Wyrok NSA, sygn. akt I FSK 924/09
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2010-09-14 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Celnej
Treść wyniku: Zasądzono zwrot kosztów postępowania
Uchylono zaskarżony wyrok oraz decyzję organu II instancji
Powołane przepisy: article: art. 59 par. 1 pkt 1, art. 208 par. 1
journal: Dz.U. 1997 nr 137 poz 926
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Grażyna Jarmasz (sprawozdawca), Sędzia NSA Janusz Zubrzycki, Sędzia WSA (del.) Jarosław Wiśniewski, Protokolant Monika Kłusek, po rozpoznaniu w dniu 14 września 2010 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej S. P.Sp. z o. o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 13 lutego 2009 r. sygn. akt III SA/Wa 3062/08 w sprawie ze skargi S. P. Sp. z o. o. z siedzibą w W. na decyzje Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia 28 sierpnia 2008 r. nr: [...], [...], [...], w przedmiocie określenia prawidłowej wysokości zobowiązania w podatku od towarów i usług 1) uchyla zaskarżony wyrok, 2) uchyla decyzje Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia 28 sierpnia 2008r. nr: [...], [...], [...], 3) zasądza od Dyrektora Izby Celnej w W. na rzecz S. P. Sp. z o. o. z siedzibą w W. kwotę 14645 zł (słownie: czternaście tysięcy sześćset czterdzieści pięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania za obie instancje.


UZASADNIENIE

Zaskarżonym wyrokiem z dnia 13 lutego 2009 r., sygn. akt III SA/Wa 3062/08 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, w sprawie ze skarg S. P. Spółka z o. o. z siedzibą w W. (dalej jako Skarżąca lub Spółka) na decyzje Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia 28 sierpnia 2008 r., w przedmiocie określenia prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, oddalił skargi.

Ze stanu faktycznego przedstawionego przez Sąd pierwszej instancji wynika, że Spółka w dniu 9 stycznia 2001 r. dokonała trzech zgłoszeń celnych potwierdzających objęcie procedurą dopuszczenia do obrotu na polskim obszarze celnym farmaceutyków sprowadzanych przez nią z Francji. W wyniku kontroli obrotu towarowego dokonywanego przez Skarżącą, zakwestionowano wartość celną dopuszczonych do obrotu farmaceutyków. Wartość ta była niższa od wskazanej przez Spółkę w zgłoszeniach celnych. Z uwagi na fakt przedawnienia nie było możliwości poinformowania Skarżącej o wysokości długu celnego, a istniała jedynie podstawa do określenia zobowiązania w podatku VAT w kwocie innej, niż wykazana w zgłoszeniu celnym. W związku z tym Naczelnik Urzędu Celnego [...] w W. decyzjami z dnia 24 listopada 2006 r. określił wartość celną towarów zaimportowanych według zgłoszeń celnych na potrzeby prawidłowego określenia należnego podatku z tytułu importu towarów, określając również podstawę opodatkowania i prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego.

W odwołaniach od decyzji organu pierwszej instancji Skarżąca wniosła o uchylenie przez organ odwoławczy przedmiotowych decyzji oraz o umorzenie postępowania. Decyzjom tym zarzuciła naruszenie: art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm., dalej jako Ordynacja podatkowa) poprzez ich niewłaściwe zastosowanie; art. 23 § 1 i § 9 oraz art. 85 § 1 ustawy z dnia 9 stycznia 1997 r. Kodeks celny (Dz. U. z 2001 r. Nr 75 poz. 802 ze zm., dalej jako Kodeks celny), Rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 10 listopada 1999 r. w sprawie deklaracji skróconych i zgłoszeń celnych – załącznik nr 6 : Instrukcja wypełniania i stosowania dokumentów SAD (Dz. U. Nr 104, poz. 1193 ze zm., dalej jako Rozporządzenie w sprawie zgłoszeń celnych). Wyjaśnień dotyczących wartości celnej stanowiących załącznik do Rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 września 1999 r. – Wyjaśnienia do wartości celnej (Dz. U. Nr 80, poz. 908), a także art. 29 ust. 1 Rozporządzenia Rady (EWG) Nr 2913/92 z dnia 12 października 1992 r. ustanawiającego Wspólnotowy Kodeks Celny (dalej Wspólnotowy Kodeks Celny), oraz art. 145 ust. 2 Rozporządzenia Komisji (EWG)Nr 2454/93 z dnia 2 lipca 1993 r. ustanawiającego przepisy wykonawcze do Rozporządzenia Rady (EWG) Nr 2913/92 ustanawiającego Wspólnotowy Kodeks Celny (dalej Rozporządzenie Nr 2454/93); art. 33 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm., dalej ustawa o VAT z 2004 r.); art. 15 ust. 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50, dalej jako ustawa o VAT z 1993 r.), art. 2 i art. 7 Konstytucji RP oraz art. 120 Ordynacji podatkowej, art. 11 ust. 2 oraz art. 11c ust. 4 ustawy o VAT z 1993 r.

