// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O0/genometools[P]genometools/src/match/bare-encseq.c
// Function: gt_bare_encseq_parse_new
GtBareEncseq *gt_bare_encseq_parse_new(GtUchar *filecontents,size_t numofbytes,
                                       const GtAlphabet *alphabet,
                                       GtError *err)
{
  GtUchar *writeptr = filecontents, *readptr = filecontents;
  const GtUchar *endptr = filecontents + numofbytes;
  bool firstline = true, haserr = false;
  GtUword lastspecialrange_length = 0;
  GtBareSpecialrange *srptr = NULL;
  GtBareEncseq *bare_encseq = gt_malloc(sizeof *bare_encseq);
  const GtUchar *smap = gt_alphabet_symbolmap(alphabet);

  bare_encseq->specialcharacters = 0;
  bare_encseq->numofchars = (GtUword) gt_alphabet_num_of_chars(alphabet);
  bare_encseq->charcount = gt_calloc((size_t) bare_encseq->numofchars,
                                     sizeof *bare_encseq->charcount);
  GT_INITARRAY(&bare_encseq->specialranges,GtBareSpecialrange);
  readptr = filecontents;
  while (!haserr && readptr < endptr)
  {
    if (*readptr == '>')
    {
      if (!firstline)
      {
        if (lastspecialrange_length == 0)
        {
          GT_GETNEXTFREEINARRAY(srptr,&bare_encseq->specialranges,
                                GtBareSpecialrange,128UL);
          srptr->start = (GtUword) (writeptr - filecontents);
        }
        lastspecialrange_length++;
        *writeptr++ = GT_SEPARATOR;
        bare_encseq->specialcharacters++;
      } else
      {
        firstline = false;
      }
      while (readptr < endptr && *readptr != '\n')
      {
        readptr++;
      }
      readptr++;
    } else
    {
      while (readptr < endptr && *readptr != '\n')
      {
        if (!isspace(*readptr))
        {
          GtUchar cc = smap[*readptr];
          if (cc == GT_UNDEFCHAR)
          {
            gt_error_set(err,"illegal input characters %c\n",*readptr);
            haserr = true;
            break;
          }
          if (GT_ISSPECIAL(cc))
          {
            if (lastspecialrange_length == 0)
            {
              GT_GETNEXTFREEINARRAY(srptr,&bare_encseq->specialranges,
                                    GtBareSpecialrange,128UL);
              srptr->start = (GtUword) (writeptr - filecontents);
            }
            lastspecialrange_length++;
            bare_encseq->specialcharacters++;
          } else
          {
            gt_assert((GtUword) cc < bare_encseq->numofchars);
            bare_encseq->charcount[(int) cc]++;
            if (lastspecialrange_length > 0)
            {
              gt_assert(srptr != NULL);
              srptr->length = lastspecialrange_length;
            }
            lastspecialrange_length = 0;
          }
          *writeptr++ = cc;
        }
        readptr++;
      }
      readptr++;
    }
  }
  if (lastspecialrange_length > 0)
  {
    gt_assert(srptr != NULL);
    srptr->length = lastspecialrange_length;
  }
  bare_encseq->sequence = filecontents;
