Postanowienie NSA, sygn. akt I FSK 132/16
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2017-11-24 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatkowe postępowanie
Skarżony organ: Naczelnik Urzędu Skarbowego
Treść wyniku: Uchylono zaskarżony wyrok i odrzucono skargę
Powołane przepisy: article: art. 274b, art. 277
journal: Dz.U. 2015 poz 613
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa - t.j.

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Izabela Najda-Ossowska (sprawozdawca), Sędzia NSA Danuta Oleś, Sędzia WSA del. Agnieszka Jakimowicz, Protokolant Monika Osial, po rozpoznaniu w dniu 24 listopada 2017 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. [...] sp. z o. o. z siedzibą w O. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 30 września 2015 r. sygn. akt III SA/Wa 45/15 w sprawie ze skargi A. [...] sp. z o. o. z siedzibą w O. na postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w O. z dnia 5 listopada 2014 r. nr [...] w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za sierpień 2014 r. postanawia: 1) uchylić zaskarżony wyrok w całości, 2) odrzucić skargę, 3) zasądzić ze środków Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie kwotę 100 (słownie: sto ) złotych tytułem zwrotu wpisu od skargi.


UZASADNIENIE

1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd przebieg postępowania przed organami:

1.1. Skarga kasacyjna A. [...] sp. o.o. w O. (skarżąca/Spółka) dotyczy wyroku z 30 września 2015 r., w którym Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, na podstawie art. 151 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm., dalej: ustawa p.p.s.a) oddalił skargę Spółki na postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w O. (dalej: Naczelnik) z 5 listopada 2014 r. w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za sierpień 2014 r.

1.2. Przedstawiając stan sprawy Sąd podał, że 19 września 2014 r. wpłynęła deklaracja VAT-7 za sierpień 2014 r., w której Spółka, prowadząca działalność gospodarczą w zakresie handlu telefonami komórkowymi Apple iPhone, w tym sprzedaż w systemie Tax Free, wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 25 dni, w wysokości 626.135 zł. Spółka złożyła wniosek o przyspieszenie terminu zwrotu podatku z uzasadnieniem, że "kwoty podatku naliczonego wykazane w deklaracji podatkowej wynikają z faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone, z uwzględnieniem art. 22 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (Dz. U. z 2010 r. Nr 220, poz. 1447 ze zm.)".

1.3. W celu zbadania zasadności przedmiotowego zwrotu w dniu 30 września 2014 r. rozpoczęto czynności sprawdzające zakończone 4 listopada 2014 r., w wyniku których ustalono m.in., że w odniesieniu do sprzedaży w ramach systemu TAX Free - część podróżnych w momencie zakupu, tj. wystawienia dokumentu TAX Free nie przebywała na terytorium Polski, bądź przebywała w innych godzinach niż odbywała się sprzedaż (udokumentowana w formie paragonów fiskalnych). Wywóz towarów poza terytorium Unii Europejskiej oraz zwroty VAT części podróżnym również odbywały się w dniach, kiedy nie przebywali na terytorium Polski. Ponadto wpływy na rachunki bankowe skarżącej należności z tytułu sprzedaży na rzecz podmiotów krajowych najczęściej dotyczyły częściowego regulowania należności z wystawionych faktur sprzedaży. Stwierdzono również wpływy należności przed wystawieniem faktury, które według wyjaśnień prokurenta Spółki dotyczyły faktur proforma na sprzedaż telefonów komórkowych. Faktur proforma do czynności nie przedłożono. Ponadto do dnia zakończenia czynności sprawdzających nie otrzymano odpowiedzi od dwóch naczelników urzędów skarbowych, do których zwrócono się z prośbą o weryfikację transakcji zakupu przeprowadzonych w sierpniu 2014 r.

1.4. Postanowieniem z dnia 14 października 2014 r. Naczelnik przedłużył terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2014 r. do czasu zakończenia czynności sprawdzających.

1.5. W dniu 5 listopada 2014 r. Naczelnik wydał postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2014 r. do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia Spółki. Wyjaśnił, że w celu zbadania zasadności zwrotu różnicy VAT za sierpień 2014 r. dnia 5 listopada 2014 r. wszczęto kontrolę podatkową, która nie została zakończona do dnia wydania postanowienia z 5 listopada 2014 r.

