Descripción de tipos de carbapenemasas expresadas en Klebsiella sp. Y Pseudomonas aeruginosa en hospitales de tercer nivel de la ciudad de Bogotá, estudio descriptivo. Parte 1
Autor: Escobar Castaño, Camilo José
Asesor: Leal Castro, Aura Lucía (Thesis advisor)
Fecha: 2018-01-22
Programa: Bogotá - Medicina - Especialidad en Anestesiología y Reanimación
Facultad: Facultad de Medicina

Resumen: Introducción: La resistencia a carbapenémicos es un problema de salud pública, con un  impacto negativo en la morbimortalidad de los pacientes afectados. Actualmente se cuenta  con múltiples registros de diversos mecanismos de resistencia, así como identificación  molecular de diversos tipos de carbapenemasas; sin embargo la frecuencia y distribución  de estas últimas es desconocida en la ciudad de Bogotá. D.C. (Colombia).  Objetivo: Caracterizar y describir la frecuencia de los diferentes tipos de carbapenemasas  en Pseudomona aeruginosa y Klebsiella sp., en distintas instituciones hospitalarias de la  ciudad de Bogotá. A partir de los datos recolectados se planea obtener los tipos y las  frecuencias de las mismas.  Metodología: Teniendo en cuenta los porcentajes de resistencia a carbapenémicos en  Bogotá, se calculó un tamaño de la muestra a recolectar. En 6 instituciones de tercer nivel  de complejidad se realizó la recolección de estos microorganismos a los cuales se les  realizó múltiples pruebas fenotipicas (Test de Hodge, EDTA, Acido borónico, carbaNP,  mCIM) con el fin de documentar la producción de carbapenemasa y posteriormente se  hicieron pruebas de reacción en cadena de polimerasa para la deteccion de diferentes  genes de carbapenemasas (KPC, GES, IMP, VIM, NDM, OXA-48) cuyos resultados se  describirán.  Resultados: La probabilidad de producción de carbapenemasas en Pseudomonas  aeruginosa fue entre 64 – 80%, con alta producción de KPC (55%) en comparación con la  de metalobetalactamasas (15%), situación contraria a la documentada en la literatura  mundial. En Klebsiella sp., se documentó una probabilidad de producción de  carbapenemasas de 98%, predominantemente del tipo KPC en el 96.8%, con cepas  aisladas que tuvieron co-producción KPC-Metalobetalactamasa (VIM/NMD). La prueba de  detección fenotipica CarbaNP tuvo una concordancia muy alta en detección de  carbapenemasas de cualquier tipo.

DESCRIPCIÓN DE TIPOS DE CARBAPENEMASAS EXPRESADAS
EN Klebsiella sp. y Pseudomonas aeruginosa EN HOSPITALES
DE TERCER NIVEL DE LA CIUDAD DE BOGOTÁ, ESTUDIO
DESCRIPTIVO.
PARTE 1
Sergio Andrés Remolina Granados
Estudiante de posgrado de Infectología
Universidad Nacional de Colombia
Camilo José Escobar Castaño
Estudiante de posgrado Medicina Interna
Universidad Nacional de Colombia
Universidad Nacional de Colombia
Facultad de medicina
Bogotá, Colombia
2017DESCRIPCIÓN DE TIPOS DE CARBAPENEMASAS EXPRESADAS
EN Klebsiella sp. y Pseudomonas aeruginosa EN HOSPITALES
DE TERCER NIVEL DE LA CIUDAD DE BOGOTÁ, ESTUDIO
DESCRIPTIVO.
PARTE 1
Sergio Andrés Remolina Granados
Estudiante de posgrado de Infectología
Universidad Nacional de Colombia
Camilo José Escobar Castaño
Estudiante de posgrado Medicina Interna
Universidad Nacional de Colombia
Trabajo de investigación presentado como requisito para optar por el título de:
Especialista en Infectología
Especialista en Medicina Interna
TUTORES:
Carlos Humberto Saavedra Trujillo MD, MSc.
Internista- Infectólogo
Director Programa Infectología
Departamento de Medicina Interna
Facultad de Medicina
Universidad Nacional de Colombia
Aura Lucia Leal Castro MD, MSc.
Médica especialista en microbiología
Master en control de infecciones
Líder Grupo de Investigación en Enfermedades Infecciosas-Colciencias
Profesora Asociada Departamento de Microbiología
Facultad de Medicina
Universidad Nacional de Colombia
Universidad Nacional de Colombia
Facultad de medicina
Bogotá, Colombia
2017“La disciplina tarde o temprano vencerá a la inteligencia”
Proverbio japonés
“Estoy absolutamente convencido de que la
ciencia y la paz triunfan sobre la ignorancia y
la guerra, que las naciones se unirán a la larga
no para destruir sino para edificar, y que el
futuro pertenece a aquellos que han hecho
mucho por el bien de la humanidad”
Louis PasteurAgradecimientos
A mis Padres Henry y Margarita, ya que su amor, cariño y educación me hicieron tomar
desiciones acertadas que me permitieron llegar hasta aquí. A mis docentes, que me
mostraron lo hermoso de la infectología y de quienes tomo lo mejor para ser un buen ser
humano y profesional. A Nazly quien con su amor y apoyo incondicional me permitieron
perseverar en la búsqueda de mis sueños. Por último a todos aquellos que participaron en
este trabajo, en especial al Dr. Carlos Saavedra quien me brindo su apoyo para que este
trabajo se hiciera realidad y a la doctora Aura Lucia Leal y Sandra Saavedra, porque su
ayuda fue fundamental en la ejecución, dado la complejidad del estudio.
Sergio Andres Remolina Granados
Los esfuerzos de este proyecto son el resultado del apoyo incondicional de mi familia,
quienes siempre estuvieron presentes en los momentos de tempestad, a mis padres
Lisímaco y Paula, a mis hermanas Paola, Catalina, Lotti, y a mi tia Amanda por sus
consejos y guía para aprender a madurar emocional y personalmente, a mi Tio Besalion
por su acompañamiento permanente en el camino de convertirme en especialista. Especial
mérito a mis docentes quienes siempre inculcaron en mi el sentido de pertenencia a la
academia, a los profesores Carlos Humberto Saaverda y Aura Lucia Leal por ser la guía
permanente en el desarrollo del presente y a todas las instituciones que participaron en el
proyecto.
Camilo José Escobar CastañoV. Resumen
Introducción: La resistencia a carbapenémicos es un problema de salud pública, con un
impacto negativo en la morbimortalidad de los pacientes afectados. Actualmente se cuenta
con múltiples registros de diversos mecanismos de resistencia, así como identificación
molecular de diversos tipos de carbapenemasas; sin embargo la frecuencia y distribución
de estas últimas es desconocida en la ciudad de Bogotá. D.C. (Colombia).
Objetivo: Caracterizar y describir la frecuencia de los diferentes tipos de carbapenemasas
en Pseudomona aeruginosa y Klebsiella sp., en distintas instituciones hospitalarias de la
ciudad de Bogotá. A partir de los datos recolectados se planea obtener los tipos y las
frecuencias de las mismas.
Metodología: Teniendo en cuenta los porcentajes de resistencia a carbapenémicos en
Bogotá, se calculó un tamaño de la muestra a recolectar. En 6 instituciones de tercer nivel
de complejidad se realizó la recolección de estos microorganismos a los cuales se les
realizó múltiples pruebas fenotipicas (Test de Hodge, EDTA, Acido borónico, carbaNP,
mCIM) con el fin de documentar la producción de carbapenemasa y posteriormente se
hicieron pruebas de reacción en cadena de polimerasa para la deteccion de diferentes
genes de carbapenemasas (KPC, GES, IMP, VIM, NDM, OXA-48) cuyos resultados se
describirán.
Resultados: La probabilidad de producción de carbapenemasas en Pseudomonas
aeruginosa fue entre 64 – 80%, con alta producción de KPC (55%) en comparación con la
de metalobetalactamasas (15%), situación contraria a la documentada en la literatura
mundial. En Klebsiella sp., se documentó una probabilidad de producción de
carbapenemasas de 98%, predominantemente del tipo KPC en el 96.8%, con cepas
aisladas que tuvieron co-producción KPC-Metalobetalactamasa (VIM/NMD). La prueba de
detección fenotipica CarbaNP tuvo una concordancia muy alta en detección de
carbapenemasas de cualquier tipo.
Palabras clave: Carbapenemasas, Klebsiella sp, Pseudomona aeruginosa, CarbaNP,
resistencia carbapenémicos.Abstract
Introduction: The resistance trends to carbapenems is a public health problem, with an
important impact in terms of mortality and morbidity outcomes of affected patients. Currently
there are multiple registers available of different resistance mechanisms, as well as the
molecular identification of various types of carbapenemases; however the frequency and
distribution of this type of carbapenemases is unknown in the city of Bogotá. D.C.
(Colombia).
Objective: To characterize and describe the frequency from the different types of
carbapenemases in Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella sp., in various hospitals in
Bogotá D.C. With the data collected we have the purpose to obtain the molecular types and
frecuency of them.
Methodology: Based on the previous reported percentages of carbapenemic resistance in
Bogotá D.C, a sample size was calculated. We carried out the collection of this
microorganisms in 6 tertiary level hospitals, subsequently, we performed multiple
phenotypic tests among the collected strains (modified Hodge test, EDTA, boronic ácid,
carbaNP and mCIM) in order to document the production of carbapenemase and
subsequently we carried out polymerase chain reaction for the specific detection of different
carbapenemase genes (KPC, GES, IMP, VIM, NDM, OXA-48) whose results will be
described.
Results: The probability of carbapenemase production in Pseudomonas aeruginosa was
settled between 64 - 80%, with high production of KPC (55%) compared to that of
metallobetalactamases (15%), contrary to the situation documented in the literature. In
Klebsiella sp., we found a probability of carbapenemase production of 98%, predominatly
by carbapenemase type KCP in 96.8%, with isolated cases of co-production of KPC-
Metallobetalactamase (VIM, NDM)
The CarbaNP phenotypic detection test had a very high concordance in the detection of
carbapenemases independently of their molecular type.
Key words: Carbapenemases, Pseudomonas aeruginosa, CarbaNP,
carbapenemic resistance.VI. LISTA DE TABLAS
Página
PROTOCOLO GENERAL
Tabla 1. Patrones fenotipicos de Carbapenemasas....…………………………………….4
Tabla 2. Frecuencia de resistencia a carbapenémicos por especie de bacterias….…...7
Tabla 3. Carbapenemasas encontradas en los géneros Klebsiella pneumoniae y
Pseudomona aeruginosa................................................................................................9
Tabla 4. Variables para recolección de datos y definición.………………………..……...20
RESULTADOS
Sección Pseudomonas aeruginosa
Tabla 5. Distribución de aislamientos por institución de salud.........................................26
Tabla 6. Rango de edad...................................................................................................27
Tabla 7. Caracteristicas epidemiológicas.........................................................................27
Tabla 8. Distribución de los resultados de PCR……………………………………….…….30
Tabla 9. Concordancia resultados de pruebas fenotipica y resultado de PCR
blaKPC..............................................................................................................................31
Tabla 10. Concordancia resultado prueba fenotipica y resultado de PCR blaVIM……….32
Tabla 11. Concordancia resultado prueba fenotipica y resultado de PCR positivo para
blaKPC, blaVIM, coproduccion KPC + VIM……………………..…………………………....32
Tabla 12. Distribución de carbapenemasas por institución...............................................33Tabla 13. Frecuencia de genes de carbapenemasas segun rango de edad....................34
Tabla 14. Frecuencia de carbapenemasas por servicio de atención................................34
Tabla 15. Distribucion de carbapenemasas por foco infeccioso.......................................35
Sección klebsiella sp.
Tabla 16. Características generales de los pacientescon aislamiento de Klebsiella
pneumoniae......................................................................................................................36
Tabla 17. Distribución de cepas por institución.................................................................38
Tabla 18. Porcentaje de positividad de pruebas fenotípicas………………………………..41
Tabla 19. Distribución de los resultados de la reacción en cadena de polimerasa para la
detección de genes de Carbapenemasas, Klebsiella sp...................................................42
Tabla 20. Concordancia entre pruebas moleculares y fenotípicas ejecutadas en la
Universidad Nacional en Klebsiella sp., respecto a producción de KPC...........................43
Tabla 28. Resultados pruebas fenotípicas en 4 cepas de Klebsiella sp. con producción de
Metalobetalactamasa.........................................................................................................44
Tabla 22. Distribución de carbapenemasas por institución...............................................45
Tabla 23. Distribución de carbapenemasas por edad, Klebsiella sp. ……………………..45
Tabla 24. Distribución de carbapenemasa tipo KPC según el foco de infección………...46VII. LISTA DE FIGURAS
Página
Seccion Pseudomonas aeruginosa
Figura 1. Distribucion de muestras en relación a servicios de atención………………..28
Figura 2. Diagnósticos infecciosos……………………………………..............................29
Figura 3. Prevalencia puntual de produccion de carbapenemasas..............................31
Sección Klesiella sp.
Figura 4. Distribución de klebsiella sp. resistente a carbapenémicos según edad…....37
Figura 5. Porcentaje de distribución de cepas según origen del aislamiento……….....38
Figura 6: Frecuencia de foco de aislamiento según servicio........................................39
Figura 7. Distribución de aislamientos según foco de infección...................................40
Figura 8. Prevalencia puntual de producción de Carbapenemasas…………………...46ABREVIATURAS
EDTA: Ácido etilendiaminotetraacético
MIC: Concentración inhibitoria minima
GREBO: Grupo para el control de la resistencia bacteriana de Bogotá
SMA: Ácido mercaptoacético
MPA : Ácido mercaptopropionico
OR: Odds ratio
RR: Riesgo relativo
CLSI: Clinical and Laboratory Standards InstituteContenido
Pág.
Resumen…………………………………………………………………………………………V
Lista de Tablas………………………………………………………………………………….VI
Lista de Figuras………………………………………………………………………………..VII
1. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA……………………………………………………..1
2. JUSTIFICACION……………………………………………………………………………...2
2.1 Pregunta investigación……………………………………………………………….……..2
3. MARCO TEORICO: ESTADO DEL ARTE……………………………………...….……..3
3.1Introducción…..……………………………………………………………………….………3
3.2 Clasificación Carbapenemasas………………………………………………..…………..3
3.3 Reseña Histórica………..………..……………………………………………..…...……...4
3.4 Panorama general………………………………………………………………..….……...6
3.5 Diagnóstico y detección de carbapenemasas……….……………………...…....……...10
3.6 Mecanismos genéticos………………………………………………………....…...…..… 13
3.7 Integración de los diversos métodos diagnósticos…………………….….……………..14
4. OBJETIVOS…………………………………………………………………….….....………15
4.1 Objetivo general………………………………………………………………….….………15
4.1 Objetivos específicos………………………………………………………….……………15
5. METODOLOGIA……………………………………………………………………....……...16
5.1 Tipo de estudio…………………..………………………………………….…….….……..16
5.2 Universo y Población…………………………………………...…………………………..16
5.3 Muestra……………………………………………………………………………….………16
5.4 Tamaño de muestra………………………………………………………………..............16
5.5 Criterios inclusión……………………………………………………………………………17
5.6 Criterios exclusión……………………………………………………………….................17
5.7 Recolección de datos……………………………………………………………................18
5.8 Instrumentos……………………………………………………………………….………...19
5.9 Aislamientos microbiológicos y pruebas microbiológicas: intervenciones de laboratorio
microbiológico sobre las muestras aisladas…………………………………………………..195.10 Variables para recolección de datos y definición…………………………….………...20
5.11 Plan análisis estadístico …………………………………………………….………….22
5.12 Financiamiento……………………………………………………………………………..23
6. CONSIDERACIONES ETICAS……………………………………………………..……...24
7. RESULTADOS ………………………………………………………………………………26
7.1: Sección Pseudomonas aeruginosa………………………………………………………26
7.2: Sección Klebsiella sp………………………………………………………………………36
8. DISCUSION…………………………………………………………………….....................47
9. CONCLUSIONES…………………………………………………………………………….57
10. BIBLIOGRAFÍA………………………..........................................................................58
ANEXO 1. FORMATO DE RECOLECCIÓN DE MUESTRAS…………………………….70
ANEXO 2. ALGORITMO DE TRABAJO…………………………………………………….73
ANEXO 3. FORMATO RECOLECCIÓN DE DATOS……………………………………….74
ANEXO 4. FASES DEL PROYECTO DE INVESTIGACIÓN EN CURSO Y PROSPECTIVA
A FUTURO……………………………………………………………………………………….751
1. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA
En los últimos 20 años, se ha observado un incremento de la resistencia a los antibióticos
del tipo carbapenémicos por parte de diferentes bacilos Gram negativos tanto
enterobacterias como en bacilos Gram negativos no fermentadores. Actualmente en
Bogotá (Colombia), se tiene un registro aproximado del 14% y 24.3% de resistencia a
carbapenémicos en enterobacterias y Pseudomonas aeruginosa respectivamente, según
los últimos reportes disponibles del grupo para control de la resistencia bacteriana en
Bogotá (GREBO). Dentro de los diferentes mecanismos documentados de resistencia
bacteriana a carbapenémicos por parte de las bacterias Gram negativas, la hidrólisis de
los mismos por medio de la producción carbapenemasas es el más importante
presentando un aumento significativo y documentándose aparición de diferentes tipos de
carbapenemasas con grandes consecuencias. Primero un aumento de la mortalidad en los
pacientes que adquieren infecciones por estos microorganismos; y segundo un aumento
en los costos para el sistema de salud del país dadas las medidas necesarias que se deben
tomar para el control de la expansión de las cepas resistentes. Adicionalmente, la
presencia de carbapenemasas se ha asociado a mayores tiempos de estancia hospitalaria
así como al uso de antibióticos de alto costo con un impacto económico hasta el momento
no cuantificado en nuestro medio. Actualmente se tiene documentada la presencia de este
mecanismo de resistencia en la ciudad, pero se desconoce la frecuencia y distribución
entre los diferentes tipos de carbapenemasas, por esta razón se genera la incógnita
respecto a cuál es el comportamiento de las carbapenemasas en los hospitales de la
ciudad de Bogotá.2
2. JUSTIFICACIÓN
La resistencia bacteriana es un problema de salud pública, con reportes diarios de aumento
de la mortalidad en pacientes que cursan con infecciones secundarias a microorganismos
multirresistentes y panresistentes; con alta capacidad de diseminación documentándose
brotes y epidemias. En la actualidad se desconocen estudios que describan la
epidemiología de las carbapenemasas en la ciudad de Bogotá. Es necesario realizar un
estudio que resuelva esta incógnita dado el alto impacto que tendría el determinar el estado
actual, y la comparación en estudios subsecuentes, lo cual facilitaría conocer la evolución
de ésta en el tiempo así como el impacto de intervenciones dirigidas al control de pacientes
infectados o colonizados.
