Postanowienie NSA, sygn. akt I FSK 511/16
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2017-11-30 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatkowe postępowanie
Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Naczelnik Urzędu Skarbowego
Treść wyniku: Uchylono zaskarżony wyrok i odrzucono skargę
Powołane przepisy: article: art. 58 § 1 pkt 6, art. 52 § 1 art. 189
journal: Dz.U. 2012 poz 270
law: Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - tekst jednolity.
article: art. 274b, art. 277
journal: Dz.U. 2012 poz 749
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa - tekst jednolity.
article: art. 87 ust. 2
journal: Dz.U. 2011 nr 177 poz 1054
law: Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług - tekst jednolity

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Arkadiusz Cudak, Sędzia NSA Izabela Najda - Ossowska, Sędzia WSA del. Marzena Łozowska (sprawozdawca), Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 30 listopada 2017 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 24 listopada 2015 r. sygn. akt I SA/Wr 1559/15 w sprawie ze skargi K. sp. z o.o. z siedzibą w L. na postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. z dnia 23 kwietnia 2015 r. nr [...] w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku od towarów i usług za marzec 2013 r. postanawia: 1) uchylić zaskarżony wyrok w całości, 2) odrzucić skargę, 3) zarządzić zwrot ze środków budżetowych Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu na rzecz K. sp. z o.o. z siedzibą w L. kwoty 100 (sto) złotych tytułem uiszczonego wpisu od skargi.


UZASADNIENIE

1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd przebieg postępowania przed organami:

1.1. Skarga K. sp. z o.o. w L. (skarżąca/Spółka) dotyczy wyroku z 24 listopada 2015 r., w którym Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm., dalej: ustawa p.p.s.a) uchylił postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. (dalej: Naczelnik) z 23 kwietnia 2015 r. w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku od towarów i usług za marzec 2013 r.

1.2. Przedstawiając stan sprawy Sąd podał, że 5 kwietnia 2013 r. do Naczelnika wpłynęła deklaracja VAT-7 za marzec 2013 r., w której spółka wykazała różnicę podatku do zwrotu na rachunek bankowy wraz z wnioskiem o zwrot w terminie 25 dni. Organ I instancji podjął w sprawie czynności sprawdzające, a następnie postanowieniem z 25 kwietnia 2013 r. przedłużył termin zwrotu podatku od towarów i usług do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia Spółki. Organ ustalił, że skarżąca prowadzi działalność gospodarczą w zakresie m.in. skupu i sprzedaży granulatu złota i srebra. Przedłożone przez Spółkę faktury VAT dokumentują zakup granulatu złota i srebra od wskazanych podmiotów. Ustalono, że po nabyciu granulatu złota i srebra według stawki VAT 23 %, w tym samym miesiącu skarżąca dokonała wewnątrzwspólnotowej dostawy tego towaru na rzecz czeskiego podmiotu stosując stawkę 0 %, czego skutkiem była nadwyżka podatku naliczonego nad należnym wykazana do zwrotu w złożonej przez Spółkę deklaracji VAT – 7. Naczelnik wystąpił do właściwych dla kontrahentów urzędów skarbowych o przeprowadzenie czynności sprawdzających w celu ustalenia rzeczywistego przebiegu transakcji.

1.3. Powyższe postanowienie stało się przedmiotem skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, która została uwzględniona wyrokiem z 15 listopada 2013 r. (sygn. akt I SA/Wr 1536/13). Po rozpoznaniu skargi kasacyjnej wniesionej przez Dyrektora Izby Skarbowej w W. (dalej: Dyrektor Izby Skarbowej), Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 kwietnia 2015 r. (sygn. akt I FSK 312/14), oddalił skargę kasacyjną.

1.4. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. (dalej: Dyrektor UKS) 13 czerwca 2013 r. wszczął wobec skarżącej postępowanie kontrolne w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od lutego do kwietnia 2013 r. W piśmie z 16 lipca 2015 r. stwierdził, że dotychczasowe ustalenia wskazują, że skarżąca brała udział w transakcjach łańcuchowych.

