Cynologie/Maladie de Lyme
La maladie de Lyme, nommée « Borréliose » en Europe, ou encore « Borréliose de Lyme », est une maladie bactérienne. Elle est multiviscérale (pouvant affecter divers organes) et multisystémique (pouvant toucher divers systèmes). Elle évolue sur plusieurs années ou décennies, en passant par trois stades (ces stades étant théoriques, car en réalité plus ou moins différenciés, parfois entrecoupés de périodes de latence; ils peuvent se chevaucher pour certains symptômes). Non soignée et sans guérison spontanée au premier stade, après une éventuelle phase dormante, cette maladie peut à terme directement ou indirectement affecter la plupart des organes, de manière aiguë et/ou chronique avec des effets différents selon les organes et finalement conduire à des handicaps physiques et mentaux. Des séquelles et rechutes sont possibles. Les critères diagnostiques, les dépistages, les traitements, comme l'aspect chronique de cette maladie font actuellement l'objet d'une controverse dans le monde médical, entre experts mondiaux.
Elle est classée parmi les « borrélioses » parce qu'induite par des bactéries du genre "Borrelia" et parmi les « maladies à tique » car transmise par des morsures de tiques. C'est l'une des deux grandes formes de borréliose (maladies infectieuses bactériennes véhiculées et transmises par les tiques ou des poux) ; les autres étant les "borrélioses tropicales".
Histoire de la découverte ou redécouverte de cette maladie.
Une étude de l'évolution de la maladie a ensuite mis en évidence la fréquence d'un érythème migrant (EM) (éventuellement multiple, parfois ovalaire, triangulaire ou linéaire, de symptômes neurologiques et d’autres complications, dont cardiaques. Ce caractère multisystémique a fait renommer la maladie « maladie de Lyme ». Mais on ne savait toujours pas comment soulager les animaux infectés, et l’agent infectieux de cette maladie restait inconnu (virus ? bactérie ? parasite ?). 
Au début des années 1980, une autre maladie émergente, la fièvre pourprée des Montagnes Rocheuses (maladie induite par des rickettsies transmises par des tiques) inquiétait les épidémiologistes. Willy Burgdorfer (médecin et entomologiste) se rend alors à Long Island pour y étudier l'éventuelle présence de rickettsies dans des tiques de chiens "Dermacentor variabilis". Il n'y trouve aucune rickettsie et se tourne donc vers d'autres espèces de tiques se nourrissant sur des animaux sauvages et qui parfois mordent l'Homme. Il a alors la surprise de trouver des spirochètes dans le tube digestif d'une autre tique "Ixodes scapularis".
D'autres études ont confirmé que les « "arthrites de Lyme" » étaient bien des manifestations parfois très tardives d'une parasitose bactérienne transmise par des tiques. En 1981, dans un article de la revue Science, Dr Burgdorfer dit suspecter l'agent infectieux ; une bactérie spirochète fréquemment trouvée dans le tube digestif et dans la salive notamment chez "Ixodes scapularis", dite « tique du cerf ». Peu après, A. Barbour, son collègue de laboratoire parvint à cultiver ces spirochètes dans un milieu modifié. 
La responsabilité de ce spirochète sera confirmée en 1983 en l'isolant dans le sang et la peau de victimes de la maladie de Lyme, avant qu'on ne découvre d'autres espèces de borrelia, également hébergées par de nombreux oiseaux, petits mammifères. Une partie des autres borrélies véhiculées par les tiques provoquent des symptômes équivalent ou proches de ceux induits par d'autres cas. On en connaît aujourd'hui plus d'une trentaine d'espèces.
Cycle : La bactérie semble pouvoir contaminer les œufs de tique, à partir de la mère. Elles se multiplient d'abord chez la larve. Burgdorfer l'avait trouvé dans la salive de tique. On l'a ensuite aussi trouvé dans les glandes salivaires de tiques. Puis, plus récemment, on a montré que dans l'organisme de la tique, la bactérie se développe en deux stades. Elle se reproduit d'abord dans l'intestin moyen de la larve ; intestin qui restera contaminé lors des stades successifs de métamorphose de la tique. À ce stade la bactérie est incapable de se déplacer par ses propres moyens. Puis dans une seconde phase, sous l'effet du repas de sang, la bactérie devient capable de pénétrer l'hémocèle de la tique. Le plasminogène joue un rôle et de gagner les « glandes salivaires » de la nymphe ou de la tique adulte (quand ces dernières effectuent leur repas). De là elle passe dans la salive et est injectée chez l'hôte suivant (oiseau, mammifère, reptile…). Ceci explique pourquoi c'est généralement via la morsure d'une nymphe de tique et non d'une larve que la maladie de lyme est transmise aux mammifères.
