Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 1646/07
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2007-11-23 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Podatkowe postępowanie
Skarżony organ: Dyrektor Izby Celnej
Treść wyniku: Oddalono skargę
Powołane przepisy: article: art. 59  par. 1  pkt 1 i 9,  art. 70  par. 1
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Krystyna Chustecka, Sędziowie Sędzia WSA Jerzy Płusa (spr.), Sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa, Protokolant Lidia Wasilewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 23 listopada 2007 r. spraw ze skarg S. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzje Dyrektora Izby Celnej w . z dnia [...] lipca 2007 r. nr [...] nr [...] nr [...] w przedmiocie określenia prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług oddala skargi


UZASADNIENIE

Naczelnik Urzędu Celnego [...] w W. trzema decyzjami z dnia [...] sierpnia 2006 r. określił "S." sp. z o. o. w W. (następcy prawnemu A. sp. z o. o. w W.) - zwanej dalej "Spółką", prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów:

1) w kwocie 16.431,20 zł (uwzględniając zweryfikowane zgłoszenie celne SAD [...] z dnia 7 marca 2001 r.);

2) w kwocie 20.099,00 zł (uwzględniając zweryfikowane zgłoszenie celne SAD [...] z dnia 27 marca 2001 r.);

3) w kwocie 14.162,00 zł (uwzględniając zweryfikowane zgłoszenie celne SAD [...] z dnia 10 kwietnia 2001 r.).

W uzasadnieniach decyzji organ pierwszej instancji wyjaśnił, iż trzema decyzjami Naczelnika Urzędu Celnego [...] w W. z dnia [...] lipca 2003 r. utrzymanymi w mocy decyzjami Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia [...] kwietnia 2004 r., uznano złożone przez Spółkę zgłoszenia celne zawarte w ww. dokumentach SAD za nieprawidłowe w zakresie wartości celnej oraz określono prawidłową wartość celną.

W związku z powyższym, postanowieniami z dnia [...] lipca 2006 r. wszczęte zostały postępowania podatkowe w zakresie określenia prawidłowej kwoty należności podatkowych.

Naczelnik Urzędu Celnego[...] w W. wskazał, iż na mocy ustawy z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302) jest organem właściwym rzeczowo dla określenia wysokości podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów.

Następnie przytaczając treść art. 6 ust. 7 i art. 15 ust. 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50, z poźn. zm.), powoływanej dalej jako "ustawa o VAT z 1993 r.", stwierdził, iż obniżenie wartości celnej importowanych towarów spowodowało zmniejszenie podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług, a w konsekwencji jego określenie w wysokości niższej niż zadeklarowana w zgłoszeniach celnych.

W związku z powyższym, określone zostało zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów w prawidłowych wysokościach.

W odwołaniach od tych decyzji Spółka zarzuciła naruszenie: art. 244 pkt 3 w związku z art. 65 § 4 i § 5 oraz art. 230 § 4 ustawy z dnia 9 stycznia 1997 r. – Kodeks celny (Dz. U. z 2001 r. Nr 75, poz. 802, z poźn. zm.), poprzez wydanie decyzji po upływie 3 lat od dnia dokonania zgłoszenia celnego; art. 11c ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r. w związku z art. 208 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, z późn. zm.); art. 11 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r.

Ponadto Spółka zarzuciła naruszenie art. 15 ust. 4 ustawy o VAT z 1993 r., poprzez nieprawidłowe określenie wysokości podstawy opodatkowania (błędne określenie wartości celnej importowanych towarów) oraz rażące naruszenie przepisów postępowania, tj. art. 120-122, art. 127, art. 187, art. 191 i art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej.

Trzema decyzjami z dnia [...] lipca 2007 r. Dyrektor Izby Celnej w W. powołując się na art. 233 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, art. 2 ust. 2, art. 6 ust. 7, art. 15 ust. 4 ustawy o VAT z 1993 r. oraz art. 33 ust. 2, art. 34 ust. 4 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535, z późn. zm.), powoływanej dalej jako "ustawa o VAT z 2004 r." - utrzymał zaskarżone decyzje w mocy. W uzasadnieniach decyzji podniósł, że w sytuacji, gdy prawomocnymi orzeczeniami stwierdzono, iż wartość celna towarów została w zgłoszeniach celnych wykazana nieprawidłowo, koniecznym stało się określenie wysokości zobowiązania podatkowego - powstałego z mocy prawa w chwili powstania długu celnego - w prawidłowej wysokości. Organ pierwszej instancji zasadnie zatem skorygował podstawę opodatkowania i określił podatki w prawidłowej wysokości na podstawie przepisów obowiązujących w dniu powstania obowiązku podatkowego.

