// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/jiqingxiaoxi[P]RPA/RPA.c
// Function: design_probe
struct ExoProbe *design_probe(struct Primer *F,struct Primer *R,struct ExoProbe *Probe,int *result,int flag[],int common_num,char *seq,double stackEntropies[],double stackEnthalpies[],double stackint2Entropies[],double stackint2Enthalpies[],double dangleEntropies3[],double dangleEnthalpies3[],double dangleEntropies5[],double dangleEnthalpies5[],double hairpinLoopEntropies[],double interiorLoopEntropies[],double bulgeLoopEntropies[],double hairpinLoopEnthalpies[],double interiorLoopEnthalpies[],double bulgeLoopEnthalpies[],double tstackEntropies[],double tstackEnthalpies[],double tstack2Entropies[],double tstack2Enthalpies[],char *triloopEntropies1,char *triloopEnthalpies1,char *tetraloopEntropies1,char *tetraloopEnthalpies1,double *triloopEntropies2,double *triloopEnthalpies2,double *tetraloopEntropies2,double *tetraloopEnthalpies2,int numTriloops,int numTetraloops,double atpS[],double atpH[])
{
	int success,best_overlap,overlap,best_Ts,Ts;
	float best_G;
	struct ExoProbe *p_Probe,*storeProbe;
	char primer_F[60],primer_R[60],probe_seq[60];
	
	best_overlap=9999;
	best_Ts=999;
	best_G=9999;

	if(flag[7])
	{
		generate_primer(seq,primer_F,F->pos,F->len,0);
		generate_primer(seq,primer_R,R->pos,R->len,1);
	}
//no overlap
	storeProbe=NULL;
	p_Probe=Probe;
	while(p_Probe)
	{
		if(p_Probe->pos<F->pos)
		{
			p_Probe=p_Probe->next;
			continue;
		}
		if(p_Probe->pos>R->pos)
			break;
	//Overlap
		if(p_Probe->strand==0) //plus
		{
			if(p_Probe->pos+p_Probe->len>R->pos)
			{
				p_Probe=p_Probe->next;
				continue;
			}
			if(F->pos+F->len<=p_Probe->pos)
				overlap=0;
			else
				overlap=F->pos+F->len-p_Probe->pos;
		}
		else
		{
			if(F->pos+F->len>p_Probe->pos)
			{
				p_Probe=p_Probe->next;
				continue;
			}
			if(p_Probe->pos+p_Probe->len>R->pos+R->len)
			{
				p_Probe=p_Probe->next;
				continue;
			}
			if(p_Probe->pos+p_Probe->len<=R->pos)
				overlap=0;
			else
				overlap=p_Probe->pos+p_Probe->len-R->pos;
		}
		if((overlap>27)||(overlap>best_overlap))
		{
			p_Probe=p_Probe->next;
			continue;
		}
		if(overlap<best_overlap)
		{
		//design
		//check_specific
			if(flag[6])
			{
				success=check_uniqProbe(F,R,p_Probe);
				if(success==0)
				{
					p_Probe=p_Probe->next;
					continue;
				}
			}
		//check_common
			if(flag[5])
			{
				success=check_common_probe(F,R,p_Probe,result,common_num);
				if(success==0)
				{
					p_Probe=p_Probe->next;
					continue;
				}
			}
		//check_structure
			if(flag[7])
			{
				generate_primer(seq,probe_seq,p_Probe->pos,p_Probe->len,p_Probe->strand);
				success=check_structure(primer_F,probe_seq,F->Tm,p_Probe->Tm,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH);
                                if(success==0)
                                {
                                        p_Probe=p_Probe->next;
                                        continue;
                                }
				success=check_structure(probe_seq,primer_R,p_Probe->Tm,R->Tm,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH);
				if(success==0)
				{
					p_Probe=p_Probe->next;
					continue;
				}
                        }
			storeProbe=p_Probe;
			best_overlap=overlap;
			best_G=p_Probe->G_content;
			best_Ts=p_Probe->len;
			p_Probe=p_Probe->next;
			continue;
		}
		//overlap==best_overlap
		if(p_Probe->G_content>best_G)
		{
			p_Probe=p_Probe->next;
			continue;
		}
		if(p_Probe->G_content<best_G)
		{
		//design
			//check_specific
                        if(flag[6])
                        {
                                success=check_uniqProbe(F,R,p_Probe);                                            
                                if(success==0)
                                {
                                        p_Probe=p_Probe->next;
                                        continue;
                                }
                        }
		//check_common
                        if(flag[5])
                        {
                                success=check_common_probe(F,R,p_Probe,result,common_num);
