Wyrok WSA w Łodzi, sygn. akt I SA/Łd 516/24
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi
Data orzeczenia: 2024-11-06 00:00:00+01:00 (orzeczenie nieprawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
Hasła tematyczne: Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ: Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku: Oddalono skargę
Powołane przepisy: article: art. 94 ust. 1
journal: Dz.U. 2023 poz 615
law: Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t.j.)
article: art. 54 par. 1 pkt 7
journal: Dz.U. 2022 poz 2651
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r.  Ordynacja podatkowa (t. j.)

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi – Wydział I w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia WSA Joanna Grzegorczyk – Drozda (spr.), Sędziowie Sędzia WSA Ewa Cisowska – Sakrajda, Asesor WSA Grzegorz Potiopa, Protokolant Starszy sekretarz sądowy Przemysław Cieślarek, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 6 listopada 2024 r. sprawy ze skargi "L." Spółka z o.o. z siedzibą w Ł. na decyzję Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z dnia 10 czerwca 2024 r. nr 1001-IEW-2.7010.5.2024.16.U71.PP w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r. oddala skargę.


UZASADNIENIE

Postanowieniem z dnia 10 czerwca 2024 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Łódzkiego Urzędu Skarbowego w Łodzi z dnia 24 stycznia 2024 r. w przedmiocie zaliczenia zwrotu podatku od towarów i usług, wynikającego z korekty deklaracji VAT-7 za październik 2023 r., na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r.

Decyzją z dnia 28 marca 2022 r. Naczelnik Podkarpackiego Urzędu Celno-Skarbowego w Przemyślu określił A. Sp. z o.o. Sp. komandytowej, zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r. w wysokości 4.878.686 zł. Po rozpatrzeniu odwołania Spółki, ostateczną decyzją z dnia 24 listopada 2023 r. organ utrzymał w mocy decyzję własną z dnia 28 marca 2022 r.

W deklaracji VAT-7 za miesiąc październik 2023 r. A. Sp. z o.o. (dalej: "Podatnik" albo "Spółka") wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 824.240 zł (po korekcie 824.233 zł) do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni. Deklaracja wpłynęła do organu w dniu 24 listopada 2023 r. A. Sp. z o.o. NIP [...], KRS [...], jest następcą prawnym A. Sp. z o.o. Sp. komandytowej KRS [...], i odpowiada za zobowiązanie podatkowe wynikające z wyżej opisanej decyzji określającej A. Sp. z o.o. Sp. komandytowej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r.

Wnioskiem z dnia 28 grudnia 2023 r. Spółka zwróciła się do Naczelnika Urzędu Skarbowego w Łodzi o zaliczenie wyżej wykazanego zwrotu na poczet "zaległości Spółki w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2014 r.", wynikającej w wyżej wymienionych decyzji Naczelnika Podkarpackiego Urzędu Celno-Skarbowego w Przemyślu.

Po rozpatrzeniu wniosku, postanowieniem z dnia 24 stycznia 2024 r., wydanym na podstawie art. 53 § 4, art. 55 § 2, art. 54 § 1 pkt 3, art. 76 § 1, art. 76a § 1 i art. 76b § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (t. jed. Dz. U. z 2023 r., poz. 2383 – dalej jako: "O.p."), Naczelnik Łódzkiego Urzędu Skarbowego w Łodzi zaliczył zwrot na zaległość Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r.:

• na należność główną 516.973,62 zł,

• na odsetki 307.259,38 zł.

Po rozpatrzeniu zażalenia Spółki na powyższe rozstrzygnięcie, opisanym na wstępie postanowieniem, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi utrzymał w mocy zaskarżone postanowienie. Organ przyznał, że kontrola celno-skarbowa zakończona została w sprawie po blisko 2 latach od jej wszczęcia, a postępowanie podatkowe w pierwszej instancji trwało ponad 1 rok (ok. 15 miesięcy), co stanowi znaczne opóźnienie w stosunku do terminów wskazanych w przepisach prawa.

W uzasadnieniu rozstrzygnięcia organ odwoławczy wskazał, że powołany przez Spółkę wyrok WSA w Rzeszowie, sygn. akt I SA/Rz 14/24, zapadł po dacie zaliczenia zwrotu podatku VAT z dnia 24 listopada 2023 r. na przedmiotową zaległość podatkową Podatnika w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r., dlatego jest uprawniony do merytorycznego rozpatrzenia zażalenia, zastrzegając, że w przypadku uprawomocnienia się powyższego wyroku, jeśli postępowanie w sprawie określenia wysokości zobowiązania zostanie prawomocnie umorzone, środki zaliczone na zaległość wynikającą z uchylonych decyzji zostaną Spółce zwrócone z oprocentowaniem, na podstawie art. 77 § 1 i art. 78 O.p.

