Neoadjuvant Nivolumab, or Nivolumab in Combination With Ipilimumab, in Resectable Non-Small-Cell Lung Cancer.
Phase: PHASE2
Conditions: Non-Small Cell Lung Cancer
Sponsor: Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at Johns Hopkins

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
1
Study Title:   Neoadjuvant Immunotherapy in Resectable Non‐Small‐Cell Lung Cancer
 
 
NCT02259621  
      NA_00092076/ J1414 
      CA209‐159 
      Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at Johns Hopkins 
JHMI Protocol ID number: 
BMS Number:  
Center  
Principal Investigator 
      Patrick Forde, MD 
      Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at Johns Hopkins 
      Viragh Building 
      201 N Broadway  
      Flr 8, #8129 
      Baltimore MD 21287 
      Phone:  
410‐955‐3974 
      Fax: 
410‐614‐9334 
      Email:  
pforde1@jhmi.edu 
Johns Hopkins University 
Clinical Co‐Investigators:               Julie Brahmer, brahmju@jhmi.edu 
      David Ettinger, ettinda@jhmi.edu 
      Christine Hann, chann1@jhmi.edu  
      Russell Hales, rhales1@jhmi.edu  
      David Feller‐Kopman, dfellerk@jhmi.edu  
   Kristen Marrone, kmarron1@jhmi.edu 
      Valsamo Anagnostou, vanagno1@jhmi.edu 
 Jarushka Naidoo, jnaidoo1@jhmi.edu 
Biostatistics 
 
      Marianna Zahurak, zahurma@jhmi.edu   
Laboratory Co‐investigators         Drew Pardoll, dpardol1@jhmi.edu 
Suzanne L. Topalian, stopali1@jhmi.edu  
      Cynthia Sears, csears@jhmi.edu 
Pathology Co‐investigators 
      Ed Gabrielson, egabriel@jhmi.edu  
      Janis Taube, jtaube1@jhmi.edu  
Participating Institutions 
Memorial Sloan‐Kettering Cancer Center 
Jamie E. Chaft, MD, chaftj@mskcc.org 
300 E. 66th Street, Floor 12,  
New York, NY 10065 
Telephone: 646-888-4545 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
2 
 
 
Sibley Memorial Hospital 
Benjamin Levy, MD, blevy11@jhmi.edu 
5255 Loughboro Rd. NW 
Washington, DC 20016 
Telephone: 202‐660‐6500 
 
McGill University Health Center 
Jonathan Spicer, MD, jonathan.spicer@mcgill.ca 
1001 Decarie Boulevard 
Montreal, Quebec  H4 3J1 
Telephone:  514‐934‐1934 
Fax:  514‐933‐3906 
 
Swedish Cancer Institute 
Adam Bogard, MD, Adam.Bograd@swedish.org 
1101 Madison Street 
Suite 900 
Seattle, WA 98104 
Telephone: 206‐215‐6800 
Fax: 206‐215‐6801 
 
 
Coordinating Center Lead Coordinator           
Jasmine Brooks 
 
 
 
 
      
 Telephone: 410‐502‐0984 
 
 
 
 
      
 email: jbrook54@jhmi.edu   
 
 
Lead Research Nurse   
        
Joanne Riemer, RN 
 
 
 
 
       
Telephone:   443‐287‐4114 
 
 
 
 
       
e‐mail:   jriemer3@jhmi.edu  
 
UAD Lead Study Coordinator       
 Iiasha Beadles 
      
 Telephone:  410‐502‐7097 
 
 
 
 
    
  e‐mail:  ijenkin1@jhmi.edu 
Supported by: 
Bristol‐Myer Squibb 
 
Supplied Agents:  
Nivolumab (BMS‐936558);  
Ipilimumab;  
(IND# 104,225) BMS Inc. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
3 
 
Contents 
STUDY TITLE: NEOADJUVANT NIVOLUMAB, OR NIVOLUMAB IN COMBINATION WITH 
IPILIMUMAB, IN RESECTABLE NON‐SMALL‐CELL LUNG CANCER ............................................... 1 
CONTENTS ............................................................................................................................... 3 
1. 
SUMMARY ........................................................................................................................ 6 
2. 
SCHEMA ........................................................................................................................... 9 
3. 
HYPOTHESES ................................................................................................................. 101 
4. 
OBJECTIVES .................................................................................................................. 111 
4.1  PRIMARY ............................................................................................................................ 112 
4.2  SECONDARY ........................................................................................................................ 112 
4.3  EXPLORATORY ..................................................................................................................... 112 
5. 
BACKGROUND AND RATIONALE ................................................................................... 123 
5.1  CANCER IMMUNOTHERAPY ..................................................................................................... 134 
5.2  RATIONAL IMMUNOTHERAPY TARGETS – CTLA‐4 ...................................................................... 134 
5.3  PROGRAMMED DEATH‐1 – MOLECULAR BIOLOGY ..................................................................... 144 
5.4  PROGRAMMED DEATH‐1 – PRECLINICAL STUDIES ...................................................................... 145 
5.5  PROGRAMMED DEATH LIGAND ‐1 – EXPRESSION IN HUMANS ..................................................... 155 
5.6  EARLY STAGE NON‐SMALL‐CELL LUNG CANCER – BACKGROUND AND TREATMENTS .......................... 156 
5.7  RATIONALE FOR PREOPERATIVE SYSTEMIC THERAPY IN NSCLC ....................................................... 167 
5.8  IMMUNOLOGY OF NSCLC – PRECLINICAL FINDINGS .................................................................. 178 
5.9  IMMUNOLOGY OF NSCLC – CLINICAL FINDINGS ......................................................................... 189 
     5.10 Rationale for Assessment of Bronchial & Nasal Epithelium………………………………………………………..19 
5.11  DEVELOPMENT OF NIVOLUMAB ................................................................................................. 20 
5.12 CLINICAL EXPERIENCE WITH NIVOLUMAB ..................................................................................... 21 
     5.13 Development of Ipilimumab………………………………………………………………………………………………………23 
     5.14 Clinical Experience with Ipilimumab…………………………………………………………………………………………..23 
     5.15 Rationale for preoperative nivolumab and ipilimumab in NSCLC, dosing and schedule and         
              inclusion/ exclusion criteria……………………….………………………………………………………………………………24 
6.      PATIENT POPULATION ................................................................................................... 30 
6.1  SUBJECTS .............................................................................................................................. 30 
6.1.1 
Inclusion Criteria................................................................................................................. 30 
6.1.2 
Exclusion Criteria ................................................................................................................ 32 
6.2  INCLUSION OF GENDERS AND MINORITIES ................................................................................... 34 
7. 
OVERVIEW OF STUDY DESIGN AND TREATMENT PLAN ................................................... 34 
7.1  RECRUITMENT ....................................................................................................................... 34 
7.2  DETERMINATION OF ELIGIBILITY ................................................................................................ 34 
7.3  STUDY DESIGN AND TOXICITY ASSESSMENTS .............................................................................. 35 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
4 
 
7.4    DIAGNOSTIC AND SURGICAL EVALUATION OF PARTICIPANTS ........................................................... 44 
7.5  POSTOPERATIVE TREATMENT OF PARTICIPANTS ............................................................................. 45 
7.6  EVALUATION OF PERI‐OPERATIVE SAFETY ..................................................................................... 46 
7.7  DISCONTINUATION, WITHDRAWAL AND REPLACEMENT OF SUBJECTS ................................................. 46 
8. 
STUDY ASSESSMENTS AND PROCEDURES ....................................................................... 48 
9. 
PHARMACOLOGY, SAFETY AND ADMINISTRATION OF STUDY DRUGS ............................ 51 
9.1  AVAILABILITY ......................................................................................................................... 51 
9.2  NIVOLUMAB AND IPILIMUMAB ADMINISTRATION .......................................................................... 51 
     9.3    Carboplatin and Paclitaxel Adminstration with Nivolumab……………………………………………………… 54 
10.  EXPLORATORY IMMUNOLOGIC STUDIES ........................................................................ 56 
10.1  IMMUNOLOGIC CORRELATES ..................................................................................................... 56 
10.2 TUMOR TISSUE SAMPLES ......................................................................................................... 56 
10.3 BRONCHIAL & NASAL EPITHELIUM SAMPLES (JOHNS HOPKINS ONLY)…………………………………………….57 
10.4 BLOOD SAMPLES .................................................................................................................... 57 
10.5 STOOL SAMPLES ..................................................................................................................... 58 
10.6 METHODS OF ANALYSIS ........................................................................................................... 59 
10.7 LEFTOVER SAMPLES ................................................................................................................ 62 
11.  ADVERSE EVENTS ............................................................................................................ 63 
11.1 GENERAL .............................................................................................................................. 63 
11.2 DEFINITIONS ......................................................................................................................... 63 
11.3 SERIOUS ADVERSE EVENT COLLECTION AND REPORTING ................................................................ 66 
11.4 NON‐SERIOUS ADVERSE EVENTS .............................................................................................. 68 
     11.5 Laboratory Test Abnormalities…………………………………………..…………………………………………68 
11.6 PREGNANCY .......................................................................................................................... 69 
11.7 OVERDOSE ............................................................................................................................ 69 
11.8 OTHER SAFETY CONSIDERATIONS .............................................................................................. 69 
12.  DATA AND SAFETY MONITORING ................................................................................... 69 
12.1 DATA MANAGEMENT .............................................................................................................. 69 
12.2 MEETINGS ............................................................................................................................ 71 
12.3 MONITORING ........................................................................................................................ 71 
13.  ADMINISTRATIVE PROCEDURES ..................................................................................... 71 
13.1 PROTOCOL AMENDMENTS ....................................................................................................... 71 
13.2 INFORMED CONSENT .............................................................................................................. 71 
13.3 ETHICS AND GOOD CLINICAL PRACTICE ....................................................................................... 72 
13.4 REGULATORY AUTHORITIES ...................................................................................................... 72 
13.5  PRINCIPAL INVESTIGATOR RESPONSIBILITIES ................................................................................. 72 
14.  STATISTICAL CONSIDERATIONS ....................................................................................... 72 
14.1 STUDY DESIGN ...................................................................................................................... 74 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
5 
 
14.2 OBJECTIVES .......................................................................................................................... 76 
14.3 PRIMARY ENDPOINT DEFINITION .............................................................................................. 76 
14.4 SAFETY ENDPOINT ................................................................................................................. 77 
14.5 FEASIBILITY ENDPOINT ............................................................................................................ 79 
14.6 STATISTICAL ANALYSIS PLANS .................................................................................................. 81 
14.7  EXPLORATORY IMMUNE ENDPOINTS ......................................................................................... 83 
REFERENCES .................................................................................................................................. 86 
APPENDIX A:  TNM STAGING SYSTEM FOR LUNG CANCER (7TH EDITION)………………………………………………..94 
APPENDIX B: ECOG PERFORMANCE STATUS SCALE .............................................................................. 95 
APPENDIX C:  GUIDELINES FOR TISSUE BANKING PROCESS ...................................................................... 96 
APPENDIX D:  MANAGEMENT ALGORITHMS................................................................................ 98 
APPENDIX E: SOCIODEMOGRAPHIC CHARACTIERSITICS QUESTIONNAIRE ............................................... 106 
     APPENDIX F: FOLLOW‐UP SOCIODEMOGRAPHIC CHARACTIERSITICS QUESTIONNAIRE ….111 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
6 
 
1. Summary 
Host immunity is fundamental to the suppression of human cancer, and conversely host 
immune evasion by tumor cells is an essential feature in the development and progression of 
human cancer. PD‐1 is a co‐inhibitory receptor expressed on the surface of activated and 
exhausted T‐cells, B‐cells and certain myeloid cells1. PD‐L1 (programmed death – ligand‐1), one 
of two ligands for PD‐1, is highly expressed in certain human tumors and expression has been 
associated with a poor prognosis2, 3. Little is known about expression of the second ligand PD‐L2 
in solid cancers, nor its role in immune evasion.  
An ongoing early phase clinical trial of the anti‐PD‐1 antibody, nivolumab, has demonstrated 
durable responses in heavily pretreated patients with advanced melanoma, renal cell (RCC) and 
non‐small‐cell lung cancer (NSCLC), a tumor which was previously thought to be non‐
immunogenic4. In an interim analysis of this study, 10% of NSCLC patients were free of tumor 
progression at 6 months, and 22 of 129 patients (17%) had an objective tumor response by 
RECIST 1.0 with a median duration of response lasting 17 months5.  Patients with both 
squamous and non‐squamous lung cancers showed durable objective responses.  Median 
overall survival was 9.6 months, and the one‐year landmark survival rate was 42%.  These are 
promising results, given that most of these patients had exhausted standard treatment options:  
53% of those with NSCLC had received 3‐5 prior lines of treatment.  
More recently, in two phase 3 clinical trials, nivolumab has demonstrated a survival advantage 
over second line chemotherapy with docetaxel in platinum‐pretreated metastatic squamous 
and non‐squamous NSCLC 6, 7. In both of these studies nivolumab was associated with a lower 
incidence of both grade 3‐4 and any grade toxicity than docetaxel. In the first‐line treatment of 
metastatic NSCLC, nivolumab has also shown promise in a large phase 1 study with an objective 
response rate (ORR) of 23% in patients unselected by PD‐L1 status8. 
Given the potentially harmful effects of multiple chemotherapy treatment regimens on the 
immune system, it is quite possible that application of PD‐1 pathway blockade in lung cancer 
patients prior to receiving chemotherapy may significantly enhance its ability to induce 
immune‐mediated cancer regression. In addition, it is postulated that PD‐L1 and other immune 
biomarkers may be induced by prior anti‐cancer therapy therefore interrogating the tumor 
immune micro‐environment in non‐pretreated disease may help to better define the immune 
signature of developing tumors.  
In total, 306 patients with advanced solid tumors (129 with NSCLC) received nivolumab every 
two weeks continuously for up to 2 years77.  Treatment was generally well tolerated, with grade 
3‐4 drug‐related toxicities occurring in 17% of patients.   As of March 2013, there were 3 
nivolumab‐related deaths on this trial (1%) associated with pneumonitis (two patients with 
NSCLC, one with colorectal cancer).  This incidence of high‐grade pneumonitis is similar to that 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
7 
 
seen with standard cytotoxic chemotherapies and kinase inhibitors.  Early diagnosis of 
nivolumab‐related pneumonitis with administration of immunosuppression including steroids 
and other agents has mitigated pulmonary toxicity. However, the mechanisms causing 
pneumonitis require elucidation in order to develop more effective detection and treatment 
algorithms. 
Exploratory analysis of archived pretreatment tumor biopsies from a limited number of NSCLC 
patients treated with nivolumab indicates that PD‐L1 expression on tumor cells may be a 
candidate biomarker of sensitivity to anti‐PD‐1 therapy4(and Taube & Topalian, unpublished).  
However, this preliminary finding remains to be validated in larger cohorts.  
The proposed study will evaluate the safety and feasibility of preoperative administration 
nivolumab +/‐ ipilimumab in patients with high‐risk resectable NSCLC, and will facilitate a 
comprehensive exploratory characterization of the tumor immune milieu and circulating 
immune cells and soluble factors in these patients. Data obtained in this study will provide 
valuable information for planning further prospective clinical trials of anti‐PD‐1 and other 
immunotherapies in NSCLC, both in the peri‐operative and advanced disease setting. 
Ultimately, it is highly desirable to discover prospective biomarkers of response and toxicity to 
allow patients with NSCLC who are most likely to derive benefit to receive anti‐PD‐1 treatment, 
and conversely to minimize the risk of toxicity and ineffective treatment for patients who are 
unlikely to benefit.  
An earlier amendment to this study allowed evaluation of the combination of nivolumab and 
the anti‐CTLA4 antibody, ipilimumab in the neoadjuvant setting for the treatment of resectable 
NSCLC. In a large, multicohort, phase 1 trial, the ORR to combination ipilimumab and nivolumab 
therapy in patients unselected by PD‐L1 status ranged from 39‐47%9. Incidence of grade 3‐4 
toxicity ranged from 33‐37% across the combination ipilimumab and nivolumab cohorts which 
compares favorably with the rates of toxicity due to platinum doublet chemotherapy in this 
disease setting.9  
Since this amendement, preliminary data from other studies has demonstrated similar rates of 
major pathologic response (mPR) between neoadjuvant nivolumab and nivolumab + ipilimumab 
(Cascone et al., ESMO 2018).  In addition, a large phase III study of neoadjuvant immunotherapy 
in NSCLC recently closed their nivolumab + ipilimumab arm leading to a situation where further 
clinical development of the combination in early stage lung cancer is unlikely to occur.  Because 
of this, in conjunction with encouraging results of neoadjuvant single agent PD‐1 therapy +/‐ 
chemotherapy, an amendent was made to this study to close the nivolumab + ipilimumab arm 
(Arm A) prior to complete accrual and move on to the arm of the study with extended doses (3 
doses) of preoperative nivolumab (Arm B). 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
8 
 
A previous amendment to this study allowed for bronchoscopy with bronchoalveolar lavage 
(BAL) in patients pre‐ and post‐treatment to enable genomic and molecular characterization of 
bronchial and nasal epithelium.   Through genomic and molecular characterizations of these 
samples, and comparison between responders and non‐responders to neoadjuvant checkpoint 
blockade, this data will help to deepen our understanding of NSCLC pathogenesis, elucidate the 
mechanisms of checkpoint blockade, and aid in creation of predictive biomarkers of response. 
The current amendment includes addition of a third arm (Arm C) combining nivolumab and 
platinum‐doublet chemotherapy in the neoadjuvant setting.  Since this trial began, PD‐1 and 
PD‐L1 inhibitors have transformed the treatment of NSCLC and are now approved as part of 
first line treatment for locally‐advanced unresectable and metastatic NSCLC in the absence of a 
targetable driver mutation, including concurrent chemo‐immunotherapy for metastatic NSCLC 
[Gandhi et al. NEJM 2018]97.  However, PD‐1 pathway blockade is not yet incorporated in the 
treatment of resectable NSCLC, and we still require predictive biomarkers to to identify patients 
likely to experience long‐term disease control with checkpoint inhibitors.  The expansion to 
include combined chemotherapy with immunotherapy in the preoperative setting is based on 
high‐level evidence from metastatic NSCLC where combined pembrolizumab and 
chemotherapy is approved as a safe and effective first line therapy with improved overall 
survival compared to chemotherapy alone, as well as recent early phase trials in resectable 
NSCLC demonstrating high rates of major pathologic and complete pathologic responses with 
preoperative combination therapy [Shu et al. Lancet Oncol 2020]104.   
To further investigate the synergy of chemotherapy and PD‐1 checkpoint blockade and 
dynamics of the tumor immune response, this neoadjuvant trial provides an ideal platform for 
detailed molecular analysis and biomarker discovery.  Investigators at SKCCC have developed 
advanced techniques for integrated immunogenomic analysis of tumor and liquid biopsies as 
well as single cell transcriptomics.   
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
9 
 
2. Schema  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Newly 
diagnosed 
resectable 
stage II/III 
NSCLC
(baseline 
PET/CT and 
research core 
biopsy)
Screening 
Period
(less than or 
equal to 28 
days)
Nivolumab 
3mg/kg IV & 
Ipilimumab 
1mg/kg on 
Day‐42 then 
Nivolumab 
3mg/kg on 
Day‐28 and 
Day‐14 with 
repeat PET/CT 
prior to 
planned 
surgical 
resection 
between D‐3 
and +10
Single blood 
draw at follow 
up outpatient 
visit after 
surgery for 
immune 
correlates
(Between Day 
21‐42 post 
surgery)
Newly 
diagnosed 
resectable 
stage IB 
(≥4cm)/II/IIIA 
NSCLC
(baseline 
PET/CT, 
research core 
biopsy, 
bronchoscopy 
+ BAL)
Screening 
Period
(less than or 
equal to 28 
days)
Nivolumab 
240mg IV on 
Day ‐42, 
Week‐28 and 
Week‐14 with 
repeat  
PET/CT prior 
to planned 
surgical 
resection with 
intraop 
bronchoscopy 
+ BAL(Day 0) 
between Day
‐3 and +10
Single blood 
draw at follow 
up outpatient 
visit after 
surgery for 
immune 
correlates
(Between Day 
21‐42 post 
surgery)
ARM A (N=15) 
ARM B (N=15) 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
10 
 
 
 
ARM C (N=15) 
 
 
3. Hypotheses 
3.1  
Anti‐PD‐1 (nivolumab) administration with or without anti‐CTLA4 (ipilimumab) in the 
pre‐operative setting will be safe and feasible in patients with resectable NSCLC. 
3.2 
Neoadjuvant administration of nivolumab with or without ipilimumab or nivolumab with 
chemotherapy will change cellular and molecular characteristics of the tumor 
microenvironment that can be quantitatively measured. 
3.3 
Failure to respond to immune checkpoint inhibition in NSCLC results from either pre‐
existing or compensatory (i.e. adaptive) up‐regulation of additional immune “checkpoint” 
pathways in the tumor, draining lymph nodes, and/or peripheral blood that inhibit immune 
recognition and killing of tumor cells. Characterization of these pathways (i.e. ligands and 
receptors) in patients receiving preoperative therapy, and comparison with a cohort of patients 
who proceed to surgical resection without preoperative therapy, will illuminate mechanisms of 
Newly 
diagnosed 
resectable 
stage IB 
(≥4cm)/II/IIIA 
NSCLC
(baseline 
PET/CT, 
research core 
biopsy, 
bronchoscopy + 
BAL)
Screening 
Period
(less than or 
equal to 28 
days)
Nivolumab     360 
mg IV 
Carboplatin    
AUC 5 or 6 IV
Paclitaxel         
175 or 200 
mg/m2 IV
q21 days x3 
cycles.
PET CT prior to 
surgery.
Surgery and 
intraoperative 
bronchoscopy + 
BAL within 6 
weeks of 
completing 
neoadjuvant 
treatment 
(C3D1).
Single blood 
draw at follow 
up outpatient 
visit after 
surgery for 
immune 
correlates
(Between Day 
21‐42 post 
surgery)

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
11 
 
adaptation and immune resistance to directly guide future therapeutic development of anti‐PD‐
1 as monotherapy and in combination with other immunomodulators in NSCLC.   
3.4  Neoadjuvant combination platinum‐based chemotherapy with nivolumab will result in a 
high rate of pathologic complete response (pCR) in resectable high‐risk NSCLC. 
3.5  There will be quantitative differences in the molecular and immune characteristics of pre‐ 
and post‐treatment lung cancer among responders and non‐responders following combined 
nivolumab and chemotherapy, which can be elucidated using integrated immunogenomic 
analysis of tumor and liquid biopsies and single cell transcriptomics and MANAFEST. 
3.6. There will be quantitative differences in the immune response among patients treated with 
nivolumab alone, nivolumab + ipilimumab, and nivolumab + chemotherapy that are 
demonstrable using single cell transcriptomics and MANAFEST. 
4. Objectives 
 
Primary 
4.1.1 To investigate the safety and feasibility of neoadjuvant nivolumab + ipilimumab  
administration in subjects with resectable high‐risk NSCLC [stage IB, II and IIIA], including 
squamous and non‐squamous histologies. 
4.1.2 To investigate the safety and feasibility of 3 doses of neoadjuvant nivolumab in subjects 
with resectable high‐risk NSCLC [stage IB, II and IIIA], including squamous and non‐
squamous histologies. 
4.1.3  Arm C ‐ To investigate the pathologic response to 3 doses of neoadjuvant nivolumab 
with carboplatin and paclitaxel in subjects with high‐risk NSCLC [stage IB, II and IIIA], 
including squamous and non‐squamous histologies.   
4.2 
Secondary 
4.2.1  To assess radiographic response to neoadjuvant nivolumab, nivolumab plus 
ipilimumab, and nivolumab plus chemotherapy using RECIST 1.1. 
4.2.2 To assess safety for Arm C. 
4.3 
Exploratory 
4.3.1    To determine changes in expression of selected immune markers compared to 
baseline, in the blood, primary tumor tissue and draining lymph nodes from patients 
receiving neoadjuvant therapy; to determine changes in the quality and quantity of 
tumor infiltrating lymphocytes; and to compare findings in tumor and draining lymph 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
12 
 
nodes from treated patients, to findings in a parallel stage‐matched cohort of 
untreated patients on a companion tissue collection protocol.  
4.3.2  To evaluate the potential effects of neoadjuvant therapy on normal lung tissue, by 
comparing tissues obtained on this study to those obtained from untreated patients 
undergoing lung tumor resection on a parallel tissue collection protocol. 
4.3.3   To compare immunologic markers in squamous versus non‐squamous lung tumors. 
4.3.4  To explore genomic and molecular characteristics of bronchial and nasal epithelium 
from patients receiving neoadjuvant immune checkpoint blockade and compare findings 
between patients who do and do not achieve a major pathologic response.  In addition, 
these genomic and molecular changes will be compared to those observed in the 
primary tumor and peripheral circulation. 
4.3.5  To explore the association between nivolumab +/‐ ipilimumab exposure or nivolumab + 
chemotherapy and selected pharmaco‐dynamic markers in the peripheral blood and in 
the tumor microenvironment, including measurement of PD‐1 receptor occupancy on 
tumor infiltrating lymphocytes. 
4.3.6    To explore features of the gut microbiota of NSCLC patients before and after 
neoadjuvant nivolumab +/‐ ipilimumab, or nivolumab + chemotherapy, that may  
correlate with clinical response. 
4.3.7    To assess recurrence‐free survival in patients receiving preoperative therapy in this 
study 
4.3.8   To assess overall survival in high‐risk patients with NSCLC receiving neoadjuvant 
therapy. 
5. Background and Rationale 
Lung cancer is the most common invasive cancer and cause of cancer death worldwide.  In 
2008, the most recent year for which global statistics are available, there were an estimated 
1.61 million cases and 1.38 million deaths12. In the United States, the estimated number of new 
lung cancer cases for 2012 is 226,160 (116,470 men and 109,690 women) while 160,340 people 
will die of the condition13. Adjuvant systemic chemotherapy improves disease free and overall 
survival for patients with stage II NSCLC and for some patients with Stage IB NSCLC and is likely 
to remain an integral part of therapy14. However, many patients still suffer recurrences and die 
of their disease emphasizing the need for new treatments or approaches.  

