Genomics in Michigan Impacting Observation or Radiation (G-MINOR)
Phase: NA
Conditions: Prostate Cancer
Sponsor: University of Michigan Rogel Cancer Center

P a g e   1  
G e n o  mi c s i n   Mi c hi g a n I  m p a cti n g   O b s er v ati o n  or   R a di ati o n 
(  G-MI  N  O  R)   
Pr ot o c ol   C  U 0 0 8 
V er si o n:  Fi n al   1. 6 
D at e:   N o v e  m b er  2 3  , 2 0 2 0  
N C T 0 2 7 8 3 9 5 0

P a g e   4  
 
Si g n at ur e  of   A gr e e  m e nt f or   Pr ot o c ol   
 
 
I a gr e e  t o  c o n d u ct t hi s cli ni c al  st u d y i n  a c c or d a n c e  wit h   t h e d e si g n  a n d  s p e cifi c 
pr o vi si o n s  of  t hi s  pr ot o c ol (  C  U 0 0 8,   V er si o n Fi n al  1. 0)  a n d  will   o nl y   m a k e  c h a n g e s  i n 
t h e  pr ot o c ol aft er  n otif yi n g  t h e  s p o n s or. 
 
 
I will   c o n d u ct t h e  st u d y i n  a c c or d a n c e  wit h   G o o d   Cli ni c al   Pr a cti c e,  t h e D e cl ar ati o n   of 
H el si n ki,   a n d t h e  m or al,   et hi c al  a n d  s ci e ntifi c  pri n ci pl e s  t h at j u stif y m e di c al   r e s e ar c h. 
T h e  st u d y  will   b e  c o n d u ct e d  i n  a c c or d a n c e wit h  all   r el e v a nt l a  w s a n d  r e g ul ati o n s 
r el ati n g t o  cli ni c al st u di e s  a n d t h e  pr ot e cti o n  of  p ati e nt s.  
 
 
 
 
St u d y   Pri n ci p al I n v e sti g at or:   
 
 
 
 
 
 
Si g n at ur e   
D at e   

P a g e   5  
 
D  O  C  U  M  E  N T   R  E  VI  SI  O  N   HI  S T  O  R  Y   
 
 
 
 
V er si o n   
D at e   
R e pl a c e s      
D e s cri pti o n  of   C h a n g e s   
1. 0  
2/ 1 1/ 1 6  
 
 
1. 1  
3/ 1/ 1 6  
1. 0  
M o difi c ati o n s  p er   P  R  C   
1. 2  
6/ 1 5/ 1 6  
1. 1  
M o difi c ati o n s  p er I  R  B   
1. 3  
1 1/ 9/ 2 0 1 7  
1. 2     
E nr oll  m e nt  p eri o d   M o difi c ati o ns 
p er  PI  
1. 4  
5/ 1 4/ 2 0 1 8  
1. 3  
E nr oll  m e nt  p eri o d   m o difi c ati o ns 
p er  PI  
1. 5  
4/ 1/ 2 0  
1. 4  
I n cr e as e d t ot al  a c cr u al  n u  m b er 
p er  PI  
1. 6  
1 1/ 2 3/ 2 0  
 
1. 5  
R e  m o vi n g t h e  c ost r el at e d 
S e c o n d ar y   O bj e cti v e  a n d  S e c o n d ar y 
E n d p oi nt ;  A d d n e  w s e cti o ns, 
E x pl or at or y   O bj e cti v e  a n d 
E x pl or at or y  E n d p oi nt.  
 

P a g e   6  
 
T a bl e  of   C o nt e nt s  
 
Si g n at ur e  of  A gr e e  m e nt f or  Pr ot o c ol  .............................................................................................................  4 
T a bl e  of  C o nt e nts  ...........................................................................................................................................  6 
1.  
I ntr o d u cti o n a n d  B a c k gr o u n d  ...........................................................................................................  9 
2.  
St u d y O bj e cti v es  ............................................................................................................................ 1 0  
2. 1.  
Pri  m ar y  St u d y  O bj e cti v e   ............................................................................................................... 1 0  
2. 2.  
S e c o n d ar y  O bj e cti v es  .................................................................................................................... 1 0  
2. 3.  
E x pl or at or y   O bj e cti v e  ................................................................................................................... 1 1  
3.  
St u d y D esi g n  ................................................................................................................................. 1 1  
3. 1.  
E nr oll  m e nt  a n d  R a n d o  miz ati o n  ...................................................................................................... 1 1  
3. 2.  
G e n o  mi c  Cl assifi er  E d u c ati o n  Pr o c e d ur es  ..................................................................................... 1 2  
3. 3.  
C A P R A -S  a n d  G C  R es ult  R e p orti n g  ................................................................................................. 1 2  
3. 4.  
Cli ni c al  D at a  C oll e cti o n  ................................................................................................................. 1 2  
4.  
S u bj e ct  Eli gi bilit y  ........................................................................................................................... 1 4  
4. 1.  
I n cl usi o n Crit eri a:  .......................................................................................................................... 1 4  
4. 2.  
E x cl usi o n  Crit eri a:  ......................................................................................................................... 1 4  
5.  
E n d p oi nts  ...................................................................................................................................... 1 4  
5. 1.  
Pri  m ar y   E n d p oi nt .......................................................................................................................... 1 4  
5. 2.  
S e c o n d ar y  E n d p oi nts  ..................................................................................................................... 1 5  
5. 3.  
E x pl or at or y  E n d p oi nt  .................................................................................................................... 1 5  
6.  
Ass a y  S p e ci  m e n  R e q uir e  m e nts  a n d L o gisti cs  .................................................................................. 1 5  
6. 1.  
F F P E  Bl o c k  S el e cti o n/ S p e ci  m e n  A c q uisiti o n  ................................................................................... 1 5  
6. 2.  
S p e ci  m e n  Pr e p ar ati o n  a n d  A n n ot ati o n  .......................................................................................... 1 5  
6. 3.  
S p e ci  m e n  L o gisti cs  ........................................................................................................................ 1 6  
6. 4.  
S p e ci  m e n s hi p pi n g  i nstr u cti o ns ..................................................................................................... 1 6  
6. 5.  
G e n o  m e D x  D e ci p h er ®  T esti n g ....................................................................................................... 1 7  
7.  
St atisti c al  C o nsi d er ati o ns  ............................................................................................................... 1 7  
7. 1.  
St atisti c al  M et h o ds   S u p p orti n g  t h e  Pri  m ar y O bj e cti v e  ................................................................... 1 7  
7. 2.  
I nt eri  m  S a  m pl e  Siz e R e -Esti  m ati o n  ................................................................................................ 1 8  
7. 3.  
St atisti c al  M et h o ds   S u p p orti n g  t h e S e c o n d ar y  O bj e cti v es   ............................................................. 1 8  
7. 4.  
P o  w er  a n d  S a  m pl e  Siz e  ................................................................................................................. 2 0  
7. 5.  
Si  m ul ati o n  s etti n gs ........................................................................................................................ 2 0  
7. 5. 1  
P o  w er  a n d  S a  m pl e  Siz e  Si  m ul ati o n  .................................................................................................. 2 0  
7. 5. 2  
Si  m ul ati o n R es ults  ......................................................................................................................... 2 1  
8.  
C o nfi d e nti alit y  a n d  Et hi c al  Iss u es ................................................................................................... 2 2  
9.  
S ci e ntifi c  Pr es e nt ati o n  a n d  P u bli c ati o n  P oli c y  ................................................................................. 2 2  

P a g e   7  
 
1 0.  
D at a  a n d  S af et y    M o nit ori n g .......................................................................................................... 2 2  
1 1.  
R ef er e n c es  .................................................................................................................................... 2 3  

P a g e   8  
 
D  E FI  NI TI  O  N  S   &   A  C  R  O  N  Y  M  S   
 
A  D T   
A n dr o g e n   D e pri v ati o n  T h er a p y   
A  R T   
A dj u v a nt   R a di ati o n  T h er a p y   
A  U  C   
Ar e a   U n d er   C ur v e   
C  C   
Cli ni c al   Cl a s sifi er   
F F  P  E  
F or  m ali n -Fi x e d,  P ar affi n  -E  m b e d d e d   
G  C   
G e n o  mi c   Cl a s sifi er   
G  C  C   
G  C  a u g  m e nt e d   wit h   Cli ni c o p at h ol o gi c   
G  C  -P  D      
G e n o  mi c   Cl a s sifi er   Pr e di cti v e   
G  C  C  -P  D      
G  C  a u g  m e nt e d   wit h   Cli ni c o p at h ol o gi c   Pr e di cti v e   
HI  P  A  A   
H e alt h I n s ur a n c e   P ort a bilit y  a n d   A c c o u nt a bilit y   A ct   
M  C  A  R   
Mi s si n g   C o  m pl et el y   At   R a n d o  m   
PI   
Pri n ci pl e I n v e sti g at or   
P  S  A   
Pr o st at e   S p e cifi c   A nti g e n   
R  N  A   
Ri b o n u cl ei c   A ci d   
R  P   
R a di c al   Pr o st at e ct o  m y   
R T   
R a di ati o n  T h er a p y   

