Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 1101/14
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2014-11-28 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
6560
Hasła tematyczne: Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ: Minister Finansów
Treść wyniku: Oddalono skargę
Powołane przepisy: article: art. 17 pkt 34
journal: Dz.U. 2011 nr 74 poz 397
law: Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych - tekst jednolity
article: art.12, art. 16
journal: Dz.U. 1994 nr 123 poz 600
law: Ustawa z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Marta Waksmundzka-Karasińska (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko, sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa, Protokolant starszy referent Monika Olszewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 28 listopada 2014 r. sprawy ze skargi S. S.A. z siedzibą w M. na zmianę interpretacji indywidualnej Ministra Finansów z dnia 5 grudnia 2013 r. nr DD10/033/148/MZB/13/RWPD-48654/13 w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych oddala skargę


UZASADNIENIE

"S." S.A. z siedzibą w M. (zwana dalej "Skarżącą", "Spółką" lub "Wnioskodawcą") złożyła wniosek o udzielenie pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego w indywidualnej sprawie dotyczącej podatku dochodowego od osób prawnych.

Z przedstawionego opisu stanu faktycznego wynika, że Spółka prowadzi działalność gospodarczą na terenie specjalnej strefy ekonomicznej "[...]" (dalej: SSE). Podstawą prowadzenia przez Spółkę działalności na terenie SSE jest zezwolenie z 26 kwietnia 2000 r. Spółka należy do tzw. "starych inwestorów", którym początkowo, tj. do dnia wstąpienia Polski do Unii Europejskiej - przysługiwało zwolnienie podatkowe w związku z prowadzeniem działalności gospodarczej na terenie SSE. Zwolnienie to nie było limitowane wysokością poniesionych wydatków kwalifikowanych. W dniu 1 maja 2004 r., tj. w momencie wprowadzenia zmian w przepisach podatkowych regulujących zwolnienia podatkowe dla podmiotów prowadzących działalność w SSE, Spółka posiadała status średniego przedsiębiorcy. Zgodnie z uzyskanym zezwoleniem z 26 kwietnia 2000 r. Spółka zobowiązana była do: poniesienia nakładów inwestycyjnych do dnia 31 grudnia 2002 r. w wysokości co najmniej 10.000.000 zł (dziesięciu milionów złotych), osiągnięcia poziomu zatrudnienia nie mniej niż 50 pracowników do 30 czerwca 2002 r., osiągnięcia poziomu zatrudnienia nie mniej niż 100 pracowników do 30 czerwca 2005 r., przestrzegania regulaminu SSE i innych regulacji prawnych dotyczących funkcjonowania SSE, rozpoczęcia działalności gospodarczej nie później niż 31 grudnia 2001 r. Spółka spełniła powyższe warunki. Ponadto Spółka poniosła nakłady inwestycyjne przekraczające kwotę minimalną wskazaną w uzyskanym zezwoleniu na prowadzenie działalności na terenie SSE.

W związku z powyższym zapytała między innymi czy korzystając po 31 grudnia 2010 r. ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych - na zasadach obowiązujących średnich przedsiębiorców w dniu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej - Spółka kalkulując wysokość przysługującego zwolnienia podatkowego, powinna uwzględnić pomoc publiczną już uzyskaną w związku ze zwolnieniem od podatku dochodu osiągniętego do dnia 31 grudnia 2010 r. (pytanie oznaczone we wniosku nr 2).

Zdaniem Spółki, przedsiębiorcy, którzy w dniu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej posiadali status średniego bądź małego przedsiębiorcy i posiadali zezwolenia uzyskane przed dniem 1 stycznia 2001 r., zachowali prawo do zwolnień podatkowych określonych w art. 12 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z 2000 r. Nr 42, poz. 274 ze zm.) dalej "ustawa o SSE" w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000 r., tj. w okresie do 31 grudnia 2011 r. (jeżeli byli w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej małymi przedsiębiorcami) albo w okresie do 31 grudnia 2010 r. (jeżeli byli w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej średnimi przedsiębiorcami).

W związku z powyższym Spółka jako średni przedsiębiorca zachowała prawo do korzystania z pomocy publicznej na starych zasadach jedynie do końca 2010 r. Natomiast od początku 2011 r. Spółka może korzystać z przysługującego Spółce zwolnienia podatkowego na zasadach ogólnych, tj. na zasadach obowiązujących średnich przedsiębiorców w dniu wejścia Polski do Unii Europejskiej.

