tmpatom1[ncoord], *x=x1, *t=tmpatom1;
  for(i=0; i<ncoord; i++){*t=*x; x++; t++;}

  if(DBG){
    double sum=0;
    for(i=0; i<n; i++)sum+=wt1[i];
    printf("Average mass: %.2f\n", sum/n);
  }

  // compute centre of masses for the reference
  // and the mobile proteins    
  center_of_mass(cent1,x1,n,wt1);
  center_of_mass(cent2,x2,n,wt1);
  
  if(DBG){
    printf("Centre of Mass for str1\n");
    printf("\t%.4f %.4f %.4f\n",cent1[0],cent1[1],cent1[2]);
    printf("Centre of Mass for str2\n");
    printf("\t%.4f %.4f %.4f\n",cent2[0],cent2[1],cent2[2]);
  }
  
  // centre both structures in their centres of masses
  tmpcent[0] = -cent1[0];
  tmpcent[1] = -cent1[1];
  tmpcent[2] = -cent1[2];
  
  TranslateVector(tmpatom1,tmpcent,n);
  
  tmpcent[0] = -cent2[0];
  tmpcent[1] = -cent2[1];
  tmpcent[2] = -cent2[2];
  
  TranslateVector(x2,tmpcent,n);
    
  // compute the superposition
  matfit(tmpatom1,x2,rm,n,wt1,1);
  
  // Print rotation matrix
  if(DBG){
    printf("Rotation Matrix\n");
    for (i=0;i<3;i++){
      printf("\t");
      for (j=0;j<3;j++)printf("%.4f ",rm[i][j]);
      printf("\n");
    }
  }
 
  for (i=0;i<n;i++){  
    Apply3Matrix2dot(x2+m,rm);
    m+=3;
  }
  TranslateVector(x2,cent1,n);
    
  if(DBG){
    printf("Translation vector (between Centres of masses)\n");
    printf("\t%.4f %.4f %.4f\n",cent1[0]-cent2[0],
	   cent1[1]-cent2[1],cent1[2]-cent2[2]);
  }
  
  // computes weighted rmsd
  rmsd=rmsd_w(x1,x2,n,wt1);
  
  if(DBG)printf("\t mass-weighted RMS: %.4f\n", rmsd);
  
  
  return (rmsd);
  
