// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/jiqingxiaoxi[P]RPA/RPA.c
// Function: fillMatrix
void fillMatrix(double stackEntropies[],double stackEnthalpies[],double stackint2Entropies[],double stackint2Enthalpies[],double dangleEntropies3[],double dangleEnthalpies3[],double dangleEntropies5[],double dangleEnthalpies5[],double interiorLoopEntropies[],double bulgeLoopEntropies[],double interiorLoopEnthalpies[],double bulgeLoopEnthalpies[],double tstackEntropies[],double tstackEnthalpies[],double tstack2Entropies[],double tstack2Enthalpies[],double atpS[],double atpH[],double Initdouble[],int Initint[],double enthalpyDPT[],double entropyDPT[],char numSeq1[],char numSeq2[])
{
	int d,i,j,ii,jj;
	double SH[2];

	for(i=1;i<=Initint[0];++i)
	{
		for(j=1;j<=Initint[1];++j)
		{
			if(fabs(enthalpyDPT[(i-1)*Initint[2]+j-1])<999999999)
			{
				SH[0]=-1.0;
				SH[1]=1.0*INFINITY;
				LSH(i,j,SH,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,atpS,atpH,Initdouble,Initint,enthalpyDPT,entropyDPT,numSeq1,numSeq2);

				if(fabs(SH[1])<999999999)
				{
					entropyDPT[(i-1)*Initint[2]+j-1]=SH[0];
					enthalpyDPT[(i-1)*Initint[2]+j-1]=SH[1];
				}
				if(i>1&&j>1)
				{
					maxTM(i,j,stackEntropies,stackEnthalpies,Initdouble,Initint,enthalpyDPT,entropyDPT,numSeq1,numSeq2);
					for(d=3;d<=32;d++)
					{
						ii=i-1;
						jj=-ii-d+(j+i);
						if(jj<1)
						{
							ii-=abs(jj-1);
							jj=1;
						}
						for(;ii>0&&jj<j;--ii,++jj)
						{
							if(fabs(enthalpyDPT[(ii-1)*Initint[2]+jj-1])<999999999)
							{
								SH[0]=-1.0;
								SH[1]=1.0*INFINITY;
								calc_bulge_internal(ii,jj,i,j,SH,0,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,atpS,atpH,Initdouble,Initint,enthalpyDPT,entropyDPT,numSeq1,numSeq2);

								if(SH[0]<-2500.0)
								{
									SH[0] =-3224.0;
									SH[1] = 0.0;
								}
								if(fabs(SH[1])<999999999)
								{
									enthalpyDPT[(i-1)*Initint[2]+j-1]=SH[1];
									entropyDPT[(i-1)*Initint[2]+j-1]=SH[0];
								}
							}
						}
					}
				} // if 
			}
		} // for 
	} //for
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x168, %rsp            # imm = 0x168
movq 0x98(%rbp), %rax
movq 0x90(%rbp), %rax
movq 0x88(%rbp), %rax
movq 0x80(%rbp), %rax
movq 0x78(%rbp), %rax
movq 0x70(%rbp), %rax
movq 0x68(%rbp), %rax
movq 0x60(%rbp), %rax
movq 0x58(%rbp), %rax
movq 0x50(%rbp), %rax
movq 0x48(%rbp), %rax
movq 0x40(%rbp), %rax
movq 0x38(%rbp), %rax
movq 0x30(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rbp), %rax
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x30(%rbp)
movq %rsi, -0x38(%rbp)
movq %rdx, -0x40(%rbp)
movq %rcx, -0x48(%rbp)
movq %r8, -0x50(%rbp)
movq %r9, -0x58(%rbp)
movl $0x1, -0x60(%rbp)
movl -0x60(%rbp), %eax
movq 0x78(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jg 0xbca3
movl $0x1, -0x64(%rbp)
movl -0x64(%rbp), %eax
movq 0x78(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jg 0xbc93
movq 0x80(%rbp), %rax
movl -0x60(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movq 0x78(%rbp), %rdx
imull 0x8(%rdx), %ecx
addl -0x64(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movslq %ecx, %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm1
movaps 0xba19(%rip), %xmm0     # 0x171f0
pand %xmm0, %xmm1
movsd 0xb955(%rip), %xmm0     # 0x17138
