Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 3548/12
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2013-06-20 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
Hasła tematyczne: Podatek dochodowy od osób prawnych
Podatkowe postępowanie
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżoną decyzję
Powołane przepisy: article: art. 78 par. 5 pkt 1, art. 54 par. 1 pkt 1 i 7
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa, Sędziowie sędzia WSA Maciej Kurasz (sprawozdawca), sędzia WSA Jolanta Sokołowska, Protokolant starszy referent Iwona Choińska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 7 czerwca 2013 r. sprawy ze skargi A. sp. z o.o. z siedzibą w P. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] października 2012 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty z tytułu odsetek w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz A. sp. z o.o. z siedzibą w P. kwotę 15.516 zł (słownie: piętnaście tysięcy pięćset szesnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.


UZASADNIENIE

1. Z przedłożonych Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie akt sprawy wynikało, że A. sp. z o.o. z siedzibą w P. (dalej jako: "Strona" lub "Spółka") wnioskiem z dnia 8 grudnia 2011 r., zwróciła się do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. o zwrot nadpłaty w kwocie 829.834,20 zł, powstałej w wyniku uiszczenia przez Spółkę odsetek za zwłokę od nieuregulowanego w terminie zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. za okres od dnia 10 kwietnia 2003 r. (dzień wszczęcia postępowania kontrolnego) do dnia 30 grudnia 2003 r. (dzień doręczenia decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia [...] grudnia 2003 r. określającej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r.). W powyższym piśmie pełnomocnik Strony wniósł także o naliczenie i wypłatę należnego Spółce oprocentowania ww. nadpłaty zgodnie z art. 78 § 5 pkt 1 ustawy dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.; dalej jako: "ustawa Ord. pod."). W uzasadnieniu tego wniosku wskazał, że w dniu 18 października 2011 r. Trybunał Konstytucyjny wydał wyrok w sprawie P. S.A. sygn. akt SK 2/10, w którym orzekł, że art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r. Nr 41, poz. 214 i Nr 53, poz. 273; dalej jako: "u.k.s.") w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302, dalej: "ustawa o WKS"), w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod., jest niezgodny z art. 84 w związku z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej. Zdaniem pełnomocnika Strony w wyniku ww. wyroku Trybunału Konstytucyjnego powstała nadpłata w związku z uiszczeniem przez Spółkę odsetek za zwłokę za okres prowadzonego postępowania kontrolnego. Bowiem zgodnie ze stanowiskiem Trybunału, zapłata przez Spółkę ww. odsetek od zaległości podatkowych naliczonych za okres wskazany w przepisie art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod., nie miała podstaw prawnych, w związku z czym Spółce należy się zwrot ww. nadpłaty.

2. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. postanowieniem z dnia [...] stycznia 2012 r. odmówił wszczęcia postępowania w sprawie z wniosku z dnia 8 grudnia 2011 r. W uzasadnieniu organ stwierdził, że w przedmiotowej sprawie nie będzie miał zastosowania art. 74 pkt 3 ustawy Ord. pod., gdyż normuje on kwestię powstania nadpłaty w podatku w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego. Jego zdaniem nadpłata w podatku, na podstawie ww. artykułu, może powstać tylko wówczas, gdy Trybunał Konstytucyjny stwierdzi niekonstytucyjność przepisu prawa podatkowego, który kreował obowiązek podatkowy, a taka sytuacja nie miała miejsca w tej sprawie. Organ wskazał także na fakt, że Spółka wystąpiła z wnioskiem o zwrot odsetek za okres od dnia 10 kwietnia 2003 r. do dnia 30 grudnia 2003 r. i zauważył, że Trybunał Konstytucyjny orzekł o niezgodności z przepisami Konstytucji art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu nadanym ustawą o WKS i obowiązującym od dnia 1 września 2003 r., tymczasem odsetki, o zwrot których Spółka wystąpiła obejmują okres sprzed obowiązywania przepisu, który został uznany za niekonstytucyjny. W ocenie organu do nadpłaty dotyczącej zobowiązania za 2001 r. winno się stosować art. 79 § 2 pkt 2 ustawy Ord. pod. w brzmieniu obowiązującym w 2001 r. zgodnie, z którym prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa w przypadkach, o którym mowa w art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) i b) oraz pkt 2 lit. a) i b) - po upływie 5 lat od dnia złożenia zeznania (deklaracji). Zgodnie natomiast z brzmieniem art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) w związku z art. 75 § 1 ww. ustawy, podatnikom, których zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1 przysługuje prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, jeżeli w zeznaniach (deklaracjach), o których mowa w art. 73 § 2 wykazali zobowiązanie podatkowe nienależne lub w wysokości większej od należnej i wpłacili zadeklarowany podatek.

3. Spółka pismem z dnia 29 lutego 2012 r. powtórnie wniosła o zwrot nadpłaty oraz o naliczenie z tego tytułu należnego oprocentowania. W uzasadnieniu ponownie przytoczyła argumentację dotyczącą wyroku Trybunału Konstytucyjnego zawartą we wniosku z dnia 8 grudnia 2012 r. Jednocześnie wskazała, że zgodnie z art. 74 oraz art. 72 § 2 ustawy Ord. pod. odsetki za zwłokę uiszczone na podstawie regulacji, której niekonstytucyjność stwierdził Trybunał Konstytucyjny, stają się nadpłatą, pomimo że nie stanowią kwoty zaległości podatkowej, która jest podstawą ich naliczania. Strona zaznaczyła, że w przypadku ww. odsetek za zwłokę, o których zwrot Spółka ubiega się w oparciu o przepis art. 74 ustawy Ord. pod., nie znajduje zastosowania 5-letni termin przewidziany na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty, przewidziany w art. 79 § 2 ustawy Ord. pod. Jednocześnie Spółka zwróciła uwagę, że termin na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty wskazany w art. 79 § 2 ustawy Ord. pod. należałoby uwzględnić w przypadku, gdy obowiązek uiszczenia danej należności nie istniał (lub wygasłby) w momencie jej zapłaty. Zatem termin przewidziany w tej regulacji, w ocenie Spółki dotyczy sytuacji, w której do powstania nadpłaty doszło już w momencie uiszczenia należności. Zdaniem Skarżącej przypadek taki nie miał jednak miejsca w przedmiotowej sprawie, gdyż odsetki za zwłokę zostały uiszczone przez Spółkę zgodnie z obowiązującymi wówczas przepisami prawa, wobec czego do momentu stwierdzenia przez Trybunał Konstytucyjny niekonstytucyjności przepisu art. 31 ust. 1 u.k.s. odsetki za zwłokę uiszczone w oparciu o przedmiotową regulacje, były zapłacone należnie, w związku z czym nie skutkowały powstaniem nadpłaty. W ocenie Skarżącej w niniejszej sprawie nie znajduje zatem zastosowania przepis art. 79 § 2 ustawy Ord. pod., regulujący kwestię terminu na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Uwzględnienie ww. regulacji oznaczałoby bowiem, że prawo Spółki do złożenia wniosku o zwrot nadpłaty ww. odsetek za zwłokę od zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. przedawniłoby się na długo przed orzeczeniem przez Trybunał Konstytucyjny o niekonstytucyjności przepisu art. 31 u.k.s. Zdaniem Skarżącej w okresie od momentu uiszczenia przez nią ww. odsetek za zwłokę do momentu wydania orzeczenia przez Trybunał Konstytucyjny prawo takie nie istniało, a odsetki te zapłacone były należnie. Uwzględnienie w niniejszej sprawie terminu wskazanego w przepisie art. 79 § 2 ustawy Ord. pod. prowadziłoby zatem do akceptacji absurdu polegającego na stwierdzeniu przedawniania prawa, które nie istniało. Zdaniem Spółki bez wpływu na jej prawo do wystąpienia o zwrot ww. odsetek pozostaje fakt, iż zgodnie z przepisami przejściowymi ustawy nowelizującej, nadającej przepisowi art. 31 ust. 1 u.k.s. brzmienie zakwestionowane przez Trybunał Konstytucyjny, do postępowań podatkowych wszczętych przez organy skarbowe przed dniem wejścia w życie ustawy nowelizującej (czyli przed 1 września 2003 r.), stosowało się przepisy u.k.s. w brzmieniu dotychczasowym, w tym również art. 31 ust. 1 ww. ustawy, który nie wyłączał stosowania art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod. Strona zwróciła uwagę, że ww. przepisy przejściowe dotyczyły tylko postępowań podatkowych. Ustawodawca nie zamieścił bowiem w ustawie nowelizującej przepisów intertemporalnych, odnoszących się do postępowań kontrolnych. Oznacza to, że w przypadku postępowań kontrolnych wszczętych przed 1 września 2003 r. należało stosować przepisy ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu nadanym przez ustawę nowelizującą. A zatem odsetki od zaległości podatkowych określonych w wyniku postępowań kontrolnych wszczętych przed 1 września 2003 r. należało ustalać z uwzględnieniem przepisów art. 31 ust. 1 u.k.s., w brzmieniu wyłączającym stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod.

4. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. decyzją z dnia [...] kwietnia 2012 r., odmówił stwierdzenia nadpłaty z tytułu odsetek w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. W uzasadnieniu wydanej decyzji stwierdził, że w przedmiotowej sprawie nie ma zastosowania art. 74 pkt 3 ustawy Ord. pod. Zaznaczył, że nadpłata w świetle tego przepisu może powstać tylko wówczas, gdy Trybunał Konstytucyjny stwierdzi niekonstytucyjność przepisu prawa podatkowego, który kreował obowiązek podatkowy we wniosku o jej zwrot, a taka sytuacja nie miała miejsca. Na poparcie swojego stanowiska wskazał na orzecznictwo sądów administracyjnych zawarte w wyrokach WSA z dnia 24 kwietnia 2007 r. sygn. akt III SA/Wa 2666/06 oraz NSA z 20 maja 2010 r. sygn. akt I FSK 870/09. Jednocześnie zaznaczył też, że z wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 nie wynika, iż orzeczenie o niekonstytucyjności art. 31 ust. 1 u.k.s. w zakresie wskazanym w wyroku, wywołuje skutek w postaci powstania nadpłaty. Organ zauważył ponadto, że Trybunał Konstytucyjny orzekł o niezgodności z ww. przepisami Konstytucji art. 31 ust 1 u.k.s. w brzmieniu nadanym ww. ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. i obowiązującym od dnia 1 września 2003 r., Spółka tymczasem wystąpiła z wnioskiem o zwrot odsetek za okres sprzed obowiązywania przepisu, tj.: od dnia 10 kwietnia 2003 r. (dzień rozpoczęcia postępowania kontrolnego) - do dnia 30 grudnia 2003 r. (dzień doręczenia decyzji określającej zobowiązanie). W dalszej części organ pierwszej instancji podkreślił, że przepis art. 54 § 1 pkt 7 wprowadzony został do Ordynacji podatkowej nowelą z dnia 12 września 2002 r. (Dz. U. Nr 169, poz. 1387) i obowiązywał od 1 stycznia 2003 r. Natomiast w poprzednim stanie prawnym przepisy Ordynacji nie przewidywały ograniczenia w naliczaniu odsetek. W ocenie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. przepis art. 74 ustawy Ord. pod. w niniejszej sprawie nie może mieć zastosowania. Organ zważywszy na treść złożonego wniosku oraz związanie organu podatkowego zakresem żądania Spółki przeprowadził również kontrolę dopuszczalności złożonego wniosku o zwrot nadpłaty za 2001 r. z tytułu uiszczenia odsetek na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej dotyczących nadpłat, w tym art. 79 § 2 pkt 2 ustawy Ord. pod. w brzmieniu obwiązującym w 2001 r. W ocenie organu skoro do zdarzeń zaistniałych przed wejściem w życie nowej ustawy stosuje się przepisy obowiązujące w dniu zaistnienia zdarzenia to w przedmiotowej sprawie powstanie nadpłaty należy oceniać na podstawie art. 74 § 1 ustawy Ord. pod. w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2002 r., który stanowił, że nadpłata powstaje z dniem zapłaty przez podatnika podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej. Ponadto zdaniem organu niezasadne są twierdzenia Spółki, że w przypadku odsetek za zwłokę, o których zwrot Spółka się ubiega w oparciu o przepis art. 74 ustawy Ord. pod. nie znajduje zastosowania 5-letni termin przedawniania do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wymienionych w art. 79 § 2. Ponadto organ pierwszej instancji zauważył, że Spółka, występując o zwrot ww. odsetek wraz z oprocentowaniem przysługującym na podstawie art. 78 § 5 pkt 2 ustawy Ord. pod. ze wskazaniem okresu naliczania oprocentowania od dnia powstania nadpłaty (uiszczenia przez Spółkę ww. odsetek) do 30 dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału - zaprzecza wcześniejszym wywodom, że nadpłata nie mogła powstać w dniu zapłaty, lecz dopiero w momencie stwierdzenie przez Trybunał Konstytucyjny niekonstytucyjności przepisu art. 31 ust. 1 u.k.s. W związku z powyższym organ stoi na stanowisku, że prawo do złożenia wniosku o zwrot nadpłaty z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2001 r. przedawniło się w 2007 r. Tym samym jeżeli przedawniło się prawo do złożenia wniosku o zwrot nadpłaty z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2001 r., to przedawniło się również prawo do złożenia wniosku o zwrot odsetek związanych z tym zobowiązaniem.

5. Skarżąca odwołaniem z dnia 26 kwietnia 2012 r. wniosła o uchylenie w całości decyzji organ pierwszej instancji oraz o zwrot nadpłaty powstałej w związku z uiszczeniem odsetek za zwłokę w kwocie 829.834,20 zł wraz z należnym Spółce oprocentowaniem od zwrotu nadpłaty zgodnie z art. 78 § 5 pkt 2 ustawy Ord. pod. Zaskarżonej decyzji Spółka zarzuciła naruszenie przepisów:

1) art. 74 pkt 3 ustawy Ord. pod. poprzez jego niezastosowanie w sprawie, wynikające z uznania, że wyrok Trybunału Konstytucyjnego, na którym Spółka oparła swoje żądanie, nie mógł być podstawą do zastosowania trybu zwrotu nadpłaty określonego w przedmiotowej regulacji;

2) art. 74 pkt 3 ustawy Ord. pod. poprzez uznanie, że w przypadku nadpłaty, o której mowa w tym przepisie znajduje zastosowanie ograniczenie czasowe, o którym mowa w art. 79 § 2 ww. ustawy, a w konsekwencji błędnie przyjęcie, iż uprawnienie Spółki do żądania zwrotu nadpłaty ww. odsetek wygasło na skutek upływu 5-letniego terminu, gdy tymczasem w przedmiotowej sprawie toczy się postępowanie w sprawie zwrotu nadpłaty, a nie postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty;

3) art. 74 § 1 ustawy Ord. pod. w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2002 r. oraz art. 79 § 2 pkt 2 ww. ustawy w brzmieniu obowiązującym w 2001 r. poprzez niewłaściwe zastosowanie tych przepisów i oparcie na nich wydanego rozstrzygnięcia;

4) art. 120 oraz art. 121 § 1 ustawy Ord. pod. poprzez naruszenie zasady działania na podstawie przepisów prawa i zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, wynikające z niedostrzeżenia przez Naczelnika różnicy pomiędzy postępowaniem o stwierdzenie nadpłaty a postępowaniem o zwrot nadpłaty;

5) art. 124 w związku z art. 210 § 4 ustawy Ord. pod. poprzez brak przedstawienia w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji przekonywujących motywów, w oparciu o które Naczelnik uznał przedstawione przez Spółkę wyjaśnienia i argumenty za niewiarygodne.

