Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 828/14
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2014-10-06 00:00:00+02:00 (orzeczenie nieprawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
6560
Hasła tematyczne: Interpretacje podatkowe
Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ: Minister Finansów
Treść wyniku: Oddalono skargę
Powołane przepisy: article: art. 6 art. 12
journal: Dz.U. 2003 nr 188 poz 1840
law: Ustawa z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw
article: art. 17 ust. 1 pkt 34
journal: Dz.U. 2011 nr 74 poz 397
law: Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych - tekst jednolity

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko, Sędziowie sędzia WSA Marek Krawczak, sędzia WSA Elżbieta Olechniewicz (sprawozdawca), Protokolant starszy referent Karol Kodym, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 6 października 2014 r. sprawy ze skargi R. Sp. z o.o. z siedzibą w T. na zmianę interpretacji indywidualnej Ministra Finansów z dnia 13 listopada 2013 r. nr DD10/033/150/MZB/13/RWPD-48654/13/RD-117184/13 w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych oddala skargę


UZASADNIENIE

R. Sp. z o.o. (dalej zwana: Spółką lub Skarżącą) złożyła wniosek o udzielenie interpretacji indywidualnej.

Z opisu stanu faktycznego przedstawionego we wniosku wynika, że Spółka prowadzi działalność gospodarczą na terenie [...] Specjalnej Strefy Ekonomicznej ([...]SSE) na podstawie zezwolenia z dnia 30 grudnia 2000 r. Spółka należy do inwestorów, którym początkowo przysługiwało zwolnienie podatkowe w związku z prowadzeniem działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, nielimitowane wysokością poniesionych wydatków kwalifikowanych w całym okresie ważności zezwolenia. W dniu 1 maja 2004 r., a zatem w momencie wprowadzenia - w związku z akcesją Polski do Unii Europejskiej – zmian dotyczących zasad udzielania i korzystania z pomocy publicznej, Spółka posiadała status małego przedsiębiorcy. Jednocześnie Spółka nie dokonała zmiany posiadanego zezwolenia w trybie art. 6 ustawy z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz.U. nr 188 po z. 1840 ze zm., dalej: ustawa zmieniająca z 2003 r.), czyli tzw. konwersji zezwolenia. Warunki prowadzenia działalności na terenie [...]SSE określone w zezwoleniu obejmują w szczególności: rozpoczęcie działalności na terenie strefy w terminie do dnia 1 czerwca 2003 r.; poniesienie wydatków inwestycyjnych o wartości 8.000.000,00 zł w terminie do 31 grudnia 2004 r.; zatrudnienie co najmniej 45 pracowników na terenie strefy w terminie do dnia 31 grudnia 2004 r. i w latach następnych. W okresie od dnia 31 grudnia 2005r. do dnia 31 grudnia 2010 r. zatrudnienie powinno wynosić 50 pracowników.

Wskazane powyżej warunki zostały przez Spółkę spełnione, co oznacza że Spółka wywiązuje się z warunków uzyskanego zezwolenia.

W związku z tak przedstawionym stanem faktycznym Skarżąca zadała następujące pytanie:

Czy po 31 grudnia 2011 r. Spółka może w dalszym ciągu korzystać ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych według przepisów odnoszących się do małych przedsiębiorców i obowiązujących po dniu akcesji Polski do Unii Europejskiej, w przypadku gdy wartość uzyskanej pomocy publicznej z jakiej skorzystała Spółka według stanu na dzień 31 grudnia 2011r. nie przekroczyła 65% poniesionych wydatków inwestycyjnych?

Zatem, czy dochód Spółki uzyskany po dniu 31 grudnia 2011 r. podlega zwolnieniu przedmiotowemu na zasadach określonych w przepisie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2011 r. Nr 74, poz. 397 ze zm., dalej: u.p.d.o.p.)?

W ocenie Spółki, po dniu 31 grudnia 2011r., będzie ona miała prawo do dalszego korzystania ze zwolnienia w podatku dochodowym od osób prawnych (pomocy publicznej) w okresie ważności zezwolenia (8 sierpnia 2016 r.) na zasadach obowiązujących małych przedsiębiorców od dnia 1 maja 2004 r. (dzień akcesji do Unii Europejskiej). Kalkulując wysokość dostępnego zwolnienia podatkowego po dniu 31 grudnia 2011 r. (limitu zwolnienia przedmiotowego) Spółka uwzględniać będzie pomoc publiczną uzyskaną do dnia 31 grudnia 2011 r. w formie zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych.

Minister Finansów w interpretacji indywidualnej z dnia 11 maja 2012 r. uznał stanowisko Spółki przedstawione w ww. wniosku za prawidłowe i na podstawie art. 14c § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2005r. Nr 8 poz. 60 ze zm., dalej zwana: O.p.) odstąpił od uzasadnienia prawnego dokonanej oceny stanowiska Skarżącej.

Następnie, Minister Finansów działając na podstawie art. 14e O.p., w dniu 13 listopada 2013r. wydał zmianę interpretacji indywidualnej, w której uznał stanowisko Skarżącej za nieprawidłowe.

W uzasadnieniu wyjaśnił, że zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., wolne od podatku są dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ww. ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami.

Zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. Nr 123, poz. 600 ze zm., dalej: ustawa o specjalnych strefach), w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2000 r., dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne oraz osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą mogą być, w drodze rozporządzenia Rady Ministrów, całkowicie zwolnione odpowiednio od podatku dochodowego od osób prawnych i podatku dochodowego od osób fizycznych w okresie równym połowie okresu, na jaki ustanowiona została strefa.

