// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/jiqingxiaoxi[P]RPA/single.c
// Function: candidate_primer
void candidate_primer(char *seq,int flag[],FILE *Primer,FILE *Probe,int Num[],float deltah[],float deltas[],int length,double stackEntropies[],double stackEnthalpies[],double stackint2Entropies[],double stackint2Enthalpies[],double dangleEntropies3[],double dangleEnthalpies3[],double dangleEntropies5[],double dangleEnthalpies5[],double hairpinLoopEntropies[],double interiorLoopEntropies[],double bulgeLoopEntropies[],double hairpinLoopEnthalpies[],double interiorLoopEnthalpies[],double bulgeLoopEnthalpies[],double tstackEntropies[],double tstackEnthalpies[],double tstack2Entropies[],double tstack2Enthalpies[],char *triloopEntropies1,char *triloopEnthalpies1,char *tetraloopEntropies1,char *tetraloopEnthalpies1,double *triloopEntropies2,double *triloopEnthalpies2,double *tetraloopEntropies2,double *tetraloopEnthalpies2,int numTriloops,int numTetraloops,double atpS[],double atpH[])
{
	int i,circle,check,plus,minus;
	char primer[60],rev[60];
	double secondary;
	float GC_content,Tm,G_content;

//primers
	for(circle=0;circle<length;circle++)
	{
		for(i=30;i<=35;i++)  //read length is from 18 to 25
		{
			if(circle+i>length)
				continue;
			check=words(seq,circle,i);
			if(check==0)
                                break;
			memset(primer,'\0',60);
			generate(seq,primer,circle,i);
			check=check_long_ploy(primer,i);
                        if(check==0)
                                break;
			GC_content=gc(primer,i);
			if(GC_content<30||GC_content>70)
				continue;
			Tm=tm(primer,deltah,deltas,i);
			reverse(primer,rev,i);
			plus=1;
			minus=1;
		//	plus=dimer(primer,i); //hui wen
		//	minus=dimer(rev,i);
			if((flag[4]==0)&&plus)
			{
				secondary=thal(primer,primer,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,1);
				if(secondary>Tm-10)
					plus=0;
			}
			if((flag[4]==0)&&plus)
			{
				secondary=thal(primer,primer,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,2);
				if(secondary>Tm-20)
                                        plus=0;
			}
			if((flag[4]==0)&&plus)
			{
				secondary=thal(primer,primer,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,4);
				if(secondary>Tm-20)
                                        plus=0;
			}

			if((flag[4]==0)&&minus)
                        {
                                secondary=thal(rev,rev,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,1);
                                if(secondary>Tm-20)
                                        minus=0;
                        }
                        if((flag[4]==0)&&minus)
                        {
                                secondary=thal(rev,rev,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,2);
                                if(secondary>Tm-20)
                                        minus=0;
                        }
                        if((flag[4]==0)&&minus)
                        {
                                secondary=thal(rev,rev,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,4);
                                if(secondary>Tm-20)
                                        minus=0;
                        }
	
			if(plus+minus==0)
                                continue;
			fprintf(Primer,"pos:%d\tlength:%d\t+:%d\t-:%d\t%0.2f\n",circle,i,plus,minus,Tm);
			Num[0]++;
		}
		if(flag[3]==1)
			continue;

		for(i=1;i<=5;i++) //dis between two Ts
		{
			if(circle+44+i>length)
				break;
			check=words(seq,circle,(45+i));
			if(check==0)
				break;
			memset(primer,'\0',60);
		//probe length=45+i
			generate(seq,primer,circle,(45+i));
			check=check_long_ploy(primer,(45+i));
			if(check==0)
				break;
		//Probe-plus
	                if((seq[circle+30-1]=='T')&&(seq[circle+30+i]=='T'))
			{