Formes de la maladie.
Selon l'espèce et la souche de borrélie en cause, les symptômes peuvent être très différents. Trois grands types de manifestations initiales existent (ou coexistent), avec une symptomatologie à dominante nerveuse, arthritique ou dermatologique. L'étude a montré une grande hétérogénéité dans le nombre, le taux et la masse moléculaire des protéines analysées, et les variations de synthèse des protéines de la surface externe de la bactérie pourraient jouer un rôle dans les patterns de dispersion de la maladie entre les réservoirs animaux et vers les tiques vectrices.
Maladie émergente ?
La connaissance de cette maladie et de son cycle est encore lacunaire, et ne reflète pas les réalités de terrain, variables selon les zones (plus ou moins contaminées) et selon divers facteurs de risque ou selon les aléas météorologiques et est considéré comme un problème important de santé publique, mais les symptômes sont variables selon les animaux et les bactéries parasites, et sauf l'érythème migrant, peuvent être confondus avec ceux d'autres maladies. De plus, des co-infections par des tiques également porteuses d'autres microbes peuvent fausser les diagnostics.
Explications avancées à propos du rapide développement de cette maladie.
Plusieurs explications, probablement complémentaires sont avancées :
Agents, hôtes et vecteurs.
Ils diffèrent selon les cas et selon les régions du monde. Cependant on peut également noter la présence de portage par l'intermédiaire d'individus. Ce sont toujours des bactéries du genre "Borrelia", classées parmi les spirochètes en raison de leur caractère serpentiforme et spiralé. Mais elles agissent parfois de concert avec d'autres pathogènes, à l'occasion d'une coinfection. 
Espèces-réservoir et vecteurs.
Les borrélies peuvent infecter de très nombreux animaux sauvages, mais comme pour toutes les zoonoses on suspecte l'existence d'espèces-réservoir prédominantes. Ces espèces-réservoir peuvent être localement favorisées dans certaines conditions (nourriture abondante, disparition de leurs prédateurs naturels).
Les animaux d'élevages peuvent aussi jouer un rôle particulier. Ainsi, des données de terrain et expérimentales ont par exemple montré qu'il peut maintenir son cycle de reproduction, même en quasi-absence d'hôtes alternatifs.
Épidémiologie ; Modalités et temporalités de contamination.
Aucun cas de transmission par transfusion sanguine n'a été recensé, et les poux ne semblent pas non plus vecteurs de cette maladie (alors qu'ils véhiculent d'autres borrélioses, en zone tropicale).
En climat tempéré, la contamination se produit presque toujours :
L'introduction de la bactérie — et une éventuelle co-infection — sont facilitées par un double processus : 
Prévalence.
La prévalence de la maladie semble corrélée à celle des tiques et au pourcentage de ces tiques porteuses de borrélies, mais les données de prévalence manquent dans beaucoup de pays et régions car la borréliose de Lyme est encore mal repérée par les vétérinaires en raison de symptômes parfois peu spécifiques. De plus, en dépit de sa très forte et rapide progression, elle n'est pas partout une maladie à déclaration obligatoire. De plus, les études antérieures de séroprévalence ont pu être faussées par la spécificité des tests de diagnostic qui font que la maladie a parfois été probablement sous-diagnostiquée. Les rares études sur la prévalence des "borrelia" chez les tiques montrent de fortes variations régionales. Aux États-Unis, le CDC a en 2008 recommandé d'intensifier la surveillance des "borrelia", par un meilleur suivi de la population active mais aussi "via" l'utilisation des données animales (exemple : tests sérologiques de chiens et surveillance d'espèces vectrices sauvages) pour compléter les données disponibles et fournir une meilleure compréhension de cette maladie infectieuse émergente.
Deux études sérologiques ont dans un chenil militaire français testé des chiens, confirmant une borréliose de Lyme. En 1993 la prévalence des spirochètes a été étudiée chez les 4 espèces de tiques trouvées sur le site ; "Ixodes ricinus" a été trouvée porteuse de "Borrelia afzelii" (responsable de l'acrodermatite chronique atrophiante associée à une des variantes européennes de la maladie de Lyme). Le pourcentage des chiens dont la sérologie démontre un contact antérieur avec des Borrelias et celui des tiques porteuses de la bactérie étaient dans ce cas moindres que dans d'autres régions de France où des enquêtes éco-épidémiologiques similaires ont été faites.