Skarżąca stanęła na stanowisku, że zadeklarowana przez nią wartość celna towarów była prawidłowa, a organ celny niezasadnie określił elementy kalkulacyjne dla potrzeb obliczenia podatku oraz samą kwotę podatku VAT z tytułu importu w wysokości innej, niż podana przez Skarżącą. W jej ocenie umowy przewidywały jedynie wolę przyznawania rabatów po spełnienie ściśle określonych warunków. W zamiarze importera było uzgodnienie, że strony są chętne i gotowe do otrzymywania przez kupującego rabatów pod pewnymi warunkami, które jako takie nie zostały jeszcze spełnione. Tak więc, jak wynika z treści umów, nie przesądzały one ani o czasie, ani o wysokości przyznawanych rabatów, i w rezultacie nie dostarczały jakichkolwiek danych mogących posłużyć do korygowania wartości celnej importowanych towarów.

Dalej Spółka podniosła, że określenie kwoty podatku VAT z tytułu importu towarów na podstawie odpowiednich przepisów ustawy o VAT z 2004 r. było niemożliwe. Jej zdaniem ustawa o VAT z 1993 r. przestała obowiązywać dnia 1 maja 2004 r., a zatem nie mogły już być po tym dniu podstawą działania organu celnego, a przepisy ustawy o VAT z 2004 r. też nie mogą stanowić tej podstawy w odniesieniu do zdarzenia zaistniałego przed wejściem w życie tej ustawy.

Dyrektor Izby Celnej nie podzielił zarzutów Spółki i decyzjami z dnia 28 sierpnia 2008 r. utrzymał zaskarżone decyzje w mocy.

W skargach wniesionych do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Spółka zarzuciła decyzjom naruszenie:

- art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej poprzez ich niewłaściwe zastosowanie,

- art. 23 § 1 i § 9 oraz art. 85 § 1 Kodeksu celnego, Rozporządzenia w sprawie zgłoszeń celnych, Wyjaśnień dotyczących wartości celnej, a także art. 29 ust. 1 Wspólnotowego Kodeksu Celnego oraz art. 145 ust. 2 Rozporządzenia nr 2454/93, poprzez stwierdzenie, że udzielone Skarżącej premie finansowe wpływają na wartość celną importowanych farmaceutyków,

- art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, poprzez wydanie zaskarżonej decyzji dotyczącej określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług wynikającego ze wskazanego zgłoszenia celnego po upływie terminu przedawnienia tego zobowiązania,

- art. 15 ust. 4 ustawy o VAT z 1993 r., poprzez nieprawidłowe określenie przez Naczelnika podstawy opodatkowania w imporcie towarów.

Z uwagi na powyższe Spółka wniosła o uchylenie decyzji organów obu instancji oraz zasądzenie kosztów postępowania.

