Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 4325/06
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2007-06-04 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku: Oddalono skargę

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko, Sędziowie Asesor WSA Hieronim Sęk (spr.), Asesor WSA Marta Waksmundzka-Karasińska, Protokolant Monika Kawa-Ogorzałek, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 21 maja 2007 r. sprawy ze skargi N. SA w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia ... października 2006 r. nr ... w przedmiocie podatku od towarów i usług oddala skargę


UZASADNIENIE

Decyzją z dnia ... czerwca 2003 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. określił spółce N. sp. z o.o. w W. (poprzednika spółki N. S.A.), powoływanej dalej jako "Spółka" lub "Skarżąca", zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za wrzesień 1999 r. w kwocie 2.415.403 zł oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w tym podatku za wskazany miesiąc w kwocie 40.465 zł.

W motywach uzasadnienia organ przyjął, iż wystawiona przez Spółkę na rzecz N. S.A. faktura nr ... z dnia ... września 1999 r. wskazująca w swej treści na "refakturowanie kosztów doradztwa", opiewająca na kwotę netto 10.979.105,13 zł oraz podatek VAT według stawki 22% w kwocie 2.415.403,13 zł, była fakturą wystawioną w trybie art. 33 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.), powoływanej dalej jako "ustawa o VAT z 1993 r.". Wystawienie z kolei takiej faktury, która dokumentowała sprzedaż nie podlegającą opodatkowaniu, spowodowało obowiązek zapłaty podatku należnego wykazanego w tej fakturze bez możliwości odliczenia podatku naliczonego. Według ustaleń organu Spółka powyższą fakturę zaewidencjonowała w rejestrze sprzedaży za wrzesień 1999 r. i była to jedyna sprzedaż w tym miesiącu. Obrót z tego tytułu oraz podatek należny uwzględniła w deklaracji VAT-7 za wrzesień 1999 r., dokonując przy tym pomniejszenia tego podatku o podatek naliczony w kwocie 134.884 zł, do czego - zdaniem organu - nie miała prawa z uwagi na brak sprzedaży podlegającej opodatkowaniu, o której mowa w art. 2 ustawy o VAT z 1993 r. Organ podniósł również, że na podatek naliczony wykazany przez Spółkę w deklaracji za wrzesień 1999 r., składał się między innymi podatek naliczony wynikający z faktur nr ... (kwota podatku VAT – 25.865,40 zł) i nr ... (kwota podatku VAT – 26.258,10 zł) wystawionych przez E. sp. z o.o. w W. za świadczenie usług. Wydatki udokumentowane wskazanymi fakturami nie stanowiły jednak – jak wyjaśnił organ - kosztu uzyskania przychodu w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym od osób prawnych, o czym orzeczono w odrębnej decyzji. W konsekwencji Spółka, z uwagi na art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT z 1993 r., nie miała prawa odliczać podatku naliczonego wynikającego z tych faktur. Biorąc z kolei pod uwagę zaniżenie zobowiązania podatkowego o kwotę 134.884 zł, Spółce ustalono jednocześnie dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości odpowiadającej 30% kwoty zaniżenia.

W odwołaniu od tej decyzji Spółka wniosła o jej uchylenie. Podkreśliła, że faktura nr ... dotyczyła kosztów doradztwa związanego z emisją obligacji przez N. Rola N. sp. z o.o. w transakcjach była związana z obsługą emisji obligacji i obejmowała również zapewnienie doradztwa finansowego. Spółka N. koordynowała działania po stronie Grupy N. co przejawiałao się w nabywaniu usług Banków Inwestycyjnych. Usługi tych podmiotów były formalnie nabywane przez N. sp. z o.o., która administrowała tym procesem i pośredniczyła w relacjach pomiędzy Bankami Inwestycyjnymi a N. S.A. Usługi doradcze były wykonywane przez podmioty trzecie (D. oraz C.), działające w charakterze podwykonawców. Świadczenia podwykonawców stanowiły element usługi wykonywanej przez N. sp. z o.o. na rzecz N. S.A. Z tego powodu koszty wynagrodzenia dla banków zostały następnie refakturowane na N. S.A. Zadniem Spółki organ pierwszej instancji nie wziął pod uwagę całokształtu okoliczności faktycznych sprawy oraz nie określił rzeczywistego zakresu czynności świadczonych przez Banki Inwestycyjne oraz Spółkę. Strona nie podzieliła też oceny organu odnośnie do istnienia podstaw wyłączenia podatku naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez E. sp. z o.o.

Decyzją z dnia ... kwietnia 2004 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. uchylił decyzję pierwszoinstancyjną w części dotyczącej dodatkowego zobowiązania podatkowego, a w pozostałej części utrzymał ją w mocy. Wyrokiem z dnia 9 lutego 2005 r., sygn. akt III SA/Wa 1074/04 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie stwierdził nieważność tej decyzji ze względu na brak wydania orzeczenia w uchylonym zakresie, tj. brak umorzenia postępowania w części, w której uchylono decyzję pierwszoinstancyjną.

Kolejną decyzją z dnia ... sierpnia 2005 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. uchylił decyzję organu pierwszej instancji w części ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe i umorzył postępowanie w tym zakresie, w pozostałej zaś części ponownie utrzymał zaskarżoną decyzję w mocy. Stwierdził, że z treści umowy P. z dnia ... czerwca 1999 r. wynikało, iż N. świadczyła umowę pożyczki, której przedmiotem są pieniądze. W chwili jej zawarcie przedmiot ten znajdował się w Polsce. Spółka N. występowała w roli pożyczkodawcy. Faktura z dnia ... września 1999 r. dokumentowała zatem świadczenie pożyczki wynikającej z powyższej umowy przez podmiot polski na rzecz podmiotu polskiego, w kraju. Świadczenie takie posiada charakter usługi finansowej i jest zwolnione z podatku VAT w oparciu o art. 7 ust. 1 pkt 2 i załącznik nr 2, poz. 13 ustawy o VAT z 1993 r., jako usługi pośrednictwa finansowego (sekcja J 65-67). Doliczenie więc do wartości netto podatku VAT według stawki 22% stanowiło o nieprawidłowym wystawieniu faktury i skutkowało zastosowaniem art. 33 ust. 1 tej ustawy. Organ odwoławczy wskazał również, iż nie podziela argumentacji organu pierwszej instancji, jakoby powyższa faktura dokumentowała sprzedaż nie objętą opodatkowaniem. W jego ocenie dokumentowała ona bowiem sprzedaż zwolnioną od podatku, co i tak nie zmieniało tego, że wobec wystawionej faktury znajdował także zastosowanie powołany wyżej przepis, skutkujący dla wystawcy obowiązkiem zapłaty wykazanego w niej podatku VAT. Dodał też, że Spółka nie mogła w ogóle pomniejszyć tego podatku o podatek naliczony, gdyż stosownie do art. 21 ust. 1 pkt 1 i art. 20 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r. prawo takie wiąże się ze sprzedażą opodatkowaną i jest wyłączone w stosunku do nabywanych przez podatnika towarów i usług zwolnionych od podatku. W takiej sytuacji - w ocenie organu odwoławczego - ustalenia w zakresie wydatków i utraty prawa do obniżenia podatku na podstawie art. 25 ust. 3 pkt 1 ww. ustawy, z uwagi na wyłączenie faktur nr ... oraz nr ... wystawionych przez E. sp. z o.o. z kosztów uzyskania przychodów w podatku dochodowym od osób prawnych, było rzeczą wtórną.

