Wyrok WSA we Wrocławiu, sygn. akt I SA/Wr 937/23
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu
Data orzeczenia: 2024-02-06 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6112 Podatek dochodowy od osób fizycznych, w tym zryczałtowane formy opodatkowania
6560
Hasła tematyczne: Interpretacje podatkowe
Podatek dochodowy od osób fizycznych
Skarżony organ: Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej
Treść wyniku: *Uchylono interpretację przepisów prawa podatkowego w części
Powołane przepisy: article: art. 12-13,  art. 26e,  art. 30ca
journal: Dz.U. 2019 poz 1387
law: Ustawa z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych - t.j.
article: art. 14c par. 2,  art. 121 par. 1,  art. 2a
journal: Dz.U. 2019 poz 900
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa - tekst jedn.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący: Sędzia WSA Dagmara Stankiewicz-Rajchman Sędziowie: Asesor WSA Łukasz Cieślak (sprawozdawca) Sędzia WSA Piotr Kieres Protokolant: Starszy specjalista Aleksandra Połaczewska po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 6 lutego 2024 r. sprawy ze skargi L. A. na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 14 lutego 2020 r. nr 0113-KDIPT2-3.4011.591.2019.5.IR w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych uchyla zaskarżoną interpretację indywidualną w części dotyczącej pytania drugiego oraz oddala skargę w części dotyczącej pytania piątego.


UZASADNIENIE

Przedmiotem skargi wniesionej przez Ł. A. (dalej: wnioskodawca, skarżący, strona skarżąca) jest interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: organ, organ podatkowy) z dnia 14 lutego 2020 r. nr 0113-KDIPT2-3.4011.591.2019.5.IR w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych.

Z uzasadnienia zaskarżonej interpretacji wynika, że w dniu 22 października 2019 r. wpłynął wspólny wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej Ł. A. (będącego zainteresowanym i stroną postepowania) oraz P. sp. z o.o. oraz G. P., R. O., M. C., M. P. (innych zainteresowanych niebędących stronami postępowania). W uzasadnieniu wniosku oraz w piśmie uzupełniającym z dnia 8 stycznia 2020 r. przedstawiono m.in. następujący stan faktyczny. Jako, że w sprawie sporne są dwie kwestie, to do nich zostanie ograniczony stan faktyczny sprawy.

Zainteresowani – osoby fizyczne mają nieograniczony obowiązek podatkowy na terytorium RP i podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych. Są oni wspólnikami spółki z o.o. spółki komandytowej, mającej status komplementariusza (dalej: spółka) opodatkowanej podatkiem dochodowym od osób prawnych. Spółka zajmuje się tworzeniem innowacyjnych gier komputerowych na urządzenia mobilne oraz na serwisy społecznościowe. Gry oferowane przez spółkę bazują na najnowszych technologiach oraz własnych, innowacyjnych pomysłach i rozwiązaniach. Dodatkowo, Spółka prowadzi prace mające na celu stworzenie innowacyjnej metody produkcji gier, wpływającej bezpośrednio na efektywność i jakość tworzonych gier, w postaci systemu analizy i predykcji zachowań graczy w chmurze obliczeniowej, z wykorzystaniem uczenia maszynowego (ang. Machine Learning). Spółka dla potrzeb prowadzonej działalności zatrudnia pracowników na zasadach prawa pracy. Działania pracowników spółki pokrywają wszelkie etapy prac rozwojowych, począwszy od pomysłu, definiowania wymagań, projektowania rozwiązań, poprzez ich analizę, specyfikację, studium wykonalności, konstruowanie, rozwój, testowanie czy też ich usprawnianie.

W związku z powyższym zadano następujące pytania:

1. Czy realizowane przez spółkę projekty spełniają definicję działalności badawczo-rozwojowej w rozumieniu art. 5a pkt 38-40 ustawy z dnia 26 lipca 1997 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2019 r. poz. 1387; dalej: u.p.d.o.f.), która uprawnia zainteresowanego do skorzystania z odliczenia kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 26e u.p.d.o.f.?

2. Czy poniesione koszty pracy pracowników zaangażowanych w projekty B+R oraz ewentualnie koszty wskazane w art. 13 pkt 18 lit. a u.p.d.o.f. można uznać za koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 updop, w wysokości ustalonej z zastosowaniem wskaźnika B+R, wynikającego z ewidencji prowadzonej przez Spółkę i czy wskaźnik ten można stosować do wszystkich wskaźników kosztów pracy pracowników zaangażowanych w projekty B+R stanowiących przychody ze stosunku pracy w rozumieniu art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f., takich jak w szczególności wynagrodzenie zasadnicze, wynagrodzenie za czas choroby, wynagrodzenie za urlop, dodatki do wynagrodzenia, dodatkowe świadczenia oraz do składek od ww. przychodów, określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych (Dz. U. z 2019 r. poz. 300 ze zm.), w części finansowanej przez płatnika składek?

3. Czy w przedstawionym stanie dochody z tytułu sprzedaży programów komputerowych (gier komputerowych), stanowiących utwory podlegające ochronie na podstawie ustawy o prawie autorskim i prawach pokrewnych, a w powstałych w ramach projektów B+R realizowanych przez Spółkę, mogą być w całości uznane za kwalifikowane dochody z kwalifikowanych praw własności intelektualnej, o których mowa w art. 30ca u.p.d.o.f., co upoważni zainteresowanego do opodatkowania dochodów uzyskanych z tego tytułu z zastosowaniem stawki 5%, o której mowa w art. 30ca ust. 1 u.p.d.o.f..

4. Czy kwalifikacja wynagrodzenia pracownika, w części związanej z projektami B+R, tj. tej wynikającej ze wskaźnika B+R, jako "a" we wskaźniku NEXUS jest poprawna?

5. Czy w przedstawionym opisie możliwym jest równoległe stosowanie ulgi IP Box oraz tej związanej z działalnością badawczo-rozwojową?

Odnośnie do zagadnienia dotyczącego pytania drugiego skarżący wskazał, że na potrzeby ulgi badawczo-rozwojowej, o której mowa w art. 26e u.p.d.o.f., jako wspólnicy spółki, mogą stosownie do postanowień art. 8 ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. oraz art. 5 ust. 2 updop uznać za koszty kwalifikowane koszty pracy, w wysokości ustalonej z zastosowaniem wskaźnika B+R, wynikającego z prowadzonej przez spółkę ewidencji. Dotyczy to również części wynagrodzeń za czas choroby, wynagrodzeń za urlop oraz składek od ww. przychodów określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w części finansowanej przez płatnika.

