// File: chhylp123[P]hifiasm/Correct.cpp
// Function: update_ol_track(overlap_region_alloc*, Candidates_list*, hpc_t*, ul_idx_t const*, unsigned int, unsigned long, char*, kvec_t_u32_warp*)
uint64_t update_ol_track(overlap_region_alloc* ol, Candidates_list *cl, hpc_t *hpc_g, const ul_idx_t *udb, uint32_t apend_be, uint64_t qlen, 
char *qstr, kvec_t_u32_warp* q_idx)
{
    uint64_t cln = cl->length, i, k, l, m = 0; overlap_region *r; 
    if(hpc_g) {
        if(ol->length) {
            q_idx->a.n = 0; kv_resize(uint32_t, q_idx->a, qlen); m = 0;
            for (l = 0, k = 1; k <= qlen; k++) {
                if((k == qlen) || (qstr[k] != qstr[l]) || (seq_nt4_table[(uint8_t)qstr[l]] >= 4)) {
                    for (i = l; i < k; i++) q_idx->a.a[i] = m;
                    l = k; m++;
                }
            }
    
            for (i = k = 0; i < ol->length; ++i) {
                r = &(ol->list[i]); k = r->non_homopolymer_errors;
                update_ov_track_hpc_0(&(r->f_cigar), r, apend_be, m, q_idx->a.a, 
                (uint32_t)hpc_g->mm->idx[r->y_id], hpc_g->mm->a + (hpc_g->mm->idx[r->y_id]>>32), 
                hpc_g, cl->list+k, cln-k);
            }
        }
    } else {
        if(ol->length) {
            for (i = k = 0; i < ol->length; ++i) {
                r = &(ol->list[i]); k = r->non_homopolymer_errors;
                update_ov_track_0(&(r->f_cigar), r, apend_be, qlen, udb->ug->u.a[r->y_id].len, cl->list+k, cln-k);
            }
        }
    }
    return m;///hpc length
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
pushq %rbx
subq $0x88, %rsp
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movq %rcx, -0x28(%rbp)
movl %r8d, -0x2c(%rbp)
movq %r9, -0x38(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
cmpq $0x0, -0x20(%rbp)
je 0x4defc
movq -0x10(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x10(%rax)
je 0x4def7
movq 0x18(%rbp), %rax
movq $0x0, (%rax)
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jae 0x4dd3e
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq 0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq 0x18(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq 0x18(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq 0x18(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq 0x18(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq 0x18(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x2, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq 0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
jmp 0x4dd40
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq $0x0, -0x58(%rbp)
movq $0x1, -0x50(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
ja 0x4de06
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
je 0x4ddaa
movq 0x10(%rbp), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movsbl (%rax,%rcx), %eax
movq 0x10(%rbp), %rcx
movq -0x58(%rbp), %rdx
movsbl (%rcx,%rdx), %ecx
cmpl %ecx, %eax
jne 0x4ddaa
movq 0x10(%rbp), %rax
movq -0x58(%rbp), %rcx
movzbl (%rax,%rcx), %eax
movl %eax, %ecx
leaq 0x33ca3f(%rip), %rax    # 0x38a7e0
movzbl (%rax,%rcx), %eax
cmpl $0x4, %eax
jl 0x4ddf3
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpq -0x50(%rbp), %rax
jae 0x4dddf
movq -0x60(%rbp), %rax
movl %eax, %edx
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movl %edx, (%rax,%rcx,4)
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x4ddb2
movq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x4ddf5
movq -0x50(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x4dd58
movq $0x0, -0x50(%rbp)
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jae 0x4def5
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x48(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rax
movl 0x30(%rax), %eax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rdi
addq $0x38, %rdi
movq -0x68(%rbp), %rsi
movl -0x2c(%rbp), %eax
movl %eax, %edx
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %r8
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x68(%rbp), %r9
movl 0x10(%r9), %r9d
movq (%rax,%r9,8), %rax
movl %eax, %eax
movl %eax, %r9d
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rbx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x68(%rbp), %r10
movl 0x10(%r10), %r10d
movq (%rax,%r10,8), %rax
shrq $0x20, %rax
addq %rax, %rbx
movq -0x20(%rbp), %r11
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %r10
movq -0x50(%rbp), %rax
shlq $0x4, %rax
addq %rax, %r10
movq -0x40(%rbp), %rax
subq -0x50(%rbp), %rax
movq %rbx, (%rsp)
movq %r11, 0x8(%rsp)
movq %r10, 0x10(%rsp)
movq %rax, 0x18(%rsp)
callq 0x4d700
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x4de16
jmp 0x4def7
jmp 0x4dfc1
movq -0x10(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x10(%rax)
je 0x4dfbf
movq $0x0, -0x50(%rbp)
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jae 0x4dfbd
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x48(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rax
movl 0x30(%rax), %eax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rdi
addq $0x38, %rdi
movq -0x68(%rbp), %rsi
movl -0x2c(%rbp), %eax
movl %eax, %edx
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x68(%rbp), %r8
movl 0x10(%r8), %r8d
imulq $0x28, %r8, %r8
addq %r8, %rax
movl (%rax), %eax
andl $0x7fffffff, %eax       # imm = 0x7FFFFFFF
movl %eax, %eax
movl %eax, %r8d
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %r9
movq -0x50(%rbp), %rax
shlq $0x4, %rax
addq %rax, %r9
movq -0x40(%rbp), %rax
subq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, (%rsp)
callq 0x4d1b0
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x4df1b
jmp 0x4dfbf
jmp 0x4dfc1
movq -0x60(%rbp), %rax
addq $0x88, %rsp
popq %rbx
popq %rbp
retq
nop