Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 1535/10
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2010-11-16 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Celnej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżoną decyzję
Powołane przepisy: article: art. 145 par. 1 pkt 1 lit. a i c
journal: Dz.U. 2002 nr 153 poz 1270
law: Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
article: art. 208 par. 1 w zw z art. 70 par 1
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko, Sędziowie Sędzia WSA Bożena Dziełak (sprawozdawca), Sędzia WSA Katarzyna Golat, Protokolant st. sekr. sąd. Alicja Bogusz, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 16 listopada 2010 r. sprawy ze skargi A. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia [...] stycznia 2009 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług z tytułu importu 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Celnej w W. na rzecz A. sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 5117 zł (słownie: pięć tysięcy sto siedemnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.


UZASADNIENIE

Naczelnik Urzędu Celnego [...] w W. decyzją z [...] grudnia 2004 r. określił Skarżącej – A. sp. z o.o. w W. (poprzednia nazwa: Y. sp. z o.o.), zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów.

Wyjaśnił, że organy celne zakwestionowały wartość celną sprowadzonych do Polski towarów (farmaceutyków), wykazaną przez Skarżącą w zgłoszeniu celnym z [...] grudnia 1999 r. Decyzją z [...] kwietnia 2002 r. Urząd Celny w W. uznał zgłoszenie celne za nieprawidłowe w zakresie wartości celnej towaru i wymiaru cła.

Obniżenie wartości celnej spowodowało konieczność ustalenia nowej podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług, co też organ pierwszej instancji uczynił powołując się na art. 11 ust. 2 i art. 15 ust. 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 11, poz. 50 z późn. zm.), dalej: "u.p.t.u. z 1993 r.".

W odwołaniu od tej decyzji Skarżąca wniosła o jej uchylenie w całości i umorzenie postępowania w sprawie.

Zarzuciła naruszenie art. 2 i art. 7 Konstytucji oraz art. 120 Ordynacji podatkowej przez bezpodstawne zastosowanie nieobowiązujących w dacie wydania decyzji art. 11 ust. 2 oraz art. 11c ust. 2 i 4 u.p.t.u. z 1993 r. Skarżąca zarzuciła również naruszenie art. 121 § 1, art. 123 § 1 i art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej przez brak wyjaśnienia podstawy prawnej wskazanej w decyzji, tj. art. 2 ust. 2, art. 6 ust. 7, art. 11 ust. 2, art. 11c ust. 2 i ust. 4 oraz art. 18 ust. 1 u.p.t.u. z 1993 r.

W uzasadnieniu odwołania Skarżąca zakwestionowała również prawidłowość określenia wartości celnej importowanych towarów, szczegółowo przedstawiając okoliczności udzielenia rabatów. Zarzuciła brak kompetencji organów celnych do określenia wysokości zobowiązania podatkowego wynikającego ze zgłoszeń celnych dokonanych w 1999 r. Jej zdaniem właściwym w sprawach był urząd skarbowy.

Dyrektor Izby Celnej w W. decyzją z [...] stycznia 2009 r. decyzję organu pierwszej instancji utrzymał w mocy.

Wyjaśnił, że za podstawę opodatkowania towarów przyjęto ich wartość celną określoną ostateczną decyzją organ celnego, w której to decyzji i w decyzji organu odwoławczego ustosunkowano się szczegółowo do zarzutów Skarżącej odnoszących się do określonej nimi wartości celnej towarów. Prawidłowość stanowiska organów celnych została następnie potwierdzona prawomocnymi wyrokami sądu. Dlatego też organ odstąpił od ponownego przedstawienia stanowiska co do wartości celnej towarów.

Zdaniem Dyrektora Izby Celnej, skoro prawomocnym wyrokiem potwierdzono nieprawidłowość wykazania wartości celnej towarów w zgłoszeniu celnym, zasadnie organ pierwszej instancji skorygował podstawę opodatkowania i określił podatek od towarów i usług w prawidłowej wysokości na podstawie przepisów obowiązujących w dniu powstania obowiązku podatkowego. Jego uprawnienie do wydania decyzji w tym zakresie wynikało z art. 33 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535, z późn. zm.), dalej: "u.p.t.u. z 2004 r.".