Odnośnie do zagadnienia objętego pytaniem piątym skarżący wskazał, że możliwe jest stosowanie równoległe tzw. ulgi IP Box (odpowiednio art. 30ca u.p.d.o.f.) i rozwiązań związanych z ulgą B+R (art. 26e u.p.d.o.f.). Ulga B+R dotyczyć będzie działań rozwojowych podejmowanych przez spółkę w celu wytworzenia nowych lub ulepszonych produktów (gier komputerowych), natomiast ulga IP Box znajdzie zastosowanie do dochodu z kwalifikowanego IP, którym w przypadku wnioskodawców będą autorskie prawa do programów komputerowych (gier komputerowych), objęte ochroną prawną na podstawie przepisów o prawie autorskim i prawach pokrewnych. Podkreślono, że ulga B+R to ulga kosztowa, a preferencja IP Box to preferencja dochodowa. Zatem możliwość zastosowania ulgi B+R co do zasady nastąpi na etapie wytworzenia, ulepszenia lub rozwinięcia nowego produktu lub usługi. Natomiast możliwość skorzystania z preferencji IP Box jest na etapie komercjalizacji kwalifikowanego IP. W praktyce niezwykle rzadko zdarzy się sytuacja, aby oba etapy mogły być wyraźnie od siebie oddzielone. W przedsiębiorstwie wnioskodawców, z uwagi na metodę pracy nad oprogramowaniem (tzw. Agile Development), dochodzi do krótkich iteracji prac B+R mających na celu jak najszybsze wytworzenie i komercjalizację kwalifikowanych IP. Raz wytworzone i komercjalizowane IP jest w dalszym ciągu rozwijane i ulepszane. W sposób równoległy prowadzone są więc prace B+R oraz następuje komercjalizacja poszczególnych IP. Na początku komercjalizowana jest wersja podstawowa produktu (pilot/prototyp), a w kolejnych krokach jej twórcze modyfikacje i ulepszenia. Wnioskodawcy zwrócili uwagę na założenia obu ulg, tj. ulgi B+R wspierającej wysiłki prowadzonych prac rozwojowych oraz ulgi IP Box, będących nagrodą za udaną komercjalizację wyników tychże prac i doszli do wniosku, że ulga IP Box jest logicznym dopełnieniem ulgi B+R. Każda inna interpretacja może prowadzić do sprzeczności z założeniami projektów. Brak bowiem możliwości jednoczesnego zastosowania zarówno ulgi B+R oraz IP Box jeżeli w przedsiębiorstwie w sposób ciągły i systematyczny prowadzone są prace B+R nad wytworzeniem, dalszym rozwojem czy ulepszeniem kwalifikowanego IP powodowałoby w rzeczywistości ukaranie przedsiębiorcy szybko i na bieżąco komercjalizującego wyniki swoich prac, promując jedynie konsekutywny, tradycyjny sposób prowadzenia prac. Taki sposób prowadzenia prac B+R wystąpi zapewne w przypadku rozwoju nowych produktów leczniczych, jednak niezwykle rzadko pojawi się w przypadku rozwoju programów komputerowych, objętych ochroną prawną na podstawie przepisów ustawy o prawie autorskim i prawach pokrewnych. Brak możliwości jednoczesnego stosowania obu ulg wydaje się więc nieuzasadnionym promowaniem, jednego typu przedsiębiorców, działających w tradycyjnym modelu rozwoju produktów i usług. Podkreślono też, że w żadnym punkcie ustawodawca wprost nie wykluczył możliwości jednoczesnego stosowania zarówno ulgi B+R, jak i IP Box, mając zapewne na uwadze różne, nie dające się sklasyfikować sposoby prowadzenia prac B+R oraz ich komercjalizacji. Wprowadzając z dniem 1 stycznia 2019 r. chronologicznie późniejszą ulgę IP Box ustawodawca nie wskazał, że jej stosowanie wyklucza korzystanie z ulgi B+R. Elementem ulgi B+R są tzw. koszty kwalifikowane, do których zalicza się m.in. należności z tytułu wynagrodzenia pracowników (art. 26e ust. 2 pkt 1 updop). Regulacje szczególne dotyczące ulgi IP Box wskazują, że ma ona związek z działalnością badawczo-rozwojową. Na potwierdzenie swojego stanowiska co do możliwości stosowania obu ulg wnioskodawcy odwołali się do wzoru nexus, otoczenia prawnego ulgi IP Box, racjonalności ustawodawcy oraz art. 8 ustawy Prawo przedsiębiorców, tj. co nie jest prawem zabronione, jest dozwolone.

Organ podatkowy w zaskarżonej interpretacji indywidualnej uznał za prawidłowe stanowisko skarżącego dotyczące pytania pierwszego, pytania drugiego w części dotyczącej wynagrodzeń ze stosunku pracy w rozumieniu art. 12 u.p.d.o.f., tj. wynagrodzeń zasadniczych, dodatków do wynagrodzenia, dodatkowych świadczeń, należności wymienionych w art. 13 pkt 8 lit. a u.p.d.o.f. oraz składek od ww. należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w części finansowanej przez płatnika; pytania trzeciego; pytania czwartego. Natomiast uznano za nieprawidłowe stanowisko skarżącego dotyczące pytania drugiego w części dotyczącej wynagrodzeń za czas choroby, wynagrodzeń za urlop oraz składek od ww. przychodów określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w części finansowanej przez płatnika oraz w odniesieniu do pytania piątego, tj. możliwości równoległego zastosowania ulgi IP Box oraz ulgi B+R związanej z działalnością badawczo-rozwojową.

Organ podatkowy, odnosząc się do zakwestionowanej części pytania drugiego, wskazał, że przepisy podatkowe (art. 26e ust. 2 pkt 1 i 1a w zw. z art. 26e ust. 1 u.p.d.o.f.; art. 13 pkt 8 lit. a u.p.d.o.f.) dają możliwość uznania za koszty kwalifikowane m.in. należności z tytułu wynagrodzeń pracownika, który realizuje wskazany cel, tj. wykonuje prace badawczo-rozwojowe. Istotne jest aby pracownik faktycznie wykonywał zadania będące realizacją prac badawczo-rozwojowych, wówczas wynagrodzenie takiego pracownika oraz koszty świadczeń poniesionych na jego rzecz będą mogły stanowić dla wnioskodawcy koszt kwalifikowany w całości. W przypadku, gdy pracownik nie wykonuje czynności w ramach prac B+R, będąc na zwolnieniu lekarskim, czy na urlopie a w ramach należności ze stosunku pracy otrzymywał m.in. wynagrodzenie za czas urlopu oraz inne usprawiedliwione nieobecności, itp. – zasadne jest wyodrębnienie (wyłączenie z ulgi badawczo-rozwojowej) tej części wynagrodzenia oraz świadczeń wypłaconych pracownikom zajmującym się działalnością badawczo-rozwojową, a także składek od tych przychodów, określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, która nie jest związana z realizacją działalnością B+R. Odwołano się do komunikatu Ministra Finansów z dnia 18 maja 2017 r. o uldze B+R.

