er lysosomer til stede i både plante- og dyreceller
Lysosom -- Ved videnskabelig konvention, udtrykket lysosome anvendes kun på disse smitsomme organeller i dyr, og udtrykket vacuole anvendes på dem i planter, svampe og alger (nogle dyreceller har også vacuoler). Opdagelser i planteceller siden 1970'erne begyndte at udfordre denne definition. Plantevakuoler findes at være meget mere forskellige i struktur og funktion end tidligere antaget. Nogle vacuoler indeholder deres egne hydrolytiske enzymer og udfører den klassiske lysosomale aktivitet, som er autofagi. Disse vacuoler anses derfor for at opfylde dyrets rolle som lyssosom. Baseret på de Duves beskrivelse af, at "kun når det betragtes som en del af et system, der direkte eller indirekte er involveret i intracellulær fordøjelse, beskriver udtrykket lysosom en fysiologisk enhed," hævdede nogle botanikere kraftigt, at disse vacuoler er lysosomer. Men dette er ikke universelt accepteret, da vacuoles er strengt ikke ligner lysosomer, såsom i deres specifikke enzymer og mangel på fagocytiske funktioner. Vacuoles har ikke katabolske aktivitet og ikke gennemgår exocytose som lysosomer gør.