// File: chhylp123[P]hifiasm/gfa_ut.cpp
// Function: post_rescue(ug_opt_t*, asg_t*, ma_hit_t_alloc*, ma_hit_t_alloc*, R_to_U*, bub_label_t*, long long, unsigned char*)
void post_rescue(ug_opt_t *uopt, asg_t *sg, ma_hit_t_alloc *src, ma_hit_t_alloc *rev, R_to_U* rI, bub_label_t *b_mask_t, long long no_trio_recover, uint8_t *cmk)
{
    rescue_contained_reads_aggressive(NULL, sg, src, uopt->coverage_cut, rI, uopt->max_hang, uopt->min_ovlp, 10, 1, 0, NULL, NULL, b_mask_t);
    rescue_missing_overlaps_aggressive(NULL, sg, src, uopt->coverage_cut, rI, uopt->max_hang, uopt->min_ovlp, 1, 0, NULL, b_mask_t);
    rescue_missing_overlaps_backward(NULL, sg, src, uopt->coverage_cut, rI, uopt->max_hang, uopt->min_ovlp, 10, 1, 0, b_mask_t);
    if(cmk) rescue_chimeric_reads_aggressive(NULL, sg, src, uopt->coverage_cut, rI, uopt->max_hang, uopt->min_ovlp, 10, 1, 0, NULL, NULL, b_mask_t, cmk);
    // rescue_wrong_overlaps_to_unitigs(NULL, sg, sources, reverse_sources, coverage_cut, ruIndex, 
    // max_hang_length, mini_overlap_length, bubble_dist, NULL);
    // rescue_no_coverage_aggressive(sg, sources, reverse_sources, &coverage_cut, ruIndex, max_hang_length, 
    // mini_overlap_length, bubble_dist, 10);
    set_hom_global_coverage(&asm_opt, sg, uopt->coverage_cut, src, rev, rI, uopt->max_hang, uopt->min_ovlp);
    rescue_bubble_by_chain(sg, uopt->coverage_cut, src, rev, (asm_opt.max_short_tip*2), 0.15, 3, rI, 0.05, 0.9, uopt->max_hang, uopt->min_ovlp, 10, uopt->gap_fuzz, b_mask_t, no_trio_recover, cmk);
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x70, %rsp
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x28(%rbp)
movq %rsi, -0x30(%rbp)
movq %rdx, -0x38(%rbp)
movq %rcx, -0x40(%rbp)
movq %r8, -0x48(%rbp)
movq %r9, -0x50(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rsi
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x48(%rbp), %r8
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x40(%rax), %r9d
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x44(%rax), %r10d
movq -0x50(%rbp), %rax
xorl %edi, %edi
xorl %r11d, %r11d
movl %r10d, (%rsp)
movl $0xa, 0x8(%rsp)
movl $0x1, 0x10(%rsp)
movl $0x0, 0x18(%rsp)
movq $0x0, 0x20(%rsp)
movq $0x0, 0x28(%rsp)
movq %rax, 0x30(%rsp)
callq 0x1228e0
movq -0x30(%rbp), %rsi
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x48(%rbp), %r8
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x40(%rax), %r9d
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x44(%rax), %r10d
movq -0x50(%rbp), %rax
xorl %edi, %edi
xorl %r11d, %r11d
movl %r10d, (%rsp)
movl $0x1, 0x8(%rsp)
movl $0x0, 0x10(%rsp)
movq $0x0, 0x18(%rsp)
movq %rax, 0x20(%rsp)
callq 0x121a30
movq -0x30(%rbp), %rsi
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x48(%rbp), %r8
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x40(%rax), %r9d
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x44(%rax), %r10d
movq -0x50(%rbp), %rax
xorl %edi, %edi
xorl %r11d, %r11d
movl %r10d, (%rsp)
movl $0xa, 0x8(%rsp)
movl $0x1, 0x10(%rsp)
movl $0x0, 0x18(%rsp)
movq %rax, 0x20(%rsp)
callq 0x15c010
cmpq $0x0, 0x18(%rbp)
je 0x320eab
movq -0x30(%rbp), %rsi
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x48(%rbp), %r8
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x40(%rax), %r9d
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x44(%rax), %r11d
movq -0x50(%rbp), %r10
movq 0x18(%rbp), %rax
xorl %edi, %edi
xorl %ebx, %ebx
movl %r11d, (%rsp)
movl $0xa, 0x8(%rsp)
movl $0x1, 0x10(%rsp)
movl $0x0, 0x18(%rsp)
movq $0x0, 0x20(%rsp)
movq $0x0, 0x28(%rsp)
movq %r10, 0x30(%rsp)
movq %rax, 0x38(%rsp)
callq 0x1531f0
movq -0x30(%rbp), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdx
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq -0x40(%rbp), %r8
movq -0x48(%rbp), %r9
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x40(%rax), %r10d
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x44(%rax), %eax
leaq 0xa3920(%rip), %rdi     # 0x3c47f8
movl %r10d, (%rsp)
movl %eax, 0x8(%rsp)
callq 0x162120
movq -0x30(%rbp), %rdi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rsi
movq -0x38(%rbp), %rdx
movq -0x40(%rbp), %rcx
leaq 0xa38f9(%rip), %rax     # 0x3c47f8
movl 0x11c(%rax), %eax
shll %eax
movslq %eax, %r8
movq -0x48(%rbp), %r12
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x40(%rax), %r15d
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x44(%rax), %r14d
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rbx
movq -0x50(%rbp), %r11
movq 0x10(%rbp), %r10
movq 0x18(%rbp), %rax
movss 0x65966(%rip), %xmm0    # 0x3868a0
movl $0x3, %r9d
movss 0x6595c(%rip), %xmm1    # 0x3868a4
movss 0x6594c(%rip), %xmm2    # 0x38689c
movq %r12, (%rsp)
movl %r15d, 0x8(%rsp)
movl %r14d, 0x10(%rsp)
movl $0xa, 0x18(%rsp)
movq %rbx, 0x20(%rsp)
movq %r11, 0x28(%rsp)
movq %r10, 0x30(%rsp)
movq %rax, 0x38(%rsp)
callq 0x15bad0
addq $0x70, %rsp
popq %rbx
popq %r12
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq
nopl (%rax)