W uzasadnieniu skarg Spółka podniosła, że ustalenia w zakresie celu zawarcia tej umowy oraz zasad jej funkcjonowania zostały dokonane przez organ celny w sposób całkowicie błędny i sprzeczny ze stanem faktycznym. Ponadto w opinii Skarżącej zaskarżone decyzje naruszają przepisy art. 23 § 1 i § 9 Kodeksu celnego, gdyż określając w nich wartość celną towaru oparto się na cenie faktycznie zapłaconej, mimo braku dokonania zapłaty na dzień przyjęcia zgłoszenia celnego. Dodatkowo w ocenie Skarżącej, zaskarżona decyzja narusza również przepisy Rozporządzenia w sprawie zgłoszeń celnych poprzez brak zastosowania w sprawie.

W uzasadnieniu kolejnego z zarzutów Spółka wskazała, iż biorąc pod uwagę brzmienie art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, uznać należy, że zaskarżona decyzja została wydana po upływie terminu przedawnienia. W niniejszej sprawie obowiązek podatkowy powstał bowiem w 2001 r. (tj. w roku dokonania przedmiotowych zgłoszeń celnych), zatem termin przedawnienia określony w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej upłynął w dniu 31 grudnia 2006 r. W sprawie nie doszło bowiem do spełnienia żadnej z przesłanek przerwania bądź zawieszenia biegu terminu przedawnienia określonych w art. 70 § 2 - § 4 oraz art. 70a Ordynacji podatkowej. Przed dniem 31 grudnia 2006 r. nie miały również miejsca zdarzenia skutkujące zawieszeniem biegu przedawnienia określone w art. 70 § 6 Ordynacji podatkowej. W ocenie Skarżącej, bez znaczenia dla sprawy pozostaje fakt, iż decyzja organu pierwszej instancji została wydana jeszcze przed upływem okresu przedawnienia omawianego zobowiązania podatkowego, skoro decyzje organu odwoławczego wydano już po upływie tego terminu.

W odpowiedziach na skargi Dyrektor Izby Celnej, wnosząc o oddalenie skarg, podtrzymał stanowisko zawarte w zaskarżonych decyzjach. Nie podzielił też zarzutu wydania decyzji po upływie terminu przedawnienia.

Wojewódzki Sąd Administracyjny postanowił sprawy opatrzone sygnaturami akt III SA/Wa 3062/08, III SA/Wa 3063/08 oraz III SA/Wa 3064/08 połączyć do łącznego rozpoznania i rozstrzygnięcia i prowadzić dalej pod sygn. akt III SA/Wa 3062/08.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uznał skargi za bezzasadne.

Uzasadniając swoje rozstrzygnięcie Sąd w pierwszej kolejności podniósł, że zarzut naruszenia art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r. w związku ze stosowanymi przepisami ustawy o VAT z 1993 r. jest niezasadny, bowiem organy podatkowe mogą na podstawie wspomnianego przepisu podejmować czynności również w odniesieniu do zdarzeń zaistniałych przed 1 maja 2004 r. ponadto Sąd wskazał, że zasady opodatkowania podatkiem VAT określone w obydwu ustawach są ze sobą zbieżne, a obecna ustawa stanowi kontynuację zasad obowiązujących w polskim systemie prawnym.

Sąd nie podzielił także zarzutu naruszenia art. 122, art. 187 § 1, art. 191 Ordynacji podatkowej. Jego zdaniem wobec treści umów zawartych w przeszłości, przed dokonaniem zgłoszenia celnego, z zagranicznym kontrahentem, konieczne było uwzględnienie ceny transakcyjnej farmaceutyków jako ceny faktycznie zapłaconej lub należnej za importowany towar, a w dacie dokonywania zgłoszeń celnych Spółka nie przedstawiła pełnej dokumentacji dotyczącej zakupu tych farmaceutyków. Dalej Sąd podniósł, że treść umów zawartych z kontrahentem Spółki wskazywała, iż sam fakt udzielenia zniżki był znany, choć nie było możliwe dokładnie określenie jej wysokości. Określenie tej wysokości możliwe natomiast było po jej faktycznym uzyskaniu.

