Wyrok NSA, sygn. akt II FSK 2147/13
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2015-11-17 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6119 Inne o symbolu podstawowym 611
Hasła tematyczne: Inne
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Oddalono skargę kasacyjną
Powołane przepisy: article: art. 54 par. 1 pkt 1, art. 54 par. 1 pkt 7
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.
article: art. 31 ust. 1
journal: Dz.U. 2011 nr 41 poz 214
law: Ustawa z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej - tekst jednolity

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący – Sędzia NSA Beata Cieloch, Sędzia NSA Jerzy Rypina, Sędzia WSA (del.) Maciej Kurasz (sprawozdawca), Protokolant Piotr Stępień, po rozpoznaniu w dniu 3 listopada 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej P. S.A. z siedzibą w G. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 27 lutego 2013 r. sygn. akt I SA/Gd 1330/12 w sprawie ze skargi P. S.A. z siedzibą w G. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Gdańsku z dnia 8 października 2012 r. nr [...], [...], [...] w przedmiocie zwrotu nadpłaty wraz z oprocentowaniem z tytułu odsetek z zwłokę 1) oddala skargę kasacyjną 2) zasądza od P. S.A. z siedzibą w G. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w Gdańsku kwotę 240 (słownie: dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

1. Z przedłożonych Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu akt sprawy wynikało, że P. S.A. z siedzibą w G. (dalej zwana "Spółką" lub "Skarżącą") pismami z dnia 28 listopada 2011 r., wniosła o: 1) zwrot nadpłaty (wraz z oprocentowaniem) z tytułu odsetek za zwłokę pobranych nienależnie za okres zabezpieczenia zaległości podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2002, za okres od dnia 19 września 2005 r. do dnia 30 października 2006 r. w łącznej kwocie 1.354.241 zł; 2) zwrot nadpłaty (wraz z oprocentowaniem) z tytułu odsetek za zwłokę pobranych nienależnie za okres postępowania kontrolnego prowadzonego w przedmiocie zobowiązań podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2002, za okres od dnia 26 kwietnia 2005r. do dnia 30 października 2006r. w łącznej kwocie 2.033.701 zł. Spółka jako podstawę prawną żądania zwrotu nadpłaty wskazała art. 74 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm.; dalej zwana "ustawą Ord. pod.") - w związku z publikacją wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10 (Dz.U. Nr 240, poz. 1439). W wyroku tym Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r., Nr 41, poz. 214 i Nr 53, poz. 273; dalej zwana "u.k.s.") w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz.U. Nr 137, poz. 1302), w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2005r., Nr 8, poz. 60 ze zm.), jest niezgodny z art. 84 w związku z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej. Skarżąca uzasadniając wniosek dotyczący zwrotu nadpłaty wraz z oprocentowaniem z tytułu odsetek pobranych za okres zabezpieczenia zaległości podatkowych, wskazała, że w wykonaniu decyzji z dnia 16 września 2005 r., wydanych w trybie art. 33 ustawy Ord. pod., Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w G. dokonał zajęcia zabezpieczającego prawa majątkowego stanowiącego wierzytelność z rachunku bankowego u dłużnika zajętej wierzytelności będącego bankiem (N. S.A.). Zajęcie to dokonane zostało w dniu 19 września 2005 r., tj. z dniem doręczenia bankowi zawiadomienia o zajęciu. Określona w zawiadomieniu łączna kwota zabezpieczonych należności wynosiła 10.716.717 zł i obejmowała wszystkie zaległości podatkowe, których dotyczyły ww. decyzje o zabezpieczeniu i zarządzenia zabezpieczenia.

2. Dyrektor Izby Skarbowej w Gdańsku decyzjami z dnia 15 listopada 2005 r., uchylił ww. decyzje organu pierwszej instancji i przekazał sprawy temu organowi do ponownego rozpatrzenia.

3. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w G., wskutek ponownego rozpatrzenia spraw zabezpieczenia zobowiązań podatkowych, na podstawie decyzji z dnia 14 grudnia 2005 r. w przedmiocie zabezpieczenia, dokonał w dniu 15 grudnia 2005 r. zajęcia zabezpieczającego prawa majątkowego stanowiącego wierzytelność z rachunku bankowego u dłużnika zajętej wierzytelności będącego bankiem (N. S.A.). Określona w zawiadomieniu o zajęciu łączna kwota zabezpieczonych należności wynosiła jak poprzednio 10.716.717 zł.

4. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w G. w dniach 16 października 2006 r. i 23 października 2006 r. wydał dwadzieścia dziewięć decyzji wymiarowych (doręczonych Spółce w dniu 30 października 2006 r.), w związku z którymi Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w G. wystawił w dniu 9 listopada 2006 r. siedemnaście tytułów wykonawczych.

5. Pismami z dnia 10 listopada 2006 r. organ podatkowy poinformował Spółkę, że w związku z wystawieniem tytułów wykonawczych z dnia 9 listopada 2006 r. zajęcie zabezpieczające prawa majątkowego stanowiącego wierzytelność z rachunku bankowego (dokonane na podstawie zawiadomień o zajęciu zabezpieczającym z dnia 15 grudnia 2005 r.) przekształciło się w zajęcie egzekucyjne.

6. Spółka zwróciła uwagę, że na podstawie ww. zajęcia egzekucyjnego w dniu 22 listopada 2006 r. i w dniu 4 grudnia 2006 r. doszło do wyegzekwowania w całości zaległości podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2002 wraz z odsetkami za zwłokę, poprzez przekazanie przez bank będący dłużnikiem zajętej wierzytelności z rachunku bankowego (N. SA.) środków pieniężnych w kwocie wynikającej z ww. tytułów wykonawczych z dnia 9 listopada 2006 r. na rachunek organu egzekucyjnego. Wobec powyższego za okres od 19 września 2005 r. (dzień doręczenia zawiadomienia o zajęciu zabezpieczającym) do dnia 30 października 2006 r. (dzień doręczenia decyzji określających wysokość zobowiązań podatkowych), tj. za 407 dni - nie powinny być naliczone i pobrane - zgodnie z art. 54 § 1 pkt 1 ustawy Ord. pod. - odsetki za zwłokę w łącznej kwocie 1.354.241 zł. Uzasadniając wniosek o zwrot nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę pobranych nienależnie za okres postępowania kontrolnego, Spółka wskazała, że postanowienie Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 13 kwietnia 2005 r. nr [...] "o wszczęciu postępowania kontrolnego w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz podatku od towarów i usług za lata 2000-2002 przez Spółkę E. S.A., w której prawa i obowiązki wstąpiła Spółka P. S.A., jako następca prawny", doręczone zostało dnia 26 kwietnia 2005 r., a zatem z tym dniem wszczęto wobec Spółki postępowanie kontrolne. Natomiast decyzje Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G. z dnia 16 października 2006 r. i 23 października 2006 r. doręczone zostały Spółce w dniu 30 października 2006 r. Postępowanie kontrolne było prowadzone przez 553 dni (od dnia 26 kwietnia 2005 r. do dnia 30 października 2006 r.), a zatem w świetle art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. nie powinny zostać naliczone odsetki za zwłokę, w łącznej kwocie 2.033.701 zł. Zdaniem strony w sprawie nie ma możliwości zastosowania art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., gdyż niezaskarżona w skardze konstytucyjnej część aktu normatywnego korzysta z domniemania zgodności z Konstytucją. Z normy art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej - po uwzględnieniu wyroku Trybunału Konstytucyjnego - wynika, że w dalszym ciągu do postępowania kontrolnego nie ma odpowiedniego zastosowania art. 54 ustawy Ord. pod., z wyjątkami wynikającymi z wyroku TK, tj. za wyjątkiem art. 54 § 1 pkt 1 i 7. Jednocześnie Skarżąca, działając z ostrożności procesowej, powołała się na orzecznictwo sądowoadministracyjne, w którym przybliżono znaczenie przepisu art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. (wyroki: z dnia 13.02.2008 r., sygn. akt I SA/Lu 643/07, z dnia 19.03.2008 r., sygn. akt I SA/Op 394/07 i z dnia 24.11.2009 r., sygn. akt II FSK 930/08). Ponadto pismem z dnia 9 stycznia 2012 r. Spółka wyjaśniła, że mając świadomość możliwości wystąpienia sporu z organem podatkowym w zakresie zasadności żądania przez Spółkę zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę pobranych za okres prowadzenia postępowania kontrolnego, celowo "rozdzieliła" dochodzenie zwrotu nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę pobranych za okres zabezpieczenia oraz z tytułu odsetek za zwłokę pobranych za okres prowadzenia postępowania kontrolnego. Wniosek o zwrot nadpłaty z tytułu odsetek za zwłokę pobranych za okres prowadzenia postępowania kontrolnego - w części dotyczącej odsetek pobranych od Spółki za okres od 19 września 2005 r. do 30 października 2006 r. - stanie się aktualny jedynie w przypadku odmownego załatwienia wniosku o zwrot nadpłaty z tytułu odsetek pobranych za okres zabezpieczenia zobowiązań podatkowych.

7. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w G. decyzjami z dnia 30 kwietnia 2012 r. odmówił Skarżącej zwrotu nadpłaty wraz z oprocentowaniem z tytułu zarówno odsetek za zwłokę pobranych za okres postępowania kontrolnego prowadzonego w przedmiocie zobowiązań podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2002 - w kwocie łącznej 2.033.701 zł, jak i odsetek za zwłokę pobranych za okres zabezpieczenia zaległości podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2002 - w kwocie łącznej 1.354.241 zł. Zdaniem organu pierwszej instancji w sprawie znalazł zastosowanie art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., wymaga tego bowiem zasada równości, której znaczenie podkreślił Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 18 listopada 2010 r., sygn. akt SK 2/10. Organ uznał, że postępowanie kontrolne było prowadzone w sposób wnikliwy, a jakkolwiek decyzje wymiarowe wydane zostały po upływie terminu, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod., to było to usprawiedliwione stopniem skomplikowania sprawy i koniecznością zgromadzenia obszernego materiału dowodowego. Zdaniem organu czas zwłoki w wydaniu decyzji z przyczyn zależnych od organu kontroli skarbowej wyniósł 68 dni (od 24 lipca 2006 r. do 29 sierpnia 2006 r.) i nie przekroczył trzech miesięcy, o których mowa w art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. Wobec tego nie wystąpiły przesłanki powodujące wyłączenie okresów naliczania odsetek za zwłokę za okres od dnia 26 kwietnia 2005 r. do dnia 30 października 2006 r. W dalszej części uzasadnienia, odnosząc się do kwestii wyłączenia okresów naliczania odsetek za zwłokę za okres zabezpieczenia zobowiązań podatkowych interpretując art. 54 § 1 pkt 1 ustawy Ord. pod. wskazał, że odsetki za zwłokę nie są naliczane tylko od tej części zobowiązania, która została zabezpieczona poprzez faktycznie zajęcie rzeczy, praw majątkowych czy środków pieniężnych, a następnie zaspokojona z przedmiotu zabezpieczenia w postępowaniu egzekucyjnym. Przedstawiając zestawienie zawierające wskazanie okresów, za które naliczono odsetki oraz daty, od której zabezpieczono zobowiązanie, organ stwierdził, że za okres faktycznego zabezpieczenia środków pieniężnych odsetki nie zostały pobrane. Ponadto według niego środki pieniężne pozostające na rachunku depozytowym zajęte na podstawie decyzji z dnia 16 września 2005 r. zostały Spółce zwrócone w związku z uchyleniem ww. decyzji w administracyjnym toku instancji.

8. Dyrektor Izby Skarbowej w Gdańsku, po rozpatrzeniu odwołania wniesionego przez Spółkę, decyzją z dnia 8 października 2011 r. utrzymał w mocy rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji. W uzasadnieniu wskazał, że w niniejszej sprawie bezspornym jest fakt wydania dla P. S.A. (jako następcy prawnego "E." S.A.) w następstwie wszczęcia - postanowieniem Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 13 kwietnia 2005 r., doręczonego w dniu 26 kwietnia 2005 r. - i przeprowadzenia postępowania kontrolnego w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za lata 1999, 2000, 2001 i 2002 oraz podatku od towarów i usług za lata 2000, 2001, 2002, szeregu decyzji i postanowień. Zwrócił ponadto uwagę, że jeszcze w trakcie prowadzonego przez pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej w G. postępowania kontrolnego Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w G. - na wniosek Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G. - wydał w dniu 16 września 2005 r., na podstawie art. 33 ustawy Ord. pod., dwie decyzje. Jedna z nich dotyczyła określenia przybliżonej kwoty zobowiązań P. S.A. w podatku dochodowym od osób prawnych za lata podatkowe 1999-2002 i kwoty odsetek za zwłokę od nieuregulowanego zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2002 r. i stała się podstawą dokonana zabezpieczenia na majątku Spółki kwoty zaległości podatkowych za okres od 1 stycznia 1999 r. do 31 grudnia 2002 r. w łącznej wysokości 5.912.752 zł wraz z odsetkami za rok podatkowy 2002 r. Druga z wydanych decyzji dotyczyła określenia przybliżonej kwoty zobowiązań P. S.A. w podatku od towarów i usług za: 05/2000 r., 08/2000 r., 12/2000 r., 05/2001 r., 06/2001 r., 07/2001 r., 08/2001 r., 09/2001 r., 1 l/2001 r., 12/2001 r., 04/2002 r. i stała się podstawą dokonania zabezpieczenia na majątku Spółki kwoty zaległości podatkowych za ww. okresy w łącznej wysokości 4.803.965 zł.

9. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w G., na skutek uchylenia powyższych decyzji w przedmiocie zabezpieczenia decyzjami Dyrektora Izby Skarbowej w Gdańsku z dnia 15 listopada 2005 r., po ponownym rozpatrzeniu sprawy wydał w dniu 14 grudnia 2005 r. następujące decyzje: określającą przybliżoną kwotę zobowiązań Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za lata podatkowe 1999-2001; określającą przybliżoną kwotę zobowiązań Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za 2002 r. oraz kwotę odsetek za zwłokę od tego zobowiązania; określającą przybliżoną kwotę zobowiązań Spółki w podatku od towarów i usług za: 05/2000 r., 08/2000 r., 12/2000 r., 05/2001 r., 06/2001 r., 07/2001 r., 08/2001 r., 09/2001 r., 11/2001 r., 12/2001 r., 04/2002 r. Na podstawie ww. decyzji dokonano zabezpieczenia na majątku Spółki kwot zaległości podatkowych w łącznej wysokości 10.716.717 zł.

10. Dyrektor Izby Skarbowej w Gdańsku po rozpatrzeniu odwołań Spółki decyzjami z dnia 30 czerwca 2006 r. utrzymał w mocy rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji.

11. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w G., po przeprowadzeniu postępowania kontrolnego w dniach 16 października 2006 r. i 23 października 2006 r. wydał dwadzieścia dziewięć decyzji wymiarowych (doręczonych Spółce w dniu 30 października 2006 r.). Zaniżenie zadeklarowanego zobowiązania podatkowego wyniosło łącznie 11.371.266 zł. Dyrektor Izby Skarbowej wskazał, że kwoty zabezpieczone na rachunku bankowym Spółki zaliczone zostały w części na poczet zaległości podatkowych wynikających z decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G. określających wysokość zobowiązań Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999, 2000, 2001 i 2002 oraz podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000, 2001, 2002 i w części na poczet odsetek za zwłokę od tych zaległości, co szczegółowo przedstawiono w tabeli na str. 17 decyzji. Łącznie zabezpieczono kwotę 6.327.325,90 zł, z czego 3.441.039,70 zł zaliczone zostało na poczet zaległości podatkowych (należności głównej) a 2.886.286,20 zł na poczet odsetek za zwłokę. Organ odwoławczy wskazał, że przedmiotem sporu jest prawidłowość zaliczenia przez organ podatkowy części wpłaconej kwoty na poczet odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych za okres trwania postępowania kontrolnego, tj. za okres od dnia 26 kwietnia 2005 r. do dnia 30 października 2006 r. Kwestię tę reguluje art. 54 ustawy Ord. pod., przy czym wbrew twierdzeniom Spółki zastosowanie ma nie tylko art. 54 § 1 pkt 1 i 7 tej ustawy (co wprost wynika z wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., SK 2/10), ale także art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., który jest skorelowany z ogólną normą zawartą w art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. Ponadto przyjęcie, jak chce tego Spółka, że art. 54 § 2 ww. ustawy nie mógłby mieć zastosowania, wywołałoby identyczny skutek, jak ten, o którym mowa we wskazanym wyroku TK, w postaci zróżnicowania sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje, z tą jednak różnicą, że uprzywilejowani byliby podatnicy kontrolowani przez organy kontroli skarbowej. Stosując zatem art. 54 § 1 pkt 7 w zw. z § 2 ww. ustawy organ odwoławczy stwierdził, że na długość postępowania kontrolnego miała decydujący wpływ nie opieszałość organu kontroli skarbowej, ale konieczność dokładnego wyjaśnienia zaistniałego stanu faktycznego, w tym przeprowadzenia szeregu dowodów oraz wystąpienia do innych organów w celu przeprowadzenia dowodów lub pozyskania już istniejących dowodów. Związane to było z faktem, że Spółka P. (będąc następcą prawnym Spółki E.) nie była w stanie przedstawić wszystkich dowodów i wyjaśnić istotnych okoliczności faktycznych. W toku prowadzonego postępowania organ kontroli skarbowej stwierdził, że Spółka Akcyjna "E.", w której prawa i obowiązki wstąpiła Spółka P., ujęła w księgach podatkowych w latach 1999-2002 m.in. faktury wystawione przez następujące podmioty: "J. Consulting " w G., ul. P.; "Biuro O." s.c. J. B., K. K. z siedzibą w G., ul. P.; "P. S." Sp. z o.o.; "P." Sp. z o.o. - za usługi doradztwa i konsultacji, które były fakturami fikcyjnymi. Na podstawie tych faktur Spółka zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów wydatki w łącznej kwocie 27.015.269,00 zł i dokonała obniżenia należnego podatku od towarów i usług o wynikający z tych faktur podatek naliczony. W związku z powyższym księgi podatkowe Spółki, w zakresie i za okres, w którym przedmiotowe faktury zostały w nich ujęte, zostały uznane za nierzetelne w rozumieniu art. 193 ustawy Ord. pod. Organ zauważył też, że w przypadku dwóch pierwszych z wyżej wymienionych podmiotów, usługi doradztwa i konsultacji podzlecane były Wydawnictwu Archidiecezji G. "S.". Ustalenia dokonane w toku postępowania kontrolnego dotyczyły również m.in. faktur za prace remontowe, które nie zostały wykonane, dokonanych przez Spółkę odpisów z tytułu ujemnej wartości firmy, utworzonych przez Spółkę rezerw: na badanie bilansu, na należności nieściągalne, składek członkowskich, odsetek od kredytów. Według organu okoliczność mającą niebagatelne znaczenie dla terminowości i czasochłonności prowadzonego postępowania kontrolnego stanowił również fakt, że Spółka - mająca siedzibę w G. - reprezentowana była przez pełnomocników, którzy jako adres do korespondencji wskazali Warszawę. Konieczność każdorazowego potwierdzania skuteczności doręczenia każdego z pism kierowanych do pełnomocnika Spółki zwrotnym potwierdzeniem odbioru, dodatkowo powodowało wydłużenie czasu prowadzonego postępowania. Ponadto praktyką stosowaną przez pełnomocników Spółki "P." było odbieranie korespondencji zazwyczaj po dwukrotnym awizowaniu, bądź też jej nie odbieranie w ogóle. Ponadto zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej organ kontroli skarbowej dołożył wszelkich starań, aby rzetelnie ustalić stan faktyczny, postępowanie kontrolne było prowadzone w sposób wnikliwy, a czynności procesowe podejmowane były bez zbędnej zwłoki. Czynności dowodowe i proceduralne podejmowane przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej pokrywały się co do czasookresów ich przeprowadzenia. Zdaniem organu odwoławczego czas zwłoki w wydaniu decyzji, inny niż okres opóźnienia z przyczyn leżących po stronie Spółki lub jej pełnomocników lub inny niż niezależny od organu kontroli skarbowej, to czas od dnia 24 lipca 2006r. do 29 sierpnia 2006r. - tj. okres od wydania postanowienia o odmowie przeprowadzenia dowodów z zeznań świadków do wydania zawiadomienia o możliwości zapoznania się z zebranym materiałem dowodowym - tj. 36 dni oraz od 28 września 2006 r. do 30 października 2006 r., tj. od wpływu pisma procesowego strony z dnia 25 września 2006 r. do dnia doręczenia decyzji organu kontroli skarbowej (30 października 2006 r.) - tj. 32 dni. Organ odwoławczy uznał zatem, że czas prowadzenia postępowania kontrolnego został przekroczony o 68 dni, czyli nie przekroczył 3 miesięcy, o których mowa w treści art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. W kwestii wyłączenia naliczania odsetek za okres zabezpieczenia zaległości podatkowych, organ odwoławczy nie zgodził się z twierdzeniem strony, że okres wyłączenia naliczania odsetek winien obejmować czas od dnia 19 września 2005 r., czyli od dnia zawiadomienia o zajęciu zabezpieczającym związanego z decyzjami i zarządzeniami zabezpieczeń z dnia 16 września 2005 r. Wskutek bowiem uchylenia ww. decyzji w administracyjnym toku instancji, środki pieniężne pozostające na rachunku depozytowym organu podatkowego (wraz z odsetkami) zostały zwrócone Spółce dnia 18 listopada 2005 r. Uprzednio część środków pieniężnych została zwolniona na wnioski Spółki. Dla środków tych nie została zatem spełniona przesłanka zaliczenia ich na poczet zaległości podatkowych, wymieniona w art. 54 § 1 pkt 1 ustawy Ord. pod. Wskutek ponownego rozpatrzenia spraw zabezpieczenia zobowiązań podatkowych Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w G. wydał w dniu 14 grudnia 2005r. ponownie decyzje oraz wystawił na ich podstawie i przyjął do wykonania kolejne zarządzenia zabezpieczenia. Na ich podstawie zawiadomieniem z dnia 15 grudnia 2005 r. organ podatkowy dokonał zajęcia zabezpieczającego prawa majątkowego stanowiącego wierzytelność z rachunku bankowego u dłużnika zajętej wierzytelności będącego bankiem. Dyrektor Izby Skarbowej wskazał po pierwsze, że część zobowiązań wynikająca z decyzji nie została zabezpieczona, a po drugie, że odsetki za okres zabezpieczenia środków nie zostały pobrane. Odsetki od zaległości podatkowych zostały bowiem pobrane za okres do dnia wpłaty depozytu (31.10.2006 r.), bądź do dnia poprzedzającego dzień wyegzekwowania zaległości w wyniku czynności egzekucyjnych (03.12.2006 r.), bądź do dnia poprzedzającego dzień zabezpieczenia środków pieniężnych (19.12.2005 r., 26.03.2006 r., 09.04.2006 r., 24.04.2006 r., 08.05.2006 r., 30.05.2006 r., 05.06.2006 r.). W jego przekonaniu organ podatkowy pierwszej instancji nie naliczył i nie pobrał odsetek za zwłokę za okres faktycznego zabezpieczenia środków pieniężnych, które - po przekształceniu postępowania zabezpieczającego w egzekucyjne - zostały zaliczone na poczet zaległości. Dyrektor Izby Skarbowej odnosząc się do zarzutu, że łączna kwota pobranych od Spółki odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2002 wyniosła 9.681.480,30 zł, a nie - jak wskazał organ pierwszej instancji - 9.630.324,40 zł (różnica 51.155,90 zł), co - w ocenie Spółki - wskazuje na pobranie odsetek za okres zabezpieczenia, wyjaśnił, że powyższa różnica wynika z naliczenia kosztów egzekucyjnych powstałych w toku postępowania zabezpieczającego i egzekucyjnego prowadzonego na podstawie zarządzeń zabezpieczenia z dnia 14 grudnia 2005 r. (nr: [...], [...],[...]) oraz tytułów wykonawczych o nr od [...] do [...], [...] do [...]. Koszty egzekucyjne, o których mowa wyżej, naliczone i pobrane w dniach 22 listopada 2006 r. i 28 listopada 2006 r. oraz dnia 4 grudnia 2006 r. wyniosły 959.307,30 zł. Zwrot kosztów w kwocie 62.518,80 zł - obejmujący należność główną w wysokości 51.155,90 zł i odsetki w kwocie 11.362,90 zł - został dokonany na rachunek bankowy Spółki w dniu 7 listopada 2008r. Postanowieniem z dnia 7 stycznia 2009 r. organ egzekucyjny określił wysokość kosztów egzekucyjnych na kwotę 908.151,40 zł. Podsumowując stwierdził, że skoro nie wystąpiły przesłanki do wyłączenia naliczania odsetek za okres postępowania kontrolnego, bowiem czas trwania tego postępowania - ustalony z uwzględnieniem przepisów art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. - nie przekroczył trzymiesięcznego okresu, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 ww. ustawy, a odsetki za okres zabezpieczenia środków pieniężnych nie zostały naliczone i pobrane przez organ podatkowy, to nie wystąpiła nadpłata w rozumieniu przepisów art. 72 ustawy Ord. pod.

12. Spółka skargą z dnia 13 listopada 2012 r., wnosząc o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania sądowego, zarzuciła zaskarżonej decyzji naruszenie: 1) art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. poprzez jego zastosowanie w niniejszej sprawie w sytuacji, w której zgodnie z art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302) i w związku z sentencją wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10, w niniejszej sprawie znajdują zastosowanie przepisy art. 54 ustawy Ord. pod. wyłącznie w zakresie wskazanym w powołanym wyroku Trybunału Konstytucyjnego, a więc wyłącznie przepisy art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ww. ustawy; 2) w dalszej kolejności, z ostrożności procesowej - naruszenie art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. poprzez jego błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że stopień skomplikowania sprawy, konieczność dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego, potrzeba przeprowadzenia w tym celu szeregu dowodów i dokonania wystąpień do innych organów w celu przeprowadzenia lub pozyskania już istniejących dowodów, stanowią okoliczności powodujące opóźnienie w wydaniu decyzji z przyczyn niezależnych od organu, podczas gdy prawidłowa wykładnia art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. prowadzi do wniosku, że przez przyczynę opóźnienia niezależną od organu należy rozumieć konkretną, rzeczywiście zaszłą okoliczność, obiektywnie pozostającą poza sferą oddziaływania organu, która wystąpiła w okresie dwumiesięcznym wynikającym z art. 139 § 1 ustawy Ord. pod. (albo co najwyżej w terminie trzymiesięcznym określonym w art. 54 § 1 pkt 7 ww. ustawy), i która to okoliczność została ujawniona w zawiadomieniu o niezałatwieniu sprawy w terminie; 3) art. 122, art. 187 § 1, art. 191 i art. 210 § 4 ustawy Ord. pod. poprzez brak wykazania przez organ podatkowy, że w niniejszej sprawie w okresie dwumiesięcznym wynikającym z art. 139 § 1 ustawy Ord. pod. (albo co najwyżej w terminie trzymiesięcznym określonym w art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod.) wystąpiły konkretne, rzeczywiste okoliczności obiektywnie pozostające poza sferą oddziaływania organu, które skutkowały opóźnieniem w wydaniu decyzji w czasie przekraczającym okres dwumiesięczny wynikający z art. 139 § 1 ustawy Ord. pod. (albo co najwyżej termin trzymiesięczny określony w art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod.); 4) art. 210 § 4 w zw. z art. 123 § 1 i art. 121 § 1 ustawy Ord. pod. poprzez posłużenie się przez organ odwoławczy przy stosowaniu normy prawnej wynikającej z art. 54 § 2 ww. ustawy okolicznością indyferentną z punktu widzenia rozstrzygnięcia niniejszej sprawy, a mianowicie poprzez wskazanie, że niebagatelne znaczenie dla terminowości i czasochłonności postępowania kontrolnego prowadzonego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G. miał fakt reprezentowania Spółki w tym postępowaniu przez pełnomocników mających siedzibę w Warszawie, podczas gdy korzystanie z pomocy pełnomocnika jest prawem strony, którego realizacja nie może pociągać dla niej ujemnych skutków podatkowych; 5) art. 122, art. 187 § 1, art. 191 oraz art. 121 § 1, art. 124 i art. 210 § 4 ustawy Ord. pod. w zw. z art. 54 § 1 pkt 1 ww. ustawy poprzez dokonanie niezgodnego z rzeczywistym stanem faktycznym ustalenia, jakoby organ podatkowy nie naliczył i nie pobrał od Spółki odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2002 za okres przymusowego zabezpieczenia przedmiotowych zaległości podatkowych, co doprowadziło do bezpodstawnej odmowy zwrotu na rzecz Spółki dochodzonej nadpłaty wraz z należnym oprocentowaniem. W uzasadnieniu Spółka podniosła, że przy obliczaniu należnych od niej odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2002 brak było możliwości zastosowania przepisu art. 54 § 2 ww. ustawy, gdyż możliwość taką wyłącza przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. korzystający z domniemania konstytucyjności i nadal obowiązujący w takim zakresie, w jakim jego niezgodności z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej nie stwierdził Trybunał Konstytucyjny, tj. m.in. w zakresie wyłączenia odpowiedniego stosowania w postępowaniu kontrolnym przepisu art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. Bez znaczenia są przy tym obiekcje organu odwoławczego wywodzone na kanwie konstytucyjnej zasady równości. Skoro bowiem Trybunał Konstytucyjny wydał wyrok kształtujący stan prawny w taki a nie inny sposób, stan ten należy uznawać za zgodny z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej, w tym z zasadą równości i stosować w całej rozciągłości wyłącznie składające się nań uregulowania, co jest szczególnym obowiązkiem organu podatkowego, zgodnie z zasadą praworządności określoną w art. 7 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej i w art. 120 ustawy Ord. pod. Po wejściu w życie wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10, do postępowania kontrolnego w dalszym ciągu nie ma bowiem odpowiedniego zastosowania art. 54 ustawy Ord. pod. (w tym art. 54 § 2), poza wyjątkami wynikającymi z wyroku Trybunału Konstytucyjnego, a dotyczącymi tylko i wyłącznie art. 54 § 1 pkt 1 ustawy Ord. pod. Brak możliwości zastosowania w niniejszej sprawie przepisu art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., wobec bezspornej okoliczności przekroczenia przez organ kontroli skarbowej czasu trwania postępowania określonego w art. 54 § 1 pkt 7 ww. ustawy, pociąga za sobą konieczność uznania, że Spółka uiściła nienależnie odsetki za zwłokę pobrane za okres postępowania kontrolnego prowadzonego w przedmiocie zobowiązań podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2002 – w łącznej kwocie 2.033.701 zł, co winno skutkować potraktowaniem tych odsetek jako nadpłaty podlegającej zwrotowi wraz z oprocentowaniem. Ponadto zdaniem Strony niezrozumiała jest informacja, że czas przeprowadzenia postępowania kontrolnego został przekroczony o 68 dni. Spółka zwróciła uwagę, że Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej czterokrotnie zmieniał termin ważności upoważnienia do przeprowadzenia kontroli podatkowej, wydłużając czas jej trwania do 31 maja 2006 r. Jej zdaniem zaplanowanie i przeprowadzenie wszystkich czynności, na które jako na powody przedłużenia postępowania powołał się Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, leżało w gestii organu prowadzącego postępowanie. Do zadań organu, wykonywanych w czasie zależnym jedynie od niego, a ściślej od sposobu zorganizowania pracy obsługującego go urzędu, należy w ocenie Spółki analiza materiału dowodowego zgromadzonego w oddziałach Spółki, uzyskanie z innych urzędów kontroli skarbowej informacji o wynikach kontroli wybranych transakcji u kontrahentów Spółki, zwłaszcza, gdy nad całością postępowania czuwa jeden i ten sam organ wyższego stopnia - Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej dysponujący możliwością koordynowania pracy podległych mu urzędów; gromadzenie dodatkowych dowodów, m.in. przesłuchiwanie świadków. Spółka stwierdziła jednocześnie, że Dyrektor Izby Skarbowej w Gdańsku analizując przepisy normujące czas załatwiania spraw podatkowych, powinien dostrzec, że ustawodawca przewidział, iż organy podatkowe załatwiają zarówno sprawy niewymagające przeprowadzenia jakiegokolwiek postępowania dowodowego, sprawy wymagające przeprowadzenia takiego postępowania, jak i sprawy o szczególnym stopniu skomplikowania. Zatem konieczność przesłuchania w sprawie wielu świadków, również w wypadku korzystania z pomocy innych organów podatkowych nie stanowi wyjątku, którego ustawodawca by nie przewidział. Stopień skomplikowania sprawy nie stanowi przyczyny przekroczenia terminu załatwienia sprawy "niezależnej od organu" (por. wyrok prawomocny WSA w Bydgoszczy z dnia 1 października 2009 r., I SA/Bd 599/09, CBOSA). W dalszej części uzasadnienia Spółka odnosząc się do opisu czynności podjętych w toku postępowania kontrolnego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G., wskazała, że z jej analizy wynika, że działania podjęte efektywnie przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G., na które powołał się organ odwoławczy w zaskarżonej decyzji, zajęły w rzeczywistości organowi kontroli skarbowej w toku postępowania łącznie około 65 dni. Z kolei dni, za które brak jest informacji na temat efektywnych działań podejmowanych przez organ kontroli skarbowej w związku z postępowaniem kontrolnym jest 416. Jej zdaniem organ odwoławczy nie wykazał przy tym, czy zachodzi związek przyczynowo-skutkowy pomiędzy efektywnym działaniami organu kontroli skarbowej podejmowanymi w okresie przywołanych 65 dni, a opóźnieniem w wydaniu i doręczeniu decyzji sięgającym 416 dni. W jej przekonaniu gdyby Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w G. prowadził postępowanie kontrolne w sposób prawidłowy, czas jego trwania poświęcony gromadzeniu materiału dowodowego nie przekroczyłby przywołanych wyżej 65 dni, a wówczas kwestia zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. w ogóle nie wchodziłaby w rachubę. Spółka podkreśliła, że prawem strony postępowania jest możliwość brania udziału w sprawie za pośrednictwem pełnomocnika. Korzystanie z tego prawa nie może pociągać dla strony ujemnych skutków podatkowych. Ponadto przepisy procedury podatkowej znają inne sposoby doręczania pism niż za pośrednictwem poczty, co organ podatkowy formułując swoje stanowisko w kontekście długiego czasu oczekiwania na zwrotne potwierdzenia odbioru pism winien brać pod uwagę. Spółka zakwestionowała także twierdzenie organu odwoławczego, że odsetki za okres zabezpieczenia zaległości podatkowych nie zostały pobrane. Z posiadanych przez Spółkę dokumentów źródłowych wynika, że kwota pobranych od Spółki odsetek za zwłokę od ww. zaległości podatkowych wyniosła 9.681.480,30 zł. W dniu 27 grudnia 2006 r. organ podatkowy na podstawie tytułów wykonawczych wystawionych w dniu 15 grudnia 2006 r. ściągnął z rachunku bankowego Spółki - po uwzględnieniu dokonanych korekt – kwotę 16.947.760,70 zł. Kwota ta obejmowała zaległości podatkowe w wysokości 9.264.440 zł oraz koszty egzekucyjne w wysokości 908.151,40 zł (o wysokości tych kosztów strona została poinformowana postanowieniem z dnia 7 stycznia 2009 r.). Różnica wynosząca 6.775.169,30 zł stanowiła odsetki za zwłokę. Spółka wskazała dalej, że kwota ściągnięta w dniu 27 grudnia 2006 r. z rachunku bankowego Spółki nie obejmowała należności z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za rok 1999 oraz podatku od towarów i usług za maj i sierpień 2000 r., które na podstawie postanowienia organu I instancji z dnia 23 listopada 2006 r. zostały zabezpieczone w formie depozytu gotówkowego. Przedmiotowy depozyt gotówkowy został następnie zaliczony w 2009 r. przez organ I instancji na poczet zabezpieczonych tych depozytem zaległości podatkowych wraz z należnymi odsetkami za zwłokę. Postanowieniem z dnia 22 lipca 2009 r. i 23 września 2009 r. środki pieniężne z depozytu w kwocie łącznie 2.906.311,00 zł zaliczone zostały na poczet odsetek. W przekonaniu Spółki jeżeli łączna kwota pobranych od Spółki odsetek za zwłokę od omawianych zaległości podatkowych wynosiła 9.681.480,30 zł, to kwota ta musiała również obejmować odsetki za zwlokę naliczone za okres zabezpieczenia przedmiotowych zaległości. Dodatkowo podniosła, że w trakcie trwającego od 2006 r. do 2011 r. sporu o odsetki za zwłokę za czas trwania zabezpieczenia organy państwa ani razu nie wskazały, że nie zostały one pobrane. Nie sięgnęły do tego argumentu w szczególności przed Trybunałem Konstytucyjnym.

