Depuis la deuxième moitié du XV siècle, se sont amorcées puis développées oppositions et contestations, volonté avouée de faire aboutir des réformes, et bientôt la Réforme.
Et voici que, plus jeune que Martin Luther, un autre personnage, catholique et d’abord destiné à la prêtrise, va prendre le relais en France, puis en Suisse, et qui sera un des personnages – clefs de la seconde génération de la Réforme.
Jean Calvin, ou Calvin (1509 – 1564) est né à Noyon en Picardie.
Ses premières études se passent dans sa ville natale puis à Paris, et il se destinera à devenir prêtre, selon le souhait de son père, étant orphelin de mère dès l’âge de six ans. En quête d’identité, de santé fragile, intelligent, le jeune homme, qui ne recule devant aucun effort, n’hésite pas à multiplier jeûnes et abstinences. Ce mode de vie difficile, et parfois dangereux, ne l’empêche pas de s’initier à la pensée d’Érasme et de réfléchir aux « propositions »de Luther. Mais, en raison de querelles des chanoines de Noyon, avec le père de Jean qui était administrateur de biens, l’orientation du jeune homme est changée et on le dirige vers une carrière de juriste. Ainsi va-t-il reprendre des études de droit à Orléans puis à Bourges. En 1531 le père meurt et le fils choisit de retourner aux lettres et à la théologie, conscient néanmoins d’avoir appris beaucoup du droit et d’en avoir compris l’intérêt et l’importance. Il fréquente alors les cercles humanistes, et décide d’apprendre le grec et l’hébreu.
Probablement vers 1532-1533 se situe la ‘ conversion ‘de Jean Calvin qui prend alors la décision irréversible de se tourner vers les ‘idées nouvelles’ du récent luthéranisme. Comme pour le réformateur allemand, il s’agit pour Calvin d’être délivré de cette angoisse existentielle par la conviction que l’homme est sauvé par le don de la grâce, en abandonnant toute forme de superstition ou toute sorte d’influence extérieure qui ne lui viendrait pas de Dieu. Peut-être Calvin a-t-il aussi été influencé par Pierre Robert dit ‘Olivetan’, l’un de ses cousins. En effet, cadet de Jean de trois ans, celui-ci a fait ses études également à Orléans, avant de résider à Strasbourg où il apprend l’hébreu avec Martin Bucer. Olivetan est surtout connu pour avoir traduit la Bible en français, de l‘hébreu et du grec, pour l’Ancien et le Nouveau Testament, traduction que Luther préfacera en 1534 , quand la Bible devait être publiée en 1535 à Neuchâtel.
En 1533, Calvin, à la suite des événements consécutifs à la fin du cénacle de Meaux fuit Paris pour Angoulême puis pour Nérac où l’accueille Marguerite de Navarre ; puis il retourne à Bourges où il prêche pour la première fois. 
En 1534 éclate l’Affaire des Placards et Calvin décide de quitter la France pour Bâle. C’est cette année–là qu’il rompt avec son Église et c’est également l’année de la rédaction de la préface de la Bible d’Olivetan.
Deux ans plus tard, en 1536, Jean Calvin publie l’ « Institution de la religion chrétienne », son œuvre majeure et essentielle en latin, qui sera traduite en français en 1541 et connaîtra vingt cinq éditions de 1536 à 1564 et cinquante trois jusqu’à la fin du XVIe siècle, en latin, français, anglais, allemand, italien, espagnol et néerlandais.
Calvin a publié là une somme qui se veut doctrinale, avec pour objectif d’être aussi une aide pour le chrétien , comme un manuel. Le juriste transparaît derrière le théologien qui suit un plan rigoureux et aboutira à une éthique, loi- foi – prière- sacrements- liberté chrétienne. Ces thèmes principaux, déjà développés par Luther, Zwingli, et Bucer, sont repris dans l’ « Institution » dans une forme plus précise et minutieuse. On retrouve donc les doctrines de l’autorité des Écritures, la justification par la grâce comme don gratuit de Dieu, mais le jeune réformateur s’écarte de Luther pour le concept de communion et réfute la doctrine de la consubstantiation. Il élabore l’idée de la prédestination qu’il affirmera plus tard et qui ne fera pas toujours l’unanimité des réformés : Dieu choisit ceux qui recevront la grâce et ainsi l’homme sera –t-il sauvé ou perdu par la seule volonté divine.
L’ « Institution », dédicacée à François 1er et que Calvin remaniera restera le fondement de ce qui s’appellera le calvinisme et qui se développera dès l’installation de l’auteur à Genève.
