Wyrok WSA w Gliwicach, sygn. akt I SA/Gl 185/11
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach
Data orzeczenia: 2011-05-10 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6115 Podatki od nieruchomości
Hasła tematyczne: Podatek od nieruchomości
Skarżony organ: Samorządowe Kolegium Odwoławcze
Treść wyniku: Uchylono decyzję I i II instancji
Powołane przepisy: article: art. 21 par. 1,  par. 2,  par. 3,  par. 5,  art. 72 par. 1 pkt 1,  art. 73 par. 2,  art. 74a, art. 75 par. 2 pkt 1 lit. b,  art. 75 par. 3, par. 4,  art. 81 par. 2.
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Bożena Suleja, Sędzia NSA Eugeniusz Christ (spr.), Sędzia WSA Grzegorz Granieczny, Protokolant Izabela Maj - Dziubańska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 10 maja 2011 r. sprawy ze skargi A S.A. w K. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w K. z dnia [...] nr [...] w przedmiocie podatku od nieruchomości 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Burmistrza Miasta P. nr [...] z dnia [...]; 2) zasądza od Samorządowego Kolegium Odwoławczego w K. na rzecz strony skarżącej kwotę [...] ([...]) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.


UZASADNIENIE

Decyzją z dnia [...] r. Nr [...], wydaną na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa ( t.j. Dz. U. Nr 8 z 2005 r., poz. 60 ze zm.), po rozpatrzeniu odwołania A S.A. w K., od decyzji Burmistrza Miasta P. Nr [...] z dnia [...] r. w sprawie odmowy stwierdzenia istnienia nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2005, Samorządowe Kolegium Odwoławcze w K. utrzymało w mocy decyzję organu podatkowego pierwszej instancji.

W uzasadnieniu rozstrzygnięcia organ odwoławczy wskazał, że wnioskiem z dnia 2 września 2010 r. A S.A. w K. złożyła skorygowaną deklarację na podatek od nieruchomości za rok 2005, wykazując nadpłatę w łącznej wysokości [...] zł. Organ podatkowy pierwszej instancji, celem ustalenia istnienia wymienionej we wniosku nadpłaty przeprowadził postępowanie dowodowe, a następnie odmówił podatnikowi jej stwierdzenia. Od decyzji tej strona wniosła odwołanie zarzucając naruszenie art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych, w brzmieniu obowiązującym w roku 2005 ( dalej ustawa podatkowa ) poprzez jego błędną wykładnię, a w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie oraz naruszenie art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej poprzez nieokreślenie wysokości zobowiązania podatkowego.

Następnie organ odwoławczy przytoczył treść art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy podatkowej wymieniając zawarte w nim przesłanki niezbędne dla nabycia prawa do zwolnienia od podatku po czym stwierdził, iż podatnik w swoim odwołaniu nie podważał żadnych ustaleń faktycznych poczynionych przez organ podatkowy pierwszej instancji lecz zakwestionował zastosowaną przez ten organ wykładnie powołanego przepisu.

Organ odwoławczy wyjaśnił, że organ podatkowy pierwszej instancji przyjął interpretację dokonaną przez Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie w licznych wyrokach, między innymi w wyroku sygn. akt II FSK 1596/07 z dnia 24 lutego 2009 r. oraz wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 22 czerwca 2010 r. sygn. akt I SA/GL 302/10 dotyczącego tego samego podatnika oraz analogicznego stanu faktycznego sprawy. Wskazał na pojawiające się rozbieżności, w aktualnym orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego, co do rozumienia pojęcia "publiczny transport kolejowy" stwierdzając, że organy podatkowe przyjęły, iż publiczny transport kolejowy to transport udostępniany na równych prawach wszystkim uprawnionym przewoźnikom kolejowym, zaś podatnik, w badanym okresie, nie wykorzystywał swojej infrastruktury kolejowej w ten sposób. Organ podatkowy ustalił bowiem, że w roku 2005 podatnik, jako właściciel infrastruktury kolejowej pełnił funkcje wyłącznie przewoźnika kolejowego, tym samym to nie podatnik udostępniał ją uprawnionym przewoźnikom, nie był zarządcą infrastruktury kolejowej, gdyż funkcję tę pełnił inny podmiot gospodarczy, któremu podatnik oddał teren i infrastrukturę kolejową w dzierżawę na podstawie umowy z dnia 2 stycznia 2004 r., zgodnie z którą dzierżawca był zobowiązany do zapłaty miesięcznego czynszu dzierżawnego.