Odnosząc się do zarzutu braku zastosowania w sprawie art. 54 § 1 pkt 7 O.p., organ wyjaśnił, że aktualne przepisy ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej nie dają upoważnienia do zastosowania przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę na podstawie art. 54 § 1 pkt 7 O.p., ponieważ nie został on wyszczególniony w art. 94 ust. 1 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej wśród wyraźnie wskazanych przepisów O.p., które mają zastosowanie w kontroli celno-skarbowej.

W zakresie braku zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 O.p. do przedłużonego okresu postępowania podatkowego I instancji, organ wyjaśnił, że w ramach kontroli celno-skarbowej, której akta zostały następnie włączone do akt postępowania podatkowego zgromadzono łącznie obszerne akta, które łącznie liczyły 3.235 kart. Natomiast, w postępowaniu podatkowym do momentu wydania decyzji rozstrzygającej w sprawie zgromadzone zostały 42 nowe dokumenty, a akta te (z uwzględnieniem akt kontroli) liczyły łącznie 3.667 kart. Dodatkowo decyzja wymiarowa, z której wynika zaległość A. Sp. z o.o. w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r. liczy 260 stron. Zdaniem organu, zgromadzony materiał i podjęte przez organ czynności analityczne, które uwidacznia się przy lekturze uzasadnienia tej decyzji, dowodzą, że działania organu w postępowaniu zakończonym jej wydaniem nie były szablonowe lub odtwórcze a rodzaj stwierdzonych nieprawidłowości i poziom zawiłości sprawy wymagał od pracowników organu dogłębnej i pracochłonnej analizy sprawy.

Na powyższe rozstrzygniecie Spółka złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi, zarzucając zaskarżonemu rozstrzygnięciu naruszenie:

1. art. 54 § 1 pkt 7 O.p., poprzez jego niezastosowanie i naliczenie odsetek za okres;

a) od dnia wszczęcia kontroli celno-skarbowej do dnia doręczenia wyniku kontroli,

b) od dnia następującego po dniu przekształcenia się tej kontroli w postępowanie podatkowe do dnia doręczenia decyzji Organu I instancji.

2. art. 54 § 2 O.p., poprzez jego zastosowanie, czego konsekwencją było naruszenie przepisu, o którym mowa wyżej w pkt 1.

3. art. 217 § 2 O.p., przez niepodanie w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia przyczyn, dla których naliczono odsetki za okresy wskazane wyżej w pkt 1.

W uzasadnieniu Strona podniosła, że jakkolwiek przepisy Ordynacji podatkowej, do których odnosi się art. 94 ust. 1 ustawy o KAS dotyczą w szczególności zagadnień proceduralnych, to jej zdaniem, okoliczność, że w art. 94 ustawy o KAS nie wymieniono art. 54 O.p., nie przesądza o tym, że regulacje tam zawarte nie mogą mieć zastosowania do kontroli celno-skarbowej. W jej opinii art. 54 § 1 pkt 7 O.p. powinien mieć zastosowanie także do kontroli celno-skarbowej. Przeciwne stanowisko prowadziłoby bowiem do wniosku, że do kontroli celno-skarbowej nie stosuje się również przepisów o naliczaniu odsetek zawartych w art. 53 O.p., bowiem ten przepis także nie został wymieniony w art. 94 ustawy o KAS.

Odnosząc się do argumentu organu, zawartego w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia, że zastosowanie art. 54 § 1 pkt 7 O.p. w kontroli celno-skarbowej prowadziłoby do nierównego traktowania podmiotów kontrolowanych na podstawie ustawy o KAS z tymi, którzy są kontrolowani na podstawie przepisów o kontroli zawartych w O.p., bowiem Ci ostatni są tego uprawnienia pozbawieni, Strona wskazała, że jej zdaniem, nie ma przeszkód by wyżej wymieniony przepis stosować również w odniesieniu do kontroli prowadzonej na podstawie O.p., co pozwoliłoby uniknąć sytuacji różnicowania kontrolowanych według różnych procedur.

Spółka dodatkowo powołała się na wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 7 marca 2024 r. sygn. I SA/Łd 3/24, w którym przedstawiono stanowisko, że "w zestawieniu ze stanem prawnym, na tle którego zapadł wyrok Trybunału Konstytucyjnego sygn. akt SK 2/10, nic nie zmienia dla podatnika fakt, że organ kończąc kontrolę wydaje wynik kontroli a nie decyzję oraz, że dopiero następnie ta kontrola może przekształcić się w postępowanie podatkowe. Z punktu widzenia podatnika i powodowanych dla niego skutków ta zmiana normatywna jest obojętna". Zdaniem Podatnika, w powyższych orzeczeniach podkreślono, że kontrola celno-skarbowa jest w sensie prawnym, funkcjonalnym i organizacyjnym swego rodzaju następcą postępowania kontrolnego. Tym samym, wbrew stanowisku Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi, tezy wyroku Trybunału Konstytucyjnego sygn. akt SK 2/10 muszą znajdować zastosowanie także do kontroli celno-skarbowej.