En effet, de Paris où il a dû se rendre, Calvin souhaite aller à Strasbourg mais ne peut le faire à cause de la guerre et il doit passer par Genève. Là, il rencontre Guillaume Farel et dès lors l’histoire de Calvin est liée à celle de Genève et à Farel. Ce dernier (1489-1565) né à Gap en Dauphiné suit d’abord des études à Paris où il a rencontré Lefebvre d’Étaples et a été diplômé en 1517. Il a fait partie du cénacle de Meaux, a rompu avec l’Église en 1521 et a décidé de diffuser ‘les idées nouvelles’ à Bâle, Strasbourg, Berne et Neuchâtel. Cette ville devant l’insistance et l’influence du réformateur, adhère à la Réforme en 1530. Les autorités bernoises chargent alors Farel de prêcher dans les cantons romans, et c’est au synode de Chanforan qu’il poussera les Vaudois, avec Bucer, à adhérer à leur tour à la Réforme en 1532. Cette même année, Farel arrive à Genève où ses prédications et son élan ne plaisent guère au Conseil épiscopal qui l’expulse en octobre 1532.
En mars 1533 les bernois prennent la défense de Farel qui peut revenir à Genève en décembre et où la majorité des genevois acceptent le nouveau réformateur. Deux ans plus tard, la messe sera abolie.
Par ailleurs François 1er a attaqué et vaincu la Savoie et Genève se trouve ainsi prise entre la Savoie, la France et les cantons suisses : c’est cette année, en mai, qui marque alors l’adhésion de Genève à la Réforme . 1536 est donc une date importante dans l’histoire de Genève, de Calvin et du protestantisme ‘calviniste ‘ dans la ville.
L’histoire de la Réforme à Genève va alors s’écrire plus vite : dans un premier temps, de fin 1536 à 1538, Guillaume Farel et Jean Calvin sont d’abord reçus avec réticence par la population genevoise qui trouve trop rigoureux les articles proposés pour installer la Réforme à Genève. La conséquence en est le renvoi de la ville des deux amis, le Conseil de Berne tentera de les aider, mais en vain ; Guillaume Farel s’installera à Neuchâtel, où il se marie en 1558 malgré le désaccord de Calvin qui lui- même repart pour Bâle puis Strasbourg. Puis en 1540 les genevois le rappellent et il répond en s’installant en septembre 1541 à Genève qu’il ne quittera plus.
À Strasbourg en 1540, il avait épousé Idelette de Bure (?-1549), veuve de Jean Stordeur : le couple, alors anabaptistes de Liège, s’était réfugié à Strasbourg et avait été amené à adhérer à la Réforme par Jean Calvin.
Désormais à Genève Calvin n’a de cesse de développer la Réforme dans la ville. Ses talents de juriste vont l’aider dans ce travail, outre les doctrines déjà exposées dans son œuvre , l’« Institution de la religion chrétienne ».
Arrivé début septembre 1541, Calvin présente dès la fin du mois un projet que le Conseil général de la ville accepte en novembre. Ce projet consiste essentiellement en ordonnances ecclésiastiques qui vont déterminer les principaux ministères dans l’Église : les pasteurs qui assurent les prédications et l’administration des deux sacrements , dont la communion que le réformateur accepte de ne la voir célébrée que quatre fois par an (Noël, Pâques, Pentecôte et le premier dimanche de septembre) ; les docteurs, chargés de la catéchèse, les Anciens, responsables de la discipline ecclésiastique, et les diacres qui veillent sur les œuvres sociales. Un consistoire devra regrouper pasteurs et Anciens qui doivent être attentifs à la bonne moralité des fidèles, car sont interdits le jeu, la boisson, les danses, toute forme de luxe, etc.. .L’excommunication – exclusion de la communion – est même proposée. Ces ordonnances ecclésiastiques régiront le ‘gouvernement’ de l’Église. Calvin, se préoccupant de la liturgie, y fait introduire les chants et en rédigera un nouveau formulaire.
Pour ce qui touche à l’enseignement, Calvin en 1541 écrit le « Formulaire d’instruire les enfants à la chrétienté », sous forme de questions – réponses que les enfants doivent apprendre ; ce formulaire est en réalité un nouveau catéchisme. Passé en France en 1544 le volume est modifié pour être adapté aux enfants de dix ans et plus tard Théodore de Bèze en rédigera un autre pour les plus petits.
Par ailleurs Calvin fera créer deux écoles à Genève, une pour enfants et un collège, puis en 1559 ce sera l’Académie.
Le réformateur juriste, connaissant les problèmes de l’exil, souhaite dès 1541 que soient enregistrés les noms des parents et des enfants. La mesure appliquée à Genève dès 1542 ne le sera en France qu’après 1559, après le premier synode général des églises réformées qui déclarera « tant les mariages que les baptêmes seront enregistrés et gardés soigneusement en l’Église avec les noms des père et mère et parrains des enfants baptisés ». En 1562 le roi autorisera officiellement la procédure. Calvin a compris cette question cruciale qui restera épineuse pour les réformés en France car ils se verront autorisés à ‘exister’ ou contraints à ‘disparaître ‘selon la volonté et les édits royaux, quand même la mort ne sera pas respectée et le problème des cimetières douloureux ; mais les listes des noms dans les Bibles cachées pendant les périodes de persécutions puis redécouvertes permettront de relier les familles et les destins, donc l’histoire des protestants.
