Características clínicas y virológicas de pacientes adultos con infección respiratoria aguda grave (IRAG) de la ciudad de Bogotá, durante el año 2012
Autor: Ulloa Rivero, María Mercedes
Asesor: Cortés Luna, Jorge Alberto (Thesis advisor)
Fecha: 2014
Programa: Bogotá - Medicina - Especialidad en Anestesiología y Reanimación
Facultad: Facultad de Medicina

Resumen: Este proyecto de investigación se busca conocer las características de los pacientes con infección respiratoria aguda grave que consultaron al servicio de urgencias de 6 instituciones hospitalarias de la ciudad de Bogotá durante el año 2012. Adicionalmente, utilizando la técnica de análisis de secuencia por matrices de oligonucleotidos (microarreglos) en las muestras de secreciones respiratorias de los pacientes, se logrará identificar la presencia de 16 virus que podrían ser causantes de infección respiratoria. Al finalizar el estudio, se podrá conocer que virus son los responsables de infección respiratoria aguda en la ciudad de Bogotá y cuál es el cuadro clínico y los hallazgos radiológicos asociados a los mismos.

“Características clínicas y virológicas
de pacientes adultos con infección
respiratoria aguda grave (IRAG) de la
ciudad de Bogotá, durante el año
2012.”
Maria Mercedes Ulloa Rivero
Universidad Nacional de Colombia
Facultad de Medicina, Departamento de Medicina Interna
Bogotá, Colombia
2014
1“Características clínicas y virológicas
de pacientes adultos con infección
respiratoria aguda grave (IRAG) de la
ciudad de Bogotá, durante el año
2012.”
Maria Mercedes Ulloa Rivero
Código 5599179
Tesis presentada como requisito para optar al título de:
Especialista en Medicina Interna
Director:
Doctor Jorge Alberto Cortés Luna
Profesor asociado Departamento de Medicina Interna
Universidad Nacional de Colombia
Facultad de Medicina, Departamento de Medicina Interna
Bogotá, Colombia
2014
2TÍTULO
Características clínicas y virológicas de pacientes adultos con infección
respiratoria aguda grave (IRAG) de la ciudad de Bogotá, durante el año 2012.
TITLE
Clinical and virological characteristics of adult patients with severe acute
respiratory infection in the city of Bogotá, in the year 2012.
RESUMEN
Este proyecto de investigación se busca conocer las características de los
pacientes con infección respiratoria aguda grave que consultaron al servicio de
urgencias de 6 instituciones hospitalarias de la ciudad de Bogotá durante el año
2012. Adicionalmente, utilizando la técnica de análisis de secuencia por matrices
de oligonucleotidos (microarreglos) en las muestras de secreciones respiratorias
de los pacientes, se logrará identificar la presencia de 16 virus que podrían ser
causantes de infección respiratoria. Al finalizar el estudio, se podrá conocer que
virus son los responsables de infección respiratoria aguda en la ciudad de Bogotá
y cuál es el cuadro clínico y los hallazgos radiológicos asociados a los mismos.
SUMMARY
This research project aims to describe the characteristics of patients with severe
acute respiratory infection who visited the emergency department of 6 hospitals in
the city of Bogota in the year 2012. Additionally, using the sequence analysis
technique by oligonucleotide arrays (microarrays) in samples from respiratory
secretions of patients, it will be possible to detect the presence of 16 viruses that
might be causing respiratory infection. At the end of the study, it will be known
which viruses are responsible for acute respiratory infection in Bogotá and the
clinical and radiological findings associated with them.
DESCRIPTORES
Neumonía viral
Infeccion respiratoria aguda grave
Reacción en cadena polimerasa
Análisis de secuencias por matrices de oligonucleótidos
3KEYWORDS:
Viral pneumonia
Severe acute respiratory infection
Polymerase chain reaction
Microarray analysis
FIRMA DEL DIRECTOR:
Jorge Alberto Cortés Luna
AUTOR
Maria Mercedes Ulloa Rivero. 1983.
4TABLA DE CONTENIDO
1. PROTOCOLO DE INVESTIGACIÓN .............................................................. 6
1.1. Propuesta de Investigación ......................................................................... 8
2. RESUMEN DEL PROYECTO ......................................................................... 9
3. DESCRIPCIÓN DEL PROYECTO ................................................................ 10
3.1. Planteamiento del problema y justificación .......................................... 10
3.2. Marco Teórico .......................................................................................... 10
3.3. Objetivos .................................................................................................. 15
3.4. Metodología de la propuesta ................................................................. 16
3.5. Consideraciones éticas ........................................................................... 37
3.6. Cronograma de actividades .................................................................... 38
3.7. Resultados esperados ............................................................................ 38
3.8. Impactos esperados ................................................................................ 39
3.9. Estrategias de comunicación ................................................................. 39
3.10. Conformación y trayectoria del grupo de investigación .................. 40
4. PRESUPUESTO ........................................................................................... 40
5. REVISIÓN DE TEMA: NEUMONIA VIRAL ................................................... 42
5.1. Introducción ............................................................................................. 43
5.2. Fisiopatología .......................................................................................... 44
5.3. Epidemiología y etiología ....................................................................... 46
5.4. Impacto clínico de otros virus ................................................................ 49
5.5. Diagnóstico .............................................................................................. 53
5.6. Tratamiento .............................................................................................. 56
5.7. Conclusión ............................................................................................... 58
5.8. Referencias de la Revisión de Tema ...................................................... 60
6. BIBLIOGRAFÍA DE LA TESIS DE GRADO ................................................. 65
51. PROTOCOLO DE INVESTIGACIÓN
TÍTULO: Características clínicas y virológicas de pacientes con infección
respiratoria aguda grave (IRAG) en pacientes adultos de la ciudad de Bogotá,
durante el año 2012.
DURACIÓN EN MESES: 12 meses.
TIPO DE INVESTIGACIÓN: Estudio descriptivo de tipo restrospectivo.
RESUMEN: Este proyecto de investigación busca conocer las características de
los pacientes con infección respiratoria aguda grave que consultaron al servicio
de urgencias de 6 instituciones hospitalarias de la ciudad de Bogotá durante el
año 2012. Adicionalmente, utilizando la técnica de análisis de secuencia por
matrices de oligonucleotidos (microarreglos) en las muestras de secreciones
respiratorias de los pacientes, se logrará identificar la presencia de 16 virus que
podrían ser causantes de infección respiratoria. Al finalizar el estudio, se podrá
conocer que virus son los responsables de infección respiratoria aguda en la
ciudad de Bogotá y cuál es el cuadro clínico y los hallazgos radiológicos
asociados a los mismos.
PALABRAS CLAVE:
Neumonía viral
Infeccion respiratoria aguda grave
Reacción en cadena polimerasa
Análisis de secuencias por matrices de oligonucleótidos
LUGAR DE EJECUCIÓN: Secretaria de Salud de Bogotá. Instituciones adscritas
al programa de vigilancia centinela de infeccion respiratoria.
6AUTORES: Jorge Alberto Cortés (1,2), Alfredo Saavedra (1,3), Hernan Vargas
(4), María Mercedes Ulloa (1), Yuly Andrea Remolina (1), Edgar Sánchez (1,3),
Sandra Gómez (4), Liliana Díaz (4).
AFILIACIONES:
1. Departamento de Medicina Interna, Universidad Nacional de Colombia.
2. Grupo de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Universidad
Nacional de Colombia.
3. Unidad de Neumología, Universidad Nacional de Colombia.
4. Secretaria Distrital de Salud de Bogotá.
71.1. Propuesta de Investigación
Impacto ambiental del Proyecto
Durante la realización de este estudio no se tiene prevista ninguna intervención o
impacto ambiental, pues no se incidirá en el tratamiento de la infección
respiratoria aguda grave y por lo tanto no habrá presión sobre las especies virales
propias y colonizantes que podrían modificarse.
Impacto social del Proyecto
La meta de este proyecto es demostrar en un estudio piloto la frecuencia de
infección respiratoria aguda grave de origen viral. Con este estudio se espera
impactar en la identificación y diagnóstico oportuno de las enfermedades virales
para, de esta manera, disminuir los costos de hospitalización por complicaciones
tardías de la infección y estancias prolongadas, incentivar a la racionalización del
uso de antibióticos y la vigilancia epidemiológica de la infección viral aguda
respiratoria.
Aporte a la educación
Este trabajo y su análisis servirá para la promoción de dos estudiantes de la
especialidad de medicina interna de la Universidad Nacional de Colombia y se
vincularán docentes de la Universidad. Además se espera incluir este estudio
dentro de la línea de investigación del grupo de investigación en Enfermedades
Infecciosas de la Facultad de Medicina de la Universidad. Los resultados de este
estudio tendrán inmediata difusión entre los estudiantes de pregrado y posgrado
de Medicina Interna e Infectología. Este estudio será presentado en eventos de
investigación locales con el fin de dar a conocer la información a otros grupos
médicos y especialistas interesados en el tema.
82. RESUMEN DEL PROYECTO
La infección respiratoria aguda es una de las principales causas de
hospitalización y muerte en nuestro medio. Aunque se han tratado de establecer
los agentes etiológicos implicados en el desarrollo de ésta, en la mayoría de los
casos no es posible identificar el agente causal de dicho síndrome clínico.
Este proyecto busca identificar otros virus además de la influenza, circulantes en
nuestros medio, que contribuyen al cuadro de infección respiratoria aguda. Para
esto, se estudiarán muestras de secreciones respiratorias de pacientes adultos
que presentaron infección respiratoria aguda grave (IRAG) durante el año 2012,
las cuales fueron remitidas a la Secretaria de Salud de Bogotá, como parte del
Programa de Vigilancia Centinela de Infección Respiratoria Aguda Grave.
Para la identificación de los virus se utilizará una técnica de microarreglos que
permite la identificación del genoma viral en las secreciones respiratorias, con la
cual se identificarán 9 virus respiratorios con sus diferentes serotipos.
Los resultados obtenidos permitirán, en primera instancia, describir los virus
causantes de infección respiratoria en nuestro medio e identificar la coinfección
viral. Adicionalmente, mediante un análisis retrospectivo se identificarán las
variables clínicas y radiológicas asociadas con cada infección, así como los
desenlaces tanto de morbilidad como de mortalidad de estos pacientes.