P a g e   9  
 
1.  I ntr o d u cti o n a n d  B a c k gr o u n d   
S o  m e   p ati e nt s  ar e  at  hi g h  ri s k  of r e c urr e n c e aft er r a di c al  pr o st at e ct o  m y  (  R  P). D e s pit e  b ei n g 
cl a s sifi e d  a s  hi g h  ri s k,   m a n y p ati e nt s  will   n e v er  h a v e  di s e a s e  r e c urr e n c e. O ur   c urr e nt  t o ol s f or 
pr e di cti n g  w h o   will   r e c ur  ar e i  m pr e ci s e,   w hi c h m a y   e x pl ai n  w h y t h e   m aj orit y   of  p ati e nt s  at  hi g h 
ri s k of  r e c urr e n c e d o  n ot r e c ei v e  a dj u v a nt  t h er a p y d e s pit e  s u p p orti n g  e vi d e n c e ( T h o  m p s o n 
2 0 0 9).  I n  a r e c e nt  st u d y fr o  m t h e S E A  R  C  H  d at a b a s e,   o nl y  6 7/ 2 6 7 0  p ati e nt s  ( 2. 5  %) r e c ei v e d 
a dj u v a nt  t h er a p y  d e s pit e 4 4 8  ( 1 7  %)  b ei n g c at e g ori z e d  a s  hi g h  ri s k (r ef er e n c e). N e  w   g e n o  mi c 
cl a s sifi er  (  G  C) a s s a y s  m a y  h el p   m or e   pr e ci s el y  d et er  mi n e  w h o  s h o ul d   b e  r ef err e d f or a dj u v a nt 
t h er a p y  aft er R P.   
O n e  s u c h  a s s a y i s   D e ci p h er   fr o  m G e n o  m e  D x  Bi o s ci e n c e s,   a   G  C  a s s a y  d e v el o p e d  a n d 
v ali d at e d  i n  a  p o st-R  P   s etti n g  a s  a  pr e di ct or  of  e v e nt u al   m et a st a si s  ( Er h o 2 0 1 3).  St u di e s  h a v e 
d e  m o n str at e d i n d e p e n d e nt  pr o g n o sti c  v al u e  of t hi s   G  C  a s s a y  a b o v e  a n d  b e y o n d  st a n d ar d 
cli ni c o p at h ol o gi c  p ar a  m et er s  r e cl a s sif yi n g t h e cli ni c all y  hi g h -ri s k   m e n t e st e d i nt o l o  w er or 
si g nifi c a ntl y  el e v at e d  ri s k  of m et a st ati c   di s e a s e  pr o gr e s si o n  ( K ar n e s 2 0 1 3,   D e n  2 0 1 4, 
C o o p er b er g   2 0 1 5,  Kl ei n  2 0 1 5,  D e n   2 0 1 5,  R o s s   2 0 1 5,   Y a  m o a h  2 0 1 5).  St u di e s  h a v e 
d e  m o n str at e d  t h at D e ci p h er   l o  w ri s k p ati e nt s  c a n  s af el y  d el a y/ d ef er tr e at  m e nt  a n d  a v oi d  t h e 
a d v er s e  si d e  eff e ct s  of  r a di ati o n tr e at  m e nt aft er  r a di c al pr o st at e ct o  m y  w hil e   D e ci p h er   hi g h  ri s k 
p ati e nt s  c a n  b e n efit  fr o  m  e arl y a dj u v a nt  r a di ati o n (  D e n 2 0 1 4,  D e n  2 0 1 5).   
I n a d diti o n  t o  cli ni c al v ali d ati o n,  s e v er al  d e ci si o n  i  m p a ct  st u di e s of  D e ci p h er   w er e  c o n d u ct e d   t o 
i n v e sti g at e a   G  C’ s  i nfl u e n c e o n  p h y si ci a n s’  p o st -r a di c al  pr o st at e ct o  m y tr e at  m e nt 
r e c o  m  m e n d ati o n s ( B a d a ni 2 0 1 3,  B a d a ni  2 0 1 4,   Mi c h al o p o ul o s   2 0 1 4,  N g u y e n  2 0 1 5).   
B a d a ni   ( 2 0 1 3) e v al u at e d  t h e i nfl u e n c e o n  ur ol o gi st tr e at  m e nt  r e c o  m  m e n d ati o n s wit h   G  C i n 
c o  m p ari s o n  t o cli ni c o p at h ol o gi c  ri s k f a ct or s  al o n e f or p ati e nt s  fr o  m  a t erti ar y c ar e  c e nt er.  T hi s 
pr o s p e cti v e,  pr e -p o st  d e si g n  st u d y  s h o  w e d  t h at a  m o n g t  w e nt y -o n e  hi g h  v ol u  m e (i. e.,  m e a n   1 8 0 
R P/ y e ar)  ur ol o gi c  s ur g e o n s   fr o  m  1 8   U  S i n stit uti o n s w h o   w er e   a s k e d t o   m a k e  tr e at  m e nt 
r e c o  m  m e n d ati o n s f or  2 4 pr o st at e  c a n c er  p ati e nt  c a s e s  p o st -R  P,   4 3  %  c h a n g e d t h eir  tr e at  m e nt 
r e c o  m  m e n d ati o n wit h   t h e a d diti o n  of  g e n o  mi c i nf or  m ati o n  t o  st a n d ar d cli ni c o p at h ol o gi c 
i nf or  m ati o n. 
T o  f urt h er r efl e ct t h e di stri b uti o n  of  t e st r e s ult s a n d  ri s k of  m et a st a si s   a  m o n g  hi g h -ri s k  p ati e nt s 
s e e n i n  a  br o a d er  r a n g e of  cli ni c al  s etti n g s  ot h er  t h a n a c a d e  mi c  c e nt er s,  a  pr o s p e cti v e,   m ulti - 
c e nt er,  d e ci si o n -i  m p a ct st u d y  ( A S S E S S-D,   B a d a ni  2 0 1 4)  e v al u at e d   t h e eff e ct  of  k n o  wl e d g e  of 
t h e   G  C   m o d el  o n ur ol o gi st  tr e at  m e nt d e ci si o n -m a ki n g   i n  a p o p ul ati o n  of  p ati e nt s  h a vi n g 
u n d er g o n e  r a di c al pr o st at e ct o  m y  i n  a c o  m  m u nit y -b a s e d  pr a cti c e.  O n e   h u n dr e d  t e n p ati e nt  c a s e 
hi st ori e s  w er e  a v ail a bl e   f or r e vi e  w b y  5 1  ur ol o gi st s.  O v er all,   3 1  % ( 9 5  %   CI:  2 7 - 3 5  %)  of 
tr e at  m e nt r e c o  m  m e n d ati o n s  c h a n g e d   wit h  k n o  wl e d g e of   G  C.  Tr e at  m e nt i nt e n sit y  w a s   str o n gl y 
c orr el at e d  wit h   t h e G  C  -pr e di ct e d  pr o b a bilit y  of  m et a st a si s ( p < 0. 0 0 1)   a n d t h e   G  C  w a s   t h e 
d o  mi n a nt  ri s k f a ct or dri vi n g  d e ci si o n s  i n m ulti v ari a bl e  a n al y si s   (  O  R = 8. 6, 9 5  %   CI:  5. 3 -1 4. 3  %, 
p < 0. 0 0 0 1).  
I n  a pr o s p e cti v el y  r e cr uit e d  c o h ort  of hi g h -ri s k  p o st-R P   s u bj e ct s  fr o  m c o  m  m u nit y -b a s e d 
p h y si ci a n s,   Mi c h al o p ol o u s  ( 2 0 1 4)  d e  m o n str at e d t h at t h at t h o s e cl a s sifi e d  a s   G  C  hi g h -ri s k w er e   

P a g e   1 0  
 
si g nifi c a ntl y  m or e   li k el y t o  b e tr e at e d ( 6 4. 3  %) t h a n t h o s e cl a s sifi e d  a s   G  C  l o  w-ri s k ( 4. 4  %). I n 
a d diti o n,  t h e a ut h or s  d e  m o n str at e d  t h at t h e   G  C  s c or e w a s   m or e   i nfl u e nti al t h a n cli ni c al  v ari a bl e s 
o n  a dj u v a nt tr e at  m e nt  d e ci si o n s. I n  p arti c ul ar,  e v e n  a  m o n g   m e n  at  hi g h er  cli ni c al ri s k  (  Gl e a s on 
4 + 3  or  hi g h er  or  C A P  R A  -S  ≥  5),  a  hi g h   G  C  s c or e  r e s ult e d i n  a n i n cr e a s e i n tr e at  m e nt 
r e c o  m  m e n d ati o n s. T h e  c o n v er s e  i s  al s o  s e e n a  m o n g  cli ni c all y l o  w -ri s k s u bj e ct s  w h er e   a l o  w   G  C 
s c or e  r e s ult s i n  a r e d u cti o n of  r e c o  m  m e n d ati o n s f or tr e at  m e nt. 
T h e s e  d e ci si o n i  m p a ct  st u di e s  d e  m o n str at e  t h e s u b st a nti al i  m p a ct  a   G  C  h a s  o n  i n di vi d u al 
p ati e nt  m a n a g e  m e nt  a b o v e   a n d  b e y o n d  cli ni c al  v ari a bl e s  or  n o  m o gr a  m s.  F urt h er,  p ati e nt 
o ut c o  m e s   m o d eli n g  st u d y  s h o  w e d t h at  D e ci p h er  -dir e ct e d  i n di vi d u ali z e d c ar e i s  a s s o ci at e d  wit h 
a  1 6  % r el ati v e i n cr e a s e i n t h e  1 0 -y e ar r e c urr e n c e -fr e e s ur vi v al  pr o b a bilit y  ( L o b o  2 0 1 5). 
H o  w e v er,   t h e cli ni c al  utilit y  of   G  C,  a n d  it s r el ati o n t o cli ni c al  ri s k f a ct or s, r e  m ai n s u n v erifi e d  i n  a 
r a n d o  mi z e d pr o s p e cti v e tri al  a n d  it s  ulti  m at e  b e n efit t o p ati e nt s  a n d  c o st -eff e cti v e n e s s  ar e 
u n cl e ar.  
W e    pr o p o s e  a  pr o s p e cti v e, r a n d o  mi z e d  tri al c o  m p ari n g  t h e fr e q u e n c y  of r e c ei pt of  a dj u v a nt 
t h er a p y f or hi g h -ri s k R  P   p ati e nt s  w h o  u n d er g o   G  C   t e sti n g v s. t h o s e  w h o   d o  n ot.  T h e  st u d y  will 
b e  p erf or  m e d   wit hi n  t h e Mi c h  i g a n Ur ol o gi c al   S ur g er y   I  m pr o v e  m e nt   C oll a b or ati v e (  M  U  SI  C), a 
p h y si ci a n -l e d q u alit y  i  m pr o v e  m e nt c o n s orti u  m  c o  m pri s e d  of t h e  v a st  m aj orit y   of  ur ol o g y 
pr a cti c e s  wit hi n   t h e  st at e  of Mi c hi g a n   
 
 
2.  St u d y   O bj e cti v e s   
2. 1.  Pri  m ar y   St u d y   O bj e cti v e   
T o  d et er  mi n e  t h e i  m p a ct  of   G  C t e st r e s ult s o n  a dj u v a nt  tr e at  m e nt d e ci si o n s  of  hi g h -ri s k p o st -R P 
p ati e nt s  wit h   u n d et e ct a bl e  p o st -o p  P  S  A   c o  m p ar e d  t o  cli ni c al f a ct or s al o n e.  S p e cifi c all y, 
d et er  mi n e   w h et h er  hi g h er  G  C   ri s k i n cr e a s e s t h e li k eli h o o d of  r e c ei vi n g a dj u v a nt  tr e at  m e nt a n d 
l o  w er G  C   ri s k d e cr e a s e s  t h e li k eli h o o d of  r e c ei vi n g a dj u v a nt tr e at  m e nt  c o  m p ar e d  t o s u bj e ct s 
wit h  si  mil ar   C A P  R A  -S  s c or e   w h o  d o  n ot  h a v e  t h e   G  C t e st. 
 
2. 2.  S e c o n d ar y   O bj e cti v e s   
1.  T o   d et er  mi n e    w h et h er   t h e  d e ci si o n  i  m p a ct   of   t h e  G  C  t e st  i s   of    b e n efit   t o  p ati e nt s. 
S p e cifi c all y,  i s  n et b e n efit  of   G  C  u s e  s u p eri or  t o t h o s e w h o   d o  n ot  h a v e t h e   G  C t e st  a s 
a s s e s s e d  b y  d e ci si o n  c ur v e  a n al y si s.  
2.  T o   d et er  mi n e    w h et h er   u s e   of  t h e    G  C  t e st  r e s ult s  i n   d e cr e a s e d   li k eli h o o d of   a dj u v a nt 
tr e at  m e nt f or s u bj e ct s  wit h   hi g h  C  A  P  R  A  -S   s c or e  ( ≥ 5) a n d  i n cr e a s e d a dj u v a nt  tr e at  m e nt 
f or s u bj e ct s   wit h  l o  w C  A  P  R A  -S   s c or e  ( < 5).  T h e   h y p ot h e si s  i s t h at t h er e i s a   n o n -z er o 
i nt er a cti o n  b et  w e e n G  C t e st  u s e  a n d   C A P  R A  -S.  
3.  T o   d et er  mi n e    w h et h er   G  C   u s e  i s    a s s o ci at e d  wit h  e arli er   u s e   of   s al v a g e   t h er a pi e s  i n 
C  A  P  R  A-  S  l o  w  ri s k    p ati e nt s   a n d   l at er u s e   of   s al v a g e   t h er a p y  i n  C A  P  R  A  -S   hi g h -ri s k 
p ati e nt s.  

P a g e   1 1  
 
4.  T o  d et er  mi n e  w h et h er   u s e  of  G  C   r e s ult s i n i  m pr o v e d pr ot e cti o n  fr o  m  B  C  R a n d  m et a st ati c 
pr o gr e s si o n.  
5.  T o  i n v e sti g at e t h e i  m p a ct of   G  C  u s e  o n   Q  O L,  a n d  w h et h er t h er e   i s diff er e nti al  Q  O L 
i  m p a ct  a  m o n g   C  A P  R  A-S  hi g h  - a n d  l o  w-ri s k p ati e nt s.  
6.  T o  d et er  mi n e   w h et h er  c oll a b or ati v e -wi d e  e d u c ati o n   a n d t h e  u s e  of  C A  P  R  A  -S  s c or e s i n 
t h e c o ntr ol  gr o u p  i  m p a ct s r at e s  of a dj u v a nt r a di ot h er a p y  c o  m p ar e d t o  hi st ori c al  c o ntr ol s.  
 
