Wyrok NSA, sygn. akt II FSK 1039/21
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2021-11-23 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
6560
Hasła tematyczne: Interpretacje podatkowe
Skarżony organ: Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżony wyrok i oddalono skargę
Powołane przepisy: article: art. 18d ust. 1 i ust. 2 pkt 1
journal: Dz.U. 2020 poz 1406
law: Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych - t.j.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Antoni Hanusz (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz, Sędzia WSA del. Artur Kot, po rozpoznaniu w dniu 23 listopada 2021 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 13 maja 2021 r. sygn. akt I SA/Po 163/21 w sprawie ze skargi A[...] sp. z o.o. z siedzibą w P. na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 7 grudnia 2020 r. nr 0111-KDIB1-3.4010.460.2020.1.BM w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych 1) uchyla zaskarżony wyrok, 2) oddala skargę, 3) zasądza od A[...] sp. z o.o. z siedzibą w P. na rzecz Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej kwotę 460 (czterysta sześćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

1. Wyrokiem z 13 maja 2021 r., I SA/Po 163/21, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu, po rozpoznaniu skargi "A." sp. z o.o. z siedzibą w P., uchylił interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 7 grudnia 2020 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych.

Pismem z 30 września 2020 r. skarżąca wystąpiła z wnioskiem o wydanie indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego dotyczącej podatku dochodowego od osób prawnych wyjaśniając, że nie posiada statusu centrum badawczo-rozwojowego określonego w ustawie z dnia 30 maja 2008 r. o niektórych formach wspierania działalności innowacyjnej (t.j. Dz. U. z 2019 r. poz. 1402) ale uzyskała dofinansowanie w zakresie tworzenia oraz komercjalizacji aplikacji X. Nie prowadzi działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (t.j. Dz. U. z 2019 r. poz. 482). Działalność ta dotyczy wytwarzania programów komputerowych oraz stron internetowych, a także działań z zakresu VR/AR (wirtualnej/rozszerzonej rzeczywistości). Czynności dotyczą realizacji różnego rodzaju projektów informatycznych. Prace można podzielić na poszczególne etapy, które cechują się wykonywaniem różnych zadań, tj. etap projektowania programu bądź strony internetowej, a przede wszystkim funkcjonalności, które powinny zawierać, właściwe programowanie zaprojektowanych wcześniej rozwiązań, przeprowadzenie testów wytworzonego produktu oraz ostateczne wdrożenie projektu. We wniosku przedstawiła cztery przykładowe zrealizowane projekty.

Podstawowymi kosztami, które skarżąca ponosi w ramach prowadzonej działalności, są koszty: 1) najmu; 2) nabycia licencji; 3) zakupu sprzętu; 4) odpisów amortyzacyjnych od posiadanych środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych; 5) wynagrodzeń pracowników zatrudnionych w oparciu o umowy o pracę; 6) wynagrodzeń dla podwykonawców. W ramach działalności, skarżąca zatrudnia na podstawie umów o pracę pracowników zajmujących stanowiska kierownika projektu, inżyniera oprogramowania, inżyniera jakości, grafika. Skarżąca korzysta również z usług świadczonych przez podwykonawców prowadzących własne działalności gospodarcze w zakresie programowania. Charakter czynności, w ramach działalności gospodarczej, wskazuje na ich twórczość. W związku z realizacją każdego z projektów skarżąca ponosi przede wszystkim koszty, wynagrodzenia pracowników, obejmujące również wynagrodzenia za czas choroby oraz urlopu, za godziny nadliczbowe, nagrody, dodatki, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop, wraz z kosztami związanymi z ubezpieczeniami społecznymi, ponoszonymi zarówno po stronie pracownika, jak i pracodawcy, w przypadku pracowników zatrudnionych w oparciu o umowy o pracę oraz wynagrodzenia podwykonawców.