Skarżąca podniosła, że wskazane przez organ pierwszej instancji stanowisko sądów administracyjnych (zawarte w wyrokach WSA w Warszawie z dnia 24.04.2007 r. sygn. akt III SA/Wa 2666/06 oraz NSA z dnia 20.05.2010 r. sygn. akt I FSK 870/09) nie może być traktowane jak katalog zamknięty przypadków uprawniających do wszczęcia procedury nadpłatowej w trybie art. 74 ustawy Ord. pod. Jej zdaniem wskazane przez organ orzeczenia sądów administracyjnych zapadły na gruncie stanów faktycznych dotyczących podatku od towarów i usług, a więc istotnie odmiennych od stanu faktycznego będącego przedmiotem rozstrzygnięcia zaskarżoną decyzją. W ocenie Spółki fakt, że w powołanych orzeczeniach sądy ograniczyły się do wskazania na przepisy kreujące obowiązek podatkowy, nie odnosząc się przy tym do sytuacji, w których nadpłata powstaje na skutek zapłaty nienależnych odsetek za zwłokę, nie daje to podstaw do przyjęcia, iż stwierdzenie przez Trybunał Konstytucyjny niekonstytucyjności przepisów dotyczących naliczania odsetek za zwłokę nie uprawnia Spółki do wystąpienia o zwrot nadpłaty w trybie art. 74 ustawy Ord. pod. Ponadto Spółka podkreśliła, że bez wpływu na jej prawo do wystąpienia o zwrot ww. odsetek pozostaje fakt, iż zgodnie z przepisami przejściowymi ustawy nowelizującej, nadano przepisowi art. 31 ust 1 u.k.s. brzmienie zakwestionowane przez Trybunał Konstytucyjny, do postępowań podatkowych wszczętych przez organy skarbowe przed dniem wejścia w życie ustawy nowelizującej (czyli przed 1 września 2003 r.) stosowało się przepisy ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu dotychczasowym, w tym również art. 31 ust. 1 u.k.s., który nie wyłączał stosowania art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod. Zdaniem Spółki ww. przepisy przejściowe dotyczyły tylko postępowań podatkowych, bowiem ustawodawca nie zamieścił w ustawie nowelizującej przepisów intertemporalnych, odnoszących się do postępowań kontrolnych. Oznacza to, że w przypadku postępowań kontrolnych wszczętych przed 1 września 2003 r. należało stosować przepisy ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu nadanym przez ustawę nowelizującą. A zatem odsetki od zaległości podatkowych określonych w wyniku postępowań kontrolnych wszczętych przed 1 września 2003 r. należało ustalać z uwzględnieniem przepisu art. 31 ust. 1 u.k.s., w brzmieniu wyłączającym stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod. W ocenie Skarżącej w niniejszej sprawie nie mamy do czynienia z postępowaniem o stwierdzenie nadpłaty, lecz ze specjalnym trybem dotyczącym zwrotu nadpłaty w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego. Spółka podkreśliła, że z przepisów nie wynika, aby prawo do złożenia wniosku o zwrot nadpłaty w trybie art. 74 ustawy Ord. pod. było ograniczone jakimkolwiek limitem czasowym. W ocenie Skarżącej rozstrzygnięcie sprawy przez organ pierwszej instancji w oparciu o art. 74 § 1 ustawy Ord. pod. w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2002 r. jest nieprawidłowe, ponieważ w przedmiotowej sprawie nie mamy do czynienia z procedurą stwierdzenia nadpłaty, lecz ze zwrotem nadpłaty. Ponadto według Spółki treść wydanej przez organ pierwszej instancji decyzji stoi w rażącej sprzeczności z zasadą prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych wynikającej z art. 121 § 1 ustawy Ord. pod. W jej ocenie Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. wydal bowiem decyzję, która odmawia zasadności argumentacji przedstawionej we wniosku Spółki o zwrot nadpłaty, pomimo tego, że odmowa taka nie znajduje żadnego uzasadnienia w regulacjach prawnych. W szczególności zasadę zaufania narusza twierdzenie organu podatkowego, że wystąpienie o zwrot nadpłaty na podstawie przepisu art. 74 ustawy Ord. pod. jest możliwe tylko i wyłącznie w przypadku, gdy za niekonstytucyjny zostanie uznany przepis kreujący obowiązek podatkowy. Jednocześnie w ocenie Skarżącej organ pierwszej instancji nie zadał sobie przy tym trudu przeprowadzenia dokładnej analizy wskazanego przez siebie wyroku, ograniczając się jedynie do powołania jego fragmentu, potwierdzającego wygodną dla siebie tezę. Ponadto Spółka podniosła, iż znacząca większość powołanych przez organ pierwszej instancji argumentów dotyczy postępowania o stwierdzenie nadpłaty, a nie postępowania o zwrot nadpłaty w trybie art. 74 ustawy Ord. pod. Spółka odnosząc się zarzutu naruszenia art. 124 w związku z art. 210 § 4 ustawy Ord. pod. wskazała, iż uzasadnienie decyzji organu pierwszej instancji nie odpowiada ustawowemu wzorcowi i jest skonstruowane w sposób rażąco sprzeczny z wymaganiami stawianymi przez Ordynację podatkową. Reasumując Spółka stwierdziła, że zaskarżona decyzja pozbawiona jest jakichkolwiek elementów wskazujących na to, że organ pierwszej instancji dogłębnie przeanalizował stan faktyczny sprawy.