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
13 
 
Host immunity is fundamental to the suppression of human cancer and conversely host 
immune evasion by tumor cells is an essential pathway in the development of human cancer. 
The concept of cancer immune editing is well described in animal models whereby tumors are 
capable of subverting host immunity despite developing frequent genetic aberrations with the 
potential to generate immunogenic neo‐antigens15. The three phases of immune editing are as 
follows: elimination (host immune system responds to tumor neo‐antigens and destroys tumor 
cells), equilibrium (immune evasive tumor cells persist; however, growth and metastasis is 
restrained by residual host immunity) and escape (tumor cells overcome immune control and 
can develop into clinically evident cancers). The development of clinically apparent tumors 
indicates failure of the host immune system to recognize and destroy incipient cancers. This is 
due to induction of immune tolerance among tumor‐specific T cells as well as expression of 
immune inhibitory ligands termed checkpoints. These ligands bind to receptors on T cells that 
signal to down‐modulate effector functions such as cytokine production and killing activity. 
Consequently, strategies aimed at augmenting host anti‐tumor immunity are attractive with 
potential for long‐term tumor control or even cure if persistent immune responsiveness can be 
engendered particularly in earlier stages of disease.  
5.1    Cancer immunotherapy  
Attempts have been made over many years to potentiate the host immune response to human 
cancer with limited success until recently and, in some cases, significant toxicity16‐18. While 
occasional dramatic tumor responses have been seen with interleukin‐2 treatment in particular, 
these responses are difficult to predict based on clinical criteria and a dependable biological 
marker of response in the patient or tumor has yet to be described19‐21. Since the initial approval 
of this protocol, immunotherapy has transformed the treatment landscape in lung cancer and is now 
standard of care in metastatic NSCLC and locally‐advanced unresectable NSCLC, and is now under 
investigation in the adjuvant and neoadjuvant settings. 
5.2   Rational Immunotherapy Targets – CTLA‐4 
Recent breakthroughs in bringing years of preclinical work on the adaptive immune response to 
tumor to the clinic have led to the regulatory approval of two immune‐modulatory anti‐cancer 
therapies for advanced disease, the autologous dendritic cell vaccine, sipuleucel‐T, for 
castration‐resistant prostate cancer and the anti‐cytotoxic T lymphocyte antigen‐ 4 (anti‐CTLA‐
4) immune checkpoint inhibitor, ipilimumab, for metastatic melanoma22,23. CTLA‐4, first 
described in 1987, is the prototypical immune checkpoint, a molecule whose expression is 
induced by T cell activation leading to down‐regulation of T cell responses and consequent 
suppression of the innate response to foreign tumor neo‐antigen24,25. The subsequent discovery 
of multiple non‐redundant intrinsic T cell molecules that act to limit immune responses have 
led to the advent of antibodies to block these inhibitory checkpoints as a strategy to enable 
anti‐tumor immune responses and elicit durable clinical benefit in cancer patients.  Ipilimumab, 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
14 
 
which inhibits CTLA‐4, thus releasing the block on antitumor immunity, has become the first 
systemic treatment to demonstrate a durable overall survival advantage in a phase III study for 
metastatic melanoma with responses in 10 – 20% of patients treated23. Despite these promising 
results, many patients do not respond to treatment, and toxicity can be serious or fatal in 
certain cases, illustrating the need for prospective biomarkers of immune response and 
sensitivity. 
5.3    Programmed death‐1 – Molecular Biology 
Programmed death‐1 (PD‐1 or CD279), primarily expressed on activated T cells, B cells and 
myeloid cells1, is a 55 kD type I transmembrane protein that is a member of the CD28 family of 
T‐cell co‐stimulatory receptors that also includes CD28, CTLA‐4, ICOS and BTLA226. Two ligands 
specific for PD‐1 have been identified: PD‐L1 (also known as B7‐H1 or CD274) and PD‐L2 (also 
known as B7‐DC or CD273), each of which are primarily expressed on antigen presenting cells. 
PD‐L1 and PD‐L2 have been shown to downregulate T‐cell activation upon binding to PD‐1 in 
both murine and human systems27‐29. PD‐1 has been shown to inhibit CD28‐mediated 
upregulation of IL‐2, IL‐10, IL‐13, IFN‐γ and Bcl‐xL. PD‐1 expression has also been noted to 
inhibit T cell activation and expansion of previously activated cells. PD‐1 contains an 
intracellular membrane proximal immunoreceptor tyrosine inhibitory motif (ITIM) and a 
membrane distal immunoreceptor tyrosine based switch motif (ITSM). Both Src homology 
region 2 domain‐containing phosphatase (SHP) ‐1 and ‐2 have been found to bind to the 
cytoplasmic tail of PD‐1 and mediate its signaling. Once this signaling has occurred, PD‐1 binds 
to the phosphorylated tyrosine residue in the ITSM in its cytoplasmic region and mediates the 
suppressive effects of PD‐130,31.  
5.4    Programmed death‐1 – Preclinical Studies 
Further evidence for a negative regulatory role of PD‐1 comes from studies of PD‐1‐deficient 
mice. PD‐1‐deficient mice develop various autoimmune phenotypes, including dilated 
cardiomyopathy, a lupus‐like syndrome with arthritis and nephritis, and accelerated diabetes 
mellitus32‐35. The emergence of these autoimmune phenotypes is dependent upon the genetic 
background of the mouse strain and many of these phenotypes emerge at different times 
(almost always after 6 months of age) and show variable penetrance. Thus PD‐1 plays a more 
subtle regulatory role than CTLA‐4. In addition to the phenotypes of null mutations, PD‐1 
inhibition by antibody‐mediated blockade in several murine models has been found to play a 
role in the development of autoimmune diseases such as encephalomyelitis32, graft‐versus‐host 
disease37, and type I diabetes34. Taken together, these results suggest that PD‐1 modulates 
immune responses in tissues undergoing inflammatory responses and PD‐1 blockade has the 
potential to enhance inflammatory (including “anti‐self”) responses in tissue, but these 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
15 
 
responses are variable and dependent upon various host genetic factors. Thus, PD‐1 deficiency 
or inhibition is not accompanied by a universal loss of tolerance to self‐antigens. Preclinical 
animal models of tumors have shown that blockade of PD‐1 by monoclonal antibodies (mAbs) 
can enhance the anti‐tumor immune response and result in tumor rejection. The effects of anti‐
PD‐1 blockade in combination with a variety of chemotherapeutic agents were tested in several 
murine tumor models (MC38, SA1/N and PAN02).  
5.5    Programmed Death Ligand ‐1 – Expression in Humans 
In humans, constitutive PD‐L1 expression is normally limited to macrophage‐lineage cells, 
although expression of PD‐L1 can be induced on other hematologic cells as well, including 
activated T cells. Aberrant expression of PD‐L1 by tumor cells (retrospectively detected by 
immunohistochemistry, IHC) has been reported in a number of human malignancies38‐44. In 
renal cell carcinoma, high surface expression levels of PD‐L1 on tumor cells is related to tumor 
aggressiveness, 41,45 and subjects with high tumor and/or lymphocyte PD‐L1 levels are 4.5 times 
more likely to die from cancer than subjects exhibiting low levels of PD‐L1 expression. These 
findings may be explained by the notion that high PD‐L1 expression leads to immune evasion. 
This hypothesis is supported by separate studies demonstrating that PD‐L1 expressed by tumor 
cells enhances apoptosis of activated tumor‐specific T cells in vitro27 and that the expression of 
PD‐L1 protects tumor cells from the induction of apoptosis by effector T cells45. Preclinical data 
suggests that antitumor activity by PD‐1 blockade functions in both PD‐L1‐expressing and ‐
negative tumors suggesting that it may act in immune priming as well as at the tumor 
microenvironment level2,46‐50. This suggests that host mechanisms (i.e. expression of PD‐L1 on 
antigen‐presenting cells) limit the antitumor response. Consequently, it is possible that both 
PD‐L1 positive and negative tumors may be targeted using this approach. 
5.6    Early stage non‐small‐cell lung cancer – Background and treatments  
Approximately 80% of lung cancer cases are NSCLC with most patients presenting with late 
stage disease. Of patients with NSCLC, 20% present with stage I or II disease, whereas 30% 
present with stage III disease and 50% with stage IV disease9. A standard TNM staging system is 
used to determine the staging for NSCLC (Appendix A). Patients with pathologic stage I NSCLC 
have approximately a 60% 5‐year survival. Stage II NSCLC patients have approximately 25% to 
40% 5‐year survival. Surgical resection remains the mainstay of treatment for stage I and II 
patients. However, despite apparently curative surgery approximately 50% of stage IB and 70% 
of stage II NSCLC patients will relapse and eventually die of their disease13. A rational approach 
to eradicate micrometastatic disease and minimize the risk of relapse is treatment with 
adjuvant or neoadjuvant chemotherapy. Many adjuvant studies have been performed and 
these trials are summarized in Table 1. Although there are some conflicting results, the overall 
evidence from these studies suggests that adjuvant platinum doublet chemotherapy is 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
16 
 
beneficial for good performance status patients with stage II disease. The benefit for stage IB 
patients is less clear and may depend on the size of the primary tumor and other risk factors51‐
56. The LACE meta‐analysis of modern adjuvant and neoadjuvant trials, all of which used 
cisplatin‐based chemotherapy, suggested a 5% survival advantage at 5 years from adjuvant 
chemotherapy with the benefit being greatest for stage II and IIIA patients. A 2010 meta‐
analysis including both older and more recent trials confirmed the survival benefit shown in the 
LACE meta‐analysis and also suggested a benefit of adjuvant chemotherapy for stage IB disease 
patients57,58. This led to the adoption of adjuvant platinum doublet chemotherapy for high risk 
stage IB ‐ IIIA patients.  Despite the high risk of relapse and disease‐related death in these 
patients, no new systemic therapies have been shown to prolong survival for this large group of 
patients. 
 
 
 
 
Table 1 - Selected Adjuvant NSCLC Studies 
Trial 
Stage 
Treatment 
Pt No 
5 yr OS 
HR 
p value 
ALPI 
I - III 
Surg 
MVP 
603 
601 
45% 
50% 
0.96 
0.59 
IALT 
I – III 
Surg 
Cis-based 
935 
932 
40% 
44.5% 
0.86 
<0.03 
ANITA 
IB - IIIA 
Surg 
Cis-Vin 
433 
407 
43% 
51% 
0.80 
0.017 
BLT 
I - IIIA 
Surg 
Cis-based 
189 
192 
58% 
60% 
1.02 
0.90 
NCIC/JBR10 IB – II 
Surg 
Cis-Vin 
240 
242 
54% 
69% 
0.69 
0.03 
CALGB 
IB 
Surg 
Carb-pac 
171 
173 
57% 
59% 
0.80 
0.10 
Abbreviations – OS, overall survival; HR, hazard ratio; ALPI, Adjuvant Lung Cancer Project Italy; IALT, International Adjuvant Lung 
Cancer Trial; ANITA, Adjuvant Navelbine International Triallist Association; BLT, Big Lung Trial; NCI-C, National Cancer Institute-
Canada; CALGB, Cancer and Leukemia Group B; MVP, mitomycin, vindesine, cisplatin; Cis-Vin, cisplatin-vinorelbine; 
Carb-pac, carboplatin-paclitaxel. 
 
5.7   Rationale for preoperative systemic therapy in NSCLC 
Traditionally, surgery has preceded systemic therapy in patients with resectable NSCLC. New 
systemic approaches are generally investigated in the metastatic setting and later in large 
adjuvant clinical trials. However, patients in the metastatic setting may have received multiple 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
17 
 
previous treatments, may have poor performance status and compromised organ function 
which makes new drug investigation challenging. Furthermore, randomization and follow‐up of 
adjuvant trials may require decades until a new treatment can be introduced into clinical care. 
Preoperative chemotherapy has been assessed in a number of trials for patients with resectable 
NSCLC, though most were closed early when the adjuvant chemotherapy data revealed a 
survival advantage. A meta‐analysis based upon seven trials involving 988 patients suggested 
that neoadjuvant chemotherapy improved overall survival when given preoperatively (five‐year 
survival 20 versus 14 percent without neoadjuvant chemotherapy), this improvement in 
survival being similar to that noted in the meta‐analyses of predominantly adjuvant 
chemotherapy59. Furthermore, preoperative systemic therapy offers the possibility for the 
identification of surrogate clinical and biological markers that may correlate with response to 
therapy and, in some cases, long term outcome. In addition, preoperative therapy may be a 
useful platform for the development of new targeted therapies. Efficient strategies to screen 
promising agents in early phase development are essential for rapid progress in lung cancer 
treatment and prevention. 
Several studies have shown preoperative systemic therapy to be safe prior to surgical resection 
of NSCLC with no difference in extent of surgical procedures performed, operative morbidity 
and mortality60‐62. 
5.8   
Immunology of NSCLC – Preclinical Findings 
Cancer cells characteristically have six intrinsic phenomena that lead to oncogenesis. These 
include self‐sufficiency of growth signals, insensitivity to growth‐inhibitory signals, avoidance of 
apoptosis, limitless replicative potential, development and sustaining of angiogenesis, and 
tissue invasion and metastasis. An additional phenomenon, avoidance of immunosurveillance, 
has been proposed since lung cancer cells escape innate and adaptive immune responses63,64. 
This concept is based upon the idea that the immune system can recognize precursors of cancer 
and destroy them. One strategy of eluding a T‐cell‐mediated immune response is through the 
downregulation or loss of expression of HLA class I molecules that is noted to be common in 
lung cancer. It has been postulated that only immunoselected tumor cells that lack HLA class I 
expression can escape immune attack and develop into cancers. Tumors often down‐modulate 
antigen processing molecules such as transporter associated with antigen processing 1 (TAP1), 
low‐molecular‐mass protein (LMP) 2, LMP7, and tapasin. The overexpression of the serine‐
protease inhibitor P19 by tumor cells blocks the granzyme‐B‐perforin pathway of target cell 
lysis. However, silencing of these genes in lung cancer is reversible and they are usually 
upregulated by IFN‐, suggesting that, in the presence of a T cell or NK response, this escape 
mechanism can be overcome. Additional outcomes of immunoselection include down 
regulation or mutation of death receptors, methylation or mutation of the gene encoding 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
18 
 
caspase‐8, and overexpression of FLIP (caspase‐8 (FLICE)‐like inhibitory protein) or decoy 
receptors for TRAIL. All of these cause resistance to CTL‐induced killing of tumor cells65. Key 
findings that led to greater understanding of immunosurveillance included the discovery that 
endogenously produced interferon‐γ(IFN‐γ) protected hosts against transplanted, spontaneous, 
or chemically induced tumors in mice. Another finding showed that C57BL/6 mice lacking 
perforin (perforin ‐/‐) were more prone to methylcholanthrene‐induced tumor formation 
compared with their wild‐type counterparts. It was noted that the perforin ‐/‐ mice lack 
functional cytotoxic T cells and NK cells65,66. Additional research has shown an overlap between 
the tumor suppressor pathways that depend upon IFN‐γ and lymphocyte function. 129/SvEv 
mice lacking IFN‐γ responsiveness (IFNGR1 receptor ‐/‐ or STAT1 ‐/‐ mice) were compared with 
mice lacking recombination activating gene (RAG‐2) (which fail to rearrange lymphocyte antigen 
receptors and completely lack natural killer T cells, T and B cells) and RAG‐2 and STAT1 negative 
mice. No difference was noted in the tumor development in the mice as compared with wild‐
type mice. It was also felt that the IFN‐γ and lymphocyte function overlapped with one 
another65,66.  
5.9   
Immunology of NSCLC – Clinical Findings 
Data have been reported regarding a correlation between the presence of tumoral lymphocytes 
and patient survival. The presence of tumor‐infiltrating lymphocytes (TILs) has been noted in 
cancer cell nests and central cancer stroma67, 69. TILs are stimulated in the presence of IFN‐γ and 
tumor‐necrosis factor‐α (TNF‐α). TILs attempt to regulate the proliferation and metastatic 
activity of the tumor and interrupt angiogenesis, in addition to their function in host immunity 
against cancers. The activity of the TILs is noted to be increased in early stage NSCLC, but fails to 
control tumor cell growth in later stages of cancer69,71.  Anti‐tumor immune system activity may 
become suppressed by the expansion of regulatory T (Treg) cells in the tumor and the draining 
N1 and N2 lymph nodes with a compensatory reduction in natural killer (NK) cells6 70, 
stimulation of mature and immature dendritic cells providing immunosuppressive cytokines like 
interleukin‐10 (IL‐10) or transforming growth factor‐β (TGF‐β), and further inhibition of 
dendritic cell maturation by VEGF, IL‐6, IL‐10, TGF‐β, macrophage colony‐stimulating factor, 
NOS2, arginase‐1, IDO, PGE2, COX2 and gangliosides71,72.  PD‐1 expression is upregulated on 
TILs in patients with a variety of tumors including NSCLC38. Zhang et al73 analyzed peripheral 
blood mononuclear cells (PBMCs) and TILs and noted that PD‐1 levels were highest on CD8+ 
TILs and over 2‐fold higher on PBMCs of patients with NSCLC than on control patients. Other 
inhibitory receptors, such as CTLA‐4, were not expressed on the TILs. In vitro, blocking the 
interaction between PD‐1 and its ligands PD‐L1 and PD‐L2 resulted in TIL proliferation and 
increased production of IFN‐γ. Aberrant expression of PD‐L1 by tumor cells has been reported 
in NSCLC. It is notable that fewer TILs were found in tumors that expressed B7‐H1/PD‐L1, 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
19 
 
though it remains to be seen whether some of the PD‐L1 staining procedures reported in the 
literature are valid38,74,75. 
A study has been performed using the anti‐CTLA‐4 monoclonal antibody ipilimumab in 
combination with carboplatin/paclitaxel chemotherapy (CA184041) in advanced NSCLC. This 
showed a statistically significant improvement in PFS and OS when immunotherapy was added 
to chemotherapy76. Further randomized studies of ipilimumab in squamous NSCLC are ongoing 
at this time. 
5.10 
Rationale for Assessment of Bronchial & Nasal Epithelium 
Over the past decade, there has been increased molecular and genomic understanding of 
NSCLC pre‐malignant lesions (PMLs), and how these lesions evolve and transform into invasive 
disease.  This stepwise nature of tumorigenesis has been demonstrated in both squamous and 
non‐squamous NSCLC.  In squamous NSCLC, increased expression of multiple genes have been 
demonstrated in PMLs, including SLC2A1, CEACAM5, and PTBP3, in addition to increased 
activation of MYC (Ooi et al., Cancer Prev Res 2014).  In addition, coordinated loss and gain of 
expression was observed in chromosome 3p and 3q regions, respectively.  More recent work 
has also identified subclasses of gene expression in these pre‐malignant lesions, with certain 
groups demonstrating enrichment of genes associated with T‐cell mediated immunity.  Similar 
genomic alterations have been observed in PMLs of adenocarcinoma, with common driver 
mutations such as KRAS, TP53, and EGFR identified in the earliest stages of cytologic atypia 
(Izumchenko et al., Nat Commun. 2015).  Of significance, alterations associated with DNA repair 
were identified in most early lesions, lending support to the theory that early spatial 
heterogeneity and clonal expansion is integral to tumorigenesis.  Furthermore, characterization 
of progression‐associated muations located in both PMLs and frank adenocarcinoma identified 
these mutations and their derived neoepitopes as being associated with the greatest level of 
CD8+ T‐cell infiltration.  This suggests immune recognition of neoepitopes occurs even at the 
earliest stages of lung adenocarcinoma development, and highlights the potential of 
immunoprevention for lung cancer interception. 
These cancer‐associated molecular alterations have not only been seen in PMLs, but also in 
normal appearing bronchial mucosa.  mRNA analysis of bronchial epithelial cells has identified 
changes in key molecular pathways such as JAK/STAT, DNA damage repair, and mitochondrial 
transport in patients with PMLs compared to those without them (Beane et al., Clin Cancer Res. 
2017). Using RNA sequencing, differential expression of many cancer‐associated genes has 
been observed in both the nasal and bronchial epithelium of patients with invasive NSCLC 
compared to those without invasive cancer (Beane et al., Cancer Prev Res 2011; Perez‐Rogers et 
al., J Natl Cancer Inst 2017).  Based off this differential gene expression, novel diagnostic gene‐
expression arrays have been created that are predictive of lung cancer diagnosis and improve 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
20 
 
diagnostic accuracy when combined with bronchoscopy (Spira et al., Nat Med. 2007; Whitney 
et al., BMC Med Genomics 2015; Silvestri et al., N Engl J Med 2015).   However, little is known 
about how these genomic and molecular alterations evolve in response to cancer treatment.  
This information could prove vital in identifying novel predictive and prognostic biomarkers for 
immunotherapy response.  Furthermore, when combined with information taken from blood 
and pathologic tissue, this data will exponentially increase our mechanistic understanding of 
these paradigm‐shifting therapies. 
5.11   Development of nivolumab 
Nivolumab (BMS‐936558, ONO‐5438, MDX‐1106) is a fully human, IgG4 (kappa) monoclonal 
antibody that binds PD‐1 with high affinity blocking its interactions with its ligands PD‐L1 (B7‐
H1) and PD‐L2 (B7‐DC) and increasing tumor antigen specific T cell proliferation and cytokine 
secretion63. 
Nivolumab is currently FDA‐approved for the treatment of metastatic NSCLC in patients with 
progression on or after platinum‐based chemotherapy and in the first‐line treatment of 
recurrent or metastatic NSCLC in combination with chemotherapy and/or ipilimumab. 
Nivolumab, in combination with ipilimumab, is indicted for the 1L treatment of adult patients 
with metastatic NSCLC whose tumors express PD‐L1 (≥1%) as determined by an FDA‐approved 
test, with no EGFR or ALK genomic tumor aberrations.  Nivolumab, in combination with 
ipilimumab and 2 cycles of platinum‐doublet chemotherapy, is indicated for the 1L treatment of 
adult patients with metastatic or recurrent NSCLC, with no EGFR or ALK genomic tumor 
aberrations. Nivolumab is also indicated for the treatment of patients with metastatic NSCLC 
with progression on or after platinum‐based chemotherapy. Patients with EGFR or ALK genomic 
tumor aberrations should have disease progression on FDA‐approved therapy for these 
aberrations prior to receiving nivolumab. Many  studies are ongoing of nivolumab in 
combination with other agents in the first‐line setting. Nivolumab is also undergoing clinical 
trial evaluation for unresectable stage III NSCLC and as adjuvant therapy for resected NSCLC. . 
In the proposed study, the safety and feasibility of preoperative nivolumab will be assessed as 
well as the impact of preoperative anti‐PD‐1 blockade on anti‐tumor immunity.  
5.12   Clinical experience with nivolumab 
A phase 1 single dose, dose‐escalation study of nivolumab in 39 heavily pretreated patients 
with solid tumors (CA209‐001, NCT00441337) demonstrated good tolerance and signals of 
efficacy11. Patients with advanced NSCLC, melanoma, RCC, metastatic castration‐resistant 
prostate cancer (mCRPC) and metastatic colorectal cancer (CRC) in this study received a single 
IV infusion of nivolumab over 1 hour in escalating cohorts of 0.3, 1, 3 or 10 mg/kg. Restaging 
was performed radiologically at 8 and 12 weeks, and patients with no adverse event (AE) ≥3 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
21 
 
and stable disease or response by RECIST received additional doses of nivolumab at weeks 12 
and 16 followed by further restaging at 3 months. Those with continued clinical benefit could 
receive two more doses, spaced by 4 weeks. Treatment could continue for up to 2 years. 
Nivolumab was in general well‐tolerated with most frequent adverse events being hematologic 
(notably a grade 3 reduction in CD4 count in 17.9% of patients), fatigue and mild 
musculoskeletal symptoms. A maximum tolerated‐dose (MTD) was not reached. 
Immune‐related colitis, well described with CTLA‐4 inhibition, occurred in 1 patient and 
resolved with treatment with infliximab and steroids. 
Grade 2 hypothyroidism and grade 2 polyarthritis were noted in 1 and 2 patients respectively. 
Efficacy was promising with a durable complete response (CR) in a CRC patient, 2 partial 
responses (PRs) in RCC and melanoma patients, and a transient response not meeting PR 
criteria in a NSCLC patient. PD‐L1 (B7‐H1) expression was assessed by immunohistochemistry in 
pretreatment tumor specimens from 9 patients.  Of these, 3 of 4 patients with membranous 
(cell surface) tumor cell expression of PD‐L1 experienced tumor regression; none of 5 patients 
without expression of PD‐L1 experienced a tumor response, suggesting a marker for further 
investigation. Pharmacodynamic analyses suggested that high level occupancy of the PD‐1 
receptor on circulating T cells persisted for up to 85 days after a single dose of nivolumab. 
Safety, efficacy and immune correlative data from a multicenter phase 1b expansion study of 
single agent nivolumab in a multi‐dose regimen were published in 2012 and updated at the 
ASCO Annual Meeting in 20134,77 . Nivolumab was administered as an intravenous infusion 
every 2 weeks of an 8 week treatment cycle, to patients with advanced treatment‐refractory 
NSCLC, melanoma, RCC, CRC or mCRPC. Patients with partial response or stable disease 
received treatment for up to 2 years (12 cycles),  and after 2 years of treatment, patients were 
followed for up to 1 year and offered retreatment for an additional year in the event of disease 
progression. MTD was not reached in this study, and five expansion cohorts of 16 patients each 
were enrolled at the 10mg/kg dose for each tumor type. After initial assessment of activity, 
pharmacokinetics and receptor occupancy, additional expansion cohorts of 16 patients each 
were enrolled for melanoma (0.1, 0.3, 1.0, 3.0mg/kg) NSCLC (squamous and non‐squamous, 
1.0, 3.0, 10.0mg/kg) and RCC (1.0mg/kg). This study enrolled 306 patients between 10/2008 
and 1/2012. The cohort was heavily pretreated with 47% having received ≥3 prior treatments.  
Tolerance in general was good with grade 3 or grade 4 treatment related adverse events (most 
commonly fatigue, diarrhea) noted in 17% of patients. Of particular importance, drug‐related 
pneumonitis occurred in 3% of patients with three (1%) drug‐related deaths associated with 
pneumonitis. Subsequent care in excluding patients with underlying pulmonary inflammatory 
processes, careful monitoring of lung function and routine institution of systemic steroids upon 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
22 
 
altered lung function or radiologic changes appears to have mitigated pneumonitis‐related 
mortality. Objective tumor response or prolonged stabilization of disease was seen in 31% and 
7 % of melanoma patients, respectively; 29% and 27% of kidney cancer patients; and 17% and 
10% of NSCLC patients. In addition, at the time of report several other patients had 
unconventional response patterns consistent with “immune‐related” responses78. No responses 
to nivolumab were noted in patients with CRC or mCRPC. 
In a subgroup of 42 patients for whom PD‐L1 expression in pretreatment tumor biopsy was 
evaluated, 9 of 25 patients responded to nivolumab treatment in the PD‐L1‐positive group 
whereas none of 17 patients with PD‐L1‐negative tumors had a response, suggesting tumor PD‐
L1 expression as a candidate predictive marker for future investigation. However, only 10 
NSCLC patients were included in this evaluation and thus, the consequences of PD‐L1 
expression in lung cancer in the context of therapeutic PD‐1 pathway blockade remain to be 
fully elucidated. 
PD‐1 receptor occupancy was assessed on circulating CD3+ T cells and median receptor 
occupancy was 64 to 70% among the various dose levels. However, the level of PD‐1 occupancy 
among tumor‐infiltrating T cells, an important pharmacodynamic measurement, has never 
been assessed. 
Despite early indications that PD‐L1 may be a biomarker for response to anti‐PD‐1, recently 
reported data using different immunohistochemical assays for PD‐L1 have suggested that some 
patients without PD‐L1 expression on their tumors may indeed still respond to modulation of 
the PD‐1 /PD‐L1 axis79‐81. Many questions remain for this issue, including the quality of biopsy 
sample and the antibody and immunohistochemistry assay used. 
In two phase 3 clinical trials, nivolumab has demonstrated a survival advantage over second line 
chemotherapy with docetaxel in platinum‐pretreated metastatic squamous and non‐squamous 
NSCLC6,7. In both of these studies nivolumab was associated with a lower incidence of both 
grade 3‐4 and any grade toxicity than docetaxel. In the first‐line treatment of metastatic NSCLC, 
nivolumab has also shown promise in a large phase 1 study with an objective response rate 
(ORR) of 23% in patients unselected by PD‐L1 status8. 
Further information on nivolumab is available in the current version of the investigator’s 
brochure. 
5.13 Development of Ipilimumab 
Ipilimumab is a fully human monoclonal IgG1κ that binds to the CTLA‐4 antigen expressed on a 
subset of T cells from human and nonhuman primates. CTLA‐4 is a negative regulator of T‐cell 
activity. Ipilimumab is a monoclonal antibody that binds to CTLA‐4 and blocks the interaction of 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
23 
 
CTLA‐4 with its ligands, CD80/CD86. Blockade of CTLA‐4 has been shown to augment T‐cell 
activation and proliferation, including the activation and proliferation of tumor infiltrating T‐
effector cells. Inhibition of CTLA‐4 signaling can also reduce T‐regulatory cell function, which 
may contribute to a general increase in T‐cell responsiveness, including the anti‐tumor 
response. Ipilimumab is currently approved in combination with nivolumab for first‐line treatment of 
metastatic or recurrent NSCLC. 
5.14 
Clinical Experience with Ipilimumab 
BMS and Medarex (acquired by BMS in Sep‐2009) have co‐sponsored an extensive clinical 
development program for ipilimumab, encompassing more than 19,500 subjects (total number 
of subjects enrolled in ipilimumab studies) in several cancer types in completed and ongoing 
studies, including a compassionate use. The focus of the clinical program is in melanoma, 
prostate cancer, and lung cancer, with advanced melanoma being the most comprehensively 
studied indication. Ipilimumab is being investigated both as monotherapy and in combination 
with other modalities such as chemotherapy, radiation therapy, and other immunotherapies. 
Phase 3 programs are ongoing in melanoma, prostate cancer, and lung cancer. In melanoma, 2 
completed Phase 3 studies (MDX010‐20 and CA184024) have demonstrated a clinically 
meaningful and statistically significant survival benefit in pretreated advanced melanoma and 
previously untreated advanced melanoma with a manageable safety profile, respectively. A 
recent phase 3 study in melanoma demonstrated an improvement in recurrence‐free survivial 
for ipilimumab as adjuvant monotherapy for high‐risk Stage III melanoma (CA184029). 82 In 
addition, a Phase 3 study comparing the safety and efficacy of 3 versus 10 mg/kg ipilimumab 
monotherapy in pretreated or treatment‐naïve subjects with unresectable or metastatic 
melanoma is ongoing (CA184169). 
 
