Wyrok NSA, sygn. akt I FSK 623/09
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2010-07-01 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Celnej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżony wyrok i przekazano sprawę do ponownego rozpoznania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny
Powołane przepisy: article: art. 59 par. 1 pkt 1, art. 70 par. 1, art. 208 par. 1
journal: Dz.U. 1997 nr 137 poz 926
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Grażyna Jarmasz (sprawozdawca), Sędzia NSA Maria Dożynkiewicz, Sędzia WSA (del.) Małgorzata Fita, Protokolant Krzysztof Zaleski, po rozpoznaniu w dniu 1 lipca 2010 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej B. Spółka z o. o. w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 22 grudnia 2008 r., sygn. akt III SA/Wa 2530/08 w sprawie ze skargi B. Spółka z o. o. w W. na decyzję Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia 10 lipca 2008 r., nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług 1. uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie, 2. zasądza od Dyrektora Izby Celnej w W. na rzecz B. Spółka z o. o. w W. kwotę 335 zł (słownie: trzysta trzydzieści pięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

Zaskarżonym wyrokiem z dnia 22 grudnia 2008 r., sygn. akt III SA/Wa 2530/08 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w sprawie ze skargi B.-M. S. Sp. z o. o. z siedzibą w W. (dalej Skarżąca lub Spółka) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 10 lipca 2008 r. w przedmiocie określenia prawidłowej wysokości podatku od towarów i usług, oddalił skargę.

Ze stanu faktycznego przedstawionego przez Sąd pierwszej instancji wynikało, że decyzją z dnia 3 października 2007 r. Naczelnik Urzędu Celnego [...] w W. określił wysokość zobowiązania w podatku od towarów i usług. Zdaniem organu pierwszej instancji istniała podstawa do zweryfikowania należności podatkowych jednak brak było możliwości zweryfikowania zgłoszenia celnego w trybie art. 65 ustawy z dnia 9 stycznia 1997 r. Kodeks celny (Dz. U. z 2001 r. Nr 75, poz. 802 ze zm. dalej Kodeks celny) ze względu na upływ 3- letniego terminu. W związku z tym, organ celny mając na uwadze udzielone Skarżącej upusty określił decyzją prawidłową podstawę opodatkowania podatkiem od towarów i usług oraz prawidłową kwotę należności podatkowych w stosunku do zaimportowanych towarów wykazanych w zgłoszeniu celnym z 2002 r.

W odwołaniu od decyzji organu I instancji, Skarżąca wystąpiła o jej uchylenie w całości i umorzenie prowadzonego postępowania, a tym samym przyjęcie podstawy opodatkowania z tytułu importu towarów w kwotach przez nią wskazanych w zgłoszeniu celnym. W jej ocenie decyzja organu I instancji została wydana z naruszeniem:

- art. 21, art. 23 § 1 i § 9, art. 83 § 1-3 i art. 85 § 1 Kodeksu celnego, wyjaśnień dotyczących wartości celnej stanowiących załącznik do rozporządzenia Ministra Finansów z 15 września 1999r. (zał. do Dz. U. Nr 80, poz. 908) - zwanych dalej "Wyjaśnieniami dotyczącymi wartości celnej, a także art. 68 i art. 69 Układu Europejskiego ustanawiającego stowarzyszenie między Rzeczypospolitą Polską z jednej strony, a Wspólnotami Europejskimi i ich Państwami Członkowskimi, a drugiej strony, sporządzonego w Brukseli 12 grudnia 1991r. (zał. do Dz.U. z 1994 r., Nr 11 poz. 38 ze zm., zwanego dalej "Układem Europejskim",

- art. 91 Konstytucji RP przez wydanie rozstrzygnięcia niezgodnego z zaciągniętymi zobowiązaniami międzynarodowymi wynikającymi m.in. z Układu Europejskiego,

