Wyrok WSA w Lublinie, sygn. akt I SA/Lu 885/12
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie
Data orzeczenia: 2013-01-30 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6116 Podatek od czynności cywilnoprawnych, opłata skarbowa oraz inne podatki i opłaty
Hasła tematyczne: Podatek od czynności cywilnoprawnych
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżoną decyzję
Powołane przepisy: article: art. 2 pkt 4 , art. 7 ust. 1 pkt 9 lit. a) i ust. 2
journal: Dz.U. 2007 nr 68 poz 450
law: Ustawa z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych - tekst jedn.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Wiesława Achrymowicz (sprawozdawca), Sędziowie WSA Krystyna Czajecka-Szpringer,, WSA Grzegorz Wałejko, Protokolant Starszy inspektor Magdalena Futyma, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 30 stycznia 2013 r. sprawy ze skargi A. SA w Lublinie na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...] nr [...] w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych I. uchyla zaskarżoną decyzję, II. orzeka, że zaskarżona decyzja nie podlega wykonaniu w całości, III. zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej na rzecz A. SA w L. kwotę [...] zł tytułem zwrotu kosztów postępowania.


UZASADNIENIE

I SA/Lu 885/12

UZASADNIENIE

Zaskarżoną decyzją Dyrektor Izby Skarbowej utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego z dnia [...], odmawiającą A. SA stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 7.855.842 zł.

W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji został przedstawiony stan faktyczny, w którym aktem notarialnym z dnia 30 czerwca 2007 r. rep. A nr [...] Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników B. spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w L., na podstawie art. 255 i 257 ustawy Kodeks spółek handlowych, podwyższyło kapitał zakładowy spółki o kwotę 1.571.189.500 zł, z kwoty 50.000 zł do kwoty 1.571.239.500 zł przez utworzenie 31.423.790 nowych, równych i niepodzielnych udziałów o wartości nominalnej po 50 zł każdy i łącznej wartości nominalnej 1.571.189.500 zł. Od umowy notariusz - jako płatnik - pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 7.855.842 zł, obliczony według stawki 0,5% na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 9 lit. a) i ust. 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U.07.68.450 według brzmienia dla daty rozpatrywanych czynności – w dalszej części uzasadnienia u.p.c.c.).

W dniu 17 maja 2010 r. do [...] Urzędu Skarbowego w L. wpłynął wniosek B. spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w L. o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 7.855.842 zł, pobranego przez płatnika. Spółka argumentowała, że podatek od czynności cywilnoprawnych, pobrany przez płatnika w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego spółki uchwałą Nadzwyczajnego Zgromadzenia Wspólników z dnia 30 czerwca 2007 r., jest nienależny w rozumieniu art. 72 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa (Dz.U.12.749 – w dalszej części uzasadnienia o.p.). Przepisy u.p.c.c. są niezgodne z art. 7 ust. 1 dyrektywy Rady 69/335/EWG dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz.U.UE.L.69.249 ze zm. – w dalszej części uzasadnienia dyrektywa 69/335). Zgodnie z art. 7 ust. 1 tej dyrektywy, w brzmieniu obowiązującym w dacie przystąpienia Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, państwa członkowskie zostały zobowiązane do zwolnienia od podatku kapitałowego operacji innych niż operacje określone w art. 9, które w dniu 1 lipca 1984 r. były zwolnione z podatku lub opodatkowane stawką 0,5% lub niższą. Zatem z chwilą przystąpienia Polski do Unii Europejskiej ustawodawca krajowy powinien uwzględnić obowiązujące w dacie tego przystąpienia przepisy dyrektywy 69/335. Wynika z nich, że podwyższenie kapitału zakładowego spółki kapitałowej przez wniesienie aportu w postaci przedsiębiorstwa podlega zwolnieniu z opodatkowania podatkiem kapitałowym. Oznacza to, że czynności takie powinny, począwszy od 1 maja 2004 r. korzystać ze zwolnienia z podatku od czynności cywilnoprawnych. Dlatego podwyższenie kapitału zakładowego zgodnie z uchwałą z dnia 30 czerwca 2007 r. jest zwolnione od opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych wprost zgodnie z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335.

W toku postępowania podatkowego A. SA stała się następcą prawnym B. spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, co było poza sporem.

Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego decyzją z dnia [...] odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych. Przywołał art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k), pkt 2, art. 3 ust. 1 pkt 2, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. b) u.p.c.c. Na tej podstawie prawnej uzasadniał, że czym innym jest podwyższenie kapitału zakładowego (czynność podlegająca opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych), a czym innym wniesienie aportu w następstwie podwyższenia kapitału zakładowego. W stanie prawnym obowiązującym w dniu 30 czerwca 2007 r. notariusz, jako płatnik, prawidłowo obliczył i odprowadził podatek od tej czynności, przyjmując za podstawę opodatkowania kwotę, o którą podwyższono kapitał zakładowy. Organ I instancji nie stwierdził niezgodności przepisów u.p.c.c. z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335 w rozważanym zakresie opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych podwyższenia kapitału zakładowego.

