Le chromosome Y est le chromosome le plus petit. Transmis de père en fils selon une lignée patrilinéaire, il porte le gène maître de la différenciation masculine, le gène SRY. Comme l’ADN mitochondrial et comme n’importe quel chromosome, il porte des variabilité du code génétique (séquences variables) que l’on peut utiliser comme marqueurs pour étudier une population. 
Il permet ainsi de reconstituer une lignée patrilinéaire (fils, père, grand-père paternel, grand-père paternel du père, etc…) Les hommes et les femmes n’ont pas toujours la même histoire De façon intéressante, les hommes et les femmes n’ont pas toujours la même histoire. 
Ainsi, en Islande, les hommes viennent des pays scandinaves et les femmes d’Irlande, laissant penser que les marins nordiques ramenaient avec eux des femmes de leurs razzias sur les côtes des îles britanniques, créant ainsi un flux génétique spécifique.

Génétique des populations/Afrique
Afrique.
L’Afrique est certainement le continent à la génétique la plus compliquée. Les lignées mitochondriales y ont plus de . 
L’expansion bantoue.
L’élément le plus important y est la dispersion bantoue. L’archéologie et l’étude des langues suggére une expansion à partir de l’Afrique de l’Ouest il y a 3 ou vers l’est et le sud. 
L’étude des Bantous du sud-est africain montre que 44 % des lignées proviennent d’Afrique de l’Ouest, 21% d’afrique de l’ouest ou d’afrique centrale, 30% d’afrique de l’est, et environ 5% de groupes parlant le Khoisan d’afrique du Sud. Les âges des principaux types fondateurs sont compatibles avec la date probable de la dispersion bantoue. Les différents groupes sont indistingables les uns des autres sur le plan gén.tique ce qui suggére une entrée commune en afrique du sud-est ou un important flux génétique depuis la période initiale (Salas, Richards et al. 2002).
Origines de l'homme.
L’archéologie et les études des fossiles africains suggèrent que l’homme moderne a pour origine l’afrique à la moitié de l’âge de pierre, entre 115 000 et 130 000 ans avant JC. Des signes d’activité humaine moderne apparaissent il y 70 000 ans et deviennent explicite à partir de 40 000 ans avec l’apparition de l’âge de pierre tardif.
En afrique de l’ouest, peu de traces subsitent des âges de pierre moyen et tardif. Par contre, en afrique centrale, orientale et australe, on observe des vestiges régionales datant de l’acheuléen , il y a plus de 200 000 ans. 
Afrique du Nord.
L’afrique du Nord a une histoire spécifique qui est avant tout méditerranéenne et qui remonte au pleistocène. 
Sédentarisation.
Les premières traces de sédentarisation remonte à 18 000 ans, le long de la vallée du Nil. L’agriculture et l’horticulture surviennent plus tard dans plusieurs endroits pendant l’holocène : en égypte (à partir du proche-orient), sur les plateaux éthiopiens, dans la savane du Sahel et en Afrique de l’Ouest. Chaque région développe des semences spécifiques, mais à l’exception du guinea fowl et des vaches, il n’y a pas de traces d’animaux domestiques indigénes sub-sahariens. Tous les animaux domestiques africains provienennt du nord de l’Afrique et n’ont été introduits dans le Sud que tardivement.
La pauvreté des vestiges archéologiques africains, en particulier dans le zone de la forêt dense équatoriale, explique pourquoi les langues ont eu un rôle si important pour reconstituer l’histoire africaine. En 1963, Greenberg organisa les langues africaines en quatre grands phylums : Niger-Congo, Nilo-saharien, Afroasiatique et Khoisan. Le dévelopement initial des trois premières langues auraient eu lieu entre le Sahara et la forêt équatoriale. Les langues Niger-Congo et Nilo-shariennes auraient même une origine commune. La distribution des langages Khoisan aurait pu s’étendre, avant l’expansion bantou jusqu’à l’éthiopie et le Soudan actuel. On peut d’ailleurs encore trouver des petits îlots de population utilisant une langue cliquée en Tanzanie ou de quelques cliques consonnants dans certains langages kenyans ou éthiopiens.
La grande majorité des plus de 200 millions d’africains sub-équatoriaux parle l’un des 500 dialectes bantous. L’est du Nigeria actuel et l’ouest du Cameroun constituent probablement le noyau à partir duquel les bantous se sont dispersés. 
Les langages bantous se divisesnt en deux grandes familles, est et ouest, ce dernier étant d’origine plus récente. Elles sont issues de deux routes ditinctes de dispersion. Une est orientée vers l’est, au nord de la forêt équatoriale, bien qu’il n’y en est pas de trâce archéologique jusqu’à la région des grands lacs. L’autre route est orientée vers le Sud, à travers la forêt équatoriale, peut-être favorisé par une période de sécheresse relative il y a 3500-3000 ans. 
La métallurgie apparaît dans la région des grands lacs environ 800 ans avant JC, à une époque où les bantous ont adopté le stockage de la nourriture et l’agriculture céréalière de leurs voisins de la vallée du Nil. Lors de cette expansion, les chasseurs Khoisans indigènes sont progressivement assimilés ou déplacés. Des clics Khoisans caractéristiques sont retrouvés dans plusieurs langages Bantous du Sud africains. 
Ces deux courants se sont rejoints à la partie Sud de l’Afrique centrale. 700 ans avant JC, des cultures basées sur les pluies d’été utilisant le travail du fer et de nouvelles formes d’organisation sociale apparaissent dans toute l’afrique équatoriale.
Apport de la génétique à l’étude de l’expansion bantoue.
L’étude des séquences non recombiantes du chromosome Y (NRY) confirme la datation de l’expansion entre 5000 et 3000 ans avant JC.
Les Pygmées.
Les pygmées ne forment pas un groupe homogène et clairement défini.