Wyrok NSA, sygn. akt I FSK 508/09
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2010-06-30 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatkowe postępowanie
Skarżony organ: Dyrektor Izby Celnej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżony wyrok i przekazano sprawę do ponownego rozpoznania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny
Powołane przepisy: article: art. 59 par. 1 pkt 1, art. 70 par. 1, art. 208 par. 1
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Artur Mudrecki, Sędzia NSA Janusz Zubrzycki (sprawozdawca), Sędzia WSA (del.) Małgorzata Fita, Protokolant Dariusz Rosiak, po rozpoznaniu w dniu 30 czerwca 2010 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej B. Spółka z o. o. w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 5 grudnia 2008 r. sygn. akt III SA/Wa 2513/08 w sprawie ze skargi B. Spółka z o. o. w W. na decyzje Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia 30 czerwca 2008 r. nr [...], [...],[...] z dnia 27 czerwca 2008 r. nr [...],[...],[...],[...] w przedmiocie określenia prawidłowej wysokości podatku od towarów i usług 1) uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie, 2) zasądza od Dyrektora Izby Celnej w W. na rzecz B. Spółka z o. o. w W. kwotę 8410 zł (słownie: osiem tysięcy czterysta dziesięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd tok postępowania przed organami podatkowymi.

1.1. Wyrokiem z 5 grudnia 2008r., sygn. akt III SA/Wa 2513/08 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargi B. sp. z o.o. w W. na 7 decyzji Dyrektora Izby Celnej w W. z 27 i 30 czerwca 2008r. o stosownych numerach, w przedmiocie określenia prawidłowej wysokości podatku od towarów i usług.

1.2. Sąd pierwszej instancji przedstawiając stan faktyczny będący podstawą orzeczenia podał, że czterema decyzjami z 27 czerwca 2008r. Dyrektor Izby Celnej w oparciu o art. 2 ust. 2, art. 6 ust. 7 i art. 15 ust. 4 ustawy z 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.; dalej "u.p.t.u. z 1993 r."), a także art. 33 ust. 2 i art. 34 ust. 4 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm.; dalej "u.p.t.u. z 2004 r.") utrzymał w mocy decyzje Naczelnika Urzędu Celnego w W. z 22 i 31 stycznia 2007r. określające ww. spółce wysokość zobowiązania w podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów.

Organ odwoławczy – za organem pierwszej instancji – stwierdził, że spółka w zgłoszeniach celnych z 2001r. wykazała nieprawidłową wartość celną dopuszczonych do obrotu towarów i kwotę wynikającą z długu celnego, pomijając udzielone jej upusty, co miało wpływ na wysokość należnego podatku VAT.

Natomiast trzema decyzjami z 30 czerwca 2008r. wydanymi na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm., dalej "O.p."), art. 33 ust. 2 i art. 34 ust. 4 w zw. z art. 38 ust. 2 u.p.t.u. z 2004r., art. 26 ustawy z 19 marca 2004 r. Przepisy wprowadzające ustawę - Prawo celne (Dz. U. Nr 68, poz. 623) w zw. z art. 21, art. 23 § 1 i § 9, art. 85 § 1, art. 262 Kodeksu celnego, art. 2 ust. 2, art. 6 ust. 7, art. 15 ust. 4 u.p.t.u. z 1993r. Dyrektor Izby Celnej utrzymał w mocy decyzje Naczelnika Urzędu Celnego w W. w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania w podatku od towarów i usług.

W ocenie organu odwoławczego istniała podstawa do zweryfikowania należności podatkowych. Brak było możliwości weryfikacji zgłoszenia celnego w trybie art. 65 Kodeksu celnego z uwagi na upływ trzyletniego terminu. W związku z tym organ celny, mając na uwadze upusty udzielone spółce określił trzema decyzjami prawidłową podstawę opodatkowania podatkiem VAT oraz prawidłową kwotę należności podatkowych w stosunku do zaimportowanych w 2002 r. towarów.

