Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 1164/13
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2013-12-10 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
Hasła tematyczne: Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Oddalono skargę
Powołane przepisy: article: art. 240 par. 1 pkt 8, art. 54,
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia WSA Jolanta Sokołowska (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia WSA Sylwester Golec, Sędzia WSA Jarosław Trelka, Protokolant starszy referent Monika Olszewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 27 listopada 2013 r. sprawy ze skargi I. sp. z o.o. z siedzibą w W. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] marca 2013 r. nr [...] w przedmiocie wznowienia postępowania w sprawie zaliczenia wpłaty z dnia 25 stycznia 2010 r. na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. oddala skargę


UZASADNIENIE

Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. postanowieniem z dnia [...] października 2012 r. odmówił skarżącej – I. Sp. z o.o. z siedzibą w W. uchylenia postanowienia Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z [...] stycznia 2010 r. z uwagi na fakt, że w wyniku uchylenia mogło by zostać wydane wyłącznie postanowienie rozstrzygające istotę sprawy tak jak postanowienie dotychczasowe.

W uzasadnieniu wskazał, że decyzją z [...] września 2003 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. określił skarżącej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. w kwocie 7.851.851,00 zł. Decyzja została doręczona w dniu 3 września 2003 r.

Postanowieniem z [...] stycznia 2010 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. zaliczył wpłatę z 25 stycznia 2010 r. w wysokości

10.000.00 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. w wysokości 3.791,00 zł oraz na odsetki za zwłokę w wysokości 6.209.00 zł naliczone od dnia 1 kwietnia 2000 r. do dnia 25 stycznia 2010 r. z uwzględnieniem przerwy na podstawie art. 54 § 1 pkt 2 i pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm.), dalej “O.p.", od dnia 27 listopada 2002 r. do dnia 6 grudnia 2002 r., od dnia 7 lutego 2003 r. do dnia 26 marca 2003 r., od dnia 4 października 2003r. do dnia 6 października 2003r., od dnia 7 grudnia 2003 r. do dnia 26 lipca 2004r., od dnia 5 czerwca 2007r. do dnia 30 maja 2008 r. Spółka nie złożyła zażalenia na ww. postanowienie, zatem stało się ono ostateczne w administracyjnym toku instancji.

Pismem z 8 grudnia 2011 r. skarżąca złożyła wniosek m.in. o wznowienie postępowania w sprawie zaliczenia wpłaty z 25 stycznia 2010 r. w kwocie 10.000,00 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. w związku z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 stwierdzającego niezgodność z przepisami Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r., Nr 41 poz.214 i Nr 53 poz. 273, dalej: "u.k.s."), w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302, dalej: "ustawa o WKS"), w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie do postępowania kontrolnego art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p. W ww. piśmie skarżąca wniosła o ponowne zaliczenie wpłaty z 25 stycznia 2010 r. w kwocie 10.000,00 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r., oraz należnych od niej odsetek za zwłokę naliczonych z zastosowaniem przerwy w ich naliczaniu również za okres od 9 listopada 2001 r. do 23 października 2002 r. oraz od 8 maja 2003 r. do 3 września 2003 r.

Postanowieniem z [...] stycznia 2012 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. wznowił postępowanie w sprawie zakończonej ostatecznym postanowieniem z [...] stycznia 2010 r. Rozstrzygnięcie doręczono 11 stycznia 2012 r.

Pismem z 24 września 2012 r. skarżąca wniosła o włączenie do akt sprawy materiału dowodowego zgromadzonego w toku postępowań zakończonych wydaniem przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. decyzji z [...] października 2002 r. i z 1 września 2003 r. oraz przeprowadzenie dowodu z tych akt. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. , odmówił przeprowadzenia dowodu z akt postępowań zakończonych wydaniem przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. decyzji z [...] października 2002 r. i z [...] września 2003 r. oraz włączenia powyższych dokumentów do akt prowadzonego postępowania.

Organ pierwszej instancji odmawiając uchylenia postanowienia z [...] stycznia 2010 r., uzasadnił, że w sprawie wystąpiła przesłanka określona w art. 240 § 1 pkt 8 O.p., jednakże w wyniku uchylenia postanowienia mogło by zostać wydane wyłącznie postanowienie rozstrzygające sprawę tak jak postanowienie dotychczasowe.