W odniesieniu do argumentacji organu odwoławczego dotyczącej opóźnienia w wydaniu decyzji wymiarowej Naczelnika Podkarpackiego Urzędu Celno-Skarbowego w Przemyślu, które w opinii organu, nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, Spółka podkreśliła, że skomplikowany charakter sprawy i obszerność materiału dowodowego nie uzasadniała przedłużenia postępowania podatkowego w sprawie. Załatwienie tej sprawy nie wymagało przeprowadzenia wielu dowodów ponieważ zostały już zgromadzone w toku kontroli celno-skarbowej. Powołana w zaskarżonym postanowieniu zasada prawdy obiektywnej wynikająca z art. 122 O.p., nie usprawiedliwiła tak długotrwałego prowadzenia postępowania podatkowego, gdyż obowiązek wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy został zrealizowany już na etapie kontroli celno-skarbowej, w toku której zebrano materiał dowodowy stanowiący wystarczającą podstawę do sporządzenia protokołu z badania ksiąg, przygotowania odpowiedzi na zastrzeżenie do niego, jak i do wydania decyzji podatkowej.

W ocenie Strony, uchylenie przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie decyzji, z których wynikała zaległość podatkowa, na którą dokonano zaliczenia w niniejszej sprawie jest kolejną przesłanką przemawiająca za tym, że przewlekłość postępowania podatkowego w przedmiotowej sprawie nie była spowodowana przyczynami niezależnymi od organu podatkowego.

W dalszej części skargi, Strona zacytowała fragment uzasadnienia zmian do ustawy Ordynacja podatkowa wprowadzonych dnia 12 września 2002 r. i odnoszących się do wyłączenia z naliczania odsetek za zwłokę okresu, od dnia wszczęcia kontroli do dnia doręczenia decyzji określającej, jeżeli w terminie 3 miesięcy od dnia zakończenia kontroli organ podatkowy nie wszczął postępowania podatkowego (art. 54 § 1 pkt 6 O.p.), co w założeniu miało dyscyplinować organy.

Spółka zarzuciła nadto, że Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi analizując okoliczności mające wpływ na zawieszenie biegu terminu przedawnienia zaległości podatkowej naruszył przepisy o właściwości miejscowej, przesądzając tę kwestię w sprawie, w której organem właściwym rzeczowo (w obu instancjach) do rozstrzygnięcia kwestii zobowiązania podatkowego w podatku CIT za 2014 r., a więc również zagadnienia ewentualnego przedawnienia tego zobowiązania, był Naczelnik Podkarpackiego Urzędu Celno - Skarbowego w Przemyślu. Zdaniem Podatnika, organ, czyniąc przedmiotem wydanego przez siebie postanowienia zagadnienie przedawnienia zobowiązania w podatku CIT za 2014 r., zajął też stanowisko w sprawie nienależącej do jego właściwości rzeczowej, rozstrzygniętej już decyzją ostateczną wydaną przez inny, właściwy organ podatkowy, która to sprawa jest aktualnie przedmiotem postępowania przed Naczelnym Sądem Administracyjnym.

Wobec zarzutów podniesionych w skardze, Spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego je postanowienia Naczelnika Łódzkiego Urzędu Skarbowego w Łodzi na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) ustawy o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi wniósł o jej oddalenie, podtrzymując argumentację przedstawioną w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi zważył, co następuje.

Skarga nie jest uzasadniona, ponieważ organy nie naruszyły ani przepisów prawa materialnego, ani przepisów procesowych w stopniu mającym lub mogącym mieć wpływ na wynik sprawy.

Zgodnie z art. 76 § 1 O.p., nadpłaty podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę. Natomiast zgodnie z art. 76a § 1 tej ustawy, w przypadku zaliczenia nadpłaty na poczet zaległych zobowiązań podatkowych przepisy art. 55 § 2 stosuje się odpowiednio. W oparciu o art. 76b § 1 O.p., wyżej wymienione przepisy stosuje się odpowiednio do zwrotu podatku. W takim wypadku, zaliczenie następuje odpowiednio z dniem złożenia deklaracji wykazującej zwrot podatku lub korekty takiej deklaracji.

