Wyrok NSA, sygn. akt II FSK 1237/09
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2010-11-19 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
Hasła tematyczne: Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżony wyrok i przekazano sprawę do ponownego rozpoznania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny
Powołane przepisy: article: art. 40 ust. 1 i 2, art. 17 ust. 1 pkt 4, art. 17 ust. 1cart. 2 ust. 3, art. 18 ust. 1, art. 7 ust. 1 i 2, art. 21, art. 22, art. 19 ust. 1, art. 17 ust. 1 pkt 14, art. 16 ust. 1 pkt21 i  58, art. 17 ust. 1b
journal: Dz.U. 2000 nr 54 poz 654
law: Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych - tekst jednolity
article: art. 121, art. 122
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.
article: art. 18 ust. 1 i 2, art. 2 ust. 2
journal: Dz.U. 1991 nr 44 poz 194
law: Obwieszczenie Przewodniczącego Komitetu Badań Naukowych z dnia 10 maja 1991 r. w sprawie ogłoszenia jednolitego tekstu ustawy z dnia 25 lipca 1985 r. o jednostkach badawczo-rozwojowych.
article: art. 141 par. 4, art. 145 par. 1 pkt 1 lit. a/ i c., art. 151, art. 203 pkt 1, art. 185 par. 1, art. 174.
journal: Dz.U. 2002 nr 153 poz 1270
law: Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący – Sędzia NSA Stanisław Bogucki, Sędzia NSA Tomasz Zborzyński, Sędzia WSA del. Bogusław Woźniak (sprawozdawca), , Protokolant Janusz Bielski, po rozpoznaniu w dniu 19 listopada 2010 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej C. w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 30 stycznia 2009 r. sygn. akt I SA/Łd 1411/08 w sprawie ze skargi C. w L. na decyzję Dyrektor Izby Skarbowej w L. z dnia 3 stycznia 2006 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Łodzi, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w L. na rzecz C. w L. kwotę 1.408 (jeden tysiąc czterysta osiem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

Zaskarżonym wyrokiem Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi oddalił skargę C. w L. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w L. z dnia 3 stycznia 2006 r. w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 rok.

Stan sprawy Sąd przedstawił następująco:

C. w L., posiadające status jednostki badawczo-rozwojowej w rozumieniu art. 1 ust. 2 pkt 2 ustawy z dnia 25 lipca 1985 r. o jednostkach badawczo-rozwojowych (tekst jednolity: Dz. U. z 1991 r. Nr 44, poz. 194 ze zm.), prowadziło w 2003 roku dwojakiego rodzaju działalność: statutową oraz gospodarczą. Działalność gospodarcza polegała na świadczeniu usług w zakresie badań i analiz produktów spożywczych, produkcji past owocowych i dodatków do lodów, handlu mrożonymi owocami i warzywami oraz innymi produktami spożywczymi, a także na wynajmie pomieszczeń chłodniczych i komór chłodniczych. Laboratorium nie prowadziło w księgach rachunkowych odrębnej ewidencji dla przychodów i kosztów działalności statutowej oraz przychodów i kosztów działalności gospodarczej. W zeznaniu podatkowym CIT-8 złożonym za 2003 r. zadeklarowało stratę w wysokości 380,30 zł, natomiast w korekcie zeznania, podlegający odliczeniu dochód w kwocie 2 881,18 zł i podstawę opodatkowania 0 zł.

Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w L. decyzją z dnia 10 października 2005 r. określił podatnikowi zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w kwocie 81.854 zł, stwierdzając, że prowadzenie działalności gospodarczej obligowało go do wyodrębnienia tej działalności w księgach rachunkowych. Organ podatkowy ustalił, że dochód podatnika z tytułu działalności gospodarczej wyniósł w badanym roku podatkowym 283.192,79 zł i wezwał go do wskazania, jakie wydatki związane z działalnością statutową zostały pokryte z dochodu z działalności gospodarczej. Wobec ich niewskazania przez podatnika organ podatkowy przyjął, że dochód z działalności gospodarczej nie został przeznaczony na cele statutowe, co wyłączało zastosowanie zwolnienia przedmiotowego, określonego w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jednolity: Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz.654 ze zm., dalej u.p.d.o.p.). Ponadto organ podatkowy zakwestionował możliwość zaliczenia do kosztów prowadzonej przez podatnika działalności statutowej wydatków w postaci odpisu na wierzytelności nieściągalne (3.261,48 zł), składek na rzecz Unii P. (750 zł), odsetek za zwłokę od nieterminowych wpłat należności budżetowych (97,50 zł) i odpisów na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych (9.015,73zł), darowizn (107,22 zł), ostrożnej wyceny dowodów (9.563,60 zł). Uznał również, że podatnik zawyżył koszty działalności statutowej, zaliczając do nich wydatki pokryte w formie dotacji podmiotowej w kwocie 424.000 zł przyznanej na dofinansowanie jego działalności statutowej, ponieważ na mocy art. 16 ust. 1 pkt 58 u.p.d.o.p wydatki te nie stanowiły kosztów uzyskania przychodów.

