Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 3888/17
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2018-09-27 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
Hasła tematyczne: Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ: Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku: Oddalono skargę
Powołane przepisy: article: art. 210 par. 1 pkt 1, art. 120
journal: Dz.U. 2017 poz 201
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa - tekst jedn.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Honorata Łopianowska (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Waldemar Śledzik, asesor WSA Agnieszka Wąsikowska, Protokolant referent stażysta Paulina Plichtowicz, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 27 września 2018 r. sprawy ze skargi Z. sp. z o.o. z siedzibą w B. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej [...]. z dnia [...]września 2017 r. nr. [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r. oddala skargę


UZASADNIENIE

1. Decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. ["DIAS"] z [...] września 2017 r., nr [...], utrzymano w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w O. ["NUCS"] z dnia [...] maja 2017 r., nr [...], w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r.

Zaskarżona decyzja została wydana w związku z tym, że postanowieniem z [...] kwietnia 2014 r. nr [...] Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. wszczął z urzędu postępowanie kontrolne wobec Z. [...] sp. z o.o. [dalej także "Strona", "Podatnik", "Skarżąca", "Spółka"] w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 rok.

W toku postępowania kontrolnego pismem z 16 maja 2014 r. nr [...] wezwano Stronę do przedstawienia ksiąg rachunkowych za okres od 2009-2012 roku oraz innych dokumentów, tj. m.in. rejestrów VAT za okres od 2009-2012 r. Ponadto ustalono, że w 19 marca 2013 r. Spółka złożyła w [...] Urzędzie Skarbowym w R. zeznanie podatkowe CIT-8, w którym wykazała: przychody – 137 124 283,13 zł; koszty uzyskania przychodów – 136 297 951,21 zł; dochód – 826 331,92 zł; podstawa opodatkowania – 826 332,00 zł; podatek należny – 157 003,00 zł.

Pismem z 21 października 2016 r. Spółka przedłożyła rozliczenie pozycji różniących podstawę opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych od wyniku finansowego wynikającego z rachunku zysków i strat. W rozliczeniu wskazano, że przychody księgowe w wysokości 137 124 283,13 zł zgodne są z przychodami podatkowymi wykazanymi w deklaracji CIT-8, natomiast koszty księgowe wyniosły 136 509 863,80 zł i zostały pomniejszone o kwotę kosztów niestanowiących kosztów uzyskania przychodów w łącznej wysokości 211 912,59 zł. Na powyższą kwotę składają się: darowizny 1 600,00 zł, uzgodnienia wpłat ze Stacji Paliw w wysokości 11,04 zł, różnica amortyzacji bilansowej i podatkowej w wysokości 73 764,99 zł, koszty zakupu części do samochodu prywatnego 3 589,80 zł, kara inspekcji handlowej w wysokości 19 760,15 zł, odsetki podatkowe w wysokości 160,00 zł, pozostałe odsetki karne w wysokości 618,16 zł, podatek PFRON za 2012 r. – 81 856,00 zł, artykuły spożywcze w wysokości 3 300,72 zł, VAT od faktury VAT RR w wysokości 27 251,73 zł. Biorąc powyższe pod uwagę koszty uzyskania przychodów Spółki wyniosły 136 297 951,12 zł, i w takiej wysokości zostały wykazane w zeznaniu CIT-8.

Wskazano, że prowadzona przez Spółkę działalność gospodarcza polega na skupowaniu jaj od hodowców drobiu nieśnego działających zarówno w charakterze podatników VAT czynnych, jak i rolników ryczałtowych, a następnie ich sprzedaży na rzecz odbiorców, którymi były m.in. sklepy oraz firmy z branży spożywczej. Nabycie jaj przez Spółkę było dokumentowane wystawianą przez dostawcę fakturą VAT lub przez Spółkę fakturą VAT RR.

W wyniku przeprowadzonego postępowania kontrolnego stwierdzono, iż księgi rachunkowe prowadzone przez Stronę zarówno w zakresie przychodów, jak i kosztów uzyskania przychodów, nie spełniają wymogów określonych w art. 9 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych [tj. Dz. U. z 2000 r., Nr 54, poz. 654, z póżn. zm., dalej "u.p.d.o.p."], są nierzetelne, w więc nie zapewniają możliwości określenia wysokości dochodu [straty], podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku. Ustalono, iż w Spółce prowadzona była podwójna księgowość przy pomocy dwóch różnych systemów księgowych: programu Subiekt i programu Symfonia Finanse i Księgowość, przy czym dane dotyczące przychodów, kosztów uzyskania przychodów i dochodów ustalane na podstawie faktur wystawionych przez Spółkę, a także faktur przez Spółkę otrzymanych, wykazanych w rachunku zysków i strat oraz w zeznaniu podatkowym, pochodzą z programu Symfonia Finanse i Księgowość, natomiast w programie Subiekt ewidencjonowano rzeczywiste transakcje nabycia towarów.

Na podstawie analizy całości zgromadzonego materiału dowodowego w sprawie organ pierwszej instancji stwierdził, że Strona w zeznaniu podatkowym CIT-8 za 2012 rok:

- zawyżyła wysokość kosztów uzyskania przychodów poprzez ustalenie kosztów zakupu towarów na podstawie faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj w wysokości wyższej od faktycznie poniesionych z tego tytułu wydatków. Spółka, zdaniem organu kontroli, zawyżyła koszty z tego tytułu o kwotę 2 936 678,75 zł,

- zaniżyła koszty uzyskania przychodów o kwotę 1 392 004,19 zł poprzez nie uwzględnienie kosztów wynikających z dodatkowo wypłaconych wynagrodzeń na rzecz pracowników, które nie zostały ujęte w ewidencji,

- zaniżyła wysokość osiągniętego przychodu o kwotę 216 331,52 zł poprzez niewykazanie w księgach wszystkich przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży jaj [na rzecz firmy K. i A. S. s.c.],

- zaniżyła wysokość osiągniętego przychodu o kwotę 16 011,43 zł, poprzez niewykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży jaj [na rzecz firmy M. i W. S. s.c.],

- zaniżyła wysokość osiągniętego przychodu o kwotę 65 232,00 zł, poprzez niewykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży jaj [na rzecz firmy K. B.],

- zaniżyła wysokość osiągniętego przychodu o kwotę 12 619,05 zł, poprzez niewykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży jaj [na rzecz firmy P.[...] sp. z o.o.],

- zaniżyła wysokość osiągniętego przychodu o kwotę 21 674,11 zł z tytułu sprzedaży innych towarów [wytłaczanek, rozpuszczalnika, tuszu, siatki] na rzecz kontrahentów [D. L., J. T., M. i A. J.].

Uwzględniając powyższe ustalenia stwierdzono, że przychody Spółki wynoszą 137 456 151,24 zł, które wynikają z następującego wyliczenia: kwota przychodów wykazana w zeznaniu CIT-8 137 124 283,13 zł; przychód nie zaewidencjonowany w księgach ustalony na podstawie dowodów WZ [+] 310 194,00 zł; przychód nie zaewidencjonowany w księgach ustalony na podstawie zeszytu "D. L." [+] 21 674,11 zł. Natomiast – zdaniem organu – koszty uzyskania przychodów Spółki wynoszą 134 753 276,56 zł, i wynikają z następującego wyliczenia: kwota kosztów wykazana w zeznaniu CIT-8 136 297 951,12 zł; zawyżenie kosztów z tytułu uwzględnienia za dużej kwoty dot. zakupu towarów [-]2 936 678,75 zł; zaniżenie kosztów z tytułu wypłaconych w 2010 r., nieujętych w ewidencji nieoficjalnych wynagrodzeń [+] 1 392 004,19 zł.

Organ pierwszej instancji stwierdził, że o nierzetelności prowadzonych ksiąg świadczą, m.in. twierdzenia wspólników Spółki zamieszczone w piśmie "czynny żal", złożonym w toku innego postępowania kontrolnego dotyczącego odpowiedzialności za niepobranie podatku od wypłaconych wynagrodzeń. Wspólnicy w w/w piśmie stwierdzili, iż po dokonaniu dostawy i zapłaceniu dostawcy wynagrodzenia wynikającego z wystawionej faktury zdarzało się, że dostawcy jaj [będący zarówno rolnikami ryczałtowymi, jak i czynnymi podatnikami VAT] zwracali część kwoty zapłaconej uprzednio na podstawie wystawionej przez Spółkę faktury w związku ze stwierdzeniem wad lub niewłaściwym posortowaniem. Ww. okoliczności w okresie od początku 2007 r. do czerwca 2013 r. nie były potwierdzone poprzez wystawienie korekt do wcześniej wystawionych faktur. Zwracane od rolników w gotówce pieniądze nie były ani ewidencjonowane w księgach Spółki, ani nie były odnoszone na wynik podatkowy Spółki.

W toku przeprowadzonego postępowania w zakresie obowiązków płatnika, w którym ustalono wysokość należnych zaliczek na podatek dochodowy od wypłat wynagrodzeń dokonanych w okresie od stycznia do grudnia 2012 r. wynika, iż Spółka wypłaciła w 2012 roku pracownikom dodatkowe wynagrodzenia, nie ujęte w księgach podatkowych w łącznej wysokości 1 143 333,19 zł. Okoliczność tę potwierdzają przekazane nieoficjalne listy płac oraz złożone wyjaśnienia, z których wynika, iż na wypłatę nieoficjalnych wynagrodzeń Spółka przeznaczyła w sumie 1 143 333,19 zł.

W wyniku przeprowadzonej kontroli spółka skorygowała deklarację PIT-4R za 2012 r. i wpłaciła 8 października 2013 r. z tytułu niepobranej zaliczki na podatek dochodowy kwotę 248 671,00 zł. Ustalono zatem, iż koszt dodatkowych wynagrodzeń wypłaconych przez Spółkę wyniósł 1 392 004,19 zł [tj. 1 143 333,19 zł + 248 671,00 zł].

W przeprowadzonym postępowaniu wykorzystano dowody przekazane przez Centralne Biuro Śledcze w W., wśród których znalazł się program komputerowy S.[...] wraz z bazą danych, włączony do akt sprawy w postaci płyty CD, oraz kilkanaście zeszytów formatu A5 z zapisami dotyczącymi transakcji z kontrahentami w latach 2008-2013. W ww. zeszytach znajdują się odręczne zapisy dotyczące transakcji dokonywanych z kontrahentami D. L., A. S., R. [...], tj. podmiotów, od których Skarżąca nabywała jaja. Organ wyeksponował, że zapisy umieszczone w zeszytach są bardzo szczegółowe, pisane w sposób staranny i systematyczny. Obejmują swoim okresem wiele lat i podają rozliczenia dla danej transakcji ze szczegółowością do dwóch miejsc po przecinku. Pod każdą transakcją ujętą w zeszycie znajduje się wpisane ołówkiem saldo, stanowiące podsumowanie wszystkich zapisanych w zeszycie operacji. Saldo to zwiększa się po transakcjach typu: "kontrahent dał", a zmniejsza się po transakcjach opisanych "kontrahent wziął". Na początku zeszytów znajduje się wpisana ołówkiem kwota i informacja "saldo z przeniesienia", co świadczy, że zeszyty były prowadzone w sposób ciągły i saldo przenoszono z poprzednio zapisanego zeszytu. Analiza zapisów w zabezpieczonym programie Subiekt wskazuje, że w przypadku wartości transakcji zakupu jaj powtórzono w nim zapisy z zeszytu, wartość zakupionych jaj wynikająca z programu Subiekt jest zgodna z wartością jaj wykazaną w zeszytach.

Organ zauważył, że wśród zabezpieczonych w siedzibie firmy dokumentów są także dokumenty magazynowe PZ [przyjęcie materiału z zewnątrz]. W przypadku dokumentów PZ dokumentujących przekazanie jaj od kontrahentów: A.S., M. J., T. J. i U., D. L. znajdują się na nich zapisane przez pracowników Spółki zielonym długopisem, w prawnym dolnym rogu. numery nadane dla danej transakcji przez program komputerowy S. [...].

W celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego organ pierwszej instancji wykorzystał treść złożonych zeznań osób przesłuchanych w charakterze świadka w trakcie prowadzonych postępowań kontrolnych wobec Spółki Z. [...] za lata 2008-2012 oraz w zakresie zaliczek na podatek dochodowy od wypłaconych przez Spółkę wynagrodzeń za 2012 rok, które włączono do akt sprawy postanowieniem z [...] kwietnia 2017 r. nr [...].

Organ pierwszej instancji nie dał wiary zeznaniom przesłuchanych świadków w zakresie w jakim stwierdzili, że faktury VAT RR wystawiane przez firmę Z. [...] dokumentują rzeczywiste zdarzenia gospodarcze. Uznano, iż rzeczywiste dostawy odzwierciedlone są w zeszytach oraz w dodatkowo prowadzonym programie S. [...]. w których przedstawiono rozliczenia finansowe z danym dostawcą, dane dotyczące rzeczywiście dostarczonego towaru, w rzeczywistych cenach zakupu oraz rzeczywisty koszt nabycia towarów. Nie dano również wiary twierdzeniom przesłuchanych świadków w zakresie, w jakim twierdzili, iż jedynym rzetelnym programem księgowym w firmie jest program Symfonia Finanse i Księgowość, faktury VAT RR, a zapisy dokonywane w zeszytach kontrahentów, a także w programie S. [...] nie miały żadnego znaczenia księgowego i były jedynie narzędziem pomocnym prezesom firmy, sporządzanym na potrzeb]' prywatne, gdyż nie wszystkie transakcje były do niego wpisywane. Przeczy temu rodzaj dokonywanych w zeszycie wpisów, tj.: numer] daty i wartości faktur VAT RR wystawianych przez firmę Z. [...], a także rodzaj asortymentu nabywany przez firmę. Uznano, że są to elementy bezpośrednio związane z prowadzoną przez Spółkę działalnością gospodarczą, a nie prywatnymi potrzebami prezesów. Świadczy o tym również fakt, że zapisy prowadzone były na przestrzeni wielu lat. Nie dano również wiary twierdzeniom, iż przyczyną niszczenia zeszytów po ich zapisaniu był fakt, iż nie miały one znaczenia dla Spółki, a były prowadzone wyłącznie na użytek własny prezesów. W ocenie organu pierwszej instancji przyczyną niszczenia zeszytów po ich zapisaniu była chęć ukrycia ich zapisów i minimalizacji ryzyka ujawnienia nieprawidłowości, gdyż pokazywały one rzeczywisty obraz transakcji gospodarczych z kontrahentami.

Organ kontroli stwierdził, że wystawione przez Spółkę Z. [...] faktury VAT RR dokumentujące zakup towarów są nierzetelne, a Spółka prowadziła podwójną księgowość do ewidencjonowania zdarzeń gospodarczych, odrębną dla celów podatkowych i odrębną dla zobrazowania faktycznego przebiegu transakcji.

Okoliczności te miały potwierdzać poza dowodami z przesłuchań świadków i Strony także inne dowody i okoliczności, tj.:

- treść "czynnego żalu" złożonego do Urzędu Skarbowego w Z. z [...] sierpnia 2013 r. przez członków zarządu Pana A. K. i Z. P., z którego wynika, że:

a) w Spółce były nieprawidłowości przy wystawianiu faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj [nie dokumentowano korekt związanych ze zwrotem części ceny za nabyte towary], co oznacza, iż część faktur dokumentujących koszty uzyskania przychodów jest nierzetelna;

b) Spółka miała środki pieniężne w gotówce, których nie ujmowała w księgach rachunkowych, służące między innymi do wypłacania nieoficjalnego wynagrodzenia w gotówce pracownikom;

- zabezpieczone dowody PZ oraz dane zaewidencjonowane w programie S. [...]. Kontrolujący porównali dokumenty PZ z zapisami w programie S. [...]. Z porównania wynika, że transakcjom zakupu jaj od A. S., J. i U. T., A. i M. J., D. L., zapisanym w programie S., odpowiadają dokumenty magazynowe PZ. Porównanie dokumentów PZ oraz zapisów dokonanych w programie Subiekt potwierdza, zdaniem organu pierwszej instancji, fakt sporządzania nierzetelnych faktur VAT RR i wykazywania rzeczywistych transakcji i ich wartości w cenach nabycia w programie S. [...]. Stwierdzono, iż Spółka wykorzystywała przez wiele lat program S. [...] w sposób celowy i zorganizowany;

- dublowanie zapisów dotyczących kwot transakcji w zeszytach i w programie Subiekt. Na podstawie porównania danych z programu S. [...] z zapisami w zachowanym zeszycie opisanym "D. L.", dokumentującym transakcje dotyczące kontrolowanego okresu, stwierdzono iż dane wpisane do programu S. [...] są zgodne z widniejącymi w zeszytach zapisami transakcji. Zapisy w zeszytach i w programie S. [...] dotyczące transakcji z zaufanymi kontrahentami, takimi jak: D. L., A.S., M. J., J. i U. T. były dublowane, co dodatkowo świadczy o ich rzetelności i celowości sporządzania. Mimo zatem zniszczenia pozostałych zeszytów dotyczących transakcji z zaufanymi kontrahentami w kontrolowanym okresie, przyjęto iż zapisy dokonane w zabezpieczonym programie Subiekt stanowią odzwierciedlenie faktycznego przebiegu transakcji zakupu towarów;

- zapisy w zeszytach "R. [...]" są zgodne z prawdą i odzwierciedlają faktyczną wartości nabywanych jaj. Kontrolujący porównali zapisy w zeszycie dotyczące [...] opatrzone datami z roku 2012 z fakturami VAT z roku 2012 ujętymi w księdze rachunkowej. W przypadku tego dostawcy wszystkie wykazane w zeszycie faktury, odpowiadają wystawionym i zaksięgowanym na koncie R. [...] fakturom, co świadczy o tym, iż w przypadku podmiotów dla których podwyższenie przychodu nie było obojętne zapisy w zeszytach odpowiadały stanowi faktycznemu. Z powyższego wynika, iż zeszyty nie były prowadzone dla prywatnego użytku prezesów, natomiast dane z nich wynikające obrazują rzeczywisty przebieg transakcji z kontrahentami Spółki;

- dokładność danych wpisywanych do zeszytów kontrahentów w postaci:

a) numerów, dat i wartości z faktur VAT RR wystawionych przez firmę Z. [...] z tytułu zakupu jaj, które widnieją przy w pisach typu "kontrahent wziął", saldo wpisane ołówkiem do zeszytu, które ulega zmniejszeniu po tego typu zapisie,

b) zapisów transakcji sprzedaży i użyczenia,

c) zapisów dotyczących przepływu gotówki opisanych "gotówka zwrot do kasy",

d) zapisów w zeszytach salda po każdej transakcji,

świadczą o tym, że zeszyty służyły do ewidencjonowania faktycznego przebiegu transakcji gospodarczych, nie do prywatnych celów prezesów Spółki;

- wypłaty gotówki z konta przez A. S.. W ramach postępowania kontrolnego prowadzonego wobec A. S. przeanalizowano jego rachunki bankowe związane z prowadzoną działalnością rolniczą i stwierdzono, że A. S. regularnie, kilka razy w miesiącu dokonywał wypłat gotówkowych o dużej wartości. A. S. dokonywał wypłat gotówki, pomimo faktu, że koszty swojej działalności gospodarczej w całości opłacał w formie przelewów. Powyższa okoliczność potwierdza, zdaniem organu, ustalony w sprawie stan faktyczny.