Hasta el momento no existen en nuestro medio otros estudios que realicen
identificación de virus diferentes a la influenza en pacientes adultos con infección
respiratoria, es por esto que consideramos que los resultados obtenidos tendrán
impacto tanto a nivel de vigilancia epidemiológica como de la atención medica
prestada a los pacientes con infección respiratoria aguda en los diferentes
servicios de urgencias de nuestra ciudad.
93. DESCRIPCIÓN DEL PROYECTO
3.1. Planteamiento del problema y justificación
Planteamiento del problema
Se desconoce la prevalencia de la infección viral y el papel de los virus como
agentes etiológicos en pacientes con IRAG adquirida en la comunidad que
ingresan al servicio de urgencias, así como su impacto y los desenlaces clínicos
de la misma.
Justificación
La neumonía adquirida en la comunidad (NAC), es una patología frecuente de
consulta a los servicios de urgencias en la población adulta, así como causa de
morbilidad y mortalidad en todo el mundo. La consideración de otros patógenos
diferentes a los bacterianos es fundamental para establecer opciones
terapéuticas específicas, sin embargo, la etiología de origen viral ha sido
pobremente caracterizada en la poblacion adulta, así como sus factores de riesgo
y desenlaces más frecuentes. En la actualidad no se cuenta con datos
epidemiológicos en la población colombiana.
El presente trabajo busca identificar la prevalencia de la infección viral en
pacientes con IRAG, identificados a través del programa de vigilancia
epidemiológica de la Secretaria Distrital de Salud de Bogotá.
3.2. Marco Teórico
Las infecciones respiratorias agudas son consideradas la principal causa de
enfermedad aguda en todo el mundo, y se calcula que anualmente se producen
cuatro millones de muertes por esta causa (1). Los agentes etiológicos de la
10infección respiratoria aguda pueden ser bacterianos o virales, siendo estos
últimos cada vez mas estudiados.
En los últimos años la aparición de pandemias como la del SARS y la influenza A
H1N1, y el descubrimiento de nuevos virus como los metapneumovirus, los
coronavirus NL63, HKU1, y el bocavirus humano, ha atraido la atención acerca
del papel de los virus como agentes causales de infecciones respiratorias
severas.
En Latinoamérica, los estudios e información sobre infección respiratoria viral en
población adulta, son pocos y los métodos diagnósticos empleados, en su
mayoría, son los convencionales (serología y cultivo celular). En el 2009, un
grupo venezolano (2), en el estado de Zulia, mediante inmunofluorescencia
directa y cultivo celular, determinó la etiología viral de las infecciones respiratorias
agudas altas o bajas en 102 pacientes, de 0 a 77 años, obteniendo que en la
población adulta, 17.9% fueron infecciones de origen viral y el virus más
frecuentemente hallado fue el virus sincitial respiratorio (VSR), y en los mayores
de 65 años el de la parainfluenza, los cuales en su mayoría provocaron cuadros
de infección respiratoria baja. Otro estudio desarrollado en el sur de Chile (3), con
159 adultos con diagnóstico de NAC, se realizó a secreciones nasofaríngeas con
técnicas de inmunofluorescencia directa, serología pareada y hemaglutinación,
lográndose la detección de virus en el 10% de los casos, con hallazgos de
influenza A, Hanta virus y VSR, en un 60%, 26% y 6.6%, respectivamente.
En Colombia, al igual que en Latinoamérica, los datos sobre infección viral son
pocos. En el 2009, Herrera y colaboradores (4) estudiaron casos de infección
respiratoria aguda grave notificados al instituto nacional de salud entre
septiembre y diciembre del 2003. De los 64 casos obtenidos, 21 murieron, siendo
la mayoría de los casos fatales (18 casos) en mayores de 15 años. De los 64
casos sólo fue posible la obtención de 25 muestras nasofaríngeas (8 de los
casos fatales) y de éstas, 13 fueron positivas para virus mediante técnicas de
11inmunofluorescencia indirecta y hemaglutinación. El virus encontrado con más
frecuencia fue el influenza A (H3N2) con 7 casos, seguido del parainfluenza con 4
casos, VSR con 3 casos e influenza B con 1 caso. De los casos fatales, sólo en 5
se hallaron virus: 3 influenza A, 1 influenza B y 1 parainfluenza.
A nivel de Bogotá, existe el programa de vigilancia en salud pública de infección
respiratoria aguda de la Secretaría Distrital de Salud, el cual pretende documentar
los agentes etiológicos de la infección respiratoria aguda, circulantes en nuestro
medio. Para esto cuenta con la participación de 8 instituciones hospitalarias,
denominadas centinela, encargadas de reportar los casos y remitir las muestras
de secreciones respiratorias de los pacientes, para su análisis respectivo en el
laboratorio de salud pública. Allí, mediante técnicas de inmunofluorescencia
directa e indirecta, se realiza el diagnóstico de los siguientes virus respiratorios:
influenza A y B, parainfluenza 1, 2 y 3, adenovirus y VRS.
Es así como durante los primeros 6 meses del año 2012 (5), se notificaron 2.639
casos de IRAG, definida según el protocolo de vigilancia como la infección
respiratoria que puede tener origen viral y/o bacteriano y que para su manejo
requiere tratamiento intrahospitalario (6), al programa de vigilancia epidemiológica
de la secretaria de salud de Bogotá. Al distribuir estos casos por grupos etáreos
se documento que más del 50% se presentaron en niños menores de 5 años.
Posteriormente, al realizar el análisis de las muestras respiratorias, se encontró
que 935 casos fueron positivos para infección viral.
Dentro de los virus encontrados, el de mayor prevalencia fue el VRS que
representaba el 81% de los casos, seguido de lejos por el virus de parainfluenza
3 con 6.2% de los casos, influenza A con 5.9% de los casos y finalmente
adenovirus con 4% de los casos.
Con el advenimiento de las técnicas de diagnóstico moleculares, se ha logrado
avanzar en la identificación y diagnóstico de los virus como agentes etiológicos de
12la infección respiratoria aguda. La Reacción en Cadena Polimerasa (PCR) o la
PCR con Transcriptasa Reversa, constituyen las técnicas más sensibles y
específicas disponibles hasta el momento para la identificación de los virus
respiratorios. Estas pruebas pueden realizarse tanto en secreciones
nasofaríngeas y bronquiales, como en sangre. Recientemente también se
desarrolló una técnica que permite la detección simultánea y rápida del material
genético de varios virus, llamada PCR multiplex con transcriptasa reversa.
Utilizando la PCR como ayuda diagnóstica se pretenden identificar los siguientes
virus en muestras de secreciones respiratorias con infección respiratoria aguda:
Influenza: Los virus de la Influenza pertenecen a la familia Orthomyxoviridae y
son virus RNA que se clasifican en tipos A, B, C (7).
Las 2 glicoproteínas de la membrana son el blanco de los anticuerpos producidos
por el huésped. La infección se inicia por la acción de la hemaglutinina viral la
cual une la membrana externa a un residuo de acido siálico. Posteriormente la
neuroaminidasa rompe el acido siálico permitiendo la salida de los nuevos virus
producidos por la célula infectada. Hasta el momento se conocen 16
Hemaglutininas (H1-H16) y 9 neuroaminidasas (N1-N9).
Los virus de influenza A con H1- H3, son la causa de la mayoría de los casos en
humanos. La variación antigénica de la Hemaglutinina y la Neuroaminidasa es lo
que ha producido las epidemias asociadas a la Influenza A.
Las epidemias usualmente ocurren de manera anual, especialmente durante el
invierno, durando de 6 a 8 semanas en el área y produciendo casos de severidad
diversa. La transmisión viral ocurre por gotas aerolizadas de la tos o estornudo
de pacientes infectados, y el inicio de la enfermedad ocurre después de un
periodo de incubación de 2 a 3 días.
13Virus Sincitial Respiratorio: pertenece a la familia Paramyxoviridae, y tienen un
RNA de una sola cadena. Se clasifican en 2 grupos antigénicos: A y B, y ambos
pueden causar infecciones. El genoma del VSR es más estable y no tiene
actividad mutagénica.
Las infecciones por VSR inducen inmunidad incompleta y la reinfección
usualmente causa una enfermedad respiratoria leve. La tasa de ocurrencia de la
infección así como la severidad de la misma, aumenta con la edad. Por ejemplo,
se espera que entre los residentes de hogares geriátricos el 10% se infecte con el
VSR cada año y de estos, el 10% va a desarrollar neumonía (8).
Parainfluenza: pertenecen también a la familia Paramyxoviridae y existen 3 tipos
virales 1,2 y 3, los cuales causan el 4-14% de las infecciones respiratorias (9).
Estos virus causan infecciones recurrentes desde la niñez hasta la vida adulta.
Metapneumovirus: también pertenece a la familia Paramyxoviridae. Se
describió por primera vez en el 2001 y tiene distribución global. En adultos es
causante de resfriados, gripas y exacerbación de ataques de asma. Los ancianos
con enfermedad cardiopulmonar son mas susceptibles a infección respiratoria por
metapneumovirus (10).
Coronavirus: pertenecen a la familia Coronaviridae, y se asocian con resfriados
comunes. Las cepas mas comunes son la OC43 y la 229E. En el 2002 apareció
un nuevo coronarvirus, causando una enfermedad que se denomino SARS,
caracterizada por neumonía severa con falla respiratoria y alta mortalidad.
Rinovirus: pertenecen a la familia Picornaviridea y son los agentes causales mas
comunes del resfriado común en pacientes de todas las edades y en todas las
épocas del año (6).
14Adenovirus: son virus DNA que pertenecen a la familia Adenoviride, con
distribución global. Existen 52 serotipos identificados, los cuales son los
causantes de infecciones que varían globalmente (asintomática, faringitis,
queratoconjuntivitis, gastroenteritis, cistitis hemorrágica, meningoencefalitis,
hepatitis, miocarditis y enfermedad diseminada severa. El serotipo 14 se ha
descrito como causa de neumonía severa en pacientes con enfermedad pulmonar
obstructiva crónica (EPOC) (11).
3.3. Objetivos
Objetivo general
Describir las caracteristicas virales y clínicas de los pacientes con Infeccion
Respiratoria Aguda Grave, reportada al sistema de vigilancia de infección
respiratoria aguda de la Secretaria de Salud de Bogotá durante el año 2012.