Co się tyczy zakwestionowania przez organ podatkowy możliwości stosowania równoległego obydwu ulg (pytanie piąte), zauważono, że ulga B+R to ulga kosztowa (możliwość ponownego odliczenia wydatków już wcześniej uwzględnionych w kosztach podatkowych, tym razem w zeznaniu rocznym od podstawy opodatkowania), a preferencja IP Box to preferencja dochodowa (tj. skupiająca się na dochodzie przez możliwość wyboru 5% stawki podatkowej w zeznaniu rocznym). Wskazano na art. 10 ust. 1 pkt 3 u.p.d.o.f., art. 26 ust. 1 i art. 30c u.p.d.o.f. uznano, że ulga B+R nie podlega uwzględnieniu w obliczeniu podstawy opodatkowania podlegającej 5% podatkowi z IP Box, a więc podatnik nie może łącznie (tj. równocześnie) stosować ulgi B+R oraz 5% opodatkowania w stosunku do jednego (tego samego) dochodu. Niemniej jednak ulgę B+R oraz preferencję IP Box można stosować naprzemiennie, nawet jeśli odbywa się w jednym (tym samym) roku podatkowym. W zależności od okoliczności podatnik może skorzystać z trzech zasadniczych (mogą wystąpić więc inne) możliwości na styku ulgi B+R oraz preferencji IP Box w jednym roku podatkowym lub w kilku latach podatkowych: stosować ulgę B+R albo stosować IP Box albo stosować B+R i preferencję IP Box ale nie może ich łączyć, tj. nie może skorzystać z ulgi B+R przy obliczaniu podstawy opodatkowania, zgodnie z art. 30ca u.p.d.o.f. – innymi słowy podatnik w tym samym roku może stosować ulgę B+R oraz IP Box wobec różnych kategorii dochodu (B+R wobec dochodu opodatkowanego na zasadach określonych w art. 26 ust. 1 lub art. 30c ust. 2 u.p.d.o.f. oraz IP Box wobec dochodu z kwalifikowanego IP). Niezależnie od konfiguracji w stosowaniu ulgi B+R oraz preferencji IP Box organ podatkowy zauważył, że koszty rozpoznawane w ramach ulgi B+R (tj. koszty ponoszone na działalność badawczo-rozwojową) wpływają na kalkulację dochodu kwalifikowanego IP z preferencyjną stawką 5% oraz są brane pod uwagę dla kalkulacji współczynnika nexus. W związku z tym, że skorzystanie z ulg podatkowych jest prawem a nie obowiązkiem podatnika może zdecydować o skorzystaniu z ww. ulg w wariantach przedstawionych przez organ podatkowy.

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu skarżący zarzucił zaskarżonej interpretacji indywidualnej:

1) dokonanie błędnej wykładni prawa materialnego, tj. art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. oraz art. 26e ust. 2 pkt 1a u.p.d.o.f. poprzez uznanie, iż wynagrodzenie wypłacane pracownikom za okres usprawiedliwionej nieobecności w pracy (zwolnienie lekarskie, urlop wypoczynkowy) nie może zostać uznane za kwalifikowane koszty pracownicze wskazane w art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f., podczas, gdy wszelkie należności wypłacane przez pracodawcę na rzecz pracowników wynikające ze stosunku pracy stanowią przychody ze stosunku pracy wskazane w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. przez co mogą zostać uznane za kwalifikowane koszty związane z działalnością badawczo-rozwojową w zakresie w jakim wiążą się one z kosztami kwalifikowanymi działalności badawczo-rozwojowej podatnika;

2) dokonanie błędnej wykładni prawa materialnego, tj. art. 26e u.p.d.o.f. oraz art. 30ca u.p.d.o.f. poprzez uznanie, iż ulga na działalność badawczo-rozwojową oraz IP Box nie mogą być stosowane równolegle;

3) art. 14c § 2, art. 121, art. 2a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2019 r., poz. 900 ze zm.; dalej: Ordynacja podatkowa, o.p.) poprzez nieprzedstawienie wyczerpującego uzasadnienia prawnego co do braku możliwości równoległego stosowania ulgi B+R oraz IP Box, podczas gdy organ podatkowy jest zobowiązany w sytuacji wydania negatywnej interpretacji podatkowej w sposób wyczerpujący uzasadnić swoje stanowisko oraz ustosunkować się do argumentów przedstawionych przez wnioskodawcę.

W związku z powyższym wniesiono o uchylenie zaskarżonej interpretacji oraz zasądzenie od organu podatkowego kosztów postępowania według norm przepisanych.

W odpowiedzi na skargę organ podatkowy wniósł o jej oddalenie i podtrzymał stanowisko wyrażone w zaskarżonej interpretacji podatkowej.

Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu wyrokiem z dnia 14 października 2020 r., sygn. akt I SA/Wr 246/20: I. uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną w części dotyczącej pytania drugiego i piątego; II. w pozostałym zakresie skargę oddalił; III. zasądził od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę 697 zł (słownie: sześćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. W uzasadnieniu tego wyroku Sąd stwierdził, że w zakresie pytania drugiego doszło do naruszenia przez organ art. 26e ust. 2 pkt 1 i pkt 1a u.p.d.o.f.. Odnośnie zaś pytania piątego stwierdzono naruszenie art. 14c § 2 o.p. oraz art. 121 o.p. oraz art. 26e i art. 30ca u.p.d.o.f. poprzez wadliwe uzasadnienie zaskarżonej interpretacji.

Z wyrokiem tym nie zgodził się organ podatkowy i wywiódł skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego.

Po rozpoznaniu tejże skargi kasacyjnej Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 3 sierpnia 2023 r., sygn. akt II FSK 185/21: 1. uchylił zaskarżony wyrok w punkcie I i w tym zakresie przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu, 2. odstąpił od zasądzenia zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego w całości.

W uzasadnieniu wyroku NSA wskazano, że wbrew stanowisku Sądu pierwszej instancji zaskarżona interpretacja w zakresie odpowiedzi na pytanie piąte nie naruszała art. 14c § 2 w zw. z art. 14h i art.121 § 1 o.p. poprzez uzasadnienie stanowiska organu treścią identyczną z treścią objaśnień podatkowych z 15 lipca 2019 r., wydanych przez Ministra Finansów, w zakresie możliwości równoległego stosowania ulgi z art. 26e u.p.d.o.f. oraz ulgi IP Box. Aczkolwiek można byłoby oczekiwać, że organ interpretujący wskaże na źródło swojego stanowiska, to jednak brak wskazania tego źródła nie powoduje, że interpretacja indywidualna w tym zakresie nie spełnia swojej funkcji udzielenia podatnikowi rzetelnej informacji co do zastosowania przepisów prawa w opisanym przez wnioskodawcę stanie faktycznym lub zdarzeniu przyszłym. Tym samym, uzasadniając swoje stanowisko w wydanej interpretacji w sposób identyczny jak w objaśnieniach podatkowych, wydanych w tym zakresie przez Ministra Finansów, organ interpretujący uwzględnił cel wydawanych objaśnień, jakim jest ujednolicenie stosowania prawa przez organy podatkowe. Trudno także uznać, że nie uwzględnił on stanu faktycznego przedstawionego we wniosku, skoro wskazał, że art. 26e u.p.d.o.f. oraz art. 30ca u.p.d.o.f. nie mogą być stosowane równolegle do tych samych kosztów kwalifikowanych. Wyjaśnił też w jaki sposób podatnik może korzystać z ulgi odnoszącej się do wydatków na prace badawczo-rozwojowe i obniżenia stawki opodatkowania w przypadku ulgi IP Box, wskazując na trzy dostępne dla podatnika rozwiązania. Mimo zatem, że nie odniósł się wprost do szczegółów stanu faktycznego podanego we wniosku, to jednak niewątpliwie z podanych w uzasadnieniu interpretacji motywów wynika, że zauważył on wskazany we wniosku argument dotyczący w istocie równoległego prowadzenia prac badawczo-rozwojowych oraz osiągania dochodów z komercjalizacji wyników tych prac (w jednym roku podatkowym), skoro wskazał na możliwość naprzemiennego stosowania ulg z art. 26e u.p.d.o.f. oraz art. 30ca u.p.d.o.f Zdaniem NSA, Sąd I instancji, uwzględniając zarzut naruszenia art. 14c § 2 w zw. z art. 14h i art.121 § 1 o.p. zauważył jedynie, że organ powtórzył treść objaśnień podatkowych, nie wyjaśnił jednak, dlaczego jego zdaniem treść tych objaśnień nie przystawała do stanu faktycznego przedstawionego we wniosku i w jakim zakresie nie stanowiła rzetelnej informacji dla wnioskodawcy co do stosowania tych przepisów do przedstawionego przez niego stanu faktycznego. Z wytycznych co do dalszego postępowania, zawartych w uzasadnieniu nie wynika ponadto, czy organ w ogóle nie może odwołać się do objaśnień podatkowych, dlaczego zdaniem Sądu objaśnienia te (stanowiące wszak w założeniu powiązanie treści przepisu z praktycznym jego zastosowaniem) nie mogą być przywołane w uzasadnieniu interpretacji, skoro są adekwatne do przedstawionego we wniosku o wydanie interpretacji stanu faktycznego i w jakim zakresie stanowisko organu było niewystarczające w kontekście przedstawionego przez wnioskodawcę stanu faktycznego. Sąd pominął także przy ocenie zarzutów procesowych treść całej interpretacji, w tym odpowiedź na pytanie 4, dotyczące kwalifikacji kosztów "a" uwzględnianych we wzorze nexus jako kosztów wynagrodzeń pracowników z B+R. Odpowiedź na to pytanie wiąże się bowiem z odpowiedzią na pytanie 5.

W ocenie NSA nie miał ma natomiast racji organ podatkowy co do zarzutu naruszenia prawa materialnego. W tym zakresie stanowisko Sądu pierwszej instancji zostało wyczerpująco uzasadnione i uznać je należy za prawidłowe. Po pierwsze, należy zauważyć, że ustawodawca operuje dwoma pojęciami czasu: "czas poświęcony na realizację działalności badawczo-rozwojowej" i "ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu". Przy czym niewątpliwie ten pierwszy termin zawiera się w tym drugim terminie. Czas poświęcony na realizację działalności badawczo-rozwojowej nie może być dłuższy niż ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu. Ale w sytuacji, gdy pracownik poświęca czas na realizację działalności badawczo-rozwojowej i innej działalności, to czas ten powinien być też uwzględniony w tym wskaźniku. Zgodnie z art. 80 ustawy z dnia 26 czerwca 1974 r. Kodeks pracy (Dz. U. z 2023 r. poz. 1465; dalej: k.p.), wynagrodzenie (wymienione expressis verbis w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f.) przysługuje pracownikowi za pracę wykonaną. Za czas niewykonywania pracy pracownik zachowuje prawo do wynagrodzenia tylko wówczas, gdy przepisy prawa pracy tak stanowią. Przepisami normującymi przyznanie pracownikowi należności za czas niewykonywania pracy są m.in.: art. 92 k.p. dotyczący obowiązku wypłaty wynagrodzenia za czas choroby, wypadku w drodze do pracy, poddania się niezbędnym badaniom lekarskim, art. 171 § 1 k.p. dotyczący ekwiwalentu pieniężnego w przypadku niewykorzystania przysługującego pracownikowi urlopu w całości lub w części z powodu rozwiązania lub wygaśnięcia stosunku pracy i art. 172 k.p. przyznający pracownikowi wynagrodzenie za czas urlopu w takiej samej wysokości, jak wynagrodzenie, jakie by otrzymał, gdyby w tym czasie pracował. Tym samym wynagrodzenia za czas urlopu lub choroby stanowią należności z tytułu stosunku pracy, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. Należnością z tytułu umowy zlecenia lub o dzieło będzie wynagrodzenia za wykonanie tej umowy. Jeżeli w jego wysokości uwzględnia się m.in. należność za czas choroby lub za czas urlopu w okresie wykonywania umowy, to również te należności uznać należy za należności wypłacone z tytułu, o którym mowa w art. 13 pkt 8 lit. a) u.p.d.o.f. Skoro w odniesieniu do należności z tytułu stosunku pracy ustawodawca odwołuje się wprost do art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f., to nie ma podstaw do wyłączania z ich zakresu wynagrodzeń za urlop czy zwolnienie chorobowe oraz składek odprowadzanych z tego tytułu zgodnie z ustawą o systemie ubezpieczeń społecznych.

