Cette première partie du livre compte 34 aphorismes. Elle porte sur les problèmes de la connaissance et de ses conséquences éthiques, ainsi que sur les erreurs de la métaphysique, et pose les fondements d'une réévaluation des sentiments et des idées humains (moraux, religieux, esthétiques, épistémologiques) d'après une science nouvelle, la philosophie historique.
§ 1. Chimie des idées et sentiments.
Le premier aphorisme de ce chapitre annonce le sujet du livre, sujet qui donne une explication du titre : la philosophie historique. Cette philosophie historique découle d'une réévaluation des problèmes philosophiques rendue possible par la réfutation de la métaphysique. En effet, la métaphysique explique l'origine et la nature de tous les concepts moraux, religieux, philosophiques, en y introduisant une division temporelle caractéristique qui leur attribue une valeur supranaturelle. Par exemple, la vérité, la raison, etc. auront une origine surnaturelle, cela veut dire qu'elles ne sont pas engendrées, autrement dit qu'elles sont éternelles, par opposition au caractère éphémère ou vain de l'erreur, des passions, etc. 
Or, toute explication métaphysique étant écartée, la question se pose de savoir comment nous pouvons encore expliquer ces concepts, ces sentiments, etc. Par exemple, si la vérité n'est pas éternelle, quelle relation a-t-elle avec l'erreur ? La vérité, de ce point de vue, pourrait être une variété de l'erreur. Ce qui est ici écartée, ce sont les explications métaphysiques qui opposent par nature des concepts ou des comportements psychologiques. D'une manière générale, il faut comprendre comment certaines réalités naissent les unes des autres, la vérité de l'erreur, l'altruisme de l'égoïsme, etc. 
Cela suppose de faire l'histoire de ces réalités, et d'en faire une analyse comparable à l'analyse chimique. Ceci démontre en particulier l'importance de la psychologie pour comprendre la genèse des valeurs humaine (par exemple, plus tard, dans "Par-delà bien et mal", première partie, Nietzsche fera une psychologie des philosophes). Nietzsche énonce dès ce premier aphorisme ce que devrait être une méthode débarrassée de la perspective métaphysique :
C'est donc une question de méthode qui se pose. Mais il se pose alors immédiatement un autre problème : le caractère foncièrement inhumain d'une connaissance qui ne recourt plus aux explications humaines habituelles. Non seulement, par une telle méthode, les sentiments humains les plus nobles se trouvent analysés en passions jugées viles, mais on retire du même coup ce qu'il pouvait y avoir de consolateur dans la contemplation de la partie la plus haute, la plus morale de l'humanité, et dans la pensée de sa destinée supranaturelle. Tout ceci est supprimé d'un coup, et la vérité devient ainsi laide et repoussante.
Cette première partie est ainsi partagée à peu près en deux groupes d'aphorismes :
Le point sans doute essentiel est que Nietzsche fait dès le début du livre entrer le temps dans le champ de la pensée. Il n'est plus question de se demander ce qui vaut éternellement, et de donner ainsi une valeur absolue à certaines réalités, mais de penser le monde d'un point de vue fini, celui de l'homme, c'est-à-dire d'un être vivant, donc mortel, qui ne sait en somme pas grand chose sur le monde qui l'entoure ni sur lui-même. Il y a là une certaine ressemblance avec la démarche socratique, qui nous appelle à la modestie. Nous verrons que cette perspective temporelle sur la finitude humaine entraîne une redéfinition complète du champ de la philosophie, en particulier une prise en considération de ces nombreux aspects de la vie humaine qui furent longtemps refoulés par la pensée éternelle (par exemple le rêve, dont l'interprétation a une place clé dans la méthode nietzschéenne).
À la fin de l'aphorisme, Nietzsche énonce les domaines qui doivent faire l'objet d'un nouvel examen ; ces domaines forment le plan du livre :
Les trois premiers domaines sont donc la morale, la religion et l'art. Leur étude sera approfondie au fil des ans dans "Aurore", le "Gai Savoir", "Généalogie de la morale", "Crépuscule des idoles", etc. Nietzsche dégagera en effet les types de l'artiste (Wagner, l'artiste moderne) et de l'homme religieux (psychologie du prêtre dans la "Généalogie), dont nous trouvons déjà les traits caractéristiques dans "Humain, trop humain". Nous trouvons également déjà l'idée d'une double origine de la morale, idée qui sera l'objet de la généalogie.
