Wyrok NSA, sygn. akt II FSK 1236/09
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2010-11-19 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
Hasła tematyczne: Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżony wyrok i przekazano sprawę do ponownego rozpoznania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny
Powołane przepisy: article: art. 40 ust. 1, art. 17 ust. 1 pkt 4, art. 17 ust. 1c, art. art. 7 ust. 1 i 2, art. 21, art. 22, art. 19 ust. 1, art. 17 ust. 1 pkt 14, art. 16 ust. 1 pkt 21 i 58, art. 17 ust. 1b
journal: Dz.U. 2000 nr 54 poz 654
law: Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych - tekst jednolity
article: art. 121, art. 122
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.
article: art. 18 ust. 1 i 2, art. 2 ust. 2
journal: Dz.U. 1991 nr 44 poz 194
law: Obwieszczenie Przewodniczącego Komitetu Badań Naukowych z dnia 10 maja 1991 r. w sprawie ogłoszenia jednolitego tekstu ustawy z dnia 25 lipca 1985 r. o jednostkach badawczo-rozwojowych.
article: art. 7 ust. 2 pkt 5
journal: Dz.U. 2006 nr 121 poz 844
law: Ustawa z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych - tekst jednolity
article: art. 12 ust. 2 pkt 5
journal: Dz.U. 2006 nr 136 poz 969
law: Ustawa z dnia 15 listopada 1984 r, o podatku rolnym - tekst jednolity
article: art. 141 par. 4, art. 145 par. 1 pkt 1 lit. a/ i c/, art. 151, art. 184, art. 174, art. 185 par. 1, art. 203 pkt 1
journal: Dz.U. 2002 nr 153 poz 1270
law: Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
article: par. 2 ust. 1 i 2.
journal: Dz.U. 2003 nr 212 poz 2075
law: Rozporządzenie MInistra Sprawiedliwości z dnia 2 grudnia 2003 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu  przed sądami administracyjnymi oraz szczegółowych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z  urzędu
Teza: Tezy informacyjne:

I. Wejście w życie ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r., Nr 54, poz. 654, ze zm.; dalej: u.p.d.o.p.) wskutek regulacji zawartej w art. 40 ust. 1 tej ustawy oznacza, że od tej chwili art. 18 ustawy z dnia 25 lipca 1985 r. o jednostkach badawczo-rozwojowych (Dz. U. z 1991 r., Nr 44, poz. 194 ze zm.; dalej: u.j.b.r.) nie reguluje już zagadnienia zwolnienia tych jednostek od podatku dochodowego od osób prawnych, ponieważ tę kwestię w sposób swoisty i wyczerpujący reguluje już u.p.d.o.p. Zarazem art. 18 u.j.b.r. w dalszym ciągu stanowił podstawę prawną zwolnienia tych jednostek od innych podatków - przynajmniej do czasu, gdy zwolnienia te uregulowano swoiście w innych ustawach podatkowych.

II. Dochód jednostek badawczo-rozwojowych, o których mowa w art. 1 ust. 2 pkt 2 u.j.b.r., stanowiący przedmiot opodatkowania określać należy zgodnie z art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. jako nadwyżkę sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania bez względu na rodzaj źródeł przychodów, z jakich dochód ten został osiągnięty i dopiero do tak obliczonego dochodu (o ile wystąpi) może mieć zastosowanie zwolnienie określone w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p.

TEZY

Tezy informacyjne:

I. Wejście w życie ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r., Nr 54, poz. 654, ze zm.; dalej: u.p.d.o.p.) wskutek regulacji zawartej w art. 40 ust. 1 tej ustawy oznacza, że od tej chwili art. 18 ustawy z dnia 25 lipca 1985 r. o jednostkach badawczo-rozwojowych (Dz. U. z 1991 r., Nr 44, poz. 194 ze zm.; dalej: u.j.b.r.) nie reguluje już zagadnienia zwolnienia tych jednostek od podatku dochodowego od osób prawnych, ponieważ tę kwestię w sposób swoisty i wyczerpujący reguluje już u.p.d.o.p. Zarazem art. 18 u.j.b.r. w dalszym ciągu stanowił podstawę prawną zwolnienia tych jednostek od innych podatków - przynajmniej do czasu, gdy zwolnienia te uregulowano swoiście w innych ustawach podatkowych.

II. Dochód jednostek badawczo-rozwojowych, o których mowa w art. 1 ust. 2 pkt 2 u.j.b.r., stanowiący przedmiot opodatkowania określać należy zgodnie z art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. jako nadwyżkę sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania bez względu na rodzaj źródeł przychodów, z jakich dochód ten został osiągnięty i dopiero do tak obliczonego dochodu (o ile wystąpi) może mieć zastosowanie zwolnienie określone w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p.


SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący – Sędzia NSA Stanisław Bogucki (sprawozdawca), Sędzia NSA Tomasz Zborzyński, Sędzia WSA del. Bogusław Woźniak, , Protokolant Janusz Bielski, po rozpoznaniu w dniu 19 listopada 2010 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej C. w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 22 stycznia 2009 r. sygn. akt I SA/Łd 1410/08 w sprawie ze skargi C. w L. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w L. z dnia 12 grudnia 2005 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2000 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Łodzi, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w L. na rzecz C. w L. kwotę 2.100 (dwa tysiące sto) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

1. Wyrokiem z dnia 22 stycznia 2009 r., sygn. akt I SA/Łd 1410/08, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi oddalił skargę C. w L. (dalej: Strona) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w L. z dnia 12 grudnia 2005 r., nr [...], w przedmiocie określenia zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych (dalej: p.d.o.p.) za 2000 r. Jako podstawę prawną rozstrzygnięcia powołano art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.; dalej: p.p.s.a.).

2. Przebieg postępowania przed organami podatkowymi (przedstawiony przez WSA w Łodzi):

2.1. Przedstawiając w uzasadnieniu wyroku przebieg postępowania WSA w Łodzi podał, że Strona, będąca jednostką badawczo-rozwojową (dalej: j.b.r.) w rozumieniu art. 1 ust. 2 pkt 2 ustawy z dnia 25 lipca 1985 r. o jednostkach badawczo-rozwojowych (Dz. U. z 1991 r., Nr 44, poz. 194 ze zm.; dalej: u.j.b.r.), prowadziła w 2000 r., prócz działalności statutowej, również działalność gospodarczą polegającą na świadczeniu usług w zakresie badań i analiz produktów spożywczych, produkcji past owocowych i dodatków do lodów, handlu mrożonymi owocami i warzywami oraz produktami spożywczymi, a także na wynajmie pomieszczeń chłodniczych i komór chłodniczych. Strona nie prowadziła w księgach rachunkowych odrębnej ewidencji dla przychodów i kosztów działalności statutowej oraz przychodów i kosztów działalności gospodarczej. W zeznaniu podatkowym CIT-8 złożonym za 2000 r. zadeklarowała stratę w wysokości 3.084,27 zł.

