Gut Microbiome and p-Inulin in CKD TarGut CKD Study
Phase: NA
Conditions: Chronic Kidney Diseases
Sponsor: National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases (NIDDK)

Pilot Clinical Trials in CKD Consortium 
Clinical Research Protocol 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium 
 
 
 
Gut Microbiome and p‐Inulin in CKD  
TarGut CKD study 
 
 
 
A multi‐center study to characterize the gut microbiome of individuals with chronic kidney disease, 
and to explore effects of p‐inulin on the gut microbiome  
 
 
Funding Sponsor: 
National Institutes of Diabetes and Digestive 
and Kidney Diseases 
National Institutes of Health 
2 Democracy Plaza 
6707 Democracy Boulevard 
Bethesda, MD  20892‐5458 
 
 
 
TarGut Protocol Version 1.1 
September 28, 2016 
 
 
 
 

Microbiome Feasibility Study  
 
Page i 
Version 1.1 September 28, 2016 
 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Table of Contents 
 
LIST OF ABBREVIATIONS ..................................................................................................................... IV 
STUDY SUMMARY ................................................................................................................................ V 
1 
INTRODUCTION ........................................................................................................................... 1 
1.1 
BACKGROUND ................................................................................................................................. 1 
1.2 
STUDY AGENT .................................................................................................................................. 2 
1.3 
CLINICAL DATA TO DATE ON PREBIOTICS AND P‐INULIN .......................................................................... 3 
1.4 
DOSE RATIONALE AND RISK/BENEFITS ................................................................................................. 4 
1.4.1 
Risks ......................................................................................................................................... 4 
2 
STUDY OBJECTIVES ...................................................................................................................... 5 
2.1 
PRIMARY OBJECTIVES ....................................................................................................................... 5 
2.2 
SECONDARY OBJECTIVES ................................................................................................................... 5 
3 
STUDY DESIGN ............................................................................................................................. 5 
3.1 
GENERAL DESIGN ............................................................................................................................. 5 
3.2 
STUDY OUTCOMES ........................................................................................................................... 6 
3.2.1 
Primary Outcomes ................................................................................................................... 6 
3.2.2 
Secondary Outcomes ............................................................................................................... 6 
4 
PARTICIPANT SELECTION AND WITHDRAWAL .............................................................................. 7 
4.1 
INCLUSION CRITERIA ......................................................................................................................... 7 
4.2 
EXCLUSION CRITERIA......................................................................................................................... 7 
4.2.1 
Women of Childbearing Potential ........................................................................................... 8 
4.3 
RECRUITMENT ................................................................................................................................. 8 
4.4 
EARLY WITHDRAWAL OF PARTICIPANTS AND EARLY STUDY TERMINATION ................................................. 9 
4.4.1 
Early Withdrawal of Participants ............................................................................................ 9 
4.4.2 
Early Termination of Study Medication ................................................................................... 9 
5 
STUDY PROCEDURES .................................................................................................................... 9 
5.1 
STUDY VISIT SCHEDULE ..................................................................................................................... 9 
5.1.1 
Pre‐screening Activities ........................................................................................................... 9 
5.1.2 
Screening/Baseline Visit (Week 0) ........................................................................................... 9 
5.1.3 
Week 4, 8, 12, 16, 20 Visits ................................................................................................... 10 
5.1.4 
Week 24 Visit (Study Completion) ......................................................................................... 12 
5.2 
BIOSAMPLE COLLECTION SCHEDULE .................................................................................................. 12 
5.3 
STOOL, URINE AND BLOOD ANALYSES ............................................................................................... 13 
6 
STUDY AGENT ............................................................................................................................ 16 
6.1 
DESCRIPTION ................................................................................................................................. 16 
6.2 
TREATMENT REGIMEN .................................................................................................................... 16 
6.3 
ADMINISTRATION OF STUDY AGENT .................................................................................................. 16 
6.4 
RECEIVING, STORING, DISPENSING AND RETURNING STUDY AGENT ........................................................ 16 
6.4.1 
Receiving Study Agent Supplies ............................................................................................. 16 
6.4.2 
Storage .................................................................................................................................. 16 
6.4.3 
Dispensing Study Agent ......................................................................................................... 16 

Microbiome Feasibility Study  
 
Page ii 
Version 1.1 September 28, 2016 
 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
6.4.4 
Return or Destruction of Study Agent ................................................................................... 16 
6.5 
PARTICIPANT ADHERENCE MONITORING ............................................................................................ 17 
6.6 
CONCOMITANT THERAPY ................................................................................................................. 17 
7 
STATISTICAL PLAN...................................................................................................................... 17 
7.1 
SAMPLE SIZE DETERMINATION ......................................................................................................... 17 
7.2 
MISSING DATA .............................................................................................................................. 19 
7.3 
STATISTICAL METHODS ................................................................................................................... 20 
7.3.1 
Analysis of Microbial Composition ........................................................................................ 20 
7.3.2 
Analysis of metabolomic profile and targeted metabolites .................................................. 20 
7.3.3 
Association between microbiome composition and metabolites .......................................... 21 
7.3.4 
Analysis of Safety .................................................................................................................. 21 
8 
SAFETY AND ADVERSE EVENTS ................................................................................................... 21 
8.1 
DEFINITIONS .................................................................................................................................. 21 
8.1.1 
Adverse Event ........................................................................................................................ 21 
8.1.2 
Serious Adverse Event ........................................................................................................... 21 
8.1.3 
Unanticipated Problems Involving Risk to Participants or Others ........................................ 22 
8.1.4 
Pre‐Existing Condition ........................................................................................................... 22 
8.2 
ADVERSE EVENT REPORTING PERIOD ................................................................................................. 22 
8.2.1 
Post‐study Adverse Event ...................................................................................................... 22 
8.3 
RECORDING OF ADVERSE EVENTS ...................................................................................................... 22 
8.3.1 
Anticipated Adverse Events ................................................................................................... 22 
8.4 
REPORTING OF SERIOUS ADVERSE EVENTS AND UNANTICIPATED PROBLEMS ............................................ 23 
8.4.1 
Investigator Reporting to the IRB .......................................................................................... 24 
8.4.2 
DCC Notification to Participating Investigators .................................................................... 25 
8.5 
MEDICAL MONITORING .................................................................................................................. 25 
8.5.1 
Independent Data and Safety Monitoring Board (DSMB) ..................................................... 25 
9 
DATA MANAGEMENT ................................................................................................................ 26 
9.1 
DATA QUALITY .............................................................................................................................. 26 
9.1.1 
Quality Control Activities ....................................................................................................... 26 
9.1.2 
Routine reports ...................................................................................................................... 27 
9.2 
DATA SECURITY ............................................................................................................................. 27 
9.2.1 
Confidentiality ....................................................................................................................... 27 
9.3 
SOURCE DOCUMENTS ..................................................................................................................... 27 
9.3.1 
Case Report Forms ................................................................................................................ 28 
9.3.2 
Maintaining Anonymity of Submitted Medical Records........................................................ 28 
9.3.3 
Data Sharing .......................................................................................................................... 28 
9.3.4 
Records Retention ................................................................................................................. 28 
10 
STUDY MONITORING, AUDITING, AND INSPECTING ................................................................... 28 
10.1 
STUDY MONITORING PLAN .............................................................................................................. 28 
10.2 
AUDITING AND INSPECTING .............................................................................................................. 28 
11 
ETHICAL CONSIDERATIONS ........................................................................................................ 29 
12 
STUDY FINANCES ....................................................................................................................... 29 
12.1 
FUNDING SOURCE .......................................................................................................................... 29 
12.2 
CONFLICT OF INTEREST .................................................................................................................... 29 

Microbiome Feasibility Study  
 
Page iii 
Version 1.1 September 28, 2016 
 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
12.3 
PARTICIPANT STIPENDS OR PAYMENTS ............................................................................................... 29 
13 
PUBLICATION PLAN.................................................................................................................... 30 
14 
REFERENCES .............................................................................................................................. 30 
15 
ATTACHMENTS .......................................................................................................................... 36 
15.1 
STUDY PROCEDURES ....................................................................................................................... 37 
15.2 
EXAMPLE OF AN NIDDK DSMB CHARTER .......................................................................................... 38 
 

Microbiome Feasibility Study  
 
Page iv 
Version 1.1 September 28, 2016 
 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
10 mlList of Abbreviations 
AE 
Adverse event 
CBC 
Complete blood count 
CMP 
Comprehensive metabolic panel  
CKD 
Chronic kidney disease 
CRF 
Case report form 
CVD 
Cardiovascular disease 
DCC 
Data Coordinating Center 
DSMB 
Data and Safety Monitoring Board 
ESRD 
End stage renal disease 
FGF‐23 
Fibroblast growth factor‐23 
HD 
Hemodialysis 
HIPAA 
Health Insurance Portability and Accounting Act 
IDS 
Investigational Drug Service 
IRB 
Institutional Review Board 
MOP 
Manual of Procedures 
NIDDK 
National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases 
OHRP 
Office of Human Research Protections 
PHI 
Protected health information 
PTH 
Parathyroid hormone  
SAE 
Serious adverse event 
SAP 
Statistical analysis plan 
UAE 
Unanticipated adverse event 
 
 
 

Microbiome Feasibility Study  
 
Page v 
Version 1.1 September 28, 2016 
 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Study Summary 
Title 
Gut Microbiome and p‐Inulin in CKD 
Short Title 
TarGut CKD 
Protocol Number 
  
Phase 
Phase I 
Methodology 
Non‐randomized, 3‐period crossover trial, with repeated measures within 
period 
Study Duration 
28 weeks for participant; 15 months for full study (projected) 
Study Center(s) 
George Washington University 
University of Utah  
Cleveland Clinic (Data Coordinating Center) 
Objectives 
 To evaluate intra‐ and inter‐patient variability in the composition and 
function of the gut microbiome 
 To evaluate the tolerability of p‐inulin administration 
 To assess the feasibility of sample collection in this population  
Number of 
Participants 
10 individuals who satisfactorily complete the first 20 weeks of the study 
Diagnosis and Main 
Inclusion Criteria 
Chronic Kidney Disease with a estimated glomerular filtration rate (eGFR)  15.0 
to 50.0 ml/min/1.73 m2   
Study Product, Dose, 
Route, Regimen 
p‐inulin 16 g orally, daily 
Duration of 
administration 
12 weeks 
Major Outcomes 
 
Microbiome intra‐subject variability  
 
P‐inulin tolerability   

Microbiome Feasibility Study  
 
Page vi 
Version 1.1 September 28, 2016 
 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Statistical 
Methodology 
 Alpha‐diversity of bacterial genera will be derived at each time point, and 
intra‐class correlation coefficients, using mixed models, will be estimated to 
evaluate diversity of multiple observations within each individual. 
 UniFrac distances will be derived as beta diversity measures of inter‐patient 
variability to characterize the compositional dissimilarity between two 
individuals.  A repeated measures MANOVA of UniFrac distances will be used 
to assess the changes of the overall microbial compositions over time 
 Longitudinal mixed‐effect models will be applied to study change of 
metabolites before and after p‐inulin treatment, and to identify the 
metabolites that change after p‐inulin treatment. 
 Longitudinal analyses of metabolites, with time‐varying covariates 
(microbiome diversity or microbial genera) will be conducted to identify the 
microbial genera associated with changes of metabolites due to p‐inulin 
treatment 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 1 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
1 
Introduction 
This document is a protocol for a human research study. This study is to be conducted according to US and 
international standards of Good Clinical Practice, applicable government regulations and the research 
policies and procedures in effect at the institutions where the study is implemented.  
1.1 
Background 
A substantial body of work implicates inflammation as an important contributor to the morbidity and 
mortality associated with chronic kidney disease (CKD) and, in particular, to accelerated cardiovascular 
disease.1‐3  However, the etiology of unprovoked inflammation in CKD is not well understood.  Proposed 
etiologic factors include chronic sub‐clinical infections,4 volume overload,5 oxidative stress,6 sympathetic 
activation,7 malnutrition, and  vitamin D deficiency.8  Alterations in the intestinal microbiome (dysbiosis) is 
increasingly recognized as a potential cause of inflammation in CKD and end‐stage renal disease (ESRD) 
patients.9‐13   
The human gut harbors ~1014 bacteria, and the metabolic potential of the gut microbiota is enormous.14‐16  
The gut microbiota performs a multitude of functions, and can be considered a metabolically active 
endogenous “organ”.17  Under physiological conditions, the microbiota provides a complementary role by 
participating in metabolic activities that are not fully evolved in the human host such as break down of 
undigestable plant polysaccharides,18 synthesis of certain vitamins,19 biotransformation of conjugated bile 
acids20 and degradation of dietary oxalates.21 Additionally, postnatal colonization of the intestine educates 
the immune system and reduces allergic responses to food and environmental antigens.22  
Alterations in the gut microbiome have been demonstrated in patients with CKD and ESRD.11;13  Individuals 
with uremia have greatly increased counts of both aerobic (~106 bacteria/ml) and anaerobic (~107 
bacteria/ml) organisms in the duodenum and jejunum.23  The microbial flora of the lower intestinal tract has 
also been shown to be altered in patients with non‐dialysis dependent chronic kidney disease – the most 
notable changes are reductions in both the Lactobacillaceae and Prevotellaceae families.13  Hida et al. 
studied the colonic composition of microbiota in healthy controls and hemodialysis patients.24   The number 
of aerobic bacteria such as Enterobacteria and Enterococci was found to be approximately 100 times higher 
in patients treated with maintenance hemodialysis than in controls.  Among anaerobic bacteria, 
hemodialysis patients had significantly lower organism counts for Bifidobacteria and higher organism counts 
for Clostridium perfringens.24  Vaziri et al showed significant differences in the abundance of 190 microbial 
operational taxonomic units (OTUs) between the ESRD and the normal control individuals.13  The 
microbiome profile in CKD patients, not yet on dialysis has not been studied. In order to isolate the effect of 
kidney failure, the investigators examined the gut microbiota in nephrectomized rats.13  The study revealed 
substantially lower “species richness” as measured by the number of OTUs in the nephrectomized rats 
compared to the controls.  The intestinal dysbiosis may be a direct or indirect effect of uremia.25;26  For 
example, loss of kidney function leads to secretion of urea into the gastrointestinal tract.  The hydrolysis of 
urea by bacterial urease results in the formation of large quantities of ammonia, which has important 
effects on the growth of commensal bacteria.25;26  Other contributing indirect factors relevant to patients 
with kidney failure include decreased consumption of dietary fiber,27;28 frequent use of antibiotics,29;30 slow 
colonic transit,31;32 metabolic acidosis,12 intestinal wall edema,5;12;26 and possibly oral iron intake.33  