Prévalence de "Borrelia" chez la tique.
Bien que certaines zones soient épargnées (il ne semble pas y avoir de zones limitées d'endémisme, cependant la prévalence (le % d'individus infectés) de l’infection de la tique vectrice "Ixodes ricinus" par une "Borrelia" varie fortement suivant les régions géographiques. 
Dans les zones polaires les tiques disparaissent, ou si elles y sont provisoirement apportées par des oiseaux, elles y meurent sans pouvoir se reproduire. Dans les zones arides, certaines espèces survivent autour de points d'eau ou surtout dans les terriers. Le facteur d'altitude est plus complexe : la limite d’altitude au-delà de laquelle la tique n’est plus présente varie fortement selon les caractéristiques biogéographiques du territoire considéré : dans des zones bien plus hautes et froides, mais aussi plus densément boisées. Le réchauffement climatique semble permettre aux tiques et aux micropathogènes qu'elles véhiculent de remonter vers les pôles et en montagne en altitude.
Les borrélies peuvent déjouer le système immunitaire.
On connaît encore mal les interactions entre immunité et spirochètes, mais ces bactéries font preuve d'étonnantes capacités à se jouer du système immunitaire. Les animaux semblent tous réagir différemment, avec une réponse immunitaire plus ou moins importante, allant jusqu'à développer une immunité cellulaire sur-stimulée ou hyper-activée, provoquant une cascade auto-immune et des symptômes évoquant fortement ceux de maladies auto-immunes.
Ces organismes semblent donc avoir depuis longtemps co-évolué avec leurs hôtes. L'explosion récente des cas de maladie de Lyme ne s'explique probablement pas par une mutation rendant la bactéries plus adaptée, mais par d'autres facteurs environnementaux favorisant la pullulation des borrelia et/ou des tiques. Un même individu peut donc développer la maladie plusieurs fois ; il n'est pas immunisé par une première guérison alors que le système immunitaire se montre capable de détecter la bactérie (taux de cytokines élevés). Ces multiples capacités (vélocité, camouflage) expliquent aussi que les premiers tests de laboratoire soient assez souvent négatifs. Certains experts estiment même qu'on ne peut généralement pas éradiquer les spirochètes d'un organisme, mais aider le système immunitaire à les contrôler.
Ceci suggère aussi que ces borrélies diffusent d'abord autour de la piqure de tique non pas dans le sang ou la lymphe, mais en "nageant" dans la substance intercellulaire de la peau (plus visqueuse, et où les globules blancs auraient encore plus de mal à les intercepter). Cette mobilité importante et les chemins empruntés par la bactérie pourrait expliquer la difficulté des organismes-hôtes à se débarrasser de ce parasite. Inhiber la capacité de déplacement de la bactérie dans ce milieu pourrait donc être une piste thérapeutique.
Diagnostic.
Il est d'abord basé sur la recherche de symptômes cutanés (les plus spécifiques de la maladie). Le diagnostic est facilité quand le vétérinaire constate l'érythème migrant (considéré depuis 2012 comme "pathognomonique et ne nécessitant pas de recherches plus poussées". Mais cet érythème n'apparaît que chez environ 75% des malades diagnostiqués ou peut être discret). D'autres symptômes dermatologiques sont un Lymphocytome (en général en nodule érythémateux sur le lobe de l'oreille ou du mamelon) ou en phase plus tardive de la maladie une acrodermatite chronique atrophiante. Des nodules fibrotiques sont parfois associés à cette acrodermatite ainsi que d'autres lésions sclérosantes ou affections atrophiques de la peau, telles que morphée, lichen scléreux, anétodermie ou atrophodermie de Pasini et Pierini. Rarement surviennent d'autres lésions sclérodermique telles que fasciite à éosinophiles et hémiatrophie progressive de la tête.
En l'absence d'érythème et si l'animal a été exposé au risque de morsure de tique, le diagnostic doit être basé sur des tests complémentaires, qui ne sont pas fiables à 100 % :
Diagnostic différentiel.
Risques d'erreurs de diagnostic.