W związku z wejściem w życie 1 września 2003 r. ustawy z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz.U. Nr 137, poz. 1302, z późn. zm.) organy celne otrzymały uprawnienia m.in. do orzekania w sprawach podatków należnych z tytułu importu towarów. Jednocześnie zmianie uległa treść art. 11 ust. 2 oraz art. 11c u.p.t.u. z 1993 r., zgodnie z którymi jeżeli w wyniku weryfikacji zgłoszenia celnego organ celny stwierdzi, iż kwoty podatków zostały wykazane nieprawidłowo, naczelnik urzędu celnego wydaje decyzję określającą podatki w prawidłowej wysokości.

Organ odwoławczy podkreślił, że przepisy przejściowe ww. ustawy zmieniającej nie przewidywały właściwości urzędu skarbowego w sprawach obowiązku podatkowego w imporcie powstałego przed 1 września 2003 r. Przeciwnie, art. 31 ust. 3 tej ustawy stanowił, że postępowania w sprawach podatkowych wszczęte i niezakończone ostatecznym rozstrzygnięciem w danym trybie przed dniem wejścia w życie ustawy, przejmują organy właściwe w takich sprawach po dniu jej wejścia w życie, przy czym wszystkie już podjęte w postępowaniu czynności pozostają w mocy.

Odpowiadając na zarzut wskazania przez organ pierwszej instancji błędnej podstawy prawnej, tj. art. 11 ust. 2 u.p.t.u. z 1993 r., Dyrektor Izby Celnej wyjaśnił, że art. 70 § 1 ustawy z dnia 9 stycznia 1997 r. Kodeks celny (Dz.U. Nr 75, poz. 802, z późn. zm.), dalej: "Kodeks celny", dotyczy możliwości dokonania przez organ celny weryfikacji przyjętego zgłoszenia celnego. W przepisie tym ustawodawca wskazał przykładowe sposoby tej weryfikacji, czyli kontrolę zgłoszenia celnego i dołączonych do niego dokumentów (pkt 1) oraz rewizję celną towarów z możliwością pobrania próbek (pkt 2). Po zwolnieniu towarów weryfikacja zgłoszenia celnego ograniczona jest do kontroli zgłoszenia, dołączonych dokumentów oraz żądania przedstawienia przez zgłaszającego innych dokumentów (art. 75 § 1 Kodeksu celnego). W przepisach podatkowych uprawnienie organu celnego do określenia podatków z tytułu importu towarów zostało natomiast rozciągnięte na weryfikację zgłoszenia celnego przed zwolnieniem towaru i kontrolę celną zgłoszenia po jego zwolnieniu.

Odnosząc się do twierdzeń Skarżącej o obowiązku organów rozważania wpływu prawa wspólnotowego na rozstrzygnięcie sprawy, Dyrektor Izby Celnej wyjaśnił, że okoliczności faktyczne, tj. przyjęcie zgłoszenia celnego i dopuszczenie produktów farmaceutycznych do obrotu, zaistniały przed przystąpieniem Polski do Unii Europejskiej. Zgodnie zatem z poglądem prezentowanym w orzecznictwie ETS, prawo wspólnotowe nie ma tu zastosowania.

Ponadto organ odwoławczy stwierdził, że wprawdzie w podstawach prawnych decyzji organ pierwszej instancji błędnie powołał art. 11 ust. 2 u.p.t.u. z 1993 r., ale nie można uznać decyzji za wydana bez podstawy prawnej. Podstawa ta istniała i wynikała z art. art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r., przyznającego organom celnym takie same uprawnienia jak art. 11 ust. 2 u.p.t.u. z 1993 r. Na potwierdzenie tego poglądu powołał orzecznictwo sądów administracyjnych. Jego zdaniem wada powyższa nie wpłynęła na prawidłowość rozstrzygnięcia.