W zażaleniu na powyższe postanowienie skarżąca zarzuciła naruszenie:

- art. 122 i art. 187 § 1 O.p. poprzez nie zebranie całego materiału dowodowego, a w zakresie zebranego materiału poprzez pominięcie istotnych okoliczności sprawy oraz wybiórcze, dowolne i stronnicze jego rozpatrzenie,

- art. 180 § 1 O.p. poprzez oddalenie wniosku Spółki o dopuszczenie dowodu z akt postępowań zakończonych wydaniem przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. decyzji z [...] października 2002 r. oraz z [...] września 2003 r., mimo iż dopiero analiza tych akt uprawniałaby do podjęcia merytorycznej decyzji w niniejszej sprawie.

Dyrektor Izby Skarbowej w W. postanowieniem z [...] marca 2013 r. uchylił postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z [...] października 2012 r. oraz odmówił uchylenia postanowienia Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z [...] stycznia 2010 r., z uwagi na niestwierdzenie istnienia przesłanek określonych w art. 240 § 1 O.p.

W uzasadnieniu organ odwoławczy wskazał, że wznowienie postępowania polega na przeprowadzeniu ponownego postępowania i wydaniu decyzji podatkowej w sprawie, w której zapadła już decyzja ostateczna, jeżeli postępowanie w którym została ona wydana było dotknięte kwalifikowaną wadą proceduralną. Wznowienie postępowania jest instytucją procesową, która ma zastosowanie nie tylko do ostatecznych decyzji podatkowych, lecz także do niektórych postanowień.

Dyrektor Izby Skarbowej powołał się na art. 219, art. 243 § 1 i § 2, art. 240 § 1 O.p. i wyjaśnił, że postępowanie podatkowe może być wznowione, jeżeli wystąpiła jedna z przesłanek określonych w art. 240 § 1 O.p.. Stwierdził, że organ pierwszej instancji błędnie uznał, iż w sprawie zachodziła przesłanka określona w art. 240 § 1 pkt 8 O.p. Wskazał że skarżąca powołując się na orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 stwierdzające niezgodność z Konstytucją art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej, w brzmieniu nadanym ustawą o WKS, w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p., zwróciła się o wznowienie m. in. postępowania zakończonego ostatecznym postanowieniem Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z [...] stycznia 2010 r.

Zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej, w przedmiotowej sprawie przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu zakwestionowanym przez Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10, tj. wyłączającym zastosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p., który stanowił podstawę wniosku spółki z 8 grudnia 2011 r., nie ma zastosowania. Zmiana brzmienia art. 31 ust. 1 u.k.s. polegająca na wyłączeniu art. 54 O.p. wprowadzona została, na mocy art. 31 ust. 2 ustawy o WKS, z dniem 1 września 2003 r.

W wyroku z 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 Trybunał Konstytucyjny rozpatrywał ww. przepis ustawy o kontroli skarbowej wyłącznie w brzmieniu nadanym mu ustawą o WKS. Zatem od 1 września 2003 r. przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. zmieniony ustawą o WKS uzyskał brzmienie, że w zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy O.p., z wyłączeniem art. 54 i art. 290 § 3 O.p., z zastrzeżeniem ust. 1a. W przedmiotowej sprawie postępowanie kontrolne wobec skarżącej w zakresie kontroli rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za 1998 r. oraz podatku od towarów i usług za 1998 r., które w dniu 14 grudnia 2001 r. zostało rozszerzone m. in. na podatek dochodowy od osób prawnych za 1999 r. zostało wszczęte w dniu 9 listopada 2001 r., a zakończyło się decyzją z 21 października 2002 r. określającą Spółce wysokość zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. oraz zaległość w tym podatku wraz z odsetkami za zwłokę, doręczoną w dniu 23 października 2002 r. Następnie Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. w dniu [...] maja 2003 r. wszczął wobec Spółki postępowanie podatkowe w zakresie kontroli rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za okres 1998 r. – 2000 r. po przeprowadzeniu, którego wydał 1 września 2003 r. decyzję określającą Spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r., doręczoną 3 września 2003 r. Z powyższego wynika, że ustawa o WKS weszła w życie już po zakończeniu postępowania kontrolnego oraz w trakcie postępowania podatkowego. Tak więc przy naliczaniu odsetek za zwłokę od nieuregulowanego w terminie zobowiązania podatkowego, za okres prowadzonego postępowania kontrolnego, tj. od 9 listopada 2001 r. do 21 października 2002 r. powinien być brany pod uwagę przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu obowiązującym w okresie prowadzenia wobec Spółki postępowania kontrolnego, czyli jeszcze przed wejściem w życie nowelizacji z 27 czerwca 2003 r. Powyższego nie zmienia fakt zawarcia w art. 31 ust. 2 ustawy o WKS przepisu przejściowego, dotyczącego wyłącznie postępowania podatkowego. Z tego przepisu wynika, że postępowanie podatkowe wszczęte przez organy kontroli skarbowej przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy są prowadzone na zasadach określonych w przepisach ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu dotychczasowym. Przepisy przejściowe stosuje się jedynie do spraw wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie ustawy zmieniającej dotychczasowy stan prawny. W odniesieniu do przedmiotowej sprawy kluczową jest data wejścia w życie ustawy o WKS. Jak już wskazano ustawa ta weszła w życie w dniu 1 września 2003 r., a zatem do postępowań kontrolnych zakończonych przed tą datą nie stosuje się przepisów ustawy o WKS. Analogiczna sytuacja ma miejsce w przypadku obliczania odsetek za zwłokę za okres prowadzenia postępowania podatkowego, tj. od 8 maja 2003 r. do 3 września 2003 r.