1.5. Podnosząc brak podstawy prawnej do przedłużania terminu zwrotu VAT skarżąca 10 kwietnia, 28 kwietnia, 19 maja, 3 czerwca, 20 czerwca i 21 listopada 2014 r. złożyła do organu I instancji wezwania do zapłaty. Naczelnik w odpowiedzi na ww. pisma wskazał, że do czasu wydania rozstrzygnięć za okres objęty postępowaniem zwrot nie jest możliwy. Podkreślił ponadto, że WSA we Wrocławiu w wyrokach z 28 października 2013 r. sygn. akt I SAB/Wr 8/13 i I SAB/Wr 9/13 oddalił skargę na bezczynność organu I instancji.

1.6. Powyższe wyroki zostały uchylone przez NSA, który w wyrokach z 17 marca 2015 r. sygn. akt I FSK 582/14 i I FSK 583/14 uchylił wyroki Sądu I instancji. NSA wskazał, że wraz ze zmianą procedury weryfikacyjnej konieczne jest wydanie nowego postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia skarżącej w nowej procedurze. Spółka złożyła ponaglenia na niezałatwienie sprawy w terminie, które Dyrektor Izby Skarbowej uznał za niezasadne.

1.7. Zaskarżonym postanowieniem z dnia 23 kwietnia 2015 r. organ I instancji, działając na podstawie art. 216 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2012 r. Nr 177, poz. 1054, dalej: o.p.) oraz art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2011 r., Nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej: ustawa o VAT) przedłużył termin zwrotu VAT za marzec 2013 r. do czasu zakończenia postępowania kontrolnego. Wskazał, że wydanie nowego, postanowienia w sprawie jest niezbędne z uwagi na zmianę trybu weryfikacji rozliczenia skarżącej w związku ze wszczęciem postępowania kontrolnego przez organ kontroli skarbowej.

1.8. Spółka wystąpiła do organu z wezwaniem do usunięcia naruszenia prawa. Organ podatkowy stwierdził brak podstaw do uwzględnienia stanowiska Spółki.

2. Skarga do Sądu pierwszej instancji

2.1. W skardze do sądu administracyjnego skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia, ewentualnie stwierdzenie jego nieważności, zarzucając naruszenie:

- art. 87 ust. 2 zd. drugie ustawy o VAT przez uchybienie terminowi do wydania postanowienia, które winno być wydane niezwłocznie po wszczęciu wobec strony postępowania kontrolnego, zmieniającego tryb weryfikacji zwrotu;

- art. 120 i art. 121 oraz art. 125 O.p., przez wstrzymywanie przez organ I instancji zwrotu pomimo zakończenia przez ten organ weryfikacji zwrotu i braku stwierdzenia nieprawidłowości oraz pomimo niewydania nowego postanowienia wskazującego na zmianę trybu weryfikacji, co stoi w sprzeczności z zasadą legalizmu, praworządności, zaufania do organów podatkowych oraz szybkości i wnikliwego działania organów;

- ewentualnie rażące naruszenie prawa polegające na wydaniu postanowienia przez organ I instancji po upływie prawie dwóch lat od wszczęcia postępowania kontrolnego i tym samym próbie konwalidowania bezprawnego wstrzymywania zwrotu i w rezultacie niedopuszczalną ingerencję organu podatkowego w fundamentalną zasadę neutralności VAT.