2. Skarga do Sądu pierwszej instancji

2.1. Po uprzednim wezwaniu organu do usunięcia naruszenia prawa w związku z przedłużeniem terminu zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2014 r., skarżąca wniosła skargę do sądu administracyjnego na postanowienie z dnia 5 listopada 2014 r. oraz na wcześniejsze przedłużenie terminu do zwrotu nadwyżki VAT za sierpień 2014 r. zawarte w postanowieniu Naczelnika z dnia 14 października 2014 r. Zarzuciła rażące naruszenie prawa, w szczególności:

a) art. 87 ust. 6 i ust. 7 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2011 r., Nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej: ustawa o VAT) przez zaniechanie zwrotu nadwyżki VAT naliczonego nad należnym w terminie 25 dni wraz z należnym oprocentowaniem, w sytuacji, gdy nie doszło do skutecznej przerwy 25 dniowego terminu do zwrotu nadwyżki tego podatku, z uwagi na doręczenie skarżącej postanowienia o jego przedłużeniu po upływie tego terminu, co dodatkowo uzasadnia naruszenie przez organ art. 87 ust. 2 zd. 2 w zw. z art. 87 ust. 6 ustawy o VAT;

b) naruszenie art. 210 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U z 2012 r., poz. 749 ze zm., dalej: O.p.) w zw. z art. 219 O.p., jak również art. 121 § 1 i art. 124 O.p. przez zaniechanie wskazania w uzasadnieniu postanowienia konkretnych przyczyn mających uzasadniać przedłużenie terminu do zwrotu nadwyżki VAT za sierpień 2014 r. w terminie 25 dni,

c) naruszenie art. 125 O.p. przez podejmowanie dalszych pozornych czynności weryfikacyjnych (w sytuacji, gdy w protokole czynności sprawdzających z 4 listopada 2014 r. organ wprost wskazał, iż Spółka spełniła przesłanki dokonania zwrotu nadwyżki VAT w terminie 25 dni) wyłącznie w celu dalszego przewlekania w czasie należnego zwrotu nadwyżki podatku VAT,

d) naruszenie art. 87 ust. 2 zd. 3 w zw. z art. 87 ust. 6 ustawy o VAT przez dalsze zaniechanie zwrotu nadwyżki VAT za sierpień 2014 r. pomimo pozytywnej weryfikacji w ramach czynności sprawdzających zasadności dokonania Spółce zwrotu nadwyżki podatku VAT w terminie 25 dni,

e) naruszenie zasady proporcjonalności i neutralności VAT wynikającego z niej prawa Spółki do odliczenia VAT naliczonego w sytuacji gdy Spółka faktycznie poniosła ciężar tego podatku, co nie jest przez organ podatkowy kwestionowane,

i) naruszenie zasady prowadzenia postępowania w sposób wzbudzający zaufanie do organów podatkowych przez dalsze niezrozumiałe oraz szkodliwe dla skarżącej odwlekanie w czasie zwrotu nadwyżki podatku za sierpień 2014 r. w sytuacji gdy organ stwierdził, że Spółka spełniła przesłanki do zwrotu nadwyżki podatku w terminie 25 dni jak również naruszenie prawa w pozostałym zakresie przedstawionym w uzasadnieniu skargi.

2.2. W odpowiedzi na skargę Naczelnik wniósł o oddalenie skargi podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.

3. Wyrok Sądu pierwszej instancji

3.1. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wskazując na motywy swojego rozstrzygnięcia odwołał się do art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Stwierdził przy tym, że polskie przepisy ustawy o VAT przewidują możliwość przeprowadzenia przed dokonaniem zwrotu postępowania wyjaśniającego czy też postępowania sprawdzającego. Dodał, że kwestia ta była przedmiotem orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 18 grudnia 1997 r. w połączonych sprawach Garage Molenheide BVBA (C-286/94), Peter Schepens (C-340/95), Bureau Rik Decan-Business Research & Development NV (BRD) (C-401/95) and Sanders BVBA (C-47/96) v. Belgische Staat), w którym stwierdzono, że stosowanie tego rodzaju środków przez państwo członkowskie, co do zasady, nie jest wykluczone. W ocenie Sądu mając powyższe na uwadze przyjąć należy, iż art. 87 ust. 2 ustawy o VAT został prawidłowo implementowany do porządku krajowego, jest zgodny z Konstytucją RP.

3.2. Sąd wskazał, że przepis nie formułuje żadnych przesłanek uzasadniających dodatkową weryfikację zasadności wnioskowanego przez skarżącą zwrotu podatku i nie ogranicza organu co do możliwości zweryfikowania zasadności zwrotu. W szczególności nie nakłada na organ podatkowy obowiązku zwrotu podatku na rachunek podatnika po upływie terminu wskazanego w art. 87 ust. 2 i 6 ustawy o VAT, jeżeli podjęte przez organ czynności, nie pozwalają na stwierdzenie zasadności zwrotu. Obowiązkiem organu jest jednak w sytuacji powzięcia wątpliwości, co do zasadności zwrotu wszczęcie jednego z postępowań, o których mowa w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Podkreślić też należy, iż organ podatkowy ma prawo jak wynika z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT do weryfikacji złożonej przez skarżącą deklaracji i kontroli dokumentów źródłowych podatnika jak i jej kontrahentów, co w przypadku podatku naliczonego jest szczególnie istotne. W ocenie Sądu okolicznością uzasadniająca dodatkową weryfikację zasadności zwrotu podatku jest również brak możliwości zweryfikowania zasadności zwrotu w terminie określonym w art. 87 ust. 2 i ust. 6 ustawy o VAT.

3.3. W rozpoznawanej sprawie skarżąca żądała zwrotu podatku w terminie 25 dni a Naczelnik wskazał przesłankę przedłużenia zwrotu wymienioną w art. 87 ust. 2 zd. 2 ustawy o VAT, to jest konieczność dodatkowego zweryfikowania zasadności zwrotu podatku, co stanowi przedmiot kontroli podatkowej prowadzonej w stosunku do Skarżącej. Zdaniem Sądu, niezasadny okazał się zarzut dotyczący wydania postanowienia o przedłużeniu terminu po jego upływie, bowiem jak wynika z akt sprawy w trakcie prowadzonych czynności sprawdzających w dniu 14 października 2014 r. Naczelnik wydał postanowienie dotyczące przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2014 r. do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia Spółki. Powyższe postanowienie zostało nadane w Urzędzie Pocztowym w O. w dniu 14 października 2014 r. Termin 25 dniowy do zwrotu podatku od towarów i usług za sierpień 2014 r. przypadał na dzień 14 października 2014 r., co oznacza że dotrzymany został termin wymagany przepisami prawa. Powyższy pogląd odnośnie daty wydania został potwierdzony w uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego II FPS 7/09 z dnia 14 grudnia 2009 r., w której przyjęto, że słowo "wydać" w języku prawnym oznacza przede wszystkim sporządzić (wystawić) dokument. Również, w opinii Sądu, kolejne postanowienie z dnia 5 listopada 2014 r. dotyczące przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2014 r. nie zostało wydane po upływie terminu. Protokół z czynności sprawdzających został okazany przedstawicielowi Spółki w dniu 5 listopada 2015 r. i w tym dniu weryfikacja rozliczeń podatnika w ramach czynności sprawdzających została zakończona. Dlatego wydanie w dniu 5 listopada 2014 r. postanowienia o przedłużeniu terminu nie zostało wydane po upływie powyższego terminu.

4. Skarga kasacyjna

4.1. W skardze kasacyjnej Spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania oraz o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania według norm przepisanych.

4.2. Jako podstawy kasacyjne Spółka powołała naruszenie:

1. przepisów prawa materialnego, tj.:

a) art. 87 ust. 2 zd. 2 w zw. z art. 87 ust. 6 ustawy o VAT, przez niewłaściwe zastosowanie i w konsekwencji uznanie, że postanowienie Naczelnika z 14 października 2014 r. nie zostało wydane po upływie terminu do dokonania zwrotu nadwyżki podatku VAT za sierpień 2014 r.;

b) art. 87 ust. 2 zd. 2 w zw. Z art. 87 ust. 6 ustawy o VAT, przez niewłaściwe zastosowanie i w konsekwencji uznanie, że postanowienie Naczelnika z dnia 5 listopada 2014 r. nie zostało wydane po upływie terminu do dokonania zwrotu nadwyżki podatku VAT za sierpień 2014 r.

2. przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:

a) art. 211 i art. 212 w zw. z art. 219 O.p., przez niewłaściwe zastosowanie polegające na niezastosowaniu tych regulacji do ustalenia daty w jakiej postanowienie Naczelnika z 14 października 2014 r. weszło do obrotu prawnego co miało istotne znaczenie, bowiem Sąd wadliwie przyjął wcześniejszą skuteczność postanowienia t.j. od chwili technicznego sporządzenia dokumentu postanowienia;

b) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a ustawy p.p.s.a., poprzez nieuwzględnienie skargi w sytuacji, w której istniały podstawy do stwierdzenia, że zaskarżone postanowienie Naczelnika z 5 listopada 2014 r. zostało wydane z naruszeniem prawa materialnego tj. art. 87 ust. 2 zd. 2 w zw. z art. 87 ust. 6 ustawy o VAT, które miało wpływ na wynik sprawy;

c) art. 141 § 4 ustawy p.p.s.a. przez zaniechanie podania w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku jednoznacznych i wzajemnie spójnych motywów jakimi kierował się Sąd rozstrzygając zarzuty skargi w zakresie skuteczności wydania przez Naczelnika postanowień o przedłużeniu terminu na dokonanie zwrotu nadwyżki podatku VAT za sierpień 2014 r. po upływie tych terminów;

d) art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z art. 219 O.p. w zw. z art. 87 ust. 2 zd. 2 ustawy o VAT oraz art. 121 § 1 O.p. i art. 124 § 1 O.p. przez akceptację postanowienia Naczelnika z 5 listopada 2014 r., w którym brak było jakiegokolwiek wskazania, że w sprawie zachodziła konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu Spółce nadwyżki podatku VAT za sierpień 2014 r.;

e) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) ustawy p.p.s.a. przez nieuwzględnienie skargi w sytuacji, w której istniały odstawy do stwierdzenia, że zaskarżone postanowienie Naczelnika z 5 listopada 2014 r. zostało wydane z naruszeniem przepisów postępowania tj. art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z art. 219 O.p. oraz art. 121 § 1 O.p. i art. 124 § 1 O.p., które miało wpływ na wynik sprawy;

f) art. 134 § 1 ustawy p.p.s.a. przez zaniechanie merytorycznego rozpoznania wszystkich sformułowanych w skardze zarzutów naruszenia przepisów prawa przez Naczelnika;

g) art. 141 § 4 ustawy p.p.s.a., przez nieustosunkowanie się w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku do wszystkich zarzutów sformułowanych w skardze.

5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

5.1. Zasadą jest to, że Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu uwzględniając jedynie nieważność postępowania, zgodnie z art. 183 § 1 ustawy p.p.s.a. Jak wskazano jednak w uchwale składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 grudnia 2009 r. o sygn. II GPS 5/09, od zasady związania Naczelnego Sądu Administracyjnego granicami skargi kasacyjnej na podstawie art. 183 § 1 ustawy p.p.s.a. istnieją odstępstwa. Jedno z nich przewidziane zostało w art. 189 ustawy p.p.s.a. Zgodnie z tym przepisem, jeżeli skarga ulegała odrzuceniu albo istniały podstawy do umorzenia postępowania przed wojewódzkim sądem administracyjnym, Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem uchyla wydane w sprawie orzeczenie oraz odrzuca skargę lub umarza postępowanie. Ustalenie, że istniały przesłanki do odrzucenia skargi zobowiązuje Naczelny Sąd Administracyjny do uchylenia zaskarżonego wyroku Sądu pierwszej instancji i odrzucenia skargi. Oceny wystąpienia przesłanek odrzucenia skargi Naczelny Sąd Administracyjny dokonuje z urzędu, niezależnie od zarzutów skargi kasacyjnej. Wynika to z punktu pierwszego powołanej uchwały, w którym wskazano, że w świetle art. 183 § 1 oraz art. 134 § 2 w związku z art. 193 ustawy p.p.s.a. jest dopuszczalne zastosowanie przez Naczelny Sąd Administracyjny z urzędu art. 189 tej ustawy, polegające na uchyleniu orzeczenia wojewódzkiego sądu administracyjnego i odrzuceniu skargi, niezależnie od zarzutów podniesionych w skardze kasacyjnej i przy braku przesłanek nieważności postępowania sądowego.