W skardze na powyższe postanowienie, skarżąca wniosła o jego uchylenie i zasądzenie kosztów postępowania oraz zarzuciła naruszenie:

- art. 240 § 1 pkt 8 O.p. poprzez jego niezastosowanie wskutek błędnego uznania, że wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 nie ma zastosowania w przedmiotowej sprawie, mimo iż przepis, którego dotyczy ten wyrok został zastosowany do naliczenia odsetek od zaległego podatku za rok 1999;

- art. 120 i art. 121 O.p. poprzez zaakceptowanie bezprawnych działań organu podatkowego, który zastosował niewłaściwe przepisy prawa i naliczył spółce odsetki za okresy, w których nie powinny być naliczane.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w W. podtrzymał swoje stanowisko i wniósł o oddalenie skargi.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

Skarga nie jest zasadna. Zgodnie z art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 roku Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. nr 153, poz. 1269 ze zm.) oraz art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi ( Dz. U. z 2012, poz. 270 ze zm., cyt. dalej jako p.p.s.a. ) sąd administracyjny sprawuje kontrolę działalności administracji publicznej pod względem zgodności z prawem, stosując środki przewidziane w ustawie. Natomiast zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a w postępowaniu sądowoadministracyjnym obowiązuje zasada oficjalności, w świetle której sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.

Istota sporu w rozpatrywanej sprawie sprowadza się do rozstrzygnięcia, czy w konsekwencji wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10, zasadnie odmówiono uchylenia ostatecznego postanowienia w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych z uwagi na niezaistnienie przesłanki określonej w art. 240 § 1 pkt 8 O.p.

Z tego orzeczenia Trybunału skarżąca wywodzi bowiem, że organ podatkowy nieprawidłowo określił okresy naliczania odsetek za zwłokę, nie uwzględniając przerwy w ich naliczaniu za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli ta ostatnia nie została doręczona w terminie 3 miesięcy (pkt 7 art. 54 § 1 O.p.).

Zdaniem Sądu, spór w niniejszej sprawie jest wynikiem niewłaściwego odczytania i interpretacji przez skarżącą cyt. wyrok Trybunału Konstytucyjnego.

Na wstępie należy wyjaśnić, że przedmiot postępowania w sprawie wznowienia postępowania wyznacza art. 243 § 2 O.p. w związku z art. 219 O.p., zgodnie z którym przedmiotem postępowania jest ustalenie, czy postępowanie, w którym zapadło postanowienie ostateczne było dotknięte jedną z wad wymienionych w art. 240 § 1 O.p. Postępowanie takie jest postępowaniem samodzielnym i nadzwyczajnym, które toczy się w zawężonych ramach. Instytucja wznowienia postępowania ma na celu stworzenie prawnej możliwości ponownego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego i podjęcia rozstrzygnięcia sprawy zakończonej ostateczną decyzją/postanowieniem, jeżeli postępowanie przed organami podatkowymi było dotknięte wadami procesowymi, wyliczonymi wyczerpująco w art. 240 § 1 O.p. Podkreślić przy tym należy, że postępowanie prowadzone po wznowieniu nie może być wykorzystywane do pełnej merytorycznej kontroli decyzji/postanowienia wydanej/wydanego w postępowaniu zwykłym. Zakres postępowania prowadzonego w wyniku jego wznowienia jest węższy aniżeli postępowania zwyczajnego i ogranicza się do badania podstaw wznowienia wskazanych przez wnioskodawcę.