Odsetki są zatem ustawową należnością nierozerwalnie związaną z istnieniem zaległości podatkowej, mają charakter akcesoryjny (dodatkowy) w stosunku do należności głównej, a należność ta z mocy prawa wymagalna jest wraz z należnym podatkiem. Okres naliczania odsetek za zwłokę biegnie zawsze z mocy prawa od dnia następnego po dniu, w którym zgodnie z przepisami ustawy istniał obowiązek uiszczenia podatku, do dnia zapłaty lub zaliczenia nadpłaty bądź zwrotu podatku.

Od tej reguły naliczania odsetek za zwłokę ustawodawca w art. 54 O.p. przewidział wyjątki, w których w ściśle określonych przypadkach wprowadzono odstępstwa od wyżej wskazanej zasady, nie naliczając odsetek za zwłokę pomimo powstania zaległości podatkowej.

Zgodnie z art. 54 § 1 pkt 3 O.p., jeżeli decyzja organu odwoławczego nie została wydana w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3 O.p. (2 lub 3 miesiące), przerwę w naliczaniu odsetek za zwłokę stosuje się od dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy do dnia doręczenia decyzji tego organu. Natomiast, stosownie do art. 54 § 1 pkt 7 O.p., odsetek za zwłokę nie nalicza się w sytuacji przekroczenia 3-miesięcznego terminu liczonego od dnia wszczęcia postępowania do dnia doręczenia decyzji przez organ pierwszej instancji. Przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę stosuje się jednak wtedy, gdy w sprawie nie wystąpią okoliczności wskazane w art. 54 § 2 O.p., zgodnie z którym przepisów § 1 pkt 3 i 7 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu.

W rozpoznawanej sprawie termin płatności zobowiązania Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r. upłynął z dniem 31 marca 2015 r. Z treści zaskarżonego postanowienia wynika, że zwrot podatku VAT z dnia 24 listopada 2023 r. w kwocie 824.233 zł zaliczono na zaległości Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r., w tym na należność główną 516.973,62 zł i na odsetki za zwłokę - 307.259,38 zł. Odsetki za zwłokę od zaległości podatkowej wyliczone zostały w oparciu o art. 53 § 4 O.p., tj. od dnia następnego po dniu upływu terminu płatności podatku (czyli od dnia 1 kwietnia 2015 r.). Stosownie do § 4 ust. 1 pkt 6 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie naliczania odsetek za zwłokę oraz opłaty prolongacyjnej, a także zakresu informacji, które muszą być zawarte w rachunkach, odsetki za zwłokę naliczono do dnia zaliczenia zwrotu podatku na poczet zaległości podatkowej - włącznie z tym dniem.

Do przedmiotowej zaległości podatkowej Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych organy zastosowały dwa okresy wyłączenia naliczania odsetek na podstawie art. 54 § 1 pkt 3 O.p., tzn.:

- od dnia 21 czerwca 2022 r. do dnia 12 listopada 2023 r., tj. za okres od następnego dnia po dniu upływu 2-miesięcznego terminu rozpatrzenia odwołania do dnia poprzedzającego wydanie postanowienia o wyznaczeniu terminu wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego,

- oraz od dnia 22 listopada 2023 r. do dnia 24 listopada 2023 r., tj. za okres od następnego dnia po upływie 7-dniowego terminu na wypowiedzenie się w sprawie zebranego materiału dowodowego do dnia zaliczenia zwrotu.

Oznacza to, że organy uwzględniły okresy, za które nie nalicza się odsetek za zwłokę w związku z nieuzasadnionym przekroczeniem czasu trwania postępowania odwoławczego, zakończonego wydaniem decyzji z dnia 24 listopada 2023 r. nr 408000-COP-2.4100.6.2023, wskazanego w art. 139 § 3 O.p.

Stawki oprocentowania w stosunku rocznym obowiązujące w poszczególnych okresach naliczania odsetek za zwłokę zostały ustalone w oparciu o obwieszczenia ministra właściwego do spraw finansów publicznych ogłoszone w Dzienniku Urzędowym Rzeczpospolitej Polskiej "Monitor Polski", na podstawie art. 56d w związku z art. 56 O.p.

Wyżej opisane okoliczności nie są sporne pomiędzy stronami.

Zasadniczy spór w sprawie sprowadza się do rozstrzygnięcia zarzutów skargi dotyczących braku zastosowania w sprawie art. 54 § 1 pkt 7 O.p., do kontroli celno-skarbowej i postępowania przed organem I instancji, co skutkowało naliczeniem Spółce odsetek od zaległości podatkowej, na poczet której zaliczono wykazany przez Spółkę zwrot podatku VAT za 10/2023, za cały okres kontroli celno-skarbowej oraz cały okres postępowania pierwszoinstancyjnego, pomimo przedłużonego ich trwania.

Na wstępie należy zatem rozstrzygnąć, czy za pełny okres prowadzenia kontroli celno-skarbowej przekraczającej trzy miesiące zasadnie naliczono Spółce odsetki, czy też do kontroli takiej ma zastosowanie art. 54 § 1 pkt 7 O.p., który określa przerwy w naliczaniu odsetek?

Skarżąca Spółka wskazuje, że stosownie do wyroku TK z dnia 18 października 2011 r., SK 2/10, przepis art. 54 § 1 pkt 7 O.p. ma zastosowanie również do obecnie obowiązującej regulacji w zakresie prowadzenia kontroli celno-skarbowej, gdyż w przeciwnym wypadku doszłoby do różnicowania sytuacji podatników, w stosunku do których była prowadzona kontrola celno-skarbowa z tymi, w stosunku do których wszczęto postępowanie podatkowe.

W ocenie Sądu rozpoznającego skargę, takie stanowisko Spółki jest nieprawidłowe. W rozpatrywanej sprawie wyrok TK z dnia 18 października 2011 r., SK 2/10 nie ma zastosowania, ponieważ zapadł on w zupełnie innym stanie prawnym. Z uwagi na obecną regulację prawną dotyczącą kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej skutki powołanego wyroku TK nie mają zastosowania w sprawie, gdyż obecnie nie występuje już wskazywane w tym wyroku przez Trybunał różnicowanie sytuacji podatników w zależności od tego, czy w sprawie była prowadzona kontrola czy postępowanie podatkowe.

Stosownie do art. 94 ust. 1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t. jed.: Dz.U. z 2023 r. poz. 615 – dalej jako: "ustawa o KAS"), obowiązującej od dnia 1 marca 2017 r. "w zakresie nieuregulowanym do kontroli celno-skarbowej przepisy:

1) art. 3e, art. 12, art. 102 § 3, art. 135, art. 138, art. 139 § 4, art. 140 § 2, art. 141-143, art. 165b, art. 165c, art. 175-177;

2) działu IV rozdziałów 1, 2, 3a, 5, 6, 10, 11, z wyjątkiem art. 182-185, art. 189 § 3, art. 190 § 1, art. 193 § 6-8, art. 198 i art. 200, oraz rozdziałów 12, 14, 16, 22 i 23;

3) art. 281, art. 282a, art. 283 § 4 i 5, art. 284a § 5-6, art. 284ab § 1-3, art. 286 § 3, art. 286a § 1 i 2, art. 289, art. 290 § 4-6, art. 291a, art. 291d oraz działu VII - Ordynacji podatkowej stosuje się odpowiednio".

Wobec treści powołanego przepisu art. 94 ustawy o KAS nie ma wątpliwości, iż do kontroli celno-skarbowej nie ma zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 O.p., bowiem nie został on wymieniony w zamkniętym katalogu przepisów mających owo odpowiednie zastosowanie. Przepis ten znajduje się w dziale III rozdziale 6 O.p. i stanowi, że "odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania". Ustawodawca nie przewidział zatem w ustawie o KAS, ani też w O.p., przerw w naliczaniu odsetek za zwłokę za czas trwania kontroli celno-skarbowej. Do kontroli celno-skarbowej mają zastosowanie jedynie te przepisy O.p., które zostały wyszczególnione w art. 94 ustawy o KAS, a wśród nich nie ma art. 54 § 1 pkt 7 o.p. Oznacza to, że stosując obowiązujące prawo organ podatkowy nie może takiego wyłączenia zastosować. Nie ulega przy tym wątpliwości, że racjonalny ustawodawca normuje odrębnie kontrolę celno-skarbową i postępowanie podatkowe. Już zatem tylko z wymienionego wyżej powodu odmiennego uregulowania tych dwóch procedur zarzut braku odpowiedniego stosowania art. 54 § 1 pkt 7 O.p., dotyczącego postępowania podatkowego, w kontroli celno-skarbowej jest nieuzasadniony. Na gruncie aktualnego stanu prawnego, mającego zastosowanie w sprawie, kontrola celno-skarbowa została bowiem zgoła odmiennie ukształtowana, niż kontrola w stanie prawnym ocenianym przez Trybunał w wyroku z dnia 18 października 2011 r., SK 2/10.

W wyniku dokonanej po powoływanym przez Spółkę wyroku TK zmiany regulacji prawnej, obecnie – na mocy art. 63 ust. 1 ustawy o KAS – kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia. Stosownie do ust. 2 tego przepisu, o każdym przypadku niezakończenia kontroli celno-skarbowej we właściwym terminie zawiadamia się na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli celno-skarbowej i wskazując nowy termin jej zakończenia. Naczelnik urzędu celno-skarbowego po zakończeniu czynności kontrolnych dokonanych w czasie kontroli celno-skarbowej prowadzonej w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS, sporządza wynik kontroli. Doręczenie wyniku kontroli kończy kontrolę celno-skarbową.