Vu la grande diversité des symptômes, la maladie de Lyme peut conduire à de nombreux diagnostics erronés, comme : sclérose en plaques (une encéphalomyélite ou une myélite peuvent être confondues avec une sclérose en plaques ou bien une compression médullaire), lupus, polyarthrite rhumatoïde, fibromyalgie. La différence étant souvent que les symptômes cèdent ici à l'antibiothérapie. De plus, il est arrivé que les tests classiques, faits à plusieurs reprises, ne détectent pas la bactérie chez certains animaux.
Symptômes.
Le tableau clinique.
Il varie fortement, selon l'animal et le stade de la maladie, selon la ou les borrélies en cause et le cas échéant selon la ou les co-infections. Ces dernières peuvent encore compliquer le diagnostic et le traitement. Elles sont facilitées par le fait que la tique est vectrice de nombreux parasites. Une bartonellose peut ainsi être conjointe et confondue avec la maladie de Lyme (malgré son rash (érythème) qui peut être très différent).
Au premier stade, fièvre, maux de tête, fatigue, dépression et très souvent lymphadénopathie (ganglions gonflés) induite par l'activation des lymphocytes B une éruption cutanée caractéristique (l'érythème migrant) apparaissent dans les deux à trente jours suivant la morsure. Ils disparaissent généralement avec un traitement antibiotique adapté (surtout si le diagnostic et le traitement sont précoces). Sinon ils évoluent plus ou moins rapidement vers des problèmes articulaires, musculo-squelettiques, cardiaques et neurologiques pouvant être récidivants et/ou chroniques, invalidants et difficiles à traiter. Une attention particulière est à porter aux infections acquises avant ou durant une grossesse (car la contamination est possible), et par des immunodéficients.
La maladie de Lyme peut affecter divers organes et systèmes de l'organisme, avec une large gamme, variable, de symptômes non systématiques. Tous les chiens malades ne présentent pas tous les symptômes. Et beaucoup de ces symptômes ne sont pas spécifiques à la maladie de Lyme, et peuvent apparaître dans d'autres maladies courantes. De plus, pour des raisons mal comprises (virulence de la souche de borrélie, immunité de l'animal, coinfection...), le temps séparant la piqure ou la période d'incubation de l'apparition des symptômes varie. Ce délai est le plus souvent de une à deux semaines, mais il est parfois raccourci à quelques dizaines d'heures, ou au contraire étendu à plusieurs mois ou années.
Les symptômes apparaissent le plus souvent en trois phases. Les symptômes primaires (du premier stade de la maladie) sont le plus souvent constatés de mai à septembre, époque qui correspond au stade nymphal de la tique, responsable de la plupart des infections.
Stade 1 ("« primaire »").
Infection initiale cutanée, localisée autour du point de morsure, avec possible stade primo-secondaire de début de diffusion systémique. Quand l'infection n'est pas totalement asymptomatique, le signe le plus classique et précoce d'un début d'infection est une éruption inflammatoire cutanée (érythème), qui apparaît de 3 à 32 jours après la morsure d'une tique, et qui prend la forme d'une tache circulaire à ovale, rougeâtre de 1 ou (grandissant parfois ensuite jusqu'à plus de de diamètre). Cette tache est parfois chaude (cf. inflammation), mais souvent indolore et non prurigineuse (pas de démangeaison). Elle s'étend de façon centrifuge, en pouvant parfois migrer pour former un anneau, qui entoure la tache centrale qui reste centrée sur le point de la morsure de la tique ("érythème migrant" ou "EM"). Souvent, la partie centrale reste rouge ou foncée et devient plus indurée. Son bord externe reste également rouge, mais plus rarement, la portion de peau située entre le centre et le bord retrouve une couleur normale (dans 9 % des cas).
Parfois (notamment chez des chiens qui se font souvent piquer, et qui semblent développer des réactions allergiques), une nécrose centrale, ou une vésicule apparaît à l'emplacement de la morsure, éventuellement accompagnée d'un prurit intense pouvant persister plusieurs semaines à plusieurs mois, voire plusieurs années si la maladie n'a pas été soignée précocement. La morsure est plus souvent, chez l'adulte notamment, située sur la moitié basse du corps.