Familles dont se soucie Calvin depuis Genève, et qu’il aidera particulièrement lorsque les Églises de la Réforme se ‘dresseront’, comme il enverra également les pasteurs formés à Genève. L’aide est matérielle, intellectuelle et spirituelle : Jean Calvin enverra au synode de 1559 un projet de Confession de foi.
Ainsi Jean Calvin est il devenu un personnage incontesté à Genève, et dont le modèle traversera les frontières. Toujours de santé médiocre – 1564 le voit malade et épuisé – il meurt cette année – là, laissant une œuvre considérable et des doctrines qui seront dès lors ‘calvinistes’. 
Jean Calvin a ‘vidé le ciel’ pour n’y retrouver que Dieu transcendant, le Christ seul médiateur et le saint Esprit pour animer l’homme dans la société. Le réformateur a fait de Genève une ‘ville – école’, et des pasteurs qu’il envoyait dans toute l’Europe, des ‘soldats intellectuels’. Par sa volonté de repenser la foi et de la formuler, il représentait l’humanisme. Pour son refus des superstitions et son souhait de développer les doctrines luthériennes et zwingliennes, il était théologien.
Par l’articulation qu’il savait faire entre la religion et l’histoire, il était historien . Par son organisation de la vie de l’Église et de la cité, il était juriste.
Pour les deux derniers points, Calvin a été, sinon le premier, en tout cas le plus explicite quant à la distinction des pouvoirs ecclésiastique et civil. Il s’est opposé à l’ingérence du magistrat dans l’Église, sauf pour solliciter un avis. Genève n’a pas été une théocratie et Calvin a su préserver l’indépendance de l’Église lorsque lui – même connaissait des conflits.
La deuxième génération de la Réforme, avec Calvin, est bien séparée désormais du monde médiéval, voire des débuts de la Renaissance, elle est en phase désormais avec un monde ‘moderne’ qui commence à bien appréhender et comprendre les enjeux de la Réforme, qui est à même de les accepter ou de les refuser, dans toute l’Europe de cette deuxième moitié du XVI siècle.
Cependant Jean Calvin a eu des opposants, et, pour certains, farouches. Son autorité et sa rigueur pouvaient déplaire, ses doctrines déranger, mais ce qui lui sera reproché, comme une forme d’intolérance, aura été l’affaire Michel Servet (vers 1509-1553).
Espagnol, né sans doute à Villeneuve d’Aragon, fils de notaire, l’enfant montre vite une vive intelligence. À 14 ans il est au service du directeur de l’université de Paris qui sera plus tard le confesseur de Charles Quint, et obtient l’autorisation de se rendre à Toulouse pour étudier le droit. Là, le jeune homme, curieux et avide de savoir, épouse les idées humanistes, apprend l’hébreu et le grec. En 1530, on le retrouve à Bâle puis à Strasbourg,dans les lieux intellectuels, lors de conférences ou de controverses.
En 1533 à Paris il doit rencontrer Jean Calvin,mais l’entrevue ne se fera pas. Michel Servet repart pour Lyon dans les années 1537-1538, travaille chez un imprimeur comme lecteur et correcteur. Il hésite longtemps à faire des études de théologie ou de médecine, finit par s’inscrire à l’université de Paris en médecine, tout en étudiant en même temps la pharmacologie et l’astrologie.
Après Lyon, Michel Servet est à Vienne où d’une part il exerce la médecine et d’autre part écrit, soit des ouvrages sous un pseudonyme ‘Michel de Villeneuve’ soit de la correspondance, surtout avec Calvin en 1546. Les relations entre les deux hommes, d’abord courtoises, se détériorent vite, Servet harcelant Calvin de questions, ce dernier ne répondant pas toujours, souvent agacé soit par les questions soit par le ton de son correspondant.
Ce qui est le plus reproché à Servet n’est, ni sa fougue ni ses convictions dangereusement avancées en médecine – n’ose-t-il pas parler de la circulation du sang ? – mais ses interprétations bibliques et notamment sa conception de la communion. Il se heurtera, dès qu’il la présentera ‘, aux oppositions catholiques et réformées, en particulier à celle de Philippe Melanchton : Servet refuse la transsubstantiation mais accepte la présence du Christ diffuse dans le pain et non localisée.
La seconde question sévère qui ne lui sera pas pardonnée est sa conception, également, de la Trinité. Ce qui n’était qu’une réticence entre Servet et Calvin va devenir un conflit grave, surtout quand le réformateur implacable de Genève apprend que Servet avait écrit : « La Trinité est un cerbère à trois têtes et ceux qui croient en la Trinité sont de fait des athées ».
