Wyrok NSA, sygn. akt II FSK 1908/11
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2013-05-23 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
Hasła tematyczne: Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Oddalono skargę kasacyjną
Powołane przepisy: article: art. 1 par. 1 i 2
journal: Dz.U. 2002 nr 153 poz 1269
law: Ustawa z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych.
article: art. 3 par. 1 i 2 pkt 1, art. 183 par. 1, art. 133 par. 1, art. 134 par. 1, art. 145 par. 1 pkt 1 lit. c/, art. 151, art. 141 par. 4
journal: Dz.U. 2002 nr 153 poz 1270
law: Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
article: art. 233 par. 2, art. 125, art. 127, art. 21 par. 3, art. 75 par. 1, art. 74a.
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Sławomir Presnarowicz, Sędzia NSA Stanisław Bogucki (sprawozdawca), Sędzia NSA Jan Rudowski, Protokolant Agata Grabowska, po rozpoznaniu w dniu 23 maja 2013 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej P. sp. z o.o. z siedzibą w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 21 kwietnia 2011 r. sygn. akt I SA/Sz 98/11 w sprawie ze skargi P. sp. z o.o. z siedzibą w L. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w S. z dnia 6 grudnia 2010 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2007 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od P. sp. z o.o. z siedzibą w L. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w S. kwotę 2 400 (słownie: dwa tysiące czterysta) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

1. Wyrokiem z dnia 21 kwietnia 2011 r., I SA/Sz 96/11, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie oddalił skargę "P." sp. z o.o. z siedzibą w L. (dalej: Spółka) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w S. (dalej: Dyrektor IS) z dnia 6 grudnia 2010 r., nr [...], w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych (dalej: p.d.o.p.) za 2007 r. Jako podstawę prawną powołano art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.; w skrócie: p.p.s.a.). Wyrok jest dostępny na stronie internetowej http://orzeczenia.nsa.gov.pl/.

2. Przebieg postępowania przed organami podatkowymi (przedstawiony przez WSA w Szczecinie):

2.1. Przedstawiając w uzasadnieniu wyroku przebieg postępowania WSA w Szczecinie podał, że w dniu 20 czerwca 2008 r. Spółka złożyła korektę zeznania o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika p.d.o.p. za 2007 r. CIT-8, w której wykazała podatek w kwocie 1.369.076 zł. Przyczyną złożenia powyższej korekty było wykazanie przez podatnika w poprzednim zeznaniu kosztów uzyskania przychodów w nieprawidłowej wysokości. Po zakończonej kontroli podatkowej, a przed wszczęciem postępowania podatkowego, Spółka w dniu 23 października 2008 r. złożyła korektę zeznania CIT-8 za 2007 r., w której uwzględniła ustalenia zawarte w protokole kontroli podpisanym w dniu 19 września 2008 r., wykazując podatek w wysokości 1.437.937 zł. W dniu 30 października 2008 r. Spółka złożyła ponowną korektę zeznania CIT-8 za 2007 r., w której wycofała się z ustaleń kontroli i wykazała podatek w wysokości 1.369.076 zł oraz wystąpiła jednocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w p.d.o.p. za 2007 r. w kwocie 68.861 zł.

2.2. Postanowieniem z dnia 4 grudnia 2008 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w S. (dalej: Naczelnik US) wszczął wobec Spółki postępowanie podatkowe w sprawie prawidłowości rozliczeń z tytułu p.d.o.p. za 2007 r. W zeznaniu o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika p.d.o.p. CIT-8 za 2007 r., złożonym w dniu 30 marca 2008 r. do Naczelnika US, Spółka wykazała podatek należny w wysokości 1.366.139 zł.

2.3. Postanowieniem z dnia 12 grudnia 2008 r. Naczelnik US odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty p.d.o.p. za 2007 r., z uwagi na wszczęte w dniu 5 grudnia 2008 r. postępowanie podatkowe w zakresie określenia wysokości ww. podatku. Tym samym, korektę zeznania podatkowego z dnia 30 października 2008 r., stosownie do art. 81b § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm., dalej jako o.p.), Naczelnik US uznał za bezskuteczną.

2.4. W dniu 16 grudnia 2009 r. Naczelnik US wydał decyzję, w której określił Spółce zobowiązania z tytułu p.d.o.p. za rok 2007 w kwocie 1.382.576 zł. Organ w stosunku do ujęcia w koszty uzyskania przychodów w badanym okresie, wartości odpisów amortyzacyjnych nieruchomości zabudowanej, wykorzystywanej na podstawie umowy leasingu, zawartej przez podatnika z N. sp. z o.o. z siedzibą w Z. (dalej: spółka N.), stwierdził, że Spółka zawyżyła je o kwotę 71.056,77 zł (w odniesieniu do kosztów wykazanych w korekcie deklaracji CTT-8 za 2007 r. z dnia 20 czerwca 2008 r.). Zdaniem Naczelnika US wartość początkowa przedmiotu leasingu została zawyżona. Wartość ta została ustalona bowiem w wysokości 1.399.763,54 zł, mimo że w akcie notarialnym, na podstawie którego nieruchomość została nabyta przez spółkę N. od Agencji Nieruchomości Rolnych Skarbu Państwa, wartość budynków wg wyceny dokonanej przez biegłego, zgodnie z operatem szacunkowym wyniosła 661.500 zł.

2.5. Nie zgadzając się z ustaleniami organu pierwszej instancji Spółka wniosła odwołanie, wnosząc o określenie wysokości zobowiązania w p.d.o.p. za 2007 r. z uwzględnieniem, że prawidłowo ustaliła kwotę dokonywanych odpisów amortyzacyjnych od przedmiotu leasingu. Spółka zwróciła także uwagę na brak rozstrzygnięcia w zaskarżonej decyzji o wysokości nadpłaty w p.d.o.p. za 2007 r. oraz wskazała, że odrębnym wnioskiem wniosła o uzupełnienie zaskarżonej decyzji w tej części.

2.6. Dyrektor IS ww. decyzją z dnia 6 grudnia 2010 r. uchylił w całości zaskarżoną decyzję i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez Naczelnika US. Uzasadniając swoje stanowisko, Dyrektor IS przytoczył treść przepisu art. 233 § 2 o.p. i wskazał, że na organach orzekających ciąży obowiązek wyczerpującego zbadania wszystkich okoliczności faktycznych związanych ze sprawą, aby w ten sposób mieć jej rzeczywisty obraz i uzyskać podstawę do trafnego zastosowania przepisu prawa, czyli wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy w stopniu koniecznym do jej rozstrzygnięcia, co w sprawie nie miało miejsca. Naczelnik US nie określił bowiem w decyzji z dnia 16 grudnia 2009 r. wysokości nadpłaty, ani nie dokonał tego w żadnej innej decyzji. Natomiast wskazując na art. 74a o.p. podkreślono, że organ podatkowy prowadząc postępowanie podatkowe w sytuacji gdy stwierdzi, że kwota zobowiązania podatkowego jest niższa niż wartość, którą zapłacił podatnik, jest zobligowany, oprócz określenia podmiotowi w decyzji wysokości zobowiązania (art. 21 § 3 o.p.), również do określenia w decyzji wysokości nadpłaty. Ponadto Dyrektor IS uznał, że zaskarżona decyzja narusza art. 122 i art. 187 § 1 o.p. W ocenie Dyrektora IS orzeczenie co do istoty sprawy na tym etapie postępowania, wobec powstałych wątpliwości, co do ustalonego stanu faktycznego sprawy w zakresie wielkości nadpłaty, pozbawiłoby stronę, wynikającego z zasady dwuinstancyjności postępowania, prawa do dwukrotnego merytorycznego rozpatrzenia przedmiotowej sprawy.

3. Stanowiska stron w postępowaniu przed Wojewódzkim Sądem Administracyjnym w Szczecinie (Sądem pierwszej instancji):

3.1. W skardze do WSA w Szczecinie Spółka zarzuciła naruszenie: (1) art. 233 § 2 w związku z art. 125 i 127 o.p., poprzez uchylenie w całości zaskarżonej decyzji w sprawie określenia Spółce zobowiązania podatkowego w p.d.o.p. za 2007 r. w kwocie 1.382.576 zł i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania, mimo że rozstrzygnięcie sprawy nie wymagało uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, co miało wpływ na wynik sprawy; (2) art. 210 § 1 pkt 6 oraz § 4 w związku z art. 235 oraz art. 127 o.p., poprzez wydanie przez Dyrektora IS decyzji: (a) bez zgodnego z przepisami uzasadnienia, poprzez nieustosunkowanie się do zarzutów Spółki, stanowiących podstawę wnoszonego odwołania i wskazania okoliczności faktycznych, które należy badać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy w zakresie odnoszącym się do tych zarzutów, (b) odnosząc się z urzędu do kwestii nadpłaty podatku, co do której toczy się postępowanie wszczęte wnioskiem Spółki o uzupełnienie decyzji; (3) art. 120, 121, 122, 124 o.p., poprzez dopuszczenie się naruszeń postępowania wskazanych w punkcie 1 i 2.