6. Dyrektor Izby Skarbowej w W. decyzją z dnia [...] października 2012 r. uchylił w całości decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z dnia [...] kwietnia 2012 r. oraz odmówił zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. Organ za uzasadniony uznał zarzut Skarżącej, że w niniejszej sprawie rozstrzygnięcie winno być wydane na podstawie art. 74 pkt 3 ustawy Ord. pod. Jego zdaniem organ pierwszej instancji był związany wyraźnym zakresem żądania Strony, wobec czego powinien orzec w przedmiotowej sprawie na podstawie art. 74 pkt 3 ustawy Ord. pod. - tj. w trybie dotyczącym powstania nadpłaty w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego. Jednocześnie organ zaznaczył, że Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. nie miał podstawy do orzekania w trybie stwierdzenia nadpłaty, gdyż postępowanie to wszczyna się tylko na wniosek strony, którego w tej sprawie nie złożono. W jego ocenie zarówno wniosek z 8 grudnia 2012 r. jak i z 29 lutego 2012 r. dotyczyły zwrotu nadpłaty. W związku z powyższym organ odwoławczy stwierdził, że rozpatrzenie przedmiotowej sprawy w postępowaniu odwoławczym co do meritum, nie naruszy zasady dwuinstancyjności postępowania zawartej w art. 127 ustawy Ord. pod., gdyż w przeprowadzonym postępowaniu organ pierwszej instancji de facto rozpatrzył wniosek Spółki pod kątem zwrotu nadpłaty w trybie art. 74 ustawy Ord. pod., a w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji odniósł się do wskazanego przez nią orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego. Ponadto organ podkreślił, że Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 wskazał, że przepis art. 31 ust. 1 u.k.s., jest niekonstytucyjny z powodu nierównej sytuacji podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej i organy podatkowe. W ocenie Trybunału różnicowanie sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje, jest nieuzasadnione i musi być uznane za arbitralny wybór ustawodawcy. Organ stoi na stanowisku, że skoro ustawa o WKS weszła w życie w trakcie postępowania kontrolnego prowadzonego przez organ kontroli skarbowej, Spółka płacąc odsetki od nieuregulowanego w terminie zobowiązania podatkowego, które określono decyzją z dnia [...] grudnia 2003 r., określającą wysokość zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. winna kierować się przepisami intertemporalnymi tej ustawy. W związku z powyższym zgodnie z art. 31 ust. 2 ustawy o WKS postępowania podatkowe wszczęte przez organy kontroli skarbowej przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy są prowadzone na zasadach określonych w przepisach ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu dotychczasowym. Zatem w ocenie organu, podstawą do naliczenia odsetek od nieuregulowanego w terminie zobowiązania podatkowego określonego decyzją był przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu obowiązującym przed wejściem w życie nowelizacji z dnia 27 czerwca 2003 r. Jednocześnie organ odwoławczy podkreślił, że w ustawie o kontroli skarbowej w brzmieniu obowiązującym w dniu wejścia w życie ustawy o WKS organy kontroli skarbowej nie prowadziły innych postępowań podatkowych jak tylko te w rozumieniu art. 31 ust. 2 pkt 3 u.k.s., z którego wynika, że użyte w ustawie określenie postępowanie kontrolne oznacza postępowanie podatkowe, o którym mowa w dziale IV Ordynacja podatkowa. Zatem zdaniem organu z powołanych wyżej przepisów jednoznacznie wynika, iż przepisy przejściowe ustawy WKS dotyczyły również postępowań kontrolnych wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie nowelizacji ustawy. W związku z powyższym organ stoi na stanowisku, że wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. nie ma zastosowania w przedmiotowej sprawie, bowiem przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu uznanym przez Trybunał za niekonstytucyjny nie miał zastosowania do naliczenia odsetek od zaległego podatku dochodowego od osób prawnych za 2001 r. określonego decyzją z dnia [...] grudnia 2003 r. W związku z tym Spółka nie była uprawniona do żądania zwrotu odsetek, za okres prowadzonego postępowania na mocy art. 74 ust. 3 ustawy Ord. pod., z uwagi na to, że wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10 nie ma zastosowania w przedmiotowej sprawie. W dalszej części uzasadnienia organ odnosząc się do zarzutu niewłaściwego powołania się przez organ pierwszej instancji na orzecznictwo sądów administracyjnych, a mianowicie na wyrok WSA w Warszawie z dnia 24 kwietnia 2007 r. sygn. akt III SA/Wa 2666/06 oraz NSA z dnia 20 maja 2010 r. sygn. akt I FSK 870/09, stwierdził, że jest on nieuzasadniony. Organ podkreślił, że z wyroku NSA jednoznacznie wynika, że przepis art. 74 ustawy Ord. pod. ma zastosowanie, tylko wówczas, gdy Trybunał Konstytucyjny stwierdzi niekonstytucyjność przepisu prawa podatkowego, który kreował obowiązek podatkowy. W ocenie organu odwoławczego, organ pierwszej instancji prawidłowo stwierdził, że z treści ww. wyroku Trybunału Konstytucyjnego wynika, iż nie dotyczy on bezpośrednio przepisu - podstawy prawnej określającej obowiązek naliczenia odsetek od nieuregulowanego w terminie zobowiązania podatkowego, a tylko takie orzeczenie Trybunału mogłoby być podstawą zwrotu nadpłaty na podstawie art. 74 pkt 3 ustawy Ord. pod. Natomiast odnośnie zarzutu naruszenia art. 124 w zw. z art. 210 § 4 ustawy Ord. pod. organ podniósł, że pomimo błędnego zastosowania trybu stwierdzenia nadpłaty, organ pierwszej instancji zgodnie z ww. przepisami wyjaśnił Stronie przesłanki, które w jego ocenie stanowiły o braku zastosowania wyroku Trybunału Konstytucyjnego, powołanego przez Stronę w odwołaniu.

7. Spółka niezgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem skargą z dnia 21 listopada 2012 r. wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości, oraz zasadzenie kosztów postępowania według norm przepisanych. Zaskarżonej decyzji Strona zarzuciła naruszenie:

1) art. 74 pkt 3 ustawy Ord. pod. poprzez jego błędną interpretację, polegającą na uznaniu, że wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r., (sygn. akt SK 2/10), na którym Spółka oparła swoje żądanie, nie mógł być podstawą do zastosowania trybu zwrotu nadpłaty określonego w przedmiotowej regulacji, ponieważ przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. (w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2003 r. do 30 czerwca 2010 r., Dz. U. z 1999 r. Nr 54, poz. 572 z późn. zm., dalej: "u.k.s. po zmianach"), którego wyrok ten dotyczy nie kreował obowiązku podatkowego;

2) art. 31 ust. 2 ustawy o WKS, poprzez jego błędne zastosowanie wynikające z uznania, że przepis ten odnosi się również do postępowań kontrolnych wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie przedmiotowej ustawy, w konsekwencji uznanie, że przepisy art. 31 ust. 1 u.k.s. po zmianach, uznanego przez Trybunał za niekonstytucyjny, nie miały zastosowania do naliczania odsetek, których zwrotu żąda Spółka;

3) art. 121 § 1 ustawy Ord. pod. poprzez naruszenie zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych polegające na uznaniu, że wniosek Spółki nie może być rozpoznany w trybie wskazanym przez Spółkę oraz jednoczesne stwierdzenie, że wniosek jest bezzasadny - w wyniku takiego działania Spółka uzyskała dwie sprzeczne informacje, utrudniające jej podjęcie obrony przed działaniami organu, poprzez właściwe sformułowanie zarzutów odnośnie stanowiska organu;

4) art. 124 w związku z art. 210 § 4 ustawy Ord. pod. poprzez brak przedstawienia w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji przekonywujących motywów, w oparciu o które organ uznał przedstawione przez Spółkę wyjaśnienia i argumenty za niewiarygodne;