Odnosząc się do zarzutów naruszenia przepisów ustawy o VAT z 1993 r., organ odwoławczy wyjaśnił, że obowiązek obliczenia kwot podatku w prawidłowej wysokości, określony w art. 11 ust. 2 tej ustawy (obecnie art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r.), nie jest równoznaczny z nałożeniem na organy celne obowiązku weryfikacji zgłoszenia celnego w momencie jego przyjmowania. Zgodnie z art. 70 § 1 Kodeksu celnego, po przyjęciu zgłoszenia celnego, organ może przystąpić do jego weryfikacji, co jest jego uprawnieniem, a nie obowiązkiem. Jeżeli organ celny dokonuje weryfikacji zgłoszenia po zwolnieniu towaru i uznaje je za nieprawidłowe w trybie art. 65 § 4 Kodeksu celnego, wówczas zgodnie z art. 11 ust. 2 ustawy o VAT z 1993r. (art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r.), właściwy dla podatnika organ podatkowy wydaje decyzję określającą podatek w prawidłowej wysokości. Dyrektor Izby Celnej podkreślił, że za podstawę opodatkowania towarów przyjął wartość celną tych towarów określoną w decyzjach Naczelnika Urzędu Celnego [...] w W.. Prawidłowość rozstrzygnięć organów obu instancji w postępowaniach celnych dotyczących wartości celnej potwierdziły wyroki Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie i Naczelnego Sądu Administracyjnego. Organ odwoławczy odstąpił od szczegółowego uzasadniania decyzji w zakresie określenia wartości celnej towarów, gdyż kwestia ta już została prawomocnie rozstrzygnięta.

Oceniając zarzut naruszenia art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, Dyrektor Izby Celnej stwierdził, iż zgodnie z art. 59 § 1 Ordynacji podatkowej, zobowiązanie podatkowe wygasa w całości lub w części wskutek, m.in. zapłaty. Organ odwoławczy wskazał, że zapłata podatku określonego w decyzji organu podatkowego pierwszej instancji - nieostatecznej - jest zapłatą podatku powodującą wygaśnięcie zobowiązania podatkowego. Jednocześnie podkreślił, że zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1-9 Ordynacji podatkowej wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn. Zobowiązanie podatkowe wygasłe na skutek zapłaty nie może wygasnąć po raz drugi wskutek przedawnienia. Organ odwoławczy powołał się w tym zakresie na uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 października 2003 r., sygn. akt FPS 8/03.

Dyrektor Izby Celnej nie zgodził się z argumentacją Spółki, że powyższe zasady mogły mieć zastosowanie wyłącznie w odniesieniu do zapłaty podatku na podstawie ostatecznej decyzji organu podatkowego. To, czy decyzja ma charakter ostateczny nie ma znaczenia dla zrealizowania materialnoprawnych skutków zapłaty w postaci wygaśnięcia zobowiązania. Ponadto zobowiązanie podatkowe podlega wykonaniu niezależnie od tego, czy ma charakter ostateczny, czy też nie.

Za bezzasadne organ odwoławczy uznał zarzuty naruszenia przepisów prawa procesowego. Dążąc do realizacji zasady prawdy obiektywnej organ podatkowy podjął wszelkie kroki niezbędne do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy przez wydanie prawidłowego rozstrzygnięcia merytorycznego w sprawie. W zaskarżonych decyzji przytoczono treść i interpretację przepisów prawnych mających zastosowanie do rozstrzyganych spraw, wskazano przesłanki wpływające na zaprezentowaną ocenę dowodów.

Odnosząc się do zarzutu naruszenia przez organ pierwszej instancji przepisu art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r., organ odwoławczy wyjaśnił, iż obowiązek stosowania przepisów obowiązujących w dacie wystąpienia zdarzeń powodujących skutki podatkowe, dotyczy przepisów materialnych prawa podatkowego. Natomiast przepisy procesowe i ustrojowe stosuje się według stanu prawnego istniejącego w dacie wydania decyzji. Po dniu 1 maja 2004 r. decyzje organów celnych winny być wydawane na podstawie art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r., w związku z tym przepis ten prawidłowo został przywołany przez organ pierwszej instancji.

