Caracterización molecular de deleción de IKZF1 y otros genes en niños con Leucemia Linfoblástica Aguda de precursores B
Autor: Martínez Gutiérrez, Cindy Nathalie
Asesor: Sarmiento Urbina, Isabel Cristina
Fecha: 2021-02-28
Programa: Bogotá - Medicina - Especialidad en Oncohematología Pediátrica
Facultad: Facultad de Medicina

Resumen: Las deleciones de IZF1 y algunos otros genes se han asociado con mal pronóstico. Este estudio tiene como objetivo describir la frecuencia de deleciones de IKZF1, CDKN2A, CDKN2B, PAX5, RB1, BTG1, ETV6, EBF1, JAK2, P2RY8, CSF2RA, ILR3A en una cohorte de pacientes pediatricos con diagnóstico de LLA-B en un centro de referencia. Las deleciones se evaluaron mediante técnica de MLPA. Se recolectaron pacientes entre 2018-2020, en total 117 pacientes con diagnóstico de LLA-B en la Fundación Hospital Pediátrico La Misericordia

Caracterización molecular de deleción de IKZF1 y
otros genes en niños con Leucemia Linfoblástica
Aguda de precursores B
Cindy Nathalie Martínez Gutiérrez
Universidad Nacional de Colombia
Facultad de Medicina, Departamento de Pediatría
Bogotá, Colombia
2021Caracterización molecular de deleción de IKZF1 y
otros genes en niños con Leucemia Linfoblástica
Aguda de precursores B
Cindy Nathalie Martínez Gutiérrez
Trabajo de investigación presentado como requisito parcial para optar al título de:
Especialista en Oncohematología Pediátrica
Directora:
Doctora Isabel Cristina Sarmiento Urbina
Oncohematóloga Pediatra
Especialista en Epidemología
Profesora Asistente Departamento de Pediatría
Universidad Nacional de Colombia
Codirectora temática:
Doctora Adriana Linares Ballesteros
Oncohematóloga Pediatra
Profesora Titular Departamento de Pediatría
Universidad Nacional de Colombia
Codirectora experimental:
Doctora Luz Karime Yunis
Genetista
Estudiante Doctorado en Oncología
Universidad Nacional de Colombia
Universidad Nacional de Colombia
Facultad de Medicina, Departamento de Pediatría
Febrero 2021
Bogotá, Colombia
2Tabla de contenido
Introducción .................................................................................................................. 4
Marco teórico ................................................................................................................ 6
Gen IKZF1 .............................................................................................................................. 6
Ikaros en leucemia ................................................................................................................ 6
Pérdida de la función de Ikaros .............................................................................................. 7
Asociación de deleción de IKZF1 con resistencia a la terapia .................................................. 7
Estudios de deleción de IKZF1 ................................................................................................ 8
Deleción CDKN2A/B ............................................................................................................... 9
Deleción de otros genes ........................................................................................................ 9
Justificación del problema ........................................................................................... 11
Objetivos ..................................................................................................................... 12
Metodología ............................................................................................................... 13
Materiales y métodos .......................................................................................................... 13
Descripción de variables ...................................................................................................... 13
Recolección de la muestra ................................................................................................... 16
Consideraciones éticas ........................................................................................................ 17
Análisis estadístico .............................................................................................................. 17
Discusión ..................................................................................................................... 26
Conclusiones ................................................................................................................ 28
Bibliografía ................................................................................................................. 29
3Introducción
La leucemia linfoblástica aguda (LLA) es el cáncer mas común en la población pediátrica.
En Estados Unidos, la incidencia es aproximadamente de 30 casos por millón en personas
menores de 20 años, con un pico de presentación entre los 3 a 5 años. 1 En Colombia,
según datos publicados por la Cuenta de Alto Costo, cada año hay 764 casos nuevos de
cáncer en niños y 558 en niñas, siendo la leucemia aguda el tumor maligno más
frecuentemente reportado2.
En los últimos 50 años, la sobrevida de los pacientes con LLA ha aumentado
significativamente. Algunos estudios en paises desarrollados, han demostrado sobrevidas
entre el 80 y 90% de los casos. La mejoría significativa de la sobrevida se debe, entre otros,
a i) mejor cuidado de soporte, y ii) terapia dirigida a pacientes según su asignación de riesgo
basada en características biológicas y riesgo de recaída. 3 En Colombia, los datos del
Registro de Cáncer de Cali, muestran sobrevida apenas del 41% en pacientes
diagnosticados con LLA entre 1994 a 2003, explicado por el pobre acceso al sistema de
salud, limitaciones en el registro de los pacientes, baja intensidad del tratamiento y
toxicidad secundaria al mismo. En el estudio de Trujillo et al, realizado en HOMI Fundación
Hospital de la Misericordia, se encontró que la sobrevida libre de evento a dos años fue del
73,3% con el protocolo BFM – ALLIC 2009. 4
Algunos factores genéticos están asociados con características de pronóstico, dentro de
estas alteraciones genéticas se encuentran aneuploidia (alteraciones en el número de
cromosomas), traslocaciones recurrentes y mutaciones puntuales. 1,5 En el grupo de las
aneuploidias, entre el 25 y el 30% de los casos de LLA B se presenta hiperdiploidia, este
subtipo está asociado con buen pronóstico. Por el contrario, hipodiploidia se encuentra
entre el 1 y el 2% de los pacientes, y se asocia con mal pronóstico. 5 En cuanto a las
traslocaciones recurrentes, la más frecuente de ellas es t(12;21)(p13;q22) que involucra los
genes ETV6-RUNX1 asociada con pronóstico favorable. También se pueden encontrar otras
traslocaciones como t(1;19)(q23;p13) que involucra TCF3-PBX1 asociada con mayor riesgo
de recaída en sistema nervioso central. La traslocación t(9;22)(q34;q11.2) resulta en la
formación del cromosoma Filadelfia, en donde se encuentra la fusión BCR-ABL1 que
produce la activación constitutiva de receptor tirosin kinasa,6 se encuentra en un grupo de
pacientes con alto riesgo, aunque el pronóstico ha mejorado con el uso de inhibidores de
tirosin kinasa. El gen KMT2A (MLL) puede tener rearreglos con mas de 80 compañeros de
fusión, siendo t(4;11)(q21;q23) el mas común que involucra KMT2A-AFF1, esta traslocación
es frecuente en pacientes lactantes y se asocia con mal pronóstico. 5,7
Actualmente existen diferentes protocolos de tratamiento de acuerdo a varios grupos de
investigación como son BFM (Berlin-Frankfurt-Münster), COG (Children´s Oncology
Group), MRC (Medical Research Council) con resultados de sobrevida libre de recaída por
encima del 85%, estas estrategias terapéuticas han mejorado sus resultados ofreciendo
4terapia dirigida de acuerdo a la clasificación de riesgo, dentro de los criterios de asignación
de riesgo se incluyen características genéticas. En Colombia, desde el año 2013 según la
Guía de Práctica Clínica para la detección oportuna, diagnóstico y seguimiento de leucemia
linfoide aguda y leucemia mieloide aguda en nños, niñas y adolescentes, se recomienda la
realización de cariotipo, estudio de t(9;22), t(1;19), t(12;21), t(4;11) por FISH y/o biología
molecular para los menores de 18 años con leucemia linfoide aguda. 8
Recientemente se ha descrito la asociación entre deleción de determinados genes con
pronóstico desfavorable, dentro de ellos se encuentran IKZF1, CDKN2A/B, PAX5, RB1,
ETV6, BTG1, y EBF1. 9,10 No se conoce en nuestra población la frecuencia de deleción de
IKZF1, CDKN2A, CDKN2B, PAX5, RB1, BTG1, ETV6, EBF1, JAK2, P2RY8, CSF2R y ILR3A, para
ello se hace necesario la evaluación de estas variantes mediantes técnicas de PCR, la
estandarización de pruebas, asi como, la correlación con hallazgos clínicos y evaluaciones
durante el tratamiento; este conocimiento podría aportar información últil para mejorar
los resultados en estos pacientes.