W odwołaniu od tej decyzji podatnik zarzucił naruszenie art. 17 ust. 1 pkt 4, art. 17 ust. 1b i art. 17 ust. 1 pkt 14 u.p.d.o.p. przez ich błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie oraz naruszenie art. 187 § 1 i art. 191 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jednolity: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm., dalej: O.p.) przez dowolną ocenę zebranego w sprawie materiału dowodowego. Nie zgodził się z poglądem, że ciążył na nim obowiązek oddzielnego ewidencjonowania działalności gospodarczej oraz statutowej i podniósł, że niezasadnie opodatkowano dochody z działalności gospodarczej, które zostały przeznaczone na pokrycie wynagrodzeń pracowników realizujących cele statutowe. Wydatki na PFRON miały charakter obligatoryjny i stanowiły rodzaj daniny publicznej, toteż zarówno te wydatki, jak i wydatki na wynagrodzenia, korzystały ze zwolnienia przewidzianego w art. 17 ust. 1b u.p.d.o.p.

Dyrektor Izby Skarbowej w L. decyzją z dnia 3 stycznia 2006 r. uchylił decyzję organu pierwszej instancji w części dotyczącej kwoty dochodu uzyskanego z działalności gospodarczej i przeznaczonego na działalność statutową i zmniejszył zobowiązanie podatkowe Laboratorium w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. do kwoty 5.392 zł. Organ odwoławczy podzielił ocenę organu pierwszej instancji, iż na Laboratorium ciążył obowiązek odrębnego ewidencjonowania przychodów i kosztów dotyczących działalności statutowej i gospodarczej. Organ odwoławczy uznał, że dochód z działalności gospodarczej prowadzonej przez jednostkę badawczo-rozwojową podlegał opodatkowaniu tylko w tej części, w jakiej został przeznaczony na cele inne niż statutowe, a wydatki zakwestionowane przez organ pierwszej instancji nie były związane z realizacją celów statutowych podatnika. Odnosząc się do kwestii dotacji z KBN organ odwoławczy przyjął, że dotacja ta stanowiła przychód podatkowy w rozumieniu art. 12 ust. 1 pkt 1 u.p.d.o.p. i że następnie podlegała odliczeniu od dochodu podatnika.

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi podatnik zarzucił naruszenie art. 121 § 1 oraz art. 122 w zw. z art. 191 O.p. przez prowadzenie sprawy w sposób naruszający zaufanie do organów podatkowych oraz naruszenie zasady prawdy obiektywnej i związanej z nią zasady swobodnej oceny dowodów, a ponadto naruszenie przepisów prawa materialnego, a to art. 7 ust. 1-3, art. 17 ust. 1 pkt 4 w zw. z art. 17 ust. 1a pkt 2 i ust. 1b u.p.d.o.p. przez błędną wykładnię tych przepisów oraz art. 17 ust. 1 pkt 17 u.p.d.o.p. przez niezastosowanie zawartej w tym przepisie normy prawnej. Zakwestionował pogląd o obowiązku oddzielnego ustalania dochodów z działalności gospodarczej oraz statutowej, nieuwzględnienie prawa do odliczenia od dochodu przed opodatkowaniem dotacji z KBN oraz oparcie decyzji na niezasadnie zastosowanym art. 18 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych. Zdaniem podatnika Dyrektor Izby Skarbowej ustalając oddzielnie dochody z działalności gospodarczej i statutowej złamał zasadę wynikającą z art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p., zgodnie z którą przedmiotem opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych jest dochód bez względu na rodzaj źródeł przychodów. Dochód ten powinien być ustalony z uwzględnieniem łącznej sumy przychodów jednostki, w tym przychodów z działalności statutowej oraz przy uwzględnieniu wszystkich, poniesionych przez nią kosztów. Jedyną podstawą do zwolnienia dochodu jednostek badawczo-rozwojowych od podatku stanowił art. 17 u.p.d.o.p., podstawy takiej nie mógł natomiast stanowić art. 18 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych, ponieważ został wcześniej uchylony na mocy art. 40 u.p.d.o.p. Podatnik zakwestionował również rozstrzygnięcie organu podatkowego w zakresie wydatków na PFRON, odsetek od należności budżetowych oraz dotacji z KBN.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej wniósł o jej oddalenie.