À ce stade, une période de quelques heures de fièvre (souvent discrète, mais exceptionnellement importante) apparaît parfois, plus rarement accompagnée de maux de tête, d'une raideur de la nuque, d'arthralgies, de myalgies ou fatigue, voire de symptômes neurologiques. Une arthralgie précoce peut apparaître après la piqûre avec des douleurs qui persistent de quelques heures à quelques jours sur une ou plusieurs articulations (dont souvent le genou). Le diagnostic est facilité par l'érythème migrant, mais, chez 20 % des malades, cet érythème n'apparaît pas ou est très discret. Chez d'autres, cette tache est accompagnée d'un fort prurit (qui peut la faire confondre avec une piqûre de moustique, d'ortie…).
La bactérie ("Borrelia burgdorferi") se développe à ce stade dans la peau de l'érythème et en périphérie, comme peuvent les mettre en évidence des biopsies, mais la PCR est peu efficace pour détecter la présence de la bactérie sur d'autres sites de la peau qu'elle est déjà en train de coloniser.
Stade 2.
Début de dissémination de l'infection ; de quelques jours à quelques mois après la piqure de tique. Si la lésion est passée inaperçue chez l'animal (c'est le cas dans 1/3 à 50 % des diagnostics posés) ou sans antibiothérapie adaptée, une phase secondaire de la maladie peut alors apparaître, quelques semaines à quelques mois, voire des années après la morsure. La bactérie Borrelia déjoue le système immunitaire et peut commencer à se répandre dans les fluides biologiques (dont "via" la circulation sanguine) et se développer dans d'autres parties du corps. Ce stade correspond à des infections tissulaires encore focalisées (cible(s) unique ou multiples) accompagnée de manifestations neurologiques (décrites sous le nom de "« neuroborréliose »") et de signes rhumatologiques (décrits sous le nom d"'« arthrite de Lyme »") ; 
Ainsi méningoradiculites douloureuses, encéphalites et encéphalomyélites constituent un tableau clinique fréquent, avec d'éventuelles manifestations dépressives et une fatigue chronique durant les phases de crises. Le diagnostic ne peut alors être confirmé que par l'association d'arguments cliniques, épidémiologiques et biologiques (à ce stade, l'infection active est habituellement détectable dans le liquide céphalorachidien et sur les tests bactériologiques sanguins pertinents, mieux qu'en phase 3).
Neuroborréliose.
Celle-ci se traduit souvent d'abord par des méningo-radiculites, dont les symptômes sont des douleurs radiculaires avec inflammation d'un ou plusieurs nerfs crâniens, pouvant se traduire par paralysie faciale périphérique (uni ou bilatérale, de type paralysie de Bell définie par une perte de tonus musculaire d'un ou des deux côtés du visage, simulant une paralysie faciale "a frigore")) ou par une méningite lymphocytaire d'évolution prolongée et parfois par une méningo-myélite ou une méningo-encéphalite, mais il existe de nombreux cas atypiques. La méningite est parfois cliniquement muette, souvent caractérisée par des maux de tête, une raideur de la nuque, et parfois par une sensibilité à la lumière. Dans tous ces cas, une ponction lombaire permet de confirmer une méningite lymphocytaire. En cas de paralysie faciale périphérique, une sérologie positive est considérée comme suffisante pour confirmer le diagnostic et prescrire une antibiothérapie (grade C).
Des problèmes neurologiques aigus apparaissent chez 15 % des animaux non traités, pouvant inclure un large spectre de troubles. La méningite ou un syndrome de Guillain-Barré peuvent apparaître, avec des douleurs interférant avec le sommeil, et des sensations anormales de la peau.
Les atteintes radiculaires sont surtout sensitives. Les radiculites hyperalgiques résistent aux antalgiques habituels et aux anti-inflammatoires non-stéroïdiens (attention les stéroïdes sont soupçonnés de pouvoir aussi réveiller une arthrite de Lyme). Les douleurs sont souvent violentes et parfois associées à des paresthésies. Les atteintes motrices périphériques (de type paralysies asymétriques) régressent en général (provisoirement) après six à huit semaines. Le caractère organique des douleurs est questionné, car un traitement avec une bêta-lactamine a un effet spectaculaire sur ces radiculites.
Stade 3 ("« tertiaire »").
Généralisation tardive de l'infection. Après quelques mois ou années, certains animaux non traités ou insuffisamment traités (on parle alors de "« syndrome post-borréliose de Lyme »") voient tout ou partie des symptômes précédents s'aggraver et pour certains prendre un caractère chronique, c'est-à-dire perdurant un long temps. Là aussi, de nombreux organes peuvent être concernés, dont les nerfs, les yeux, les tendons, les articulations, les muscles, dont le cœur ou même la rate.
