// File: chhylp123[P]hifiasm/inter.cpp
// Function: clean_trans_base_count_mmhap_comp_rmap(ug_trans_t*, kv_u_trans_t*)
void clean_trans_base_count_mmhap_comp_rmap(ug_trans_t *p, kv_u_trans_t *res)
{
	uint64_t i, k, l, occ, idx_n; ha_mzl_t *tz; u_trans_t *z; 
	kv_ul_ov_t *bl; double ww; ha_mzl_t *idx; 
	///make results consistent
	kv_resize(ha_mzl_t, p->srt_a, p->srt_a.n+p->ug->u.n); 
	idx = p->srt_a.a + p->srt_a.n; idx_n = p->ug->u.n;
	for (i = 0; i < idx_n; i++) {
		tz = &(idx[i]);
		tz->x = (uint64_t)-1; tz->rev = 0;
		tz->pos = tz->rid = tz->span = 0;
	}

	for (i = 0, occ = res->n; (int64_t)i < p->n_thread; i++) {
		bl = &(p->ll[i].tk); 
		if(!(bl->n)) continue;
		for (k = 1, l = 0; k <= bl->n; k++) {
			if(k == bl->n || bl->a[k].qn != bl->a[l].qn) {
				if(k > l) {
					tz = &(idx[bl->a[l].qn]);
					tz->x = bl->a[l].qn; tz->x <<= 32; tz->x |= i;
					tz->rid = l>>32; tz->pos = (uint32_t)l; tz->rev = 1;
					occ += (k - l);
				}
				l = k;
			}
		}
	}

	kv_resize(u_trans_t, *res, occ); 
	for (i = 0; i < idx_n; i++) {
		tz = &(idx[i]);
		if(!(tz->rev)) continue;
		bl = &(p->ll[(uint32_t)(tz->x)].tk);
		k = tz->rid; k <<= 32; k += tz->pos;
		assert(bl->a[k].qn == (tz->x>>32));
		for (; (k < bl->n) && (bl->a[k].qn == (tz->x>>32)); k++) {
			if(bl->a[k].qn == bl->a[k].tn) continue;
			ww = cal_trans_ov_w(&(bl->a[k])); 
			if(ww <= 0) continue;
			
			kv_pushp(u_trans_t, *res, &z);
			z->f = RC_3; z->rev = bl->a[k].rev; z->del = 0; 
			z->qn = bl->a[k].qn; z->qs = bl->a[k].qs; z->qe = bl->a[k].qe;
			z->tn = bl->a[k].tn; z->ts = bl->a[k].ts; z->te = bl->a[k].te;
			z->nw = ww;
		}
	}
	destory_ug_rid_cov_t(p->ccov); free(p->ccov); 
	p->ccov = gen_ug_rid_cov_t(p->ug, p->rg, p->uopt->sources);

	clean_u_trans_t_idx_filter_mmhap_adv(res, p->ug, p->rg, p->uopt->sources, p->ccov);
	gen_ug_rid_cov_t_by_ovlp(res, p->ccov);
}

