Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 380/11
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2011-08-29 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżoną decyzję

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia WSA Maciej Kurasz, Sędziowie Sędzia WSA Sylwester Golec, Sędzia WSA Jolanta Sokołowska (sprawozdawca), Protokolant referent stażysta Agata Próchniewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 29 sierpnia 2011 r. sprawy ze skargi A. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] grudnia 2010 r. nr [...] w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2000, 2001, 2002 i 2003 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz A. Sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 457 zł (słownie: czterysta pięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.


UZASADNIENIE

Zaskarżoną decyzją z dnia [...] grudnia 2010 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z dnia [...] kwietnia 2010 r. w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za okres styczeń, kwiecień, lipiec, październik 2000 r., od stycznia do kwietnia i od czerwca do grudnia 2001 r., od stycznia do kwietnia i od czerwca do grudnia 2002 r. oraz styczeń, luty 2003 r.

Z motywów decyzji wynika, że w dniu 4 sierpnia 2005 r. A. Sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej: Skarżąca, Spółka) złożyła korekty deklaracji podatkowych VAT-7 za miesiące: styczeń, kwiecień, lipiec, październik 2000 r., styczeń, luty, marzec, kwiecień, czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad, grudzień 2001 r., styczeń, luty, marzec, kwiecień, czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad, grudzień 2002 r., styczeń, luty 2003 r.

Przyczyną złożenia ww. korekt był wyrok Sądu Apelacyjnego we W. z dnia 24 lutego 2004 r., sygn. akt [...] stwierdzający nieważność umowy o współpracy (art. 58 ustawy z dnia 23 kwietnia 1964r. Kodeks cywilny Dz. U. Nr 16, poz. 93, ze zm. - dalej: Kodeks cywilny) z E. M..

Następnie na skutek apelacji E. M. Sąd Apelacyjny we W. wyrokiem z dnia 10 lipca 2008 r., sygn. akt [...] zmienił ww. wyrok z dnia 24 lutego 2004 r.

W związku z ww. wyrokiem (z dnia 10 lipca 2008 r.) Spółka w dniu 3 lutego 2010 r. złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za wcześniej wskazane okresy wraz z wpłaconymi odsetkami za ww. miesiące. Do wniosku dołączyła między innymi korekty deklaracji podatkowych VAT-7 za powyższe miesiące.

Organ pierwszej instancji powołując art. 79 § 2 oraz art. 70 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, ze zm. - dalej: "O.p.") stwierdził, iż rozliczenia podatku od towarów i usług za ww. miesiące uległy przedawnieniu z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku, tj.:

- za styczeń, kwiecień, lipiec, październik 2000 r. - uległy przedawnieniu w dniu 31 grudnia 2005 r.;

- za styczeń, luty, marzec, kwiecień, czerwiec. lipiec, sierpień, wrzesień, październik i listopad 2001 r. - uległy przedawnieniu w dniu 31 grudnia 2006 r.;

- za grudzień 2001 r. i styczeń, luty, marzec, kwiecień, czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad, 2002 r. - uległy przedawnieniu w dniu 31 grudnia 2007r.;

- za grudzień 2002 r. oraz styczeń i luty 2003 r. - uległy przedawnieniu w dniu 31 grudnia 2008 r.

Zdaniem organu pierwszej instancji deklaracje korygujące za ww. miesiące złożone w dniu 3 lutego 2010 r. nie wywołują żadnych skutków prawnych, co oznacza, że postępowanie stało się bezprzedmiotowe.

W odwołaniu od decyzji organu pierwszej instancji Spółka zarzuciła naruszenie:

- art. 79 § 2 pkt 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym w 2010 r., poprzez błędne zastosowanie tego przepisu w sytuacji, gdy przepis ten nie ma zastosowania w niniejszej sprawie,

- art. 79 § 2 pkt 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym w 2005 r., tj. w okresie, w którym powstała nadpłata,

- art. 79 § 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym w 2010 r. w związku z art. 70 § 1 tej ustawy, poprzez uznanie, iż w niniejszej sprawie prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku wygasło pomimo, że zobowiązanie podatkowe związane z nadpłatą nie przedawniło się,

- art. 208 § 1 O.p., poprzez umorzenie postępowania, w sytuacji gdy wniosek o stwierdzenie nadpłaty nie był bezprzedmiotowy z uwagi na nieprzedawnienie się prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty.