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 2 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
There are multiple mechanisms by which such alterations in the gut microbiota might contribute to CKD‐
associated inflammation and cardiovascular disease including 1) increased production of bacteria‐derived 
solutes that are retained in kidney failure (e.g., para (p) Cresol sulfate34;35), and 2)  increased translocation 
into the circulation of bacteria‐derived endotoxin across an impaired intestinal barrier.9;10;35‐37  Elevated 
serum p‐Cresol sulfate concentration is associated with cardiovascular events and mortality among patients 
with CKD,38;39 and experimental as well as clinical studies indicate that endotoxin is involved in multiple 
steps of atherogenesis.9;10;36;40‐42;42;43;43;44 Endotoxin provokes a host of responses by binding to the CD14 
receptor.9;10  Elevation in the concentration of soluble CD14 (sCD14), an indicator of CD14 receptor 
activation, is an independent predictor of mortality among patients treated with maintenance 
hemodialysis.9;10 
Prebiotics are microbial feed supplements that beneficially affect the host by improving its intestinal 
microbial balance and re‐establishing symbiosis.  Treatment with the pre‐biotic, p‐inulin, increases intestinal 
growth of beneficial bacteria such as bifidobacteria.45  Increases in bifidobacteria are associated with 
attenuation of inflammation and improvement in intestinal barrier function.46‐49  Other reported effects of 
prebiotic supplementation include optimizing the immune response, decreasing endotoxin generation, and 
enhancing metabolic capabilities.18;49‐52 Preliminary evidence indicates that prebiotics are effective in 
reducing the plasma concentration of p‐Cresol sulfate in CKD and hemodialysis patients.53;54  In a single 
center, non‐randomized, open‐label phase I/II study of hemodialysis patients, treatment with p‐inulin for 4 
weeks was accompanied by a reduction in the p‐Cresol sulfate generation rate and a 20% decrease in its 
serum concentration.54  
There are important potential benefits of intervening to restore symbiosis to the gut microbiota in patients 
with CKD.  However, before conducting clinical trials of such interventions important gaps must be filled in 
the understanding of the composition, function and stability of the gut microbiota in CKD.  The purpose of 
the Microbiome and P‐Inulin in CKD Study is to fill some of these gaps in anticipation of ultimately 
investigating the therapeutic potential of altering the gut microbiome in this patient population.  Intensive 
biosample collection from a small number of CKD patients before, during, and after treatment with p‐inulin 
will be performed in order to generate information about within‐patient and between‐patient variability in 
the composition and function of the gut microbiome.  The study will also provide information about the 
tolerability of p‐inulin and feasibility of biosample collection. 
1.2 
Study Agent  
p‐Inulin (oligofructose‐enriched inulin) is a prebiotic.55;56  Prebiotics are non‐digestible food ingredients that 
selectively stimulate growth and/or activity of beneficial bacteria in the colon.  Inulin‐type prebiotics are 
members of a larger group of compounds called “fructans,” which encompasses all naturally occurring plant 
oligo‐ and polysaccharides in which one or more fructosyl‐fructose linkages comprise the majority of 
glycosidic bonds.55  Inulin is present in vegetables with high fiber content such as sugar beets, leeks, onions, 
garlic and asparagus.  The basic inulin, derived from chicory root, is treated with specific bacterial enzymes 
that break down the long chain inulin to the short chain oligofructose in 95% pure form.  Short‐chain 
oligofructose is mixed with inulin in equal parts to prepare the final product, p‐inulin.57;58   This composition 
allows the short‐chain oligofructose to be fermented in the proximal (right) colon and the long‐chain 
molecule, inulin, to be fermented in the distal colon.60  The end products of fermentation are gases (such as 
carbon dioxide and hydrogen), lactate, and short‐chain fatty acids.  

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 3 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Preliminary evidence in individuals with preserved kidney function indicates that p‐inulin promotes growth 
of bifidobacteria, reduces endotoxin generation, attenuates inflammation, decreases generation of uremic 
toxins and improves metabolic function.11;45;56;59   
Inulin‐type prebiotics received the designation of “generally recognized as safe” in 1992.60   
1.3 
Clinical Data to Date on Prebiotics and p‐Inulin 
A large number of studies have been performed examining the effect of prebiotics in  a variety of conditions 
including obesity,61;62 HIV,63;64and gastrointestinal diseases.65  Bouhnik et al showed that four weeks of 
treatment with short‐chain fructo‐oligosaccharides increases fecal bifidobacteria counts significantly.66  In a 
small randomized double‐blind, placebo‐controlled trial, 31 patients who had received radiotherapy were 
randomized either to p‐inulin or maltodextrin for 4 weeks.67  Lactobacillus and bifidobacterium counts 
decreased significantly with radiotherapy, but recovered in the treatment arm.  In another study, 49 
diabetic participants were randomized either to inulin 10 g/day or maltodextrin for 8 weeks.68  Inulin 
treatment improved insulin resistance and reduced plasma levels of lipopolysaccharide, hs‐CRP and TNF‐α 
significantly compared to the maltodextrin group.  
There are limited data on prebiotic treatment of patients with CKD and ESRD (Table 1).  In a pilot study 
involving 22 maintenance hemodialysis patients, treatment with 20g of p‐inulin for 4 weeks reduced the 
generation and serum concentration of p‐cresol.54  The authors reported that p‐inulin was well tolerated 
and that there was excellent adherence with treatment.  Nakabayashi showed that symbiotic treatment 
(Lactobacillus casei Shirota strain and Bifidobacterium breve Yakult strain as probiotics and galacto‐ 
oligosaccharides as prebiotics) three times per day for 2 weeks reduced p‐cresol levels in maintenance 
hemodialysis patients.69  
Table 1: Effect of pro‐ and pre‐biotics on uremic toxins and inflammation 
Reference 
Patient type (n) 
Intervention 
Comments 
De Preter et al.70  
Healthy participants 
(50) 
Oligofructose‐enriched 
inulin 
↓ Urinary excreƟon of p‐
cresol  
Dewulf et al61 
Obese women (30) 
Inulin/oligofructose 
↓Endotoxaemia 
Schiffrin et al71 
Elderly participants 
(74) 
Oligosaccharides 
↓TNF‐alpha mRNA and IL‐6 
mRNA 
↓serum sCD14 
Kotzampassi et 
al.72  
Trauma patients (65) 
Probiotics  along with  
inulin, oat bran, pectin, 
and resistant starch 
↓ Rate of systemic 
inflammatory response, 
syndrome, infections, severe 
sepsis, and mortality 
Pavan et al73 
CKD stage III to V (24) 
Synbiotic: Probiotic and 
prebiotic 
Slowed the progression of 
CKD 
Guida et al53 
CKD stage III and IV 
(30) 
Synbiotic: probiotic + 
inulin and tapioca‐
resistant starch 
↓plasma p‐cresol 
Rossi et al74 
CKD stages III and IV 
Probiotic + prebiotic 
(inulin and 
Ongoing 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 4 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Table 1: Effect of pro‐ and pre‐biotics on uremic toxins and inflammation 
Reference 
Patient type (n) 
Intervention 
Comments 
(37) 
galactooligosaccarides) 
Meijers et al.54 
HD patients  (22) 
Oligofructose‐enriched 
inulin 
↓ Serum p‐Cresol sulfate 
and generation rate 
Nakabayashi et 
al.69 
HD patients (7) 
Galacto‐
oligosaccharides and L. 
casei, and B. breve 
↓ Serum p‐Cresol  
1.4 
Dose Rationale and Risk/Benefits 
A dose‐dependent bifidogenic effect has been observed with p‐inulin.45;75;76  Bouhnik et al examined the 
dose dependent effect of 8 weeks treatment with short‐chain fructo‐oligosaccharides (SC‐FOS).62  Forty 
healthy volunteers  were randomized to one of five groups: G0 group (SC‐FOS 0 g and saccharose 20 g) used 
as placebo; G2.5 group (SC‐FOS 2.5 g and saccharose 17.5 g); G5 group (SC‐FOS 5 g and saccharose 15 g); G10 
group (SC‐FOS 10 g and saccharose 10 g); and G20 group (SC‐FOS 20 g and saccharose 0 g).  Bifidobacteria 
counts at Day 8 were greater in groups G10 and G20 compared with G0 and G2.5.  Total anaerobes increased at 
the 10‐g daily dose, but not at lower doses, while no significant differences were found for Bacteroides, 
Lactobacillus, or Enterobacteriaceae.75  Excess flatus was significantly more frequent in participants 
consuming G20.  The authors concluded that for healthy individuals consuming their usual diets, 10 g/day is 
the optimal dose in terms of tolerability and efficacy with respect to increasing fecal bifidobacteria.  Gibson 
et al reported that FOS at 15 g/day in three divided doses increased the proportion of Bifidobacteria from 
6% to 22% in healthy adults during two weeks of use.  The effect on Bifidobacteria was accompanied by 
significant decreases in Bacteroides, Clostridia, and Fusobacteria.45  Meijers et al showed that a dose of 20 
g/day is tolerated by ESRD patients, but with a large number of them reporting abdominal symptoms.77   
Thus, the doses of 10 g and 20 g daily resulted in significant increases in fecal bifidobacteria compared to 
lower doses, but with more abdominal symptoms at the higher dose.45;57;75   
In the current study, all participants will receive p‐inulin at a dose of 8 g two times per day for a total daily 
dose of 16 g.  Based on experience in non‐CKD populations, it is anticipated that this dose will have 
acceptable tolerability and sufficient efficacy.45;76  However, dose reduction for intolerability will be 
permitted if necessary.   
1.4.1 
Risks 
The common side effects of p‐inulin include gastrointestinal symptoms such as flatulence, bloating, 
abdominal distension, loose stools, and increased stool frequency.54;56  These symptoms have been more 
frequently reported with inulin doses in the range of 15 to 30 g per day than with lower doses.77;78   
Gastrointestinal symptoms, particularly constipation is common in patients with CKD. 79;80Ascertainment of 
gastrointestinal symptoms using the Gastrointestinal Symptom Rating Scale  will be performed in this 
study.81   
Participants are not expected to benefit from participating in this study.  The data obtained from this study 
will be used to conduct a larger study to assess the therapeutic potential of altering the gut microbiome in 
CKD patients.   

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 5 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
2 
Study Objectives 
The overarching hypothesis motivating this exploratory study of variability is that treatment with 
oligofructose enriched inulin (p‐inulin) will alter the composition and/or function of the gut microbiome, 
and thereby reduce the generation of gut‐derived uremic toxins, improve gut barrier function and attenuate 
systemic inflammation in CKD patients.  In order to design a future clinical trial the following parameters 
from CKD subjects are needed: 
1) Intra‐patient variability in the composition and function of the gut microbiome 
2) Inter‐patient variability in the composition and function of the gut microbiome 
3) Impact of p‐inulin on the composition and function of the gut microbiome 
4) Tolerability of p‐inulin administration 
5) Feasibility of collecting stool samples in this patient population 
2.1 
Primary Objectives 
 
To evaluate the within‐patient variability of gut bacteria‐derived metabolites and gut bacterial 
composition over an 8‐week period during which there is no study‐driven manipulation of diet, 
medication, or treatment 
 
To evaluate, using each patient as his/her own control, whether treatment with p‐inulin for 12 
weeks alters gut bacteria‐derived metabolites and gut bacterial composition 
2.2 
Secondary Objectives 
 
To evaluate, using each participant as his/her own control, whether p‐inulin alters levels of selected 
circulating inflammatory markers and mediators  
 
To assess within participant variability of gut bacteria‐derived metabolites and gut bacterial 
composition during an 12‐week period of treatment with p‐inulin  
 
To assess between‐participant variability of gut bacteria‐derived metabolites and gut bacterial 
composition during an 12‐week period of treatment with p‐inulin  
 
To examine, using each patient as his/her own control, whether gut bacterial composition and gut 
bacteria‐derived metabolites return to pre‐treatment findings during 8 week observation period of 
post‐treatment.   
 
To evaluate the tolerability of p‐inulin administered at a total daily dose of 16 g  
 
To evaluate the short‐term safety of p‐inulin administered at a total daily dose of 16 g  
 
To assess adherence to p‐inulin treatment  
 
To explore the willingness of CKD patients to enroll in a study requiring repeated collection of stool 
samples  
 
To explore participant adherence to the stool sample collection requirements  
 
To identify barriers to adhering to stool sample collection  
 
3 
Study Design 
3.1 
General Design 
This is a non‐randomized, open‐label, crossover study. Participants will be followed during 3 sequential 
phases: 1) no intervention (8 weeks observational period), 2) p‐inulin administration (12 weeks treatment 
period), and 3) no intervention (8 weeks observational period). The visit and stool and blood collection 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 6 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
schedule for each phase is depicted in Figure 1 and a detailed table of study procedures is provided in 
Section 15.1. Study participants will be recruited from two sites in the U.S‐ George Washington University 
and University of Utah clinical sites.  
 
Figure 1. Visit and Biosample‐Collection Schedule 
 
 
3.2 
Study Outcome  
3.2.1 
Primary Outcome  
Microbiome characterization primary endpoints include: 
1. Within patient variability in the gut microbiome composition, metabolomic profile, targeted 
metabolites and inflammatory markers during the no treatment phases 
2. Between ‐patient variability in the gut microbiome composition, metabolomic profile, targeted 
metabolites,  inflammatory markers during the p‐inulin treatment phase 
3.2.2 
Secondary Outcome  
Microbiome characterization secondary outcomes include: 
1. Within patient change in the microbiome composition, metabolomic profiles, targeted metabolites, 
inflammatory markers after p‐inulin treatment compared with pre‐treatment 
2. Within‐patient variability in the bacterial composition of the stool during the no treatment phase 
3. Within‐patient variability in the bacterial composition of the stool during the p‐inulin treatment 
phase 
4. Within‐patient change in the bacterial composition of the stool after p‐inulin treatment compared 
with pre‐treatment 
5. Differences in the above measures between diabetic and non‐diabetic participants 
6. Within‐cohort variability in the metabolomic profile and targeted metabolites / inflammatory 
markers during the no treatment phase 
7. Within‐cohort variability in the metabolomic profile and targeted metabolites / inflammatory 
markers during the p‐inulin treatment phase 
Week 0 Visit 
Screening / 
Enrollment, 
Baseline Data 
Collection 
Week 8 Visit 
Medication and 
Clinical Event 
Review, 
Dispense p-Inulin 
Week 12 and 16 Visits
Medication,  
Clinical Event, 
and Tolerability 
Review 
Dispense p-inulin
Week 20 Visit
Medication, 
Clinical Event, 
and Tolerability 
Review
Week 24 Visit 
Medication and 
Clinical Event 
Review 
Week 28 Visit
Medication and 
Clinical Event 
Review 
Observation 
With no  
treatment 
Initiate p-Inulin 
treatment 
Stop p-Inulin
Treatment and resume 
observation with 
no treatment
Study
Completion
Weeks 0-8 
Stool, Urine & 
Blood  
collection: 
1x per week 
Weeks 9-20
Stool, Urine & 
Blood  collection: 
1x per week
Weeks 20-28
Stool, Urine & Blood  
collection: 
1x per week
Week 4 Visit 
Medication and 
Clinical Event  
Review 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 7 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
8. Within‐cohort change in the metabolomic profile and targeted metabolites / inflammatory markers 
after  p‐inulin treatment compared with pre‐treatment 
Tolerability and Safety 
The major safety and tolerability outcomes include: 
1. Gastrointestinal symptoms 
2. Early discontinuation of p‐inulin 
3. Reduction in p‐inulin dose 
4. Adverse events 
Feasibility  
Feasibility outcomes include: 
1. Enrollment refusal rate 
2. Proportion of completed stool sample collections 
3. Proportion of completed blood sample collections 
4. Adherence to p‐inulin assessed by sachet counts 
5. Participant withdrawal during each phase of the study  
4 
Participant Selection and Withdrawal 
4.1 
Inclusion Criteria 
a) Subjects with eGFR 15.0 to 50.0 ml/min/1.73 m2 as estimated by the CKD‐EPI equation   
b) Albuminuria greater than 300 mg/g creatinine (by spot urine test) if eGFR is ≥45 ml/min/1.73 m2 
c) Age ≥ 18 years 
d) For women of childbearing potential, willingness to use a highly effective method of birth control for 
up to 4 weeks after the last dose to study drug.  See Section 4.2.1 for definition of childbearing 
potential and acceptable methods of birth control 
e) Ability to provide informed consent 
4.2 
Exclusion Criteria 
a) Use of pre‐ or pro‐biotics during the past 2 months   
b) Consumption of probiotic yogurt during the past 2 weeks 
c) Use of antibiotics within the past 3 months if the patient received a single course of antibiotic. If the 
patient received more than one course of antibiotic treatment, we will wait for 6 months prior to 
inclusion.  
d) Presence of HIV infection, chronic wound infection and osteomyelitis  
e) Presence of or treatment for periodontal infection   
f) Inflammatory bowel disease, chronic diarrhea, current C. difficile infection   
g) Cirrhosis or chronic active hepatitis 
h) Treatment  with  immunosuppressive  medications  in  the  past  6  months  or  more  than  a  week  of 
treatment with prednisone >10 mg  in the last 3 months 
i) 
Treatment with proton pump inhibitors within the last one month 
j) 
Anticipated initiation of dialysis or kidney transplant within 9 months  
k) Acute on chronic kidney disease   
l) 
Expected survival < 9 months 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 8 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
m) Pregnancy, anticipated pregnancy, or breastfeeding 
n) Incarceration 
o) Participation in another intervention study 
p) Severe anemia defined as hemoglobin <9.0 g/dl any time during the last 3 months 
q) Patients in whom frequent blood sampling may be difficult   
4.2.1 
Women of Childbearing Potential 
Women of childbearing potential include any female who has experienced menarche and who has not 
undergone successful surgical sterilization (hysterectomy, bilateral tubal ligation, or bilateral oophorectomy) 
or is not postmenopausal. Postmenopausal is defined as:  
 