Uwzględniając powyższe okoliczności oraz stanowisko NSA w Warszawie prezentowana w licznych wyrokach ( m.in. II FSK 1596/07 i II FSK 8/08 z dnia 24 lutego 2009 r.) organ odwoławczy stwierdził, że o publicznym transporcie kolejowym, w stanie faktycznym opisanym w powołanych wyżej sprawach – przesądza to, czy zarządca będący równocześnie właścicielem i przewoźnikiem, udostępnia linie kolejowe wszystkim uprawnionym przewoźnikom kolejowym na równych prawach. Zauważył, że wyłączone z opodatkowania budowle oraz usytuowane pod nimi grunty były udostępniane w pierwszej kolejności za odpłatnością innemu podmiotowi gospodarczemu, w realizację jego własnych celów gospodarczych. Dopiero ten podmiot, jako zarządca, udostępniał linie kolejowe zainteresowanym przewoźnikom kolejowym, w tym właścicielowi. Tym samym infrastruktura ta nie była udostępniana na równych prawach wyłącznie zainteresowanym przewoźnikom. Dodatkowo organ drugiej instancji podkreślił, że budowle kolejowe były wykorzystywane przez podatnika również dla prywatnych celów, gdyż otrzymywał on wynagrodzenie za dzierżawę infrastruktury kolejowej, jak również prowadził na wydzierżawionych liniach kolejowych usługi przewozowe powiązane ze sprzedażą własnych produktów ( piasku, żwiru). Tym samym nie został spełniony warunek wyłączności wykorzystywania linii kolejowych na potrzeby publicznego transportu kolejowego, gdyż swoje linie kolejowe wykorzystywał również na potrzeby wewnątrzzakładowe, tj. prowadzonej działalności gospodarczej w zakresie wydobywania kopalin i ich sprzedaży.

Odnosząc się do zarzutu naruszenia przez organ podatkowy pierwszej instancji treści art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej organ odwoławczy stwierdził, że "aktualnie wobec rozbieżnego orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie w tej sprawie ( porównaj wyroki: II FSK 345/06 oraz II FSK 1304/09), w przypadku złożenia korekty deklaracji podatkowej na dany rok wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty dopuszczalne jest zarówno wydanie decyzji na podstawie art. 72 i nast. Ordynacji podatkowej, jak również na podstawie art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej".

Organ podatkowy drugiej instancji wyraził pogląd, że z uwagi na treść art. 7 ust. 1 pkt 1 i art. 1a ust. 1 pkt 2 ustawy podatkowej nie można mówić o zwolnieniu podatkowym przewidzianym dla całej infrastruktury kolejowej ( zdefiniowanej w ustawie o transporcie kolejowym ) lecz wyłącznie o budowlach i usytuowanych pod nimi gruntach posiadających oznaczone cechy określone w pierwszym z przesłanych wyżej przepisów.

W skardze na powyższą decyzję, skierowanej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, strona skarżąca A S.A. w K. wniosła o jej uchylenie i zasądzenie kosztów postępowania, zarzucając naruszenie art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy podatkowej, poprzez nie ustalenie zakresu tego przepisu, a co za tym idzie, błędną jego wykładnię i niewłaściwe zastosowanie w związku z przepisem art. 4 pkt 2 ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym ( Dz. U. Nr 86, poz. 789 ze zm.), dalej ustawa kolejowa, według stanu prawnego obowiązującego w 2008 r.

W uzasadnieniu skargi strona skarżąca wskazała, że przeważająca część infrastruktury kolejowej krajowej jest zarządzana przez "Krajowego" zarządcę infrastruktury, którym jest B S.A. Infrastruktura ta, została przekazana temu zarządcy na podstawie umowy dzierżawy. Właścicielem tego "majątku" jest B S.A. Jednak od tak przekazanej infrastruktury kolejowej nie jest odprowadzany podatek od nieruchomości. Oznacza to, że inny podmiot, występujący w relewantnym stanie faktycznym co strona skarżąca, podatku takiego nie uiszcza co rodzi określone negatywne skutki tak dla budżetu gmin jak i Skarbu Państwa. Skarżąca podniosła, że posiada linie kolejowe położone na terenie 13 gmin, a w 2010 r. doszło do uznania jej argumentów przez 3 gminy, zaś na terenie właściwości WSA w Krakowie przyjęty został pogląd o zaistnieniu w takim, jak w niniejszej sprawie, zwolnieniu, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy podatkowej.

