Wyrok WSA w Gliwicach, sygn. akt III SA/Gl 757/11
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach
Data orzeczenia: 2011-10-18 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Oddalono skargę
Powołane przepisy: article: art. 86 ust. 1 i   ust. 2,  art. 90 ust. 2 i  ust. 3,  art. 91 ust. 1
journal: Dz.U. 2004 nr 54 poz 535
law: Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług
journal: Dz.U.UE.L 1977 nr 145 poz 1  art. 19,  art. 17
law: Szósta Dyrektywa Rady z dnia 17 maja 1977 r. Nr 77/388/EWG w sprawie harmonizacji ustawodawstw Państw Członkowskich w odniesieniu do  podatków obrotowych - wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Anna Apollo (spr.), Sędziowie Sędzia WSA Małgorzata Jużków, Sędzia WSA Iwona Wiesner, Protokolant St. sekr. sąd. Aleksandra Doruch, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 18 października 2011 r. przy udziale – sprawy ze skargi Miasta C. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...]r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług oddala skargę.


UZASADNIENIE

Zaskarżoną decyzją z dnia [...] r. nr [...] wydaną na podstawie art. 233 § 1 pkt 1, art.13 § 1 pkt 2 lit. a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (j. t. z 2005r. Dz. U. Nr 8, poz. 60 ze zm.) oraz w oparciu o powołane w uzasadnieniu decyzji przepisy ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm.) Dyrektor Izby Skarbowej w K. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. z dnia [...]r. znak: [...] określającą Miastu C. zobowiązanie w podatku od towarów i usług za luty 2005r. w kwocie [...] zł,

W uzasadnieniu ustalił, że Prezydent Miasta C. pismem z dnia [...] r. wystąpił z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za luty 2005 r. w wysokości [...] zł. W korekcie deklaracji VAT-7 za luty 2005r. dołączonej do wniosku strona zadeklarowała kwotę zobowiązania podatkowego w wysokości [...] zł tj. niższej o [...] zł od kwoty zobowiązania podatkowego zadeklarowanego pierwotnie ([...] zł). Wniosek uzasadniono tym, że Urząd Miasta wykonywał zarówno czynności, w związku, z którymi przysługiwało podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługiwało. Przy czym podatek naliczony dotyczący zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowana został odliczony w całości, natomiast w stosunku do sprzedaży mieszanej oraz nie podlegającej opodatkowaniu został odliczony proporcjonalnie w oparciu o art. 90 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług.

W pierwotnej deklaracji VAT-7 za luty 2005 r. strona nie odliczyła podatku naliczonego wynikającego z faktur zakupu w części stanowiącej łączną kwotę [...] zł, w tym: podatek VAT z tytułu nabycia towarów i usług zaliczanych przez podatnika do środków trwałych w kwocie [...] zł oraz z tytułu nabycia towarów i usług pozostałych w kwocie [...] zł. Dlatego, korzystając z prawa do odliczenia podatku naliczonego złożyła korektę deklaracji VAT-7 i wystąpiła z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty.

Organ I instancji w oparciu o rejestr zakupów Urzędu Miasta w C. ustalił, że w rejestrze zakupów środków trwałych związanych ze sprzedażą zwolnioną i opodatkowaną wykazano faktury VAT wartości netto [...] zł, podatek VAT [...] zł. W rejestrze zakupów pozostałych związanych wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną ujęto faktury VAT w kwocie netto [...] zł, podatek VAT w kwocie [...] zł, natomiast zakupy pozostałe związane ze sprzedażą opodatkowaną i zwolnioną według faktur VAT stanowiły kwotę netto [...] zł, podatek VAT [...] zł. Korekta zwiększająca podatek w tym rejestrze dotyczyła kwoty netto [...] zł i podatku VAT [...] zł.

Ustalona przez wnioskodawcę proporcja w oparciu o rzeczywistą strukturę sprzedaży za rok 2005 (udział czynności, w związku, z którymi podatnikowi przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego w łącznej wartości czynności wykonywanych przez podatnika w 2005r.) wynosiła 54,77 %, po zaokrągleniu 55 % ([...]/[...]), przy czym do sprzedaży ogółem włączono opłaty administracyjne wynoszące [...] zł i wartość sprzedanych lokali mieszkalnych w wysokości [...] zł. Zatem podatek VAT do odliczenia w części z tytułu zakupów środków trwałych obliczony przy zastosowaniu proporcji sprzedaży wynosił [...] zł ([...] zł x 55 %), natomiast z faktur VAT dotyczących pozostałych zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowaną i zwolnioną wynosił [...] zł (tj. [...] x 55 %). Łączna kwota podatku naliczonego do odliczenia stanowiła kwotę [...] zł.

W trakcie kontroli podatkowej przeprowadzonej w okresie styczeń-marzec 2010 r. stwierdzono, że od momentu zarejestrowania się jako podatnik VAT Urząd Miasta C. nie korzystał z odliczenia podatku naliczonego ponieważ w zdecydowanej większości wykonywał czynności zwolnione od podatku oraz czynności nie podlegające temu podatkowi.

W korekcie deklaracji podatkowej VAT-7 za luty 2005r. strona zadeklarowała transakcje dostawy towaru i świadczenia usług zwolnione od podatku w kwocie [...] zł, opodatkowane stawką VAT 7% o wartości netto [...] zł, podatek VAT [...] zł oraz opodatkowane stawką 22% o wartości netto [...] zł, podatek VAT [...] zł. Jednocześnie strona zadeklarowała nabycie towarów i usług zaliczanych do środków trwałych w kwocie netto [...] zł, podatek naliczony do odliczenia z tego tytułu w kwocie [...] zł, oraz nabycie pozostałych towarów i usług w kwocie netto [...] zł i podatek VAT [...] zł.

W rocznym rozliczeniu sprzedaży za 2005 r. strona wykazała sprzedaż opodatkowaną o wartości netto [...] zł, sprzedaż gruntów o wartości [...] zł, sprzedaż zwolnioną w wysokości [...] zł, w tym: opłaty administracyjne wynoszące [...] zł, sprzedaż lokali mieszkalnych o wartości [...] zł, pozostałą sprzedaż zwolnioną w kwocie [...] zł.

Dalej organ I instancji ustalił w oparciu o wyniki kontroli i regulamin organizacyjny Urzędu Miasta z dnia [...]r., iż w strukturze organizacyjnej Urzędu Miasta znajdują się wydziały, które wykonują czynności opodatkowane podatkiem VAT oraz wydziały, które ww. czynności nie wykonują. M. R. - główny księgowy - oświadczył, iż nie ma możliwości wyodrębnienia, w jakim zakresie ww. czynności są wykonywane przez poszczególne działy. Dlatego organ I instancji uznał, iż dokonane w skorygowanej deklaracji VAT-7 za luty 2005r. odliczenie przez podatnika części kwoty podatku naliczonego obliczonego w oparciu o strukturę sprzedaży za rok 2005 jest nieprawidłowe i do odliczenia kwoty podatku zastosował inny sposób tj. pośrednio poprzez wykorzystanie struktury zatrudnienia w Urzędzie Miasta.

W poszczególnych wydziałach Urzędu Miasta czynności opodatkowane podatkiem VAT 22 % wykonywały 103 osoby. Tym samym udział tych osób w stosunku do zatrudnienia ogółem tj. 346 osób stanowił 29,77 %. Stosując tę wskaźnik organ I instancji dokonał obliczenia części kwoty podatku naliczonego do odliczenia w oparciu o proporcję sprzedaży i w konsekwencji zmienił zadeklarowaną przez stronę wysokość zobowiązania podatkowego za luty 2005 r. i określił to zobowiązanie w wysokości [...] zł. Różnica w zobowiązaniu podatkowym w wysokości [...] zł wynikała z zakwestionowanych faktur VAT z tytułu nabycia pozostałych towarów i usług związanych ze sprzedażą opodatkowaną na łączną kwotę podatku [...] zł oraz ze sprzedażą opodatkowaną i zwolnioną na łączną kwotę podatku [...] zł.

Organ I instancji ustalił, iż zakupy pozostałe związane wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną stanowiły według faktur VAT kwotę netto [...] zł, podatek VAT w kwocie [...] zł. Tym samym organ podatkowy zakwestionował odliczenie podatku naliczonego z faktur VAT wymienionych w poz. 84 i 86 rejestru na łączną kwotę podatku VAT [...] zł.

Natomiast ujęte w rejestrze faktury VAT dotyczące zakupów pozostałych związanych ze sprzedażą mieszaną /opodatkowaną i zwolnioną/ według organu podatkowego stanowiły kwotę netto [...] zł, podatek VAT [...] zł. Organ I instancji zakwestionował faktury VAT ujęte w tym rejestrze w poz. 3, 6, 22, 28, 45, 46, 50, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 64, 72, 80 na ogólną wartość netto [...] zł i podatek VAT [...] zł. W rejestrze środków trwałych nabycie towarów według faktur VAT związanych ze sprzedażą opodatkowaną i zwolnioną stanowiło kwotę netto [...] zł, podatek VAT [...] zł. Dane w tym zakresie nie były kwestionowane przez organ podatkowy.