Toxicities and efficacy of ipilimumab both as a single agent and in combination with nivolumab 
and other agents are detailed in the current version of the ipilimumab investigator’s brochure.  
5.15  
Rationale for Peri‐operative Systemic Immunotherapy in NSCLC 
Several studies have shown preoperative cytotoxic chemotherapy to be safe prior to surgical 
resection of NSCLC with no difference in extent of surgical procedures performed, operative 
morbidity and mortality60‐62. Immune checkpoint inhibition has the potential to provide benefits 
in early stage disease and the anti‐CTLA‐4 antibody, ipilimumab, is currently in phase III trial 
investigation in the adjuvant setting for melanoma82. Patients with early stage bladder cancer 
have been treated with preoperative ipilimumab in a phase I study which utilized a similar 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
24 
 
dosing schedule and design to our study86. Preoperative ipilimumab was found to have a 
tolerable safety profile without an increase in perioperative complications after 1 or 2 doses of 
preoperative therapy. Valuable information on the immunological effects of ipilimumab was 
gleaned from studying the resected bladder tumors in these patients86. 
Subjects with advanced stages of disease on immunotherapy trials rarely undergo surgical biopsies or 
procedures; therefore, there have been limitations in accessing sufficient tumor tissues for 
phenotypic and functional immunologic studies. Laboratory studies from these prior trials 
focused primarily on assessing immune responses in peripheral blood and expression of PD‐L1 
in archived pretreatment tumor specimens; however, these studies have not yet led to the 
identification of immunologic markers that clearly predict clinical outcomes and could guide 
future investigation of immune checkpoint inhibition in NSCLC. The primary aim of our study is 
to establish the safety and feasibility of using neoadjuvant immunotherapy in the preoperative 
setting for resectable stage IB, II and IIIA NSCLC. Data obtained from this study will facilitate 
potential further investigation of immunotherapy as a possible therapy in early stage NSCLC by 
establishing safety and feasibility, and will also provide a comprehensive data set on the 
immune response to immunotherapy in serial peripheral blood samples and tumor and biopsies 
obtained pre/post treatment.  Because the patient population to be included in this trial has a 
high risk of tumor relapse, it is possible that a large effect of neoadjuvant immunotherapy on 
relapse rate may be observed, this would provide further impetus for future randomized 
studies evaluating the efficacy of neoadjuvant immunotherapy. 
In the initial portion of this study, treatment with two doses of of nivolumab 3mg/kg IV at 4 and 
2 weeks prior surgical resection was demonstrated to be safe and feasible in 21 patients with 
no treatment‐related delays to surgery.  One patient experienced an SAE, which was assessed 
by the investigator as being possibly related to nivolumab therapy.  This patient proceeded to 
surgery after a single dose of nivolumab and the rest of his course was uncomplicated.  Twenty 
patients went on to complete resection and this regimen resulted in high pathologic response 
rates with MPR of 45% and pCR of 10%.  Data from this portion of the study were published in 
the New England Journal of Medicine in 2018 [Forde 2018]103.   
Based on these initial results, two further arms were added to the protocol to evaluate the 
safety and feasibility of a longer course of neoadjuvant nivolumab therapy (3 doses of 240 mg 
over 6 weeks prior to surgery) and the combination of nivolumab with ipilimumab in the 
neoadjuvant setting.  In expansion Arm A, we explored the combination of ipilimumab and 
nivolumab.  While this combination was safe and feasible per protocol, there did not appear to 
be evidence of additional efficiacy compared to nivolumab alone and the arm was closed early.  
Data for this arm were published recently in the journal of Immunotherpy for cancer [Reuss et 
al. JITC 2020]96.  At the time of this amendment, Arm B (nivolumab alone for three doses 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
25 
 
preoperatively) has accrued 13 of a planned 15 patients who underwent full resection.  
Following accrual to Arm B, we plan to proceed to Arm C which will explore the combination of 
nivolumab and chemotherapy. 
Rationale for combination nivolumab and chemotherapy in NSCLC 
The combination of traditional chemotherapy and immunotherapy has demonstrated synergy 
in NSCLC in phase III studies of metastatic disease.  KEYNOTE‐189 confirmed prior phase 2 trial 
KEYNOTE 021 demonstrating higher rates of response and longer progression‐free survival with 
chemotherapy plus pembrolizumab compared to chemotherapy alone [Gandhi et al, Awad et 
al.]97,98.  This randomized, placebo‐controlled study of 616 patients demonstrated one year OS 
of 69% in the combination arm compared to 49% in the chemotherapy only arm (p<0.001).  The 
benefit of adding pembrolizumab was seen across all tumor PD‐L1 expression groups (<1%, 1‐
49%, >=50%).  Two trials, IMpower130 and IMpower150, demonstrated that the addition of 
atezolizumab to carboplatin and paclitaxel (plus bevacizumab in IMpower150), resulted in 
improved progression free and overall survival in first line treatment of metastatic non‐
squamous NSCLC [West et al, Socinski et al]99,100.  Most recently, CheckMate 9LA studied the 
combination of chemotherapy plus nivolumab and ipilimumab versus chemotherapy alone in 
719 patients with untreated metastatic NSCLC [Reck et al NEJM 2018]101.  This trial showed 
longer median overall survival of 15.6 vs 10.9 months with the addition of dual immunotherapy.  
Notably, the treatment discontinuation rate due to toxicity in the combination immunotherapy 
arm was 24%, far exceeding the rates of toxicity with single agent immunotherapy.  Based on 
these trials, pembrolizumab, atezolizumab, and nivolumab/ipilimumab are recommended in 
combination with platinum‐doublet chemotherapy as first line treatment for patients with 
metastatic disease without a targetable driver mutation. 
The success of combination chemotherapy‐immunotherapy in advanced disease has spurred 
interest in this combination in patients with resectable NSCLC, and some early phase studies 
have shown promising responses.  In the phase II NADIM study 46 patients with resectable 
stage IIIA NSCLC received neoadjuvant nivolumab, carboplatin and paclitaxel, and 41 had 
complete surgical resection, demonstrating the feasibility of this approach [Provencio et al 
Lancet Oncol 2020]102.  Furthermore, they reported impressive response rates of MPR of 85% 
and pCR of 61%.  These results are striking compared to high response rates with neoadjuvant 
nivolumab alone in Arm B, with MPR of 45% and pCR of 10% [Forde et al NEJM 2018] 103 or 
historical response rates with chemotherapy alone of MPR 20% and pCR <5% [Hellmann 
2014]105.  Another recent phase 2 trial treated 30 patients with resectable NSCLC with 
atezolizumab, carboplatin, and nab‐paclitaxel for up to four cycles [Shu et al Lancet Oncol 2020] 
104.  This approach yielded MPR in 57% of patients and pCR in 33%.  These findings suggest that 
nivolumab plus platinum doublet chemotherapy, may improve both survival and pathologic 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
26 
 
response relative to platinum doublet chemotherapy and nivolumab alone, while providing an 
acceptable safety profile in the neoadjuvant treatment of NSCLC. 
Finally, the mechanisms underlying chemo‐immunotherapy synergy and biomarkers to predict 
response have yet to be elucidated and will have clinical application across nearly all stages of 
NSCLC.  In addition to the known cytotoxic effects of chemotherapy, there is growing evidence 
that traditional chemotherapy reduces tumor immune evasion through multiple pathways and 
putative mechanisms, including promoting tumor antigen delivery to antigen‐presenting cells as 
well as modulation of tumor‐infiltrating T cells, T regulatory cells, and myeloid derived 
suppressor cells.  The addition of Arm C will help characterize the functional immune response 
to PD‐1 blockade with and without chemotherapy at the cellular and molecular level. 
 
Rationale for Dosing and Schedule 
The planned schedule in arm B of 3 preoperative doses of nivolumab, flat dose 240mg, given 
once every 2 weeks (+/‐ 3 days) with surgery scheduled for approximately 2 weeks after the 
third dose. The rationale for flat dosing is noted below.. The duration of preoperative treatment 
of approximately 4 weeks was initially chosen as a short time period unlikely to allow significant 
progression of disease which might preclude complete surgical resection. Given the excellent 
tolerability and signals of antitumor efficacy of the initial regimen, an  amendment to this 
protocol explores longer durations of nivolumab treatment (arm B), which may lead to greater 
pathologic response, and also the addition of a single dose of ipilimumab in combination with 
nivolumab (Arm A). The combination of ipilimumab (1mg/kg) given every 6 weeks and 
nivolumab 3mg/kg given every 2 weeks has been shown to be safe and associated with a 
promising ORR in early phase clinical trials in NSCLC and other solid tumors. This combination 
therapy is being actively evaluated in phase 3 clinical trials in advanced NSCLC hence the 
interest in developing this regimen for early stage disease.  Due to incomplete accrual and the 
closing of the nivolumab + ipilimumab in a phase III neoadjuvant study in NSCLC, the current 
amendment to this protocol has resulted in closing the nivolumab + ipilimumab arm prior to 
complete accrual and advancing to the 3 preoperative doses of nivolumab arm (Arm B).  
Flat (standardized) dosing of nivolumab: 
Nivolumab monotherapy has been extensively studied in a number of tumor types including 
NSCLC, MEL, RCC, and CRC with body weight normalized dosing (mg/kg). Nivolumab 
pharmacokinetics (PK) and exposures of subjects in these studies have been characterized by 
population pharmacokinetic (PPK) analysis of data collected in these studies, together with PK 
data from several phase 1, 2, and 3 clinical studies of nivolumab monotherapy in solid tumors. 
Population PK (PPK) analyses have shown that the PK of nivolumab are linear, with dose 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
27 
 
proportional exposures over a dose range of 0.1 mg/kg to 10 mg/kg, and are similar across 
tumor types. Nivolumab clearance and volume of distribution were found to increase with 
increasing body weight, but the increase was less than proportional, indicating that a mg/kg 
dose represents an over‐adjustment for the effect of body weight on nivolumab PK. Given the 
relationship between nivolumab PK and body weight, a flat dose is expected to lead to lower 
exposures in heavier patients, relative to the exposures in lighter patients.  
Using the PPK model, nivolumab steady‐state trough, peak and time‐averaged concentration 
(Cminss, Cmaxss, and Cavgss, respectively) were predicted for a flat nivolumab dose of 240 mg 
Q2W and compared to those following administration of 3 mg/kg Q2W in NSCLC subjects. A 
dose of 240 mg nivolumab is identical to a dose of 3 mg/kg for subjects weighing 80 kg, which is 
the approximate median body weight of NSCLC subjects in the 3 Phase 2 and 3 BMS clinical 
studies of nivolumab monotherapy. The geometric mean values of Cminss, Cmaxss, and Cavgss 
with flat dosing are slightly (< 15%) higher than that produced by a 3 mg/kg dose, and the 
coefficient of variation (cv%) in these measures of exposure are only slightly (< 10%) greater 
than that of 3 mg/kg dosing. 
Across the various tumor types in the BMS clinical program, nivolumab has been shown to be 
be safe and well tolerated up to a dose level of 10 mg/kg, and the relationship between 
nivolumab exposure produced by 3 mg/kg and efficacy has been found to be relatively flat. 
Taken together, the PK, safety, and efficacy data indicate that the safety and efficacy profile of 
240 mg nivolumab will be similar to that of 3 mg/kg nivolumab. 
Thus a flat dose of 240 mg every 2 weeks is recommended for investigation in arm B of this 
study. 
Dosing and schedule for concurrent nivolumab and chemotherapy (Arm C) 
The proposed Arm C dosing regimen and schedule of nivolumab 360 mg, carboplatin AUC 5 or 
6, paclitaxel 175 or 200 m/m2 every 21 days (+/‐ 3 days) for three doses is based on extensive 
clinical use of these agents.   
Safety of nivolumab in combination with platinum doublet chemotherapy was explored in the 
multichohort phase 1 study CheckMate 012, including 56 chemotherapy‐naïve patients with 
advanced NSCLC treated with concurrent nivolumab (5 or 10 mg/kg) and platinum‐doublet 
chemotherapy every 21 days for four cycles, including carboplatin‐paclitaxel, gemcitabine‐
cisplatin, and pemetrexed‐cisplatin [Rizvi JCO 2016].  Twenty‐five of 56 patients (45%) reported 
serious adverse events including 7% with grade 3‐4 pneumonitis (n=4).  The safety profile of this 
combination reflected additive toxicities of the individual agents, which were manageable using 
established safety guidelines.  No dose limiting toxicities were observed during the first 6 weeks 
of treatment.  The frequency of most immune‐related select AEs was higher for the 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
28 
 
combination than what has been observed for nivolumab monotherapy. However, these 
treatment‐related AEs, including pneumonitis, were effectively managed and did not lead to 
any deaths. The overall response rate across all the nivolumab and chemotherapy cohorts 
ranged from 33‐47% and median duration of response was 27.3 weeks. In the 15 participants 
that received nivolumab 10 mg/kg plus pemetrexed and cisplatin, 47% achieved a PR or CR. In 
the 12 participants that received nivolumab 10 mg/kg plus gemcitabine and cisplatin, 33% 
achieved a CR or PR.  In the 15 participants that received nivolumab 10 mg/kg plus paclitaxel 
and carboplatin, 47% achieved a PR or CR.  In the 14 participants that received nivolumab 5 
mg/kg plus paclitaxel and carboplatin, 43% achieved a PR or CR.  The 1‐year survival rate was 
87%.   
Subsequent studies utilized flat‐dosing of nivolumab with chemotherapy, for example 
Checkmate 227 included an arm with patients receiving nivolumab 360 mg with platinum‐
doublet chemotherapy every 21 days in patients with <1% PD‐L1 expression [Borghei ASCO 
2018].  In this study PFS was improved with nivolumab plus chemotherapy vs chemotherapy 
(mPFS: 5.6m vs 4.7m; HR=0.74 [95% CI: 0.58 to 0.94]). ORR was 36.7% in nivolumab plus 
chemotherapy arm, 23.1% in chemotherapy arm, and 25.1% in nivolumab plus ipilimumab arm. 
The rate of grade 3 or 4 treatment‐related adverse events was 52% with nivolumab plus 
chemotherapy, 35% with chemotherapy, and 25% with nivolumab plus ipilimumab, overall, for 
nivolumab plus chemotherapy, the safety profile and efficacy are consistent with previously 
reported data as well as data from other PD‐(L)1 blockades in combination with chemotherapy. 
More recently, in the phase II NADIM study, 46 patients with stage IIIA received the same 
proposed regimen of nivolumab 360 mg, carboplatin AUC 6, and paclitaxel 200 mg/m2 every 
three weeks [Provencio 2019] 102.  In this neoadjuvant population, no patients withdrew from 
the study prior to surgery due to toxicity or progression, and they recorded a grade 3‐5 adverse 
event rate of 15%.  Similarly, in a phase II trial of atezolizumab 1200 mg and carboplatin AUC 5 
every three weeks with paclitaxel 100 mg/m2 weekly, three of 30 patients (10%) reported a 
serious treatment‐related adverse event [Shu 2020] 104.  Together, the experience with 
combined chemotherapy and immunotherapy demonstrates acceptable safety profile. 
Rationale for nivolumab flat dosing is described previously in this section. A flat dose of 360 mg 
every 3 weeks is expected to produce the equivalent average exposure to 3 mg/kg every 2 
weeks at the median body weight of ~80 kg in nivolumab‐treated subjects.  Given the longer 
dosing interval in Arm C, dose delays for nivolumab will be permitted according to criteria in 
Section 7.6.2.1. 
The choice of carboplatin and paclitaxel as the chemotherapy backbone for both squamous and 
non‐squamous histologies is based on the promising data of using this doublet as backbone to 
combine with nivolumab in neoadjuvant therapy [Provencio]102. Meta‐analysis of individual 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
29 
 
participant data from neoadjuvant trials did not identify evidence of a difference in effect of 
chemotherapy by whether regimens were cisplatin or carboplatin‐based (interaction p=0.48) 
[Meta‐analysis 2014‐58].  The carboplatin‐paclitaxel chemotherapy regimen every 21 days has a 
well‐described safety profile, characterized by myelosuppression, peripheral neuropathy, 
nausea/vomiting, and infusion‐reactions.  
 
Rationale for Main Inclusion and Exclusion Criteria 
The choice of resectable stage IB, II and IIIA NSCLC was made as these patients have a high risk 
of tumor relapse and death with current standard therapy, including surgery with preoperative 
or postoperative chemotherapy. There is an urgent need for improved, novel therapies in this 
group of patients. Patients with stage IB NSCLC have been included as these patients are also at 
high risk of tumor relapse and may be considered candidates for standard adjuvant 
chemotherapy53, 5457,58.  
This study initially included patients with primary tumors greater than 4cm in diameter and did 
not include patients with resectable stage IIIA NSCLC if they had N2 nodal involvement. Data 
from phase 3 clinical trials of nivolumab versus standard of care docetaxel chemotherapy 
reported subsequent to this trial commencing accrual, have demonstrated a significant survival 
advantage for nivolumab over chemotherapy in platinum‐pretreated advanced squamous and 
non‐squamous NSCLC59,60. In addition, there was approximately a 5 fold reduction in grade 3‐4 
toxicity with nivolumab compared with docetaxel. These data have led to the approval by the 
FDA of nivolumab for the treatment of patients with platinum‐pretreated metastatic NSCLC. 
We have also now refined the immunologic analyses (proposed in the exploratory aims of this 
study) and are confident we can perform them successfully on smaller primary tumors (≥2cm 
diameter). Discussions with our co‐investigators and colleagues at MSKCC have also led to a 
consensus to include patients with stage IIIA N2 node positive patients that are deemed 
resectable at the time of diagnosis in this study.  Given these new positive data and in 
conjunction with our thoracic surgical, radiation oncology and medical oncology colleagues at 
JHU and MSKCC, we have expanded eligibility for this study to include resectable stage IB, II and 
IIIA NSCLC.   
It is anticipated that the majority of patients enrolled on this study will require adjuvant 
platinum‐based chemotherapy. This will commence, if deemed clinically indicated in the 
postoperative period, according to standard schedules.  
Patients who were assessed clinically by their surgeon as possibly requiring a pneumonectomy 
to obtain complete surgical resection of their primary tumor were initially excluded from this 
study, as these patients have a significantly higher risk of postoperative complications including 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
30 
 
respiratory distress. Given the good tolerability of the regimen in patients enrolled to date, it is 
now the consensus of surgical, medical oncology and radiation oncology colleagues at JHU and 
MSKCC to include patients who may require pneumonectomy in this study. This will allow the 
population enrolled to reflect a real‐life cohort of patients with NSCLC rather than a select 
group.  
6.      Patient Population 
6.1       Subjects 
6.1.1 Inclusion Criteria 
6.1.1.1 Men and women aged ≥ 18 years old. 
6.1.1.2 Histologically proven non‐small‐cell lung cancer (core biopsy required). 
 Squamous or non‐squamous histology.  
 Diagnostic core biopsy specimens must be reviewed by a faculty pathologist at 
SKCCC, McGill, SCI, or MSKCC.  
 Either a formalin fixed paraffin block that has been confirmed by a pathologist to 
contain tumor or a minimum of twenty  5‐micron tissue sections (slides) of tumor 
biopsy sample must be available for biomarker evaluation (study pathologist must 
review for adequacy of sampling). This can be obtained from archived tissues if 
adequate, or from a new biopsy as needed. (For details of handling of new tissue 
biopsies, please refer to the lab manual). 
 
6.1.1.3 Stage ‐ NSCLC with primary resection option for potential cure, as assessed by a faculty 
surgeon at SKCCC, McGill, SCI, or MSKCC.  This may include clinical stage IB (≥4cm), II and 
IIIA(see Appendix A). Subjects with N3 nodal involvement are not included. 
 
6.1.1.4 For patients enrolled at Johns Hopkins only, a bronchoscopy will be required after 
consent (prior to initiation of treatment) 
6.1.1.5 ECOG performance status 0‐1 (see Appendix B).  
6.1.1.6 Adequate organ function as follows: 
 Leukocytes ≥ 2,000/mm3 
 Absolute neutrophil count (ANC) ≥ 1000/mm3 
 Platelet count ≥ 100,000/mm3 
 Hemoglobin ≥ 9 g/dL 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
31 
 
 Creatinine  ≤  1.5  x  ULN  or  creatinine  clearance  (CrCl)  ≥40  mL/min  (if  using  the 
Cockcroft‐Gault formula below): 
Female CrCl = (140 - age in years) x weight in kg x 0.85 
                           72 x serum creatinine in mg/dL 
 
Male CrCl = (140 - age in years) x weight in kg x 1.00  
                            72 x serum creatinine in mg/dL 
 
 
Total Bilirubin ≤ 1.5 x ULN (except subjects with Gilbert Syndrome, who can have 
total bilirubin < 3.0 mg/dL)  
 AST(SGOT),  ALT(SGPT),  and  alkaline  phosphatase  ≤  3  times  the  upper  limit  of 
normal  
 Subjects must have adequate lung function to permit surgical resection determined 
by pre‐enrollment pulmonary function tests to include DLCO 
 
6.1.1.7 The effects of nivolumab on the developing human fetus are unknown.  Paclitaxel and 
carboplatin are pregnancy category D.  For this reason, women of child‐bearing 
potential (WOCBP) and men must agree to use adequate contraception (hormonal or 
barrier method of birth control; abstinence) prior to study entry and for the duration of 
study participation and for up to 23 weeks after the last dose of nivolumab and/or 
chemotherapy.  Should a woman become pregnant or suspect she is pregnant while she 
or her partner is participating in this study, she should inform her treating physician 
immediately.   Sexually active fertile men must use effective barrier birth control if their 
partners are WOCBP for up to 31 weeks after the last dose of nivolumab. WOCBP must 
have a negative serum or urine pregnancy test (minimum sensitivity 25 IU/L or 
equivalent units of HCG) within two weeks of registration. Women must not be 
breastfeeding.  
 
6.1.1.8 Patient understands the study regimen, its requirements, risks and discomforts and is 
able and willing to sign the informed consent form. Voluntary signed and dated IRB/IEC 
approved written informed consent form in accordance with regulatory and institutional 
guidelines must be obtained before the performance of any protocol related procedures 
that are not part of normal patient care. Subjects must be competent to report AEs, 
understand the drug dosing schedule and use of medications to control AEs. 
 
6.1.2 Exclusion Criteria 
6.1.2.1 Subjects are excluded if they have an active, known or suspected autoimmune disease. 
Subjects are permitted to enroll if they have vitiligo, type I diabetes mellitus, residual 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
32 
 
hypothyroidism due to autoimmune condition only requiring hormone replacement, 
psoriasis not requiring systemic treatment, or conditions not expected to recur in the 
absence of an external trigger. 
6.1.2.2 Subjects are excluded if they have a condition requiring systemic treatment with either 
corticosteroids (> 10 mg daily prednisone equivalents) or other immunosuppressive 
medications within 14 days of study drug administration. Inhaled or topical steroids and 
adrenal replacement doses > 10 mg daily prednisone equivalents are permitted in the 
absence of active autoimmune disease. As there is potential for hepatic toxicity with 
nivolumab or nivolumab/ipilimumab combinations, drugs with a predisposition to 
hepatoxicity should be used with caution in patients treated with nivolumab‐containing 
regimen. 
 
6.1.2.3 Administration of chemotherapy or any other cancer therapy in the pre‐operative 
period other than that indicated by treatment Arm C. 
 
6.1.2.4 Subjects with active concurrent malignancies are excluded i.e. cancers other than NSCLC 
(except non melanoma skin cancers, in situ bladder, gastric, breast, colon or cervical 
cancers/dysplasia). 
 
6.1.2.5 Subjects with brain metastasis are excluded from this study, and all patients should have 
brain imaging (either MRI brain or CT brain with contrast) prior to enrollment. 
 
6.1.2.6 Subjects with a history of symptomatic interstitial lung disease.  
 
6.1.2.7 Active systemic infection requiring therapy, positive tests for Hepatitis B surface  
             antigen or Hepatitis C Antibody.  
 
6.1.2.8 Known positive history or positive test for Human Immunodeficiency Virus or  
Acquired ImmunoDeficiency Syndrome (AIDS). 
 
6.1.2.9 History of allergy to study drug components. 
 
6.1.2.10 
Women who are pregnant or nursing. 
 
6.1.2.11 
Men with female partners (WOCBP) that are not willing to use contraception.  
 
6.1.2.12 
Prior therapy with an anti‐PD‐1, anti‐PD‐L1, anti‐PDL‐2, or anti‐CTLA‐4 antibody 
(or any other antibody targeting T cell co‐regulatory pathways). 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
33 
 
 
6.1.2.13 
Underlying medical conditions that, in the Investigator’s opinion, will make the 
administration of study drug hazardous or obscure the interpretation of toxicity 
or adverse events. 
6.1.2.16 Prisoners or subjects who are involuntarily incarcerated or compulsorily detained for 
treatment of either a psychiatric or physical (e.g. infectious disease) illness. 
 
6.1.2.17             History of allergy or hypersensitivity to study drug components. 
 
6.1.2.18 
 > Grade 2 peripheral neuropathy (Arm C only) 
 
6.2   
Inclusion of Genders and Minorities 
Individuals of all races and ethnic groups are eligible for this trial. There is no bias towards age, 
gender or race in the clinical trial outlined. This trial is open to the accrual of men and women 
who meet the inclusion/exclusion criteria outlined. 
7. Overview of Study Design and Treatment Plan  
7.1    Recruitment 
Patients will be recruited through the thoracic oncology clinics at Sidney Kimmel Comprehensive 
Cancer  Center  at  Johns  Hopkins  (SKCCC),  McGill  University  Health  Center  (McGill),  Swedish 
Cancer Institute (SCI), and at Memorial Sloan‐Kettering Cancer Center (MSKCC).  Each enrolled 
subject will be assigned a participant sequential subject number at the time of consent e.g., 1‐
001, 1‐002, etc.  
7.2    Determination of Eligibility 
After eligibility is established, the study staff will register participants. The following are required 
to be submitted for successful registration: 
 
 Registration forms 
 Copy of subject consent 
 If an archival tumor sample is being used to satisfy eligibility then it should be evaluated 
by a study pathologist to confirm it meets the study requirements (see section 7.4.2) prior 
to the patient commencing therapy. 
 Copies of the following documents:   
- 
Diagnostic pathology report(s) 
- 
PET/CT scan report, MRI brain or CT brain with contrast report 
- 
Laboratory reports including:  

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
34 
 
o Complete  blood  count  (CBC)  with  differential  (including  absolute 
lymphocyte count) and direct platelet count.  
o Chemistry: Albumin, SGOT (AST), SGPT (ALT), Bilirubin (direct and total), 
Calcium, Creatinine, Glucose, Total protein, Urea nitrogen, Electrolytes 
(including sodium, potassium, chloride and bicarbonate). 
o Baseline  thyroid  immune  safety  assay:  Thyroid  Stimulating  Hormone 
(TSH). Abnormal endocrine results should be followed up per standard 
of care, and may require an endocrine consult and additional testing. 
- 
Other documents, if requested. 
 
Study treatment cannot begin until the patient is registered and randomized to either Arm A 
(nivolumab + ipilimumab) or Arm B (nivolumab). At the time of the current amendment, Arm B is 
completing  enrollment.    All  subsequent  additional  patients  will  enroll  on  Arm  C  (nivolumab  + 
chemotherapy). 
 
Subjects who sign a consent form but do not initiate protocol treatment for any reason (e.g., 
subjects who are screen failures), and patients who do not undergo surgical resection will be 
replaced and will not count towards our accrual goal. 
 
7.3   
Study Design and Toxicity Assessments 
This is a two arm study that will be conducted at SKCCC , SCI, McGill, and MSKCC.  
7.3.1 Screening ‐ Eligible subjects will be consented to receive the investigational treatments 
(nivolumab +/‐ ipilimumab or nivolumab + chemotherapy).  The initial planned study 
sample size for the protocol was to consist of 15 patients in each Arm A and B.  Arm A 
was closed prior to complete accrual.  Arm B and Arm C will sequentially accrue 15 
resected patients to each arm.  The staff at the treating center (SKCCC , McGill, SCI, or 
MSKCC) will arrange drug supply and treatment.  Nivolumab and ipilimumab  will be 
supplied by Bristol‐Myers Squibb Pharmaceuticals. Carboplatin and paclitaxel are 
standard of care treatment for resectable NSCLC. 
 
7.3.2 Treatment and collection of biological specimens—For Arm A 15 patients with 
resectable stage IB(≥4cm), II or IIIA NSCLC (squamous and non‐squamous) were planned 
to be enrolled and  receive preoperative nivolumab, 3mg/kg IV, on Day ‐42, ‐28 and Day 
‐14 (+/‐ two days for each timepoint) + ipilimumab 1mg/kg IV on Day ‐42 prior to 
planned surgery on Day 0 (to allow for scheduling surgery may take place between Day ‐
3 and Day +10).  See section 9 for details on nivolumab and ipilimumab administration. 
A prior amendment to the protocol moved forward with enrollment of Arm B prior to 
completion of accrual to Arm A. For Arm B, 15 patients with resectable stage IB (≥4cm), 
II or IIIA NSCLC will be enrolled and receive nivolumab 240mg IV on Day ‐42, ‐28 and ‐14 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
35 
 
(+/‐ 2 days for each timepoint) prior to planned surgery on Day 0 (to allow for 
scheduling delays surgery may take place between Day ‐3 and Day +10).   
For Arm C, 15 patients with resectable stage IB, II or IIIA NSCLC will be enrolled and 
receive nivolumab at a flat dose of 360 mg as 30‐minute IV infusion on Day 1, followed 
by paclitaxel 175 or 200 mg/m2 IV over 180 minutes or per institutional standard and 
carboplatin AUC 5 or 6 IV over 30 minutes or per institutional standard of a 3‐week 
treatment cycle, for up to 3 cycles.  When study drugs (nivolumab and chemotherapy) 
are to be administered on the same day, nivolumab is to be administered first. 
Nivolumab infusion must be promptly followed by a saline flush to clear the line of 
nivolumab before starting the chemotherapy infusion. The time in between infusion of 
nivolumab and chemotherapy is expected to be approximately 30 minutes but may be 
more or less depending on the situation.  Participants in Arm C may be dosed no less 
than 18 days between treatments.  Surgery will be completed on Day 0, within 6 weeks 
after the final dose of neoadjuvant systemic therapy.   
 
Serial peripheral blood samples for exploratory analyses will be collected prior to each 
dose of study drug(s), once within the 3 days prior to surgery, and at 3‐6 weeks after 
surgery. To explore gut microbial correlates of response to neoadjuvant nivolumab +/‐ 
ipilimumab,  stool samples will be collected at baseline (within 48h of D ‐42), prior to 
surgery (D ‐3 to Day 0), and follow‐up visits. Subjects will also be asked to fill out a 
medical and dietary questionnaire at these times that will be used to assess whether 
antibiotic use or dietary patterns correlate with features of the gut microbiome.  
 
Postoperatively subjects will receive standard of care treatment and will be followed 
every 3‐6 months with clinic visits and research blood draws. Preoperative core biopsies 
of the primary tumor, and optional preoperative mediastinal lymph node biopsies, will 
be obtained.  Archived (if sufficient tissue is available) or new tissue specimens will fulfill 
these criteria. Patients will have a PET/CT scan during the 7 days prior to surgery to 
assess response to treatment.   
 
7.3.3 Toxicity assessments (Arms A & B)  – Safety will be monitored continuously by the study 
investigators for all patients through day 100 following the last dose of study drug. The 
initial six patients to be enrolled in Arm A (ipilimumab + nivolumab) will be monitored 
continually through day 100 following the last dose of study drug (or day 30 post 
surgery, whichever is longer).  Safety will be monitored on a continuous basis by the 
study investigators. A detailed statistical analysis plan for safety and feasibility is 
contained in section 14 of this protocol.   
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
36 
 
Dose Delays due to Toxicity – No dose delays due to toxicity will be permitted for 
patients enrolled on Arms A and B of this study. For example, if patients, after receiving 
the first dose of nivolumab (Day ‐42) are unable to receive the second dose on Day ‐28 
(+/‐2 days) due to treatment‐related toxicity, they will be discontinued from study drug 
and will proceed to surgery after standard preoperative evaluation. Prior to surgery, any 
treatment‐related toxicity should have resolved to ≤grade 1.  
 
General Management Algorithms for potential nivolumab (and/or ipilimumab)‐related 
toxicities are contained in Appendix D of this protocol and in the Investigators 
Brochure. 
 