2. 3.  E x pl or at or y   O bj e cti v e   
 
1.  T o  d et er  mi n e   w h et h er it i s  p o s si bl e t h at  u s e  of   G  C   will r e s ult  i n  a n  o v er all r e d u c e d  n et 
c o st t o t h e  h e alt h c ar e  s y st e  m  b y  a v oi di n g tr e at  m e nt i n   m a n y  p ati e nt s.  
 
3.  St u d y   D e si g n   
T hi s i s  a  4- 5  y e ar  ( u p t o  2 y e ar s  e nr oll  m e nt  , 3- y e ar f oll o  w -u p)  pr o s p e cti v e,  cl u st er -cr o s s o v er, 
u n bli n d e d,  st u d y  of  5 5 0  s u bj e ct s  fr o  m  at l e a st f o urt e e n c e nt er s  of t h e  Mi c hi g a n   Ur ol o gi c al 
S ur g er y  I  m pr o v e  m e nt   C oll a b or ati v e (  M  U SI  C), a  p h y si ci a n -l e d q u alit y  i  m pr o v e  m e nt  c o n s orti u  m 
c o  m pri s e d  of t h e  v a st   m aj orit y  of  ur ol o g y  pr a cti c e s   wit hi n  t h e  st at e  of Mi c hi g a n.   
A c c or di n g  t o t h e cl u st er -cr o s s o v er  d e si g n,  e a c h  p arti ci p ati n g  M  U  SI  C   cli ni c al  c e nt er  wit hi n  
M  U  SI  C   will   b e  r a n d o  mi z e d t o  eit h er  a G e n o  mi c   Cl a s sifi er   c ar e -b a s e d  (  G  C)  or U s u al  -C ar e  -b a s e d 
(  U  C)  str at e g y f or  a p eri o d  of  3  m o nt h s,  d uri n g   w hi c h   all  e nr oll e d  s u bj e ct s   wit hi n  t h e c e nt er   will  b e 
pr o vi d e d  t h e a s si g n e d  str at e g y.  R a n d o  m  a s si g n  m e nt s   will   b e  g e n er at e d  c e ntr all y  b y  a  st u d y 
st ati sti ci a n  a n d  pr o vi d e d  t o c e nt er s i  m  m e di at el y  b ef or e  c o  m  m e n ci n g  e nr oll  m e nt  i n  e a c h 3- m o nt h 
p eri o d.  T h e  r a n d o  mi z ati o n   will b e  b a s e d  o n  a  r a n d o  m  bl o c k si z e  of  eit h er  2  or  4.  T hi s  will   e n s ur e 
t h at e a c h  c e nt er  will   h a v e  t  w o p eri o d s  of  G  C   a n d  t  w o p eri o d s  of  U  C   d uri n g  t h e e nr oll  m e nt  p eri o d, 
m ai nt ai ni n g  st u d y  -wi d e   b al a n c e  a n d  bli n di n g  of  a s si g n  m e nt s  i n s u b s e q u e nt  p eri o d s.  
If e nr oll e d  d uri n g  t h e   G  C p eri o d,  b ot h  s u bj e ct s  a n d  t h eir tr e ati n g p h y si ci a n  will  b e   pr o vi d e d  G  C 
(fr o  m G e n o  m e  D x)   a n d  C A P  R A  -S  (fr o  m M  U SI  C  -C e ntr al)   t o i nf or  m t h eir tr e at  m e nt pl a n. I n t h e   U  C 
p eri o d s,  o nl y t h e  C A P  R A  -S  r e s ult s, pr o vi d e d  b y  M  U SI  C  -C e ntr al,   will   b e  a v ail a bl e.  Bli n di n g  of 
s u bj e ct s  a n d  tr e ati n g  p h y si ci a n s   will n ot  b e  p o s si bl e  gi v e n t h e  n at ur e  of t h e  i nf or  m ati o n. 
S u bj e ct s  e nr oll e d   t o t h e   G  C ar  m  will   r e c ei v e M  U  SI  C  -l e d  e d u c ati o n a b o ut t h e   G  C  t e st. T h e  pr o s 
a n d  c o n s  of t h e   G  C t e st  n e e d t o  b e  d e s cri b e d  b y  a n  u n bi a s e d  cli ni ci a n  s ci e nti st  i n cl u di n g t h e 
p a st  hi st or y  of t h e t e st  ( p u bli s h e d  st u di e s). 
 
3. 1.  E nr oll  m e nt  a n d  R a n d o  mi z ati o n   
D u e t o t h e  pr o s p e cti v e   n at ur e  of t hi s  st u d y  a n d  t h e  p ot e nti al f or t h e D e ci p h er   t e st r e s ult s t o 
m at eri all y i  m p a ct   t h e  cli ni c al m a n a g e  m e nt   of  p ati e nt s  p arti ci p ati n g  i n t h e st u d y,  all  p ati e nt s  m u st 
b e  c o n s e nt e d  t o p arti ci p at e  i n t h e st u d y.  Eli gi bl e  p ati e nt s   ( S e cti o n 4. 1)  i d e ntifi e d b y t h e 
p arti ci p ati n g  ur ol o gi st  s h o ul d  b e  c o n s e nt e d  t o di s c u s s  t h e r e s ult s of t h e  s ur gi c al  p at h ol o g y  a n d 
D e ci p h er   r e s ult s u si n g  t h e I nf or  m e d   C o n s e nt  F or  m (I  C F). 

P a g e   1 2  
 
I n t h e  e v e nt t h at t h e tr e ati n g  ur ol o gi st  d e ci d e s t o t er  mi n at e  a  p ati e nt’ s i n v ol v e  m e nt i n t h e  st u d y 
t h e y   m u st  n otif y t h e  s p o n s or  a n d  pr o vi d e  a r e a s o n f or t er  mi n ati o n i n t h e  el e ctr o ni c  c a s e r e p ort 
f or  m. 
A s   d e s cri b e d  i n t h e pr e c e di n g  s e cti o n,  t hi s i s  a cl u st er -r a n d o  mi z e d tri al  s o i n di vi d u al  s u bj e ct s d o 
n ot r e c ei v e  a  r a n d o  mi z e d gr o u p  a s si g n  m e nt,  b ut  ar e  all o c at e d  t o t h e  gr o u p  a s si g n e d t o t h e 
c e nt er  at t h e  ti  m e t h e y  e nr oll. 
 
3. 2.  G e n o  mi c   Cl a s sifi er   E d u c ati o n   Pr o c e d ur e s   
It i s i  m p ort a nt t o  e n s ur e t h at  p h y si ci a n i n v e sti g at or s  ar e f a  mili ar   wit h i nt er pr eti n g t h e t e st r e s ult s 
pri or t o   m e a s uri n g it s i  m p a ct  o n t h eir tr e at  m e nt  r e c o  m  m e n d ati o n s,  a  s et  of  pr e-st u d y r e g ul at or y 
r e q uir e  m e nt s  a n d  st u d y tr ai ni n g   will  pr e c e d e t h e i niti ati o n  of t hi s  st u d y. 
• 
A n   o v er vi e  w  of t h e  c urr e nt  u s e  of  a dj u v a nt  a n d  s al v a g e r a di ot h er a p y  i n M  U  SI  C,   of t h e 
p u bli s h e d  d at a  o n   D e ci p h er,  a n d  of t h e  st u d y  it s elf will   b e  pr e s e nt e d  b y t h e   PI s  at  a 
c oll a b or ati v e -wi d e   m e eti n g.   E a c h   p arti ci p ati n g  pr a cti c e   m u st  b e  pr e s e nt  at t hi s  m e eti n g 
or  r e vi e  w t hi s c o nt e nt  dir e ctl y   wit h  t h e   PI s.  T h e pr e s e nt ati o n  will i n cl u d e   a  b al a n c e d 
di s c u s si o n  of t h e  c urr e nt  e vi d e n c e  a n d  i nt er pr et ati o n of t e st  r e s ult s i n or d er  t o  a v oi d 
p ot e nti al  bi a s.  
• 
E a c h   p h y si ci a n  m u st   r e vi e  w e d u c ati o n al   m at eri al s  pr o vi d e d  b y  G e n o  m e  D x   Bi o s ci e n c e s 
o n t h e  D e ci p h er   t e st 
• 
P ati e nt  e d u c ati o n   m at eri al s  s urr o u n di n g  t h e  st u d y will   b e  pr o vi d e d  b y   M  U  SI  C t o  e a c h  of 
t h e pr a cti c e s  f or p ati e nt s  t o r e vi e  w. 
 
3. 3.  C  A  P  R  A  -S  a n d   G  C   R e s ult   R e p orti n g   
T h e  r e s ult s of t h e  G e n o  m e  D x   D e ci p h er ® t e st will   b e  c o  m  m u ni c at e d  i n t h e f or  m  of  a t e st r e p ort 
t h at will   b e  pr o vi d e d  t o t h e or d eri n g  p h y si ci a n  b y  F  A  X  a n d  a  h ar d c o p y i s  s hi p p e d   wit h  U  P  S.  T h e 
M  U  SI  C   c o or di n ati n g  c e nt er   will  g e n er at e  a  C A P  R A  -S r e p ort   f or  all p arti ci p ati n g  p ati e nt s  t h at will 
b e  pr o vi d e d  b y  F  A  X  or  e- m ail   t o  e a c h pr a cti c e.  T h e  tr e ati n g ur ol o gi st   will  r e vi e  w t h e C A  P  R  A  -S 
s c or e  wit h   t h e p a ti e nt. 
 
3. 4.  Cli ni c al   D at a   C oll e cti o n   
W h er e    a v ail a bl e,  p arti ci p ati n g  p h y si ci a n s  i n t h e  st u d y will   b e  a s k e d t o  pr o vi d e  t h e f oll o  wi n g 
cli ni c o p at h ol o gi c  d at a  i n t h e pr o vi d e d  c a s e  r e p ort f or  m (  C  R F) f or s u bj e ct s  m e eti n g   t h e i n cl u si o n 
crit eri a  b el o  w.  All  d at a   s u b  mitt e d  t o G e n o  m e  D x   will   utili z e  a  c a s e I  D  n u  m b er  a n d  will   b e  d e - 
i d e ntifi e d b y t h e  sit e  pri or  t o s u b  mi s si o n.  
1.  Et h ni cit y   
2.  A g e  at   r a di c al pr o st at e ct o  m y  
3.  Pr e  -o p er ati v e  P S  A l e v el:   l a st pr e -o p er ati v e  P  S  A l e v el  b ef or e   r a di c al pr o st at e ct o  m y  
4.  L y  m p h  n o d e  st at u s  
5.  Cli ni c al   a n d  p at h ol o gi c al  st a g e  
6.  Cli ni c al   a n d  p at h ol o gi c al  Gl e a s o n   s c or e  ( pri  m ar y,  s e c o n d ar y, a n d  t erti ar y  p att er n if 
a v ail a bl e)  

P a g e   1 3  
 
7.  S ur gi c al   m ar gi n   st at u s  
8.  E xtr a  -pr o st ati c  e xt e n si o n  
9.  S e  mi n al  v e si cl e  i n v a si o n 
1 0.  All   a v ail a bl e  p o st -o p  P S  A   l e v el s 
1 1.  R e c o  m  m e n d e d tr e at  m e nt   or  m a n a g e  m e nt  o pti o n   f or t h e p ati e nt  aft er  s ur g er y 
( d et ail e d b y  t y p e of  tr e at  m e nt r e c o  m  m e n d e d) 
1 2.  D at e s   of  a ct u al  tr e at  m e nt s 
1 3.  P ati e nt  o ut c o  m e   
 
 
 
 
 
 
 
Fi g ur e  1:  St u d y fl o  w  di a gr a  m   

P a g e   1 4  
 
 
 
 
 
Fi g ur e  2:  P ati e nt fl o  w   ti  m eli n e 
 
 
 
 
4.  S u bj e ct   Eli gi bilit y   
4. 1.  I n cl u si o n Crit eri a:   
I n di vi d u al s  s ati sf yi n g  all  of t h e f oll o  wi n g  crit eri a   will  b e  eli gi bl e t o  p arti ci p at e. 
 