// Assembly:
pushq %rbp
movq %rsp, %rbp
subq $0x70, %rsp
movq %rdi, -0x8(%rbp)
movq %rsi, -0x10(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x94(%rax), %eax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movl 0x90(%rcx), %ecx
movq -0x8(%rbp), %rdx
movq 0x8(%rdx), %rdx
addq (%rdx), %rcx
cmpq %rcx, %rax
jae 0x304acb
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x90(%rax), %eax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movq 0x8(%rcx), %rcx
addq (%rcx), %rax
movl %eax, %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x94(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x94(%rax), %ecx
addl $-0x1, %ecx
movl %ecx, 0x94(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x94(%rax), %ecx
shrl %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
orl 0x94(%rax), %ecx
movl %ecx, 0x94(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x94(%rax), %ecx
shrl $0x2, %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
orl 0x94(%rax), %ecx
movl %ecx, 0x94(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x94(%rax), %ecx
shrl $0x4, %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
orl 0x94(%rax), %ecx
movl %ecx, 0x94(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x94(%rax), %ecx
shrl $0x8, %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
orl 0x94(%rax), %ecx
movl %ecx, 0x94(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x94(%rax), %ecx
shrl $0x10, %ecx
movq -0x8(%rbp), %rax
orl 0x94(%rax), %ecx
movl %ecx, 0x94(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x94(%rax), %ecx
addl $0x1, %ecx
movl %ecx, 0x94(%rax)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x98(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movl 0x94(%rax), %eax
imulq $0x18, %rax, %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x98(%rax)
jmp 0x304acd
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x98(%rax), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movl 0x90(%rcx), %ecx
imulq $0x18, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x60(%rbp)
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x38(%rbp)
movq $0x0, -0x18(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jae 0x304b8d
movq -0x60(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x18(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq $-0x1, (%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movabsq $-0x80000001, %rcx      # imm = 0xFFFFFFFF7FFFFFFF
andq 0x8(%rax), %rcx
orq $0x0, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movb $0x0, 0x10(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
andq $-0x80000000, %rcx      # imm = 0x80000000
orq $0x0, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movabsq $0xffffffff, %rcx       # imm = 0xFFFFFFFF
andq 0x8(%rax), %rcx
orq $0x0, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x18(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x18(%rbp)
jmp 0x304b04
movq $0x0, -0x18(%rbp)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
movq -0x8(%rbp), %rcx
movslq 0xb0(%rcx), %rcx
cmpq %rcx, %rax
jge 0x304d57
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
imulq $0x68, -0x18(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
addq $0x18, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
jne 0x304be0
jmp 0x304d46
movq $0x1, -0x20(%rbp)
movq $0x0, -0x28(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
ja 0x304d44
movq -0x20(%rbp), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
je 0x304c38
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
imulq $0x1c, -0x28(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpl (%rcx), %eax
je 0x304d31
movq -0x20(%rbp), %rax
cmpq -0x28(%rbp), %rax
jbe 0x304d29
movq -0x60(%rbp), %rax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
imulq $0x1c, -0x28(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
movl (%rcx), %ecx
imulq $0x18, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x28(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %eax
movl %eax, %ecx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq %rcx, (%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq (%rax), %rcx
shlq $0x20, %rcx
movq %rcx, (%rax)
movq -0x18(%rbp), %rcx
movq -0x40(%rbp), %rax
orq (%rax), %rcx
movq %rcx, (%rax)
movq -0x28(%rbp), %rdx
shrq $0x20, %rdx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
andq $0x7fffffff, %rdx       # imm = 0x7FFFFFFF
andq $-0x80000000, %rcx      # imm = 0x80000000
orq %rdx, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x28(%rbp), %rax
movl %eax, %eax
movl %eax, %edx
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
movabsq $0xffffffff, %rsi       # imm = 0xFFFFFFFF
andq %rsi, %rdx
shlq $0x20, %rdx
movabsq $0xffffffff, %rsi       # imm = 0xFFFFFFFF
andq %rsi, %rcx
orq %rdx, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x40(%rbp), %rax
movabsq $-0x80000001, %rcx      # imm = 0xFFFFFFFF7FFFFFFF
andq 0x8(%rax), %rcx
movabsq $0x80000000, %rdx       # imm = 0x80000000
orq %rdx, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
subq -0x28(%rbp), %rax
addq -0x30(%rbp), %rax
movq %rax, -0x30(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x28(%rbp)
jmp 0x304d33
movq -0x20(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
jmp 0x304bf0
jmp 0x304d46
movq -0x18(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x18(%rbp)
jmp 0x304ba0
jmp 0x304d59
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
cmpq -0x30(%rbp), %rax
jae 0x304e2f
movq -0x30(%rbp), %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $-0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x2, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x4, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x8, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