7.3.4 Dose‐Limiting toxicity (DLT)  (Arms A & B) is defined as any of the items listed below that 
occur through day 100 following the last dose of nivolumab (+/‐ ipilimumab) (or day 30 
post surgery, whichever is longer). 
Any patient in Arm A  &B who experiences a DLT will be permanently discontinued from 
treatment and will proceed to surgery after standard preoperative evaluation by a 
surgeon and anesthesiologist. Prior to surgery any treatment‐related toxicity should 
have resolved to ≤grade 1. 
 Any ≥ Grade 2 drug‐related pneumonitis or interstitial lung disease that 
does not resolve to Grade 0 or 1 within 2 weeks with systemic steroids. 
The management algorithm for pneumonitis or pulmonary toxicity can be 
found in the appendix of current Investigator Brochure for nivolumab   
 Any ≥ Grade 2 drug‐related uveitis or eye pain that does not respond to 
topical therapy and does not improve to Grade 1 severity within the re‐
treatment period OR requires systemic treatment. If uveitis occurs during 
nivolumab treatment, workup and treatment should follow the 
nivolumab uveitis toxicity treatment algorithm located in the appendix of 
the nivolumab Investigators Brochure. 
 Any Grade 3 non‐skin drug‐related adverse event lasting ≥ 7 days with 
the exception of asymptomatic laboratory abnormalities.  
 Grade 3 drug‐related bronchospasm, allergic reaction, or infusion‐related 
reaction will be recorded and treated as per the guidelines in 7.4.3; 
however, it will not count as a dose‐limiting toxicity for study purposes. 
 Any Grade 3 drug‐related diarrhea that does not respond to dose delay 
and the use of systemic steroids within 2 weeks. If diarrhea occurs during 
nivolumab treatment, workup and treatment should follow the 
nivolumab diarrhea toxicity treatment algorithm located in the appendix 
of the nivolumab Investigators Brochure. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
37 
 
 Any Grade 4 drug‐related adverse event, including laboratory 
abnormalities apart from isolated Grade 4 electrolyte 
imbalances/abnormalities that are not associated with clinical sequelae 
and are corrected with appropriate management within 72 hours of their 
onset.  
 Any of the following drug‐related hepatic function laboratory 
abnormalities or potential Drug Induced Liver Injury (DILI): 
− AST or ALT > 5‐10x ULN for > 2 weeks 
− AST or ALT >10x ULN 
− Total bilirubin > 5 x ULN 
− Concurrent AST or ALT >3 x ULN and total bilirubin >2 x ULN 
 If suspected DILI occurs, workup and treatment should follow the 
nivolumab DILI treatment algorithm located in the appendix of the 
nivolumab Investigators Brochure. 
 Any other toxicity which is assessed by the principal investigator as 
having directly led to a delay in surgical resection more than 40 days past 
the planned Day 0.  
 Failure to complete all protocol specified treatment doses due to toxicity 
(at the discretion of the PI). 
 Note ‐ Adverse events of special interest are nivolumab‐related events 
with potential immune‐mediated causalities. For example, this may 
include cutaneous toxicities, colitis, liver function abnormalities (AST, 
ALT, total bilirubin, alkaline phosphatase), endocrine abnormalities 
(hyperthyroidism, hypothyroidism, hypophysitis and secondary adrenal 
insufficiency), interstitial pneumonitis and nephritis. These events will be 
noted. However, it may not constitute DLT’s unless they fulfill the 
previously outlined DLT criteria in section 7.3.3 above 
 
7.3.5 Toxicity Assessment for Arm C:  Nivolumab + Carboplatin/Paclitaxel 
No dose modifications for nivolumab flat dose are permitted, but dose can be delayed or discontinued 
for patients in Arm C based on criteria in Section 7.6.2.1.  Doses of paclitaxel and/or carboplatin 
may be modified, delayed, or discontinued depending on how well the participant tolerates 
the treatment. Dose modifications for chemotherapy toxicity will be performed according to 
Section 7.6.2.2. Dose delay criteria for chemotherapy can be found in Section 7.6.2.3, and 
discontinuation criteria can be found in Section 7.6.2.4. Criteria to resume chemotherapy can 
be found in Section 7.6.2.5.   

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
38 
 
Dosing of all drugs should be delayed if any criteria in Section 7.4.2.1 (nivolumab) or Section 
7.6.2.3 (platinum doublet chemotherapy) are met. That is, nivolumab should be delayed if 
criteria for delay of platinum doublet chemotherapy are met, and platinum doublet 
chemotherapy should be delayed if criteria for delay of nivolumab are met. 
7.3.5.1 Nivolumab toxicity guidelines for Arm C 
Nivolumab dose modifications: Treatments will be delayed or discontinued as below. 
Nivolumab dose delays: Administration should be delayed for the following: 
 
Grade 2 non‐skin, drug‐related adverse event, with the exception of fatigue 
 
Grade 2 drug‐related creatinine, AST, ALT and/or Total Bilirubin abnormalities 
 
Grade 3 skin, drug‐related adverse event 
 
Grade 3 drug‐related laboratory abnormality, with the following exceptions: 
- 
Grade 3 lymphopenia or asymptomatic amylase or lipase does not require dose delay 
- 
Grade ≥ 3 AST, ALT, Total Bilirubin will require dose discontinuation (see Section 
7.6.1.2) 
 
Any adverse event, laboratory abnormality, or intercurrent illness which, in the judgment 
of the investigator, warrants delaying the dose of study medication. 
Participants who require delay of nivolumab should be re‐evaluated weekly or more 
frequently if clinically indicated and resume nivolumab dosing when re‐treatment criteria are 
met. 
 
Nivolumab dose discontinuation: Nivolumab will be discontinued for any DLT listed above in 
Section 7.6.1.2. 
 
Nivolumab criteria to resume treatment: Participants may resume treatment with study drug 
when the drug‐related AE(s) resolve to Grade ≤ 1 or baseline value, with the following 
exceptions: 
 
Participants may resume treatment in the presence of Grade 2 fatigue 
 
Participants who have not experienced a Grade 3 drug‐related skin AE may resume 
treatment in the presence of Grade 2 skin toxicity 
 
For participants with Grade 2 AST, ALT and/or Total Bilirubin abnormalities, dosing may 
resume when laboratory values return to baseline and management with corticosteroids, if 
needed, is complete. 
 
Participants with combined Grade 2 AST/ALT AND total bilirubin values meeting 
discontinuation parameters (Section 7.6.1.2) should have treatment permanently 
discontinued. 
 
Drug‐related pulmonary toxicity, diarrhea or colitis must have resolved to baseline before 
treatment is resumed. Participants with persistent Grade 1 pneumonitis after completion of 
a steroid taper over at least 1 month may be eligible for retreatment if discussed with and 
approved by BMS Medical Monitor. 
7.3.5.2   Dose modification criteria for platinum doublet chemotherapy 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
39 
 
Dose reductions of platinum doublet chemotherapy may be required and will be performed as 
below.  For any drug‐related toxicity/AE that requires dose reduction, chemotherapy should be 
delayed until recovery and dose modification should be applied as described in Tables 2, 3 and 
4. These serve as a guide and do not replace investigator judgment and applicable local label 
recommendations if more stringent.  Chemotherapy dose reductions are permanent; once the 
dose of any chemotherapy agent is reduced, it may not be re‐escalated in subsequent cycles.  
The dose reductions for each agent are not linked and may be adjusted independently per 
institutional standards. Any participants with 2 prior dose reductions for 1 agent who 
experiences a toxicity that would cause a third dose reduction must be discontinued from that 
agent. 
If chemotherapy must be delayed due to drug‐related toxicity/AE, investigators will withhold 
both chemotherapy and nivolumab until chemotherapy retreatment criteria are met and 
restart both at the same time.  If chemotherapy retreatment criteria are not met or toxicity 
does not resolve within 3 weeks (before next cycle is due), nivolumab can be continued on 
schedule provided the retreatment criteria for nivolumab are met. 
Table 2: Recommended Dose Modifications/Discontinuation for Carboplatin and Paclitaxel 
Dose level 
Carboplatin
Paclitaxel
Dose level 0 
AUC 5 or 6
175 or 200 mg/m2
Dose level ‐1 
AUC 4 or 5
150 mg/m2
Dose level ‐2 
AUC 3 or 4
100 mg/m2
Dose level ‐3 
Discontinue
Discontinue
 
Dose reductions for hematologic toxicity 
Dose modifications for hematologic toxicities (according to CTCAE version 4) are summarized 
in Table 3. Dose adjustments are based on nadir blood counts (assessed as per local standards) 
since the preceding drug administration. Dose level adjustments for platinum doublet 
chemotherapy are relative to that of the preceding administration. Generally, both 
chemotherapy agents in the platinum doublet chemotherapy regimen should be dose reduced 
together for hematologic toxicity. After the first cycle, growth factors may be used to assist 
hematologic recovery. Use local standards of care in the use of these supportive measures. 
Additionally, prophylactic antibiotics may be used according to local standards of care. 
Investigators will report any antibiotic or growth factor use. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
40 
 
Table 3: Recommended Dose Modifications for Chemotherapy Hematological Toxicity 
Toxicity 
Carboplatin 
Paclitaxel 
 ANC < 0.5 (Grade 4) 
Reduce one dose level and 
consider prophylactic G‐
CSF in subsequent cycles 
Reduce one dose level and 
consider prophylactic G‐
CSF in subsequent cycles 
Platelets 25 to < 50k (Grade 3) 
Reduce one dose level 
Reduce one dose level 
Platelets < 25k (Grade 4) 
Reduce one dose level 
Reduce one dose level 
Hemoglobin <10.0 to 8.0 (Grade 
2) 
Reduce one dose level 
Reduce one dose level 
Hemoglobin < 8.0 (Grade 3) 
Reduce one dose level 
Reduce one dose level 
Hemoglobin low with life 
threatening consequences 
(Grade 4) 
Hold Drug 
Hold Drug 
 
Dose reductions for non‐hematologic toxicities 
Dose adjustments for platinum doublet chemotherapy for non‐hematologic toxicities during 
treatment are described in Table 4. All dose reductions should be made based on the worst 
grade toxicity. Participants experiencing any of the toxicities detailed in Table 4 during the 
previous cycle should have their chemotherapy delayed until retreatment criteria are met (per 
Section 7.6.2.5) and then reduced for all subsequent cycles by 1 dose level or discontinued as 
appropriate. Dose levels for the carboplatin and paclitaxel are not linked and may be reduced 
independently, as summarized in Table 4. 
Table 4: Recommended Dose Modifications for Chemotherapy Non‐Hematological Toxicity 
Toxicity 
CTC Grade 
Carboplatin 
Paclitaxel 
Febrile 
Neutropenia 
Grade ≥ 3 
Reduce one dose 
level 
Reduce one dose 
level 
Diarrhea 
Grade ≥ 3 
No change 
Reduce one dose 
level 
Acute 
hypersensitivity or 
infusion reaction 
Grade ≥ 3 
Discontinue 
Discontinue 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
41 
 
Neuropathy 
Grade 2 
No change 
Reduce one dose 
level 
Grade ≥ 3 
Discontinue 
Discontinue 
Calculated 
Creatinine 
Clearance < 20 
ml/min 
 
Discontinue 
No change 
Other toxicity 
(except for fatigue 
and transient 
arthralgia and 
myalgia) 
Grade ≥ 3 
Adjust as medically 
indicated 
Adjust as medically 
indicated 
 
7.3.5.3 Dose Delay Criteria for Platinum Doublet Chemotherapy 
If any agent is delayed > 7 days, the dose should be skipped, and the participant should resume 
treatment at the next scheduled dose if criteria to resume treatment (Section 7.6.2.5) are met.  
Dosing of both drugs in the platinum doublet chemotherapy regimen selected should be 
delayed for any of the following on the Day 1 of each cycle: 
 Absolute neutrophil count (ANC) < 1500/μL 
 Platelets < 100,000/mm3 
 Any Grade ≥ 2 non‐skin, non‐hematologic, drug‐related adverse event (excluding Grade 
2 alopecia, Grade 2 fatigue, and Grade 2 laboratory abnormalities) 
 Any Grade ≥ 3 skin, drug‐related adverse event 
 Any Grade ≥ 3 drug‐related laboratory abnormality, with the following exceptions for 
lymphopenia, AST, ALT, or total bilirubin: 
o Grade 3 lymphopenia does not require dose delay. 
o If a participant has a baseline AST, ALT or total bilirubin that is within normal 
limits, delay dosing for drug‐related Grade ≥ 2 toxicity. 
o If a participant has baseline AST, ALT, or total bilirubin within the Grade 1 toxicity 
range, delay dosing for drug‐related Grade ≥ 3 toxicity. 
Any adverse event, laboratory abnormality, or intercurrent illness which, in the judgment of the 
investigator, warrants delaying the dose of study medication. Investigators should consult local 
labeling for the chemotherapy drugs being administered to any given participant for additional 
guidance on dose delays.  

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
42 
 
If both drugs in the platinum doublet chemotherapy regimen are delayed, then the participant 
should be re‐evaluated weekly or more frequently if clinically indicated until re‐treatment 
criteria are met (as per Section 7.3.5.5). 
 
7.3.5.4 Dose Discontinuation Criteria for Platinum Doublet Chemotherapy  
Except where specified below, both chemotherapy drugs in the platinum doublet 
chemotherapy regimen should be discontinued for any of the following: 
 Any Grade ≥ 3 peripheral neuropathy 
 Grade ≥ 3 drug‐related thrombocytopenia associated with clinically significant bleeding 
 Any drug‐related liver function test (LFT) abnormality that meets the following criteria 
requires discontinuation: 
o AST or ALT > 5‐10x ULN for > 2 weeks 
o AST or ALT > 10x ULN 
o Total bilirubin > 5 x ULN 
o Concurrent AST or ALT > 3 x ULN and total bilirubin > 2 x ULN 
 Any drug‐related adverse event which recurs after 2 prior dose reductions for the same 
drug‐related adverse event (as specified in Section 7.6.2.2) requires discontinuation of 
the drug(s) which was/were previously dose reduced. 
 Any Grade ≥ 3 drug‐related hypersensitivity reaction or infusion reaction requires 
discontinuation of the drug(s) felt to be causing the reaction. The drug not felt to be 
related to the hypersensitivity reaction or infusion reaction may be continued. 
 Any Grade 4 drug‐related adverse event which the investigator deems is inappropriate 
to be managed by dose reduction(s) requires discontinuation of the drug(s) felt to be 
causing the event. The drug not felt to be related to the event may be continued. 
 Any event that leads to delay in dosing of any study drug(s) for > 6 weeks from the 
previous dose requires discontinuation of that drug(s) with the following exception: 
o Dosing delays lasting > 6 weeks from the previous dose that occur for non‐drug‐
related reasons may be allowed if approved by the BMS medical monitor. Prior 
to re‐initiating treatment in a participant with a dosing delay lasting > 6 weeks, 
the BMS Medical Monitor must be consulted. Periodic study visits to assess 
safety and laboratory studies should also continue every 6 weeks or more 
frequently if clinically indicated during such dosing delays. 
 Any adverse event, laboratory abnormality, or intercurrent illness which, in the 
judgment of the Investigator, presents a substantial clinical risk to the participant with 
continued platinum doublet chemotherapy dosing. Investigators should consult local 
labeling for the chemotherapy drugs being administered to any given participant for 
additional guidance on dose discontinuation. 
For participants in Arms C, if the investigator is unable to determine whether a serious adverse 
event is due to nivolumab or to platinum doublet chemotherapy, then all drugs must be 
discontinued. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
43 
 
 
7.3.5.5 Criteria to Resume Platinum Doublet Chemotherapy Dosing 
 Participants may resume treatment with platinum doublet chemotherapy when the ANC 
returns to ≥ 1500/μL, the platelet count returns to ≥ 100,000/mm3, and all other drug‐
related toxicities have returned to baseline or Grade ≤ 1 (or Grade ≤ 2 for alopecia and 
fatigue) 
 If a participant fails to meet criteria for reinitiating treatment, then treatment should be 
delayed, and the participant should be re‐evaluated weekly or more frequently as 
clinically indicated 
 When resuming platinum doublet chemotherapy treatment, follow the dose reduction 
recommendations in Section 7.6.2.2. 
 
 
7.4    Diagnostic and surgical evaluation of participants 
 
7.4.1 Diagnostic evaluation and pre‐surgical workup 
All patients enrolled on this protocol must be surgical candidates with clinical stage IB, II 
or IIIA NSCLC. Patients will have undergone radiographic evaluation indicating no 
evidence of distant disease and no evidence of unresectable loco‐regional tumor 
extension before surgical resection. Any further preoperative testing that is 
recommended by the surgeon or anesthesiologist will be performed as part of standard 
of care. Surgery for patients enrolled on this protocol will be according to generally 
accepted standards of care. It is advised that patients have at least 3 mediastinal and 
hilar lymph node stations sampled during surgery. Patients should have a PET/CT scan 
and CT of chest with IV contrast performed after completing 3 doses of neoadjuvant 
therapy and within the 7 days prior to planned surgery to assess response.  
 
7.4.2  Bronchial airway brushing collection (mandatory for patients enrolled at Johns 
Hopkins only) 
 
Endobronchial brushings will be obtained using bronchoscope. Samples will be 
obtained at the level of the right upper lobe take‐off within the right mainstem 
bronchus unless this area is grossly involved with disease, in which case brushings will 
be obtained from the contralateral side.  Four separate brushings will be obtained using 
one brush per cryovial. Each cytology brush will be rubbed vigorously against the 
mucosa for 10‐20 strokes rotating the brush along its axis to obtain cells from the 360‐
degree surface of the brush.  A visible abrasion should be at the site afterwards, which 
ensures appropriate brush‐mucosa contact has been obtained.  After obtaining 
brushings, brush will be cut and placed into the appropriate reagent‐containing cryovial 
and shaken vigorously.   

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
44 
 
 
 
7.4.3  Nasal Epithelium collection  (for patients enrolled at Johns Hopkins only) 
 
Patient will blow nose to remove debris.  Patient will be offered option of 
lidocaine for numbing prior to procedure. A speculum will be inserted into left nostril 
and, using penlight for visual inspection, a cytopak soft brush will be inserted just past 
the inferior turbinate and pressed against the outside of the nose, opposite the septum.  
Brush will be rotated while in contact with nasal epithelium for ~3 seconds.  Brush will 
then be removed and placed into vial containing RNAprotect cell reagent.  This will be 
repeated with a 2nd brush in the same nostril. 
 
 
 
7.4.4 Tumor sample acquisition 
Patients enrolled on this study will be required to have pretreatment primary tumor 
biopsy material available for diagnosis and exploratory immunological studies.  This may 
consist of diagnostic biopsies that have been previously performed, or biopsies 
conducted by the study team in the case of inadequate pre‐existing material. Excisional 
biopsies, or ideally 8 (minimum 6) core needle biopsies (≤19 gauge diameter) of the 
primary tumor are required; the first 3 core needle biopsies obtained from a research 
biopsy will be placed in formalin and paraffin embedded while any subsequent core 
needle biopsies obtained should be flash frozen; fine needle aspirates will not be 
adequate.  A minimum of twenty 5‐micron paraffin tissue sections or a paraffin‐
embedded tumor block is required. If an archival paraffin embedded block is used the 
presence of tumor in the block must be confirmed by a pathologist. If archival slides are 
being used they must have been cut with DNA precautions. Biopsies may be obtained by 
the following approaches: transbronchial, radiographically‐guided transthoracic 
approach, or video‐assisted thoracoscopy. Biopsies that are formalin‐fixed and paraffin 
embedded (FFPE) are required. Fresh frozen biopsy specimens may be analyzed in 
addition to, but not in place of, FFPE specimens.  Pretreatment biopsies of draining 
lymph nodes are desirable but not required; fine‐needle aspirations of lymph nodes 
(>21 gauge diameter) are acceptable.  
 
Primary tumor, draining lymph nodes and normal lung specimens will be collected from 
patients who undergo surgical resection, after receiving nivolumab. After removal of 
tissue necessary for clinical assessment, remaining tissue specimens for research 
purposes will be divided in surgical pathology into 1)fresh tissue that will be transported 
to the laboratory for viable cell isolation, 2)fixation and paraffin embedding (FFPE), and 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
45 
 
3) flash frozen for DNA and RNA analysis. If additional tissue remains, it will be flash 
frozen. 
 
Specific procedures for accessioning specimens are outlined in detail in the laboratory 
manual. 
7.5    Postoperative treatment of participants 
7.5.1   Adjuvant chemotherapy 
Postoperative chemotherapy will be administered at the discretion of the treating 
oncologist based on established standard indications. Postoperative chemotherapy will 
start at a time based on the standard of care approach at the institution taking into 
account postoperative recovery time for the subject. Postoperative chemotherapy 
should not commence until treatment‐related toxicity due to study drug(s) has resolved 
to <grade 2. 
 
7.5.2   Postoperative radiation therapy 
Postoperative radiation therapy (PORT) will be administered based on a standard of care 
at the discretion of the treating oncologist. Subjects who are recommended PORT 
should have a CT scan of thorax (non‐contrast or contrast) to exclude subclinical 
changes suggestive of pneumonitis prior to commencing PORT. In the event that 
subjects have radiological findings suggestive of pneumonitis on this scan, then further 
assessment +/‐ treatment may be required prior to commencing PORT.  
7.6    Evaluation of peri‐operative safety 
The subject’s medical record will be reviewed on a weekly basis from the start of 
therapy until 100 days after the last dose of study treatment or 30 days following 
surgery, whichever is longer, for information regarding operative complications 
including delay in planned surgery and in particular potential immune related toxicities 
(Note: Only those subjects who initiate protocol treatment will be followed). Toxicities 
will be reviewed at regular meetings of study investigators and minutes of these 
meetings will be documented by the clinical research staff. In the event that a subject 
does not continue his or her peri‐operative care at the institution, every attempt will be 
made to collect this information either by direct contact or through communication with 
the subjects outside physician(s). 
7.7    Discontinuation, withdrawal and replacement of subjects 
All patients who receive at least one dose of study treatment (including those who do 
not undergo surgical resection of their tumor) will be included in the overall evaluation 
of safety (intention‐to‐treat analysis). All reasons for discontinuation of therapy should 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
46 
 
be documented clearly in the medical record. If a subject discontinues or withdraws 
from the study, every attempt will be made to obtain an off‐study blood collection if the 
subject is able and willing to do so. 
Subjects who do not undergo surgical resection of their tumor, while evaluable for 
safety, will be replaced and will not count toward the 15 patient per arm accrual target.  
 
7.7.1  Discontinuation of Treatment 
The reasons for discontinuation of protocol treatment include: 
• 
Evidence of significant disease progression during the preoperative phase at the 
discretion of the treating investigator. 
• 
Non‐compliance with the study protocol; including, but not limited to not 
attending the majority of scheduled visits. The principal investigator will 
determine when non‐compliance should lead to removal from study. Note: The 
patients will still be included in the overall evaluation of safety (intent‐to‐treat 
analysis). 
• 
Unacceptable toxicity. Note: The patients will still be included in the overall 
     
evaluation of safety (intent‐to‐treat analysis). 
• 
Intercurrent illness or condition that would, in the judgment of the treating 
investigator, affect assessment of clinical status to a significant degree or require 
discontinuation of study treatment. 
• 
At subject’s own request. Note: The reason for discontinuation from the study 
must be documented. The patients will be included in the overall evaluation of 
safety (intent‐to‐treat analysis) if any protocol therapy was administered prior to 
withdrawal. 
• 
Study is closed for any reason (e.g. new information shows that the patient’s 
welfare would be at risk if he or she continued study treatment). 
 
7.7.2  Withdrawal from study 
 
The reasons for withdrawal from the study include: 
• 
Subject withdraws consent. 
• 
Subject is lost to follow‐up. 
• 
Study is terminated for any reason. 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
47 
 
8. Study Assessments and Procedures** 
Table 2: Screening procedural outline 
Procedure 
Screening Visita
Notes 
Eligibility Assessments 
Informed Consent 
X 
 
Inclusion/Exclusion Criteria 
X 
 
Medical History 
X 
 
Safety Assessments 
Physical Examination 
X 
 
Smoking History 
X 
 
Con‐medication Review 
X 
 
Vital Signs  
X 
 
Assessment of Signs and 
Symptoms 
X 
 
Laboratory Tests 
X 
CBC with differential, serum chemistry (BUN or serum 
urea  level,  serum  creatinine,  albumin,  sodium, 
potassium, 
chloride, 
bicarbonate, 
and 
glucose 
levels),AST,  ALT,  total  bilirubin,  Alk  phosphatase, 
T3/T4/TSH and urinalysis, hepatitis B and C Antibody. 
Pregnancy Test 
X 
This is only for WOCBP. Serum or Urine 
pregnancy test is required to be conducted 
within 2 weeks prior to registration 
Physical measurements including 
ECOG status, Height and Weight 
X 
 
Archived Tumor or Repeat 
Research Tumor Core Biopsy 
X 
This is mandatory for study entry. Sample 
should be received prior to first dose of study 
treatment. Submit a copy of the original 
pathology report along with the sample. 
Post consent/Pre‐treatment 
bronchoscopy 
X (Johns Hopkins only)
Mandatory for patients enrolled at Johns 
Hopkins only, a bronchoscopy will be 
performed prior to nivolumab treatment and 
intraoperatively to enable pre‐ and post‐
treatment comparison 
Imaging (this is standard of care 
and may have been performed 
prior study enrollment) 
X 
PET/CT Scan and CT of chest with IV contrast 
 
And  
 
MRI brain or CT brain with IV contrast 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
48 
 
Table 3: Study Calendar  
Procedure 
Baseline 
(Day of first 
neoadjuvant 
therapy +/‐ 2 
days) 
Day of 2nd 
dose of 
study drugs  
(+/‐ 2 days) 
 
Day of  3rd 
dose of study 
drug (+/‐2 
days) 
 
 
 
Once within 
the 72 hours 
prior to 
planned date 
of surgery 
(+/‐ 7 days) 
Post Surgery 
(Once during 
postoperative period 
day 21‐42) 
Follow 
up for 
RFS and 
OS 
(H+P and 
research 
blood 
draw 
every 3‐6 
months 
for 2 years 
and then 
every 6‐12 
months 
until 5 
years) 
Clinical Assessments 
 
Physical Exam 
X 
X 
 
X 
X 
X 
Vital Signs 
X 
X 
 
X 
X 
X 
ECOG PS 
X 
X 
 
X 
X 
X 
Laboratory Tests 
 
CBC with diff 
X 
X 
X 
X 
X 
 
Chemistry 
including LFTs 
X 
X 
X 
X 
X 
 
TSH (TSH + 
T4/T3 at 
screening only) 
X 
 
X 
 
X  
 
PT/INR, PTT 
 
 
 
X 
 
 
Pregnancy Test 
(WOCBP only)a 
X  
 
X 
 
X 
 
Treatment 
 
Nivolumab 
X 
X 
X 
 
 
 
Ipilimumab 
(only for 
subjects 
enrolled to 
Arm A) 
X 
 
 
 
 
 
Carboplatin 
(only for 
subjects 
enrolled to 
Arm C) 
X 
X 
X 
 
 
 
Paclitaxel (only 
for subjects 
enrolled to 
Arm C) 
X 
X 
X 
 
 
 
Correlative Blood/Tissue/Stool Studies 
 
PBMCs, Serum, 
plasma 
X 
X 
X
X 
X
Tumor 
biopsy/sample 
X 
 
X  
(i.e. resection specimen) 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
49 
 
 
WOCBP, women of child‐bearing potential. OS, Overall Survival. RFS, recurrence‐free survival 
a = Repeat pregnancy test 4‐10 weeks post nivolumab for WOCBP,  
PBMCs, peripheral blood mononuclear cells 
*See Appendix E; Samples are required for JHU participants and optional for MSKCC, SCI, and McGill 
particpants 
B= Every 3 months for the first year as feasible and after the first year every 6 months as feasible 
 
**In order to minimize the need for research‐only in‐person visits, telemedicine visits may be substituted 
for inperson clinical trial visits or portions of clinical trial visits where determined to be appropriate and 
where determined by the investigator not to increase the participants risks. Prior to initiating 
telemedicine for study visits the study team will explain to the participant, what a telemedicine visit 
entails and confirm that the study participant is in agreement and able to proceed with this method. 
Telemedicine acknowledgement will be obtained in accordance with the Guidance for Use of 
Stool Sample  
X 
 
X
 
XB
Initial 
Sociodemogra
phic 
Questionnaire 
X 
 
 
Follow‐up 
Sociodemogra
phic 
questionnaire 
* 
 
 
X
 
X
Other Assessments 
 
PET/CT  
X (may have 
been performed 
during screening 
or at any time 
prior to first 
dose) 
 
X
 
CT Chest with 
IV contrast 
X (may have 
been performed 
during screening 
or at any time 
prior to first 
dose) 
 
X
                 X (only required 
if postoperative radiation 
is planned) 
RECIST Read 
X 
 
X
 
Bronchoscopy 
(Johns Hopkins 
only) 
X (to be 
performed after 
consent is signed 
but before 
commencement 
of nivolumab) 
 
X 
(intraoperative) 
 
Con meds 
X 
 
X 
Symptom/ 
Toxicity 
Assessment 
X 
X 
X
X 
X
Follow up 
 
 
X 
X

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
50 
 
Telemedicine in Research. In the event telemedicine is not deemed feasible, the study visit will proceed as 
an in‐person visit. Telemedicine visits will be conducted using HIPAA compliant method approved by the 
Health System and within licensing restrictions. 
 