Uzasadniając swoje stanowisko, Spółka powołała art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2011 r. Nr 74, poz. 397 ze zm.) dalej "updop", 12 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym w dniu akcesji Polski do Unii Europejskiej, § 4 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z 5 września 1995 r. o ustanowieniu specjalnej strefy ekonomicznej w Mielcu (Dz. U. Nr 107, poz. 526 z późniejszymi zmianami; dalej: rozporządzenie o SSE) w brzmieniu obowiązującym w dniu akcesji Polski do Unii Europejskiej. Przepisy nie precyzują jednak, czy po dniu 31 grudnia 2010 r. Spółka, kalkulując wysokość dostępnego Spółce zwolnienia podatkowego, powinna uwzględnić wartość pomocy już uzyskanej w okresie do dnia 31 grudnia 2010 r. Zgodnie ze wskazanymi już przepisami średni przedsiębiorcy do dnia 31 grudnia 2010 r. zachowali prawo do korzystania z pomocy publicznej na starych zasadach, a zatem mogli korzystać z pomocy nielimitowanej wysokością poniesionych wydatków inwestycyjnych. Taki zapis mógłby sugerować, iż po dniu 31 grudnia 2010 r. przedsiębiorcy, którzy korzystali z uprawnienia, jakie przyznała im ustawa zmieniająca, nie mają obowiązku uwzględniania przy kalkulacji przysługującej im pomocy publicznej kwot udzielonej im dotychczas pomocy. Skoro bowiem pomoc ta nie podlegała ograniczeniom wynikającym z ustalonej intensywności pomocy dla danego regionu i wielkości poniesionych wydatków kwalifikowanych, to przedsiębiorcy nie mieli obowiązku jej monitorować. W ocenie Spółki, taka interpretacja byłaby jednak stanowczo zbyt daleko idąca. Należy bowiem wziąć pod uwagę cel ustawy zmieniającej ustawę o SSE. Jej głównym celem było wprowadzenie dla wszystkich przedsiębiorców posiadających zezwolenia wydane przed dniem 1 stycznia 2001 r. szczególnych zasad korzystania ze zwolnień z podatku dochodowego od dochodu uzyskanego z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu. Wprowadzano nowe rozwiązania, które miały w ograniczonym zakresie zrekompensować przedsiębiorcom utracone korzyści związane z wejściem w życie wspólnotowych reguł korzystania ze zwolnień. Opisywane rozwiązania polegały m.in. na czasowym zawieszeniu obowiązywania nowych zasad (tj. zasad limitowania udzielonej pomocy publicznej). Z ustawy z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. Nr 188, poz. 1840 ze zm.) dalej "ustawa zmieniająca z 2003 r." nie wynika jednak prawo przedsiębiorców do całkowitego pominięcia pomocy publicznej uzyskanej w okresie wskazanym w ustawie zmieniającej z 2003 r. przy kalkulacji pomocy publicznej po upływie tego okresu preferencyjnego. W związku z powyższym, w ocenie Spółki, korzystając ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych (art. 17 ust. 1 pkt 34 updop) na zasadach obowiązujących średnich przedsiębiorców w dniu akcesji Polski do Unii Europejskiej, Spółka, kalkulując wysokość dostępnego zwolnienia podatkowego powinna przysługującą jej pulę pomocy obniżyć o kwotę pomocy już otrzymanej w okresie do dnia 31 grudnia 2010 r. (a zatem w okresie, kiedy jej wysokość nie podlegała ograniczeniom).

W interpretacji indywidualnej z 27 sierpnia 2012 r. Minister Finansów, z upoważnienia którego działał Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach, rozpoznając stanowisko Skarżącej w zakresie ww. pytania nr 2 uznał je za prawidłowe.

Zmianą interpretacji indywidualnej z 5 grudnia 2013r. Minister Finansów rozpoznając ponownie wniosek Skarżącej dotyczący pytania czy korzystając po dniu 31 grudnia 2010 r. ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na zasadach obowiązujących średnich przedsiębiorców w dniu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej Spółka kalkulując wysokość przysługującego zwolnienia podatkowego, powinna uwzględnić pomoc publiczną już uzyskaną w związku ze zwolnieniem od podatku dochodu osiągniętego do dnia 31 grudnia 2010 r., stanowisko to uznał za nieprawidłowe.