1.  Pr o st at e  c a n c er  p ati e nt s   w h o  h a v e  u n d er g o n e  r a di c al pr o st at e ct o  m y(  R  P)  
2.  P  S A  < 0. 1  n g/  ml  at  e nr oll  m e nt  
3.  At l e a st  o n e  of   t h e f oll o  wi n g: 
a.  p T 3  ( S  VI or  E  P E),   or  
b.  P o siti v e  S ur gi c al   M ar gi n s   
4.  T u  m or  ti s s u e ( F F  P  E bl o c k)  a v ail a bl e  f or pr o c e s si n g  
5.  R  P   wit hi n   1  y e ar  of  e nr oll  m e nt  
6.  1 8  y e ar s  of  a g e  or  ol d er  
 
4. 2.  E x cl u si o n   Crit eri a:   
I n di vi d u al s   w h o  s ati sf y a n y  of t h e f oll o  wi n g  crit eri a   will  n ot  b e  eli gi bl e t o  p arti ci p at e.  
 
1.  H a v e r e gi o n al   or  di st a nt   m et a st ati c  di s e a s e  
2.  R e c ei v e d   a n y  r a di ati o n or  h or  m o n e t h er a p y  ( n e o-a dj u v a nt,  a dj u v a nt,  or  s al v a g e)  
3.  N o d e   p o siti v e  
4.  S u bj e ct s  w h o  d o  n ot  h a v e  b a n k e d   s p e ci  m e n s  
 
5.  E n d p oi nt s   
5. 1.  Pri  m ar y   E n d p oi nt   
T h e  Pri  m ar y  E n d p oi nt   will   b e  w h et h er   t h e s u bj e ct r e c ei v e s  a n y  a dj u v a nt t h er a p y  (r a di ati o n 
a n d/ or  h or  m o n e  t h er a p y).  A dj u v a nt will   b e  d efi n e d  a s  pr e c e di n g  B  C  R   (i. e.: P  S  A  ≥ 0. 2   n g/  ml)  a n d 
wit hi n   1 8  m o nt h s   of   R  P.  P ati e nt s  m u st   h a v e  a   P  S  A  wit hi n   6   m o nt h s  pri or  t o t h e r e c ei pt of 
r a di ot h er a p y. 

P a g e   1 5  
 
5. 2.  S e c o n d ar y   E n d p oi nt s   
T h e f oll o  wi n g  s e c o n d ar y  e n d p oi nt s   will  b e  utili z e d:  
 
1.  Ti  m e (fr o  m  r a n d o  mi z ati o n) t o a dj u v a nt tr e at  m e nt  a d  mi ni str ati o n  
2.  Ti  m e (fr o  m  r a n d o  mi z ati o n) t o  s al v a g e tr e at  m e nt a d  mi ni str ati o n  
3.  Bi o c h e  mi c al  R e c urr e n c e   ( B  C  R) at  3  y e ar s  
4.  M et a st ati c   di s e a s e  (r e gi o n al or  di st a nt)  at  3  y e ar s  
5.  Q  O L   m e a s ur e s  c urr e ntl y  c oll e ct e d   a s  p art  of t h e  M  U  SI  C  -P  R  O  i niti ati v e 
(htt p://  m u si c ur ol o g y. c o  m/ pr o/ ) at  3,  6,  1 2,  a n d  2 4  m o nt h s   a ft er s ur g er y  
 
5. 3.  E x pl or at or y   E n d p oi nt   
C o st  c o  m p ari s o n/ diff er e n c e  b et  w e e n   G  C  a n d   U  C  c ar e  at  3  y e ar s  aft e  r 
s ur g er y  
 
 
6.  A s s a y   S p e ci  m e n   R e q uir e  m e nt s   a n d  L o gi sti c s  
6. 1.  F F  P  E   Bl o c k  S el e cti o n/ S p e ci  m e n   A c q ui siti o n   
F F  P  E  (f or  m ali n fi x e d  p ar affi n e  m b e d d e d)  ti s s u e s fr o  m R  P   pr o st at e t u  m or  s a  m pl e  bl o c k s   will  b e 
c oll e ct e d  fr o  m p ati e nt s  i n  b ot h t h e   G  C  a n d   U  C ar  m s  f or tr a n s cri pt o  m e-wi d e   e x pr e s si o n  a n al y si s.  
T h e  F F  P E  bl o c k  fr o  m t h e   R  P t h at e x hi bit s  a)  hi g h e st  Gl e a s o n  S c or e,   A  N  D  b)   hi g h e st  p er c e nt 
t u  m or i n v ol v e  m e nt will   b e  s el e ct e d  f or s a  m pli n g  wit h  at l e a st  6 0  %   t u  m or b y  s urf a c e  ar e a.  T h e 
p at h ol o gi st   will   m ar k  t h e   H  &  E sli d e t h at   will  b e  u s e d  t o  g ui d e p u n c hi n g.  T h e   m ar k e d  ar e a  s h o ul d 
pr ef er e nti all y  s a  m pl e  t u  m or   wit h t h e hi g h e st   Gl e a s o n  gr a d e  ( e. g., i n  a 4 + 3 l e si o n,  t h e  p att er n  4 
c o  m p o n e nt  s h o ul d  b e  e nri c h e d  i n t h e  p u n c h s p e ci  m e n).  T  w o ( 2)   X  1. 5   m  m i n  di a  m et er  p u n c h e s 
will   b e  s a  m pl e d  fr o  m t h e   R  P F F P  E  bl o c k ( e. g.,  u si n g  a ti s s u e  mi cr o arr a y   c or e  d e vi c e  or  a 
di s p o s a bl e  p u n c h  t o ol, t o  b e pr o vi d e d  b y  G e n o  m e  D x).   E a c h  p u n c h   will   b e  pl a c e d i n  a  s e p ar at e 
mi cr of u g e   t u b e  a n d st or e d  at  4°  C  u ntil  s hi p pi n g.  
 
6. 2.  S p e ci  m e n   Pr e p ar ati o n  a n d  A n n ot ati o n   
G e n o  m e  D x   will   s hi p  s p e ci  m e n  kit s f or  e a c h  p ati e nt  s a  m pl e.  P at h ol o gi st s  will   h a v e t h e  o pti o n  of 
s e n di n g  t h e  F F  P  E bl o c k  or  u si n g  t h e pr o vi d e d  p u n c h t o ol t o  p erf or  m  t  w o c or e  bi o p s y  p u n c h e s 
p er  s p e ci  m e n  t o  b e pl a c e d  i n t h e pr o vi d e d  mi cr of u g e   t u b e  or sli d e s  i n t h e pr o vi d e d  sli d e  c arri er s.  
If  F F  P  E  bl o c k i s  s e nt,  pl a c e t h e r e pr e s e nt ati v e  bl o c k i nt o  s  m all  zi p l o c k  b a g  pr o vi d e d. 
 
1.  S el e ct  o n e  F F P  E  bl o c k  r e pr e s e nt ati v e of t h e  t u  m or. 
 
C h o o s e  a   bl o c k   wit h  at  l e a st  0. 5 c  m 2  of  t u  m or ti s s u e wit h   t h e hi g h e st   Gl e a s o n  gr a d e  of  t u  m or. If 
m ulti pl e   bl o c k s  e xi st,  s el e ct  t h e bl o c k   wit h  t h e hi g h e st  p er c e nt  t u  m or  c ell s b y  ar e a.  
2.  Pl e a s e   d o  n ot  s u b  mit  a n  H  &  E   sli d e.  G e n o  m e  D x   will   pr e p ar e  a n  H  &  E   sli d e  o n  sit e.  
 
 

P a g e   1 6  
 
If  p u n c h t o ol  c or e  bi o p s y   m et h o d f or  F F  P  E r a di c al  pr o st at e ct o  m y  bl o c k s i s  u s e d: 
 
1.  I d e ntif y  a H  &  E   sli d e  t h at cl o s el y  m at c h e s   t h e bl o c k  f a c e. C ut   a n d  H  &  E   st ai n   a n e  w  sli d e,  if 
m ulti pl e  s e cti o n s  h a v e   alr e a d y  b e e n  c ut fr o  m t h e  bl o c k.  
2.  Cir cl e   t h e ar e a  wit h   t h e hi g h e st  Gl e a s o n   gr a d e  o n  t h e c orr e s p o n di n g  H  &  E   sli d e.  a)  T h e  
p u n c h  ar e a  s h o ul d  h a v e  a  mi ni  m u  m   of  6 0  %t u  m or  ( b y s urf a c e  ar e a ) 
3.  U si n g   t h e p u n c h  t o ol pr o vi d e d  i n t h e s p e ci  m e n  kit,  t a k e t  w o p u n c h e s  fr o  m t h e F F P  E  bl o c k 
w hi c h   c orr e s p o n d s  t o t h e ar e a  cir cl e d  o n  t h e H  &  E   sli d e.  
a)  T  w o  ( 2)  x  1. 5   m  m di a  m et er  c or e s  
 
b)  Mi ni  m u  m l e n gt h   of  ti s s u e i n t h e p u n c h e d  c or e s  s h o ul d  b e  2  m  m   
 
4.  Pl a c e   e a c h  c or e s  i n  a s e p ar at e  mi cr o c e ntrif u g e   t u b e s. Cl o s e   t h e c a p s  a n d  s e al  t u b e s wit h 
P ar afil  m.   
5.  D o c u  m e nt t h at   p u n c h  c o nt ai n s  >  6 0  %  t u  m or c o nt e nt  o n  S p e ci  m e n  Pr ofil e   F or  m.  
 
6.  Affi x   pr o vi d e d  b ar c o d e s  o nl y t o  t u b e s  c o nt ai ni n g  s p e ci  m e n s a n d  n u  m b er  e a c h t u b e  t o 
c orr e s p o n d  wit h   t h e S p e ci  m e n  Pr ofil e   F or  m.  
D u pli c at e   c or e s   m a y  b e  r e q u e st e d b y  G e n o  m e  D x   if s p e ci  m e n  pr o vi d e d  d o e s  n ot  yi el d  eit h er 
s uffi ci e nt  R  N  A,   c  D  N  A  or f ail s  mi cr o arr a y   q u alit y  c o ntr ol.  
Mi cr of u g e t u b e s   t o  b e l a b el e d   wit h  u ni q u e d e -i d e ntifi e d  p ati e nt a n d  s p e ci  m e n  n u  m b er s 
( a s si g n e d b y  G e n o  m e  D x   a n d  m at c hi n g   t h e  c a s e n u  m b er s  a s si g n e d  al o n g   wit h  t h e 
cli ni c o p at h ol o gi c  d et ail s).  
 
 
If  s u b  mitti n g  sli d e s: 
 
Pl e a s e  s e n d fi v e ( 5)  x  5 u  m  t hi c k u n st ai n e d,  u n c h ar g e d  s e cti o n s  pl u s  o n e  ( 1) H  &  E   st ai n e d  sli d e 
fr o  m t h e bl o c k  a s  d efi n e d  i n  o ur bl o c k  s el e cti o n  crit eri a.  
 
 
 
6. 3.  S p e ci  m e n   L o gi sti c s  
1.  Pl a c e  F F  P  E  bl o c k  or  mi cr of u g e t u b e s   c o nt ai ni n g  s p e ci  m e n s i nt o  t h e f o a  m i n s ert i n 
t h e s p e ci  m e n  kit  b o x  pr o vi d e d  
2.  Pl a c e  a  c o p y  of  t h e c o  m pl et e d r e q ui siti o n  f or  m i n t h e pl a sti c  b a g  pr o vi d e d.  
 
3.  Pl a c e   t h e pr o vi d e d  c ol d p a c k  o n  t o p of  t h e f o a  m i n s ert, cl o s e  t h e b o x  a n d  s e al  i n a 
cl e ar  b a g.  
 