2.1 Pregunta Investigación
¿Cuál es la prevalencia y distribución desde el punto de vista molecular de las
diferentes carbapenemasas en la ciudad de Bogotá?3
3. ESTADO DEL ARTE
3.1 Introducción
En las últimas décadas, se ha presentado un aumento importante en la prevalencia de
infecciones por microorganismos Gram negativos fermentadores y no fermentadores
multirresistentes y panresistentes (1,2) con impacto negativo en la mortalidad pues el
tratamiento antibiótico empírico no cubre de forma rutinaria este tipo de microorganismos
(1). Desde 1996 cuando se documentó el primer caso de infección por Klebsiella
pneumoniae productora de carbapenemasas (KPC) en el mundo en una cepa aislada en
un hospital de Carolina del Norte (Estados Unidos) (3), se ha documentado una expansión
en el número de casos debido a la facilidad que tienen de transmitirse por medio de
plásmidos entre diferentes Enterobacterias (4). En la actualidad en países como Argentina,
Brasil, Chile, Venezuela y México se ha detectado un aumento en los casos e incluso ha
sido causa de brotes por estos microorganismos productores de carbapenemasas pues
las medidas tomadas contra la expansión han demostrado ser insuficientes (5).
Las enzimas betalactamasas tipo carbapenemasas son capaces de hidrolizar e inactivar
los carbapenémicos; antibióticos bactericidas de mayor espectro antibacteriano y por tanto
de un gran valor para las instituciones de salud pues permiten tratar un amplio número de
infecciones causadas por diversos microorganismos resistentes a la mayoría de
medicamentos de primera y segunda línea. Cuando hay falla al tratamiento con este grupo
antibiótico, el arsenal terapéutico restante se limita en forma significativa. Los
carbapenémicos ejercen su acción al igual que los demás betalactámicos uniéndose a las
proteínas de unión a penicilina (PBP) e impidiendo la síntesis de la pared bacteriana.
3.2 Clasificación de Carbapenemasas
Las carbapenemasas se clasifican en 3 clases principales (tabla 1) según la clasificación
estructural de Ambler, (Clase A, B y D). Las de clase A son enzimas que requieren la
presencia de residuos de serina para que puedan hidrolizar los carbapenémicos razón por
la cual se llaman serinproteasas; mientras que las enzimas tipo B requieren la presencia
de zinc para que puedan ejercer su efecto y son conocidas como metalobetalactamasas.4
Por último el grupo D, no requiere de ningún cofactor y puede hidrolizar diferentes grupos
de betalactámicos; se conocen como oxacilinasas. Las carbapenemasas del tipo KPC
pertenecen a la clase A y desde su descubrimiento han aparecido diferentes tipos de esta
enzima debido a mutaciones en los genes responsables de su expresión, con el pasar de
los años se han descubierto nuevas mutaciones en otros tipos de enzimas dando una gran
diversidad.
Tipo A Hidroliza un grupo amplio de Ej: KPC- ST 258, GES,
antibióticos betalactámicos; SME, NMC, IMI).
incluyendo aztreonam. Son inhibidas
por el ácido borónico.
Tipo B Metalobetalactamasa. Resistente a la Ej: VIM, SPM, IMP, NDM
mayoría de inhibidores de
Betalactamasa, pero no tiene actividad
hidrolítica contra aztreonam. Son
inhibidas por agentes quelantes como
EDTA, ácido mercaptoacético “SMA”,
ácido mercaptopropionico “MPA”
Tipo D Tienen un perfil de hidrólisis variable. Ej: OXA-48, OXA-23, OXA-
No son inhibidos por ácido clavulánico 24, OXA-51, OXA-58, OXA-
y EDTA 143, OXA-235
Tabla 1. Se muestra la forma como se pueden identificar por patrones fenotípicos las
clases de carbapenemasas (6).
3.3 Reseña histórica
En el 2005 en Colombia se documentó la presencia de Klebsiella pneumoniae productor
de carbapenemasa (KPC-2), y se evidenció que pertenecía a la cepa de mayor extensión
en el mundo ST-258 (mismo clon a las presentadas en una epidemia en Israel) (7). A partir
de ese momento, se documentó un aumento en la resistencia a carbapenémicos, con
frecuencias que oscilan hasta el 14% en algunos hospitales de Bogotá (extrapolado de la
detección de resistencia a carbapenémicos – meropenem e imipenem en los reportes del5
Grupo Para el Control de la Resistencia Bacteriana en Bogotá (GREBO) (8). Un estudio
colombiano en siete ciudades con aislamientos de cepas de Klebsiella pneumoniae KPC
detectó una prevalencia de KPC 2 del 59% y KPC 3 del 41%. (9) Se considera a Colombia
en la actualidad endémica para KPC, VIM, OXA 23, por lo cual es prioritario implementar
en los hospitales medidas encaminadas a controlar y evitar infecciones por
microorganismos que expresan este mecanismo de resistencia. El no control de los
mismos representa un impacto negativo desde múltiples perspectivas en torno al sistema
de salud: implica altos costos para el sistema secundario al aumento de estancia
hospitalaria puesto que este tipo de infecciones requieren tiempos más prolongado de
antibioticoterapia. De igual forma aumenta los costos por el uso de antibióticos de rescate,
y por otro lado deterioran la calidad y oportunidad de atención de los pacientes debido al
cierre de unidades donde se presentan brotes. Por último la presencia de estas cepas
representa un riesgo en general para la población de la institución de salud comprometida.
En Colombia se han documentado diferentes tipos de carbapenemasas (KPC, VIM, NMD,
NMC-A, IMP, OXA-23 y OXA-72) (5), y este país ha sido en múltiples ocasiones el primero
en documentar mecanismos de resistencia específicos a carbapenémicos; es así como en
el 2007 se documentó la presencia de KPC en Pseudomonas aeruginosa (10). Las
infecciones por parte de enterobacterias y bacilos Gram negativos no fermentadores
productores de carbapenemasa tipo KPC-2 traen consigo una mayor mortalidad; esto ha
sido demostrado en un estudio en el cual la mortalidad de microrganismo productor
comparada contra microorganismo no productor de esta enzima fue de 32.3 % vs 9.9%
respectivamente OR 3.6 (IC 95% 1.87 – 6.91) p <0.001 (11). Este aumento de la
mortalidad también se ha documentado en infección por P. aeruginosa productora de
carbapenemasa tipo metalobetalactamasa con tasa de mortalidad general de 17.3 por
1000 pacientes día vs 11.8 por 1000 pacientes día en infección por P. aeruginosa no
productora, con un RR significativo de1.55 (IC95% 1.06 – 2.27) indicando que la presencia
de carbapenemasas aumentó la mortalidad en este estudio (12). En relación al tipo de
carbapenemasa se documentó en el 2004 la presencia de P. aeruginosa productora de
VIM-8 en la ciudad de Cali (13), en el 2006 se documentó VIM 2 (14); y en el 2011 se
describió en un paciente pediátrico la infección por K. pneumoniae productor de VIM 24
(15). Por otra parte en el 2012 se describió la presencia de 2 diferentes carbapenemasas
en la misma bacteria (K. pneumoniae productoras de KPC y VIM) (16). Otro tipo de6
metalobetalactamasa documentada en Colombia es la NMD la cual se describió en el 2013
en 6 pacientes pediátricos infectados por K. pneumoniae; cuyo estudio molecular
documentó una secuencia diferente a las descritas anteriormente (17).
Las carbapenemasas tipo D también han sido descritas en el país. En Calí se detectó la
presencia de carbapenemasa tipo OXA-23 y OXA-51 en 66 cepas de Acinetobacter
baumannii resistente a carbapenémicos (18), posteriormente en el 2012 se describió por
primera vez en Colombia la presencia de OXA -72 en A. baumannii (19). En el 2015 se
describieron en 13 pacientes con infección de tejidos blandos y ostemielitis la presencia de
A. baumannii productor de OXA-51 (20). El hecho de tener diversos aislamientos en
distintas ciudades pone de manifiesto la expansión de estos mecanismos en todo el
territorio nacional.
3.4 Panorama general
Se observa como en Colombia se han documentado diferentes tipos de carbapenemasas
y con una frecuencia cada vez mayor, es así como el reporte del Instituto Nacional de Salud
del programa de vigilancia por laboratorio de resistencia bacteriana de infecciones
asociadas a la atención en salud (IAAS) entre el año 2012-2014 (21) indica que en
Colombia los microorganismos que más producen carbapenemasas en orden de
frecuencia son Pseudomonas sp., Klebsiella sp., Enterobacter sp., Escherichia coli,
Acinetobacter sp, Providencia rettgeri y Citrobacter sp. Los tipos de carbapenemasas más
frecuentes en enterobacterias fueron KPC, VIM, NDM y la combinación KPC + VIM;
mientras que para Pseudomonas sp., el más frecuente es VIM seguido de KPC y la
combinación KPC +VIM. En Acinetobacter sp. la carbapenemasa más frecuente fue OXA-
23 presentando ocasionalmente producción de KPC, NDM y la combinación de OXA-23
+KPC, NDM +OXA-23 y OXA-24+OXA-143(21). Para Bogotá puntualmente, se tiene como
microorganismo con mayor tasa de resistencia a carbapenémicos registrada al
Acinetobacter baumanii con resistencias reportada alrededor del 50%, seguidos en
frecuencia por Pseudomonas aeruginosa y en tercer lugar a especies de Klebsiella
(Klebsiella sp). Ver tabla 2.7
Tabla 2. Frecuencia de resistencia a carbapenémicos por especie de bacterias. Reporte
Microorganismo Número aislamientos Meropenem Imipenem Ertapenem
Klebsiella sp. 2368 16,80% 21,20% 14%
Escherichia coli 9356 0,40% 0,70% 0,20%
Enterobacter sp 587 5,30% 5,70% 5,60%
Pseudomonas aeruginosa 1376 24,30% 33%
Acinetobacter baumannii 205 58,00% 53,50%
Grupo GREBO 1er semestre 2015. Datos facilitados por la Dra. Aura lucia Leal Castro.
Respecto a los microrganismos que se estudiaron en el presente proyecto, Klebsiella sp.
representa un grupo de bacterias con gran poder infectante, siendo Klebsiella pneumoniae
el responsable del 70% de las infecciones por parte de este género (22). Se ha
documentado que este microorganismo coloniza el tracto gastrointestinal, genitourinario,
respiratorio y la piel, facilitando que sea unos de los causales más frecuentes de
infecciones adquiridas en la comunidad. A partir del año 2000 se observó un cambio en la
susceptibilidad antibiótica de este microorganismo, documentándose resistencia de hasta
el 80% a los antibióticos de primera línea (Cefalosporinas, fluoroquinolonas y
aminoglucosidos) (23-24). Es así como en el 2014 la organización mundial para la salud
declaró los riesgos de la resistencia a los antibióticos y mencionó la aparición de
microorganismos resistentes a las últimas líneas de tratamiento entre las cuales se
incluyen los carbapenémicos (25). Al respecto, se mencionó a Klebsiella pneumoniae como
el principal y más frecuente microorganismo causante de infecciones intrahospitalarias en
el mundo en este último aspecto (25). Diferentes estudios han demostrado la producción
de carbapenemasas como mecanismos de resistencia, asociado además a la disminución
de la permeabilidad al medicamento por medio de porinas. En relación al tipo de enzimas
se ha descrito la presencia de KPC 2 y KPC 3 y GES-5 (26), producción de
metalobetalactamasas tipo NDM-1, IMP, VIM (27) y oxacilinasas tipo OXA-48 OXA-181
OXA-204 y OXA-232 (28). La resistencia mediada por carbapenemasas en K. pneumoniae
está dispersa por todo el mundo, siendo el más importante y frecuente KPC con la cepa
ST258 que se ha descrito tanto en las américas como en el viejo mundo (29).8
En Colombia, según datos del Instituto Nacional de Salud se encontró que Klebsiella
pneumoniae tenía como mecanismo de resistencia más prevalente la producción de KPC
emulando la tendencia a nivel mundial, pero también se documentó la presencia de
metalobetalactamasas y la coproducción de KPC con NDM (21). En Bogotá no existe
información general sobre la frecuencia y los tipos de carbapenemasas que produce
Klebsiella sp, mas alla de la experiencia documentada en algunos centros hospitalarios en
forma aislada, es por esta razón que se considera necesario determinar la prevalencia de
este tipo de resistencia dado el valor epidemiológico que tiene.
Respecto a Pseudomonas aeruginosa, la resistencia a múltiples antimicrobianos en cepas
pertenecientes a éste género es un evento cada vez más frecuente, la identificación
oportuna y comprensión de los mecanismos de resistencia es elemental en la optimización
de la antibioticoterapia. Las cepas de Pseudomonas aeruginosa cuentan con una amplia
distribución ecológica, encontrándose presente en material orgánico, superficies cutáneas
e instrumental médico (30). La tasa de resistencia a carbapenémicos entre cepas de P.
aeruginosa ha mostrado una tendencia al aumento en los últimos años debido a la difusión
y amplio uso de estos medicamentos en diversos escenarios hospitalarios, conllevando a
la selección de cepas resistentes (31). Lo anterior plantea un escenario alarmante
considerando que los carbapenémicos constituyen una de las opciones finales de
tratamiento para P. aeruginosa en términos de escalonamiento antibiótico (31). En el caso
puntual del meropenem, se han descrito niveles de resistencia tan altos hasta del 46%(32).
P. aeruginosa posee una amplia gama de mecanismos de resistencia que le confieren
multirresistencia, entre ellos las bombas de expulsión que pueden ser selectivas,
modificación del sitio blanco, ausencia porinas y la presencia de betalactamasas. La
resistencia a carbapenémicos en P. aeruginosa está mediada principalmente por ausencia
de porinas responsables del ingreso del medicamento al interior de la bacteria (OprD) (33)
y en menor frecuencia por presencia de carbapenemasas, entre las cuales expresa
principalmente metalobetalactamasas (clase B), ver tabla 3. VIM-2 corresponde
actualmente a la metalobetalactamasa más difundida entre P. aeruginosa (34), dentro del
amplio y heterogéneo rango de las oxacilinasas pertenecientes a la clase D, solo OXA 40
y 198 han mostrado espectro anti carbapenémico (35). En Colombia se ha identificado
previamente la presencia de KPC-2 en aislamientos P. aeruginosa (10), sin embargo la9
distribución molecular para las diferentes carbapenemasas en esta especie bacteriana no
ha sido caracterizada en la ciudad de Bogotá. Por ende se desconoce también qué peso
tiene el mecanismo mediado por porinas en la resistencia a carbapenémicos en nuestro
medio.
P. aeruginosa es uno de los patógenos oportunistas más importantes y por su ubicuidad
en el ambiente es un agente frecuente en infecciones nosocomiales tanto del sistema
respiratorio como urinario, además es el principal germen involucrado en la infección
pulmonar crónica de pacientes con fibrosis quística así como en la infección de pacientes
quemados (36). En general, la tasa de susceptibilidad a carbapenémicos varía en amplio
rango en distintos escenarios a nivel mundial, lo más prudente es conocer la tasa de
resistencia local para dirigir la antibioticoterapia inicial empírica en espera del antibiograma
rutinario ya sea para redireccionar o dejar la misma terapia.
Tabla 3. Carbapenemasas encontradas en los géneros Klebsiella pneumoniae y
Pseudomona aeruginosa (2,26-28)
Tipos de Klebsiella sp. Pseudomona aeruginosa
Carbapenemasas KPC 2 y KPC 3 KPC 2 y 5
Clase A GES-5 Clase A GES 2,5 y 18
NDM-1 IMP- 32 variantes
Clase B IMP Clase B VIM- 23 variantes
VIM SPM-1 (brasil y suiza)
GIM-1
NDM-1
FIM-1
Clase D OXA-48,181, Clase D Oxa 40, 198
204 y 232
3.5 Diagnóstico y detección de carbapenemasas
Para detectar la presencia de carbapenemasas es necesario tener en cuenta los
lineamientos establecidos por los comités de CLSI (Clinical and Laboratory Standards10
Institute) y EUCAST (European Committee on Antimicrobial Suceptibility Testing) en
relación a las diferentes pruebas que se pueden realizar con el objetivo de detectar la
presencia de carbapenemasas y clasificarlas (29). La detección de la resistencia a
carbapenémicos no siempre es sencilla, en especial porque para evaluar un patrón
completo de susceptibilidad es necesario no solo evaluar la expresión de carbapenemasas
sino que también los defectos de pared celular como la ausencia de porinas que también
son responsables de la resistencia a carbapenémicos. La presencia de carbapenemasas
puede no resultar en resistencia completa sino en valores de concentración inhibitoria
mímina (CIM) intermedios que a su vez varían cuantitativamente día a día impidiendo
obtener un resultado concreto. La detección mediante métodos automatizados varía
ampliamente en cuanto a sus resultados reflejando los patrones de susceptibilidad a
meropenem e imipenem desde un 7- 87% (37).
Sin embargo y pese a estas limitaciones, según los lineamientos prescritos, el primer paso
para alertarnos sobre la presencia de este mecanismo de resistencia es el aumento de las
CIM para este grupo de antibióticos, en especial la de meropenem la cual tiene mejor
sensibilidad y especificidad que ertapenem, en este caso imipenem no es útil dado que un
aumento considerable en la CIM para este antibiótico sugiere más la presencia de bombas
de expulsión o la alteración de la porina OprD (38). En los últimos años se ha recomendado
usar como marcador la resistencia a temocilin y piperacilina tazobactam para sospechar la
presencia de carbapenemasa tipo OXA-48 cuando se asocia a resistencia de
carbapenémicos con una buena sensibilidad pero con una especificidad aún en estudio
(39). Por otra parte se ha recomendado el uso de discos de faropenem 10 µg para detectar
la presencia de OXA-48 con una sensibilidad 99% y especificidad 94% (40). Una vez se
documente esto es necesario la realización de pruebas que nos confirmen la presencia de
carbapenemasas, se han descrito diferentes pruebas fenotípicas, pero en el momento una
de las más utilizadas, con un buen rendimiento y económica es la prueba de Hodge
modificada que en las últimas décadas ha estado relegada a la detección de KPC, debido
a que estudios posteriores demostraron baja sensibilidad para detectar
metalobetalactamasas (41).
El test modificado de Hodge consiste en demostrar el crecimiento de un microorganismo
susceptible a carbapenémicos (cepa control) alrededor de una bacteria en estudio11
sospechosa de producir carbapenemasas. Las enzimas carbapenemasas en caso de estar
presentes atraviesan por difusión un medio de cultivo con una concentración estándar de
carbapenémico contenido en disco y favorecen el crecimiento de la cepa control alrededor
del microorganismo en estudio.