Skarżąca regularnie podejmuje czynności mające na celu projektowanie oraz wytworzenie prototypów zupełnie nowych programów, bądź też takich, które wytworzyła już wcześniej, ale zostały istotnie ulepszone. Konsekwentnie podejmuje ona prace zmierzające w kierunku rozwoju oferty przedsiębiorstwa. Jednak nie zawsze wytworzone prototypy są następnie przeznaczane na użytek klientów. Powody tego są różne. Może to być zarówno nieopłacalność produkcji, jak i odłożenie realizacji projektu w czasie. Niekiedy takie programy są wytwarzane również na potrzeby wewnętrzne skarżącej. Niezależnie od efektu podejmowanych prac, każdorazowo prowadzone są one w sposób metodyczny, tj. w oparciu o ustalony plan, zaś ich efekt jest niemożliwy do przewidzenia na początkowych etapach tworzenia, natomiast ostatecznie możliwy do odtworzenia. W celu wytworzenia prototypów skarżąca ponosi i będzie ponosić wydatki obejmujące w szczególności: wynagrodzenia pracowników, obejmujące również wynagrodzenia za czas choroby oraz urlopu, za godziny nadliczbowe, nagrody, dodatki, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop, wraz z kosztami związanymi z ubezpieczeniami społecznymi, ponoszonymi zarówno po stronie pracownika, jak i pracodawcy, w przypadku pracowników zatrudnionych w oparciu o umowy o pracę oraz wynagrodzenia podwykonawców. Bez poniesienia tych kosztów niemożliwym byłoby podjęcie prac służących tworzeniu prototypów, co przełożyłoby się na możliwości rozwoju. Z pracownikami zaangażowanymi w przedstawione powyżej prace podpisany zostanie aneks, który m.in. w swoich zapisach wprost potwierdzi, że wykonywane przez pracowników skarżącej prace mają charakter rozwojowy, a także zobowiąże ich do prowadzenia ewidencji czasu pracy poświęconego w ramach swoich obowiązków na prace rozwojowe. Skarżąca wskazała również, że w związku z wejściem w życie ustawy z dnia 4 października 2018 r. o pracowniczych planach kapitałowych, a także tym, że zatrudnia pracowników, jest zobligowana do podjęcia działań związanych z utworzeniem Pracowniczych Planów Kapitałowych.

Skarżąca oprócz ksiąg rachunkowych, o których mowa w art. 9 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U. z 2020 r. poz. 1325 ze zm., dalej: "u.p.d.o.p.), prowadzi również ewidencję pomocniczą, w której wyodrębnia koszty związane z przeprowadzonymi pracami mającymi na celu rozwój działalności. Przypisuje się w niej poszczególne wydatki do grup rodzajowych i jednocześnie przyporządkowuje do konkretnych inwestycji oraz projektów. W związku z prowadzoną działalnością opisaną powyżej skarżąca zamierza dokonać odliczenia, o którym mowa w art. 18d ust. 1 u.p.d.o.p. Chodzi o odliczenie kosztów ponoszonych na działalność badawczo-rozwojową, zgodnie z art. 18d oraz 18e powołanej ustawy od dochodu.

Skarżąca zwróciła się więc z następującymi pytaniami:

1) czy podejmowana przez skarżącą działalność w zakresie wytwarzania programów komputerowych, w całości lub w którejś z części, stanowi działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu art. 18d ust. 1 w zw. z art. 4a pkt 26-28 u.p.d.o.p. w zw. z art. 4 ust. 2 oraz 3 ustawy prawo o szkolnictwie wyższym i nauce z dnia 20 lipca 2018 r.?

2) czy podejmowana przez skarżącą działalność w zakresie wytwarzania stron internetowych, w całości lub w którejś z części, stanowi działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu art. 18d ust. 1 w zw. z art. 4a pkt 26-28 u.p.d.o.p. w zw. z art. 4 ust. 2 oraz 3 ustawy prawo o szkolnictwie wyższym i nauce z dnia 20 lipca 2018 r.?

