Wyrok NSA, sygn. akt I FSK 1065/13
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2014-09-26 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Oddalono skargę kasacyjną
Powołane przepisy: article: art. 121 par. 1, art. 122, art. 187, art. 188
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.
article: par. 48 ust. 3, par. 50 ust. 1
journal: Dz.U. 2002 nr 27 poz 268
law: Rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Barbara Wasilewska, Sędzia NSA Sylwester Marciniak, Sędzia NSA Roman Wiatrowski (sprawozdawca), Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 26 września 2014 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej K. M. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 8 lutego 2013 r. sygn. akt I SA/Łd 866/12 w sprawie ze skargi K. M. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w L. z dnia 16 maja 2012 r. nr [...] w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za styczeń 2004 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od K. M. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w L. kwotę 1800 (jeden tysiąc osiemset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd tok postępowania przed organami podatkowymi.

1.1. Wyrokiem z 8 lutego 2013 r., sygn. akt: I SA/Łd 866/12 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi oddalił skargę K. M. (dalej: "strona", "skarżący") na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w L. z dnia 16 maja 2012 r., nr [...] w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za styczeń 2004 r.

1.2. Przedstawiając stan sprawy Sąd pierwszej instancji podał, że mając na uwadze treść wyroku tego Sądu z dnia 2 kwietnia 2008 r., sygn. akt: I SA/Łd 1266/07, w wyniku ponownego rozpatrzenia sprawy Dyrektor Izby Skarbowej w L. decyzją z dnia 28 maja 2010 r. uchylił decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. z dnia 21 maja 2007 r.

Rozpoznając sprawę ponownie organ pierwszej instancji w decyzji z dnia 13 października 2011 r. zakwestionował prawo do odliczenia podatku naliczonego określonego w fakturach wystawionych m.in. przez Z.F. uznając, że podmiot ten nie był uprawniony do wystawiania faktur VAT.

Decyzją z dnia 16 maja 2012 r. Dyrektor Izby Skarbowej w L., po rozpatrzeniu odwołania skarżącego od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. z dnia 13 października 2011 r. określającej za styczeń 2004 r. kwotę zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług uchylił decyzję organu pierwszej instancji i określił za wskazany okres zobowiązanie podatkowe w wysokości 15.897 zł.

Organ wskazał, że skarżący w toku kontroli podatkowej, a następnie postępowania podatkowego nie przedstawił dokumentacji, na której podstawie sporządził rozliczenie. Przyczyny, które spowodowały taką sytuację, nie miały istotnego znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy. Istotny pozostawał bowiem fakt, że wykazany w złożonej deklaracji VAT-7 podatek naliczony nie został ustalony na podstawie faktur, faktur korygujących albo ich duplikatów. Dyrektor Izby Skarbowej zaznaczył, że brak dokumentów źródłowych podczas czynności kontrolnych oraz prowadzonego postępowania podatkowego był dostateczną podstawą do sformułowania wniosku dotyczącego nierzetelności deklaracji VAT-7 w części dotyczącej podatku naliczonego. Organ odwoławczy zaznaczył przy tym, że bez wpływu na wynik sprawy pozostawała okoliczność niewyjaśnienia przez organ pierwszej instancji, dlaczego kontrahenci podatnika nie dostarczyli duplikatów faktur, a jedynie kopie. Organ odwoławczy stwierdził, iż podstawą zakwestionowania prawa do odliczenia podatku VAT z faktur wystawionych przez Z. F. było ich wystawienie przez niezarejestrowanego podatnika, a nie brak możliwości przeprowadzenia postępowania kontrolnego u kontrahenta podatnika.

