// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/genometools[P]genometools/src/tools/gt_encseq_bitextract.c
// Function: gt_encseq_bitextract_runner
static int gt_encseq_bitextract_runner(GT_UNUSED int argc, const char **argv,
                                       GT_UNUSED int parsed_args,
                                       void *tool_arguments,
                                       GT_UNUSED GtError *err)
{
  GtEncseqBitextractArguments *arguments = tool_arguments;
  GtEncseqLoader *el;
  GtEncseq *encseq;
  int had_err = 0;
  bool fwd, it1, GT_UNUSED it2;
  char buffer[BUFSIZ];
  GtEndofTwobitencoding etbe;
  GtEncseqReader *esr;
  GtSpecialrangeiterator *sri;
  GtRange srng;
  GtReadmode rm;

  gt_error_check(err);
  gt_assert(arguments);

  el = gt_encseq_loader_new();
  encseq = gt_encseq_loader_load(el, argv[parsed_args], err);
  if (!encseq)
    had_err = -1;

  if (!had_err && arguments->mirror) {
    had_err = gt_encseq_mirror(encseq, err);
  }

  if (!had_err) {
    rm = gt_readmode_parse(gt_str_get(arguments->readmode), NULL);
    fwd = GT_ISDIRREVERSE(rm) ? false : true;
  }

  if (!had_err && arguments->bitpos != GT_UNDEF_UWORD) {
    if (arguments->bitpos >= gt_encseq_total_length(encseq)) {
      gt_error_set(err,
                   "position "GT_WU" exceeds encoded sequence "
                   "length of "GT_WU"",
                   arguments->bitpos, gt_encseq_total_length(encseq));
      had_err = -1;
    }

    if (!had_err) {
      GtUword ret;
      esr = gt_encseq_create_reader_with_readmode(encseq, rm,
                                                  arguments->bitpos);
      ret = gt_encseq_extract2bitencwithtwobitencodingstoppos(&etbe, esr,
                                                        encseq,
                                                        rm, arguments->bitpos);
      gt_bitsequence_tostring(buffer, etbe.tbe);
      printf("Twobitencoding   %s\n"
             "unitsnotspecial  %u\n"
             "position         "GT_WU"\n"
             "returnvalue      "GT_WU"\n",
             buffer,
             etbe.unitsnotspecial,
             arguments->bitpos,
             ret);
      gt_encseq_reader_delete(esr);
    }
  }

  if (!had_err && arguments->stoppos != GT_UNDEF_UWORD) {
    if (arguments->stoppos >= gt_encseq_total_length(encseq)) {
      gt_error_set(err,
                   "position "GT_WU" exceeds encoded sequence "
                   "length of "GT_WU"",
                   arguments->stoppos, gt_encseq_total_length(encseq));
      had_err = -1;
    }
    if (!had_err) {
      esr = gt_encseq_create_reader_with_readmode(encseq, rm, 0);
      /* check stoppos stuff */
      gt_encseq_reader_reinit_with_readmode(esr, encseq, rm,
                                            arguments->stoppos);
      printf(""GT_WU": "GT_WU"\n", arguments->stoppos,
                           gt_getnexttwobitencodingstoppos(fwd, esr));
      gt_encseq_reader_delete(esr);
    }
  }

  if (!had_err && arguments->specialranges) {
    /* check specialrangeiterator stuff */
    if (gt_encseq_has_specialranges(encseq)) {
      sri = gt_specialrangeiterator_new(encseq, fwd);
      while (true) {
        it1 = gt_specialrangeiterator_next(sri, &srng);
        if (it1)
          printf(""GT_WU":"GT_WU"\n", srng.start, srng.end);
        else break;
      }
      gt_specialrangeiterator_delete(sri);
    }
  }