Les phénomènes inflammatoires et/ou dysimmunitaires incluent souvent des symptômes neurologiques (on parle alors de "« neuroborréliose tardive »" ; qui regroupe des encéphalomyélites chroniques et polyneuropathies sensitives axonales distales, et encéphalopathies tardives, généralement associées à des anomalies du liquide céphalo-rachidien ; avec synthèse d'anticorps spécifiques (grade C)). Une encéphalomyélite chronique peut s'installer progressivement avec par exemple des troubles cognitifs, une faiblesse musculaire des pattes, gênant la marche, des problèmes de vessie, des vertiges, et des maux de dos, des paraparésies spastiques et/ou une myélite faisant évoquer une sclérose en plaques. Ces patients peuvent aussi ressentir une profonde fatigue.
L'arthrite de Lyme peut à ce stade (ré)apparaître et s'aggraver (plus douloureuse et en séquences de plus en plus longues). La douleur est souvent légère ou modérée, souvent avec un gonflement de l'articulation en cause. Des kystes de Baker peuvent exister et crever en libérant leur contenu. Dans certains cas, une érosion osseuse est observée.
Des symptômes cutanés sont fréquents : 
Complications cardiaques : elles sont fréquentes à ce stade, bien qu'apparemment plus rares : il s'agit souvent d'une inflammations du cœur, de myocardite ou des arythmies) liés à des problèmes de conduction touchant les blocs auriculo-ventriculaire, sino-auriculaires ou intra-ventriculaires, et plus rarement des péricardites ou des myocardites. Un électrocardiogramme doit donc être systématique chez les victimes de la maladie, car une défaillance cardiaque peut apparaître, pouvant provoquer une syncope, et même un arrêt cardiaque, qui peut s'avérer parfois mortel.
Soins, traitement.
Soins en cas de morsure de tique.
Si la tique est retirée de la peau dans les 36 premières heures après qu'elle s'y est fixée, les risques de contamination sont réputés faibles ; inférieurs à 1 %, car les "borrelia" ne sont à ce moment pas encore dans les glandes salivaires de la tique mais dans son tube digestif. Pour infecter l'hôte, elles doivent encore migrer du tube digestif aux glandes salivaires, ce qui demande 2 à 3 jours.
La tique doit donc être retirée le plus rapidement possible, et en minimisant les risques de régurgitation de celle-ci, c’est-à-dire sans l'écraser et sans utiliser des produits chimiques. Divers modèles de pinces spéciales ou de sortes de petits pieds de biche qui permettent d'extraire les tiques en les tournant doucement sont vendus en clinique vétérinaire (avec un modèle plus petit pour les larves et nymphes). En tournant comme pour dévisser. En fait il faut choisir un sens de rotation et tourner l'instrument dans ce sens, deux ou trois tours ou plus s'il le faut, sans changer de sens pendant l'opération, pour que la tique se détache. Le sens inverse des aiguilles d'une montre (comme pour dévisser) serait plus pratique pour les droitiers, et l'autre (comme pour visser) pour les gauchers, on peut extraire sans peine la tique, au moins si elle n'est pas ancrée depuis trop longtemps. Ce geste évite de risquer de laisser le rostre ou la tête et son "cément" fichés dans la peau, ce qui peut provoquer une infection, voire un abcès. Toutefois, à l'usage il apparait que cet instrument n'offre pas toujours satisfaction. Les jeunes tiques au stade nymphal sont souvent difficiles à manipuler.
Une technique simple, pour peu que l'on ait suffisamment de dextérité, consiste à arracher la tique en plaçant l'ongle devant la tête de la tique puis racler d'un coup sec vers l'arrière de la tique. Celle-ci reste alors sous l'ongle. Il faut éviter de gratter la tique avant ce geste afin de la surprendre. Ce geste rapide et efficace n'est pas douloureux, tout au plus une petite griffure. Il faut par contre éviter de pincer la tique avec les ongles car en pressant la tique on risque d'injecter son contenu dans la peau de l'animal. La plaie doit ensuite être désinfectée. Il est impératif de consulter un vétérinaire qui prescrira un traitement antibiotique si une tache rouge grandit autour de la morsure (érythème migrant) ou si des symptômes tels que fièvre ou syndrome grippal apparaissent dans les jours ou semaines suivants.
Traitement médicamenteux.
Principes de base.