Jednocześnie ustalona przez organ I instancji proporcja jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku, z którymi przysługiwało podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługiwało (czynności mieszane) stanowiła 92,23 % tj. 93,00 % ([...]/[...]). Organ I instancji stosował do obliczenia części kwoty podatku naliczonego do odliczenia wskaźnik zatrudnienia w wysokości 29,77 % oraz wskaźnik proporcji struktury sprzedaży w wysokości 93,00 %. I tak, w przypadku środków trwałych wykorzystywanych do czynności mieszanych obliczona w powyższy sposób kwota podatku naliczonego do odliczenia wynosiła [...] zł /tj. [...] zł x 29,77 % = [...] x 93 % = [...] zł. Natomiast dla pozostałych towarów i usług wynosiła [...] zł /tj. [...] x 29,77 % =[...] zł x 93 % = [...] zł/. Kwota podatku VAT do odliczenia w części dotyczącej działalności opodatkowanej wynosiła [...] zł.

Łączna kwota podatku naliczonego do odliczenia wynosiła [...] zł. Rozliczenie podatku VAT za luty 2005r. według organu I instancji było następujące:

podatek należny [...] zł,

podatek naliczony [...] zł,

nadwyżka podatku

należnego nad naliczonym [...] zł,

nadpłata [...] zł.

Biorąc pod uwagę powyższe ustalenia organ I instancji w decyzji z dnia [...] r. nr [...] dokonał zmiany w deklarowanym rozliczeniu podatku VAT za luty 2005r. i określił wysokość zobowiązania podatkowego w kwocie [...] zł tj. w kwocie wyższej o [...] zł od wykazanej w korekcie deklaracji. Jednocześnie decyzją z dnia [...]r. znak: [...] odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za luty 2005r. w kwocie [...] zł i orzekł nadpłatę w kwocie [...] zł.

W wyniku odwołania strony Dyrektor Izby Skarbowej w K. decyzją z dnia [...]r. znak: [...] uchylił w całości decyzję organu I instancji i przekazał mu sprawę do ponownego rozpatrzenia, bowiem nie zaaprobował metody obliczenia proporcji zastosowanej przez organ I instancji mającej posłużyć do wyodrębnienia kwoty podatku naliczonego, czemu dał wyraz w decyzjach uchylających za miesiące styczeń - kwiecień 2005 r. Jednocześnie zobowiązał organ I instancji do ponownego rozpatrzenia sprawy pod kątem nabycia towarów i usług rzeczywiście wykorzystywanych do działalności opodatkowanej, mając na względzie całokształt działalności podatnika. W sytuacji niereprezentatywnego obrotu zastosowanie prawidłowej proporcji powinno być wcześniej uzgodnione przez podatnika z Urzędem Skarbowym.

Naczelnik Urzędu Skarbowego w C. decyzją z dnia [...]r. znak: [...] ponownie określił za luty 2005r. zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług w kwocie [...] zł. powtarzając swoje stanowisko wyrażone w pierwszej, uchylonej następnie decyzji.

W odwołaniu od nowej decyzji organu I instancji Miasto C. zarzucając naruszenie przepisów:

prawa materialnego wynikającego z art. 90 ustawy o podatku od towarów i usług poprzez bezprawne obliczenie proporcji w oparciu o ilość osób zatrudnionych w Urzędzie Miasta,

prawa wspólnotowego zawartych w art. 19 VI DYREKTYWY RADY z dnia 17 maja 1977r. w sprawie harmonizacji ustawodawstw Państw Członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych - wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku (77/388/EWG) (Dz. U. UE L z dnia 13 czerwca 1977r.),

prawa procesowego - art. 120 ustawy Ordynacja podatkowa poprzez ustalenia zawarte w decyzji bez podstawy prawnej oraz art. 121 tej ustawy poprzez ustalenia oparte na dowolności i nie uprawnionych przez przepisy podatkowe szacunkach,

wniosło o uchylenie zakwestionowanej decyzji

Uzasadniając swoje stanowisko wskazał, iż złożył korektę deklaracji za luty 2005 r. wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w kwocie [...] zł., bowiem wcześniej nie korzystało i nie korzysta w bieżącym okresie z odliczenia podatku naliczonego, co wynika z wykorzystania towarów i usług w zdecydowanej większości do czynności zwolnionych od podatku oraz niepodlegających temu podatkowi. Jako specyficzny podatnik nie dokonywał i nie dokonuje, zgodnie z art. 90 ustawy o podatku od towarów i usług odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanego z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi nie przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego. Ponadto brak w strukturze Urzędu działu, który rozliczałby podatek od towarów i usług. Odwołujący dodał, iż powyższa sprawa była już rozpatrywana przez organ II instancji, który decyzją z dnia [...]r. znak: [...] uchylił decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. w związku z nie mającym oparcie w przepisach prawa ustaleniem proporcji w oparciu o strukturę zatrudnienia.

Odwołujące się Miasto C. podkreśliło, iż prowadziło ewidencję zgodnie z wymogami zawartymi w art.109 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług w brzmieniu obowiązującym w 2005 r. i w rejestrach zakupu dokonał wyodrębnienia kwot związanych ze sprzedażą opodatkowaną z całości swoich zakupów. Zarzucanie podatnikowi, iż tego nie dokonał, gdy z dowodów zebranych w sprawie wynika co innego, jest bezpodstawne.

Odwołujący zauważył, iż kontrolujący poza nielicznymi wyjątkami, nie kwestionowali prawidłowości sporządzenia ewidencji tzn. uznali, że wykazane w rejestrze zakupy są związane ze sprzedażą opodatkowaną lub sprzedażą opodatkowaną i nie podlegającą opodatkowaniu, o której mowa w art. 90 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług.

Zdaniem strony organ podatkowy bez podstawy prawnej stwierdził, iż podatnikowi przysługuje prawo obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane wyłącznie do czynności opodatkowanych oraz bez podstawy prawnej dokonał wyodrębnienia podatku naliczonego związanego z czynnościami opodatkowanymi w oparciu o strukturę zatrudnienia i wyliczył wskaźnik na poziomie 29,77% odzwierciedlający udział pracowników wykonujących w Urzędzie czynności opodatkowane VAT. Powyższe stoi w rażącej sprzeczności zarówno z regulacjami VI Dyrektywy, jak i przepisami zawartymi w ustawie o podatku od towarów i usług oraz ugruntowaną linią orzecznictwa sądów administracyjnych. Zwłaszcza, że z regulacji VI Dyrektywy wynika, iż zasadą jest proporcjonalne (wedle struktury sprzedaży) odliczanie podatku związanego zarówno z czynnościami opodatkowanymi jak i z czynnościami nieopodatkowanymi, zaś z przepisów polskiej ustawy wynika, że taki sposób postępowania jest ostatecznością. Jako zasadę przyjęto bowiem oznaczenie części podatku naliczonego, który związany jest z działalnością opodatkowaną, jak i tej części, która związana jest z działalnością nieopodatkowaną.

Oznacza to, iż jeżeli podatnik jest w stanie przyporządkować w sposób bezpośredni cały podatek naliczony odpowiednio czynnościom umożliwiającym odliczenie i czynnościom nie dającym prawa do odliczenia podatku naliczonego, wówczas rozliczenia proporcjonalnego określonego w art. 90 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług nie stosuje się. Jeżeli podatnik może dokonać bezpośredniego przyporządkowania podatku naliczonego tylko w odniesieniu do części podatku naliczonego, wówczas rozliczenie proporcjonalne może zostać zastosowane w stosunku do pozostałej części podatku naliczonego (vide: T. Michalik: VAT Komentarz. Rok 2004r, Wydawnictwo C. H. Beck, Warszawa 2004, s. 517 oraz wyrok WSA w Warszawie z dnia 14.03.2007r. III SA/Wa 1149/06).

Podatnik nie był w stanie wykazanych w rejestrze zakupów związanych z czynnościami opodatkowanymi i nie podlegającymi opodatkowaniu przyporządkować bezpośrednio do czynności opodatkowanych i czynności nie podlegających opodatkowaniu, w związku z tym zastosował rozliczenie proporcjonalne. Strona zauważyła, iż organ podatkowy też nie był w stanie przyporządkować bezpośrednio do czynności opodatkowanych i czynności nie podlegających opodatkowaniu, a dowolnie stosując proporcję sprzeczną z obowiązującym prawem, podważył podstawowe zasady postępowania podatkowego zawarte w art. 120 oraz 121 Ordynacji podatkowej.

W opinii strony podatek od towarów i usług dotyczący zakupów związanych wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną został przez podatnika odliczony w całości, natomiast podatek VAT dotyczący zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowana i zwolnioną lub nie podlegającą opodatkowaniu został uwzględniony przy zastosowaniu proporcji obliczonej zgodnie z art. 90 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług. Ustawodawca nie przewidział innego sposobu ustalania proporcji jedynie na podstawie obrotu (vide: wyrok WSA w Warszawie z dnia 14.10. 2008 r. sygn. akt III SA/Wa 467/08).