3. Wyrok Sądu pierwszej instancji

3.1. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu stwierdził, że zaskarżone postanowienie narusza przepisy prawa. Sąd podzielił stanowisko wyrażone w wyroku NSA z 11 lutego 2015 r., sygn. akt I FSK 621/14, który stwierdził konieczność wydania każdorazowo nowego postanowienia w każdym kolejno uruchamianym trybie weryfikacji zasadności zwrotu oraz na przesłanki uzasadniające takie działanie. Zdaniem NSA wydanie postanowienia o przedłużeniu zwrotu podatku służy zarówno organom podatkowym, jak i podatnikowi, realizując funkcje gwarancyjne. Zdaniem Sądu zaskarżone postanowienie wydane zostało w warunkach, które w zupełności pozbawiają postanowienie funkcji gwarancyjnej. W ocenie Sądu postanowienie ograniczające prawo do odliczenia podatku naliczonego musi zostać podjęte niezwłocznie po uruchomieniu procedury weryfikacyjnej w oparciu o ściśle określone i stosowane przepisy prawa. Zdaniem Sądu nie ma tu miejsca na wykładnię rozszerzającą, gdyż godzi to w zasadę neutralności VAT.

3.2. W ocenie Sądu brak wydania postanowienia niezwłocznie po uruchomieniu nowego trybu w ramach którego dokonywana jest weryfikacja zwrotu (wobec niedokonania zwrotu) narusza zarówno zasadę zaufania do organów z art. 121 O.p., jak i zasadę praworządności z art. 120 O.p., zasadę skuteczności i współmierności z art. 125 § 1 O.p., jak również prowadzi do naruszenia zasady neutralności VAT.

3.3. Wobec stwierdzonych naruszeń Sąd nie odniósł się do pozostałych zarzutów skargi związanych z wadliwością uzasadnienia postanowienia. Odnośnie natomiast zarzutu skargi dotyczącego ewentualnego stwierdzenia nieważności postanowienia, to Sąd podzielił stanowisko organu podatkowego o braku podstaw prawnych do stosowania instytucji stwierdzenia nieważności względem postanowień, na które nie przysługuje zażalenie.

4. Skarga kasacyjna

4.1. W skardze kasacyjnej od powyższego wyroku organ wniósł o zmianę wyroku przez oddalenie skargi ewentualnie o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania oraz o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania według norm przepisanych.

4.2. Jako podstawy kasacyjne organ powołał naruszenie przepisów:

I. postępowania w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:

- art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) ustawy p.p.s.a. w zw. z art. 120, art. 121 oraz art. 125 § 1 O.p. przez ich błędne zastosowanie w przedmiotowej sprawie, polegające na uznaniu, iż wydanie zaskarżonego postanowienia po upływie dwóch lat od wszczęcia kolejnej procedury weryfikacji (jeszcze przed jej zakończeniem) godzi w zasadę zaufania do działania organów podatkowych, zasadę praworządności, jak i zasadę współmierności i skuteczności, gdy tymczasem w sprawie wydanie postanowienia we wskazanym terminie było usprawiedliwione okolicznościami, a zatem jedynie brak wydania przedmiotowego postanowienia uniemożliwiłby realizację ww. zasad, jak również funkcji gwarancyjnych, a tym samym ocenę wydanego postanowienia w ramach kontroli sądowej,

- art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) ustawy p.p.s.a. w zw. z art. 216 § 1 O.p. przez jego niezastosowanie w sprawie, polegające na uznaniu, iż organ nie może wydać przedmiotowego postanowienia po upływie dwóch lat od wszczęcia kolejnej procedury weryfikacji, podczas gdy powołany przepis określa, że w toku postępowania organ wydaje postanowienia, a zatem - jak przyznał Sąd pierwszej instancji, "(...) Brak jest (...) oczywistego momentu odnośnie wydania w sprawie kolejnego (bądź kolejnych) postanowień w ramach dalej uruchamianych trybów dla weryfikacji zwrotu",

- art. 141 § 4 ustawy p.p.s.a. przez pominięcie w uzasadnieniu wyroku istotnej dla sprawy okoliczności stanowiącej przyczynę wydania zaskarżonego postanowienia po upływie dwóch lat od wszczęcia kolejnej procedury weryfikacji - kształtującej się w tym zakresie linii orzeczniczej, która wskazuje - wbrew wcześniejszemu stanowisku sądów administracyjnych, na konieczność wydawania kolejnych postanowień po wszczęciu nowej procedury weryfikacji określonej w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT,

