Wyrok WSA w Krakowie, sygn. akt I SA/Kr 1992/11
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie
Data orzeczenia: 2012-02-28 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
6560
Hasła tematyczne: Inne
Skarżony organ: Minister Finansów
Treść wyniku: uchylono zaskarżoną interpretację
Powołane przepisy: article: art. 90 ust. 1 i 2,  art. 91,  art. 86
journal: Dz.U. 2011 nr 177 poz 1054
law: Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług - tekst jednolity

SENTENCJA

Sygn. akt I SA/Kr 1992/11 | | W Y R O K W IMIENIU RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ Dnia 28 lutego 2012r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, w składzie następującym:, Przewodniczący Sędzia: WSA Inga Gołowska (spr.), Sędziowie: WSA Maja Chodacka, WSA Paweł Dąbek, Protokolant: Iwona Sadowska - Białka, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 28 lutego 2012r., sprawy ze skargi Agencji [...] S.A. w K., na interpretację indywidualną Ministra Finansów, z dnia 5 sierpnia 2011r. Nr [...], w przedmiocie podatku od towarów i usług, I. uchyla zaskarżoną interpretację indywidualną, II. określa, iż zaskarżona interpretacja nie może być wykonana do chwili uprawomocnienia się wyroku, III. zasądza od Ministra Finansów na rzecz strony skarżącej koszty postępowania w kwocie 457 zł ( czterysta pięćdziesiąt siedem złotych).


UZASADNIENIE

W dniu 5 maja 2011r. wpłynął do Dyrektora Izby Skarbowej (działającego z upoważnienia Ministra Finansów) wniosek Skarżącej- A.[...] Spółki Akcyjnej z siedzibą w K. (dalej- A.) o udzielenie pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego w indywidualnej sprawie dotyczącej podatku od towarów i usług.

Skarżąca przedstawiła następujące zdarzenie przyszłe:

Skarżąca jest instytucją powołaną do prowadzenia działalności na rzecz rozwoju regionalnego i promocji. Do podstawowych zadań należy: wspieranie rozwoju regionu poprzez przekształcenia strukturalne i własnościowe, inicjowanie i promowanie przedsiębiorczości, tworzenie oraz wspieranie inicjatyw gospodarczych organizowanych na rzecz nowych miejsc pracy a także uczestnictwo we wdrażaniu programów europejskich. Spółka jest właścicielem nieruchomości komercyjnych i produkcyjno-magazynowych podlegających wynajmowi. Jest czynnym zarejestrowanym podatnikiem składającym deklaracje VAT-7. W celu zwiększenia efektywności i jakości oferowanych. Usług ułatwienia dostępu do oferty Spółki; wzmocnienia wizerunku instytucji nowoczesnej przyjaznej przedsiębiorcom, profesjonalnej w działaniu i probiznesowej pozyskała dofinansowanie w ramach Wojewódzkiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2007-2013 (Oś priorytetowa II: Gospodarka regionalnej szansy. Działanie 2.1. Rozwój i podniesienie konkurencyjności przedsiębiorstw. Schemat C: Dotacje dla instytucji otoczenia biznesu). Podstawowym działaniem w ramach powyższego projektu będzie stworzenie Kompleksowego Elektronicznego Systemu Współpracy z Przedsiębiorcami (KESWP) zintegrowanego i działającego w oparciu o rozwiązania o charakterze wewnętrznym usprawniające procesy zachodzące w firmie oraz umożliwiające optymalne wykorzystanie zasobów. W ramach KESWP zrealizowane będą moduły: zewnętrzny portal informacyjny przeznaczony dla klientów-przedsiębiorców formalnie związanych z A. (np. umową o dofinansowanie projektu, wnioskiem o udzielenie pożyczki, umową przyznania pożyczki, umową najmu, umową o świadczenie usług doradczych itp.).W ramach zewnętrznego portalu informacyjnego zrealizowane będą indywidualne panele dla klientów A. dla których świadczone są zarówno usługi opodatkowane, zwolnione jak i nie podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT. W zakresie obszarów wewnętrznych powstaną: moduł zarządzania relacjami z klientami, baza nieruchomości, elektroniczny obieg dokumentów, moduł zarządzania projektami, moduł księgowo-finansowy, moduł obsługi pożyczek, portal wewnętrzny, narzędzia oraz moduł administracyjny. Zgodnie z podpisana umową dofinansowania, otrzymana dotacja nie ma bezpośredniego związku ze sprzedażą, nie jest przyznana jako dopłata do ceny usługi i zostanie przeznaczona na: zakup wartości niematerialnych i prawnych, zakup nowych środków trwałych (w tym przewidziano wydatki na modernizację istniejących stacji roboczych), szkolenia specjalistyczne pracowników, promocję projektu, Spółki i świadczonych usług. Dofinansowanie realizacji projektu stanowi 50% kosztów kwalifikowanych tj. 1 mln złotych. Termin realizacji: od 15 czerwca 2011r. do 14 czerwca 2013r. Projekt jest realizowany wyłącznie przez A. bez udziału partnerów. W uzupełnieniu wniosku podano, iż zrealizowane w ramach projektu moduły: moduł zarządzania relacjami z klientami, baza nieruchomości, elektroniczny obieg dokumentów, moduł zarządzania projektami, moduł księgowo-finansowy, moduł obsługi pożyczek, portal wewnętrzny, narzędzia oraz moduł administracyjny będą wykorzystywane przez A. do czynności mieszanych tj. zarówno czynności opodatkowanych, zwolnionych jak i nie podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT. Nabywcą towarów i usług w fakturach dokumentujących zakupy dokonane w ramach realizacji projektów będzie A. A. nie jest w stanie wyodrębnić zakupów związanych z poszczególnymi kategoriami działalności tj. z działalnością wyłącznie opodatkowaną, wyłącznie zwolnioną, mieszaną oraz niepodlegająca opodatkowaniu podatkiem VAT. Proporcja określona zgodnie z art. 90 ust. 2-8 ustawy z 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U Nr 54, poz. 535 ze zm. dalej-u.p.t.u.) przekroczyła 2%.