W związku z powyższym WSA uznał za niezasadny zarzut naruszenia art. 23 § 1 i § 9 oraz art. 85 § 1 Kodeksu celnego, Rozporządzenia w sprawie zgłoszeń celnych, Wyjaśnień dotyczących wartości celnej, a także art. 29 ust. 1 Wspólnotowego Kodeksu Celnego oraz art. 145 ust. 2 Rozporządzenia nr 2454/93.

Następnie Sąd stwierdził, że zaskarżone decyzje Organu odwoławczego zostały wydane i doręczone (Sąd nie zauważył potrzeby rozróżniania tych dwóch pojęć, skoro zarówno wydanie, jak i doręczenie nastąpiło po 5 latach od końca 2001 r.) po upływie terminu wskazanego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Niemniej zobowiązania Skarżącej nie wygasły z powodu przedawnienia, lecz poprzez zapłatę, która nastąpiła przed przedawnieniem. Zaskarżonymi decyzjami nie określono przedawnionych zobowiązań, lecz określono zobowiązania do wysokości zapłaconych przez Spółkę kwot, tj. w tej części, której zobowiązania nie uległy przedawnieniu. Sąd uznał, że skoro w niniejszej sprawie mamy do czynienia ze zobowiązaniem w podatku od towarów i usług, powstającym z mocy prawa z dniem zaistnienia okoliczności, z którymi ustawa o VAT z 1993 r. łączyła powstanie tego zobowiązania, to do przedawnienia zobowiązania znajdzie zastosowanie art. 70 § 1 Ordynacji. Zapłata podatku, czyli jego wygaśnięcie, powoduje, że zobowiązanie podatkowe nie może wygasnąć drugi raz.

Spółka zaskarżyła powyższy wyrok w całości, zarzucając Sądowi pierwszej instancji naruszenie:

I. przepisów postępowania, tj.:

1. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c, art. 145 § 2 oraz art. 151 ustawy z 30 sierpnia 2002r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm., dalej "p.p.s.a.") w zw. z art. 1 § 1 i art. 1 § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. Nr 153, poz. 1269 ze zm., dalej "p.u.s.a.") oraz w zw. z art. 3 § 1 p.p.s.a. przez brak stwierdzenia naruszeń prawa i odmowę uchylenia przez Sąd zaskarżonych decyzji w sytuacji, gdy zostały one wydane z mogącymi mieć istotny wpływ na wynik sprawy naruszeniami prawa o postępowaniu, tj. art. 122, art. 187 § 1 oraz art. 191 Ordynacji podatkowej z uwagi na dokonanie przez organy podatkowe sprzecznych z istniejącym w sprawie materiałem dowodowym (tj. umową dotyczącą premii finansowych z 1 października 1997 r. z załącznikami do tej umowy), ustaleń w zakresie charakteru prawnego premii finansowych przewidzianych w umowie i celu ich udzielania oraz wpływu premii finansowych na cenę importowanych przez farmaceutyków, jak również momentu przyznania Skarżącej premii finansowych;

2. art. 145 § 1 pkt 1 lit. a oraz art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 1 § 1 i art. 1 § 2 p.u.s.a. oraz w zw. z art. 3 § 1 p.p.s.a. przez brak stwierdzenia naruszeń prawa i odmowę uchylenia przez Sąd zaskarżonych decyzji w sytuacji, gdy zostały one wydane z mającymi wpływ na wynik sprawy naruszeniami prawa materialnego, tj.:

art. 23 § 1 i § 9 Kodeksu celnego przez przyjęcie, że premie finansowe przekazane skarżącej po dokonaniu importu miały wpływ na cenę importowanych towarów, a co za tym idzie, na wartość transakcyjną, a przez to na ich wartość celną oraz art. 85 § 1 Kodeksu celnego przez przyjęcie, że stan towaru i jego wartość celna w dniu przyjęcia zgłoszenia celnego mogą zostać ustalone z uwzględnieniem zdarzeń mających miejsce po dniu przyjęcia zgłoszenia celnego i odnoszących się do towarów krajowych;

