질문: 「조세특례제한법」 제99조의2제1항을 적용받는 주택만을 소유하고 있는 사람의 2017. 8. 2. 이전 매매계약 체결 주택이 구 「소득세법 시행령」 부칙 제2조제2항제2호의 적용대상인지 여부(「조세특례제한법」 제99조의2제2항 및 구 「소득세법 시행령」 부칙 제2조제2항제2호 관련)
답변: 「조세특례제한법」 제99조의2제2항에서는 “「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다”고 규정하고 있고,「소득세법」 제89조제1항제3호가목에서는 양도소득세 비과세 대상을 “1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택”으로 규정하고 있습니다.
위 규정을 종합하여 살펴보면, 양도소득세 비과세 대상이 되는 것은 일반주택이고, 해당 일반주택이 양도소득세 비과세를 받기 위해서는 “1세대 1주택”에 해당하면서 “대통령령으로 정하는 요건”을 갖추어야 합니다.
 그런데「조세특례제한법」 제99조의2제2항은 일반주택에 대한 양도소득세 비과세의 기준이 되는 “1세대 1주택”에 해당하는지 여부를 판단할 때 특례주택을 주택 수에서 제외해 주려는 취지이므로 “거주자의 소유주택으로 보지 아니한다”는 부분은 일반주택을 소유한 사람이「소득세법」 제89조제1항제3호의 “1세대 1주택”에 해당하는지 판단할 때 적용되는 것입니다.
또한 “대통령령으로 정하는 요건”은 1세대 1주택으로 확인된 일반주택에 대한 실제 양도소득세 비과세 요건을 추가로 규정한 것이므로, 대통령령으로 위임한 구체적인 요건을 검토할 때는 일반주택과 관련된 내용만을 고려해야 합니다.
따라서 특례주택을 소유주택으로 보지 않도록 한「조세특례제한법」 제99조의2제2항은「소득세법」 제89조제1항제3호가목에 따른 “1세대 1주택” 부분에만 적용되는 것이고, “대통령령으로 정하는 요건” 부분에는 적용되지 않는다고 보아야 합니다.
그리고 구 「소득세법 시행령」 부칙 제2조는 「소득세법」 제89조제1항제3호가목의 “대통령령으로 정하는 요건”의 위임에 따른 구 「소득세법 시행령」 제154조제1항에서 양도소득세 비과세 대상인 일반주택의 판단 기준으로 거주요건을 추가하면서, 비과세 대상이 되는 일반주택의 거주요건을 적용하지 않을 별도의 조건을 규정한 것이어서 일반주택의 적용관계에 대한 부분만을 규정한 것이므로 「조세특례제한법」 제99조의2제2항의 “1세대 1주택” 간주규정과는 구별되는 규정입니다.
또한 구 「소득세법 시행령」에서 조정대상지역 내 주택에 대하여 2년 이상의 거주요건을 둔 취지는 2017년 8월 2일 관계 부처 합동으로 발표한 실수요 보호와 단기 투자수요 억제를 통한 주택시장 안정화 방안에 따라 투기 목적의 주택수요 억제 및 실수요 중심의 주택 구입을 유도하기 위한 것이고, 같은 영 부칙 제2조제2항제2호의 괄호 부분을 둔 취지도 1세대 1주택의 거주요건에 대한 예외를 제한적으로 인정하여 정부의 주택시장 안정 대책의 효과를 유지하기 위한 것인 점을 고려할 때 같은 영 부칙 규정의 “현재 주택을 보유하지 아니하는 경우”는 실제 주택이 없는 경우로 보는 것이 관련 규정의 입법 취지에도 부합하는 해석입니다.
따라서 구 「소득세법 시행령」 부칙 제2조제2항제2호에 따른 “주택을 보유하지 아니하는 경우”란 일반주택의 계약금 지급일 현재 실제 주택이 없는 경우, 즉 「조세특례제한법」 제99조의2제1항 및 제2항에 따른 특례주택도 보유하지 않는 경우를 의미하는 것으로 해석하는 것이 타당합니다.
한편 「조세특례제한법」 제99조의2제2항의 취지가 이 사안의 특례주택을 소유하는 것으로 인해 일반주택에 대한 비과세 혜택을 받지 못하는 것을 방지하려는 것이므로 특례주택으로 인해 일반주택이 구 「소득세법 시행령」 부칙 제2조제2항제2호에 따른 비과세 혜택을 받지 못하게 되는 것은 바람직하지 않다는 의견이 있습니다.
그러나 구 「소득세법 시행령」 부칙 규정에 따라 특례주택을 소유한 경우 무조건 일반주택이 비과세 혜택을 받지 못하게 하는 것이 아니고, 계약금 지급일 당시 특례주택을 보유하고 있는 경우라도 일반주택을 양도할 때 거주요건을 충족하면 일반주택은 여전히 비과세 혜택을 받을 수 있게 된다는 점에서 그러한 의견은 타당하지 않습니다.
＜관계 법령＞「조세특례제한법」제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.③ ～ ⑤ (생 략)「소득세법」제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.1.ㆍ2. (생 략)3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. (생 략)4.ㆍ5. (생 략)② (생 략)구 「소득세법 시행령」(2017. 9. 19. 대통령령 제28293호로 일부개정된 것을 말함)제154조(1세대1주택의 범위) ①법 제89조제1항제3호가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.1. ～ 5. (생 략)② ～ ⑪ (생 략)부칙제2조(1세대 1주택 비과세 요건에 관한 적용례 등) ① (생 략)② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 제154조제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항제3호의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.1. 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택2. 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)3. 2017년 8월 3일 이후 취득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택