질문: 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제40조제1항제5호에 따른 “양도”의 의미가 양수인이 소유권이전등기를 마친 경우로 한정되는지 여부 등 (「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제40조 등 관련)
답변: 가. 질의 가 및 질의 나의 공통사항「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」(이하 “연구개발특구법”이라 함) 제37조제1항에서는 교육ㆍ연구 및 사업화 시설구역에 입주하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 미래창조과학부장관의 입주승인을 받아야 한다고 규정하고 있고,같은 법 제38조제1항에서는 입주기관이 교육ㆍ연구 및 사업화 시설구역의 부지ㆍ시설 또는 건축물(이하 “건축물등”이라 함)을 양도하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 미래창조과학부장관의 승인을 받아야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 건축물등을 양수ㆍ임차ㆍ사용대차 또는 전차(轉借)하거나 건축물등에 대하여 전세권을 설정받으려는 자는 미리 제37조에 따른 입주승인을 받아야 한다고 규정하고 있고,같은 법 제40조제1항제5호에서는 미래창조과학부장관은 입주기관이 제38조제1항을 위반하여 건축물등을 양도한 경우에 해당하면 6개월 이내에 그 시정을 명하고, 이를 이행하지 아니하는 경우에는 그 입주승인을 취소할 수 있다고 규정하고 있습니다.
나. 질의 가에 대하여이 사안은 입주기관이 연구개발특구법 제38조제1항에 따른 양도승인을 받고 양수인은 같은 조 제2항에 따른 입주승인을 받았으나 양도대상인 건축물등에 대한 소유권이전등기는 마치지 않은 경우,같은 법 제40조제1항제5호에 규정된 “법 제38조제1항을 위반하여 건축물등을 양도한 경우”의 의미는 양수인이 건축물등에 대한 소유권이전등기를 마친 경우로 한정되는지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 연구개발특구법은 연구개발특구의 육성을 통하여 그 지역에 있는 대학ㆍ연구소 및 기업의 연구개발을 촉진하는 것을 목적으로 하는 법률로서(제1조), 국가기술의 혁신 및 국민경제의 발전에 이바지하기 위한 정책수단을 실현하기 위하여 일정한 지역을 연구개발특구로 지정하고(제4조), 이렇게 지정한 연구개발특구에 대하여 다른 지역에서는 적용되지 않는 특례로서, 고용보조금 등의 지급(제13조), 세제 지원 및 부담금 감면의 특례(제14조), 국유ㆍ공유 재산의 사용ㆍ수익ㆍ대부 및 매각 등의 특례(제15조), 부당한 공동행위에 대한 인가의제(제16조) 등을 규정하고 있습니다.
그리고, 연구개발특구법에서는 위와 같은 특례를 규정하고 있을 뿐만 아니라 과학기술의 발전이라는 목적을 달성하기 위하여 한정적인 지역을 예외적으로 지정하여 특별한 정책수단을 시행하는 연구개발특구 제도의 특성상 그 운영을 엄격하게 할 필요를 반영하여(2005. 1. 27. 법률 제7363호로 제정된 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제정안 국회 검토보고서 참조), 입주기관이 건축물등을 양도하려는 경우에는 미래창조과학부장관의 승인을 받아야 하고(제38조제1항), 양수인은 입주승인을 미리 받아야 하며(제37조, 제38조제2항), 건축물등의 양도가격은 같은 법 제38조제3항에 따른 금액을 초과할 수 없다고 규정하여 사인 간의 계약에 관한 사항에 대하여 일정 부분 제한을 가하고 있습니다.