Odnośnie zarzutu naruszenia art. 244 pkt 3 w zw. z art. 65 § 4 i 5 Kodeksu celnego oraz art. 230 § 4 tej ustawy organ odwoławczy podkreślił, że do przedawnienia zobowiązań podatkowych nie stosuje się przepisów Kodeksu celnego, tylko przepisy Ordynacji podatkowej. Zgodnie z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Powołane przepisy Kodeksu celnego odnoszą się tylko do należności celnych i długu celnego. Należności podatkowe nie są natomiast ani należnościami celnymi, ani długiem celnym. W związku z tym, organ pierwszej instancji był uprawniony do wydania decyzji w zakresie podatku od towarów i usług i nie naruszył powyższych przepisów.

Na powyższe decyzje Dyrektora Izby Celnej w W. Spółka wniosła skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, domagając się uchylenia tych decyzji, a także uchylenia poprzedzających je decyzji organu pierwszej instancji. Zaskarżonym decyzjom Spółka zarzuciła naruszenie:

1) art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, poprzez jego błędną wykładnię. Zdaniem Spółki, Dyrektor Izby Celnej błędnie wyinterpretował ze wskazanego przepisu normę, wedle której zapłata w całości przez Spółkę deklarowanego przez nią podatku od towarów i usług powoduje wygaśnięcie zobowiązania w całości;

2) art. 59 § 1 pkt 9 Ordynacji podatkowej, poprzez jego niewłaściwe zastosowanie, tj. nieuprawnioną odmowę poddania dyspozycji tego przepisu stanu, w którym zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów nie wygasło w wyniku jego zapłaty przez Spółkę, a ostateczne decyzje podatkowe zostały wydane po upływie terminu 5-letniego liczonego od końca roku, w którym dokonano zgłoszeń celnych;

3) art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, przez jego błędną wykładnię;

4) art. 11 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r., poprzez odmowę uchylenia decyzji organu pierwszej instancji, pomimo że została ona wydana, w części dotyczącej określenia podatku od towarów i usług, z istotnym naruszeniem tej normy procesowej;

5) art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r., poprzez odmowę uchylenia decyzji organu pierwszej instancji z tej przyczyny, iż została ona wydana, w części dotyczącej określenia podatku, z istotnym naruszeniem tej normy procesowej.

Nadto Spółka zarzuciła decyzjom naruszenie przepisów procesowych, tj.: art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej - poprzez błędną interpretację i zastosowanie przepisów art. 59 § 1 pkt 1, art. 59 § 1 pkt 9 oraz art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej w sposób sprzeczny z obowiązkiem poszanowania przez organy pewności obrotu prawnego i nadmierną ingerencję w sferę praw Spółki do samookreślania swoich obowiązków podatkowych; art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez odmowę umorzenia, bezprzedmiotowego ze względu na upływ terminu przedawnienia, postępowania w sprawie; art. 233 § 1 pkt 1 oraz 233 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej poprzez wydanie decyzji utrzymującej w mocy decyzję organu pierwszej instancji, chociaż winna ona być uchylona.

W uzasadnieniach skarg Spółka, powołując się na orzecznictwo sądowe, wskazała podobnie jak w odwołaniu, że interpretacja art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej prowadzi do stwierdzenia, iż do wygaśnięcia zobowiązania podatkowego przez jego zapłatę dochodzi tylko wtedy, gdy jest to zapłata należnego zobowiązania w kwocie określonej ostatecznie. Zgłoszenia celne Spółki natomiast nie określały ostatecznie należnego zobowiązania podatkowego. Nadto Spółka podniosła, że gdyby przyjąć interpretację organu, to należałoby stwierdzić, że zapłata przez podatnika podatku w kwocie ostatecznie nieokreślonej pozbawiałaby go w szczególności postępowania odwoławczego, gdyż dotyczyłoby ono zawsze nieistniejącego zobowiązania podatkowego. Interpretacja organów podatkowych stawia w mniej korzystnej sytuacji podatnika, który płaci podatek przed terminem przedawnienia niż podatnika, który tego nie czyni. Spółka stoi na stanowisku, że jeżeli od sposobu interpretacji przepisów prawa zależy możliwość skutecznego dochodzenia ustawowo przyznanych jej praw, to zgodną z art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej będzie tylko wykładnia najpełniej otwierająca drogę do dochodzenia tych praw.

Interpretacja dokonana przez Dyrektora Izby Celnej w W. prowadzi, w ocenie Spółki, do nieuprawnionego wyłączenia podatników dobrowolnie płacących nieokreślone ostatecznie należności podatkowe z grona uczestników obrotu prawnego, którzy przez niewypełnienie ustawowego obowiązku podatkowego zachowują prawo do godziwego ryzyka prawnego, które jest realizowane poprzez dyspozycję art. 59 § 1 pkt 9 Ordynacji podatkowej.