NSA wskazał dalej, że faktyczny czas pracy pracownika ma znaczenie dopiero przy obliczaniu proporcji czasu przeznaczonego na działalność badawczo-rozwojową w ogólnym czasie pracy. W zaskarżonym wyroku odwołano się do pojęcia czasu pracy, określonego w art. 128 § 1 k.p. i uznano, że pojęcie to odpowiada pojęciu ogólnego czasu pracy, użytego w art. 26e ust. 2 u.p.d.o.f. Sąd pierwszej instancji stwierdził, że w tym przypadku nieobecność z powodu choroby czy urlop pracownika ma znaczenie dla wyliczenia tej wartości dla potrzeb obliczenia wysokości kosztów kwalifikowanych i proporcji, w jakiej należy uwzględnić należności wypłacone z tytułu stosunku pracy w wyliczeniu kosztów kwalifikowanych. Zarówno okres urlopu, jak i okres zwolnienia chorobowego nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy, ale są związane ze stosunkiem pracy i pracownikowi przysługują z tego tytułu od pracodawcy określone w ustawie świadczenia Tym samym w ramach należności, które proporcjonalnie należy uwzględnić przy obliczaniu kosztów kwalifikowanych uwzględnić należy każdą należność pieniężną, wypłaconą pracownikowi, niezależnie od tego, czy dotyczy ona zapłaty za czas faktycznie przepracowany, czy też za czas usprawiedliwionej nieobecności w pracy(urlopu, choroby). Natomiast przy obliczaniu proporcji, w jakiej należności te można zaliczyć do kosztów kwalifikowanych, czas nieświadczenia pracy z uwagi na urlop lub chorobę ma znaczenie dla ustalenia ogólnego czasu pracy i czasu poświęconego na wykonywanie zadań z zakresu prac badawczo-rozwojowych. Jeśli zatem strony ustalą, że w ramach tego wynagrodzenia wypłacane będzie wynagrodzenie za urlop czy chorobę, to także te kwoty wchodzić będą w skład kosztów kwalifikowanych, oczywiście w proporcji czasu wykonywania umowy do faktycznego czasu wykonywania usługi w zakresie prac badawczo-rozwojowych. Właśnie to odniesienie do proporcji czasu przeznaczonego na faktyczne wykonywanie prac badawczo-rozwojowych do ogólnego czasu pracy lub czasu przeznaczonego na wykonanie całej usługi pozwoli na uwzględnienie w kosztach kwalifikowanych wyłącznie tych związanych faktycznie z pracami badawczo-rozwojowymi (por. także wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 lutego 2021 r., II FSK 1038/19). Zdaniem NSA, co do zasady pogląd ten uznać należy za słuszny. Podkreślenia jednak w tym miejscu wymaga, że proste odwołanie się do normy wynikającej z art. 128 § 1 k.p. jest nadmiernym uproszczeniem. Należy bowiem w tym miejscu wskazać, że jak trafnie wskazano w uzasadnieniu wyroku NSA z dnia 8 lutego 2023 r., sygn. akt II FSK 1537/20, wyjaśnienie zwrotu ustawowego użytego w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. (stanowiącego analogiczny zapis do analizowanego w sprawie art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f.) mówiącego o "ogólnym czasie pracy", poprzez sięgnięcie do przepisów prawa pracy, aczkolwiek być może kierunkowo słuszne, to jednak zawiera nazbyt duże uproszczenie, ponieważ w analizowanym przepisie podatkowym, tj. art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. (jak również w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p.), mowa jest o "ogólnym czasie pracy", a nie o "czasie pracy". Skoro zatem ustawodawca nie zdecydował się na posłużenie się w tym przepisie zdefiniowanym w art. 128 § 1 k.p. pojęciem "czasu pracy", lecz użył innego pojęcia, oznacza to raczej, że nie chodziło mu o "czas pracy" w rozumieniu tego właśnie przepisu prawa pracy, lecz o inną kategorię prawną. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie orzekającym w niniejszej sprawie nie podzielił wniosków wyciągniętych przez Sąd pierwszej instancji na podstawie art. 128 § 1 k.p. co do sposobu rozumienia użytego na gruncie art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. pojęcia "ogólny czas pracy", podobnie jak nie podzielił analogicznego stanowiska w tym zakresie wyrażonego w szeregu orzeczeń Naczelnego Sądu Administracyjnego (por. np. wyroki: z dnia 5 lutego 2021 r. sygn. akt II FSK 1038/19, z dnia 11 stycznia 2022 r. sygn. akt II FSK 1247/21, z dnia 29 czerwca 2022 r. sygn. akt II FSK 2921/19). Należy zauważyć, że bezpośrednio po art. 128 k.p. w ustawie tej zamieszczony został rozdział II działu szóstego - czas pracy, zatytułowany "normy i ogólny wymiar pracy". Wprawdzie tu również nie pojawia się dosłowne sformułowanie "ogólny czas pracy", niemniej można dowodzić, że sformułowanie z przepisu podatkowego nawiązuje właśnie do tego ogólnego wymiaru pracy, rozumianego jako nominalny czas pracy, czyli liczbę godzin, którą pracownik powinien przepracować w skali przyjętego przez pracodawcę okresu rozliczeniowego. Wskazać również należy, że przy przyjęciu takiego sposobu rozumienia pojęcia "ogólny czas pracy", w każdym przypadku w dzielniku (mianowniku) określonej w spornym przepisie proporcji, będzie figurowała jakaś wartość odpowiadająca właśnie owemu nominalnemu czasowi pracy. Podkreślenia wymaga, że przyjęcie jednego z dwóch konkurencyjnych sposobów rozumienia zwrotu "ogólny czas pracy" ma realne przełożenie na ostateczny wynik owej proporcji, a różnice w tym wyniku są nie tylko duże, ale wręcz diametralne.

Naczelny Sąd Administracyjny, uwzględniając wprawdzie tylko część zarzutów skargi kasacyjnej, uznał za zasadne na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. uchylenie zaskarżonego wyrok w punkcie pierwszym. Sąd pierwszej instancji prawidłowo uchylił interpretację w zakresie dotyczącym odpowiedzi na pytanie drugie, jednakże mimo trafnego zastosowania w tym zakresie środka w postaci uchylenia interpretacji, naruszył przepisy postępowania, stosując ten sam środek kontroli w odniesieniu do stanowiska organu co do pytania piątego. Nie było zatem możliwe zastosowanie art. 184 p.p.s.a. (oddalenie skargi, gdyż mimo wadliwego w części uzasadnienia rozstrzygnięcie odpowiadało prawu), ani art. 188 p.p.s.a., sąd pierwszej instancji nie wypowiedział się bowiem merytorycznie co do możliwości jednoczesnego zastosowania preferencji z art. 26e ust. 1 u.p.d.o.f. Rozstrzygnięcie w tym zakresie przez Naczelny Sąd Administracyjny pozbawiłoby stronę niezadowoloną z rozstrzygnięcia możliwości skorzystania z rozpoznania jej sprawy w dwóch instancjach. Przy ponownym rozpoznaniu sprawy Sąd pierwszej instancji zobowiązany będzie wypowiedzieć się co do prawidłowości stanowiska organu odnośnie do pytania piątego (możliwości równoległego skorzystania, w odniesieniu do tych samych kosztów kwalifikowanych na podstawie art. 26e u.p.d.o.f.) oraz uwzględnić wykładnię prawa, dokonaną przez Naczelny Sąd Administracyjny odnośnie do pytania drugiego.

Po zwrocie akt z Naczelnego Sądu Administracyjnego sprawę zarejestrowano pod sygn. akt I SA/Wr 937/23. Podczas rozprawy przed Sądem w dniu 6 lutego 2024 r. pełnomocnik organu podatkowego wniósł o uchylenie zaskarżonej interpretacji w zakresie punktu drugiego oraz o oddalenie skargi w zakresie punktu piątego.

Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył, co następuje:

Zgodnie z art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2023 r. poz. 1634 ze zm.; dalej: p.p.s.a.), sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a. W myśl art. 57a p.p.s.a. skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Stosownie do treści art. 146 § 1 p.p.s.a. sąd, uwzględniając skargę na interpretacje indywidualną, uchyla tę interpretację. Stosując odpowiednio art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a. sąd uchyla interpretację w całości albo w części jeżeli stwierdzi: 1) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy; 2) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego lub 3) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W przypadku niestwierdzenia podstaw do uwzględnienia skargi na interpretację, skarga podlega oddaleniu na podstawie art. 151 p.p.s.a.