W dalszej części uzasadnienia skarżąca przywołała kilkanaście wyroków NSA z podaniem dat ich ogłoszenia i sygnatur wskazując, że stanowisko zaprezentowane w tych orzeczeniach jest w procesie rozpoznania niniejszej skargi niezwykle pomocne oraz przedstawiła zasady funkcjonowania transportu kolejowego z uwzględnieniem radykalnych i dynamicznych zmian, w tym ustrojowych i własnościowych, bez uwzględnienia których nie jest możliwe dokonanie logicznie spójnej wykładni, a tym bardziej zastosowanie art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy podatkowej. Następnie cytując fragmenty wyroków NSA i WSA w Gliwicach w tym z dnia 25 maja 2010 r. sygn. akt I SA/GL 126/10 stwierdziła, że prezentowane w zaskarżonej decyzji stanowisko organu odwoławczego, oparte na wyrywkowej wykładni kluczowego przepisu, jest próbą pogodzenia poglądów prezentowanych w tym zakresie przez NSA oraz utrzymaniem dotychczasowej linii orzeczniczej WSA odmawiającej podatnikowi, jak i innym podatnikom występującym w identycznym stanie faktycznym, prawa do korzystania z tego zwolnienia.

Zdaniem strony skarżącej jeżeli "przyjąć za Kolegium, iż "przekazanie" infrastruktury kolejowej zarządcy na podstawie umowy dzierżawy wyklucza zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., niewątpliwie cała infrastruktura B winna zostać opodatkowana i to znacznie przed 2004 r.".

Wskazując na treść art.3 pkt 3 Prawa budowlanego, art. 4 pkt 2 ustawy kolejowej i § 3 pkt 1 i 2 rozporządzenia Ministra Infrastruktury z dnia 18 lipca 2005 r. w sprawie ogólnych warunków prowadzenie ruchu kolejowego i sygnalizacji ( Dz. U. Nr 172, poz. 144) skarżąca stwierdziła, że nie może budzić najmniejszej wątpliwości, iż budynek nastawni kolejowej korzysta ze zwolnienia wskazanego w art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy podatkowej. Podobny wniosek wynika z brzmienia art. 4 pkt 1 i 2 ustawy kolejowej skoro budynek nastawni kolejowej jest nierozerwalnym elementem linii kolejowej.

Odpowiadając na skargi Samorządowe Kolegium Odwoławcze w K. wniosło o jej oddalenie podtrzymując zajęte w sprawie stanowisko i jego argumentację.

Na rozprawie w dniu 10 maja 2011 r. pełnomocnik skarżącej sprostował omyłkę zaistniałą w skardze wyjaśniając, że cytowane tam przepisy dotyczą stanu prawnego obowiązującego w roku 2005 a nie 2008 a nadto podnosząc zarzut naruszenia art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.

Skarga okazała się uzasadniona lecz z przyczyny w niej niewskazanej, a podnoszonej dopiero na rozprawie w dniu 10 maja 2011 r.

Zgodnie z treścią art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi ( Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.), dalej p.p.s.a., Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. W myśl art. 135 tej ustawy Sąd stosuje przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego jej załatwienia. Oznacza to, że sąd administracyjny pierwszej instancji może i powinien wyjść poza granice skargi, o ile jest to konieczne dla prawidłowego rozstrzygnięcia sprawy i nie narusza przepisów ustawy p.p.s.a.,

a jednocześnie zakresem rozpoznania objąć wszystkie rozstrzygnięcia wydane w danej sprawie administracyjnej.

W myśl art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Nadpłata powstaje (...) z dniem zapłaty przez podatnika podatku nienależnego lub w wysokości większej niż należna ( art. 73 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej ). Stosownie do treści art. 74a w przypadkach niewymienionych w art. 73 § 2 i art. 74 wysokość nadpłaty określa organ podatkowy. Uprawnienie do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku przysługuje również podatnikom, których zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1, jeżeli w deklaracjach innych niż wymienione w art. 73 § 2 pkt 2 i 3 (...), wykazali zobowiązanie podatkowe nienależne lub w wysokości większej od należnej i wpłacili zadeklarowany podatek ( art. 75 § 2 pkt 1 lit. b Ordynacji podatkowej ). W przypadkach, o których mowa w § 2 pkt 1 lit. a) i b) (...), podatnik (...) równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest obowiązany złożyć skorygowane zeznanie ( deklarację ) – art. 75 § 3 Ordynacji podatkowej. Jeżeli prawidłowość skorygowanego zeznania ( deklaracji ) nie budzi wątpliwości, organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę ( art. 75 § 4 Ordynacji podatkowej ). Skorygowanie deklaracji następuje przez złożenie korygującej deklaracji wraz z dołączonym pisemnym uzasadnieniem przyczyn korekty ( art. 81 § 2 Ordynacji podatkowej ).

