Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19 en adultos
Autor: Solórzano Ramos, Carlos Augusto
Asesor: Álvarez Moreno, Carlos Arturo
Fecha: 2020-12-20
Programa: Bogotá - Medicina - Especialidad en Infectología
Facultad: Facultad de Medicina

Resumen: La humanidad en diferentes momentos de la historia ha sido afectada por brotes epidémicos, algunas de ellas con tal impacto como el de una pandemia. Recientemente en 2002 por coronavirus SARS (Severe acute respiratory syndrome por sus siglas en inglés), en 2009 Influenza H1N1 (gripe porcina), en 2012 MERS (Middle East respiratory syndrome por sus siglas en inglés), entre otras. En diciembre de 2019 en la ciudad de Wuhan China, aparece un nuevo virus del grupo de los coronavirus, denominado SARS – CoV-2 (severe respiratory acute syndrome 2, por sus siglas en inglés) con una expansión mundial rápida y con tasas de transmisibilidad y letalidad elevadas. Los datos de letalidad van desde 0.1 % hasta 13.8 % relacionados con la edad, con una tasa de mortalidad global de 0.66 %. Estimaciones que evalúan la proporción de personas infectadas con probabilidad de ser hospitalizadas incrementaron con la edad, mostrando que personas mayores de 80 años tenían una probabilidad del 18.4 %. Al mismo tiempo que progresaba la pandemia se fueron desarrollando diferentes pruebas con diferentes técnicas para el diagnóstico de esta infección. Algunas de ellas son las pruebas moleculares, pruebas de antígeno, pruebas de detección de anticuerpos que hacen parte de las herramientas en el laboratorio para la identificación de la infección por SARS CoV-2
Métodos: Se realizó una búsqueda sistemática de la literatura, por vía electrónica a través de la base de datos Medline, embase, proquest,  y búsqueda en literatura gris, entre enero y noviembre de 2020,  de todas las publicaciones disponibles que hubiesen evaluado el rendimiento de las pruebas disponibles para hacer el diagnostico de COVID 19 en adultos sintomáticos, se describieron las características demográficas disponibles , a las cuales se aplicó las herramientas de riesgo de sesgo por medio de quadas -2  y The Joanna Briggs Institute Critical Appraisal tools según la metodología del estudio Resultados: Se evaluaron 174 artículos, finalmente se analizaron 34 estudios. La mayoría de estos artículos fueron publicados entre julio y noviembre, los Estados Unidos de América representa el 35 % (12) de los artículos publicados. El 35.2% (12) estudios evaluaron pruebas moleculares y 64.7% (22) estudios pruebas serológicas, corresponde a 7292 pacientes. La evaluación de sesgo por Quadas 2 se aplicó a 29 estudios que mostró un riesgo bajo para item de selección de pacientes en 44.8 %, riesgo alto 41.3 % para item de prueba índice, 48 % no fue claro para el item de estándar de referencia y riesgo bajo 93.1 % para el item de flujo de pacientes. Tres estudios con la herramienta The Joanna Briggs Institute Critical Appraisal tolos aprobaron para bajo riesgo de sesgo. En 59% (13/22) de los estudios que evaluaron pruebas serológicas usando ambos anticuerpos (IgM/IgG), el 31.8 % (7) fueron pruebas de inmunocromatográficas. En las pruebas serológicas la sensibilidad más alta fue 99 % después del día 15. La especificidad en general de las pruebas moleculares fue superior a 90 %. El rango de sensibilidad para las muestras respiratorias va desde 28.6% hasta 99 %, la más alta está relacionada con muestras de esputo y saliva.
Conclusión: En esta revisión varios estudios no caracterizaron adecuadamente su población, aumentando así la heterogeneidad, limitando así definir si son extrapolables los datos en nuestro medio. Casi la mitad de los estudios tuvo riesgo de sesgo en los diferentes ítems evaluados, indicando que no fue claramente descrito los elementos metodológicos. Sin embargo, la RT-PCR desde el comienzo de la pandemia se ubica como prueba de referencia, aunque no cumpla con el rendimiento de un Gold estándar y las pruebas serológicas son de apoyo en enfermedad tardía (más de 11 días de inicio de síntomas).

Evaluación de pruebas diagnósticas
en infección por SARS CoV-2 /
COVID 19 en adultos
Carlos Augusto Solórzano Ramos
Universidad Nacional de Colombia
Facultad de medicina, departamento de medicina interna
Bogotá, Colombia
2020Evaluación de pruebas diagnósticas
en infección por SARS CoV-2 /
COVID 19 en adultos
Carlos Augusto Solórzano Ramos
Trabajo de investigación presentado como requisito parcial para optar al título de:
Especialista en Infectología
Director:
Carlos Arturo Álvarez Moreno MD. MSc. PhD. FIDSA. DTM&H
Profesor Titular. Departamento de Medicina Interna. Posgrado Infectología
Línea de Investigación:
En enfermedades infecciosas
Grupo de investigación en enfermedades infecciosas
UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA
Universidad Nacional de Colombia
Facultad de medicina, departamento de medicina interna
Bogotá, Colombia
2020A mi amada esposa Katherine
A mis hijos: Santiago y Simón
A mis padres: Myriam y Luis CarlosAgradecimientos
Un camino de retos y dificultades, que hacen que lo recorrido haya sido excepcional, es
por eso por lo que durante el tiempo transcurrido debo agradecer a mis padres por su
apoyo incondicional e inmejorable, a mi esposa por su tiempo, amor, compañía y por
alentarme siempre a mis hijos por ser mi más grande motivación y alegría.
Agradezco a mis profesores del programa de infectología por cada una de sus
enseñanzas que guardo como mi mayor tesoroResumen y Abstract IX
Resumen
Título en español: Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS
CoV-2 / COVID 19 en adultos
La humanidad en diferentes momentos de la historia ha sido afectada por brotes
epidémicos, algunas de ellas con tal impacto como el de una pandemia. Recientemente
en 2002 por coronavirus SARS (Severe acute respiratory syndrome por sus siglas en
inglés), en 2009 Influenza H1N1 (gripe porcina), en 2012 MERS (Middle East respiratory
syndrome por sus siglas en inglés), entre otras. En diciembre de 2019 en la ciudad de
Wuhan China, aparece un nuevo virus del grupo de los coronavirus, denominado SARS
– CoV-2 (severe respiratory acute syndrome 2, por sus siglas en inglés) con una
expansión mundial rápida y con tasas de transmisibilidad y letalidad elevadas. Los datos
de letalidad van desde 0.1 % hasta 13.8 % relacionados con la edad, con una tasa de
mortalidad global de 0.66 %. Estimaciones que evalúan la proporción de personas
infectadas con probabilidad de ser hospitalizadas incrementaron con la edad, mostrando
que personas mayores de 80 años tenían una probabilidad del 18.4 %. Al mismo tiempo
que progresaba la pandemia se fueron desarrollando diferentes pruebas con diferentes
técnicas para el diagnóstico de esta infección. Algunas de ellas son las pruebas
moleculares, pruebas de antígeno, pruebas de detección de anticuerpos que hacen parte
de las herramientas en el laboratorio para la identificación de la infección por SARS CoV-
2
Métodos: Se realizó una búsqueda sistemática de la literatura, por vía electrónica a
través de la base de datos Medline, embase, proquest, y búsqueda en literatura gris,
entre enero y noviembre de 2020, de todas las publicaciones disponibles que hubiesen
evaluado el rendimiento de las pruebas disponibles para hacer el diagnostico de COVID
19 en adultos sintomáticos, se describieron las características demográficas disponibles ,
a las cuales se aplicó las herramientas de riesgo de sesgo por medio de quadas -2 y
The Joanna Briggs Institute Critical Appraisal tools según la metodología del estudio.Resumen y Abstract X
Resultados: Se evaluaron 174 artículos, finalmente se analizaron 34 estudios. La
mayoría de estos artículos fueron publicados entre julio y noviembre, los Estados Unidos
de América representa el 35 % (12) de los artículos publicados. El 35.2% (12) estudios
evaluaron pruebas moleculares y 64.7% (22) estudios pruebas serológicas, corresponde
a 7292 pacientes. La evaluación de sesgo por Quadas 2 se aplicó a 29 estudios que
mostró un riesgo bajo para item de selección de pacientes en 44.8 %, riesgo alto 41.3 %
para item de prueba índice, 48 % no fue claro para el item de estándar de referencia y
riesgo bajo 93.1 % para el item de flujo de pacientes. Tres estudios con la herramienta
The Joanna Briggs Institute Critical Appraisal tolos aprobaron para bajo riesgo de sesgo.
En 59% (13/22) de los estudios que evaluaron pruebas serológicas usando ambos
anticuerpos (IgM/IgG), el 31.8 % (7) fueron pruebas de inmunocromatográficas. En las
pruebas serológicas la sensibilidad más alta fue 99 % después del día 15. La
especificidad en general de las pruebas moleculares fue superior a 90 %. El rango de
sensibilidad para las muestras respiratorias va desde 28.6% hasta 99 %, la más alta está
relacionada con muestras de esputo y saliva.
Conclusión: En esta revisión varios estudios no caracterizaron adecuadamente su
población, aumentando así la heterogeneidad, limitando así definir si son extrapolables
los datos en nuestro medio. Casi la mitad de los estudios tuvo riesgo de sesgo en los
diferentes ítems evaluados, indicando que no fue claramente descrito los elementos
metodológicos. Sin embargo, la RT-PCR desde el comienzo de la pandemia se ubica
como prueba de referencia, aunque no cumpla con el rendimiento de un Gold estándar y
las pruebas serológicas son de apoyo en enfermedad tardía (más de 11 días de inicio de
síntomas).
Palabras clave: SARS CoV-2, COVID-19, diagnóstico, sintomáticos, RT-PCR, serología,
revisión sistemática.Resumen y Abstract XI
Abstract
Título en inglés: Evaluation of diagnostic tests in SARS CoV-2 / COVID 19 infection
in adults
Humanity at different times in history has been affected by epidemic outbreaks, some of
them with such an impact as that of a pandemic. Recently in 2002 by coronavirus SARS
(severe acute respiratory syndrome), in 2009 Influenza H1N1 (swine flu), in 2012 MERS
(Middle East respiratory syndrome), among others. In December 2019 in the city of
Wuhan China, a new virus from the group of coronaviruses, called SARS - CoV-2 (severe
acute respiratory syndrome 2, for its acronym in English) appears with a rapid worldwide
expansion and with rates of transmissibility high lethality. The fatality data ranges from
0.1% to 13.8% related to age, with an overall mortality rate of 0.66%. Estimates that
evaluate the proportion of infected people with a probability of being hospitalized
increased with age, showing that people over 80 years of age had a probability of 18.4%.
At the same time that the pandemic progressed, different tests were developed with
different techniques for the diagnosis of this infection. Some of them are molecular tests,
antigen tests, antibody detection tests that are part of the tools in the laboratory for the
identification of SARS CoV-2 infection.
Methods: A systematic literature search was carried out electronically through the
Medline database, embase, proquest, and gray literature search, between January and
November 2020, of all available publications that had evaluated the performance of the
tests available to make the diagnosis of COVID 19 in symptomatic adults, the available
demographic characteristics are described, to which the risk of bias tools were applied
using quadas -2 and The Joanna Briggs Institute Critical Appraisal tools according to the
methodology of the study.