Dyrektor Izby Celnej nie podzielił zarzutów podnoszonych w odwołaniach, w szczególności zarzutu odnośnie naruszenia art. 70 § 1 ustawy z 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm., dalej "O.p.") w związku z wygaśnięciem zobowiązania podatkowego wskutek zapłaty. W tym zakresie organ odwoławczy powołał się na uchwałę składu 7 sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 6 października 2003r., sygn. akt FPS 8/03, gdzie stwierdzono, że zobowiązanie, które wygasło na skutek zapłaty, nie może wygasnąć po raz drugi na skutek przedawnienia. Po zapłacie podatku termin przedawnienia już nie biegnie, jednak organ odwoławczy może wydać jedną z decyzji określonych w art. 233 § 1 i § 2 O.p.

2. Skarga do Sądu pierwszej instancji

2.1. W skargach do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie spółka wniosła o uchylenie decyzji organu odwoławczego i poprzedzających je decyzji organu pierwszej instancji oraz o zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania. Skarżąca w szczególności wskazała na niewłaściwe zastosowanie przez organy art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r. w zw. z art. 11 ust. 2 oraz art. 11c ust. 2 i ust. 4 u.p.t.u. z 1993 r.

W uzasadnieniu strona przekonywała, że oparcie decyzji organu odwoławczego na obowiązującym obecnie art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r., odpowiadającym treścią nieobowiązującemu przepisowi art. 11c ust. 2 u.p.t.u. z 1993r. jest błędne i nie znajduje uzasadnienia w stanie faktycznym sprawy. Skarżąca wskazała, że literalne brzmienie przepisów u.p.t.u. z 2004r. jest inne, niż brzmienie wskazanych w decyzjach przepisów ustawy o VAT z 1993 r. z dnia powstania obowiązku podatkowego. Jej zdaniem Dyrektor Izby Celnej bezzasadnie przyjął, że skoro przepisy u.p.t.u. z 1993 r. nie obowiązują, to ich odpowiednikiem są przepisy u.p.t.u. z 2004 r., które stosuje się bezpośrednio.

Skarżąca wskazała ponadto na możliwości potraktowania art. 11 ust. 2 u.p.t.u. z 1993 r. jako przepisu prawa materialnego, powołując się przy tym na wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 maja 2003 r. sygn. akt. I SA/Łd 2190/2002. W oparciu o tenże wyrok strona przyjęła, że tryb wskazany w art. 11 ust. 2 u.p.t.u. z 1993 r. dotyczy wyłącznie sytuacji, gdy w sprawie nie toczy się odrębne postępowanie celne. Natomiast, jeżeli w wyniku postępowania celnego doszło do obniżenia kwoty wartości celnej lub kwoty cła odpowiednią decyzją w sprawie uznania zgłoszenia celnego za nieprawidłowe (art. 65 § 4 ustawy z 9 stycznia 1997 r. - Kodeks celny, Dz. U. Nr 23, poz. 117 ze zm.), a tym samym nastąpiła zmiana podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług, wskazane przepisy art. 11 ust. 2 nie mają zastosowania. W takim przypadku – zdaniem skarżącej – podatnik może wystąpić o stwierdzenie nadpłaty na podstawie art. 79 § 1 O.p. (w brzmieniu obowiązującym przed 1 stycznia 2003 r.; obecnie art. 75 § 1); prawo to wygasa dopiero po upływie pięciu lat od dnia pobrania podatku przez płatnika (art. 80 § 1 pkt 1 lit. a) O.p. w brzmieniu obowiązującym przed 1 stycznia 2003 r., obecnie art. 79 § 2 pkt 1 lit. a).

2.2. W odpowiedzi Dyrektor Izby Celnej wniósł o oddalenie skarg, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.

3. Uzasadnienie rozstrzygnięcia Sądu pierwszej instancji

3.1. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie stwierdził, że skargi są bezzasadne.