W uzasadnieniu wskazał, że jak wynika ze stanu faktycznego Spółka prowadząc działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej - na podstawie zezwolenia z 2000 r. - w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej z 2003 r. była średnim przedsiębiorcą, o którym mowa w art. 5 ust. 1 tej ustawy. Wnioskodawca miał więc takie same uprawnienia, jak inni przedsiębiorcy w obrębie danej kategorii, dlatego nie został pozbawiony możliwości wyboru stosowania zwolnienia podatkowego na nowych bądź starych zasadach. Na podstawie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r. Spółka miała możliwość wystąpienia z wnioskiem o zmianę zezwolenia, polegającą na zastosowaniu do niej przepisów dotyczących zwolnień podatkowych określonych w art. 5 ustawy zmieniającej z 2003 r. , w miejsce przepisów art. 12 ustawy o SSE i rozporządzenia z 1995 r. - w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000 r. Z przedstawionego stanu faktycznego nie wynika, aby Spółka taki wniosek złożyła. Zatem wybrała tzw. "stare zasady" zwolnień podatkowych. Prowadzenie działalności strefowej według "starych uregulowań", oznacza natomiast dostosowanie działalności do stanu prawnego obowiązującego w dniu 31 grudnia 2000 r., także z zastosowaniem przepisów rozporządzenia z 1995 r. Jednocześnie konsekwencją takiego wyboru jest także utrata zwolnienia na podstawie art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r. w terminach określonych w tym przepisie, tj. w przypadku Spółki po dniu 31 grudnia 2010 r.

Analiza regulacji prawnych odnoszących się do stanu faktycznego przedstawionego we wniosku o udzielenie interpretacji, w tym prześledzenie procesu zmian stanu prawnego - nowelizacji przepisów, na które powołała się Spółka prowadzi do wniosku, iż Spółka zachowała prawo do zwolnienia podatkowego określonego w art. 12 ust. 1 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym do końca 2000 r. Brak jest zatem podstaw do uznania, że Spółka, będąca średnim "starym przedsiębiorcą", która nie dokonała zmiany zezwolenia w trybie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., ma prawo do zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej, po dniu 31 grudnia 2010 r. Zatem w świetle obowiązującego stanu prawnego nie można zgodzić się ze stanowiskiem Wnioskodawcy, że od początku 2011 r. przysługuje mu zwolnienie podatkowe na zasadach ogólnych, tj. na zasadach obowiązujących średnich przedsiębiorców w dniu wejścia Polski do Unii Europejskiej, a kalkulując wysokość dostępnego zwolnienia podatkowego powinien przysługującą mu pulę pomocy obniżyć o kwotę pomocy już otrzymanej w okresie do dnia 31 grudnia 2010 r. Należy podkreślić, że - poza regulacjami zawartymi w ww. art. 5 i art. 6 ustawy zmieniającej z 2003 r. - brak jest innych przepisów, które określałyby prawo "starych przedsiębiorców" do korzystania z pomocy publicznej. Małych i średnich "starych przedsiębiorców" nie obejmuje żaden program pomocowy notyfikowany, czy zgłoszony Unii Europejskiej.

Pismem z 23 grudnia 2013 r. Skarżąca wniosła wezwanie do usunięcia naruszenia prawa.

W odpowiedzi na to wezwanie, Minister Finansów pismem z 31 stycznia 2014 r., stwierdził brak podstaw do odmiennej oceny zmiany interpretacji indywidualnej.

W skardze złożonej na ww. zmianę interpretacji indywidualnej Skarżąca wniosła o jej uchylenie oraz zasądzenie kosztów postępowania. Zaskarżonej interpretacji zarzuciła naruszenie art. 17 ust. 1 pkt 34 updop poprzez błędne przyjęcie, że Spółce po dniu 31 grudnia 2010 r. nie przysługuje zwolnienie, o którym mowa w tym przepisie;

- art. 5 ust. 1 oraz art. 6 ust. 1 ustawy z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. nr 188 po z. 1840 ze zm., dalej: ustawa zmieniająca z 2003 r.) poprzez błędne przyjęcie, że wybranie przez Spółkę "starych zasad" zwolnień podatkowych powoduje, że Spółka nie ma obecnie możliwości korzystania ze zwolnienia, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 updop.

