// File: chhylp123[P]hifiasm/hic.cpp
// Function: clean_trans_ovlp(bubble_type*, kv_u_trans_t*, kv_u_trans_t*, asg64_v*, ma_ug_t*)
void clean_trans_ovlp(bubble_type *bub, kv_u_trans_t *des, kv_u_trans_t *src, asg64_v *srt, ma_ug_t *ug)
{
    uint64_t k, st, i, m = 0, ncut; 
    for (k = des->n = 0; k < src->n; k++) {
        if(IF_HOM(src->a[k].qn, (*bub))) continue;
        if(IF_HOM(src->a[k].tn, (*bub))) continue;
        kv_push(u_trans_t, *des, src->a[k]);
    }

    kv_resize(uint64_t, des->idx, src->idx.n); des->idx.n = src->idx.n;
    memset(des->idx.a, 0, des->idx.n*sizeof((*(des->idx.a))));
    for (st = 0, i = 1; i <= des->n; ++i) {
        if (i == des->n || des->a[i].qn != des->a[st].qn) {
            des->idx.a[des->a[st].qn] = (((uint64_t)st)<<32)|(i-st); m++;
            st = i;
        }
    }
    
    if(srt && m) {
        ncut = 0; kv_resize(uint64_t, *srt, m);
        for (k = srt->n = 0; k < des->idx.n; k++) {
            if(!((uint32_t)(des->idx.a[k]))) continue;
            m = cal_ave_ovlp(des->a+(des->idx.a[k]>>32), ((uint32_t)(des->idx.a[k])), 0.9); 
            m = ((uint64_t)-1)-m; m <<= 32; m += k;
            kv_push(uint64_t, *srt, m);
        }
        radix_sort_b64(srt->a, srt->a + srt->n);
        for (k = 0; k < srt->n; k++) {
            ncut += trans_sec_cut0(des, srt, (uint32_t)(srt->a[k]), 0.2, 256, ug);
        }

        if(ncut) {///renew idx
            for (i = k = 0; i < des->n; i++) {
                if(des->a[i].del) continue;
                des->a[k++] = des->a[i];
            }
            des->n = k;
            