Le conflit s’aggrave encore quand Servet publie à Vienne un volume « Prostitution du christianisme » où il s’écarte de l’« Institution de la religion chrétienne » de Calvin : Servet affirme qu’il y a bien Père, Fils et Saint Esprit, mais en qualité de ‘personnes’ Dieu ayant sa parole incarnée dans le Fils qui est en conséquence le Logos incarné dans un moment donné de l’histoire, et le Saint Esprit qui anime l’homme ne peut plus être assimilé à une personne. Ces assertions antitrinitaires sont donc opposées aux doctrines ‘calviniennes’ qui deviendront ‘calvinistes’.
En outre, Servet refuse le baptême des enfants, autre point de discorde avec Calvin qui écrira à Farel le 13 février 1546 « Servet vient de m’envoyer (...) un long volume de ses délires, affirmant avec sa jactance fanfaronne que j’y trouverai des choses étonnantes et neuves. Il viendra ici si je l’y autorise. Mais je n’en ferai rien. Car s’il vient et que je jouisse ici de quelque autorité, je ne souffrirai pas qu’il sorte vivant » car, être hérétique au XVIe siècle, c’est mériter la mort. Et Servet est considéré comme tel par Calvin.
En effet un ami de Calvin, Guillaume de Trie dénonce Michel Servet, qu’il a reconnu malgré le pseudonyme, à l’un de ses parents, Antoine Armays, catholique, qui alerte le vicaire général du cardinal de Tournon qui à son tour prévient l’inquisiteur général de France Matthieu Ory.
En mars 1553, Servet, alias de Villeneuve, est convoqué quand des perquisitions ont lieu à son domicile. Rien ne pouvant être prouvé contre le suspect, de Trie demande à Calvin de produire certaines des lettres que lui avait envoyées Servet. Calvin de mauvaise grâce, accepte néanmoins et ces documents jugés ‘blasphématoires’ condamnent Servet.
En avril, il est arrêté, interrogé, mis en prison d’où il réussit à s’échapper, sans doute avec des complicités que le fugitif ne nommera jamais, préférant dire « que les prisons étaient tenues comme si l’on avait voulu qu’il se sauvât ». Mais, même en l’absence de l’accusé, l’enquête et le procès se poursuivent qui mènent au jugement et à la condamnation au bûcher : c’est en effigie que Servet est donc brûlé, avec tous ses ouvrages dont la « Prostitution du christianisme ».
Malgré ce jugement, on retrouve Servet ,dont on perd la trace quelque temps, à Genève en août de cette même année 1553 . Il assiste au culte le dimanche 13 à l’église de la Madeleine. Il est vite reconnu, dénoncé, arrêté. Or le Conseil général de Genève est à cette époque en conflit avec Calvin qui n’a pas hésité à excommunier certains membres du Conseil qui songent à quitter la ville. Le deuxième procès de Servet va vite apparaître comme un enjeu entre les deux partis et le prisonnier comme l’otage de chacun d’eux, laïques ou religieux. Commencé en août , le procès se terminera en septembre. Dès le 16 août Calvin avait demandé à être présent aux interrogatoires dont il en dirigera certains, comme expert en théologie et seul susceptible de définir l’hérésie dont est accusé Servet. Car la faute la plus grave, cette hérésie que dénonce Calvin, reste la position antitrinitaire de Servet : refuser la Trinité, c’est refuser la divinité du Christ, mettre en doute le salut par la grâce et relancer tous les débats sur la communion. La fin du second procès est une seconde condamnation au bûcher. L’apprenant, le condamné sollicite une rencontre avec son accusateur principal, Calvin, mais l’entrevue sera vaine et Calvin dira : « Voyant que je ne profitais rien par exhortations, je me retirai (de la cellule) d’un hérétique condamné de soi – même. »
Servet alors demandera à être exécuté par le fer et non par le feu, seule concession que fera Calvin en faisant la même requête. En vain. Servet meurt sur le bûcher le 27 octobre 1553 en criant : « O jésus, Fils du Dieu éternel, aie pitié de moi ! » ; encore une erreur du malheureux aux yeux du réformateur qui selon sa doctrine eût préféré entendre : « O jésus, Fils éternel de Dieu, aie pitié de moi ! ».
L’affaire Michel Servet semblerait être terminée avec le bûcher du 27 octobre 1553, mais l’Histoire n’a pas abandonné le martyr . Les flammes et la persécution éteintes, des voix s ‘élèvent. Et d’abord contre Jean Calvin lui –même. Questions, reproches , doutes. Le chancelier de Berne, Nicolas Zurkinden ne dira-t-il pas : « J’aime mieux que nous pêchions , le magistrat et moi, par excès de clémence et de timidité, que d’incliner trop vite à la rigueur du glaive ». Calvin, qui sait que cette opinion est partagée, répond en publiant dès février 1534, en latin et en français, une « Déclaration pour maintenir la vraie foi que tiennent tous chrétiens de la Trinité des personnes en un seul Dieu », où l’auteur rassemble à la fois vol, meurtre et adultère, donc peine de mort. À cette publication, une signature anonyme répondra par le « Traité des hérétiques ».