- art. 33 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm. dalej jako ustawa o VAT z 2004 r.) przez błędne zastosowanie tego przepisu w odniesieniu do podatku od towarów i usług w rozumieniu ustawy z dnia 8 stycznia 1993 o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50, dalej jako ustawa o VAT z 1993 r.),

- art. 121 § 1, art. 123 § 1 oraz art. 210 § 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 Nr 8, poz. 50 ze zm., dalej jako O.p.) przez brak wyjaśnienia podstawy prawnej wskazanej w zaskarżonej decyzji, tj. przepisów art. 6 ust. 7 oraz art. 18 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r.,

- art. 15 ust. 4 ustawy o VAT z 1993 r. przez nieprawidłowe określenie podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług z tytułu importu towarów, w oparciu o błędne ustalenia organu celnego dotyczące przedmiotowego zgłoszenia celnego, które zostały zamieszczone w decyzji niezgodnej z:

- art. 2 Aktu dotyczącego warunków przystąpienia Republiki Czeskiej, Republiki Estońskiej, Republiki Cypryjskiej, Republiki Łotewskiej, Republiki Litewskiej, Republiki Węgierskiej, Republiki Malty, Rzeczypospolitej Polskiej, Republiki Słowenii i Republiki Słowackiej oraz dostosowań w traktatach stanowiących podstawę Unii Europejskiej poprzez obniżenie wartości celnej wskazanej przez spółkę w przedmiotowym zgłoszeniu celnym, które było niezgodne z regułami odnoszącymi się do ustalenia wartości towarów dla potrzeb celnych,

- art. 23 § 1 i § 9 oraz art. 85 § 1 Kodeksu celnego w związku z art. 26 ustawy z 19 marca 2004 r. - Przepisy wprowadzające ustawę - Prawo celne poprzez przyjęcie, że otrzymany po dokonaniu sprzedaży i przyjęciu zgłoszenia celnego rabat mógł mieć wpływ na wartość celną importowanego towaru,

- § 2 ust. 1 i ust. 2 rozporządzenia Ministra Finansów z 15 września 1999r. - Wyjaśnienia dotyczące wartości celnej (zał. do Dz. U. Nr 80, poz. 908) przez niezastosowania Opinii 15.1 Technicznego Komitetu Ustalenia Wartości Celnej Światowej Organizacji Celnej (WCO), zgodnie z którą rabat przyznany po dokonaniu zgłoszenia celnego nie może zostać wzięty pod uwagę przy ustaleniu wartości celnej importowanego towaru".

Obszernie uzasadniając odwołanie Skarżąca podniosła, że zaskarżona decyzja została wydana bez podstawy prawnej, gdyż w ich sentencjach powołane zostały nieobowiązujące w dniu orzekania przepisy. Wskazała również, szereg zarzutów dotyczących nieprawidłowego jej zdaniem określenia wartości celnej importowanych towarów, podtrzymując swoje stanowisko co do prawidłowości zadeklarowanych przez nią w zgłoszeniu celnym kwot.

Dyrektor Izby Celnej w W., utrzymując w mocy decyzję organu I instancji przedstawił szczegółowe ustalenia w zakresie wartości celnej towarów. Dalej organ odwoławczy podkreślił, że stanowisko organów celnych w kwestii ustalenia wartości celnej towarów z uwzględnieniem udzielonych Skarżącej rabatów wynikających z not kredytowych, znalazło potwierdzenie w wyrokach sądów administracyjnych, zapadłych w analogicznych sprawach. Dyrektor Izby Celnej podniósł także, że zasada prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów celnych wyrażona w art.121 O.p. obowiązuje również podmiot dokonujący obrotu towarowego z zagranicą. Nadto Dyrektor wskazał, że o zakresie praw i obowiązków podatkowych Strony decydują przepisy obowiązujące w brzmieniu obowiązującym w dacie powstania obowiązku podatkowego, tj. w 2002 r. (zatem przepisy materialne ustawy o VAT z 1993 r.). natomiast według organu, w przypadku przepisów proceduralnych regulujących sposób działania organu i kompetencje do podejmowania określonych działań przez organ, zastosowanie znajdą, w przypadku braku przepisów przejściowych przepisy obowiązujące w dacie podejmowania tych czynności.

