// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/jiqingxiaoxi[P]RPA/RPA.c
// Function: fillMatrix2
void fillMatrix2(double stackEntropies[],double stackEnthalpies[],double stackint2Entropies[],double stackint2Enthalpies[],double hairpinLoopEntropies[],double interiorLoopEntropies[],double bulgeLoopEntropies[],double hairpinLoopEnthalpies[],double interiorLoopEnthalpies[],double bulgeLoopEnthalpies[],double tstackEntropies[],double tstackEnthalpies[],double tstack2Entropies[],double tstack2Enthalpies[],char *triloopEntropies1,char *triloopEnthalpies1,char *tetraloopEntropies1,char *tetraloopEnthalpies1,double *triloopEntropies2,double *triloopEnthalpies2,double *tetraloopEntropies2,double *tetraloopEnthalpies2,int numTriloops,int numTetraloops,double atpS[],double atpH[],double Initdouble[],int Initint[],double enthalpyDPT[],double entropyDPT[],char numSeq1[],char numSeq2[])
{
	int i, j;
	double SH[2];

	for (j = 2; j <= Initint[1]; ++j)
		for (i = j - 3 - 1; i >= 1; --i)
		{
			if (fabs(enthalpyDPT[(i-1)*Initint[2]+j-1])<999999999)
			{
				SH[0] = -1.0;
				SH[1] =1.0*INFINITY;
				maxTM2(i,j,stackEntropies,stackEnthalpies,Initdouble,Initint,enthalpyDPT,entropyDPT,numSeq1,numSeq2);
				CBI(i,j,SH,0,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,atpS,atpH,Initdouble,Initint,enthalpyDPT,entropyDPT,numSeq1,numSeq2);

				SH[0] = -1.0;
				SH[1] =1.0*INFINITY;
				calc_hairpin(i, j, SH, 0,hairpinLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,Initdouble,Initint,enthalpyDPT,entropyDPT,numSeq1);
				if(fabs(SH[1])<999999999)
				{
					if(SH[0] <-2500.0) /* to not give dH any value if dS is unreasonable */
					{
						SH[0] =-3224.0;
						SH[1] = 0.0;
					}
					entropyDPT[(i-1)*Initint[2]+j-1]= SH[0];
					enthalpyDPT[(i-1)*Initint[2]+j-1]= SH[1];
				}
			}
		}
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x178, %rsp            # imm = 0x178
movq 0xd8(%rbp), %rax
movq 0xd0(%rbp), %rax
movq 0xc8(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rbp), %rax
movq 0xb8(%rbp), %rax
movq 0xb0(%rbp), %rax
movq 0xa8(%rbp), %rax
movq 0xa0(%rbp), %rax
movl 0x98(%rbp), %eax
movl 0x90(%rbp), %eax
movq 0x88(%rbp), %rax
movq 0x80(%rbp), %rax
movq 0x78(%rbp), %rax
movq 0x70(%rbp), %rax
movq 0x68(%rbp), %rax
movq 0x60(%rbp), %rax
movq 0x58(%rbp), %rax
movq 0x50(%rbp), %rax
movq 0x48(%rbp), %rax
movq 0x40(%rbp), %rax
movq 0x38(%rbp), %rax
movq 0x30(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rbp), %rax
movq 0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x30(%rbp)
movq %rsi, -0x38(%rbp)
movq %rdx, -0x40(%rbp)
movq %rcx, -0x48(%rbp)
movq %r8, -0x50(%rbp)
movq %r9, -0x58(%rbp)
movl $0x2, -0x60(%rbp)
movl -0x60(%rbp), %eax
movq 0xb8(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jg 0x5c1e
movl -0x60(%rbp), %eax
subl $0x3, %eax
subl $0x1, %eax
movl %eax, -0x5c(%rbp)
cmpl $0x1, -0x5c(%rbp)
jl 0x5c0e
movq 0xc0(%rbp), %rax
movl -0x5c(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movq 0xb8(%rbp), %rdx
imull 0x8(%rdx), %ecx
addl -0x60(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movslq %ecx, %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm1
movaps 0x119cd(%rip), %xmm0    # 0x171f0
pand %xmm0, %xmm1
movsd 0x11909(%rip), %xmm0    # 0x17138
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0x5bfe
movsd 0x118ff(%rip), %xmm0    # 0x17140
movsd %xmm0, -0x70(%rbp)
movsd 0x118e2(%rip), %xmm0    # 0x17130
movsd %xmm0, -0x68(%rbp)
movl -0x5c(%rbp), %edi
movl -0x60(%rbp), %esi
movq -0x30(%rbp), %rdx
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq 0xb0(%rbp), %r8
movq 0xb8(%rbp), %r9
movq 0xc0(%rbp), %rbx
movq 0xc8(%rbp), %r11
movq 0xd0(%rbp), %r10
movq 0xd8(%rbp), %rax
movq %rbx, (%rsp)
movq %r11, 0x8(%rsp)
movq %r10, 0x10(%rsp)
movq %rax, 0x18(%rsp)
callq 0x3e30
movl -0x5c(%rbp), %edi
movl -0x60(%rbp), %esi
leaq -0x70(%rbp), %rdx
movq -0x30(%rbp), %r8
movq -0x38(%rbp), %r9
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0x108(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0x100(%rbp)
movq 0x10(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xf8(%rbp)
movq 0x20(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xf0(%rbp)
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xe8(%rbp)
