Wyrok NSA, sygn. akt II FSK 181/16
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2018-02-22 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
6560
Hasła tematyczne: Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ: Minister Finansów
Treść wyniku: Oddalono skargę kasacyjną
Powołane przepisy: article: art. 17 ust. 1 pkt 34, art. 1a ust. 1
journal: Dz.U. 1992 nr 21 poz 86
law: Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zasady opodatkowania.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Sławomir Presnarowicz (sprawozdawca), Sędzia NSA Jacek Brolik, Sędzia NSA (del.) Anna Maria Świderska, Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 22 lutego 2018 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach działającego z upoważnienia Ministra Finansów od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie z dnia 20 października 2015 r. sygn. akt I SA/Rz 800/15 w sprawie ze skargi G. sp. z o.o. z siedzibą w K. na interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 11 maja 2015 r. nr IBPBI/2/4510-208/15/SD w przedmiocie przepisów prawa podatkowego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych oddala skargę kasacyjną.


UZASADNIENIE

Zaskarżonym wyrokiem z dnia 20 października 2015 r., sygn. akt I SA/Rz 800/15, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie (dalej: "WSA") uchylił zaskarżoną przez G. sp. z o.o. (dalej: "Spółka") interpretację indywidualną Ministra Finansów (dalej: "organ interpretacyjny") z dnia 11 maja 2015 r. w przedmiocie przepisów prawa podatkowego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych. Podstawą prawną powyższego orzeczenia był art. 146 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r., poz. 270, ze zm., dalej: "p.p.s.a.").

Z uzasadnienia wyroku WSA wynika, że Spółka zwróciła się o wydanie interpretacji przepisów prawa podatkowego dotyczącej podatku dochodowego od osób prawnych w zakresie ustalenia, czy prowadząc częściowo działalność gospodarczą na terenie Specjalnej Strefy Ekonomicznej (dalej: "SSE") i korzystając ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z dnia z dnia 15 lutego 1992 r. (Dz.U. z 2014 r. poz. 851 ze zm.; dalej: "u.p.d.o.p."), może być uczestnikiem Podatkowej Grupy Kapitałowej, określonej w art. 1a ust. 1 u.p.d.o.p.

We wniosku podniesiono, że Spółka jest zakładem branży lotniczej, którego podstawowym profilem działalności jest produkcja elementów podwozi samolotów pasażerskich i wojskowych oraz świadczenie specjalistycznych usług obróbki metali. W 2012 r. włączona została do ogólnoświatowej grupy kapitałowej. Z tytułu prowadzonej działalności gospodarczej jest w Polsce podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych od całości swoich dochodów (bez względu na miejsce ich osiągania), zgodnie z przepisami ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Działalność gospodarcza Spółki prowadzona jest w dwóch zakładach, z których jedna objęta jest zwolnieniem z podatku dochodowego na mocy zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE, wydanym przez Ministra Gospodarki 10 grudnia 2008 r. W toku prowadzonej działalności gospodarczej, intensywnie współpracuje z innymi spółkami z grupy (w tym z podmiotami prowadzącymi działalność na terenie SSE). W celu rozwoju zdolności operacyjnych, redukcji kosztów ogólnych oraz centralizacji procesów, rozważa utworzenie z takimi spółkami SSE Podatkowej Grupy Kapitałowej (dalej: "PGK"). Spółka zaznaczyła, że zostały spełnione warunki do utworzenie PGK, określone w art. 1a u.p.d.o.p. W ocenie Spółki zwolnienie od podatku dochodowego od osób prawnych z tytułu prowadzenia działalności w SSE, nie jest zwolnieniem przyznawanym na podstawie odrębnych ustaw, jak stanowi art. 1 ust. 2 pkt 3 lit. a u.p.d.o.p., a zwolnieniem przyznanym w ramach podatku dochodowego od osób prawnych – art. 17 ust. 1 pkt 34.