                                if(success==0)
                                {
                                        p_Probe=p_Probe->next;
                                        continue;
                                }
                        }
                //check_structure
                        if(flag[7])
                        {
                                generate_primer(seq,probe_seq,p_Probe->pos,p_Probe->len,p_Probe->strand);
				success=check_structure(primer_F,probe_seq,F->Tm,p_Probe->Tm,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH);
                                if(success==0)
                                {
                                        p_Probe=p_Probe->next;
                                        continue;
                                }
				success=check_structure(probe_seq,primer_R,p_Probe->Tm,R->Tm,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH);
                                if(success==0)
                                {
                                        p_Probe=p_Probe->next;
                                        continue;
                                }
                        }
                        storeProbe=p_Probe;
                        best_G=p_Probe->G_content;
                        best_Ts=p_Probe->len;
                        p_Probe=p_Probe->next;
                        continue;
		}

	//equal G-content
		if((best_Ts<=47)||(best_Ts<=p_Probe->len))
		{
			p_Probe=p_Probe->next;
			continue;
		}
	//check_specific
		if(flag[6])
		{
			success=check_uniqProbe(F,R,p_Probe);                                            
			if(success==0)
			{
				p_Probe=p_Probe->next;
				continue;
			}
		}
	//check_common
		if(flag[5])
		{
			success=check_common_probe(F,R,p_Probe,result,common_num);
			if(success==0)
			{
				p_Probe=p_Probe->next;
				continue;
			}
		}
		//check_structure
		if(flag[7])
		{
			generate_primer(seq,probe_seq,p_Probe->pos,p_Probe->len,p_Probe->strand);
			success=check_structure(primer_F,probe_seq,F->Tm,p_Probe->Tm,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH);
			if(success==0)
                        {
				p_Probe=p_Probe->next;
                       	        continue;
                       	}
			success=check_structure(probe_seq,primer_R,p_Probe->Tm,R->Tm,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH);
			if(success==0)
			{
				p_Probe=p_Probe->next;
				continue;
			}
		}
		storeProbe=p_Probe;
		best_Ts=p_Probe->len;
		p_Probe=p_Probe->next;
	}
	return storeProbe;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x578, %rsp            # imm = 0x578
movq 0x100(%rbp), %rax
movq 0xf8(%rbp), %rax
movl 0xf0(%rbp), %eax
movl 0xe8(%rbp), %eax
movq 0xe0(%rbp), %rax
movq 0xd8(%rbp), %rax
movq 0xd0(%rbp), %rax
movq 0xc8(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rbp), %rax
movq 0xb8(%rbp), %rax
movq 0xb0(%rbp), %rax
movq 0xa8(%rbp), %rax
movq 0xa0(%rbp), %rax
movq 0x98(%rbp), %rax
movq 0x90(%rbp), %rax
movq 0x88(%rbp), %rax
movq 0x80(%rbp), %rax
movq 0x78(%rbp), %rax
movq 0x70(%rbp), %rax
movq 0x68(%rbp), %rax
movq 0x60(%rbp), %rax
movq 0x58(%rbp), %rax
movq 0x50(%rbp), %rax
movq 0x48(%rbp), %rax
movq 0x40(%rbp), %rax
movq 0x38(%rbp), %rax
movq 0x30(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rbp), %rax
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x30(%rbp)
movq %rsi, -0x38(%rbp)
movq %rdx, -0x40(%rbp)
movq %rcx, -0x48(%rbp)
movq %r8, -0x50(%rbp)
movl %r9d, -0x54(%rbp)
movl $0x270f, -0x5c(%rbp)    # imm = 0x270F
movl $0x3e7, -0x64(%rbp)     # imm = 0x3E7
movss 0x2825(%rip), %xmm0     # 0x17204
movss %xmm0, -0x6c(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x1c(%rax)
je 0x14a31
movq 0x10(%rbp), %rdi
leaq -0xc0(%rbp), %rsi
movq -0x30(%rbp), %rax
movl (%rax), %edx
movq -0x30(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %ecx
xorl %r8d, %r8d
callq 0xe7f0
movq 0x10(%rbp), %rdi
leaq -0x100(%rbp), %rsi
movq -0x38(%rbp), %rax
movl (%rax), %edx
movq -0x38(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %ecx
movl $0x1, %r8d
callq 0xe7f0
movq $0x0, -0x80(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