13. Dyrektor Izby Skarbowej w Gdańsku w odpowiedzi na skargę, wnosząc o jej oddalenie, podtrzymał dotychczasowe stanowisko w sprawie.

14. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku wyrokiem z dnia 27 lutego 2013 r. o sygn. akt I SA/Gd 1330/12 oddalił skargę na zaskarżoną przez Spółkę decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Gdańsku z dnia 8 października 2012 r. Sąd uznał, że zaskarżona decyzja wbrew wywodom skargi odpowiada prawu. Na wstępie zwrócił uwagę, że ani brzmienie Konstytucji (art. 178 ust. 1), ani wyłączność orzekania o niekonstytucyjności ustaw in abstracto, właściwa Trybunałowi Konstytucyjnemu, nie sprzeciwiają się tezie, że - co do zasady - sądy rozstrzygające konkretny spór korzystają z możliwości bezpośredniego stosowania Konstytucji także wtedy, gdy to bezpośrednie stosowanie przybiera postać odmowy zastosowania przepisu ustawy pozostającego w sprzeczności z Konstytucją. Tym samym dostrzegł oczywiście istniejące obawy natury pragmatycznej, ostrzegające przed trudnościami lub ryzykiem pomyłek na wypadek szerokiego odwoływania się sądów orzekających do bezpośredniego stosowania Konstytucji na wypadek jej konfliktu z ustawą, który to konflikt może być pozorny lub źle zinterpretowany, a także przed konsekwencjami "rozejścia się" orzecznictwa Trybunału i sądu. Zdaniem Sądu nie zmienia to faktu, że obawy pragmatyczne nie są obawami systemowymi i że z Konstytucji nie można wyprowadzić normy zakazującej sądom orzekania na podstawie Konstytucji na wypadek konfliktu Konstytucja - ustawa, zwłaszcza wobec jednoznacznego brzmienia art. 8 ust. 2 i art. 178 ust. 1 Konstytucji. W jego przekonaniu w rozpatrywanej sprawie nie zachodzi obawa o to, że sąd orzekający w obliczu konfliktu ustawy i wskazanych zasad konstytucyjnych (art. 84 w zw. z art. 64 ust. 1 i 2, art. 32 ust. 1, art. 2 i art. 31 ust. 3 Konstytucji) doprowadzi do złamania nakazu pragmatycznego, stanowiącego, że orzekający sąd powinien zadać pytanie o konstytucyjność normy ustawowej pozostającej w konflikcie z Konstytucją. Jakkolwiek Trybunał Konstytucyjny ocenił konstytucyjność konkretnej jednostki redakcyjnej aktu normatywnego, to jednak przesłanki decydujące o zgodności bądź braku zgodności z Konstytucją rozważył na tle treści tego aktu i z tych rozważań w sposób jednoznaczny wynika niekonstytucyjność art. 31 ust. 1 u.k.s. także w zakresie, w jakim wyłącza stosowanie art. 54 § 2 Ordynacji podatkowej. Tym samym zdaniem Sądu nie ma w tym zakresie wątpliwości, które uzasadniałyby postawienie po raz kolejny pytania w tej kwestii Trybunałowi. Podsumowując powyższe stanął ma stanowisku, że tezy orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego w sprawie SK 2/10 należy odnieść także do art. 31 ust. 1 u.k.s. w zakresie, w jakim wyłączał stosowanie art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., co oznacza, że oceniając zasadność zgłoszonego żądania zwrotu nadpłaty za okres prowadzenia postępowania kontrolnego organy uprawnione były do przeprowadzenia tej oceny z uwzględnieniem przesłanek wynikających z powyższego przepisu. W dalszej części uzasadnienia wskazując na błędne założenie organu, że art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. ma zastosowanie także wówczas, gdy wprawdzie decyzja doręczona została po terminie trzech miesięcy od dnia wszczęcia postępowania i do opóźnienia doszło z przyczyn zależnych od organu, jednakże suma dni, w których organ pozostawał w bezczynności, nie przekracza trzech miesięcy, stanął na stanowisku, iż nie miało ono jednak wpływu na prawidłowość rozstrzygnięcia. W ocenie Sądu okoliczności niniejszej sprawy uzasadniają przyjęcie, że opóźnienie w wydaniu decyzji powstało z przyczyn niezależnych od organu, a tym samym zastosowanie znajduje art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. W związku powyższym za nieuzasadnione uznał stanowisko Skarżącej sprowadzające się do ogólnej tezy, że czas oczekiwania na rezultat podjętej przez organ czynności procesowej (np. wystosowania do Spółki wezwania o dostarczenie dokumentów, złożenia wniosku o udostępnienie kserokopii protokołów przesłuchań świadków i podejrzanych sporządzonych w postępowaniu karnym, wystąpienia do innych organów kontroli skarbowej w celu pozyskania informacji z czynności sprawdzających przeprowadzonych u kontrahentów Spółki, skierowania wezwań do świadków, a także wystąpienia do innych organów o przeprowadzenie dowodów w trybie pomocy prawnej) stanowi opóźnienie z przyczyn zależnych od organu. Przeciwnie, jak już wyżej wskazano, skoro korzystanie przez stronę postępowania z przysługujących jej praw procesowych nie może być traktowane jako przyczynienie się strony do opóźnienia w wydaniu decyzji, to tak samo wypełnianie przez organ obowiązków procesowych, nierzadko skorelowanych z uprawnieniami strony, nie może być traktowane jako opóźnienie w wydaniu decyzji z przyczyn zależnych od organu. Wbrew zatem stanowisku strony skarżącej na czas przeprowadzenia poszczególnych czynności nie składa się tylko dzień wystosowania konkretnego pisma (np. wezwania do świadka, zawiadomienia strony, wezwania strony, prośby o przeprowadzenie czynności sprawdzających u danego kontrahenta), ale również czas potrzebny do zachowania terminów procesowych przewidzianych dla takich czynności, czas do wpływu dokumentów i pozyskania żądanych informacji lub czas do wpływu zwrotnych potwierdzeń odbioru wezwań i zawiadomień, co wszak ma związek z koniecznością respektowania uprawnień strony postępowania. W tym też kontekście rozumieć należy podniesiony przez organ odwoławczy argument, że na czas trwania postępowania miał wpływ również fakt, że strona ustanowiła pełnomocników mających siedzibę w Warszawie. Wiązało się to z dłuższym okresem oczekiwania na obieg korespondencji. W żadnym razie nie oznacza to obciążenia strony negatywnymi skutkami skorzystania z prawa do wyboru pełnomocników, a jedynie stwierdzenie obiektywnego faktu. Konieczność zapewnienia stronie czynnego udziału w postępowaniu wymagała prawidłowego doręczania jej pełnomocnikom wszelkich pism w sprawie, dołączania do akt zwrotnych potwierdzeń odbioru i wyznaczania stronie odpowiednio długich terminów, a to niewątpliwie miało wpływ na czas trwania postępowania i nie może być traktowane jako przyczyny zależne od organu. Jednocześnie Sąd uznał, że wykonanie ciążących na organie podatkowym obowiązków z uwagi na złożony charakter sprawy, konieczność wyjaśnienia wielu faktów, przeprowadzenia szeregu dowodów, w tym przede wszystkim dowodów innych niż dowody z dokumentów, może zatem być przyczyną przedłużenia postępowania ponad okres wskazany w art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. Tym samym skład orzekający podzielił stanowisko prezentowane w orzecznictwie, że przy ocenie, czy przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu w rozumieniu art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. należy mieć na względzie złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, a także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania, prawidłowe zorganizowanie postępowania, czas niezbędny do dokonania czynności organizacyjnych (np. wezwania świadków czy pozyskania informacji od innych organów). Jeżeli czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i uzasadnione były z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap oraz z uwagi na konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, to uznać należy, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. Sąd mając na uwadze, że analiza akt sprawy wskazuje na to, że w tym przypadku sprawa dotycząca zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2000-2002 była złożona, zaś ustalenie faktów w zakresie niezbędnym dla rozstrzygnięcia wymagało przeprowadzenia wielu dowodów, w tym częściowo przeprowadzanych w ramach pomocy prawnej przez inne organy, a także przeprowadzenia czynności sprawdzających u kontrahentów skarżącej Spółki, nie dopatrzył się zawinionego przez organ kontroli skarbowej opóźnienia w prowadzeniu postępowania. Dyrektor Izby Skarbowej formułując tego rodzaju wniosek w odniesieniu do okresu postępowania od dnia 24 lipca do 29 sierpnia 2006 r. pominął okoliczność, że pomiędzy datą wydania postanowienia o odmowie przeprowadzenia dowodów z zeznań świadków a datą wydania zawiadomienia o możliwości zapoznania się z zebranym materiałem dowodowym (36 dni) organ kontroli skarbowej podejmował czynności związane z uzupełnieniem materiału dowodowego o wyciąg z aktu oskarżenia, otrzymany z Prokuratury Apelacyjnej w G. Dokument ten został dopuszczany jako dowód w sprawie postanowieniem z dnia 2 sierpnia 2006 r., doręczonym stronie w dniu 21 sierpnia 2006 r. W międzyczasie, tj. w dniu 10 sierpnia 2006 r., stronie doręczone zostało także postanowienie o odmowie przeprowadzenia wnioskowanych przez nią dowodów. W ocenie Sądu konieczność przeprowadzenia powyższych czynności związanych z uzupełnieniem materiału dowodowego, a także czas oczekiwania na zwrotne potwierdzenie odbioru doręczonych stronie w dniu 10 i 21 sierpnia 2006 r. postanowień usprawiedliwiała fakt wydania zawiadomienia o wyznaczeniu stronie terminu do wypowiedzenia się w sprawie materiału dowodowego dopiero w dniu 29 sierpnia 2006 r. Sąd nie podzielając stanowiska Dyrektora Izby Skarbowej, że organ kontroli skarbowej pozostawał w niedopuszczalnej, zawinionej zwłoce przez 32 dni, tj. w okresie od dnia 28 września 2006 r. (data wpływu pisma procesowego pełnomocnika strony zawierającego uwagi do zebranego materiału dowodowego) do dnia 30 października 2006 r. (data doręczenia stronie decyzji), zauważył, że w art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. mowa jest o opóźnieniu w wydaniu decyzji, a nie jej doręczeniu. O doręczeniu decyzji jest natomiast mowa w art. 54 § 1 pkt 7 ww. ustawy. Tym samym Sąd uznał, że dla zastosowania art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. istotne znaczenie ma nie data doręczenia decyzji, a data jej wydania, czyli w niniejszej sprawie 16 i 23 października 2006 r. Sąd zwracając uwagę na obszerność materiału dowodowego, a co za tym idzie nakładu pracy na sporządzenie uzasadnień dla 29 decyzji uznał, iż brak jest podstaw do uznania, że także i na tym ostatnim etapie postępowania kontrolnego organ kontroli skarbowej działał opieszale. Stwierdził tym samym, że postępowanie przez cały okres jego trwania prowadzone było bez zbędnej zwłoki, z dbałością o zachowanie procesowych uprawnień strony, a opóźnienie spowodowane było przyczynami niezależnymi od organu. Podsumowując doszedł do przekonania, że wydanie przez organ kontroli skarbowej decyzji w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za lata 1999-2002 r. oraz w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe w latach 2000-2002 i ich doręczenie stronie po upływie 3 miesięcy od wszczęcia postępowania, nie dało podstaw do odstąpienia od naliczania odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, albowiem wystąpiła jedna z przesłanek zawartych w art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., tj. wspomniane opóźnienie w wydaniu decyzji powstało z przyczyn niezależnych od organu. W dalszej części nie podzielił zarzutu, że zawiadomienia o zmianie terminu ważności upoważnienia do przeprowadzenia kontroli podatkowej, skutkujące wydłużeniem czasu trwania postępowania kontrolnego, nie wskazywały na przyczyny tego wydłużenia. W ocenie Sądu kierowane do Spółki zawiadomienia o wydłużeniu terminu kontroli spełniają zatem wymogi, o których mowa w art. 284b § 2 ustawy Ord. pod., a wskazane w nich przyczyny tego wydłużenia wystarczająco konkretnie wskazują na zaplanowane czynności oraz ich związek z istotą kontroli. Odnosząc się do kwestii czy odsetki za okres zabezpieczenia od dnia 19 września 2005 r. do dnia 30 października 2006 r. rzeczywiście zostały pobrane podkreślił, że Dyrektor Izby Skarbowej szczegółowo wyliczył kwoty zabezpieczone w toku postępowania zabezpieczającego i sposób ich zaliczenia na poczet zaległości podatkowych oraz odsetek za zwłokę od tych należności. Następnie organ przedstawił wysokość pobranych odsetek od zaległości podatkowych (tabela na str. 36-37 decyzji). Z tabeli tej wynikało, że odsetki za okres zabezpieczenia środków nie zostały faktycznie pobrane. Zwrócił przy tym uwagę, że przede wszystkim nie wszystkie zaległości podatkowe Spółki zostały zabezpieczone w toku postępowania zabezpieczającego, co przedstawia tabela na str. 35-36 decyzji. Wynika z niej, że zabezpieczeniem nie zostały objęte kwoty zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. w wysokości 601.800 zł, za 2001r. w wysokości 4.555.485 zł, za 2002 r. w wysokości 622.543 zł oraz w podatku od towarów i usług za maj 2000 r. w wysokości 1.120.907 zł, sierpień 2000 r. w wysokości 362.146 zł, grudzień 2001 w wysokości 151,30 zł, kwiecień 2002 r. w wysokości 645.221 zł. Skoro ww. zobowiązania podatkowe nie zostały zabezpieczone, nie miał zastosowania art. 54 § 1 pkt 1 ustawy Ord. pod. Odsetki bądź nie zostały w tych przypadkach pobrane, bądź zostały pobrane do dnia wpłaty depozytu (31.10.2006 r.) lub do dnia poprzedzającego dzień wyegzekwowania zaległości w wyniku czynności egzekucyjnych. W przekonaniu Sądu łączna kwota pobranych przez organ odsetek, według przedstawionego wyliczenia, wyniosła 9.630.324,40 zł. Różni się ona zatem o 55.155,90 zł od kwoty odsetek, która została pobrana według wyliczenia strony (wskazała ona, że odsetki pobrano w łącznej kwocie 9.681.480,30 zł). Organ przekonująco wyjaśnił tę różnicę. Wynikała ona z naliczenia kosztów egzekucyjnych powstałych w toku postępowania zabezpieczającego i egzekucyjnego prowadzonego na podstawie zarządzeń zabezpieczenia z dnia 14 grudnia 2005 r. Koszty egzekucyjne, o których mowa wyżej, naliczone i pobrane w dniach 22 listopada 2006r. i 28 listopada 2006r. oraz dnia 4 grudnia 2006r. wyniosły 959.307,30 zł. W dniu 7 listopada 2008 r. organ zwrócił Spółce część pobranych kosztów w kwocie 62.518,80 zł (51.155,90 zł z tytułu należności głównej i 11.362,90 zł z tytułu odsetek). Postanowieniem z dnia 7 stycznia 2009 r. organ egzekucyjny określił wysokość kosztów egzekucyjnych na kwotę 908.151,40 zł. Końcowo Sąd zgodził się z organem odwoławczym, który uznał, że żądanie Skarżącej odstąpienia od naliczania odsetek za okres od dnia 19 września 2005 r. nie było uzasadnione. Zauważył bowiem, że środki zabezpieczone na podstawie zarządzeń zabezpieczenia w dniu 19 września 2005 r. zostały Spółce zwrócone w dniu 18 listopada 2005 r. (wraz z odsetkami) w następstwie uchylenia w administracyjnym toku instancji decyzji o zabezpieczeniu z dnia 16 września 2005 r. Skoro środki te nie zostały zaliczone na poczet zaległości podatkowych, tylko zostały stronie zwrócone, wraz z odsetkami, to okres trwania tego zabezpieczenia – w świetle art. 54 § 1 pkt 1 ustawy Ord. pod. - nie uzasadnia odstąpienia od naliczenia odsetek. Warunkiem zastosowania tego przepisu jest nie tylko dokonanie zabezpieczenia, ale też zaliczenie objętych zabezpieczeniem środków na poczet zaległości podatkowych. Reasumując stwierdził, że z przedstawionych przez organ danych wynika, że odsetki za okres zabezpieczenia środków pieniężnych nie zostały pobrane. Strona skarżąca z kolei nie wskazała żadnych konkretnych danych, na których można by oprzeć ustalenie, że odsetki te zostały pobrane. Sama Skarżąca nie jest pewna swego wyliczenia wskazując, że jeżeli "łączna kwota pobranych od Spółki odsetek za zwłokę od omawianych zaległości wynosiła 9.681.480,30 zł, to kwota ta musiała również obejmować odsetki za zwłokę naliczone za okres zabezpieczenia przedmiotowych zaległości". Zdaniem Sądu wobec jednak wyliczeń przedstawionych przez organ odwoławczy twierdzenia te nie znalazły uzasadnionych podstaw. Organ wyczerpująco wyjaśnił, za jaki okres, na jakiej podstawie i z jakiego tytułu odsetki zostały pobrane. Ponadto zarzuty naruszenia art. 122, art. 187 § 1, art. 191 oraz art. 121 § 1, art. 124 i art. 210 § 4 ustawy Ord. pod. uznał za bezzasadne.