Objetivos específicos
1. Establecer la prevalencia de virus en pacientes adultos con infección
respiratoria aguda grave en Bogotá durante el año 2012 por medio técnica
de microarreglos.
2. Describir factores de riesgo para infección viral y signos clínicos en
pacientes con infección viral.
3. Describir los siguientes desenlaces durante la hospitalizacion:
a. Mortalidad.
b. Requerimiento de unidad de cuidados intensivos.
c. Requerimiento de ventilación mecánica invasiva.
d. Tiempo de estancia hospitalaria.
153.4. Metodología de la propuesta
Diseño metológico
Para resolver los objetivos específicos 1 y 3 se estableció una cohorte
retrospectiva en la cual se va a describir las características clínicas, virológicas y
epidemiológicas.
Esta cohorte retrospectiva se seleccionó de forma aleatoria en base a las
muestras remitidas a la Secretarìa de Salud de Bogotá por parte de los hospitales
involucrados en la vigilancia, con el fin de realizar diagnóstico virológico. De
acuerdo a las recomendaciones clínicas y de vigilancia, la toma de muestras se
realiza unicamente a los pacientes con infección respiratoria aguda grave (IRAG),
definido como aquellos entre 5 y 60 años, sin factores de riesgo de infección.
Para resolver el objetivo 2 se realizará un estudio de casos y controles pareado,
teniendo en cuenta como casos los pacientes con aislamiento viral identificado.
Se realizará un pareamiento 1:2 (casos: controles). Teniendo en cuenta la
prevalencia esperada (25%) se esperan 37 casos y se seleccionarían 74
controles.
Casos: Pacientes adultos con identificación de microbiología viral en muestra
sometida a la Secretaría Distrital de Salud.
Controles: Pacientes adultos sin identificación de microbiología viral en muesta
sometida a la Secretaría Distrital de Salud.
Inicialmente se realizará una estimación cruda de la asociación calculando el OR
con IC 95% en tablas de contingencia de 2x2, realizando prueba de Chi cuadrado
o prueba exacta de Fisher si alguno de los valores esperados es menor a 5.
Posteriormente los resultados serán corroborados por análisis multivariado,
16ajustado por variables de confusión. En el análisis multivariado las variables
cuantitativas serán recategorizadas por rangos de acuerdo a la literatura
disponible. Con lo anterior se obtendrá un modelo de regresión logística binaria
por el método Wald y se determinará el OR estimado. Todas las variables con un
valor de p < 0.20 en el análisis univariado serán consideradas para su inclusión
en el modelo multivariado. A todos los valores obtenidos se les calculará un
intervalo de confianza del 95% y valor de p.
Criterios de inclusión
Paciente adulto con diagnóstico de Infección Respiratoria Aguda Grave (IRAG)
con muestra sometida durante el año 2012 a la Secretaría Distrital de Salud.
Criterios de exclusión
Falta de más del 50% de la información requerida.
Cálculo del tamaño de muestra
A partir de una selección de muestras de aspirado nasofaríngeo, provenientes de
pacientes con IRAG, remitidas a la Secretaria Distrital de Salud de Bogotá a
través del programa de vigilancia centinela, durante el año 2012, 288 pacientes
cumplieron el criterio de inclusión: edad mayor a 18 años. Posteriormente se
calculó:
Prevalencia utilizada: 25%
Peor resultado aceptable: 20%
Poder: 90%
Nivel de confianza: 95%
17Los datos se ingresaron el programa Statcalc de EpiInfo, versión 3.5.1 del 13 de
agosto del 2008, y la muestra calculada fue de 117, sin embargo, al contarse con
la disponibilidad de 150 pruebas moleculares se amplió la muestra a 150
pacientes.
Proceso de recolección de la información
a. Identificación de las muestras enviadas a la SDS: La Secretaria Distrital de
Salud cuenta con una base de datos donde se encuentran los datos de cada
paciente cuyas muestras de aspirado nasofaríngeo fueron remitidas para
estudio, tomadas por las instituciones centinela designadas por la misma
SDS.
Despues de realizar el cálculo del tamaño de muestra, se realizó la selección
aleatoria de los pacientes y se les asignó un número consecutivo para su
identificacion y análisis durante el estudio.
b. Procesamiento molecular: Para la identificación de los virus implicados se
utilizará la técnica de microarreglos, a través de la máquina CLART
Pneumovir manufacturada por Genómica. Esta técnica permite la detección y
caracterización de los virus que afectan a los humanos con más frecuencia y
causan síntomas respiratorios, en un total de 8 horas después de la
extracción de ácidos nucleicos. Los virus analizados incluyen: Virus Sincitial
Respiratorio A y B, virus de la influenza A (H1N1, H3N2, H1N1v), B y C,
Parainfluenza 1, 2, 3 4A y 4B, metapneumovirus A y B, adenovirus (33
subtipos), enterovirus (50 subtipos), rinovirus (65 subtipos), coronavirus
subtipo 229E y bocavirus. Este kit esta basado en la amplificación de
fragmentos específicos del genoma viral, a través de la técnica de PCR
(reacción cadena polimerasa) reversa o PCR con detección de hibridización
utilizando sondas específicas. Durante las 5 horas de la amplificación, los
productos son marcados con biotina. Posterior a esto, la hibridizacion con las
18sondas especificas ubicadas en sitios del microarreglo se realiza en un
segundo paso que dura 90 minutos. Después se incuba y se adiciona
tetrametilbenzidina, la cual induce la aparición de un producto insoluble el
cual se precipita en los sitios de hibridización del microarreglo.
c. Recolección de la información clínica: Una vez identificados los pacientes en
la base de datos de la SDS, se procederá a solicitar a los hospitales la
información clínica de los pacientes.
En los hospitales en los que el acuerdo con la SDS permita la recolección de
la información de vigilancia epidemiológica, esta se recogerá directamente.
En aquellos que se solicite el trámite a través del Comité de Ética o del
Comité de Investigación, se realizará el trámite correspondiente para obtener
la autorización del hospital.
Se obtendrán las siguientes variables de las historia clínica:
Definiciones:
Edad: Número de años cumplidos hasta la fecha.
Género: Masculino o femenino.
Lugar de residencia:
Area rural o urbana.
Institución: Si reside en hogar geriátrico o asilo de ancianos.
Comorbilidades:
EPOC: Enfermedad pulmonar obstructiva crónica diagnosticada por
espirometría o, en caso de no tener espirometría, uso de por lo
menos dos tipos de inhaladores, (beta2 agonista de acción corta,
anticolinérgico) con o sin oxigeno domiciliario.
19Diabetes Mellitus: Antecedente de diagnóstico médico de Diabetes
en tratamiento con insulina o con antidiabéticos orales.
Falla Cardiaca: Antecedente de diagnóstico médico de falla
cardiaca, o antecedente de hospitalizaciones previas por
descompensación de la misma (disnea, ortopnea, edemas, etc.).
Hepatopatía Crónica: Antecedente de diagnóstico de enfermedad
hepática (cirrosis, hepatitis etc)
Enfermedad renal crónica: Antecedente de diagnóstico médico
previo de enfermedad renal en seguimiento por nefrólogo o
internista, o que se encuentre en diálisis en el momento.
Cáncer actual: diagnóstico en los últimos 6 meses de cualquier tipo
de cáncer que se encuentre en tratamiento y seguimiento
actualmente.
Ataque Cerebrovascular: Antecedente de lesión focal cerebral de
tipo isquémico o hemorrágico (referido por los pacientes como
“trombosis cerebral” o “derrame cerebral”) que haya sido evaluado
con imagen cerebral (Tomografía axial computa rizada o
Resonancia Magnética Nuclear) y valorado por Neurólogo.
Consumo de alcohol: más de 3 tragos de cualquier licor al día en
mujeres o más de 5 en hombres.
Tabaquismo: Si el paciente fuma o no en la actualidad.
Inmunosupresión:
o Infección por VIH diagnosticada.
o Quimioterapia: Empleo de algún medicamento con efecto
citotóxico contra las células cancerosas utilizado en los 3
meses previos al desarrollo de neumonía.
o Administración de esteroides: Paciente que recibió más de 20
mg. de prednisona por día, o un corticoesteroide equivalente,
por más de 14 días antes del inicio los síntomas.
o Uso de terapia biológica por cualquier causa.
20Criterios clínicos:
Tiempo de evolución de síntomas previo a ingreso: Día en que
aparecieron los primeros síntomas atribuibles a la neumonía hasta el
día de admisión a la institución de máximo 15 días de duración.
Fiebre: Temperatura axilar ≥ 38°C
Estertores: Ruidos chasqueantes, burbujeantes o estrepitosos
percibidos durante la auscultación pulmonar.
Uso previo de antibióticos: Administración de antibióticos por más de
48 horas, 3 meses antes del cuadro clínico actual.
Signos vitales al ingreso:
Frecuencia cardiaca: Es el número de contracciones del corazón o
pulsaciones por minuto.
Frecuencia respiratoria: Es el número de respiraciones por minuto.
Tensión arterial: Resultado de la lectura de la presión arterial en
mmHg.
Temperatura: Medición obtenida con termómetro axilar.
Alteración del estado de conciencia: Definida como puntaje obtenido
en el “mental score” menor o igual a 8.
Glasgow:
La escala desarrollada para evaluar: respuesta ocular, motora y verbal.
A cada uno se le asigna un valor dependiendo de la respuesta del
paciente, los resultados se suman al final para realizar la interpretación.
Apertura ocular: Espontánea: 4; Estímulo verbal: 3; Al dolor: 2; No
responde:1
Respuesta verbal: Orientado: 5; Desorientado: 4; Palabras inapropiadas:
3; Sonidos incomprensibles: 2; No responde: 1
21Respuesta motora: Cumple órdenes expresadas por voz: 6; Localiza el
estímulo doloroso:5; Retira ante el estímulo doloroso: 4; Respuesta en
flexión: 3; Respuesta en extensión: 2; No responde: 1
Criterios Radiológicos:
Infiltrado alveolar.
Infiltrado intersticial.
Consolidación.
Derrame pleural.
Compromiso multilobar.