5Marco teórico
Gen IKZF1
El gen IKZF1 (Ikaros zinc finger 1) se encuentra localizado en el cromosoma 7q12.2, fue
identificado en 1992 como factor de transcripción para la maduración de linfocitos en
ratones. Está compuesto por 8 exones, tiene un tamaño de 6,2 kb y codifica para la proteína
Ikaros la cual es un factor de transcripción de 519 aminoácidos. El exón 1 no es codificante,
se encarga de regular la transcripción del gen junto con la región promotora, los exones 2,
3 y 7 no tienen funciones claras y los exones 4, 5 y 6 codifican los 4 dedos de zinc en
extremo amino terminal, los cuales son importantes para la unión al DNA y de esta forma
ejercer su función. El exón 8 codifica para 2 dedos de zinc en extremo carboxilo terminal
para formar dímeros con otros miembros de la familia Ikaros.11
Ikaros es una proteína importante en el desarrollo de linfocitos, así como para la
diferenciación mieloide, eritroide y megacariocítica12. Dentro de las funciones normales de
Ikaros se encuentra promover diferenciación, inhibir proliferación y controlar la migración
de las células hematopoyéticas.11
Ikaros además tiene función como supresor de tumores en LLA, esta función la ejerce por
medio de la unión a la región promotora de genes activadores recombinantes (rag), regula
positivamente la transcripción de rag1 y rag2. La sobreexpresión de RAG1 y RAG2
promueve los rearreglos del gen de cadena pesada de inmunoglobulina y de esta forma
interviene en la diferenciación de células B.11 Durante la diferenciación de linfocitos pre-
B, IKZF1 regula la transcripción de genes implicados en la señalización, supervivencia,
adhesión celular, así como PAX5 y EBF1.
Desde los años 1990 se describió la asociación entre mutaciones de IKZF1 o expresión
anormal de Ikaros con el desarrollo de leucemia. 11
Ikaros en leucemia
En pacientes con LLA- B se han encontrado las siguientes alteraciones:9
- La deleción de un alelo IKZF1 se detecta en 15% de los casos de leucemia
linfoblástica aguda B en pediatría, se han descrito mutaciones nonsense, así como
mutaciones en el marco de lectura. Esto lleva a haploinsuficiencia y a la expresión
de una forma funcionalmente inactiva.
- La deleción o mutación de una copia de IKZF1 se encuentra en 80% de los pacientes
con LLA con BCR-ABL.
6- La deleción o mutación de IKZF1 se encuentra en un tercio de los pacientes con LLA-
B BCR/ABL negativos
- La deleción de IKZF1 se encuentra asociada a translocaciones que comprometen
ETV6-RUNX1 en el 5%, rearreglo TCF3 en el 3%, rearreglo MLL en el 5%, en
pacientes con hiperdiploidia puede estar entre el 15 y 20% de los casos. 12
- Alteraciones en IKZF1 son prevalentes en pacientes con perfil de expresión
Filadelfia (Ph) like, se encuentra en aproximadamente el 70% de ellos. 12
- La deleción de IKZF1 no solo se encuentra en pacientes clasificados como riesgo
alto, también se puede encontrar en pacientes del subtipo de riesgo estándar. 12
- La deleción de IKZF1 podría ser un predictor independiente de mal pronóstico en
LLA-B. 10
Pérdida de la función de Ikaros
La pérdida de función de IKZF1 afecta diferentes genes en células leucémicas. Un grupo de
genes afectados se clasifican como transductores de señal como es el caso de c-Kit, Flt3,
IL7R. Además IKZF1 controla la expresión de receptores de superficie como CD34 y CD43
que le confiere ventaja para el crecimiento celular.12
Por otro lado, la deleción de IKZF1 está implicada en la alteración en la regulación de vías
metabólicas, como son los canales GLUT12. Además disminuye la expresión de CDKN1A Y
CDKN2A que son inhibidores de la progresión del ciclo celular12
Asociación de deleción de IKZF1 con resistencia a la terapia
La asociación de lesiones en IKZF1 con BCR-ABL resulta en menor respuesta al tratamiento,
se ha descrito que la perdida de función de IKZF1 contribuye a la resistencia de la terapia
con inhibidor de tirosin kinasa. Una de las causas puede ser la activación de moléculas de
adhesión que permiten la reubicación de células leucémicas en el nicho. Dentro de estas
moléculas se encuentran integrinas (ITGA5), CD90, FAK. Al activarse la vía de señalización
de integrina, se activa FAK que sirve para activación de genes y reorganización de
arquitectura de citoesqueleto12
Por otra parte, la deleción de IKZF1 media la resistencia de prednisolona en estudios in vivo
por medio de la activación de la vía PI3K/AKT/mTOR. 12
Se ha estudiado también que a deleción de BTG1 cuando se encuentra en pacientes con
deleción de IKZF1 se asocia a un mayor riesgo de recaída dada por resistencia aumentada
a los glucocorticoides, lo cual puede ser útil como factor pronóstico.12
7Estudios de deleción de IKZF1
En estudios reportados previamente se han reportado frecuencias de deleción de IKZF1
entre el 9,4% al 28,6%. En Estados Unidos, en el estudio de Mullighan et al se encontró
frecuencia de deleción del 28,6%. El grupo de Schawb et al en 2010 en Reino Unido, analizó
muestras de 43 pacientes encontrando deleciones de IKZF1 en 8 pacientes (18,6%). En
Alemania el grupo de Dorge et al, en 2013, encontró frecuencia de deleción en 12%. En
Japón, también en 2013, el grupo de Asai et at encontró frecuencia de deleción del 9,4%.