Dalej wskazać należy, że zgodnie z art. 190 zdanie pierwsze p.p.s.a. sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Z określenia "związany wykładnią prawa" należy wyprowadzić wniosek, że WSA nie jest związany oceną NSA co do stanu faktycznego sprawy, ocena ta nie jest bowiem wykładnią przepisów prawa. W pozostałym zakresie jednak ocena wyrażona przez NSA wiąże sąd rozpoznający sprawę ponownie. Możliwość odstąpienia od zawartej w orzeczeniu wykładni prawa istnieje tylko wtedy, gdy stan faktyczny ustalony w wyniku ponownego rozpoznania sprawy uległ tak zasadniczej zmianie, że do nowo ustalonego stanu faktycznego nie mają zastosowania przepisy wyjaśnione przez NSA, albo po wydaniu orzeczenia NSA zmienił się stan prawny. Rozpoznając ponownie sprawę, Sąd stwierdził, że nie zachodzi podstawa do niezastosowania wykładni prawa przyjętej przez NSA wyroku z dnia 3 sierpnia 2023 r. sygn. akt II FSK 185/21.

W tym kontekście należy powiedzieć zatem, że zasadny okazał się zarzut strony skarżącej, a mianowicie, że w zakresie pytania drugiego zaskarżona interpretacja indywidualna narusza art. 26e ust. 2 pkt 1 i pkt 1a u.p.d.o.f.

Zgodnie z art. 26e ust. 2 u.p.d.o.f. za koszty kwalifikowane uznaje się:

1) poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1, oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu;

1a) poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 13 pkt 8 lit. a i c, oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na wykonanie usługi w zakresie działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w całości czasu przeznaczonego na wykonanie usługi na podstawie umowy zlecenia lub umowy o dzieło w danym miesiącu.

W myśl art. 26e ust. 7 pkt 1 u.p.d.o.f. kwota kosztów kwalifikowanych nie może przekroczyć w przypadku gdy podatnik, o którym mowa w ust. 3a, jest mikroprzedsiębiorcą, małym lub średnim przedsiębiorcą, w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 6 marca 2018 r. - Prawo przedsiębiorców - 150% kosztów, o których mowa w ust. 2-3a.

W myśl art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. za przychody ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy uważa się wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń, a w szczególności: wynagrodzenia zasadnicze, wynagrodzenia za godziny nadliczbowe, różnego rodzaju dodatki, nagrody, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop i wszelkie inne kwoty niezależnie od tego, czy ich wysokość została z góry ustalona, a ponadto świadczenia pieniężne ponoszone za pracownika, jak również wartość innych nieodpłatnych świadczeń lub świadczeń częściowo odpłatnych.

Za przychody z działalności wykonywanej osobiście, o której mowa w art. 10 ust. 1 pkt 2, uważa się: przychody z tytułu wykonywania usług, na podstawie umowy zlecenia lub umowy o dzieło, uzyskiwane wyłącznie od osoby fizycznej prowadzącej działalność gospodarczą, osoby prawnej i jej jednostki organizacyjnej oraz jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej; przedsiębiorstwa w spadku z wyjątkiem przychodów uzyskanych na podstawie umów zawieranych w ramach prowadzonej przez podatnika pozarolniczej działalności gospodarczej oraz przychodów, o których mowa w pkt 9 (art. 13 pkt 8 lit. a i c u.p.d.o.f.).

Zdaniem Sądu analiza przywołanych przepisów prawa wskazuje, że stanowisko wyrażone przez organ w zaskarżonej interpretacji indywidualnej co do punktu 2 nie jest prawidłowe. Zdaniem Sądu, organ nie wykazał w przekonujący sposób, że z art. 26e ust. 2 pkt 1 i pkt 1a u.p.d.o.f. wynika, iż przepisy te dają podstawę do wyłączenia z kosztów kwalifikowanych tej części kosztów pracowniczych, która obejmuje wynagrodzenie na podstawie szczególnych przepisów prawa pracy, tj. za okres, w którym pracownik nie świadczy pracy z powodu urlopu, choroby lub innej usprawiedliwionej nieobecności.

Zdaniem Sądu, istotne jest zawarte w art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. odesłanie do art. 12 ust. 1 tej ustawy, który to z kolei przepis nie ustanawia zamkniętego katalogu przychodów ze stosunku pracy, a zatem nie ogranicza się jedynie do wynagrodzenia za czas faktycznie przepracowany. Przepis ten zbudowano z użyciem zwrotu "w szczególności", co dodatkowo potwierdza otwarty charakter katalogu świadczeń w nim wskazanych. Co więcej, należy zauważyć, że przepis ten posługuje się szerokim pojęciem "przychodów ze stosunku pracy" (i innych stosunków – co nie ma znaczenia w niniejszej sprawie), a więc pojęciem szerszym od samego wynagrodzenia, czy też wynagrodzenia za czas faktycznie przepracowany. Skoro tak, i skoro art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. odsyła do tego przepisu wprost, to nie można w wykładni art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. pomijać treści i znaczenia pojęć stosowanych w art. 12 ust. 1 tej ustawy. Podobnie też należy zauważyć, że pojęcie "należności" użyte w art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. jest pojęciem szerszym od pojęcia "przychodów". Pojęć tych nie należy zatem utożsamiać. Przy ustalaniu kosztów kwalifikowanych istotne jest, czy dane świadczenie jest należnością pracownika z tytułów określonych w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f., tj. należnością z tytułu stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy.

Dalej należy zauważyć, że w omawianych przepisach u.p.d.o.f. nie zdefiniowano pojęcia czasu pracy. Konieczne jest zatem odwołanie się do przepisów k.p. W art. 128 § 1 k.p. określono, że czasem pracy jest czas, w którym pracownik pozostaje w dyspozycji pracodawcy w zakładzie pracy lub innym miejscu wyznaczonym przez pracodawcę do wykonywania pracy. Natomiast zgodnie z art. 80 k.p., wynagrodzenie przysługuje za pracę wykonaną. Za czas niewykonywania pracy pracownik zachowuje prawo do wynagrodzenia tylko wówczas, gdy przepisy prawa pracy tak stanowią. Pracownikowi należy się, na podstawie art. 92 k.p., wynagrodzenie za czas choroby, wypadku w drodze do pracy, poddania się niezbędnym badaniom lekarskim. Pracownikowi, na mocy art. 171 § 1 k.p., przysługuje ekwiwalent pieniężny w przypadku niewykorzystania przysługującego mu urlopu w całości lub w części z powodu rozwiązania lub wygaśnięcia stosunku pracy. Zgodnie z art. 172 k.p., za czas urlopu pracownikowi przysługuje wynagrodzenie, jakie by otrzymał, gdyby w tym czasie pracował.

Zarówno zatem czas urlopu, jak i czas zwolnienia chorobowego nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy, gdyż w tym okresie pracownik nie realizuje obowiązków służbowych, w tym tych związanych z realizacją zadań w zakresie działalności badawczo-rozwojowej. Nadal jednak okres ten jest okresem zatrudnienia pracownika, za który to czas przysługują pracownikowi należności wynikające ze stosunku pracy, a na pracodawcy ciążą obowiązki związane z wypłatą tych należności. Skoro zatem pracodawcę obciąża obowiązek wypłaty pracownikowi świadczeń, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f., a do przepisu tego odsyła art. 26e ust. 2 pkt 1 tej ustawy, to nie ma podstaw do wyłączenia niektórych przychodów pracowników z katalogu tych kosztów, które mogą być uznane za kwalifikowane w rozumieniu art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. Innymi słowy, wypływający z art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. nakaz oddzielenia wydatków pracowniczych ponoszonych na działalność badawczo-rozwojową od wydatków związanych z wykonywaniem innego rodzaju obowiązków, w oparciu o czasowe wyodrębnienie realizowanych zadań nie oznacza, że z kosztów kwalifikowanych należy wykluczyć wydatki pracownicze ponoszone w związku z przebywaniem pracowników na urlopie czy też na zwolnieniu lekarskim. Są one bowiem nierozłącznie związane ze stosunkiem pracy i wynikają z przepisów prawa pracy.

