Wyrok WSA w Krakowie, sygn. akt III SA/Kr 1536/11
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie
Data orzeczenia: 2012-10-09 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6559
Hasła tematyczne: Środki unijne
Skarżony organ: Zarząd Województwa
Treść wyniku: uchylono zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą
Powołane przepisy: article: Art. 3, art. 134 par. 1, art. 135, art. 145 par. 1 pkt 1 lit. c, art. 152, art. 153, art. 200, art. 209
journal: Dz.U. 2012 poz 270
law: Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - tekst jednolity.
article: Art. 1 par. 2, art. 4
journal: Dz.U. 2002 nr 153 poz 1269
law: Ustawa z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych.
article: Art. 5 pkt 6, art. 26 ust. 1, ust. 2, art. 30b ust. 4, art. 30c ust. 1, ust. 3 pkt 1, art. 30d, art. 31 ust. 1, art. 35 ust. 3 pkt 4a, art. 37
journal: Dz.U. 2009 nr 84 poz 712
law: Ustawa z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju - tekst jednolity
article: Art. 60 pkt 6, art. 61 ust. 1 pkt 1, ust. 4, art. 67, art. 207 ust. 1, ust. 4, ust. 5, ust. 8-12
journal: Dz.U. 2009 nr 157 poz 1240
law: Ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych.
article: Art. 86 ust. 1, art. 90
journal: Dz.U. 2011 nr 177 poz 1054
law: Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług - tekst jednolity
article: Art. 7, art. 77, art. 80, art. 81, art. 107 par. 3
journal: Dz.U. 2000 nr 98 poz 1071
law: Ustawa z dnia 14 czerwca 1960 r.- Kodeks postępowania administracyjnego - tekst jednolity
article: Art. 18 ust. 1, art. 31 ust. 1, art. 41 ust. 1
journal: Dz.U. 2001 nr 142 poz 1590
law: ustawa z dnia 5 czerwca 1998    r. o samorządzie województwa - tekst jednolity
article: Art. 87 ust. 1, ust. 2, art. 91 ust. 1, ust. 3, art. 92 , art. 178 ust. 1
journal: Dz.U. 1997 nr 78 poz 483
law: Konstytucja Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. uchwalona przez Zgromadzenie  Narodowe w dniu 2 kwietnia 1997 r., przyjęta przez Naród w referendum konstytucyjnym w dniu  25 maja 1997 r., podpisana przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej w dniu 16 lipca 1997 r.
journal: Dz.U.UE.L 2006 nr 210 poz 25 Art. 56 ust. 3, ust. 4
law: ROZPORZĄDZENIE RADY (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiające przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu  Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1260/1999

SENTENCJA

Sygn. akt III SA/Kr 1536/11 | | W Y R O K W IMIENIU RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ Dnia 9 października 2012 r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, w składzie następującym:, Przewodniczący Sędzia WSA Bożenna Blitek (spr.), Sędziowie WSA Dorota Dąbek, WSA Maria Zawadzka, , Protokolant Urszula Bukowiec, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 9 października 2012 r., sprawy ze skargi Zespołu Opieki Zdrowotnej w Suchej Beskidzkiej, na decyzję Zarządu Województwa Małopolskiego, z dnia 20 października 2011 r. nr FE.3042/105-4/08, w przedmiocie zwrotu dotacji rozwojowej udzielonej umową o dofinansowanie projektu I. uchyla zaskarżoną decyzję wraz z poprzedzającą ją decyzją z dnia 21 lipca 2011 r. Nr FE.3042/105-4/08, II. orzeka, że uchylone decyzje nie mogą być wykonane, III. zasądza od Zarządu Województwa Małopolskiego na rzecz strony skarżącej Zespołu Opieki Zdrowotnej w Suchej Beskidzkiej kwotę 457 zł (słownie: czterysta pięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania.


UZASADNIENIE

Decyzją z dnia 20 października 2011 r. Nr FE.3042/105-4/08 Zarząd Województwa Małopolskiego, w wyniku wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy, utrzymał w mocy decyzję w sprawie zwrotu dotacji rozwojowej wydaną przez ten Zarząd w dniu 21 lipca 2011 r. Nr FE.3042/105-4/08, zobowiązującą Zespół Opieki Zdrowotnej w Suchej Beskidzkiej z siedzibą w Suchej Beskidzkiej jako Beneficjenta, do zwrotu dofinansowania otrzymanego ze środków europejskich.

Jako podstawę prawną powyższej decyzji wskazano przepisy art. 25 pkt 1 i art. 26 ust. 1 pkt 15 ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. z 2009 r. Nr 84, poz.712 z późn. zm.) oraz art. 211 ust. 11 pkt 1 i 2 i ust. 4b ustawy z dnia 30 czerwca 2005 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2005 r. , Nr 249, poz. 2104 z późn. zm.) w zw. z art. 113 ust. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. – Przepisy wprowadzające ustawę o finansach publicznych (Dz. U. Nr 157 poz. 1241 z późn. zm.).

Z uzasadnienia decyzji Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 20 października 2011 r. wynika, że wydana została w następujących okolicznościach:

W dniu 29 grudnia 2008 r. pomiędzy Zarządem Województwa Małopolskiego jako Instytucją Zarządzającą Małopolskim Regionalnym Programem Operacyjnym na lata 2007 – 2013 (dalej MRPO) a Zespołem Opieki Zdrowotnej w Suchej Beskidzkiej jako Beneficjentem została zawarta umowa Nr MRPO.06.03.01-12-105/08-00-IXA/798/FE/4470/08 o dofinansowanie projektu pod nazwą: "Modernizacja Oddziału Anestezjologii i Intensywnej Terapii, Bloku Operacyjnego oraz Centralnej Sterylizacji wraz z zakupem aparatury medycznej" w ramach Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2007 – 2013, Oś Priorytetowa 6. Spójność wewnątrzregionalna, Działanie 6.3 Poprawa bezpieczeństwa mieszkańców, w tym socjalnego i zdrowotnego, Schemat A: Ochrona zdrowia, współfinansowanego z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego.

Decyzją z dnia 21 lipca 2011 r. nr FE.3042/105-4/08 Zarząd Województwa Małopolskiego (dalej: ZW lub IZ) zobowiązał Zespół Opieki Zdrowotnej w Suchej Beskidzkiej (stronę skarżącą) do zwrotu dofinansowania otrzymanego ze środków europejskich udzielonego powyższą umową z dnia 29 grudnia 2008 r. w wysokości 255.970,95 zł wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych począwszy od dnia przekazania środków na rachunek Beneficjenta, tj. od dnia 15 czerwca 2009 r. do dnia zwrotu – w terminie 14 dni od dnia doręczenia decyzji.

Na uzasadnienie decyzji z dnia 21 lipca 2011 r. wskazano, że zgodnie z § 7 ust. 1 umowy o dofinansowanie nr MRPO.06.03.01-12-105/08-00-IXA/798/FE/4470/08, wydatki kwalifikowane poniesione w ramach projektu muszą spełniać wymogi określone w dokumentach, o których mowa w § 1 pkt 13 i 14 oraz § 5a ust. 30 umowy, a wydatki poniesione z naruszeniem warunku określonego § 7 ust. 1 podlegają zwrotowi na zasadach określonych w § 6 tej umowy. Instytucja Zarządzająca (IZ) podała, że przypisane do zwrotu kwoty stanowiły transzę dofinansowania przekazanego w formie zaliczki otrzymanej przez Beneficjenta w dniu 15 czerwca 2009 r. Podano, że na podstawie "Podręcznika kwalifikowania wydatków" - w wersji obowiązującej do dnia 7 grudnia 2010 r. - w sytuacji, jeżeli istnieje możliwość odzyskania chociaż niewielkiej części podatku VAT w ramach wydatków kwalifikowanych realizowanego Projektu, to Beneficjent nie może zaliczyć podatku VAT do wydatków kwalifikowanych i w związku z tym – przy ustaleniu, że Beneficjent miał możliwość częściowego odzyskania podatku VAT - wydatki poniesione na niekwalifikowany VAT podlegają zwrotowi w wysokości 217 743,36 zł, które to środki należy zwrócić wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych począwszy od dnia przekazania środków na rachunek Beneficjenta, tj. od dnia 15 czerwca 2009 r. do dnia zwrotu tych środków. Ponadto – jak zaznaczono w decyzji – Beneficjent jako Zamawiający, w związku z licznymi zapytaniami do SIWZ zmienił termin składania ofert i zmiana ta nie została opublikowana w Biuletynie Zamówień Publicznych, co stanowi naruszenie procedur i skutkuje nałożeniem 5% korekty finansowej. Powoduje to uznanie, że kwota dotacji rozwojowej wykorzystana z naruszeniem § 7 ust. 1 umowy o dofinansowanie projektu wynosi 38 277,59 zł, którą to kwotę także należy zwrócić wraz z odsetkami liczonymi jak dla zaległości podatkowych począwszy od dnia przekazania środków na rachunek Beneficjenta, tj. od dnia 15 czerwca 2009 r. do dnia zwrotu tych środków. Obie kwoty stanowią łącznie kwotę 255 970,95 zł orzeczoną do zwrotu w sposób wskazany - jako dotację wykorzystaną z naruszeniem procedur oraz wykorzystaną niezgodnie z przeznaczeniem.