W ocenie organu drugiej instancji, zaskarżone rozstrzygnięcie należało jednakże uchylić, gdyż organ pierwszej instancji nie zastosował się w pełni do uwag i wytycznych zawartych zarówno w decyzji kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w L. z dnia z dnia 28 maja 2010 r., jak i w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego z dnia 2 kwietnia 2008 r., przy ocenie dowodów w postaci faktur wystawionych przez J. S. W celu wyjaśnienia stanu faktycznego związanego z kopiami faktur wystawionych przez J. S. Naczelnik Urzędu Skarbowego w P. dwukrotnie wzywał G. S. (żonę zmarłego J. S.). W odpowiedzi na powyższe wezwania G. S. oświadczyła, że ze względu na znaczny upływ czasu od śmierci męża nie dysponuje jakąkolwiek dokumentacją, która mogłaby potwierdzać dokonywanie transakcji na rzecz K. M., a także dowodami świadczącymi o podejmowanych próbach uzyskania duplikatów faktur. Dokumenty te – jak wskazał organ - w postaci w jakiej zostały przedstawione nie uprawniały do odliczenia podatku naliczonego, bowiem nie są to ani oryginały, ani duplikaty, a jedynie kopie faktur. Podatnik podejmował również inicjatywę w odtworzeniu faktur wystawionych przez J. S. Z przedłożonego przez podatnika oświadczenia G. S. wynikało, że jako spadkobierczyni po zmarłym mężu nie jest z przyczyn - w jej ocenie - formalnych uprawniona do wystawienia duplikatów faktur. Wobec tego za zasadne organ drugiej instancji uznał przyjęcie do rozliczenia podatku naliczonego określonego w dokumentach wystawionych przez J. S. i ponowne rozliczenie podatku od towarów i usług za styczeń 2004 r.

2. Skarga do Sądu pierwszej instancji.

2.1. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, skarżący wniósł o uchylenie powyższej decyzji i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania organowi pierwszej instancji oraz o zasądzenie kosztów procesu według norm przepisanych zarzucając naruszenie:

I. przepisów prawa materialnego, tj.:

- art. 10 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993r. o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym ( Dz.U. Nr 11, poz. 50 zez zm.; dalej powoływana jako "ustawa o VAT z 1993 r." w zw. z art. 21 § 3 i 3a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 1997 r., Nr 137, poz. 926 ze zm. - dalej: "O.p.")., polegające na wydaniu decyzji określającej nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym oraz wysokość zobowiązania podatkowego w podatku VAT za miesiąc styczeń 2004 r., mimo wskazania prawidłowej wysokości nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w deklaracji VAT – 7 złożonej przez skarżącego za miesiąc styczeń 2004 r.;

- art. 19 ust. 1 i 2 ustawy o VAT z 1993 r., poprzez przyjęcie, że w sytuacji gdy sprzedawca nie jest zarejestrowanym podatnikiem VAT nabywcy nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego;

- błędną wykładnię art. 19 ust. 1 i 2 ustawy o VAT z 1993 r. w zw. z § 48 ust. 3 oraz § 50 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. z 2002 r., nr 27, poz. 268 ze zm. – dalej: "rozporządzenie MF z 2002 r.), poprzez przyjęcie, iż warunkiem skorzystania przez podatnika podatku od towarów i usług z prawa odliczenia podatku naliczonego wynikającego z oryginałów faktur lub ich duplikatów jest wymóg posiadania do końca terminu przedawnienia dokumentacji uprawniającej do odliczenia nawet w przypadku kradzieży i obiektywnej niemożności uzyskania duplikatów faktur od kontrahentów;

- § 49 ust. 1 rozporządzenia MF z 2002 r. poprzez przyjęcie, iż podatnik był obowiązany do uzyskania duplikatów skradzionych oryginałów faktur od wystawców faktur nie później niż do czasu zakończenia postępowania podatkowego, podczas gdy z treści tego przepisu wynika jedynie, że sprzedawca wystawia na wniosek nabywcy duplikat faktury bez wskazania terminu w jakim nabywca może się zwrócić do wystawcy z wnioskiem o wystawienie duplikatu oryginału faktury;

II. przepisów postępowania, tj.: art. 121, 122 oraz art. 187 § 1, art. 188, art. 191 O.p. polegające na:

- nieprawidłowym przeprowadzeniu postępowania dowodowego z naruszeniem zasad proceduralnych, co w konsekwencji spowodowało, iż organ wydał decyzję bez wszechstronnego rozważenia zebranego w sprawie materiału dowodowego;

- dowolną ocenę zebranego w sprawie niekompletnego materiału dowodowego;

- zaniechanie przez organy podatkowe przed upływem terminów uprawniających podatnika do zniszczenia dokumentów księgowych kontroli tychże u kontrahentów skarżącego, mimo złożonego przezeń stosownego wniosku, co uniemożliwiło potwierdzenie stanowiska skarżącego w zakresie dokonanych transakcji i wystawionych tę okoliczność faktur VAT;

- art. 153 P.p.s.a. polegające na niezastosowaniu się do wytycznych WSA zobowiązujących organ do wyjaśnienia, czy podatnik podejmował się uzyskania duplikatów faktur.