Należy zatem dojść do wniosku, że w przypadku, gdy pracownik wykonuje prace związane z działalnością badawczo-rozwojową, to należności pracownicze związane z taką pracą obciążające pracodawcę, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f., stanowią koszt kwalifikowany na podstawie art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. Istotne jest przy tym zastrzeżenie, że wspomniane koszty mogą zostać odliczone w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Zatem nie był trafny argument przyjęty przez organ, że kwestionowane koszty nie mogą zostać odliczone, ponieważ pracownicy na urlopie czy zwolnieniu lekarskim nie wykonują działalności badawczo-rozwojowej. Owszem w tych okresach niewątpliwie jej nie wykonują, co nie oznacza, że pracodawca kosztów związanych z należnymi im świadczeniami nie może uznać za koszty kwalifikowane i odliczyć w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu.

Reasumując, w zakresie pytania drugiego zarzut strony skarżącej okazał się zasadny, ponieważ organ w zaskarżonej interpretacji dokonał błędnej wykładni art. 26e ust. 2 pkt 1 i pkt 1a u.p.d.o.f. W tym stanie rzeczy Sąd na podstawie art. 146 § 1 p.p.s.a. orzekł o uchyleniu zaskarżonej interpretacji w tejże części. Rozpatrując ponownie wniosek, organ podatkowy będzie mieć na względzie wskazaną powyżej wykładnię przepisów prawa.

Jeśli natomiast chodzi o skargę w części odnoszącej się do udzielonej przez organ odpowiedzi na pytanie piąte, to skarga w tej części nie zasługiwała na uwzględnienie.

Wskazać należy, że zgodnie z art. 14c § 1 Ordynacji podatkowej interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Można odstąpić od uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie. Z art. 14c § 2 Ordynacji podatkowej wynika, że w razie negatywnej oceny stanowiska wnioskodawcy interpretacja indywidualna zawiera wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym. W orzecznictwie sądów administracyjnych podkreśla się szczególnie doniosłą rolę wskazania prawidłowego stanowiska organu podatkowego wraz z uzasadnieniem prawnym (zob. wyrok NSA z 29 maja 2018 r., II FSK 1012/16 – orzeczenia sądów administracyjnych są dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych: orzeczenia.nsa.gov.pl). Jest to niezbędne w przypadku, gdy organ interpretujący negatywnie ocenia stanowisko wnioskodawcy (art. 14c § 2 o.p.). Urzędowe wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym musi być na tyle jednoznaczne, aby podatnik mógł się do niego zastosować. Uzasadnienie interpretacji powinno być na tyle wyczerpujące, aby wynikało z niego, że organ ocenił wszystkie istotne dla sprawy argumenty wnioskodawcy. Powinno także przedstawiać wywód prawny, z którego będzie można w sposób jednoznaczny wywnioskować, dlaczego stanowisko wnioskodawcy uznano za nieprawidłowe i jakie względy przemawiają za przyjęciem stanowiska organu. Za nieprawidłowe uznaje się takie działanie organu podatkowego, w którym nie wyjaśnia on w sposób precyzyjny i przekonujący, dlaczego stanowisko strony jest nieprawidłowe, przez nieodniesienie się do przedstawionych we wniosku argumentów. Użyte w art. 14b § 3 o.p. ustawowe określenie "wyczerpująco" należy rozumieć jako przedstawienie danego zagadnienia wszechstronnie, dogłębnie, szczegółowo, gruntownie i dokładnie, a zatem w taki sposób, by wnioskodawca mógł zająć stanowisko w stosunku do prezentowanego stanu rzeczy, zaś organ podatkowy na tej podstawie udzielić jednoznacznej odpowiedzi co do konkretnego zdarzenia przyszłego lub obecnego (zob. K. Teszner [w:] Ordynacja podatkowa. Tom I. Zobowiązania podatkowe. Art. 1-119zzk. Komentarz aktualizowany, red. L. Etel, LEX/el. 2023, art. 14c). Zauważyć należy, że z samej dyspozycji art. 14c § 1 o.p. wynika, że uzasadnienie prawne jako składnik interpretacji indywidualnej nie może być ani lakoniczne, ani wybiórcze. Wskazuje się więc, że uzasadnienie prawne, o którym mowa w art. 14c § 2 o.p., musi stanowić rzetelną informację dla wnioskodawcy, dlaczego w opisanym stanie faktycznym te, a nie inne, przepisy znajdują zastosowanie, a także dlaczego wyrażony przez niego pogląd nie zasługuje na uwzględnienie. Powyższą argumentację potwierdza i podkreśla treść art. 14h o.p. przez odesłanie do odpowiedniego stosowania przepisu art. 121 § 1 o.p., w którym ustanowiono zasadę zaufania do organów podatkowych (zob. wyrok NSA z 30 marca 2022 r., I FSK 2246/18).

Jak wskazał NSA w wyroku z 3 sierpnia 2023 r., sygn. akt II FSK 185/21, zaskarżona interpretacja w zakresie odpowiedzi na pytanie piąte nie naruszała art. 14c § 2 w zw. z art. 14h i art. 121 § 1 o.p. poprzez uzasadnienie stanowiska organu treścią identyczną z treścią objaśnień podatkowych z 15 lipca 2019 r., wydanych przez Ministra Finansów, w zakresie możliwości równoległego stosowania ulgi z art. 26e u.p.d.o.f. oraz ulgi IP Box. Sąd w składzie rozpoznającym skargę podziela tę ocenę prawną, albowiem uzasadnienie zaskarżonej interpretacji pozwala jej adresatowi poznać motywy, jakimi kierował się organ i jego stanowisko w odniesieniu do przedstawionego stanu faktycznego sprawy. Oczywiste jest przy tym, że strona niezadowolona z uzyskanej interpretacji może kontestować skierowany do niej akt, jednak niezadowolenie z treści interpretacji nie może być poczytywane jako równoznaczne z tym, że interpretacja narusza przywołane przepisy prawa procesowego. Zatem, zaskarżona interpretacja zawiera uzasadnienie, które nie narusza art. 14c § 2 Ordynacji podatkowej i zarzuty strony skarżącej w tym aspekcie były nietrafne. Co do zarzutu naruszenia art. 121 o.p., godzi się spostrzec, że przepis ten dzieli się na dwa paragrafy, a zarzut skargi nie precyzuje, którego naruszenia miał dopuścić się organ. Niemniej Sąd, za NSA przyjął, że możliwy do postawienia był zarzut naruszenia art. 121 § 1 o.p., który okazał się nietrafny. Nie podzielił również Sąd zarzutu naruszenia art. 2a o.p., który stanowi, że niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika. W skardze – pomimo powołania tego przepisu – nie rozwinięto zarzutów w tym zakresie. W ocenie Sądu, w sprawie nie zachodziły zaś tego rodzaju wątpliwości, które nie dawałyby się usunąć w drodze wykładni.