Skarżąca domagała się wznowienia postępowania zakończonego postanowieniem ostatecznym z dnia [...] stycznia 2010 r., powołując się na przesłankę określoną w art. 240 § 1 pkt 8 O.p. w związku z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10.

Zgodnie z art. 240 § 1 pkt 8 O.p. w sprawie zakończonej decyzją ostateczną wznawia się postępowanie, jeżeli decyzja została wydana na podstawie przepisu, o którego niezgodności z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej, ustawą lub ratyfikowaną umową międzynarodową orzekł Trybunał Konstytucyjny. Natomiast zgodnie z art. 219 O.p., do postanowień stosuje się odpowiednio art. 240 - 249 O.p. z tym że zamiast decyzji, o których mowa w art. 243 § 3, art. 245 § 1 i art. 248 § 3, wydaje się postanowienie.

W wyroku z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 Trybunał Konstytucyjny orzekł, że "art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r. Nr 41, poz. 214 ze. zm.), w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302), w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.), jest niezgodny z art. 84 w związku z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej".

Aby rozstrzygnąć kwestię sporną, czy wskazany wyrok Trybunału Konstytucyjnego ma zastosowanie w przedmiotowej w sprawie, celowe wydaje się prześledzenie ewolucji treści art. 31 ust. 1 u.k.s.

Pierwotnie przepis ten stanowił, że zakresie nie uregulowanym w ustawie o kontroli skarbowej do postępowania kontrolnego stosuje się przepisy Kodeksu postępowania administracyjnego i przepisy o zobowiązaniach podatkowych. Po uchwaleniu Ordynacji podatkowej doszło do wyodrębnienia procedury podatkowej i - na podstawie jej art. 318 pkt 2 - art. 31 u.k.s., od 1 stycznia 1998 r., otrzymał brzmienie: "W zakresie nie uregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się przepisy ustawy - Ordynacja podatkowa". Omawiany przepis, przed otrzymaniem brzmienia zakwestionowanego przez Trybunał Konstytucyjny, był dwukrotnie nowelizowany i ostatecznie miał treść: "W zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy ustawy – Ordynacja podatkowa.

Treść art. 31 ust. 1 u.k.s. uznana przez Trybunał za niekonstytucyjną, została mu nadana przez art. 8 pkt 20 lit. a ustawy o WKS, która to ustawa weszła w życie z dniem 1 września 2003 r. Przepis ten uzyskał brzmienie: "W zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa, z wyłączeniem art. 54 i art. 290 § 3 tej ustawy, z zastrzeżeniem ust. 1a".

Analiza powyższych zmian wskazuje, że do 1 września 2003 r. przepisy ustawy Ordynacja podatkowa miały odpowiednie zastosowanie w prowadzonej kontroli skarbowej, również w zakresie stosowania przerw w naliczaniu odsetek (art. 54 O.p.). Dopiero po tej dacie przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu nadanym ustawą o WKS wyłączył odpowiednie stosowanie do postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej art. 54 O.p. Po 1 września 2003 r. nie było możliwe stosowanie jakichkolwiek przerw w naliczaniu odsetek w postępowaniach prowadzonych przez organy kontroli skarbowej i co do tej treści przepisu Trybunał Konstytucyjny wypowiedział się, że jest on niezgodny z Konstytucją. Z uwagi na związanie granicami skargi konstytucyjnej Trybunał odniósł się jedynie do art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p.

W niniejszej sprawie zasadnicze znaczenie ma, iż w postanowieniu z dnia z [...] stycznia 2010 r., którego uchylenia w drodze wznowienia postępowania domagała się skarżąca, Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. zastosował art. 54 O.p. W postanowieniu tym wskazał okresy wyłączone z naliczania odsetek, podając przy każdym takim okresie podstawę wyłączenia, powołując w zależności od okresu art. 54 § 1 pkt 2, albo art. 54 §1 pkt 3 lub art. 54 § 3 O.p. W ten sposób uwzględnił przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę od dnia 27 listopada 2002 r. do dnia 6 grudnia 2002 r., od dnia 7 lutego 2003 r. do dnia 26 marca 2003 r., od dnia 4 października 2003r. do dnia 6 października 2003r., od dnia 7 grudnia 2003 r. do dnia 26 lipca 2004r., od dnia 5 czerwca 2007r. do dnia 30 maja 2008 r.