Organ odwoławczy nie dopatrzył się naruszenia przepisów proceduralnych wskazanych w odwołaniu. Skarżącej zapewniono czynny udział w postępowaniu. Materiał dowodowy zebrany z urzędu oraz dokumenty i oświadczenia złożone przez Skarżącą zostały ocenione zgodnie z zasadą swobodnej oceny dowodów (art. 191 O.p.), a ocena ta znalazła odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji, zgodnie z wymogami określonymi w art. 210 § 4 O.p.

Na powyższą decyzję Skarżąca złożyła skargę zarzucając jej niewłaściwe zastosowanie art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r. w zw. z art. 11 ust. 2 oraz art. 11 c ust. 2 i ust. 4 ustawy o VAT z 1993 r. Mając na uwadze powyższe wniosła o uchylenie decyzji Dyrektora Izby Celnej w W. oraz poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji oraz o zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania. W uzasadnieniu skargi wskazano, iż oparcie decyzji organu drugiej instancji na obowiązujących obecnie przepisach art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r. jest błędne i nie znajduje uzasadnienia w stanie faktycznym. Ponadto literalne brzmienie przepisów ustawy o VAT jest inne, niż brzmienie wskazanych w decyzji przepisów ustawy o VAT z 1993 r. z dnia powstania obowiązku podatkowego. Organ drugiej instancji nie odniósł się do tego zarzutu odwołania i przyjął, że skoro przepisy ustawy o VAT z 1993 r. nie obowiązują, to ich odpowiednikiem są przepisy nowej ustawy o VAT z 2004 r., które stosuje się bezpośrednio. Powtórzono również rozważania zawarte w odwołaniu, a dotyczące możliwości potraktowania art. 11 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r. jako przepisu prawa materialnego.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Celnej podtrzymując swoje dotychczasowe stanowisko wniósł o oddalenie skargi.

Wojewódzki Sąd Administracyjny uznał skargę za niezasadną. W pierwszej kolejności Sąd pierwszej instancji stwierdził, że konieczność stosowania przepisów obowiązujących w dacie wystąpienia zdarzeń powodujących skutki podatkowe dotyczy przepisów materialnych prawa podatkowego, w myśl zasady lex retro non agit. Natomiast przepisy procesowe i ustrojowe stosuje się według stanu prawnego istniejącego w dacie wydania decyzji. sąd powołując się na uchwałę NSA z dnia 12 września 2005 r., sygn. akt I FPS 2/05 stwierdził, że zasady opodatkowania podatkiem od towarów i usług, określone w ustawie o VAT z 2004 r., stanowią w znacznej mierze kontynuację zasad obowiązujących w polskim systemie podatkowym od 1993 r., a tym samym nie zgodził się z poglądami Skarżącej w tym zakresie. Zdaniem Sądu nie do przyjęcia jest koncepcja luki w prawie, prowadząca do stwierdzenia braku w obowiązującym ustawodawstwie podstawy prawnej do określenia zobowiązania podatkowego w wysokości innej od tej, która wynikała ze zgłoszenia celnego złożonego pod rządami ustawy o VAT z 1993 r.

Sąd dalej stwierdził, że zarówno art. 2 pkt 2 ustawy o VAT z 2004 r., jak też art. 4 pkt 3 ustawy o VAT z 1993 r. są przepisami prawa materialnego i jako takie - w przeciwieństwie do przepisów procesowych - znajdują zastosowanie do stanów faktycznych zaistniałych w okresie ich obowiązywania. Zdaniem Sądu w niniejszej sprawie z uwagi na fakt, iż import towarów nastąpił w 2002 r. zastosowanie znajdzie więc art. 4 pkt 3 ustawy o VAT z 1993 r. i określona w nim definicja importu. Jednocześnie sam wymiar podatku z tytułu importu (w rozumieniu art. 4 pkt 3 ustawy o VAT z 1993 r.) mógł być dokonany w oparciu o procesowy przepis art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r.