Laboratorios:
Paraclínicos: Hemograma, gases arteriales, BUN, creatinina,
bilirrubina total, sodio, potasio, glucosa sérica; al momento de la
admisión.
Neutropenia: Recuento absoluto de neutrófilos menor a 1000 por
milímetro cúbico.
Neutropenia severa: Recuento absoluto de neutrófilos menor de 500
células por milímetro cúbico.
Desenlaces
Ingreso a UCI: Requerimiento de monitoreo en unidad de cuidado
intensivo o cuidados intermedios.
Ventilación mecánica: Requerimiento de cualquiera de los modos de
ventilación mecánica.
Días de hospitalización: Duración en días de la hospitalización.
Uso de oseltamivir: uso de terapia anti-viral.
22Duración de la terapia: Duración en días de la terapia
antimicrobiana.
Muerte: fallecimiento durante la hospitalización.
Toma de muestra.
Especificaciones sobre tipo de muestra, responsable y fecha de
recolección.
Institucionales:
Hemocultivo: Cultivo microbiológico de una muestra de sangre
obtenida por una punción independiente, o por un catéter, ordenado
por el médico tratante del paciente al ingreso a la institución.
Gram de esputo: Tinción que se aplica sobre la muestra de esputo,
que permite visualización directa y recuento de leucocitos, células
escamosas y bacterias. Permite la diferenciación bacteriana de
acuerdo a su forma y coloración. Se debe especificar si fue
ordenada por el médico tratante del paciente al ingreso a la
institución.
Clasificación de variables:
VARIABLE DEFINICIÓN CLASIFICACIÓN MEDICIÓN
Número de años
NumÉrica
Edad cumplidos hasta Años
Discreta.
la fecha.
Masculino Si: 1
No:0
Género Hombre o Mujer. Categórica
Femenino Si: 1
No:0
23Rural Si: 1 No:0
Lugar de Rural o urbana
Categórica Urbana Si: 1
residencia
No:0
Enfermedad
pulmonar
obstructiva
crónica
diagnosticada por
espirometría, o en
caso de no tener
espirometría uso Si: 1
EPOC Categórica
de por lo menos No: 1
dos tipos de
inhaladores,
(beta2 agonista
de acción corta,
anticolinérgico)
con o sin oxígeno
domiciliario.
Antecedente de
diagnóstico
médico de
Diabetes en Si: 1
Diabetes Categórica
tratamiento con No: 1
insulina o con
antidiabéticos
orales.
Antecedente de
diagnóstico Si: 1
Falla Cardiáca Categórica
médico de falla No: 1
cardiaca, o
24antecedente de
hospitalizaciones
previas por
descompensación
de la misma
(disnea, ortopnea,
edemas, etc).
Antecedente de
diagnóstico
médico previo de
enfermedad renal
en seguimiento
Enfermedad Renal Si: 1
por nefrólogo o Categórica
Crónica No: 1
internista, o que
se encuentre en
diálisis en el
momento.
Antecedente de
diagnóstico de
Hepatopatía enfermedad Si: 1
Categórica
Crónica hepática (cirrosis, No: 1
hepatitis etc)
Diagnóstico en los
últimos 6 meses
de cualquier tipo Si: 1
Cáncer actual Categórica
de cáncer, que se No: 1
encuentre en
tratamiento y
25seguimiento
actualmente.
Antecedente de
lesión focal
cerebral de tipo
isquémico o
hemorrágico
(referido por los
pacientes como
“trombosis
cerebral” o
“derrame
Ataque Si: 1
cerebral”) que Categórica
Cerebrovascular No: 1
haya sido
evaluado con
imagen cerebral
(Tomografía axial
computa rizada o
Resonancia
Magnética
Nuclear) y
valorado por
Neurólogo
Más de 3 tragos
de cualquier licor
Consumo de al día en mujeres Si: 1
Categórica
alcohol o más de 5 en No: 1
hombres.
26Si el paciente
Si: 1
Tabaquismo fuma o no en la Categórica
No: 1
actualidad.
Infección por VIH
diagnosticada.
Quimioterapia:
Empleo de algún
medicamento con
efecto citotóxico
contra las células
cancerosas
utilizado en los
tres meses
previos al
desarrollo de
neumonía.
Administración de Si: 1
Inmunosupresión Categórica
esteroides: No: 1
Paciente que
recibió más de 20
mg de prednisona
por día, o un
corticoesteroide
equivalente, por
más de 14 días
antes del inicio los
síntomas.
Uso de terapia
biológica por
cualquier causa.
27Si el paciente
estuvo
Hospitalización Si: 1
hospitalizado en Categórica
previa No: 1
los últimos 3
meses.
Día en que
aparecieron los
primeros
síntomas
Tiempo de
atribuibles a la
evolución de los Número de días
neumonía hasta DDiscreta
síntomas previo al completos
el día de admisión
ingreso
a la institución de
máximo 15 días
de duración.
Temperatura
Grados
Fiebre axilar mayor de Continua
Celsius
38 grados.
Ruidos
chasqueantes,
burbujeantes o
estrepitosos
Si: 1
Estertores percibidos Categórica
No: 1
durante la
auscultación
pulmonar.
Administración de
Uso previo de Si: 1
antibióticos por Categórica
antibióticos No: 1
más de 48 horas,
283 meses antes del
cuadro clínico
actual.
Es el número de
contracciones del
Frecuencia
corazón o Discreta Numero
Cardiáca
pulsaciones por
minuto.
Resultado de la
lectura de la
Tensión arterial Discreta mm Hg
presión arterial en
mmHg.
Es el número de
Frecuencia
respiraciones por Discreta Número
Respiratoria
minuto.
Medición obtenida
Temperatura con termómetro Continua Grado Celsius
axilar.
Definida como
puntaje obtenido
Alteración del
en el “mental Números:
estado de Discreta
score” menor o 1-8
conciencia
igual a 8.
La escala
desarrollada para
evaluar: Números:
Glasgow Discreta
respuesta ocular, 3-15
motora y verbal. A
cada uno se le
29asigna un valor
dependiendo de
la respuesta del
paciente, los
resultados se
suman al final
para realizar la
interpretación.
Opacidades de
aspecto
algodonoso, con
márgenes mal
definidos, Si: 1
Infiltrado alveolar Categórica
broncograma No: 1
aéreo y nódulos
acinares en la
periferia.
Opacidades
lineales y difusas,
Infiltrado que se disponen y Si: 1
Categórica
intersticial distribuyen en No: 1
todas direcciones
y no se ramifican.
Aumento
homogéneo de la
atenuación
Si: 1
Consolidación parenquimatosa Categórica
No: 1
pulmonar que
oculta los
márgenes de los
30vasos y las
paredes de las
vías respiratorias
Presencia de
líquido en espacio Si: 1
Derrame pleural Categórica
pleural. No: 1
Infiltrados
alveolares en más
Neumoía Si: 1
de un lóbulo Categórica
multilobar No: 1
pulmonar.
Resultado de la
prueba de gases
Gases arteriales arteriales tomada Continua Números
al ingreso del
paciente.
Valor de
creatinina sérica
Creatinina Continua Números
al ingreso del
paciente.
Valor de nitrogeno
BUN ureico sérico al Continua Números
ingreso.
Valor de
Bilirrubina Total bilirrubina total Continua Números
sérica al ingreso
Valor de sodio
Sodio Continua Números
sérico al ingreso.
Valor de glicemia
Glucosa Continua Números
sérica al ingreso
31Valor de
leucocitos totales
Leucocitos Continua Números
en hemograma de
ingreso.
Valor de
hemoglobina en
Hemoglobina Continua Números
hemograma de
ingreso.
Valor de
hematocrito en
Hematocrito Continua Números
hemograma de
ingreso.
Valor de
plaquetas en
Plaquetas Continua Números
hemograma de
ingreso.
Valor absoluto de
neutrófilos por
Neutropenia debajo de 1500
Si: 1
durante la en algún Categórica
No: 1
hospitalización hemograma
tomado durante la
hospitalización.
Valor absoluto de
neutrófilos por
Neutropenia
debajo de 100 en Si: 1
severa durante Categórica
algún hemograma No: 1
la hospitalización
durante la
hospitalización.
Segunda muestra Necesidad Si: 1
Categórica
de aspirado durante la No: 1
32nasofaríngeo hospitaliación de
toma de segunda
muestra de
aspirado
nasofaríngeo.
Presencia de
derrame pleural
observado en la Si: 1
Derrame pleural Categórica
radiografía de No: 1
tórax durante la
hospitalización.
Necesidad de
Si: 1
Toracostomía tubo a drenaje Categórica
No: 1
cerrado en toráx.
Reporte de nuevo
proceso
infeccioso
Infección adquirido en el Si: 1
Categórica
Intrahospitalaria hospital, como No: 1
consecuencia de
su estancia en el
mismo.
Mención en la
historia clínica de
Complicación de
empeoramiento Si: 1
su patología de Categórica
de sus patologías No: 1
base
de base durante
la hospitalización.
Hospitalización en
Si: 1
Ingreso a UCI unidad de cuidado Categórica
No: 1
intensivo
33Dia en que se
ingresa a unidad
Fecha de ingreso
de cuidado Discreta Fechas
y egreso a UCI
intensivo y día de
egreso
Necesidad de
nueva
hospitalización en
unidad de cuidado
Si: 1
Reingreso a UCI intensivo por Categórica
No: 1
complicaciones
asociadas a la
infeccón o a sus
comorbilidades
Requerimiento de
Ventilación ventilación Si: 1
Categórica
mecánica mecánica durante No: 1
su hospitalización.
Invasiva
Si: 1
Tipo de
Invasiva, no No: 1
ventilación Categórica
invasiva. No -invasiva: Si:
mecánica
1
No: 1
Días totales de
Días de
estancia Discreta Número de días
hospitalización
hospitalaria.
Invasiva
Uso o no de
Si: 1
Uso de antibótico antibiótico durante Categórica
No: 1
la hospitalización.
No -invasiva: Si:
341
No: 1
Nombre del Cualitativa Nombre del
Tipo de antibiótico
antibiótico usado. nominal antibiótico
Duración en días
Días de uso del
del uso de cada Discreta Número de días
antibiótico
antibiótico.
Mención de uso
de oseltamivir Si: 1
Uso de oseltamivir Categórica
durante la No: 1
hospitalización.
