// File: /workspace/github_cpp_makefile_star2_O3/ncbi[P]amr/alignment.cpp
// Function: Alignment_sp::SeqChange::qc() const
void SeqChange::qc () const
{
  if (! qc_on)
    return;
         
  QC_ASSERT (al);
  
  if (empty ())
  {
    QC_ASSERT (! mutations. empty () /*mutation*/);
    return;
  }
  
  QC_ASSERT (len);
  QC_ASSERT (! reference. empty ());  // For an insertion the preceding character is artifically added
  QC_ASSERT (start_ref < stop_ref);
  QC_ASSERT (stop_ref <= al->refEnd);
  QC_ASSERT (reference. size () * al->al2ref_len <= stop_ref - start_ref);
  QC_ASSERT (start_target <= al->targetEnd);
  QC_ASSERT (! contains (reference, '-'));
  QC_ASSERT (! contains (allele, '-'));
  QC_ASSERT (reference != allele);
  QC_ASSERT (isUpper (reference));
  QC_ASSERT (isUpper (allele));
  for (const AmrMutation* mutation : mutations)
  {
    QC_ASSERT (mutation);
    QC_ASSERT (between (mutation->pos_real, al->refStart, al->refEnd));
    QC_IMPLY (mutation->frameshift != no_index, al->refProt);
    QC_IMPLY (mutation->frameshift != no_index, ! al->targetProt);
  }
}

// Assembly:
pushq %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x108, %rsp            # imm = 0x108
leaq 0x5ff70(%rip), %rax     # 0xb9a98
cmpb $0x1, (%rax)
jne 0x59cb3
movq %rdi, %r14
callq 0xb070
movq %rax, %rbx
movl $0x0, (%rax)
movq 0x8(%r14), %rax
testq %rax, %rax
je 0x59f59
cmpq $0x0, 0x20(%r14)
je 0x59c9f
movq 0x30(%r14), %rcx
testq %rcx, %rcx
je 0x59ff8
movq 0x70(%r14), %rsi
movq %rsi, %rdx
subq 0x68(%r14), %rdx
jbe 0x5a097
cmpq 0xc0(%rax), %rsi
ja 0x5a136
imulq 0x208(%rax), %rcx
cmpq %rdx, %rcx
ja 0x5a1d5
movq 0x78(%r14), %rcx
cmpq 0x58(%rax), %rcx
ja 0x5a274
leaq 0x28(%r14), %r15
movq %r15, %rdi
movl $0x2d, %esi
xorl %edx, %edx
callq 0xb760
cmpq $-0x1, %rax
jne 0x5a313
movl $0x0, (%rbx)
leaq 0x48(%r14), %r12
movq %r12, %rdi
movl $0x2d, %esi
xorl %edx, %edx
callq 0xb760
cmpq $-0x1, %rax
jne 0x5a3b2
movl $0x0, (%rbx)
movq 0x30(%r14), %rdx
cmpq 0x50(%r14), %rdx
jne 0x59c11
testq %rdx, %rdx
je 0x5a451
movq (%r12), %rsi
movq (%r15), %rdi
callq 0xb5c0
testl %eax, %eax
je 0x5a451
movq %r15, %rdi
callq 0x148fc
testb %al, %al
je 0x5a4f0
movl $0x0, (%rbx)
movq %r12, %rdi
callq 0x148fc
testb %al, %al
je 0x5a58f
movq 0x88(%r14), %rax
movq 0x90(%r14), %rcx
cmpq %rcx, %rax
je 0x59cb3
movq 0x8(%r14), %rdx
movq (%rax), %rsi
testq %rsi, %rsi
je 0x59d6a
movq 0x8(%rsi), %rdi
cmpq 0xb8(%rdx), %rdi
jb 0x59cc5
cmpq 0xc0(%rdx), %rdi
jae 0x59cc5
cmpq $-0x1, 0x98(%rsi)
je 0x59c8e
cmpb $0x0, 0x70(%rdx)
je 0x59eb4
cmpb $0x1, 0x8(%rdx)
je 0x59e0f
addq $0x8, %rax
cmpq %rcx, %rax
jne 0x59c4e
movl $0x0, (%rbx)
jmp 0x59cb3
movq 0x88(%r14), %rax
cmpq 0x90(%r14), %rax
je 0x5a62e
addq $0x108, %rsp            # imm = 0x108
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq
movl $0x0, (%rbx)
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3d32d(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3d33c(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xeb, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3949c(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5a6d7
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5a6e4
movl $0x0, (%rbx)
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3d288(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3d297(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xea, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x393f7(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5a758
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5a765
movl $0x0, (%rbx)
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3d1e3(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3d1f2(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xed, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x39352(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5a7d9
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5a7e6
movl $0x0, (%rbx)
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3d13e(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3d14d(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xec, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x392ad(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5a85a
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5a867
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3d09f(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3d0ae(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xd5, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3920e(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5aab7
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5aac4
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3d000(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3d00f(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xde, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x3916f(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5ab94
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5aba1
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3cf61(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3cf70(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xdf, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x390d0(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5ac15
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5ac22
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3cec2(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3ced1(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xe0, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x39031(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5ac96
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5aca3
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3ce23(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3ce32(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xe1, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x38f92(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5ad17
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5ad24
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3cd84(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3cd93(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xe2, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x38ef3(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5ad98
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5ada5
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3cce5(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3ccf4(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xe3, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x38e54(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5ae19
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5ae26
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3cc46(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3cc55(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xe4, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x38db5(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5ae9a
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5aea7
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3cba7(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3cbb6(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xe5, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x38d16(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5af1b
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5af28
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3cb08(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3cb17(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xe6, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x38c77(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5af9c
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5afa9
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3ca69(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3ca78(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xe7, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x38bd8(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
callq 0xbb10
leaq 0x18(%rsp), %r15
movq %r15, -0x10(%r15)
movq (%rax), %rdx
movq %rax, %rcx
addq $0x10, %rcx
cmpq %rcx, %rdx
jne 0x5b01d
movups (%rcx), %xmm0
movups %xmm0, (%r15)
jmp 0x5b02a
callq 0xb6b0
testl %eax, %eax
jne 0x5a6cd
leaq 0x98(%rsp), %r14
movq %r14, -0x10(%r14)
leaq 0x3c9ca(%rip), %rsi     # 0x97018
leaq 0x3c9d9(%rip), %rdx     # 0x9702e
leaq 0x88(%rsp), %rdi
callq 0xdc76
leaq 0xa8(%rsp), %rdi
movl $0xd9, %esi
callq 0xe1b2
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
leaq 0x88(%rsp), %rsi
leaq 0xa8(%rsp), %rdx
callq 0xe10a
leaq 0x38b39(%rip), %rsi     # 0x931d1
leaq 0xc8(%rsp), %rdi
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