W odwołaniu Spółka utrzymywała, że w niniejszej sprawie winien być zastosowany art. 79 § 2 pkt 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym w 2005 r. Powołując orzecznictwo sądów administracyjnych wskazała, iż przepisy Ordynacji podatkowej dotyczące nadpłaty są przepisami prawa materialnego, a stosując te przepisy bierze się pod uwagę treść przepisu obowiązującą na dzień, z którym związane jest określone zdarzenie, chyba że ustawodawca określił szczególne przepisy intertemporalne. Podkreśliła, iż z dniem 1 stycznia 2009 r. wprowadzono nowe brzmienie art. 79 O.p., a ustawodawca nie uchwalił przepisów przejściowych, które określiłyby jakie przepisy stosować do przedawnienia prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, w odniesieniu do nadpłat powstałych przed wejściem w życie nowego brzmienia art. 79 O.p. Z uwagi na brak przepisów przejściowych zastosowanie znajdą reguły ogólne, czyli w przedmiotowej sprawie organ powinien uwzględnić art. 79 O.p. w brzmieniu z dnia, w którym zaistniało zdarzenie uzasadniające powstanie nadpłaty (tj. dnia, w którym Spółka zapłaciła podatek wynikający z korekt deklaracji), czyli w brzmieniu obowiązującym na dzień powstania nadpłaty. W ocenie Skarżącej datą powstania nadpłaty w sprawie jest 4 sierpnia 2005 r. (dzień wpłaty nienależnych kwot wynikających ze złożonych korekt deklaracji podatkowych VAT-7). Wówczas 5 - letni termin, o którym mowa w art. 79 § 2 pkt 2 O.p. należało liczyć od dnia złożenia tej deklaracji. Wobec tego uprawnienie Spółki do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa w dniu 4 sierpnia 2010 r., tj. z upływem 5 lat od złożenia skorygowanych deklaracji podatkowych VAT-7 i zapłaty należności publicznoprawnych wynikających z tych korekt. Skoro wniosek o stwierdzenie nadpłaty został złożony w dniu 3 lutego 2010 r., tj. przed upływem terminu przedawnienia, to powinien zostać merytorycznie rozpatrzony.

Spółka wywodziła, że gdyby nawet przyjąć, iż organ pierwszej instancji prawidłowo zastosował w sprawie art. 79 § 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym w 2010 r., to i tak zaskarżona decyzja nie odpowiada prawu, ponieważ zobowiązania podatkowe, z którym wiąże się żądana nadpłata nie wygasły. W ocenie Skarżącej w chwili złożenia korekt deklaracji podatkowych VAT-7 zostało wykazane i uiszczone nienależne świadczenie, które stanowi nowe zobowiązanie, przedawniające się z upływem 5 lat licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin jego płatności. Zatem za niesłuszną należy uznać taką wykładnię art. 79 § 2 O.p. w kontekście art. 70 § 1 tej ustawy, która bieg terminu przedawnienia prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku wiąże z biegiem terminu przedawnienia pierwotnego zobowiązania podatkowego, z którego nie wynika poniesione przez Spółkę świadczenie.

Powołaną na wstępie zaskarżoną decyzją z dnia [...] grudnia 2010 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji.

Organ odwoławczy wskazał, że dokonana poprzez art. 1 pkt 20 ustawy z dnia 7 listopada 2008 r. o zmianie ustawy Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustawy (Dz. U. Nr 209, poz. 1318, dalej: "ustawa nowelizująca") nowelizacja, wobec braku szczególnych regulacji intertemporalnych, odnosi się (zgodnie z art. 10 ustawy nowelizującej) do wniosków o stwierdzenie nadpłaty składanych począwszy od dnia 1 stycznia 2009 r. Zdaniem organu zasadnicze znaczenie ma data złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Wniosek taki wszczyna nowe postępowanie, które musi być prowadzone zgodnie z przepisami obowiązującymi w dacie wszczęcia postępowania. Wobec braku przepisów przejściowych, nie ma przeszkód do przyjęcia bezpośredniego, natychmiastowego działania nowego prawa w zakresie postępowań w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty. Z tych też względów, przedmiotowa sprawa winna być rozpoznana na podstawie znowelizowanych przepisów Ordynacji podatkowej regulujących kwestię stwierdzenia nadpłaty, obowiązujących od dnia 1 stycznia 2009 r.