Z powyższym stanowiskiem nie zgodził się organ interpretacyjny, który w interpretacji z dnia 11 maja 2015 r., uznał stanowisko Spółki za nieprawidłowe, jednocześnie wskazał, że w przypadku prowadzenia działalności na terenie SSE oraz korzystania ze zwolnienia w podatku dochodowym od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., Spółka nie będzie mogła być uczestnikiem PGK, określonej w art. 1 u.p.d.o.p. W ocenie organu za taką interpretacją przemawia fakt, że po wprowadzeniu do ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych art. 17 ust. 1 pkt 34 z dniem 1 stycznia 2001 r., nie został usunięty art. 12 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz.U. z 2015 r., poz. 282; dalej: "u.s.s.e."), który stanowi odrębne od podatku dochodowego od osób prawnych zwolnienie od tego podatku. Za odrębnością tego zwolnienia przemawia również w ocenie organu użycie przez ustawodawcę w art. 17 b ust. 2 pkt 2 u.p.d.o.p. zwrotu: "ze zwolnień w podatku dochodowym przysługujących na podstawie przepisów o specjalnych strefach ekonomicznych".

W skardze na powyższą interpretację Spółka zarzuciła naruszenie:

- art. 1a ust. 1 w zw. z art. 1a ust. 2 pkt 3 lit. a oraz art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., przez błędną wykładnię i przyjęcie, że korzystanie przez Spółkę ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oznacza korzystanie ze zwolnień od podatku dochodowego na podstawie odrębnych ustaw, wyłączające możliwość uczestnictwa Spółki w PGK;

- art. 12 u.s.s.e., przez przyjęcie, że przepis ten stanowi podstawę do zwolnienia od podatku dochodowego od osób prawnych;

- art. 14 c § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa ( Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm., dalej: "o.p.") oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14 h o.p., przez nie odniesienie się do argumentacji Spółki, zaniechanie wyczerpującego uzasadnienia stanowiska, nie uwzględnienie jednolitej linii orzeczniczej Sądów, w konsekwencji naruszenie zasady zaufania do organów państwa.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie powołując się na argumenty powołane w interpretacji.

W uzasadnieniu wyroku WSA zauważył, że kwestia będąca przedmiotem sporu była wielokrotnie rozstrzygana przez sądy administracyjne, które wypracowały jednolite w tym zakresie stanowisko, zgodnie z którym podatnik, który korzysta z preferencji dla działalności w SSE, może być uczestnikiem PGK (wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 2 sierpnia 2012 r., sygn. akt II FSK 1614/11). W innym orzeczeniu Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że skoro podstawą zwolnienia dochodu osiąganego w SSE jest art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., to korzystanie z tego zwolnienia przez jedną ze spółek tworzących PGK, która planuje uzyskać zezwolenie na działanie w SSE po 1 stycznia 2001 r., nie powoduje naruszenia warunku, o którym jest mowa w art. 1a ust. 2 pkt 3 lit. a u.p.d.o.p. i utraty statusu grupy jako podatnika podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 1a ust. 10 u.p.d.o.p. (wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 7 maja 2014 r., sygn. akt II FSK 1353/12).

WSA zwrócił również uwagę na to, że art. 1a i art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., wprowadzone na podstawie różnych ustaw, pierwszy - na podstawie ustawy z dnia 9 czerwca 2000 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 60, poz. 700), drugi - na podstawie ustawy z dnia 16 listopada 2000 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych oraz o zmianie niektórych ustaw (Dz. U. Nr 117, poz. 1228), oba przepisy rozpoczęły obowiązywać od tego samego dnia -1 stycznia 2001 r. W ocenie WSA określenie zawarte w art. 1a ust. 2 pkt 3 lit. a u.p.d.o.p. – "nie korzystają ze zwolnień od podatku dochodowego na podstawie odrębnych ustaw", koreluje z obowiązującym od tej samej daty art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., zgodnie z którym zwolnione z tego podatku zostają dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami". Ustawodawca wprowadzając ograniczenie dla działania w ramach w PGK w postaci niepodlegania zwolnieniu na podstawie odrębnych ustaw równocześnie wprowadził do ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, zwolnienie od tego podatku dla dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE.

Zdaniem WSA z powyższego wynika, że zamiarem ustawodawcy, w przypadku podmiotów prowadzących działalność w ramach PGK, było wyłączenie ograniczenia w postaci podlegania zwolnieniu od podatku dochodowego od osób prawnych, w stosunku do podmiotów działających w SSE. Tego stanowiska nie zmienia również fakt, że ustawodawca wprowadzając art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. nie zrezygnował z zapisu dotyczącego zwolnienia od podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 12 u.s.s.e. Nie może to oznaczać, że wolą ustawodawcy było zachowanie odrębności tego zwolnienia w stosunku do ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, w sytuacji gdy ustawodawca wprost wprowadza to zwolnienie do ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Chybiona jest argumentacja organu, że za przyjęciem odrębności tego zwolnienia przemawia użycie w art. 17b ust. 2 pkt 2 zwrotu: "jeżeli finansujący w dniu zawarcia umowy leasingu korzysta ze zwolnień w podatku dochodowym przysługującym na podstawie przepisów o specjalnych strefach ekonomicznych". Należy podkreślić, że regulacja ta dotyczy opodatkowania stron umowy leasingu i wskazuje na szczególne zasady opodatkowania przez osoby korzystające ze zwolnień w podatku dochodowym na podstawie przepisów o SSE. Nie oznacza to, że ustawodawca ten rodzaj zwolnień traktuje jako odrębny od regulacji ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, a jedynie że w zakresie opodatkowania stron umowy leasingu, wprowadza szczególne regulacje w stosunku do tej grupy zwolnień.