Odwołujący podkreślił, iż ustawodawca nie przewidział innego sposobu ustalania proporcji (vide: wyrok WSA w Warszawie z dnia 14.10.2008r. III SA/Wa 467/08). Nie jest zatem możliwe, zgodnie z obowiązującymi w 2005 r. przepisami, wyliczanie proporcji do odliczenia podatku od towarów i usług w oparciu o ilość zatrudnionych osób. Wyliczenie przez organ osób zatrudnionych w Urzędzie Miasta i dowolne kwalifikowanie, które wydziały urzędu można zaliczyć do wykonujących czynności opodatkowane a których wydziałów nie można, gdyż wykonują czynności sporadycznie, jest działaniem dowolnym i bezprawnym.

Ponownie rozpatrując sprawę i odnosząc się do zarzutów odwołania Dyrektor Izby Skarbowej w K. podkreślił, że w rozpatrywanej sprawie sporna jest kwota dokonanego przez stronę w skorygowanej deklaracji podatkowej VAT-7 za luty 2005r. częściowego odliczenia podatku naliczonego w wysokości [...] zł, jak również sposób obliczenia tej kwoty /proporcja sprzedaży/. Urząd Skarbowy w C. określił ww. kwotę podatku naliczonego do odliczenia w wysokości niższej tj. [...] zł.

Po przytoczeniu treści art. 86 ust. 1, art. 90 i art. 91 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług zauważył, że w rozpoznawanej sprawie podmiotem podatku VAT jest jednostka samorządu terytorialnego, gdzie zasady rządzące prawem do odliczenia podatku VAT są analogiczne jak dla ogółu podatników. Podmiot ten wykonuje zarówno czynności opodatkowane podatkiem VAT, czynności zwolnione od podatku oraz czynności niepodlegające opodatkowaniu (związane z zadaniami gminy nałożone odrębnymi przepisami). Zatem podatnik wykonuje czynności, które nie dają prawa do odliczenia podatku VAT oraz czynności, które takie prawo dają. Jednocześnie podatnik dokonuje zakupów towarów i usług, które służą całej działalności. Podatnik z ogólnych wydatków kosztowych wyodrębnił część wydatków, które zdaniem strony były związane z czynnościami objętymi ustawą o podatku od towarów i usług. Podkreślił przy tym, że prawo do odliczenia podatku przysługuje podatnikowi w stosunku do zakupów wykorzystywanych, z uwzględnieniem proporcji ustalonej w oparciu o art. 90 ustawy, w takim zakresie, w jakim dokonywane zakupy będą służyły czynnościom opodatkowanym.

Dalej Dyrektor Izby Skarbowej zauważył, że stosownie do brzmienia art. 90 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, jeżeli podatnik nie może wyodrębnić całości lub części kwot podatku naliczonego, to pomniejsza kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom opodatkowanym podatkiem VAT. Dla obliczenia proporcji określa się udział rocznego obrotu związanego z prawem do obniżenia kwoty podatku należnego w całkowitym obrocie, tj. z prawem do obniżenia kwoty podatku należnego i bez takiego prawa. W przypadku gminy czynności, w związku z którymi nie przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego, to przede wszystkim czynności zwolnione z podatku VAT oraz czynności, które nie były objęte zakresem VAT.

Następnie, powołując się na wyrok Wojewódzkie Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 14 października 2008r. sygn. akt III SA/Wa 467/08, w którym stwierdzono, że podatnik "ma prawo do odliczenia podatku naliczonego, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Przy czym obowiązek zastosowania proporcji odliczenia, o której mowa w art. 90 ust. 2 i ust. 3 ustawy o VAT ma miejsce wtedy, kiedy strona nie ma możliwości wyodrębnienia czynności i kwot, w związku z którymi przysługuje jej prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje. Zatem, w sytuacji braku możliwości wyodrębnienia całości lub części wskazanych kwot, prawodawca ustanowił, w art. 90 ust. 3 ustawy o VAT, metodę określania proporcji. Proporcję tę ustala się na podstawie "(...) udziału rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo" stwierdził, że podatnik, jako jednostka samorządu terytorialnego, wykonywała równocześnie działalność gospodarczą opodatkowaną, zwolnioną z podatku, i działalność nie mającą charakteru gospodarczego, nie należącą do zakresu stosowanej szóstej dyrektywy Rady 77/388/EWG z 17 maja 1977r./.../. Zauważył także, iż czynności wykonywane w ramach sprawowanego imperium publicznego nie podlegają opodatkowaniu, znajdują się poza zakresem przedmiotowej ustawy i w konsekwencji nie dają prawa do odliczenia podatku naliczonego. Równocześnie w zakresie działalności gospodarczej podatnik wykonywał czynności, które zgodnie z zapisami w rejestrze sprzedaży dotyczyły refakturowania ogólnych kosztów utrzymania (np. media) wpływów z tytułu czynszów z podnajmu lokali użytkowych, dzierżawy, sprzedaży lokali mieszkalnych, mapek geodezyjnych, odsetek od pożyczek z ZFŚS, opłat za wieczyste użytkowanie gruntów, czynszów za dzierżawę nieruchomości, wpływów ze sprzedaży gruntów.

Do częściowego odliczania podatku naliczonego strona stosowała proporcję na poziomie 54,77 % tj. ([...]/[...]). Licznik wskaźnika proporcji ustaliła na poziomie [...] zł (sprzedaż opodatkowana). Do obrotu całkowitego wyrażonego w mianowniku strona przyjęła sumę [...] zł, która wynikała z włączenia do obrotu również wpływów z opłat administracyjnych w kwocie [...] zł, tj. czynności nie podlegających przepisom ustawy o podatku od towarów i usług, wpływów ze sprzedaży lokali mieszkalnych w kwocie [...] zł (sprzedaż zwolniona z VAT - na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy) oraz wpływów z pozostałej sprzedaży zwolnionej w kwocie [...] zł.

Z kolei organ I instancji rzeczywistą ostateczną roczną proporcję udziału sprzedaży opodatkowanej w sprzedaży ogółem za 2005 r. ustalił na poziomie 92,23 % tj. 93,00 % ([...]/[...]). Do obliczenia wskaźnika proporcji organ podatkowy podobnie jak podatnik w liczniku przyjął czynności opodatkowane w kwocie [...] zł. Obrót całkowity ujęty przez organ podatkowy w mianowniku proporcji był niższy od wartości przyjętej przez odwołującego. Powyższa wartość obrotu opodatkowanego została zwiększona przez ww. organ wyłącznie o wartość pozostałej sprzedaży zwolnionej w kwocie [...] zł.

Odwołując się do wyroku NSA z dnia 30 czerwca 2009 r. sygn. akt I FSK 903/08/, w którym wyrażono pogląd, iż "kluczową kwestią, decydującą o kalkulacji ułamka stosowanego do proporcjonalnego rozliczenia podatku naliczonego, jest ustalenie na podstawie konkretnego stanu faktycznego, czy przychód uzyskany przez podatnika może być uznany za wynagrodzenie z tytułu dostawy lub świadczenia usług w ramach działalności gospodarczej czy też nie spełnia on tych warunków i powinien być uznany za niepodlegający podatkowi VAT. W drugim przypadku otrzymany przychód nie będzie miał wpływu na wysokość proporcji obliczanej na podstawie artykułu 19(1) VI Dyrektywy " stwierdził, że organ I instancji zakwestionował w rozliczeniu za luty 2005 r. faktury VAT wymienione w pozycjach 84 i 86 dotyczące remontu wiaty i kosztów gazety "Wspólny C." - łączna kwota podatku VAT [...], wartość netto [...] zł. Ponadto z rejestru zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowaną zwolnioną organ I instancji wyłączył z rozliczenia faktury VAT wymienione w poz. 3, 6, 22, 28, 45, 46, 50, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 64, 72, 80 na ogólną wartość netto [...] zł i podatek VAT 1.528,64 zł dotyczące m.in. kosztów energii elektrycznej dla Wydziału USC, dla szaletów, dla AZS C., koszty serwisu komputerowego dla USC, koszty papieru dla Wydziału Edukacji, koszty modyfikacji systemu [...] dla Wydziału Komunikacji, koszty naprawy radiotelefonu [...] na potrzeby Wydziału Zarządzania Kryzysowego i Ochrony Ludności. W opinii organu I instancji przedmiotowe wydatki nie były wykorzystywane w działalności opodatkowanej, zaś podatnik nie kwestionował powyższych ustaleń organu podatkowego, za wyjątkiem wyłączenia z rozliczenia faktur VAT wykazanych w poz. 56, 57 i 58 rejestru (koszty papieru dla Wydziału Edukacji, modyfikacji systemu i naprawy radiotelefonu dla Wydziału Zarządzania Kryzysowego) na łączną kwotę podatku VAT [...] zł.

Organ odwoławczy zauważył ponadto, iż w rejestrze zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowaną i zwolnioną nie powinna znajdować się faktura wykazana w pozycji nr 31 - opisana w treści jako emisja programu - Radio "A". Pełnomocnik strony Pan R. potwierdził, iż przedmiotowy koszt nie był związany z czynnościami opodatkowanymi, zatem nie powinien być wykazany w tym rejestrze. Ponadto nie został dostatecznie wyjaśniony związek wydatku ujętego w rejestrze zakupu ze sprzedażą opodatkowaną z faktury wymienionej w poz. 53 /wartość netto [...] zł podatek VAT [...] zł/ dotyczącej sieci tuningowej. Pan R. stwierdził, iż powyższy wydatek był poniesiony na rzecz systemu wczesnego ostrzegania zarządu kryzysowego.