Przepis ten zawierał delegację ustawową, którą kwestie udzielania zwolnień podatkowych i ich szczegółową treść przekazano do uregulowania Radzie Ministrów w drodze rozporządzenia. W dniu uzyskania przez Spółkę zezwolenia, tj. 30 grudnia 2000 r. obowiązywało rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 18 czerwca 1996 r. w sprawie ustanowienia [...] specjalnej strefy ekonomicznej (Dz. U. Nr 88, poz. 397, ze zm., dalej: rozporządzenie z 1996 r.). Na podstawie § 5 ust. 1 rozporządzenia z 1996 r. zwolnieniu od podatku dochodowego w okresie 10 lat podlegał dochód podmiotu uzyskany z działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu, a po upływie tego okresu zwolnieniu podlegała połowa dochodu (§ 6 rozporządzenia).

Z kolei przepis art. 16 ust. 1 ustawy o specjalnych strefach stanowił, iż prowadzenie działalności gospodarczej na terenie strefy, z zastrzeżeniem ust. 2, wymaga zezwolenia, zwanego dalej "zezwoleniem". Zezwolenie określa przedmiot oraz warunki działalności gospodarczej, która ma być prowadzona przez przedsiębiorcę na terenie strefy i termin, w ciągu którego przedsiębiorca jest zobowiązany do rozpoczęcia na terenie strefy działalności określonej w zezwoleniu (art. 16 ust. 8 ustawy o specjalnych strefach). Stanowi ono także podstawę do korzystania przez przedsiębiorcę ze zwolnień od podatku lub preferencji podatkowych określonych w przepisach wydanych na podstawie art. 12 ust. 5 (art. 16 ust. 10 ustawy o specjalnych strefach).

Przepisy powyższe zostały następnie zmienione ustawą z dnia 16 listopada 2000 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych oraz o zmianie niektórych ustaw (Dz. U. Nr 117, poz. 1228, ze zm., dalej: ustawa zmieniająca z 2000r.), która weszła w życie z dniem 1 stycznia 2001 r., wprowadzając w art. 17 ust. 1 u.p.d.o.p. zwolnienie przedmiotowe z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej.

Stosownie do art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r., przedsiębiorcy, którzy przed dniem wejścia w życie ustawy uzyskali zezwolenia na podstawie art. 16 ust. 1 ustawy o specjalnych strefach, zachowują przez okres ważności zezwolenia prawo do zwolnień i preferencji podatkowych określonych w art. 12 ustawy, o której mowa w art. 1 ustawy o specjalnych strefach, w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy. W zakresie zwolnień i preferencji podatkowych przysługujących przedsiębiorcom, o których mowa w ust. 1, stosuje się przepisy art. 12-14 i 19 ustawy o specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy.

Na mocy art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., przedsiębiorca, który posiada zezwolenie uzyskane przed dniem 1 stycznia 2001 r., zachowuje prawo do zwolnień podatkowych określonych w art. 12 ustawy o specjalnych strefach, w brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000 r.: w okresie do dnia 31 grudnia 2011 r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy małym przedsiębiorcą, w okresie do dnia 31 grudnia 2010 r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy średnim przedsiębiorcą.

Art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., dotyczy zarówno zasad ustawowych, jak również zapisów rozporządzeń. W konsekwencji, mali i średni przedsiębiorcy posiadający zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej uzyskane przed dniem 1 stycznia 2001 r. zachowali prawo do zwolnień określonych w art. 12 ustawy o specjalnych strefach oraz w przepisach wykonawczych do tej ustawy tj. w rozporządzeniu z dnia 18 czerwca 1996 r. w sprawie ustanowienia [...] specjalnej strefy ekonomicznej, w jego brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000r. Ustawodawca jednoznacznie wskazał o zachowaniu prawa do zwolnienia podatkowego na warunkach stanu prawnego obowiązującego w dniu 31 grudnia 2000 r., nie stanowiąc odrębnego reżimu prawnego dla przepisów rangi ustawy i rozporządzenia.

Minister podkreślił, że w art. 3 ustawy zmieniającej z 2003 r. uchylono art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r., który przewidywał zachowanie, przez okres ważności zezwolenia, prawa do zwolnień podatkowych, o których mowa w art. 12 ustawy o specjalnych strefach w brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000 r. przez tych podatników, którzy posiadają zezwolenia wydane przed 1 stycznia 2001 r.

Zgodnie natomiast z brzmieniem art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., przedsiębiorca, który uzyskał zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001 r., może wystąpić z wnioskiem do ministra właściwego do spraw gospodarki o jego zmianę polegającą na zastosowaniu do tego przedsiębiorcy przepisów dotyczących zwolnień podatkowych określonych w art. 5 w miejsce przepisów art. 12 ustawy o specjalnych strefach, w brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000 r. termin złożenia wniosku, o którym mowa w ust. 1, upłynął w dniu 31 grudnia 2007 r. (art. 6 ust. 5 ustawy zmieniającej z 2003 r.).

Ze stanu faktycznego wynika, że Spółka prowadząc działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej - na podstawie zezwolenia z 2000 r. - w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej z 2003 r. była małym przedsiębiorcą, o którym mowa w art. 5 ust. 1 tej ustawy. Na podstawie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r. Spółka miała możliwość wystąpienia z wnioskiem o zmianę zezwolenia, polegającą na zastosowaniu do niej przepisów dotyczących zwolnień podatkowych określonych w art. 5 ustawy zmieniającej z 2003 r., w miejsce przepisów art. 12 ustawy o specjalnych strefach i rozporządzenia z 1996 r. - w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000 r. Spółka takiego wniosku nie złożyła, a zatem wybrała tzw. "stare zasady" zwolnień podatkowych. Prowadzenie działalności strefowej według "starych uregulowań", oznacza natomiast dostosowanie działalności do stanu prawnego obowiązującego w dniu 31 grudnia 2000 r., także z zastosowaniem przepisów rozporządzenia z 1996 r. w sprawie ustanowienia [...] specjalnej strefy ekonomicznej według stanu prawnego obowiązującego na dzień 31 grudnia 2000 r. Jednocześnie konsekwencją takiego wyboru jest także utrata zwolnienia na podstawie art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r. w terminach określonych w tym przepisie, tj. w przypadku Spółki po dniu 31 grudnia 2011 r.