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x2a8, %rsp            # imm = 0x2A8
movq %rdx, %rbx
movq %rsi, %r14
movq %rdi, %r15
movq %rsp, -0x40(%rbp)
leal (%rcx,%rcx,2), %eax
leaq 0xf(,%rax,8), %rdx
andq $-0x10, %rdx
movq %rsp, %r12
subq %rdx, %r12
movq %r12, %rsp
movq %rcx, -0x48(%rbp)
testl %ecx, %ecx
jle 0x4eb9f
cmpl $0x2, %eax
movl $0x1, %edx
cmovgel %eax, %edx
shlq $0x3, %rdx
movq %r12, %rdi
movq %r15, %rsi
callq 0x21a0
leaq -0x230(%rbp), %rdi
movq %r15, %rsi
movq -0x48(%rbp), %r13
movl %r13d, %edx
movq %rbx, %rcx
callq 0x4f575
leaq -0x1a0(%rbp), %rdi
movq %r14, %rsi
movl %r13d, %edx
movq %rbx, %rcx
callq 0x4f575
leaq -0x230(%rbp), %rax
movsd (%rax), %xmm2
movsd 0x8(%rax), %xmm3
movsd 0x10(%rax), %xmm4
testl %r13d, %r13d
jle 0x4ec1f
leaq 0x10(%r12), %rax
movl %r13d, %ecx
movsd -0x10(%rax), %xmm0
movsd -0x8(%rax), %xmm1
subsd %xmm2, %xmm0
movsd %xmm0, -0x10(%rax)
subsd %xmm3, %xmm1
movsd %xmm1, -0x8(%rax)
movsd (%rax), %xmm0
subsd %xmm4, %xmm0
movsd %xmm0, (%rax)
addq $0x18, %rax
decl %ecx
jne 0x4ebef
movsd %xmm4, -0xa8(%rbp)
movsd %xmm3, -0xb0(%rbp)
movsd %xmm2, -0xb8(%rbp)
testl %r13d, %r13d
jle 0x4ec8b
movsd -0x1a0(%rbp), %xmm0
movsd -0x198(%rbp), %xmm1
movsd -0x190(%rbp), %xmm2
leaq 0x10(%r14), %rax
movl %r13d, %ecx
movsd -0x10(%rax), %xmm3
subsd %xmm0, %xmm3
movsd -0x8(%rax), %xmm4
subsd %xmm1, %xmm4
movsd %xmm3, -0x10(%rax)
movsd %xmm4, -0x8(%rax)
movsd (%rax), %xmm3
subsd %xmm2, %xmm3
movsd %xmm3, (%rax)
addq $0x18, %rax
decl %ecx
jne 0x4ec5b
cmpl $0x2, %r13d
jl 0x4f3f5
testq %rbx, %rbx
je 0x4ed9c
movl %r13d, %eax
leaq 0x10(%r14), %rcx
addq $0x10, %r12
xorl %edx, %edx
xorpd %xmm0, %xmm0
leaq (%rdx,%rdx,2), %rsi
leaq -0x110(,%rsi,8), %rsi
addq %rbp, %rsi
movupd %xmm0, (%rsi)
movq $0x0, 0x10(%rsi)
movq %r12, %rdi
movq %rcx, %r8
xorl %r9d, %r9d
xorl %r10d, %r10d
cmpl $0x2, %edx
je 0x4ed2b
cmpl $0x1, %edx
je 0x4ed1e
testl %edx, %edx
jne 0x4ed72
movsd (%rbx,%r9,8), %xmm1
mulsd -0x10(%rdi), %xmm1
movsd -0x10(%r8), %xmm2
mulsd %xmm1, %xmm2
addsd (%rsi), %xmm2
movsd %xmm2, (%rsi)
movsd -0x8(%r8), %xmm2
mulsd %xmm1, %xmm2
addsd 0x8(%rsi), %xmm2
movsd %xmm2, 0x8(%rsi)
movq %r8, %r11
jmp 0x4ed63
movsd (%rbx,%r9,8), %xmm1
mulsd -0x8(%rdi), %xmm1
jmp 0x4ed35
movsd (%rbx,%r9,8), %xmm1
mulsd (%rdi), %xmm1
movsd -0x10(%r8), %xmm2
mulsd %xmm1, %xmm2
addsd (%rsi), %xmm2
movsd %xmm2, (%rsi)