W ocenie Spółki bez wpływu na jej prawo do wystąpienia o zwrot odsetek pozostaje fakt, iż zgodnie z przepisami przejściowymi ustawy nowelizującej, nadającej przepisowi art. 31 ust. 1 u.k.s. brzmienie zakwestionowane przez Trybunał Konstytucyjny, do postępowań podatkowych wszczętych przez organy skarbowe przed dniem wejścia w życie ustawy nowelizującej, (czyli przed 1 września 2003 r.), stosowało się przepisy u.k.s. w brzmieniu dotychczasowym, w tym również art. 31 ust. 1, który nie wyłączał stosowania art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod. Zdaniem Skarżącej na uwagę zasługuje fakt, że ww. przepisy przejściowe dotyczyły tylko postępowań podatkowych, gdyż Ustawodawca nie zamieścił bowiem w ustawie nowelizującej przepisów intertemporalnych odnoszących się do trybu prowadzenia postępowań kontrolnych. W jej ocenie oznacza to, że w przypadku postępowań kontrolnych wszczętych przed 1 września 2003 r. należało stosować przepisy ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu nadanym przez ustawę nowelizującą o WKS. A zatem odsetki od zaległości podatkowych określonych w wyniku postępowań kontrolnych wszczętych przed 1 września 2003 r. należało ustalać z uwzględnieniem przepisu art. 31 ust. 1 u.k.s. po zmianach, a zatem w brzmieniu wyłączającym stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod. (i zakwestionowanym przez Trybunał Konstytucyjny). Zdaniem Spółki stanowisko organu odwoławczego, zgodnie z którym przepis art. 31 ust. 2 ustawy o WKS obejmuje swoim zakresem także postępowaniu kontrolne wszczęte i niezakończone przed 1 września 2003 r. należy uznać za bezzasadne, bowiem postępowanie kontrolne prowadzone przez organ kontroli skarbowej nie było tożsame z postępowaniem podatkowym, o którym mowa w powołanym przepisie przejściowym. W związku tym w ocenie Spółki w przypadku postępowań kontrolnych wszczętych i niezakończonych przed 1 września 2003 r. należało stosować przepisy u.k.s. po zmianach, tj. w brzmieniu nadanym przez ustawę o WKS. Na poparcie swojego stanowiska Skarżąca przytoczyła fragment orzeczenia Naczelnego Sądu Administracyjnego z 14 kwietnia 2005 r. (sygn. akt II FSK 425/05). W dalszej części Skarżąca wskazała, że decyzja Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z [...] grudnia 2003 r., została wydana na podstawie art. 24 ust. 1 lit. a u.k.s. po zmianach w związku z czym za błędne należy uznać stanowisko organu odwoławczego, zgodnie z którym w przedmiotowej sprawie podstawą do naliczania odsetek za zwłokę był przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu obowiązującym przed 1 wrześniu 2003 r. Jednocześnie Spółka podkreśliła, że na podstawie przepisów u.k.s. w brzmieniu nadanym ustawą o WKS został sporządzony także protokół kontroli skarbowej z 17 listopada 2003 r. Świadczy o tym to, że protokół ten zawiera ocenę prawną ustaleń dokonanych przez kontrolujących. Jednocześnie Skarżąca stoi na stanowisku, że skoro w okresie od 1 stycznia 2003 r. do 31 sierpnia 2003 r. były prowadzone postępowania podatkowe, a przepis art. 31 ust. 2 ustawy o WKS wyraźnie odnosi się do postępowań podatkowych, to twierdzenie organu, iż przepis ten obejmuje swoim zakresem także postępowania kontrolne wszczęte i niezakończone przed 1 września 2003 r. należy uznać za bezzasadne. Zdaniem Spółki, gdyby intencją ustawodawcy było objęcie zakresem przepisu art. 31 ust. 2 ustawy o WKS postępowań kontrolnych, a nie tylko postępowań podatkowych, to intencja ta zostałaby wyartykułowana wprost w przedmiotowej regulacji. Skoro zaś przepis art. 31 ust. 2 ustawy o WKS nie wskazuje na wolę ustawodawcy w zakresie rozstrzygnięć intertemporalnych dotyczących postępowań kontrolnych wszczętych i niezakończonych przed 1 września 2003 r., to należy uznać, iż do tych postępowań należało stosować przepisy ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu nadanym ustawą o WKS. Ponadto Spółka podnosząc zarzut naruszenia art. 121 § 1 ustawy Ord. pod. stwierdziła, że organ udzielił dwóch sprzecznych informacji stwierdzając, że jej wniosek nie może być rozpoznany w trybie wskazanym przez podatnika oraz jednocześnie uznając, że jest on niezasadny. Zdaniem Spółki takie rozstrzygnięcie utrudnia podjęcie przez podatnika obrony przed działaniami organu poprzez właściwe sformułowanie zarzutów odnośnie stanowiska organu. Ponadto jej zdaniem uzasadnienie zaskarżonej decyzji nie odpowiada, ustawowemu wzorcowi i jest skonstruowane w sposób rażąco sprzeczny z wymaganiami statuowanymi przez Ordynację podatkową. Tymczasem uzasadniając zaskarżoną decyzję organ odwoławczy ograniczył się do przytoczenia treści przepisów oraz fragmentów orzeczeń sądów administracyjnych niekoniecznie odnoszących się do kwestii będącej przedmiotem niniejszej sprawy i stwierdził, że w przedmiotowej sprawie powołany przez Spółkę wyrok Trybunału Konstytucyjnego nie znajduje zastosowania, w związku z czym brak jest podstawy prawnej do zwrotu nadpłaty. Skarżąca podkreśliła, że wydana decyzja sprowadza się do udzielenia odpowiedzi negatywnej i w żaden sposób nie wskazuje podstaw rozstrzygnięcia.

8. W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w W. wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

skarga zasługiwała na uwzględnienie.

9. Przenosząc określone w przepisach ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 poz. 1270 ze zm. - dalej powoływanej jako "p.p.s.a") kryteria oceny zaskarżonego aktu administracyjnego na grunt przedmiotowej sprawy, Sąd uznał, iż zaskarżona decyzja Dyrektora Izby Skarbowej w W. uchylająca decyzję organu pierwszej instancji i odmawiająca w trybie uregulowanym w art. 74 pkt 3 ustawy Ord. pod. zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001r. - naruszała przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy. Rozstrzygnięcie organu odwoławczego było także sprzeczne z orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10.