            memset(des->idx.a, 0, des->idx.n*sizeof((*(des->idx.a))));
            for (st = 0, i = 1; i <= des->n; ++i) {
                if (i == des->n || des->a[i].qn != des->a[st].qn) {
                    des->idx.a[des->a[st].qn] = (((uint64_t)st)<<32)|(i-st); m++;
                    st = i;
                }
            }
        }
    }
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x60, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq %rdx, -0x18(%rbp)
movq %rcx, -0x20(%rbp)
movq %r8, -0x28(%rbp)
movq $0x0, -0x48(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq $0x0, (%rax)
movq $0x0, -0x30(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq -0x18(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
jae 0x20c418
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x30(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x80(%rcx), %rcx
addq $0x1, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jbe 0x20c32e
jmp 0x20c407
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x30(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl 0x14(%rcx), %ecx
movl (%rax,%rcx,4), %eax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x80(%rcx), %rcx
addq $0x1, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jbe 0x20c364
jmp 0x20c407
jmp 0x20c366
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x20c3cb
movq -0x10(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x20c393
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x20c39e
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0x58(%rbp)
jmp 0x20c39e
movq -0x58(%rbp), %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rax
imulq $0x30, 0x8(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
imulq $0x30, -0x30(%rbp), %rax
addq %rax, %rsi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rax
movq %rax, %rdx
addq $0x1, %rdx
movq %rdx, (%rcx)
imulq $0x30, %rax, %rax
addq %rax, %rdi
movl $0x30, %edx
callq 0x2180
jmp 0x20c407
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0x20c2e7
jmp 0x20c41a
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq -0x18(%rbp), %rcx
cmpq 0x18(%rcx), %rax
jae 0x20c4fb
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
orq 0x20(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
orq 0x20(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
orq 0x20(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
orq 0x20(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
orq 0x20(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
jmp 0x20c4fd
movq -0x18(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rdx
shlq $0x3, %rdx
xorl %esi, %esi
callq 0x2100
movq $0x0, -0x38(%rbp)
movq $0x1, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
ja 0x20c5d7
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
je 0x20c57e
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x40(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpl 0x8(%rcx), %eax
je 0x20c5c4
movq -0x38(%rbp), %rdx
shlq $0x20, %rdx
movq -0x40(%rbp), %rax
subq -0x38(%rbp), %rax
orq %rax, %rdx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rsi
addq %rsi, %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0x20c5c6
movq -0x40(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x20c538
cmpq $0x0, -0x20(%rbp)
je 0x20c9fb
cmpq $0x0, -0x48(%rbp)
je 0x20c9fb
movq $0x0, -0x50(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
cmpq -0x48(%rbp), %rax
jae 0x20c6ce
movq -0x48(%rbp), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
jmp 0x20c6d0
movq -0x20(%rbp), %rax
movq $0x0, (%rax)
movq $0x0, -0x30(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq 0x18(%rcx), %rax
jae 0x20c81a
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
cmpl $0x0, %eax
jne 0x20c70f
jmp 0x20c809
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
shrq $0x20, %rax
imulq $0x30, %rax, %rax
addq %rax, %rdi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %eax
movl %eax, %esi
movsd 0x175b1a(%rip), %xmm0   # 0x382268
callq 0x20c120
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq $-0x1, %rax
subq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
shlq $0x20, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
addq -0x48(%rbp), %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x20c7e6
movq -0x20(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x20c7ab
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x20c7b6
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0x60(%rbp)
jmp 0x20c7b6
movq -0x60(%rbp), %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
shlq $0x3, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rdx
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x20(%rbp), %rsi
movq (%rsi), %rcx
movq %rcx, %rdi
addq $0x1, %rdi
movq %rdi, (%rsi)
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
jmp 0x20c809
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0x20c6e3
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
movq -0x20(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
shlq $0x3, %rax
addq %rax, %rsi
callq 0x1bcdd0
movq $0x0, -0x30(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
movq -0x20(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
jae 0x20c898
movq -0x10(%rbp), %rdi
movq -0x20(%rbp), %rsi
movq -0x20(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rax
movl %eax, %edx
movq -0x28(%rbp), %r8
movsd 0x172798(%rip), %xmm0   # 0x37f010
movl $0x100, %ecx            # imm = 0x100
callq 0x102ff0
addq -0x50(%rbp), %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x30(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
jmp 0x20c845
cmpq $0x0, -0x50(%rbp)
je 0x20c9f9
movq $0x0, -0x30(%rbp)
movq $0x0, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
jae 0x20c922
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x40(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movb 0x28(%rax), %al
shrb $0x7, %al
cmpb $0x0, %al
je 0x20c8dc
jmp 0x20c914
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
imulq $0x30, -0x40(%rbp), %rax
addq %rax, %rsi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, -0x30(%rbp)
imulq $0x30, %rax, %rax
addq %rax, %rdi
movl $0x30, %edx
callq 0x2180
movq -0x40(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x20c8b3
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x18(%rax), %rdx
shlq $0x3, %rdx
xorl %esi, %esi
callq 0x2100
movq $0x0, -0x38(%rbp)
movq $0x1, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
ja 0x20c9f7
movq -0x40(%rbp), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq (%rcx), %rax
je 0x20c99e
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
imulq $0x30, -0x40(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %eax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpl 0x8(%rcx), %eax
je 0x20c9e4
movq -0x38(%rbp), %rdx
shlq $0x20, %rdx
movq -0x40(%rbp), %rax
subq -0x38(%rbp), %rax
orq %rax, %rdx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
movq 0x10(%rcx), %rcx
imulq $0x30, -0x38(%rbp), %rsi
addq %rsi, %rcx
movl 0x8(%rcx), %ecx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
movq -0x48(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
jmp 0x20c9e6
movq -0x40(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
jmp 0x20c958
jmp 0x20c9f9
jmp 0x20c9fb
addq $0x60, %rsp
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)