movsd -0x8(%r8), %xmm2
mulsd %xmm1, %xmm2
addsd 0x8(%rsi), %xmm2
movsd %xmm2, 0x8(%rsi)
leaq (%r14,%r10,8), %r11
addq $0x10, %r11
mulsd (%r11), %xmm1
addsd 0x10(%rsi), %xmm1
movsd %xmm1, 0x10(%rsi)
addq $0x3, %r10
incq %r9
addq $0x18, %r8
addq $0x18, %rdi
cmpq %r9, %rax
jne 0x4ecd6
incq %rdx
cmpq $0x3, %rdx
jne 0x4ecaf
jmp 0x4ee73
leaq 0x10(%r14), %rax
xorl %ecx, %ecx
xorpd %xmm0, %xmm0
xorl %edx, %edx
leaq (%rcx,%rcx,2), %rsi
leaq -0x110(,%rsi,8), %rsi
addq %rbp, %rsi
movupd %xmm0, (%rsi)
movq $0x0, 0x10(%rsi)
movslq %edx, %rdx
leaq (%rax,%rdx,8), %rdi
movl %r13d, %r8d
cmpl $0x2, %ecx
je 0x4ee13
cmpl $0x1, %ecx
je 0x4ee0a
testl %ecx, %ecx
jne 0x4ee55
movsd (%r12,%rdx,8), %xmm1
movsd -0x10(%rdi), %xmm2
mulsd %xmm1, %xmm2
addsd (%rsi), %xmm2
movsd %xmm2, (%rsi)
movsd -0x8(%rdi), %xmm2
mulsd %xmm1, %xmm2
addsd 0x8(%rsi), %xmm2
movsd %xmm2, 0x8(%rsi)
movq %rdi, %r9
jmp 0x4ee46
movsd 0x8(%r12,%rdx,8), %xmm1
jmp 0x4ee1a
movsd 0x10(%r12,%rdx,8), %xmm1
movsd -0x10(%rdi), %xmm2
mulsd %xmm1, %xmm2
addsd (%rsi), %xmm2
movsd %xmm2, (%rsi)
movsd -0x8(%rdi), %xmm2
mulsd %xmm1, %xmm2
addsd 0x8(%rsi), %xmm2
movsd %xmm2, 0x8(%rsi)
leaq (%r14,%rdx,8), %r9
addq $0x10, %r9
mulsd (%r9), %xmm1
addsd 0x10(%rsi), %xmm1
movsd %xmm1, 0x10(%rsi)
addq $0x3, %rdx
addq $0x18, %rdi
decl %r8d
jne 0x4edcd
incq %rcx
cmpq $0x3, %rcx
jne 0x4eda8
leaq -0x210(%rbp), %rax
xorl %ecx, %ecx
xorpd %xmm0, %xmm0
movabsq $0x3ff0000000000000, %rdx # imm = 0x3FF0000000000000
movupd %xmm0, -0x210(%rbp,%rcx)
movq $0x0, -0x200(%rbp,%rcx)
movq %rdx, (%rax)
addq $0x18, %rcx
addq $0x20, %rax
cmpq $0x48, %rcx
jne 0x4ee8a
leaq -0x110(%rbp), %r13
movsd (%r13), %xmm1
xorpd %xmm0, %xmm0
movapd %xmm0, -0xa0(%rbp)
movq $0x0, -0x90(%rbp)
addsd 0x20(%r13), %xmm1
addsd 0x40(%r13), %xmm1
movsd %xmm1, -0x58(%rbp)
xorpd %xmm6, %xmm6
xorl %r10d, %r10d
leaq -0x180(%rbp), %r12
xorpd %xmm4, %xmm4
imull $0xaaaaaaab, %r10d, %eax # imm = 0xAAAAAAAB
cmpl $0x55555555, %eax       # imm = 0x55555555
ja 0x4ef24
xorpd %xmm0, %xmm0
movapd %xmm0, -0xa0(%rbp)
movq $0x0, -0x90(%rbp)
movsd 0x211c(%rip), %xmm4     # 0x51040
movsd -0x108(%rbp), %xmm7
movsd -0xe8(%rbp), %xmm1
subsd -0xd8(%rbp), %xmm1
movsd %xmm1, -0x1c0(%rbp)
movsd -0xe0(%rbp), %xmm0
subsd -0x100(%rbp), %xmm0
subsd -0xf8(%rbp), %xmm7
movsd %xmm0, -0x1b8(%rbp)
movsd %xmm7, -0x1b0(%rbp)
movsd %xmm0, -0xc0(%rbp)
mulsd %xmm0, %xmm0