Stosownie zaś do art. 83 ust. 1 ustawy o KAS, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli: 1) kontrolowany nie złożył korekty deklaracji, o której mowa w art. 82 ust. 3, albo 2) organ nie uwzględnił złożonej korekty deklaracji, albo 3) organ uwzględnił złożoną korektę deklaracji i istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług lub Istnieją przesłanki do określenia kwoty podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług.

Na gruncie tej regulacji, odmiennie niż w stanie prawnym ocenianym przez Trybunał, obowiązuje zatem nowa procedura kontroli podatników, która zastąpiła poprzednio obowiązującą procedurę postępowania kontrolnego prowadzonego na podstawie ustawy o kontroli skarbowej. Zasadnicza dla sprawy różnica między tymi uregulowaniami jest taka, że w obecnym stanie prawnym, tj. na gruncie ustawy o KAS, naczelnik urzędu celno-skarbowego po zakończeniu czynności kontrolnych

dokonywanych w czasie kontroli celno-skarbowej prowadzonej w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS, sporządza wynik kontroli. Doręczenie wyniku kontroli kończy zatem kontrolę celno-skarbową bez wydania decyzji. Natomiast na gruncie ustawy o kontroli skarbowej, a ściślej zakwestionowanego przez Trybunał art. 31 ust. 1, postępowanie kontrolne prowadzone przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej kończyło się wydaniem decyzji, nie było wyodrębnionego postępowania podatkowego i dlatego sytuacja u kontrolowanych podatników nie była – co zakwestionował Trybunał we wskazanym wyroku – równa, ponieważ wówczas do kontroli tej nie miał zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 O.p.

Wprowadzenie kontroli celno-skarbowej zakończonej jedynie wynikiem i tylko ewentualnym jej przekształceniem w postępowanie podatkowe, zrównało sytuację podatników. W rezultacie, niezależnie od tego, czy kontrolę prowadzi naczelnik urzędu skarbowego czy naczelnik urzędu celno-skarbowego procedury dla kontrolowanego podatnika są zbieżne. W przypadku kontroli podatkowej prowadzonej na podstawie przepisów O.p. kończy się ona sporządzeniem protokołu, a jeśli podatnik nie skorzysta z praw gwarantujących złożenie korekty deklaracji na zasadach określonych w art. 81 i art. 81b O.p., wszczyna się postępowanie podatkowe. Dopiero od momentu wszczęcia postępowania podatkowego przepisy O.p. przewidują możliwość wyłączenia okresu w naliczaniu odsetek.

Z uwagi na wyżej opisaną zmianę normatywną, która wyeliminowała nierówność będącą podstawą orzeczenia Trybunału z dnia 18 października 2011 r., SK 2/10, nie jest zatem możliwe odnoszenie uwag Trybunału o niekonstytucyjności badanych wtedy przepisów, a to art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej, do obecnie obowiązującej regulacji prawnej, czyli art. 94 ustawy o KAS. Sądowi znane są orzeczenia, w których sądy w podobnych sytuacjach procesowych, w aktualnym brzmieniu art. 94 ust. 1 ustawy o KAS dopatrują się podnoszonej przez TK w cytowanym wyroku w odniesieniu do uprzednio obowiązującej ustawy o kontroli skarbowej nierówności podatników, jednak jest to stanowisko nieutrwalone, którego Sąd rozpoznający niniejszą sprawę nie podziela. Zdaniem Sądu, organy słusznie zatem nie zastosowały w sprawie art. 54 § 1 pkt 7 O.p. do przedłużonego trwania kontroli celno-skarbowej, a zaakceptowanie odmiennego poglądu Spółki byłoby nieuzasadnionym naruszeniem obowiązującego porządku prawnego.

W zakresie zarzucanego w skardze braku zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 O.p. w odniesieniu do przedłużonego trwania postępowania podatkowego przed organem I instancji, Sąd w składzie rozpoznającym sprawę uznał natomiast za uzasadnioną argumentację przedstawioną przez organ w zaskarżonym postanowieniu, dotyczącą szczególnie złożonego charakteru sprawy, skutkującego koniecznością podejmowania przez organ dodatkowych czynności i przedłużeniem postępowania podatkowego w pierwszej instancji ponad dyspozycję art. 54 § 1 pkt 7 O.p., które jednak nie było wynikiem przyczyn zależnych od organu.