Z tym wiąże się przy tym kolejny zarzut – naruszenia art. 26e oraz art. 30ca u.p.d.o.f. poprzez uznanie, że ulga na działalność badawczo-rozwojową (art. 26e u.p.d.o.f.) oraz ulga IP BOX (art. 30ca u.p.d.o.f.) nie mogą być stosowane równolegle.

Zauważyć przy tym należy, że organ w uzasadnieniu zaskarżonej interpretacji wyjaśnił mechanizm stosowania obydwu regulacji. Przede wszystkim zgodzić należy się z wykładnią dokonaną przez organ, że z powyższych przepisów w brzmieniu obowiązującym na dzień wydania zaskarżonej interpretacji wynika, że w przypadku IP Box podstawę opodatkowania tym podatkiem stanowi suma kwalifikowanych dochodów z kwalifikowanych praw własności intelektualnej osiągniętych w roku podatkowym, zaś wysokość kwalifikowanego dochodu ustala się jako iloczyn dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej i wskaźnika nexus. Stosownie natomiast do regulacji dotyczącej ulgi B+R, podatnik uzyskujący przychody z działalności gospodarczej odlicza od podstawy obliczenia podatku koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność B+R ("koszty kwalifikowane"). Podstawę obliczenia podatku w rozumieniu art. 26 ust. 1 u.p.d.o.f., z określonymi zastrzeżeniami, stanowi dochód, pomniejszony o stosowne odliczenia. Z przytoczonych regulacji wynika, że ulga B+R nie podlega uwzględnieniu w obliczeniu podstawy opodatkowania podlegającej 5% podatkowi z IP Box. Nie jest zatem możliwe równoczesne stosowanie ulgi B+R oraz preferencyjnej stawki IP Box w stosunku do jednego (tego samego) dochodu.

Trafnie przy tym organ podatkowy wskazał, że podatnikowi przysługuje prawo do skorzystania z obydwu rozwiązań w tym samym roku podatkowym, jednakże wobec różnych kategorii dochodu (tj. ulga B+R w odniesieniu do dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych, natomiast opodatkowanie 5% stawką podatku do dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej – kwalifikowanych IP – art. 30ca ust. 2 u.p.d.o.f.). Wynika to wprost z reguły, zgodnie z którą koszty uzyskania przychodu uwzględnione przez podatnika przy obliczaniu dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych (m.in. ulga B+R) nie mogą zostać po raz drugi uwzględnione na potrzeby obliczenia dochodu opodatkowanego na zasadach szczególnych (np. z kwalifikowanych IP). Oznacza to niemożność rozliczenia tych samych kosztów kwalifikowanych dwukrotnie.

Istota ulgi B+R sprowadza się bowiem do tego, że określone kategorie wydatków mogą mieć wpływ na rachunek podatkowy dwukrotnie: po raz pierwszy pomniejszają dochód - jako "zwykłe" koszty podatkowe, a następnie, wskutek skorzystania z ulgi, ich określony procent pomniejsza także podstawę opodatkowania stanowiącą punkt wyjścia do kalkulacji należnego podatku. Jak wspomniano wyżej, analizowane przepisy oraz objaśnienia Ministra Finansów wykorzystane przez organ podatkowy do uzasadnienia zaskarżonej interpretacji wskazują, że podatnik nie może łącznie (tj. równocześnie) stosować ulgi B+R oraz 5% opodatkowania w stosunku do jednego (tego samego) dochodu.

Sąd w składzie rozpoznającym obecnie skargę w tym zakresie nie znalazł podstaw do zanegowania powyższego poglądu. Skarżący we wniosku jednoznacznie wskazywał na swoje stanowisko jakoby takie równoległe stosowanie opisanych mechanizmów było możliwe, jednak – w ocenie Sądu – wykładnia dokonana przez organ podatkowy była trafna i przesądziła o tym, że stanowisko skarżącego było nieprawidłowe.

Dodatkowym argumentem w tym zakresie jest okoliczność, że regulację umożliwiającą podatnikowi osiągającemu dochody z kwalifikowanych IP i opodatkowującemu je preferencyjną 5% stawką podatkową korzystanie jednocześnie z odliczenia w ramach ulgi B+R wprowadzono do u.p.d.o.f. z dniem 1 stycznia 2022 r. Z tym dniem wszedł w życie art. 1 pkt 55 lit. b ustawy z dnia 29 października 2021 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw (Dz.U z 2021 r. poz. 2105 ze zm.), na mocy którego do art. 30ca u.p.d.o.f. dodany został ust. 9a, który przewiduje, że od dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej podatnik może odliczyć koszty kwalifikowane określone w art. 26e ust. 2-3b, które doprowadziły do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia przez podatnika tego prawa, przy czym przepisy art. 26e ust. 1 zdanie drugie i ust. 3c-10 stosuje się odpowiednio. Zdaniem Sądu, wprowadzenie tego rodzaju regulacji od 1 stycznia 2022 r. potwierdza, że przed jej wejściem w życie zastosowanie takiego mechanizmu, jaki mocą nowelizacji wprowadzono, nie było możliwe. Trafnie zatem ocenił organ podatkowy stanowisko skarżącego w omawianej kwestii i jednocześnie zasadnie wskazał skarżącemu dostępne mu – w ówczesnym stanie prawnym – sposoby korzystania z ulgi B+R oraz z IP BOX.

W konsekwencji poczynionych rozważań Sąd doszedł do przekonania, że skarga w zakresie dotyczącym stanowiska organu w kwestii pytania piątego nie zasługiwała na uwzględnienie, albowiem w tej części zaskarżona interpretacja odpowiada prawu. To zaś determinowało oddalenie skargi w tej części na podstawie art. 151 p.p.s.a.

Końcowo Sąd wskazuje, że rozpoznając sprawę ponownie na skutek wyroku NSA z 3 sierpnia 2023 r., sygn. akt II FSK 185/21, nie orzekał o kosztach postępowania, albowiem rozstrzygnięcie w tym przedmiocie zawarte w pkt III wyroku WSA we Wrocławiu z dnia 14 października 2020 r., sygn. akt I SA/Wr 246/20 nie zostało przez NSA uchylone, a zatem ma walor prawomocności. Natomiast NSA odstąpił od zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego na podstawie art. 206 w związku z art. 207 § 1 p.p.s.a., co również oznacza, że na obecnym etapie sprawy nie pozostały takie koszty postępowania, o których mógłby orzekać tut. Sąd.

Mając na uwadze powyższe, Sąd orzekł jak w sentencji.