movq 0x30(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xe0(%rbp)
movq 0x38(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xd8(%rbp)
movq 0xa0(%rbp), %r13
movq 0xa8(%rbp), %r12
movq 0xb0(%rbp), %r15
movq 0xb8(%rbp), %r14
movq 0xc0(%rbp), %rbx
movq 0xc8(%rbp), %r11
movq 0xd0(%rbp), %r10
movq 0xd8(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xd0(%rbp)
xorl %ecx, %ecx
movq %rax, (%rsp)
movq -0x108(%rbp), %rax
movq %rax, 0x8(%rsp)
movq -0x100(%rbp), %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq -0xf8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x18(%rsp)
movq -0xf0(%rbp), %rax
movq %rax, 0x20(%rsp)
movq -0xe8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x28(%rsp)
movq -0xe0(%rbp), %rax
movq %rax, 0x30(%rsp)
movq -0xd8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x38(%rsp)
movq -0xd0(%rbp), %rax
movq %r13, 0x40(%rsp)
movq %r12, 0x48(%rsp)
movq %r15, 0x50(%rsp)
movq %r14, 0x58(%rsp)
movq %rbx, 0x60(%rsp)
movq %r11, 0x68(%rsp)
movq %r10, 0x70(%rsp)
movq %rax, 0x78(%rsp)
callq 0x4d50
movsd 0x11765(%rip), %xmm0    # 0x17140
movsd %xmm0, -0x70(%rbp)
movsd 0x11748(%rip), %xmm0    # 0x17130
movsd %xmm0, -0x68(%rbp)
movl -0x5c(%rbp), %edi
movl -0x60(%rbp), %esi
leaq -0x70(%rbp), %rdx
movq -0x50(%rbp), %r8
movq 0x18(%rbp), %r9
movq 0x40(%rbp), %rax
movq 0x48(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xc8(%rbp)
movq 0x50(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xc0(%rbp)
movq 0x58(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xb8(%rbp)
movq 0x60(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xb0(%rbp)
movq 0x68(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xa8(%rbp)
movq 0x70(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0xa0(%rbp)
movq 0x78(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0x98(%rbp)
movq 0x80(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0x90(%rbp)
movq 0x88(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0x88(%rbp)
movl 0x90(%rbp), %ecx
movl %ecx, -0x7c(%rbp)
movl 0x98(%rbp), %r13d
movq 0xa0(%rbp), %r12
movq 0xa8(%rbp), %r15
movq 0xb0(%rbp), %r14
movq 0xb8(%rbp), %rbx
movq 0xc0(%rbp), %r11
movq 0xc8(%rbp), %r10
movq 0xd0(%rbp), %rcx
movq %rcx, -0x78(%rbp)
xorl %ecx, %ecx
movq %rax, (%rsp)
movq -0xc8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x8(%rsp)
movq -0xc0(%rbp), %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq -0xb8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x18(%rsp)
movq -0xb0(%rbp), %rax
movq %rax, 0x20(%rsp)
movq -0xa8(%rbp), %rax
movq %rax, 0x28(%rsp)
movq -0xa0(%rbp), %rax
movq %rax, 0x30(%rsp)
movq -0x98(%rbp), %rax
movq %rax, 0x38(%rsp)
movq -0x90(%rbp), %rax
movq %rax, 0x40(%rsp)
movq -0x88(%rbp), %rax
movq %rax, 0x48(%rsp)
movl -0x7c(%rbp), %eax
movl %eax, 0x50(%rsp)
movq -0x78(%rbp), %rax
movl %r13d, 0x58(%rsp)
movq %r12, 0x60(%rsp)
movq %r15, 0x68(%rsp)
movq %r14, 0x70(%rsp)
movq %rbx, 0x78(%rsp)
movq %r11, 0x80(%rsp)
movq %r10, 0x88(%rsp)
movq %rax, 0x90(%rsp)
callq 0x5180
movsd -0x68(%rbp), %xmm1
movaps 0x11680(%rip), %xmm0    # 0x171f0
pand %xmm0, %xmm1
movsd 0x115bc(%rip), %xmm0    # 0x17138
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0x5bfc
movsd 0x115ce(%rip), %xmm0    # 0x17158
ucomisd -0x70(%rbp), %xmm0
jbe 0x5ba6
movsd 0x115b7(%rip), %xmm0    # 0x17150
movsd %xmm0, -0x70(%rbp)
xorps %xmm0, %xmm0
movsd %xmm0, -0x68(%rbp)
movsd -0x70(%rbp), %xmm0
movq 0xc8(%rbp), %rax
movl -0x5c(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movq 0xb8(%rbp), %rdx
imull 0x8(%rdx), %ecx
addl -0x60(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movslq %ecx, %rcx
movsd %xmm0, (%rax,%rcx,8)
movsd -0x68(%rbp), %xmm0
movq 0xc0(%rbp), %rax
movl -0x5c(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movq 0xb8(%rbp), %rdx
imull 0x8(%rdx), %ecx
addl -0x60(%rbp), %ecx
subl $0x1, %ecx
movslq %ecx, %rcx
movsd %xmm0, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x5bfe
jmp 0x5c00
movl -0x5c(%rbp), %eax
addl $-0x1, %eax
movl %eax, -0x5c(%rbp)
jmp 0x57ec
jmp 0x5c10
movl -0x60(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x60(%rbp)
jmp 0x57cd
addq $0x178, %rsp            # imm = 0x178
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq