Wyrok NSA, sygn. akt I FSK 1483/10
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2011-10-12 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
6560
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Minister Finansów
Treść wyniku: Oddalono skargę kasacyjną
Powołane przepisy: article: art. 43 ust. 1 pkt 1
journal: Dz.U. 2004 nr 54 poz 535
law: Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług
article: par 41f ust. 1-2
journal: Dz.U. 2004 nr 97 poz 970
law: Rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług
journal: Dz.U.UE.L 1977 nr 145 poz 1 art. 13, art. 17 ust. 1-2
law: Szósta Dyrektywa Rady z dnia 17 maja 1977 r. Nr 77/388/EWG w sprawie harmonizacji ustawodawstw Państw Członkowskich w odniesieniu do  podatków obrotowych - wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Artur Mudrecki (sprawozdawca), Sędzia NSA Krzysztof Stanik, Sędzia WSA (del.) Roman Wiatrowski, Protokolant Krzysztof Zaleski, po rozpoznaniu w dniu 12 października 2011 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Ministra Finansów od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 23 czerwca 2010 r., sygn. akt I SA/Wr 521/10 w sprawie ze skargi W. P. Spółka z o. o. we W. na interpretację indywidualną Ministra Finansów z dnia 22 stycznia 2010 r., nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług 1. oddala skargę kasacyjną, 2. zasądza od Ministra Finansów na rzecz W. P. Spółka z o. o. we W. kwotę 120 (słownie: sto dwadzieścia) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

1. Wyrok Sądu pierwszej instancji

Wyrokiem z dnia 23 czerwca 2010r., sygn. akt I SA/Wr 521/10, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu po rozpoznaniu skargi W. P. sp. z o.o. w W. uchylił interpretację indywidualną Ministra Finansów z dnia 22 stycznia 2010r.

2. Przedstawiony przez Sąd pierwszej instancji tok postępowania

2.1. Skarżąca złożyła wniosek o udzielenie pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego w indywidualnej sprawie dotyczącej podatku od towarów i usług.

Wskazała, że prowadząc działalność gospodarczą w branży motoryzacyjnej bierze udział w procesie wytwarzania elementów układów hamulcowych, zawieszeń powietrznych, siłowników do otwierania drzwi oraz innych powietrznych i elektronicznych urządzeń do pojazdów samochodowych, świadczy dodatkowo usługi badawczo – rozwojowe (usługi R&D) polegające na rozwoju istniejących i tworzeniu nowych maszyn i urządzeń. Spółka prowadzi także badania mające stworzyć podstawę do rozwoju nowych generacji produktów oraz utrzymuje dokumentację techniczną. Po wykonaniu usług strona przekazuje klientowi projekt produktu wraz z dokumentacją techniczną oraz zapewnia wsparcie techniczne w ramach obsługi posprzedażowej. Usługi te strona klasyfikuje wg rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 18 marca 1997 r. w sprawie PKWiU w kategorii 73.10.13 "Usługi badawczo-rozwojowe w dziedzinie techniki i technologii". Powyższe usługi strona świadczyła także w 2005 r. Początkowo opodatkowywała je podatkiem VAT wg stawki 22% i odliczała VAT naliczony, w grudniu 2006 r. strona skorygowała faktury za okres od stycznia do maja 2005 r. stosując zwolnienie z VAT i skorygowała deklaracje VAT-7 za ten okres, zmniejszając kwotę podatku naliczonego związanego z usługami R&D. Przeprowadzona kontrola zakwestionowała prawo strony do odliczenia podatku naliczonego związanego także z usługami świadczonymi od czerwca do grudnia 2005r., co skutkowało korektą VAT naliczonego.

W związku z tym stanem faktycznym strona zadała pytanie: czy miała prawo do odliczenia VAT naliczonego związanego z usługami R&D świadczonymi w okresie od stycznia do maja 2005 r., gdy stosowała do tych usług zwolnienie z opodatkowania VAT i od czerwca do grudnia 2005 r. kiedy usługi były przez stronę opodatkowane podatkiem VAT?

Zdaniem strony, przysługiwało jej prawo do odliczenia VAT naliczonego związanego w usługami R&D świadczonymi zarówno w okresie od stycznia do maja jak i od czerwca do grudnia 2005 r. Wprowadzone, na mocy art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (dalej: ustawa o VAT) w zw. z poz. zał. nr 4 ustawy o VAT, w jego brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2005r., zwolnienie od podatku VAT usług badawczo – rozwojowych stanowiło naruszenie przepisów VI Dyrektywy. Skoro powyższe usługi stanowiły czynność opodatkowaną w świetle Dyrektywy, stronie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego związanego z tymi usługami w oparciu o bezwarunkowy przepis VI Dyrektywy.

2.2. Minister Finansów wydając indywidualną interpretację uznał stanowisko strony za nieprawidłowe. Powołując się na przepisy art. 5 ust. 1 pkt 1, art. 7 ust. 1, art. 8 ust. 1, art. 41 ust. 1 ustawy o VAT stwierdził, że usługi badawczo – rozwojowe (PKWiU 73) w dniu 1 stycznia 2006 r. zostały wykreślone z zał. nr 4 do ustawy o VAT – wykaz usług zwolnionych od podatku VAT, jednak § 41f ust. 1 i ust. 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970 ze zm.) (dalej: rozporządzenie Ministra Finansów z 27 kwietnia 2004 r.) stanowił, że usługi, które do dnia 31 grudnia 2005 r. korzystały ze zwolnienia od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy, mogły być w dalszym ciągu zwolnione od podatku VAT, nie dłużej jednak niż do dnia 31 grudnia 2007 r., jeżeli 1) były świadczone na podstawie umów zawartych przed dniem 19 września 2005 r. bez uwzględnienia zmian po tym dniu, 2) umowa, o której mowa wyżej została zarejestrowana we właściwym dla podatnika urzędzie skarbowym do dnia 31 stycznia 2006 r.

Organ, wskazując na art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, stwierdził, że skoro świadczone przez stronę usługi badawczo – rozwojowe w dziedzinie techniki i technologii nie były związane z wykonywaniem czynności opodatkowanych – świadczone usługi korzystały do dnia 31 grudnia 2005 r. ze zwolnienia od podatku VAT - stronie nie przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

2.3. Po bezskutecznym wezwaniu Ministra Finansów do usunięcie naruszenia prawa skarżąca w skardze na indywidualną interpretację do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, zarzuciła naruszenie: - art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w zw. z art. 2 i art. 17 ust. 2 VI Dyrektywy przez uznanie, że skarżąca nie miała prawa do odliczenia podatku naliczonego związanego ze świadczeniem w 2005 r. usług badawczo – rozwojowych; - art. 14c § 1 i § 2 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.) (dalej: O.p.) przez dokonanie niepełnej oceny stanowiska skarżącej i niedostateczne jej uzasadnienie w szczególności pominięcie orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej oraz polskich sądów administracyjnych.

2.4. W odpowiedzi na skargę organ podatkowy wniósł o jej oddalenie.

3. Uzasadnienie rozstrzygnięcia Sądu pierwszej instancji

Wojewódzki Sąd Administracyjny skargę uwzględnił. Według Sądu, opisany we wniosku o interpretację stan faktyczny wiązał organ dokonujący interpretacji. Jednakże o kwestii zwolnienia czy też nie danej usługi od podatku VAT nie decyduje klasyfikacja w prawie krajowym, lecz charakter usługi. Zwracał na to uwagę ETS w wyroku z dnia 11 stycznia 2001 r. (w sprawie C-76/99 Komisja przeciwko Republice Francuskiej).

Sąd, odwołując się do obowiązku stosowania prowspólnotowej wykładni prawa, wyraził zdanie, że ustawodawstwo krajowe wprowadzające zwolnienie z VAT, które nie jest objęte zwolnieniem przewidzianym w VI Dyrektywie ani potwierdzone zgodnie z wyjątkiem przewidzianym przez tę Dyrektywę, stanowi naruszenie art. 2 VI Dyrektywy (wyrok ETS z dnia 20 czerwca 2002 r., sprawa C-287/00, Komisja Wspólnot Europejskich przeciwko Niemcom). Wskazał, że zwolnienia nie przewidziane w tytule X VI Dyrektywy nie mogą być wprowadzane mocą jednostronnej decyzji państwa członkowskiego, nawet wówczas, gdy są one skonstruowane tak, aby wyeliminować jakikolwiek wpływ na dochody własne (sprawa C-203/87 – wyrok Trybunału z dnia 21 lutego 1989 r., Komisja Wspólnot Europejskich przeciwko Włochom). Mimo że początkowa część art. 13 część A ust. 1 VI Dyrektywy wskazuje, że to Państwa Członkowskie określą warunki stosowania zwolnień w celu zapewnienia prawidłowego i jednoznacznego stosowania zwolnień oraz zapobieżenia unikaniu lub uchylaniu się od opodatkowania, nie mogą one wpływać na sposób określania przedmiotu przewidzianych zwolnień (sprawa C-124/96 Komisja Wspólnot Europejskich przeciwko Królestwu Hiszpanii). Ponadto analiza orzeczeń ETS dotyczących zwolnień pozwala stwierdzić, że w celu rozstrzygnięcia czy konkretna usługa jest objęta zwolnieniem należy ocenić charakter usługi oraz badać czy zastosowanie wobec niej przepisu nie będzie sprzeczne z celem zwolnienia (por. orzeczenia ETS powołane w publikacji A. Bącal, D. Dominik, M. Militz i M. Bacal "Orzecznictwo ETS a polska ustawa o VAT", Unimex. s. 271 i nast.).

Odnosząc przywołane stanowiska do przedmiotowej sprawy, Sąd pierwszej instancji podniósł, że przepisy krajowe usługi badawczo – rozwojowe na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 1 w zw. z poz. 5 załącznika nr 4 do ustawy o podatku VAT traktują jako zwolnione od podatku od towarów i usług. Zdaniem Sądu, regulacja w tym zakresie pozostaje w sprzeczności z unormowaniami zawartymi w art. 13-16 VI Dyrektywy. Polski ustawodawca wprowadził zwolnienie, którego obecnie obowiązująca, jak i poprzednio obowiązująca Dyrektywa, nie przewidują. W świetle zarówno orzecznictwa polskiego jak i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości nie budzi wątpliwości, że zwolnienia określone w przepisach wspólnotowych obejmujących podatki zharmonizowane należy interpretować ściśle, a odzwierciedleniem tego jest stanowisko wyrażone w orzeczeniu ETS z dnia 20 czerwca 2002 r. (C-287/00, Komisja przeciwko Republice Federalnej Niemiec). W sytuacji, która występuje w podlegającej kontroli sprawie, a więc zawartego w § 41f ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów, zwolnienia z VAT czynności badawczo – rozwojowych, które nie jest objęte zwolnieniem przewidzianym ani potwierdzonym wyjątkiem w VI Dyrektywie, zwolnienie to stanowi naruszenie art. 2 VI Dyrektywy, jest więc sprzeczne z prawem wspólnotowym. Polski ustawodawca dokonał więc wadliwej implementacji przepisów VI Dyrektywy, obecnie Dyrektywy 2006/112/WE, na grunt polskiego sytemu prawnego i wadliwość ta w efekcie prowadzić musi do bezskuteczności regulacji zawartej w § 41f ust.1 i 2 rozporządzenia.

W sytuacji niezgodności polskiej regulacji zawartej w przepisach aktów podustawowych z uregulowaniami wspólnotowymi sądy mogą pominąć treść aktu podustawowego, obowiązuje bowiem w stosowaniu prawa bezpośrednia skuteczność przepisów dyrektywy. Podatnik, jak to zrobiła w rozpoznawanej sprawie strona skarżąca, może powołać się na przepis dyrektywy w celu zakwestionowania sprzecznych z nią przepisów prawa krajowego. Wprowadzenie niezgodnego z prawem wspólnotowym zwolnienia nie może bowiem pozbawiać podatnika prawa do odliczenia także poprzez konieczność dokonania korekty podatku naliczonego i zmniejszenie pierwotnej kwoty odliczenia, co naruszałoby zasadę neutralności VAT - Sąd pierwszej instancji wskazał w tym zakresie na orzeczenia sądów administracyjnych.

Sąd, przywołując wyrok ETS w sprawie C-150/99 (Stockholm Lindopark) skonstatował, że mimo, iż przepisy polskie wprowadzają zwolnienie z podatku VAT dla czynności badawczo - rozwojowych, skoro na gruncie przepisów VI Dyrektywy podlegają one opodatkowaniu, podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego. Prawo takie wynika bowiem bezpośrednio z przepisu art. 17 (2) VI Dyrektywy (art. 168 Dyrektywy 112), który w sposób wystarczająco jasny, precyzyjny i bezwarunkowy przyznaje podatnikom prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z towarami i usługami służącymi do wykonywania czynności opodatkowanych.