Amenorrhea for ≥12 consecutive months without another cause or  
 
Women with irregular menstrual periods and a documented serum follicle stimulating hormone 
(FSH) level > 35 mIU/mL or  
 
Women on hormone replacement therapy (HRT)  
 
Women who are using oral contraceptives, other hormonal contraceptives (vaginal products, skin patches, 
or implanted or injectable products), or mechanical products such as an intrauterine device or barrier 
methods (diaphragm, condoms, spermicides) to prevent pregnancy, or who are practicing abstinence, or 
have a partner who is sterile (e.g., vasectomy) should be considered to be of childbearing potential.  
Acceptable methods of highly effective birth control include:  
 
Condom with spermicide  
 
Diaphragm and spermicide  
 
Cervical cap and spermicide  
 
Hormonal contraception  
4.3 
 Recruitment  
Participants will be recruited from two Clinical Centers with a general goal of enrolling 6‐10 participants at 
each site.  We will recruit total of 15 subjects and employ the recruit and replace strategy until a minimum 
of 10 participants have satisfactorily completed the first 20 weeks of the study protocol. Approximately, 
equal number of diabetics and non‐diabetics will be recruited. Participants at outpatient clinics affiliated 
with investigator and co‐investigator practices will be screened for eligibility.   In addition to active screening 
at the outpatient clinics by study personnel, informational handouts and brochures may be disseminated at 
the clinics in order to allow potential participants to learn about the study and to contact investigators if 
interested.  All study materials must be approved by local IRBs before dissemination to potential study 
participants.   
Outpatient laboratory studies, medical records at the investigator’s institution will be reviewed to assess 
eligibility for enrollment.  No study‐specific testing is required to confirm eligibility, except a serum 
pregnancy test for women of childbearing potential.  Prior to approaching potential participants, the 
treating nephrologists will be contacted to assess suitability for enrollment. 
Once preliminary eligibility is confirmed, informed consent will be obtained by a qualified investigator or 
study site designee during an in‐person visit.  This visit will take place at the investigator’s institution.   

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 9 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
We will recruit total of 15 subjects and recruitment will continue until a minimum of 10 participants have 
satisfactorily completed the first 20 weeks of the study protocol. Anticipating drop outs, we will recruit 15 
patients.   
Participants will be compensated for providing stool, blood, and urine samples.  Each Clinical Center is 
responsible for developing a compensation plan and schedule, and distributing payment.   
4.4 
Early Withdrawal of Participants and Early Study Termination  
4.4.1 
Early Withdrawal of Participants 
Reasons for premature withdrawal include pregnancy, death, and withdrawal of consent.  Participants who 
are not able or willing to continue taking the study agent will be encouraged to remain in the study and 
continue biosample collection.   
4.4.2 
Early Termination of Study Medication 
Participants who are unable to tolerate p‐inulin at a total dose of 16 g per day (8 g twice daily) will have the 
dose reduced to a total dose of 8 g per day (4 g twice daily).  If the participant is unable to tolerate a total 
daily dose of 8 g, p‐inulin will be discontinued.   
If p‐inulin is discontinued, study visits and procedures will continue unless the participant withdraws 
consent for follow‐up.   
Participants whose dose is reduced or who stop taking p‐inulin are permitted, at the discretion of the site 
investigator, to resume taking p‐inulin within the 8 week dosing phase.  
5 
Study Procedures 
5.1 
Study Visit Schedule 
A schedule of study visits and procedures is provided in the Study Procedures Table in Section 15.1. 
5.1.1 
Pre‐screening Activities 
Participants at outpatient clinics affiliated with investigator and co‐investigator practices will be screened 
for eligibility.  Clinical center study personnel will review medical records to assess eligibility.  The treating 
nephrologist for a potentially eligible patient will be contacted to further assess eligibility and obtain 
permission for the study coordinator to contact the patient.     
5.1.2 
Screening/Baseline Visit  
Patients who appear eligible based on pre‐screening will be approached in person to determine interest in 
participation and confirm eligibility.  Study personnel will discuss the study goals and procedures with the 
potential participant in detail.  If the patient is agreeable to participating in the study, study personnel will 
review and assess understanding of the entire informed consent form prior to obtaining written informed 
consent from the participant.  The consenting process will be done by a qualified investigator or study site 
designee.  Informed consent will be obtained and documented before any study procedure is performed.  
The screening and baseline activities may take place over one or two visits.   

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 10 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Screening/Baseline Visit Activities 
 
Informed consent process 
 
Collection of baseline data including demographics, medical history, etiology of kidney disease, and 
medication use including recent and current use of prescription products, over‐the‐counter 
products, herbal supplements, vitamins, oral or intravenous iron, proton pump inhibitors, artificial 
sweeteners, and pre‐ and probiotic use in any form   
 
Screening for periodontal infection (bad breath, bleeding/inflamed gum, tooth decay). Patients will 
also be asked about history of gum disease or treatment for gingivitis.   
 
Determination of eligibility, including measurement of urine protein creatinine ratio. 
 
Blood draw for baseline measurements (13 mL)  
 
Urine sample will be obtained  for  pregnancy test for women of childbearing potential   
 
Instruction for stool and urine sample collection and storage 
 
Dietary assessment using food frequency questionnaire 
 
Gastrointestinal symptom assessment questionnaire 
 
Blood samples collected for complete blood count (CBC), comprehensive metabolic panel (CMP), 
cystatin C, phosphorous, magnesium, fibroblast growth factor‐23 (FGF‐23), parathyroid hormone 
(PTH) and uric acid assays.   
 
Enrolled participants will be instructed not to change their dietary patterns or add new medications, if 
possible, during the study.   
See Section 5.2 for details regarding the blood and stool sample collection schedule.   
5.1.3 
Week 4, 8, 12, 16, and 20, 24 and 28 Visits and Weekly Telephone Contacts 
Participants will have in‐person study visits at Weeks 4, 8, 12, 16, 20, 24 and 28.  At each study visit, 
participants will be asked about emergency room visits, hospital admission or any significant clinical events 
that occurred since the last visit.  On a weekly basis, participants will be queried on antibiotic use in the 
previous week, and medical records will be reviewed for antibiotics use.  During the dosing phase, 
participants will also be asked questions to assess adherence with p‐inulin. 
Dietary assessment using the Block Food Frequency Questionnaire (https://nutritionquest.com) will be 
administered at W1 and Weeks 8 (pre‐treatment phase), 20 (treatment phase), and 28 (post‐treatment 
phase). 
Week 4 Visit 
 
Information on clinical events and current medications will be collected.   
 
Gastrointestinal symptom assessment questionnaire will be administered. 
Week 8 Visit  
 
Information on clinical events and current use of medications will be collected.   
 
Gastrointestinal symptom assessment questionnaire will be administered. 
 
Dietary assessment using a food frequency questionnaire will be administered to assess dietary 
patterns prior to starting p‐inulin.    
 
A four week supply of p‐inulin will be dispensed to the participant along with instructions for its use. 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 11 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
 
To assess adherence to the study protocol, participants will be instructed to keep all unused study 
agent packets and bring them to the Week 12 visit.   
 
Blood samples collected for CBC, CMP, cystatin C, phosphorous, magnesium, FGF‐23, PTH and uric 
acid assays.   
 
Patient will bring the 24 hour urine collection. Study staff will record the 24‐hour urine volume and 
save aliquots for the estimation of urea, creatinine, uric acid, calcium, phosphorous and magnesium 
concentrations.    
Week 12 Visit 
 
Information on clinical events and current medications will be collected.   
 
Gastrointestinal symptom assessment questionnaire will be administered. 
 
Tolerability of p‐inulin will be assessed.  If participant has not been able to tolerate 16g total daily 
dose, the dose may be reduced to a total daily dose of 8 g.   
 
Study personnel will collect, count and record the p‐inulin packets. 
 
A four week supply of p‐inulin will be dispensed. 
 
To assess adherence to the study protocol, participants will be instructed to keep all unused study 
agent packets and bring them to the Week 16 visit.   
Week 16 Visit  
 
Information on clinical events and current medication use will be collected.   
 
Gastrointestinal symptom assessment questionnaire will be administered. 
 
Tolerability of p‐inulin will be assessed by participant self‐report.  If participant has not been able to 
tolerate 16 g total daily dose, the dose may be reduced to a total daily dose of 8 g.   
 
Study personnel will collect, count and record the number of unused p‐inulin packets. 
 
A four week supply of p‐inulin will be dispensed. 
 
To assess adherence to the p‐inulin treatment schedule, participants will be instructed to keep all 
unused study agent packets and bring them to the Week 20 visit.  
 
Blood samples collected for CBC, CMP, cystatin C, phosphorous, magnesium, FGF‐23, PTH and uric 
acid assays.   
Week 20 Visit 
 
Information on clinical events and current medication use will be collected.   
 
Gastrointestinal symptom assessment questionnaire will be administered. 
 
Dietary assessment using a food frequency questionnaire will be administered to assess dietary 
patterns during the p‐inulin treatment period.   
 
Tolerability of p‐inulin will be assessed.   
 
Study personnel will collect, count and record the number of unused p‐inulin packets. 
 
 
Blood samples collected for CBC, CMP, cystatin C, phosphorous, magnesium, FGF‐23, PTH and uric 
acid assays.   
 
Patient will bring the 24 hour urine collection. Study staff will record the 24‐hour urine volume and 
save aliquots for the estimation of urea, creatinine, uric acid, calcium, phosphorous and magnesium 
concentrations.    
 
 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 12 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Week 24 Visit 
 
Information on clinical events and current medication use will be collected. 
 
Gastrointestinal symptom assessment questionnaire will be administered. 
5.1.4 
Week 28 Visit (Study Completion) 
 
Information on clinical events and current medication use will be collected.     
 
Gastrointestinal symptom assessment questionnaire will be administered. 
 
Dietary assessment using a food frequency questionnaire will be administered to assess dietary 
patterns during the p‐inulin post‐treatment phase 
 
Blood samples collected for CBC, CMP, cystatin C, phosphorous, magnesium, FGF‐23, PTH and uric 
acid assays.   
 
Patient will bring the 24 hour urine collection. Study staff will record the 24‐hour urine volume and 
save aliquots for the estimation of urea, creatinine, uric acid, calcium, phosphorous and magnesium 
concentrations.     
5.2 
Biosample Collection Schedule  
Stool samples will be collected at baseline and then once weekly during the study period. The sample 
collection during weeks 21‐28 (after p‐inulin treatment) will allow detection of delayed alterations in 
response to p‐inulin and will provide information about the durability of p‐inulin effects 
Stool specimens will be obtained by study participants.  Participants will be provided a commercial “toilet 
hat” stool specimen collection kit (specimen container, shipping box, styrofoam cooler, and cold packs; 
Fisherbrand Commode Specimen Collection System; Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA) at the 
Baseline visit and as needed for resampling.   
Participants will bring the stool samples on ice packs in the closed styrofoam cooler to the outpatient clinic.  
They will also be given the option of shipping it overnight to the clinical site. Research staff will process 
samples according to Core Laboratory specifications and store at ‐80C for future shipment to the Core 
Laboratory.  The aliquoting of samples is performed prior to freezing in order to minimize the number of 
freeze‐thaw cycles.  Detailed information regarding stool sample collection, storage, shipping, and 
participant training is provided in the Manual of Procedures (MOP).   
Participants who do not provide the required number of stool samples will continue to be followed for the 
full duration of the study and will continue to be encouraged to provide samples in accordance with the 
protocol schedule. 
Participants who are unable to provide the required number of stool samples will continue to be followed 
for the full duration of the study and will not be withdrawn. 
Urine samples will be collected for metabolomics studies every week (10 ml). 24 hour urine samples will be 
collected at 8, 20 and 28 weeks of the study.  
All blood samples will be obtained by an experienced phlebotomist keeping in mind to preserve veins for 
future vascular access.  Study staff will review the most recent hemoglobin lab results in the medical record.  
If this result is less than 9.0 g/dl, blood will not be collected until the hemoglobin value is 9.0 g/dl or greater. 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 13 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Blood specimens will be processed and aliquoted according to the Core Laboratory specifications.  Samples 
will be stored at ‐80° C for future shipment to the Core Laboratory.  The MOP provides detailed information 
on blood specimen processing. 
5.3 
Stool, Urine and Blood Analyses 
Metabolites and inflammatory markers of interest that provide functional information about the gut 
microbiota or the host response are shown in Table 2.  Both non‐biased and targeted metabolomic profiling 
of the stool, blood and urine will be performed at the West Coast Metabolomics Center at the University of 
California Davis. Filtered fecal water or plasma samples will be used for the mass spectrometry‐based  
metabolomic profiling. The process of metabolite extraction will include internal standards and follow 
standard protocol.  The resulting extract will be divided into a liquid chromatography fraction and a gas 
chromatography fraction.  
Liquid chromatography/Mass spectrometry (LC/MS): A 6590 Triple Quadrupole mass spectrometer (QQQ, 
Agilent Technologies, Santa Clara, CA) connected in the front end to Ultra Performance Liquid 
Chromatography will be used for Multiple Reaction Monitoring‐based target metabolic quantification.1 Data 
acquisition in QQQ will be controlled using the Mass Hunter data acquisition software. Findings will be 
confirmed using selected reaction monitoring (SRM).  
Gas chromatography/Mass spectroscopy (GC/MS):  The derivatized sample will be injected into GC‐MS, 
which is run using electron impact as the ionization source. Similar to the LC‐based platform, detection of 
the metabolite would involve detection of its precursor followed by additional accurate mass detection of 
the product ions for the precursor by SRM. Each of the controls (standard mixture and liver pool) will be 
included multiple times in the randomization scheme such that sample preparation and analytical variability 
are constantly monitored. Furthermore, analysis of each clinical sample will be followed by at least two 
blank runs to prevent any carryover of metabolites between samples. 
16S rRNA  Sequencing: The composition of the gut microbiota will be characterized by sequencing 16S rRNA 
genes from genomic DNA extracted from the stool at the Alkek Center for Metagenomics and Microbiome 
Research at the Baylor College of Medicine. The bacterial genomic DNA from feces will be extracted using 
MO BIO PowerSoil DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories). DNA extraction and 16S rRNA gene sequencing 
will be performed with methods consistent with those developed for the NIH‐Human Microbiome Project. 
Briefly, the microbiome will be measured by deep sequencing of 16S rRNA genes on the Illumina MiSeq 
platform. 16S rRNA genes contained in every sample will be isolated by amplifying multiple regions of the 
16S rRNA genes with barcoded, degenerate primers that target the V4 hypervariable domain of the gene. 
These primers also contain adapters for MiSeq sequencing so that the PCR products may be pooled and 
sequenced directly. Pooling will enable us to achieve a depth of sequencing of at least 5,000 reads per 
sample. Rarefaction and collector’s curves of microbial community data will be constructed using sequence 
data for each sample to ensure that we are sampling the majority of the diversity present.  
Inflammatory markers will be measured in the plasma samples. The urine samples will be stored at ‐80OC as 
frozen 1 ml aliquots for future biomarker and metabolomics studies as described above.  
A purposeful approach to analyzing the stored blood and stool samples will be used.  Initial measurements 
will be made on stool and blood samples obtained from a subset of the time points and selection of 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 14 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
additional time points for samples analysis will be made based on the findings.  For example, if 
measurements made on samples obtained at weeks 0, 4 and 8 indicate that there is limited within‐patient 
variability over an 8‐week period, additional measurements using samples from weeks 1, 2, 3, 5, 6, and 7 
will have low priority.  However, if within‐patient variability is evident using the samples from weeks 0, 4 
and 8, performing measurements on the weekly samples, and/or the within‐week samples will be of greater 
interest.   
As noted above, CBC, CMP, cystatin C, phosphorous, magnesium, FGF‐23, PTH and uric acid will be 
measured at Screening/Baseline, 8, 16, 20 and 28 weeks.  Twenty four hour urinary excretion of urea, 
creatinine, uric acid, calcium, phosphorous and magnesium will be quantitated at 8, 20 and 28 weeks of the 
study.   
 