10. Z akt sprawy wynikało, iż Skarżąca wniosła o weryfikację rozstrzygnięcia i zwrot odsetek za zwłokę, które zostały zapłacone przez Spółkę w wyniku postępowania kontrolnego w zakresie rozliczenia z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2001 r., wszczętego na podstawie postanowienia Dyrektora UKS z [...] kwietnia 2003 r. Przedmiotowe odsetki zostały naliczone za okres od 10 kwietnia 2003 r. (dzień wszczęcia postępowania kontrolnego) do dnia 30 grudnia 2003 r. (dzień doręczenia decyzji Dyrektora UKS z [...] grudnia 2003 r.). Spółka w tym celu wybrała szczególny tryb "zwrotu nadpłaty" uregulowany w art. 74 ustawy Ord. pod. Zgodnie z ww. przepisem, jeżeli nadpłata powstała w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub orzeczenia Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, a podatnik, którego zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1: 1) złożył jedną z deklaracji, o których mowa w art. 73 § 2, lub inną deklarację, z której wynika wysokość zobowiązania podatkowego - wysokość nadpłaty określa podatnik we wniosku o jej zwrot, składając równocześnie skorygowaną deklarację; 2) został rozliczony przez płatnika - wysokość nadpłaty określa podatnik we wniosku o jej zwrot, składając równocześnie zeznanie (deklarację), o którym mowa w art. 73 § 2 pkt 1; 3) nie był obowiązany do składania deklaracji - wysokość nadpłaty określa podatnik we wniosku o jej zwrot. W uzasadnieniu wniosku Spółka powołała się na wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., (sygn. akt SK 2/10). W wyroku tym Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej po zmianach, tj. w brzmieniu nadanym ustawą o WKS, w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod. jest niezgodny z art. 84 w związku z art. 64 ust. 1 i 2, art. 3 1 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej. W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Konstytucyjny zwrócił uwagę, że art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej po zmianach ma istotne znaczenie dla podatników, u których stwierdzono powstanie zaległości podatkowej, gdyż wpływa na wysokość obciążenia ich odsetkami za zwłokę z tytułu tejże zaległości. Trybunał podkreślił, że na skutek dokonanego w tym przepisie wyłączenia, sposób naliczania odsetek od zaległości podatkowych zależy od tego, który organ - kontroli skarbowej czy podatkowy - prowadzi wobec danego podmiotu postępowanie w sprawie zobowiązań podatkowych. Tym samym, w sytuacji gdy kontrolę podatnika prowadzi organ kontroli skarbowej, wyłączona była - na podstawie kwestionowanej regulacji - możliwość nienaliczania odsetek za zwłokę za okresy określone w art. 54 § 1 pkt 1 i 7 Ordynacji podatkowej. Podatnicy byli wówczas obciążeni odsetkami z tytułu zaległości podatkowych za pełny okres pozostawania w zwłoce. Natomiast w przypadku, gdy postępowanie było prowadzone przez organ podatkowy, podatnikom nie naliczało się odsetek za okresy wymienione w art. 54 Ordynacji podatkowej. Trybunał Konstytucyjny wskazał nadto, że przyjęta w kwestionowanej regulacji zasada naliczania odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji także wtedy, gdy nie została ona doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, stawia podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej w gorszej sytuacji w porównaniu z sytuacją prawną podatników kontrolowanych przez organy podatkowe, w stosunku do których odsetki nie są za ten okres naliczane. Trybunał Konstytucyjny podkreślił również, że różnicowanie, w kwestionowanym przepisie, sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje, jest nieuzasadnione i musi być uznane za arbitralny wybór ustawodawcy. W konsekwencji uznał kwestionowany przepis za niezgodny z Konstytucją. Skarżąca uzasadniając żądanie wypłaty nadpłaty w rybie uregulowanym w art. 74 ustawy Ord. pod. uzasadniała, iż wobec niej w 2003 r. toczyło się wyłącznie postępowanie kontrolne, które na żadnym etapie nie przekształciło się w postępowanie podatkowe. Nie wszczęto wobec niej postępowania podatkowego. Z tych też powodów zdaniem Skarżącej organ skarbowy wydając decyzję wymiarową zastosował w sprawie przepisy u.k.s. w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów ...(Dz. U. nr 137, poz. 1302 – "ustawa o WKS"), które wyłączały odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i pkt 7 ustawy Ord. pod. w postępowaniach prowadzonych przez organy kontroli skarbowej. Z tych też powodów w ocenie Skarżącej wobec niej znajduje zastosowanie powołane na wstępie orzeczenie TK stwierdzające niekonstytucyjność przepisów u.k.s. w zakresie nienaliczania odsetek za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji. Strona wskazała także, że wobec niej nie miały zastosowania intertemporalne z uwagi na to, iż dotyczyły one wyłącznie postępowań podatkowych a nie postępowania kontrolnego prowadzonego wobec niej w 2003 r.

11. Organy podatkowe obu instancji niezgadzając się ze stanowiskiem Skarżącej odmówiły jej zwrotu nadpłaty uznając, iż powołany powyżej wyrok TK nie znajduje zastosowania w przedmiotowej sprawie. Dyrektor Izby Skarbowej odwołując się do tez orzeczenia Trybunały wskazał, iż skoro ustawa o WKS weszła w życie w trakcie postępowania kontrolnego prowadzonego przez organ kontroli skarbowej, Spółka płacąc odsetki od nieuregulowanego w terminie zobowiązania podatkowego, które określono decyzją z dnia [...] grudnia 2003 r., określającą wysokość zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. winna była kierować się przepisami intertemporalnymi tej ustawy. W związku z powyższym zgodnie z art. 31 ust. 2 ustawy o WKS postępowania podatkowe wszczęte przez organy kontroli skarbowej przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy są prowadzone na zasadach określonych w przepisach ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu dotychczasowym. Zatem w ocenie organu, podstawą do naliczenia odsetek od nieuregulowanego w terminie zobowiązania podatkowego określonego decyzją był przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu obowiązującym przed wejściem w życie nowelizacji z dnia 27 czerwca 2003 r. Organ podatkowy stwierdził, iż w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku od osób prawnych za 2001 r. były zastosowane przepisy ustawy u.k.s. w brzmieniu przed zmianami wprowadzonymi nowelą – ustawą o WKS. Z tych też powodów zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej brak było możliwości zastosowania w rozpoznawanej sprawie przepisów u.k.s. w brzmieniu obowiązującym po 1 września 2003 r., w zakresie wyłączenia w postępowaniach prowadzonych przez organy kontroli skarbowej przepisów art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod. – co do których wypowiedział się TK w orzeczeniu z dnia 18 października 2011 r.

12. Zważywszy powyższe wskazać należy, iż spór w rozpoznawanej sprawie dotyczy w swej istocie wykładni przepisów intertemporalnych w zestawieniu z przepisami u.k.s. Ustalenie stanu prawnego w tym przedmiocie doprowadzi do oceny zasadności uprawnienia do wypłaty nadpłaty w trybie określonym w art. 74 ustawy Ord. pod wobec zastosowania w sprawie orzeczenia TK.

13. Sąd po przeanalizowaniu akt sprawy uznał, iż w rozpoznawanej sprawie Skarżąca mogła skorzystać z uprawnienia określonego w art. 74 pkt 3 ustawy Ord. pod. ze względu na prawo do zastosowania do nadpłaconych w 2003 r. odsetek wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10. W tym zakresie Sąd w całości podzielił stanowisko co do wykładni przepisów prawa materialnego zaprezentowane przez Skarżącą w pismach procesowych.

14. Odnosząc się na wstępie do charakteru "nadpłaty" określonej w art. 74 ustawy Ord. pod. wskazać należy, iż przepis art. 74 ustawy Ord. pod. posługuje się pojęciem "nadpłaty powstałej w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub orzeczenia Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości". Ponieważ nadpłatą jest zasadniczo kwota nienależnie bądź nadmiernie zapłaconego zobowiązania, to wskazany zwrot należy rozumieć jako odnoszący się do sytuacji, w której orzeczenie trybunalskie miało za przedmiot przepis stanowiący podstawę określenia obowiązku zapłaty podatku (kwoty zobowiązania) lub miało wpływ na sposób określania związanych z tymi zobowiązaniami odsetek. Orzeczenie to musiało mieć przy tym taki kierunek, że wynikało z niego, iż przepis kreujący obowiązek zapłaty zobowiązania lub określania odsetek był niezgodny z Konstytucją RP - w przypadku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, bądź też przepis ów był sprzeczny z normą prawa wspólnotowego w świetle wykładni tego prawa, dokonanej w wyroku Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. Tak więc orzeczenie odpowiedniego Trybunału odnosić się musi do tego przepisu prawa krajowego, na podstawie którego doszło do wykonania zobowiązania. Jest tak dlatego, iż jak na to wskazuje przepis art. 74 ustawy Ord. pod., orzeczenie trybunalskie ma być swoistą "przyczyną" powstania nadpłaty. Nie chodzi więc tu o określony sposób wykładni prawa, który w drodze analogii mógłby być zastosowany do różnego rodzaju przypadków, lecz o sytuację bezpośrednio dotyczącą przepisu prawa będącego podstawą obowiązku zapłaty kwoty zobowiązania.

