Dans cette Europe bouleversée du XVIe siècle où tout se dit, s’écrit, est jugé, parfois condamné, en Allemagne un autre moine se lève : Martin Luther. Théologien et érudit, pédagogue et débatteur virulent, il est sûr de ses « Propositions », contre son Église et contre son ordre, contre l’Empereur et contre certains de ses condisciples . le moine réformateur est celui qui reprend les affirmations de ses ‘prédécesseurs’, mais il sera le négociateur du tournant définitif et décisif.
Martin Luther (1483- 1546), né à Eiseleben, est d’abord destiné à une carrière de juriste que lui trace son père. Le jeune homme, vif et brillant, va faire ses études chez les Frères de la vie commune, puis à l’université d’Erfurt d’où il sort diplômé en 1505. Mais ni le droit ni la carrière promise ne convainquent Martin, déjà préoccupé par la question de sa propre foi et la situation de l’ Église. Il décide bientôt de changer d’orientation et choisit l’Église. Il entre au couvent des Augustins d’Erfurt où il a, comme remèdes à son angoisse spirituelle, une vie ascétique, des mortifications et des jeûnes répétés. Il étudie la théologie , est ordonné prêtre en 1507, et sera docteur en théologie en 1512. Il enseigne alors la philosophie et dès lors se consacre à l’enseignement et à la prédication.
Cependant l’exigence intellectuelle et spirituelle de Martin Luther n’a pas diminué. Il approfondit sa lecture de la Bible et tout particulièrement les épîtres de Saint Paul : il veut comprendre la place de l’homme en face de Dieu, la question du salut et de la mort, ne se contente pas des réponses de l’Église dont il connaît les insuffisances et les abus, souhaite déjà un enseignement général pour tous, dont précisément la lecture des Écritures. Il quitte progressivement le domaine de la scolastique pour oser une réflexion personnelle sur la foi et la religion.
En 1508 Luther entre à l’université de Wittenberg où il poursuit ses études en plus des prédications qu’il donne à l’église, et où, déjà , il explique sa philosophie et ses vues sur le christianisme tel qu’il est vécu autour de lui. Il dénonce notamment la pratique des indulgences, à ses yeux ‘remède’ trop facile et injuste en matière de fortune pour les uns par rapport aux autres, pour être ‘libéré ‘des péchés, remède peu admissible de la part de l’Église qui se jouait ainsi de la crédulité des fidèles. Luther appelait la vente des indulgences « le commerce du salut ».
Cette question des indulgences s’envenime lorsque la vente qui sera effectuée par Tetzel, en est autorisée en Allemagne, pour la construction de la basilique Saint Pierre, avec l’accord de l’archevêque Albert de Mayence. Luther écrit à ce dernier pour empêcher cette vente. Sans réponse. Luther décide donc de faire imprimer et publier « 95 thèses », liste de 95 affirmations où , à travers la virulente critique des indulgences et de leur vente, il dénonce le comportement des hommes d’Église et la crédulité des fidèles. La légende qui s’est emparée de ce geste choisit de montrer le moine en colère placardant ses imprimés à la porte de l’église de Wittenberg, le 31 octobre 1517 ; mais s’il est vrai que les sources premières ne peuvent encore prouver ce geste, en revanche il reste sûr que la rédaction et la publication de telles « thèses » ne pouvaient être qu’irréversibles, pour la pensée réformatrice et pour l’Histoire.
La liste des ces thèses est précédée d’un « Avertissement » qui montre la détermination de l’auteur :
Les réactions religieuses et politiques sont immédiates : Luther est dénoncé par l’archevêque et Rome le menace d’excommunication.
Désormais le conflit est ouvert. En octobre 1518 Luther est convoqué à Augsbourg où il devra se rétracter : il ne le fait pas.
Il affirme « rétracter quoi que ce soit je ne puis ni ne veux (...) car agir contre sa conscience, ce n’est ni sûr ni honnête. »
Un an plus tard, il met en cause l’infaillibilité des conciles, en 1520 la menace d’excommunication est exécutée, par une bulle papale, et on brûle ses écrits. L’accusé brûle à son tour la bulle, le conflit est alors à son comble : l’excommunication est prononcée le 3 janvier 1521.
La rupture avec Rome étant effective, entre en scène la politique. À la Diète de Worms d’avril 1521 on attend une nouvelle fois que l’accusé se rétracte ; il refuse affirmant que la seule obéissance est à la Bible et non à l’Église : l’édit de Worms condamne alors officiellement Luther et ses amis, et les met au ban de l’Empire de Charles Quint.
L’histoire d’un moine augustin excommunié et passible de la peine de mort pourrait s’arrêter là, mais d’autres jeux politiques s’amorcent : Luther est soutenu par le Landgrave de Hesse et le prince électeur de Saxe, Frédéric le Sage. Ce dernier fait enlever le condamné et le fait conduire au château de la Wartburg ; le moine, devenu ‘le chevalier Georges’ va rester à l’abri jusqu’en mars 1522 et mettre à profit ce séjour semi clandestin pour traduire le Nouveau Testament en allemand.
