// File: chhylp123[P]hifiasm/hic.cpp
// Function: init_min_cut_t(min_cut_t*, hc_links*, bubble_type const*, ma_ug_t const*)
void init_min_cut_t(min_cut_t* x, hc_links* link, const bubble_type* bub, const ma_ug_t *ug)
{
    uint64_t utg_num = link->a.n, i, k, u, v;
    x->n = utg_num;
    x->n_e = x->c_e = 0;

    kv_malloc(x->rGraphSet, utg_num); x->rGraphSet.n = utg_num;
    ///must utg_num<<1)
    kv_malloc(x->rGraphVis, utg_num); x->rGraphVis.n = utg_num;
    kv_malloc(x->utgVis, utg_num); x->utgVis.n = utg_num;
    kv_malloc(x->bmerVis, utg_num); x->bmerVis.n = utg_num;
    kv_malloc(x->order, utg_num); x->order.n = utg_num;
    kv_malloc(x->parent, utg_num); x->parent.n = utg_num;
    kv_malloc(x->p_weight, utg_num); x->p_weight.n = utg_num;
    ///uresolved BUGs, if use kv_resize segfault; if use kv_malloc, work?????
    kv_malloc(x->rGraph, utg_num); x->rGraph.n = utg_num;
    // kv_init(x->rGraph); kv_resize(hc_edge_warp, x->rGraph, utg_num); x->rGraph.n = utg_num;
    x->enzymes = link->enzymes.a;
    init_pdq(&(x->pq), utg_num<<1);

    //must be utg_num + 2 since we may need to add fake nodes
    for (i = 1; (uint64_t)(1<<i) < (utg_num + 2); i++);
    x->uID_mode = ((uint64_t)-1) >> (64-i); 
    x->uID_shift = i;
    for (i = 0; i < utg_num; i++)
    {
        ///x->order.a[i] = link->a.a[i].f.n;
        ///x->order.a[i] = ug->u.a[i].len;
        x->order.a[i] = x->enzymes[i];
        x->order.a[i] <<= x->uID_shift; 
        x->order.a[i] |= (uint64_t)(i & x->uID_mode);

        x->rGraphSet.a[i] = 0;
        x->rGraphVis.a[i] = 0;
        x->utgVis.a[i] = 0;
        x->bmerVis.a[i] = 0;
        x->parent.a[i] = (uint32_t)-1;
        
        ///uresolved BUGs, if use kv_resize segfault; if use kv_malloc, work?????
        // kv_init(x->rGraph.a[i]); kv_resize(hc_edge, x->rGraph.a[i], link->a.a[i].e.n);
        kv_malloc(x->rGraph.a[i], link->a.a[i].e.n); 
        x->rGraph.a[i].n = link->a.a[i].e.n;

        if(x->rGraph.a[i].n)
        {
            for (k = 0; k < x->rGraph.a[i].n; k++)
            {
                ///kv_push(hc_edge, x->rGraph.a[i], link->a.a[i].e.a[k]);
                x->rGraph.a[i].a[k] = link->a.a[i].e.a[k];
                x->n_e++;
                
                if((x->rGraph.a[i].a[k].weight == 0) || IF_HOM(x->rGraph.a[i].a[k].uID, *bub) 
                   || IF_HOM(i, *bub) || (x->rGraph.a[i].a[k].del))
                {
                    x->rGraph.a[i].a[k].del = 1;
                    x->n_e--;
                }
            }
        }
    }

    hc_edge *p = NULL;
    for (i = 0; i < utg_num; i++)
    {
        v = i;
        for (k = 0; k < link->a.a[v].f.n; k++)
        {
            if(link->a.a[v].f.a[k].del) continue;
            u = link->a.a[v].f.a[k].uID;


            p = get_rGraph_edge(x, v, u); 
            if(p)
            {
                p->del = 1;
                x->n_e--;
            }


            p = get_rGraph_edge(x, u, v);
            if(p)
            {
                p->del = 1;
                x->n_e--;
            } 
        }
    }

    x->q = kdq_init(uint64_t);
    radix_sort_hc64(x->order.a, x->order.a + x->order.n);