Postępowanie to było przez organ siedmiokrotnie przedłużane, jednak w opinii sądu, w realiach prowadzonej przez organ sprawy w przedmiocie określenia wymiaru podatku, obiektywne okoliczności, na które organ nie miał wpływu spowodowały, że postępowanie przed organem I instancji nie mogło zakończyć się w ustawowym terminie. Jakkolwiek samo wyliczenie czynności mających miejsce w prowadzonym postępowaniu nie usprawiedliwiałoby długotrwałości tego postępowania, to analiza powodów wskazywanych przez organ w postanowieniach o przedłużeniu terminu załatwienia sprawy prowadzi do wniosku, że były one niezbędne, a przyjęty przez organy tryb postępowania dowodowego był uzasadniony dla rozstrzygnięcia sprawy.

Powoływane przyczyny kolejnych postanowień o przedłużeniu terminu załatwienia sprawy były związane m.in. z podejmowanymi przez Spółkę w toku postępowania operacjami dotyczącymi znaków towarowych, łączenia spółek, a także z dodatkowymi zarzutami i argumentacją podnoszoną przez Spółkę przed upływem kolejno wskazywanych przez organ terminów załatwienia sprawy. W toku tego postępowania Strona korzystała z przysługujących jej środków procesowych, w tym składała zastrzeżenia do protokołu z badania ksiąg podatkowych w trybie art. 193 § 8 O.p., a także skorzystała z uprawnienia określonego w art. 200 § 1 O.p., co samo w sobie nie mogłoby wspierać argumentacji organu, gdyby nie to, że w ich treści Spółka nie tylko przedstawiała swoje stanowisko, ale także nową argumentację i zarzuty, które wymagały od organu analizy i końcowego ustosunkowania się w uzasadnieniu orzeczenia kończącego postępowanie. W tych wypadkach do opóźnienia zakończenia postępowania przyczyniła się strona powołująca nowe okoliczności i argumenty, niż organ, który obowiązany był je przeanalizować i rozpatrzyć.

W samym postępowaniu pierwszoinstanycjnym organ zwracał się o informacje do innych organów podatkowych, wielokrotnie przesłuchiwał w charakterze świadków zarówno różnych pracowników organów, jak również komplementariusza A. Sp. z o.o. Sp. kom. oraz gromadził nowe dokumenty w sprawie. Obraz złożoności postępowania wymiarowego w pierwszej instancji uzupełnia powoływana przez organ obszerność akt postępowania zgromadzonych przed organem I instancji (3.667 kart), oraz licząca sobie 260 kart, kończąca to postępowanie decyzja wymiarowa, z której wynika zaległość A.Sp. z o.o. w podatku dochodowym od osób prawnych za 2014 r. Sama skarżąca Spółka nie kwestionuje zresztą złożonego charakteru przedmiotowego postępowania wymiarowego, co w połączeniu z niewątpliwie dużą skalą zgromadzonego materiału i podjętymi przez organ czynnościami analitycznymi, wskazuje na to, że działania organu w postępowaniu zakończonym jej wydaniem były uzasadnione, a przedłużenie postępowania nie było spowodowane przyczynami leżącymi po stronie organu.

Wyżej opisane przyczyny naliczenia odsetek za pełne okresy trwania kontroli celno-skarbowej i postępowania przed organem I instancji zostały przez organ odwoławczy wskazane w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia, co sprawia, że zarzut postawiony w pkt 3 skargi, dotyczący naruszenia przez organ odwoławczy art. 217 § 2 O.p., przez niepodanie w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia przyczyn, dla których naliczono odsetki za okresy wskazane wyżej w pkt 1, należy ocenić jako niezgodny z prawdą i nieuzasadniony.

W tym świetle za nieuzasadniony należy uznać także zarzut zawarty w pkt 2 skargi, dotyczący zastosowania przez organ art. 54 § 2 O.p., czego "konsekwencją" miałoby być naruszenie przepisu art. 54 § 1 pkt 7 tej ustawy. Zastosowanie art. 54 § 2 O.p, wyklucza zastosowanie art. 54 § 1 pkt 7 tej ustawy. Jeśli zatem organ prawidłowo uznał, że przedłużenie postępowania w I instancji było skutkiem przyczyn niezależnych od organu, to nie mógł zastosować przepisu 54 § 1 pkt 7 O.p.