6. 4.  S p e ci  m e n  s hi p pi n g   i n str u cti o n s 
S p e ci  m e n  kit s  ar e t o  b e  s e nt i n  a  s hi p pi n g  b o x  vi a  F e d  E x ( F e d  E x   A c c o u nt  # t o  b e  pr o vi d e d  u p o n 

P a g e   1 8  
 
c o n si d er e d  fi x e d.  T hi s   m a y  d et e ct c arr y -o v er  eff e ct s  if b e h a vi or s  or  attit u d e s  of  p h y si ci a n s  wit hi n 
sit e s  p er si st  or  c h a n g e  o v er  t h e  c o ur s e  of t h e  st u d y  or if c h a n g e s  i n p ati e nt  e d u c ati o n   m at eri al s  
or t h eir  pr e s e nt ati o n  c h a n g e fr o  m  o n e  p eri o d  t o t h e  n e xt. S h o ul d  t hi s i nt er a cti o n t er  m  b e 
si g nifi c a nt,  a n  alt er n ati v e  a n al y si s  utili zi n g  n o n -c o n s e c uti v e  p eri o d s  m a y  b e  u s e d.   
D e s cri pti v e  st ati sti c s   f or  v ari o u s q u a ntiti e s, i n cl u di n g  r a  w tr e at  m e nt r at e s ( a n d 9 5  %  c o nfi d e n c e 
i nt er v al s) of  a dj u v a n t tr e at  m e nt a n d  t y p e of  tr e at  m e nt ( h or  m o n e a n d  r a di ati o n) f or di s cr et e ri s k 
c at e g ori e s  f or b ot h   C  A  P  R  A -S  (l o  w-ri s k 0- 4,  hi g h -ri s k ≥ 5)  a n d   G  C  (l o  w-ri s k ≤  0. 4 5,  hi g h -ri s k > 
0. 4 5)  a s  w ell   a s  b y  cli ni c al  c e nt er  a n d  p eri o d.   M o d el -b a s e d  pr e di ct e d  pr o b a biliti e s  of  tr e at  m e nt 
will   b e  c al c ul at e d  f or v ari o u s  c o  m bi n ati o n s  of  C A P  R A  -S  a n d   G  C  hi g h  a n d  l o  w ri s k al o n g   wit h 
a s s o ci at e d  c o nfi d e n c e  i nt er v al s. 
 
7. 2.  I nt eri  m   S a  m pl e   Si z e R e  -E sti  m ati o n   
A   c o nfir  m ati o n  of  a s s u  m pti o n s  u n d erl yi n g  t h e   m o d el d e s cri b e d  i n S e cti o n  7. 1  a n d t h e  P o  w er 
a n d  S a  m pl e  Si z e  c al c ul ati o n s   i n S e cti o n  7. 4  will   b e  c o n d u ct e d  aft er  n o  f e  w er t h a n  1 5 0 s u bj e ct s 
h a v e  b e e n  e nr oll e d  a n d  a dj u v a nt tr e at  m e nt  d et er  mi n ati o n s  h a v e  b e e n  m a d e,   s e v er al 
p ar a  m et er s   will  b e  e sti  m at e d  b a s e d  o n t h e  a c c u  m ul at e d  d at a,  b ut  n o  h y p ot h e si s  t e sti n g   will b e 
p erf or  m e d  a n d  T y p e  I err or   will  b e  n o  mi n all y  eff e ct e d ( L a k e  2 0 0 2).  T h e  f oll o  wi n g  p ar a  m et er s will 
b e  e sti  m at e d  a n d  c o  m p ar e d  t o t h o s e a s s u  m e d  i n S e cti o n  7. 4,   a n d t h e  i  m p a ct o n t h e  e sti  m at e d 
s a  m pl e  si z e  d et er  mi n e d t hr o u g h  si  m ul ati o n:  
- 
a v er a g e  e nr oll  m e nt  b y  c e nt er, i n cl u di n g  v ari a n c e  of  e nr oll  m e nt  a n d  e nr oll  m e nt  b y 
p eri o d  
- 
i ntr a-cl u st er  c orr el ati o n  (I  C  C) 
- 
o v er all r at e  of  tr e at  m e nt 
B a s e d  o n t h e   e sti  m at e d  p ar a  m et er s,  t h e n u  m b er  of  c e nt er s  or  s a  m pl e  si z e  m a y  b e   a dj u st e d 
w hil e   m ai nt ai ni n g   t h e r e q ui sit e 8 0  %  p o  w er.  If si  m ul ati o n s i n di c at e  t h at  a  s a  m pl e si z e  i n cr e a s e of  
> 2 0  %  will   b e  r e q uir e d t o  pr o vi d e a d e q u at e  p o  w er  t o  a c hi e v e t h e Pri  m ar y  O bj e cti v e, t h e  st u d y 
m a y  b e   t er  mi n at e d d u e t o  f utilit y. 
 
7. 3.  St ati sti c al  M et h o d s   S u p p orti n g  t h e S e c o n d ar y   O bj e cti v e s   
All t e st s   will   b e  t  w o si d e d  at  a  0. 0 5  si g nifi c a n c e  l e v el. I n di vi d u al s w h o   ar e  l o st t o f oll o  w-u p   will  b e 
c o n si d er e d  c e n s or e d i n ti  m e t o  e v e nt  a n al y s e s.  Tr e at  m e nt  pl a n s  a v ail a bl e  at t h e ti  m e  of  dr o p - 
o ut  will   b e  c o n si d er e d t h e  fi n al tr e at  m e nt  pl a n s. 
S e c o n d ar y  O bj e cti v e   1:  T o  d et er  mi n e   w h et h er  t h e n et  b e n efit t o  s u bj e ct s  i n t h e   G  C ar  m  i s 
s u p eri or  t o t h e   U  C ar  m.  T hi s  will   b e  d et er  mi n e d  b y  dir e ctl y  c a l c ul ati n g t h e  n et b e n efit (  Vi c k er s 
a n d  El ki n  2 0 0 6)  a cr o s s   a  r a n g e of  tr e at  m e nt t hr e s h ol d s, D e ci si o n   C ur v e   A n al y si s  (  D  C  A). D  C  A   i s 
a  m et h o d   f or a s s e s si n g  pr o g n o sti c   m o d el s  t h at i n c or p or at e s  cli ni c al c o n s e q u e n c e s  a n d t h e 
p ot e nti al  pr o b a bilit y t hr e s h ol d s  at  w hi c h   t h e li k eli h o o d of  a  gi v e n  o ut c o  m e  ( e g: pr o gr e s si o n  t o 
m et a st ati c   di s e a s e)   m a y i nfl u e n c e t h e  tr e at  m e nt  d e ci si o n of  a  p ati e nt  a n d  t h eir p h y si ci a n.  F or 
e x a  m pl e,  o n e  i n di vi d u al m a y  c h o o s e   tr e at  m e nt if t h er e i s  a  5  %  c h a n c e  of  a  gi v e n o ut c o  m e   w hil e 
a n ot h er i n di vi d u al  m a y  n ot  b e   i nfl u e n c e d u nl e s s t h e  li k eli h o o d of  t h at  o ut c o  m e i s  a s hi g h  a s  1 0 
or  1 5  %.  T h u s, t hi s  m et h o d ol o g y   all o  w s  f or  h o  w diff er e nt  p ati e nt s  m a y   diff er e nti all y   w ei g h  f al s e 
n e g ati v e  or f al s e  p o siti v e  r e s ult s. T h e  c al c ul at e d  n et  b e n efit  i s pl ott e d  a g ai n st t hr e s h ol d 

P a g e   1 9  
 
pr o b a biliti e s,  a n d  diff er e nt  pr e di cti o n  t o ol s ( e g. C A P  R A  -S  a n d   G  C)  c a n  b e  c o  m p ar e d  a cr o s s  
t h e s e pr o b a biliti e s.  If   G  C i s  n ot s u p eri or  t o   U  C a cr o s s  all  t hr e s h ol d s, t h e r e gi o n  of s u p eri orit y   will 
b e  e v al u at e d  t o d et er  mi n e  if it c o nt ai n s  a  cli ni c all y  m e a ni n gf ul r ati o   of  h ar  m  d u e t o  u n n e c e s s ar y 
tr e at  m e nt v er s u s   mi s s e d  tr e at  m e nt. 
S e c o n d ar y   O bj e cti v e   2:   T o   d et er  mi n e   w h et h er  u s e   of  t h e    G  C   t e st r e s ult r e s ult s i n d e cr e a s e d 
li k eli h o o d of  tr e at  m e nt f or C  A P  R  A  - S hi g h  a n d  i n cr e a s e d li k eli h o o d of  tr e at  m e nt f or C A P  R A  - S  l o  w, 
a  m o d eli n g   a p pr o a c h  si  mil ar  t o t h at  of s u p p orti n g  t h e Pri  m ar y   O bj e cti v e   will   b e  u s e d,  b ut   wit h  a 
G  C  -b y -C A P  R A  -S i nt er a cti o n   t er  m a s  f oll o  w s: 
 
w h er e  p ar a  m et er s   ar e  d efi n e d  a s  pr e vi o u sl y.  T h e  t e st of 
 will   b e  p erf or  m e d  u si n g  a 
T y p e  III t e st ( S  A  S   P  R  O  C G LI  M  MI X).   T h e  dir e cti o n  of t h e  i nt er a cti o n will   b e  e v al u at e d 
gr a p hi c all y   wit h  t h e pr o b a bilit y  of  tr e at  m e nt b a s e d  o n t h e   m o d el  a n d f or  e  m piri c al  pr o b a bilit i e s 
u si n g  pr e -d efi n e d  G  C   a n d   C  A P  R  A - S c ut off s.  
S e c o n d ar y  O bj e cti v e   3:  Ti  m e -t o s al v a g e  t h er a p y i niti ati o n will   b e   m o d el e d  u si n g  a   C o x 
f or  m ul ati o n of  a  Fr ailt y  r e gr e s si o n   m o d el wit h   a  si  mil ar  f or  m ul ati o n (i e: m ai n  a n d   r a n d o  m eff e ct s) 
t o t h at  u s e d f or t h e pri  m ar y  a n al y si s.  K a pl a n  -M ei er  c ur v e s   f or   G  C  a n d   U  C  ar  m s will   b e  pl ott e d, 
a s  w ell   a s f or  c o  m bi n ati o n s  of  hi g h - a n d  l o  w-ri s k G  C  a n d   C A  P  R A  -S  gr o u p s.   
S e c o n d ar y  O bj e cti v e   4:  Ti  m e -t o   B  C  R  a n d m et a st ati c  pr o gr e s si o n   will   b e  e v al u at e d  si  mil arl y t o 
t h e   m o d el d e s cri b e d  f or S e c o n d ar y   O bj e cti v e   3.  
S e c o n d ar y  O bj e cti v e   5:  S u  m  m ar y  st ati sti c s f or  all   Q  O L  i n str u  m e nt s a n d  c orr e s p o n di n g 
c o nfi d e n c e i nt er v al s   will  b e  c al c ul at e d  a n d  c o  m p ar e d  f or t h e   G  C  a n d   U  C s u bj e ct s  a n d  s h o  w n 
gr a p hi c all y  o v er ti  m e.  V ali d at e d i n str u  m e nt s   ar e  u s e d  t o m e a s ur e  er e ctil e f u n cti o n,   uri n ar y 
f u n cti o n,  s e x u al i nt er e st, a n d  s e x u al  s ati sf a cti o n.  S c or e s f or  e a c h   d o  m ai n  will  b e  s c al e d   wit h   a 
mi ni  m u  m   t o m a xi  m u  m   r a n g e  of 0- 1 0 0.   C o  m p ari s o n s  b et  w e e n  G  C  a n d   U  C   s u bj e ct s  will   b e   m a d e 
at  e a c h  ti  m e p oi nt ( 3,  6,  1 2  a n d  2 4 m o nt h s   aft er  s ur g er y)  a n d  o n  e a c h  d o  m ai n  a n d  o v er all  s c or e 
( V  A  S  0-1 0),  u si n g  a n  A  N  C  O  V  A  a n al y si s i n cl u di n g  a dj u st  m e nt  f or ti  m e si n c e  s ur g er y.  S h o ul d  t h e 
a s s u  m pti o n s  f or A  N  C  O V A  n ot  b e   m et  ( str o n gl y  s k e  w e d d at a  or  s u b st a nti al  c eili n g  or fl o or  eff e ct) 
a  s e  mi p ar a  m etri c  A  N  C  O  V  A  m o d el   will   b e  u s e d  ( a s i n B uj a  1 9 8 9) t o  a dj u st f or  ti  m e-fr o  m  s ur g er y. 
If t h e di stri b uti o n  of  ti  m e-fr o  m s ur g er y i s  si  mil ar  i n t h e t  w o gr o u p s,  a  M a n n  -W hit n e y    t e st f or 
diff er e n c e s   will  b e  u s e d t o  c orr o b or at e  t h e A  N  C  O  V  A  m o d el.  F or t hi s  s e c o n d ar y   o bj e cti v e, t h er e 
will   b e  n o  a dj u st  m e nt  f or m ulti pl e  c o  m p ari s o n s  a cr o s s  d o  m ai n s   or  ti  m e  p oi nt s. 
E x pl or at or y  O bj e cti v e  : U si n g   a  v ari et y  of  b u d g et  m o d el s t h e  c o st  of  c ar e f or   p ati e nt s  i n t h e   G  C 
v s.   U  C  ar  m s   will  b e  c o  m p ar e d  o ut t o  3  y e ar s  fr o  m s ur g er y.  T hi s  will i n cl u d e   e sti  m at e d  c o st s f or 
a dj u v a nt t h er a p y.   Diff er e n c e s  i n t ot al  c o st,  a n d diff er e nti al  c o st  p er  p ati e nt  (  U  C  v s   G  C) will   b e 
c al c ul at e d  a n d  c o  m p ar e d  u si n g  eit h er  st a n d ar d  t-t e st s if d at a  i s n or  m all y  di stri b ut e d  or 
a p pr o pri at e  n o n -p ar a  m etri c  t e st if d at a  i s ri g ht s k e  w e d.  