Dyrektor Izby Skarbowej, w wyniku rozpatrzenia odwołania, utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego. Ustalenia faktyczne przyjął w całości za organem I instancji. Uzasadniał, że podwyższenie kapitału zakładowego stosownie do art. 1 ust. 3 pkt 2 u.p.c.c. jest czynnością, która podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Podatek pobrany od tej czynności przez notariusza nie stanowi nadpłaty w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 2 o.p. Tej treści stanowisko prawne nie jest sprzeczne z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335, co zostało potwierdzone przez Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej (w dalszej części uzasadnienia TSUE) w sprawie C-372/10. Z art. 1 ust. 1 pkt 1-3 u.p.c.c. wynika, że przedmiotem opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych są między innymi zmiany umowy spółki, które powodują podwyższenie podstawy opodatkowania tym podatkiem. Kapitał zakładowy został podwyższony przez utworzenie nowych udziałów. Nowe udziały objął dotychczasowy wspólnik, spółka kapitałowa, pokrywając je wkładem niepieniężnym w postaci zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Jest to zmiana umowy spółki zgodnie z art. 1 ust. 1 pkt 2 u.p.c.c., bo zgodnie z art. 1 ust. 3 pkt 2 tej ustawy czynności powodujące podwyższenie kapitału zakładowego w drodze wniesienia do spółki wkładu niepieniężnego (zorganizowanej części przedsiębiorstwa), którego wartość podwyższyła kapitał zakładowy, należy traktować jako zmianę umowy spółki. Art. 3 ust. 1 pkt 2 u.p.c.c. przesądza o tym, że czym innym jest podwyższenie kapitału zakładowego, a czym innym wniesienie aportu do spółki. W tym przepisie ustawodawca wyraźnie określił moment powstania obowiązku podatkowego w razie podwyższenia kapitału zakładowego w spółce o statusie osoby prawnej. Obowiązek podatkowy powstaje już z chwilą podjęcia uchwały. W zakresie interpretacji art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335, w kontekście przystąpienia Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, Dyrektor Izby Skarbowej powołał się na stanowisko prawne TSUE w sprawie C-372/10 oraz jego omówienie w wyroku w sprawie II FSK 564/12. Z odwołaniem do tych orzeczeń argumentował, że w przypadku państwa takiego jak Rzeczpospolita Polska, które przystąpiło do Unii ze skutkiem od dnia 1 maja 2004 r., wobec braku postanowień wprowadzających odstępstwa w akcie przystąpienia tego państwa do Unii lub w innym akcie prawa Unii, art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335, zmienionej dyrektywą 85/303, powinien być interpretowany w ten sposób, że przewidziane w nim obowiązkowe zwolnienie dotyczy wyłącznie czynności objętych zakresem zastosowania tej dyrektywy, ze zmianami, które to czynności w dniu 1 lipca 1984 r. były w tym państwie członkowskim zwolnione od podatku kapitałowego lub które były opodatkowane tym podatkiem wg stawki obniżonej wynoszącej 0,5% lub niższej. Zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej nie może być więc wątpliwości, że skoro w dniu 1 lipca 1984 r. czynność podwyższenia kapitału zakładowego podlegała opłacie skarbowej według stawki powyżej 0,5%, to nie zostały spełnione warunki zwolnienia określone w art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335. Orzeczenia sądów I instancji, na które powołuje się podatnik, zostały uchylone w rezultacie rozpoznania skarg kasacyjnych.

A. SA (w dalszej części uzasadnienia – skarżąca) złożyła skargę na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej. Zarzuciła naruszenie:

-art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335, w związku z art. 249 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską oraz art. 91 ust. 3 Konstytucji RP przez błędną wykładnię, polegającą na uznaniu, że z przepisów tych nie wynika zwolnienie z opodatkowania czynności podwyższenia kapitału zakładowego spółki przez wniesienie aportem przedsiębiorstwa oraz uznanie, że przepisy ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, skutkujące opodatkowaniem tego typu czynności, nie są sprzeczne z dyrektywą 69/335;

-art. 121 § 1 o.p. przez brak odniesienia się przez organ podatkowy do argumentacji i wyjaśnień przedstawionych przez podatnika w toku postępowania podatkowego oraz art. 210 § 4 o.p. w związku z art. 124 o.p., polegające na uzasadnieniu zaskarżonej decyzji w sposób sprzeczny z ustawowym wzorcem.

Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości oraz o zasądzenie kosztów postępowania. W skardze zawarła wniosek, w przypadku powzięcia przez sąd wątpliwości odnośnie interpretacji przepisów prawa unijnego, o skierowanie na podstawie art. 267 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej do TSUE pytania w trybie prejudycjalnym, dotyczącego wykładni regulacji prawa pochodnego w zakresie opodatkowania podatkiem kapitałowym w brzmieniu: "Czy mając na uwadze to, iż mocą Dyrektywy Rady 73/80 z dnia 9 kwietnia 1973 r. (Dz. U. L 103) wszystkie Państwa Członkowskie były zobowiązane (obligatoryjnie i bezwarunkowo) do opodatkowania w dniu 1 lipca 1984 r. operacji określonych w art. 7 ust. 1 lit. b Dyrektywy Rady 69/335 z 17 lipca 1969 r. (Dz. U. L 249) stawką nie wyższą niż 0,50%, zaś Dyrektywa Rady 85/303 z 10 czerwca 1985 r. (Dz. U. L 156) nakazała obowiązkowo zwolnić z podatku kapitałowego wszystkie operacje, które były opodatkowane stawką 0,50% lub niższą, należy przyjąć, iż operacje, o których mowa w art. 7 ust. 1 lit. b, podlegały zwolnieniu od dnia 1 stycznia 1986 r. mocą przepisów wspólnotowych, a dla ich zwolnienia bez znaczenia pozostawało to, czy i w jakiej wysokości były one opodatkowane w danym kraju na dzień 1 lipca 1984 r. ? "