shrq $0x10, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
orq 0x8(%rax), %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
addq $0x1, %rcx
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rax
imulq $0x30, 0x8(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
jmp 0x304e31
movq $0x0, -0x18(%rbp)
movq -0x18(%rbp), %rax
cmpq -0x38(%rbp), %rax
jae 0x30513b
movq -0x60(%rbp), %rax
imulq $0x18, -0x18(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x40(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shrq $0x1f, %rax
andq $0x1, %rax
cmpq $0x0, %rax
jne 0x304e72
jmp 0x30512a
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x20(%rax), %rax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
movl %ecx, %ecx
imulq $0x68, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
addq $0x18, %rax
movq %rax, -0x50(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
andq $0x7fffffff, %rax       # imm = 0x7FFFFFFF
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x20(%rbp), %rax
shlq $0x20, %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x40(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shrq $0x20, %rax
addq -0x20(%rbp), %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
shrq $0x20, %rcx
cmpq %rcx, %rax
jne 0x304ee7
jmp 0x304f06
leaq 0x828a6(%rip), %rdi     # 0x387794
leaq 0x8b93a(%rip), %rsi     # 0x39082f
movl $0x5743, %edx           # imm = 0x5743
leaq 0x908e2(%rip), %rcx     # 0x3957e3
callq 0x2130
jmp 0x304f08
movq -0x20(%rbp), %rcx
movq -0x50(%rbp), %rdx
xorl %eax, %eax
cmpq 0x8(%rdx), %rcx
movb %al, -0x61(%rbp)
jae 0x304f40
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x40(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
shrq $0x20, %rcx
cmpq %rcx, %rax
sete %al
movb %al, -0x61(%rbp)
movb -0x61(%rbp), %al
testb $0x1, %al
jne 0x304f4c
jmp 0x305128
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %eax
movq -0x50(%rbp), %rcx
movq (%rcx), %rcx
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rdx
addq %rdx, %rcx
cmpl 0xc(%rcx), %eax
jne 0x304f76
jmp 0x305117
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rdi
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rax
addq %rax, %rdi
callq 0x30e020
movsd %xmm0, -0x58(%rbp)
xorps %xmm0, %xmm0
ucomisd -0x58(%rbp), %xmm0
jb 0x304f9e
jmp 0x305117
jmp 0x304fa0
movq -0x10(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq -0x10(%rbp), %rcx
cmpq 0x8(%rcx), %rax
jne 0x305005
movq -0x10(%rbp), %rax
cmpq $0x0, 0x8(%rax)
je 0x304fcd
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rax
shlq %rax
movq %rax, -0x70(%rbp)
jmp 0x304fd8
movl $0x2, %eax
movq %rax, -0x70(%rbp)
jmp 0x304fd8
movq -0x70(%rbp), %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x8(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdi
movq -0x10(%rbp), %rax
imulq $0x30, 0x8(%rax), %rsi
callq 0x2360
movq %rax, %rcx
movq -0x10(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x10(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rax
movq -0x10(%rbp), %rdx
movq (%rdx), %rcx
movq %rcx, %rsi
addq $0x1, %rsi
movq %rsi, (%rdx)
imulq $0x30, %rcx, %rcx
addq %rcx, %rax
movq %rax, -0x48(%rbp)
movq -0x48(%rbp), %rax
movb 0x28(%rax), %cl
andb $-0x40, %cl
orb $0x3, %cl
movb %cl, 0x28(%rax)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x18(%rax), %eax
shrl $0x1f, %eax
movb %al, %dl
movq -0x48(%rbp), %rax
movb 0x28(%rax), %cl
andb $0x1, %dl
shlb $0x6, %dl
andb $-0x41, %cl
orb %dl, %cl
movb %cl, 0x28(%rax)
movq -0x48(%rbp), %rax
movb 0x28(%rax), %cl
andb $0x7f, %cl
orb $0x0, %cl
movb %cl, 0x28(%rax)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl (%rax), %ecx
movq -0x48(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x8(%rax)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x4(%rax), %ecx
movq -0x48(%rbp), %rax
movl %ecx, (%rax)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x8(%rax), %ecx
movq -0x48(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x4(%rax)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0xc(%rax), %ecx
movq -0x48(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x14(%rax)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x10(%rax), %ecx
movq -0x48(%rbp), %rax
movl %ecx, 0xc(%rax)
movq -0x50(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
imulq $0x1c, -0x20(%rbp), %rcx
addq %rcx, %rax
movl 0x14(%rax), %ecx
movq -0x48(%rbp), %rax
movl %ecx, 0x10(%rax)
movsd -0x58(%rbp), %xmm0
movq -0x48(%rbp), %rax
movsd %xmm0, 0x20(%rax)
movq -0x20(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x20(%rbp)
jmp 0x304f08
jmp 0x30512a
movq -0x18(%rbp), %rax
addq $0x1, %rax
movq %rax, -0x18(%rbp)
jmp 0x304e39
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x108(%rax), %rdi
callq 0x108300
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x108(%rax), %rdi
callq 0x2210
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rsi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rdx
callq 0x107f90
movq %rax, %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq %rcx, 0x108(%rax)
movq -0x10(%rbp), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x8(%rax), %rsi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x10(%rax), %rdx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq (%rax), %rax
movq 0x8(%rax), %rcx
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x108(%rax), %r8
callq 0x10a0b0
movq -0x10(%rbp), %rdi
movq -0x8(%rbp), %rax
movq 0x108(%rax), %rsi
callq 0x109fb0
addq $0x70, %rsp
popq %rbp
retq
nopw %cs:(%rax,%rax)