				check=check_G_C_Count(primer,(45+i));
				if(check==1)
					Tm=tm(primer,deltah,deltas,(45+i));
				if((check==1)&&(flag[4]==0))
				{
					secondary=thal(primer,primer,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,1);
					if(secondary>Tm-20)
						check=0;
					else
					{
						secondary=thal(primer,primer,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,2);
						if(secondary>Tm-20)
							check=0;
						else
						{
							secondary=thal(primer,primer,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,4);
							if(secondary>Tm-20)
								check=0;
						}
					}
				}
				if(check==1)
				{
					G_content=GContent(primer,(45+i));
					fprintf(Probe,"pos:%d\tlength:%d\t+:1\t-:0\t%0.2f\t%0.2f\n",circle,(45+i),Tm,G_content);
					Num[1]++;
				}
			}
		//Probe-minus
			if((seq[circle+15-1]=='A')&&(seq[circle+15+i]=='A'))
			{
                        //probe length=45+i
				reverse(primer,rev,(45+i));
				check=check_G_C_Count(rev,(45+i));
				if(check==0)
					continue;
				Tm=tm(rev,deltah,deltas,(45+i));
	                        if(flag[4]==0)
				{
					secondary=thal(rev,rev,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,1);
					if(secondary>Tm-20)
						continue;
					secondary=thal(rev,rev,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,2);
					if(secondary>Tm-20)
						continue;
					secondary=thal(rev,rev,stackEntropies,stackEnthalpies,stackint2Entropies,stackint2Enthalpies,dangleEntropies3,dangleEnthalpies3,dangleEntropies5,dangleEnthalpies5,hairpinLoopEntropies,interiorLoopEntropies,bulgeLoopEntropies,hairpinLoopEnthalpies,interiorLoopEnthalpies,bulgeLoopEnthalpies,tstackEntropies,tstackEnthalpies,tstack2Entropies,tstack2Enthalpies,triloopEntropies1,triloopEnthalpies1,tetraloopEntropies1,tetraloopEnthalpies1,triloopEntropies2,triloopEnthalpies2,tetraloopEntropies2,tetraloopEnthalpies2,numTriloops,numTetraloops,atpS,atpH,4);
					if(secondary>Tm-20)
						continue;
				}
				G_content=GContent(rev,(45+i));
				fprintf(Probe,"pos:%d\tlength:%d\t+:0\t-:1\t%0.2f\t%0.2f\n",circle,(45+i),Tm,G_content);
				Num[1]++;
			}
		}
	}
	return;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x8d8, %rsp            # imm = 0x8D8
movq 0x108(%rbp), %rax
movq 0x100(%rbp), %rax
movl 0xf8(%rbp), %eax
movl 0xf0(%rbp), %eax
movq 0xe8(%rbp), %rax
movq 0xe0(%rbp), %rax
movq 0xd8(%rbp), %rax
movq 0xd0(%rbp), %rax
movq 0xc8(%rbp), %rax
movq 0xc0(%rbp), %rax
movq 0xb8(%rbp), %rax
movq 0xb0(%rbp), %rax
movq 0xa8(%rbp), %rax
movq 0xa0(%rbp), %rax
movq 0x98(%rbp), %rax
movq 0x90(%rbp), %rax
movq 0x88(%rbp), %rax
movq 0x80(%rbp), %rax
movq 0x78(%rbp), %rax
movq 0x70(%rbp), %rax
movq 0x68(%rbp), %rax
movq 0x60(%rbp), %rax
movq 0x58(%rbp), %rax
movq 0x50(%rbp), %rax
movq 0x48(%rbp), %rax
movq 0x40(%rbp), %rax
movq 0x38(%rbp), %rax
movq 0x30(%rbp), %rax
movq 0x28(%rbp), %rax
movq 0x20(%rbp), %rax
movl 0x18(%rbp), %eax
movq 0x10(%rbp), %rax
movq %rdi, -0x30(%rbp)
movq %rsi, -0x38(%rbp)
movq %rdx, -0x40(%rbp)
movq %rcx, -0x48(%rbp)
movq %r8, -0x50(%rbp)
movq %r9, -0x58(%rbp)
movl $0x0, -0x60(%rbp)
movl -0x60(%rbp), %eax
cmpl 0x18(%rbp), %eax
jge 0x114cf
movl $0x1e, -0x5c(%rbp)
cmpl $0x23, -0x5c(%rbp)
jg 0x10229
movl -0x60(%rbp), %eax
addl -0x5c(%rbp), %eax
cmpl 0x18(%rbp), %eax
jle 0xf063
jmp 0x1021b
movq -0x30(%rbp), %rdi
movl -0x60(%rbp), %esi
movl -0x5c(%rbp), %edx
callq 0xe960
movl %eax, -0x64(%rbp)
cmpl $0x0, -0x64(%rbp)
jne 0xf080
jmp 0x10229
leaq -0xb0(%rbp), %rdi
xorl %esi, %esi
movl $0x3c, %edx
callq 0x10e0
movq -0x30(%rbp), %rdi
leaq -0xb0(%rbp), %rsi
movl -0x60(%rbp), %edx
movl -0x5c(%rbp), %ecx
callq 0xe580
leaq -0xb0(%rbp), %rdi
movl -0x5c(%rbp), %esi
callq 0xea80
movl %eax, -0x64(%rbp)
cmpl $0x0, -0x64(%rbp)
jne 0xf0c6
jmp 0x10229
leaq -0xb0(%rbp), %rdi
movl -0x5c(%rbp), %esi
callq 0xe5e0
movss %xmm0, -0xfc(%rbp)
movss 0x408b(%rip), %xmm0     # 0x13170