W piśmie uzupełniającym skargę skarżący wniósł o stwierdzenie nieważności decyzji organów podatkowych obu instancji jako wydanych z rażącym naruszeniem art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) w zw. z art. 21 § 3 O.p. oraz art. 212 O.p., a także rażącym naruszeniem art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. w zw. z art. 18 ust. 1 i 2 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych oraz art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p.

Oddalając skargę na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm., dalej: P.p.s.a.) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi wskazał, że na mocy art. 18 ust. 1 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych dochody osiągane w ramach działalności statutowej podlegały generalnemu zwolnieniu z obciążeń podatkowych, które nie obejmowało jednak działalności gospodarczej prowadzonej przez te jednostki (art. 18 ust. 2 ustawy), w zakresie której jednostki te podlegały opodatkowaniu na zasadach ogólnych. Na podatniku ciążył więc obowiązek rozdzielnego ewidencjonowania przychodów i kosztów z działalności statutowej oraz gospodarczej, a podstawę prawną powyższego obowiązku stanowił art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. oraz § 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 7 sierpnia 1991 r. w sprawie szczegółowych zasad gospodarki finansowej jednostek badawczo-rozwojowych (Dz. U. Nr 72, poz. 318). Sąd nie zgodził się z poglądem podatnika, że obowiązek prowadzenia odrębnych ewidencji powstaje dopiero z chwilą osiągnięcia globalnie pozytywnego wyniku finansowego, tj. uwzględniającego łącznie zarówno działalność statutową, jak i gospodarczą. Stwierdził, że z uwagi na zwolnienie działalności statutowej jednostki badawczo-rozwojowej z opodatkowania z punktu widzenia prawa podatkowego nie ma znaczenia globalny wynik działalności jednostki, lecz jedynie wynik (dochód, strata) samej działalności gospodarczej; na wynik ten nie ma wpływu wielkość straty poniesionej przez jednostkę w ramach działalności statutowej. W odniesieniu do prawnopodatkowej kwalifikacji dotacji z KBN Sąd uznał, że dotyczyła ona wyłącznie działalności statutowej, w związku z czym nie miała wpływu ani na wysokość przychodów z działalności gospodarczej, ani na wysokość kosztów tej działalności. Sąd wskazał, że dotacja, jako objęta zwolnieniem przedmiotowym wymienionym w art. 17 ust. 1 pkt 14 u.p.d.o.p., w ogóle nie stanowiła przychodu podatnika. Dyrektor Izby Skarbowej błędnie zatem przyjął, że stosuje się do niej art. 12 ust. 1 pkt 1 u.p.d.o.p. oraz że następnie podlega ona odliczeniu od dochodu podatnika; uchybienie to nie miało jednak znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy. Sąd podzielił stanowisko organu odwoławczego, że zastosowanie zwolnienia podatkowego względem osiąganych przez stronę dochodów z działalności gospodarczej uzależnione jest od wydatkowania osiągniętego dochodu na cele statutowe, przy czym ustawa nie zawiera ograniczenia czasowego wydatkowania środków przeznaczonych na te cele. Ocena, czy dochód podatnika podlegał opodatkowaniu podatnikiem dochodowym od osób prawnych, może być dokonana dopiero po ich wydatkowaniu. Sąd zaaprobował również rozstrzygnięcie organów podatkowych w zakresie prawnopodatkowej kwalifikacji odsetek za zwłokę od nieterminowych wpłat należności budżetowych oraz odpisów na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych, uznając, że wpłata na PFRON nie stanowi wydatku poniesionego na cele statutowe i nie jest podatkiem, o którym mowa w art. 17 ust. 1b u.p.d.o.p, w związku z czym nie podlega zwolnieniu przewidzianemu w tym przepisie; ze zwolnienia tego nie korzystają także pozostałe wydatki zakwestionowane przez organy podatkowe. Sąd nie uwzględnił również zarzutu naruszenia zasady zaufania do organów podatkowych oraz nie uwzględnił żądania stwierdzenia nieważności decyzji organów podatkowych, wskazując, że kwestia ta została już prawomocnie rozstrzygnięta wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 18 kwietnia 2007 r. (I SA/Łd 1757/06) i nie może być ponownie badana.