3) czy wydatki na wynagrodzenia pracowników, obejmujące również wynagrodzenia za czas choroby oraz urlopu, za godziny nadliczbowe, nagrody, dodatki, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop, wraz z kosztami związanymi z ubezpieczeniami społecznymi, ponoszonymi zarówno po stronie pracownika, jak i pracodawcy, w przypadku pracowników zatrudnionych w oparciu o umowy o pracę, można uznać za kwalifikowalne koszty poniesione na działalność badawczo-rozwojową wnioskodawczyni, o których mowa jest w art. 18d ust. 2 oraz 3 u.p.d.o.p.?

4) czy w przypadku wytworzenia i wdrożenia przez skarżącą w ramach prowadzonej działalności prototypu, będzie mógł on być uznany za pracę rozwojową, a tym samym wydatki, które wnioskodawczyni poniosła w związku z jego wytworzeniem i wdrożeniem, mogą być uznane za koszty poniesione na działalność badawczo-rozwojową?

5) czy wpłaty na Pracownicze Plany Kapitałowe, które skarżąca będzie zobowiązana dokonywać, można uznać za koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p.?

6) czy w przypadku, gdy organ uzna, że skarżąca prowadzi działalność badawczo-rozwojową, to czy w sposób poprawny prowadzi ona wyodrębnioną w prowadzonych księgach rachunkowych, o których mowa w art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. ewidencję rachunkową kosztów kwalifikowanych?

W ocenie skarżącej na postawione przez nią pytania należy udzielić odpowiedzi twierdzącej. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 7 grudnia 2020 r., uznał jednak stanowisko skarżącej za nieprawidłowe w zakresie pytania nr 3 w części odnoszącej się do wynagrodzenia za czas choroby oraz urlopu oraz w zakresie pytania nr 4 w części donoszącej się do wynagrodzenia pracowników za czas choroby oraz urlopu i wynagrodzeń podwykonawców. W pozostałym zakresie stanowisko wnioskodawczyni zostało uznane za prawidłowe.

2. Pismem z 5 stycznia 2021 r. skarżąca wniosła skargę na omówioną powyżej interpretację domagając się jej uchylenia w całości oraz zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych. Zaskarżonej interpretacji zarzuciła naruszenie:

1) art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. w zw. z art. 12 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j. Dz. U. z 2020 r. poz. 1426 ze zm., dalej: "u.p.d.o.f.") poprzez dokonanie błędnej wykładni, a w konsekwencji błędne zastosowanie przez Dyrektora prawa materialnego, poprzez uznanie, że koszty pracownicze ponoszone przez skarżącą na wynagrodzenia programistów, przypadające za okresy usprawiedliwionej nieobecności w pracy (urlop, chorobowe), w proporcji w jakiej stosunek czasu pracy faktycznie poświęconego na działalność B+R pozostawał do ogólnego wymiaru czasu pracy, nie stanowią kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p., w sytuacji, w której skarżąca ma prawo zaliczyć te wydatki do kosztów kwalifikowanych;

2) art. 120 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14c § 1 i art. 14n § 5 w zw. z art. 14h ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2020 r. poz. 1325 ze zm., dalej: "o.p.") poprzez ich pominięcie i przeprowadzenie postępowania z naruszeniem zasady legalizmu i praworządności oraz zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie podatnika, tj. uznanie za nieprawidłowe stanowiska skarżącej w części dotyczącej możliwości kwalifikacji wynagrodzeń pracowników za czas urlopu lub choroby za koszty kwalifikowane z powodu uwzględnienia wyłącznie gramatycznej wykładni przepisów prawa;

3) art. 32 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. (Dz. U. nr 78 poz. 483 ze zm.), przez naruszenie zasady równego traktowania obywateli, gdyż organ podatkowy wydawał uprzednio pozytywne interpretacje dotyczące analogicznych stanów faktycznych.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej podtrzymał swoje dotychczasowe stanowisko w sprawie wnosząc o oddalenie skargi.

3. Wojewódzki Sąd Administracyjny uznał, że skarga okazała się zasadna. Rozstrzygnięcie sporu wymagało, jego zdaniem, dokonania kontroli zgodności z prawem zaskarżonej interpretacji przepisów prawa podatkowego w zakresie kwestii czy wynagrodzenia za czas choroby oraz urlopu pracowników zatrudnionych na podstawie umowy o pracę wraz ze składkami na ubezpieczenie społeczne sfinansowanymi przez pracodawcę będą stanowiły koszt kwalifikowany, o którym mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. Dokonując tego Sąd zwrócił uwagę, że w niniejszej sprawie nie ma sporu czy należne pracownikowi wynagrodzenie za okres urlopu, jak i wynagrodzenie za okres choroby są świadczeniami ze stosunku pracy w rozumieniu art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. Jednak w ocenie organu świadczenia te, wraz ze składami na ubezpieczenie społeczne, nie zostaną objęte zakresem zastosowania art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p.

Natomiast Sąd dokonując oceny stanowiska organu stwierdził, że powołany przepis umożliwia uznanie za koszt kwalifikowany należności z tytułu stosunku pracy wraz ze składami na ubezpieczenie społeczne finansowych przez płatnika, w części w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Przepis ten, w jego ocenie, nie zawiera definicji pojęcia czasu przeznaczonego na realizację działalności badawczo-rozwojowej oraz pojęcia ogólnego czasu pracy pracownika. Wykładnia językowa pierwszego ze wskazanych pojęć prowadzi do wniosku, że oznacza ono czas, który został przez pracownika faktycznie poświęcony na realizację działalności badawczo-rozwojowej. Z kolei przez ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu należy rozumieć jego całkowity czas pracy.

Sąd dokonując wykładni art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. w powiązaniu z regulacjami zawartymi w ustawie z dnia 26 czerwca 1974 r. Kodeks pracy (t.j. Dz. U. z 2020 r. poz. 1320 ze zm., dalej: "k.p.") doszedł do wniosku, że brak jest przeszkód do uznania za koszty kwalifikowane wydatków pracodawcy z tytułu wynagrodzeń pracowników za czas choroby oraz urlopu wraz ze sfinansowanymi przez pracodawcę składkami na ubezpieczenie społeczne. Przepis ustawy podatkowej nakazuje bowiem ustalać wysokość kwalifikowanych kosztów w oparciu o proporcję w jakiej w danym miesiącu czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pracownika pozostaje w relacji do jego ogólnego czasu pracy. Wskazane dwa elementy stanowią jedyne okoliczności istotne przy obliczaniu proporcji. Obliczona w ten sposób proporcja stosowana jest względem wszystkich należności z tytułu stosunku pracy oraz wszystkich składek na ubezpieczenie społeczne sfinansowanych przez pracodawcę. Treść art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. odczytywana z uwzględnieniem reguł wykładni językowej nie wymaga, zdaniem Sądu, aby określonego rodzaju wydatek ponoszony przez pracodawcę w związku z zatrudnieniem pracownika stanowił bezpośredni ekwiwalent za czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej. Sąd podzielił również wyrażony w orzecznictwie pogląd, że jeżeli pracownik przeznacza cały swój czas pracy na działalność badawczo-rozwojową, to wówczas wydatki związane z czasem jego usprawiedliwionej nieobecności w pracy winny być uwzględnione w pełnej wysokości, albo w określonej proporcji, gdy pracownik poświęca na badania jedynie część swojego czasu, w odniesieniu do całego czasu pracy.

Podsumowując sąd stwierdził więc, że zaskarżona interpretacja zawiera nieprawidłową wykładnię art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p.

