// File: gjoni[P]iPot/src/AACE.cpp
// Function: AACE::GetEnergy(Complex const&, std::vector<int, std::allocator<int>> const&, std::vector<int, std::allocator<int>> const&)
double AACE::GetEnergy(const Complex &C, const std::vector<int> &tRec,
		const std::vector<int> &tLig) {

	double E = 0;

	for (int i = 0; i < C.Receptor.nAtoms; i++) {

		if (tRec[i] < 0) {
			continue;
		}

		Atom *A = C.Receptor.atom[i];

		/* check whether the current atom is within the bounding box
		 * of the Receptor */
		kdtree *kd = C.Ligand.kd;
		if (A->x < kd->rect->min[0] - dmax || A->y < kd->rect->min[1] - dmax
				|| A->z < kd->rect->min[2] - dmax
				|| A->x > kd->rect->max[0] + dmax
				|| A->y > kd->rect->max[1] + dmax
				|| A->z > kd->rect->max[2] + dmax) {

			continue;

		}

		kdres *res = kd_nearest_range3f(kd, A->x, A->y, A->z, dmax);
		double pos[3];

		while (!kd_res_end(res)) {

			int j = ((Atom**) kd_res_item(res, pos)) - C.Ligand.atom;
			if (tLig[j] >= 0) {
				E += J[tRec[i]][tLig[j]];
			}
			kd_res_next(res);
		}
		kd_res_free(res);
	}

	return E;

}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x80, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq %rcx, -0x20(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
xorps %xmm0, %xmm0
movsd %xmm0, -0x28(%rbp)
movl $0x0, -0x2c(%rbp)
movl -0x2c(%rbp), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpl 0x68(%rcx), %eax
jge 0x22812
movq -0x18(%rbp), %rdi
movslq -0x2c(%rbp), %rsi
callq 0x1bde0
cmpl $0x0, (%rax)
jge 0x225e9
jmp 0x22804
movq -0x70(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0x60(%rcx), %rcx
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
movq %rcx, -0x38(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0xf0(%rcx), %rcx
movq %rcx, -0x40(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x10(%rcx), %xmm1
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq 0x8(%rcx), %rcx
movsd (%rcx), %xmm0
subsd 0x70(%rax), %xmm0
ucomisd %xmm1, %xmm0
ja 0x22708
movq -0x70(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x18(%rcx), %xmm1
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq 0x8(%rcx), %rcx
movsd 0x8(%rcx), %xmm0
subsd 0x70(%rax), %xmm0
ucomisd %xmm1, %xmm0
ja 0x22708
movq -0x70(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x20(%rcx), %xmm1
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq 0x8(%rcx), %rcx
movsd 0x10(%rcx), %xmm0
subsd 0x70(%rax), %xmm0
ucomisd %xmm1, %xmm0
ja 0x22708
movq -0x70(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x10(%rcx), %xmm0
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movsd (%rcx), %xmm1
addsd 0x70(%rax), %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
ja 0x22708
movq -0x70(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x18(%rcx), %xmm0
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movsd 0x8(%rcx), %xmm1
addsd 0x70(%rax), %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
ja 0x22708
movq -0x70(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x20(%rcx), %xmm0
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movsd 0x10(%rcx), %xmm1
addsd 0x70(%rax), %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0x2270d
jmp 0x22804
movq -0x70(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rdi
movq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x10(%rcx), %xmm0
cvtsd2ss %xmm0, %xmm0
movq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x18(%rcx), %xmm1
cvtsd2ss %xmm1, %xmm1
movq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x20(%rcx), %xmm2
cvtsd2ss %xmm2, %xmm2
movsd 0x70(%rax), %xmm3
cvtsd2ss %xmm3, %xmm3
callq 0x32730
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rdi
callq 0x32820
cmpl $0x0, %eax
setne %al
xorb $-0x1, %al
testb $0x1, %al
jne 0x22768
jmp 0x227fb
movq -0x48(%rbp), %rdi
leaq -0x60(%rbp), %rsi
callq 0x32870
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0xd0(%rcx), %rcx
subq %rcx, %rax
sarq $0x3, %rax
movl %eax, -0x64(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rdi
movslq -0x64(%rbp), %rsi
callq 0x1bde0
cmpl $0x0, (%rax)
jl 0x227ed
movq -0x70(%rbp), %rax
movq 0x68(%rax), %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rdi
movslq -0x2c(%rbp), %rsi
callq 0x1bde0
movq %rax, %rcx
movq -0x80(%rbp), %rax
movslq (%rcx), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rdi
movslq -0x64(%rbp), %rsi
callq 0x1bde0
movq %rax, %rcx
movq -0x78(%rbp), %rax
movslq (%rcx), %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm0
addsd -0x28(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, -0x28(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rdi
callq 0x32840
jmp 0x2274e
movq -0x48(%rbp), %rdi
callq 0x31d50
movl -0x2c(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x2c(%rbp)
jmp 0x225c2
movsd -0x28(%rbp), %xmm0
addq $0x80, %rsp
popq %rbp
retq