Strona skarżąca skorzystała z prawa do złożenia wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy. We wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy (zatytułowanego "odwołanie") z dnia 16 sierpnia 2011 r. strona skarżąca prezentowała stanowisko, że za wydatek niekwalifikowany powinna być uznana tylko ta część podatku VAT, która może być odzyskana w oparciu o przepisy krajowe (wskazując kwoty podatku VAT, które mogły być odzyskane), a pozostała część podatku ma charakter wydatku kwalifikowanego, gdyż nie może być odzyskana. Na poparcie swojego stanowiska strona skarżąca powoływała się na dokonaną przez Zarząd Województwa Małopolskiego - od dnia 7 grudnia 2010 r. - zmianę "Podręcznika Kwalifikowania Wydatków", w wyniku której jednoznacznie za wydatek niekwalifikowany uznaje się tylko tę część podatku VAT, która może być odzyskana. Zdaniem skarżącej, poprzednie stanowisko, że możliwość odzyskania nawet niewielkiej części VAT uniemożliwia zaliczenie całego podatku do wydatku kwalifikowanego, nie dawało się wywieść z tego Podręcznika i było ono sprzeczne z zasadą równego traktowania beneficjentów. Zdaniem skarżącej, właściwą podstawę rozpatrzenia sprawy powinien stanowić Podręcznik Kwalifikowania Wydatków obowiązujący od 7 grudnia 2010 r. i przy zastosowaniu przewidzianych Załącznikiem Nr 1 "Zasad kwalifikowania podatku VAT dla projektów realizowanych w ramach MRPO". Zdaniem skarżącej, dokonana w dniu 7 grudnia 2010 r. "aktualizacja" Podręcznika Kwalifikowania Wydatków dowodzi, że dostrzeżono błąd, tj. niejednoznaczność regulacji w tej kwestii doprecyzowując tę kwestię poprzez jednoznaczne wyodrębnienie podatku VAT, który może być odzyskany w części, będąc w tej wysokości wydatkiem niekwalifikowanym, a w pozostałej części – a contrario – należący do wydatków kwalifikowanych i z tego względu nie podlegających zwrotowi.

W zaskarżonej decyzji z dnia 20 października 2011 r. Nr FE.3042/105-4/08 Zarząd Województwa Małopolskiego Zarząd Województwa Małopolskiego uznał zarzuty strony skarżącej za bezpodstawne. Wskazując na przepis art. 25 pkt 1 i art. 26 ust. 1 pkt 15 ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju – (zwanej dalej ustawą z.p.p.r.), podkreślono, że to Zarząd Województwa ma przymiot Instytucji Zarządzającej, do której kompetencji należy m.in. odzyskiwanie kwot podlegających zwrotowi, ale także przygotowanie projektu regionalnego programu operacyjnego i jego wykonanie. Podkreślono, że na podstawie zapisów Podręcznika Kwalifikowania Wydatków w wersji obowiązującej do dnia 7 grudnia 2010 r. Beneficjent nie mógł zaliczyć podatku VAT do katalogu wydatków kwalifikowanych, jeżeli istniała możliwość odzyskania chociaż niewielkiej części podatku VAT w ramach wydatków kwalifikowanych realizowanego Projektu. Zarazem Zarząd Województwa Małopolskiego zajął stanowisko, że nowe uregulowanie w zakresie kwalifikowania podatku VAT, przyjęte uchwałą Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 7 grudnia 2010 r., w myśl którego jako kwalifikowana uznana jest ta część podatku VAT, która prawnie nie może zostać odzyskana, a wydatkiem niekwalifikowanym jest ta część podatku VAT, który może zostać odzyskany w oparciu o przepisy krajowe, nie mogło mieć zastosowania do strony skarżącej. Podkreślono, że z zapisów Części I. Zasady Ogólne. Podręcznika Kwalifikowania Wydatków jednoznacznie wynika, że zasadę stosowania na danym etapie oceny wydatku korzystniejszych reguł kwalifikowania wydatków niż na dzień ogłoszenia informacji o konkursie, nie stosuje się wstecz – czyli w odniesieniu do już zatwierdzonych wydatków we wnioskach o płatności. Wskazano także że zapisy ujęte w Załączniku Nr 1 mają zastosowanie do sytuacji odmiennej – kiedy podatek VAT jest w całości wydatkiem kwalifikowanym, ale w trakcie realizacji projektu zaistnieje prawna możliwość odzyskania go w całości lub w części. W przedmiotowej sprawie prawna możliwość odzyskania podatku VAT istniała już uprzednio tj. od początku realizacji projektu i w związku z tym zasady Załącznika Nr 1 nie mają zastosowania. Podniesiono, że wnioski o płatność, których dotyczy zwrot dofinansowania zostały zatwierdzone w dniu 6 listopada 2009 r. oraz w dniu 2 marca 2010 r. i rozliczone przed dniem 7 grudnia 2010 r., a więc na dzień weryfikacji wniosków istniał obowiązek uznania w całości za niekwalifikowane wydatków, co do których istniała możliwość odzyskania chociaż niewielkiej części podatku VAT. Instytucja Zarządzająca odniosła się także do zarzutu, według którego zmiana brzmienia Podręcznika od dnia 7 grudnia 2010 r. dowodzi dostrzeżenia błędu. W zakresie tym wskazano, że Instytucja Zarządzająca w celu prawidłowego i skutecznego wdrożenia zmuszona jest do zmiany lub doprecyzowania zapisów, wobec okoliczności wynikających z dotychczasowej praktyki realizacji projektów. Te względy spowodowały doprecyzowanie zapisów przez co możliwe stało się uznanie podatku VAT za koszt kwalifikowany jedynie w tej części, w której Beneficjent nie ma prawnej możliwości jego "odzyskania". Zwrócono uwagę, ze ogólne zasady kwalifikowalności wydatków zostały określone w art. 56 Rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 i zgodnie z ust. 4 tego artykułu zasady kwalifikowalności wydatków ustanawia się na poziomie krajowym, z zastrzeżeniem wyjątków przewidzianych w tym Rozporządzeniu. Podkreślono, że to do Instytucji Zarządzającej należy określenie kryteriów kwalifikowalności wydatków objętych dofinansowaniem w ramach programu operacyjnego. Stwierdzono, że oparciu o te przepisy ustawy oraz w oparciu o krajowe wytyczne dotyczące kwalifikowania wydatków w ramach funduszy strukturalnych oraz Funduszu Spójności w okresie programowania 2007-2013, Instytucja Zarządzająca MRPO opracowała "Podręcznik Kwalifikowania Wydatków objętych dofinansowaniem w ramach MRPO na lata 2007-2013", który zawiera wiążące wytyczne w zakresie kwalifikowania wydatków. Zarząd Województwa zajął stanowisko, że zapis podręcznika kwalifikowania wydatków w wersji obowiązującej do dnia 7 grudnia 2010 r. był jednoznaczny i nie dawał możliwości odmiennej interpretacji, a zawierając umowę Beneficjent zobowiązał się przy realizacji Projektu m.in. ponosić wydatki zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa, wytycznymi, zaleceniami i procedurami przewidzianymi w ramach Programu. Zdaniem Zarządu Województwa, Beneficjent zignorował uregulowanie Podręcznika Kwalifikowania Wydatków, gdyż mając świadomość, że ma prawną możliwość odzyskania podatku VAT przyjął, iż koszt ten będzie stanowił wydatek kwalifikowany, podczas gdy dla rozstrzygnięcia kwestii kwalifikowalności podatku VAT liczyła się prawna możliwość jego odzyskania w całości lub w części, a nie faktyczna możliwość jego odzyskania z powodu nie prowadzenia odpowiedniej ewidencji. Zdaniem Zarządu Województwa, zastosowanie powyższych zasad uwzględnia zasadę równego dostępu do pomocy wszystkich kategorii beneficjentów i nie narusza przejrzystości stosowanych reguł, co uzasadniało rozstrzygnięcie zawarte w decyzji.

Skargę na powyższą decyzję z wnioskiem o jej uchylenie wraz z decyzję poprzedzającą wniósł Zespół Opieki Zdrowotnej w Suchej Beskidzkiej, który w skardze zarzucił:

1. Naruszenie przepisów prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, tj.:

- art. 7 ust. 1 lit. d) Rozporządzenia (WE) nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 5 lipca 2006 w sprawie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i uchylającego Rozporządzenie (WE) nr 1783/1999 poprzez jego niezastosowanie, czego skutkiem było błędne uznanie, że wydatki poniesione przez skarżącego na podatek VAT w ramach realizacji Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2007-2013 nie stanowią wydatków kwalifikowalnych.

2. Naruszenie przepisów postępowania (mające istotny wpływ na wynik sprawy), tj.:

- art. 9, art. 11 i art. 107 § 3 k.p.a. przez dowolność w wydaniu decyzji na skutek niedostatecznego jej uzasadnienia poprzez niewskazanie przez organ podstawy prawnej rozstrzygnięcia, tj. brak jej wyjaśnienia wraz z przytoczeniem przepisów prawnych.