Wbrew stanowisku Skarżącej sąd uznał, że w art. 33 i art. 34 ustawy o VAT z 2004 r. ustawodawca nie określał "etapów" ustalania podatku, a sytuacje, w których organ celny określa wysokość podatku w formie decyzji. Dokonane przez niego rozróżnienie opiera się na okoliczności, czy podatnik złożył zgłoszenie celne czy też nie.

Jeżeli to uczynił - w sprawie będzie miał zastosowanie art. 33 ust. 2 lub ust. 3 ustawy o VAT z 2004 r. W każdym innym przypadku natomiast podstawą prawną wydania decyzji będzie art. 34 ust. 1 ww. ustawy.

W opinii Sądu z art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r. nie wynika czasowe ograniczenie wydania przez organ celny decyzji do momentu przyjęcia zgłoszenia celnego. Ograniczenia takiego nie można też wywieść z art. 33 ust. 3 cyt. ustawy.

Ponadto w ocenie Sądu z okoliczności sprawy wynika, że nie istniała możliwość weryfikacji zgłoszenia celnego w trybie art. 65 § 4 Kodeksu celnego, z uwagi na upływ 3-letniego okresu określonego w § 5 tego przepisu. Po upływie 3 lat od dnia przyjęcia zgłoszenia celnego decyzja uznająca zgłoszenie celne za prawidłowe lub nieprawidłowe "nie może zostać wydana".

Dalej Sąd pierwszej instancji zauważył, że Dyrektor Izby Celnej prawidłowo wskazał, iż zgodnie z art. 21 Kodeksu celnego, wartość celna towarów określana jest w celu ustalenia kwoty wynikającej z długu celnego oraz innych należności, w tym podatku od towarów i usług, a wartość celna towarów (jak wykazał kontrola zgłoszenia celnego została zawyżona. Wprawdzie zawyżenie to można uznać za wyjątkowe, ale nie zmieniało to w niczym uprawnienia organów do określenia prawidłowej wartości towarów, a następnie do określenia podatku z tytułu ich importu.

Zdaniem Sądu zasadnie wywiódł organ, że wydana w sprawie decyzja nie naruszała prawa wspólnotowego (z uwagi na jego nieobowiązywanie w Polsce w dacie powstania długu celnego i obowiązku podatkowego), a także nie naruszała zobowiązań Polski wynikających z Traktatu Europejskiego. Obowiązujące wówczas Porozumienie w sprawie stosowania art. VII Układu Ogólnego w Sprawie Taryf Celnych i Handlu zostało na gruncie prawa krajowego zaadoptowane w Kodeksie celnym, w tym w art. 23 § 1 tego Kodeksu.

W dalszej kolejności Sąd rozpoznając skargę (nie będąc związanym jej zarzutami) zbadał, czy nie doszło w sprawie do przedawnienia.

W powyższym zakresie wskazał, że w rozpatrywanej sprawie decyzja organu podatkowego została wydana i doręczona po upływie 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku (31 grudnia 2007 r.). Zobowiązania Skarżącej w podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów nie wygasły jednakże z powodu upływu okresu przedawnienia, lecz poprzez zapłatę, która nastąpiła przed tym terminem. Zaskarżoną decyzją nie określono więc Skarżącej przedawnionego zobowiązania, określono natomiast wysokość zobowiązania podatkowego do wysokości zapłaconej przez stronę kwoty, tj. w tej części, w której zobowiązanie nie uległo przedawnieniu.