즉, 연구개발특구법 제38조제1항, 같은 법 시행령 제34조제1항 및 같은 법 시행규칙 제10조에서는 입주기관이 건축물등을 양도하려는 경우에는 건축물등 양도승인신청서에 양도사유서, 법 제38조제3항에 따른 건축물등에 대한 양도가격의 산출 근거에 관한 서류, 양도사항을 증명하는 서류를 첨부하여 미래창조과학부장관에게 제출하도록 규정하고 있고, 양도승인신청을 받은 미래창조과학부장관은 「전자정부법」 제36조제1항에 따라 건물 등기사항증명서, 토지 등기사항증명서를 확인하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제37조제1항, 같은 법 시행령 제33조제1항 및 같은 법 시행규칙 제9조제1항에서는 교육ㆍ연구 및 사업화 시설구역에 입주하려는 자는 입주승인신청서에 사업계획서, 사업계획에 필요한 자금의 조달방법, 영 제32조에 따른 입주승인 요건에 해당함을 증명하는 서류를 첨부하여 연구개발특구진흥재단에 제출하도록 규정하고 있습니다.
그러나, 연구개발특구법에서는 양수인이 입주승인을 신청할 때 건축물등에 대한 소유권이전등기를 마쳤는지 여부를 확인하기 위한 서류를 제출하도록 하지는 않고 있습니다.
 그리고, 입주기관이 양도승인을 신청하면 미래창조과학부장관은 건물이나 토지의 등기사항증명서를 확인하도록 하고 있으나, 이는 양도승인 대상이자 양도승인가격의 산출 근거가 되는 건축물등을 확인하기 위한 것으로서 양수인이 건축물등에 대한 소유권이전등기를 마쳤는지 여부를 확인하기 위한 것은 아니라고 할 것입니다.
위와 같은 연구개발특구법의 입법 목적이나 취지 및 건축물등을 양도ㆍ양수할 때 양도승인이나 입주승인을 받도록 하는 등 일정한 제한을 하고 있는 연구개발특구법의 규정에 비추어 볼 때, 같은 법 제40조제1항제5호에 따른 “양도”의 의미가 양수인이 건축물등에 대한 소유권이전등기를 마친 경우로 한정된다고 보기는 어렵다고 할 것입니다.
더욱이, 연구개발특구법 제38조제1항을 위반한 양도계약에 기반하여 양수인이 교육ㆍ연구 및 사업화 시설구역에 입주함에 따라 위법한 상태가 계속되고 있음에도 불구하고, 같은 법 제40조제1항제5호에 따른 “양도”의 의미가 양수인이 건축물등에 대한 소유권이전등기를 마친 경우만 의미한다고 보아 연구개발특구법상 양도승인규정을 위반한 양도계약 체결행위와 이에 기반한 입주승인에 대하여 시정을 명할 수 없다고 보는 것은 연구개발특구법의 취지에도 어긋난다고 할 것입니다.
이상과 같은 점을 종합해 볼 때, 입주기관이 연구개발특구법 제38조제1항에 따른 양도승인을 받고 양수인은 같은 조 제2항에 따른 입주승인을 받았으나 양도대상인 건축물등에 대한 소유권이전등기는 마치지 않은 경우, 같은 법 제40조제1항제5호에 규정된 “법 제38조제1항을 위반하여 건축물등을 양도한 경우”의 의미가 양수인이 건축물등에 대한 소유권이전등기를 마친 경우로 한정되는 것은 아니라고 할 것입니다.
다. 질의 나에 대하여이 사안은 연구개발특구법 제40조제1항 각 호 외의 부분에서 규정하고 있는 “6개월 이내에”의 의미는 미래창조과학부장관이 입주기관에 대하여 같은 항 각 호의 사유(이하 “입주승인 취소사유”라 함)가 발생한 사실을 안 날부터 6개월 이내에 시정을 명할 수 있다는 의미인지, 아니면 시정명령의 이행기간을 6개월 이내로 정할 수 있다는 의미인지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 연구개발특구법 제40조제1항 각 호 외의 부분에 따른 “6개월 이내에”라는 문언이 시정명령의 이행기간을 6개월 이내로 정할 수 있다는 것을 의미하는 취지였다면, “6개월 이상의 기간을 정하여”라는 문언을 사용하여 양도명령의 이행기간을 규정하고 있는 같은 법 제41조제1항과 같이 ‘6개월 이내의 기간을 정하여’라는 문언을 사용하여 시정명령의 이행기간을 의미한다는 것을 명확히 규정하였어야 할 것인바, 이와 달리 “6개월 이내에 그 시정을 명”할 수 있다는 문언을 시정명령 이행기간의 상한을 정한 것으로 보는 것은 문언의 가능한 의미의 범위를 넘어서는 해석이라고 할 것입니다.
