Wyrok WSA w Krakowie, sygn. akt I SA/Kr 1441/12
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie
Data orzeczenia: 2012-11-16 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6112 Podatek dochodowy od osób fizycznych, w tym zryczałtowane formy opodatkowania
Hasła tematyczne: Podatkowe postępowanie
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: oddalono skargi
Powołane przepisy: article: art. 21 par 2 i 3, art.74, art.75, art.130 ust 1 pkt 6
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.
article: art. 153
journal: Dz.U. 2012 poz 270
law: Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - tekst jednolity.

SENTENCJA

Sygn. akt I SA/Kr 1441/12 | | W Y R O K W IMIENIU RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ Dnia 16 listopada 2012 r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, w składzie następującym:, Przewodniczący Sędzia: WSA Agnieszka Jakimowicz, Sędziowie: WSA Ewa Michna (spr.), WSA Urszula Zięba, Protokolant: Iwona Sadowska - Białka, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 16 listopada 2012 r., sprawy ze skarg B. C. i A. C., na decyzje Dyrektora Izby Skarbowej, z dnia 9 lipca 2012 r. Nr [...],, Nr [...], w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2000 i 2001 r., - s k a r g i o d d a l a -


UZASADNIENIE

I. Postępowanie przed organami

1. A. i B. C. (skarżący) wystąpili w dniu 7 lutego 2007 r. z wnioskami o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za lata 2000 i 2001 w kwocie odpowiednio 27 925 480 zł oraz 7 742 643,40 zł (jako nienależnie zapłaconego podatku) i złożyli jednocześnie korektę rocznego zeznania podatkowego PIT-36.

2. Jako podstawę wniosku, skarżący wskazali na art.190 ust. 4 Konstytucji RP, art. 74 pkt 1 oraz art. 72 §1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005r. nr 8 poz. 60 ze zm.). Dalej skarżący powołali się na orzeczenia: wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 25 czerwca 2002 r., K 45/01 oraz uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 marca 2005 r. FPS 4/04 – oba dotyczące skutków zmian przepisów ustawy z dnia 27 sierpnia 1997r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz o zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. nr 123 poz. 776 ze zm.) przy braku właściwych przepisów przejściowych tj. pozbawienia zwolnienia podatkowego zakładów pracy chronionej w sytuacji, kiedy w zaufaniu do dotychczasowych przepisów, została rozpoczęta realizacja długookresowego przedsięwzięcia inwestycyjnego na rzecz niepełnosprawnych (w przypadku Zakładów "T" s.c. Zakład Pracy Chronionej, których wspólnikiem był B.C.: budowa zakładu produkcyjnego w K., ul. N. , gdzie kwota środków własnych przekazanych na sfinansowanie inwestycji wyniosła w latach 1999 - 2001 ponad 130 mln zł, w tym do dnia 30 listopada 1999 r. wydano ponad 61 mln zł).

3. Naczelnik Urzędu Skarbowego w M. dwoma odrębnymi decyzjami o kolejnych numerach [...] oraz [...] z dnia 9 marca 2006 r. stwierdził brak nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych w ww. kwotach 27 925 480 zł (2000 r.) oraz 7 742 642,40 zł (2001 r.). Organ uzasadniał, że zapłacony podatek nie mógł być traktowany jako nadpłata wynikająca z orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, o której mowa w art. 74 Ordynacji podatkowej. Natomiast powołana we wniosku uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego nie zawierała, zdaniem organu, żadnych stwierdzeń wskazujących na zwolnienie od wpłat danej grupy podatników, jak również nie dawała żadnych dyspozycji organom skarbowym do dokonywania zwrotu wpłaconych kwot podatku.

4. Po wniesieniu odwołań, Dyrektor Izby Skarbowej decyzjami z dnia 28 lipca 2006 r. uchylił decyzje organu pierwszej instancji i stwierdził nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych we wnioskowanej wysokości (przy czym decyzje te zostały wydane po uprzednim zweryfikowaniu w postępowaniu uzupełniającym wartości wydatków inwestycyjnych). W uzasadnieniu organ powołał ówczesne orzecznictwo sądów administracyjnych (2003-2006), które, jego zdaniem, uprawniało do uznania argumentów skarżących za zasadne. Organ uznał bowiem, że konstytucyjna zasada równości umożliwiała zastosowanie skutków ww. wyroku Trybunału Konstytucyjnego również w przypadku zakładów pracy chronionej, które uzyskały taki status bezterminowo.

5. Stwierdzone ww. decyzjami Dyrektora Izby Skarbowej nadpłaty zostały zwrócone skarżącym.

6. Decyzjami z dnia 28 stycznia 2010 r. (po wszczęciu postanowieniami z dnia 12 sierpnia 2009 r. postępowania z urzędu) Minister Finansów stwierdził nieważność obu ww. decyzji Dyrektora Izby Skarbowej z dnia 28 lipca 2006 r. W uzasadnieniu wskazał, że wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., [...] odnosił się jedynie do przedsiębiorców, którzy dla swoich zakładów uzyskali status zakładu pracy chronionej na czas określony, stosownie do art. 30 ust. 1 cyt. ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych. Natomiast zakład pracy chronionej, której współwłaścicielem był B.C. nabył (na czas nieokreślony) status prowadzącego zakład pracy chronionej na podstawie wcześniej obowiązujących przepisów, tj. ustawy z dnia 9 maja 1991 r. o zatrudnianiu i rehabilitacji zawodowej i społecznej osób niepełnosprawnych (Dz. U. nr 46, poz. 201 ze zm.). Organ wywiódł więc, że skarżący nie mogli powoływać się na ww. wyrok Trybunału Konstytucyjnego dotyczący zakładów pracy chronionej, którym taki status przyznano na czas określony.

7. Po wniesieniu odwołań, Minister Finansów decyzjami z dnia 23 kwietnia 2010 r. utrzymał w mocy zaskarżone decyzje powtarzając dotychczasowe argumenty, że ww. orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego nie odnosiło się do zakładów pracy chronionej mających status takiego zakładu nadany na podstawie poprzednio obowiązującej ustawy. Oznaczało to, że dla tej grupy zakładów pracy chronionej, zlikwidowanie zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych w ustawie z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. nr 95, poz. 1101) nie naruszało zasady ochrony praw nabytych i ochrony interesów w toku. Dodatkowo Minister Finansów wskazał, że w późniejszym wyroku z dnia 8 stycznia 2009 r., P 6/07, Trybunał Konstytucyjny stwierdził, że poza kręgiem adresatów wyroku, na który powoływali się skarżący, pozostawali prowadzący zakłady pracy chronionej, którzy uzyskali ten status bezterminowo.

8. Wyrokami z dnia 16 marca 2011 r., III SA/Wa 1612/10 (2000 r.) oraz III SA/Wa 1611/10 (2001r.) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargi. Następnie wniesione przez skarżących skargi kasacyjne zostały oddalone wyrokami Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 2 marca 2012 r., II FSK 1651/11 (2000 r.) i II FSK 1982/11 (2001 r.) – wymienione wyroki jak i wszystkie powoływane poniżej orzeczenia sądów administracyjnych dostępne na stronie www.orzeczenia.nsa.gov.pl.

9. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że zaskarżone wyroki Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie pomimo częściowo błędnego uzasadnienia (sąd pierwszej instancji skupił się wyłącznie na rażącym naruszeniu art. 31 ust. 1 pkt 4 o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych choć naruszenie to było dopiero konsekwencją naruszenia art. 2 pkt 2 w zw. z art. 4 ustawy o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawych) odpowiadały prawu.

