// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/ToniWestbrook[P]paladin/bwa.c
// Function: bwa_mem2idx
int bwa_mem2idx(int64_t l_mem, uint8_t *mem, bwaidx_t *idx)
{
	int64_t k = 0, x;
	int i;

	// generate idx->bwt
	x = sizeof(bwt_t); idx->bwt = malloc(x); memcpy(idx->bwt, mem + k, x); k += x;
	x = idx->bwt->bwt_size * 4; idx->bwt->bwt = (uint32_t*)(mem + k); k += x;
	x = idx->bwt->n_sa * sizeof(bwtint_t); idx->bwt->sa = (bwtint_t*)(mem + k); k += x;

	// generate idx->bns and idx->pac
	x = sizeof(bntseq_t); idx->bns = malloc(x); memcpy(idx->bns, mem + k, x); k += x;
	x = idx->bns->n_holes * sizeof(bntamb1_t); idx->bns->ambs = (bntamb1_t*)(mem + k); k += x;
	x = idx->bns->n_seqs  * sizeof(bntann1_t); idx->bns->anns = malloc(x); memcpy(idx->bns->anns, mem + k, x); k += x;
	for (i = 0; i < idx->bns->n_seqs; ++i) {
		idx->bns->anns[i].name = (char*)(mem + k); k += strlen(idx->bns->anns[i].name) + 1;
		idx->bns->anns[i].anno = (char*)(mem + k); k += strlen(idx->bns->anns[i].anno) + 1;
	}
	//idx->pac = (uint8_t*)(mem + k); k += idx->bns->l_pac/4+1;
	idx->pac = (uint8_t*)(mem + k); k += idx->bns->l_pac+1;
	assert(k == l_mem);

	idx->l_mem = k; idx->mem = mem;
	return 0;
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x30, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq $0x0, -0x20(%rbp)
movq $0x140, -0x28(%rbp)     # imm = 0x140
movq -0x28(%rbp), %rdi
leaq 0x20286(%rip), %rsi     # 0x3a3c5
movl $0x13e, %edx            # imm = 0x13E
leaq 0x2037c(%rip), %rcx     # 0x3a4c7
callq 0x31ca0
movq %rax, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rsi
addq -0x20(%rbp), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rdx
callq 0x3250
movq -0x28(%rbp), %rax
addq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x118(%rax), %rax
shlq $0x2, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rcx
addq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rcx, 0x120(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
addq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x130(%rax), %rax
shlq $0x3, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rcx
addq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rcx, 0x138(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
addq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq $0x30, -0x28(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rdi
leaq 0x201c4(%rip), %rsi     # 0x3a3c5
movl $0x143, %edx            # imm = 0x143
leaq 0x202ba(%rip), %rcx     # 0x3a4c7
callq 0x31ca0
movq %rax, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rsi
addq -0x20(%rbp), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rdx
callq 0x3250
movq -0x28(%rbp), %rax
addq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movslq 0x18(%rax), %rax
shlq $0x4, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rcx
addq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
addq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movslq 0x8(%rax), %rax
imulq $0x28, %rax, %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
movq -0x28(%rbp), %rdi
leaq 0x20130(%rip), %rsi     # 0x3a3c5
movl $0x145, %edx            # imm = 0x145
leaq 0x20226(%rip), %rcx     # 0x3a4c7
callq 0x31ca0
movq %rax, %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rsi
addq -0x20(%rbp), %rsi
movq -0x28(%rbp), %rdx
callq 0x3250
movq -0x28(%rbp), %rax
addq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movl $0x0, -0x2c(%rbp)
movl -0x2c(%rbp), %eax
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq 0x8(%rcx), %rcx
cmpl 0x8(%rcx), %eax
jge 0x1a3a5
movq -0x10(%rbp), %rcx
addq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x28, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x18(%rax), %rdi
callq 0x30f0
addq $0x1, %rax
addq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rcx
addq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rdx
imulq $0x28, %rdx, %rdx
addq %rdx, %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movslq -0x2c(%rbp), %rcx
imulq $0x28, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq 0x20(%rax), %rdi
callq 0x30f0
addq $0x1, %rax
addq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movl -0x2c(%rbp), %eax
addl $0x1, %eax
movl %eax, -0x2c(%rbp)
jmp 0x1a2e5
movq -0x10(%rbp), %rcx
addq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq (%rax), %rax
addq $0x1, %rax
addq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
cmpq -0x8(%rbp), %rax
jne 0x1a3d8
jmp 0x1a3f7
leaq 0x200f4(%rip), %rdi     # 0x3a4d3
leaq 0x1ffdf(%rip), %rsi     # 0x3a3c5
movl $0x14c, %edx            # imm = 0x14C
leaq 0x200ec(%rip), %rcx     # 0x3a4de
callq 0x3190
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq -0x18(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
xorl %eax, %eax
addq $0x30, %rsp
popq %rbp
retq
nopw (%rax,%rax)