// File: /workspace/github_cpp_makefile_star2_O1/ncbi[P]amr/alignment.cpp
// Function: Alignment_sp::AmrMutation::qc() const
void AmrMutation::qc () const
{
  if (! qc_on)
    return;
    
  if (empty ())
    return;
    
  QC_ASSERT (! geneMutation. empty ());
	QC_ASSERT (isUpper (reference));
	QC_ASSERT (isUpper (allele));
	QC_ASSERT (reference != allele);
	QC_ASSERT (! contains (reference, '-'));
	QC_ASSERT (! contains (allele,    '-'));
	QC_ASSERT (! gene. empty ());
	QC_ASSERT (! reference. empty ());  
	QC_IMPLY (frameshift != no_index, ! allele. empty ());
	QC_IMPLY (frameshift != no_index, pos_std >= 0);
	QC_ASSERT ((frameshift == no_index) == (frameshift_insertion == 0));
	QC_IMPLY (frameshift_insertion, frameshift_insertion % 3);
}

// Assembly:
pushq %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x108, %rsp            # imm = 0x108
leaq 0x61868(%rip), %rax     # 0xb9a98
cmpb $0x1, (%rax)
jne 0x583a9
movq %rdi, %rbx
cmpq $0x0, 0x18(%rdi)
je 0x583a9
callq 0xb070
movl $0x0, (%rax)
cmpq $0x0, 0xb0(%rbx)
je 0x583bb
movq %rax, %r14
movl $0x0, (%rax)
leaq 0x30(%rbx), %r12
movq %r12, %rdi
callq 0x148f9
testb %al, %al
je 0x5845a
movl $0x0, (%r14)
leaq 0x50(%rbx), %r15
movq %r15, %rdi
callq 0x148f9
testb %al, %al
je 0x584f9
movl $0x0, (%r14)
movq 0x38(%rbx), %rdx
cmpq 0x58(%rbx), %rdx
jne 0x582c6
testq %rdx, %rdx
je 0x58598
movq (%r15), %rsi
movq (%r12), %rdi
callq 0xb5c0
testl %eax, %eax
je 0x58598
movl $0x0, (%r14)
movq %r12, %rdi
movl $0x2d, %esi
xorl %edx, %edx
callq 0xb760
cmpq $-0x1, %rax
jne 0x58637
movl $0x0, (%r14)
movq %r15, %rdi
movl $0x2d, %esi
xorl %edx, %edx
callq 0xb760
cmpq $-0x1, %rax
jne 0x586d6
movl $0x0, (%r14)
cmpq $0x0, 0x78(%rbx)
je 0x58775
movl $0x0, (%r14)
cmpq $0x0, 0x38(%rbx)
je 0x58814
movq 0x98(%rbx), %rax
cmpq $-0x1, %rax
je 0x58363
movl $0x0, (%r14)
cmpq $0x0, 0x58(%rbx)
je 0x58952
cmpq $-0x1, %rax
je 0x58363
movl $0x0, (%r14)
cmpl $0x0, 0x90(%rbx)
js 0x58a90
cmpq $-0x1, %rax
sete %cl
movl $0x0, (%r14)
movl 0xa0(%rbx), %eax
testl %eax, %eax
setne %dl
xorb %cl, %dl
je 0x588b3
testl %eax, %eax
je 0x583a9
movl $0x0, (%r14)
imull $0xaaaaaaab, 0xa0(%rbx), %eax # imm = 0xAAAAAAAB
addl $0x2aaaaaaa, %eax       # imm = 0x2AAAAAAA
cmpl $0x55555554, %eax       # imm = 0x55555554
jbe 0x589f1
addq $0x108, %rsp            # imm = 0x108
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3ec4d(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3ec5c(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb3, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3adac(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58b39
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58b46
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3ebae(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3ebbd(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb4, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3ad0d(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58bba
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58bc7
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3eb0f(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3eb1e(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb5, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3ac6e(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58c3b
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58c48
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3ea70(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3ea7f(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb6, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3abcf(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58cbc
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58cc9
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e9d1(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3e9e0(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb7, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3ab30(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58d3d
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58d4a
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e932(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3e941(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb8, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3aa91(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58dbe
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58dcb
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e893(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3e8a2(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xb9, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3a9f2(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58e3f