II. naruszenia przepisów prawa materialnego, w tym:

- art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) ustawy p.p.s.a., przez błędną wykładnię art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT, polegającą na uznaniu, iż niewydanie postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu w "odpowiednim terminie" uniemożliwia podatnikowi skorzystanie z uprawnień i gwarancji procesowych, podczas gdy żaden przepis nie uniemożliwia organowi wydania postanowienia w trakcie trwającej a niezakończonej procedury weryfikacji.

5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

5.1. Zasadą jest to, że Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu uwzględniając jedynie nieważność postępowania, zgodnie z art. 183 § 1 ustawy p.p.s.a. Jak wskazano jednak w uchwale składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 8 grudnia 2009 r. o sygn. II GPS 5/09, od zasady związania Naczelnego Sądu Administracyjnego granicami skargi kasacyjnej na podstawie art. 183 § 1 ustawy p.p.s.a. istnieją odstępstwa. Jedno z nich przewidziane zostało w art. 189 ustawy p.p.s.a. Zgodnie z tym przepisem, jeżeli skarga ulegała odrzuceniu albo istniały podstawy do umorzenia postępowania przed wojewódzkim sądem administracyjnym, Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem uchyla wydane w sprawie orzeczenie oraz odrzuca skargę lub umarza postępowanie. Ustalenie, że istniały przesłanki do odrzucenia skargi zobowiązuje Naczelny Sąd Administracyjny do uchylenia zaskarżonego wyroku Sądu pierwszej instancji i odrzucenia skargi. Oceny wystąpienia przesłanek odrzucenia skargi Naczelny Sąd Administracyjny dokonuje z urzędu, niezależnie od zarzutów skargi kasacyjnej. Wynika to z punktu pierwszego powołanej uchwały, w którym wskazano, że w świetle art. 183 § 1 oraz art. 134 § 2 w związku z art. 193 ustawy p.p.s.a. jest dopuszczalne zastosowanie przez Naczelny Sąd Administracyjny z urzędu art. 189 tej ustawy, polegające na uchyleniu orzeczenia wojewódzkiego sądu administracyjnego i odrzuceniu skargi, niezależnie od zarzutów podniesionych w skardze kasacyjnej i przy braku przesłanek nieważności postępowania sądowego.

5.2. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, uwzględniając okoliczności niniejszej sprawy, zastosowanie art. 189 ustawy p.p.s.a. jest w pełni zasadne. Odnotować bowiem trzeba stanowisko, które zajął Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 października 2016 r., w sprawie I FPS 2/16. Z art. 269 § 1 ustawy p.p.s.a. wynika moc ogólnie wiążąca uchwały, której istota sprowadza się do tego, że stanowisko zajęte w uchwale podjętej przez Naczelny Sąd Administracyjny wiąże pośrednio wszystkie składy orzekające sądów administracyjnych. Dopóki nie nastąpi zmiana tego stanowiska, dopóty sądy administracyjne powinny je respektować. Innymi słowy, jeżeli skład sądzący w sprawie nie stwierdzi zasadności uruchomienia trybu przewidzianego w art. 269 ustawy p.p.s.a., obowiązany jest respektować stanowisko wyrażone w uchwale składu poszerzonego Naczelnego Sądu Administracyjnego (tak m.in. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 26 listopada 2014 r., sygn. akt II FSK 1474/14 dostępny na stronie www.orzeczeniansa.gov.pl).

