// File: /workspace/github_cpp_makefile_star2_O2/tlestang[P]IW_gene/LatticeBoltzmann.cpp
// Function: LatticeBoltzmann::update()
void LatticeBoltzmann::update()
{
  ThermalSite **swapT;
  VelSite **swapVel;
  double om, a, dSpge;
  //ofstream lulu("spgegeometry.dat");
  	for (int x=0; x<dims[0]; x++)
	{
		for (int y=0; y<dims[1]; y++)
		{
		  if(velSites[x][y].isFluid())
		    {
		      
		  velSites[x][y].computeRhoAndU(rho[x][y], u[x][y]);
		  thermalSites[x][y].computeRhoAndU(T[x][y]);

		  
		  if(y>(spgeFirstNode-1))
		    {
		      if(y>ySpge){om = 0.001*omega[0];}
		      else{
			dSpge = ySpge-spgeFirstNode;
			a = (y-spgeFirstNode)/dSpge;
			om = (1.-0.999*a*a)*omega[0];
		      }
		    }
		  else{om = omega[0];}

		  // if(x==250)
		  //   {
		  //     lulu << y << " " << om << endl;
		  //   }
		  
		  velSites[x][y].collide(rho[x][y], T[x][y], u[x][y], om);
		  thermalSites[x][y].collide(rho[x][y], T[x][y], u[x][y], omega[1]);
		  
		  streamToNeighbors(x, y);
		    }
		}

	}

	w->HalfWayFreeSlipBC(velSites, velSites_);
	topo->HalfWayFreeSlipBC(velSites, velSites_);
	//wb->FreeSlipBC(velSites, velSites_);

	w->TemperatureBC(velSites_, thermalSites_, T, u);
	topo->TemperatureBC(velSites_, thermalSites_, T, u);
	//wb->TemperatureBC(velSites_, thermalSites_, T, u);


	swapT = thermalSites;
	thermalSites = thermalSites_;
	thermalSites_ = swapT;

	swapVel = velSites;
	velSites = velSites_;
	velSites_ = swapVel;
}

// Assembly:
pushq %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
pushq %rax
movq %rdi, %rbx
xorl %r14d, %r14d
movslq (%rbx), %rax
cmpq %rax, %r14
jge 0x3d9f
xorl %r12d, %r12d
xorl %r13d, %r13d
xorl %ebp, %ebp
xorl %r15d, %r15d
movslq 0x4(%rbx), %rax
cmpq %rax, %r15
jge 0x3d97
movq 0x60(%rbx), %rax
movq (%rax,%r14,8), %rdi
addq %r12, %rdi
callq 0x2586
testb %al, %al
je 0x3d80
movq 0x60(%rbx), %rax
movq (%rax,%r14,8), %rdi
movq 0x48(%rbx), %rax
movq 0x58(%rbx), %rcx
movq (%rax,%r14,8), %rsi
addq %rbp, %rsi
movq (%rcx,%r14,8), %rax
movq (%rax,%rbp), %rdx
movq (%rdi,%r12), %rax
addq %r12, %rdi
callq *0x8(%rax)
movq 0x50(%rbx), %rax
movq 0x70(%rbx), %rcx
movq (%rcx,%r14,8), %rdi
movq (%rax,%r14,8), %rsi
addq %rbp, %rsi
movq (%rdi,%r13), %rax
addq %r13, %rdi
callq *0x20(%rax)
cvtsi2sd %r15d, %xmm1
movsd 0x38(%rbx), %xmm0
movapd %xmm0, %xmm2
addsd 0x1513(%rip), %xmm2     # 0x51c8
ucomisd %xmm2, %xmm1
jbe 0x3cd5
movsd 0x40(%rbx), %xmm2
ucomisd %xmm2, %xmm1
jbe 0x3cdc
movsd 0x8(%rbx), %xmm0
mulsd 0x1505(%rip), %xmm0     # 0x51d8
jmp 0x3d05
movsd 0x8(%rbx), %xmm0
jmp 0x3d05
subsd %xmm0, %xmm2
subsd %xmm0, %xmm1
divsd %xmm2, %xmm1
movapd %xmm1, %xmm0
mulsd 0x14dc(%rip), %xmm0     # 0x51d0
mulsd %xmm1, %xmm0
addsd 0x1310(%rip), %xmm0     # 0x5010
mulsd 0x8(%rbx), %xmm0
movq 0x60(%rbx), %rax
movq (%rax,%r14,8), %rdi
movq 0x48(%rbx), %rax
movq 0x50(%rbx), %rcx
movq (%rax,%r14,8), %rsi
addq %rbp, %rsi
movq (%rcx,%r14,8), %rdx
addq %rbp, %rdx
movq 0x58(%rbx), %rax
movq (%rax,%r14,8), %rax
movq (%rax,%rbp), %rcx
movq (%rdi,%r12), %rax
addq %r12, %rdi
callq *0x10(%rax)
movq 0x70(%rbx), %rax
movq (%rax,%r14,8), %rdi
movq 0x48(%rbx), %rax
movq (%rax,%r14,8), %rsi
addq %rbp, %rsi
movq 0x50(%rbx), %rax
movq (%rax,%r14,8), %rdx
addq %rbp, %rdx
movq 0x58(%rbx), %rax
movq (%rax,%r14,8), %rax
movq (%rax,%rbp), %rcx
movsd 0x10(%rbx), %xmm0
movq (%rdi,%r13), %rax
addq %r13, %rdi
callq *0x10(%rax)
movq %rbx, %rdi
movl %r14d, %esi
movl %r15d, %edx
callq 0x3b1a
incq %r15
addq $0x8, %rbp
addq $0x70, %r13
addq $0x88, %r12
jmp 0x3c34
incq %r14
jmp 0x3c1d
movq 0x80(%rbx), %rdi
movq 0x60(%rbx), %rsi
movq 0x68(%rbx), %rdx
callq 0x29da
movq 0x88(%rbx), %rdi
movq 0x60(%rbx), %rsi
movq 0x68(%rbx), %rdx
callq 0x32e6
movq 0x80(%rbx), %rdi
movq 0x68(%rbx), %rsi
movq 0x78(%rbx), %rdx
movq 0x50(%rbx), %rcx
movq 0x58(%rbx), %r8
callq 0x2a64
movq 0x88(%rbx), %rdi
movq 0x68(%rbx), %rsi
movq 0x78(%rbx), %rdx
movq 0x50(%rbx), %rcx
movq 0x58(%rbx), %r8
callq 0x34da
movdqu 0x60(%rbx), %xmm0
movdqu 0x70(%rbx), %xmm1
pshufd $0x4e, %xmm1, %xmm1     # xmm1 = xmm1[2,3,0,1]
movdqu %xmm1, 0x70(%rbx)
pshufd $0x4e, %xmm0, %xmm0     # xmm0 = xmm0[2,3,0,1]
movdqu %xmm0, 0x60(%rbx)
addq $0x8, %rsp
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq