// File: chhylp123[P]hifiasm/hic.cpp
// Function: idx_hc_links(kvec_pe_hit*, ha_ug_index*, bubble_type*)
void idx_hc_links(kvec_pe_hit* hits, ha_ug_index* idx, bubble_type* bub)
{
    uint64_t k, l;
    uint32_t qn, tn;

    kv_resize(uint64_t, hits->idx, idx->ug->g->n_seq);
    hits->idx.n = idx->ug->g->n_seq;
    memset(hits->idx.a, 0, hits->idx.n*sizeof(uint64_t));

    kv_resize(uint64_t, hits->occ, idx->ug->g->n_seq);
    hits->occ.n = idx->ug->g->n_seq;
    memset(hits->occ.a, 0, hits->occ.n*sizeof(uint64_t));

    radix_sort_pe_hit_idx_an1(hits->a.a, hits->a.a + hits->a.n);
    for (k = 1, l = 0; k <= hits->a.n; ++k) 
    {   
        if (k == hits->a.n || 
            ((hits->a.a[k].s<<1)>>(64 - idx->uID_bits)) != ((hits->a.a[l].s<<1)>>(64 - idx->uID_bits))) 
        {
            if (k - l > 1) radix_sort_pe_hit_idx_an2(hits->a.a + l, hits->a.a + k);
            
            hits->idx.a[((hits->a.a[l].s<<1)>>(64 - idx->uID_bits))] 
                                                = (uint64_t)l << 32 | (k - l);

            for (; l < k; l++)
            {
                qn = ((hits->a.a[l].s<<1)>>(64 - idx->uID_bits));
                tn = ((hits->a.a[l].e<<1)>>(64 - idx->uID_bits));
                if(bub && IF_HOM(qn, *bub)) continue;
                if(bub && IF_HOM(tn, *bub)) continue;
                hits->occ.a[qn]++;
                hits->occ.a[tn]++;
            }
            
            l = k;
        }
    }
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x30, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
movq 0x18(%rcx), %rcx
movl 0x14(%rcx), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %ecx, %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x1d2cd5
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movl 0x14(%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movl %eax, %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
orq 0x20(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
orq 0x20(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
orq 0x20(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
orq 0x20(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
orq 0x20(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
jmp 0x1d2cd7
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movl 0x14(%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movl %eax, %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rdx
shlq $0x3, %rdx
xorl %esi, %esi
callq 0x2100
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
movq 0x18(%rcx), %rcx
movl 0x14(%rcx), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %ecx, %ecx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x1d2e12
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movl 0x14(%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movl %eax, %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x38(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x38(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
orq 0x38(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x38(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
orq 0x38(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x38(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
orq 0x38(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x38(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
orq 0x38(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x38(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
orq 0x38(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x38(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x38(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x38(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x40(%rax)
jmp 0x1d2e14
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movl 0x14(%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movl %eax, %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x30(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rdx
shlq $0x3, %rdx
xorl %esi, %esi
callq 0x2100
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
shlq $0x5, %rax
addq %rax, %rsi
callq 0x1b9730
movq $0x1, -0x20(%rbp)
movq $0x0, -0x28(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
ja 0x1d3096
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
je 0x1d2efd
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
shlq %rax
movq -0x10(%rbp), %rdx
movl $0x40, %ecx
subq 0x18(%rdx), %rcx
shrq %cl, %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rdx
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rcx
movq (%rcx), %rdx
shlq %rdx
movq -0x10(%rbp), %rsi
movl $0x40, %ecx
subq 0x18(%rsi), %rcx
shrq %cl, %rdx
movq %rdx, %rcx
cmpq %rcx, %rax
je 0x1d3083
movq -0x20(%rbp), %rax
subq -0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x1, %rax
jbe 0x1d2f36
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
shlq $0x5, %rax
addq %rax, %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
movq -0x20(%rbp), %rax
shlq $0x5, %rax
addq %rax, %rsi
callq 0x1b9c90
movq -0x28(%rbp), %rdx
shlq $0x20, %rdx
movq -0x20(%rbp), %rax
subq -0x28(%rbp), %rax
orq %rax, %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rsi
shlq $0x5, %rsi
addq %rsi, %rcx
movq (%rcx), %rsi
shlq %rsi
movq -0x10(%rbp), %rdi
movl $0x40, %ecx
subq 0x18(%rdi), %rcx
shrq %cl, %rsi
movq %rsi, %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpq -0x20(%rbp), %rax
jae 0x1d307b
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rax
shlq %rax
movq -0x10(%rbp), %rdx
movl $0x40, %ecx
subq 0x18(%rdx), %rcx
shrq %cl, %rax
movl %eax, -0x2c(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq -0x10(%rbp), %rdx
movl $0x40, %ecx
subq 0x18(%rdx), %rcx
shrq %cl, %rax
movl %eax, -0x30(%rbp)
cmpq $0x0, -0x18(%rbp)
je 0x1d3012
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movl -0x2c(%rbp), %ecx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq 0x80(%rcx), %rcx
addq $0x1, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jbe 0x1d3012
jmp 0x1d306a
cmpq $0x0, -0x18(%rbp)
je 0x1d303c
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movl -0x30(%rbp), %ecx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq 0x80(%rcx), %rcx
addq $0x1, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jbe 0x1d303c
jmp 0x1d306a
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movl -0x2c(%rbp), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
addq $0x1, %rdx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movl -0x30(%rbp), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
addq $0x1, %rdx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x28(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
jmp 0x1d2f81
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
jmp 0x1d3085
movq -0x20(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
jmp 0x1d2e81
addq $0x30, %rsp
popq %rbp
retq
nopl (%rax)