W wywiedzionej od powyższego wyroku skardze kasacyjnej podatnik wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Łodzi do ponownego rozpoznania.

Na podstawie art. 174 pkt 1 i pkt 2 P.p.s.a. postawił następujące zarzuty:

I. naruszenia prawa materialnego przez:

1. niewłaściwe zastosowanie art. 18 ust. 1 i ust. 2 ustawy o jednostkach badawczo rozwojowych przez przyjęcie, że dochody skarżącego podlegały opodatkowaniu podatkiem dochodowym na podstawie tych przepisów, a nie przepisów prawa podatkowego, o których mowa w art. 3 pkt 2 O.p., co doprowadziło również do naruszenia art. 2 u.p.d.o.p., wymieniającego te rodzaje działalności, do których przepisów u.p.d.o.p. się nie stosuje, a nie ma wśród nich działalności statutowej prowadzonej przez jednostki badawczo-rozwojowe,

2. błędną wykładnię art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. przez przyjęcie, że artykuł ten nie ma zastosowania w sprawie, to jest, że nie został na jego mocy uchylony art.18 ustawy o jednostkach badawczo rozwojowych,

3. niewłaściwe zastosowanie art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. przez przyjęcie, że przepis ten ma zastosowanie jedynie do dochodów z działalności gospodarczej jednostki, a nie obejmuje dochodów z działalności statutowej, które zdaniem organów podatkowych oraz Sądu podlegają zwolnieniu podmiotowemu,

4. błędną wykładnię art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. przez przyjęcie, że nie obejmuje on dochodów z działalności statutowej jednostki – co jest sprzeczne z wykładnią funkcjonalną zawartą w uzasadnieniu do u.p.d.o.p.,

5. błędną wykładnię art. 7 ust. 1 i ust. 2 u.p.d.o.p. przez przyjęcie, że nie ma znaczenia globalny wynik działalności jednostki, lecz jedynie wynik samej działalności gospodarczej, co w konsekwencji powoduje niemożność złożenia przez podatnika prawidłowego zeznania podatkowego, zgodnego ze wzorem określonym przez Ministra Finansów;

II. naruszenie przepisów postępowania w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy,

a to;

1. art. 141 § 4 P.p.s.a. przez niewyjaśnienie podstaw prawnych rozstrzygnięcia i przyjęcie, że kwestie związane z rozliczeniem dotacji nie mają znaczenia w sprawie, choć dochód podatnika z działalności statutowej zawyżono o kwotę 464.000 zł,

2. art. 141 § 4 P.p.s.a. przez uznanie za prawidłowe stanowiska organów podatkowych, że dochodu z działalności gospodarczej nie łączy się z dochodami (stratą) z działalności statutowej i w konsekwencji nie uznanie faktu, że podatnik poniósł stratę z obu tych,

3. art. 141 § 4 P.p.s.a. przez przyjęcie, że odsetki za zwłokę od nieterminowych wpłat należności budżetowych oraz odpisy na PFRON nie miały związku z działalnością statutową, w konsekwencji nie "oszacowano" tych wydatków proporcjonalnie do uzyskiwanych przychodów z działalności statutowej i gospodarczej, jak uczyniono to w przypadku kosztów własnych sprzedaży,

4. art. 145 § 1 lit. a) i c) P.p.s.a. przez nieuwzględnienie skargi w wyniku błędnego przyjęcia przez Sąd, że organy podatkowe nie naruszyły prawa materialnego mimo wyżej opisanych uchybień oraz nie naruszyły przepisów postępowania, tj. art. 121 i art. 122 O.p., choć nie dołożono należytych starań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i naruszono zasadę prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, bowiem wszelkie wątpliwości rozstrzygnięto na korzyść fiskusa (In dubio pro fisco").

