질문: 행복주택 사업용지가 「농지법 시행령」 별표 제3호구목의 농지보전부담금 감면 대상에 해당하는지 여부(「농지법 시행령」 제52조 별표 2 제3호구목 등 관련)
답변: 「농지법」 제38조제1항에서는 농지전용허가를 받는 자 등 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위한 부담금(이하 “농지보전부담금”이라 함)을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항에서는 농림축산식품부장관은 국가나 지방자치단체가 공용 목적이나 공공용 목적으로 농지를 전용하는 경우(제1호),같은 법 제35조제1항각 호에 따른 시설이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우(제3호) 등 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다고 규정하고 있으며, 그 위임에 따라「농지법 시행령」 제52조 및별표 2에서는 농지보전부담금의 감면대상 및 감면비율을 규정하고 있습니다.
그리고,「농지법 시행령」 별표 2제3호 표 외의 부분에서는 농지보전부담금 감면 대상으로「농지법」 제35조제1항각 호에 따른 시설이나 그 밖의 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우를 규정하고 있고, 같은 호 가목부터 추목까지의 규정에서는 농지보전부담금 감면대상과 감면비율을 세부적으로 규정하고 있는데, 같은 호 감면대상란 구목 본문에서는「임대주택법」 제16조제1항제1호 또는 제2호에 따른 임대의무기간 이상인 건설임대주택의 사업용지를 규정하고 있습니다.
한편, 구「임대주택법」 제16조제1항각 호 외의 부분에서는 임대주택은 같은 항 각 호의 기간(이하 “임대의무기간”이라 함)이 지나지 아니하면 매각할 수 없다고 규정하고 있고, 같은 항 제1호에서는 건설임대주택 중 국가나 지방자치단체의 재정으로 건설하는 임대주택 또는 주택도시기금의 자금을 지원받아 영구적인 임대를 목적으로 건설한 임대주택은 임대의무기간을 그 임대주택의 임대개시일로부터 50년으로, 같은 항 제2호에서는 건설임대주택 중 국가나 지방자치단체의 재정과 주택도시기금의 자금을 지원받아 건설되는 임대주택은 임대의무기간을 임대개시일로부터 30년으로 각각 규정하고 있었으나, 구 「임대주택법」이 2015년 8월 28일 법률 제13499호로 「민간임대주택에 관한 특별법」으로 전부개정되어 같은 해 12월 29일 시행되면서 공공임대주택에 관한 규정은 같은 해 8월 28일 법률 제13498호로 일부개정되어 같은 해 12월 29일 시행된 「공공주택 특별법」에 이관되었습니다.
그리고, 구 「임대주택법」에서 이관된 공공임대주택에 관한 사항을 규정한 「공공주택 특별법」 제50조의2제1항에서는 공공주택사업자는 공공임대주택을 5년 이상의 범위에서 대통령령으로 정한 임대의무기간이 지나지 아니하면 매각할 수 없다고 규정하고 있고, 「공공주택 특별법 시행령」(2015. 12. 28. 대통령령 제26762호로 전부개정되어 2015. 12. 29. 시행된 것을 말함) 제54조제1항에서는 「공공주택 특별법」 제50조의2제1항에서 “대통령령으로 정한 임대의무기간”이란 그 공공임대주택의 임대개시일부터 같은 항 각 호의 기간을 말한다고 규정하고 있는데, 같은 항 제2호에서는 국민임대주택은 30년, 같은 항 제3호에서는 행복주택은 30년으로 각각 규정하고 있으며, 같은 영 제2조제1항제2호에서는 국민임대주택을 국가나 지방자치단체의 재정이나 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 “주택도시기금”이라 함)의 자금을 지원받아 저소득 