W skardze kasacyjnej wywiedzionej od powyższego orzeczenia, organ wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez WSA a także zasądzenie kosztów postępowania, wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

Zaskarżonemu wyrokowi zarzucono naruszenie:

I. przepisów prawa materialnego, tj.: art. 1a ust. 2 pkt 3 lit. a w zw. z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. oraz art. 12 u.s.s.e., przez ich błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, w przypadku prowadzenia działalności na terenie SSE oraz korzystania ze zwolnienia w podatku dochodowym od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. Spółka będzie mogła być uczestnikiem PGK;

II. przepisów postępowania mających istotny wpływ na wynik sprawy, tj: art. 146 § 1 p.p.s.a., przez przyjęcie, iż organ podatkowy dopuścił się naruszenia prawa materialnego, które miało istotny wpływ na wynik sprawy i w konsekwencji uchylenie zaskarżonej interpretacji mimo, iż do takich naruszeń nie doszło.

W uzasadnieniu skargi kasacyjnej zostały uszczegółowione powyższe zarzuty.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.

Skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.

Stosownie do treści art. 174 p.p.s.a., skargę kasacyjną można oprzeć na: naruszeniu prawa materialnego przez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie (pkt 1) albo naruszeniu przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (pkt 2). Dopełnienie wymogu wskazania podstaw skargi kasacyjnej zakreślonych w powołanym przepisie art. 174 p.p.s.a. jest konieczne, ponieważ wyznacza granice skargi kasacyjnej, którymi jest związany Naczelny Sąd Administracyjny (art. 183 § 1 p.p.s.a.). Wyjątkiem są tu jedynie przesłanki nieważności postępowania, które Sąd bierze pod rozwagę z urzędu. Przed przystąpieniem do oceny zarzutów skargi kasacyjnej zbadano, czy nie zaistniała którakolwiek z przesłanek nieważności określonych w art. 183 § 2 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że w przedmiotowej sprawie nie wystąpiła żadna z przyczyn nieważności, wskazywana w przywoływanym unormowaniu.

Skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw. Dokonana przez Sąd I instancji wykładnia art.1 a ust. 2 pkt 3 lit. a w zw. z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. i art. 12 u.s.s.e. jest bowiem prawidłowa, a tym samym uchylenie zaskarżonej interpretacji nie stanowi naruszenia art.146 § 1 p.p.s.a.

Zgodnie z art.1a ust. 2 pkt 3 lit. a u.p.d.o.p. po utworzeniu kapitałowej grupy podatkowej żadna ze spółek wchodzących w jej skład nie może korzystać ze zwolnienia podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych na podstawie odrębnych ustaw. W przypadku podatników działających w specjalnych strefach ekonomicznych wątpliwość co do źródła zwolnienia powstała z uwagi na treść art. 12 u.s.s.e., zgodnie z którym dochody uzyskane z działalności gospodarczej na terenie strefy w ramach zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust.1, przez osoby prawne lub osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą są zwolnione od podatku dochodowego, odpowiednio na zasadach określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych lub w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych. Przepis art.17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. stanowi natomiast: "Wolne od podatku są dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy (...) o specjalnych strefach ekonomicznych (...)., przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami." Każdy z powołanych przepisów odnosi się do zwolnienia podatkowego i każdy z nich odsyła - w pewnym zakresie – do drugiego z nich. Stwierdzenie, który z nich stanowi podstawę zwolnienia podatkowego z uwagi na działalność w strefie specjalnej ekonomicznej wymaga określenia wzajemnej ich relacji oraz kompletności regulacji dotyczącej zwolnienia podatkowego, zawartej w każdym z nich.

