// File: chhylp123[P]hifiasm/inter.cpp
// Function: gen_gg_aln(overlap_region_alloc*, ul_idx_t const*, long, vec_mg_lchain_t*)
void gen_gg_aln(overlap_region_alloc* olist, const ul_idx_t *uref, int64_t trans_sc, vec_mg_lchain_t *res)
{
	uint64_t k; mg_lchain_t *p = NULL;
	res->n = 0; kv_resize(mg_lchain_t, *res, olist->length);
	for (k = 0; k < olist->length; k++) {
		p = &(res->a[res->n++]); memset(p, 0, sizeof((*p)));
		p->v = ((olist->list[k].y_id<<1)|(olist->list[k].y_pos_strand)); p->off = k; 
		p->score = aln_sc((olist->list[k]), (trans_sc), UG_TRANS_ERR_W);
		p->qs = olist->list[k].x_pos_s; p->qe = olist->list[k].x_pos_e+1;
		if((p->v&1)) {
			p->rs = uref->ug->u.a[p->v>>1].len - (olist->list[k].y_pos_e+1); 
			p->re = uref->ug->u.a[p->v>>1].len - olist->list[k].y_pos_s;
		} else {
			p->rs = olist->list[k].y_pos_s; 
			p->re = olist->list[k].y_pos_e+1;
		}
	}
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x30, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq %rcx, -0x20(%rbp)
movq $0x0, -0x30(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq $0x0, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jae 0x2a1938
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rax
imulq $0x28, 0x10(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
jmp 0x2a193a
movq $0x0, -0x28(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jae 0x2a1b5b
movq -0x20(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq 0x8(%rdx), %rcx
movq %rcx, %rsi
addq $0x1, %rsi
movq %rsi, 0x8(%rdx)
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rdi
xorl %esi, %esi
movl $0x28, %edx
callq 0x2100
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x10(%rax), %ecx
shll %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
orl 0x1c(%rax), %ecx
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %ecx, (%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x28(%rax), %eax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x20(%rcx), %ecx
movq -0x8(%rbp), %rdx
movq (%rdx), %rdx
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rsi
addq %rsi, %rdx
subl 0x28(%rdx), %ecx
movl %ecx, %ecx
imulq -0x18(%rbp), %rcx
subq %rcx, %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x30(%rcx), %ecx
shlq $0x6, %rcx
subq %rcx, %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x1c(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %ecx
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x14(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %ecx
addl $0x1, %ecx
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x18(%rax)
movq -0x30(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %eax
andl $0x1, %eax
cmpl $0x0, %eax
je 0x2a1b0d
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
shrl %ecx
movl %ecx, %ecx
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl 0x18(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
subl %eax, %ecx
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %ecx, 0xc(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
shrl %ecx
movl %ecx, %ecx
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
subl 0x14(%rax), %ecx
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x10(%rax)
jmp 0x2a1b48
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x14(%rax), %ecx
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %ecx, 0xc(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x28(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x18(%rax), %ecx
addl $0x1, %ecx
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x10(%rax)
jmp 0x2a1b4a
movq -0x28(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
jmp 0x2a1942
addq $0x30, %rsp
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)