// File: chhylp123[P]hifiasm/inter.cpp
// Function: regen_ul_ov_t_lst(ul_idx_t const*, overlap_region_alloc*, kv_ul_ov_t*)
void regen_ul_ov_t_lst(const ul_idx_t *uref, overlap_region_alloc* olist, kv_ul_ov_t *idx)
{
	uint64_t k; ul_ov_t *p; idx->n = 0;
	kv_resize(ul_ov_t, *idx, olist->length);
	for (k = 0; k < olist->length; k++) {
		// fprintf(stderr, "---[M::%s::utg%.6dl] q[%d, %d), t[%d, %d), tot::%u, cis::%u\n", __func__, 
        // (int32_t)olist->list[k].y_id+1, olist->list[k].x_pos_s, olist->list[k].x_pos_e+1,
		// olist->list[k].y_pos_s, olist->list[k].y_pos_e+1,
		// olist->list[k].overlapLen, olist->list[k].align_length);
		p = &(idx->a[idx->n++]);
		p->qn = k; p->qs = olist->list[k].x_pos_s; p->qe = olist->list[k].x_pos_e+1;
        p->tn = olist->list[k].y_id; p->el = 1; p->rev = olist->list[k].y_pos_strand;
        p->sec = olist->list[k].non_homopolymer_errors;
		if(p->rev) {
            p->ts = uref->ug->u.a[p->tn].len - (olist->list[k].y_pos_e+1); 
            p->te = uref->ug->u.a[p->tn].len - olist->list[k].y_pos_s;
        } else {
            p->ts = olist->list[k].y_pos_s; 
            p->te = olist->list[k].y_pos_e+1;
        }
	}
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x30, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq $0x0, 0x8(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jae 0x2ad63c
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
orq 0x10(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
imulq $0x1c, 0x10(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
jmp 0x2ad63e
movq $0x0, -0x20(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq 0x10(%rcx), %rax
jae 0x2ad832
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x18(%rbp), %rdx
movq 0x8(%rdx), %rcx
movq %rcx, %rsi
addq $0x1, %rsi
movq %rsi, 0x8(%rdx)
imulq $0x1c, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, (%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x4(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %ecx
addl $0x1, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x10(%rax), %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0xc(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %ecx
andl $0xbfffffff, %ecx       # imm = 0xBFFFFFFF
orl $0x40000000, %ecx       # imm = 0x40000000
movl %ecx, 0x18(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x1c(%rax), %edx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %ecx
andl $0x1, %edx
shll $0x1f, %edx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
orl %edx, %ecx
movl %ecx, 0x18(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x30(%rax), %edx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %ecx
andl $0x3fffffff, %edx       # imm = 0x3FFFFFFF
andl $0xc0000000, %ecx       # imm = 0xC0000000
orl %edx, %ecx
movl %ecx, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x18(%rax), %eax
shrl $0x1f, %eax
cmpl $0x0, %eax
je 0x2ad7e4
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movl 0xc(%rcx), %ecx
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movl 0x18(%rax), %eax
addl $0x1, %eax
subl %eax, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x10(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movl 0xc(%rcx), %ecx
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %ecx
andl $0x7fffffff, %ecx       # imm = 0x7FFFFFFF
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
subl 0x14(%rax), %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x14(%rax)
jmp 0x2ad81f
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x14(%rax), %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x10(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0xa8, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x18(%rax), %ecx
addl $0x1, %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x14(%rax)
jmp 0x2ad821
movq -0x20(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
jmp 0x2ad646
addq $0x30, %rsp
popq %rbp
retq
nopl (%rax,%rax)