Para la detección de metalobetalactamasas (MBL) se utilizan pruebas con discos que
contengan una molécula inhibidora quelante de metales como es el ácido
etilendiaminotetraacético (EDTA) con el objetivo de inactivar la enzima por medio de la
alteración hidroelectrolítica en la presencia de metales como el Zinc (Zn), de esta manera
al comparar el efecto de un disco de antibiótico que tuviera la molécula quelante en
comparación a la que estuviera sin la molécula (prueba de doble disco), se observarían
diferencias significativas en el crecimiento bacteriano (42). Adicionalmente esta prueba se
trasladó al uso de E-test utilizando como marcadores imipenem e imipenem + EDTA, los
cuales posteriormente se modificaron estableciendo el uso de meropenem debido a una
mayor sensibilidad y especificidad en detectar producciones bajas de carbapenemasas
tipo metalobetalactamasas con este último marcador. En Bogotá el Instituto Nacional de
Salud recomienda realizar prueba de sinergismo con doble agente quelante, usando ácido
etilendiaminotetraacético (EDTA) más Ácido mercaptoacético de sodio (SMA)
Para la identificación de KPC (clase A), se utilizan pruebas basadas en la utilización del
ácido borónico (43) y sus derivados 3- ácido fenilborónico (ABPA) y ácido fenilborónico
(BPA) como inhibidores de la betalactamasa tipo KPC; de esta misma forma utilizando el
principio para la detección de metalobetalactamasas (prueba de doble disco) usando como
marcador imipenem o meropenem (este último con un mejor rendimiento), se logra detectar
KPC con una buena sensibilidad, pero su especificidad se ve reducida puesto que esta
prueba puede arrojar un falso positivo debido a la hiperproducción de betalactamasa tipo
AmpC (ABPA inhibe AmpC) y disminución de porinas (43, 44) razón por la cual se
recomienda el uso adicional de cloxacilina para inactivar a las cefalosporinasas (45).
Debido a la aparición de microorganismos capaces de expresar más de una betalactamasa
al mismo tiempo (serin proteasa + metalobetalactamasas), los métodos descritos
previamente darían una alto número de resultados falsos negativos pues cada método
estaría enfocado en la detección de una clase determinada de carbapenemasa. Por esta12
razón desde el 2010 se describen técnicas con el objetivo de lograr detectarlos; es así
como se combinan las pruebas de identificación con EDTA para metalobetalactamasa y
ácido borónico y sus derivados (BPA- ABPA) para KPC en antibióticos como meropenem
(mejor rendimiento) y cloxacilina, el resultado fue un alta especificidad y baja sensibilidad
para detección de KPC/MBL (46,47). En relación a la detección de oxacilinasas, en el
momento no existe una prueba fenotípica con un buen rendimiento que permita detectarla
(39).
En la última década han aparecidos los métodos moleculares como gold estándar en la
detección de genes causante de la producción de carbapenemasas, la mayoría de estas
pruebas están basadas en reacción en cadena de la polimerasa (PCR por sus siglas en
ingles), permitiendo identificar diferentes tipos de genes y además establecer según la
técnica (electroforesis) si están localizadas en plásmidos o en cromosomas; estas pruebas
tiene una gran ventaja, los resultados son rápidos (4 – 6 horas) en comparación a pruebas
fenotípicas (24 – 48 horas), manteniendo una sensibilidad y especificidad alta y logrando
detección de genes que producen carbapenemasa tipo OXA (48,49). Actualmente el set
de PCR multiplex permite la detección de diferentes carbapenemasas (IMP, VIM, GIM, SIM
NMD, OXA, KPC) y en el 2011 se amplió la detección de esta PCR a cefalosporinasas tipo
AmpC plasmídicas, (ACC, ACT, DHA, CMY, FOX, LAT, MIR y MOX)
metalobetalactamasas (IMI, SME y NMC-A) y OXA (23, 24, 51, 58 y 143) (50,51). Las
técnicas de PCR han evolucionado y mejorando el tiempo de detección e identificación de
estos genes; es así como PCR en tiempo real mejora la detección a 2 – 3 horas con una
sensibilidad y especificidad del 100% (52); y posteriormente aparece la detección
simultánea de diferentes genes de carbapenemasas como KPC, Metalobetalactamasas y
OXA por medio de micro arreglos con una alta sensibilidad y especificidad pero solo
validadas para toma en hemocultivos (53).
Actualmente se dispone de pruebas directas novedosas para detectar actividad de
carbapenemasas, razón por la cual se sugiere deberían ser utilizadas en todos los
laboratorios de referencias dado su gran utilidad clínica. Dentro de los diferentes métodos,
el primero con el que se cuenta es el colorimétrico, consiste en la detección de la hidrólisis
de los betalactámicos por medio de reacciones químicas que ocasionan el cambio de color
del agar donde está creciendo el microorganismo (54). Uno de los más conocidos es el13
CarbaNp, en el cual la base es fenol rojo, sulfato de Zinc e imipenem, la presencia de la
carbapenemasa hace que haya un cambio de rojo a amarillo en el cultivo, observando la
positividad de esta prueba frente a carbapenemasas tipo A, B y D (54), con posterior
validación en hemocultivos utilizando además infusión de corazón-cerebro, con un
rendimiento igual y reduciendo el tiempo de detección de 24 horas a 3-5 horas. El
rendimiento de CarbaNp es bueno para detectar betalactamasas tipo A y B, pero estudios
posteriores determinaron que en la detección de carbapenemasas tipo D su rendimiento
era muy bajo documentándose una mayor tasa de falsos negativos (55). Desde el 2013
se dispone Blue-carba como una prueba bioquímica fácil de realizar con un rendimiento
similar a CarbaNp (56).
Por último la espectrometría de masas aparece como un método revolucionario,
permitiendo detectar actividad hidrolítica per se de las carbapenemasas, ha sido adaptada
para la detección de los diferentes tipos, siendo útil para las carbapenemasa tipo OXA; el
MALDI-TOF con un tiempo de aproximadamente 4 horas permite determinar género y
especie del microorganismo involucrado como la actividad enzimática de la betalactamasa
(57).
3.6 Mecanismos genéticos
Los genes bla-KPC responsables de la expresión de KPC (clase A de Ambler) han sido
identificados en un transposón de aproximadamente 10Kb denominado Tn4401, de
transmisión plasmídica facilitando así la transmisión entre cepas de la misma especie e
interespecie (58), diferente de la transmisión clonal cuando el mecanismo es codificado
cromosómicamente. Aparte de la transmisión plasmídicas, los genes bla-KPC han sido
identificados también en cromosomas, la diferencia entre los KPC radica en cambios
puntuales de unos pocos aminoácidos de su secuencia.
3.7 Integración de los diversos métodos diagnósticos
Para integrar todos estos métodos diagnósticos se ha sugerido el siguiente esquema a
manera de organigrama para sistematizar la detección de carbapenemasas: (59):14
 Detección de MIC elevadas para carbapenémicos en antibiogramas como paso
inicial en las especies bacterianas previamente determinadas.
 Con objetivo clínico se pueden realizar pruebas fenotípicas tipo test de Hodge
modificado y/o prueba de doble disco, así como pruebas colorimétricas como
Carba-Np o Blue carba para detectar actividad de betalactamasas en los
aislamientos derivados del primer paso descrito arriba.
 Con objetivos epidemiológicos se pueden realizar pruebas genotípicas y
moleculares sobre estos aislamientos, para detección de genes de
carbapenemasas así como para determinar tipo específico de carbapenemasa.
 Estudios más complejos como análisis de plásmidos o electroforesis en gel.
 Al no detectar actividad de carbapenemasas, se considerará que la resistencia a
carbapenémicos sea secundaria a otros mecanismos.
Estas pruebas dependen de los recursos y la capacidad de los laboratorios de
investigación. Dado la dinámica tan grande en la expansión de este tipo de resistencia en
el mundo es necesario ampliar estudios sobre la epidemiologia de las carbapenemasas en
diferentes regiones geográficas.15
4. OBJETIVOS
4.1 Objetivo general
 Determinar los tipos y la frecuencia de las distintas carbapenemasas en
aislamientos de Klebsiella sp. y Pseudomonas aeruginosa en hospitales de tercer
nivel de Bogotá.
4.2 Objetivos específicos
 Determinar los tipos de carbapenemasa expresada y cuáles se presentan con
mayor frecuencia, simultáneamente detectando la presencia de co-producción de
las mismas.
 Establecer los tipos de infecciones en los que se aísla la mayor tasa de
microorganismos productores de carbapenemasas.
 Determinar los servicios hospitalarios en los que se aíslan los mayores
microorganismos productores de carbapenemasas.16
5. METODOLOGÍA
5.1 Tipo de estudio
Estudio observacional descriptivo de tipo corte transversal en hospitales de la ciudad de
Bogotá.
5.2. Universo y Población
El universo es el total de pacientes susceptibles de estar infectados o colonizadas por estos
microorganismos Gram negativos en Bogotá D.C; por otra parte la población del presente
estudio corresponde a los aislamientos microbiológicos obtenidos en las instituciones
participantes del presente proyecto.
5.3 Muestra
Muestreo sistemático de cepas Klebsiella sp. y Pseudomonas aeruginosa resistentes a
carbapenémicos aislados en tejidos, orina, sangre y otros líquidos corporales (líquido
ascítico o colecciones intrabdominales, líquido pleural, líquido cefalorraquídeo, secreción
oro traqueal) de pacientes que requieran hospitalización y que cumplan con los criterios de
inclusión.
5.4 Tamaño de la muestra
Con base en los datos suministrados por el grupo GREBO, a partir de la resistencia total a
carbapenémicos del 16% y 24% en Klebsiella sp y Pseudomonas aeruginosa
respectivamente en la ciudad de Bogotá, se calculó un tamaño de muestra significativo
teniendo en cuenta la proporción de estos 2 géneros de bacterias que se estudiarán
respecto a la proporción global de resistencia, usando la siguiente fórmula:17
Z 2 = 1.962 (ya que la seguridad es del 95%)
p = proporción esperada
q = 1 – p
d = precisión (intervalo tolerado)
La muestra a incluir es de 206 aislamientos para Klebsiella sp. y 78 para Pseudomona
aeruginosa.
5.5 Criterios de inclusión
 Aislamientos de Klebsiella sp. o Pseudomonas aeruginosa con MICs altas para
carbapenémicos que indiquen resistencia a estos (acorde apuntos de corte del
CLSI 2015); pertenecientes a pacientes de ambos sexos mayores de 18 años con
criterios de colonización o infección acorde al grupo médico tratante. Se
documentará solamente 1 aislamiento por paciente.
5.6 Criterios de exclusión
 Aislamiento donde el reporte de antibiograma no tenga registro de las MICs a los
carbapenémicos
 No haya correspondencia de especie entre los reportes institucionales y las
pruebas realizadas en el laboratorio de la Universidad Nacional de Colombia
 No disponibilidad de historia clínica completa con los siguientes registros de:
género, edad, sitio de infección, sitio de estancia.18
5.7 Proceso de recolección de muestras y datos.
Los aislamientos que ingresaron al estudio fueron informados al grupo de investigación por
parte del investigador institucional designado en cada una de las instituciones participantes
con el fin de que fueran ingresadas a la base de datos. Adicionalmente, semanalmente los
investigadores se comunicaron telefónicamente con las extensiones correspondientes a
laboratorio clínico de cada institución participante, para hacer la búsqueda activa de las
cepas aisladas que cumplan con los criterios de inclusión. Una vez informadas, se aplicó
el protocolo de recolección y transporte de muestras descrito en el anexo 1
Se elaboraró un formato de recolección de la información en físico donde se consignaron
las variables a analizar en el estudio. Por otra parte los datos de identificación molecular
de las carbapenemasas se obtuveron en el laboratorio de microbiología de la facultad de
medicina de la Universidad Nacional de Colombia sede – Bogotá.
No se realizó ningún contacto con los pacientes a quienes se aislaron los microorganismos
de este estudio; por lo tanto ningún paciente fue sometido a nuevos procedimientos de
toma de muestras tales como venopunción, paso de sonda vesical entre otros. Cada cepa
aislada se replicó y se colocó en los medios de transporte según lo descrito en el protocolo
de recolección de muestras del anexo 1. Cada muestra fue llevada al laboratorio de la
Universidad Nacional de Colombia. A través de éste proceso de replicación, se garantizó
que la cepa original nunca saliera del laboratorio de cada institución y así no alterar el
cepario que cada institución. Adicionalmente los resultados de análisis de cada cepa
aislada no generaron ninguna modificación terapéutica respecto al tratamiento actual de
cada paciente. Al trabajarse directamente sobre los microrganismos bacterianos aislados,
no se realizó ninguna intervención ni alteración de las variables biológicas, fisiológicas
psicológicas o sociales de los individuos cuyos aislamientos participaron en el estudio. Ante
esta perspectiva, no se requirió consentimiento informado, acorde a lo establecido en el
parágrafo del artículo 11 de la resolución 8430 de 1993.19
5.8 Instrumentos
El instrumento para recolección de datos es un formato elaborado con las variables de
estudio, anexado al final de este proyecto (ver anexo 3).
5.9 Aislamientos microbiológicos y pruebas microbiológicas: intervenciones de
laboratorio microbiológico sobre las muestras aisladas.
Aislamientos bacterianos:
Se recolectaron aislamientos de Klebsiella sp. y Pseudomonas aeruginosa, que cumplieron
los criterios de inclusión. La identificación a nivel de género y especie y el perfil de
sensibilidad a los antimicrobianos se realizó en el laboratorio clínico respectivo de los
hospitales participantes en la ciudad de Bogotá, con sistema automatizado. Las muestras
fueron trasladadas al laboratorio de microbiología de la Universidad Nacional de Colombia,
donde fueron cultivadas nuevamente para garantizar su veracidad antes de aplicárseles
las pruebas fenotípicas y moleculares. En aquellos aislamientos que no fueron
susceptibles a por lo menos a uno de los carbapenémicos evaluados (imipenem,
meropenem, ertapenem o doripenem) según puntos de corte del CLSI, se realizó la
detección fenotípica de carbapenemasas por medio del test modificado de Hodge, test
ácido borónico, test EDTA, mCIM y CarbaNP (59,91). Los aislamientos positivos para
carbapenemasas se criopreservaron en skim milk al 20% a -70°C.
Extracción de ADN
El ADN de los aislamientos se obtuvo por lisis celular a partir de colonias bacterianas
frescas de un cultivo en agar BHI, suspendidas en 100 µL de agua destilada estéril y
llevadas a calentamiento hasta ebullición por 10 minutos.
Detección de genes codificantes de carbapenemasas
La detección de genes codificantes de carbapenemasas se realizó por PCR usando
iniciadores específicos para blaKPC (60), blaVIM , blaIMP (61) , blaGES blaOXA-48 y20
blaNDM (62) Las condiciones de amplificación usadas fueron: desnaturalización inicial a
95 °C por 5 minutos, 35 ciclos a 95 °C por 30 segundos, anillamiento a 58°C por 30
segundos (multiplex KPC, GES, VIM), 58°C (OXA-48) y 57°C (NDM) por 45 segundos y
extensión 72 °C por un minuto y una extensión final a 72 °C por 10 minutos, las reacciones
de PCR se realizaron en el termociclador iCycler® de Bio-Rad. Los productos de
amplificación se visualizaron en geles de agarosa al 1.2%, teñidos con bromuro de etidio
(0,5µg/mL).
5.10 Variables para recolección de datos y definición (Tabla 4)
Variable Definición Tipo Nivel operativo
Código de Código asignado a cada muestra  Desde 01 hasta
aislamiento a cargo de los investigadores Numérico 284
Número de Corresponde a la identificación  Número de
Documento del paciente Numérico cédula del
paciente
Confirmación Determinar por medio de Nominal  Si
fenotípica de pruebas fenotípicos (Hodge  No
producción de modificado, prueba de doble
carbapenemasas disco ó CarbaNP) la presencia de
por carbapenemasas tipo A o B
CarbaNP, test de
hodge modificado
o por prueba de
doble disco.
 KPC
Tipo de Por medio de métodos Nominal  GES
Carbapenemasa moleculares determinar  VIM
expresada específicamente el tipo de  IMP
carbapenemasas que expresa el
 NMD
microorganismo recolectado.
 OXA-48
 Klebsiella sp:
Microrganismo Por medio métodos cultivo Nominal
aislado automatizado K. pneumoniae, oxytoca,
granulomatis, mobilis,
entre otras según el
aislamiento específico
 Pseudomona
aeruginosa
Centros hospitalarios
Procedencia de la Institución donde se aisló la Nominal -Hospital Universitario
Muestra bacteria productora de Clínica San Rafael
carbapenemasa21
-Hospital Militar Central
de Bogotá
- Unidad de Servicios de
Salud Occidente de
Kennedy
-Hospital Santa Clara
E.S.E
-Fundación Santafé de
Bogotá
-Hospital Universitario
San Ignacio
-Hospital Central de la
Policía
-Fundación
Cardioinfantil
- Clínica Fundadores
-Hospital Universitario
Nacional de Colombia
Cursa con proceso Según criterio del grupo médico Nominal
 Si
infeccioso activo tratante, se encuentra con
 No (colonizado)
infección activa o colonización
 Respiratorio
Origen de la Órgano específico o sistema Nominal  Urinario
infección comprometido por proceso  Sangre
infeccioso de donde se sospecha  Piel y tejidos
es el origen del bacilo gram blandos
negativo que se aisló
 Sistema
Nervioso
Central
 Gastrointestinal
 Ógano
específico
 Sangre
Origen de la Sitio anatómico o fluido corporal Nominal  Orina
muestra de donde se aisló la muestra  Esputo
 Colección
 LCR
 Dispotivo:cual
 Urgencias
Servicio Tratante Servicio Hospitalario donde se Nominal  Medicina Interna
tomó la muestra  Quirúrgicas
 UCI
 Otros
 Masculino
Género paciente Corresponde al género del Nominal  Femenino
paciente de la muestra aislada
 Nro. De años
Edad Nominal22
Edad numérica del paciente de la
muestra aislada
 Dia/mes/año
Fecha de ingreso y Corresponde a la fecha en que Nominal
fecha de ingresó el paciente a la
aislamiento institución y la fecha en la cual se
sacó la muestra aislada.
Muestra tomada Hace referencia al hecho de que Nominal  Si
más de 48 horas la muestra se haya obtenido del  No
desde el paciente antes o después de 48
ingreso? horas del mismo ingresar a la
institución. Puntualmente
menciona si el paciente fue
intervenido para la toma de la
muestra antes o después de este
periodo.
En el caso de pacientes remitidos
de otras instituciones, el tiempo 0
será el momento en el que
ingresan a alguna de las
instituciones de tercer nivel
participantes en el presente
estudio. Lo anterior basado en
que el punto que interesa es
caracterizar es si la cepa
pertenece o no a la institución
incluida en el estudio, y no
interesa determinar si es
comunitaria o no puesto que no
es uno de los objetivos del
proyecto.