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58e4c
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e7f4(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3e803(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xba, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3a953(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58ec0
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58ecd
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e755(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3e764(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xbd, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3a8b4(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58f41
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58f4e
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e6b6(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3e6c5(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xbb, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3a815(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x58fc2
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x58fcf
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e617(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3e626(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xbe, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3a776(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x59043
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x59050
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x58b2f
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3e578(%rip), %rsi     # 0x97028
leaq 0x3e587(%rip), %rdx     # 0x9703e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xbc, %esi
callq 0xe1a8
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe100
leaq 0x3a6d7(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x590c4
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x590d1
movl $0x1, %edi
callq 0xb6d0
movq %rdx, 0x8(%rsp)
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x18(%rsp)
movq 0x8(%rax), %rdx
movq %rdx, 0x10(%rsp)
movq %rcx, (%rax)
movq $0x0, 0x8(%rax)
movb $0x0, 0x10(%rax)
leaq 0x78(%rsp), %r12
movq %r12, -0x10(%r12)
leaq 0x3e6b0(%rip), %rsi     # 0x9721f
leaq 0x3e6db(%rip), %rdx     # 0x97251
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0x3ad2a(%rip), %rsi     # 0x938b1
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x38(%rsp), %r13
movq %r13, -0x10(%r13)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x59145
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r13)
jmp 0x59152
movq %rdx, 0x8(%rsp)
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x18(%rsp)
movq 0x8(%rax), %rdx
movq %rdx, 0x10(%rsp)
movq %rcx, (%rax)
movq $0x0, 0x8(%rax)
movb $0x0, 0x10(%rax)
leaq 0x78(%rsp), %r12
movq %r12, -0x10(%r12)
leaq 0x3e62f(%rip), %rsi     # 0x9721f
leaq 0x3e65a(%rip), %rdx     # 0x97251
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0x3aca9(%rip), %rsi     # 0x938b1
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x38(%rsp), %r13
movq %r13, -0x10(%r13)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x591bc
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r13)
jmp 0x591c9
movq %rdx, 0x8(%rsp)
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x18(%rsp)
movq 0x8(%rax), %rdx
movq %rdx, 0x10(%rsp)
movq %rcx, (%rax)
movq $0x0, 0x8(%rax)
movb $0x0, 0x10(%rax)
leaq 0x78(%rsp), %r12
movq %r12, -0x10(%r12)
leaq 0x3e5ae(%rip), %rsi     # 0x9721f
leaq 0x3e5d9(%rip), %rdx     # 0x97251
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0x3ac28(%rip), %rsi     # 0x938b1
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x38(%rsp), %r13
movq %r13, -0x10(%r13)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x59233
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r13)
jmp 0x59240
movq %rdx, 0x8(%rsp)
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x18(%rsp)
movq 0x8(%rax), %rdx
movq %rdx, 0x10(%rsp)
movq %rcx, (%rax)
movq $0x0, 0x8(%rax)
movb $0x0, 0x10(%rax)
leaq 0x78(%rsp), %r12
movq %r12, -0x10(%r12)
leaq 0x3e52d(%rip), %rsi     # 0x9721f
leaq 0x3e558(%rip), %rdx     # 0x97251
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0x3aba7(%rip), %rsi     # 0x938b1
leaq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x38(%rsp), %r13
movq %r13, -0x10(%r13)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x592aa
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r13)
jmp 0x592b7
movq %rdx, 0x8(%rsp)
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, 0x18(%rsp)
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