// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O2/genometools[P]genometools/src/mgth/mg_compute_gene_prediction.c
// Function: gene_prediction
static void gene_prediction(unsigned short row,
                            GtUword column,
                            double max_lastcolumn,
                            PathMatrixEntry **path_matrix,
                            CombinedScoreMatrixEntry
                            **combinedscore_matrix,
                            GtArray * frame_path_array,
                            HitInformation *hit_information,
                            ParseStruct *parsestruct_ptr,
                            RegionStruct **regionmatrix,
                            GtUword *frame_counter, GtError * err)
{
  GtUword column_from,
    column_to;

  gt_error_check(err);

  /* die ersten beiden Spalten werden gesondert bearbeitet, da immer zwei
     Spalten zur Beurteilung, ob es sich um kodierende oder
     nicht-kodierende Positionen handelt, benoetigt werden. Zudem werden
     erst so die Berechnungen der Sequenzlaengen kodierender Bereiche bei
     Framewechsel und auch bei Wechsel von kodierendem zu
     nicht-kodierendem Bereich */
  if (column == gt_str_length(MATRIXSTRUCT(query_dna)) - 1)
  {
    GENEPREDSTRUCT(matrixscore_before) = path_matrix[row][column].score;
    GENEPREDSTRUCT(frame_before) = path_matrix[row][column].path_frame;

    /* hinzufuegen des aktuellen Leserahmens - als Zeile - in das
       frame_path-Array */
    gt_array_add(frame_path_array, row);
    /* Zaehlen der Frame-Haeufigkeiten */
    frame_counter[row] += 1.0;
  }
  else if (column == gt_str_length(MATRIXSTRUCT(query_dna)) - 2)
  {
    GENEPREDSTRUCT(matrixscore) = path_matrix[row][column].score;
    GENEPREDSTRUCT(current_frame) = path_matrix[row][column].path_frame;

    /* hinzufuegen des aktuellen Leserahmens - als Zeile - in das
       frame_path-Array */
    gt_array_add(frame_path_array, row);
    /* Zaehlen der Frame-Haeufigkeiten */
    frame_counter[row] += 1.0;
  }
  /* ab hier beginnt die eigentliche Bearbeitung des optimalen Pfades in
     der Combined-Score-Matrix - berechnet wird jeweils die Position
     column+2 */
  else
  {
    /* hinzufuegen des aktuellen Leserahmens - als Zeile - in das
       frame_path-Array */
    gt_array_add(frame_path_array, row);
    /* Zaehlen der Frame-Haeufigkeiten */
    frame_counter[row] += 1.0;

    /* nur wenn der vorherige Matrixscore(column+2) hoeher ist als der
       Aktuelle(column+1) ist, handelt es sich bei Position column+2 um
       eine kodierende Position */
    if (GENEPREDSTRUCT(matrixscore_before) - GENEPREDSTRUCT(matrixscore) >
        0)
    {
      /* Laenge des kodierenden Abschnittes um 1 erhoehen */
      ++GENEPREDSTRUCT(codingcounter);

      /* Wechsel des Leserahmens von Position column+2 zu Position
         column+1; kodierender zu kodierender Abschnitt */
      if (GENEPREDSTRUCT(current_frame) != GENEPREDSTRUCT(frame_before)
          && GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter) == 0)
      {
        /* Speichern der Grenzen des kodierenden Bereichs vor dem
           Framewechsel */
        column_from = column + 2;
        column_to = column + GENEPREDSTRUCT(codingcounter) + 1;

        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].from,
                  column_from);
        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].to,
                  column_to);

        GENEPREDSTRUCT(codingcounter) = 0;
      }
      /* wenn noncodingcounter > 0 liegt ein Wechsel von nicht-kodierender
         zu kodierender Region vor */
      else if (GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter) > 0)
      {
        GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter) = 0;
      }
    }
    /* else-Fall: nicht-kodierender Positionen */
    else
    {
      /* Wechsel von kodierendem zu nicht-kodierendem Abschnitt */
      if (GENEPREDSTRUCT(codingcounter) > 0)
      {
        /* Speichern der Grenzen des vorangegangenen kodierenden Bereichs */
        column_from = column + 3;
        column_to = column + GENEPREDSTRUCT(codingcounter) + 2;

        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].from,
                  column_from);
        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].to,
                  column_to);

        GENEPREDSTRUCT(codingcounter) = 0;
      }
      GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter)++;
    }

    /* Sichern der Vorgaengerinformationen (column+1) und einlesen der
       aktuellen Informationen (column) */
    GENEPREDSTRUCT(matrixscore_before) = GENEPREDSTRUCT(matrixscore);
    GENEPREDSTRUCT(frame_before) = GENEPREDSTRUCT(current_frame);

