// File: chhylp123[P]hifiasm/inter.cpp
// Function: update_shared_intervals(overlap_region_alloc*, ul_idx_t const*, ug_opt_t const*, All_reads*, UC_Read*, kvec_t_u64_warp*, st_mt_t*, long, long, kv_ul_ov_t*, unsigned long)
void update_shared_intervals(overlap_region_alloc* ol, const ul_idx_t *uref, const ug_opt_t *uopt, 
All_reads *rref, UC_Read* tu, kvec_t_u64_warp* idx, st_mt_t *sps, int64_t ql, int64_t wl, kv_ul_ov_t *aln, uint64_t rid)
{
	if(!aln->n) return;
	uint64_t i, k, own, srt_n; int64_t dp, old_dp, beg, end; overlap_region *z;
    for (i = 0; i < ol->length; i++) {
		z = &(ol->list[i]); append_unmatched_wins(z, wl); 
		own = z->w_list.n; z->align_length = (uint32_t)-1;
		for (k = 0; k < own; k++) {
			if(z->w_list.a[k].extra_end < 0) z->w_list.a[k].extra_end = 0;
		}		
    }

    kv_resize(uint64_t, idx->a, (aln->n<<1)); kv_resize(uint64_t, *sps, aln->n);
    for (i = srt_n = 0; i < aln->n; i++) {
		if(i == 0 || aln->a[i].qn != aln->a[i-1].qn) ol->list[aln->a[i].qn].align_length = i;
        idx->a.a[srt_n] = aln->a[i].qs<<1; idx->a.a[srt_n] <<= 32; idx->a.a[srt_n] += i; srt_n++;
        idx->a.a[srt_n] = ((aln->a[i].qe-1)<<1)+1; idx->a.a[srt_n] <<= 32; idx->a.a[srt_n] += i; srt_n++;
		aln->a[i].el = 1;
    }

    radix_sort_gfa64(idx->a.a, idx->a.a+srt_n); idx->a.n = srt_n; resize_UC_Read(tu, (wl<<1));
    for (i = 0, dp = 0, beg = 0, end = -1; i < srt_n; ++i) {///[beg, end]
		old_dp = dp;
        ///if idx->a.a[] is qe
        if ((idx->a.a[i]>>32)&1) {
			--dp; end = (idx->a.a[i]>>33)+1;
		}else {
			//meet a new overlap; the overlaps are pushed by the x_pos_s
			++dp; end = (idx->a.a[i]>>33);
			kv_push(uint64_t, idx->a, ((uint32_t)idx->a.a[i]));
		}
		///[beg, end)
		// if(rid == 92) {
		// 	fprintf(stderr, "[M::%s::input] beg::%ld, end::%ld, old_dp::%ld, dp::%ld\n", 
		// 	__func__, beg, end, old_dp, dp);
		// }
		if((end > beg) && (end - beg > wl) && (old_dp >= 2) ) {
			idx->a.n = srt_n + 
					gen_commen_win(rref, uref, ol, idx->a.a+srt_n, idx->a.n-srt_n, beg, end, ql, wl, sps->a, old_dp, tu->seq, tu->seq+wl, aln);
		}
        beg = end;
	}

