Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 2349/14
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2015-07-24 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżoną decyzję
Powołane przepisy: article: art. 54 par. 1 pkt 1
journal: Dz.U. 2015 poz 613
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa - t.j.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Elżbieta Olechniewicz, sędzia WSA Aneta Trochim-Tuchorska, Protokolant referent stażysta Magdalena Gajewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 10 lipca 2015 r. sprawy ze skargi B. sp. z o.o. z siedzibą w O. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] maja 2014 r. nr [...] w przedmiocie odmowy zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek pobranych od zaległości w podatku od towarów i usług za miesiące od marca do listopada 2003 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz B. sp. z o.o. z siedzibą w O. kwotę 9734 zł (słownie: dziewięć tysięcy siedemset trzydzieści cztery złote) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.


UZASADNIENIE

I. Stan sprawy przedstawia się następująco:

1. B. Sp. z o.o. z siedzibą w O. (zwanej dalej "Spółką") we wniosku z 27 sierpnia 2012r. zwróciła się o: a) zwrot nadpłaty w postaci odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych w podatku od towarów i usług (dalej zwany: "VAT") za poszczególne miesiące 2003r. - 253.319 zł, nienależnie naliczonych i pobranych od 15 stycznia 2007r. do 17 grudnia 2008r., kiedy wobec Spółki prowadzono postępowanie kontrolne – na mocy art. 74 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012r., poz. 749, ze zm., zwana dalej: "O.p."); b) naliczenie i wypłatę oprocentowania, zgodnie z art. 78 § 5 pkt 2 O.p.

Zdaniem Spółki zwrot nadpłaty uzasadnia wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011r. sygn. akt SK 2/10, w którym stwierdzono, że art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991r. o kontroli skarbowej (Dz.U. z 2011r. Nr 41, poz. 214 i Nr 53, poz. 273, zwana dalej: "u.k.s."), w brzmieniu nadanym ustawą z 27 czerwca 2003r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz.U. Nr 137, poz. 1302, zwana dalej: "u.w.k.s."), w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p. jest niezgodny z art. 84 w związku z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji RP. Wejście w życie ww. wyroku skutkuje koniecznością uznania, że art. 54 § 1 pkt 7 O.p. - pomimo niekonstytucyjnego brzmienia art. 31 ust. 1 u.k.s. (w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2003r.) powinien mieć odpowiednie zastosowanie do postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej. Wyrok ten odnosi się do jej sytuacji faktycznej i prawnej, bo Spółka na podstawie decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej (dalej zwany: "DUKS") z [...] września 2009r. zapłaciła odsetki za zwłokę od zaległości podatkowych w VAT za 2003r. od 15 stycznia 2007 r. (dzień wszczęcia postępowania) do 17 grudnia 2008r. (zabezpieczenie ww. zaległości przez zajęcie zabezpieczające wierzytelności z rachunku bankowego).

2. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. (dalej zwany: "NUS") decyzją z [...] listopada 2012r., odmówił Spółce zwrotu ww. nadpłaty.

3. Dyrektor Izby Skarbowej w W. (dalej zwany: "DIS"), po rozpatrzeniu odwołania Spółki, decyzją z [...] sierpnia 2013r., uchylił ww. decyzję NUS i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia.

DIS w uzasadnieniu wskazał, że skoro wszczęcie postępowania kontrolnego nastąpiło już po wejściu w życie nowelizacji u.k.s. w brzmieniu nadanym u.w.k.s., w sprawie znajdzie zastosowanie art. 31 ust. 1 u.k.s., w brzmieniu uznanym przez Trybunał za niezgodny z Konstytucją RP (w zakresie wyłączenia odpowiedniego stosowania art. 54 § 1 pkt 1 i pkt 7 O.p.). Ocena tego, czy powstała nadpłata winna być poprzedzona analizą, czy nie zachodzą przesłanki, o których mowa w art. 54 § 2 O.p. Zgromadzony przez NUS materiał dowodowy nie jest wystarczający do stwierdzenia czy przedłużenie prowadzonego postępowania kontrolnego i opóźnienie w wydaniu decyzji nastąpiło w okolicznościach wskazanych w art. 54 § 2 O.p. Konieczne jest więc jego uzupełnienie.

4. NUS decyzją z [...] lutego 2014r., odmówił Spółce zwrotu ww. nadpłaty.

W uzasadnieniu wskazał, że w świetle ww. wyroku Trybunału Konstytucyjnego art. 54 § 2 O.p., ma zastosowanie do postępowań kontrolnych prowadzonych przez organy kontroli skarbowej i organy podatkowe. DUKS, który prowadził postępowanie kontrolne wobec Spółki przedstawił NUS dokumenty, z których wynika, że:

15 stycznia 2007r. wszczęto postępowanie podatkowe (postanowienie z [...] stycznia 2007 r.), w tej dacie doszło też do wskazania osoby zastępującej Spółkę w trakcie kontroli - głównej księgowej oraz do spisania protokołu pobrania dokumentów;

16 stycznia 2007r.- pismo DUKS do NUS w O., o przesłanie informacji o stanie rozliczeń B. Z. M. Spółka jawna za okres objęty kontrolą;

15 lutego 2007r. - pismo NUS w O. przesyłające informację o stanie rozliczeń;

29 marca 2007r. - zawiadomienie Kancelarii Podatkowej [...] o udzieleniu pełnomocnictwa I. O. i I. K.;

30 marca 2007r. - pismo pełnomocnika I. K. o udzieleniu substytucji P. L.;

5 kwietnia 2007r. - zawiadomienie o niezałatwieniu sprawy w terminie - "Czynności kontrolne nie zostaną zakończone w terminie z powodu skomplikowanego charakteru sprawy, nieposiadania dokumentów źródłowych i ewidencji przez Spółkę, konieczności wybrania z około czterech tysięcy dowodów zabezpieczonych przez Policję i Prokuraturę za okres od 1996r. do 2006r. dokumentów dotyczących okresu objętego postępowaniem kontrolnym oraz potrzeby odtworzenia urządzeń ewidencyjnych Spółki. Dodatkowym utrudnieniem jest fakt przebywania w areszcie śledczym Prezesa Zarządu";

6 kwietnia 2007 r. - pismo Inspektora UKS przesyłające zawiadomienia o niezałatwieniu sprawy w terminie pełnomocnikom Spółki;

17 maja 2007r. - pisma procesowe pełnomocników Spółki o zakończenie kontroli objętych postanowieniami z [...] września 2006r. i z [...] stycznia 2007r.;

21 maja 2007 r. - wezwanie do Spółki o dostarczenie wydruków ewidencji księgowych (syntetycznych i analitycznych) za: 2003r, od stycznia do października 2004r., od listopada do grudnia 2004r. i za 2005r. i faktur dotyczących zakupu paliw płynnych (nie stwierdzono w dokumentach zabezpieczonych przez Policję, wskazano również, że 27 czerwca 2006r. Z. M. pokwitował odbiór dysku twardego - Spółka uzyskała możliwość dokonywania wydruków w tym ewidencji księgowej);

23 maja 2007r.- zawiadomienie o niezałatwieniu sprawy w terminie - "Czynności kontrolne nie zostaną zakończone w terminie z powodu skomplikowanego charakteru sprawy , konieczności szczegółowego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz oczekiwania na przedłożenie przez Spółkę brakujących ewidencji i dowodów źródłowych dotyczących zakupu towarów handlowych";

30 maja 2007r. - pismo Inspektora Kontroli Skarbowej do Spółki - informujące o pobraniu 28 maja 2007r. w siedzibie Komendy Miejskiej w O. - zabezpieczonego 22 marca 2007r. przez funkcjonariuszy Wydziału do Zwalczania Zorganizowanej Przestępczości Ekonomicznej Zarządu w B. Centralnego CBS KGP - segregatora z fakturami zakupu VAT z 2005r. - i wezwanie do przedłożenia faktur zakupu paliw za pozostałe kontrolowane okresy.

31 maja 2007r. - odpowiedź Spółki na wezwanie z 21 maja 2007r. – prośba, aby DUKS zwrócił się do Policji o udostępnienia dokumentów zabezpieczonych;

4 czerwca 2007r. - odpowiedź Inspektora Kontroli Skarbowej na pismo Spółki z 17 maja 2007r., informacja, że zakończenie czynności kontrolnych uzależnione jest od udostępnienia kontrolującym dokumentacji objętej postępowaniem i o pobraniu 28 maja 2007r. z Komendy Miejskiej policji w O. kolejnych 11 segregatorów akt.

15 czerwca 2007r. - odpowiedź Inspektora Kontroli Skarbowej na pismo Spółki z 31 maja 2007r. i wezwanie do dostarczenia dokumentów i ewidencji za okresy objęte kontrolą;

19 czerwca 2007r.- odpowiedź Spółki na wezwanie z 15 czerwca 2007r. – z załączonymi m.in. kserokopiami pism do kontrahentów o wydanie duplikatów faktur zakupu paliwa za kontrolowane okresy;

22 czerwca 2007 r. - pismo Spółki uzupełnienie do pisma z 19 czerwca 2007r. - przedłożenie wniosku do Prokuratury Okręgowej w W. z 9 października 2006r. o powołanie biegłego z zakresu informatyki, w odzyskania danych informatycznych z twardych dysków komputerów zabezpieczonych w Spółce i wniosku o widzenie i zakończenie czynności przeszukania;

26 czerwca 2007r. - zawiadomienie o miejscu i terminie przeprowadzenie dowodów z oględzin;

10 lipca 2007r. - zawiadomienie o miejscu i terminie przeprowadzenie dowodów z oględzin.

5 lipca 2007r. - oględziny Stacji Paliw w C., G., W.;

9 lipca 2007r.- oględziny Stacji Paliw w N., J.;

11 lipca 2007r. - oględziny Stacji Paliw w B.

13 lipca 2007r. - pismo Inspektora Kontroli Skarbowej do Spółki, - ustosunkowanie się do dokumentów przekazanych pismem z 19 i 22 czerwca 2007 r. oraz wezwanie do przedłożenia faktur zakupu wymienionych w piśmie, wydruków ewidencji i potwierdzeń wystąpienia Spółki do jej dostawców o przesłanie duplikatów faktur;

21 lipca 2007r. - oględziny Stacji Paliw w O. ul. [...];

25 lipca 2007r. - odpowiedź Spółki na wezwanie z 13 lipca 2007r. - z m.in. kserokopiami pism do kontrahentów o wydanie duplikatów faktur zakupu paliwa za kontrolowane okresy. Informacja o braku posiadania wydruków ewidencji księgowej;

31 lipca 2007r.- zawiadomienie o niezałatwieniu sprawy w terminie - "Czynności kontrolne nie zostaną zakończone w terminie z powodu skomplikowanego charakteru sprawy, konieczności szczegółowego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz oczekiwania na przedłożenie przez Spółkę brakujących ewidencji i dowodów źródłowych dotyczących zakupu towarów handlowych;

9 sierpnia 2007r. - pismo Inspektora Kontroli Skarbowej do Spółki - ocena pism Spółki z 19 czerwca 2007r. i ponowne wezwanie do dostarczenia dokumentów i ewidencji w układach wskazanych w poprzednich pismach, deklaracji i decyzji w zakresie podatku od nieruchomości - poszczególne obiekty i lata;

14 sierpnia 2007r.- odniesienie się przez Spółkę - do pisma UKS z 9 sierpnia 2007r.;

29 sierpnia 2007r. - pismo Spółki przesyłające kserokopie duplikatów faktur wystawionych przez kontrahentów (23 pozycje), informujące o braku możliwości uzyskania duplikatów faktur od trzech kontrahentów;

21 sierpnia 2007r. - oględziny Stacji Paliw w O., ul. [...];

22 sierpnia 2007r.- oględziny Stacji Paliw w O., ul. [...];

28 sierpnia 2007r. - oględziny Stacji Paliw w O., ul. [...];

29 sierpnia 2007r. - oględziny Stacji Paliw w J. oraz w O., ul. [...];

31 sierpnia 2007r. - oględziny Stacji Paliw w O., ul. [...];

3 września 2007r. - pismo Spółki przesyłające kserokopie duplikatów faktur wystawionych przez kontrahenta oraz potwierdzoną kopię zgłoszenia celnego;

6 września 2007r. - pismo Spółki przesyłające potwierdzoną kopię zgłoszenia celnego;

7 września 2007r.- pismo do Spółki - ocena przesłanych dokumentów i ponowienie wezwania do przedłożenia faktur zakupu i ewidencji księgowych;

11 września 2007r.- pismo Urzędu Miejskiego w B. przesyłające dokumenty związane ze stacją paliw w B.;

17 września 2007r. - pismo Spółki o gotowości przekazywania duplikatów faktur niezwłocznie po ich otrzymaniu od kontrahentów;

17 września 2007r. - protokół z czynności sprawdzających u kontrahentów: Firma [...] K. S., O. Sc W. S.;

19 września 2007r. - protokół z czynności sprawdzających u kontrahentów: Usługi Budowlane B. C., Usługi Budowlane D. C., PPHU A. A. O.;

19 września 2007r. - pismo Starostwa Powiatowego w P. informujące o przekazaniu dokumentacji dotyczącej stacji paliw Spółki w B. do Komendy Głównej Policji Centralnego Biura Śledczego w B.;

20 września 2007r. - pismo Spółki przesyłające duplikaty faktur wystawione przez 6 kontrahentów;

21 września 2007r.- protokół z czynności sprawdzających u kontrahentów: Usługi Ogólno- Budowlane K. K., Usługi Ogólnobudowlane J. F.;

24 września 2007r. - zawiadomienie o niezałatwieniu sprawy w terminie - "Czynności kontrolne nie zostaną zakończone w terminie z powodu skomplikowanego charakteru sprawy , konieczności szczegółowego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz oczekiwania na przedłożenie przez Spółkę brakujących ewidencji i dowodów źródłowych dotyczących zakupu towarów handlowych";

24 września 2007r.- protokół z czynności sprawdzających u kontrahentów: I. S. N., Zakład [...] A. P.;

27 września 2007r. - protokół z czynności sprawdzających u kontrahenta [...] D. D.;

2 października 2007r. pismo UKS Warszawa do UKS w B. informujące o konieczności przeprowadzenia czynności sprawdzających u kontrahentów Spółki mających siedzibę na terenie województwa podlaskiego.

3 października 2007r. - protokół z czynności sprawdzających u kontrahentów: Zakład [...] J. W., Usługi Remontowo - Budowlane K. M.;

4 października 2007r. - protokół z czynności sprawdzających u kontrahenta PHU [...] W. F.;

5 października 2007r. - protokół z czynności sprawdzających u kontrahentów: P. [...] Z. P.; [...] sp. z o.o. w P.;

5 października 2007r. - pismo Spółki przesyłające duplikaty faktur wystawione przez kontrahenta;

5 października 2007r. - pismo Urzędu Miejskiego w B. przesyłające dokumenty związane z modernizacją stacją paliw Spółki;

9 października 2007r. - protokół z czynności sprawdzających u kontrahenta Firma [...] P. C.;

10 października 2007r. - protokoły z czynności sprawdzających u kontrahentów: Zakład [...] J. C., Zakład [...] A. M. Spółka Jawna;

16 października 2007r. - wezwanie Spółki do złożenia wyjaśnień i dokumentów dotyczących m.in. statusu prawnego budynków, umowy na wykonanie wiaty, zakupu paneli i wykonania posadzek, środków trwałych i ponowienie wezwania do dostarczenia brakujących duplikatów faktur zakupu i ewidencji księgowych;

25 października 2007r. - pismo Spółki przesyłające duplikaty faktur (9 szt.) wystawione przez kontrahenta;

25 października 2007r. - odpowiedź Spółki na pismo z 16 października 2007r. - przekazanie części wyjaśnień i dokumentów;

30 października 2007r. - protokół z czynności sprawdzających u PPHU K.;

8 listopada 2007r. - informacja Inspektora Kontroli Skarbowej do Spółki o przekazaniu 25 października 2007r. - na wezwanie Zarządu w B. CBŚ KGP – 26 segregatorów zawierających dokumentację dotyczącą VAT za lata 2003, 2004, 2005 otrzymaną 12 grudnia 2006r. i 15 stycznia 2007r. od Z. M.;

23 listopada 2007r. - pismo Spółki przesyłające duplikat faktury wystawionej przez kontrahenta;

23 listopada 2007r. - zawiadomienie o niezałatwieniu sprawy w terminie, z powodu skomplikowanego charakteru sprawy , konieczności szczegółowego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz oczekiwania na przedłożenie przez Spółkę brakujących ewidencji i dowodów źródłowych dotyczących zakupu towarów handlowych;

26 listopada 2007r. - protokół z czynności sprawdzających u kontrahenta- [...] B. Sp. j.;

13 grudnia 2007r. zwrot przez DUKS duplikatów kopii faktur - wg wykazu;

23 stycznia 2008r. - zawiadomienie o niezałatwieniu sprawy w terminie, z powodu skomplikowanego charakteru sprawy , konieczności szczegółowego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz oczekiwania na przedłożenie przez Spółkę brakujących ewidencji i dowodów źródłowych dotyczących zakupu towarów handlowych;

28 stycznia 2008r. - wezwanie do dostarczenia wydruków ewidencji księgowej analitycznej i syntetycznej za poszczególne okresy objęte kontrolą. Wskazanie 10-dniowego terminu do dostarczenia żądanych dokumentów jako ostatecznego;

30 stycznia 2008r. - odpowiedź Spółki na pismo z 28 stycznia 2008r., że nie posiada wydruków ewidencji księgowych, z pismem Prokuratury Okręgowej w W. informującym Spółkę o wydaniu [...] czerwca 2007 r. postanowienia o dopuszczeniu dowodu z opinii biegłego na okoliczność sporządzenia kopii zabezpieczonych dysków Spółki;

17 marca 2008r. - zawiadomienie o niezałatwieniu sprawy w terminie, ze względu na skomplikowany charakter sprawy, konieczności szczegółowego wyjaśnienia stanu faktycznego i oczekiwania na przedłożenie przez Spółkę brakujących ewidencji i dowodów źródłowych dotyczących zakupu towarów handlowych";

21 kwietnia 2008r. - pismo Urzędu Celnego w C. przesyłające dokumenty dotyczące podatku akcyzowego (deklaracje, oświadczenia, informacje);

20 maja 2008r. - zawiadomienie o niezałatwieniu sprawy w terminie, z powodu skomplikowanego charakteru sprawy, konieczności szczegółowego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz oczekiwania na przedłożenie przez Spółkę brakujących ewidencji i dowodów źródłowych dotyczących zakupu towarów handlowych";

17 czerwca 2008r. - pismo Spółki informujące, że dane przegrane przez informatyka z dysków będących w posiadaniu CBŚ nie zawierają danych księgowych od 16 września 2003r. do 31 grudnia 2005r. lub zawierają częściowe dane z programu handlowego; brak możliwości przekazania pełnych wydruków z programu handlowego;

19 czerwca 2008r. - zgłoszenie przez Spółkę pełnomocnika K. Z.;

25 czerwca 2008r.- zawiadomienie o niezałatwieniu sprawy w terminie, z powodu skomplikowanego charakteru sprawy, konieczności szczegółowego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz oczekiwania na przedłożenie przez Spółkę brakujących ewidencji i dowodów źródłowych dotyczących zakupu towarów handlowych";

8 września 2008r. - postanowienie DUKS o włączeniu do akt dokumentów przekazanych przez Prokuraturę Okręgowa w W. oraz przez Wydział do Zwalczania Zorganizowanej Przestępczości Ekonomicznej Zarządu w B. Centralnego CBS KGP w tym: protokołów przesłuchań świadków i podejrzanych: E. G. z:18 grudnia 2007r.; 17 i 18 stycznia, 5 lutego i 4 lipca 2008r., M. C. z: 22 i 30 stycznia, 5 lutego 2008r., W. S. z 4 kwietnia 2008r., E. L. z 3 kwietnia 2008r., D. C. z 3 kwietnia 2008r., G. O. z 6 lutego 2008r., M. P. z 6 lutego 2008r., T. K. z 6 lutego 2008r., A. P. z 27 marca i 14 kwietnia 2008r., K. O. z 25 czerwca 2007r., 6 lutego 2008r., W. L. - z 14 kwietnia 2008r., P. C. z 1 kwietnia 2008r., M. Z. z: 12 czerwca 2006r., 22 marca 2007r., 23 marca, 13 września i 20 września 2007r.; R. W. z 26 lipca 2006r., H. W. z 21 lipca 2006r., G. W. z: 12 czerwca, 20 lipca i 5 grudnia 2006r., 21 września 2007 r., A. P. z 8 kwietnia 2008r., K. P. z 18 kwietnia 2008r., A. S. z 7 lipca 2008r., A. P. z 7 lipca 2008r., H. S. z 8 lipca 2008r., T. P. z 21 września 2007r., T. G. z 14 grudnia 2007r., A. S. z 22 maja 2007r., S. Z. z 8 lipca 2008r. oraz dokumentów zabezpieczonych w Spółce 12 czerwca 2006r., kserokopii zeszytów, dokumentów WZ, luźnych kartek -rozliczeń pieniędzy uzyskanych ze sprzedaży gazu [...] poza ewidencją itp.;

12 września 2008r. - protokół kontroli z załącznikami;

29 września 2008r. - zastrzeżenia i wyjaśnienia do protokołu kontroli;

2 października 2008r. - pismo Wydziału do Zwalczania Zorganizowanej Przestępczości Ekonomicznej Zarządu w B. Centralnego Biura Śledczego Komendy Głównej Policji, skierowane do Spółki - odmowa udostępnienia dowodów ze śledztwa sygn. [...];

7 października 2008r. - upoważnienie DUKS do przeprowadzenie postępowania kontrolnego;

6 października 2008r. - pismo Komendy Głównej Policji Centralne Biuro Śledcze Zarząd w B. skierowane do Urzędu Regulacji Energetyki o cofnięciu koncesji na obrót paliwami płynnymi i gazem [...];

15 października 2008r. - zawiadomienie o rozpatrzeniu i sposobie załatwienia zastrzeżeń złożonych do protokołu kontroli w dniu 29 września 2008r.;

22 października 2008r. - wniosek Spółki o dopuszczenie dowodów z zeznań świadków (28 osób);

29 października 2008r. - wniosek Spółki o dopuszczenie dowodów (materiałów z prowadzonych postępowań karnych);

17 listopada 2008 r. - wniosek Spółki o dopuszczenie dowodów (z zeznań świadków oraz materiałów z prowadzonych postępowań karnych);

16 grudnia 2008r. - pismo w sprawie pełnomocnictwa z załącznikami (oświadczenie o odwołaniu pełnomocnictwa z 28 marca 2007r. i pełnomocnictwa substytucyjnego z 30 marca 2007r.) i ustanowienie 12 grudnia 2008 .pełnomocnikiem M. C.;

18 grudnia 2008r. - pismo DUKS o braku oryginalnego potwierdzenia przyjęcia pełnomocnictwa z 12 grudnia 2008r. przez M. C.;

18 grudnia 2008r. - pismo DUKS do Prokuratury Okręgowej w W. z zapytaniem o dokumenty zgromadzone w prowadzonym postępowaniu;

[...] grudnia 2008r.- postanowienie DUKS o włączeniu do akt dokumentów przekazanych przez Prokuraturę Okręgowa w W. i Wydział do Zwalczania Zorganizowanej Przestępczości Ekonomicznej Zarządu w B. Centralnego CBS KGP (protokołów przesłuchań podejrzanych: D. M. z: 25 kwietnia, 5, 25 i 26 czerwca 2006r., 3 stycznia 2007r., 8 i 18 marca 2008r.; Z. M. z: 22 i 23 marca 2007r., 19 maja 2008r., A. P. z 7 listopada 2008r.; W. L. z 10 listopada 2008r.; T. P. z 12 listopada 2008r.; M. C. z 19 czerwca 2008r. oraz opinii biegłego z zakresu budownictwa dot. stacji paliw w B.);

[...] grudnia 2008r. - postanowienie DUKS o odmowie przeprowadzenia dowodów;

23 grudnia 2008r. - zawiadomienie o wyznaczeniu siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego;

6 stycznia 2009r. - pismo Spółki o odwołaniu pełnomocnictwa M. C.;

16 stycznia 2009r. - wypowiedzenie się w sprawie materiału dowodowego;

16 stycznia 2009r. - pismo Prokuratury Okręgowej w W. przesyłające kopię protokołu przesłuchania podejrzanego A. B. Informacja o przekazaniu tomów 70-76 akt sprawy za pośrednictwem CBŚ KGP- Zarząd w B.;

19 stycznia 2009r. - wniosek Spółki o zawieszenie postępowania kontrolnego;

3 lutego 2009r. - pismo inspektora kontroli skarbowej do Spółki o uzupełnienie załącznika do pisma z 16 stycznia 2009r.;

[...] lutego 2009r. - postanowienie DUKS o wyznaczeniu nowego terminu zakończenia postępowania, z uwagi na skomplikowany charakter sprawy, złożoność zagadnień będących przedmiotem rozstrzygnięcia, co powoduje konieczność wnikliwej analizy podnoszonych przez Stronę argumentów, zgodnie z zasadą wyrażoną w art. 122 O.p.;

[...] lutego 2009r. - postanowienie DUKS o odmowie zawieszenia postępowania na wniosek Strony z 19 stycznia 2009r.;

16 lutego 2009r. pismo Spółki - uzupełnienie odpisu KRS;

[...] lutego 2009r. - postanowienie DUKS o włączeniu do akt dokumentów przekazanych przez Prokuraturę Okręgowa w W. i Wydział do Zwalczania Zorganizowanej Przestępczości Ekonomicznej Zarządu w B. Centralnego CBS KGP (postanowienia o: postawieniu zarzutów; uzupełnieniu zarzutów, zmianie postanowienia o przedstawieniu zarzutów: D. M., A. K., Z. M.) i przesłuchań świadków: D. B. z 10 grudnia 2008 r. i T. G. z 14 stycznia 2009r.;

23 lutego 2009r. - zawiadomienie o wyznaczeniu siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego;

3 marca 2009r. - zażalenie na postanowienie DUKS z [...] lutego 2009r.;

5 marca 2009r. - wypowiedzenie się w sprawie zebranego materiału;

20 marca 2009r. - pismo DUKS do DIS przesyłające zażalenie na postanowienie, ze stanowiskiem;

[...] kwietnia 2009r. - postanowienie DUKS wyznaczającego nowy termin zakończenia postępowania, z uwagi na skomplikowany charakter sprawy, złożoność zagadnień będących przedmiotem rozstrzygnięcia, co powoduje konieczność wnikliwej analizy podnoszonych przez Stronę argumentów, zgodnie z zasadą wyrażoną w art. 122 Ordynacji podatkowej;

12 maja 2009r. - pismo DUKS do Spółki- informacja o zażaleniu;

4 maja 2009r. - pismo Prokuratury Okręgowej w W., przesyłające kopię protokołu przesłuchania I. R. z 29 kwietnia 2008r.;

15 maja 2009r. - pismo CBŚ KGP w B., kopia postanowienia o sprostowaniu oczywistej omyłki pisarskiej w dacie przesłuchania ww. osoby;

[...] maja 2009r. - Postanowienie DUKS o włączeniu dokumentów do akt postępowania, przekazanych przez Prokuraturę Okręgową w W. i Wydział do Zwalczania Zorganizowanej Przestępczości Ekonomicznej Zarządu w B. Centralnego CBS KGP (protokołu przesłuchania ww. osoby z 29 kwietnia 2009r.);

15 maja 2009 r. - zawiadomienie o wyznaczeniu siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego;

[...] maja 2009r. - postanowienie DIS utrzymujące postanowienie DUKS w sprawie odmowy zawieszenia postępowania kontrolnego;

[...] czerwca 2009r. - postanowienie DUKS wyznaczającego nowy termin zakończenia postępowania, z uwagi na skomplikowany charakter sprawy, złożoność zagadnień będących przedmiotem rozstrzygnięcia, co powoduje konieczność wnikliwej analizy podnoszonych przez Stronę argumentów, zgodnie z zasadą wyrażoną w art. 122 O.p.;

[...] sierpnia 2009r.- postanowienie DUKS wyznaczającego nowy termin zakończenia postępowania, z uwagi na skomplikowany charakter sprawy, złożoność zagadnień będących przedmiotem rozstrzygnięcia, co powoduje konieczność wnikliwej analizy podnoszonych przez Stroną argumentów, zgodnie z zasadą wyrażoną w art. 122 O.p.;

7 września 2009r. - wynik kontroli w zakresie podatku dochodowego od osób fizycznych za 2003r. w B. Z. M. Spółka Jawna;

[...] września 2009r. - decyzja DUKS w zakresie VAT za 2003r., doręczona 14 września 2009r.

NUS wskazał, że DUKS, informując o przebiegu postępowania kontrolnego w VAT za 2003r. stwierdził, iż wobec Spółki toczyły się też postępowania w zakresie: VAT za lata 2004-2005, podatku dochodowego od osób fizycznych za lata 2003-2004, podatku dochodowego od osób prawnych za lata 2004-2005 i podatku akcyzowego za lata 2003-2004, które wszczęto na wniosek Prokuratury Rejonowej w O. i Prokuratury Okręgowej w W. Prawidłowość ustaleń DUKS w zakresie VAT za 2003r. potwierdził w 99,45% DIS w decyzji z [...] grudnia 2009r. i WSA w Warszawie w wyroku z 18 kwietnia 2011r. sygn. akt III SA/Wa 472/10 oraz NSA w wyroku z 21 września 2012r. sygn. akt I FSK 1434/11.

Zdaniem NUS przebieg postępowania kontrolnego w zakresie VAT za 2003r. wskazuje, że DUKS prowadził postępowanie zgodnie z zasadami ogólnymi O.p., zaś kalendarium czynności nie wskazuje na powstanie nieuzasadnionych opóźnień w załatwieniu sprawy po stronie organu. Czynności DUKS były niezbędne, zasadne i podejmowane bez zbędnej zwłoki, a Spółka w pełni korzystała ze swych uprawnień procesowych – czego nie potraktowano, jako przyczynienie się strony do opóźnienia w wydaniu decyzji, ani opóźnienia z przyczyn zależnych od organu. Również obszerność materiału dowodowego sprawy (104 pozycje, 4479 kart; protokół kontroli składał się z 172 stron z 93 załącznikami zawierającymi 2026 kart), źródło jego pochodzenia była spowodowana ilością, rodzajem i zakresem nieprawidłowości w rozliczeniach Spółki we wszystkich okresach objętych postępowaniami. Materiał dowodowy wyselekcjonowano spośród ponad 4000 segregatorów, skoroszytów, teczek, zeszytów różnej wielkości, wydruków komputerowych, odręcznych zestawień, luźnych zapisków i kartek, torebek foliowych z różną zawartością i innych różnych przedmiotów materialnych dotyczących okresu od 1992r. do 2007r. zabezpieczonych przez organy ścigania (Prokuratury i Policję) w trakcie dokonanych przeszukań w czerwcu i lipcu 2006r. i w marcu 2007r. w siedzibie Spółki i należących do niej dziewięciu stacjach paliw (w: O., T., B., J., C., N., G., J. i T.) i hurtowni przy ul. [...] i w miejscach zamieszkania współwłaścicieli Spółki i ich rodziców. Druga część materiału dowodowego, a zwłaszcza dowody z zeznań świadków i wyjaśnień podejrzanych pochodziła z akt postępowania przygotowawczego prowadzonego przez Prokuraturę Okręgową w W. pod sygn. [...]. Organy ścigania przekazały do wykorzystania na potrzeby postępowań kontrolnych ponad 90 tomów akt (przy pismach z: 31.10.2006r., 28.06.2007r., 17.10.2007r., 20.02.2008r., 5.06.2008r., 17.11.2008r., 4.12.2008r. i 26.01.2009r.), z którymi należało się zapoznać i dokonać wyboru fragmentów mających związek z prowadzonymi postępowaniami kontrolnymi. Trzecią, szczególnie istotną część materiału dowodowego stanowiły protokoły z przeprowadzonych szczegółowych oględzin siedziby Spółki i należących do niej ww. stacji paliw i hurtowni oraz protokoły z kontroli sprawdzających u dwudziestu kontrahentów Spółki. Stacje paliw i kontrahenci Spółki posiadali siedziby na terenie trzech województw. Spółka zaś, mimo wielokrotnych próśb, nie przedłożyła swych ewidencji księgowych. Stąd jedynymi elementami ksiąg podatkowych były, zabezpieczone przez organy ścigania, sporządzone w Spółce na potrzeb rozliczeń VAT, rejestry zakupu i sprzedaży za poszczególne miesiące okresów kontrolowanych. Z tymi właśnie rejestrami były konfrontowane dokumenty źródłowe Spółki i inne dowody materialne zabezpieczone przez organy ścigania.

NUS zwrócił uwagę, że Sądy administracyjne w ww. wyrokach wskazywały, że DUKS podejmując działania w zakresie gromadzenia materiału dowodowego i jego oceny zachował daleko idącą staranność, wykazał duży nakład pracy i skrupulatność, co pozwoliło na podstawie różnego rodzaju zeszytów, kartek, kartotek, zapisków, symboli, zestawień, ewidencji, specjalnie oznaczonych dokumentów WZ, dokumentów źródłowych Spółki oraz zeznań i wyjaśnień osób prowadzących nieformalną księgowość dokonać ustaleń i wyliczyć wielkość uszczupleń podatkowych dokonanych przez Spółkę. Niezwykle pracochłonne, a co za tym idzie i bardzo czasochłonne działania organu kontroli skarbowej zakończone wyliczeniami w decyzjach, nie były oparte na przypadkowości, lecz poprzedzała je gruntowna analiza, z uwzględnieniem wzajemnej korelacji między różnymi zbiorami informacji. DIS i Sądy podkreślały, iż DUKS w trakcie kontroli skarbowej i postępowań kontrolnych nie popełnił uchybień proceduralnych. Równoczesne prowadzenie ww. postępowań za lata 2003-2005, nie tylko w zakresie VAT, miały wpływ na złożoność spraw, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, a także terminowość i celowość czynności, zaś działania zmierzały do wyjaśnienia stanu faktycznego spraw. Na czas przeprowadzenia czynności nie składa się tylko dzień wystosowania konkretnego pisma, ale również czas potrzebny do zachowania terminów procesowych, czas do wpływu dokumentów zwrotnych potwierdzeń odbioru wezwań i zawiadomień oraz pozyskania żądanych informacji, co miało związek z koniecznością respektowania uprawnień Strony oraz czas niezbędny na dokonania analiz i wyciągania wniosków. Spółka nie składała też skarg na przewlekłość postępowania, a w toku postępowania była zawiadamiana o wydłużeniu terminów załatwiania spraw, z podaniem ich przyczyn.

Zdaniem NUS analiza akt postępowania kontrolnego i sporządzone na ich podstawie kalendarium postępowania wskazują, że czas trwania postępowań kontrolnych za poszczególne miesiące 2003r., 2004r. i 2005r. był zdeterminowany okolicznościami niezależnymi od DUKS, który po wszczęciu postępowania kontrolnego, nie dysponował pełną dokumentacją, na podstawie której mógł stwierdzić prawidłowość rozliczeń VAT, zaś charakter sprawy, zakres i ilość przeprowadzonych dowodów, czasochłonność analizy materiału dowodowego, skutkowały opóźnieniem w wydaniu decyzji wymiarowej wobec Spółki, z przyczyn niezależnych od organu prowadzącego postępowanie kontrolne. Wystąpienie przesłanek z art. 54 § 2 O.p., powoduje, art. 54 § 1 pkt 7 O.p. nie ma zastosowania w sprawie. W tym zakresie NUS odwołał się do wyroku NSA z 24 listopada 2009r. sygn. akt II FSK 930/08. Brak więc podstawy do zwrotu żądanej nadpłaty powstałej w związku z uiszczeniem przez Spółkę odsetek za zwłokę (253.319 zł) od zaległości podatkowych w VAT od marca do grudnia 2003r. i do naliczenia Spółce oprocentowania od zwrotu nadpłaty w trybie art. 78 § 5 pkt 2 O.p.

5. Spółka w odwołaniu wniosła o uchylenie ww. decyzji i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia, z uwagi na naruszenie: a) art. 54 § 2 O.p. przez jego bezpodstawne zastosowanie w stanie faktycznym sprawy, jako że opóźnienie w wydaniu przez DUKS ww. decyzji w VAT od marca do listopada 2003r. nie powstało z przyczyn niezależnych od tego organu; b) art. 72 § 2 O.p. przez bezzasadną odmowę zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę naliczonych nienależnie uiszczonych przez Spółkę za czas trwania przewlekłego postępowania kontrolnego.

Spółka odwołując się do orzecznictwa sądów administracyjnych wskazała, że prowadzenie postępowania od jego wszczęcia do doręczenia decyzji DUKS przez 32 miesiące, czyli przekroczenie ustawowych terminów o ponad 10 razy nie może być uznane za czas trwania postępowania, który wyznaczył ustawodawca w art. 54 § 1 pkt 7 O.p. W jej ocenie NUS nie wskazał, wbrew wymogom orzecznictwa, ponad wszelką wątpliwość, że zaszły podstawy do zastosowania art. 54 § 2 O.p., jego ocena była ogólna w zakresie adekwatności prowadzenia postępowania kontrolnego do liczby i czasu trwania wszystkich niezbędnych czynności dowodowych. W decyzji NUS zabrakło przekonywującego uzasadnienia, a w toku postępowania przed DUKS podejmowano czynności, które nie miały wpływu na wynik sprawy – kształt ustaleń faktycznych – dowody dotyczące podatku akcyzowego, podatku od nieruchomości, zamiaru pozbawienia Spółki koncesji na obrót paliwami. O tym, że czas trwania postępowania nie wynikał wyłącznie z czasochłonności czynności świadczy kalendarium zawarte w uzasadnieniu ww. decyzji NUS, z którego wynika, że były okresy, w których pomiędzy kolejnymi zawiadomieniami DUKS o przedłużeniu terminu załatwienia sprawy nie były podejmowane nowe czynności albo podejmowano czynności nie wymagające od organu większego zaangażowania czasowego. Standardową praktyką nie jest także aż trzykrotne wyznaczanie Spółce 7-dniowego terminu do wypowiedzenia się co do materiału dowodowego. Działanie to świadczy o gromadzeniu dowodów w sposób chaotyczny i "na raty", bez kierowania się z góry założonym planem. Ponadto treść zawiadomień o wyznaczeniu nowego terminu załatwienia sprawy i podane przyczyny opóźnienia w załatwieniu sprawy nie wskazują na ponadstandardową czasochłonność podejmowanych czynności. Obowiązek wskazania przyczyn opóźnienia wynika wprost z art. 140 i art. 284b O.p. i powinny być one rzeczywiste. DUKS w sposób ogólnikowy przytaczał przyczyny niezałatwienia sprawy. Również prowadzenie równoległych postępowań w VAT za lata 2003-2005 spowalniało proces gromadzenia dowodów. Spółka nie miała wpływu na wielość prowadzonych wobec niej postępowań kontrolnych.

6. DIS decyzją z [...] maja 2014r. utrzymał w mocy decyzję NUS, podtrzymując jej podstawę faktyczną i prawną.

DIS w uzasadnieniu wskazał, że istota sporu w sprawie sprowadza się do kwestii czy w związku z ww. wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego Spółka była uprawniona do otrzymania, na mocy art. 74 pkt 3 O.p. (w brzmieniu obowiązującym w dniu złożenia wniosku – 27 sierpnia 2012r.), zwrotu odsetek zapłaconych od nieuregulowanego w terminie zobowiązania w VAT od marca do listopada 2003r. – pobranych, jej zdaniem, niesłusznie. DIS stwierdził, że art. 31 ust. 1 u.k.s. od 1 września 2003r. uzyskał brzmienie "w zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. - Ordynacja podatkowa, z wyłączeniem art. 54 i art. 290 § 3 tej ustawy, z zastrzeżeniem ust. 1a". DIS przywołał art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p. i wskazał, że Trybunał Konstytucyjny w uzasadnieniu ww. wyroku wskazał, że przepis ten jest niekonstytucyjny z powodu nierównej sytuacji podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej i organy podatkowe. Różnicowanie sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ kontroluje jest nieuzasadnione i musi być uznane za arbitralny wybór ustawodawcy. Na tej podstawie DIS uznał, że art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p. powinien mieć zastosowanie do postępowań kontrolnych prowadzonych przez organ kontroli skarbowej, o ile, wszczęcie postępowania kontrolnego nastąpiło w okresie, w którym obowiązywał art. 31 ust. 1 u.k.s., w brzmieniu nadanym u.w.k.s., i który to przepis następnie został uznany za niegodny z Konstytucją RP.

DIS podkreślił, że do wszczęcie postępowania kontrolnego doszło: 15 stycznia 2007r. - już po wejściu w życie nowelizacji u.k.s. w brzmieniu nadanym u.w.k.s., więc gdyby nie ww. wyrok Trybunału Konstytucyjnego, art. 54 O.p. nie miałby zastosowania w spawie żądania Spółki o zwrot nadpłaty w postaci odsetek naliczonych od wszczęcia postępowania kontrolnego (15 stycznia 2007r.) do dnia poprzedzającego datę przymusowego zabezpieczenia zaległości w VAT za 2003r. ([...] grudnia 2008r.). Zdaniem DIS zasady konstytucyjne, które przesądziły o wyeliminowaniu z porządku prawnego art. 31 ust. 1 u.k.s., w zakresie w jakim wyłączał stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p., sprzeciwiają się też stosowaniu art. 31 ust. 1 u.k.s. w zakresie, w jakim wyłącza stosowanie art. 54 § 2 O.p. W sprawie należało więc dokonać analizy materiału dowodowego pod kątem istnienia przesłanek z art. 54 § 2 O.p. i wziąc pod uwagę poglądy prezentowane w orzecznictwie, w tym powołanym przez NUS wyroku NSA z 24 listopada 2009r. sygn. akt II FSK 930/08.

DIS podkreślił, że w przepisach brak jest definicji legalnej pojęć, do których odwołuje się art. 54 § 2 O.p., więc konieczna jest ich wykładnia. Zasadą jest naliczanie odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych (art. 53 § 1 O.p.), zatem odstąpienie od ich naliczania, musi wiązać się z zachowaniem się jednej ze stron postępowania, które nie jest akceptowanie społecznie. W art. 54 § 1 pkt 7 O.p. zakreślono organowi, niezależnie od art. 139 O.p., trzymiesięczny termin, w jakim należy zakończyć postępowanie podatkowe, aby nie pozbawić się możliwości poboru odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji. Przepis ten, z jednej strony, ma charakter dyscyplinujący organ, a jednocześnie chroniący stronę postępowania przed skutkami prowadzenia postępowania w sposób przewlekły, niezależny od niej. Z drugiej strony wpływa na zachowanie strony postępowania, bo jedynie brak przyczynienie się strony do opóźnienia uwalnia ją od ponoszenia ciężarów w postaci zapłaty odsetek za zwłokę za czas trwania postępowania. Wykazanie organowi braku działań, nieuzasadnionej przewlekłości lub przyczynienia się przez stronę (z reguły zawinione); wystąpienie związku pomiędzy zachowaniem stron, a opóźnieniem powstałym z tego powodu wyłącza art. 54 § 2 O.p. i umożliwia zastosowanie art. 54 § 1 pkt 7 O.p. Podejmowanie więc przez organ podatkowy działań w celu wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, dokonywanie czynności procesowych, podejmowanie środków dowodowych nie może być utożsamiane z zawinionym przyczynieniem się przez organ podatkowy do opóźnienia w wydaniu rozstrzygnięcia. Wnioskowanie to potwierdza art. 139 § 1-3 O.p., a zgodnie z art. 139 § 4 O.p. do terminów określonych w § 1- § 3 nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania i okresów opóźnień spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu. Terminami na dokonanie określonych czynności dotyczą organu podatkowego, innego organu, strony i innych uczestników postępowania (np.: art. 150 § 1, art. 156 § 3, art. 169 § 1, art. 189 § 2, art. 190 § 1, art. 193 § 8, art. 200 § 1, art. 200b, art. 209 § 3, art. 227 § 1, art. 284a § 1, art. 289 § 1 O.p.). Nie wlicza się ich z mocy prawa - niezależne od woli organu podatkowego lub strony.

DIS, odnosząc się do przesłanki z art. 54 § 2 O.p. wskazał, że należy zastanowić się czy organ miał możliwość załatwienia sprawy w terminie, a przy ocenie czy przedłużenie nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu należy mieć na względzie, w świetle orzecznictwa (por. wyroki NSA z: 13 listopada 2013r. sygn. akt II FSK 906/08, 24 stycznia 2013r. sygn. akt FSK 961/11, 13 listopada 2009r., sygn. akt II FSK 2001/08 i nieprawomocne wyroki WSA w: Gdańsku z 11 marca 2014r. sygn. akt I SA/Gd 48/14 i w Olsztynie z 13 lutego 2014r. sygn. akt I SA/Ol 855/13), złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, a także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania, prawidłowe zorganizowanie postępowania, czas niezbędny do dokonania czynności organizacyjnych (np. wezwania świadków czy pozyskania informacji od innych organów). Jeżeli czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i uzasadnione były z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap oraz z uwagi na konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, to uznać należy, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu.

W tym kontekście DIS za bezzasadny uznał zarzut Spółki, że każdy przypadek trwania postępowania przez okres dłuższy niż 3 miesiące, powinien być traktowany jako opóźnienie w wydaniu decyzji z przyczyn zależnych od organu prowadzącego postępowanie, gdyż stopień skomplikowania sprawy i szeroki zakres czynności podejmowanych w postępowaniu wymagających czasu, może stanowić podstawę do przyjęcia, że opóźnienie w działaniu organu i wydaniu decyzji spowodowane było przyczynami od niego niezależnymi.

DIS wskazał też, że przy ocenie sprawności, organizacji działań procesowych i terminowości czynności organów zasadne jest także uwzględnienie, iż na czas przeprowadzania przez organ kontroli skarbowej poszczególnych czynności składa się wiele elementów, poczynając od czynności wstępnych i przygotowawczych (nie zawsze odzwierciedlonych w konkretnych dokumentach czy rozstrzygnięciach), a kończąc na poprzedzającej ostateczne rozstrzygnięcie analizie zebranego materiału przed wydaniem decyzji. Na czas ten składają się też liczne czynności biurowo-techniczne, w znacznej mierze zależne od stopnia złożoności sprawy i aktywności strony. Są to na przykład czynności sformułowania pism, wezwań i zawiadomień, zaś potrzebny na ich sporządzenie, wysyłkę, oczekiwania na nadejście zwrotnych poświadczeń odbioru itp. Jest to także czas wynikający z terminów procesowych ustawowych oraz zakreślanych stronie i innym uczestnikom postępowania: świadkom, biegłym, organom współdziałającym i udzielającym niezbędnych informacji. W związku z tym DIS stwierdził, że analiza materiału zgromadzonego w sprawie, wbrew zarzutom odwołania, podtrzymanym w piśmie z 23 kwietnia 2014r., prowadzi do wniosku, że NUS zasadnie przyjął, że spełniono dyspozycję art. 54 § 2 O.p. - do opóźnienia zakończenia postępowania i wydania decyzji po terminie trzech miesięcy od wszczęcia postępowania, doszło z przyczyn niezależnych od DUKS. NUS w uzasadnieniu decyzji wykazał w sposób szczegółowy i wyczerpujący istnienie ww. okoliczności – powołał się na charakter sprawy, zakres i ilość dowodów oraz czasochłonność analizy materiału dowodowego pozyskanego w trakcie prowadzonego postępowania. Okoliczności te wskazują, że opóźnienie w wydaniu decyzji wymiarowej nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu prowadzącego postępowanie kontrolne. DUKS nie miał bowiem realnej możliwości i szansy załatwienia sprawy w terminie przewidzianym w art. 54 § 1 pkt 7 O.p., a jego działania zmierzały do wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, były niezbędne, zasadne i podejmowane bez zbędnej zwłoki.

DIS nie zgodził się też z zarzutem odwołania, że przedstawienie w decyzji NUS kalendarium było bezzasadne oraz podniósł, że obrazuje ono przebieg postępowania DUKS, wskazuje w sposób szczegółowy, jakie czynności trzeba było podjąć w celu wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, jak różnorodne były czynności, oraz konieczność sukcesywnego uzupełnienia materiału dowodowego i długie oczekiwanie na przekazanie przez Spółkę dokumentacji istotnej w sprawie (wydruki ewidencji księgowej, faktur dokumentujących zakup paliw płynnych), a także oczekiwania na wyniki czynności sprawdzających u kontrahentów Spółki oraz na dostarczenie dokumentów zabezpieczonych przez Policję i Prokuraturę, w celu odtworzenia ewidencji Spółki. Organy ścigania przekazały kontrolującym do wykorzystania ponad 90 tomów akt, a DUKS po uzyskaniu materiału dowodowego zobligowany był do jego analizy i selektywnego wyboru z tysięcy dowodów zabezpieczonych przez Policję i Prokuraturę, dokumentacji istotnej w sprawie, oraz do kilkakrotnego wezwania Spółki do uzupełnienia braków w dokumentacji. Przedłużanie terminów na załatwianie sprawy było więc spowodowane także koniecznością oczekiwania na dokumenty źródłowe ze Spółki i od organów ścigania, jak również skomplikowanym charakterem sprawy i koniecznością szczegółowego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy w celu kontroli prawidłowości rozliczeń Spółki.

DIS podkreślił też, że sama Spółka, składając wnioski dowodowe 22, 29 października i 17 listopada 2008r. o dopuszczenie dowodów z przesłuchania świadków, włączenia w poczet materiału dowodowego wyroku sądu zapadłego w sprawie dotyczącej innego podmiotu oraz materiałów z czterech postępowań karnych oraz wyroku w sprawie pracowniczej, materiałów z dalszych ośmiu postępowań karnych, o przesłuchanie dalszych 7 świadków, wnioskowanie o przesłuchanie w charakterze świadków wszystkich pracowników zatrudnionych w latach 2003-2005, na ośmiu stacjach paliw należących do Spółki, odegrała istotną rolę w wydłużeniu toczącego się postępowania, na co zwrócił uwagę WSA w Warszawie w prawomocnym wyroku z 18 kwietnia 2011r. sygn. akt III SA/Wa 472/10, odnoszącym się do decyzji wymiarowej w VAT za 2003r.

Zdaniem DIS na długość prowadzonego przez DUKS postępowania miał wpływ wniosek Spółki o zawieszenie postępowania i wniesienie zażalenia na postanowienie o odmowie zawieszenia postępowania. Również zgromadzenie obszernego materiału dowodowego sprawy, a następnie jego przeanalizowanie wymagało niewątpliwie znacznego nakładu czasu, co zostało dostrzeżone przez Sądy administracyjne, w tym wyroku WSA w Warszawie z 5 października 2011r. sygn. akt III SA/Wa 2165/10.

DIS nie zgodził się ze stanowiskiem Spółki, że wyłącznie równoległe prowadzenie postępowań w zakresie VAT za 2003-2005 i postępowania karnego spowodowało wydłużenie postępowania przez DUKS i wyjaśnił, że nieakceptowalnym społecznie było działanie Spółki, które spowodowało wszczęcie wobec niej wielu postępowań karnych i wymiarowych, który zakończyły się wydaniem decyzji w zakresie VAT, w tym za 2003r., których prawidłowość potwierdziły sądy administracyjne.

7. Spółka w skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie wniosła o uchylenie ww. decyzji DIS i zasądzenie na jej kosztów postępowania zarzucając, podobnie jak w odwołaniu naruszenie: a) art. 54 § 2 O.p. przez jego bezpodstawne zastosowanie w stanie faktycznym, w którym opóźnienie w wydaniu przez DUKS decyzji w przedmiocie VAT za 2003r. powstało z przyczyn zależnych od tego organu; b) art. 72 § 2 w związku z art. 54 § 1 pkt 7 O.p. przez bezzasadną odmowę zwrotu nadpłaty z tytułu uiszczonych nienależnie przez Spółkę odsetek za zwłokę naliczonych za czas trwania przewlekłego postępowania kontrolnego.

W uzasadnieniu Spółka, odnosząc się do orzecznictwa powołanego przez NUS i DIS w wydanych w sprawie decyzjach, podniosła, że kwestia wpływu na opóźnienie w wydaniu decyzji podatkowej, z przyczyn niezależnych od organu prowadzącego postępowanie nie jest interpretowana jednolicie. Winę za opóźnienie w wydaniu decyzji podatkowej ponoszą, co do zasady organy, a konieczność przeprowadzenia postępowania dowodowego w sposób zgodny z procedurami nie jest wystarczającym usprawiedliwieniem do nieprzestrzegania obowiązujących terminów załatwienia sprawy. Również skomplikowany charakter sprawy i wymóg przeprowadzenia wielu dowodów nie oznacza, że sprawa może być rozpoznawana w dowolnie długim terminie. W takiej sytuacji ocenie winny podlegać terminowość i celowość czynności oraz prawidłowe zorganizowanie postępowania. Muszą to być działania niezbędne, służące wyjaśnieniu sprawy, zaplanowane i przeprowadzone w taki sposób, aby całe postępowanie zakończyć w możliwie najkrótszym czasie, zgodnie z zasadą szybkości postępowania wyrażoną w art. 125 § O.p.

8. DIS w odpowiedzi na skargę, podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji, wniósł o oddalenie skargi.

9. Spółka w piśmie z 22 kwietnia 2015r. wskazała, że zsumowane okresy, w trakcie których DUKS nie podejmował czynności, wynoszą aż 634 dni, więc gdyby DUKS prowadził postępowanie kontrolne w sposób zgodny z zasadą szybkości postępowania, wówczas postępowanie to zakończyłoby się ok. 21 miesięcy wcześniej, co stanowi ponad 7-krotność trzymiesięcznego terminu, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 O.p. Przyjmując tezę o złożoności materiału dowodowego, z jakim DUKS musiał się zapoznać, niedopuszczalnym jest, aby postępowanie kontrolne mogło ulec przedłużeniu o tak rażąco długi okres czasu. Powyższą argumentację Spółki uwzględniono w wyroku WSA w Warszawie z 15 kwietnia 2015r. sygn. akt III SA/Wa 2252/14, wydanym wobec Spółki w analogicznej sprawie, dotyczącej odmowy zwrotu nadpłaty odsetek za zwłokę od zaległości w VAT za grudzień 2004r. Sąd podzielił stanowisko Spółki, iż przedłużanie postępowania kontrolnego ponad wskazany w ustawie termin, które to działanie nie znajduje uzasadnienia w rzeczywistych niezbędnych czynnościach podejmowanych przez organ kontroli skarbowej, jest prawnie niedopuszczalne i powinno skutkować nienaliczaniem odsetek za zwłokę za czas trwania postępowania kontrolnego.

II. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

1. Skarga zasługuje na uwzględnienie.

2. Zgodnie z art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. Nr 153, poz. 1269 ze zm.) kontrola sądowa zaskarżonych decyzji, postanowień bądź innych aktów lub czynności wymienionych w art. 3 § 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012r., poz. 270 ze zm., dalej zwana: "P.p.s.a."), sprawowana jest na zasadzie kryterium zgodności z prawem. W związku z tym, aby wyeliminować z obrotu prawnego akt wydany przez organ administracyjny konieczne jest stwierdzenie, że doszło w nim do naruszenia bądź prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, bądź przepisów postępowania w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na rozstrzygnięcie, albo też przepisu prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego (art. 145 § 1 pkt 1 P.p.s.a.), a także, gdy decyzja lub postanowienie organu dotknięte są wadą nieważności (art. 145 § 1 pkt 2 P.p.s.a.).

Z przepisu art. 134 § 1 P.p.s.a. wynika, że Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.

Wykładnia powołanego wyżej przepisu wskazuje, że Sąd ma prawo ale i obowiązek dokonania oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego, nawet wówczas, gdy dany zarzut nie został w skardze podniesiony.

3. Zdaniem Sądu po pierwsze należało stwierdzić, że w sprawie doszło do naruszenia norm prawa procesowego w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy.

3.1. Sąd podkreśla, że jakkolwiek nie ma podstaw do kwestionowania stanowiska DIS, że przepis art. 54 § 1 pkt 1 i pkt 7 O.p. powinien mieć zastosowanie do postępowań kontrolnych prowadzonych przez organ kontroli skarbowej, o ile, wszczęcie postępowania kontrolnego nastąpiło w okresie, w którym obowiązywał art. 31 ust. 1 u.k.s., w brzmieniu nadanym u.w.k.s., i który to przepis następnie został uznany w ww. wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011r. sygn. akt SK 2/10 za niegodny z Konstytucją RP – należy wskazać, że DIS nie ustalił podstawowych kwestii w zakresie powstania nadpłaty oraz możliwości żądania jej zwrotu, co uniemożliwia stwierdzenie, jaki reżim prawny - jakie konkretnie przepisy należało zastosować w sprawie zwrotu nadpłaty w postaci odsetek, które powstawały w toku postępowania kontrolnego (od momentu jego wszczęcia do dnia zabezpieczenie zobowiązania wynikającego z decyzji DUKS), a które zdaniem Spółki są nienależnie, jak również czy w sprawie organy podatkowe mogły zajmować merytoryczne stanowisko, z uwagi na treść art. 80 § 1 O.p.

Sąd wskazuje, że jakkolwiek skarżąca Spółka, składając 27 sierpnia 2012r. wniosek o zwrot nadpłaty w odsetkach, która wiąże się z zobowiązaniem podatkowym w VAT za poszczególne miesiące 2003r. powoływała się na ww. wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011r. sygn. akt SK 2/10, tym niemniej organy podatkowe, a przede wszystkim DIS, powinien w treści uzasadnienia zaskarżonej decyzji zająć się ww. kwestiami, kiedy można mówić o powstaniu ww. nadpłaty w ww. odsetkach i do jakiego momentu można żądać jej zwrotu, w związku z treścią art. 74 pkt 3 O.p. i mając także na względzie przepisy: art. 53 § 1, art. 54 § 1 pkt 1 i 7, art. 54 § 2 O.p. i art. 80 § 1 O.p.

Z treści art. 53 § 1 O.p. wynika, że od zaległości podatkowych, z zastrzeżeniem art. 54, naliczane są odsetki za zwłokę.

Z art. 54 § 1 pkt 7 O.p. wynika, że odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania.

Z art. 54 § 1 pkt 1 O.p. wynika, że odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres zabezpieczenia, od zabezpieczonej kwoty zobowiązania, jeżeli objęte zabezpieczeniem środki pieniężne, w tym kwoty uzyskane ze sprzedaży objętych zabezpieczeniem rzeczy lub praw, zostały zaliczone na poczet zaległości podatkowych,

Przepis art. 80 § 1 O.p. stanowi, że prawo do zwrotu nadpłaty podatku wygasa po upływie 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin jej zwrotu.

Z uzasadnienia zaskarżonej decyzji nie wynika, że kwestia ta była przedmiotem jakichkolwiek rozważań organu odwoławczego. Ustaleń tych nie przedstawiono też w treści uzasadnienia zaskarżonej decyzji DIS, choć wynika to wprost z treści art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 O.p. Samo wskazanie, w jakim momencie doszło do wszczęcia postępowania kontrolnego w sprawie – 15 stycznia 2007r., choć jest istotne, nie przesądza o tym, że sprawa zwrotu nadpłaty w odniesieniu do odsetek wiążących się z zobowiązaniem podatkowym, naliczanych od zobowiązania podatkowego w VAT za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia zabezpieczenia należności w VAT wynikających z decyzji DUKS mogła być merytorycznie rozpatrywana. Należało bowiem zastanowić się nad treścią art. 80 O.p., który w § 1 stanowi, że prawo do zwrotu nadpłaty podatku wygasa po upływie 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin jej zwrotu.