Uzasadniając zarzuty podniesiono, że zaskarżona decyzja wydana została wyłącznie w oparciu o Podręcznik w wersji obowiązującej do dnia 7 grudnia 2010 r. Na jego podstawie organ niesłusznie przyjął, że - w sytuacji, kiedy istnieje możliwość odzyskania chociaż niewielkiej części podatku VAT w ramach wydatków na realizację projektu, to Beneficjent nie może w ogóle (w całości) zaliczyć poniesionego podatku VAT do katalogu wydatków kwalifikowanych, także i w tej części, w której Beneficjent nie ma możliwości odzyskania VAT. Strona skarżąca nie zgodziła się z twierdzeniem organu, że przyjęta zasada, według której możliwość odzyskania chociaż niewielkiej części VAT powoduje niekwalifikowalność tych wydatków w całości, wynika w sposób jednoznaczny z powyższego Podręcznika. Wskazała, że przyjęta reguła stoi w istotnej sprzeczności z treścią Art. 7 ust. 1 lit. d) Rozporządzenia (WE) nr 1080/2006, co wskazuje na niedopuszczalną dowolność postępowania organu tak przy opracowaniu Podręcznika Kwalifikowania Wydatków, jak i przy jego stosowaniu. Zdaniem skarżącego, wątpliwości te dostrzegł sam organ, o czym świadczy aktualizacja Podręcznika Kwalifikowania Wydatków z dnia 7 grudnia 2010 r. doprecyzowująca te kwestie poprzez jednoznaczne wyodrębnienie podatku VAT, który może być odzyskany w części, będąc tylko w tej wysokości wydatkiem niekwalifikowanym. Stąd – zdaniem strony skarżącej - wypływa a contrario wniosek, że w pozostałej wysokości jest zaliczany do wydatków kwalifikowalnych, a tym samym nie podlega zwrotowi. Zarzucono, że Zarząd Województwa uznał, że regulacja Podręcznika w tej formie nie dotyczy skarżącego, choć już w zmienionej wersji Podręcznik ten dotyczy de facto również projektów w trakcie realizacji. Świadczy o tym treść Załącznika nr 1 do Podręcznika pt. "Zasady kwalifikowania podatku VAT dla projektów realizowanych w ramach MRPO". Zarzucono, że stanowisko Zarządu Województwa, że w przypadku skarżącego nie znajduje zastosowania reguła częściowego tylko uznania za niekwalifikowane wydatków związanych z podatkiem VAT jest oparta na dowolnej interpretacji Podręcznika Kwalifikowanych Wydatków i wbrew przepisom unijnym, które mają walor nadrzędnie obowiązujących. Strona skarżąca wskazała na wspomniany wyżej Art. 7 ust. 1 lit. d) Rozporządzenia (WE) nr 1080/2006, który stanowi, że wydatkiem niekwalifikowalnym do wsparcia z EFRR jest podlegający zwrotowi podatek od towarów i usług (VAT). Zdaniem skarżącej, zapis ten nie budzi żadnych wątpliwości interpretacyjnych, bowiem wyraźnie z niego wynika, że nie chodzi o podatek VAT jako taki, ale wyłącznie o tę jego część, którą beneficjent ma możliwość odzyskać (z tym też wiąże się i stąd wynika zakaz podwójnego finansowania). W pozostałej zatem części może zostać uznany za wydatek kwalifikowalny. W przekonaniu strony skarżącej, wydatkiem niekwalifikowanym mogłaby być wyłącznie ta część podatku VAT, który w oparciu o przepisy krajowe może zostać odzyskany, co dowodzi naruszenia przez Zarząd Województwa Art. 7 ust. 1 lit. d powołanego wyżej Rozporządzenia (WE) Nr 1080/2006. Za podlegający zwrotowi podatek VAT skarżąca uznała jedynie kwoty w wysokości 383 zł oraz 1299 zł, tj. łącznie kwotę 1.682 zł, w połowie dofinansowaną przez organ. Zarzucono dalej, że wydając przedmiotową decyzję organ zaniechał kompletnego jej uzasadnienia, całkowicie pomijając wskazanie podstawy prawnej wydanego rozstrzygnięcia, w tym jej wyjaśnienie z przytoczeniem przepisów prawa, co stanowi o dowolności treści podjętej decyzji oraz o naruszeniu art. 9, art. 11 i art. 107 § 3 k.p.a., a to z kolei miało istotny wpływ na wynik sprawy. Dotyczy to zarówno zaskarżonej decyzji, jak również poprzedzającej ją decyzji z dnia 21 lipca 2011 r., przy czym okoliczności te uniemożliwiły stronie skarżącej pełne zapoznanie się z przesłankami wydanych decyzji, przez co naruszenie to wywarło istotny wpływ na wynik sprawy. Podstawą rozstrzygnięcia decyzji administracyjnej powinny być przepisy prawa powszechnie obowiązującego, a w zaistniałym przypadku organ kwestię tę w zupełności pominął powołując się wyłącznie na opracowany przez siebie Podręcznik Kwalifikowania Wydatków.

Zarząd Województwa Małopolskiego w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie. Podkreślono, że zgodnie z § 7 ust. 1 umowy o dofinansowanie wydatki kwalifikowane poniesione w ramach projektu muszą spełniać wymogi określone w dokumentach wskazanych § 1 pkt 13 i 14 umowy, a poniesione z naruszeniem tego warunku, podlegają zwrotowi na zasadach określonych § 6a umowy. Zarząd Województwa wskazał na podstawowe źródła regulacji dotyczące kwalifikowalności wydatków w ramach Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2007 – 2013 zaliczając do nich: Rozporządzenie Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiające przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1260/1999 (Dz. Urz. UE z dnia 31 lipca 2006 r., L.210/25 z późn. zm. - dalej jako Rozporządzenie Rady (WE) nr 1083/2006), Rozporządzenie Komisji (WE) nr 1828/2006 z dnia 8 grudnia 2006 r. ustanawiające szczegółowe zasady wykonywania Rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1260/1999 (Dz. Urz. UE z dnia 27 grudnia 2006 r., L 371/1 z późn. zm.), Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady nr 1080/2006 z 5 lipca 2006 r. w sprawie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1783/1999 (Dz. Urz. UE z dnia 31 lipca 2006 r, L 210/1 - dalej jako Rozporządzenie (WE) nr 1080/2006) a także Ustawę o zasadach prowadzenia polityki rozwoju z dnia 6 grudnia 2006 r. (t.j. Dz. U. z 2009 r., Nr 84, póz. 712 z późn. zm. – dalej jako ustawa o zasadach prowadzenia polityki rozwoju lub z.p.p.r.). Wskazano, że w kwestiach związanych z kwalifikowalnością podatku VAT należy dodatkowo uwzględnić ustawę z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r., Nr 54, poz. 535 z późn. zm.) oraz Dyrektywę 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej. Zarząd Województwa przytoczył treść art. 56 ust. 3 Rozporządzenia Rady (WE) Nr 1083/2006, w myśl którego wydatki są kwalifikowane do wkładu funduszy wyłącznie wtedy, gdy zostały poniesione w związku z operacjami podjętymi na mocy decyzji instytucji zarządzającej określonym programem operacyjnym lub na jej odpowiedzialność, zgodnie z kryteriami ustalonymi przez komitet monitorujący. Wskazano, że zgodnie z art. 56 ust. 4, zasady kwalifikowalności wydatków ustanawia się na poziomie krajowym, z zastrzeżeniem wyjątków przewidzianych w rozporządzeniach szczególnych dotyczących poszczególnych funduszy. W nawiązaniu do regulacji zawartej w art. 56 ust. 4 wyżej wymienionego Rozporządzenia Rady oraz do przepisu art. 35 ust. 3 pkt 4a ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju powołano się na uregulowanie kwestii kwalifikowalności wydatków na poziomie krajowym w krajowych wytycznych dotyczących kwalifikowania wydatków w ramach funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności w zakresie programowania na lata 2007 – 2013 z dnia 20 kwietnia 2010 r. wydanych przez Ministra Rozwoju Regionalnego. Zdaniem Zarządu Województwa, z Krajowych wytycznych wynika, że instytucja zarządzająca regionalnym programem operacyjnym powinna dodatkowo ustanowić szczegółowe zasady dotyczące kwalifikowania wydatków dla projektów współfinansowanych w ramach danego programu. Podkreślono, że Krajowe wytyczne wyraźnie wskazują, że do współfinansowania nie kwalifikują się wszelkie wydatki wyłączone przez Instytucję Zarządzającą programem operacyjnym (regionalnym programem operacyjnym) przez odpowiednie zapisy wytycznych szczegółowych wyżej wymienionych instytucji. W oparciu o te akty i przepis art. 26 ust.1 pkt 6 ustawy, Zarząd Województwa jako Instytucja zarządzająca MRPO na lata 2007 – 2013, opracowała Podręcznik Kwalifikowania Wydatków, który zawiera wiążące wytyczne w zakresie kwalifikowania wydatków. Z tych względów, zdaniem Zarządu Województwa, nie jest uzasadniony zarzut skarżącego, że Podręcznik Kwalifikowania Wydatków jako samodzielny dokument był oderwany od prawa wspólnotowego i regulacji krajowych. Podniesiono, że system udzielania wsparcia z funduszy europejskich ceduje część uprawnień na instytucje zarządzające, które mogą określać szczegółowe ramy realizacji programu, a w tym kryteria kwalifikowalności wydatków objętych dofinansowaniem. Wskazano, że zgodnie z Art. 7 ust. 1 pkt d Rozporządzenia (WE) nr 1080/2006, nie jest kwalifikowany do wsparcia EFRR "podlegający zwrotowi podatek od towarów i usług". Zarazem ustawa o zasadach polityki rozwoju (w art. 5 pkt 6) definiuje pojęcie kwalifikowalności wydatków jako spełnienie przez wydatki poczynione w ramach programów operacyjnych kryteriów: a) spójności z postanowieniami przyjętego programu operacyjnego, b) określonych szczegółowo przez instytucję zarządzającą, zgodnie z art. 26 ust. 1 pkt 6, c) dodatkowych, przewidzianych dla danego źródła finansowania, w przypadku programów finansowanych ze źródeł zagranicznych. Według Krajowych wytycznych Ministra Rozwoju Regionalnego, podatek od towarów i usług (VAT) może być uznany za wydatek kwalifikowany tylko wtedy, gdy został faktycznie poniesiony przez beneficjenta oraz beneficjent nie ma prawnej możliwości odzyskania podatku VAT, przy czym możliwość odzyskania tego podatku rozpatrywać należy w świetle przepisów ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. Zdaniem Zarządu Województwa, zapis umieszczony w Podręczniku Kwalifikowania Wydatków w wersji obowiązującej do 7 grudnia 2010 r. miał następujące brzmienie; "podatek od towarów i usług VAT może być uznany za wydatek kwalifikowany w przypadku łącznego spełnienia następujących warunków: a) został faktycznie poniesiony przez beneficjenta b) beneficjent nie ma prawnej możliwości odzyskania podatku VAT w myśl przepisów ustawy o podatku od towarów i usług dnia 11 marca 2004 r. Zgodnie z zapisami powyższej ustawy "odzyskanie" podatku przez beneficjenta oznacza prawną możliwość obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego lub ubieganie się o zwrot podatku"... i w dalszej części: "Jeżeli istnieje możliwość odzyskania choć niewielkiej części podatku VAT w ramach wydatków kwalifikowanych realizowanego projektu, to beneficjent nie może zaliczyć podatku VAT do katalogu wydatków kwalifikowanych. Beneficjent, który uzna VAT za kwalifikowany ma obowiązek przedstawienia w oświadczeniu szczegółowego uzasadnienia zawierającego podstawę prawną wskazującą na brak możliwości odzyskania VAT-u...", stanowił tylko dopełnienie regulacji zawartych w wyżej omówionych ustawach i Krajowych wytycznych. Zdaniem Zarządu Województwa, w świetle powołanych w odpowiedzi na skargę aktów prawnych i dokumentów, Instytucja Zarządzająca nie ma kompetencji do rozszerzenia katalogu wydatków kwalifikowanych, natomiast może dokonywać dalszych wyłączeń z zakresu wydatków kwalifikowanych. Z tych względów uznanie podatku VAT w całości za koszt niekwalifikowany w sytuacji, gdy istnieje możliwość odzyskania chociaż niewielkiej części podatku VAT w ramach wydatków kwalifikowanych realizowanego projektu, nie pozostaje w sprzeczności z uregulowaniami prawnymi na szczeblu krajowym, a także wspólnotowym. Zarząd Województwa - jako Instytucja Zarządzająca MRPO - podniósł, że strona skarżąca otrzymane dofinansowanie ze środków europejskich wydatkowała na częściowo niekwalifikowany podatek VAT, pomimo tego, że miała prawną możliwość częściowego odzyskania podatku VAT. Instytucja Zarządzająca odniosła się ponownie do argumentu strony skarżącej, według którego zmiana brzmienia Podręcznika od dnia 7 grudnia 2010 r. dowodzi dostrzeżenia błędu i wskazała, że Instytucja Zarządzająca w celu prawidłowego i skutecznego wdrożenia zmuszona jest do zmiany lub doprecyzowania zapisów, wobec okoliczności wynikających z dotychczasowej praktyki realizacji projektów. Te względy spowodowały doprecyzowanie zapisów przez co możliwe stało się uznanie podatku VAT za koszt kwalifikowany jedynie w tej części, w której beneficjent nie ma prawnej możliwości jego "odzyskania". Ale – zdaniem Zarządu Województwa - uregulowanie to nie ma zastosowania do już zatwierdzonych wydatków we wnioskach o płatność zgodnie z częścią I. Zapisy ogólne. Podręcznika Kwalifikowania Wydatków. Natomiast zapisy Załącznika Nr 1 do uchwały Zarządu Województwa z dnia 7 grudnia 2010 r. w ogóle nie dotyczą tej sprawy, a jedynie sytuacji gdzie VAT od początku był w całości wydatkiem kwalifikowanym, ale w trakcie realizacji projektu zaistniała możliwość prawna odzyskania jego części. Nie podzielono też zarzutu naruszenia wskazanych przez stronę skarżącą przepisów Kpa.

Na rozprawie w dniu 9 października 2012 r. Sąd stwierdził z urzędu, że w powołanej w skardze przez stronę skarżącą sprawie o sygn. akt III SA/Kr 1199/11 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie wydał w dniu 14 czerwca 2012 r. wyrok orzekając, że: "I. uchyla zaskarżoną decyzję wraz z poprzedzającą ją decyzją z dnia 17.06.2011r., nr FE.3042/105-4/08, II. orzeka, że uchylone decyzje nie mogą być wykonane w całości, III. zasądza od Zarządu Województwa Małopolskiego na rzecz strony skarżącej kwotę 457 zł (słownie: czterysta pięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania."

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zważył, co następuje:

Wojewódzki Sąd Administracyjny, zgodnie z art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. (Dz. U. z 2012 r., poz. 270) – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (p.p.s.a.), sprawuje kontrolę działalności administracji publicznej i stosownie do przepisu art. 1 § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. Nr 153, poz. 1269 z późn. zm.), kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem (legalności), jeżeli ustawy nie stanowią inaczej i obejmuje przede wszystkim orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne i postanowienia, inne akty lub czynności oraz bezczynność - określone w art. 3 § 2 p.p.s.a., jednak według art. 3 § 3 p.p.s.a.: "Sądy administracyjne orzekają także w sprawach, w których przepisy ustaw szczególnych przewidują sądową kontrolę, i stosują środki określone w tych przepisach".

Na tej ostatniej zasadzie (z art. 3 § 3 p.p.s.a.) został poddany kontroli sądów administracyjnych tryb dokonywania przez instytucję zarządzającą programami operacyjnymi oceny projektów zgłaszanych przez wnioskodawców ubiegających się o dofinansowanie w ramach systemu realizacji regionalnych programów operacyjnych, zgodnie z przepisami ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. - o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. z 2009 r. nr 84, poz. 712), zwanej dalej "ustawą".

Na wstępie rozważań dotyczących niniejszej sprawy Sąd stwierdza, że skarga jest uzasadniona, chociaż nie wszystkie argumenty w niej zawarte Sąd podziela. Sąd stwierdza także, że podziela w pełni stanowisko Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie wyrażone w innym składzie w sprawie sygn. akt III SA/Kr 1199/11 zakończonej wyrokiem z dnia 14 czerwca 2012 r., a dotyczącej także skargi Zespołu Opieki Zdrowotnej w Suchej Beskidzkiej na decyzję Zarządu Województwa Małopolskiego w przedmiocie zwrotu dotacji rozwojowej udzielonej umową - jak w niniejszej sprawie - o dofinansowanie tego samego projektu jak w niniejszej sprawie.

Ustawa z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. z 2009 r. Nr 84, poz. 712 z późn. zm. – z.p.p.r.) przepisem art. 30c ust. 1 w zw. z ust. 3 pkt 1 poddała kognicji wojewódzkich sądów administracyjnych kontrolę pod względem zgodności z prawem przeprowadzenia oceny zgłoszonego projektu dokonanej w systemie realizacji programu operacyjnego zawierającego wniosek o dofinansowanie. Zarazem przepis art. 37 ustawy wyłączył stosowanie przepisów Kodeksu postępowania administracyjnego do postępowania w zakresie ubiegania się oraz udzielenia dofinansowania na podstawie ustawy ze środków pochodzących z budżetu państwa lub ze środków zagranicznych. W świetle regulacji zawartych w przepisach art. 30b ust. 4, 30c oraz art. 30d z.p.p.r., nie budzi wątpliwości pogląd, że w zakresie sądowej kontroli zgodności z prawem oceny zgłoszonego projektu o dofinansowanie, ustawa o zasadach polityki rozwoju ma charakter ustawy szczególnej w rozumieniu art. 3 § 3 ustawy p.p.s.a.