Zgodnie z treścią art. 21 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe powstaje z dniem zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania. Jeżeli przepisy prawa podatkowego nakładają na podatnika obowiązek złożenia deklaracji, a zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób określony w § 1 pkt 1, podatek wykazany w deklaracji jest podatkiem do zapłaty, z zastrzeżeniem § 3 ( art. 21 § 2 Ordynacji podatkowej ). Jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego. Należy przy tym zauważyć, że art. 3 pkt 3 lit. b Ordynacji podatkowej stanowi, że ilekroć w ustawie jest mowa o podatkach – rozumie się przez to również raty podatników, jeżeli przepisy prawa podatkowego przewidują płatność podatku w ratach. Przepisy prawa podatkowego to m.in. przepisy ustaw podatkowych w tym ustaw dotyczących podatków ( art. 3 pkt 1 i 2 Ordynacji podatkowej).

Ustawą podatkową jest ustawa o podatkach i opłatach lokalnych, która w art. 6 ust. 9 nakłada na osobę prawną obowiązek składania, w terminie i organowi tam wskazanemu, deklarację na podatek od nieruchomości na dany rok podatkowy ( pkt 1 ) oraz nakazuje wpłacać obliczony w deklaracji podatek od nieruchomości – bez wezwania – na właściwy rachunek, w odpowiednich ratach i terminie. Oznacza to, że w przypadku zaistnienia warunków przewidzianych w art. 6 ust. 9 ustawy podatkowej, określone tam zobowiązanie powstaje w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, zaś podatek ( raty podatku ) wykazany w deklaracji takiego podatnika jest podatkiem do zapłaty w myśl art. 21 § 2 Ordynacji podatkowej, przy czym jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi m.in., że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji organ podatkowy wydaje decyzję, o której mowa w art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej.

Z powyższego wynika, że w sytuacji, gdy podatnik, określony w art. 6 ust. 9 ustawy podatkowej, domagając się stwierdzenia nadpłaty składa korektę deklaracji wykazując podatek w wysokości niższej niż obliczony w deklaracji przedmiotowej

( jako podatek do zapłaty i wpłacony zgodnie z tą deklaracją) to organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę, jeżeli prawidłowość skorygowanej deklaracji nie budzi wątpliwości. O ile zaś skorygowana w ten sposób i tego rodzaju deklaracja rodzi wątpliwości co do prawidłowości wykazanej w niej wysokości zobowiązania podatkowego i wyliczonego podatku organ podatkowy powinien wszcząć postępowanie w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego dotyczącego podatku, którego stwierdzenia nadpłaty domagał się podatnik. Warto bowiem zauważyć, że postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty, w istocie nie dotyczy zobowiązania podatkowego ( art. 5 Ordynacji podatkowej ) lecz kwoty podatku ( art. 6 Ordynacji podatkowej ) nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego przez podatnika ( art. 7 Ordynacji podatkowej ). Postępowanie to nie prowadzi ani nie może prowadzić pośrednio lub bezpośrednio do określenia wysokości zobowiązania podatkowego, powstałego w sposób przewidziany art. 21 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, a tym samym, w ramach tego postępowania, organ podatkowy nie jest władny do kwestionowania podatku wykazanego w deklaracji, w tym korygującej, do zapłaty. Może jedynie wszcząć postępowanie podatkowe zmierzające do określenia takiego zobowiązania podatkowego o ile uzna, że jego wysokość wykazana w deklaracji korygującej jest inna niż rzeczywista ( wynikająca z ustawy regulującej to opodatkowanie ). Dopóki deklaracja, w tym także deklaracja korygująca, nie zostanie zastąpiona decyzją organu podatkowego, dopóty to ona wskazuje na wysokość zobowiązania podatkowego ( tak wyrok WSA w Białymstoku z dnia 2 września 2009 r. sygn. akt I SA/BK 255/09).