W uzasadnieniu skargi Spółka wskazała, że cały wywód Dyrektora IS uzasadniający uchylenie zaskarżonej decyzji oraz przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia przez Naczelnika US, a także wskazanie okoliczności faktycznych, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy, odnosił się do kwestii pominięcia rozstrzygnięcia w zakresie określenia nadpłaty za 2007 r. i wadliwości zaskarżonej decyzji w tym zakresie. Tym samym pomijał kwestię odpisów amortyzacyjnych, a takie rozstrzygnięcie było wadliwe. W ocenie Spółki zarzut zgłoszony w odwołaniu dotyczący nieprawidłowego zaliczenia w 2007 r. w ciężar kosztów uzyskania przychodów kwoty odpisów amortyzacyjnych środków trwałych, dla rozpoznania jego zasadności, nie wymagał przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego ani w całości ani w części. W jej ocenie, kwestia jaką miał zająć się Dyrektor IS, powinna była objąć prawidłowość oceny zgromadzonego materiału dowodowego przez Naczelnika US. Kwestia określenia nadpłaty nie wymagała uchylenia decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, ale jej uzupełnienia stosownie do art. 213 § 2 o.p. zgodnie z odrębnym wnioskiem zgłoszonym przez Spółkę.

3.1. W odpowiedzi na skargę Dyrektor IS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko.

4. Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie (Sądu pierwszej instancji):

4.1. Sąd pierwszej instancji stwierdził, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie. Uzasadniając rozstrzygnięcie, Sąd powołał się na art. 74a o.p. i stwierdził, że analiza brzmienia przepisu pozwala wskazać jednoznacznie, że użyty przez ustawodawcę zwrot "wysokość nadpłaty określa organ podatkowy" nie pozostawia wątpliwości, że jest to ustawowy obowiązek organu podatkowego. Poza wyjątkami wskazanymi w tym przepisie, na organie podatkowym ciąży obowiązek określenia wysokości nadpłaty w każdym innym przypadku. Nie może być tak, że mimo istnienia tego obowiązku, organ podatkowy potraktuje określenie wysokości nadpłaty, jako "stanu techniczno-rachunkowego", który nie wymaga działania organu w formie przewidzianej w o.p. Jeżeli organ podatkowy stwierdzi w postępowaniu podatkowym w sprawie określenia wysokości zobowiązania, że występuje nadpłata, powinien wydać na podstawie art. 21 § 3 o.p. decyzję określającą wysokość zobowiązania podatkowego i na podstawie art. 74a o.p. określić wysokość nadpłaty. Określenie zobowiązania w kwocie niższej od zapłaconej powoduje, że powstaje nadpłata i organ podatkowy musi zatem - co wynika z art. 74a o.p. - określić jej wysokość. Jest to działanie, które prowadzi do jednoznacznego określenia tej nadpłaty, co jest ważne zwłaszcza wówczas, gdy są wątpliwości co do jej kwoty.

Sąd pierwszej instancji zauważył, że w trakcie postępowania Naczelnik US stwierdził, że dochód i podatek za badany rok powinien być mniejszy niż wykazał i zapłacił podatnik w kwocie 1.437.937 zł i określił zobowiązanie w kwocie 1.382.576 zł, a zatem na mocy art. 74a o.p., ten organ podatkowy zobowiązany był jednocześnie określić wysokość nadpłaty za ten okres. Jedynie z tej decyzji bowiem może wynikać wysokość nadpłaty.