Uchylenie decyzji w części dotyczącej dodatkowego zobowiązania podatkowego i umorzenie postępowania w tym zakresie, uzasadniono przedawnieniem możliwości orzekania w tej materii wobec upływu trzyletniego terminu, o którym mowa w art. 68 § 1 o.p.

W wyniku rozpoznania skargi wniesionej przez Spółkę Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z dnia 24 kwietnia 2006 r., sygn. akt III SA/Wa 2898/05 uchylił decyzję z dnia ... sierpnia 2005 r.

Po ponownym rozpatrzeniu sprawy Dyrektor Izby Skarbowej w W. decyzją z dnia ... października 2006 r. uchylił decyzję z dnia ... czerwca 2003 r. w całości i określił zobowiązanie wynikające z art. 10 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r. za wrzesień 1999 r. w wysokości 0 zł, zobowiązanie podatkowe w podatku VAT wynikające z faktury z dnia ... września 1999 r., nr ... w związku z art. 33 tej ustawy w wysokości 2.415.403 zł, w pozostałym zakresie umorzył postępowanie w sprawie.

W uzasadnieniu decyzji organ odwoławczy podtrzymał dotychczasową argumentację dotyczącą: zakwalifikowania faktury nr ... z dnia ... września 1999 r. jako dokumentującej świadczenie pożyczki (czynność zwolnioną), wadliwego doliczenia w tej fakturze podatku VAT w wysokości 22% oraz uznania rzeczonej faktury za mieszczącą się w dyspozycji art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r. Wskazując, iż przepis ten stanowi samoistną podstawę do zapłaty podatku, odrębną od rozliczeń dokonywanych w ramach deklaracji składanych w przedmiocie podatku VAT, stwierdził, iż Spółce należało określić zobowiązanie wynikające z tej faktury odrębnie od rozliczenia wynikającego z deklaracji.

Odnośnie do wniosku Spółki o umorzenie postępowania podatkowego z uwagi na przedawnienie zobowiązania podatkowego, Dyrektor Izby Skarbowej w W. podniósł, nawiązując do orzecznictwa sądowego, że zobowiązanie, które wygasło na skutek zapłaty nie może wygasnąć po raz drugi na skutek przedawnienia. W rozpatrywanej sprawie zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za wrzesień 1999 r. wygasło na skutek zapłaty podatku dokonanej w dniu ... października 1999 r. (2.280.519 zł) oraz w dniu ... kwietnia 2002 r. (134.884 zł). W tej sytuacji możliwe było – zdaniem organu – wydanie decyzji.

Organ odwoławczy nie znalazł też podstaw do umorzenia postępowania z uwagi na jego bezprzedmiotowość. Nawiązując do stanowiska Sądu zawartego w wyroku z dnia 24 kwietnia 2006 r. stwierdził, że w sprawie mamy do czynienia z odrębnymi podstawami prawnymi, tj. art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r., który obliguje wystawcę faktury do realizacji wykazanego przez niego zobowiązania podatkowego w stanach faktycznych, które – gdyby tego zobowiązania nie wykazał – nie stwarzałyby obowiązku jego zapłaty oraz art. 26 ust. 1 tej ustawy, który przewiduje samoobliczenie i wpłacenie podatku za okresy miesięczne w ramach deklaracji podatkowej, o której stanowi art. 10 ustawy. Podkreślił, że Sąd nie uznał, iż wszczęcie i prowadzenie postępowania podatkowego za wrzesień 1999 r. stało się w związku z powyższym faktem bezprzedmiotowe.

Wskazując na wyłączenie powyższej faktury z rozliczenia w ramach deklaracji VAT-7 za wrzesień 1999 r. organ odwoławczy stwierdził, iż kwota zobowiązania podatkowego w ramach tegoż rozliczenia wyniesie 0 zł.

Nadto, w uzasadnieniu decyzji podniesiono, że w odrębnym postępowaniu wydatki udokumentowane fakturami wystawionymi w dniu ... i ... marca 1999 r. przez E. sp. z o.o. nie zostały uznane za stanowiące koszty uzyskania przychodu, a co za tym idzie podatek naliczony wynikający z tych faktur nie mógł pomniejszać podatku należnego. Z uwagi jednak na treść art. 10 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r., obowiązującą w brzmieniu z września 1999 r., Dyrektor Izby Skarbowej w W. przyjął, iż nie miał podstaw do określenia w sentencji decyzji kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy. Wskazał, iż Spółka winna rozliczyć prawidłową kwotę podatku naliczonego w wysokości 82.761 zł w najbliższym okresie rozliczeniowym, w którym zostaną wykonane czynności podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT.

W decyzji podtrzymano wcześniej prezentowane stanowisko odnośnie do przedawnienia dodatkowego zobowiązania podatkowego. Po uchyleniu decyzji skutkowało to umorzeniem postępowania w tej części.