Results: 174 articles were evaluated, finally 34 studies were analyzed. Most of these
articles were published between July and November, the United States of America
represents 35% (12) of the articles published. 35.2% (12) studies evaluated molecular
tests and 64.7% (22) studies serological tests, corresponding to 7292 patients. The
assessment of bias by Quadas 2 was applied to 29 studies that showed a low risk for
patient selection item in 44.8%, high risk 41.3% for index test item, 48% was not clear forResumen y Abstract XII
the reference standard item and 93.1% low risk for the patient flow item. Three studies
using The Joanna Briggs Institute Critical Appraisal tool all passed for low risk of bias. In
59% (13/22) of the studies that evaluated serological tests using both antibodies (IgM /
IgG), 31.8% (7) were immunochromatographic tests. In serological tests the highest
sensitivity was 99% after day 15. The overall specificity of molecular tests was greater
than 90%. The sensitivity range for respiratory samples goes from 28.6% to 99%, the
highest being related to sputum and saliva samples.
Conclusion: In this review, several studies did not adequately characterize their
population, thus increasing heterogeneity, thus limiting whether the data can be
extrapolated in our setting. Almost half of the studies had a risk of bias in the different
items evaluated, indicating that the methodological elements were not clearly described.
However, RT-PCR since the beginning of the pandemic is the reference test, although it
does not meet the performance of a Gold standard and serological tests are supportive in
late disease (more than 11 days of symptom onset).
Keywords: SARS CoV-2, COVID-19, diagnoses, symptomatic, RT-PCR, serology
systematic review.Contenido XIII
Contenido
Pág.
Resumen ......................................................................................................................... IX
Lista de figuras ............................................................................................................. XV
Lista de tablas ............................................................................................................. XVI
Lista de Símbolos y abreviaturas .............................................................................. XVII
1. Introducción .................................................................... ¡Error! Marcador no definido.9
2. Marco teorico .................................................................. ¡Error! Marcador no definido.9
2.1. Generalidades ....................................................... ¡Error! Marcador no definido.9 - 20
2.2 Pruebas diagnosticas ............................................................................................. 21
2.2.1 Pruebas moleculares ....................................................................................... 21 - 23
2.2.2 Pruebas de antigeno ....................................................................................... 23 - 24
2.2.3 Pruebas serologicas ........................................................................................ 24 - 26
2.3 Acerca de las revisiones sistematicas ............................................................ 26 - 27
3. Planteamiento del problema .............................................................................. 27 - 28
4. Justificacion ............................................................................................................. 28
5. Objetivos .................................................................................................................... 29
6. Metodologia ............................................................................................................... 29
6.1 Diseño ....................................................................................................................... 29
6.2 Tipos de estudio ....................................................................................................... 31
6.3 Recolección de datos y analisis ............................................................................... 31
6.3.1 Selección de los estudios ...................................................................................... 31
6.3.2 Extracción y manejo de los datos .......................................................................... 31
6.3.3 Evaluacion calidad metodologica .................................................................... 31 - 32XIV Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
6.4 Plande analisis .......................................................................................................... 34
7. Aspectos eticos ................................................................................................. 33 - 34
8. Resultados......................................................................................................... 34 - 49
9. DIscusion ........................................................................................................... 50 - 52
10. Conclusiones .................................................................................................. 52 - 53
11. Bibliografía .............................................................................................................. 55Contenido XV
Lista de figuras
Pág.
Figura 1 diagrama de flujo de búsqueda, selección y análisis crítico de
artículos..............36
Figura 2 proporciones calificaciones sesgos y aplicabilidad de los estudios incluidos….
43Contenido XVI
Lista de tablas
Pág.
Tabla 1 características generales estudios pruebas moleculares……………...……….....36
Tabla 2 características generales estudios pruebas serológicas......................................37
Tabla 3 calificación sesgos herramienta QUADAS -2 ………….……………………...…...40
Tabla 4 calificación aplicabilidad herramienta QUADAS -2 ……………………..…………41
Tabla 5 rendimiento diagnostico pruebas moleculares para el diagnóstico de infección
por SARS CoV-2…………………………………………………….…………………………...44
Tabla 6 rendimiento diagnostico pruebas serológicas para el diagnóstico de infección por
SARS CoV-2……………………………………………………………………………………...46Contenido XVII
Lista de abreviaturas
ACIN asociación colombiana de infectología
CDC del inglés Centers for Diseases Control
COVID 19 del inglés Coronavirus disease 2019
Ct cycle threshold
DOR del inglés Diagnóstic Odds Ratio
ECA 2 enzima convertidora de angiotensina de II
ELISA del inglés Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay
IETS instituto de evaluación de tecnología en salud
FDA del inglés Food and Drug Administration
LR likelihood-ratio
MERS del inglés Middle East respiratory syndrome
NAAT del inglés Nucleic Acid Amplification Test
OMS Organización Mundial de la Salud
PAHO del inglés Pan American Health Organization
POCT del inglés point of care testing
RT-PCR del inglés Reverse transcription polymerase chain reaction
SARS del inglés Severe acute respiratory syndrome
SARS – CoV-2 del inglés severe respiratory acute syndrome 2
STARD del inglés standards for the reporting of diagnostic accuracy studiesXVIII Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultosIntroducción
1.
La humanidad en diferentes momentos de la historia ha sido afectada por brotes
epidémicos, algunas de ellas con tal impacto como el de una pandemia. Recientemente
en 2002 por coronavirus SARS (Severe acute respiratory syndrome por sus siglas en
inglés), en 2009 Influenza H1N1 (gripe porcina), en 2012 MERS (Middle East respiratory
syndrome por sus siglas en ingles), entre otras. En diciembre de 2019 en la ciudad de
Wuhan China, aparece un nuevo virus del grupo de los coronavirus, denominado SARS –
CoV-2 (severe respiratory acute syndrome 2, por sus siglas en inglés) con una expansión
mundial rápida y con tasas de transmisibilidad y letalidad elevadas1. Los datos de
letalidad van desde 0.1 % hasta 13.8 % relacionados con la edad, con una tasa de
mortalidad global de 0.66 %
Estimaciones que evalúan la proporción de personas infectadas con probabilidad de ser
hospitalizadas incrementaron con la edad, mostrando que personas mayores de 80 años
tenían una probabilidad del 18.4 %2.
De la misma manera se han desarrollado diferentes pruebas con diferentes técnicas para
el diagnóstico de esta infección. Algunas de ellas son las pruebas moleculares, pruebas
de antígeno, pruebas de detección de anticuerpos que hacen parte de las herramientas
en el laboratorio para la identificación de la infección por SARS CoV-2
Marco teórico
2.
Generalidades
2.1.
La familia de coronavirus está constituida por una gran variedad de virus ARN con
sentido positivo lineales monocatenarios encontrados en peces, aves y mamíferos.
Se han distribuido en cuatro géneros principales a partir de su clasificación genética.
Conocidos como coronavirus alfa, coronavirus beta, coronavirus gamma y coronavirus
delta. Los primeros dos tienen como predominio infectar a mamíferos y los dos últimos a
aves. EL SARS CoV-2, nuevo coronavirus, es un beta coronavirus del subgénero
sarbecovirus cuya homología con el RaTG13 (coronavirus de murciélago) comparte una
homología de nucleótidos del 96.2 %. Hay cinco genes reconocidos cuyas mutaciones
ocurren con mayor frecuencia como lo son S, N, ORF8, ORF3a y ORF1ab3,420 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
Barcena et al. documentaron que los coronavirus son esféricos con diámetros de ∼125
nm. Este virus involucra cuatro proteínas estructurales principales, las proteínas de pico
(S), membrana (M), nucleocápside (N) y envoltura (E), que están codificadas dentro del
extremo 3' del genoma viral5
En la superficie del virus se encuentra la proteína S y contribuye a la formación de la
corona. Se ha demostrado a partir de estudios recientes que la proteína M tiene una
similitud estructural variable con MERS y SARS, es la proteína de mayor abundancia con
importante papel antigénico. La proteína N o proteína estructura de nucleocapside
helicoidal puede unirse al ARN, permitiendo el ensamblado de genoma viral a la matriz
de nucleocapside, conduciendo a una detención en la fase G2 del ciclo celular6
La proteína E es hidrófoba, constituida por tres porciones NT, TMD y CT (según su
carga), se cree que permite la maduración de proteínas en el aparato de Golgi.
La entrada del virus a la célula del hospedero se da a partir de la proteína S1 y S2. El
SARS CoV-2 reconoce al receptor de la ECA 2 (enzima convertidora de angiotensina de
II) por medio del motivo RBD de la proteína S permitiendo su unión. La unión al receptor
de la ECA 2 con el SARS-CoV-2 tiene una afinidad entre 10 a 20 veces mayor que con el
SARS-CoV, luego de esta unión la vía de señalización se produce por fosforilación del
receptor por CK2, puede activar AP1 y ERK182, dejando como resultado la expresión de
CCL2 (ligando de quimioquinas 2) relacionada con la fibrosis pulmonar 7,8. Se conoce
además un receptor que hace sinergia con ECA 2 llamado TMPRSS2 (proteasa del
huésped) ya que escinde la glicoproteína S viral, lo que permite la activación viral.
TMPRSS2 se ha encontrado en tejido respiratorio y del tubo digestivo9.
El comportamiento epidemiológico de la infección por SARS-CoV-2 ha demostrado su
alta transmisibilidad, con un impacto rápido sobre grupos poblacionales grandes; las
medidas de contención y mitigación han llevado al aislamiento masivo de personas y
además derivado de los procesos de contacto y contagio a medidas estrictas de
cuarentena. Así mismo, el individuo asintomático infectado, presintomático, o con
resolución de síntomas del cuadro infeccioso, podría ser fuente de transmisión si no se
somete a contención y cuarentena la cual se basa en la realización de pruebas
diagnósticas 10, 11. El numero básico de reproducción (R0) corresponde al número de
casos originados de un caso nuevo en una población susceptible, para el caso de
crucero Diamond Princess fue de 2.68 y en el modelo de infección en Hubei fue de 2.28,para Colombia en el escenario sin intervenciones R0 de 2.25 y un R0 luego de 4
semanas de cuarentena en 1.212.
Pruebas diagnósticas
2.2
El diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2 es un constructo, cuadro clínico y pruebas
diagnósticas como son: imágenes como tomografía de tórax con cortes de alta
resolución, marcadores de compromiso sistémico y estudios para documentar la
presencia del virus (RT-PCR (Reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real),
pruebas de antígeno o indirectamente (pruebas serológicas (IgM/IgG por diferentes
técnicas)13 Desafortunadamente debido a las implicaciones que conlleva el diagnóstico
de infección por SARS-CoV-2 es necesario en lo posible, documentar la presencia del
virus. No todas las pruebas documentan la presencia del virus ya que otras lo hacen de
forma indirecta cuya técnica detecta la presencia de anticuerpos dirigidos contra
antígenos virales, esta situación dificulta su elección ya que el rendimiento de estas
pruebas es variable, presentando un porcentaje significativo de falsos negativos o falsos
positivos. Hay otros estudios como la secuenciación viral, cuyo propósito es
confirmación de la presencia del virus, útil para mostrar mutaciones del genoma viral y
por último el cultivo viral que no se recomienda de rutina14. La prueba recomendada tanto
para el seguimiento epidemiológico de la pandemia en cada país, como para la
evaluación de pacientes en los ensayos de diagnóstico y de evaluación de intervenciones
es la basada en amplificación de ácidos nucleicos virales. La mayor parte de los países
han implementado el protocolo que fue diseñado por los CDC (por sus siglas en inglés
Centers for Diseases Control) de EE. UU. (US HHS, 2020)13.