Sąd przypomniał, że państwo członkowskie nie może powoływać się na przepisy dyrektywy, jeżeli nie implementowało ich do krajowego porządku prawnego lub uczyniło to w sposób wadliwy. W związku z powyższym podatnicy, którzy zastosują się do wiążącego ich przepisu prawa krajowego, tj. § 41f ust. 1 rozporządzenia i potraktują czynności badawczo - rozwojowe jako zwolnione z podatku VAT w konsekwencji czego nie odprowadzą należnego podatku, nie będą mogli być zobowiązani do opodatkowania tej czynności z uwagi na odpowiednie przepisy prawa wspólnotowego. Organy skarbowe nie będą bowiem uprawnione do powołania się na nieprawidłowe zaimplementowanie przepisów VI Dyrektywy i żądanie zapłaty podatku należnego od tych czynności.

Podsumowując podkreślił, że zwolnienie przewidziane w poz. 5 załącznika nr 4, w zw. z art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT dotyczące usług badawczo – rozwojowych należy interpretować nie w kontekście powoływanej przez organy podatkowe klasyfikacji statystycznej lecz w duchu i brzmieniu przepisów VI Dyrektywy. Tym samym, zdaniem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego zaskarżona interpretacja została wydana z naruszeniem art. 86 ust. 1 ustawy o VAT oraz art. 2, art. 17 (2) Dyrektywy jak też przepisów tej dyrektywy odnoszących się do katalogu czynności zwolnionych z podatku (art. 13, art. 28 (3)(b)).

4. Skarga kasacyjna

4.1. W skardze kasacyjnej Ministra Finansów (organ upoważniony – Dyrektor Izby Skarbowej w P.), zaskarżono powyższy wyrok w całości, zarzucając naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: art. 5 ust. 1 pkt 1, art. 7 ust. 1, art. 8 ust. 1, art. 41 ust. 1, art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, par 41f ust. 1 – 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. poprzez uznanie, że skarżąca spółka miała prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego związanego z usługami badawczo – rozwojowymi świadczonymi w okresie od stycznia do maja 2005 r., gdy stosowała do tych usług zwolnienie z opodatkowania VAT i od czerwca do grudnia 2005 r. kiedy usługi były przez stronę opodatkowane podatkiem VAT.

4.2. Wskazując na powyższe podstawy wniesiono o: - uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu; zasądzenie od skarżącej na rzecz organu podatkowego kosztów postępowania według norm przepisanych.

5. Odpowiedź na skargę kasacyjną

W odpowiedzi na skargę kasacyjną, sporządzonej przez pełnomocnika skarżącej, wniesiono o: - odrzucenie skargi kasacyjnej, na podstawie art. 180 w zw. z art. 178 i art. 176 u.p.p.s.a., z uwagi na niedopuszczalność skargi kasacyjnej niezawierającej sprecyzowania przytoczonej podstawy kasacyjnej; ewentualnie oddalenie skargi kasacyjnej.

6. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

Skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.

W sprawie autor skargi kasacyjnej zarzucił Sądowi pierwszej instancji naruszenie art. 5 ust. 1 pkt 1, art. 7 ust. 1, art. 8 ust. 1, art. 41 ust. 1, art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, par 41f ust. 1 – 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. W oparciu o wskazane regulacje kwestionuje uznanie przez Wojewódzki Sąd Administracyjny, że skarżąca spółka miała prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego związanego z usługami badawczo – rozwojowymi świadczonymi w okresie od stycznia do maja 2005r., gdy stosowała do tych usług zwolnienie z opodatkowania VAT i od czerwca do grudnia 2005 r. kiedy usługi były przez stronę opodatkowane podatkiem VAT.

Zdaniem Naczelnego Sadu Administracyjnego, Sąd pierwszej instancji dokonał prawidłowej wykładni przywołanych wyżej przepisów. Wbrew bowiem argumentacji autora skargi kasacyjnej, należy w pełni podzielić stanowisko Sądu co do wykładni przepisów prawa krajowego w powiązaniu z regulacjami wynikającymi z prawa wspólnotowego. Z dniem uzyskania przez Rzeczpospolitą Polską członkostwa w Unii Europejskiej prawo wspólnotowe stało się "integralną częścią" polskiego porządku prawnego. Prowspólnotowa wykładnia prawa państwa członkowskiego polega w pierwszym rzędzie na tym, że organy państwa członkowskiego są obowiązane interpretować przepisy prawa wewnętrznego w "świetle brzmienia i celów" dyrektywy, która nie wywołuje skutku bezpośredniego. W orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej: TSUE) wielokrotnie wskazywano na możliwość bezpośredniego stosowania art. 13 oraz 17 VI Dyrektywy. Trybunał podkreślał, że mimo dużej swobody państw we wdrażaniu norm VI Dyrektywy do ustawodawstwa krajowego obywatele mogą bezpośrednio powoływać się na przepisy dyrektyw przed sądem krajowym przeciwko państwu członkowskiemu, jeśli przepisy te są wystarczająco jasne, precyzyjne i bezwarunkowe ( por. orzeczenie z dnia 20 października 1993 r., C-10/92, z dnia 6 lipca 1995 r. C-62/93).

W przepisach tytułu X VI Dyrektywy wyszczególniono zwolnienia w podatku od wartości dodanej. Art. 13 tytułu X VI Dyrektywy wskazuje na zwolnienia dotyczące dostawy towarów i świadczenia usług na terytorium Państwa Członkowskiego. Zwolnienia wyszczególnione w art. 13 VI Dyrektywy podzielone zostały na dwie zasadnicze grupy, a to w części A tego przepisu przewidziano zwolnienia niektórych czynności wykonywanych w interesie publicznym. Zwolnienia te istniały w większości Państw Członkowskich w momencie uchwalania Dyrektywy, są one związane m. in. z usługami pocztowymi, opieką medyczną i zdrowotną, usługami edukacyjnymi, wychowaniem fizycznym oraz z usługami świadczonymi przez podmioty prowadzące działalność o charakterze społecznym, kulturalnym lub edukacyjnym. Pozostałe zwolnienia wymienione zostały w części B omawianego przepisu i związane są z transakcjami finansowymi (ubezpieczeniowymi, bankowymi) oraz ubezpieczeniami dotyczącymi nieruchomości. Natomiast część C zawiera przepisy przewidujące udzielenie przez Państwa Członkowskie podatnikom prawa wyboru opodatkowania transakcji związanych z wynajmem i dzierżawą nieruchomości oraz transakcji finansowych wymienionych w części B(d), (g) i (h). Sąd pierwszej instancji prawidłowo zauważył przy tym, że poza przepisem art. 13 VI Dyrektywy do czasowego utrzymania zwolnień z podatku VAT w narodowych legislacjach, w odniesieniu do krajowych dostaw towarów i usług – do czynności wymienionych w załączniku F, na mocy art. 28(3)(b) upoważnione zostały Państwa Członkowskie, mimo, że czynności te nie zostały wymienione w art. 13. Odnosi się to jedynie do zwolnień obowiązujących w poszczególnych Państwach Członkowskich przed wprowadzeniem VI Dyrektywy.

Dokonując lektury zwolnień z art. 13 VI Dyrektywy, zgodzić się należy z Sądem pierwszej instancji, że przepisy krajowe, tj. art. 43 ust. 1 pkt 1 w zw. z poz. 5 załącznika nr 4 do ustawy o VAT oraz par 41f ust. 1-2 rozporządzenia pozostawały w sprzeczności z unormowaniami zawartymi w dziale X VI Dyrektywy. Przepisy prawa krajowego, co nie jest kwestionowane w sprawie, traktowały usługi badawczo - rozwojowo jako zwolnione z podatku VAT, zaś przepisy VI Dyrektywy jak i obecnie obowiązującej Dyrektywy nie przewidują takiego zwolnienia. Konstatacja taka jest tym bardziej uprawniona, gdy zważy się, że zwolnienia określone w przepisach wspólnotowych obejmujących podatki zharmonizowane należy interpretować ściśle. W wyroku TSUE z 14 grudnia 2006 r. w sprawie C-401/05 VDP Dental Laboratory NV przeciwko Staatssecretaris van Financiën stwierdzono, że: "Pojęcia używane do określenia zwolnień, o których mowa w art. 13 szóstej dyrektywy Rady, należy interpretować ściśle, zważywszy, że zwolnienia te stanowią odstępstwa od ogólnej zasady, zgodnie z którą podatek VAT pobierany jest od każdej dostawy towarów lub usługi świadczonej odpłatnie przez podatnika.