4.2. Odnosząc się do wydania przez organ odwoławczy decyzji na podstawie art. 233 § 2 o.p., którego naruszenie zarzucała Spółka, WSA w Szczecinie zgodził się ze stanowiskiem Dyrektora IS o braku podstaw do załatwienia sprawy przez organ odwoławczy, co do jej istoty, tj. co do nadpłaty. Nie może bowiem on wydać decyzji rozstrzygającej istotę sprawy, zarówno dlatego, że musiałby orzekać w przedmiocie, co do którego nie wypowiadał się organ pierwszej instancji, jak i dlatego, że rozstrzygnięcie musiałby oprzeć na ustaleniach wywiedzionych z materiału wyłącznie przez siebie zgromadzonego i ocenionego. Jeżeli już samo wyliczenie czynności, które organ odwoławczy uznał za nieodzowne dla należytego wyjaśnienia sprawy wskazuje, że sprawa wymaga wyjaśnienia w znacznej części, to gdyby organ ten uzupełnił w tym zakresie postępowanie i sam dokonał niezbędnych ustaleń, tym samym rażąco naruszyłby zasadę dwuinstancyjności postępowania administracyjnego. Obowiązek zastosowania instytucji reformacji i orzeczenia co do istoty sprawy, zamiast uchylenia decyzji organu pierwszej instancji i przekazywania do ponownego rozpoznania, w sytuacji stwierdzenia jej wadliwości, w świetle art. 233 § 2 o.p., istnieje wówczas, gdy dokonujący kontroli instancyjnej organ drugiej instancji nie ma wątpliwości co do stanu faktycznego. Ocena prawidłowości ustalenia stanu faktycznego, która rodzi konieczność przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego albo w całości, albo w znacznej części, nie mieści się w kompetencji organu odwoławczego, gdyż na przeszkodzie temu stoi przepis art. 229 o.p., co ma miejsce w sprawie, skoro organ pierwszej instancji w ogóle nie podjął ustaleń i rozstrzygnięcia w przedmiocie nadpłaty.

4.3. Odnosząc się do kwestii możliwości określenia wysokości nadpłaty w drodze uzupełnienia decyzji na podstawie art. 213 § 2 o.p., o co wnosiła Spółka w skardze, WSA w Szczecinie wskazał, że było to już przedmiotem oceny tego Sądu, który wyrokiem z dnia 23 marca 2011 r., I SA/Sz 30/11, oddalił skargę Spółki na postanowienie Dyrektora IS w przedmiocie odmowy uzupełnienia decyzji dotyczącej określenia p.d.o.p. za 2007 r. w zakresie dotyczącym określenia wysokości nadpłaty. Organ odwoławczy nie mógł również zastosować instytucji wymiaru uzupełniającego uregulowanej w przepisach art. 230 o.p.

Za bezzasadny uznał także Sąd pierwszej instancji zarzut Spółki, że uzasadnienie zaskarżonej decyzji nie spełnia wymogów art. 210 §1 pkt 6 i § 4 o.p. Reasumując WSA w Szczecinie stwierdził, że w rozpatrywanej sprawie Dyrektor IS wykazał w zaskarżonej decyzji, iż zaistniały dostateczne przesłanki do wydania decyzji kasacyjnej na podstawie art. 233 § 2 o.p. Skoro zatem jest to orzeczenie formalne, to przedwczesna jest merytoryczna ocena prawidłowości oceny materiału dowodowego, dokonanej przez organ pierwszej instancji co do zakwestionowanych odpisów amortyzacyjnych.

5. Stanowiska stron w postępowaniu przed Naczelnym Sądem Administracyjnym:

5.1. Wnosząc od ww. wyroku WSA w Szczecinie skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego Spółka (reprezentowany przez pełnomocnika – radcę prawnego) zaskarżyła ten wyrok w całości, żądając uchylenia zaskarżonego wyroku w całości i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania WSA w Szczecinie oraz zasądzenia kosztów postępowania kasacyjnego. Zaskarżonemu wyrokowi Spółka zarzuciła naruszenie przepisów postępowania, tj.:

(1) art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. Nr 153, poz. 1269 ze zm., dalej: p.u.s.a.) w zw. z art. 3 § 1 i 2 pkt 1 p.p.s.a., poprzez niedostrzeżenie naruszenia przez organ podatkowy niżej wskazanych przepisów postępowania, co doprowadziło do niewykonania przez Sąd obowiązku kontroli prawidłowości ustaleń dokonanych przez organ podatkowy;

(2) art. 133 oraz art. 134 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ p.p.s.a., polegające na nierozważeniu potrzeby i niedokonaniu rozstrzygnięcia poza granicami skargi oraz wydanie wyroku bez uwzględnienia całego materiału zgromadzonego w sprawie, co spowodowało nieuchylenie zaskarżonej decyzji w całości, mimo istnienia naruszeń przepisów postępowania administracyjnego;