 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 15 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Table 2.  Stool, Urine and Blood Analytes  
 
Stool 
Blood 
Urine 
Short‐chain fatty acids (butyrate, propionate, acetate) 
* 
* 
* 
Trimethylamine N oxide 
Choline 
Betaine  
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
Phenols 
p‐cresol sulfate 
p‐Cresol glucuronide 
Phenyl sulfate 
Phenyl glucuronide 
α‐N‐phenylacetyl‐L‐glutamine 
Phenylpropionylglycine 
Hippuric acid 
4‐hydroxybenzoate 
Phenylacetylglycine 
 
* 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
 
* 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
 
* 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
+ 
Indoles 
Indoxyl sulfate 
Indoxyl glucuronide 
5‐hydroxyindole 
Indole‐3‐prioonic acid 
Indole‐3‐acetic acid 
 
* 
+ 
+ 
+ 
+ 
 
* 
+ 
+ 
+ 
+ 
 
* 
+ 
+ 
+ 
+ 
Polyamines 
* 
* 
* 
Metabolites of urea metabolism 
+ 
+ 
+ 
Metabolites of creatinine metabolism 
+ 
+ 
+ 
Allantoin 
+ 
+ 
+ 
Fructose  
+ 
+ 
+ 
Cytokines 
IL‐1β 
IL‐2 
IL‐4 
IL‐6 
IL‐10 
IL‐17 
IL‐22 
TNFα 
 
 
‡ 
‡ 
‡ 
‡ 
‡ 
‡ 
‡ 
‡ 
 
Endotoxin 
 
‡ 
 
Myeloperoxdase (MPO) 
 
‡ 
 
hsCRP 
 
‡ 
 
HMGB1 
 
‡ 
 
TNF‐R1 
 
‡ 
 
TNF‐R2 
 
‡ 
 
Lipopolysaccharide binding protein (LBP) 
 
‡ 
 
sCD14 
 
‡ 
 
* captured by untargeted metabolomics and quantitated by targeted metabolomics 
+ captured by untargeted metabolomics, ‡ standard ELISA 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 16 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
6 
Study Agent  
6.1 
Description 
p‐inulin (oligofructose‐enriched inulin) is a pre‐biotic. p‐inulin will be provided in individual packets that 
each contain 4 g of powder.  
6.2 
Treatment Regimen   
All participants will take a p‐inulin dose of 8 g two times per day for a total daily dose of 16g.  The contents 
of two packets will be added by the participant to 100‐200 ml of water and taken orally.  Patients will be 
asked to take the medication in the morning before meals and at night before retiring to bed.  Treatment 
duration is 12 weeks.  If down‐titration of the study agent dose is required during the treatment phase, the 
Clinical Center investigator will instruct the participant to use only 1 packet (4 g) twice a day for a total daily 
dose of 8 g per day.  
6.3 
Administration of Study Agent 
Study agent will be prepared by the Investigational Drug Service (IDS) which will be the Central Pharmacy for 
this study.  Each study agent kit will contain a 4‐week supply.  The participant will receive a 4‐week supply of 
study agent at the Week 8, 12, and 16 visits.   
6.4 
Receiving, Storing, Dispensing and Returning Study Agent 
6.4.1 
Receiving Study Agent Supplies 
Each Clinical Center research pharmacy will be responsible for maintaining detailed records regarding the 
receipt of study agent.  General Study Product Accountability, Patient Specific Study Product Accountability, 
and if necessary, Shipment Tracking Accountability Logs will be maintained by the site pharmacist to 
document study agent use.  Documentation includes study product receipt, storage, dispensing, and final 
disposition.   
6.4.2 
Storage 
The boxes containing p‐inulin will be stored at room temperature in a locked cabinet at the University of 
Pennsylvania IDS pharmacy until shipment to the Clinical Center.  Once at the Clinical Center, the study 
agent will be stored at the research pharmacy until distribution to the participant.  
The study agent will be stored at 25°C (77°F) with excursions permitted to 15‐30°C (59‐86°F). 
6.4.3 
Dispensing Study Agent 
Upon enrollment of a participant, study personnel will request from the Central Pharmacy that three study 
agent kits are sent to the Clinical Center research pharmacy.  The study agent will be dispensed by the 
Clinical Center research pharmacy in 4‐week supplies at the Week 8, 12, and 16 visits to either an 
appropriate member of the research team or to the participant in accordance with Clinical Center policies 
and preferences.  
 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 17 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
6.4.4 
Return or Destruction of Study Agent 
Participants will return any unused study agent at the Week 12, 16, and 20 visits.   
Returned product will be counted and recorded by study staff and documented on the Study Product 
Accountability log.  Unused supplies will be destroyed by study staff once the reconciliation is completed 
and documented. 
At the completion of the study, there will be a final reconciliation of study agent shipped, study agent 
consumed, and study agent remaining.  This reconciliation will be logged on the study agent reconciliation 
form, signed and dated.  Any discrepancies noted will be investigated, resolved, and documented prior to 
return or destruction of unused study agent.  Study agent destroyed on site will be documented in the study 
files. 
6.5 
Participant Adherence Monitoring 
6.6 
Adherence to the study agent will be assessed by counts of returned packets at the Week 12, 16, 
and 20 visits and from participant self‐report.  Concomitant Therapy 
Medication use (both oral and intravenous) will be collected at baseline and throughout the course of the 
study.  Information about over the counter medications, herbal supplements, and pre/probiotic 
supplements in any form will also be collected.  Appropriate sources for obtaining this information include 
the participant, the medical record, and treating clinicians.   
Participants will be asked to discontinue probiotic yogurt at least 2 weeks prior to enrollment in the study 
and throughout study participation.  Participants will continue their regular medications including anti‐
hypertensive agents, phosphate binders, vitamin D preparations, erythropoietin stimulating agents, proton 
pump inhibitors (PPI) and oral or intravenous iron as prescribed by the treating physician. However, PPI and 
iron therapy will not be initiated or discontinued during the study period without a compelling reason. Any 
such change will be carefully documented.   
7 
Statistical Plan 
Bioinformatics data preparation and biostatistical analyses will be conducted by a technical team led by 
Professor Hongzhe Li, PhD at the University of Pennsylvania Perelman School Of Medicine.  Dr. Li is 
internationally acclaimed in statistical genetics, genomics and the analysis of high‐dimensional data, and has 
published path‐breaking work in both methodological and collaborative aspects of the microbiome. 
http://statgene.med.upenn.edu/ .        
7.1 
Sample Size Determination 
We will recruit total of 15 subjects and employ the recruit and replace strategy until a minimum of 10 
participants have satisfactorily completed the first 20 weeks of the study protocol. “Sufficient” number of 
stool samples  is defined as 2 samples during Weeks 1‐4, 2 samples during Weeks 5‐8, 3 samples during 
Weeks 9‐14, and 3 samples during Weeks 15‐20.   Additional participants will be enrolled (up to 10 
additional participants) as needed to obtain a total of 10 participants who meet the follow‐up duration and 
sample sufficiency criteria.  Participants who do not meet the sample sufficiency criteria will continue in the 
study and will continue to be encouraged to provide samples in accordance with the protocol schedule 
Because of the high prevalence of diabetes mellitus among patients with CKD and potential differences in 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 18 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
the gut microbiome between patients with and without diabetes, the study will aim to have approximately 
50% of participants with diabetes and 50% of participants without diabetes.  
This repeated measures study design will provide important preliminary data on week‐to‐week variability of 
gut microbiome and on the effects of p‐inulin on microbiome composition.  Referring to relevant 
simulations,82 the power for detecting various changes in microbiome composition based on 10 participants, 
before and after p‐inulin treatment, can be estimated.  In addition to alpha‐ and beta‐diversity, detailed 
investigations focusing on specific taxa is also valuable. This is achieved by determining the relative 
abundance of each taxa, and changes within taxa are then measured over time. However, the power 
calculations reported here are based on detecting the overall change of microbial composition before and 
after p‐inulin treatment. Once such association is established, we will then perform analysis at the genus 
level to identify those genera that demonstrate change in their abundance.    
Figure 2. Power to Detect Composition 
Changes. The specific community 
difference caused by p‐Inulin treatment   
is indicated in the panel title. The power 
curves are created by varying the degree 
of p‐inulin effect.  
dU= unweighted UniFrac defined as the 
fraction of the branch length that leads to 
descendants from each single 
community.83  
dW= weighted UniFrac, weights each 
branch length by the abundance 
differences of the branch along the tree 
of the communities.84 
 d(0)= relative difference in UniFrac.85  
d(0.5)=  distance  in  the  middle  of  the 
distance series.85 
dVAW= 
variance 
adjusted 
weighted 
UniFrac.86 
dMAX= combines dW and dU by taking the 
maximum of their pseudo‐F statistics.85 
 
Figure 2 shows the power for detecting changes in community membership, evenness, richness and lineages 
for various effect sizes based on distance‐based MANOVA analysis using different distances based on a 2D 
circle simulation to detect changes in community membership, evenness, richness and certain clades of 
bacteria with different abundances, respectively.  The number (richness) and distribution (evenness) of taxa 
expected within a single population are important estimates.82  Alpha diversity captures both the organismal 
richness of a sample and the evenness of the organisms’ abundance distribution. UniFrac can be used to test 
if the phylogenetic lineages between samples are significantly different, or to cluster  samples using 
multivariate statistical techniques.83 Several distances are used in these plots, where the generalized 
UniFrac distance seems to give better power in general.  The proposed sample size of n=10 enables the 
detection of moderate to large effect sizes.  
 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 19 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Figure 3 shows the power of change of taxa clusters of various abundances based on simulating data on a 
phylogenetic tree.  For a sample size of 10, we have adequate power to detect moderate to large effect 
sizes. The plots in this Figure are based on several microbial distances.  In general, we observed that the 
generalized UniFrac distances give better power. 
 
 
 
 
 
 
 
Figure 3. Power to Detect Changes of Taxa 
Clusters. Various distances (see Figure 2 
legend) are used in PERMANOVA to detect 
change of microbial compositions, where the 
effect size is measured by fold‐change of the 
abundances of specific bacterial clade.  
 
 
 
 
 
 
 
 
We will use the paired t‐test to identify the metabolites that change their abundances before and after the 
p‐Inulin treatment.  Based on a paired t‐test, a sample size of 10 can detect an effect size of 1.7 or more of 
the  change  of  metabolite  due  to  p‐inulin  treatment,  where  effect  size  is  the  Cohen's  d,  defined  as  the 
difference between two means divided by a standard deviation for the data, assuming that 25 metabolites 
will  be  tested  and  that  adjustment  for  multiple  comparisons  will  be  conducted  within  the  framework 
outlined by Benjamini and Hochberg  for controlling the false discovery rate (FDR).83  The multicenter nature 
of the study will provide information about the feasibility of stool sample collection for future multicenter 
studies of the gut microbiome.   
 
The repeated measurements of gut microbiome enable us to study the temporal variability of microbiomes 
after p‐inulin treatment. Besides the paired comparisons, we will also perform analysis based on repeated 
measurements  to  identify  the  bacterial  taxa  that  change  their  abundances  over  time.  We  expect  high 
statistical power to detect these taxa when repeated measurement analysis is performed.  
7.2 
Missing Data 
In general, missing data will not be imputed.  Every effort will be made to use statistical methods that are 
robust to missingness, and the number of participants included with each analysis will be given with the 
results. 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 20 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
7.3 
Statistical Methods 
7.3.1 
Analysis of Microbial Composition 
Sequence  data  will  be  processed  using  QIIME,  augmented  by  the  R  package  QIIMER  (http://cran.r‐
project.org/web/packages/qiimer). Taxonomy will be assigned to the sequences using Ribosomal Database 
Project (RDP) for 16S, augmented by analysis of specific sequences using BLAST. The 16S tag sequences will 
be collected into operational taxonomic units (OTUs) with 97% sequence identity and samples summarized 
as  vectors  of  proportions.    Stool  samples  will  be  compared  longitudinally  within  individual  subjects,  and 
between groups. The analysis will be performed at the overall microbiome composition level by calculating 
the  alpha  and  beta  diversities  using  UniFrac  distances.  Principal  coordinate  analysis  (PCA)  based  on  the 
UniFrac distances will be performed and used to display the samples in PCA space. Alpha‐diversity is used to 
describe the structure of the bacterial community based on the number of species, and the proportion in 
which  each  species  is  represented  in  the  community.  This  can  be  defined  using  Shannon’s  index  (H), 
Simpson's  index  (D)  and  Renyi  entropy.87  We  then  calculate  the  intra‐class  correlation  coefficient  using 
mixed models, with the individual as the cluster and multiple diversity observations as groups.  We then 
assess the effects of p‐inulin on gut microbiome compositions using repeated measures ANOVA with alpha‐
diversity as the outcome. This assesses whether p‐Inulin has any effect on the overall gut microbial diversity. 
To  measure  inter‐patient  variability,  we  will  calculate  the  beta  diversity  to  measure  the  compositional 
dissimilarity between two individuals at a given time point.  Some commonly used beta diversity indices 
include  Bray‐Curtis  dissimilarity,  percent  similarity  index  and  Jaccards  index.88  To  account  for  the 
phylogenetic  tree  information  of  the  bacterial  taxa,  we  will  use  the  UniFrac  distances  (both  weighted, 
unweighted and generalized UniFrac)  as the beta  diversity measure.83 We will then  compare the within‐
individual distances and the between‐individual distances and perform clustering analysis of all the samples 
using  the  UniFrac  distances.    A  repeated  measure  distance‐based  MANOVA  will  be  used  to  assess  the 
changes of the overall microbial compositions over time and to test effect of p‐inulin on overall microbial 
compositions using UniFrac distances.  
 