Sąd zauważa, że w Rozdziale 5 ustawy z.p.p.r. zatytułowanym "Realizacja programów operacyjnych" zawarty jest przepis art. 26, który w ust. 1 i ust. 2 stanowi:

"Art. 26. 1. Do zadań instytucji zarządzającej należy w szczególności:

1) wypełnianie obowiązków wynikających z art. 60 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylającego rozporządzenie (WE) nr 1260/1999;

2) przygotowanie szczegółowego opisu priorytetów programu operacyjnego oraz jego zmian, z uwzględnieniem wytycznych ministra właściwego do spraw rozwoju regionalnego, o których mowa w art. 35 ust. 3 pkt 1;

3) przygotowanie i przekazanie Komitetowi Monitorującemu do zatwierdzenia propozycji kryteriów wyboru projektów;

4) wybór, w oparciu o kryteria, o których mowa w pkt 3, projektów, które będą dofinansowane w ramach programu operacyjnego;

5) zawieranie z beneficjentami umów o dofinansowanie projektu lub podejmowanie decyzji, o której mowa w art. 28 ust. 2;

6) określenie kryteriów kwalifikowalności wydatków objętych dofinansowaniem w ramach programu operacyjnego;

7) określenie poziomu dofinansowania projektu, jako procentu wydatków objętych dofinansowaniem;

8) określenie systemu realizacji programu operacyjnego;

9) (uchylony);

10) zarządzanie środkami finansowymi przeznaczonymi na realizację programu operacyjnego, pochodzącymi z budżetu państwa, budżetu województwa lub ze źródeł zagranicznych;

11) dokonywanie płatności ze środków programu operacyjnego na rzecz beneficjentów;

12) monitorowanie postępów w realizacji, ewaluacja programu operacyjnego oraz stopnia osiągania jego celów;

13) opracowywanie, w razie potrzeby, propozycji zmian w programie operacyjnym;

14) prowadzenie kontroli realizacji programu operacyjnego, w tym kontroli realizacji poszczególnych dofinansowanych projektów;

15) odzyskiwanie kwot podlegających zwrotowi, w tym wydawanie decyzji o zwrocie środków przekazanych na realizację programów, projektów lub zadań, o której mowa w przepisach o finansach publicznych;

15a) ustalanie i nakładanie korekt finansowych, o których mowa w art. 98 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylającego rozporządzenie (WE) nr 1260/1999;

16) zapewnienie właściwej informacji i promocji programu operacyjnego.

2. Instytucja zarządzająca, wykonując zadania, o których mowa w ust. 1, powinna uwzględniać zasadę równego dostępu do pomocy wszystkich kategorii beneficjentów w ramach programu oraz zapewniać przejrzystość reguł stosowanych przy ocenie projektów."

Z treści przytoczonego wyżej przepisu, a w szczególności z art. 26 ust. 1 pkt 15 wynika, że do zadań instytucji zarządzającej zalicza się m. in. odzyskiwanie kwot podlegających zwrotowi, w tym wydawanie decyzji o zwrocie środków przekazanych na realizację programów, projektów lub zadań, o której mowa w ustawie o finansach publicznych.

W świetle przepisów ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 157, poz. 1240 z późn. zm. – zwanej dalej u.f.p.) przepis art. 26 ust. 1 pkt 15 ustawy z.p.p.r. ma charakter przepisu kompetencyjnego.

W szczególności materialnoprawną podstawę zwrotu środków przeznaczonych na realizację programów finansowanych z udziałem środków europejskich stanowią przepisy art. 207 ust. 1 pkt 1-3 u.f.p. Umocowanie natomiast instytucji zarządzającej (lub pośredniczącej – albo wdrażającej) do orzeczenia o zwrocie powyższych środków w formie decyzji zawiera przepis art. 207 ust. 9 i 11 ustawy. Przepisy art. 207 ust. 1 i ust. 8 – 12 stanowią:

"Art. 207. 1. W przypadku gdy środki przeznaczone na realizację programów finansowanych z udziałem środków europejskich są:

1) wykorzystane niezgodnie z przeznaczeniem,

2) wykorzystane z naruszeniem procedur, o których mowa w art. 184,

3) pobrane nienależnie lub w nadmiernej wysokości

- podlegają zwrotowi przez beneficjenta wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, w terminie 14 dni od dnia doręczenia decyzji, o której mowa w ust. 9, na wskazany w tej decyzji rachunek bankowy, z zastrzeżeniem ust. 8 i 10.

(...)

8. W przypadku stwierdzenia okoliczności, o których mowa w ust. 1, instytucja, która podpisała umowę z beneficjentem, wzywa go do:

1) zwrotu środków lub

2) do wyrażenia zgody na pomniejszenie kolejnych płatności, o którym mowa w ust. 2,

w terminie 14 dni od dnia doręczenia wezwania.

9. Po bezskutecznym upływie terminu, o którym mowa w ust. 8, organ pełniący funkcję instytucji zarządzającej lub instytucji pośredniczącej w rozumieniu ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju albo ustawy z dnia 3 kwietnia 2009 r. o wspieraniu zrównoważonego rozwoju sektora rybackiego z udziałem Europejskiego Funduszu Rybackiego wydaje decyzję określającą kwotę przypadającą do zwrotu i termin, od którego nalicza się odsetki, oraz sposób zwrotu środków, z uwzględnieniem ust. 2.

10. Decyzji, o której mowa w ust. 9, nie wydaje się, jeżeli dokonano zwrotu środków przed jej wydaniem.

11. Instytucja zarządzająca lub instytucja pośrednicząca może, na podstawie porozumienia lub umowy, o których mowa w art. 27 i art. 32 ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju, upoważnić instytucję wdrażającą, będącą jednostką sektora finansów publicznych, do wydawania decyzji, o której mowa w ust. 9.

12. Od decyzji, o której mowa w ust. 9, wydanej przez instytucję pośredniczącą lub instytucję wdrażającą, o której mowa w ust. 11, beneficjent może złożyć odwołanie do właściwej instytucji zarządzającej; w przypadku wydania decyzji w pierwszej instancji przez instytucję zarządzającą beneficjent może zwrócić się do tej instytucji z wnioskiem o ponowne rozpatrzenie sprawy."

Ustawa o finansach publicznych w zakresie zasad gospodarowania środkami pochodzącymi z budżetu Unii Europejskiej oraz z innych źródeł zagranicznych, określonych w jej dziale IV nie zawiera regulacji szczególnych w rozumieniu art. 3 § 3 p.p.s.a. Przepis art. 60 u.f.p. zalicza w pkt 6 do środków publicznych stanowiących niepodatkowe należności budżetowe o charakterze publiczno-prawnym – należności z tytułu zwrotu płatności dokonanych w ramach programów finansowanych z udziałem środków europejskich. W myśl art. 61 ust.1 pkt 1 instytucja zarządzająca ma przymiot organu I instancji względem takich należności z tym, że zgodnie z ust. 4, od decyzji wydanej w pierwszej instancji przez instytucję zarządzającą nie służy odwołanie, jednakże strona niezadowolona z decyzji może się zwrócić do tego organu o ponowne rozpatrzenie sprawy. Natomiast art. 67 tej ustawy stanowi, że do spraw dotyczących należności, o których mowa w art. 60, nieuregulowanych ustawą, stosuje się przepisy ustawy Kodeks postępowania administracyjnego i odpowiednio przepisy działu III ustawy - Ordynacja podatkowa, dotyczącego zobowiązań podatkowych.

W świetle powyższych regulacji decyzja wydana na podstawie art. 207 ust. 9 ustawy o finansach publicznych ma charakter decyzji administracyjnej wydanej w postępowaniu jurysdykcyjnym, do której wprost zastosowanie mają przepisy Kodeksu postępowania administracyjnego.

Rozpoznanie natomiast skargi stosownie do przepisu art. 134 § 1 p.p.s.a. następuje w granicach sprawy, bez związania Sądu zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą praną.

Dokonana na powyższych zasadach kontrola zaskarżonej decyzji prowadzi do konstatacji, że wniosek o jej uchylenie znajduje oparcie w przepisach art. 145 § 1 pkt a i c p.p.s.a.

