// File: chhylp123[P]hifiasm/Correct.cpp
// Function: gen_conta_ov_cigar(ul_idx_t const*, unsigned long, overlap_region*, utg_ct_t*, unsigned long, double, kv_ul_ov_t*)
uint64_t gen_conta_ov_cigar(const ul_idx_t *udb, uint64_t ql, overlap_region* o, utg_ct_t *ct_a, uint64_t ct_n, double o_rate, kv_ul_ov_t *res)
{
	uint64_t ts, te, i, tl, id = o->y_id, rn = res->n, rev = o->y_pos_strand; utg_ct_t p, *z; 
    ma_utg_t *u = &(udb->ug->u.a[id]); ul_ov_t rr; int64_t wn, k;

    wn = o->w_list.n; tl = u->len;
    for (k = 0; (k < wn) && (is_ualn_win(o->w_list.a[k])); k++);
    if(k >= wn) return 0;
    if(!rev) {
        ts = o->w_list.a[k].x_start;
    } else {
        te = tl-o->w_list.a[k].x_start;
    }
    for (k = wn-1; (k >= 0) && (is_ualn_win(o->w_list.a[k])); k--);
    if(k < 0) return 0;
    if(!rev) {
        te = o->w_list.a[k].x_end+1;
    } else {
        ts = tl-o->w_list.a[k].x_end-1;
    }
    if(ts >= te) return 0;///[ts, te)
    

    for (i = 0; i < ct_n; i++) {
        z = &(ct_a[i]);
        if(z->e <= ts) continue; 
        if(z->s >= te) break;
        p = *z;
        if(!rev) {
            p.s = z->s; p.e = z->e;
        } else {
            p.s = tl - z->e; p.e = tl - z->s;
        }
        
        if(get_win_off(ql, &p, o, o_rate, &rr)) {
            rr.el = 1; kv_push(ul_ov_t, *res, rr);
        }
    }
    return res->n-rn;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0xe0, %rsp
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movq %rcx, -0x28(%rbp)
movq %r8, -0x30(%rbp)
movsd %xmm0, -0x38(%rbp)
movq %r9, -0x40(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movl 0x10(%rax), %eax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movl 0x1c(%rax), %eax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x28, -0x68(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
movq -0x98(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq $0x0, -0xc8(%rbp)
movq -0xc8(%rbp), %rcx
xorl %eax, %eax
cmpq -0xc0(%rbp), %rcx
movb %al, -0xc9(%rbp)
jge 0x8cd7e
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x14(%rax), %ecx
xorl %eax, %eax
cmpl $0x7fff, %ecx           # imm = 0x7FFF
movb %al, -0xca(%rbp)
jne 0x8cd72
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rcx
movq -0xc8(%rbp), %rax
shlq $0x5, %rax
addq %rax, %rcx
xorl %eax, %eax
cmpl $0x0, 0x1c(%rcx)
movb %al, -0xca(%rbp)
jne 0x8cd72
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x12(%rax), %eax
cmpl $0x0, %eax
setl %al
movb %al, -0xca(%rbp)
movb -0xca(%rbp), %al
movb %al, -0xc9(%rbp)
movb -0xc9(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x8cd8a
jmp 0x8cda3
jmp 0x8cd8c
movq -0xc8(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
jmp 0x8cce2
movq -0xc8(%rbp), %rax
cmpq -0xc0(%rbp), %rax
jl 0x8cdc0
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x8d12a
cmpq $0x0, -0x78(%rbp)
jne 0x8cde6
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movslq (%rax), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x8ce0a
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x58(%rcx), %rcx
movq -0xc8(%rbp), %rdx
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rcx
movslq (%rcx), %rcx
subq %rcx, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0xc0(%rbp), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
xorl %eax, %eax
cmpq $0x0, -0xc8(%rbp)
movb %al, -0xcb(%rbp)
jl 0x8ceb2
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x14(%rax), %ecx
xorl %eax, %eax
cmpl $0x7fff, %ecx           # imm = 0x7FFF
movb %al, -0xcc(%rbp)
jne 0x8cea6
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rcx
movq -0xc8(%rbp), %rax
shlq $0x5, %rax
addq %rax, %rcx
xorl %eax, %eax
cmpl $0x0, 0x1c(%rcx)
movb %al, -0xcc(%rbp)
jne 0x8cea6
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x12(%rax), %eax
cmpl $0x0, %eax
setl %al
movb %al, -0xcc(%rbp)
movb -0xcc(%rbp), %al
movb %al, -0xcb(%rbp)
movb -0xcb(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x8cebe
jmp 0x8ced7
jmp 0x8cec0
movq -0xc8(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
jmp 0x8ce1c
cmpq $0x0, -0xc8(%rbp)
jge 0x8ceee
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x8d12a
cmpq $0x0, -0x78(%rbp)
jne 0x8cf19
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0xc8(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
cltq
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x8cf42
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x58(%rcx), %rcx
movq -0xc8(%rbp), %rdx
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
subq %rcx, %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jb 0x8cf59
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x8d12a
movq $0x0, -0x58(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
cmpq -0x30(%rbp), %rax
jae 0x8d11a
movq -0x28(%rbp), %rax
imulq $0xc, -0x58(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
ja 0x8cf97
jmp 0x8d109
movq -0x90(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jb 0x8cfac
jmp 0x8d11a
movq -0x90(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
movq %rcx, -0x84(%rbp)
movl 0x8(%rax), %eax
movl %eax, -0x7c(%rbp)
cmpq $0x0, -0x78(%rbp)
jne 0x8cfe6
movq -0x90(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movl %eax, -0x80(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movl %eax, -0x7c(%rbp)
jmp 0x8d00e
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
subq %rcx, %rax
movl %eax, -0x80(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movl 0x4(%rcx), %ecx
subq %rcx, %rax
movl %eax, -0x7c(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rdx
movsd -0x38(%rbp), %xmm0
leaq -0x84(%rbp), %rsi
leaq -0xb4(%rbp), %rcx
callq 0x8c2e0
cmpq $0x0, %rax
je 0x8d107
movl -0x9c(%rbp), %eax
andl $0xbfffffff, %eax       # imm = 0xBFFFFFFF
orl $0x40000000, %eax       # imm = 0x40000000
movl %eax, -0x9c(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jne 0x8d0bb
movq -0x40(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x10(%rax)
je 0x8d07f
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
jmp 0x8d08d
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
jmp 0x8d08d
movq -0xd8(%rbp), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x40(%rbp), %rax
imulq $0x1c, 0x10(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rdx
movq 0x8(%rdx), %rcx
movq %rcx, %rsi
addq $0x1, %rsi
movq %rsi, 0x8(%rdx)
imulq $0x1c, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq -0xb4(%rbp), %rcx
movq %rcx, (%rax)
movq -0xac(%rbp), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0xa4(%rbp), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movl -0x9c(%rbp), %ecx
movl %ecx, 0x18(%rax)
jmp 0x8d107
jmp 0x8d109
movq -0x58(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x8cf61
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
subq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
addq $0xe0, %rsp
popq %rbp
retq
nopw (%rax,%rax)