Ce traité cependant parvient entre les mains de Calvin qui ne se trompe pas en pensant que l’auteur est Sébastien Castellion (1515-1563). Né aux environs de Nantua, ce dernier fait ses études à Lyon, quitte l’Église catholique et s’installe à Strasbourg en 1540. Là il rencontre Jean Calvin qui l’appelle ensuite à Genève, mais très vite les deux hommes entrent en désaccord.
Castellion repart pour Bâle en 1545, où il va travailler notamment dans une imprimerie, et se voit nommé professeur de grec à l’université en 1553. En 1555, il publie une traduction de la Bible dans la langue populaire en employant ‘le jargon des gueux’. Cela lui sera reproché, ainsi que certains de ses commentaires, en particulier sur la difficulté de compréhension de certains passages, dans sa volonté de les rendre lisibles pour le plus grand nombre. En 1562, il publie encore le « Conseil à la France désolée » où transparaissent sa tolérance et sa grande ouverture d’esprit quand il écrit : « Les deux religions (doivent être) libres et chacun (doit) tenir sans contrainte celle des deux qu’il voudra ». Le livre sera condamné par le synode protestant de Lyon qui se tiendra en 1563.
Sébastien Castellion ne cache plus son désaccord avec la doctrine de la prédestination de Calvin, comme il se rapproche en outre du concept de la communion de Zwingli. Enfin, de la lecture de la Bible, Castellion a une approche historico - critique, et plaide l’amour de Dieu et du prochain plus que l’obéissance aux doctrines. Jugés dangereux et condamnables, nombre de volumes de Castellion ne seront publiés qu’après sa mort.
Mais ce qui déterminera un réel conflit entre Calvin et Castellion réside dans l’affaire Michel Servet. La mise à mort pour raison doctrinale a indigné Castellion. C’est alors qu’il publie le « Traité des hérétiques », où il a rassemblé tous les textes, anciens ou plus récents, qui condamnent la peine de mort pour opinions doctrinales divergentes. À ce Traité, c’est Théodore de Bèze qui répondra par un autre traité pour justifier le bûcher. Traité auquel Castellion réplique encore par un autre écrit « Contre le libelle de Calvin » : ce dernier texte, arrêté par la censure ne sera publié qu’en 1612 et touchera bien des consciences par sa célèbre phrase : « Tuer un homme, ce n’est pas défendre une doctrine, c’est tuer un homme ».
Un autre personnage, à l’opposé de Michel Servet, fidèle ami et disciple de Jean Calvin, est Pierre Viret (1511-1571).
Né à Orbe, prés de Lausanne, de milieu aisé, il est destiné à la prêtrise et, à partir de 1528, fait ses études à Paris. Travailleur et exigeant, confronté à une diversité de pensée, il prend la décision de quitter l’Église . De retour à Lausanne en 1531, après avoir entendu une prédication de Guillaume Farel, son adhésion à la Réforme est acquise. Il voyage, prêche à Neuchâtel, Payerne , se rend à Genève où il rencontre souvent Calvin qui lui fait confiance et accepte que Viret le remplace lors de ses absences, notamment lorsqu’il sera à Strasbourg.
Puis il s’ installe à Lausanne, les bernois le trouvent trop rigoureux et l’obligent à partir. Il retourne donc à Genève où il sera mieux apprécié et où il sera d’ailleurs reçu ‘bourgeois’.
Alors qu’il est à Genève, Pierre Viret est invité à se rendre dans le sud de la France : il quitte Genève et arrive à Nîmes en octobre puis il est à Montpellier en janvier 1562. En mai de cette même année, il se rend à Lyon où il va séjourner plusieurs mois. 
1561- 1565 sont en France les années difficiles où les conflits entre les deux religions s’aggravent, années ponctuées par le colloque de Poissy en 1561, les premiers ‘troubles ‘des premières guerres de religion (1562-1563), les premiers édits qui seront des trêves entre les guerres.
Il s’agit alors pour Viret de faire preuve à la fois d’autorité et de prudence dans un royaume où seule le catholicisme fait loi, dans ses déplacements lorsqu’il prêchera et étant, en outre, dans un mauvais état de santé quasi constant. En 1563-1564, il est à Lyon mais en est expulsé sur ordre du roi Charles IX : ce dernier s’y trouve en effet lors du grand tour du royaume que sa mère, Catherine de Médicis, avait organisé, pour, d’une part, présenter le jeune roi à ses sujets, et 
d’autre part rencontrer nobles, catholiques, protestants.