En Suecia, Ofverholm et al en 2013, encontró deleción de IKFZ1 en 9,4% de los pacientes.13
En India, el estudio realizado por Kumar et al, en 2016, evalúo 101 pacientes pediátricos y
adultos, mediante técnica MLPA (multiplex ligation -dependent proble amplification), se
encontró deleciones en 29 pacientes (28,7%). 15 pacientes fueron BCR-ABL positivo, de
este grupo 8 pacientes (53%) presentaron deleciones de IKZF1. En el subgrupo de pediatría
se encontró esta deleción en 20 pacientes (24%).14
En Latinoamérica, en un estudio realizado en México por Ruiz et al a 16 pacientes entre 13
y 60 años con diagnóstico de LLA, por medio de la técnica MLPA se evaluó la presencia de
deleciones de IKZF1. 7 (43%) de estos pacientes tenían presente la alteración. Al realizar la
correlación con otras traslocaciones se encontró en uno de los pacientes asociación con
t(9;22).15
Posteriormente se realizó en México otro estudio que incluyó 34 pacientes menores de 18
años tratados en dos centros de referencia en el periodo de un año, se encontró en 8
pacientes (20,6%) la deleción parcial o total de IKZF1 mediante la técnica de MLPA. 12
Además se encontró que de los 7 pacientes con hallazgo de deleción de IKZF1, 1 presentó
deleción de PAX5, 2 presentaron deleción de CDKN2A, CDKN2N, PAX5 y uno presentó
deleción de CDKN2A, CDKN2B, PAX5, RB1. En esta muestra no se encontraron deleciones
de EBF1, ETV6 o BTG1.13
Recientemente, en Costa Rica, el grupo de Granados et al, describió un grupo de 155
pacientes con diagnóstico de LLA-B diagnosticados entre 2011 a 2014 a quienes se les
realizó la prueba de MLPA al diagnóstico, encontrando 20 (12,9%) pacientes con deleción
de IKZF1, 2 de estos pacientes tuvieron además BCR-ABL positivo, 2 pacientes t(1;19), 1
paciente amplificación intracromosómica del cromosoma 21 (iAMP21), 1 paciente
hipodiploidia. Se encontró además asociación entre la deleción de IKZF1 con la clasificación
de alto riesgo y el riesgo de recaída.16
Por otra parte, se ha descrito un grupo de pacientes como “IKZF1 plus” el cual está asociado
a mal pronóstico, definido como la presencia de deleción de IKZF1 concomitantemente con
deleciones de CDKN2A/B, PAX5 o PAR1 detectado por la prueba MLPA, corresponde
aproximadamente al 6% de los pacientes con diagnóstico de LLA, se ha encontrado
asociación con recuentos altos de leucocitos al diagnóstico, compromiso de SNC, mala
respuesta a corticoide y enfermedad mínima residual positiva17, además se ha descrito que
8confiere mayor riesgo de recaída comparado con deleción de IKZF1 aislada18. En algunos
estudios se ha utilizado este grupo de alteraciones para la estadificación del riesgo como
en el estudio AEIOP-BFM ALL 2017 y en el estudio DCOG ALL11. 17
Recientemente se ha descrito un perfil de expresión génica conocido como Ph-like, el cual
tiene un comportamiento similar a pacientes con t(9;22) sin presentar la fusión BCR-ABL1.5
En este subgrupo de pacientes se pueden encontrar rearreglos en CRLF2, genes de clase
ABL, y genes implicados en la vía de señalización JAK-STAT. Aproximadamente el 15% de
los niños y adolescentes con diagnóstico nuevo de LLA B tienen esta alteración genética.10
Los pacientes que presentan estas alteraciones se asocian con niveles de enfermedad
mínima residual elevada y/o falla en el tratamiento.5 La presencia de deleción de IKZF1 en
pacientes con alteraciones en el perfil de expresión Ph like es frecuente.
Los pacientes con deleciones de IKZF1 se han asociado a mal pronóstico con diferentes
protocolos de tratamiento, la implicación clínica en pacientes con clasificación de riesgo
estándar o intermedio con deleción de IKZF1 podría ser ajustar la clasificación a alto riesgo,
pero la limitación es el aumento de la toxicidad asociada a los regímenes de alto riesgo.19,7
Deleción CDKN2A/B
La deleción de CDKN2A/B está presente en el 34% de los pacientes con diagnóstico de LLA,
CDKN2A y CDKN2B están localizados en el cromosoma 9p21.3. El gen CDKN2A codifica para
las proteínas p16 y p14, las cuales son reguladoras del ciclo celular. La proteína p16 tiene
función de supresión tumoral por inhibición del complejo kinasa dependiente de ciclina
4/ciclina D, el cual normalmente fosforila a RB1, resultando en progresión del ciclo celular.
El gen CDKN2B codifica para p15 el cual también tiene función de inhibición del ciclo
celular. 20
La mayoría de los pacientes que presentan deleción, la presentan en los dominios A y B,
esta deleción permite una progresión no controlada del ciclo ceular. Estos pacientes han
mostrado tener recuentos altos de leucocitos al diagnóstico, mayor tasa de falla en la
inducción, recaída y muerte.20,21 Esta deleción fue la alteración más frecuente en una
cohorte de pacientes del Reino Unido a quienes se les realizó prueba de MLPA 21
Deleción de otros genes
La deleción de RB1 se puede encontrar en el 9,3% de los pacientes con diagnóstico de LLA
y se ha asociado con falla en la inducción. Se ha descrito asociación de la deleción de este
gen con amplificación intracromosómica del cromosoma 21 (iAMP21), sin encontrar
significado pronóstico adicional.21
9La deleción de PAX5 se encuentra en el 31,5% de los casos, las deleciones parciales son
más frecuentes que las deleciones completas. PAX5 es un gen importante para la
diferenciación del linaje B, la deleción de este gen permite el desarrollo incompleto de
células B. 20 Se ha encontrado asociacion con recuentos altos de leucocitos al diagnóstico
21
ETV6 es un gen que codifica para una proteína factor de transcripción que se encuentra
involucrado en algunas traslocaciones presentes en LLA. La deleción de ETV6 se encuentra
del 12,7 al 22% de los pacientes, no se ha descrito asociación con desenlaces desfavorables
en LLA.20
La deleción de BTG1 se encuentra en el 11,7% de los pacientes con diagnóstico de LLA, por
si sola no se asocia con descenlaces desfavorables, pero al encontrarse junto con deleción
de IKZF1 se asocia con peor pronóstico y mayor riesgo de recaída.12,20
EBF1 es un gen que codifica para un factor de transcripción, la deleción de este gen se
encuentra en el 3,1% de los casos, se asocia con peor pronóstico, además se encuentra con
mayor frecuencia en pacientes con recaída de LLA. 20
10Justificación del problema
El diagnóstico molecular en LLA pediátrica, permite una adecuada asignación de riesgo y
tratamiento y así mejorar la sobrevida de estos pacientes. La deleción de IKZF1 es una de
las alteraciones moleculares que hacen parte del grupo de expresión génica denominado
Filadelfia (Ph) like. Entre el 15-20% de los pacientes con diagnóstico de leucemia
linfoblástica aguda B presentan deleción de IKZF1 que confiere mal pronóstico y pobre
respuesta al tratamiento. La presencia de otras deleciones en CDKN2A/B, PAX5, RB1, ETV6,
BTG1, EBF1 se asocia a mal pronóstico y a mayor riesgo de recaída en estos pacientes. El
diagnóstico molecular en LLA pediátrica, permite una adecuada asignación de riesgo y
tratamiento y así mejorar la sobrevida de estos pacientes. Este trabajo complementa la
iniciativa global de perfilamiento integral avanzado, para una caracterización completa de
la enfermedad. Este es el primer estudio en Colombia donde se estudia la frecuencia de
deleción de IKZF1 y otros genes en población pediátrica con diagnóstico de LLA-B.