movsd %xmm1, -0x38(%rbp)
mulsd %xmm1, %xmm1
addsd %xmm0, %xmm1
movapd %xmm7, %xmm0
mulsd %xmm7, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
ucomisd %xmm6, %xmm0
movapd %xmm7, -0x80(%rbp)
jb 0x4efa2
sqrtsd %xmm0, %xmm3
jmp 0x4efd1
movq %r12, %r13
movq %r10, %r12
movsd %xmm4, -0x30(%rbp)
callq 0x2290
movsd -0x30(%rbp), %xmm4
movapd -0x80(%rbp), %xmm7
movq %r12, %r10
movq %r13, %r12
leaq -0x110(%rbp), %r13
xorpd %xmm6, %xmm6
movapd %xmm0, %xmm3
movsd 0xf32f(%rip), %xmm0     # 0x5e308
ucomisd %xmm3, %xmm0
ja 0x4f3b5
movapd %xmm3, %xmm1
divsd %xmm4, %xmm1
mulsd %xmm1, %xmm1
xorpd %xmm0, %xmm0
xorl %eax, %eax
movsd -0xa0(%rbp,%rax,8), %xmm2
mulsd %xmm1, %xmm2
addsd -0x1c0(%rbp,%rax,8), %xmm2
movsd %xmm2, -0xa0(%rbp,%rax,8)
mulsd %xmm2, %xmm2
addsd %xmm2, %xmm0
incq %rax
cmpq $0x3, %rax
jne 0x4eff5
ucomisd %xmm6, %xmm0
movq %r10, -0x50(%rbp)
movsd %xmm3, -0x30(%rbp)
jb 0x4f03a
sqrtsd %xmm0, %xmm0
jmp 0x4f048
callq 0x2290
movapd -0x80(%rbp), %xmm7
xorpd %xmm6, %xmm6
movsd 0x1ff0(%rip), %xmm1     # 0x51040
divsd %xmm0, %xmm1
xorl %eax, %eax
movsd -0xa0(%rbp,%rax,8), %xmm0
mulsd %xmm1, %xmm0
movsd %xmm0, -0x70(%rbp,%rax,8)
incq %rax
cmpq $0x3, %rax
jne 0x4f056
movsd -0x70(%rbp), %xmm2
movsd -0x68(%rbp), %xmm3
xorpd %xmm0, %xmm0
movsd -0x60(%rbp), %xmm1
movq %r13, %rax
xorl %ecx, %ecx
movsd -0x70(%rbp,%rcx,8), %xmm4
xorl %edx, %edx
movsd (%rax,%rdx,8), %xmm5
mulsd %xmm4, %xmm5
mulsd -0x70(%rbp,%rdx,8), %xmm5
addsd %xmm5, %xmm0
incq %rdx
cmpq $0x3, %rdx
jne 0x4f092
incq %rcx
addq $0x18, %rax
cmpq $0x3, %rcx
jne 0x4f08a
movsd -0xc0(%rbp), %xmm4
mulsd %xmm3, %xmm4
movsd -0x38(%rbp), %xmm3
mulsd %xmm2, %xmm3
addsd %xmm4, %xmm3
mulsd %xmm1, %xmm7
addsd %xmm3, %xmm7
movsd -0x110(%rbp), %xmm5
addsd -0xf0(%rbp), %xmm5
addsd -0xd0(%rbp), %xmm5
subsd %xmm0, %xmm5
movapd %xmm7, %xmm1
mulsd %xmm7, %xmm1
movapd %xmm5, %xmm0
mulsd %xmm5, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
ucomisd %xmm6, %xmm0
jb 0x4f118
sqrtsd %xmm0, %xmm0
jmp 0x4f135
movapd %xmm7, -0x80(%rbp)
movsd %xmm5, -0x38(%rbp)
callq 0x2290
movsd -0x38(%rbp), %xmm5
movapd -0x80(%rbp), %xmm7
xorpd %xmm6, %xmm6
movq -0x50(%rbp), %r10
leaq -0x210(%rbp), %rdi
movsd -0x30(%rbp), %xmm4
divsd %xmm0, %xmm5
divsd %xmm0, %xmm7
ucomisd %xmm6, %xmm5
jbe 0x4f175
movapd %xmm7, %xmm0
xorpd 0x1f31(%rip), %xmm0     # 0x51090
maxsd %xmm7, %xmm0
movsd 0xf1a5(%rip), %xmm1     # 0x5e310
ucomisd %xmm0, %xmm1
ja 0x4f3b5
movsd 0x1ec3(%rip), %xmm0     # 0x51040
subsd %xmm5, %xmm0
movq %r12, %rax
xorl %ecx, %ecx
movsd -0x70(%rbp,%rcx,8), %xmm1
movapd %xmm0, %xmm2
mulsd %xmm1, %xmm2
movsd %xmm2, -0x130(%rbp,%rcx,8)
xorl %edx, %edx
movsd -0x70(%rbp,%rdx,8), %xmm3
mulsd %xmm2, %xmm3
movsd %xmm3, (%rax,%rdx,8)
incq %rdx
cmpq $0x3, %rdx
jne 0x4f19f
leaq (%rcx,%rcx,2), %rdx
leaq -0x180(,%rdx,8), %rdx
addq %rbp, %rdx
movsd (%rdx,%rcx,8), %xmm2
addsd %xmm5, %xmm2
movsd %xmm2, (%rdx,%rcx,8)
mulsd %xmm7, %xmm1
movsd %xmm1, -0x130(%rbp,%rcx,8)
incq %rcx
addq $0x18, %rax
cmpq $0x3, %rcx
jne 0x4f186
movsd -0x120(%rbp), %xmm0
movsd -0x178(%rbp), %xmm1
movsd -0x158(%rbp), %xmm2
subsd %xmm0, %xmm1
movsd %xmm1, -0x178(%rbp)
movsd -0x130(%rbp), %xmm1
movsd -0x128(%rbp), %xmm3
subsd %xmm1, %xmm2
movsd %xmm2, -0x158(%rbp)
movsd -0x150(%rbp), %xmm2
subsd %xmm3, %xmm2
movsd %xmm2, -0x150(%rbp)
addsd -0x168(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, -0x168(%rbp)
addsd -0x148(%rbp), %xmm1
movsd %xmm1, -0x148(%rbp)
addsd -0x170(%rbp), %xmm3
movsd %xmm3, -0x170(%rbp)
movq %r12, %rax
xorl %ecx, %ecx
movq %rdi, %rdx
xorl %esi, %esi
leaq (%rcx,%rcx,2), %r8
leaq -0x280(,%r8,8), %r8
addq %rbp, %r8
leaq (%r8,%rsi,8), %r11
movq $0x0, (%r11)
xorpd %xmm0, %xmm0
movq %rdx, %r8
xorl %r9d, %r9d
movsd (%rax,%r9,8), %xmm1
mulsd (%r8), %xmm1
addsd %xmm1, %xmm0
incq %r9
addq $0x18, %r8
cmpq $0x3, %r9
jne 0x4f2a0
movsd %xmm0, (%r11)
incq %rsi
addq $0x8, %rdx
cmpq $0x3, %rsi
jne 0x4f27c
incq %rcx
addq $0x18, %rax
cmpq $0x3, %rcx
jne 0x4f277
movl $0x9, %ecx
leaq -0x280(%rbp), %rsi
rep  movsq (%rsi), %es:(%rdi)
movq %r12, %rax
xorl %ecx, %ecx
movq %r13, %rdx
xorl %esi, %esi
leaq (%rcx,%rcx,2), %rdi
leaq -0x280(,%rdi,8), %rdi
addq %rbp, %rdi
leaq (%rdi,%rsi,8), %rdi
movq $0x0, (%rdi)
xorpd %xmm0, %xmm0
movq %rdx, %r8
xorl %r9d, %r9d
movsd (%rax,%r9,8), %xmm1
mulsd (%r8), %xmm1
addsd %xmm1, %xmm0
incq %r9
addq $0x18, %r8
cmpq $0x3, %r9
jne 0x4f318
movsd %xmm0, (%rdi)
incq %rsi
addq $0x8, %rdx
cmpq $0x3, %rsi
jne 0x4f2f4
incq %rcx
addq $0x18, %rax
cmpq $0x3, %rcx
jne 0x4f2ef
movl $0x9, %ecx
movq %r13, %rdi
leaq -0x280(%rbp), %rsi
rep  movsq (%rsi), %es:(%rdi)
movsd -0x110(%rbp), %xmm0
addsd -0xf0(%rbp), %xmm0
addsd -0xd0(%rbp), %xmm0
movapd %xmm0, %xmm1
subsd -0x58(%rbp), %xmm1
movapd %xmm1, %xmm2