À Wittenberg on a pris parti pour l’ancien prédicateur et professeur de l’université, en dépassant parfois la pensée du maître. Certains veulent remanier la messe, des manifestations iconoclastes ont lieu, etc... De retour dans la ville, Luther aura à lutter contre ces débordements qu’il n’admet pas. Là comme ailleurs, la réforme luthérienne commence à s’implanter. Charles Quint, en guerre avec la France, contrôle moins bien ce mouvement qui commence à dépasser les frontières.
En 1526 les princes électeurs se voient autorisés à appliquer la loi : ‘cujus regio, ejus religio’, ‘un roi, une religion’ : les sujets de chaque prince sont tenus d’avoir la même religion que le prince, mais en cas de désaccord peuvent quitter leur État pour s’établir dans celui d’ un autre prince dont ils pourront pratiquer la religion.
À la Diète de Spire en 1529 Charles Quint ne peut rien modifier à cette situation quand les princes menacent de ’pro-tester’, deviennent des ‘protestants’, et en 1530 a lieu à la Diète d’Augsbourg la lecture de la Confession d’Augsbourg, rédigée par Melanchton, approuvée par Luther : le Luthéranisme a dès lors son fondement, sa profession de foi et bientôt ses disciples, les luthériens.
Désormais la voie est tracée pour Martin Luther. Toutes les réformes réclamées depuis des décennies se sont transformées en une Réforme. Le second schisme, après celui de l’orthodoxie en 1054, a eu lieu. Le christianisme a donc deux branches, l’orthodoxie et le luthéranisme, toutes les Églises plus tard issues de la Réforme naîtront de celle de Luther.
La théologie luthérienne comporte des aspects fondamentaux différents de ceux de l’Église catholique. 
Le premier point essentiel est, après la relecture de Saint Paul, la certitude de la justification par la foi ; l’homme est sauvé par le don de la grâce de Dieu, par le Christ ; le salut n’est donc pas, selon Luther, ‘à gagner’, mais ‘ à conserver’ comme un don fait par Dieu à l’homme dont les actions désormais témoignent de sa reconnaissance et de sa conscience d’avoir été ‘sauvé’, gratifié du salut.
Suivent ensuite les sacrements, dont deux seulement sont maintenus dans le luthéranisme, le baptême et la communion. Sont supprimés les vœux monastiques et le célibat des prêtres. Les pasteurs seront élus par les communautés, le culte dit en allemand, dans la langue que tous peuvent comprendre, comme la Bible qui sera également lue en allemand.
Mais le point théologique qui va établir la rupture avec l’Église catholique que Luther quitte, est qui sera vivement ressenti, est au sujet de la communion. Pour l’Église jusque là l’eucharistie représente en effet la ‘transsubstantiation ‘, la transformation des espèces, pain et vin en corps et sang du Christ. Luther abandonne cette affirmation pour une autre : il ne s’agit pas pour lui de transsubstantiation mais de ‘consubstantiation’ : il n’y a pas pour lui transformation des espèces mais ‘présence’ du Christ dans les espèces. Plus tard, l’idée même de consubstantiation sera elle – même combattue par Zwingli, qui parlera de ‘symbole’, idée reprise par Calvin.
À ses talents de théologien Martin Luther allie ceux du pédagogue préoccupé de l’enseignement, et notamment celui des enfants. Il écrit :
Pour aider les fidèles, Luther publie en 1526 la « Messe allemande » pour expliquer le nouveau culte réformé luthérien, un « Petit catéchisme » pour les enfants en 1529, un « Grand catéchisme « pour les pasteurs en 1530. L’œuvre immense du théologien – quelques cent volumes – atteste de cette volonté de transmission.
Du point de vue humaniste, Luther se heurte à Erasme, les deux hommes étant fort différents, le premier ancien moine virulent et parfois fougueux, le second ayant pris du recul face à l’Église et connu pour son irénisme.
Dans le domaine politique, Martin Luther aura bénéficié de l’appui de Frédéric le Sage est restera attaché à la hiérarchie de son époque. La Révolte des paysans de 1524-1525 reste la marque de Luther qui approuve la forte et cruelle répression qui suit cette révolte des paysans, dressés contre le prince, mais aussi en partie en désaccord avec le luthéranisme.
L’adversaire principal de Luther dans cette affaire est Thomas Müntzer (vers 1480-1525). Ce dernier en effet, qui avait étudié à Leipzig puis à Francfort sur Oder était devenu prêtre, charge qu’il avait abandonnée en 1522 ; il avait opté deux ans auparavant pour la réforme de Luther, qu’il avait rencontré en 1519. Il est d’abord en accord avec le réformateur sur les besoins de réformes dans l’Église, puis sur les « 95 thèses ». Bientôt les deux hommes divergent et le désaccord devient conflit. Thomas Müntzer reproche à Luther ses relations politiques avec les princes, l’accuse de ne pas s’occuper davantage des paysans et s ‘écarte de la théologie luthérienne, pour prêcher bientôt un radicalisme que Luther juge outrancier et désapprouve dans le fond. Il reproche à son tour à Müntzer son agressivité et sa violence, notamment quand il apprend le comportement iconoclaste dont Müntzer est accusé en 1524 . De ‘révolutionnaire’, Müntzer devient ‘prophète’, voyant dans les bouleversements du XVIe siècle les conséquences d’une foi mal vécue ou mal prêchée. Il écrit sa « Protestation de la vraie foi chrétienne » :
Puis, à Frédéric le Sage il envoie ces lignes :
Il s’engagera dans la Révolte aux côtés des paysans, mais, fait prisonnier,il est condamné et décapité en 1525.