Dalej Dyrektor Izby Skarbowej stwierdził, że organ I instancji w swojej decyzji nie ustosunkował się do zakwestionowanych przez organ odwoławczy w decyzji z dnia [...]r. pozycji kosztowych i nie skorygował rozliczenia podatku naliczonego VAT za luty 2005r. w tym zakresie. Zgodnie z zasadą wynikającą z art. 234 Ordynacji podatkowej organ odwoławczy nie może wydać decyzji na niekorzyść strony odwołującej, a taki skutek miałaby korekta podatku naliczonego przeprowadzona na etapie postępowania odwoławczego powodująca zmniejszenie kwoty podatku naliczonego o [...] zł i [...] zł.

Zauważył również, że w świetle przepisu art. 90 ust.1 ustawy o podatku od towarów i usług podatnik w swojej działalności ma obowiązek przypisania konkretnych wydatków i towarzyszących im kwot podatku naliczonego do określonych rodzajów czynności (sprzedaży), z którymi wydatki te są związane. Strona zakwestionowała faktury wyłączone przez organ podatkowy z rozliczenia zakupów towarów i usług związanych ze sprzedażą opodatkowaną i zwolnioną jednak nie wskazała jakim konkretnym opodatkowanym czynnościom sprzedaży przedmiotowe wydatki należy przyporządkować. Tymczasem faktury muszą być zakwalifikowane na podstawie ich treści oraz dodatkowego opisu lub dołączonych do nich dokumentów. Podatek VAT związany wyłącznie z czynnościami zwolnionymi nie podlega odliczeniu. Podobnie jest z czynnościami wykonywanymi w ramach działalności jednostki jednak poza zakresem ustawy o podatku od towarów i usług. Natomiast gdy w sferze działalności gminy występują zakupy związane z działalnością opodatkowaną i zwolnioną, których nie można bezpośrednio przypisać do konkretnej czynności, stanowią bowiem ogólne koszty funkcjonowania gminy, wówczas do rozliczenia powinien być stosowana (proporcja). Podatnik sporządził rejestry zakupu, w którym przyporządkował faktury do sprzedaży opodatkowanej oraz zwolnionej i opodatkowanej, lecz nie wykazał związku tych faktur z danym rodzajem sprzedaży. Strona złożyła korektę deklaracji za luty 2005 r. w dniu [...] r. Wobec tego proporcja sprzedaży do odliczenia części podatku naliczonego została obliczona na podstawie rzeczywistego wykonania obrotu za 2005 r. Strona nie dokonała żadnych korekt w zakresie odliczenia podatku naliczonego za luty 2005 r., spowodowanych ewentualnymi zmianami w nabytych towarach i usługach rzutujących na prawo do jego odliczenia.

Z informacji Urzędu Skarbowego wynikało, iż podatnik na bieżąco nie dokonywał odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanego z czynnościami w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego tj. podziału faktur ze względu na przeznaczenie i nie czyni tego również obecnie. Ponadto dokonał obliczenia podatku naliczonego od całej swojej działalności, również tej realizowanej w oparciu o reżim publicznoprawny uznając związek tych wydatków ze sprzedażą zwolnioną. Urząd Miasta ten stan tłumaczył tym, że podatek VAT jaki mógłby być odliczony stanowi niewielką część, a poniesione z tego tytułu koszty na jego rozliczenie związane z zaangażowaniem pracownika byłoby nieekonomiczne.

W związku z decyzjami organu II instancji z dnia [...]r. znak: [...] i znak: [...] uchylającymi decyzje organu I instancji wydanymi w tej sprawie za okres od stycznia do kwietnia 2005 r. i przekazującymi sprawę do ponownego rozpatrzenia - Naczelnik Urzędu Skarbowego w C. powołując się na obowiązek wskazany w uzasadnieniu decyzji organu odwoławczego pismem z dnia [...]r. znak: [...] zobowiązał podatnika do wykazania poniesionych wydatków kosztowych za wskazany okres z podziałem ich przeznaczenia na grupy tj. związanych ze sprzedażą opodatkowaną oraz ze sprzedażą zwolnioną, jak również odrębnego ustalenia poniesionych kosztów związanych z czynnościami znajdującymi się poza zakresem ustawy o podatku od towarów i usług w terminie do [...]r. W odpowiedzi pełnomocnik Urzędu Miasta C. poinformował, iż dane dotyczące wydatków kosztowych z podziałem ich przeznaczenia na grupy są zawarte w rejestrach zakupu za styczeń-grudzień 2005r., które zostały w trakcie postępowania kontrolnego zweryfikowane przez pracowników organu podatkowego. Nadto zobowiązanie nałożone na podatnika w ww. piśmie organu podatkowego nie znajduje uzasadnienia w obowiązujących przepisach prawa, ani też w ujawnionym w toku kontroli stanie faktycznym sprawy.

Biorąc pod uwagę przede wszystkim specyfikę działalności Urzędu Miasta C., organ odwoławczy uznał, że w strukturze dochodów bezspornie w zdecydowanej większości występują obroty, które nie podlegają ustawie o VAT, w stosunku do których podatnikowi nie przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego (sfera imperium stanowiła ponad 90% dochodów). Jednocześnie obrót podlegający ustawie o podatku od towarów i usług w dochodach ogółem stanowił jedynie nieznaczną część (6,5% -wartość netto [...] zł w dochodach Miasta C. ogółem [...] zł). Nadto zakupy towarów i usług wykazane przez stronę w rejestrach jako towary i usługi wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych oraz opodatkowanych i zwolnionych, były również wykorzystywane do czynności niepodlegających ustawie o VAT. Wynika to z faktu, że wykazane w rejestrach zakupy m.in. usług telefonicznych, energii, papieru, sprzętu komputerowego stanowiły wydatki, które generalnie służyły funkcjonowaniu całego Urzędu Miasta, a więc były ponoszone przede wszystkim dla zasadniczej sfery działalności Urzędu tej poza zakresem ustawy o podatku od towarów i usług. Wydatków tych de facto nie można było odrębnie przyporządkować tylko do zadeklarowanej działalności opodatkowanej lub opodatkowanej i zwolnionej, czyli do czynności objętych ustawą o VAT. Szczegółowy podział faktury zakupu określający związek z danym rodzajem działalności objętej ustawą o VAT, w tym specyficznym układzie był praktycznie niemożliwy.

W korekcie deklaracji za luty 2005 r strona wykazała wartość sprzedaży opodatkowanej do sprzedaży ogółem na poziomie 41,76% (tj. [...]). Natomiast w rejestrze zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowaną oraz opodatkowaną i zwolnioną strona zadeklarowała za luty 2005 r. wartość tych zakupów w łącznej kwocie netto [...] zł, podatek VAT [...] zł. (kwota podatku naliczonego do odliczenia wynosiła [...] zł). Jednocześnie strona podkreśliła, iż zakupy według faktur VAT niepodlegające odliczeniu nie zostały wykazane w rejestrach VAT i podatek z tych faktur nie został odliczony w deklaracji VAT-7.

Wobec tego organ odwoławczy ocenił, jaki jest rzeczywisty udział czynności objętych zakresem ustawy o podatku od towarów i usług w dochodach ogółem Miasta C., a tym samym uznał, jaki powinien być udział wydatków zaangażowanych w działalności objętej podatkiem VAT. Nie zaakceptował przy tym przyjętej przez stronę proporcji obrotu do odliczenia podatku naliczonego ustalonej na poziomie 55 % w stosunku do wydatków zaangażowanych w kompleksową działalność Urzędu Miasta w zadeklarowanej w korekcie deklaracji VAT-7 wysokości ponieważ:

z korektami deklaracji w zakresie zmniejszenia podatku naliczonego za 2005r. strona wystąpiła dopiero w dniu [...]r., a to oznacza, iż nie stosowała bieżących przepisów materialnych ustawy o podatku od towarów i usług obowiązujących w 2005r., w omawianym zakresie, podatnik rejestry zakupu sporządził na okoliczność złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty,

strona dokonała podziału faktur w ewidencji zakupu jako zakupy związane ze sprzedażą opodatkowaną oraz opodatkowaną i zwolnioną, jednak podział ten nie odzwierciedlał skali zaangażowania wydatków w sferę wyłączoną z ustawy o VAT,

na podstawie rejestrów zakupu nie można było określić związku faktur z konkretnymi czynnościami opodatkowanymi lub opodatkowanymi i zwolnionymi,

przed złożeniem wniosku o stwierdzenie nadpłaty strona nie podjęła wcześniej współpracy z organem I instancji w zakresie ustalenia proporcji sprzedaży w sytuacji niereprezentatywnego obrotu (wskaźniki udziału % sprzedaży opodatkowanej do sprzedaży ogółem w poszczególnych miesiącach 2005r. były bardzo zróżnicowane),

w tych warunkach zastosowany przez stronę wskaźnik proporcji sprzedaży na poziomie 55%, który określał udział podatku naliczonego do odliczenia, z ogólnych wydatków związanych z funkcjonowaniem całego Urzędu Miasta został zakwestionowany.