(3) art. 3 § 1 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ p.p.s.a., poprzez: (a) nieuchylenie zaskarżonej decyzji w całości, mimo wydania jej z naruszeniem art. 233 § 2 i z art. 125 i 127 o.p., polegającym na uznaniu przez Sąd, że zgodne z przepisami jest uchylenie w całości zaskarżonej decyzji w sprawie określenia Spółce zobowiązania podatkowego w p.d.o.p. za 2007 r. i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania, mimo że rozstrzygnięcie sprawy nie wymagało uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części; (b) art. 3 § 1 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ p.p.s.a., poprzez nieuchylenie zaskarżonej decyzji w całości, mimo wydania jej z naruszeniem art. 210 § 1 pkt 6 oraz § 4 w związku z art. 235 oraz art. 127 o.p., polegającym na uznaniu za zgodną z prawem decyzję Dyrektora IS, która nie zawierała zgodnego z przepisami uzasadnienia, w której organ nie ustosunkował się do zarzutów Spółki stanowiących podstawę wnoszonego dowołania i wskazał okoliczności faktycznych, które należy badać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy – w zakresie odnoszącym się do tych zarzutów; (c) art. 3 § 1 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ p.p.s.a., poprzez nieuchylenie zaskarżonej decyzji w całości, mimo wydania jej z naruszeniem art. 120, 123, 122, 124 o.p. oraz naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a., polegające na sprzeczności istotnych ustaleń Sądu z treścią zebranego materiału dowodowego sprowadzających się do uznania, że kwestia odpisów amortyzacyjnych za 2007 r. nie ma znaczenia dla sprawy, a także poprzez brak rozstrzygnięcia w wyroku, od którego wnoszona jest skarga kasacyjna o zarzutach oraz brak wyjaśnienia w uzasadnieniu wyroku przyczyn nieuwzględnienia zarzutów skargi dotyczących naruszenia przez organ podatkowy wymienionych przepisów o.p.;

(4) art. 151 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ p.p.s.a., polegające na oddaleniu skargi i w konsekwencji utrzymaniu w obrocie decyzji uchylającej w całości zaskarżoną decyzję organu podatkowego i przekazującej sprawę do ponownego rozpoznania, pomimo naruszenia przez ten organ ww. przepisów postępowania.

5.2. W odpowiedzi na skargę kasacyjną Dyrektor IS wniósł o jej oddalenie oraz zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego.

6. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

6.1. Skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw, dlatego podlega oddaleniu. W rozpatrywanej sprawie Naczelny Sąd Administracyjny za niezasadne uznaje bowiem wywiedzione przez Spółkę na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. zarzuty naruszenia przez WSA w Szczecinie przepisów postępowania. Należy zauważyć, że tożsame zagadnienie prawne leżące u podstaw rozpoznawanej sprawy (II FSK 1908/11), w analogicznym stanie faktycznym było już przedmiotem rozpoznania przez Naczelny Sąd Administracyjny w tym samym składzie w sprawie zakończonej wyrokiem z dnia 23 maja 2013 r., II FSK 1907/11, więc w konkretnej sprawie Sąd wykorzystuje argumentację w nim zawartą.

6.2. Za nieusprawiedliwiony należy uznać zarzut naruszenia przez WSA w Szczecinie przepisów art. 1 § 1 i 2 p.u.s.a. w związku z art. 3 § 1 i 2 pkt 1 p.p.s.a. Należy zauważyć, że wnosząca skargę kasacyjną Spółka - poza jednozdaniowym stwierdzeniem o braku dostrzeżenia przez WSA w Szczecinie naruszenia przez organ podatkowy wskazanych w dalszej części skargi kasacyjnej przepisów postępowania, zawartych w Ordynacji podatkowej - nie uzasadnia na czym miałoby polegać naruszenie wskazywanych wyżej przepisów. Będąc związany granicami skargi kasacyjnej na podstawie art. 183 § 1 p.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny nie może zastępować wnoszącego skargę kasacyjną w formułowaniu argumentów, co do zasadności podniesionych zarzutów skargi kasacyjnej.