Minister wyjaśnił, iż analiza regulacji prawnych odnoszących się do stanu faktycznego przedstawionego we wniosku o udzielenie interpretacji, w tym prześledzenie procesu zmian stanu prawnego - nowelizacji przepisów, na które powołała się Spółka prowadzi do wniosku, iż Spółka zachowała prawo do zwolnienia podatkowego określonego w art. 12 ust. 1 ustawy o specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym do końca 2000 r. Brak jest zatem podstaw do uznania, że Spółka, będąca małym "starym przedsiębiorcą", która nie dokonała zmiany zezwolenia w trybie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., ma prawo do zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej, po dniu 31 grudnia 2011 r.

Minister wskazał, że stanowisko wyrażone w zmianie interpretacji jest zbieżne z poglądem Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażonym m.in. w wyrokach z dnia 11 grudnia 2008 r. sygn. akt II FSK 1279/07 i z dnia 1 kwietnia 2010 r. sygn. akt II FSK 1919/08.

Skarżąca wniosła na zmianę interpretacji Ministra skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Wniosła w niej o uchylenie zmiany interpretacji indywidualnej i zasądzenie kosztów postępowania.

Skarżąca podtrzymała argumenty przedstawione w uzasadnieniu swojego stanowiska zawartego we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej.

Podkreśliła, iż w jej ocenie po 31 grudnia 2011 r. podmioty, które na podstawie art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r. nie dokonały konwersji zezwoleń, mają prawo do korzystania ze zwolnienia podatkowego dla podmiotów prowadzących działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na zasadach ogólnych. Zgodnie bowiem z art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej przedsiębiorca, który posiada zezwolenia uzyskane przed dniem 1 stycznia 2001 r., zachowuje prawo do zwolnień podatkowych określonych w art. 12 ustawy o specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000 r.: a) w okresie do dnia 31 grudnia 2011 r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej małym przedsiębiorcą, b) w okresie do dnia 31 grudnia 2010 r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie ustawy zmieniającej średnim przedsiębiorcą. Oznacza to, że mali i średni przedsiębiorcy przez wskazany w ustawie zmieniającej okres mieli możliwość korzystania z pomocy publicznej nielimitowanej wysokością poniesionych wydatków ani dopuszczalną intensywnością pomocy dla danego regionu, czyli zgodnie z regułami obowiązującymi przed 1 stycznia 2001 r. W ramach okresu przejściowego, ustalonego w trakcie negocjacji akcesyjnych, zachowali prawo do korzystania z pomocy publicznej na zasadach dotychczasowych, pomimo - jak podnosiła Unia Europejska - że zasady te nie były zgodne z art. 87 i nast. traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską.

W przypadku Spółki oznacza to, że w okresie pierwszych 10 lat prowadzenia działalności na terenie SSE posiadała prawo do korzystania ze zwolnienia podatkowego obejmującego 100% dochodu uzyskanego w tym okresie, a następnie - 50% uzyskanego dochodu. W związku z tym, że od początku 2012 r. nie było już możliwe korzystanie ze zwolnienia na preferencyjnych warunkach wprowadzonych ustawą zmieniającą, w ramach okresu przejściowego, powinna być ona uprawniona do korzystania z przysługującego jej zwolnienia na zasadach ogólnych, tj. tych obowiązujących małych i średnich przedsiębiorców w dniu wejścia Polski do Unii Europejskiej.

Zdaniem Skarżącej za powyższym przemawia również to, iż przepisy ustawy z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. nr 188 poz. 1840 ze zmian.) oraz postanowienia traktatu o przystąpieniu nie regulują w żadnym zakresie sprawy korzystania z pomocy publicznej przez tzw. starych przedsiębiorców po dniu 31 grudnia 2011 r. Stąd wniosek, że w zakresie niewykorzystanej wielkości pomocy publicznej podmioty takie również po tej dacie mogą w dalszym ciągu korzystać ze zwolnienia w podatku dochodowym na podstawie ważnego zezwolenia, które w przypadku Spółki obowiązuje do 8 sierpnia 2016 r.

W odpowiedzi na skargę Minister Finansów wniósł o jej oddalenie i podtrzymał stanowisko w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

Zasadniczy spór w sprawie sprowadzał się do rozstrzygnięcia, czy w ramach przedstawionego we wniosku o interpretację indywidualną stanu faktycznego dochód Spółki uzyskany po dniu 31 grudnia 2012r. podlega zwolnieniu przedmiotowemu na zasadach określonych w art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p.

W ocenie Spółki po dniu 31 grudnia 2011r. będzie ona miała prawo do dalszego korzystania ze zwolnienia w podatku dochodowym od osób prawnych (pomocy publicznej) w okresie ważności zezwolenia (8 sierpnia 2016 r.) na zasadach obowiązujących małych przedsiębiorców od dnia 1 maja 2004 r. (dzień akcesji do Unii Europejskiej). Kalkulując wysokość dostępnego zwolnienia podatkowego po dniu 31 grudnia 2011 r. (limitu zwolnienia przedmiotowego) Spółka uwzględniać będzie pomoc publiczną uzyskaną do dnia 31 grudnia 2011 r. w formie zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych.

