// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/genometools[P]genometools/src/core/sequence_buffer_dust.c
// Function: gt_dust_masker_shift_window
static int gt_dust_masker_shift_window(GtDustMasker* dust_masker,
                                       GtSequenceBuffer* sb,
                                       GtError* err)
{
  int retval;
  GtUchar t_val=0;
  char t_orig=0;

  unsigned char triplet_val, s, nuc_val;

  /* read next character into buffer */
  retval = gt_sequence_buffer_next_with_original_raw(sb, &t_val, &t_orig, err);
  if (retval == -1) {
    return -1;
  } else {
    if (retval == 0) {
      return 0;
    }
  }
  dust_masker->buf_remaining++;
  dust_masker->current_length++;
  dust_masker->total_length++;
  dust_masker->buf[dust_masker->buf_insertpos].val = t_val;
  dust_masker->buf[dust_masker->buf_insertpos].orig = t_orig;
  dust_masker->buf[dust_masker->buf_insertpos].max_score = 0.0;
  dust_masker->buf[dust_masker->buf_insertpos].mask_length = 0;
  dust_masker->buf[dust_masker->buf_insertpos].next_mask = 0;
  dust_masker->buf_insertpos++;
  wrap_value_once(&dust_masker->buf_insertpos, dust_masker->buf_size);

  if (!dust_masker->masking_done) {
    if (t_val != GT_SEPARATOR) {
      nuc_val = nucleotide_value(t_orig);
      triplet_val = dust_masker->nuc_val1 * 16 +
                    dust_masker->nuc_val2 * 4 + nuc_val;
      dust_masker->nuc_val1 = dust_masker->nuc_val2;
      dust_masker->nuc_val2 = nuc_val;

      if (dust_masker->current_length <= 2) {
        return 1;
      }

      /* next part according to SHIFT_WINDOW-procedure in Morgulis et al 2006 */
      if (dust_masker->w_queue->noofelements >= dust_masker->windowsize - 2) {
        s = (char) gt_inl_queue_get(dust_masker->w_queue);
        rem_triplet_info(&dust_masker->rw, dust_masker->cw, s);
        if (dust_masker->L_param > dust_masker->w_queue->noofelements) {
          dust_masker->L_param--;
          rem_triplet_info(&dust_masker->rv, dust_masker->cv, s);
        }
      }
      gt_inl_queue_add(dust_masker->w_queue, triplet_val, false);
      dust_masker->L_param++;
      add_triplet_info(&dust_masker->rw, dust_masker->cw, triplet_val);
      add_triplet_info(&dust_masker->rv, dust_masker->cv, triplet_val);
      if (dust_masker->cv[triplet_val] > (2 * dust_masker->threshold)) {
        do {
          s = gt_inl_queue_get_at_index(dust_masker->w_queue,
                                        dust_masker->w_queue->noofelements
                                          - dust_masker->L_param);
          rem_triplet_info(&dust_masker->rv, dust_masker->cv, s);
          dust_masker->L_param--;
        } while (s != triplet_val);
      }
      if (dust_masker->rw > (float) dust_masker->L_param
          * dust_masker->threshold) {
        find_perfect(dust_masker);
      }
    } else {
      /* Reset variables for next sequence in multiseq fasta file. */
      dust_masker->last_seq_start = dust_masker->buf_insertpos;
      dust_masker->nuc_val1 = 0;
      dust_masker->nuc_val2 = 0;
      dust_masker->rv = 0;
      dust_masker->rw = 0;
      dust_masker->L_param = 0;
      dust_masker->current_length = 0;
      memset(dust_masker->cv, 0,
             sizeof *(dust_masker->cv) * (GT_MAXTRIPLETVALUE + 1));
      memset(dust_masker->cw, 0,
             sizeof *(dust_masker->cw) * (GT_MAXTRIPLETVALUE + 1));
      gt_inl_queue_delete(dust_masker->w_queue);
      dust_masker->w_queue = gt_inl_queue_new(dust_masker->windowsize);
    }
  }
  return 1;
}