Viret se rend donc en Dauphiné, puis de nouveau à Orange en 1565 et encore à Montpellier pour consulter des médecins, mais il en est également expulsé. C’est alors qu’il répond à l’invitation de Jeanne d’Albret qui l’avait rencontré à Lyon et qui souhaitait un pasteur à Pau.
Pierre Viret arrive donc en Béarn en mars 1567 avec son épouse Sébastienne Laharpe et leur fille. La famille s’installe à Pau qu’elle ne quittera plus, entourée de respect et d’affection, et où le père retrouve d’anciens étudiants de l’Académie de Genève, envoyés par Calvin. Pierre Viret aura désormais une existence matériellement assurée , une situation privilégiée, jusqu’à ce que la guerre rattrape son histoire. Catholiques et protestants se déchirent en Béarn ; en avril 1569, Pau se rend, Viret est arrêté, emprisonné, et tout le temps de sa détention qui durera deux ans, il saura réconforter ses compagnons d’infortune. Il fait partie des otages qui ne seront relâchés que lorsque Pau sera libéré par les troupes protestantes.
Début 1571, Pierre Viret rédige son testament en béarnais et le malade toujours plus affaibli meurt en avril de cette année. Il laisse derrière lui une tradition de courage, de travail et de pondération mêlée de belle énergie.
Pierre Viret a été le modérateur de synodes béarnais de 1567 à 1570. Particulièrement attaché à la discipline ecclésiastique, il est attentif à la prédication et à la communion pour laquelle il partage l’idée de l’excommunication pour le respect de la Parole de Dieu et du ministère. Les pasteurs d’ailleurs, à Pau comme à Genève, sont surveillés et doivent présenter toute garantie de moralité.
Viret est également attaché aux questions de langues. Il a encouragé la traduction des psaumes en béarnais et celle du Nouveau Testament en basque. Il a su comprendre l’importance de l’identité régionale, tout en restant pasteur du plus grand nombre, et proche de Jeanne d’Albret. Si Pierre Viret a aidé Calvin en Suisse romande, il a aussi défendu la Réforme dans le sud – ouest du royaume. Bucer ne se plaisait –il pas à évoquer le ‘triumvirat’ de la Réforme francophone – Jean Calvin, Guillaume Farel et Pierre Viret - ? tous trois différents, complémentaires, et particulièrement en accord sur les doctrines calvinistes.
Ces mêmes doctrines vont être encore soutenues et développées par un autre personnage, un autre ami de Jean Calvin, Théodore de Bèze (1519-1605).
De son vrai nom Dieudonné de Bèze, puis Deodatus, puis Théodore, il naît à Vézelay. Ses premières études se font à Orléans et Paris où le jeune homme reçoit un enseignement humaniste, s’avère être un futur homme de lettres, poète et qui s’intéresse aux langues. Mais, touché par une épidémie de peste, il frôle la mort, remet en question son savoir et, déjà sensibilisé aux idées de la Réforme, au sortir de l’épreuve physique et morale, décide de se convertir.
Condamné par le Parlement de Paris en 1548, il fuit vers la Suisse. D’abord appelé à Lausanne par Viret, il va enseigner le grec à l’Académie qui vient de s’ouvrir. Puis il est reçu à Genève par Calvin en 1558, après avoir du quitter Lausanne à la suite du conflit entre cette ville et Berne. Il est alors nommé professeur de théologie et sera ensuite recteur de l’Académie fondée par Calvin.
Mais les ‘troubles’ religieux grondent en France. En 1561 a lieu le colloque de Poissy et Calvin , qui connaît les qualités de débatteur de son ami, l’y envoie. Là tous sont réunis, catholiques et protestants ; mais ce colloque, d’où on espère sortir dans le calme, est un échec. Aucun compromis n’a pu être trouvé, et notamment lorsque Théodore de Bèze soutient fortement la doctrine sur la communion et lorsqu’il dira « Le corps du Christ est éloigné du pain et du vin autant que le plus haut du ciel est rapproché de la terre ». Ce colloque se termine comme il a commencé, dans le désaccord et la menace de guerre.
Un an plus tard en effet, c’est la guerre, la première de huit guerres qui ensanglanteront le royaume de France. Guerres de religion, guerres civiles , où se trouve impliqué Théodore de Bèze qui sera aumônier dans l’armée du prince de Condé, Louis de Bourbon.
En 1564, Jean Calvin meurt et Théodore de Bèze rejoint Genève. Il sera dès lors le fidèle successeur de son maître, attentif à voir les Ordonnances ecclésiastiques toujours appliquées, à veiller au bon fonctionnement de l’Académie, et sera le Modérateur de la Compagnie des pasteurs jusqu’en 1570.