W skardze z dnia 24 listopada 2006 r. do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Skarżąca zarzuciła decyzji naruszenie:

1) art. 70 § 1 w związku z art. 233 § 1 pkt 2 lit. a o.p. z uwagi na wydanie przez organ odwoławczy decyzji w sprawie wymiaru zobowiązania podatkowego mimo upływu terminu przedawnienia tego zobowiązania;

2) art. 21 § 2 o.p. z uwagi na wydanie przez organ odwoławczy decyzji określającej kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w uzasadnieniu decyzji, nie zaś w rozstrzygnięciu;

3) art. 21 § 4, art. 165 § 1 i § 2 o.p., art. 207 § 1 w związku z art. 31 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 1999 r. Nr 54, poz. 572 ze zm.) przez wydanie decyzji w sprawie obowiązku zapłaty kwoty wynikającej z faktury VAT z dnia ... września 1999 r., nr ... bez wszczęcia postępowania w tym zakresie i w konsekwencji bez przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego na tą okoliczność;

4) art. 127 o.p., gdyż w sprawie zapłaty podatku wynikającego ze wskazanej faktury orzekł wyłącznie Dyrektor Izby Skarbowej w W. (jako organ odwoławczy), czym naruszono zasadę dwuinstancyjności postępowania podatkowego.

Skarżąca wniosła o uchylenie w całości decyzji z dnia ... października 2006 r. oraz poprzedzającej ją decyzji z dnia ... czerwca 2003 r. i zasądzenie kosztów postępowania, w tym zwrot kosztów zastępstwa procesowego.

W uzasadnieniu skargi podniosła, iż organ podatkowy po raz pierwszy określił Skarżącej zobowiązanie podatkowe wynikające z przedmiotowej faktury w decyzji z dnia ... października 2006 r., bowiem decyzja z dnia ... czerwca 2003 r. została uchylona w całości a organ odwoławczy w sentencji decyzji określił zobowiązanie podatkowe wynikające z faktury z dnia ... września 1999 r. odrębnie od rozliczenia wynikającego z deklaracji.

Powołując się na treść przepisu art. 70 o.p., w brzmieniu obowiązującym przed dniem 1 stycznia 2003 r., Skarżąca stwierdziła, iż obowiązek zapłaty wynikający ze wskazanej faktury przedawnił się z dniem 31 grudnia 2004 r. i po tej dacie nie było już możliwości orzekania w sprawie tego obowiązku. Podkreśliła, iż tytułem wpłat dokonanych przez Spółkę w dniach ... października 1999 r. i ... kwietnia 2002 r. nigdy nie była wpłata podatku wykazanego na fakturze z dnia ... września 1999 r., lecz kwoty wynikające ze złożonej przez Spółkę deklaracji za wrzesień 1999 r. W pierwszej ze wskazanych dat Spółka dokonała bowiem rozliczenia podatku za wrzesień 1999 r. w trybie art. 10 i art. 26 ustawy o VAT z 1993 r., a w drugiej dokonała wpłaty wynikającej z decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia ... kwietnia 2002 r. kwoty 134.884 zł stanowiącej wartość, o jaką obniżono podatek należny wynikający z tej deklaracji. Skoro zaś faktura jest niezależną od deklaracji podatkowej podstawą opodatkowania, to zarachowanie wpłat dokonanych przez Spółkę w związku z rozliczeniem deklaracji za wskazany miesiąc nie może być uznane za zapłatę podatku w trybie art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r. Skarżąca dodała również, że zapłata podatku, będąca odrębnym od przedawnienia sposobem jego wygaśnięcia, powoduje wygaśnięcie zobowiązania wynikającego z decyzji organu pierwszej instancji tylko wówczas, gdy podatnik rezygnuje z drogi odwoławczej. W przypadku zaś wniesienia odwołania wpłata kwot wynikających z takiej decyzji nie jest "zapłatą podatku" w rozumieniu art. 59 § 1 pkt 1 o.p. Zdaniem Spółki należy to odnieść do kwoty wpłaty dokonanej w oparciu o decyzję z dnia ... kwietnia 2002 r. Nadto, Skarżąca wskazała, iż decyzja ta została uchylona decyzją z dnia ... grudnia 2002 r. W ten sposób została wyeliminowana z obiegu prawnego decyzja określająca zaległość podatkową. Powołując się na przepisy Ordynacji podatkowej regulujące kwestię nadpłaty (art. 72, art. 74 i art. 76) wywiodła, iż w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji z dnia ... grudnia 2002 r. nadpłata wynikająca z zapłacenia przez Spółkę zaległości podatkowej określonej w uchylonej decyzji z dnia ... kwietnia 2002 r. winna zostać zwrócona podatnikowi, bowiem w terminie określonym w art. 76 § 1 pkt 3 ww. ustawy, tj. w terminie 3 miesięcy, nie została wydana decyzja w tej samej sprawie, jak stanowi art. 72 § 2 o.p. W konsekwencji - w ocenie Skarżącej - wpłata kwoty zaległości podatkowej wynikającej z decyzji organu pierwszej instancji stała się nadpłatą, którą należało zwrócić do dnia 19 stycznia 2003 r. lub w tym czasie wydać decyzję w tej samej sprawie. W tej dacie nie istniała zaległość podatkowa, jak również bieżące zobowiązanie podatkowe, a decyzja określająca na nowo zobowiązanie podatkowe za wrzesień 1999 r. została wydana dopiero w dniu ... czerwca 2003 r. Brak zatem zapłaty spowodował, iż przedmiotowe zobowiązanie wygasło w dniu 31 grudnia 2004 r. i po tej dacie nie było prawnej możliwości orzekania w przedmiotowej sprawie.

Zdaniem Skarżącej określenie kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w uzasadnieniu decyzji nie zaś w jej rozstrzygnięciu było niedopuszczalne i naruszało art. 210 o.p. Jeśli bowiem organ podatkowy chciał zakwestionować wielkość podatku naliczonego, uwzględnionego przez podatnika w rozliczeniach poprzedzających rozliczenia VAT za wrzesień 1999 r., to powinien wydać decyzję za te poprzednie okresy rozliczeniowe. Jeżeli tego nie zrobił, to rozliczenia dokonane przez podatnika za te okresy są wiążące zarówno dla podatnika, jak i organu podatkowego i w rozliczeniu za wrzesień 1999 r. należało uwzględnić wielkość nadwyżki do przeniesienia wynikającej z deklaracji za sierpień 1999 r.