Le domaine suivant, portant sur la société et la politique, conduit à l'élaboration d'une grande politique ; et la solitude est un thème lié au philosophe législateur qui réunit en lui plusieurs traits typiques de l'homme moral, artiste, religieux et politique.
Ainsi, la lecture scrupuleuse de "Humain, trop humain" donne une idée précise et développée de l'ensemble de la pensée de Nietzsche qui possède une unité et une continuité parfois occultées par le découpage en trois périodes de sa philosophie. Ce premier aphorisme nous donne à lui seul un plan relativement complet de toutes les œuvres de Nietzsche ; néanmoins, il faut garder à l'esprit qu'on ne trouve pas encore explicitement les grands concepts auxquels on réduit Nietzsche - Volonté de puissance, Éternel Retour, Surhomme.
§ 2. Péché originel des philosophes.
À l'analyse des sentiments et des idées qu'il propose, Nietzsche oppose le point de vue de tous les philosophes : ceux-ci décrivent l'homme comme une vérité éternelle. Pour répondre à la question de savoir ce qu'est l'homme, les philosophes analysent l'homme actuel, et pensent ainsi le connaître dans son ensemble, ce qui donnerait une clé pour la compréhension du monde en général : le monde est conçu comme originairement semblable à l'homme. Cette théorisation est ainsi une téléogie dont l'homme est le centre.
Cette méthode a quelques présupposés que Nietzsche souligne particulièrement :
Ces attributs traditionnels de l'essence de l'homme sont étonnants par leur démesure, car il montre qu'en réalité l'homme s'est pensé comme "Dieu". L'homme s'est ainsi pensé comme un être atemporel, dont l'essence n'est pas touchée par le monde et le devenir.
La thèse opposée soutenue par Nietzsche introduit au contraire, comme nous l'avons signalé plus haut, le temps dans la connaissance que nous pouvons avoir de l'homme. Plus exactement, le temps est l'élément essentiel de cette connaissance. Nous ne pouvons pas sérieusement penser l'homme comme un être sans histoire, qui ne serait pas modifié en son fond de manière substantielle, dont l'existence n'aurait pas fondamentalement de dimension temporelle. La connaissance même que nous pouvons en avoir est soumise au devenir, au changement, au temps. Cette thèse a des conséquences qu'il s'agit d'établir correctement, et "Humain, trop humain" en est une étape importante qui sera largement poursuivie par toutes les œuvres suivantes de Nietzsche.
Une première étape consiste à modifier le vocabulaire de la philosophie, modification qui va également exprimer un changement dans le champ de déploiement de la pensée : en effet, la dimension historique de l'homme se traduit dans cette aphorisme par l'emploi de mots et d'expressions qui s'opposent au vocabulaire métaphysique : influence, modeler, événement, évolution humaine, résultat d'un devenir.
L'emploi de ces mots se fait dans les thèses suivantes :
De là découle cette double conclusion : pour connaître l'homme, il faut établir une philosophie historique ; cette philosophie historique suppose de la modestie. En ce qui concerne la philosophie historique, il s'agit d'étudier l'être homme en tant que tel, c'est-à-dire selon deux axes :
Cette méthode met particulièrement en valeur l'étude morale des hommes ; contrairement à la métaphysique qui étudie des réalités en apparence très éloignées de la réalité quotidienne de l'être humain, Nietzsche souhaite une science morale qui fasse l'observation de tous les petits courants de la vie (ce point est détaillé par exemple dans le "Gai Savoir" : le rythme des jours - fêtes, travail, repos - les problèmes de l'alimentation sur le moral, les conséquences de la vie en communauté, l'étude des différentes mœurs selon le travail, etc.).
Quant à la modestie, elle va être illustrée par Nietzsche dans l'aphorisme suivant avec le cas de la vérité.
§ 3. Estime des vérités discrètes.
Nietzsche a signalé dès le premier aphorisme la conséquence psychologique radicale de la réévaluation de l'humanité d'un point de vue historique. Sous une forme interrogative, il se demande en effet : faut-il être inhumain (alors que jusque là les philosophes furent trop humains) pour "voir" l'homme (ses sentiments et ses idées) et le monde (dénué de finalité) du point de vue de la philosophie historique ?
L'aphorisme trois apporte quelques précisions en abordant le problème de la vérité.