2.2. W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej wniósł o oddalenie skargi, nie znajdując podstaw do zmiany zajętego w sprawie stanowiska.

3. Uzasadnienie rozstrzygnięcia Sądu pierwszej instancji.

3.1. Wojewódzki Sąd Administracyjny na wstępie swoich rozważań przypomniał, że jest związany ustaleniami i oceną prawną wyrażoną w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 2 kwietnia 2008 r. o sygn. akt I SA/Łd 1266/07 oraz wyroku NSA z dnia 10 grudnia 2009 r., sygn. akt: I FSK 1446/08. Zdaniem Sądu pierwszej instancji, organ odwoławczy w zaskarżonej decyzji zastosował się do wskazań zawartych w tymże wyroku. W tym zakresie wskazał, że Naczelnik Urzędu Skarbowego pismem z dnia 3 września 2010 r. wezwał podatnika do przedłożenia oryginałów dokumentów potwierdzających dokonane zakupy w okresie styczeń – czerwiec 2004 r., w tym wystawionych przez A. S., M. P. oraz O. s.c., których kserokopie (oryginałów faktur i duplikatów faktur) znajdują się w aktach sprawy. Organ wyjaśnił także dlaczego skarżący nie mógł uzyskać duplikatów faktur od J. S. (ze względu na jego śmierć), a okoliczność tą uwzględnił na korzyść podatnika. Dalej Sąd wyjaśnił, że skarżący pomimo wezwania do przedłożenia duplikatów spornych faktur, nie przedstawił wskazanej dokumentacji, wbrew twierdzeniom skargi, nie wykazał też, aby czynił starania, poza próbą uzyskania duplikatów faktur wystawionych przez J. S., w ich pozyskaniu od pozostałych kontrahentów. Powyższe zaś w ocenie Sądu uprawniało organ do odmowy uwzględnienia w rozliczeniu podatku naliczonego wynikającego z dokumentów przedstawionych przez skarżącego oraz z wyjaśnienia, dlaczego wystawcy nie dostarczyli podatnikowi wnioskowanych duplikatów i dlaczego podatnik posługiwał się ich kopiami. W konsekwencji przyjęcia przez WSA, że podstawą odliczenia VAT mogą stanowić tylko oryginały faktur lub ich duplikaty, organy zasadnie zdaniem Sądu odmówiły poprzednio uznanego prawa do tego odliczenia wynikającego z przedłożonych przez skarżącego kopii niektórych faktur, co wpłynęło na podwyższenie wysokości zobowiązania.

Sąd zaznaczył także, odwołując się do wyroku I SA/Łd 1266/07, że posiadanie oryginałów lub duplikatów faktur jest konieczne do odliczenia podatku naliczonego nie tylko w momencie dokonywania tej czynności lecz także do przez kolejnych 5 lat licząc od końca roku, w którym wystawiono fakturę, stanowiąc jedyny sposób na uchronienie się podatnika, w razie późniejszej kontroli, przed zakwestionowaniem przez organy podatkowe dokonanego odliczenia. Sąd za nieuzasadniony uznał również zarzut naruszenia § 48 rozporządzenia MF z 2002 r. Zdaniem Sądu nie ma znaczenia, że w treści tego przepisu nie wskazano terminu, w którym podatnik może zwrócić się do wystawcy z wnioskiem o ponowne wystawienie zagubionej lub utraconej faktury, bowiem to w interesie podatnika jest posiadanie tych dokumentów aż do upływu terminu przedawnienia zobowiązania.