W szczególności, zdaniem Sądu, skarga znajduje uzasadnienie w naruszeniu prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy. W świetle bowiem brzmienia § 1 pkt 1 Uchwały Nr 1456/10 Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 7 grudnia 2010 r. zmieniającej uchwałę Nr 1000/07 z 18 grudnia 2007 r. w sprawie przyjęcia "Podręcznika Kwalifikowania Wydatków objętych dofinansowaniem w ramach MRPO 2007-2013", bezsporne jest brzmienie Części II Podpunktu 24.2 tego podręcznika, przed zmianą jego brzmienia powyższą uchwałą. Z podpunktu tego, zawartego w punkcie 24 - "Podatek VAT oraz inne obciążenia publicznoprawne", jednoznacznie wynika, że: " jeżeli istnieje możliwość odzyskania choć niewielkiej części podatku VAT w ramach wydatków kwalifikowanych realizowanego projektu, to beneficjent nie może zaliczyć podatku VAT do katalogu wydatków kwalifikowanych". Ta reguła kwalifikowania wydatków w Podręczniku obłożona jest zobowiązaniem złożenia przez beneficjenta oświadczenia zawierającego deklarację, czy w części wydatków kwalifikowanych realizowanego projektu będzie miał możliwość odzyskania podatku VAT. Zarazem jednak beneficjent, który uznaje VAT za kwalifikowany, a więc w całości niemożliwy do odzyskania, miał obowiązek przedstawienia w oświadczeniu szczegółowego uzasadnienia zawierającego podstawę prawną wskazującą na brak możliwości odzyskania VAT. Nadto, zawarte w Części II, Podpunkt 24. określenie wydatków niekwalifikowanych zawierało m.in. określenie "podatek VAT, który może zostać odzyskany w oparciu o przepisy krajowe tj. ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług", bez dodanego od dnia 7 grudnia 2010 r. zapisu w brzmieniu" "podatek VAT, który może zostać odzyskany w części w oparciu o przepisy krajowe...". Zdaniem Sądu, wbrew zatem stanowisku strony skarżącej, już z samego brzmienia Podręcznika Kwalifikowania Wydatków w wersji obowiązującej przed dniem 7 grudnia 2010 r. wynikało, że tylko taki podatek VAT poniesiony w ramach wydatków kwalifikowanych realizowanego projektu, może być zaliczony do katalogu wydatków kwalifikowanych, co do którego w całości nie istnieje możliwość prawna ("w oparciu o przepisy krajowe") jego odzyskania.

Katalog źródeł prawa powszechnie obowiązującego zawierają przepisy art. 87 ust. 1 i 2 i art. 92 Konstytucji. W świetle przepisów art. 87 ust. 2 Konstytucji w związku z art. 18 ust. 1 w zw. z art. 31 ust.1 i art. 41 ust. 1 ustawy z dnia 5 czerwca 1998 r. o samorządzie województwa (tj. Dz. U. z 2001r, Nr 142, poz.1590 z późn. zm.), uchwały zarządu województwa jako organu wykonawczego województwa nie mają przymiotu prawa powszechnie obowiązującego jako akty prawa miejscowego, nawet na obszarze działania organów, które je ustanowiły. Z tego względu samo poddanie się regułom konkursu, a następnie warunkom umowy z 29 grudnia 2009 r. o dofinansowanie, odsyłającej w § 1 pkt 12 w ramach pojęcia "wydatki kwalifikowane" - poza opisanymi aktami unijnymi - także do "Podręcznika", nie zwalnia Sądu od kontroli zgodności z prawem przyjętego w "Podręczniku" rozumienia podatku VAT jako wydatku kwalifikowanego, bądź niekwalifikowanego w zależności od tego, czy istniała prawna podstawa do odzyskania go w całości lub w części.

Rozważając to zagadnienie należy stwierdzić, że zarówno Rozporządzenie Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiające przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1260/1999 (Dz. U. UE.L.06.210.25 z późn. zm. – zwane dalej Rozporządzeniem 1083/2006) jak i Rozporządzenie (WE) Nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 5 lipca 2006 r. w sprawie Europejskiego Funduszu Regionalnego i uchylające rozporządzenia (We) nr 1783/1999 (Dz.U. UE.L.06.210.1. z późn. zm. – zwane dalej Rozporządzeniem 1080/2006), w świetle przepisów art. 87 ust. 1 w zw. z art. 91 ust. 1 Konstytucji, jako akty prawa unijnego, po ratyfikowaniu Traktatu akcesyjnego dotyczącego przystąpienia Polski do Unii Europejskiej, stanowią część krajowego porządku prawnego i źródło powszechnie obowiązującego prawa bezpośrednio stosowanego. Zarazem z przepisu art. 91 ust. 3 Konstytucji wynika, że te akty prawa unijnego stosowane bezpośrednio mają pierwszeństwo w przypadku kolizji z ustawami (podobnie stanowisko zawarte w uzasadnieniu wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 11 lipca 2007 r., sygn. akt II GSK 110/07, LEX nr 368327).

Sąd stwierdza, że obie strony - pomimo rozbieżnych stanowisk - powołują się na regulacje zawarte w powyższych rozporządzeniach.

Należy zauważyć, że Rozporządzenie Rady Nr 1083/2006, co wynika z przedmiotu regulacji, ma ze swej istoty charakter ogólny. W zakresie kwalifikowalności wydatków, regulowanej art. 56, przytoczono m.in. postanowienia ust. 4, w myśl zd. 1 którego kwalifikowalność wydatków ustanawia się na poziomie krajowym, z zastrzeżeniem wyjątków przewidzianych w rozporządzeniach szczególnych dotyczących poszczególnych funduszy. Takim rozporządzeniem szczególnym w rozumieniu art. 56 ust. 4 dotyczącym Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, że środków którego strona skarżąca otrzymała dofinansowanie, jest Rozporządzenie Nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady.

Ponoszone w ramach projektu wydatki mogą mieć charakter tylko kwalifikowany lub niekwalifikowany. Zawarty w Rozporządzeniu Nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady Art. 7 ust. 1 przesądza swoją treścią zatem jakie wydatki nie mogą być kwalifikowane na poziomie krajowym do wsparcia w ramach EFRR. Przepis ten stanowi:

"1. Następujące wydatki nie są kwalifikowalne do wsparcia EFRR:

a) odsetki od zadłużenia;

b) zakup gruntów za kwotę przekraczającą 10 % całkowitych wydatków kwalifikowalnych w ramach danej operacji. W wyjątkowych i należycie uzasadnionych przypadkach wyższe oprocentowanie może zostać dozwolone przez instytucję zarządzającą dla operacji dotyczących ochrony środowiska;

c) likwidacja elektrowni jądrowych;

d) podlegający zwrotowi podatek od towarów i usług (VAT)."

Zgodnie więc z Art. 7 ust. 1 lit. d nie jest kwalifikowany do wsparcia EFRR podlegający zwrotowi podatek od towarów i usług (VAT). Z brzmienia przepisu wynika, że nie jest kwalifikowany do wsparcia, a zatem jest tzw. wydatkiem niekwalifikowanym, podatek VAT, ale tylko w tym zakresie (części), w jakim podlega zwrotowi.

Powołany przez Zarząd Województwa przepis art. 26 ust. 1 pkt 6 z.p.p.r. przydaje instytucji zarządzającej tylko kompetencję do określenia kryteriów kwalifikowalności wydatków objętych dofinansowaniem w ramach programu operacyjnego. Sama ustawa w przepisie art. 5 pkt 6 definiuje pojęcie kwalifikowalności wydatków jako spełnienie trzech kryteriów przez poniesiony w ramach programu operacyjnego wydatek: a) spójności z postanowieniami przyjętego programu operacyjnego, b) określonych szczegółowo przez instytucję zarządzającą zgodnie z art. 26 ust. 1 pkt 6, c) dodatkowych, przewidzianych dla danego źródła finansowania w przypadku programów finansowanych ze źródeł zagranicznych. W odniesieniu do wsparcia finansowego z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego Art. 7 Rozporządzenia (WE) nr 1080/2006 w ust. 1 przewiduje dodatkowe kryteria kwalifikowalności podatku VAT zapłaconego w związku z dokonaniem wydatku kwalifikowanego w ramach realizacji Projektu. Kryterium kwalifikowalności podatku VAT (Art. 7 ust. 1 lit. d) jest nie podleganie zwrotowi tego podatku. W świetle przepisu art. 56 ust. 4 Rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006, powyższa reguła kwalifikowalności tego wydatku stanowi – zdaniem Sądu - wyjątek od zasady ustanawiania kwalifikowalności wydatków na poziomie krajowym i ma charakter wiążący dla Instytucji Zarządzającej.

Z tych względów, w ślad za stanowiskiem zaprezentowanym przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w sprawie o sygn. akt III SA/Kr 1199/11, Sąd orzekający w niniejszej sprawie stwierdza, że nie podziela stanowiska Zarządu Województwa, że z przepisów art. 26 ust. 1 pkt 6 i 56 ust. 3 Rozporządzenia Rady nr 1083/2006 miałaby wynikać podstawa dla Instytucji Zarządzającej do rozszerzenia - w zakresie dofinansowania z EFRR - pojęcia wydatku niekwalifikowanego w postaci podatku od towarów i usług VAT, także na tę część podatku, która nie mogła zostać odzyskana, gdyż dalsza część podatku - choćby nieznaczna - podlegała zwrotowi.