Reasumując w wyniku analizy czynników rzutujących na wielkości mające znaczenie w rozpatrywanej sprawie organ odwoławczy uznał, iż podatek naliczony do odliczenia obliczony przez podatnika na podstawie wskaźnika obrotu nie jest miarodajny, gdyż dotyczy wydatków związanych z całą działalnością podatnika. W tym stanie rzeczy zastosowany przez organ I instancji klucz podziału podatku naliczonego pomimo jego wadliwości jest korzystny dla podatnika w kontekście powyższych ustaleń.

Kluczowe znaczenie w sprawie posiada fakt, że generowane przez Urząd Miasta koszty w zasadzie miały związek z całą działalnością Urzędu, w tym również z działalnością nie objętą zakresem ustawy o podatku od towarów i usług. Natomiast prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługiwało podatnikowi zgodnie z art. 86 ust. 1 tylko w takim zakresie, w jakim towary i usługi były wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Jeżeli zatem dokładne przyporządkowanie zakupów służących wyłącznie czynnościom opodatkowanym w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego nie jest możliwe wówczas ustawodawca zgodnie art. 90 ust. 2 ustawy o VAT dopuszcza proporcję, o której mowa w ust.3, w wyniku której zostanie określone podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.

W rozpatrywanej sprawie wskaźnik proporcji obrotu podatnik zastosował również do tej części wydatków, które nie dawały prawa do odliczenia podatku naliczonego, bowiem dotyczyły sfery nie objętej ustawą o VAT.

Wobec powyższego w opinii organu odwoławczego za nietrafny należy uznać zarzut naruszenia art. 90 ustawy o VAT. Ideą częściowego odliczenia podatku jest, bowiem jak najpełniejsze odzwierciedlenie zakresu, w jakim nabyte przez podatnika towary i usługi będą wykorzystywane na potrzeby działalności opodatkowanej.

Europejski Trybunał Sprawiedliwości w tezie wyroku z dnia 13 marca 2008r. (C-437/06) stwierdził, iż "w przypadku działalności gospodarczej i działalności niemającej charakteru gospodarczego należy ustalić metody i kryteria podziału tych kwot w sposób obiektywnie odzwierciedlający część wydatków faktycznie przypadających odpowiednio na każdy z tych rodzajów działalności.

Ponadto Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 14.03.2007r. sygn. akt III SA/Wa 1149/06 stwierdził, iż "obowiązek wyodrębniania kwot podatku przypisanych do poszczególnych rodzajów czynności ma charakter bezwzględny. Podatnik, który wykonuje czynności, w związku z którymi przysługuje mu prawo do odliczenia podatku naliczonego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo mu nie przysługuje, nie może przyjmować jako zasady, że nie jest możliwe przyporządkowanie określonych wydatków wyłącznie do działalności opodatkowanej lub nie dającej prawa do odliczenia podatku naliczonego. Niemożność wyodrębnienia kwot podatku naliczonego związanego ze sprzedażą opodatkowaną i zwolnioną z podatku musi mieć bowiem charakter obiektywny, determinowany okolicznościami konkretnej sprawy".

Zdaniem organu odwoławczego nie jest również trafny zarzut naruszenia przepisów proceduralnych. Organy podatkowe w rozpatrywanej sprawie stosowały ogólne zasady postępowania podatkowego, w tym zasadę praworządności (art. 120 Ordynacji podatkowej) i zasadę postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej). Zasady ogólne to najważniejsze reguły, które z jednej strony przesądzają o modelu postępowania, z drugiej - stanowią wytyczne działania dla organów podatkowych. Działanie zaś na podstawie przepisów prawa to z jednej strony działanie przez organ właściwy, a z drugiej - przestrzeganie zarówno przepisów prawa materialnego, jak i prawa procesowego. W przedmiotowej sprawie nie doszło do naruszenia zasady praworządności, gdyż organy obu instancji przeprowadziły postępowanie w granicach swoich kompetencji, a w wydanych decyzjach organy podatkowe zastosowały przepisy materialne wynikające z ustawy o VAT. Organ podatkowy nie może podejmować żadnych decyzji, z jednej strony bez podstawy prawnej, z drugiej strony, nie może unikać podejmowania decyzji, jeśli wiążące normy prawne nakładają na niego taki obowiązek. Zauważył także, że jakkolwiek art. 120 nakłada obowiązki wyłącznie na organ podatkowy, to i podatnik obowiązany jest do działania zgodnego z prawem. Obniżenie podatku należnego z tytułu sprzedaży towarów i usług o podatek naliczony jest realizacją uprawnienia podatnika, a nie jego obowiązkiem. Podatek VAT jest podatkiem samoobliczalnym, jednakże organy podatkowe na podstawie art. 99 ust. 12 ustawy o podatku od towarów i usług są legitymowane do oceny prawidłowości dokonanego przez podatnika rozliczenia. Stąd udokumentowanie prawa do obniżenia podatku należnego jest warunkiem koniecznym dla realizacji prawa, o którym mowa w art. 86 ust. 1 tej ustawy. Wskazać ponadto należy na art. 109 ust.3 ustawy o VAT, który nakłada na podatnika obowiązek prawidłowego prowadzenia ewidencji zawierającej między innymi kwoty podatku naliczonego, obniżające podatek należny (w tym zgodnie z art. 90 ust.1 odrębne określenie czynności w związku z którymi podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego nie przysługuje). Podatnik powyższym wymogom w pełni nie sprostał.

Końcowo organ odwoławczy zwrócił uwagę, iż w rozpatrywanej sprawie zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za luty 2005r. określone w pierwotnej deklaracji VAT-7 w kwocie [...] zł wygasło na skutek jego zapłaty w dniu [...]r. Podatnik w procesie samoobliczania swojego zobowiązania podatkowego zadeklarował i wpłacił podatek w pełnej wysokości. Z Uchwały Składu Siedmiu Sędziów NSA z dnia 6 października 2003 r. sygn. akt FPS 8/03 wynika, iż "Zapłata podatku przed upływem przedawnienia powoduje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego na podstawie art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Zobowiązanie, które wygasło na skutek zapłaty, nie może wygasnąć po raz drugi na skutek przedawnienia. Oznacza to, że po zapłacie podatku termin przedawnienia już nie biegnie, a organ odwoławczy w czasie praktycznie nieograniczonym może wydać jedną z decyzji wymienionych w art. 233 par. 1 i par. 2, umożliwiając podatnikowi uzyskanie zwrotu nadpłaconego podatku. Organ odwoławczy nie może jedynie określić podatku w kwocie wyższej od zapłaconej, bo w tym zakresie - wobec braku zapłaty - zobowiązanie wygasło na skutek przedawnienia."

Zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1-9 Ordynacji podatkowej wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn. Nie może bowiem ponownie wygasnąć zobowiązanie podatkowe, które już nie istnieje. Jednakże stanowisko to dotyczy skutków materialnoprawnych upływu terminu przedawnienia, nie odnosi się natomiast do jego skutków procesowych (vide: wyrok NSA I FSK 411/09 z dnia 30 czerwca 2010 r.).

Wniosek o stwierdzenie nadpłaty strona złożyła w dniu [...]r., a zatem przed upływem w dniu [...]r. terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za luty 2005 r., o którym mowa z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Ponieważ przedmiotowe zobowiązanie podatkowe nie wygasło na skutek przedawnienia ale w wyniku jego zapłaty w 2005 r. zachodziła konieczność kontynuacji postępowania wszczętego z inicjatywy podatnika przed upływem terminu przedawnienia. W tym przypadku upływ terminu przedawnienia nie wywołał skutków procesowych w postaci bezprzedmiotowości postępowania. Dodatkowo NSA w wyroku sygn. akt I FSK 411/09 z dnia 30 czerwca 2010 r. wyraził pogląd, "że termin przedawnienia jest zastrzeżony dla podatników, których roszczenia wynikające z ich interesu prawnego - o ile zostaną zgłoszone przed upływem terminu przedawnienia - powinny zostać rozpatrzone nawet po jego upływie". Decyzja organu I instancji weszła do obrotu prawnego w dniu [...]r. Natomiast akta sprawy do organu odwoławczego wpłynęły w dniu [...]r. tj. po terminie przedawnienia. Niemniej jednak interes prawny podatnika w przypadku skutecznego wniosku o stwierdzenie nadpłaty wymagał wydania ostatecznej decyzji wymiarowej w sprawie.

W skardze skierowanej do sądu administracyjnego Miasto C. zarzucając decyzji organu odwoławczego naruszenie:

- art. 90 ustawy o podatku od towarów i usług poprzez uznanie bezprawnego obliczenia proporcji w oparciu o ilość osób zatrudnionych w Urzędzie Miasta,

- art. 19 VI Dyrektywy Rady z dnia 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji ustawodawstw Państw Członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych – wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku (77/388/EWG Dz.U.UE.L z dnia 13 czerwca 1977 r.),

- art. 120 Ordynacji podatkowej poprzez "ustalenia zawarte w decyzji bez podstawy prawnej",

- art. 121 Ordynacji podatkowej poprzez ustalenia oparte na dowolności i nie uprawnionych przez przepisy podatkowe szacunkach,

wniosło o uchylenie decyzji w zakresie objętym skargą oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania.

