Contexte sociopolitique.
1795 vit encore les soubresauts de la période d'ébullition révolutionnaire ; C'est l'année de la fin de la guerre de Vendée, du rétablissement de la Liberté religieuse, de l'insurrection du 12 germinal an III39 puis de 'insurrection du 1er prairial an III39 (avec suppression du tribunal révolutionnaire). Les émigrés débarquent à Quiberon et comptent bien récupérer leurs anciens biens. La Marseillaise est déclarée chant national. 
1795 voit aussi naitre la constitution de l'an III, connait l'insurrection royaliste du 13 vendémiaire an IV, la dissolution de la Convention et le début du Directoire)... 
Création d'une collection initiale, par Watteau.
En 1795 Le peintre Louis Watteau recense plus d'un demi-millier (583 exactement) tableaux dans le couvent des Récollets de Lille. 
Parmi ces tableaux il en retient 382 dignes qui selon lui méritent d'être dont notamment "Le Christ en croix" (ou "Le Calvaire") et "Le Miracle de saint Antoine de Padoue à Toulouse" d'Antoine van Dyck ou du couvent des Capucins, la "Descente de Croix" et "Saint François recevant l'Enfant Jésus des mains de la Vierge" de Rubens ou encore de l'église Sainte-Catherine, "Le Martyre de sainte Catherine", également de Rubens. 
Conformément au goût dominant de l'époque, il classe cependant les primitifs flamands et certains triptyques religieux comme . 
A cette même époque, une partie des œuvres collectées par les révolutionnaires est restituée aux émigrés. 
De même, dès la mise en place du Concordat, une centaine de tableaux (97 exactement) sont également rendus (ou revendus) aux églises de la ville et des environs.
XIXème siècle : dons de l'Etat (1803) et achats de la ville.
Au tout début du XIXème siècle, en 1803, 46 œuvres "dons de l'État" s'ajoutent au fonds lillois. On y compte notamment un grand tableau de "Sainte Madeleine en extase" de Rubens ainsi que "La Nativité" de Philippe de Champaigne. Pendant les dix années qui suivent, le fonds semble en déshérence et, en 1813, Jean-Marie Valentin-Duplantier, préfet du Nord, nomme une commission afin de mettre à part les toiles dignes d'être conservées et de vendre les autres. sont ainsi vendus pour la somme dérisoire de , soit par tableau.
À partir des , le fonds se reconstitue lentement, par quelques achats de la ville et de nouvelles œuvres données par l'État, dans le goût du temps, comme "Jeanne la folle" de Charles de Steuben en 1836, mais aussi "Médée furieuse" de Delacroix en 1838. Il est ensuite fortement enrichi, à partir des années 1850, par les acquisitions du premier grand conservateur du musée, E Reynart. Parmi les œuvres majeures, ces acquisitions comprennent notamment "La Tentation de Saint Antoine" de w:fr:David II Teniers, "L’Ascension des élus" de Dirk Bouts, "Cache-cache" de Corot, "Bélisaire demandant l'aumône" de David, "L'Après-dînée à Ornans" de Courbet, "Les Jeunes (ou La Lettre)" et "Les Vieilles (ou Le Temps)" de w:fr:Francisco de Goya. 
Son successeur à partir de 1879, w:fr:Auguste-Joseph Herlin, poursuit cette tâche et acquiert notamment "Saint Jérôme" de José de Ribera, "Le Piqueur et ses chiens" et la "Tentation de la Madeleine" de Jacob Jordaens et "Le Sommeil" de Puvis de Chavannes. 
En 1893, à la fin du mandat d'Herlin, le catalogue des tableaux du musée fait état de 169 dons du gouvernement et de 265 achats par la ville.
Collection numismatique.
En 1824 les numismates de la Société des sciences, de l'agriculture et des arts de Lille décident de créer avec et pour le Musée une « Collection numismatique » 
Cette collection est fortement enrichie par l'acquisition par le musée de la « collection Vernier » (qui inclue plus de flamandes d'or, d'argent et de bronze). 
En 1911, le musée fait l'acquisition d'une collection de matrices de sceaux et d’objets héraldiques constituée par Victor Delattre.
La Première Guerre mondiale, pendant laquelle le palais des beaux-arts est réquisitionné par les forces allemandes dès leur entrée dans la ville, Dans les années 1920 la région se reconstruit et la ville n’a plus de budget à consacrer aux œuvres d’art (hors monuments aux morts et commémoratifs), ce qui ouvre rupture (qui durera d'une cinquantaine d'années) dans la politique d'acquisitions du musée. 
Il faut attendre les années 1950-1960 pour une reprise des achats, après la Seconde Guerre mondiale, avec notamment 
l'achat de la "Mise au tombeau" de Pieter Lastman , de "Nature morte avec une chienne et ses petits" de Frans Snyders en 1969, du "Naufrage de Jonas" de Paul Bril en 1976 ou de "La Sainte Famille" de Frans Floris en 1978
En 1983, w:fr:Pierre Mauroy, alors Premier ministre, souhaite accueillir à Lille la maquette de la ville entreposée dans les combles des Invalides depuis 1777. w:fr:Jack Lang, ministre de la Culture, propose que l'ensemble de la collection soit transférée à Lille au titre de la décentralisation, sur 100 concernant des villes du Nord, de Belgique et des Pays-Bas. Dans une lettre d', le comité de décentralisation autorise le transfert des maquettes. Le déménagement commence en et, le , les premières maquettes arrivent à l'w:fr:hospice général de Lille. Le transfert soulève alors une vive polémique attisée par le contexte de campagne électorale des législatives de 1986 et, dès le changement de majorité, son principe est remis en cause par le nouveau gouvernement. Le conflit se dénoue par une convention conclue le entre l'État et la ville de Lille, qui règle le contentieux de la manière suivante : , l'essentiel de la collection devant être réinstallé à l'hôtel des Invalides, dans un musée des plans-reliefs agrandi. Ce sont finalement 16 plans-reliefs qui sont concédés à Lille, les autres étant rapatriés à Paris.
Fin du XXème siècle.
Depuis les , les acquisitions sont peu nombreuses et portent sur quelques œuvres choisies, sauf exception, comme en 1994, où une importante collection de dessins d'Arnould de Vuez a pu être achetée. 
C'est ainsi qu'ont notamment été acquis "Les Apprêts d'un déjeuner" de w:fr:Jean Siméon Chardin en 1990, "Vanité" de w:fr:Jan Sanders van Hemessen en 1994, "Portrait de Charles De Wailly" par w:fr:Augustin Pajou en 2000, "Hippocrate et Démocrite" de w:fr:Pieter Lastman en 2003 ou "Portrait d'un philosophe" par w:fr:Luca Giordano en 2011.

Palais des Beaux-Arts de Lille/Le musée des copistes

La copie d'anciens est depuis longtemps un moyen d'étudier une œuvre ou un auteur, et d'apprendre à dessiner, peindre, sculpter... Avant l'invention de la photo, c'était l'unique moyen de faire circuler la reproduction des œuvres. 
Le musée a accueilli des milliers d’étudiants ou d’autodidactes venu étudier les techniques de leurs prédécesseurs. Un patrimoine en quelque sorte secondaire est ainsi né.

Palais des Beaux-Arts de Lille/Legs et donations