W opinii Sądu, istotną okolicznością niniejszej sprawy jest to, iż zobowiązanie podatkowe z tytułu importu towarów wygasło na skutek jego zapłaty przez Stronę. W ocenie Sądu zobowiązanie podatkowe wygasłe na skutek zapłaty nie może natomiast wygasnąć po raz drugi wskutek przedawnienia.

WSA powołując się na uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 8 października 2007 r. sygn. akt FPS 4/07 podkreślił, że z art. 59 § 1 pkt 1 i art. 60 O.p. nie wynika, że wprowadzają one rozróżnienia na zapłatę dokonaną w związku z treścią złożonej deklaracji, czy też w związku z treścią decyzji wydanej przez organ podatkowy. Każdorazowa zapłata podatku wywołuje ten sam skutek prawny w postaci wygaśnięcia zobowiązania podatkowego, w związku z którym jest dokonana.

Następnie dodał, że specyfika niniejszej sprawy polega dodatkowo na tym, ze decyzja organu pierwszej instancji określała zobowiązanie w podatku od towarów i usług z tytułu importu w kwocie niższej niż zadeklarowana i uiszczona przez Skarżącą Spółkę.

Sąd podsumowując swoje rozważania stwierdził, że skoro zobowiązanie w podatku od towarów i usług powstało z mocy prawa i zostało zapłacone w wysokości wyższej od tej, która została określona w decyzji Naczelnika Urzędu Celnego wydanej w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, należało przyjąć, iż zgodnie z dyspozycją art. 59 § 1 pkt 1 O.p., zobowiązanie w podatku od towarów i usług wygasło w całości wskutek zapłaty. Nie mogło więc wygasnąć po raz drugi wskutek przedawnienia. Tym samym wydanie zaskarżonej decyzji, określającej wysokość zobowiązania w kwocie mniejszej niż zapłacona przez Skarżącą, po upływie 5 lat od powstania zobowiązania podatkowego nie stanowiło naruszenia art. 70 § 1 O.p.

Od powyższego orzeczenia Spółka złożyła skargę kasacyjną, w której zarzuciła:

I. Na podstawie art. 174 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm., dalej jako p.p.s.a.) naruszenie przepisów prawa materialnego, a mianowicie:

Niewłaściwe zastosowanie art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r. w związku z przepisami art. 11 ust. 2 oraz art. 11 c ust. 2 i 4 ustawy o VAT z 1993 r. poprzez dokonanie przez Wojewódzki Sąd Administracyjny nieprawidłowej oceny zastosowania tego przepisu prze Dyrektora Izby Celnej w W., a co za tym idzie bezzasadne tolerowanie błędu subsumcji popełnionego przez organ administracji.

II. Na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. naruszenie przepisów postępowania, mające istotny wpływ na wynik sprawy, a mianowicie:

a) oddalenie skargi i niestwierdzenie nieważności decyzji organów administracji, mimo że zostały wydane z rażącym naruszeniem prawa, a więc decyzji dotkniętych wadą kwalifikującą do stwierdzenia ich nieważności w trybie art. 247 § 1 pkt 3 O.p.

b) oddalenie skargi i nieuchylenie decyzji organów administracji, mimo że zostały wydane bez podstawy prawnej, a więc decyzji dotkniętych wadą kwalifikującą do stwierdzenia ich nieważności w trybie art. 247 § 1 pkt 2 O.p.

Mając na uwadze powyższe wniesiono o:

1) uchylenie w całości wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie,

2) zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie z uwagi na trafność zarzutu naruszenia art. 151 i art. 145 § 1 pkt 2 w zw. z art. 247 § 1 pkt 3 O.p. w zw. z art. 208 § 1 i art. 70 § 1 O.p.