En France, les guerres se poursuivent entrecoupées de courtes trêves pendant lesquelles on tente de négocier . En vain. Comme en 1572, lorsque Catherine de Médicis exige l’union de sa fille Marguerite de Valois avec Henri de Navarre, union que refuse Jeanne d’Albret, contrainte d’accepter mais qu’elle ne verra pas : elle meurt le 9 juin 1572 quand le mariage a lieu le 18 août.
Une semaine plus tard, le 25 août, a lieu le massacre de la Saint Barthélemy, dont la première victime est l’amiral de Coligny. De Genève, Théodore de Bèze, qui l’a appris, publie : « Du droit des magistrats sur leurs sujets » où il préconise le droit de résister contre la tyrannie.
Car le successeur de Calvin, outre ses qualités de professeur et de théologien est également l’auteur de nombreux ouvrages. Après la poésie, il s’intéresse aux psaumes. Il poursuit l’œuvre de Clément Marot après sa mort en 1544, la transposition des psaumes en ‘rimes françaises’, qui sera « Le psautier huguenot »’. Puis ses « Annotations du Nouveau Testament » feront école, comme sa « Tabula praedestinationis », où il défend la doctrine de la prédestination de Calvin.
Théodore de Bèze est aussi historien , avec une tragédie tirée de l’Ancien Testament en 1550, « Abraham sacrifiant » et surtout son « Histoire ecclésiastique des Églises réformées du royaume de France ». Enfin, il était conscient de l’importance d’une volonté politique pour maintenir la paix entre catholiques et protestants : très âgé et affaibli, en 1601, il avait tenu à rencontrer Henri IV prés de Genève, où le roi était alors en campagne, pour s’assurer que l’Édit de Nantes serait maintenu et respecté.
Ailleurs en Europe le calvinisme aura des répercussions. En Angleterre notamment, John Knox (1505 ou 1515 – 1572) en sera l ‘artisan. Le réformateur, né en Écosse à Haddington, était sans doute de milieu modeste ; il fréquente d’abord l’école de sa ville natale ; il savait le latin et le français, quelque peu l’hébreu et le grec , et devait être ordonné prêtre. Dans les années 1540, il est saisi de doutes quant à l’Église catholique qu’il quitte en 1545. Dès cette date naîtront des conflits entre John Knox et l’Angleterre où vont régner Édouard VI, réformé – et dont Knox sera l’aumônier – puis Marie, catholique, puis Elizabeth 1ere.
Dans la période la plus dangereuse pour les réformés anglais, John Knox est à Genève, de 153 à 1558, où il s’imprègne des doctrines de Calvin qu’il s’efforcera d’introduire en Écosse. C’est à Genève que naîtront ses deux fils de son mariage avec Marjorie Bowes.
Il rentre en Ecosse en 1559 et n’aura de cesse d’implanter les doctrines calvinistes : il impose la Confession de foi ; l’autorité du pape est officiellement abolie, la messe est interdite. John Knox publie également le « Livre de la discipline » largement inspiré des Ordonnances de Genève, tout empreint de sévérité. Cette rudesse est d’ailleurs reprochée au réformateur écossais dont la virulence peut choquer . En 1560 il prépare la publication de la « Bible de Genève » qui sera à la base de la Réforme anglophone et qui sera rééditée de nombreuses fois jusqu’en 1611. En 1564, veuf, il se remarie avec Margaret Stewart et cette nouvelle union comptera trois filles.
Même dans la maladie, qui le laisse presque handicapé, après une apoplexie en 1569, Knox reste véhément dans ses écrits et ses prédications. L’annonce de la Saint Barthélémy dès les derniers jours d’août 1572 sera l’occasion de discours virulents contre « le cruel assassin et traître roi de France ». Certains applaudiront à ce ton quand d’autres le regretteront, tous conscients que le réformateur avait souvent risqué sa vie dans la droiture et l’honnêteté.
Jean Calvin a donc été suivi et ses doctrines adoptées par ses disciples et la majorité des réformés francophones. Cependant sa querelle et son attitude envers Michel Servet ont eu des conséquences. En Europe de l’Est aujourd’hui ,Lituanie, Pologne, Roumanie, Hongrie, le conflit Calvin – Servet a nourri la conception antitrinitaire . En effet précédemment Vaudois et Hussites s’étaient réfugiés en Pologne et l’homme de la Réforme dans ce pays est Jean Laski (1499-1560). Prêtre orthodoxe humaniste, il quitte l’Église en 1534 mais doit émigrer à Londres puis aux Pays- Bas, puis en Allemagne où il restera environ vingt ans attaché aux leçons de Luther et de la nouvelle Réforme.
En Pologne la Réforme s’implante assez vite mais reste le fait de lettrés et de nobles alors que le peuple et les paysans ne se sentent pas concernés par ces besoins de réformes et iront jusqu’à piller les temples.
