Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 1102/14
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2014-11-28 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
6560
Hasła tematyczne: Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ: Minister Finansów
Treść wyniku: Oddalono skargę
Powołane przepisy: article: art. 17 ust.1 pkt 34
journal: Dz.U. 2011 nr 74 poz 397
law: Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych - tekst jednolity
article: art. 12, art. 16
journal: Dz.U. 1994 nr 123 poz 600
law: Ustawa z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Marta Waksmundzka-Karasińska (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko, sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa, Protokolant starszy referent Monika Olszewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 28 listopada 2014 r. sprawy ze skargi S.S.A. z siedzibą w M. na zmianę interpretacji indywidualnej Ministra Finansów z dnia 5 grudnia 2013 r. nr DD10/033/147/MZB/13/RWPD-48654/13 w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych oddala skargę


UZASADNIENIE

"S." S.A. z siedzibą w M. (zwana dalej "Skarżącą", "Spółką" lub "Wnioskodawcą") złożyła wniosek o udzielenie pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego w indywidualnej sprawie dotyczącej podatku dochodowego od osób prawnych.

Z przedstawionego opisu stanu faktycznego wynika, że Spółka prowadzi działalność gospodarczą na terenie specjalnej strefy ekonomicznej "[...]" (dalej: SSE). Podstawą prowadzenia przez Spółkę działalności na terenie SSE jest zezwolenie z 26 kwietnia 2000 r. Spółka należy do tzw. "starych inwestorów", którym początkowo, tj. do dnia wstąpienia Polski do Unii Europejskiej - przysługiwało zwolnienie podatkowe w związku z prowadzeniem działalności gospodarczej na terenie SSE. Zwolnienie to nie było limitowane wysokością poniesionych wydatków kwalifikowanych. W dniu 1 maja 2004 r., tj. w momencie wprowadzenia zmian w przepisach podatkowych regulujących zwolnienia podatkowe dla podmiotów prowadzących działalność w SSE, Spółka posiadała status średniego przedsiębiorcy. Zgodnie z uzyskanym zezwoleniem z 26 kwietnia 2000 r. Spółka zobowiązana była do: poniesienia nakładów inwestycyjnych do dnia 31 grudnia 2002 r. w wysokości co najmniej 10.000.000 zł (dziesięciu milionów złotych), osiągnięcia poziomu zatrudnienia nie mniej niż 50 pracowników do 30 czerwca 2002 r., osiągnięcia poziomu zatrudnienia nie mniej niż 100 pracowników do 30 czerwca 2005 r., przestrzegania regulaminu SSE i innych regulacji prawnych dotyczących funkcjonowania SSE, rozpoczęcia działalności gospodarczej nie później niż 31 grudnia 2001 r. Spółka spełniła powyższe warunki. Ponadto Spółka poniosła nakłady inwestycyjne przekraczające kwotę minimalną wskazaną w uzyskanym zezwoleniu na prowadzenie działalności na terenie SSE.

W związku z powyższym zapytała między innymi czy przy obliczeniu wysokości przysługującego obecnie Spółce zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2011 r. Nr 74, poz. 397 ze zm.) zwanej dalej "updop" oraz art. 12 i art. 16 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z 1994 r. Nr 123, poz. 600 ze zm.) dalej "ustawa o SSE" w brzmieniu obowiązującym w dniu 1 maja 2004 r., należy brać pod uwagę wartość wszystkich poniesionych przez spółkę kwalifikowanych wydatków inwestycyjnych (pytanie oznaczone we wniosku nr 1).

Zdaniem Spółki, przy obliczeniu wysokości przysługującego obecnie Spółce zwolnienia podatkowego należy brać pod uwagę wszystkie poniesione przez Spółkę wydatki inwestycyjne kwalifikujące się do objęcia pomocą, tj. również tę część wydatków, która przewyższa minimalną kwotę wydatków inwestycyjnych określoną w zezwoleniu na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE.