W uzasadnieniu skargi kasacyjnej posługując się uzasadnieniem projektu ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (druk nr 27 Sejmu I kadencji) podatnik wywiódł, że ustawa ta objęła swoim zakresem także tych podatników, którzy wcześniej korzystali ze zwolnień podatkowych na podstawie innych ustaw, w tym jednostki badawczo-rozwojowe, co wyklucza zastosowanie w stosunku do tych jednostek art. 18 ust. 1 i ust. 2 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych zamiast ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

Art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. stanowi, że uchyla się, z zastrzeżeniem ust. 2 (dotyczącego ulg i zwolnień przewidzianych w ustawach nie mających zastosowania w rozpoznawanej sprawie), przepisy ustaw szczególnych przyznające ulgi i zwolnienia od podatku dochodowego od osób prawnych oraz znosi się przyznane na podstawie tych przepisów ulgi i zwolnienia. Jak trafnie zauważono w skardze kasacyjnej przepis ten ma na celu uporządkowanie regulacji podatkowych w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych przez zamieszczenie ich w jednym akcie prawnym – ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych, przy jednoczesnym zachowaniu wcześniej istniejących zwolnień od tego podatku, zwłaszcza odnoszących się do jednostek badawczo-rozwojowych i szkół wyższych. Świadczy o tym regulacja zawarta w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p., w myśl której wolne od podatku (dochodowego od osób prawnych) są dochody podatników, których celem statutowym jest działalność naukowa, naukowo-techniczna, oświatowa, w tym również polegająca na kształceniu studentów, kulturalna, w zakresie kultury fizycznej i sportu, ochrony środowiska, wspierania inicjatyw społecznych na rzecz budowy dróg i sieci telekomunikacyjnej na wsi oraz zaopatrzenia wsi w wodę, dobroczynności, ochrony zdrowia i pomocy społecznej, rehabilitacji zawodowej i społecznej inwalidów oraz kultu religijnego – w części przeznaczonej na te cele. Na mocy art. 17 ust. 1c u.p.d.o.p. przepis ten nie ma zastosowania jedynie w: 1) przedsiębiorstwach państwowych, spółdzielniach i spółkach, 2) przedsiębiorstwach komunalnych mających osobowość prawną, dla których funkcję organu założycielskiego pełnią jednostki samorządu terytorialnego lub ich jednostki pomocnicze utworzone na podstawie odrębnych przepisów oraz 3) w zakładach budżetowych i innych jednostkach organizacyjnych nie mających osobowości prawnej, będących podatnikami podatku dochodowego od osób prawnych – jeżeli przedmiotem ich działalności jest zaspokajanie potrzeb publicznych pośrednio związanych z ochroną środowiska w zakresie: wodociągów i kanalizacji, ścieków komunalnych, wysypisk i utylizacji odpadów komunalnych oraz transportu zbiorowego. Ponieważ na mocy art. 2 ust. 2 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych (w brzmieniu obowiązującym od dnia 28 lutego 2001 r.) do zadań tych jednostek należało prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych oraz przystosowywanie ich wyników do wdrażania w praktyce, upowszechnianie wyników badań naukowych i prac rozwojowych, podejmowanie działalności w zakresie doskonalenia metod prowadzenia badań naukowych i prac rozwojowych, prowadzenie działalności uzupełniającej, a w szczególności w zakresie szkolenia, informacji naukowej, technicznej i ekonomicznej, wynalazczości oraz ochrony własności przemysłowej i intelektualnej oraz opracowywanie analiz i ocen dotyczących stanu i rozwoju poszczególnych dziedzin nauki i techniki, a także propozycji w zakresie wykorzystywania w kraju osiągnięć światowej nauki i techniki – nie budzi wątpliwości, że jednostki badawczo-rozwojowe należały w 2003 r. do tych podmiotów, których dochody były na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. wolne od podatku dochodowego od osób prawnych w części przeznaczonej na cele statutowe (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 12 kwietnia 2000 r., III SA 696/99 i S. Babiarz, w: S. Babiarz i inni, "Podatek dochodowy od osób prawnych. Komentarz 2010", Wrocław 2010, s. 914).

Z przedstawionej konstatacji nie wynika jednak, ażeby art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. uchylił art. 18 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych. Świadczy o tym zarówno aspekt formalny, a mianowicie okoliczność, że po wejściu w życie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych art. 18 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych był kilkakrotnie nowelizowany (a więc nie mógł być przez tę pierwszą ustawę uchylony), jak i aspekt merytoryczny, a mianowicie okoliczność, że przedmiot regulacji art. 18 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych jest znacznie szerszy, niż przedmiot regulacji art. 40 u.p.d.o.p. Ten ostatni odnosił się tylko do opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych, podczas gdy art. 18 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych (w brzmieniu obowiązującym w roku 2003) stanowił w ustępie pierwszym, że jednostka badawczo-rozwojowa jest zwolniona z podatków z tym że z podatku od nieruchomości oraz podatku rolnego i leśnego na zasadach określonych w odrębnych ustawach oraz w ustępie drugim, że zwolnieniu nie podlega działalność, o której mowa w art. 2 ust. 3 (czyli działalność obejmująca produkcję aparatury i urządzeń oraz inna działalność gospodarcza lub usługowa na potrzeby kraju i eksportu w zakresie objętym przedmiotem działania jednostki). Zwolnienie, określone w art. 18 ust. 1 omawianej ustawy, dotyczyło zatem wszelkich podatków, a nie tylko podatku dochodowego od osób prawnych. Wejście w życie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych z dnia 15 lutego 1992 r. wskutek cytowanej już regulacji zawartej w art. 40 ust. 1 tej ustawy oznaczało więc tylko tyle, że od tej chwili art. 18 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych nie reguluje już zagadnienia zwolnienia tych jednostek od podatku dochodowego od osób prawnych, ponieważ tę kwestię w sposób swoisty i wyczerpujący reguluje już ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych.