2.2. Decyzją z dnia 20 września 2005 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w L. określił Stronie zobowiązanie w p.d.o.p. za 2000 r. w kwocie 109.573 zł. Organ ten przyjął, że skoro Strona prowadziła działalność gospodarczą, miała obowiązek wyodrębnienia tejże działalności w księgach rachunkowych, w sposób umożliwiający płacenie od niej obowiązujących podatków, czego jednak nie uczyniła. Wysokość dochodu pochodzącego z tej działalności ustalono zatem na podstawie zadeklarowanych przez stronę przychodów i kosztów ich uzyskania oraz danych pochodzących z ewidencji prowadzonej przez podatnika. W odniesieniu do usług w postaci badań i analiz produktów spożywczych w.w. organ uznał, że prowadzona przez Stronę ewidencja pozwalała na wyodrębnienie przychodów z tej działalności oraz że nie pozwalała na wyodrębnienie jej kosztów. Powołując się zatem na art. 15 ust. 2 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r., Nr 54, poz. 654, ze zm.; dalej: u.p.d.o.p.), organ podatkowy ustalił wysokość kosztów uzyskania przychodów z działalności gospodarczej prowadzonej w zakresie tych usług, przyjmując, że pozostawały one w takim stosunku do ogólnych kosztów, w jakim pozostawały przychody z tego źródła w ogólnej kwocie przychodów ze świadczenia tych usług. W ten sposób ustalił, że Strona uzyskała dochód z działalności gospodarczej w kwocie 321.192,72 zł. Ponieważ, mimo wezwania, Strona nie wskazała jakie wydatki związane z działalnością statutową zostały pokryte z tego dochodu, Dyrektor UKS w L. przyjął, że tak wyliczony dochód nie został przeznaczony na cele statutowe, a zatem nie mógł, w jego ocenie, korzystać ze zwolnienia przedmiotowego określonego w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p.

Ponadto, organ pierwszej instancji zakwestionował możliwość zaliczenia do kosztów prowadzonej działalności statutowej w pełnej wysokości następujących wydatków: (a) wierzytelności w kwocie 16.988,27 zł odpisanych jako nieściągalne, (b) odpisów amortyzacyjnych w kwocie 20.794,12 zł od aparatury, której nabycie sfinansowano z dotacji z Komitetu Badań Naukowych (dalej: KBN), (c) odsetek w kwocie 13.948,63 zł za zwłokę od nieterminowych wpłat należności budżetowych, (d) odpisów w kwocie 9.130,19 zł na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych (dalej: PFRON), (e) darowizn (4.551,02 zł). W odniesieniu do tych wydatków Dyrektor UKS w pierwszej kolejności przyjął, że tylko część z nich była związana z działalnością statutową. Związek taki istniał w przypadku odpisów amortyzacyjnych dokonanych po wprowadzeniu do środków trwałych nabytej aparatury badawczej oraz w przypadku części wierzytelności odpisanych jako nieściągalne, w łącznej kwocie 4.862,78 zł. Odnosząc się do pozostałych wydatków, organ pierwszej instancji uznał je za niezwiązane z działalnością statutową, przy czym przyjął, że rzeczywiste wpłaty na PFRON wyniosły 15.155,26 zł, nie zaś 9.130,19 zł, a w przypadku części wierzytelności (w łącznej kwocie 1.727,13 zł) Strona właściwie udokumentowała ich nieściągalność. Ostatecznie Dyrektor UKS przyjął, że spośród wymienionych wyżej wydatków, wydatki dotyczące działalności gospodarczej niestanowiące kosztów uzyskania przychodów, wyniosły łącznie 44.053,27 zł. Wydatki te również zaliczył do dochodu z działalności gospodarczej, nieobjętego zwolnieniem przedmiotowym określonym w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p.

Analizując wydatki związane z działalnością statutową Strony, organ pierwszej instancji wskazał, że zawyżyła ona koszty tej działalności, zaliczając do nich wydatki pokryte w formie dotacji przyznanej przez KBN na dofinansowanie działalności statutowej jednostki. Wydatki te nie stanowiły w tej sytuacji kosztów uzyskania przychodów (art. 16 ust. 1 pkt 58 u.p.d.o.p.). Podał również, że Strona zawyżyła przychody i koszty ich uzyskania zaliczając do nich zmianę stanu produktów oraz koszt wytworzenia produktów na własne potrzeby, przy czym zawyżenie to nie miało wpływu na wysokość dochodu, ponieważ dotyczyło, zarówno po stronie przychodów, jak i po stronie kosztów, tej samej kwoty (187.490,40 zł).

Ostatecznie Dyrektor UKS przyjął, że Strona osiągnęła w 2000 r. łączny dochód podlegający opodatkowaniu w kwocie 365.245,99 zł i wyliczył należny podatek przy zastosowaniu obowiązującej wówczas stawki 30 %.

2.3. W odwołaniu od tej decyzji Strona podniosła zarzut naruszenia art. 17 ust. 1 pkt 4, art. 17 ust. 1b, art. 17 ust. 1 pkt 14 u.p.d.o.p., poprzez ich błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie oraz naruszenie art. 187 § 1 i art. 191 ustawy z dnia 28 sierpnia 1998 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r., Nr 8, poz. 60 ze zm.; dalej: O.p.), poprzez dowolną ocenę zebranego w sprawie materiału dowodowego. Jej zdaniem, skoro nie osiągnęła dodatniego wyniku prowadzonej działalności nie miała obowiązku rozdzielenia w księgach rachunkowych dla celów podatkowych działalności statutowej i gospodarczej.

Ponadto, błędnie w jej ocenie organ pierwszej instancji przyjął, że dochodem do opodatkowania były dochody z działalności gospodarczej, które zostały przeznaczone przez nią na pokrycie wynagrodzeń pracowników realizujących cele statutowe j.b.r.

Odnosząc się do zakwestionowanych przez organ podatkowy wydatków na PFRON, Strona wskazała, że wydatki te miały charakter obligatoryjny i stanowiły rodzaj daniny publicznej. Zarówno wydatki na wynagrodzenia, jak i wydatki na PFRON, korzystały zatem ze zwolnienia przewidzianego w art. 17 ust. 1b u.p.d.o.p.

2.4. Decyzją z dnia 12 grudnia 2005 r. Dyrektor IS w L. uchylił decyzję organu pierwszej instancji w części dotyczącej kwoty dochodu uzyskanego z działalności gospodarczej i przeznaczonego na działalność statutową i zmniejszył zobowiązanie podatkowe Strony w p.d.o.p. za 2000 r. do kwoty 13.215,90 zł.

Organ odwoławczy podzielił pogląd organu pierwszej instancji, że na Stronie ciążył obowiązek odrębnego ewidencjonowania przychodów i kosztów dotyczących działalności statutowej i gospodarczej. Brak takiej ewidencji uprawniał organy podatkowe do szacunkowego określenia tych wielkości, co też zostało uczynione.

Podniósł następnie, że u.p.d.o.p. wobec podmiotów korzystających ze zwolnienia przedmiotowego określonego w art. 17 ust. 1b u.p.d.o.p., wiązała powstanie obowiązku podatkowego nie z osiągnięciem dochodu z działalności gospodarczej, ale z faktem wydatkowania tak osiągniętego dochodu na cele inne niż statutowe. Dochód ten mógł być wydatkowany także w kolejnych latach podatkowych. W konsekwencji organ odwoławczy odmiennie niż Dyrektor UKS uznał, że nie było podstaw do opodatkowania całego osiągniętego w 2000 r. dochodu z działalności gospodarczej, a tylko tę jego część, która została w tym okresie wydatkowana na cele inne niż statutowe.

Organ odwoławczy podzielił natomiast ustalenia i wnioski organu pierwszej instancji co do zakwestionowanych przezeń wydatków Strony skarżącej (odsetki za zwłokę od nieterminowych wpłat należności budżetowych, wierzytelności odpisane jako nieściągalne, wpłaty na PFRON oraz darowizny) i uznał, że wydatki te nie były związane z realizacją celów statutowych podatnika.

Odnosząc się do kwestii dotacji z KBN organ odwoławczy przyjął, że dotacja ta stanowiła przychód podatkowy w rozumieniu art. 12 ust. 1 pkt 1 u.p.d.o.p. oraz, że następnie podlegała odliczeniu od dochodu podatnika.

3. Stanowiska stron w postępowaniu przed WSA w Łodzi:

3.1. Strona wniosła skargę do WSA w Łodzi, w której żądając uchylenia decyzji organów obu instancji, podniosła zarzut naruszenia przepisów postępowania podatkowego, tj. art. 121 § 1 oraz art. 122 w związku z art. 191 O.p., a także zarzut naruszenia prawa materialnego, tj. art. 7 ust. 1-3, art. 17 ust. 1 pkt 4 w związku z art. 17 ust. 1a pkt 2 i ust. 1b u.p.d.o.p., poprzez błędną wykładnię tych przepisów oraz art. 17 ust. 1 pkt 17 u.p.d.o.p., poprzez jego niezastosowanie.

W uzasadnieniu skargi Strona podkreśliła, że organy podatkowe dokonały rozliczenia jej podatku niezgodnie z obowiązującym wzorem deklaracji, tj. oddzielnie ustalając dochody z działalności gospodarczej i statutowej, po drugie przeoczyły fakt, że miała prawo odliczenia od dochodu przed opodatkowaniem dotacji KBN i po trzecie posłużyły się przepisem art. 18 u.j.b.r., który w zakresie opodatkowania dochodów tych podmiotów nie miał w ogóle zastosowania.

Zdaniem Strony, organy podatkowe nie dokonały analizy zakwestionowanych wydatków i przyjęły z góry, że skoro nie mogły stanowić kosztów podatkowych, nie mogły również być przypisane do działalności statutowej. Dokonując podziału wydatków Strony na związane z działalnością statutową i gospodarczą, Dyrektor IS w L. naruszył art. 191 O.p. Odnosząc się do wydatków na PFRON, Strona podniosła, że obowiązek ponoszenia takich wydatków wynikał wprost z przepisów prawa i był analogiczny do obowiązku utworzenia funduszu świadczeń socjalnych, związanego w sposób niekwestionowany przez organy podatkowe z wydatkami związanymi z zatrudnieniem pracowników. Wpłaty na PFRON zaś, podobnie jak koszty działalności socjalnej, również były związane z zatrudnieniem.

Odnośnie do odsetek od należności budżetowych Strona wskazała, że zapłata ich nie była związana z prowadzeniem działalności gospodarczej, lecz z problemami finansowymi podatnika. Po drugie, zobowiązania, od których naliczono odsetki, dotyczyły podatku dochodowego od osób fizycznych, czyli zobowiązania płaconego w związku z zatrudnieniem pracowników, oraz p.d.o.p., którego płatność była związana z celami statutowymi podatnika.

Strona podniosła również kwestię dotacji na dofinansowanie działalności statutowej. Dyrektor IS uznał tę dotację za przychód, pomniejszył o tę kwotę koszty uzyskania przychodu, błędnie jednak nie odliczył jej od dochodu.

Zdaniem Strony, Dyrektor IS w L., ustalając oddzielnie dochody z działalności gospodarczej i statutowej złamał zasadę wynikającą z art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. Dochód ten w jej ocenie powinien być wyliczony od łącznej sumy przychodów Strony, w tym przychodów z działalności statutowej, oraz przy uwzględnieniu wszystkich, poniesionych przez nią kosztów. Wg Strony, jedyną podstawą do zwolnienia dochodu j.b.r. od podatku stanowił art. 17 u.p.d.o.p. Podstawy takiej nie mógł natomiast stanowić art. 18 u.j.b.r., ponieważ został wcześniej uchylony na mocy art. 40 u.p.d.o.p.

3.2. W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w L. wniósł o jej oddalenie.

4. Wyrok Sądu pierwszej instancji:

4.1. W ocenie WSA w Łodzi skarga okazała się niezasadna. Sąd ten podzielił pogląd organu odwoławczego, że działalność statutowa j.b.r. i osiągane w jej ramach dochody podlegały w stanie prawnym obowiązującym w 2000 r. generalnemu zwolnieniu z obciążeń podatkowych (art. 18 ust. 1 u.j.b.r.). Odmienne znaczenie na gruncie prawa podatkowego miała działalność gospodarcza prowadzona przez te jednostki. W myśl bowiem art. 18 ust. 2 u.j.b.r. działalność ta wyłączona została spod zasady zwolnienia (art. 18 ust. 1 w.w. ustawy). Oznaczało to, że w zakresie działalności gospodarczej j.b.r. podlegały opodatkowaniu na ogólnych zasadach. Odmienność następstw działalności statutowej i gospodarczej z punktu widzenia prawa podatkowego pociąga za sobą określone konsekwencje.

Po pierwsze, fakt prowadzenia różnorodnej działalności i osiągania przychodów z różnych źródeł, z których dochód podlega opodatkowaniu, bądź jest zwolniony od opodatkowania (generalnie lub też w zależności od jego przeznaczenia i wykorzystania), implikuje konieczność dokonania przez podatnika szczegółowego rozdziału przychodów i ich kosztów. Ewidencja z jednej strony daje organom podatkowym możliwość weryfikacji działalności jednostki pod kątem wypełniania przez nią obowiązków podatkowych, a z drugiej ułatwia podatnikowi prawidłowe wywiązanie się z tych obowiązków. Podstawę prawną obowiązku prowadzenia ewidencji - jak słusznie wskazały organy podatkowe - stanowi art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p., zgodnie z którym podatnicy są obowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej, zgodnie z odrębnymi przepisami, w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy. Obowiązek ten wynikał również wprost z obowiązującego w 2000 r. rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 7 sierpnia 1991 r. w sprawie szczegółowych zasad gospodarki finansowej jednostek badawczo-rozwojowych (Dz. U. Nr 72, poz. 318), które w § 4 zobowiązywało j.b.r. do prowadzenia ewidencji działalności gospodarczej, w sposób umożliwiający płacenie od tej działalności obowiązujących podatków. J.b.r. były zatem zobowiązane do ewidencjonowania w księgach rachunkowych odrębnie przychodów i kosztów działalności statutowej oraz przychodów i kosztów działalności gospodarczej, w sposób umożliwiający ustalenie wyniku finansowego z działalności statutowej i z działalności gospodarczej. Na obowiązek prowadzenia takiej ewidencji wskazywano już w orzecznictwie sądowym (por. teza druga wyroku NSA z dnia 24 września 1999 r., sygn. akt I SA/Wr 871/98, ONSA 2000, nr 3, poz. 130).