W odniesieniu do faktur wystawionych przez Z. F. Sąd pierwszej instancji wskazał, że jest związany oceną prawną wyrażoną przez WSA w Łodzi w wyroku z dnia 2 kwietnia 2008 r., sygn. akt I SA/Łd 1266/07, który stwierdził, że tylko zarejestrowani podatnicy, posiadający numer identyfikacji podatkowej lub posługujący się numerem tymczasowym, mogli wystawiać faktury oznaczone wyrazami "FAKTURA VAT", co właśnie prowadzi do wniosku, że podatnicy nie zarejestrowani nie byli do tego uprawnieni. Wobec tego Wojewódzki Sąd Administracyjny uznał, że odliczenie podatku naliczonego wynikającego z przedstawionych przez skarżącego faktur (duplikatów) wystawionych przez Z. F. mogło zostać zakwestionowane bez potrzeby wyjaśniania, czy dokumenty te są duplikatami, czy też kopiami. WSA za błędny uznał też zarzut niewyjaśnienia, czy Z. F. nie był w ogóle czynnym podatnikiem podatku VAT, bowiem z niebudzącej wątpliwości odpowiedzi urzędu skarbowego wynikało bowiem, iż nie był on zarejestrowanym podatnikiem tego podatku w jakimkolwiek czasie.

4. Skarga kasacyjna.

4.1. Strona zaskarżyła powyższy wyrok w całości zarzucając Sądowi pierwszej instancji naruszenie:

I. art. 3 § 1 ustawy dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2012 r., poz. 270 ze zm. – dalej: "P.p.s.a.") w zw. z:

- art. 153 P.p.s.a., poprzez niepodjęcie należytej kontroli administracji, polegające na zaniechaniu dogłębnego zbadania prawidłowości zastosowania się przez organ podatkowy do wskazań Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi, zawartych w wyroku oraz utrzymanie w mocy decyzji organu II instancji w sytuacji, gdy nie ustalono, że skarżący nie czynił należytych starań w celu uzyskania stosownych dokumentów potrzebnych do wykazania prawidłowości obliczenia kwoty naliczonego podatku;

- art. 187 § 1 i z art. 122 O.p. polegające na przyjęciu, iż w niniejszej sprawie organy podatkowe zadośćuczyniły swoim obowiązkom w zakresie wyczerpującego skompletowania materiału dowodowego przy wykorzystaniu wszelkich dostępnych środków, podczas gdy z zebranego materiału dowodowego wynika, że organy podatkowe zaniechały tego obowiązku, a także w zw. z;

- art. 188 O.p. polegające na przyjęciu, że organy podatkowe nie działały wbrew obowiązkowi uwzględnienia wniosku dowodowego skarżącego, w sytuacji gdy przedmiotem dowodu były okoliczności mające znaczenie dla sprawy, a nie zostały one wystarczająco stwierdzone innym dowodem, oraz w zw. z;

- art. 121 § 1 O.p. poprzez przyjęcie, że postępowanie podatkowe w niniejszej sprawie było prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, podczas całkowita bierność organów podatkowych w zbieraniu materiału dowodowego, przy jednoczesnym wywodzeniu z tego faktu niekorzystnych dla skarżącego wniosków, przeczy takiemu twierdzeniu;

II. art. 106 § 3 P.p.s.a. polegające na zaniechaniu przeprowadzenia uzupełniającego dowodu z dokumentów w sytuacji, gdy było to niezbędne dla wyjaśnienia istotnych wątpliwości, rzutujących na rozstrzygnięcie w przedmiocie legalności zaskarżonej decyzji;

III. art. 145 § 1 pkt 1 a) i c) P.p.s.a. poprzez nieuwzględnienie skargi podatnika w sytuacji, gdy istniały liczne nieprawidłowości w przeprowadzaniu postępowania przez organy podatkowe, w szczególności doszło do naruszenia:

- art. 10 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r. w zw. z art. 21 § 3 i 3a O.p. polegające na wydaniu decyzji określającej nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym oraz wysokość zobowiązania podatkowego w podatku VAT za miesiąc objęty zaskarżoną decyzją, mimo wskazania prawidłowej wysokości nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w deklaracji VAT-7 złożonej przez skarżącego za rzeczony miesiąc;