W związku z powyższym w oparciu o zebrany materiał dowodowy stwierdzono, że w przypadku kontrahentów: F. D. [...] w S. – M. J., [...], [...], J. A., [...], F. D. [...] – S. A., [...], F. D. [...] T. J. i U., [...], L. D. Gospodarstwo Rolne, [...] – to program komputerowy S. [...], a nie faktury VAT RR obrazują rzeczywisty przebieg transakcji zakupu jaj i na jego podstawie określono wysokość kosztów nabycia jaj od w/w podmiotów, stanowiące koszt uzyskania przychodu.

W tym celu organ kontroli skarbowej dokonał porównania zapisów dotyczących transakcji zaewidencjonowanych w programie S.[...] i na dokumentach PZ z wystawionymi przez Spółkę fakturami VAT RR i fakturami VAT:

- w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z Panią D. L. na podstawie porównania zapisów dotyczących transakcji zaewidencjonowanych w programie S. [...] i zeszycie z wystawionymi przez Spółkę fakturami VAT RR stwierdzono, że Spółka zaniżyła koszt nabycia jaj o kwotę 57 213,73 zł,

- w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z A. S. porównano zapisy w Programie Subiekt i zeszycie z wystawionymi przez Spółkę fakturami VAT RR. Stwierdzono, że kwoty podane na fakturach VAT RR różnią się od kwot wykazanych w programie S. [...]. Wartość nabycia jaj wykazana na fakturach VAT RR i ujęta w księgach rachunkowych wynosi netto 7 170 501,81 zł, brutto 7 672 436,94 zł. Wartość nabycia jaj i masy jajecznej od A. S. wykazana w programie S. [...] wynosi 4 607 247,21 zł. Kwota zryczałtowanego zwrotu podatku VAT wynosi 102 288,47 zł i jest zawarta w kwocie należnej wykazanej w programie S. [...]. Ponieważ kwoty należne za dostawę produktów rolnych wykazane w programie S. [...] zawierają kwotę podatku od towarów i usług w wysokości 301 408,70, uznano, że kwota netto nabyć produktów rolnych wynosi 4 305 838,51 zł [tj. 4 607 247,21 zł – 301 408,70 zł]. W związku z powyższym ustalono, iż koszt nabycia jaj od A. S. został zawyżony o kwotę 2 864 663,30 zł [tj. 7 170 501,81 zł – 4 305 838,51 zł],

- w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z Państwem J. i U. T. porównano zapisy w Programie S. [...] z wystawionymi przez Spółkę fakturami VAT RR, i stwierdzono, że kwoty podane na fakturach VAT RR różnią się od kwot wykazanych w programie S. [...]. Zestawienie stanowi załącznik nr 3 do protokołu z [...] kwietnia 2017 r. Wartość nabycia jaj wykazana na fakturach VAT RR i ujęta w księgach rachunkowych wynosi: netto 1 588 886,00 zł. Natomiast wartość nabycia jaj i masy jajecznej wykazana w programie S. [...] wynosi 1 563 552,26 zł. Kwota zryczałtowanego zwrotu podatku VAT wynosi 102 288,47 zł i jest zawarta w kwocie należnej wykazanej w programie S. [...]. Po uwzględnieniu zryczałtowanego zwrotu podatku VAT dotyczącego rolników ryczałtowych kwota netto nabyć produktów rolnych wynosi 1 461 263,79 zł [tj. 1 563 552,26 zł -102 288,47 zł]. W związku z powyższym koszt nabycia jaj od J. i U. T. został zawyżony o kwotę 127 622,19 zł [tj. 1 588 886,00 zł – 1 461 263,79 zł],

- w odniesieniu do zapisów dotyczących transakcji Spółki z M. J. i A. J. porównano zapisy w Programie S. [...] i zeszytem z wystawionymi przez Spółkę fakturami VAT RR i stwierdzono, że kwoty podane na fakturach VAT RR różnią się od kwot wykazanych w programie S. [...]. Wartość nabycia jaj wykazana na fakturach i ujęta w księgach rachunkowych wynosi: netto 5 125 062,51 zł. Wartość nabycia jaj i masy jajecznej wykazana w programie S. [...] wynosi 5 379 628,29 zł. Kwota zryczałtowanego zwrotu podatku VAT wynosi 256 172,78 zł i jest zawarta w kwocie należnej wykazanej w programie S. [...]. Po uwzględnieniu zryczałtowanego zwrotu podatku VAT dotyczącego rolników ryczałtowych kwota netto nabyć produktów rolnych wynosi 5 123 455,51 zł [tj. 5 379 628,29 zł – 256 172,78 zł]. W związku z powyższym koszt nabycia jaj od M. i A. J. został zawyżony o kwotę 1 606,99 zł [tj. 5 125 062,51 zł -5 123 455,51 zł];

Stwierdzono zatem, że Strona wykazywała w księgach rachunkowych koszty nabycia towarów na podstawie nierzetelnych dokumentów, faktur VAT RR. przedstawiając nierzeczywiste wartości transakcji przeprowadzonych z D. L., A. S., J. i U. T., M. i A. J., w wyniku czego zawyżyła wysokość kosztów uzyskania przychodów w 2012 r. o 2 936 678,75 zł [tj. 2 864 663,30 zł + 127 622,19 zł + 1 606,99 zł – 57 213,73 zł].

Ponadto w toku postępowania kontrolnego stwierdzono, iż w prowadzonych przez Spółkę księgach nie uwzględniono kosztu wypłaconych w 2012 r. nieoficjalnych wynagrodzeń. Zgodnie z wynikiem kontroli nr [...] Z. K. przeznaczyła w 2012 r. na nieoficjalne wynagrodzenia kwotę: 1 392 004,19 zł brutto.

Uwzględniając treść art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p., na postawie którego kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1, organ kontroli stwierdził, że za koszt uzyskania przychodów w sprawie należy uznać faktycznie poniesione przez Spółkę wydatki na zakup jaj. a nie kwoty wykazane na nierzetelnych fakturach VAT RR, a także faktycznie wypłacone pracownikom Spółki wynagrodzenia. Mając na uwadze treść tego przepisu, po uwzględnieniu nieprawidłowości, koszty uzyskania przychodów Spółki za 2012 rok ustalono w wysokości 134 753 276,56 zł [tj. 136 297 951,12 zł [kwota z deklaracji] – 2 936 678,75 zł + 1 392 004,19 zł].

W toku postępowania kontrolnego stwierdzono również nieprawidłowości w zakresie ustalenia przychodów. Organ stwierdził, że wśród dokumentów zabezpieczonych w siedzibie Spółki przez funkcjonariuszy CBŚ i pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej w O. znajdują się dokumenty WZ. Kontrolujący porównali powyższe dokumenty z fakturami sprzedaży jaj stwierdzając, że w przypadku kontrahenta K. i A. S. s.c. [...], nie cała sprzedaż udokumentowana jest wystawionymi fakturami ujętymi w księgach rachunkowych, pomimo wydania towaru i otrzymania zapłaty za dostarczony towar, co wynika z pokwitowań odbioru gotówki za dostarczony towar podłączonych do dokumentów WZ. Uwzględniając treść zeznań prezesów Spółki, podczas których wyjaśnili, iż zdarzały się sytuacje, gdy na życzenie niektórych odbiorców Z. K. nie wystawiała faktur VAT pomimo zrealizowanej sprzedaży, ustalono wysokość sprzedaży nie ujętej w fakturach VAT, a wynikającej z dowodów wydania towarów WZ w łącznej wysokości 216 331,52 zł [tj. 227 148,10 zł/1,05].

Organ pierwszej instancji zabezpieczył również dokument WZ z 19 maja 2012 r. potwierdzający sprzedaż za kwotę 16 812,00 zł jaj na rzecz firmy M. i W. S. s.c. [...]. Pod zabezpieczony dokument podpięte było pokwitowanie zapłaty gotówką za towar. Na powyższą sprzedaż nie wystawiono faktury VAT, ani też nie ujęto jej w księgach rachunkowych. Ustalono, że wysokość nieewidencjonowanej sprzedaży za 2012 r. na rzecz firmy M. i W. S. wyniosła 16 011,43 zł [tj. 16 812,00 zł/1,05].

W siedzibie Spółki zabezpieczono również dokumenty WZ, które dokumentują wydanie towaru z tytułu sprzedaży jaj zrealizowanej na rzecz kontrahenta: K. B., [...]. Porównano powyższe dokumenty z fakturami sprzedaży jaj i zapisami na koncie [...] i stwierdzono, że dokumentują one zarówno sprzedaż, na którą wystawiono faktury i która została zaewidencjonowana w księgach jak i sprzedaż niezaewidencjonowaną, na którą faktury nie zostały wystawione. Na dokumentach WZ znajdują się pokwitowania odbioru gotówki za dostarczony towar.

Organ pierwszej instancji ustalił wartość sprzedaży wykazaną na dokumentach WZ, która nie została wykazana na fakturach sprzedaży w łącznej wysokości 65 232 zł [tj. 68 493,60/1,05].

Organ zauważył, że wśród zabezpieczonych dokumentów znajduje się także dokument WZ z [...] lutego 2012 r. oraz z [...] stycznia 2012 r. dokumentujące sprzedaż masy jajowej dla firmy: P. [...] sp. z o.o., za łączną kwotę 13 250 zł. Na dokumencie znajdują się odręczne adnotacje "bez FV" oraz "bez". Sprzedaży tej nie wykazano na fakturze VAT ani nie ujęto w księgach rachunkowych.

Wysokość nieewidencjonowanej sprzedaży za 2012 r. na rzecz firmy P. [...] sp. z o.o. ustalono w kwocie 13 250 zł brutto; po odjęciu od kwoty brutto kwoty podatku od towarów i usług wartość nieewidencjonowanego przychodu w 2012 r. wynosi 12 619,05 zł [tj. 13 250 zł/1,05].

Ponadto organ kontroli skarbowej dokonał analizy zapisów w zeszycie "D. L.", "J.", "T." w celu porównania sprzedaży ujętej na fakturach ze sprzedażą wykazaną w w/w zeszycie. Stwierdzono, że w zeszytach znajdują się zapisy dotyczące sprzedaży takich towarów jak wytłaczanki używane, rozpuszczalnik i tusz do drukarki. W przypadku części transakcji sprzedaży do zeszytu podpięte zostały dokumenty magazynowe WZ firmy Z. K. potwierdzające wydanie towaru odbiorcy. Wartość sprzedaży wykazanej w w/w zeszytach, która nie została wykazana na fakturach VAT wystawionych przez Spółkę wyniosła 21 674,11 zł [tj. 26 659,16 zł/1,23].

Po uwzględnieniu opisanych wyżej nieprawidłowości w zakresie ustalenia przez Spółkę przychodów podlegających opodatkowaniu stwierdzono, że przychód Spółki za 2012 r. wynosi 137 456 151,24 zł [tj. 137 124 283,13 zł [kwota przychodu z zeznania] + 310 194,00 zł [przychód udokumentowany dokumentami WZ niezaewidencjonowany przez Spółkę w księgach] + 21 674,11 zł [sprzedaż na podstawie w/w zeszytów].

W związku ze stwierdzeniem, że Strona prowadziła księgi podatkowe w sposób nierzetelny, na podstawie art. 193 § 6 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa [t.j. Dz. U. z 2017 r., poz. 201 z późn. zm., dalej "O.p."], w protokole z badania ksiąg stwierdzono, ż nie uznaje się ich za dowód w zakresie:

- zawyżenia w 2012 r. wysokości kosztu uzyskania przychodu poprzez uwzględnianie kosztów z faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj w wysokości wyższej od faktycznie poniesionych kosztów;

- zaniżenia w 2012 r. wysokości kosztu uzyskania przychodu poprzez nie uwzględnienie kosztów wypłaconych wynagrodzeń;

- zaniżenia w 2012 r. wysokości osiągniętego przychodu poprzez niewykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży jaj;

- zaniżenia w 2012 r. wysokości osiągniętego przychodu poprzez niewykazanie w księgach całości przychodów osiągniętych z tytułu sprzedaży towarów.

Na podstawie art. 23 § 2 pkt 2 O.p. odstąpiono jednak od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania uznając, że dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalały na określenie podstawy opodatkowania.

Postanowieniem z [...] maja 2017 r. nr .[...] odmówił przeprowadzenia wnioskowanych w piśmie Skarżącej z 26 kwietnia 2017 r. dowodów.

2. Biorąc pod uwagę dokonane ustalenia decyzją z [...] maja 2017 r. nr [...], działając na podstawie art. 202 ust. 1 pkt 1 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej [Dz.U. z 2016 r. poz. 720 ze zm.], określił Stronie zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 rok w wysokości 513 546,00 zł.

3. Pismem z 16 czerwca 2017 r. Skarżąca wniosła odwołanie od powyższej decyzji organu pierwszej instancji.

4. Po rozpatrzeniu odwołania i zapoznaniu się z materiałem dowodowym zebranym w sprawie, D.[...] zaskarżoną decyzją utrzymał w mocy decyzję N.[...].

W uzasadnieniu decyzji organ odwoławczy stwierdził, że Strona w złożonym zeznaniu podatkowym wykazała zobowiązanie podatkowe w wysokości innej, niż wysokość należnego zobowiązania podatkowego. Zatem w sprawie zaistniała przesłanka do określenia wysokości zobowiązania podatkowego w drodze decyzji.

Odnosząc się do ustaleń organu pierwszej instancji dokonanych w niniejszej sprawie w zakresie nieprawidłowego obliczenia przychodu poprzez jego zaniżenie o wartość zrealizowanej sprzedaży, która nie została udokumentowana wystawioną fakturą, DIAS stwierdził, że z przeprowadzonego postępowania w sposób bezsporny wynika, iż Spółka oprócz sprzedaży potwierdzonej wystawionymi na rzecz odbiorców fakturami VAT realizowała również sprzedaż, która nie została udokumentowana fakturami i jednocześnie nie została uwzględniona w prowadzonych przez Spółkę księgach, co w efekcie spowodowało zaniżenie przychodów wykazanych w złożonym zeznaniu podatkowym.

Zdaniem DIAS, w sprawie ustalono bezspornie, że zarówno sprzedaż jaj niepotwierdzona fakturą wystawioną na rzecz nabywcy, jak i sprzedaż na rzecz pozostałych dodatkowych towarów wiązała się z wydaniem towarów.

Spółka uzyskała z powyższych tytułów przychody podlegające opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób prawnych, które podlegają doliczeniu do przychodów wykazanych w zeznaniu podatkowym.

Zdaniem organu, z przeprowadzonego postępowania wynika, że osoby dostarczające towar Spółce dokonywały na rzecz Spółki zwrotu części uiszczonych na podstawie faktur należności, przez co nie można stwierdzić, że wydatki udokumentowane fakturami były faktycznie poniesionymi wydatkami o charakterze definitywnym. Wydatki jedynie tymczasowo poniesione, następnie zwrócone podatnikowi, nie stanowią wydatków poniesionych w celu uzyskania przychodu. Jak bowiem ustalono w prowadzonym postępowaniu Spółka dokonywała zakupu jaj od rolników. Zakupy dokumentowano fakturami VAT i VAT RR, które nie przedstawiały faktycznej wartości zakupionego towaru. Spółka dokonywała płatności za wystawione przez rolników towary, a następnie rolnicy dokonywali zwrotu Skarżącej części zapłaconej kwoty wynikającej z faktury. Zwracane przez rolników w gotówce kwoty nie były ujmowane w księgach rachunkowych Spółki, były natomiast ewidencjonowane za pomocą programu Subiekt w formie komputerowej, a także w zeszytach prowadzonych na nazwiska poszczególnych dostawców w formie papierowej.

Zdaniem DIAS, Strona niesłusznie zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów wartość netto wynikającą z nierzetelnych faktur wystawionych przez dostawców jajek. Wystawione faktury nie odzwierciedlają bowiem faktycznych wydatków na zakup towarów. Nie mogły zatem być podstawą do ustalenia wysokości kosztów uzyskania przychodów. W tym celu dokonano porównania wartości zakupów wynikających z faktur z wartością zakupów zaewidencjonowanych w programie Subiekt oraz w zeszytach i ustalono wysokość kosztów zakupu w odniesieniu do niektórych dostawców na podstawie zapisów z programu S.[...] i zeszytów prowadzonych na rzecz poszczególnych dostawców. W myśl art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p. kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1. Zatem za koszt uzyskania przychodów w przedmiotowej sprawie należy uznać faktycznie poniesione przez Spółkę wydatki na zakup jaj. a nie kwoty wykazane na nierzetelnych fakturach VAT RR oraz fakturach VAT. Kosztem uzyskania przychodów są również wypłacone pracownikom Spółki wynagrodzenia. Zdaniem DIAS należy uznać, że faktyczne wydatki związane z zakupem towaru od niektórych dostawców wynikają z programu Subiekt i prowadzonych zeszytów kontrahentów. Z doświadczenia życiowego wynika, iż nikt nie prowadzi odrębnej ewidencji, jeżeli jest to nieuzasadnione ekonomicznie. Prowadzenie ewidencji przy pomocy zeszytów angażowało bowiem dodatkowy czas pracowników, a co za tym idzie generowało ponoszenie przez Spółkę dodatkowego kosztu związanego z zatrudnieniem, który w przypadku braku celowość prowadzonych ewidencji byłby nieuzasadniony dla Spółki. Skoro zatem Spółka prowadziła ewidencję za pomocą programu komputerowego, to robiła to w celu ewidencjonowania rzeczywistego przebiegu transakcji, kontroli należności i rozliczeń pomiędzy Spółką a dostawcami.

W odniesieniu do zarzutów naruszenia art. 207 O.p., a także art. 210 § 1 pkt 4, 5 i 6 O.p., poprzez niepowołanie w decyzji podstawy prawnej, niezawarcie rozstrzygnięcia oraz uzasadnienia faktycznego i prawnego, DIAS stwierdził, że zarzut ten jest nieuzasadniony. Podstawą wydania decyzji wobec Spółki był przede wszystkim przepis art. 21 § 3 O.p., zgodnie z którym, jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna, niż wykazana w deklaracji, organ ten wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego w oparciu o obowiązujące przepisy prawa materialnego. W wydanej przez organ pierwszej instancji decyzji zawarto prawidłową podstawę prawną wymienioną w sentencji decyzji, a także przytoczono przepisy prawa, które miały w sprawie zastosowanie. DIAS zauważył, że z żadnego przepisu ustawy nie wynika, ile i jakie przepisy powinny być wymienione w decyzji. Dlatego też, w decyzji jako podstawa prawna wymieniane są przepisy, które mają w sprawie zasadnicze znaczenie dla podjętego rozstrzygnięcia. Trudno bowiem wymieniać wszystkie przepisy prawa materialnego mające w sprawie zastosowanie.

Na marginesie DIAS zauważył, że wymienione przez Stronę przepisy, których organ nie wymienił w podstawie prawnej dotyczą: obowiązku składania przez podatników zeznania podatkowego w ustawowym terminie [art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p.], którego wypełnienie przez podatnika nie było kwestionowane oraz zasad ustalania zaliczek płaconych w formie uproszczonej w przypadku określenia zobowiązania podatkowego w drodze decyzji określającej [art. 25 ust. 10 u.p.d.o.p.], który nie miał w sprawie zastosowania. Organ wyjaśnił, że niewymienienie w podstawie prawnej przepisów art. 7 ust. 1 i 2. art. 15 ust. 4, art. 18 i art. 19 ust. 1 u.p.d.o.p., tj. przepisów dotyczących podstawy opodatkowania, nie miało wpływu na treść rozstrzygnięcia – ww. przepisy mimo, że nie zostały wymienione w sentencji zaskarżonej decyzji zostały w sprawie prawidłowo zastosowane, ustalono bowiem podstawę opodatkowania jako różnicę pomiędzy uzyskanym przez Stronę przychodem a kosztami uzyskania przychodów. Ponieważ w sprawie wątpliwe były wielkości przychodów i kosztów wpływające na wysokość podstawy opodatkowania, w decyzji jako podstawę prawną wskazano te przepisy, które dotyczyły rozstrzyganych spornych kwestii.

Nie doszło, zdaniem DIAS, również do naruszenia w zaskarżonej decyzji przepisów art. 210 § 1 pkt 4 O.p. poprzez niepowołanie w decyzji przepisów o odsetkach. Decyzja rozstrzygała bowiem sprawę wysokości zobowiązania podatkowego za 2012 r., a nie o wysokości zaległości podatkowej. Porównanie określonego decyzją zobowiązania podatkowego z dokonanymi na poczet tego zobowiązania wpłatami świadczy o wysokości zaległości podatkowej, którą podatnik winien uiścić wraz z należnymi odsetkami naliczonymi zgodnie z przepisami O.p., przy czym zasadą jest, że odsetki za zwłokę nalicza podatnik [art. 53 § 3 O.p.]. Zatem brak rozstrzygnięcia w kwestii odsetek nie mógł być przyczyną uchylenia decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego.

Nie znajduje potwierdzenia w niniejszej sprawie również zarzut naruszenia art. 210 § 1 pkt 3 O.p. Trudno bowiem stwierdzić, aby decyzja organu pierwszej instancji była decyzją pozbawioną rozstrzygnięcia. Natomiast ocena tego rozstrzygnięcia została zamieszczona w decyzji organu odwoławczego. Decyzja organu pierwszej instancji zawiera również uzasadnienie faktyczne i prawne [art. 210 § 1 pkt 6 O.p.], którym zgodnie z art. 210 § 4 O.p. jest wskazanie faktów, które organ uznał za udowodnione, dowodów, którym dał wiarę oraz przyczyn, dla których innym dowodom odmówił wiarygodności, oraz wyjaśnienie podstawy prawnej decyzji z przytoczeniem przepisów prawa.

Odnosząc się do zarzutu naruszenia art. 15 § 1 i art. 16 O.p. w zw. z art. 24 ust. 2a ustawy o kontroli skarbowej oraz art. 4-6 ustawy o dochodach jednostek samorządu terytorialnego. art. 111 pkt 1 ustawy o finansach publicznych poprzez naruszenia właściwości rzeczowej przez organ pierwszej instancji, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. wyjaśnił, że na podstawie art. 24 ust. 1 pkt 1 ustawy o kontroli skarbowej [tj. Dz. U. z 2016 r. poz. 720] w przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w zakresie podatków, których określanie lub ustalanie należy do właściwości naczelników urzędów skarbowych, podatku akcyzowego oraz podatku od wydobycia kopalin organ kontroli skarbowej kończy postępowanie kontrolne decyzją w rozumieniu ustawy O.p. Okoliczność, iż jednostki samorządu terytorialnego są beneficjentami części wpływów z podatku dochodowego, nie wyposaża tych organów w uprawnienia do weryfikacji prawidłowości obliczenia przez podatnika zobowiązania podatkowego, która to kompetencja została przez ustawodawcę przypisana organom podatkowym oraz organom kontroli skarbowej [obecnie jednostkom KAS].

Odnosząc się do zarzutów dotyczących nieprawidłowości w sporządzonym protokole z badania ksiąg, który zdaniem Strony nie zawiera badania ksiąg, lecz analizę zebranych dowodów, a w protokole znajdują się elementy protokołu kontroli, tj. opis czynności dowodowych, brak jest natomiast opisu ksiąg Spółki, a także metod ich badania, DIAS zauważył, że przepisy podatkowe nie normują szczegółowo, jak powinien wyglądać protokół z badania ksiąg. Badanie ksiąg podatkowych stanowi czynność postępowania, która ma istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy.

Odrzucenie księgi jako dowodu wymaga bowiem obalenia domniemania ich zgodności z prawem. Ogólną definicję rzetelności podatkowej księgi zawiera art. 193 § 2 O.p. Zgodnie z nim księga jest rzetelna, jeśli dokonywane w niej zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty. W protokole z badania ksiąg z [...] kwietnia 2017 r organ kontroli skarbowej szczegółowo wyjaśnił, w jakim zakresie i dlaczego nie uznaje prowadzonych ksiąg za dowód. Powodem tym był przede wszystkim fakt, że dokumenty na podstawie których ustalono koszty zakupu towarów [jaj] nie odzwierciedlały faktycznie poniesionych na ten cel wydatków, a także w księgach prowadzonych przez Spółkę uwzględnione zostały wyłącznie przychody, które zostały potwierdzone wystawionymi fakturami, a Spółka realizowała również dostawy, na które faktur nie wystawiała. Zatem twierdzenie Strony, że nie wskazano w protokole ani w decyzji, jakiego zakresu dotyczy stwierdzona nierzetelność, jest nieuprawnione. Ponadto zamieszczenie w protokole szczegółowej treści zeznań świadków nie stanowi o tym, że organ kontroli nie dokonał badania ksiąg.

Organ odwoławczy zauważył, że księgi Spółki zostały zakwestionowane tylko w zakresie wskazanym w protokole, a więc w zakresie ustalania kosztów nabycia towarów od wskazanych dostawców, a także w zakresie ustalenia przychodu "ze sprzedaży jaj i przychodów ze sprzedaży wytłaczanek, tuszu do drukarek, rozpuszczalnika. Na podstawie całego zebranego w sprawie materiału dowodowego stwierdzono bowiem, iż dane wynikające z wystawionych przez Spółkę faktur VAT RR oraz faktur otrzymanych od niektórych dostawców jaj nie odzwierciedlały faktycznych wydatków na ich zakup, gdyż część kwot uiszczonych na podstawie faktur była Spółce zwracana. Ponieważ zapiski w zeszytach oraz zabezpieczonym w Spółce programie S. [...] umożliwiały obliczenie faktycznej kwoty wydatków poniesionych przez Spółkę na zakup jaj, a także faktyczną kwotę uzyskanych przychodów ze sprzedaży jaj, zapisy z programu Subiekt oraz z zabezpieczonych zeszytów wykorzystano w celu ustalenia rzeczywistej wartości przychodów i kosztów uzyskania przychodów.

Za nieuzasadniony DIAS również uznał zarzut, że koszty zakupu towarów były oszacowane. Koszty zakupu towarów ustalono na podstawie porównania zapisów dotyczących transakcji zakupu towarów zaewidencjonowanych w programie S. [...] i dokumentach PZ z wystawionymi przez Spółkę fakturami VAT RR i fakturami VAT. Na podstawie tej analizy stwierdzono, iż Spółka wykazywała w księgach rachunkowych koszty zakupu towarów na podstawie nierzetelnych faktur, a rzeczywiste koszty zakupu towarów wynikają z prowadzonego równolegle na potrzeby Spółki programu Subiekt, którego zapisy uznano za wiarygodny dowód w sprawie.

Odnosząc się do zarzutu, że organ kontroli nie dokonał oszacowania podstawy opodatkowania, mimo tego, że stwierdził nierzetelność ksiąg oraz istnienie powiązań gospodarczych i osobowych, DIAS zauważył, że na podstawie art 23 § 2 O.p. organ podatkowy może odstąpić od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, jeżeli dane wynikające z ksiąg podatkowych uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalają na określenie podstawy opodatkowania. Zatem nie każdy przypadek, w którym organ podatkowy zakwestionuje rzetelność ksiąg jest równoznaczny z obowiązkiem ustalenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania.

Organ podkreślił, że w sprawie odstąpiono od szacowania podstawy opodatkowania, gdyż dane wynikające z ksiąg uzupełnione dowodami zgromadzonymi w toku postępowania umożliwiały ustalenie podstawy opodatkowania. O powodach odstąpienia od szacowania organ podatkowy poinformował Stronę w zaskarżonej decyzji. Nie musiał natomiast uzasadniać przyczyn, dla których nie mogły znaleźć zastosowania metody szacunku określone w art. 23 § 3 O.p., skoro w ogóle odstąpiono od szacowania. Zatem zarzuty podniesione w tym zakresie są nieuzasadnione.

Odnosząc się do zarzutu naruszenia prawa materialnego, tj. art. 7 ust. 1 i 2, art. 15 ust. 1 i 4 oraz art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p. przez ich niezastosowanie [nieuwzględnienie nieudokumentowanych wydatków, części składek ZUS oraz błędne ustalenie kosztu sprzedanych towarów, a także nieuwzględnienie terminu powstania obowiązku podatkowego i prawa do odliczenia podatku VAT], organ odwoławczy zauważył, że zarzuty te są nieuzasadnione.

Koszty nabycia towarów od rolników ryczałtowych [D. L., A. S., J. i U. T., M. i A. J.] ustalono na podstawie zapisów z programu S. [...], natomiast kosztów nabycia towarów od innych kontrahentów nie kwestionowano. Koszty ustalono zatem poprzez porównanie zapisów dotyczących transakcji zaewidencjonowanych w księgach Spółki na podstawie faktur, z zapisami transakcji wynikającymi z programu S. [...] dokonywanych na podstawie wystawionych dokumentów PZ, które dotyczyły ww. rolników ryczałtowych. Należy zauważyć, iż księgi zostały zakwestionowane tylko w zakresie stwierdzonych nieprawidłowości opisanych szczegółowo zarówno w protokole, jak i w zaskarżonej decyzji, co oznacza, iż koszty nabycia towarów od w/w rolników ryczałtowych ustalone przez Spółkę na podstawie wystawionych i otrzymanych faktur, zastąpiono kosztami ustalonymi przez organ w toku postępowania na podstawie zapisów w programie S. [...]. Podobnie postąpiono w zakresie przychodów, które Spółka zrealizowała, a nie uwzględniła w prowadzonych księgach. W pozostałej części zapisów wynikających z ksiąg nie kwestionowano. Zatem do kosztów sprzedanych towarów zostały zaliczone koszty nabycia takiej samej ilości sprzedanych towarów, jak Spółka uwzględniła w księgach, mimo tego, że koszt ich zakupu ustalono w innej kwocie. Odnosząc się do zarzutu błędnego ustalenia kosztu sprzedanych towarów w związku z nieuwzględnieniem okoliczności wynikających ze sporządzonych spisów z natury na 31 grudnia 2012 r. oraz na 31 grudnia 2011 r., DIAS zauważył, iż organ pierwszej instancji nie kwestionował dokonanej przez Stronę korekty kosztów o zmianę stanu zapasów na początek i koniec roku, tj. o różnicę wynikającą ze spisów z natury na początek i koniec roku. Koszty ustalone przez Stronę z uwzględnienie stanów magazynowych wynikających ze spisów z natury zostały pomniejszone o nieuznane za koszty wydatki udokumentowane wystawionymi przez spółkę fakturami, których spółka nie poniosła z uwagi na zwrot rolnikom wcześniej uiszczonych kwot. Ponadto należy zauważyć iż z przedstawionego przez Pełnomocnika wydruku obrotów na koncie "300 Rozliczenie zakupu towarów" wykazano saldo Wn [debetowe] – odzwierciedlające dostawy w drodze, czyli wartość towarów, których nabycie zostało już udokumentowane fakturami, ale składniki aktywów nie zostały jeszcze jednostce dostarczone. Saldo wykazywane na tym koncie nie może świadczy natomiast w żadnym stopniu o ilości towarów, które zostały Spółce dostarczone, a których sprzedaż jeszcze nie nastąpiła. Wartość spisu z natury towarów powinna zgadzać się z saldem konta "Towary". Z powyższego wynika, że przedstawiona argumentacja Strony, w tym przedstawiony spis z natury sporządzony na dzień 31 grudnia 2012 r. którego wartość jest zbieżna z saldem konta "Rozliczenie zakupu", nie może świadczyć o tym, że koszt sprzedanych towarów ustalono błędnie. Ponadto DIAS zauważył, że z załączonego do protokołu badania ksiąg porównania wartości zakupu wynikającego z wystawionych faktur z wartością zakupu ustalonego na podstawie programu Subiekt można stwierdzić, że dane z programu Subiekt i dowodów PZ w większości przypadków nie odnoszą się do poszczególnych faktur zakupu, zatem nie możliwe jest ustalenie, do których faktur VAT odnoszą się poszczególne zapisy. Nie możliwe jest stwierdzenie, że koszty wynikające ze wskazanych przez Stronę faktur, dotyczą towarów nie sprzedanych przez Spółkę, które zostały ujęte w spisie z natury i że w związku z tym koszt własny sprzedanych towarów ustalono błędnie. Ponadto DIAS zauważył, że w spisie z natury mogły wystąpić towary z faktur późniejszych lub z faktur od innych kontrahentów. Jednak z uwagi na to, że rozliczenia spisu z natury nie kwestionowano, ustalenia te nie mają znaczenia dla sprawy.

Odnosząc się do zarzutu nieuwzględnienia kosztów uzyskania przychodów w części dotyczącej pochodnych wynagrodzeń w postaci opłaconych składek na ubezpieczenie emerytalne, rentowe i chorobowe, DIAS zauważył, że Spółka nie zapłaciła w terminie składek na ubezpieczenie społeczne od części wynagrodzeń sfinansowanych ze zwrotów dokonanych przez dostawców. Składki zapłacone po terminie nie mogą stanowić kosztów uzyskania przychodu, zatem nie wpływają na wysokość podatku. Z powyższych powodów zarzut nieprawidłowego ustalenia zobowiązania podatkowego w związku z popełnieniem błędów merytorycznych i rachunkowych jest nieuzasadniony.

W odniesieniu do nieprawidłowości w części dotyczącej podatku VAT, organ odwoławczy zauważył, iż zarówno ustalona przez organ pierwszej instancji wysokość kosztów, jak i przychodów, nie zawierają podatku VAT. Nie doszło zatem do nieprawidłowości w tym zakresie w ustaleniu podstawy opodatkowania.

Uzasadnienia nie znajduje również zarzut dotyczący niemożliwości przyporządkowania do poszczególnych faktur VAT zapisów z programu S. [...]. Skoro ustalono, że wystawione przez Spółkę faktury VAT RR były nierzetelne, a prawdziwe koszty zakupu dokumentowano w programie S. [...] i w zeszytach, to brak jest podstaw do przyporządkowywania, a także porównywania poszczególnych zapisów dotyczących kosztów wynikających z faktur do kosztów wynikających z programu S. [...]. Analiza zapisów z programu S. [...] świadczy o tym iż zapisy dokonywane były systematycznie, na bieżąco, na podstawie dokumentów magazynowych, w związku z czym trudno zgodzić się z twierdzeniem, że w zapisach tych są luki uniemożliwiające ustalenie na ich podstawie faktycznych kosztów zakupu.

Odnosząc się natomiast do kwestii nieuwzględnienia nieudokumentowanych wydatków na promocję i reklamę, którą Strona podnosi w odwołaniu stwierdzając, że część zwracanych Spółce przez rolników kwot, mimo że była przeznaczana na promocję, nie została uwzględniona jako koszt uzyskania przychodu, DIAS stwierdził, że do uznania wydatku za koszt uzyskania przychodu konieczne jest m.in. prawidłowe udokumentowanie wydatku. Zatem samo twierdzenie podatnika o wydatkowaniu środków na promocję nie uprawnia podatnika do zaliczenia w ciężar kosztów ewentualnie poniesionych wydatków, konieczne jest bowiem prawidłowe ich udokumentowanie. Tym czasem Strona na żadnym etapie postępowania nie przedstawiła dowodów poniesienia tych wydatków. DIAS uznał, że podnoszona kwestia jest próbą dopasowania się Strony do ustaleń organu podatkowego.

Nie doszło również, zdaniem DIAS, do naruszenia art. 120 O.p. poprzez niezastosowanie przez organ przepisów prawa materialnego, tj. art. 11 ust. 1, 2, 3, 4, 5, 6 u.p.d.o.p. nakazującego oszacowanie dochodu spółki, jeżeli w wyniku powiązań rodzinnych zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą niezależne podmioty, i w wyniku tego podatnik nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych. jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiazania nie istniały.

Wprawdzie zaistniały powiązania o charakterze rodzinnym pomiędzy podmiotami dokonującymi pomiędzy sobą transakcji, ale z przeprowadzonego postępowania wynika, że takie same sposoby dokumentowania zakupu jaj, a także finasowania zakupu stosowano wobec wszystkich dostawców będących rolnikami ryczałtowymi.

Za nieuzasadniony DIAS także uznał zarzut naruszenia art. 188 w związku z art. 180 § 1 i art. 181 i art. 187 § 1 i 2 O.p. poprzez niepodjęcie wszelkich niezbędnych działań mających na celu zgromadzenie kompletnego materiału dowodowego. DIAS zauważył, że na podstawie art. 187 O.p. organ podatkowy jest obowiązany zebrać i w sposób wyczerpujący rozpatrzyć cały materiał dowodowy. W toku prowadzonego postępowania organ pierwszej instancji podjął wszelkie niezbędne działania zmierzające do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy, realizując tym samym dyspozycję art. 122 O.p., w tym zebrał i wyczerpująco rozpatrzył materiał dowodowy [art. 187 § 1 ww. ustawy]. Podjęcie przez organ odmiennego, niż życzyłaby sobie Strona rozstrzygnięcia, nie powoduje automatycznego naruszenia zasady praworządności, czy zaufania do organów podatkowych wyrażonej w art. 121 O.p. Organ podatkowy wyjaśnił Stronie zasadność przesłanek, jakimi kierował się przy załatwianiu sprawy, oceniając stan faktyczny sprawy na podstawie całokształtu zebranego materiału dowodowego, realizując dyspozycję art. 124 i 191 O.p. Tym samym zarzuty dotyczące nieprawidłowości w zakresie prowadzonego postępowania dowodowego, nie znajdują uzasadnienia.

W odniesieniu do ustalenia stanu faktycznego w sposób odmienny niż w zakresie podatku VAT DIAS stwierdził, że rozstrzygnięcie w zakresie podatku VAT, nie ma wpływu na podjęte rozstrzygnięcie w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych.

Odnosząc się do zarzutu przewlekłości postępowania, organ odwoławczy zauważył, że czas trwania postępowania nie miał wpływu na podjęte rozstrzygnięcie.

Analizując zgłoszone przez pełnomocnika w postępowaniu odwoławczym wnioski dowodowe, organ odwoławczy stwierdził, że okoliczności z nich wynikające były badane w przeprowadzonym postępowaniu, organy podatkowe dokonały ich oceny, która znalazła się w treści rozstrzygnięcia. Zatem ponowne przeprowadzanie tych samych dowodów jest nieuzasadnione, nie ma bowiem znaczenia dla sprawy.

Odnosząc się natomiast do wniosku o włączenie do akt sprawy protokołu z 13 maja 2015 r. z badania ksiąg w zakresie podatku VAT za 2008 r., który zdaniem Strony potwierdza, że dokonano błędnej interpretacji zapisów w programie Subiekt poprzez przyjęcie, że w przypadku braku zapisów Spółka nie nabywała jaj, DIAS zauważył, że protokół z badania ksiąg w zakresie podatku VAT nie może być dowodem w sprawie podatku dochodowego od osób prawnych.

Odnosząc się do wniosku o powołanie biegłego w zakresie rachunkowości w celu prawidłowego ustalenia kosztu własnego sprzedanych towarów za 2012 r., DIAS zauważył, że na podstawie art. 197 § 1 O.p. w przypadku, gdy w sprawie są wymagane wiadomości specjalne, organ podatkowy może powołać na biegłego osobę dysponującą takimi wiadomościami w celu wydania opinii. Przesłanką powołania biegłego jest potrzeba zasięgnięcia wiadomości specjalnych, czyli pozostających poza wiedzą i doświadczeniem pracowników organów podatkowych. W ocenie organu odwoławczego w rozpoznawanej sprawie nie zaszła konieczność powołania biegłego z zakresu rachunkowości, okoliczności wynikające z badanych ksiąg zostały bowiem ocenione przez pracowników organów podatkowych.

6. Pismem z dnia 24 października 2017 r., Skarżąca – reprezentowana przez pełnomocnika, zaskarżyła decyzję do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, zarzucając naruszenie:

1) art. 207 § 1 i 2 w związku z art. 210 § 1 pkt 1, 2, 3 O.p. poprzez doręczenie pełnomocnikowi Strony za pośrednictwem platformy ePUAP pisma z Izby Administracji Skarbowej w W. zatytułowanego "decyzja", bez oznaczenia organu podatkowego, daty wydania, oznaczenia Strony, które wskutek tego obarczone jest kwalifikowaną wadą prawną, uzasadniającą konieczność wyeliminowania wadliwego dokumentu z obrotu prawnego,

2) art. 233 § 1 pkt 2 lit. a] O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji zamiast uchylenia w całości lub w części rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji nie zawierającego jednego z istotnych elementów rozstrzygnięcia w zakresie odsetek za zwłokę, tj. art. 24 ust. 5 i 6 ustawy o kontroli skarbowej, zgodnie z którym odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, pomimo, że z uzasadnienia decyzji organu II instancji wynika, iż dokonano rozstrzygnięcia w tym zakresie,

3) art. 233 § 1 pkt 1 O.p. poprzez utrzymanie w mocy rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji nie spełniającego wymogów określonych art. 210 § 1 pkt 6 O.p. poprzez błędne określenie zobowiązania podatkowego, będące skutkiem popełnienia szeregu błędów rachunkowych i merytorycznych w ustaleniu podstawy opodatkowania, skutkujących nieprawidłowym ustaleniem kosztów uzyskania przychodów ze sprzedaży towarów bez uwzględnienia zasad określonych w art. 11, art. 15 ust. 1 i 4 oraz art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p.,

4) art. 210 § 4 O.p. poprzez nieuzasadnienie przez organ odwoławczy w rozstrzygnięciu przyczyn odrzucenia wszystkich wniosków dowodowych złożonych przez Skarżącą oraz brak właściwej oceny zarzutów dotyczących m.in. konieczności uwzględnienia spisu z natury na dzień 31 grudnia 2012 r. oraz nieuznania za koszt 2012 r. składek ponoszonych przez podatnika [pracownika, ubezpieczonego], które są elementem wynagrodzenia brutto, oraz powołanie się na niewłaściwy przepis art. 15 ust. 4h u.p.d.o.p. dotyczących składek ponoszonych przez płatnika,

5) art. 121 § 1 O.p. w związku z art. 2a O.p. poprzez nieprowadzenie postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, niewyjaśnienie w sposób należyty i niezbędny do prawidłowego rozstrzygnięcia wszystkich okoliczności faktycznych, w tym pomijanie okoliczności korzystnych dla Skarżącej, a w rezultacie wydanie rozstrzygnięcia na niekorzyść Strony, pomimo istnienia istotnych błędów merytorycznych przy ustaleniu podstawy opodatkowania polegających na nieprawidłowym ustaleniu kosztów sprzedanych towarów, nieuwzględnieniu w kosztach 2012 r. wszystkich pochodnych wynagrodzeń w części przypadającej na podatnika [pracownika] oraz powiązań rodzinnych zarządu Spółki z niektórymi dostawcami,

6) art. 188 w związku z art. 180 § 1, art. 181 i art. 187 § 1 i 2 O.p. poprzez niepodjęcie wszelkich niezbędnych działań, mających na celu zgromadzenie kompletnego materiału dowodowego oraz bezzasadne nieuwzględnienie wniosków dowodowych Skarżącej, w tym w szczególności wniosku o przeprowadzenie dowodu z dokumentów księgowych pominiętych przez organ pierwszej instancji [spisu z natury i zapisów na kontach księgowych], dowodów w celu oszacowania podstawy opodatkowania, protokołu z kontroli ZUS oraz powołania biegłego z zakresu rachunkowości,

7) art. 2a O.p. poprzez uznanie na niekorzyść Spółki luk w zapisach w kopii programu S. [...] i stwierdzenie, że nie doszło do zakupu jaj, mimo ich dalszej sprzedaży, w sytuacji gdy odczyt programu Subiekt nie zawiera kompletnych danych o przychodach i kosztach Spółki,

8) art. 233 § 1 pkt 1 O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji z naruszeniem przepisów o właściwości organów kontroli skarbowej, tj. art. 15 § 1 i art. 16 O.p. w związku z art. 24 ust. 2a ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej, art. 4-6 ustawy z 13 listopada 2003 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego [t.j. Dz. U. z 2016 r., poz. 198 ze zm.] oraz art. 111 pkt 1 ustawy z dnia 27.09.2009 r. o finansach publicznych [t.j. Dz. U. z 2016 r. poz. 1870 ze zm.] poprzez naruszenie właściwości rzeczowej przez organ pierwszej instancji w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych, przez co nastąpiło wydanie rozstrzygnięcia przez nieuprawniony organ,

9) art. 193 § 4 O.p. poprzez stwierdzenie nierzetelności ksiąg Spółki w oparciu o protokół z badania ksiąg, w którym nie zawarto elementów badania ksiąg rachunkowych,

10) art. 23 § 1 pkt 2 O.p. przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania, mimo stwierdzenia nierzetelności ksiąg, istnienia powiązań gospodarczych i osobowych, nieposiadania wszystkich danych do określenia podstawy opodatkowania, m.in. dotyczących nieudokumentowanych wydatków oraz kosztu sprzedanych towarów, a także nie uwzględnienie terminu obowiązku podatkowego i prawa do odliczenia podatku VAT,

11) art. 233 § 1 pkt 1 O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji, w której nie powołano podstawy prawnej odnoszącej się do powstania zobowiązania podatkowego i jego zadeklarowania w zeznaniu, tj. art. 7 ust. 1 i 2, art. 15 ust. 4, art. 18, art. 19 ust. 1, art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p., oraz w zakresie odsetek za zwłokę, tj. art. 24 ust. 5 i 6 ustawy o kontroli skarbowej, uniemożliwiając merytoryczne ustosunkowanie się Strony do zastosowanej w rozstrzygnięciu Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego podstawy prawnej,

12) art. 233 § 1 pkt 1 oraz art. 120 O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji mimo niezastosowania się przez organ do przepisów prawa materialnego, tj. art. 11 ust. 1, 2, 3, 4, 5, 6 u.p.d.o.p., nakazujących oszacowanie dochodu Spółki, jeżeli w wyniku powiązań rodzinnych zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą niezależne podmioty, i w wyniku tego podatnik nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały, a także poprzez niezastosowanie art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p., regulującego zaliczanie do kosztów uzyskania przychodu danego roku podatkowego odpowiadających im kosztów nabycia sprzedanych towarów oraz wynagrodzeń brutto łącznic ze wszystkimi pochodnymi,

13) art. 122 w związku z art. 191 O.p. poprzez nieprawidłowe, pobieżne, wyrywkowe ustalenie stanu faktycznego, niewyjaśnienie i nieuwzględnienie wielu istotnych dla sprawy okoliczności faktycznych, nieprzeprowadzenie istotnych dla sprawy dowodów, głównie w zakresie spisu z natury na dzień 31 grudnia 2012 r., protokołu z kontroli ZUS Oddział w P., a także dowodów o powiązaniach rodzinnych zarządu Spółki z kontrahentami,

14) art. 2 w zw. z art. 42 ust. 3 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej w zw. z art. 16 i art. 48 ust. 1 i 2 Karty Praw Podstawowych Unii Europejskiej poprzez naruszenie zasady demokratycznego państwa prawnego i wynikającego z tej zasady nakazu ochrony zaufania obywateli do państwa i stanowionego przezeń prawa, przejawiające się w pozbawieniu Skarżącej możliwości skorzystania z domniemania niewinności oraz pozbawienie Skarżącej prawa do obrony poprzez oparcie rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie na niepełnym materiale dowodowym, dopuszczenie się rażących błędów proceduralnych i w rezultacie osądzenie Skarżącej i wydanie rozstrzygnięcia na długo przed fizycznym wydaniem skarżonej decyzji.

Ponadto z ostrożności procesowej zaskarżonej decyzji Strona zarzuca naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.:

1) art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. stanowiącego, że przedmiotem opodatkowania podatkiem dochodowym jest dochód, który jest nadwyżką sumy przychodów nad kosztami ich uzyskania, przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania,

2) art. 11 ust. 1, 2, 3, 4, 5, 6 u.p.d.o.p. nakazującego oszacowanie dochodu Spółki, gdyż w wyniku powiązań rodzinnych Strony z dostawcami zostały ustalone i narzucone warunki dostaw różniące się od warunków, jakie Spółka stosowała z podmiotami niezależnymi, w wyniku czego Spółka zadeklarowała dochody nieznacznie różniące się od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nic istniały,

3) art. 15 ust. 1 i 4 u.p.d.o.p. stanowiącego, że kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1, oraz koszty te są potrącalne w tym roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody, poprzez nieuwzględnienie nieudokumentowanych wydatków dotyczących pochodnych wynagrodzeń oraz kosztu sprzedanych towarów,

4) art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p. przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania i pominięcie istotnych danych do jej określenia, tj. nieuwzględnienie terminu powstania obowiązku podatkowego i prawa do odliczenia podatku VAT,

5) art. 27 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania i pominiecie istotnych danych do jej określenia, tj. nieuwzględnienie terminu powstania obowiązku podatkowego i prawa do odliczenia podatku VAT,

6) art. 24 ust. 5 i 6 ustawy o kontroli skarbowej poprzez jego niezastosowanie pomimo prowadzenia postępowania kontrolnego przez okres ponad 3 lat z powodu przerw związanych z jednoczesnym wykonywaniem czynności kontrolnych w kilkunastu postępowaniach prowadzonych przez ten sam zespół kontrolny,

7) przepisów ustawy o rachunkowości, a w szczególności art. 6 ustawy o rachunkowości, poprzez niezastosowanie ich przy określaniu podstawy opodatkowania w zakresie kosztu własnego sprzedanych towarów oraz pochodnych wypłaconych wynagrodzeń, oraz przyjętej polityki rachunkowości.

7. W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. wniósł o oddalenie skargi.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył co następuje:

1. Skarga jest niezasadna.

2. Sąd nie uznał za zasadny zarzutu najdalej idącego, zmierzającego do przekonania, że zaskarżona decyzja nie stanowi decyzji, a to wobec nadania jej w nieprawidłowym formacie elektronicznym i za pomocą niewłaściwego kanału komunikacji, tj. platformy ePUAP, w związku z czym nie zawierała ona podstawowych elementów takich jak data jej wydania, numer, oznaczenie organu podatkowego, oznaczenia strony.

Lektura akt postępowania [akta post. pod., tom XII, k. 2019-2044] wskazuje, że decyzję wygenerowano elektronicznie – na decyzji, przy podpisie elektronicznym widnieje charakterystyka dokumentu: "z up. Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. A.S. Radca Skarbowy [pismo zostało wydane w formie dokumentu elektronicznego przy użyciu systemu teleinformatycznego Ministra Rozwoju i Finansów i podpisane kwalifikowanym podpisem elektronicznym"]. Natomiast z urzędowego potwierdzenia doręczenia [UPD] wytworzonego w systemie eKancelaria zintegrowanym z ePUAP wynika [tom XII, k. 2045], że podmiot oznaczony jako Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W., wyposażony w odpowiedni identyfikator w ePUAP, za pomocą platformy ePUAP wyekspediował decyzję w formacie elektronicznym xades o nr tym samym, jaki widnieje na wydruku decyzji i który podano w skardze [[...]] do Skarżącej, na adres jej pełnomocnika w osobie pani D. K. [także wyposażonej w identyfikator ePUAP].

Wydruk wytworzonej w opisanym formacie elektronicznym decyzji został też zamieszczony w aktach.

Sąd zauważa przy tym, że Skarżąca, reprezentowana przez zawodowego pełnomocnika, tego samego który odebrał decyzję przesłaną w formacie elektronicznym złożyła na powyższą decyzję skargę, prawidłowo odczytując zarówno datę jej wydania, numer, oznaczenie organu podatkowego, który wydał decyzję a także stronę, której ona dotyczy, wskazując zarazem datę odbioru tej decyzji [25 września 2017 r.] tj. tę samą, która widnieje na urzędowym poświadczeniu odbioru.

W konsekwencji Sąd uznał, że Skarżąca zasadności zarzutu naruszenia art. 207 w zw. z art. 210 § 1 pkt 1, 2 i 3 O.p. nie wykazała.

3. Nie zasługiwał także na uwzględnienie zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 2 lit. a O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji umotywowany tym, że decyzja nie zawiera jednego z istotnych elementów rozstrzygnięcia w zakresie odsetek za zwłokę, tj. art. 24 ust. 5 i 6 ustawy o kontroli skarbowej, zgodnie z którym odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od wszczęcia postępowania kontrolnego do doręczenia decyzji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 6 miesięcy od wszczęcia postępowania.

Sąd zwraca uwagę, że postępowanie wszczęto w zakresie "rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 rok." [postanowienie o wszczęciu postępowania kontrolnego z [...] kwietnia 2014 r., akta post. pod., tom I, k. 1]. Konsekwentnie, wydana przez organ pierwszej instancji decyzja z [...] maja 2017 r., nr [...] [akta post. pod., tom XII, 1922-1960] ma za swój przedmiot określenie wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 r.

Zgodnie z art. 24 ust. 5 ustawy o kontroli skarbowej, jeżeli decyzja kończąca postępowanie kontrolne nie została doręczona kontrolowanemu w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, nie nalicza się odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji. Jeżeli więc organ podatkowy przekroczy 6-miesięczny termin prowadzenia postępowania, ostatnim dniem, za który powinny być naliczane odsetki jest dzień doręczenia podatnikowi postanowienia o wszczęciu postępowania.

W myśl natomiast art. 24 ust. 6 ustawy o kontroli skarbowej, przepisu ust. 5 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu podatkowego.

Z powyższych przepisów wynika więc, że zasadą jest, że nie nalicza się odsetek za zwłokę po upływie 6 miesięcy trwania postępowania kontrolnego [od wszczęcia postępowania do doręczenia wydanej w tym postępowaniu decyzji], chyba że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu podatkowego. Wskazany w art. 24 ust. 5 ustawy o kontroli skarbowej – jako zasada – okres 6 miesięcy trwania postępowania, kończy się doręczeniem decyzji. Powyższe oznacza, że organ kontroli skarbowej w ramach prowadzonego postępowania nie ma możliwości pewnego stwierdzenia, w jakim dniu będzie doręczona kontrolowanemu decyzja, niezależnie od czasu trwania postępowania kontrolnego.

Brak w decyzji wyliczenia w zakresie odsetek, uwzględniającego przywołane regulacje, w tym wskazującego, czy i w jakim okresie organ pierwszej instancji uznał, że mimo przekroczenia sześciomiesięcznego czasu trwania postępowania kontrolnego odsetki się nalicza z uwagi na to, że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu podatkowego nie stanowi podstawy do jej uchylenia.

Decyzja organu pierwszej instancji wydana bowiem została na podstawie art. 24 ust. 1 pkt 1 lit a ustawy o kontroli skarbowej w związku z art. 202 ust. 1 pkt 1 ustawy z 16 listopada 2016 r. Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej oraz art. 21 § 1 pkt 1, § 3 O.p. Przepis art. 21 § 1 pkt 1 O.p., stanowi, że zobowiązanie podatkowe powstaje z dniem zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania. W myśl art. 21 § 3 O.p., jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo, że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, albo powstałego zobowiązania nie wykazano, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego. Wydawana decyzja ma zatem charakter decyzji określającej zobowiązanie podatkowe a nie zaległość podatkową. Konsekwencją wydania decyzji określającej zobowiązanie podatkowe jest naliczenie odsetek od niewpłaconego w terminie podatku, co należy do podatnika. Kwestia odsetek nie stanowi więc przedmiotu decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.