Besides evaluating the intra‐patient and inter‐patient variability at the overall microbial compositional level, 
we will also evaluate such variability at the taxon level, e.g., at each genus level. From 16S data, we obtain 
the  estimate  of  the  relative  proportion  of  each  of  the  bacterial  genera  observed  in  the  data.    For  each 
bacterial taxon, we will fit a zero enriched beta regression model with random effects to assess the intra‐
patient and inter‐patient variability, both in terms of presence/absence and also the relative abundances. 
Similar analyses will be performed to compare the microbiome compositions between week 0 and study 
competition and between treatment stop and the end of study.   
 
As a secondary analysis, we will also test microbiome differences between diabetic subjects and non‐
diabetic subjects prior to p‐inulin treatment, taking into account week‐to‐week variability using mixed‐
effects model for alpha diversity, and zero‐enriched regression analysis for each of the taxa. However, small 
sample sizes may limit the power to detect such differences.  
7.3.2 
Analysis of metabolomic profile and targeted metabolites 
For each of the metabolites, we will apply standard mixed‐effects models to assess the intra‐ and inter‐
individual variability.  To account for possible heterogeneity in the intra‐individual variance structure, we 
will fit nonlinear random effect model.89  Standard repeated measures ANOVA and mixed‐effect models will 
be applied to study change of metabolites before and after p‐inulin treatment and to identify the 
metabolites that change after p‐inulin treatment.  Bonferonni adjustments will be used to adjust for 
multiple comparisons. 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 21 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
7.3.3 
Association between microbiome composition and metabolites  
We will explore association between microbiome and metabolites by correlation analysis and clustering 
analysis, focusing on the metabolites and microbial taxa that change over the study periods.  We will fit 
repeated measures regression analysis of metabolite with time‐varying covariates (microbiome diversity or 
microbial genera) to identify the microbial genera that are associated with changes of metabolites due to p‐
inulin treatment. Due to limited sample sizes, our analysis will focus on well‐characterized metabolites and 
those that show large change in abundance over time during the p‐inulin treatment.  
7.3.4 
Analysis of Safety 
Standard descriptive statistics will be used to summarize adverse events during the three phases (pre‐
treatment, p‐inulin treatment, and post‐treatment) and graphical methods including stem‐and‐leaf 
diagrams will be used to examine distributions of adverse events.  Frequencies will be compared between 
the treatment and non‐treatment phases for the total number of events, number of participants 
experiencing events, events within body system categories (e.g., gastrointestinal system events), and events 
within severity categories.  
8 
Safety and Adverse Events 
8.1 
Definitions 
Definitions are per the January 2007 Guidance on Reviewing and Reporting Unanticipated Problems 
Involving Risks to Participants or Others and Adverse Events, Office on Human Research Protection (OHRP) 
Guidance. http://www.hhs.gov/ohrp/policy/advevntguid.html  
8.1.1 
Adverse Event 
An adverse event (AE) is any untoward or unfavorable medical occurrence in a human study participant, 
including any abnormal sign (for example, abnormal physical exam or laboratory finding), symptom, or 
disease, temporally associated with the participant’s involvement in the research, whether or not 
considered related to the participant’s participation in the research. 
8.1.2 
Serious Adverse Event 
A serious adverse event (SAE) is any AE that is:  
 
fatal or results in death 
 
life‐threatening 
 
requires or prolongs hospital stay 
 
results in persistent or significant disability or incapacity 
 
results in congenital anomalies or birth defects 
 
an important medical event* 
*Important medical events are those that may not be immediately life threatening, but are clearly of major 
clinical significance. 
 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 22 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
8.1.3 
Unanticipated Problems Involving Risk to Participants or Others  
An Unanticipated Problem is any incident, experience, or outcome that meets all of the following criteria: 
 
Unexpected (in terms of nature, severity, or frequency) given the research procedures that are 
described in the IRB‐approved research protocol and informed consent document and the 
characteristics of the participant population being studied; 
 
Related or possibly related to participation in the research; possibly related means that there is a 
reasonable possibility that the incident, experience or outcome may have been caused by the 
procedures involved in the research; and 
 
Suggests that the research places participants or others at a greater risk of harm (including physical, 
psychological, economic, or social harm) related to the research than was previously known or 
recognized. 
8.1.4 
Pre‐Existing Condition 
A preexisting condition is one that is present at the start of the study.  A preexisting condition will be 
recorded as an adverse event if the frequency, intensity, or the character of the condition worsens during 
the study period. 
8.2 
Adverse Event Reporting Period 
The study period during which adverse events must be tracked and reported is defined as the period from 
the initiation of study procedures to study completion.   
8.2.1 
Post‐study Adverse Event 
All unresolved adverse events will be followed by the investigator until the events are resolved, the 
participant is lost to follow‐up, or the adverse event is otherwise explained.  At the last scheduled visit, the 
investigator will instruct each participant to report any subsequent event(s) that the participant, or the 
participant’s personal physician, believes might reasonably be related to participation in this study.  The 
investigator will notify the DCC of any death or adverse event occurring at any time after a participant has 
discontinued or terminated study participation that may reasonably be related to the study.   
8.3 
Recording of Adverse Events 
At each contact with the participant, the investigator or site designee will seek information on adverse 
events by specific questioning and, as appropriate, by examination.  Information on adverse events will be 
recorded in the source document, and also on the adverse event log case report form (CRF).  All signs, 
symptoms, and abnormal diagnostic procedure results relating to the same event will be recorded under 
one diagnosis name. 
8.3.1 
Anticipated Adverse Events 
The following adverse events are anticipated in the CKD population and will not be considered to be 
Unanticipated Problems.  Note that the designation as “Anticipated” does not imply that the event is not an 
SAE but relates to the regulatory definition of Unanticipated Problems as provided in Section 8.1.3. 
 
Death 
 
Coronary Ischemia including: 
o Unstable angina 
o Acute MI 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 23 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
o Coronary revascularization 
 
Heart failure hospitalization or exacerbation 
 
Cardiac arrest 
 
Cardiac arrhythmia (ventricular or atrial) 
 
Peripheral vascular revascularization 
 
Amputation 
 
Development of ESRD, initiation of dialysis 
o Surgery for placement of dialysis access 
 
Infections Including: 
o Pneumonia 
o Septicemia  
o Clostridium difficile infection 
o Diabetic foot infections in patients with diabetes 
Non‐Reportable Events 
The CKD population is characterized by number of mineral and electrolyte abnormalities, changes in 
medications and fluctuation in volume status/blood pressure. Due to the unique nature of this population, 
the following events will not be considered to meet the criteria of SAE in this study except as noted: 
 
Anemia—will be reported only when hemoglobin <9.0 mg/dL 
 
Hyperphosphatemia‐will be reported only when phosphorous >7.0 mg/dL 
 
Hypocalcemia‐will be reported only when corrected serum calcium < 7.0 mg/dL 
 
Hypercalcemia‐will be reported only when serum calcium >11.0 mg/dL 
 
Hyperparathyroidism‐will be reported only when PTH>700 pg/mL 
 
Hypotension‐will be reported only when requiring emergency room visit or hospitalization 
 
Note that phosphorus, calcium, PTH, and blood pressure are not measured during the course of the study. 
8.4 
Reporting of Serious Adverse Events and Unanticipated Problems 
Study sites are required to report SAEs to the DCC within 24 hours of first knowledge of the event.  To report 
such events, an SAE form will be completed by the investigator and faxed to the DCC.  The DCC will facilitate 
the timely medical review and reporting of the event and updates to the NIDDK, the DSMB, and the FDA in 
accordance with DSMB‐approved study policies, regulatory requirements, and standard MedWatch 
guidelines. 
The investigator will keep a copy of the SAE form on file at the study site.  At the time of the initial report, 
the following information should be provided: 
 
Study identifier 
 
Study Center 
 
Participant number 
 
A description of the event 
 
Date of onset 
 
Current status 
 
Whether study treatment was discontinued 
 
The reason why the event is classified as serious 
 
Investigator assessment of the association 
between the event and study treatment 
 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 24 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Within the following 7 days, the investigator will provide further information on the SAE or the 
unanticipated problem in the form of a written narrative.  This should include a copy of the completed SAE 
form, and any other diagnostic information that will assist the understanding of the event.  Significant new 
information on ongoing serious adverse events should be provided promptly to the DCC. 
If a patient becomes pregnant while participating in the trial it will be reported as an adverse event and will 
trigger the collection of additional documentation about the pregnancy.  
SAEs that are still ongoing at the end of the study period must be followed up to determine the final 
outcome.  Any SAE that occurs after the study period and is considered to be possibly related to the study 
treatment or study participation should be recorded and reported immediately. 
8.4.1 
Investigator Reporting to the IRB 
Site investigators will report SAEs and Unanticipated problems to their IRB in accordance with the reporting 
requirements of the local IRB or with the Office of Human Research Protections (OHRP) guidelines, 
whichever is sooner.  OHRP recommends that: 
1) Unanticipated problems that are serious adverse events should be reported to the IRB within 1 
week of the investigator becoming aware of the event; and   
2) Any other unanticipated problem should be reported to the IRB within 2 weeks of the investigator 
becoming aware of the problem.  
Reporting Process 
Unanticipated problems posing risks to participants or others as noted above will be reported using the 
appropriate IRB‐designated form or as a written report of the event (including a description of the event 
with information regarding its fulfillment of the above criteria, follow‐up/resolution and need for revision to 
consent form and/or other study documentation). 
Copies of each report and documentation of IRB notification and receipt will be maintained in the Clinical 
Center Investigator’s study file. 
Other Reportable events: 
 
Any adverse event that would cause the sponsor to modify the protocol or informed consent form, 
or would prompt other action by the IRB to assure protection of human participants. 
 
Information that indicates a change to the risks or potential benefits of the research, in terms of 
severity or frequency.  
 
Change in FDA safety labeling or withdrawal from marketing of a drug used in a research protocol. 
 
Breach of confidentiality 
 
Change to the protocol taken without prior IRB review to eliminate apparent immediate hazard to a 
research participant. 
 
Incarceration of a participant when the research was not previously approved under Subpart C and 
the investigator believes it is in the best interest of the participant to remain on the study. 
 
Complaint of a participant when the complaint indicates unexpected risks or the complaint cannot 
be resolved by the research team. 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 25 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
 
Protocol violation (meaning an accidental or unintentional deviation from the IRB approved 
protocol) that in the opinion of the investigator placed one or more participants at increased risk, or 
affects the rights or welfare of participants. 
8.4.2 
DCC Notification to Participating Investigators 
The DCC will notify all Clinical Center principal investigators, in a written safety report, of any adverse event 
that meets the criteria of an unanticipated and related event as described in Section 8.1.3.   
8.5 
Medical Monitoring 
Each Clinical Center Principal Investigator will be responsible for overseeing the safety of the study at 
his/her site.  This safety monitoring will include careful assessment and appropriate reporting of adverse 
events as noted above, as well as the construction and implementation of a site data and safety‐monitoring 
plan.  Medical monitoring will include a regular assessment of the number and type of serious adverse 
events. 
8.5.1 
Independent Data and Safety Monitoring Board (DSMB) 
The information provided in this section of the protocol is a general description of the DSMB responsibilities 
and processes.  A DSMB charter for the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium will be prepared and will 
include additional detail.  An example of an NIDDK DSMB charter is provided as an attachment in Section 15.   
A DSMB has been established by the NIDDK and provides input to the Institute.  The DSMB is comprised of 
individuals with expertise in clinical trials design and methodology, biostatistics, clinical nephrology and 
other relevant medical specialties.  The DSMB members are not affiliated with the study and are appointed 
by the NIDDK.  DSMB members will be free of conflicts of interest that could be affected by the outcomes of 
the study.  During the study, DSMB members who develop real or perceived conflicts of interest that impact 
objectivity will disclose them to NIDDK project officers, who will arrange for replacement of the member, if 
indicated.  
The DSMB will review the protocol prior to initiation of the study. After initial approval during the course of 
the study, the primary responsibilities of the DSMB will be to: 
 
Review safety data and provide input to protect the safety of the study participants; 
 
Provide input on major changes to the research protocol and plans for data and safety monitoring;  
 
Provide input on the progress of the study, including periodic assessments of data quality and 
timeliness, participant recruitment, accrual and retention, participant risk versus benefit, 
performance of the study sites, and other factors that may affect study outcomes;  
 
Consider factors external to the study when relevant information becomes available, such as 
scientific or therapeutic developments that may have an impact on the need for continuation of the 
study, safety of the participants or the ethics of the study;  
 
Provide input on modification of the study protocol or possible early termination of the study 
because of attainment of study objectives, safety concerns, or inadequate performance (such as 
enrollment and retention problems). 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 26 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
9 
Data management 
An internet‐based registration system designed by the DCC will be used for all of the pilot and feasibility 
studies of the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium in order to promote uniformity across studies. The 
central registration system will include a randomization module for each study that will confirm eligibility. 
Central participant registration will also allow the DCC to generate recruitment reports across concurrent 
studies.  
 
An Oracle Clinical data management system (DMS) designed by the DCC will be used for the collection, 
storage and management of data. Site personnel will enter data directly using Oracle Clinical Remote Data 
Capture. Electronic case report forms (eCRFs) will incorporate range and logical edit checks, both within and 
across forms. Data entry will be followed daily with manual and programmed checks and edits for errors and 
omissions. An Oracle Clinical data management system designed by the DCC will be used for the collection, 
storage and management of data.  Site personnel will enter data directly using Oracle Clinical Remote Data 
Capture.  Electronic case report forms (eCRFs) will incorporate range and logical edit checks, both within and 
across forms.  Data entry will be followed daily with manual and programmed checks and edits for errors 
and omissions.  
9.1 
Data Quality 
The DCC will collaborate with the Clinical Center investigators to establish parameters for primary and 
secondary outcomes, safety, and descriptive values. The data management team will use a data validation 
plan, rule set specifications, and programming logic to implement data validation rules. The DCC staff will 
interact with Clinical Center study staff to verify queried data and track all queries to resolution.   
9.1.1 
Quality Control Activities 
The Quality Control Committee and the DCC will develop a quality assurance and control plan that ensures 
that study data are as precise and reliable as possible.  
Manual of Procedures (MOP) – The MOP will describe the sequence of study conduct and provide detailed 
instruction for the performance of screening, baseline, enrollment, treatment allocation and follow‐up 
procedures.  The MOP will provide instruction in case report form completion, use of the electronic data 
management system, and collection, documentation and transfer of specimens and tests to laboratories and 
reading centers.  
Training and certification procedures – The DCC will conduct a training session before the study starts to 
train and certify personnel in the performance of study procedures.  
Site visits – Site visits will be conducted as outlined in the Study Monitoring Plan.  Findings from site visits 
will be used to resolve problems and develop corrective action plans.  
External data sources – The DCC will monitor quality control of data received from study laboratories and 
reading centers.   
Internal quality control procedures – A data validation plan, rule set specifications, and programming logic 
to implement data validation rules will be implemented.  

