Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt VIII SA/Wa 748/08
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2009-05-07 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
Hasła tematyczne: Podatkowe postępowanie
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono decyzję I i II instancji
Powołane przepisy: article: art.21 par. 3,  art. 75 par. 1,  art. 165 par. 1
journal: Dz.U. 1997 nr 137 poz 926
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Artur Kot /sprawozdawca/, Sędziowie Sędzia WSA Małgorzata Jarecka, Sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa, Protokolant Aleksandra Borkowska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 7 maja 2009 r. sprawy ze skargi [...] spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w R. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] lipca 2006 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2001 rok 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika [...] [...] Urzędu Skarbowego w R. z dnia [...] kwietnia 2006 r. nr [...]; 2) stwierdza, że uchylone decyzje nie podlegają wykonaniu w całości do chwili uprawomocnienia się niniejszego wyroku; 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz skarżącej kwotę 5.600 (pięć tysięcy sześćset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.


UZASADNIENIE

1.1. Zaskarżoną decyzją z [...] lipca 2006 r., po rozpatrzeniu odwołania [...] spółka z o.o. z siedzibą w R., (dalej: "skarżąca" lub "Spółka"), Dyrektor Izby Skarbowej w W. (dalej: "organ odwoławczy" lub "Dyrektor Izby Skarbowej" utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. (dalej: "Naczelnik [...] US" lub "organ I instancji") z [...] kwietnia 2006 r., określającą Spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. w kwocie [...] zł oraz odmawiającą stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. w kwocie [...] zł.

1.2. Uzasadniając rozstrzygnięcie organ odwoławczy przedstawił przebieg długotrwałego postępowania w sprawie oraz powołał się na ustalenia faktyczne dokonane przez organ I instancji. Z ustaleń tych wynika, że pismem z [...] sierpnia 2002 r. Spółka wystąpiła z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. w kwocie [...] zł. Podstawą wniosku było orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego z 25 czerwca 2002 roku, sygn. akt K 45/01, stwierdzające niezgodność z art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej przepisów art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, w zakresie, w jakim nie przewidywały regulacji przejściowych, niezbędnych do ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy w zaufaniu do dotychczasowych przepisów rozpoczęli realizację długofalowych przedsięwzięć na rzecz niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach.

1.3. Ostateczne i nieostateczne rozstrzygnięcia organów podatkowych były eliminowane z obrotu prawnego przez właściwe organy i przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (wyrok z 3 czerwca 2004 r., sygn. akt III SA 369/03). W wyniku ponownego rozpoznania sprawy, Naczelnik [...] US decyzją z [...] kwietnia 2006 r. określił Spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. w kwocie [...] zł (wyższej od deklarowanej przez Spółkę) oraz odmówił jej stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za ten rok w kwocie [...] zł.

1.4. Od powyższej decyzji Spółka wniosła odwołanie do Dyrektora Izby Skarbowej. W obszernym uzasadnieniu wywodziła, iż fakt, że Trybunał Konstytucyjny w powołanym wyżej orzeczeniu rozważał przypadek zakładu pracy chronionej, który uzyskał status takiego zakładu na okres 3 lat, nie oznacza, iż wyrok ten nie dotyczy zakładów, które uzyskały ten status – jak Skarżąca – na czas nieokreślony. W ocenie Spółki przyjęcie odmiennej tezy prowadziłoby do pokrzywdzenia tego rodzaju zakładów i naruszałoby zasadę równości wobec prawa wyrażoną w art. 32 ust. 1 Konstytucji RP. Skarżąca podnosiła nadto, iż jako zakład pracy chronionej podejmowała długofalowe przedsięwzięcia na rzecz osób niepełnosprawnych, opisując kolejno prowadzone w tym zakresie poszczególne inwestycje.

1.5. Dyrektor Izby Skarbowej w zaskarżonej do Sądu decyzji z [...] lipca 2006 r. podzielił stanowisko organu I instancji. Wskazał przy tym, że wyrok Trybunału Konstytucyjnego (dalej: "TK") z 25 czerwca 2002 r. obejmował ściśle określoną grupę przedsiębiorstw, posiadających status zakładu pracy chronionej nadany na czas określony (3 lata). Tym samym skarżąca, jako zakład pracy chronionej ze statusem bezterminowym, nie mogła dochodzić nadpłat bezpośrednio na podstawie rzeczonego orzeczenia TK. Z ostrożności procesowej Dyrektor Izby Skarbowej wyjaśnił także, iż w sprawie nie został spełniony także drugi warunek wynikający w przedmiotowego orzeczenia TK. Podejmowane przez Spółkę inwestycje nie spełniały bowiem przesłanek długofalowych przedsięwzięć realizowanych na rzecz osób niepełnosprawnych, które podlegałyby ochronie interesów w toku. Uzasadniając powyższe organ wskazał, po dokonaniu analizy i oceny zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego, że wydatki na budowę kotłowni zostały poniesione w 1999 r. i nie były kontynuowane w 2000 r. Zaprzestano tej inwestycji. Nadto z oświadczenia Spółki wynikało, iż inwestycja ta spowodowana była wyłącznie czynnikami ekonomicznymi i zewnętrznymi. Nie miała bezpośredniego związku z realizacją przedsięwzięć na rzecz niepełnosprawnych. Inwestycja "dobudowa ciągów komunikacyjnych" nie była kontynuowana w 1999 r. i w latach 2000 - 2001. Nakłady poczynione w 2000 r. na tę inwestycję wyniosły [...] zł. Podobna sytuacja miała miejsce w przypadku modernizacji maszyny garbarskiej (dwojarki). W ocenie organu także zakup budynku przy ul. G. i jego modernizacja nie spełniały kryteriów wynikających z orzeczenia TK. Pozostałe wydatki inwestycyjne dotyczyły zakupu maszyn, wyposażenia biurowego, zakupu samochodów osobowych i były oddane do użytkowania w roku, w którym zostały zakupione. Inwestycje te nie spełniały zatem kryterium długofalowości.

2.1. Z ostatecznym w administracyjnym toku instancji rozstrzygnięciem organu odwoławczego nie zgodziła się skarżąca. Pismem z [...] sierpnia 2006 r. wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Występując o uchylenie w całości zaskarżonej i poprzedzającej ją decyzji, autor skargi postawił zarzuty naruszenia przepisów ustawy z 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.), tj.:

- art. 120 w związku z art. 74 pkt 1 i art. 72 § 1 pkt 1 poprzez odmowę stwierdzenia nadpłaty na rzecz Spółki;

- art. 122 w związku z art. 187 § 1 i art. 191 poprzez mające istotny wpływ na wynik sprawy niepełne rozpatrzenie materiału dowodowego i przekroczenie zasady swobodnej oceny dowodów poprzez wybiórcze rozpatrzenie zebranego materiału dowodowego;

- art. 120 w związku z art. 233 § 1 pkt 1 poprzez utrzymanie w mocy podlegającej uchyleniu decyzji organu I instancji, jako naruszającej normy postępowania podatkowego i normy prawa materialnego;

- art. 32 i art. 190 ust. 4 Konstytucji RP w związku z wyrokiem TK (K 45/01) poprzez nieuwzględnienie w przedmiotowej sprawie skutków tegoż wyroku;

- art. 127 poprzez brak ponownego rozpoznania sprawy przez organ odwoławczy;

- art. 15 ust. 1 w związku z art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 ze zm.; dalej: "u.p.d.o.p.") poprzez ich błędną wykładnię.

2.2. Zdaniem autora skargi nie można zgodzić się ze stanowiskiem organów podatkowych, że przedmiotowy wyrok TK dotyczy wyłącznie podatników, którzy status zakładu pracy chronionej otrzymywali na okres trzech lat. Kluczowe znaczenie w niniejszej sprawie ma rozpoczęcie inwestycji przed 2000 r. Prawo musi chronić wszystkich podatników prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy w okresie obowiązywania ówczesnych przepisów podatkowych podjęli się realizacji długofalowych przedsięwzięć gospodarczych. Bezzasadne jest ograniczenie tej ochrony tylko do podmiotów, które status zakładu pracy chronionej otrzymały tylko na okres 3 lat. W ocenie Skarżącej przedmiotowy wyrok TK jako kluczową przesłankę niekonstytucyjności zmiany u.p.d.o.p. wskazał brak ochrony interesów w toku (rozpoczętych inwestycji na rzecz osób niepełnosprawnych). Dodatkowe uzasadnienie dla takiej oceny nowelizacji, w postaci uznania, że wpływ na wyrok TK miała okoliczność, że status zakładu pracy chronionej przyznawano na okres trzyletni, wynika z niedopuszczalnej wykładni tego wyroku przez organy podatkowe.

W ocenie Spółki zebrany w sprawie materiał dowodowy jednoznacznie wskazywał, iż przed niekorzystną dla siebie zmianą przepisów rozpoczęła ona przedsięwzięcia na rzecz osób niepełnosprawnych, dlatego jej wniosek o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r., w kontekście wyroku TK, zasługuje na uwzględnienie. Dodatkowo Spółka podniosła, że gdyby nawet przychylić się do poglądu, że wyrok TK nie dotyczy jej bezpośrednio, to należy przyjąć, że zmiany wprowadzone kwestionowaną przez Trybunał ustawą, dotyczą podatników posiadających status pracy chronionej bezterminowo. Wynika to z art. 32 Konstytucji RP, wyrażającego zasadę równości podatników wobec prawa.

2.3. Odpowiadając na skargę organ odwoławczy podtrzymał swoje dotychczasowe stanowisko i wniósł o jej oddalenie.

3.1. Wyrokiem z 13 kwietnia 2007 r. (III SA/Wa 3176/06) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej. W ocenie Sądu spór w rozpoznawanej sprawie sprowadzał się do odpowiedzi na pytanie, jaki jest zakres podmiotowy wyroku TK z 25 czerwca 2002 r. (K 45/01) i czy skutki prawne wynikające z tego orzeczenia dotyczą Spółki. Sąd przywołał treść pkt 2 powołanego wyroku i wyraził ocenę, że wyrok ów odnosi się do zakładów pracy chronionej, które swój status uzyskały na podstawie decyzji Pełnomocnika do Spraw Osób Niepełnosprawnych na okres trzech lat, zgodnie z art. 30 ust. 1 ustawy z 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. Nr 123, poz. 776 ze zm.; dalej: "ustawa o rehabilitacji"), w jej brzmieniu z 30 listopada 1999 r. Odnosząc powyższą ocenę do rozpoznawanej sprawy Sąd I instancji podał, że w sprawie jest niesporne, że Spółka otrzymała status zakładu pracy chronionej na czas nieokreślony, na podstawie decyzji Pełnomocnika do Spraw Osób Niepełnosprawnych z [...] sierpnia 1995 r., wydanej na podstawie przepisów ustawy z 9 maja 1991 r. o zatrudnieniu i rehabilitacji osób niepełnosprawnych. Wobec powyższego Sąd przyjął, że wyrok TK nie obejmuje swoim zakresem podmiotowym skarżącej. W konsekwencji Sąd przyjął, że wpływu na wynik sprawy nie ma okoliczność, czy skarżąca dokonywała długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych.

3.2. Sąd I instancji nie podzielił też argumentacji skarżącej, która podniosła, że nawet gdyby przychylić się do poglądu organów podatkowych, iż wyrok TK dotyczy tylko zakładów pracy chronionej mających ten status na określony czas, to wobec faktu, iż zmiany wprowadzone kwestionowaną przez Trybunał ustawą dotyczą w równym stopniu podatników posiadających status zakładu pracy chronionej na czas nieokreślony, to działając na podstawie art. 32 Konstytucji RP Sąd winien odmówić zastosowania niekonstytucyjnego przepisu w niniejszej sprawie. Zdaniem Sądu, jego prawo do bezpośredniego stosowania Konstytucji RP zapisane w jej art. 8 ust. 2 w powiązaniu z art. 178 ust. 1 ustawy zasadniczej, nie oznacza prawa do słusznościowej oceny poczynań ustawodawcy. Nie oznacza też prawa do kontroli konstytucyjności ustaw. Tryb takiej kontroli został bowiem wyraźnie i jednoznacznie ukształtowany w Konstytucji RP. Zgodnie z jej art. 188 to Trybunał Konstytucyjny został powołany do orzekania o zgodności ustaw z Konstytucją RP.

3.3. W ocenie Sądu I instancji, chybiony jest także zarzut niedopuszczalności określenia wysokości zobowiązania podatkowego w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty. Sąd podał, że postępowanie o stwierdzenie nadpłaty w rozpoznawanej sprawie zostało wszczęte jako pierwsze, wnioskiem Spółki z [...] sierpnia 2002 r. Winno zatem zostać załatwione przez wydanie stosownej decyzji, co też organ podatkowy uczynił. Jednocześnie w sytuacji, gdy organ stwierdził, iż wysokość zobowiązania wykazana w zeznaniu rocznym podatnika podatku dochodowego jest inna niż w złożonym zeznaniu, zobowiązany był wydać stosowną decyzję, na podstawie art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej. Prawidłowo, w ocenie Sądu I instancji, organy podatkowe uznając, iż w rozpoznawanej sprawie brak jest podstaw do stwierdzenia nadpłaty, określiły zobowiązanie podatkowe i odmówiły stwierdzenia nadpłaty. Bez istotnego wpływu na wynik sprawy pozostała zdaniem Sądu okoliczność braku postanowienia o połączeniu postępowania o stwierdzenie nadpłaty z postępowaniem wymiarowym. Istotne jest bowiem to, iż Naczelnik [...] US wydał [...] i [...] marca 2006 r. postanowienia w przedmiocie włączenia do akt postępowania o stwierdzenie nadpłaty materiałów z postępowania wymiarowego.

4.1. Po rozpoznaniu skargi kasacyjnej Spółki od powołanego wyżej wyroku WSA w Warszawie z 13 kwietnia 2007 r. (III SA/Wa 3176/06), Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 18 listopada 2008 r. (II FSK 1205/07) uchylił zaskarżone orzeczenie Sądu I instancji i przekazał sprawę WSA w Warszawie do ponownego rozpoznania. NSA uznał, że zasługuje na uwzględnienie jeden z zarzutów postawionych w skardze kasacyjnej, tj. zarzut naruszenia przepisów postępowania. NSA wskazał, iż postępowanie, w toku którego doszło do wydania zaskarżonej decyzji, zostało wszczęte wnioskiem Spółki z [...] sierpnia 2002 r. o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych, w związku z wyrokiem TK (K 45/01). Skoro postępowanie przed organem I instancji nie zostało zakończone przed 1 stycznia 2003 r., to tym samym winno toczyć się na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2003 r., zgodnie z art. 22 § 1 ustawy z 12 września 2002 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 169, poz. 1387 ze zm.) i art. 25 § 1 i § 2 ustawy z 30 czerwca 2005 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 143, poz. 1199). NSA powołał się na przepisy art. 75 § 2 Ordynacji podatkowej. Wywiódł następnie, że w sytuacji, gdy skorygowana deklaracja budzi wątpliwości, konieczne jest wydanie decyzji wymiarowej. Jednak jej wydanie poprzedzone być winno wszczęciem z urzędu postępowania podatkowego w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego. W stanie prawnym obowiązującym po 1 stycznia 2003 r., w postępowaniu wszczętym na wniosek podatnika o stwierdzenie nadpłaty, niedopuszczalne jest określenie w decyzji wysokości zobowiązania podatkowego. Skoro w sprawie niniejszej organ I instancji nie wydał postanowienia o wszczęciu postępowania wymiarowego, to zdaniem NSA, oddalając skargę na decyzję w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty, Sąd I instancji naruszył art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) ustawy z 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.; dalej: "u.p.p.s.a.") w związku z art. 21 § 3 i art. 75 Ordynacji podatkowej, a naruszenie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Za nietrafne NSA uznał natomiast pozostałe zarzuty skargi kasacyjnej.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

skarga zasługuje na uwzględnienie.

4.1. Zgodnie z art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. Nr 153, poz. 1269 ze zm.), Sąd sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej pod względem zgodności z prawem (legalności). Ocenie Sądu podlegają zgodność aktów administracyjnych zarówno z przepisami prawa materialnego, jak i procesowego. Kontrola sądów administracyjnych ogranicza się więc do zbadania, czy organy administracji w toku rozpoznawanej sprawy nie naruszyły prawa w stopniu mogącym mieć wpływ na jej wynik. Ocena ta dokonywana jest przy tym według stanu prawnego i na podstawie akt sprawy istniejących w dniu wydania zaskarżonego aktu. Wyeliminowanie z obrotu prawnego zaskarżonego aktu może nastąpić wówczas, gdy zostanie spełniona przynajmniej jedna z przesłanek wskazanych w art. 145 u.p.p.s.a.

4.2. Na wstępie należy zauważyć, iż na podstawie art. 190 u.p.p.s.a., Sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Zatem Sąd I instancji, któremu sprawa została przekazana, nie ma całkowitej swobody przy wydawaniu nowego orzeczenia. Sąd, w składzie orzekającym w niniejszej sprawie, związany jest wykładnią prawa dokonaną przez NSA w wyroku z 18 listopada 2008 r. (II FSK 1205/07). Dodać należy, że związanie dokonaną przez NSA wykładnią ma szeroki zasięg. Nie można bowiem oprzeć skargi kasacyjnej od orzeczenia wydanego po ponownym rozpoznaniu sprawy, na podstawach sprzecznych z wykładnią prawa ustaloną w tej sprawie przez NSA. Sąd, któremu sprawa została przekazana, może odstąpić od zawartej w orzeczeniu NSA wykładni prawa jedynie w wyjątkowych sytuacjach. W szczególności wówczas, gdy stan faktyczny danej sprawy ustalony w wyniku ponownego jej rozpoznania, uległ tak zasadniczej zmianie, że do nowo ustalonego stanu faktycznego należy stosować przepisy prawa odmienne od wyjaśnionych przez NSA, jak również w przypadku, gdy przy niezmienionym stanie faktycznym sprawy, po wydaniu orzeczenia zmienił się stan prawny.

5.1. Sąd, w składzie orzekającym w niniejszej sprawie stwierdził, że nie uległ zmianie stan faktyczny sprawy. Nie zmienił się także stan prawny, na podstawie którego można byłoby zastosować nowe przepisy do starego stanu faktycznego. Zatem wykładnia prawa dokonana w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 18 listopada 2008 r. (sygn. akt II FSK 1205/07), wiąże Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie. Badając zgodność z prawem zaskarżonej decyzji Dyrektora Izby Skarbowej z [...] lipca 2006 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2001 r., Sąd obowiązany jest zatem dostosować treść swojego rozstrzygnięcia do oceny prawnej dokonanej przez NSA. I to zarówno w zakresie korzystnym, jak i niekorzystnym dla Spółki.

5.2. Powtarzając za NSA wskazać należy, że złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty powoduje wszczęcie postępowania na żądanie strony (art. 165 § 1 Ordynacji podatkowej). Treść żądania musi mieć oparcie w przepisach prawa materialnego. Organy muszą zatem w pierwszej kolejności ustalić, czy istotnie obowiązuje norma, na podstawie której strona może się domagać określonej treści rozstrzygnięcia. Warunkuje to bowiem dopuszczalność wszczęcia postępowania. Jeżeli podstawa taka w przepisach prawa materialnego istnieje, to ona i treść żądania determinują przedmiot postępowania podatkowego. Jeżeli istnieją przesłanki do rozstrzygnięcia sprawy co do istoty, wydana decyzja dotyczyć więc musi tak zdefiniowanego przedmiotu (art. 207 § 2 Ordynacji podatkowej). W postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty przedmiot i zakres tegoż postępowania determinuje treść art. 72 i następne Ordynacji podatkowej,

Gdy stwierdzenia nadpłaty żąda podatnik, którego zobowiązanie podatkowe powstało w sposób określony w art. 21 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, organy winny zbadać, w zależności od treści wniosku, czy istotnie doszło do zapłaty przez stronę podatku nienależnie czy też w wysokości wyższej od należnej. W postępowaniu dowodowym winny wyjaśnić fakty mające znaczenie dla rozstrzygnięcia, a więc przede wszystkim, czy strona w ogóle zobowiązana była do zapłaty podatku (czy istniał obowiązek podatkowy, czy strona była podatnikiem tego podatku, czy była zwolniona z podatku lub zaniechano w stosunku do niej jego poboru), a jeżeli strona zobowiązana była do zapłaty podatku, czy został on zapłacony w wysokości wynikającej z przepisów prawa czy wyższej. W tym ostatnim przypadku może się okazać, iż konieczna będzie weryfikacja korekty deklaracji złożonej wraz z wnioskiem i sprawdzenie, czy wynikające z niego zobowiązanie podatkowe obliczone zostało przez podatnika prawidłowo. Wysokość zobowiązania podatkowego może bowiem mieć znaczenie dla ustalenia, czy podatek został uiszczony w wysokości wyższej niż należna.

Przypomnieć jednak w tym miejscu należy, iż Ordynacja podatkowa w sposób wyraźny odróżnia podatek od zobowiązania podatkowego. Może zatem zaistnieć nadpłata podatku mimo prawidłowego obliczenia zobowiązania podatkowego w deklaracji (gdy podatnik zapłaci podatek większy niż wynikający ze zobowiązania). Ustalenie prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego stanowi w tym postępowaniu część ustaleń faktycznych, niezbędnych dla załatwienia sprawy. Kwestia ta nie może jednak być w sposób władczy rozstrzygnięta przez organ podatkowy w postępowaniu wszczętym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Nie wynika ona bowiem ani z treści żądania strony, ani z podstawy prawnej tego żądania. Przepisy rozdziału 9 działu III Ordynacji podatkowej nie dają też organom uprawnienia do określenia decyzją zobowiązania podatkowego w ramach postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Przeciwnie, zmieniając Ordynację podatkową od 1 stycznia 2003 r., ustawodawca w sposób jednoznaczny wskazał na odrębność postępowań dotyczących określenia zobowiązania podatkowego i stwierdzenia nadpłaty, wprowadzając zakaz wszczynania postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty zarówno w czasie trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, jak i w okresie między zakończeniem kontroli, a wszczęciem postępowania - w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola (art. 79 § 1) oraz rezygnując z nałożenia na organ podatkowy obowiązku stwierdzenia nadpłaty w toku postępowania podatkowego mającego na celu weryfikację prawidłowości obliczenia zobowiązania podatkowego przez podatnika (art. 21 § 3 nakazuje mu jedynie określenie zobowiązania podatkowego, gdy podatnik nie zapłacił podatku, nie złożył deklaracji albo gdy wysokość zobowiązania jest inna niż wskazana w deklaracji).

5.3. NSA wskazał nadto, iż w badanej sprawie, jak wynika w sposób jednoznaczny z akt sprawy, organ I instancji nie wydał postanowienia o wszczęciu postępowania w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego strony skarżącej w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 2001. Określenie wysokości zobowiązania podatkowego nastąpiło w decyzji wydanej w postępowaniu wszczętym wnioskiem podatnika o stwierdzenie nadpłaty. Naczelny Sad Administracyjny nie podzielił poglądu, iż możliwość określenia zobowiązania podatkowego wynikała z faktu włączenia w poczet materiału dowodowego sprawy niniejszej dowodów zebranych w postępowaniu kontrolnym oraz kontroli podatkowej. Postanowienia te dotyczyły bowiem tylko postępowania dowodowego. NSA zauważył, że w tym konkretnym postępowaniu kwestia wysokości zobowiązania podatkowego nie miała znaczenia dla rozstrzygnięcia. Nie powinna więc w ogóle być przedmiotem postępowania dowodowego (art. 122 Ordynacji podatkowej). Strona żądała bowiem zwrotu nadpłaty powołując się na przysługujące jej zwolnienie z podatku dochodowego od osób prawnych.

5.4. Konkludując NSA stwierdził, że w stanie prawnym obowiązującym po 1 stycznia 2003 r., w postępowaniu wszczętym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty niedopuszczalne jest określenie w decyzji dotyczącej nadpłaty wysokości zobowiązania podatkowego, jeżeli nie zostało wszczęte odrębne postępowanie wymiarowe. Przepisy ustawy nie zakazują jednocześnie organowi wszczęcia postępowania podatkowego w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Umożliwia to organom podatkowym, w sytuacji gdy stwierdzą w toku postępowania wszczętego wnioskiem strony, iż zobowiązanie podatkowe zostało przez nią zaniżone w deklaracji, wszczęcie z urzędu odrębnego postępowania podatkowego oraz wydanie decyzji, o której mowa w art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej. Jeżeli decyzja taka zostanie wydana przed rozstrzygnięciem wniosku o stwierdzenie nadpłaty, jej treść niewątpliwie będzie miała wpływ na treść decyzji w przedmiocie nadpłaty. Gdy postępowanie wszczęte wnioskiem strony zakończone zostanie wcześniej (biorąc pod uwagę terminy załatwienia spraw i brak podstaw do zawieszenia tego postępowania do czasu zakończenia postępowania wymiarowego), organ uwzględni w nim ustalenia, dokonane w toku postępowania dowodowego i na tej podstawie określi konsekwencje prawne tych faktów na podstawie stosowanej normy prawnej.

6.1. Sąd, w składzie orzekającym w niniejszej sprawie, związany jest także pozostałymi poglądami prawnymi wyrażonymi przez NSA w wyroku z 18 listopada 2008 r. (II FSK 1205/07). Tym samym za niezasadne uznać należy te zarzuty skargi, które dotyczą naruszenie przepisów postępowania i przepisów prawa materialnego w związku z wyrokiem TK z 25 czerwca 2002 r. (K 45/01) oraz będącym jego konsekwencją wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Powtarzając za NSA wskazać bowiem należy, że powołany wyrok TK, którego treść jest jasna i nie budzi wątpliwości, dotyczy tylko tych przedsiębiorców, którzy status prowadzącego zakład pracy chronionej uzyskali na okres 3 lat. W omawianym wyroku TK odwołał się bowiem do trzyletniego okresu, przewidzianego w art. 30 ust. 1 zdanie drugie ustawy o rehabilitacji zawodowej. Ten ostatni przepis wskazuje wyraźnie na organ właściwy do wydania decyzji w sprawie przyznania statusu zakładu pracy chronionej oraz określa czas, na jaki decyzja ta jest wydawana. Zakres rozstrzygnięcia wynika także z treści wniosku, który wszczął postępowanie zakończone tym wyrokiem, i którym TK był związany. Wnioskodawca (Polska Organizacja Pracodawców Osób Niepełnosprawnych) w sposób jednoznaczny sprecyzowała (na żądanie Trybunału), iż jej wniosek dotyczy tylko tej grupy osób, które uzyskały status zakładu pracy chronionej na podstawie decyzji wydawanej na czas określony i decyzje te stały się ostateczne przed ogłoszeniem zaskarżonych przepisów. Przyznanie statusu zakładu pracy chronionej na okres 3-letni stanowiło istotną cechę podatnika, mającą wpływ na treść rozstrzygnięcia. Tym samym zapłacony przez skarżącą podatek za 2001 r. był podatkiem należnym.

6.2. Ponadto należy przyjąć, że zgodnie z art. 15 ust. 1 w związku z art. 16 ust. 1 pkt 25 u.p.d.o.p., kosztem uzyskania przychodu z tytułu wierzytelności nieściągalnej jest wyłącznie kwota netto tej wierzytelności. Stosownie do powołanych przepisów kosztami uzyskania przychodów są bowiem koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1 (art. 15 ust. 1 zd. 1 u.p.d.o.p.). Za koszty uzyskania przychodów nie uważa się wierzytelności nieściągalnych, z wyjątkiem wierzytelności, które uprzednio na podstawie art. 12 ust. 3 zostały zarachowane jako przychody należne i których nieściągalność została udokumentowana w sposób określony w ust. 2 (art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) u.p.d.o.p.). Do przychodów, a więc również przychodów należnych, nie zalicza się zatem należnego podatku od towarów i usług (art. 12 ust. 9 u.p.d.o.p.). Dla celów podatku dochodowego od osób prawnych podatek ten, aczkolwiek wchodzi w skład ceny (mieści się więc w cywilistycznym pojęciu wierzytelności, świadczenia, jakiego wierzyciel może się domagać od dłużnika), jest przychodem neutralnym i nie stanowi dochodu podatnika podlegającego opodatkowaniu (por. L. Błystak, H. Łysakowska: Podatek dochodowy od osób prawnych. Komentarz; Wrocław 2003, s. 219 i 229). Skoro do kosztów uzyskania przychodu można zaliczyć tylko wierzytelności zaliczone uprzednio do przychodów należnych, to należy uznać, że dotyczy to wierzytelności netto, bez podatku od towarów i usług. Pojęcie wierzytelności należy wykładać z uwzględnieniem pojęcia przychodów należnych, użytego w art. 12 ust. 3 i ust. 9 u.p.d.o.p.

7. Ponownie rozpoznając sprawę organ I instancji obowiązany będzie zatem przyjąć, że niedopuszczalne jest określenie Spółce zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r., bez uprzedniego wszczęcia postępowania podatkowego w tym zakresie. Wydanie rozstrzygnięcia wymiarowego nie jest zatem dopuszczalne także w postępowaniu wszczętym na wniosek Spółki o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r., jeżeli nie zostało wszczęte z urzędu odrębne postępowanie w sprawie określenia podatnikowi zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za dany okres rozliczeniowy. Są to bowiem odrębne postępowania podatkowe.

Podkreślenia wymaga także, iż w realiach niniejszej sprawy, dla prawidłowego rozstrzygnięcia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, nie jest konieczne wydanie decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego. Spółka żądała stwierdzenia nadpłaty powołując się na przysługujące jej zwolnienie z podatku dochodowego od osób prawnych. Skoro zwolnienie to jej nie przysługiwało, to za niezasadny uznać należy wniosek Spółki o stwierdzenie nadpłaty, gdyż pierwotnie zapłaciła (przynajmniej w części) podatek należny za 2001 r. Odrębną kwestią, której Sąd nie rozstrzyga niniejszym wyrokiem z uwagi na brak stosownych danych, jest natomiast możliwość wydania decyzji wymiarowej, jeżeli istnieją ku temu podstawy i nie występują przeszkody do wszczęcia postępowania w sprawie określenia Spółce zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. Dodać należy, że dla wydania decyzji wymiarowej konieczne jest ustalenie w pierwszej kolejności, czy nie uległo przedawnieniu zobowiązanie Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r., w kwocie przekraczającej kwotę pierwotnie deklarowaną i zapłaconą przez skarżącą.

Mając na uwadze powyższe, działając na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c), art. 134 § 1, art. 135 oraz art. 152 u.p.p.s.a., Sąd orzekł, jak w sentencji wyroku.

O zwrocie kosztów postępowania Sąd postanowił na mocy art. 200, art. 205 § 2 oraz art. 209 u.p.p.s.a. w związku z § 2 ust 1 pkt 1 lit. f) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 2 grudnia 2003 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz szczegółowych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z urzędu (Dz. U. Nr 212, poz. 2075 ze zm.), gdyż strona skarżąca była reprezentowana przed Sądem przez doradcę podatkowego.