4. Nie jest również zasadny zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 O.p. poprzez utrzymanie w mocy rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji nie spełniającego wymogów określonych art. 210 § 1 pkt 6 O.p. poprzez – zdaniem Skarżącej – błędne określenie zobowiązania podatkowego, będące skutkiem popełnienia szeregu błędów rachunkowych i merytorycznych w ustaleniu podstawy opodatkowania, skutkujących nieprawidłowym ustaleniem kosztów uzyskania przychodów ze sprzedaży towarów bez uwzględnienia zasad określonych w art. 11, art. 15 ust. 1 i 4 oraz art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p.

Skarżąca w skardze nie uzasadniła stawianego zarzutu dotyczącego ustalenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania z uwzględnieniem powiązań między kontrahentami [zarzut naruszenia art. 11 u.p.d.o.p.]. Art. 11 ust. 1 u.p.d.o.p. przewiduje, że jeżeli w wyniku powiązań, w tym powiązań rodzinnych między podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych a jego kontrahentami zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą niezależne podmioty, i w wyniku tego podatnik nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały – dochody danego podatnika oraz należny podatek określa się bez uwzględnienia warunków wynikających z tych powiązań. Lektura akt postępowania wskazuje, że w rozpoznawanej sprawie istniały między członkami zarządu Skarżącej a jej niektórymi kontrahentami powiązania rodzinne. Organy, stosując między innymi dyspozycję art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p., ustaliły koszty uzyskania przychodów w prawidłowej wysokości, uwzględniając ewidencje stosowane przez Skarżącą, w tym zapisy w programie finansowo – księgowym S. [...] a także dokumentach magazynowych PZ.

W konsekwencji, prawidłowe jest stanowisko, że istniejące powiazania rodzinne nie stanowiły czynnika determinującego ukształtowanie w sposób odmienny warunków we wzajemnych relacjach gospodarczych [przyjmowania we wzajemnych relacjach cen niższych lub wyższych, jednostronnie korzystniejszych], bowiem to nie nierynkowe kształtowanie wzajemnych operacji stanowiło przyczynę zawyżenia kosztów uzyskania przychodów, ale zwracanie przez dostawców części zapłaconych im kwot na rzecz Skarżącej.

Nie zachodziły zatem podstawy do stosowania dyspozycji art. 11 u.p.d.o.p.

Skarżąca wyraża też zapatrywanie, zgodnie z którym organ winien był zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów Skarżącej składki na ubezpieczenia społeczne podatnika [ubezpieczonego]. W powyższym zakresie, organ pierwszej instancji – co zostało podtrzymane w decyzji organu odwoławczego – uznał, że Skarżąca zaniżyła koszty uzyskania przychodów o 1 392 004,19 zł z tytułu niezaliczonych do tych kosztów wydatków na "nieoficjalne" wynagrodzenia dla pracowników i współpracowników w wysokości 1 143 333,19 zł a także z tytułu zaliczek na podatek dochodowy od tych wypłat, wynikających ze skorygowanej deklaracji PIT-4R za 2012 r. i wpłaconej w dniu 8 października 2013 r. kwoty z tego tytułu w wysokości 248 671,00 zł.

Powyższego rozstrzygnięcia organ dokonał z zastosowaniem art. 15 ust. 4g u.p.d.o.p., zaliczając wskazane wydatki do kosztów uzyskania przychodów [decyzja organu pierwszej instancji – jej str. 4, akta post. tom XII, k. 1923v].

Zarówno kwoty wypłat dokonanych w 2012 r. na rzecz pracowników jak i wpłaconych rok później, tj. 8 października 2013 r. odpowiadających im zaliczek na podatek dochodowy nie zostały przez Skarżącą zaliczone do kosztów uzyskania przychodów. Nieujęte w ewidencji a wypłacone wynagrodzenia ["nieoficjalne wynagrodzenia"] zostały poniesione w 2012 r. i pozostają w związku z przychodami Skarżącej, o którym stanowi art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p. Organy uznały, że tego rodzaju wypłaty [a także zapłacone w 2013 r. zaliczki na podatek dochodowy] stanowią koszt uzyskania przychodów z mocy art. 15 ust. 4g u.p.d.o.p. Przepis ten stanowi, że należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 i 6 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych [Dz.U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 z późn. zm.], oraz zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego wypłacane przez zakład pracy stanowią koszty uzyskania przychodów w miesiącu, za który są należne, pod warunkiem że zostały wypłacone lub postawione do dyspozycji w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony. W przypadku uchybienia temu terminowi do należności tych stosuje się art. 16 ust. 1 pkt 57.

Natomiast dotyczący składek na ubezpieczenia społeczne przepis art. 15 ust. 4h u.p.d.o.p. stanowi, że składki z tytułu należności, o których mowa w ust. 4g, określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w części finansowanej przez płatnika składek, składki na Fundusz Pracy oraz Fundusz Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych, z zastrzeżeniem art. 16 ust. 1 pkt 40, stanowią koszty uzyskania przychodów w miesiącu, za który należności te są należne, pod warunkiem że składki zostaną opłacone:

1) z tytułu należności wypłacanych lub postawionych do dyspozycji w miesiącu, za który są należne – w terminie wynikającym z odrębnych przepisów;

2) z tytułu należności wypłacanych lub postawionych do dyspozycji w miesiącu następnym, w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony – nie później niż do 15 dnia tego miesiąca.

W przypadku uchybienia tym terminom do składek tych stosuje się art. 16 ust. 1 pkt 57a i ust. 7d u.p.d.o.p.

Organ pierwszej instancji a za nim organ odwoławczy na podstawie tego przepisu uznały, że elementem wynagrodzenia, o którym stanowi powołany przepis są zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych, które pracodawca potrąca i odprowadza na rachunek właściwego urzędu, a skoro Skarżąca wypłaciła wynagrodzenia, których nie ujęła w księgach rachunkowych a zaliczki na podatek zostały pobrane i wpłacone wraz z korektą deklaracji PIT-4R w dniu 8 października 2013 r. [argumentacja ze str. 4 decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno – Skarbowego w O., tom XII, k. 1923v] to także one stanowią koszt uzyskania przychodów.

Biorąc pod uwagę powyższą argumentację organów dostrzeżenia wymaga, że przepis dotyczy należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 i 6 ustawy o podatku dochodowym od osób [ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy; z członkostwa w rolniczej spółdzielni produkcyjnej lub innej spółdzielni zajmującej się produkcją rolną], oraz zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego wypłacanych przez zakład pracy i zawiera wyłączenie możliwości zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodów, jeśli należność nie została zapłacona w terminie, tj. została wypłacona lub postawiona do dyspozycji w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony ["w przypadku uchybienia temu terminowi do należności tych stosuje się art. 16 ust. 1 pkt 57"], zaś zaliczki na podatek od wynagrodzeń wypłaconych w 2012 r. zostały wpłacone w 2013 r.

Jeśli chodzi o składki na ubezpieczenia społeczne – koszty wynagrodzeń ubezpieczonego [pracownika], w tym składek na fundusz emerytalny, rentowy i chorobowy, naliczonych przez organ Zakładu Ubezpieczeń Społecznych w 2016 r., to w tym wypadku dostrzeżenia wymaga, że nie zostały one doliczone przez organy do kosztów uzyskania przychodów. Skarżąca domagając się zaliczenia wydatków w kwocie "ok. 250 tys. zł" z tego tytułu do kosztów uzyskania przychodów, pomija, że nie zostały one poniesione w związku z dokonywanymi w 2012 r. wypłatami na rzecz pracowników i współpracowników, lecz dopiero w 2016 r.

Skarżąca natomiast składek na ubezpieczenia społeczne od dokonanych wypłat wynagrodzeń nie poniosła w 2012 r., a wręcz wydatków na ponoszone, lecz nieujmowane w ewidencji wynagrodzenia wcale nie eksponowała i nie traktowała jako koszty uzyskania przychodów. Argumentacja zawarta w skardze, zgodnie z którą "zgodnie z u.pp.d.o.p., kosztem uzyskania przychodów danego roku jest ubruttowione wynagrodzenie" pomija brzmienie art. 15 ust. 4 g u.p.d.o.p. pozwalającego na zaliczenie wydatków na ubezpieczenia społeczne ale pod warunkiem, że zostały wypłacone lub postawione do dyspozycji w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony – w przypadku uchybienia temu terminowi do należności tych stosuje się art. 16 ust. 1 pkt 57 u.p.d.o.p. Skarżąca natomiast wypłacała w kwocie netto "nieoficjalne wynagrodzenia", nie płacąc w dacie ich ponoszenia na rzecz pracowników i współpracowników ani podatku dochodowego [zaliczek na ten podatek] ani składek na ubezpieczenia społeczne.

Poniesione w 2016 r. po przeprowadzonej przez Zakład Ubezpieczeń Społecznych w P. kontroli wydatki na ubezpieczenia społeczne od dokonanych wypłat wynagrodzeń nie stanowią więc – w myśl art. 15 ust. 4g i 4h u.p.d.o.p. a także art. 16 ust. 1 pkt 57 oraz 16 ust. 1 pkt 57a u.p.d.o.o.p.– kosztów uzyskania przychodów Skarżącej w roku 2012.

5. Skarżąca podniosła również zarzuty naruszenia przepisów postępowania dotyczących prowadzenia postępowania dowodowego, w tym art. 121 § 1 w zw. z art. 2a O.p., art. 188 O.p. w zw. z art. 180 § 1,art. 181 i art. 187 § 1 i 2 O.p. przez prowadzenie postępowania w sposób niebudzący zaufania do organu, niepodjęcie wszystkich niezbędnych działań celem dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego i nieuwzględnienie wszystkich dowodów, a także dokonanie dowolnej i sprzecznej z zasadami logiki i doświadczenia życiowego oceny dowodów, co miało wpływ na wynik sprawy.

Sąd nie dopatrzył się w działaniu organów obu instancji naruszenia tych oraz innych przepisów.

Sąd, odnosząc się do zarzutów naruszenia przepisów postępowania, stwierdza, że poczynione w toku postępowania kontrolnego oraz odwoławczego ustalenia, zgodnie z którymi Skarżąca zaniżyła przychody a także wykazała w nieprawidłowej wysokości koszty ich uzyskania znalazły potwierdzenie w zgromadzonym materiale dowodowym. Materiał ten Sąd uznaje za kompletny i stanowiący wystarczającą podstawę rozstrzygnięć podjętych w rozpoznanej sprawie. Przypomnienia wymaga, że w świetle przepisów regulujących postępowanie dowodowe, obowiązek zgromadzenia materiału dowodowego stanowiącego podstawę ustaleń faktycznych obciąża organy podatkowe [art. 122 w zw. z art. 187 § 1 O.p.]. Zgodnie z tymi przepisami, w toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy. Organ podatkowy jest obowiązany zebrać i w sposób wyczerpujący rozpatrzyć cały materiał dowodowy oraz ocenić na jego podstawie, czy dana okoliczność została udowodniona. Dowody powinny zostać zebrane i ocenione bezstronnie, zaś ich analiza i ocena winna być dokonana w całokształcie i wzajemnym powiązaniu, zgodnie z zasadą swobodnej oceny dowodów [art. 191 O.p.]. Przyjęcie tej zasady w postępowaniu podatkowym oznacza, że organy podatkowe nie są skrępowane regułami dotyczącymi wartości poszczególnych dowodów, orzekając na podstawie własnego przekonania, popartego zasadami wiedzy i doświadczenia życiowego. Organy podatkowe powinny przy tym działać na podstawie przepisów prawa, a postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych [art. 120 i art. 121 § 1 O.p.]. Cechom tym odpowiadało postępowanie przeprowadzone w rozpoznanej sprawie. W rozpoznawanej sprawie organy działały na podstawie obowiązujących przepisów prawa, zapewniając Skarżącemu czynny udział w każdym stadium postępowania oraz możliwość wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Organy prowadzące postępowanie zgromadziły wystarczający do wydania decyzji materiał dowodowy, a następnie dokonały jego oceny, zgodnej z zasadami logiki i doświadczenia życiowego, a więc w sposób obiektywny, logiczny i przy wykorzystaniu wiedzy z zakresu prawa podatkowego. Organy przeprowadziły szereg dowodów służących wykazaniu wykazać okoliczności istotnych z punktu widzenia ustalenia prawidłowego rozliczenia Skarżącej.

Organ włączył w poczet materiału dowodowego materiał zgromadzony w ramach postępowania przygotowawczego prowadzonego przez Centralne Biuro Śledcze, w tym program komputerowy Subiekt wraz z bazą danych a także zabezpieczone podczas przeszukania kilkanaście zeszytów formatu A5 z zapisami dotyczącymi transakcji Skarżącej z wybranymi kontrahentami za lata 2008-2013, a także zeszyty dotyczące lat 2009-2013 dotyczące transakcji z A. S., M. i A. J., J. i U. T., Rolniczą Spółdzielnią Produkcyjną "P.[...]", D. L., [akta post. pod., tom V, k. 526-554, 555-561, 562-564, tom XI, k. k. 1494-1499, 1500-1503, 1505-1555, tom XII, k. 1671-1769, k. 1770-1773, 1774-1835]. W sprawie został też przeprowadzony dowód z opinii biegłego z zakresu informatyki śledczej [postanowienie o włączeniu przekazanego przez Komendę Główną Policji Centralne Biuro Śledcze – akta post. pod., tom X, k. 1415-1420], a Skarżąca ze swej strony złożyła opinię prywatną w zakresie oceny dokumentacji przebiegu działalności gospodarczej zebranej w ramach postępowania kontrolnego oraz wykorzystanej przy obliczaniu ewentualnego domiaru podatkowego [tom IX, k. 1216-1249]. Z opinii biegłego powołanego przez Komendę Główną Policji Centralne Biuro Śledcze [opinia z 5 marca 2014 r. wraz z opinią uzupełniającą – akta post. pod, tom X, k. 1417-1418, 1419-1420] wynika, że badaniu poddano zabezpieczony przez organ ścigania dysk twardy z zapisem baz danych z użytkowanych przez Skarżącą programów S. S. [...] oraz S. [...].

W sprawie przesłuchano w charakterze strony prezesa Skarżącej Z. P. [akta post. pod., tom IX, k. 1311-1318], przesłuchano dwukrotnie w charakterze strony wiceprezesa zarządu Skarżącej A. K. [akta post. pod., tom IX, k. 1319-1327, tom X, k. 1328-1331] a także przeprowadzono dowody z przesłuchania szeregu świadków [postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Celno – Skarbowego w O. z [...] kwietnia 2017 r. – akta post. pod., tom IX, k. 1310]: pracownika biurowego Skarżącej M. R. [tom X, k. 1408-1414]; pracownika działu handlowego – kasjerki Skarżącej A. K. [tom X, k. 1396-1407]; referenta księgowego Skarżącej A. R. [tom IX, k. 1381-1385]; kasjerki, referenta biurowego, sekretarki A. W. [tom IX, k. 1360-1366]; specjalisty ds. jakości – pracownika działu handlowego R. Z.. [akta post. pod., tom X, k. 1387-1393]; D. S. [tom X, k. 1432-1438], W. W. [tom X, k. 1453-1457], kierownika transportu u Skarżącej J. K. [tom X, k. 1378-1380] a także podmiotu badającego sprawozdanie finansowe Skarżącej w osobie A. N. [tom X, k. 1449-1452]; pracownika innej spółki zarządzanej przez Z. P. i A. K. W. G. [tom X, k. 1440-1448], kontrahentów Skarżącej A. S. [tom X, k. 1353-1359]; D. L. [tom X, k. 1348-1352]; J. T. [tom X, k. 1425-1428]; M. J. [tom X, k. 1342-1347]; U. T. [tom X, k. 1429-1431], S. H. [tom IX, k. 1322-1336]; A. J. [tom X, k. 1337-1341]; A. C. [tom X, k. 1367-1377].

Dokonana w postępowaniu przez organy ocena, że program finansowo – księgowy S. [...] wraz zapisami w zeszytach stanowi źródło informacji o kwotach, jakie powinny zostać ujęte w przychodach a także kosztach uzyskania przychodów jest prawidłowa. Skarżąca w tej mierze stara się przekonać, że prawidłowe dane były ewidencjonowane w programie finansowo – księgowym S. [...], zaś zapisy w programie S. [...] oraz w zeszytach miały znaczenie jedynie pomocnicze i system ten nie był źródłem pełnych i miarodajnych informacji o wartościach istotnych z punktu widzenia rozliczeń podatkowych, a zeszyty nie były i nie są dokumentami związanymi z działalnością spółki ale "prywatnymi notatkami A.K. i Z. P." [argumentacja z pisma z 22 czerwca 2015 r. stanowiącego ustosunkowanie się do protokołu z 13 maja 2015 r.– akta post. pod., tom X, k. 1461v].

Ustalenia dokonane w postępowaniu wskazują jednak, że Skarżąca, poza "oficjalnym" systemem finansowo księgowym S. [...] przez kilka lat [2008-2015] prowadziła równoległe zapisy księgowe w systemie S. [...], przy czym są one spójne z zawartością zeszytów formatu A5, opisujących transakcje z kontrahentami Skarżącej oraz z dokumentami magazynowymi PZ. Organy w wyniku analizy dokumentów PZ w powiązaniu z zawartością zeszytów oraz zapisów w programie Subiekt ustaliły, że na dokumentach magazynowych PZ widnieją w prawym dolnym rogu numery nadane dla danej transakcji przez program komputerowy S. [...], co wskazuje, że zapisy księgowe w systemie S.[...] oraz zeszytach dotyczących wybranych [zaufanych] kontrahentów cechuje spójność i takie usystematyzowanie, które wskazuje, że tego rodzaju dodatkowa ewidencja nie służyła jedynie jako materiał dodatkowy, porządkujący dokonywane z kontrahentami operacje i służący jednie pomocniczo członkom zarządu do wewnętrznych kalkulacji oraz uzyskania orientacji, jaka jest sytuacja na rynku [stanowiący – jak podaje Skarżąca – "prywatne notatki A. K. i Z. P."], ale że te zapisy obrazowały rzeczywiste operacje, w tej części, w której Skarżąca dokonywała obrotu ze sprawdzonymi kontrahentami nie ewidencjonując transakcji w rzeczywistych wartościach [w konsekwencji: zawyżając koszty uzyskania przychodów].

Wniosek ten potwierdza treść oświadczeń członków zarządu Skarżącej A. K. i Z. P. zamieszczona w złożonych "czynnych żalach" przez każdego z nich, w części zawierającej wyjaśnienie istotnych okoliczności dotyczących czynu zabronionego [akta post. pod., tom X, k. 1421-1422, 1423-1424]. A. K. oraz Z. P. podawali, że po dokonaniu dostawy i zapłaceniu dostawcy wynagrodzenia wynikającego z wystawionej faktury zdarzało się, że dostawcy jaj [rolnicy ryczałtowi jak i czynni podatnicy VAT] zwracali część kwoty zapłaconej uprzednio na podstawie wystawionej przez Spółkę faktury w związku ze stwierdzeniem wad lub niewłaściwym posortowaniem; w okresie od początku 2007 r. do czerwca 2013 r. zwroty te nie były potwierdzane korektami faktur do wcześniej wystawionych faktur a zwracane od rolników w gotówce pieniądze nie były ani ewidencjonowane w księgach Spółki, ani nie były odnoszone na wynik podatkowy Spółki, a ponadto środki zwracane przez rolników w gotówce do Spółki były wypłacane pracownikom Spółki jako nieoficjalne wynagrodzenia, nie ujmowane w oficjalnej ewidencji.