Następnie Dyrektor Izby Skarbowej wskazał, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty zostało ograniczone czasowo, o czym stanowi art. 79 § 2 O.p. Stwierdził, że w odniesieniu do zobowiązań podatkowych za okresy rozliczeniowe, których dotyczyły ww. korekty deklaracji podatkowych VAT-7, złożone w dniu 3 lutego 2010 r. nie wystąpiły okoliczności skutkujące w świetle regulacji art. 70 § 2, § 3, § 4 i § 6 O.p. przerwaniem lub zawieszeniem biegu terminu przedawnienia.

Organ odwoławczy zwrócił uwagę, że złożona, skorygowana deklaracja podatkowa VAT-7 podlega przepisom ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535, ze zm. - dalej: "ustawa o VAT"), w tym art. 86 ust. 13 ww. ustawy. Przepis ten obowiązuje od dnia 1 maja 2004 r. i ma zastosowanie do korekt deklaracji dokonywanych po 30 kwietnia 2004 r. Podkreślił, że skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego wyrażone zostaje w składanej deklaracji podatkowej VAT-7 lub w korekcie deklaracji. W przypadku, o którym mowa w art. 86 ust. 13 ustawy o VAT, korekta winna być złożona z zachowaniem terminu w nim określonego. Dlatego też termin do skorygowania deklaracji podatkowych VAT-7 za:

- 2000 r. liczony od początku 2000 r. upłynął z końcem 2004 r.;

- 2001r. liczony od początku 2001 r. upłynął z końcem 2005 r.;

- 2002 r. liczony od początku 2002 r. upłynął z końcem 2006 r.;

- 2003 r. liczony od początku 2003 r. upłynął z końcem 2007 r.,

zatem ww. korekty deklaracji, które wpłynęły do Urzędu Skarbowego w dniu 3 lutego 2010 r. zostały złożone po upływie terminu wskazanego w art. 86 ust. 13 ustawy o VAT i nie wywołują żadnych skutków prawnych.

W związku z powyższym organ odwoławczy stwierdził, że ww. wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za wskazane w nim miesiące został złożony po upływie terminu określonego w art. 79 § 2 O.p., czyli po wygaśnięciu prawa do złożenia tego wniosku. Wniosek był więc od początku bezprzedmiotowy.

Następnie organ odwoławczy wskazał, że skoro upłynął termin do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty zasadna była odmowa wszczęcia postępowania w sprawie. W przypadku bowiem, gdy od początku postępowania prowadzonego na wniosek istnieją przyczyny z powodu, których postępowanie nie może być prowadzone znajduje zastosowanie art. 165a § 1 O.p.. Pomimo, iż błędnie Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. decyzją z dnia [...] kwietnia 2010 r. umorzył postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku do towarów i usług za przedmiotowy okres, to zdaniem organu odwoławczego, uchylenie powyższej decyzji w całości i umorzenie postępowania w sprawie w myśl art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) O.p. nie ma już znaczenia w przedmiotowej sprawie. Skoro organ odwoławczy mógłby jedynie umorzyć postępowanie w sprawie, to zasadnym jest utrzymanie decyzji w mocy.

Odnosząc się do stanowiska Spółki Dyrektor Izby Skarbowej stwierdził, że jeśli nadpłata zostanie po raz pierwszy wykazana w ostatnim roku 5 - letniego terminu przedawnia zobowiązania podatkowego, to bieg terminu przedawnienia do złożenia wniosku o zwrot nadpłaty nie biegnie przez 5 lat od daty wykazania nadpłaty, lecz kończy się wraz z przedawnieniem zobowiązania. Złożona w 2005 r. korekta deklaracji w żaden sposób nie mogła więc wpłynąć na bieg terminu przedawnienia prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Zaznaczył, iż nawet gdyby uznać stanowisko Spółki za zasadne to termin przedawnienia prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty winien być liczony od złożenia deklaracji pierwotnej (dotyczącej podatku od towarów i usług za dany okres rozliczeniowy), a nie od jej korekty.