Cette attitude de Luther dans la Révolte des paysans, qui sera jugée dure et proche de l’intolérance, se retrouve dans une autre attitude, toute médiévale, face au judaïsme. Luther accuse les juifs de la mort du Christ, ou de ne pas se convertir ; il est prêt à brûler les synagogues, suivi en cela par son épouse qui, lors d’une maladie de Luther, y voyait la marque et la malédiction juive.
En effet Martin Luther a mis ses affirmations en pratique, et critiquant le célibat des prêtres, il convolera en noces avec Catherine de Bora en 1525. D’abord dans l’obligation d’entrer au couvent, la jeune Catherine s’en échappe, arrive à Wittenberg où elle rencontre Luther. Malgré les difficultés, les critiques adressées aux jeunes gens – quand on a refusé le célibat des prêtres, il est moins facile d’envisager leur mariage – et les hésitations de Luther lui – même, le mariage a lieu et six enfants devaient unir la famille, avec la douleur de la perte d’une fille dont le père se remettra mal.
Intelligente et attentive, cultivée, Catherine secondera son époux toute sa vie en veillant à la tenue du ménage où l’argent manquait souvent, mais où le couple recevait mis et étudiants en ‘table ouverte’ pour le bonheur de professer et de débattre ; les discussions, ces ‘controverses’, commençaient à table puis se poursuivaient dans le bureau du réformateur. Les notes de ces débats, prises et conservées par les étudiants, devaient plus tard être publiées sous le titre « Propos de table », témoignant de la curiosité et de la culture que tous partageaient.
Luther inquiétait Catherine par sa santé parfois fragile. Dès 1527, le voyant souffrir les douleurs de la maladie de la pierre qui ne le quittaient guère, Catherine craindra toujours pour l’avenir de ses enfants, mais c’est encore le malade qui réconfortait son épouse.
Quand Martin Luther meurt en 1546, l’œuvre écrite est importante, mais l’œuvre spirituelle l’est plus encore. La théologie scolastique ne sera plus défendue désormais avec la même conviction, le nouveau luthéranisme pénètre dans toutes les classes de la société et bientôt dans les pays de l’Europe du nord dans un mouvement et un élan qui s‘avéreront irréversibles. Après le Moyen -Age, « l’époque moderne » s’installe. Martin Luther en reprenant et en développant les idées des précurseurs, dès lors ‘pré-réformateurs – a établi une nouvelle religion qui donnera un autre visage à l’Europe. L’aspect politico – religieux jouera dans l’articulation nord – sud, le sud restant catholique romain, et le nord, en conséquence de l’Empire de Charles Quint, divisé en catholiques et luthériens. Le réformateur allemand a-t-il eu conscience des bouleversements qu’il provoquait, lui qui était arrivé au bon moment, suivi des bons personnages, avec les bons moyens techniques ; lui qui avait, en homme d’exception, su mettre en scène et en jeu tous ces éléments, tous ces facteurs ; lui qui avait écrit sur un modeste papier trouvé prés de son lit de mort :
Martin Luther qui, malgré ses ennemis et ses difficultés, ne s’est jamais dédit, a également été entouré d’amis fidèles, de ‘disciples’. Philipp Melanchton est de ceux – là. Né à Bretten (1497-1560), d’une famille aisée, de son vrai nom Philipp Schwartzerdt, il reçoit une bonne instruction délivrée par un précepteur. Le jeune garçon, brillant, goûte vite les discussions avec les étudiants plus âgés et plus avancés. À la mort de son père, il est envoyé à Spire et étudie à l’école latine de Pforrzheim. Là il se fait remarquer par sa culture, son goût de grec son talent pour le latin et en 1509 se voit donner le nom hellénisé de Melanchton – de Melas, noir et Chtoné, terre – À douze ans il entre à l’université de Heidelberg, se familiarise avec les écrits d’Erasme, et en 1514 obtient le grade de bachelier des arts.
En 1516 il dépose une maîtrise à la faculté de philosophie, tout en étudiant toujours le grec, l’hébreu, les auteurs antiques, l’astronomie, l’astrologie, la didactique, la grammaire ; et dans les années 1515, il travaille comme correcteur dans une imprimerie. 
En 1518 une chaire de grec est créée à l’université de Wittenberg, pour laquelle Melanchton est appelé. Là, il rencontre Martin Luther, qui lui confie d’ailleurs la charge honorifique de la leçon inaugurale, qui l’influence très vite et qu’il ne devait plus quitter malgré des désaccords qui n’entameront pas le respect et l’amitié qui lient le disciple à son maître.
