// File: chhylp123[P]hifiasm/gfa_ut.cpp
// Function: integer_chain_dp(bubble_type*, integer_t*, ul_str_t*, integer_aln_t*, ul_chain_t*, long, long, unsigned int, unsigned long, unsigned long*)
int64_t integer_chain_dp(bubble_type *bub, integer_t *buf, ul_str_t *str, integer_aln_t *aln, ul_chain_t *idx, int64_t idx_n, int64_t qid, uint32_t is_hom, 
uint64_t occ_thres, uint64_t *corrected)
{
    ul_str_t *qstr = &(str[qid]); int64_t k, q_n = qstr->cn, *f, *p, z, max_f, tf, tk, max_p, done_z, sc, csc, n_skip;
    kv_resize(int64_t, buf->f, qstr->cn); kv_resize(int64_t, buf->p, qstr->cn); 
    kv_resize(uint64_t, buf->o, qstr->cn); uint64_t *o;
    f = buf->f.a; p = buf->p.a; o = buf->o.a; if(corrected) (*corrected) = 0;

    // radix_sort_ul_chain_t_srt(idx, idx + idx_n);
    for (k = 0; k < idx_n; k++) idx[k].sc = 0;

    for (k = 0, tf = tk = -1, n_skip = 0; k < q_n; k++) {
        csc = buf->u.a[k]; 
        if((!is_hom) && (IF_HOM((((uint32_t)qstr->a[k])>>1), (*bub)))) {
            csc = -1; n_skip++;
        }
        max_p = -1; max_f = csc;
        if(k > 0 && max_f >= 0) {
            done_z = 0;
            if(is_hom) {//check all nodes
                memset(o, 0, sizeof((*o))*k); 
            } else {///mask hom nodes
                for (z = 0; z < k; z++) {
                    o[z] = 0;
                    if(f[z] == -1) {
                        o[z] = occ_thres; ///if node is hom, ignore it
                        done_z++;
                    }
                }
            }
            
            for (z = 0; z < idx_n && done_z < k; z++) {
                done_z += append_connective(aln, &(idx[z]), k, occ_thres, o);
            }
            assert(done_z <= k);
            for (z = k - 1; z >= 0; z--) {
                if(o[z] < occ_thres) continue;
                if(f[z] == -1) continue;///masked hom nodes
                sc = csc + f[z];
                if(sc > max_f) {
                    max_f = sc; max_p = z;
                }
            }
        }
        f[k] = max_f; p[k] = max_p;
        if(tf < max_f && max_f >= 0) {
            tf = max_f; tk = k;
        }

        // fprintf(stderr, "[M::%s::k->%ld] f[k]->%ld, p[k]->%ld, csc->%ld\n", __func__, k, f[k], p[k], csc);
    }
    if(tk < 0) return 0;
    for (k = tk, done_z = 0; k >= 0; k = p[k]) done_z++;
    ///might be fully corrected; but some of hom nodes have been skipped
    if((corrected) && ((n_skip+done_z) == q_n) ) {
        for (k = 0; k < idx_n; k++) idx[k].sc = 0;
        for (k = 1, (*corrected) = 0; k < q_n; k++) {
            if(!connective_conform(aln, idx, idx_n, k, occ_thres, (f[k] >= 0 && f[k-1] >= 0)?0:1)) break;
        }
        if(k >= q_n) (*corrected) = 1;
    }