Pourtant, il y a ici un problème : s'il nous faut étudier l'homme d'un point de vue historique, celui qui l'étudie doit "relativiser" sa connaissance. En effet, Nietzsche vient de l'affirmer : "il n'y a pas de vérité éternelle." Dès lors, peut-il y avoir des "vérités discrètes" ? Or, ici, au lieu de répondre à cette question qui vient naturellement à l'esprit, Nietzsche se dirige immédiatement vers une évaluation "psychologique" de la vérité. Ce sont d'autres aphorismes de cette même partie qui répondront à cette question du scepticisme de la connaissance liée à la question de la possibilité d'une véritable réfutation de la métaphysique. 
Mais nous pouvons dire cependant que Nietzsche commence déjà à répondre à cette question, en purifiant le concept de vérité de ses dimensions psychologiques injustifiées. Autrement dit, il dégage la question de la vérité de ce qui empêchait d'en poser véritablement la question, et nous avertit implicitement : pour comprendre exactement la philosophie historique, il faut commencer par admettre que les qualités humaines de la vérité sont égarantes et obscurcissent le problème. Ainsi, avant d'en venir à la métaphysique proprement dite, le regard doit se purifier, la pensée doit être claire. Il faut désobstruer ce chemin pollué par l'histoire de la pensée (philosophique, religieuse, morale), chemin qui mène au problème en tant que tel.
Nietzsche commence par souligner le caractère modeste des vérités découvertes par une méthode rigoureuse. Ces vérités s'opposent aux conséquences psychologiques des erreurs humaines ; ces erreurs sont en effet :
Ces qualités sont à rapprocher du platonisme : le désir du bien qui fait la passion philosophique en excitant la recherche des vrais réalités, l'éclat et la beauté de la vérité, des Idées éternelles, la perspective d'une vie meilleure pour les justes évoquée dans le "Phédon", etc.
Par opposition, on comprend que les vérités que Nietzsche veut soutenir risques de paraître ternes, qu'elles n'existent vraisemblablement pas l'intérêt, et qu'elles ne soulèvent pas les masses ; mais elles sont aussi irritantes, laides et repoussantes, tragiques. Nietzsche rejettera néanmoins plus loin toutes ses qualifications parce ce ne sont jamais que des mystifications, qu'il s'agisse d'optimisme ou de pessimisme.
Ces qualifications ne pas en réalité l'essentiel de cet aphorisme, mais il s'agit plus fondamentalement de la modification du jugement à l'égard des vérités, modification qui est le résultat d'une spiritualisation et d'une plus grande intériorité des formes de notre vie.
À ce stade de la réflexion, Nietzsche énonce le mot de toute sa pensée : intériorité. C'est ici notre thèse interprétative : toute la philosophie de Nietzsche est centrée sur le progrès de l'intériorisation des activités humaines, intériorisation qui est un approfondissement de la vie de l'esprit, un enrichissement et embellissement de soi. Tout est alors résumé par cette formule : "[...] combien un simple regard où brille l'esprit doit maintenant avoir pour nous tous plus de valeur que la plus belle proportion, que la plus sublime architecture."
L'homme est œuvre d'art, la plus sublime. La connaissance historique de l'homme proposée par Nietzsche va dans ce sens. Ainsi, paradoxalement, alors que les vérités discrètes sont d'abord jugées laides, par une plus grande intellectualisation l'homme devient lui-même :
Ce processus est selon Nietzsche un enlaidissement aux yeux des époques antérieures.
Origine et nature des erreurs de la métaphysique.
Ce problème capital pour la suite est abordé en 2, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, etc.
Pourquoi des explications métaphysiques ?
L'interprétation du rêve.
Dans l'ensemble de l'œuvre de Nietzsche, le rêve a une place importante et multiforme. Dans cette première partie de "Humain, trop humain", le rêve est l'objet des aphorismes 5, 12 et 13.
L'aphorisme 13 présente une explication psychologique du rêve, appuyée par des aspects physiologiques. L'aphorisme 12 a une importance particulière, car il porte sur les différentes strates affectives et cognitives de l'homme qui justifient l'approche historique de l'homme proposée par Nietzsche dans le l'aphorisme 1. Enfin, l'aphorisme 5 montre que le rêve a rendu possible l'idée d'une seconde réalité.
On remarque d'emblée que l'analyse du rêve recoupe toutes les analyses de la métaphysique ; bien plus, l'interprétation du rêve est une explication intégrale (conditions de possibilités, raisonnements logiques, fonction fabulatrice, etc.) de la pensée métaphysique et de toutes les inventions de l'esprit humain. Mais cette interprétation a également une dimension morale de première importante. Nous allons analyser à présent l'ensemble de ces dimensions.