Po drugie, z punktu widzenia prawa podatkowego nie ma znaczenia globalny wynik działalności jednostki, lecz jedynie wynik (dochód, strata) samej działalności gospodarczej. Tylko bowiem ten wynik może podlegać opodatkowaniu (art. 18 ust. 2 u.j.b.r.). Na wynik ten nie ma zatem wpływu wielkość straty poniesionej przez j.b.r. w ramach działalności statutowej. W konsekwencji nie ma też znaczenia dla ustalenia wysokości podatku wysokość przychodów z działalności statutowej, jak również to, co zostało zaliczone do kosztów tej działalności, pod warunkiem oczywiście, że wskazane przychody i koszty rzeczywiście dotyczą działalności statutowej.

Z powyższych względów jako niezasadny Sąd pierwszej instancji ocenił wyrażony przez Stronę pogląd, że nie ma prawnych podstaw do odrębnego ustalania dochodu z działalności gospodarczej j.b.r.

4.2. Sąd pierwszej instancji oceniał również jako niewłaściwy pogląd zaprezentowany przez Stronę jeszcze w trakcie postępowania podatkowego, że obowiązek prowadzenia odrębnych ewidencji powstaje dopiero z chwilą osiągnięcia przez jednostkę globalnie pozytywnego wyniku finansowego, tj. uwzględniającego łącznie zarówno działalność statutową, jak i gospodarczą. W konsekwencji dla rozstrzygnięcia sprawy żadnego znaczenia nie mają kwestie związane z rozliczeniem dotacji z KBN. Rozliczenie to dotyczy wyłącznie działalności statutowej, a zatem nie ma żadnego wpływu ani na wysokość przychodów podatnika z działalności gospodarczej, ani na wysokość kosztów tej działalności, ani też na wysokość dochodu z tego źródła.

Na marginesie Sąd pierwszej instancji zaznaczył, że wspomniana dotacja, jako objęta zwolnieniem przedmiotowym wymienionym w art. 17 ust. 1 pkt 14 u.p.d.o.p., w ogóle nie stanowiła przychodu podatnika. Dyrektor IS w L. błędnie zatem przyjął, że stosuje się do niej art. 12 ust. 1 pkt 1 u.p.d.o.p. oraz że następnie podlega ona odliczeniu od dochodu podatnika. Uchybienie to nie maiało jednak znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy.

4.3. Przechodząc do kwestii opodatkowania dochodu osiągniętego przez podatnika z prowadzonej w 2000 r. działalności gospodarczej, WSA w Łodzi w pierwszej kolejności podzielił wniosek organów podatkowych, że skoro księgi rachunkowe podatnika nie pozwalały na ustalenie dochodu pochodzącego z tej działalności, należało dochód ten oszacować w oparciu o art. 9 ust. 2 u.p.d.o.p.

Określenie zobowiązania podatkowego od tak ustalonego dochodu musiało nastąpić z uwzględnieniem przepisów dotyczących zwolnień podatkowych (art. 17 u.p.d.o.p.). Dochody j.b.r. mogły bowiem korzystać ze zwolnienia przedmiotowego od podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. Zdaniem WSA w Łodzi, Dyrektor IS w L. słusznie zatem przyjął, że zwolnienie przedmiotowe Strony, jest uzależnione od wydatkowania osiągniętego przez nią dochodu na cele statutowe oraz, że ustawa nie zawiera ograniczenia czasowego wydatkowania środków przeznaczonych na te cele. Dla zwolnienia podatkowego nie ma znaczenia wydatkowanie dochodu w tym samym roku, w którym podatnik go osiągnął, ani to z jakich źródeł pochodzą środki przeznaczone na cele wskazane w ustawie (za wyjątkiem środków określonych w art. 17 ust. 1a pkt 1 u.p.d.o.p.). Jeżeli dochód przeznaczony został na inne cele (niekoniecznie związane z działalnością gospodarczą), zwolnienie nie znajdzie zastosowania. Dochód taki podlega wtedy opodatkowaniu p.d.o.p. na ogólnych zasadach. W konsekwencji ocena, czy dochód podatnika podlegał opodatkowaniu p.d.o.p. mogła być dokonana dopiero po jego wydatkowaniu.

Wg WSA w Łodzi, organy podatkowe słusznie przyjęły, że cechy związku z celami statutowymi nie posiadały cztery rodzaje wydatków: (a) odpisane jako nieściągalne wierzytelności niezwiązane z działalnością statutową, (b) odsetki za zwłokę od nieterminowych wpłat należności budżetowych, (c) odpisy na PFRON oraz (d) darowizny.

4.3.1. WSA w Łodzi stwierdził, że z treści skargi wynika, iż Strona w istocie kwestionuje jedynie odmowę objęcia zwolnieniem wydatków przeznaczonych na spłatę odsetek za zwłokę oraz odpisów na PFRON. Odnosząc się do wydatków przeznaczonych na PFRON, Sąd pierwszej instancji podzielił wyrażony już w orzecznictwie pogląd o niedopuszczalności wiązania tych wydatków z działalnością statutową podmiotów korzystających ze zwolnienia, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. (por. wyrok NSA z dnia 23 listopada 2006 r., sygn. akt II FSK 1308/05). Przedmiotem działania Strony jest prowadzenie badań naukowych i prac badawczo-rozwojowych w dziedzinie chłodnictwa składowego oraz chłodzonej i mrożonej żywności (§ 3 ust. 1 Statutu). Wobec tego - wbrew poglądom Strony - nie można uznać, że wpłata na PFRON stanowi wydatek poniesiony na cele statutowe. Nie można w szczególności uznać, że powyższa wpłata jest podatkiem, o którym mowa w art. 17 ust. 1b u.p.d.o.p. Stanowi ona rodzaj daniny publicznej, do uiszczenia której podatnik jest zobowiązany na mocy art. 21 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnieniu osób niepełnosprawnych (Dz. U. z 2008 r., Nr 14, poz. 92, ze zm.). Fakt ten w żaden sposób nie przesądza, że powyższa wpłata jest zrównana z podatkiem. Skoro normodawca w art. 17 ust. 1b u.p.d.o.p. zwolnił od podatku "dochody przeznaczone na opłacenie podatków niestanowiących kosztu uzyskania przychodów", to w żaden sposób nie można uznać, że dotyczy to również wpłat na PFRON. W przepisie tym ustawodawca wprost użył sformułowania "na opłacenie podatków" nie zaś "na daniny publiczne", do których w myśl art. 3 ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 28 listopada 1998 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 155, poz. 1014) zalicza się podatki oraz inne świadczenia pieniężne, których obowiązek ponoszenia wynika z odrębnych przepisów. Z tego też względu nieuprawnione jest twierdzenie, że wolny od opodatkowania jest dochód przeznaczony na wpłaty na PFRON, gdyż uiszczenie tego rodzaju daniny publicznej konieczne jest do prowadzenia zgodnej z prawem działalności statutowej Strony.

4.3.2. Podobnie, zdaniem WSA w Łodzi, ze zwolnienia przewidzianego w art. 17 u.p.d.o.p. nie korzystają także pozostałe wydatki zakwestionowane przez organy podatkowe. Nie sposób zatem rozszerzać użytego w art. 17 ust. 1b u.p.d.o.p. pojęcia "dochody przeznaczone na opłacenie podatków niestanowiących kosztu uzyskania przychodów" na odsetki związane z nieterminowym regulowaniem tychże zobowiązań podatkowych. Odsetki nie służą bowiem realizacji żadnego z celów wymienionych w statucie Strony. Są jedynie konsekwencją niewłaściwego wypełniania obowiązków finansowych wobec państwa. Nie ma zatem żadnego związku między ich ponoszeniem a działalnością statutową podatnika także przy założeniu, że dotyczą świadczeń, które wykazują taki bezpośredni związek.

4.3.3. WSA w Łodzi ocenił, że z oczywistych przyczyn związku z działalnością statutową nie mają również wierzytelności w ogóle niezwiązane z tą działalnością, a także darowizny przeznaczone na realizację celów innych niż statutowe.

Reasumując, WSA w Łodzi uznał, że Dyrektor IS w L., kwestionując część wydatków Strony i uznając je za wydatki przeznaczone na realizację innych celów niż statutowe, nie naruszył przepisów określających zasady na jakich wydatki takie mogą być zwolnione od p.d.o.p., tj. art. 17 ust. 1 pkt 4 w związku z art. 17 ust. 1a pkt 2 i ust. 1b u.p.d.o.p. Również ustalenia faktyczne organu odwoławczego w tym zakresie zostały poczynione z zachowaniem zasad postępowania podatkowego przewidzianych w O.p. To, że organ podatkowy zakwestionował stanowisko Strony w przedmiocie tych wydatków nie stanowi jeszcze naruszenia zasad postępowania podatkowego, a w szczególności zasady zaufania do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p.). Organy podatkowe mają bowiem prawo do własnej interpretacji stanu faktycznego sprawy. Z punktu widzenia w.w. zasady ważne jest natomiast to, by swoje stanowisko należycie uzasadniły. Ten zaś wymóg uzasadnienie zaskarżonej decyzji wypełnia należycie.

4.4. Odnosząc się do twierdzenia zawartego w skardze, że art. 18 u.j.b.r. nie znajdował zastosowania w sprawie wobec jego uchylenia przez art. 40 u.p.d.o.p., WSA w Łodzi zwrócił uwagę przede wszystkim - na co wskazał również organ odwoławczy w odpowiedzi na skargę - że przepis art. 18 u.j.b.r. podlegał w 2002 r. nowelizacji. Brak jest zatem podstaw, aby uznać go za uchylony lub nieobowiązujący w okresie, którego dotyczy niniejsza sprawa. Potwierdzeniem tego stanowiska wydaje się być również wyrok SN z dnia 7 czerwca 2001 r., sygn. akt III RN 109/00, w którym to sąd podkreślił, że "zwolnieniu z podatku, o którym mowa w art. 18 ust. 1 u.j.b.r., dotyczy wyłącznie podmiotów w zakresie ich podstawowej działalności, określonej w art. 1 ust. 1, natomiast podlega wyłączeniu w przypadku innej działalności, w tym gospodarczej bądź usługowej, przewidzianej w art. 2 ust. 3 tej ustawy". Zgodność tego przepisu z konstytucją była również przedmiotem badania przez Trybunał Konstytucyjny (wyrok z dnia 3 listopada 1998 r., sygn. K 12/98, OTK 1998, nr 6, poz. 98). Ponadto, skoro u.j.b.r. była w latach 1996 i 1997 nowelizowana ośmiokrotnie, zdaniem WSA w Łodzi pozostawienie niezmienionego brzmienia jej art. 18 ust. 1 trzeba traktować jako świadomą decyzję ustawodawcy.

5. Stanowiska stron w postępowaniu przed Naczelnym Sądem Administracyjnym:

5.1. Wnosząc od w.w. wyroku WSA w Łodzi skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego Strona (reprezentowana przez pełnomocnika – doradcę podatkowego) zaskarżyła ten wyrok w całości, żądając jego uchylenia w całości i zasądzenia kosztów postępowania kasacyjnego.

Podnosząc w uzasadnieniu skargi kasacyjnej argumentację na poparcie zarzutów, zaskarżonemu wyrokowi zarzucono:

(I) naruszenie przepisów postępowania, tj. (1) art. 141 § 4 p.p.s.a., poprzez: (a) niewyjaśnienie podstaw prawnych rozstrzygnięcia, że kwestie związane z rozliczeniem dotacji z KBN nie mają żadnego znaczenia w niniejszej sprawie, choć dochód podatnika z działalności statutowej zawyżono o kwotę 635.000 zł; (b) poprzez uznanie za prawidłowe stanowiska organów podatkowych, że dochodu z działalności gospodarczej nie łączy się z dochodami (stratą) z działalności statutowej - w konsekwencji nie uznano faktu, że podatnik osiągnął dochód z obu tych działalności łącznie w kwocie 1.219,67 zł, a podatek ma uiścić w wysokości 13.215 zł; (c) poprzez przyjęcie, że odsetki za zwłokę od nieterminowych wpłat należności budżetowych oraz odpisy na PFRON nie miały związku z działalnością statutową, w konsekwencji nie "oszacowano" tych wydatków proporcjonalnie do uzyskiwanych przychodów z działalności statutowej i gospodarczej, jak uczyniono w przypadku kosztów własnych sprzedaży; (2) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a/ i c/ p.p.s.a., poprzez nieuwzględnienie skargi w wyniku błędnego przyjęcia przez WSA w Łodzi, że organy podatkowe nie naruszyły prawa materialnego mimo wyżej opisanych uchybień oraz nie naruszyły przepisów postępowania, tj. art. 121 i 122 O.p., choć nie dołożono należytych starań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i naruszono zasadę prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, bowiem wszelkie wątpliwości rozstrzygnięto in dubio pro fisco.

(II) naruszenie prawa materialnego, tj. (1) niewłaściwe zastosowanie art. 18 ust. 1 i 2 u.j.b.r., przez przyjęcie, że dochody tej osoby prawnej podlegały opodatkowaniu p.d.o.p. na podstawie w.w. przepisów, a nie przepisów prawa podatkowego, o których mowa w art. 3 pkt 2 O.p.; powyższe narusza również art. 2 u.p.d.o.p., gdzie ustawodawca wyraźnie wymienił rodzaje działalności, do których przepisów u.p.d.o.p. się nie stosuje - nie ma wśród nich działalności statutowej prowadzonej przez jednostki badawczo-rozwojowe; (2) błędną wykładnię art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p., przez przyjęcie, że artykuł ten nie ma zastosowania w przedmiotowej sprawie - tzn. że nie został na jego mocy uchylony art. 18 u.j.b.r.; (3) niewłaściwe zastosowanie art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.do.p., poprzez przyjęcie, że przepis ten ma zastosowanie jedynie do dochodów z działalności gospodarczej jednostki, a nie obejmuje dochodów z działalności statutowej, które zdaniem organów podatkowych oraz WSA w Łodzi podlegają zwolnieniu podmiotowemu; (4) błędną wykładnię art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p., przez przyjęcie, że nie obejmuje on dochodów z działalności statutowej jednostki, co jest sprzeczne z wykładnią funkcjonalną celowościową zawartą w uzasadnieniu do u.p.d.o.p.; (5) błędną wykładnię art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p., przez przyjęcie, że z punktu widzenia prawa podatkowego nie ma znaczenia globalny wynik działalności jednostki, lecz jedynie wynik samej działalności gospodarczej, co w konsekwencji powoduje niemożność złożenia przez podatnika prawidłowego zeznania podatkowego, zgodnego ze wzorem określonym przez Ministra Finansów.