Minister Finansów w zmianie interpretacji indywidualnej z 13 listopada 2013r. nie zgodził się ze stanowiskiem Spółki. Wyjaśnił, że analiza regulacji prawnych odnoszących się do stanu faktycznego przedstawionego we wniosku o udzielenie interpretacji, w tym prześledzenie procesu zmian stanu prawnego - nowelizacji przepisów, na które powołała się Spółka prowadzi do wniosku, iż Spółka zachowała prawo do zwolnienia podatkowego określonego w art. 12 ust. 1 ustawy o specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym do końca 2000 r. Brak jest zatem podstaw do uznania, że Spółka, będąca małym "starym przedsiębiorcą", która nie dokonała zmiany zezwolenia w trybie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., ma prawo do zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej, po dniu 31 grudnia 2011 r.

Wskazać zatem należy, że zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2000r. - tj. w brzmieniu obowiązującym również w momencie uzyskania przez Spółkę zezwolenia strefowego – dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne oraz osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą mogą być, w drodze rozporządzenia Rady Ministrów, całkowicie zwolnione odpowiednio od podatku dochodowego od osób prawnych i podatku dochodowego od osób fizycznych w okresie równym połowie okresu, na jaki ustanowiona została strefa. Dochody uzyskane w latach podatkowych następujących po roku podatkowym, w którym wygasło całkowite zwolnienie od podatku dochodowego, mogą być natomiast, w drodze rozporządzenia Rady Ministrów, zwolnione od podatku dochodowego w pozostałym okresie, na jaki ustanowiona została strefa, w części nie przekraczającej 50% takich dochodów (art. 12 ust. 2 ustawy po specjalnych strefach). Na mocy art. 12 ust. 5 pkt 1 tej ustawy, przedmiot działalności gospodarczej, której prowadzenie uprawnia do ww. zwolnień, wysokość tych zwolnień, czas ich obowiązywania oraz warunki, od których spełnienia przez przedsiębiorcę uzależnione jest prawo do tych zwolnień ustala Rada Ministrów w rozporządzeniu, o którym mowa w art. 4 ust. 1, tj. w rozporządzeniu w sprawie ustanowienia specjalnej strefy ekonomicznej.

W oparciu o powyższe upoważnienie zostało wydane rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 18 czerwca 1996r. w sprawie ustanowienia [...] specjalnej strefy ekonomicznej.

Zgodnie z § 5 ust. 1 ww. rozporządzenia – w brzmieniu obowiązującym na dzień 31 grudnia 2000r. – dochód z działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu jest wolny od podatku dochodowego w okresie 10 lat od dnia rozpoczęcia przez podmiot gospodarczy działalności gospodarczej na terenie strefy, z zastrzeżeniem ust. 2-5. Jak stanowi § 6 ust. 2 tego rozporządzenia za dzień rozpoczęcia przez podmiot działalności gospodarczej na terenie strefy uważa się datę wystawienia pierwszej faktury dotyczącej sprzedaży wyrobów wytworzonych na terenie strefy lub usług wykonanych na jej terenie.

W myśl § 15 ww. rozporządzenia zwolnienia od podatku dochodowego i preferencje określone w § 5, 10 i 11 mogą ulec zmianie w celu ich dostosowania do zobowiązań Rzeczypospolitej Polskiej jako członka Unii Europejskiej.

Jak słusznie wskazał Minister Finansów, na mocy powyższych przepisów przedsiębiorcy korzystali w zasadzie z nielimitowanego zwolnienia podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych oraz w podatku dochodowym od osób fizycznych. W okresie pierwszych 10 lat całość dochodu tych przedsiębiorców z działalności gospodarczej prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej na podstawie zezwolenia była zwolniona z opodatkowania, natomiast po tym okresie dochód taki mógł podlegać zwolnieniu z opodatkowania w części nie przekraczającej 50% jego wysokości.

W związku ze staraniami Państwa Polskiego mającymi na celu przystąpienie do Unii Europejskiej nastąpiła konieczność zmian w regulacjach dotyczących zwolnień podatkowych dla przedsiębiorców, celem zapewnienia zgodności przepisów prawa krajowego z prawem wspólnotowym. Według bowiem Komisji Europejskiej pomoc państwa świadczona w Polsce w specjalnych strefach ekonomicznych była nadmierna, albowiem nie spełniała reguł warunkowej dopuszczalności pomocy regionalnej, obowiązujących w krajach Unii Europejskiej, naruszając tym samym zasadę swobodnej konkurencji (zob. R. Gibuła: Wpływ regulacji prawnych Unii Europejskiej na polskie specjalne strefy ekonomiczne, Prace Naukowe AE we Wrocławiu, Wrocław 2006, nr 1147, s. 145).

Proces harmonizacji rozpoczął się już wraz z wejściem w życie z dniem 1 stycznia 2001r. ustawy z dnia 16 listopada 2000r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych oraz o zmianie niektórych ustaw (Dz. U. Nr 117, poz. 1228; dalej "ustawa nowelizująca z 2000r."). Na jej podstawie zmieniono treść art. 12 ustawy po specjalnych strefach, zgodnie z którym dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy w ramach zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne lub osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą są zwolnione od podatku dochodowego, odpowiednio na zasadach określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych lub w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych. Wielkość zwolnień podatkowych określają rozporządzenia Rady Ministrów ustanawiające strefy z zachowaniem zasad określonych w ustawie z dnia 30 czerwca 2000r. o warunkach dopuszczalności i nadzorowaniu pomocy publicznej dla przedsiębiorców.

Równocześnie, wskazaną ustawą nowelizującą z 2000r. z dniem 1 stycznia 2001r. w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych do art. 17 ust. 1 dodano punkt 34, a w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych do art. 21 ust. 1 dodano punkt 63a, przewidujące zwolnienie przedmiotowe z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej. I tak art. 21 ust. 1 pkt 63a u.p.d.o.f. stanowił: wolne od podatku dochodowego są dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 5a-5c, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. Nr 123, poz. 600, z 1996r. Nr 106, poz. 496, z 1997r. Nr 121, poz. 770, z 1998r. Nr 106, poz. 668 oraz z 2000r. Nr 117, poz. 1228), przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie niniejszego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z zasadami zawartymi w ustawie z dnia 30 czerwca 2000r. o warunkach dopuszczalności i nadzorowaniu pomocy publicznej dla przedsiębiorców (Dz. U. Nr 60, poz. 704), w tym z zasadami kumulacji oraz udzielania pomocy publicznej w określonych sektorach.

Na mocy art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2000r., przedsiębiorcy, którzy przed dniem jej wejścia w życie (tj. przed dniem 1 stycznia 2001r.) uzyskali zezwolenia na podstawie art. 16 ust. 1 ustawy po specjalnych strefach, zachowali przez okres ważności zezwolenia prawo do zwolnień i preferencji podatkowych określonych w art. 12 ustawy po specjalnych strefach, w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie ww. ustawy nowelizującej z 2000r. (tj. przed dniem 1 stycznia 2001r.).

Na mocy uregulowań zawartych w ustawie nowelizującej z 2000r. nastąpił podział przedsiębiorców na posiadających zezwolenia wydane przed dniem 1 stycznia 2001r. (tzw. "starzy inwestorzy") oraz na przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenia po dniu 31 grudnia 2000r. ("nowi inwestorzy").

Przedsiębiorcom posiadającym zezwolenia wydane przed dniem 1 stycznia 2001r. zostało zagwarantowane prawo do korzystania ze zwolnień podatkowych na zasadach obowiązujących przed tym dniem, czyli w konsekwencji, do korzystania z praktycznie nieograniczonego zwolnienia z podatku dochodowego (art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2000r.).

Natomiast przedsiębiorcy, którzy uzyskali zezwolenia strefowe po 31 grudnia 2000r. ("nowi inwestorzy") korzystali ze zwolnień na nowych zasadach określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych lub w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych (art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., art. 21 ust. 1 pkt 63a u.p.d.o.f., art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2001r.). Wskazać przy tym należy, że zasady korzystania z pomocy publicznej w formie zwolnień w podatku dochodowym co do przedsiębiorców posiadających zezwolenie wydane po dniu 31 grudnia 2000r. zostały zasadniczo dostosowane do regulacji wspólnotowych. Wysokość pomocy publicznej przysługującej przedsiębiorcom strefowym została uzależniona od maksymalnej intensywności pomocy obowiązującej dla danego regionu oraz wydatków poniesionych w związku z inwestycją na terenie strefy.

Powyższe oznacza, że do wszystkich przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenia strefowe przed 1 stycznia 2001r. ("starych inwestorów") nie miały zastosowania nowe zasady przyznawania pomocy publicznej w formie zwolnień w podatku dochodowym. Nie miał do nich zastosowania art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2001r., odsyłający do zasad określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych i w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych oraz w ustawie z dnia 30 czerwca 2000r. o warunkach dopuszczalności i nadzorowaniu pomocy publicznej dla przedsiębiorców. Korzystali oni nadal z korzystniejszych zwolnień i preferencji podatkowych określonych w art. 12 ustawy po specjalnych strefach, w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie ww. ustawy nowelizującej z 2000r. (tj. przed dniem 1 stycznia 2001r.), a więc w brzmieniu obowiązującym na dzień 31 grudnia 2000r. Wszyscy "starzy inwestorzy" uprawnienie to na mocy art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2000r. zachowali przez okres ważności zezwolenia.

Przepis art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2000r. (na mocy którego wskazane powyżej uprawnienie zachowane zostało do czasu upływu okresu ważności zezwolenia) został jednak uchylony na mocy art. 3 ustawy z dnia 2 października 2003r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. Nr 188, poz. 1840 ze zm.; dalej "ustawa nowelizująca z 2003r."), która weszła w życie 1 maja 2004r.

Zmiana dokonana ustawą nowelizującą z 2003r. wiązała się z przystąpieniem Rzeczypospolitej Polski z dniem 1 maja 2004r. do Unii Europejskiej i powinności zapewnienia zgodności przepisów prawa krajowego z prawem wspólnotowym (m.in. z art. 87 i art. 88 Traktatu Ustanawiającego Unię Europejską – Dz. U. z 2004r., Nr 90, poz. 864/2). Pomoc, jakiej Polska udzielała przedsiębiorcom działającym w specjalnych strefach ekonomicznych przed 1 maja 2004r., w szczególności na podstawie przepisów obowiązujących przed 1 stycznia 2001r., była niezgodna z obowiązującymi członków Unii Europejskiej zasadami udzielania pomocy publicznej. W odniesieniu do tych przedsiębiorców na etapie negocjowania warunków przystąpienia ustalono pewne odstępstwa od zasad prawa wspólnotowego, obowiązujące pod warunkiem zaakceptowania ich przez Komisję Europejską. Przyjęte w ustawie zmieniającej ustawy po specjalnych strefach rozwiązania są wynikiem tych uzgodnień i wypełnieniem obowiązku dostosowania prawa krajowego do acquis communitaire (patrz pismo Komisji Europejskiej z 14 listopada 2002r., znak CONF-Pl 90/02, dostępne na stronie internetowej Sejmu RP- www.sejm. gov.pl, jako załącznik do druku sejmowego sejmu IV kadencji nr 1532)

Tak więc, głównym celem nowelizacji z 2003r. było wprowadzenie dla wszystkich przedsiębiorców posiadających zezwolenia wydane przed dniem 1 stycznia 2001r. zasad korzystania ze zwolnień z podatku dochodowego dochodu uzyskanego z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu, zgodnych z warunkami wynegocjowanymi z Unią Europejską.

Zasady korzystania z ulg przez podmioty, które uzyskały zezwolenia przed dniem 1 stycznia 2001r. uregulowano w art. 5 ustawy nowelizującej z 2003r. Zostały one zróżnicowane, w zależności od rozmiarów prowadzonej przez przedsiębiorców działalności gospodarczej (małe, średnie i duże przedsiębiorstwa).