5.11 Plan de análisis estadístico: (referencias 63,64)
Las variables se presentaron en forma de números absolutos y porcentajes, demostrados
mediante tablas de registro, así como gráficos circulares y pictogramas para facilitar la
interpretación visual de resultados. La prevalencia de carbapenemasas será medida
mediante prueba de prevalencia puntual.
Considerando las características de las variables, aquellas de tipo cualitativo
específicamente las categóricas de denominación binaria, permitirán medir resultados
específicos en términos de frecuencia, presentándose en tablas de contingencia para23
poder hacer comparativos de proporción de los resultados a la luz de las variables
estudiadas.
Se presentaron además los datos de los tipos de infecciones en los que se aísla una mayor
tasa de microorganismos productores de carbapenemasas. Finalmente, se realizó un
análisis estratificado según el tipo de servicio hospitalario en el cual se aísle el
microorganismo. Adiconalmente se realizaron pruebas de concordancia entre resultados
de las pruebas moleculares con al menos 1 prueba fenotípica para evaluar cuan acordes
eran los resultados entre prueba fenotípicas y los resultados de las PCR.
Fundamentalmente, no se están evaluando hipótesis ni grupos comparativos, por lo cual
las medidas de evaluación de hipótesis como t-test no aplicaron en este caso.
5.12 Financiamiento
A través del Sistema de Información Hermes, se participó en la convocatoria con el fin de
obtener recursos para el desarrollo de este trabajo de investigación. El proyecto fue
seleccionado como beneficiario de apoyo económico por un valor de $25.000.000 COL.
Los cuales se destinaron en su totalidad a la adquisicion de todos los recursos estipulados
en el presupuesto, el presupuesto fue aprobado en Noviembre de 2016.24
6. CONSIDERACIONES ÉTICAS
De acuerdo a la resolución 8430 de 1993 del Ministerio de la Protección Social de
Colombia, con base en el artículo 11 de la misma, se dispone a clasificar el tipo de riesgo
de presente estudio. El presente estudio constituye una investigación sin riesgo para el
paciente, toda vez que la información recolectada será a través de muestreo por
conveniencia sin exponer al paciente a procedimientos adicionales para la obtención de
las muestras correspondientes. Se trabajará directamente sobre los microrganismos
aislados, no se realizará ninguna intervención ni modificación de las variables biológicas,
fisiológicas psicológicas o sociales de los individuos que participan en el estudio. Por lo
anteriormente expuesto no se requiere de consentimiento informado acorde a lo
establecido en el parágrafo del artículo 11 de la resolución 8430 de 1993. Se considera en
este caso que existe un consentimiento surrogado una vez aprobado el proyecto por el
comité de ética de cada institución.
En el capítulo 4 de la presente resolución, se tratan los temas respecto a la investigación
con Microorganismo patógenos. Al respecto se contará con el apoyo de personal idóneo
en el área de laboratorio microbiológico con la pericia y preparación académica adecuada
para los procesos relacionados con recolección y procesamiento de los microrganismos
involucrados. Se seleccionarán las prácticas microbiológicas idóneas para conservación,
transporte, almacenamiento y manipulación de las cepas recolectadas, instruyendo al
personal participante sobre estos aspectos y garantizando siempre las prácticas de
bioseguridad, lo mismo que los elementos de protección pertinentes. Se cuenta con el
laboratorio de microbiología de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional de
Colombia el cual cuenta con todas las disposiciones de habilitación dispuestas por los
entes gubernamentales de control.
Conforme a las normas establecidas internacionalmente en la declaración de Helsinki de
la Asociación Médica Mundial actualizada en el 2013, se cuenta con que el presente
estudio se acopla a los lineamientos de:25
 Respeto por las personas, toda vez que la intervención, como se había
mencionado anteriormente es sobre los microorganismo aislados y no sobre los
pacientes.
 Se preserva la confidencialidad de la información de las personas cuyos datos
participaron en el estudio con manejo de la base de datos exclusivo por los
investigadores, sin incluir en la base de datos nombres u otros datos personales.
 Beneficencia, teniendo en cuenta que nuestro estudio no hace daño a los
participantes; y por otro lado, aporta al conocimiento que arroje la investigación en
términos de conocer la distribución de los patrones de resistencia para la
planeación a futuro de estrategias de control de este tipo de microrganismos
resistentes.
 Justicia, refiriéndonos al trato confidencialidad de los datos del estudio y la equidad
en dar a conocer los aportes de este estudio a la población general.
 Difusión, los resultados obtenidos del presente estudio se publicarán a manera de
proyecto de tesis, e igualmente se realizará un manuscrito con los resultados para
permitir la difusión de los mimos en revistas de referencia médica.
 Como investigadores aclaramos que no tenemos ningún interés particular de
beneficiar a una empresa o algún estamento del sistema de salud, la realización
de esta investigación tiene fines netamente científicos. Los hospitales donde se
recolectará la información no tienen ninguna injerencia en el manejo de los datos
ni los resultados, ni tampoco recibirán prebendas de ninguna índole por ser
incluidos en el proyecto.
 Se realizó una carta a las instituciones participantes para la aprobación del
proyecto con las condiciones establecidas.
Los autores de este proyecto declaramos que todos hemos contribuido intelectualmente
en su elaboración, y que hemos aprobado la versión final de este.26
7. RESULTADOS
Los resultados presentados en el presente proyecto corresponden a los resultados
parciales toda vez que el reporte final con el total de muestras planeadas será presentado
en una segunda parte del proyecto a cargo de otro estudiante de la línea de investigación,
perteneciente al posgrado de Infectología. En el presente informe se incluye un 60% de la
meustra calculada.
9.1 Sección Pseudomonas aeruginosa
Durante el período Enero – Octubre 2017 se obtuvieron 45 aislamientos de Pseudomonas
aeruginosa resistente a carbapenémicos en las 6 instituciones que aprobaron el proyecto
tanto por el comité de investigación como por el comité de ética. A estas cepas se les
realizaron pruebas fenotípicas para la detección de carbapenemasas y pruebas
moleculares para la determinación de genes de carbapenemasas. De estas 45 muestras,
que correspondieron a 45 pacientes; 68% fueron hombres. En la distribución por
Instituciones se observa que las Instituciones 2 y 4 fueron las que aportaron el mayor
número de cepas (16 y 14 respectivamente) mientras que institución 5 aportó solamente 1
cepa (Tabla 5).
Tabla 5. Distribución de aislamientos por institución de salud
Institución Frecuencia Porcentaje
Institución 1 5 11.1
Institución 2 16 35.6
Institución 3 5 11.1
Institución 4 14 31.1
Institución 5 1 2.2
Institución 6 4 8.9
Total 45 100
El rango de edad de los pacientes fue 40% entre 61 -80 años de edad, y 15% para mayores
de 80 años, mostrando que la mayoría de los aislamientos provenían de pacientes
ancianos. La media de la edad fue de 55.5 años (Tabla 6)27
Tabla 6. Rango de edad.
Edad Muestras Porcentaje
<40 años 11 24.4
40-60 años 9 20.0
61-80 años 18 40.0
>80 años 7 15.6
Total 45 100
En la distribución general por servicios de atención el 44.4% provenían de medicina
Interna, 24.4% de la unidad de cuidados intensivos, 22.2% de Urgencias y solo 8.9% de
servicios Quirúrgicos. Así mismo el 80% de estos aislamientos fueron de pacientes que
llevaban más de 48 horas en la institución lo que implicaría la posibilidad de que el
microorganismo fuese sido adquirido de manera intrahospitalaria mientras que el restante
20% se consideraron que venían de la comunidad; 73% se interpretaron como causantes
de infección, es decir, que el médico tratante le dio valor al aislamiento y hubo un ajuste
del tratamiento antibiótico; mientras que el restante 27% se consideraron colonización por
lo que el médico no cambió su conducta con este aislamiento. Cuando se evaluaron las
muestras a partir de las cuales se obtuvieron estos aislamientos, 33.6% (15 muestras) eran
de colecciones, de las cuales 10 muestras correspondían a muestras de piel y tejidos
blandos mientras otras 2 eran de colecciones intrabdominales y las 3 restantes al no se
especificó de donde fueron tomadas. La segunda muestra más frecuente fue de orina con
12 (26.7%), seguido de esputo con 11 aislamientos (24.4%), sangre 5 (11.1%) y por último
dispositivo intravascular con 2 especímenes (4.4%) (Tabla 7).
Tabla 7. Caracteristicas epidemiológicas
Característica Frecuencia Proporción [IC95%]
Servicio Tratante
Medicina Interna 20 44,4 [30,9-58,2]
UCI 11 24,4 [14,2-38,6]
Urgencias 10 22,2 [12,5-36,2]
Quirúrgicas 4 8,9 [0,3-20,7]
Tiempo
<48hrs 9 20 [10,9-33,8]
>48hrs 36 80 [66,1-89,1]
Infección28
Activa 33 73 [58,9-84]
Origen Muestra
Colección 15 33,3 [21,3-47,9]
Orina 12 26,7 [15,9-41]
Esputo 11 24,4 [14,2-38,6]
Sangre 5 11,1 [0,4-23,5]
Dispositivo 2 4,4 [0,12-14,8]
Al hacer una discriminación de las muestras en relación a los servicios de atención se
encuentra que la colección es la más frecuente tanto en los servicios de medicina interna,
urgencias y quirúrgicas siendo en las 2 primeras de piel y tejidos blandos el proceso
infeccioso relacionado, mientras que en el servicio de quirúrgicas el proceso infeccioso
correspondía al gastrointestinal. En el servicio de medicina interna fue en donde más se
documentaron bacteriemias y en urgencias el mayor número de cepas provenían de
muestras de orina. En unidad de cuidados intensivos las muestras respiratorias fueron las
más frecuentes seguidos de dispositivos, orina y colecciones con igual número de
muestras, así mismo en UCI fue el único servicio que proporcionó los aislamientos de
dispositivos intravascular (2 muestras), 1 en contexto de bacteriemia asociada a dispositivo
y otro como contexto de colonización por cultivo de punta de catéter. Figura 1.
Figura 1. Distribucion de muestras en relación a servicios de atención29
Cuando distribuimos estas 33 cepas en contexto de proceso infeccioso al momento de
toma la muestra, observamos que 30% corresponden a infección de piel y tejidos blandos,
27.3% a infección de vías urinarias, 18.2% a infección respiratoria, con el mismo valor a
bacteriemia 18.2%, y por último con 6% infección de origen gastrointestinal (Figura 2). Al
enfocarnos en infección de vías urinarias que corresponde en total a 9 casos, observamos
que 4 de ellos son de pacientes que se les hizo el aislamiento en las primeras 48 horas del
ingreso. Así mismo en los episodios de infección respiratoria que corresponden a 7 casos,
2 de ellos son de pacientes en quien el aislamiento se hizo en las primeras 48 horas al
ingreso a la institución, indicando la posibilidad de que estos microorganismos se
encuentran en la comunidad.
Figura 2. Diagnósticos infecciosos
33/45
(73%)
17.7% 4.4%
Piel y Tejidos blandos
31.1%
Urinario
17.7%
Respiratorio
26.6%
Bacteremia
Gatrointestinal
Entre las 45 cepas aisladas, a 42 se les realizó pruebas de detección fenotípica de
carbapenemasa EDTA en las instituciones, las 3 en las que no se les realizó estas pruebas
se consideraron para el análisis, ya que el perfil de susceptibilidad en el antibiograma era
sugestivo de presencia de carbapenemasas (Resistencia a ceftazidima, cefepime y las
MICs de imipenem no eran mayores a las de meropenem). De las 45 cepas, se les realizó
las pruebas con EDTA en el laboratorio de la Universidad Nacional a 40, con un resultado
llamativo de baja positividad ya que solo 5 fueron positivas. Este resultado es explicable
con base en los resultados moleculares que se presentarán más adelante. Adicionalmente
a las 45 cepas recolectadas se les realizó CarbaNp, un método colorimétrico que permite30
la detección de hidrólisis de carbapenémicos, al evaluar los resultados se encontró que 35
(77.7%) cepas de las 45 tenían resultados positivos. En relación a los resultados de las
reacciones en cadena de la polimerasa, fueron positivas en 35 (77.7%) de éstas. Al
diferenciar los resultados de la preba molecular encontramos que 25 cepas (55.7%)
expresan únicamente gen blaKPC, mientras otras 6 (15.5%) expresaron únicamente gen
blaVIM y 2 cepas presentaron coproducción de las 2 mencionadas anteriormente
correspondiendo al 4.4%(Tabla 8).
Tabla 8. Distribución de los resultados de PCR.
Tipo de carbapenemasa n % IC95%
KPC 25 55.7 [43,3-71,0]
VIM 6 15.5 [7,7-28,7]
Coproducción (KPC-VIM) 2 4.4 [1,2-14,8]
No carbapenemasa 12 27.7 [12,5-36,2]
Por otra parte la probabilidad de que un aislamiento de Pseudomonas aeruginosa
resistente a carbapenémicos fuera productora de carbapenemasas durante el periodo de
recolección de este trabajo, fue entre 64% y el 80%, siendo el mes de enero el mayor con
una prevalencia puntual de 0.8 (IC95% 0.37 – 0.96) y el menor fue abril con 0.64 (IC95%
0.38 – 0.83); en mayo, junio, julio, agosto y septiembre el comportamiento fue estable con
una prevalencia puntual de 0.72 (IC95% 0.54 – 0.84) (Figura 3).31
Figura 3. Prevalencia puntual de produccion de carbapenemasas
Al evaluar la concordancia de las pruebas fenotípicas en relación con los resultados de las
pruebas moleculares encontramos que el CarbaNP es la prueba que mejor se comporta
para detección de metalobetalactamasas y carbapenemasas tipo A con una concordancia
del 95% para KPC (Tabla 9) y del 88% para VIM (Tabla 17). Al evaluar la concordancia
con el resultado de PCR positivo para carbapenemasa, el resultado fue del 95% (Tabla
10). Llama la atención los 2 resultados positivos de CarbaNP con prueba de PCR sin
detección de genes lo que podria deberse a que hay otros genes de carbapenemasas no
detectado por la prueba que realizamos o a la presencia de inhibidores al momento de
hacer a PCR, lo que sugiere la necesidad de confirmar estos resultados.
Tabla 9. Concordancia resultados de pruebas fenotipica y resultado de PCR blaKPC
KPC
Negativo Positivo Acuerdo p
CarbaNP
Negativo 10 0 0.95 0.01
Positivo 2 25
EDTA
Negativo 12 23 0.3 0.005
Positivo 5 032
Tabla 10. Concordancia resultado prueba fenotipica y resultado de PCR blaVIM
VIM
Negativo Positivo Acuerdo p
CarbaNP
Negativo 10 0 0.88 0.01
Positivo 2 6
EDTA
Negativo 34 1 0.97 <0,001
Positivo 0 5
Tabla 11. Concordancia resultado prueba fenotipica y resultado de PCR positivo para
blaKPC, blaVIM, coproduccion KPC + VIM
Pseudomona PCR
Negativo Positivo Acuerdo p
CarbaNP
Negativo 10 0 0.95 <0,001
Positivo 2 33
Por otra parte la prueba fenotípica EDTA tuvo una concordancia del 95% para deteccion
de metalobetalactamasa mientras que para detección de KPC fue de tan solo el 30% lo
cual indica que esta prueba es útil para detección de metalobetalactamasas y su resutado
positivo nos implicaría alta probabilidad de una carbapenemasa de tipo B; mientras que si
el resultado es negativo no descarta la presencia de una betalactamasa tipo A o tipo D,
estando acorde a los descrito en la literatura dado el mecanismo de acción del EDTA al
momento de la prueba (6).
Al observar la distribución de los resultados de las PCR en relación a las instituciones de
salud, observamos que la producción de KPC tiene una gran diferencia en contraposición
a VIM en la institución 4 (78%) y en la institución 2 (62.5%) lo cual podría indicar que estas
instituciones podrian estar enfrentando un brote por estas cepas de Pseudomonas
aeruginosa productoras de KPC; mientras tanto en la institución 3 se evidencia que la
expresión de KPC (60%) es mayor a VIM (40%), pero esta última se documenta con mayor
frecuencia en comparación a las otras instituciones. La coproduccion de KPC-VIM se
observo únicamente en la institución 1 y en la institución 4 (Tabla 12).33
Tabla 12. Distribución de carbapenemasas por institución
PCR
Pseudomonas Resultado positivo de
KPC VIM KPC-VIM
aeruginosa Carbapenemasa
Realizado n % Realizado n % n % Realizado n %
20,0 40,0 [
Institución 1 5.0 1.0 [3,6- 5.0 0.0 0.0 1.0 0 5.0 2.0 11,8-
62,4] 76,9]
62,5 [ 62,5
Institución 2 16.0 10.0 38,6- 16.0 0.0 0.0 0.0 0 16.0 10.0 [38,6-
81,5] 81,5]
40,0
60,0 [ 100,0
Institución 3 5.0 3.0 23,1- 5.0 2.0 40.0 0.0 [11,8- 5.0 5.0 [56-
76,9]
88,2] 100]
78,6 [ 85,7
Institución 4 14.0 11.0 52,4 - 14.0 0.0 0.0 1.0 0 14.0 12.0 [60,1-
92,4] 96]
100,0
100. [20- 100,0
Institución 5 1.0 0.0 1.0 1.0 0.0 1.0 1.0
0 100] [20-
0 100]
75,0
[30,1-
Institución 6 4.0 0.0 4.0 3.0 75.0 0.0 4.0 3.0
95,4] 75,0
0 [30-95]
Al evaluar la frecuencia de carbapemenasas en relación al rango de edad, observamos
que el porcentaje de detección de genes de carbapenemasas es muy alto en los mayores
de 80 años, lo cual implicaría posiblemente una mayor morbi-mortalidad dado la virulencia
de este microorganismo, el mecanismo de resistencia que expresa y las morbilidades
adicionales de una terapia contra éste (Tabla 13).34
Tabla 13. Frecuencia de genes de carbapenemasas segun rango de edad
PCR
Pseudomonas aeruginosa
Carbapenemasa
Realizado Positivos % Positividad IC95%
Edad
<40 años 11.0 8.0 72,7 [43,4-90,3]
40-60 años 9.0 5.0 55,6 [26,7-81,1]
61-80 años 18.0 13.0 72,2 [49,1-87,5]
>80 años 7.0 7.0 100,0 [64,6-100]
Al evaluar por servicio cuales presentaban mayores tasas de carbapenemasas
encontramos que los porcentajes de positividad de las muestras aportadas son similares
entre los diferentes servicios (72-80%), siendo menos frecuente en el servicio quirúrgico
(50%). (Tabla 14)
Tabla 14. Frecuencia de carbapenemasas por servicio de atención
Servicio Muestras Positivas Porcentaje de positividad IC95%
Medicina Interna 20 15 75,0 [ 53,1-88,8]
Urgencias 10 8 80,0 [49-94,3]
Quirurgicas 4 2 50,0 [15-85]
UCI 11 8 72,7 [43,4-90,3]
Por último al distribuir las carbapenemasas por foco de infección detectamos que la
infecciones de vias urinarias son las que más expresan KPC (85%), seguido por la
infección de piel y tejidos blandos (67%) y de bacteriemia (60%). Mientras tanto el foco
respiratorio expresa metalobetalactamasa tipo VIM en un 14% y el foco gastrointestinal no
expresa carbapenemasas. En el único foco que se documentó coproduccion fue en 1 caso