Do zawartych w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych zasad opodatkowania tym podatkiem należy między innymi zasada określająca przedmiot opodatkowania, zawarta w art. 7 ust. 1 tej ustawy. Przepis ten stanowi, że przedmiotem opodatkowania podatkiem dochodowym jest dochód bez względu na rodzaj źródeł przychodów, z jakich dochód ten został osiągnięty (za wyjątkiem określonych w art. 21 i art. 22 przypadków opodatkowania dochodów podmiotów podlegających ograniczonemu obowiązkowi podatkowemu oraz opodatkowania dochodów z dywidend, gdzie przedmiotem opodatkowania jest przychód). W ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych nie zawarto katalogu źródeł przychodów, niemniej użycie w omawianym przepisie pojęcia "dochód" w liczbie pojedynczej oraz pojęcia "źródła przychodów" w liczbie mnogiej wskazuje, że niezależnie od tego, z ilu źródeł przychodów podatnik uzyskuje dochody i niezależnie od wcale licznych odrębności, dotyczących ustalania dochodu z poszczególnego źródła (choćby dotyczących chwili rozpoznawania przychodów przy zastosowaniu metody memoriałowej w przeciwieństwie do metody kasowej), przedmiotem opodatkowania jest jeden dochód, stanowiący zgodnie z art. 7 ust. 2 ustawy nadwyżkę sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania, osiągniętą w roku podatkowym (z zastrzeżeniem odmienności dotyczących dochodu z udziału w zyskach osób prawnych oraz dochodów uzyskiwanych przez podmioty powiązane); jeżeli koszty uzyskania przychodów przekraczają sumę przychodów, różnica jest stratą.

Zasada, że przedmiotem opodatkowania jest dochód (jeden dochód) bez względu na liczbę i rodzaj źródeł przychodów, ma także zastosowanie w przypadku uzyskiwania przychodów z dwóch źródeł – jak w przypadku C. będącego jednostką badawczo-rozwojową, uzyskującego przychody z działalności statutowej i z działalności gospodarczej. Nakazane w art. 7 ust. 2 u.p.d.o.p. obliczenie nadwyżki sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania wskazuje na konieczność sumowania przychodów uzyskanych z poszczególnych źródeł z kosztami ich uzyskania, po to, by określić wysokość dochodu stanowiącego przedmiot opodatkowania podatkiem dochodowym, względnie – w przypadku, gdy koszty uzyskania przychodów przekraczają sumę przychodów – określić wielkość straty. Innymi słowy, najpierw należy zbilansować przychody z kosztami ich uzyskania z poszczególnych źródeł przychodów, a następnie po zsumowaniu nadwyżek przychodów nad kosztami określić jeden dochód będący przedmiotem opodatkowania. Postępowanie polegające na obliczeniu dochodów (kilku) z poszczególnych źródeł przychodów, a następnie ich bilansowaniu celem określenia przedmiotu opodatkowania podatkiem dochodowym pozostawałoby w sprzeczności z zasadą wyprowadzoną z wykładni gramatycznej art. 7 ust. 1 i ust. 2 u.p.d.o.p. Dopiero w przypadku stwierdzenia, że w badanym roku podatkowym powstał dochód, może dojść do zastosowania art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. – jeżeli dochód ten został przeznaczony na cele statutowe jednostki, albo też, jeżeli dochód w całości lub w części na cele statutowe jednak przeznaczony nie został – do stwierdzenia, że stanowi on podstawę opodatkowania, od której, po ewentualnych odliczeniach, można określić podatek na podstawie art. 19 ust. 1 u.p.d.o.p.