§ 12 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie zgłoszeń celnych oraz załącznika nr 6 – Instrukcji wypełniania i stosowania dokumentu SAD przez sprzeczne z Instrukcją wypełniania i stosowania dokumentu SAD przyjęcie, że w dokumencie SAD powinna zostać wykazana kwota premii finansowej nieuwidoczniona na fakturze sprzedaży;

§ 2 ust. 2 rozporządzenia Ministra Finansów z 15 września 1999r. - Wyjaśnienia do wartości celnej oraz załącznika - Wyjaśnień dotyczących wartości celnej przez przyjęcie, że wartość celna towaru może zostać ustalona z uwzględnieniem premii finansowych otrzymanych po dniu przyjęcia zgłoszenia celnego;

art. 15 ust. 4 ustawy o VAT z 1993r. przez nieprawidłowe określenie podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług z tytułu importu;

art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej przez uznanie, że zapłata zobowiązania podatkowego skutkuje brakiem możliwości przedawnienia tego zobowiązania;

3. art. 141 § 4 p.p.s.a. przez dokonanie i przedstawienie w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku sprzecznych z istniejącym w sprawie materiałem dowodowym ustaleń w zakresie momentu przyznania premii finansowej przez kontrahenta zagranicznego, co stało się przyczyną odmowy skarżącej prawa do odwoływania się do regulacji określających skutki przyznania rabatów postimportowych, a w konsekwencji - wadliwego ustalenia i wyjaśnienia podstawy rozstrzygnięcia;

II. prawa materialnego, przez błędną wykładnię:

art. 23 § 1 i § 9 oraz art. 85 § 1 Kodeksu celnego przez błędną wykładnię art. 23 § 1 i § 9 Kodeksu celnego polegającą na przyjęciu, że premie finansowe przekazane skarżącej po dokonaniu importu miały wpływ na cenę importowanych towarów, a co za tym idzie, na wartość transakcyjną a przez to na ich wartość celną oraz błędną wykładnię art. 85 § 1 Kodeksu celnego przez przyjęcie, że stan towaru i jego wartość celna w dniu przyjęcia zgłoszenia celnego mogą zostać ustalone z uwzględnieniem zdarzeń mających miejsce po dniu przyjęcia zgłoszenia celnego i odnoszących się do towarów krajowych;

art. 70 § 1 oraz art. 59 § 1 Ordynacji podatkowej przez uznanie, że zapłata zobowiązania podatkowego skutkuje brakiem możliwości przedawnienia tego zobowiązania;

III. prawa materialnego niewłaściwe jego zastosowanie, tj. naruszenie art. 2 Aktu akcesyjnego w zw. z art. 1 ust. 1 i ust. 2 Traktatu akcesyjnego, a także art. 249 TWE, art. 29 ust. 1 rozporządzenia Rady (EWG) nr 2913/92 oraz art. 145 ust. 2 rozporządzenia Komisji (EWG) nr 2454/93 ustanawiającego przepisy w celu wykonania rozporządzenia Rady (EWG) nr 2913/92 w zw. z art. 26 ustawy z 19 marca 2004 r. - Przepisy wprowadzające ustawę - Prawo celne (Dz. U. Nr 68, poz. 623 ze zm.) przez brak zastosowania prawa wspólnotowego do oceny legalności wydania zaskarżonych decyzji.

Przy tak sformułowanych zarzutach spółka wniosła o uchylenie skarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy Sądowi I instancji do ponownego rozpoznania oraz o zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania kasacyjnego.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.

Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie z uwagi na trafność zarzutu naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej.

W spornej kwestii – dopuszczalności orzekania, po upływie okresu przedawnienia, o niższej niż zadeklarowana, wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, które wcześniej wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej) – wypowiedział się skład siedmioosobowy NSA w wyroku z dnia 28 czerwca 2010 r., w sprawie o sygn. akt I FPS 5/09, w którym m.in. orzeczono, że w sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w skutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), nie można po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, wbrew interesowi prawnemu podatnika, orzekać o wysokości tego zobowiązania podatkowego.