Zgodnie z art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2003r., z zastrzeżeniem ust. 6, przedsiębiorca, który posiada zezwolenie uzyskane przed dniem 1 stycznia 2001r. zachowuje prawo do zwolnień podatkowych określonych w art. 12 ustawy, o której mowa w art. 1, w brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000r.:

1) w okresie do dnia 31 grudnia 2011r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy małym przedsiębiorcą,

2) w okresie do dnia 31 grudnia 2010r. - jeżeli był on w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy średnim przedsiębiorcą

- w rozumieniu ust. 5 (a w brzmieniu obowiązującym od 31 maja 2004r. w rozumieniu załącznika 1 do rozporządzenia 70/2001/WE z dnia 12 stycznia 2001r. w sprawie zastosowania art. 87 i 88 Traktatu WE w odniesieniu do pomocy państwa dla małych i średnich przedsiębiorstw - Dz. Urz. WE L 10 z 13.01.2001r.).

W myśl natomiast art. 5 ust. 6 ustawy nowelizującej z 2003r. począwszy od roku obrotowego następującego po roku, w którym:

1) zostało zbytych 100% wkładów, udziałów lub akcji przedsiębiorcy będącego małym lub średnim przedsiębiorcą w rozumieniu ust. 5,

2) spółka będąca małym lub średnim przedsiębiorcą w rozumieniu ust. 5 połączyła się z inną spółką,

3) nastąpiło nabycie przedsiębiorstwa od przedsiębiorcy będącego małym lub średnim przedsiębiorcą w rozumieniu ust. 5

- przedsiębiorca traci prawo do zwolnień podatkowych, o których mowa w ust. 1.

Z treści art. 5 ust. 1 i ust. 6 ustawy nowelizującej z 2003r. wynika zatem, że mali i średni przedsiębiorcy, którzy posiadają zezwolenie uzyskane przed dniem 1 stycznia 2001r. zachowają prawo do zwolnień podatkowych określonych w art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000r. – odpowiednio do 31 grudnia 2011r. oraz 31 grudnia 2010r. – o ile nie zostaną spełnione przesłanki z art. 5 ust. 6 ustawy nowelizującej z 2003r. Jeżeli natomiast spełnione zostaną przesłanki, o których mowa w tym przepisie, to przedsiębiorca przed upływem terminów wskazanych w art. 5 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2003r. utraci prawo do zwolnień podatkowych określonych w art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000r.

Stosownie natomiast do art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003r. dochody uzyskane przez przedsiębiorcę innego niż przedsiębiorca, o którym mowa w ust. 1, z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia wydanego przed dniem 1 stycznia 2001r., są zwolnione z podatku dochodowego w zakresie ustalonym w art. 12 ustawy, o której mowa w art. 1, z tym że:

1) maksymalna dopuszczalna wielkość pomocy publicznej wynosi:

a) 30% kosztów inwestycji poniesionych do dnia 31 grudnia 2006r. – dla przedsiębiorców prowadzących działalność w sektorze motoryzacyjnym,

b) 75% kosztów inwestycji poniesionych do dnia 31 grudnia 2006r. – dla przedsiębiorców prowadzących działalność inną niż określona w lit. a na podstawie zezwolenia wydanego przed dniem 1 stycznia 2000r.,

c) 50% kosztów inwestycji poniesionych do dnia 31 grudnia 2006r. – dla przedsiębiorców prowadzących działalność inną niż określona w lit. a na podstawie zezwolenia wydanego po dniu 31 grudnia 1999r.

2) przy ustaleniu dopuszczalnej wielkości pomocy publicznej, o której mowa w pkt 1, uwzględnia się koszty inwestycji poniesione przez przedsiębiorcę w ramach zezwolenia od dnia uzyskania zezwolenia;

3) przy ustaleniu dopuszczalnej wielkości pomocy publicznej uwzględnia się całkowitą wielkość pomocy publicznej, jaką uzyskał przedsiębiorca od dnia 1 stycznia 2001r., z wyłączeniem pomocy publicznej wynikającej z deklaracji podatkowej złożonej za rok 2000;

4) do określenia wielkości pomocy publicznej z tytułu zwolnienia z podatku dochodowego przyjmuje się dochód uzyskany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy w ramach zezwolenia, pomniejszony o równowartość strat poniesionych na tej działalności przez przedsiębiorcę od dnia 1 stycznia 2001r.

Z treści powołanych przepisów wynika zatem, że pomimo, iż na mocy przepisów obowiązujących do dnia 30 kwietnia 2004r. małym i średnim przedsiębiorcom, którzy uzyskali zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej w specjalnych strefach ekonomicznych przed dniem 1 stycznia 2001r., przysługiwało przez cały okres ważności tego zezwolenia zwolnienie z podatku dochodowego na zasadach wskazanych w art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym na dzień 31 grudnia 2000r., to jednakże na mocy art. 3 i art. 5 ust. 1 pkt 1 i 2 ustawy nowelizującej z 2003r. uprawnienie to zostało ograniczone czasowo. W odniesieniu do małych przedsiębiorców uprawnienie to wygasło z dniem 31 grudnia 2011r., natomiast w odniesieniu do średnich przedsiębiorców uprawnienie to wygasło z dniem 31 grudnia 2010r.

Natomiast pozostali przedsiębiorcy, którzy uzyskali zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej w specjalnych strefach ekonomicznych przed dniem 1 stycznia 2001r., mogli korzystać ze zwolnień w podatku dochodowym, jednakże na nowych zmodyfikowanych zasadach, określonych m.in. w art. 5 ust. 2 i 8 ustawy nowelizującej z 2003r.

