Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 1632/04
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2005-07-06 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono decyzję I i II instancji

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Bożena Dziełak, sędzia WSA Jerzy Płusa (spr.), asesor WSA Ewa Radziszewska-Krupa, Protokolant Małgorzata Szamocka, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 6 lipca 2005 r. sprawy ze skargi Spółki jawnej "C." - M. D., P. D. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] czerwca 2004 r. Nr [...] w przedmiocie zwrotu nadpłaconego podatku od towarów i usług za lata 2000 i 2001 1) uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w G. z dnia [...] stycznia 2004r. nr [...] 2) stwierdza, że uchylone decyzje nie mogą być wykonane w całości; 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz strony skarżącej kwotę 3.125,00 zł (trzy tysiące sto dwadzieścia pięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.


UZASADNIENIE

Wnioskiem z dnia 28 listopada 2003 r. Spółka Jawna "C." [...] – skarżąca w niniejszej sprawie, zwróciła się do Urzędu Skarbowego w G. o zwrot podatku od towarów i usług za lata 2000 i 2001 w kwocie 24.145 zł wraz z należnymi odsetkami, w związku z powstałą nadpłatą w tym podatku. We wniosku skarżąca spółka powołała się na wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. sygn. akt K. 45/01(Dz. U. Nr 100, poz. 923) oraz na art. 72, art. 74 i art. 78 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 z późn. zm.). Przedstawiając szczegółowe wyliczenia obrazujące wysokość powstałej nadpłaty skarżąca spółka stwierdziła, że spełnia warunki określone powyższym wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego. Wskazała również, że decyzją Pełnomocnika do spraw Osób Niepełnosprawnych z dnia 4 marca 1999 r. przyznano jej status zakładu pracy chronionej na okres trzech lat, t.j. od dnia 1 marca 1999 r. do dnia 28 lutego 2002 r. oraz rozpoczęła adaptację budynku przemysłowego na zakład produkcji odzieży z dostosowaniem do zatrudnienia osób niepełnosprawnych, na podstawie pozwolenia na budowę, wydanego przez Burmistrza M.

Po rozpatrzeniu wniosku spółki, Naczelnik Urzędu Skarbowego w G. decyzją z dnia [...] stycznia 2004 r. nr [...], powołując się na art. 207 i art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej oraz na art. 14a ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 z późn. zm.), zwanej dalej "ustawą o VAT", odmówił uwzględnienia wniosku. W uzasadnieniu decyzji organ podatkowy stwierdził, ze skutkiem powołanego we wniosku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego nie jest utrata mocy obowiązującej zakwestionowanego art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 95 poz. 1100), ale potwierdzenie wynikającego z Konstytucji obowiązku ustanowienia regulacji prawnych niezbędnych dla realizacji norm konstytucyjnych. Oznacza to, iż w przedmiotowej sytuacji nie mają zastosowania przepisy Ordynacji podatkowej dotyczące nadpłaty w związku z orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego, gdyż zgodnie z art. 72 § 1 tej ustawy za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. W ocenie organu podatkowego, w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego nie doszło do nadpłacenia lub nienależnego zapłacenia podatku w następstwie utraty mocy obowiązującej przepisów nakładających obowiązki podatkowe. Organ podatkowy nadmienił również, iż po uchwaleniu stosownej ustawy, spółka będzie mogła złożyć wniosek o ewentualną rekompensatę utraconych korzyści w związku z zakwestionowanymi przepisami.

Pismem z dnia 9 lutego 2004 r. skarżąca spółka wniosła odwołanie od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w G. W uzasadnieniu odwołania spółka przytaczając sentencję wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. podniosła, że posiadała status zakładu pracy chronionej oraz mając zaufanie do prawa podjęła długoterminowe przedsięwzięcia polegające na przebudowie nowonabytego budynku przemysłowego dla potrzeb zakładu produkcji odzieży z dostosowaniem do zatrudnienia osób niepełnosprawnych. Poniosła z tego tytułu wydatki w wysokości 2.140.170,46 zł. Zmiana prawa w czasie realizacji przedsięwzięcia radykalnie ograniczyła dopływ środków na ZFRON uniemożliwiając zakończenie zadania i przekazanie w całości budynku do eksploatacji. Podkreśliła również, że z chwilą ogłoszenia wyroku Trybunału Konstytucyjnego w Dzienniku Ustaw, na mocy art. 190 § 1 i § 3 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej przepis uznany za niekonstytucyjny utracił moc prawną, co w konsekwencji prowadzi do przywrócenia obowiązywania nowelizowanych przepisów w brzmieniu jakie miały one do dnia wejścia w życie niezgodnych z Konstytucją przepisów nowelizujących.

Decyzją z dnia [...] czerwca 2004 r. nr [...] Dyrektor Izby Skarbowej w W., po rozpatrzeniu odwołania skarżącej spółki, utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję organu podatkowego pierwszej instancji. W uzasadnieniu swojej decyzji organ odwoławczy wskazał, że ustawą z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, wprowadzono istotne zmiany w zakresie zwrotu podatku od towarów i usług zakładom pracy chronionej. Nowa regulacja spowodowała zmniejszenie wielkości zwracanej kwoty podatku w porównaniu z kwotą, którą podatnik prowadzący zakład pracy chronionej mógł zatrzymać na podstawie przepisów obowiązujących do dnia 31 grudnia 1999 r. W uzasadnieniu wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r. Trybunał Konstytucyjny stwierdził, iż wprowadzone zmiany znajdują podstawę w wartościach konstytucyjnych oraz że ustawodawca realizując usprawiedliwione cele, mógł wprowadzić zmiany na niekorzyść prowadzących zakłady pracy chronionej. Trybunał Konstytucyjny wskazał, że zmiany te nie mogą naruszać interesów tych zakładów pracy chronionej, które w zaufaniu do dotychczasowych regulacji prawnych przystąpiły do realizacji długotrwałych programów inwestycyjnych mających na celu stworzenie odpowiednich warunków pracy dla niepełnosprawnych. Pomimo, że opracowano i realizowano programy celowe mające na celu złagodzenie negatywnych konsekwencji wprowadzonych zmian podatkowych i ochronę płynności finansowej zakładów pracy chronionej, to stosowne rozwiązania muszą zostać ustanowione przez ustawę. Brak odpowiednich rozwiązań ustawowych, które spełniałyby przedstawione wymagania, stanowi podstawę do stwierdzenia naruszenia zasady ochrony praw nabytych i zasady ochrony interesów w toku. W uzasadnieniu wyroku podkreślono również, że Trybunał Konstytucyjny nie kwestionuje istoty wprowadzonych zmian, a stwierdza jedynie niezgodność z Konstytucją zaskarżonych przepisów w zakresie, w jakim pomijają one niezbędne regulacje. W ocenie Dyrektora Izby Skarbowej, skutkiem tego orzeczenia stwierdzającego niekonstytucyjność zaskarżonego przepisu w zakresie, w jakim pomija określone regulacje, nie jest utrata mocy obowiązującego przepisu, ale potwierdzenie, wynikającego z Konstytucji, obowiązku ustanowienia regulacji prawnych niezbędnych dla realizacji norm konstytucyjnych. Organ odwoławczy wskazał, że takie stanowisko prezentowane jest również przez Ministerstwo Finansów oraz przytoczył obszerne fragmenty uzasadnienia wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 26 czerwca 2003 r. sygn. akt SA/Bd 1358/03, w którym m.in. Sąd podkreślił również, iż konsekwencją orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego jest konieczność określenia przez ustawę stosownych rozwiązań. Wskazano również na inny wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. akt III SA 131/03, w którym Sąd wyjaśniając pojęcie "nadpłaty" uznał, że nadpłata nie powstała w związku z orzeczeniem Trybunału z dnia 25 czerwca 2002 r.

W opinii Dyrektora Izby Skarbowej zaskarżona decyzja nie narusza więc art. 72 i art. 73 Ordynacji podatkowej, dotyczących nadpłaty. Zgodnie bowiem z art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku, zaś w przedmiotowej sprawie nie występuje ani nadpłata, ani podatek nienależnie zapłacony, gdyż wyrok Trybunału nie orzeka utraty mocy obowiązującej kwestionowanych przepisów.

Pismem z dnia 3 sierpnia 2004 r. skarżąca spółka, reprezentowana przez pełnomocnika, wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. Zarzucając zaskarżonej decyzji naruszenie przepisów prawa materialnego poprzez błędną interpretację i błędne zastosowanie art. 72-74 Ordynacji podatkowej oraz konsekwencji prawnych wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002r., wniosła o jej uchylenie oraz uchylenie utrzymanej nią w mocy decyzji organu podatkowego pierwszej instancji. W uzasadnieniu skargi pełnomocnik skarżącej spółki podkreślił, iż spółka w przewidzianym prawem terminie rozpoczęła inwestycję budowlaną uprawniającą ją, zgodnie z obowiązującymi wówczas przepisami, do określonych ulg podatkowych. Nie zgadzając się ze stanowiskiem zaprezentowanym przez organy podatkowe, przytoczył i poddał analizie fragmenty sentencji oraz uzasadnienia wyroku Trybunału Konstytucyjnego. Podniósł, iż Izba Skarbowa nie zauważa, że sformułowanie użyte przez Trybunał o niekonstytucyjności "w pewnym zakresie" może oznaczać tylko jedno - przepis ten jest w pewnych zakresach jego obowiązywania zgodny z Konstytucją, a w pewnych zakresach niezgodny. Wystarczy uważnie przeczytać sentencję wyroku Trybunału, aby określić zakres niekonstytucyjności przepisu art. 1 pkt 8 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Oczywistym jest, że przepis ten będzie niekonstytucyjny, ze wszystkimi tego skutkami prawnymi, wobec tych podatników, którzy przed dniem 30 listopada 1999 r. rozpoczęli nowe inwestycje, tzn. ponieśli wydatki w celu realizacji długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach, ponieważ nie było regulacji przejściowych dla zapewnienia ochrony interesów takich osób. W sposób oczywisty skarżąca spółka zalicza się do tej grupy, dla której nowelizacja tego przepisu jest niezgodna z Konstytucją. Dla innych osób, tzn. dla podatników, którzy nie rozpoczęli realizacji "długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach", kwestionowane przez Trybunał Konstytucyjny przepisy zachowały swoją moc obowiązującą, ponieważ nie naruszały praw nabytych tych osób. W ocenie pełnomocnika skarżącej spółki, tak właśnie należy tłumaczyć i stosować omawiany wyrok Trybunału Konstytucyjnego. Na potwierdzenie takiego sposobu rozumienia konsekwencji prawnych orzeczenia Trybunału pełnomocnik przytoczył szereg wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego. Według pełnomocnika zaistniała zatem sytuacja, uzasadniająca powstanie nadpłaty w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego. Ponadto od czasu wydania tego orzeczenia upłynęło ponad dwa lata i nic nie wskazuje na to, aby ustawodawca zabierał się do uchwalenia jakichkolwiek przepisów odszkodowawczych w tej sprawie.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w W., wnosząc o oddalenie skargi, podtrzymał stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji.

Rozpatrując niniejszą sprawę Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, działając na podstawie art. 125 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 z późn. zm.) zawiesił postępowanie w związku z przedstawieniem przez skład orzekający Naczelnego Sądu Administracyjnego w sprawie sygn. akt FSK 353/04, składowi siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego zagadnienia prawnego dotyczącego skutków orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002r. sygn. akt K. 45/01.

W dniu 14 marca 2005 r. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów podjął uchwałę sygn. akt FPS 4/04 w sprawie przedmiotowego zagadnienia prawnego.

Postanowieniem z dnia 17 maja 2005 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie podjął z urzędu zawieszone postępowanie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje.

Przedmiotem sporu w niniejszej sprawie jest kwestia dotycząca oceny skutków prawnych wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. sygn. akt. K 45/01, w kontekście złożonego przez spółkę wniosku o zwrot podatku od towarów i usług w związku z powstałą nadpłatą obejmującą okres 2000 r. i 2001 r. Skarżąca spółka domagając się zwrotu nadpłaty twierdziła, że jest podmiotem, którego dotyczy powyższy wyrok Trybunału stwierdzający niekonstytucyjność przepisu wprowadzającego zmiany do ustawy o VAT, t.j. art. 1 pkt 8 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Natomiast organy podatkowe odmawiając uwzględnienia wniosku wskazywały, że skutkiem tego wyroku nie jest utrata mocy obowiązującej zakwestionowanego przepisu, ale jedynie potwierdzenie, wynikającego z Konstytucji, obowiązku ustanowienia regulacji prawnych niezbędnych dla realizacji norm konstytucyjnych, skoro zatem wyrok ten nie stanowi o utracie mocy obowiązującej, ocenianej przez Trybunał normy prawnej, to biorąc pod uwagę uregulowanie zawarte w art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, w przedmiotowej sprawie nie wystąpiła ani nadpłata, ani podatek nienależnie zapłacony i związku z tym przepisy Ordynacji podatkowej dotyczące nadpłaty nie mają tu zastosowania.

W punkcie pierwszym sentencji powołanego wyżej wyroku, dotyczącym zmian w ustawie o VAT, Trybunał Konstytucyjny stwierdził, że art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 95, poz. 1100) w zakresie w jakim zmienia zasady wyliczania kwoty podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi na rzecz zakładu pracy chronionej, przed upływem trzyletniego okresu przewidzianego w art. 30 ust. 1 zdanie drugie ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r., jest niezgodny z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku, wyrażonymi w art. 2 Konstytucji, w zakresie, w jakim nie przewiduje regulacji przejściowych niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy - w zaufaniu do dotychczasowych przepisów – rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach.

Stosownie do art. 190 ust. 1 Konstytucji RP orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego mają moc powszechnie obowiązującą i są ostateczne. Jeżeli treścią orzeczenia jest uznanie zgodności badanego aktu czy normy z przepisami wyższego rzędu, to nie ma ono wpływu na dalsze losy tego aktu. Jeżeli natomiast treścią orzeczenia jest uznanie niezgodności danego aktu lub normy z przepisami wyższego rzędu, to powoduje ono utratę mocy prawnej takiego aktu czy normy.

Wyroki Trybunału Konstytucyjnego mogą być dzielone na afirmatywne -stwierdzające konstytucyjność, te mają charakter deklaratoryjny oraz negatywne - stwierdzające niekonstytucyjność zakwestionowanej normy prawnej. Co do orzeczeń stwierdzających niekonstytucyjność wskazuje się, że mają one charakter konstytutywny, bowiem od momentu wejścia orzeczenia w życie dotychczasowa norma prawna przestaje być regułą powinnego zachowania. Oprócz wymienionych wyżej wyroków Trybunału o prostych skutkach, wskazuje się na istnienie wyroków Trybunału Konstytucyjnego o skutkach złożonych, którymi mogą być zarówno wyroki afirmatywne, jak i wyroki negatywne. Do orzeczeń, które stwierdzają niekonstytucyjność, charakteryzujących się takimi złożonymi skutkami należą, m.in. wyroki stwierdzające niekonstytucyjność w pewnym zakresie. Analizując treść sentencji wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. należy uznać, iż należy on właśnie do kategorii wyroków negatywnych o złożonych skutkach. Tym samym za uzasadnioną należy uznać argumentację przedstawioną w skardze przez pełnomocnika skarżącej spółki, który na taki właśnie charakter omawianego wyroku wskazywał. Natomiast w świetle brzmienia sentencji tego wyroku za błędny należy uznać pogląd prezentowany przez organy podatkowe, że skutkiem tego wyroku było jedynie potwierdzenie obowiązku ustanowienia regulacji prawnych niezbędnych do realizacji norm konstytucyjnych. Trybunał jednoznacznie stwierdził niekonstytucyjność art. 1 pkt 8 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym w zakresie, w jakim nie przewiduje on regulacji przejściowych niezbędnych do zapewnienia ochrony prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy w zaufaniu do dotychczasowych przepisów rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach. Oznacza to, że przepis ten utracił moc w stosunku do osób spełniających kryteria wskazane przez Trybunał Konstytucyjny. Należy podkreślić, że Trybunał Konstytucyjny nie skorzystał z uprawnień przewidzianych w art. 190 ust. 3 Konstytucji i nie określił innego terminu utraty mocy obowiązującej zakwestionowanego przepisu, niż dzień ogłoszenia w Dzienniku Ustaw. Jest poza sporem, że wprowadzeniu nowych, mniej korzystnych regulacji podatkowych, nie towarzyszyły niezbędne regulacje przejściowe, a zatem z tego powodu, wprowadzone przepisy w odniesieniu do określonego kręgu podmiotów uznane zostały za niekonstytucyjne. Jak słusznie wskazuje pełnomocnik skarżącej spółki pomimo upływu już długiego okresu czasu, takich regulacji nadal nie wprowadzono i nic nie wskazuje na to, aby miały one być ustanowione. Tym samym pozostaje jedynie ustalenie w konkretnym przypadku, czy sytuacja w jakiej znajdowała się skarżąca spółka odpowiada sytuacji określonej w sentencji orzeczenia Trybunału, a zatem czy znajduje się ona w kręgu podatników, do których odnosi się zawarte w tym wyroku stwierdzenie niekonstytucyjności art. 1 pkt 8 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. Analizując skutki przedmiotowego orzeczenia nie można poprzestać, jedynie na ustaleniu dalszego losu zakwestionowanego przepisu, lecz należy również ocenić wpływ tego orzeczenia na indywidualne rozstrzygnięcia, które były podejmowane na podstawie przepisu, którego konstytucyjność została zakwestionowana. W dniu 14 marca 2005 r. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów podjął uchwałę (sygn. akt FPS 4/04) o następującej treści – "Podatnicy – których dotyczy orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. sygn. K 45/01 (OTK-A 2002/4/46), stwierdzające niezgodność art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 95, poz. 1100), z art. 2 ustawy z dnia 2 kwietnia 1997 r.- Konstytucja Rzeczypospolitej Polskiej (Dz. U. Nr 78, poz. 483) w zakresie, w jakim nie przewiduje regulacji przejściowych niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy w zaufaniu do dotychczasowych przepisów rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach – mogą ubiegać się na podstawie art. 190 ust. 4 Konstytucji RP, o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi. Przepisami określającymi zasady i tryb postępowania, o których mowa w art. 190 ust. 4 Konstytucji RP, są przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa ( Dz. U z 2005 r., Nr 8, poz. 60), które regulują instytucję nadpłaty." Wskazania wypływające z tej uchwały należy odnieść również do niniejszej sprawy.

Konsekwencją uznania niekonstytucyjności przepisu wprowadzającego zmiany do ustawy o VAT, w odniesieniu do wskazanego w sentencji orzeczenia kręgu podatników, jest więc również możliwość powstania nadpłaty u tych podatników, z tego względu, że realizowali oni rozliczenia z budżetem w zakresie podatku od towarów i usług na mniej dla nich korzystnych zasadach, wynikających z przepisów wprowadzonych do tej ustawy na mocy zakwestionowanego przez Trybunał przepisu art. 1 pkt 8 w ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. Tym samym nieprawidłowy jest także pogląd wyrażony w niniejszej sprawie w decyzjach organów podatkowych, które w odmienny sposób rozumiały znaczenie prawne wyroku Trybunału i które w związku z tym, co do zasady kwestionowały możliwość powstania nadpłaty jako konsekwencji tego wyroku negując tym samym możliwość zastosowania do stanu faktycznego i prawnego, jaki miał miejsce w niniejszej sprawie, przepisów Ordynacji podatkowej regulujących instytucję "nadpłaty", czego domagała się skarżąca spółka.

W trakcie postępowania dotyczącego wniosku skarżącej spółki o zwrot nadpłaty przedstawiała ona dowody, które świadczyć miały, że spełnia ona przesłanki wskazane w sentencji orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. Organy podatkowe w toku dotychczasowego postępowania, nie kwestionując wprawdzie twierdzeń skarżącej spółki w tym zakresie, nie dokonały jednakże oceny tych dowodów, wychodząc jak należy przyjąć z założenia, że nie będzie to miało znaczenia, w świetle prezentowanego przez nie sposobu rozumienia skutków prawnych tego orzeczenia, dla rozstrzygnięcia niniejszej sprawy. Zdaniem Sądu ustalenie tej okoliczności ma jednak znaczenie dla wyniku sprawy, a zaniechanie wyjaśnienia tej kwestii stanowiło naruszenie art. 122 i art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej.

Wobec braku przepisów przejściowych towarzyszących wprowadzeniu nowych regulacji prawnych, które to przepisy zapewniałyby ochronę interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, przy ponownym rozpatrywaniu wniosku skarżącej spółki organ podatkowy będzie zobowiązany w pierwszej kolejności do oceny przedstawionych przez skarżącą dowodów, w celu ustalenia rozpoczęcia przez nią realizacji długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w jej zakładzie, czyli tak jak stanowi sentencja orzeczenia Trybunału. W przypadku pozytywnego dla spółki wyjaśnienia tej kwestii, czyli ustalenia, że skarżąca spółka jest podmiotem, którego dotyczy wyrok Trybunału, organ podatkowy powinien dokonać oceny, stosując przepisy Ordynacji podatkowej regulujące "nadpłatę", czy stan rozliczeń spółki z budżetem, mając na względzie dokonane przez spółkę wpłaty z tytułu podatku od towarów i usług oraz otrzymane już zwroty tego podatku, w okresie objętym wnioskiem, czyli obejmującym lata 2000 i 2001, stanowi podstawę do stwierdzenia nadpłaty, uwzględniając sposób rozliczania podatku VAT przez zakłady pracy chronionej według obowiązujących wówczas zasad oraz biorąc pod uwagę, wynikającą z orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego niekonstytucyjność przepisów, wprowadzających zmiany zasad wyliczania kwoty podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi na rzecz zakładów pracy chronionej, których dotyczy to orzeczenie

Mając na względzie powyższe ustalenia i wnioski Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c), art. 152 oraz art. 200 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, orzekł jak w sentencji.