// File: chhylp123[P]hifiasm/Overlaps.cpp
// Function: gen_scaffold_bases(kvect_sec_t*, kvect_sec_t*, ma_ug_t*, asg_t*, ma_sub_t*, ma_hit_t_alloc*, kvec_asg_arc_t_warp*, int, int, kv_u_trans_t*)
void gen_scaffold_bases(kvect_sec_t *sc0, kvect_sec_t *sc1, ma_ug_t *mg, asg_t *sg, ma_sub_t* cover, ma_hit_t_alloc* src, kvec_asg_arc_t_warp *arcs, int max_hang, int min_ovlp, kv_u_trans_t *p)
{
    if(!p) {
        ma_ug_seq(mg, sg, cover, src, arcs, max_hang, min_ovlp, 0, 1);
    } else {
        uint64_t k, kn, *l0 = NULL, *l1 = NULL, s, e; 
        kn = sc0->n + sc1->n; 
        CALLOC(l0, kn); CALLOC(l1, kn);
        for (k = 0; k < kn; k++) l0[k] = get_scp_len(((k<sc0->n)?&(sc0->a[k]):&(sc1->a[k-sc0->n])), mg);
        ma_ug_seq(mg, sg, cover, src, arcs, max_hang, min_ovlp, 0, 1);
        for (k = 0; k < kn; k++) l1[k] = get_scp_len(((k<sc0->n)?&(sc0->a[k]):&(sc1->a[k-sc0->n])), mg);

        for (k = 0; k < p->n; k++) {
            if(l0[p->a[k].qn] != l1[p->a[k].qn]) {
                s = p->a[k].qs; e = p->a[k].qe;
                p->a[k].qs = cal_offset_len(s, l0[p->a[k].qn], l1[p->a[k].qn]);
                p->a[k].qe = p->a[k].qs + cal_offset_len(((e>s)?(e-s):(0)), l0[p->a[k].qn], l1[p->a[k].qn]);
                if(p->a[k].qs > l1[p->a[k].qn]) p->a[k].qs = l1[p->a[k].qn];
                if(p->a[k].qe > l1[p->a[k].qn]) p->a[k].qe = l1[p->a[k].qn];
            }

            if(l0[p->a[k].tn] != l1[p->a[k].tn]) {
                s = p->a[k].ts; e = p->a[k].te;
                p->a[k].ts = cal_offset_len(s, l0[p->a[k].tn], l1[p->a[k].tn]);
                p->a[k].te = p->a[k].ts + cal_offset_len(((e>s)?(e-s):(0)), l0[p->a[k].tn], l1[p->a[k].tn]);
                if(p->a[k].ts > l1[p->a[k].tn]) p->a[k].ts = l1[p->a[k].tn];
                if(p->a[k].te > l1[p->a[k].tn]) p->a[k].te = l1[p->a[k].tn];
            }
        }

        free(l0); free(l1);
    }
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0xb0, %rsp
movq 0x28(%rbp), %rax
movl 0x20(%rbp), %eax
movl 0x18(%rbp), %eax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq %rcx, -0x20(%rbp)
movq %r8, -0x28(%rbp)
movq %r9, -0x30(%rbp)
cmpq $0x0, 0x28(%rbp)
jne 0x131644
movq -0x18(%rbp), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rdx
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rbp), %r8
movl 0x18(%rbp), %r9d
movl 0x20(%rbp), %eax
xorl %r10d, %r10d
movl %eax, (%rsp)
movq $0x0, 0x8(%rsp)
movl $0x1, 0x10(%rsp)
callq 0xed140
jmp 0x131d45
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq $0x0, -0x50(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
addq 0x8(%rcx), %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rdi
movl $0x8, %esi
callq 0x2140
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rdi
movl $0x8, %esi
callq 0x2140
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq $0x0, -0x38(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
cmpq -0x40(%rbp), %rax
jae 0x13170c
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jae 0x1316c4
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
jmp 0x1316e2
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rdx
subq 0x8(%rdx), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x68(%rbp)
movq -0x68(%rbp), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rsi
callq 0x167fc0
movq %rax, %rdx
movq -0x48(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x38(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0x131694
movq -0x18(%rbp), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rdx
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rbp), %r8
movl 0x18(%rbp), %r9d
movl 0x20(%rbp), %eax
xorl %r10d, %r10d
movl %eax, (%rsp)
movq $0x0, 0x8(%rsp)
movl $0x1, 0x10(%rsp)
callq 0xed140
movq $0x0, -0x38(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
cmpq -0x40(%rbp), %rax
jae 0x1317c3
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jae 0x13177b
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
jmp 0x131799
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rdx
subq 0x8(%rdx), %rcx