W podsumowaniu obszernego uzasadnienia skargi stwierdzała, że odesłanie zawarte w art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335 do przepisów wspólnotowych obowiązujących w dniu 1 lipca 1984 r. należy odnieść także do państw członkowskich, które przystąpiły do Unii Europejskiej po tej dacie. Zatem nowe państwa członkowskie, także Polska, od dnia przystąpienia do Unii Europejskiej zobligowane są do zwolnienia czynności, które w dniu 1 lipca 1984 r. były zwolnione z podatku lub opodatkowane stawką 0,50 % lub niższą nie tylko na gruncie obowiązujących w tym dniu przepisów prawa krajowego, ale również prawa wspólnotowego - dyrektywy 69/335. Przeciwna interpretacja, zaprezentowana w zaskarżonej decyzji, prowadzi do wniosku, że nowe państwa członkowskie nie muszą implementować dyrektywy, co z kolei w oczywisty sposób prowadziłoby do powstania i pogłębiania różnic w opodatkowaniu podatkiem kapitałowym takich samych transakcji na terenie różnych państw członkowskich i skutkowałoby naruszeniem celu dyrektywy 69/335, a tym samym również zasady równego traktowania podmiotów mających siedzibę w różnych krajach UE i zasady swobodnego przepływu kapitału. Mając powyższe na uwadze należy stwierdzić, że z dniem przystąpienia do Unii Europejskiej, Polska powinna zaimplementować dyrektywę 69/335, czyli zapewnić, przez przyjęcie odpowiedniego aktu prawa powszechnie obowiązującego, by na terytorium Polski, począwszy od dnia 1 maja 2004 r., skutek dyrektywy 69/335 był realizowany. Od dnia 1 maja 2004 r. czynność polegająca na podwyższeniu kapitału zakładowego spółki kapitałowej przez wniesienie przedsiębiorstwa powinna więc również w Polsce korzystać ze zwolnienia podatkowego w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych. Wobec braku odpowiedniej implementacji przepisów wspólnotowych do prawa krajowego podstawą stosowania zwolnienia powinny być bezpośrednio przepisy wspólnotowe - art. 7 ust 1 dyrektywy 69/335. W związku z tym zaskarżona decyzja, odmawiająca stwierdzenia nadpłaty, a tym samym zastosowania powyższego zwolnienia, narusza art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335, co powoduje konieczność jej uchylenia. Odnosząc się do twierdzenia organu podatkowego, że podatkowi od czynności cywilnoprawnych podlegało podwyższenie kapitału zakładowego, a nie czynność prawna polegająca na wniesieniu aportu, skarżąca argumentowała, że w okolicznościach tej sprawy sporny podatek od czynności cywilnoprawnych pobrany został w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego skarżącej w drodze utworzenia nowych udziałów, objętych przez dotychczasowego jedynego wspólnika i pokrytych wkładem niepieniężnym w postaci przedsiębiorstwa.

Swoją argumentację skarżąca wspierała stanowiskiem prawnym w sprawach: I SA/Kr 813/09, III SA/Wa 173/08, III SA/Wa 920/08, III SA/Wa 527/09, III SA/Wa 894/12, III SA/Wa 864 - 867/12, III SA/Wa 743/11. Zdaniem skarżącej organ podatkowy błędnie odczytuje orzeczenie TSUE w sprawie C-366/05, pomija opinię rzecznika generalnego w sprawie C-397/07. Pomija także, że orzeczenie w sprawie C-372/10 zapadło na gruncie istotnie odmiennych okoliczności i argumenty przedstawione w tym wyroku mają ograniczone zastosowanie w tej sprawie. W sprawie C-372/10 spółka powoływała się na art. 7 ust. 1 lit. bb) dyrektywy 69/335, dodany dyrektywą 73/79, który miał charakter fakultatywny, a w tej sprawie skarżąca powoływała się na zwolnienie obligatoryjne z art. 7 ust. 1 lit. b) dyrektywy 69/335, zgodnie z brzmieniem "stawka zostanie zmniejszona". Zatem ten wyrok został wydany na gruncie istotnie innych okoliczności. Stąd potrzeba wystąpienia z pytaniem prejudycjalnym, o co wnioskuje skarżąca.

Zarzut naruszenia przepisów postępowania podatkowego skarżąca uzasadniała tym, że organ podatkowy nie odniósł się do całości jej argumentacji. Nie dokonał wnikliwej analizy orzecznictwa sądowego dotyczącego wykładni przepisów, mających zastosowanie w sprawie, w tym orzeczeń TSUE.

Dyrektor Izby Skarbowej, odpowiadając na skargę, wniósł o jej oddalenie. Podtrzymał stanowisko i argumenty przedstawione w zaskarżonej decyzji.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

Zaskarżona decyzja nie odpowiada prawu. Skarga zasługuje na uwzględnienie, ale z innych przyczyn niż podaje skarżąca. Zgodnie bowiem z art. 134 § 1 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U.12.270 - dalej jako p.p.s.a.) sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Dlatego sądowa kontrola legalności nie mogła zostać ograniczona tylko do zakresu wyznaczonego treścią skargi.

Stan faktyczny, przyjęty w zaskarżonej decyzji, był bezsporny. Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników B. spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w L. w dniu 30 czerwca 2007 r. podjęło uchwałę o podwyższeniu kapitału zakładowego o kwotę 1.571.189.500 zł z kwoty 50.000 zł do kwoty 1.571.239.500 zł przez utworzenie nowych, równych i niepodzielnych udziałów o łącznej wartości nominalnej 1.571.189.500 zł. Wszystkie nowe udziały podlegały objęciu przez dotychczasowego wspólnika, spółkę akcyjną i pokryciu wkładem niepieniężnym w postaci zorganizowanej części przedsiębiorstwa. W związku z dokonaną czynnością notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 7.855.842 zł, obliczony według stawki 0,5% na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 9 lit. a) i ust. 2 u.p.c.c. Te niesporne okoliczności faktyczne zostały przyjęte dla celów sądowej kontroli legalności zaskarżonej decyzji.

Spór skarżącej z organem podatkowym koncentrował się na kwestii czy w realiach rozpatrywanej sprawy opodatkowanie podwyższenia kapitału zakładowego skarżącej podatkiem od czynności cywilnoprawnych jest zgodne z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335. Podstawowym zarzutem ze strony skarżącej był zarzut niezgodności prawa krajowego- art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k), pkt 2, ust. 3 pkt 2 w związku z art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. b) i art. 7 ust.1 pkt 9 oraz art. 10 ust. 2 i ust. 3 u.p.c.c. - z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335 oraz zarzut niezastosowania art. 7 ust. 1 tej dyrektywy i art. 249 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską, Dz.U.UE.C.06.321E (obecnie art. 288 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej, Dz.U.UE.C.10.83.47), art. 91 ust. 3 Konstytucji RP, Dz.U.97.78.483, a tym samym naruszenie zasady pierwszeństwa i zasady bezpośredniego skutku prawa unijnego. Zarzutu tego podzielić nie można.