9. Pharmacology, safety and administration of investigational study drugs 
9.1 
Availability 
Nivolumab and Ipilimumab will be supplied by Bristol‐Myer Squibb Pharmaceuticals free 
of charge to subjects for the duration of participation in this study via the Investigational 
Drug Service Pharmacies at SKCCC, McGill, SCI, and MSKCC (Table 3). Carboplatin and 
paclitaxel are standard of care drugs. 
9.1.1  Nivolumab – Clinical Pharmacology Summary 
 
Following single dose, maximum concentration (Cmax), and area under the curve 
(AUC) of nivolumab were found to be dose proportional within the studied dose 
range of 0.3‐10 mg/kg6. The terminal half‐life of nivolumab from single dose was 17‐25 
days. Following multiple doses of 0.1 to 10 mg/kg administered every 2 weeks, Cmax 
and AUC of nivolumab were found dose proportional. The steady‐state was reached by 
the sixth dose. 
 
9.1.2  Safety Summary and Adverse effects of Nivolumab +/‐ Ipilimumab 
General Management Algorithms for potential immune‐related toxicities are 
contained in Appendix D of this protocol. 
Please refer to the current version of the Investigators Brochure for detailed 
information on safety and adverse events. 
 
9.2    Nivolumab and Ipilimumab administration  
9.2.1 In arms A and B, three doses of nivolumab will be administered to enrolled patients on Day ‐
42 and Day‐28 and Day‐14 prior to planned surgery on Day 0 or up to ‐3 or +10 days. Subjects 
enrolled in Arm A of this protocol will also receive ipilimumab on day ‐42.  In arm C, 
nivolumab will be administered on day 1 of each of 3 cycles of neoadjuvant 
carboplatin and paclitaxel chemotherapy.   
When study drugs (ipilimumab or nivolumab) are to be administered on the same day, 
separate infusion bags and filters must be used for each infusion. It is recommended 
that nivolumab be administered first. The second infusion will always be ipilimumab, 
and will start approximately 30 minutes after completion of the nivolumab infusion. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
51 
 
Nivolumab is to be administered as a 30 minute IV infusion. Ipilimumab should be 
administered as a 30 minute infusion following. 
Ipilimumab and nivolumab may be diluted in 0.9% Sodium Chloride Solution or 5% 
Dextrose solution.  
The dosing calculations for Arm A (nivolumab + ipilimumab) should be based on the 
body weight. If the subject’s weight on the day of dosing differs by > 10% from the 
weight used to calculate the dose, the dose must be recalculated. All doses should be 
rounded up or to the nearest milligram per institutional standard. Subjects in Arm B will 
receive nivolumab at a flat dose of 240mg IV. (Table 3).  
Table 3 
Product Description 
Product Description 
and Dosage Form 
Potency 
Primary 
Packaging
(Volume)/ 
Label Type 
Secondary 
Packaging 
(Qty) /Label Type 
Appearance 
Storage Conditions 
(per label) 
Nivolumab BMS-
936558-01 Solution 
for Injectiona 
100 mg (10 
mg/mL) 
10 mL viall 
5 vials per carton/ 
Open-label 
Clear to opalescent 
colorless to pale 
yellow liquid. May 
contain particles 
2 to 8C. Protect form 
light and freezing 
Ipilimumab Solution 
for Injection 
200 mg (5 
mg/mL) 
40 mL vial 
4 vials per 
carton/Open-label 
Clear, colorless to pale 
yellow liquid. May 
contain particles 
2 to 8°C. Protect from 
light and freezing. 
If stored in a glass front refrigerator, vials should be stored in the carton. Recommended safety measures for preparation and 
handling of nivolumab and ipilimumab include laboratory coats and gloves. 
 
 
9.2.1  Investigational product 
An investigational product, also known as investigational medicinal product in some 
regions, is defined as follows: A pharmaceutical form of an active substance or placebo 
being tested or used as a reference in a clinical study, including products already with a  
marketing authorization but used or assembled (formulated or packaged) in a way  
different from the authorized form, or used for an unauthorized indication, or when 
used to gain further information about the authorized form87. 
 
The investigational product should be stored in a secure area according to local 
regulations. It is the responsibility of the investigator to ensure that investigational 
product is only dispensed to study subjects. The investigational product must be 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
52 
 
dispensed only from official study sites by authorized personnel according to local 
regulations. 
In this protocol the investigational products are nivolumab and ipilimumab. 
 
9.2.2 Handling and dispensing of nivolumab and ipilimumab 
If stored in a glass front refrigerator, vials should be stored in the carton. Recommended 
safety measures for preparation and handling of nivolumab and ipilimumab include 
laboratory coats and gloves. 
For additional details on prepared drug storage and use time of nivolumab or 
ipilimumab under room temperature/light and refrigeration, please refer to the BMS‐
936558 (nivolumab) and Ipilimumab Investigator Brochure section for “Recommended 
Storage and Use Conditions”. There will be no dose escalations or reductions of study 
drugs allowed. There are no premedications recommended for nivolumab or ipilimumab 
on the first dose.  
 
9.2.3 Treatment of Nivolumab or Ipilimumab‐Related Infusion Reactions 
 
 Since nivolumab and ipilimumab contain only human immunoglobulin protein 
sequences, it is unlikely to be immunogenic and induce infusion or hypersensitivity 
reactions. However, if such a reaction were to occur, it might manifest with fever, chills, 
rigors, headache, rash, pruritis, arthralgias, hypo‐ or hypertension, bronchospasm, or 
other symptoms.  
 All Grade 3 or 4 infusion reactions should be reported as an SAE if criteria are met. 
Infusion reactions should be graded according to NCI CTCAE (Insert version e.g.: 4.0) 
guidelines. 
 Treatment recommendations are provided below and may be modified based on local 
treatment standards and guidelines as appropriate: 
 For Grade 1 symptoms: (Mild reaction; infusion interruption not indicated; intervention 
not indicated) 
Remain at bedside and monitor subject until recovery from symptoms. The following 
prophylactic premedications are recommended for future infusions: diphenhydramine 
50 mg (or equivalent) and/or paracetamol 325 to 1000 mg (acetaminophen) at least 30 
minutes before additional nivolumab administrations. 
 For Grade 2 symptoms: (Moderate reaction requires therapy or infusion interruption 
but responds promptly to symptomatic treatment [eg, antihistamines, non‐steroidal 
anti‐inflammatory drugs, narcotics, corticosteroids, bronchodilators, IV fluids]; 
prophylactic medications indicated for  24 hours). 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
53 
 
 Stop the nivolumab or ipilimumab infusion, begin an IV infusion of normal saline, and 
treat the subject with diphenhydramine 50 mg IV (or equivalent) and/or paracetamol 
325 to 1000 mg (acetaminophen); remain at bedside and monitor subject until 
resolution of symptoms. Corticosteroid or bronchodilator therapy may also be 
administered as appropriate. If the infusion is interrupted, then restart the infusion at 
50% of the original infusion rate when symptoms resolve; if no further complications 
ensue after 30 minutes, the rate may be increased to 100% of the original infusion rate. 
Monitor subject closely. If symptoms recur then no further nivolumab or ipilimumab will 
be administered at that visit. Administer diphenhydramine 50 mg IV, and remain at 
bedside and monitor the subject until resolution of symptoms. The amount of study 
drug infused must be recorded on the electronic case report form (eCRF). The following 
prophylactic premedications are recommended for future infusions: diphenhydramine 
50 mg (or equivalent) and/or paracetamol 325 to 1000 mg (acetaminophen) should be 
administered at least 30 minutes before additional nivolumab or ipilimumab 
administrations. If necessary, corticosteroids (recommended dose: up to 25 mg of IV 
hydrocortisone or equivalent) may be used. For Grade 3 or Grade 4 symptoms: (Severe 
reaction, Grade 3: prolonged [ie, not rapidly responsive to symptomatic medication 
and/or brief interruption of infusion]; recurrence of symptoms following initial 
improvement; hospitalization indicated for other clinical sequelae [eg, renal 
impairment, pulmonary infiltrates]). Grade 4: (life threatening; pressor or ventilatory 
support indicated).                                                                          
 Immediately discontinue infusion of nivolumab or ipilimumab. Begin an IV infusion of 
normal saline, and treat the subject as follows. Recommend bronchodilators, 
epinephrine 0.2 to 1 mg of a 1:1,000 solution for subcutaneous administration or 0.1 to 
0.25 mg of a 1:10,000 solution injected slowly for IV administration, and/or 
diphenhydramine 50 mg IV with methylprednisolone 100 mg IV (or equivalent), as 
needed. Subject should be monitored until the investigator is comfortable that the 
symptoms will not recur. Nivolumab or ipilimumab will be permanently discontinued. 
Investigators should follow their institutional guidelines for the treatment of 
anaphylaxis. Remain at bedside and monitor subject until recovery from symptoms. In 
the case of late‐occurring hypersensitivity symptoms (eg, appearance of a localized or 
generalized pruritis within 1 week after treatment), symptomatic treatment may be 
given (eg, oral antihistamine, or corticosteroids). 
 
9.3 Carboplatin and paclitaxel administration with nivolumab 
 
Carboplatin will be administered at a dose of AUC 5 or 6 as a 30‐minute or as per institutional 
standard IV infusion, on Day 1 of each 3‐week cycle.  Carboplatin should be given following 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
54 
 
paclitaxel on Day 1 of each cycle, and the carboplatin dose will be calculated using the Calvert 
formula as follows: Carboplatin dose (mg) = Target AUC x [(CrCl (mL/min) + 25].  Creatinine 
clearance (CrCl) calculation is based on the Cockroft‐Gault formula) and should include the most 
recent serum creatinine and most recent weight. NOTE: If calculation of the CrCl by the 
Cockroft‐Gault formula yields a result of > 125 mL/min, then a CrCl should be calculated by an 
alternative formula per institutional standards or capped at 125 mL/min.  The dose of 
carboplatin may be capped per local standards. 
 
Paclitaxel will be administered at a dose of 175 or 200 mg/m2 as a 180 minute or per 
institutional standard IV infusion and carboplatin will be administered at a dose of AUC 5 or 6 as 
a 30‐minute or per institutional standard IV infusion on Day 1 of a 3‐week treatment cycle for up 
to 3 cycles.  Dosing calculations for paclitaxel should be based on the body surface area 
calculation and may be capped per local standards. The dose may remain the same if the 
participant’s weight is within 10% of the baseline weight or prior dose weight. 
 
Premedications for use with paclitaxel: Oral or IV corticosteroid should be given prior to 
paclitaxel according to local standard. Such premedication may consist of oral dexamethasone 
20 mg 12 hours and 6 hours prior to paclitaxel administration. Oral or IV diphenydramine 50 mg 
(or its equivalent) and an H2‐blocker (per local standard of care) should be administered 30 to 
60 minutes prior to paclitaxel infusion. Antiemetic premedication will be administered according 
to local standards. Recommended antiemetic treatments are dexamethasone (dosing according 
to local standards; an equivalent dose of another corticosteroid may be substituted) and a 5‐
HT3 receptor antagonist (type per investigator discretion and local standards of care). Additional 
use of antiemetic premedications may be employed at the discretion of the investigator per 
local standards of care. 
 
All participants should be carefully monitored for infusion reactions during the paclitaxel 
administration. Participants should be treated in a facility with the necessary medical‐
resuscitation equipment and medications on hand to manage serious acute infusion reactions. 
 
Doses of paclitaxel and/or carboplatin may be modified, delayed, or discontinued depending on 
how well the participant tolerates the treatment. Dose modifications for toxicity will be 
performed according to Section 7.6.2.2. Dose delay criteria can be found in Section 7.6.2.3, and 
discontinuation criteria can be found in Section 7.6.2.4. Criteria to resume treatment can be 
found in Section 7.6.2.5. If a dose is delayed for any reason, participants should be dosed no 
later than 7 days following a planned dose.  If more than 7 days delay is needed for any reason, 
the intended dose should be skipped. 
 
9.3.2 Treatment Compliance 
Treatment compliance will be monitored by drug accountability as well as the subject’s 
medical record and eCRF. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
55 
 
 
9.3.3 Destruction of Study Drug 
The investigator will ensure that arrangements are made for the disposal of study drug 
according to applicable regulations, guidelines and institutional procedures, and 
appropriate records of the disposal have been documented.  
10.    
Exploratory immunologic studies 
10.1   Immunologic correlates 
All patients will undergo the same laboratory correlate studies on tumor biopsy, 
resection specimen and serum samples as subsequently enrolled patients. 
10.2 
Tumor Tissue Samples 
 
10.2.1  Collection of pretreatment tumor and lymph node biopsies  
Archived FFPE specimens from the original diagnostic lung tumor biopsy may be utilized.  
If they do not provide sufficient material for study, then new biopsies will be performed. 
Ideally 8  (minimum of 6 core) needle biopsies of the primary tumor will be required at 
the time of diagnosis (prior to first dose of study drug); fine needle aspiration biopsy is 
sufficient for hilar or mediastinal lymph node sampling, but not for primary tumor 
biopsy. 
Where possible, and after a consent form has been signed, attempts will be made to 
coordinate diagnostic and study biopsies.  
 
10.2.2  Pretreatment Biopsy Handling, Transportation, Storage, and Processing  
Please see flow diagram in appendix C for overview of tissue collection and the 
laboratory manual for detailed procedures. The study staff will be notified when a 
biopsy is taking place. The following procedures will be followed: 
 
If a core needle biopsy is being performed specifically for entry to the study, then at 
least six (and ideally 8) core‐biopsy specimens will be obtained, the first 2‐3 of these 
cores obtained will be suspended in 10% buffered formalin while subsequent cores will 
be flash frozen in liquid nitrogen (see lab manual). After approximately 24 hours of 
suspension in formalin, the cores will be embedded in paraffin. As required for 
correlative analyses slides will be cut for the appropriate studies listed below.  For fine 
needle aspiration biopsies of draining lymph nodes, cells will be collected by 
centrifugation, fixed in formalin and embedded in a paraffin block using standard 
pathology procedures.  

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
56 
 
The study coordinator will keep a log with the study number, the patient’s study 
number, the date and time, and a consecutive sample number; thus, the samples will be 
numbered serially and will not contain identifying information.  
 
10.2.3  Operative specimens (tumor, normal lung, draining lymph nodes) 
Tissue specimens obtained at the time of surgery will be dissociated enzymatically into 
single cell suspensions and will be viably cryopreserved according to a protocol provided 
in a companion laboratory manual.  Additional specimens will fixed in formalin and 
embedded in paraffin blocks, for routine pathologic studies and immunohistochemistry.  
Tissue will also be flash‐frozen at ‐80oC for subsequent RNA/DNA analysis. If there is 
additional tissue available, it will be embedded in OCT (Optimal Cutting Tissue) 
compound for analysis of frozen sections. 
10.3 
Bronchial & Nasal Epithelium Samples (Johns Hopkins only) 
Bronchoscopy for bronchial and nasal epithelial sampling will occur prior to 
commencement of study treatment (after signing consent) and intra‐operatively. 
Bronchial and epithelial samples will be obtained utilizing techniques described in 
sections 7.42 and 7.43. Bronchial samplings will be placed in 3 separate vials containing 
1mL each of RNA protect cell reagent, PBS solution for proteomic analysis, and PBS 
solution for DNA extraction, respectively.  Tubes containing RNA protect for cell reagent 
and PBS for proteomic analysis will be stored at ‐80◦C.  Tube containing PBS solution for 
DNA extraction will be centrifuged at 1500g for 10min prior to storing at ‐80◦C.  Nasal 
samplings will be placed in 2 separate vials each containing 2mL of RNAprotect cell 
reagent  and will be stored at ‐80◦C. 
10.4 
 Blood Samples 
 
10.4.1  Collection schedule 
Blood samples will be drawn at the time points identified on the study calendar (section 
8, Table 3). 
Time points include: 
 
Day of first neoadjuvant treatment (prior to nivolumab +/‐ ipilimumab or 
chemotherapy administration): 90 ml whole blood or local protocol for collection 
accepted for peripheral blood mononuclear cell (PBMC) isolation, 20ml of whole 
blood for plasma isolation and 10 ml whole blood for serum isolation 
 
Day of second neoadjuvant treatment (+/‐ 1 day) (prior to nivolumab +/‐ nivolumab 
dose 2 administration): 90 ml, 20ml and 10 ml whole blood, for PBMCs, plasma 
and serum, respectively. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
57 
 
 Once between Day ‐3 to D0 (+/‐ 7 days; must be prior to surgery): 90 ml, 20ml 
and 10 ml whole blood, for PBMCs, plasma and serum, respectively. 
 Once between Week 3‐6 postoperatively (postoperative visit, prior to 
chemotherapy or radiation therapy): 90 ml whole blood or local protocol for 
collection accepted for PBMC isolation, 20ml whole blood for plasma isolation 
and 10 ml whole blood for serum preparation 
 At every 3‐6 month visit during follow up: 90ml, 20ml and 10ml whole blood, for 
PBMCs, plasma and serum, respectively. 
10.4.2 Specimen handling, transportation, storage, processing (Appendix D) 
 
  
 Serum samples:  Whole blood will be collected in serum separator tubes (Becton‐
Dickinson SST tube or equivalent), processed per manufacturer’s instructions and 
stored at ‐70°C or below until transfer for analysis. 
 
 PBMCs:  Whole blood will be collected into K2EDTA tubes and processed per 
manufacturer’s instructions.  Viable PBMCs will be stored in cryopreservation 
medium, at 5e6‐1e7 per vial, in liquid nitrogen. 
 
 Plasma samples: Whole blood will be collected in K2EDTA tubes, kept at 4 degrees C 
and processed as per lab manual.   
Bronchial & Nasal Samples (Johns Hopkins only): as detailed in 10.3, samples will be 
stored in cryovials containing appropriate reagent and stored at ‐80◦C until 
processed as per lab manual. 
10.5 
Stool Samples 
 Stool must be collected by subjects using a kit that will be mailed or given to 
participants by study team. Upon collection, subjects will be asked to store 
specimen in a refrigerator or cool place until it can be brought with them to the 
clinic. Time points include: 
 Once between Day ‐44 and ‐42 (prior to nivolumab +/‐ ipilimumab administration) 
 Once between Day ‐16 to ‐14 (prior to nivolumab +/‐ ipilimumab administration) 
 
Every 3 months for the first year as feasible and after the first year every 6 months as 
feasible. 
 
The sociodemographic questionnaire must be completed with each stool collection time‐
point. An initial questionnaire must be completed with the first sample collection and a 
follow‐up questionnaire should be completed for each subsequent time‐point. If a patient 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
58 
 
does not provide a sample as scheduled, this will be documented and no questionnaire 
completed.  
10.6 
 Methods of Analysis 
 
10.6.1  Immunohistochemistry 
Tumor and lymph node biopsies will be stained using commercially available and locally 
developed monoclonal antibodies.  Analyses may include phosphorylated proteins of 
signaling pathways including but not limited to NF‐kB, STAT3, RAS, MEK, and ERK; and 
phenotypes of infiltrating immune cell populations including but not limited to CD3, 
CD4, FoxP3, CD25, CD8, CD68, CD56, CD20, CD45RO and granzyme B. Peritumoral versus 
intratumoral infiltrates will be scored, since these staining patterns have been shown to 
correlate with clinical outcomes84, 86‐90. Pathologists will assign an intratumoral and 
peritumoral immune cell infiltrate grade of (0) none, (1) rare lymphocytes (2) focal 
lymphohistocytic aggregates or (3) severe diffuse infiltration91. Pathologists will 
designate 3 representative fields to be evaluated by image analysis, which will allow for 
the data to be reported as a percentage of area with positive staining.   
Immunohistochemical analysis of exploratory markers  will focus on areas where the 
pathology co‐investigators have established expertise, including but not limited to: the 
B7 family ligands PD‐L1 (B7‐H1), PD‐L2 (B7‐DC), B7‐H3 and B7‐H4, as well as inhibitory 
receptors on lymphocytes, including PD‐1, 2B4, LAG‐3, BTLA, and Tim‐3; these cell 
surface molecules are candidates for therapeutic combinatorial antibody blockade. 
Expression of the ligands for Tim‐3, BTLA and 2B4 (galectin 9, HVEM, and CD48, 
respectively) may also be evaluated as well as cytokine expression. These studies will 
provide a comprehensive view of cellular subsets and immune checkpoint molecule 
expression in tumors from untreated patients and how cellular subsets and key immune 
regulatory molecules are impacted intratumorally after treatment with anti‐PD‐1. 
Multiplex immunofluorescence may be performed in selected cases.  
PD‐L1 expression in FFPE specimens will be assessed with the DAKO 28‐8 PharmDx 
Assary (+/‐ mAb 5H1 in selected cases)4.   
PD‐L1 testing with the BMS assay and JHU assay will be prioritized above other 
exploratory testing of the tissue specimens. 
   
10.6.2  Amplified In Situ Hybridization (ISH) 
ISH will be performed on FFPE sections using the RNAscope method from Advanced Cell 
Diagnostics. Genes to be probed include specific cytokines, such as IFN‐g, IL‐17, IL‐10, IL‐
22, TGF‐b, IL‐4, TNF‐a and certain chemokines e.g. CXCR4. These studies will provide 
information on functional capacity of tumor infiltrating lymphocytes. Additionally, ISH 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
59 
 
will be performed for selected molecules, such as LAG‐3, that are also being assessed by 
IHC. This will provide cross‐validation for the two techniques. 
 
10.6.3 Laser Capture Microdissection (LCM) and RNA Analysis 
Complimentary to the ISH, LCM followed by RNA Analysis may be performed on FFPE 
sections. LCM will be performed by trained pathologists. RNA analysis may consist of 
qRT‐PCR for selected immune genes, some of which are going to be analyzed in parallel 
by ISH, and also by whole genome microarray, using the DASL system. These analyses 
will provide a broader gene expression profile for broadly defined areas of the tumor (ie 
infiltrating tumor rests vs peri‐tumoral vs surrounding stroma) and will complement ISH 
and IHC analyses. In addition, fresh frozen tumor samples will be used for expression 
analyses by means of RNA sequencing.  
 
10.6.4 Flow cytometric analysis of tumor and lymph nodes 
Cryopreserved viable single cell suspensions will be thawed, and cells will be stained 
with specific monoclonal antibodies to assess coordinate expression of co‐regulatory 
molecules by tumor infiltrating lymphocytes, draining lymph node cells and tumor cells. 
Multicolor flow cytometric analyses will be conducted. We will enumerate and 
characterize T cell subsets (e.g., CD4, CD8, CD25, HLA‐DR, CD45RO, FoxP3, LAP, PD‐1, 
PD‐L1, PD‐L2, LAG‐3, ICOS, OX40, 41BB, central memory, effector memory), B cells (e.g., 
CD19, CD20, PD‐1, PD‐L2, ICOSL), dendritic cells and macrophages (e.g., CD68, CD83, 
CD1a, PD‐L2, HLA‐DR) and natural killer cells (CD56). Functional data and further 
demonstration of relevant T cell subsets will be gained from intracellular cytokine 
staining on T cells before and after non‐specific CD3/28 activation (e.g., IFN‐g, TNF‐a, 
granzyme, IL‐4, IL‐10, and IL‐17). The importance of these specific cytokines is that they 
mark distinct subsets of T cells with specific roles in pro‐ vs. anti‐cancer immunity. In 
addition, blood samples will also be analyzed for the similar markers, and for cytokines 
by multiplex assays.  
 
10.6.5  10.65.5  Bronchial and Nasal Epithelium analysis (Johns Hopkins only) 
RNA sequencing including single‐cell RNA‐seq of bronchial and nasal epithelium will be 
performed.  In addition, DNA and RNA will be extracted and gene‐expression arrays will 
be analyzed to assess for both pre‐ and post‐treatment differences, in addition to 
unique signatures that correspond with MPR.  Pre‐treatment gene array signatures will 
be associated with neoantingen burden and MANA‐specific T‐cell responses, in addition 
to other aspects of the tumor immune environment.  Other genes and molecular 
pathways will be assessed via a multitude of a platforms potentially including DNA‐

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
60 
 
sequencing, proteomics, single‐cell sequencing, droplet PCR, and neo‐antigen 
prediction. 
 
10.6.6   PBMC analysis   
Assessments of coordinate expression of co‐regulatory molecules by PBMCs will be 
performed using multicolor flow cytometric analyses. T cell subsets (including CD4, CD8, 
and Treg with CD25 and Foxp3) will be analyzed as well as co‐stimulatory and co‐
inhibitory molecule expression and markers for T cell activation state (e.g., CD25, HLA‐
DR, CD45RO, LAP, PD‐1, PD‐L1, LAG‐3, ICOS, OX40, 41BB, central memory, effector 
memory).   B cells (CD19, CD20, PD‐1, PD‐L1, PD‐L2, ICOSL), dendritic cells and 
macrophages (CD68, CD83, CD1a, PD‐L1, PD‐L2, 4‐1BB, 4‐1BBL, ICOSL, HLA‐DR) and 
natural killer cells (CD56) will be enumerated and characterized. Myeloid derived 
suppressor cells (MDSCs) will be enumerated by staining for CD14, CD11b, and HLA‐DR 
expression. Further cytokines produced by T cells, will be analyzed by intracellular 
cytokine staining and multiplex assay. In certain cases, tetramer staining for populations 
of antigen‐specific T cell populations may be performed. 
 
10.6.7  Pharmacodynamic assessment of nivolumab 
Approximate quantitation of infused nivolumab bound to PD‐1 receptors on the surface 
of T cells in the peripheral blood and within the resected tumor and lymph node 
specimens will be performed in Dr. Topalian’s laboratory, according to published 
procedures7. This will provide information about tissue penetration of nivolumab, which 
has not been obtainable in prior studies.   
 
10.6.8  Molecular pathway analysis 
Genes and pathways that are significantly altered in post‐therapy tumor tissues as 
compared to stage‐matched untreated tumor tissues or pre‐therapy tissues will be 
assessed by whole‐genome analyses and confirmed by methods such as RNAseq or 
equivalent. 
Whole blood collection will be performed for germline subtraction.  
Serial circulating tumor DNA analyses will be performed and correlated with findings 
from analyses of the primary tumor and with response to treatment.  
 
10..6.9   Serum analysis 
Serum will be assessed for immunological factors which may include antibodies, 
cytokines and chemokines, as well as potentially for circulating tumor DNA..  This may 
include analysis of antibodies to angiopoietin‐1/2, MIF, and VEGF‐A with ELISAs, as 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
61 
 
previously reported93. Patients that demonstrate high titer humoral reactions will then 
undergo detailed evaluation to isolate specific monoclonal antibodies. 
 
10..6.10  
Genomic and Mutation‐associated neoantigen (MANA) Analyses 
Genomic analyses will be performed by whole‐exome sequencing in pre and post‐
treatment tumor tissue and matched normal tissue, to assess dynamics in the 
mutational landscape using described methods. A multi‐dimensional neoantigen 
prediction algorithm that incorporates MHC binding affinity, epitope processing, self‐
similarity and gene expression to generate neoantigen candidates tailored to each 
individual’s HLA haplotype will be used. The TCR repertoire will be assessed serially by 
means of TCR sequencing.  
 
10..6.11 Liquid Biopsy Analysis 
ctDNA dynamics will be assessed by targeted sequencing of serial plasma samples 
collected at the time intervals specified in the study timeline. For these analyses, a 
custom capture and sequencing approach called targeted error correction sequencing 
(TEC‐Seq) will be used that allows for sensitive and specific detection of low abundance 
sequence alterations using next generation sequencing.  
 
 
10.7 Leftover Samples 
Any leftover study blood and tissue samples will be stored in the Laboratories of co‐
investigators for future research studies. These samples may be released for use in 
future studies after approval by the principal investigator and other regulatory bodies, 
as appropriate. Subjects will be asked to consent to the future use of samples in the 
consent document. 
 
10.7.1 Additional Information 
The study coordinator will keep a log (separate logs will be kept for the blood and tissue 
samples) that includes the study number, a specimen serial number, the patient’s name, 
time point in therapy, and the date and time that the sample was drawn. The sample 
will be labeled with a serial number only. The laboratory technician will keep a log with 
the specimen number, conditions, processing and storage information. 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
62 
 
The laboratory investigators will be blinded to the subject identifiers and clinical data 
while generating the research data; additionally, the reported results will not disclose 
any unique patient identifiers. 
 
Note: The correlative sample collection schedules outlined above are based on an ideal 
subject. The sample schedule should be followed as closely as is realistically possible; 
however, the schedule may be modified due to problems such as scheduling delays or 
conflicts (e.g., clinic closure, poor weather conditions, vacations, etc.). 
11.   
Adverse Events 
11.1 
General 
This study will use the descriptions and grading scales found in the revised National 
Cancer Institute Common Terminology Criteria for Adverse Events (CTCAE) Version 4.0 
for adverse event reporting that can be found at 
http://ctep.cancer.gov/reporting/ctc.html. 
Information about all adverse events, whether volunteered by the subject, discovered 
by investigator questioning, or detected through physical examination, laboratory test 
or other means, will be collected, recorded, and followed as appropriate.  
All adverse events experienced by subjects will be collected from the time of first dose 
of study medication, throughout the study and until the final assessment as outlined in 
the Study Calendar (Section 8). Subjects continuing to experience toxicity after 
discontinuation of the study drug may be contacted for additional assessments until the 
toxicity has resolved or is deemed irreversible.  
Any adverse event experienced during additional preoperative treatment or after the 
surgical procedure that the investigator feels is related to study treatment will be 
captured. 
11.2 
Definitions 
11.2.1  Adverse Event (AE) 
Defined as any new untoward medical occurrence or worsening of a pre‐existing 
medical condition in a patient or clinical investigation subject administered an 
investigational (medicinal) product and that does not necessarily have a causal 
relationship with this treatment. An AE can therefore be any unfavorable and 
unintended sign (including an abnormal laboratory finding, for example), symptom, or 
disease temporally associated with the use of investigational product, whether or not 
considered related to the investigational product. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
63 
 
Adverse events can be spontaneously reported or elicited during open‐ended 
questioning, examination, or evaluation of a subject. In order to prevent reporting bias, 
subjects should not be questioned regarding the specific occurrence of one or more AEs. 
Medical conditions/diseases present before starting study treatment are only 
considered adverse events if they worsen after starting study treatment (any 
procedures specified in the protocol). Adverse events occurring before starting study 
treatment but after signing the informed consent form will be recorded. Abnormal 
laboratory values or test results constitute adverse events only if they induce clinical 
signs or symptoms or require therapy. 
 