10. Odnosząc się do istoty sporu (z uzasadnienia ww. wyroków: "Istotą sporu między stroną skarżącą a Ministrem Finansów są dwie kwestie - istnienie wady decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w postaci rażącego naruszenia prawa oraz możliwość stwierdzenia nieważności tej decyzji z uwagi na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, którego dotyczył wniosek o stwierdzenie nadpłaty") Naczelny Sąd Administracyjny przyznał, że w dacie orzekania organu, część wojewódzkich sądów administracyjnych rozciągała skutki ww. wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002r., K 45/01 również na zakłady pracy chronionej, które uzyskały swój status na czas nieokreślony na podstawie poprzednio obowiązujących przepisów. Powołał się jednak na jednolitą linię orzeczniczą Naczelnego Sądu Administracyjnego (wyroki zapadające od 2007 r.) oraz nowe orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego. Naczelny Sąd Administracyjny wskazał przy tym, że istotą konstytucyjnej zasady równości jest: "...równe traktowanie wszystkich podmiotów charakteryzujących się w równym stopniu daną cechą istotną (relewantną), tzn. według jednakowej miary, bez zróżnicowań zarówno dyskryminujących, jak i faworyzujących. Takie ujęcie zasady równości dopuszcza natomiast odmienne traktowanie osób, które tej cechy nie mają. Dopiero jeżeli kontrolowana norma traktuje odmiennie adresatów, którzy odznaczają się określoną cechą wspólną, mamy do czynienia z odstępstwem od zasady równości. W tym przypadku w odniesieniu do zakładów pracy chronionej, które status taki uzyskały na okres 3 lat, ustawodawca określił horyzont czasowy dla planowania przyszłych działań związanych z korzystaniem z określonych w ustawach uprawnień i realizacją określonych w nich obowiązków. W związku z tym prowadzącemu zakład pracy chronionej przysługiwało prawo podmiotowe do uzyskania określonej kwoty należności z tytułu podatku od towarów i usług, podlegające zasadzie ochrony praw nabytych oraz zasadzie ochrony interesów w toku. Natomiast takiego horyzontu nie określono dla podmiotów, które status zakładów pracy chronionej uzyskały w latach 1991-1997 bezterminowo. Zakłady te znajdowały się zatem w sytuacji odmiennej od podmiotów, które status ten otrzymały jedynie na okres 3 lat i tylko w tym wyznaczonym okresie korzystać mogły ze szczególnych uprawnień, w tym przywilejów podatkowych. Z drugiej strony zakłady pracy chronionej o statusie bezterminowym, właśnie ze względu na brak wyznaczenia jakichkolwiek ram czasowych korzystania z uprzywilejowanej pozycji, musiały liczyć się z możliwością zmiany ich sytuacji prawnej. Ustawodawca korzystał bowiem w tym zakresie ze znacznie większej swobody wynikającej chociażby z braku dającego się jednoznacznie wyznaczyć horyzontu czasowego ochrony tzw. interesów w toku. W ocenie Trybunału Konstytucyjnego nie ulega zatem wątpliwości, że odmienne ukształtowanie sytuacji prawnej zakładów pracy chronionej jest uzasadnione cechą wyróżniającą, a mianowicie statusem prawnym takiego zakładu uzyskanym albo na czas określony - 3 lat, albo nieokreślony - bezterminowo. Charakter zakładu pracy chronionej, krótkoterminowy - 3 letni, czy też bezterminowy, ma bowiem bezpośredni wpływ na ochronę będących w toku interesów takiego zakładu. Ponadto w jego ocenie jest oczywiste, że każda zmiana przepisów dotycząca zarówno przyznania, zmiany, jak i odebrania określonego statusu prawnego wprowadza jako nieuniknioną konsekwencję pewne podziały wśród podmiotów znajdujących się w analogicznej, ale nie tożsamej sytuacji. Zasada równości nie wyklucza, a wręcz potwierdza możliwość odmiennego traktowania, a co za tym idzie kształtowania sytuacji prawnej podmiotów różnych. Z zasady tej nie wynika też, aby podmioty znajdujące się wcześniej w podobnej sytuacji faktycznej zostały zrównane w prawach i obowiązkach. Argumentację tę przywołał Trybunał Konstytucyjny również w postanowieniu z 25 listopada 2009 r., SK 30/07. Wydane ono zostało w sprawie ze skargi konstytucyjnej zakładu pracy chronionej o statusie bezterminowym i dotyczyło zgodności z Konstytucją art. 2 pkt 2 w zw. z art. 4 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w zakresie, w jakim przedsiębiorców prowadzących zakłady pracy chronionej na podstawie decyzji wydanej przed rokiem 1998 r. na czas nieokreślony pozbawia uprawnień określonych w art. 31 ust. 1 pkt 1 w związku z ust. 2 tegoż artykułu ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r., z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku i zasadą zaufania do organów państwa (art. 2 Konstytucji ), a także zasadą równości wobec prawa (art. 32 konstytucji), zasadą równej ochrony praw majątkowych (art. 64 Konstytucji) oraz zasadą szczególnej pomocy osobom niepełnosprawnym (art. 69 Konstytucji)".

11. Dalej, po przedstawieniu różnych poglądów judykatury, czy sądy uprawnione były do orzekania bezpośrednio w oparciu o przepisy konstytucyjne, Naczelny Sąd Administracyjny zaznaczył, że: "Wątpliwości co do możliwości oceny zgodności przepisu ustawy z Konstytucją nie ma natomiast w przypadku stosowania prawa przez organy administracji publicznej. Organy te, zgodnie z art. 7 Konstytucji RP, działają w granicach i na podstawie prawa. Nie można domniemywać ich kompetencji. Skoro korekt w obowiązującym prawie dokonywać może jedynie prawodawca, bądź w przypadku utrzymywania się stanu prawnego sprzecznego z normami ustawy zasadniczej, Trybunał Konstytucyjny w trybie wskazanym w art. 193 Konstytucji, to organy administracji publicznej obowiązane są stosować przepisy ustawy dopóty, dopóki nie zostaną one uchylone przez prawodawcę bądź nie przestaną obowiązywać w wyniku stwierdzenia ich niezgodności z Konstytucją przez Trybunał Konstytucyjny. Uchylając decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego i stwierdzając nadpłatę Dyrektor Izby Skarbowej w istocie odmówił zastosowania art. 2 pkt 2 i art. 4 ustawy o zmianie u.p.d.o.p., choć także w jego ocenie wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 25 czerwca 2002 r. nie odnosił się do sytuacji prawnej i faktycznej Skarżącej. Z uzasadnienia decyzji wynika jednak, że według niego rozstrzygnięcie to odnosi się także do pracodawców mających status zakładów pracy chronionej przyznany bezterminowo, gdyż jak wskazał Trybunał Konstytucyjny osoba prowadząca taki zakład miała prawo oczekiwać, że w czasie obowiązywania decyzji zakres praw i obowiązków nie zmieni się na jej niekorzyść.

Zasadnie zatem Minister Finansów, wyjaśniając skutki orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego i zakres podmiotowy tego orzeczenia, wskazał na rażące naruszenie art. 2 pkt 2 i art. 4 ustawy o zmianie u.p.d.o.p., a także- będące następstwem tego naruszenia- naruszenie art. 72, art. 74 i art. 78 O.p. Decyzja Dyrektora Izby Skarbowej pozostawała w rażącej sprzeczności z tymi przepisami, a sprzeczność ta dawała się stwierdzić poprzez proste zestawienie treści decyzji z treścią wskazanych regulacji."

