// File: chhylp123[P]hifiasm/rcut.cpp
// Function: mc_solve_cc_adv(mc_opt_t const*, mc_g_t const*, mc_svaux_t*, unsigned int, unsigned int, mc_clus_t*)
uint32_t mc_solve_cc_adv(const mc_opt_t *opt, const mc_g_t *mg, mc_svaux_t *b, uint32_t cc_off, uint32_t cc_size, mc_clus_t *bc)
{
	uint32_t j, k, n_iter = 0, flush = opt->max_iter * 50, n_skip, n_skip_flush = opt->n_perturb/16;
	t_w_t sc_opt = -(1<<30), sc;///problem-w
	b->cc_off = cc_off, b->cc_size = cc_size;
	if (b->cc_size < 2) return 0;
	sc_opt = mc_init_spin(mg->e, b);
	// print_sc(opt, mg, b, sc_opt, n_iter);
	if (b->cc_size == 2) return 0;
	for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {///backup s and z in s_opt and z_opt
		b->s_opt[b->cc_node[j]] = b->s[b->cc_node[j]]; ///hap status of each unitig
		b->z_opt[b->cc_node[j]] = b->z[b->cc_node[j]]; ///z[0]: positive weight; z[1]: positive weight
	}
	// renew_mc_clus_t(bc, b->cc_node, b->cc_size);
	renew_mc_clus_t_adv(bc, b->cc_node, b->cc_size);
	// fprintf(stderr, "\ncc_size: %u, cc_off: %u\n", b->cc_size, b->cc_off);
	// print_sc(opt, mg->e, b, sc_opt, n_iter);
	sc = mc_optimize_local(opt, mg->e, b, &n_iter);
	if (sc > sc_opt) {
		for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
			b->s_opt[b->cc_node[j]] = b->s[b->cc_node[j]];
			b->z_opt[b->cc_node[j]] = b->z[b->cc_node[j]];
		}
		sc_opt = sc;
	} else {
		for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
			b->s[b->cc_node[j]] = b->s_opt[b->cc_node[j]];
			b->z[b->cc_node[j]] = b->z_opt[b->cc_node[j]];
		}
	}
    // print_mc_node(mg->e, b, 36880);
	// print_sc(opt, mg, b, sc_opt, n_iter);
	// mc_reset_z_debug(mg->e, b);
	// print_sc(opt, mg->e, b, sc_opt, n_iter);
	// fprintf(stderr, "\ncc_size: %u, cc_off: %u\n", b->cc_size, b->cc_off);
	
	if(bc) {
		sc = mc_clus_cc(bc);
		if (sc > sc_opt) {
			for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
				b->s_opt[b->cc_node[j]] = b->s[b->cc_node[j]];
				b->z_opt[b->cc_node[j]] = b->z[b->cc_node[j]];
			}
			sc_opt = sc;
		} else {
			for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
				b->s[b->cc_node[j]] = b->s_opt[b->cc_node[j]];
				b->z[b->cc_node[j]] = b->z_opt[b->cc_node[j]];
			}
		}
	}
	
	for (k = n_skip = 0; k < (uint32_t)opt->n_perturb; ++k) {
		if (k&1) mc_perturb(opt, mg->e, b);
		else mc_perturb_node(opt, mg->e, b, 3);
		sc = mc_optimize_local(opt, mg->e, b, &n_iter);
		// if((k%256) == 0) fprintf(stderr, "(%u) sc_opt::%f, sc::%f, flush::%u, n_iter::%u\n", k, sc_opt, sc, flush, n_iter);
		if (sc > sc_opt) {
			for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
				b->s_opt[b->cc_node[j]] = b->s[b->cc_node[j]];
				b->z_opt[b->cc_node[j]] = b->z[b->cc_node[j]];
			}
			sc_opt = sc; n_skip = 0;
			// print_sc(opt, mg, b, sc_opt, n_iter);
		} else {
			for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
				b->s[b->cc_node[j]] = b->s_opt[b->cc_node[j]];
				b->z[b->cc_node[j]] = b->z_opt[b->cc_node[j]];
			}
			n_skip++;
		}
		if(n_skip >= n_skip_flush && bc) {
			sc = mc_clus_cc(bc);
			if (sc > sc_opt) {
				for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
					b->s_opt[b->cc_node[j]] = b->s[b->cc_node[j]];
					b->z_opt[b->cc_node[j]] = b->z[b->cc_node[j]];
				}
				sc_opt = sc;
			} else {
				for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
					b->s[b->cc_node[j]] = b->s_opt[b->cc_node[j]];
					b->z[b->cc_node[j]] = b->z_opt[b->cc_node[j]];
				}
			}
			n_skip = 0;
		}

		if((n_iter%flush) == 0) {
			mc_reset_z(mg->e, b);
			sc = mc_score(mg->e, b);

			for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
				b->z_opt[b->cc_node[j]] = b->z[b->cc_node[j]];
			}
			sc_opt = sc;
		}
	}
	if(bc) {
		sc = mc_clus_cc(bc);
		if (sc > sc_opt) {
			for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
				b->s_opt[b->cc_node[j]] = b->s[b->cc_node[j]];
				b->z_opt[b->cc_node[j]] = b->z[b->cc_node[j]];
			}
			sc_opt = sc;
		} else {
			for (j = 0; j < b->cc_size; ++j) {
				b->s[b->cc_node[j]] = b->s_opt[b->cc_node[j]];
				b->z[b->cc_node[j]] = b->z_opt[b->cc_node[j]];
			}
		}
	}

	// if(bc) {
	// 	bc->dbg = 1;
	// 	mc_clus_cc(bc);
	// 	bc->dbg = 0;
	// }

	for (j = 0; j < b->cc_size; ++j)
	{
		b->s[b->cc_node[j]] = b->s_opt[b->cc_node[j]];
		b->z[b->cc_node[j]] = b->z_opt[b->cc_node[j]];
	}
	// exit(1);
	return n_iter;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x60, %rsp
movq %rdi, -0x10(%rbp)
movq %rsi, -0x18(%rbp)
movq %rdx, -0x20(%rbp)
movl %ecx, -0x24(%rbp)
movl %r8d, -0x28(%rbp)
movq %r9, -0x30(%rbp)
movl $0x0, -0x3c(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
imull $0x32, (%rax), %eax
movl %eax, -0x40(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movl 0x4(%rax), %eax
movl $0x10, %ecx
cltd
idivl %ecx
movl %eax, -0x48(%rbp)
movsd 0x16acce(%rip), %xmm0   # 0x38d8c8
movsd %xmm0, -0x50(%rbp)
movl -0x24(%rbp), %ecx
movq -0x20(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x8(%rax)
movl -0x28(%rbp), %ecx
movq -0x20(%rbp), %rax
movl %ecx, 0xc(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
cmpl $0x2, 0xc(%rax)
jae 0x222c29
movl $0x0, -0x4(%rbp)
jmp 0x22364a
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rsi
callq 0x21ca90
movsd %xmm0, -0x50(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
cmpl $0x2, 0xc(%rax)
jne 0x222c55
movl $0x0, -0x4(%rbp)
jmp 0x22364a
movl $0x0, -0x34(%rbp)
movl -0x34(%rbp), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpl 0xc(%rcx), %eax
jae 0x222cf4
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rcx,%rdx,4), %ecx
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rcx,%rsi,4), %ecx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rax,%rdx,4), %eax
shlq $0x4, %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq 0x28(%rdx), %rdx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rdx,%rsi,4), %edx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rax
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, (%rax)
movq 0x8(%rcx), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movl -0x34(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x34(%rbp)
jmp 0x222c5c
movq -0x30(%rbp), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rsi
movq -0x20(%rbp), %rax
movl 0xc(%rax), %edx
callq 0x220430
movq -0x10(%rbp), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rsi
movq -0x20(%rbp), %rdx
leaq -0x3c(%rbp), %rcx
callq 0x21eeb0
movsd %xmm0, -0x58(%rbp)
movsd -0x58(%rbp), %xmm0
ucomisd -0x50(%rbp), %xmm0
jbe 0x222de8
movl $0x0, -0x34(%rbp)
movl -0x34(%rbp), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpl 0xc(%rcx), %eax
jae 0x222dd9
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rcx,%rdx,4), %ecx
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rcx,%rsi,4), %ecx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rax,%rdx,4), %eax
shlq $0x4, %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq 0x28(%rdx), %rdx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rdx,%rsi,4), %edx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rax
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, (%rax)
movq 0x8(%rcx), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movl -0x34(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x34(%rbp)
jmp 0x222d41
movsd -0x58(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, -0x50(%rbp)
jmp 0x222e89
movl $0x0, -0x34(%rbp)
movl -0x34(%rbp), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpl 0xc(%rcx), %eax
jae 0x222e87
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rcx,%rdx,4), %ecx
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rcx,%rsi,4), %ecx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rax,%rdx,4), %eax
shlq $0x4, %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq 0x28(%rdx), %rdx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rdx,%rsi,4), %edx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rax
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, (%rax)
movq 0x8(%rcx), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movl -0x34(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x34(%rbp)
jmp 0x222def
jmp 0x222e89
cmpq $0x0, -0x30(%rbp)
je 0x223003
movq -0x30(%rbp), %rdi
callq 0x222b20
movsd %xmm0, -0x58(%rbp)
movsd -0x58(%rbp), %xmm0
ucomisd -0x50(%rbp), %xmm0
jbe 0x222f60
movl $0x0, -0x34(%rbp)
movl -0x34(%rbp), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpl 0xc(%rcx), %eax
jae 0x222f51
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rcx,%rdx,4), %ecx
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rcx,%rsi,4), %ecx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rax,%rdx,4), %eax
shlq $0x4, %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq 0x28(%rdx), %rdx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rdx,%rsi,4), %edx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rax
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, (%rax)
movq 0x8(%rcx), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movl -0x34(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x34(%rbp)
jmp 0x222eb9
movsd -0x58(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, -0x50(%rbp)
jmp 0x223001
movl $0x0, -0x34(%rbp)
movl -0x34(%rbp), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpl 0xc(%rcx), %eax
jae 0x222fff
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rcx,%rdx,4), %ecx
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rcx,%rsi,4), %ecx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rax,%rdx,4), %eax
shlq $0x4, %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq 0x28(%rdx), %rdx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rdx,%rsi,4), %edx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rax
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, (%rax)
movq 0x8(%rcx), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movl -0x34(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x34(%rbp)
jmp 0x222f67
jmp 0x223001
jmp 0x223003
movl $0x0, -0x44(%rbp)
movl $0x0, -0x38(%rbp)
movl -0x38(%rbp), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpl 0x4(%rcx), %eax
jae 0x22342b
movl -0x38(%rbp), %eax
andl $0x1, %eax
cmpl $0x0, %eax
je 0x223043
movq -0x10(%rbp), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rsi
movq -0x20(%rbp), %rdx
callq 0x21f020
jmp 0x22305d
movq -0x10(%rbp), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rsi
movq -0x20(%rbp), %rdx
movl $0x3, %ecx
callq 0x21f0c0
movq -0x10(%rbp), %rdi
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rsi
movq -0x20(%rbp), %rdx
leaq -0x3c(%rbp), %rcx
callq 0x21eeb0
movsd %xmm0, -0x58(%rbp)
movsd -0x58(%rbp), %xmm0
ucomisd -0x50(%rbp), %xmm0
jbe 0x223140
movl $0x0, -0x34(%rbp)
movl -0x34(%rbp), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpl 0xc(%rcx), %eax
jae 0x22312a
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rcx,%rdx,4), %ecx
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rcx,%rsi,4), %ecx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rax,%rdx,4), %eax
shlq $0x4, %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq 0x28(%rdx), %rdx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rdx,%rsi,4), %edx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rax
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, (%rax)
movq 0x8(%rcx), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movl -0x34(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x34(%rbp)
jmp 0x223092
movsd -0x58(%rbp), %xmm0
movsd %xmm0, -0x50(%rbp)
movl $0x0, -0x44(%rbp)
jmp 0x2231e8
movl $0x0, -0x34(%rbp)
movl -0x34(%rbp), %eax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpl 0xc(%rcx), %eax
jae 0x2231df
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x58(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rcx,%rdx,4), %ecx
movb (%rax,%rcx), %dl
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x50(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq 0x28(%rcx), %rcx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rcx,%rsi,4), %ecx
movb %dl, (%rax,%rcx)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x48(%rax), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movl -0x34(%rbp), %edx
movl (%rax,%rdx,4), %eax
shlq $0x4, %rax
addq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x40(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rdx
movq 0x28(%rdx), %rdx
movl -0x34(%rbp), %esi
movl (%rdx,%rsi,4), %edx
shlq $0x4, %rdx
addq %rdx, %rax
movq (%rcx), %rdx
movq %rdx, (%rax)
movq 0x8(%rcx), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movl -0x34(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x34(%rbp)
jmp 0x223147
movl -0x44(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x44(%rbp)
movl -0x44(%rbp), %eax
cmpl -0x48(%rbp), %eax
jb 0x223373
cmpq $0x0, -0x30(%rbp)
je 0x223373
movq -0x30(%rbp), %rdi
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