서민의 주거안정을 위하여 30년 이상 장기간 임대를 목적으로 공급하는 공공임대주택으로, 같은 항 제3호에서는 행복주택을 국가나 지방자치단체의 재정이나 주택도시기금의 자금을 지원받아 대학생, 사회초년생, 신혼부부 등 젊은 층의 주거안정을 목적으로 공급하는 공공임대주택으로 각각 규정하고 있는바,이 사안은 농지보전부담금 감면대상으로 규정하고 있는 「농지법 시행령」 별표 2 제3호 감면대상란 구목 본문의 “「임대주택법」 제16조제1항제2호에 따른 임대의무기간 이상인 건설임대주택의 사업용지”에 「공공주택 특별법」 등의 개정사항이 반영되지 않은 경우, 「공공주택 특별법 시행령」 제54조제1항제3호에 따른 행복주택 중 국가나 지방자치단체의 재정과 주택도시기금의 자금을 지원받는 임대기간이 30년 이상인 행복주택의 사업용지를 「농지법 시행령」 별표 2 제3호 감면대상란 구목 본문에 따른 농지보전부담금 감면대상인 “「임대주택법」 제16조제1항제2호에 따른 임대의무기간 이상인 건설임대주택의 사업용지”에 해당하는 것으로 볼 수 있는지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 법령을 제정하거나 전문개정 등을 하는 경우에 해당 법령과 관련된 규정을 두고 있는 모든 법령을 찾아 당해 법령의 규정체제나 내용에 맞추어 관계법령을 모두 개정하는 것이 사실상 어렵다 할 것이므로 입법기술적으로 이러한 미비점을 보완하기 위하여 일반적인 경과규정을 두는 것이 통상의 입법관행이라 할 것이나, 비록 법령의 전문개정 등을 하면서 이러한 일반적인 경과규정을 두고 있지 아니한 경우라 할지라도 다른 법령에서 종전의 법령상의 조문을 인용하고 있는 경우에 이를 개정된 법령상의 조문을 인용하고 있는 것으로 보는 것이 법령의 개정으로 인한 입법적 불비를 보완하는 합리적인 해석이라고 할 것입니다.
그렇다면, 이 사안과 관련하여 「농지법 시행령」 별표 2 제3호 감면대상란 구목의 해당 조문을 「공공주택 특별법 시행령」 개정 후 어느 조문을 기준으로 하여 어느 범위까지 농지보전부담금 감면 대상에 해당하는 것으로 볼 수 있는 것인지를 살펴보아야 할 것인데, 「농지법 시행령」 별표 2 제3호 감면대상란 구목 본문에서는 농지보전부담금 감면대상으로 “「임대주택법」 제16조제1항제2호”를 인용하면서 같은 규정에 따른 임대의무기간 이상인 건설임대주택의 사업용지로 규정하고 있는바, 구 「임대주택법」 제16조제1항제2호의 문언상 해당 규정에 따른 건설임대주택의 2가지 요건(① 국가나 지방자치단체의 재정과 주택도시기금의 자금을 지원받아 건설되는 임대주택 ② 임대의무기간 30년)에 해당하는 건설임대주택이면 그 세부유형이 국민임대주택이든 행복주택인지를 불문하고 해당 사업용지는 「농지법 시행령」 별표 2 제3호 감면대상란 구목 본문에 따른 농지보전부담금 감면 대상에 해당된다고 볼 수 있을 것입니다.
그리고, 「농지법 시행령」 별표 2 제3호 감면대상란 구목 본문에서구 「임대주택법」 제16조제1항제1호 및 제2호를 농지보전부담금 감면대상으로 규정하고 있는 것은 국가나 지방자치단체 등의 재정지원을 받아 건설되는 임대의무기간이 30년이나 50년에 해당하는 장기 공공건설임대주택의 건설을 촉진하고 사업자의 재정적 부담을 완화하기 위한 취지로 이해되는바, 비록 「농지법 시행령」 별표 2 제3호 감면대상란 구목 본문에서 인용하는 종전의 법령 조문이 개정된 공공주택 특별법령상의 해당 조문을 반영하여 개정되지 않았다고 하더라도 실체적으로 구 「임대주택법」 제16조제1항제2호에 따른 감면대상에 해당한다고 볼 수 있는 임대주택의 사업용지에 대하여 농지보전부담금을 감면하여 주는 것이 해당 규정의 취지와 입법목적에 부합한다고 할 것입니다.