Przedstawiona więc przez organ podstawa wydania zaskarżonej decyzji i decyzji utrzymanej nią w mocy wskazuje – zdaniem Sądu – na istnienie sprzeczności pomiędzy mającym zastosowanie w sprawie porządkiem prawnym wynikającym z implementowanych rozporządzeń unijnych, a regulacjami zawartymi w części II punktu 24, podpunkt 2 Podręcznika Kwalifikowania Wydatków objętych dofinansowaniem w ramach MRPO na lata 2007 – 2013 dotyczącymi zasad uznawania podatku VAT za wydatek kwalifikowany lub niekwalifikowany, w brzmieniu podręcznika przed jego zmianą wprowadzoną uchwałą Zarządu Województwa z dnia 7 grudnia 2010 r. Można tu dostrzec także sprzeczność wewnętrzną Podręcznika, a konkretnie sprzeczność pomiędzy postanowieniami pkt 24.2 przed ich zmianą, a niezmienionym pkt 24.1 lit 6, który już wówczas przewidywał, że jednym z warunków uznania podatku od towarów i usług (VAT) za wydatek kwalifikowany (poza faktycznym poniesieniem podatku) był brak prawnej możliwości odzyskania podatku VAT w myśl przepisów ustawy o podatku od towarów i usług. W tej sytuacji odesłanie § 1 pkt 12 umowy o dofinansowanie do pojęcia wydatku kwalifikowanego w jego ujęciu przepisów unijnych, które weszły do porządku krajowego jak i ujęciu Podręcznika Kwalifikowania Wydatków w brzmieniu przed jego zmianą, zamazywało przejrzystość oceny, czy wydatek na podatek VAT poniesiony od wydatku kwalifikowanego realizowanego projektu spełnia kryteria kwalifikowalności w rozumieniu art. 5 pkt 6 lit. b, a zwłaszcza lit. c ustawy o z.p.p.r. Niezależnie zatem od motywów podjęcia przez Zarząd Województwa uchwały nr 1456/10 z dnia 7 grudnia 2010 r. – zdaniem Sądu - dopiero od jej wejścia w życie usunięta została sprzeczność pomiędzy przepisami prawa a postanowieniami Podręcznika Kwalifikowania Wydatków jak i wewnętrzna sprzeczność regulacji podręcznikowych.

Należy też wskazać, że za koniecznością przyjętych w Podręczniku - przed jego zmianą - warunków kwalifikowalności VAT, nie przemawiają też postanowienia wydanych na podstawie art. 35 ust. 3 pkt 4 a ustawy o z.p.p.r. przez Ministra Rozwoju Regionalnego, Krajowych wytycznych dotyczących kwalifikowania wydatków w ramach funduszy strukturalnych i funduszu spójności w okresie programowania 2007 – 2013. Z komunikatu Ministra Rozwoju Regionalnego z dnia 4 maja 2010 r. w sprawie zmienionych Krajowych wytycznych Ministra Rozwoju Regionalnego dotyczących kwalifikowania wydatków w ramach funduszy strukturalnych i funduszu spójności w okresie programowania 2007 - 2013 (Mon. Pol. z 14 maja 2010 r. Nr 37 poz. 521) wynika, że zmienione wytyczne z dnia 20 kwietnia 2010 r. są stosowane od dnia ogłoszenia komunikatu tj. od dnia 14 maja 2010 r. Natomiast w czasie zawierania umowy o dofinansowanie i otrzymania przez skarżącą funduszy stosowane były Krajowe wytyczne z dnia 30 lipca 2007 r., co wynika z punktu 1-go, p.pkt 10-ty Komunikatu Ministra Rozwoju Regionalnego z dnia 27 sierpnia 2007 r. w sprawie wytycznych Ministra Rozwoju Regionalnego (Mon. Pol. z 2007 r. Nr 57, poz. 654). Porównanie tych wytycznych, dostępnych na stronach internetowych Ministerstwa Rozwoju Regionalnego wskazanych komunikatami, pozwala stwierdzić, że w Krajowych wytycznych z dnia 30 lipca 2007 r., Rozdział 6 dotyczył wydatków niekwalifikowanych, do których zaliczono m.in. w pkt 1 lit. e podatek VAT, który może zostać odzyskany w oparciu o przepisy krajowe ,tj. ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. W wytycznych stosowanych od dnia 14 maja 2010 r. przedmiotem rozbudowanego Rozdziału 6 są Zasady kwalifikowania wydatków. W punkcie 6.2 Podrozdział 2 – Ocena kwalifikowania wydatków - opisano warunki wydatku kwalifikującego się do współfinansowania, w tym pkt 4) – nie podlegające wyłączeniom określonym w Rozdziale 7 wytycznych. Rozdział 7 – Wydatki niekwalifikowane - w pkt 1 lit. f) do wydatków, które nie kwalifikują się do współfinansowania zalicza "podatek VAT, który może zostać odzyskany w oparciu o przepisy krajowe, tj. ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług". Pkt 3 stanowi odpowiednik pkt 6.3 poprzednich wytycznych. Natomiast Rozdział 6, Podrozdział 14 zmienionych wytycznych poświęcony został podatkowi od towarów i usług oraz innym podatkom i opłatom. Wytycznymi w tej części w pkt 1 lit a i b i pkt 2 stwierdzono, że podatek od towarów i usług (podatek VAT) może być uznany za wydatek kwalifikowany tylko wtedy gdy a) został faktycznie poniesiony przez beneficjenta, b) beneficjent nie ma prawnej możliwości odzyskania podatku VAT, możliwość tę rozpatruje się w świetle ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. Według obu wersji podręcznika beneficjent do wniosku o dofinansowanie projektu zobowiązany był załączyć oświadczenie, w którym zadeklaruje czy ramach realizowanego projektu będzie miał możliwość odzyskania podatku VAT poniesionego w związku z realizacją projektu.

Sąd stwierdza, że przepisy ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 z późn. zm.), określają sytuacje, w których przysługuje prawo do obniżenia podatku przez odliczenie części podatku naliczonego, która związana jest z wykonaniem czynności podlegającej opodatkowaniu. Ustawa określa też zasady ustalania części podatku podlegającej odliczeniu.

Przytoczone wyżej postanowienia Krajowych wytycznych zarówno z dnia 30 lipca 2007 r. jak i w brzmieniu z dnia 20 kwietnia 2010 r. - zdaniem Sądu - także nie dawały podstawy do przyjęcia w Podręczniku kwalifikowania wydatków konstrukcji uznającej poniesiony podatek VAT w całości za wydatek niekwalifikowany w sytuacji, gdy nawet tylko niewielka część tego podatku mogła być "odzyskana w trybie ustawy o podatku od towarów i usług".

Stosownie do przepisu art. 178 ust. 1 Konstytucji RP sędziowie w sprawowaniu swego urzędu są niezawiśli i podlegają tylko Konstytucji oraz ustawom. Na gruncie przepisów postępowania sądowoadministracyjnego regulację tę powtarza art. 4 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych. W oparciu o te przepisy Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie odmawia w niniejszej sprawie zastosowania postanowień "Podręcznika kwalifikowania wydatków objętych dofinansowaniem w ramach MRPO" przyjętego uchwałą Zarządu Województwa Małopolskiego nr 1000/07 z dnia 18 grudnia 2007 r. wraz z jej zmianami, w brzmieniu Części II Punkt 24. podpunkt 2 obowiązujących do dnia 7 grudnia 2010 r. w jego części stwierdzającej, że "jeżeli istnieje możliwość odzyskania choć niewielkiej części podatku VAT w ramach wydatków kwalifikowanych realizowanego projektu to beneficjent nie może zaliczyć podatku VAT do katalogu wydatków kwalifikowanych" - jako sprzecznego z implementowanymi do porządku krajowego przepisami unijnymi.

Powyższe okoliczności prowadzą do wniosku, że oparcie zaskarżonej decyzji na przepisie art. 207 ust. 1 pkt 1 ustawy o finansach publicznych przez przyjęcie, że uzyskane przez stronę skarżącą dofinansowanie ze środków europejskich wykorzystane zostało niezgodnie z przeznaczeniem jako wydatek niekwalifikowany, nastąpiło przedwcześnie i z naruszeniem przepisu prawa materialnego - Art. 7 ust. 1 lit. d Rozporządzenia (WE) nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 5 lipca 2006 r. w sprawie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i uchylającego rozporządzenie (WE) nr 1783/1999 (DZ.U. UE.L.06.210.1 z dnia 31 lipca 2006 r.) przez jego błędną wykładnię.

Zdaniem Sądu, wprawdzie zasadą jest, że reguły kwalifikowalności wydatków ustalane są na poziomie krajowym, ale zawarte w Art. 7 ust. 1 lit. d Rozporządzenia (WE) nr 1080/2006 uregulowanie dotyczące przesłanki uznania podatku od towarów i usług (VAT), poniesionego w związku z wydatkiem kwalifikowanym na dofinansowanie w ramach EFRR, za wydatek niekwalifikowany, ma charakter wyjątku w rozumieniu art. 56 ust. 4 Rozporządzenia Rady (WE) Nr 1083/2006, wiążącego instytucję zarządzającą na poziomie krajowym.

Z powyżej zajętego stanowiska wynika, że Instytucja Zarządzająca nie wskazała normy prawnej, która dawałby podstawę do uznania poniesionego podatku VAT w związku z czynnością kwalifikowaną w ramach realizacji projektu dofinansowanego z EFRR, w całości za wydatek niekwalifikowany w sytuacji, gdy tylko część poniesionego podatku jest możliwa do odzyskania i ma charakter wydatku niekwalifikowanego.