Uzasadniając swoje stanowisko skarżące Miasto stwierdziło, iż Dyrektor Izby Skarbowej w K. wydając w tym samym stanie faktycznym i prawnym drugą decyzję, uznał za prawidłowe stwierdzone wcześniej jako bezprawne postępowanie organu I instancji w części dotyczącej ustalenia proporcji za pomocą wskaźnika osób zatrudnionych obliczonego w oparciu o strukturę zatrudnienia.

Dalej wskazało, iż w korekcie deklaracji zadeklarowało wysokość zobowiązania podatkowego w kwocie niższej od zadeklarowanej w pierwotnej deklaracji. Nadpłata wynikała z nieodliczenia przez podatnika podatku naliczonego z faktur zakupu towarów i usług dotyczących sprzedaży opodatkowanej w całości, a od zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowaną i nie podlegającą opodatkowaniu na podstawie art. 90 ustawy o podatku od towarów i usług.

Skarżący podkreślił, prowadził ewidencję podatkową zawierającą dane niezbędne do prawidłowego sporządzenia deklaracji zgodnie z wymogami art. 109 ust.3 ustawy o podatku od towarów i usług. Zdaniem strony przepisy zawarte w art. 90 powołanej ustawy nie wskazują na to, by na podatniku ciążył obowiązek wykazania w ewidencji zakupów związanych wyłącznie ze sprzedażą zwolnioną lub nie podlegającą opodatkowaniu. Podatnik w swoich rejestrach zakupu wykonał normę zawartą w art. 90 ust.1 tzn. dokonał wyodrębnienia kwot związanych ze sprzedażą opodatkowaną z całości swoich zakupów. Tymczasem organ podatkowy bezzasadnie zarzucił mu, iż tego nie dokonał. W opinii strony kontrolujący nie zakwestionowali, poza nielicznymi wyjątkami prawidłowości ewidencjonowania zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowaną lub opodatkowaną i nie podlegająca opodatkowaniu, o której mowa w art. 90 ust.2 ustawy o podatku od towarów i usług. Ponadto kontrolujący mieli wgląd w akta podatnika, także te, obejmujące faktury związane wyłącznie ze sprzedażą zwolnioną lub nie podlegającą opodatkowaniu, a które nie zostały przez podatnika ujęte w rejestrze zakupu i z których podatek nie został odliczony w deklaracji.

Następnie skarżący zakwestionował informacje Urzędu Skarbowego o tym, że Urząd Miasta nie odliczał podatku naliczonego, ponieważ wykonywanie tej czynności było nieekonomiczne. Ponadto stwierdził, iż organ odwoławczy w swoich wnioskach myli dwa rodzaje podatków dochodowy oraz podatek od towarów i usług, gdzie podstawą obliczenia podatku jest obrót. Wyliczenie przez organ II instancji obrotu podatkowego w stosunku do dochodów, i na tej podstawie dokonanie oceny, jaki jest rzeczywisty udział czynności objętych zakresem ustawy o podatku od towarów i usług w dochodach ogółem Miasta C. nie znajduje żadnej podstawy prawnej, jest działaniem bezprawnym.

Dalej skarżący podniósł, iż zakwestionowanie przez organ odwoławczy prawa do podatkom do obniżenia kwoty podatku należnego na podstawie wymienionych w decyzji dowodów rażąco narusza porządek prawny. Skarżący zastosował w sprawie przepisy ustawy o podatku od towarów i usług obowiązujące w 2005 r. W rejestrach zakupów dokonał rozgraniczenia na zakupy związane ze sprzedażą opodatkowaną i nie podlegającą opodatkowaniu. Nadto dodał, iż wyliczenie prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego jest możliwe w sytuacji gdy podatnik uzna, że w odniesieniu do niego kwota obrotu jest niereprezentatywna. Jest to niezaprzeczalne prawo podatnika, uzależnione od jego woli, a nie subiektywnej oceny organu. Podkreślił, że proporcja została obliczona w oparciu o art. 86 ust. 14 ustawy o podatku od towarów i usług. W tym przypadku nie ma zastosowania norma zawarta w art. 90 ust. 8 tej ustawy.

Wreszcie zakwestionował dokonane przez organ podatkowy odliczenie podatku związanego z czynnościami opodatkowanymi w oparciu o strukturę zatrudnienia. Ponadto stwierdził, iż jeżeli podatnik jest w stanie przyporządkować w sposób bezpośredni cały podatek naliczony odpowiednio czynnościom umożliwiającym odliczenie i czynnościom nie dającym prawa do odliczenia podatku naliczonego, wówczas rozliczenia proporcjonalnego określonego w art.90 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług nie stosuje się. Jeżeli podatnik może dokonać bezpośredniego przyporządkowania podatku naliczonego tylko w odniesieniu do części podatku naliczonego, wówczas rozliczenie proporcjonalne może zostać zastosowane w stosunku do pozostałej części podatku naliczonego (vide: T. Michalik: VAT \komentarz, rok 2004, Wydawnictwo C. H. Beck, Warszawa 2004, s. 517 oraz wyrok WSA w Warszawie z dnia 14 marca 2007r. III SA/Wa 1149/06).

Podatnik nie był w stanie faktur wykazanych w rejestrze zakupów związanych z czynnościami opodatkowanymi i nie podlegającymi opodatkowaniu przyporządkować bezpośrednio do czynności opodatkowanych i czynności nie podlegających opodatkowaniu. Nie był w stanie uczynić tego także organ podatkowy.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w K. wniósł o oddalenie skargi, a odnosząc się do zarzutów zgłoszonych w skardze zauważył, że w istocie powielają zarzuty skarżącego zgłoszone już w odwołaniu. Dlatego w całości podtrzymał swoje stanowisko wyrażone w zaskarżonej decyzji i przedstawioną tam argumentację.

Wojewódzki Sąd Administracyjny ustalił i zważył, co następuje:

Na wstępie należy wyjaśnić, iż w świetle art. 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.) sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Kontrolę tę sprawują stosując jedynie kryterium legalności, a więc zgodności z prawem zaskarżonych aktów. Zatem, aby stwierdzić, że wystąpiło naruszenie prawa prowadzące do uchylenia zaskarżonego aktu lub stwierdzenia jego nieważności na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 i 2 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi Sąd musi w pierwszej kolejności ustalić treść obowiązujących norm prawnych mających zastosowanie w sprawie i wywieść z nich określone prawa i obowiązki, następnie ustalić zakres niezbędnych okoliczności faktycznych, które należy wykazać w ramach postępowania dowodowego i w końcu ocenić prawidłowość dokonanej przez organy subsumcji ustalonych faktów do hipotetycznego stanu prawnego. Oznacza to, iż niewłaściwe zastosowanie przepisów materialnoprawnych każdorazowo pozostaje w ścisłym związku z ustaleniami stanu faktycznego sprawy opartymi o właściwie ustaloną hipotezę badanej normy prawnej

Przechodząc do kwestii obowiązku podatkowego w podatku od towarów i usług oraz prawa podatnika do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego należy przede wszystkim podkreślić, że zasadnicze znaczenie dla oceny legalności zaskarżonej decyzji, a zarazem dla wyniku sprawy mają przepisy art. 86 ust. 1 i 2, art. 90 ust. 1 i 2 ustawy o podatku od towarów i usług w ich brzemieniu obowiązującym w spornym okresie 2005 roku. Należy przypomnieć, że ustawa o podatku od towarów i usług w art. 86 ust. 1 stanowi, iż podatnik ma prawo do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług, związanych ze sprzedażą opodatkowaną. Kwotę podatku naliczonego stanowi, co do zasady, suma kwot podatku określonych w fakturach stwierdzających nabycie towarów i usług. Zauważyć także należy, że przepis art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług jest odpowiednikiem art. 2 ust. 2 l Dyrektywy oraz art. 17 ust. 2 VI Dyrektywy Rady Wspólnot Europejskich. Przepisy te statuują fundamentalne prawo podatnika do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług. Zatem niezbędnym warunkiem odliczenia VAT jest istnienie bezpośredniego związku pomiędzy zakupami (wydatkami) a konkretną transakcją opodatkowaną. Wydatki te powinny stanowić część składową kosztów świadczenia, uwzględnioną w cenie. Jednak brak takiej konkretnej transakcji opodatkowanej nie musi zawsze prowadzić do utraty prawa do odliczenia VAT. W przypadku bowiem wydatków zaliczanych do tzw. kosztów ogólnych, wprawdzie nie istnieje bezpośredni związek pomiędzy zakupem tych towarów i usług a sprzedażą opodatkowaną, lecz w sytuacji gdy stanowią one element cenotwórczy produktów podatnika, pozostając w ten sposób w bezpośrednim związku z jego opodatkowaną działalnością gospodarczą - prawo do odliczenia z tytułu tych zakupów (wydatków) powinno przysługiwać podatnikowi w takim zakresie, w jakim ogólna działalność daje prawo do odliczenia VAT.