Należy dodać, że będąca przedmiotem kontrowersji dotacja z Komitetu Badań Naukowych jest neutralna podatkowo w tym sensie, że na mocy art. 17 ust. 1 pkt 14 u.p.d.o.p. jest ona wolna od podatku dochodowego, ale równocześnie na mocy art. 16 ust. 1 pkt 58 u.p.d.o.p. sfinansowane z niej wydatki i koszty nie uważa się za koszty uzyskania przychodów.

Odnosząc powyższe rozważania do poszczególnych zarzutów skargi kasacyjnej Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że uzasadniony jest zarzut naruszenia prawa materialnego wskutek zastosowania art. 18 ust. 1 i ust. 2 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych w sytuacji, gdy przepisy te w roku 2003 nie regulowały już zasad zwolnienia tych jednostek od podatku dochodowego od osób prawnych, ponieważ na mocy art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. zasady opodatkowania omawianych jednostek tym podatkiem oraz zasady ich zwalniania od tego podatku regulowała wyłącznie ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych. Zarazem nie można uznać słuszności twierdzenia, jakoby art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. uchylił art. 18 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych. To twierdzenie jest za daleko idące, ponieważ art. 40 ust. 1 u.p.d.o.p. nie uchylił art. 18 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych, a jedynie ograniczył zakres regulacji tego ostatniego przepisu, wyłączając z niego zagadnienie opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych.

Za trafny uznać także należy zarzut naruszenia art. 17 ust. 1 pkt 4 i art. 7 ust. 1 i ust. 2 u.p.d.o.p. przez ich błędną wykładnię i uznanie, że zwolnienie określone w art. 17 ust. 1 pkt 4 ma zastosowanie jedynie do dochodów z działalności gospodarczej i nie obejmuje dochodów z działalności statutowej oraz że art. 7 ust. 1 i ust. 2 pozwala na wyodrębnienie przychodów z każdego z tych źródeł przychodów i odrębne określanie dochodu z każdego z tych źródeł, podczas gdy dochód stanowiący przedmiot opodatkowania określać należy zgodnie z art. 7 ust. 1 i ust. 2 u.p.d.o.p. jako nadwyżkę sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania bez względu na rodzaj źródeł przychodów, z jakich dochód ten został osiągnięty i dopiero do tak obliczonego dochodu (o ile wystąpi) może mieć zastosowanie zwolnienie określone w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p.

Nie mają natomiast uzasadnienia zarzuty naruszenia przepisów postępowania, a mianowicie art. 141 § 4 P.p.s.a. W zarzutach tych podjęto w istocie powtórną polemikę z przyjętą w wyroku wykładnią przepisów prawa materialnego, nie przytaczając jednak argumentów mogących wskazywać na naruszenie cytowanego przepisu postępowania sądowoadministracyjnego. Art. 141 § 4 P.p.s.a. stanowi bowiem, że uzasadnienie wyroku powinno zawierać zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie, a jeżeli w wyniku uwzględnienia skargi sprawa ma być ponownie rozpatrzona przez organ administracji, uzasadnienie powinno ponadto zawierać wskazania co do dalszego postępowania. Uzasadnienie zaskarżonego wyroku zawiera wszystkie wymagane prawem elementy. Błędny jest zarzut, że nie wyjaśnia ono podstaw prawnych rozstrzygnięcia, skoro w końcowym akapicie na stronie 18 wskazano, że podstawę prawną rozstrzygnięcia stanowi art. 151 P.p.s.a. To, że strona skarżąca kwestionuje kierunek przyjętego rozstrzygnięcia nie uprawnia do stawiania zarzutu, że jego podstawy prawnej nie wskazano. Zagadnienia związane z zasadami rozliczenia dotacji i określaniem dochodu przy wielości źródeł przychodów należą do prawa materialnego i w zakresie, w jakim obejmowały je postawione w skardze kasacyjnej zarzuty znajdujące podstawę w art. 174 pkt 1 P.p.s.a., zostały przez sąd kasacyjny zbadane.