Los coronavirus tienen varios blancos moleculares dentro de su genoma para ser
utilizados para ensayos de amplificación por PCR y reconocidas para ensayos de
antígeno14,1. Estos genes codifican proteínas estructurales de pico(S), de envoltura (E),
de transmembrana (M), helicasa (Hel) y nucleocápside (N), e incluyen genes accesorios
específicos de la especie requeridos para la replicación viral y un marco de lectura
abierto ORF1ab donde se encuentra la proteína no estructural ARN polimerasa
dependiente de la ARN (RdRP)16
2.2.1 Pruebas moleculares22 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
Durante muchos años la ciencia ha intentado encontrar nuevas herramientas para el
diagnóstico de las enfermedades infecciosas, pruebas en las que se optimice la
sensibilidad, especificidad y disminución en el tiempo de resultado. Se han diseñado
alternativa a las pruebas convencionales de laboratorio, entre estas están la reacción en
cadena de polimerasa (PCR), hibridación de sondas de ADN, secuencias de genomas,
secuencias paralelas, piro secuenciación, polimorfismo amplificado aleatorio de ADN
(RAPD) entre otras17.
Las pruebas de PCR se han ubicado como una de las principales técnicas de
identificación microbiológica molecular, permite la amplificación selectiva de cualquier
segmento de ADN, detección de mutaciones, entre muchas otras utilidades 18. La
hibridación es una técnica basada en la unión de dos cadenas sencillas de ácidos
nucleicos de estructuras de doble hebra, las cuáles son híbridos de ADN, ARN-ARN o
ARN-ADN, finalmente se comparan dos secuencias una homogénea distinguida y otra
heterogénea no conocida que contiene la secuencia diana a evaluar19.
Basados en la utilidad de las pruebas moleculares se tienen diferentes protocolos con
diferentes dianas de amplificación, de los genes que codifican proteínas en SARS CoV-2.
Los protocolos sugeridos por la Organización Mundial de la Salud (OMS) están dirigidos
a la amplificación de ORF, genes E y N principalmente y están siendo utilizados para
diagnóstico a nivel mundial20,21. Otros ensayos moleculares de plataformas abiertas o
cerradas (estuches comerciales) han sido aprobados para su distribución por las
autoridades reguladoras nacionales, particularmente las consideradas por la OMS y la
FDA 22,21. A pesar de que estos protocolos no muestran las secuencias de los iniciadores
(primers) y sondas, los genes blanco de amplificación son los mismos mencionados en
los protocolos in house e incluyen 2 o 3 genes en una misma reacción23
Inicialmente en Colombia por indicación de la Organización Panamericana de la Salud
(PAHO), se acogió el protocolo del Instituto de Virología Charité de Berlín; éste se
fundamenta en la detección de dos marcadores en el genoma viral: el gen E y el gen
RdRp, el gen E se utiliza como tamización, pues detecta un gen común a todos los
Sarbecovirus, seguido de la confirmación de las muestras positivas para éste a través de
la detección del gen RdRp, con sondas específicas para SARS-CoV-2. No obstante,
siguiendo las directrices de laboratorio para detección y diagnóstico de infección porSARS-CoV-2/COVID-19, en las cuales la PAHO aclara que el único Sarbecovirus que
circula actualmente en las Américas en humanos es el virus responsable de la COVID-
19, es posible realizar la confirmación con solo uno de los genes siempre y cuando las
curvas establecidas y los parámetros de calidad sean óptimos, sin embargo, algunos
estudios han demostrado una mayor sensibilidad amplificando el gen E y por ello se
recomienda priorizar este gen como marcador seleccionado22,24,25. Independientemente,
del protocolo establecido para el diagnóstico de SARS-CoV-2/COVID-19 es
indispensable conocer su sensibilidad y especificidad. Por otro lado, la interpretación de
la prueba molecular está relacionada con el Ct (cycle threshold), haciendo referencia a la
cantidad de ciclos que supera el nivel de detección y por medio del cual el resultado se
considera positivo. En países como China y Estados Unidos, un Ct menor a 40 es
considerado como un resultado positivo, lo que permite la detección de muy pocas
partículas de ARN15,26,27 indicando una alta sensibilidad de detección de la técnica para el
diagnóstico inicial de SARS-COV-2/COVID-19. El rendimiento de la prueba parece ser
variable según el tipo de muestra, esto está relacionado con la carga del virus en el lugar
de donde se obtiene la muestra, por lo que es importante dilucidar como cambian los
valores de sensibilidad y especificidad.
Se ha demostrado que el ARN viral se puede detectar en etapa presintomática (2- 3 días
antes)28 y con el pasar del tiempo a partir del inicio de los síntomas la probabilidad de
detectar partículas virales en muestras respiratorias disminuye progresivamente, en
especial después del día diez, por esta razón, un resultado negativo de esta prueba, bajo
una sospecha clínica alta, implica la necesidad de repetir la prueba. También se ha
informado que en los pacientes con infección por SARS-CoV-2/COVID-19 grave, la carga
viral en las muestras respiratorias continúa siendo alta durante la tercera y cuarta
semanas después del inicio de los síntomas29.
La prueba de RT-PCR para SARS-CoV-2/COVID-19 se puede realizar en diferentes
muestras con una sensibilidad diferente: Lavado bronco alveolar (93%), aspirado
bronquial o esputo (72%) e hisopado naso y orofaríngeo (63%). Estos resultados
coinciden con lo reportado por Zou et al. quienes advirtieron que se detectan cargas
virales más altas con muestras obtenidas por hisopado nasofaríngeo cuando se
compararon con muestras obtenidas por hisopado orofaríngeo 30,31.
2.2.2 Pruebas de antígeno24 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
Estas pruebas miden la presencia de proteínas virales, con mayor frecuencia medida con
la proteína de la nucleocapside a partir de muestras se secreción nasofaríngea. Este tipo
de pruebas ha dejado preocupaciones en relación con falsos negativos y la variabilidad
en el muestreo.
Diao, et al. reportaron datos de una prueba de inmunocromatografia que detecta
proteína N de SARS CoV-2 comparada con NAAT (test de amplificación de ácidos
nucleicos) cuyo Ct era de 40, indicando que su utilidad es identificar casos cuya carga
viral es elevada. La mayoría de las pruebas para detección de antígeno son por técnica
de inmunocromatografia de flujo lateral, los diferentes estudios de validación han
mostrado sensibilidad menor a la de la prueba molecular. Respecto a su especificidad
aún no hay claridad del todo ya que tienen reacción cruzada con otros Coronavirus
humanos32.
Se reconoce la necesidad de pruebas de diagnóstico en el lugar de atención POCT (point
of care testing por sus siglas en ingles) para detectar antígenos virales en muestras
clínicas, resultados en menos de 30 minutos. Estudios de diferentes pruebas encontraron
alto nivel de concordancia 99.5 % con pruebas de PCR y alta especificidad 99 %, sin
embargo, respecto a sensibilidad con valores que van desde 30 a 93.9 %33.
Pruebas POCT han demostrado ser eficaces durante la fase aguda, esto es unos días
después del inicio de los síntomas cuando la carga viral en el tracto respiratorio superior
está en su punto más alto. En la actualidad se reconoce que las pruebas antigénicas
cuando se aplican en la detección masiva podrían disminuir la carga sobre los
laboratorios de virología 34.
2.2.3 Pruebas serológicas
Parte de la respuesta inmunológica se basa en la interacción antígeno y anticuerpos, es
así como en dos etapas una precoz y una tardía tiene como resultado la producción de
anticuerpos IgM (inmunoglobulina M) e IgG (Inmunoglobulina G) respectivamente. La
concentración de IgM no es muy alta y su persistencia es variable según la respuesta a
determinado antígeno, se relaciona con infecciones agudas, en algunas patologías se
relaciona también con la actividad de la enfermedad. Por otro lado, la producción de IgG
inicia su producción más tardíamente con pico variable según el antígeno, pero puedealcanzar meseta 3 a 6 semanas y posteriormente presenta un descenso. Es por esto por
lo que la realización de anticuerpos IgM e IgG son de ayuda entendiendo la cinética de
estos para apoyar con su elevación el diagnóstico tanto de infección aguda con IgM
elevada e IgG en dos tomas con tendencia a la elevación o infección previa no aguda
cuando solo la IgG esta positiva35.
El laboratorio debe evaluar la presencia de anticuerpos por medio de las pruebas de
serología, siendo este un modo indirecto de hacer el diagnóstico. La producción de
anticuerpos más específicos y de afinidad mayor hacen posible la mejoría de técnicas ya
existentes (inmunofluorescencia indirecta, latex, hemaglutinación, etc) y la aparición de
micro técnicas (radioinmunoensayo, prueba inmuno absorbente ligado a enzima), en
donde se utilizan pequeños volúmenes de muestra para su realización y que mejoran su
rendimiento35.
Las pruebas serológicas de detección de IgM/ IgG se pueden realizar por diferentes
técnicas (ELISA, inmunocromatográfica, quimioluminiscencia), se considera adecuado
que se hagan validaciones previas a su uso con un número adecuado de muestras, de
modo que sean consideradas reproducibles. Las pruebas serológicas
inmunocromatográficas detectan tanto de IgM e IgG a partir de antígenos del virus como
la nucleoproteína (N) y la proteína S (spike), permitiendo mayor probabilidad de lograr el
diagnóstico. El estudio de Lei-Liu et al demostró que al realizar siempre los 2 tipos de
inmunoglobulinas se logra detectar una mayor cantidad de casos tanto en población
confirmada como en población sospechosa14. De igual forma Zhengtu Li et al,
demostraron que la frecuencia de positividad de IgM/ IgG fue mucho más frecuente
comparado a resultados individuales (95% vs 5%)36.
Teniendo en cuenta la cinética de la respuesta inmune en pacientes con infección por
SARS-CoV-2 se considera que el punto para usar pruebas serológicas son 10 días a
partir del inicio de los síntomas. Esto debido a que a partir de ese momento se ha
documentado que hasta la mitad de los pacientes infectados ya podrían tener estos
anticuerpos, y que al combinar estas pruebas con RT-PCR de SARS-CoV-2 en
algoritmos diagnósticos se aumenta la probabilidad de lograr un diagnóstico. Li Guo et al.
evaluó el perfil inmunológico de los pacientes con infección por SARS-CoV-2,
demostrando que a partir del día 7 de síntomas la mayoría de los casos evidenció un
aumento importante de la IgM en un valor que es detectable. De igual forma Lei-Liu et al.26 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
demostraron que al combinar la RT-PCR y la medición de inmunoglobulinas se superaba
el rendimiento diagnóstico de la RT-PCR como prueba única debido principalmente a un
aumento de la sensibilidad al hacer las 2 pruebas en paralelo14,37. Este estudio
documentó en pacientes infectados mayor porcentaje de positividad cuando se
combinaron las pruebas en comparación a resultados individuales de las mismas. Por
otra parte, Zhegtu Li et al. describieron que la inclusión de las pruebas serológicas en
algoritmos diagnósticos incrementó la sensibilidad a 88% y mantuvo la especificidad de
90%36,38
Acerca de las revisiones sistemáticas
2.3
Una revisión sistemática se trata de una revisión estructurada de la literatura que aborda
una pregunta de investigación, con la intención de responderla mediante un análisis de la
evidencia; tiene un contenido explícito de objetivos, materiales y métodos y ha sido
conducida de acuerdo con una metodología reproducible. Dentro de las revisiones
sistemáticas se encuentra el metaanálisis, el cual es un análisis matemático de los
resultados de dos o más estudios primarios que estudian la misma hipótesis, aunque
este tipo de estudio puede aumentar la precisión de un resultado, es importante
asegurase que la metodología usada sea válida y confiable 39.