3.2. W pisemnych motywach wyroku Sąd odniósł się do sformułowanego jeszcze na etapie odwołań zarzutu naruszenia art. 70 ust. 1 O.p. W tym zakresie Sąd stwierdził, że skoro zobowiązania w podatku VAT powstały z mocy prawa i zostały zapłacone - jak przyznaje spółka - w wysokości wyższej od tej, która została określona w decyzjach Naczelnika Urzędu Celnego wydanych w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, należało przyjąć, że zgodnie z dyspozycją art. 59 § 1 pkt 1 O.p., zobowiązania w podatku od towarów i usług wygasły w całości wskutek zapłaty. Nie mogły więc wygasnąć po raz drugi wskutek przedawnienia. Tym samym wydanie zaskarżonych decyzji, utrzymujących w mocy decyzje organu pierwszej instancji określające wysokość zobowiązań w kwotach mniejszych niż zapłacone przez skarżącą, po upływie 5 lat od powstania zobowiązania podatkowego, nie stanowiło naruszenia art. 70 § 1 O.p.

3.3. Sąd nie podzielił też zarzutu skargi odnośnie naruszenia art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004r. Sąd wskazał, że przepis ten jest przepisem prawa procesowego - jego regulacje dotyczą bowiem procedury, czynności i kompetencji organu. W tym kontekście Sąd stwierdził, że przepisy procesowe i ustrojowe stosuje się według stanu prawnego istniejącego w dacie wydania decyzji i w związku z tym przyjął, że organy podatkowe mogły na podstawie art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r. podejmować czynności również do zdarzeń zaistniałych pod rządami starej ustawy. Jeśli zatem organ w niniejszej stwierdził, że w zgłoszeniu celnym wykazano nieprawidłową kwotę podatku, mógł wydać decyzję określającą właściwą kwotę tegoż podatku w oparciu o art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004r. Sąd zaznaczył, że w przepisie tym przewidziano dla organów uprawnienia identyczne, jak przysługujące im na podstawie art. 11 u.p.t.u. z 1993r.

3.4. Zdaniem Sądu nie jest trafny także zarzut podnoszony w odwołaniach od decyzji z 3 i 5 października 2007 r., że systematyka przepisów art. 33 i 34 u.p.t.u. z 2004 r. zakłada możliwość zastosowania art. 33 ust. 2 tej ustawy tylko wówczas, gdy organy celne stwierdzą, przed przyjęciem zgłoszenia celnego, iż kwota podatku została wykazana nieprawidłowo. W ocenie Sądu w tych przepisach nie określono etapów ustalania podatku, lecz sytuacje, w których organ określa wysokość podatku w formie decyzji. Jeśli zgłoszenie zostało dokonane, zastosowanie znajdzie art. 33 ust. 2 lub ust. 3 ustawy, jeśli natomiast zgłoszenia nie dokonano, podstawą prawną decyzji będzie art. 34 ust. 1 ustawy. Art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r. nie zawiera żadnego ograniczenia czasowego dla wydania decyzji tylko do przyjęcia zgłoszenia celnego, takie ograniczenie nie wynika ponadto z art. 33 ust. 3 tej ustawy. Na podstawie tego przepisu podatnik może wystąpić o wydanie decyzji określającej wysokość podatku w prawidłowej wysokości, i to zarówno wtedy, gdy zadeklarowane przez niego zobowiązanie jest zaniżone, jak też wtedy, gdy zadeklarował je w zawyżonej wysokości. Takie uprawnienie podatnika jest całkowicie niezależne od wyniku weryfikacji zgłoszenia celnego dokonanej przez organ.

Z okoliczności spraw zakończonych decyzjami z dnia 30 czerwca 2008 r. wynika, że nie istniała możliwość weryfikacji zgłoszenia celnego w trybie art. 65 § 4 Kodeksu celnego, z uwagi na upływ 3-letniego okresu określonego w § 5 tego przepisu. Podstawą decyzji ustalającej elementy kalkulacyjne podatku od towarów i usług po upływie trzyletniego terminu przedawnienia prawa do wydania decyzji jest art. 38 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r. W tym zakresie Sąd uznał stanowisko Dyrektora Izby Celnej za prawidłowe.

Jak ustalono podczas dopuszczalnej kontroli zgłoszenia celnego, wartość importowanych towarów została przez spółkę podana w sposób nieprawidłowy - została zawyżona, a zatem organy były uprawnione do określenia prawidłowej wartości towarów, a następnie do określenia podatku z tytułu ich importu.