그렇다면, 연구개발특구법 제40조제1항에서 입주승인 취소사유에 해당하면 “6개월 이내에 그 시정을 명하고, 이를 이행하지 아니하는 경우에는 그 입주승인을 취소”할 수 있다고 규정하고 있는 것은 미래창조과학부장관이 입주기관에 대하여 입주승인 취소사유가 발생한 날부터 또는 입주승인 취소사유가 발생한 사실을 안 날부터 시정을 명할 수 있다는 것을 의미한다고 할 것인데, 해당 규정에서 “6개월”이라는 비교적 단기의 기간을 규정하고 있는 점을 고려하면 미래창조과학부장관이 입주기관에 대하여 입주승인 취소사유가 발생한 사실을 안 날부터 6개월 이내에 시정을 명할 수 있다는 것을 의미한다고 할 것입니다.
즉, 연구개발특구법 제34조와 그 위임에 따른 미래창조과학부 고시인 「연구개발특구 관리계획」(미래창조과학부고시 제2015-96호)에 따르면 미래창조과학부장관은 교육ㆍ연구 및 사업화시설구역 내 토지의 불법전매, 타 용도로의 사용, 장기 유휴화 등을 방지하기 위하여 정기적인 입주지도를 실시할 수 있는바, 미래창조과학부장관이 입주지도 등을 통해 입주기관에 입주승인 취소사유가 발생한 사실을 알게 된 경우에 입주승인 취소사유를 안 날부터 “6개월 이내에” 시정을 명할 수 있도록 하여 입주기관의 위법한 상태를 알고서도 장기간 방치하는 것을 방지하려는 것이 연구개발특구법 제40조제1항의 취지라고 할 것입니다.
한편, 연구개발특구법 제40조제1항에 따른 “6개월 이내에”의 의미를 미래창조과학부장관이 입주기관에 대하여 입주승인 취소사유가 발생한 사실을 안 날부터 6개월 이내에 시정을 명할 수 있다고 해석하는 것은 시정명령 이행기간의 범위를 제시하지 못한다는 의견이 있을 수 있으나, 해당 규정은 입주기관이 위법한 상태를 제거하는 데 필요한 기간은 각 입주승인 취소사유별로 달라질 수 있으므로 개별적인 사유와 입주기관의 제반사정을 고려해서 미래창조과학부장관이 시정명령의 이행기간을 재량의 범위 내에서 정할 수 있다는 취지라는 점에서 그러한 의견은 타당하지 않다고 할 것입니다.
이상과 같은 점을 종합해 볼 때, 연구개발특구법 제40조제1항 각 호 외의 부분에서 규정하고 있는 “6개월 이내에”의 의미는 미래창조과학부장관이 입주기관에 대하여 입주승인 취소사유가 발생한 사실을 안 날부터 6개월 이내에 시정을 명할 수 있다는 것을 의미한다고 할 것입니다.
※ 법령정비의견

○ 연구개발특구법 제40조제1항 각 호 외의 부분에 따른 “6개월 이내에”의 의미가 미래창조과학부장관이 입주기관에 대하여 입주승인 취소사유가 발생한 사실을 안 날부터 6개월 이내에 시정을 명할 수 있다는 의미인지, 아니면 시정명령의 이행기간을 6개월 이내로 정할 수 있다는 의미인지 여부에 대하여 명확하게 규정하고 있지 않아 혼란을 초래하고 있는바, 이를 명확하게 규정할 필요가 있습니다.