Un an plus tard a lieu la ‘disputation’ de Leipzig où Luther doit s’expliquer : bien qu’il n’ait pas eu à participer à la discussion, Melanchton avait aidé Luther à préparer ses arguments. Bientôt ce dernier persuade le jeune érudit d’étudier la théologie et Melanchton, selon les espoirs de son ‘père spirituel’ est diplômé en théologie cette même année 1519. Il peut dès lors enseigner la théologie, la philosophie et l’exégèse biblique.
En 1520 Philipp Melanchton épouse Katherine Krapp. La famille, qui comptera quatre enfants habite une maison modeste jusqu’en 1536, date à laquelle Frédéric le Sage lui fait construire une demeure plus importante, toujours à Wittenberg, ; une vie régulière s’y déroulait, rythmée par les cours, les rencontres avec les étudiants dont certains étaient logés chez la famille Melanchton comme c’était alors la coutume. Le professeur était encore occupé par la préparation et la tenue des études bibliques qui avaient lieu chez lui et qu’il préparait en latin pour ceux qui ne connaissaient pas l’allemand, car les étudiants étrangers étaient nombreux à Wittenberg.
Dès son arrivée dans cette ville, Melanchton avait souhaité des réformes dans le programme des études de l’université. D’une part il défendait l’histoire et les mathématiques et d’autre part l’enseignement scolastique disparaissait progressivement. Le professeur devient recteur en 1523-1524 et peut alors décider certaines réformes, comme donner un enseignement humaniste, notamment à l’exemple d’Erasme. Melanchton en effet admirait l’humaniste hollandais et on rapporte que, sur son lit de mort, il récitait des prières écrites par Erasme. Luther, qui n’appréciait guère Erasme, devait s’incliner devant la volonté du recteur ; comme il devait également accepter l’apprentissage de la grammaire, de la rhétorique et de la dialectique, mais aussi de la zoologie, la géographie et l’astronomie.
Il existera des désaccords entre Melanchton et Luther, dont cette appréciation différente d’Erasme, ou le mariage de son maître que Melanchton désapprouvait. Mais une concordance de vues était réelle et profonde quant à ce qui, pour les deux complices érudits, était essentiel , l’enseignement : la maîtrise de l’expression et la rhétorique depuis les ‘disputations’, les controverses, jusqu’aux poèmes qu’on apprenait à écrire et à réciter.
Melanchton en effet est un grand enseignant, comme Luther, mais il est plus professeur que prédicateur, et le nombre important d’ouvrages publiés à l’intention des étudiants, de manuels ou de cours est autant de témoignages du pédagogue.
Les cours de théologie étaient suivis, dit-on, par quelque cinq cents ou six cents étudiants, à ses débuts, puis plus tard par environ mille cinq cent jeunes gens. Son ambition était de rester un humaniste, et non devenir théologien, et de transmettre ce goût de l’étude qui caractérisait le courant humaniste.
Resté donc humaniste et professeur, Melanchton a fixé des règles de connaissance de l’Histoire, et de l’histoire de la religion. C’est lui qui a étudié et montré l’importance de ce que le XIXe siècle appellera l’étude historico-critique. Melanchton a été le premier à vouloir montrer l’importance de l’histoire des dogmes, et, à travers eux, l’histoire du christianisme.
Les universités de la deuxième moitié du XVIe siècle en Allemagne – à Francfort, Leipzig, Prostock ou Heidelberg – bénéficieront, notamment dans les années 1555-1560, de la participation de Melanchton à l’élaboration de leurs statuts. De même les nouvelles universités de Marbourg, Königsberg, créées après la Réforme luthérienne,devaient- elles recevoir les conseils de Melanchton, véritable personnification de la quasi totalité des connaissances de son époque, lui qu’on appelait ‘le professeur d’Allemagne’.
Outre ce domaine de l’enseignement où il excelle, Melanchton œuvre pour aider Luther et faire avancer ses idées, notamment au sujet du célibat des prêtres (même s’il désapprouvait le mariage de son maître), et surtout la nouvelle conception de la communion, la consubstantiation. C’est Melanchton qui célébrera le 29 septembre 1521 la première cène luthérienne.
À partir de 1527, Melanchton travaille à un texte qui donnerait la synthèse de la doctrine luthérienne. En 1529 il est envoyé à la Diète de Spire où doit se discuter la notion de communion selon Luther, et un an plus tard, c’est à la Diète d’Augsbourg que doit encore intervenir Melanchton qui avait donc rédigé le texte essentiel : ce sera la Confession de foi luthérienne, restée pour tous dans l’Histoire comme la Confession d’Augsbourg de 1530, qui prendrait en 1555, à la paix d’Augsbourg, valeur de Constitution.
En vérité, toute l’importance de la Confession d’Augsbourg, de la volonté et de la rédaction de Melanchton lui-même, tient à qu’il souhaitait prouver que les protestants malgré leurs ‘innovations’ appartenaient toujours à la religion catholique et pouvaient rester en son sein. Melanchton défendait ainsi les nouvelles doctrines tout en continuant à reconnaître l’autorité de l’Église.