6.3. Za chybiony należy uznać również zarzut naruszenia przepisów art. 133 oraz art. 134 § 1 w związku z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ i art. 151 p.p.s.a. w zakresie zasadności oddalenia przez WSA w Szczecinie skargi na decyzję kasacyjną Dyrektora IS. Z zarzutem tym, równie nieskutecznie prawnie wywiedzionym, należy powiązać zarzut naruszenia przepisów art. 3 § 1 p.p.s.a. oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ p.p.s.a., poprzez nieuchylenie zaskarżonej decyzji w całości, mimo wydania jej z naruszeniem art. 233 § 2 oraz art. 125 i 127 o.p. Zasadnie WSA w Szczecinie uznał, że zgodne z przepisami jest uchylenie w całości zaskarżonej decyzji w sprawie określenia Spółce zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania, gdyż rozstrzygnięcie sprawy wymagało uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części, co miało istotny wpływ na wynik sprawy.

6.4. Należy zauważyć, że unormowania rozdziału 9 działu III Ordynacji podatkowej dają organom podatkowym uprawnienie do określenia decyzjami zobowiązania podatkowego oraz stwierdzenia nadpłaty. Ustawodawca w Ordynacji podatkowej wprowadził dwie odrębne procedury podatkowe: pierwszą odnoszącą się do określania zobowiązań podatkowych (art. 21 § 3) oraz drugą w sprawie stwierdzenia nadpłaty (art. 75 § 1). Te dwa tryby postępowań nie wykluczają się wzajemnie, lecz wzajemnie się uzupełniają. Postępowanie w sprawie określania zobowiązań podatkowych ma charakter procedury zasadniczej (pierwotnej), w stosunku do postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Dlatego też w niektórych sytuacjach podatkowych stanów faktycznoprawnych, zwłaszcza wówczas, gdy zobowiązanie podatkowe powstaje z mocy prawa i wnioskodawca wszczyna postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty, tak jak ma to miejsce w rozpatrywanej sprawie odnośnie do podatku dochodowego od osób prawnych, ten rodzaj postępowania ma charakter wtórny, czyli powinien być poprzedzony przeprowadzeniem postępowania w sprawie określania zobowiązań podatkowych (zob. np. wyrok NSA z dnia 22 lutego 2007 r., II FSK 345/06, Lex nr 216725). Jednocześnie w przypadku złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, organ podatkowy nie może rezygnować z wykonania dyspozycji narzuconej mu przez ustawodawcę na podstawie przepisu art. 74a o.p., tj. rozstrzygnięcia w przedmiocie nadpłaty.

W rozpatrywanej sprawie bezsporne jest, że Spółka wykazała w zeznaniu za 2007 r. oraz jego korekcie kwotę podatku i wniosła o stwierdzenie nadpłaty. Organ odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty z uwagi na wszczęcie postępowania w sprawie prawidłowości rozliczeń z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za rok 2007, w związku z przeprowadzoną kontrolą podatkową za ten rok i niejasnościami dotyczącymi wykazanymi przez podatnika kosztami uzyskania przychodu z działalności. Spółka wniosła zatem o uwzględnienie jej wniosku o nadpłatę w trakcie postępowania. W trakcie postępowania organ stwierdził, że dochód i podatek za ten rok powinien być mniejszy niż wykazał i zapłacił podatnik oraz określił zobowiązanie w kwocie wymienionej w decyzji. W tej sytuacji nie ulega wątpliwości, że na podstawie przepisu art. 74a o.p., organ podatkowy zobowiązany był jednocześnie określić wysokość nadpłaty za ten okres. Należy podkreślić, że z wyrażonej w art. 127 o.p. zasadzie dwuinstancyjności postępowania podatkowego wynikał obowiązek rozstrzygnięcia w sprawie nadpłaty uprzednio przez Naczelnika US. Dlatego też nie doszło tu do naruszenia art. 233 § 2 o.p. i przepisów art. 125 i 127 o.p.

6.5. Mając na uwadze powyższe wywody, za chybiony należy także uznać zarzut naruszenia przez WSA w Szczecinie przepisów art. 3 § 1 p.p.s.a. oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ p.p.s.a., poprzez nieuchylenie zaskarżonej decyzji w całości. Nie miało bowiem miejsce naruszenie przepisów art. 120, 123, 122, 124 o.p. oraz art. 141 § 4 p.p.s.a. Kwestia odpisów amortyzacyjnych za 2007 r. na tym etapie sprawy, zasadnie została uznana przez WSA w Szczecinie jako przedwczesna do rozstrzygania.

6.6. W tym stanie rzeczy, z mocy art. 184 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm.) orzeczono o oddaleniu skargi kasacyjnej. O kosztach postępowania kasacyjnego rozstrzygnięto zgodnie z art. 204 pkt 1 w związku z art. 205 § 2 i 3 oraz art. 209 tej ustawy.