de bacteriemia (Tabla 15)35
Tabla 15. Distribucion de carbapenemasas por foco infeccioso
Foco de infección No KPC VIM Coproduccion Total
carbapemenasa KPC-VIM
Urinario 1(14.2%) 6(85.8%) 0 0 7
Bacteriemia 1 (20%) 3 (60%) 0 1 (20%) 5
Piel y tejidos 2 (22%) 6 (67%) 1 (11%) 0 9
blandos
Respiratorio 4 (57%) 2 (29%) 1 (14%) 0 7
Gastrointestinal 2 (100%) 0 0 0 236
9.2. Sección Klebsiella sp.
En el periodo de recolección mencionado previamente, se recolectó un total de 124 cepas
de Klebsiella sp, en su mayoría correspondientes a la especie Klebsiella pneumoniae. Se
procesaron estudios de pruebas fenotípicas y moleculares en el laboratorio de
microbiología de la Universidad Nacional de Colombia. Las características generales de
los aislamientos en relación a las variables analizadas, se ilustran en la (tabla 16). En
geneal 123 aislamientos correspondieron a Klebsiella pneumoniae y uno solo a K. ozaenae
Tabla 16. Características generales de los pacientescon aislamiento de Klebsiella pneumoniae
Variables Número Porcentaje IC 95%
Servicio de procedencia
Medicina Interna 38 30,6 [23,2-39,2]
UCI 29 23,4 [16,8-31,6]
Urgencia 27 21,8 [15,4-29,8]
Quirúrgicas 16 12,9 [8,1-19,9]
otros 14 11,3 [6,8-18,1]
Foco infeccioso n=98/124
Urinario 43 34,7 [32,9-49,9]
Bacteriemia 23 18,5 [12,7-26,3]
Piel Tejidos Blandos 6 4,8 [3,9-13,2]
Respiratorio 7 5,6 [3,3-12,2]
Gastrointestinal 12 9,7 [2,8-11,2]
Otros 4 3,2 [1,7-9,1]
SNC 3 2,4 [0,8-6,9]
Tiempo de aislamientos respecto
al ingreso del paciente
<48hrs 44 35,5 [27,6-44,2]
>48hrs 80 64,5 [55,8-72,4]
Infección
Activa 98 79,0 [71-85,3]
Líquido/sitio origen de la
muestra
Orina 60 48,4 [39,8-57,1]
Colección 27 21,8 [15,4-29,8]
Sangre 21 16,9 [11,4-24,5]
Esputo 12 9,7 [5,6-16,2]
Dispositivo 2 1,6 [0,4-5,7]
LCR 2 1,6 [0,4-5,7]37
En la figura 4 se representa el número de aislamientos respecto al grupo de edad, se
encontró una mayor tasa de aislamiento en el rango de 61-80 años, con una menor
frecuencia entre los pacientes menores de 40 años y mayores de 80 años respectivamente.
La edad media fue de 60.4 años en general entre ambos géneros.
La prevalencia de cepas resistentes fue mayor en el género masculino (66.9%) respecto
al femenino (33.1%).
Figura 4. Distribución de klebsiella sp. resistente a carbapenémicos según edad
50
43
38
40
)
s
o
ñ 30
a ( 21 20
d 20
a
d
E
10
0
<40 años 40-60 años 61-80 años >80 años
Rangos de Edad
En la distribución por hospitales, la institución 1 fue la que aportó el mayor número de
cepas (Tabla 17). Respecto a los servicios de hospitalización, se encontró que la mayoría
de especímenes son aislados en el servicio de medicina interna (30.6%), seguido de los
servicios de cuidado intensivo, urgencias, quirúrgicas y otros como consulta externa, con
porcentajes de 23.4%, 21.8%, 12.9% y 11.3% respectivamente. El origen del sitio/fluido
anatómico más frecuente de aislamiento correspondió a orina (48.4%), seguido de
colecciones (21.8%), sangre (16.9%), por otro lado en sistema nervioso central y catéter
venoso central fue donde menos aislamientos se obtuvieron, con tan solo con 2
aislamientos por cada uno respectivamente (Figura 5).38
Figura 5. Porcentaje de distribución de cepas según origen del aislamiento
1%
10%
2%
17%
48%
22%
Orina Colección Sangre Esputo Dispositivo LCR
Tabla 17. Distribución de cepas por institución
Institución Total Porcentaje IC 95%
aislamientos
Institución 1 36 29,0 [21,8-37,6]
Institución 2 24 19,4 [13,4-27,2]
Institución 3 22 17,7 [12-25,4]
Institución 4 15 12,1 [7,5-19]
Institución 5 14 11,3 [16,8-18,1]
Institución 6 13 10,5 [6,2-17,1]
Al evaluar las muestras respecto a los servicios de atención (figura 6), se observó que en
el área de medicina interna el foco de aislamiento más frecuente era urinario, seguido por
sangre y por último esputo. En unidades de cuidado intensivo era más frecuente encontrar
microorganismos que provenían de colecciones, seguido de sangre y muy baja frecuencia
de foco urinario. Llamó la atención que en el servicio de urgencias la frecuencia de
muestras provenientes de orina es muy alta en comparación a otros focos, lo anterior en
posible relación con una mayor incidencia de infección vías urinarias en la comunidad.
Como es de esperarse en los servicios quirúrgicos la muestra más frecuente era
procedente de colecciones, dependiendo del servicio quirúrgico, la mayoría eran39
colecciones abdominales en el caso de cirugía general, y colecciones óseas en el caso de
ortopedia. Por otra parte en el servicio de consulta externa (clasificado como otros
servicios) solo se obtuvieron aislamientos a partir de orina.
Figura 6: Frecuencia de foco de aislamiento según servicio
Respecto al tiempo de aislamiento, la mayoría de microorganismos (64.5%) fueron
aislados en pacientes con más de 48 horas desde el ingreso hospitalario, lo cual podría
estar en relación a la mayor frecuencia de estas infecciones asociadas a la atención en
salud. La mayoría de los aislamientos correspondían a pacientes que a criterio del grupo
médico tratante cursaban con infección activa con 98 casos (79%) mientras los restantes
26 casos (21%) se consideraban como colonización. Entre los infectados en general, el
principal foco fue infección urinaria seguida de bacteriemia y luego infección
gastrointestinal (Figura 7). Se identificaron 12 pacientes con infección gastrointestinal, de
los cuales 2 estaban relacionados a compromiso pancreático, 1 paciente con aislamiento
procedente de colección biliar, los demás pacientes presentaban colecciones o drenaje de
líquido peritoneal. En la categoría de otros focos de infección, la mayoría de los
aislamientos (3 de 4) procedían de colecciones de huesos.40
Figura 7. Distribución de aislamientos según foco de infección. n=98
40,0 34,7
35,0
30,0
25,0
18,5
20,0
15,0 9,7
10,0 4,8 5,6
3,2
5,0
0,0
Como datos relevantes respecto al tiempo del aislamiento, entre 43 casos de infección
urinaria, 18 de ellos correspondientes a 41% se presentaron en paciente con cepas
aisladas más de 48 horas desde el ingreso a la institución, mientras que el otro 58% eran
casos procedentes de la comunidad puesto que cumplían el requisito de estancia menor a
48 horas. Entre los casos de bacteriemia, casi la totalidad de éstos (20/23)
correspondientes al 87%, se documentaron en pacientes con tiempo de estancia mayor a
48 horas, asumiéndose por definición como infecciones asociadas al cuidado de la salud.
Se observó una tendencia similar en los pacientes con infección de piel y tejidos blandos
y los pacientes con infección respiratoria, en el último caso 6/7 pacientes cumplían tiempo
de estancia mayor concordante con infección nosocomial. Las cepas provenientes de
pacientes sin criterios de infección a merced del grupo tratante, en su mayoría eran de
muestras de orina 18/26 correspondiente al 69% en pacientes que por definición
pertenecían a la categoría de bacteriuria asintomática, constituyendo el foco urinario como
el principal sitio de colonización por estas cepas en la población estudiada. Como dato
adicional de estas 18 cepas de pacientes con bacteriuria asintomática, la mayoría eran
procedentes de consulta externa (n=11), evidenciando la tendencia en la población41
extrahospitalaria a estar colonizados por este tipo de microorganismos. La mayoría de las
bacteriemias eran procedentes de pacientes hospitalizados en servicios de medicina
interna con una frecuencia del 43%, seguido de un 26% en UCI.
Las pruebas fenotípicas que se realizaron con más frecuencia en las instituciones fueron
el test de Hodge modificado y la prueba de ácido borónico, mientras que en la Universidad
Nacional la prueba que más se realizó fue Carba NP en 122 cepas, seguidos de EDTA y
mCIM en 107 cepas, test de Hodge 105 cepas, y ácido borónico 59 cepas. Respecto a las
pruebas fenotípicas ejecutadas en la Universidad Nacional, el CarbaNP fue positivo en
119/122 cepas (97.5%), test de Hodge positivo en 101/105 cepas (96.2%). Por su parte el
test de EDTA fue negativo como era de esperarse por no tratarse de
metalobetalactamasas, en 106/107 cepas (99%), el ácido borónico fue positivo en 57/59
microorganismos (96.6%), y finalmente el mCIM arrojó resultado positivo para
carbapenemasa en 102/107 pruebas (95%), tabla 18.
Tabla 18. Porcentaje de positividad de pruebas fenotípicas
Prueba Carba NP Test Hodge Modificado Ácido borónico mCIM
fenotípica
Nro. Positivo % Nro. Positivo % Nro. Positivo % Nro. Positivo %
TOTAL 122 119 97,5 105 101 96,2 59 57 96,6 107 102 95
Las pruebas de detección de cadena de polimerasa (PCR) para la identificación de genes
de carbapenemasa fueron positivas en 121/124 casos (97.5%), entre las cepas portadoras
de genes de carbapenemasas se documentó como era de esperarse que la mayoría de
los aislamiento expresaban KPC en 117/121 cepas positivas equivalente a 96.8% de los
bla
casos, la prueba molecular ejecutada no distinguía entre KPC 1, 2 o 3. Tan solo una cepa
bla
expresó NDM en tanto que 3 cepas (2.4%) expresaron co-producción de
bla
carbapenemasas, ver tabla 19. Al relacionar los datos de pruebas moleculares y
fenotípicas ejecutas en la Universidad Nacional en el caso de las cepas con resultado
negativo de PCR para carbapenemasa, se encontró que en 2/3 cepas las pruebas
fenotípicas fueron negativas en su totalidad (CarbaNP, test Hodge modificado, ácido
borónico, EDTA y mCIM), mientras que en 1 cepa se obtuvo resultado positivo del mCIM
y el test de Hodge modficado, constituyéndose como casos de falsos positivos. Al revisar42
las MICs para carbapenémicos en estas 3 cepas, se constató que cumplían puntos de
corte para resistencia acorde al CLSI. No se obtuvieron genes de GES, VIM aislado, OXA
48.
Tabla 19. Distribución de los resultados de la reacción en cadena de polimerasa
para la detección de genes de Carbapenemasas, Klebsiella sp.
Tipos de Nro. % IC 95%
Carbapenemasa
KPC 117 96,8 [88,8-97,2]
NDM 1 0.8 [0,1-4,4]
KPC+VIM 1 0.8 [0,1-4,4]
KPC+NDM 2 1.6 [0,4-5,7]
No carbapenemasa 3 0,8 [0,8-6,9]
En general, las pruebas fenotípicas ejecutadas en la Universidad Nacional tuvieron una
concordancia en mayor del 95% para la detección de carbapenemasas en relación con las
pruebas moleculares entre las cepas positivas para gen de carbapenemasa. Al evaluar
cada ensayo fenotípico por independiente, la prueba que presenta mejor rendimiento para
la detección de carbapenemasa tipo A (KPC) es el CarbaNP con una concordancia del
100% al igual que el ácido borónico, sin embargo en el caso de éste último, fue ejecutado
solamente en 59/121 (48.7%) de las cepas que fueron positivas para detección de genes
de carbapenemasa en esta sección por lo cual su concordancia pierde validez, a diferencia
de la prueba CarbaNP la cual se realizó en casi la totalidad de las cepas con resultado de
PCR positiva (119 de 121, correspondiente al 98.3%) , permitiendo obtener un dato más
preciso. Adicionalmente, las 3 cepas donde el test de CarbaNP resultó negativo
concordaban con las pruebas moleculares que también fueron negativas para detección
de genes de carbapenemasas. Aunque no fuese absoluta, el test de Hodge modificado y
la mCIM tuvieron una excelente concordancia del 97% y 96% respectivamente (tabla 20),
en tanto que el test EDTA como era de esperarse fue negativo en la mayoría de los casos43
toda vez que es una prueba dirigida a la detección fenotípica de Metalobetalactamasas
(carbapenemasas tipo B).
Entre las pruebas ejecutadas en la Universidad Nacional solo hubo un test de EDTA
positivo correspondiente a la cepa con co-producción de KPC-VIM, mientras que las
bla
cepas con coproducción KPC-NDM tuvieron un resultado negativo. De especial interés,
bla
es que en las 3 cepas con coproducción de genes pertenecientes a betalactamasas tipo A
y B, las pruebas de EDTA institucionales de los hospitales donde fueron recolectadas,
fueron negativas. Por otro lado, la única cepa donde se documentó NDM tenía un test
bla
de EDTA positivo de la institución, mientras que la misma prueba ejecutada por nuestro
personal fue falsamente negativa en contraposición con los resultados de la prueba
molecular. En todos los casos de presencia de KPC, los test de EDTA ejecutados en la
bla
Universidad Nacional fueron negativos. En la tabla 21 se exponen las características de
las pruebas fenotípicas en las cepas con coproducción de carbapenemasas y la cepa con
producción de NDM. En todos los casos el test de CarbaNP fue positivo
bla
independientemente del tipo de carbapenemasa que portara la cepa e independiente de
las co-producciones.
Tabla 20. Concordancia entre pruebas moleculares y fenotípicas ejecutadas en la
Universidad Nacional en Klebsiella sp., respecto a producción de KPC.
PCR para carbapenemasa
Negativo Positivo Acuerdo p
CarbaNP
Negativo 3 0 1 <0,001
Positivo 0 119
Hodge
Negativo 2 2 0,97 <0,001
Positivo 1 100
Ácido
borónico
Negativo 2 0 1 <0,001
Positivo 0 57
mCIM
Negativo 2 3 0,96 <0,001
Positivo 1 10144
Tabla 21. Resultados pruebas fenotípicas en 4 cepas de Klebsiella sp. con
producción de Metalobetalactamasa.
CARBA Test EDTA Ácido mCIM Genotipo
NP Hodge borónico
+ NR NR NR NR
COPRODUCCION KPC + NDM
+ NR NR NR NR
COPRODUCCION KPC + NDM
+ + + + +
COPRODUCCION KPC + VIM
+ - - -
NDM
NR: No realizado
+: Positivo
-: Negativo
En general, en ningún caso se encontró discordancia entre los resultados de nuestras
pruebas fenotípicas y moleculares salvo en el caso de la cepa portadora de NMD donde
hubo discordancia respecto a la interpretación del test de EDTA. En todos los escenarios
tando de KPC aislada, como de coproducción, el CarbaNP mostró una concordancia del
100%. La concordancia de las pruebas fenotípicas para detección de la presencia de
carbapenemasa en Klebsiella pneumoniae es muy alta, teniendo en cuenta la altísima
frecuencia de KPC, implicaría que estas pruebas colorimétricas tendrían una adecuada
correlacion con la detecion de este tipo de carbapenemasa.
En la tabla 22 se representa la distribución molecular según cada institución, en general
KPC fue la más prevalente en todas las instituciones, por encima del 90% en todos los
bla
casos. La institución 2 y 5 reportaron KPC en el 100% de los casos, llama la atención
bla
que la institución 3 fue la que reportó las 2 cepas con coproducción de KPC-NDM lo cual
bla
indicaría posiblemente la diseminación de una misma cepa entre diferentes pacientes, lo
anterior podría ser confirmado posteriormente con estudios de clonalidad. Las instituciones
1, 4, y 6 fueron las que reportaron las cepas con pruebas moleculares negativas. Al evaluar
los resultados según rango de edad, se documentó que en los extremos de menores de
40 y mayores de 80 años respectivamente, es donde se da el mayor porcentaje de
detección de genes de carbapenemasas (tabla 23).45
Tabla 22. Distribución de carbapenemasas por institución
Nro. De Tipo específico de carbapenemasa
Klebsiella spp
KPC VIM NDM Coproducción Carbapenemasa
según
institución
% % % % %
Nro IC 95% Nro IC 95% Nro IC 95% Nro IC 95% Total: IC 95%
Institución 1 94,4
Aislamientos: 36 34 [81,9-98,5] 0 0,0 0 0 1 2,8 [0,5-14,2] 35 97,2 [85,8-99,5]
Institución 2 100,0
Aislamientos: 24 24 [86,2-100] 0 0,0 0 0 0 0,0 24 100,0 [86,2-100]
Institución 3 90,9
Aislamientos: 22 20 [72,2-97,5] 0 0,0 0 0 2 9,1 [2,5-27,8] 22 100,0 [85,1-100]
Institución 4 93,3
Aislamientos: 15 14 [70,2-98,8] 0 0,0 0 0 0 0,0 14 93,3 [70,2-98]
Institución 5 100,0
Aislamientos: 14 14 [78,5-100] 0 0,0 0 0 0 0,0 14 100,0 [78,5-100]
Institución 6 92,3
Aislamientos: 13 12 [66,7-98,6] 0 0,0 0 0 0 0,0 12 92,3 [66,7-98,6]
Tabla 23. Distribución de carbapenemasas por edad, Klebsiella sp.
Prueba molecular
Klebsiella sp.