Skarżąca nie zgodziła się z powyższym twierdzeniem i złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie w której wniosła o uchylenie powyższej decyzji i poprzedzającej ją decyzji organu pierwszej instancji oraz o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego.

Zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie:

- art. 79 § 2 pkt 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym w 2010 r., poprzez błędne zastosowanie tego przepisu w sytuacji, gdy przepis ten nie ma zastosowania w niniejszej sprawie,

- art. 79 § 2 pkt 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym w 2005 r., tj. w okresie, w którym powstała nadpłata, poprzez jego niezastosowanie, pomimo że przepis ten znajdował zastosowanie i uprawniał Spółkę do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty,

- art. 86 ust. 13 ustawy o VAT, poprzez błędne zastosowanie tego przepisu, pomimo, że przepis ten nie ma zastosowania w niniejszej sprawie,

- art. 208 § 1 O.p. poprzez umorzenie postępowania, w sytuacji gdy wniosek Spółki o stwierdzenie nadpłaty nie był bezprzedmiotowy z uwagi na nieprzedawnienie się prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty.

Skarżąca powtórzyła argumenty zawarte w odwołaniu od decyzji organu pierwszej instancji.

Ponadto wskazała, że iż w niniejszej sprawie art. 86 ust. 13 ustawy o VAT nie znajduje zastosowania. Przepis reguluje bowiem wyłącznie kwestię prawa do obniżenia kwoty podatku należnego, tymczasem przedmiotowa sprawa dotyczy innego zagadnienia tzn. odzyskania nienależnie zapłaconej kwoty podatku. Dlatego też norma art. 86 ust. 13 ustawy o VAT nie wpłynęła na skuteczność (bezprzedmiotowość) złożonych korekt deklaracji podatkowych VAT-7 i wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej podtrzymał swoje stanowisko i wniósł o oddalenie skargi.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje.

Skarga jest zasadna. W niniejszej sprawie u podstaw sporu legło stanowisko organów podatkowych, iż wniosek Skarżącej z dnia 3 lutego 2010 r. o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za styczeń, kwiecień, lipiec, październik 2000 r., styczeń, luty, marzec, kwiecień, czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad, grudzień 2001 r., styczeń, luty, marzec, kwiecień, czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad, grudzień 2002 r., styczeń, luty 2003 r. został złożony po upływie terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych za ww. okresy rozliczeniowe.

Organy podatkowe stanęły na stanowisku, iż w niniejszej sprawie znajduje zastosowanie art. 79 § 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 stycznia 2009 r. oraz że gdyby nawet uwzględnić wcześniej obowiązujące przepisy regulujące tę materię, to termin przedawnienia prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty należy liczyć od końca roku, w którym minął termin płatności podatku wynikającego z deklaracji pierwotnie złożonych.

Natomiast Skarżąca utrzymywała, iż wobec braku przepisu przejściowego w ustawie nowelizującej należy zastosować art. 79 § 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym w 2005 r. Jest to bowiem przepis prawa materialnego, który winien być stosowany w brzmieniu obowiązującym na dzień, z którym związane jest określone zdarzenie. Według Skarżącej zdarzeniem skutkującym zwiększeniem wysokości zobowiązania podatkowego był wyrok Sądu Apelacyjnego, przy czym termin jego zaistnienia Skarżąca utożsamia z datą złożenia korekt deklaracji podatkowych i datą zapłaty podatku, które to czynności zostały wykonane w dniu 4 sierpnia 2005 r. Zdaniem Skarżącej, wbrew stanowisku organu podatkowego, od tej daty należy liczyć termin na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty, ponieważ w 2000 r. 2001 r., 2002 r., 2003 r. brak było zdarzenia, które wpływałoby na powstanie zobowiązania w innej wysokości niż wskazana w pierwotnie złożonych deklaracjach.