Powoływana w skardze okoliczność późniejszego uchylenia przez sąd decyzji określających Spółce zobowiązanie podatkowe, na poczet którego zaliczono zwrot nie ma znaczenia dla sprawy w przedmiocie zaliczenia zwrotu na poczet zaległości podatkowej. Jak wynika z orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego, "Zaliczenie wpłaty na poczet zaległości podatkowej dokonuje się z mocy samego prawa i następuje z dniem jej dokonania. W powyższym przedmiocie organ podatkowy ma prawny obowiązek wydania postanowienia stosownie do art. 62 § 4 O.p., które potwierdza (tylko) dokonane ex lege zaliczenie wpłaty na poczet zaległości podatkowych. Orzeczenie to, dla wiedzy organu podatkowego oraz podatnika i w celu stworzenia możliwości zweryfikowania, a następnie wykorzystania jej w przyszłych rozliczeniach podatkowych, potwierdza i artykułuje w formie aktu administracyjnego w indywidualnej sprawie, że z mocy prawa, w dacie wynikającej z prawa i wskazanej w tymże postanowieniu, nastąpiło zaliczenie określonej kwoty na dane zaległości podatkowe, ale powyższego stanu prawnego nie konstytuuje. Innymi słowy, postanowienie o zaliczeniu wpłaty nie kreuje nowego stanu faktycznego i prawnego, a jedynie potwierdza dokonanie czynności o charakterze rachunkowo-technicznym" (np. wyrok NSA z 27 września 2022 r., sygn. akt II FSK 813/21).

Wyżej opisane stanowisko jest już utrwalone w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego i wskazuje wyraźnie, że zaliczenie nadpłaty na poczet zaległości podatkowej stanowi jedynie czynność materialno-techniczną, ma charakter deklaratoryjny i jest aktem administracyjnym, który nie tworzy, nie znosi i nie zmienia istniejącego stosunku prawnego, lecz jedynie potwierdza istniejące prawa i obowiązki. Z tego względu uwzględnienie żądań Spółki zmierzających do nienaliczania odsetek od zaległości podatkowej za okres kontroli celno-skarbowej sprowadzałoby się w istocie do ukształtowania na nowo obowiązku podatkowego skarżącej Spółki, bowiem odsetki za zwłokę, a ściślej okresy przerw w ich naliczania, stanowią istotny element tego obowiązku, integralnie związany z faktem nieterminowego rozliczenia zobowiązania podatkowego przez podatnika.

Z wyżej opisanych względów, tzn. jeśli zaliczenie zwrotu na poczet zaległości podatkowej stanowi czynność materialno-techniczną, ma charakter deklaratoryjny, nie tworzy, nie znosi i nie zmienia istniejącego stosunku prawnego, lecz tylko potwierdza istniejące prawa i obowiązki, zdaniem Sądu, rozważania organu w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia, dotyczące wymagalności zobowiązania podatkowego Spółki, na poczet którego zaliczono deklarowany zwrot podatku nie były konieczne i nie miały jednocześnie wpływu na wynik postępowania przedmiocie zaliczenia zwrotu podatku na poczet zaległości podatkowej.

Powoływane w skardze okoliczności związane z uzasadnieniem wprowadzenia do ustawy przepisu art. 54 § 1 pkt 6 O.p. są o tyle chybione, że w dacie orzekania w przedmiotowej sprawie przepis ten już nie obowiązywał. Ustawą z dnia 7 listopada 2008 r. o zmianie ustawy Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 2008 r. nr 209 poz. 1318; art. 1 pkt 10 pkt a)) - art. 54 § 1 pkt 6 O.p. został uchylony.

Oznacza to, że przy zaliczaniu deklarowanego przez Spółkę zwrotu za 10/2023 na poczet jej zaległości podatkowej w podatku dochodowym od osób prawnych prawidłowo naliczono Spółce odsetki od dnia następnego po upływie ustawowego terminu płatności zobowiązania podatkowego, czyli od dnia 1 kwietnia 2015 r., do dnia zaliczenia zwrotu, czyli do dnia 24 listopada 2023 r., z wyłączeniem okresów naliczania odsetek wskazanych w zaskarżonym postanowieniu.

Zdaniem Sądu, organy podatkowe podjęły wszelkie możliwe działania w celu dokładnego wyjaśnienia sprawy, zebrały materiał dowodowy wystarczający do podjęcia rozstrzygnięcia, wyczerpująco go rozpatrzyły, a następnie dokonały właściwej oceny zebranych dowodów, zgodnie z zasadami logicznego rozumowania, oraz prawidłowo oceniły prawnie ustalony stan faktyczny.

Na marginesie powyższych rozważań można dodać, że – jak słusznie wskazał organ w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia – zaliczenie zwrotu na poczet zaległości podatkowej z odsetkami nie skutkuje też nieodwracalną stratą dla Spółki, gdyż w przypadku prawomocnego zakończenia postępowania wymiarowego umorzeniem tego postępowania, zaliczony w sprawie na poczet tej zaległości podatkowej z odsetkami zwrot zostanie Spółce wraz z odsetkami zwrócony.

Z powyższych względów, na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnym (t. jed. Dz.U. z 2024 r., poz. 935), Sąd orzekł jak w sentencji.

AKE.