Zwolnienie podatkowe to wyłączenie pewnej kategorii podmiotów z zakresu podmiotowego danego podatku (zwolnienie podmiotowe) lub wyłączenie pewnej kategorii sytuacji faktycznych bądź prawnych z zakresu przedmiotowego danego podatku (zwolnienie przedmiotowe). Zwolnienia mogą mieć również charakter mieszany, podmiotowo-przedmiotowy (W. Nykiel, Ulgi i zwolnienia w konstrukcji podatku, Warszawa 2002, s.16). Przepis ustanawiający zwolnienie musi zatem określać bądź podmioty zwolnione od podatku (poprzez określenie ich cech), gdy dotyczy zwolnienia podmiotowego, bądź sytuacje i ich cechy, które są wyłączone z zakresu przedmiotowego podatku, gdy dotyczy zwolnienia przedmiotowego, bądź zarówno podmioty i ich cechy, jak i sytuacje (i ich cechy), w których podmioty te muszą się znaleźć, aby uzyskać zwolnienie - w przypadku zwolnienia podmiotowo -przedmiotowego.

Zwolnienie, o którym mowa w art. 12 u.s.s.e. i art. 17 ust.1 pkt 34 u.p.d.o.p., to zwolnienie przedmiotowe. Dotyczy ono przedmiotu opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych, jakim jest, zgodnie z art. 7 ust. 1 u.p.d.o.p., dochód. Przepis dotyczący zwolnienia musi w związku z tym określać sytuację faktyczną lub prawną, która jest wyłączona spod opodatkowania.

W art. 12 u.s.s.e. wskazano wprawdzie, co podlega zwolnieniu (dochód z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w ramach zezwolenia) jednakże, jak wynika z treści tego przepisu, nie określono wszystkich cech dochodu podlegającego zwolnieniu, skoro przepis ten zawiera odesłanie do przepisów ustaw o podatku dochodowym od osób prawnych i fizycznych co do zasad tego zwolnienia. Przepis art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. określa przedmiot zwolnienia nie tylko poprzez wskazanie, że jest nim dochód uzyskany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 u.s.s.e., ale także określa granice zwolnienia (choć poprzez odesłanie do przepisów o pomocy publicznej). Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych definiuje ponadto dochód uzyskany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy (art. 17 ust. 4) i określa, kiedy podatnik traci prawo do zwolnienia oraz jego obowiązki w razie utraty zwolnienia (art. 17 ust. 5 i 6). Ustawa podatkowa dla ustalenia treści normy dotyczącej zwolnienia przedmiotowego wymaga zatem jedynie uzupełnienia przez przepisy odniesienia (przepisy dotyczące pomocy publicznej) co do maksymalnej wielkości zwolnionego dochodu i przepisy ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych (co do pojęcia zezwolenia na działanie tych strefach). Przepis ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych wskazuje ogólnie na możliwość zwolnienia przedmiotowego, w zakresie przesłanek tego zwolnienia odsyła natomiast do przepisów ustaw podatkowych, nie dając możliwości odtworzenia na ich podstawie pełnej normy dotyczącej zwolnienia, a przeciwnie - wskazując, że zwolnienie to udzielane jest na zasadach określonych w przepisach ustaw podatkowych (te ostatnie określają więc warunki zwolnienia). Przepis art. 12 u.s.s.e. jest zatem przepisem odsyłającym [nakazującym stosowanie przepisów odniesienia-patrz J. Wróblewski [w:] W. Lang, J. Wróblewski, S. Zawadzki, Teoria państwa i prawa, Warszawa 1986, s. 349-350] do ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w zakresie zwolnienia dochodu podmiotów działających w specjalnej strefie ekonomicznej, nie określa natomiast podstawowych warunków tego zwolnienia, pozostawiając to ustawie podatkowej. Nie wynika bowiem z niego (z uwagi na odesłanie), czy każdy dochód osiągnięty w strefie jest zwolniony i do jakiej wysokości. Zwolnienie dochodu osiąganego z działalności gospodarczej prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej ma w związku z tym swoje źródło w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych i nie jest zwolnieniem udzielonym na podstawie przepisów odrębnych. Pogląd taki prezentowany jest także w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego (m.in. w wyrokach z dnia 15 grudnia 2011 r., II FSK 1152/10, z dnia 17 marca 2010 r., II FSK 2207/09 i implicite w wyroku z dnia 24 kwietnia 2012r., II FSK1979/11, opublikowane w: http://orzeczenia.nsa.gov.pl).