Parallèlement à la Réforme ‘officielle’ va se développer l’unitarisme, la conception antitrinitaire propagée par les voyageurs suisses notamment. Le martyr de Michel Servet y est rapporté et , dès 1556, au synode de Secemin, Pierre de Goniatz dira : « La Trinité n’existe pas, ce n’est qu’une invention récente. Le credo d’Athanase est à rejeter, c’est une affabulation. Dieu le Père est le seul Dieu, en dehors de lui il n’y en a aucun. Christ est le serviteur du Père. »
Peu après Pierre de Goniatz publie : « Du Fils de Dieu un homme, Christ Jésus », polémique qui signe la rupture avec les calvinistes. Ainsi dans les années 1565 se forme l’Ecclesia minor, la plus petite Église de chrétiens antitrinitaires. Les membres de l ‘Ecclesia minor’ s’appellent entre eux ‘ Frères’ ou ‘Frères polonais’, ils ont leurs propres synodes, et sont menacés de mort ou d’expulsion par les protestants ’ traditionnels’. Pourtant à Rakow sera publié le « Catéchisme de Rakow » en 1569, qui sera traduit en allemand en 1608, en latin en 1609, en anglais en 1652 puis réédité en Hollande en 1884. L’Ecclesia minor sera interdite en 1658 et on donnera deux ans aux Frères pour rentrer dans l’Église catholique ou s’exiler.
Toujours en Pologne les Socins auront aussi une influence considérable, Lelio et Fausto Socin.
Lelio Socin (1525-1562), né à Sienne , se consacre d’abord à des études juridiques, tout en s’attachant à la lecture de la Bible et à la théologie. D’esprit curieux, il étudie et émet des critiques face à certains dogmes catholiques, notamment celui de la Trinité. 
Dès 1544 Lelio Socin voyage en Europe : France, Angleterre, Suisse où il rencontre Jean Calvin à Genève. Ce dernier est en désaccord avec les idées de Lelio Socin, en particulier ses critiques du concept de Trinité ou de celui de la prédestination.
Lelio Socin gagne ensuite l’Allemagne et se lie d’amitié avec Melanchton, qui a succédé à Luther. Puis c’est la Pologne, alors ouverte à toute idée réformée, que Lelio Socin traverse avant de revenir à Zurich, via l’Italie où il est inquiété par l’Inquisition. Il meurt à Zurich en 1562.
Fausto Socin (1539-1604), neveu du précédent est né à Sienne et fait des études de droit parallèlement à la théologie. Il réside à Lyon de 1539 à 1562, puis se rend à Zurich ; il publie bientôt anonymement « L’explication des premiers chapitres de l’Évangile de Jean » où ses idées antitrinitaires sont déjà bien présentes. Il est de retour en Italie jusqu’en 1574 puis en Pologne. Il quitte Cracovie en 1583, mais reste en Pologne où il se marie et réside sous la protection d’un seigneur polonais. Il meurt dans ce pays d’adoption en 1604.
Enfin, en Transylvanie, le réformateur hongrois Ferencz David (1515-1579) laisse une marque profonde.
Né à Cluj, formé à Wittenberg, David est d’abord luthérien, il se rallie ensuite au calvinisme, pour choisir définitivement l’unitarisme. Il écrira : « Dieu m’est témoin que ce que j’ai appris et enseigné ne vient ni du Coran, ni du Talmud, ni de Servet, mais de la Parole du Dieu vivant. Mon enseignement se fonde uniquement sur ce que contient la Bible. »
Contre la violence, il dira aussi en 1568 à Torda, à la Diète de Transylvanie : « Nous décrétons que tout prédicateur est libre de prêcher et d’expliquer l’Évangile tel qu’il le comprend (...) Aucun prédicateur ne oit être inquiété et sanctionné par les autorités civiles ou ecclésiastiques à cause de son enseignement. Personne ne doit être privé de travail ni emprisonné ni puni de quelque manière que ce soit à cause de ses opinions religieuses. Car la foi est un don de Dieu et elle vient de l’écoute de la Parole de Dieu. »
Mais en 1571 meurt le roi Sigismond qui soutenait David. Dès lors, ce dernier est menacé, arrêté, jugé. Les calvinistes réclament la peine de mort, mais la condamnation sera l’emprisonnement à perpétuité. Enfermé au château de Déva, David meurt en 1579, sans avoir pu laisser beaucoup de traces, écrites ou orales, sur ses dernières années. Et cependant l’unitarisme a continué à se développer en Hongrie, où, toujours minoritaire, il n’en est pas moins resté présent.
La Réforme également a toujours été le fait des petits nombres, mais implantée dans tous les pays d’Europe. Et, comme à l’époque de la «’pré- Réforme’, celle de la Réforme installée, plus ou moins reconnue, entre dans une phase où l’articulation politico – religieuse rencontrera des difficultés mais à présent elles seront supplémentaires du fait de l’existence de deux religions, de deux Églises, et de deux conceptions différentes de l’univers, de l’homme et en conséquence de la politique, la catholique et la protestante.