Podatek od towarów i usług obciąża konsumpcję. W związku z tym jego ciężarem nie powinni być obciążeni podatnicy VAT w takim zakresie, w jakim wykorzystują zakupione towary i usługi do prowadzenia działalności opodatkowanej. W tym przypadku nie występują oni w charakterze konsumentów zakupionych dóbr. Przez czynności opodatkowane należy rozumieć w tym przypadku czynności, które faktycznie zostały (bądź zostaną) objęte opodatkowaniem, a nie czynności, które, co do zasady, podlegają opodatkowaniu, lecz w danej konkretnej sytuacji nie są opodatkowane. Wynika stąd, że jeśli towary i usługi, przy nabyciu których naliczono podatek, są (mają być) wykorzystywane w całości do prowadzenia działalności opodatkowanej, wówczas podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia całości podatku.

Z kolei przepis art. 90 ust. 1 ustawy stanowi, że w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego, związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.

Zauważyć w tym miejscu należy, że art. 17 ust. 2 VI Dyrektywy Rady, jak i art. 168 Dyrektywy 2006/112/WE odwołują się do konieczności istnienia związku pomiędzy prawem do odliczenia podatku uiszczonego przy nabyciu towaru lub usługi, a wykonywaniem czynności opodatkowanych. Ta wzajemna relacja nie była również kwestionowana w orzecznictwie ETS. W orzeczeniu z dnia 22 lutego 2001 r., Abbey National plc v. Commissioners of Customs & Excise w sprawie C-408/98 Trybunał stwierdził, że przepisy dyrektyw, dotyczące prawa do odliczenia podatku naliczonego, powinny być interpretowane w ten sposób, aby warunkiem powstania prawa do odliczenia podatku było, co do zasady, istnienie bezpośredniego i niezwłocznego związku pomiędzy daną transakcją "wejściową" (z którą związany jest podatek naliczony) a daną "wyjściową" transakcją opodatkowaną. Istnienie takiego związku jest konieczne, aby podatnik był uprawniony do odliczenia VAT, a także dla ustalenia zakresu tego odliczenia. Podobnie Trybunał wypowiedział się w sprawie C-98/98 pomiędzy Commissioners of Customs and Excise a Midland Bank plc (Wielka Brytania) stwierdzając, że istnienie bezpośredniego związku pomiędzy konkretną transakcją zakupu i konkretną transakcją sprzedaży jest niezbędnym wymogiem powstania prawa do odliczenia podatku.

Drugą kwestią, na która należy zwrócić uwagę i którą także zajmował się ETS jest interpretacją zdefiniowanie pojęcia "czynności, w związku z którymi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku od wartości dodanej". Orzeczenia w tych sprawach dotyczyły otrzymywanych odsetek od pożyczek oraz otrzymywanych dywidend. W swoich rozstrzygnięciach Trybunał akcentował, że otrzymywane wówczas wynagrodzenie, jako że pozostaje całkowicie poza sferą opodatkowania VAT, nie może być uwzględniane przy obliczaniu proporcji służącej do oznaczania części podatku podlegającej odliczeniu (tak w orzeczeniach: C-333/91, Sofitam SA v. Ministre charge du Budget; C-306/94, Rugie dauphinoise - Cabinet A. Forest SARL v. Ministre du Budget; C-142/99, Floridienne SA & Berginvest SA v. Belgia State; C-16/00. Cibo Participations SA v. Directeur regional des impóts du Nord-Pas-de-Calais).

Z powyższych orzeczeń wynika, że sformułowanie "czynności, w związku z którymi nie przysługuje prawo do odliczenia" należy interpretować jako odnoszące się do czynności zwolnionych, skoro pojęcie to nie może być odniesione do transakcji znajdujących się poza regulacją przepisów o podatku od towarów i usług.. Sformułowanie "czynności, w związku z którymi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku" należy zatem rozumieć jako "czynności zwolnione od podatku".

W związku z powyższym należy uznać, że dla powstania prawa do odliczenia wystarczające jest istnienie bezpośredniego związku pomiędzy podatkiem naliczonym a tą częścią działalności podatnika, która jest przedmiotem opodatkowania VAT. W związku z tym VAT naliczony przy nabyciu towarów i usług bezpośrednio związanych z tą częścią działalności, która jest przedmiotem podatku VAT, może w całości podlegać odliczeniu.

W przypadku gdy dokonywane przez podatnika zakupy dotyczą zarówno czynności opodatkowanych, zwolnionych z opodatkowania, jak i nieobjętych w ogóle przepisami ustawy o VAT, a jednocześnie nie da się przyporządkować kwot podatku naliczonego wyłącznie do czynności opodatkowanych lub zwolnionych od opodatkowania, wówczas przy obliczaniu proporcji odliczenia podatku naliczonego nie należy uwzględnić wartości czynności niepodlegających opodatkowaniu VAT. W przypadku podatku związanego tylko z czynnościami opodatkowanymi oraz z czynnościami niepodlegającymi podatkowi, podatnik nie stosuje odliczenia częściowego wedle proporcji, lecz odliczenie pełne. Wartość czynności niepodlegających w ogóle opodatkowaniu nie wchodzi bowiem do sumy wartości obrotów ustalanych dla potrzeb liczenia proporcji sprzedaży.

Za taką konkluzją przemawia także i to, że omówiona regulacja posługuje się pojęciem obrotu, które jest zdefiniowane w art. 29 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług. W myśl tego przepisu podstawą opodatkowania jest obrót (...). Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy lub osoby trzeciej. Obrót zwiększa się o otrzymane dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze mające bezpośredni wpływ na cenę (kwotę należną) towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika, pomniejszone o kwotę należnego podatku. Art. 2 pkt 22 ustawy stanowi zaś, że przez pojęcie sprzedaży rozumie się odpłatną dostawę towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju, eksport towarów oraz wewnątrzwspólnotową dostawę towarów. Z powyższych regulacji wynika, że pojęcie obrotu oznacza kwotę należną tytułem czynności określonych w ustawie, zbiorczo określonych przez jej przepisy jako sprzedaż, pomniejszoną o należny podatek, stanowiącą podstawę opodatkowania podatkiem VAT, a więc podlegającą tej daninie. Prowadzi to do wniosku, że pojęcie obrotu związane jest tylko z czynnościami uregulowanymi w ustawie.

Kluczową zatem kwestią, decydującą o kalkulacji ułamka stosowanego do proporcjonalnego rozliczenia podatku naliczonego, jest ustalenie na podstawie konkretnego stanu faktycznego, czy przychód uzyskany przez podatnika może być uznany za wynagrodzenie z tytułu dostawy lub świadczenia usług w ramach działalności gospodarczej, czy też nie spełnia on tych warunków i powinien być uznany za niepodlegający podatkowi VAT. W drugim przypadku otrzymany przychód nie będzie miał wpływu na wysokość proporcji obliczanej na podstawie art. 19(1) VI Dyrektywy - pogląd taki, który w całości podziela NSA w obecnym składzie, wyrażony został w wyrokach NSA z 30.6.2009 r., I FSK 903/08 oraz I FSK 904/08.

Europejski Trybunał Sprawiedliwości ukształtował utrwaloną linię interpretacyjną art. 19 VI Dyrektywy (obecnie art. 174 Dyrektywy 2006/112/WE) w kwestii zaliczania czynności nieobjętych VAT do proporcjonalnego rozliczenia podatku naliczonego. Zgodnie z tym orzecznictwem, czynności pozostające poza zakresem VAT nie podlegają uwzględnieniu w mianowniku współczynnika proporcjonalnego rozliczenia podatku naliczonego, o którym to rozliczeniu mowa w tym przepisie dyrektywy. Czynności, których dyrektywa w ogóle nie reguluje, nie mogą bowiem wpływać na rozstrzyganie co do prawa odliczenia podatku. Wniosek taki wynika również z nadrzędnej zasady neutralności VAT.

Odnosząc powyższe rozważania do niniejszej sprawy zauważyć należy na wstępie, że zasadniczy spór sprowadza się nie tyle do wykładni art. 90 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, lecz do sporu o to, jakie wartości wstawić do mianownika ułamka określającego proporcje podatku naliczonego podlegającego odliczeniu. Innych ustaleń organów podatkowych skarżący nie kwestionował.

Wracając do regulacji art. 90 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług i opisanemu w niej obowiązkowi, w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego podkreślić przyjdzie, ze p ten przepis nakłada na podatnika obowiązek odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami dającymi podatnikom prawo do odliczenia i czynnościami nie dającymi prawa do odliczenia. Jeżeli ich wyodrębnienie nie jest możliwe, to - stosownie do treści art. 90 ust. 2 powołanej ustawy - podatnik może, co do zasady, pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.

Proporcję ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo. Proporcje określa się procentowo w stosunku rocznym na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja (art. 90 ust. 3 i 4 ustawy).

Skarżące Miasto C. jest miastem na prawach powiatu, a to oznacza w świetle art. 92 ust. 2 ustawy z dnia 5 czerwca 1998 r. o samorządzie powiatowym (tekst jednolity Dz. U. z 2011 r. nr 142, poz. 1592 ze zm.), że jest gminą wykonującą zadania powiatu na zasadach określonych w tej ustawie. Zatem wykonuje także wszystkie zadania gminy, jako jednostki samorządu terytorialnego wynikające z przepisów ustawy z dnia 8 marca 1990 r. o samorządzie gminnym (tekst jednolity Dz. U. z 2001 r. nr 142, poz. 1591 ze zm.), w szczególności w przeważającej części wykonuje zadania i czynności z zakresu administracji publicznej, które nie podlegają przepisom ustawy o podatku od towarów i usług.