    GENEPREDSTRUCT(matrixscore) =
      path_matrix[GENEPREDSTRUCT(current_frame)][column].score;
    GENEPREDSTRUCT(current_frame) =
      path_matrix[GENEPREDSTRUCT(current_frame)][column].path_frame;
  }

  /* die ersten beiden Spalten der Combined-Score-Matrix werden in einem
     Fall bearbeitet */
  if (column == 0)
  {
    /* das Function Stop-Flag wird gesetzt */
    GENEPREDSTRUCT(function_stop) = 1;
    /* if-Fall: kodierende Base an Position 1 */

    if (GENEPREDSTRUCT(matrixscore_before) - GENEPREDSTRUCT(matrixscore) >
        0)
    {
      ++GENEPREDSTRUCT(codingcounter);

      /* Wechsel des Leserahmens - kodierender zu kodierender Abschnitt */
      if (GENEPREDSTRUCT(current_frame) != GENEPREDSTRUCT(frame_before)
          && GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter == 0))
      {
        column_from = column + 1;
        column_to = column + GENEPREDSTRUCT(codingcounter);

        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].from,
                  column_from);
        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].to,
                  column_to);

        GENEPREDSTRUCT(codingcounter) = 0;
      }
      if (GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter) > 0)
      {
        GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter) = 0;
      }
    }
    /* else-Fall: nicht-kodiernde Base an Position 1 */
    else
    {
      /* der Bereich vor der nicht-kodiernden Position 1 ist kodierend */
      if (GENEPREDSTRUCT(codingcounter) > 0)
      {
        column_from = column + 2;
        column_to = column + GENEPREDSTRUCT(codingcounter) + 1;

        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].from,
                  column_from);
        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].to,
                  column_to);

        GENEPREDSTRUCT(codingcounter) = 0;
      }
      GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter)++;
    }

    /* Wenn der Wert in der ersten Spalte der Combined-Score-Matrix
       positiv ist, ist die Position 0 kodierend */
    if (GENEPREDSTRUCT(matrixscore) > 0)
    {
      GENEPREDSTRUCT(codingcounter)++;

      /* Falls der noncodingcounter > 0 ist, ist der Bereich vor 0
         nicht-kodierend */
      if (GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter) > 0)
      {
        column_from = 0;
        column_to = 0;

        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(current_frame)][0].from,
                  column_from);
        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(current_frame)][0].to,
                  column_to);

        GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter) = 0;
      }
      else
      {
        /* if-Fall: Wechsel des Leserahmens von kodierendem zu kodierendem
           Abschnitt */
        if (GENEPREDSTRUCT(current_frame) != GENEPREDSTRUCT(frame_before))
        {
          /* Vorgaengerbereich von Position 0 ist kodierend */
          column_from = 1;
          column_to = GENEPREDSTRUCT(codingcounter) - 1;

          gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].from,
                    column_from);
          gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].to,
                    column_to);

          /* Position 0 ist ebenfalls kodierend */
          column_from = 0;
          column_to = 0;

          gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(current_frame)][0].from,
                    column_from);
          gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(current_frame)][0].to,
                    column_to);

          GENEPREDSTRUCT(codingcounter) = 1;
        }
        /* else-Fall: Speichern des kodierenden Bereichs von 0 bis x */
        else
        {
          column_from = 0;
          column_to = GENEPREDSTRUCT(codingcounter) - 1;

          gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(current_frame)][0].from,
                    column_from);
          gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(current_frame)][0].to,
                    column_to);
        }
      }
    }
    /* Position 0 ist nicht-kodierend */
    else
    {
      /* Falls codingcounter > 0, dann ist der vor 0 liegende Bereich
         kodierend */
      if (GENEPREDSTRUCT(codingcounter) > 0)
      {
        column_from = 1;
        column_to = column + GENEPREDSTRUCT(codingcounter);

        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].from,
                  column_from);
        gt_array_add(regionmatrix[GENEPREDSTRUCT(frame_before)][0].to,
                  column_to);

        GENEPREDSTRUCT(codingcounter) = 0;
      }
    }
    GENEPREDSTRUCT(noncodingcounter) = 0;
    GENEPREDSTRUCT(codingcounter) = 0;
  }
  /* solange das Stop-Flag nicht gesetzt ist wird die CombinedScore-Matrix
     rekursiv spaltenweise abgearbeitet */
  if (!GENEPREDSTRUCT(function_stop))
  {
    if (column > 0)
      gene_prediction(path_matrix[row][column].path_frame,
                      column - 1,
                      max_lastcolumn,
                      path_matrix,
                      combinedscore_matrix,
                      frame_path_array,
                      hit_information,
                      parsestruct_ptr, regionmatrix, frame_counter, err);
    else
      gene_prediction(path_matrix[row][column].path_frame,
                      column,
                      max_lastcolumn,
                      path_matrix,
                      combinedscore_matrix,
                      frame_path_array,
                      hit_information,
                      parsestruct_ptr, regionmatrix, frame_counter, err);
  }
  else
    GENEPREDSTRUCT(function_stop) = 0;
}

// Assembly:
pushq %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x28, %rsp
movq %r9, %r14
movq %r8, %rbx
movq %rcx, 0x20(%rsp)
movq %rdx, %r13
movq %rsi, %rbp
movl %edi, %r15d
movq 0x68(%rsp), %rdi
movw %r15w, 0xe(%rsp)
testq %rdi, %rdi
je 0x2cff75
callq 0x89eb7
testb %al, %al
jne 0x2d0599
movq 0x60(%rsp), %r12
movq 0x120(%rbx), %rdi
callq 0xad289
decq %rax
cmpq %rbp, %rax
jne 0x2d0028
movzwl %r15w, %eax
movq (%r13,%rax,8), %rax
movq %rbp, %rcx
shlq $0x4, %rcx
movsd (%rax,%rcx), %xmm0
movsd %xmm0, 0x240(%rbx)
movzwl 0x8(%rax,%rcx), %eax
movw %ax, 0x24a(%rbx)
leaq 0xe(%rsp), %r15
pushq $0x2
popq %rdx
movq 0x20(%rsp), %rdi
movq %r15, %rsi
callq 0x5851d
movzwl (%r15), %eax
movsd (%r12,%rax,8), %xmm0
unpcklps 0x178ff(%rip), %xmm0    # xmm0 = xmm0[0],mem[0],xmm0[1],mem[1]
subpd 0x17907(%rip), %xmm0    # 0x2e78f0
movapd %xmm0, %xmm1
unpckhpd %xmm0, %xmm1            # xmm1 = xmm1[1],xmm0[1]
addsd %xmm0, %xmm1
addsd 0x1622b(%rip), %xmm1    # 0x2e6228
cvttsd2si %xmm1, %rcx
movq %rcx, %rdx
subsd 0x17d13(%rip), %xmm1    # 0x2e7d20
cvttsd2si %xmm1, %rsi
sarq $0x3f, %rdx
andq %rdx, %rsi
orq %rcx, %rsi
movq %rsi, (%r12,%rax,8)
movq %r12, %r15
jmp 0x2d0298
movq 0x120(%rbx), %rdi
callq 0xad289
addq $-0x2, %rax
cmpq %rbp, %rax
jne 0x2d00d7
movzwl %r15w, %eax
movq (%r13,%rax,8), %rax
movq %rbp, %rcx
shlq $0x4, %rcx
movsd (%rax,%rcx), %xmm0
movsd %xmm0, 0x238(%rbx)
movzwl 0x8(%rax,%rcx), %eax
movw %ax, 0x248(%rbx)
leaq 0xe(%rsp), %r15
pushq $0x2
popq %rdx
movq 0x20(%rsp), %rdi
movq %r15, %rsi
callq 0x5851d
movzwl (%r15), %eax
movq %r12, %r15
movsd (%r12,%rax,8), %xmm0
unpcklps 0x1784d(%rip), %xmm0    # xmm0 = xmm0[0],mem[0],xmm0[1],mem[1]
subpd 0x17855(%rip), %xmm0    # 0x2e78f0
movapd %xmm0, %xmm1
unpckhpd %xmm0, %xmm1            # xmm1 = xmm1[1],xmm0[1]
addsd %xmm0, %xmm1
addsd 0x16179(%rip), %xmm1    # 0x2e6228
cvttsd2si %xmm1, %rcx
movq %rcx, %rdx
subsd 0x17c61(%rip), %xmm1    # 0x2e7d20
cvttsd2si %xmm1, %rsi
sarq $0x3f, %rdx
andq %rdx, %rsi
orq %rcx, %rsi
movq %rsi, (%r12,%rax,8)
jmp 0x2d0298
leaq 0xe(%rsp), %r15
pushq $0x2
popq %rdx
movq 0x20(%rsp), %rdi
movq %r15, %rsi
callq 0x5851d
movzwl (%r15), %eax
movq %r12, %r15
movsd (%r12,%rax,8), %xmm0
unpcklps 0x177e0(%rip), %xmm0    # xmm0 = xmm0[0],mem[0],xmm0[1],mem[1]
subpd 0x177e8(%rip), %xmm0    # 0x2e78f0
movapd %xmm0, %xmm1
unpckhpd %xmm0, %xmm1            # xmm1 = xmm1[1],xmm0[1]
addsd %xmm0, %xmm1
addsd 0x1610c(%rip), %xmm1    # 0x2e6228
cvttsd2si %xmm1, %rcx
movq %rcx, %rdx
sarq $0x3f, %rdx
subsd 0x17bf0(%rip), %xmm1    # 0x2e7d20
cvttsd2si %xmm1, %rsi
andq %rdx, %rsi
orq %rcx, %rsi
movq %rsi, (%r12,%rax,8)
movsd 0x240(%rbx), %xmm0
ucomisd 0x238(%rbx), %xmm0
movq 0x258(%rbx), %rax
jbe 0x2d0184
incq %rax
movq %rax, 0x258(%rbx)
movswq 0x24a(%rbx), %rcx
movq 0x250(%rbx), %rdx
cmpw %cx, 0x248(%rbx)
jne 0x2d01f0
testq %rdx, %rdx
jne 0x2d01f5
jmp 0x2d0254
testq %rax, %rax
je 0x2d01e7
leaq 0x3(%rbp), %rcx
leaq 0x18(%rsp), %rsi
movq %rcx, (%rsi)
addq %rbp, %rax
addq $0x2, %rax
leaq 0x10(%rsp), %rcx
movq %rax, (%rcx)
movswq 0x24a(%rbx), %rax
movq (%r14,%rax,8), %rax
movq (%rax), %rdi
pushq $0x8
popq %r15
movq %r15, %rdx
callq 0x5851d
movswq 0x24a(%rbx), %rax
movq (%r14,%rax,8), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
leaq 0x10(%rsp), %rsi
movq %r15, %rdx
movq %r12, %r15
callq 0x5851d
andq $0x0, 0x258(%rbx)
incq 0x250(%rbx)
jmp 0x2d0254
testq %rdx, %rdx
je 0x2d01ff
andq $0x0, 0x250(%rbx)
jmp 0x2d0254
leaq 0x2(%rbp), %rdx
leaq 0x18(%rsp), %rsi
movq %rdx, (%rsi)
addq %rbp, %rax
incq %rax
leaq 0x10(%rsp), %rdx
movq %rax, (%rdx)
movq (%r14,%rcx,8), %rax
movq (%rax), %rdi
pushq $0x8
popq %r15
movq %r15, %rdx
callq 0x5851d
movswq 0x24a(%rbx), %rax
movq (%r14,%rax,8), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
leaq 0x10(%rsp), %rsi
movq %r15, %rdx
movq %r12, %r15
callq 0x5851d
andq $0x0, 0x258(%rbx)
movsd 0x238(%rbx), %xmm0
movsd %xmm0, 0x240(%rbx)
movswq 0x248(%rbx), %rax
movw %ax, 0x24a(%rbx)
movq (%r13,%rax,8), %rax
movq %rbp, %rcx
shlq $0x4, %rcx
movsd (%rax,%rcx), %xmm0
movsd %xmm0, 0x238(%rbx)
movzwl 0x8(%rax,%rcx), %eax
movw %ax, 0x248(%rbx)
testq %rbp, %rbp
je 0x2d02e0
cmpw $0x0, 0x24c(%rbx)
jne 0x2d0554
movzwl 0xe(%rsp), %eax
movq (%r13,%rax,8), %rax
movq %rbp, %rcx
shlq $0x4, %rcx
movzwl 0x8(%rax,%rcx), %edi
decq %rbp
movq %rbp, %rsi
movq %r13, %rdx
movq 0x20(%rsp), %rcx
movq %rbx, %r8
movq %r14, %r9
pushq 0x68(%rsp)
pushq %r15
jmp 0x2d0583
movq %r15, %r12
movw $0x1, 0x24c(%rbx)
movsd 0x240(%rbx), %xmm0
ucomisd 0x238(%rbx), %xmm0
movq 0x258(%rbx), %rax
jbe 0x2d03bb
incq %rax
movq %rax, 0x258(%rbx)
movswq 0x24a(%rbx), %rcx
cmpw %cx, 0x248(%rbx)
movq 0x68(%rsp), %r15
je 0x2d0383
cmpq $0x0, 0x250(%rbx)
jne 0x2d0383
leaq 0x18(%rsp), %rsi
movq $0x1, (%rsi)
leaq 0x10(%rsp), %r15
movq %rax, (%r15)
movq (%r14,%rcx,8), %rax
