// File: chhylp123[P]hifiasm/inter.cpp
// Function: comput_sc_partial_cigar(long, long, double, overlap_region*, long*, long*)
int64_t comput_sc_partial_cigar(int64_t sc, int64_t ol, double err_sc_r, overlap_region *z, int64_t *wi, int64_t *werr)
{
	int64_t k = wi?(*wi):0, wn = z->w_list.n, err = werr?(*werr):0, e = z->x_pos_s+ol;
	if(ol == 0) return sc;
	// int64_t pk, pe;
	if((int64_t)(z->x_pos_e + 1 - z->x_pos_s) <= ol) return 0;
	if(k == wn) {
		k--;
		if(z->w_list.a[k].y_end != -1) {
			err -= z->w_list.a[k].error;
		}
	}
	if(z->w_list.a[k].x_start >= e) {
		if(z->w_list.a[k].y_end != -1) err += z->w_list.a[k].error;
		for (;(k>=0) && (z->w_list.a[k].x_start>=e); k--) {
			if(z->w_list.a[k].y_end != -1) {
				err -= z->w_list.a[k].error;
			}
		}
	} else {
		for (;(k<wn) && (z->w_list.a[k].x_start<e); k++) {
			if(z->w_list.a[k].y_end != -1) {
				err += z->w_list.a[k].error;
			}
		}
		k--;
	}
	// pk = (*wi); pe = (*werr);
	if(k < 0) {
		k = 0; err = 0;
		if(wi) (*wi) = k; if(werr) (*werr) = err;
		// assert(e <= z->w_list.a[0].x_start);
	} else {
		if(z->w_list.a[k].y_end != -1) {
			err -= z->w_list.a[k].error;
		}
		if(wi) (*wi) = k; if(werr) (*werr) = err;
	
		// if(!(err >= 0 && k >= 0 && k < wn && z->w_list.a[k].x_start < e && z->w_list.a[k].x_end + 1 >= e)){
		// 	fprintf(stderr, "[M::%s] ol::%ld, e::%ld, z::[%u, %u], k::%ld, wn::%ld, w::[%d, %d], err::%ld\n", __func__, 
		// 	ol, e, z->x_pos_s, z->x_pos_e, k, wn, z->w_list.a[k].x_start, z->w_list.a[k].x_end, err);
		// }
		// assert(err >= 0 && k >= 0 && k < wn && z->w_list.a[k].x_start < e && 
		// 											(e <= z->w_list.a[k+1].x_start));
		
		if((int64_t)z->w_list.a[k].x_end+1 <= e) {
			if(z->w_list.a[k].y_end != -1) {
				err += z->w_list.a[k].error;
			}
		} else {
			// assert(z->w_list.a[k].x_start < e);
			if(z->w_list.a[k].y_end != -1) {
				err += (((double)(e-z->w_list.a[k].x_start))/
								((double)(z->w_list.a[k].x_end+1-z->w_list.a[k].x_start)))*z->w_list.a[k].error;
			} 
		}
	}

	// int64_t dbg_k, dbg_e = comput_err_partial_cigar(ol, z, &dbg_k);
	// if(err != dbg_e) {
	// 	fprintf(stderr, "[M::%s] ol::%ld, e::%ld, z::[%u, %u], k::%ld, wn::%ld, w::[%d, %d], err::%ld, dbg_e::%ld, dbg_k::%ld, pe::%ld, pk::%ld, sum_pk_err::%ld, sum_k_err::%ld, werr::%ld\n", 
	// 	__func__, ol, e, z->x_pos_s, z->x_pos_e, k, wn, z->w_list.a[k].x_start, z->w_list.a[k].x_end, err, dbg_e, dbg_k, pe, pk, 
	// 	sum_w_err(z->w_list.a, pk), sum_w_err(z->w_list.a, k), *werr);
	// }
	// assert(err == dbg_e);
	