shlq $0x5, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
movq -0x70(%rbp), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rsi
callq 0x167fc0
movq %rax, %rdx
movq -0x50(%rbp), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x38(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0x13174b
movq $0x0, -0x38(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
jae 0x131d33
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %rdx
movq 0x10(%rdx), %rdx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rsi
addq %rsi, %rdx
movl 0x8(%rdx), %edx
cmpq (%rcx,%rdx,8), %rax
je 0x131a74
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
leaq (%rcx,%rcx,2), %rcx
shlq $0x4, %rcx
movl (%rax,%rcx), %eax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
leaq (%rcx,%rcx,2), %rcx
shlq $0x4, %rcx
movl 0x4(%rax,%rcx), %eax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %xmm0
movaps 0x2507b5(%rip), %xmm4   # 0x382010
punpckldq %xmm4, %xmm0    # xmm0 = xmm0[0],xmm4[0],xmm0[1],xmm4[1]
movapd 0x2507b9(%rip), %xmm3   # 0x382020
subpd %xmm3, %xmm0
movaps %xmm0, %xmm1
unpckhpd %xmm0, %xmm0            # xmm0 = xmm0[1,1]
addsd %xmm1, %xmm0
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
leaq (%rdx,%rdx,2), %rdx
shlq $0x4, %rdx
movl 0x8(%rcx,%rdx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %xmm1
punpckldq %xmm4, %xmm1    # xmm1 = xmm1[0],xmm4[0],xmm1[1],xmm4[1]
subpd %xmm3, %xmm1
movaps %xmm1, %xmm2
unpckhpd %xmm1, %xmm1            # xmm1 = xmm1[1,1]
addsd %xmm2, %xmm1
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax,%rcx,8), %xmm2
punpckldq %xmm4, %xmm2    # xmm2 = xmm2[0],xmm4[0],xmm2[1],xmm4[1]
subpd %xmm3, %xmm2
movaps %xmm2, %xmm3
unpckhpd %xmm2, %xmm2            # xmm2 = xmm2[1,1]
addsd %xmm3, %xmm2
callq 0x168060
movl %eax, %ecx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl %ecx, (%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %eax
movq %rax, -0x78(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
cmpq -0x58(%rbp), %rax
jbe 0x13190d
movq -0x60(%rbp), %rax
subq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x80(%rbp)
jmp 0x131915
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0x80(%rbp)
jmp 0x131915
movq -0x80(%rbp), %rax
movq %rax, %xmm0
movaps 0x2506eb(%rip), %xmm4   # 0x382010
punpckldq %xmm4, %xmm0    # xmm0 = xmm0[0],xmm4[0],xmm0[1],xmm4[1]
movapd 0x2506ef(%rip), %xmm3   # 0x382020
subpd %xmm3, %xmm0
movaps %xmm0, %xmm1
unpckhpd %xmm0, %xmm0            # xmm0 = xmm0[1,1]
addsd %xmm1, %xmm0
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
leaq (%rdx,%rdx,2), %rdx
shlq $0x4, %rdx
movl 0x8(%rcx,%rdx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %xmm1
punpckldq %xmm4, %xmm1    # xmm1 = xmm1[0],xmm4[0],xmm1[1],xmm4[1]
subpd %xmm3, %xmm1
movaps %xmm1, %xmm2
unpckhpd %xmm1, %xmm1            # xmm1 = xmm1[1,1]
addsd %xmm2, %xmm1
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax,%rcx,8), %xmm2
punpckldq %xmm4, %xmm2    # xmm2 = xmm2[0],xmm4[0],xmm2[1],xmm4[1]
subpd %xmm3, %xmm2
movaps %xmm2, %xmm3
unpckhpd %xmm2, %xmm2            # xmm2 = xmm2[1,1]
addsd %xmm3, %xmm2
callq 0x168060
movq %rax, %rcx
movq -0x78(%rbp), %rax
addq %rcx, %rax
movl %eax, %ecx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl %ecx, 0x4(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %rdx
movq 0x10(%rdx), %rdx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rsi
addq %rsi, %rdx
movl 0x8(%rdx), %edx
cmpq (%rcx,%rdx,8), %rax
jbe 0x131a12
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %ecx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl %ecx, (%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %rdx
movq 0x10(%rdx), %rdx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rsi
addq %rsi, %rdx
movl 0x8(%rdx), %edx
cmpq (%rcx,%rdx,8), %rax
jbe 0x131a72
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %ecx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl %ecx, 0x4(%rax)
jmp 0x131a74
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x14(%rcx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %rdx