12. Odnosząc się natomiast do sporu co do możliwości orzekania w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji dotyczącej nadpłaty w sytuacji gdy upłynął termin przedawnienia zobowiązania podatkowego, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że: "Stwierdzenie nieważności dotyczyło decyzji wydanej w postępowaniu wszczętym na żądanie strony skarżącej. Żądanie to dotyczyło stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym, wynikającej z uwzględnienia zwolnienia w tym podatku, wynikającego według strony skarżącej z naruszenia przy zmianie przepisów zasady ochrony interesów w toku, spowodowanej uchyleniem zwolnienia w tym podatku dla podatników prowadzących działalność gospodarczą w ramach zakładu pracy chronionej bez ustanowienia przepisów przejściowych. W piśmiennictwie (por. L. Etel (w:) C. Kosikowski, L. Etel, R. Dowgier, P. Pietrasz, S. Presnarowicz, Ordynacja podatkowa. Komentarz, Warszawa 2006, str. 350-351; M. Ślifirczyk, Nadpłata podatku, Kraków 2005, str. 271-273) prezentowany jest pogląd, że prawidłowo złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty wszczyna szczególną procedurę podatkową - postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty podatku. W efekcie więc wniosek ten wszczyna postępowanie w rozumieniu art. 165 § 1 O.p., którego celem jest, odpowiedź na pytanie, czy powstała nadpłata, a jeżeli tak, to w jakiej wysokości. Pogląd taki prezentowany jest również w orzecznictwie (wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 27 lutego 2008 r., II FSK 1753/06, LEX nr 468820, z 19 grudnia 2007 r., II FSK 1242/06, ZNSA z 2008 r., nr 2, s. 119, z 15 stycznia 2010 r., II FSK 1342/08, LEX nr 558891). Jest ono postępowaniem odrębnym od postępowania dotyczącego określenia zobowiązania podatkowego, które zgodnie z art. 21 § 3 O.p. może być wszczynane z urzędu. Na odrębność obu tych postępowań wskazuje choćby treść art. 79 § 1 O.p., zgodnie z którym wszczęte postępowanie podatkowe bądź kontrola podatkowa stanowią przeszkodę do wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty dotyczącego tego samego zobowiązania podatkowego. Inny jest zakres obu tych postępowań. O ile w postępowaniu wszczętym na żądanie strony zakres sprawy, w tym zakres postępowania dowodowego, zakreśla żądanie strony (badane są wyłącznie okoliczności, dotyczące istnienia nadpłaty wskazane przez stronę i to, czy ich wystąpienie powoduje zapłatę podatku nienależnego bądź w wysokości wyższej niż należna), o tyle w postępowaniu mającym na celu określenie wysokości zobowiązania podatkowego obowiązkiem organu podatkowego jest określenie wysokości zobowiązania podatkowego w prawidłowej, zgodnej z prawem wysokości. Jeżeli w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty organ stwierdzi, że zobowiązanie zostało określone w nieprawidłowej wysokości z innych przyczyn, niż wskazane w żądaniu stwierdzenia nadpłaty, obowiązany jest wszcząć postępowanie z urzędu i dopiero w tym odrębnym postępowaniu określić wysokość zobowiązania podatkowego. Nie ma podstaw więc do uznania, że nie można było stwierdzić nieważności decyzji stwierdzającej nadpłatę z uwagi na upływ terminów z art. 70 § 1 O.p. Przedawnienie zobowiązania podatkowego nie powoduje niemożności wydania decyzji w sprawie stwierdzenia nadpłaty, skoro istotą sprawy jest w tym przypadku stwierdzenie, czy część (całość) kwoty zapłaconej jako podatek faktycznie nie jest podatkiem należnym. Nie można nie zauważyć, że interpretacja art. 247 § 2 O.p., dokonana przez stronę skarżącą, w kontekście przepisów o nadpłacie co do zasady powodowałaby ujemne skutki dla podatnika - złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty tuż przed upływem przedawnienia zobowiązania podatkowego powodowałoby niemożność orzekania o nadpłacie wraz z upływem terminu przedawnienia, skoro istotą sprawy byłoby określenie zobowiązania podatkowego. Nie zasługuje w związku z tym na uwzględnienie zarzut naruszenia art. 247 § 2 O.p. w zw. z art. 70 § 1, art. 79 § 2 i art. 80 O.p. przez błędną wykładnię i w konsekwencji niezastosowanie przepisu art. 247 § 2 O.p.".

13. W konsekwencji powyższych wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego, Dyrektor Izby Skarbowej ponownie rozpatrzył odwołania skarżących z dnia 21 marca 2006 r. i dwoma odrębnymi decyzjami nr [...] (2000 r.) oraz nr [...] (2001 r.) z dnia 9 lipca 2012 r. utrzymał w mocy zaskarżone decyzje Naczelnika Urzędu Skarbowego w M. z dnia 9 marca 2006 r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty.

14. W uzasadnieniu, odnośnie prawa do wydawania decyzji w przedmiocie nadpłaty po upływie terminu przedawnienia zobowiązania, jak również prawa do powoływania się na ww. wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., K 45/01 przez zakłady pracy chronionej o uzyskanym statusie na czas nieokreślony - organ powołał się na zapadłe w sprawie wyroki Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie i Naczelnego Sądu Administracyjnego wskazując na niezasadność argumentacji skarżących.

15. Dodatkowo, organ rozważał nowy zarzut w sprawie (podniesiony w pismach z dnia 30 maja 2012 r. i dnia 14 czerwca 2012 r. z powołaniem się na orzeczenia sądów administracyjnych), dotyczący braku odniesienia się przez organ pierwszej instancji do skutków materialnoprawnych, jakie wywołała złożona (jednocześnie z wnioskiem o zwrot nadpłaty) korekta zeznania rocznego PIT-36 za 2000 i 2001 r. Zdaniem skarżących, organ pierwszej instancji naruszył bowiem art. 21 § 2 Ordynacji podatkowej dlatego, że odmówił stwierdzenia nadpłaty bez uprzedniego zakwestionowania wysokości zobowiązania podatkowego wynikającego ze złożonej korekty. Błędu tego, zdaniem skarżącej, nie można było usunąć na obecnym etapie postępowania, a to dlatego, że: "naruszyłoby to zasadę dwuinstancyjności postępowania", a także "...z powodu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001r."

16. Zdaniem organu, powołane w piśmie orzeczenia nie mogły być analizowane przez organ pierwszej instancji. Pochodziły one bowiem z późniejszego okresu, co, jak domniemywał organ drugiej instancji, stało się również powodem niepodniesienia zarzutu tej treści w odwołaniu z dnia 21 marca 2006 r. Organ zaznaczał, że tryb określania nadpłat zależy od sytuacji faktycznej. W rozpoznawanej sprawie istotne było, że wniosek skarżącej dotyczył stwierdzania nadpłat w związku z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego w trybie art. 74 pkt 1 Ordynacji podatkowej, co stanowiło o odrębności tego typu postępowania w porównaniu do nadpłat w warunkach określonych przez art. 73 Ordynacji podatkowej. W tej sytuacji organ wskazał, że złożenie korekty deklaracji było jedynie wymogiem formalnym przy wnioskach o stwierdzenie nadpłaty w związku z orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego i tworzyło de facto jedną czynność. Nie stanowiło "...natomiast przesłanki powstania nadpłaty". W konsekwencji, wobec rozstrzygnięcia, że spółka cywilna B.C. nie była podmiotem do którego odnosił się ww. wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., K 45/01 (co zostało potwierdzone zapadłymi w sprawie ww. wyrokami WSA w Warszawie z dnia 16 marca 2011 r. oraz NSA z dnia 2 marca 2012 r., którymi to orzeczeniami organ był związany) organ argumentował, że: "Fakt wydania decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty wywołał skutek w postaci uznania korekty zeznania za bezskuteczną. Konsekwencją takiego stanu rzeczy jest pozostawienie w obrocie prawnym pierwotnego zeznania podatkowego". Dalej organ wywodził, że gdyby przyjąć sposób rozumowania skarżących to w przypadku kolejnych wniosków o nadpłatę, w przypadku ich bezzasadności, organ ponownie musiałby określać wysokość zobowiązania podatkowego w tej samej, pierwotnej, wysokości. Zdaniem organu odwoławczego, postępowanie pierwszoinstancyjne, ograniczone było zakresem wniosku skarżącej. Organ przy tym zastrzegał, że możliwe jest prowadzenie z urzędu odrębnego postępowania wymiarowego, ale wtedy, kiedy organ poweźmie wątpliwości co do rzetelności deklaracji. W ocenie organu, gdyby przyjąć pogląd skarżącej, rzeczywiste postępowanie prowadzone byłoby poza zakresem wyznaczonym jej wnioskiem , a więc byłoby to działanie pozbawione podstawy prawnej.

17. W końcowej części uzasadnienia decyzji, organ zacytował pogląd Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażony w ww. wyrokach z dnia 2 marca 2012 r. II FSK 1651/11 i II FSK 1982/11, zapadłych w rozpoznawanej sprawie, z których wynikała możliwość orzekania w sprawie stwierdzenia nadpłaty po upływie terminu przedawnienia.

II. Postępowanie przed sądem

1. Skarżący złożyli skargi i domagali się uchylenia zaskarżonych decyzji w całości oraz poprzedzających je decyzji organu I instancji, a także zasądzenia kosztów zastępstwa procesowego.

2. Skarżący zarzucili naruszenie art. 21 § 3 w zw. z art. 21 § 2 w zw. z art. 74 pkt 1 Ordynacji podatkowej przez błędną interpretację i niezastosowanie oraz wydanie decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty za 2000 r. i 2001 r. bez skutecznego zakwestionowania wysokości zobowiązania podatkowego, a zatem wysokości nadpłat, wynikających z korekty deklaracji złożonej wraz z wnioskiem o stwierdzenie i zwrot nadpłaty.