15. W ocenie Sądu w rozpoznawanej sprawie zasadne jest stanowisko, iż Trybunał Konstytucyjny orzekł o niezgodności z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej przepisu, na podstawie którego Spółka uiściła odsetki od zaległości podatkowej określonej na skutek kontroli przeprowadzonej przez organ kontroli skarbowej w zakresie rozliczenia z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2001 r. Tym samym Spółka, dokonując zapłaty odsetek za zwłokę na podstawie przepisu niezgodnego z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej, nabyła prawo do zwrotu ww. odsetek, bowiem w wyniku wydanego przez Trybunał Konstytucyjny orzeczenia powstała nadpłata. Należy także uznać za zasadne poglądy Skarżącej, iż odsetki za zwłokę zapłacone nienależnie przez Spółkę na podstawie przepisu, którego niekonstytucyjność stwierdził Trybunał Konstytucyjny, stanowią nadpłatę w świetle przepisów Ordynacji podatkowej. Zgodnie z art. 72 § 1 ustawy Ord. pod. za nadpłatę uważa się m.in. kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Natomiast w myśl art. 72 § 2 Ordynacji podatkowej jeżeli wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwlokę. Mając na uwadze brzmienie przepisów art. 74 oraz art. 72 § 2 ustawy Ord. pod., w ocenie Spółki odsetki za zwłokę uiszczone na podstawie regulacji, której niekonstytucyjność stwierdził Trybunał Konstytucyjny, stają się nadpłatą. Ustalenie przez Trybunał Konstytucyjny, że naliczanie odsetek za zwlokę za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji także wtedy, gdy nie została ona doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego narusza Konstytucję Rzeczpospolitej Polskiej, skutkuje bowiem uznaniem odsetek za zwłokę uiszczonych przez Spółkę za świadczenie nienależne. W rezultacie odsetki te stanowią nadpłatę, której zwrotu można dochodzić w szczególnym postępowaniu o zwrot nadpłaty w trybie art. 74 ustawy Ord. pod.

16. Sąd w świetle powyższych rozważań nie dostrzegł także prawa po stronie organów podatkowych do ograniczania możliwości zastosowania orzeczenia TK wyłącznie do sytuacji, w których TK zakwestionowałby przepisy związane z kreowaniem obowiązku podatkowego w tym określeniem zobowiązań podatkowych. Sąd uznał, że akcesoryjny charakter odsetek, ich ściśle powiązane z należnością główną uprawnia do rozszerzenia zakresu zastosowania trybu art. 74 ustawy Ord. pod. (vide orzeczenie NSA z dnia 21 lutego 2006 r. sygn. akt II FSK 369/05) również do pobranych nienależnie odsetek.

17. Sąd także wskazuje na to, iż w przedmiotowej sprawie Skarżąca złożyła wniosek o wypłatę nadpłaty w trybie przewidzianym w art. 74 ustawy Ord. pod. w dniu 8 grudnia 2011 r. tj. 2 miesiące po opublikowaniu w Dzienniku Ustaw orzeczenia TK. Momentem powstania nadpłaty był moment wydania wyroku TK. Z tych też powodów brak jakichkolwiek argumentów wskazujących na wygaśnięcie prawa do zwrotu nadpłaty (vide art. 80 ustawy Ord. pod.).