5.2. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, uwzględniając okoliczności niniejszej sprawy, zastosowanie art. 189 ustawy p.p.s.a. jest w pełni zasadne. Odnotować bowiem trzeba stanowisko, które zajął Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 października 2016 r., w sprawie I FPS 2/16. Z art. 269 § 1 ustawy p.p.s.a. wynika moc ogólnie wiążąca uchwały, której istota sprowadza się do tego, że stanowisko zajęte w uchwale podjętej przez Naczelny Sąd Administracyjny wiąże pośrednio wszystkie składy orzekające sądów administracyjnych. Dopóki nie nastąpi zmiana tego stanowiska, dopóty sądy administracyjne powinny je respektować. Innymi słowy, jeżeli skład sądzący w sprawie nie stwierdzi zasadności uruchomienia trybu przewidzianego w art. 269 ustawy p.p.s.a., obowiązany jest respektować stanowisko wyrażone w uchwale składu poszerzonego Naczelnego Sądu Administracyjnego (tak m.in. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 26 listopada 2014 r., sygn. akt II FSK 1474/14 dostępny na stronie www.orzeczeniansa.gov.pl).

5.3. W powołanej uchwale I FPS 2/16 Naczelny Sąd Administracyjny wyraził stanowisko, że "Przedłużenie terminu zwrotu różnicy podatku, o którym mowa w art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT, w przypadku, gdy weryfikacja rozliczenia podatnika dokonywana jest w ramach kontroli podatkowej (lub postępowania podatkowego, lub postępowania kontrolnego) następuje w formie zaskarżalnego zażaleniem postanowienia naczelnika urzędu skarbowego, przewidzianego w art. 274b w związku z art. 277 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r. poz. 613, z późn. zm.), na które przysługuje skarga do sądu administracyjnego na podstawie art. 3 § 2 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2016 r. poz. 718, z późn. zm.)". W uzasadnieniu uchwały (pkt 6.12.) wyjaśniono, że przyjętą formę prawną postanowienia dla przedłużania terminu zwrotu różnicy podatku w związku z prowadzeniem weryfikacji w ramach czynności sprawdzających, należy odnosić również do wszystkich pozostałych możliwych trybów weryfikacyjnych, uznanych w danej sprawie za właściwe dla dodatkowego zweryfikowania zasadności zwrotu, które czasowo mogą stać się powodem przesunięcia terminu realizacji owego zwrotu. W ten sposób następuje rozszerzenie stosowania art. 274b O.p. na inne sprawy dotyczące zwrotu podatku, niż wprost w nim wskazane. W przypadku VAT rozszerzenie trybu orzekania wskazanego dla czynności sprawdzających następuje na pozostałe tryby weryfikacji, tj. w ramach kontroli podatkowej, postępowania podatkowego i postępowania kontrolnego, jako mogących towarzyszyć badaniu zasadności zwrotu w świetle art. 87 ust. 2 ustawy o VAT.

5.4. W uchwale wskazano (pkt 6.13.), że powyższe rozumowanie potwierdza usytuowanie art. 277 O.p. w ramach działu V "Czynności sprawdzające". Skoro prawodawca przyjął, że część regulacji zawartych w przepisach o czynnościach sprawdzających powinna mieć odpowiednie zastosowanie do spraw zwrotu podatku (w tym zwrotu różnicy podatku oraz zwrotu podatku naliczonego), to właściwym miejscem dla takiego wskazania było umieszczenie takiego "rozszerzenia" w tych przepisach, których zastosowanie miało być szersze w kontekście zwrotu (w tym terminu zwrotu), niż tylko w odniesieniu do jednego z możliwych przypadków towarzyszących zwrotowi podatku (tj. gdy weryfikacja rozliczenia podatnika ma postać czynności sprawdzających). Kierunkowo zbieżne z tym stanowiskiem zapatrywania wyrażano już w orzecznictwie, m.in. w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 grudnia 2006 r., sygn. akt I FSK 315/06 (dostępny j.w.)

5.5. W rezultacie przyjęto, że każdy przypadek zwrotu różnicy podatku, w skład którego wchodzi kwestia przedłużenia terminu tego zwrotu wymaga, poza przewidzianym art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, stosowania również art. 274b O.p. i że dla stosowania tego ostatniego przepisu bez znaczenia pozostaje tryb prowadzonej weryfikacji rozliczenia podatnika z punktu widzenia zasadności zwrotu.

