er et afsnit af dna anerkendt af en restriktion endonuclease
Endonuclease -- Begrænsningsenzymer er endonucleaser fra eubakterier og archaea, der genkender en specifik DNA-sekvens. Den nukleotidsekvens, der er anerkendt for spaltning af et restriktionsenzym, kaldes restriktionsstedet. Typisk vil en begrænsning site være en palindromic sekvens omkring fire til seks nukleotider lange. De fleste begrænsning endonukleaser kløve DNA-strengen ujævnt, efterlader komplementære enkelt-strengede ender. Disse ender kan reconnect gennem hybridisering og kaldes " klæbrige ender " . Når fragmenternes phosphodiesterbindinger er parret, kan de forbindes med DNA-ligase. Der er hundredvis af begrænsning endonukleaser kendt, hver angriber en anden begrænsning site. DNA-fragmenterne kløvet af samme endonuclease kan samles uanset DNA'ets oprindelse. En sådan DNA kaldes rekombinant DNA; DNA dannet ved sammenføjning af gener i nye kombinationer. Begrænsningsenducleaser (begrænsningsenzymer) er opdelt i tre kategorier, type I, type II og type III, i henhold til deres virkningsmekanisme. Disse enzymer bruges ofte i genteknologi til at lave rekombinant DNA til introduktion i bakterie-, plante- eller dyreceller samt i syntetisk biologi.