W kwestii najistotniejszej dla rozstrzygnięcia tej sprawy - czy w świetle art. 70 § 1 i art. 208 § 1 O.p. w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r. dopuszczalne jest w każdym czasie orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, które wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 O.p.) – wypowiedział się skład siedmioosobowy NSA w wyroku z dnia 28 czerwca 2010 r., w sprawie o sygn. akt I FPS 5/09, w którym m.in. orzeczono, że w sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w skutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 O.p.), nie można po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 O.p., wbrew interesowi prawnemu podatnika, orzekać o wysokości tego zobowiązania podatkowego.

W uzasadnieniu tego stanowiska Sąd ten stwierdził, że nie może budzić żadnych wątpliwości to, że po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 O.p., w sytuacji gdy zobowiązanie podatkowe wcześniej nie wygasło na skutek jego zapłaty, niedopuszczalne jest wydawanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 listopada 2003 r., III SA 3066/01, Mon. Podat. 2004, nr 3, s. 42; z dnia 14 maja 2003 r., SA/Rz 1153/01, POP 204, nr 4, poz. 80; z dnia 7 maja 2003r., I SA/Wr 2282/00, PP 2003, nr 10, s. 63). W związku z powyższym nie można przyjąć, że wpłata podatku stwarza taki stan prawny, iż organ podatkowy nabywa prawo do wydawania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych. Okoliczność, że podatnik wpłacił podatek, nie może w tak znaczący sposób pogorszyć sytuacji prawnej tego podmiotu w porównaniu z podatnikiem, który nie zrealizował swojego obowiązku podatkowego. Wykładnia przepisu art. 70 § 1 O.p. nie może dyskryminować podatnika, który wywiązuje się ze swoich obowiązków uiszczając daninę publicznoprawną, a preferować podatników, którzy tych obowiązków nie realizują. Sprzeciwia się temu zasada równości, wyrażona w art. 32 ust. 1 Konstytucji. Zgodnie z tym unormowaniem wszyscy są wobec prawa równi. Wszyscy mają prawo do równego traktowania przez władze publiczne. W związku z tym przyjęcie w ramach wykładni prawa różnicowania skutków upływu terminu z art. 70 § 1 O.p. w zależności od tego, czy podatnik wpłacił podatek, bądź też tego nie uczynił, prowadziłoby do wykładni sprzecznej z Konstytucją, a głównie z zasadą demokratycznego państwa prawa i wynikającą z niej zasadą równości i sprawiedliwości.

Stanowisko to nie pozostaje przy tym w sprzeczności w pełni akceptowanym przez Sąd stanowiskiem judykatury, że zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1 – 9 O.p. wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn. Nie może bowiem ponownie wygasnąć zobowiązanie podatkowe, które już nie istnieje (por. wyrok Sądu Najwyższego z dnia 21 maja 2003 r., III RN 76/01, OSNP 2003, nr 7, poz. 162, uchwała NSA z dnia 6 października 2003 r., FPS 8/03, ONSA iWSA 2004, nr 1, poz. 7, wyrok NSA z dnia 28 czerwca 2004 r., FSK 200/04, ONSAiWSA 2005, nr 1, poz. 4, wyrok NSA z dnia 12 kwietnia 2006 r., FSK 2365/04, wyrok WSA w Warszawie z dnia 27 lutego 2008 r., III SA/Wa 2208/07, Lex nr 463325, wyrok WSA w Warszawie z dnia 26 listopada 2008 r., III SA/Wa 1347/08, Lex nr 515925, wyrok WSA w Warszawie z dnia 18 lutego 2009 r., III SA/Wa 2953/08, Lex nr 519926, wyrok WSA w Gliwicach z dnia 15 czerwca 2009 r., III SA/GL 1452/08, Lex nr 527418). Jednakże stanowisko to dotyczy skutków materialnoprawnych upływu terminu przedawnienia, nie odnosi się natomiast do jego skutków procesowych.