Realizado Total %
IC 95%
Edad
<40 años 21 21 100,0 84,5-100]
40-60 años 38 37 97,4 86,5-99,5
61-80 años 44 42 95,5 84,9-98,7
>80 años 21 21 100,0 84,5-100
Desde el punto de vista de los servicios de hospitalización, la distribución específica de
KPC es homogénea entre todos los servicios. En relación al sitio de infección, el mayor
bla
porcentaje de KPC se aisló a partir de foco urinario (42.5%), seguido de bacteriemia con
24.4%, y gastrointestinal (11.7%), los demás focos presentaron una distribución46
homogénea, el de menor proporción correspondió con sistema nervioso central
relacionado con la poca frecuencia de aislamientos a partir de este foco. (Tabla 24).
Tabla 24. Distribución de carbapenemasa tipo KPC según el foco de infección
KPC Coproducción No
Foco de infección Total=94* Carbapenemasa
Nro. (%) Total:2** Total: 2**
Urinario 40 (42.5%) 1 (50%) 2 (100%)
Bacteriemia 23 (24.4%) 0 0
Piel y tejidos blandos 6 (6.3%) 0 0
Respiratorio 7 (7.4%) 0 0
Gastrointestinal 11 (11.7%) 1 (50%) 0
Sistema Nervioso central 0 0
3 (3%)
Otros (hueso) 4 (4.2%) 0 0
*Se cuentan solo los pacientes con aislamiento de blaKPC por prueba molecular y que cumplan criterios de
infección, lo cual corresponde a 94 entre 117 pacientes con aislamiento de blaKPC.
**Entre las 3 cepas con co-producción, solamente 2 cumplía criterio de infección. Solo 2 cepas de las no
productoras de carbapenemasas se presentaron en contexto de infección, ambas en foco urinario.
Finalmente, la probabilidad de que un aislamiento fuese productor de carbapenemasa
entre Enero y Septiembre osciló entre 98-100%, siendo los meses de enero, y Febrero y
Marzo los de mayor prevalencia del 100%, sin embargo en general el comportamiento fue
homogéneo durante el periodo de recolección (Figura 8).
Figura 8. Prevalencia puntual de producción de Carbapenemasas, IC 95%47
8. DISCUSIÓN
La resistencia a antibióticos es una problemática mundial y la ciudad de Bogotá no es ajena
a dicha situación, se había mencionado previamente que la prevalencia y tasa de
incidencia de cepas resistentes tiende a incrementar con el paso de los años con las
consecuencias negativas no solo a nivel de desenlaces de morbi-mortalidad en cada
paciente sino también con las consecuencias en costos al sistema de salud que dicha
situación acarrea. La OMS ha sacado recientemente una pauta de categorización de
bacterias con base en desenlaces relacionados con mortalidad por todas las causas, carga
económica para la comunidad y sistema de salud, prevalencia de la resistencia y
prevalencia de la misma en 10 años, medidas de tratamiento y transmisibilidad. Al respecto
el género enterobacteriaceae encasilla dentro de éstos criterios, haciendo que las especies
de éste género resistentes a carbapenémicos sean catalogados como categoría 1 (la más
crítica según categorización de la OMS, dándole prioridad a Pseudomona aeruginosa y
Klebsiella pneumoniae (65)).
Se realizó una revision de la literatura encontrando que Pseudomonas aeruginosa puede
expresar diferentes mecanismos de resistancia a carbapenémicos, desde disminucion de
la permeabilidad a este antibiotico, presencia de bombas de expulsion hasta la adquisicion
de enzimas que hidrolizan los carbapenémicos (66); En este último punto se ha
documentado la producción de diferentes tipos de carbapenemasas; como KPC, VIM, IMP,
GES, NDM, SPM, AIM, DIM, OXA 48 (36). En Colombia se ha documentado la presencia
de Pseudomonas aeruginosa resistente a carbapenémicos con producción de
carbapenemasas; al revisar la presencia de estas enzimas se encuentra por datos del
reporte del INS del 2014 (el cual no involucra aislamientos de instituciones de Bogotá )
(21), que la carbapenemasa más frecuente es VIM seguido de KPC y despúes
coproduccion KPC-VIM; reportándose además un muy bajo porcentaje de producción de
NMD y GES, éste último tambien en coproducción con VIM y con KPC (21). Esta situación
es concordante con la literatura internacional que indica mayor producción de
metalobetalactamasas en contraposición a Betalactamasas tipo A o D (36, 66,67) y en
Colombia se ha visto una proporcion de metalobetalactamas-betalactamasa tipo A 3:1(66);
y se ha explicado debido a la diseminacion global de éste, y la aparición con mayor
frecuencia de brotes clonales por P. aeruginosa clon ST235 (68). Llama la atención que48
en Bogotá los resultados de este estudio muestran mayor producción de KPC en
comparación con las metalobetalactamasas, en este caso solo se documentó producción
de VIM. Esta situación podria deberse a que en Bogotá las instituciones en las que se
reportó la mayor produccion de KPC estén cursando con un brote. Al buscar en la literatura
las caracteristicas de Pseudomonas aeruginosa productora de KPC, se observa que su
frecuencia ha aumentado en los ultimos años, secundario a la transferencia horizontal del
gen KPC de enterobacterias a la Pseudomonas, situación que es plausible debido a que
bla
en Bogotá se documenta con frecuencia enterobacterias productoras de KPC descrito en
este mismo estudio en relación a Klebsiella sp y menconado más adelante. En un estudio
realizado por el centro de educación médica e investigación clínica “Norberto Quirno” en
Buenos Aires Argentina, documentó que en un periodo de 8 años se presentó un aumento
progresivo de Pseudomonas aeruginosa resistente a carbapenémicos alcanzando casi a
duplicar su frecuencia y con éste un aumento en la frecuencia de expresión de KPC por
este microorganismo; con una relación directamente proprocional al aumento de la
frecuencia de Klebsiella pneumoniae KPC. Este evento en contexto de brote, que fue
confirmada al hacer evaluación MLST con resultado positivo para clonalidad (69). En este
estudio se determinó que el clon era ST654 documentado previamente en dicho país.
Además fue posible establecer que la variante de KPC que producia Klebsiella pneumoniae
era la misma que producia Pseuodomonas aeruginosa ocasionante del brote,
considerándose transferencia horizontal del material genético relacionado con este
mecanismo de resistencia (69). Lo que demuestra este estudio es la importancia de los
elementos móviles y transferencia del material genético entre especies de
microorganismos como causa de brotes y transmisión de nuevos mecanismos de
resistencia.
Al hacer búsqueda de información en Colombia con el fin de determinar resultados
similares a los vistos en nuestro estudio se encontró un estudio de Medellin que mostró
una proporción similar de KPC y de VIM en Pseudomonas aeruginosa resistente a
carbapenémicos (78), situación que es la que más se acerca a los resultados de nuestro
estudio, y podría indicar un fenómeno restringido a nuestro pais en la actualidad debido a
la endemicidad de KPC.49
Al evaluar otros estudios documentando la presencia de P. aeruginosa productora de KPC
encontramos que en latinoamérica específicamente en Brasil se estableció la presencia de
éste y con coproducción con metalobetalactamasa SPM, VIM, IMP; todos en relación a
escenarios de brotes, pero sin superar las tasas de frecuencia de éstos últimos. En dicha
institución donde se realizó este estudio documentaron la presencia endémica de
producción de SPM seguido de la produccion KPC por P. aureginosa (70).
Dado que esta situación se ha descrito en varios lugares del mundo en el 2015 se realizó
una evaluación de aquellos clones que se consideran de alto riesgo dado su papel en
multirresistencia y panresistencia. En este artículo se determina que los clones ST111
ST235 y ST175 son complejos clonales los cuales agrupan a todos aquellos clones
relacionados con diferentes mecanismo de resistencia y similitud en su secuencia génica.
Es así como en Colombia se ha descrito el complejo clonal ST235 y ST111 con expression
de KPC-2 y OXA-2 para el primero y KPC-2 para el segundo, considerándose la
adquisición de este material genético de manera horizontal (71). Estos complejos clonales
fueron evaluados en Colombia por el grupo CIDEIM de Cali, encontrándose que el
complejo ST111 expresa con mayor frecuencia gen VIM mientras el complejo clonal
bla
ST235 expresa con mayor frecuencia KPC, detectándose la presencia de múltiples
bla
elementos móviiles en sus genomas lo cual explicaría el poder de diseminación y el éxito
de estos clones de Pseudomonas en Colombia (72). Por lo mencionado anteriormente
podría indicar que en nuestro estudio al ser más frecuente la expresión de KPC en
comparacion a VIM sea porque nos estemos enfrentado a un brote por P. aeruginosa clon
ST235, lo cual solo se comprobaría con la segunda fase de este estudio.
Cuando se hace una búsqueda sobre factores de riesgo para infección por Pseudomona
aeruginosa resistente a carbapenémico encontramos un estudio de casos y controles
realizado en el Hospital Universitario San Ignacio en la ciudad de Bogotá, el cual mostró
que el uso de nutrición parenteral (OR=8,28; IC95% 2,56-26,79; p<0,01), uso de
meropenem (OR=1,15; IC95% 1,03-1,28; p=0,01) y uso de ciprofloxacina (OR=81,99;
IC95% 1,14-58,84; p=0,043) fueron variables estadísticamente significativas al realizar un
análisis multivariado y encontraron una mortalidad mayor en los casos en comparación a
los controles asociado también a un porcentaje mayor de inicio de antibioticoterapia
empírica inadecuada en los casos (73); sin establecerse alguna relación entre foco50
infeccioso, servicio tratante y edad. Este estudio demuestra el gran problema que
representa la infección por este microorganismo, además de alta mortalidad y la dificultad
en su tratamiento. En el caso de Klebsiella pneumoniae la mortalidad varía ampliamente
en un rango de 23 al 75% basado en las condiciones previas de morbilidad de los pacientes
afectados y la falta de oportunidad en la administración de una adecuada antibioticoterapia
(82). Se describen múltiples factores de riesgo asociados a la infección por este patógeno,
los estudios al respecto son heterogéneos y entre los factores más relevantes se describen
la hospitalización prolongada, estancia en UCI, dispositivos invasivos y uso previo de
antibioticoterapia de tipo betalactámicos (37). En nuestro caso, dentro del análisis por
variables, documentamos una distribución similar entre los diferentes servicios sin ser más
frecuente en la unidad de cuidados intensivos. El foco de infección más frecuente fue
urinario lo cual concuerda con la estadística nacional (21).
En Korea se realizó un metanálisis de estudios de cohortes evaluando la mortalidad debido
a infeccion por P. aeruginosa resistente a carbapenémicos. En la evaluación de resultados
se encontró un aumento de la mortalidad con un OR 1.46 IC95%(1.10 – 1.94) en el análisis
de los estudios con OR no ajustado, mientras que el análisis de los estudios con OR
ajustado mostró un resultado de OR mayor 3.07 IC95% (1.60 – 5.89); este resultado es
explicado por la mayor gravedad de enfermedad, uso inadecuado de manejo antibiótico
empirico, y las pocas opciones terapéuticas a infecciones por microorganismo
panresistentes, asociado además a los factores de virulencia que posee per se
Pseudomonas aeruginosa (74).
Entonces, qué opciones existen para el tratamiento de infecciones por P. aeruginosa con
expresión de carbapenemasas. En los ultimos años se han incrementado los estudios que
involucran la asociacion de cefalosporinas de tercera y cuarta generación con inhibidores
de betalactamasas del tipo A y tipo D, es asi como Avibactam y Vaborbactam han
aparecido como prometedores estrategias. Diferentes estudios han demostrado el efecto
de Avibactam como inhibidor de betalactamasa de espectro extendido CTX autorizándose
por la FDA su uso en infecciones por enterobacterias productoras de esta enzima. Por su
parte avibactam y vaborbactam han permitido restaurar la susceptibilidad a los
carbapenémicos demostrando mayor efecto en comparación a carbapenémico solo in vitro
en bacterias productoras de carbapenemasas. Es así, como actualmente la asociación de51
meropenem con vaborbactam ha demostrado efectividad en estos escenarios, pero
desafortunadamente en microorganismos diferentes a Pseudomonas aeruginosa. La
mayor evidencia actual está en Klebsiella pneumoniae resistente a carbapenémicos
resistente a carbapenpemicos (75).
En relación a Pseudomonas aeruginosa la situación se considera más compleja debido a
que como se mencionó al inicio existe más de un mecanismo de resistencia a este grupo
de antibióticos que se pueden expresar simultáneamente, por tal motivo las combinaciones
de cefalosporinas de 3 generación con efecto antipseudomonas asociado a inhibidores de
betalactamasa (ceftazidima/Avibactam – ceftalozane/Tazobactam) han mostrado reducir
la MIC a tal punto de mostrar porcentajes de suceptibilidad a esta combinación que oscilan
entre 80 al 90% en P. aeruginosa no susceptible a carbapenémicos (no se describe el
porcentaje de producción de carbapenamasas) (76). Hasta la fecha en P. aeruginosa las
MICs de Meropenem/Vaborvactam y meropenem sola son iguales en las cepas no
susceptibles, lo cual no indica alguna superioridad de la combinacion contra la resistencia
a carbapenémicos (77). Esta situación podria ser explicada debido a que el inhibidor no
tiene efecto sobre metalobetalactamasas. En relación a esta situacion se realizó búsqueda
de la literatura solamente encontrando que hay prometedores inhibidores los cuales se
encuentran en fase I de investigación. Éstos resultados podrían indicar gran utilidad a
futuro en nuestro medio debido a la preponderancia de KPC la cual es inhibida por éstas
últimas combinaciones de antimicrobianso descritos.
En relación a Klebsiella sp. resistente a carbapenémicos, reportes previos del ámbito
nacional han documentado y descrito los mecanismos de resistencia asociados desde el
punto de visto genotípico al igual que el presente estudio, documentando principalmente
carbapenemasas del grupo A del tipo KPC (21). En el estudio del Instituto Nacional de
Salud (INS) realizado entre los años 2012-2014 que no incluyó hospitales de la ciudad de
Bogotá, mencionado previamente; al evaluar Klebsiella sp. se documentó la presencia de
KPC en la mayoría de los aislamientos no sensibles a carbapenémicos, puntualmente en
el 81% de los casos (21), siendo KPC la carbapenemasa más frecuentemente encontrada
en las especies de Klebsiella sp. resistentes a carbapenémicos, dato concordante con
nuestros resultados. Otros estudios en Hospitales de tercer nivel de la ciudad de Medellín
reportaronuna prevalencia de KPC del 86% entre 166 aislamientos (79,80).52
Al hacer una revisión sobre la presencia de KPC en relación a las infecciones generadas
por especies de K pneumoniae se documenta principalmente en especies de Klebsiella
pneumoniae asociada a infecciones asociadas al cuidado de la salud, principalmente de
foco urinario y septicemia (79) consistente con los resultados del presente estudio. Existen
2 formas principales de diseminación de esta carbapenemasa: la transferencia horizontal
mediada por elementos móviles de tipo plasmídica o transposones y por la diseminación
clonal (80). Respecto al último mecanismo, se ha descrito ampliamente la secuencia
multilocus ST258 como el principal clon responsable de la diseminación en Centroamérica,
incluyendo los países donde KPC es endémica como en el caso de Colombia (80). El
bla
principal transposón identificado en cepas portadoras de KPC, es Tn4401 (79), compuesto
por una serie de secuencias que contienen la codificación para KPC, y que contiene 5
bla
isoformas (81). Este elemento móvil genómico contiene todos los elementos para
garantizar su movilidad a inserción en el genoma del microrganismo asegurando la
expresión de KPC. Aparte de Tn4401, existen al menos 40 plásmidos identificados hasta
bla
el 2014 que contienen KPC, algunos de éstos codifican resistencia a otras familias de
bla
antibiótico favoreciendo la resistencia cruzada (79). La secuencia ST258 hace referencia
al complejo clonal (CC) 258, integrado por ST 258 en su mayoría y en menor medida por
ST11, ST340, y ST512 (82). Este complejo clonal es considerado de alto riesgo toda vez
que es el responsable de la diseminación pandémica de KPC. Adicionalmente cumple el
bla
prototipo para un clon de alto riesgo basados en sus características de: distribución global,
habilidad para colonizar, rasgos de mayor virulencia, capacidad de diseminación
plasmídica, siendo una fuente poderosa de propagación de la resistencia a
carbapenémicos (82). Se han identificado múltiples plásmidos asociados al clon ST258,
la mayoría pertenecientes al grupo IncF, siendo el predominante el plásmido IncFIIK (82),
los cuales son responsables de la codificación para diferentes genes de resistencia. En el
caso puntual de K. pneumoniae resistente a carbapenémicos, son los responsables de
codificar para KPC principalmente para KPC subtipo 2 y 3, aparte de la codificación
bla
generada en sí por los transposones (82). En el presente estudio no se determinó la
correlación de resistencia según mediación plasmídica, por transposón o por diseminación
clonal, puesto que estos análisis se llevarán a cabo en la segunda fase del proyecto. La
diversidad en los mecanismos de transmisión de resistencia, en asocio al repertorio de
isoformas de los transposónes y la gran cantidad de plásmidos identificados que están en53
capacidad de transmitir el mismo gen de resistencia KPC explican la tasa de éxito de
bla
transmisión de esta carbapenemasa. Adicionalmente, éstos mecanismos están contenidos
dentro de la secuencia clonal ST258 favoreciendo su dispersión por propagación clonal,
situando así a KPC con sus diferentes isoformas como la carbapenemasa más
bla
prevalente entre las especies de Klebsiella resistentes a carbapenémicos. Aunado a lo
anterior, Klebsiella pneumoniae tiene la capacidad de persistir en el ambiente
intrahospitalario y formar reservorios no solo en elementos inertes sino en el personal de
salud, favoreciendo su diseminación intrahospitalaria y asociándose a los brotes
nosocomiales (83).
Nuestro estudio reveló que la mayoría de los aislamientos de carbapenemasas desde el
punto de vista molecular correspondían con KPC como era de esperarse (84), entre 124
aislamientos con criterios de resistencia a carbapenémicos por puntos de corte de
antibiograma, 121 fueron atribuibles a carbapenemasa de los cuales 117 (96.8%)
correspondían a KPC, por tanto en la ciudad de Bogotá los resultados son reproducibles
bla
con los hallazgos de otras ciudades (21, 79). Aparte de las KPC, se conoce la presencia
de otros tipos de carbapenemasa de tipo A en Klebsiella pneumoniae principalmente GES,
así como la presencia de metalobetalactamasas (VIM, NDM, IMP) y carbapenemasas de
tipo D (85), siendo las más transmisibles la KPC por lo mecanismos descrito previamente.
