Wyrok NSA, sygn. akt I FSK 80/21
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2021-11-03 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku: Oddalono skargę kasacyjną
Powołane przepisy: article: art. 86 ust. 1, art. 87 ust. 2
journal: Dz.U. 2016 poz 710
law: Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Izabela Najda - Ossowska, Sędzia NSA Danuta Oleś, Sędzia WSA del. Elżbieta Olechniewicz (sprawozdawca), Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 3 listopada 2021 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 16 października 2020 r. sygn. akt I SA/Łd 365/20 w sprawie ze skargi J. J. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z dnia 6 lipca 2020 r. nr [...] w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2016 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi na rzecz J. J. kwotę 360 (trzysta sześćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

1. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 16 października 2020 r., sygn. akt I SA/Łd 365/20, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi, po rozpoznaniu skargi J.J. (dalej: Strona lub Skarżący) na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi (dalej: organ drugiej instancji lub DIAS) z dnia 6 lipca 2020 r. w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2016 r., działając na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz. U. z 2019 r., poz. 2325 ze zm., dalej: p.p.s.a.), uchylił zaskarżone postanowienie.

1.2. Przedstawiając stan faktyczny niniejszej sprawy Sąd pierwszej instancji wskazał, że zaskarżonym postanowieniem z dnia 6 lipca 2020 r. DIAS utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w (dalej: NUS) z dnia 22 grudnia 2016 r. przedłużające termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2016 r., w związku z prowadzonym przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w L. (dalej: DUKS) postępowaniem kontrolnym wszczętym postanowieniem z dnia 7 września 2016 r. Termin ten został przedłużony do dnia 30 czerwca 2017 r. w związku z prowadzonym przez organ kontroli skarbowej postępowaniem kontrolnym w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za czerwiec i lipiec 2016 r.

1.2.1. W powyższym postanowieniu NUS wskazał, że przedłużenie terminu dokonania zwrotu spowodowane jest koniecznością zweryfikowania przez organ kontroli skarbowej - w toku prowadzonego postępowania kontrolnego - transakcji zakupu towarów handlowych oraz transakcji sprzedaży ujętych w księgach podatkowych, a także ustaleniem okoliczności dotyczących sposobu i rzetelności prowadzenia działalności gospodarczej przez dostawców i odbiorców wskazanych w fakturach VAT przedłożonych przez podatnika. Zdaniem organu pierwszej instancji dotychczas zgromadzony w postępowaniu kontrolnym materiał dowodowy nie pozwala na dokonanie jednoznacznej oceny zrealizowanych przez podatnika transakcji gospodarczych oraz prowadzonych ksiąg podatkowych.

1.2.2. DIAS, po rozpatrzeniu zażalenia Strony, postanowieniem z dnia 7 kwietnia 2017 r. utrzymał w mocy postanowienie organu pierwszej instancji.

1.2.3. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi wyrokiem z dnia 20 lipca 2017r., sygn. akt I SA/Łd 534/17 uchylił ww. postanowienie organu odwoławczego, stwierdzając, że decydując o przedłużeniu terminu zwrotu VAT organ podatkowy ma obowiązek wskazać nie tylko jakie okoliczności za tym przemawiają, lecz także dlaczego uważa, że te okoliczności uzasadniają przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT. Tymczasem w aktach przedstawionych sądowi wraz ze skargą powyższe warunki nie zostały spełnione. W ocenie Sądu pierwszej instancji nie może to oznaczać, że podstawą przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT jest informacja o braku zakończenia postępowania kontrolnego w terminie określonym w art. 139 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2016 r. poz. 710 ze zm., dalej: Ordynacja podatkowa), o czym mowa zarówno w treści pisma UKS w L. z dnia 21 grudnia 2016 r., jak i w uzasadnieniach postanowień w zakresie zwrotu VAT za czerwiec i lipiec 2016 r. organów podatkowych obu instancji.

Powyższa okoliczność jest wysoce niewystarczająca, by przy braku innych danych, opóźniać realizację zasadniczego prawa podatnika w podatku od towarów i usług, to jest prawa do zwrotu podatku naliczonego.

Sąd pierwszej instancji zauważył, że nie można wykluczyć, iż w trakcie dalszego postępowania kontrolnego ujawnią się okoliczności nakazujące dodatkowe weryfikowanie zasadności zwrotu podatku VAT, jednak – zdaniem Sądu - nie mogą być uznane za takie okoliczności: wysłanie zapytania do administracji Rosji, Ukrainy i Bułgarii celem weryfikacji transakcji sprzedaży i badanie rzetelności dokumentów u czterech kontrahentów Skarżącego. Zdaniem Sądu pierwszej instancji oczekiwanie przez organ kontroli skarbowej na odpowiedź organów administracji państw ościennych wskazywać może na szeroko zakrojone postępowania wyjaśniające, lecz nie podważa ani nie poddaje w wątpliwość zasadności zwrotu VAT za czerwiec i lipiec 2016 r.

Dalej Sąd ten stwierdził, że za taką okoliczność nie została również uznana znaczna wysokość wykazanego przez Skarżącego zwrotu, jak również okoliczność, iż według stanu na dzień 21 grudnia 2016 r. UKS nie był w stanie ocenić, które transakcje Skarżącego były rzetelne. Świadczyć to mogło co najwyżej o rozwojowym charakterze postępowania wyjaśniającego prowadzonego przez organ kontroli, lecz z braku podstawy prawnej nie mogło stanowić przesłanki przedłużenia terminu zwrotu VAT.

Z uwagi na powyższe na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c i art. 200 p.p.s.a. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi orzekł o uchyleniu zaskarżonego postanowienia i zasądził zwrot kosztów postępowania.

2. Wyrokiem z dnia 29 listopada 2019 r., sygn. akt I FSK 1733/17 Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną organu odwoławczego.

3. W związku z powyższym DIAS postanowieniem z dnia 6 lipca 2020 r., wydanym w niniejszej sprawie, utrzymał w mocy postanowienie organu pierwszej instancji z dnia 22 grudnia 2016 r.

3.1. W uzasadnieniu organ wyjaśnił, że Skarżący w deklaracji podatkowej za czerwiec 2016 r. wykazał nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w kwocie 1.240.992 zł do zwrotu w terminie 60 dni, tj. do dnia 23 września 2016 r. W związku z tym wobec podatnika zostało wszczęte postępowanie kontrolne w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za czerwiec i lipiec 2016 r. Z uwagi na niezakończenie weryfikacji zasadności zwrotu podatku VAT za czerwiec 2016 r. NUS wydał m.in. postanowienie z dnia 22 września 2016 r. przedłużające termin zwrotu do dnia 31 grudnia 2016 r. oraz postanowienie z dnia 22 grudnia 2016 r. (będące przedmiotem postępowania odwoławczego) przedłużające termin zwrotu do dnia 30 czerwca 2017 r.

3.2. DIAS stwierdził, że w niniejszej sprawie organy podatkowe nabrały wątpliwości w zakresie zadeklarowanych przez Stronę nabyć od P. sp. z o.o., a także wykazanych wewnątrzwspólnotowych dostaw do bułgarskiego podmiotu o nazwie B. Ltd., eksportu na rzecz podmiotów posiadających siedzibę na terytorium Białorusi, Ukrainy, Kazachstanu, Rosji oraz dostaw krajowych. W konsekwencji zadeklarowany przez Stronę zwrot podatku VAT za czerwiec 2016 r., w ocenie organów podatkowych, winien podlegać dodatkowej weryfikacji.

3.3. Pismem z dnia 21 grudnia 2016 r. DUKS poinformował organ pierwszej instancji, że w toku postępowania kontrolnego prowadzone są czynności badania ksiąg podatnika pod kątem ich rzetelności i niewadliwości. W tym celu organ ten przeprowadził czynności sprawdzające u czterech kontrahentów podatnika. Ponadto wysłano zapytania do administracji podatkowych Rosji, Ukrainy i Bułgarii w celu weryfikacji transakcji sprzedaży. Organ kontroli skarbowej dodał przy tym, że z uwagi na długi okres oczekiwania na odpowiedzi od administracji podatkowych wymienionych państw, postępowanie kontrolne prowadzone wobec Strony nie zostanie zakończone w terminie do dnia 30 grudnia 2016 r. DUKS podniósł też, że nie jest możliwe udzielenie odpowiedzi, które transakcje i o jakiej wartości można uznać za rzetelne.

Następnie pismem z dnia 21 czerwca 2017 r. Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w L. (dalej: NUCS) poinformował NUS, że w dalszym ciągu trwa ustalanie źródła pochodzenia towarów, będących przedmiotem eksportu oraz prowadzone są czynności badania ksiąg. Ponadto nawiązano kontakt i prowadzono korespondencję z prezesem zarządu jednego z dostawców towarów, zamieszkałym na Ukrainie. Wysłano także zapytania do administracji podatkowych Rosji i Kazachstanu w celu weryfikacji transakcji sprzedaży. Powyższe ma na celu ustalenie prawidłowości rozliczenia podatnika.

Natomiast z pism NUCS z dnia 7 i 14 grudnia 2017 r. wynika, iż na dzień 9 stycznia 2018 r. wyznaczono termin przesłuchania świadków (w tym prezesa zarządu i pracownika głównego dostawcy towarów handlowych), zaś na dzień 11 stycznia 2018 r. termin przesłuchania strony. Z kolei w piśmie z dnia 5 czerwca 2018 r. ten sam organ poinformował organ pierwszej instancji, że postępowanie kontrolne znajduje się na etapie gromadzenia i analizy materiału dowodowego oraz sporządzania protokołu z badania ksiąg podatkowych strony. Dodatkowo na dzień 7 czerwca 2018 r. wyznaczono termin przesłuchania strony w charakterze świadka w postępowaniu prowadzonym przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P..

W piśmie z dnia 31 maja 2019 r. NUCS poinformował organ pierwszej instancji, że postępowanie kontrolne znajduje się na etapie gromadzenia i analizy materiału dowodowego oraz sporządzenia protokołu z badania ksiąg podatkowych Skarżącego. Dodatkowo organ prowadzący postępowanie kontrolne podniósł, że na obecnym etapie nie jest możliwe udzielenie odpowiedzi, które transakcje i o jakiej wartości można uznać za rzetelne. Tym samym nie można dokonać oceny prawidłowości kwoty zwrotu podatku jaka została wykazana przez podatnika w złożonej deklaracji VAT-7.

Ponadto pismem z dnia 4 grudnia 2019 r. NUCS poinformował NUS, że dla Strony została wydana w dniu 9 sierpnia 2019 r. decyzja w sprawie zabezpieczenia przewidywanego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za czerwiec i lipiec 2016 r. wraz z odsetkami za zwłokę należnymi na dzień wydania decyzji na majątku podatnika. Dodatkowo w ww. piśmie organ celno-skarbowy podniósł m.in, że w toku prowadzonego postępowania kontrolnego ustalono dotychczas, iż Skarżący w prowadzonych ewidencjach zakupu VAT ujął nierzetelne faktury zakupu towarów i materiałów wystawione przez P. sp. z o.o.

W toku kontroli podatkowych przeprowadzonych przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego [...] w W. wobec P. sp. z o.o. i Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. wobec C. sp. z o.o. (fakturowego kontrahenta P. sp. z o.o.), ustalono, że wystawione przez P. sp. z o.o. faktury nie odzwierciedlają rzeczywistych zdarzeń gospodarczych. Spółka nie nabyła żadnego towaru, a tym samym nie nabyła prawa do rozporządzania jak właściciel jakimikolwiek towarami, ponieważ nie stwierdzono, aby towary były w jej posiadaniu. Spółka ta pozorowała prowadzenie działalności gospodarczej, a jej celem było jedynie wprowadzenie do obrotu prawnego faktur niedokumentujących rzeczywistych operacji gospodarczych. P. sp. z o.o. nie była dostawcą towarów i materiałów do Skarżącego.

Ponadto podatnik w czerwcu i lipcu 2016 r. zadeklarował wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów na rzecz B. Ltd., Bułgaria - podmiotu, u którego nie potwierdzono deklarowanych transakcji, przy czym przedmiotem dostawy do tego kontrahenta był towar rzekomo nabyty od P. sp. z o.o. Do odpowiedzi załączono również wydruki wyciągów z rachunku bankowego prowadzonego dla firmy B. Ltd. przez Bank Pekao S. A. Analizując operacje na koncie stwierdzono, iż w dacie zapłaty za towar na rzecz Skarżącego, następowała również wpłata własna środków w wysokości odpowiadającej należności na rzecz firmy Strony. Wpłat tych dokonywały osoby powiązane z osobą M. S. (udziałowca i prezesa P. sp. z o.o.) oraz ze spółkami P. i C..

3.4. Odnosząc się do transakcji, w związku z którymi podatnik wykazał dostawy towarów zakwalifikowane przez niego jako eksport, opodatkowane stawką 0% podatku VAT organ wskazał, że według faktur, sprzedaż eksportowa dokonywana była na rzecz podmiotów posiadających siedzibę poza terytorium UE, tj.: Białorusi, Ukrainie, Kazachstanie, Rosji i rozliczona była w złotych polskich. Tymczasem z informacji pozyskanych od administracji podatkowych tych państw wynika, że część odbiorców wykazanych na fakturach sprzedaży wystawionych przez Skarżącego nie była zarejestrowanymi podmiotami na terenie ww. państw lub nie potwierdziła transakcji z firmą Skarżącego. Federalna Służba Celna Rosji poinformowała, że w latach 2016 - 2018 w zarządzanej przez nią bazie danych nie odnotowano informacji dotyczącej dokonywania zgłoszeń celnych towarów odprawionych przez firmę Strony. Z kolei Państwowa Służba Skarbowa Ukrainy oświadczyła, że nie posiada informacji o dokonaniu zgłoszenia celnego towarów, w których jako importerzy występowałyby wskazane ukraińskie podmioty, zaś eksporterem byłaby firma Skarżącego. Jednocześnie służby celne nie odnotowały faktu przekroczenia ukraińskiej granicy przez pojazd wskazany w dokumentach Strony, jako środek transportu eksportowanych towarów. Ustalenia białoruskich władz celnych potwierdziły, że białoruskie podmioty, na rzecz których Skarżący wystawiał faktury eksportowe, są zarejestrowane jako podmioty gospodarcze prowadzące działalność gospodarczą na terenie Białorusi (za wyjątkiem jednej firmy). Jednakże w centralnym archiwum danych białoruskiej administracji celnej, nie stwierdzono informacji o zakupie towarów na podstawie faktur wystawionych przez firmę Strony dla białoruskich przedsiębiorców.

3.5. Ponadto podatnik wystawił faktury VAT na rzecz firm W. sp. z o.o., P., D. sp. z o.o., P.P.H. E.. Ustalono, że towar zafakturowany na rzecz ww. podmiotów pochodził rzekomo od fakturowego dostawcy Skarżącego, spółki P..

3.6. W ocenie organu prowadzącego to postępowanie z zebranego w toku postępowania kontrolnego materiału dowodowego wynika, że Skarżący nie był w posiadaniu towaru wykazanego na fakturach wystawionych na rzecz w/w podmiotów. Strona nie nabyła towaru od spółki P. i tym samym nie dokonywała dalszej sprzedaży, a jedynie pozorowała obrót towarem.

Mając na uwadze powyższe DIAS uznał, że w przedmiotowej sprawie niezbędnym jest ustalenie stanu faktycznego nie budzącego żadnych wątpliwości, co do prawidłowości rozliczenia, w tym w szczególności transakcji w nim ujętych. Zdaniem organu dokonane w toku postępowania ustalenia uzasadniały potrzebę przeprowadzenia dalszych czynności mających na celu sprawdzenie, czy podatnik zasadnie wykazał w deklaracji podatkowej VAT-7 złożonej za czerwiec 2016 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu w wysokości 1.240.992 zł.

4. W skardze na powyższe postanowienie Skarżący zarzucił naruszenie prawa materialnego w postaci art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 marca 2017 r. oraz naruszenie art. 170 p.p.s.a. Zdaniem podatnika po dniu 1 marca 2017 r. organy podatkowe nie mogą przedłużyć terminu zwrotu VAT w przypadku, z jakim mamy do czynienia w obecnym postępowaniu sądowym, czyli w przypadku, gdy postępowanie kontrolne prowadzone przez organ kontroli skarbowej zostało przejęte do prowadzenia przez naczelnika urzędu celno-skarbowego. Kwestia ta została rozstrzygnięta w wydanym wobec podatnika wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 4 grudnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1920/18.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.

5. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi powołanym na wstępie wyrokiem uwzględnił skargę i uchylił zaskarżone postanowienie.

5.1. Zdaniem Sądu pierwszej instancji organ odwoławczy dopuścił się naruszenia art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT przez wadliwe przyjęcie (najpierw w drodze wykładni, a później zastosowania), iż przepis ten w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 marca 2017 r. umożliwia przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT w związku z weryfikacją zasadności owego zwrotu kontynuowaną od tej daty w trybie postępowania kontrolnego, prowadzonego już przez naczelnika urzędu celno-skarbowego w miejsce dyrektora urzędu kontroli skarbowej.

Sąd pierwszej instancji wyjaśnił na wstępie, że w rozpoznanej sprawie poza sporem pozostawała okoliczność, że NUS przedłużył termin wnioskowanego zwrotu podatku VAT ze względu na postępowanie kontrolne, które wszczął Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w L. a od 1 marca 2017 r. kontynuował NUCS, przy czym zaskarżonym postanowieniem utrzymano w mocy postanowienie o przedłużeniu owego terminu z tego właśnie powodu. Niesporne było więc i to, że postępowanie kontrolne zostało wszczęte przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej przed wejściem w życie przepisów wprowadzających Krajową Administrację Skarbową.

W związku z tym, zdaniem Sądu pierwszej instancji, istota sporu w niniejszej sprawie sprowadza się do kwestii, czy w związku ze zmianami legislacyjnymi towarzyszącymi wprowadzeniu Krajowej Administracji Skarbowej nowe brzmienie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT pozbawiło organy podatkowe z dniem 1 marca 2017 r. możliwości przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT z powołaniem się na trwające postępowanie kontrolne w reżimie ustawy o kontroli skarbowej.

Sąd pierwszej instancji przyznał rację Skarżącemu.

W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku Sąd ten wyjaśnił, że kluczowe przepisy dotyczące wprowadzenia Krajowej Administracji Skarbowej, zawarte zostały w z dnia 16 listopada 2016 r. Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2016 r., poz. 1948 ze zm., dalej: ustawa Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej). Dla niniejszej sprawy szczególnie istotne stały się regulacje art. 202 tej ustawy, które określiły zasady intertemporalne mające zastosowanie do postępowań kontrolnych oraz kontroli podatkowych prowadzonych na podstawie ustawy o kontroli skarbowej, wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie tej ustawy; ważny też był art. 254 określający zasadę ciągłości czynności podjętych w takich postępowaniach przed dniem wejścia w życie wymienionej ustawy oraz art. 260 statuujący moment wejścia w życie poszczególnych zmian na zasadach w niej przewidzianych.

Jak zauważył Sąd pierwszej instancji, zasadnicze znaczenia dla rozpoznanej sprawy miała zmiana art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT wprowadzona przez art. 83 pkt 11 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej, w wyniku której art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT otrzymał nowe brzmienie – nie obejmujące postępowania kontrolnego jako procedury w ramach której organ podatkowy może przedłużyć termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do czasu zbadania jego zasadności.

WSA zauważył, że z regulacji prawnych przywołanych powyżej wynika, że z punktu widzenia sytuacji takiej, jaka zaistniała w rozpoznanej sprawie, postępowania kontrolne oraz kontrole podatkowe prowadzone w toku postępowania kontrolnego wszczęte i prowadzone na podstawie ustawy o kontroli skarbowej przed wejściem w życie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej, od dnia 1 marca 2017 r. prowadzone są przez właściwego miejscowo naczelnika urzędu celno-skarbowego na podstawie przepisów dotychczasowych. Przyjęte przez ustawodawcę rozwiązanie legislacyjne oznacza, że postępowanie to, także od dnia 1 marca 2017 r. pozostaje cały czas postępowaniem kontrolnym (albo kontrolą podatkową prowadzoną w toku postępowania kontrolnego) w rozumieniu ustawy o kontroli skarbowej. Omawiana zmiana organu właściwego do dalszego prowadzenia takiego postępowania kontrolnego nie oznacza, iż owo postępowanie traci cechy postępowania prowadzonego na podstawie ustawy o kontroli skarbowej.

Natomiast art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT, stanowiący materialnoprawną podstawę przedłużenia terminu wnioskowanego przez podatnika zwrotu podatku VAT, w zmienionym brzmieniu wszedł w życie także z dniem 1 marca 2017 r. (art. 260 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej). Z uwagi na to, że zmianie tak wprowadzonej nie towarzyszyło stworzenie ewentualnych przepisów przejściowych określających przypadki, w których możliwe byłoby na przykład zastosowanie tego przepisu w jego dotychczasowym brzmieniu lub inne równoważne w skutkach rozwiązanie legislacyjne, należało stwierdzić, że znowelizowane brzmienie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT, które stosowane jest od dnia 1 marca 2017 r., nie przewiduje już możliwości przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT w związku i do czasu zakończenia weryfikacji dokonywanej w ramach postępowania kontrolnego w rozumieniu ustawy o kontroli skarbowej.

W konsekwencji tak ukształtowanych rozwiązań prawnych oraz mając na uwadze zamknięty katalog postępowań służących weryfikowaniu zasadności zwrotu podatku VAT - określony w art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT - wśród których od dnia 1 marca 2017 r. nie wskazano już postępowania kontrolnego prowadzonego na podstawie ustawy o kontroli skarbowej, a także przez wzgląd na brak stosownych przepisów przejściowych, dotyczących tego artykułu w ustawie wprowadzającej Krajową Administrację Skarbową, od podanej daty nie jest możliwe przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT ze względu na uprzednio wszczęte i niezakończone jeszcze postępowanie kontrolne, tj. takie, które zostało uruchomione przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej, a od dnia 1 marca 2017 r. prowadzone jest przez naczelnika urzędu celno-skarbowego.

Sąd pierwszej instancji odwołując się do wyrażonej w art. 127 Ordynacji podatkowej zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego uznał także, że w dacie wydania przez DIAS poddanego sądowej kontroli postanowienia przytoczony jako materialnoprawna podstawa rozstrzygnięcia przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT obowiązywał w brzmieniu nadanym mocą art. 83 ust. 11 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej. Wobec powyższego organ nie miał możliwości orzekania o przedłużeniu terminu zwrotu podatku VAT z uwagi na uprzednio wszczęte i niezakończone jeszcze postępowanie kontrolne, tj. takie, które zostało uruchomione przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej, a od dnia 1 marca 2017 r. prowadzone jest przez naczelnika urzędu celno - skarbowego.

W związku z powyższym WSA, uznając za zasadny zarzut skargi odnoszący się do naruszenia art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT, uchylił zaskarżone postanowienie.

6. Skarga kasacyjna.

6.1. Od powyższego wyroku skargę kasacyjną wywiódł organ drugiej instancji, zaskarżając wyrok w całości.

6.2. Skarżonemu wyrokowi, na podstawie art. 174 pkt 1 i 2 p.p.s.a. zarzucono naruszenie przepisów prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy oraz przepisów prawa procesowego, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:

a) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a. w zw. z art. 87 ust. 2 w zw. z art 86 ust 1 ustawy o VAT w związku z art. 202 ust. 1 pkt 1 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej, poprzez błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie art. 87 ust 2 ustawy o VAT na skutek przyjęcia, że do postanowienia naczelnika urzędu skarbowego dotyczącego przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wydanego przed 1 marca 2017 r. i doręczonego przed tym dniem znajduje zastosowanie art 87 ust 2 ustawy o VAT w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 marca 2017 r. (uwzględniającym zmiany legislacyjne związane z wprowadzeniem Krajowej Administracji Skarbowej), w sytuacji gdy winien mieć zastosowanie przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT w brzmieniu obowiązującym w dacie wydania postanowienia NUS z dnia 22 grudnia 2016 r. w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu VAT;

b) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a. w zw. z art 87 ust. 2 ustawy o VAT oraz w związku z art 127 Ordynacji podatkowej, poprzez błędną wykładnię przepisu art 87 ust 2 ustawy o VAT i w konsekwencji niewłaściwe jego zastosowanie na skutek przyjęcia, że zasada dwuinstancyjności postępowania nakłada na organ odwoławczy obowiązek zastosowania w sprawie przepisu art 87 ust 2 ustawy o VAT w brzmieniu obowiązującym w dacie wydania postanowienia przez organ odwoławczy, czyli w brzmieniu uwzględniającym zmiany legislacyjne związane z wprowadzeniem Krajowej Administracji Skarbowej zamiast w brzmieniu obowiązującym w dacie wydania zaskarżonego postanowienia NUS, wydanego i doręczonego przed 1 marca 2017 r., w sytuacji gdy na mocy art. 87 ust 2 ustawy o VAT uprawnionym do przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, jest (wyłącznie) naczelnik urzędu skarbowego działający na podstawie przepisów prawa obowiązującego w dacie wydania postanowienia z dnia 22 grudnia 2016 r., zaś rozpoznanie sprawy przez organ odwoławczy w oparciu o nową podstawę prawną prowadziłoby do naruszenia zasady dwuinstancyjności postępowania;

c) art 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a. w zw. z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT oraz w związku z art. 202 ust. 1 pkt 1 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej oraz w związku z art. 31 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (t.j. Dz. U. z 2016 n, poz. 720 ze zm., dalej: ustawa o kontroli skarbowej), poprzez błędną wykładnię tego przepisu i w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie na skutek błędnego uznania, że od dnia 1 marca 2017 r. brak jest podstawy prawnej do przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w związku z weryfikacją rozliczenia dokonywaną w ramach postępowania kontrolnego;

d) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a. w zw. z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT w brzmieniu uwzględniającym zmiany legislacyjne związane z wprowadzeniem Krajowej Administracji Skarbowej w zw. z art. 159 pkt 1, art. 202 ust. 1 pkt 1 i art. 260 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej oraz w zw. z art. 33 ust. 1 pkt 1 i art. 279 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t.j. Dz. U. z 2020 poz. 505 dalej: ustawa o KAS), przez pominięcie, że weryfikacja zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym dokonywana do 28 lutego 2017 r. w ramach postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej, od 1 marca 2017 r. kontynuowana jest w ramach kontroli celno-skarbowej, o której mowa w znowelizowanym art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, na podstawie dotychczasowych przepisów uchylonej ustawy o kontroli skarbowej;

e) art 145 § 1 pkt 1 lit c) p.p.s.a. w zw. z art. 120, art 121 § 1, art 122, art 180 § 1, art.181, art 187 § 1, art. 210 § 4, art. 191 Ordynacji podatkowej w zw. z art 153 i art 170 p.p.s.a poprzez dokonanie niewłaściwej kontroli rozstrzygnięcia organu podatkowego polegającej na pominięciu oceny prawnej dokonanej przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 29 listopada 2019 r. sygn. akt I FSK 1733/17 oraz Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi w prawomocnym wyroku z dnia 20 lipca 2017 r. sygn. akt I SA/Łd 534/17, w sytuacji gdy w dacie wyrokowania przez Sąd pierwszej instancji, tj. w dniu 20 lipca 2017 r., obowiązywał przepis art 87 ust 2 ustawy o VAT w brzmieniu znowelizowanym z dniem 1 marca 2017 r., co Sąd I instancji winien wziąć wówczas pod uwagę z urzędu, lecz dokonując kontroli legalności postanowienia nie dopatrzył się naruszenia prawa materialnego i stanowisko to jest wiążące w przedmiotowej sprawie - a co ma istotny wpływ na wynik sprawy;

f) art 145 § 1 pkt 1 lit c) p.p.s.a. w zw. z art 121 § 1, art 122, art 180 § 1, art. 181, art. 187 § 1, art 210 § 4, art 191 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 153 i art. 170 p.p.s.a poprzez dokonanie niewłaściwej kontroli zaskarżonego postanowienia organu odwoławczego, z pominięciem ustaleń faktycznych oraz wytycznych prawomocnego wyroku WSA w Łodzi z dnia 20 lipca 2017 r, gdyż Sąd I instancji winien ocenić zasadność przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT, a od czego w przedmiotowej sprawie Sąd odstąpił, co skutkowało uchyleniem postanowienia, w sytuacji gdy prawidłowa kontrola zaskarżonego postanowienia dałaby wynik wskazujący, że istniały podstawy do przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT;

g) art. 151 w zw. z art 145 § 1 pkt 1 lit a) p.p.s.a. w zw. z art. 87 ust 2 ustawy o VAT, a to w zw. z art. 83 pkt 11 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej w zw. z art. 202 ust 1 pkt 1 i art 260 oraz art. 159 pkt 1 tej ustawy w zw. z art. 3 § 1 i § 2 pkt 2 p.p.s.a, w zw. z art. 1 § 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych, polegające na tym, że Sąd w wyniku niewłaściwej kontroli legalności zaskarżonego postanowienia organu II instancji bezzasadnie uwzględnił skargę uchylając postanowienie DIAS, w sytuacji gdy właściwa realizacja funkcji kontrolnej, powinna doprowadzić Sąd do wydania wyroku oddalającego skargę, gdyż organy podatkowe nie naruszyły ww. przepisów prawa materialnego - a co ma istotny wpływ na wynik sprawy;

h) art. 141 § 4 w zw. z art. 153, art. 170 p.p.s.a. w zw. z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, w zw. z art. 120 i art. 127 Ordynacji podatkowej poprzez nie zawarcie przez Sąd pierwszej instancji wskazań dla organu podatkowego co do dalszego postępowania, co powinien był Sąd uczynić, skoro wskutek uwzględnienia skargi sprawa ma być ponownie rozpatrzona przez organ podatkowy, co skutkuje tym, że uzasadnienie wyroku, które w przypadku określonym w art. 141 § 4 p.p.s.a. nie przedstawia niezbędnych i jednoznacznych wskazań co do dalszego postępowania organu podatkowego narusza w sposób oczywisty wymienione unormowanie, tym bardziej że wskazania co do dalszego postępowania wiążą organ podatkowy i ich wykonanie jest poddawane kontroli przy kolejnej ocenie legalności decyzji (art. 153 p.p.s.a.), a także poprzez brak odniesienia się w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku do wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 29 listopada 2019 r. sygn. akt I FSK 1733/17 oddalającego skargę kasacyjną organu podatkowego od wyroku WSA w Łodzi z dnia 20 lipca 2017 r. sygn. akt 1 SA/Łd 534/17 i uwzględnienia ocen prawnych przy wyrokowaniu, przy jednoczesnym nieuzasadnionym przyjęciu, że na rozstrzygnięcie w przedmiotowej sprawie ma wpływ wyrok NSA z 4 grudnia 2018 r. sygn. akt I FSK 1920/18, który zapadł na kanwie postanowienia Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. z dnia 12 grudnia 2017 r.

Wskazując na powyższe podstawy wniesiono o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i oddalenie skargi, ewentualnie o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi pierwszej instancji. Wniesiono także o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania.

W odpowiedzi na skargę kasacyjną Skarżący wniósł o jej oddalenie i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

7. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.

8.1. Skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.

8.2. W pierwszej kolejności Naczelny Sąd Administracyjny wskazuje, że wyrokami z 4 grudnia 2018 r. w sprawach o sygn. I FSK 1919/18 oraz I FSK 1920/18 NSA uwzględnił skargi kasacyjne Skarżącego w sprawach przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za kwiecień i czerwiec 2016 r. Sprawy te odnosiły się do tożsamych kwestii jak podnoszone w niniejszej sprawie. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie orzekającym w tej sprawie popiera w całej rozciągłości stanowiska przedstawione w powołanych wyżej orzeczeniach.

8.3. Stosownie zaś do art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej (podstaw kasacyjnych), chyba że zachodzą przesłanki nieważności postępowania sądowego wymienione w § 2 powołanego artykułu. Takiego rodzaju przesłanek w niniejszej sprawie z urzędu nie odnotowano. Podobnie w trybie tym nie ujawniono podstaw do odrzucenia skargi ani do umorzenia postępowania przed Sądem pierwszej instancji, które obligowałyby Naczelny Sąd Administracyjny do wydania postanowienia przewidzianego w art. 189 p.p.s.a.

8.4. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, Sąd pierwszej instancji nie dopuścił się naruszenia art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT przez wadliwe przyjęcie, iż przepis ten w brzmieniu obowiązującym od 1 marca 2017 r. umożliwia przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT w związku z weryfikacją zasadności owego zwrotu kontynuowaną od tej daty w trybie postępowania kontrolnego prowadzonego już przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w miejsce Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej (na zasadzie stosownego przepisu przejściowego - art. 202 ust. 1 pkt 1 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej).

W rozpoznanej sprawie poza sporem pozostawała okoliczność, że Naczelnik przedłużył termin wnioskowanego zwrotu podatku VAT Skarżącemu ze względu na postępowanie kontrolne, które wszczął Dyrektor Urzędu kontroli Skarbowej, a następnie prowadził (kontynuował) je od 1 marca 2017 r. w tej samej formie procesowej Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego, przy czym zaskarżonym postanowieniem organu drugiej instancji utrzymano w mocy postanowienie o przedłużeniu owego terminu z tego właśnie powodu. Niesporne było również, że postępowanie kontrolne zostało wszczęte przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej przed wejściem w życie przepisów wprowadzających ustawę o KAS.

Istota sporu sprowadzała się do kwestii, czy w związku ze zmianami legislacyjnymi towarzyszącymi wprowadzeniu KAS nowe brzmienie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT pozbawiło organy podatkowe z dniem 1 marca 2017 r. możliwości przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT z powołaniem się na trwające/prowadzone postępowanie kontrolne w reżimie ustawy o kontroli skarbowej.

DIAS stanął na stanowisku, że mimo zmian legislacyjnych związanych z wprowadzeniem KAS także od 1 marca 2017 r. organ podatkowy jest uprawniony do wydania postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu podatku VAT wnioskowanego przez podatnika.

Z kolei Skarżący odwołał się do wykładni gramatycznej nowej treści art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, z której wywiódł brak podstawy prawnej do wydania zaskarżonego postanowienia na skutek usunięcia postępowania kontrolnego jako trybu weryfikacji zasadności zwrotu podatku VAT. Stanowisko to podzielił Sąd pierwszej instancji w zaskarżonym wyroku.

W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego w tak zarysowanym sporze należało uznać wyrok Sądu pierwszej instancji za prawidłowy, przyznając tym samym rację Skarżącemu.

Wprowadzenie KAS miało charakter zmiany systemowej i wiązało się z koniecznością dokonania istotnych zmian w strukturze i organizacji organów oraz ich właściwości. To z kolei oznaczało konieczność wprowadzenia odpowiednich przepisów przejściowych w celu zapewnienia ciągłości uprzednio wszczętych postępowań. Dodatkowo w wyniku dokonanej reformy pojawiła się konieczność uwzględnienia skutków wprowadzenia KAS poprzez dokonanie zmian licznych aktów prawnych (w tym ustawy o podatku od towarów i usług) w celu uwzględnienia zmian wynikających z utworzenia skonsolidowanej administracji skarbowej.

Kluczowe przepisy w tym zakresie zawarte zostały w ustawie Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej. Dla niniejszej sprawy szczególnie istotne stały się regulacje art. 202, które określiły zasady intertemporalne mające zastosowanie do postępowań kontrolnych oraz kontroli podatkowych prowadzonych na podstawie ustawy o kontroli skarbowej, wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie tej ustawy; ważny też był art. 254 powołanej ustawy określający zasadę ciągłości czynności podjętych w takich postępowaniach przed dniem wejścia w życie wymienionej ustawy oraz art. 260 statuujący moment wejścia w życie poszczególnych zmian na zasadach w niej przewidzianych.

Dodatkowo dla rozpoznanej sprawy istotne było i to, że na mocy art. 83 pkt 11 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej znowelizowano również art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT, zastępując dotychczasowe jego brzmienia - obejmujące także postępowanie kontrolne - następującym: "Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego".

Z regulacji prawnych przywołanych powyżej wynika, że z punktu widzenia sytuacji takiej, jaka zaistniała w rozpoznanej sprawie podatkowej, postępowania kontrolne oraz kontrole podatkowe prowadzone w toku postępowania kontrolnego wszczęte i prowadzone na podstawie ustawy o kontroli skarbowej przed wejściem w życie ustawy o KAS, od 1 marca 2017 r. prowadzone są przez właściwego miejscowo naczelnika urzędu celno-skarbowego na podstawie przepisów dotychczasowych (art. 202 ust. 1 pkt 1 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej). Przyjęte przez ustawodawcę rozwiązanie legislacyjne oznacza, że postępowanie to, także od 1 marca 2017 r. pozostaje cały czas postępowaniem kontrolnym (albo kontrolą podatkową prowadzoną w toku postępowania kontrolnego) w rozumieniu ustawy o kontroli skarbowej. Zmiana z 1 marca 2017 r. organu właściwego do dalszego prowadzenia takiego postępowania kontrolnego nie oznacza, iż owo postępowanie traci cechy postępowania prowadzonego na podstawie ustawy o kontroli skarbowej.

Odnosząc się natomiast do nowelizacji art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT (mocą art. 83 ust. 11 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej), stanowiącego materialnoprawną podstawę przedłużenia terminu wnioskowanego przez podatnika zwrotu podatku VAT, wskazać trzeba, że przepis ten w zmienionym brzmieniu wszedł w życie także z 1 marca 2017 r. (art. 260 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej). Zmianie tak wprowadzonej nie towarzyszyło jednak - choć powinno z uwagi na czasowe jeszcze zachowanie postępowań kontrolnych - stworzenie ewentualnych przepisów przejściowych określających przypadki, w których możliwe byłoby na przykład zastosowanie tego przepisu w jego dotychczasowym brzmieniu lub inne równoważne w skutkach rozwiązanie legislacyjne. Prawodawca nie zadbał o właściwe skorelowanie normy materialnoprawnej ze stanem przejściowego kontynuowania jednej z procedur, a mianowicie postępowania kontrolnego, uprzednio właściwej do weryfikacji zasadności zwrotu podatku VAT. Należało zatem stwierdzić, że znowelizowane brzmienie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT, które stosowane jest od 1 marca 2017 r., nie przewiduje już możliwości przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT w związku i do czasu zakończenia weryfikacji dokonywanej w ramach postępowania kontrolnego w rozumieniu ustawy o kontroli skarbowej.

W konsekwencji tak ukształtowanych rozwiązań prawnych oraz mając na uwadze zamknięty katalog postępowań służących weryfikowaniu zasadności zwrotu podatku VAT - określony w art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT - wśród których od 1 marca 2017 r. nie wskazano już postępowania kontrolnego prowadzonego na podstawie ustawy o kontroli skarbowej, a także przez wzgląd na brak stosownych przepisów przejściowych dotyczących tego artykułu w ustawie Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej, od podanej daty nie jest możliwe przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT ze względu na uprzednio wszczęte i niezakończone jeszcze postępowanie kontrolne, tj. takie, które zostało uruchomione przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej, a od 1 marca 2017 r. prowadzone jest przez naczelnika urzędu celno-skarbowego.

8.5. W skardze kasacyjnej sformułowano zarzut naruszenia art. 87 ust. 2 ustawy o VAT w zw. z art. 127 Ordynacji podatkowej, na skutek mylnego uznania, że zasada dwuinstancyjności postępowania nakłada na organ odwoławczy obowiązek zastosowania w sprawie art. 87 ust. 2 ww. ustawy o VAT w brzmieniu uwzględniającym zmiany legislacyjne związane z wprowadzeniem Krajowej Administracji Skarbowej, zamiast w brzmieniu obowiązującym w dacie wydania zaskarżonego postanowienia NUS, wydanego i doręczonego przed dniem 1 marca 2017 r., podczas gdy na mocy art. 87 ust. 2 ustawy o VAT uprawnionym do przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, jest (wyłącznie) naczelnik urzędu skarbowego.

W uzasadnieniu tego zarzutu podniesiono, że postanowienie NUS było pierwotnie utrzymane w mocy przez DIAS postanowieniem z dnia 7 kwietnia 2017 r., które zostało uchylone wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 20 lipca 2017 r. sygn. akt I SA/Łd 534/17, a Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną na ten wyrok w dniu 29 listopada 2019 r. Autor kasacji zwrócił uwagę, że wobec tego postanowienie organu drugiej instancji, będące przedmiotem ponownej kontroli sądu wojewódzkiego w niniejszej sprawie, zostało wydane w ramach art. 153 i art. 170 p.p.s.a., a zalecenia WSA w powołanym wyroku z dnia 20 lipca 2017 r. koncentrowały się wyłącznie wokół wątpliwości co do zasadności wykazanego przez Skarżącego zwrotu podatku VAT. Naczelny Sąd Administracyjny, rozpoznając skargę kasacyjną organu, również nie dopatrzył się innych naruszeń w zakresie zastosowanej podstawy materialnoprawnej – art. 87 ust. 2 ustawy o VAT.

Powyższa argumentacja pozostaje bez wpływu na fakt, że postanowienie Naczelnika zostało wydane w trakcie postępowania kontrolnego, które wszczął Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej, a następnie prowadził (kontynuował) je od 1 marca 2017 r. w tej samej formie procesowej Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego. A ta okoliczność jest istotna w związku z zaistniałym w niniejszej sprawie sporem.

Poza tym w uzasadnieniu powołanego wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi o sygn. akt I SA/Łd 534/17 nie można doszukać się oceny prawnej zagadnienia, będącego przedmiotem sporu w niniejszej sprawie. To z kolei to oznacza, że skutkiem tego orzeczenia Sądu jest wyłącznie uchylenie zaskarżonego wówczas postanowienia z powodów podanych w tym orzeczeniu. Tylko w takim zakresie należy oceniać związanie tym wyrokiem w ramach art. 153 p.p.s.a., a także w ramach art. 170 p.p.s.a. Takie rozstrzygnięcie Sądu nie uprawnia natomiast do stanowiska przedstawionego w skardze kasacyjnej.

W związku z tym powyższy zarzut należało uznać za bezzasadny.

Prawidłowo też wskazał Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, że w niniejszej sprawie doszło do naruszenia przez organ drugiej instancji art. 127 Ordynacji podatkowej, gdyż w dacie wydania przez DIAS poddanego sądowej kontroli postanowienia przytoczony jako materialnoprawna podstawa rozstrzygnięcia przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT obowiązywał w brzmieniu nadanym mocą art. 83 ust. 11 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej. Wobec powyższego organ nie miał możliwości orzekania o przedłużeniu terminu zwrotu podatku VAT z uwagi na uprzednio wszczęte i niezakończone jeszcze postępowanie kontrolne, tj. takie, które zostało uruchomione przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej, a od dnia 1 marca 2017 r. prowadzone jest przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego.

8.6. Na aprobatę nie zasługiwał także zarzut skargi kasacyjnej dotyczący naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 87 ust. 2 ustawy o VAT w brzmieniu uwzględniającym zmiany legislacyjne związane z wprowadzeniem Krajowej Administracji Skarbowej w zw. z art. 159 pkt 1, art. 202 ust. 1 pkt 1 i art. 260 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej oraz w zw. z art. 33 ust. 1 pkt 1 i art. 279 ustawy o KAS, przez pominięcie, że weryfikacja zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym dokonywana do 28 lutego 2017r. w ramach postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej, od 1 marca 2017 r. kontynuowana jest w ramach kontroli celno-skarbowej, o której mowa w znowelizowanym art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, na podstawie dotychczasowych przepisów uchylonej ustawy o kontroli skarbowej. Uzasadniając ten zarzut organ wskazał, że skoro normodawca postanowił w art. 202 ust. 1 pkt 1 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej, że postępowanie kontrolne oraz kontrole podatkowe prowadzone w toku postępowania kontrolnego, prowadzone na podstawie uchylanej ustawy o kontroli skarbowej, wszczęte i niezakończone przed 1 marca 2017 r., prowadzone przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej - prowadzi naczelnik urzędu celno-skarbowego, mający siedzibę w tym samym województwie, w którym miał siedzibę dyrektor urzędu kontroli skarbowej, na podstawie dotychczasowych przepisów, czyli na podstawie przepisów ustawy o kontroli skarbowej, to nie oznacza, że wobec strony toczyć się będzie dalej postępowanie kontrolne w rozumieniu Rozdziału 3 ustawy o kontroli skarbowej w sprawie rozliczeń podatku VAT za okres rozliczeniowy objęty zaskarżonym postanowieniem i postanowieniem go poprzedzającym - w związku z czym przedłużenie terminu zwrotu VAT nastąpi rzekomo w toku postępowania kontrolnego, a nie w toku kontroli celno-skarbowej. Zgodnie bowiem z art. 33 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS do zadań naczelnika urzędu celno-skarbowego należy wykonywanie kontroli celno-skarbowej. Organ ten, stosownie do art. 279 ustawy o KAS w zw. z art. 260 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej, nie prowadzi już - od 1 marca 2017 r. - postępowań kontrolnych, lecz wyłącznie kontrole celno-skarbowe, w tym kontrolę celno-skarbową, o której mowa w art. 87 ust. 2 ustawy VAT w brzmieniu obowiązującym po 1 marca 2017 r. Nie zmienia tego okoliczność, że naczelnik urzędu celno-skarbowego prowadzi tę kontrolę celno-skarbową na podstawie dotychczasowych przepisów czyli przepisów uchylonej ustawy o kontroli skarbowej, która zgodnie z art. 159 pkt 1 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej utraciła z dniem 1 marca 2017 r. moc. Przekonuje o tym jeszcze i ta okoliczność, że o ile w konsekwencji zastosowania w kontynuowanej po 1 marca 2017 r. weryfikacji zwrotu podatku procedurze z ustawy o kontroli skarbowej, Sąd uznał, że dokonuje się ona w formie znanego tylko tej ustawie postępowania kontrolnego, a nie w formie "nowej" kontroli celno-skarbowej z zastosowaniem "starych" przepisów, to już jednocześnie Sąd symetrycznie nie uznał (i słusznie), że organem prowadzącym weryfikację zasadności zwrotu, nie jest znany ustawie o kontroli skarbowej dyrektor urzędu kontroli skarbowej, lecz jednak "nowy" organ tj. naczelnik urzędu celno-skarbowego, o którym przecież w ustawie o kontroli skarbowej nie ma mowy.

Powyższa argumentacja organu pomija omówioną powyżej kwestię związaną z brakiem korelacji zmian legislacyjnych wprowadzonych przez ustawę Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej z przepisem stanowiącym materialnoprawną podstawę wydanego w niniejszej sprawie rozstrzygnięcia – art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. W związku z tym stanowisko powyższe należało uznać za niezasadne.

8.7. W sprawie nie mógł zostać uwzględniony również zarzut naruszenia art. 141 § 4 w zw. z art. 153, art. 170 p.p.s.a. w zw. z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, w zw. z art. 120 i art. 127 Ordynacji podatkowej poprzez nie zawarcie przez Sąd pierwszej instancji wskazań dla organu podatkowego co do dalszego postępowania, a także poprzez brak odniesienia się w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku do wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 29 listopada 2019 r. sygn. akt I FSK 1733/17, oddalającego skargę kasacyjną organu podatkowego od wyroku WSA w Łodzi z dnia 20 lipca 2017 r. sygn. akt I SA/Łd 534/17 i uwzględnienia ocen prawnych przy wyrokowaniu, przy jednoczesnym nieuzasadnionym przyjęciu, że na rozstrzygnięcie w przedmiotowej sprawie ma wpływ wyrok NSA z 4 grudnia 2018 r. sygn. akt I FSK 1920/18, który zapadł na kanwie postanowienia Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. z dnia 12 grudnia 2017 r.

Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku wskazał, że "w ocenie sądu organ odwoławczy dopuścił się naruszenia art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT przez wadliwe przyjęcie (najpierw w drodze wykładni a później zastosowania), iż przepis ten w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 marca 2017 r. umożliwia przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT w związku z weryfikacją zasadności owego zwrotu kontynuowaną od tej daty w trybie postępowania kontrolnego prowadzonego już przez naczelnika urzędu celno-skarbowego w miejsce dyrektora urzędu kontroli skarbowej". W dalszej części uzasadnienia Sąd ten szczegółowo uzasadnił powyższe stanowisko i w efekcie uchylił zaskarżone postanowienie. Warte odnotowania jest, że spór zawisły przed Sądem pierwszej instancji sprowadzał się do rozstrzygnięcia tej właśnie kwestii. W związku z tym taki sposób przedstawienia przez Sąd własnej oceny prawnej zaistniałego w sprawie stanu faktycznego w kontekście zarysowanej istoty sporu należy uznać za wystarczający do uznania, że uzasadnienie zaskarżonego wyroku spełnia wymogi z art. 141 § 4 p.p.s.a., a przedstawione stanowisko Sądu nie powinno nastręczać organowi podatkowemu trudności przy ponownym rozpatrzeniu zażalenia Strony.

Niezrozumiały jest zarzut nieuzasadnionego przyjęcia przez Sąd pierwszej instancji, że na rozstrzygnięcie w przedmiotowej sprawie ma wpływ wyrok NSA z 4 grudnia 2018 r. sygn. akt I FSK 1920/18, gdyż Sąd pierwszej instancji nie zawarł w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku takiego stanowiska.

WSA nie był też zobowiązany do wypowiedzi dotyczącej wcześniej zapadłych w niniejszej sprawie wyroków sądu pierwszej i drugiej instancji, choć fakty te zostały odnotowane w części historycznej uzasadnienia zaskarżonego wyroku. Wypowiedź ta, której domaga się autor kasacji, była zbędna z uwagi na fakt, że poprzednio wydane w niniejszej sprawie wyroki sądów administracyjnych nie odnosiły się do zagadnienia, budzącego wątpliwości w sprawie obecnie rozpoznanej. Jak już była o tym mowa powyżej, to oznacza, że skutkiem wyroku WSA z dnia 20 lipca 2017 r. oraz NSA z dnia 29 listopada 2019 r. jest wyłącznie uchylenie zaskarżonego wówczas postanowienia z powodów podanych w tym orzeczeniu.

W konsekwencji powyższego ww. zarzuty sprowadzające się do naruszenia, zdaniem kasatora, przez sąd wojewódzki art. 141 § 4 p.p.s.a. należało uznać za bezpodstawne.

8.8. W związku z tym należy stwierdzić, że skarga kasacyjna nie zawiera uzasadnionych podstaw, a wyrok Sądu pierwszej instancji jest prawidłowy.

W konsekwencji powyższego Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji wyroku. O zwrocie kosztów orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 p.p.s.a.

Sędzia WSA (del.) Sędzia NSA Sędzia NSA

Elżbieta Olechniewicz Izabela Najda-Ossowska Danuta Oleś