Spółka podkreśla, że z upływem czasu sytuacja prawna przedsiębiorców prowadzących działalność na terenie SSE ulegała istotnym zmianom. Przedsiębiorcy, którzy uzyskali zezwolenie strefowe przed dniem 1 stycznia 2001 r. (tzw. "starzy inwestorzy") korzystali początkowo z nielimitowanego zwolnienia podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych. W okresie pierwszych 10 lat całość dochodu tych przedsiębiorców z działalności gospodarczej prowadzonej w SSE na podstawie zezwolenia była zwolniona z opodatkowania podatkiem dochodowym, natomiast po upływie tego okres dochód taki mógł podlegać zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych w części nieprzekraczającej 50% jego wysokości (bez ograniczeń wynikających z kwot faktycznie poniesionych wydatków). W wyniku zmian przepisów o pomocy publicznej, wprowadzonych m.in. ustawą z dnia 30 czerwca 2000 r. o warunkach dopuszczalności i nadzorowaniu pomocy publicznej (Dz. U. Nr 60, poz. 704 ze zm., dalej: ustawa o pomocy publicznej), przedsiębiorcy, którzy otrzymali zezwolenia strefowe po 1 stycznia 2001 r. (tzw. "nowi inwestorzy"), korzystają z pomocy publicznej limitowanej wysokością poniesionych wydatków inwestycyjnych (ew. kosztów zatrudnienia nowych pracowników) i dopuszczalną intensywnością pomocy dla danego regionu. W związku z wejściem Polski do Unii Europejskiej postanowiono wyeliminować możliwość korzystania przez starych inwestorów strefowych z nielimitowanej pomocy publicznej. W toku negocjacji akcesyjnych z UE Polska uzyskała jednak zgodę na wprowadzenie zasad szczególnych w odniesieniu do tych przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenia przed dniem 1 stycznia 2001 r.

Zasady te zostały zawarte w ustawie z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. Nr 188, poz. 1840 ze zm.; dalej: ustawa zmieniająca z 2003 r.). Na mocy postanowień ustawy zmieniającej z 2003 r. która weszła w życie 1 maja 2004 r., w odniesieniu do "starych inwestorów" wprowadzono szczególne zasady korzystania z pomocy publicznej, przy czym poszczególne rozwiązania były zróżnicowane w zależności od statusu (wielkości) danego przedsiębiorcy. Zgodnie z art. 5 ust. 2 ustawy zmieniającej z 2003 r., dochody uzyskane przez przedsiębiorcę nieposiadającego w dniu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej statusu średniego bądź małego przedsiębiorcy uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia wydanego przed dniem 1 stycznia 2001 r. są zwolnione z podatku dochodowego do określonego poziomu maksymalnej dopuszczalnej wielkości pomocy publicznej. Zgodnie zaś z art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r. przedsiębiorca, który posiada zezwolenia uzyskane przed dniem 1 stycznia 2001 r., zachowuje prawo do zwolnień podatkowych określonych w art. 12 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000 r. w okresie do dnia 31 grudnia 2010 r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej średnim przedsiębiorcą.

Powyższe zdaniem Spółki oznacza, że przedsiębiorcy posiadający zezwolenia wydane przed 1 stycznia 2001 r. przez wskazany w ustawie zmieniającej okres mieli możliwość korzystania z pomocy publicznej nielimitowanej wysokością poniesionych wydatków ani dopuszczalną intensywnością pomocy dla danego regionu. Ponieważ w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej (tj. 1 maja 2004 r.) Spółka posiadała status średniego przedsiębiorcy, to na podstawie art. 5 ust. 1 tej ustawy Spółka zachowała prawo do korzystania z pomocy publicznej na starych zasadach (tj. do pomocy nielimitowanej wysokością poniesionych wydatków inwestycyjnych) do końca 2010 r. Ponieważ od początku 2011 r. nie jest już możliwe korzystanie z opisywanego zwolnienia na preferencyjnych warunkach wprowadzonych ustawą zmieniającą, Spółka może korzystać z przysługującego jej zwolnienia na zasadach ogólnych, tj. tych obowiązujących małych i średnich przedsiębiorców w dniu wejścia Polski do Unii Europejskiej. Oznacza to, że od 1 stycznia 2011 r. Spółka zobowiązana jest do kalkulowania wielkości przysługującego jej zwolnienia podatkowego na bazie poniesionych kwalifikowanych wydatków inwestycyjnych oraz intensywności pomocy publicznej adekwatnej dla średnich przedsiębiorców w dniu wejścia Polski do Unii Europejskiej (tj. 1 maja 2004 r.).