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 27 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
9.1.2 
Routine reports 
The DCC will develop a set of standard enrollment, tracking, quality review, and safety monitoring reports.  
Adverse event reports, DSMB reports and reports for statistical analysis will be developed and produced on 
an appropriate schedule.  
9.2 
Data Security 
The data management system will be designed to prevent unauthorized access to trial data and to prevent 
data loss due to equipment failure or catastrophic events. The procedures to do so encompass user account 
management, user privilege assignment, data loss prevention (database backup), and DMS change 
management.  User access will be controlled by assignment of confidential usernames and passwords. 
Study data collected at the Clinical Centers will be entered into Oracle Clinical.  This data management 
system uses a secure connection between the client browser at the Clinical Center and the web server at the 
DCC.  Data transmitted over this connection is authenticated by the use of digital certificates and is 
encrypted as it travels the Internet to the DCC. 
Where applicable, electronic files containing data from hand held devices, central laboratories, or central 
reading centers will be transferred to the DCC using secure FTP technology.  The DCC team will maintain a 
secure FTP server.  The files transmitted using this method will be encrypted during the exchange. 
9.2.1 
Confidentiality 
Information about study participants will be kept confidential and managed according to the requirements 
of the Health Insurance Portability and Accountability Act of 1996 (HIPAA).  Those regulations require a 
signed participant authorization informing the participant of the following:  
 
What protected health information (PHI) will be collected from participants in this study 
 
Who will have access to that information and why 
 
Who will use or disclose that information 
 
The rights of a research participant to revoke their authorization for use of their PHI.  
In the event that a participant revokes authorization to collect or use PHI, the investigator, by regulation, 
retains the ability to use all information collected prior to the revocation of participant authorization.  For 
participants that have revoked authorization to collect or use PHI, attempts should be made to obtain 
permission to collect at least vital status (i.e. that the participant is alive) at the end of their scheduled study 
period. 
9.3 
Source Documents 
Source data is all information, original records of clinical findings, observations, or other activities in a 
clinical trial necessary for the reconstruction and evaluation of the trial.  Source data are contained in source 
documents.  Examples of these original documents, and data records include: outpatient records, hospital 
records, clinical and office charts, laboratory reports, memoranda, participant diaries or evaluation 
checklists, pharmacy dispensing records, recorded data from automated instruments, copies or 
transcriptions certified after verification as being accurate and complete, microfiches, photographic 
negatives, microfilm or magnetic media, x‐rays, participant files, and records kept at the pharmacy, at the 
laboratories, and at medico‐technical departments involved in the clinical trial. 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 28 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
9.3.1 
Case Report Forms 
The study case report form (CRF) is the primary data collection instrument for the study.  All data requested 
on the CRF will be recorded.  All missing data will be explained.  “N/D” will be used to indicate on the CRF 
that a procedure was not done or a question was not asked rather than leaving a space blank.  “N/A” will be 
used to indicate that an item is not applicable to the individual case.  All entries will be printed legibly in 
black ink.  If any entry error has been made, to correct such an error, a single straight line will be drawn 
through the incorrect entry and the correct data will be entered above it.  All such changes will be initialed 
and dated.  Erasing or white‐out will not be used for errors.  For clarification of illegible or uncertain entries, 
the clarification will be printed above the item, and the clarification will be initialed and dated. 
9.3.2 
Maintaining Anonymity of Submitted Medical Records 
Clinical site personnel will de‐identify all medical records before sending them to the DCC by obliterating 
any Protected Health Information (PHI).  Upon receipt, DCC personnel will review the records to ensure that 
no PHI is visible. 
9.3.3 
Data Sharing 
Research results will be made available to the scientific community and public in a timely manner.  The 
primary method by which data will be shared with the scientific community will be through peer‐reviewed 
publications and presentation at scientific and professional society meetings.  In addition, data and results 
will be submitted to the NIH in the annual progress reports required under the terms and conditions of the 
funding award.  This study will also be registered with clinicaltrials.gov prior to initiation. 
Data from the study will be submitted to the NIDDK Data Repository in accordance with the NIDDK Data 
Sharing policy.  The policy requires that data sets be transferred no later than 2 years after study completion 
or 1 year after publication of the primary results, whichever comes first.  Through the repository, the study 
data will be made available to external investigators.   
9.3.4 
Records Retention 
The site investigators will retain study documents, including participant files and Regulatory Binders, for at 
least 5 years after the close of the study, or longer depending on site institutional requirements. 
10 Study Monitoring, Auditing, and Inspecting 
10.1 
Study Monitoring Plan 
A monitoring plan that includes formal visits to the Clinical Centers by members of the Consortium (DCC, 
Clinical Center investigators and study coordinators, and NIDDK representatives) will be developed by the 
Consortium Executive Committee.  Clinical Center investigators will allocate adequate time for such 
monitoring activities.  The Principal Investigator will also ensure that the monitor and other compliance or 
quality assurance reviewers are given access to study‐related documents and study related facilities (e.g. 
pharmacy, diagnostic laboratory, etc.), and have adequate space to conduct the monitoring visit. 
10.2 
Auditing and Inspecting 
The DCC and Clinical Center investigators will permit study‐related monitoring, audits, and inspections by 
the EC/IRB, the NIH, government regulatory bodies, and University compliance and quality assurance groups 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 29 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
of all study related documents (e.g. source documents, regulatory documents, data collection instruments, 
study data etc.).  The DCC and Clinical Center investigators will ensure the capability for inspections of 
applicable study‐related facilities (e.g. pharmacy, diagnostic laboratory, etc.). 
Participation as an investigator in this study implies acceptance of potential inspection by government 
regulatory authorities and applicable University compliance and quality assurance offices. 
11 Ethical Considerations 
This study will be conducted according to US and international standards of Good Clinical Practice (FDA Title 
21 part 312 and International Conference on Harmonization guidelines), applicable government regulations 
and Institutional research policies and procedures. 
This protocol and any amendments will be submitted to a properly constituted independent Ethics 
Committee (EC) or Institutional Review Board (IRB), in agreement with local legal prescriptions, for formal 
approval of the study.  The decision of the EC/IRB concerning the conduct of the study will be made in 
writing to the Clinical Center investigator and a copy of this decision will be provided to the sponsor before 
commencement of the study at the site. 
All study participants will be provided a consent form describing the study and providing sufficient 
information to make an informed decision about participating in the study.  The consent form will be 
submitted with the protocol for review and approval by the EC/IRB.  The formal consent of a participant, 
using the EC/IRB‐approved consent form, must be obtained before that participant undergoes any study 
procedure.  The consent form must be signed by the participant or legally acceptable surrogate, and the 
investigator‐designated research professional obtaining the consent.  
12 Study Finances 
12.1 
Funding Source 
This study is financed through grants from the National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney 
Diseases of the U.S. National Institutes of Health. 
12.2 
Conflict of Interest 
All investigators will follow the conflict of interest policies of the National Institutes of Health as well as their 
home institution.  Any investigator who has a potential conflict of interest with this study (patent 
ownership, royalties, or financial gain greater than the minimum allowable by their institution, etc.) must 
have the conflict reviewed by a properly constituted Conflict of Interest Committee with a Committee‐
sanctioned conflict management plan that has been reviewed and approved by the study sponsor prior to 
participation in this study. 
12.3 
Participant Stipends or Payments 
Participants will be compensated for participating in the study.  Compensation approaches will be 
determined by the Clinical Centers and approved by the local EC/IRB. 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 30 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
13 Publication Plan 
Neither the complete, nor any part of, the results of the study carried out under this protocol, nor any of the 
information provided by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium for the purposes of performing the study, 
will be published or passed on to any third party without the consent of the Consortium Executive 
Committee.  Any investigator involved with this study is obligated to provide the Data Coordinating Center 
with complete test results and all data derived from the study. 
 
14.  References 
 
 
1.   Gupta J, Mitra N, Kanetsky PA, Devaney J, Wing MR, Reilly M, Shah VO, Balakrishnan VS, Guzman NJ, 
Girndt M, Periera BG, Feldman HI, Kusek JW, Joffe MM, Raj DS: Association between albuminuria, 
kidney function, and inflammatory biomarker profile. Clin J Am Soc Nephrol 7:1938‐1946, 2012 
 
2.   Menon V, Greene T, Wang X, Pereira AA, Marcovina SM, Beck GJ, Kusek JW, Collins AJ, Levey AS, 
Sarnak MJ: C‐reactive protein and albumin as predictors of all‐cause and cardiovascular mortality in 
chronic kidney disease. Kidney Int 68:766‐772, 2005 
 
3.   Stenvinkel P, Carrero JJ, Axelsson J, Lindholm B, Heimburger O, Massy Z: Emerging biomarkers for 
evaluating cardiovascular risk in the chronic kidney disease patient: how do new pieces fit into the 
uremic puzzle? Clin J Am Soc Nephrol 3:505‐521, 2008 
 
4.   Ioannidou E, Swede H, Dongari‐Bagtzoglou A: Periodontitis predicts elevated C‐reactive protein 
levels in chronic kidney disease. J Dent Res 90:1411‐1415, 2011 
 
5.   Goncalves S, Pecoits‐Filho R, Perreto S, Barberato SH, Stinghen AE, Lima EG, Fuerbringer R, Sauthier 
SM, Riella MC: Associations between renal function, volume status and endotoxaemia in chronic 
kidney disease patients. Nephrol Dial Transplant 21:2788‐2794, 2006 
 
6.   Ramos LF, Shintani A, Ikizler TA, Himmelfarb J: Oxidative stress and inflammation are associated 
with adiposity in moderate to severe CKD. J Am Soc Nephrol 19:593‐599, 2008 
 
7.   Safieh‐Garabedian B, Poole S, Haddad JJ, Massaad CA, Jabbur SJ, Saade NE: The role of the 
sympathetic efferents in endotoxin‐induced localized inflammatory hyperalgesia and cytokine 
upregulation. Neuropharmacology 42:864‐872, 2002 
 
8.   Sterling KA, Eftekhari P, Girndt M, Kimmel PL, Raj DS: The immunoregulatory function of vitamin D: 
implications in chronic kidney disease. Nat Rev Nephrol 8:403‐412, 2012 
 
9.   Raj DS, Carrero JJ, Shah VO, Qureshi AR, Barany P, Heimburger O, Lindholm B, Ferguson J, Moseley 
PL, Stenvinkel P: Soluble CD14 Levels, Interleukin 6, and Mortality Among Prevalent Hemodialysis 
Patients. Am J Kidney Dis 54:990‐992, 2009 
 
10.   Raj DS, Shah VO, Rambod M, Kovesdy CP, Kalantar‐Zadeh K: Association of Soluble Endotoxin 
Receptor CD14 and Mortality Among Patients Undergoing Hemodialysis. Am J Kidney Dis 2009 
 
11.   Ramezani A, Raj DS: The Gut Microbiome, Kidney Disease, and Targeted Interventions. J Am Soc 
Nephrol 2013 
 
12.   Vaziri ND: CKD impairs barrier function and alters microbial flora of the intestine: a major link to 
inflammation and uremic toxicity. Curr Opin Nephrol Hypertens 21:587‐592, 2012 
 
13.   Vaziri ND, Wong J, Pahl M, Piceno YM, Yuan J, DeSantis TZ, Ni Z, Nguyen TH, Andersen GL: Chronic 
kidney disease alters intestinal microbial flora. Kidney Int 83:308‐315, 2013 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 31 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
 
14.   Backhed F, Ding H, Wang T, Hooper LV, Koh GY, Nagy A, Semenkovich CF, Gordon JI: The gut 
microbiota as an environmental factor that regulates fat storage. Proc Natl Acad Sci U S A 
101:15718‐15723, 2004 
 
15.   Tang WH, Wang Z, Levison BS, Koeth RA, Britt EB, Fu X, Wu Y, Hazen SL: Intestinal microbial 
metabolism of phosphatidylcholine and cardiovascular risk. N Engl J Med 368:1575‐1584, 2013 
 
16.   Turnbaugh PJ, Ley RE, Mahowald MA, Magrini V, Mardis ER, Gordon JI: An obesity‐associated gut 
microbiome with increased capacity for energy harvest. Nature 444:1027‐1031, 2006 
 
17.   Wikoff WR, Anfora AT, Liu J, Schultz PG, Lesley SA, Peters EC, Siuzdak G: Metabolomics analysis 
reveals large effects of gut microflora on mammalian blood metabolites. Proc Natl Acad Sci U S A 
106:3698‐3703, 2009 
 
18.   Hooper LV, Midtvedt T, Gordon JI: How host‐microbial interactions shape the nutrient environment 
of the mammalian intestine. Annu Rev Nutr 22:283‐307, 2002 
 
19.   Hill MJ: Intestinal flora and endogenous vitamin synthesis. Eur J Cancer Prev 6 Suppl 1:S43‐S45, 1997 
 
20.   Hylemon PB, Harder J: Biotransformation of monoterpenes, bile acids, and other isoprenoids in 
anaerobic ecosystems. FEMS Microbiol Rev 22:475‐488, 1998 
 
21.   Hoppe B, Beck B, Gatter N, von UG, Tischer A, Hesse A, Laube N, Kaul P, Sidhu H: Oxalobacter 
formigenes: a potential tool for the treatment of primary hyperoxaluria type 1. Kidney Int 70:1305‐
1311, 2006 
 
22.   Braun‐Fahrlander C, Riedler J, Herz U, Eder W, Waser M, Grize L, Maisch S, Carr D, Gerlach F, Bufe A, 
Lauener RP, Schierl R, Renz H, Nowak D, von ME: Environmental exposure to endotoxin and its 
relation to asthma in school‐age children. N Engl J Med 347:869‐877, 2002 
 
23.   Simenhoff ML, Dunn SR, Zollner GP, Fitzpatrick ME, Emery SM, Sandine WE, Ayres JW: 
Biomodulation of the toxic and nutritional effects of small bowel bacterial overgrowth in end‐stage 
kidney disease using freeze‐dried Lactobacillus acidophilus. Miner Electrolyte Metab 22:92‐96, 1996 
 
24.   Hida M, Aiba Y, Sawamura S, Suzuki N, Satoh T, Koga Y: Inhibition of the accumulation of uremic 
toxins in the blood and their precursors in the feces after oral administration of Lebenin, a lactic acid 
bacteria preparation, to uremic patients undergoing hemodialysis. Nephron 74:349‐355, 1996 
 
25.   Kang JY: The gastrointestinal tract in uremia. Dig Dis Sci 38:257‐268, 1993 
 
26.   Vaziri ND, Dure‐Smith B, Miller R, Mirahmadi MK: Pathology of gastrointestinal tract in chronic 
hemodialysis patients: an autopsy study of 78 cases. Am J Gastroenterol 80:608‐611, 1985 
 