- art. 19 ust. 1 i 2 ustawy o VAT z 1993 r. poprzez przyjęcie, że w sytuacji gdy sprzedawca nie jest zarejestrowanym podatnikiem VAT, nabywcy nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego;

- błędną wykładnię art. 19 ust. 1 i 2 ustawy o VAT z 1993 r. w zw. z § 48 ust. 3 oraz § 50 ust. 1 rozporządzenia MF z 2002 r. poprzez przyjęcie, iż warunkiem skorzystania przez podatnika podatku od towarów i usług z prawa odliczenia podatku naliczonego wynikającego z oryginałów faktur lub ich duplikatów jest wymóg posiadania do końca terminu przedawnienia dokumentacji uprawniającej do odliczenia nawet w przypadku kradzieży i obiektywnej niemożności uzyskania duplikatów faktur od kontrahentów, co stanowi ograniczenia prawa podmiotowego podatnika wynikającego z art. 19 ust. 1 ustawy o VAT z 1993r.;

- § 49 ust. 1 rozporządzenia MF z 2002 r. poprzez przyjęcie, że podatnik był obowiązany do uzyskania duplikatów skradzionych oryginałów faktur nie później niż do czasu zakończenia postępowania podatkowego, podczas gdy z treści ww. przepisu wynika jedynie, że sprzedawca wystawia na wniosek nabywcy duplikat faktury bez wskazania terminu jakim nabywca może się zwrócić do wystawcy z wnioskiem o wystawienie duplikatu oryginału faktury;

4.2. Przy tak sformułowanych zarzutach strona wniosła o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania oraz zasądzenie od organu podatkowego na rzecz skarżącego kosztów postępowania kasacyjnego, wraz z kosztami zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.

4.3. W odpowiedzi na skargę kasacyjną Dyrektor Izby Skarbowej wniósł o jej oddalenie i zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego.

5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.

5.1. Skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.

5.2. Sformułowane zarzuty kasacyjne autor środka zaskarżenia oparł wyłącznie na podstawie określonej w art. 174 pkt 2 P.p.s.a. - odnoszącej się do naruszenia przepisów postępowania. Mając na uwadze argumentacje strony przedstawioną na ich poparcie należy stwierdzić, że przedmiot sporu, zakreślony sformułowanymi w skardze kasacyjnej zarzutami, koncentrował się zasadniczo wokół kwestii oceny prawidłowości zastosowania się przez organy podatkowe do wskazań Sądu wyrażonych w wyroku z dnia 2 kwietnia 2008 r., sygn. akt I SA/Łd 1266/07.

Należy zatem przypomnieć, że ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie ten sąd oraz organ, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia (art. 153 P.p.s.a.). Związanie oceną prawną, o której mowa w przywołanym przepisie dotyczy zarówno organu administracji publicznej, jak i sądu (por. Jagielska, Jagielski, Stankiewicz [w:] R. Hauser, M. Wierzbowski (red.) Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, Komentarz, C.H. BECK, Warszawa 2013 r., s. 592). Kontrola rozstrzygnięcia wydanego po ponownym rozpoznaniu sprawy sprowadza się do oceny, czy organ podporządkował się wskazanym wytycznym i ocenie prawnej wyrażonej przez sąd, gdyż jest głównym kryterium poprawności nowowydanej decyzji (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 20 kwietnia 2011 r. II OSK 729/10). Na aprobatę zasługuję również stanowisko, że niezgodnym z zasadami porządku prawnego obowiązującego w demokratycznym państwie prawnym, do których zalicza się także pewność i stabilność stosunków prawnych, a także z art. 153 P.p.s.a. byłby podważenie stanowiska zawartego w prawomocnym wyroku wojewódzkiego sądu administracyjnego przy rozpatrywaniu skargi kasacyjnej od innego wyroku przy niezmienionym stanie faktycznym i prawnym (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 20 stycznia 2006 r. I FSK 505/05).