W wyniku pytania prejudycjalnego, przedstawionego przez Naczelny Sąd Administracyjny, TSUE w dniu 16 lutego 2012 r., w sprawie C-372/10 wydał wyrok, w którym stwierdził, że: "W przypadku państwa takiego jak Rzeczpospolita Polska, które przystąpiło do Unii ze skutkiem od dnia 1 maja 2004 r., wobec braku postanowień wprowadzających odstępstwa w akcie przystąpienia tego państwa do Unii Europejskiej lub w innym akcie prawa Unii Europejskiej, art. 7 ust. 1 dyrektywy Rady 69/335/EWG z dnia 17 lipca 1969 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału, zmienionej dyrektywą Rady 85/303/EWG z dnia 10 czerwca 1985, powinien być interpretowany w ten sposób, że przewidziane w nim obowiązkowe zwolnienie dotyczy wyłącznie czynności objętych zakresem zastosowania tej dyrektywy, ze zmianami, które to czynności w dniu 1 lipca 1984 r. były w owym państwie zwolnione od podatku kapitałowego lub były opodatkowane owym podatkiem według stawki obniżonej wynoszącej 0,50% lub niższej."

Wyrok ten zapadł na gruncie okoliczności porównywalnych z okolicznościami w rozpoznawanej sprawie. Nie ma różnic istotnych dla oceny prawnej, dla stosowania wyroku w sprawie C-372/10. W każdej z tych spraw spółka z ograniczoną odpowiedzialnością podwyższyła kapitał zakładowy o wartość równą wartości aportu niepieniężnego. Sąd kontrolujący legalność zaskarżonej decyzji nie był w związku z tym zobowiązany do wystąpienia do TSUE z kolejnym pytaniem prejudycjalnym, o co wnioskowała skarżąca. Natomiast miał obowiązek uwzględnić wykładnię rozważanej dyrektywy, dokonaną przez TSUE. W wyniku wyroku TSUE w sprawie C-372/10 wyjaśnione zostały wątpliwości interpretacyjne w spornym zakresie, dotyczącym art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335. Oznacza to, że wykładnię art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335, dokonaną przez organ odwoławczy w zaskarżonej decyzji, należy uznać za w pełni prawidłową. Organ ten za datę odniesienia przyjął bowiem wynikającą z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335, w brzmieniu wynikającym ze zmiany tej dyrektywy dyrektywą 85/303, datę 1 lipca 1984 r. i na ten dzień ustalał czy podwyższenie kapitału w spółce z ograniczoną odpowiedzialnością podlegało opodatkowaniu podatkiem kapitałowym, a jeżeli podlegało, to czy stawka tego podatku była wyższa niż 0,5 %. Tok rozumowania, który doprowadził organ podatkowy do ustalenia takiej treści przepisu unijnego, jest powtórzeniem toku argumentacji, przedstawionego w powołanym wyroku w sprawie C-372/10 we wszystkich istotnych aspektach faktycznych i prawnych. Dla ustalenia zatem możliwości zastosowania art.1 ust. 1 lit. k), ust. 2 i ust. 3 pkt 1 u.p.c.c. konieczne było przeanalizowanie przepisów krajowych, obowiązujących w dacie odniesienia. Jak zostało wyjaśnione w motywach wyroku w sprawie II FSK 1806/10, w stanie prawnym obowiązującym w Polsce w dniu 1 lipca 1984 r. odpowiednikiem podatku kapitałowego była opłata skarbowa. Zgodnie z art. 1 ust. 1 pkt 3 lit. d) ustawy z dnia 19 grudnia 1975 r. o opłacie skarbowej (Dz.U. Nr 45, poz. 226) opłatę skarbową pobiera się od pism stwierdzających zawiązanie spółki przez osoby fizyczne i osoby prawne niebędące jednostkami gospodarki uspołecznionej. Wysokość opłaty skarbowej została określona w rozporządzeniu Rady Ministrów z dnia 16 maja 1984 r. w sprawie opłaty skarbowej (Dz.U. Nr 34,poz. 161). Od umowy spółki wynosi ona od wkładów, których przedmiotem jest nieruchomość lub prawo wieczystego użytkowania-10%, a od innych wkładów-5% (§ 54 ust.1 rozporządzenia w sprawie opłaty skarbowej). Podstawę obliczania opłaty skarbowej stanowi przy powiększeniu kapitału spółki kwota, o którą podwyższono kapitał zakładowy (§ 54 ust.3 tego rozporządzenia). Przez kapitał zakładowy należy rozumieć wszelkie wkłady wspólników, z wyjątkiem wkładów polegających na wykonywaniu pracy, a w spółkach z ograniczoną odpowiedzialnością- także dopłaty (§ 54 ust. 4 cyt. rozporządzenia). Z powyższych regulacji wynika, że na dzień 1 lipca 1984 r. od podwyższenia kapitału w spółce z ograniczoną odpowiedzialnością poprzez wniesienie wkładu innego niż nieruchomość bądź prawo wieczystego użytkowana pobierana była opłata skarbowa w wysokości 5% podstawy jej obliczania. Oznacza to, w świetle wyroku TSUE z dnia 16 lutego 2012 r., C-372/10, że po wejściu do Unii Europejskiej Polska mogła opodatkować podatkiem kapitałowym czynność cywilnoprawną polegającą na zmianie umowy spółki z ograniczoną odpowiedzialnością poprzez podwyższenie jej kapitału. Stawka opodatkowania w wysokości 0,5 %, wynikająca z art. 7 ust. 1 pkt 9 u.p.c.c., została wprowadzona do prawa krajowego z dniem 1 maja 2004 r. Poprzednio w okresie od 1 lipca 1984 r. do 28 lutego 1989 r. obowiązywała stawka stała w wysokości 10 % od wkładów w postaci nieruchomości