W odpowiedzi na skargę Minister Finansów, podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonej interpretacji indywidualnej, wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

Zasadniczy spór w sprawie sprowadzał się do rozstrzygnięcia, czy w ramach przedstawionego we wniosku o interpretację indywidualną stanu faktycznego po 31 grudnia 2010 r. ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych - na zasadach obowiązujących średnich przedsiębiorców w dniu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej - Spółka kalkulując wysokość przysługującego zwolnienia podatkowego, powinna uwzględnić pomoc publiczną już uzyskaną w związku ze zwolnieniem od podatku dochodu osiągniętego do dnia 31 grudnia 2010 r.

W ocenie Skarżącej, jako średni przedsiębiorca zachowała prawo do korzystania z pomocy publicznej na starych zasadach jedynie do końca 2010 r. Natomiast od początku 2011 r. Spółka może korzystać z przysługującego Spółce zwolnienia podatkowego na zasadach ogólnych, tj. na zasadach obowiązujących średnich przedsiębiorców w dniu wejścia Polski do Unii Europejskiej.

W ocenie Ministra Finansów Spółka zachowała prawo do zwolnienia podatkowego określonego w art. 12 ust. 1 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym do końca 2000 r. Brak jest zatem podstaw do uznania, że Spółka, będąca średnim "starym przedsiębiorcą", która nie dokonała zmiany zezwolenia w trybie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., ma prawo do zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej, po dniu 31 grudnia 2010 r.

Ocena prawna spornej kwestii wymaga przywołania przepisów mających znaczenie dla jej rozstrzygnięcia.

Stosownie do przepisu art. 12 ust. 1 ustawy o SSE, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2000 r., dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne oraz osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą mogą być, w drodze rozporządzenia Rady Ministrów, całkowicie zwolnione odpowiednio od podatku dochodowego od osób prawnych i podatku dochodowego od osób fizycznych w okresie równym połowie okresu, na jaki ustanowiona została strefa. Przepis ten zawierał delegację ustawową, którą kwestie udzielania zwolnień podatkowych i ich szczegółową treść przekazano do uregulowania Radzie Ministrów w drodze rozporządzenia. W dniu uzyskania przez Spółkę zezwolenia, tj. 26 kwietnia 2000 r. obowiązywało rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 5 września 1995 r. w sprawie ustanowienia specjalnej strefy ekonomicznej w Mielcu (Dz. U. Nr 107, poz. 526, ze zm., dalej: rozporządzenie z 1995 r.). Na podstawie § 5 ust. 1 rozporządzenia z 1995 r. zwolnieniu od podatku dochodowego w okresie 10 lat podlegał dochód podmiotu uzyskany z działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu, a po upływie tego okresu zwolnieniu podlegała połowa dochodu (§ 6 rozporządzenia). Z kolei przepis art. 16 ust. 1 ustawy o SSE stanowił, iż prowadzenie działalności gospodarczej na terenie strefy, z zastrzeżeniem ust. 2, wymaga zezwolenia, zwanego dalej "zezwoleniem". Zezwolenie określa przedmiot oraz warunki działalności gospodarczej, która ma być prowadzona przez przedsiębiorcę na terenie strefy i termin, w ciągu którego przedsiębiorca jest zobowiązany do rozpoczęcia na terenie strefy działalności określonej w zezwoleniu (art. 16 ust. 8 ustawy o SSE). Stanowi ono także podstawę do korzystania przez przedsiębiorcę ze zwolnień od podatku lub preferencji podatkowych określonych w przepisach wydanych na podstawie art. 12 ust. 5 (art. 16 ust. 10 ustawy o SSE). Przepisy powyższe zostały następnie zmienione ustawą z dnia 16 listopada 2000 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych oraz o zmianie niektórych ustaw (Dz. U. Nr 117, poz. 1228, ze zm., dalej: ustawa zmieniająca z 2000 r.), która weszła w życie z dniem 1 stycznia 2001 r. Ustawa ta wprowadziła nowe zasady korzystania ze zwolnienia z podatku dochodów uzyskiwanych z działalności gospodarczej prowadzonej w SSE. Przepisy regulujące to zwolnienie zostały przeniesione z rozporządzeń do aktu rangi ustawowej. W art. 17 ust. 1 updop wprowadzono zwolnienie przedmiotowe z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE.

Na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 updop, wolne od podatku są dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ww. ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami. Normy przejściowe przyjęte w związku z wprowadzeniem nowych zasad korzystania ze zwolnienia od podatku dochodów uzyskiwanych z działalności na terenie SSE zachowały tzw. stary reżim prawny dla przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001 r.

