// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/ugobas[P]tnm/buildup.c
// Function: Build_up
void Build_up(struct bond *bonds, int N_atoms, double *d_phi, int N_axes)
{
  float COSMAX=0.999; // Maximum value of cos(theta) to avoid collinear bonds
  struct bond *bond, *previous; int i, j;

  for(i=1; i<N_atoms; i++){
    bond=bonds+i;
    if(bond->i_atom<0)break;
    previous=bond->previous;
    if(previous==NULL){
      printf("ERROR, build up can not be applied at bond %d\n", i);
      return;
    }
    if((previous->previous==NULL)||
     (previous->previous->previous==NULL))continue;
    if((d_phi)&&(bond->len >= 0)){
      double factor=1.+d_phi[bond->len]/bond->l; //
      if(factor <= 0.1){
	printf("WARNING, bond length too short with buildup! ");
	printf("atoms: %s%d%c  %s%d%c f= %.2g\n",
	       bond->atom->name, bond->atom->res, bond->atom->aa,
	       bond->previous->atom->name, bond->previous->atom->res,
	       bond->previous->atom->aa, factor);
	factor=0.1;
	printf("Setting shrink factor to %.2g\n", factor);
      }
      bond->l*=factor;
      bond->r_cos_theta*=factor;
      double lcosmax=bond->l*COSMAX;
      if(bond->r_cos_theta>lcosmax){bond->r_cos_theta=lcosmax;}
      else if(bond->r_cos_theta<-lcosmax){bond->r_cos_theta=-lcosmax;}
    }

    double r_sin_theta=
      sqrt(bond->l*bond->l-bond->r_cos_theta*bond->r_cos_theta);
    if((d_phi)&&(bond->angle >= 0)){
      // Cos(theta)->Cos(theta+d_phi)
      double cos_a=cos(d_phi[bond->angle]);
      double sin_a=sin(d_phi[bond->angle]);
      bond->r_cos_theta=bond->r_cos_theta*cos_a-r_sin_theta*sin_a;
      double lcosmax=bond->l*COSMAX;
      if(bond->r_cos_theta>lcosmax){bond->r_cos_theta=lcosmax;}
      else if(bond->r_cos_theta<-lcosmax){bond->r_cos_theta=-lcosmax;}
      r_sin_theta=
	sqrt(bond->l*bond->l-bond->r_cos_theta*bond->r_cos_theta);
    }

    if((d_phi)&&(bond->torsion >= 0)){
      bond->phi += d_phi[bond->torsion];
      while(bond->phi > TWOPI){bond->phi-=TWOPI;}
      while(bond->phi <-TWOPI){bond->phi+=TWOPI;}
    }
    double ax= r_sin_theta*cos(bond->phi);
    double ay= r_sin_theta*sin(bond->phi);
    double az= -bond->r_cos_theta;

    for(j=0; j<3; j++){
      double dr=
	az*previous->dz[j]+
	ax*previous->dx[j]+
	ay*previous->dy[j];
      bond->dr[j]=dr;
      bond->r[j]=previous->r[j]+dr;
    }
    if(isnan(bond->r[0])||isnan(bond->r[1])||isnan(bond->r[2])){
      printf("ERROR nan, atom %s%d ", bond->atom->name, i);
      printf("len: %d ", bond->len);
      if(bond->len>=0)printf(" %.2g", d_phi[bond->len]);
      printf("  angle: %d ", bond->angle);
      if(bond->angle>=0){
	printf(" %.3f cos=%.3f",d_phi[bond->angle], cos(d_phi[bond->angle]));
      }
      printf("  torsion: %d ", bond->torsion);
      if(bond->torsion>=0)printf(" %.3f", d_phi[bond->torsion]);
      printf("\n");
      printf("r= %.3f", bond->l);
      printf(" r*cos(theta)= %.3f", bond->r_cos_theta);
      printf(" r*sin(theta)= %.3f", r_sin_theta);
      printf(" phi= %.3f", bond->phi);
      double *v=previous->dx; printf(" x: %.3f %.3f %.3f",v[0],v[1],v[2]);
      v=previous->dy; printf(" y: %.3f %.3f %.3f",v[0],v[1],v[2]);
      v=previous->dz; printf(" z: %.3f %.3f %.3f",v[0],v[1],v[2]);
      printf("\n"); 
      //for(i=0; i<N_axes; i++)printf("%.2f ",d_phi[i]); printf("\n"); 
      //exit(8);
    }
    double dr_dr=Scalar_product_3_d(bond->dr, bond->dr);
    bond->l=sqrt(dr_dr);
    for(j=0; j<3; j++){
      bond->dz[j]=bond->dr[j]/bond->l;
    }

    // Make new orthogonal frame
    if(bond->terminal==0 && Make_frame(bond, previous, previous->dz)<0){
      printf("Could not make last frame, exiting\n");