3. Dodatkowo skarżący zarzucili naruszenie przepisów prawa procesowego – Ordynacji podatkowej, które miało wpływ na wynik sprawy a to: art. 208 § 1 w zw. z art. 74 pkt 1 w zw. z art. 21 § 3 w zw. z art. 52 §1 pkt 1 w zw. z art. 51 § 1 w zw. z art. 59 § 1 i 9 przez błędną interpretację, a w rezultacie niezastosowanie polegające na niewydaniu decyzji o umorzeniu postępowania pomimo upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego; art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 165 §1 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 74 pkt 1 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 77 §1 pkt 4 Ordynacji podatkowej poprzez nieumorzenie postępowania w sprawie nadpłaty, chociaż wniosek, na podstawie którego to postępowanie się toczyło został skonsumowany przez czynność materialno – techniczną tj. zwrot nadpłaty w wykonaniu decyzji wydanej w II instancji; art. 2 Konstytucji RP i art. 120 Ordynacji podatkowej, art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej oraz art. 125 § 1 Ordynacji podatkowej przez niezastosowanie, co doprowadziło do naruszenia zasady praworządności i zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie podatnika, a także ekonomii procesowej przez instrumentalne wykorzystywanie przepisów o nadpłacie; orzekanie w I instancji w imieniu organu przez pracownika, który w postępowaniu drugoinstancyjnym powinien podlegać wyłączeniu na postawie art. 130 §1 pkt 6 Ordynacji podatkowej; prowadzenie postępowania w sposób niebudzący zaufania, powielanie tych samych błędów po ponad 6 latach od wszczęcia postępowania i nie uwzględnianie z urzędu okoliczności, które powinny doprowadzić do uznania, że postępowanie stało się bezprzedmiotowe, a także odmowa wzięcia pod uwagę orzecznictwa sądowego z okresu 2007-2011 tylko dlatego, że organ I instancji rozpoznając wniosek podatnika ponad 6 lat temu nie mógł się z tym orzecznictwem zapoznać.

4. W uzasadnieniu powyższych zarzutów skarżący wskazywali, że ich zdaniem, orzecznictwo co do konieczności jednoczesnego określania wysokości zobowiązania podatkowego przy badaniu zasadności nadpłaty, było jednolite (czego przykładem miały być powołane sygnatury orzeczeń sądowych), tym bardziej, że skoro organ "wykrył" występowanie zobowiązania podatkowego to powinien skutecznie zakwestionować korektę, a następnie rozstrzygnąć w sprawie nadpłaty. Nie było przy tym istotne, czy kontrola prawidłowości skorygowanego zobowiązania podatkowego miała zostać przeprowadzona w ramach postępowania dotyczącego stwierdzenia nadpłaty, czy też odrębnie (tu poglądy orzecznictwa nie były jednolite), niemniej jednak, zdaniem skarżących, do czasu funkcjonowania w obrocie prawnym korekty deklaracji, organy nie miały prawa wydać decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty.

5. Zdaniem skarżących, organy powinny umorzyć postępowanie nadpłatowe jeszcze przed rozstrzygnięciem o jego wysokości, ponieważ upłynął termin jego przedawnienia. Powołany przy tym w uzasadnieniu decyzji fragment uzasadnień ww. wyroków NSA z dnia 2 marca 2012 r. o braku czasowego ograniczenia możliwości orzekania w przedmiocie nadpłaty w związku z art. 70 Ordynacji podatkowej, tylko pozornie, zdaniem skarżących, był sprzeczny z zarzutami skargi. Przedawnieniu nie ulegało bowiem zobowiązanie podatkowe zapłacone, a więc organ nie miał obowiązku umorzyć postępowania dotyczącego zobowiązania, które nie wygasło na skutek przedawnienia, a na skutek zapłaty.

6. Skarżący wskazywali jednak, że w związku ze zwrotem nadpłat, jaki został dokonany na podstawie poprzednich decyzji Dyrektora Izby Skarbowej, organ miał obowiązek zbadać czy całość czy tylko część zobowiązania wygasła na skutek zapłaty, ponieważ ich zdaniem, nienależny zwrot nadpłat doprowadził do stanu, że część zobowiązania podatkowego nie została zapłacona i w tej części (niezapłaconej) wygasła na skutek przedawnienia.

7. W ocenie skarżących organy dążyły do wydania decyzji w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty, aby w istocie prowadzić postępowanie zmierzające do określenia zobowiązania podatkowego w sposób "bezterminowy" w celu jego wyegzekwowania już po upływie terminu przedawnienia.

8. Skarżący wskazali również, że od 2005 r. toczyły się w istocie trzy powiązane ze sobą postępowania nadpłatowe: skarżących oraz "T" S.A. (przy czym B. C. był jedynym akcjonariuszem "T" S.A.). Decyzję dla "T" S.A. organu pierwszej instancji podpisał jako Naczelnik Urzędu Skarbowego A.P.. Ten sam pracownik, już jako Wicedyrektor Izby Skarbowej w K., podpisał decyzje organu odwoławczego wydane dla państwa C. czyli skarżących. Pomimo, że formalnie A.P. nie podpisał decyzji organu drugiej instancji w postępowaniu gdzie występował jako Naczelnik Urzędu Skarbowego, to jednak jego zaangażowanie w sprawie bezpośrednio powiązanej, naruszyło zasady zaufania.

9. W odpowiedzi na skargę, organ argumentował jak dotychczas, powołując się na związanie organu oceną prawną na zasadzie art. 153 i 170 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r. poz. 270 – dalej "ppsa") orzekających sądów administracyjnych w sprawie nieważności poprzednich decyzji Dyrektora Izby Skarbowej. W ocenie organu, nadpłata w rozpoznawanej sprawie wynikała z orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, a złożona korekta deklaracji była jedynie wymogiem formalnym. Organ wskazywał przy tym na treść wyroków sądów administracyjnych, potwierdzających jego zdaniem, brak konieczności prowadzenia dodatkowego postępowania w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego. Wydanie decyzji przez organ odwoławczy w przedmiocie nadpłaty było konsekwencją złożonego wniosku o jej stwierdzenie. Organ wskazał również na treść uchwały NSA z dnia 20 maja 2010 r. I OPS 13/09 oraz wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 6 grudnia 2011 r., SK 3/11 i rolę piastuna organu oraz konieczność zachowania jego kompetencji, aby nie doprowadzać jego paraliżu.

10. W replice, skarżący podtrzymali swoje zarzuty, akcentując, że związanie organu treścią wydanych w sprawie wyroków dotyczących decyzji Ministra Finansów w sprawie nieważności decyzji Dyrektora Izby Skarbowej nie występuje z uwagi na inny przedmiot orzekania. Dodatkowo wskazali, że orzekający w tych sprawach Naczelny Sąd Administracyjny wskazał na "częściowo błędne uzasadnienie", dlatego też powoływanie się na to orzecznictwo wymagało dogłębnej analizy. Podkreślili też, że po otrzymaniu kwot wskazanych we wniosku jako nadpłata, skarżący nie mieli już interesu w uzyskaniu rozstrzygnięcia organu zarówno pozytywnego, jak i negatywnego. Zdaniem skarżących, argumentacja organu powołująca się na specyfikę nadpłaty powstałej w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego była niezasadna, ponieważ to korekta deklaracji była źródłem nadpłaty; samo orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego nie mogło doprowadzić do powstania nadpłaty. Skarżący dołączyli również kopie pisma z dnia 25 maja 2012 r. podpisaną przez A.P., a więc pisma świadczącego, ich zdaniem, o aktywnym udziale tego pracownika w postępowaniu i wskazali, że uzasadnienia decyzji we wszystkich trzech postępowaniach są niemal identyczne, co świadczy o ich przygotowywaniu przez tę samą osobę. Dołączone zostały dwie " Ekspertyzy prawne" sporządzone wspólnie przez prof. B. B. i dr A O. na poparcie argumentacji skarżących.

11. Na rozprawie w dniu 16 listopada 2012 r. Sąd połączył sprawy obu skarg prowadzonych dotychczas pod sygnaturami I SA/Kr 1441/12 (2000 r.) i I SA/Kr 1441/12 (2001r.) do wspólnego rozpoznania i rozstrzygnięcia prowadząc je pod sygnaturą I SA/Kr 1441/12.

12. Na rozprawie skarżący podtrzymali swoją argumentację i w załączniku do rozprawy wskazali na istotność kwestii bezprzedmiotowości postępowania, a to z uwagi na brak przedmiotu postępowania (przedawnienie zobowiązania podatkowego oraz brak dysponowania nadpłatą przez Skarb Państwa).