11Objetivos
- Objetivo general
• Determinar la frecuencia de la deleción de los genes IKZF1, CDKN2A, CDKN2B , PAX5, RB1,
BTG1, ETV6, EBF1, JAK2, P2RY8, CSF2RA, ILR3A en pacientes menores de 18 años con
diagnóstico de LLA de precursores B en HOMI Fundación Hospital de la Misericordia desde
julio 2018 hasta agosto 2020.
- Objetivos específicos
• Describir las características clínicas de los pacientes incluidos en el estudio.
• Determinar la asociación entre deleción de IKZF1, CDKN2A, CDKN2B, PAX5, RB1, BTG1,
ETV6, EBF1, JAK2, P2RY8, CSF2RA, ILR3A con la presencia de enfermedad mínima residual/
detectable por citometría de flujo al final de la inducción.
12Metodología
Materiales y métodos
Este es un estudio de cohorte longitudinal, en donde se incluyeron pacientes menores de
18 años con diagnóstico de novo de Leucemia linfoblástica aguda B en HOMI Fundación
Hospital de la Misericordia desde julio 2018 hasta agosto 2020.
Criterios de inclusión:
- Pacientes menores de 18 años
- Diagnóstico de novo de leucemia linfoblástica aguda B
- Diagnóstico realizado en Hospital de la Misericordia
Criterios de exclusión:
- Pacientes que han recibido tratamiento previo al ingresar a HOMI Fundación
Hospital de la Misericordia
- No aceptar participar en el estudio
Descripción de variables
Variable Definición Tipo Categoría
Edad Tiempo de vida en años Cuantitativa No aplica
cumplidos al momento continua
del diagnóstico
Sexo Masculino o femenino Cualitativa 0. Femenino
nominal 1. Masculino
Fecha de Fecha de consulta a la cuantitativo Dia/mes/año
ingreso institución
Fecha del Fecha en la cual se cuantitativo Dia/mes/año
diagnóstico realizó el diagnóstico de
LLA
Leucocitos al Recuento de leucocitos Cuantitativo No aplica
diagnóstico al momento del continua
diagnóstico
Mielograma al Hallazgos en Cualitativo 0. LLA
diagnóstico mielograma en primer nominal 1. Otro
aspirado de médula
ósea
Biopsia Hallazgos en biopsia de Cualitativo 0. LLA
médula ósea médula ósea en primer nominal 1. otro
aspirado de médula
ósea
13Citometría de Hallazgos en citometría Cualitativo 0. LLA
flujo de flujo en primer nominal 1. otro
aspirado de médula
ósea
t(9;22) Presencia de Cualitativo 0. negativo
traslocación (9;22) nominal 1. positivo
t(12;21) Presencia de Cualitativo 0. negativo
traslocación (12;21) nominal 1. positivo
t(4;11) Presencia de Cualitativo 0. negativo
traslocación (4;11) nominal 1. positivo
Cariotipo Hallazgos en cariotipo al Cualitativo Según reporte de
momento del nominal cariotipo
diagnóstico
Sistema Clasificación de Cualitativo 1. sin compromiso SNC
nervioso compromiso en sistema nominal 2. Blastos <5 en LCR
central nervioso central al 3. paralisis nervio
momento del craneal, masa en cerebro
diagnóstico y/o meninges,
compromiso de retina,
PL con blastos >5
Clasificación Clasificación del riesgo Cualitativo 0. estándar
del riesgo al momento del nominal 1. intermedio
diagnóstico según 2. alto
protocolo ALLIC 2009
Blastos en Número de blastos en el Cuantitativo No aplica
hemograma al hemograma en continua
día 8 evaluación del dia 8
Respuesta a Evaluación de respuesta Cualitativo 0. buena respuesta
corticoide a corticoide en nominal 1. mala repsuesta
evaluación del día 8 2. no evaluable
Mielograma en Hallazgos en Cualitativo 0. remisión
evaluación día mielograma en aspirado nominal 1. infiltrado
15 de médula ósea al día 2. diluido
15 3. no evaluable
Biopsia de Hallazgos en biopsia de Cualitativo 0. remisión
médula ósea médula ósea en nominal 1. infiltrado
día 15 aspirado de médula 2. diluido
ósea al día 15 no evaluable
Citometría de Presencia de blastos en Cuantitativo No aplica
flujo día 15 médula ósea por continua
citometría de flujo en
evaluación día 15
14Sistema Presencia de blastos en Cuantitativo No aplica
nervioso citológico de LCR en día continua
central día 15 15
Mielograma Hallazgos en Cualitativo 0. remisión
día 33 mielograma en aspirado nominal 1. infiltrado
de médula ósea al día 2. diluido
33 3. no evaluable
Biopsia Hallazgos en biopsia de Cualitativo 0. remisión
médula ósea médula ósea en nominal 1. infiltrado
día 33 aspirado de médula 2. diluido
ósea al día 33 3. no evaluable
Citometría de Presencia de blastos en Cuantitativo No aplica
flujo día 33 médula ósea por continua
citometría de flujo en
evaluación día 33
Sistema Presencia de blastos en Cuantitativo No aplica
nervioso citológico de LCR en día contnua
central día 33 33
Evento Cualquier evento Cualitativo 0. no evento
ocurrido durante el nominal 1. muerte tóxica
tratamiento en remisión
2. abandono
Abandono: Interrupción 3. recaída
del tratamiento por 4 o 4. traslado
mas semanas sin 5. muerte en
razones médicas inducción
6. falla en
remisión
Muerte en fase Muerte en los primeros Cualitativo 0 no
de inducción 33 días del tratamiento, nominal 1 si
o antes de iniciar fase Ib
Recaída Presencia nuevamente Cualitativo 0. no
de enfermedad nominal 1. si
posterior a estar en
remisión
Tipo de Lugares donde se Cualitativo 0. hematológica
recaída identifica compromiso nominal 1. SNC
de recaída 2. Testículo
3. Hematológica
+ SNC
4. Hematológica
+ testicular
15Estado en la Estado en la última Cualitativo 0. Vivo, de alta en
última valoración clínica nominal remisión
evaluación 1. Vivo en
tratamiento y
remisión
2. Vivo recaído
3. Vivo en manejo
paliativo
4. Muerte por
toxicidad
5. Muerte en
recaída
Recolección de la muestra
A todos los pacientes en el momento del diagnóstico se les realizaron pruebas genéticas
de cariotipo para estados leucémicos, FISH para t(4;11), FISH para t(12;21), PCR para
evaluación de t(9;22) (BCR-ABL).