15. Pełnomocnik Skarżącej skargą kasacyjną z dnia 15 maja 2013 r. zaskarżył powyższy wyrok w całości, zarzucając mu: 1) na podstawie art. 174 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm.; zwanej dalej "p.p.s.a.") naruszenie przepisów postępowania w postaci art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302) w związku z art. 2, art. 7, art. 8 ust. 2, art. 178 ust. 1 i z art. 193 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej w związku z art. 66 ustawy z dnia 1 sierpnia 1997 r. o Trybunale Konstytucyjnym (Dz. U. Nr 102, poz. 643 ze zm.; dalej "ustawa o TK") oraz przy uwzględnieniu sentencji wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10, polegające na rozstrzygnięciu we własnym zakresie przez Sąd pierwszej instancji, z pominięciem kompetencji Trybunału Konstytucyjnego, że przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w podanym wyżej brzemieniu, w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., jest niezgodny z art. 84 w związku z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej, co skutkowało odmową jego zastosowania w tym kształcie przez Sąd pierwszej instancji i zaakceptowaniem przez Sąd zastosowania w niniejszej sprawie przez organy obu instancji przepisu art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., skutkiem czego odmówiono zwrócenia Skarżącej nadpłaty wraz z oprocentowaniem z tytułu odsetek za zwłokę; tymczasem w realiach niniejszej sprawy, ze względu na zasadę domniemania konstytucyjności ustaw, związanie sędziów ustawami, wyłączną kompetencję Trybunału Konstytucyjnego w zakresie orzekania o zgodności ustaw z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej, brak przepisów rangi konstytucyjnej normujących kwestię naliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych, zasadę związania Trybunału Konstytucyjnego granicami skargi konstytucyjnej, a wreszcie ze względu na treść sentencji wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10, zastosowanie znajdować mogły przepisy art. 54 ustawy Ord. pod. tylko i wyłącznie w zakresie wskazanym w tym wyroku, a więc wyłącznie przepisy art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod.; w pozostałym bowiem zakresie, wyłączającym możliwości stosowania art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu wyżej podanym korzystał z domniemania zgodności z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej; zdaniem pełnomocnika Skarżącej istotny wpływ naruszenia przepisów postępowania na wynik sprawy polegał na przyjęciu przez Sąd pierwszej instancji wzorca kontroli prawidłowości działania organów administracji publicznej w postaci art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., który w realiach niniejszej sprawy nie mógł mieć znaczenia prawnego; skoro bowiem w niniejszej sprawie stosowanie normy wynikającej z art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. było wyłączone przez art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu podanym wyżej, Sąd pierwszej instancji nie mógł dojść samodzielnie do konkluzji, z pominięciem Trybunału Konstytucyjnego, że rozstrzygnięcia organów obu instancji, wydane na podstawie art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., były legalne; w konsekwencji Sąd pierwszej instancji zamiast oddalić skargę obowiązany był uchylić decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Gdańsku; naruszenie przepisów postępowania doprowadziło do naruszenia prawa materialnego w postaci art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. poprzez jego niewłaściwe zastosowanie, polegające na jego zastosowaniu; jedynym przepisem prawa materialnego, który w niniejszej sprawie powinien znaleźć zastosowanie, był przepis art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. Ponadto pełnomocnik w razie nieuwzględnienia przez Naczelny Sąd Administracyjny podniesionego wyżej zarzutu, w dalszej kolejności, z ostrożności procesowej, zaskarżonemu wyrokowi zarzucił: 2) na podstawie art. 174 pkt 1 p.p.s.a. - naruszenie prawa materialnego w postaci art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. poprzez jego niewłaściwe zastosowanie i przyjęcie, że opóźnienie w wydaniu wobec Skarżącej przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G. decyzji określających wystąpiło z przyczyn niezależnych od tego organu, do czego doszło na skutek błędnej wykładni art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. polegającej na przyjęciu, że stopień skomplikowania (złożoność) sprawy, konieczność dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i wykonania ciążących w związku z tym na organie obowiązków, potrzeba przeprowadzenia szeregu dowodów i dokonania wystąpień do innych organów w celu przeprowadzenia lub pozyskania już istniejących dowodów, a więc podejmowanie przez organ w toku postępowania działań zgodnych z przepisami postępowania, w sposób nienoszący znamion zawinionego opóźnienia, stanowią okoliczności powodujące opóźnienie w wydaniu decyzji z przyczyn niezależnych od organu; prawidłowa wykładnia art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. prowadzi tymczasem do wniosku, że przez przyczynę opóźnienia niezależną od organu należy rozumieć konkretną, rzeczywiście zaszłą i wykazaną przez organ okoliczność, obiektywnie pozostającą poza sferą oddziaływania organu, która wystąpiła w okresie trzymiesięcznym wynikającym z art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. i która to okoliczność została ujawniona przez organ w zawiadomieniu o niezałatwieniu sprawy w terminie, bez względu na postać zamiaru towarzyszącego organowi co do sposobu prowadzenia postępowania; w stanie faktycznym niniejszej sprawy ustalonym przez organy podatkowe i zaakceptowanym przez Sąd I instancji, brak jest natomiast konkretnych, rzeczywiście zaszłych okoliczności, obiektywnie pozostających poza sferą oddziaływania organu, które wystąpiłyby w okresie trzymiesięcznym wynikającym z art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. i które to okoliczności zostałyby ujawnione przez organ w zawiadomieniu o niezałatwieniu sprawy w terminie, co oznacza, że stan faktyczny niniejszej sprawy nie pokrywa się ze stanem hipotetycznym wynikającym z normy zawartej w art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., a zatem przepis art. 54 § 2 ww. ustawy nie mógł znaleźć w niniejszej sprawie zastosowania; zdaniem pełnomocnika skutkiem niewłaściwego zastosowania prawa materialnego było pozbawienie Skarżącej prawa do uzyskania zwrotu nadpłaty wraz z oprocentowaniem z tytułu odsetek za zwłokę uiszczonych przez nią od zaległości podatkowych wynikających z wydanych wobec niej decyzji określających Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G. wobec bezspornej okoliczności, iż decyzje te zostały doręczone Skarżącej po upływie trzech miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego; 3) na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. - naruszenie przepisów postępowania w postaci art. 141 § 4 zd. 1 p.p.s.a. i art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 151 p.p.s.a. w związku z art. 122, art. 187 § 1, art. 191 i art. 210 § 4 ustawy Ord. pod., poprzez zaakceptowanie przez Sąd pierwszej instancji błędnego ustalenia organów obu instancji, że w niniejszej sprawie do opóźnienia w wydaniu przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G. wobec Spółki decyzji określających doszło z przyczyn niezależnych od tego organu, podczas gdy organy podatkowe nie wykazały przy pomocy konkretnych dowodów i zgodnie z ich treścią, co znalazłoby odzwierciedlenie w uzasadnieniach decyzji organów obu instancji, że w okresie trzymiesięcznym wynikającym z art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. wystąpiły konkretne, rzeczywiste okoliczności obiektywnie pozostające poza sferą oddziaływania organu kontroli skarbowej skutkujące wydaniem decyzji określających w półtora roku po dniu wszczęcia postępowania kontrolnego; do okoliczności takich nie należą bowiem ani bezsporne skomplikowanie (złożoność) spraw wymiarowych zakończonych decyzjami organu kontroli skarbowej, ani konieczność dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i wykonania ciążących w związku z tym na organie obowiązków, ani potrzeba przeprowadzenia szeregu dowodów i dokonania wystąpień do innych organów w celu przeprowadzenia lub pozyskania już istniejących dowodów, ani oczekiwanie na rezultat podjętej przez organ czynności procesowej, w tym doręczenia pisma, skoro nie wykazano przy pomocy konkretnych dowodów, ocenionych zgodnie z ich treścią, logiką i doświadczeniem życiowym, że czynności tych nie można było z przyczyn obiektywnych wykonać wcześniej (chociażby w okresach oczekiwania na rezultaty wystąpień do innych organów kontroli skarbowej) lub za pomocą innych dopuszczonych przez procedurę metod (doręczenie pisma przez pracownika organu podatkowego zamiast za pośrednictwem poczty); w przekonaniu pełnomocnika istotny wpływ naruszenia przepisów postępowania na wynik sprawy polegał na zaakceptowaniu przez Sąd pierwszej instancji błędnych ustaleń organów obu instancji w zakresie terminowości i celowości działań podejmowanych przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G. w toku postępowań kontrolnych prowadzonych wobec Skarżącej, skutkujących przyjęciem, że do opóźnienia w wydaniu decyzji wobec Skarżącej doszło z przyczyn niezależnych od organu, co w konsekwencji spowodowało, że w sprawie zastosowano przepis art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. i w związku z tym odmówiono Skarżącej prawa do uzyskania zwrotu nadpłaty wraz z oprocentowaniem z tytułu odsetek za zwłokę uiszczonych przez nią od zaległości podatkowych wynikających z wydanych wobec niej decyzji określających Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G.; tymczasem z prawidłowo ustalonego stanu faktycznego wynikałoby, że organy obu instancji nie wykazały, aby sekwencja czasowa działań podjętych przez organ kontroli skarbowej wskazywała na prowadzenie postępowania w sposób bezzwłoczny i w miarę potrzeb. W związku z powyższym wniósł o uchylenie zaskarżonego orzeczenia w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. oraz zasądzenie kosztów postepowania kasacyjnego.