Z treści art. 5 ust. 2 pkt 1-4 ustawy nowelizującej z 2003r. wynika bowiem, że pomoc publiczna w postaci zwolnienia dochodu od podatku dochodowego od osób prawnych oraz od podatku dochodowego od osób fizycznych od 1 maja 2004r. podlega limitowaniu na innych zasadach niż poprzednio i ograniczona jest do konkretnej kwoty. Jej przekroczenie powoduje utratę zwolnienia. Na wielkość pomocy publicznej, z jakiej przedsiębiorca może skorzystać po 1 maja 2004r., wpływ mają przy tym okoliczności nie tylko przyszłe (jak poniesienie kosztów inwestycji w okresie od 1 maja 2004r. do 31 grudnia 2006r. czy osiąganie dochodu po wejściu w życie przepisu), ale też zaistniałe w przeszłości (poniesienie kosztów inwestycji przed 1 maja 2004r., wielkość już wykorzystanej przed tą datą pomocy) – (por. wyrok NSA z 29 października 2008r., sygn. akt II FSK 1020/07, publ. LEX nr 496282).

W związku z tym, że art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003r. odnosi się do innych przedsiębiorców niż mali i średni, to w istocie dot. on tzw. "dużych przedsiębiorców". W stosunku właśnie do tych przedsiębiorców wskazana została maksymalna dopuszczalna wielkość pomocy, jaką mogą oni uzyskać. Wśród tych przedsiębiorców można wyróżnić trzy grupy: 1) prowadzący działalność w sektorze motoryzacyjnym; 2) prowadzący inną działalność niż działalność w sektorze motoryzacyjnym, na podstawie zezwolenia wydanego przed dniem 1 stycznia 2000r.; 3) prowadzący inną działalność niż działalność w sektorze motoryzacyjnym, na podstawie zezwolenia wydanego po dniu 31 grudnia 1999r. Dla każdej z tych grup ustanowiona została inna maksymalna dopuszczalna wielkość pomocy.

Co istotne, przepis art. 6 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2003r. dawał małym i średnim przedsiębiorcom, którzy uzyskali zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej w specjalnych strefach ekonomicznych przed dniem 1 stycznia 2001r., możliwość wyboru zasad korzystania ze zwolnienia od podatku dochodowego. Mogli oni bowiem wystąpić do ministra właściwego do spraw gospodarki o zmianę zezwolenia, w wyniku czego mogli korzystać ze zwolnienia z podatku dochodowego na zasadach określonych w art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003r. Innymi słowy mogli oni zrezygnować z bardzo korzystnego uprawnienia, ale ograniczonego czasowo (do końca 2011r. lub 2010r.) i wybrać uprawnienie mniej korzystne ograniczone kwotowo, które wygasłoby z chwilą osiągnięcia pomocy publicznej w określonej przepisami prawa kwocie.

Zwrócić należy bowiem uwagę, że przepis art. 6 ust. 1 ustawy nowelizującej z 2003r. stanowi, iż przedsiębiorca, który uzyskał zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001r. może wystąpić z wnioskiem do ministra właściwego do spraw gospodarki o jego zmianę polegającą na zastosowaniu do tego przedsiębiorcy przepisów dotyczących zwolnień podatkowych określonych w art. 5 w miejsce przepisów art. 12 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000r.

Niewątpliwie mali i średni przedsiębiorcy, którzy uzyskali zezwolenie przed 1 stycznia 2001r., byli przedsiębiorcami, którzy na mocy art. 5 ust. 1 pkt 1 i 2 ustawy nowelizującej z 2003r. od 1 maja 2004r. korzystali ze zwolnień "na podstawie przepisów art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000r." Mogli oni więc wystąpić o to, aby w miejsce tego przysługującego im zwolnienia "na podstawie przepisów art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym na dzień 31 grudnia 2000r." zastosowanie miało do nich zwolnienie na zasadach nowych określonych w art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003r.

Możliwość wystąpienia z wnioskiem o zmianę zezwolenia, a w konsekwencji zmianę zasad korzystania ze zwolnień w podatku dochodowym, została jednak ograniczona czasowo, gdyż można z takim wnioskiem było wystąpić jedynie do dnia 31 grudnia 2007r. (art. 6 ust. 5 ustawy nowelizującej z 2003r.).

Niewątpliwie przepisy ustawy nowelizującej z 2000r. oraz ustawy nowelizującej z 2003r. doprowadziły do zróżnicowania zasad zwolnienia od podatku dochodowego dochodów uzyskiwanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnych stref ekonomicznych na podstawie zezwolenia, w zależności od momentu uzyskania zezwolenia na prowadzenie działalności strefowej, z którym wiąże się to zwolnienie, a w przypadku podatników, którzy uzyskali zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001r. także w zależności od statusu przedsiębiorcy i jego decyzji w sprawie wystąpienia z wnioskiem o zmianę zezwolenia.

Nie ulega wątpliwości, że zgodnie z brzmieniem przepisów obowiązujących do 30 kwietnia 2004r., Skarżącej przez cały okres ważności zezwolenia uzyskanego 30 grudnia 2000r. przysługiwałoby zwolnienie i preferencje w podatku dochodowym od osób fizycznych z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie tego zezwolenia na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (na zasadach określonych w art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000r.). Wskutek jednak wejścia w życie z dniem 1 maja 2004r. ustawy nowelizującej z 2003r., sytuacja zmieniła się w ten sposób, że prawo do zastosowania zwolnienia wynikającego z art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym w dniu 31 grudnia 2000r., wygasło z dniem 31 grudnia 2011r., co wynika z art. 3 i art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy nowelizującej z 2003r. Natomiast zasady zwolnienia wynikające z art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003r. nie mogą mieć zastosowania, albowiem jak wynika z treści wniosku Spółka, nie wystąpiła o zmianę zezwolenia strefowego z 30 grudnia 2000r. w trybie art. 6 ust. 1 i 5 tej ustawy nowelizującej. Tylko zaś wystąpienie z takowym wnioskiem umożliwiało korzystanie z pomocy publicznej limitowanej (ograniczonej) kwotowo, w miejsce pomocy publicznej na zasadach wynikających z art. 12 ustawy po specjalnych strefach w brzmieniu obowiązującym na dzień 31 grudnia 2000r., ale ograniczonej czasowo (do 31 grudnia 2011r.).

