// File: /workspace/github_c_makefile_star2_O1/ugobas[P]tnm/allostery.c
// Function: Ave_site
float Ave_site(double *sigprof, double *ave_pair,
	       double *sigpair, int *n_notfound,
	       int *site, int *atomres, int nr, int *atom_site,
	       float *profile, float **coupling, int Na)
{
  double sum_prof=0; 
  *sigprof=0; *ave_pair=0; *sigpair=0; *n_notfound=0;
  int npair=0;
  for(int i1=0; i1<nr; i1++){
    int j1=atomres[site[i1]];
    if((j1<0)||(j1>=Na)){
      if(atom_site)atom_site[j1]=-site[i1];
      (*n_notfound)++;
      continue;
    }
    if(atom_site)atom_site[j1]=1;
    sum_prof+=profile[j1];
    *sigprof+=profile[j1]*profile[j1];
    for(int i2=0; i2<i1; i2++){
      int j2=atomres[site[i2]];
      if((j2<0)||(j2>=Na)||(j2==j1))continue;
      float x=coupling[j1][j2];
      *ave_pair+=x; *sigpair+=x*x;
      npair++;
    }
  } // end of the site
  Ave_St_dev(&sum_prof, sigprof, nr-*n_notfound);
  Ave_St_dev(ave_pair, sigpair, npair);
  return(sum_prof);
}

// Assembly:
pushq %rbp
pushq %r15
pushq %r14
pushq %r13
pushq %r12
pushq %rbx
subq $0x18, %rsp
movq %rdx, %rbx
movq %rsi, %r14
movl 0x50(%rsp), %eax
xorl %r12d, %r12d
movq %rdi, 0x10(%rsp)
movq %r12, (%rdi)
movq %r12, (%rsi)
movq %r12, (%rdx)
movl $0x0, (%rcx)
testl %eax, %eax
jle 0x47771
movl 0x70(%rsp), %edx
movq 0x68(%rsp), %rsi
movq 0x58(%rsp), %r10
movl %eax, %r11d
xorpd %xmm3, %xmm3
xorl %r13d, %r13d
xorl %r12d, %r12d
movslq (%r8,%r13,4), %rax
movl (%r9,%rax,4), %ebp
testl %ebp, %ebp
setns %dil
cmpl %edx, %ebp
setl %r15b
testb %r15b, %dil
je 0x47753
testq %r10, %r10
je 0x476d6
movl $0x1, (%r10,%rbp,4)
movq 0x60(%rsp), %rax
movss (%rax,%rbp,4), %xmm0
xorps %xmm1, %xmm1
cvtss2sd %xmm0, %xmm1
addsd %xmm1, %xmm3
mulss %xmm0, %xmm0
cvtss2sd %xmm0, %xmm0
movq 0x10(%rsp), %rax
addsd (%rax), %xmm0
movsd %xmm0, (%rax)
testq %r13, %r13
je 0x47763
xorl %eax, %eax
movslq (%r8,%rax,4), %rdi
movl (%r9,%rdi,4), %edi
cmpl %ebp, %edi
je 0x47749
testl %edi, %edi
js 0x47749
cmpl %edx, %edi
jge 0x47749
movq (%rsi,%rbp,8), %r15
movss (%r15,%rdi,4), %xmm0
xorps %xmm1, %xmm1
cvtss2sd %xmm0, %xmm1
addsd (%r14), %xmm1
movsd %xmm1, (%r14)
mulss %xmm0, %xmm0
cvtss2sd %xmm0, %xmm0
addsd (%rbx), %xmm0
movsd %xmm0, (%rbx)
incl %r12d
incq %rax
cmpq %rax, %r13
jne 0x47707
jmp 0x47763
testq %r10, %r10
je 0x47761
movslq %ebp, %rdi
negl %eax
movl %eax, (%r10,%rdi,4)
incl (%rcx)
incq %r13
cmpq %r11, %r13
jne 0x476ac
jmp 0x47775
xorpd %xmm3, %xmm3
movl 0x50(%rsp), %edx
subl (%rcx), %edx
jle 0x477dd
xorpd %xmm0, %xmm0
cmpl $0x1, %edx
je 0x477d4
xorps %xmm1, %xmm1
cvtsi2sd %edx, %xmm1
divsd %xmm1, %xmm3
movq 0x10(%rsp), %rax
movsd (%rax), %xmm0
mulsd %xmm3, %xmm1
mulsd %xmm3, %xmm1
subsd %xmm1, %xmm0
decl %edx
xorps %xmm1, %xmm1
cvtsi2sd %edx, %xmm1
divsd %xmm1, %xmm0
xorpd %xmm1, %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jb 0x477c3
sqrtsd %xmm0, %xmm0
jmp 0x477d4
movsd %xmm3, 0x8(%rsp)
callq 0x2290
movsd 0x8(%rsp), %xmm3
movq 0x10(%rsp), %rax
movsd %xmm0, (%rax)
testl %r12d, %r12d
jle 0x47846
xorpd %xmm0, %xmm0
cmpl $0x1, %r12d
je 0x47842
xorps %xmm1, %xmm1
cvtsi2sd %r12d, %xmm1
movsd (%r14), %xmm2
divsd %xmm1, %xmm2
movsd %xmm2, (%r14)
movsd (%rbx), %xmm0
mulsd %xmm2, %xmm1
mulsd %xmm2, %xmm1
subsd %xmm1, %xmm0
decl %r12d
xorps %xmm1, %xmm1
cvtsi2sd %r12d, %xmm1
divsd %xmm1, %xmm0
xorpd %xmm1, %xmm1
ucomisd %xmm1, %xmm0
jb 0x47831
sqrtsd %xmm0, %xmm0
jmp 0x47842
movsd %xmm3, 0x8(%rsp)
callq 0x2290
movsd 0x8(%rsp), %xmm3
movsd %xmm0, (%rbx)
xorps %xmm0, %xmm0
cvtsd2ss %xmm3, %xmm0
addq $0x18, %rsp
popq %rbx
popq %r12
popq %r13
popq %r14
popq %r15
popq %rbp
retq