// File: chhylp123[P]hifiasm/Hash_Table.cpp
// Function: lchain_simple(k_mer_hit*, long, k_mer_hit*, Chain_Data*, long, long)
uint64_t lchain_simple(k_mer_hit* a, int64_t a_n, k_mer_hit* des, Chain_Data* dp, 
                                                        int64_t max_skip, int64_t max_iter)
{
    if(a_n <= 0) return 0;
    int64_t *p, *t, max_f, n_skip, st, max_j, sc, msc, msc_i; 
    int32_t *f; int64_t i, j, cL = 0; 
    resize_Chain_Data(dp, a_n, NULL);
    t = dp->tmp; f = dp->score; p = dp->pre; msc = msc_i = -1;

    for (i=1, f[0]=a[0].cnt, p[0]=-1, msc_i=a_n-1; i<a_n; i++) {
        j = i-1;
        if((a[i].self_offset > a[j].self_offset)&&(a[i].offset > a[j].offset)) {
            p[i] = j; f[i] = f[j]+a[i].cnt;
        } else {
            break;
        }
    }
    if(i >= a_n) goto ss_kip;
    
    memset(t, 0, (a_n*sizeof((*t))));
    f[0]=a[0].cnt; p[0]=-1; msc = f[0]; msc_i = 0;

    for (i = 1, st = 0; i < a_n; ++i) {
        max_f = INT32_MIN; n_skip = 0; max_j = -1;
        if ((i-st) > max_iter) st = i-max_iter;
        ///[st, i-2]
        for (j=i-1; j >= st; --j) {
            if((a[i].self_offset > a[j].self_offset)&&(a[i].offset > a[j].offset)) {
                sc = f[j]+a[i].cnt;
                if (sc > max_f) {
                    max_f = sc, max_j = j;
                    if (n_skip > 0) --n_skip;
                } else if (t[j] == (int32_t)i) {
                    if (++n_skip > max_skip)
                        break;
                }
                if (p[j] >= 0) t[p[j]] = i;
            }
        }
        f[i] = max_f; p[i] = max_j;
        if(f[i] > msc) {
            msc = f[i]; msc_i = i;
        }
    }

    ss_kip:
    ///a[] has been sorted by self_offset
    i = msc_i; 
    cL = 0; 
    while (i >= 0) {
        t[cL++] = i; i = p[i];
    }