Spółka zarzuciła organom podatkowym, że pominęły one przepis art. 59 § 1 pkt 9 Ordynacji podatkowej, co w istocie stanowi jego naruszenie. Błędne uznanie, że zobowiązanie podatkowe wygasło doprowadziło do nieuprawnionej odmowy zastosowania rzeczonego przepisu w sprawie, co również narusza przepisy art. 2 oraz art. 32 ust. 1 w związku z art. 64 ust. 2 Konstytucji.

Uzasadniając zarzut naruszenia przez organ odwoławczy przepisu art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej Spółka podniosła, że organ odwoławczy dokonał zawężającej interpretacji tego przepisu poprzez uznanie, że zakresy wygaśnięcia zobowiązania podatkowego przez zapłatę i przez przedawnienie pokrywają się, co przy wcześniejszej zapłacie podatku powoduje brak możliwości powołania się na zarzut przedawniania prawa do wydania decyzji zmieniającej wysokość zobowiązania podatkowego. Zdaniem Spółki, tak zawężająca interpretacja prowadzi do wyłączenia przedawnienia prawa do korekty deklaracji podatkowej decyzją wymiarową - jeżeli tylko wpłata kwoty zadeklarowanej w deklaracji przewyższa zobowiązanie określone decyzją. Taka zaś interpretacja jest niedopuszczalna, gdyż daje możliwość ingerowania w sferę samoobliczania zobowiązania podatkowego przez podatnika w nieograniczonym czasie, a zatem z naruszeniem zasady demokratycznego państwa prawnego oraz zasady pewności obrotu prawnego gwarantowanych w art. 2 Konstytucji. Ponadto, czego zdaniem Spółki, nie dostrzegł organ odwoławczy, w przepisie art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej zawarta jest norma zakazująca po upływie terminu określonego w tym przepisie, wydawania w postępowaniu odwoławczym decyzji utrzymującej w mocy decyzję organu pierwszej instancji, w której zmieniono samoobliczenie zobowiązania podatkowego w sposób niekorzystny dla podatnika. Prawidłowa interpretacja winna prowadzić do stwierdzenia, iż po upływie pięcioletniego terminu przewidzianego w tym przepisie wygasa możliwość wydania decyzji w postępowaniu odwoławczym, która utrzymywałaby w mocy decyzję organu pierwszej instancji negatywnie weryfikującą dokonane samoobliczenie, jeżeli skutkiem decyzji byłoby wywołanie niekorzystnego dla podatnika stanu prawnopodatkowego. Instytucja przedawnienia ma zachowywać pewność obrotu prawnego, a samoobliczenie uzyskuje przymiot niewzruszalności po upływie określonego w tym przepisie terminu. Podważanie przez organy podatkowe prawidłowości samoobliczenia przez podatnika wywołuje stan niepewności prawnopodatkowej, zwykle niekorzystnej dla podatnika. Prawidłowa zatem interpretacja art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej powinna prowadzić do rozciągnięcia dyspozycji tego przepisu na wszystkie elementy kształtujące zobowiązanie w podatku od towarów i usług. Ponadto Spółka podniosła, że interpretacja organu drugiej instancji jest sprzeczna z art. 7 i art. 31 ust. 3 Konstytucji.

Spółka poniosła, że przepis art. 11 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r. oraz art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r. nie mogą mieć zastosowania w sprawie. Pierwszy z powołanych przepisów, w brzmieniu, na które powołują się organy celne znajduje zastosowanie wyłącznie w sytuacji wydania przez organ celny decyzji w zakresie podatku od towarów i usług należnego z tytułu importu w rezultacie weryfikacji zgłoszenia celnego. Jeżeli bowiem organ celny przeprowadził kontrolę zgłoszenia celnego po zwolnieniu towaru, działał w trybie art. 83 Kodeksu celnego i nie był uprawniony do przeprowadzenia weryfikacji zgłoszenia celnego w trybie art. 70 Kodeksu celnego. W związku z tym, organ celny wydając decyzję dotyczącą podatku od towarów i usług wadliwie wskazał jako podstawę prawną swej decyzji art. 11 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r. Spółka stwierdziła poza tym, że brak było także podstawy prawnej do wydania decyzji w przedmiotowych sprawach również ze względu na art. 11c ustawy o VAT z 1993 r. r., w brzmieniu obowiązującym w dniu dokonania zgłoszeń celnych w niniejszych sprawach. Zgodnie bowiem z ust. 3 tego artykułu, w razie stwierdzenia w toku kontroli, że wartość celna towaru została zaniżona, wydanie decyzji, o której mowa w art. 11c ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r., może nastąpić po wydaniu przez właściwy organ celny stosownej decyzji w przedmiocie zaniżenia wartości celnej. Zważywszy, że organ celny dokonał nie podwyższenia, lecz obniżenia zadeklarowanej przez Spółkę wartości celnej importowanych towarów, to także w art. 11c ustawy o VAT z 1993 r. nie można upatrywać podstawy prawnej do wydania decyzji obniżającej zadeklarowany przez Spółkę podatek należny z tytułu importu. Dyrektor Izby Celnej mógłby wydać jedynie decyzje w sprawie podwyższenia kwoty podatku, co w sprawach niniejszych nie było możliwe.