3.5. Organy nie naruszyły także – zdaniem Sądu – art. 91 Konstytucji "poprzez wydanie rozstrzygnięcia niezgodnego z zaciągniętymi zobowiązaniami międzynarodowymi wynikającymi m.in. z Traktatu Europejskiego". W ocenie Sądu bezprzedmiotowe byłoby analizowanie wpływu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej na ocenę prawną zdarzeń zaistniałych przed tym faktem.

4. Skarga kasacyjna

4.1. Spółka zaskarżyła powyższy wyrok w całości, wnosząc o jego uchylenie i przekazanie sprawy Sądowi pierwszej instancji do ponownego rozpoznania oraz o zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania.

W skardze kasacyjnej podniesiono zarzuty naruszenia:

1. prawa materialnego, tj. art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004r. w zw. z art. 11 ust. 2 i art. 11c ust. 2 i 4 u.p.t.u. z 1993r. przez niewłaściwe zastosowanie i wadliwą ocenę przez Sąd pierwszej instancji zastosowania tych przepisów przez Dyrektora Izby Celnej;

2. przepisów postępowania, tj. art. 151 w zw. z art. 145 § 1 pkt 2 ustawy z 30 sierpnia 2002r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm., dalej "P.p.s.a.") przez:

a) oddalenie skargi i niestwierdzenie nieważności decyzji organów administracji, mimo że zostały wydane z rażącym naruszeniem prawa, a więc decyzji dotkniętych wadą kwalifikującą do stwierdzenia ich nieważności w trybie art. 247 § 1 pkt 3 O.p.;

b) oddalenie skargi i nieuchylenie decyzji organów administracji, mimo że zostały wydane bez podstawy prawnej, a więc decyzji dotkniętych wadą kwalifikującą do stwierdzenia ich nieważności w trybie art. 247 § 1 pkt 2 O.p.

Argumentując powyższe skarżąca – podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie podnosiła, że kwestionowane decyzje zostały wydane bez podstawy prawnej. W szczególności wskazano, że podstawy takiej nie mógł stanowić art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r., którego treść nie odpowiadała nieobowiązującemu, a powołanemu w decyzji art. 11 ust. 2 u.p.t.u. z 1993 r. Odmienne założenie, jakie poczynił Sąd, jest w ocenie skarżącej bezpodstawne. Nieuzasadnione – zdaniem strony – jest również teza o kontynuacji przez nową ustawę - u.p.t.u. z 2004 r., zasad opodatkowania podatkiem VAT obowiązujących pod rządami wcześniejszej ustawy z 1993r., wobec czego brak jest podstaw do konkretyzacji obowiązku podatkowego powstałego na podstawie poprzedniej ustawy w oparciu o przepisy innej ustawy, regulujące inny w sensie formalnoprawnym podatek.

Skarżąca przekonywała ponadto, że ze względu na powyższe uchybienia, jak również z uwagi na rażące naruszenie przepisów regulujących przedawnienie zobowiązań podatkowych w niniejszej sprawie zaistniały przesłanki do stwierdzenia nieważności decyzji organu odwoławczego.

Strona podnosiła, że wprawdzie zapłata powoduje, że zobowiązanie podatkowe nie może wygasnąć w inny sposób, w szczególności wskutek przedawnienia, jednakże nie niweczy innych skutków przedawnienia m.in. tego określonego w art. 208 § 1 O.p. Zatem w przypadku wygaśnięcia zobowiązania, z wyjątkiem gdy nastąpiło to na skutek przedawnienia, termin przedawnienia biegnie nadal, a jego upływ stanowi, zgodnie z nakazem wynikającym z art. 208 § 1 O.p., przeszkodę procesową do weryfikacji zobowiązania podatkowego.

Wobec powyższego strona uznała, że decyzje organu pierwszej instancji określające wysokość zobowiązania podatkowego wydane po upływie terminu przedawnienia, który w niniejszej sprawie upłynął z końcem 2006r. stanowiły rażące naruszenie art. 70 § 1 i art. 208 § 1 O.p. Uchybienia art. 70 § 1 O.p. dopuścił się także organ odwoławczy, który ponadto rażąco naruszył art. 233 § 1 pkt 1 O.p. utrzymując w mocy decyzje dotknięte ww. wadą.