C’est ainsi que Melanchton offre toute l’étendue de sa culture et de son irénisme. Cette attitude lui sera d’ailleurs reprochée, et Luther ne cachera pas sa déception de ne pas avoir vu mentionnées dans la Confession d’Augsbourg les critiques qu’il avait lui-même formulées au sujet du purgatoire, du culte des saints et de la papauté. Melanchton , qui le savait , dira :
C’est comme si Melanchton rêvait d’une Église ‘évangélique – catholique’, tout en restant dans l’Église catholique avec une autre théologie. Cette nouvelle théologie, Melanchton la publie dans son ouvrage « Loci communes », où il explique que Dieu n’est pas responsable du péché et que l’homme est responsable de ses actes, le salut de l’homme étant offert par Dieu, il n’existe pas de ‘mérite’ à le trouver. En conséquence, Melanchton insiste sur la nécessité des œuvres à partir de ce don de Dieu. Dans l’édition de 1535, l’auteur va jusqu’à affirmer que ces œuvres sont indispensables à la vie éternelle, autant qu’elles prouvent une réconciliation de l’homme avec Dieu. Plus tard, cette doctrine sera atténuée dans les termes de ‘vie spirituelle, sens du devoir et droiture de conscience’.
En revanche, au long de sa réflexion, Melanchton mettra en doute la doctrine de Luther au sujet de la consubstantiation, pour se diriger vers une représentation plus spirituelle de la communion. En 1536, date de la Concorde de Wittenberg, Melanchton et Martin Bucer ( ) tentent de trouver un accord pour définir la consubstantiation. Aux colloques de Worms en 1540 et de Ratisbonne en 1541 Melanchton est celui qui doit expliquer la doctrine : au deuxième colloque, on espère une entente avec les catholiques pour la formulation de la justification par la foi : le texte écrit, approuvé par Luther , sera refusé par l’Église, malgré les efforts de Melanchton.
En 1543 Melanchton est à Bonn où il retrouve Martin Bucer pour élaborer une ordonnance ecclésiastique dont le but est de réconcilier l’archevêque de Cologne et le prince électeur Hermann von Wield. En vain. Trois ans plus tard, Charles Quint tente d’assujettir les princes récalcitrants. Devant le conflit l’université de Wittenberg doit fermer ses portes, Melanchton doit quitter la ville, où il ne reviendra qu’à la fin du conflit.
Ses voyages et son travail de négociateur n’empêchent pas Melanchton d’écrire. Il publie trois commentaires des épîtres de Saint Paul aux Colossiens et aux Romains, cette dernière épître, dont il disait qu’il avait compris l’importance grâce à Luther, était essentielle à ses yeux. Suivent trois versions latines et une version allemande de son œuvre « Loci communes ».
Melanchton a aidé Luther pour la traduction du grec en allemand, des livres des Maccabées de l’hébreu en allemand ; il a revu la traduction des Psaumes en 1531, puis l’édition complète de la Bible en 1534 et en 1539-1541. Après la mort de Luther, il travaillait toujours sur les travaux de son maître.
Les dix dernières années de sa vie, de 1550 à 1560, souvent critiqué par d’autres théologiens, Melanchton continua d’œuvrer pour la paix de l’Église.
Quelques jours avant sa mort, sans jamais avoir cessé d’espérer voir les Églises réconciliées, il disait :
Si Martin Luther a été un maître pour Philipp Melanchton, s’il l’a éclipsé et si la légende disait du disciple qu’il était ‘le laquais du prince (Luther)’, l’Histoire a su lui reconnaître son érudition, son travail et sa présence discrète, efficace et indispensable auprès du fougueux Luther. Ses contemporains ont su également comprendre la complémentarité des deux hommes, en les inhumant tous les deux dans l’église du château de Wittenberg, sous des dalles de bronze identiques et de modestes dimensions, qui portent toutes deux simplement les noms, dates des décès et âges, à droite sous la chaire celle de Luther, à gauche celle de Melanchton, qui avait dit à l’oraison funèbre de son maître qu’il était « comme Elie, à son époque, qui avait rappelé l’Église à ses racines ».
La réforme luthérienne va s’étendre en Suisse, mais quelque peu différemment, par la volonté d’autres réformateurs, notamment Ulrich Zwingli et Henri Bullinger.
Le premier, Ulrich Zwingli (1484-1531) est né à Wildhaus, au nord est de la Suisse, dans un milieu aisé. Instruit d’abord par oncle, il est ensuite envoyé à Bâle, puis à Vienne, avant de poursuivre ses études à Berne et Vienne . On ignore la cause du renvoi du jeune Ulrich de l’université de Vienne, mais on l’y retrouve un an plus tard. En 1502, il retourne à Bâle où on le presse d’étudier la théologie, ce qu’il fait et en obtient le grade en 1506.
De 1506 à 1516, tout en exerçant les fonctions de curé à Glarus, au centre de la Suisse, Zwingli continue d’étudier le grec, les Pères de l’Église, en parallèle avec les grands humanistes, dont Erasme. Comme souvent à l’époque, il participe aussi à la vie politique, notamment comme aumônier dans les armées suisses, et à Marignan en 1515. Son engagement à la cause du pape est alors total, ce qui lui vaut l’amitié du cardinal Matthew Shinner, une pension du pape, et en 1516 l’autorisation d’être prêtre séculier, date à laquelle il quitte Glarus.