W ocenie Sądu stanowisko Dyrektora Izby Skarbowej jest nieprawidłowe, natomiast stanowisko Skarżącej jest prawidłowe tylko w części.

Przede wszystkim nie można zgodzić się ze stanowiskiem Dyrektora Izby Skarbowej, iż w niniejszej sprawie zastosowanie ma art. 79 § 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 stycznia 2009 r. Zgodnie z twierdzeniem Skarżącej przepisy regulujące materię dotyczącą nadpłaty, a więc i art. 79 O.p., są przepisami prawa materialnego i wobec braku przepisów przejściowych przepisy te powinny być stosowane w takim brzmieniu, jakie miały one w dniu wystąpienia zdarzenia rodzącego skutki podatkowe. Z kolei Skarżąca błędnie przyjmuje, iż takim zdarzeniem było złożenie korekt deklaracji podatkowych i zapłata podatku (4 sierpień 2005 r.).

Odnośnie do kwestii stosowania art. 79 § 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 stycznia 2009 r. błąd organu podatkowego polegał na przyjęciu, iż decydujące znaczenie ma data złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W przypadku braku przepisów przejściowych, a z taką sytuacją mamy do czynienia w ustawie nowelizującej w zakresie stosowania ww. przepisu, znowelizowane przepisy mają zastosowanie z dniem wejścia ich w życie tylko wówczas, gdy są to przepisy proceduralne. Natomiast przepisy prawa materialnego stosowane są, jak już powiedziano, w brzmieniu obowiązującym w dniu powstania zdarzenia rodzącego skutki prawno podatkowe. Termin złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, o którym mowa w art. 79 § 2 O.p. w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 stycznia 2009 r., kreuje prawo podatnika w zakresie stwierdzenia nadpłaty, nie może więc być przepis ustanawiający ten termin traktowany jako przepis prawa procesowego.

Odnośnie zaś do zdarzenia, z którym należy wiązać skutki podatkowe niezasadnie Skarżąca wiązała go z terminem złożenia korekt deklaracji podatkowych (4 sierpień 2005 r.) za wskazane we wniosku miesiące 2000 r., 2001 r., 2002 r., 2003 r. Korekty tych deklaracji dotyczyły bowiem zdarzenia, którego wystąpienie skutkowało powstaniem obowiązku podatkowego w poszczególnych miesiącach 2000 r., 2001 r., 2002 r., 2003 r. Złożenie korekt deklaracji nie jest zdarzeniem powodującym powstanie obowiązku podatkowego, lecz służy wykazaniu m.in. innej wysokości podatku niż wykazana w pierwotnie złożonej deklaracji (wcześniej złożonej deklaracji). Jeśli zdarzenie skutkujące powstaniem obowiązku podatkowego nastąpiłoby, jak twierdzi Skarżąca w sierpniu 2004 r., wówczas należało złożyć deklarację za ten miesiąc, a nie korekty deklaracji złożonych w latach wcześniejszych. W niniejszej sprawie Wyroki Sądu Apelacyjnego dotyczyły zdarzenia mającego miejsce w poszczególnych miesiącach 2000 r., 2001 r., 2002 r., 2003 r., czyli funkcjonowania w obrocie prawnym umowy o współpracę z E. M.. Dokonana przez ww. Sąd ocena co do ważności, bądź nieważności tej umowy mogła przekładać co najwyżej się na istnienie obowiązku podatkowego na gruncie ustawy o VAT, bądź jego brak (tej kwestii organy nie padały), ale niezmiennie źródłem istnienia tego obowiązku lub jego braku pozostawało zdarzenie z lat 2000 r., 2001 r., 2002 r., 2003 r.

Odmienną kwestią jest termin w jakim skutecznie może być złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Jak już to wykazano, wniosek Skarżącej o stwierdzenie nadpłaty powinien być rozpoznany w oparciu o przepisy obowiązujące w dacie powstania zdarzenia rodzącego skutki podatkowe. Takiej analizy organy podatkowe nie przeprowadziły przyjmując błędne założenie, iż zastosowanie mają przepisy obowiązujące od 1 stycznia 2009 r. Nie jest rolą Sądu zastępowanie organu podatkowego w przeprowadzeniu takiej analizy, która de facto przekłada się na końcowe rozstrzygnięcie.