lub prawa użytkowania wieczystego oraz w wysokości 5 % od innych wkładów. Od 1 marca 1989 r. do 30 kwietnia 2004 r. obowiązywała stawka regresywna, malejąca wraz ze wzrostem podstawy opodatkowania. Stawkę taką przewidziano w § 58 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 lutego 1989 r. w sprawie opłaty skarbowej (Dz.U. Nr 9, poz.52 z późn. zm.), w § 68 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 2 października 1991 r. w sprawie opłaty skarbowej (Dz.U. Nr 90, poz. 405), w § 69 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 25 czerwca 1992r. w sprawie opłaty skarbowej (Dz.U. Nr 53, poz. 253 z późn. zm.), w § 69 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. w sprawie opłaty skarbowej (Dz.U. Nr 136, poz. 705 z późn. zm.) i wynosiła ona od 2%-0,1% podstawy opodatkowania. Od 1 stycznia 2001 r. od zmiany umowy spółki pobierany jest podatek od czynności cywilnoprawnych. Zgodnie z art. 7 ust. 1 pkt 9 u.p.c.c. w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2001 r. do 30 kwietnia 2004 r. podatek ten pobierano od tej czynności również według stawek regresywnych, mieszczących się w granicach od 1% do 0,1 % podstawy opodatkowania. Od dnia 1 maja 2004 r. stawka podatku od zmiany umowy spółki jest stawką stałą i wynosi 0,5 %. Sąd nie podziela poglądu, by zmiana rodzaju stawki, dokonana od 1 maja 2004 r. naruszać miała zasadę stałości (standstill). Zgodnie z art. 4 ust. 1 lit. c) dyrektywy 69/335 w brzmieniu obowiązującym w dniu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej podatkowi kapitałowemu podlegają operacje polegające na podwyższeniu kapitału spółki kapitałowej poprzez wniesienie wkładów jakiegokolwiek rodzaju. Polska po przystąpieniu do Unii Europejskiej miała zatem prawo opodatkować w dalszym ciągu tego typu czynność cywilnoprawną, co - w świetle powołanego wyżej orzeczenia TSUE w sprawie C-372/10 - nie może budzić wątpliwości. Nie zrezygnowała z tego opodatkowania, co wynika jednoznacznie z treści art.1 ust. 1 lit. k), ust. 2 i ust. 3 pkt 1 u.p.c.c., po przystąpieniu do Unii Europejskiej ani też w okresie między 1 lipca 1984 r. a akcesją. Zmiana stawki opodatkowania, dokonywana w okresie od 1 marca 1989 r. do 30 kwietnia 2004 r., nie stanowiła bowiem odstąpienia od opodatkowania tej czynności. Czynność ta nie została ani zwolniona, ani wyłączona z zakresu opodatkowania. Skoro dyrektywa 69/335 obowiązywała w Polsce, co wyraźnie stwierdzono w wyroku TSUE w sprawie C-372/10, dopiero od dnia przystąpienia do Unii Europejskiej, a do tej daty obowiązywały w Polsce wyłącznie przepisy krajowe (pkt 26 i 27 wyroku), to zmiana stawki po dacie akcesji w stosunku do stawki, jaka obowiązywała przed tą datą, nie stanowiła naruszenia zasady standstill, skoro nie dotyczyła okresu, w którym Polskę obowiązywało prawo unijne. Stawka ta zresztą w stosunku do stawki obowiązującej w dniu 1 lipca 1984 r. została znacząco obniżona. W wyroku TSUE z dnia 12 listopada 2009 r. w sprawie C-441/08 podkreślono (pkt 32), odwołując się do dotychczasowego orzecznictwa, że nowa norma ma natychmiastowe zastosowanie do przyszłych skutków sytuacji powstałej w czasie obowiązywania poprzedniej normy. Jeżeli w akcie dotyczącym warunków przystąpienia danego państwa członkowskiego brak jest szczególnego przepisu dotyczącego stosowania danego postanowienia traktatu WE, należy uznać, że postanowienie to ma natychmiastowe zastosowanie i wiąże państwo członkowskie od dnia akcesji, a zatem stosuje się do przyszłych skutków sytuacji powstałych przed przystąpieniem tego nowego państwa do Unii. Polska miała w związku z tym prawo z dniem przystąpienia do Unii Europejskiej opodatkowywać czynność zmiany umowy spółki polegającej na podwyższeniu kapitału zakładowego według stawki odmiennej niż stosowana przed 1 maja 2004 r., nawet jeżeli w niektórych wypadkach stawka ta byłaby wyższa niż ustalona na podstawie przepisów krajowych obowiązujących przed dniem akcesji, skoro dopiero po tej dacie zobowiązana była do realizacji celów dyrektywy 69/335.

Powyższe stanowisko prawne, potwierdzone wyrokiem TSUE w sprawie C-372/10, należy uznać za już wcześniej utrwalone w orzecznictwie, by dla przykładu wymienić orzeczenia w sprawach: II FSK 1266/08, II FSK 1698/10, II FSK 563/12, II FSK 1806/10. Dlatego w zakresie dotyczącym zgodności opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych podwyższenia kapitału zakładowego z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335, zmienionej dyrektywą 85/303, stanowisko organu odwoławczego nie narusza prawa, a zarzuty skarżącej są niezasadne. Jednak tej treści konstatacja sama nie wystarczy, by zaakceptować legalność zaskarżonej decyzji. Jest jeszcze kwestia, która może mieć istotny wpływ na wynik sprawy o nadpłatę, dotychczas pominięta przez organ podatkowy.