xorpd 0x1cff(%rip), %xmm2     # 0x51090
maxsd %xmm1, %xmm2
movsd 0xef6b(%rip), %xmm1     # 0x5e308
ucomisd %xmm2, %xmm1
ja 0x4f3b5
incl %r10d
movsd %xmm0, -0x58(%rbp)
cmpl $0x1e, %r10d
jne 0x4eef7
leaq -0x2d0(%rbp), %rax
leaq -0x210(%rbp), %rcx
xorl %edx, %edx
movq -0x48(%rbp), %r13
movq %rax, %rsi
xorl %edi, %edi
movsd (%rcx,%rdi,8), %xmm0
movsd %xmm0, (%rsi)
incq %rdi
addq $0x18, %rsi
cmpq $0x3, %rdi
jne 0x4f3ce
incq %rdx
addq $0x8, %rax
addq $0x18, %rcx
cmpq $0x3, %rdx
jne 0x4f3c9
testl %r13d, %r13d
jle 0x4f495
xorl %eax, %eax
leaq -0x2c0(%rbp), %rcx
xorl %edx, %edx
movsd (%r14,%rax,8), %xmm0
movsd 0x8(%r14,%rax,8), %xmm1
movsd 0x10(%r14,%rax,8), %xmm2
movq %rcx, %rsi
xorl %edi, %edi
movsd -0x8(%rsi), %xmm3
mulsd %xmm1, %xmm3
movsd -0x10(%rsi), %xmm4
mulsd %xmm0, %xmm4
addsd %xmm3, %xmm4
movsd (%rsi), %xmm3
mulsd %xmm2, %xmm3
addsd %xmm4, %xmm3
movsd %xmm3, -0x210(%rbp,%rdi,8)
incq %rdi
addq $0x18, %rsi
cmpq $0x3, %rdi
jne 0x4f422
movsd -0x210(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, (%r14,%rax,8)
movsd -0x208(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, 0x8(%r14,%rax,8)
movsd -0x200(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, 0x10(%r14,%rax,8)
addq $0x3, %rax
incl %edx
cmpl %r13d, %edx
jne 0x4f409
movsd 0x6c4b(%rip), %xmm0     # 0x560e8
testl %r13d, %r13d
jle 0x4f54a
leaq 0x10(%r14), %rax
movl %r13d, %ecx
movsd -0xb8(%rbp), %xmm2
movsd -0xb0(%rbp), %xmm3
movsd -0xa8(%rbp), %xmm4
movsd -0x10(%rax), %xmm1
addsd %xmm2, %xmm1
movsd %xmm1, -0x10(%rax)
movsd -0x8(%rax), %xmm1
addsd %xmm3, %xmm1
movsd %xmm1, -0x8(%rax)
movsd (%rax), %xmm1
addsd %xmm4, %xmm1
movsd %xmm1, (%rax)
addq $0x18, %rax
decl %ecx
jne 0x4f4c5
testl %r13d, %r13d
jle 0x4f54a
movl %r13d, %eax
xorpd %xmm0, %xmm0
xorl %ecx, %ecx
xorpd %xmm1, %xmm1
movsd (%rbx,%rcx,8), %xmm2
xorl %edx, %edx
movsd (%r15,%rdx,8), %xmm3
subsd (%r14,%rdx,8), %xmm3
movapd %xmm2, %xmm4
mulsd %xmm3, %xmm4
mulsd %xmm3, %xmm4
addsd %xmm4, %xmm0
incq %rdx
cmpl $0x3, %edx
jne 0x4f50e
addq $0x18, %r15
addsd %xmm2, %xmm1
addq $0x18, %r14
incq %rcx
cmpq %rax, %rcx
jne 0x4f507
divsd %xmm1, %xmm0
xorpd %xmm1, %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jb 0x4f55a
sqrtsd %xmm0, %xmm0
jmp 0x4f55f
callq 0x2290
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, %rsp
leaq -0x28(%rbp), %rsp
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq