// File: chhylp123[P]hifiasm/gfa_ut.cpp
// Function: realloc_rdb(All_reads*, ma_sub_t**, R_to_U*, unsigned long*, unsigned long, unsigned long, char*, asg_t*, ug_opt_t*)
void realloc_rdb(All_reads* rdb, ma_sub_t **cov, R_to_U *ruI, uint64_t *rmap, uint64_t rid_n, uint64_t scaf_len, char *scaf_id, 
asg_t *ng, ug_opt_t *uopt)
{
    uint64_t i, rid_n0 = rdb->total_reads, tname, cname;
    uint64_t scaf_id_len = strlen(scaf_id); char *des, *src;
    rdb->total_reads = rid_n;
    tname = rdb->name_index[rid_n0];
    fprintf(stderr, "+[M::%s] rid_n0::%lu, rid_n::%lu\n", __func__, rid_n0, rid_n);
    ///for read bases
    REALLOC(rdb->N_site, rdb->total_reads);
    REALLOC(rdb->read_length, rdb->total_reads);
    REALLOC(rdb->read_size, rdb->total_reads);
    REALLOC(rdb->read_sperate, rdb->total_reads);
    REALLOC(rdb->trio_flag, rdb->total_reads);
    REALLOC(rdb->name_index, rdb->total_reads+1);///total_reads+1
    REALLOC((*cov), rdb->total_reads);
	for (i = rid_n0; i < rdb->total_reads; i++) {
        // fprintf(stderr, "[M::%s] i::%lu\n", __func__, i);
        rdb->N_site[i] = NULL;
        rdb->read_length[i] = scaf_len;
        rdb->read_size[i] = scaf_len;
        rdb->trio_flag[i] = AMBIGU;
        (*cov)[i].c = (*cov)[i].del = 0; 
        (*cov)[i].s = 0; (*cov)[i].e = scaf_len;
        cname = scaf_id_len;
        if(rmap[i] != ((uint64_t)-1)) {///not a scaffold node
            if(rdb->N_site[rmap[i]] != NULL) {
                MALLOC(rdb->N_site[i], rdb->N_site[rmap[i]][0]+1);
                memcpy(rdb->N_site[i], rdb->N_site[rmap[i]], 
                    sizeof((*(rdb->N_site[i])))*(rdb->N_site[rmap[i]][0]+1));
            }
            rdb->read_length[i] = rdb->read_length[rmap[i]];
            rdb->read_size[i] = rdb->read_length[rmap[i]];
            rdb->trio_flag[i] = rdb->trio_flag[rmap[i]];
            (*cov)[i] = (*cov)[rmap[i]];
            cname = Get_NAME_LENGTH((*rdb), (rmap[i]));
        } 
        rdb->name_index[i] = tname; tname += cname;
        rdb->total_reads_bases += rdb->read_length[i];

        MALLOC(rdb->read_sperate[i], (rdb->read_length[i]/4+1));
        if(rmap[i] != ((uint64_t)-1)) {///not a scaffold node
            memcpy(rdb->read_sperate[i], rdb->read_sperate[rmap[i]], 
                sizeof((*(rdb->read_sperate[i])))*(rdb->read_length[i]/4+1));
        } else {
            ///set to A
            memset(rdb->read_sperate[i], 0, sizeof((*(rdb->read_sperate[i])))*(rdb->read_length[i]/4+1));
        }
	}

    rdb->index_size = rdb->total_reads;
    rdb->name_index[i] = tname; 
    rdb->total_name_length = tname; 
    rdb->name_index_size = rdb->total_reads+1;
    REALLOC(rdb->name, tname);
    for (i = rid_n0; i < rdb->total_reads; i++) {
        des = Get_NAME((*rdb), i); src = scaf_id; cname = scaf_id_len;
        if(rmap[i] != ((uint64_t)-1)) {
            src = Get_NAME((*rdb), rmap[i]); cname = Get_NAME_LENGTH((*rdb), (rmap[i]));
        }
        memcpy(des, src, sizeof((*(des)))*cname);
    }

    REALLOC(rdb->paf, rdb->total_reads); 
    memset(rdb->paf+rid_n0, 0, (rdb->total_reads-rid_n0)*sizeof((*rdb->paf)));
    REALLOC(rdb->reverse_paf, rdb->total_reads);
    memset(rdb->reverse_paf+rid_n0, 0, (rdb->total_reads-rid_n0)*sizeof((*rdb->reverse_paf)));

    ruI->len = rdb->total_reads;
    REALLOC(ruI->index, ruI->len); 
    memset(ruI->index, -1, sizeof((*(ruI->index)))*(ruI->len));