Sąd dokonuje bowiem kontroli działalności administracji publicznej wyłącznie w aspekcie jej zgodności z prawem (art. 1 § 2 ustawy z dnia z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych - Dz. U. Nr 153, poz. 1269 ze zm.). Podstawowym zadaniem sądów administracyjnych jest sprawowanie kontroli działalności administracji publicznej (rządowej i samorządowej). "Sprawowanie kontroli" oznacza pewnego rodzaju wtórność działań sądu wobec działań organów administracji. Rola sądu administracyjnego sprowadza się do badania (korygowania) działania lub zaniechania organów administracji publicznej, a nie zastępowania ich w załatwianiu spraw przez wydawanie końcowego rozstrzygnięcia w sprawie. Sąd administracyjny ocenia zgodność z prawem zaskarżonego aktu organu administracji publicznej, nie zastępuje go w czynnościach. Z natury rzeczy orzeczenia sądu administracyjnego, w razie uwzględnienia skargi, rozstrzygają o uchyleniu lub stwierdzeniu nieważności zaskarżonego aktu oraz zobowiązują organ administracji do określonego zachowania się w toku dalszego załatwiania sprawy przez organ administracji. Przejęcie przez sąd administracyjny kompetencji organu administracji do końcowego załatwienia sprawy stanowiłoby wykroczenie poza konstytucyjnie określone granice kontroli działalności administracji publicznej. Poddanie działalności administracji publicznej kontroli sądu administracyjnego oznacza, że w sprawach objętych tą kontrolą nadal mamy do czynienia ze sprawami administracyjnymi, organ administracji zaś, jako podmiot administrujący, nadal nie przestaje być odpowiedzialny za administrowanie (por. R. Hauser, Założenia reformy sądownictwa administracyjnego, PiP 1999, z. 12, s. 23).

Jak słusznie zauważył Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 22 października 2010 r. sygn. akt II FSK 1067/09 (dostępny w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych http://orzeczenia.nsa.gov.pl) sąd administracyjny nie może kontrolować tego, czego w zaskarżonym akcie nie ma, ani też uzupełniać dostrzeżone braki tych aktów. Prowadziłoby to do niedopuszczalnego wkraczania w sferę "administrowania" zastrzeżoną do wyłącznej kompetencji organów administracyjnych.

Zatem rolą organu podatkowego jest rozpoznanie niniejszej sprawy w oparciu o właściwe przepisy prawa. Niemniej jednak zważywszy na błędne stanowisko Dyrektora Izby Skarbowej zawarte na ostatniej stronie zaskarżonej decyzji, w celu zapobieżeniu powielenia tego stanowiska przy ponownym rozpatrywaniu sprawy konieczne jest jego skorygowanie.

Otóż organ odwoławczy nieprawidłowo uznał, iż nawet gdyby uznać stanowisko Strony za zasadne, to termin przedawnienia prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty winien być liczony od złożenia deklaracji pierwotnej a nie jej korekty. Pogląd ten nie znajduje umocowania w przepisach Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym w latach 2000 – 2003. Wówczas obowiązujące przepisy wiązały wygaśnięcie terminu do złożenia wniosku o stwierdzenie z dniem złożenia zeznania (deklaracji). W 2000 r. regulujący tę kwestię art. 80 § 1 pkt 2 O.p. stanowił, iż prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa w przypadkach, o których mowa w art. 79 § 2 pkt 1 lit. a) i b) - po upływie 5 lat od dnia złożenia zeznania (deklaracji), w którym wykazano zobowiązanie podatkowe w wysokości większej od należnej albo kwotę nadpłaty lub podatku przypadających do zwrotu w wysokości mniejszej od należnej. Natomiast w 2003 r. materię tę regulował art. 79 § 2 pkt 2, zgodnie z którym prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa w przypadkach, o których mowa w art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) i b) oraz w pkt 2 lit. a) i b) - po upływie 5 lat od dnia złożenia zeznania (deklaracji).