Otóż zgodnie z art. 5 ust. 1 lit. a) dyrektywy 69/335 (w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2007 r., Dz.U.UE.L.06.363.129) podatek nalicza się przy utworzeniu spółki kapitałowej, podwyższeniu kapitału lub zwiększeniu majątku spółki, jak określono w art. 4 ust. 1 lit. a), c) i d), od rzeczywistej wartości aktywów jakiegokolwiek rodzaju wniesionych lub mających być wniesionymi przez członków, po pomniejszeniu o przyjęte zobowiązania i poniesione wydatki przez spółkę w następstwie każdego wkładu. Państwa członkowskie mogą odłożyć naliczenie podatku kapitałowego do czasu wniesienia wkładów. Natomiast stosownie do art. 5 ust. 3 tej dyrektywy suma, od której naliczany jest podatek w przypadku podwyższenia kapitału, nie obejmuje:

– sumy aktywów należących do spółki kapitałowej, które są przeznaczone na podwyższenie kapitału i które już zostały objęte podatkiem kapitałowym;

– sumy zaciągniętych przez spółkę kapitałową pożyczek, które są zamieniane na udziały w spółce i które już zostały objęte podatkiem kapitałowym.

TSUE w wyroku w sprawie C-372/10 dokonał wykładni art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335, zmienionej dyrektywą 85/303, odpowiadając na pierwsze pytanie prejudycjalne. Odpowiadając na drugie pytanie prejudycjalne orzekł, że art. 5 ust. 3 tiret pierwsze dyrektywy 69/335, który wyłącza z podstawy opodatkowania "sumę aktywów należących do spółki kapitałowej, które są przeznaczone na podwyższenie kapitału i które już zostały objęte podatkiem kapitałowym", należy interpretować w ten sposób, że ma on zastosowanie niezależnie od tego, czy chodzi o aktywa spółki, której kapitał ulega podwyższeniu, czy o te aktywa, które pochodzą od innej spółki i podwyższyły ten kapitał. TSUE motywował między innymi, że art. 5 ust. 3 tiret pierwsze dyrektywy 69/335 uzależnia przewidziane przezeń wyłączenie z podstawy opodatkowania od dwóch warunków: po pierwsze, aby dane aktywa były przeznaczone na podwyższenie kapitału spółki kapitałowej, a po drugie, aby zostały już objęte podatkiem kapitałowym (pkt 35). Tym samym TSUE, obok wykładni art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335, jednocześnie dokonał wykładni zakresu wyłączenia z podstawy opodatkowania przewidzianego w art. 5 ust. 3 tiret pierwsze tej dyrektywy. W świetle wyroku w sprawie C-372/10 nie może więc budzić wątpliwości, że opodatkowanie podatkiem od czynności cywilnoprawnych podwyższenia kapitału zakładowego spółki kapitałowej musi respektować wyłączenie z podstawy opodatkowania przewidziane w art. 5 ust. 3 tiret pierwsze dyrektywy 69/335. Zatem, zgodne z prawem opodatkowanie czynności podwyższenia kapitału zakładowego spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, każdorazowo wymaga od organu podatkowego wykazania, że nie doszło do naruszenia art. 5 ust. 3 tiret pierwsze dyrektywy 69/335 (wobec sporu o nadpłatę i twierdzenie podatnika, że przyjęte przez organ opodatkowanie jest sprzeczne z prawem UE). Nie można bowiem zasadnie przyjąć, że TSUE w sprawie C-372/10 zaaprobował opodatkowanie czynności podwyższenia kapitału zakładowego, także wbrew wyłączeniu przewidzianemu w art. 5 ust. 3 tiret pierwsze dyrektywy 69/335. Byłoby to stanowisko wprost sprzeczne z treścią tego wyroku. W tym kontekście należy także zwrócić uwagę na stanowisko prawne TSUE w sprawie C-441/08, z którego jednoznacznie wynika obowiązek respektowania zakazu podwójnego opodatkowania tej samej podstawy opodatkowania. W powołanym wyroku TSUE, w odniesieniu do art. 5 ust. 3 tiret drugie dyrektywy 69/335 motywował, że jedynym celem oraz jedynym zakresem powyższego unormowania jest uniemożliwienie podwójnego opodatkowania tej samej podstawy opodatkowania. Sąd jest zdania, że argumenty prawne przyjęte przez TSUE na gruncie art. 5 ust. 3 tiret drugie rozważanej dyrektywy podlegają odpowiedniemu odniesieniu także do ust. 3 tiret pierwsze.

Należy przypomnieć, że z dniem przystąpienia do Unii Europejskiej Rzeczpospolita Polska zobowiązała się do respektowania prawa unijnego. Dorobek prawny Unii Europejskiej obejmuje także orzecznictwo TSUE. Organy państw członkowskich (sądy, ale i organy administracji państwowej) zobowiązane są do respektowania stanowiska prawnego przyjętego w orzecznictwie TSUE. Organ podatkowy nie był zatem uprawniony w kontrolowanym postępowaniu do stosowania wyroku w sprawie C-372/10 tylko w wybranym fragmencie, do odstąpienia od rozważenia jego pozostałej części, istotnej z punktu widzenia rozpatrywanego sporu o nadpłatę. Dlatego organ odwoławczy dotychczas dowolnie zaniechał rozważenia kwestii wyłączenia z podstawy opodatkowania, o którym stanowi art. 5 ust. 3 tiret pierwsze dyrektywy 69/335.