De 1516 à 1518 Zwingli se consacre à la prédication et à l’étude : toujours attaché à l’Église, il suit les traces des humanistes, étudie la Bible, particulièrement les épîtres de Saint Paul, et apprend l’hébreu.
En 1518 le poste de prédicateur à Münster étant vacant, il se propose comme candidat et ; malgré les soupçons qui pèsent sur lui au sujet précisément du célibat des prêtres, il est élu majoritairement. Plus humaniste que théologien, il s’occupe alors davantage d’affaires séculières que cléricales.
En 1519 il prêche pour la première fois dans la cathédrale de Zurich. Dans cette ville vont avoir lieu des faits et se prendre des décisions qui font évoluer Zwingli.
Tout d’abord, il est frappé d’une part par la piété et la religiosité des habitants, d’autre part par la négligence et le laxisme du clergé, et enfin par le système des mercenaires adopté pour leurs armées par la France et par Rome. Ce dernier pont amène Zwingli à s’occuper de nouveau de politique : il s’oppose à Rome et en 1520 renonce à la pension que lui versait le pape. Zurich alors, sous l’influence de Zwingli, refuse une alliance avec la France en 1521. Dès lors l’influence politique et religieuse du ‘contestataire’ est grande, et dès 1522 il affirme ses critiques de l’Église et ne veut avoir d’obéissance qu’en face de Dieu et de la Bible. Le nouveau réformateur suisse explique toutes ses idées dans soixante sept thèses qui sont soixante sept propositions de réformes de l’Église.
Zwingli devra participer à deux ‘disputations’ en janvier et octobre 1523 à Constance, où tous les points qu’il remettait en cause, et malgré la prudence qui lui était conseillée, seront acceptés à Zurich : pèlerinages et pratique des indulgences interdits, sacrements de pénitence et extrême-onction supprimés, toutes ‘images’, sculptures, reliques, etc..., détruites, calices et objets de d’église fondus, biens ecclésiastiques saisis par la ville, monastères fermés, célibat rejeté. En 1524 Zwingli épouse Anne Reinhard, et en 1525 la messe est interdite à Zurich.
Ces réformes sont acceptées à Zurich, comme à Saint Gall, Berne, Schaffahausen et Bâle, et Zwingli est devenu une personnalité incontestée en politique comme en religion.
Dans ce second domaine, un conflit l’oppose à Luther au sujet de la communion et les deux théologiens sont invités à en débattre en 1529 ; Luther prêche la consubstantiation alors que Zwingli ne veut voir dans la communion que le souvenir et le symbole de la dernière cène, doctrine qu’il avait déjà rendue publique en 1524. La querelle en restera là et les deux réformateurs garderont leurs doctrines respectives.
La virulence de Zwingli l’oppose également aux cantons restés catholiques. Sous son influence, une guerre civile, acceptée par les zurichois, a lieu à Kappel en octobre 1531 entre catholiques et protestants. La guerre est courte , qui se termine à la fin du même mois, mais Zwingli y meurt. 
Considéré comme ‘le gouverneur de tous les confédérés’ Zwingli a usé de tout son poids politique et religieux pour faire évoluer la doctrine de Luther , au sujet de la communion principalement, et en a effectivement fait un point essentiel dans le tournant de la Réforme.
Henri Bullinger (1504-1575) est le second grand réformateur suisse. Né à Bremgarten, à trente kilomètres de Zurich, le jeune garçon étudie d’abord dans sa ville natale puis à Emmerich sur le Rhin, où les travaux des étudiants répondent à la fois à l’enseignement traditionnel et à l’humanisme. 
À quinze ans il est à Cologne et obtient le diplôme de bachelier . En 1520 a lieu dans cette ville une controverse de Luther, que le jeune homme découvre. Sous l’influence du réformateur allemand Bullinger décide de relire la Bible, surtout le Nouveau Testament, les Pères de l’Église, les « Lois communes » de Melanchton, et abandonne peu à peu l’idée qu’il avait de devenir chartreux.
En 1523 il est professeur à l’école du couvent cistercien de Kappel, après avoir renoncé à être membre d’un quelconque ordre. On appelle son enseignement ‘humanisme réformé’, il est centré sur l’étude des Écritures et particulièrement sur les épîtres de Saint Paul. Toujours en 1523 Bullinger rencontre Zwingli et de ces premiers contacts se tissent des liens de respect et d’amitié. Bullinger adhère à la doctrine de Zwingli sur le ‘ symbole ‘ dans la communion, et, à son contact, décide de parfaire ses connaissances en se perfectionnant en grec et en apprenant l’hébreu.
En 1528 il est ordonné pasteur à Zurich ; puis il publie plusieurs ouvrages cette année- là : « De origine erroris » qui plus tard convaincra Théodore de Bèze, et soixante dix volumes en six ans, en latin et en allemand, théologiques et éthiques.
En 1529 Bullinger quitte Zurich pour Bremgarten où on l’a appelé pour prêcher et où, pendant un an, il enseignera le Nouveau Testament. C’est encore en 1529 qu’il épouse Anna Adlischwyler, ancienne nonne de Zurich.