아울러, 구 「임대주택법」과 「공공주택 특별법」 등을 개정한 취지가 공공주택 건설, 관리ㆍ운영 등의 체계적인 추진 등을 위하여 해당 내용을 「공공주택 특별법」에 체계화하려는 의도이지, 구 「임대주택법」의 공공주택 관련 규정이 공공주택 특별법령으로 이관되었다고 하여 기존의 공공임대주택에게 부여되는 혜택을 줄이려고 하는 것은 아니라 할 것이고, 이러한 법령의 개정으로 인하여 구 「임대주택법」 제16조제1항제2호에서 규정하는 공공임대주택의 실질적인 범위가 변경된 것으로 보기는 어렵다 할 것인바, 법령 개정에 따른 입법적 불비를 보완하고 공공임대주택에 대한 지원을 종전 법체계와 균형을 이루도록 할 필요가 있다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려되어야 할 것입니다.
한편, 구 「임대주택법」 제16조제1항제2호는 「공공주택 특별법 시행령」 제54조제1항제2호에 따른 국민임대주택으로 그 의미를 명확히 하였다 할 것이고, 「농지법」의 입법 목적, 농지에 관한 기본 이념 및 농지보전부담금 제도의 취지 등에 비추어 볼 때, 농지보전부담금의 감면을 예외적으로 허용하고 있는 「농지법 시행령」 별표 2에 따른 농지보전부담금 감면대상을 확장해석 또는 유추해석하는 것은 「농지법」의 목적이나 관련 규정의 취지에 부합하지 아니하므로, 주거취약계층인 저소득층을 대상으로 하는 국민임대주택과 공급 대상이나 목적 등에서 구별되는 행복주택은 구 「임대주택법」 제16조제1항제2호에 따른 농지보전부담금 감면대상으로 볼 수 없다는 의견이 있을 수 있습니다.
 그러나, 행복주택은 구 「공공주택 건설 등에 관한 특별법」(2014. 1. 14. 법률 제12251호로 일부개정되어 같은 날 시행된 것을 말함. 이하 “구 「공공주택 건설 등에 관한 특별법」”이라 함) 제40조의2 등의 규정에 그 사업 추진에 관한 특례가 이미 규정되어 있었고, 같은 법 제40조제1항 본문에서는 공공주택의 건설ㆍ공급 및 관리에 관하여 같은 법에서 정하지 아니한 사항은 「주택법」 및 「임대주택법」을 적용한다고 규정하고 있었으므로, 구 「공공주택 건설 등에 관한 특별법」과 구 「임대주택법」의 시행 당시에도 국가 또는 지방자치단체의 재정과 주택도시기금을 지원받아 건설하여 임대를 목적으로 공급하는 행복주택은 구 「임대주택법」 제16조제1항제2호에 따른 건설임대주택에 해당하는 것으로 보아야 할 것인바, 법령이 명시적으로 개정되지 아니하였지만 법령의 개정에 따른 입법적 불비를 해소하기 위하여 구 「임대주택법」 제16조제1항제2호에 따른 농지보전부담금 감면대상에 해당하는 것으로 볼 수 있는 사항에 한정하여 농지보전부담금을 감면할 수 있다고 보는 것을 농지보전부담금 감면대상을 확장해석 또는 유추해석 하는 것으로 보기는 어렵다는 점에서 그와 같은 의견은 타당하지 않다고 할 것입니다.
이상과 같은 점을 종합해 볼 때, 「공공주택 특별법 시행령」 제54조제1항제3호에 따른 행복주택 중 국가나 지방자치단체의 재정과 주택도시기금의 자금을 지원받는 임대기간이 30년 이상인 행복주택의 사업용지를 「농지법 시행령」 별표 2 제3호 감면대상란 구목 본문에 따른 농지보전부담금 감면대상인 “「임대주택법」 제16조제1항제2호에 따른 임대의무기간 이상인 건설임대주택의 사업용지”에 해당하는 것으로 볼 수 있다고 할 것입니다.
※ 법령정비의견

○ 구 「임대주택법」 제16조제1항제2호에 따른 임대의무기간 이상인 건설임대주택이 이관되어 「공공주택 특별법」 제50조의2 및 「공공주택 특별법 시행령」 제54조제1항이 개정되었음에도 불구하고 구 「임대주택법」 제16조제1항제1호 및 제2호를 인용하고 있는 「농지법 시행령」 별표 2 제3호 감면대상란 구목 본문은 해당 내용을 반영하여 개정되지 아니하여 농지보전부담금 감면여부와 관련하여 혼란이 있는바, 조속히 그 인용규정을 개정하여야 할 필요가 있습니다.