	ol -= (err*err_sc_r); sc -= ol; if(sc <= 0) sc = 1;
	return sc;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movsd %xmm0, -0x20(%rbp)
movq %rdx, -0x28(%rbp)
movq %rcx, -0x30(%rbp)
movq %r8, -0x38(%rbp)
cmpq $0x0, -0x30(%rbp)
je 0x2ab721
movq -0x30(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x2ab729
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x2ab729
movq -0x60(%rbp), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
cmpq $0x0, -0x38(%rbp)
je 0x2ab751
movq -0x38(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
jmp 0x2ab759
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0x68(%rbp)
jmp 0x2ab759
movq -0x68(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
addq -0x18(%rbp), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
cmpq $0x0, -0x18(%rbp)
jne 0x2ab784
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
jmp 0x2abb7d
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
movq -0x28(%rbp), %rcx
subl 0x4(%rcx), %eax
movl %eax, %eax
cmpq -0x18(%rbp), %rax
jg 0x2ab7aa
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x2abb7d
movq -0x40(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jne 0x2ab7fe
movq -0x40(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x2ab7fc
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswq 0x14(%rax), %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x2ab7fe
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
cmpq -0x58(%rbp), %rax
jl 0x2ab8e2
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x2ab857
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswq 0x14(%rax), %rax
addq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x2ab859
xorl %eax, %eax
cmpq $0x0, -0x40(%rbp)
movb %al, -0x69(%rbp)
jl 0x2ab885
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
cmpq -0x58(%rbp), %rax
setge %al
movb %al, -0x69(%rbp)
movb -0x69(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x2ab88e
jmp 0x2ab8dd
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x2ab8ca
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswq 0x14(%rax), %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x2ab8cc
movq -0x40(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x2ab859
jmp 0x2ab974
jmp 0x2ab8e4
movq -0x40(%rbp), %rcx
xorl %eax, %eax
cmpq -0x48(%rbp), %rcx
movb %al, -0x6a(%rbp)
jge 0x2ab913
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
cmpq -0x58(%rbp), %rax
setl %al
movb %al, -0x6a(%rbp)
movb -0x6a(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x2ab91c
jmp 0x2ab968
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x2ab955
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswq 0x14(%rax), %rax
addq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x2ab957
movq -0x40(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x2ab8e4
movq -0x40(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
cmpq $0x0, -0x40(%rbp)
jge 0x2ab9b4
movq $0x0, -0x40(%rbp)
movq $0x0, -0x50(%rbp)
cmpq $0x0, -0x30(%rbp)
je 0x2ab99d
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
cmpq $0x0, -0x38(%rbp)
je 0x2ab9af
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
jmp 0x2abb1e
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x2ab9f0
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswq 0x14(%rax), %rcx
movq -0x50(%rbp), %rax
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
cmpq $0x0, -0x30(%rbp)
je 0x2aba02
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
cmpq $0x0, -0x38(%rbp)
je 0x2aba14
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq 0x4(%rax), %rax
addq $0x1, %rax
cmpq -0x58(%rbp), %rax
jg 0x2aba73
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x2aba6e
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswq 0x14(%rax), %rax
addq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x2abb1c
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
cmpl $-0x1, 0xc(%rax)
je 0x2abb1a
movq -0x58(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq 0x58(%rcx), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rdx
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rcx
movslq (%rcx), %rcx
subq %rcx, %rax
cvtsi2sd %rax, %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq 0x58(%rcx), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rdx
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rcx
subl (%rcx), %eax
cvtsi2sd %eax, %xmm1
divsd %xmm1, %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x14(%rax), %eax
cvtsi2sd %eax, %xmm2
cvtsi2sdq -0x50(%rbp), %xmm1
mulsd %xmm2, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
cvttsd2si %xmm0, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x2abb1c
jmp 0x2abb1e
cvtsi2sdq -0x50(%rbp), %xmm0
movsd -0x20(%rbp), %xmm2
cvtsi2sdq -0x18(%rbp), %xmm1
movq %xmm0, %rax
movabsq $-0x8000000000000000, %rcx # imm = 0x8000000000000000
xorq %rcx, %rax
movq %rax, %xmm0
mulsd %xmm2, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
cvttsd2si %xmm0, %rax
movq %rax, -0x18(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x10(%rbp)
cmpq $0x0, -0x10(%rbp)
jg 0x2abb75
movq $0x1, -0x10(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)