Nie stanowi przy tym potwierdzenia stanowiska Skarżącej, że wyłącznie program Symfonia dokumentował pełne i prawidłowe operacje, zaś program Subiekt a także zeszyty były bez znaczenia wskazywana przez Skarżącą w postępowaniu okoliczność, że kontrahenci [dostawcy] Skarżącej, tj. rolnicy ryczałtowi A.S., J. T., M. J., S. H., których te zapisy dotyczyły a także główna księgowa Skarżącej D. S. nie mieli świadomości, że takie zeszyty są prowadzone i opatrzone nazwiskami niektórych dostawców [argumentacja z pisma z 22 czerwca 2015 r.– akta post. pod., tom X, k. 1461v]. Członkowie zarządu Skarżącej nie zaprzeczali, że taka dodatkowa ewidencja w programie Subiekt oraz w zeszytach była prowadzona, przypisywali jej jednak odmienne znaczenie [tj. pomocnicze, mające nie wpływać na wartość informacyjną właściwych zapisów, dokonywanych w programie S. [...]]. Pan A.K. [przesłuchanie w charakterze strony z 31 stycznia 2014 r. – akta post. pod., tom X, k. 1330] podał, że spółka posiadała nieformalne listy płac, one zostały zabezpieczone przez CBŚ, a także, że nie ujmowane w księgach środki, przeznaczone na wypłatę wynagrodzeń dla współpracowników stanowiły środki zwracane od rolników w gotówce do spółki, przy czym kwoty zwrócone przez rolników ryczałtowych w gotówce z wypłaconymi, niezaewidencjonowanymi wypłatami na rzecz współpracowników bilansowały się.

Ponadto, o tym, że zapisom w zeszytach przypisywano istotne znaczenie i określoną doniosłość w działalności Skarżącej świadczy, że pracownicy Skarżącej potwierdzili dokonywanie takich zapisów pod dyktando członków zarządu zaś członkowie zarządu podawali, że taki stan miał miejsce. I tak, pani M. K. zatrudniona w momencie przesłuchania u Skarżącej jako kasjer – referent potwierdziła prowadzenie zapisów w programie księgowym Subiekt oraz zeszytach przypisując jednakim znaczenie pomocnicze – podała, że jedynym rzetelnym programem księgowym jest S. [...], a zeszyty nie miały znaczenia księgowego stanowiąc narzędzie pomocne głównie prezesom, służące nie na potrzeby spółki lecz "tylko na potrzeby własne prezesów"; potwierdziła też wprowadzanie, na polecenie prezesów Skarżącej na ich dyktando do zeszytów oraz programu S. [...], podając, że nie ma wiedzy, czy te zapisy obrazują rzeczywiste transakcje, dokonywała ich na polecenie [zeznania A. K., tom X, k. 1397]. Byłe pracownice Skarżącej A. W. oraz R. Z. także potwierdziły wprowadzanie zapisów do programu S. [...] oraz zeszytów na polecenie prezesów Skarżącej [zeznania A. W. – tom X, k. 1361-1362, zeznania R. Z.– k. 1474-1480], podobnie jak dyrektor zakładu Skarżącej A. C. przyznała dokonywanie sporadycznie takich zapisów [zeznania A. C., tom X, k. 1368-1369].

Wprawdzie główna księgowa Skarżącej D. S. zaprzeczyła [akta post, tom X, k. 1435-1436], by widziała zeszyty oraz wiedziała o funkcjonowaniu w Spółce programu S. [...], jednak organy trafnie nie dały wiary tym zeznaniom – niewątpliwie zeszyty i ów program w Spółce były wykorzystywane, skoro zostały one zabezpieczone przez właściwy organ a pracownicy potwierdzali dokonywanie w nich zapisów, stąd trudno zgodzić się, że zatrudniona od 2003 r. u Skarżącej a w latach 2008-2012 r. na stanowisku głównej księgowej pani D. S. nie miała wiedzy o funkcjonującej u Skarżącej praktyce.

Pan A. K. [przesłuchanie w charakterze strony z 9 kwietnia 2015 r. – akta post. pod. tom IX, k. 1321—1321v] podał – w zakresie zapisów w zeszytach oznaczonych danymi kontrahentów "L. D.", "J.", "H. S.", "S. A.", "T. J.", "S. L. J.że dyktował pracownikom zapisy w zeszycie a także, że niektóre zapisy były robione na podstawie dowodów WZ lub PZ dostarczanych przez pracowników obecnych przy dostawie a on sam dyktował ceny. Podobnie, prezes zarządu Skarżącej, Z. P. potwierdził, że w spółce miała miejsca praktyka zwrotów pieniędzy przez dostawców na rzecz Spółki [zeznania Z. P., tom IX, k. 1312-1312v].

Wniosek organów, zgodnie z którym zeszyty a także program S. [...] obrazują transakcje nie ujmowane w programie finansowo – księgowym S. [...] znajduje potwierdzenie w zgromadzonym materiale. W zeszytach oznaczonych nazwiskami poszczególnych rolników, od których Skarżąca dokonywała zakupu jaj znajdują się odręczne zapisy dotyczące transakcji dokonywanych z rolnikami ryczałtowymi. Charakterystyka operacji zamieszczona w zeszytach jest szczegółowa, zaś transakcje opisane w sposób staranny i systematyczny. Zapisy obejmują swoim okresem wiele lat i podają rozliczenia dla danej transakcji ze szczegółowością do dwóch miejsc po przecinku a pod transakcją ujętą w zeszycie zamieszczono wpisane saldo, stanowiące podsumowanie wszystkich zapisanych w zeszycie operacji, które rośnie po transakcjach opisanych jako: "kontrahent dał", i maleje po transakcjach opisanych "kontrahent wziął". Na początku zeszytów znajduje się wpisana kwota i informacja "saldo z przeniesienia", co świadczy, że zeszyty były prowadzone w sposób ciągły, a saldo przenoszono z poprzednio zapisanego zeszytu.

Organy ustaliły przy tym, że analiza zapisów w programie S. [...] wskazuje, że w przypadku wartości transakcji zakupu jaj powtarzano w nim zapisy z zeszytu, a wartość zakupionych jaj wynikająca z programu S. [...] jest zgodna z wartością jaj wykazaną w zeszytach. Wartości te są przy tym skorelowane z treścią dokumentów magazynowych PZ [przyjęcie materiału z zewnątrz] – co do dokumentów PZ dokumentujących przekazanie jaj od kontrahentów na dokumentach PZ pracownicy Skarżącej zamieszczali, w prawym dolnym rogu, numery nadane dla danej transakcji przez program komputerowy Subiekt.

Przy tym, jeśli chodzi o znaczenie programu Subiekt dla dokonania ustaleń w sprawie, zapisy w nim zamieszczane przez Skarżąca zostały uznane przez organy za oddające rzeczywiste transakcje z wybranymi również z uwzględnieniem zawartości zapisów w zeszytach i zgodności ich treści z dowodami magazynowymi PZ. Nie przeczy tej ocenie argumentacja ze str. 26 skargi, zmierzająca do wykazania, że gdyby traktować zapisy w programie S. [...] jako pełne i zupełne [wiarygodne], prowadzące do uznania że brak zapisów w tym programie oznacza brak nabycia towarów, to trzeba byłoby konsekwentnie uznać, że brak takich zapisów w programie S. [...] o sprzedaży na rzecz C., N., T. czy S. także oznacza, że nie dokonano sprzedaży na rzecz tych podmiotów. Co do powyższej argumentacji – po pierwsze trzeba dostrzec, że dotyczy ona nie kwestii spornej tj. kosztów nabywania jaj od rolników oraz rzeczywiście ponoszonych z tego tytułu wydatków, czego dotyczą ustalenia organów, lecz kwestii przychodów uzyskanych ze sprzedaży na rzecz wymienionych przez Skarżącą sieci handlowych, której to sprzedaży organy nie kwestionowały. Po drugie, dostrzeżenia wymaga, że Skarżąca dokonywała zakupów jaj, ewidencjonowanych w dodatkowej ewidencji [program Subiekt oraz zapisy w dedykowanych poszczególnym kontrahentom zeszytach] w odniesieniu do wybranych, sprawdzonych kontrahentów, to jest tych z którymi wiązało ją tego rodzaju porozumienie, że po dokonanej na rzecz Skarżącej sprzedaży i udokumentowaniu jej fakturą, sprzedawca z powrotem zwracał Skarżącej część otrzymanej kwoty [finalnie te kwoty stanowiły źródło finansowania równie nieformalnych, nieewidencjonowanych wypłat na rzecz współpracowników Skarżącej]. Tego rodzaju proceder potwierdził każdy z członków zarządu Skarżącej: panowie A. K. oraz Z. P. w złożonych "czynnych żalach" oświadczyli jednobrzmiąco, że po dokonaniu dostawy i zapłaceniu dostawcy wynagrodzenia wynikającego z faktury zdarzało się, że dostawcy jaj [rolnicy ryczałtowi jak i czynni podatnicy VAT] zwracali część kwoty zapłaconej uprzednio na podstawie wystawionej przez Spółkę faktury w związku ze stwierdzeniem wad lub niewłaściwym posortowaniem, przy czym w okresie od początku 2007 r. do czerwca 2013 r. zwroty te nie były potwierdzane korektami faktur a zwracane od rolników w gotówce pieniądze nie były ani ewidencjonowane w księgach Spółki, ani nie były odnoszone na wynik podatkowy Spółki, a środki zwracane przez rolników w gotówce były wypłacane pracownikom Spółki jako nieoficjalne wynagrodzenia, nie ujmowane w oficjalnej ewidencji. Proceder zwracania na rzecz Skarżącej przez sprzedawców jaj kwot wynikających z faktur dotyczył zatem wybranych kontrahentów i w takim zakresie dokumentowany był w programie Subiekt oraz zeszytach, nie dotyczył więc ogółu kontrahentów. Na uwagę zasługuje przy tym zakres dokonanej przez organy korekty kosztów uzyskania przychodów Skarżącej w 2012 r. Korekta ta – w części in minus, a więc bez dokonanego podwyższenia tych kosztów o wypłacone wynagrodzenia na rzecz pracowników – polegała na zmniejszeniu kosztów uzyskania przychodów o relatywnie niewielką część, wynikającą z przyjętych jako prawidłowe zapisów w programie Subiekt. W rezultacie z ujętej przez Skarżącą w zeznaniu CIT-8 łącznej kwoty kosztów uzyskania przychodów 136 297 951,21 zł, organy wyłączyły te koszty, które na podstawie faktur VAT RR dokumentujących zakup jaj zostały przyjęte w wysokości wyższej od faktycznie poniesionych z tego tytułu wydatków tj. 2 936 678,75 zł.

Gdyby przyjąć stanowisko Skarżącej, że program S. [...] nie miał żadnej wartości informacyjnej i znaczenia w działalności Skarżącej a służył jedynie członkom zarządu pomocą do wewnętrznych kalkulacji i orientacji, jaka jest sytuacja na rynku [stanowił "prywatne zapiski"] to nie byłby prowadzony systemowo, przez kilka lat, łącznie z uporządkowanymi zapisami w zeszytach za lata 2008-2013 i w korelacji z dowodami magazynowymi PZ. Ponadto, w takim wypadku wystarczające byłoby prowadzenie tylko zapisów w zeszytach służących bieżącemu odnotowywaniu ważniejszych zdarzeń. Tymczasem praktyka miała charakter uporządkowany a zapiski z zeszytów były systematycznie przenoszone do programu Subiekt.

Przeczy takiemu znaczeniu programu S. [...] oraz zeszytów obrazujących operacje z wybranymi dostawcami jaj – po pierwsze – staranność dokonywanych zapisów i powiązanie ich z dokumentami magazynowymi, po drugie zaś – treść "czynnych żalów’" złożonych przez członków zarządu Skarżącej panów Z. P. i A. K., którzy potwierdzili praktykę dokonywania zakupu jaj oraz zwrotów przez sprzedawców części kwot, z których to kwot Skarżąca finansowała dodatkowe, nieujmowane w ewidencji wynagrodzenia dla pracowników i współpracowników.

W istotnym zakresie ustalenia prowadzące do wniosku o znaczeniu programu Subiekt ora zeszytów jako źródle informacji o rzeczywistych wartościach dostaw na rzecz Skarżącej zostały dokonane na podstawie zeznań członków zarządu Skarżącej: Z. P. i A. K. a także złożonych w dniu 30 sierpnia 2013 r. przez Z. P. i A. K. identycznie brzmiących "czynnych żalów" [akta post. pod., tom X, k. 1421-1422, 1423-1424], w których każdy z członków zarządu potwierdził, że Skarżąca dopuszczała się nieprawidłowości w dokumentowaniu transakcji nabywania jaj. Każdy z członków zarządu – pan Z. P. oraz A. K. podał, że nabycie jaj było każdorazowo dokumentowane wystawioną przez dostawcę fakturą VAT lub przez spółkę fakturą VAT RR, w przypadku dostaw realizowanych przez rolników ryczałtowych, opiewającą na kwotę skalkulowaną według deklaracji dostawcy jaj co do ich klasy, rozmiaru, masy; następnie Spółka dokonywała sortowania jaj, które uprzednio zostały nieprawidłowo posortowane lub w ogóle nieposortowane przez dostawców, weryfikacji parametrów jaj a także w celu ustalenia liczby dostarczonych jaj stłuczonych lub nienadających się do handlu z innych przyczyn. Panowie Z. P. oraz A. K. następnie podali, że po dokonaniu dostawy i zapłaceniu dostawcy wynagrodzenia wynikającego z wystawionej faktury, zdarzało się, że dostawcy jaj, będący zarówno rolnikami ryczałtowymi jak i podatnikami VAT czynnymi zwracali Spółce część zapłaconych przez nią ceny w związku z wadami jaj, ich niewłaściwym posortowaniem, przy czym w tych okolicznościach w okresie od początku 2007 do czerwca 2013 r. nie były korygowane faktury VAT RR a Spółka w rozliczeniach podatku VAT uwzględniała kwotę podatku naliczonego wynikającego z otrzymanych faktur oraz wystawionych faktur VAT RR a otrzymywane w gotówce pieniądze nie były ani ewidencjonowane w księgach Spółki, ani odnoszone na wynik podatkowy Spółki. Panowie Z. P. oraz A. K. w ramach wyjaśnienia istotnych okoliczności dotyczących czynu zabronionego przyznali się też, że w okresie od maja 2008 r. do czerwca 2013 r. Spółka wypłacała swoim pracownikom i zleceniobiorcom wynagrodzenie za wykonaną pracę w dwóch częściach – od części wynagrodzenia płaconego pracownikom w gotówce lub przelewami Spółka pobierała i odprowadzała zaliczki na PIT oraz składki ZUS, w tym część składek, którą Spółka obowiązana była finansować z własnych środków, co uwzględniała w odpowiednich deklaracjach oraz część wynagrodzenia, którą współpracownicy otrzymywali w kwocie brutto bez potrącania zaliczek na podatek oraz składek ZUS. Członkowie zarządu Z. P. oraz A. K. podali, że Spółka jako płatnik skorygowała za okres 2008 – 2012 deklaracje PIT-4R, skorygowała lub złożyła informacje PIT-11 i uiściła za okres od maja 2008 r. do czerwca 2013 r. zaległe zaliczki PIT w wysokości 920 642 zł oraz zaległe składki ZUS w wysokości 3 312 970,13 zł wraz z odsetkami za zwłokę; co do pracowników zatrudnionych na próbę może się okazać, że Spółka nie będzie w stanie w ogóle przygotować deklaracji ZUS w tym zakresie.

Podkreślenia przy tym wymaga, że pan Z. P. i A. K. pełnią funkcje członków zarządu od bardzo dawna [pan P. podał, że od ok. 20-30 lat, od założenia spółki, podobnie pan K. oświadczył, że funkcję wiceprezesa pełni od początku założenia spółki], posiadają więc odpowiednie rozeznanie w rozmaitych, wiążących się z działalnością gospodarczą procedurach a oświadczenia składane na użytek postępowania karnego, w celu zmniejszenia odpowiedzialności nie są składane bezrefleksyjnie i bez namysłu, lecz zawierają zestaw doniosłych oświadczeń, opracowanych wcześniej. Przypomnienia wymaga, że zarząd obowiązany jest do samodzielnego monitorowania sytuacji zarządzanej spółki, do czego obliguje przepis art. 5 ust. 2 oraz 52 ustawy z 29 września 1994 r. o rachunkowości [tekst jedn.: Dz. U. z 2016 r. 1047]. Członka zarządu obowiązuje przy wykonywaniu jego funkcji, zgodnie z art. 355 § 2 Kodeksu cywilnego oraz z art. 293 § 2 Kodeksu spółek handlowych zachowanie należytej staranności wynikającej z zawodowego charakteru jego działalności – zgodnie z art. 201 § 1 Kodeksu spółek handlowych zarząd prowadzi sprawy spółki i reprezentuje spółkę a gdy zarząd jest wieloosobowy, każdy członek zarządu ma prawo i obowiązek prowadzenia spraw spółki. Zarząd spółki może rozmaicie kreować swoje wewnętrzne relacje, jednak organem spółki jest zarząd jako całość, a nie jego poszczególni członkowie, z czego wynika obowiązek posiadania przez każdego członka zarządu elementarnej wiedzy o najważniejszych sprawach spółki a wszyscy członkowie zarządu jako zobowiązani do prowadzenia spraw spółki, mają obowiązek kontrolowania jej finansów. Złożenie "czynnego żalu", w celu zmniejszenia odpowiedzialności ponoszonej na gruncie prawa karnego stanowi czynność podejmowaną świadomie, której skutek składający takie oświadczenie poddaje odpowiedniej refleksji. Powyższe nakazuje traktować stanowiące "czynne żale" oświadczenia złożone przez członków zarządu z pełną powagą, jako obrazujące sposób funkcjonowania Skarżącej oraz dokonywane w niej operacje.