18. Zgodnie z sentencją orzeczenia TK art. 31 ust. 1 u.k.s., w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu WKS, w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod., okazał się niezgodny z art. 84 w związku z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej. W wyroku tym Sąd stwierdził m.in., iż "przyjęta w kwestionowanej regulacji zasada naliczania odsetek za zwłoką także za okres zabezpieczenia wykonania zobowiązania podatkowego na mieniu podatnika, gdy uzyskane z zabezpieczenia środki finansowe są zaliczane na poczet zaległości podatkowych, oraz za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji także wtedy, gdy nie została ona doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, stawia podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej w gorszej sytuacji w porównaniu z sytuacją prawną podatników kontrolowanych przez organy podatkowe, w stosunku do których odsetki nie są za wymienione okresy naliczane ". Organy podatkowe jak już wskazano uprzednio zakwestionowały prawo do powoływania się na ww. wyrok TK, ze względu na brzmienie przepisów intertemporalnych ustawy o WKS, a konkretnie z art. 31 ust. 2 tej ustawy, w myśl którego postępowania podatkowe wszczęte przez organy kontroli skarbowej przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy są prowadzone na zasadach określonych w przepisach ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu dotychczasowym. Dyrektor wskazał, że postępowanie kontrolne wobec Spółki w sprawie rozliczeń z budżetem z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2001 r. zostało wszczęte postanowieniem z dnia [...] kwietnia 2003, a decyzję określającą wysokość zobowiązania w tym podatku wydano w dniu [...] grudnia 2003 r. W związku z tym, Dyrektor, powołując się na art. 31 ust. 2 ustawy o WKS stwierdził, że podstawą do naliczania odsetek za zwłokę, których zwrotu żąda Spółka, był przepis art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu obowiązującym przed 1 września 2003 r., a zatem w brzmieniu, którego nie dotyczył wyrok Trybunału Konstytucyjnego. Tym samym, w ocenie Dyrektora wyrok Trybunału, w oparciu o który Spółka zażądała zwrotu odsetek za zwłokę, nie znajduje zastosowania w przedmiotowej sprawie. W ocenie Sądu stanowisko organów podatkowych co do zastosowania przepisów intertemporalnych jest błędne. Po pierwsze podnieść należy, iż przepisy przejściowe dotyczyły tylko postępowań podatkowych. Ustawodawca nie zamieścił bowiem w ustawie nowelizującej przepisów intertemporalnych odnoszących się do trybu prowadzenia postępowań kontrolnych. Oznacza to, że w przypadku postępowań kontrolnych wszczętych przed 1 września 2003 r. należało stosować przepisy ustawy o kontroli skarbowej w brzmieniu nadanym przez ustawę nowelizującą. A zatem odsetki od zaległości podatkowych określonych w wyniku postępowań kontrolnych wszczętych przed 1 września 2003 r. należało ustalać z uwzględnieniem przepisu art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej po zmianach, a zatem w brzmieniu wyłączającym stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod. (i zakwestionowanym przez Trybunał Konstytucyjny). Po drugie w okresie od 1 stycznia 2003 r. do 31 sierpnia 2003 r. działania organów skarbowych dzieliły się na dwie fazy. Pierwszą fazą było postępowanie kontrolne, którego wszczęcie następowało w formie postanowienia (art. 13 ustawy o kontroli skarbowej przed zmianami). W ramach postępowania kontrolnego organy skarbowe prowadziły czynności kontrolne, mające na celu ustalenie ewentualnych nieprawidłowości w rozliczeniach podatnika. Przebieg postępowania kontrolnego był dokumentowany w protokole, sporządzanym zgodnie z art. 290 Ordynacji podatkowej, co wynikało z art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej przed zmianami, w myśl którego w zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy ustawy - Ordynacja podatkowa. Postępowanie kontrolne było uznawane za zakończone: w przypadku złożenia przez kontrolowanego zastrzeżeń lub wyjaśnień do protokołu kontrolnego - w dniu doręczenia kontrolowanemu zawiadomienia o sposobie ich załatwienia, w przypadku nie złożenia przez kontrolowanego zastrzeżeń lub wyjaśnień do protokołu kontrolnego - w dniu upływu terminu do przedstawienia zastrzeżeń lub wyjaśnień. Jeżeli w trakcie postępowania kontrolnego zostały stwierdzone nieprawidłowości rozliczeń, a kontrolujący nie uwzględnili zastrzeżeń i wyjaśnień złożonych przez kontrolowanego, organy skarbowe rozpoczynały fazę drugą, tj. postępowanie podatkowe. Na podstawie art. 31 ustawy o kontroli skarbowej przed zmianami w związku z art. 165 Ordynacji podatkowej postępowanie podatkowe było wszczynane w formie postanowienia. Celem postępowania podatkowego było wydanie przez organ pierwszej instancji decyzji określającej lub ustalającej określone zobowiązania podatkowe w prawidłowej wysokości. Decyzja kończyła prowadzone postępowanie podatkowe. Powyższy schemat dwuetapowego postępowania prowadzonego przez organy skarbowe został także opisany w orzecznictwie sądowym. W tezowanym orzeczeniu NSA z dnia 30 maja 2006 r. sygn. akt II FSK 425/05 Sąd wyjaśnił, że "art. 24 pkt 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej /t.j. Dz.U. 2004 nr 8 poz. 65 ze zm./ w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia do 31 sierpnia 2003 r., stanowił jedynie o tym, że organ kontroli skarbowej wydaje decyzję w rozumieniu ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, gdy ustalenia dotyczą podatków, opłat i niepodatkowych należności budżetu państwa, których określanie lub ustalanie należy do właściwości urzędów skarbowych. Przepis ten nie przewidywał natomiast okoliczności, w których organ kontroli skarbowej uprawniony był do wydania takiej decyzji, które to treści zawierał natomiast art. 24 ust. 1 i 2 pkt 1 w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2002 r. /Dz.U. 2002 nr 89 poz. 804/ jak i art. 24 ust. 1 pkt 1 i ust. 2 w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2003 r. /Dz.U. 2003 nr 937 poz. 1302/. Oznacza to, że kontrola skarbowa, podobnie jak kontrola podatkowa kończyła się w sposób przewidziany w art. 291 par. 4 Ordynacji podatkowej, tj. zawiadomieniem kontrolowanego o sposobie załatwienia zastrzeżeń do protokołu kontroli lub z upływem przewidzianego w art. 291 par. 1 Ordynacji podatkowej terminu do zgłoszenia zastrzeżeń lub wyjaśnień przez kontrolowanego. Skoro w owym czasie /od 1 stycznia do 31 sierpnia 2003 r./ stosownie do brzmienia art. 24 pkt 1 ustawy o kontroli skarbowej organ kontroli skarbowej nie był uprawniony po zakończeniu kontroli do wydania decyzji, a w postępowaniu kontrolnym stosowało się odpowiednio przepisy Ordynacji podatkowej oznaczało to, że organ kontroli, po zakończeniu postępowania kontrolnego obowiązany był wszcząć postępowanie podatkowe, stosownie do art. 165 par. 2 Ordynacji podatkowej. Dopiero to postępowanie kończyło się decyzją wydawaną na podstawie art. 24 pkt 1 ustawy o kontroli skarbowej. Od 1 września 2003 r., w związku ze wspomnianą wyżej nowelizacją ustawy, nastąpiła zasadnicza zmiana w tym zakresie. W art. 24 ust. 1 pkt 1 ustawy o kontroli skarbowej przewidziano, że organ kontroli skarbowej wydaje decyzje w sprawach podatków, których określanie lub ustalanie należy do właściwości naczelników urzędów skarbowych po zakończeniu kontroli. Jest jedynie zobowiązany - na podstawie art. 24 ust. 2 ustawy o kontroli skarbowej do wyznaczenia stronie siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Oznacza to, że od tej daty ustawa o kontroli skarbowej uregulowała w sposób szczególny tryb wydawania decyzji w sprawie podatków przez organ kontroli skarbowej i w tym zakresie nie ma zastosowania zawarte w art. 31 ust. 1 ustawy odesłanie do odpowiedniego stosowania przepisów Ordynacji podatkowej. Tym samym po 1 września 2003 r. decyzja podatkowa organu kontroli skarbowej wydawana jest na podstawie materiału dowodowego zebranego w postępowaniu kontrolnym, bez wszczynania postępowania podatkowego uregulowanego w Dziale IV Ordynacji podatkowej." Zważywszy powyższe stwierdzić należy, iż organ skarbowy w okresie od stycznia do 1 września 2003 r. po przeprowadzeniu kontroli skarbowej powinien wszcząć postępowanie podatkowe. Z akt sprawy wynikało jednakże, iż wobec Skarżącej postanowieniem z dnia [...] kwietnia 2003 r. wszczęto wyłącznie ogólne postępowanie kontrolne a nie postępowanie podatkowe. Z tych też powodów brak było podstaw do przyjęcia, iż w rozpoznawanej sprawie mają zastosowanie przepisy przejściowe z ustawy o WKS, odnoszące się do postępowań podatkowych. Podnieść należy, iż przepisy przejściowe jednoznaczne wskazywały na wszczęte postępowania podatkowe a nie na postępowania prowadzone przez organy skarbowe.

19. Również z akt sprawy jednoznacznie wynikało, iż organ kontroli skarbowej w wydanej decyzji zastosował przepisy u.k.s. w brzmieniu nadanym nowelą ustawy o WKS. Zdaniem Sądu stanowisko Dyrektora Izby Skarbowej, zgodnie z którym przepis art. 31 ust. 2 ustawy o WKS obejmuje swoim zakresem także postępowania kontrolne wszczęte i niezakończone przed 1 września 2003 r. należy uznać za bezzasadne, bowiem postępowanie kontrolne prowadzone przez organ kontroli skarbowej nie było tożsame z postępowaniem podatkowym, o którym mowa w powołanym przepisie przejściowym. Mając na uwadze to, że art. 31 ust. 2 ustawy o WKS odnosił się tylko i wyłącznie do postępowań podatkowych, w ocenie Sądu odsetki od zaległości podatkowych określonych w wyniku postępowań kontrolnych wszczętych i niezakończonych przed 1 września 2003 r., należało ustalać z uwzględnieniem przepisu art. 31 u.k.s. po zmianach, a zatem w brzmieniu zakwestionowanym przez Trybunał Konstytucyjny.

20. Zważywszy powyższe uznając, iż orzeczenie TK ma zastosowanie w rozpoznawanej sprawie organy podatkowe powinny stosując tryb uregulowany w art. 74 ustawy Ord. dokonać wypłaty nadpłaconych przez Skarżącą odsetek stosując odpowiednie przepisy ww. ustawy. Ze względu na złożenie wniosku po przekroczeniu 30 dni od wyroku TK oprocentowanie nadpłaty nie jest należne.

21. W tym stanie rzeczy, wobec uznania, iż w rozpoznawanej sprawie ma zastosowanie wyrok TK z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 i stwierdzenia naruszenia przepisów prawa materialnego dotyczących zwrotu nadpłaty Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a., uchylił zaskarżoną decyzję. Zakres, w jakim uchylona decyzja nie podlega wykonaniu określono w oparciu o art. 152 p.p.s.a., zaś o kosztach postępowania sądowego orzeczono zgodnie z art. 200 i art. 206 tej ustawy