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0xbc83
movsd 0xb94b(%rip), %xmm0     # 0x17140
movsd %xmm0, -0x80(%rbp)
movsd 0xb92e(%rip), %xmm0     # 0x17130
movsd %xmm0, -0x78(%rbp)
movl -0x60(%rbp), %edi
movl -0x64(%rbp), %esi
leaq -0x80(%rbp), %rdx
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq -0x58(%rbp), %r8
movq 0x10(%rbp), %r9
movq 0x18(%rbp), %rax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
movq 0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq 0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
movq 0x60(%rbp), %r13
movq 0x68(%rbp), %r12
movq 0x70(%rbp), %r15
movq 0x78(%rbp), %r14
movq 0x80(%rbp), %rbx
movq 0x88(%rbp), %r11
movq 0x90(%rbp), %r10
movq 0x98(%rbp), %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
movq -0xa0(%rbp), %rax
movq %rax, (%rsp)
movq -0x98(%rbp), %rax
movq %rax, 0x8(%rsp)
movq -0x90(%rbp), %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq -0x88(%rbp), %rax
movq %r13, 0x18(%rsp)
movq %r12, 0x20(%rsp)
movq %r15, 0x28(%rsp)
movq %r14, 0x30(%rsp)
movq %rbx, 0x38(%rsp)
movq %r11, 0x40(%rsp)
movq %r10, 0x48(%rsp)
movq %rax, 0x50(%rsp)
callq 0x9cb0
movsd -0x78(%rbp), %xmm1
movaps 0xb91c(%rip), %xmm0     # 0x171f0
pand %xmm0, %xmm1
movsd 0xb858(%rip), %xmm0     # 0x17138
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0xb936
movsd -0x80(%rbp), %xmm0
movq 0x88(%rbp), %rax
movl -0x60(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movq 0x78(%rbp), %rdx
imull 0x8(%rdx), %ecx
addl -0x64(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movslq %ecx, %rcx
movsd %xmm0, (%rax,%rcx,8)
movsd -0x78(%rbp), %xmm0
movq 0x80(%rbp), %rax
movl -0x60(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movq 0x78(%rbp), %rdx
imull 0x8(%rdx), %ecx
addl -0x64(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movslq %ecx, %rcx
movsd %xmm0, (%rax,%rcx,8)
cmpl $0x1, -0x60(%rbp)
jle 0xbc81
cmpl $0x1, -0x64(%rbp)
jle 0xbc81
movl -0x60(%rbp), %edi
movl -0x64(%rbp), %esi
movq -0x30(%rbp), %rdx
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq 0x70(%rbp), %r8
movq 0x78(%rbp), %r9
movq 0x80(%rbp), %rbx
movq 0x88(%rbp), %r11
movq 0x90(%rbp), %r10
movq 0x98(%rbp), %rax
movq %rbx, (%rsp)
movq %r11, 0x8(%rsp)
movq %r10, 0x10(%rsp)
movq %rax, 0x18(%rsp)
callq 0xa740
movl $0x3, -0x5c(%rbp)
cmpl $0x20, -0x5c(%rbp)
jg 0xbc7f
movl -0x60(%rbp), %eax
subl $0x1, %eax
movl %eax, -0x68(%rbp)
xorl %eax, %eax
subl -0x68(%rbp), %eax
subl -0x5c(%rbp), %eax
movl -0x64(%rbp), %ecx
addl -0x60(%rbp), %ecx
addl %ecx, %eax
movl %eax, -0x6c(%rbp)
cmpl $0x1, -0x6c(%rbp)
jge 0xb9e3
movl -0x6c(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movl %ecx, %eax
negl %eax
cmovnsl %eax, %ecx
movl -0x68(%rbp), %eax
subl %ecx, %eax
movl %eax, -0x68(%rbp)
movl $0x1, -0x6c(%rbp)
jmp 0xb9e5
xorl %eax, %eax
cmpl $0x0, -0x68(%rbp)
movb %al, -0xa1(%rbp)
jle 0xba02
movl -0x6c(%rbp), %eax
cmpl -0x64(%rbp), %eax
setl %al
movb %al, -0xa1(%rbp)
movb -0xa1(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0xba11
jmp 0xbc6f
movq 0x80(%rbp), %rax
movl -0x68(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movq 0x78(%rbp), %rdx
imull 0x8(%rdx), %ecx
addl -0x6c(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movslq %ecx, %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm1
movaps 0xb7b5(%rip), %xmm0     # 0x171f0
pand %xmm0, %xmm1