  gt_encseq_delete(encseq);
  gt_encseq_loader_delete(el);
  return had_err;
}

// Assembly:
subq $0x20d8, %rsp           # imm = 0x20D8
movl %edi, 0x20d4(%rsp)
movq %rsi, 0x20c8(%rsp)
movl %edx, 0x20c4(%rsp)
movq %rcx, 0x20b8(%rsp)
movq %r8, 0x20b0(%rsp)
movq 0x20b8(%rsp), %rax
movq %rax, 0x20a8(%rsp)
movl $0x0, 0x2094(%rsp)
cmpq $0x0, 0x20b0(%rsp)
je 0x2eede
movq 0x20b0(%rsp), %rdi
callq 0xd8a60
testb $0x1, %al
jne 0x2eea6
jmp 0x2eede
movq 0x60d0f3(%rip), %rax    # 0x63bfa0
movq (%rax), %rdi
leaq 0x4e715c(%rip), %rsi    # 0x516013
leaq 0x4e7301(%rip), %rdx    # 0x5161bf
leaq 0x4ed30a(%rip), %rcx    # 0x51c1cf
leaq 0x4ed1fe(%rip), %r8     # 0x51c0ca
movl $0x66, %r9d
movb $0x0, %al
callq 0x199f0
callq 0x19370
jmp 0x2eee0
jmp 0x2eee2
cmpq $0x0, 0x20a8(%rsp)
jne 0x2ef25
movq 0x60d0ac(%rip), %rax    # 0x63bfa0
movq (%rax), %rdi
leaq 0x4e7115(%rip), %rsi    # 0x516013
leaq 0x54bc5a(%rip), %rdx    # 0x57ab5f
leaq 0x4ed2c3(%rip), %rcx    # 0x51c1cf
leaq 0x4ed1b7(%rip), %r8     # 0x51c0ca
movl $0x67, %r9d
movb $0x0, %al
callq 0x199f0
callq 0x19370
jmp 0x2ef27
callq 0xb7a40
movq %rax, 0x20a0(%rsp)
movq 0x20a0(%rsp), %rdi
movq 0x20c8(%rsp), %rax
movslq 0x20c4(%rsp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rsi
movq 0x20b0(%rsp), %rdx
callq 0xb7aa0
movq %rax, 0x2098(%rsp)
cmpq $0x0, 0x2098(%rsp)
jne 0x2ef7b
movl $0xffffffff, 0x2094(%rsp) # imm = 0xFFFFFFFF
cmpl $0x0, 0x2094(%rsp)
jne 0x2efae
movq 0x20a8(%rsp), %rax
testb $0x1, (%rax)
je 0x2efae
movq 0x2098(%rsp), %rdi
movq 0x20b0(%rsp), %rsi
callq 0xbbd00
movl %eax, 0x2094(%rsp)
cmpl $0x0, 0x2094(%rsp)
jne 0x2f012
movq 0x20a8(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
callq 0x11dee0
movq %rax, %rdi
xorl %eax, %eax
movl %eax, %esi
callq 0x1099b0
movl %eax, 0x54(%rsp)
movb $0x1, %al
cmpl $0x1, 0x54(%rsp)
movb %al, 0x47(%rsp)
je 0x2eff2
cmpl $0x3, 0x54(%rsp)
sete %al
movb %al, 0x47(%rsp)
movb 0x47(%rsp), %dl
movl $0x1, %eax
xorl %ecx, %ecx
testb $0x1, %dl
cmovnel %ecx, %eax
cmpl $0x0, %eax
setne %al
andb $0x1, %al
movb %al, 0x2093(%rsp)
cmpl $0x0, 0x2094(%rsp)
jne 0x2f157
movq 0x20a8(%rsp), %rax
cmpq $-0x1, 0x10(%rax)
je 0x2f157
movq 0x20a8(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, 0x38(%rsp)
movq 0x2098(%rsp), %rdi
callq 0xa9d00
movq %rax, %rcx
movq 0x38(%rsp), %rax
cmpq %rcx, %rax
jb 0x2f0af
movq 0x20b0(%rsp), %rax
movq %rax, 0x28(%rsp)
movq 0x20a8(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, 0x30(%rsp)
movq 0x2098(%rsp), %rdi
callq 0xa9d00
movq 0x28(%rsp), %rdi
movq 0x30(%rsp), %rdx
movq %rax, %rcx
leaq 0x4ed14e(%rip), %rsi    # 0x51c1eb
movb $0x0, %al
callq 0xd88c0
movl $0xffffffff, 0x2094(%rsp) # imm = 0xFFFFFFFF
cmpl $0x0, 0x2094(%rsp)
jne 0x2f155
movq 0x2098(%rsp), %rdi