Nuestros resultados revelaron una pequeña proporción de metalobetalactamasas
principalmente atribuibles a la co-producción con un total de 3 cepas coproductoras y una
sola cepa productora de NDM, en tanto no se obtuvo ni un solo aislamiento de
carbapenemasas de tipo D. Desde el año 2000 se ha documentado la presencia de VIM
en otras especies del género Enterobacteriaceae aparte de Pseudomona aeruginosa
donde se realizó la primera descripción (85), VIM-2 es el subtipo más frecuente con al
menos 46 genes que codifcian variantes del mismo. En Grecia, VIM es la
bla
metalobetalactamasa más frecuente en especies de Klebsiella pneumoniae, sin embargo,
en Colombia solo se reportan casos esporádicos (85). En el estudio realizado en la ciudad
de Medellín citado previamente (79), solo se aisló una cepa productora de VIM, al igual
que en nuestra muestra donde solo se obtuvo un aislamiento en relación con co-
producción. Al buscar otras fuentes nacionales relacionadas a aislamientos de K.
pneumoniae con co-producción de KPC y metalobetalactamasas, no se encontraron
estudios puntuales en relación al tema, el boletín informativo del INS años 2012-2014 que54
incluía una muestra considerable y multicéntrico por ciudades, no reportó ningún
aislamiento de co-producción de KPC-VIM, mientras que la presencia de VIM aislado se
documentó en tan solo 4% de las cepas resistentes en el mismo documento (21). En lo
que respecta a NDM, desde el punto de vista genético está contenido a nivel plasmídica,
su diseminación inicial se estableció a partir de la India (86), y con el tiempo han aumentado
los reportes de brotes en relación a la misma. En Colombia, a diferencia de VIM, la
presencia de NDM se atribuye a brotes significativos desde el punto de vista clínico y
diseminados regionalmente (85), en lo que respecta al boletín del INS se documentó en
forma aislada en 2.7% de los casos de K. pneumoniae multirresistentes. Es de resaltar que
en nuestro estudio, NDM se aisló en 2.4% de los casos en 3 cepas, de las cuales 2 estaban
asociadas a co-producción, como dato relevante las 3 cepas productoras de NDM
pertenecían a la institución 3, por lo cual es posible que se tratara de un brote de esta cepa.
La clonalidad de las cepas productoras de NDM se establecerán en la segunda fase del
estudio para revelar si comparten la misma clona confirmando la diseminación de una
misma cepa entre los diferentes pacientes. En relación a la co-producción de resistencia,
el mecanismo propuesto es la presencia de múltiples plásmidos codificantes cada uno para
serin carbapenemasa y metalobetalactamasa respectivamente, incluidas dentro de una
clona diferente a la asociada con KPC aislado. Se ha identificado ST147 como una clona
bla
que incluye KPC-VIM (87).
bla
Se detectaron 3 cepas resistentes a carbapenémicos con pruebas de PCR negativas para
carbapenemasas y la mayoría de pruebas fenotípicas realizadas por nuestro personal
también negativas en concordancia con el resultado molecular. Lo anterior puede ser
explicado por la combinación de defectos de pared tales como porinas en la pared externa
del Gram negativo que retrasan la entrada del antibiótico en asocio a betalactactamasas
de espectro extendido (BLEE) o de tipo AmpC que son capaces de hidrolizar el
carbapenémico ante el retraso de la entrada del mismo al interior de la pared bacteriana,
confiriéndole mayor tiempo de exposición a la betalactamasa (85). Al revisar el
antibiograma de estas cepas, se constató que los puntos de MIC fuesen congruentes con
resistencia a carbapenémicos en al menos uno de los antibióticos analizados (imipenem,
meropenem o ertapenem). No se encontró un patrón con base en los puntos de corte de
MIC que permitieran predecir la ausencia de carbapenemasa.55
En Klebsiella pneumoniae encontramos una adecuada concordancia en general con todas
las pruebas fenotípicas, siendo del 100% para CarbaNP y ácido borónico pese a las
limitaciones de éste último, y del 97% y 96% para Test de Hodge y mCIM respectivamente.
El carbaNP es el método fenotípico recomendado por CLSI como estudio confirmatorio de
la producción de carbapenemasas, es un método sencillo y fácilmente reproducible en
escenario de laboratorio. Además, tiene la gran ventaja respecto a los métodos de disco
(test de Hodge y Ácido borónico) de que los resultados se obtienen en un lapso de 2 horas.
Se ha reportado la sensibilidad y especificad de este método en un 100% respecto al gold
estándar de la prueba molecular (38). Respecto al test modificado de Hodge, un estudio
que comparaba éste método Vs. CarbNP en diferentes especies de enterobacterias, reveló
discordancias entre ambos métodos, documentando una mayor proporción de falsos
negativos con test de Hodge que fueron posteriormente reclasificados como positivos para
carbapenemasa con la prueba de CarbaNP demostrando superioridad del rendimiento
diagnóstico de ésta última (88). En otro estudio (89) donde se evaluó el rendimiento entre
diferentes métodos fenotípicos en relación a prueba molecular entre varias especies de
enterobacterias incluidas Klebsiella pneumoniae, se reportó también una especificad del
100% (IC 95: 96.9–100) para CarbaNP y una sensibilidad del 92.8% (IC 95: 88.5–97.1),
con un rendimiento similar para mCIM demostrando una especificidad del 100% (IC 95:
96.9–100) con sensibilidad de 93.5 (IC 95: 89.4–97.6), en el mismo estudio tanto los
resultados de mCIM como de CarbaNP positivos en todos los casos de
Metalobetalactamasas. Si bien nuestro estudio no evalúa parámetros de pruebas
diagnósticas, en el caso puntual del CarbaNP la concordancia obtenida es similar a la
reportada en estudios previos, con un perfil de confiabilidad absoluto para la detección
fenotípica de carbapenemasas independiente de la expresión de KPC o
metalobetalactamasas, permitiendo obtener resultados en un tiempo aproximado de 2
horas lo cual ayudaría a tomar una conducta antibiótica más oportuna. Adicionalmente, el
CarbaNP en nuestro estudio fue negativo en las 3 cepas negativas para carbapenemasas
mediante prueba molecular dando certeza a su valor discriminativo. En relación al
rendimiento del método de inactivación del carbapenémico (mCIM), estudios previos
reportan un rendimiento mayor al 99% tanto para sensibilidad como especificidad en
enterobacterias diferentes a no fermentadores (89,90). En nuestros resultados el método
del mCIM no logró tener un valor discriminatorio total siendo positivo en una cepa con PCR
negativa para carbapenemasa en asocio a 3 resultados falsamente negativos, pese a ésto56
la concordancia fue adecuada en un 96%, aunque menor respecto a lo reportado en la
literatura. Este dato es susceptible de variación una vez se realice la recolección total de
las cepas calculadas inicialmente y se ejecuten la totalidad de las pruebas mCIM
respectivamente.
En relación al papel del CarbaNP en la deteccion de carbapenemasas en P. aeruginosa,
encontramos que el rendimiento es muy bueno; en un estudio del doctor Literacka y
colaboradores se documentó sensibilidad de 97.5% (95% CI, 94.6–100%), especificidad
99.0% (95% CI, 97.6–100%), valor predictivo positivo 97.5% (95% CI, 94.6–100%) y valor
predictivo negativo 99.0% (95% CI, 97.6–100%) de esta prueba (91). Estos estudios lo que
demuestran es una gran utilidad principalmente del método colorimétrico en la detección
oportuna y rápida de la presencia de carbapenemasas con el fin de instaurar medidas
preventivas y terapéuticas ante el escenario de una infección por alguno de estos
microorganismos.
LIMITACIONES
Este estudio no se pudo realizar en todas las instituciones de salud programados debido a
la pérdida de investigadores institucionales, demora en evaluación del proyecto por los
comités de investigación institucionales y la no autorización del proyecto. Esto generóque
el estudio se hiciera en 6/11de lasinstituciones programadas, lo cual a su vez hizo que la
velocidad de recolección fuera más lenta y ocasionó que hasta la fecha no fuese posible
la recolección completa de la muestra programada y por consiguiente se adelante este
reporte inicial porque posteriormente se completará la muestra calculada y se realizará el
análisis de los resultados totales. Adicionalmente, algunas cepas recolectadas se
contaminaron por lo que no se le hicieron los análisis posteriores teniendo en cuenta la
dificultad de recuperación de las cepas. Estas pérdidas fueron de 9 muestras, las cuales
no afectaron el análisis de este proyecto debido a que corresponde a menos del 10%
propuesto.57
9. CONCLUSIONES
I. La probabilidad de producción de carbapenemasas por Pseudomonas aeruginosa
resistente a carbapenemicos durante el priodo de recolección osciló entre 64–80%,
en Klebsiella pneumoniae la probabilidad fue de un 98-100%.
II. Las Carbapenemasas que con mayor frecuencia expresa Pseudomonas
aeruginosa en Bogotá es KPC seguido de VIM. Este fenómeno se considera
secundario a la transmisión horizontal del gen KPC de Klebsiella sp. a
bla
Pseudomonas aeruginosa, situación que se ha documentado en pocos países;
pero que es plausible en nuestro país dado la endemicidad de KPC que fue también
reportado en nuestro estudio al mostrar tasa de expresión del 96.8% en las cepas
recolectadas.
III. Se documentó la Coproduccion de KPC- VIM en ambos microorganismos pero con
muy bajas tasas de frecuencia, fenómeno documentado en países con alta
endemicidad de KPC. Desde el punto de vsta biológico, esto es plausible por
transmisión horizontal por elementos móviles de tipo plasmidos entre las diferentes
clonas poseedoras de blaKPC y blaVIM
IV. La concordancia de Carbanp con los resultados de PCR para detección de genes
de carbapenemasas fue muy alta en ambos microorganismos, lo cual evidencia su
utilidad en detección rápida para hacer estrategias de prevención e instauración de
terapias adecuadas
V. La concordancia de test de EDTA en relación a la detección de
metalobetalactamasa VIM es alta.58
10. BIBLIOGRAFÍA
1. Nordmann P, Dortet L, Poirel L. Carbapenem resistance in Enterobacteriaceae here is
the storm! Trends Mol Med. 2012;18(5):263-72
2. Akova M, Daikos GL, Tzouvelekis L, Carmeli Y. Interventional strategies and current
clinical experience with carbapenemase- producing Gram-negative bacteria. Clin.
Microbiol Infect. 2012; 18(5): 439–48
3. Yigit H, Queenan AM, Anderson GJ, et al. Novel carbapenemhydrolyzing β-lactamase,
KPC-1, from a carbapenem-resistant strain of Klebsiella pneumoniae. Antimicrob Agents
Chemother. 2001;45(4):1151–61
4. Ruiz-Garbajosa P, Curiao T, Tato M, et al. Multiclonal dispersal of KPC genes following
the emergence of non-ST258 KPC-producing Klebsiella pneumoniae clones in Madrid,
Spain. J Antimicrob Chemother. 2013;68(11):2487–92
5. Gales AC, Castanheira M, Jones RN, Sader HS. Antimicrobial resistance among Gram-
negative bacilli isolated from Latin America: results from SENTRY Antimicrobial
Surveillance Program (Latin America, 2008-2010). Diagn Microbiol Infect Dis. 2012;73(4):
354–360
6. Maya JJ, Ruiz SJ, Blanco VM, et al. Current status of carbapenemases in Latin America.
Expert Rev Anti Infect Ther. 2013;11(7):657-67
7. Villegas MV, Lolans K, Correa A et al. First detection of the plasmid-mediated class A
carbapenemase KPC-2 in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae from South America.
Antimicrob. Agents Chemother. 2006;50(8): 2880–82
8. Grupo para el control de la resistencia bacteriana en Bogotá. Boletín informativo GREBO.
Bogotá: GREBO; 2015. ISSN no. 2027-086059
9. Widespread Dissemination of KPC-2 and 3-Producing Enterobacteriaceae (EB) in
Colombia. En: 51 st. Interscience Conference on Antimicrobial Agents and
Chemotherapy. Chicago-USA: Sep 17-20 2011
10. Villegas MV, Lolans K, Correa A, et al. First identification of Pseudomonas aeruginosa
isolates producing a KPC-type carbapenemhydrolyzing β-lactamase. Antimicrob. Agents
Chemother. 2007;51(4): 1553–55
11. Gasink LB, Edelstein PH, Lautenbach E et al. Risk factors and clinical impact of Klebsiella
pneumoniae carbapenemase-producing K. pneumoniae. Infect Control Hosp Epidemiol.
2009;30(12):1180–85
12. Zavascki AP, Barth AL, Gonçalves AL et al. The influence of metallo-β-lactamase
production on mortality in nosocomial Pseudomonas aeruginosa infections. J. Antimicrob.
Chemother. 2006;58(2): 387–92
13. Crespo MP, Woodford N, Sinclair A et al. Outbreak of carbapenem-resistant
Pseudomonas aeruginosa producing VIM-8, a novel metallo-β-lactamase, in a tertiary
care center in Cali, Colombia. J. Clin. Microbiol. 2004;42(11): 5094–5101
14. Villegas MV, Lolans K, Olivera MR et al. First detection of metallo-beta-lactamase VIM-2
in Pseudomonas aeruginosa isolates from Colombia. Antimicrob. Agents Chemother.
2006; 50 no. (1): 226-29
15. Montealegre MC, Correa A, Briceño DF et al. Novel VIM metallo-β-lactamase variant,
VIM-24, from a Klebsiella pneumoniae isolate from Colombia. Antimicrob. Agents
Chemother. 2011;55(5): 2428–30
16. Rojas LJ, Mojica MF, Blanco VM et al. Emergence of Klebsiella pneumoniae Coharboring
KPC and VIM Carbapenemases in Colombia. Antimicrob Agents Chemother. 2013 Feb;
57(2):1101-2.60
17. Escobar JA, Olarte NM, Castro B et al. Outbreak of NDM-1-producing Klebsiella
pneumoniae in a neonatal unit in Colombia. Antimicrob Agents Chemother. 2013;57(4):
1957–60
18. Villegas MV, Kattan JN, Correa A et al. Dissemination of Acinetobacter baumannii clones
with OXA-23 Carbapenemase in Colombian hospitals. Antimicrob. Agents
Chemother.2007;51(6): 2001–04
19. Montealegre MC, Maya JJ, Correa A et al. First identification of OXA-72 carbapenemase
from Acinetobacter pittii in Colombia. Antimicrob. Agents Chemother. 2012;56(7): 3996–
98
20. Vanegas JM, Higuita LF, Vargas CA et al. Acinetobacter baumannii resistente a
carbapenémicos causante de osteomielitis e infecciones de la piel y los tejidos blandos
en hospitales de Medellín, Colombia. Biomédica. 2015;35 (4):522-30
21. Instituto Nacional de Salud (INS). Informe epidemiológico “Vigilancia por laboratorio de
resistencia a los antimicrobianos en infecciones asociadas a la atención en salud
septiembre 2012 a junio 2014.
22. Hansen DS, Gottschau A, Kolmos HJ. Epidemiology of Klebsiella bacteraemia: a case
control study using Escherichia coli bacteraemia as control. J Hosp Infect. 1998; 38:119
–132.
23. Morrissey I, Hackel M, Badal R, et al. A review of ten years of the Study for Monitoring
Antimicrobial Resistance Trends (SMART) from 2002 to 2011. Pharmaceuticals. 2013;
6:1335–1346.
24. Van Duijn PJ, Dautzenberg MJ, Oostdijk EA. Recent trends in antibiotic resistance in
European ICUs. Curr Opin Crit Care. 2011; 17:658 – 665.
25. World Health Organization. Antimicrobial resistance: global report on surveillance. Junio
2014. Geneva, Switzerland.61
26. Walther-Rasmussen J, Hoiby N. Class A carbapenemases. J Antimicrob Chemother.
2007; 60:470 –482.
27. Nordmann P, Poirel L. The difficult-to-control spread of carbapenemase producers
among Enterobacteriaceae worldwide. Clin Microbiol Infect. 2014; 20:821–830.
28. Kitchel B, Rasheed JK, Patel JB, et al. Molecular epidemiology of KPC-producing
Klebsiella pneumoniae isolates in the United States: clonal expansion of multilocus
sequence type 258. Antimicrob Agents Chemother. 2009; 53:3365–3370.
29. Miriagou V, Cornaglia G, Edelstein M et al. Acquired carbapenemases in Gram-
negative bacterial pathogens: detection and surveillance issues. Clin Microbiol Infect.
2010; 16(2):112-22
30. Lister PD, Wolter DJ, Hanson ND. Antibacterial-resistant Pseudomonas aeruginosa:
clinical impact and complex regulation of chromosomally encoded resistance
mechanisms. Clin Microbiol Rev.2009; 22(4): 582–610.
31. El Zowalaty ME, Al Thani A, Webster TJ. Pseudomonas aeruginosa: arsenal of resistance
mechanisms, decades of changing resistance profiles, and future antimicrobial therapies.
Future Microbiol. 2015; 10(10):1683-706.
32. Xiao M, Wang Y, Yang Q-W, et al. Antimicrobial susceptibility of Pseudomonas
aeruginosa in China: a review of two multicentre surveillance programmes, and
application of revised CLSI susceptibility breakpoints. Int J Antimicrob Agents. 2012;
40(5): 445–449.
33. PotroA, Poirel L, Nordmann P. Emerging broad-spectrum resistance in Pseudomonas
aeruginosa and Acinetobacter baumannii: Mechanisms and epidemiology. Int J
Antimicrob Agents. 2015; 45(6):568-8562
34. Walsh TR, Toleman MA, Poirel L, Nordmann P. Metallo-B-lactamases: thequiet before
the storm? Clin Microbiol Rev 2005; 18:306–25.
35. Sevillano E, Gallego L, Garcia-Lobo JM. First detection of the OXA-40 carbapen-emase
in Pseudomonas aeruginosa isolates, located on a plasmid also found in Acinetobacter
baumannii. Pathol Biol 2009; 57:493–5.
36. Nicolau CJ, Oliver A. Carbapenemasas en especies del género Pseudomonas. Enferm
Infecc Microbiol Clin. 2010; 28(Supl 1):19-28
37. Nordmann, Cuzon G, Naas T. The real threat of Klebsiella pneumonia carbapenemase
producing bacteria. 2009; 9(4):228-36
38. Nordmann P, Poirel L, Dortet L. Rapid detection of carbapenemase-producing
Enterobacteriaceae. Emerg Infect Dis. 2012; 18(9):1503-7
39. Huang TD, Poirel L, Bogaerts P et al. Temocillin and piperacillin/ tazobactam resistance
by disc diffusion as antimicrobial surrogate markers for the detection of carbapenemase-
producing Enterobacteriaceae in geographical areas with a high prevalence of OXA-48
producers. J Antimicrob Chemother. 2014;69(2):445-50
40. Day KM, Pike R, Winstanley TG et al. Use of faropenem as an indicator of
carbapenemase activity in the Enterobacteriaceae. J Clin Microbiol. 2013; 51(6):1881-6
41. Cury AP, Andreazzi D, Maffucci M, et al. The modified Hodge test is a useful tool for
ruling out Klebsiella pneumoniae carbapenemase. Clinics. 2012; 67(12):1427-31
42. Giakkoupi P, Vourli S, Polemis M et al. Supplementation of growth media with Zn2+
facilitates detection of VIM-2-producing Pseudomonas aeruginosa. J Clin Microbiol. 2008;
46(4):1568-963
43. Tsakris A, Kristo I, Poulou A, et al. Evaluation of boronic acid disk tests for differentiating
KPC-possessing Klebsiella pneumoniae isolates in the clinical laboratory. J Clin Microbiol.