W związku z powyższym Skarżąca zadała pytanie: czy A. będzie przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego VAT wynikającego z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług służących realizacji projektu KESWP w części zawiązanej ze sprzedażą opodatkowaną?

Zdaniem Skarżącej, zakupy przez nią realizowane w ramach projektu KESWP będą miały wpływ na poprawę efektywności i jakości różnych typów oferowanych przez Skarżącą usług-zarówno opodatkowanych, zwolnionych jak i nie opodatkowanych podatkiem VAT czyli w sposób pośredni, będą miały związek ze sprzedażą opodatkowaną i zwolnioną. W odniesieniu do powyższych zakupów nie będzie możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, które są wykorzystywane przez Skarżącą do wykonywania czynności w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego jak i czynności w związku z którymi takie prawo nie przysługuje. W takim przypadku, zgodnie z art. 90 ust. 1 i 2 u.p.t.u. można dokonać pomniejszenia kwoty podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. W odniesieniu do zakupów związanych z projektem KESWP, Skarżąca będzie korzystać z prawa do proporcjonalnego obniżenia kwoty podatku należnego wg zasad określonych w art. 90 i art. 91 u.p.t.u.

W interpretacji indywidualnej z 5 sierpnia 2011r. (Nr[...]) organ uznał stanowisko Spółki za nieprawidłowe. W uzasadnieniu wskazał, że prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje tylko czynnym podatnikom VAT oraz tylko w takim przypadku gdy dokonywane zakupy mają ścisły związek z czynnościami opodatkowanymi. Odliczyć zatem można w całości podatek naliczony, który jest związany z transakcjami opodatkowanymi podatnika tzn. których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego). Wskazana zasada wyłącza jednocześnie możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych czyli w przypadku świadczenia czynności zwolnionych od podatku oraz niepodlegających temu podatkowi. Odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części (w takim zakresie) w jakiej dane towary lub usługi z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych z pominięciem tej części podatku w jakiej te towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności zwolnionych od podatku lub niepodlegających opodatkowaniu. Podatnik w momencie nabycia towarów lub usług powinien dokonać ich kwalifikacji do określonych rodzajów sprzedaży z którymi zakupy te są związane. Najistotniejszym bowiem warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi.