  bare_encseq->totallength = (GtUword) (writeptr - filecontents);
  if (haserr)
  {
    gt_bare_encseq_delete(bare_encseq);
    return NULL;
  }
  return bare_encseq;
}

// Assembly:
subq $0x88, %rsp
movq %rdi, 0x78(%rsp)
movq %rsi, 0x70(%rsp)
movq %rdx, 0x68(%rsp)
movq %rcx, 0x60(%rsp)
movq 0x78(%rsp), %rax
movq %rax, 0x58(%rsp)
movq 0x78(%rsp), %rax
movq %rax, 0x50(%rsp)
movq 0x78(%rsp), %rax
addq 0x70(%rsp), %rax
movq %rax, 0x48(%rsp)
movb $0x1, 0x47(%rsp)
movb $0x0, 0x46(%rsp)
movq $0x0, 0x38(%rsp)
movq $0x0, 0x30(%rsp)
movl $0x40, %edi
leaq 0x36e225(%rip), %rsi    # 0x570c0b
movl $0x6f, %edx
callq 0xe80f0
movq %rax, 0x28(%rsp)
movq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0x7e870
movq %rax, 0x20(%rsp)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq $0x0, 0x10(%rax)
movq 0x68(%rsp), %rdi
callq 0x7e8c0
movl %eax, %eax
movl %eax, %ecx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0x18(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x18(%rax), %rdi
movl $0x8, %esi
leaq 0x36e1ce(%rip), %rdx    # 0x570c0b
movl $0x75, %ecx
callq 0xe83c0
movq %rax, %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0x20(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq $0x0, 0x28(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq $0x0, 0x38(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq $0x0, 0x30(%rax)
movq 0x78(%rsp), %rax
movq %rax, 0x50(%rsp)
xorl %eax, %eax
testb $0x1, 0x46(%rsp)
movb %al, 0x7(%rsp)
jne 0x202aa2
movq 0x50(%rsp), %rax
cmpq 0x48(%rsp), %rax
setb %al
movb %al, 0x7(%rsp)
movb 0x7(%rsp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x202aaf
jmp 0x202fbc
movq 0x50(%rsp), %rax
movzbl (%rax), %eax
cmpl $0x3e, %eax
jne 0x202c9d
testb $0x1, 0x47(%rsp)
jne 0x202c45
cmpq $0x0, 0x38(%rsp)
jne 0x202c10
jmp 0x202ad9
jmp 0x202adb
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x38(%rax), %rax
addq $0x0, %rax
movq 0x28(%rsp), %rcx
cmpq 0x30(%rcx), %rax
jb 0x202b88
movq $0x80, 0x18(%rsp)
xorl %eax, %eax
cmpq 0x18(%rsp), %rax
jbe 0x202b41
movq 0x439490(%rip), %rax    # 0x63bfa0
movq (%rax), %rdi
leaq 0x3134f9(%rip), %rsi    # 0x516013
leaq 0x316686(%rip), %rdx    # 0x5191a7
leaq 0x36e182(%rip), %rcx    # 0x570caa
leaq 0x36e0dc(%rip), %r8     # 0x570c0b
movl $0x81, %r9d
movb $0x0, %al
callq 0x199f0
callq 0x19370
jmp 0x202b43
movq 0x18(%rsp), %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
addq 0x30(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x30(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x30(%rax), %rsi
shlq $0x4, %rsi
leaq 0x36e099(%rip), %rdx    # 0x570c0b
movl $0x81, %ecx
callq 0xe8540
movq %rax, %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
jmp 0x202b8a
movq 0x28(%rsp), %rax
cmpq $0x0, 0x28(%rax)
jne 0x202bce
movq 0x439403(%rip), %rax    # 0x63bfa0
movq (%rax), %rdi
leaq 0x31346c(%rip), %rsi    # 0x516013
leaq 0x36e088(%rip), %rdx    # 0x570c36
leaq 0x36e0f5(%rip), %rcx    # 0x570caa
leaq 0x36e04f(%rip), %r8     # 0x570c0b
movl $0x81, %r9d
movb $0x0, %al
callq 0x199f0
callq 0x19370
jmp 0x202bd0
jmp 0x202bd2