Stosownie bowiem do art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r., przedsiębiorcy, którzy przed dniem wejścia w życie ustawy uzyskali zezwolenia na podstawie art. 16 ust. 1 ustawy o SSE, zachowują przez okres ważności zezwolenia prawo do zwolnień i preferencji podatkowych określonych w art. 12 ustawy, o której mowa w art. 1 (tj. ustawy o SSE), w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie ustawy zmieniającej. Na mocy uregulowań zawartych w ustawie nowelizującej z 2000 r. nastąpił zatem podział przedsiębiorców na posiadających zezwolenia wydane przed dniem 1 stycznia 2001r. (tzw. "starzy inwestorzy") oraz na przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenia po dniu 31 grudnia 2000 r. ("nowi inwestorzy"). Przedsiębiorcom posiadającym zezwolenia wydane przed dniem 1 stycznia 2001 r. zostało zagwarantowane prawo do korzystania ze zwolnień podatkowych na zasadach obowiązujących przed tym dniem, czyli w konsekwencji, do korzystania z praktycznie nieograniczonego zwolnienia z podatku dochodowego (art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2000 r.). Natomiast przedsiębiorcy, którzy uzyskali zezwolenia strefowe po 31 grudnia 2000r. ("nowi inwestorzy") korzystali ze zwolnień na nowych zasadach określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych (art. 17 ust. 1 pkt 34 updop, art. 12 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2001 r.). Wskazać przy tym należy, że zasady korzystania z pomocy publicznej w formie zwolnień w podatku dochodowym co do przedsiębiorców posiadających zezwolenie wydane po dniu 31 grudnia 2000 r. zostały zasadniczo dostosowane do regulacji wspólnotowych. Wysokość pomocy publicznej przysługującej przedsiębiorcom strefowym została uzależniona od maksymalnej intensywności pomocy obowiązującej dla danego regionu oraz wydatków poniesionych w związku z inwestycją na terenie strefy.

Powyższe oznacza, że do wszystkich przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenia strefowe przed 1 stycznia 2001 r. ("starych inwestorów") nie miały zastosowania nowe zasady przyznawania pomocy publicznej w formie zwolnień w podatku dochodowym. Nie miał do nich zastosowania art. 12 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2001 r., odsyłający do zasad określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych i w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych oraz w ustawie z dnia 30 czerwca 2000r. o warunkach dopuszczalności i nadzorowaniu pomocy publicznej dla przedsiębiorców. Korzystali oni nadal z korzystniejszych zwolnień i preferencji podatkowych określonych w art. 12 ustawy o SSE, w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie ww. ustawy nowelizującej z 2000 r. (tj. przed dniem 1 stycznia 2001 r.), a więc w brzmieniu obowiązującym na dzień 31 grudnia 2000 r. Wszyscy "starzy inwestorzy" uprawnienie to na mocy art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2000 r. zachowali przez okres ważności zezwolenia.

Przepis art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2000 r. (na mocy którego wskazane powyżej uprawnienie zachowane zostało do czasu upływu okresu ważności zezwolenia) został jednak uchylony na mocy art. 3 ustawy z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. Nr 188, poz. 1840 ze zm.; dalej "ustawa nowelizująca z 2003 r."), która weszła w życie 1 maja 2004 r. Na mocy art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., przedsiębiorca, który posiada zezwolenie uzyskane przed dniem 1 stycznia 2001 r., zachowuje prawo do zwolnień podatkowych określonych w art. 12 ustawy o SSE, w brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000 r.:

1) w okresie do dnia 31 grudnia 2011 r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy małym przedsiębiorcą,

2) w okresie do dnia 31 grudnia 2010 r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy średnim przedsiębiorcą.

Skarżąca w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej z 2003 r. była średnim przedsiębiorcą, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 2 ustawy zmieniającej z 2003 r., co zresztą sam podkreślił we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej.

Co istotne, przepis art. 6 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2003 r. dawał małym i średnim przedsiębiorcom, którzy uzyskali zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej w specjalnych strefach ekonomicznych przed dniem 1 stycznia 2001 r., możliwość wyboru zasad korzystania ze zwolnienia od podatku dochodowego. Mogli oni bowiem wystąpić do ministra właściwego do spraw gospodarki o zmianę zezwolenia, w wyniku czego mogli korzystać ze zwolnienia z podatku dochodowego na zasadach określonych w art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003 r. Innymi słowy mogli oni zrezygnować z bardzo korzystnego uprawnienia, ale ograniczonego czasowo (do końca 2011r. lub 2010r.) i wybrać uprawnienie mniej korzystne ograniczone kwotowo, które wygasłoby z chwilą osiągnięcia pomocy publicznej w określonej przepisami prawa kwocie. Przepis art. 6 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2003 r. stanowi, iż przedsiębiorca, który uzyskał zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001 r. może wystąpić z wnioskiem do ministra właściwego do spraw gospodarki o jego zmianę polegającą na zastosowaniu do tego przedsiębiorcy przepisów dotyczących zwolnień podatkowych określonych w art. 5 w miejsce przepisów art. 12 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000 r.

Niewątpliwie mali i średni przedsiębiorcy, którzy uzyskali zezwolenie przed 1 stycznia 2001 r., byli przedsiębiorcami, którzy na mocy art. 5 ust. 1 pkt 1 i 2 ustawy nowelizującej z 2003r. od 1 maja 2004r. korzystali ze zwolnień "na podstawie przepisów art. 12 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000r." Mogli oni więc wystąpić o to, aby w miejsce tego przysługującego im zwolnienia "na podstawie przepisów art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym na dzień 31 grudnia 2000 r." zastosowanie miało do nich zwolnienie na zasadach nowych określonych w art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003 r. Możliwość wystąpienia z wnioskiem o zmianę zezwolenia, a w konsekwencji zmianę zasad korzystania ze zwolnień w podatku dochodowym, została jednak ograniczona czasowo, gdyż można z takim wnioskiem było wystąpić jedynie do dnia 31 grudnia 2007 r. (art. 6 ust. 5 ustawy nowelizującej z 2003r.).

Niewątpliwie przepisy ustawy nowelizującej z 2000r. oraz ustawy nowelizującej z 2003r. doprowadziły do zróżnicowania zasad zwolnienia od podatku dochodowego dochodów uzyskiwanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnych stref ekonomicznych na podstawie zezwolenia, w zależności od momentu uzyskania zezwolenia na prowadzenie działalności strefowej, z którym wiąże się to zwolnienie, a w przypadku podatników, którzy uzyskali zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001 r. także w zależności od statusu przedsiębiorcy i jego decyzji w sprawie wystąpienia z wnioskiem o zmianę zezwolenia.

Skoro zatem Spółka korzystała ze zwolnienia podatkowego na podstawie art. 12 ust. 1 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2000 r., to brak jest podstaw do uznania, że może ona stosować przepis art. 12 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym po tym dniu. Gdyby wolą ustawodawcy było wprowadzenie "mieszanego" reżimu prawnego regulującego zwolnienie dochodów z działalności prowadzonej na terenie SSE, tj. takiego, iż po upływie okresu, w którym przedsiębiorcy korzystają ze zwolnień na podstawie przepisów obowiązujących przed dniem 1 stycznia 2001 r. mają oni następnie prawo do korzystania z nowo wprowadzonego art. 17 ust. 1 pkt 34 updop, to uregulowane zostałyby kluczowe dla jego prawidłowego stosowania zagadnienia. Brak regulacji w tym zakresie wskazuje, iż ustawodawca nie zamierzał wprowadzać takiego reżimu.

Wobec powyższego zdaniem Sądu rację ma Minister Finansów, iż brak jest podstaw do uznania, że Spółka, będąca średnim "starym przedsiębiorcą", która nie dokonała zmiany zezwolenia w trybie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., ma prawo do zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej, po dniu 31 grudnia 2011 r. Zatem nie można zgodzić się ze stanowiskiem Wnioskodawcy, że od początku 2011r. przysługuje mu zwolnienie podatkowe na zasadach ogólnych, tj. na zasadach obowiązujących średnich przedsiębiorców w dniu wejścia w życie Polski UE, a kalkulując wysokość dostępnego zwolnienia podatkowego powinien przysługującą mu pulę pomocy publicznej obniżyć o kwotę pomocy już otrzymanej w okresie do 31 grudnia 2010r zł.

W tym stanie rzeczy należy stwierdzić, iż brak jest w rozpoznawanej sprawie przesłanek do uwzględnienia skargi i w związku z tym należało ją oddalić na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012r. poz. 270 ze zm.).