11.2.2  Serious Adverse Event (SAE): 
 
A serious AE (SAE) is any untoward medical occurrence that: 
• results in death 
• is life‐threatening (defined as an event in which the subject was at risk of death at the 
time of the event; it does not refer to an event which hypothetically might have 
caused death if it were more severe) 
• requires inpatient hospitalization or causes prolongation of existing hospitalization 
(see NOTE below) 
• results in persistent or significant disability/incapacity 
• is a congenital anomaly/birth defect 
• is an important medical event (defined as a medical event(s) that may not be 
immediately life‐threatening or result in death or hospitalization but, based upon 
appropriate medical and scientific judgment, may jeopardize the subject or may 
require intervention [i.e. medical, surgical] to prevent one of the other serious 
outcomes listed in the definition above.) Examples of such events include, but are not 
limited to, intensive treatment in an emergency room or at home for allergic 
bronchospasm; blood dyscrasias or convulsions that do not result in hospitalization.) 
Potential drug induced liver injury (DILI) is also considered an important medical 
event. (See Section 7.3.4 for the definition of potential DLT.) 
 
Suspected transmission of an infectious agent (ie, any organism, virus or infectious 
particle, pathogenic or non‐pathogenic) via the study drug is an SAE. 
Although pregnancy, overdose, cancer, and potential drug induced liver injury (DILI) are 
not always serious by regulatory definition, these events must be handled as SAEs. 
 
The following hospitalizations are not considered SAEs for the purposes of this study: 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
64 
 
 a visit to the emergency room or other hospital department lasting  < 24 hours, that 
does not result in admission (unless considered "important medical event" or event 
life threatening) 
 elective surgery, planned prior to signing consent 
 admissions as per protocol for a planned medical/surgical procedure 
 routine health assessment requiring admission for baseline/trending of health 
status (ie, routine colonoscopy) 
 medical/surgical admission for purpose other than remedying ill health state and 
was planned prior to entry into the study. Appropriate documentation is required in 
these cases. 
 
 admission encountered for another life circumstance that carries no bearing on 
health status and requires no medical/surgical intervention (ie, lack of housing, 
economic inadequacy, care‐giver respite, family circumstances, administrative). 
 
11.2.3  Unexpected adverse event: An adverse event, which varies in nature, intensity or 
frequency from information on the investigational drug/agent provided in the 
Investigator’s Brochure, package insert or safety reports. Any adverse event that is not 
included in the informed consent is considered “unexpected”. 
 
11.2.4  Expected (known) adverse event: An adverse event, which has been reported in the 
Investigator’s Brochure. An adverse event is considered “expected”, only if it is included 
in the informed consent document as a risk.  
 
11.2.5  Relationship 
 
The relationship of all adverse events and serious adverse events to study medication 
will be assessed by an investigator and assigned as follows: 
 
Definitely: An adverse event which has a timely relationship to the administration of the 
investigational drug/agent, follows a known pattern of response, for which no 
alternative cause is present.  
 
Probably: An adverse event, which has a timely relationship to the administration of the 
investigational drug/agent, follows a known pattern of response, but for which a 
potential alternative cause may be present.  
Possibly: An adverse event, which has a timely relationship to the administration of the 
investigational drug/agent, follows no known pattern of response, but a potential 
alternative cause does not exist. 
 
Unlikely: An adverse event which does not have a timely relationship to the 
administration of the investigational drug/agent, follows no known pattern of response, 
does not reappear or worsen after re‐administration of the investigational drug/agent 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
65 
 
(if applicable), and for which there is evidence that it is related to a cause other than the 
investigational drug/agent. 
Unrelated: An adverse event, for which there is evidence that it is definitely related to a 
cause other than the investigational drug/agent. In general, there is no timely 
relationship to the administration of the investigational drug/agent, or if there is a 
timely relationship, the event does not follow a known pattern of response, and there is 
an alternative cause. 
11.3 
Serious Adverse Event Collection and Reporting 
 
Following the subject’s written consent to participate in the study, all SAEs, whether 
related or not related to study drug, must be collected, including those thought to be 
associated with protocol‐specified procedures.  
Criteria for dose modifications, delays, discontinuation, and resuming treatment are 
outlined in section 7.6. 
 
General Management Algorithms for potential nivolumab‐related toxicities are 
contained in Appendix D of this protocol and in the Investigators Brochure. 
 
Management algorithms for chemotherapy‐related adverse events for carboplatin and paclitaxel 
will follow standard of care at the treating institution.  
 
All SAEs, must be collected after a study informed consent is signed that occur during 
the screening period and within 100 days of discontinuation of dosing for those subjects 
that receive study therapy (within 30 days of last visit for enrollment failure).The 
investigator should report any SAE occurring after these time periods that is believed to 
be related to study drug or protocol‐specified procedure. 
An SAE report should be completed for any event where doubt exists regarding its 
status of seriousness. If the investigator believes that an SAE is not related to study 
drug, but is potentially related to the conditions of the study (such as withdrawal of 
previous therapy, or a complication of a study procedure), the relationship should be 
specified in the narrative section of the SAE Report Form.  
 
All SAEs, whether related or unrelated to nivolumab and all pregnancies must be 
reported to BMS (by the investigator or designee) and the Coordinating Center within 24 
hours. 
 
The principal investigator will notify the appropriate regulatory agencies of any serious 
adverse event due to any cause during the course of this investigation. These include 
the Johns Hopkins Cancer Center Data and Safety Monitoring Committee, and the Johns 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
66 
 
Hopkins Medical Institutional Review Board (JHM‐IRB) of The Johns Hopkins Medical 
Institutions. The required reporting time period is 3 days for fatal events, and 10 days 
for all other events. 
 
For studies conducted under an Investigator IND, any event that is both serious and 
unexpected must be reported to the Food and Drug Administration (FDA) as soon as 
possible and no later than 7 days (for a death or life‐threatening event) or 15 days (for 
all other SAEs) after the investigator’s or institution’s initial receipt of the information. 
BMS will be provided with a simultaneous copy of all adverse events filed with the FDA.  
SAEs should be reported on MedWatch Form 3500A or similar form. It MUST include the 
institutional AND BMS study ID [per study Agreement] 
 
MedWatch SAE forms should be sent to the FDA at: 
MEDWATCH 
5600 Fishers Lane 
Rockville, MD 20852‐9787 
Fax: 1‐800‐FDA‐0178 (1‐800‐332‐0178) 
http://www.accessdata.fda.gov/scripts/medwatch/  
 
All SAEs should simultaneously be faxed or e‐mailed to BMS at: 
Global Pharmacovigilance & Epidemiology 
Bristol‐Myers Squibb Company 
Fax Number: 609‐818‐3804 
SAE Email Address: Worldwide.Safety@BMS.com  
 
The study period during which adverse events will be reported is from the initiation of 
study procedures to the end of the study treatment follow‐up, defined as 100 days 
following the last administration of nivolumab or ipilimumab treatment. 
If only limited information is initially available, follow‐up reports are required. (Note: 
Follow‐up SAE reports should include the same investigator term(s) initially reported.) If 
an ongoing SAE changes in its intensity or relationship to study drug or if new 
information becomes available, a follow‐up SAE report should be sent to BMS using the 
same procedure used for transmitting the initial SAE report. 
 
In accordance with local regulations, BMS will notify investigators of all SAEs that are 
suspected (related to the investigational product) and unexpected (ie, not previously 
described in the Investigator Brochure). In the European Union (EU), an event meeting 
these criteria is termed a Suspected, Unexpected Serious Adverse Reaction (SUSAR). 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
67 
 
Investigator notification of these events will be in the form of an expedited safety report 
(ESR).  
 
SAEs must be recorded on the SAE Report Form. If only limited information is initially 
available, follow‐up reports are required. (Note: 
Follow‐up SAE reports should include the same investigator term(s) initially reported.) 
If an ongoing SAE changes in its intensity or relationship to study drug or if new 
information becomes available, a follow‐up SAE report should be sent within 24 hours. 
All SAEs should be followed to resolution or stabilization. 
 
11.4 
Non‐serious Adverse Events 
A non‐serious adverse event is an AE not classified as serious. 
 
11.4.1 Non‐serious Adverse Event Collection and Reporting 
The collection of non‐serious AE information should begin at initiation of study drug. 
Non‐serious AE information should also be collected from the start of a lead‐in 
period or other observational period intended to establish a baseline status for the 
subjects. All non‐serious adverse events (not only those deemed to be treatment‐
related) should be collected continuously during the treatment period and for a 
minimum of 90 days following the last dose of study treatment. 
Non‐serious AEs should be followed to resolution or stabilization, or reported as SAEs if 
they become serious (see Section 11.3). Follow‐up is also required for non‐serious AEs 
that cause interruption or discontinuation of study drug, or those that are present at the 
end of study treatment as appropriate. All identified non‐serious AEs must be recorded 
and described on the non‐serious AE page of the CRF (paper or electronic). 
 
11.5     Laboratory Test Abnormalities 
Completion of supplemental CRFs may be requested for AEs and/or laboratory 
abnormalities that are reported/identified during the course of the study. 
Serious AE CRF page or SAE Report Form (paper or electronic) as appropriate: 
• Any laboratory test result that is clinically significant or meets the definition of an 
SAE 
• Any laboratory abnormality that required the subject to have study drug discontinued 
• Any laboratory abnormality that required the subject to receive specific corrective 
therapy. 
 
It is expected that wherever possible, the clinical, rather than the laboratory term would 
be used by the reporting investigator (ie, anemia versus low hemoglobin value). 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
68 
 
 
11.6 
Pregnancy 
If, following initiation of the investigational product, it is subsequently discovered that a 
study subject is pregnant or may have been pregnant at the time of investigational 
product exposure, including during at least 6 half‐lives after product administration, the 
investigational product will be permanently discontinued in an appropriate manner. 
Protocol‐required procedures for study discontinuation and follow‐up must be 
performed on the subject unless contraindicated by pregnancy (ie, x‐ray studies). Other 
appropriate pregnancy follow‐up procedures should be considered if indicated. 
The investigator must immediately notify the Johns Hopkins IRB of this 
event and complete and forward a Pregnancy Surveillance Form to BMS PVG  
within 24 hours and in accordance with SAE reporting procedures described in 
Section 11.3.  
 
Follow‐up information regarding the course of the pregnancy, including perinatal and 
neonatal outcome and, where applicable, offspring information must be reported on 
the Pregnancy Surveillance Form. 
Any pregnancy that occurs in a female partner of a male study participant should be 
reported to the sponsor. Information on this pregnancy will be collected on the 
Pregnancy Surveillance Form. 
11.7 
Overdose 
An overdose is defined as the accidental or intentional administration of any dose of a 
product that is considered both excessive and medically important. All occurrences of 
overdose must be reported as SAEs (see Section 11.3 for reporting details). 
 
11.8 
Other Safety Considerations 
Any significant worsening noted during interim or final physical examinations, 
electrocardiograms, x‐rays, and any other potential safety assessments, whether or not 
these procedures are required by the protocol, should also be recorded as a non‐serious 
or serious AE, as appropriate, and reported accordingly. 
 
12.   
Data and Safety Monitoring 
 
12.1 
Data Management 
All information will be collected on study‐specific case report forms by the study staff.  
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
69 
 
The completed forms will be forwarded for central review and inclusion in the study 
dataset with relevant source documentation as outlined in the case report forms. The 
data submission schedule is as follows: 
 
At the time of registration:  
‐ 
Registration Form 
‐ 
Informed Consent Form (signed by the subject) 
‐ 
Eligibility Checklist 
‐ 
Source documents related to eligibility and randomization 
 
Within 2 weeks after registration: 
‐ 
Baseline study case report forms 
‐ 
Pertinent source documents 
 
Within 2 weeks after final dose of study medication: 
‐ 
On study case report forms 
‐ 
Pertinent source documents 
The investigator will permit study‐related monitoring, audits, and inspections by the IRB, 
government regulatory bodies, and University compliance and quality assurance groups 
of all study related documents. The investigator will ensure the capability for inspections 
of applicable study‐related facilities (e.g. pharmacy, diagnostic laboratory, etc.).  
 
The SKCCC Compliance Monitoring Program will provide external monitoring for JHU‐
affiliated  sites  in  accordance  with  SKCCC  DSMP  (Version  6.0,  02/21/2019).    The  SMC 
Subcommittee  will  determine  the  level  of  patient  safety  risk  and  level/frequency  of 
monitoring. Data monitoring of this protocol will occur on a regular basis.  The protocol 
will be monitored internally (Johns Hopkins East Baltimore and Bayview Medical Center 
Campuses) at SKCCC by the Principal Investigator and externally by the SKCCC CRO in 
accordance with SKCCC guidelines.   
 
The study team will follow the SKCCC Coordinating Center Operations Manual to verify 
the following items: 
 
 Confirmation that the coordinating center PI has contact information for all centers  
 Plan for review of each site’s IRB approval documents and consent forms  
 If federally funded research, confirmation that each participating site has on file an 
FWA with OHRP  
 Method of assuring that all centers have the most current version of the protocol 
and amendments to the protocol will be communicated to all centers 
 Plan for collection and management of data from all centers  

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
70 
 
 Process for reporting and evaluating protocol events and deviations from all centers 
12.2 
Meetings 
Teleconferences of all investigators, research nurses and other study staff involved in 
the study will take place, starting once both sites have enrolled a subject. The following 
study team members involved with the conduct of the trial will be included as 
appropriate: study coordinators, data managers, research nurses, sub‐investigators, 
collaborators (if applicable), and statistician. 
 
During these meetings, matters related to the following will be discussed: enrollment 
rate relative to expectation, characteristics of participants, retention of participants, 
adherence to protocol (potential or real protocol violations), validity and integrity of the 
data, toxicities, acquisition of serum samples and transfer to lab, and progress of data 
for objectives. 
12.3 
Monitoring 
Evaluation of safety will be monitored continuously through day 100 following the last 
dose of nivolumab.  The evaluations will be conducted under the direction of Dr. Patrick 
Forde and the study statistician; additional information may be found in the statistical 
section. 
13.   
Administrative Procedures 
13.1 
Protocol Amendments 
Any changes to the protocol will be made in the form of an amendment and must be 
approved by the IRB before implementation. The Principal Investigator is responsible for 
the coordination and development of all protocol amendments. 
13.2 
Informed Consent 
An investigator will explain to each subject the nature of the study, its purpose, 
procedures involved, expected duration, potential risks and benefits. Each subject will 
be informed that participation in the study is voluntary and that she may withdraw from 
the study at any time, and that withdrawal of consent will not affect her subsequent 
medical treatment. This informed consent will be given by means of a standard written 
statement and will be submitted for IRB approval prior to use. No patient will enter the 
study before her informed consent has been obtained. In accordance with the Health 
Information Portability and Accountability Act (HIPAA), the written informed consent 
document (or a separate document to be given in conjunction with the consent 
document) will include a subject authorization to release medical information to the 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
71 
 
study sponsor and supporting agencies and/or allow these bodies, a regulatory 
authority, or Institutional Review Board access to subjects’ medical information that 
includes all hospital records relevant to the study, including subjects’ medical history. 
13.3 
Ethics and Good Clinical Practice 
This study must be carried out in compliance with the protocol and Good Clinical 
Practice, as described in: 
1. ICH Harmonized Tripartite Guidelines for Good Clinical Practice 1996. 
2. US 21 Code of Federal Regulations dealing with clinical studies (including parts 50 and 
56 concerning informed consent and IRB regulations). 
3. Declaration of Helsinki, concerning medical research in humans (Recommendations 
Guiding Physicians in Biomedical Research Involving Human Subjects, Helsinki 1964, 
amended Tokyo 1975, Venice 1983, Hong Kong 1989, Somerset West 1996). 
The investigator agrees to adhere to the instructions and procedures described in it and 
thereby to adhere to the principles of Good Clinical Practice that it conforms to. 
13.4 
Regulatory Authorities 
 
13.4.1  Institutional Review Board 
Information regarding study conduct and progress will be reported to the Institutional 
Review Board (IRB) per the current institutional standards of each participating center. 
 
13.4.2 Food and Drug Administration (FDA) 
13.5  Principal Investigator Responsibilities 
 
The Protocol Chair is responsible for performing the following tasks: 
• Coordinating, developing, submitting, and obtaining approval for the protocol as well 
as its subsequent amendments. 
• Assuring that the correct version of the protocol is used. 
• Taking responsibility for the overall conduct of the study and for monitoring the 
progress of the study. 
• Reviewing and ensuring reporting of Serious Adverse Events (SAE). 
• Reviewing data from all sites. 
14.    Statistical Considerations  
Addition of two expansion cohorts: 
 
This protocol is investigating the safety and feasibility of neoadjuvant immune checkpoint 
inhibition in subjects with resectable stage IB, II and IIIA NSCLC.  The original arm of the 
protocol consisted of a six patient run‐in phase followed by a 10 patient expansion cohort.  

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
72 
 
While encouraging pathological responses were seen with the original treatment plan, 
most patients had remaining tumor after two doses of nivolumab over one month of 
treatment.    It  is  possible  that  six  weeks  of  therapy  and/or  dual  immune  checkpoint 
inhibition is necessary to get maximal immune infiltration and tumor regression with 
neoadjuvant immune checkpoint inhibition.  We, therefore, seek to expand the current 
20‐patient study to include two new treatment arms with a longer duration of treatment: 
a  15‐patient  arm  treated  with  a  six  week  course  of  nivolumab  and  a  15‐patient  arm 
treated with nivolumab and ipilimumab for six weeks.  However, due to preliminary data 
from a phase III study of neoadjuvant immunotherapy in NSCLC in which the nivolumab + 
ipilimumab arm was discontinued prematurely, we have amended our protocol to close 
the nivolumab+ipilimumab (Arm A) prior to complete accrual. 
 
Patients will initially be enrolled to Arm A of this protocol,  this arm had intended to 
include 15 patients to receive nivolumab (on day ‐42, ‐28 and ‐14) and ipilimumab (on day 
‐42 only) but as above will be closed early prior to complete accrual.  Similar to the first 
portion of the study, there will be a six patient run‐in for Arm A (nivolumab + ipilimumab) 
only to preliminarily assess safety.  . The primary objective of this arm will be safety and 
feasibility of nivolumab + ipilimumab.  Subsequently 15 patients will be enrolled to Arm 
B (nivolumab single agent on day ‐42, ‐28 and ‐14). A 6 patient safety run‐in will not be 
performed for Arm B. The primary objective of this arm will be safety and feasibility of 
neoadjuvant nivolumab  x 3 doses. Along with the original patient set, these two arms will 
provide information about the effect of a longer course of therapy on immune correlates, 
as well as the effect on pathologic regression of a combination anti‐PD1 and anti‐CTLA4  
treatment approach and longer course of single agent anti‐PD1. 
 
Experience with nivolumab + ipilimumab (Arm A) as neoadjuvant immunotherapy in 
NSCLC at the time of the amendment closing this treatment arm (11/9/2018): 
The safety run‐in of this expansion arm (first six patients) was completed without any 
safety events, and all patients were able to proceed to surgery as planned.  Three 
additional patients were enrolled.  Two of these patients completed treatment without 
safety events, one proceeded to surgery as planned and one was found to have adrenal 
metastases following treatment prior to surgery, and did not undergo surgery.  The 
ninth patient completed neoadjuvant therapy and proceeded to surgery, however this 
patient passed away in the postoperative period at MSKCC and the event was assessed 
as "possibly related" to pneumonitis from the neoadjuvant treatment and reported to 
regulatory authorities.  Given this event and the discontinuation of the development of 
ipilimumab and nivolumab in early stage lung cancer, a decision was made to 
discontinue enrollment to this arm of the study.   
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
73 
 
Safety and feasibility were evaluable in nine patients.  Two patients were not resected 
due to occult metastasis discovered at the time of surgery.  Outcomes for subjects 
enrolled in Arm A  were published in 2020 (Reuss et al. JITC 2020) 96.  
 
 
Experience with nivolumab monotherapy (Arm B) at the time of the current 
amendment: 
Accrual to Arm B is currently ongoing with no unexpected adverse events.   
 
 
14.1 
Study Design 
Patients with operable stage  I, II and IIIA non‐small cell lung cancer (NSCLC) enrolled in  
arm A will receive nivolumab 3mg/kg IV for 3 doses (day ‐42, ‐28 and ‐14) with 
ipilimumab 1mg/kg IV for 1 dose on day ‐42 prior to surgical resection (between day ‐3  
and day +10) while patients enrolled to arm B will receive single agent nivolumab 240mg 
IV for 3 doses on the same schedule. Patients in Arm C will receive three doses of nivolumab 
360 mg IV, carboplatin AUC 6 IV, and paclitaxel 200 mg/m2 IV on prior to surgical resection.   
Patients will be observed for perioperative grade 3‐4 adverse events through day 100 
(or day 30 post surgery – whichever is longer) following the last dose of study drug(s).  
Safety and feasibility will be monitored continually throughout the study through 
biweekly meetings with investigators.  A set of markers of immune reactivity measured 
in lung tumor resection specimens, draining lymph nodes, and peripheral blood will be 
evaluated.  Feasibility in this study means the successful completion of preoperative 
treatment and proceeding to surgery without any extended treatment‐related delays. 
Extended treatment‐related delay is defined as >24 days from preplanned Day 0 in this 
context (>14 days from preplanned day 0 plus 10 extra days to allow for OR scheduling 
constraints etc.). 
 
The primary endpoint statistical calculations will be based on the 9 treated patients in 
Arm A (nivolumab + ipilimumab) and subsequently 15 treated patients in Arm B 
(nivolumab x 3).  The stopping rules for safety and feasibility will remain the same for 
Arm B. 
 
Design and sample size Arm C: 
The primary objective for this arm will be pathologic complete response (pCR), defined 
as no residual tumor cells on histolopathologic examination of resected tumor following 
neoadjuvant therapy.  Sample size is based on an exact single‐stage design, Hern (2001).  
Safety will be continuously monitored during the study. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
74 
 
 
A review of the literature was done to extract pCR data from clinical trials that could 
serve as references for this arm of the study.  Fourteen trials with at least one relevant 
treatment arm were selected. The number of pCR responses observed out of the 
number of patients surgically evaluated from each study, table below, served as input 
for a random effects meta‐analysis of these data.  Assuming exchangeable pCR response 
rates, the predictive distribution based on the historical proportion of responders had 
mean pCR 8.9%, and median pCR 7.2% (with a 95% credible interval of 1.3% to 27.9%).  
For ease of use and interpretation, this predictive distribution can be approximated by a 
Beta density with matching mean and standard deviation, resulting in a Beta(1.9, 16.2) 
distribution.  The mean of 8.9% will be our reference value (null) for pCR in Arm C and 
the distribution will be used informally as a summary of the historical information when 
interpreting the results of the study.  Our alternative hypothesis is that pCR with the 
combination neoadjuvant chemo‐immunotherapy will be 35% or higher.  We will 
continue treating patients (up to a maximum of 20) until 15 have been treated and 
surgically evaluated for pCR.  With this sample size, the hypothesis that the pCR is less 
than or equal to 8.9% could be evaluated with a type I error rate of less than 5% and the 
hypothesis that the pCR is greater than or equal to 35% could be evaluated with 82% 
power (type II error of 18%).  Given the small number of patients in each arm and the 
importance of obtaining correlative data for all patients, there will no futility monitoring 
for this arm based on pCR.  
 
 
Historical references for pCR 
Reference 
Number surgically 
evaluated 
Number 
with pCR 
 
% pCR 
Pisters1 
58 
9 
15.5 % 
Pisters2 
152 
15 
9.9 % 
Roth3 
20 
0 
0.0 % 
Rosell4 
27 
1 
3.7 % 
Felip5 
181 
19 
10.5 %  
Gilligan6 
230 
8 
3.5 % 
Scagliotti7 
110 
5 
4.5 % 
Van Meerbeeck8 
154 
8 
5.2 % 
Nagai9 
28 
0 
0.0 % 
Betticher10 
78 
11 
14.1 % 
Jaklitsch11 
63 
0 
0.0 % 
Martini12 
114 
19 
16.7 % 
Depierre13 
167 
19 
11.4 % 
Westeel14 
257 
22 
8.6 % 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
75 
 
 
14.2  Objectives 
   
14.2.1  Primary Objective 
To investigate the safety and feasibility of neoadjuvant nivolumab +/‐ ipilimumab in 
subjects with resectable stage IB, II and IIIA NSCLC.   
 
The primary objective of Arm C is to evaluate pCR, as measured by percent tumor regression, to 
neoadjuvant nivolumab with chemotherapy. 
 
14.2.2  Secondary Objectives 
i. To evaluate pathologic response to neoadjuvant nivolumab +/‐ ipilimumab in terms of 
percent tumor regression 
ii. To evaluate the frequency of major pathologic response (MPR) to neoadjuvant 
treatment. MPR is defined as <10% remaining viable tumor in the resection specimen 
after neoadjuvant treatment 
iii. To evaluate radiographic response to neoadjuvant therapy using RECIST 1.1 
iv. Safety will be a secondary objective for Arm C 
14.3 Primary Endpoint Definition 
 
14.3.1  Primary Endpoints 
 
Safety of nivolumab +/‐ ipilimumab administered preoperatively according to the 
planned schema in NSCLC.  
Safety will be measured by: 
• Frequency of drug related adverse events occurring up to 100 days after the last dose 
of study treatment or 30 days after surgery (whichever is longer). 
• Frequency of serious adverse events occurring up to 100 days after the last dose of 
study treatment or 30 days after surgery (whichever is longer). 
• Frequency of clinical laboratory test by worst toxicity grade using NCI CTC v4.0 (as 
assessed at the time intervals outlined in the study calendar in section 8, Table 3) 
 
Feasibility of preoperative administration of nivolumab +/‐ ipilimumab in NSCLC. 
Feasibility will be evaluated as the successful completion of preoperative treatment and 
proceeding to surgery without any extended treatment‐related delays defined as >24 
days from preplanned Day 0 in this context. 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
76 
 
For Arm C, the primary endpoint will be pathologic complete response (pCR), defined as 0% 
residual tumor in the resection specimen on pathologic review. Secondary endpoints include 
safety adverse events, MPR, and radiographic response with RESIST 1.1. 
 
14.4  Safety Endpoint 
Safety stopping rule:   
Nivolumab, 3 mg/kg IV, on days ‐28 and ‐14 prior to surgery has been tested for safety 
and feasibility in 19 patients enrolled in the first part of the study, all of these patients are 
in  postoperative  follow  upAs  of  October  1,  2016,  there  were  no  delays  to  surgery, 
meaning this treatment plan was feasible for all enrolled patients.  Eighteen of nineteen 
patients were able to receive both neoadjuvant doses.  The one patient not receiving both 
doses of nivolumab developed fevers on day 7 with tumor cavitation possibly related to 
treatment (grade 3 SAE) and proceeded directly to surgery without the second dose of 
nivolumab. Surgery and recovery postoperatively was uncomplicated.  
 
The primary DLTs of concern for safety monitoring in the new expansion cohorts will be 
grade  3‐4  toxicities  of  the  types  listed  in  section  7.3.4.  These  include  liver,  GI,  renal, 
pneumonitis  and  any  other  grade  3‐4  toxicity  that  in  the  opinion  of  the  investigator 
significantly interfered with the subjects’ optimal perioperative management.  They will 
be monitored continuously for fifteen patients in each arm through day 100 following the 
last dose of study treatment (or day 30 post surgery, whichever is longer).   
 
For the first part of the study, we assumed that the risk of grade 3‐4 toxicities in advanced 
NSCLC  and  other  solid  tumors  is  25%  and  we  used  a  Beta  prior  distribution  with 
parameters 1 and  3.    With this prior, there is 90% probability that this proportion is 
between 1.7% and 53.6%.  The safety stopping rule for the new expansion cohorts will 
apply this prior distribution to the observed number of patients experiencing DLT and will 
compute the resulting probability of DLT.  If the posterior probability of risk >.25, based 
on Bayes rule and the assumption implied by the prior, is 70% or higher the study will 
stop.   
 
In the first six patients enrolled to Arm A there will be two modifications to the above stopping 
rule:   
1. If the first patient on study experiences a DLT, we will not stop, but treat one additional 
patient before making a decision. 
2. In the first six patients, if there has been one DLT and a second DLT is seen in the fifth or 
sixth patient, the study will be paused for an additional safety review and may or may not 
continue.   
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
77 
 
Table 1.  Stopping rule for safety. 
Stop if DLTs 
2 
3 
4 
5 
and N patients 
2‐
4 
5‐
8 
9‐
11
12‐
15 
As an example, the rule will call for stopping the study if 4 patients out of the first 9 
experiences grade 3‐4 DLT. The following table shows the percent of the time that the 
stopping rule will stop the study under different hypothetical risks of toxicity, along with 
the average sample size (based on 5000 simulations). The third row of the table gives the 
percentage of simulated studies where a second toxicity in the fifth or sixth patient would 
have caused the study to be paused for a review and possibly stopped.    
 