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x28(%rsp), %rdx
movq 0x38(%rdx), %rcx
movq %rcx, %rsi
addq $0x1, %rsi
movq %rsi, 0x38(%rdx)
shlq $0x4, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, 0x30(%rsp)
movq 0x58(%rsp), %rcx
movq 0x78(%rsp), %rax
subq %rax, %rcx
movq 0x30(%rsp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, 0x38(%rsp)
movq 0x58(%rsp), %rax
movq %rax, %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x58(%rsp)
movb $-0x1, (%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
jmp 0x202c4a
movb $0x0, 0x47(%rsp)
jmp 0x202c4c
movq 0x50(%rsp), %rcx
xorl %eax, %eax
cmpq 0x48(%rsp), %rcx
movb %al, 0x6(%rsp)
jae 0x202c70
movq 0x50(%rsp), %rax
movzbl (%rax), %eax
cmpl $0xa, %eax
setne %al
movb %al, 0x6(%rsp)
movb 0x6(%rsp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x202c7a
jmp 0x202c8a
movq 0x50(%rsp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, 0x50(%rsp)
jmp 0x202c4c
movq 0x50(%rsp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, 0x50(%rsp)
jmp 0x202fb7
jmp 0x202c9f
movq 0x50(%rsp), %rcx
xorl %eax, %eax
cmpq 0x48(%rsp), %rcx
movb %al, 0x5(%rsp)
jae 0x202cc3
movq 0x50(%rsp), %rax
movzbl (%rax), %eax
cmpl $0xa, %eax
setne %al
movb %al, 0x5(%rsp)
movb 0x5(%rsp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x202cd0
jmp 0x202fa9
callq 0x197c0
movq (%rax), %rax
movq 0x50(%rsp), %rcx
movzbl (%rcx), %ecx
movslq %ecx, %rcx
movzwl (%rax,%rcx,2), %eax
andl $0x2000, %eax           # imm = 0x2000
cmpl $0x0, %eax
jne 0x202f96
movq 0x20(%rsp), %rax
movq 0x50(%rsp), %rcx
movzbl (%rcx), %ecx
movb (%rax,%rcx), %al
movb %al, 0x17(%rsp)
movzbl 0x17(%rsp), %eax
cmpl $0xfd, %eax
jne 0x202d3a
movq 0x60(%rsp), %rdi
movq 0x50(%rsp), %rax
movzbl (%rax), %edx
leaq 0x36df9a(%rip), %rsi    # 0x570cc3
movb $0x0, %al
callq 0xd88c0
movb $0x1, 0x46(%rsp)
jmp 0x202fa9
movzbl 0x17(%rsp), %eax
cmpl $0xfe, %eax
jl 0x202eb3
cmpq $0x0, 0x38(%rsp)
jne 0x202e8f
jmp 0x202d58
jmp 0x202d5a
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x38(%rax), %rax
addq $0x0, %rax
movq 0x28(%rsp), %rcx
cmpq 0x30(%rcx), %rax
jb 0x202e07
movq $0x80, 0x8(%rsp)
xorl %eax, %eax
cmpq 0x8(%rsp), %rax
jbe 0x202dc0
movq 0x439211(%rip), %rax    # 0x63bfa0
movq (%rax), %rdi
leaq 0x31327a(%rip), %rsi    # 0x516013
leaq 0x316407(%rip), %rdx    # 0x5191a7
leaq 0x36df03(%rip), %rcx    # 0x570caa
leaq 0x36de5d(%rip), %r8     # 0x570c0b
movl $0xa2, %r9d
movb $0x0, %al
callq 0x199f0
callq 0x19370
jmp 0x202dc2
movq 0x8(%rsp), %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
addq 0x30(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x30(%rax)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rdi
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x30(%rax), %rsi
shlq $0x4, %rsi
leaq 0x36de1a(%rip), %rdx    # 0x570c0b
movl $0xa2, %ecx
callq 0xe8540
movq %rax, %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0x28(%rax)
jmp 0x202e09
movq 0x28(%rsp), %rax
cmpq $0x0, 0x28(%rax)
jne 0x202e4d
movq 0x439184(%rip), %rax    # 0x63bfa0
movq (%rax), %rdi
leaq 0x3131ed(%rip), %rsi    # 0x516013