	return;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0xc8, %rsp
movq 0x30(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rbp), %rax
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x30(%rbp)
movq %rsi, -0x38(%rbp)
movq %rdx, -0x40(%rbp)
movq %rcx, -0x48(%rbp)
movq %r8, -0x50(%rbp)
movq %r9, -0x58(%rbp)
movq 0x28(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
jne 0x2afff0
jmp 0x2b06ad
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jae 0x2b00c0
movq -0x30(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x60(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0xa0(%rbp)
movq -0xa0(%rbp), %rdi
movq 0x20(%rbp), %rsi
callq 0x34ab0
movq -0xa0(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0xa0(%rbp), %rax
movl $0xffffffff, 0x28(%rax) # imm = 0xFFFFFFFF
movq $0x0, -0x68(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rax
cmpq -0x70(%rbp), %rax
jae 0x2b00ad
movq -0xa0(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movswl 0x12(%rax), %eax
cmpl $0x0, %eax
jge 0x2b009d
movq -0xa0(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x68(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movw $0x0, 0x12(%rax)
jmp 0x2b009f
movq -0x68(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
jmp 0x2b0058
jmp 0x2b00af
movq -0x60(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x2afff8
jmp 0x2b00c2
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x8(%rcx), %rcx
shlq %rcx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x2b01ac
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shlq %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
jmp 0x2b01ae
jmp 0x2b01b0
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jae 0x2b0291
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq 0x10(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq 0x10(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq 0x10(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq 0x10(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq 0x10(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
jmp 0x2b0293
movq $0x0, -0x78(%rbp)
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jae 0x2b0412
cmpq $0x0, -0x60(%rbp)
je 0x2b02e7
movq 0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x60(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %eax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
movq -0x60(%rbp), %rdx
subq $0x1, %rdx
imulq $0x1c, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpl (%rcx), %eax
je 0x2b0312
movq -0x60(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x30(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x28(%rbp), %rdx
movq (%rdx), %rdx
imulq $0x1c, -0x60(%rbp), %rsi
addq %rsi, %rdx
movl (%rdx), %edx
imulq $0xa8, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movl %ecx, 0x28(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x60(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %eax
shll %eax
movl %eax, %eax
movl %eax, %edx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
shlq $0x20, %rdx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x60(%rbp), %rdx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
addq (%rax,%rcx,8), %rdx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x78(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x60(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %eax
subl $0x1, %eax
shll %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, %eax
movl %eax, %edx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
shlq $0x20, %rdx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x60(%rbp), %rdx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x78(%rbp), %rcx
addq (%rax,%rcx,8), %rdx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x78(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x60(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x18(%rax), %ecx
andl $0xbfffffff, %ecx       # imm = 0xBFFFFFFF
orl $0x40000000, %ecx       # imm = 0x40000000
movl %ecx, 0x18(%rax)
movq -0x60(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x2b02a3
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
movq -0x78(%rbp), %rax
shlq $0x3, %rax
addq %rax, %rsi
callq 0x27a9b0
movq -0x78(%rbp), %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x50(%rbp), %rdi
movq 0x20(%rbp), %rsi
shlq %rsi
callq 0xa62c0
movq $0x0, -0x60(%rbp)
movq $0x0, -0x80(%rbp)
movq $0x0, -0x90(%rbp)
movq $-0x1, -0x98(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
cmpq -0x78(%rbp), %rax
jae 0x2b06ab
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0x88(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x20, %rax
andq $0x1, %rax
cmpq $0x0, %rax
je 0x2b04da
movq -0x80(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x21, %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
jmp 0x2b05a5
movq -0x80(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x21, %rax
movq %rax, -0x98(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x58(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x2b0572
movq -0x58(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x2b0531
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
jmp 0x2b053f
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0xa8(%rbp)
jmp 0x2b053f
movq -0xa8(%rbp), %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %eax
movl %eax, %edx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x58(%rbp), %rsi
movq (%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, (%rsi)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x2b05a5
movq -0x98(%rbp), %rax
cmpq -0x90(%rbp), %rax
jle 0x2b068c
movq -0x98(%rbp), %rax
subq -0x90(%rbp), %rax
cmpq 0x20(%rbp), %rax
jle 0x2b068c
cmpq $0x2, -0x88(%rbp)
jl 0x2b068c
movq -0x78(%rbp), %rax
movq %rax, -0xb0(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rdi
movq -0x38(%rbp), %rsi
movq -0x30(%rbp), %rdx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
movq -0x78(%rbp), %rax
shlq $0x3, %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq (%rax), %r8
subq -0x78(%rbp), %r8
movq -0x90(%rbp), %r9
movq -0x98(%rbp), %r13
movq 0x18(%rbp), %r12
movq 0x20(%rbp), %r15
movq 0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %r14
movq -0x88(%rbp), %rbx
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %r11
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %r10
addq 0x20(%rbp), %r10
movq 0x28(%rbp), %rax
movq %r13, (%rsp)
movq %r12, 0x8(%rsp)
movq %r15, 0x10(%rsp)
movq %r14, 0x18(%rsp)
movq %rbx, 0x20(%rsp)
movq %r11, 0x28(%rsp)
movq %r10, 0x30(%rsp)
movq %rax, 0x38(%rsp)
callq 0x2af980
movq -0xb0(%rbp), %rcx
addq %rax, %rcx
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x98(%rbp), %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x2b0473
jmp 0x2b06ad
addq $0xc8, %rsp
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq
nop