Número de días
Días de uso del
que se utilizó Discreta Número de días
oseltamivir
oseltamivir.
Si el paciente
Si: 1
Muerte falleció durante la Categórica
No: 1
hospitalización.
Toma de
hemocultivos Si: 1
Hemocultivos Categórica
durante la No: 1
hospitalización.
Toma de muestra
de esputo para
Si: 1
Gram de esputo tinción de gram Categórica
No: 1
durante la
hospitalización.
La fecha en que
Fecha de toma de
se tomó la
muestra de
muestra enviada Discreta Fechas
aspirado
a secretaria
nasofaríngeo
distrital de salud
35Si se detecto ADN
viral durante el
estudio molecular Si: 1
Virus Categórica
de la muestra de No: 1
aspirado
nasofaríngeo.
Cualitativa Nombre del
Tipo de virus Nombre del virus.
nominal virus
Si se identifico
ADN bacteriano Si: 1
Bacterias Categórica
en el análisis No: 1
molecular
Nombre de la Cualitativa Nombre de la
Tipo de bacteria
bacteria nominal bacteria
d. Recolección de información radiográfica: En las instituciones con radiología
digital disponible, se obtenedrá una copia digital de la radiografía de ingreso o
de las imágenes disponibles.
En instituciones con radiología convencional se identificarán los estudios
radiológicos y se tomará una fotografía de la imagen.
Las imágenes serán leídas por los profesores A. Saavedra y E. Sánchez para
unificar la validación de la neumonía desde el punto de vista radiográfico.
Se describirán los siguientes patrones radiográficos:
Infiltrado alveolar: Opacidades de aspecto algodonoso, con márgenes
mal definidos, broncograma aéreo y nódulos acinares en la periferia.
Infiltrado intersticial: Opacidades lineales y difusas, que se disponen y
distribuyen en todas direcciones y no se ramifican.
36Consolidación: Aumento homogéneo de la atenuación parenquimatosa
pulmonar que oculta los márgenes de los vasos y las paredes de las
vías respiratorias.
Derrame pleural: Presencia de líquido en espacio pleural.
Compromiso multilobar: infiltrados alveolares en más de un lóbulo
pulmonar.
Finalmente, los resultados obtenidos permitirán evaluar la concordancia entre
las pruebas de inmunofluorescencia y las moleculares para los 7 virus
detectados por identificación de antígenos.
3.5. Consideraciones éticas
De acuerdo a la resolución N° 8430 de 1993 que establece las normas científicas,
técnicas y administrativas para la investigación en humanos (16), Artículo 11, este
estudio se clasifica como “investigación sin riesgo”: “Son estudios que emplean
técnicas y métodos de investigación documental restrospectivos y aquellos en los
que no se realiza ninguna intervención o modificación intencionada de las
variables biológicas, fisiológicas, psicológicas o sociales de los individuos que
participan en el estudio, entre los que se consideran: revisión de historias clínicas,
entrevistas, cuestionarios y otros en los que no se le identifique ni se traten
aspectos sensitivos de su conducta”.
El presente proyecto trata de la obtención de información a través de historias
clínicas y seguimiento del paciente sin ninguna intervención ni modificación a su
tratamiento médico establecido, por lo cual se considera investigación sin riesgo.
Se garantiza la confidencialidad de los pacientes incluidos y se suprimirán
aquellas variables relacionadas con la identidad de los sujetos de investigación
(Ley Estatutaria 1581 de 2012 y Decreto Nacional 1377 de 2013). Las bases de
datos estarán custodiadas por la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional
de Colombia.
37También se garantiza que los investigadores poseen la competencia técnica
requerida para este estudio y que disponen las herramientas necesarias para el
cuidado y utilización de los datos de investigación.
3.6. Cronograma de Actividades
Actividad Tiempo de realización
Presentación y aprobación de proyecto SDS 2 meses
Estudio molecular de muestras seleccionadas 1 mes
Búsqueda de historias clínicas y creación de
6 meses
base de datos
Análisis estadístico 1 mes
Presentación de resultados y publicación 1 mes
3.7. Resultados esperados
Resultado y Productos Indicador Beneficiario
Relacionados con la generación de conocimiento y o nuevos
desarrollos tecnológicos
Publicación de los Comunidad científica.
resultados en una Clínicos en hospitales
Articulo Científico
revista científica (internistas, médicos
indexada. generales).
Conducentes al fortalecimiento de la capacidad científica Nacional
Tesis de grado de dos
estudiantes de la
Acta y/o Diploma de
especialización de Universidad Nacional
Grado
Medicina Interna de la
Universidad Nacional
38Dirigidos a la apropiación social del conocimiento
Presentación de los Carta de aceptación de
Universidad Nacional y
resultados en un evento la participación al
SDS
científico nacional. evento.
3.8. Impactos esperados
Plazo después
Impacto Indicador
de finalizado el Supuestos
Esperado Verificable
proyecto
Conocer la
frecuencia de los Desarrollo del
Publicación de
virus implicados 6 meses proyecto de
resultados
en IRAG en investigación.
Bogotá.
Caracterización
clínica y Desarrollo del
Publicación de
radiológica de los 12 meses proyecto de
resultados
virus investigación.
identificados.
Documentar
Desarrollo del
mortalidad y Publicación de
12 meses proyecto de
severidad de las resultados
investigacióni.
IRAG por virus.
3.9. Estrategias de comunicación
Los resultados serán presentados en forma de un resumen científico en un
evento nacional y uno internacional. También se presentarán los datos completos
en un artículo científico con el fin de ser publicado en una revista científica
indexada internacionalmente.
393.10. Conformación y trayectoria del grupo de investigación
El grupo de investigación en Enfermedades Infecciosas está vinculado a la
Universidad Nacional de Colombia y actualmente se encuentra reconocido. Su
última evaluación por Colciencias (2010) arrojó una categorización A2. Al grupo
pertenecen investigadores docentes y disentes de la Universidad Nacional de
Colombia. Entre los profesores participantes se encuentra: Aura Lucía Leal,
médica con especilización en microbiología médica y maestría en control de
infecciones; Jorge Alberto Cortés, médico internista e infectólogo; También hacen
parte del equipo el Dr. Alfredo Saavedra y el Dr. Edgar Sánchez, médicos
internistas y neumólogos.
4. PRESUPUESTO
Rubros SDS U.N. TOTAL
Personal
Jorge Alberto Cortés 8.000
Alfredo Saavedra 8.000
Edgar Sánchez 8.000
Hernán Vargas 6.000
Equipos No aplica 0
Software No aplica 1.200 1.200
Materiales
Papelería y otros
Material de laboratorio y 1.000
10.000
cultivos
Salidas de campo No aplica 0 0
Material bibliográfico 2.000 2.000
40Publicaciones y patentes No aplica 0 0
Servicios técnicos 9.000
Viajes No aplica 0 0
Construcciones No aplica 0 0
Mantenimiento No aplica 0 0
Administración No aplica 3.000 3.000
TOTAL 16.000 40.200 56.200
En miles de pesos.
415. REVISIÓN DE TEMA: NEUMONIA VIRAL
Resumen: La neumonía adquirida en la comunidad se constituye como la primera
causa de muerte por enfermedad infecciosa en el mundo. Inicialmente
considerada como una entidad de origen netamente bacteriano, en los últimos
años, se ha reconocido el papel de los virus como agentes causales de la misma.
Los conocimientos sobre la fisiopatología del virus de la influenza ha permitido
comprender el mecanismo de infección viral y como se favorece la sobreinfección
bacteriana, generando cuadros clínicos más severos. El desarrollo de diversas
técnicas diagnósticas, entre ellas la PCR en tiempo real y la técnica de
microarreglos ha permitido la identificación de diversos virus entre ellos el
metapneumovirus, los coronavirus y los rinovirus en pacientes con neumonía
adquirida en la comunidad, los cuales no eran considerados agentes causales de
neumonía en décadas pasadas. El impacto de estas nuevas técnicas moleculares
en el diagnóstico y tratamiento de los pacientes con neumonía adquirida en la
comunidad aún está por conocerse. Se espera que en el futuro, seamos capaces
de realizar un diagnóstico etiológico preciso de los casos de neumonía viral y que
se desarrollen nuevas moléculas que puedan contrarrestar la replicación y
transmisión de los virus implicados.
Palabras clave: neumonía viral, diagnóstico, virus de la influenza A, reacción en
cadena de la polimerasa, análisis de secuencias por matrices de oligonucleótidos.
Abstract: Community Acquired Pneumonia (CAP) is established as the leading
cause of death from infectious diseases in the world. Initially regarded as an entity
of purely bacterial origin, in recent years it has been recognized the role of viruses
as causative agents of CAP. Knowledge of the pathophysiology of influenza virus
has elucidated the mechanism of viral infection and bacterial superinfection, which
generates more severe clinical syndromes. The development of various diagnostic
techniques, including real-time PCR and microarray technology has allowed the
identification of several viruses including human metapneumovirus, the
42coronavirus and rhinovirus in patients with community-acquired pneumonia ,
which were not considered causative agents of pneumonia in past decades. The
impact of these new molecular techniques in the diagnosis and treatment of
patients with community-acquired pneumonia is still to be known. It is expected
that in the future, we will be able to perform an accurate etiological diagnosis of
viral pneumonia cases, and the development of new molecules that can
counteract the replication and transmission of viruses involved.
Key words: viral pneumonia, diagnosis, influenza A virus, polymerase chain
reaction, microarray analysis
5.1. Introducción
La neumonía adquirida en la comunidad es una causa frecuente de morbilidad y
mortalidad en individuos de todos los grupos etáreos, con un estimado de 450
millones de casos por año (1), y una mortalidad cercana al 7%, aunque puede
alcanzar hasta un 50% en aquellos pacientes que requieren ingreso a la Unidad
de Cuidado Intensivo. (2) Así mismo, la neumonía se constituye como la sexta
causa de muerte en el mundo y la primera causa de muerte por infección y su
mayor impacto se observa en los niños, ancianos y los pacientes con
comorbilidad cardíaca o pulmonar. Tradicionalmente se ha asociado esta
enfermedad con la epidemiología del neumococo, agente bacteriano más
frecuente y causal de buena parte de la morbilidad y mortalidad atribuible a este
cuadro clínico. En varios estudios clínicos realizados en Colombia, se logró el
diagnóstico etiológico de la neumonía hasta en un 60% de los casos,
reafirmando al neumococo como agente causal más frecuente de la neumonía
adquirida en la comunidad (2).