III. Rozważania Sądu.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zważył co następuje:

1. Skargi nie zasługiwały na uwzględnienie.

2. Na wstępie należy podkreślić, że wobec wyraźnego stanowiska Naczelnego Sądu Administracyjnego zawartego w ww. wyrokach z dnia 2 marca 2012 r., II FSK 1651/11 i II FSK 1982/11 odnośnie skutków wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., K 45/01, Sąd nie rozpatrywał problematyki zasadności wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Skarżący nie podnosili zresztą w tym zakresie zarzutów. Przyznać przy tym należy za Naczelnym Sądem Administracyjnym, że zastosowanie poglądów Trybunału Konstytucyjnego w zakresie skutków braku przepisów przejściowych w sytuacji zakładów pracy chronionej działających na podstawie bezterminowych zezwoleń do 2009 r. (o czym świadczy m.in. wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 8 stycznia 2009 r., P 67/07 wydany w związku z pytaniem prawnym WSA w Bydgoszczy – szersze rozważania w ww. wyroku NSA z dnia 2 marca 2012 r.) budziło wprawdzie wątpliwości i wywołało rozbieżności w orzecznictwie sądów administracyjnych – jednakże na obecnym etapie z uwagi na treść art. 153 ppsa sprawa ta nie była przedmiotem sporu.

3. Odnosząc się do podstawowego zarzutu nieprawidłowego wydania decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty bez uprzedniego zakwestionowania wysokości deklarowanego zobowiązania podatkowego za ten sam okres, należy przyznać, że argumentacja skarg zgodna jest ze znaczną częścią poglądów wyrażanych przez sądy administracyjne. W zapadłych wyrokach (w tym, w powoływanych w skardze) sądy, opierając się na systemowej wykładni wskazują, że np. w przypadku podatku dochodowego, ma on "... charakter globalny, a przedmiotem i podstawą opodatkowania w tymże podatku jest zasadniczo suma dochodów ze wszystkich źródeł przychodów. By zatem ustalić prawidłową wysokość należnego podatku dochodowego ciążącego na konkretnym podatniku, należy brać pod uwagę absolutnie wszystkie elementy konstrukcyjne tego globalnego podatku dochodowego takie np. jak: przychody z poszczególnych źródeł przychodów, koszty uzyskania przychodów, wszelkie wyłączenia spod opodatkowania, zwolnienia podmiotowe i przedmiotowe oraz ulgi podatkowe, a także właściwą stawkę podatkową". Konsekwencją powyższego założenia, jest, w przypadku wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz z korektą deklaracji (zeznania) albo zwrot nadpłaty, albo w przypadku ujawnienia w toku czynności sprawdzających (art. 272 i nast. Ordynacji podatkowej) nieprawidłowości korekty, "...konieczność wszczęcia postępowania podatkowego z urzędu (art. 165 § 1 O.p.), którego celem byłoby w istocie określenie wysokości zobowiązania podatkowego, gdyż nadpłata albo zaległość są jedynie konsekwencją obliczenia prawidłowej kwoty podatku. Podatek dochodowy wynikający z zeznania jest podatkiem należnym za dany rok podatkowy tylko do czasu, gdy organ podatkowy albo właściwy organ kontroli skarbowej wyda decyzję w której określi inną wysokość podatku ( art. 45 ustawy podatkowej). Decyzja rozstrzygająca co do istoty sprawę może zatem określać wysokość podatku inną niż deklarowana przez podatnika w jego zeznaniu podatkowym (art. 45 ust. 6 ustawy podatkowej) oraz określać wysokość zaległości podatkowej albo stwierdzać nadpłatę (art. 21 § 3 O.p.). Organy podatkowe powinny były więc prowadzić postępowanie w tej sprawie zgodnie regułami określonymi w Dziale IV Ordynacji podatkowej, bowiem chociaż ta ustawa odróżnia postępowanie co do stwierdzenia nadpłaty od postępowania podatkowego, to jednak orzekanie przez organy podatkowe o nadpłacie podatku dochodowego lub o zaległości podatkowej w tym podatku w stosunku do konkretnego podatnika i okresu podatkowego jest zawsze orzekaniem o wysokości podatku odmiennie od wykazywanego w zeznaniu podatkowym" (por. wyroki WSA w Poznaniu z dnia 27 października 2005 r. I SA/Po 1735/03 oraz I SA/Po 1736/03, od których NSA, wyrokami z dnia 22 lipca 2007 r. II FSK 363/06 oraz II FSK 345/06, oddalił skargi kasacyjne).

4. Sąd nie bez przyczyny powołał ww. wyroki WSA w Poznaniu, a następnie wyroki NSA z dnia 22 lipca 2007r., ponieważ zwłaszcza od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego ( stąd powołane przez organ w odpowiedzi na skargę wyroki WSA we Wrocławiu z dnia 30 listopada 2007 r., I SA/Wr 1269/07 oraz NSA z dnia 22 lutego 2007 r., II FSK 291/06 były wówczas raczej odosobnione) zaczął się ugruntowywać w orzecznictwie pogląd o dwutorowości postępowania w przedmiocie nadpłaty i wymiaru podatku w związku z złożonym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Sądy w swoich wypowiedziach podkreślały przy tym, że podstawą takiej wykładni jest wejście w życie z dniem 1 stycznia 2003 r. zmiany brzmienia art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej. Przepis ten mógł być podstawą do określenia wysokości zobowiązania i jednocześnie nadpłaty podatku, ale w stanie prawnym obowiązującym do dnia 31 grudnia 2002 r. Po zmianie tego przepisu, organ podatkowy mógł wydać dwie decyzje: na podstawie art. 21 §3 Ordynacji podatkowej w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego oraz w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty na podstawie art. 75 Ordynacji podatkowej. Przykładowo w wyroku NSA z dnia 9 października 2012 r. II FSK 523/11 ( przy czym w tymże wyroku dopuszczono możliwość prowadzenia postępowania w przedmiocie nadpłaty, jeżeli nie jest możliwe z uwagi na upływ terminu przedawnienia, prowadzenie postępowania dotyczącego wymiaru podatku) powołano jako reprezentatywne dla tego typu poglądów: uchwałę NSA z dnia 28 czerwca 2010 r., I FPS 5/09 oraz wyroki NSA z dnia 8 października 2007 r., I FPS 4/07, z dnia 20 kwietnia 2011 r., II FSK 2074/09, z dnia 28 czerwca 2004 r., II FSK 200/04, z dnia 30 września 2008 r., II FSK 951/07, z dnia 22 lutego 2008 r., II FSK 1725/06. Podobne zestawienie rozbieżnych poglądów w tym zakresie zawarte zostało w postanowieniu NSA z dnia 24 stycznia 2011 r. II FPS 4/10. Przytoczone powyżej przykłady orzecznictwa dowodzą, że w praktyce do dzisiaj judykatura nie zajęła jednolitego stanowiska, czy zakwestionowanie przez organ wysokości skorygowanego zobowiązania podatkowego, które jest dokonywane razem z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, wymaga wszczęcia postępowania w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego (tzw. postępowania wymiarowego) czy też jest wystarczającym prowadzenie jedynie postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty.

5. Niemniej jednak, istotne i rozstrzygające w rozpoznawanej sprawie jest, że w ww. wyrokach z dnia 2 marca 2012 r. II FSK 1651/11 i II FSK 1982/11, zapadłych w sprawach skarżących, Naczelny Sąd Administracyjny dopuścił możliwość prowadzenia postępowania w przedmiocie nadpłaty, jeżeli nie jest możliwe prowadzenie postępowania w przedmiocie wysokości zobowiązania podatkowego z uwagi na upływ terminu przedawnienia. Pogląd ten jest dla orzekającego w niniejszej sprawie Sądu wiążący na zasadzie art. 153 ppsa. W związku z powyższym Sąd nie mógł uznać, ze względów formalnych, zarzutów skargi za zasadne.

6. W uzasadnieniu ww. wyroków, Naczelny Sąd Administracyjny odnosząc się do zarzutów skarżących i analizując charakter postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty, stwierdził, że: "Jest ono postępowaniem odrębnym od postępowania dotyczącego określenia zobowiązania podatkowego, które zgodnie z art. 21 § 3 O.p. może być wszczynane z urzędu. Na odrębność obu tych postępowań wskazuje choćby treść art. 79 § 1 O.p., zgodnie z którym wszczęte postępowanie podatkowe bądź kontrola podatkowa stanowią przeszkodę do wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty dotyczącego tego samego zobowiązania podatkowego. Inny jest zakres obu tych postępowań. O ile w postępowaniu wszczętym na żądanie strony zakres sprawy, w tym zakres postępowania dowodowego, zakreśla żądanie strony (badane są wyłącznie okoliczności, dotyczące istnienia nadpłaty wskazane przez stronę i to, czy ich wystąpienie powoduje zapłatę podatku nienależnego bądź w wysokości wyższej niż należna), o tyle w postępowaniu mającym na celu określenie wysokości zobowiązania podatkowego obowiązkiem organu podatkowego jest określenie wysokości zobowiązania podatkowego w prawidłowej, zgodnej z prawem wysokości. Jeżeli w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty organ stwierdzi, że zobowiązanie zostało określone w nieprawidłowej wysokości z innych przyczyn, niż wskazane w żądaniu stwierdzenia nadpłaty, obowiązany jest wszcząć postępowanie z urzędu i dopiero w tym odrębnym postępowaniu określić wysokość zobowiązania podatkowego. Nie ma podstaw więc do uznania, że nie można było stwierdzić nieważności decyzji stwierdzającej nadpłatę z uwagi na upływ terminów z art. 70 § 1 O.p. Przedawnienie zobowiązania podatkowego nie powoduje niemożności wydania decyzji w sprawie stwierdzenia nadpłaty, skoro istotą sprawy jest w tym przypadku stwierdzenie, czy część (całość) kwoty zapłaconej jako podatek faktycznie nie jest podatkiem należnym. Nie można nie zauważyć, że interpretacja art. 247 § 2 O.p., dokonana przez stronę skarżącą, w kontekście przepisów o nadpłacie co do zasady powodowałaby ujemne skutki dla podatnika - złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty tuż przed upływem przedawnienia zobowiązania podatkowego powodowałoby niemożność orzekania o nadpłacie wraz z upływem terminu przedawnienia, skoro istotą sprawy byłoby określenie zobowiązania podatkowego. Nie zasługuje w związku z tym na uwzględnienie zarzut naruszenia art. 247 § 2 O.p. w zw. z art. 70 § 1, art. 79 § 2 i art. 80 O.p. przez błędną wykładnię i w konsekwencji niezastosowanie przepisu art. 247 § 2 O.p.".

7. W ocenie Sądu orzekającego w niniejszej sprawie, istotne są dwa fragmenty ww. wypowiedzi Naczelnego Sądu Administracyjnego tj.: "Jeżeli w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty organ stwierdzi, że zobowiązanie zostało określone w nieprawidłowej wysokości z innych (podkreślenie Sądu) przyczyn, niż wskazane w żądaniu stwierdzenia nadpłaty, obowiązany jest wszcząć postępowanie z urzędu i dopiero w tym odrębnym postępowaniu określić wysokość zobowiązania podatkowego" oraz "Przedawnienie zobowiązania podatkowego nie powoduje niemożności wydania decyzji w sprawie stwierdzenia nadpłaty, skoro istotą sprawy jest w tym przypadku stwierdzenie, czy część (całość) kwoty zapłaconej jako podatek faktycznie nie jest podatkiem należnym".

8. Skarżący argumentowali, że powyższy pogląd nie jest sprzeczny z ich twierdzeniami. Skoro bowiem zobowiązanie podatkowe wygasa w związku z jego zapłatą (art. 59 §1 pkt 1 Ordynacji podatkowej) to nie można mówić o jego późniejszym przedawnieniu – jeżeli przedawnia się tylko niezapłacone zobowiązanie. W konsekwencji, w ocenie skarżących, organ mógłby orzekać nawet po upływie terminu przedawnienia, co do wysokości zobowiązania podatkowego w związku z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, o ile zobowiązanie to wygasło na skutek zapłaty, a nie przedawnienia. Nie istniałoby też w takiej sytuacji, niebezpieczeństwo uniemożliwienia orzekania organowi co do prawidłowej wysokości zobowiązania w przypadku wniesienia o stwierdzenie nadpłaty tuż przed upływem terminu przedawnienia (co nie jest równoznaczne z przedawnieniem zobowiązania).

9. W ocenie Sądu, Naczelny Sąd Administracyjny orzekający w ww. sprawach nie poczynił jednak tego typu zastrzeżeń (na marginesie należy tylko zaznaczyć, że wzajemne relacje pomiędzy zapłatą podatku, a jego przedawnieniem budzą spory czego przykładem jest treść postanowienia NSA z dnia 12 stycznia 2012 r., I FSK 174/11). Teza Naczelnego Sądu Administracyjnego o możliwości prowadzenia odrębnie postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty nawet w przypadku przedawnienia zobowiązania podatkowego nie zawiera żadnych wyjątków. Dodatkowo Naczelny Sąd Administracyjny zastrzegł, że konieczność prowadzenia postępowania podatkowego w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego istnieje tylko w przypadku, gdy: "... zobowiązanie zostało określone w nieprawidłowej wysokości z innych przyczyn, niż wskazane w żądaniu stwierdzenia nadpłaty". W ocenie orzekającego w niniejszej sprawie Sądu, powyższy pogląd oznacza, że jedynie gdyby zobowiązanie podatkowe było należne w innej wysokości niż zadeklarowana w korekcie deklaracji lub z innych przyczyn niż opisanych we wniosku o stwierdzenie nadpłaty, organ byłby zobowiązany do wszczęcia postępowania wymiarowego. Kwestionując natomiast korektę deklaracji z przyczyn nieuznania za zasadne opisanych we wniosku powodów skorygowania deklaracji – organ może, w świetle ww. poglądów NSA, ograniczyć się jedynie do postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty.

10. Dodatkowo, zdaniem skarżących ( szczegółowe uzasadnienie zostało przytoczone w replice), przytoczona wypowiedź Naczelnego Sądu Administracyjnego mogła być traktowana jedynie jako ogólna "wskazówka interpretacyjna", a to dlatego, że ww. wyroki zapadły w sprawach dotyczących stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora Izby Skarbowej, a nie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za lata 2000 i 2001. Ponadto, w ocenie skarżących, związanie wytycznymi sądu następuje jedynie w wyniku uwzględnienia skargi, jeżeli sprawa ma być ponownie rozpatrzona przez organ administracji (art.141 §4 zdanie drugie ppsa). Skarżący zauważyli przy tym, że Naczelny Sąd Administracyjny uznał uzasadnienie WSA w Warszawie za częściowo błędne, stąd z dużą ostrożnością należałoby powoływać się w sprawie na wykładnię dokonana przez sądy.

11. W ocenie orzekającego Sądu, argumentacja skargi pomija jednak brzmienie art.153 i 170 ppsa. Zgodnie z tymi przepisami ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie ten sąd oraz organ, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia (art.153). Orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe, a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby (art.170). Powołane przepisy skutkują również tym, że sąd administracyjny orzekający w sprawie skargi na decyzję kończącą postępowanie. w toku którego część aktów administracyjnych podlegała już kontroli sądów administracyjnych, związany jest wyrażoną przez te sądy oceną prawną. Związanie sądu administracyjnego dotyczyć będzie oceny prawnej wyrażonej zarówno przez orzekający poprzednio Naczelny Sąd Administracyjny jak i wojewódzki sąd administracyjny, w tej części poglądów, która nie została zakwestionowana przez sąd wyższej instancji. Powołany art.153 ppsa jest rozumiany powszechnie w doktrynie jak i orzecznictwie jako przepis, który zobowiązuje sąd do akceptacji decyzji administracyjnej wydanej w oparciu o uprzednio zapadły w tej samej sprawie wyrok sądu administracyjnego, nawet gdyby strona postępowania dysponowała innymi, korzystnymi dla siebie rozstrzygnięciami zapadłymi w analogicznym stanie faktycznym i prawnym (por. wyrok WSA w Krakowie z dnia 21 lutego 2008 r. I SA/Kr 636/07 oraz powołane tamże inne orzeczenia i poglądy doktryny, a także wyrok WSA w Krakowie z dnia 6 lipca 2007 r., I SA/Kr 988/08 z glosą aprobującą D. Mączyńskiego, publ. GSP- Przegląd Orzecznictwa 2008/2/111-120 oraz powołane tam inne wyroki sądów administracyjnych).

12. Dodać przy tym należy, że gdyby uznać za zasadne argumenty skargi sugerujące, że Naczelny Sąd Administracyjny zaakceptował jedynie możliwość prowadzenia postępowania w przedmiocie nadpłaty, jeżeli upłynął termin przedawnienia, ale pod warunkiem, że zobowiązanie wygasło wcześniej na skutek jego zapłaty – to w praktyce orzekający Sąd w niniejszej sprawie uchyliłby się od skutków art. 153 ppsa. Podkreślić bowiem należy, że sądy obu instancji orzekały w stanie faktycznym, w którym kwoty wykazanych nadpłat zostały przekazane skarżącym przed stwierdzeniem nieważności decyzji stanowiących podstawę ich wypłat. Uzasadnienie ww. wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego zapadłych w sprawie w sposób szeroki (nieograniczony jedynie do możliwości prowadzenia postępowania "w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji dotyczącej stwierdzenia nadpłaty") dopuszcza orzekanie w przedmiocie nadpłaty po upływie terminu przedawnienia, a nawet po "przedawnieniu zobowiązania", co oznaczałoby w rozstrzyganej sprawie także taką sytuację, że zobowiązanie nie byłoby zapłacone w całości.