Analizując wzajemne relacje między przepisami art. 12 u.s.s.e. i art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. należy także zauważyć, że zgodnie z zasadami techniki prawodawczej akt prawny (ustawa) powinien być tak skonstruowany, aby obejmować daną dziedzinę spraw, nie pozostawiając poza zakresem swego unormowania istotnych fragmentów tej dziedziny (por. § 2 załącznika do rozporządzenia Prezesa Rady Ministrów z dnia 20 czerwca 2002r. w sprawie zasad techniki prawodawczej-Dz. U. Nr 100, poz. 908, także obowiązujący w 2000 r. § 1 ust. 1 załącznika do uchwały Nr 147 Rady Ministrów z dnia 5 listopada 1991 r. w sprawie zasad techniki prawodawczej - M.P. nr 44, poz. 310, J. Wróblewski, op. cit.,s. 432), a jednocześnie nie powinien regulować stosunków różnego typu ani też zmieniać i uchylać przepisów regulujących stosunki należące do odmiennego zakres niż ten, który akt ten reguluje (J. Wróblewski, tamże s. 432 § 3 ust. 2 załącznika do powołanego Rozporządzenia Prezesa Rady Ministrów i § 2 ust. 2 załącznika do powołanej uchwały Rady Ministrów). Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych jest w związku z tym tą ustawą, w której powinna znaleźć się regulacja dotycząca zwolnień z tego podatku. Ustawa o specjalnych strefach ekonomicznych, zgodnie z jej art.1, regulować ma bowiem zasady i tryb ustanawiania specjalnych stref ekonomicznych na terenie Rzeczypospolitej Polskiej, zarządzania takimi strefami oraz szczególne zasady i warunki prowadzenia działalności gospodarczej w tych strefach. Analiza zmian art. 12 u.s.s.e. wskazuje na to, że ustawodawca dążył do regulacji zwolnień podatkowych, związanych z działalnością gospodarczą prowadzoną w specjalnych strefach ekonomicznych, właśnie w ustawach regulujących podatki dochodowe, natomiast w ustawie o specjalnych strefach ekonomicznych - jedynie wskazano na możliwość skorzystania ze zwolnienia podatkowego. Do 1 stycznia 2001 r. art. 12 u.s.s.e. był przepisem składającym się z kilku części, z których część dotyczyła zwolnienia podatkowego i zawierała przepis upoważniający Radę Ministrów do określenia warunków zwolnienia podatkowego (w tekście pierwotnym w art. 12 ust. 5 pkt 1 u.s.s.e. upoważniono Radę Ministrów do ustalenia w drodze rozporządzenia przedmiotu działalności gospodarczej, której prowadzenie uprawnia do zwolnień od podatku dochodowego, o których mowa w ust. 1 i 2, wysokości tych zwolnień, czasu ich obowiązywania oraz warunków, od których spełnienia przez podmiot gospodarczy uzależnione jest prawo do tych zwolnień). Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych do 1 stycznia 2001 r. nie regulowała zwolnień podatkowych związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej w specjalnych strefach ekonomicznych. Od 1 stycznia 2001 r. zasady zwolnienia zostały określone w ustawach o podatku dochodowym od osób fizycznych i o podatku dochodowym od osób prawnych, do których odsyłała ustawa o specjalnych strefach ekonomicznych, natomiast wielkość pomocy, stosownie do upoważnienia zawartego w art. 12 u.s.s.e., miała być określana w rozporządzeniach Rady Ministrów ustanawiających strefy. Od 1 maja 2004 r. art. 12 u.s.s.e. nie zawiera już żadnej normy upoważniającej Radę Ministrów do regulowania kwestii związanych ze zwolnieniem podatkowym, odsyłając wyłącznie do zasad określonych w przepisach podatkowych. Gdyby przyjąć za prawidłową tezę Ministra Finansów o uregulowaniu zwolnienia w art. 12 u.s.s.e., dodanie art. 17 ust.1 pkt 34 u.p.d.o.p. byłoby zbędne, powtarzałby on bowiem regulację zawartą w innej ustawie.

Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny uznał skargę kasacyjną jako niezasługującą na uwzględnienie i stosując przepis art. 184 p.p.s.a., oraz będąc związany wnioskami skargi kasacyjnej, poprzez treść art. 183 § 1 p.p.s.a., orzekł o oddaleniu skargi.