// File: chhylp123[P]hifiasm/Process_Read.cpp
// Function: recover_UC_Read_RC(UC_Read*, All_reads*, unsigned long)
void recover_UC_Read_RC(UC_Read* r, All_reads* R_INF, uint64_t ID)
{
	r->length = Get_READ_LENGTH((*R_INF), ID);
	uint8_t* src = Get_READ((*R_INF), ID);

	if (r->length + 4 > r->size) {
		r->size = r->length + 4;
		r->seq = (char*)realloc(r->seq,sizeof(char)*(r->size));
	}

	long long last_chr = r->length % 4;
	long long i = r->length / 4 - 1 + (last_chr != 0);
	long long index = 0;

	if(src) {
		if(last_chr!=0) {
			memcpy(r->seq + index, bit_t_seq_table_rc[src[i]] + 4 - last_chr, last_chr);
			index = last_chr;
			i--;
		}

		while (i >= 0) {
			memcpy(r->seq + index, bit_t_seq_table_rc[src[i]], 4);
			i--;
			index = index + 4;
		}

		if (R_INF->N_site[ID]) {
			for (i = 1; i <= (long long)R_INF->N_site[ID][0]; i++) {
				r->seq[r->length - R_INF->N_site[ID][i] - 1] = 'N';
			}
		}
	} else {///N
		memset(r->seq, 'N', r->length);
	}

	
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x40, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
addq $0x4, %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jle 0xa58c
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $0x4, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
shlq $0x0, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movl $0x4, %ecx
cqto
idivq %rcx
movq %rdx, -0x28(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movl $0x4, %ecx
cqto
idivq %rcx
subq $0x1, %rax
cmpq $0x0, -0x28(%rbp)
setne %cl
andb $0x1, %cl
movzbl %cl, %ecx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq $0x0, -0x38(%rbp)
cmpq $0x0, -0x20(%rbp)
je 0xa6f1
cmpq $0x0, -0x28(%rbp)
je 0xa636
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
addq -0x38(%rbp), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movzbl (%rax,%rcx), %eax
leaq 0x3ba8cb(%rip), %rsi    # 0x3c4ed0
shlq $0x2, %rax
addq %rax, %rsi
addq $0x4, %rsi
xorl %eax, %eax
subq -0x28(%rbp), %rax
addq %rax, %rsi
movq -0x28(%rbp), %rdx
callq 0x2180
movq -0x28(%rbp), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0xa638
cmpq $0x0, -0x30(%rbp)
jl 0xa67f
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x38(%rbp), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq -0x30(%rbp), %rsi
movzbl (%rdx,%rsi), %edx
movl %edx, %esi
leaq 0x3ba871(%rip), %rdx    # 0x3c4ed0
movl (%rdx,%rsi,4), %edx
movl %edx, (%rax,%rcx)
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $-0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
addq $0x4, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0xa638
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x18(%rbp), %rcx
cmpq $0x0, (%rax,%rcx,8)
je 0xa6ef
movq $0x1, -0x30(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rdx
movq (%rcx,%rdx,8), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
jg 0xa6ed
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x8(%rcx), %rcx
movq -0x10(%rbp), %rdx
movq (%rdx), %rdx
movq -0x18(%rbp), %rsi
movq (%rdx,%rsi,8), %rdx
movq -0x30(%rbp), %rsi
subq (%rdx,%rsi,8), %rcx
subq $0x1, %rcx
movb $0x4e, (%rax,%rcx)
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0xa699
jmp 0xa6ef
jmp 0xa70a
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdx
movl $0x4e, %esi
callq 0x2100
addq $0x40, %rsp
popq %rbp
retq