Se tomaron muestras del mismo tubo para traslocaciones recurrentes y perfil de expresión
Ph like. En los casos en donde no fue posible tomar muestra durante el aspirado de médula
ósea se tomaron muestras de sangre periférica. En las muestras recolectadas se realizó
extracción de ADN, se empleó el estuche comercial QIamp DNA Blood Mini Kit™, siguiendo
las especificaciones del fabricante. Se sometieron 200μL de sangre total a la serie de pasos
descritos en la guía, mediante el empleo de la técnica de filtración en columna mediante
micro-centrifugación. La cuantificación del ADN se llevó a cabo mediante
espectrofotometría en un equipo Nanodrop2000™ y en este mismo equipo se realizarán
las mediciones de la razón 260/280nm para determinar la pureza del material genético. El
material genético obtenido se almacenó en tubos Eppendorf™ de 1.5 mL a una
temperatura de -20°C hasta su empleo en los ensayos de reacción en cadena de la
polimerasa (PCR).
Se realizó detección de deleción de IKZF1 por medio de la técnica MLPA (Multiplex ligation-
dependent probe amplification), Método semi-cuantitativo para el análisis selectivo de los
cambios en el número de copias de DNA. En el kit que se utilizó (SALSA MLPA P335 ALL-
IKZF1 probemix) se analizaron deleciones en los siguientes genes:
• IKZF1: cromosoma 7p12.2
• PAX5: cromosoma 9p13.2
• RB1: cromosoma 13q14.2
• BTG1: cromosoma 12q21.33
• EBF1: cromosoma 5q33.3
• ETV6: Cromosoma 12p13.2
• CDKN2A- CDKN2B: cromosoma 9p21.2 y Xp22.33
16• JAK2: Cromosoma 9p24.1
• P2RY8: Cromosoma Xp22.33
• CSF2RA: Crosomoma Xp22.33
Consideraciones éticas
A nivel nacional según la Resolución 008430 de Octubre 4 de 1993, por la cual se establecen
las normas científicas, técnicas y administrativas para la investigación en salud, Titulo II: de
la Investigación en Seres Humanos, Capitulo I: de los Aspectos Éticos de la Investigación en
Seres Humanos: en toda investigación en la que el ser humano sea sujeto de estudio,
deberá prevalecer el criterio del respeto a su dignidad y la protección de sus derechos y
bienestar (Articulo 5), según su artículo 11 esta investigación se clasifica sin riesgo, no se
realiza intervención o modificación intencionada a variables de los individuos sujetos a
estudio, se basa en métodos de investigación documental. Este trabajo fue aprobado por
el comité de ética del HOMI Fundación Hospital de la Misericordia, el día 17 de junio de
2019, en el acta CEI 207-19
Análisis estadístico
Se presentarán los datos como medias más desviaciones estándar para las variables
cuantitativas, para los variables cualitativos se presentarán en frecuencias. Para la
determinación de asociación entre las variantes genéticas y el desenlace de interés se
empleará el estadístico Chi cuadrado o la prueba exacta de Fisher según la cantidad de
datos obtenidos. Para la realización de comparaciones entre grupos para el caso de
variables cuantitativas se empelarán los estadísticos ANOVA de una vía o Kruskal-Wallis
según si los datos obtenidos sean paramétricos o no. Los análisis estadísticos adicionales
fueron realizados mediante SPSS para Mac versión 20, y se tomó como estadísticamente
significante un valor de p <0,05.
17Resultados
Se analizaron en el estudio 117 pacientes entre 1 y 17 años, la mediana de edad fue de 5
años (RIQ:3-11 años). La mediana de leucocitos al diagnóstico es de 9130 (RIQ 3960-
35350). Las características clínicas se describen en la tabla 1.
Tabla 1. Características clínicas de los pacientes
Total (n) Total (%)
Género
Hombres 60 51,28
Mujeres 57 48,71
Recuento de leucocitos al diagnóstico
< 20.000 78 66,66
>20.000 39 33,33
Estatus SNC
1 103 88,03
3 14 11,96
Evaluación al día 8 (respuesta a
prednisolona)
Buena respuesta 90 76,92
Mala respuesta 26 22,22
No se realizó 1 0,85
Citometría de flujo al día 15
< 0,1% blastos 28 23,93
0,1% – 10% 58 49,57
>10% 28 23,93
No se realizó 3 2,56
Remisión al final de la inducción
Si 103 88,03
No 5 4,27
No se realizó 9 7,69
Riesgo
Alto 42 35,89
Intermedio 63 53,84
Estándar 12 10,25
Los hallazgos en cariotipo se describen en la tabla 2. En la evaluación de traslocaciones
recurrentes se encontró que 9 (7,69%) pacientes tuvieron t(12;21) positivo, 5 (4,27%)
pacientes tuvieron amplificación intracromosómica del cromosoma 21 (iAMP21), 4
(3,41%) pacientes tuvieron PCR para BCR-ABL1 positiva, además en uno (0,85%) de los
18pacientes se encontró iAMP21 + BCR-ABL1, ninguno de los pacientes tuvo t(4;11) positiva
mediante la prueba de FISH.
En algunos pacientes se encontró que podrían tener alteraciones en cariotipo y
traslocaciones recurrentes por técnica FISH y PCR, 2 pacientes presentaron iAMP21 +
hipodiploidia, 2 pacientes presentaron t(12;21) y otras alteraciones en el cariotipo
(del(7)(Q32), del(12)(P13) y del(12)(P13)), 1 paciente presentó t(12;21) + hipodiploidia y
por último 1 paciente presentó BCR-ABL + hiperdiploidia.
Tabla 2. Hallazgos en cariotipo
Hallazgos en cariotipo CASOS PORCENTAJE
46,XX/ 46,XY 79 67,52%
Hiperdiploidia 16 13,67%
Otros hallazgos del cariotipo* 15 12,82%
Hipodiploidia 6 5,12%
No se obtuvieron metafases 1 0,85%
*Otros hallazgos en el cariotipo: corresponde a alteraciones diferentes a aneuploidia
(alteración en el número de cromosomas), es decir traslocaciones, deleciones,
inserciones, inversiones.
Prueba de MLPA: En 67 (57,26%) pacientes no se encontró ninguna deleción. Se encontró
deleción de al menos un gen en 50 pacientes (42,7%): deleción de un gen 18 pacientes
(36%), dos genes 15 pacientes (30%), tres o mas genes en 17 pacientes (34%). En la tabla 3
se describe la identificación de deleciones gen por gen, algunas de estas deleciones se
encuentran asociadas a deleciones de otros genes en un mismo paciente como se
describirá mas adelante.