Sin embargo, la incidencia de neumococo como agente causal ha disminuido en
las últimas décadas y, cada vez con mayor frecuencia se reconocen otros
patógenos. En un estudio prospectivo en Estados Unidos, ademas del
43neumococo, se identificaron otros agentes etiológicos entre ellos el Haemophilus
influenza, los bacilos gram negativos y en menor porcentaje los virus y las
bacterias atípicas como Legionella y Mycoplasma (3).
En las últimas décadas y especialmente después de la última pandemia de
influenza en el 2009 se ha despertado un interés general por conocer mejor el
papel exacto que pueden jugar los virus como agentes etiológicos de forma
directa o indirecta de la neumonía (1).
En la siguiente revisión se presentan los aspectos fisiopatológicos, clínicos,
epidemiológicos, así como las potenciales estrategias diagnósticas de los virus
como agentes causales de neumonía en pacientes de la comunidad.
5.2. Fisiopatología
La neumonía viral puede resultar de infecciones que se originan del tracto
respiratorio superior y progresan hasta alcanzar los bronquiolos terminales; o por
infecciones que se originan en otros lugares y alcanzan el tracto respiratorio por
diseminación sistémica.
El virus de la influenza ha sido uno de los más estudiados lo que ha permitido
avanzar en el conocimiento de la fisiopatología de la neumonía viral. Una vez que
el virus es inhalado, se va a adherir al epitelio del tracto respiratorio a través de la
hemaglutinina de superficie. Las defensas locales del huésped como la secreción
de IgA, o la limpieza mucociliar pueden remover algunas partículas del virus, sin
embargo cuando estos mecanismos de defensa fallan (ancianos, fumadores, etc.)
el virus continúa su invasión al epitelio respiratorio, donde se replica (1).
A medida que el virus se va replicando, induce altera la síntesis de proteínas de la
célula huésped lo que lleva a la muerte celular. El virus va avanzando hacia el
tracto respiratorio inferior, comprometiendo a los neumocitos lo que genera daño
44alveolar difuso. En la submucosa alveolar se va a presentar hiperemia con
hemorragias focales, edema e infiltrados celulares consistentes en neutrófilos y
monocitos principalmente. En estados más avanzados de la infección, se produce
una organización fibrocelular intra alveolar (bronquiolitis obliterante) con la
presencia de histiocitos y neumocitos multinucleados (4). En el epitelio
respiratorio se van a producir anticuerpos neutralizantes contra el virus,
constituyendo la respuesta humoral, y así mismo los linfocitos T CD4, inician una
respuesta con el complejo mayor de histocompatibilidad tipo II, mientras que los
linfocitos CD8 inducen una respuesta con el complejo mayor de
histocompatibilidad tipo I, lo que va a llevar a la producción de Factor de Necrosis
Tumoral e Interferón gama, los cuales generan lisis y apoptosis de las células
infectadas (1).
La infección viral dará progreso a la neumonía, la cual puede ser localizada o
difusa sin un patrón radiológico definido. La infección viral puede seguir su curso
natural y resolverse espontáneamente o puede ocurrir una sobreinfección
bacteriana, generando una neumonía mixta o una neumonía bacteriana
secundaria. Éstas suelen presentarse de manera más frecuente en pacientes
menores de 5 años o mayores de 65, o en aquellos con comorbilidad cardíaca,
pulmonar, renal o inmunosupresión. La sobreinfección bacteriana va a estar
facilitada por la colonización de la faringe, mucosa nasal o piel por agentes como
el neumococo y el estafilococo, o por la adquisición de estos microorganismos
durante el periodo de infección por influenza. En sus formas graves, la neumonía
por influenza o la neumonía mixta (viral y bacteriana) puede llevar a la muerte.
Durante la pandemia del 2009, ese logró identificar que aquellos pacientes con
neumonía grave multilobar progresaban rápidamente a falla respiratoria o
síndrome de dificultad respiratoria aguda, con tasas de mortalidad muy altas,
hasta del 50% independientes de la edad o comorbilidades de base (5).
455.3. Epidemiología y etiología
La epidemiología y la etiología viral especialmente en los individuos
inmunocompetentes es variable, y depende de la época del año, ya que varias de
estas infecciones tienen distribución estacional, ocurriendo principalmente en la
temporada de invierno (6).
Hasta la fecha se han desarrollado múltiples estudios a nivel mundial, con fines
diagnósticos a través de técnicas no sólo serológicas o de cultivos sino
moleculares para establecer la prevalencia e incidencia de la infección viral y
caracterización etiológica de la misma. Entre los estudios más representativos se
encuentra el del grupo neozelandés (7), con participación de 304 pacientes
mayores de 18 años con diagnóstico de neumonía adquirida en la comunidad
(NAC), de las cuales el 29% fue de etiología viral; los virus detectados mediante
técnicas de inmunofluorescencia, cultivos y reacción en cadena de la polimerasa
(PCR) fueron: rinovirus 10%, influenza A 8%, influenza B 2%, virus sincitial
respiratorio (VSR) 4%, coronavirus 2% y parainfluenza 1%; además, dos o más
patógenos fueron encontrados en el 16% de los casos. Hallazgos similares fueron
encontrados en el estudio de Marcos y colaboradores (8), con 340 pacientes
adultos con NAC, con 23% de prevalencia de origen viral e virus influenza como
primera causa.
En individuos mayores de 50 años con infección respiratoria baja, un estudio
holandés (9), con 107 pacientes usando sólo técnicas moleculares, las cuales
ofrecieron aumento del 21-43% en el rendimiento diagnóstico en la etiología viral
de la infección respiratoria aguda; detectó virus de influenza A y B en el 13% de
los pacientes, seguido de coronavirus en un 5%, rinovirus en 3%, parainfluenza y
VSR 1% cada uno y adenovirus en un 0.5%.
Adicionalmente durante año la pandemia mundial de influenza H1N1, se
desarrolló en España un estudio (10), con el objetivo de determinar la etiología
46de la NAC a través de PCR y métodos convencionales en un año de pandemia
viral, con un total de 169 pacientes, identificando patógeno en un 51% de los
casos por métodos convencionales y en un 70% mediante PCR, y la etiología
viral fue del 17% y se documentó coinfección viral y bacteriana en el 19% de los
pacientes. El virus con más frecuencia encontrado fue el VSR, 31% de los casos.
En cuanto a severidad en el año 2012, se publicó un estudio con 198 pacientes
ingresados por neumonía severa adquirida en la comunidad o asociada al
cuidado de la salud, con requerimiento de ingreso a una unidad de cuidados
intensivos en la república de Corea (11), se analizaron muestras de secreción
nasofaríngea y lavado bronquioalveolar mediante PCR reversa, encontrándose
36.4% de origen viral con rinovirus en el 23.6%, seguido de parainfluenza en el
20.8%, metapneumovirus 18.1%, virus influenza 16.7% y VSR 13.9%, este último
siendo más común en la neumonía adquirida en la comunidad (p= 0.01) y sin
diferencias estadísticamente significativas en mortalidad de acuerdo a etiología
viral, bacteriana o coinfección. En un estudio similar con pacientes con neumonía
adquirida en la comunidad que ingresaron a la unidad de cuidado intensivo en
Estados Unidos, desde el 2008 hasta el 2011, incluyo 393 pacientes a los que se
les tomaron muestras de aspirado nasofaríngeo para realización de PCR para
identificación de virus. Los resultados de este estudio, mostraron que un 23% de
los pacientes con neumonía cursaban con una infección viral y que los virus
identificados más frecuentemente eran influenza (41%), rinovirus (36%) y el
metapneumovirus humano (14%), lo que reafirmó una vez más el papel de los
virus como causa de neumonía severa (12).
Otro aspecto importante y poco estudiado, es la presencia de coinfección
bacteriana en pacientes con infección respiratoria de origen viral. En un estudio
prospectivo realizado en estados unidos, se evaluaron 771 pacientes ingresados
por infección respiratoria aguda durante los meses de invierno, a los cuales se les
realizó una búsqueda exhaustiva del agente etiológico causal. Los resultados
evidenciaron que el 41% de estos pacientes tenía una infección viral, sin embargo
47de estos pacientes el 39% tenía a su vez una infección bacteriana. Dentro del
análisis multivariado del estudio, se encontró que los factores asociados con la
coinfección virus – bacteria, fueron la presencia de leucocitosis (mayores a
12.000/uL), infiltrados en la radiografía de tórax y la presencia de EPOC y falla
renal crónica (5).
En Latinoamérica, los estudios e información sobre este tema en población
adulta, son pocos y los métodos diagnósticos empleados, en su mayoría son los
convencionales, serología y cultivo celular. En el 2009 un grupo venezolano (13),
en el estado de Zulia, mediante inmunofluorescencia directa y cultivo celular,
determinó la etiología viral de las infecciones respiratorias agudas altas o bajas
en 102 pacientes, de 0 a 77 años, obteniendo que en la población adulta 17.9%
fueron infecciones de origen viral y el virus más frecuentemente hallado fue el
VSR y en los mayores de 65 años el parainfluenza, los cuales en su mayoría
provocaron cuadros de infección respiratoria baja. Otro estudio desarrollado en el
sur de Chile (14), con 159 adultos con diagnóstico de NAC se les realizó a
secreciones nasofaríngeas técnicas de inmunofluorescencia directa y serología
pareada y hemaglutinación, y se logró la detección de virus en el 10% de los
casos, con hallazgos de influenza A, Hanta virus y VSR, en un 60%, 26% y 6.6%,
respectivamente.
En Colombia, la epidemiología de la neumonía de origen viral no está bien
establecida, sin embargo, datos obtenidos del grupo de Lázaro Vélez en
Medellín (15), y con datos de autores mencionados en (16) y la guía colombiana
de neumonía (2), se establece una prevalencia de NAC viral del 18-23% y cerca
del 10% es por virus influenza, entre el 8-9% por adenovirus y VSR, cada uno.
En el 2009 Herrera y colaboradores (17), estudiaron casos de infección
respiratoria aguda grave notificados al instituto nacional de salud de septiembre a
diciembre del 2003, de los 64 casos obtenidos, 21 murieron, siendo la mayoría los
casos fatales (18 casos) en mayores de 15 años. De los 64 casos sólo fue
48posible la obtención de 25 muestras nasofaríngeas (8 de los casos fatales) y de
estas 13 fueron positivas para virus mediante técnicas de inmunofluorescencia
indirecta y hemaglutinación, el virus encontrado con más frecuencia fue el
influenza A (H3N2) con 7 casos, seguido del parainfluenza 4 casos, VSR 3 casos
e influenza B con 1 caso. De los casos fatales, sólo en cinco se hallaron virus: 3
influenza A, 1 influenza B y 1 parainfluenza.
5.4. Impacto clínico de otros virus
Durante los últimos años se ha avanzado en el reconocimiento de otros virus
diferentes a la influenza implicados en la neumonía viral (tabla 1). Dentro de ellos
los más frecuentes son:
Virus Sincitial Respiratorio: Es un virus RNA de la familia de los Paramixovirus
y tiene dos serotipos A y B, los cuales se diferencian por lo antígenos de las
glicoproteínas de membrana. Aunque inicialmente se consideraba una infección
predominantemente de niños, datos del CDC de Estados Unidos, permitieron
identificar el VSR como una causa de muerte en adultos mayores, generando
alrededor de 10.000 muertes anuales (18). En general se calcula que 10% de los
adultos mayores de 65 años en estados unidos, desarrolla neumonía y de esta
10% es secundaria al virus sincitial respiratorio (19). Adicionalmente la infección
por el virus tiene un patrón estacional, siendo más frecuente durante los meses
de invierno, aunque es posible identificarlo desde los meses de otoño hasta
finalizar la primavera. Clínicamente su sospecha es difícil, puesto que no produce
manifestaciones clínicas específicas, sin embargo un estudio que comparo 118
pacientes hospitalizados con infección por VSR y 133 pacientes con influenza A,
encontró que los pacientes con VSR tenían más congestión nasal, sibilancias y
tos productiva comparada con los pacientes que tenían infección por influenza.
Adicionalmente la duración de los síntomas fue mayor en promedio 1.3 días en
pacientes con infección por VSR (20).
49Por otra parte las características radiológicas de la infección tampoco son
patognomónicas. En el estudio previamente mencionado, dentro del grupo de
pacientes con infección por VSR, el 20% de las radiografías presentaba
opacidades consistentes con neumonía. Los hallazgos más comunes fueron
infiltrados basales alveolares unilaterales, e infiltrados intersticiales difusos. Sin
embargo algunos pacientes presentaron consolidación lobar (18). Sin embargo la
sospecha clínica sigue siendo el elemento más importante para hacer un
diagnóstico correcto de infección por VSR.
Parainfluenza: Pertenece a la familia de los paramixovirus y tiene 4 serotipos, 1
al 4. Además de la neumonía, puede generar infecciones del tracto respiratorio
superior, bronquiolitis y croup. Aunque se ha documentado la presencia del virus
de Parainfluenza durante todo el año, su infección es más frecuente durante los
meses de otoño (21). A pesar de que ha sido identificado principalmente en niños
y pacientes inmunocomprometidos, también se ha detectado en pacientes con
neumonía adquirida en la comunidad contribuyendo hasta el 8 % de los casos en
algunas series (7). Así mismo, estudios en ancianos han documentado infección
por Parainfluenza en 4% a 14% de las infecciones respiratorias con algunos
casos de neumonía fatal (22). El síndrome clínico asociado a la infección
consiste en fiebre, rinorrea, tos y odinofagia, y dada su poca especificidad,
sospechar clínicamente la presencia del virus es difícil (21).
Metapneumovirus: Al igual que los virus mencionados previamente, el
metapneumovirus es un virus RNA de la familia de los paramixovirus, de
distribución global, el cual produce infecciones principalmente durante los meses
fríos del año. Dentro de las entidades clínicas que produce se encuentra la
bronquiolitis, las exacerbaciones de asma y EPOC, y la neumonía. Estas
infecciones afectan todos los grupos etáreos, sin embargo la neumonía por
metapneumovirus se ha observado más frecuentemente en niños, ancianos y
pacientes con enfermedades crónicas (23). Un estudio prospectivo encontró que
la incidencia de hospitalización por infección por metapneumovirus en pacientes
50mayores de 65 años es de 220 por cada 100.000 pacientes (24). Las
características clínicas que se han asociado más frecuentemente a la infección
son la presencia de disnea, sibilancias, fiebre y baja saturación de oxigeno (25).
Dado que se trata de un virus recientemente descubierto (2001), aún es
necesario seguir investigando acerca de su comportamiento y las entidades
clínicas que genera.
Adenovirus: Esta familia comprende más de 50 serotipos de virus DNA sin
cubierta viral y produce una variedad de cuadros clínicos que incluyen
conjuntivitis, faringitis, infección del tracto respiratorio superior, meningitis,
hepatitis, gastroenteritis y neumonía. Las infecciones respiratorias severas se han
asociado a los serotipos 5,7,14 y 21. El adenovirus como agente causal de
neumonía se identificó primero en niños, pacientes inmunocomprometidos y en
militares que habitaban bases militares (21). Sin embargo también se ha
identificado como causa de neumonía adquirida en la comunidad en pacientes
sanos. El cuadro clínico de la infección comprende síntomas gripales antes del
inicio del compromiso respiratorio, diarrea y conjuntivitis. Adicionalmente la
infección por adenovirus se ha asociado a leucopenia e infiltrados intersticiales de
tipo reticulonodular en la radiografía de tórax. La neumonía puede tener un curso
leve o progresar hasta falla ventilatoria, y desafortunadamente hasta el momento
no se han determinado elementos clínicos que permitan predecir el curso de la
infección (26).
Coronavirus: Hasta el momento se ha identificado 4 serotipos 229E, OC43,
NL6350, HKU1 asociados con infección respiratoria aguda en todos los grupos
etáreos, la cual se presenta principalmente en los meses de invierno. Varios
estudios poblacionales en diferentes países han permitido identificar los
coronavirus como agentes causales de neumonía (21). Un estudio en Tailandia,
que incluyo 734 pacientes con neumonía adquirida en la comunidad, encontró un
5.9% de pacientes con infección por coronavirus (27). Igualmente el coronavirus
también ha sido identificado como agente etiológico en pacientes trasplantados
51con neumonía severa (28). Sin embargo el rol de los coronavirus aún no está
completamente dilucidado y se requieren de más estudios poblacionales para
definir su papel en la neumonía adquirida en la comunidad
Rinovirus: Pertenecen a la familia de los Picornavirus y durante años se han
conocido como agentes etiológicos de resfriados comunes, otitis media,
exacerbaciones de asma y EPOC. Sin embargo, no se consideraba a los
rinovirus como agentes causales de neumonía. La introducción de las técnicas de
PCR para la identificación etiológica de pacientes con neumonía permitió aislar
rinovirus de secreciones de pacientes con infección del tracto respiratorio inferior
y en algunas series se ha documentado como el agente causal de neumonía en
adultos en 2% a 17% de los casos (7, 29). Sin embargo, es difícil establecer esta
relación causal, puesto que la infección por rinovirus usualmente se acompaña de
coinfección viral y bacteriana, y porque también se ha aislado rinovirus en
pacientes asintomáticos, lo que podría indicar colonización viral (7). Por lo tanto
es posible considerar que en lo que respecta a rinovirus, es necesario continuar
en el estudio de su interacción con el huésped y con los demás microorganismos.
Tabla 1. Nuevos virus identificados como agentes causales de neumonía
adquirida en la comunidad.
Frecuencia encontrada en series de
Virus
neumonía
Virus sincitial respiratorio 2-9% (adultos mayores de 65 años)18
Parainfluenza 18%38
Metapneumovirus 4% (adultos mayores de 65 años)24
Adenovirus 8.2%38
Coronavirus 5.9%27
Rinovirus 10%7
525.5. Diagnóstico
Diversos estudios clínicos han tratado de dilucidar qué características clínicas se
presentan más comúnmente en las neumonías virales, sin embargo hasta el
momento no existe un conjunto de síntomas que permita diferenciar una
neumonía viral de una bacteriana. Los hallazgos radiológicos más frecuentes son
los infiltrados intersticiales en parches bilaterales, sin embargo este hallazgo
también puede ser observado en neumonía bacteriana, así como la consolidación
lobar tampoco es patognomónica (21). Finalmente se ha comenzado a utilizar
marcadores inflamatorios como herramienta para descartar infección bacteriana,
dentro de los cuales contamos con la Procalcitonina y la Proteína C Reactiva.
Dado el alto valor predictivo negativo de la procalcitonina, un valor negativo nos
descartaría infección bacteriana, lo cual es de gran utilidad en el escenario clínico
en el que se logra aislar tanto un patógeno viral como uno bacteriano,
favoreciendo en este caso una etiología viral. Así mismo, en los casos en los que
solo se detecta la presencia de un virus, una procalcitonina negativa soportaría
el diagnóstico de la etiología viral (30). Cuando se ha estudiado el uso de
procalcitonia en pacientes con infección respiratoria, se ha encontrado un
beneficio en cuanto a una menor exposición a los antibióticos en pacientes con
procalcitonina negativa, y al uso de ciclos de tratamiento antibiótico más cortos.
Sin embargo aún no se ha evaluado la costo efectividad de la procalcitonina en
términos de disminución de costos para el sistema de salud con el menor uso de
antibióticos (31).
Igualmente, un metánalisis que buscaba evaluar la precisión diagnóstica de la
procalcitonina para el diagnóstico de sepsis incluyó 30 estudios clínicos, a partir
de los cuales se pudo concluir que la procalcitonina tiene una sensibilidad del
77% y una especificidad del 79% para el diagnóstico de dicha entidad. Sin
embargo, los estudios incluídos presentaban gran heterogeneidad por lo que la
conclusión final del metanálisis, es que la interpretación de la procalcitonina debe
realizarse dentro de un contexto clínico adecuado (32). Hasta el momento, la
53recomendación de la sociedad respiratoria europea y la campaña para la
supervivencia de la sepsis (Surviving Sepsis Campaign) es que la procalcitonina
se utilize para guiar la duración del tratamiento antibiótico (31).