W tym kontekście DIS powinien wskazać: - kiedy w rozpoznawanej sprawie powstała nadpłata w odsetkach, których zwrotu domaga się skarżąca Spółka i które w świetle wykładni ww. wyroku Trybunału Konstytucyjnego nie powinny być pobierane w sprawie za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia dokonania zabezpieczenia, gdy postępowanie kontrolne było prowadzone przez okres dłuższy niż 3 miesiące, - kiedy upływałby termin do zwrotu ww. nadpłaty i następnie kiedy wygasa prawo do jej zwrotu.

Z akt administracyjnych sprawy, jak również z treści uzasadnienia zaskarżonej decyzji, która utrzymywała w mocy ww. decyzję NUS odmawiającą zwrotu ww. odsetek, wynika, że takich ustaleń, w kluczowych w sprawie kwestiach zabrakło, co powoduje, że należało uznać, że w ten sposób doszło do naruszenia przepisów procedury: art. 122 i art. 187 § 1 O.p., które statuują zasadę prawdy obiektywnej w stopniu, który mógł mieć istotny wpływ na wynik sprawy.

Sąd wskazuje również, że jakkolwiek kwota nadpłaty w ww. odsetkach pobieranych przez organ podatkowy od zaległości podatkowej w VAT za ww. miesiące 2003r. za okres od wszczęcia postępowania podatkowego do czasu zabezpieczenia należności podatkowej, na mocy art. 74 pkt 3 O.p. określana jest przez skarżącą Spółkę we wniosku o zwrot nadpłaty, tym niemniej nie oznacza to, że organ podatkowy nie powinien zweryfikować jej wysokości i podać sposobu jej prawidłowego wyliczenia, biorąc pod rozwagę wysokość pobranych od Spółki odsetek, za okres od wszczęcia postępowania podatkowego do dnia zabezpieczenia należności podatkowej.

3.2. Zdaniem Sądu w postępowaniu odwoławczym w sposób należyty nie przeanalizowano ponadto braku podstaw do nienaliczania odsetek w związku z długotrwałym prowadzeniem postępowania kontrolnego przez DUKS, na mocy art. 54 § 2 O.p. w związku z art. 54 § 1 pkt 7 i 1 O.p., a w konsekwencji należało uznać, że niepełna była analiza zasadności wniosku Spółki o zwrot nadpłaty w odsetkach naliczanych przez okres trwania postępowania od jego wszczęcia do dnia przymusowego zabezpieczenia należności.

Sąd podkreśla, że jakkolwiek - co do zasady - należy zgodzić się ze stanowiskiem DIS (mającym oparcie w orzecznictwie, do którego prawidłowo odwołano się w treści zaskarżonej decyzji), że nie każdy przypadek trwania postępowania przez okres dłuższy niż 3 miesiące, powinien być traktowany jako opóźnienie w wydaniu decyzji z przyczyn zależnych od organu prowadzącego postępowanie (w rozpoznawanej sprawie przez DUKS), gdyż stopień skomplikowania sprawy i szeroki zakres czynności podejmowanych w postępowaniu wymagających czasu, może stanowić podstawę do przyjęcia, że opóźnienie w działaniu organu i wydaniu decyzji spowodowane było przyczynami od niezależnymi od organu podatkowego - tym niemniej wskazać należy, że organy podatkowe, a w szczególności organ odwoławczy, odnosząc się do kwestii opóźnienia w rozpatrzeniu sprawy zobowiązane są wskazać konkretne zdarzenia, które wpłynęły na przedłużenie się postępowania oraz podać, o jaki okres zdarzenia te wydłużyły czas trwania postępowania. Jest to przede wszystkim istotne w sprawie, w której rozważana jest możliwość naliczenia, bądź nienaliczania odsetek w związku z treścią art. 54 § 2 i art. 54 § 1 pkt 7 O.p.

Tym samym organy podatkowe, a w szczególności DIS, powinien w toku postępowania odwoławczego przeanalizować wszystkie podejmowane przez organ kontroli skarbowej czynności, mając na względzie przesłanki wynikające z zasady szybkości postępowania podatkowego. W postępowaniu odwoławczym, co wielokrotnie podkreślano w orzecznictwie, DIS nie może ograniczać się jedynie do ocen decyzji wydanej w pierwszej instancji, bo godzi to w zasadę dwuinstancyjności postępowania, o której mowa w art. 127 O.p. DIS nie powinien też przy ponownym rozpatrywaniu sprawy o odmowę zwrotu nadpłaty odsetek naliczonych za okres od wszczęcia postępowania do dnia przymusowego zabezpieczenia należności podatkowych w VAT, odwoływać się do ogólnikowych twierdzeń w postaci: analiza akt sprawy wskazuje, że organ pierwszej instancji zasadnie wskazał, że w rozpatrywanym przypadku spełniona została dyspozycja art. 54 § 2 O.p. - do opóźnienia zakończenia postępowania i wydania decyzji po terminie trzech miesięcy od wszczęcia postępowania, doszło z przyczyn niezależnych od organu kontroli skarbowej. DIS powinien też uzasadnić tezę, że DUKS nie miał realnej możliwości i szansy załatwienia sprawy w terminie przewidzianym w art. 54 § 1 pkt 7 O.p., a jego działania zmierzały do wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, były niezbędne, zasadne i podejmowane bez zbędnej zwłoki, szczególnie w kontekście wskazywanych przez skarżącą Spółkę okresów niepodejmowania czynności.

DIS powinien więc, mając na uwadze, jak przedstawiała się chronologia poszczególnych czynności dokonywanych przez organ kontroli skarbowej zastanowić się czy zajmowały one odpowiednią ilość czasu i czy były uzasadnione, z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap oraz z uwagi na konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, mając w szczególności na względzie zarzuty odwołania, co do kształtu ustaleń faktycznych czynionych w ramach postępowania w zakresie VAT, a odnoszących się do podatku akcyzowego, podatku od nieruchomości i zamiaru pozbawienia Spółki koncesji na obrót paliwami. Należało też zastanowić się czy z dokumentów załączonych przez DUKS i znajdujących się w aktach sprawy wynika, co działo się w okresach pomiędzy kolejnymi zawiadomieniami DUKS o przedłużeniu terminu załatwienia sprawy i czy rzeczywiście w tych okresach były podejmowane czynności niezbędne do załatwienia sprawy, w tym również czynności biurowo-techniczne, o których mowa w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji.

Sąd nie kwestionuje stanowiska DIS, że przy ocenie sprawności, organizacji działań procesowych i terminowości czynności organów zasadne jest uwzględnienie, iż na czas przeprowadzania przez organ kontroli skarbowej poszczególnych czynności składa się wiele elementów, poczynając od czynności wstępnych i przygotowawczych (nie zawsze odzwierciedlonych w konkretnych dokumentach czy rozstrzygnięciach), a kończąc na poprzedzającej ostateczne rozstrzygnięcie analizie zebranego materiału przed wydaniem decyzji. Na czas ten składają się też liczne czynności biurowo-techniczne (sformułowania pism, wezwań i zawiadomień, zaś potrzebny na ich sporządzenie, wysyłkę, oczekiwania na nadejście zwrotnych poświadczeń odbioru itp.), w znacznej mierze zależne od stopnia złożoności sprawy i aktywności strony, oraz czas wynikający z terminów procesowych, ustawowych, zakreślanych stronie i innym uczestnikom postępowania (świadkom, biegłym, organom współdziałającym i udzielającym niezbędnych informacji).

Sąd wskazuje jednak, że z uzasadnienia zaskarżonej decyzji nie wynika, czy akta sprawy oraz poszczególne czynności dokonywane przez organ kontroli były analizowane przez DIS właśnie z tego punktu widzenia, a przynajmniej nie dano temu wyrazu w treści uzasadnienia zaskarżonej decyzji, co jest działaniem sprzecznym z zasadą przekonywania wyrażoną w art. 124 O.p. w związku z art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 O.p. Uniemożliwia to również Sądowi dokonanie ocen czy poszczególne czynności procesowe dokonywane przez organ kontroli były dokonywane terminowo, a podejmowanie ich było zasadne i dokonywane bez zbędnej zwłoki.

Sąd za niewystarczające z punktu widzenia ww. zasady, jak również zasady prawdy obiektywnej (art. 122 i art. 187 § 1 O.p.), jak też zasady zaufania do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p.), uznaje więc wskazanie w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji przez DIS, że materiał dowodowy sprawy był obszerny – czego nie kwestionuje sama strona – oraz, że okresy oczekiwania na materiał dowodowy z innych postępowań były długie, jak również, że konfrontacja dowodów zgromadzonych przez DUKS oraz tych włączonych do akt sprawy była żmudna i zajmowała wiele czasu, co z punktu zasad doświadczenia życiowego nie może budzić wątpliwości, powinna jednak być poparta faktami, które pozwoliłby stwierdzić, jakie konkretne czynności podejmował DUKS, które zajęły aż tak dużo czasu, że niemożliwe było wydanie decyzji w terminie 3 miesięcy oraz co działo się w okresach wskazywanych przez Spółkę w piśmie procesowym z 22 kwietnia 2015r., a w szczególności od 16 lutego 2007r. do 20 maja 2007r.; od 31 stycznia 2008r. do 7 września 2008r.; od 16 października 2008r. do 17 grudnia 2008r. od 26 maja 2009r. do 6 września 2009r.

Sąd wskazuje ponadto, że oprócz orzeczeń powołanych w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji w sprawie, przy interpretacji przepisu art. 54 § 1 pkt 7 O.p. w związku z art. 54 § 2 O.p. pomocny może być wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 14 października 2014r. sygn. akt I FSK 1519/14 (dostępny na www.orzeczenia.nsa.gov.pl).

Pierwsze teza zawarta w wyżej powołanym orzeczeniu NSA wskazuje, że w świetle normy art. 54 § 2 O.p. w związku z art. 54 § 1 pkt 7 O.p., w sytuacji kiedy decyzja organu nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, organ ten w wydanej decyzji powinien wskazać, czy za okres zwłoki należne są od podatnika odsetki oraz uzasadnić w tym zakresie swoje stanowisko.

NSA w drugiej tezie zawartej w ww. wyroku wskazał, że skoro norma art. 54 § 2 O.p. ma charakter dyscyplinujący organ, a jednocześnie chroniący stronę postępowania przed skutkami prowadzenia tego postępowania w sposób przewlekły, niezależny od niej, Sąd oceniając terminowość czynności procesowych podejmowanych przez organ skarbowy, musi dokonać ich analizy w aspekcie zasadności ich podejmowania, z uwzględnieniem zasady szybkości postępowania, a tym samym realizacji poszczególnych czynności procesowych bez zbędnej zwłoki, w sposób pozwalający organowi na terminowe zakończenie postępowania.