    reset_bub_label_t(uopt->b_mask_t, ng, 0, 0);
    uopt->coverage_cut = (*cov);
    uopt->reverse_sources = rdb->reverse_paf;
    uopt->sources = rdb->paf;
    fprintf(stderr, "-[M::%s] rid_n0::%lu, rid_n::%lu\n", __func__, rid_n0, rid_n);
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x70, %rsp
movq 0x20(%rbp), %rax
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq %rcx, -0x20(%rbp)
movq %r8, -0x28(%rbp)
movq %r9, -0x30(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq 0x10(%rbp), %rdi
callq 0x20a0
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x50(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq 0x4e734(%rip), %rax     # 0x3c3fe0
movq (%rax), %rdi
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %r8
leaq 0x24e29(%rip), %rsi     # 0x39a6e7
leaq 0x2564c(%rip), %rdx     # 0x39af11
movb $0x0, %al
callq 0x22a0
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rsi
shlq $0x0, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rsi
addq $0x1, %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x40(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
imulq $0xc, 0x50(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x50(%rcx), %rax
jae 0x375d39
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq $0x0, (%rax,%rcx,8)
movq -0x30(%rbp), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x30(%rbp), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movb $0x0, (%rax,%rcx)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xc, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
orl $0x0, %ecx
movl %ecx, (%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xc, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movb $0x0, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xc, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %ecx
andl $0x80000000, %ecx       # imm = 0x80000000
orl $0x0, %ecx
movl %ecx, (%rax)
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xc, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl %ecx, 0x4(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
cmpq $-0x1, (%rax,%rcx,8)
je 0x375c29
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
cmpq $0x0, (%rax,%rcx,8)
je 0x375b4c
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq (%rax), %rdi
addq $0x1, %rdi
shlq $0x3, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rsi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq (%rax), %rdx
addq $0x1, %rdx
shlq $0x3, %rdx
callq 0x2180
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rdx
imulq $0xc, (%rax,%rdx,8), %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xc, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, (%rax)
movl 0x8(%rcx), %ecx
movl %ecx, 0x8(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movq 0x8(%rax,%rcx,8), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x40(%rcx), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq -0x38(%rbp), %rsi
movq (%rdx,%rsi,8), %rdx
subq (%rcx,%rdx,8), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x50(%rbp), %rax
addq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
addq 0x58(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x58(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
shrq $0x2, %rdi
addq $0x1, %rdi
shlq $0x0, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
cmpq $-0x1, (%rax,%rcx,8)
je 0x375cf3
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rsi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
shrq $0x2, %rdx
addq $0x1, %rdx
shlq $0x0, %rdx
callq 0x2180
jmp 0x375d26
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
shrq $0x2, %rdx
addq $0x1, %rdx
shlq $0x0, %rdx
xorl %esi, %esi
callq 0x2100
jmp 0x375d28
movq -0x38(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0x3759cd
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x38(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x60(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x48(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
movq -0x48(%rbp), %rsi
shlq $0x0, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x50(%rcx), %rax
jae 0x375e71
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x40(%rcx), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
addq (%rcx,%rdx,8), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
cmpq $-0x1, (%rax,%rcx,8)
je 0x375e4b
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x40(%rcx), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq -0x38(%rbp), %rsi
movq (%rdx,%rsi,8), %rdx
addq (%rcx,%rdx,8), %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movq 0x8(%rax,%rcx,8), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x40(%rcx), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq -0x38(%rbp), %rsi
movq (%rdx,%rsi,8), %rdx
subq (%rcx,%rdx,8), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rdi
movq -0x68(%rbp), %rsi
movq -0x50(%rbp), %rdx
shlq $0x0, %rdx
callq 0x2180
movq -0x38(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0x375da5
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x78(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
imulq $0x18, 0x50(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x78(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x78(%rax), %rdi
imulq $0x18, -0x40(%rbp), %rax
addq %rax, %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
subq -0x40(%rbp), %rax
imulq $0x18, %rax, %rdx
xorl %esi, %esi
callq 0x2100
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
imulq $0x18, 0x50(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x80(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rdi
imulq $0x18, -0x40(%rbp), %rax
addq %rax, %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
subq -0x40(%rbp), %rax
imulq $0x18, %rax, %rdx
xorl %esi, %esi
callq 0x2100
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rsi
shlq $0x2, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdx
shlq $0x2, %rdx
movl $0xff, %esi
callq 0x2100
movq 0x20(%rbp), %rax
movq 0x60(%rax), %rdi
movq 0x18(%rbp), %rsi
xorl %eax, %eax
movl %eax, %edx
xorl %ecx, %ecx
callq 0xcce00
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
movq 0x20(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x80(%rax), %rcx
movq 0x20(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x78(%rax), %rcx
movq 0x20(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x4e038(%rip), %rax     # 0x3c3fe0
movq (%rax), %rdi
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %r8
leaq 0x24817(%rip), %rsi     # 0x39a7d1
leaq 0x24f50(%rip), %rdx     # 0x39af11
movb $0x0, %al
callq 0x22a0
addq $0x70, %rsp
popq %rbp
retq
nop