Dla zupełności oceny prawnej, już na tym etapie sądowej kontroli legalności należy jeszcze zwrócić uwagę na kwestię wyłączenia od opodatkowania w kontekście art. 2 pkt 4 u.p.c.c., który jest wyrazem założenia ustawodawcy, że obrót gospodarczy podlega podatkowi od towarów i usług, prywatny podatkowi od czynności cywilnoprawnych (w myśl zasady albo podatek od towarów i usług, albo od czynności cywilnoprawnych). Zatem kwestia podwójnego opodatkowania, obok unijnego kontekstu prawnego (art. 5 ust. 3 tiret pierwsze dyrektywy 69/335), ma także swój krajowy kontekst prawny. Ten krajowy kontekst prawny był przedmiotem uchwały w sprawie II FPS 1/12 z dnia 19 listopada 2012 r. (już po wydaniu zaskarżonej decyzji). W myśl tej uchwały w stanie prawnym obowiązującym przed 1 stycznia 2007 r., w przypadku wniesienia do spółki wkładu niepieniężnego (aportu), dochodziło do wyłączenia opodatkowania w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych, zgodnie z art. 2 pkt 4 u.p.c.c. W motywach tej uchwały (pkt 6.5) wyjaśniono między innymi, że: "Ugruntowany w powyższej wykładni pogląd, że w podatku od czynności cywilnoprawnej przedmiotem podatku jest wniesienie aportu do spółki kapitałowej, które na mocy art. 1 ust. 3 pkt 2 u.p.c.c. należy utożsamiać ze zmianą umowy spółki przemawia także wykładnia historyczna. W brzmieniu obecnym art. 2 pkt 4 u.p.c.c. stanowi, że: "Nie podlegają podatkowi: (...) 4) czynności cywilnoprawne, inne niż umowa spółki i jej zmiany, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest: a) opodatkowana podatkiem od towarów i usług, (...)". Wprowadzona ustawą z dnia 22 stycznia 2010 r. o zmianie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. Nr 44, poz. 251) modyfikacja art. 2 pkt 4 u.p.c.c. ustanawia nowość normatywną, polegającą na nieobjęciu wyłączeniem przewidzianym ww. przepisem zmian umowy spółki. Skoro, jak wyżej stwierdzono, art. 1 ust. 3 pkt 2 u.p.c.c. nakazuje w konstrukcji podatkowej podatku od czynności cywilnoprawnych przyjąć fikcję, że wniesienie aportu do spółki kapitałowej jest jednocześnie zmianą umowy spółki, to od dnia wejścia w życie nowego brzmienia art. 2 pkt 4 u.p.c.c., tj. 22 kwietnia 2010 r., czynność wniesienia aportu nie jest objęta zakresem wyłączenia, o którym mowa w ww. przepisie. Uwzględniając powyższą nowelizację, należy w drodze wnioskowania a contrario wywieść konkluzję, że w stanie prawnym sprzed 22 kwietnia 2010 r. (data wejścia w życie ww. ustawy nowelizacyjnej) obowiązywał przepis art. 2 pkt 4 u.p.c.c., który swoim zakresem obejmował wniesienie aportu do spółki kapitałowej, utożsamianej na mocy art. 1 ust. 3 pkt 2 u.p.c.c. ze zmianą umowy spółki. Należy przy tym pamiętać, że nie każda zmiana przepisu prawa jest zmianą o charakterze prawotwórczym (normatywnym), lecz nowelizacja danego przepisu prawa może mieć także charakter redakcyjny i porządkujący (por. uchwała składu siedmiu sędziów NSA z dnia 14 marca 2011 r., II FPS 8/10, publik. http://orzeczenia.nsa.gov.pl/ oraz orzecznictwo powoływane w: A. Bielska-Brodziak, Z. Tobor, Zmiana w przepisach jako argument w dyskursie interpretacyjnym, "Państwo i Prawo" 2009, nr 9, s. 19-27 i T. Grzybowski, Zmiana tekstu prawnego a zmiana normatywna, "Państwo i Prawo" 2010, nr 4, s. 42-51). (...) W przypadku omawianej zmiany porównanie ze sobą brzmienia art. 2 pkt 4 u.p.c.c. sprzed nowelizacji i po niej prowadzi do konkluzji, że była to prawotwórcza zmiana przepisów prawa. Tym samym zasadny jest wniosek, że w stanie prawnym sprzed 22 kwietnia 2010 r., a więc także przed 1 stycznia 2007 r., wniesienie aportu do spółki kapitałowej było objęte wyłączeniem przewidzianym w art. 2 pkt 4 u.p.c.c. spod opodatkowania w podatku od czynności cywilnoprawnych w sytuacji, gdy wniesienia aportu było opodatkowane podatkiem od towarów i usług (z zastrzeżeniem, że przed nowelizacją u.p.c.c., która weszła w życie 1 stycznia 2007 r. zwolnieniem w p.c.c. objęte były także czynności zwolnione od opodatkowania w podatku od towarów i usług). Dopiero zmiana normatywna wyprowadzona ww. nowelizacją ukonstytuowała opodatkowanie tego typu czynności podatkiem od czynności cywilnoprawnej."

Stanowisko prawne przyjęte w zaskarżonej decyzji nie pozostawia wątpliwości, że zdaniem organu odwoławczego podatek pobrany od skarżącej przez notariusza był podatkiem należnym, nie stanowi nadpłaty zdefiniowanej w art. 72 § 1 pkt 2 o.p. Jednak w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji zabrakło argumentów faktycznych i prawnych, przemawiających za zasadnością pobrania podatku przez płatnika z perspektywy art. 2 pkt 4 u.p.c.c. Jeśli organ odwoławczy był zdania, że w sprawie nie miał zastosowania art. 2 pkt 4 u.p.c.c., to tej treści stanowiska nie uzasadnił. Ta pominięta kwestia może istotnie wpływać na wynik sprawy o nadpłatę. Uzupełniając postępowanie wyjaśniające w tym istotnym zakresie, organ odwoławczy będzie zobowiązany odnieść się do stanowiska i argumentów przyjętych w uchwale II FPS 1/12, rozważyć ich adekwatność do stanu faktycznego i prawnego w rozpatrywanej sprawie o nadpłatę. (Por. wyrok w sprawie II FSK 1806/10)

