// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/jiqingxiaoxi[P]RPA/RPA.c
// Function: check_common_probe
int check_common_probe(struct Primer *F,struct Primer *R,struct ExoProbe *Probe,int *result,int common_num)
{
        int i,*temp;
        struct Node *c_F,*c_R,*c_Probe,*b_R,*b_Probe;

	temp=(int *)malloc(common_num*sizeof(int));
	for(i=0;i<common_num;i++)
		temp[i]=0;
//plus
	b_R=R->common;
	b_Probe=Probe->common;
        for(c_F=F->common;c_F;c_F=c_F->next)
        {
                if(c_F->plus!=1)
                        continue;
                if(result[c_F->gi]==0)
                        continue;
		if(temp[c_F->gi])
			continue;
                for(c_R=b_R;c_R;c_R=c_R->next)
                {
			if(c_R->gi<c_F->gi)
                        {
                                b_R=c_R->next;
                                continue;
                        }
                        if(c_R->gi>c_F->gi)
                                break;
                        if(c_R->minus!=1)
                                continue;
                        if(c_R->pos+R->len-c_F->pos<100)
                        {
                                b_R=c_R->next;
                                continue;
                        }
                        if(c_R->pos+R->len-c_F->pos>200)
				break;
                        for(c_Probe=b_Probe;c_Probe;c_Probe=c_Probe->next)
                        {
                                if(c_Probe->gi<c_F->gi)
				{
					b_Probe=c_Probe->next;
                                        continue;
				}
				if(c_Probe->gi>c_F->gi)
					break;
				if(c_Probe->pos<=c_F->pos)
				{
					b_Probe=c_Probe->next;
					continue;
				}
				if(c_Probe->pos>c_R->pos)
					break;
				if(c_Probe->plus==1)
				{
					if(c_F->pos+F->len-c_Probe->pos>27)
						continue;
					if(c_Probe->pos+Probe->len>c_R->pos)
						continue;
				}
				else
				{
					if(c_F->pos+F->len>c_Probe->pos)
						continue;
					if(c_Probe->pos+Probe->len>c_R->pos+R->len)
						continue;
					if(c_Probe->pos+Probe->len-c_R->pos>27)
						continue;
				}
				temp[c_F->gi]=1;
				break;
                        }
			if(temp[c_F->gi]==1)
				break;
                }
        }
//minus
	b_R=R->common;
	b_Probe=Probe->common;
        for(c_F=F->common;c_F;c_F=c_F->next)
        {
                if(c_F->minus!=1)
                        continue;
                if(result[c_F->gi]==0)
                        continue;  
		if(temp[c_F->gi])
			continue;
                for(c_R=b_R;c_R;c_R=c_R->next)
                {
			if(c_R->gi<c_F->gi)
			{
				b_R=c_R->next;
				continue;
			}
			if(c_R->gi>c_F->gi)
				break;
			if(c_F->pos+F->len-c_R->pos<100)
                                break;
                        if(c_F->pos+F->len-c_R->pos>200)
                        {
                                b_R=c_R->next;
                                continue;
                        }
                        if(c_R->plus!=1)
                                continue;
                        for(c_Probe=b_Probe;c_Probe;c_Probe=c_Probe->next)
                        {
				if(c_Probe->gi<c_F->gi)
				{
					b_Probe=c_Probe->next;
					continue;
				}
				if(c_Probe->gi>c_F->gi)
					break;
				if(c_Probe->pos-c_F->pos<-200)
				{
					b_Probe=c_Probe->next;
					continue;
				}
				if(c_Probe->pos<c_R->pos)
					continue;

				if(c_Probe->pos>c_F->pos)
					break;
				if(c_Probe->plus==1)
                                {
                                        if(c_R->pos+R->len-c_Probe->pos>27)
                                                continue;
                                        if(c_Probe->pos+Probe->len>c_F->pos)
                                                continue;
                                }
                                else
                                {
                                        if(c_R->pos+R->len>c_Probe->pos)
                                                continue;
                                        if(c_Probe->pos+Probe->len>c_F->pos+F->len)
                                                continue;
                                        if(c_Probe->pos+Probe->len-c_F->pos>27)
                                                continue;
                                }
				temp[c_F->gi]=1;
				break;
                        }
			if(temp[c_F->gi]==1)
				break;
                }
        }
        for(i=0;i<common_num;i++)
        {
                if(result[i]&&temp[i]==0)
			return 0;
        }
        return 1;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x60, %rsp
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movq %rcx, -0x28(%rbp)
movl %r8d, -0x2c(%rbp)
movslq -0x2c(%rbp), %rdi
shlq $0x2, %rdi
callq 0x1160
movq %rax, -0x38(%rbp)
movl $0x0, -0x30(%rbp)
movl -0x30(%rbp), %eax
cmpl -0x2c(%rbp), %eax
jge 0x14026
movq -0x38(%rbp), %rax
movslq -0x30(%rbp), %rcx
movl $0x0, (%rax,%rcx,4)
movl -0x30(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x30(%rbp)
jmp 0x14004
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
cmpq $0x0, -0x40(%rbp)
je 0x142a0
movq -0x40(%rbp), %rax
cmpl $0x1, 0x8(%rax)
je 0x14064
jmp 0x1428f
movq -0x28(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
cmpl $0x0, (%rax,%rcx,4)
jne 0x1407b
jmp 0x1428f
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
cmpl $0x0, (%rax,%rcx,4)
je 0x14092
jmp 0x1428f
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
cmpq $0x0, -0x48(%rbp)
je 0x1428d
movq -0x48(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jge 0x140c6
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x1427c
movq -0x48(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jle 0x140db
jmp 0x1428d
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpl $0x1, 0xc(%rax)
je 0x140ea