leaq 0x36de09(%rip), %rdx    # 0x570c36
leaq 0x36de76(%rip), %rcx    # 0x570caa
leaq 0x36ddd0(%rip), %r8     # 0x570c0b
movl $0xa2, %r9d
movb $0x0, %al
callq 0x199f0
callq 0x19370
jmp 0x202e4f
jmp 0x202e51
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x28(%rax), %rax
movq 0x28(%rsp), %rdx
movq 0x38(%rdx), %rcx
movq %rcx, %rsi
addq $0x1, %rsi
movq %rsi, 0x38(%rdx)
shlq $0x4, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, 0x30(%rsp)
movq 0x58(%rsp), %rcx
movq 0x78(%rsp), %rax
subq %rax, %rcx
movq 0x30(%rsp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq 0x38(%rsp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, 0x38(%rsp)
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x10(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x10(%rax)
jmp 0x202f7f
jmp 0x202eb5
movzbl 0x17(%rsp), %eax
movq 0x28(%rsp), %rcx
cmpq 0x18(%rcx), %rax
jb 0x202efd
movq 0x4390d4(%rip), %rax    # 0x63bfa0
movq (%rax), %rdi
leaq 0x31313d(%rip), %rsi    # 0x516013
leaq 0x36dd98(%rip), %rdx    # 0x570c75
leaq 0x36ddc6(%rip), %rcx    # 0x570caa
leaq 0x36dd20(%rip), %r8     # 0x570c0b
movl $0xa9, %r9d
movb $0x0, %al
callq 0x199f0
callq 0x19370
jmp 0x202eff
movq 0x28(%rsp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movzbl 0x17(%rsp), %ecx
movslq %ecx, %rcx
movq (%rax,%rcx,8), %rdx
addq $0x1, %rdx
movq %rdx, (%rax,%rcx,8)
cmpq $0x0, 0x38(%rsp)
jbe 0x202f76
jmp 0x202f26
cmpq $0x0, 0x30(%rsp)
jne 0x202f66
movq 0x43906b(%rip), %rax    # 0x63bfa0
movq (%rax), %rdi
leaq 0x3130d4(%rip), %rsi    # 0x516013
leaq 0x36dd56(%rip), %rdx    # 0x570c9c
leaq 0x36dd5d(%rip), %rcx    # 0x570caa
leaq 0x36dcb7(%rip), %r8     # 0x570c0b
movl $0xad, %r9d
movb $0x0, %al
callq 0x199f0
callq 0x19370
jmp 0x202f68
movq 0x38(%rsp), %rcx
movq 0x30(%rsp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq $0x0, 0x38(%rsp)
movb 0x17(%rsp), %cl
movq 0x58(%rsp), %rax
movq %rax, %rdx
addq $0x1, %rdx
movq %rdx, 0x58(%rsp)
movb %cl, (%rax)
movq 0x50(%rsp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, 0x50(%rsp)
jmp 0x202c9f
movq 0x50(%rsp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, 0x50(%rsp)
jmp 0x202a84
cmpq $0x0, 0x38(%rsp)
jbe 0x203016
jmp 0x202fc6
cmpq $0x0, 0x30(%rsp)
jne 0x203006
movq 0x438fcb(%rip), %rax    # 0x63bfa0
movq (%rax), %rdi
leaq 0x313034(%rip), %rsi    # 0x516013
leaq 0x36dcb6(%rip), %rdx    # 0x570c9c
leaq 0x36dcbd(%rip), %rcx    # 0x570caa
leaq 0x36dc17(%rip), %r8     # 0x570c0b
movl $0xbb, %r9d
movb $0x0, %al
callq 0x199f0
callq 0x19370
jmp 0x203008
movq 0x38(%rsp), %rcx
movq 0x30(%rsp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq 0x78(%rsp), %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq 0x58(%rsp), %rcx
movq 0x78(%rsp), %rax
subq %rax, %rcx
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
testb $0x1, 0x46(%rsp)
je 0x203058
movq 0x28(%rsp), %rdi
callq 0x202540
movq $0x0, 0x80(%rsp)
jmp 0x203065
movq 0x28(%rsp), %rax
movq %rax, 0x80(%rsp)
movq 0x80(%rsp), %rax
addq $0x88, %rsp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)