Dentro de las ventajas de las revisiones sistemáticas se encuentra la reducción de
sesgos y la confiabilidad de las conclusiones dada la metodología utilizada. Además,
sintetiza la información y permite que esta pueda ser analizada de una forma más rápida
y confiable por el personal de la salud y los investigadores. Los metaanálisis aumentan la
precisión de los resultados 39,40
Para realizar una revisión sistemática lo primero es determinar los objetivos de la
revisión, esto usualmente a partir de una pregunta clínica, que además plantea los
criterios de elegibilidad de los estudios. Posteriormente debe iniciarse la búsqueda de los
estudios y definir si estos cumplen los criterios de inclusión. Esta búsqueda debe ser
sistemática con el fin de identificar todos los posibles estudios a incluir, teniendo en
cuenta aquellos escritos en idiomas extranjeros, para esto debe recurrirse a las bases de
datos reconocidas como Medline, Cochrane, Pubmed, entre otras, pero además es
importante también hacer una búsqueda de la “literatura gris”, es decir “aquella que esproducida en todos los niveles académicos, gubernamentales, comerciales e industriales
en formatos electrónicos o impresos no controlados por publicadores comerciales” y la
identificación de literatura no publicada, por ejemplo datos recogidos por expertos en el
campo41.
Una vez se recolecte toda la información, deben incluirse en la revisión aquellos estudios
que cumplan los criterios de elegibilidad, las exclusiones deben ser justificadas.
Posteriormente deben tabularse la característica de cada ensayo clínico y evaluar el
“peso” de cada uno, es decir el valor que tendrán dentro del análisis matemático, para
esto se revisa:
1. La calidad metodológica, que incluye el diseño del estudio y como se condujo este,
tratando de encontrar posibles fallas que produjeran sesgos. Esta evaluación se realiza
mediante diversas escalas, que serán expuestas posteriormente en la sección de
metodología.
2. La precisión, midiendo la probabilidad de errores al azar, usualmente se representa
como el ancho del intervalo de confianza de un resultado.
3. La validez externa, que refleja la aplicabilidad de los resultados en determinada
población51
Posteriormente se realizan los análisis de sesgos, para lo cual existen 2 métodos, visual
y estadístico. El primero mediante el gráfico “forest plot” en el cual se pueden observar la
dispersión de los datos. El segundo, mediante técnicas matemáticas para determinar la
significancia de si existe o no sesgo. A menor heterogeneidad y ausencia de sesgos de
publicación la validez de los datos es mejor, por lo tanto, podría entonces realizarse el
metaanálisis41
La evaluación de sesgos y calidad metodológica es difícil de distinguir, existen múltiples
herramientas. Una de ellas es la iniciativa STARD para los estudios de validez
diagnostica, de modo que permita identificar los sesgos del estudio. Por otro lado, la
herramienta QUADAS-2 por medio de un cuestionario evalúa la calidad de los estudios
primarios incluidas las revisiones sistemáticas de pruebas de diagnóstico42.
Problema
3.
En diciembre de 2019, pacientes que habían estado expuestos a un virus posiblemente
por contacto directo con animales infectados o sus secreciones en un mercado de la28 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
ciudad Wuhan 43-45, China, se reconoce en enero 2020 46,47 como Coronavirus disease
2019, (COVID-19), el cual hace parte de la subfamilia Orthocoronavirinae, género
Betacoronavirus. Grupo de virus considerados altamente patogénicos en el ser
humano48.Las manifestaciones clínicas son variadas, un grupo importante presenta
enfermedad similar a influenza en la que predomina la fiebre, sin embargo, hasta el 10 %
de los casos cursa sin fiebre49, hasta en el 17 % de los casos hay síntomas
intestinales50y adicionalmente un 10 % presentan perdida del olfato o el gusto con
algunas estimaciones basadas en estudios observacionales que van de 44 a 52 %51,52. El
diagnóstico más común en pacientes con SARS-CoV-2/COVID-19 grave es la neumonía
grave, sin embargo, la mayoría de las personas con SARS-CoV-2/COVID-19 tienen una
enfermedad leve o no complicada (81%), algunas desarrollan una enfermedad grave que
requiere oxigenoterapia (14%) y aproximadamente 5% requerirá un tratamiento de
unidad de cuidados intensivos. De los enfermos críticos, la mayoría necesita ventilación
mecánica53. Los resultados negativos entre ellos la muerte y la alta capacidad de
transmisión de persona a persona hace que el diagnóstico de la infección por SARS
CoV-2/COVID 19 se haga de forma temprana, ya que de esta manera se pueden definir
intervenciones como el aislamiento con impacto en la tasa de transmisión,
desafortunadamente a la fecha no se han documentado intervenciones terapéuticas que
cambien los resultados de mortalidad y morbilidad. Se disponen de diferentes pruebas
(moleculares, antigénicas y de anticuerpos)54,14,55, para el diagnóstico, aunque se
requiere determinar su rendimiento y bajo qué parámetros podrían ser de utilidad en los
pacientes con sospecha de SARS CoV-2 / COVID 19. La necesidad de pruebas de
amplia disponibilidad, rápidas, precisas y confiables ha hecho que durante la pandemia
haya aumentado la cantidad de pruebas con las características previamente
mencionadas con el objetivo de ayudar a mitigar las consecuencias de la enfermedad. Se
reconoce que en la fase sintomática de la enfermedad y en el asintomático con contacto
estrecho la prueba de PCR y prueba de antígeno son de utilidad, por otro lado, en la fase
de recuperación o convaleciente las pruebas de anticuerpos muestran un rendimiento
aceptable. Hay otros escenarios de aplicación de las pruebas moleculares y se trata de la
tamización y en el escenario de retiro del aislamiento. Aunque hay diferentes escenarios
para la aplicación de pruebas diagnósticas, el objetivo de este trabajo es identificar la
utilidad de pruebas diagnósticas en paciente sintomático.Justificación
4.
La literatura acerca del SARS- CoV-2, virus que genera la enfermedad denominada
COVID 19 (coronavirus Disease 19, por sus siglas en inglés) ha tenido un crecimiento
exponencial desde su descubrimiento. En enero de 2020 se libera primer genoma del
virus por GenBank, permitiendo generar blancos moleculares y así mismos técnicas para
la identificación de éste en el laboratorio, posteriormente se generaron datos de la
cinética de antígenos y anticuerpos cuya interpretación ha evolucionado, incluyéndolos
como herramientas para su diagnóstico14. Sin embargo, aún existen dificultades para su
interpretación y múltiples publicaciones con información que se controvierte por lo que es
importante y relevante organizar la información con mejor calidad de evidencia.
Objetivos
5.
Objetivo principal
Determinar cuáles son las pruebas diagnósticas que se deben realizar en personas
sintomáticas con sospecha de infección por SARS CoV-2/COVID 19, a través de una
revisión sistemática de la literatura disponible.
Objetivos específicos
- Describir las variables demográficas de la población incluida en los distintos estudios.
- Identificar cuál es el rendimiento de las pruebas moleculares (PCR-TR, anticuerpos,
antígenos) en el diagnóstico de infección por SARS CoV-2/COVID 19
- Identificar según la cinética de la infección por SARS CoV-2 / COVID 19 en qué
momento de la enfermedad tienen mejor rendimiento las pruebas diagnósticas
Metodologia
6.
Diseño
6.130 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
Previa autorización del protocolo de investigación por parte del comité de ética de la
facultad de Medicina, se llevó a cabo una revisión sistemática para resolver la pregunta
de investigación. Revisión sistemática de la literatura de enero a noviembre de 2020
sobre la utilidad de la PCR-TR- SARS-COV2, antígenos de SARS-CoV-2 y anticuerpos
IgM e IgG dirigidos contra SARS-COV2 en personas sintomáticas.
Se realizó la búsqueda de la literatura con los términos mesh ((("COVID-19"
[Supplementary Concept] AND "COVID-19 diagnostic testing" [Supplementary Concept])
AND "Diagnosis"[Mesh])) NOT "Disease Management"[Mesh], en las siguientes bases de
datos MEDLINE, EMBASE, PROQUEST) con la siguiente estrategia de búsqueda y en
la Organización Mundial de la Salud para los artículos publicados desde enero de 2020
mediante el uso de los términos " Pruebas de laboratorio para el nuevo coronavirus de
2019 (2019-nCoV), adicionalmente se hizo una búsqueda en bola de nieve en la literatura
gris por medio de motores de búsqueda en red (Google, altavista, yahoo), referencias
que se fueron enlistadas en una base de datos de EXCEL®, en donde se registró el año,
autor y nombre del artículo. Posteriormente se hizo la evaluación cualitativa y cuantitativa
de la información en estudios primarios, tipo ensayo clínico, en la que se evaluaron las
diferentes pruebas utilizadas para el diagnóstico de SARS CoV-2/COVID19 y con los
datos obtenidos de diferentes fuentes se integró la información de los estudios
seleccionados que sirvieron de utilidad para generar recomendaciones en el consenso
colombiano de atención, diagnóstico y manejo de la infección por SARS CoV-2 / COVID
19 en establecimientos de atención de la salud en Colombia y recopiladas a traves de un
consenso interino.
Estrategia pico
Población: Pacientes sintomáticos con sospecha de infección por SARS CoV-2
Intervención: pruebas para diagnóstico de infección por SARS CoV-2: moleculares,
antígeno y serológicas
Comparación: Prueba molecular como estándar para antígeno y serología
Desenlace: Sensibilidad y especificidad para el diagnóstico de infección por SARS CoV-2
Tipos de estudio
6.2Para efectos de esta revisión sistemática de pruebas diagnósticas, se incluyeron estudios
de corte transversal, series de casos prospectivas y retrospectivas, cohortes de pacientes
consecutivos en los que a todos los participantes se les haya practicado una prueba
molecular de antígeno o serología. Se incluyeron estudios publicados desde enero a
noviembre de 2020, como criterio de elegibilidad se tuvo en cuenta estudios en adultos
mayores de 18 años, donde incluyeron comparación entre diferentes pruebas de
diagnóstico, pruebas diagnósticas moleculares, antígenos y anticuerpos IgM e IgG en
sintomáticos, se excluyeron estudios en cuyo desenlace no evaluó diagnóstico, que
reportaron solo hallazgos clínicos, cuyo diagnóstico estaba basado en técnicas de
imagen, reportes de caso, artículos de opinión y cartas al editor.
Recolección de datos y análisis
6.3
6.3.1 Selección de los estudios
Dos revisores, de manera independiente, aplicaron los criterios de selección a los títulos
y resúmenes identificados por la estrategia de búsqueda. Cuando la información no fue
suficiente para incluir o excluir el estudio, se procedió a recuperarlo en texto completo.
Los desacuerdos se resolvieron por consenso. Se incluyeron artículos en los idiomas
inglés y español.
6.3.2 Extracción y manejo de los datos
Dos revisores de manera independiente extrajeron la información de los estudios
seleccionados. Los desacuerdos se resolvieron por discusión. Una vez establecidas las
bases de datos y las palabras clave, se hizo la búsqueda de artículos. Las características
del estudio, incluido el año de publicación, el número de pacientes, el tipo de prueba
diagnóstica, escenario en que fue usada y su rendimiento se recuperó del texto una vez
ya definido el total de artículos en una lista de EXCEL® ordenados de forma ascendente
según la fecha de publicación. El rendimiento de cada prueba se describió por medio de
la sensibilidad y la especificidad de cada prueba diagnóstica encontrada De manera
secundaria se calculó la razón de verosimilitudes diagnósticas positivas (LR positivo =
(Sensibilidad/ (100 - Especificidad)), negativas (LR negativo = (100 - Sensibilidad) /32 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
Especificidad) y la razón de razones de verosimilitudes o Diagnóstic Odds Ratio (LR
positivo/LR negativo))
6.3.3 Evaluación calidad metodológica.
A partir de la selección se incluyeron los artículos encaminados a resolver el interrogante
sobre cuáles pruebas deben usarse para el diagnóstico de pacientes con SARS CoV-2 y
se aplicaron diferentes herramientas para evaluar la calidad metodológica.