13. Sąd uznał przy tym, że pomimo, że ww. wymienione wyroki WSA w Warszawie i NSA zapadły formalnie w przedmiocie skarg na stwierdzenie nieważności decyzji, a obecnie rozpatrywana była sprawa skarg na decyzje w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty - to wszystkie ww. wyroki dotyczyły pierwotnie jednego i tego samego postępowania administracyjnego w rozumieniu art. 153 ppsa, wywołanego wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. W przypadku art. 153 ppsa., jak na to wskazywały poglądy powołanych powyżej wyroków sądów administracyjnych, istotny jest powiązany ze sobą tok kolejnych rozstrzygnięć administracyjnych mających związek z pierwotną przyczyną wszczęcia postępowania administracyjnego. Wszystkie wydane w rozpatrywanej sprawie decyzje miały związek (przyczynowo - skutkowy) z postępowaniem wszczętym wnioskiem skarżących. Postępowanie, w trybie nadzwyczajnym, prowadzone przez Ministra Finansów dotyczyło nieważności decyzji kończących tryb zwyczajny postępowania wszczętego wnioskiem skarżących o stwierdzenie nadpłaty. Zakończenie trybu nadzwyczajnego spowodowało konieczność kontynuowania zwyczajnego trybu odwoławczego zakończonego zaskarżonymi obecnie decyzjami.

14. Nie mają przy tym związku z istotą sporu rozstrzyganego na obecnym etapie postępowania sądowoadministracyjnego, twierdzenia skarg o ostrożności w powoływaniu się na poglądy sądów administracyjnych ze względu na uznanie przez Naczelny Sąd Administracyjny uzasadnienia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie za częściowo błędne. Różnica poglądów dotyczyła bowiem w tej sprawie jedynie materialno prawnej podstawy (przepisy podatkowe czy przepisy dotyczące zakładów pracy chronionej) określenia wysokości zobowiązania podatkowego skarżącej, a co za tym idzie wysokości ewentualnej nadpłaty.

15. Odnosząc się z kolei do zarzutów skargi o braku umorzenia postępowania należałoby zaznaczyć, że, orzekający w mniejszej sprawie, Sąd związany na zasadzie art. 153 ppsa. ww. wyrokami Naczelnego Sądu Administracyjnego dopuścił prowadzenie postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty niezależnie od braku możliwości zakwestionowania w odrębnie prowadzonym postępowaniu wysokości skorygowanego zobowiązania na skutek jego przedawnienia. Tym samym Sąd uznał, że nie zachodziła konieczność umorzenia postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty na zasadzie art. 208 §1 Ordynacji podatkowej z powodu braku przedmiotu postępowania.

16. Sąd uznał również za niezasadne argumenty o prowadzeniu postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty jedynie w celu wyegzekwowania zwróconych poprzednio kwot ( zdaniem skarżących było to postępowanie nieprawidłowe bowiem podstawą egzekucji powinno być postępowanie dotyczące wysokości zobowiązania podatkowego).

17. W ocenie Sądu o prawidłowości zakończenia postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty decyzją organu odwoławczego zadecydował wyżej cytowany pogląd NSA o możliwości prowadzenia odrębnie postępowania w przedmiocie nadpłaty, nawet jeżeli nie jest możliwe prowadzenie postępowania w przedmiocie wysokości zobowiązania podatkowego z powodu upływu terminu jego przedawnienia. Nie mógł natomiast wpłynąć na tę ocenę sposób wykorzystania decyzji w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w późniejszym postępowaniu egzekucyjnym. Sąd nie oceniał bowiem prawidłowości egzekucji tj. m.in. faktu, czy zwrócone podatnikowi kwoty tytułem nadpłaty, po stwierdzeniu nieważności decyzji stanowiącej podstawę ich zwrotu i wydaniu decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty, mogą być dochodzone w postępowaniu egzekucyjnym w administracji na podstawie tytułu wykonawczego do tejże ostatniej decyzji w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty – czy też właściwy jest inny tryb postępowania (np. w postępowaniu cywilnym opartym na tzw. bezpodstawnym wzbogaceniu).

18. W tym kontekście zarzuty skarżących zawarte w załączniku do rozprawy o bezprzedmiotowości postępowania z powodu braku istnienia nadpłaty są również bezzasadne. Stwierdzenie nieważności decyzji w przedmiocie nadpłaty wyeliminowało z obrotu prawnego decyzję w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty – ale nie zniweczyło faktu przekazania skarżącej konkretnych kwot jako istniejącej ówcześnie nadpłaty. Nieważność decyzji stwierdzającej nadpłatę powoduje, że otwarta pozostała kwestia załatwienia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, a konkretnie odwołania od decyzji wydanej przez organ pierwszej instancji w tym przedmiocie.

19. W związku z powyższym Sąd nie rozważał również w ogóle argumentacji zawartej w ekspertyzach prawnych prof. B. B. i dr A. O. (traktowanych jako części argumentacji skargi), a to dlatego, że dotyczyły one żądania w trybie przepisów podatkowych zwrotu nienależnej nadpłaty i związanych z nim problemu art. 80 Ordynacji podatkowej oraz problemu zawieszenia biegu przedawnienia. Jak już Sąd wskazywał powyżej, zagadnienie skutecznego dochodzenia należnych kwot przez Skarb Państwa – statio fisci organ podatkowy będący w sprawie wierzycielem z tytułu zwrotu nadpłaty, co do której odpadła podstawa prawna świadczenia na skutek późniejszego stwierdzenia nieważności decyzji stwierdzającej nadpłatę i ostatecznie wydania decyzji odmawiającej jej stwierdzenia w kwocie będącej równowartością zwróconych poprzednio środków, jest odrębnym zagadnieniem wymagającym rozstrzygnięcia jaki tryb egzekucji jest właściwy i czy niezbędne jest uzyskanie wyroku sądu cywilnego w postępowaniu w przedmiocie bezpodstawnego wzbogacenia (por. wyrok NSA z dnia 27 października 2011 r. I FSK 1680/10 dotyczący, co prawda, nieco innego stanu faktycznego, ale wskazujący kierunek działania organów podatkowych w przypadku braku podstawy prawnej w przepisach Ordynacji podatkowej co do dochodzenia i egzekwowania nienależnie przekazanych podatnikowi kwot).

20. Nie był również zasadny zarzut naruszenia art.121 §1 Ordynacji podatkowej dotyczący pracownika Izby Skarbowej w K. – A.P., który brał udział w postępowaniu odwoławczym i podpisał ostateczną decyzję, w sytuacji gdy podpisał on również decyzję organu pierwszej instancji jako ówczesny Naczelnik Urzędu Skarbowego w związanym ze sprawą innym postępowaniu. Podkreślić przy tym należy, że skarżący cytując art. 130 §1 pkt 6 Ordynacji podatkowej przyznawali w skardze, że formalnie A.P. nie brał udziału w postępowaniu przed organem I instancji, niemniej jednak naruszone zostały zasady ogólne. Natomiast w replice, skarżący opowiedzieli się za jak najszerszym rozumieniem "brania udziału w wydawaniu decyzji" w rozumieniu ww. art. 130 §1 pkt 6 Ordynacji podatkowej.

21. W ocenie Sądu, art. 130 §1 pkt 6 wymieniający pracowników podlegających wyłączeniu, którzy brali "udział w wydaniu zaskarżonej decyzji" powinien być rozumiany jako dotyczący tych pracowników, których rzeczywisty udział w tej konkretnie czynności, potwierdza metryka sprawy prowadzona w trybie art. 171a Ordynacji podatkowej. Metryka sprawy jest przy tym dokumentem urzędowym w rozumieniu art. 194 Ordynacji podatkowej potwierdzającym charakter udziału pracownika w postępowaniu. Możliwe jest więc przeprowadzenie przeciwdowodu w trybie art. 194 §3 Ordynacji podatkowej na okoliczność udziału pracownika organu w innej czynności niżby to wynikało z metryki sprawy.