movl 0x54(%rsp), %esi
movq 0x20a8(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdx
callq 0xac380
movq %rax, 0x70(%rsp)
movq 0x70(%rsp), %rsi
movq 0x2098(%rsp), %rdx
movl 0x54(%rsp), %ecx
movq 0x20a8(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %r8
leaq 0x78(%rsp), %rdi
callq 0xb34d0
movq %rax, 0x48(%rsp)
leaq 0x90(%rsp), %rdi
movq 0x78(%rsp), %rsi
callq 0x2f350
leaq 0x90(%rsp), %rsi
movl 0x80(%rsp), %edx
movq 0x20a8(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
movq 0x48(%rsp), %r8
leaq 0x4ed0db(%rip), %rdi    # 0x51c21f
movb $0x0, %al
callq 0x19070
movq 0x70(%rsp), %rdi
callq 0xac3f0
jmp 0x2f157
cmpl $0x0, 0x2094(%rsp)
jne 0x2f287
movq 0x20a8(%rsp), %rax
cmpq $-0x1, 0x18(%rax)
je 0x2f287
movq 0x20a8(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, 0x20(%rsp)
movq 0x2098(%rsp), %rdi
callq 0xa9d00
movq %rax, %rcx
movq 0x20(%rsp), %rax
cmpq %rcx, %rax
jb 0x2f1f4
movq 0x20b0(%rsp), %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq 0x20a8(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, 0x18(%rsp)
movq 0x2098(%rsp), %rdi
callq 0xa9d00
movq 0x10(%rsp), %rdi
movq 0x18(%rsp), %rdx
movq %rax, %rcx
leaq 0x4ed009(%rip), %rsi    # 0x51c1eb
movb $0x0, %al
callq 0xd88c0
movl $0xffffffff, 0x2094(%rsp) # imm = 0xFFFFFFFF
cmpl $0x0, 0x2094(%rsp)
jne 0x2f285
movq 0x2098(%rsp), %rdi
movl 0x54(%rsp), %esi
xorl %eax, %eax
movl %eax, %edx
callq 0xac380
movq %rax, 0x70(%rsp)
movq 0x70(%rsp), %rdi
movq 0x2098(%rsp), %rsi
movl 0x54(%rsp), %edx
movq 0x20a8(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
callq 0xabdb0
movq 0x20a8(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, 0x8(%rsp)
movb 0x2093(%rsp), %al
movq 0x70(%rsp), %rsi
andb $0x1, %al
movzbl %al, %edi
callq 0xb3180
movq 0x8(%rsp), %rsi
movq %rax, %rdx
leaq 0x4ffef7(%rip), %rdi    # 0x52f16b
movb $0x0, %al
callq 0x19070
movq 0x70(%rsp), %rdi
callq 0xac3f0
jmp 0x2f287
cmpl $0x0, 0x2094(%rsp)
jne 0x2f320
movq 0x20a8(%rsp), %rax
testb $0x1, 0x1(%rax)
je 0x2f320
movq 0x2098(%rsp), %rdi
callq 0xaf360
testb $0x1, %al
jne 0x2f2b6
jmp 0x2f31e
movq 0x2098(%rsp), %rdi
movb 0x2093(%rsp), %al
andb $0x1, %al
movzbl %al, %esi
callq 0xaf650
movq %rax, 0x68(%rsp)
movq 0x68(%rsp), %rdi
leaq 0x58(%rsp), %rsi
callq 0xaf770
andb $0x1, %al
movb %al, 0x2092(%rsp)
testb $0x1, 0x2092(%rsp)
je 0x2f310
movq 0x58(%rsp), %rsi
movq 0x60(%rsp), %rdx
leaq 0x4ecf6b(%rip), %rdi    # 0x51c272
movb $0x0, %al
callq 0x19070
jmp 0x2f312
jmp 0x2f314
jmp 0x2f2d4
movq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0xafc80
jmp 0x2f320
movq 0x2098(%rsp), %rdi
callq 0xae070
movq 0x20a0(%rsp), %rdi
callq 0xb7e50
movl 0x2094(%rsp), %eax
addq $0x20d8, %rsp           # imm = 0x20D8
retq
nopl (%rax)