Skarżąca ponadto wskazała, iż Dyrektor Izby Skarbowej w W. nie mógł orzec o obowiązku zapłaty kwoty wynikającej z faktury VAT z dnia ... września 1999 r., gdyż: po pierwsze, w tej sprawie nie zostało wszczęte postępowanie podatkowe (postanowienie o wszczęciu postępowania wskazuje wyłącznie na zobowiązanie podatkowe w VAT za wrzesień 1999 r. oraz dodatkowe zobowiązanie podatkowe za ten okres, a to jest inne rozliczenie niż obowiązek zapłaty, o którym mowa w art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r.), formalnie nie było zatem prowadzone w tej sprawie postępowanie podatkowe, a więc nie było również podstaw do wydania decyzji podatkowej w tym zakresie; po drugie, sprawa obowiązku zapłaty tej kwoty zostałaby rozstrzygnięta wyłącznie przez organ odwoławczy, a więc tylko w jednej instancji, co jest sprzeczne z wyrażoną również w Konstytucji RP - zasadą dwuinstancyjności postępowania podatkowego.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w W. wniósł o jej oddalenie, podtrzymując w całości stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji.

Ponownie podkreślił, iż zobowiązanie podatkowe może wygasnąć tylko raz - albo w wyniku zapłaty, albo przez przedawnienie. Organ podniósł, że analogiczne stanowisko prezentowane jest przez Naczelny Sąd Administracyjny w nowszym orzecznictwie (wyroki z dnia 10 maja 2006 r., sygn. akt II FSK 313/06 i z dnia 11 października 2006 r., sygn. akt II FSK 1217/05) oraz w literaturze przedmiotu (glosy B. Brzezińskiego i R. Mastalskiego do wyroku NSA z dnia 28 czerwca 2004 r., sygn. akt FSK 200/04, OSP 2005, z. 3, poz. 34). Zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w W. nie ma przy tym znaczenia, iż faktura z dnia ... września 1999 r. jest niezależną od deklaracji podatkowej podstawą opodatkowania. W decyzji z dnia ... czerwca 2003 r. organ pierwszej instancji określił zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za wrzesień 1999 r. w takiej wysokości, jaka wynikała ze wskazanej faktury, tj. 2.415.403 zł. Dokonane przez Spółkę wpłaty pokryły kwotę podatku VAT wynikającą z tej faktury. Zarachowanie zatem wpłat dokonanych przez Spółkę, wynikających z deklaracji VAT-7 za wrzesień 1999 r. oraz z decyzji organu pierwszej instancji uznać należy za zapłatę podatku w trybie art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r., niezależnie od tego, że faktura jest odrębną od deklaracji podatkowej podstawą opodatkowania.

Ustosunkowując się do podnoszonego przez Skarżącą zagadnienia nadpłaty organ wskazał, iż decyzja z dnia ... kwietnia 2002 r. określała zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za wrzesień 1999 r. w kwocie 2.415.403 zł, zaległość podatkową w tym podatku w wysokości 134.884 zł wraz z należnymi odsetkami za zwłokę w kwocie 133.280,20 zł oraz ustalała dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości 40.465,20 zł. Decyzją z dnia ... grudnia 2002 r. uchylono tą decyzję, a po ponownym rozpatrzeniu sprawy Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. decyzją z dnia ... czerwca 2003 r. określił ponownie zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za wrzesień 1999 r. w tej samej kwocie 2.415.403 zł oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w tej samej wysokości 40.465,20 zł. W zaistniałej sytuacji nie mamy zatem do czynienia z nadpłatą, bowiem nadpłata powstaje, zgodnie z art. 72 § 2 o.p. w sytuacji, gdy organ podatkowy uchyli decyzję określającą wysokość zaległości podatkowej i w tej samej sprawie wyda decyzję, w której określi zaległość podatkową w innej wysokości (niższej). Wówczas nadpłatę stanowi różnica pomiędzy podatkiem wpłaconym a podatkiem wynikającym z tej nowej decyzji. Natomiast w niniejszej przypadku decyzja wydana po ponownym rozpatrzeniu sprawy określała identyczną kwotę zobowiązania podatkowego (zaległości podatkowej) oraz kwotę dodatkowego zobowiązania podatkowego, jak orzeczono w decyzji pierwotnej. Zwrócono przy tym uwagę, że przywołany w skardze przepis art. 76 § 1 o.p. reguluje kwestię dotyczącą terminów zwrotu nadpłaty, a skoro w rozpatrywanym przypadku nadpłata w ogóle nie powstała z przyczyn wyżej wskazanych, to nie ma również zastosowania ten przepis.

W odpowiedzi na skargę organ powtórzył również powody, dla których nie umieścił w sentencji decyzji rozstrzygnięcia dotyczącego określenia kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc za wrzesień 1999 r.

Stwierdził także, iż w rozpatrywanej sprawie postanowienie o wszczęciu postępowania podatkowego wskazuje na zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za wrzesień 1999 r. oraz dodatkowe zobowiązanie podatkowe za ten okres. Sporna faktura VAT została wystawiona właśnie w miesiącu wrześniu 1999 r. Zatem wskazany zakres postępowania podatkowego obejmuje również zobowiązanie podatkowe wynikające z faktury z dnia ... września 1999 r., bez względu na to, iż jest ona niezależną od deklaracji podatkowej podstawą zobowiązania podatkowego.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

skarga nie jest zasadna.

Sąd nie stwierdził, aby zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem przepisów prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub z naruszeniem przepisów postępowania w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na ten wynik. Nie dopatrzył się też naruszenia prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego lub wystąpienia przesłanek pozwalających na stwierdzenie nieważności zaskarżonej decyzji.

