// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/genometools[P]genometools/src/extended/compressed_bitsequence.c
// Function: gt_compressed_bitsequence_new_from_file
GtCompressedBitsequence *
gt_compressed_bitsequence_new_from_file(const char *filename,
                                        GtError *err)
{
  int had_err = 0;
  GtUword expectedsize = 0;
  GtCompressedBitsequence *cbs = gt_compressed_bitsequence_new_empty();
  gt_assert(filename != NULL);
  if (gt_file_exists(filename)) {
    expectedsize = (GtUword) gt_compressed_bitsequence_header_size(cbs);
    had_err = gt_mapspec_read_header(
                                 gt_compressed_bitsequence_header_setup_mapspec,
                                 cbs, filename, expectedsize,
                                 &(cbs->mmapped), err);
    cbs->c_offsets_size = cbs->header.c_offsets_size[0];
    cbs->classes_size = cbs->header.classes_size[0];
    cbs->num_of_bits = cbs->header.num_of_bits[0];
    cbs->num_of_blocks = cbs->header.num_of_blocks[0];
    cbs->num_of_superblocks = cbs->header.num_of_superblocks[0];
    cbs->superblockoffsets_size = cbs->header.superblockoffsets_size[0];
    cbs->superblockranks_size = cbs->header.superblockranks_size[0];

    cbs->blocksize = cbs->header.blocksize[0];
    cbs->class_bits = cbs->header.class_bits[0];
    cbs->last_block_len = cbs->header.last_block_len[0];
    cbs->superblockoffsets_bits = cbs->header.superblockoffsets_bits[0];
    cbs->superblockranks_bits = cbs->header.superblockranks_bits[0];
    cbs->superblocksize = cbs->header.superblocksize[0];

    gt_fa_xmunmap(cbs->mmapped);
    cbs->mmapped = NULL;
    if (!had_err) {
      expectedsize = (GtUword) gt_compressed_bitsequence_file_size(cbs);
      gt_log_log("new expected: " GT_WU "\n", expectedsize);
      had_err = gt_mapspec_read(gt_compressed_bitsequence_data_setup_mapspec,
                                cbs, filename, expectedsize,
                                &(cbs->mmapped), err);
    }
    if (!had_err) {
      gt_log_log("blocksize: %u\n"
                 "class_offsets_size: " GT_WU "\n"
                 "class_bits: %u\n"
                 "classes_size: " GT_WU "\n"
                 "last_block_len: %u\n"
                 "num_of_bits: " GT_WU "\n"
                 "num_of_blocks: " GT_WU "\n"
                 "num_of_superblocks: " GT_WU "\n"
                 "superblocksize: %u\n"
                 "size: " GT_WU "\n",
                 cbs->blocksize,
                 cbs->c_offsets_size,
                 cbs->class_bits,
                 cbs->classes_size,
                 cbs->last_block_len,
                 cbs->num_of_bits,
                 cbs->num_of_blocks,
                 cbs->num_of_superblocks,
                 cbs->superblocksize,
                 expectedsize);
    }
  }
  else {
    gt_error_set(err, "file %s does not exist!", filename);
    had_err = -1;
  }
  if (had_err) {
    gt_compressed_bitsequence_delete(cbs);
    return NULL;
  }
  cbs->popcount_tab = gt_popcount_tab_new(cbs->blocksize);
  cbs->from_file = true;
  return cbs;
}