Mając powyższe na względzie należy stwierdzić, że zachodzi zatem przewidziana art.145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. przesłanka do uchylenia zaskarżonej decyzji.

Za nieuzasadnione Sąd uznaje natomiast stanowisko strony skarżącej zmierzające do stosowania wprost w sprawie zasad Podręcznika wydatków w odniesieniu do zaliczenia podatku VAT do wydatków kwalifikowanych lub niekwalifikowanych, w brzmieniu nadanym temu podręcznikowi w tym zakresie Uchwałą Zarządu Województwa z 7 grudnia 2010 r. Należy podzielić zarzuty organu, że zmienionych nawet na korzyść zasad kwalifikowalności wydatków nie stosuje się wstecz, w odniesieniu do już zatwierdzonych wydatków we wnioskach o płatność. (Podręcznik Kwalifikowania Wydatków, Część I. Zasady Ogólne pkt 4.8). Rację ma też organ, że załącznik Nr 1 do uchwały z 10 grudnia 2010 r., dotyczy innej kwestii niż występująca w sprawie.

Odwoływanie się w sprawie o zwrot dofinansowania do reguł przejrzystości czy równości jako kryterium zgodności z prawem zaskarżonej decyzji, nie ma zdaniem Sądu umocowania. Zarówno przewidziany w art. 26 ust. 2 ustawy o zasadach polityki rozwoju obowiązek instytucji zarządzającej, wykonującej zadania o których mowa w ust. 1, uwzględniania zasady równego dostępu do pomocy wszystkich beneficjentów w ramach programu oraz zapewnienia przejrzystości reguł stosowanych przy ocenie projektów, jak i przewidziana w art. 31 ust. 1 tej ustawy instytucja uczestnictwa ekspertów w celu zapewnienia rzetelnej i bezstronnej oceny projektów, niewątpliwie dotyczą fazy oceny projektu i jego wyboru do dofinansowania, a nie fazy jego realizacji po zawarciu umowy o dofinansowanie projektu.

Sądowi znany jest wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 12 grudnia 2011 r. sygn. akt P 1/11 (Dz. U. 2011/279/1644 o TK-A 2011/10/115, LEX nr 1093263). Wbrew stanowisku strony skarżącej nie potwierdza on jednak sprzeczności z prawem Podręcznika kwalifikowania wydatków w kwestionowanym zakresie. Przedmiot rozstrzygnięcia wyrokiem Trybunału określony został w jego sentencji a przepis art. 5 ust. 11 ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju został uznany za niezgodny z art. 87 Konstytucji przez to, że dopuszcza uregulowanie praw i obowiązków wnioskodawców w trakcie wyboru projektów z programu operacyjnego poza systemem źródeł powszechnie obowiązującego prawa. Rozstrzygnięcie dotyczy fazy naboru w programie operacyjnym. Nadto, zgodnie z punktem II sentencji wyroku przepis ten, jak i inne, w zakresie wskazanym wyrokiem, tracą moc obowiązującą z upływem 18 miesięcy od dnia ogłoszenia wyroku w Dzienniku Ustaw Rzeczypospolitej Polskiej. W uzasadnieniu swego wyroku Trybunał Konstytucyjny (4.2) wskazał motywy, jakie przemawiają za możliwością utrzymania w praktyce aktualnych zasad w odniesieniu do wszystkich wdrożonych w latach 2007 – 2013 programów operacyjnych, czego konsekwencją jest odroczenie utraty mocy obowiązującej przez zakwestionowane przepisy.

Sąd orzekający w niniejszej sprawie stwierdza, że skarga znajduje uzasadnienie odnośnie zarzutu naruszenia przepisów postępowania, które mogło mieć wpływ na wynik sprawy.

Rozstrzygnięcie decyzji, zgodnie z art. 107 § 3 Kpa, powinno zawierać uzasadnienie faktyczne i prawne. Zakres ustaleń niezbędnych do załatwienia określonej sprawy wyznacza norma prawa materialnego. Przyjęcie, że całość środków dofinansowania w formie zaliczki została wykorzystana niezgodnie z przeznaczeniem w rozumieniu art. 207 ust. 1 pkt. 1 ustawy o finansach publicznych i podlega zwrotowi wymaga poczynienia ustaleń wykazujących, że całość tych środków miała charakter wydatku niekwalifikowanego w rozumieniu Art. 7 ust. 1 lit. d powołanego rozporządzenia (WE) Nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady, a więc co do którego istniała prawna możliwość zwrotu (odzyskania) na gruncie przepisów ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. Jednakże nie do Sądu należy dokonanie ustaleń faktycznych organu, na których należy oprzeć decyzję. Z przedstawionych akt wynika, że umowa z dnia 29 grudnia 2008 r. była pięciokrotnie zmieniana aneksami Nr 1 z dnia 30.06.2009, nr 2 z dnia 17.12.2009, nr 3 z dnia 29.12.2009, nr 4 z dnia 19.02.2010 i nr 5 z dnia 27.07.2010 r. Uzasadnienie zaskarżonej decyzji i poprzedzającej ją decyzji nie określa stanu, według którego odwołuje się do poszczególnych postanowień umowy, a w konsekwencji do jakiego jej brzmienia. Z uzasadnienia decyzji nie wynika w sposób jasny jaka jest przyjęta przez organ treść umowy, z której wywodzi obowiązki skarżącego mające wpływ na okoliczności uzasadniające zwrot dofinansowania. Ze stanowiącego załącznik do umowy z dnia 21 grudnia 2008 wniosku o dofinansowanie wynika, że w jego części E.3 dotyczącej kwalifikowalności podatku VAT zawarte jest oświadczenie, że "nie istnieje możliwość odzyskania podatku VAT lub jego części podczas realizacji niniejszego projektu". Postanowieniami § 1 kolejnych aneksów nr 1, nr 2 i nr 3, a także § 24 pkt 17 aneksu nr 5, zmieniano brzmienie załącznika – wniosku o dofinansowanie. We wszystkich jednak zmienionych wnioskach o dofinansowanie treść oświadczenia z rubryki E.3 nie ulegała zmianie. Organy w swych ustaleniach całkowicie pominęły te okoliczności i nie zajęły stanowiska czy ma ona czy też nie ma doniosłości prawnej dla rozstrzygnięcia. W tej sytuacji można zatem podzielić zarzut skargi uchybienia przepisowi art. 107 § 3 Kpa w zw. z art. 7 Kpa i art. 77 Kpa, co mogło mieć wpływ na wynik sprawy. Zachodzi zatem podstawa uwzględnienia skargi z art. 145 § 1 pkt 1 lit c p.p.s.a.

Sąd zwraca uwagę także na to, że uwzględnienie skargi samo przez się nie przesądza, że nie istniały przesłanki do obciążenia strony skarżącej zwrotem otrzymanego dofinansowania. Przy ponownym rozpatrzeniu sprawy winny organy wyjść od wiążącej je z mocy art. 153 p.p.s.a. oceny prawnej, że poniesiony przy dokonywaniu czynności kwalifikowanych przewidzianych realizacją Projektu podatek od towarów i usług VAT stanowił wydatek niekwalifikowany w tej tylko części, co do której istniała prawna możliwość jego odzyskania w oparciu o przepisy ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. Zarazem należy mieć na uwadze, że zgodnie z art. 86 ust. 1 tej ustawy, prawo do obniżenia podatku jest tylko prawem a nie obowiązkiem podatnika, natomiast na podatniku ciąży obowiązek prowadzenia określonej ewidencji (art. 90), która umożliwia ustalenie kwot podlegających odliczeniu, a więc możliwych do zwrotu (odzyskania).

W postępowaniu administracyjnym o zwrot przez beneficjenta na podstawie art. 207 ust. 1 pkt 1 ustawy o finansach publicznych środków unijnych jako wykorzystywanych niezgodnie z przeznaczeniem na pokrycie podatku VAT z powodu niekwalifikowania go do wsparcia Europejskim Funduszem Rozwoju Regionalnego, przedmiotem ustaleń organu, przy zachowaniu reguł dotyczących zasad zbierania i oceny materiału (art. 7 Kpa, art. 77 Kpa, art. 80 Kpa i art. 81 Kpa) powinna być okoliczność czy beneficjent miał prawną możliwość skorzystania z prawa do obniżenia podatku należnego, poniesionego w związku z wydatkiem kwalifikowanym w realizowanym projekcie.

Mając powyższe na względzie Sąd orzekł jak w pkt I sentencji wyroku na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. w zw. z art. 135 p.p.s.a. w zw. z Art. 7 ust. 1 lit d Rozporządzenia (WE) nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady z 5 lipca 2006 r. (DZ.U. UE.L.06.210.1) oraz na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a.

Sąd orzekł jak w punkcie II sentencji wyroku na podstawie art. 152 p.p.s.a. w zw. z art. 207 ust. 4 i 5 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 157, poz. 1240 z późn. zm.).

Orzeczenie w przedmiocie zwrotu kosztów postępowania stronie zastępowanej przez zawodowego pełnomocnika wydano jak w pkt III sentencji wyroku na podstawie art. 200 i art. 209 p.p.s.a.