Minister Finansów wskazał, iż w celu prawidłowej realizacji prawa do odliczenia podatku należnego, A. winien przyporządkować w odpowiednich częściach podatek wynikający z faktur zakupu związany z realizowanym projektem poszczególnym rodzajom działalności. Czynności niepodlegające opodatkowaniu nie są objęte regulacją u.p.t.u. i w rezultacie odliczenie podatku naliczonego związanego z tymi czynnościami stanowiłoby nieuprawnione rozszerzenie zakresu stosowania ustawy na sferę, której ta ustawa w ogóle nie dotyczy. Minister Finansów zaznaczył także, iż w pierwszym etapie z całości zakupów związanych z realizowanym projektem należy wydzielić tę ich część, która nie jest związana z działalnością podlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT i część, która związana jest z działalnością gospodarczą (zarówno opodatkowaną jak i zwolnioną). Aby tego dokonać Spółka powinna posłużyć się wybranym przez siebie miarodajnym i uzasadnionym kryterium podziału odpowiednim do specyfiki prowadzonej działalności. Wyboru tego klucza powinna dokonać Spółka. W drugim etapie, w odniesieniu do zakupów związanych z działalnością zarówno opodatkowaną podatkiem VAT jak i zwolnioną z opodatkowania podatkiem, Spółka winna ustalić właściwą proporcję jako udział rocznego obrotu z działalności gospodarczej opodatkowanej w całkowitym obrocie uzyskanym z działalności gospodarczej opodatkowanej i zwolnionej. Kwota podatku naliczonego do odliczenia ustalona na podstawie proporcji wyliczonej przy zastosowaniu tych zasad nie jest jednak ostateczna. Po zakończeniu realizacji projektu będzie on generować obrót opodatkowany i zwolniony. W zależności od stanu faktycznego struktura sprzedaży uzyskana przez Spółkę może się zmienić i rzeczywisty poziom wskaźnika korekty znany będzie Podatnikowi po zakończeniu każdego roku podatkowego a zatem konieczna będzie korekta odliczonego wcześniej podatku naliczonego. Możliwość zastosowania proporcji znajduje uzasadnienie tylko w odniesieniu do czynności objętych działaniem u.p.t.u. (zarówno opodatkowanych jak i zwolnionych) z wyłączeniem czynności niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT.

Pismem z 23 sierpnia 2011r. Skarżąca Spółka wezwała Dyrektora Izby Skarbowej, działającego z upoważnienia Ministra Finansów do usunięcia naruszenia prawa i orzeczenie, że stanowisko prezentowane przez wnioskodawcę jest prawidłowe. W odpowiedzi na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa, Dyrektor Izby Skarbowej działając w imieniu Ministra Finansów, po ponownej analizie sprawy, z uwzględnieniem zarzutów przytoczonych w wezwaniu, stwierdził brak podstaw do zmiany kwestionowanej interpretacji. W uzasadnieniu tego stanowiska organ powołał się na argumentację przywołaną już w wydanej interpretacji.

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie na powyższą pisemną indywidualną interpretację, Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonych interpretacji, uznanie uprawnienia Skarżącej do dokonywania w stanie faktycznym objętym przedmiotową sprawą obniżenia kwoty należnego podatku od towarów i usług o kwotę podatku naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących wydatki ponoszone w związku z realizacją projektu, którego przedmiotem będzie stworzenie Kompleksowego Elektronicznego Systemu Współpracy z Przedsiębiorcami, przy zastosowaniu wskaźnika ustalonego na podstawie proporcji zgodnie z art. 86 oraz art. 90 u.p.t.u. w odniesieniu do czynności opodatkowanych, zwolnionych od opodatkowania i nie podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług i zasądzenie kosztów postępowania. Skarżąca zarzuciła naruszenie:

1.art. 86 ust. 1 oraz art. 90 ust. 1, 2 i 3 u.p.t.u. poprzez błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że podatnik VAT ma obowiązek rozliczania podatku naliczonego w oparciu o nieokreśloną metodę przypisania podatku naliczonego czynnościom opodatkowanym i czynnościom nieopodatkowanym, pomimo, iż ustawodawca w przypadku opisanym przez Skarżącą wprowadza zasadę odliczenia podatku VAT naliczonego w oparciu o proporcję sprzedaży określoną w art. 90 ust. 2 u.p.t.u.,

2.art. 217 Konstytucji poprzez uznanie, że istotne elementy konstrukcji podatku od towarów i usług nie są określone w ustawie lecz powinny być samodzielnie ustalane przez podatnika,

3.art.173 ust. 1 i art. 174 ust. 1 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006r. w sprawie-wspólny system od wartości dodanej (Dz. U.UE.L. 06.347.1) poprzez ograniczenie prawa odliczenia podatku naliczonego wg proporcji do transakcji podlegających opodatkowaniu, podczas gdy przepisy wprost przewidują, że proporcja podlegająca odliczeniu jest ustalana dla wszystkich transakcji dokonywanych przez podatnika.