W świetle ww. orzeczenia NSA, uzasadnienie zaskarżonej decyzji DIS, utrzymującej w mocy decyzję ww. NUS o odmowie zwrotu nadpłaty - w związku z przekroczeniem przez DUKS przy wydawaniu decyzji wymiarowej trzymiesięcznego terminu, o którym mowa w art. 54 § 2 O.p. w związku z art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p. - powinno zawierać argumentację, która pozwoliłaby na ocenę, że dokonywane przez DUKS czynności były podejmowane w sprawie z zachowaniem zasady szybkości postępowania, jak również, że były niezbędne i konieczne przy rozstrzyganiu sprawy i nie spowodowały opóźnień, które nie pozwalają naliczać odsetek za czas od wszczęcia postępowania do dnia zabezpieczenia zobowiązania podatkowego. Wymienienie ogółu czynności podjętych w toku postępowania i przedstawienie ich chronologii, i to jedynie w decyzji organu pierwszej instancji, jakkolwiek pomocne w sprawie, w której rozpatrywana jest kwestia zwrotu nadpłaty odsetek w związku z treścią art. 54 § 2 i art. art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p., nie spełnia ww. warunku o przedstawieniu argumentacji, która pozwoliłaby na ocenę, że opóźnienie w przeprowadzeniu postępowania przez organ kontroli ponad trzy miesiące powstało z przyczyn niezależnych od tego organu.

Rację ma więc skarżąca Spółka, że z uzasadnienia zaskarżonej decyzji wynika, że DIS wydając zaskarżoną decyzję nie dokonał gruntownej analizy terminowości czynności dokonywanych przez DUKS przed wydaniem decyzji określającej Spółce prawidłową wysokość VAT za poszczególne miesiące 2003r., w zakresie wystąpienia opóźnienia, o którym mowa w art. 54 § 2 O.p. W treści uzasadnienia zaskarżonej decyzji brak jest odniesienia się do poszczególnych okresów poprzedzających wydania ww. decyzji, w których wydawane były postanowienia o przedłużeniu postępowania kontrolnego. W aktach sprawy nie ma ponadto dowodów, np. w postaci np. pism czy notatek służbowych, potwierdzających, że w okresach gdy wydawane były postanowienia o przedłużeniu terminu zakończenia sprawy były podejmowane próby gromadzenia materiału dowodowego z innych postępowań toczących się wobec Spółki, w tym również karnych, że dochodziło do zapoznawania się przez kontrolujących z aktami zgromadzonymi w innych postępowaniach oraz, że dokonywano ich kserowania, po to by możliwe było ich dopuszczenie, jako dowodów w sprawie.

Sąd zgadza się ze stanowiskiem prezentowanym w dotychczasowym orzecznictwie Sądów administracyjnych, a w tym przede wszystkim w powoływanym przez DIS prawomocnym wyroku WSA w Warszawie z 18 kwietnia 2011r. sygn. akt III SA/Wa 472/10 oraz wyroku WSA w Warszawie z 5 października 2011r. sygn. akt III SA/Wa 2165/10, a także innych wydawanych wobec Spółki, że wykorzystane przez DUKS różnego rodzaju zeszyty, kartki, kartoteki, zapiski, symbole, zestawienia, ewidencje, specjalnie oznaczone dokumenty WZ, na podstawie których przyszło dokonywać ustaleń i wyliczeń, nie stanowiły oficjalnej - prowadzonej według najwyższych wymaganych przepisami standardów - księgowości, w przypadku której można i należałoby oczekiwać, że wszystkie jej elementy będą ze sobą idealnie współgrać; to raczej rodzaj "księgowości" bardzo nieformalnej, sporządzanej w rozproszonym systemie przez różne osoby, prowadzonej potajemnie w celu ukrycia rzeczywistej sprzedaży, na użytek wtajemniczonych osób, według znanej im metodologii; z założenia więc trudno wymagać, aby wszystkie elementy tego rodzaju dokumentacji źródłowej idealnie do siebie pasowały – tym niemniej to organ odwoławczy powinien w toku rozpoznawanej sprawy ocenić, jaki wpływ miały te okoliczności na opóźnienia w prowadzonym postępowaniu kontrolnym i odnieść je do konkretnych opóźnień wskazywanych przez Spółkę.

Sąd nie kwestionuje również, że DUKS prowadząc postępowanie kontrolne i gromadząc dowody w aktach administracyjnych (104 pozycje, 4479 kart; protokół kontroli składał się z 172 stron z 93 załącznikami zawierającymi 2026 kart), jak również rozpatrując zebrany materiał dowodowy poniósł duży nakład pracy, aby na podstawie wyjaśnień osób prowadzących nieformalną księgowość, odtworzyć metodologię jej sporządzania, znaczenie poszczególnych zapisów i ich wzajemne powiązanie oraz powiązać te okoliczności z obowiązkiem podatkowym skarżącej w zakresie VAT w poszczególnych miesiącach 2003r.

Sąd wskazuje jednak, że DIS wydając zaskarżoną decyzję nie dał temu wyrazu w treści uzasadnienia. W jej treści powinny zatem znaleźć się informacje, oprócz tych wyżej wskazanych przez Sąd, także te odnoszące się do wskazywanych przez Skarżącego przerw w podejmowanych przez DUKS czynnościach procesowych i merytorycznych. DIS powinien więc w zaskarżonej decyzji odnieść się w szczególności, w jakich okresach organ kontroli na przykład przygotowywał się do podejmowania w sprawie rozstrzygnięcia w formie decyzji i musiał mieć czas zagwarantowany na jej formalne i merytoryczne przygotowanie, czy nie przekroczył tego czasu w sposób nadmierny, czy konieczne było aż kilkakrotne uwzględnianie prawa skarżącej Spółki do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału, jak również wskazać dlaczego ten dłuższy na rozpatrzenie poszczególnych dowodów był niezbędny, jak również ocenić czy nie stanowiło to przesłanki do zastosowania przepisu art. 54 § 2 O.p. w związku z art. 54 § 1 pkt 7 i 1 O.p. Zachowanie wspomnianej już staranności w działaniach organów podatkowych, w tym tych rozpatrujących wniosek o zwrot nadpłaty jest niezbędne również przy wydawaniu zaskarżonej decyzji. Należy też pamiętać, że obowiązek wskazania przyczyn opóźnienia, które mogą być zależne i niezależne od organu, wynika z art. 140 O.p., zatem w każdym przypadku przedłużenie czasu trwania postępowania musi być ono umotywowane wskazaniem rzeczywistych przyczyn opóźnienia. Okoliczności te są szczególnie istotne w sprawie, w której strony spierają się czy możliwe jest dokonanie zwrotu nadpłaty odsetek, która nie powstałaby, gdyby nie wydanie decyzji po upływie trzech miesięcy, o czym mowa w art. 54 § 2 O.p. w związku z art. 54 § 1 pkt 7 i 1 O.p. Należy dać im zatem wyraz w treści uzasadnienia zaskarżonej decyzji, przy ponownym rozpatrywaniu sprawy, biorąc przy tym pod rozwagę podnoszone przez skarżącą Spółkę okoliczności, że DUKS, w jej ocenie, nie podejmował niezbędnych i należytych czynności, poza formułowaniem zawiadomień o niedotrzymaniu terminu załatwienia sprawy w terminie, które były bardzo ogólnikowe i nie wskazywały konkretnych działań, które miały być podejmowane.

Sąd podkreśla ponadto, że sądy administracyjne wielokrotnie wskazywały na wagę uzasadnienia rozstrzygnięć podejmowanych przez organy podatkowe. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 28 czerwca 2001r. sygn. akt III SA 1627/00 stwierdził, iż "jednym z istotnych warunków wpływających na umocnienie praworządności w administracji - jest obowiązek organów administracyjnych należytego i wyczerpującego informowania stron o okolicznościach faktycznych i prawnych, którymi kierowały się te organy w toku załatwienia spraw (LEX nr 83712). Tym samym, gdy organ podatkowy rozpatruje kwestie zwrotu nadpłaty w związku z przekroczeniem trzymiesięcznego terminu z punktu widzenia możliwości naliczania odsetek, o którym mowa w art. 54 § 2 O.p. w związku z art. 54 § 1 pkt 7 i 1 O.p. powinien z uwagi na zasadę przekonywania wyrażoną w treści art. 124 O.p., w sposób należyty ustosunkować się do kwestii przedłużenie postępowania kontrolnego przez DUKS, trwającego dłużej niż trzy miesiące z przyczyn zależnych czy niezależnych od organu kontrolnego.

Sąd administracyjny nie jest uprawniony ani też zobowiązany do tego, aby w uzasadnieniu wyroku uzasadnić rozstrzygnięcie sprawy za organ podatkowy. Podobne stanowisko zajął NSA w wyroku z 22 października 2010r. sygn. akt II FSK 1067/09, stwierdzając, że sąd administracyjny nie może kontrolować tego, czego w zaskarżonym akcie nie ma, ani też uzupełniać dostrzeżone braki tych aktów. Prowadziłoby to do niedopuszczalnego wkraczania w sferę "administrowania" zastrzeżoną do wyłącznej kompetencji organów administracyjnych (dostępny na www.nsa.gov.pl).

4. Sąd mając powyższe okoliczności na względzie, uznał, że zasadne było uwzględnienie skargi, na mocy art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. (punkt pierwszy sentencji wyroku.

Orzeczenie z punktu drugiego ma uzasadnienie w treści art. 152 P.p.s.a.

Sąd o zwrocie kosztów postępowania sądowego stronie postanowił na mocy art. 200, art. 205 § 2 i 4 oraz art. 209 P.p.s.a. w związku z § 3 ust. 1 pkt 1 lit. g) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 31 stycznia 2011r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz szczególnych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z urzędu (Dz. U. Nr 31, poz. 153), strona skarżąca była reprezentowana przez doradcę podatkowego, a wpis był stosunkowy i wynosił 2534 zł.