Zastosowania w sprawie nie mógł także znaleźć art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r., a to ze względu na brak stosownych przepisów intertemporalnych.

Uzasadniając zarzut naruszenia zasad postępowania, Spółka podniosła, iż zaskarżona decyzja godzi w zaufanie do organów prowadzących postępowanie podatkowe, czym narusza normę z art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej. Organ odwoławczy naruszył art. 208 § 1, art. 233 § 1 pkt 1 i art. 233 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej, gdyż winien był umorzyć postępowania z uwagi na ich bezprzedmiotowość.

W odpowiedziach na skargi Dyrektor Izby Celnej w W. wnosząc o oddalenie skarg, podtrzymał swoje dotychczasowe stanowisko wyrażone w zaskarżonych decyzjach.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje.

Skargi nie są zasadne.

Sąd nie stwierdził, aby zaskarżone decyzje oraz poprzedzające je decyzje organu pierwszej instancji wydane zostały z naruszeniem przepisów prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub z naruszeniem przepisów postępowania w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na ten wynik. Nie dopatrzył się też naruszenia prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego lub wystąpienia przesłanek pozwalających na stwierdzenie nieważności zaskarżonych decyzji.

Na wstępie wskazać należy, iż głównymi zarzutami podnoszonymi w skargach było naruszenie dyspozycji przepisów art. 59 § 1 pkt 1 i pkt 9 w związku z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Spółka wywodziła, iż prawidłowa interpretacja art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej prowadzi do stwierdzenia, iż do wygaśnięcia zobowiązania podatkowego przez jego zapłatę dochodzi tylko wtedy, gdy przy istniejącym między organem podatkowym a stroną postępowania podatkowego sporze - jest to zapłata należnego zobowiązania w kwocie określonej ostateczną decyzją organu podatkowego. Zdaniem pełnomocnika Spółki, nie można utożsamiać każdej wpłaty kwoty określonej w deklaracji podatkowej z zapłatą należnego zobowiązania podatkowego. Spółka w uzasadnieniach skarg podnosiła także, iż błędne przekonanie organów podatkowych o wygaśnięciu zobowiązania Spółki przez jego zapłatę w kwocie nie określonej ostateczną decyzją prowadziło do nieuprawnionej odmowy zastosowania w przedmiotowych sprawach przepisu art. 59 § 1 pkt 9 w związku z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej.

Odnosząc się do powyższych zarzutów zawartych w uzasadnieniu skarg Sąd uznał, że nie zasługiwały one na uwzględnienie. Sąd w tej kwestii podzielił stanowisko prezentowane przez organ podatkowy, w którym podkreślono m.in., iż przepisy przewidują dwa sposoby powstania zobowiązań podatkowych, jednym z nich jest zaistnienie zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie zobowiązania podatkowego. Zaistnienie takiego zdarzenia jest jednocześnie momentem powstania zobowiązania. Konkretyzacja zobowiązań podatkowych powstających z mocy prawa, m.in. co do ich wysokości, następuje bądź to w deklaracji składanej przez podatnika, bądź to w decyzji wydanej przez właściwy organ podatkowy. Zobowiązanie podatkowe, którego konkretyzacja nastąpiła w zeznaniu złożonym przez podatnika, bądź też w decyzji określającej wydanej przez organ podatkowy wygasają na skutek zdarzeń wskazanych w przepisie art. 59 Ordynacji podatkowej. Zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1-9 Ordynacji podatkowej wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn.

W ocenie Sądu, zobowiązanie podatkowe wygasłe na skutek zapłaty nie może wygasnąć po raz drugi wskutek przedawnienia. Na odmienne rozumienie przepisów nie pozwalają przede wszystkim zasady logiki formalnej. Zasady te nie pozwalają przyjąć, że to samo zobowiązanie wygasa dwa razy. Nie można się zgodzić ze stanowiskiem pełnomocnika Spółki zaprezentowanym w skargach, iż powyższe zasady mogły mieć zastosowanie wyłącznie w odniesieniu do zapłaty podatku na podstawie ostatecznej decyzji administracyjnej organu podatkowego.