Uzasadniając skargę, jej autor podniósł, iż wydana interpretacja nie odpowiada aktualnemu orzecznictwu sądów administracyjnych w tym zakresie (wyrok WSA w Białymstoku z 8 marca 2011r. sygn. akt: I SA/Bk 18/11, wyrok WSA w Lublinie z 8 października 2010r. sygn. akt: I SA/Lu 331/10, wyrok NSA z 8 stycznia 2010r. sygn. akt: I FSK 1605/08, NSA z 8 kwietnia 2011r. sygn. akt: I FSK 659/10). W myśl powołanych orzeczeń bezpodstawne jest nakładanie na podatnika obowiązku wydzielania z całości faktur dokumentujących zakupy kwoty podatku naliczonego przypadającej na czynności niepodlegające opodatkowani, co miałoby poprzedzać ustalenie właściwej proporcji w odniesieniu do wydzielonych wydatków związanych z opodatkowana i zwolnioną działalnością gospodarczą podatnika. Organ w zaskarżonej interpretacji kwestionuje prawo do odliczenia podatku naliczonego związanego z czynnościami pozostającymi poza zakresem ustawy o VAT. W uzasadnieniu wskazano, że żaden przepis ustawy ani też innego aktu prawego nie wskazuje, że współczynnik proporcji obliczony zgodnie z art. 90 ust.2-10 u.p.t.u. należy następnie zastosować wyłącznie w odniesieniu do czynności opodatkowanych i zwolnionych z opodatkowania. Przyjęcie takiej interpretacji organu, powoduje, że proporcjonalne obniżenie kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego zostaje bezpodstawnie częściowo wyłączone a tym samym prawo podatnika do odliczenia-ograniczone. Proporcję ustaloną zgodnie z art. 90 u.p.t.u. należy stosować w stosunku do całej kwoty podatku naliczonego od towarów i usług związanych z czynnościami Skarżącej, zarówno opodatkowanymi, zwolnionymi z opodatkowania jak i nie podlegającymi opodatkowaniu. Powyższe stanowisko podzielił także WSA w Krakowie (wyroki w sprawach o sygn. akt: I SA/Kr 1821/10, I SA/Kr 1889/10). Wskazano również, iż wydana interpretacja jest wewnętrznie sprzeczna i nielogiczna albowiem z jej treści wynika, że Minister Finansów częściowo podziela jednak stanowisko Spółki.

Co do naruszenia art. 173 i art. 174 Dyrektywy Rady nr 2006/112/WE to wskazano, że orzecznictwo ETS (obecnie Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej) rozstrzygnęło, że w obliczaniu proporcji nie należy uwzględniać czynności niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT (orzeczenie w sprawie C-333/910). Włączenie tych transakcji do mianownika ułamka powodowałoby obniżenie proporcji a co za tym idzie-zmniejszenie kwot podatku naliczonego podlegających odliczeniu.

Interpretacja narusza także art. 217 Konstytucji co wynika z faktu, że wybór metody wyodrębnienia podatku nie został przez ustawodawcę określony ani w ustawie ani w przepisach wykonawczych. Próbę oparcia rozstrzygnięcia przedmiotowej interpretacji na podstawowych zasadach wynikających z elementów konstrukcyjnych u.p.t.u. wg Skarżącej należało uznać za chybioną skoro godzi to w zasadę ustawowej określoności obowiązków podatkowych.

W odpowiedzi na skargę, organ wniósł o jej oddalenie podtrzymał dotychczasowe stanowisko wyrażone w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjne w Krakowie zważył, co następuje:

Niniejsza sprawa podlega rozpoznaniu przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie na mocy przepisu §1 pkt 1 rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z 28 sierpnia 2008r. w sprawie przekazania rozpoznawania innym wojewódzkim sądom administracyjnym niektórych spraw z zakresu działania ministra właściwego do spraw finansów publicznych, Prezesa Zakładu Ubezpieczeń Społecznych oraz Prezesa Kasy Rolniczego Ubezpieczenia Społecznego (Dz. U. Nr 163, poz. 1016). Zgodnie z art. 1§1 oraz art. 2 ustawy z 30 sierpnia 2002r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. Nr 153, poz. 1269 ze zm. dalej-p.p.s.a.) Sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości poprzez m.in. kontrolę administracji publicznej. Kontrola ta jest sprawowana pod względem zgodności z prawem wydawanych przez nią decyzji, postanowień bądź innych aktów. Stosownie zaś do art. 3§1 i §2 pkt 4a p.p.s.a. kontrola działalności administracji publicznej przez Sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg m.in. na pisemne interpretacje przepisów prawa podatkowego wydawane w indywidualnych sprawach. Sąd uwzględniając skargę na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego uchyla taką interpretację (art. 146§1 p.p.s.a.). Rozpoznając skargę na interpretację prawa podatkowego Sąd administracyjny kontroluje poprawność merytoryczną dokonanej interpretacji oraz prawidłowość prowadzonego w tej sprawie postępowania interpretacyjnego, a więc zgodność z prawem samej czynności według stanu prawnego z daty jej dokonania oraz legalność postępowania poprzedzającego jej wydanie.

Dokonując kontroli zaskarżonej interpretacji indywidualnej w oparciu o przedstawione wyżej zasady orzekający w niniejszej sprawie Sąd doszedł do przekonania, że akt ten narusza prawo w zakresie powodującym konieczność wyeliminowania go z obrotu prawnego. Skarga jest zatem zasadna.

Celem kontroli sprawowanej przez Sąd administracyjny jest ocena zgodności z prawem działalności administracji publicznej. Sąd, na skutek zaskarżenia aktu lub czynności (bezczynności) organu administracji publicznej, nie przejmuje sprawy administracyjnej do końcowego załatwienia, lecz ma jedynie skontrolować (ocenić) działalność tego organu. Sąd administracyjny nie zastępuje organu administracji publicznej i nie rozstrzyga sprawy administracyjnej. Orzeczenia Sądu administracyjnego, w razie uwzględnienia skargi, rozstrzygają o uchyleniu lub stwierdzeniu nieważności zaskarżonego aktu oraz zobowiązują organ administracji publicznej do określonego zachowania w toku dalszego załatwiania sprawy. Oznacza to, że Sąd administracyjny rozstrzyga wprawdzie konflikt (kontrowersje), lecz nie między stronami postępowania administracyjnego, a pomiędzy stronami postępowania sądowoadministracyjnego (tj. organem administracji, który wydał zaskarżony akt, a podmiotem legitymowanym do jego zaskarżenia), i tylko w zakresie obejmującym legalność zachowań prawnych organu administracyjnego. W takim tylko zakresie sprawa administracyjna staje się w postępowaniu sądowoadministracyjnym przedmiotem oceny sądu. Sąd administracyjny nie ma zatem możliwości podejmowania rozstrzygnięć merytorycznych czy działań należących do kompetencji organu, którego akt administracyjny jest przedmiotem sądowej kontroli.

Z tych też względów Sąd nie mógł uwzględnić wniosku zawartego w pkt 2 skargi i uznać uprawnienia Skarżącej do obniżenia kwoty podatku należnego wynikającego z faktur dokumentujących wydatki ponoszone w związku z realizacja projektu KESWP.

Istota kontrowersji w sprawie poddanej osądowi, dotyczyła proporcjonalnego prawa do odliczenia, o którym mowa w art. 90 ust. 2 u.p.t.u., a w szczególności sposobu liczenia tej proporcji, w sytuacji, gdy podatnik zakupione towary wykorzystuje zarówno do czynności opodatkowanych, zwolnionych jak i niepodlegających opodatkowaniu VAT.

Powyższe zagadnienie stanowiło przedmiot analizy Naczelnego Sądu Administracyjnego, który w uchwale z 24 października 2011r. sygn. akt: I FPS 9/10 orzekł, że w świetle przepisów art. 86 ust. 1 oraz art. 90 ust. 1 i 2 u.p.t.u. czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług nie mogą wpłynąć na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego przy zastosowaniu art. 90 ust. 3 powołanej wyżej ustawy. Zaprezentowana konstatacja ma niezwykle istotne znaczenie dla rozpoznawanej sprawy, albowiem wykładnia powołanych przepisów u.p.t.u., którą w cyt. uchwale zaprezentował Naczelny Sąd Administracyjny przesądza o wadliwości zaproponowanego przez Ministra Finansów "dwuetapowego" podziału podatku naliczonego i liczenia na tej podstawie właściwej proporcji.