Nie ulega zatem wątpliwości, że w prawomocnym wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnemu w Łodzi z dnia 2 kwietnia 2008 r. zawarto ocenę prawną i wskazania co do dalszego postępowania, które wiążą nie tylko organ odwoławczy i Sąd pierwszej instancji, ale także i Naczelny Sąd Administracyjny. W treści uzasadnienia tego wyroku Sąd wyraźnie wskazał, co było powodem uchylenia zaskarżonej decyzji organu odwoławczego. Przypomnieć jedynie należy, że Sąd ten negatywnie ocenił tylko cześć postępowania podatkowego przeprowadzonego przez organ odwoławczy, bowiem uznał, iż konieczne było poinformowanie skarżącego, że przedstawienie kopii faktur było niewystarczające do odliczenia wynikającego z nich podatku naliczonego i niezbędnym było wezwanie go do złożenia duplikatów tych faktur. Podniósł również, że organ winien był wyjaśnić, dlaczego wystawcy nie dostarczyli wnioskowanych duplikatów, a jedynie ich kopie. W świetle tych okoliczności, na wstępie uzasadnienia prawnego przywołanego wyroku podkreślono, że skarga jest uzasadniona, ale jedynie w zakresie naruszenia art. 122 i art. 187 O.p. W odniesieniu natomiast do reszty zarzutów skargi, dotyczących w szczególności zarzuconych naruszeń prawa materialnego Sąd pierwszej instancji w wyroku I SA/Łd 1266/07 uznał, że są one bezzasadne szeroko uzasadniając taką ocenę.

W tym zakresie należy zwrócić chociażby uwagę, że dokonując wykładni art. 19 ust.1 i 2, art. 32 ustawy o VAT z 1993 r. oraz § 48 ust. 1-3 oraz § 49 rozporządzenia MF z 2002 r. Sąd ten w przywołanym wyroku stwierdził, że zasadniczym warunkiem odliczenia podatku naliczonego jest posiadanie przez podatnika oryginału faktury zakupu lub jej duplikatu wystawionego na wniosek podatnika na wypadek zniszczenia lub zaginięcia oryginału. Sąd nie zgodził się ze skarżącym, że wystarczające jest posiadanie tych dokumentów w momencie dokonywania odliczenia podatku naliczonego uznając, iż posiadanie oryginałów lub duplikatów faktur konieczne jest także później, aż do upływu okresu 5 lat, licząc od końca roku, w którym wystawiono fakturę, a więc do upływu terminu określonego w § 50 rozporządzenia.

5.3. Istotne dla tej sprawy pozostaje zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego również to, że skargę kasacyjną od wskazanego wyżej wyroku WSA z dnia 2 kwietnia 2008 r. złożył tylko organ odwoławczy, zarzucając naruszenie art. 122 i 187 O.p., poprzez błędne uznanie, iż organ w toku postępowania podatkowego naruszył je w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy. Z uwagi natomiast na okoliczność, że Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 10 grudnia 2009 r., sygn. akt: I FSK 1446/08 oddalił skargę kasacyjną organu, wyrok Sądu pierwszej instancji - sygn. akt. I SA/Łd 1266/07 uprawomocnił się i zyskał moc wiążącą wobec organów i sądów orzekających w tej sprawie w odniesieniu do całej swojej treści.

5.4. Zarzucając natomiast we wniesionym środku zaskarżenia naruszenie art. 3 § 1 w zw. z art. 153 P.p.s.a, oraz w zw. z art. 121 § 1, 122, 187 § 1 i art. 188 O.p., jego autor argumentował, że w trakcie kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, jak i postępowania sądowadministracyjnego informował organ podatkowy, iż utracił w okolicznościach całkowicie od niego niezależnych w związku z kradzieżą oryginały dokumentów. Sygnalizował, że podejmował wszelkie możliwe próby w celu uzyskania duplikatów zakwestionowanych faktur. Z uwagi na nieskuteczność tych działań, skarżący skierował do organów podatkowych wniosek by te zażądały od jego kontrahentów przedstawienia stosownych duplikatów faktur. Tymczasem zauważyć należy, że taka postawa skarżącego stoi w opozycji do twierdzeń organu odwoławczego, że skarżący nie wywiązał się z wezwania organu pierwszej instancji do przedłożenia oryginałów dokumentów potwierdzających dokonane zakupy w okresie styczeń – czerwiec 2004 r. Zarzucone w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia przez Sąd pierwszej instancji dokonania właściwej kontroli przeprowadzonego postępowania podatkowego, a właściwie prowadzonego w jego ramach postępowania dowodowego, odnoszą się więc w istocie do zagadnienia ciężaru dowodu w postępowaniu podatkowym.