4.2. W odpowiedzi Dyrektor Izby Celnej wniósł o oddalenie skargi kasacyjnej, wskazując na trafność orzeczenia Sadu pierwszej instancji.

5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

5.1. Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie z uwagi na trafność zarzutu naruszenia art. 151 i art. 145 § 1 pkt 2 w zw. z art. 247 § 1 pkt 3 O.p. w zw. z art. 208 § 1 i art. 70 § 1 O.p.

5.2. W kwestii najistotniejszej dla rozstrzygnięcia tej sprawy - czy w świetle art. 70 § 1 i art. 208 § 1 O.p. w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r. dopuszczalne jest w każdym czasie orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, które wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 O.p.) – wypowiedział się skład siedmioosobowy NSA w wyroku z dnia 28 czerwca 2010 r., w sprawie o sygn. akt I FPS 5/09, w którym m.in. orzeczono, że w sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło wskutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 O.p.), nie można po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 O.p., wbrew interesowi prawnemu podatnika, orzekać o wysokości tego zobowiązania podatkowego.

5.3. W uzasadnieniu tego stanowiska Sąd ten stwierdził, że nie może budzić żadnych wątpliwości to, że po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 O.p., w sytuacji gdy zobowiązanie podatkowe wcześniej nie wygasło na skutek jego zapłaty, niedopuszczalne jest wydawanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 listopada 2003 r., III SA 3066/01, Mon. Podat. 2004, nr 3, s. 42; z dnia 14 maja 2003 r., SA/Rz 1153/01, POP 204, nr 4, poz. 80; z dnia 7 maja 2003r., I SA/Wr 2282/00, PP 2003, nr 10, s. 63). W związku z powyższym nie można przyjąć, że wpłata podatku stwarza taki stan prawny, iż organ podatkowy nabywa prawo do wydawania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych. Okoliczność, że podatnik wpłacił podatek, nie może w tak znaczący sposób pogorszyć sytuacji prawnej tego podmiotu w porównaniu z podatnikiem, który nie zrealizował swojego obowiązku podatkowego. Wykładnia przepisu art. 70 § 1 O.p. nie może dyskryminować podatnika, który wywiązuje się ze swoich obowiązków uiszczając daninę publicznoprawną, a preferować podatników, którzy tych obowiązków nie realizują. Sprzeciwia się temu zasada równości, wyrażona w art. 32 ust. 1 Konstytucji. Zgodnie z tym unormowaniem wszyscy są wobec prawa równi. Wszyscy mają prawo do równego traktowania przez władze publiczne. W związku z tym przyjęcie w ramach wykładni prawa różnicowania skutków upływu terminu z art. 70 § 1 O.p. w zależności od tego, czy podatnik wpłacił podatek, bądź też tego nie uczynił, prowadziłoby do wykładni sprzecznej z Konstytucją, a głównie z zasadą demokratycznego państwa prawa i wynikającą z niej zasadą równości i sprawiedliwości.

Stanowisko to nie pozostaje przy tym w sprzeczności w pełni akceptowanym przez Sąd stanowiskiem judykatury, że zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1 – 9 O.p. wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn. Nie może bowiem ponownie wygasnąć zobowiązanie podatkowe, które już nie istnieje (por. wyrok Sądu Najwyższego z dnia 21 maja 2003 r., III RN 76/01, OSNP 2003, nr 7, poz. 162, uchwała NSA z dnia 6 października 2003 r., FPS 8/03, ONSA iWSA 2004, nr 1, poz. 7, wyrok NSA z dnia 28 czerwca 2004 r., FSK 200/04, ONSAiWSA 2005, nr 1, poz. 4, wyrok NSA z dnia 12 kwietnia 2006 r., FSK 2365/04, wyrok WSA w Warszawie z dnia 27 lutego 2008 r., III SA/Wa 2208/07, Lex nr 463325, wyrok WSA w Warszawie z dnia 26 listopada 2008 r., III SA/Wa 1347/08, Lex nr 515925, wyrok WSA w Warszawie z dnia 18 lutego 2009 r., III SA/Wa 2953/08, Lex nr 519926, wyrok WSA w Gliwicach z dnia 15 czerwca 2009 r., III SA/GL 1452/08, Lex nr 527418). Jednakże stanowisko to dotyczy skutków materialnoprawnych upływu terminu przedawnienia, nie odnosi się natomiast do jego skutków procesowych.