ucomiss -0xfc(%rbp), %xmm0
ja 0xf103
movss -0xfc(%rbp), %xmm0
movss 0x4076(%rip), %xmm1     # 0x13174
ucomiss %xmm1, %xmm0
jbe 0xf108
jmp 0x1021b
leaq -0xb0(%rbp), %rdi
movq -0x58(%rbp), %rsi
movq 0x10(%rbp), %rdx
movl -0x5c(%rbp), %ecx
callq 0xe6d0
movss %xmm0, -0x100(%rbp)
leaq -0xb0(%rbp), %rdi
leaq -0xf0(%rbp), %rsi
movl -0x5c(%rbp), %edx
callq 0xe9c0
movl $0x1, -0x68(%rbp)
movl $0x1, -0x6c(%rbp)
movq -0x38(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x10(%rax)
jne 0xf40d
cmpl $0x0, -0x68(%rbp)
je 0xf40d
leaq -0xb0(%rbp), %rdi
leaq -0xb0(%rbp), %rsi
movq 0x20(%rbp), %rdx
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x30(%rbp), %r8
movq 0x38(%rbp), %r9
movq 0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x1a0(%rbp)
movq 0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x198(%rbp)
movq 0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x190(%rbp)
movq 0x58(%rbp), %rax
movq %rax, -0x188(%rbp)
movq 0x60(%rbp), %rax
movq %rax, -0x180(%rbp)
movq 0x68(%rbp), %rax
movq %rax, -0x178(%rbp)
movq 0x70(%rbp), %rax
movq %rax, -0x170(%rbp)
movq 0x78(%rbp), %rax
movq %rax, -0x168(%rbp)
movq 0x80(%rbp), %rax
movq %rax, -0x160(%rbp)
movq 0x88(%rbp), %rax
movq %rax, -0x158(%rbp)
movq 0x90(%rbp), %rax
movq %rax, -0x150(%rbp)
movq 0x98(%rbp), %rax
movq %rax, -0x148(%rbp)
movq 0xa0(%rbp), %rax
movq %rax, -0x140(%rbp)
movq 0xa8(%rbp), %rax
movq %rax, -0x138(%rbp)
movq 0xb0(%rbp), %rax
movq %rax, -0x130(%rbp)
movq 0xb8(%rbp), %rax
movq %rax, -0x128(%rbp)
movq 0xc0(%rbp), %rax
movq %rax, -0x120(%rbp)
movq 0xc8(%rbp), %rax
movq %rax, -0x118(%rbp)
movq 0xd0(%rbp), %r13
movq 0xd8(%rbp), %r12
movq 0xe0(%rbp), %r15
movq 0xe8(%rbp), %r14
movl 0xf0(%rbp), %ebx
movl 0xf8(%rbp), %r11d
movq 0x100(%rbp), %r10
movq 0x108(%rbp), %rax
movq %rax, -0x110(%rbp)
movq -0x1a0(%rbp), %rax
movq %rax, (%rsp)
movq -0x198(%rbp), %rax
movq %rax, 0x8(%rsp)
movq -0x190(%rbp), %rax
movq %rax, 0x10(%rsp)
movq -0x188(%rbp), %rax
movq %rax, 0x18(%rsp)
movq -0x180(%rbp), %rax
movq %rax, 0x20(%rsp)
movq -0x178(%rbp), %rax
movq %rax, 0x28(%rsp)
movq -0x170(%rbp), %rax
movq %rax, 0x30(%rsp)
movq -0x168(%rbp), %rax
movq %rax, 0x38(%rsp)
movq -0x160(%rbp), %rax
movq %rax, 0x40(%rsp)
movq -0x158(%rbp), %rax
movq %rax, 0x48(%rsp)
movq -0x150(%rbp), %rax
movq %rax, 0x50(%rsp)
movq -0x148(%rbp), %rax
movq %rax, 0x58(%rsp)
movq -0x140(%rbp), %rax
movq %rax, 0x60(%rsp)
movq -0x138(%rbp), %rax
movq %rax, 0x68(%rsp)
movq -0x130(%rbp), %rax
movq %rax, 0x70(%rsp)
movq -0x128(%rbp), %rax
movq %rax, 0x78(%rsp)
movq -0x120(%rbp), %rax
movq %rax, 0x80(%rsp)
movq -0x118(%rbp), %rax
movq %rax, 0x88(%rsp)
movq -0x110(%rbp), %rax
movq %r13, 0x90(%rsp)
movq %r12, 0x98(%rsp)
movq %r15, 0xa0(%rsp)
movq %r14, 0xa8(%rsp)
movl %ebx, 0xb0(%rsp)
movl %r11d, 0xb8(%rsp)
movq %r10, 0xc0(%rsp)
movq %rax, 0xc8(%rsp)
movl $0x1, 0xd0(%rsp)
callq 0xcf90
movsd %xmm0, -0xf8(%rbp)
movsd -0xf8(%rbp), %xmm0
movss -0x100(%rbp), %xmm1
movss 0x3d82(%rip), %xmm2     # 0x13178
subss %xmm2, %xmm1
cvtss2sd %xmm1, %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jbe 0xf40b
movl $0x0, -0x68(%rbp)
jmp 0xf40d
movq -0x38(%rbp), %rax
cmpl $0x0, 0x10(%rax)
jne 0xf6cf
cmpl $0x0, -0x68(%rbp)
je 0xf6cf
leaq -0xb0(%rbp), %rdi
leaq -0xb0(%rbp), %rsi
movq 0x20(%rbp), %rdx
movq 0x28(%rbp), %rcx
movq 0x30(%rbp), %r8
movq 0x38(%rbp), %r9
movq 0x40(%rbp), %rax
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jne 0x10bc1
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jne 0x1033f
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addl $0xf, %ecx
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jne 0x10c34
jmp 0x114b1
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addl $0x2d, %ecx
callq 0xe6d0
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jne 0x11455
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