Se uso la lista de chequeo Quadas-2 para el riesgo de sesgo y la aplicabilidad. Dos
revisores independientes aplicaron la herramienta Quadas-2. QUADAS-2 se aplicó en
cuatro fases:
La fase 1 es un resumen de la pregunta de la revisión. En esta fase, se deben describir
las características de la revisión sistemática: los pacientes, la prueba diagnóstica, la
prueba de referencia y la enfermedad o situación que se estudia.
La fase 2 donde se adaptaron al estudio en concreto que se analiza, las preguntas
orientativas que ayudarán a interpretar la calidad del estudio.
La fase 3 Se estableció un diagrama de trabajo (diagrama de flujo). Se reviso el diagrama
de flujo de cada estudio primario y si no lo tenía, se realizó un diagrama de cada estudio.
Con un diagrama de trabajo apropiado se evaluó el riesgo de sesgo. De esta manera se
obtuvo información acerca de método de inclusión de los pacientes (es decir si son
pacientes consecutivos con síntomas que hacen sospechar que tienen la enfermedad, o
si son casos y controles).
En la fase 4 se valoró el riesgo de sesgo y la aplicabilidad:
Riesgo de sesgo:
En la primera parte de cada área se valoró el sesgo y está estructurada en tres
secciones: 1) qué información se proporcionó para poder evaluar el riesgo de sesgo; 2)
las preguntas orientativas, y 3) la valoración del riesgo de sesgo.
Las preguntas orientativas se respondieron con los términos: “sí”, “no”, o “no claro”. El
riesgo de sesgo se valoró como “bajo”, “alto”, o “no claro”. Si todas las preguntas
orientativas fueron respondidas como sí, entonces el riesgo es bajo. Si alguna se
responde como no, existe riesgo de sesgo.
Aplicabilidad: según la información en base a lo que se concluye acerca de la
aplicabilidad.Los desacuerdos se resolvieron por consenso. El resultado de la evaluación de calidad
metodológica se presenta en una tabla resumiendo el número de estudios con bajo, alto
o riesgo no claro de sesgo. Se utilizo también la herramienta The Joanna Briggs Institute
Critical Appraisal tools para series de casos y estudios transversales56, donde se evalúan
8 preguntas relacionada con las características metodológicas del estudio, si la
puntuación es superior a 6 puntos se considera aprobado indicando validez de sus datos
con posibilidad de aplicabilidad.
Plan de análisis
6.4
El análisis de datos fue de tres fases, una inicial en donde se hizo la caracterización
demográfica de los distintos estudios incluidos, una segunda fase a partir del análisis
sobre los hallazgos de calidad de los distintos estudios y una tercera y última fase, para
el obtener el resultado global o general.
Para finalizar, la discusión de los datos obtenidos se hizo diferenciándolos según nivel de
calidad del estudio, entre uno y otro.
Aspectos éticos
7.
De acuerdo con la resolución 8430 de 1993 del Ministerio de la Protección Social de
Colombia, con base en el artículo 11 de la misma, se dispone a clasificar el tipo de riesgo
de presente estudio. El presente estudio constituye una investigación sin riesgo para el
paciente, toda vez que la información será recolectada a traves de información ya
publicada. Por lo anteriormente expuesto no se requiere de consentimiento informado
acorde a lo establecido en el parágrafo del artículo 11 de la resolución 8430 de 1993. Se
considera en este caso que existe un consentimiento subrogado una vez aprobado el
proyecto por el comité de ética.
Conforme a las normas establecidas internacionalmente en la declaración de Helsinki de
la Asociación Médica Mundial actualizada en el 2013, se cuenta con que el presente
estudio se acopla a los lineamientos de:34 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
• Se preserva la confidencialidad de la información de las personas cuyos datos
participaron en el estudio con manejo de la base de datos exclusivo por los
investigadores, sin incluir en la base de datos nombres u otros datos personales.
• Beneficencia, teniendo en cuenta que nuestro estudio no hace daño a los participantes.
• Justicia, refiriéndonos al trato confidencialidad de los datos del estudio y la equidad en
dar a conocer los aportes de este estudio a la población general.
• Difusión, los resultados obtenidos del presente estudio se publicarán a manera de
proyecto de tesis, e igualmente se realizará un manuscrito con los resultados para
permitir la difusión de los mimos en revistas de referencia médica.
• Como investigadores aclaramos que no tenemos ningún interés particular de beneficiar
a una empresa o algún estamento del sistema de salud, la realización de esta
investigación tiene fines netamente científicos. Los hospitales donde se recolectará la
información no tienen ninguna injerencia en el manejo de los datos ni los resultados, ni
tampoco recibirán prebendas de ninguna índole por ser incluidos en el proyecto.
Consideraciones ambientales: El estudio planteado no implica ningún riesgo ambiental a
considerar.
Resultados
8.
A través de la búsqueda sistemática de la literatura, con los criterios de inclusión
referidos
y encontrando en esta población mayor de 18 años, se obtuvieron 149 artículos de la
estrategia de búsqueda en MEDLINE, 4 para proQuest, 16 para EMBASE y 5 estudios en
literatura gris por búsqueda en bola de nieve. No se encontraron artículos duplicados. Un
total de 174 artículos fueron evaluados por título y resumen por dos revisores de forma
independiente. Se excluyeron 140 artículos ya que no evaluaron pruebas diagnósticas
(moleculares, antígeno o serológicas) o eran irrelevantes para el objetivo del estudio, 21
excluidos por que el diagnóstico se basó en imágenes, 11 estudios relacionados con
análisis de prevalencia, 44 estudios con interés en descripción clínica, 7 evaluaron
dinámica viral e inmunológica, 9 desarrollaron protocolos para brote o evaluación de
transmisibilidad, 9 tratamiento, 5 en pacientes únicamente asintomáticos, 19 evaluaronmortalidad y gravedad, 6 de ellos sin texto completo disponible y por ultimo 9 de ellos por
metodología de investigación no incluidos en nuestra revisión sistemática. El flujograma
de este proceso esta descrito en diagrama de flujo prisma (Figura 1). Se consideraron 34
artículos para ser evaluados y recuperados en texto completo.
La mayoría de estos artículos fueron publicados entre julio y noviembre, los Estados
Unidos de América representa el 35 % (12) de los artículos publicados. El continente
americano fue el que más aportó con 13, seguido por el asiático con 12 y finalmente por
el europeo con 9; 21 (61.7 %) estudios evaluaron pacientes sintomáticos, 8 (23.5%)
pacientes con y sin síntomas y 5 (14.7%) de estudios no describieron la presencia de
síntomas de los sujetos incluidos.
A pesar de que se esperaba evaluar pruebas de diagnóstico tanto molecular, antígeno y
serológica, ningún estudio incluido evaluó pruebas de antígeno; 12 (35.2%) estudios
evaluaron pruebas moleculares y 22 (64.7%) estudios pruebas serológicas.
La mediana de edad para los estudios de pruebas moleculares fue de 58 años y para los
estudios de pruebas de anticuerpos 54 años, la mediana del % de hombres para pruebas
moleculares fue 56 % y 46 % para pruebas de anticuerpos.
La cantidad de pacientes incluidos en los estudios son 7292 a quienes se tomó al menos
una muestra para procesamiento de alguna de las pruebas de diagnóstico (molecular o
serológica), el rango de pacientes de los estudios va de 21 a 1599.
De los estudios que evaluaron pruebas moleculares, uno de ellos comparo la técnica RT-
LAMP (amplificación isotérmica mediada en lazo de transcriptasa inversa), siete de ellas
evaluaron otras plataformas de prueba molecular y los cuatro restantes evaluaron RT
PCR en diferentes muestras, todos estos estudios tenían RT PCR como técnica de
referencia.
El resto de los datos específicos extraídos de cada uno de los artículos están registrados
en la tabla 1 y 2.
Figura 1. Diagrama de flujo de búsqueda, selección y análisis crítico de artículos.36 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
Tabla 1. Características generales de 12 estudios de pruebas moleculares
sometidos a análisis y síntesis del rendimiento operativo de pruebas para
el diagnóstico de infección por SARS CoV-2
Mes Tamaño Prueba
Referencia Tipo de Edad Hospitalizados Sintomáticos Patrón de
Revista / País de Hombres Molecular
() estudio Media (%) (%) referencia
Año muestra evaluada
1 BMC (57) oct- EE. UU. Estudio de 21 76 30% 0% 38% RT-LAMP RT - PCR
Infect Dis 20 pruebas dx añosRT-PCR en
2 Virulence (58) oct- China Transversal 56 54 50% 100% 100% Esputo vs RT-PCR
20 multicéntrico años
faríngea
RT PCR Abbot
Am J Clin Px ID now vs
3 Pathol (59) jul- EE. UU. diagnostica - 184 NR NR NR 100 diasorin NA
20
. prospectivo ximplexa vs
roche
RT-PCR Abbot
Px
4 J Clin (60) jul- EE. UU. diagnostica - 200 50 46% 40% 76% ACOV vs NA
Microbiol 20 años Abbot IDNOW
prospectivo
vs CDC COV.
5 J Clin (61) jul- EE. UU. Comparación 100 Nr NR NR 100 RT-PCR Accula NA
Microbiol 20 de pruebas vs SHC-LDT
Cepheid Xpert
J Clin Xpress SARS-
6 Virol (62) may- EE. UU. Comparación 113 65 60,20% 100% 100 CoV-2 y Roche Cobas sars
20 de pruebas años cov2
Abbott ID Now
SARS-CoV-2
RT-PCR Xpert
7 J Clin (63) may- EE. UU. Comparación 483 Nr NR NR NR Xpress SARS- RT-PCR
Microbiol 20 de pruebas
COV2
RT-PCR CDC
modificado vs
8 J Clin (64) abr- EE. UU. Comparación 104 Nr NR NR 100 Diasorin NA
Microbiol 20 de pruebas Molecular vs
GenMark vs
Hologic.
RT-PCR
Cepheid Xpert
Xpress vs
9 J Clin (65) abr- EE. UU. Comparación 108 Nr NR NR NR Abbott ID NA
Microbiol 20 de pruebas NOW COVID-
19 vs GenMark
ePlex SARS-
CoV-2 Test
10 Euro (66) ene - China Transversal 297 Nr NR 100% 100 RT-PCR Secuenciación
Surveill 2020
abril
11 BMJ (29) - China Cohorte 96 55 NR 100% 100 RT-PCR -
años
2020
Journal PCR en
12 of (67) may Australia Transversal 127 44 44 % 100% 100 tándem RT-PCR
Clinical - 20 años multiplex
Virology AusDiagnostics
Nr: no reporta. NA: no aplica.