5.2. Odpowiadając na skargę kasacyjną, Dyrektor IS w L. (reprezentowany przez pełnomocnika - radcę prawnego) wniósł o jej i zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego.

6. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

6.1. Skarga kasacyjna zawiera usprawiedliwione podstawy, więc zaskarżony wyrok podlega uchyleniu jako nieodpowiadający prawu (argumentum a contrario z art. 184 p.p.s.a.).Tym samym, skład orzekający w rozpatrywanej sprawie podziela rozstrzygnięcie oraz argumentację zawartą w wyroku NSA z dnia 19 listopada 2010 r., sygn. akt II FSK 1069/09, publik. http://orzeczenia.nsa.gov.pl.

6.2. Naczelny Sąd Administracyjny uwzględnia podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia prawa materialnego.

6.2.1. Przepis art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. stanowi, że uchyla się, z zastrzeżeniem ust. 2 (dotyczącego ulg i zwolnień przewidzianych w ustawach nie mających zastosowania w rozpoznawanej sprawie), przepisy ustaw szczególnych przyznające ulgi i zwolnienia od podatku dochodowego od osób prawnych oraz znosi się przyznane na podstawie tych przepisów ulgi i zwolnienia.

Jak trafnie zauważono w skardze kasacyjnej, przepis ten ma na celu uporządkowanie regulacji podatkowych w zakresie p.d.o.p. przez zamieszczenie ich w jednym akcie prawnym – ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych, przy jednoczesnym zachowaniu wcześniej istniejących zwolnień od tego podatku, zwłaszcza odnoszących się do jednostek badawczo-rozwojowych i szkół wyższych. Świadczy o tym regulacja zawarta w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p., w myśl której "wolne od podatku (dochodowego od osób prawnych) są dochody podatników, których celem statutowym jest działalność naukowa, naukowo-techniczna, oświatowa, w tym również polegająca na kształceniu studentów, kulturalna, w zakresie kultury fizycznej i sportu, ochrony środowiska, wspierania inicjatyw społecznych na rzecz budowy dróg i sieci telekomunikacyjnej na wsi oraz zaopatrzenia wsi w wodę, dobroczynności, ochrony zdrowia i pomocy społecznej, rehabilitacji zawodowej i społecznej inwalidów oraz kultu religijnego – w części przeznaczonej na te cele". Na mocy art. 17 ust. 1c u.p.d.o.p. przepis ten nie ma zastosowania jedynie w: (1) przedsiębiorstwach państwowych, spółdzielniach i spółkach, (2) przedsiębiorstwach komunalnych mających osobowość prawną, dla których funkcję organu założycielskiego pełnią jednostki samorządu terytorialnego lub ich jednostki pomocnicze utworzone na podstawie odrębnych przepisów oraz (3) w zakładach budżetowych i innych jednostkach organizacyjnych nie mających osobowości prawnej, będących podatnikami p.d.o.p. – jeżeli przedmiotem ich działalności jest zaspokajanie potrzeb publicznych pośrednio związanych z ochroną środowiska w zakresie: wodociągów i kanalizacji, ścieków komunalnych, wysypisk i utylizacji odpadów komunalnych oraz transportu zbiorowego.

Naczelny Sąd Administracyjny zwraca uwagę, że w myśl art. 2 ust. 2 u.j.b.r. (w brzmieniu obowiązującym od dnia 28 lutego 2001 r.) do zadań tych jednostek należało prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych oraz przystosowywanie ich wyników do wdrażania w praktyce, upowszechnianie wyników badań naukowych i prac rozwojowych, podejmowanie działalności w zakresie doskonalenia metod prowadzenia badań naukowych i prac rozwojowych, prowadzenie działalności uzupełniającej, a w szczególności w zakresie szkolenia, informacji naukowej, technicznej i ekonomicznej, wynalazczości oraz ochrony własności przemysłowej i intelektualnej oraz opracowywanie analiz i ocen dotyczących stanu i rozwoju poszczególnych dziedzin nauki i techniki, a także propozycji w zakresie wykorzystywania w kraju osiągnięć światowej nauki i technik.

W związku z takim brzmieniem przepisu Naczelny Sąd Administracyjny wyraża pogląd, że jednostki badawczo-rozwojowe należały w 2001 r. do tych podmiotów, których dochody były na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. wolne od p.d.o.p. w części przeznaczonej na cele statutowe (por. S. Babiarz, w: S. Babiarz, L. Błystak, B. Dauter, A. Gomułowicz, R. Pęk, K. Winiarski Podatek dochodowy od osób pranych. Komentarz 2010, Wrocław 2010, s. 914).

Z przedstawionej konstatacji nie wynika jednak, ażeby art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. uchylił art. 18 u.j.b.r. Świadczy o tym zarówno aspekt formalny, a mianowicie okoliczność, że po wejściu w życie u.p.d.o.p. art. 18 u.j.b.r. był kilkakrotnie nowelizowany (a więc nie mógł być przez tę pierwszą ustawę uchylony), jak i aspekt merytoryczny, a mianowicie okoliczność, że przedmiot regulacji art. 18 u.j.b.r. jest znacznie szerszy, niż przedmiot regulacji art. 40 u.p.d.o.p. Ten ostatni odnosił się tylko do opodatkowania p.d.o.p., podczas gdy art. 18 u.j.b.r. (w brzmieniu obowiązującym w roku 2001) stanowił w ustępie pierwszym, że j.b.r. jest zwolniona z podatków oraz w ustępie drugim, że zwolnieniu nie podlega działalność, o której mowa w art. 2 ust. 3 (czyli działalność obejmująca produkcję aparatury i urządzeń oraz inna działalność gospodarcza lub usługowa na potrzeby kraju i eksportu w zakresie objętym przedmiotem działania jednostki). Zwolnienie, określone w art. 18 ust. 1 u.j.b.r., dotyczyło zatem wszelkich podatków, a nie tylko p.d.o.p. Wejście w życie u.p.d.o.p. z dnia 15 lutego 1992 r. wskutek cytowanej już regulacji zawartej w art. 40 ust. 1 tej ustawy oznaczało więc tylko tyle, że od tej chwili art. 18 u.j.b.r. nie reguluje już zagadnienia zwolnienia tych jednostek od p.d.o.p., ponieważ tę kwestię w sposób swoisty i wyczerpujący reguluje już u.p.d.o.p. Zarazem art. 18 u.j.b.r. w dalszym ciągu stanowił podstawę prawną zwolnienia tych jednostek od innych podatków – przynajmniej do czasu, gdy zwolnienia te uregulowano swoiście w innych ustawach podatkowych, jak na przykład w art. 7 ust. 2 pkt 5 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2006 r., Nr 121, poz. 844 ze zm.) lub w art. 12 ust. 2 pkt 5 ustawy z dnia 15 listopada 1984 r. o podatku rolnym (Dz. U. z 2006 r., Nr 136, poz. 969 ze zm.), w brzmieniach obowiązujących od dnia 1 stycznia 2003 r.