Podkreślić należy, że zaskarżona decyzja została wydana po rozpoznaniu przedmiotowej sprawy przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, który wyrokiem z dnia 24 kwietnia 2006 r., sygn. akt III SA/Wa 2898/05, uchylił poprzednią decyzję organu odwoławczego z dnia ... sierpnia 2005 r. Okoliczność ta ma doniosłe znaczenie, bowiem z przepisu art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.), powoływanej dalej jako "p.p.s.a.", wynika jednoznacznie, że ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie ten sąd oraz organ, którego działanie lub bezczynność było przedmiotem zaskarżenia. Ocena ta i wskazania znalazły się w uzasadnieniu tegoż wyroku i w takim znaczeniu uzasadnienie ma moc wiążącą. W tej sytuacji zarówno organ podatkowy przeprowadzając ponownie postępowanie w sprawie, jak i Sąd oceniając obecnie decyzję wydaną w tym postępowaniu nie mógł czynić ustaleń sprzecznych z oceną wyrażoną w uzasadnieniu przywołanego wyroku. Przez ocenę prawną powszechnie rozumie się wyjaśnienie istotnej treści przepisów prawnych i sposobu ich zastosowania w rozpoznanej sprawie. Pojęcie to obejmuje zarówno krytykę sposobu zastosowania normy prawnej w zaskarżonym akcie, jak i wyjaśnienie, dlaczego stosowanie tej normy przez organ, który wydał dany akt zostało uznane za błędne, bądź za prawidłowe. Natomiast wskazania co do dalszego postępowania dotyczą sposobu działania w toku ponownego rozpoznania sprawy i mają na celu uniknięcie błędów już popełnionych oraz wskazanie kierunku, w którym powinno zmierzać przyszłe postępowanie dla uniknięcia wadliwości w postaci np. braków w materiale dowodowym lub innych uchybień procesowych (zob. A. Kabat w: B. Dauter, B. Gruszczyński, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Zakamycze 2005, s. 345).

Do powyższego dodać jeszcze należy, że w orzecznictwie sądowym jednoznacznie stwierdza się także, iż związanie sądu i organu (nie tylko organu, którego działanie było bezpośrednio przedmiotem orzeczenia sądu, ale także każdego organu orzekający w danej sprawie do czasu jej ostatecznego zakończenia) oceną prawną wyrażoną w orzeczeniu sądu trwa w danej sprawie dopóty, dopóki nie zostanie ono uchylone lub zmienione lub nie ulegną zmianie przepisy, czyniąc pogląd prawny nieaktualny (zob. wyroki Sądu Najwyższego z dnia 25 lutego 1998 r., sygn. akt III RN 130/97, OSP 1999, z. 3, poz. 101 oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 22 września 1999 r., sygn. akt I SA 2019/98, ONSA 2000, nr 3, poz. 129). W ocenie Sądu w rozpoznanej sprawie od czasu wydania wyroku z dnia 24 kwietnia 2006 r. nie wystąpiły przesłanki, które mogłyby wpłynąć negatywnie na zakres związania tym wyrokiem. Stwierdzić zatem należało, że ocena w nim wyrażona była i jest nadal wiążąca.

Wobec tego zarówno zarzuty zawarte w skardze, jak i samą zaskarżoną decyzję z dnia ... października 2006 r. należało ocenić przy uwzględnieniu treści powyższego wyroku. Wskazać zatem trzeba, że Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w orzeczeniu tym stwierdził w szczególności, iż ustalenia faktyczne dokonane przez organy podatkowe były prawidłowe. Spółka nie wykazała, aby czynność, którą dokonała w imieniu odbiorcy spornej faktury, była objęta obowiązkiem podatkowym przewidzianym w ustawie o VAT. Skoro zatem objęła fakturą VAT czynność, co do której nie miała obowiązku jej wystawienia, to winna była odprowadzić ten podatek w kwocie 2.415.403,13 zł. Podstawę do takiej oceny stanowił art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r. Z tego względu Sąd nie podzielił zarzutów skargi, tak w zakresie naruszenia przepisów art. 187 § 1, art. 191 i art. 121 § 1 o.p., jak też art. 19 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r.

Na obecnym etapie sprawy nie jest już sporne między stronami i sporne być nie może w świetle tego samego materiału dowodowego zgromadzonego w aktach podatkowych, że faktura z dnia ... września 1999 r. podlegała dyspozycji art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r. W ramach tej zatem normy prawnej podlegała ona kwalifikacji i ocenie w płaszczyźnie skutków prawnopodatkowych w podatku od towarów i usług.

W przywołanym wyroku Sąd uznał jednocześnie, że uprzednio zaskarżona decyzja organu odwoławczego i poprzedzająca ją decyzja Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. naruszały przepis art. 10 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 ww. ustawy w związku z art. 21 § 3 o.p. W ocenie Sądu przepis art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r., zobowiązujący do zapłaty podatku z wystawionej faktury, jest odrębną podstawą prawną w stosunku do art. 26 ust. 1 tej ustawy, przewidującego samoobliczenie i wpłacenie podatku za okresy miesięczne w ramach deklaracji podatkowej, o której stanowi art. 10 ww. ustawy. Cytując uchwałę Naczelnego Sadu Administracyjnego z dnia 22 kwietnia 2002 r., sygn. akt FPS 2/02 – w wyroku błędnie wskazano na sygn. "FDS", (ONSA 2002/4/136) Sąd wskazał, iż przywołany art. 33 ust. 1 znajduje zastosowanie jedynie wtedy, gdy nastąpiło wystawienie faktury z wykazanym podatkiem, który nie może być elementem rozliczenia podatku w trybie art. 10 i art. 26, gdyż sprzedaż, którą udokumentowano tą fakturą, nie była w ogóle objęta obowiązkiem podatkowym lub była zwolniona od podatku. Przepis ten stanowi więc o tym, że w okolicznościach w nim wskazanych ustawodawca objął obowiązkiem podatkowym w podatku od towarów i usług również sytuacje, które bez spełnienia przesłanek w nim określonych nie są w ogóle objęte tym obowiązkiem. Wystawca takiej faktury staje się zobowiązany do zapłaty wykazanego w niej podatku, jednakże poza regułami zawartymi w art. 10 i art. 26 ustawy o VAT z 1993 r. W oparciu o taką interpretację Sąd stwierdził, iż podstawą prawną decyzji z dnia ... czerwca 2003 r. (w wyroku omyłkowo wskazano rok 2006), jak i decyzji z dnia ... sierpnia 2005 r. winien być przepis art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r., a nie jak wskazano art. 10 ust. 1 i ust. 2, art. 19, art. 25 ust. 1 pkt 3 tej ustawy. Według Sądu przyjęcie wadliwej podstawy prawnej spowodowało, że uzasadnienie decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. nie odpowiadało rozstrzygnięciu. Przedmiotem tego uzasadnienia uczyniono kwotę 134.884 zł, to jest wartość o jaką obniżono podatek należny, wynikający z deklaracji podatkowej. Tymczasem nie deklaracja podatkowa za wrzesień 1999 r. jest dokumentem pozwalającym pobrać w całości potrącony podatek naliczony, lecz faktura z dnia ... września 1999 r. wymagająca odprowadzenia podatku należnego w pełnej kwocie 2.415.403,13 zł. Faktura jest niezależną od deklaracji podatkowej podstawą zobowiązania podatkowego.