movsd 0xb6f1(%rip), %xmm0     # 0x17138
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0xbc56
movsd 0xb6e7(%rip), %xmm0     # 0x17140
movsd %xmm0, -0x80(%rbp)
movsd 0xb6ca(%rip), %xmm0     # 0x17130
movsd %xmm0, -0x78(%rbp)
movl -0x68(%rbp), %edi
movl -0x6c(%rbp), %esi
movl -0x60(%rbp), %edx
movl -0x64(%rbp), %ecx
leaq -0x80(%rbp), %r8
movq -0x30(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %r9
movq %r9, -0xf8(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %r9
movq %r9, -0xf0(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %r9
movq %r9, -0xe8(%rbp)
movq 0x20(%rbp), %r9
movq %r9, -0xe0(%rbp)
movq 0x28(%rbp), %r9
movq %r9, -0xd8(%rbp)
movq 0x30(%rbp), %r9
movq %r9, -0xd0(%rbp)
movq 0x38(%rbp), %r9
movq %r9, -0xc8(%rbp)
movq 0x40(%rbp), %r9
movq %r9, -0xc0(%rbp)
movq 0x48(%rbp), %r9
movq %r9, -0xb8(%rbp)
movq 0x60(%rbp), %r13
movq 0x68(%rbp), %r12
movq 0x70(%rbp), %r15
movq 0x78(%rbp), %r14
movq 0x80(%rbp), %rbx
movq 0x88(%rbp), %r11
movq 0x90(%rbp), %r10
movq 0x98(%rbp), %r9
movq %r9, -0xb0(%rbp)
xorl %r9d, %r9d
movq %rax, (%rsp)
movq -0xf8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x8(%rsp)
movq -0xf0(%rbp), %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq -0xe8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x18(%rsp)
movq -0xe0(%rbp), %rax
movq %rax, 0x20(%rsp)
movq -0xd8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x28(%rsp)
movq -0xd0(%rbp), %rax
movq %rax, 0x30(%rsp)
movq -0xc8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x38(%rsp)
movq -0xc0(%rbp), %rax
movq %rax, 0x40(%rsp)
movq -0xb8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x48(%rsp)
movq -0xb0(%rbp), %rax
movq %r13, 0x50(%rsp)
movq %r12, 0x58(%rsp)
movq %r15, 0x60(%rsp)
movq %r14, 0x68(%rsp)
movq %rbx, 0x70(%rsp)
movq %r11, 0x78(%rsp)
movq %r10, 0x80(%rsp)
movq %rax, 0x88(%rsp)
callq 0xaa90
movsd 0xb58e(%rip), %xmm0     # 0x17158
ucomisd -0x80(%rbp), %xmm0
jbe 0xbbe6
movsd 0xb577(%rip), %xmm0     # 0x17150
movsd %xmm0, -0x80(%rbp)
xorps %xmm0, %xmm0
movsd %xmm0, -0x78(%rbp)
movsd -0x78(%rbp), %xmm1
movaps 0xb5fe(%rip), %xmm0     # 0x171f0
pand %xmm0, %xmm1
movsd 0xb53a(%rip), %xmm0     # 0x17138
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0xbc54
movsd -0x78(%rbp), %xmm0
movq 0x80(%rbp), %rax
movl -0x60(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movq 0x78(%rbp), %rdx
imull 0x8(%rdx), %ecx
addl -0x64(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movslq %ecx, %rcx
movsd %xmm0, (%rax,%rcx,8)
movsd -0x80(%rbp), %xmm0
movq 0x88(%rbp), %rax
movl -0x60(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movq 0x78(%rbp), %rdx
imull 0x8(%rdx), %ecx
addl -0x64(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movslq %ecx, %rcx
movsd %xmm0, (%rax,%rcx,8)
jmp 0xbc56
jmp 0xbc58
movl -0x68(%rbp), %eax
addl $-0x1, %eax
movl %eax, -0x68(%rbp)
movl -0x6c(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x6c(%rbp)
jmp 0xb9e5
jmp 0xbc71
movl -0x5c(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x5c(%rbp)
jmp 0xb99b
jmp 0xbc81
jmp 0xbc83
jmp 0xbc85
movl -0x64(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x64(%rbp)
jmp 0xb79d
jmp 0xbc95
movl -0x60(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x60(%rbp)
jmp 0xb787
addq $0x168, %rsp            # imm = 0x168
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)