Podatnik w procesie samoobliczenia swojego zobowiązania podatkowego z różnych względów może zadeklarować i w konsekwencji wpłacić podatek w innej wysokości niż faktycznie istniejące, powstałe z mocy prawa zobowiązanie podatkowe. W związku z tym zobowiązanie podatkowe, stosownie do treści art. 59 § 1 pkt 1 O.p. wygaśnie w całości tylko wówczas, gdy podatnik wpłaci podatek w takiej samej lub w wyższej kwocie niż wynikający z zobowiązania podatkowego powstałego z mocy prawa. W takiej sytuacji zobowiązanie podatkowe przestaje istnieć. Termin przedawnienia zobowiązania podatkowego nie biegnie dalej. Odmienna sytuacja zachodzi, gdy podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego. W takiej sytuacji następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części. Natomiast w pozostałym zakresie zobowiązanie nadal istnieje. Dalej biegnie również termin przedawnienia w stosunku do pozostałej części zobowiązania podatkowego. Zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług powstaje z mocy prawa i rzeczywista jego wielkość nie jest pewna. W związku z tym nie wiadomo, czy zobowiązanie podatkowe wygasło w całości lub w części, a zatem, czy istnieje zobowiązanie podatkowe w pewnym zakresie. Dlatego też organ podatkowy jest uprawniony do weryfikacji samoobliczenia podatnika. Sytuacja zmienia się po upływie terminu określonego w art. 70 § 1 O.p. albowiem nie ma już żadnych wątpliwości, iż zobowiązanie wygasło w całości. Nawet bowiem, gdy zapłacony podatek był w niższej wysokości niż wynikający z mocy prawa, a zatem nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części (art. 59 § 1 pkt 1 O.p.), to w pozostałej istniejącej części wygasło na skutek przedawnienia. Z momentem upływu terminu przedawnienia nikt nie ma wątpliwości, że zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w całości. Nie istnieje już stosunek prawny, a zatem nie ma konieczności weryfikowania treści zobowiązania podatkowego. Skarb Państwa nie ma już żadnego interesu prawnego we wszczynaniu i prowadzeniu takiego postępowania, które z punktu widzenia interesów budżetowych państwa może tylko generować koszty, bez perspektyw wpływu środków. Zasada efektywności działania organów administracji publicznej sprzeciwia się prowadzeniu takich postępowań. Wprawdzie Ordynacja podatkowa nie wprowadza pojęcia "interesu prawnego", jako elementu koniecznego do prowadzenia postępowania podatkowego, to jednak nie można abstrahować od celowości i efektywności działań organów administracji publicznej.

Sąd następnie zwrócił uwagę na funkcję gwarancyjną instytucji przedawnienia dla podatnika. Na skutek upływu terminu przedawnienia następuje stabilizacja sytuacji prawnej podatnika. Nabywa on pewność, że jego stosunek zobowiązaniowy w sferze publicznoprawnej nie ulegnie już zmianie. Z drugiej strony organy administracji publicznej, które w okresie biegu terminu przedawnienia nie podjęły stosownych działań prawnych, pozbawione są możliwości ingerencji w prawa i obowiązki podatnika. Następuje więc po obu stronach nieistniejącego już zobowiązania podatkowego, stan pewności w zakresie wzajemnych zobowiązań i uprawnień. Instytucja przedawnienia znana jest w niemal wszystkich gałęziach prawa, zarówno w tych zaliczanych do prawa publicznego jak i prywatnego. Pełni ona wszędzie zbliżoną rolę, przy czym jej bardzo istotne znaczenie w prawie podatkowym wiążę się z brakiem równości stron stosunku prawnego w tej dziedzinie, a także z możliwością dużej ingerencji organów administracji publicznej w prawa podatnika. Ponadto przedawnienie, które jak stwierdzono pełni funkcje gwarancyjne i stabilizacyjne, we wszystkich gałęziach prawa jest instytucją zastrzeżoną na rzecz dłużnika. Szczególnie jest to istotne w prawie podatkowym. Oznacza to, że podatnik może powoływać się na dobrodziejstwa płynące z instytucji przedawnienia. Takiego uprawnienia zaś nie posiada opieszały organ podatkowy, który nie może czerpać korzyści z faktu, że w terminie przedawnienia nie zdołał wydać ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.