4. Od powyższego orzeczenia organ interpretacyjny wniósł skargę kasacyjną żądając jego uchylenia w części, w której Sąd uchylił zaskarżoną interpretację, tj. punkt I sentencji oraz w punkcie III sentencji i oddalenie w tym zakresie skargi, ewentualnie uchylenie zaskarżonego wyroku w punktach I i III sentencji i przekazanie sprawy w tym zakresie do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Poznaniu, a także zasądzenia zwrotu kosztów według norm przepisanych. Zaskarżonemu wyrokowi zarzucono, na podstawie art. 174 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2017 r., poz. 1369, dalej: "p.p.s.a."), naruszenie prawa materialnego, tj.: art. 18d ust. 1 oraz art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. w zw. z art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. przez błędną wykładnię, a w konsekwencji błędne przyjęcie na tle stanu faktycznego sprawy, że koszty pracownicze ponoszone przez skarżącą na wynagrodzenia programistów, przypadające za okresy usprawiedliwionej nieobecności (urlop, chorobowe), w proporcji w jakiej stosunek czasu pracy faktycznie poświęconego na działalność badawczo-rozwojową pozostawał do ogólnego wymiaru czasu pracy, stanowią koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. Tymczasem w ocenie skarżącego organu prawidłowa wykładnia prowadzi do wniosku zgodnie z którym skarżącej nie przysługuje i nie będzie przysługiwać prawo do zaliczenia tych wydatków do kosztów kwalifikowanych. Otrzymujący te wynagrodzenia pracownicy przebywając na urlopie lub zwolnieniu lekarskim, nie będą wykonywać i nie będą realizować na rzecz spółki w tym okresie prac badawczo-rozwojowych.

Ponadto, na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. zarzucono naruszenie przepisów postępowania mających istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 141 §4 p.p.s.a., art. 133 §1 p.p.s.a. i art. 134 §1 p.p.s.a. Dokonano bowiem wadliwego uzasadnienia, niedostatecznie wyjaśniając motywy rozstrzygnięcia. Wyrok nie poddaje się więc kontroli instancyjnej. Sąd I instancji uchylił zaskarżoną interpretację w części dotyczącej pytania nr 4 w zakresie kwalifikacji kosztów wynagrodzeń podwykonawców. Natomiast, zdaniem skarżącego, brak uzasadnienia na ten temat. Organ interpretacyjny zarzucił również naruszenie przepisu art. 57a p.p.s.a. Sąd wyszedł bowiem poza zakres zaskarżenia. Uchylił jednocześnie interpretację w części, która nie została zaskarżona Tymczasem dotyczyć ma ona prawidłowości kwalifikacji wynagrodzeń podwykonawców (pytanie nr 4 wniosku o interpretację).

W odpowiedzi na skargę kasacyjną spółka wniosła o jej oddalenie i zasądzenia zwrotu kosztów według norm przepisanych.

5. Skarga kasacyjną jest zasadna. Wyrok Sądu pierwszej instancji został zaskarżony w części tj., w zakresie punktu I oraz w punkcie III sentencji. Oznacza to, że uprawomocnił się w pozostałej części. Natomiast spór w niniejszej sprawie dotyczy kwestii ustalenia, czy wynagrodzenie wypłacane pracownikom realizującym prace badawczo-rozwojowe za czas urlopu lub choroby stanowi koszt kwalifikowany, o którym stanowi w art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p.

Zgodnie z treścią art. 18d ust. 1 u.p.d.o.p. podatnik uzyskujący przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych odlicza od podstawy opodatkowania, ustalonej zgodnie z art. 18, koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo-rozwojową, zwane dalej "kosztami kwalifikowanymi". Kwota odliczenia nie może w roku podatkowym przekraczać kwoty dochodu uzyskanego przez podatnika z przychodów innych niż przychody z zysków kapitałowych. Według art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p., za koszty kwalifikowane uznaje się poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych. Wydatki te mogą stać się kosztem kwalifikowanym w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Ścisła wykładnia językowa tego przepisu prowadzi więc do wniosku, że należności ze stosunku pracy mogą być uznane za koszty kwalifikowane tylko w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu.

W konsekwencji, dla obliczenia proporcji kosztów kwalifikowanych nie powinno się brać pod uwagę czasu, w jakim pracownik nie wykonywał pracy, np. w związku z urlopem lub zwolnieniem lekarskim. Tym samym, naturalną konsekwencją takiego ukształtowania prawa podmiotowego wydaje się również nieuwzględnianie dla wyliczenia proporcji kosztów kwalifikowanych należności wypłacanych w związku z okolicznościami, w których pracownik nie świadczył w sensie realnym pracy, a zatem nie mógł wykonywać działalności badawczo-rozwojowej z powodów wskazanych wyżej.