Organ odwoławczy nie zgodził się z zarzutem naruszenia art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej. W jego ocenie podstawę prawną decyzji organu pierwszej instancji wyjaśniono w sposób wystarczający, umożliwiający dokonanie właściwej oceny wykładni przepisów prawa i prawidłowości ich zastosowania. Uzasadnienia decyzji odzwierciedlają również ocenę zebranego materiału dowodowego.

W skardze złożonej na powyższą decyzję Skarżąca wniosła o uchylenie decyzji organów obu instancji. Zarzuciła naruszenie art. 7 Konstytucji oraz art. 120 Ordynacji podatkowej przez niewłaściwe zastosowanie art. 33 ust. 2. u.p.t.u. z 2004 r., a także naruszenie art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej przez wydanie zaskarżonej decyzji określającej wysokość zobowiązania w podatku od towarów i usług po upływie terminu przedawnienia tego zobowiązania.

Skarżąca wyraziła pogląd, że wydanie wobec niej decyzji określającej kwotę podatku od towarów i usług z tytułu importu na podstawie przepisów u.p.t.u. z 2004 r. było niemożliwe w obecnym stanie prawnym z uwagi na brak podstaw do przyjęcia, iż podatek od towarów i usług wprowadzony tą ustawą stanowi kontynuację podatku z u.p.t.u. z 1993 r. Nie można także przyjąć, że u.p.t.u. z 2004 r. przewiduje tożsame, czy identyczne jak u.p.t.u. z 1993 r. uprawnienia dla organów celnych do wydawania decyzji w sprawie określenia nowej kwoty podatku z tytułu importu towarów.

Skarżąca podniosła, że wprawdzie art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r. uprawnia organy celne do określenia decyzją nowej kwoty podatku, ale może to nastąpić w odniesieniu do podatku z tytułu importu towarów. Tymczasem art. 2 pkt 7 u.p.t.u. z 2004 r. nakazuje jako import towarów rozumieć przywóz towarów z terytorium państwa trzeciego na terytorium kraju. Państwem trzecim jest, zgodnie z art. 2 pkt 5, terytorium państwa, które nie wchodzi w skład terytorium Wspólnoty. Zdaniem Skarżącej jest to sytuacja odmienna w porównaniu z zakresem przedmiotowym podatku z tytułu importu, przewidzianym w u.p.t.u. z 1993 r. W stanie prawnym obowiązującym do 30 kwietnia 2004 r., opodatkowaniu podlegał bowiem import towarów rozumiany jako każdy przywóz towarów na polski obszar celny niezależnie od terytorium, z którego następował. Nie można więc uznać art. 33 ust. 2 u.p.t.u z 2004 r. za odpowiednik art. 11 ust. 2 u.p.t.u z 1993 r., co mogłoby uzasadniać próby stosowania tego przepisu również w odniesieniu do stanów faktycznych zaistniałych na długo przed jego wejściem w życie.

Ponadto, w ocenie Skarżącej, przepis art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r. nie mógł być zastosowany w przedmiotowych sprawach również dlatego, że regulował tryb określania kwoty podatku od towarów i usług inny niż zastosowany.

Z systematyki przepisów art. 33 i art. 34 u.p.t.u z 2004 r. Skarżąca wywiodła, że zastosowanie art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r. możliwe było jedynie w przypadku stwierdzenia przez organ celny przed przyjęciem zgłoszenia celnego, że kwotę podatku wykazano w nim nieprawidłowo. Kolejne ustępy art. 33 u.p.t.u. z 2004 r. określają bowiem kolejne etapy ustalania podatku od towarów i usług w imporcie. Przepis ust. 1 reguluje sposób wykazywania podatku w zgłoszeniu celnym, nakładając na podatnika obowiązek obliczenia i wykazania podatku. Zgodnie zaś z ust. 2 naczelnik urzędu celnego określa kwotę podatku w drodze decyzji, jeśli po zadeklarowaniu podatku przez podatnika stwierdzi, że wykazano go nieprawidłowo. Dopiero po przyjęciu zgłoszenia celnego, na podstawie ust. 3, podatnik może wystąpić z wnioskiem o wydanie decyzji określającej prawidłowo podatek. Przepisy ust. 4 – 7 regulują sposób zapłaty, poboru i zabezpieczenia podatku.