jmp 0x1427c
movq -0x48(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x18(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
cmpl $0x64, %eax
jge 0x14113
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x1427c
movq -0x48(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x18(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
cmpl $0xc8, %eax
jle 0x14132
jmp 0x1428d
movq -0x60(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
cmpq $0x0, -0x50(%rbp)
je 0x14266
movq -0x50(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jge 0x14166
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x14255
movq -0x50(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jle 0x1417b
jmp 0x14266
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jg 0x1419a
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x14255
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x48(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jle 0x141ad
jmp 0x14266
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpl $0x1, 0x8(%rax)
jne 0x141ed
movq -0x40(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
cmpl $0x1b, %eax
jle 0x141d4
jmp 0x14255
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x48(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jle 0x141eb
jmp 0x14255
jmp 0x14240
movq -0x40(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jle 0x14204
jmp 0x14255
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movl (%rcx), %ecx
movq -0x18(%rbp), %rdx
addl 0x4(%rdx), %ecx
cmpl %ecx, %eax
jle 0x14224
jmp 0x14255
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x48(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
cmpl $0x1b, %eax
jle 0x1423e
jmp 0x14255
jmp 0x14240
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
movl $0x1, (%rax,%rcx,4)
jmp 0x14266
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x1413a
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
cmpl $0x1, (%rax,%rcx,4)
jne 0x1427a
jmp 0x1428d
jmp 0x1427c
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x1409a
jmp 0x1428f
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x1404a
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x30(%rax), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
cmpq $0x0, -0x40(%rbp)
je 0x14532
movq -0x40(%rbp), %rax
cmpl $0x1, 0xc(%rax)
je 0x142de
jmp 0x14521
movq -0x28(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
cmpl $0x0, (%rax,%rcx,4)
jne 0x142f5
jmp 0x14521
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
cmpl $0x0, (%rax,%rcx,4)
je 0x1430c
jmp 0x14521
movq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
cmpq $0x0, -0x48(%rbp)
je 0x1451f
movq -0x48(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jge 0x14340
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x1450e
movq -0x48(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jle 0x14355
jmp 0x1451f
movq -0x40(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x48(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
cmpl $0x64, %eax
jge 0x14372
jmp 0x1451f
movq -0x40(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x48(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
cmpl $0xc8, %eax
jle 0x1439d
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x1450e
movq -0x48(%rbp), %rax
cmpl $0x1, 0x8(%rax)
je 0x143ac
jmp 0x1450e
movq -0x60(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
cmpq $0x0, -0x50(%rbp)
je 0x144f8
movq -0x50(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jge 0x143e0
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x144e7
movq -0x50(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jle 0x143f5
jmp 0x144f8
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
cmpl $0xffffff38, %eax       # imm = 0xFFFFFF38
jge 0x14419
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x144e7
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x48(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jge 0x1442c
jmp 0x144e7
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jle 0x1443f
jmp 0x144f8
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpl $0x1, 0x8(%rax)
jne 0x1447f
movq -0x48(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x18(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
cmpl $0x1b, %eax
jle 0x14466
jmp 0x144e7
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jle 0x1447d
jmp 0x144e7
jmp 0x144d2
movq -0x48(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x18(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
cmpl (%rcx), %eax
jle 0x14496
jmp 0x144e7
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movl (%rcx), %ecx
movq -0x10(%rbp), %rdx
addl 0x4(%rdx), %ecx
cmpl %ecx, %eax
jle 0x144b6
jmp 0x144e7
movq -0x50(%rbp), %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
addl 0x4(%rcx), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
subl (%rcx), %eax
cmpl $0x1b, %eax
jle 0x144d0
jmp 0x144e7
jmp 0x144d2
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
movl $0x1, (%rax,%rcx,4)
jmp 0x144f8
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
jmp 0x143b4
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movslq 0x4(%rcx), %rcx
cmpl $0x1, (%rax,%rcx,4)
jne 0x1450c
jmp 0x1451f
jmp 0x1450e
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
jmp 0x14314
jmp 0x14521
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x142c4
movl $0x0, -0x30(%rbp)
movl -0x30(%rbp), %eax
cmpl -0x2c(%rbp), %eax
jge 0x14573
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x30(%rbp), %rcx
cmpl $0x0, (%rax,%rcx,4)
je 0x14566
movq -0x38(%rbp), %rax
movslq -0x30(%rbp), %rcx
cmpl $0x0, (%rax,%rcx,4)
jne 0x14566
movl $0x0, -0x4(%rbp)
jmp 0x1457a
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jmp 0x14539
movl $0x1, -0x4(%rbp)
movl -0x4(%rbp), %eax
addq $0x60, %rsp
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)