      return;
    }
  }
  return;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0xc0, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movl %esi, -0xc(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movl %ecx, -0x1c(%rbp)
movss 0x5f577(%rip), %xmm0    # 0x7ba88
movss %xmm0, -0x20(%rbp)
movl $0x1, -0x34(%rbp)
movl -0x34(%rbp), %eax
cmpl -0xc(%rbp), %eax
jge 0x1ce09
movq -0x8(%rbp), %rax
movslq -0x34(%rbp), %rcx
imulq $0xc0, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x20(%rax)
jge 0x1c54e
jmp 0x1ce09
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
cmpq $0x0, -0x30(%rbp)
jne 0x1c577
movl -0x34(%rbp), %esi
leaq 0x5f5ae(%rip), %rdi     # 0x7bb19
movb $0x0, %al
callq 0x10d0
jmp 0x1ce0b
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x28(%rax)
je 0x1c591
movq -0x30(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
cmpq $0x0, 0x28(%rax)
jne 0x1c596
jmp 0x1cdfb
cmpq $0x0, -0x18(%rbp)
je 0x1c733
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x34(%rax)
jl 0x1c733
movq -0x18(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movslq 0x34(%rcx), %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm1
movq -0x28(%rbp), %rax
divsd 0x58(%rax), %xmm1
movsd 0x59a77(%rip), %xmm0    # 0x76048
addsd %xmm1, %xmm0
movsd %xmm0, -0x40(%rbp)
movsd 0x59a3e(%rip), %xmm0    # 0x76020
ucomisd -0x40(%rbp), %xmm0
jb 0x1c67e
leaq 0x5f554(%rip), %rdi     # 0x7bb48
movb $0x0, %al
callq 0x10d0
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rsi
addq $0x18, %rsi
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movl 0x64(%rax), %edx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movsbl 0x68(%rax), %ecx
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq (%rax), %r8
addq $0x18, %r8
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq (%rax), %rax
movl 0x64(%rax), %r9d
movq -0x28(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq (%rax), %rax
movsbl 0x68(%rax), %eax
movsd -0x40(%rbp), %xmm0
leaq 0x5f522(%rip), %rdi     # 0x7bb76
movl %eax, (%rsp)
movb $0x1, %al
callq 0x10d0
movsd 0x599ba(%rip), %xmm0    # 0x76020
movsd %xmm0, -0x40(%rbp)
movsd -0x40(%rbp), %xmm0
leaq 0x5f51e(%rip), %rdi     # 0x7bb95
movb $0x1, %al
callq 0x10d0
movsd -0x40(%rbp), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
mulsd 0x58(%rax), %xmm0
movsd %xmm0, 0x58(%rax)
movsd -0x40(%rbp), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
mulsd 0x60(%rax), %xmm0
movsd %xmm0, 0x60(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x58(%rax), %xmm0
movss -0x20(%rbp), %xmm1
cvtss2sd %xmm1, %xmm1
mulsd %xmm1, %xmm0
movsd %xmm0, -0x48(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x60(%rax), %xmm0
ucomisd -0x48(%rbp), %xmm0
jbe 0x1c6df
movsd -0x48(%rbp), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd %xmm0, 0x60(%rax)
jmp 0x1c731
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x60(%rax), %xmm1
movsd -0x48(%rbp), %xmm0
movq %xmm0, %rax
movabsq $-0x8000000000000000, %rcx # imm = 0x8000000000000000
xorq %rcx, %rax
movq %rax, %xmm0
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0x1c72f
movsd -0x48(%rbp), %xmm0
movq %xmm0, %rax
movabsq $-0x8000000000000000, %rcx # imm = 0x8000000000000000
xorq %rcx, %rax
movq %rax, %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd %xmm0, 0x60(%rax)
jmp 0x1c731
jmp 0x1c733
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x58(%rax), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x58(%rax), %xmm2
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x60(%rax), %xmm1
movq -0x28(%rbp), %rax
mulsd 0x60(%rax), %xmm1
movq %xmm1, %rax
movabsq $-0x8000000000000000, %rcx # imm = 0x8000000000000000