Sąd w składzie orzekającym zgadza się z poglądem, że "przystąpienie do wyjaśnienia, czy w sprawie zaistniało zdarzenie prawne w postaci nadpłaty podatku, powinno być poprzedzone wyjaśnieniem ewentualnego zdarzenia prawnego, tj. określeniem zobowiązania podatkowego, w oparciu o art. 21 § 3 O.p." ( tak wyrok NSA z dnia 20 marca 2009 r. sygn. akt FSK 1893/07). W motywach uzasadnienia tego wyroku Sąd zauważył, że przepisy ustawy Ordynacja podatkowa nie zakazuje organowi podatkowemu wszczęcia postępowania podatkowego w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Stąd, jeśli organy podatkowe stwierdzą w toku postępowania wszczętego wnioskiem strony, iż zobowiązanie podatkowe zostało przez nią wykazane w deklaracji w wysokości nieprawidłowej ( zaniżonej ) nastąpi wszczęcie z urzędu odrębnego postępowania podatkowego oraz wydanie decyzji, o której mowa w art. 21 § 3 Ordynacji. Wystąpienie nadpłaty jest uzależnione od prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego a tym samym i podatku należnego.

Jak wynika z akt niniejszej sprawy organ podatkowy odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości w sytuacji, gdy podatnik, osoba prawna, złożyła skorygowaną deklarację podatkową za 2005 r. wykazując zobowiązanie podatkowe ( i należny podatek ) w wysokości niższej niż w deklaracji pierwotnej, wyjaśniając, iż w zakresie części przedmiotów opodatkowania, od których uiszczono podatek, powinno mieć zastosowanie zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy podatkowej w brzmieniu obowiązującym w 2005 r.

W toku prowadzonego postępowania podatkowego ( w sprawie nadpłaty ) organ podatkowy stwierdził, że wysokość zobowiązania wskazana w deklaracji korygującej jest inna ( niższa ) niż wynikająca z przepisów ustawy podatkowej, a mimo to, wbrew obowiązkowi ustanowionemu art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej, nie wydał decyzji określającej prawidłową wysokość tego zobowiązania lecz odmówił stwierdzenia nadpłaty, przez co naruszył przepis art. 21 § 2 Ordynacji podatkowej nakazujący, by w warunkach tam opisanych, podatek wykazany w deklaracji traktować jako podatek do zapłaty. Tym samym nie kwestionując deklaracji korygującej, z której wynikał podatek od zapłaty w wysokości niższej niż – zdaniem organu podatkowego – należna i nie stosując domniemania z art. 21 § 2 Ordynacji podatkowej wskazującego na istnienie nadpłaty w rozumieniu art. 72 § 1 ust. 1 Ordynacji podatkowej, wydał rozstrzygnięcie niezgodne z treścią art. 75 § 2 pkt 1 lit. b tej ustawy.

W zaistniałej w sprawie sytuacji organ podatkowy zobowiązany był do wszczęcia z urzędu postępowania podatkowego w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości powstałego w sposób określony w art. 21 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej a w przypadku stwierdzenia okoliczności opisanych w art. 21 § 3 tej ustawy, powinien wydać decyzję w tej sprawie, która następnie może stanowić podstawę ewentualnego orzeczenia w sprawie stwierdzenia nadpłaty.

Podsumowując można stwierdzić, że skoro ustawa z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych ( t.j. Dz. U. z 2010 r. Nr 95, poz. 613 ze zm.) jest ustawą podatkową ( art. 3 pkt 1 O.p.) zawierającą przepisy prawa podatkowego ( art. 3 pkt 2 O.p.), nakładające na podatnika obowiązek składania deklaracji ( art. 3 pkt 5 O.p.) w sytuacji, gdy spełnia przewidziane w niej kryteria ( art. 6 ust. 9, 10 i 11 ustawy podatkowej ), zaś zobowiązanie podatkowe wykazane w takiej deklaracji powstaje w sposób określony w art. 21 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej tj. z dniem zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania ( art. 6 ustawy podatkowej ), to podatek wykazany w deklaracji takiego podatnika jest podatkiem do zapłaty ( art. 21 § 2 O.p.). Oznacza to, że tak deklarowany podatek stanowi świadczenie pieniężne z art. 6 O.p. którego rozmiar nie może być kwestionowany przez organ podatkowy w inny sposób niż określony w art. 21 § 3 tej ustawy. Wynika to wprost z normy art. 21 § 2 Ordynacji podatkowej zawierającej zwrot " z zastrzeżeniem § 3", oznaczający wyłącznie obowiązku traktowania podatku wykazanego w deklaracji ( w warunkach tam opisanych ) jako prawidłowo obliczonego ( do zapłaty ) w przypadku wystąpienia okoliczności z art. 23 § 3 Ordynacji podatkowej i wydania stosownej decyzji.