movq 0x10(%rdx), %rdx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rsi
addq %rsi, %rdx
movl 0x14(%rdx), %edx
cmpq (%rcx,%rdx,8), %rax
je 0x131d20
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
leaq (%rcx,%rcx,2), %rcx
shlq $0x4, %rcx
movl 0xc(%rax,%rcx), %eax
movq %rax, -0x58(%rbp)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
leaq (%rcx,%rcx,2), %rcx
shlq $0x4, %rcx
movl 0x10(%rax,%rcx), %eax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x58(%rbp), %xmm0
movaps 0x25051c(%rip), %xmm4   # 0x382010
punpckldq %xmm4, %xmm0    # xmm0 = xmm0[0],xmm4[0],xmm0[1],xmm4[1]
movapd 0x250520(%rip), %xmm3   # 0x382020
subpd %xmm3, %xmm0
movaps %xmm0, %xmm1
unpckhpd %xmm0, %xmm0            # xmm0 = xmm0[1,1]
addsd %xmm1, %xmm0
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
leaq (%rdx,%rdx,2), %rdx
shlq $0x4, %rdx
movl 0x14(%rcx,%rdx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %xmm1
punpckldq %xmm4, %xmm1    # xmm1 = xmm1[0],xmm4[0],xmm1[1],xmm4[1]
subpd %xmm3, %xmm1
movaps %xmm1, %xmm2
unpckhpd %xmm1, %xmm1            # xmm1 = xmm1[1,1]
addsd %xmm2, %xmm1
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax,%rcx,8), %xmm2
punpckldq %xmm4, %xmm2    # xmm2 = xmm2[0],xmm4[0],xmm2[1],xmm4[1]
subpd %xmm3, %xmm2
movaps %xmm2, %xmm3
unpckhpd %xmm2, %xmm2            # xmm2 = xmm2[1,1]
addsd %xmm3, %xmm2
callq 0x168060
movl %eax, %ecx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl %ecx, 0xc(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0xc(%rax), %eax
movq %rax, -0x88(%rbp)
movq -0x60(%rbp), %rax
cmpq -0x58(%rbp), %rax
jbe 0x131bae
movq -0x60(%rbp), %rax
subq -0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x131bb9
xorl %eax, %eax
movq %rax, -0x90(%rbp)
jmp 0x131bb9
movq -0x90(%rbp), %rax
movq %rax, %xmm0
movaps 0x250444(%rip), %xmm4   # 0x382010
punpckldq %xmm4, %xmm0    # xmm0 = xmm0[0],xmm4[0],xmm0[1],xmm4[1]
movapd 0x250448(%rip), %xmm3   # 0x382020
subpd %xmm3, %xmm0
movaps %xmm0, %xmm1
unpckhpd %xmm0, %xmm0            # xmm0 = xmm0[1,1]
addsd %xmm1, %xmm0
movq -0x48(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
movq -0x38(%rbp), %rdx
leaq (%rdx,%rdx,2), %rdx
shlq $0x4, %rdx
movl 0x14(%rcx,%rdx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %xmm1
punpckldq %xmm4, %xmm1    # xmm1 = xmm1[0],xmm4[0],xmm1[1],xmm4[1]
subpd %xmm3, %xmm1
movaps %xmm1, %xmm2
unpckhpd %xmm1, %xmm1            # xmm1 = xmm1[1,1]
addsd %xmm2, %xmm1
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax,%rcx,8), %xmm2
punpckldq %xmm4, %xmm2    # xmm2 = xmm2[0],xmm4[0],xmm2[1],xmm4[1]
subpd %xmm3, %xmm2
movaps %xmm2, %xmm3
unpckhpd %xmm2, %xmm2            # xmm2 = xmm2[1,1]
addsd %xmm3, %xmm2
callq 0x168060
movq %rax, %rcx
movq -0x88(%rbp), %rax
addq %rcx, %rax
movl %eax, %ecx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl %ecx, 0x10(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0xc(%rax), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %rdx
movq 0x10(%rdx), %rdx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rsi
addq %rsi, %rdx
movl 0x14(%rdx), %edx
cmpq (%rcx,%rdx,8), %rax
jbe 0x131cbe
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x14(%rcx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %ecx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl %ecx, 0xc(%rax)
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x10(%rax), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rbp), %rdx
movq 0x10(%rdx), %rdx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rsi
addq %rsi, %rdx
movl 0x14(%rdx), %edx
cmpq (%rcx,%rdx,8), %rax
jbe 0x131d1e
movq -0x50(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x14(%rcx), %ecx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %ecx
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl %ecx, 0x10(%rax)
jmp 0x131d20
jmp 0x131d22
movq -0x38(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0x1317cb
movq -0x48(%rbp), %rdi
callq 0x2210
movq -0x50(%rbp), %rdi
callq 0x2210
addq $0xb0, %rsp
popq %rbp
retq
nop