Część zakupionych przez skarżące Miasto towarów i usług, np. zakup tzw. mediów służy jednocześnie wykonywaniu czynności podlegających przepisom ustawy o podatku od towarów i usług jak i wykonywaniu czynności tym przepisom nie podlegającym, a związanym z wykonywaniem zadań z zakresu administracji publicznej. Obliczając wielkość obrotu stanowiącego podstawę do obliczenia proporcji podatku naliczonego podlegającego odliczeniu skarżący uwzględnił w nim cały obrót, w tym przychód z opłat administracyjnych pobieranych w związku z wykonywaniem przez Miasto C. i jego organ wykonawczy czynności z zakresu administracji publicznej.

Do częściowego odliczania podatku naliczonego skarżący ustalił wskaźnik proporcji na poziomie 54,77 % tj. ([...]/[...]). Licznik wskaźnika proporcji ustalił na poziomie [...] zł (sprzedaż opodatkowana). Do obrotu całkowitego wyrażonego w mianowniku przyjął sumę [...] zł, która wynikała z włączenia do obrotu również wpływów z opłat administracyjnych w kwocie [...] zł, wpływów ze sprzedaży lokali mieszkalnych w kwocie [...] zł , która to sprzedaż zwolniona jest z podatku VAT - na podstawie art. 43 ust.1 pkt 10 ustawy o podatku od towarów i usług oraz wpływów z pozostałej sprzedaży zwolnionej w kwocie [...] zł.

Natomiast organ podatkowy rzeczywistą ostateczną roczną proporcję udziału sprzedaży opodatkowanej w sprzedaży ogółem za 2005 r. ustalił na poziomie 92,23 % tj. 93,00 % ([...] / [...]). Do obliczenia wskaźnika proporcji, podobnie jak skarżący, w liczniku przyjął czynności opodatkowane w kwocie [...] zł. Obrót całkowity ujęty przez organ podatkowy w mianowniku proporcji był niższy od wartości przyjętej przez skarżącego, ale ujęto w nim wartość pozostałej sprzedaży zwolnionej w kwocie [...] zł.

Jak już wyżej wskazano proporcję, o której mowa w ust. 2 art. 90 ustawy o podatku od towarów i usług, ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo - ust. 3 art. 90. Do tej wartości nie wlicza się obrotu z tytułu czynności nie podlegających w ogóle opodatkowaniu podatkiem VAT. NSA w wyroku z dnia 30 czerwca 2009 r. sygn. akt I FSK 903/08 stwierdził, iż "kluczową kwestią, decydującą o kalkulacji ułamka stosowanego do proporcjonalnego rozliczenia podatku naliczonego, jest ustalenie na podstawie konkretnego stanu faktycznego, czy przychód uzyskany przez podatnika może być uznany za wynagrodzenie z tytułu dostawy lub świadczenia usług w ramach działalności gospodarczej czy też nie spełnia on tych warunków i powinien być uznany za niepodlegający podatkowi VAT. W drugim przypadku otrzymany przychód nie będzie miał wpływu na wysokość proporcji obliczanej na podstawie artykułu 19(1) VI Dyrektywy.

Zasadnie zatem organ podatkowy wyłączył z obrotu uzyskanego przez skarżącego w 2005 r. opłaty administracyjne. Słusznie również zauważył, że że generowane przez Urząd Miasta koszty w zasadzie miały związek z całą działalnością Miasta, w tym również z działalnością objętą zakresem ustawy o podatku od towarów i usług. Natomiast prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługiwało podatnikowi zgodnie z art. 86 ust.1 ustawy tylko w takim zakresie, w jakim towary i usługi były wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Organ podatkowy, wobec niewskazania przez skarżącego, która część z zadeklarowanego przez niego obrotu, a ściślej która część zakupionych towarów i usług służyła wykonywaniu czynności podlegających ustawie o podatku od towarów i usług, a która czynnościom tej ustawie nie podlegających dokonał podziału tych wydatków w oparciu o strukturę organizacyjna urzędu, wielkość zatrudnienia w poszczególnych wydziałach urzędu i rodzaj wykonywanych czynności (związanych, bądź nie związanych z działalnością gospodarczą skarżącego) w tych komórkach organizacyjnych.

Europejski Trybunał Sprawiedliwości w tezie wyroku w tezie wyroku z dnia 13 marca 2008 r. (C-437/06) stwierdził, iż "w przypadku działalności gospodarczej i działalności nie mającej charakteru gospodarczego należy ustalić metody i kryteria podziału tych kwot w sposób obiektywnie odzwierciedlający część wydatków faktycznie przypadających odpowiednio na każdy z tych rodzajów działalności. Ustawa o podatku od towarów i usług nie zawiera wprost wskazówek pozwalających na dokonanie takiego podziału. Niemniej jednak regulacja art. 86 ust. 1 w powiązaniu z art. 90 ust. 2 ustawy pozwala na stwierdzenie, że odliczeniu podlega tylko podatek naliczonego w takim zakresie, w jakim towary i usługi z nim związane były wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Metoda wybrana przez organ podatkowy pozwala w sposób miarodajny dokonać podziału tych wydatków z uwzględnieniem specyfiki działalności Miasta C. i z uwzględnieniem faktu, nie kwestionowanego przez skarżącego, że w przeważającej mierze wykonuje on czynności nie podlegające ustawie o podatku od towarów i usług.

Z powyższych względów nie zasługuje na uwzględnienie zarzut naruszenia art. 90 ustawy o podatku od towarów i usług oraz art. 19 VI Dyrektywy VAT, jak również zarzut wydania decyzji bez podstawy prawnej. W doktrynie i orzecznictwie przeważa stanowisko, że wydanie decyzji bez podstawy prawnej ma miejsce w sytuacji, gdy w systemie obowiązującego prawa brak jest przepisu upoważniającego organ administracji publicznej do rozstrzygnięcia sprawy indywidualnej w drodze decyzji (vide wyrok NSA z 27 maja 1988 r., sygn. akt IV SA 23-28/88, Gospodarka i Administracja Państwowa 1989, nr 6, z glosą H. Starczewskiego; vide też C. Kosikowski, L. Etel, R. Dowgier, P. Pietrasz, S. Presnarowicz, M. Popławski, Ordynacja podatkowa. Komentarz, LEX, 2009, wyd. III.). Brak podstawy prawnej oznacza, że nie ma przepisu prawnego, który umocowuje administrację publiczną do działania, albo też przepis jest, ale nie spełnia wymagań podstawy prawnej działania organów tej administracji, polegających na wydawaniu decyzji administracyjnych i postanowień, rozumianych jako indywidualne akty administracyjne zewnętrzne (vide wyrok NSA z 17 stycznia 2008 r., sygn. akt I FSK 115/07, LEX nr 465640). W rozpoznawanej sprawie skarżący brak podstawy prawnej wiązał z regulacją art. 90 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług i przyjętą przez organy podatkowe metodą ustalenia wielkości obrotu, który z kolei był podstawą do ustalenia proporcji, o jakiem mowa w tym przepisie. Z przyczyn wyżej opisanych Sąd nie uznał tego działania za pozbawione podstaw prawnych. Z tego tez powodu Sąd nie uznał zarzutu naruszenia art. 121 Ordynacji podatkowej polegającego na dowolnych szacunkach przyjętych przez organy podatkowe za podstawę ich rozstrzygnięć.

Na koniec zauważyć należy, że załatwienie sprawy przez organ odwoławczy wiąże się z koniecznością prowadzenia postępowania wyjaśniającego przez ten organ, które to postępowanie ma jednak ustawowo zakreślone granice w art. 229 Ordynacji podatkowej oraz w podstawach kasacyjnych art. 233 § 2 ostatnio powołanej ustawy. Organ odwoławczy może przeprowadzić jedynie uzupełniające postępowanie dowodowe. Jeżeli natomiast postępowanie dowodowe nie zostało przeprowadzone przez organ I instancji w ogóle, albo też wymagane jest uprzednie przeprowadzenie postępowania dowodowego w znacznej części, organ odwoławczy powinien uchylić decyzję i przekazać sprawę organowi I instancji do ponownego rozpatrzenia.

Dyrektor Izby Skarbowej uchylając pierwszą decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. z dnia [...]r. nakazał organowi I instancji uzupełnienie materiału dowodowego o ustalenia dotyczące rozdziału czynności podlegających regulacjom ustawy o podatku od towarów i usług i tej ustawie nie podlegających. Ten wezwał podatnika o przedstawienie jakiegokolwiek wyliczenia lub wskazania metody pozwalającej na dokonanie takiego podziału. Skarżące Miasto nic takiego nie wskazało. Natomiast organ I instancji ponownie rozpoznający sprawę po uzupełnieniu postępowania dowodowego nie jest związany wcześniejszymi ustaleniami. Także organ odwoławczy nie mógł mu w decyzji kasacyjnej narzucić sposobu załatwienia sprawy. Zresztą wskazówki zawarte w decyzji kasacyjnej nie zawierały tego rodzaju sugestii. Dlatego powtarzając swoje rozstrzygnięcie organ I instancji nie naruszył prawa.

Wobec powyższego na podstawie art. 151 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi skargę, jako niezasadną oddalono.