L'objectif d'un traitement antibiotique est l'éradication complète des Borrelia, quelle que soit leur localisation, selon la 16e conférence de consensus en thérapeutique anti-infectieuse. Il est à noter que le traitement s'accompagne dans de nombreux cas d'une recrudescence provisoire des symptômes, appelée réaction de type Jarisch Herxheimer.
La grande majorité des infections soignées au premier stade sont guéries par les antibiotiques recommandés ; la pénicilline ou les cyclines constituent à l'heure actuelle le seul traitement de la maladie de Lyme. En phase primaire (généralement repérée à la suite d'un érythème migrant, l'amoxicilline, la doxycycline ou le cefuroxime axetil doivent être prescrits durant 14 à 21 jours, au plus tôt (dans les 72 heures si possible) pour un meilleur résultat. 
Complexité de la maladie.
Il arrive que le traitement courant n'éradique pas les borrélies en phase I. Les mécanismes de résistances sont encore mal compris. L'efficacité des antibiotiques n'avait été étudiée in vitro que sur un petit nombre de souches de borrélies. Un échec du traitement induit la seconde ou 3 phase de la maladie. L'apparition d'arthrite ou de troubles neurologiques ou d'une méningite, associés à une augmentation des anticorps contre une borrélie doit alors alerter le patient et le médecin qui peut prescrire un traitement plus long.
Parfois les médicaments semblent peu actifs ; une hypothèse est que les médicaments seraient aussi plus ou moins actif selon la forme de la bactérie qu'ils rencontrent (Pénicilline, céphalosporines, primaxin, Vanco seraient efficaces contre le spirochète normal, alors que tétracyclines et érythromycine seraient efficaces contre La forme-L (spiroplaste), et que peut-être le Flagyl (metronidazole) ou le tinidazole ou le Rifampin pourraient éventuellement agir contre la forme cystique. Les animaux malades concernées par un traitement inefficace ou victimes d'autres manifestations graves de la maladie de Lyme seront traités selon leur condition clinique, sous le contrôle d'un spécialiste des maladies infectieuses (ou infectiologue).
Les tests montrant toujours une persistance d'anticorps pendant encore de longs mois, comme pour toute maladie déclenchant la fabrication d'anticorps, il n'est pas conseillé de pratiquer de nouvelle sérologie. En cas de réapparition de symptômes, tout animal doit être suivi et faire éventuellement l'objet d'un nouveau traitement. Une petite partie des borrélies peuvent en effet survivre aux antibiotiques en se protégeant dans une forme "« cystique »". Elles entretiennent ainsi une infection latente (d'où le caractère récurrent des symptômes de borréliose).
Ayant constaté de spectaculaires améliorations des symptômes dès le début des antibiothérapies, on a d'abord cru que les antibiotiques adaptés étaient toujours efficaces en suivant la durée de traitement jugée pertinente jusque là, mais de nombreux chiens, quelques semaines, mois ou années après leur traitement font des rechutes (à leur tour atténuées par le traitement antibiotique). Les premiers retours d'expérience ont montré que des rechutes sont possibles (sans réinfection), des mois ou des années après une apparente guérison ou après une nette amélioration. 
Les bactéries survivent probablement dans des organes ou parties d'organes moins accessibles au système immunitaire et aux molécules antibiotiques (par exemple dans l'humeur vitreuse ou dans son enveloppe ou dans certaine zones fibreuses ou de collagène des tissus conjonctifs (membranes synoviales par exemple) ou dans les fibroblastes, ce qui a été confirmé par diverses observations au microscope optique ou électronique montrant une persistance de spirochètes vivants dans des tissus conjonctifs synoviaux profonds (où l'on a aussi détecté leurs antigènes) chez des animaux chroniques traités une ou plusieurs fois.
" Si des spirochètes sont déjà piégés dans un tissu qui est inaccessible aux antibiotiques par exemple dans le fibrineux et le collagène des tissus ou dans les fibroblastes, une forte dose parentérale d'antibiotiques, ou une combinaison de thérapies de longue durée sont nécessaires pour éliminer les spirochètes ".
La maladie pourrait également être réactivée à l'occasion de stress ou baisse de l'immunité. Chez les malades traités en phase II ou III, des troubles du sommeil et des difficultés cognitives persistent souvent malgré et après un traitement antibiotique de la durée jusque là préconisée. Il y a des avantages incompatibles avec leurs effets secondaires importants ou avec les risques induits par un traitement antibiotique prolongé, les éventuels effets secondaires étant très acceptables étant donné l'amélioration apportée. 