Do zawartych w u.p.d.o.p. zasad opodatkowania tym podatkiem należy między innymi zasada określająca przedmiot opodatkowania, zawarta w art. 7 ust. 1 tej ustawy. Przepis ten stanowi, że przedmiotem opodatkowania p.d.o.p. jest dochód bez względu na rodzaj źródeł przychodów, z jakich dochód ten został osiągnięty (za wyjątkiem określonych w art. 21 i art. 22 przypadków opodatkowania dochodów podmiotów podlegających ograniczonemu obowiązkowi podatkowemu oraz opodatkowania dochodów z dywidend, gdzie przedmiotem opodatkowania jest przychód). W u.p.d.o.p. nie zawarto katalogu źródeł przychodów, nie mniej użycie w omawianym przepisie pojęcia "dochód" w liczbie pojedynczej oraz pojęcia "źródła przychodów" w liczbie mnogiej wskazuje, że niezależnie od tego, z ilu źródeł przychodów podatnik uzyskuje dochody i niezależnie od wcale licznych odrębności, dotyczących ustalania dochodu z poszczególnego źródła (choćby dotyczących chwili rozpoznawania przychodów przy zastosowaniu metody memoriałowej w przeciwieństwie do metody kasowej), przedmiotem opodatkowania jest jeden dochód, stanowiący (zgodnie z art. 7 ust. 2 u.p.d.o.p.) nadwyżkę sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania, osiągniętą w roku podatkowym (z zastrzeżeniem odmienności dotyczących dochodu z udziału w zyskach osób prawnych oraz dochodów uzyskiwanych przez podmioty powiązane); jeżeli koszty uzyskania przychodów przekraczają sumę przychodów, różnica jest stratą.

Zasada, że przedmiotem opodatkowania jest dochód (jeden dochód) bez względu na liczbę i rodzaj źródeł przychodów, ma także zastosowanie w przypadku uzyskiwania przychodów z dwóch źródeł – jak w przypadku Strony będącej j.b.r., uzyskującego przychody z działalności statutowej i z działalności gospodarczej. Nakazane w art. 7 ust. 2 u.p.d.o.p. obliczenie nadwyżki sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania wskazuje na konieczność sumowania przychodów uzyskanych z poszczególnych źródeł z kosztami ich uzyskania, po to, by określić wysokość dochodu stanowiącego przedmiot opodatkowania podatkiem dochodowym, względnie – w przypadku, gdy koszty uzyskania przychodów przekraczają sumę przychodów – określić wielkość straty. Innymi słowy, najpierw należy zbilansować przychody z kosztami ich uzyskania z poszczególnych źródeł przychodów, a następnie po zsumowaniu nadwyżek przychodów nad kosztami określić jeden dochód będący przedmiotem opodatkowania. Postępowanie polegające na obliczeniu dochodów (kilku) z poszczególnych źródeł przychodów, a następnie ich bilansowaniu celem określenia przedmiotu opodatkowania podatkiem dochodowym pozostawałoby w sprzeczności z zasadą wyprowadzoną z wykładni językowej art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. Dopiero w przypadku stwierdzenia, że w badanym roku podatkowym powstał dochód, może dojść do zastosowania art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. – jeżeli dochód ten został przeznaczony na cele statutowe jednostki, albo też, jeżeli dochód w całości lub w części na cele statutowe jednak przeznaczony nie został – do stwierdzenia, że stanowi on podstawę opodatkowania, od której, po ewentualnych odliczeniach, można określić podatek na podstawie art. 19 ust. 1 u.p.d.o.p.

6.2.2. Należy dodać, że będąca przedmiotem kontrowersji dotacja z Komitetu Badań Naukowych jest neutralna podatkowo w tym sensie, że na mocy art. 17 ust. 1 pkt 14 u.p.d.o.p. jest ona wolna od podatku dochodowego, ale równocześnie na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 58 u.p.d.o.p. sfinansowane z niej wydatki i koszty nie uważa się za koszty uzyskania przychodów.

6.2.3. Odnosząc powyższe rozważania do poszczególnych zarzutów skargi kasacyjnej, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że uzasadniony jest zarzut naruszenia prawa materialnego wskutek zastosowania art. 18 ust. 1 i 2 u.j.b.r. w sytuacji, gdy przepisy te w roku 2001 nie regulowały już zasad zwolnienia tych jednostek od podatku dochodowego od osób prawnych, ponieważ na mocy art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. zasady opodatkowania omawianych jednostek tym podatkiem oraz zasady ich zwalniania od tego podatku regulowała wyłącznie u.p.d.o.p. Zarazem nie można uznać słuszności twierdzenia, jakoby art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. uchylił art. 18 u.j.b.r. To twierdzenie jest za daleko idące, ponieważ art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. nie uchylił art. 18 u.j.b.r., a jedynie ograniczył zakres regulacji tego ostatniego przepisu, wyłączając z niego zagadnienie opodatkowania p.d.o.p.

6.2.4. Za trafny uznać także należy zarzut naruszenia art. 17 ust. 1 pkt 4 i art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. przez ich błędną wykładnię i uznanie, że zwolnienie określone w art. 17 ust. 1 pkt 4 ma zastosowanie jedynie do dochodów z działalności gospodarczej i nie obejmuje dochodów z działalności statutowej oraz że art. 7 ust. 1 i 2 pozwala na wyodrębnienie przychodów z każdego z tych źródeł przychodów i odrębne określanie dochodu z każdego z tych źródeł, podczas gdy dochód stanowiący przedmiot opodatkowania określać należy zgodnie z art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. jako nadwyżkę sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania bez względu na rodzaj źródeł przychodów, z jakich dochód ten został osiągnięty i dopiero do tak obliczonego dochodu (o ile wystąpi) może mieć zastosowanie zwolnienie określone w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p.

6.3. Nie mają natomiast uzasadnienia zarzuty naruszenia przepisów postępowania, a mianowicie art. 141 § 4 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c/ p.p.s.a. w związku z art. 121 i 122 O.p. W zarzutach tych podjęto w istocie powtórną polemikę z przyjętą w wyroku wykładnią przepisów prawa materialnego, nie przytaczając jednak argumentów mogących wskazywać na naruszenie cytowanego przepisu postępowania sądowoadministracyjnego.