xorq %rcx, %rax
movq %rax, %xmm1
mulsd %xmm2, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
callq 0x1220
movsd %xmm0, -0x50(%rbp)
cmpq $0x0, -0x18(%rbp)
je 0x1c8e9
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x38(%rax)
jl 0x1c8e9
movq -0x18(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movslq 0x38(%rcx), %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm0
callq 0x1100
movsd %xmm0, -0x58(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movslq 0x38(%rcx), %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm0
callq 0x11c0
movsd %xmm0, -0x60(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x60(%rax), %xmm0
movsd -0x58(%rbp), %xmm2
movsd -0x50(%rbp), %xmm1
mulsd -0x60(%rbp), %xmm1
movq %xmm1, %rax
movabsq $-0x8000000000000000, %rcx # imm = 0x8000000000000000
xorq %rcx, %rax
movq %rax, %xmm1
mulsd %xmm2, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd %xmm0, 0x60(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x58(%rax), %xmm0
movss -0x20(%rbp), %xmm1
cvtss2sd %xmm1, %xmm1
mulsd %xmm1, %xmm0
movsd %xmm0, -0x68(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x60(%rax), %xmm0
ucomisd -0x68(%rbp), %xmm0
jbe 0x1c84a
movsd -0x68(%rbp), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd %xmm0, 0x60(%rax)
jmp 0x1c89c
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x60(%rax), %xmm1
movsd -0x68(%rbp), %xmm0
movq %xmm0, %rax
movabsq $-0x8000000000000000, %rcx # imm = 0x8000000000000000
xorq %rcx, %rax
movq %rax, %xmm0
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0x1c89a
movsd -0x68(%rbp), %xmm0
movq %xmm0, %rax
movabsq $-0x8000000000000000, %rcx # imm = 0x8000000000000000
xorq %rcx, %rax
movq %rax, %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd %xmm0, 0x60(%rax)
jmp 0x1c89c
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x58(%rax), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x58(%rax), %xmm2
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x60(%rax), %xmm1
movq -0x28(%rbp), %rax
mulsd 0x60(%rax), %xmm1
movq %xmm1, %rax
movabsq $-0x8000000000000000, %rcx # imm = 0x8000000000000000
xorq %rcx, %rax
movq %rax, %xmm1
mulsd %xmm2, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
callq 0x1220
movsd %xmm0, -0x50(%rbp)
cmpq $0x0, -0x18(%rbp)
je 0x1c9a4
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x3c(%rax)
jl 0x1c9a4
movq -0x18(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movslq 0x3c(%rcx), %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
addsd 0x68(%rax), %xmm0
movsd %xmm0, 0x68(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x68(%rax), %xmm0
movss 0x6eebe(%rip), %xmm1    # 0x8b7f0
cvtss2sd %xmm1, %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0x1c95c
movss 0x6eeac(%rip), %xmm0    # 0x8b7f0
cvtss2sd %xmm0, %xmm1
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x68(%rax), %xmm0
subsd %xmm1, %xmm0
movsd %xmm0, 0x68(%rax)
jmp 0x1c921
jmp 0x1c95e
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x68(%rax), %xmm1
movss 0x6ee81(%rip), %xmm0    # 0x8b7f0
movd %xmm0, %eax
xorl $0x80000000, %eax       # imm = 0x80000000
movd %eax, %xmm0
cvtss2sd %xmm0, %xmm0
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0x1c9a2
movss 0x6ee62(%rip), %xmm0    # 0x8b7f0
cvtss2sd %xmm0, %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
addsd 0x68(%rax), %xmm0
movsd %xmm0, 0x68(%rax)
jmp 0x1c95e
jmp 0x1c9a4
movsd -0x50(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, -0xa8(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x68(%rax), %xmm0
callq 0x1100
movaps %xmm0, %xmm1
movsd -0xa8(%rbp), %xmm0
mulsd %xmm1, %xmm0
movsd %xmm0, -0x70(%rbp)