Podatnik w procesie samoobliczenia swojego zobowiązania podatkowego z różnych względów może zadeklarować i w konsekwencji wpłacić podatek w innej wysokości niż faktycznie istniejące, powstałe z mocy prawa zobowiązanie podatkowe. W związku z tym zobowiązanie podatkowe, stosownie do treści art. 59 § 1 pkt 1 O.p. wygaśnie w całości tylko wówczas, gdy podatnik wpłaci podatek w takiej samej lub w wyższej kwocie niż wynikający z zobowiązania podatkowego powstałego z mocy prawa. W takiej sytuacji zobowiązanie podatkowe przestaje istnieć. Termin przedawnienia zobowiązania podatkowego nie biegnie dalej. Odmienna sytuacja zachodzi, gdy podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego. W takiej sytuacji następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części. Natomiast w pozostałym zakresie zobowiązanie nadal istnieje. Dalej biegnie również termin przedawnienia w stosunku do pozostałej części zobowiązania podatkowego. Zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług powstaje z mocy prawa i rzeczywista jego wielkość nie jest pewna. W związku z tym nie wiadomo, czy zobowiązanie podatkowe wygasło w całości lub w części, a zatem, czy istnieje zobowiązanie podatkowe w pewnym zakresie. Dlatego też organ podatkowy jest uprawniony do weryfikacji samoobliczenia podatnika. Sytuacja zmienia się po upływie terminu określonego w art. 70 § 1 O.p. albowiem nie ma już żadnych wątpliwości, iż zobowiązanie wygasło w całości. Nawet bowiem, gdy zapłacony podatek był w niższej wysokości niż wynikający z mocy prawa, a zatem nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części (art. 59 § 1 pkt 1 O.p.), to w pozostałej istniejącej części wygasło na skutek przedawnienia. Z momentem upływu terminu przedawnienia nikt nie ma wątpliwości, że zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w całości. Nie istnieje już stosunek prawny, a zatem nie ma konieczności weryfikowania treści zobowiązania podatkowego. Skarb Państwa nie ma już żadnego interesu prawnego we wszczynaniu i prowadzeniu takiego postępowania, które z punktu widzenia interesów budżetowych państwa może tylko generować koszty, bez perspektyw wpływu środków. Zasada efektywności działania organów administracji publicznej sprzeciwia się prowadzeniu takich postępowań. Wprawdzie Ordynacja podatkowa nie wprowadza pojęcia "interesu prawnego", jako elementu koniecznego do prowadzenia postępowania podatkowego, to jednak nie można abstrahować od celowości i efektywności działań organów administracji publicznej.

Sąd następnie zwrócił uwagę na funkcję gwarancyjną instytucji przedawnienia dla podatnika. Na skutek upływu terminu przedawnienia następuje stabilizacja sytuacji prawnej podatnika. Nabywa on pewność, że jego stosunek zobowiązaniowy w sferze publicznoprawnej nie ulegnie już zmianie. Z drugiej strony organy administracji publicznej, które w okresie biegu terminu przedawnienia nie podjęły stosownych działań prawnych, pozbawione są możliwości ingerencji w prawa i obowiązki podatnika. Następuje więc po obu stronach nieistniejącego już zobowiązania podatkowego, stan pewności w zakresie wzajemnych zobowiązań i uprawnień. Instytucja przedawnienia znana jest w niemal wszystkich gałęziach prawa, zarówno w tych zaliczanych do prawa publicznego jak i prywatnego. Pełni ona wszędzie zbliżoną rolę, przy czym jej bardzo istotne znaczenie w prawie podatkowym wiążę się z brakiem równości stron stosunku prawnego w tej dziedzinie, a także z możliwością dużej ingerencji organów administracji publicznej w prawa podatnika. Ponadto przedawnienie, które jak stwierdzono pełni funkcje gwarancyjne i stabilizacyjne, we wszystkich gałęziach prawa jest instytucją zastrzeżoną na rzecz dłużnika. Szczególnie jest to istotne w prawie podatkowym. Oznacza to, że podatnik może powoływać się na dobrodziejstwa płynące z instytucji przedawnienia. Takiego uprawnienia zaś nie posiada opieszały organ podatkowy, który nie może czerpać korzyści z faktu, że w terminie przedawnienia nie zdołał wydać ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.