Zdaniem Sądu, opisana potrzeba dokonania zmian w decyzjach podatkowych, nie wymagała uchylenia, poza zaskarżoną decyzją, decyzji organu podatkowego pierwszej instancji. Dyrektor Izby Skarbowej w W. w ramach posiadanych uprawnień opisanych w art. 233 § 1 o.p. może bowiem wprowadzić stosowne zmiany w decyzji również organu pierwszej instancji.

Z nakreślonej wyżej oceny prawnej, zawartej w wyroku z dnia 24 kwietnia 2006 r., wynika, iż Sąd wskazał na potrzebę zastosowania innej formuły (sposobu) rozstrzygnięcia, polegającej na określeniu obowiązku zapłaty podatku VAT wskazanego w fakturze z dnia ... września 1999 r. w oparciu o przepis art. 33 ustawy o VAT z 1993 r., podkreślając, iż jest to wynikiem wyłączenia tej faktury z rozliczenia następującego na zasadach przewidzianych dla deklaracji składanych w przedmiocie podatku VAT Wskazując na tę okoliczność stwierdził przy tym w sposób nie budzący wątpliwości, iż nie było konieczności uchylenia decyzji pierwszoinstancyjnej, gdyż prawidłową decyzję mógł wydać organ odwoławczy w ramach art. 233 o.p. Skoro taka była ocena Sądu, to zarzuty Skarżącej zawarte w punktach 3 i 4 skargi odnośnie do wydania zaskarżonej decyzji z naruszeniem zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego, braku wszczęcia postępowania w przedmiocie określenia obowiązku zapłaty podatku wynikającego z powyższej faktury, tudzież nie przeprowadzenie postępowania wyjaśniającego na tę okoliczność, należało uznać za oczywiście bezzasadne. W istocie bowiem zarzuty te prowadziły do zanegowania wcześniejszej oceny prawnej przyjętej przez Sąd i jego wskazań co do dalszego postępowania. Stały zatem w sprzeczności z dyspozycją art. 153 p.p.s.a. W konsekwencji nie mogły w żadnej mierze okazać się skuteczne, a tym samym stanowić o wadliwości podjętej decyzji z przyczyn w tych zarzutach wskazanych.

Podstawą prawną decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w W., zgodnie z wyrokiem Sądu musiał być między innymi art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r. Ten bowiem przepis, nie zaś art. 10 ww. ustawy, pozwalał na kwalifikację prawnopodatkową faktury z dnia ... września 1999 r. Stwierdzić jednak należy, że o ile orzeczenie odnoszące się do podatku do zapłaty miało oparcie we wskazanym przez Sąd przepisie, o tyle "przesunięcie" tego podatku poza rozliczenie zobowiązania podatkowego wynikającego z deklaracji podatkowej za wrzesień 1999 r., wymagało w konsekwencji wydania także orzeczenia w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania w ramach tego, co powinno być objęte rozliczeniem w deklaracji podatkowej w ramach samoobliczenia podatku. W realiach sprawy brak sprzedaży opodatkowanej w miesiącu wrześniu 1999 r. (poza powyższą fakturą, pierwotnie ujętą w deklaracji, a następnie z niej wyłączoną) spowodował zatem określenia zobowiązania podatkowego w wysokości 0 zł. Rozstrzygnięcie w tym zakresie uznać należało za prawidłowe. Dodać jednak trzeba, że jego podstawą formalnoprawną nie mógł być przywołany w decyzji art. 10 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r. W dacie orzekania przez organ odwoławczy przepis ten bowiem już nie obowiązywał, gdyż został uchylony na skutek wejścia w życie ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm.), powoływanej dalej jako "ustawa o VAT z 2004 r.". W takiej sytuacji organ odwoławczy był uprawniony do wydania rozstrzygnięcia w tym zakresie na podstawie art. 99 ust. 12 ww. ustawy. Przepis ten w zakresie dotyczącym określania przez organ podatkowy zobowiązania podatkowego jest przepisem prawa procesowego. Na jego podstawie organ może zatem podejmować czynności (wydawać decyzje) również do zdarzeń zaistniałych pod rządami starej ustawy. Nie dotyczy to jednak sytuacji prawnopodatkowej strony. Obowiązki podatkowe, które regulowane są przepisami prawa materialnego ocenia się bowiem - z uwagi na zasadę lex retro non agit - wyłącznie według przepisów obowiązujących w dacie zaistnienia zdarzeń skutkujących ich powstaniem, czyli w rozpoznanej sprawie według ustawy o VAT z 1993 r. w brzmieniu obowiązującym we wrześniu 1999 r. Faktem jest, że ustawodawca nie wypowiedział się w przepisach przejściowych i końcowych ustawy o VAT z 2004 r. (Dział XIII, Rozdział 2) na temat skutków wejścia w życie nowej ustawy dla stanów prawnych zaistniałych pod rządem poprzedniej ustawy a wymagających podjęcia czynności procesowych przez organ podatkowy pod rządami nowego prawa. Milczenie ustawodawcy w tym względzie oznacza jednakże założenie bezpośredniego stosowania nowego prawa (zob. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 11 stycznia 2005 r., sygn. akt OSK 994/04). Potwierdzenia prawidłowość takiego sposobu stosowania prawa można upatrywać także w orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego. W wyroku z dnia 31 marca 1998 r., sygn. akt K 24/97 Trybunał Konstytucyjny zaakcentował dopuszczalność bezpośredniego stosowania nowego prawa w sytuacji, gdy nowe unormowanie nie zaskakuje adresatów, którzy powinni się liczyć z konsekwencjami naruszeń dotychczasowych przepisów. W innym wyroku uznał, że fakt, iż w jakimś zakresie ustawodawca nie wypowiada się wyraźnie co do kwestii intertemporalnej (stosowania ustawy do sytuacji zapoczątkowanych przed wejściem w życie ustawy) – bynajmniej nie oznacza luki w prawie. Ustawodawca nie regulując wyraźnie kwestii intertemporalnej, otwiera drogę do tego, aby w danej sytuacji stosować zasadę tempus regit actum. Nawet wobec braku wyraźnej regulacji intertemporalnej kwestia międzyczasowa i tak będzie rozstrzygnięta, tyle że na korzyść zasady bezpośredniego stosowania ustawy nowej, od momentu wejścia jej w życie, do stosunków nowo powstających i tych, które trwając w momencie wejścia w życie ustawy – nawiązały się wcześniej (wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 10 maja 2004r., sygn. akt SK 39/03, OTK – A 2004/5/40).