Table 2.  Operating characteristics based on 5,000 simulations with 15 patients and safety 
stopping rule. 
Simulated Risk of DLT 
.10 
.15 
.20 
.25 
.30 
.35 
.40 
.50 
% of Time Study Stops 
7.8% 
19.4%  32.2%  48.0%  63.0%  75.7%  86.5%  96.3% 
Expected Sample Size 
14.2 
13.2 
12.1 
10.7 
9.3 
8.0 
6.6 
4.8 
% with additional safety 
review. 
4.7% 
6.7% 
8.5% 
8.2% 
5.7% 
4.0% 
2.2% 
0.7% 
 
 
Safety Monitoring for Arm C: 
The primary DLTs of concern for safety monitoring will be toxicities of the types listed in 
7.6.1.2.  They will be monitored continuously through day 100 following the last dose of 
study treatment (or day 30 post surgery, whichever is longer).   
 
The safety stopping rule will pause the if the posterior probability of risk > 0.30, based on 
Bayes rule and the assumption implied by the prior, is 70% or higher.  Based on previous 
studies of adjuvant therapies involving immunotherapy and chemo‐immunotherapy, the 
frequency of grade 3‐4 adverse has been fairly low: Forde (2018) 1/22 (5%) and Provencio 
(ASCO 2019) 6/46 (13%).  There is  potential for increased toxicity with the proposed 
combination however, and therefore the prior for this monitoring rule will be beta (1, 4).  
This means that our prior guess at the proportion of failures is 20.0%, and there is 90% 
probability  that  this  proportion  is  between  1.3%  and  52.7%.    The  stopping  rule  and 
operating characteristics are given in the tables below. 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
78 
 
Arm C stopping rule for safety. 
   
 
 
 
Operating characteristics based on 5,000 simulations 
Simulated Risk of DLT 
.10 
.15 
.20 
.25 
.30 
.35 
.40 
.50 
% of Time Study Stops 
2.0% 
6.3% 
12.6% 
21.6% 
34.3% 
50.5% 
62.2% 
85.0% 
Expected Sample Size 
14.8 
14.4 
13.8 
13.0 
12.1 
10.7 
9.6 
7.1 
 
14.5  Feasibility Endpoint 
14.5.1    Early  stopping  guideline  for  feasibility:   The  feasibility  of  neoadjuvant  nivolumab+/‐ 
ipilimumab will be based on patients proceeding to surgery without extended treatment related 
delays.  A treatment related delay will be considered “extended” if it is greater than 24 days 
following the initially planned surgery date.  For feasibility, a toxicity of any grade, that in the 
judgment  of  the  investigator  or  surgeon  could  adversely  impact  perioperative  morbidity  or 
mortality, should delay the planned operative date.  We will use a probability‐based decision rule 
for  the  study  to  decide  if  the  probability  successfully  proceeding  to  surgery  as  planned  is 
convincingly less than .90.   
 
Previously we expected, a priori, the feasibility to be high and that 90% of patients would 
not have their surgery delayed.  Based on results in the first arm of this study,  where all 
19 patients were feasible and proceeded to surgery without delay, we expect this will be 
true for the expansion cohorts as well.  The monitoring rule for the expansion cohorts will 
therefore  use  an  a  priori  optimistic  Beta(9,1)  prior  distribution.    This  distribution 
corresponds to an assumption that 9 out of 10 patients will proceed to surgery as planned 
and 90% certainty that feasibility is between .715 and .994.  This stopping rule will hold 
enrollment if, given the data, there is at least 90% probability that fewer than 90% of 
patients  can  continue  to  surgery  without  treatment  related  delays.    The  feasibility 
stopping rule calls for the study to be paused for a review if the number of patients 
successfully proceeding to surgery is too low.  For example, if neither of the first 2 patients 
are able to proceed to surgery without a delay, the study should stop.  If only 1 of the first 
3 patients goes to surgery as planned, the study continues, but the study would be paused 
for a review if the fourth patient does not.  If the feasibility stopping boundary is reached, 
we will reevaluate the clinical advantages of the treatment, pathological tumor response 
and prolonged PFS, against the risks and consider re‐designing the regimen to allow more 
time between the last dose of study treatment and surgery to better manage potential 
Stop if AEs 
2 
3 
4 
5 
6 
7 
and N participants  
2 
3‐5 
6‐8 
9‐11 
12‐14 
15 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
79 
 
side effects. While an optimistic prior is used to define the stopping boundary, we will use 
a uniform prior in the analysis phase. 
 
 
Table 3.  Stopping Rule for Feasibility. 
No.  patients  for  whom 
the regimen is feasible 
0 
1 
2 
3 
4 
5 
6 
7 
No. of patients 
2 
4 
5 
6 
8 
10 
12 
14 
 
14.5.2  Operating characteristics:  The operating characteristics of this feasibility rule 
have been calculated based on 5000 simulations.  If the posterior certainty is 90% or 
higher that feasibility is less than 0.90, based on Bayes rule and the assumption of a 
Beta(9,1)  prior,  further  study  will  be  reconsidered.    For  data  simulated  with  known 
probabilities of feasibility (θ), the second row in the table below shows the percent of 
time that the feasibility rule will determine that the underlying proportion of patients who 
can continue to surgery is below the benchmark of 90% and the study should be stopped 
early or after the 15th patient based on the feasibility rule.  The fourth row in the table 
gives the additional percentage of studies for which the posterior probability of not being 
feasible at the end of the study is greater than the posterior probability being feasible.  
These studies would also be considered as having failed feasibility. 
 
Table 4.  Operating characteristics of feasibility rule based on 5,000 simulations.     
 
 
14.5.3  Feasibility Sample Size and Accrual 
The analysis plan for Arm A, which is being discontinued early will be descriptive based 
on nine patients.  The following plan will now apply to Arm B of the study.  The accrual 
rate for this study is expected to be 2‐3 patients per month.  Arm B will have enrolled 
fifteen patients if the study does not stop early. We will provide the posterior estimate 
and a 90% posterior credible interval. The final analysis will use a uniform reference 
prior for the proportion of patients for whom the neoadjuvant regimen is feasible in this 
setting. For example, if at least 11 patients were able to proceed directly to surgery after 
the regimen, then the posterior estimate will be 0.71, and the 90% credible interval will 
be (0.52, 0.87). Since this credible interval does not include 0.90, we will not consider 
neoadjuvant immunotherapy feasible in this setting. Using this criterion, at least 12 of 
15 patients will have to have been able to go to surgery without problems (i.e., no issues 
True feasibility (θ) 
0.30
0.40
0.50
0.60
0.70
0.75 
0.80 
0.85
0.90
% studies stopped 
100%
99.8%
98.8%
92.4%
74.1%
58.3% 
40.4%
22.0%
7.7%
Expected sample size 
3.5 
4.5
5.6
7.4
9.7
11.2 
12.4 
13.7
14.5
Additional studies with posterior 
probability  infeasible  >50%  at 
final analysis 
0.0% 
0.2% 
1.2% 
7.1% 
22.2% 
33.7% 
42.3% 
44.7% 
37.8% 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
80 
 
relating to feasibility) for us to consider the regimen feasible. If the neoadjuvant 
treatment is feasible for 12 of 15 patients, then the estimate of the chance the regimen 
is feasible will be 0.76 and the 90% credible interval will be (0.58, 0.91), which includes 
0.90.  
14.6 Statistical Analysis Plans 
14.6.1  Analysis plan for safety 
The proportion of DLTs will be reported with exact binomial 95% confidence intervals.  
All other adverse events will be similarly summarized by type and grade.   
14.6.2  Analysis plan for feasibility 
The following table shows the 90% credible intervals for the underlying probability of 
feasibility, based on different numbers of patients going to surgery without extensive 
delay, using a Beta (1,1) prior. The analysis plan is two‐sided (5% in each tail), allowing 
for the full range of possible outcomes, while sample size is based on a one‐sided 
consideration (10% in the upper tail).  As an example of the final inference, if 14 out of 
15 patients go to surgery without an extended delay, we will be fairly confident that 
feasibility is adequate. We will require that 12 out of 15 patients not have extended 
surgery delays for neoadjuvant immunotherapy to be considered for further study in 
this setting. 
 
Number 
feasible 
out 
of 
15, 
posterior  estimate,  and  (90% 
Credible Interval) 
Decision 
  7 out of 15    47.1    (27.9, 66.7) 
Not Feasible 
  8 out of 15      53.0  (33.3, 72.1) 
Not Feasible 
  9 out of 15    58.8    (39.1, 77.3) 
Not Feasible 
10 out of 15    64.7    (45.2, 82.2) 
Not Feasible 
11 out of 15     70.6   (51.6, 86.8) 
Not Feasible 
12 out of 15    76.5    (58.3, 91.0)   
Feasible 
13 out of 15     82.4   (65.6, 94.7) 
Feasible 
14 out of 15    88.2    (73.6, 97.7) 
Feasible 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
81 
 
15 out of 15      94.1  (86.6, 1.0) 
Feasible 
 
14.6.3  Analysis plan for Arm C 
At least 4 patients will have to achieve pCR for the study to reject the null hypothesis 
that the proportion with pCR is less than or equal to 8.9%.  The following table shows 
90% confidence intervals based on possible numbers of pCRs out of 15 patients.  For 
comparison, the analysis will also include a Bayesian interpretation.  Based on the 
anticipated pCR for this combination of 35%, an optimistic prior is Beta(1.6, 3.0).  This 
distribution corresponds to an assumption that 35% of patients will obtain pCR and 90% 
certainty that the pCR probability is between 6.4% and 71.9%.  Combining this prior and 
the possible observed results, the table below also shows 90% credible intervals for the 
underlying probability of pCR.  If nine out of 15 patients obtain pCR, we will be fairly 
confident that the probability of pCR is 35% or higher with the therapy. 
 
 
  Final inferences based on observing 4 or more pCR in 15 patients. 
Observed pCR 
90% Confidence Interval 
90% Credible Interval 
If 4 pCRs out of 15 pts: 
(7.9, 45.4) 
(13.5, 46.2) 
If 5 pCRs out of 15 pts: 
(13.3, 53.4) 
(17.5, 51.8) 
If 6 pCRs out of 15 pts: 
(19.2, 60.8) 
(21.8,57.1) 
If 7 pCRs out of 15 pts: 
(25.5, 67.9) 
(26.2, 62.2) 
If 8 pCRs out of 15 pts: 
(32.1, 74.5) 
(30.9, 67.2) 
If 9 pCRs out of 15 pts: 
(39.2, 80.8) 
(35.7, 71.9) 
If 10 pCRs out of 15 pts: 
(46.6, 86.7) 
(40.8, 76.5) 
If 11 pCRs out of 15 pts: 
(54.6, 92.1) 
(46.1, 80.8) 
If 12 pCRs out of 15 pts: 
(63.0, 97.0) 
(51.6, 84.9) 
If 13 pCRs out of 15 pts: 
(72.2, 100.0) 
(57.3, 88.8) 
If 14 pCRs out of 15 pts: 
(82.7, 100.0) 
(63.4, 92.3) 
If 15 pCRs out of 15 pts: 
NA 
(73.8, 100.0) 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
82 
 
 
 
14.7  Exploratory Immune Endpoints 
 
14.7.1. Markers of response to anti‐PD‐1 
Markers of immune reactivity will be prospectively measured in lung tumor resection 
specimens, draining lymph nodes (DLNs) and serial peripheral blood samples from stage 
IB/II/IIIA NSCLC patients who receive preoperative immune checkpoint inhibition. All 
samples will be analyzed using whole exome sequencing, RNA sequencing, TCR 
sequencing, multicolor flow cytometry, immunohistochemistry and in situ hybridization 
for candidate surrogate markers of immune response to anti‐PD‐1, depending on tissue 
availability. These analyses include assessment of frequency of coordinate expression of 
co‐regulatory molecules (Table 5) by peripheral blood lymphocytes, tumor infiltrating 
lymphocytes, DLN cells and tumor cells. PD‐L1, CD3, CD4, CD8, granzyme B, CD20, and 
CD56 staining will be performed on biopsy and resection specimen and frequency of 
expression tabulated. Analysis of circulating cell‐free tumor DNA will be performed at 
serial timepoints. Additional molecules may be assessed as well. 
 
Table 5 – Selected co-regulatory molecules to be tested 
T Cell Subset 
Principle Role 
CD4, CD8 
Interaction of TCR with APC 
CD25 
Forms receptor for IL-2, may suppress anti-tumor immunity 
HLA-DR 
Presentation of antigens for immune recognition 
CD45RO 
Expression may potentiate anti-tumor immunity 
FoxP3 
Essential for production of Tregs, may suppress anti-tumor immunity 
LAP 
Potential marker for activated Tregs 
PD-1/PD-L1 
Inhibit anti-tumor immunity, PD-1 is primary target of nivolumab 
LAG-3 
Inhibitory co-receptor may synergize with PD-1 to suppress anti-tumor immunity 
ICOS 
Stimulates T cell response to tumor 
CTLA-4 
Immune checkpoint inhibits anti-tumor immune response 
OX40 
Co-stimulatory, contributes to memory T cell response 
4-1BB 
Anti-4-1BB antibody may potentiate anti-tumor response 
Abbreviations – CD, cluster differentiation; TCR, T-cell receptor; APC, antigen presenting cell; HLA-DR, human leukocyte 
antigen-D related; FoxP3, forkhead box P3; LAP, latency associated peptide; LAG-3, lymphocyte –activation gene 3; 
ICOS, Inducible T-cell costimulator; CTLA-4, cytotoxic T-lymphocyte antigen-4; PD-L1, Programmed death-ligand 1; 
 
14.7.2  Analysis of exploratory immunologic endpoints 
These exploratory analyses will be descriptive/graphical in nature, and are designed to 
generate new hypotheses to be tested in future clinical studies. When parameters of 
immune response are measured, continuous variables will be summarized with means 
and standard deviations. Dichotomous and categorical variables will be summarized 
using proportions with exact 95% confidence intervals and counts, respectively. These 
summaries will be computed for each treated patient at multiple time points before and 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
83 
 
after nivolumab administration as indicated in the study schema.  Plots will be used to 
show the changes in immune response over time both for each individual. For each 
patient, comparisons in the pre and post‐nivolumab responses will be compared using 
paired t‐tests, or Wilcoxon signed rank tests if data distribution is not normal, for 
continuous variables and McNemar’s test for dichotomous or categorical variables. 
Associations between immune responses will be explored graphically (e.g. scatterplots, 
boxplots) and numerically (e.g. correlations, χ2 tests). Boxplot is for visualization 
purposes. The correlations of immune markers will be quantified by correlations 
coefficient.   Similar comparisons will be performed between immunotherapy‐treated 
patients, and control patients with resectable NSCLC who do not receive nivolumab or 
nivolumab and ipilimumab but are enrolled on a companion tissue collection protocol.   
 
14.7.3  Analysis of exploratory features of gut microbiota that correlate with clinical 
response.  
Integration of microbiome science into cancer therapeutics is a new field of study. There 
are as yet no prospective human studies to determine if the microbiome influences the 
response to cancer therapies. However, two recent mouse papers published in Science 
(insert PMID: 26541606 and PMID: 26541610) have suggested that cancer 
immunotherapy is impacted by the composition of the microbiome and that certain 
bacterial species can promote improved therapeutic responses to checkpoint inhibitor 
therapy. Thus, the goal of this sample collection is to facilitate exploratory, correlative 
analyses between the gut microbiome communities and responses to neoadjuvant 
checkpoint blockade therapy.  
 
We will consider using 16S rRNA, shotgun metagenomics and/or RNA‐seq for 
analyses. 16S rRNA sequencing data will be filtered for poor quality and 
contaminant/chimeric sequences, followed by taxonomic assignment using standard 
bioinformatic pipelines such as QIIME and Resphera Insight. To detect differentially 
abundant taxa between responders and non‐responders, we will utilize the 
nonparametric Mann‐Whitney test with correction for multiple hypothesis testing using 
the False Discovery Rate. To evaluate beta‐diversity between responders and non‐
responders (i.e. shared total community composition), we will compute the UniFrac 
distance metric for all sample pairs, followed by principal coordinate analysis and 
significance testing with PERMANOVA. Functional inference of gene content from 16S 
rRNA data may also be performed using tools such as PICRUSt. While 16S rRNA 
identifies only bacterial sequences, metagenomics permits detection of viruses and 
fungi among others. Metagenomic analyses will be designed to remove human 
contaminant sequences followed by taxonomic assignment using Kraken and 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
84 
 
Pathoscope. Functional characterization of metagenomic data will be performed using 
the HUMAnN tool. Additionally, RNA‐seq analysis (meta‐transcriptomics) enables 
characterization of actively transcribed microbial genes and RNA viruses, with the 
potential to explore the combined host:microbial interaction(s).  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
85 
 
 
References 
1. Zhang X, Schwartz JC, Guo X et al Structural and functional analysis of the costimulatory 
receptor programmed death‐1 Immunity. 2004 Mar; 20(3):337‐47 
2. Dong H, Strome SE, Salomao DR et al Tumor‐associated B7‐H1 promotes T‐cell 
apoptosis: A potential mechanism of immune evasion Nat Med. 2002 Aug;8(8):793‐800 
3. Thompson RH, Kuntz SM, Leibovich BC et al Tumor B7‐H1 is associated with poor 
prognosis in renal cell carcinoma patients with long‐term follow‐up Cancer Res. 2006 
Apr 1;66(7):3381‐5 
4. Topalian SL, Hodi FS, Brahmer JR et al Safety, activity and immune correlates of anti‐PD‐
1 antibody in cancer N Engl J Med. 2012 Jun 28;366(26):2443‐54 
5. Brahmer JR, Horn L, Antonia SJ et al Survival and long‐term follow‐up of the phase I trial 
of nivolumab (Anti‐PD‐1; BMS‐936558; ONO‐4538) in patients with previously treated 
advanced non‐small cell lung cancer Journal of Clinical Oncology, 2013 ASCO Annual 
Meeting Proceedings (Post‐Meeting Edition). Vol 31, No 15_suppl (May 20 Supplement), 
2013: 8030 
6. Brahmer J, Reckamp KL, Baas P, et al. Nivolumab versus Docetaxel in Advanced 
Squamous‐Cell Non‐Small‐Cell Lung Cancer. N Engl J Med. 2015 Jul 9;373(2):123‐35. 
7. Borghaei H, Paz‐Ares L, Horn L, et al. Nivolumab versus Docetaxel in Advanced 
Nonsquamous Non‐Small‐Cell Lung Cancer. N Engl J Med. 2015 Oct 22;373(17):1627‐39. 
8. Gettinger S, Rizvi NA, Chow LQ, et al. Nivolumab Monotherapy for First‐Line Treatment 
of Advanced Non‐Small‐Cell Lung Cancer. J Clin Oncol. 2016 Jun 27. [Epub ahead of 
print] 
9. Hellmann MD, Gettinger SN, Goldman J, et al. Presented at the 2016 ASCO Annual 
Meeting, Chicago, Il, USA. 
10. Chen L Co‐inhibitory molecules of the B7‐CD28 family in the control of T‐cell immunity 
Nat Rev Immunol. 2004 May;4(5):336‐47 
11. Brahmer JR, Drake CG, Wollner I et al Phase I study of single‐agent anti‐programmed 
death‐1 (MDX‐1106) in refractory solid tumors: safety, clinical activity, 
pharmacodynamics, and immunologic correlates J Clin Oncol. 2010 Jul 1;28(19):3167‐75 
12. Ferlay J, Shin HR, Bray F, Forman D, Mathers CD, Parkin D. GLOBOCAN 2008, Cancer 
Incidence and Mortality Worldwide: IARC CancerBase No. 10. Lyon, France: 
International Agency for Research on Cancer; Year 2010 Available at: 
http://globocan.iarc.fr  
13.  www.seer.cancer.gov . Accessed 08/08/2012 
14. Arriagada R, Auperin A, Burdett S et al Adjuvant chemotherapy, with or without 
postoperative radiotherapy, in operable non‐small‐cell lung cancer: two meta‐analyses 
of individual patient data Lancet. 2010 Apr 10;375(9722):1267‐77.  

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
86 
 
15. Dunn GP, Bruce AT, Ikeda H et al Cancer immunoediting: from surveillance to tumor 
escape Nat Immunol. 2002 Nov;3(11):991‐8 
16. Retsas S, Priestman TJ, Newton KA et al Evaluation of human lymphoblastoid interferon 
in advanced malignant melanoma Cancer. 1983 Jan 15;51(2):273‐6 
17. West WH, Tauer KW, Yannelli JR et al Constant‐infusion recombinant interleukin‐2 in 
adoptive immunotherapy of advanced cancer N Engl J Med. 1987 Apr 9;316(15):898‐905 
18. Tao MH, Levy R Idiotype /granulocyte‐macrophage colony‐stimulating factor fusion 
protein as a vaccine for B‐cell lymphoma Nature. 1993 Apr 22;362(6422):755‐8 
19. Phan GQ, Attia P, Steinberg SM et al Factors associated with response to high‐dose 
interleukin‐2 in patients with metastatic melanoma J Clin Oncol. 2001 Aug 
1;19(15):3477‐82 
20. Sabatino M, Kim‐Schulze S, Panelli MC et al Serum vascular endothelial growth factor 
and fibronectin predict clinical response to high‐dose interleukin‐2 therapy J Clin Oncol. 
2009 Jun 1;27(16):2645‐52 
21. Joseph RW, Sullivan RJ, Harrell R et al Correlation of NRAS mutations with clinical 
response to high‐dose IL‐2 in patients with advanced melanoma J Immunother. 2012 
Jan;35(1):66‐72. 
22. Kantoff PW, Higano CS, Shore ND et al Sipuleucel‐T immunotherapy for castration‐
resistant prostate cancer N Engl J Med. 2010 Jul 29;363(5):411‐22 
23. Hodi FS, O'Day SJ, McDermott DF et al Improved survival with ipilimumab in patients 
with metastatic melanoma N Engl J Med. 2010 Aug 19;363(8):711‐23 
24. Krummel MF, Allison JP CD28 and CTLA‐4 have opposing effects on the response of T 
cells to stimulation J Exp Med. 1995 Aug 1;182(2):459‐65 
25. Leach DR, Krummel MF, Allison JP Enhancement of anti‐tumor immunity by CTLA‐4 
blockade Science. 1996 Mar 22;271(5256):1734‐6 
26. Nishimura H, Honjo T PD‐1: an inhibitory immunoreceptor involved in peripheral 
tolerance Trends Immunol. 2001 May;22(5):265‐8. 
27. Freeman GJ, Long AJ, Iwai Y et al Engagement of the PD‐1 immunoinhibitory receptor by 
a novel B7 family member leads to negative regulation of lymphocyte activation J Exp 
Med. 2000 Oct 2;192(7):1027‐34. 
28. Latchman Y, Wood CR, Chernova T et al PD‐L2 is a second ligand for PD‐1 and inhibits T 
cell activation Nat Immunol. 2001 Mar;2(3):261‐8 
29. Carter L, Fouser LA, Jussif J et al PD‐1:PD‐L inhibitory pathway affects both CD4(+) and 
CD8(+) T cells and is overcome by IL‐2 Eur J Immunol. 2002 Mar;32(3):634‐43 
30. Chemnitz JM, Parry RV, Nichols KE et al. SHP‐1 and SHP‐2 associate with 
immunoreceptor tyrosine‐based switch motif of programmed death 1 upon primary 
human T cell stimulation, but only receptor ligation prevents T cell activation J Immunol. 
2004 Jul 15;173(2):945‐54 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
87 
 
31. Sheppard KA, Fitz LJ, Lee JM et al PD‐1 inhibits T‐cell receptor induced phosphorylation 
of the ZAP70/CD3zeta signalosome and downstream signaling to PKCtheta FEBS Lett. 
2004 Sep 10;574(1‐3):37‐41 
32. Nishimura H, Nose M, Hiai H et al Development of lupus‐like autoimmune diseases by 
disruption of the PD‐1 gene encoding an ITIM motif‐carrying immunoreceptor Immunity. 
1999 Aug;11(2):141‐51 
33. Nishimura H, Okazaki T, Tanaka Y et al Autoimmune dilated cardiomyopathy in PD‐1 
receptor‐deficient mice Science. 2001 Jan 12;291(5502):319‐22 
34. Wang J, Yoshida T, Nakaki F et al Establishment of NOD‐Pdcd1‐/‐ mice as an efficient 
animal model of type I diabetes Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Aug 16;102(33):11823‐8 
35. Okazaki T, Tanaka Y, Nishio R et al Autoantibodies against cardiac troponin I are 
responsible for dilated cardiomyopathy in PD‐1‐deficient mice Nat Med. 2003 
Dec;9(12):1477‐83 
36. Salama AD, Chitnis T, Imitola J et al Critical role of the programmed death‐1 (PD‐1) 
pathway in regulation of experimental autoimmune encephalomyelitis J Exp Med. 2003 
Jul 7;198(1):71‐8 
37. Blazar BR, Carreno BM, Panoskaltsis‐Mortari A et al Blockade of programmed death‐1 
engagement accelerates graft‐versus‐host disease lethality by an IFN‐gamma‐dependent 
mechanism J Immunol. 2003 Aug 1;171(3):1272‐7 
38. Konishi J, Yamazaki K, Azuma M et al B7‐H1 expression on non‐small cell lung 
cancer cells and its relationship with tumor‐infiltrating lymphocytes and their PD‐1 
expression Clin Cancer Res. 2004 Aug 1;10(15):5094‐100 
39. Thompson RH, Gillett MD, Cheville JC et al Costimulatory B7‐H1 in renal cell carcinoma 
patients: Indicator of tumor aggressiveness and potential therapeutic target Proc Natl 
Acad Sci U S A. 2004 Dec 7;101(49):17174‐9 
40. Ohigashi Y, Sho M, Yamada Y et al Clinical significance of programmed death‐1 ligand‐1 
and programmed death‐1 ligand‐2 expression in human esophageal cancer Clin Cancer 
Res. 2005 Apr 15;11(8):2947‐53 
41. Tsushima F, Tanaka K, Otsuki N et al Predominant expression of B7‐H1 and its 
immunoregulatory roles in oral squamous cell carcinoma Oral Oncol. 2006 
Mar;42(3):268‐74 
42. Thompson RH, Webster WS, Cheville JC et al B7‐H1 glycoprotein blockade: a novel 
strategy to enhance immunotherapy in patients with renal cell carcinoma Urology. 2005 
Nov;66(5 Suppl):10‐4 
43. Thompson RH, Gillett MD, Cheville JC et al Costimulatory molecule B7‐H1 in primary and 
metastatic clear cell renal cell carcinoma Cancer. 2005 Nov 15;104(10):2084‐91 
44. Dong H, Chen L B7‐H1 pathway and its role in the evasion of tumor immunity J Mol Med 
(Berl). 2003 May;81(5):281‐7 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
88 
 
45. Azuma T, Yao S, Zhu G et al B7‐H1 is a ubiquitous antiapoptotic receptor on cancer 
cells Blood. 2008 Apr 1;111(7):3635‐43 
46. Iwai Y, Terawaki S, Honjo T PD‐1 blockade inhibits hematogenous spread of poorly 
immunogenic tumor cells by enhanced recruitment of effector T cells Int Immunol. 2005 
Feb;17(2):133‐44 
47. Iwai Y, Ishida M, Tanaka Y et al Involvement of PD‐L1 on tumor cells in the escape from 
host immune system and tumor immunotherapy by PD‐L1 blockade Proc Natl Acad Sci U 
S A. 2002 Sep 17;99(19):12293‐7 
48. Strome SE, Dong H, Tamura H et al B7‐H1 blockade augments adoptive T‐cell 
immunotherapy for squamous cell carcinoma Cancer Res. 2003 Oct 1;63(19):6501‐5. 
49. Hirano F, Kaneko K, Tamura H et al Blockade of B7‐H1 and PD‐1 by monoclonal 
antibodies potentiates cancer therapeutic immunity Cancer Res. 2005 Feb 1;65(3):1089‐
96 
50. Blank C, Brown I Peterson AC et al PD‐L1/B7H‐1 inhibits the effector phase of tumor 
rejection by T cell receptor (TCR) transgenic CD8+ T cells Cancer Res. 2004 Feb 
1;64(3):1140‐5 
51. Scagliotti GV, Fossati R, Torri V, et al. Randomized study of adjuvant chemotherapy for 
completely resected stage I, II, or IIIA non‐small‐cell lung cancer. J Natl Cancer Inst 
2003;95:1453–61 
52. The International Adjuvant Lung Cancer Trial Collaborative Group. Cisplatin‐based 
adjuvant chemotherapy in patients with resected non‐small cell lung cancer. N Engl J 
Med 2004;350:351–60 
53. Douillard JY, Rosell R, De Lena M et al Adjuvant vinorelbine plus cisplatin versus 
observation in patients with completely resected stage IB‐IIIA non‐small‐cell lung cancer 
(Adjuvant Navelbine International Trialist Association [ANITA]): a randomised controlled 
trial Lancet Oncol. 2006 Sep;7(9):719‐27 
54. Waller D, Peake MD, Stephens RJ et al Chemotherapy for patients with non‐small cell 
lung cancer: the surgical setting of the Big Lung Trial Eur J Cardiothorac Surg. 2004 
Jul;26(1):173‐82 
55. Butts CA, Ding K, Seymour L et al Randomized phase III trial of vinorelbine plus cisplatin 
compared with observation in completely resected stage IB and II non‐small‐cell lung 
cancer: updated survival analysis of JBR‐10 J Clin Oncol. 2010 Jan 1;28(1):29‐34 
56. Strauss GM, Herndon JE 2nd, Maddaus MA et al Adjuvant paclitaxel plus carboplatin 
compared with observation in stage IB non‐small‐cell lung cancer: CALGB 9633 with the 
Cancer and Leukemia Group B, Radiation Therapy Oncology Group, and North Central 
Cancer Treatment Group Study Groups J Clin Oncol. 2008 Nov 1;26(31):5043‐51 
57. Pignon JP, Tribodet H, Scagliotti GV et al Lung adjuvant cisplatin evaluation: a pooled 
analysis by the LACE Collaborative Group J Clin Oncol. 2008 Jul 20;26(21):3552‐9 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
89 
 