5.6. W pkt 6.18. uzasadnienia uchwały skład powiększony Naczelnego Sądu Administracyjnego zajął także stanowisko co do praktycznych skutków, jakie powinna wywołać uchwała z 24 października 2016 r., w sprawie I FPS 2/16. Podkreślił, że stosując uchwałę, w imię tzw. zasady nieszkodzenia błędnym pouczeniem (art. 214 O.p.) i urzeczywistnienia prawa do sądu, rozumianego jako prawo do odpowiednio ukształtowanej procedury oraz prawo do uzyskania wyroku w rozsądnym terminie, należy zaakceptować dopuszczalność traktowania złożonych w odpowiednim terminie wezwań do usunięcia naruszenia prawa (w trybie art. 52 § 3 ustawy p.p.s.a.) jako terminowo złożonych już zażaleń, które powinny podlegać przekazaniu organowi drugiej instancji (dyrektorowi izby skarbowej) do rozpatrzenia. Negatywne skutki związane z niejasnością sytuacji prawnej jednostek nie powinny bowiem obciążać ich samych, bądź prowadzić do konieczności uruchamiania przez nie kolejnych procedur, których jedynym celem byłoby przywrócenie terminu do wniesienia zażalenia.

5.7. Przenosząc przedstawione wyżej stanowisko uchwały składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego w sprawie I FPS 2/16, na grunt rozpoznawanej sprawy zauważyć należy, że skarżąca kierując się pouczeniem zawartym w postanowieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego, po uprzednim wezwaniu organu do usunięcia naruszenia prawa, wniosła skargę do wojewódzkiego sądu administracyjnego. Pouczenie zamieszczone w postanowieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego spowodowało, że skarżąca nie wyczerpała właściwego toku instancji przed organami podatkowymi bowiem, w świetle powyższej uchwały, na postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu przysługuje zażalenie i dopiero postanowienie wydane przez organ II instancji może stanowić przedmiot skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego. Brak rozpoznania zażalenia przez organ II instancji powodował, że wniesiona przez Spółkę skarga była przedwczesna i jako taka, na podstawie art. 58 § 1 pkt 6 ustawy p.p.s.a. podlegała odrzuceniu. Zgodnie bowiem z art. 52 § 1 ustawy p.p.s.a., skargę można wnieść po wyczerpaniu środków zaskarżenia, jeżeli służyły one skarżącemu w postępowaniu przed organem właściwym w sprawie, chyba że skargę wnosi prokurator, Rzecznik Praw Obywatelskich lub Rzecznik Praw Dziecka. Przez wyczerpanie środków zaskarżenia należy rozumieć sytuację, w której stronie nie przysługuje żaden środek zaskarżenia, taki jak zażalenie, odwołanie lub wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy, przewidziany w ustawie (§ 2). Nierozpoznanie przez właściwy organ II instancji zażalenia wniesionego przez skarżącego, oznaczało, że środki zaskarżenia "nie zostały wyczerpane".

5.8. Naczelny Sąd Administracyjny wskazuje, że w ponownie przeprowadzonym postępowaniu, wniesione przez skarżącą wezwanie do usunięcia naruszenia prawa należy potraktować jako zażalenie, do którego rozpoznania właściwy jest organ podatkowy II instancji. Wydane zaś przez organ II instancji ostateczne postanowienie w sprawie przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku skarżąca będzie mogła zaskarżyć do sądu administracyjnego na podstawie art. 3 § 2 pkt 2 ustawy p.p.s.a.

5.9. W tym stanie rzeczy Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 189 w związku z art. 58 § 1 pkt 6 ustawy p.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok i odrzucił skargę Spółki, jako wniesioną przed wyczerpaniem właściwego toku instancji przed organami podatkowymi, a zatem jako przedwczesną.

5.10. Orzekając o kosztach postępowania, Naczelny Sąd Administracyjny uwzględnił, że w sytuacji uchylenia wyroku i odrzucenia skargi, sąd zgodnie z art. 203 ustawy p.p.s.a. zwraca stronie, która wniosła skargę kasacyjną poniesione przez nią niezbędne koszty postępowania kasacyjnego, jeżeli do uchylenia wyroku doszło "w wyniku uwzględnienia skargi kasacyjnej". Taka sytuacja nie wystąpiła jednak w sprawie, gdzie podstawą uchylenia zaskarżonego wyroku był art. 189 ustawy p.p.s.a. Przyczyną uchylenia wyroku nie było uwzględnienie skargi kasacyjnej, o którym mowa w art. 203 ustawy p.p.s.a. stąd nie zaistniała przesłanka do rozstrzygnięcia wniosku o zwrot kosztów postępowania, wskazana w art. 209 ustawy p.p.s.a. Natomiast Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 232 § 1 pkt 1 ustawy p.p.s.a. postanowił o zwrocie na rzecz skarżącej uiszczonego wpisu od skargi.