27.   Krishnamurthy VM, Wei G, Baird BC, Murtaugh M, Chonchol MB, Raphael KL, Greene T, Beddhu S: 
High dietary fiber intake is associated with decreased inflammation and all‐cause mortality in 
patients with chronic kidney disease. Kidney Int 81:300‐306, 2012 
 
28.   Kalantar‐Zadeh K, Kopple JD, Deepak S, Block D, Block G: Food intake characteristics of hemodialysis 
patients as obtained by food frequency questionnaire. J Ren Nutr 12:17‐31, 2002 
 
29.   Naqvi SB, Collins AJ: Infectious complications in chronic kidney disease. Adv Chronic Kidney Dis 
13:199‐204, 2006 
 
30.   Dethlefsen L, Huse S, Sogin ML, Relman DA: The pervasive effects of an antibiotic on the human gut 
microbiota, as revealed by deep 16S rRNA sequencing. PLoS Biol 6:e280, 2008 
 
31.   Wu MJ, Chang CS, Cheng CH, Chen CH, Lee WC, Hsu YH, Shu KH, Tang MJ: Colonic transit time in 
long‐term dialysis patients. Am J Kidney Dis 44:322‐327, 2004 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 32 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
 
32.   Lefebvre HP, Ferre JP, Watson AD, Brown CA, Serthelon JP, Laroute V, Concordet D, Toutain PL: 
Small bowel motility and colonic transit are altered in dogs with moderate renal failure. Am J Physiol 
Regul Integr Comp Physiol 281:R230‐R238, 2001 
 
33.   Werner T, Wagner SJ, Martinez I, Walter J, Chang JS, Clavel T, Kisling S, Schuemann K, Haller D: 
Depletion of luminal iron alters the gut microbiota and prevents Crohn's disease‐like ileitis. Gut 
60:325‐333, 2011 
 
34.   Cerini C, Dou L, Anfosso F, Sabatier F, Moal V, Glorieux G, De SR, Vanholder R, Dignat‐George F, 
Sampol J, Berland Y, Brunet P: P‐cresol, a uremic retention solute, alters the endothelial barrier 
function in vitro. Thromb Haemost 92:140‐150, 2004 
 
35.   Dou L, Bertrand E, Cerini C, Faure V, Sampol J, Vanholder R, Berland Y, Brunet P: The uremic solutes 
p‐cresol and indoxyl sulfate inhibit endothelial proliferation and wound repair. Kidney Int 65:442‐
451, 2004 
 
36.   Szeto CC, Kwan BC, Chow KM, Lai KB, Chung KY, Leung CB, Li PK: Endotoxemia is related to systemic 
inflammation and atherosclerosis in peritoneal dialysis patients. Clin J Am Soc Nephrol 3:431‐436, 
2008 
 
37.   Wang F, Zhang P, Jiang H, Cheng S: Gut bacterial translocation contributes to microinflammation in 
experimental uremia. Dig Dis Sci 57:2856‐2862, 2012 
 
38.   Meijers BK, Claes K, Bammens B, de LH, Viaene L, Verbeke K, Kuypers D, Vanrenterghem Y, 
Evenepoel P: p‐Cresol and cardiovascular risk in mild‐to‐moderate kidney disease. Clin J Am Soc 
Nephrol 5:1182‐1189, 2010 
 
39.   Winchester JF, Hostetter TH, Meyer TW: p‐Cresol sulfate: further understanding of its cardiovascular 
disease potential in CKD. Am J Kidney Dis 54:792‐794, 2009 
 
40.   Kiechl S, Egger G, Mayr M, Wiedermann CJ, Bonora E, Oberhollenzer F, Muggeo M, Xu Q, Wick G, 
Poewe W, Willeit J: Chronic infections and the risk of carotid atherosclerosis: prospective results 
from a large population study. Circulation 103:1064‐1070, 2001 
 
41.   Pussinen PJ, Tuomisto K, Jousilahti P, Havulinna AS, Sundvall J, Salomaa V: Endotoxemia, immune 
response to periodontal pathogens, and systemic inflammation associate with incident 
cardiovascular disease events. Arterioscler Thromb Vasc Biol 27:1433‐1439, 2007 
 
42.   Stoll LL, Denning GM, Weintraub NL: Potential role of endotoxin as a proinflammatory mediator of 
atherosclerosis. Arterioscler Thromb Vasc Biol 24:2227‐2236, 2004 
 
43.   Wiedermann CJ, Kiechl S, Dunzendorfer S, Schratzberger P, Egger G, Oberhollenzer F, Willeit J: 
Association of endotoxemia with carotid atherosclerosis and cardiovascular disease: prospective 
results from the Bruneck Study. J Am Coll Cardiol 34:1975‐1981, 1999 
 
44.   Wiedermann CJ, Kiechl S, Schratzberger P, Dunzendorfer S, Weiss G, Willeit J: The role of immune 
activation in endotoxin‐induced atherogenesis. J Endotoxin Res 7:322‐326, 2001 
 
45.   Gibson GR, Beatty ER, Wang X, Cummings JH: Selective stimulation of bifidobacteria in the human 
colon by oligofructose and inulin. Gastroenterology 108:975‐982, 1995 
 
46.   Martinez I, Lattimer JM, Hubach KL, Case JA, Yang J, Weber CG, Louk JA, Rose DJ, Kyureghian G, 
Peterson DA, Haub MD, Walter J: Gut microbiome composition is linked to whole grain‐induced 
immunological improvements. ISME J 7:269‐280, 2013 
 
47.   Troy EB, Kasper DL: Beneficial effects of Bacteroides fragilis polysaccharides on the immune system. 
Front Biosci (Landmark Ed) 15:25‐34, 2010 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 33 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
 
48.   Ewaschuk JB, Diaz H, Meddings L, Diederichs B, Dmytrash A, Backer J, Looijer‐van LM, Madsen KL: 
Secreted bioactive factors from Bifidobacterium infantis enhance epithelial cell barrier function. Am 
J Physiol Gastrointest Liver Physiol 295:G1025‐G1034, 2008 
 
49.   Mazmanian SK, Liu CH, Tzianabos AO, Kasper DL: An immunomodulatory molecule of symbiotic 
bacteria directs maturation of the host immune system. Cell 122:107‐118, 2005 
 
50.   Kelly D, Conway S, Aminov R: Commensal gut bacteria: mechanisms of immune modulation. Trends 
Immunol 26:326‐333, 2005 
 
51.   Li M, Wang B, Zhang M, Rantalainen M, Wang S, Zhou H, Zhang Y, Shen J, Pang X, Zhang M, Wei H, 
Chen Y, Lu H, Zuo J, Su M, Qiu Y, Jia W, Xiao C, Smith LM, Yang S, Holmes E, Tang H, Zhao G, 
Nicholson JK, Li L, Zhao L: Symbiotic gut microbes modulate human metabolic phenotypes. Proc Natl 
Acad Sci U S A 105:2117‐2122, 2008 
 
52.   Backhed F: Programming of host metabolism by the gut microbiota. Ann Nutr Metab 58 Suppl 2:44‐
52, 2011 
 
53.   Guida B, Germano R, Trio R, Russo D, Memoli B, Grumetto L, Barbato F, Cataldi M: Effect of short‐
term synbiotic treatment on plasma p‐cresol levels in patients with chronic renal failure: a 
randomized clinical trial. Nutr Metab Cardiovasc Dis 24:1043‐1049, 2014 
 
54.   Meijers BK, De P, V, Verbeke K, Vanrenterghem Y, Evenepoel P: p‐Cresyl sulfate serum 
concentrations in haemodialysis patients are reduced by the prebiotic oligofructose‐enriched inulin. 
Nephrol Dial Transplant 25:219‐224, 2010 
 
55.   Kelly G: Inulin‐type prebiotics‐‐a review: part 1. Altern Med Rev 13:315‐329, 2008 
 
56.   Kelly G: Inulin‐type prebiotics: a review. (Part 2). Altern Med Rev 14:36‐55, 2009 
 
57.   Roberfroid MB, Van Loo JA, Gibson GR: The bifidogenic nature of chicory inulin and its hydrolysis 
products. J Nutr 128:11‐19, 1998 
 
58.   Roberfroid MB: Introducing inulin‐type fructans. Br J Nutr 93 Suppl 1:S13‐S25, 2005 
 
59.   Bouhnik Y, Flourie B, Riottot M, Bisetti N, Gailing MF, Guibert A, Bornet F, Rambaud JC: Effects of 
fructo‐oligosaccharides ingestion on fecal bifidobacteria and selected metabolic indexes of colon 
carcinogenesis in healthy humans. Nutr Cancer 26:21‐29, 1996 
 
60.   Carabin IG, Flamm WG: Evaluation of safety of inulin and oligofructose as dietary fiber. Regul Toxicol 
Pharmacol 30:268‐282, 1999 
 
61.   Dewulf EM, Cani PD, Claus SP, Fuentes S, Puylaert PG, Neyrinck AM, Bindels LB, de Vos WM, Gibson 
GR, Thissen JP, Delzenne NM: Insight into the prebiotic concept: lessons from an exploratory, 
double blind intervention study with inulin‐type fructans in obese women. Gut 62:1112‐1121, 2013 
 
62.   Kellow NJ, Coughlan MT, Reid CM: Metabolic benefits of dietary prebiotics in human subjects: a 
systematic review of randomised controlled trials. Br J Nutr1‐15, 2013 
 
63.   Gori A, Rizzardini G, Van't Land B, Amor KB, van SJ, Torti C, Quirino T, Tincati C, Bandera A, Knol J, 
Benlhassan‐Chahour K, Trabattoni D, Bray D, Vriesema A, Welling G, Garssen J, Clerici M: Specific 
prebiotics modulate gut microbiota and immune activation in HAART‐naive HIV‐infected adults: 
results of the "COPA" pilot randomized trial. Mucosal Immunol 4:554‐563, 2011 
 
64.   Monachese M, Cunningham‐Rundles S, Diaz MA, Guerrant R, Hummelen R, Kemperman R, Kerac M, 
Kort R, Merenstein D, Panigrahi P, Ramakrishna B, Safdar N, Shane A, Trois L, Reid G: Probiotics and 
prebiotics to combat enteric infections and HIV in the developing world: a consensus report. Gut 
Microbes 2:198‐207, 2011 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 34 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
 
65.   Scaldaferri F, Gerardi V, Lopetuso LR, Del ZF, Mangiola F, Boskoski I, Bruno G, Petito V, Laterza L, 
Cammarota G, Gaetani E, Sgambato A, Gasbarrini A: Gut microbial flora, prebiotics, and probiotics in 
IBD: their current usage and utility. Biomed Res Int 2013:435268, 2013 
 
66.   Bouhnik Y, Achour L, Paineau D, Riottot M, Attar A, Bornet F: Four‐week short chain fructo‐
oligosaccharides ingestion leads to increasing fecal bifidobacteria and cholesterol excretion in 
healthy elderly volunteers. Nutr J 6:42, 2007 
 
67.   Garcia‐Peris P, Velasco C, Lozano MA, Moreno Y, Paron L, de la Cuerda C, Breton I, Camblor M, 
Garcia‐Hernandez J, Guarner F, Hernandez M: Effect of a mixture of inulin and fructo‐
oligosaccharide on Lactobacillus and Bifidobacterium intestinal microbiota of patients receiving 
radiotherapy: a randomised, double‐blind, placebo‐controlled trial. Nutr Hosp 27:1908‐1915, 2012 
 
68.   Dehghan P, Gargari BP, Jafar‐Abadi MA, Aliasgharzadeh A: Inulin controls inflammation and 
metabolic endotoxemia in women with type 2 diabetes mellitus: a randomized‐controlled clinical 
trial. Int J Food Sci Nutr 2013 
 
69.   Nakabayashi I, Nakamura M, Kawakami K, Ohta T, Kato I, Uchida K, Yoshida M: Effects of synbiotic 
treatment on serum level of p‐cresol in haemodialysis patients: a preliminary study. Nephrol Dial 
Transplant 26:1094‐1098, 2011 
 
70.   De P, V, Vanhoutte T, Huys G, Swings J, Rutgeerts P, Verbeke K: Baseline microbiota activity and 
initial bifidobacteria counts influence responses to prebiotic dosing in healthy subjects. Aliment 
Pharmacol Ther 27:504‐513, 2008 
 
71.   Schiffrin EJ, Thomas DR, Kumar VB, Brown C, Hager C, Van't Hof MA, Morley JE, Guigoz Y: Systemic 
inflammatory markers in older persons: the effect of oral nutritional supplementation with 
prebiotics. J Nutr Health Aging 11:475‐479, 2007 
 
72.   Kotzampassi K, Giamarellos‐Bourboulis EJ, Voudouris A, Kazamias P, Eleftheriadis E: Benefits of a 
synbiotic formula (Synbiotic 2000Forte) in critically Ill trauma patients: early results of a randomized 
controlled trial. World J Surg 30:1848‐1855, 2006 
 
73.   Pavan M: Influence of prebiotic and probiotic supplementation on the progression of chronic kidney 
disease. Minerva Urol Nefrol 2014 
 
74.   Rossi M, Johnson DW, Morrison M, Pascoe E, Coombes JS, Forbes JM, McWhinney BC, Ungerer JP, 
Dimeski G, Campbell KL: SYNbiotics Easing Renal failure by improving Gut microbiologY (SYNERGY): a 
protocol of placebo‐controlled randomised cross‐over trial. BMC Nephrol 15:106, 2014 
 
75.   Bouhnik Y, Vahedi K, Achour L, Attar A, Salfati J, Pochart P, Marteau P, Flourie B, Bornet F, Rambaud 
JC: Short‐chain fructo‐oligosaccharide administration dose‐dependently increases fecal 
bifidobacteria in healthy humans. J Nutr 129:113‐116, 1999 
 
76.   Bouhnik Y, Raskine L, Simoneau G, Paineau D, Bornet F: The capacity of short‐chain fructo‐
oligosaccharides to stimulate faecal bifidobacteria: a dose‐response relationship study in healthy 
humans. Nutr J 5:8, 2006 
 
77.   Briet F, Achour L, Flourie B, Beaugerie L, Pellier P, Franchisseur C, Bornet F, Rambaud JC: 
Symptomatic response to varying levels of fructo‐oligosaccharides consumed occasionally or 
regularly. Eur J Clin Nutr 49:501‐507, 1995 
 
78.   Bruhwyler J, Carreer F, Demanet E, Jacobs H: Digestive tolerance of inulin‐type fructans: a double‐
blind, placebo‐controlled, cross‐over, dose‐ranging, randomized study in healthy volunteers. Int J 
Food Sci Nutr 60:165‐175, 2009 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 35 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
 
79.   Strid H, Simren M, Stotzer PO, Ringstrom G, Abrahamsson H, Bjornsson ES: Patients with chronic 
renal failure have abnormal small intestinal motility and a high prevalence of small intestinal 
bacterial overgrowth. Digestion 67:129‐137, 2003 
 
80.   Strid H, Simren M, Stotzer PO, Abrahamsson H, Bjornsson ES: Delay in gastric emptying in patients 
with chronic renal failure. Scand J Gastroenterol 39:516‐520, 2004 
 
81.   Svedlund J, Sjodin I, Dotevall G: GSRS‐‐a clinical rating scale for gastrointestinal symptoms in 
patients with irritable bowel syndrome and peptic ulcer disease. Dig Dis Sci 33:129‐134, 1988 
 