Pomimo więc, że w dacie wydania ww. postanowienia w sprawie zaliczenia wpłaty z dnia 25 stycznia 2010 r. w kwocie 10.000 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r., art. 31 ust. 1 u.k.s. wykluczał stosowanie art. 54 O.p., organ podatkowy przepis ten zastosował. Zastosował więc art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu obowiązującym do dnia 1 września 2003 r., czyli przed nadaniem mu brzmienia zakwestionowanego przez Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10. Z uzasadnienia ww. postanowienia z dnia [...] stycznia 2010 r. nie wynika, dlaczego organ podatkowy uznał, iż przepis ten znajduje w sprawie zastosowanie. Natomiast w zaskarżonym postanowieniu Dyrektor Izby Skarbowej podniósł, że decyzja z dnia [...] września 2003 r. określająca Skarżącej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. weszła do obrotu prawnego w dniu 3 września 2003 r. (data doręczenia decyzji), zaś ustawa o WKS weszła w życie już po zakończeniu postępowania kontrolnego oraz w trakcie postępowania podatkowego. Zatem, zdaniem organu odwoławczego, przy naliczaniu odsetek za zwłokę od nieuregulowanego w terminie zobowiązania podatkowego, za okres prowadzonego postępowania kontrolnego, tj. od 9 listopada 2001 r. do 21 października 2002 r. powinien być brany pod uwagę przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu obowiązującym w okresie prowadzenia wobec skarżącej postępowania kontrolnego, czyli jeszcze przed wejściem w życie nowelizacji z 27 czerwca 2003 r. Za analogiczną organ uznał sytuację występującą w okresie prowadzenia postępowania podatkowego, tj. od 8 maja 2003 r. do 3 września 2003 r., a to przez wzgląd na treść art. 31 ust. 2 ustawy o WKS.

Zważywszy na stanowisko Dyrektora Izby Skarbowej przyjąć można, iż organy podatkowe uznały, iż przy naliczaniu odsetek za zwłokę stosować trzeba art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu obowiązującym do dnia 1 września 2003 r. Prawidłowość tego stanowiska uchyla jednak się spod kontroli Sądu w ramach niniejszego postępowania. Kontrola Sądu odnośnie do zastosowania przez organ podatkowy art. 31 ust. 1 u.k.s. mogła nastąpić tylko w ramach postępowania sądowego wszczętego na skutek wniesienia skargi na postanowienie w sprawie zaliczenia wpłaty z dnia 25 stycznia 2010 r. w kwocie 10.000 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r., która mogła być wniesiona po wyczerpaniu toku instancji. Tylko wówczas Sąd mógłby dokonać merytorycznej kontroli postanowienia w przedmiocie zaliczenia ww. wpłaty.

Obecnie kontroli Sądu, jak już to wskazano, podlega postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...] marca 2013 r. wydane na skutek wniosku Skarżącej o wznowienie postępowania na podstawie art. 240 § 1 pkt 8 O.p., zakończonego postanowieniem Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z [...] stycznia 2010 r. W ramach tego postępowania Sąd poddał ocenie, czy prawidłowo Dyrektor Izby Skarbowej uznał, iż w niniejszej sprawie nie występuje przesłanka z art. 240 § 1 pkt 8 O.p. W wyniku tej oceny (kontroli) Sąd stwierdził, iż stanowisko organu odwoławczego jest prawidłowe. Skoro bowiem organ podatkowy nie zastosował art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu, który Trybunał Konstytucyjny uznał za niezgodny z Konstytucją, gdyż w sprawie zastosował art. 54 O.p., to przesłanka z art. 240 § 1 pkt 8 O.p. nie wystąpiła. Inaczej mówiąc, postanowienie z dnia z [...] stycznia 2010 r. w sprawie zaliczenia wpłaty z dnia 25 stycznia 2010 r. w kwocie 10.000 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r., nie jest wydane na podstawie przepisu, o którego niezgodności z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej orzekł Trybunał Konstytucyjny;

Z powyżej wskazanych względów Sąd uznał zarzuty skargi za niezasadne. To, że treść zaskarżonego postanowienia nie odpowiada oczekiwaniom strony w żaden sposób nie narusza ani zasady legalizmu (art. 120 O.p.), ani zasady pogłębiania zaufania do organów podatkowych (art. 121 O.p.). Okoliczność, iż strona nie została przekonana co do przyjętego w sprawie rozstrzygnięcia nie oznacza naruszenia powyższych zasad. Strona ma bowiem prawo do własnego subiektywnego przekonania o zasadności jej zarzutów, zaś przekonanie to nie musi mieć odzwierciedlenia w obowiązujących przepisach prawnych i ich wykładni.

Uznając, że zaskarżone postanowienie nie narusza przepisów prawa, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. orzekł o oddaleniu skargi.