W tej sytuacji zasadnie Sąd pierwszej instancji przywołał stanowisko zawarte w wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w sprawie C-150/99 Stockholm Lindöpark AB (publ. LEX nr 83104, ECR 2001/1/I-00493), w którym stwierdzono, że “Wprowadzenie ogólnego zwolnienia od podatku od wartości dodanej (...), w przypadku gdy żadne takie zwolnienie nie jest wymienione w art.13 szóstej dyrektywy stanowi poważne naruszenie prawa wspólnotowego, które daje podstawy do odpowiedzialności odszkodowawczej Państwa Członkowskiego. Uwzględniając jasne sformułowania dyrektywy, Państwo Członkowskie nie było uprawnione do podejmowania decyzji prawodawczych i dysponowało znacznie ograniczoną bądź nie dysponowało żadną swobodą uznania (pkt 40, 42 ). Postanowienia art. 17 ust.1 i 2 szóstej dyrektywy ustanawiające warunki będące podstawą oraz zakres prawa do odliczeń, w związku z postanowieniami art. 2, 6 ust. 1 i 13 (B) lit. b, są dostatecznie jasne, dokładne i bezwarunkowe, by jednostka mogła się na nie powołać w sporze przeciwko Państwu Członkowskiemu przed sądem krajowym ( pkt 33)".

W glosie aprobującej do tego wyroku stwierdzono, że "sytuacja, w której dane państwo członkowskie odebrało podatnikowi prawo do odliczenia w sposób sprzeczny z dyrektywą, uprawnia go do powołania się na przepisy dyrektywy i odliczenia VAT na tej podstawie (względnie do otrzymania odszkodowania od państwa w związku z nieodliczeniem VAT). W świetle glosowanego wyroku dotyczy to nie tylko bezpośredniego ograniczenia lub wyeliminowania prawa do odliczenia, ale także niesłusznego zwolnienia z VAT, które poprzez ogólną klauzulę odliczalności podatku związanego z czynnościami opodatkowanymi działa w ten sam sposób, tzn. eliminuje prawo do odliczenia. Prawo do odliczenia VAT naliczonego na zakupach, przyznane przez Trybunał w takich sytuacjach na podstawie dyrektywy, nie oznacza obowiązku wykazania podatku należnego z (niesłusznie zwolnionej) sprzedaży. Obowiązek prawidłowej implementacji przepisów dyrektywy ciąży bowiem na państwach członkowskich i o ile podatnik może powoływać się wprost na dyrektywę, o tyle nie ma takiego uprawnienia już aparat administracyjny państwa. Opodatkowania nie można bowiem domniemywać i żaden kraj członkowski nie może nakładać opodatkowania z ominięciem regulacji krajowych, bazując wprost na dyrektywie. Zaniedbanie państwa nie może obracać się przeciw podatnikowi. Z tej jednostronności wynika paradoksalna z punktu widzenia konstrukcyjnych zasad VAT - ale zaistniała i możliwa - sytuacja, w której podatnik wykonuje czynności zwolnione z VAT (bo przepis krajowy nakazuje zastosowanie zwolnienia), jednocześnie mając prawo do odliczenia (na podstawie dyrektywy). Paradoks ten wynika z hierarchii norm - uprawnienie do powoływania się podatników na dyrektywę dla uzasadnienia ich praw jest istotniejsze niż ogólny warunek odliczenia w postaci istnienia związku podatku naliczonego ze sprzedażą opodatkowaną" ( W. Varga, Glosa do wyroku ETS z dnia 18 stycznia 2001 r., C-150/99, publ. LEX/el 2009). Przedstawione stanowisko było już wyrażane w orzecznictwie sądowoadministracyjnym. Podzielono je w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 1 października 2010r., sygn. akt I FSK 1591/09, co i tut. Sąd w pełni aprobuje.

Mając na uwadze powyższe rozważania, zgodzić się należało z Sądem pierwszej instancji, że skarżąca spółka miała prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego związanego z usługami badawczo – rozwojowymi świadczonymi w okresie od stycznia do maja 2005 r., gdy stosowała do tych usług zwolnienie z opodatkowania VAT i od czerwca do grudnia 2005 r. kiedy usługi były przez stronę opodatkowane podatkiem VAT. Mimo, że przepisy polskie wprowadzają zwolnienie z podatku VAT dla czynności badawczo - rozwojowych, skoro na gruncie przepisów VI Dyrektywy podlegają one opodatkowaniu, podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego. Prawo takie wynika bowiem bezpośrednio z przepisu art. 17 (2) VI Dyrektywy (art. 168 Dyrektywy 112), który w sposób wystarczająco jasny, precyzyjny i bezwarunkowy przyznaje podatnikom prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z towarami i usługami służącymi do wykonywania czynności opodatkowanych.

Z tych względów Naczelny Sąd Administracyjny, działając na podstawie art. 184 oraz art. 204 pkt 2 u.p.p.s.a. - orzekł jak w sentencji wyroku.