2009; 47(2):362-67
44. Pasteran F, Mendez T, Guerriero L et al. Sensitive screening tests for suspected class A
carbapenemase production in species of Enterobacteriaceae. J Clin Microbiol. 2009;
47(6):1631-9
45. Giske CG, Gezelius L, Samuelsen et al. A sensitive and specific phenotypic assay for
detection of metallo-b-lactamases and KPC in Klebsiella pneumoniae with the use of
meropenem disks supplemented with aminophenylboronic acid, dipicolinic acid and
cloxacillin. Clin Microbiol Infect. 2011;17(4):552-6
46. Tsakris A, Poulou A, Pournaras S et al. A simple phenotypic method for the differentiation
of metallo-beta-lactamases and class A KPC carbapenemases in Enterobacteriaceae
clinical isolates. J Antimicrob Chemother. 2010;65(8):1664-71
47. Miriagou V, Tzelepi E, Kotsakis SD et al. Combined disc methods for the detection of
KPC- and/or VIM-positive Klebsiella pneumoniae: improving reliability for the double
carbapenemase producers. Clin Microbiol Infect. 2013; 19(9):E412-15
48. Ellington MJ, Kistler J, Livermore DM, Woodford N. Multiplex PCR for rapid detection of
genes encoding acquired metallo-b-lactamases. J Antimicrob Chemother. 2007;
59(2):321-22
49. Queenan AM, Bush K. Carbapenemases: the versatile b-lactamases. Clin Microbiol Rev.
2007;20(3):440-58
50. Voets GM, Fluit AC, Scharringa J et al. A set of multiplex PCRs for genotypic detection
of extended-spectrum b-lactamases, carbapenemases, plasmid-mediated AmpC b-
lactamases and OXA b-lactamases. Int J Antimicrob Agents. 2011;37(4):356-9.64
51. Mendes RE, Kiyota KA, Monteiro J et al. Rapid detection and identification of metallo-b-
lactamase-encoding genes by multiplex real-time PCR assay and meltcurve analysis. J
Clin Microbiol. 2007;45(2):544-7
52. Bisiklis A, Papageorgiou F, Frantzidou F, Alexiou-Daniel S. Specific detection of blaVIM
and blaIMP metallo-beta-lactamase genes in a single real-time PCR. Clin Microbiol Infect.
2007;13(12):1201-3
53. Bogaerts P, Hujer AM, Naas T et al. Multicenter evaluation of a new DNA microarray for
rapid detection of clinically relevant bla genes from beta-lactam-resistant gram-negative
bacteria. Antimicrob Agents Chemother. 2011;55(9):4457-60
54. Tijet N, Boyd D, Patel SN et al. Evaluation of the Carba NP test for rapid detection of
carbapenemase-producing Enterobacteriaceae and Pseudomonas aeruginosa.
Antimicrob Agents Chemother. 2013; 57(9):4578-80
55. Dortet L, Poirel L, Nordmann P. Rapid identification of carbapenemase types in
Enterobacteriaceae and Pseudomonas spp. by using a biochemical test. Antimicrob
Agents Chemother. 2012;56(12):6437-40
56. Pires J, Novais A, Peixe L. J Clin Microbiol. 2013; 51(12):4281-3
57. Hooff GP, van Kampen JJ, Meesters RJ et al. Characterization of beta-lactamase
enzyme activity in bacterial lysates using MALDI-mass spectrometry. J Proteome Res.
2012;11(1):79-84
58. Bratu S, Tolaney P, Karumudi U et al. Carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae
in Brooklyn, NY: molecular epidemiology and in vitro activity of polymyxin B and other
agents. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2005; 56 (1): 128–132
59. Detection of carbapenemases in Enterobacteriaceae: a challenge for diagnostic
microbiological laboratories. Clin Microbiol Infect. 2014;20(9):839-5365
60. et al. Emergence of carbapenem-resistant Klebsiella species possessing the class A
carbapenem-hydrolyzing KPC-2 and inhibitor-resistant TEM-30 beta-lactamases in New
York City. 2004; 39(1):55-60.
61. Mendes R, Kiyota K, Monteiro J, Castanheira M, Andrade S, Gales A, et al. Rapid
Detection and Identification of Metallo-B- Lactamase-Encoding genes by Real-Time PCR
Assay and Melt Curve Analysis. J Clin Microbiol. 2007;45(2):544-7.
62. Poirel L, Walsh TR, Cuvillier V, Nordmann P. Multiplex PCR for detection of acquired
carbapenemase genes. Diagn Microbiol Infect Dis.2011;70:119–23.
63. Hernandez B, Velasco HE. Encuestras tranversales. Salud pública Mex. 2000;42(5).
447-455
64. Vandenbroucke JP1, von Elm E, Altman DG, Gøtzsche PC, Mulrow CD, Pocock SJ, et
al. Strengthening the Reporting of Observational Studies in Epidemiology (STROBE):
explanation and elaboration.Epidemiology. 2007;18(6):805-35
65. E. Tacconelli (Infectious Diseases, DZIF Center, Tübingen University, Germany) and N.
Magrini (WHO, EMP Department). Global priority list of antibiotic-resistant bacteria to
guide research, discovery, and development of new antibiotics. Report World Health
Organization february 2017.
66. Sandra Yamile Saavedra, Carolina Duarte, María Nilse González, María Elena Realpe.
Caracterización de aislamientos de Pseudomonas aeruginosa productores de
carbapenemasas de siete departamentos de Colombia, Biomédica 2014;34(Supl.1):217-
23
67. Queenan AM, Bush K. Carbapenemases: The versatile β-lactamases. Clin Microbiol Rev.
2007;20:440-58.66
68. Duck Jin Hong, Il Kwon Bae, In-Ho Jang, Seok Hoon Jeong, Hyun-Kyung Kang,
Kyungwon Lee. Epidemiology and Characteristics of Metallo-β-Lactamase-
Producing Pseudomonas aeruginosa. Infect Chemother. 2015 Jun; 47(2): 81–97.
69. Dolores Garcia Ramirez, Federico Nicola, Soledad Zarate, Silvia Relloso,
Jorgelina Smayevsky and Sonia Arduino. Emergence of Pseudomonas aeruginosa with
KPC-type carbapenemase in a teaching hospital: an 8-year study. Journal of Medical
Microbiology (2013), 62, 1565–1570.
70. Camila Rizek, Liang Fu, Leticia Cavalcanti dos Santos, Gleice Leite, Jessica Ramos,
Flavia Rossi, Thais Guimaraes, Anna S Levin, Silvia Figueiredo Costa. Characterization of
carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa clinical isolates, carrying multiple genes
coding for this antibiotic resistance. Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials
2014, 13:43
71. Antonio Oliver, Xavier Mulet, Carla López-Causapé, Carlos Juan. The increasing threat
of Pseudomonas aeruginosa high-risk clones. Drug Resist Updat. 2015 Jul-Aug; 21-22:
41–59.
72. Adriana Correa, Rosa del Campo, Marcela Perenguez, Victor M. Blanco, Mercedes
Rodríguez-Baños, Federico Perez, Juan J. Maya, Laura Rojas, Rafael Cantón, Cesar A.
Arias, Maria V. Villegas. Dissemination of High-Risk Clones of Extensively Drug-
Resistant Pseudomonas aeruginosa in Colombia. Antimicrob Agents Chemother. 2015
Apr; 59(4): 2421–2425.
73. Valderrama Sandra Liliana, González Pedro Felipe, Caro María Alejandra, Ardila Natalia,
Ariza Beatriz, Gil Fabián et al. Factores de riesgo para bacteriemia por Pseudomonas
aeruginosa resistente a carbapenémicos adquirida en un hospital colombiano. Biomédica.
2016 Dec [cited 2017 Nov 12] ; 36( Suppl 1 ): 69-77.
74. Zhang Y, Chen X-L, Huang A-W, et al. Mortality attributable to carbapenem-
resistant Pseudomonas aeruginosa bacteremia: a meta-analysis of cohort
studies. Emerging Microbes & Infections. 2016;5(3):e27.67
75. Paul G Ambrose, Olga Lomovskaya, David C Griffith, Michael N Dudley and Brian
VanScoy. b-Lactamase inhibitors: what you really need to know. Current Opinion in
Pharmacology 2017, 36:86–93
76. David van Duin. Robert A. Bonomo. Ceftazidime/Avibactam and
Ceftolozane/Tazobactam: Second-generation β-Lactam/β-Lactamase Inhibitor
Combinations. Clinical Infectious Diseases. 2016;63(2):234–41
77. Mariana Castanheira, Michael D. Huband, Rodrigo E. Mendes, Robert K. Flamm.
Meropenem-Vaborbactam Tested against Contemporary Gram-Negative Isolates
Collected Worldwide during 2014, Including Carbapenem-Resistant, KPC-Producing,
Multidrug-Resistant, and Extensively Drug-Resistant Enterobacteriaceae. Antimicrob
Agents Chemother. 2017 Sep; 61(9): e00567-17.
78. Johanna M. Vanegas, Astrid V. Cienfuegos, Ana M. Ocampo, Lucelly López, Helena del
Corral, Gustavo Roncancio, Patricia Sierra, Lina Echeverri-Toro, Sigifredo Ospina, Natalia
Maldonado, Carlos Robledo, Andrea Restrepo, J. Natalia Jiménez. Similar Frequencies of
Pseudomonas aeruginosa Isolates Producing KPC and VIM Carbapenemases in Diverse
Genetic Clones at Tertiary- Care Hospitals in Medellín, Colombia. J Clin Microbiol. 2014
Nov; 52(11):3978-86
79. Chen L, Mathema B, Chavda KD, et al. Carbapenemase-producing Klebsiella
pneumoniae: molecular and genetic decoding. Trends in Microbiology. 2014; 22(12): 686–
696.
80. Ocampo AM, Chen L, Cienfuegos AL, et al. A Two-Year Surveillance in Five Colombian
Tertiary Care Hospitals Reveals High Frequency of Non-CG258 Clones of Carbapenem-
Resistant Klebsiella pneumoniae with Distinct Clinical Characteristics. Antimicrob Agents
Chemother.2016; 60:332–342.
81. Naas T, et al. Genetic structures at the origin of acquisition of the beta-lactamase blaKPC
gene. Antimicrob. Agents Chemother. 2008; 52:1257–1263.68
82. Pitout JDD, Nordmann, P, Poirel L. Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae,
a Key Pathogen Set for Global Nosocomial Dominance. Antimicrobial Agents and
Chemotherapy. 2015; 59(10): 5,873-84
83. Chen L, Chavda KD, Melano RG, Hong T, Rojtman AD, Jacobs MR, et al. Molecular
survey of the dissemination of two blaKPC-harboring IncFIA plasmids in New Jersey and
New York hospitals. Antimicrob Agents Chemother. 2014; 58; 2289–2294.
84.Munoz-Price LS, Poirel L, Bonomo RA, Schwaber MJ, Daikos GL, Cormican M, Cornaglia
G, et al. Clinical epidemiology of the global expansion of Klebsiella pneumoniae
carbapenemases. Lancet Infect Dis, 2013; 13: 785–796.
85. Logan LK and Weinstein RA. The Epidemiology of Carbapenem-Resistant
Enterobacteriaceae: The Impact and Evolution of a Global Menace. The Journal of
Infectious Disease. 2017; 215 S1):S28–36
86. Rolain JM, Parola P, Cornaglia G. New Delhi metallo-beta-lactamase (NDM-1): towards
a new pandemia? Clinical Microbiology and Infection. 2010; 16:1969-1971
87. Giakkoupi P, Papagiannitsis CC, Miriagou V, Pappa O, Polemis M, Tryfinopoulou K, et
al. An update of the evolving epidemic of blaKPC-2-carrying Klebsiella pneumoniae in
Greece (2009-10). J Antimicrob Chemotherapy. 2011; 66:1510 –1513.
88. Shinde S, Gupta R, Raut SS, Nataraj G, Mehta PR. Carba NP as a simpler, rapid,
cost‑effective, and a more sensitive alternative to other phenotypic tests for detection of
carbapenem resistance in routine diagnostic laboratories. Journal of Laboratory
Physicians. 2017; 9 (2): 100-104
89. Zwaluw K, de Haan A, Pluister GN, Bootsma HJ, de Neeling AJ, SchoulsLM. The
Carbapenem Inactivation Method (CIM),a Simple and Low-Cost Alternative for the Carba
NP Test to Assess Phenotypic Carbapenemase Activity in Gram-Negative Rods. PLoS
ONE. 2015; 10(3): e012369069
90. Reyes JA, Villacis JE, Alomoto S, et al. Inactivación del carbapenémico, un método
alternativo para detectar carbapenemasa tipo KPC en Enterobacteriaceae. Infectio 2017;
21(4): 251-254
91. E. Literacka, M. Herda, A. Baraniak, D. Żabicka, W. Hryniewicz , A. Skoczyńska, M.
Gniadkowsk. Evaluation of the Carba NP test for carbapenemase detection in
Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp. and Acinetobacter spp., and its practical use in
the routine work of a national reference laboratory for susceptibility testing. Eur J Clin
Microbiol Infect Dis (2017) 36:2281–2287.70
ANEXO 1. FORMATO DE RECOLECCIÓN DE MUESTRAS
Recolección y envío de los aislamientos en medio de transporte
A continuación se presenta el protocolo de recolección y envío de aislamientos que se
llevará a cabo en cada institución participante durante el desarrollo del proyecto, y que
tiene como objetivo la preservación de las mismas así como evitar su contaminación.
1. Proceso de Recolección de aislamientos:
Las muestras provenientes de pacientes que cumplan los criterios de inclusión definidos
en el protocolo serán remitidas al laboratorio de referencia de la Universidad Nacional de
Colombia, previo diligenciamiento del formato de captación de datos y anexando el reporte
del equipo automatizado.
Cada muestra recolectada tendrá un código de identificación con fines de organización de
datos, y se firmará recibido de la muestra por parte del personal del proyecto que se
encargue de recogerla.
Se espera que en cada institución, se designe por parte del personal del laboratorio y en
logística con los organizadores del proyecto, la(s) personas encargadas de la recolección
de la muestra inicialmente para su preservación mientras es recolectada por nuestros
miembros inscritos al proyecto, para ser enviada al laboratorio de la Universidad Nacional.
Para esto se requiere el apoyo del personal que labora en cada institución. Los medios
físicos e instrumental para los procesos descritos a continuación serán surtidos por los
investigadores del proyecto conforme a la tasa de recolección en cada institución. Ninguna
de las instituciones participantes tendrá que incurrir en gastos al respecto.
Actividades a desarrollar
 Personal de laboratorio designado de cada institución
Nos colaborarán con la recolección y almacenamiento de la muestras con los insumos
entregados por los investigadores principales del proyecto.71
 Personal de apoyo adscrito al proyecto de investigación. investigadores
principales o servicio de mensajería certificada
Se encargarán de ir a recoger las muestras, para su transporte hacia la Universidad
Nacional
 Procedimiento de recolección
1. A partir de un cultivo puro del microorganismo, resiembre en forma masiva el
aislamiento en un medio primario (BHI, Agar Sangre ó tripticasa de soya) incúbelo
por 24 horas a temperatura de 35◦C.
2. Abra el empaque del medio de transporte Amies en condiciones asépticas y
coloque el nombre del microorganismo y el código del paciente en la etiqueta.
3. En una cámara de flujo laminar o en mechero, recoja la totalidad del aislamiento de
la caja de petri con el escobillón estéril del medio de Amies.
4. Introduzca el escobillón en el medio de transporte.
5. El aislamiento será recogido el día anterior ó el mismo día de realizar el envío.72
6. Favor marque el medio de trasnporte con el mismo código que tiene la hoja de
recolección de datos
 Proceso de transporte de aislamientos:
Una vez el aislamiento este listo, la bacterióloga deberá:
1. Introducir el aislamiento en el empaque (Bolsa con sello hermético) con material
absorbente en su interior.
2. Posteriormente proceda a sellarla cubriendo con cinta adhesiva el empaque y volteando
hacia adentro la bolsa de plástico de manera que quede completamente sellado.
3. Coloque la bolsa dentro de un sobre de manila el día que se recoge para llevarla al
laboratorio de la Universidad Nacional. Anexe el resultado de antibiograma dentro del
sobre de manila.73
ANEXO 2. ALGORITMO DE TRABAJO
1. Recolección y almacenamiento de muestras.
2. Actividades de laboratorio74
ANEXO 3. FORMATO RECOLECCIÓN DE DATOS75
ANEXO 4. FASES DEL PROYECTO DE INVESTIGACIÓN EN CURSO Y
PROSPECTIVA A FUTURO
Fase 1: Se desarrollaron las siguientes actividades:
- Recolección de muestras en los diferentes hospitales en el límite de tiempo establecido
en el cronograma.
- Identificación del fenotipo de producción de carbapenemasa de los microorganismos
recolectados.
- Determinación molecular (PCR) de genes de carbapenemasas.
- Análisis de los datos moleculares en relación a las demás variables incluidas.
Fase 2: Se desarrollarán las siguientes actividades:
- En aquellos microrganismos recolectados en la primera fase donde se demuestre la
presencia de carbapenemasa como mecanismo de resistencia, y una vez ejecutada la
determinación molecular de la misma en la fase 1; se les realizará posteriormente
secuenciación con miras a caracterizar la tipificación genética y tipificación multilocus de
secuencias.
- Lo anterior con el objetivo poder establecer clonalidad y el posible origen de estos
mecanismos de resistencia.
Los resultados de la fase 2, una vez culminada, permitirán elucidar datos respeto a las
clonas de carbapenemasas que circulan en las instituciones involucradas. Con base en
estos resultados se podrá diferenciar si las clonas están inter-relacionadas entre los
diferentes hospitales del distrito o si circulan en forma independiente, así como establecer
mapas de transmisibilidad. De esta forma la fase 2 se articulará para completar los datos
de obtenidos durante la primera fase de la investigación en la cual se desea simplemente
obtener los aislamientos y la caracterización molecular de las carbapenemasas.
La fase 2 está programada para iniciar después de lograr todos las pruebas estipuladas
en la fase 1, fecha que es susceptible de prorrogarse dependiendo del periodo en que se
finalice esta y estará a cargo de un nuevo grupo de investigadores pertenecientes a la
especialidad de infectologia de la facultad de medicina de la Universidad Nacional de
Colombia.