5.3. W powołanej uchwale I FPS 2/16 Naczelny Sąd Administracyjny wyraził stanowisko, że "Przedłużenie terminu zwrotu różnicy podatku, o którym mowa w art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT, w przypadku, gdy weryfikacja rozliczenia podatnika dokonywana jest w ramach kontroli podatkowej (lub postępowania podatkowego, lub postępowania kontrolnego) następuje w formie zaskarżalnego zażaleniem postanowienia naczelnika urzędu skarbowego, przewidzianego w art. 274b w związku z art. 277 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r. poz. 613, z późn. zm.), na które przysługuje skarga do sądu administracyjnego na podstawie art. 3 § 2 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2016 r. poz. 718, z późn. zm.)". W uzasadnieniu uchwały (pkt 6.12.) wyjaśniono, że przyjętą formę prawną postanowienia dla przedłużania terminu zwrotu różnicy podatku w związku z prowadzeniem weryfikacji w ramach czynności sprawdzających, należy odnosić również do wszystkich pozostałych możliwych trybów weryfikacyjnych, uznanych w danej sprawie za właściwe dla dodatkowego zweryfikowania zasadności zwrotu, które czasowo mogą stać się powodem przesunięcia terminu realizacji owego zwrotu. W ten sposób następuje rozszerzenie stosowania art. 274b O.p. na inne sprawy dotyczące zwrotu podatku, niż wprost w nim wskazane. W przypadku VAT rozszerzenie trybu orzekania wskazanego dla czynności sprawdzających następuje na pozostałe tryby weryfikacji, tj. w ramach kontroli podatkowej, postępowania podatkowego i postępowania kontrolnego, jako mogących towarzyszyć badaniu zasadności zwrotu w świetle art. 87 ust. 2 ustawy o VAT.

5.4. W uchwale wskazano (pkt 6.13.), że powyższe rozumowanie potwierdza usytuowanie art. 277 O.p. w ramach działu V "Czynności sprawdzające". Skoro prawodawca przyjął, że część regulacji zawartych w przepisach o czynnościach sprawdzających powinna mieć odpowiednie zastosowanie do spraw zwrotu podatku (w tym zwrotu różnicy podatku oraz zwrotu podatku naliczonego), to właściwym miejscem dla takiego wskazania było umieszczenie takiego "rozszerzenia" w tych przepisach, których zastosowanie miało być szersze w kontekście zwrotu (w tym terminu zwrotu), niż tylko w odniesieniu do jednego z możliwych przypadków towarzyszących zwrotowi podatku (tj. gdy weryfikacja rozliczenia podatnika ma postać czynności sprawdzających). Kierunkowo zbieżne z tym stanowiskiem zapatrywania wyrażano już w orzecznictwie, m.in. w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 grudnia 2006 r., sygn. akt I FSK 315/06 (dostępny j.w.)

5.5. W rezultacie przyjęto, że każdy przypadek zwrotu różnicy podatku, w skład którego wchodzi kwestia przedłużenia terminu tego zwrotu wymaga, poza przewidzianym art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, stosowania również art. 274b O.p. i że dla stosowania tego ostatniego przepisu bez znaczenia pozostaje tryb prowadzonej weryfikacji rozliczenia podatnika z punktu widzenia zasadności zwrotu.

5.6. W pkt 6.18. uzasadnienia uchwały skład powiększony Naczelnego Sądu Administracyjnego zajął także stanowisko co do praktycznych skutków, jakie powinna wywołać uchwała z 24 października 2016 r., w sprawie I FPS 2/16. Podkreślił, że stosując uchwałę, w imię tzw. zasady nieszkodzenia błędnym pouczeniem (art. 214 O.p.) i urzeczywistnienia prawa do sądu, rozumianego jako prawo do odpowiednio ukształtowanej procedury oraz prawo do uzyskania wyroku w rozsądnym terminie, należy zaakceptować dopuszczalność traktowania złożonych w odpowiednim terminie wezwań do usunięcia naruszenia prawa (w trybie art. 52 § 3 ustawy p.p.s.a.) jako terminowo złożonych już zażaleń, które powinny podlegać przekazaniu organowi drugiej instancji (dyrektorowi izby skarbowej) do rozpatrzenia. Negatywne skutki związane z niejasnością sytuacji prawnej jednostek nie powinny bowiem obciążać ich samych, bądź prowadzić do konieczności uruchamiania przez nie kolejnych procedur, których jedynym celem byłoby przywrócenie terminu do wniesienia zażalenia.