Tabla 2. Características generales de 22 estudios de pruebas serológicas
sometidos a análisis y síntesis del rendimiento operativo de pruebas para
el diagnóstico de infección por SARS CoV-2
Tamaño Prueba
Tipo de Edad Hospitalizados Sintomáticos
Revista Referencia Año País de Hombres serológica Patrón referencia
estudio Media (%) (%)
Muestra evaluada38 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
Maglumi
SNIBE igG VS
Euroinmun IgG
VS Abbott Ab
Estudio de VS Roche IgG
59
1 PLoS One (68) 2020 Estonia pruebas dx 97 32% 20% 80% VS Epitope IgG RT-PCR
años
(concordancia) VS Liaison IgG
VS Biosensor
IgG VS LIPS S-
RBD IgG VS
LIPS IgG
Estudio de GICA IgM vs
BMC Infect oct- 53.8
2 (69) China pruebas dx - 67 56.7% 100% 70% Elisa IgM vs RT-PCR
Dis 20 años
Cohorte Elisa IgG
Biosynex
Biochem
oct- Palermo Estudio de 66 IgM/IgG Y
3 Med (70) 70 58.5% 100% 100% RT-PCR
20 Italia pruebas dx años Maglumi
(Zagreb)
IgM/IgG
sep- Reino Estudio de 58.2
4 PLoS Pathog (71) 87 66.3% 100% 100% Elisa igG/IgM RT-PCR
20 unido pruebas dx años
COVID-
sep- 53
5 PLoS One (72) EE. UU. Px diagnostica 381 NR Nr 100% PRESTO ® y RT-PCR
20 años
COVID-DUO ®
Rev Peru
Med Exp ago- Transversal P 41,2 Prueba rápida
6 (73) Peru 144 45.5% 16% 81 RT-PCR
Salud 20 diagnostica años IgM, IgG
Publica
oct- Px diagnostica 61 Inmunoensayo RT-PCR Nasofaríngea
7 J Clin Virol (74) Brasil 122 41% 61% 100
20 - prospectivo años rápido y TC +/ -
Eur J Clin Sienna® vs
ago- Px diagnostica 43
8 Microbiol (75) China 145 77% 34% Nr Wondfo® vs RT-PCR
20 - prospectivo años
Infect Dis Prometheus®
Roche Ig
totales y
Clin Abbott,
nov- Px diagnostica 66.5
9 Microbiol (76) Bélgica 233 71% Nr 100% Diasorin, RT-PCR
20 - prospectivo años
Infect Snibe,
Euroimmun,
Mikrogen IgG
CTK Biotech
COVID-19
Lancet sep- Px diagnostica 39 prueba rápida
10 (77) Inglaterra 1599 27.8% Nr 100% RT-PCR
Respir Med 20 - prospectivo años IgG/IgM y
Encode SARS-
CO2 IgM/IgG
Acro bitech
Clin oct- Px diagnostica 66
11 (78) Italia 516 55,80% Nr 50% rápida RT-PCR nasofaríngeo
Biochem 20 - prospectivo años
IgM/IgG
Abbott
inmunofluorescencia
ago- Px diagnostica 52.5 ARCHITECT
12 J Clin Virol (79) EE. UU. 140 65% Nr 100% indirecta (IFA) Y RT-
20 - prospectivo años SARS-CoV-2
PCR
IgGELISA de IgG e
ago- Px diagnostica 50
13 J Clin Virol (80) Alemania 152 48% 92% 92% IgA comercial RT-PCR
20 - prospectivo años
(Euroimmun)
Clin Chem jul- Px diagnostica 53 IgM e IgG Sars-
14 (81) China 513 Nr Nr 100% RT-PCR
Lab Med 20 - prospectivo años cov2
Abbott IgG y
Euroimmun
EE. U Retrospectivo
ago- 67 ELISA IgG/IgA;
15 J Clin Virol (82) pruebas 293 Nr Nr 100% RT-PCR
20 años LFIA NG-Test®
U. diagnosticas
IgG/IgM
COVID-19
Abbott IgG y
Euroimmun
ELISA IgG/IgA;
Diasorin
ago- Px diagnostica 64
16 J Clin Virol (83) Finlandia 81 51.5% Nr Nr liaison IgG; RT-PCR
20 - prospectivo años
Acro biotech
IgG/IgM;
Xiamen
IgG/IgM
Biotech
J Clin jul- validación
17 (84) Francia 102 Nr Nr 27,40% 98% IgG/igM vs RT-PCR
Microbiol 20 prueba
Abbott IgG
IgG Abbott,
J Clin jul- Px diagnostica 61 Epitope,
18 (85) EE. UU. 56 61% 58% 100% RT-PCR
Microbiol 20 - prospectivo años Euroimmun y
Ortho-Clinical
abr- Comparación 67 IgM e IgG Sars-
19 J Clin Virol (86) Japon 139 57.1% Nr 53 RT-PCR
20 de pruebas años cov2 One Step
anti-NP
Lancet mar- Hong Comparación 62 IgG/IgM y
20 (87) 23 56% 100% 100% RT-PCR
Infect Dis 20 Kong de pruebas años anti-RBD
IgG/IgM
Feb Elisa IgG e IGM
Cohortes 55
21 medRxiv (88) – China 238 58 100% 100% dia 7 / día 11 / RT PCR
Prospectivo años
2020 día 16
mar
Clin Infect Casos y
22 (37) - China 208 Nr Nr 100% 100% Elisa RT PCR
Dis control
2020
Nr: no reporta.
5 estudios de series de casos y transversales fueron evaluados por medio de la
herramienta Joanna Briggs Institute y se encontró que tres de ellos aprobaron el40 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
cuestionario para considerar sus resultados como válidos y dos no aprobaron indicando
alto riesgo de sesgo.
Se evaluaron 29 estudios con metodología de pruebas diagnósticas en búsqueda de la
presencia de sesgos y calificación de aplicabilidad por medio de la herramienta Quadas –
2 que puede ser apreciada en la tabla 3 y tabla 4, y expresadas en proporciones en la
figura 2.
Los estudios hechos en población adulta muestran una cierta tendencia a mayores
errores metodológicos, se encontró que los errores más frecuentes o con mayores dudas
sobre su ocurrencia fueron, ensamblar diseños clásicos de casos y controles, ausencia
de independencia y enmascaramiento entre la prueba bajo estudio y el estándar de
referencia.
Se considero que en los estudios para el ítem de selección de pacientes riesgo de sesgo
bajo fue 44.8 %, para el riesgo alto de 37.9 % y no fue claro en el 17.2 %; para el ítem de
prueba índice el riesgo de sesgo bajo fue 24.1 %, riesgo alto de 41.3 % y no fue claro en
34.4 %, para el ítem de estándar de referencia el riesgo de sesgo bajo fue de 34.4 %,
riesgo alto 17.2 % y no fue claro el riesgo en el 48 % de los casos, para el ítem de flujo
de pacientes el riesgo de sesgo bajo fue de 93.1 % y riesgo alto 6.8 %.
Tabla 3: calificación de principales sesgos evaluados y niveles
estimados de evidencia en 29 artículos revisados críticamente en
relación con el rendimiento operativo de las pruebas para el
diagnóstico de COVID 19 (QUADAS 2 -dominios)
Sesgos
Consecutivo Referencia
Selección de Prueba estándar de Flujo de
pacientes índice referencia pacientes
1 68
No claro Alto Alto Alto
2 57
Alto Alto No claro Bajo
3 69
No claro Bajo Bajo Bajo
4 70
Alto Alto No claro Bajo5 71
Bajo Alto Bajo Bajo
6 72
Alto Alto No claro Bajo
7 74
Alto Alto No claro Bajo
8 75
Bajo No claro No claro Bajo
9 76
Bajo No claro No claro Bajo
10 77
Alto Alto Alto Bajo
11 78
Alto No claro No claro Bajo
12 79
Bajo Bajo Bajo Bajo
13 80
Bajo No claro Bajo Bajo
14 81
Alto Alto No claro Bajo
15 82
No claro Alto No claro Bajo
16 83
No claro Bajo Bajo Bajo
17 84
Alto Bajo Bajo Bajo
18 85
Alto Alto No claro Bajo
19 59
Alto No claro No claro Bajo
20 60
Bajo No claro Alto Bajo
21 61
No claro Alto Alto Bajo
22 62
Bajo No claro No claro Bajo
23 86
Bajo Alto Alto Bajo
24 63
Bajo Bajo Bajo Bajo
25 64
Bajo No claro No claro Bajo
26 87
Bajo Bajo Bajo Bajo
27 88
Bajo Bajo Bajo Bajo
28 37
Alto No claro Bajo Alto
29 65
Bajo No claro No claro Bajo
Tabla 4: calificación de aplicabilidad en 29 artículos revisados
críticamente en relación con el rendimiento operativo de las pruebas
para el diagnóstico de COVID 19. (QUADAS 2 -dominios)
Selección de Prueba estándar de
Consecutivo Referencia
pacientes índice referencia
1 68
Bajo Bajo Bajo
2 57
Alto Alto Bajo
3 69
No claro Bajo Bajo
4 70
No claro Alto Bajo
5 71
Bajo Bajo Bajo
6 72
Bajo No claro Bajo
7 74
No claro Bajo Bajo
8 75
Bajo No claro Bajo42 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
9 76
Bajo No claro Bajo
10 77
Bajo Bajo Bajo
11 78
Bajo Bajo Bajo
12 79
Bajo Bajo Bajo
13 80
Bajo Bajo Bajo
14 81
Alto Bajo Bajo
15 82
No claro Bajo Bajo
16 83
No claro Bajo Bajo
17 84
Bajo Bajo Bajo
18 85
No claro Alto Bajo
19 59
Bajo Bajo Bajo
20 60
Bajo Bajo Bajo
21 61
No claro Bajo Bajo
22 62
Bajo Bajo Bajo
23 86
Bajo Bajo Bajo
24 63
Bajo Bajo Bajo
25 64
Bajo Bajo No claro
26 87
Bajo Bajo Bajo
27 88
Bajo Bajo Bajo
28 37
No claro No claro Bajo
29 65
Bajo Bajo No claro
Figura 2: proporciones calificaciones sesgos y aplicabilidad de los
estudios incluidos. (QUADAS 2)Análisis integrativo del rendimiento de las pruebas en el diagnóstico de COVID 19
En el (13/22) 59% de los estudios que evaluaron pruebas serológicas usaron ambos
anticuerpos (IgM/IgG) y el restante 40.9% (9) solo IgG, el 31.8 % (7) fueron pruebas de
inmunocromatográfica que hacen parte de las pruebas POC (point of care), la prueba de
referencia para todas las pruebas serológicas fue la RT- PCR.
La mediana de sensibilidad entre los días 5 a 10 fue de 47 %, después del día 10 pero
antes del día 14 de 81 % y después del día 14 fue de 96 %
De importancia hay que mencionar que los datos de sensibilidad más altos se obtuvieron
de muestras tomadas después del día 10 y 14 de inicio de la enfermedad, la prueba
COVID – presto evaluó el rendimiento durante diferentes intervalos de días con
sensibilidades del 35 % entre el día 0-5, 81 % entre el día 11-15 y 99 % después del día
1573. La prueba Inmunoensayo rápido después del día 14 sensibilidad del 94 %75. La
prueba IgG SARS-CoV2 después del día 7 con sensibilidad superior al 97 %82. Las
pruebas de Epitope y Euroimmun con sensibilidad antes del día 7 menor al 3 % aunque
después del día 14 con 88 % y 97 % respectivamente.44 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
Cuando se evaluó el rendimiento de los LR en las pruebas de anticuerpos se encontró el
mejor rendimiento en las siguientes pruebas: COVID-PRESTO ® Dia 6-10 con un LR (+)
de 58 y un LR (-) de 0.9, COVID-PRESTO ® Dia >15 con un LR (+) de 99 y un LR (-) de
0.1, COVID-DUO ® Dia 11-15 con un LR (+) de 81 y un LR (-) de 0.18, Inmunoensayo
rápido >14 días con un LR (+) de 94 y un LR (-) de 0.05, Encode SARS-CO2 IgM/IgG con
un LR (+) de 93 y un LR (-) de 0.07, Biotech Test rápido IgG/igM Dia >10 con un LR (+)
de 95 y un LR (-) de 0.04, la mayoría de pruebas de anticuerpos coinciden en que la
toma de la prueba es superior a los 10 días de iniciado los síntomas.