We wniosku o stwierdzenie nadpłaty, następnie w dalszym toku postępowania przed organami podatkowymi, skarżąca nie powoływała się na art. 5 ust. 3 tiret pierwsze dyrektywy 69/335 w kontekście wyroku w sprawie C-372/10 ani na art. 2 pkt 4 u.p.c.c. w kontekście zagadnienia prawnego przedstawionego do rozstrzygnięcia w sprawie II FPS 1/12, jako na podstawę prawną stwierdzenia nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego. Nie można zapominać, że składając wniosek o stwierdzenie nadpłaty strona domagała się w istocie stwierdzenia, że płatnik pobrał od niej podatek, który jest nienależny w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 2 o.p. Wniosek ten wszczynał postępowanie podatkowe zgodnie z art.165 § 1 o.p., a zarazem zakreślał jego przedmiot i zakres. Obowiązkiem organu podatkowego było zbadanie jego zasadności. Stwierdzenie zaś czy podatek wskazany we wniosku został pobrany nienależnie, wymaga od organu podatkowego weryfikacji pobranego (w tym przypadku) przez płatnika podatku przez przeanalizowanie przepisów prawa podatkowego, regulujących dany podatek. Na tej podstawie organ podatkowy ma obowiązek ustalić czy i ewentualnie w jakiej wysokości podatek powinien być pobrany (por. wyrok NSA z dnia 9 czerwca 2010 r., II FSK 1304/09). Oznacza to, że organ podatkowy nie powinien ograniczyć się do zbadania wskazanych przez podatnika przyczyn powstania nadpłaty, ale powinien przeanalizować czy także z innych, niż wskazane we wniosku, podatek był nienależny. Odmowa stwierdzenia nadpłaty jest bowiem równoznaczna ze stwierdzeniem, że podatek nie został uiszczony (pobrany) nienależnie bądź w wysokości wyższej od należnej. Taka odmowa może zatem zostać orzeczona wyłącznie wówczas, gdy organ podatkowy ustali, że podatek był należny i nie został nadpłacony. To ustalenie wymaga wyjaśnienia wszystkich okoliczności faktycznych oraz oceny wszystkich okoliczności prawnych, które mogą w obowiązującym porządku prawnym mieć istotne znaczenie dla stwierdzenia, że podatek został pobrany dla organu podatkowego należnie. Organ podatkowy nie jest uprawniony do poprzestania wyłącznie na tych argumentach czy tych przepisach prawa, na które zwrócił uwagę podatnik i pomijać te, które mogą stanowić o zasadności żądania stwierdzenia nadpłaty. Postępowanie z wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie nosi znamion kontradyktoryjności. W tym postępowaniu podatkowym nie doznają ograniczeń zasady z art. 120, art. 121 § 1 i art. 122 o.p., nakazujące organowi podatkowemu działać zgodnie z prawem, prowadzić postępowanie w sposób budzący zaufanie podatnika do organu podatkowego, podejmować rozstrzygnięcia zgodnie z prawdą materialną, z rzeczywistym stanem rzeczy. Te zasady stanowią bowiem gwarancję praworządności. Jeśli podatnik twierdzi, że nadpłacił podatek w warunkach art. 72 § 1 pkt 2 o.p., to organ podatkowy ma obowiązek wykazać, że podatek został pobrany przez płatnika (jak w tym przypadku) zgodnie z prawem. Tym samym w ramach kontroli legalności działania organu podatkowego możliwe jest zbadanie przez sąd czy odmowa stwierdzenia nadpłaty jest wynikiem rozważenia wszystkich okoliczności faktycznych i prawnych istotnych dla przesądzenia o istnieniu nadpłaty, także tych, których podatnik nie powołał. Sąd, dokonując takiej kontroli, działa nadal w granicach sprawy rozstrzygniętej zaskarżoną decyzją. Przedmiotem tej sprawy będzie nadal stwierdzenie nadpłaty w tym samym podatku. Dlatego, mimo że art. 5 ust. 3 tiret pierwsze dyrektywy 69/335 czy art. 2 pkt 4 u.p.c.c. nie były powoływane przed organami podatkowymi ani nawet w skardze do sądu, sąd I instancji stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a. miał obowiązek stwierdzić, że zaniechanie przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego i brak oceny prawnej w tym zakresie, stanowi ze strony organu odwoławczego naruszenie prawa w warunkach przesłanki z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. Takie też stanowisko prawne było podstawą wyroku w sprawie II FSK 1806/10. Sąd w pełni je podziela.

Powyższe istotne luki postępowania wyjaśniającego naruszają art. 120, art. 121 § 1, art. 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1, art. 191 o.p. w warunkach przesłanki uchylenia zaskarżonej decyzji określonej w art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. Te naruszenia przepisów postępowania podatkowego mogą mieć istotny wpływ na wynik sprawy, na prawidłowe rozstrzygnięcie czy i w jakim rozmiarze podatek pobrany przez płatnika realizuje przesłankę z art. 72 § 1 pkt 2 o.p. Powinnością organu podatkowego będzie przeprowadzić zupełne postępowanie wyjaśniające, a jego rezultat (ustalenia oraz ocenę prawną we wszystkich istotnych aspektach) wyczerpująco przedstawić w uzasadnieniu podejmowanej decyzji. Na tym etapie kontrolowanego postępowania w przedmiocie nadpłaty nie można stanowczo przesądzić (pozytywnie czy negatywnie) kwestii zastosowania art. 72 § 1 pkt 2 o.p. Natomiast sąd nie jest uprawniony do zastępowania organu podatkowego w rozstrzyganiu sporu o nadpłatę.

Z tych względów zaskarżona decyzja podlegała uchyleniu na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) przy zastosowaniu art. 152 p.p.s.a. Orzeczenie o kosztach postępowania uzasadnia art. 200 i art. 205 § 2 - § 4 p.p.s.a.