cmpq $0x0, -0x78(%rbp)
je 0x15de3
movq -0x78(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x30(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jge 0x14a68
movq -0x78(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x14a41
movq -0x78(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x38(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jle 0x14a7b
jmp 0x15de3
movq -0x78(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x8(%rax)
jne 0x14ae1
movq -0x78(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x78(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x38(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jle 0x14aa8
movq -0x78(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x14a41
movq -0x30(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x30(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x78(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jg 0x14ac6
movl $0x0, -0x60(%rbp)
jmp 0x14adc
movq -0x30(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x30(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x78(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
movl %eax, -0x60(%rbp)
jmp 0x14b6c
movq -0x30(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x30(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x78(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jle 0x14b07
movq -0x78(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x14a41
movq -0x78(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x78(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movl (%rcx), %ecx
movq -0x38(%rbp), %rdx
addl 0x4(%rdx), %ecx
cmpl %ecx, %eax
jle 0x14b36
movq -0x78(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x14a41
movq -0x78(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x78(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x38(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jg 0x14b54
movl $0x0, -0x60(%rbp)
jmp 0x14b6a
movq -0x78(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x78(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x38(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
movl %eax, -0x60(%rbp)
jmp 0x14b6c
cmpl $0x1b, -0x60(%rbp)
jg 0x14b7a
movl -0x60(%rbp), %eax
cmpl -0x5c(%rbp), %eax
jle 0x14b8b
movq -0x78(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x14a41
movl -0x60(%rbp), %eax
cmpl -0x5c(%rbp), %eax
jge 0x1519b
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x18(%rax)
je 0x14bce
movq -0x30(%rbp), %rdi
movq -0x38(%rbp), %rsi
movq -0x78(%rbp), %rdx
callq 0x14590
movl %eax, -0x58(%rbp)
cmpl $0x0, -0x58(%rbp)
jne 0x14bcc
movq -0x78(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x14a41
jmp 0x14bce
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x14(%rax)
je 0x14c0d
movq -0x30(%rbp), %rdi
movq -0x38(%rbp), %rsi
movq -0x78(%rbp), %rdx
movq -0x48(%rbp), %rcx
movl -0x54(%rbp), %r8d
callq 0x13fd0
movl %eax, -0x58(%rbp)
cmpl $0x0, -0x58(%rbp)
jne 0x14c0b
movq -0x78(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
jmp 0x14a41
jmp 0x14c0d
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x1c(%rax)
je 0x15164
movq 0x10(%rbp), %rdi
leaq -0x140(%rbp), %rsi
movq -0x78(%rbp), %rax
movl (%rax), %edx
movq -0x78(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %ecx
movq -0x78(%rbp), %rax
movl 0x8(%rax), %r8d
callq 0xe7f0
leaq -0xc0(%rbp), %rdi
leaq -0x140(%rbp), %rsi
movq -0x30(%rbp), %rax
movss 0x18(%rax), %xmm0
movq -0x78(%rbp), %rax
movss 0x10(%rax), %xmm1
movq 0x18(%rbp), %rdx
movq 0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %r8
movq 0x30(%rbp), %r9
movq 0x38(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1d8(%rbp)
movq 0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1d0(%rbp)
movq 0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1c8(%rbp)
movq 0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1c0(%rbp)
movq 0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1b8(%rbp)
movq 0x60(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1b0(%rbp)
movq 0x68(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1a8(%rbp)
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