Reasumując, stwierdzić należy, że konieczność stosowania przepisów obowiązujących w dacie wystąpienia zdarzeń powodujących skutki podatkowe dotyczy przepisów materialnych prawa podatkowego, w myśl zasady lex retro non agit. Natomiast przepisy procesowe i ustrojowe stosuje się według stanu prawnego istniejącego w dacie wydania decyzji.

Stwierdzone uchybienie w zakresie przywołania w zaskarżonej decyzji nieprawidłowej podstawy formalnoprawnej nie miało jednak wpływu na wynik sprawy i tym samym nie mogło prowadzić do jej uchylenia z tego powodu. Nie mogło też stanowić o wydaniu decyzji w tej części bez podstawy prawnej. Podstawa do orzekania w tym zakresie obiektywnie istniała, a jedynie nie została prawidłowo wskazana, co stanowi tylko i wyłącznie uchybienie stricte procesowe, kwalifikowane jako naruszenie art. 210 § 1 pkt 4 i § 4 o.p., niemające jednak wpływu na wynik sprawy.

Odnośnie do zarzutów skargi formułowanych w kwestii nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, stwierdzić należało, iż istotnie rozważania w tej mierze wskazane przez organ odwoławczy w uzasadnieniu decyzji z dnia ... października 2006 r. naruszają art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 (w skardze Skarżąca jedynie ogólnie przywołała art. 210 o.p., bez sprecyzowania, bądź wyjaśnienia jaki zakres tego przepisu został w jej ocenie naruszony) w związku z § 1 pkt 5 tego artykułu i art. 207 § 2 o.p. Podnieść bowiem trzeba, że uzasadnienie decyzji stanowić ma wyjaśnienie podjętego w sprawie rozstrzygnięcia – sposobu załatwienia sprawy. Z założenia więc odnosić się musi do tego, o czym organ w sposób władczy orzekł, czyli przedmiotu, w którym podjął decyzję. W rozpoznanej sprawie, jak wynika z osnowy decyzji, przedmiot ten stanowiło w ujęciu proceduralnoprawnym uchylenie decyzji i umorzenia postępowania w zakresie, w jakim nie wydano merytorycznego rozstrzygnięcia, natomiast w ujęciu materialnoprawnym określenie zobowiązania w podatku od towarów i usług za miesiąc wrzesień 1999 r. w ramach tego co winno być objęte deklaracją podatkową oraz określenie zobowiązania w tym podatku wynikającego z faktury z dnia ... września 1999 r. Oznaczało to, że w uzasadnieniu decyzji zupełnie zbędnym było umieszczenie jakichkolwiek wywodów odnoszących się do podatku naliczonego przypadającego do rozliczenia w kolejnych okresach. Skoro organ o tym przedmiocie nie rozstrzygał, to tym samym nie powinien czynić jakichkolwiek wywodów nie mających odniesienia do zakresu rozstrzygnięcia sprawy. W takim więc znaczeniu uzasadnienie decyzji wykraczające poza załatwioną istotę sprawy, jest naruszeniem wskazanych wyżej przez Sąd przepisów Ordynacji podatkowej. Organ podatkowy snując powyższe dywagacje w uzasadnieniu decyzji nie przesądził w sposób władczy kwestii przeniesienia podatku naliczonego z miesiąca września 1999 r. na kolejny okres, a jedynie niepotrzebnie wywołał u podatnika uzasadnione zastrzeżenia i wątpliwości co do sensu takiego postępowania przez organ podatkowy. Słusznie przy tym Skarżąca nawiązała w swojej argumentacji do wywodów Sądu poczynionych w tej mierze w wyroku z dnia 24 kwietnia 2006 r. Sąd wskazał tam, że deklaracja złożona przez Spółkę za wrzesień 1999 r. w pozycji "kwota podatku naliczonego do odliczenia" zawierała kwotę 134.884 zł, to znaczy kwotę odliczaną w kolejnych miesiącach, począwszy od marca 1999 r., kiedy to zostało wykonane zobowiązanie wobec E. sp. z o.o. W jego ocenie organ podatkowy pierwszej i drugiej instancji nie miał podstaw, aby w wydanych w tej sprawie decyzjach za wrzesień 1999 r. kwestionować zasadności odliczenia przedmiotowego podatku, przenoszonego w deklaracjach VAT- 7 za kolejne miesiące do sierpnia 1999 r. Skarżąca nie odliczyła bowiem podatku naliczonego związanego z fakturą, lecz przenosiła kwotę podatku naliczonego do odliczenia, począwszy od rozliczenia za marzec 1999 r. Gdyby podatnikowi nie przysługiwało potrącenie od podatku należnego podatku naliczonego z tytułu opłacenia usług wobec E. sp. z o.o., to stosowną decyzją należałoby objąć kolejne miesiące podatkowe w roku 1999, poczynając od marca tegoż roku. W konsekwencji w niniejszej sprawie uznać należało, że czynienie przez Dyrektora Izby Skarbowej w W. rozważań w tej materii w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji było także sprzeczne z art. 153 p.p.s.a. Uchybienia powyższe nie miały jednak wpływu na wynik sprawy, a zatem w świetle art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a. nie mogły prowadzić do uchylenia decyzji.

Sąd zwraca także uwagę, że brak rozstrzygnięcia w przedmiocie podatku należnego do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w stanie faktycznym rozpoznanej sprawy nie wpływał w żaden sposób na ocenę prawidłowości rozstrzygnięć zawartych w osnowie zaskarżonej decyzji.