Na szczególną uwagę w tym przedmiocie zasługuje teza podjętej w dniu 8 października 2007 r. uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. akt I FPS 4/07, stanowiącej odpowiedź na pytanie prawne "czy zapłata zaległości podatkowej w podatku od towarów i usług określonej w decyzji wymiarowej organu podatkowego pierwszej instancji przed rozpatrzeniem odwołania od takiej decyzji jest zapłatą podatku powodującą wygaśniecie zobowiązania podatkowego w rozumieniu art. 59 § 1 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa", w której Sąd przyjął, iż "zapłata zaległości podatkowej w podatku od towarów i usług powoduje wygaśniecie zobowiązania podatkowego na podstawie art. 59 § 1 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa... także wówczas, gdy następuje w wyniku niestatecznej decyzji organu pierwszej instancji określającej wysokość zobowiązania podatkowego".

W uzasadnieniu powyższej uchwały Naczelny Sąd Administracyjny odniósł się także do zarzutów dotyczących naruszenia zasady równości podatników poprzez pogorszenie sytuacji podatników, u których poprzez zapłatę podatku nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w stosunku do tych, którzy składają odwołania i nie dokonują zapłaty podatku. Sąd kasacyjny w tym przedmiocie podkreślił, iż "argument ten nie uwzględnia jednak tego, że w stosunku do takiego, który nie zapłacił w terminie należnego podatku może być prowadzone postępowanie egzekucyjne, które doprowadzi do wyegzekwowania całej kwoty zobowiązania, a ponadto jeszcze odsetek i kosztów egzekucyjnych. Ponadto, gdyby przyjąć, że zapłata podatku po wydaniu decyzji nieostatecznej nie prowadzi do wygaśnięcia zobowiązania podatkowego, to nie byłoby przeszkód, aby z uwagi na treść art. 224 Ordynacji podatkowej, na podstawie tej decyzji wszcząć postępowanie egzekucyjne i doprowadzić do przymusowego wyegzekwowania zobowiązania podatkowego, które już zostało przez podatnika wykonane. Nie znajduje wobec tego uzasadnienia pogląd, że podatnik, który nie wykonał dobrowolnie ciążącego na nim zobowiązania podatkowego znajduje się w sytuacji uprzywilejowanej wobec podatnika, który sam takie zobowiązanie wykonał."

Podkreślić także należy, iż z postanowień art. 59 § 1 pkt 1 i art. 60 Ordynacji podatkowej nie wynika, że wprowadzają one rozróżnienia na zapłatę dokonaną w związku z treścią złożonej deklaracji, czy też w związku z treścią decyzji wydanej przez organ podatkowy. Każdorazowa zapłata podatku wywołuje ten sam skutek prawny w postaci wygaśnięcia zobowiązania podatkowego, w związku z którym jest dokonana. To czy decyzja organu podatkowego ma charakter ostateczny nie ma znaczenia dla zrealizowania materialnoprawnych skutków zapłaty w postaci wygaśnięcia zobowiązania podatkowego. Ponadto zobowiązanie podatkowe podlega wykonaniu niezależnie od tego, czy ma ono charakter ostateczny, czy też nie. Należy bowiem zauważyć, iż zgodnie z zasadą ustanowioną w art. 224 § 1 Ordynacji podatkowej, wniesienie odwołania od decyzji organu podatkowego nie wstrzymuje jej wykonania, poza przypadkami ściśle określonymi przez prawo. Wskazać zatem należy, iż decyzja nieostateczna podlega także wykonaniu. Powołany powyżej przepis – co wymaga szczególnego podkreślenia – nie stwarza jednak samodzielnej podstawy do zapłaty podatku. Ustanawia wyłącznie zasadę, że wniesienie odwołania nie wstrzymuje wykonania decyzji i nie znosi obowiązku zapłaty podatku, co wiąże się z tym, że nieostateczna decyzja podatkowa korzysta z domniemania legalności i może być podstawą do wszczęcia i prowadzenia egzekucji.

Na uwagę zasługuje to, iż specyfika niniejszych spraw polega na tym, że decyzje organu pierwszej instancji określały zobowiązania w podatku od towarów i usług z tytułu importu w kwotach niższych niż zadeklarowane i uiszczone przez Spółkę.