P a g e   2 0  
 
7. 4.  P o  w er  a n d   S a  m pl e   Si z e   
T h er e  ar e  n o  e xi sti n g  c o  m p ut er  p a c k a g e s  t h at c a n  d et er  mi n e  t h e p o  w er  or  s a  m pl e  si z e  f or  a 
p ar a  m et er  i n  a mi x e d  -eff e ct l o gi sti c  m o d el fr o  m  a   cl u st er -cr o s s o v er  tri al. A s  a r e s ult,   p o  w er  a n d 
s a  m pl e  si z e  e sti  m at e s  w er e   d et er  mi n e d t hr o u g h l ar g e -s c al e  si  m ul ati o n  utili zi n g  t h e   m o d el  a n d 
a n al y si s  m et h o d   d e s cri b e d  i n S e cti o n  7. 1.   
 
7. 5.  Si  m ul ati o n   s etti n g s  
I n or d er  t o d et er  mi n e  pl a u si bl e  v al u e s  of t h e  p ar a  m et er s  of t h e   m o d el  d e s cri b e d  i n S e cti o n  7. 1, 
s e v er al  cli ni c al  utilit y  st u di e s  of t h e   G  C  w er e   p o ol e d  a n d  utili z e d  i n  a r e-s a  m pli n g  r o uti n e t o 
d et er  mi n e  li k el y v al u e s  of  p ar a  m et er s  f or t h e c urr e nt  s t u d y.  Alt h o u g h n o n e  of t h e  pr e vi o u s 
cli ni c al  utilit y  st u di e s  w er e r a n d o  mi z e d   c o  m p ar ati v e  tri al s, t h e D  E  CI  D  E ( B a d a ni  2 0 1 3),   A  S S  E  S  S  - 
D   (  B a d a ni 2 0 1 4),  a n d  P  R  O  -A  C T  Mi c h al o p ol o u s   ( 2 0 1 4)  st u di e s di d  i n v ol v e r e al hi g h -ri s k  p ati e nt 
c a s e s  ( o nl y t h o s e t h at w er e   p T 3  or  S  M +  ar e  i n cl u d e d h er e)  fr o  m c o  m  m u nit y  a n d t erti ar y  c ar e 
f a ciliti e s a n d  c a n  b e  e x p e ct e d  t o pr o vi d e  si  mil ar  cli ni c al  a n d  g e n o  mi c  c h ar a ct eri sti c s  t o t h o s e 
eli gi bl e  f or t hi s tri al. I n  all st u di e s, tr e at  m e nt  r e c o  m  m e n d ati o n s w er e   pr o vi d e d  b y  p h y si ci a n s 
i niti all y   wit h o ut G  C   ri s k  s c or e s t h e n (i n  a bli n d e d  f a s hi o n)   wit h  k n o  wl e d g e of  b ot h  cli ni c al  a n d   G  C 
ri s k. 
T h er e  ar e  a t ot al  of  5 3 0  r e c o  m  m e n d ati o n s wit h   a n d  wit h o ut   G  C   a v ail a bl e  fr o  m t h e s e  cli ni c al 
utilit y  st u di e s.  T o  a p pr o xi  m at e  a  p ar all el -gr o u p  (  G  C  a n d   U  C) r a n d o  mi z e d tri al, f or  e a c h r u n of 
t h e r e-s a  m pli n g r o uti n e,  t h e d at a   w a s r a n d o  ml y  h al v e d, t a ki n g  h alf  of t h e  r e c o  m  m e n d ati o n s 
m a d e   wit h  k n o  wl e d g e   of t h e   G  C ( n  =  2 6 5)  a n d t h e  ot h er  h alf   wit h  r e c o  m  m e n d ati o n s m a d e 
wit h o ut  k n o  wl e d g e   of t h e   G  C ( n  =  2 6 5).  T e n -t h o u s a n d s u c h  d at a  s et s  w er e   g e n er at e d  a n d t o 
e a c h,  a  g e n er ali z e d  li n e ar m o d el  of t h e   pr o b a bilit y  of  tr e at  m e nt w a s   fit, si  mil ar  t o t h at d e s cri b e d 
i n S e cti o n  7. 1  b ut  i n v ol vi n g o nl y t h e fi x e d  eff e ct s.  A cr o s s  t h e s e 1 0, 0 0 0  s a  m pl e s, t h e   m e a n  O  R s 
of   G  C  s c or e,   C  A  P  R  A -S  s c or e,  a n d  ar  m (  G  C  v s  U  C)   ar e,  r e s p e cti v el y, 1. 4 7,  1. 1 5,  a n d  0. 2 4.  T h e 
o v er all  r at e  of a dj u v a nt tr e at  m e nt  of  C A  P  R  A  -S  hi g h -ri s k  p ati e nt s i n M  U SI  C   cli ni c s  i s ~ 8  %.  
7. 5. 1  P o  w er  a n d  S a  m pl e  Siz e  Si  m ul ati o n  
 
G e n er ati n g   C  A  P  R  A  -S  a n d   G  C   S c or e s   
 
Si  m ul ati o n  w a s   u s e d t o  d et er  mi n e  t h e  s a  m pl e si z e  n e c e s s ar y t o  h a v e  a d e q u at e  p o  w er  t o r ej e ct 
t h e  n ull h y p ot h e si s, 
, b a s e d  o n t h e   m o d el i n  S e cti o n  7. 1.  C A  P  R  A  -S  a n d   G  C  ri s k 
s c or e s f or t h e  si  m ul at e d  d at a s et s  w er e   b a s e d  o n t h e  di stri b uti o n s  o b s er v e d  i n t h e P  R  O -A  C T 
cli ni c al  utilit y  st u d y  (  Mi c h al o p ol o u s 2 0 1 4).  T h e  di stri b uti o n  of  C A P  R A  -S  ri s k i n P  R  O -A  C T  cli ni c al 
i s si  mil ar  t o t h at  of M  U SI  C   ( 6 2. 7  % v s  5 5. 8  %  l o  w ri s k a n d  4 4. 2  %  v s  3 7. 3  %  hi g h ri s k).  T h e 
di stri b uti o n  of   G  C  ri s k s c or e s  a  m o n g  M  U SI  C   p ati e nt s  i s u n k n o  w n,  b ut  d u e t o t h e  si  mil arit y  i n 
C  A P  R  A  - S s c or e s,  it i s a s s u  m e d  t h at it will   al s o  b e  s o  m e  w h at  si  mil ar  t o P  R  O  -A  C T.  
 
T o  e n s ur e  a) t h e   G  C  s c or e  di stri b uti o n  i s c o  m p ar a bl e  t o P  R  O -A  C T,  b) t h e   C  A  P  R  A -  S ri s k 
di stri b uti o n  i s  a s si  mil ar  a s  p o s si bl e  t o M  U SI  C,   c) t h e tr u e  v ari a bilit y  of t h e  c o nti n u o u s  G  C   s c or e, 
a n d  d) t h e  u n d erl yi n g  c orr el ati o n  b et  w e e n  G  C  a n d   C  A P  R  A  -S ri s k   i s m ai nt ai n e d,   t h e f oll o  wi n g 
pr o c e d ur e  w a s   u s e d t o  g e n er at e  G  C  a n d   C A P  R A  -S  s c or e s  f or  e a c h si  m ul at e d i n di vi d u al:  

P a g e   2 1  
 
1.  A   r a n d o  m p er c e ntil e  i s g e n er at e d ( 0 -1 0 0  %)  a n d  r o u n d e d t o t h e n e ar e st 5  %.  
2.  P  R  O -A  C T  s c or e s   wit h   G  C  s c or e ( a n d   c orr e s p o n di n g   C A P  R A -S  s c or e)  wit hi n   t h at 
p er c e ntil e r a n g e  ( e g: 2 0 -2 5 t h p er c e ntil e)  ar e t h e n  s el e ct e d.  
3.  A   G  C   s c or e i s t h e n  g e n er at e d  a s  a  u nif or  m  a  r a n d o  m n u  m b er  b et  w e e n  t h e m a xi  m u  m 
a n d  mi ni  m u  m   of t h e  s el e ct e d  P  R  O -A  C T  G  C   s c or e s.  
4.  A n  i niti al C A P  R A  -  S s c or e  i s t h e n r a n d o  ml y s a  m pl e d  fr o  m t h e s el e ct e d  C A  P  R A  -  S s c or e s. 
T h e  i niti al C A  P  R  A  -S  s c or e  i s t h e n i n cr e  m e nt e d b y  1- p oi nt  (t o  a m a xi  m u  m   of  1 2)  wit h 
7 5  %  pr o b a bilit y  t o  u p-a dj u st t h e  sli g htl y  l o  w er ri s k i n P  R  O -A  C T.   
G e n er ati n g   E nr oll  m e nt s   
 
B a s e d  o n  d at a   a v ail a bl e  fr o  m M  U SI  C  -c e ntr al,  t h e  p e a k p erf or  mi n g  cli ni c al  c e nt er s  e x c e e d e d  1 0 
r a di c al pr o st at e ct o  m y  c a s e s  p er  m o nt h,   wit h   c a s e -l o a d s b el o  w  5  p er  m o nt h   f or t h e  4t h a n d  5 h 
c e nt er s.  E nr oll  m e nt s  p er  sit e*  m o nt h  w er e   g e n er at e d  u si n g  a   P oi s s o n  pr o c e s s  u si n g  t h e 
f oll o  wi n g  c o n s er v ati v e m e a n s:   Sit e  1:  1 0,   Sit e  2:  1 0,  Sit e  3:  5,  Sit e  4:  5,   Sit e  6 -8:  4,  Sit e  9  a n d  
hi g h er:  2.  
 