Tabla 3: Identificación de deleciones gen por gen (incluidos deleción de un gen solo o
involucrados en combinaciones)
DELECIÓN CASOS
CDKN2A 27
CDKN2B 26
IKZF1 17
PAX5 14
ETV6 12
RB1 5
19JAK2 4
BTG1 2
ILR3A 1
P2RY8 1
CSF2RA 1
Se encontraron deleciones aisladas de IKZF1 en 7 pacientes (5,98%), ETV6 en 7 pacientes
(5,98%), PAX5 en 3 pacientes (2,56%), RB1 en 1 paciente (0,85%), en los demás pacientes
se encontró deleciones de mas de un gen como se describe en la tabla 4.
Tabla 4: Hallazgos en prueba de MLPA
MLPA CASOS PORCENTAJE
Deleción CDKN2A/B 12 10,26%
Deleción ETV6 7 5,98%
Deleción IKZF1 7 5,98%
Deleción IKZF1, CDKN2A/B, PAX5 3 2,56%
Deleción PAX5 3 2,56%
Deleción CDKN2A/B, ETV6 2 1,71%
Deleción JAK2, CDKN2A/B, PAX5 2 1,71%
Deleción CDKN2A, PAX5, ETV6, RB1 1 0,85%
Deleción CDKN2A/B, IKZF1 1 0,85%
Deleción CDKN2A/B, PAX5 1 0,85%
Deleción CDKN2A/B, PAX5, JAK2 1 0,85%
Deleción ETV6, RB1 1 0,85%
Deleción IKZF1, CDKN2A/B, PAX5, ETV6 1 0,85%
Deleción IKZF1, CDKN2B 1 0,85%
Deleción IKZF1, JAK2, CDKN2A/B, PAX5 1 0,85%
Deleción IKZF1,CDKN2A/B,BTG1 1 0,85%
Deleción IKZF1,CDKN2A/B,BTG1, ETV6 1 0,85%
Deleción IKZKF1, RB1, PAX5 1 0,85%
Deleción ILR3A,P2RY8,CSF22RA 1 0,85%
Deleción RB1 1 0,85%
Deleción RB1, CDKN2A 1 0,85%
Negativo 67 57,26%
Total 117 100,00%
20En este estudio se agruparon los pacientes en 7 categorías, las cuales son: deleción de
IKZF1, deleción de PAX5, deleción de ETV6, IKZF1 plus, deleción aislada de CDKN2A/B con
otros genes diferentes a IKZF1 y otras deleciones no incluidas. En la tabla 5 se describen
los hallazgos clínicos de los pacientes en cada uno de estos subgrupos.
Tabla 5: Características clínicas de los pacientes en subgrupos
COMBINACIONES
COMBINACIONES CDKN2A (SIN OTRAS
IKZF1 CDKN2A/B ETV6 PAX5 IKZF1 IKZF1) DELECIONES
PACIENTES 7 12 7 3 10 8 3
LEUCOCITOS AL DIAGNÓSTICO
< 20.000 6 5 7 2 1 3 3
> 20.000 1 7 0 1 9 5 0
ALTERACIONES GENÉTICAS ASOCIADAS
HIPERDIPLOIDIA 2 1 0 0 0 0 0
1
iAMP21
+ BCR-
iAMP21 2 0 ABL 0 0 0 1
T(12;21) 0 1 0 0 2 0
BCR ABL 0 0 0 0 2 0 0
DÍA 8
BUENA
RESPUESTA 5 8 6 3 5 6 3
MALA RESPUESTA 2 4 1 0 5 1 0
NO EVALUABLE 0 0 0 0 0 1 0
CMF DÍA 15
<0,1% 2 3 0 0 1 1 2
0,1-10% 1 5 7 0 5 3 0
> 10% 3 4 0 2 4 3 1
NO EVALUABLE 1 0 0 0 0 1 0
REMISION AL FINAL DE INDUCCIÓN
SI 5 12 4 3 8 6 3
NO 1 0 1 0 2 0 0
NO EVALUABLE 1 0 2 0 0 1 0
RIESGO
ESTANDAR 1 0 0 0 0 1 2
INTERMEDIO 2 8 5 1 5 4 0
ALTO 4 4 2 2 5 3 1
21SNC
1 7 12 7 1 8 7 3
2 0 0 0 0 0 0 0
3 0 0 0 2 2 0 0
EVENTO
SIN EVENTO 3 10 4 1 4 6 3
FALLA EN
REMISIÓN 1 0 1 0 2 0 0
MUERTE EN
INDUCCIÓN 1 0 2 0 0 1 0
RECAÍDA 1 0 0 0 0 1 0
ABANDONO 1 0 0 1 0 0 0
TRASLADO 0 2 0 1 3 0 0
MUERTE POR
TOXICIDAD 0 0 0 0 1 0 0
Se comparó la edad entre los pacientes con alteración en pruebas de MLPA (mediana 9.5
años RIQ 4 - 12 años), contra pacientes sin alteración en pruebas MLPA (mediana 4 años
RIQ 3 – 11 años), encontrado diferencias estadísticamente significativas p= 0.01. La
presencia o no de alteración en prueba de MLPA no tiene relación estadísticamente
significativa con la respuesta al día 8.
De los 78 pacientes con menos de 20.000 leucocitos al diagnóstico, 27 (34.6%) pacientes
tienen alteración en prueba MLPA. De los 39 pacientes que tienen más de 20.000
leucocitos al diagnóstico, 23 (58%) tienen alteración en esta prueba. (p=0.01). En la gráfica
1 se observa la relación entre leucocitos al diagnóstico y hallazgo de alteración en MLPA
Gráfica 1: Relación entre leucocitos al diagnóstico y presencia de alteración en prueba
MLPA
22La presencia o no de alteración en prueba MLPA no tiene relación estadísticamente
significativa con compromiso en sistema nervioso central al diagnóstico, tampoco se
encontró asociación entre la asignación del riesgo y la presencia de deleciones por este
método.
Con respecto a la presencia o no de deleciones genéticas en esta prueba y citometría de
flujo al final de la inducción, 9 pacientes no se evaluaron porque fallecieron antes de ese
día, se pudo observar que el 37,8% (36/95) de los pacientes que tuvieron menos de 0,1%
de blastos no presentaron ninguna alteración en prueba MLPA, mientras que los pacientes
que tuvieron mas de 0,1% de blastos, el 76,9% (10/13) presentaron alguna alteración
genética (p = 0.006)
De los 11 pacientes que fallecieron en la inducción, 5 pacientes (45,45%) tuvieron deleción
de alguno de los genes estudiados: 2 pacientes tuvieron deleción de ETV6, 2 pacientes
tuvieron deleción de IKZF1 y 1 paciente tuvo deleción de RB1+CDKN2A. De los 50 pacientes
que presentaron deleción de algún gen, 40 pacientes están vivos (80%), no se encontró
diferencia estadísiticamente significativa entre los pacientes que fallecieron y deleción de
algún gen.