16. Dyrektor Izby Skarbowej w Gdańsku pismem z dnia 27 czerwca 2013 r., stanowiącym odpowiedź na skargę kasacyjną, wniósł o oddalenie skargi kasacyjnej w całości oraz zasądzenie od Skarżącej kosztów postepowania, w tym kosztów zastępstwa prawnego według norm przepisanych.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.

17. Zgodnie z art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu zaś bierze pod uwagę jedynie nieważność postępowania. Z akt sprawy nie wynika, by zaskarżone orzeczenie zostało wydane w warunkach nieważności, której przesłanki określa art. 183 § 2 ustawy, zatem rozważania Naczelnego Sądu Administracyjnego mogły uwzględniać jedynie ewentualne naruszenie wskazanych w skardze kasacyjnej przepisów.

18. Przyjmując powyższe kryteria oceny zaskarżonego wyroku Sąd kasacyjny za chybiony uznał zarzut błędnej wykładni art. 31 ust. 1 u.k.s. przy uwzględnieniu wyroku TK z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10, stanowiącego, że w zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy ustawy Ordynacja podatkowa, z wyłączeniem art. 54 § 1 pkt 2-5 i 7a- 8, § 2-4 i art. 290 § 1 ustawy Ord. pod. z zastrzeżeniem ust. 1a. Nie można bowiem podzielić związanego z tym zarzutem stanowiska Skarżącej, że w świetle ww. wyroku TK, do postępowania kontrolnego nie stosuje się art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., z wyjątkiem art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ww. ustawy.

19. W powyższym orzeczeniu TK orzekł, że przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302), w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod., jest niezgodny z art. 84 w związku z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej. Z wyroku Trybunału Konstytucyjnego Strona skarżąca wywodzi, że skoro powołane orzeczenie odnosi się jedynie do wyłączenia odpowiedniego stosowania art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod., nie dotyczy ono m.in. art. 54 § 2 tej ustawy. Niezgodne z powołanymi przepisami Konstytucji RP jest jedynie wyłączenie odpowiedniego stosowania art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod. Z powołanego wyroku wynika zatem, że zgodne z Konstytucją RP jest wyłączenie odpowiedniego stosowania w postępowaniu kontrolnym art. 54 § 1 pkt 2-5 i 7a-8, § 2-4 oraz art. 290 § 1 ustawy Ord. pod. Podnieść należy, że orzekając w sprawie skargi konstytucyjnej Trybunał Konstytucyjny jest związany granicami tej skargi, które wyznaczają wskazane w niej przepisy niezgodne, zdaniem Skarżącej, z Konstytucją (art. 66 ustawy z dnia 1 sierpnia 1997 r. o Trybunale Konstytucyjnym (Dz. U. z 2011 r. Nr 112, poz. 654), a zatem niezaskarżona część aktu normatywnego w dalszym ciągu korzysta z domniemania konstytucyjności. Z dniem 10 listopada 2011 r., w którym opublikowano w Dzienniku Ustaw Nr 240, poz. 1439 przedmiotowy wyrok Trybunału Konstytucyjnego, przepis art. 31 ust. 1 u.k.s. utracił domniemanie konstytucyjności jedynie w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod., co – zdaniem Skarżącej – oznacza, że po wyroku Trybunału, na podstawie art. 31 ust. 1 u.k.s. (w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 września 2003r. do dnia 30 czerwca 2010 r.) do postępowania kontrolnego nie stosuje się art. 54 ustawy Ord. pod., z wyjątkiem jedynie art. 54 § 1 pkt 1 i 7, lecz w dalszym ciągu z wyłączeniem art. 54 § 2 tej ustawy. Nie zgadzając się z tą wykładnią zaprezentowaną w skardze kasacyjnej podnieść należy, że składający tę skargę sam sobie zaprzecza, wskazując z jednej strony – zresztą trafnie – na związanie Trybunału Konstytucyjnego granicami skargi konstytucyjnej (art. 66 ustawy o Trybunale Konstytucyjnym), a z drugiej podnosząc, że Trybunał Konstytucyjny mógł w swoim wyroku odnieść się również do przepisu art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., jednakże tego nie uczynił. Z uwagi na treść art. 66 ww. ustawy, TK nie mógł właśnie odnieść się w sentencji swego orzeczenia do tego przepisu, skoro związany był treścią rozpatrywanego zagadnienia, w zakresie którego pytano jedynie o relację art. 31 ust. 1 u.k.s. w stosunku do art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod. Na uwagę zasługuje także to, iż inicjatorem wszczęcia postępowania przez TK w sprawie pytania prawnego dotyczącego przedmiotowej kwestii była Skarżąca spółka. Wskazać jednak należy, że TK w uzasadnieniu swego orzeczenia, przywołując treść art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod., zacytował zaraz po nim art. 54 § 2 ustawy wskazując, że zgodnie z nim "wyłączenie naliczenia odsetek od zaległości podatkowej, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod., nie ma jednak zastosowania do sytuacji, w której do opóźnienia wydania decyzji o zakończeniu postępowania przyczyniła się strona postępowania lub jej przedstawiciel ustawowy lub powstało ono z przyczyn niezależnych od organu". W pełni zatem należy podzielić stanowisko Sądu pierwszej instancji, że wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10, stwierdzający niezgodność z Konstytucją RP przepisu art. 31 ust. 1 u.k.s. w zakresie, w jakim wyłącza on stosowanie do postępowania kontrolnego art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod., należy odnosić do pełnej treści normy prawnej wynikającej z tego artykułu, której dopełnieniem jest art. 54 § 2 ustawy Ord. pod., bowiem w przypadku gdy celem tego orzeczenia było wyeliminowanie różnic w sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje, przyjęcie wykładni proponowanej przez Stronę Skarżącą w sposób nieuprawniony (niekonstytucyjny) stawiałoby w niekorzystnej sytuacji podatników kontrolowanych przez inne organy niż kontroli skarbowej, do których przepis art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. miałby zastosowanie, podczas gdy w przypadku kontroli wykonywanej przez organy kontroli skarbowej przepis ten nie miałby zastosowania. A zatem z wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10, w zakresie zgodności z Konstytucją art. 31 ust. 1 u.k.s. w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych, wywieść należy, że w zakresie, w jakim odnosi się on do art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy Ord. pod., orzeczenie to obejmuje również art. 54 § 2 ustawy, jako dopełniający normę art. 54 § 1 pkt 7 tej ustawy. W przeciwnym bowiem przypadku ww. orzeczenie TK prowadziłoby do niekonstytucyjnych skutków prawnych. Sąd kasacyjny wbrew zarzutom skargi kasacyjnej uznał także, że Sąd pierwszej instancji nie przekroczył swych kompetencji dokonując wykładni powyższych przepisów w oparciu o stanowisko zaprezentowane przez TK w uzasadnieniu jego orzeczenia.