Sit e s   w er e r a n d o  mi z e d   t o e nr oll  s u bj e ct s  t o t h e   G  C  or   U  C ar  m  f or  e a c h p eri o d  u si n g  a  fi x e d- 
bl o c k  si z e  e nr oll  m e nt  ( 2,  3,  or  4 d e p e n di n g  o n t h e  r a n d o  mi z ati o n r ati o  of t h e si  m ul ati o n).  P eri o d 
l e n gt h  v ari e d fr o  m   m o nt h t o y e ar.  
I ntr a-Cl a s s   C orr el ati o n s   
 
I n ot h er  cli ni c al  utilit y  st u di e s  o n   G  C ( e g:  B a d a ni  2 0 1 4)  p h y si ci a n s  r e vi e  w e d s e v er al  c a s e s.    Wit h 
p h y si ci a n s  a s  cl u st er s,  t h e I  C  C i n t hi s  st u d y i s a p pr o xi  m at el y  3 8  %  u si n g  m et h o d s   of  W u    ( 2 0 1 2). 
I n s o  m e  w h at  diff er e nt  s c e n ari o s,  a n d  wit h   alt er n ati v e  m et h o d s  of   c al c ul ati o n   A d a  m s  ( 2 0 0 4) 
i d e ntifi e d t h e I  Q  R  of I  C  C s a s  3. 5 -2 8. 4  %  i n cl u st er -r a n d o  mi z e d tri al s.   A s s u  mi n g t h at t h e I  C  C f or 
a n  e ntir e  cli ni c al  c e nt er  will   b e l e s s  t h a n f or  a si n gl e  p h y si ci a n,  a n d  gi v e n t h e  fi n di n g s of  A d a  m s, 
a n I  C  C  of  2 3  %   w a s  s el e ct e d f or t h e  si  m ul ati o n  –  gi v e n t h e  ot h er  p ar a  m et er  s etti n g s  of t h e  
m o d  el , s p e cifi e d  a b o v e,  t hi s i s e q ui v al e n t t o s etti n g  𝜎𝜎 𝜎𝜎2 𝛾𝛾 𝛾𝛾=  1.  A  s  m all  i ntr a- p erio d  ( a cro s s  sit e s)  i s 
al s o  i n c or p or at e d (I  C  C  =  3  %) t o i n cl u d e t h e p o s si bilit y  of  a  t e  m p or al c orr el ati o n  a cr o s s  sit e s  - 
p ot e nti all y r el at e d t o  c h a n g e s i n  e d u c ati o n al   m at eri al s  or  s e a s o n al tr e n d s.  
 
7. 5. 2  Si  m ul ati o n R es ults  
 
P arti al  si  m ul ati o n   r e s ult s  ar e li st e d i n  T a bl e  1. Fi v e -t h o u s a n d  si  m ul at e d d at a s et s  w er e 
g e n er at e d  a n d  a n al y z e d  at  e a c h  s etti n g  –  si  m ul ati o n  err or i s  ~  0. 5  %.  V ar  i o u s  c o  m bi n ati o n s of 
t h e sit e -I  C  C,  n u  m b er of  sit e s,  d ur ati o n  of  r a n d o  mi z ati o n  p eri o d s, a n d  s a  m pl e  si z e   w er e 
att e  m pt e d.  A  st u d y  of   3 5 0  s u bj e ct s  at  1 4  cl u st er s  ( c e nt er s) e nr oll e d  o v er  3- m o nt h  p eri o d s 
e q u all y r a n d o  mi z e d  t o   G  C  or   U  C, will   h a v e  8 3  %  p o  w er  t o d et e ct  a  si g nifi c a nt  C A P  R A  - S- 
a dj u st e d  eff e ct  of   G  C  s c or e  o n t h e  li k eli h o o d of  a dj u v a nt  t h er a p y  at t h e 0. 0 5 l e v el.  S u c h  a  st u d y 
will r e q uir e   8- 1 2  m o nt h s   (i e:  3-4  p eri o d s)  f or r e cr uit  m e nt. 
Mi n or   p ert ur b ati o n s  i n t h e I  C  C ( 1 5-3 5  %),  n u  m b er  of  sit e s  ( 5-1 0),  a n d t h e  r a n d o  mi z ati o n  p eri o d 
d ur ati o n  ( 1-4  m o nt h s)  di d   n ot  eff e ct t h e  p o  w er  b y  m or e   t h a n  1  %, wit h   a  s a  m pl e  si z e  of  3 5 0.  
H o  w e v er, i n cl u di n g  4  or f e  w er  sit e s   will r e s ult i n  a  p o  w er  <  8 0  %  a n d   w hil e i n cl u si o n  of  at  8  or   

P a g e   2 2  
 
m or e   sit e s   will  m ai nt ai n   t h e d e sir e d  p o  w er  ( >  8 0  %), i n cl u si o n of t h e s e  l o  w er-r e cr uiti n g sit e s   will  n ot 
a p pr e ci a bl y  d e cr e a s e t h e  e nr oll  m e nt  p eri o d.  
A d diti o n al  c o  m p o n e nt s i nfl u e n ci n g t h e r e q uir e d  s a  m pl e  si z e  ar e t h e t ot al  e v e nt r at e,  a v er a g e   
a n d  v ari a n c e  of  sit e -p eri o d r e cr uit  m e nt,  a n d  a ct u al  a p pr o xi  m ati o n  of t h e r a n d o  mi z ati o n r ati o (  will  n ot  b e 
e x a ctl y  1: 1).  T h e s e,  a s  w ell   a s  t h e sit e -I  C  C, will   b e  e v al u at e d  a s  d e s cri b e d  i n S e cti o n   7. 2,  S a  m pl e    Si z e R e  - 
E sti  m ati o n.   
T a bl e  1:   P o  w er  c o  m p ari s o n s f or  v ari o u s  s a  m pl e  si z e s.  
 
 
 
Sit e  -I  C  C 
 
N u  m b er 
of   Sit e s  
P eri o d 
D ur ati o n 
(  m o nt h s) 
A p pr o x. 
D ur ati o n   of  
E nr oll  m e nt 
(  m o nt h s) 
 
S a  m pl e 
Si z e   
 
 
P o  w er   
2 3  %  
8  
3  
6     
2 0 0     
4 7  %  
2 3  %  
8  
3  
6     
2 5 0     
6 0  %  
2 3  %  
8  
3  
7     
3 0 0     
7 7  %  
2 3  %  
8  
3  
8     
3 5 0     
8 3  %  
2 3  %  
8  
3  
9     
4 0 0     
8 8  %  
     2 3  %     
    
8     
    
3     
    
1 2     
    
5 0 0     
    9 3  %      
 
 
8.  C o nfi d e nti alit y   a n d  Et hi c al   I s s u e s 
T h e  Pri n ci p al  I n v e sti g at or s ar e  r e s p o n si bl e f or c o n d u cti n g  t hi s St u d y  Pr ot o c ol.  T h e  st u d y  will   b e 
r e vi e  w e d a n d  a p pr o v e d  b y  a n  I  R  B/  E  C a n d  a p pr o pri at e  S ci e ntifi c  R e vi e  w   C o  m  mitt e e s  pri or   t o i niti ati o n. 
All   p arti ci p ati n g  p h y si ci a n s   m u st  si g n  a  c o nfi d e nti alit y  a n d  n o n -di s cl o s ur e  a gr e e  m e nt.  
 
 
 
9.  S ci e ntifi c  Pr e s e nt ati o n  a n d  P u bli c ati o n   P oli c y   
Pr e s e nt ati o n   a n d  p u bli c ati o n  of  t h e r e s ult s will   b e  b a s e d  u p o n  a p pr o pri at e  a n al y si s  a n d  r e vi e  w of  t h e c o  m pl et e 
d at a,  a n d t h e  u s u al r ul e s f or  d et er  mi ni n g  a ut h or s hi p  will   g ui d e  s ci e ntifi c  pr e s e nt ati o n  a n d  p u bli c ati o n  of t h e 
r e s ult s  of   t hi s   st u d y.  Writt e n    a p pr o v al   fr o  m  G e n o  m e  D x    Bi o s ci e n c e s    i s  r e q uir e d   pri or  t o  di s cl o si n g   a n y 
c o nfi d e nti al  i nf or  m ati o n r el ati v e t o t hi s st u d y.  
 
 
1 0.  
D at a  a n d   S af et y   M o nit ori n g   
T hi s  st u d y   will  b e   m o nit or e d i n  a c c or d a n c e   wit h t h e   N  CI  a p pr o v e d   U ni v er sit y  of   Mi c hi g a n   C o  m pr e h e n si v e 
C a n c er   C e nt er   D at a  a n d   S af et y   M o nit ori n g   Pl a n.   
T h e  st u d y  t e a  m will   m e et   e v er y  si x  m o nt h s   or  m or e   fr e q u e ntl y d e p e n di n g  o n  t h e a cti vit y  of  t h e pr ot o c ol.  T h e 
di s c u s si o n  will   i n cl u d e   m att er s r el at e d t o t h e  s af et y  of  st u d y  p arti ci p a nt s (  S  A  E/  U a  P r e p orti n g),  v ali dit y  a n d 
i nt e grit y   of  t h e   d at a,   e nr oll  m e nt  r at e  r el ati v e  t o   e x p e ct ati o n s,   c h ar a ct eri sti c s   of   p arti ci p a nt s,  r et e nti o n   of  
p arti ci p a nt s,  a d h er e n c e t o t h e  pr ot o c ol ( p ot e nti al  or r e al  pr ot o c ol  d e vi ati o n s)  a n d  d at a  c o  m pl et e n e s s.  At 
t h e s e r e g ul ar m e eti n g s,   t h e pr ot o c ol  s p e cifi c  D at a   a n d  S af et y   M o nit ori n g   R e p ort   f or  m will   b e  c o  m pl et e d  a n d 
si g n e d  b y t h e   Pri n ci p al I n v e sti g at or  or  b y  o n e  of t h e  c o -i n v e sti g at or s. 

P a g e   2 3  
 
D at a  a n d   S af et y   M o nit ori n g   R e p ort s   will  b e  s u b  mitt e d t o t h e   U ni v er sit y  of   Mi c hi g a n   C o  m pr e h e n si v e 
C a n c er   C e nt er   D at a  a n d   S af et y   M o nit ori n g   C o  m  mitt e e (  D  S  M  C)  e v er y  si x   m o nt h s f or i n d e p e n d e nt r e vi e  w  . 
 
1 1.  
R ef er e n c e s   
A d a  m s,  G e offr e y,   M arti n   C.   G ullif or d,   O bi o h a   C.   U k o u  m u n n e,   S a n dr a   El dri d g e,  S u s a n   C hi n n,  a n d 
Mi c h a el   J.  C a  m p b ell. " P att er n s   of  i ntr a-cl u st er  c orr el ati o n  fr o  m pri  m ar y  c ar e r e s e ar c h t o i nf or  m  st u d y 
d e si g n  a n d  a n al y si s."  J o ur n al  of  cli ni c al  e pi d e  mi ol o g y  5 7,  n o.  8  ( 2 0 0 4): 7 8 5 -7 9 4.  
B a d a ni,   K et a n,   D ar b y  J  S  T h o  m p s o n,   C hri sti n e   B u er ki,   El ai   D a vi ci o ni,  Jill   G arri s o n,   M er c e d e h   G h a d e s si,   
A nir b a n   P.   Mitr a,   P e n el o p e  J.    W o o d,  a n d  J o h n   H or n b er g er. "I  m p a ct  of  a  g e n o  mi c   
 
cl a s sifi er  of  m et a st ati c   ri s k  o n p o st o p er ati v e tr e at  m e nt r e c o  m  m e n d ati o n s  f or pr o st at e  c a n c er  p ati e nt s: 
a  r e p ort fr o  m t h e   D  E  CI  D  E st u d y  gr o u p."   O n c ot ar g et  2 0 1 3;  4( 4):  6 0 0 -9.  
B uj a,  A.,   H a sti e,   T.  J.  a n d  Ti b s hir a ni,  R.  J.   ( 1 9 8 9). Li n e ar  s  m o ot h er s  a n d  a d diti v e  m o d el s (  wit h 
di s c u s si o n).  A n n al s  of  St ati sti c s,  1 7,  4 5 3 – 5 5 5.  
B a d a ni,  K et a n  K.,   D ar b y  J.   T h o  m p s o n,   G or d o n  Br o  w n,   D a ni el  H ol  m e s,   N a v e e n  K ell a,   D a vi d  Al b al a,   A  m ar 
Si n g h,  C hri sti n e   B u er ki,   El ai   D a vi ci o ni,   a n d  J o h n   H or n b er g er. " Eff e ct  of  a  g e n o  mi c  cl a s sifi er  t est  o n  cli ni c al 
pr a cti c e  d e ci si o n s f or  p ati e nt s   wit h  hi g h ‐ ri s k pr o st at e  c a n c er  aft er  s ur g er y."  Briti s h  J o ur n al  of   Ur ol o g y   I ntl 
2 0 1 4;  1 1 5( 3):  4 1 9 -4 2 9.  
 