    n_skip = cL>>1;
    for (i = 0; i < n_skip; i++) {
        msc_i = t[i]; t[i] = t[cL-i-1]; t[cL-i-1] = msc_i;
    }
    if(des) {
        for (i = 0; i < cL; i++) des[i] = a[t[i]];
    }
    return cL;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0xa0, %rsp
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movq %rcx, -0x28(%rbp)
movq %r8, -0x30(%rbp)
movq %r9, -0x38(%rbp)
cmpq $0x0, -0x18(%rbp)
jg 0x2a767
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x2accf
movq $0x0, -0xa0(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rsi
xorl %eax, %eax
movl %eax, %edx
callq 0x226f0
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq $-0x1, -0x80(%rbp)
movq $-0x1, -0x78(%rbp)
movq $0x1, -0x90(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movl 0xc(%rax), %ecx
movq -0x88(%rbp), %rax
movl %ecx, (%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq $-0x1, (%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
cmpq -0x18(%rbp), %rax
jge 0x2a8d0
movq -0x90(%rbp), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
shlq $0x4, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq -0x98(%rbp), %rdx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpl 0x8(%rcx), %eax
jbe 0x2a8b5
movq -0x10(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
shlq $0x4, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq -0x98(%rbp), %rdx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jbe 0x2a8b5
movq -0x98(%rbp), %rdx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x98(%rbp), %rcx
movl (%rax,%rcx,4), %edx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
shlq $0x4, %rcx
addq %rcx, %rax
addl 0xc(%rax), %edx
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movl %edx, (%rax,%rcx,4)
jmp 0x2a8b7
jmp 0x2a8d0
jmp 0x2a8b9
movq -0x90(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x2a7eb
movq -0x90(%rbp), %rax
cmpq -0x18(%rbp), %rax
jl 0x2a8e2
jmp 0x2ab62
movq -0x48(%rbp), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rdx
shlq $0x3, %rdx
xorl %esi, %esi
callq 0x2100
movq -0x10(%rbp), %rax
movl 0xc(%rax), %ecx
movq -0x88(%rbp), %rax
movl %ecx, (%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq $-0x1, (%rax)
movq -0x88(%rbp), %rax
movslq (%rax), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq $0x0, -0x80(%rbp)
movq $0x1, -0x90(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
cmpq -0x18(%rbp), %rax
jge 0x2ab60
movq $-0x80000000, -0x50(%rbp) # imm = 0x80000000
movq $0x0, -0x58(%rbp)
movq $-0x1, -0x68(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
subq -0x60(%rbp), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jle 0x2a982
movq -0x90(%rbp), %rax
subq -0x38(%rbp), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x98(%rbp), %rax
cmpq -0x60(%rbp), %rax
jl 0x2aae4
movq -0x10(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
shlq $0x4, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq -0x98(%rbp), %rdx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpl 0x8(%rcx), %eax
jbe 0x2aacb
movq -0x10(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
shlq $0x4, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq -0x98(%rbp), %rdx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jbe 0x2aacb
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x98(%rbp), %rcx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq -0x90(%rbp), %rdx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rcx
addl 0xc(%rcx), %eax
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x70(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jle 0x2aa63
movq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x98(%rbp), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
cmpq $0x0, -0x58(%rbp)
jle 0x2aa61
movq -0x58(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x2aa99
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x98(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movslq %ecx, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jne 0x2aa97
movq -0x58(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
cmpq -0x30(%rbp), %rax
jle 0x2aa95
jmp 0x2aae4
jmp 0x2aa97
jmp 0x2aa99
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x98(%rbp), %rcx
cmpq $0x0, (%rax,%rcx,8)
jl 0x2aac9
movq -0x90(%rbp), %rdx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq -0x98(%rbp), %rsi
movq (%rcx,%rsi,8), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x2aacb
jmp 0x2aacd
movq -0x98(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
jmp 0x2a994
movq -0x50(%rbp), %rax
movl %eax, %edx
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movl %edx, (%rax,%rcx,4)
movq -0x68(%rbp), %rdx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movslq (%rax,%rcx,4), %rax
cmpq -0x78(%rbp), %rax
jle 0x2ab47
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movslq (%rax,%rcx,4), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
jmp 0x2ab49
movq -0x90(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x2a939
jmp 0x2ab62
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
movq $0x0, -0xa0(%rbp)
cmpq $0x0, -0x90(%rbp)
jl 0x2abbe
movq -0x90(%rbp), %rdx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0xa0(%rbp), %rcx
movq %rcx, %rsi
addq $0x1, %rsi
movq %rsi, -0xa0(%rbp)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x2ab78
movq -0xa0(%rbp), %rax
sarq %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq $0x0, -0x90(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
cmpq -0x58(%rbp), %rax
jge 0x2ac52
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0xa0(%rbp), %rcx
subq -0x90(%rbp), %rcx
subq $0x1, %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x80(%rbp), %rdx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0xa0(%rbp), %rcx
subq -0x90(%rbp), %rcx
subq $0x1, %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x90(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x2abd7
cmpq $0x0, -0x20(%rbp)
je 0x2acc4
movq $0x0, -0x90(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
cmpq -0xa0(%rbp), %rax
jge 0x2acc2
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rdx
movq (%rax,%rdx,8), %rax
shlq $0x4, %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rdx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rax
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, (%rax)
movq 0x8(%rcx), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x90(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x2ac64
jmp 0x2acc4
movq -0xa0(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
addq $0xa0, %rsp
popq %rbp
retq
nopl (%rax)