movq (%rax), %rdi
pushq $0x8
popq %rbp
movq %rbp, %rdx
callq 0x5851d
movswq 0x24a(%rbx), %rax
movq (%r14,%rax,8), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
movq %r15, %rsi
movq %rbp, %rdx
movq 0x68(%rsp), %r15
callq 0x5851d
andq $0x0, 0x258(%rbx)
xorl %eax, %eax
cmpq $0x0, 0x250(%rbx)
je 0x2d0395
andq $0x0, 0x250(%rbx)
movsd 0x238(%rbx), %xmm0
xorpd %xmm1, %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0x2d0460
leaq 0x1(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x258(%rbx)
jmp 0x2d0489
testq %rax, %rax
je 0x2d040c
leaq 0x18(%rsp), %rsi
movq $0x2, (%rsi)
incq %rax
leaq 0x10(%rsp), %r15
movq %rax, (%r15)
movswq 0x24a(%rbx), %rax
movq (%r14,%rax,8), %rax
movq (%rax), %rdi
pushq $0x8
popq %rbp
movq %rbp, %rdx
callq 0x5851d
movswq 0x24a(%rbx), %rax
movq (%r14,%rax,8), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
movq %r15, %rsi
movq %rbp, %rdx
callq 0x5851d
movq 0x250(%rbx), %rax
incq %rax
movq %rax, 0x250(%rbx)
movsd 0x238(%rbx), %xmm0
xorpd %xmm1, %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
movq 0x68(%rsp), %r15
jbe 0x2d053e
movq $0x1, 0x258(%rbx)
testq %rax, %rax
je 0x2d0487
andq $0x0, 0x18(%rsp)
andq $0x0, 0x10(%rsp)
leaq 0x248(%rbx), %rbp
jmp 0x2d04fc
testq %rax, %rax
je 0x2d053e
movq $0x1, 0x18(%rsp)
movq %rax, 0x10(%rsp)
leaq 0x24a(%rbx), %rbp
movzwl 0x24a(%rbx), %ecx
jmp 0x2d0503
xorl %eax, %eax
leaq 0x248(%rbx), %rbp
movzwl 0x248(%rbx), %ecx
movswq 0x24a(%rbx), %rdx
cmpw %dx, %cx
jne 0x2d04b1
andq $0x0, 0x18(%rsp)
movq %rax, 0x10(%rsp)
jmp 0x2d0503
leaq 0x18(%rsp), %rsi
movq $0x1, (%rsi)
leaq 0x10(%rsp), %r15
movq %rax, (%r15)
movq (%r14,%rdx,8), %rax
movq (%rax), %rdi
pushq $0x8
popq %rdx
callq 0x5851d
movswq 0x24a(%rbx), %rax
movq (%r14,%rax,8), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
movq %r15, %rsi
pushq $0x8
popq %rdx
callq 0x5851d
leaq 0x18(%rsp), %rax
andq $0x0, (%rax)
andq $0x0, (%r15)
movzwl 0x248(%rbx), %ecx
movswq %cx, %rax
movq (%r14,%rax,8), %rax
movq (%rax), %rdi
leaq 0x18(%rsp), %rsi
pushq $0x8
popq %r15
movq %r15, %rdx
callq 0x5851d
movswq (%rbp), %rax
movq (%r14,%rax,8), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
leaq 0x10(%rsp), %rsi
movq %r15, %rdx
callq 0x5851d
movq 0x68(%rsp), %r15
xorpd %xmm0, %xmm0
movupd %xmm0, 0x250(%rbx)
cmpw $0x0, 0x24c(%rbx)
je 0x2d0561
addq $0x24c, %rbx            # imm = 0x24C
andw $0x0, (%rbx)
jmp 0x2d058a
movzwl 0xe(%rsp), %eax
movq (%r13,%rax,8), %rax
movzwl 0x8(%rax), %edi
xorl %esi, %esi
movq %r13, %rdx
movq 0x20(%rsp), %rcx
movq %rbx, %r8
movq %r14, %r9
pushq %r15
pushq %r12
callq 0x2cff36
popq %rax
popq %rcx
addq $0x28, %rsp
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq
movq 0x1679c8(%rip), %rax    # 0x437f68
movq (%rax), %rdi
leaq 0x14a69(%rip), %rsi     # 0x2e5013
leaq 0x14c0e(%rip), %rdx     # 0x2e51bf
leaq 0xb6050(%rip), %rcx     # 0x386608
leaq 0xb6059(%rip), %r8      # 0x386618
movl $0xe3, %r9d
xorl %eax, %eax
callq 0x17a50
callq 0x17390