Skarżąca podkreśliła, że górna granica kwoty zwolnienia z podatku dochodowego przysługującego Spółce jest zatem wyznaczona - zgodnie ze wspomnianym już art. 17 ust. 1 pkt 34 updop - poprzez maksymalną wielkość pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla danego obszaru kwalifikującego się do pomocy, zgodnie z odrębnymi przepisami. Jednak, w momencie udzielenia Spółce zezwolenia na prowadzenie działalności w SSE (kwiecień 2000 r.), ustawa o SSE nie wprowadzała jeszcze obowiązku umieszczania w zezwoleniu określenia maksymalnej wysokości kosztów kwalifikowanych inwestycji. W związku z powyższym, z przepisów prawa, jak i z treści zezwolenia na prowadzenie działalności w SSE wynika, że do obliczenia wysokości przysługującego Spółce zwolnienia podatkowego należy brać pod uwagę wszystkie kwalifikowane wydatki inwestycyjne faktycznie poniesione przez Spółkę w całym okresie obowiązywania tego zezwolenia na prowadzenie działalności w SSE.

W interpretacji indywidualnej z 27 sierpnia 2012 r. Minister Finansów, z upoważnienia którego działał Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach, rozpoznając stanowisko Skarżącej w zakresie ww. pytania nr 1 uznał je za prawidłowe.

Zmianą interpretacji indywidualnej z 5 grudnia 2013r. Minister Finansów rozpoznając ponownie wniosek Skarżącej dotyczący wskazanego na wstępie pytania, stanowisko Spółki uznał za nieprawidłowe.

W uzasadnieniu wskazał, że jak wynika ze stanu faktycznego Spółka prowadząc działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej - na podstawie zezwolenia z 2000 r. - w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej z 2003 r. była średnim przedsiębiorcą, o którym mowa w art. 5 ust. 1 tej ustawy. Wnioskodawca miał więc takie same uprawnienia, jak inni przedsiębiorcy w obrębie danej kategorii, dlatego nie został pozbawiony możliwości wyboru stosowania zwolnienia podatkowego na nowych bądź starych zasadach. Jak wyżej wspomniano, na podstawie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r. Spółka miała możliwość wystąpienia z wnioskiem o zmianę zezwolenia, polegającą na zastosowaniu do niej przepisów dotyczących zwolnień podatkowych określonych w art. 5 ustawy zmieniającej z 2003 r. , w miejsce przepisów art. 12 ustawy o SSE i rozporządzenia z 1995 r. - w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000 r. Z przedstawionego stanu faktycznego nie wynika, aby Spółka taki wniosek złożyła. Zatem wybrała tzw. "stare zasady" zwolnień podatkowych. Prowadzenie działalności strefowej według "starych uregulowań", oznacza natomiast dostosowanie działalności do stanu prawnego obowiązującego w dniu 31 grudnia 2000 r., także z zastosowaniem przepisów rozporządzenia z 1995 r. Jednocześnie konsekwencją takiego wyboru jest także utrata zwolnienia na podstawie art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r. w terminach określonych w tym przepisie, tj. w przypadku Spółki po dniu 31 grudnia 2010 r.

Analiza regulacji prawnych odnoszących się do stanu faktycznego przedstawionego we wniosku o udzielenie interpretacji, w tym prześledzenie procesu zmian stanu prawnego - nowelizacji przepisów, na które powołała się Spółka prowadzi do wniosku, iż Spółka zachowała prawo do zwolnienia podatkowego określonego w art. 12 ust. 1 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym do końca 2000 r. Brak jest zatem podstaw do uznania, że Spółka, będąca średnim "starym przedsiębiorcą", która nie dokonała zmiany zezwolenia w trybie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., ma prawo do zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej, po dniu 31 grudnia 2010 r. Zatem w świetle obowiązującego stanu prawnego nie można zgodzić się ze stanowiskiem Wnioskodawcy, że od początku 2011 r. przysługuje mu zwolnienie podatkowe na zasadach ogólnych, tj. na zasadach obowiązujących średnich przedsiębiorców w dniu wejścia Polski do Unii Europejskiej, a przy obliczeniu obecnie przysługującego Spółce zwolnienia należy brać pod uwagę wszystkie poniesione przez nią wydatki inwestycyjne kwalifikujące się do objęcia pomocą.

Pismem z 23 grudnia 2013 r. Skarżąca wniosła wezwanie do usunięcia naruszenia prawa.

W odpowiedzi na to wezwanie, Minister Finansów pismem z 31 stycznia 2014 r., stwierdził brak podstaw do odmiennej oceny zmiany interpretacji indywidualnej.

W skardze złożonej na ww. zmianę interpretacji indywidualnej Skarżąca wniosła o jej uchylenie oraz zasądzenie kosztów postępowania. Zaskarżonej interpretacji zarzuciła naruszenie :

art. 17 ust. 1 pkt 34 updop poprzez błędne przyjęcie, że Spółce po dniu 31 grudnia 2010 r. nie przysługuje zwolnienie, o którym mowa w tym przepisie;

- art. 5 ust. 1ustawy z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. nr 188 po z. 1840 ze zm., dalej: ustawa zmieniająca z 2003 r.) poprzez błędne przyjęcie, że wybranie przez Spółkę "starych zasad" zwolnień podatkowych powoduje, że Spółka nie ma obecnie możliwości korzystania ze zwolnienia, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 updop.

Spółka zarzuciła także dyskryminacyjne traktowanie Spółki poprzez zmianę z urzędu interpretacji, pomimo, że wskazana we wniosku interpretacja z dnia 12.10.2011r. nie została uchylona.

W odpowiedzi na skargę Minister Finansów, podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonej interpretacji indywidualnej, wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

Pytanie Spółki dotyczyło kwestii, czy przy obliczeniu wysokości przysługującego obecnie Spółce zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o. oraz art. 12 i art. 16 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym w dniu 1 maja 2004 r., należy brać pod uwagę wartość wszystkich poniesionych przez spółkę kwalifikowanych wydatków inwestycyjnych Na przedpolu tego zagadnienia leżała jednak zasadnicza kwestia sprowadzająca się do rozstrzygnięcia, czy Spółce po 31 grudnia 2010t. przysługiwało zwolnienie, o którym mowa w art. 17 ust.1 pkt 34 u.p.d.o.p.

W ocenie Ministra Finansów Spółka zachowała prawo do zwolnienia podatkowego określonego w art. 12 ust. 1 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym do końca 2000 r. Brak jest zatem podstaw do uznania, że Spółka, będąca średnim "starym przedsiębiorcą", która nie dokonała zmiany zezwolenia w trybie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., ma prawo do zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej, po dniu 31 grudnia 2010 r.

Ocena prawna spornej kwestii wymaga przywołania przepisów mających znaczenie dla jej rozstrzygnięcia.

Stosownie do przepisu art. 12 ust. 1 ustawy o SSE, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2000 r., dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne oraz osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą mogą być, w drodze rozporządzenia Rady Ministrów, całkowicie zwolnione odpowiednio od podatku dochodowego od osób prawnych i podatku dochodowego od osób fizycznych w okresie równym połowie okresu, na jaki ustanowiona została strefa. Przepis ten zawierał delegację ustawową, którą kwestie udzielania zwolnień podatkowych i ich szczegółową treść przekazano do uregulowania Radzie Ministrów w drodze rozporządzenia. W dniu uzyskania przez Spółkę zezwolenia, tj. 26 kwietnia 2000 r. obowiązywało rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 5 września 1995 r. w sprawie ustanowienia specjalnej strefy ekonomicznej w Mielcu (Dz. U. Nr 107, poz. 526, ze zm., dalej: rozporządzenie z 1995 r.). Na podstawie § 5 ust. 1 rozporządzenia z 1995 r. zwolnieniu od podatku dochodowego w okresie 10 lat podlegał dochód podmiotu uzyskany z działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu, a po upływie tego okresu zwolnieniu podlegała połowa dochodu (§ 6 rozporządzenia). Z kolei przepis art. 16 ust. 1 ustawy o SSE stanowił, iż prowadzenie działalności gospodarczej na terenie strefy, z zastrzeżeniem ust. 2, wymaga zezwolenia, zwanego dalej "zezwoleniem". Zezwolenie określa przedmiot oraz warunki działalności gospodarczej, która ma być prowadzona przez przedsiębiorcę na terenie strefy i termin, w ciągu którego przedsiębiorca jest zobowiązany do rozpoczęcia na terenie strefy działalności określonej w zezwoleniu (art. 16 ust. 8 ustawy o SSE). Stanowi ono także podstawę do korzystania przez przedsiębiorcę ze zwolnień od podatku lub preferencji podatkowych określonych w przepisach wydanych na podstawie art. 12 ust. 5 (art. 16 ust. 10 ustawy o SSE). Przepisy powyższe zostały następnie zmienione ustawą z dnia 16 listopada 2000 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych oraz o zmianie niektórych ustaw (Dz. U. Nr 117, poz. 1228, ze zm., dalej: ustawa zmieniająca z 2000 r.), która weszła w życie z dniem 1 stycznia 2001 r. Ustawa ta wprowadziła nowe zasady korzystania ze zwolnienia z podatku dochodów uzyskiwanych z działalności gospodarczej prowadzonej w SSE. Przepisy regulujące to zwolnienie zostały przeniesione z rozporządzeń do aktu rangi ustawowej. W art. 17 ust. 1 updop wprowadzono zwolnienie przedmiotowe z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE.

Na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 updop, wolne od podatku są dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ww. ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami.

Stosownie bowiem do art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r., przedsiębiorcy, którzy przed dniem wejścia w życie ustawy uzyskali zezwolenia na podstawie art. 16 ust. 1 ustawy o SSE, zachowują przez okres ważności zezwolenia prawo do zwolnień i preferencji podatkowych określonych w art. 12 ustawy, o której mowa w art. 1 (tj. ustawy o SSE), w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie ustawy zmieniającej. Na mocy uregulowań zawartych w ustawie nowelizującej z 2000 r. nastąpił zatem podział przedsiębiorców na posiadających zezwolenia wydane przed dniem 1 stycznia 2001r. (tzw. "starzy inwestorzy") oraz na przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenia po dniu 31 grudnia 2000 r. ("nowi inwestorzy"). Przedsiębiorcom posiadającym zezwolenia wydane przed dniem 1 stycznia 2001 r. zostało zagwarantowane prawo do korzystania ze zwolnień podatkowych na zasadach obowiązujących przed tym dniem, czyli w konsekwencji, do korzystania z praktycznie nieograniczonego zwolnienia z podatku dochodowego (art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2000 r.). Natomiast przedsiębiorcy, którzy uzyskali zezwolenia strefowe po 31 grudnia 2000r. ("nowi inwestorzy") korzystali ze zwolnień na nowych zasadach określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych (art. 17 ust. 1 pkt 34 updop, art. 12 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2001 r.).

Powyższe oznacza, że do wszystkich przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenia strefowe przed 1 stycznia 2001 r. ("starych inwestorów") nie miały zastosowania nowe zasady przyznawania pomocy publicznej w formie zwolnień w podatku dochodowym. Nie miał do nich zastosowania art. 12 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2001 r., odsyłający do zasad określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych i w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych oraz w ustawie z dnia 30 czerwca 2000r. o warunkach dopuszczalności i nadzorowaniu pomocy publicznej dla przedsiębiorców. Korzystali oni nadal z korzystniejszych zwolnień i preferencji podatkowych określonych w art. 12 ustawy o SSE, w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie ww. ustawy nowelizującej z 2000 r. (tj. przed dniem 1 stycznia 2001 r.), a więc w brzmieniu obowiązującym na dzień 31 grudnia 2000 r. Wszyscy "starzy inwestorzy" uprawnienie to na mocy art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2000 r. zachowali przez okres ważności zezwolenia.

Przepis art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2000 r. (na mocy którego wskazane powyżej uprawnienie zachowane zostało do czasu upływu okresu ważności zezwolenia) został jednak uchylony na mocy art. 3 ustawy z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. Nr 188, poz. 1840 ze zm.; dalej "ustawa nowelizująca z 2003 r."), która weszła w życie 1 maja 2004 r. Na mocy art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., przedsiębiorca, który posiada zezwolenie uzyskane przed dniem 1 stycznia 2001 r., zachowuje prawo do zwolnień podatkowych określonych w art. 12 ustawy o SSE, w brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000 r.:

1) w okresie do dnia 31 grudnia 2011 r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy małym przedsiębiorcą,

2) w okresie do dnia 31 grudnia 2010 r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy średnim przedsiębiorcą.

Skarżąca w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej z 2003 r. była średnim przedsiębiorcą, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 2 ustawy zmieniającej z 2003 r., co zresztą sam podkreślił we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej.

Co istotne, przepis art. 6 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2003 r. dawał małym i średnim przedsiębiorcom, którzy uzyskali zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej w specjalnych strefach ekonomicznych przed dniem 1 stycznia 2001 r., możliwość wyboru zasad korzystania ze zwolnienia od podatku dochodowego. Mogli oni bowiem wystąpić do ministra właściwego do spraw gospodarki o zmianę zezwolenia, w wyniku czego mogli korzystać ze zwolnienia z podatku dochodowego na zasadach określonych w art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003 r. Innymi słowy mogli oni zrezygnować z bardzo korzystnego uprawnienia, ale ograniczonego czasowo (do końca 2011r. lub 2010r.) i wybrać uprawnienie mniej korzystne ograniczone kwotowo, które wygasłoby z chwilą osiągnięcia pomocy publicznej w określonej przepisami prawa kwocie. Przepis art. 6 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2003 r. stanowi, iż przedsiębiorca, który uzyskał zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001 r. może wystąpić z wnioskiem do ministra właściwego do spraw gospodarki o jego zmianę polegającą na zastosowaniu do tego przedsiębiorcy przepisów dotyczących zwolnień podatkowych określonych w art. 5 w miejsce przepisów art. 12 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000 r.

Możliwość wystąpienia z wnioskiem o zmianę zezwolenia, a w konsekwencji zmianę zasad korzystania ze zwolnień w podatku dochodowym, została jednak ograniczona czasowo, gdyż można z takim wnioskiem było wystąpić jedynie do dnia 31 grudnia 2007 r. (art. 6 ust. 5 ustawy nowelizującej z 2003r.).

Niewątpliwie przepisy ustawy nowelizującej z 2000r. oraz ustawy nowelizującej z 2003r. doprowadziły do zróżnicowania zasad zwolnienia od podatku dochodowego dochodów uzyskiwanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnych stref ekonomicznych na podstawie zezwolenia, w zależności od momentu uzyskania zezwolenia na prowadzenie działalności strefowej, z którym wiąże się to zwolnienie, a w przypadku podatników, którzy uzyskali zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001 r. także w zależności od statusu przedsiębiorcy i jego decyzji w sprawie wystąpienia z wnioskiem o zmianę zezwolenia.

Skoro zatem Spółka korzystała ze zwolnienia podatkowego na podstawie art. 12 ust. 1 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2000 r., to brak jest podstaw do uznania, że może ona stosować przepis art. 12 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym po tym dniu. Gdyby wolą ustawodawcy było wprowadzenie "mieszanego" reżimu prawnego regulującego zwolnienie dochodów z działalności prowadzonej na terenie SSE, tj. takiego, iż po upływie okresu, w którym przedsiębiorcy korzystają ze zwolnień na podstawie przepisów obowiązujących przed dniem 1 stycznia 2001 r. mają oni następnie prawo do korzystania z nowo wprowadzonego art. 17 ust. 1 pkt 34 updop, to uregulowane zostałyby kluczowe dla jego prawidłowego stosowania zagadnienia. Brak regulacji w tym zakresie wskazuje, iż ustawodawca nie zamierzał wprowadzać takiego reżimu.

Wobec powyższego zdaniem Sądu rację ma Minister Finansów, wywodząc, iż Spółce po 31 grudnia 2010 nie przysługuje zwolnienie, o którym mowa w art. 17 ust.1 pkt 34 u.p.d.o.p, tym samym nie można zgodzić się ze stanowiskiem Spółki, że przy obliczeniu wysokości przysługującego obecnie ( tj. po 31 grudnia 2010r.) zwolnienia należy brać pod uwagę wszystkie poniesione przez nią wydatki inwestycyjne kwalifikujące się do objęcia tą pomocą.

W tym stanie rzeczy należy stwierdzić, iż brak jest w rozpoznawanej sprawie przesłanek do uwzględnienia skargi i w związku z tym należało ją oddalić na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012r. poz. 270 ze zm.).