Jedyna możliwa wykładnia uwzględniająca powyższą systematykę prowadzi do wniosku, że zastosowanie art. 33 ust. 2 u.p.t.u. z 2004 r. może mieć miejsce w okresie pomiędzy przedstawieniem przez podatnika zgłoszenia celnego organowi celnemu a przyjęciem zgłoszenia celnego przez ten organ. Późniejsze określenie kwoty podatku mogłoby nastąpić w trybie określonym w art. 34 ust. 1 u.p.t.u. z 2004 r., przyznającym naczelnikowi urzędu celnego uprawnienie do określenia w drodze decyzji kwoty podatku należnego z tytułu importu towarów w przypadkach innych niż określone w art. 33 ust. 1-3 u.p.t.u. z 2004 r. i powinien znaleźć zastosowanie w sprawie kontroli zgłoszenia celnego po jego przyjęciu.

W kwestii naruszenia art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej Skarżąca wskazała, że obowiązek podatkowy powstał w 1999 r., zatem termin przedawnienia określony w tym przepisie upłynął 31 grudnia 2004 r. Nie wystąpiła żadna z przesłanek przerwania lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 2–§ 4 i art. 70a Ordynacji podatkowej). Przed 31 grudnia 2004 r. nie miały też miejsca zdarzenia skutkujące zawieszeniem biegu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 tej ustawy.

W opinii Skarżącej bez znaczenia był fakt wydania decyzji Naczelnika Urzędu Celnego przed upływem okresu przedawnienia zobowiązania, skoro Dyrektor Izby Celnej wydał decyzję już po upływie tego okresu. Zgodnie bowiem z ugruntowanym poglądem orzecznictwa zobowiązanie podatkowe ulega przedawnieniu, jeżeli termin przedawnienia upłynął przed wydaniem ostatecznej decyzji w sprawie.

Zdaniem Skarżącej Dyrektor Izby Celnej powinien był uchylić decyzję Naczelnika Urzędu Celnego i umorzyć postępowanie w sprawie z uwagi na jego bezprzedmiotowość.

Za pozbawioną znaczenia Skarżąca uznała również zapłatę podatku. Powołując się na piśmiennictwo stwierdziła, że zobowiązanie które wygasło wskutek zapłaty może ulec przedawnieniu, ponieważ wskutek zapłaty nie wygasa cały stosunek prawny zobowiązania podatkowego, w tym również prawo do zmiany wysokości zobowiązania przez wydanie decyzji wymiarowej, na które to prawo wpływ ma dopiero upływ przedawnienia. Przyjęcie odmiennego podglądu powodowałoby, że w przypadku każdej zapłaty przez podatnika zobowiązania podatkowego bezprzedmiotowe byłoby prowadzenie jakiegokolwiek postępowania w zakresie tego zobowiązania (np. odwoławczego).

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Celnej wniósł o oddalenie skargi. Podtrzymał stanowisko wyrażone w zaskarżonej decyzji.

Odnosząc się do zarzutu wydania decyzji z naruszeniem przepisów o przedawnieniu podniósł, że [...] grudnia 1999 r. Skarżąca zapłaciła podatek od towarów i usług należny z tytułu importu przedmiotowego towaru. W uchwale z 8 października 2007 r. sygn. akt I FPS 4/07 Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że zapłata zaległości podatkowej w podatku od towarów i usług powoduje wygaśniecie zobowiązania podatkowego na podstawie art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Zapłata podatku i przedawnienie są różnymi formami wygaszania zobowiązań podatkowych. Zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 Ordynacji podatkowej wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania z pozostałych przyczyn. Dyrektor Izby Celnej powołał się przy tym na utrwalony w orzecznictwie pogląd, że zobowiązanie podatkowe, które wygasło wskutek zapłaty nie może wygasnąć po raz drugi na skutek przedawnienia. Oznacza to, że po zapłacie podatku termin przedawnienia już nie biegnie, a organ odwoławczy w czasie praktycznie nieograniczonym może wydać jedną z decyzji wymienionych w art. 233 § 1 i § 2 Ordynacji podatkowej, umożliwiając podatnikowi uzyskanie zwrotu nadpłaconego podatku. 0rgan odwoławczy nie może jedynie określić podatku w kwocie wyższej od zapłaconej, bo w tym zakresie – wobec braku zapłaty – zobowiązanie wygasło na skutek przedawnienia.

Postanowieniem z dnia 4 sierpnia 2009 r. sygn. akt III SA/Wa 431/09 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zawiesił postępowanie w sprawie z uwagi na przedstawienie przez Naczelny Sąd Administracyjny w sprawie o sygn. akt I FSK 400/09 do rozstrzygnięcia przez skład siedmiu sędziów tego Sądu zagadnienia prawnego, dotyczącego art. 70 § 1 i art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej.

Postanowieniem z 25 czerwca 2010 r. sygn. akt III SA/Wa 431/09 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie podjął zawieszone postępowanie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

Skargę należało uwzględnić.

Kontroli Sądu poddana została decyzja w przedmiocie podatku od towarów i usług z tytułu importu farmaceutyków dokonanego przez Skarżącą na podstawie zgłoszenia celnego z [...] grudnia 1999 r. W tym też roku uiściła ona należny z tego tytułu podatek od towarów i usług, o czym świadczy znajdujące się w aktach podatkowych potwierdzenie przelewu (k.19a).

Decyzja organu pierwszej instancji określająca prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego wydana została i doręczona Skarżącej w 2004 r. Natomiast organ odwoławczy wydał i doręczył decyzję w roku 2009.

Skarżąca stwierdziła, że przed końcem 2004 r. nie wystąpiły ani okoliczności skutkujące przerwaniem biegu terminu przedawnienia, określone w art. 70 § 3 i § 4 Ordynacji podatkowej, ani też okoliczności powodujące zawieszenie biegu tego terminu.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Celnej twierdzenia powyższego nie zakwestionował. Powołał się jedynie na fakt uiszczenia podatku przez Skarżącą. Z okoliczności tej wywiódł, że zobowiązanie nie mogło ponownie wygasnąć wskutek upływu terminu przedawnienia, a zatem organy podatkowe w dowolnym już czasie mogły orzekać o wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług. Orzeczona wysokość zobowiązania nie mogła jedynie przekroczyć kwoty, w jakiej zobowiązanie wygasło.

Przepis art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej stanowi, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku.

Zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług z tytułu importu dokonanego przez Skarżącą w 1999 r. przedawniło się zatem z końcem 2004 r.

Zgodnie z art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej (w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2008 r.), gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania.

W tym stanie rzeczy, dla rozstrzygnięcia niniejszej sprawy podstawowe znaczenie miało ustalenie, czy w świetle art. 70 § 1 i art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej dopuszczalne było w każdym czasie orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, które wygasło przez zapłatę.

W kwestii tej wypowiedział się w wyroku z 28 czerwca 2010 r. sygn. akt I FPS 5/09 skład siedmioosobowy Naczelnego Sądu Administracyjnego, który wyraził pogląd, że w sytuacji gdy zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w skutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), nie można po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, wbrew interesowi prawnemu podatnika, orzekać o wysokości tego zobowiązania podatkowego.

Skład orzekający w niniejszej sprawie pogląd powyższy podziela. Zasadnym jest zatem przedstawienie argumentacji Naczelnego Sądu Administracyjnego.

Uzasadniając swoje stanowisko Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że nie może budzić żadnych wątpliwości, iż po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, w sytuacji gdy zobowiązanie podatkowe wcześniej nie wygasło na skutek jego zapłaty, niedopuszczalne jest wydawanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.