Continuando en el diagnostico etiológico, la identificación del virus va a ser de
vital importancia para definir las conductas terapéuticas apropiadas. Para esto es
necesario definir en qué tipo de muestra biológica se van a realizar las pruebas
de detección viral. Un estudio que comparó el uso de hisopado nasal, hisopado
orofaríngeo y aspirado nasofaríngeo en pacientes hospitalizados por infecciones
del tracto respiratorio inferior encontró que el aspirado nasofaríngeo es superior al
hisopado (sensibilidad 84% vs 73% hisopado nasal y 54% hisopado orofaríngeo.
Sin embargo la sensibilidad es superior, cuando se combinan dos métodos
siempre y cuando se incluya el aspirado nasofaríngeo (sensibilidad 94%).
Finalmente, la combinación de los tres métodos proporciona una sensibilidad
cercana al 100% para la identificación de virus (33). En cuanto al uso del lavado
bronco alveolar, un estudio clínico retrospectivo realizado en Francia, permitió
identificar que el mayor rendimiento diagnóstico del lavado bronco alveolar para la
identificación de virus, se obtiene cuando se utiliza en pacientes
inmunosuprimidos o en aquellos con atenuaciones de vidrio esmerilado en la
tomografía de tórax (34).
Los métodos que disponemos hasta el momento para la detección de virus en
neumonía viral son los siguientes (35):
Serología: La detección de anticuerpos permite identificar casi la totalidad de los
virus implicados en la neumonía, sin embargo requiere la toma de muestra
sanguínea tanto en la fase aguda de la infección como en la fase convaleciente
para detectar una elevación significativa en los títulos de anticuerpos. Por esta
razón esta técnica es de poca utilidad para el diagnóstico temprano de la
enfermedad (38).
54Cultivo: Para el cultivo de los virus, es posible utilizar muestras de secreciones
respiratorias, esputo, y de lavado nasofaríngeo y bronco alveolar. Para su
crecimiento se requieren medios de cultivo especiales y tiempos de incubación
prolongados. Los resultados incluyen visualización de los efectos citopáticos del
virus sobre un cultivo celular, tales como formación de células gigantes
multinucleadas, o la evidencia de crecimiento viral. Posteriormente, es necesario
realizar pruebas de inmunofluorescencia o identificación de material genético
específico para lograr determinar el virus implicado. Los cultivos virales son
altamente costosos, no están disponibles de manera generalizada; y
adicionalmente no permiten la identificación de todos los virus, entre estos el virus
sincitial respiratorio, los coronavirus y el Metapneumovirus (35).
Estudio citológico: Esta técnica utiliza muestras de secreciones respiratorias y
lavado bronco alveolar para identificar inclusiones nucleares o citoplasmáticas en
las células infectadas. Sin embargo, dada la baja sensibilidad de este método un
resultado negativo no descarta la infección (35).
Detección rápida de antígenos: Esta prueba puede realizar con la técnica de
ELISA o con inmunofluorescencia, las cuales están disponibles para la mayoría
de los virus respiratorios. La ventaja de estas pruebas es que permiten utilizar
muestras fáciles de obtener como hisopado nasal o faríngeo. Sin embargo la
sensibilidad y especificidad van a depender del agente estudiado, por ejemplo en
las épocas de mayor prevalencia de influenza su especificidad y sensibilidad
aumenta, pero en general su sensibilidad es baja (35).
Técnicas de amplificación genética: La Reacción en Cadena Polimerasa (PCR)
o la PCR con Transcriptasa Reversa (RT-PCR), constituyen las técnicas más
sensibles y específicas disponibles hasta el momento para la identificación de los
virus respiratorios. Estas técnicas pueden realizarse tanto en secreciones
nasofaríngeas y bronquiales, como en sangre. Recientemente también se
55desarrolló una técnica que permite la detección simultánea y rápida del material
genético de varios virus, llamada PCR con multiplex transcriptasa reversa (7, 35)
Tecnología de microarreglos (análisis de secuencia por matrices de
oligonucleótidos): Se basa en la amplificación de fragmentos específicos del
genoma viral, de menos de 350 pares de bases, a través de la RT- PCR, y su
subsecuente detección vía hibridización con sondas de unión específicas para
cada microorganismo en superficies sólidas, permitiendo la detección e
identificación simultánea de múltiples virus en la misma muestra (36). La utilidad
de este método ha sido demostrada en varios ensayos clínicos, uno de ellos
realizado en China que incluyó 100 muestras de aspirado nasofaríngeo con
neumonía adquirida en la comunidad. El uso de la técnica de microarreglos
permitió la identificación de virus en el 48% de los casos, de los cuales el más
común fue el Rinovirus, seguido de la influenza (37).
5.6. Tratamiento
Para el tratamiento de la infección con influenza se cuentan con dos grupos de
medicamentos: los adamantanos, entre los que se encuentran Amantadina y
Rimantadina, y los inhibidores de la neuroaminidasa, Oseltamivir y Zanamivir.
Dada la alta resistencia a los adamantanos su uso es cada vez menos frecuente.
Los inhibidores de la neuroaminidasa comenzaron a utilizarse ampliamente
posterior a la pandemia por influenza AH1N1, sin embargo su beneficio clínico no
era muy claro inicialmente. Un metanálisis que incluyo 74 estudios relacionados
con el uso de oseltamivir concluyó que en pacientes con alto riesgo de
complicaciones el uso del oseltamivir puede reducir la mortalidad, la duración de
la hospitalización y de los síntomas comparado con no dar tratamiento.
Igualmente el tratamiento con oseltamivir se asoció con mejores desenlaces
clínicos (38). En cuanto al uso de oseltamivir en pacientes críticos, un estudio
español incluyo 385 pacientes hospitalizados en UCI con requerimiento de
ventilación mecánica, los cuales se dividieron según el tiempo de administración
56de oseltamivir. El grupo de pacientes que recibió oseltamivir en los primeros 2
días de inicio de los síntomas, presentó una menor mortalidad, menor estancia en
UCI y menos días de ventilación mecánica, comparada con el grupo de pacientes
que recibió oseltamivir de manera tardía (después de 2 días de inicio de
síntomas) (39).
Igualmente, el inicio temprano de esta terapia se ha asociado con mayores
beneficios, sin embargo es posible iniciar el oseltamivir hasta 5 días después de
iniciados los síntomas. Sin embargo, existe aún controversia en la literatura, ya
que todos los estudios que soportan el uso de oseltamivir son de naturaleza
observacional, no aleatorizados y por lo tanto sujetos a varios tipos de sesgos,
entre ellos el sesgo de selección. Por lo tanto, es posible que los resultados de
dichos estudios que muestran el efecto benéfico del oseltamivir estén afectados
en parte por dichos sesgos. Estudios clínicos prospectivos aleatorizados
controlados, serían los ideales para responder la pregunta de si el uso temprano
de oseltamivir mejora los desenlaces clínicos. Sin embargo, por las implicaciones
éticas del mismo, su realización es prácticamente imposible (40).
También es claro que el efecto es virostático en el mejor de los casos y
adicionalmente estudios clínicos han demostrado que el oseltamivir no disminuye
la duración de la transmisión viral (41). Otro punto importante a considerar, es el
hecho de que en pacientes mayores de 65 años con comorbilidades como EPOC
y falla cardíaca tienen cargas virales iniciales mayores y una tasa de replicación
viral que persiste más allá de los primeros dos días de infección a pesar del uso
de oseltamivir. Otros factores asociados con la persistencia de la replicación viral,
son los estados de inmunosupresión y especialmente el uso de esteroides, los
cuales hacen parte del tratamiento de pacientes con crisis asmáticas y
exacerbaciones de EPOC. Finalmente se ha documentado que los pacientes con
infección por virus de influenza B, tienen menor respuesta al oseltamivir (42).
57En resumen, lo que se puede concluir a partir de los estudios clínicos es que la
terapia antiviral con inhibidores de neuroaminidasa debe iniciarse de manera
temprana y empírica en todos los pacientes con infección respiratoria aguda
hospitalizados en los que se sospeche influenza, sin esperar por la confirmación
microbiológica para la misma; pues como ya se explicó previamente las pruebas
rápidas son poco sensibles y la determinación viral puede tomar varios días con
otros métodos de mejor rendimiento diagnóstico. Igualmente el tratamiento
empírico para influenza, debe iniciarse en todos los pacientes con neumonía
adquirida en la comunidad con alto riesgo de complicaciones por influenza,
especialmente si el cuadro clínico se presenta durante los brotes estacionales
(21).
Por otra parte, el tratamiento para otras infecciones virales diferentes a la
influenza es limitado. La Ribavirina tiene gran actividad in vitro contra el VSR, el
metapneumovirus y la influenza, sin embargo hasta el momento no hay estudios
clínicos que soporten su uso en pacientes con neumonía adquirida en la
comunidad. Su mayor utilidad ha sido evidenciada en niños o en pacientes
inmunosuprimidos. Otro agente antiviral disponible es el Cidofovir, el cual tiene
gran actividad contra adenovirus. Hasta el momento su beneficio se ha
observado en pacientes inmunocomprometidos con infección por adenovirus y en
pacientes con neumonías severas por adenovirus. Su toxicidad y difícil
administración no lo hacen de elección para los pacientes inmunocompetentes
con neumonía adquirida en la comunidad. Finalmente el uso de
inmunoglobulinas intravenosas puede proporcionar anticuerpos neutralizantes
contra la mayoría de los virus respiratorios y su uso debería considerarse en
pacientes severamente inmunosuprimidos (21).
5.7. Conclusión
Los estudios recientes sugieren que la frecuencia de neumonía viral es más alta
que lo que se consideraba previamente. Nuevas técnicas moleculares como la
58PCR (en tiempo real) y los microarreglos nos han permitidos identificar un mayor
número de virus involucrados con esta patología. A pesar de que el diagnóstico y
tratamiento actual son limitados (solo hay tratamiento disponible para influenza
para efectos prácticos), es de esperar que en la medida que se conozca aún
mejor el papel de estos virus, aparezcan estrategias de diagnóstico rápido o se
implementen los métodos utilizados hoy en día para investigación, y se generen
moléculas con actividad antiviral que limiten la progresión de la enfermedad o las
complicaciones.
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