// File: chhylp123[P]hifiasm/Process_Read.cpp
// Function: retrieve_u_seq(UC_Read*, char*, ma_utg_t*, unsigned char, long, long, void*)
void retrieve_u_seq(UC_Read* i_r, char* i_s, ma_utg_t *u, uint8_t strand, int64_t s, int64_t l, void *km)
{
	if(u->m == 0 || u->n == 0) return;
	if(l < 0) l = u->len;
	char *r = NULL, *a = NULL;
	int64_t e = s + l, ssp, sep, rs, re, des_i;
	uint64_t k, rId, ori, r_l;
	if(i_r) {
        i_r->length = l; i_r->RID = 0;
        if(i_r->length > i_r->size) {
            i_r->size = i_r->length;
			if(!km) REALLOC(i_r->seq, i_r->size);
			else KREALLOC(km, i_r->seq, i_r->size);
            // i_r->seq = (char*)realloc(i_r->seq,sizeof(char)*(i_r->size));
        }
        r = i_r->seq;
    }
    if(i_s) r = i_s;

	if(strand == 1) {
		sep = u->len - s; 
        ssp = u->len - e;
        s = ssp; e = sep; 
	}
	for (k = l = des_i = 0; k < u->n; k++) {
		rId = u->a[k]>>33;
		ori = u->a[k]>>32&1;
		r_l = (uint32_t)u->a[k];
		if(r_l == 0) continue;
		ssp = l; sep = l + r_l;
		l += r_l;
		if(sep <= s) continue;
		if(ssp >= e) break;
		rs = MAX(ssp, s); re = MIN(sep, e); 
		a = r + des_i; des_i += re - rs;
		recover_UC_Read_sub_region(a, rs-ssp, re-rs, ori, &R_INF, rId);
	}
	if(strand == 1) {
		char t;
		re = (e - s);
		l = re>>1; 
		for (k = 0; k < (uint64_t)l; k++) {
			des_i = re - k - 1;
			t = r[des_i];
			r[des_i] = RC_CHAR(r[k]);
			r[k] = RC_CHAR(t);
		}
		if(re&1) r[l] = RC_CHAR(r[l]);
	}
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0xb0, %rsp
movb %cl, %al
movq 0x10(%rbp), %rcx
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movb %al, -0x19(%rbp)
movq %r8, -0x28(%rbp)
movq %r9, -0x30(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0xc(%rax)
je 0x109bc
movq -0x18(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x10(%rax)
jne 0x109c1
jmp 0x10d75
cmpq $0x0, -0x30(%rbp)
jge 0x109d9
movq -0x18(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq $0x0, -0x38(%rbp)
movq $0x0, -0x40(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
addq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
cmpq $0x0, -0x8(%rbp)
je 0x10a98
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, 0x18(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jle 0x10a8d
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
cmpq $0x0, 0x10(%rbp)
jne 0x10a65
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
shlq $0x0, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
jmp 0x10a8b
movq 0x10(%rbp), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rsi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdx
shlq $0x0, %rdx
callq 0x30e740
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
jmp 0x10a8d
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
cmpq $0x0, -0x10(%rbp)
je 0x10aa7
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movzbl -0x19(%rbp), %eax
cmpl $0x1, %eax
jne 0x10aea
movq -0x18(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
subq -0x28(%rbp), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
subq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq $0x0, -0x70(%rbp)
movq $0x0, -0x30(%rbp)
movq $0x0, -0x78(%rbp)
movq -0x78(%rbp), %rax
movq -0x18(%rbp), %rcx
movl 0x10(%rcx), %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x10c6e
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x21, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x20, %rax
andq $0x1, %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x90(%rbp)
cmpq $0x0, -0x90(%rbp)
jne 0x10b75
jmp 0x10c5d
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
addq -0x90(%rbp), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
addq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
cmpq -0x28(%rbp), %rax
jg 0x10baa
jmp 0x10c5d
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jl 0x10bb9
jmp 0x10c6e
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq -0x28(%rbp), %rax
jl 0x10bd0
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
jmp 0x10bdb
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
movq -0xa0(%rbp), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jg 0x10bfd
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
jmp 0x10c08
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
movq -0xa8(%rbp), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
addq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rax
subq -0x60(%rbp), %rax
addq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rdi
movq -0x60(%rbp), %rsi
subq -0x50(%rbp), %rsi
movq -0x68(%rbp), %rdx
subq -0x60(%rbp), %rdx
movq -0x88(%rbp), %rax
movq -0x80(%rbp), %r9
leaq 0x3b467b(%rip), %r8     # 0x3c52d0
movzbl %al, %ecx
callq 0x9a30
movq -0x78(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x10b02
movzbl -0x19(%rbp), %eax
cmpl $0x1, %eax
jne 0x10d75
movq -0x48(%rbp), %rax
subq -0x28(%rbp), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rax
sarq %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq $0x0, -0x78(%rbp)
movq -0x78(%rbp), %rax
cmpq -0x30(%rbp), %rax
jae 0x10d35
movq -0x68(%rbp), %rax
subq -0x78(%rbp), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x70(%rbp), %rcx
movb (%rax,%rcx), %al
movb %al, -0x91(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
movzbl (%rax,%rcx), %eax
movl %eax, %ecx
leaq 0x3b3972(%rip), %rax    # 0x3c4650
movzbl (%rax,%rcx), %eax
movl %eax, %ecx
leaq 0x3b3a6a(%rip), %rax    # 0x3c4755
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x70(%rbp), %rcx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movzbl -0x91(%rbp), %eax
movl %eax, %ecx
leaq 0x3b3947(%rip), %rax    # 0x3c4650
movzbl (%rax,%rcx), %eax
movl %eax, %ecx
leaq 0x3b3a3f(%rip), %rax    # 0x3c4755
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movq -0x78(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x10c9a
movq -0x68(%rbp), %rax
andq $0x1, %rax
cmpq $0x0, %rax
je 0x10d73
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movzbl (%rax,%rcx), %eax
movl %eax, %ecx
leaq 0x3b38f8(%rip), %rax    # 0x3c4650
movzbl (%rax,%rcx), %eax
movl %eax, %ecx
leaq 0x3b39f0(%rip), %rax    # 0x3c4755
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movb %dl, (%rax,%rcx)
jmp 0x10d75
addq $0xb0, %rsp
popq %rbp
retq
nop