El rendimiento de las pruebas moleculares no se pudo obtener de todos los estudios, sin
embargo, de manera general la especificidad supera el 90 % en la mayoría de los
estudios con excepción de un solo estudio que mostro un 73 %, el rango de sensibilidad
para las muestras respiratorias va desde 28.6% hasta 99 %, la sensibilidad más alta se
correlaciona con los estudios que evaluaron muestras respiratorias (esputo, saliva)
Cuando se compararon diferentes muestras se encontró que la mediana de sensibilidad
para muestras faríngeas fue de 88 %, para muestras de heces 45 %, suero 22 % y 0 para
muestras de orina; para todas estas muestras se mantuvo una especificidad superior a
98 %.
Tres estudios evaluaron el rendimiento de la RT-PCR en diferentes muestras tanto
respiratorias como no respiratorias, uno de estos resultados hace parte del estudio de
Zheng, et al. cuyo mejor rendimiento fue representado por las muestras respiratorias por
encima de las séricas y de heces.
Cuando se evaluó el rendimiento de los LR en las pruebas moleculares se encontró el
mejor rendimiento en las siguientes pruebas: qRT-PCR Respiratoria Semana 1 con un
LR (+) de 74.5 y un LR(-) de 0.05, RT-PCR Cepheid Xpert Xpress nasofaríngea con un
LR (+) de 87.7 y un LR (-) de 0.12, Abbott ID NOW COVID-19 nasofaríngea con un LR
(+) de 91 y un LR (-) de 0.09, y por ultimo GenMark ePlex SARS-CoV-2 Test
nasofaríngea con un LR (+) de 98 y un LR(-) de 0.02.
El rendimiento de las pruebas moleculares se expresa en la tabla 5 y el de las pruebas
serológicas en la tabla 6.
Tabla 5: rendimiento diagnostico pruebas moleculares para el diagnóstico
de infección por SARS CoV-2Índice
Numero Referencia Prueba molecular Sensibilidad Especificidad LR+ LR- DOR
Kappa
1 (57) RT-LAMP Nasal y faríngeo 80% 73% 2.96 0.27 10.96 -
RT-PCR Esputo Inducido 28.6% NR NR NR NR -
2 (58)
RT-PCR Frotis faríngeo 5.4% NR NR NR NR -
3 (66) RT-PCR Esputo/Saliva 95% 99% 95 0.05 1900 -
qRT-PCR Respiratoria Ingreso 100% 99% NR NR NR -
qRT-PCR Respiratoria Semana 1 95% 98% 74,5 0,05 1490 -
qRT-PCR Respiratoria Semana 2 82% 98% 41 0,18 227 -
qRT-PCR Respiratoria Semana 3 72% 98% 36 0,28 128 -
qRT-PCR Respiratoria Semana 4 54% 98% 27 0,46 58 -
qRT-PCR Heces Ingreso 59% 98% 29,5 0,41 71 -
qRT-PCR Heces Ingreso Semana 1 39% 98% 19,5 0,62 31 -
qRT-PCR Heces Ingreso Semana 2 47% 98% 23,5 0,53 44 -
qRT-PCR Heces Ingreso Semana 3 45% 98% 22,5 0,55 40 -
qRT-PCR Heces Ingreso Semana 4 35% 98% 17,5 0,65 26 -
4 (29)
qRT-PCR Suero Ingreso 41% 98% 20,5 0,59 34 -
qRT-PCR Suero Semana 1 14% 98% 7 0,87 8 -
qRT-PCR Suero Semana 2 23% 98% 11,5 0,77 14,9 -
qRT-PCR Suero Semana 3 22% 98% 11 0,78 14 -
qRT-PCR Suero Semana 4 9% 98% 4,5 0,91 4,9 -
qRT-PCR Orina Ingreso 41% 98% 20,5 0,59 34 -
qRT-PCR Orina Semana 1 0% 98% 0 0 0 -
qRT-PCR Orina Semana 2 2% 98% 1 1 1 -
qRT-PCR Orina Semana 3 0% 98% 0 0 0 -
qRT-PCR Orina Semana 4 0% 98% 0 0 0 -
RT PCR Abbot ID now nasofaríngea
5 (59) diasorin ximplexa nasofaríngea NR 99% NR NR NR NR
roche nasofaríngea
6 (60) CDC COV vs Abbot ACOV nasofaríngea NR NR NR NR NR NR46 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
CDC COV vs Abbot IDNOW nasofaríngea
Abbot ACOV vs Abbot IDNOW
nasofaríngea
Abbot ACOV vs CDC COV vs Abbot IDNOW
nasofaríngea
7 (61) RT-PCR Accula vs SHC-LDT nasofaríngea NR 99% NR NR NR 0.74
Cepheid Xpert Xpress nasofaríngea
8 (62) NR 99% NR NR NR NR
Abbott ID Now SARS-CoV-2 nasofaríngea
9 (63) RT-PCR Xpert Xpress SARS-COV2 NR 99% NR NR NR NR
RT-PCR CDC modificado nasofaríngea 0.98
Diasorin Molecular nasofaríngea 1
10 (64) NR NR NR NR NR
GenMark nasofaríngea 0.96
Hologic nasofaríngea 0.96
RT-PCR Cepheid Xpert Xpress nasofaríngea 87.7% 99% 87,7 0.12 730 0.98
11 (65) Abbott ID NOW COVID-19 nasofaríngea 91.4% 99% 91 0.09 1011 0.87
GenMark ePlex SARS-CoV-2 Test
98.3% 99% 98 0.02 4900 0.91
nasofaríngea
MT-PCR AusDiagnostics VS RT-PCR
12 (67) NR 99% NR NR NR NR
Oro/Nasofaringeo
NR: no reporta.
Tabla 6: rendimiento diagnostico pruebas serológicas para el diagnóstico
de infección por SARS CoV-2
Numero Referencia Prueba serológica Sensibilidad Especificidad LR+ LR- DOR
Maglumi SNIBE igG 70.1% 35.05 0.31 113.06
Euroinmun IgG 82.5% 41.25 0.18 229.16
Abbott Ab IgG 84.5% 42.25 0.16 264.06
Roche IgG 83.5% 41.75 0.17 245.58
1 (68) 98%
Epitope IgG 85.6% 42.8 0.15 285.33
Liaison IgG 81.4% 40.7 0.19 214.21
Biosensor IgG 64.9% 32.45 0.36 90.1
LIPS S-RBD IgG 84.5% 42.25 0.16 264.06LIPS IgG 98% 49 0.02 2450
GICA IgM 50.9% 90.2% 5.19 0.54 9.61
2 (69) Elisa IgM 76.9% 90.2% 7.85 0.26 30.1
Elisa IgG 76.9% 95.1% 15.69 0.24 190.37
Maglumi IgG 82% 93% 10.63 0.19 55.9
3 (70)
Maglumi IgM 83% 88% 6.79 0.19 35.7
Abbot CLIA IgG 81.8% 98% 40.9 0.19 215.2
EuroInmun Elisa IgG 78.3% 95.8% 18.64 0.23 81.04
4 (71) LFIA IgG 78.3% 98% 39.15 0.22 177.9
LFIA IgM 81.8% 95.8% 19.48 0.19 102.5
Euroinmun IgA 86.7% 78.9% 4.11 0.17 24.1
COVID-PRESTO ® Dia 0-5 10% 0.9
10 11
COVID-PRESTO ® Dia 6-10 58.14% 0.9
58 64
Pickering+E19+E24 69.23%
69 0.31 222
COVID-PRESTO ® Dia >15 99%.
99 0.1 990
5 (72) 99%
COVID-DUO ® Dia 0-5 35.71%
35.7 0.64 55.7
COVID-DUO ® Dia 6-10 35.71%,
35.7 0.64 55.7
COVID-DUO ® Dia 11-15 81.82%
81 0.18 5.55
COVID-DUO ® Dia >15 99%
99 0.1 990
6 (73) Prueba rapida IgM/IgG 50% 98.9% 45.5 0.51 89.2
Inmunoensayo rápido <14 días 85.8% 99% 85.8 0.14 612.85
7 (74)
Inmunoensayo rápido >14 días 94.9% 99% 94.9 0.05 1898.
Sienna® 64.4% 75% 2.58 0.47 5.48
8 (75) Wondfo® 45.2% 81.8% 2.48 0.67 3.70
Prometheus® 75.5% 12.5% 0.86 1.96 0.43
Roche Ig totales 71.8% 100% 71 0.28
253
Abbott IgG 70.9% 99.1% 80.1 0.29 276.20
Diasorin IgG 63.2% 99.1% 74.1 0.37 200.27
9 (76)
Snibe/Maglumi 68.6% 96.5% 19.4 0.33 58.78
Euroimmun IgG NCP 73.1% 94.7% 13.8 0.28 49.28
Euroimmun IgG S1 64.6% 96.5% 18.2 0.37 49.1848 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
Mikrogen IgG 70.5% 96.5% 19.9 0.31 64.19
CTK Biotech Test rápido IgG/IgM 88.2% 94% 0.13 113.07
14.7
10 (77)
Encode SARS-CO2 IgM/IgG 93.4% 99% 0.07 1334
93.4
11 (78) Acro bitech rapida IgM/IgG 37% 94% 6.17 0.67 9.20
12 (79) Abbott ARCHITECT IgG 66.7% 100% 66 0.33 200
ELISA Euroimmun IgG 81.5% 100% 81 0.19 426
13 (80)
ELISA Euroimmun IgA 93.1% 80.6% 4.8 0.09 53.3
IgM Sars-cov2 Dia <7 82.54% 30.91/161.18 0.18 171.7/895.4
97.33%
Hospitalizados/
IgM Sars-cov2 Dia 7-14 92.93% 34.81/182.22 0.07 497.2/2603
99.49% no
hospitalizados
IgM Sars-cov2 Dia >14 84.62%. 31.69/165.92 0.16 198/1037
14 (81)
IgG Sars-cov2 Dia <7 80.95% 31.5/95.24 0.19 165.7/501.2
97.43%
hospitalizados/
IgG Sars-cov2 Dia 7-14 97.98% 38.12/115.27 0.02 1906/57635
99.15% no
hospitalizados.