Dodatkowo podnieść trzeba, że skoro wydane w poszczególnych sprawach decyzje organów obu instancji dotyczyły podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów (leków), a nie uznania zgłoszeń celnych za prawidłowe, bądź nieprawidłowe w trybie art. 65 § 4 Kodeksu celnego należało stosować tak, jak uczyniły to organy obu instancji, przepisy ustaw podatkowych, a w szczególności ustawy o podatku od towarów i usług oraz Ordynacji podatkowej, a nie jak wywodzi Spółka przepisy Kodeksu celnego. W. art. 6 ust. 7 ustawy o VAT z 1993 r. w zakresie momentu powstania obowiązku podatkowego w podatku od towarów i usług z tytułu importu. Z przepisu tego wynika, że obowiązek podatkowy w imporcie powstaje z chwilą powstania długu celnego (a więc z mocy prawa), z zastrzeżeniem art. 7a ustawy o VAT z 1993 r., który to przepis nie miał zastosowania w rozpoznawanych sprawach. Tym samym określenie wysokości podatku od towarów i usług z tytułu importu przez podatnika w deklaracji celnej nie tworzyło zobowiązania w podatku VAT, podobnie jak określenie prawidłowej wysokości tego podatku w decyzjach właściwych organów podatkowych.

Skoro zobowiązania w podatku od towarów i usług powstały z mocy prawa i zostały zapłacone jak przyznaje Spółka w wysokościach wyższych od tych, które zostały określone w decyzjach Naczelnika Urzędu Celnego wydanych w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, doręczonych Spółce w sposób prawidłowy, należało przyjąć, iż zgodnie z dyspozycją art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacja podatkowa, zobowiązania w podatku od towarów i usług wygasły w całości wskutek zapłaty.

W orzecznictwie przyjmuje się i Sąd pogląd ten podziela, że z dniem zapłaty podatku zobowiązanie podatkowe wygasa, co ma ten skutek, że nie może już biec termin przedawnienia, jednakże organ odwoławczy może wydać jedną z decyzji określonych w art. 233 § 1 i § 2 Ordynacji podatkowej, umożliwiając podatnikowi uzyskanie zwrotu nadpłaconego podatku (uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 października 2003 r. sygn. akt FPS 8/03; ONSA 2004/1/7; wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 18 sierpnia 2004 r. sygn. akt FSK 364/04; LEX nr 158241).

Posiłkując się zatem powołaną uchwałą Naczelnego Sądu Administracyjnego brak jest podstaw do uznania, iż organy podatkowe nie były uprawnione do wydania decyzji określających zobowiązanie podatkowe w wysokości niższej niż uiszczona przez Spółkę.

Zdaniem Sądu, Spółka błędnie wywodziła zatem, iż uchwała powyższa nie ma zastosowania w rozpatrywanej sprawie. Zważyć bowiem należało, iż decyzje Naczelnika Urzędu Celnego, utrzymane w mocy przez organ odwoławczy, nie nakładały na nią obowiązku uiszczenia podatku. Nie mogło zatem dojść do wygaśnięcia zobowiązania podatkowego poprzez zapłatę kwot podatków wynikających z decyzji - nieostatecznych i ostatecznych. Spółka uiściła bowiem podatek zadeklarowany przez nią w zgłoszeniach celnych w zawyżonej, a zatem w części nienależnej kwocie. Zapłata ta spowodowała wygaśnięcie zobowiązania podatkowego. Określenie zobowiązania w kwocie niższej powoduje przy tym, iż rozstrzygnięcie organów było korzystne dla Spółki. Tę zaś możliwość przewidywała uchwała z dnia 6 października 2003 r. sygn. akt FPS 8/03.

Organy podatkowe nie dokonały zatem zawężającej wykładni art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Podnieść w tej kwestii należy, iż orzecznictwo sądowe, w tym przytoczone przez Spółkę zmierza w kierunku zapewnienia podatnikom ochrony przed możliwością obciążenia ich zobowiązaniami podatkowymi po upływie okresu przedawnienia, w tym również obciążenia ich kwotą zobowiązania wyższą niż zadeklarowana w ramach tzw. samoobliczenia podatku. Stąd między innymi wymóg, aby zarówno decyzja organu pierwszej instancji, jak i decyzja organu odwoławczego w przedmiocie wysokości zobowiązania podatkowego doręczone zostały przed upływem terminu przedawnienia. Dopuszczalny wyjątek dotyczy właśnie sytuacji, jaka wystąpiła w niniejszych sprawach, tj. gdy podatek został zapłacony, a w świetle obowiązujących przepisów ustaw podatkowych należy go określić w niższej wysokości.