Z powyżej wskazanych względów, Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę, nie podziela poglądów wyrażonych w powołanym przez Skarżącą wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z 21 listopada 2013r., sygn. akt I SA/Gl 175/13 oraz w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z 5 grudnia 2012r., sygn. akt I SA/Gd 1136/12.

Podkreślenia również wymaga, że zmiana przepisów dotyczących prowadzenia działalności w specjalnych strefach ekonomicznych, dokonana m.in. na podstawie art. 3 i art. 5 ustawy nowelizującej z 2003r., podyktowana była koniecznością dostosowania polskiego ustawodawstwa do postanowień Traktatu dotyczącego warunków przystąpienia (...) Rzeczypospolitej Polskiej oraz dostosowań w Traktatach stanowiących podstawę Unii Europejskiej, podpisanego w Atenach w dniu 16 kwietnia 2003r. i ratyfikowanego przez Polskę (Dz.U. z 2004r. Nr 90, poz. 864, ze zm.), zwanego dalej Traktatem Akcesyjnym.

Ponieważ prawo wspólnotowe kładzie szczególny nacisk na politykę konkurencji, co znalazło swój wyraz m.in. w postanowieniach art. 87 i art. 88 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską (Dz.U. z 2004r., Nr 90, poz. 864/2), to kwestia pomocy publicznej udzielanej m.in. małym i średnim przedsiębiorcom została uregulowana w załączniku do Traktatu Akcesyjnego nr XII (Wykaz, o którym mowa w artykule 24 Aktu Przystąpienia: Polska) tytuł 5 Polityka Konkurencji. W pkt 1 lit. a ppkt (i) postanowiono, że "Nie naruszając postanowień artykułów 87 i 88 TWE, Polska może stosować zwolnienia z podatku od przedsiębiorców przyznane przed 1 stycznia 2001r. na podstawie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych z 1994r. z zastrzeżeniem poniższych warunków: dla małych przedsiębiorstw, określonych zgodnie z definicją wspólnotową takich przedsiębiorstw oraz zgodnie z praktyką Komisji, do 31 grudnia 2011r. włącznie; dla średnich przedsiębiorstw, określonych zgodnie z definicją wspólnotową takich przedsiębiorstw oraz zgodnie z praktyką Komisji, do 31 grudnia 2010r. włącznie (...)".

Mając na względzie postanowienia tej ratyfikowanej umowy międzynarodowej, ustawą nowelizującą z 2003r. dla podmiotów, które posiadają zezwolenia strefowe wydane przed dniem 1 stycznia 2001r., zachowano dotychczasowe zasady z pewnymi modyfikacjami, aby w miarę możliwości chronić ich prawa nabyte. Jedną z tych modyfikacji jest pkt 1 lit. a) (i) tytułu 5 załącznika nr XII do Traktatu Akcesyjnego, w którym uzgodniono, że w przypadku małych przedsiębiorców zwolnienia z podatku, przyznane przed 1 stycznia 2001r. na podstawie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych z 1994r., mogą być stosowane do 31 grudnia 2011r. włącznie.

Przy czym konieczność dostosowania ustawodawstwa polskiego do warunków wynegocjowanych w Traktacie Akcesyjnym miała swoje oparcie w przepisach konstytucyjnych (art. 90 ust. 1 i art. 87 ust. 1 Konstytucji RP). Co więcej, ustawodawca ustanawiając zasady dotyczące zwolnień od podatku dochodowego i preferencji określonych właśnie m.in. w § 5 rozporządzenia Rady Ministrów w sprawie ustanowienia [...] specjalnej strefy ekonomicznej, wyraźnie zastrzegł, że zasady te mogą ulec zmianie w celu ich dostosowania do zobowiązań Rzeczypospolitej Polskiej jako członka Unii Europejskiej (§ 15 ww. rozporządzenia). Zmiany te wprowadzone zostały w 2004r., pozostawiając przedsiębiorcom odpowiednio dużo czasu na zmodyfikowanie założeń gospodarczych. Co istotne, czas na jaki przyznano małym i średnim przedsiębiorcom prawo do korzystania z ulgi na zasadach przedakcesyjnych, zabezpieczał w sposób dostateczny ich interesy. Ponadto zapewniono im też możliwość wyboru zasad dotyczących korzystania z ww. zwolnień i preferencji (art. 6 ust. 1 i 5 w związku z art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003r.). Przedsiębiorcy mogli więc dokonać kalkulacji, które z tych zasad są dla nich korzystniejsze, biorąc w szczególności pod uwagę czas w jakim w istocie prowadzili działalność na podstawie zezwolenia wydanego przed 1 stycznia 2001r. oraz wysokość dotychczas otrzymanej pomocy publicznej w postaci zwolnienia z podatku dochodowego oraz innych preferencji, a także wysokość pomocy publicznej, jaka mogła być przyznana na zasadach wynikających z art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003r.

Wobec powyższego zdaniem Sądu rację ma Minister Finansów, iż brak jest podstaw do uznania, że Spółka, będąca małym "starym przedsiębiorcą", która nie dokonała zmiany zezwolenia w trybie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., ma prawo do zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej, po dniu 31 grudnia 2011 r.

W tym stanie rzeczy należy stwierdzić, iż brak jest w rozpoznawanej sprawie przesłanek do uwzględnienia skargi i w związku z tym należało ją oddalić na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012r. poz. 270 ze zm.).