W związku z powyższym nie można przyjąć, że wpłata podatku stwarza taki stan prawny, iż organ podatkowy nabywa prawo do wydawania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych. Okoliczność, że podatnik wpłacił podatek, nie może w tak znaczący sposób pogorszyć sytuacji prawnej tego podmiotu, w porównaniu z podatnikiem, który nie zrealizował swojego obowiązku podatkowego. Wykładnia art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej nie może dyskryminować podatnika, który wywiązuje się ze swoich obowiązków uiszczając daninę publicznoprawną, a preferować tych podatników, którzy takich obowiązków nie realizują. Sprzeciwia się temu zasada równości, wyrażona w art. 32 ust. 1 Konstytucji, w myśl którego wszyscy są wobec prawa równi. Wszyscy mają prawo do równego traktowania przez władze publiczne. W związku z tym, różnicowanie – w ramach wykładni prawa – skutków upływu terminu z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej w zależności od tego, czy podatnik wpłacił podatek, bądź też tego nie uczynił, prowadziłoby do wykładni sprzecznej z Konstytucją, a głównie z zasadą demokratycznego państwa prawa i wynikającą z niej zasadą równości i sprawiedliwości.

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, stanowisko to nie pozostaje w sprzeczności w pełni akceptowanym przezeń stanowiskiem judykatury, że zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1-9 Ordynacji podatkowej wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn. Nie może bowiem ponownie wygasnąć zobowiązanie podatkowe, które już nie istnieje. Jednakże stanowisko to dotyczy skutków materialnoprawnych upływu terminu przedawnienia, nie odnosi się natomiast do jego skutków procesowych.

Podatnik w procesie samoobliczenia swojego zobowiązania podatkowego z różnych względów może zadeklarować i w konsekwencji wpłacić podatek w innej wysokości niż faktycznie istniejące, powstałe z mocy prawa zobowiązanie podatkowe. W związku z tym, zobowiązanie podatkowe, stosownie do treści art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej wygaśnie w całości tylko wówczas, gdy podatnik wpłaci podatek w takiej samej lub w wyższej kwocie niż wynikający ze zobowiązania podatkowego powstałego z mocy prawa. W takiej sytuacji zobowiązanie podatkowe przestaje istnieć. Termin przedawnienia tego zobowiązania nie biegnie dalej. Odmienna sytuacja zachodzi, gdy podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego. W tym przypadku następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części. Natomiast w pozostałym zakresie zobowiązanie istnieje nadal. Dalej biegnie termin przedawnienia w stosunku do pozostałej części zobowiązania podatkowego. Zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług powstaje z mocy prawa i rzeczywista jego wielkość nie jest pewna. W związku z tym nie wiadomo, czy zobowiązanie to wygasło w całości lub w części, a zatem, czy istnieje zobowiązanie podatkowe w pewnym zakresie. Dlatego też organ podatkowy jest uprawniony do weryfikacji samoobliczenia podatnika. Sytuacja zmienia się po upływie terminu określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej albowiem nie ma już żadnych wątpliwości, iż zobowiązanie wygasło w całości. Nawet bowiem, gdy zapłacony podatek był w niższej wysokości niż wynikający z mocy prawa, a zatem nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), to w pozostałej istniejącej części wygasł on na skutek przedawnienia. Z momentem upływu terminu przedawnienia nikt nie ma wątpliwości, że zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w całości. Nie istnieje już stosunek prawny, nie ma zatem konieczności weryfikowania treści zobowiązania podatkowego. Skarb Państwa nie ma już żadnego interesu prawnego we wszczynaniu i prowadzeniu takiego postępowania, które z punktu widzenia interesów budżetowych państwa może tylko generować koszty, bez perspektyw wpływu środków. Zasada efektywności działania organów administracji publicznej sprzeciwia się prowadzeniu takich postępowań. Wprawdzie Ordynacja podatkowa nie wprowadza pojęcia "interesu prawnego", jako elementu koniecznego do prowadzenia postępowania podatkowego, to jednak nie można abstrahować od celowości i efektywności działań organów administracji publicznej.