82.   Morgan XC, Huttenhower C: Chapter 12: Human microbiome analysis. PLoS Comput Biol 
8:e1002808, 2012 
 
83.   Lozupone C, Knight R: UniFrac: a new phylogenetic method for comparing microbial communities. 
Appl Environ Microbiol 71:8228‐8235, 2005 
 
84.   Lozupone CA, Hamady M, Kelley ST, Knight R: Quantitative and qualitative beta diversity measures 
lead to different insights into factors that structure microbial communities. Appl Environ Microbiol 
73:1576‐1585, 2007 
 
85.   Chen J, Bittinger K, Charlson ES, Hoffmann C, Lewis J, Wu GD, Collman RG, Bushman FD, Li H: 
Associating microbiome composition with environmental covariates using generalized UniFrac 
distances. Bioinformatics 28:2106‐2113, 2012 
 
86.   Chang Q, Luan Y, Sun F: Variance adjusted weighted UniFrac: a powerful beta diversity measure for 
comparing communities based on phylogeny. BMC Bioinformatics 12:118, 2011 
 
87.   Li K, Bihan M, Yooseph S, Methe BA: Analyses of the microbial diversity across the human 
microbiome. PLoS One 7:e32118, 2012 
 
88.   Faith JJ, Guruge JL, Charbonneau M, Subramanian S, Seedorf H, Goodman AL, Clemente JC, Knight R, 
Heath AC, Leibel RL, Rosenbaum M, Gordon JI: The long‐term stability of the human gut microbiota. 
Science 341:1237439, 2013 
 
89.   Davidian M, Giltinan DM: Some general estimation methods for nonlinear mixed‐effects models. J 
Biopharm Stat 3:23‐55, 1993 
 
 
 
 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 36 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
15 Attachments 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 37 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
15.1 Study Procedures 
 
SCREENING 
Observation with no treatment 
TREATMENT PHASE WEEKS 9-20 
Observation with no treatment 
Procedure 
Pre 
screening 
Screening/
Baseline† 
Week 
1 
Weeks
2-3 
Week
4 
Weeks
5-6 
Week
7 
Week
8 
Week
9 
Weeks
10-11
Week 
12 
Weeks
13-15 
Week
16 
Week
17 
Week 
18 
Week
19 
Week
20 
Weeks
21-23 
Week
24 
Weeks
25-26 
Week 
27 
Week 
28 
Preliminary eligibility assess 
X 
 
 
 
 
 
 
Informed consent 
 
X 
 
 
 
 
 
 
Confirm eligibility 
 
X 
X 
 
 
 
 
 
 
Demographic/ medical hx 
 
X 
 
 
 
 
 
 
Concomitant medications 
 
X 
X 
X 
 
X 
 
X 
X 
 
X 
X 
 
X 
Urine pregnancy test 
 
X 
 
 
 
 
 
 
Blood specimen collection 
 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
Stool sample collection 
 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
Urine sample collection 
 
 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
*X 
24 hour urine collection 
 
 
 
 
 
 
 
X 
 
 
 
 
 
 
 
 
X 
 
 
 
 
X 
CBC (local measure)  
 
X 
 
 
 
 
 
X 
 
 
 
 
X 
 
 
 
X 
 
 
 
 
X 
CMP (central measure) 
 
X 
 
 
 
 
 
X 
 
 
 
 
X 
 
 
 
X 
 
 
 
 
X 
Cystatin C, phosphorus, 
magnesium, FGF23, PTH, 
uric acid (central measure) 
 
X 
 
 
 
 
 
X 
 
 
 
 
X 
 
 
 
X 
 
 
 
 
X 
Antibiotic use review (wkly) 
 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
X 
Hemoglobin review 
 
X 
 
 
 
 
 
 
X 
 
 
 
 
 
 
 
 
X 
 
 
 
 
GI symptom assessment 
 
X 
X 
 
X 
 
X 
X 
 
X 
X 
 
X 
Food frequency 
questionnaire 
 
 
X 
 
X 
 
 
 
X 
 
X 
Review adverse events 
 
X 
 
X 
 
X 
X 
 
X 
X 
 
X 
Dispense study medication 
 
 
X 
 
X 
X 
 
 
 
Reconcile study medication 
 
 
 
 
X 
X 
 
X 
 
 
Dose adjustment (prn) 
 
 
 
 
 
X 
 
 
 
 
 
†Screening and baseline activities can be performed at two separate visits or as one visit *Collect 1 time per week 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 38 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
15.2 Example of an NIDDK DSMB Charter 
 
Data and Safety Monitoring Board (DSMB) Charter 
[CKD Pilot Trials Consortium] 
 
The Data and Safety Monitoring Board (DSMB) will act in an advisory capacity to the National Institute of 
Diabetes, Digestive and Kidney Diseases (NIDDK) to monitor patient safety and evaluate the efficacy of the 
interventions. Pilot Clinical Trials in CKD Consortium – Gut Microbiome and p‐Inulin in CKD study is funded by the 
NIDDK.  
 
DSMB RESPONSIBILITIES 
The initial responsibility of the DSMB will be to review the study protocols, consent documents and plans for data 
safety monitoring, and approve the initiation of these clinical trials. After this approval, and at periodic intervals 
during the course of the trials, the DSMB responsibilities are to:  
 
review and approve major changes in the research protocol, informed consent documents and plans for 
data safety and monitoring, including all proposed revisions;  
 
evaluate the progress of the trial, including periodic assessments of data quality and timeliness, 
participant recruitment, accrual and retention, participant risk versus benefit, performance of the trial 
sites, and other factors that may affect study outcome;  
 
consider factors external to the study when relevant information becomes available, such as scientific or 
therapeutic developments that may have an impact on the safety of the participants or the ethics of the 
trial;  
 
protect the safety of the study participants;  
 
report on the safety and progress of the trial;  
 
make recommendations to the NIDDK, the Steering Committee and, if required, to the Food and Drug 
Administration (FDA) and the Institution Review Boards (IRBs) concerning continuation, termination or 
other modifications of the trial based on the observed beneficial or adverse effects of the treatment 
under study;  
 
if appropriate, conduct interim analysis of efficacy in accordance with stopping rules which are clearly 
defined in advance of data analysis and have the approval of the DSMB;  
 
ensure the confidentiality of the trial data and the results of monitoring;  
 
assist the NIDDK by commenting on any problems related to study conduct, enrollment, sample size, 
and/or data collection.  
 
MEMBERSHIP 
 
The DSMB consists of ten members. Six participating members will constitute a quorum. The members have been 
appointed by the NIDDK. Members of the DSMB shall have no financial, scientific, or other conflict of interest with 
the studies. Collaborators or associates of the investigators in this trial are not eligible to serve on the DSMB. 
Written documentation attesting to absence of conflict of interest is required.  
 
Dr. David Warnock, MD of University of Alabama School of Medicine has been selected by the NIDDK to 
serve as the DSMB Chairperson for the remainder of the study. He is responsible for overseeing the 
meetings and developing the agenda in consultation with the NIDDK Program Directors, Dr. Michael Flessner 
and Dr. John Kusek. Dr. Flessner will serve as the DSMB Executive Secretary. The Chairperson is the contact 
person for the DSMB. Other NIDDK official (s) or NIDDK appointee (s) may serve as an ex‐officio member (s) 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 39 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
of the DSMB. The DCC, at the Cleveland Clinic Foundation, shall provide the logistical management for the 
DSMB, in coordination with NIDDK (Dr. Yining Xie, as point of contact). Whenever possible, Dr. Robert Star, 
Director of the Division of Kidney, Urology and Hematology of NIDDK will also attend meetings. 
 
BOARD PROCESS  
The DSMB will meet a minimum of once a year at the call of the Chair, with advance approval of the NIDDK 
Program Director. An NIDDK representative will be present at every meeting.  
Meetings shall be closed to the public because discussions may address confidential patient data. Meetings are 
attended, when appropriate, by the principal investigator and members of his/her staff. Meetings may be 
convened as conference calls/webinars as well as in person. An emergency meeting of the DSMB may be called at 
any time by the Chairperson or by the NIDDK Program Director should questions of patient safety arise. The DSMB 
Chairperson should contact the NIDDK Program Director prior to convening the meeting.  
 
MEETING FORMAT 
An appropriate format for DSMB meetings consists of an open, closed (if the DSMB is monitoring a study in 
which the investigators are masked in any way), and executive session. This format may be modified as 
needed. 
 
Open Session 
Members of the DSMB, the principal investigator, NIDDK representatives, and members of the steering 
committee, including the study biostatistician may attend the open session.  Issues discussed will include the 
conduct and progress of the study, including patient recruitment, data quality, general adherence and toxicity 
issues, compliance with protocol, and any other logistical matters that may affect either the conduct or outcome 
of the study.  Proposed protocol amendments will also be presented in this session.  Patient‐specific data and 
treatment group data may not be presented in the open session. 
 
Closed Session  
The closed session will be attended by voting DSMB members, representatives from the NIDDK, or its appointees, 
and the study biostatistician. The discussion at the closed session is completely confidential.  
Analyses of outcome data are reviewed by masked intervention groups, including baseline characteristics, primary 
and secondary outcomes, adverse events, adherence and dropouts, and examination of any relevant subgroups. 
However, the DSMB may request unmasking of the data for either safety or efficacy concerns.  
 
Executive Session 
The executive session will be attended by DSMB members and NIDDK representatives only, who will discuss the 
information presented during the closed and open sessions and provide input on the continuation or termination 
of the study, protocol modification or other changes to the conduct of the study. The DSMB can be unmasked at 
any time if trends develop either for benefit or harm to the participants. 
 
The DSMB will make a recommendation for either continuation or termination of the study. Termination may be 
suggested by the DSMB at any time.  Reasons for early termination include: 
 Serious adverse effects in entire intervention group or in a dominating subgroup; 
 Greater than expected beneficial effects; 
 A statistically significant difference by the end of the study is improbable; 
 Logistical or data quality problems so severe that correction is not feasible. Sound rationale for either 
decision (continuation or termination of the study) should be presented. 
 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 40 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
REPORTS TO THE DSMB 
Reports will be prepared by the unmasked biostatistician on a quarterly or semi‐annual basis as decided by 
the investigator(s) and the DSMB. The reports will be distributed to the DSMB at least 10 days prior to a 
scheduled meeting. These reports shall be provided in sealed envelopes within an express mailing package, by 
secure email, or by access to a secure website, as the DSMB prefers. 
 
Data reports for randomized clinical studies or any study in which the investigators are masked generally 
consist of two parts: an Open Report and a Closed Report. 
 
Open Session Report:   
The executive session will be attended by voting DSMB members, and the NIDDK Staff, or its appointees.  
The DSMB will discuss information presented to it during the closed and open sessions and decide whether to 
recommend continuation or termination, protocol modification or other changes to the conduct of the study in 
the Executive Session. 
  
Should the DSMB decide to issue a termination recommendation, a full vote of the DSMB will be required. In the 
event of a split vote, majority vote will rule and a minority report should be appended. Reasons for early 
termination may include:  
 Serious adverse effects in the entire intervention group or in a dominating subgroup;  
 Greater than expected beneficial effects;  
 A statistically significant difference by the end of the study is improbable;  
 Logistical or data quality problems so severe that correction is not feasible.  
 Comparison of Target Enrollment to Actual Enrollment by Month; 
 Comparison of Target Enrollment to Actual Enrollment by Site; 
 Overall Subject Status by Site, including: Subjects Screened, Enrolled, Active, Completed and Terminated; 
 Demographic and Key Baseline Characteristics by Group; 
 Treatment Duration for Subjects who Discontinue Therapy; 
 Adverse Events/Serious Adverse Events by Site and Subject. 
 
Final Open Session (optional):  
The final session may be attended by voting DSMB members, steering committee members, the study 
biostatistician or other study members, and the NIDDK staff. The Chairperson of the DSMB or the NIDDK Staff 
shall report on the recommendations of the DSMB regarding study continuation and concerns regarding the 
conduct of the study. Requests regarding data presentation for subsequent meetings will be made. Scheduling of 
the next DSMB meeting may be discussed. 
 
REPORTS  
Interim Reports 
Interim reports will be prepared by the Data Coordinating Center, located at the Cleveland Clinic. The reports will 
be distributed to the DSMB and the NIDDK Program Director at least 7 days prior to a scheduled meeting. These 
interim reports are numbered and provided in sealed envelopes within an express mailing package or by secure 
email as the DSMB prefers. The contents of the report are determined by the DSMB. Additions and other 
modifications to these reports may be directed by the DSMB on a one‐time or continuing basis. Interim data 
reports generally consist of two parts:  
 

Microbiome Feasibility Study 
 
Page 41 
Version 1.1September 28, 2016 
CONFIDENTIAL 
Do not disclose or use except as authorized by the Pilot Clinical Trials in CKD Consortium. 
Part 1 (Open Session Report) provides information on study aspects such as accrual, baseline characteristics, and 
other general information on study status. This report is generally shared with all investigators involved with the 
clinical trial. The reports contained in this section may include:  
 
o Comparison of Target Enrollment to Actual Enrollment by Month  
o Comparison of Target Enrollment to Actual Enrollment by Site  
o Overall Subject Status by Site, including: Subjects Screened, Enrolled, Active, Completed and 
Terminated  
o Demographic and Key Baseline Characteristics by Group  
o Treatment Duration for Subjects who Discontinue Therapy  
o Adverse Events/Serious Adverse Events by Site and Subject  
 
Part 2 (Closed Session Report) may contain data on study outcomes, including safety data, 
including serious adverse events or termination. Data will be presented by masked treatment 
groups; however, the DSMB may request that the treatment groups be unmasked to ensure that 
there are no untoward treatment effects. This report should not be viewed by any members of the 
clinical trial except the designated study statistician. 
 
Reports from the DSMB 
A formal report containing the recommendations for continuation or modifications of the study, prepared by the 
Executive Secretary with concurrence of the DSMB, will be sent to the Chair of the Steering Committee and the 
DCC PI. This report will also contain any recommendations of the NIDDK in reference to the DSMB 
recommendations. It is the responsibility of the DCC PI to distribute this report to all other PIs and to assure that 
copies are submitted to all the IRBs associated with the study.  
 
Each report should conclude with a recommendation to continue or to terminate the study. This recommendation 
should be made by formal majority vote. A termination recommendation may be made by the DSMB at any time 
by majority vote. The NIDDK is responsible for notifying the Chair of the Steering Committee of a decision to 
terminate the study. In the event of a split vote in favor of continuation, a minority report should be contained 
within the regular DSMB report. The report should not include unblinded data, discussion of the unblinded data, 
or any other confidential data. 
 
Mailings to the DSMB 
On a scheduled basis, (as agreed upon by the DSMB) blinded safety data should be communicated to all DSMB 
members and the NIDDK Program Director. Any concerns noted by the DSMB should be brought to the attention 
of the NIDDK Program Director.  
 
Access to Interim Data 
Access to the accumulating outcome data should be limited to as small a group as possible. Limiting the access to 
interim data to the DSMB members relieves the investigator of the burden of deciding whether it is ethical to 
continue to randomize patients and helps protect the study from bias in patient entry and/or evaluation.  
 
CONFIDENTIALITY  
All materials, discussions and proceedings of the DSMB are completely confidential. Members and other 
participants in DSMB meetings are expected to maintain confidentiality.