Kwestia zakwalifikowania określonych wydatków jako mających związek z przychodami z określonego źródła przychodów dotyczy ustalenia podstawy faktycznej rozstrzygnięcia podatkowego (choć nie można wykluczyć pojawienia się tu także zagadnień materialnoprawnych). Przepis art. 141 § 4 P.p.s.a. może wprawdzie stanowić samodzielną podstawę kasacyjną służącą zwalczaniu poczynionych w sprawie ustaleń faktycznych, ale tylko wtedy, gdy orzeczenie wojewódzkiego sądu administracyjnego nie zawiera stanowiska co do stanu faktycznego przyjętego za podstawę zaskarżonego rozstrzygnięcia (por. uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 grudnia 2009 r., II FPS 8/09). W zaskarżonym wyroku Wojewódzki Sąd Administracyjny odniósł się aprobująco do stanu faktycznego przyjętego przez organy podatkowe, toteż wskazana w skardze kasacyjnej podstawa zarzutu w postaci art. 141 § 4 P.p.s.a. nie jest prawidłowa. Niezależnie jednak od tego Naczelny Sąd Administracyjny akceptuje przedstawiony w zaskarżonym wyroku i oparty na orzecznictwie NSA pogląd o niedopuszczalności wiązania wydatków na PFRON z działalnością statutową podatnika korzystającego ze zwolnienia przewidzianego w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. oraz uznawania takich wydatków za "podatki nie stanowiące kosztu uzyskania przychodów" w rozumieniu art. 17 ust. 1b u.p.d.o.p. Zakresem znaczeniowym tego ostatniego pojęcia nie mogą być także objęte odsetki za zwłokę z tytułu nieterminowych wpłat należności budżetowych; na marginesie można tu dodać, że odsetki takie na mocy art. 16 ust. 1 pkt 21 u.p.d.o.p. nie mogą być także uważane za koszty uzyskania przychodów. Zbudowany w oparciu o twierdzenia przeciwne zarzut naruszenia art. 141 § 4 P.p.s.a. należy więc uznać za chybiony.

Zarzut nieuwzględnienia skargi na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. wobec naruszenia przez organy podatkowe art. 121 i art. 122 O.p. przez niedołożenie należytych starań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i rozstrzyganie wątpliwości na niekorzyść podatnika jest o tyle niezrozumiały, że w uzasadnieniu skargi kasacyjnej nie wyjaśniono, jakie dowody i na jakie okoliczności należało jeszcze w sprawie przeprowadzić. Stosowanie przez organy podatkowe zasady in dubio pro fisco jest zresztą nader wątpliwe, skoro organy te po prostu przedstawiły określoną wykładnię przepisów prawa podatkowego, zaakceptowaną następnie przez Wojewódzki Sąd Administracyjny. Okoliczność, że wykładnia ta nie odpowiadała interesom podatnika nie uprawnia do formułowania zarzutu o jej tendencyjności, niezależnie od tego, że w toku postępowania sądowoadministracyjnego wykładnia ta w istotnej części została ostatecznie uznana za nieprawidłową.

Zarzut naruszenia przez Wojewódzki Sąd Administracyjny art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) P.p.s.a. nie jest trafny w tym sensie, że skoro Sąd ten naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, nie dopatrzył się, przepisu tego nie mógł zastosować. Przyjęte przez ten Sąd stanowisko odnośnie wykładni i zastosowania prawa materialnego mogło być skutecznie zwalczane – i było zwalczane – postawionymi w skardze kasacyjnej zarzutami naruszenia prawa materialnego, a nie zarzutami naruszenia przepisu postępowania określającego sposób rozstrzygania w przypadku stwierdzenia przez sąd administracyjny pierwszej instancji naruszenia prawa materialnego.

Ponieważ Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że zaskarżony wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi narusza prawo materialne, na podstawie art. 185 § 1 P.p.s.a. uwzględnił skargę kasacyjną, uchylił ten wyrok w całości i przekazał sprawę temu Sądowi do ponownego rozpoznania. Ponownie rozpoznając sprawę Wojewódzki Sąd Administracyjny uwzględni wykładnię prawa dokonaną przez Naczelny Sąd Administracyjny i rozważy, jakie znaczenie w kontekście zasad opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych, określonych w art. 7 ust. 1 i ust. 2 u.p.d.o.p. oraz zasad zwolnienia od podatku dochodu jednostek badawczo-rozwojowych przeznaczonych na cele statutowe określonych w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. miały ewentualne uchybienia w prowadzeniu ewidencji podatkowej w sposób odrębny dla każdego ze źródła przychodów. Sąd ten weźmie także pod uwagę, że wiążąca go wykładnia prawa, dokonana przez Naczelny Sąd Administracyjny, odnosi się także do tych zagadnień, które przy pierwotnym rozpoznaniu sprawy w ocenie sądu kasacyjnego rozstrzygnięte były prawidłowo,

O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 203 pkt 1 P.p.s.a.