// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/richarddurbin[P]hash10x/seqio.c
// Function: seqIOopen
SeqIO *seqIOopen (char *filename, int* convert, BOOL isQual)
{
  SeqIO *si = new0 (1, SeqIO) ;
  if (!strcmp (filename, "-")) si->f = gzdopen (fileno (stdin), "r") ;
  else si->f = gzopen (filename, "r") ;
  if (!si->f) { free(si) ; return 0 ; }
  si->bufSize = 1<<24 ;
  si->b = si->buf = new (si->bufSize, char) ;
  si->convert = convert ;
  si->isQual = isQual ;
  si->nb = gzread (si->f, si->buf, si->bufSize) ;
  if (!si->nb)
    { fprintf (stderr, "sequence file %s unreadable or empty\n", filename) ;
      seqIOclose (si) ;
      return 0 ;
    }
  si->line = 1 ;
  if (*si->buf == '>')
    { si->type = FASTA ; si->isQual = FALSE ;
      if (!si->convert) si->convert = dna2textAmbigConv ; /* default: need to remove whitespace */
    }
  else if (*si->buf == '@') si->type = FASTQ ;
  else if (*si->buf == 'B')
    { si->type = BINARY ;
      if (si->nb <= 8) die ("binary file too short\n") ;
      si->qualThresh = si->buf[1] ;
      si->isQual = (si->qualThresh > 0) ;
      si->nSeq = *(U64*)si->buf & 0xffffffffffffLL ; /* 6 bytes of ff */
      si->b += 8 ; si->nb -= 8 ;
    }
  else
    { fprintf (stderr, "sequence file %s is unknown type\n", filename) ;
      seqIOclose (si) ;
      return 0 ;
    }
  return si ;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x30, %rsp
movb %dl, %al
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movb %al, -0x19(%rbp)
movl $0x1, %edi
movl $0x80, %esi
callq 0x82b0
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rdi
leaq 0x6b74(%rip), %rsi      # 0x9617
callq 0x1100
cmpl $0x0, %eax
jne 0x2ad7
movq 0xa524(%rip), %rax      # 0xcfd8
movq (%rax), %rdi
callq 0x1150
movl %eax, %edi
leaq 0x6bcb(%rip), %rsi      # 0x9690
callq 0x1080
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x48(%rax)
jmp 0x2af2
movq -0x10(%rbp), %rdi
leaq 0x6bae(%rip), %rsi      # 0x9690
callq 0x11b0
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x48(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x48(%rax)
jne 0x2b13
movq -0x28(%rbp), %rdi
callq 0x1040
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x2cfd
movq -0x28(%rbp), %rax
movl $0x1000000, 0x34(%rax)  # imm = 0x1000000
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq 0x34(%rax), %rdi
shlq $0x0, %rdi
callq 0x8260
movq %rax, %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x58(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x60(%rax)
movb -0x19(%rbp), %cl
movq -0x28(%rbp), %rax
movb %cl, 0x2c(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x34(%rax), %edx
callq 0x1110
movl %eax, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x38(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x38(%rax)
jne 0x2bb9
movq 0xa46a(%rip), %rax      # 0xcff8
movq (%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rdx
leaq 0x6cde(%rip), %rsi      # 0x987a
movb $0x0, %al
callq 0x1120
movq -0x28(%rbp), %rdi
callq 0x2d10
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x2cfd
movq -0x28(%rbp), %rax
movl $0x1, 0x3c(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movsbl (%rax), %eax
cmpl $0x3e, %eax
jne 0x2c05
movq -0x28(%rbp), %rax
movl $0x0, (%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movb $0x0, 0x2c(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x60(%rax)
jne 0x2c00
movq -0x28(%rbp), %rax
leaq 0xa744(%rip), %rcx      # 0xd340
movq %rcx, 0x60(%rax)
jmp 0x2cf5
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movsbl (%rax), %eax
cmpl $0x40, %eax
jne 0x2c24
movq -0x28(%rbp), %rax
movl $0x1, (%rax)
jmp 0x2cf3
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movsbl (%rax), %eax
cmpl $0x42, %eax
jne 0x2cc2
movq -0x28(%rbp), %rax
movl $0x2, (%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpl $0x8, 0x38(%rax)
jg 0x2c5a
leaq 0x6c4d(%rip), %rdi      # 0x98a0
movb $0x0, %al
callq 0x8180
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movsbl 0x1(%rax), %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x30(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x30(%rax)
setg %al
andb $0x1, %al
movzbl %al, %eax
movb %al, %cl
movq -0x28(%rbp), %rax
movb %cl, 0x2c(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movabsq $0xffffffffffff, %rcx   # imm = 0xFFFFFFFFFFFF
andq (%rax), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rcx
addq $0x8, %rcx
movq %rcx, 0x58(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x38(%rax), %ecx
subl $0x8, %ecx
movl %ecx, 0x38(%rax)
jmp 0x2cf1
movq 0xa32f(%rip), %rax      # 0xcff8
movq (%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rdx
leaq 0x6be0(%rip), %rsi      # 0x98b7
movb $0x0, %al
callq 0x1120
movq -0x28(%rbp), %rdi
callq 0x2d10
movq $0x0, -0x8(%rbp)
jmp 0x2cfd
jmp 0x2cf3
jmp 0x2cf5
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rax, -0x8(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
addq $0x30, %rsp
popq %rbp
retq
nopw (%rax,%rax)