IgG Sars-cov2 Dia >14 99.15%. 38.58/116.65 0.01 3858/11665
Abbott IgG 81.8%. >98% 40.9 0.19 215.2
Euroimmun ELISA IgG 78.3% >95.8% 18.64 0.23 81.04
Euroimmun ELISA IgA 86.7% 78.9% 4.11 0.17 24.1
15 (82) Euroimmun ELISA IgG/IgA 87.4%. NR NR NR NR
LFIA NG-Test® IgG 78.3% >98% 39.15 0.22 179.5
LFIA NG-Test® IgM 81.8% 95.8% 19.49 0.19 102.5
LFIA NG-Test® IgG/IgM 81.8%. NR NR NR NR
Abbott IgG 95.1% 80.5% 0.06 81.3
4.88
Euroimmun ELISA IgG 86.6% 87.8% 0.15 47.3
7.1
Diasorin liaison IgG 94.9% 43.8% 0.12 14.08
1.69
16 (83) Acro biotech IgG 74.4% 69.5% 0.37 6.59
2.44
Acro biotech IgM 69.5% 46.3% 0.66 1.95
1.29
Xiamen IgG 97.5% 71.9% 0.03 116.3
3.49
Xiamen IgM 88.8% 81.3% 0.14 33.9
4.75
Biotech Test rápido IgG/igM Dia
93.4% 100% 0.07
<10 93 1328
Biotech Test rápido IgG/igM Dia
17 (84) 95.8% 100% 0.04
>10 95 2375
Abbott IgG Dia <10 88.7% 100% 88 0.11 800Abbott IgG Dia <10 95.8% 100% 95 0.04 2375
IgG Abbott Dia<7 10.5% 100% 10.5 0.9 11.6
IgG Abbott Dia>14 92.9% 100% 92 0.07 1314
Epitope Dia<7 2.6% 100% 2.6 0.97 2.6
Epitope Dia >14 88.1% 100% 88 0.12 733
18 (85)
Euroimmun Dia<7 0% 100% 0 1 0
Euroimmun Dia>14 97.68% 100% 97 0.02 4850
Ortho-Clinical Dia <7 2.6% 99.3% 0.98 3.78
3.71
Ortho-Clinical Dia >14 98.8 % 99.3% 0.01 14100
141
IgM Sars-cov2 One Step Semana
7.8% 98% 3.9 0.94 4.14
<1
IgM Sars-cov2 One Step Semana
48% 98% 24 0.53 45.28
1-2
IgM Sars-cov2 One Step Semana
95.8% 98% 47.9 0.04 1197.5
>2
19 (86)
IgG Sars-cov2 One Step Semana
3.3% 98% 1.65 0.99 1.6
<1
IgG Sars-cov2 One Step Semana
8% 98% 4 0.94 4.25
1-2
IgG Sars-cov2 One Step Semana
62.5% 98% 31.25 0.38 82.2
>2
Anti-NP IgG Dia>14 94% NR NR NR NR
Anti-NP IgM Dia>14 88% NR NR NR NR
20 (87)
Anti-RBD IgG Dia>14 100% NR NR NR NR
Anti-RBD IgM Dia>14 94% NR NR NR NR
Elisa IgM/IgG Dia 7 50% 94.3% 8.77 0.53 16.54
21 (88) Elisa IgM/IgG Dia 11 81% 94.3% 14.21 0.2 71.05
Elisa IgM/IgG Dia 16 99% 94.3% 17.54 0.01
1750
Elisa IgA 93.3 % 99% 93.3 0.07 1332
Elisa IgA Dia 7 92.7% 99% 92.7 0.07 1324
22 (37) Elisa IgM 90.4 % 99% 90.4 0.1 904
Elisa IgM Dia 5 85.4% 99% 85.4 0.15 569.3
Elisa IgG Dia 14 92.7% 99% 92.7 0.07 1324
NR: no reporta.50 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
Discusión
9.
La infección por SARS CoV-2 que genera la COVID 19 ha sido un gran problema de
salud pública relacionado con la alta transmisibilidad y letalidad, que ha requerido
intervenciones nacionales e internacionales con gran impacto económico, social y
sanitario. Parte del cómo se ha afrontado la pandemia viene del reto de hacer el
diagnostico tanto en sintomáticos como en asintomáticos por lo que el papel de las
pruebas diagnósticas es crucial. Luego de que el 11 de marzo se declarara la infección
por COVID 19 como pandemia, el incremento de casos en todo el mundo fue rápido,
hasta llegar el 6 de marzo a confirmarse el primer caso en nuestro país (Colombia) en la
ciudad de Bogotá por medio de la prueba de RT-PCR en muestra respiratoria, se acogió
el protocolo del Instituto de Virología Charité de Berlín por indicación de la Organización
Panamericana de la Salud49
Para definir la realización de pruebas diagnósticas el Instituto Nacional de Salud definió
caso sospechoso inicialmente a individuos con sintomatología respiratoria con dos o más
de los siguientes (fiebre, tos, disnea, odinofagia, fatiga, adinamia, síntomas
gastrointestinales) con contacto estrecho con individuo en áreas donde se había
documentado la infección, sin embargo, luego de que se definió la circulación viral dentro
del país, se retiró este nexo epidemiológico de la definición, luego de considerar caso
sospechoso se procede a realización de prueba diagnóstica, teniendo la disponibilidad de
hacer prueba molecular (RT-PCR), serológica y de antígeno. Al inicio de la pandemia
tanto en el mundo se disponía solo de la prueba molecular, luego llegan las pruebas
serológicas y por último las pruebas de antígeno57
En nuestra revisión encontramos que la prueba estándar de referencia son las pruebas
moleculares, específicamente la RT-PCR, las diferentes plataformas de PCR se
compararon con esta prueba con alta especificidad (>98 %) y con sensibilidad variable
relacionado con diferentes factores, inicialmente con el tipo de muestra como lo registra
los siguientes autores de estudios incluidos en nuestros análisis como Zheng, et al.
indicando que la muestra respiratoria tiene mejor sensibilidad (54 A 99 %), la tecnología
RT-LAMP como lo registro Österdahl, et al.57 con sensibilidad del 80 % y por otro lado
plataformas como GenMark ePlex con sensibilidad del 98.3 % en el estudio de Zhen, et
al.64 Esto coincide con muchas de las publicaciones, las cuales soportan lasrecomendaciones de las diferentes guías internacionales como la OMS y los CDC donde
recomiendan el uso de RT-PCR en sus diferentes plataformas validadas como las
pruebas de identificación múltiple (varios patógenos) autorizados por la FDA13. Böger B,
et al muestran en un metaanálisis con variabilidad en la sensibilidad de la RT-PCR según
la muestra clínica estudiada, lavado bronco alveolar con 93 %, aspirado bronquial o
esputo 72 %, hisopado nasofaríngeo 63%, e hisopado orofaríngeo 32 %90, hallazgos que
concuerdan con lo encontrado por Zou L, et al. quien indica que se detectan cargas
virales más altas con muestras obtenidas por hisopado nasofaríngeo cuando se
compararon con muestras obtenidas por hisopado orofaríngeo, nuestro estudio no
encontró muchos estudios que compararan este rendimiento91
Otro factor que modifica el rendimiento de la RT-PCR es la edad como lo mostro Liu, et
al. que en los mayores de 70 años la sensibilidad fue de 76 % y en menores de 30 años
bajó hasta un valor de 38.83 %88, sin embargo, los estudios que evaluamos no hacen
diferenciación con este parámetro.
Respecto a las pruebas serológicas hubo dificultades en definir cual tenía mejor
rendimiento, y ante la falta de disponibilidad de pruebas diagnósticas la FDA indica que la
implementación de estas pruebas se debe basar en los resultados de cada casa
productora ya que no hay la posibilidad de hacer validaciones, dificultando aún más la
decisión por cada país para seleccionar las diferentes pruebas en el mercado. En esta
revisión se encontró información importante ya que la mayoría de los estudios evaluó
diferentes técnicas, como diferentes momentos de la toma de la prueba serológica antes
del día 7, entre el día 7 y 14 y después del día 14. Uno de ellos es el estudio de Guo L, et
al.37 que evaluó el perfil inmunológico de los pacientes con infección por SARS-CoV-2,
demostró que a partir del día 7 de síntomas en la mayoría de los casos se evidenció un
aumento de la IgM y el aumento de la IgG. Prazuck, et al. también encontró sensibilidad
del 100 % luego del día 14, Qian, et al. muestra sensibilidad de IgG del 100 % luego del
día 1472.
Por otro lado, Lei-Liu et al. demostraron que al combinar la RT-PCR y anticuerpos
optimiza el rendimiento diagnóstico de la RT-PCR como prueba única debido
principalmente a un aumento de la sensibilidad al hacer las 2 pruebas en paralelo88
Estos hallazgos coinciden con las recomendaciones internacionales, los CDC no
recomiendan la realización de anticuerpos como única base de diagnóstico y debería52 Evaluación de pruebas diagnósticas en infección por SARS CoV-2 / COVID 19
en adultos
usarse en individuos con enfermedad tardía combinando la realización de prueba
molecular30 al igual que en las recomendaciones nacionales del consenso colombiano
para atención, diagnostico y manejo de la infección por SARS CoV-2/COVID-1989
En Colombia, Mercado, et al. validaron múltiples pruebas rápidas de anticuerpos IgM/IgG
en individuos sintomáticos, al menos 5 de estas validaciones, entre 8 y 11 días, y luego
de 11 días de inicio de los síntomas comparado con RT-PCR. Tres de ellas mostraron un
rendimiento con sensibilidad mayor del 80 % en pacientes con más de 10 días de
síntomas92-96.
Conclusiones
10.
La infección por SARS Cov-2 y la enfermedad COVID 19 constituyen en la medicina
actual y especialmente en la salud publica la patología de mayor interés. Es tal su
magnitud que muchas de las estrategias de control de transmisibilidad como inicio y retiro
de aislamiento, cirugía electiva, ingreso hospitalario para quimioterapia u otras
intervenciones medico quirúrgicas dependen del diagnóstico y así mismo de la utilización
de pruebas diagnósticas.
Durante el año 2020 se ha visto un elevado número de publicaciones en todo el mundo
que han guiado la toma de decisiones a partir de cada uno de sus resultados.
En esta revisión solo se incluyen pacientes con síntomas, varios de los estudios
revisados no caracterizaron adecuadamente su población, lo que aumenta laheterogeneidad de los resultados, limitando así definir si son extrapolables los datos en
nuestro medio. Casi la mitad de los estudios tuvo riesgo de sesgo en los diferentes ítems
evaluados, indicando que no fueron claramente descritos los elementos metodológicos
tanto del tipo de pacientes, los grupos de control, el estándar de referencia y como se
manejaron tanto las pruebas a procesar y su interpretación si estaban enmascaradas o
no. Sin embargo, la RT-PCR desde el comienzo de la pandemia se ubica como prueba
de referencia, aunque no cumpla con la definición de ser Gold estándar. Las pruebas
moleculares en general modifican su rendimiento en relación con múltiples factores como
el tipo de muestra, el momento de la toma, la edad y la gravedad de la enfermedad. Los
estudios reafirman su utilidad como prueba más importante en pacientes sintomáticos
después de 7 días. Las pruebas serológicas son de apoyo en enfermedad tardía (más de
11 días de inicio de síntomas) y deben combinarse con la prueba molecular, entendiendo
que no son de utilidad antes del día 7 lo que genera claramente confusión al profesional
de la salud que lo solicita o interpreta de forma incorrecta. Estas conclusiones aun con
sus limitaciones han permitido generar recomendaciones en todo el mundo, y para el
caso de Colombia con el trabajo conjunto entre la ACIN (Asociación Colombiana de
Infectología) y el Instituto de evaluación de tecnologías en salud (iETS) se han generado
y actualizado las recomendaciones a través del consenso colombiano para la atención,
diagnóstico y manejo de la infección por sars-cov-2/COVID-19 en establecimientos de
atención de la salud. Este esfuerzo mancomunado en el cual han participado más de 48
asociaciones y sociedades científicas y cerca de 199 expertos, entre los cuales se
destaca el aporte de los estudiantes, profesores y egresados del programa de
infectología de la Universidad Nacional de Colombia, en diferentes áreas del
conocimiento han liderado en Latinoamérica su postura desde el comienzo de la
pandemia sobre cómo usar las diferentes pruebas para el diagnóstico de la
infección/enfermedad por COVID-19, como un aporte a las medidas para enfrentar la
pandemia a nivel nacional.Bibliografía
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