Tymczasem w niniejszej sprawie obowiązek posiadania odpowiedniej dokumentacji wynikał bezpośrednio z przepisów prawa, zgodnie z ich wykładnią dokonaną w wyroku w sprawie I SA/Łd 1266/07.

Przepis § 50 ust. 1 rozporządzenia MF z 2002 r. stanowił, że podatnicy są obowiązani przechowywać oryginały i kopie faktur, faktur korygujących i not korygujących, a także duplikaty tych dokumentów w okresie 5 lat, licząc od końca roku, w którym wystawiono fakturę, fakturę korygującą lub notę. Skutki utraty przez podatnika jego dokumentacji księgowej w sytuacji braku niezwłocznych działań podatnika zmierzających do jej odtworzenia, nie mogą obciążać organów podatkowych, poprzez obligowanie ich do działań zmierzających do poszukiwania tej dokumentacji, której posiadanie przez podatnika jest niezbędne dla udokumentowania jego uprawnienia podatkowego. Obowiązek przechowywania dokumentacji księgowej oraz jej odtwarzania w celach dowodowych w przypadku jej utraty ciąży na podatniku, a w przypadku stwierdzenia przez organ podatkowy - w ramach toczącego się postępowania - zwłoki w tym zakresie, skutkującej trudnościami w pozyskaniu stosownych duplikatów utraconych dokumentów, nie przeradza się w obowiązek ciążący na tym organie (por. prawomocny wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 22 listopada 2010 r. I SA/Kr 933/10). Dlatego też w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego Sąd pierwszej instancji prawidłowo stwierdził, że organ odwoławczy zastosował się w zaskarżonej decyzji do wskazań zawartych w wyroku I SA/Łd 1266/07 .

Ponadto stanowisko skarżącego, że podjął on wszystkie będące w jego mocy kroki celem uzyskania duplikatów faktur, pozostaje w sprzeczności z zebranym w sprawie materiałem dowodowym. Mimo wezwania przez organ pierwszej instancji do przedstawienia stosownej dokumentacji, skarżący nie wypełnił tego polecenia. Skarżący podniósł bowiem, że: "zgodnie z art. 74 ustawy z dnia 29 września 2004 r. o rachunkowości obowiązek przechowywania dokumentów księgowych (faktur) objęty jest okresem 5 lat. W związku z czym brak dokumentów dotyczących zakupów za okres styczeń 2004 r. – czerwiec 2004 r. nie może wywoływać dla podatnika żadnych negatywnych skutków prawnych w postaci wskazanego przez organ podatkowy braku prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z żądanych przez organ dokumentów – przepisy prawa takiego obowiązku, bowiem nie nakładają."

W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego zestawiając powyższe twierdzenia z argumentacją zawartą w skardze kasacyjnej, w szczególności dotyczące tego, że skarżący podejmował wszelkie będące w jego mocy kroki celem uzyskania duplikatów faktur, uznać je należy za nieuprawnione. Z akt sprawy wynika bowiem, ze postawa skarżącego w toku powtórnego postępowania podatkowego była z goła odmienna, tj. stanął on na stanowisku, że brak dokumentów nie może dla niego wywoływać żadnych negatywnych skutków prawnych.

Skarżący powinien sobie zdawać sprawę, że jego bierność nie może być usprawiedliwiona ciążącymi na organach obowiązkami, skoro Sąd w wyroku I SA/Łd 1266/07 wskazał wyraźnie materialnoprawną podstawę, z której wynikał obowiązek posiadania wyżej wskazanych faktur. Sąd ten zwrócił także na regulację przepisów postępowania podatkowego, tj. art. 86 § 1 O.p. zgodnie z którą podatnicy obowiązani do prowadzenia ksiąg podatkowych i przechowują księgi oraz związane z ich prowadzeniem dokumenty do czasu upływu okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Sąd ten wskazał wreszcie, że leżący obowiązek dowodzenia na organach nie jest nieograniczony.