C a  m p b ell,   Mi c h a el   J.,  a n d  St e p h e n  J.    W alt er s.  H o  w   t o D e si g n,   A n al y s e  a n d  R e p ort   Cl u st er 
R a n d o  mi s e d   Tri al s i n  M e di ci n e   a n d  H e alt h   R el at e d   R e s e ar c h.  J o h n    Wil e y   &   S o n s,   2 0 1 4.  
Er h o,   Ni c h ol a s,  A n a  m ari a   Cri s a n,   I s  m a el A.   V er g ar a,  A nir b a n  P.   Mitr a,   M er c e d e h   G h a d e s si,   C hri sti n e 
B u er ki,  Eri c   J.  B er g str al h  et  al.  "  Di s c o v er y a n d  v ali d ati o n  of  a  pr o st at e  c a n c er  g e n o  mi c  cl a s sifi er  t h at 
pr e di ct s  e arl y  m et a st a si s f oll o  wi n g   r a di c al pr o st at e ct o  m y."  P L  O  S   O  N  E   2 0 1 3;  8( 6): e 6 6 8 5 5.  
H e o,   M o o n s e o n g,   a n d  A n dr e  w  C.   L e o n. "  C o  m p ari s o n  of  st ati sti c al   m et h o d s  f or a n al y si s  of  cl u st er e d 
bi n ar y  o b s er v ati o n s."  St ati sti c s  i n m e di ci n e   2 4. 6  ( 2 0 0 5): 9 1 1 -9 2 3.  
K ar n e s,  R.   J effr e y,  Eri c  J.  B er g str al h,  El ai   D a vi ci o ni,   M er c e d e h   G h a d e s si,   C hri sti n e   B u er ki,  A nir b a n   P. 
Mitr a,   A n a  m ari a   Cri s a n   et  al. " V ali d ati o n  of  a  g e n o  mi c  cl a s sifi er  t h at pr e di ct s  m et a st a si s f oll o  wi n g 
r a di c al pr o st at e ct o  m y  i n  a n  at ri s k p ati e nt  p o p ul ati o n."  T h e  J o ur n al  of  Ur ol o g y   2 0 1 3;  1 9 0: 2 0 4 7 -2 0 5 3.  
D e n,   R.  et   al., “  G e n o  mi c  Pr o st at e   C a n c er  Cl a s sifi er  Pr e di ct s  Bi o c h e  mi c al  F ail ur e   a n d  M et a st a s e s   i n 
P ati e nt s  Aft er   P o st o p er ati v e  R a di ati o n  T h er a p y.”   I nt  J R a di at   O n c ol   Bi ol  P h y s.    2 0 1 4;   8 9( 5): 1 0 3 8 -4 6.  
C o o p er b er g,   M.  R.,   D a vi ci o ni,   E.,   Cri s a n,   A.,  J e n ki n s,   R.  B.,   G h a d e s si,   M.,   a n d  K ar n e s,   R. J., 
C o  m bi n e d  V al u e   of  V ali d at e d   Cli ni c al   a n d  G e n o  mi c   Ri s k   Str atifi c ati o n  T o ol s f or  Pr e di cti n g  Pr o st at e 
C a n c er   M ort alit y   i n  a Hi g h  -ri s k  Pr o st at e ct o  m y C o h ort.  E ur o p e a n   Ur ol o g y,   2 0 1 5  F e b;    6 7( 2): 3 2 6 -3 3 3.  
Kl ei n,   Eri c   A.,   K a sr a   Y o u s efi,  Z ai d   H a d d a d,   V ol e a k   C h o e ur n g,   C hri sti n e   B u er ki,  A n dr e  w   J. 
St e p h e n s o n,  Ji a n b o  Li,  Mi c h a el   W.    K att a n,   Cri sti n  a  M a gi  -G all u z zi,   a n d  El ai  D a vi ci o ni.   "  A G e n o  mi c 
Cl a s sifi er I  m pr o v e s  Pr e di cti o n   of  M et a st ati c   Di s e a s e    Wit hi n  5   Y e ar s  Aft er   S ur g er y  i n N o d e  -n e g ati v e 
Hi g h  -ri s k  Pr o st at e C a n c er   P ati e nt s   M a n a g e d   b y   R a di c al  Pr o st at e ct o  m y  Wit h o ut      A dj u v a nt   T h er a p y."  

P a g e   2 4  
 
E ur o p e a n   Ur ol o g y  2 0 1 5;  6 7( 4):  7 7 8  -7 8 6.  
 
D e n,   R. B.,  Y o u s efi,   K.,   Tr a b ul si,  E. J.,   A b d oll a h,  F.,   C h o e ur n g,  V.,  F e n g,  F. Y.,   Di c k er,  A. P.,  L all a s, 
C.  D.,   G o  m ell a,  L.  G.,   D a v ci o ni,  E.,   a n d  K ar n e s,   R. J.,   A   g e n o  mi c  cl a s sifi er  i d e ntifi e s m e n   wit h   a d v er s e 
p at h ol o g y  aft er  r a di c al  pr o st at e ct o  m y w h o   b e n efit fr o  m  a dj u v a nt  r a di ati o n t h er a p y. J o ur n al  of  Cli ni c al 
O n c ol o g y  2 0 1 5;   3 3: 9 4 4 -9 5 1.  R o s s  A E,  J o h n s o n,   M.  H.,   Y o u s efi,  K.,   D a vi ci o ni,   E.,   N ett o,   G. J., 
M ar c hi o n ni,   L.,  F e d or,   H. L.,   Gl a v ari s,  S.,  C h o e ur n g,   V  ., B u er ki,  C.,   Er h o,  N.,  L a  m.  L. L.,   H u  m p hr e y s, 
E.  B.,  F ar aj,   S.,   B e z err a,  S.  M.,   H a n,   M.,  P arti n,   A.   W.,   Tr o c k,  B. J.,  S c h a eff er,  E.  M.,   Ti s s u e   B a s e d 
G e n o  mi c s  A u g  m e nt   P o st -Pr o st at e ct o  m y  Ri s k   Str atifi c ati o n  i n  a N at ur al   Hi st or y   C o h ort   of  I nt er  m e di at e- 
a n d  Hi g h  - Ri s k   M e n  E ur o p e a n   Ur ol o g y,   2 0 1 5;   D  OI:  1 0. 1 0 1 6/j. e ur ur o. 2 0 1 5. 0 5. 0 4 2.  
Y a  m o a h,  K.,   J o h n s o n,  M.  H.,   C h o e ur n g,   V.,  F ai s al,  F.  A.,   Y o u s efi,  K.,   H a d d a d,  Z.,   R o s s,  A. E., 
Al s h al af a,  M.,   D e n,   R.,   L al,  P.,   F el d  m a n,  M.,   Di c k er,   A. P.,  Kl ei n,  E. A.,  D a vi ci o ni,   E.,  R e b b e c k, 
T.  R.,  S c h a eff er,  E.  M.,   A  n o v el   bi o  m ar k er  si g n at ur e   w hi c h  m a y  pr e di ct   a g gr e s si v e  di s e a s e i n 
Afri c a n  -A  m eri c a n  m e n   wit h  pr o st at e   c a n c er.  J o ur n al  of  Cli ni c al   O n c ol o g y,  2 0 1 5;   D  OI: 
1 0. 1 2 0 0/ J  C  O. 2 0 1 4. 5 9. 8 9 1 2.  
L a k e,  St e p h e n,  Eri n   K a  m  m a n n,   N eil   Kl ar,  a n d  R e b e c c a   B et e n s k y. " S a  m pl e   si z e  r e-e sti  m ati o n 
i n  cl u st er r a n d o  mi z ati o n tri al s."  St ati sti c s i n m e di ci n e   2 1,  n o.  1 0  ( 2 0 0 2): 1 3 3 7 -1 3 5 0.  
Mi c h al o p o ul o s,   St e v e n   N.,  et   al. "I nfl u e n c e  of  a  g e n o  mi c  cl a s sifi er  o n  p o st o p er ati v e tr e at  m e nt 
d e ci si o n s  i n hi g h -ri s k pr o st at e  c a n c er  p ati e nt s:   R e s ult s  fr o  m t h e P  R  O -A  C T  st u d y."  C urr   M e d 
R e s   O pi n   2 0 1 4;  3 0( 8): 1 5 4 7 -5 6.  
N g u y e n,   P a ul  L.,   H.   S hi n,   K.   Y o u s efi,   D.  J.  T h o  m p s o n,  J.   H or n b er g er,   A.   S.   H y att,   K.   K.   B a d a ni,   
T.  M or g a n,   a n d  F.   Y.  F e n g. "I  m p a ct  of  a  G e n o  mi c   Cl a s sifi er   of  M et a st ati c   Ri s k   o n   P o st 
pr o st at e ct o  m y  Tr e at  m e nt   R e c o  m  m e n d ati o n s  b y  R a di ati o n   O n c ol o gi st s   a n d  Ur ol o gi st s."   Ur ol o g y 
2 0 1 5;  8 6( 1):  3 5 -4 0.  
L o b o,  J.  M.,   Di c k er,  A. P.,  B u er ki,  C.,   D a vi ci o ni,  E.,   K ar n e s,  R. J.,  J e n ki n s,   R.  B.,  P at el,   N.,   D e n, 
R.  B.,  a n d   S h o  w alt er,  T.  N.,  E v al u ati n g  cli ni c al  i  m p a ct of  a  g e n o  mi c  cl a s sifi er  i n pr o st at e  c a n c er 
u si n g  i n di vi d u ali z e d  d e ci si o n  a n al y si s. P L o  S   O n e.   2 0 1 5  A pr  2; 1 0( 3): e 0 1 1 6 8 6 6.  d oi: 
1 0. 1 3 7 1/j o ur n al. p o n e. 0 1 1 6 8 6 6.  e  C oll e cti o n  2 0 1 5.  
T h o  m p s o n,  I a n   M., C at h eri n e   M.  T a n g e n,   J or g e  P ar a d el o,  M.   S c ott  L u ci a,   G ar y   Mill er,   D e a n 
Tr o y er,  E d  w ar d  M e s si n g   et  al.  " A dj u v a nt r a di ot h er a p y f or p at h ol o gi c al  T 3  N 0  M 0  pr o st at e  c a n c er 
si g nifi c a ntl y  r e d u c e s ri s k of  m et a st a s e s   a n d  i  m pr o v e s s ur vi v al: l o n g -t er  m f oll o  w u p of  a 
r a n d o  mi z e d cli ni c al tri al ." T h e  J o ur n al  of  ur ol o g y  1 8 1,  n o.  3  ( 2 0 0 9):  9 5 6-9 6 2.  
D  OI: 1 0. 1 0 1 6/j.j ur o. 2 0 0 8. 1 1. 0 3 2   
 
Vi c k er s   A J,   El ki n   E  B.   D e ci si o n   c ur v e  a n al y si s:  a  n o v el   m et h o d f or  e v al u ati n g  pr e di cti o n  m o d el s. 
M e di c al   D e ci si o n   M a ki n g.  2 0 0 6   N o v  -D e c; 2 6( 6): 5 6 5  -7 4.  
W u,    S h e n g,   C at h eri n e   M  . Cr e s pi,   a n d    W e n g   K e e    W o n g.  "  C o  m p ari s o n of  m et h o d s   f or e sti  m ati n g 
t h e i ntr a cl a s s  c orr el ati o n  c o effi ci e nt f or bi n ar y r e s p o n s e s  i n c a n c er  pr e v e nti o n  cl u st er 
r a n d o  mi z e d tri al s." C o nt e  m p or ar y   cli ni c al  tri al s 3 3. 5  ( 2 0 1 2): 8 6 9 -8 8 0.