5.7. Przenosząc przedstawione wyżej stanowisko uchwały składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego w sprawie I FPS 2/16, na grunt rozpoznawanej sprawy zauważyć należy, że skarżąca kierując się pouczeniem zawartym w postanowieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego, po uprzednim wezwaniu organu do usunięcia naruszenia prawa, wniosła skargę do wojewódzkiego sądu administracyjnego. Pouczenie zamieszczone w postanowieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego spowodowało, że skarżąca nie wyczerpała właściwego toku instancji przed organami podatkowymi bowiem, w świetle powyższej uchwały, na postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu przysługuje zażalenie i dopiero postanowienie wydane przez organ II instancji może stanowić przedmiot skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego. Brak rozpoznania zażalenia przez organ II instancji powodował, że wniesiona przez Spółkę skarga była przedwczesna i jako taka, na podstawie art. 58 § 1 pkt 6 ustawy p.p.s.a. podlegała odrzuceniu. Zgodnie bowiem z art. 52 § 1 ustawy p.p.s.a., skargę można wnieść po wyczerpaniu środków zaskarżenia, jeżeli służyły one skarżącemu w postępowaniu przed organem właściwym w sprawie, chyba że skargę wnosi prokurator, Rzecznik Praw Obywatelskich lub Rzecznik Praw Dziecka. Przez wyczerpanie środków zaskarżenia należy rozumieć sytuację, w której stronie nie przysługuje żaden środek zaskarżenia, taki jak zażalenie, odwołanie lub wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy, przewidziany w ustawie (§ 2). Nierozpoznanie przez właściwy organ II instancji zażalenia wniesionego przez skarżącą, oznaczało, że środki zaskarżenia "nie zostały wyczerpane".

5.8. Naczelny Sąd Administracyjny wskazuje, że w ponownie przeprowadzonym postępowaniu, wniesione przez skarżącą wezwanie do usunięcia naruszenia prawa należy potraktować jako zażalenie, do którego rozpoznania właściwy jest organ podatkowy II instancji. Wydane zaś przez organ II instancji ostateczne postanowienie w sprawie przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku skarżąca będzie mogła zaskarżyć do sądu administracyjnego na podstawie art. 3 § 2 pkt 2 ustawy p.p.s.a.

5.9. W tym stanie rzeczy Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 189 w związku z art. 58 § 1 pkt 6 ustawy p.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok i odrzucił skargę Spółki, jako wniesioną przed wyczerpaniem właściwego toku instancji przed organami podatkowymi, a zatem jako przedwczesną.

5.10. Orzekając o kosztach postępowania, Naczelny Sąd Administracyjny uwzględnił, że w sytuacji uchylenia wyroku i odrzucenia skargi, sąd zgodnie z art. 203 ustawy p.p.s.a. zwraca stronie, która wniosła skargę kasacyjną poniesione przez nią niezbędne koszty postępowania kasacyjnego, jeżeli do uchylenia wyroku doszło "w wyniku uwzględnienia skargi kasacyjnej". Taka sytuacja nie wystąpiła jednak w sprawie, gdzie podstawą uchylenia zaskarżonego wyroku był art. 189 ustawy p.p.s.a. Przyczyną uchylenia wyroku nie było uwzględnienie skargi kasacyjnej, o którym mowa w art. 203 ustawy p.p.s.a. stąd nie zaistniała przesłanka do rozstrzygnięcia wniosku o zwrot kosztów postępowania, wskazana w art. 209 ustawy p.p.s.a. Natomiast Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 232 § 1 pkt 1 ustawy p.p.s.a. postanowił o zwrocie na rzecz skarżącej uiszczonego wpisu od skargi.