Ponadto Skarżąca zarzuca nieuzasadnione – jej zdaniem – danie wiary zeznaniom świadka M. R. uznając, że jest ona niewiarygodna, skoro została ona skazana wyrokiem za oszustwa na szkodę Skarżącej [złożone przez Skarżącą wyroki – akta post. pod., tom IV, k. 377-384, 386-388] a w konsekwencji – że pani M. R. stworzyła w ramach zemsty – tezy o nieprawidłowościach w Spółce, które następnie przekazała organom a także, że skazana Pani M. R. nie była wiarygodnym źródłem informacji w swojej sprawie; może ona być "z dużym prawdopodobieństwem nierzetelnym źródłem informacji również w postępowaniach kontrolnych prowadzonych wobec Kontrolowanej, ponieważ kierowała się m.in. zawiścią i chęcią obrony własnej osoby a przez to właśnie przez kontrolowane stanęła przed wymiarem sprawiedliwości" [argumentacja z pisma z 25 marca 2015 r. – akta post. pod., tom IV, k. 374-376]. Okoliczność, że pani M. R. została skazana za dokonane w ramach z góry powziętego zamiaru przyjęcie korzyści majątkowej w kwocie 260 496 zł za nadużycie uprawnień pracowniczych w G. [...] sp. z o.o. nie wpływa negatywnie na ocenę jej zeznań – skazanie nastąpiło bowiem na podstawie ustaleń przeprowadzonych w toku postępowania karnego a ewentualna skłonność do współpracy z organem ścigania umotywowana chęcią uzyskania niższej kary nie jest równoznaczna, ze skłonnością do podawania nieprawdy co do działalności Skarżącej, skoro od tego zależeć miałby wymiar kary. W takim wypadku sytuacja procesowa tego świadka skłaniała raczej do rzetelnej współpracy aniżeli podawania nieprawdy. Dostrzeżenia przy tym wymaga, że podstawą oceny dokonanej przez organy nie były jedynie te zeznania, ale także pozostałe dowody: zawartość programu komputerowego S. [...], zeszytów a także dokumenty PZ oraz zeznania innych świadków. Całokształt tego materiału prowadził do ustalenia, że Skarżąca w swojej działalności prowadziła podwójne zapisy – w oficjalnym programie S. [...] a także w dopełniającym te zapisy programie S. [...] oraz w zeszytach. Zeznania pani M. R. w zestawieniu z pozostałymi dowodami, tj. treścią zeszytów, dokumentów PZ potwierdzają to ustalenie. Nie jest zatem tak, jak stara się wykazać Skarżąca, że organy dały wiarę jedynie zeznaniom tego świadka – wbrew bowiem tej tezie, podstawą dokonanej oceny był całokształt przeprowadzonych dowodów. Pani M. R., jako były pracownik Skarżącej, niezainteresowany i nieuzależniony od dalszej współpracy ze Skarżącą nie ma zarazem więzi, która skłaniałaby do powściągliwości w zakresie składanych oświadczeń, które mogłyby zaszkodzić pracodawcy. Świadek ten [pani M. R. była zatrudniona od 15 marca 2004 r. do 24 listopada 2011 r. na stanowisku specjalisty ds. jakości, kasjera, pracownika biurowego] podawał, że nie wszystkie faktury załączone do raportów kasowych były kosztami związanymi z działalnością firmy; były faktury przynoszone przez osoby nie związane z firmą a faktury te zwiększały koszty tylko "na papierze". Pani M. R. potwierdziła też przekazywanie pracownikom wynagrodzeń poza wynagrodzeniem wynikającym z umów a także istnienie tzw. "nieoficjalnej listy płac", a także, że środki na te wypłaty pochodziły w większości z wystawionych dodatkowych fikcyjnych faktur VAT. Podała też, że pod koniec danego miesiąca dzwoniono od Skarżącej do dostawców jaj z pytaniami, na ile skrzynek można wystawić fakturę VAT RR, aby się wszystko w dokumentacji danego dostawcy zgadzało a faktury widniejące za sprzedaż jaj były w o wiele wyższych wartościach, niż były sprzedawane oraz – po okazaniu zeszytów formatu A5 opisanych "D. L.", "S. H." – że przedstawiają one rzeczywiście dostarczony towar, w rzeczywistych cenach zakupu, nie takich jakie są uwidocznione w fakturach znajdujących się w księgowości; odzwierciedlają rozliczenia z danym dostawcą, zawierają saldo które było odpowiednio zwiększane lub zmniejszane po transakcji, przy czym dane które są w zeszytach wprowadzano do systemu Subiekt. Pani M. R. wyjaśniła też, że na podstawie dokumentu PZ otrzymanego od magazyniera były wprowadzane dane do zeszytów oraz równolegle do programu S. [...], przy czym nr pod którym dany wpis był wprowadzany do programu S. [...] wpisywano kolorem zielonym, temu zaś, który wpisywany był do programu S. [...]– nadawano kolor czerwony [zeznania M. R., tom IX, k. 1409-1411].

Przeprowadzone w sprawie dowody – w ocenie Sądu – potwierdzają wniosek, że Skarżąca prowadziła podwójny system księgowania i że w zakresie wybranych dostawców to program Subiekt oraz zgodne z jego zawartością zapisy w zeszytach odzwierciedlają rzeczywiste wartości nabyć jaj od rolników ryczałtowych, nie zaś wystawiane faktury VAT RR.

Z powyższych względów nie był zasadny stawiany w skardze zarzut naruszenia art. 2a O.p. poprzez uznanie na niekorzyść Skarżącej luk w zapisach kopii programu Subiekt i stwierdzenie, ze nie doszło do zakupu jaj mimo ich dalszej sprzedaży, w sytuacji, gdy odczyt programu S. [...] ma nie zawierać – zdaniem Skarżącej – kompletnych danych o przychodach i kosztach Skarżącej.

Przeprowadzone postępowanie odpowiada standardom wyznaczonym treścią art. 120 i art. 121 § 1 O.p., co czyni stawiany w skardze zarzut naruszenia art. 121 § 1 O.p. w zw. z art. 2a O.p. poprzez nieprowadzenie postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, niewyjaśnienie w sposób należyty i niezbędny do prawidłowego rozstrzygnięcia wszystkich okoliczności faktycznych, w tym pomijanie okoliczności korzystnych dla Skarżącej, a w rezultacie wydanie rozstrzygnięcia na niekorzyść Strony, pomimo popełnienia istotnych błędów merytorycznych przy ustaleniu podstawy opodatkowania polegających na nieprawidłowym ustaleniu kosztów sprzedanych towarów, nieuwzględnieniu w kosztach 2012 r. wszystkich pochodnych wynagrodzeń w części przypadającej na podatnika oraz powiązań rodzinnych zarządu Spółki z niektórymi dostawcami – nieuzasadnionym.

6. Niezasadne są zarzuty naruszenia przepisów postępowania, tj. art. 210 § 4 O.p. poprzez nieuzasadnienie przez organ odwoławczy w rozstrzygnięciu w sposób wystarczający przyczyn odrzucenia wszystkich wniosków dowodowych złożonych przez Skarżącą oraz brak właściwej oceny zarzutów dotyczących m.in. konieczności uwzględnienia spisu z natury na dzień 31 grudnia 2012 r. oraz nieuznania za koszt 2012 r. składek ponoszonych przez podatnika [pracownika, ubezpieczonego], które są elementem wynagrodzenia brutto, oraz powołanie się na niewłaściwy przepis art. 15 ust. 4h u.p.d.o.p. dotyczący składek ponoszonych przez płatnika.

Skarżąca zarzuca zaniechanie przeprowadzenia dowodów z ksiąg rachunkowych Spółki, a w szczególności kont kosztowych dotyczących wartości sprzedanych towarów; spisu z natury na dzień 31 grudnia 2012 r., polityki rachunkowości Spółki z 5 stycznia 2009 r.; protokołu ZUS Oddział w P. w zakresie wyliczenia kosztów składek przypadających na ubezpieczonego za 2012 r.; z biegłego w zakresie rachunkowości z protokołu z [...] maja 2015 r. sporządzonego w ramach postępowania w zakresie podatku VAT za 2008 r. Wniosek o przeprowadzenie dowodu z ksiąg rachunkowych Spółki, a w szczególności kont kosztowych dotyczących wartości sprzedanych towarów; spisu z natury na dzień 31 grudnia 2012 r., polityki rachunkowości Spółki z 5 stycznia 2009 r.; protokołu ZUS Oddział w P. w zakresie wyliczenia kosztów składek przypadających na ubezpieczonego za 2012 r. a także "czynnego żalu" w całości złożonego przez członków zarządu Skarżąca wyartykułowała w piśmie z 11 maja 2017 r. stanowiącym wypowiedź w sprawie zebranego materiału dowodowego [akta post. pod., tom XII, k. 1903-1918], który to wniosek został rozstrzygnięty przez organ pierwszej instancji odmownie postanowieniem z [...] maja 2017 r. [akta post. pod., tom XII, k. 1921]. W postanowieniu tym organ trafnie wyeksponował, że brak jest podstaw do przeprowadzenia dowodów z ksiąg rachunkowych i polityki rachunkowości Spółki, bowiem księgi rachunkowe uznano za nierzetelne w związku z zebranym materiałem dowodowym, który wskazuje że Spółka z wybranymi kontrahentami dokonywała transakcji innych aniżeli wynika to z faktur VAT ujętych w księgach rachunkowych. Zatem trafny jest wniosek organów, że przyjęta przez Spółkę polityka rachunkowości pozostaje bez wpływu na ustaloną przez organ okoliczność sporządzania u Skarżącej nierzetelnych faktur VAT RR oraz ujmowania w księgach nierzetelnych faktur VAT. Słusznie zaakcentował organ, że w księgach rachunkowych oraz przyjętej polityce rachunkowości nie zamieszczono zasad dotyczących ujmowania transakcji prowadzonych w programie Subiekt oraz w zeszytach, stanowiących nieoficjalną ewidencję prowadzoną u Skarżącej obok oficjalnie funkcjonujących dokumentów, takich jak polityka rachunkowości i księgi rachunkowe. Jeśli chodzi o postulowany przez Skarżącą dowód z protokołu ZUS w celu uwzględnienia składek na ubezpieczenia społeczne od nieoficjalnie wypłaconych pracownikom w gotówce wynagrodzeń, organ odmawiając przeprowadzenia tego dowodu podkreślił, że zaległe składki na ubezpieczenia społeczne zostały opłacone w innym roku, aniżeli rok podatkowy, tj. 2013 r., po dokonanym przez funkcjonariuszy CBŚ w siedzibie Spółki przeszukaniu i w następstwie przeprowadzonej przez ZUS kontroli płatności składek. Organ wyeksponował też, że w świetle brzmienia art. 15 ust. 4h pkt 1 u.p.d.o.p., składki stanowią koszty uzyskania przychodu w miesiącu, za który należności są należne, pod warunkiem że zostaną opłacone; organ wskazał też brzmienie art. 16 ust. 1 pkt 57a u.p.d.o.p.

Niezasadne są tym samym także zarzuty naruszenia art. 123, art. 180 § 1, art. 187 § 1 i 2 O.p. oraz art. 188 O.p. poprzez bezzasadne nieuwzględnienie wniosków dowodowych Skarżącej, w tym w szczególności wniosku o przeprowadzenie dowodu z dokumentów księgowych pominiętych przez organ pierwszej instancji [spisu z natury i zapisów na kontach księgowych], protokołu z postępowania kontrolnego w zakresie podatku VAT za 2008 r., protokołu z kontroli ZUS. Jak wskazuje lektura akt postępowania, trwało ono od końca połowy kwietnia 2014 r. do wydania decyzji organu drugiej instancji [22 wrzesień 2017 r.], a zatem ponad trzy lata a Skarżąca uczestniczyła w nim czynnie. Składane przez Skarżącą dokumenty były przyjmowane i stanowiły przedmiot refleksji. To, że dokonana przez organy ocena nie jest satysfakcjonująca dla Skarżącej, nie czyni postępowania wadliwym.

Nie zachodziła też – wbrew zapatrywaniu Skarżącej – potrzeba sięgnięcia przez organy do wiadomości specjalnych [powołania biegłego za zakresu rachunkowości]. Rzeczą organu jest bowiem zebranie materiału dowodowego a następnie jego ocena. Przedmiot postępowania nie wymagał zaś uzyskania wiedzy eksperckiej, przy czym Skarżąca z własnej inicjatywy złożyła opinię prywatną w zakresie oceny dokumentacji przebiegu działalności gospodarczej zebranej w ramach postępowania kontrolnego oraz wykorzystanej przy obliczaniu ewentualnego domiaru podatkowego [tom IX, k. 1216-1249], tj. P. M., P. P. oraz K. G. B..

W konsekwencji, Sąd nie podzielił zarzutu naruszenia art. 122 w związku z art. 191 O.p. poprzez nieprawidłowe, pobieżne, wyrywkowe ustalenie stanu faktycznego, niewyjaśnienie i nieuwzględnienie wielu istotnych dla sprawy okoliczności faktycznych, nieprzeprowadzenie istotnych dla sprawy dowodów, głównie w zakresie spisu z natury na dzień 31 grudnia 2012 r., dokumentów księgowych [ksiąg rachunkowych, polityki rachunkowości], protokołu z kontroli z [...] maja 2015 r. sporządzonego w ramach postępowania w zakresie podatku VAT za 2008 r., protokołu z kontroli ZUS Oddział w P..

7. Nie zasługiwał na uwzględnienie zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji z naruszeniem przepisów o właściwości organów kontroli skarbowej, tj. art. 15 § 1 i art. 16 O.p. w związku z art. 24 ust. 2a u.k.s., art. 4-6 ustawy dochodach jednostek samorządu terytorialnego oraz art. 111 pkt 1 ustawy z 27 września 2009 r. ustawy o finansach publicznych, poprzez naruszenie właściwości rzeczowej przez organ pierwszej instancji w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych, przez co nastąpiło wydanie rozstrzygnięcia przez nieuprawniony organ.

Skarżąca powyższy zarzut łączy z wydaniem przez organ kontroli skarbowej decyzji w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych przy braku powołania w sentencji decyzji odpowiedniego przepisu u.p.d.o.p. uznając, że w art. 25 ust. 10 u.p.d.o.p. ustawodawca upoważnił jedynie właściwe organy podatkowe do zmiany wielkości należnego podatku. Skarżąca stoi zarazem na stanowisku, że skoro podatek dochodowy od osób prawnych stanowi, po części, w myśl ustawy z 13 listopada 2003 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego [Dz.U. z 2016 r., poz. 198, ze zm.] dochód jednostek samorządu terytorialnego, to organ ten mógł wydać jedynie wynik kontroli a nie decyzję. W prezentowanej [str. 41-42 skargi] argumentacji Skarżąca nie dostrzega, że w postanowieniu o wszczęciu postępowania kontrolnego [akta post., tom I, k. 1] wskazano, że kontrola jest prowadzona w zakresie: "rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r." jak i tego, że art. 24 ust. 1 pkt 1 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej [Dz.U. z 2016 r., poz. 720 ze zm.] przewiduje, że organ kontroli skarbowej, kończy postępowanie kontrolne decyzją w rozumieniu ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa, gdy ustalenia dotyczą podatków, których określanie lub ustalanie należy do właściwości naczelników urzędów skarbowych, podatku akcyzowego oraz podatku od wydobycia niektórych kopalin, z zastrzeżeniem ust. 2 tej ustawy.

Organowi [w rozpoznawanej sprawie – w związku z art. 202 ust. 1 pkt 1 ustawy z 16 listopada 2016 r. Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej – Naczelnikowi [...] Urzędu Celno – Skarbowego w O.] przysługiwało zatem uprawnienie do przeprowadzenia postępowania kontrolnego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych i zakończenia go decyzją.

8. Za niezasadny Sąd także uznał zarzut naruszenia art. 23 § 1 pkt 2 O.p. przez jego niezastosowanie przy ustalaniu podstawy opodatkowania, mimo stwierdzenia nierzetelności ksiąg, istnienia powiązań gospodarczych i osobowych oraz nieposiadania wszystkich danych do określenia podstawy opodatkowania.

Zarzut ten dotyczy naruszenia art. 23 § 2 O.p., poprzez błędną wykładnię i przyjęcie za dopuszczalne zaniechania oszacowania dochodu w sytuacji, gdy organ podatkowy zakwestionował rzetelność prowadzonych ksiąg podatkowych.

Należy przy tym zwrócić uwagę, że uregulowana w art. 23 O.p. instytucja oszacowania podstawy opodatkowania wiąże się w sposób ścisły z kwestią dotyczącą warunków, jakie muszą zostać spełnione, aby określone wydatki mogły być uznane za koszty uzyskania przychodów na gruncie u.p.d.o.p. Warunkiem określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania jest wykazanie faktu poniesienia kosztów. Dopiero po wykazaniu tego faktu możliwe jest określenie wysokości podstawy opodatkowania przy użyciu metod oszacowania.

Zarówno z przepisów O.p., jak i przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie da się wywieść twierdzenia, że organ podatkowy jest zobowiązany do oszacowania podstawy opodatkowania w sytuacji, gdy podatnik zaniedbuje swoje obowiązki w zakresie dokumentowania zdarzeń gospodarczych [wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 19 listopada 2010 r. sygn. akt II FSK 1179/09, to i następne orzeczenia dostępne: http://.orzeczenia.nsa.gov.pl].

W rozpoznawanej sprawie organy podatkowe nie zakwestionowały całej prowadzonej przez Skarżącą dokumentacji rachunkowej. Organy uznały księgi Skarżącej za nierzetelne w ograniczonym zakresie. Powyższe obrazuje zakres dokonanej przez organy korekty przychodów i kosztów uzyskania Skarżącej, który w odniesieniu do całokształtu aktywności Skarżącej dotyczy relatywnie niewielkiego zakresu: w złożonym 19 marca 2013 r. do [...] Urzędu Skarbowego w R. zeznaniu podatkowym CIT-8 [tom I, k. 14-15], Skarżąca wykazała przychody w wysokości 137 124 283,13 zł i koszty uzyskania przychodów w wysokości 136 297 951,21 zł, natomiast ustalenia organów obejmują stwierdzenie, że przychody Spółki wynoszą 137 456 151,24 zł [przychód niezaewidencjonowany w księgach ustalony na podstawie dowodów WZ 310 194,00 zł oraz przychód niezaewidencjonowany w księgach ustalony na podstawie zeszytu "D. L." 21 674,11 zł, zaś co do kosztów uzyskania przychodów wynoszą one 134 753 276,56 zł [zawyżenie kosztów z tytułu uwzględnienia zawyżonej kwoty dot. zakupu towarów tj. na 2 936 678,75 zł; zaniżenie kosztów z tytułu wypłaconych, nieujętych w ewidencji nieoficjalnych wynagrodzeń tj. 1 392 004,19 zł].

Sąd stoi na stanowisku, że podstawa opodatkowania jest ustalana – co do zasady – na podstawie dokumentacji prowadzonej przez podatnika i innych dokumentów, które zawierają dane niezbędne do jej ustalenia. W sytuacji, gdy dokumentacji tej brakuje albo też jest ona niekompletna, co uniemożliwia organowi podatkowemu ustalenie podstaw opodatkowania, znajduje zastosowanie instytucja oszacowania podstawy opodatkowania.

Nierzetelność księgi podatkowej zawsze pozbawia ją mocy dowodowej, natomiast wadliwość powoduje skutek jedynie wtedy, gdy wady mają istotne znacznie. Oszacowanie można zastosować dopiero wtedy, gdy nastąpi uprzednie stwierdzenie nierzetelności ksiąg podatkowych. Nie jest dopuszczalna odwrotna kolejność. Jednak, zgodnie z art. 23 § 2 O.p. organ podatkowy odstąpi od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, jeżeli dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalają na określenie podstawy opodatkowania. Podkreślił to w swoim orzeczeniu Sąd Najwyższy, który stwierdził, że w sytuacji, w której obliczenie dochodu jest możliwe na podstawie posiadanej przez spółkę dokumentacji, to nie ma podstaw do jego szacowania [por. wyrok Sądu Najwyższego z 18 grudnia 2003 r., sygn. akt III RN 136/02, PP 2004/4/49]. Pogląd ten został również zaakceptowany w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego [por: wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 lipca 2007 r., sygn. akt II FSK 974/06; z 4 czerwca 2009 r., sygn. akt II FSK 218/08; z 6 października 2009 r., sygn. akt II FSK 644/08; z 17 sierpnia 2010 r., sygn. akt II FSK 615/09]. Powyższe zasady postępowania wskazują, że obliczenie dochodu było możliwe na podstawie posiadanej przez Skarżącą dokumentacji i brak było podstaw do jego szacowania, skoro pozostałe zapisy dotyczące kosztów uzyskania przychodów były prawidłowe. Nie ma zatem podstaw do stosowania wobec podatnika art. 23 § 1 O.p. w zakresie określenia w drodze szacunkowej rzeczywistych wydatków poniesionych zamiast udokumentowanych nierzetelnymi fakturami, gdy było możliwe dokonanie na podstawie posiadanej dokumentacji rachunkowej obliczenie podstawy opodatkowania, zgodnie z art. 23 § 2 O.p.

9. Skarżąca wskazuje też, że nie wzięto pod uwagę spisu z natury z 31 grudnia 2012 r.

Sąd – wobec tak sformułowanych postulatów Skarżącej – nakierowanych na przeprowadzenie pełnego szacowania podstawy opodatkowania zwraca uwagę, że zakres dokonanych w postępowaniu przez organy ustaleń wskazuje, że dotyczą one jedynie części operacji, to jest tych co do których ustalono, że Skarżąca nie ewidencjonowała dokonywanych operacji, dotyczy to zatem relatywnie niewielkiej [w stosunku do wszystkich przychodów i kosztów Skarżącej] ilości operacji, zaś dokonana korekta przychodów i kosztów ich uzyskania polega na ich uwzględnieniu – co do przychodów – w oparciu o ustalone na podstawie zeszytów wartości, zaś co do kosztów – na podstawie ustalonej wysokości wypłat "nieoficjalnych" wynagrodzeń wypłaconych przez Skarżącą [in plus] a także w oparciu o wynikające z zeszytów oraz dodatkowego programu finansowo – księgowego Subiekt zapisów dopełnionych analizą dowodów PK [in minus]. Powyższe oznacza, że przyjęta przez organy metoda ustalenia wartości przychodów i kosztów uzyskania przychodów polegała na uwzględnieniu wynikających z dokonanych na podstawie pełnej dokumentacji [a zatem także zeszytów i zapisów w programie finansowo – księgowym S. [...]] ustaleń organów wartości nie zaś fizycznym przeliczeniu towarów na koniec roku. Stąd wartości posiadanych przez Skarżącą na koniec 2012 r. towarów, jakie wynikają ze spisu z natury nie zmieniają ustaleń dokonanych przez organy.

Sąd zwraca uwagę, że w rozpoznawanej sprawie organy nie kwestionowały ustalonych przez Skarżącą kosztów uzyskania przychodów [w tym z uwzględnieniem stanów magazynowych wynikających ze spisu z natury], a dokonały jedynie pomniejszenia tych kosztów w taki sposób, jaki odpowiada zawartości wpisów w programie Subiekt oraz odzwierciedlających transakcje wpisów w prowadzonych dla kontrahentów zeszytach, w powiązaniu z dowodami magazynowymi PZ dotyczącymi danych transakcji. Jeśli bowiem zapisy w programie S. [...] a także zeszytach odzwierciedlają rzeczywiste operacje z kontrahentami, dla których je prowadzono, zaś wystawiane w tym zakresie faktury VAT RR opiewają na kwoty wyższe, a zarazem posiadający największą wiedzę o sprawach spółki i sposobie kształtowania relacji z kontrahentami członkowie zarządu Skarżącej Z. P. oraz A. K. podali ["czynne żale" oraz zeznania Z. P. oraz A. K.] potwierdzili dokonywanie do Skarżącej przez rolników zwrotów środków wypłaconych na podstawie faktur, to zasadny jest wniosek, że nie stanowią miarodajnego źródła o wysokości ponoszonych kosztów faktury zakupu. Nie jest przy tym możliwe ustalenie, że wynikające z faktur koszty zakupu jaj dotyczą właśnie tych towarów, które nie zostały sprzedane przez Skarżącą.

Argumentacja Skarżącej wskazująca na pominięcie przy ustalaniu prawidłowej wysokości kosztów uzyskania przychodów wartości towarów wynikającej ze spisów z natury nie uwzględnia więc, że organy nie dokonywały rekonstrukcji podniesionych przez Skarżącą wydatków w całości na podstawie dostępnych informacji [w tym spornego spisu z natury], lecz dokonały korekty tych kosztów [zarówno in plus – jeśli chodzi o koszty nieujętych w ewidencji wynagrodzeń, jak i in minus – jeśli chodzi o zawyżone wartości zakupów od części dostawców jaj], jaka wynikała z posiadanych informacji: oświadczeń członków zarządu o funkcjonującej w spółce praktyce zwracania przez dostawców na rzecz Spółki wypłaconych im środków za sprzedane jaja; prowadzonych w sposób ciągły i usystematyzowany przez kilka lat zapisów w programie S. [...] oraz spójnych z zawartością tego programu oraz dowodami magazynowymi zapisów w dedykowanych poszczególnym dostawcom zeszytach. Z tych względów Sąd uznał, że przyjęta przez organy metoda określenia rzeczywistej wysokości kosztów uzyskania przychodów pozwala na prawidłowe ustalenie tej wartości, zaś wartość spisu z natury na koniec 2012 r. pozostaje neutralna dla tych ustaleń. Zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów o część kwot wynikających z faktur wystawionych w grudniu 2012 r. do wartości tych dostaw na rzecz Skarżącej wynikających z zapisów w zeszytach oraz programie S. [...] nie skutkuje bowiem przyjęciem w zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej decyzji organu kontroli skarbowej wyższej wartości kosztów uzyskania przychodów, bowiem organ pomniejszył przypisane przez Spółkę do tego roku koszty uzyskania przychodów wynikające z faktur VAT RR wystawianych na niektórych kontrahentów do tych wartości, jakie – w odniesieniu do zaliczonych do kosztów uzyskania przychodów roku 2012 r. – wynikają z zapisów w programie Subiekt i zeszytach. Powyższe oznacza, że organ pomniejszył o tę część koszty wykazane przez Skarżącą.

10. W konsekwencji, nie zasługiwał też na akceptację zarzut naruszenia art. 121 § 1 O.p. w zw. z art. 2a O.p. poprzez nieprowadzenie postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, niewyjaśnienie w sposób należyty i niezbędny do prawidłowego rozstrzygnięcia wszystkich okoliczności faktycznych, w tym pomijanie okoliczności korzystnych dla Skarżącej, a w rezultacie wydanie rozstrzygnięcia na niekorzyść Strony, pomimo istnienia wątpliwości co do zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego, a także popełnienie istotnych błędów merytorycznych przy ustaleniu podstawy opodatkowania polegających na nieprawidłowym ustaleniu kosztów sprzedanych towarów, nieuwzględnieniu w kosztach 2012 r. wszystkich pochodnych wynagrodzeń w części przypadającej na podatnika, a także ustaleń w zakresie podatku VAT za 2012 r. oraz powiązań rodzinnych zarządu Spółki z niektórymi dostawcami.

W sprawie nie stwierdzono bowiem wątpliwości, które powinny być rozstrzygnięte – po myśli art. 2a O.p. – na korzyść Skarżącej.

11. Sąd nie podzielił również zarzutu naruszenia art. 193 § 4 O.p. poprzez stwierdzenie nierzetelności ksiąg Spółki w oparciu o protokół z kontroli podatkowej, w którym – zdaniem Skarżącej – nie zawarto elementów badania ksiąg rachunkowych oraz naruszenia ustawy o rachunkowości. Zdaniem Skarżącej, sporny protokół [akta post., tom XIII, k. 2015-2057] obejmuje omówienie dowodów nie

W rozpoznawanej sprawie protokół z badania ksiąg z 7 kwietnia 2017 r. [tom XII, k. 1837-1873] zawiera nie tylko omówienie treści przeprowadzonych dowodów, w tym zeznań świadków oraz ich ocenę, ale – jak wskazuje lektura str. 52-57 protokołu [tom XII, k. 1862v-1865] – obejmuje też ocenę rzetelności zapisów w zeszytach i programie S. [...]. W tej części protokołu zawarto też wyjaśnienie w jakim zakresie i z jakich powodów nie uznano prowadzonych ksiąg za dowód.

12. Niezasadny jest także zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji, w której nie powołano podstawy prawnej odnoszącej się do powstania zobowiązania podatkowego i jego zadeklarowania w zeznaniu, tj. art. 7 ust. 1 i 2, art. 15 ust. 4, art. 18, art. 19 ust. 1 art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p., oraz w zakresie odsetek za zwłokę, tj. art. 24 ust. 5 i 6 u.k.s., uniemożliwiając, zdaniem Skarżącej, merytoryczne ustosunkowanie się do zastosowanej w rozstrzygnięciu podstawy prawnej.

Odnosząc się do kwestii braku powołania w podstawie prawnej decyzji organu odwoławczego przepisów prawa materialnego, Sąd stoi na stanowisku, że brak wskazania w sentencji decyzji przepisów prawa materialnego nie stanowił – w realiach rozpoznawanej sprawy – wady, skutkującej koniecznością uchylenia zaskarżonej decyzji. Nie ma ona bowiem charakteru reformatoryjnego, ale stanowi rozstrzygnięcie utrzymujące w mocy decyzję organu pierwszej instancji. Ta zaś przywoływała w uzasadnieniu pełną materialnoprawną podstawę podjętego rozstrzygnięcia, wskazując na przepisy art. 9 ust. 1, art. 12 ust. 1 pkt 1, ust. 3, ust. 3a, ust. 4 pkt 9, art. 15 ust. 1, ust. 4g u.p.d.o.p. [akta post. pod., tom XII, k. 1922]. W tej sytuacji istnieje możliwość ustalenia w sposób niebudzący wątpliwości przepisów prawa materialnego zastosowanych przez organ odwoławczy przy rozstrzyganiu sprawy. Tym bardziej, że decyzja ta zawiera pełne uzasadnienie prawne. Jak podkreśla się zaś w orzecznictwie błędne powołanie podstawy prawnej, czy też jej niepowołanie w sytuacji gdy podstawa taka istnieje w przepisach prawa, a nadto przesłanki do jej zastosowania zostały spełnione, nie można uznać, za istotne naruszenie prawa, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy [por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 15 lipca 2003 r. I SA 371/03 Lex nr 149553]. Zatem wydaje się, że skrajne formalne traktowanie wymogu powołania podstawy prawnej w sentencji rozstrzygnięcia nie jest uzasadnione [por. Jan Zimmermann, Ordynacja podatkowa. Komentarz. Postępowanie podatkowe, Toruń 1998r., str. 223-224].

13. Bezpodstawny jest również zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 oraz art. 120 O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji mimo niezastosowania się przez organ do przepisów prawa materialnego, tj. art. 11 ust. 1, 2, 3, 4, 5, 6 u.p.d.o.p., nakazujących oszacowanie dochodu Spółki, jeżeli w wyniku powiązań rodzinnych zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą niezależne podmioty, i w wyniku tego podatnik nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały, a także poprzez niezastosowanie art. 15 ust. 4 u.p.d.o.p., regulującego zaliczanie do kosztów uzyskania przychodu danego roku podatkowego odpowiadających im kosztów nabycia sprzedanych towarów oraz wynagrodzeń brutto łącznie ze wszystkimi pochodnymi.

Zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 O.p. został uzasadniony tym, że organ odwoławczy jako podstawę wydanej decyzji wskazał jedynie przepis prawa procesowego, tj. art. 233 § 1 pkt 1 O.p. w zw. z art. 220 § 2 O.p., zaś jako podstawa prawna rozstrzygnięcia powinny być – zdaniem Skarżącej wskazane również przepisy prawa materialnego. Zdaniem Sądu w przypadku wydania przez organ odwoławczy decyzji utrzymującej w mocy decyzję organu pierwszej instancji podanie art. 233 § 1 pkt 1 O.p. jako podstawy prawnej wydanej decyzji nie stanowi naruszenia prawa procesowego, a tym bardziej naruszenia prawa procesowego uzasadniającego uchylenie zaskarżonej decyzji. Zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji bez powołanej podstawy prawnej odnoszącej się do powstania zobowiązania podatkowego i jego zadeklarowania w zeznaniu tj. art. 7 ust. 1 i 2, art. 15 ust. 4, art. 18, art. 19 ust. 1 art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p., oraz w zakresie odsetek za zwłokę, tj. art. 24 ust. 5 i 6 u.k.s., należy zatem uznać za niezasadny.

Zarzut naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 O.p. oraz art. 120 O.p. został sformułowany jako konsekwencja wskazanych powyżej zarzutów naruszenia prawa materialnego i naruszenia przepisów procesowych. Skoro w ocenie Sądu brak podstaw do uznania za zasadne wcześniejszych zarzutów, to w konsekwencji nie można uznać za zasadne zarzutów naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 O.p. oraz art. 120 O.p. Dodać należy, że dokonywanie przez organy podatkowe wykładni przepisów prawa odmiennej od oczekiwanej przez stronę nie stanowi naruszenia zasady określonej w art. 120 O.p. Również brak akceptacji strony dla sposobu uzasadnienia wydanej decyzji nie oznacza, że postępowanie nie było prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych.

Powyższe zapatrywanie zostało potwierdzone w orzecznictwie – w wyroku z 25 września 2007 r., sygn. akt I FSK 657/06, Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że wskazanie przepisów prawa materialnego, stanowiących podstawę prawną zaskarżonej decyzji, jedynie w jej uzasadnieniu, nie może być uznane za takie naruszenie art. 210 § 1 pkt 4 i pkt 6 oraz § 4 O.p., które mogłoby mieć istotny wpływ na wynik sprawy w rozumieniu art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. [co uzasadniałoby jej wzruszenie]. Pogląd ten podtrzymał Naczelny Sąd Administracyjny w innych orzeczeniach, przykładowo w wyroku z 21 listopada 2008 r. w spr. II FSK 503/08.

Sąd podziela powyższe poglądy, dostrzegając zarazem że uzasadnienie zaskarżonej decyzji wyjaśnia motywy, którymi kierował się organ w dokonanym rozstrzygnięciu, wskazuje także podstawę prawną dokonanych rozstrzygnięć.

14. Za bezpodstawny uznano również zarzut naruszenia art. 2 w zw. z art. 42 ust. 3 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej w zw. z art. 16 i art. 48 ust. 1 i 2 Karty Praw Podstawowych Unii Europejskiej poprzez naruszenie zasady demokratycznego państwa prawnego i wynikającego z tej zasady nakazu ochrony zaufania obywateli do państwa i stanowionego przezeń prawa, przejawiające się w pozbawieniu Skarżącej możliwości skorzystania z domniemania niewinności oraz pozbawienie Skarżącej prawa do obrony poprzez oparcie rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie na niepełnym materiale dowodowym, dopuszczenie się rażących błędów proceduralnych i w rezultacie osądzenie Skarżącej i wydanie rozstrzygnięcia na długo przed fizycznym wydaniem skarżonej decyzji. Analiza sposobu prowadzenia postępowania przez organy nie potwierdza wniosku o naruszeniu zasady demokratycznego państwa prawa oraz zasady nakazu ochrony zaufania obywateli do państwa i stanowionego przezeń prawa, ani pozbawieniu Skarżącej prawa do obrony. Przypomnienia przy tym wymaga, że postępowanie trwało ponad 3 lata a Skarżąca brała w nim czynny udział, zaś ustalenia w sprawie dokonane zostały w znacznej mierze na dowodach dostarczonych przez Skarżącą – treści "czynnych żalów" złożonych przez członków zarządu Skarżącej oraz wyjaśnień członków zarządu a także zabezpieczonych dowodach w postaci zeszytów obrazujących transakcje z wybranymi dostawcami jaj oraz zapisami w programie księgowym Subiekt. Dokonana przez organy obu instancji ocena obejmuje nie tylko rozstrzygnięcia dolegliwe dla Skarżącej [zwiększenie wysokości uzyskanych przychodów a także zmniejszenie kosztów ich uzyskania], ale także te, które są dla niej korzystne, jak zwiększenie kosztów uzyskania przychodów o 1 392 004,19 zł z tytułu wydatków na wypłacone pracownikom i współpracownikom wynagrodzenia, które nie zostały w ten sposób zakwalifikowane przez Skarżącą.

15. Sąd nie podzielił również postawionych w skardze "z ostrożności procesowej" zarzutów naruszenia przepisów prawa materialnego, tj.: art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p., art. 11 ust. 1, 2, 3, 4, 5, 6 u.p.d.o.p., art. 15 ust. 1 i 4 u.p.d.o.p., art. 16 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.p., art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p., art. 24 ust. 5 i 6 u.k.s.a także przepisów ustawy z 29 września 1994 r. o rachunkowości [Dz. U. z 2013 r., poz. 330, ze zm., dalej "u.o.r."], a w szczególności art. 6, poprzez niezastosowanie ich przy określaniu podstawy opodatkowania w zakresie kosztu własnego sprzedanych towarów oraz pochodnych wypłaconych wynagrodzeń.

Powyższe zastrzeżenia Skarżąca wyartykułowała bowiem w ramach pozostałych zarzutów, które okazały się niezasadne.

16. Sąd, mając powyższe okoliczności na względzie uznał za zasadne oddalenie skargi, na mocy art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi [t.j. Dz.U. z 2017 r. poz. 1369, 1370 ze zm.], gdyż postawione w skardze zarzuty nie mogły być uznane za uzasadniające uchylenie zaskarżonej decyzji.