W uzasadnieniu tego stanowiska Sąd ten stwierdził, że nie może budzić żadnych wątpliwości to, że po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, w sytuacji gdy zobowiązanie podatkowe wcześniej nie wygasło na skutek jego zapłaty, niedopuszczalne jest wydawanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 listopada 2003 r., III SA 3066/01, Mon. Podat. 2004, nr 3, s. 42; z dnia 14 maja 2003 r., SA/Rz 1153/01, POP 204, nr 4, poz. 80; z dnia 7 maja 2003r., I SA/Wr 2282/00, PP 2003, nr 10, s. 63). W związku z powyższym nie można przyjąć, że wpłata podatku stwarza taki stan prawny, iż organ podatkowy nabywa prawo do wydawania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych. Okoliczność, że podatnik wpłacił podatek, nie może w tak znaczący sposób pogorszyć sytuacji prawnej tego podmiotu w porównaniu z podatnikiem, który nie zrealizował swojego obowiązku podatkowego. Wykładnia przepisu art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej nie może dyskryminować podatnika, który wywiązuje się ze swoich obowiązków uiszczając daninę publicznoprawną, a preferować tych podatników, którzy tych obowiązków nie realizują. Sprzeciwia się temu zasada równości, wyrażona w art. 32 ust. 1 Konstytucji. Zgodnie z tym unormowaniem wszyscy są wobec prawa równi. Wszyscy mają prawo do równego traktowania przez władze publiczne. W związku z tym przyjęcie w ramach wykładni prawa różnicowania skutków upływu terminu z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej w zależności od tego, czy podatnik wpłacił podatek, bądź też tego nie uczynił, prowadziłoby do wykładni sprzecznej z Konstytucją, a głównie z zasadą demokratycznego państwa prawa i wynikającą z niej zasadą równości i sprawiedliwości.

Stanowisko to nie pozostaje przy tym w sprzeczności w pełni akceptowanym przez Sąd stanowiskiem judykatury, że zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1 – 9 Ordynacji podatkowej wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn. Nie może bowiem ponownie wygasnąć zobowiązanie podatkowe, które już nie istnieje (por. wyrok Sądu Najwyższego z dnia 21 maja 2003 r., III RN 76/01, OSNP 2003, nr 7, poz. 162, uchwała NSA z dnia 6 października 2003 r., FPS 8/03, ONSA iWSA 2004, nr 1, poz. 7, wyrok NSA z dnia 28 czerwca 2004 r., FSK 200/04, ONSAiWSA 2005, nr 1, poz. 4, wyrok NSA z dnia 12 kwietnia 2006 r., FSK 2365/04, wyrok WSA w Warszawie z dnia 27 lutego 2008 r., III SA/Wa 2208/07, Lex nr 463325, wyrok WSA w Warszawie z dnia 26 listopada 2008 r., III SA/Wa 1347/08, Lex nr 515925, wyrok WSA w Warszawie z dnia 18 lutego 2009 r., III SA/Wa 2953/08, Lex nr 519926, wyrok WSA w Gliwicach z dnia 15 czerwca 2009 r., III SA/GL 1452/08, Lex nr 527418). Jednakże stanowisko to dotyczy skutków materialnoprawnych upływu terminu przedawnienia, nie odnosi się natomiast do jego skutków procesowych.