58. NSCLC Meta‐analyses Collaborative Group Adjuvant chemotherapy, with or without 
postoperative radiotherapy, in operable non‐small‐cell lung cancer: two meta‐analyses 
of individual patient data Lancet. 2010 Apr 10;375(9722):1267‐77 
59. Brahmer J, Reckamp KL, Baas P, et al. Nivolumab versus Docetaxel in Advanced 
Squamous‐Cell Non‐Small‐Cell Lung Cancer. N Engl J Med. 2015 May 31. [Epub ahead of 
print] 
60. Paz‐Ares L, Horn L, Borghaei H, et al. Phase III, Randomized Trial (CheckMate 057) 
of Nivolumab versus Docetaxel in Advanced Non‐squamous (non‐SQ) Cell Non‐small Cell 
Lung Cancer (NSCLC). Presented at ASCO Annual Meeting 2015, May 29‐June 2, 2015.  
61. Burdett S, Stewart LA, Rydzewska L A systematic review and meta‐analysis of the 
literature: chemotherapy and surgery versus surgery alone in non‐small cell lung cancer 
J Thorac Oncol. 2006 Sep;1(7):611‐21 
62. Depierre A, Milleron B, Moro‐Sibilot D et al Preoperative chemotherapy followed by 
surgery compared with primary surgery in resectable stage I (except T1N0), II, and IIIa 
non‐small‐cell lung cancer J Clin Oncol. 2002 Jan 1;20(1):247‐53 
63. Gilligan D, Nicolson M, Smith et al Preoperative chemotherapy in patients with 
resectable non‐small cell lung cancer: results of the MRC LU22/NVALT 2/EORTC 08012 
multicentre randomised trial and update of systematic review Lancet. 2007 Jun 
9;369(9577):1929‐37 
64. Scagliotti GV, Pastorino U, Vansteenkiste JF et al Randomized phase III study of surgery 
alone or surgery plus preoperative cisplatin and gemcitabine in stages IB to IIIA non‐
small‐cell lung cancer J Clin Oncol. 2012 Jan 10;30(2):172‐8 
65. Zitvogel L, Tesniere A, Kroemer G Cancer despite immunosurveillance: immunoselection 
and immunosubversion Nat Rev Immunol. 2006 Oct;6(10):715‐27 
66. Dunn GP, Bruce AT, Ikeda H Cancer immunoediting: from immunosurveillance to tumor 
escape Nat Immunol. 2002 Nov;3(11):991‐8 
67. Street SE, Cretney E, Smyth MJ Perforin and interferon‐gamma activities independently 
control tumor initiation, growth, and metastasis Blood. 2001 Jan 1;97(1):192‐7 
68. Shankaran V, Ikeda H, Bruce AT et al IFN gamma and lymphocytes prevent primary 
tumour development and shape tumour immunogenicity Nature. 2001 Apr 
26;410(6832):1107‐11 
69. Al‐Shibli KI, Donnem T, Al‐Saad S et al Prognostic effect of epithelial and stromal 
lymphocyte infiltration in non‐small cell lung cancer Clin Cancer Res. 2008 Aug 
15;14(16):5220‐7 
70. Törmänen‐Näpänkangas U, Soini Y, Pääkkö P High number of tumour‐infiltrating 
lymphocytes is associated with apoptosis in non‐small cell lung carcinoma APMIS. 2001 
Jul‐Aug;109(7‐8):525‐32 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
90 
 
71. Bremnes RM, Al‐Shibli K, Donnem T et al The role of tumor‐infiltrating immune cells and 
chronic inflammation at the tumor site on cancer development, progression, and 
prognosis: emphasis on non‐small cell lung cancer J Thorac Oncol. 2011 Apr;6(4):824‐33 
72. Schneider T, Kimpfler S, Warth A et al Foxp3(+) regulatory T cells and natural killer cells 
distinctly infiltrate primary tumors and draining lymph nodes in pulmonary 
adenocarcinoma J Thorac Oncol. 2011 Mar;6(3):432‐8 
73. Shimizu K, Nakata M, Hirami Y et al Tumor‐infiltrating Foxp3+ regulatory T cells are 
correlated with cyclooxygenase‐2 expression and are associated with recurrence in 
resected non‐small cell lung cancer J Thorac Oncol. 2010 May;5(5):585‐90 
74. Woo EY, Yeh H, Chu CS et al Cutting edge: Regulatory T cells from lung cancer patients 
directly inhibit autologous T cell proliferation J Immunol. 2002 May 1;168(9):4272‐6 
75. Zhang Y, Huang S, Gong D et al Programmed death‐1 upregulation is correlated with 
dysfunction of tumor‐infiltrating CD8+ T lymphocytes in human non‐small cell lung 
cancer Cell Mol Immunol. 2010 Sep;7(5):389‐95 
76. Wong RM, Scotland RR, Lau RL et al Programmed death‐1 blockade enhances expansion 
and functional capacity of human melanoma antigen‐specific CTLs Int Immunol. 2007 
Oct;19(10):1223‐34 
77. Wong RM, Scotland RR, Lau RL et al Programmed death‐1 blockade enhances expansion 
and functional capacity of human melanoma antigen‐specific CTLs Int Immunol. 2007 
Oct;19(10):1223‐34 
78. Lynch TJ, Bondarenko I, Luft A et al Ipilimumab in combination with paclitaxel and 
carboplatin as first‐line treatment in stage IIIB/IV non‐small‐cell lung cancer: results 
from a randomized, double‐blind, multicenter phase II study J Clin Oncol. 2012 Jun 
10;30(17):2046‐54 
79. Topalian SL, Sznol M, Brahmer JR et al Nivolumab (anti‐PD‐1; BMS‐936558; ONO‐4538) 
in patients with advanced solid tumors: Survival and long‐term safety in a phase I trial 
Journal of Clinical Oncology, 2013 ASCO Annual Meeting Proceedings (Post‐Meeting 
Edition). Vol 31, No 15_suppl (May 20 Supplement), 2013: 3002 
80. Wolchok JD, Hoos A, O’Day S et al. Guidelines for the evaluation of immune therapy 
activity in solid tumors:immune‐related response criteria Clin Cancer Res. 2009;15:7412‐
7420 
81. Grosso J, Horak CE, Inzunza D et al Association of tumor PD‐L1 expression and immune 
biomarkers with clinical activity in patients (pts) with advanced solid tumors treated 
with nivolumab (anti‐PD‐1; BMS‐936558; ONO‐4538) ASCO MEETING ABSTRACTS Jun 17, 
2013:3016 
82. Eggermont AM, Chiarion‐Sileni V, Grob JJ, et al. Adjuvant ipilimumab versus placebo 
after complete resection of high‐risk stage III melanoma (EORTC 18071): a randomised, 
double‐blind, phase 3 trial. Lancet Oncol. 2015 May;16(5):522‐30. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
91 
 
83. Spigel DR, Gettinger SN, Horn L et al Clinical activity, safety, and biomarkers of 
MPDL3280A, an engineered PD‐L1 antibody in patients with locally advanced or 
metastatic non‐small cell lung cancer (NSCLC). ASCO MEETING ABSTRACTS Jun 17, 
2013:8008 
84. Powderly JD, Koeppen H, Hodi FS et al Biomarkers and associations with the clinical 
activity of PD‐L1 blockade in a MPDL3280A study. ASCO MEETING ABSTRACTS Jun 17, 
2013:3001 
85. http://www.clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT01274338  
86. Carthon BC, Wolchok JD, Yuan J et al Preoperative CTLA‐4 blockade: tolerability and 
immune monitoring in the setting of a presurgical clinical trial Clin Cancer Res. 2010 May 
15;16(10):2861‐71 
87. Directive 2001/20/EC of the European Parliament and of the Council of 4 April 2001. 
Official Journal of the European Communities 2001;L 121/34‐44. 
88. Woo SR, Turnis ME, Goldberg MV et al Immune inhibitory molecules LAG‐3 and PD‐1 
synergistically regulate T‐cell function to promote tumoral immune escape Cancer Res. 
2012 Feb 15;72(4):917‐27 
89. Chen H, Liakou CI, Kamat A et al Anti‐CTLA‐4 therapy results in higher CD4+ICOShi T cell 
frequency and IFN‐gamma levels in both nonmalignant and malignant prostate tissues 
Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Feb 24;106(8):2729‐34 
90. Liakou CI, Kamat A, Tang DN et al CTLA‐4 blockade increases IFNgamma‐producing 
CD4+ICOShi cells to shift the ratio of effector to regulatory T cells in cancer patients Proc 
Natl Acad Sci U S A. 2008 Sep 30;105(39):14987‐92 
91. Fu T, He Q, Sharma P The ICOS/ICOSL pathway is required for optimal antitumor 
responses mediated by anti‐CTLA‐4 therapy Cancer Res. 2011 Aug 15;71(16):5445‐54 
92. Taube JM, Anders RA, Young GD et al Colocalization of inflammatory response with B7‐
h1 expression in human melanocytic lesions supports an adaptive resistance mechanism 
of immune escape Sci Transl Med. 2012 Mar 28;4(127):127ra37 
93. Schoenfeld J, Jinushi M, Nakazaki Y et al Active immunotherapy induces antibody 
responses that target tumor angiogenesis. Cancer Res. 2010 Dec 15;70(24):10150‐60 
94. Sivan et al. Commensal Bifidobacterium promotes antitumor immunity and facilitates 
anti‐PD‐L1 efficacy PMID 26541606 
95. Vétizou et al. Anticancer immunotherapy by CTLA‐4 blockade relies on the gut 
microbiota PMID 26541610 
96. Reuss JE, Anagnostou V, Cottrell TR, et al. Neoadjuvant nivolumab plus ipilimumab in 
resectable non‐small cell lung cancer J Immunother Cancer. 2020 Sep;8(2):e001282 
97. Gandhi L, Rodríguez‐Abreu D, Gadgeel S, et al. Pembrolizumab plus Chemotherapy in 
Metastatic Non‐Small‐Cell Lung Cancer. N Engl J Med. 2018 May 31;378(22):2078‐2092. 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
92 
 
98. Awad MM, Gadgeel SM, Borghaei H, et al. Long‐Term Overall Survival From KEYNOTE‐
021 Cohort G: Pemetrexed and Carboplatin With or Without Pembrolizumab as First‐
Line Therapy for Advanced Nonsquamous NSCLC. J Thorac Oncol. 2021 Jan;16(1):162‐
168. 
99. West H, McCleod M, Hussein M, et al. Atezolizumab in combination with carboplatin 
plus nab‐paclitaxel chemotherapy compared with chemotherapy alone as first‐line 
treatment for metastatic non‐squamous non‐small‐cell lung cancer (IMpower130): a 
multicentre, randomised, open‐label, phase 3 trial. Lancet Oncol. 2019 Jul;20(7):924‐
937. 
100. 
Socinski MA, Jotte RM, Cappuzzo F, et al. Atezolizumab for First‐Line Treatment 
of Metastatic Nonsquamous NSCLC. N Engl J Med. 2018 Jun 14;378(24):2288‐2301. 
101. 
Reck M, Rodríguez‐Abreu D, Robinson AG, et al. Updated Analysis of KEYNOTE‐
024: Pembrolizumab Versus Platinum‐Based Chemotherapy for Advanced Non‐Small‐
Cell Lung Cancer With PD‐L1 Tumor Proportion Score of 50% or Greater J Clin Oncol. 
2019 Mar 1;37(7):537‐546. 
102. 
Provencio M, Nadal E, Insa A, et al. Neoadjuvant chemotherapy and nivolumab in 
resectable non‐small‐cell lung cancer (NADIM): an open‐label, multicentre, single‐arm, 
phase 2 trial. Lancet Oncol. 2020 Nov;21(11):1413‐1422. 
103. 
Forde PM, Chaft JE, Smith KN, et al. Neoadjuvant PD‐1 Blockade in Resectable 
Lung Cancer N Engl J Med. 2018 May 24;378(21):1976‐1986. 
104. 
Shu CA, Gainor JF, Awad MM, et al. Neoadjuvant atezolizumab and 
chemotherapy in patients with resectable non‐small‐cell lung cancer: an open‐label, 
multicentre, single‐arm, phase 2 trial Lancet Oncol. 2020 Jun;21(6):786‐795. 
105. 
Hellmann MD, Chaft JE, William WN Jr, et al. Pathological response after 
neoadjuvant chemotherapy in resectable non‐small‐cell lung cancers: proposal for the 
use of major pathological response as a surrogate endpoint  Lancet Oncol. 2014 
Jan;15(1):e42‐50.  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
93 
 
Appendix A:  TNM staging system for lung cancer (7th edition) 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
94 
 
Appendix B: ECOG Performance Status Scale 
 
Score 
Definition 
0 
Asymptomatic 
1 
Symptomatic, fully ambulatory 
2 
Symptomatic, in bed less than 50% of day 
3 
Symptomatic, in bed more than 50% of day, 
but not bedridden 
4 
Bedridden 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
95 
 
Appendix C:  Guidelines for Tissue Banking Process  
 
 
Note: Only tissue that is absolutely not needed for clinical diagnosis or staging should be collected for 
tissue banking. If in doubt about this, do NOT submit specimens for banking.  
Banking of Frozen Tissue 
1. Place a single tissue specimen flat in the plastic bag. A single tissue specimen's overall volume should 
be at least 1 cm3, and at most 3 – 4 cm3, with at least one dimension measuring 0.5 cm thick or less to 
facilitate quick freezing.  
2. For a given case (patient), please collect sufficient non‐malignant and malignant tissue. Tissue 
selected should be grossly viable, and grossly consistent with tumor or adjacent normal tissue (see #5 
below for contraindications). Non‐malignant (i.e. "adjacent normal") tissue should be collected at least 2 
cm from the primary tumor, subject to any limitations from the specimen's physical dimensions. Do not 
place tumor and non‐malignant tissue in the same bag. For large tumors, do not place large pieces of 
tissue in a single bag. Rather, divide the tissue according to size guidelines in #1 above, and place each in 
an individual bag. Collect and separately identify both: 1) primary tumor and 2) metastatic lesions to 
lymph nodes or other tissues. Tissue will typically be taken by scalpel or dissection blade, though the use 
of 5 ‐7 mm skin punch biopsy tools could be considered in certain situations.  
3. Immediately place the specimens for freezing in an isopentane or 2‐methylbutane cryobath, or other 
effective liquid freezing agent. If no cryobath is available, then liquid N2 can be used as the freezing 
agent, in a properly insulated container and with sufficient safety precautions. The goal is to have 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
96 
 
bankable tissue immersed in the bath within 30 minutes of the OR's procurement from the patient. If 
more cryobath space is needed, move already frozen tissue to a ‐80C freezer in order to make sufficient 
room. Make sure to check periodically for cryobath problems (e.g. not maintaining temperature, 
refrigerant level low), and call for appropriate maintenance as needed. Do not freeze tissue by placing it 
fresh directly in the ‐80C freezer. 
4. On receipt by the tissue bank laboratory, the frozen tissue is embedded in OCT (Optimal Cutting 
Temperature medium), and a frozen section is stained with H&E and the section evaluated by the tissue 
bank pathologist for quality assurance (QA) purposes. A report on the histopathologic findings is filed or 
communicated as needed. The frozen section evaluation can also count for adjacent pieces of tissue if 
they were taken as a "mirror image" section to the surface cut for the frozen section. 
5. General contraindications to tissue banking 
DON'T bank tissue from these specimen types or situations: 
 
small tumors and other cases where all or most of the lesional tissue is needed for diagnosis  
 
surgical margins of resection specimens where tumor and benign areas cannot be clearly 
delineated grossly grossly visible areas of primarily necrosis, hemorrhage, or fat 
 
specimens which are known to have been delayed significantly more than 30 minutes past their 
procurement time in the OR  
 
tissue previously freeze‐thawed, or frozen slowly (e.g. in the cryostat or ‐80 freezer)  
 
areas of deepest invasion, tumor/normal interface, tumor/capsule interface, extranodal 
extension of tumor, and other key landmarks needed for surgical pathology evaluation and/or 
tumor staging  
 
chemotherapy‐ or radiation‐treated tumors  
 
diagnostic biopsies where most or all tissue must be submitted for pathology evaluation…most 
lymph node, GI, bone marrow, and liver biopsies fall in this category  
 
tissue clearly marked as intended for a special study such as immunofluorescence  
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
97 
 
 
Appendix D:  MANAGEMENT ALGORITHMS 
These general guidelines constitute guidance to the Investigator and may be supplemented by 
discussions with the Principal Investigator. The guidance applies to all immuno‐oncology agents and 
regimens. 
 
A general principle is that differential diagnoses should be diligently evaluated according to 
standard medical practice. Non‐inflammatory etiologies should be considered and appropriately 
treated. 
 
Corticosteroids are a primary therapy for immuno‐oncology drug‐related adverse events. The 
oral equivalent of the recommended IV doses may be considered for ambulatory patients with 
low‐grade toxicity. The lower bioavailability of oral corticosteroids should be taken into account 
when switching to the equivalent dose of oral corticosteroids. 
 
Consultation with a medical or surgical specialist, especially prior to an invasive diagnostic or 
therapeutic procedure, is recommended. 
The frequency and severity of the related adverse events covered by these algorithms will depend 
on the immuno‐oncology agent or regimen being used. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
98 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
99 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
100 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
101 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
102 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
103 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
104 
 
 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
105 
 
APPENDIX E: Sociodemographic Charactiersitics Questionnaire 
Date:  Month_____ / Day ______ / Year______ 
Study ID Number:  ______________________ 
 
INITIAL SOCIODEMOGRAPHIC CHARACTERISTICS QUESTIONNAIRE
 
FAMILY QUESTIONS
 
Both genetics and environment could be risk factors for the development of cancer. For 
this reason, it is important to determine your biological relationship with your family. 
 
5. Are you adopted? □ Yes □ No 
6. How many of each of the following family members do you have? 
Brothers: __________Sisters: __________Sons: __________ Daughters: _________ 
 
SMOKING QUESTIONS
 
7.  Do you smoke cigarettes?                                                              Yes 
 No, never 
  Not currently but I have in 
the past 
8.  At what age did you start smoking? 
_________ 
 
9.  When did you quit smoking cigarettes? 
_________ 
 
10.  How many total years have you or did you regulary smoke cigarettes? _____________ 
_________ 
 
11.  During the time you usually smoked regularly, how many cigarettes do or did you 
usually smoke per day?   _________ 
 
12. Do you smoke cigars?            □ Yes □ No, never □ Not currently but I have in the Past 
 
13. At what age did you start smoking cigars? ________ 
 
14. When did you quit smoking cigars? _________ 
 
15. How many years in total did you regularly smoke cigars? ___________ 
 
16.  Do you use smokeless tobacco or other nicotine products? (i.e. chewing tobacco, snuff, 
e‐cigarette, nicotine patch or gum)                        
 
 Yes 
 No 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
106 
 
If yes, please indicate type(s): 
_______________________________________________________ 
 
17. Were you exposed to asbestos, that you know of? □ Yes □ No, never 
 
18. Were you exposed to any other potential harmful exposures to your lung? □ Yes □ No, 
never 
 
ALCOHOL QUESTIONS
 
19.  Have you ever drunk alcoholic beverages, such as beer, wine, or liquor regularly, that is 
at least once a month? 
 Yes 
 No 
 
20. At what age did you start drinking alcoholic beverages regularly, i.e. at least once a 
month? 
 
__________________years of age 
 
21.  Before the age of 40, how many drinks of beer (12 oz.), wine (5oz.), or liquor (1 oz.) did 
you usually drink per week? 
More than one per week. Please indicate number_________________ 
Less than one per week_________________ 
Never drank before age 40 _________ 
 
22. After the age of 40, how many drinks of beer (12 oz.), wine (5 oz.), or liquor (1 oz.) did 
you usually drink per week? 
More than one per week. Please indicate number ________________ 
Less than one per week ___________ 
Never drank after age 40 __________ 
Currently aged less than 40 years __________ 
MEDICAL QUESTIONS
  23. Have you taken antibiotics in the last 3 months?     Yes          No 
     A list of antibiotics is attached for you to refer to. If no, skip to question 25. 
 
24. If you know the name of the antibiotic(s), please write it here. 
__________________________________________________________________________
__________________________________________________________________________ 
 
25. Have you had a bronchoscopy in the last 3 months?      Yes        No 
 
26. Have you taken oral corticosteroids in the last 2 weeks?    Yes         No 
(Oral corticosteroids examples: prednisone, dexamethasone, methlyprednisone, 
hydrocortisone) 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
107 
 
 
27. If you answered Yes to (26), please write the name and dose here and when you took 
these. 
_____________________________________________________________________________
_____________________________________________________________________________ 
 
28. Have you taken inhaled corticosteroids in the last 2 weeks?     Yes         No 
(Inhaled corticosteroids examples: budesonide, fluticasone, beclomethasone, ciclesonide) 
 
29. If you answered Yes to (28), please write the name and dose here and when you took 
these. 
_____________________________________________________________________________
_____________________________________________________________________________ 
 
30.Do you have sleep apnea?     Yes         No 
 
31.Do you have reflux disease?    Yes         No 
 
32.Do you have any other chronic lung conditions?      Yes        No 
 
33. If you answered Yes to (32), please write the name of the condition here 
_____________________________________________________________________________
_____________________________________________________________________________ 
 
DENTAL HEALTH
 
34.  About how often do you visit a dentist? 
 
 Less than every 6 months. 
 
 Between every 6‐12 months. 
 
 Greater than every 12 months. 
 
 I have never been to a dentist. 
 
35.  Overall, how would you rate the health of your teeth and gums?                                                               
 Excellent                                Good                                       Fair                                          Poor                          
 
36.  Have you ever had treatment for gum disease such as scaling and root planing, 
sometimes called deep cleaning?                                                                                                                
 Yes 
 No 
 
37.  Have you ever had any teeth become loose on their own, without an injury?  (Not 
including baby teeth).                                                                                                   Yes 
 No 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
108 
 
DIET QUESTIONS
 
38. Do you eat meat? Meat is defined as beef, chicken, pork, lamb or venison: 
A.  I do not eat meat.  
 
 
 
 
 
 
 
 
B.  I have eaten meat in the last year.    
 
 
 
 
 
C.  I have eaten meat one or more times a month during the last year.  
 
D.  I have eaten meat one or more times a week during the last year.  
 
 
39. Do you eat Fish? Fish is defined as all fish and shellfish: 
A.  I do not eat fish.  
 
 
 
 
 
 
 
 
B.  I have eaten fish in the last year.  
 
 
 
 
 
 
C.  I have eaten fish one or more times a month during the last year.  
 
D.  I have eaten fish one or more times a week during the last year  
 
 
 
40. Do you eat Eggs? 
 
A.  I do not eat eggs 
 
 
B.  I have eaten eggs in the last year 
 
 
C.  I have eaten eggs one or more times a month during the last year 
 
 
D.  I have eaten eggs one or more times a week during the last year          
 
41.  Do you eat Cheese?  (This includes fresh, soft, aged or cottage cheese as well as sour 
cream): 
 
A.  I do not eat cheese 
 
 
B.  I have eaten cheese in the last year 
 
 
C.  I have eaten cheese one or more times a month during the last year   
 
D.  I have eaten cheese one or more times a week during the last year 
 
 
42. Do you drink Milk? Milk is defined as milk from a cow, goat or sheep (not soy, coconut 
or almond milk, for example).  If you put milk on your cereal, you should not answer 
(A). 
 
A.  I do not drink milk 
 
 
B.  I drank milk in the last year 
 
 
C.  I drank milk one or more times a month during the last year 
 
 
D.  I drank milk one or more times a week during the last year 
 
 
43. Do you eat yogurt? 
 
 
A.  I do not eat yogurt 
 
 
B.  I have eaten yogurt in the last year 
 
 
C.  I have eaten yogurt one or more times a month during the last year   
 
D.  I have eaten yogurt one or more times a week during the last year      
 
44. Do you take probiotics (live bacteria supplement)? 
 Yes 
 No 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
109 
 
 
If yes (question 44) and if you know the name of the probiotic product(s), please write 
here: 
____________________________________________________________________________ 
 
_________________________________________________________________________ 
 
45. Do you take vitamin supplements? 
 Yes 
 No 
If yes (question 45) and if you know the name of the vitamin supplement(s), please 
write it/them here:  
__________________________________________________________________________
__________________________________________________________________________ 
 
WORK AND PHYSICAL ACTIVITY
 
46. What is your current employment status? 
□ Employed/self-employed     □ Unemployed     □ Retired     □ Disabled 
 
47. How would you categorize your physical activity on the job? 
□ Mostly sedentary or light activity (e.g. mostly sitting, standing, lifting light objects of less than 
3 
kilos). 
□ Mostly medium activity (e.g. much walking, climbing stairs). 
□ Mostly intense activity (e.g. heavy construction work). 
□ Unemployed/retired/disabled 
 
48. What type of exercise (physical activity) do you do regularly (at least 3 times per week)? 
□ Mostly moderate activity (slow walking, gardening, golfing etc.) 
□ Mostly vigorous activity (running, swimming, bicycling, football etc.) 
□ I do not exercise regularly 
 
 
49. At age 20, what type of exercise did you do regularly (at least 3 times per week)? 
□ Mostly moderate activity (slow walking, gardening, golfing etc.) 
□ Mostly vigorous activity (running, swimming, bicycling, football etc.) 
□ I did not exercise regularly 
 
 
 
 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
110 
 
APPENDIX F: Follow‐Up Sociodemographic Charactiersitics Questionnaire 
 
Date:  Month_____ / Day ______ / Year______ 
Study ID Number:  ______________________ 
 
Part I: Smoking Questions 
1. Are you currently smoking? 
☐  Yes      
☐  No 
If so, how many cigarettes/day?  _________ 
Part II: Alcohol Questions  
1. Are you currently consuming alcoholic beverages such as wine, beer or liquor regularly?  
☐  Yes       
☐  No 
If yes, please indicate pattern:  
More than 1 per week. ________ If checked, please indicate number_______  
Less than 1 per week_________  
Part III: Medical Questions 
1. Have you taken antibiotics since completing the last questionnaire?  
☐  Yes      
☐  No    (Skip to question 3)   
A list of antibiotics is attached for you to refer to.   
2. If you know the name of the antibiotic(s), please write it here.   ________________________  
    __________________________________________________________________________     
3. Have you had a bronchoscopy since completing the last questionnaire?      
FOLLOW‐UP SOCIODEMOGRAPHIC CHARACTERISTICS QUESTIONNAIRE

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
111 
 
☐  Yes      
☐  No 
4. Have you taken oral corticosteroids since completing the last questionnaire?       
☐  Yes   
☐  No         (Skip to question 6)  
(Oral corticosteroids examples: prednisone, dexamethasone, methlyprednisone, hydrocortisone)  
5. If you answered Yes to (4), please write the name and dose and when you took these.   
__________________________________________________________________________________  
6. Have you taken inhaled corticosteroids since completing the last questionnaire?    
☐  Yes       
☐  No       (Skip to Part IV)  
(Inhaled corticosteroids examples: budesonide, fluticasone, beclomethasone, ciclesonide)  
7. If you answered Yes to (6), please write the name and dose and when you took these.   
__________________________________________________________________________________  
Part IV: Diet Questions 
 1. Have you changed your diet since completing the last questionnaire?   
☐  Yes       
☐  No 
If yes, please answer questions 2‐9 below. 
2.   Do you eat meat? Meat is defined as beef, chicken, pork, lamb or venison:  
A.            I            do            not            eat            meat.                                             □ 
B.  I have eaten meat in the last year.                                                                      □ 
C.  I have eaten meat one or more times a month during the last year.          □ 
D.  I have eaten meat one or more times a week during the last year.            □ 
3.   Do you eat Fish? Fish is defined as all fish and shellfish:  

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
112 
 
A.            I            do            not            eat            fish.                                               □ 
B.  I have eaten fish in the last year.                                                                       □ 
C.  I have eaten fish one or more times a month during the last year.            □ 
D.  I have eaten fish one or more times a week during the last year               □ 
4.   Do you eat Eggs?  
A.  I do not eat eggs                                                                                                    □ 
B.  I have eaten eggs in the last year                                                                      □ 
C.  I have eaten eggs one or more times a month during the last year           □ 
D.  I have eaten eggs one or more times a week during the last year             □ 
5.   Do you eat Cheese?  (This includes fresh, soft, aged or cottage cheese as well as sour cream):  
A.  I do not eat cheese                                                                                               □ 
B.  I have eaten cheese in the last year                                                                  □ 
C.  I have eaten cheese one or more times a month during the last year       □ 
D.  I have eaten cheese one or more times a week during the last year        □ 
6.   Do you drink Milk? Milk is defined as milk from a cow, goat or sheep (not soy, coconut or almond  
milk, for example).  If you put milk on your cereal, you should not answer (A).  
A.  I do not drink milk                                                                                                 □ 
B.  I drank milk in the last year                                                                                 □ 
C.  I drank milk one or more times a month during the last year                      □ 
D.  I drank milk one or more times a week during the last year                        □ 
7.   Do you eat yogurt?  
A.  I do not eat yogurt                                                                                                □ 
B.  I have eaten yogurt in the last year                                                                  □ 
C.  I have eaten yogurt one or more times a month during the last year       □ 
D.  I have eaten yogurt one or more times a week during the last year         □ 

NA_00092076/ J1414, Protocol Version 5.6  Dated  21 December 2021 
 
 
 
113 
 
8.   Do you take probiotics (live bacteria supplement)?  
☐  Yes         
☐  No 
If yes (question 8) and if you know the name of the probiotic product(s), please write it/them here:  
___________________________________________________________________________________ 
9.   Do you take vitamin supplements?  
☐  Yes         
☐  No 
If yes (question 9) and if you know the name of the vitamin supplement(s), please write it/them here:   
__________________________________________________________________________________