    for (k = tk, sc = done_z; k >= 0; k = p[k]) o[--done_z] = k;
    return sc;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0xe0, %rsp
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rbp), %rax
movl 0x18(%rbp), %eax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movq %rcx, -0x28(%rbp)
movq %r8, -0x30(%rbp)
movq %r9, -0x38(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x18(%rcx), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %ecx, %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x32a09a
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movl %eax, %ecx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x50(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x50(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x50(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x50(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x50(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x58(%rax)
jmp 0x32a09c
jmp 0x32a09e
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x18(%rcx), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %ecx, %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x32a191
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movl %eax, %ecx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x68(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x68(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x68(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x68(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x68(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x70(%rax), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x70(%rax)
jmp 0x32a193
jmp 0x32a195
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl 0x18(%rcx), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %ecx, %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x32a2d0
movq -0x40(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movl %eax, %ecx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x80(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x80(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x80(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x80(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x80(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x80(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x80(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x80(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x80(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x80(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x80(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x80(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x80(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x88(%rax), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x88(%rax)
jmp 0x32a2d2
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x70(%rax), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x88(%rax), %rax
movq %rax, -0xb0(%rbp)
cmpq $0x0, 0x28(%rbp)
je 0x32a30e
movq 0x28(%rbp), %rax
movq $0x0, (%rax)
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jge 0x32a342
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x28, -0x48(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq $0x0, 0x10(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x32a316
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq $-0x1, -0x80(%rbp)
movq $-0x1, -0x78(%rbp)
movq $0x0, -0xa8(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jge 0x32a62b
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0xa0(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
cmpl $0x0, 0x18(%rbp)
jne 0x32a3e2
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x48(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
shrl %ecx
movl %ecx, %ecx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0x80(%rcx), %rcx
addq $0x1, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jbe 0x32a3e2
movq $-0x1, -0xa0(%rbp)
movq -0xa8(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
movq $-0x1, -0x88(%rbp)
movq -0xa0(%rbp), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
cmpq $0x0, -0x48(%rbp)
jle 0x32a5d4
cmpq $0x0, -0x70(%rbp)
jl 0x32a5d4
movq $0x0, -0x90(%rbp)
cmpl $0x0, 0x18(%rbp)
je 0x32a437
movq -0xb0(%rbp), %rdi
movq -0x48(%rbp), %rdx
shlq $0x3, %rdx
xorl %esi, %esi
callq 0x2100
jmp 0x32a4a2
movq $0x0, -0x68(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jge 0x32a4a0
movq -0xb0(%rbp), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
movq $0x0, (%rax,%rcx,8)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
cmpq $-0x1, (%rax,%rcx,8)
jne 0x32a490
movq 0x20(%rbp), %rdx
movq -0xb0(%rbp), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x90(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x32a492
movq -0x68(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
jmp 0x32a43f
jmp 0x32a4a2
movq $0x0, -0x68(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rcx
xorl %eax, %eax
cmpq -0x38(%rbp), %rcx
movb %al, -0xb1(%rbp)
jge 0x32a4d0
movq -0x90(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
setl %al
movb %al, -0xb1(%rbp)
movb -0xb1(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x32a4dc
jmp 0x32a51c
movq -0x28(%rbp), %rdi
movq -0x30(%rbp), %rsi
imulq $0x28, -0x68(%rbp), %rax
addq %rax, %rsi
movq -0x48(%rbp), %rdx
movq 0x20(%rbp), %rcx
movq -0xb0(%rbp), %r8
callq 0x329b30
addq -0x90(%rbp), %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
jmp 0x32a4aa
movq -0x90(%rbp), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jg 0x32a52b
jmp 0x32a54a
leaq 0x6cb9c(%rip), %rdi     # 0x3970ce
leaq 0x6bc80(%rip), %rsi     # 0x3961b9
movl $0x1299, %edx           # imm = 0x1299
leaq 0x6cb95(%rip), %rcx     # 0x3970da
callq 0x2130
movq -0x48(%rbp), %rax
subq $0x1, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
cmpq $0x0, -0x68(%rbp)
jl 0x32a5d2
movq -0xb0(%rbp), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
cmpq 0x20(%rbp), %rax
jae 0x32a574
jmp 0x32a5c4
movq -0x58(%rbp), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
cmpq $-0x1, (%rax,%rcx,8)
jne 0x32a585
jmp 0x32a5c4
movq -0xa0(%rbp), %rax
movq -0x58(%rbp), %rcx
movq -0x68(%rbp), %rdx
addq (%rcx,%rdx,8), %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x98(%rbp), %rax
cmpq -0x70(%rbp), %rax
jle 0x32a5c2
movq -0x98(%rbp), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
jmp 0x32a5c4
movq -0x68(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
jmp 0x32a556
jmp 0x32a5d4
movq -0x70(%rbp), %rdx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x88(%rbp), %rdx
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x78(%rbp), %rax
cmpq -0x70(%rbp), %rax
jge 0x32a618
cmpq $0x0, -0x70(%rbp)
jl 0x32a618
movq -0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
jmp 0x32a61a
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x32a365
cmpq $0x0, -0x80(%rbp)
jge 0x32a63f
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x32a830
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq $0x0, -0x90(%rbp)
cmpq $0x0, -0x48(%rbp)
jl 0x32a67d
movq -0x90(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x32a652
cmpq $0x0, 0x28(%rbp)
je 0x32a7d1
movq -0xa8(%rbp), %rax
addq -0x90(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jne 0x32a7d1
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jge 0x32a6d4
movq -0x30(%rbp), %rax
imulq $0x28, -0x48(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq $0x0, 0x10(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x32a6a8
movq $0x1, -0x48(%rbp)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq $0x0, (%rax)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jge 0x32a7ba
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rax, -0xe0(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, -0xd8(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq %rax, -0xd0(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc8(%rbp)
movq 0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0xc0(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rcx
movq -0x48(%rbp), %rdx
xorl %eax, %eax
cmpq $0x0, (%rcx,%rdx,8)
movb %al, -0xb2(%rbp)
jl 0x32a75d
movq -0x58(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
subq $0x1, %rcx
cmpq $0x0, (%rax,%rcx,8)
setge %al
movb %al, -0xb2(%rbp)
movq -0xc0(%rbp), %r8
movq -0xc8(%rbp), %rcx
movq -0xd0(%rbp), %rdx
movq -0xd8(%rbp), %rsi
movq -0xe0(%rbp), %rdi
movb -0xb2(%rbp), %r10b
movl $0x1, %eax
xorl %r9d, %r9d
testb $0x1, %r10b
cmovnel %r9d, %eax
movslq %eax, %r9
callq 0x329cc0
cmpq $0x0, %rax
jne 0x32a7a7
jmp 0x32a7ba
jmp 0x32a7a9
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x32a6e7
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jl 0x32a7cf
movq 0x28(%rbp), %rax
movq $0x1, (%rax)
jmp 0x32a7d1
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x90(%rbp), %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
cmpq $0x0, -0x48(%rbp)
jl 0x32a825
movq -0x48(%rbp), %rdx
movq -0xb0(%rbp), %rax
movq -0x90(%rbp), %rcx
movq %rcx, %rsi
addq $-0x1, %rsi
movq %rsi, -0x90(%rbp)
movq %rdx, -0x8(%rax,%rcx,8)
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x32a7e7
movq -0x98(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
addq $0xe0, %rsp
popq %rbp
retq
nopl (%rax)