En 1531 deux événements touchent Bullinger. Le premier sous la forme d’un conflit avec les anabaptistes, qui pousse le réformateur à publier un ouvrage historico - critique sur l’anabaptisme ; le second étant la guerre qui oppose catholiques et protestants à Kappel et provoque la mort de Zwingli. Bullinger fuit alors Bremgarten pour Zurich, bientôt suivi par son épouse et leurs deux filles. Là il est écouté, comparé à Zwingli, et en décembre 1531, il est nommé pasteur.
Le nouveau pasteur doit faire face à ses nouvelles responsabilités, importantes et, avec elles, à des conflits. Tout d’abord politiques : dès la fin de la guerre de Kappel les autorités municipales font savoir qu’il est interdit aux prédicateurs de faire de la politique. Devant les protestations de Bullinger et du Conseil des théologiens on cherche une médiation. Les théologiens ne s’occuperont pas de politique mais les prédicateurs pourront intervenir au nom de la Parole de Dieu.
Le second point à débattre est la querelle avec les catholiques qui souhaitent faire reculer Zurich. Nouvelles menaces de Bullinger, et nouveau ‘contrat’ entre la ville, Bullinger et les théologiens protestants.
Désormais Bullinger est un personnage essentiel de l’histoire de Zurich et du protestantisme suisse.
En outre, ses nombreuses publications, son importante correspondance avec l’Allemagne et les Pays Bas font de Bullinger un maillon indispensable dans le réseau des relations internationales. C’est d’ailleurs grâce à lui que , à Zurich, se réfugieront les exilés anglais sous le règne de Marie Tudor, comme les français qui trouveront refuge également après la nuit de la Saint -Barthélemy.
L’enseignement est aussi d’importance pour Bullinger qui, outre les langues bibliques, attend des étudiants qu’ils apprennent la philologie et la rhétorique. Par ailleurs à côté des deux écoles, latine et théologique, déjà existantes à Zurich, Bullinger développe l’école ‘de prophétie’ ouverte par Zwingli en 1525 : on y enseigne le grec et l’hébreu, l’Ancien Testament aux futurs théologiens qui doivent savoir analyser les textes bibliques. De cette école sortira une traduction de la Bible en allemand cinq ans avant celle de Luther.
Des publications de Bullinger deux ressortent particulièrement : l’ « Accord de Zurich » qui sonne comme une conclusion, un ‘ accord eucharistique’ entre les Églises de Zurich et de Genève, entre Bullinger et Calvin en 1545. Et le second ouvrage est la « Confession helvétique » en 1536 d’abord, révisée en 1566, qui reprend en trente articles l’histoire de l’Église des premiers siècles, un résumé théologique du libre-arbitre, de la pré-destination, des sacrements, du mariage et de la famille. Cette ‘ confession’ devait recevoir l’assentiment de la presque totalité des cantons réformés.
Dans la « Confession helvétique » transparaît le goût de Bullinger pour la théologie, mais aussi pour l’Histoire. En effet le réformateur a fait un travail de fond digne d’un historien. Après son histoire de l’anabaptisme Bullinger écrira encore l’ « Histoire de la Réforme suisse », qui ne paraîtra qu’au XIXe siècle et traite de l’Histoire générale de l’Église, et toujours ses controverse et ‘disputations’ se feront à base d’Histoire. Consciencieux et méthodique, Bullinger dans son Diaire notait et conservait les grands événements de l’histoire de l’Europe, sans oublier papes, rois et empereur, alliances, mariages et décès, grands personnages catholiques et réformés. Grâce à Bullinger l’Europe politique religieuse est là, dans son actualité et son évolution.
Le réformateur suisse meurt en 1574, après des décennies de prédication, d’enseignement et d’écriture, il est appelé le « capitaine » dissident dans la nouvelle Suisse réformée.
Un autre réformateur suit encore les pas de Luther et Zwingli, européen par ses nombreux voyages, dans un désir de paix et de vie chrétienne, Martin Bucer (1491-1551).
Né à Sélestat en Alsace, Martin Bucer après des études à l’école latine puis après être entré chez les Dominicains de cette ville, séjourne à Heidelberg, rencontre en 1518 Martin Luther à qui il donne toute sa confiance et dont il retient la théologie. En 1521 Bucer quitte son ordre, est relevé de ses vœux, épouse Elizabeth Sillereinsen , ancienne moniale, ce qui lui vaut d’être excommunié et de devoir se réfugier à Strasbourg en 1523. Il y restera plus de vingt ans, y sera prédicateur et de là voyagera dans toute une partie de l’Europe, Strasbourg étant ville libre d’Empire et devenue plaque tournante de l a Réforme .
Les débuts de Bucer à Strasbourg sont heureux. Il est écouté et sa doctrine de l’Église est acceptée par tous : L’Église doit être à la fois théologique et pratique, théorique et sociale ; Église et chrétienté sont unies dans un travail sans cesse missionnaire.. La vie de l’homme doit être prise en considération en regard de la Bible et selon la Parole de Dieu.