6.3.1. Przepis art. 141 § 4 p.p.s.a. stanowi, że uzasadnienie wyroku powinno zawierać zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie, a jeżeli w wyniku uwzględnienia skargi sprawa ma być ponownie rozpatrzona przez organ administracji, uzasadnienie powinno ponadto zawierać wskazania co do dalszego postępowania. Uzasadnienie zaskarżonego wyroku zawiera wszystkie wymagane prawem elementy. Błędny jest zarzut, że nie wyjaśnia ono podstaw prawnych rozstrzygnięcia, skoro w końcowym akapicie wskazano, że podstawę prawną rozstrzygnięcia stanowi art. 151 p.p.s.a. To, że strona wnosząca skargę kasacyjną kwestionuje kierunek przyjętego rozstrzygnięcia nie uprawnia do stawiania zarzutu, że jego podstawy prawnej nie wskazano. Zagadnienia związane z zasadami rozliczenia dotacji i określaniem dochodu przy wielości źródeł przychodów należą do prawa materialnego i w zakresie, w jakim obejmowały je postawione w skardze kasacyjnej zarzuty znajdujące podstawę w art. 174 pkt 1 p.p.s.a., zostały przez Naczelny Sąd Administracyjny zbadane.

Kwestia zakwalifikowania określonych wydatków jako mających związek z przychodami z określonego źródła przychodów dotyczy ustalenia podstawy faktycznej rozstrzygnięcia podatkowego (choć nie można wykluczyć pojawienia się tu także zagadnień materialnoprawnych). Należy mieć zatem na względzie, że zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. jako samodzielnej podstawy kasacyjnej może być skutecznie postawiony w dwóch przypadkach: (a) gdy uzasadnienie wyroku nie zawiera wszystkich elementów, wymienionych w tym przepisie i (b) gdy w ramach przedstawienia stanu sprawy, wojewódzki sąd administracyjny nie wskaże, jaki i dlaczego stan faktyczny przyjął za podstawę orzekania (por. uchwała NSA z dnia 15 lutego 2010 r., sygn. akt II FPS 8/09, publ. Lex nr 552012, wyrok NSA z dnia 20 sierpnia 2009 r., sygn. akt II FSK 568/08, publ. Lex nr 513044). Naruszenie to musi być przy tym na tyle istotne, aby mogło mieć wpływ na wynik sprawy (art. 174 pkt 2 p.p.s.a.). Za jego pomocą nie można jednak skutecznie zwalczać prawidłowości przyjętego przez sąd stanu faktycznego czy też stanowiska sądu co do wykładni bądź zastosowania prawa materialnego. Ustalenia stanu faktycznego podważać można za pomocą zarzutu naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ p.p.s.a. w powiązaniu z odpowiednimi przepisami postępowania administracyjnego, zaś podstawę prawną rozstrzygnięcia - za pomocą zarzutu naruszenia prawa materialnego (w ramach podstawy wskazanej w art. 174 pkt 1 p.p.s.a.), ewentualnie poprzez zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. a/ p.p.s.a. w powiązaniu z przepisami prawa materialnego (por. w.w. uchwała z dnia 15 lutego 2010 r. i wyrok NSA z dnia 18 lutego 2009 r., sygn. akt I GSK 450/08, publ. Lex nr 516681, wyroki NSA: z dnia 5 października 2010 r., sygn. akt II FSK 809/09, z dnia 8 października 2010 r., sygn. akt II FSK 935/09, publ. http:// nsa.gov.pl).

W zaskarżonym wyroku Sąd pierwszej instancji odniósł się aprobująco do stanu faktycznego przyjętego przez organy podatkowe, toteż wskazana w skardze kasacyjnej podstawa zarzutu w postaci art. 141 § 4 p.p.s.a. nie jest prawidłowa.

Niezależnie jednak od tego, Naczelny Sąd Administracyjny akceptuje przedstawiony w zaskarżonym wyroku i oparty na orzecznictwie NSA pogląd o niedopuszczalności wiązania wydatków na PFRON z działalnością statutową podatnika korzystającego ze zwolnienia przewidzianego w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. oraz uznawania takich wydatków za "podatki nie stanowiące kosztu uzyskania przychodów" w rozumieniu art. 17 ust. 1b u.p.d.o.p. Zakresem znaczeniowym tego ostatniego pojęcia nie mogą być także objęte odsetki za zwłokę z tytułu nieterminowych wpłat należności budżetowych. Na marginesie można tu dodać, że odsetki takie na mocy art. 16 ust. 1 pkt 21 u.p.d.o.p. nie mogą być także uważane za koszty uzyskania przychodów. Zbudowany w oparciu o twierdzenia przeciwne zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. należy więc uznać za chybiony.

6.3.2. Zarzut nieuwzględnienia skargi na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ p.p.s.a. wobec naruszenia przez organy podatkowe art. 121 i art. 122 O.p., przez niedołożenie należytych starań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i rozstrzyganie wątpliwości na niekorzyść podatnika, jest o tyle niezrozumiały, że w uzasadnieniu skargi kasacyjnej nie wyjaśniono, jakie dowody i na jakie okoliczności należało jeszcze w sprawie przeprowadzić. Stosowanie przez organy podatkowe zasady in dubio pro fisco jest zresztą nader wątpliwe, skoro organy te po prostu przedstawiły określoną wykładnię przepisów prawa podatkowego, zaakceptowaną następnie przez Sąd pierwszej instancji. Okoliczność, że wykładnia ta nie odpowiadała interesom podatnika nie uprawnia do formułowania zarzutu o jej tendencyjności, niezależnie od tego, że w toku postępowania sądowoadministracyjnego wykładnia ta w istotnej części została ostatecznie uznana za nieprawidłową.

6.3.3. Zarzut naruszenia przez WSA w Łodzi art. 145 § 1 pkt 1 lit. a/ p.p.s.a. nie jest trafny w tym sensie, że skoro Sąd pierwszej instancji nie dopatrzył się naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, przepisu tego nie mógł zastosować. Przyjęte przez WSA w Łodzi stanowisko odnośnie do wykładni i zastosowania prawa materialnego mogło być skutecznie zwalczane – i było zwalczane – postawionymi w skardze kasacyjnej zarzutami naruszenia prawa materialnego, a nie zarzutami naruszenia przepisu postępowania określającego sposób rozstrzygania w przypadku stwierdzenia przez WSA naruszenia prawa materialnego.

6.4. Z uwagi na to, że Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, iż zaskarżony wyrok WSA w Łodzi narusza prawo materialne, działając w oparciu o podstawę z art. 185 § 1 p.p.s.a. uwzględnił skargę kasacyjną, uchylił ten wyrok w całości i przekazał sprawę temu Sądowi do ponownego rozpoznania. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 203 pkt 1 p.p.s.a. w związku z § 2 ust 1 pkt 1 lit. e/ w związku z § 2 ust. 2 pkt 1 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 2 grudnia 2003 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz szczegółowych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z urzędu (Dz. U. Nr 212, poz. 2075).

Ponownie rozpoznając sprawę, WSA w Łodzi uwzględni wykładnię prawa dokonaną przez Naczelny Sąd Administracyjny i rozważy, jakie znaczenie w kontekście zasad opodatkowania p.d.o.p., określonych w art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. oraz zasad zwolnienia od podatku dochodu j.b.r. przeznaczonych na cele statutowe określonych w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. miały ewentualne uchybienia w prowadzeniu ewidencji podatkowej w sposób odrębny dla każdego ze źródła przychodów. Sąd ten weźmie także pod uwagę, że wiążąca go wykładnia prawa, dokonana przez Naczelny Sąd Administracyjny, odnosi się także do tych zagadnień, które przy pierwotnym rozpoznaniu sprawy w ocenie sądu kasacyjnego rozstrzygnięte były prawidłowo.