// File: chhylp123[P]hifiasm/inter.cpp
// Function: gen_gl_aln(overlap_region_alloc*, ul_idx_t const*, kv_ul_ov_t*)
void gen_gl_aln(overlap_region_alloc* olist, const ul_idx_t *uref, kv_ul_ov_t *res)
{
	uint64_t k; ul_ov_t *p = NULL;
	res->n = 0; kv_resize(ul_ov_t, *res, olist->length);
	for (k = 0; k < olist->length; k++) {
		// fprintf(stderr, "+++[M::%s::utg%.6dl] q[%d, %d), t[%d, %d), tot::%u, cis::%u, err::%u\n", __func__, 
        // (int32_t)olist->list[k].y_id+1, olist->list[k].x_pos_s, olist->list[k].x_pos_e+1,
		// olist->list[k].y_pos_s, olist->list[k].y_pos_e+1,
		// olist->list[k].overlapLen, olist->list[k].align_length, olist->list[k].non_homopolymer_errors);
		p = &(res->a[res->n++]); assert(olist->list[k].overlapLen >= olist->list[k].align_length);
		p->qn = k; p->qs = olist->list[k].x_pos_s; p->qe = olist->list[k].x_pos_e+1;
		p->tn = olist->list[k].y_id; p->sec = olist->list[k].align_length; 
		p->rev = olist->list[k].y_pos_strand; p->el = (olist->list[k].is_match==1?1:0); 
		if(p->rev) {
			p->ts = uref->ug->u.a[p->tn].len - (olist->list[k].y_pos_e+1); 
			p->te = uref->ug->u.a[p->tn].len - olist->list[k].y_pos_s;
		} else {
			p->ts = olist->list[k].y_pos_s; 
			p->te = olist->list[k].y_pos_e+1;
		}
	}
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x30, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq $0x0, -0x28(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq $0x0, 0x8(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jae 0x2a15b4
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
imulq $0x1c, 0x10(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
jmp 0x2a15b6
movq $0x0, -0x20(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jae 0x2a181c
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x18(%rbp), %rdx
movq 0x8(%rdx), %rcx
movq %rcx, %rsi
addq $0x1, %rsi
movq %rsi, 0x8(%rdx)
imulq $0x1c, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x20(%rax), %eax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpl 0x28(%rcx), %eax
jb 0x2a1623
jmp 0x2a1642
leaq 0xf069e(%rip), %rdi     # 0x391cc8
leaq 0xef1fe(%rip), %rsi     # 0x39082f
movl $0x1470, %edx           # imm = 0x1470
leaq 0xf06c4(%rip), %rcx     # 0x391d01
callq 0x2130
movq -0x20(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, (%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x4(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %ecx
addl $0x1, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x8(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x10(%rax), %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0xc(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x28(%rax), %edx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %ecx
andl $0x3fffffff, %edx       # imm = 0x3FFFFFFF
andl $0xc0000000, %ecx       # imm = 0xC0000000
orl %edx, %ecx
movl %ecx, 0x18(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x1c(%rax), %edx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %ecx
andl $0x1, %edx
shll $0x1f, %edx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
orl %edx, %ecx
movl %ecx, 0x18(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movzbl 0x2c(%rax), %ecx
xorl %edx, %edx
movl $0x1, %eax
cmpl $0x1, %ecx
cmovel %eax, %edx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %ecx
andl $0x1, %edx
shll $0x1e, %edx
andl $0xbfffffff, %ecx       # imm = 0xBFFFFFFF
orl %edx, %ecx
movl %ecx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %eax
shrl $0x1f, %eax
cmpl $0x0, %eax
je 0x2a17ce
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movl 0xc(%rcx), %ecx
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl 0x18(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
subl %eax, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x10(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movl 0xc(%rcx), %ecx
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
subl 0x14(%rax), %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x14(%rax)
jmp 0x2a1809
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x14(%rax), %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x10(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x18(%rax), %ecx
addl $0x1, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x14(%rax)
jmp 0x2a180b
movq -0x20(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
jmp 0x2a15be
addq $0x30, %rsp
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)