5.4. Naczelny Sąd Administracyjny w pełni podziela poglądy wyrażone w powyższym wyroku NSA z dnia 28 czerwca 2010 r.

Stanowisko tego Sądu wspiera dodatkowo treść art. 208 § 1 O.p., w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r., zgodnie z którym gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania. Przepis ten w sposób jednoznaczny określa procesowy skutek upływu terminu przedawnienia, który wymaga od organu pierwszej instancji lub organu odwoławczego umorzenia postępowania w przypadku, gdy organ ten nie zdążył orzec przed upływem przedawnienia określonego zobowiązania podatkowego – niezależnie od tego, czy nastąpiło to po zapłacie czy przed zapłatą podatku.

Określony w tym przepisie upływ terminu przedawnienia stanowi ujemną przesłankę procesową do orzekania przez organ podatkowy co do przedawnionego zobowiązania podatkowego, gdyż skutkuje bezprzedmiotowością postępowania.

Wyjątek w tym zakresie musi być określony jednoznacznie w ustawie, jak to ma miejsce np. w przypadku instytucji zwrotu nadpłaty określonej w art. 79 O.p., gdzie w § 2 stwierdzono, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. A contrario wynika z tego, że w przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe w rozumieniu art. 208 § 1 O.p.

Podkreśla to dodatkowo pogląd, że termin przedawnienia jest zastrzeżony dla podatników, których roszczenia wynikające z ich interesu prawnego – o ile zostaną zgłoszone przed upływem terminu przedawnienia – powinny zostać rozpatrzone nawet po jego upływie.

Oznacza to jednak, że nieuzasadnione jest stanowisko organów podatkowych, że po upływie okresu przedawnienia, organ – wbrew interesowi prawnemu podatnika - może kształtować wielkość przedawnionego zobowiązania podatkowego "na jego korzyść", określając go w niższej wysokości niż kwota przez niego zapłacona. Sytuacja taka, w świetle ujemnej przesłanki procesowej określonej w art. 208 § 1 O.p. jest niedopuszczalna, chyba że postępowanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia nie staje się bezprzedmiotowe, co wynika z jednoznacznego przepisu ustawowego, wymagającego kontynuacji postępowania wszczętego z inicjatywy podatnika przed upływem tego terminu.

5.5. Ponieważ w rozpatrywanej sprawie tego rodzaju sytuacja nie miała miejsca, stwierdzić należało naruszenie przez organ odwoławczy art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 O.p., a w konsekwencji art. 247 § 1 pkt 3 O.p., gdyż orzekanie w sprawie, w której zachodziła ujemna przesłanka procesowa jaką jest przedawnienie zobowiązania skutkujące bezprzedmiotowością postępowania – stanowi o rażącym naruszeniu prawa w ujęciu tegoż ostatniego przepisu.

Niedostrzeżenie przez Sąd pierwszej instancji tegoż uchybienia skutkuje stwierdzeniem naruszenia art. 151 i art. 145 § 1 pkt 2 P.p.s.a.

Odnośnie pozostałych zarzutów skargi kasacyjnej, w sytuacji uwzględnienia zarzutu naruszenia art. 151 i art. 145 § 1 pkt 2 w zw. z art. 247 § 1 pkt 3 w zw. z art. art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 O.p., stwierdzić należy ich bezprzedmiotowość, skoro organ odwoławczy w ogóle nie powinien orzekać co do istoty w niniejszej sprawie, a Sąd pierwszej instancji podstawę swojego orzeczenia winien oprzeć na art. 145 § 1 pkt 2 P.p.s.a.

5.6. W świetle powyższego Naczelny Sąd Administracyjny uznając, iż przedmiotowa skarga kasacyjna jest zasadna, na podstawie art. 185 i art. 203 pkt 1 P.p.s.a.- orzekł jak w sentencji wyroku.