Z powyższych względów należało uznać, że zarzuty naruszenia art. 3 § 1 w zw. z art. 153 P.p.s.a, oraz w zw. z art. 121 § 1, 122, 187 § 1 i art. 188 O.p. były nieuzasadnione.

5.5. Z uwagi na powyższe nie można było również podzielić zasadności zarzutu dotyczącego naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c/ P.p.s.a. Ocena zasadności tegoż zarzutu była bowiem ściśle związana z pozostałymi sformułowanymi w skardze kasacyjnej przepisami proceduralnymi, które zostać miały naruszone przez organy podatkowej w toku prowadzonego postępowania.

5.6. Za całkowicie nieuzasadniony należało uznać zarzut naruszenia art. 106 § 3 P.p.s.a. Uzasadniając ten zarzut autor skargi kasacyjnej jedynie ogólnie podniósł, że "przeprowadzenie stosownych dowodów z dokumentów mogłoby pozwolić Skarżącemu na wykazanie, iż w sposób prawidłowy dokonał wyliczenia podatku". Autor skargi kasacyjnej nie wyjaśnił jednak jaki konkretnie dowód Sąd powinien przeprowadzić. Z całokształtu uzasadnienia skargi kasacyjnej domniemywać natomiast można, że skarżący oczekiwał od Sądu przeprowadzenia dowodów z dokumentów znajdujących się u jego kontrahentów.

Mając powyższe na uwadze należy podkreślić, że zakres postępowania dowodowego przed sądem administracyjnym jest bardzo ograniczony. Wynika to z tego, że sądy administracyjne zajmują się kontrolą działań administracji - nie orzekają więc merytorycznie i nie dokonują żadnych ustaleń faktycznych w kontrolowanej sprawie. Zasadniczo, zarówno wojewódzkie sądy administracyjne, jak i Naczelny Sąd Administracyjny, nie mogą dokonywać ustaleń, mających służyć merytorycznemu rozstrzygnięciu sprawy załatwionej przed organem administracji. Sąd administracyjny może dokonywać jedynie ustaleń, służących mu przy ocenie zgodności z prawem zaskarżonego aktu lub czynności. Prowadzenie postępowania dowodowego przed wojewódzkimi sądami administracyjnymi i przed Naczelnym Sądem Administracyjnym ma charakter wyjątkowy i w zdecydowanej większości przypadków ogranicza się do badania akt sprawy (por. H. Knysiak-Molczyk, Skarga kasacyjna w postępowaniu sądowoadministracyjnym, Warszawa 2009, s. 332-337). Sąd może przeprowadzić uzupełniające postępowanie dowodowe, w oparciu jedynie o dowody z dokumentów, jeżeli jest to niezbędne do wyjaśnienia istotnych wątpliwości i nie spowoduje nadmiernego przedłużenia postępowania w sprawie. Przeprowadzenie dowodu przez sąd nie może więc stanowić uzupełnienia materiału dowodowego zgromadzonego przez organ a umożliwić ma jedynie na dokonanie konfrontacji pomiędzy ocena dokonaną przez organ na podstawie zgromadzonego materiału dowodowego a okolicznościami sprawy (por. R. Mikosz, Pisma stron w postępowaniu przed sądami administracyjnymi, Warszawa 2008, s. 238). Zarzut naruszenia wskazanego przepisu jest też nieskuteczny z podstawowej przyczyny, sąd administracyjny, aby móc przeprowadzić dowód uzupełniający z dokumentu musi być w posiadaniu tego dokumentu. Nie jest natomiast rolą sądu administracyjnego egzekwowanie dokumentów, które znajdują się u jego kontrahentów.

5.7. Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną skarżącego na podstawie art. 184 P.p.s.a.

6. Natomiast o kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono zgodnie z art. 204 pkt 1 i art. 205 § 2 P.p.s.a. oraz § 14 ust. 2 pkt 2 lit. c/ i pkt 1 lit. a/ w zw. z § 6 pkt 5 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 28 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych oraz ponoszenia przez Skarb Państwa kosztów pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego ustanowionego z urzędu (Dz. U. z 2013 r. poz. 490 ze zm.).