Naczelny Sąd Administracyjny w pełni podziela poglądy wyrażone w powyższym wyroku NSA z dnia 28 czerwca 2010 r.

Stanowisko tego Sądu wspiera dodatkowo treść art. 208 § 1 O.p., w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r., zgodnie z którym gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania. Przepis ten w sposób jednoznaczny określa procesowy skutek upływu terminu przedawnienia, który wymaga od organu pierwszej instancji lub organu odwoławczego umorzenia postępowania w przypadku, gdy organ ten nie zdążył orzec przed upływem przedawnienia określonego zobowiązania podatkowego – niezależnie od tego, czy nastąpiło to po zapłacie czy przed zapłatą podatku.

Określony w tym przepisie upływ terminu przedawnienia stanowi ujemną przesłankę procesową do orzekania przez organ podatkowy co do przedawnionego zobowiązania podatkowego, gdyż skutkuje bezprzedmiotowością postępowania.

Wyjątek w tym zakresie musi być określony jednoznacznie w ustawie, jak to ma miejsce np. w przypadku instytucji zwrotu nadpłaty określonej w art. 79 O.p., gdzie w § 2 stwierdzono, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. A contrario wynika z tego, że w przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe w rozumieniu art. 208 § 1 O.p.

Podkreśla to dodatkowo pogląd, że termin przedawnienia jest zastrzeżony dla podatników, których roszczenia wynikające z ich interesu prawnego – o ile zostaną zgłoszone przed upływem terminu przedawnienia – powinny zostać rozpatrzone nawet po jego upływie.

Oznacza to jednak, że nieuzasadnione jest stanowisko organów podatkowych, że po upływie okresu przedawnienia, organ – wbrew interesowi prawnemu podatnika - może kształtować wielkość przedawnionego zobowiązania podatkowego "na jego korzyść", określając go w niższej wysokości niż kwota przez niego zapłacona. Sytuacja taka, w świetle ujemnej przesłanki procesowej określonej w art. 208 § 1 O.p. jest niedopuszczalna, chyba że postępowanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia nie staje się bezprzedmiotowe, co wynika z jednoznacznego przepisu ustawowego, wymagającego kontynuacji postępowania wszczętego z inicjatywy podatnika przed upływem tego terminu.

Ponieważ w rozpatrywanej sprawie tego rodzaju sytuacja nie miała miejsca, stwierdzić należało naruszenie przez organ odwoławczy art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 O.p., a w konsekwencji art. 247 § 1 pkt 3 O.p., gdyż orzekanie w sprawie, w której zachodziła ujemna przesłanka procesowa jaką jest przedawnienie zobowiązania skutkujące bezprzedmiotowością postępowania – stanowi o rażącym naruszeniu prawa w ujęciu tegoż ostatniego przepisu.

Niedostrzeżenie przez Sąd pierwszej instancji tegoż uchybienia skutkuje stwierdzeniem naruszenia art. 151 i art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.

Odnośnie pozostałych zarzutów skargi kasacyjnej, w sytuacji uwzględnienia zarzutu naruszenia art. 151 i art. 145 § 1 pkt 2 w zw. z art. 247 § 1 pkt 3 w zw. z art. art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 O.p., stwierdzić należy ich bezprzedmiotowość, skoro organ odwoławczy w ogóle nie powinien orzekać co do istoty w niniejszej sprawie, a Sąd pierwszej instancji podstawę swojego orzeczenia winien oprzeć na art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.

W świetle powyższego Naczelny Sąd Administracyjny uznając, iż przedmiotowa skarga kasacyjna jest zasadna, na podstawie art. 185 i art. 203 pkt 1 p.p.s.a.- orzekł jak w sentencji wyroku.