Deklarowany przez podatnika podatek do zapłaty, o którym mowa w art. 21 § 2 Ordynacji podatkowej, jako podatek należny wiąże organ podatkowy do czasu wydania decyzji z art. 23 § 3 tej ustawy. Przepisy art. 21 § 2 i § 3 Ordynacji podatkowej, w sytuacjach tam opisanych, pozbawiają organ podatkowy prawa orzekania w sprawie nadpłaty ( art. 74a Ordynacji podatkowej ) do czasu określenia prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego ( podatku należnego ). W sytuacji, gdy wykazane w skorygowanej deklaracji, o której mowa w art. 75 § 3 Ordynacji podatkowej, zobowiązanie podatkowe budzi wątpliwości, a jednocześnie zachodzą przesłanki z art. 21 § 2 i § 3 Ordynacji podatkowej, organ podatkowy, zgodnie z zasadą oficjalności, wszczyna postępowanie podatkowe celem określenia wysokości takiego zobowiązania. W przypadku opisanym w art. 21 § 2 Ordynacji podatkowej postępowaniem, w którym określa się wysokość zobowiązania podatkowego jest postępowanie wskazane w art. 21 § 3 tej ustawy, a nie postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty (art. 72 i nast. Ordynacji podatkowej). Konieczność wcześniejszego określenia wysokości zobowiązania podatkowego wyklucza możliwość orzekania w sprawie nadpłaty podatku wynikającej z tego zobowiązania.

Należy również zauważyć, że nałożony na podatnika, domagającego się stwierdzenia nadpłaty, obowiązek złożenia skorygowanej deklaracji ( art. 75 § 3 Ordynacji podatkowej ) dotyczy wykazanego w skorygowanej deklaracji zobowiązania podatkowego ( art. 75 § 2 pkt 1 lit. b Ordynacji podatkowej ) a nie podatku czy kwoty nadpłaty. W tym przypadku wysokość nadpłaty określa organ podatkowy a nie podatnik ( art. 74 a Ordynacji podatkowej ). Powinność złożenia skorygowanej deklaracji z art. 75 § 3 Ordynacji podatkowej należy wiązać z możliwością jej weryfikacji w trybie art. 21 § 3 tej ustawy.

Przy ponownym rozpoznaniu sprawy organ podatkowy powinien uwzględnić przedstawioną wyżej ocenę prawną i wskazania co do dalszego postępowania.

Dlatego też Sąd stwierdził, że zaskarżona decyzja i decyzja ją poprzedzająca wydane zostały z naruszeniem art. 21 § 2 i § 3 oraz art. 72 § 1 pkt 1 i art. 75 § 2 pkt 1 lit. b Ordynacji podatkowej i na mocy art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c w związku z art. 134 i 135 ustawy p.p.s.a. orzekł jak w pkt 1 wyroku. O kosztach postępowania postanowiono zgodnie z treścią art. 200 ustawy p.p.s.a. w związku z § 14 ust. 2 pkt 1 lit. a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 28 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych oraz ponoszenia przez Skarb Państwa pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego ustanowionego z urzędu ( Dz. U. Nr 163, poz. 1349 ze zm.).

Sąd uznał za przedwczesne i niedopuszczalne wypowiadanie się w kwestii dotyczącej tego czy podatnikowi przysługiwało zwolnienie podatkowe przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy podatkowej w brzmieniu z 2005 r.

Na koniec warto zauważyć, że wskazany w decyzji przez organ odwoławczy wyrok WSA z dnia 9 czerwca 2010 r. sygn. akt II 1304/09 dotyczył przypadku wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego w wyniku wszczętego przez stronę postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty bez wszczęcia odrębnego postępowania z art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej, oraz że w uzasadnieniu tego wyroku Sąd odwołał się do treści art. 21 § 5 zdanie ostatnie Ordynacji podatkowej, który w niniejszej sprawie nie miał zastosowania, skoro dotyczy zobowiązań z art. 21 § 1 pkt 2 tej ustawy.