Dokonując analizy tych przepisów trzeba pamiętać, iż mocą art. 81 O.p. podatnikom zostało przyznane prawo do skorygowania uprzednio złożonej deklaracji. Korekta deklaracji ma na celu poprawienie błędów popełnionych w deklaracji złożonej w urzędzie skarbowym. Dane wykazane w korekcie zeznania (deklaracji) zastępują dane wykazane w zeznaniu (deklaracji) korygowanym. Korektę zeznania można określić jako dokument wtórny do zeznania, które ona koryguje, w żadnym zaś razie nie może być traktowana jako dokument zupełnie odrębny od zeznania oraz jako dokument mający samoistny, czyli niezależny od zeznania, byt prawny. Dlatego wykazanie w korekcie deklaracji zobowiązania podatkowego nienależnego lub w wysokości większej od należnej i wpłacenie wykazanego w niej podatku daje podatnikom prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty i w takim wypadku prawo do złożenia tego wniosku wygasa po upływie 5 lat od dnia złożenia korekty zeznania. Zważywszy na rolę jaką spełnia korekta deklaracji oraz brak regulacji prawnej wyłączającej prawo podatnika do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, jeśli zobowiązanie podatkowe nienależne lub w wysokości większej od należnej zostało wykazane w korekcie deklaracji - odmienne stanowisko w tej sprawie wydaje się być nieuprawnione.

Nie można pominąć przy tym okoliczności, iż w pierwotnych deklaracjach podatkowych złożonych za poszczególne miesiące 2000 r., 2001 r., 2002 r., 2003 r., Skarżąca nie wykazała podatku VAT, który następnie został wykazany w korektach tych deklaracji. Podatek ten wykazany został i zapłacony dopiero w sierpniu 2005 r. W tej sytuacji biorąc pod uwagę np. treść art. art. 75 § 2 pkt 1 lit. b) O.p. w brzmieniu obowiązującym w 2003 r. stwierdzić trzeba, że na dzień złożenia pierwotnych deklaracji podatkowych nie były spełnione określone w tym przepisie przesłanki uprawniające do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty (w zeznaniu tym nie został wykazany dochód, z którym finalnie wiązana jest nadpłata, nie zapłacony też był podatek VAT).

Powyższa problematyka wymaga oczywiście szerszej analizy obowiązujących w latach 2000 – 2003 przepisów prawa, niemniej jednak dla zasygnalizowania problemu Sąd ograniczył się do wskazania zasadniczych przepisów Ordynacji podatkowej, które wskazują na błędne założenie już w punkcie wyjścia do stanowiska zaprezentowana przez organ podatkowy.

Kończąc ten wątek, stwierdzić trzeba, że jeśli zgodnie z twierdzeniem Skarżącej sporny podatek VAT został wykazany dopiero w deklaracjach korygujących i po złożeniu tych deklaracji podatek został zapłacony (tej kwestii organy nie badały), to w świetle przepisów Ordynacji podatkowej obowiązujących w latach 2000 – 2003 termin do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty powinien być liczony od dnia złożenia korekt deklaracji podatkowych (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 listopada 2008 r. sygn. akt II FSK 1028/07- dostępny w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych).

Pozostaje jeszcze wskazać, iż w niniejszej sprawie nie znajduje zastosowania art. 86 ust. 13 ustawy o VAT z 2004 r., ponieważ sporna kwota podatku dotyczy zobowiązań za poszczególne okresy rozliczeniowe lat 2000 – 2003 r., a żaden przepis tej ustawy nie upoważnia stosowania art. 86 ust. 13 do zdarzeń takich jakie miały miejsce w niniejszej sprawie, powstałych w czasie obowiązywania ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50, ze zm.). Poza tym Skarżąca nie wiązała prawa do stwierdzenia nadpłaty z prawem do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, wskazując wręcz, iż z tego prawa skorzystała w pierwotnie złożonych deklaracjach.

Ponownie rozpoznając niniejszą sprawę organ podatkowy zobowiązany jest uwzględnić stanowisko Sądu.

Mając na uwadze powyższe, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm., dalej: "p.p.s.a."), postanowiono jak w sentencji. Zakres, w jakim uchylona decyzja nie podlega wykonaniu określono w oparciu o art. 152 p.p.s.a., zaś o kosztach postępowania sądowego orzeczono zgodnie z art. 200 tej ustawy.