Przedstawiony sposób interpretacji przepisu art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p., prowadzi więc do wniosku, że uwzględniając pełną jego treść należy w pierwszej kolejności poddać analizie czy pracownik w danym okresie świadczył pracę, a tym samym czy rzeczywiście wykonywał czynności związane z realizacją działalności badawczo-rozwojowej. Dopiero wówczas należy ocenić, czy dany składnik wynagrodzenia pracownika może być uznany za koszt kwalifikowany, a następnie zweryfikować,.

Nie powinno ulegać wątpliwości, że pojęcie czasu pracy przeznaczonego na realizację działalności badawczo-rozwojowej odnosi się do czasu faktycznie poświęconego wykonywaniu tej pracy. Wobec tego, w celu określenia wysokości kosztów do odliczenia w uldze B+R, należy zastosować proporcję czasu pracy poświęconego przez danego pracownika na realizację działalności badawczo-rozwojowej w ogólnym czasie pracy tego pracownika w danym miesiącu.

Wobec tego przepis art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p., powinien być rozumiany jako przepis uprawniający do zaliczenia do kosztów kwalifikowanych. Odliczenia stanowiącej istotę ulgi badawczo-rozwojowej tej części wynagrodzenia pracownika oraz należnych od niego składek za dany miesiąc, która dotyczy realizacji działalności badawczo-rozwojowej przez tego pracownika, należy więc przypisać w miesiącu w którym pozostawał do dyspozycji pracodawcy. Odliczenie od dochodu pracodawcy powinno być zatem dokonywane proporcjonalnie w części odpowiadającej stosunkowi czasu poświęconego realizacji działalności badawczo-rozwojowej do pozostawania do dyspozycji pracodawcy, czyli czasu nieobejmującego urlopu oraz innych usprawiedliwionych nieobecności.

W świetle powyższego, nie sposób zgodzić się z twierdzeniem Sądu pierwszej instancji, który dokonując wykładni art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. w powiązaniu z przytoczonymi regulacjami kodeksu pracy stwierdził, że brak jest przeszkód do uznania za koszty kwalifikowane wydatków pracodawcy z tytułu wynagrodzeń pracowników za czas choroby oraz urlopu wraz ze sfinansowanymi przez pracodawcę składkami na ubezpieczenie społeczne. Rozwiązania kodeksowe adresowane są do zupełnie innej sytuacji i nie mają w niniejszej sprawie zastosowania. W badanej sprawie nie doszło do naruszenia praw pracowniczych poprzez zmianę kwalifikacji wynagrodzeń, ich pomniejszenia lub innych zdarzeń mających negatywny skutek dla osób zatrudnionych w ramach prac badawczo –rozwojowych. Raz jeszcze należy zwrócić uwagę, iż zgodnie z art. 18d ust. 1 u.p.d.o.p. koszty kwalifikowane obniżają podstawę do opodatkowania a nie wpływają na wysokość wynagrodzeń pracowników zatrudnionych przy tego rodzaju pracach tj. w charakterze programistów. Nie można tymczasem uznać za słuszne stanowiska Sądu zgodnie z którym treść art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. odczytywana z uwzględnieniem reguł wykładni językowej nie wymaga aby określonego rodzaju wydatek ponoszony przez pracodawcę w związku z zatrudnieniem pracownika stanowił bezpośredni ekwiwalent za czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej.

W tym stanie rzeczy Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 188 i art. 151 p.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok w części w której Sąd pierwszej instancji uchylił zaskarżoną interpretację, tj. punkt I sentencji oraz w punkcie III sentencji i oddalił w tym zakresie skargę. O kosztach postepowania orzeczono w pkt 3 sentencji wyroku na podstawie art. 203 pkt 2, art. 205 § 2 p.p.s.a.