// Assembly:
pushq %r14
pushq %rbx
subq $0x58, %rsp
movq %rdi, 0x48(%rsp)
movq %rsi, 0x40(%rsp)
movl $0x0, 0x3c(%rsp)
movq $0x0, 0x30(%rsp)
callq 0x13a330
movq %rax, 0x28(%rsp)
cmpq $0x0, 0x48(%rsp)
jne 0x13caec
movq 0x4ff4e5(%rip), %rax    # 0x63bfa0
movq (%rax), %rdi
leaq 0x3d954e(%rip), %rsi    # 0x516013
leaq 0x3dc088(%rip), %rdx    # 0x518b54
leaq 0x40df5e(%rip), %rcx    # 0x54aa31
leaq 0x40dd2c(%rip), %r8     # 0x54a806
movl $0x3de, %r9d            # imm = 0x3DE
movb $0x0, %al
callq 0x199f0
callq 0x19370
jmp 0x13caee
movq 0x48(%rsp), %rdi
callq 0xde820
testb $0x1, %al
jne 0x13cb01
jmp 0x13cd87
movq 0x28(%rsp), %rdi
callq 0x13c6c0
movq %rax, 0x30(%rsp)
movq 0x28(%rsp), %rsi
movq 0x48(%rsp), %rdx
movq 0x30(%rsp), %rcx
movq 0x28(%rsp), %r8
addq $0x98, %r8
movq 0x40(%rsp), %r9
leaq 0x2d9(%rip), %rdi       # 0x13ce10
callq 0xe94d0
movl %eax, 0x3c(%rsp)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq (%rax), %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0xa0(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq (%rax), %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0xa8(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq (%rax), %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0xb0(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq (%rax), %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0xb8(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq (%rax), %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0xc0(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq (%rax), %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0xc8(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq (%rax), %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0xd0(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x38(%rax), %rax
movl (%rax), %ecx
movq 0x28(%rsp), %rax
movl %ecx, 0xd8(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movl (%rax), %ecx
movq 0x28(%rsp), %rax
movl %ecx, 0xdc(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movl (%rax), %ecx
movq 0x28(%rsp), %rax
movl %ecx, 0xe0(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movl (%rax), %ecx
movq 0x28(%rsp), %rax
movl %ecx, 0xe4(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movl (%rax), %ecx
movq 0x28(%rsp), %rax
movl %ecx, 0xe8(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x60(%rax), %rax
movl (%rax), %ecx
movq 0x28(%rsp), %rax
movl %ecx, 0xec(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x98(%rax), %rdi
callq 0xdb2a0
movq 0x28(%rsp), %rax
movq $0x0, 0x98(%rax)
cmpl $0x0, 0x3c(%rsp)
jne 0x13cce5
movq 0x28(%rsp), %rdi
callq 0x13c630
movq %rax, 0x30(%rsp)
movq 0x30(%rsp), %rsi
leaq 0x40ddab(%rip), %rdi    # 0x54aa59
movb $0x0, %al
callq 0xe7740
movq 0x28(%rsp), %rsi
movq 0x48(%rsp), %rdx
movq 0x30(%rsp), %rcx
movq 0x28(%rsp), %r8
addq $0x98, %r8
movq 0x40(%rsp), %r9
leaq -0x31c(%rip), %rdi      # 0x13c9c0
callq 0xe9d20
movl %eax, 0x3c(%rsp)
cmpl $0x0, 0x3c(%rsp)
jne 0x13cd85
movq 0x28(%rsp), %rax
movl 0xd8(%rax), %esi
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0xa0(%rax), %rdx
movq 0x28(%rsp), %rax
movl 0xdc(%rax), %ecx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0xa8(%rax), %r8
movq 0x28(%rsp), %rax
movl 0xe0(%rax), %r9d
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0xb0(%rax), %r14
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0xb8(%rax), %rbx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0xc0(%rax), %r11
movq 0x28(%rsp), %rax
movl 0xec(%rax), %r10d
movq 0x30(%rsp), %rax
leaq 0x40dc17(%rip), %rdi    # 0x54a97d
movq %r14, (%rsp)
movq %rbx, 0x8(%rsp)
movq %r11, 0x10(%rsp)
movl %r10d, 0x18(%rsp)
movq %rax, 0x20(%rsp)
movb $0x0, %al
callq 0xe7740
jmp 0x13cda7
movq 0x40(%rsp), %rdi
movq 0x48(%rsp), %rdx
leaq 0x40dcd4(%rip), %rsi    # 0x54aa6c
movb $0x0, %al
callq 0xd88c0
movl $0xffffffff, 0x3c(%rsp) # imm = 0xFFFFFFFF
cmpl $0x0, 0x3c(%rsp)
je 0x13cdc3
movq 0x28(%rsp), %rdi
callq 0x13d090
movq $0x0, 0x50(%rsp)
jmp 0x13cdf5
movq 0x28(%rsp), %rax
movl 0xd8(%rax), %edi
callq 0x1b4470
movq %rax, %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0x68(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movb $0x1, 0xf0(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rax, 0x50(%rsp)
movq 0x50(%rsp), %rax
addq $0x58, %rsp
popq %rbx
popq %r14
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)