    x->b_mer = asm_opt.bub_mer_length;
    ///fprintf(stderr, "[M::%s]\n",  __func__);
    ///exit(0);
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x60, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq %rcx, -0x20(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x148(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, 0x168(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, 0x160(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, 0x98(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xa0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rdi
shlq $0x0, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xa8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x98(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, 0xb0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xb8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rdi
shlq $0x0, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xc0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xb0(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, 0xc8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xd0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rdi
shlq $0x0, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xd8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xc8(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, 0xe0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xe8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rdi
shlq $0x0, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xf0(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xe0(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, 0x18(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rdi
shlq $0x3, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, 0x100(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x108(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rdi
shlq $0x2, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x110(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x100(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, 0x118(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x120(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rdi
shlq $0x3, %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x128(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x118(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq $0x0, (%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
imulq $0x18, -0x28(%rbp), %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x130(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rdi
addq $0x30, %rdi
movq -0x28(%rbp), %rsi
shlq %rsi
callq 0x1cb9c0
movq $0x1, -0x30(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
movl %eax, %ecx
movl $0x1, %eax
shll %cl, %eax
cltq
movq -0x28(%rbp), %rcx
addq $0x2, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x1d657e
jmp 0x1d6570
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0x1d6552
movl $0x40, %ecx
subq -0x30(%rbp), %rcx
movq $-0x1, %rax
shrq %cl, %rax
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x138(%rax)
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x140(%rax)
movq $0x0, -0x30(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq -0x28(%rbp), %rax
jae 0x1d68dc
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x130(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x140(%rax), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rdx
movq %rdx, -0x58(%rbp)
movq (%rax,%rdx,8), %rdx
shlq %cl, %rdx
movq -0x58(%rbp), %rcx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x30(%rbp), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
andq 0x138(%rax), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
orq (%rax,%rcx,8), %rdx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0xa8(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movb $0x0, (%rax,%rcx)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movb $0x0, (%rax,%rcx)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0xd8(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movb $0x0, (%rax,%rcx)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0xf0(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movb $0x0, (%rax,%rcx)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x110(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movl $0xffffffff, (%rax,%rcx,4) # imm = 0xFFFFFFFF
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq $0x0, (%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x30(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x30(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
imulq $0x28, (%rax), %rdi
callq 0x2270
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x30(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq (%rax), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
cmpq $0x0, (%rax)
je 0x1d68c9
movq $0x0, -0x38(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpq (%rcx), %rax
jae 0x1d68c7
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x30(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
imulq $0x28, -0x38(%rbp), %rax
addq %rax, %rsi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
imulq $0x28, -0x38(%rbp), %rax
addq %rax, %rdi
movl $0x28, %edx
callq 0x2180
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x160(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x160(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x28, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movsd (%rax), %xmm0
xorps %xmm1, %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jne 0x1d67f1
jp 0x1d67f1
jmp 0x1d6876
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x28, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq 0x80(%rcx), %rcx
addq $0x1, %rcx
cmpq %rcx, %rax
ja 0x1d6876
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq 0x80(%rcx), %rcx
addq $0x1, %rcx
cmpq %rcx, %rax
ja 0x1d6876
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x28, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movb 0x18(%rax), %al
shrb $0x7, %al
cmpb $0x0, %al
je 0x1d68b4
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x18, -0x30(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x28, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movb 0x18(%rax), %cl
andb $0x7f, %cl
orb $-0x80, %cl
movb %cl, 0x18(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x160(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x160(%rax)
jmp 0x1d68b6
movq -0x38(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0x1d674c
jmp 0x1d68c9
jmp 0x1d68cb
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0x1d65b6
movq $0x0, -0x50(%rbp)
movq $0x0, -0x30(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
cmpq -0x28(%rbp), %rax
jae 0x1d6a20
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq $0x0, -0x38(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x48(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpq 0x18(%rcx), %rax
jae 0x1d6a0d
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x48(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
imulq $0x28, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movb 0x18(%rax), %al
shrb $0x7, %al
cmpb $0x0, %al
je 0x1d6953
jmp 0x1d69fc
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x48(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x28(%rax), %rax
imulq $0x28, -0x38(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rdi
movq -0x48(%rbp), %rsi
movq -0x40(%rbp), %rdx
callq 0x1d61d0
movq %rax, -0x50(%rbp)
cmpq $0x0, -0x50(%rbp)
je 0x1d69b8
movq -0x50(%rbp), %rax
movb 0x18(%rax), %cl
andb $0x7f, %cl
orb $-0x80, %cl
movb %cl, 0x18(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x160(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x160(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rdi
movq -0x40(%rbp), %rsi
movq -0x48(%rbp), %rdx
callq 0x1d61d0
movq %rax, -0x50(%rbp)
cmpq $0x0, -0x50(%rbp)
je 0x1d69fa
movq -0x50(%rbp), %rax
movb 0x18(%rax), %cl
andb $0x7f, %cl
orb $-0x80, %cl
movb %cl, 0x18(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x160(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x160(%rax)
jmp 0x1d69fc
movq -0x38(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0x1d690a
jmp 0x1d6a0f
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0x1d68ec
callq 0x1d6a80
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0xf8(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rsi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rax
shlq $0x3, %rax
addq %rax, %rsi
callq 0x1ba0f0
leaq 0x1edd9a(%rip), %rax    # 0x3c47f8
movl 0x90(%rax), %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x178(%rax)
addq $0x60, %rsp
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)