20. Odnosząc się do podniesionego przez Skarżącą ewentualnego zarzutu skargi kasacyjnej dotyczącego naruszenia prawa materialnego w postaci art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. poprzez jego niewłaściwe zastosowanie i przyjęcie, że opóźnienie w wydaniu wobec Skarżącej decyzji przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w G. decyzji określających wystąpiło z przyczyn niezależnych od tego organu Sąd uznał, iż nie zasługiwał on na uwzględnienie. Sąd podkreśla, że przepis art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. ma charakter dyscyplinujący organ, a jednocześnie chroniący stronę postępowania przed skutkami prowadzenia tego postępowania w sposób przewlekły, niezależny od niej. Sąd oceniając terminowość czynności procesowych podejmowanych przez organ skarbowy, musi dokonać ich analizy w aspekcie zasadności ich podejmowania, z uwzględnieniem zasady szybkości postępowania, a tym samym realizacji poszczególnych czynności procesowych bez zbędnej zwłoki, w sposób pozwalający organowi na terminowe zakończenie postępowania. Na podkreślenie zasługuje także to, iż zgodnie z przyjętym w orzecznictwie stanowiskiem wykonanie ciążących na organie podatkowym lub organie kontroli skarbowej obowiązków z uwagi na złożony charakter sprawy, konieczność wyjaśnienia wielu faktów, przeprowadzenia szeregu dowodów, w tym przede wszystkim dowodów innych niż dowody z dokumentów, może być przyczyną przedłużenia postępowania ponad okres wskazany w art. 54 § 1 pkt 7 ustawy Ord. pod. Dodatkowo oceniając, czy przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu w rozumieniu art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. należy mieć także na względzie złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, a także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania, prawidłowe zorganizowanie postępowania, czas niezbędny do dokonania czynności organizacyjnych (np. wezwania świadków czy pozyskania informacji od innych organów). Jeżeli czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i uzasadnione były z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap oraz z uwagi na konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, to uznać należy, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. Sąd kasacyjny oceniając zaskarżone orzeczenie w aspekcie postawionego w skardze zarzutu naruszenia prawa materialnego nie dostrzegł wskazywanych przez Skarżącą naruszeń prawa. Sąd zgodził się z Sądem pierwszej instancji, iż analiza akt sprawy wskazuje na to, że w tym przypadku sprawa dotycząca zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 1999-2002 oraz w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2000-2002 była złożona, zaś ustalenie faktów w zakresie niezbędnym dla rozstrzygnięcia wymagało przeprowadzenia wielu dowodów, w tym częściowo przeprowadzanych w ramach pomocy prawnej przez inne organy, a także przeprowadzenia czynności sprawdzających u kontrahentów skarżącej Spółki. Chronologiczne zestawienie czynności podejmowanych przez organ kontroli skarbowej, opisane w sposób szczegółowy w wyroku daje podstawy do uznania, że czynności te podejmowane były bezzwłocznie, w miarę potrzeb. Naczelny Sąd Administracyjny przyznał rację Sądowi administracyjnemu, że na czas trwania postępowania miał wpływ nie tylko skomplikowany stan faktyczny sprawy (korzystanie z fikcyjnych faktur), ale też fakt, że Spółka, mimo wielokrotnych wezwań, nie przedkładała kontrolującym pełnej dokumentacji niezbędnej do przeprowadzenia kontroli. Wyjaśnienie sprawy wymagało zwrócenia się do innych urzędów skarbowych celem pozyskania informacji z czynności sprawdzających przeprowadzonych u kontrahentów Skarżącej, a także przesłuchania wielu świadków, w tym także w trybie pomocy prawnej. Przy czym na decyzję procesową o przeprowadzeniu dowodów z przesłuchania świadków miał wpływ wniosek strony Skarżącej, która w dniu 26 września 2005 r. wniosła o wyłączenie dowodów zebranych i przekazanych organowi kontroli skarbowej przez prokuraturę z uwagi na zmianę brzmienia art. 181 ustawy Ord. pod. Bez znaczenia dla przeprowadzonej tu oceny pozostaje fakt, że czynności podjęte przez organ kontroli skarbowej w okresie od 3 sierpnia do 26 września 2005 r. polegające na wystąpieniu do sądów rejonowych w zakresie dotyczącym nieruchomości posiadanych przez Spółkę nie dotyczyły postępowania kontrolnego, lecz zabezpieczającego. Na podkreślenie zasługuje także to, iż organ prowadzący postępowanie w niniejszej sprawie w trakcie postępowania występował do kilku organów podatkowych celem uzyskania informacji z czynności sprawdzających przeprowadzonych u kontrahentów Skarżącej i oczekiwał na ich wynik. W tym miejscu podkreślić należy, że wbrew skardze kasacyjnej, a także stanowisku wyrażonemu na rozprawie, którego rozwinięciem był załącznik do protokołu nie można przyjąć, iż okresy oczekiwania na odpowiedzi na pisma od współpracujących z organem prowadzącym przedmiotowe postępowanie innych organów administracji nie powinny być włączone do uzasadnionego okresu prowadzenia postępowania. Podobnie należy traktować okresy doręczeń poszczególnych pism i rozstrzygnięć urzędowych. W tym zakresie warto przytoczyć ustalenia dotyczące stanu faktycznego sprawy, iż czynności sprawdzające zostały przeprowadzone w okresie od 9 sierpnia do 11 października 2005 r., zaś protokoły z tych czynności przekazane zostały organowi kontroli skarbowej w terminie do 17 października 2005 r. Z akt sprawy prawidłowo zbadanych przez Sąd pierwszej instancji wynikało, że od września 2005 r. prowadzone były też przesłuchania świadków. Intensywne czynności dowodowe zmierzające do zgromadzenia możliwie pełnego materiału dowodowego, pozwalającego na wyjaśnienie wszelkich istotnych w sprawie okoliczności faktycznych, trwały do kwietnia 2006 r. (ostatnie przesłuchania świadków). W dniu 10 maja 2006 r. sporządzony został protokół kontroli, zawierający także protokół z badania ksiąg podatkowych. Protokół ten doręczony został stronie Skarżącej (jej pełnomocnikowi) w dniu 16 maja 2006 r. W dniu 30 maja 2006 r. pełnomocnik Skarżącej wniósł zastrzeżenia do protokołu, jednakże brak formalny w postaci niedołączenia pełnomocnictwa do działania w imieniu Spółki uzupełniony został dopiero w dniu 5 czerwca 2006 r. Zastrzeżenia do protokołu kontroli zostały rozpatrzone przez organ kontroli skarbowej w dniu 14 czerwca 2006 r. (data doręczenia pełnomocnikowi strony: 19 czerwca 2006 r.). Na uwagę zasługuje również to, że w zastrzeżeniach do protokołu kontroli Spółka wniosła o przeprowadzenie dalszych dowodów z przesłuchania trzech świadków. Pismem z dnia 14 czerwca 2006 r. organ kontroli skarbowej wezwał Stronę do uzupełnienia wniosków dowodowych. W dniu 23 czerwca 2006 r. organ kontroli skarbowej wystąpił do Prokuratury Apelacyjnej z prośbą o przesłanie wyciągu z aktu oskarżenia. Akt ten wpłynął do organu w dniu 4 lipca 2006 r. W dniu 14 lipca 2006 r. do organu wpłynęła odpowiedź Spółki, która podtrzymała wniosek o przeprowadzenie dowodu z przesłuchania dwóch z trzech wnioskowanych wcześniej świadków. Postanowieniem z dnia 24 lipca 2006 r. organ kontroli skarbowej odmówił przeprowadzenia ww. dowodów. Postanowienie to doręczone zostało stronie w dniu 10 sierpnia 2006 r. Wcześniej, bo w dniu 2 sierpnia 2006 r. organ kontroli skarbowej wydał postanowienie o włączeniu do akt sprawy wyciągu z aktu oskarżenia, otrzymanego w dniu 4 lipca 2006 r. z Prokuratury Apelacyjnej. Postanowienie to doręczone zostało pełnomocnikowi strony w dniu 21 sierpnia 2006 r. Zawiadomieniem z dnia 29 sierpnia 2006 r. organ kontroli skarbowej wyznaczył stronie 7-dniowy termin wypowiedzenia się w sprawie zgromadzonego materiału dowodowego. Zawiadomienie to doręczone zostało pełnomocnikowi strony w dniu 18 września 2006 r. Podnieść należy, że z akt sprawy wynikało, że mimo wykorzystania materiałów z Prokuratury, organ zdecydował się ponownie przesłuchać wskazywanych przez Skarżącą świadków. Z tej czynności, która odpowiadała pierwotnym celom wniosków Skarżącej, Strona czyni argument przemawiający za niezasadnym przedłużeniem postępowania. W ocenie Sądu przedstawione przez Skarżącą wyliczenia dni zwłoki nie uwzględniają okresów oczekiwania na odpowiedzi innych organów oraz komórek organizacyjnych wewnątrz organów skarbowych i podatkowych, a także przede wszystkim nie uwzględniają stopnia skomplikowania i złożoności sprawy. Nie uwzględniają także wpływu na okres prowadzenia postępowania aspektów związanych z przyjętą przez pełnomocników Skarżącej taktyką procesową.

21. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w sposób wyjątkowo dokładny i wnikliwy (vide str. 30-37 orzeczenia) odniósł się do podnoszonych przez Skarżącą zarzutów dotyczących naruszenia art. 54 § 2 ustawy Ord. pod. uznając w sposób prawidłowy, iż przedłużenie prowadzenia postępowania powstało z przyczyn niezależnych od organów podatkowych.

22. Za nietrafny Sąd uznał też zarzut naruszenia art. 141 § 4 zd. 1 p.p.s.a. i art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 151 p.p.s.a. W ocenie Sądu treść uzasadnienia zaskarżonego wyroku jednoznacznie świadczy o tym, że Sąd pierwszej instancji nie uchybił wymogom określonym ww. przepisem. Stan sprawy, zarzuty skargi i stanowiska stron zostały przedstawione prawidłowo. Podstawę prawną rozstrzygnięcia wyjaśniono zaś w sposób przejrzysty i wyczerpujący.

23. Mając powyższe na uwadze Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że Sąd pierwszej instancji w niniejszej sprawie dokonał prawidłowej wykładni przepisów wskazanych w skardze kasacyjnej, co oznacza, że nie dopuścił się ich naruszenia w sposób wskazany w tejże skardze.

24. Skoro zatem skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw, Naczelny Sąd Administracyjny – w oparciu o art. 184 i art. 204 pkt 1 p.p.s.a. – orzekł, jak w sentencji wyroku