// Assembly:
subq $0x48, %rsp
movq %rdi, 0x38(%rsp)
movq %rsi, 0x30(%rsp)
movq %rdx, 0x28(%rsp)
movb $0x0, 0x23(%rsp)
movb $0x0, 0x22(%rsp)
movq 0x30(%rsp), %rdi
movq 0x28(%rsp), %rcx
leaq 0x23(%rsp), %rsi
leaq 0x22(%rsp), %rdx
callq 0x9be40
movl %eax, 0x24(%rsp)
cmpl $-0x1, 0x24(%rsp)
jne 0x9ce8e
movl $0xffffffff, 0x44(%rsp) # imm = 0xFFFFFFFF
jmp 0x9d33a
cmpl $0x0, 0x24(%rsp)
jne 0x9cea2
movl $0x0, 0x44(%rsp)
jmp 0x9d33a
jmp 0x9cea4
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x358(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x358(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x350(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x350(%rax)
movb 0x23(%rsp), %cl
movq 0x38(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x38(%rsp), %rdx
movq 0x18(%rdx), %rdx
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rax
movb %cl, (%rax)
movb 0x22(%rsp), %cl
movq 0x38(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x38(%rsp), %rdx
movq 0x18(%rdx), %rdx
shlq $0x5, %rdx
addq %rdx, %rax
movb %cl, 0x1(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x38(%rsp), %rcx
movq 0x18(%rcx), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
xorps %xmm0, %xmm0
movss %xmm0, 0x18(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x38(%rsp), %rcx
movq 0x18(%rcx), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq $0x0, 0x8(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x38(%rsp), %rcx
movq 0x18(%rcx), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq $0x0, 0x10(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rdi
addq $0x18, %rdi
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rsi
callq 0x9d350
movq 0x38(%rsp), %rax
testb $0x1, 0x389(%rax)
jne 0x9d332
movzbl 0x23(%rsp), %eax
cmpl $0xff, %eax
je 0x9d273
movsbl 0x22(%rsp), %edi
callq 0x9d380
movb %al, 0x1f(%rsp)
movq 0x38(%rsp), %rax
movzbl 0x30(%rax), %eax
shll $0x4, %eax
movq 0x38(%rsp), %rcx
movzbl 0x31(%rcx), %ecx
shll $0x2, %ecx
addl %ecx, %eax
movzbl 0x1f(%rsp), %ecx
addl %ecx, %eax
movb %al, 0x21(%rsp)
movq 0x38(%rsp), %rax
movb 0x31(%rax), %cl
movq 0x38(%rsp), %rax
movb %cl, 0x30(%rax)
movb 0x1f(%rsp), %cl
movq 0x38(%rsp), %rax
movb %cl, 0x31(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
cmpq $0x2, 0x358(%rax)
ja 0x9d035
movl $0x1, 0x44(%rsp)
jmp 0x9d33a
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x348(%rax), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq 0x38(%rsp), %rcx
movq 0x3c0(%rcx), %rcx
subq $0x2, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jb 0x9d0e5
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x348(%rax), %rdi
callq 0x9d3e0
movb %al, 0x20(%rsp)
movq 0x38(%rsp), %rdi
addq $0x38, %rdi
movq 0x38(%rsp), %rsi
addq $0x13c, %rsi            # imm = 0x13C
movzbl 0x20(%rsp), %edx
callq 0x9d4a0
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x340(%rax), %rax
movq 0x38(%rsp), %rcx
movq 0x348(%rcx), %rcx
cmpq 0x20(%rcx), %rax
jbe 0x9d0e3
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x340(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x340(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rdi
addq $0x34, %rdi
movq 0x38(%rsp), %rsi
addq $0x3c, %rsi
movzbl 0x20(%rsp), %edx
callq 0x9d4a0
jmp 0x9d0e5
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x348(%rax), %rdi
movzbl 0x21(%rsp), %esi
xorl %edx, %edx
callq 0x9d4e0
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x340(%rax), %rcx
incq %rcx
movq %rcx, 0x340(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rsi
movq %rsi, %rdi
addq $0x38, %rdi
addq $0x13c, %rsi            # imm = 0x13C
movzbl 0x21(%rsp), %edx
callq 0x9d5d0
movq 0x38(%rsp), %rsi
movq %rsi, %rdi
addq $0x34, %rdi
addq $0x3c, %rsi
movzbl 0x21(%rsp), %edx
callq 0x9d5d0
movq 0x38(%rsp), %rax
movzbl 0x21(%rsp), %ecx
movl 0x3c(%rax,%rcx,4), %eax
cvtsi2sd %rax, %xmm0
movq 0x38(%rsp), %rax
movsd 0xcb1be(%rip), %xmm1    # 0x168328
mulsd 0x3d0(%rax), %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0x9d1ee
jmp 0x9d17a
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x348(%rax), %rdi
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x348(%rax), %rax
movq 0x20(%rax), %rsi
movq 0x38(%rsp), %rax
subq 0x340(%rax), %rsi
callq 0x9d610
movb %al, 0x20(%rsp)
movq 0x38(%rsp), %rdi
addq $0x34, %rdi
movq 0x38(%rsp), %rsi
addq $0x3c, %rsi
movzbl 0x20(%rsp), %edx
callq 0x9d4a0
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x340(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x340(%rax)
movzbl 0x20(%rsp), %eax
movzbl 0x21(%rsp), %ecx
cmpl %ecx, %eax
jne 0x9d17a
jmp 0x9d1ee
movq 0x38(%rsp), %rax
movl 0x38(%rax), %ecx
cvtsi2sd %rcx, %xmm0
movsd %xmm0, 0x8(%rsp)
movq 0x340(%rax), %rax
movq %rax, %rdx
shrq %rdx
movl %eax, %ecx
andl $0x1, %ecx
orq %rdx, %rcx
cvtsi2ss %rcx, %xmm0
addss %xmm0, %xmm0
cvtsi2ss %rax, %xmm1
movss %xmm1, 0x14(%rsp)
testq %rax, %rax
movss %xmm0, 0x18(%rsp)
js 0x9d241
movss 0x14(%rsp), %xmm0
movss %xmm0, 0x18(%rsp)
movsd 0x8(%rsp), %xmm0
movss 0x18(%rsp), %xmm1
cvtss2sd %xmm1, %xmm1
movq 0x38(%rsp), %rax
mulsd 0x3d0(%rax), %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0x9d26e
movq 0x38(%rsp), %rdi
callq 0x9d6d0
jmp 0x9d330
movq 0x38(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
movq 0x38(%rsp), %rax
movq %rcx, 0x370(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
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movq 0x38(%rsp), %rax
movb $0x0, 0x31(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
movl $0x0, 0x34(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
movl $0x0, 0x38(%rax)
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movq $0x0, 0x340(%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
movq $0x0, 0x358(%rax)
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addq $0x3c, %rdi
xorl %esi, %esi
movl $0x100, %edx            # imm = 0x100
callq 0xb2d0
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addq $0x13c, %rdi            # imm = 0x13C
xorl %esi, %esi
movl $0x100, %edx            # imm = 0x100
callq 0xb2d0
movq 0x38(%rsp), %rax
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callq 0x9c650
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movq 0x3c0(%rax), %rdi
callq 0x9c4d0
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movq 0x38(%rsp), %rax
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jmp 0x9d332
movl $0x1, 0x44(%rsp)
movl 0x44(%rsp), %eax
addq $0x48, %rsp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)