Za niezrozumiały należało uznać zarzut naruszenia art. 21 § 2 o.p. Skarżąca w uzasadnieniu skargi nie rozwinęła na czym miałoby polegać naruszenie tego przepisu. Stanowi on, że jeżeli przepisy prawa podatkowego nakładają na podatnika obowiązek złożenia deklaracji, a zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób określony w § 1 pkt 1 (zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania), podatek wykazany w deklaracji jest podatkiem do zapłaty, z zastrzeżeniem § 3. Stawiając ten zarzut w kontekście podatku naliczonego podlegającego przeniesieniu, Sąd nie znalazł jakiegokolwiek związku zacytowanego przepisu z takim podatkiem. Cytowany przepis odnosi się do podatku wykazanego w deklaracji jako podatek do zapłaty, nie zaś do podatku do przeniesienia na następny okres lub okresy rozliczeniowe. Trudno więc odgadnąć w czym miałoby tkwić jego naruszenie, podnoszone przez Skarżącą.

W ocenie Sądu Skarżąca wadliwie upatrywała zasadności zarzutu przedawnienia w tym, że tytułem jej wpłat nigdy nie była kwota podatku wynikająca z faktury z dnia ... września 1999 r., lecz kwoty wynikające z deklaracji za wrzesień 1999 r., tj. pierwotnie uiszczone w ramach rozliczenia podatku za ten miesiąc w trybie art. 10 i art. 26 ustawy o VAT z 1993 r., a następnie uzupełnione w oparciu o decyzję określającą wartość o jaką obniżono podatek należny wynikający z tej deklaracji. Zważyć należało, że obie uiszczone kwoty miały to samo i jedyne źródło swojego powstania, tj. były wynikiem wystawienia rzeczonej faktury. Podkreślić również trzeba, iż w przyjętym przez Sąd za prawidłowy stanie faktycznym, w miesiącu wrześniu 1999 r. była to jedyna faktura, która generowała podatek do zapłaty. Spółka bowiem w tym czasie nie dokonała żadnej innej sprzedaży. W istocie więc, ocenione w wyroku z dnia 24 kwietnia 2006 r. jako wadliwe, dokonanie przez Spółkę rozliczenia tej faktury w ramach samoobliczenia podatku w deklaracji VAT-7 wraz z jednoczesnym nieuprawnionym pomniejszeniem podatku wynikającego z tej faktury o podatek naliczony z przeniesienia za poprzednie miesiące, który został "skorygowany" decyzją z dnia ... kwietnia 2002 r., z punktu widzenia płatności podatku (tzn. tego, co Spółka płaciła) było determinowane tylko i wyłącznie powyższą fakturą, a ściślej kwotą podatku VAT w niej ujętą. W takim stanie rzeczy, ocena Sądu, iż w stanie faktycznym sprawy faktura winna być niezależną od deklaracji podatkowej podstawą opodatkowania, nie mogła prowadzić do konkluzji, iż uprzednie rozliczenia i zapłacenie podatku w niej wykazanego na skutek wadliwie przyjętej przez Spółkę i następnie kontynuowanej przez organ podatkowy koncepcji wiążącej taką fakturę z typowym rozliczeniem w ramach deklaracji podatkowej, nie jest zapłatą podatku w ramach art. 33 ust. 1 ustawy o VAT z 1993 r. Spółka zapłaciła w sumie tyle podatku, ile wskazywała faktura z dnia ... września 1999 r. Bez znaczenia jest więc okoliczność, że czyniono to przy mylnym założeniu, iż realizowane jest w ten sposób rozliczenie podatku w ramach deklaracji podatkowej, zamiast wprost realizacja obowiązku wynikającego z wystawienia tego typu faktury. Zobowiązanie podatkowe wymagające zapłaty podatku wskazanego w fakturze powstało z mocy samego prawa, niezależnie od tego w jaki sposób podatnik, czy też organy podatkowe je traktowały w ramach podejmowanych przez nich działań formalnoprawnych.

Uwzględniając powyższe, Sąd, w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę, nie miał wątpliwości, iż określenie przez podatnika zobowiązania podatkowego w deklaracji za miesiąc wrzesień 1999 r. i uiszczenie go w wysokości wynikającej z tej deklaracji w dniu ... października 1999 r., tj. w kwocie 2.280.519 zł, spowodowało wygaśnięcie zobowiązania płynącego z faktury z dnia ... września 1999 r. w takiej właśnie wysokości na skutek zapłaty, czyli zgodnie z art. 59 § 1 pkt 1 o.p. Podobnie Sąd ocenił tę część zapłaty, która nastąpiła w wyniku wykonania decyzji organu pierwszej instancji z dnia ... kwietnia 2002 r. w dniu ... kwietnia 2002 r., w kwocie 134.884 zł, pokrywając pozostałą kwotę podatku objętego wskazaną fakturą. W tym zakresie skład orzekający przychylił się do jego zdaniem dominującej linii orzeczniczej (zob. m.in. wyrok NSA z dnia 11 października 2006 r., sygn. akt II FSK 1217/05 i powoływane tam wyroki), wskazywanej również przez organy podatkowe, a także poglądów doktryny (powoływane wyżej glosy R. Mastalskiego i B. Brzezińskiego, a także glosa A. Skoczylasa do wyroku NSA z dnia 11 października 2002 r., sygn. akt III Sa 3514/00, OSP 2003, nr 7-8, poz. 92), zgodnie z którą zapłata podatku wynikającego z decyzji pierwszointsnacyjnej również powoduje wygaśnięcie zobowiązania podatkowe, bez względu na fakt, czy podatnik rezygnuje z drogi odwoławczej, czy też nie.

W oparciu o powyższe Sąd nie znalazł podstaw do uwzględnienia zarzutów skargi podnoszonych w zakresie przedawnienia zobowiązania podatkowego, w wysokości podatku wykazanego w fakturze z dnia ... września 1999 r. Cała bowiem ta kwota została zapłacona przed upływem terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 § 1 o.p., przypadającego na dzień 31 grudnia 2004 r. Brak było zatem przeszkód do wydania decyzji przez organ odwoławczy, określającej zobowiązanie podatkowe po tej dacie. Wysokość określonego w decyzji zobowiązania nie przekroczyła wysokości kwoty uprzednio zapłaconej przez podatnika.

W tym stanie rzeczy Sąd oddalił skargę na podstawie art. 151 p.p.s.a.

Wobec oddalenia skargi brak było podstaw do zasądzenia zwrotu kosztów postępowania na rzecz strony Skarżącej (art. 209 a contrario p.p.s.a.).