Kontroli Sądu w niniejszych sprawach poddane zostały decyzje w przedmiocie określenia Skarżącej podatku od towarów i usług należnego z tytułu dokonanego przez nią importu towarów. W sprawie tej nie mogła mieć zatem znaczenia okoliczność, że Skarżąca podatek ten rozliczyła jako podatek naliczony. Zobowiązania w podatku od towarów i usług wyliczane za poszczególne miesięczne okresy rozliczeniowe, w których uwzględniany jest podatek naliczony, są bowiem odrębnymi zobowiązaniami podatkowymi, co do których osobno liczone są też terminy przedawnienia, stosownie do art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Konsekwencją stwierdzenia, iż nie doszło do wydania decyzji z naruszeniem art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej jest uznanie za bezzasadne zarzutów Spółki opartych na treści tego przepisu jego wykładni, a także przepisu art. 59 § 1 pkt 9 Ordynacji podatkowej.

Podnieść także należy, iż powołany przez Spółkę w uzasadnieniach skarg przepis art. 11 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r., nie mógł być brany pod uwagę w rozpoznawanych sprawach, gdyż nie obowiązywał w chwili wydawania zarówno decyzji organów pierwszej, jak i drugiej instancji. Na podstawie art. 175 ustawy o VAT z 2004 r., ustawa o VAT z 1993 r. utraciła moc obowiązującą z dniem 1 maja 2004 r. Natomiast ustawa o VAT z 2004 r. nie zawierała unormowań przejściowych w Dziale XIII, Rozdziale 2, w zakresie skutków wejścia w życie nowej ustawy dla stanów prawnych zaistniałych pod rządem poprzedniej ustawy wymagających podjęcia czynności procesowych przez organ podatkowy pod rządami nowego prawa.

Milczenie ustawodawcy w tym względzie oznacza jednak założenie bezpośredniego stosowania nowego prawa (zob. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 11 stycznia 2005 r., sygn. akt OSK 994/04). Prawidłowość takiego sposobu stosowania prawa potwierdził Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 31 marca 1998 r., sygn. akt K 24/97, akcentując dopuszczalność bezpośredniego stosowania nowego prawa w sytuacji, gdy nowe unormowanie nie zaskakuje adresatów, którzy powinni się liczyć z konsekwencjami naruszeń dotychczasowych przepisów. W innym wyroku Trybunał Konstytucyjny uznał, że fakt, iż w jakimś zakresie ustawodawca nie wypowiada się wyraźnie co do kwestii intertemporalnej (stosowania ustawy do sytuacji zapoczątkowanych przed wejściem w życie ustawy) – bynajmniej nie oznacza luki w prawie. Ustawodawca nie regulując wyraźnie kwestii intertemporalnej, otwiera drogę do tego, aby w danej sytuacji stosować zasadę tempus regit actum. Nawet wobec braku wyraźnej regulacji intertemporalnej kwestia międzyczasowa i tak będzie rozstrzygnięta, tyle że na korzyść zasady bezpośredniego stosowania ustawy nowej, od momentu wejścia jej w życie, do stosunków nowopowstających i tych, które trwając w momencie wejścia w życie ustawy – nawiązały się wcześniej (zob. wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 10 maja 2004 r., sygn. akt SK 39/03, OTK – A 2004/5/40).

W związku z powyższym, skoro przepis art. 11 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r. był przepisem procesowym organy podatkowe obu instancji w przedmiotowych sprawach prawidłowo zastosowały - zgodnie z ogólnymi zasadami, zaakceptowanymi w judykaturze - unormowania procesowe zawarte w ustawie o VAT z 2004 r., w tym przede wszystkim jej art. 33 ust. 2. Miał on bowiem także procesowy charakter, a nadto z jego treści wynikało, że prawodawca przewidział dla organów administracji publicznej uprawnienia identyczne do tych, które przyznano im na podstawie art. 11 ustawy o VAT z 1993 r.

W świetle powyższej argumentacji Sąd nie dostrzegł w przedmiotowych sprawach naruszenia przepisów polegającego na błędnej, zdaniem Spółki, wykładni przepisów art. 59 § 1 pkt 1, pkt 9 oraz art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Sąd nie dopatrzył się w postępowaniu organów podatkowych naruszeń przepisów procedury mogących mieć istotny wpływ na wynik spraw. Tym samym uznał za niezasadne zarzuty naruszenia art. 121 § 1, art. 233 § 1 pkt 1, art. 233 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej oraz art. 208 § 1 tej ustawy. W konsekwencji, pozbawione uzasadnionych podstaw są również te wszystkie zarzuty Spółki, które nawiązują do naruszenia przepisów konstytucyjnych.

Sąd mając powyższe na uwadze, na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270, z późn. zm.) orzekł, jak w sentencji.