Stosownie do treści art. 86 ust. 1 u.p.t.u. w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124. Na podstawie natomiast art. 90 ust. 1 u.p.t.u. w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa w ust. 1, to na podstawie art. 90 ust. 2 u.p.tu. podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, z zastrzeżeniem ust. 10. Proporcję, o której mowa w ust. 2, stosownie do art. 90 ust. 3 u.p.t.u. ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.

Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 24 października 2011r. sygn. akt: I FPS 9/10 wywiódł, że zawarte w przepisach art. 90 ust. 1- 3 u.p.t.u. sformułowanie "czynności, w związku z którymi nie przysługuje prawo do odliczenia" należy rozumieć jako odnoszące się do czynności zwolnionych od podatku. Skoro bowiem rzecz dotyczy odliczenia podatku, to pod uwagę można wziąć tylko takie transakcje, które w ogóle objęte są zakresem przedmiotowym VAT. W tej części są to tylko czynności zwolnione od podatku, gdyż czynności niepodlegające w ogóle podatkowi nie są objęte zakresem przedmiotowym VAT. Sformułowanie "czynności, w związku z którymi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku" należy zatem rozumieć jako "czynności zwolnione od podatku" oraz czynności opodatkowane na specjalnych zasadach, gdzie ustawa wprost stwierdza, że podatnik nie ma prawa do odliczenia (por. art. 114 u.p.t.u.).

Podzielając powyższe stanowisko należało zatem stwierdzić, że w przypadku podatku naliczonego wynikającego z wydatków związanych tylko z czynnościami opodatkowanymi oraz z czynnościami niepodlegającymi podatkowi (których nie da się jednoznacznie przypisać do jednej z tych kategorii czynności), podatnik nie stosuje odliczenia częściowego wedle proporcji określonej na podstawie art. 90 ust. 3 u.p.t.u., lecz odliczenie pełne. Wartość czynności niepodlegających w ogóle opodatkowaniu nie wchodzi bowiem do sumy wartości obrotów ustalanych dla potrzeb liczenia proporcji sprzedaży. W przypadku gdy podatnik wykonuje wyłącznie czynności opodatkowane oraz czynności niepodlegające podatkowi, nie ma obowiązku stosowania odliczenia częściowego (gdyby ewentualnie chciał ustalać proporcję sprzedaży dla celów odliczenia, to wyniesie ona 100%). Brak jest bowiem- przy braku w ustawie jednoznacznej regulacji tegoż zagadnienia-podstaw do pozbawiania podatnika w ogóle możliwości odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych jednocześnie z czynnościami opodatkowanymi i nieopodatkowanymi, gdyż godziłoby to w zasadę neutralności VAT, poprzez bezpodstawne obciążenie podatnika podatkiem naliczonym wynikającym z tego rodzaju wydatków.

W świetle powyższego, proponowana przez Ministra Finansów "dwuetapowa" metoda ustalania proporcji, w której pierwszy etap miał polegać na wyodrębnieniu z całości zakupów związanych z realizowanym projektem, tę ich część, która nie jest związana z działalnością podlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT i część, która związana jest z działalnością gospodarczą w rozumieniu przepisów u.p.t.u. (zarówno opodatkowaną jak i zwolnioną) nie mogła zasługiwać na akceptację. W świetle wykładni przyjętej przez NSA w cyt. powyżej uchwale, takie działanie stanowiłoby niedopuszczalną, bezpośrednią ingerencję w prawo do odliczenia, która w przypadku czynności nie objętych zakresem u.p.t.u nie może, z przyczyn wskazanych wcześniej, mieć miejsca.

Ponownym rozpatrując wniosek o interpretację organ podatkowy winien dokonać oceny stanowiska spółki zaprezentowanego we wniosku z uwzględnieniem oceny prawnej wyrażonej w niniejszym wyroku (art. 153 p.p.s.a.). Stwierdzenie przez Sąd, że na podstawie art. 152 p.p.s.a. uchylona interpretacja indywidualna nie podlega wykonaniu oznacza, że interpretacja ta nie wywołuje skutków prawnych, które wynikają z jej rozstrzygnięcia, od chwili wydania wyroku, mimo że wyrok uchylający tę interpretację nie jest jeszcze prawomocny.

W tym stanie sprawy Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie na podstawie art. 146§1 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji wyroku. O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 p.p.s.a.