movsd -0x50(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, -0xa0(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x68(%rax), %xmm0
callq 0x11c0
movaps %xmm0, %xmm1
movsd -0xa0(%rbp), %xmm0
mulsd %xmm1, %xmm0
movsd %xmm0, -0x78(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x60(%rax), %xmm0
movq %xmm0, %rax
movabsq $-0x8000000000000000, %rcx # imm = 0x8000000000000000
xorq %rcx, %rax
movq %rax, %xmm0
movsd %xmm0, -0x80(%rbp)
movl $0x0, -0x38(%rbp)
cmpl $0x3, -0x38(%rbp)
jge 0x1cad7
movsd -0x80(%rbp), %xmm1
movq -0x30(%rbp), %rax
movslq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0xa8(%rax,%rcx,8), %xmm2
movsd -0x70(%rbp), %xmm0
movq -0x30(%rbp), %rax
movslq -0x38(%rbp), %rcx
mulsd 0x90(%rax,%rcx,8), %xmm0
mulsd %xmm2, %xmm1
addsd %xmm0, %xmm1
movsd -0x78(%rbp), %xmm0
movq -0x30(%rbp), %rax
movslq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x78(%rax,%rcx,8), %xmm2
mulsd %xmm2, %xmm0
addsd %xmm1, %xmm0
movsd %xmm0, -0x88(%rbp)
movsd -0x88(%rbp), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x38(%rbp), %rcx
movsd %xmm0, 0x40(%rax,%rcx,8)
movq -0x30(%rbp), %rax
movslq -0x38(%rbp), %rcx
movsd 0x8(%rax,%rcx,8), %xmm0
addsd -0x88(%rbp), %xmm0
movq -0x28(%rbp), %rax
movslq -0x38(%rbp), %rcx
movsd %xmm0, 0x8(%rax,%rcx,8)
movl -0x38(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x38(%rbp)
jmp 0x1ca2e
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x8(%rax), %xmm0
ucomisd %xmm0, %xmm0
setp %al
testb $0x1, %al
jne 0x1cb18
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x10(%rax), %xmm0
ucomisd %xmm0, %xmm0
setp %al
testb $0x1, %al
jne 0x1cb18
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x18(%rax), %xmm0
ucomisd %xmm0, %xmm0
setp %al
testb $0x1, %al
jne 0x1cb18
jmp 0x1cd4f
movq -0x28(%rbp), %rax
movq (%rax), %rsi
addq $0x18, %rsi
movl -0x34(%rbp), %edx
leaq 0x5f087(%rip), %rdi     # 0x7bbb4
movb $0x0, %al
callq 0x10d0
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x34(%rax), %esi
leaq 0x5f088(%rip), %rdi     # 0x7bbca
movb $0x0, %al
callq 0x10d0
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x34(%rax)
jl 0x1cb72
movq -0x18(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movslq 0x34(%rcx), %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm0
leaq 0x5fd6c(%rip), %rdi     # 0x7c8d7
movb $0x1, %al
callq 0x10d0
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x38(%rax), %esi
leaq 0x5f053(%rip), %rdi     # 0x7bbd3
movb $0x0, %al
callq 0x10d0
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x38(%rax)
jl 0x1cbd9
movq -0x18(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movslq 0x38(%rcx), %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm0
movsd %xmm0, -0xb0(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movslq 0x38(%rcx), %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm0
callq 0x1100
movaps %xmm0, %xmm1
movsd -0xb0(%rbp), %xmm0
leaq 0x5f00e(%rip), %rdi     # 0x7bbe0
movb $0x2, %al
callq 0x10d0
movq -0x28(%rbp), %rax
movl 0x3c(%rax), %esi
leaq 0x5f008(%rip), %rdi     # 0x7bbef
movb $0x0, %al
callq 0x10d0
movq -0x28(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x3c(%rax)
jl 0x1cc17
movq -0x18(%rbp), %rax
movq -0x28(%rbp), %rcx
movslq 0x3c(%rcx), %rcx
movsd (%rax,%rcx,8), %xmm0
leaq 0x5f018(%rip), %rdi     # 0x7bc28
movb $0x1, %al
callq 0x10d0
leaq 0x6145a(%rip), %rdi     # 0x7e078
movb $0x0, %al
callq 0x10d0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x58(%rax), %xmm0
leaq 0x5efc9(%rip), %rdi     # 0x7bbfe
movb $0x1, %al
callq 0x10d0
movq -0x28(%rbp), %rax
movsd 0x60(%rax), %xmm0
leaq 0x5efba(%rip), %rdi     # 0x7bc06
movb $0x1, %al
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