Podatnik w procesie samoobliczenia swojego zobowiązania podatkowego z różnych względów może zadeklarować i w konsekwencji wpłacić podatek w innej wysokości niż faktycznie istniejące, powstałe z mocy prawa zobowiązanie podatkowe. W związku z tym zobowiązanie podatkowe, stosownie do treści art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej wygaśnie w całości tylko wówczas, gdy podatnik wpłaci podatek w takiej samej lub w wyższej kwocie niż wynikający z zobowiązania podatkowego powstałego z mocy prawa. W takiej sytuacji zobowiązanie podatkowe przestaje istnieć. Termin przedawnienia zobowiązania podatkowego nie biegnie dalej. Odmienna sytuacja zachodzi, gdy podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego. W takiej sytuacji następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części. Natomiast w pozostałym zakresie zobowiązanie nadal istnieje. Dalej biegnie termin przedawnienia w stosunku do pozostałej części zobowiązania podatkowego. Zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług powstaje z mocy prawa i rzeczywista jego wielkość nie jest pewna. W związku z tym nie wiadomo, czy zobowiązanie podatkowe wygasło w całości lub w części, a zatem, czy istnieje zobowiązanie podatkowe w pewnym zakresie. Dlatego też organ podatkowy jest uprawniony do weryfikacji samoobliczenia podatnika. Sytuacja zmienia się po upływie terminu określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej albowiem nie ma już żadnych wątpliwości, iż zobowiązanie wygasło w całości. Nawet bowiem, gdy zapłacony podatek był w niższej wysokości niż wynikający z mocy prawa, a zatem nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), to w pozostałej istniejącej części wygasł na skutek przedawnienia. Z momentem upływu terminu przedawnienia nikt nie ma wątpliwości, że zobowiązanie podatkowego w podatku od towarów i usług wygasło w całości. Zatem nie istnieje już stosunek prawny. Nie ma zatem konieczności weryfikowania treści zobowiązania podatkowego. Skarb Państwa nie ma już żadnego interesu prawnego we wszczynaniu i prowadzeniu takiego postępowania, które z punktu widzenia interesów budżetowych państwa może tylko generować koszty, bez perspektyw wpływu środków. Zasada efektywności działania organów administracji publicznej sprzeciwia się prowadzeniu takich postępowań. Wprawdzie Ordynacji podatkowej nie wprowadza pojęcia "interesu prawnego", jako elementu koniecznego do prowadzenia postępowania podatkowego, to jednak nie można abstrahować od celowości i efektywności działań organów administracji publicznej.

Sąd następnie zwrócił uwagę na funkcję gwarancyjną instytucji przedawnienia dla podatnika. Na skutek upływu terminu przedawnienia następuje stabilizacja sytuacji prawnej podatnika. Nabywa on pewność, że jego stosunek zobowiązaniowy w sferze publicznoprawnej nie ulegnie już zmianie. Z drugiej strony organy administracji publicznej, które w okresie biegu terminu przedawnienia nie podjęły stosownych działań prawnych, pozbawione są możliwości ingerencji w prawa i obowiązku podatnika. Następuje więc po obu stronach, nieistniejącego już zobowiązania podatkowego, stan pewności w zakresie wzajemnych zobowiązań i uprawnień. Instytucja przedawnienia, znana jest w niemal wszystkich gałęziach prawa, zarówno w tych zaliczanych do prawa publicznego jak i prywatnego. Pełni ona wszędzie zbliżoną rolę. Przy czym bardzo istotne znaczenie w prawie podatkowym wiążę się z brakiem równości stron stosunku prawnego w tej dziedzinie prawa, a także z możliwością dużej ingerencji organów administracji publicznej w prawa podatnika. Ponadto przedawnienie, które jak stwierdzono pełni funkcje gwarancyjne i stabilizacyjne, we wszystkich gałęziach prawa jest instytucją zastrzeżoną na rzecz dłużnika. Szczególnie jest to istotne w prawie podatkowym. Oznacza to, że podatnik może powoływać się na dobrodziejstwa płynące z instytucji przedawnienia. Takiego uprawnienia zaś nie posiada opieszały organ podatkowy, który nie może czerpać korzyści z faktu, że w terminie przedawnienia nie zdołał wydać ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.

Naczelny Sąd Administracyjny w niniejszej sprawie w pełni podziela poglądy wyrażone w powyższym wyroku (7) NSA z dnia 28 czerwca 2010 r.

Stanowisko tego Sądu wspiera dodatkowo treść art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej, w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r., zgodnie z którym gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania. Przepis ten w sposób jednoznaczny określa procesowy skutek upływu terminu przedawnienia, który wymaga od organu pierwszej instancji lub organu odwoławczego umorzenia postępowania w przypadku, gdy organ ten nie zdążył orzec przed upływem przedawnienia określonego zobowiązania podatkowego – niezależnie od tego, czy nastąpiło to po zapłacie lub przed zapłatą podatku.