5 pacientes no alcanzaron la remisión al final de la inducción, en 4 de ellos se detectó
deleción de algún gen, siendo 3 deleciones de IKZF1 y 1 deleción de ETV6. Durante el
seguimiento, 2 pacientes presentaron recaída, uno de ellos tenía hallazgo de deleción de
IKZF1 y el otro deleción de CDKN2A+ PAX5.
A continuación se describen las características de los grupos anteriormente mencionados:
- Deleción aislada de IKZF1: Se encontraron 7 pacientes con este hallazgo, tienen
edades entre 3 a 15 años, en promedio 7,23 años. 6 de ellos tuvieron menos de
20.000 leucocitos al diagnóstico, en 2 de ellos se encontró además hiperdiploidia
en el cariotipo y en otros dos pacientes se encontró iAMP21 en la prueba de FISH.
Ningún paciente tuvo compromiso en sistema nervioso central al diagnóstico.
Durante la fase de inducción 5 de ellos tuvieron buena respuesta al corticoide; en
la evaluación del día 15, 3 pacientes tuvieron >10% de blastos en la citometría de
flujo, 1 de los pacientes no se pudo evaluar en ese momento por muerte en la
inducción (previo a esta evaluación). De los 6 pacientes que terminaron la inducción
5 de ellos tuvieron remisión al final de esta fase. De los 7 pacientes con esta
deleción 1 de ellos se clasificó como riesgo estándar, 2 de ellos como riesgo
intermedio y 4 pacientes como riesgo alto. Durante el seguimiento uno de los
pacientes presentó recaída medular aislada posterior al inicio de la fase de
mantenimiento del tratamiento y falleció.
- Deleción aislada de ETV6: Se encontraron 7 pacientes (5,98%) con este hallazgo,
tienen edades entre 2 a 17 años, todos tuvieron recuentos de leucocitos <20.000 al
diagnóstico, 1 paciente tuvo además iAMP21 + BCR-ABL1, ninguno tuvo
23compromiso en el sistema nervioso central al diagnóstico. Durante la fase de
inducción, 6 pacientes tuvieron buena respuesta al corticoide en el día 8, los 7
pacientes tuvieron entre 0,1 a 10% de blastos en la citometría de flujo al día 15, en
el día 33 un paciente no tuvo remisión al final de la inducción, 2 pacientes no se
pudieron evaluar por muerte en inducción antes de esta evaluación. Se clasificaron
5 pacientes como riesgo intermedio y 2 pacientes como riesgo alto.
- Deleción aislada de PAX5: Se encontraron 3 pacientes ( 2 de ellos fueron mayores
de 10 años al diagnóstico, un paciente tuvo >100.000 leucocitos al diagnóstico,
ningún paciente tuvo alteraciones en cariotipo o traslocaciones recurrentes, 2
pacientes tuvieron compromiso de sistema nervioso central al diagnóstico. Los 3
pacientes tuvieron buena respuesta; al día 15, 2 pacientes tuvieron >10% de blastos
en la citometría de flujo, ellos se clasificaron como riesgo alto por este hallazgo, el
paciente restante se clasificó como riesgo intermedio. Los 3 pacientes tuvieron
remisión al final de la inducción.
- Deleción aislada de CDKN2A/B: 12 pacientes tuvieron esta deleción, estos
pacientes tienen edades entre los 3 a 16 años, 7 pacientes tuvieron >20.000
leucocitos al diagnóstico, en las otras alteraciones genéticas 1 paciente tuvo
además hallazgo de hiperdiploidia al diagnóstico y 1 paciente t(12;21). Ningún
paciente tuvo compromiso en el sistema nervioso central al diagnóstico. En las
evaluaciones durante la inducción, 8 pacientes tuvieron buena respuesta al
corticoide; en el día 15, 4 pacientes tuvieron >10% de blastos en la citometría de
flujo, 5 pacientes tuvieron entre 0,1-10% de blastos, todos los pacientes alcanzaron
la remisión al final de la inducción. 4 pacientes se clasificaron como riesgo alto, 8
pacientes como riesgo intermedio. Hasta el momento ningún paciente ha fallecido
ni ha recaído.
- IKZF1 plus: En este estudio se encontraron 10 pacientes con deleciones IKZF1 en
conjunto CDKN2A/B, PAX5, ETV6, RB1, JAK2 o BTG1, tienen edades entre 4 a 17
años, 9 pacientes tuvieron mas de 20.000 leucocitos al diagnóstico, en cuanto a
otras alteraciones genéticas 2 pacientes además tuvieron BCR-ABL1 por PCR
positiva, 3 pacientes en el cariotipo tuvieron traslocaciones que comprometieron
el cromosoma 9 (t(1;9); t(4;9), t(7;9)). 2 pacientes tuvieron compromiso de sistema
nervioso central al diagnóstico. Durante las evaluaciones en la fase de inducción, 5
pacientes tuvieron buena respuesta al corticoide; en el día 15, 5 pacientes tuvieron
entre 0,1-10% de blastos y 4 pacientes tuvieron >10% de blastos. Al final de la
inducción 8 pacientes alcanzaron la remisión. 5 pacientes se clasificaron como
riesgo alto, los 5 restantes se clasificaron como riesgo intermedio. Durante el
seguimiento 1 paciente tuvo muerte por toxicidad.
- Deleción de CDK2A/B con otros genes diferentes a IKZF1: Se encontraron 8
pacientes con estos hallazgos, con edades entre 2 a 17 años, al diagnóstico 5
pacientes tuvieron mas de 20.000 leucocitos al diagnóstico, 2 pacientes tuvieron
24adicionalmente hallazgo de t(12;21) al diagnóstico. Ningún paciente tuvo
compromiso del sistema nervioso central al diagnóstico. En las evaluaciones
durante la inducción, al día 8, 6 pacientes tuvieron buena respuesta, 1 paciente no
fue evaluable por muerte en la inducción antes de ese día. Al día 15, 3 pacientes
tuvieron >10% de blastos en la citometría de flujo, 6 pacientes tuvieron remisión al
final de la inducción. Un paciente se clasificó como riesgo estándar, 4 pacientes
como riesgo intermedio, 3 pacientes como riesgo alto. En el seguimiento un
paciente tuvo recaída medular aislada posterior a finalizar la fase IIB del protocolo
y falleció.
- Otras deleciones no incluidas en los anteriores grupos: Se encontraron 3 pacientes
que no se incluyeron en las categorías anteriores: 1 paciente con deleción de RB1,
1 paciente con deleción de ETV6 + RB1, 1 paciente con deleción de ILR3A + P2RY8
+ CSF22RA. Estos pacientes tienen entre 3 a 9 años, los 3 tuvieron <20.000
leucocitos al diagnóstico, el paciente con deleción de RB1 tuvo adicionalmente
hallazgo de t(12;21). Ningún paciente tuvo compromiso en el sistema nervioso
central al diagnóstico. Durante la inducción, los 3 pacientes tuvieron buena
respuesta al corticoide; al día 15 ,1 paciente tuvo 54,3% de blastos en la citometría
de flujo, este paciente se clasificó como riesgo alto, los demás tuvieron <0,1% de
blastos y se clasificaron como riesgo estándar. Los 3 pacientes tuvieron remisión al
final de la inducción. En el seguimiento los 3 pacientes continuan el tratamiento sin
presentar eventos.