Modèle animal.
En parallèle, plusieurs expériences sur des animaux (chiens, poneys..) ont confirmé que des borrélies pouvaient résister aux antibiotiques, autrefois réputés pouvoir les éradiquer, malgré la durée de traitement jugée appropriée. À la fin des années 1990, des chercheurs ont montré, dans 3 expériences différentes, que des chiens infectés par des "borrélia burgdorferi" traités 30 jours par différents antibiotiques (amoxicilline; azithromycine; ceftriaxone; doxycycline) voyaient leurs symptômes d'arthrite aiguë disparaitre, mais que ces traitements échouaient à éliminer la bactérie de leur organisme. "« B. burgdorferi migre et se dissémine dans différents tissus après avoir été inoculée par la tique. Elle cause des épisodes aigus d'arthrite et une infection persistante. Le spirochète survit à un traitement antibiotique et la maladie peut être réactivée chez l'animal immunitairement déprimé" » ont conclu les auteurs.
Une autre expérience a consisté à faire piquer par des tiques porteuse de "Borrelia burgdorferi" des chiens de laboratoire qui sont dépourvus d'infection microbienne. Six de ces chiens ont été traités par de fortes doses de doxycycline et 5 par de fortes doses d'amoxicilline, durant 30 jours. Les symptômes ont été prévenus ou ont été très améliorés chez tous les chiens sauf l'un de ceux traité par doxycycline, mais une infection persistante a néanmoins été détectée à l'autopsie 6 mois après (B. burgdorferi a été détecté par PCR sur biopsie de peau et de tissus chez 6 de ces chiens apparemment guéris, mais maintenus 6 mois en isolement". « Après la fin du traitement antibiotique, les niveaux d'anticorps commencent à remonter, probablement en réponse à une nouvelle prolifération des survivants du pool précédent de spirochètes »" ont conclu les auteurs.
Deux autres études ont montré que ni l'amoxicilline ni la doxycycline administrées pendant 30 jours n'avaient réussi à éliminer une infection persistante (sur 11 chiens) ; Juste après le traitement, les borrelies n'étaient plus détectables et le taux d'anticorps avait diminué, et les lésions avaient été évitées ou apparemment guéries. Mais des spirochètes ont cependant survécu dans les tissus d'au moins trois de ces chiens, alors que le taux d'anticorps remontait et que de l'ADN de "B. burgdorferi" était à nouveau détecté par les tests 6 mois après le traitement." Les auteurs précisent qu'ils ont détecté (par la culture et par PCR) "B. burgdorferi" fiablement dans la peau, mais rarement dans le sang de ces animaux. Ils en ont trouvé dans les membranes synoviale des articulations, mais non dans le liquide synovial, et dans les méninges, mais non dans le liquide céphalo-rachidien où on les cherche habituellement.
Nouvelle approche.
La bactérie suit apparemment un cycle au cours duquel il y a une phase d'activité et une autre de "dormance". Durant cette dernière, les antibiotiques ne sont peut-être pas efficaces et surtout, les patients traités ont les signes d'une guérison alors que l'infection est encore présente. Il faut préconiser un traitement pendant une longue période, allant de 4 à 6 semaines pour une infection récente à 4 à 6 mois pour une infection ancienne supérieure à un an. Ceci permet d'encadrer au moins un cycle entier et donc une période d'activité des bactéries. Il est nécessaire d'avoir au moins un à deux cycles sans symptômes avant d'arrêter le traitement antibiotique. Il est également vivement conseillé d'avoir une alimentation équilibrée et un entretien physique thérapeutique.
Incertitudes.
Malgré des progrès sensibles, il est possible que les tests disponibles ne repèrent pas toujours les borrélies, et ils pourraient ne pas repérer toutes les variantes du parasite. Les causes de l'extension de la maladie ne sont probablement pas toutes connues. Une maladie de Lyme peut aussi se compliquer de co-infections aggravantes et/ou perturbant le diagnostic, également transmises par les tiques, comme les rickettsioses, les ehrlichioses, la babésiose, la bartonellose, les infections à mycoplasmes. Ces co-infections doivent alors elles aussi être traitées. Les tests répétés dans le temps montrent que le système immunitaire devient plus précis dans sa réaction au fur et à mesure que le temps passe, mais un animal malade, même guéri ou apparemment guéri, n'est pas immunisé : la réinfection d'un même chien est possible. 
Prévention, précautions.
Les mesures souvent proposées sont :