Określony w tym przepisie upływ terminu przedawnienia stanowi ujemną przesłankę procesową do orzekania przez organ podatkowy co do przedawnionego zobowiązania podatkowego, gdy skutkuje bezprzedmiotowością postępowania.

Wyjątek w tym zakresie musi być określony jednoznacznie w ustawie, jak to ma miejsce np. w przypadku instytucji zwrotu nadpłaty, określonej w art. 79 Ordynacji podatkowej, gdzie w § 2 stwierdzono, ze prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. A contrario wynika z tego, że w przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe w rozumieniu art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej.

Podkreśla to dodatkowo pogląd, że termin przedawnienia jest zastrzeżony dla podatników, których roszczenia, wynikające z ich interesu prawnego – o ile zostaną zgłoszone przed upływem terminu przedawnienia – powinny zostać rozpatrzone nawet po jego upływie.

Oznacza to jednak, że nieuzasadniony jest stanowisko organów podatkowych, że po upływie okresu przedawnienia, organ – wbrew interesowi prawnemu podatnika - można kształtować wielkość przedawnionego zobowiązania podatkowego "na jego korzyść", określając go w niższej wysokości niż kwota przez niego zapłacona. Sytuacja taka, w świetle ujemnej przesłanki procesowej określonej w art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej jest niedopuszczalna, chyba że postępowanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia nie staje się bezprzedmiotowe, co może wynikać tylko z jednoznacznego przepisu ustawowego, wymagającego kontynuacji postępowania wszczętego z inicjatywy podatnika przed upływem tego terminu.

Nie ma przy tym znaczenia, że termin przedawnienia upłynie po wydaniu decyzji przez organ pierwszej instancji, a przed orzeczeniem organu odwoławczego, gdyż postępowanie organu odwoławczego, którego celem jest również wydanie rozstrzygnięcia merytorycznego w sprawie, podobnie jak postępowanie organu pierwszej instancji, z uwagi na zaistniałą bezprzedmiotowość postępowania spowodowaną przedawnieniem zobowiązania podatkowego - powinno w takiej sytuacji zostać umorzone (art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej).

Z uwagi na powyższe stwierdzić należy naruszenie przez organ odwoławczy w rozpoznawanej sprawie normy art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej

Niedostrzeżenie przez Sąd pierwszej instancji tegoż uchybienia skutkuje stwierdzeniem naruszenia art. 151 i art. 145 § 1 pkt 1 lit a) p.p.s.a.

Odnośnie pozostałych zarzutów skargi kasacyjnej, w sytuacji uwzględnienia zarzutu naruszenia art. 151 i art. 145 § 1 pkt 1 lit a) p.p.s.a w zw. z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, stwierdzić należy ich bezprzedmiotowość, skoro organ odwoławczy w ogóle nie powinien orzekać co do istoty w niniejszej sprawie, a Sąd pierwszej instancji podstawę swojego orzeczenia winien oprzeć na art. 145 § 1 pkt 1 lit a) p.p.s.a.

W świetle powyższego Naczelny Sąd Administracyjny stwierdzając, że w niniejszej sprawie nie ma naruszeń przepisów postępowania, które mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a zachodzi jedynie naruszenie prawa materialnego, na podstawie art. 188 p.p.s.a. w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a ) p.p.s.a. - uchylił zaskarżone orzeczenie i rozpoznał skargę, uznając ją za zasadną.

W przedmiocie kosztów orzeczono na podstawie art. 200 i art. 203 pkt 1 p.p.s.a. w zw. z art. 207 § 2 p.p.s.a., zasądzając zwrot kosztów postępowania kasacyjnego w części, z uwzględnieniem nakładu pracy pełnomocnika strony wynikającego z faktu, iż jest to jedna z wielu spraw skarżącego, dotyczących analogicznych stanów faktycznych i prawnych.