Wyrok WSA w Bydgoszczy, sygn. akt I SA/Bd 284/20
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy
Data orzeczenia: 2020-08-19 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Administracji Skarbowej~Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: oddalono skargę
Powołane przepisy: article: art. 23
journal: Dz.U. 2018 poz 280
law: Ustawa z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych  przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw  członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego.
article: art. 86 ust. 1
journal: Dz.U. 2018 poz 2174
law: Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług - tekst jedn.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy w składzie następującym: Przewodniczący: sędzia WSA Agnieszka Olesińska (spr.) Sędziowie: sędzia WSA Halina Adamczewska – Wasilewicz sędzia WSA Urszula Wiśniewska Protokolant: starszy sekretarz sądowy Małgorzata Antoniuk po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 19 sierpnia 2020r. sprawy ze skargi Gminy Miasto W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...] marca 2020 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące sierpień, wrzesień i grudzień 2011 r. oddala skargę


UZASADNIENIE

Po przeprowadzeniu postępowania podatkowego Naczelnik Urzędu Skarbowego we [...] decyzją z dnia [...] września 2016 r. określił Gminie M. [...] (Skarżąca) zobowiązanie z tytułu podatku od towarów i usług za miesiące sierpień, wrzesień i grudzień 2011 r. oraz odmówił stwierdzenia nadpłaty za miesiące sierpień, wrzesień i grudzień 2011 r. Postępowanie podatkowe, wszczęte [...] lipca 2016 r. przez Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...], było wywołane złożeniem przez Skarżącą dnia [...] grudnia 2015 r. korekt deklaracji VAT-7 za sierpień, wrzesień i grudzień 2011 r. w związku z wyrokiem TSUE w sprawie C-276/14 i uchwałą NSA z 26 października 2015 r., I FPS 4/15. Do korekt Skarżąca dołączyła pisemne uzasadnienie, zawierające wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku od towarów i usług.

Organ pierwszej instancji odmówił Gminie prawa do odliczenia podatku naliczonego wykazanego w fakturach VAT, wystawionych przez P. , ul. [...], [...] [...], za pełnienie funkcji inspektora nadzoru w zakresie technologii basenowej w ramach zadania pn.: Budowa Międzyosiedlowego Basenu Miejskiego we [...]:

• Nr [...] z dnia [...] sierpnia 2011 r. o wartości netto: [...] zł, podatek VAT: [...] zł,

• Nr [...] z dnia [...] września 2011 r. o wartości netto: [...] zł, podatek VAT: [...] zł),

• Nr [...] z dnia [...] grudnia 2011 r. o wartości netto: [...] zł, podatek VAT: [...] zł).

W decyzji organu pierwszej instancji stwierdzono, że złożone przez Gminę M. [...] w dniu [...] grudnia 2015 r. korekty deklaracji VAT-7 za miesiące sierpień 2011 r., wrzesień 2011 r. i grudzień 2011 r., dotyczą wyłącznie zwiększenia kwoty podatku naliczonego z ww. faktur. Jak wskazał organ, w informacji dołączonej do złożonej korekty Gmina wskazała, że korekty składa w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w sprawie C-276/14. Pierwotnie kwoty podatku naliczonego związane ze wskazaną inwestycją nie zostały uwzględnione w rozliczeniu podatku od towarów i usług za badany okres z uwagi na fakt, iż po zakończeniu realizacji każdego etapu zadania inwestycyjnego, ukończone elementy Gmina M. [...] przekazywała w nieodpłatne użytkowanie jednostce budżetowej Gminy, tj. Ośrodkowi Sportu i Rekreacji we [...] (OSiR), zatem wydatki te nie miały związku z czynnościami opodatkowanymi Gminy.

Pismem z dnia [...] września 2016 r. uzupełnionym pismem z dnia [...] września 2016 r. za pośrednictwem pełnomocnika złożono w ustawowym terminie odwołanie od powyższej decyzji, w którym wniesiono o uchylenie zaskarżonej decyzji i umorzenie postępowania w sprawie.

Po rozpatrzeniu odwołania, Dyrektor Izby Skarbowej w B. decyzją z dnia [...] grudnia 2016 r. utrzymał decyzję organu pierwszej instancji w mocy.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy wyrokiem z dnia 25 kwietnia 2017 r. sygn. akt I SA/Bd 187/17 uchylił powyższą decyzję (wszystkie wyroki cytowane w niniejszym uzasadnieniu są dostępne w bazie CBOSA). Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 14 marca 2019 r. sygn. akt I FSK 1353/17 oddalił skargę kasacyjną co do uchylenia zaskarżonej decyzji Dyrektora Izby Skarbowej

w B. z dnia [...] grudnia 2016 r. Wobec Skarżącej w dniu 23 kwietnia 2018 r. zapadł wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. akt I FSK 1237/17 za czerwiec 2011 r., na który – z uwagi na analogiczny stan sprawy – powołano się w ww. wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 marca 2019 r., sygn. akt I FSK 1353/17. NSA wskazał, iż organ powinien podjąć działania mające na celu wszczęcie trybu, o którym mowa w art. 23 ustawy z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (t.j. Dz. U. 2018, poz. 280, dalej: uszr).

Ponownie rozpatrując sprawę po wyroku NSA, Dyrektor Izby Skarbowej postanowieniem z dnia [...] listopada 2018 r., Nr [...] wezwał Gminę do złożenia informacji czy dokona korekt deklaracji VAT-7, o których mowa w art. 11 ust. 1 pkt 2 cyt. wyżej ustawy z dnia 5 września 2016r.

W odpowiedzi na powyższe wezwanie Gmina złożyła pismo z dnia [...] listopada 2018 r., w którym poinformowała, że dokona korekt deklaracji VAT-7, o których mowa w art. 11 ust. 1 pkt 2 ww. ustawy. Wskazano, że okresem od którego zostanie złożona pierwsza korekta deklaracji VAT-7 jest miesiąc czerwiec 2011 r. oraz że korekty zostaną złożone w terminie 60 dni od daty prawomocnego zakończenia postępowań sądowoadministracyjnych.

Z kolei Dyrektor Izby Skarbowej postanowieniem z dnia [...] lutego 2019 r., Nr [...], wezwał Gminę o przedłożenie korekt deklaracji VAT-7 począwszy od miesiąca czerwca 2.011 r. - zgodnie z postanowieniami art. 11 ust. 1 pkt 2 cyt. wyżej ustawy z dnia [...] września 2016 r. w terminie 60 dni od dnia ogłoszenia wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego za następne okresy rozliczeniowe, o których mowa w piśmie Gminy z dnia [...] listopada 2018 r.

W informacji z dnia [...] maja 2019 r. złożonej wraz z ww. korektami deklaracji VAT-7 za okres od czerwca do grudnia 2011 r., Gmina wskazała, iż korekty składane są w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości i nie obejmują kwot podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług, finansowanych ze środków przeznaczonych na realizację projektów w odniesieniu do których jednostka samorządu terytorialnego nie była obowiązana do zwrotu środków przeznaczonych na realizację tych projektów oraz, że korekty deklaracji podatkowych za okresy od stycznia 2012 r. do stycznia 2013 r. zostaną złożone do dnia [...] grudnia 2020 r.

W związku z zarządzeniem Prezydenta M. [...] z dnia [...] marca 2016 r., Nr [...], zmienionym zarządzeniem z dnia [...] maja 2016 r., Nr [...] w sprawie scentralizowanych zasad rozliczeń podatku od towarów i usług przez Gminę M. [...] przyjęto, że z dniem [...] czerwca 2016 r. Gmina M. [...] będzie prowadzić skonsolidowane rozliczenia z tytułu podatku od towarów i usług obejmujące czynności prowadzone przez jednostki organizacyjne Gminy M. [...], Dyrektor Izby Skarbowej postanowieniem z dnia [...] lipca 2019 r., Nr [...] wezwał Gminę do złożenia korekt deklaracji VAT-7 za pozostałe okresy rozliczeniowe tj. od miesiąca stycznia 2012 r. do maja 2016 r. zgodnie z postanowieniami art. 11 ust. 1 pkt 2 cyt. wyżej ustawy z dnia 5 września 2016 r. w terminie do dnia [...] sierpnia 2019 r.

W odpowiedzi na powyższe wezwanie Gmina przesłała pismo z dnia [...] lipca 2019 r., w którym wyjaśniła, że w nawiązaniu do treści informacji dotyczącej złożenia korekt za dalsze okresy rozliczeniowe zaistniała oczywista omyłka. Korekty będą dotyczyć także okresów od lutego 2013 r. do maja 2016 r. - zgodnie z oceną prawną Naczelnego Sądu Administracyjnego oraz wcześniejszymi wyjaśnieniami składanymi przez pełnomocnika Gminy M. [...].

Postanowieniem z dnia [...] września 2019 r., [...] Dyrektor Izby Skarbowej, stosownie do treści art. 201 § 1 pkt 2 ustawy z dnia [...] sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa, zawiesił z urzędu postępowanie odwoławcze od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] z dnia [...] września 2016 r., Nr [...], Nr [...], Nr [...], Nr [...].

W dniu [...] października 2019 r. do organu wpłynęło pismo Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] z dnia [...] października 2019 r., Nr [...], przy którym przesłano m. in. protokół z dnia [...] października 2019 r. z przeprowadzonych czynności sprawdzających, dotyczący weryfikacji złożonych w dniu [...] maja 2019 r. korekt deklaracji VAT-7 za poszczególne miesiące od czerwca 2011 r. do grudnia 2011 r. oraz zawiadomienie Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] z dnia [...] października 2019 r., Nr [...].

Z ww. protokołu z czynności sprawdzających z dnia [...] października 2019 r., Nr [...] wynika, iż korekty deklaracji VAT-7 za poszczególne miesiące od czerwca 2011 r. do grudnia 2011 r. faktycznie nie spełniają warunku zawartego w art. 11 ust. 1 pkt 2 lit. d ustawy centralizacyjnej, bowiem nie uwzględniają rozliczenia wszystkich jednostek organizacyjnych Gminy M. [...] w odniesieniu do dokonanych przez nie czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Gmina M. [...] w złożonych korektach deklaracji VAT-7 z dnia [...] maja 2019 r. za miesiące od czerwca 2011 r. do grudnia 2011 r. nie objęła wspólnym rozliczeniem podatku od towarów i usług czynności wykonanych przez wszystkie funkcjonujące w 2011 r. jej jednostki organizacyjne, dokonała wybiórczej centralizacji rozliczeń z tytułu podatku od towarów i usług jednostek organizacyjnych. Nadto wbrew twierdzeniom Gminy M. [...] wykaz jednostek objętych wspólnym rozliczeniem podatku VAT w złożonych korektach deklaracji VAT - 7 (załącznik nr [...] do pisma z dnia [...] maja 2019 r.) zawierał istotne braki - nie wykazano 14 jednostek budżetowych Gminy M. [...] funkcjonujących w 2011r. Dodatkowo, pomimo ujęcia w wykazie pozostałych jednostek budżetowych czynności wykonane przez niektóre z nich nie zostały rozliczone w złożonych korektach deklaracji VAT - 7 za okres od czerwca do grudnia 2011 r. tj. nie zostały objęte wspólnym rozliczeniem. Co istotne Gmina M. [...] nie przedłożyła do czynności sprawdzających pełnej dokumentacji źródłowej poszczególnych jednostek organizacyjnych (w niektórych przypadkach takiej dokumentacji w ogóle nie przedstawiono lub przedłożono dokumentację szczątkową), co Gmina tłumaczyła trudnościami w odnalezieniu ich w wykazie zarchiwizowanych dokumentów lub brakiem takiej dokumentacji z uwagi na upływ czasu. Umocowany do przedmiotowych czynności sprawdzających pełnomocnik Gminy M. [...] w piśmie z dnia [...] września 2019 r. kierowanym do organu pierwszej instancji przyznał, iż dokonane w korektach deklaracji VAT - 7 rozliczenie podatku od towarów i usług Gminy M. [...] obejmuje wybrane jednostki organizacyjne Gminy M. [...], które dysponują dokumentacją za okres objęty centralizacją.

W związku z powyższymi ustaleniami z przeprowadzonych czynności sprawdzających Naczelnik Urzędu Skarbowego we [...], na podstawie art. 12 cyt. ustawy z dnia 5 września 2016 r. - zawiadomieniem z dnia [...] października 2019 r., Nr [...], poinformował Gminę M. [...], iż złożone w dniu [...] maja 2019 r. korekty deklaracji za okres od czerwca do grudnia 2011 r. są bezskuteczne, ponieważ nie spełniają warunków, o których mowa w art. 11 ww. ustawy centralizacyjnej.

Następnie w dniu [...] listopada 2019 r. do organu odwoławczego wpłynęło pismo Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...], Nr [...], w załączeniu którego przesłano pismo Gminy M. [...] z dnia [...] października 2019 r., którym wniosła do Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] - "Uwagi do protokołu" z czynności sprawdzających oraz poinformowała, że Gmina M. [...] złoży ponownie korekty, uwzględniające ustalenia organu.

Z kolei pismem z dnia [...] listopada 2019 r., Nr [...] Naczelnik Urzędu Skarbowego we [...] przesłał do tut. Izby kserokopie pisma Gminy M. [...] z dnia [...] listopada 2019 r. oraz korekt deklaracji VAT-7 dla podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2012 r. do stycznia 2013 r.

Postanowieniem Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...] listopada 2019 r., [...] zostało podjęte postępowanie odwoławcze od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] z dnia [...] września 2016 r., Nr [...], Nr [...], Nr [...], Nr [...].

Pismem z dnia [...] listopada 2019 r. Nr [...] organ pierwszej instancji przesłał kserokopie korekt deklaracji dla podatku od towarów i usług za okres od czerwca 2011 r. do grudnia 2011 r. złożonych przez Gminę M. [...] w dniu [...] listopada 2019 r.

Postanowieniem z dnia [...] grudnia 2019 r., Nr [...] organ odwoławczy wyznaczył Stronie siedmiodniowy termin do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Z przysługującego prawa Gmina skorzystała składając pismo z dnia [...] grudnia 2019 r. wraz z załącznikami.

Z kolei pismem z dnia [...] grudnia 2019 r., Nr [...] Naczelnik Urzędu Skarbowego we [...] (wpływ do Izby Administracji Skarbowej w B. w dniu [...] grudnia 2019 r.) przesłał do tut. Izby kserokopie pisma Gminy M. [...] z dnia [...] listopada 2019 r. stanowiącego uwagi do protokołu z czynności sprawdzających.

W dniu [...] stycznia 2020 r. do organu odwoławczego wpłynęło pismo Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] z dnia [...] stycznia 2020 r., Nr [...] przy którym przesłano m.in. :

- protokół z dnia [...] stycznia 2020 r. Nr [...] z przeprowadzonych czynności sprawdzających dotyczący weryfikacji złożonych w dniu [...] września 2019 r.

jak i w dniu [...] listopada 2019 r. korekt deklaracji YAT-7 za poszczególne miesiące od stycznia do maja 2012 r., za sierpień 2012 r., od października 2012 r. do grudnia 2012 r. oraz za styczeń 2013 r.,

- zawiadomienie Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] z dnia [...] stycznia 2020 r., Nr [...] o bezskuteczności złożonych w dniu [...] września 2019 r. i [...] listopada 2019 r. korekt deklaracji YAT-7 za poszczególne miesiące od stycznia do maja 2012 r., za sierpień 2012 r., od października 2012 r. do grudnia 2012 r. oraz za styczeń 2013 r.

- zawiadomienie Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] z dnia [...] stycznia 2020 r., Nr [...] o bezskuteczności złożonych w dniu [...] listopada 2019 r. korekt deklaracji VAT-7 za miesiące od czerwca 2011 r. do grudnia 2011 r.

W powyższym zawiadomieniu Nr [...] stwierdzono, że nie objęto wspólnym rozliczeniem co najmniej następujące jednostki organizacyjne: [...]. Jednocześnie w odniesieniu do jednostek wskazanych na stronie 16 zawiadomienia z dnia [...] stycznia 2020 r. wskazano, że Gmina nie ujęła rozliczeń tych jednostek, w których według oświadczeń Gminy lub Dyrektorów tych jednostek dokonano brakowania dokumentów lub poinformowano, że dana jednostka w badanym okresie nie była zarejestrowanym podatnikiem VAT czynnym lub zwolnionym. Natomiast dotychczasowe ustalenia wykazują, iż działalność jednostek organizacyjnych Gminy poza wykonywaniem czynności należących do zadań własnych Gminy polegała również na wykonywaniu czynności w zakresie najmu/dzierżawy pomieszczeń (lokale) lub powierzchni, wykonywaniu duplikatów legitymacji lub świadectw szkolnych lub innych czynności, które winny być ujęte w korektach deklaracji VAT-7 Gminy M. [...].

Z uwagi na złożenie w dniu [...] września 2019 r. i [...] listopada 2019 r. korekt deklaracji VAT-7 za poszczególne miesiące od stycznia do maja 2012 r. za sierpień 2012 r., od października 2012 r. do grudnia 2012 r. oraz za styczeń 2013 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego we [...] przeprowadził czynności sprawdzające. Z powyższych czynności sporządzony został protokół z dnia [...] stycznia 2020 r. Nr [...].

W wyniku przeprowadzonych czynności sprawdzających ustalono, że korekty deklaracji VAT-7 złożone w dniu [...] września 2019 r. i [...] listopada 2019 r. faktycznie nie spełniają warunku zawartego w art. 11 ust. 1 pkt 2 lit. d ustawy centralizacyjnej, bowiem nie uwzględniają rozliczenia wszystkich jednostek organizacyjnych Gminy M. [...] w odniesieniu do dokonanych przez nie czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Gmina dokonała centralizacji rozliczeń z tytułu podatku od towarów i usług tylko wybranych jednostek organizacyjnych Gminy M. [...]. Nie zostały objęte wspólnym rozliczeniem czynności wykonane przez jednostki organizacyjne wymienione na stronach 9-10 ww. zawiadomienia z dnia [...] stycznia 2020 r" Nr [...]. Należy wskazać, iż Gmina M. [...] nie przedstawiła pełnej dokumentacji źródłowej wszystkich jednostek organizacyjnych, a w niektórych przypadkach takiej dokumentacji w ogóle nie przedstawiono. Nadto wykaz jednostek objętych wspólnym rozliczeniem zawierał braki - nie wymieniono 13 funkcjonujących w okresie styczeń 2012 r. - styczeń 2013 r. jednostek budżetowych, przy czym w ponownym wykazie załączonym do pisma z dnia [...] listopada 2019 r. nie wymieniono jednej jednostki organizacyjnej funkcjonującej od [...] września 2012 r. jako odrębna jednostka posługująca się NIP [...], tj. [...]

Mając to wszystko na uwadze, po ponownym rozpatrzeniu sprawy, decyzją z dnia [...] marca 2020 r. Dyrektor Izby Skarbowej uchylił decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] z dnia [...] września 2016 r. w części dotyczącej określenia kwoty zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług podlegającej wpłacie do urzędu skarbowego za sierpień 2011 r., wrzesień 2011 r. i grudzień 2011 r. i w tej części umorzył postępowanie w sprawie, a w pozostałej części, tj. orzekającej odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za sierpień 2011 r., wrzesień 2011 r. i grudzień 2011 r., utrzymał decyzję organu pierwszej instancji w mocy.

Co do uchylenia decyzji organu pierwszej instancji i umorzenia postępowania w części odnoszącej się do określenia wysokości zobowiązania podatkowego za sierpień, wrzesień i grudzień 2011 r. organ wskazał, że podyktowane to było przedawnieniem.

W tym zakresie organ wskazał, że [...] grudnia 2015 r. Gmina M. [...] złożyła korekty deklaracji VAT-7 za sierpień, wrzesień i grudzień 2011 r. , do których dołączyła pisemne uzasadnienie złożonych korekt deklaracji VAT-7, w których zawarty został wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku od towarów i usług w trybie art. 75 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa. Zgodnie z treścią przepisu art. 79 § 3 Ordynacji podatkowej, decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty na wniosek strony złożony przed upływem terminu przedawnienia można wydać także po upływie tego terminu. Tym samym organ odwoławczy uprawniony jest do merytorycznego rozpatrzenia przedmiotowej sprawy co do wniosku podatnika o stwierdzenie nadpłaty, jednak nie co do określenia wysokości zobowiązania podatkowego za dane okresy. Z powodu przedawnienia (art. 70 Op) organ uznał zatem, że nie może po jego upływie wydać decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, dlatego decyzję organu pierwszej instancji w tej części uchylił, a postępowanie w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego – umorzył. Co do wniosku o stwierdzenie nadpłaty zdaniem organu nie istniała przeszkoda do rozstrzygania, ponieważ wniosek o stwierdzenie nadpłaty został złożony przed upływem terminu przedawnienia.

Co do istoty sporu, to jest żądania stwierdzenia nadpłaty na skutek centralizacji rozliczeń gminy, przewidzianej w ustawie z 5 września 2016 r., w związku z wyrokiem TSUE w sprawie C-276/14, organ podał, że korekty deklaracji VAT-7 złożone w dniu [...] września 2019 r. i [...] listopada 2019 r. faktycznie nie spełniają warunku zawartego

w art. 11 ust. 1 pkt 2 lit. d ustawy centralizacyjnej z 5 września 2016 r. (uszr), bowiem nie uwzględniają rozliczenia wszystkich jednostek organizacyjnych Gminy M. [...] w odniesieniu do dokonanych przez nie czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Gmina dokonała centralizacji rozliczeń z tytułu podatku od towarów i usług tylko wybranych jednostek organizacyjnych Gminy M. [...]. Nie zostały objęte wspólnym rozliczeniem czynności wykonane przez jednostki organizacyjne wymienione na stronach 9-10 ww. zawiadomienia z dnia [...] stycznia 2020 r. Należy wskazać, iż Gmina M. [...] nie przedstawiła pełnej dokumentacji źródłowej wszystkich jednostek organizacyjnych, a w niektórych przypadkach takiej dokumentacji w ogóle nie przedstawiono. Nadto wykaz jednostek objętych wspólnym rozliczeniem zawierał braki – nie wymieniono 13 funkcjonujących w okresie styczeń 2012 r. - styczeń 2013 r. jednostek budżetowych, przy czym

w ponownym wykazie załączonym do pisma z dnia [...] listopada 2019 r. nie wymieniono jednej jednostki organizacyjnej funkcjonującej od [...] września 2012 r. jako odrębna jednostka posługująca się NIP [...], tj. [...] Z zebranych w sprawie dokumentów w postaci m.in. oświadczeń Dyrektorów jednostek wynika, że dokumentacja albo została przekazana do archiwum lub placówki dokonującej obsługi finansowej placówek oświatowych ([...]) albo do wybrakowania (zniszczona). Niemniej w większości przypadków nie przedstawiono dowodów przekazania dokumentów do archiwum lub do brakowania (w tym zgody Archiwum Państwowego na brakowanie dokumentacji wraz ze spisem dokumentów przekazanych do brakowania). Jednocześnie w przypadku niektórych jednostek pomimo oświadczenia, iż dokumentacja została zniszczona lub przekazana do archiwum w korektach deklaracji VAT zostały uwzględnione wartości dotyczące uzyskanego obrotu określonej jednostki. Organ podał, że przedłożona przez Gminę M. [...] dokumentacja, choć szczątkowa, niejednokrotnie wprost wskazuje, że określone jednostki organizacyjne Gminy wykonywały czynności, które powinny być objęte wspólnym rozliczeniem podatku w korektach deklaracji VAT Gminy M. [...], a nie są – dotyczy to np. [...].

W ocenie Dyrektora Izby Skarbowej

w okolicznościach rozpatrywanej sprawy Gmina M. [...] nie wykazała należytych starań w zakresie złożenia korekt "scalających" i w konsekwencji nie dokonała pełnej centralizacji rozliczeń podatku od towarów i usług. Jak wynika

z protokołów z czynności sprawdzających oraz zawiadomień z dnia [...] stycznia 2020 r. o bezskuteczności złożonych korekt – Gmina przerzuca dokonanie centralizacji na organ podatkowy. Okoliczności sprawy wykazują wprost, że określone jednostki wykonywały czynności, które winny być objęte wspólnym rozliczeniem podatku

w złożonych przez Gminę korektach, a nie są. W pismach kierowanych w sprawie Gmina argumentuje, iż wybiórcze rozliczenie podatku od towarów i usług w złożonych korektach wynika z pomyłki lub braku dokumentacji określonych jednostek jednocześnie twierdząc, że to organ podatkowy winien posiadać informacje/ewidencje dotyczące tych jednostek i dokonać wspólnego rozliczenia w przypadku gdy stwierdzi "ewentualne" czynności danej jednostki, które nie zostały objęte scentralizowanym rozliczeniem podatku VAT Gminy i jej wszystkich jednostek organizacyjnych.

Zdaniem organu Gmina M. [...] pomimo oświadczenia, iż dokumentacja niektórych jednostek została zniszczona (fakt niepotwierdzony

w większości przypadków stosownymi dokumentami) posiada jednak określone informacje czy dokumenty z których można określić zakres czynności wykonywanych przez te jednostki i ich wartość ale ich nie okazała do weryfikacji. Zatem w ocenie Dyrektora Izby Skarbowej działanie Gminy M. [...] dowodzi, iż nie dąży do pełnej centralizacji rozliczeń podatku, wręcz odmawia złożenia prawidłowych korekt "scalających" uznając się za zwolnioną

z obowiązku dokonania pełnej centralizacji.

Organ wskazał, że to Gmina posiada pełną wiedzę co do czynności jakie wykonywały poszczególne jednostki organizacyjne, na rzecz jakich osób/podmiotów

i o jakiej wartości, mając do własnej i wyłącznej dyspozycji dokumenty/informacje

z których okoliczności te wynikają, np. umowy zawarte z kontrahentami, zlecenia, wydruki z kont bankowych, zapisy na rachunkach dochodów jednostek budżetowych bądź inne dowody w postaci dokumentacji księgowej prowadzonej w formie elektronicznej - zapisy na kontach. Zaprezentowana przez Gminę M. [...] w piśmie z dnia [...] listopada 2019 r. – stanowiącym uwagi do czynności sprawdzających do protokołu z dnia [...] października 2019 r. – argumentacja sprowadza do mylnego jej przekonania, iż to organ podatkowy zobowiązany jest wskazać Gminie jakie posiadała jednostki organizacyjne, a także "(...) na podstawie posiadanych informacji powinien był określić wartości wynikające z zapisów ewidencyjnych i ewentualne czynności wykonywalne przez dana JST objąć wspólnym rozliczeniem podatku VAT (w wartościach przez niego ustalonych na podstawie przeprowadzonych czynności sprawdzających)" w zastępstwie Gminy.

Należy podkreślić, iż dokumenty stwierdzające brakowanie czy utylizację dokumentacji jednostek datowane są po wydaniu wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 Gmina Wrocław przeciwko Ministrowi Finansów. W wyroku tym, zapadłym w okresie gdy zobowiązania podatkowe w zakresie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2011 r. i 2012 r. jeszcze się nie przedawniły – wskazano, iż "artykuł 9 ust. 1 dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że podmioty prawa publicznego, takie jak gminne jednostki budżetowe będące przedmiotem postępowania głównego, nie mogą być uznane za podatników podatku od wartości dodanej, ponieważ nie spełniają kryterium samodzielności przewidzianego w tym przepisie." Zdaniem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, jednostki te nie ponoszą ryzyka gospodarczego związanego z działalnością gospodarczą powierzoną im w imieniu i na rachunek gminy oraz nie odpowiadają za szkody spowodowane tą działalnością (odpowiedzialność tą ponosi wyłącznie gmina), ponieważ nie dysponują własnym majątkiem, nie osiągają własnych dochodów i nie ponoszą kosztów dotyczących takiej działalności. Uzyskane dochody są bowiem wpłacane do budżetu Gminy, a wydatki są pokrywane bezpośrednio z tego budżetu.

Dyrektor Izby Skarbowej zauważył, iż wątpliwości interpretacyjne co do istnienia bądź nieistnienia prawa gminy do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupowych związanych z realizacją inwestycji, które zostały następnie przekazane do gminnego zakładu budżetowego i są przez niego wykorzystywane do sprzedaży opodatkowanej podatkiem od towarów i usług, spowodowały, iż Naczelny Sąd Administracyjny orzekający w sprawie sygn. akt I FSK 1725/14, przedstawił do rozstrzygnięcia składowi siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego następujące zagadnienie prawne: "Czy w świetle art. 15 ust. 1, art. 86 ust. 1 oraz art. 86 ust. 13 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów usług (Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 ze zm.) gmina ma prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupowych związanych z realizacją inwestycji, które zostały następnie przekazane do gminnego zakładu budżetowego i są przez niego wykorzystywane do sprzedaży opodatkowanej podatkiem od towarów i usług".

Po rozpatrzeniu przedmiotowej kwestii, Naczelny Sąd Administracyjny podjął w dniu 26 października 2015 r. podnoszoną w odwołaniu przez Gminę M. [...], uchwałę o sygn. akt I FSP 4/15 wskazując, iż "w świetle art. 15 ust. 1 oraz art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 ze zm.) gmina ma prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupowych związanych z realizacją inwestycji, które zostały następnie przekazane do gminnego zakładu budżetowego, który realizuje powierzone mu zadania własne tej gminy, jeżeli te inwestycje są wykorzystywane do sprzedaży opodatkowanej podatkiem od towarów i usług". W uzasadnieniu uchwały Naczelny Sąd Administracyjny, powołując się także na orzeczenie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 (Gmina Wrocław) podkreślił, że w wyroku tym TSUE udzielił bardzo szczegółowych wskazówek dotyczących warunków, jakie muszą spełniać publiczne jednostki organizacyjne aby mogły one być uznane za czynnych podatników VAT, tj. działanie we własnym imieniu, na własny rachunek i własną odpowiedzialność, ponoszenie związanego z prowadzeniem działalności ryzyka gospodarczego, brak hierarchicznego podporządkowania, itp. Po szczegółowym przeanalizowaniu wszystkich warunków w kontekście powoływania, zarządzania, funkcjonowania, finansowania oraz likwidacji zakładów budżetowych, Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że pomimo większego niż jednostki budżetowe stopnia samodzielności zakładu budżetowego, nie może on być uznany za odrębnego od gminy podatnika VAT, gdyż nie spełnia ww. warunków - nie jest wystarczająco samodzielny. NSA wskazał również, że dotychczasowe orzecznictwo NSA w tej materii należy uznać za nieaktualne. Podatnikiem i stroną w kontaktach na zewnątrz jest wyłącznie gmina.

Uzasadnienie powyższego wyroku dało asumpt do uznania, że jednostki budżetowe nie posiadają odrębności podatkowej na gruncie przepisów dotyczących podatku od towarów i usług, a wszelkie czynności przez nie dokonywane na rzecz osób trzecich powinny być rozliczane przez jednostkę samorządu terytorialnego, która je utworzyła, natomiast czynności dokonywane w ramach jednostki samorządu terytorialnego (pomiędzy jej jednostkami budżetowymi) mają charakter wewnętrzny.

Na powyższe wskazują również regulacje ustawy z dnia 5 września 2016 r.

o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych

z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego, która weszła w życie z dniem 1 października 2016 r.

Biorąc pod uwagę wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14, uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 26 października 2015 r., sygn. akt I FSP 4/15 oraz ustawę centralizacyjną - Gmina zdaniem Dyrektora Izby miała świadomość, iż będzie musiała dokonać pełnej centralizacji rozliczeń ze wszystkimi swoimi jednostkami, nie podjęła jednak starań w dokonaniu tych rozliczeń, ani nie zabezpieczyła dokumentacji dla ich sporządzenia.

Potwierdzeniem konieczności centralizacji rozliczeń Gminy M. [...] są także wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 23 kwietnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1237/17 i 14 marca 2019 r., sygn. akt I FSK 1353/17, w których jednoznacznie wskazano konieczność centralizacji rozliczeń Gminy M. [...]. Pomimo tego, Gmina nie dokonała wspólnego rozliczenia podatku od towarów i usług (naliczonego i należnego) wraz ze swoimi jednostkami organizacyjnymi.

Korekty deklaracji podatkowej VAT-7 za sierpień, wrzesień, grudzień 2011 r. złożone w dniach [...] maja 2019 r. oraz [...] listopada 2019 r. w trakcie postępowania odwoławczego prowadzonego po wydaniu ww. wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 marca 2019 r., sygn. akt I FSK 1353/17 nie spełniały warunku zawartego w art. 11 ust. 1 pkt 2 lit. d ustawy centralizacyjnej, bowiem nie uwzględniają rozliczenia wszystkich jednostek organizacyjnych Gminy M. [...]. Jednocześnie Dyrektor Izby Skarbowej podkreśla, iż złożone przez Gminę M. [...] w dniu [...] grudnia 2015 r. korekty deklaracji VAT-7 za miesiące sierpień 2011 r., wrzesień 2011 r. i grudzień 2011 r. są prawnie bezskuteczne.

Organ zaznaczył, iż z powołanego orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej oraz uchwały NSA nie można stosować w sposób "wybiórczy". Oznacza to, że w sytuacji, gdy Gmina będzie traktować siebie i swoje jednostki budżetowe, zakłady budżetowe jako jednego podatnika (Gminę), rodzi to konsekwencje w postaci sposobu rozliczania deklaracji (i ewentualnie dokonanie ich korekt) zarówno po stronie podatku naliczonego, jak i należnego. Zatem wykonywane przez jednostki gminne czynności opodatkowane należy przypisać Gminie z tym skutkiem, że rodzi to konieczność rozliczania się jako jeden podatnik ze wszystkimi tego konsekwencjami.

Zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w świetle powyższych ustaleń i przedstawionych regulacji prawnych, ze szczególnym uwzględnieniem powołanego orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 (Gmina Wrooław) oraz uchwały NSA z dnia 26 października 2015 r. sygn. akt I FPS 4/15, a przede wszystkim wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 marca 2019 r. sygn. akt I FSK 1353/17 - skorygowanie przez Gminę rozliczeń związanych z czynnościami podlegającymi opodatkowaniu VAT, wykonywanymi przez jednostkę organizacyjną Gminy, jest dopuszczalne jedynie pod warunkiem, że korekty obejmować będą rozliczenia za cały okres i uwzględnią obroty wszystkich gminnych jednostek organizacyjnych, tj. samorządowych jednostek budżetowych oraz samorządowych zakładów budżetowych. Innymi słowy, dla oceny prawidłowości złożonej przez Gminę korekty deklaracji konieczna jest pełna centralizacja rozliczeń z tytułu podatku VAT z uwzględnieniem rozliczeń dokonywanych przez wszystkie poszczególne jednostki organizacyjne Gminy.

W skardze do tut. Sądu Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości i uchylenie decyzji organu I instancji w całości, zarzucając naruszenie:

1) art. 23 ustawy z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państwa członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (dalej "uszr") w związku z art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi2 (dalej "Ppsa") i art. 127 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (dalej "Op") – organ administracji nie wszczął skutecznie trybu, o którym mowa w art. 23 uszr, natomiast podjął działania bez podstawy prawnej oraz z naruszeniem zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego;

2) art. 11 ust. 1 pkt 2 lit. d) w związku z art. 12 uszr – organ administracji błędnie uznał, że Skarżąca nie dopełniła wszystkich warunków centralizacji, tj. nie uwzględniła

w składanych korektach rozliczeń podatku wszystkich jednostek organizacyjnych

w odniesieniu do dokonywanych przez jednostki czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem; art. 122 w związku z art. 187 § 1 i 3, art. 180 § 1 i art. 191 Op – organ administracji wadliwie ustalił, że Skarżąca nie przedstawiła całej posiadanej dokumentacji, nie wykazała należytych starań w zakresie złożenia korekt scalających oraz nie dokonała pełnej centralizacji rozliczeń podatku od towarów

i usług;

3) art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (dalej "uptu") w związku z art. 168 Dyrektywy Rady nr 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 roku w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (dalej "Dyrektywa") – organ administracji pozbawił Skarżącą prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego ze spornych faktur z naruszeniem tych przepisów oraz zasad neutralności, skuteczności oraz proporcjonalności wynikających z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując swoje dotychczasowe stanowisko w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy zważył, co następuje:

Skarga nie jest zasadna.

Na wstępie należy zauważyć, że sprawa była przedmiotem rozpoznania przez Naczelny Sąd Administracyjny, który wyrokiem z dnia 14 marca 2019 r. sygn. akt I FSK 1845/17 oddalił skargę kasacyjną organu od wyroku WSA uchylającego decyzję organu odwoławczego, wskazując przy tym, że na tle zbliżonego do rozpatrywanej sprawy stanu faktycznego, zapadł wyrok NSA z dnia 23 kwietnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1237/17 w odniesieniu do analogicznej sprawy Skarżącej, dotyczącej innego okresu rozliczeniowego, czyli czerwca 2011 r.

Zgodnie z art. 153 P.p.s.a. ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie.

Naczelny Sąd Administracyjny w uzasadnieniu wyroku z dnia 14 marca 2019 r. sygn. akt I FSK 1353/17 w pełni podzielił stanowisko wyrażone w wyroku NSA z dnia 23 kwietnia 2018 r. Zatem istotne znaczenie dla rozpoznania tej sprawy ma pogląd wyrażony przez Naczelny Sąd Administracyjny, który oddalając skargę kasacyjną Dyrektora Izby Administracji Skarbowej Sąd zaznaczył, że zaskarżony wyrok odpowiada prawu mimo błędnego uzasadnienia, i uzasadnił swoje stanowisko odwołując się w znacznej mierze do poglądów wyrażonych w wyroku z 23 kwietnia 2018 r., I FSK 1237/17 . W związku z powyższym należy stwierdzić, że rozpoznając również niniejszą sprawę Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy, w świetle art. 153 w zw. z art. 193 p.p.s.a., jest związany poglądem wyrażonym przez NSA. Sąd odwołuje się w tym zakresie do poglądu, który zakłada, że "art. 153 p.p.s.a. może wyjątkowo stanowić podstawę do wyrażania takiej oceny w orzeczeniu Naczelnego Sądu Administracyjnego, wydanym w postępowaniu kasacyjnym. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 18.08.2004 r., FSK 207/04, OSP 2005/2, poz. 18, z glosą Z. Kmieciaka, OSP 2005/2, s. 76–77, uznał, że sformułowanie takiej oceny, odmiennej od oceny zawartej w zaskarżonym orzeczeniu wojewódzkiego sądu administracyjnego, możliwe jest w wypadku oddalenia skargi kasacyjnej, jeżeli orzeczenie to mimo błędnego uzasadnienia odpowiada prawu" (por. B. Dauter [w:] B. Dauter, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. 7, Warszawa 2018, s. 497). Konsekwencją powyższego jest uwzględnienie poglądu prezentowanego przez sąd kasacyjny również w odniesieniu do sprawy w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za sierpień, wrzesień i grudzień 2011 r.

Naczelny Sąd Administracyjny w uzasadnieniu powołanego wyżej wyroku z dnia 14 marca 2019 r. w ślad za wyrokiem z 23 kwietnia 2018 r. w odniesieniu do zasadniczej kwestii w sprawie przyjął, że prawo Gminy do odliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami poniesionymi na inwestycję przekazaną następnie jednostce budżetowej (wykonującej w oparciu o ten składnik mienia Gminy czynności opodatkowane) nie może być realizowane z pominięciem innych konsekwencji uznania Gminy za jedyny podmiot posiadający status podatnika VAT, przy pozbawieniu tego statusu jednostek organizacyjnych Gminy (jako niewystarczająco usamodzielnionych). NSA podkreślił, że w sprawie nie budzi wątpliwości brak odrębnej od Gminy podmiotowości prawnopodatkowej gminnych jednostek budżetowych i zakładów budżetowych oraz prawo do odliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami poniesionymi na budowę basenu. Natomiast przedmiotem sporu jest uzależnienie prawa do odliczenia zgodnie z art. 86 ust. 1 u.p.t.u. od przeprowadzenia centralizacji rozliczeń tejże Gminy i jej jednostek organizacyjnych, jeśli prawo do odliczenia wynika z niesamodzielności jednostki, która w ramach struktur gminnych prowadzi w oparciu o nabyty towar lub usługę działalność gospodarczą, a zatem jest rezultatem zmiany linii orzeczniczej co do podmiotowości prawnopodatkowej takich jednostek. Sąd stwierdził również, że na gruncie VAT konsekwencje uznania, komu przysługuje status podatnika VAT, a komu nie, nie mogą ograniczać się do elementu rozliczenia, na którym - co do zasady - zależy podatnikowi, tj. uprawnienia do odliczenia podatku naliczonego. Zdaniem NSA nie budzi też wątpliwości fakt, że ustalenie czy podatnik powinien uiścić podatek VAT, czy też jest uprawniony do uzyskania zwrotu oraz jakiej kwoty ten obowiązek bądź uprawnienie dotyczy, jest wynikiem operacji matematycznej, dla której decydujące znaczenie ma nie tylko wielkość podatku naliczonego, ale również podatku należnego. Jednocześnie nie do zaakceptowania jest sytuacja, w której dany podmiot uważa się za podatnika VAT w odniesieniu do transakcji, w których status ten daje mu korzyść (w postaci kwoty podatku naliczonego do odliczenia), ale już nie co do transakcji, które spowodowałyby obowiązek wykazania podatku należnego. Akceptacja takiego podejścia skutkowałaby nierealnością elementów rozliczenia istotnych dla ostatecznego wyniku tego rozliczenia, tj. wielkości zobowiązania podatkowego lub zwrotu. NSA zgodził się ze stanowiskiem organu, że nie można w oparciu o brak samodzielności jednostek organizacyjnych wywodzić o prawie Gminy do odliczenia podatku naliczonego, pomijając równocześnie obowiązek wykazania i rozliczenia podatku należnego. Podkreślił jednocześnie, że "przejęcie" podatku należnego powinno być całościowe, tj. powinno obejmować wszystkie niesamodzielne jednostki organizacyjne, prowadzące w ramach struktury Gminy jej działalność gospodarczą, nie może być bowiem tak, że to do Gminy jako podatnika należy wybór, których jednostek rozliczenia podatkowe będą scalane z jej własnym, a których nie, ponieważ bez wątpienia status podatnika VAT jest obiektywny i kreowany przez przepisy prawa, nie wolę podlegających temu prawu podmiotów.

Naczelny Sąd Administracyjny wskazał na istotne znaczenie w rozpoznawanej sprawie przepisu art. 23 u.s.z.r., który wszedł w życie w toku postępowania odwoławczego i powinien znaleźć zastosowanie w rozpoznawanej sprawie. Jednocześnie zaznaczył, że treść tego przepisu nie daje podstaw do przyjęcia, że jego zastosowania nie warunkuje inna okoliczność, niż złożenie korekty w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w sprawie C-276/14 w dniu przypadającym przed wejściem w życie ustawy centralizującej (w tym niewydanie decyzji przez organ I instancji w następstwie złożonej korekty). Sąd zwrócił przy tym uwagę na, niedostrzeżone przez Sąd I instancji poprzednio rozpoznający sprawę, różnice między regulacjami art. 23 a art. 22 ust. 3 u.s.z.r. wskazując, że pierwszy z tych przepisów zakłada brak możliwości dokonania przez podatnika wyboru co do dokonania centralizacji. NSA przyjął jednakże, że w istocie takiego wyboru Gmina dokonała przez złożenie korekty deklaracji VAT, w której ujęła (z powołaniem się na wyrok C-276/14) podatek naliczony z tytułu wydatków poniesionych na budowę basenu, wykorzystywanego do wykonywania czynności opodatkowanych nie przez Gminę bezpośrednio, a przez jedną z jej jednostek organizacyjnych, czyli OSiR we [...]. Sąd kasacyjny zakwestionował stanowisko przyjęte przez organy podatkowe wskazując, że samo powołanie się na niedokonanie centralizacji rozliczeń nie upoważniało organów do ograniczenia się do zanegowania skorygowanej kwoty podatku naliczonego do odliczenia. W sytuacji, gdy w istocie rzeczy organ kwestionował wykazaną kwotę podatku należnego, powinien właśnie podjąć działania zmierzające do określenia wysokości podatku należnego poprzez przeprowadzenie postępowania wyjaśniającego pozwalającego na określenie, jakiej wysokości podatek należny stanowi podstawę do odliczenia deklarowanego przez Gminę podatku naliczonego, a nie tylko stwierdzeniem, że podatek należny na pewno jest nieprawidłowy, bo nie został scentralizowany. Odnosząc się do wskazanych wyżej uregulowań przejściowych ustawy centralizacyjnej NSA stwierdził, że przewidziane w nich tryby postępowania obciążają obowiązkami "centralizacyjnymi" jednostkę samorządu terytorialnego, która zobowiązuje się do złożenia w określonym terminie wszystkich korekt deklaracji podatkowych. Natomiast odesłanie do odpowiedniego stosowania przepisów rozdziału 3 u.s.z.r. oznacza, że opór jednostki samorządu terytorialnego, która odmawia złożenia korekt "scalających" domagając się przy tym respektowania jej prawa do odliczenia podatku naliczonego zawierającego w sobie element "centralizacyjny" (jako następstwa traktowania jednostki samorządu terytorialnego i jej niesamodzielnych jednostek organizacyjnych jako jednego podatnika VAT) może skutkować zastosowaniem art. 12 u.s.z.r., przewidującym rygor bezskuteczności korekt deklaracji podatkowych. W takim przypadku nie dochodzi zatem do wydania decyzji wymiarowych, lecz wyłącznie zawiadomienia na piśmie o bezskuteczności korekt.

Podsumowując Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że wydane w sprawie decyzje były niezgodne z prawem, ponieważ organy nie skontrolowały w pełni samoobliczenia, ani nie zastosowały trybu przewidzianego w art. 23 u.s.z.r., co z kolei mogłoby uprawniać je do zastosowania art. 12 u.s.z.r. NSA zalecił organowi odwoławczemu przy ponownym rozpoznaniu sprawy podjęcie działań mających na celu wszczęcie trybu, o którym mowa w art. 23 u.s.z.r. oraz wzięcie pod uwagę konieczności zachowania symetrii między prawem do odliczenia podatku naliczonego a opodatkowaniem prowadzonej przez podatnika, w tym również jednostkę samorządu terytorialnego, działalności gospodarczej.

Odnosząc się natomiast do zarzutów skargi dotyczących zasadniczej w rozpoznawanej sprawie kwestii skuteczności korekt rozliczenia podatku od towarów i usług, to zgodnie z art. 23 u.s.z.r. w przypadku złożenia przez jednostkę samorządu terytorialnego przed dniem wejścia w życie ustawy korekt deklaracji podatkowych w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości za niektóre okresy rozliczeniowe, w których jednostki organizacyjne rozliczały odrębnie podatek, jednostka samorządu terytorialnego jest obowiązana, na wezwanie właściwego naczelnika urzędu skarbowego, w terminie 7 dni od dnia doręczenia tego wezwania, do złożenia informacji, w jakim terminie zobowiązuje się złożyć wszystkie korekty deklaracji podatkowych, licząc od najwcześniejszego okresu rozliczeniowego, za jaki została złożona korekta deklaracji podatkowej. Przepisy rozdziału 3 stosuje się odpowiednio.

Sąd dostrzega uchybienia podnoszone przez Skarżącą co do art. 23 u.s.z.r., który stanowi o wezwaniu do złożenia informacji, które ma do strony wystosować naczelnik urzędu skarbowego, a nie organ odwoławczy. W niniejszej sprawie wezwanie do złożenia korekt wystosował organ odwoławczy – w sytuacji, gdy sprawa znajdowała się na etapie postępowania przed organem drugiej instancji, po uchyleniu decyzji przez sąd i przekazaniu sprawy do ponownego rozpatrzenia przez organ. Dostrzegając, że wezwania do złożenia korekt dokonał inny organ niż ten, który expressis verbis wskazany jest w przepisie (naczelnik urzędu skarbowego) Sąd wskazuje jednak, że dla uchylenia decyzji przez sąd zgodnie z art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a. wymagane jest, aby naruszenie przepisów materialnych, czy procesowych odpowiednio miało wpływ na wynik sprawy lub mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Istotnie formułując zalecenia do uwzględnienia przy ponownym rozpoznaniu sprawy NSA stwierdził, że organ odwoławczy powinien podjąć działania mające na celu wszczęcie trybu, o którym mowa w art. 23 u.s.z.r. Z powyższego sformułowania rzeczywiście nie wynika, aby to organ odwoławczy miał skierować do Gminy wezwanie, o którym stanowi ten przepis. Niemniej jednak błąd ten pozostaje w ocenie Sądu bez wpływu na wynik sprawy, ponieważ, mimo że wezwanie wystosował do Gminy Dyrektor Izby Administracji Skarbowej, to dokonała ona (choć w sposób niepełny) korekt deklaracji podatkowych za poszczególne okresy rozliczeniowe poczynając od czerwca 2011 r. i zostały one poddane weryfikacji przez organ I instancji (to Naczelnik Urzędu Skarbowego we [...] zawiadomieniami z [...] października 2019 r. i z [...] listopada 2019 r. poinformował Skarżącą o bezskuteczności korekt). Przy skierowaniu wezwania przez naczelnika urzędu skarbowego (a nie przed Dyrektora) działanie podjęte przez Gminę i przez organ pierwszej instancji byłoby tożsame. Ponadto biorąc pod uwagę, iż Gmina w istocie rzeczy uniemożliwiła weryfikację korekt (o czym w dalszej części uzasadnienia) nie można oczekiwać, że organy przy trwałych brakach w dokumentacji źródłowej będą w stanie takiej weryfikacji kiedykolwiek dokonać niezależnie od tego, czy wezwanie wystosowałby organ właściwy oraz czy w wezwaniu powołanoby prawidłowy przepis ustawy centralizacyjnej.

Gmina zarzuca ponadto, że organ za podstawę swoich działań wbrew dyspozycji NSA przyjął art. 22 ust. 3, a nie art. 23 u.s.z.r., czym naruszył art. 153 p.p.s.a. W związku z powyższym należy zauważyć, że jakkolwiek w postanowieniu z dnia [...] listopada 2018 r. powołano się na art. 22 ust. 3 u.s.z.r., to nie ulega wątpliwości, że w kolejnych postanowieniach dotyczących wezwań do złożenia korekt (z dnia [...] lutego oraz [...] lipca 2019 r. – por. t. III, k. 530, 577 akt admin. sprawy [...]) przywoływany był art. 23 u.s.z.r., ale przede wszystkim należy podkreślić, że Skarżącej zapewniono możliwość wywiązania się z obowiązku centralizacji rozliczeń, której konieczność akcentował Naczelny Sąd Administracyjny w uzasadnieniu wyroku z 23 kwietnia 2018 r.

Jednocześnie zdaniem Sądu należy zgodzić się ze stanowiskiem zaprezentowanym przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, iż mimo stwierdzenia przez Naczelny Sąd Administracyjny, że wydane w sprawie – przez organy obu instancji – decyzje są niezgodne z prawem z powodu niedokonania w pełni kontroli samoobliczenia podatku przez Gminę, to nie było niezbędne uchylenie decyzji organu I instancji. Jak wskazał organ w odniesieniu do zasady dwuinstancyjności postępowania (art. 127 Ordynacji podatkowej) organ drugiej instancji, do którego wniesiono odwołanie, ma obowiązek rozpoznać sprawę ponownie w jej całokształcie. Następstwem tak rozumianej zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego jest przyjęty w art. 233 Ordynacji podatkowej katalog możliwych rozstrzygnięć organu odwoławczego. Zasada dwuinstancyjności postępowania oznacza, że w wyniku złożenia zwyczajnego środka prawnego sprawa podatkowa będzie w całości przedmiotem postępowania przed organem drugiej instancji. Tworzy to obowiązek dwukrotnego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego, dwukrotnego ustalenia stanu faktycznego i dwukrotnej wykładni przepisów prawa. Zasada dwuinstancyjności nie oznacza, że organy podatkowe obu instancji mają obowiązek w taki sam sposób ocenić zebrany w sprawie materiał dowodowy i w taki sam sposób dokonać wykładni przepisów prawa mających zastosowanie w sprawie. Przeciwnie, dokonując tej oceny organy podatkowe obu instancji są samodzielne. Właśnie to uprawnienie do wyrażania samodzielnej oceny stanowi sens dwuinstancyjności postępowania podatkowego. Po oddaleniu skargi kasacyjnej od wyroku WSA w Bydgoszczy z dnia 25 kwietnia 2017 r. w sprawie I SA/Bd 187/17 sprawa wróciła do etapu postępowania odwoławczego i w tym postępowaniu organ oceniał konsekwencje wynikające z zawiadomienia Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...] z dnia [...] października 2019 r. i [...] stycznia 2020 r., w którym organ stwierdził, że korekty deklaracji m.in. za miesiące sierpień, wrzesień i grudzień 2011 r. nie wywołują skutków prawnych.

Ponadto w ocenie Sądu, biorąc pod uwagę, że sprawa była rozpoznawana w postępowaniu odwoławczym, nie wpływało na wynik sprawy przeprowadzenie czynności sprawdzających w zakresie weryfikacji złożonej korekty przez Naczelnika Urzędu Skarbowego we [...]. Na brak zastrzeżeń Naczelnego Sądu Administracyjnego w tym zakresie wskazuje jego stwierdzenie w uzasadnieniach wyroków NSA z dnia 14 marca 2019 r. dotyczących tego i innych okresów rozliczeniowych, że "jak wynika z (...) postanowienia z dnia [...] lutego 2019 r., ze względu na wskazania wynikające z wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 23 kwietnia 2018 r., I FSK 1237/17, organ zastosował tryb, o którym mowa w art. 23 ustawy z dnia 5 września 2016 r. w odniesieniu do miesiąca czerwca 2011 r.".

Ponownego podkreślenia wymaga, że Gmina miała możliwość skorygowania deklaracji podatkowych w podatku od towarów i usług, co uczyniła i dokonania centralizacji rozliczeń wraz z podległymi jednostkami organizacyjnymi, czego nie dokonała.

Naczelny Sąd Administracyjny analizując zapisy ustawy centralizacyjnej z 5 września 2016 r. stwierdził, że wolą ustawodawcy w sytuacji, jaka wystąpiła w sprawie było zastosowanie całościowej centralizacji rozliczeń jednostek samorządu terytorialnego i ich jednostek organizacyjnych. NSA podkreślił, że Gmina zdecydowała o centralizacji rozliczeń z chwilą złożenia korekty deklaracji, w której ujęła – powołując wyrok TSUE w sprawie C-276/14 – podatek naliczony z tytułu wydatków poniesionych na budowę basenu wykorzystywanego do wykonywania czynności opodatkowanych przez OSiR będący jednostką Gminy. W tej sytuacji Gmina dokonując korekt deklaracji podatkowych zgodnie z art. 11 ust. 1 pkt 2 u.s.z.r. powinna nimi objąć łącznie rozliczenia swoje oraz wszystkich jednostek organizacyjnych. W przeciwnym razie naczelnik urzędu skarbowego, stosownie do art. 12 u.s.z.r., zawiadamia jednostkę samorządu terytorialnego o bezskuteczności złożonych korekt.

Jak wynika z akt sprawy korekty deklaracji za poszczególne okresy rozliczeniowe od czerwca 2011 r. do maja 2016 r., w tym obejmujące okresy rozliczeniowe dotyczące niniejszej sprawy, nie uwzględniają rozliczenia wszystkich jednostek organizacyjnych Gminy, co uzasadnia wniosek, że centralizacja rozliczeń została dokonana w sposób wybiórczy. W toku weryfikacji rozliczeń organ ustalił, że wykaz jednostek organizacyjnych objętych wspólnym rozliczeniem nie obejmował wszystkich jednostek organizacyjnych. Dodatkowo nie ujęto rozliczeń jednostek, w których według oświadczeń Gminy lub ich Dyrektorów dokonano brakowania dokumentów lub poinformowano, że dana jednostka w badanym okresie nie była zarejestrowanym podatnikiem VAT czynnym lub zwolnionym. Niemniej jednak dotychczasowe ustalenia wykazują, iż działalność jednostek organizacyjnych Gminy poza wykonywaniem czynności należących do zadań własnych Gminy polegała również na wykonywaniu np. czynności w zakresie najmu, dzierżawy pomieszczeń lub powierzchni, które winny być ujęte w korektach deklaracji VAT-7 Gminy M. [...]. Gmina nie przedłożyła też do czynności sprawdzających pełnej dokumentacji źródłowej poszczególnych jednostek organizacyjnych (w niektórych przypadkach takiej dokumentacji w ogóle nie przedstawiono lub byłą ona niepełna), co Gmina tłumaczyła trudnościami w odnalezieniu ich w wykazie zarchiwizowanych dokumentów lub brakiem takiej dokumentacji z uwagi na upływ czasu. W piśmie z dnia [...] września 2019 r. (por. t. III, k. 705 akt admin. sprawy [...] Gmina przyznała, iż dokonane w korektach deklaracji VAT-7 rozliczenie podatku od towarów i usług obejmuje wybrane jednostki organizacyjne Gminy M. [...], które dysponują dokumentacją za okres objęty centralizacją. Organ wskazał, że z zebranych w sprawie dokumentów w postaci m.in. oświadczeń dyrektorów jednostek wynika, że dokumentacja albo została przekazana do archiwum lub placówki dokonującej obsługi finansowej placówek oświatowych albo do utylizacji. Niemniej w większości przypadków nie przedstawiono dowodów przekazania dokumentów do archiwum lub do brakowania. Jednocześnie w odniesieniu do niektórych jednostek pomimo oświadczenia, iż dokumentacja została zniszczona lub przekazana do archiwum w korektach deklaracji VAT zostały uwzględnione wartości dotyczące uzyskanego obrotu określonej jednostki. Ponadto treść protokołu z czynności sprawdzających wskazuje, że przedłożona przez Gminę dokumentacja w odniesieniu do niektórych jednostek organizacyjnych Gminy uzasadnia wniosek, że wykonywały one czynności, które powinny być objęte wspólnym rozliczeniem podatku w korektach Gminy, a nie zostały nim objęte. Organ odwoławczy podkreślił również, że załączone do protokołu z czynności sprawdzających dokumenty informujące o niszczeniu dokumentacji poszczególnych jednostek w tym zgody Archiwum Państwowego na brakowanie dokumentacji [...] zostały sporządzone po wydaniu zarówno wyroku TSUE z dnia 29 września 2015 r., uchwały z dnia 26 października 2015 r., sygn. akt I FPS 4/15, jak i wyroku NSA z dnia 23 kwietnia 2018 r. sygn. akt I FSK 1237/17, w którym wskazano konieczność centralizacji rozliczeń Gminy oraz złożeniu korekt deklaracji w reakcji na wspomniany wyrok TSUE. Powyższe świadczy o tym, że Gmina pomimo, iż miała świadomość konieczności dokonania pełnej centralizacji rozliczeń ze wszystkimi swoimi jednostkami, nie podjęła starań, aby zabezpieczyć dokumentację pozwalającą na przeprowadzenie scentralizowanego rozliczenia. Nie ulega też wątpliwości, że dla przeprowadzenia centralizacji rozliczeń wymagane jest złożenie korekt deklaracji za wszystkie okresy rozliczeniowe, w których jednostki organizacyjne Gminy rozliczały podatek odrębnie poczynając od najwcześniejszego okresu rozliczeniowego, za jaki złożono korektę, co wynika z art. 23 oraz art. 11 ust. 1 pkt 2 lit. c) u.s.z.r. Zastrzeżenie przewidziane w art. 11 ust. 2 u.s.z.r. pozwala tylko na złożenie korekt w późniejszym czasie, jednakże nie umożliwia objęcia centralizacją tylko niektórych okresów rozliczeniowych. Toteż ustalenia wynikających z weryfikacji korekt za poszczególne okresy rozliczeniowe mają znaczenie dla całego procesu centralizacji rozliczeń.

Powyższe prowadzi do wniosku, że w istocie rzeczy nie było możliwe zweryfikowanie przez organ rozliczeń wynikających ze złożonych przez Gminę korekt w sposób, na który zwracał uwagę NSA podkreślając, że nie do zaakceptowania jest sytuacja, w której dany podmiot uważa się za podatnika VAT w odniesieniu do transakcji, w których status ten daje mu korzyść (w postaci kwoty podatku naliczonego do odliczenia), ale już nie co do transakcji, które spowodowałyby obowiązek wykazania podatku należnego. Akceptacja takiego podejścia skutkowałaby nierealnością elementów rozliczenia istotnych dla ostatecznego wyniku tego rozliczenia, tj. wielkości zobowiązania podatkowego lub zwrotu. Korekty nie obejmują bowiem całego podatku należnego.

W ocenie Sądu nie znajdują w związku z tym uzasadnienia zarzuty naruszenia przepisów postępowania art. 122 w związku z art. 187 § 1 i 3, art. 180 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej. Jak podkreślił NSA w wyroku z dnia 23 kwietnia 2018 r. sygn. akt I FSK 1237/17, ciężar obowiązków "centralizacyjnych" spoczywa na jednostce samorządu terytorialnego.

Z uwagi na to, że Skarżąca nie dokonała pełnej centralizacji rozliczeń z tytułu podatku VAT, nie przysługuje jej prawo do odliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami na inwestycję – budowę basenu. Tym samym nie jest trafny podniesiony w skardze zarzut naruszenia prawa materialnego – art. 86 ust. 1 u.p.t.u. w związku z art. 168 Dyrektywy Rady nr 2006/112/WE.

Końcowo należy jeszcze odnieść się do zawartego w skardze zarzutu, żę przedawnienie nie stało na przeszkodzie wydaniu decyzji określających wydanie zobowiązania podatkowego, a zatem ich uchylenie przez organ odwoławczy i umorzenie postępowania w tej części było błędne i "przedwczesne". Zdaniem Sądu organ odwoławczy nie dopuścił się w tym względzie uchybienia. To, że termin przedawnienia przewidziany w art. 70 o.p. upłynął – jest bezsporne. Skarżąca powołuje się jednak na art. 14 ust. 1 in fine ustawy centralizacyjnej z 6 września 2016r. (uszr), zgodnie z którym jeśli wskutek złożenia korekt centralizacyjnych zachodzi konieczność wydania decyzji określających wysokość zobowiązania podatkowego – to "decyzje takie można wydać także po upływie terminu przedawnienia". Przepis ten nie wydłuża terminu przedawnienia, lecz stanowi, że określoną decyzję można wydać także mimo upływu przedawnienia – jeśli na skutek złożenia korekty przez gminę, taka potrzeba zachodzi. Sąd pragnie zwrócić uwagę, że ta regulacja może znaleźć zastosowanie tylko wówczas, gdyby dokonanie korekt centralizacyjnych okazało się skuteczne. Tylko skuteczne korekty (tj. zgodne z wymogami przewidzianymi w art. 11 uszr) otwierają drogę do weryfikacji rozliczeń zarówno w przedmiocie ewentualnych nadpłat (czego domaga się Skarżąca), jak też w przedmiocie wysokości samego zobowiązania podatkowego. Zdaniem Sądu, które wyżej zostało przedstawione, organ prawidłowo uznał, że złożone przez Skarżącą korekty centralizacyjne są bezskuteczne. W rezultacie nie tylko nie ma podstaw do stwierdzenia nadpłaty, lecz także nie zachodzi potrzeba wydania decyzji określających wysokość zobowiązania podatkowego w związku z tymi korektami. Sytuacja zaistniała w niniejszej sprawie nie mieści się zatem w hipotezie art. 14 ust. 1 uszr.

Mając powyższe na uwadze Sąd oddalił skargę na podstawie art. 151 p.p.s.a.