En 1524 Marin Bucer, nommé pasteur d’une des paroisses de Strasbourg, donnera dans ses prédications l’exemple de ses préoccupations humaines à l’intérieur de l’Église. « Vivre autrement en vivant pour les autres » répétait –il, l’homme sauvé par le Christ devant « porter les fruits » et attester du « nouveau royaume ».Il écrit dans le « »Traité de l’amour du prochain »de 1523 – le premier des cent cinquante traités qu’il publiera - : « C’est pourquoi j’ai écrit dans ce petit traité destiné à exhorter selon l’Écriture à ce que nul ne vive pour lui-même, mais pour son prochain, et à montrer comment nous pouvons y parvenir, c’est à dire arriver à l’état de la perfection qui vous est accessible ici – bas (...) car le Royaume de Dieu consiste en puissance et non en discours (...) afin que vous progressiez dans la foi et deveniez parfaits dans l’amour et que vous ne viviez aucunement pour vous-mêmes mais pour votre prochain et par lui en Christ. »
Comme Luther et Zwingli, Bucer prêche également contre les ‘images’ dans les églises et la forme liturgique ancienne ; liée à leur fonction de ‘missionnaires’ l’attention des réformateurs doit se porter aussi sur l’importance de l’école, de la catéchèse, du mariage, et dans l’Église, de la communion et donc du ‘bannissement chrétien ‘ , l’excommunication, dans certains cas particuliers.
Martin Bucer propose pour la première fois l’idée de la confirmation : à la fois confession de foi et engagement, la cérémonie de la confirmation se termine par l’imposition des mains. L’intérêt de cette proposition réside dans un autre objectif, celui de freiner les critiques anabaptistes sur le baptême des enfants.
Outre les anabaptistes, Bucer est conscient de la situation des Vaudois, successeurs spirituels de Pierre Valdo, qui se proposent d’adhérer à la Réforme. Il reçoit en 1530 à Strasbourg deux de leurs délégués italiens. Les efforts du réformateur se concrétiseront deux ans plus tard au synode de Chanforan.
Les années 1530-1540 sont fastes pour Bucer. En 1529 la messe est officiellement abolie à Strasbourg. En 1530 le pasteur a l’occasion à Augsbourg de préciser sa théologie et sa doctrine des ‘petites communautés chrétiennes’ : ministères diversifiés, collaboration avec les autorités civiles, restructuration des paroisses, synodes composés de pasteurs et de laïques, formation des adules, catéchèses, relations avec toutes les Églises. Ce programme moderne sera la base ’inspiration de Calvin. Outre le projets d’Église, Bucer pense également à l’enseignement et en 1538 crée le Gymnase de Strasbourg, qui sera la future université de cette ville.
Les efforts de Bucer ne s’arrêtent pas à Strasbourg. Le reste de l’Europe l’intéresse et l’attire comme potentiel de Réforme. Après les vaudois, les suédois puis les tchèques. Avec ces derniers d’étroites relations se tissent dans les années 1540 lorsque les Frères tchèques se présentent à Strasbourg et rencontrent Bucer. Un volume de Bucer , le « Traité de la cure de l’âme » sera d’ailleurs traduit en tchèque.
Après les tchèques, les hongrois qui séjournent à Strasbourg apprennent la doctrine de Bucer. Son influence s’étend encore aux Pays Bas où sa conception spiritualiste de la communion sera adoptée, et où ses écrits seront diffusés.
L’Espagne ne reste pas éloignée des idées de Bucer qui accueillera, toujours à Strasbourg, des espagnols acquis à la Réforme mais menacés dans leur pays, dans les années 1545-1546.
Enfin la France et l’Angleterre sont dans les préoccupations de Bucer. En France il tente d’engager des relations avec François 1er et aurait souhaité un colloque général.
En Angleterre ces relations sont déjà nouées depuis les années 1535 lorsque paraît la traduction des psaumes en anglais et des commentaires bibliques envoyés à des ecclésiastiques anglais. Bucer donnera conseils et avis pour la révision du livre de prières, et aidera à formuler une nouvelle liturgie d’ordination. Il se souviendra de ces relations avec l’Angleterre en 1549 lorsqu’il lui faudra quitter Strasbourg.
Car la situation changé dès les années 1540. Les succès de Bucer s’estompent. Est –il allé trop vite et ses contemporains trop lentement ? Les Églises ont elles été trop prudentes ? Les fidèles ont ils été indisciplinés, indifférents ou effrayés ? Le projet le plus cher du réformateur, des ‘communautés chrétiennes’ tombe. Philipp de Hesse, prince et chef de file des protestants, ne soutient plus Bucer. En 1546-1547 les États protestants sont vaincus par Charles Quint qui impose le retour du culte catholique à Strasbourg. Bucer y oppose un luthéranisme très affirmé ; en 1549 il doit quitter la ville. Il part en Angleterre s’installe à Cambridge, mais exilé, déçu et sans appui , Martin Bucer meurt deux ans plus tard.
Martin Bucer semble donc oublié mais l’œuvre qui avait du sens ressurgira, l’œuvre de celui que Charles Quint lui-même avait su apprécier pour ses talents de négociateur et qui était critiqué par Luther pour ces mêmes talents . On a dit qu’il avait été « le génie créateur de l’Église réformée » et Calvin son « génie réalisateur », celui dont la devise était : « Ma patrie est dans les cieux ».