22. Orzekający w sprawie Sąd zwraca uwagę, że w dotychczasowym orzecznictwie sądów administracyjnych wprawdzie akcentuje się konieczność zachowania bezstronności pracowników organów podatkowych, niemniej jednak art. 130 §1 pkt 6 Ordynacji podatkowej ogranicza się wyłącznie do pracownika biorącego udział "w wydaniu zaskarżonej decyzji" (por. wyrok z dnia 26 stycznia 2012 r., II FSK 1357/10 oraz z dnia 16 czerwca 2009 r., I FSK 751/08 z szerokim omówieniem zagadnienia wyłączenia pracownika). Sformułowanie "wydanie decyzji" odnosi się do procesu decyzyjnego i wiąże się z odpowiedzialnością pracownika za podejmowaną czynność w postępowaniu czyli wydany tj. podpisany akt administracyjny. Podobny sposób wykładni art. 130 §1 pkt 6 Ordynacji podatkowej prezentuje część doktryny (por. A. Bielska-Brodziak -red., J. Gęsiak, G. Krawiec, A. Matan, S.Tkacz, Z.Tobor, A.Wentkowska, A. Wołowiec "Odpowiedzialność majątkowa funkcjonariuszy publicznych za rażące naruszenie prawa. Komentarz", Warszawa 2011, pkt 78 komentarza do art. 2). W szczególności, zdaniem Sądu, z dużą ostrożnością należałoby powoływać się na szerokie rozumienie określenia "brania udziału w wydaniu zaskarżonej decyzji", skoro ustawodawca z chwilą wejścia w życie przepisów o metryce sprawy (art. 171a wszedł w życie z dniem 7 marca 2012 r. po zmianach wprowadzonych ustawą z dnia 15 lipca 2011 r. o zmianie ustawy - Kodeks postępowania administracyjnego oraz ustawy - Ordynacja podatkowa - Dz. U. Nr 186, poz. 1100) wiąże z metryką sprawy dodatkowe skutki prawne. W doktrynie wskazuje się (A. Wróbel [w:] M. Jaśkowska, A. Wóbel "Komentarz aktualizowany do ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (Dz.U.00.98.1071)", stan prawny lipiec 2012r., LEX 131567/wersja październik 2012 r.), że: "Celem wprowadzenia metryki administracyjnej, jako obowiązkowej części akt administracyjnych, jest - według projektu rządowego (Sejm RP VI kadencji, nr druku: 3362) - «...zwiększenie transparentności udziału poszczególnych urzędników w procesie wydania rozstrzygnięć w sprawach obywateli (...) oraz transparentności uzasadnienia podjęcia takiego a nie innego rozstrzygnięcia w sprawie». W uzasadnieniu projektu podnosi się także, że: «Dzięki prowadzeniu na bieżąco metryki sprawy w sprawach administracyjnych i podatkowych będzie można nawet po upływie długiego czasu precyzyjnie ustalić, jacy urzędnicy (oprócz osoby podpisanej pod decyzją) uczestniczyli w przygotowaniu decyzji, przygotowywali jej projekt, udzielali wskazówek co do sposobu załatwienia sprawy i opiniowali lub zatwierdzali decyzję oraz w jaki sposób konkretni urzędnicy wpływali na treść decyzji». Zdaniem projektodawcy: «Transparentność, co do tego kto, jak i dlaczego wydał daną decyzję zwiększy poczucie odpowiedzialności urzędników, a w razie wydania decyzji powodującej szkody dla Państwa lub obywateli, ułatwi ustalenie winnych wyrządzenia szkody przez wydanie błędnej decyzji. Zwiększenie transparentności będzie miało też pozytywny wpływ na ograniczenie zjawiska korupcji»".

23. Mając powyższe na uwadze, Sąd przyjął, że skoro ani z treści decyzji organu odwoławczego, ani z metryki sprawy nie wynika, że A.P. podpisał decyzję organu I i II instancji – nie został naruszony art. 130 §1 pkt 6 Ordynacji podatkowej.

24. Odnosząc się natomiast do pozostałych zarzutów naruszenia art. 121 §1 Ordynacji podatkowej to w tym konkretnym przypadku, z uwagi na szeroki zakres związania organów ww. wyrokiem NSA, Sąd uznał, że udział w sprawie A.P., w tym podpisanie decyzji w toczących się równolegle postępowaniach, nie mógł mieć istotnego wpływu na wynik sprawy.

25. Podpisanie decyzji organu odwoławczego przez pracownika, który brał udział w wydaniu decyzji organu pierwszej instancji w innym postępowaniu, ale pozostającej w niewątpliwym związku z rozstrzyganą przez organ odwoławczy sprawą, mógł wywołać, co do zasady, wątpliwości co do bezstronności tego pracownika i stanowić o naruszeniu art. 130 §3 w zw. z art. 121 §1 Ordynacji podatkowej. Niemniej jednak w sytuacji gdy organ na etapie postępowania odwoławczego, jedynie realizował w trybie art. 153 ppsa wytyczne sądu administracyjnego, nie prowadząc żadnego dodatkowego postępowania dowodowego i nie dokonywał oceny zebranego materiału dowodowego w zakresie swobodnego uznania – nie można przyjąć, że doszło do naruszenia zasady bezstronności. Skarżący w żaden sposób nie wskazali, poza samym faktem uczestnictwa w obu tych postępowaniach A.P., w czym przejawiało się naruszenie art. 121 §1 Ordynacji podatkowej.

26. Przedstawione przez skarżących w kserokopii pismo z dnia 25 maja 2012 r. podpisane przez Wicedyrektora A.P., działającego z upoważnienia Dyrektora Izby Skarbowej i kierowane do Naczelnika Urzędu Skarbowego ze względu na datę (25 maja 2012 r.) oraz sygnaturę ([...]) tożsamą z numerem zaskarżonej decyzji dotyczącej "T" Sp. z o.o. SKA, niewątpliwie ma pośredni związek z prowadzonymi postępowaniami dotyczącymi skarżących. Niemniej jednak z treści tego pisma wynika, że chodzi o ustalenia dotyczące wyłącznie ww. spółki komandytowo-akcyjnej co do formy prawnej następcy prawnego pierwotnego wnioskodawcy. Pismo w istocie wymienia jedynie posiadane informacje przez Dyrektora Izby Skarbowej odnośnie kolejnych etapów przekształceń. W piśmie zawarta jest konkluzja, że: "koniecznym jest ustalenie w jakiej formie prawnej działa aktualnie jej następca prawny celem kierowania korespondencji oraz mającego zapaść rozstrzygnięcia do właściwego podmiotu- strony postępowania". Zdaniem Sądu, powyższe pismo nie dotyczy więc istoty ustaleń wpływających na sytuacje prawno-podatkową skarżących.

27. Zbieżność czy też identyczność znacznych fragmentów wszystkich wydanych decyzji dla "T" Sp. z o.o. SKA oraz oraz A. i B. C. może oczywiście wynikać z faktu, że przygotowywała je "do podpisu" jedna i ta sama osoba, ale nie oznacza to, że tekst wszystkich decyzji zredagował osobiście ten sam wicedyrektor izby skarbowej. W praktyce, osoba podpisująca w imieniu organu decyzje administracyjnego akceptuje jedynie ich ostateczną treść, ale nie redaguje pisma osobiście. Równie dobrze można by twierdzić, że drugi z podpisujących decyzje (J.G.) przygotował ich teksty wszystkich dokumentów. Metryki wszystkich spraw potwierdzają zresztą, że te same osoby (pracownicy Izby Skarbowej w K.) uczestniczyły w wydawaniu decyzji organu odwoławczego, z wyjątkiem podpisujących (akceptujących) decyzje wicedyrektorów. Zdaniem Sądu, znaczna zbieżność tekstów uzasadnienia ww. decyzji wynika bardziej z tożsamości zagadnienia prawnego, podobnego stanu faktycznego, a także z podobieństwa uzasadnień decyzji Ministra Finansów oraz wyroków sądów administracyjnych wydanych w sprawie.

28. W związku z powyższym Sąd skargę oddalił na zasadzie art. 151 ppsa. Przepis ten stanowi, że w razie nieuwzględnienia skargi sąd skargę oddala.

29. Sąd połączył sprawy obu skarg na zasadzie art. 111 §2 ppsa. Przepis ten stanowi, że sąd może zarządzić połączenie kilku oddzielnych spraw toczących się przed nim w celu ich łącznego rozpoznania lub także rozstrzygnięcia, jeżeli pozostają one ze sobą w związku. W rozpoznawanej sprawie obie skargi ze względu na osoby skarżących oraz stan faktyczny i istotę spornych zagadnień prawnych, pozostawały ze sobą w związku w rozumieniu ww. przepisu. Uzasadnione było więc połączenie obu postępowań sądowych, wszczętych odrębnymi skargami, do łącznego ich rozpoznania i rozstrzygnięcia.