25Discusión
En la última década ha aumentado la investigación y el conocimiento sobre las alteraciones
genéticas en LLA. Una de las asociaciones de mal pronóstico descritas en LLA son las
deleciones en IKFZ1, la literatura informa asociación entre la presencia de deleciones en
este gen y mayor edad, mayor recuento de leucocitos al diagnóstico y falla de remisión22.
La frecuencia de deleción de IKZF1 sola o acompañada de otras deleciones en este estudio
fue de 14,5%, similar a lo encontrado en la literatura.13 En el análisis de esta cohorte, se
encontró asociación estadísticamente significativa entre mayor edad y recuento de
leucocitos al diagnóstico más alto en el grupo de pacientes con hallazgo de deleciones por
prueba de MLPA. La identificación de deleciones en IKFZ1 podría ser de utilidad para la
asignación de riesgo, como se propone por algunos grupos de investigación (COG y BFM).22
En el caso de la deleción de ETV6, en la literatura no se ha descrito asociación con
pronóstico hasta el momento20. Es importante describir que en la población de este
estudio, 2 pacientes de este subgrupo fallecieron durante la inducción, uno de los
pacientes que continuo el tratamiento no alcanzó la remisión al final de la inducción.
Aunque es un grupo pequeño de pacientes, estos hallazgos podrían indicar el
comportamiento desfavorable de este subgrupo.
Con respecto a deleción de PAX5, en este estudio se encuentra alta frecuencia de
compromiso del sistema nervioso central, son pocos casos pero la característica mas
relevante en este grupo de pacientes. Otros grupos, ha informado asociación
estadísticamente significativa entre esta deleción y recuentos altos de leucocitos al
diagnóstico21, en este estudio fueron pocos casos y no pudo establecer asociación. En la
literatura hay pocos estudios de pacientes con esta deleción, podría tenerse en cuenta
como marcador pronóstico en pacientes con LLA y además podría buscarse asociación con
compromiso en sistema nervioso central.
La deleción más frecuente en este grupo de pacientes fue la de CDKN2A/B, este hallazgo
es similar al estudio previamente reportado en el Reino Unido, en donde fue la alteración
mas frecuente hallada mediante prueba de MLPA.21 En estudios previos se ha asociado con
falla en la inducción, recaída y muerte. En nuestro estudio no se pudo establecer
asociación con falla de remisión y tampoco con recaída y muerte por el poco tiempo de
seguimiento. No se ha asociado con recuento alto de leucocitos al diagnóstico, el cual fue
un hallazgo en el 58% de los pacientes con esta alteración en este estudio.
En el grupo denominado IKZF1 plus, la mayoría de los pacientes tuvieron recuentos altos
de leucocitos al diagnóstico, este hallazgo es similar a los hallazgos reportados
previamente. A diferencia de otros estudios, la mayoría de estos pacientes no tuvieron
compromiso en sistema nervioso central al diagnóstico y alcanzaron la remisión al final de
la inducción.
26Los pacientes con deleciones de CDKN2A/B con compromiso de otros genes diferentes a
IKZF1, llama la atención que la mayoría de los pacientes tuvieron recuentos altos de
leucocitos al diagnóstico, este grupo de alteraciones no se ha reportado como una entidad
diferente en la literatura hasta el momento y su comportamiento podría estar
determinado por la presencia de la deleción de CDKN2A/B que tendía un factor pronóstica
desfavorable
En este grupo se encontró ademas que un paciente que tuvo deleción aislada de RB1,
además de hallazgo de iAMP21 por prueba de FISH. Esta asociación entre estas dos
alteraciones se ha descrito previamente, aunque hasta el momento no tiene impacto
pronóstico la presencia de ambas alteraciones pero podría tener un comportamiento
desfavorable teniendo en cuenta la presencia de iAMP21.21
Este es el primer estudio en Colombia en población pediátrica donde se buscan deleciones
de IKZF1 y otros genes asociados con características de mal pronóstico, se observó
correlación entre la presencia de deleciones en prueba MLPA con mayor edad al
diagnóstico, recuento de leucocitos mayor y presencia de >0,1% de blastos en CMF al final
de la inducción; estos factores son reconocidos como desfavorables. Este grupo de
pacientes se recolectó desde julio desde 2018 hasta agosto de 2020, es necesario revalorar
en el tiempo esta cohorte para correlacionar estos hallazgos con desenlaces como
sobrevida global y sobrevida libre de evento. Estas iniciativas buscan mejorar el diagnóstico
en pacientes con LLA y optimizar la estrategia terapéutica, de esta manera mejorar la
sobrevida en los pacientes.
27Conclusiones
La deleción de IKZF1 se asocia con características de mal pronóstico tales como edad mayor
al diagnóstico, mayor recuento de leucocitos al diagnóstico y falla en la remisión a final de
la inducción, estos hallazgos también se encontraron en esta población. Debe hacerse
seguimiento de esta cohorte para evaluar desenlaces desfavorables a largo plazo.
Las deleciones aisladas de CDKN2A/B y PAX5 se han asociado con características
desfavorables como leucocitos altos al diagnóstico lo cual se encuentra en esta cohorte.
En Latinoamérica hasta el momento se han reportado estudios de deleción de IKZF1 en
México y Costa Rica. Este es el primer estudio realizado en Colombia en población
pediátrica, el cual, no solamente identifica la deleción de IKZF1, sino que además identifica
deleciones en otros genes asociados con caracterísiticas desfavorables de los pacientes al
diagnóstico y durante el tratamiento.
Los hallazgos de las pruebas de MLPA muestran que una proporción importante de los
pacientes tienen deleción de al menos un gen (42,7%), esta prueba podría ser útil en el
futuro para la asignación de riesgo de los pacientes en población Colombiana como lo
proponen otros grupos de investigación.
Financiación
Dentro de la línea de investigación en leucemias agudas pediátricas del Grupo de
Investigación Oncohematologia Pediátrica (avalado por Colciencias), existe un proyecto
denominado identificación del perfil de la expresión de Filadelfia (Ph) Like en menores de
18 años diagnosticados con LLA en una cohorte de pacientes de un centro de referencia de
Bogotá, este proyecto esta financiado por Colciencias, en la convocatoria 807 - 2018 para
proyectos de ciencia, tecnología e Innovación en salud 2018. Este trabajo es un producto
que contribuyó a la formación de Estudiante de segunda especialidad médica
(Oncohematología pediátrica), equivalente a maestría. Incluye un grupo de pacientes del
proyecto de investigación en ejecución.
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