Naczelny Sąd Administracyjny zwrócił także uwagę na funkcję gwarancyjną instytucji przedawnienia dla podatnika, wskazując, że na skutek upływu terminu przedawnienia następuje stabilizacja jego sytuacji prawnej. Nabywa on pewność, że jego stosunek zobowiązaniowy w sferze publicznoprawnej nie ulegnie już zmianie. Z drugiej strony organy administracji publicznej, które w okresie biegu terminu przedawnienia nie podjęły stosownych działań prawnych, pozbawione są możliwości ingerencji w prawa i obowiązki podatnika. Następuje więc, po obu stronach nieistniejącego już zobowiązania podatkowego, stan pewności w zakresie wzajemnych zobowiązań i uprawnień. Sąd zauważył ponadto, że przedawnienie jest instytucją zastrzeżoną na rzecz podatnika, co oznacza, iż może on powoływać się na dobrodziejstwa płynące z instytucji przedawnienia. Takiego uprawnienia nie posiada zaś opieszały organ podatkowy, który nie może czerpać korzyści z faktu, że w terminie przedawnienia nie zdołał wydać ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.

Procesowy skutek przedawnienia w sposób jednoznaczny określony został w przytoczonym wyżej art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej. Przepis ten wymaga od organu pierwszej instancji lub organu odwoławczego umorzenia postępowania w przypadku, gdy organ ten nie zdążył orzec przed upływem przedawnienia określonego zobowiązania podatkowego – niezależnie od tego, czy nastąpiło to po zapłacie, czy przed zapłatą podatku. Określony w tym przepisie upływ terminu przedawnienia stanowi ujemną przesłankę procesową do orzekania przez organ podatkowy co do przedawnionego zobowiązania podatkowego, gdyż skutkuje bezprzedmiotowością postępowania. Wyjątek w tym zakresie musi być wskazany jednoznacznie w ustawie, jak to ma miejsce np. w przypadku instytucji zwrotu nadpłaty, określonej w art. 79 Ordynacji podatkowej, gdzie w § 2 stwierdzono, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. A contrario wynika z tego, że w przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe w rozumieniu art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej. Podkreśla to dodatkowo pogląd, że termin przedawnienia jest zastrzeżony dla podatników, których roszczenia, wynikające z ich interesu prawnego – o ile zostaną zgłoszone przed upływem terminu przedawnienia – powinny zostać rozpatrzone nawet po jego upływie.

Oznacza to, że niezasadne było stanowisko Dyrektora Izby Celnej, iż po upływie okresu przedawnienia, organ – wbrew interesowi prawnemu podatnika – może kształtować wielkość przedawnionego zobowiązania podatkowego "na jego korzyść", określając go w niższej wysokości, niż kwota przez niego zapłacona. Sytuacja taka, w świetle ujemnej przesłanki procesowej określonej w art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej jest niedopuszczalna, chyba że postępowanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia nie staje się bezprzedmiotowe, co może wynikać tylko z jednoznacznego przepisu ustawowego, wymagającego kontynuacji postępowania wszczętego z inicjatywy podatnika przed upływem tego terminu.

W rozpatrywanej sprawie sytuacja taka nie miała miejsca.

Sąd stwierdza zatem, że zaskarżona decyzja wydana została z naruszeniem art. 208 § 1 w związku z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Dyrektor Izby Celnej wydał decyzję po upływie terminu przedawnienia zobowiązania w podatku od towarów i usług. Naruszenie to mogło mieć i miało wpływ na wynik sprawy.

Stwierdzenie wadliwości zaskarżonej decyzji, wynikającej z naruszenia przepisów o przedawnieniu zobowiązań podatkowych, zbędną i niedopuszczalną czyni wypowiedź Sądu w przedmiocie pozostałych zarzutów skargi.

Ponownie rozpatrując odwołanie Dyrektor Izby Celnej uchyli decyzję organu pierwszej instancji i umorzy postępowanie w sprawie.

W tym stanie rzeczy Sąd uchylił zaskarżoną decyzję na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. Nr 153, poz. 1270 z późn. zm.) – dalej "p.p.s.a.".

Zakres, w jakim uchylona decyzja nie podlega wykonaniu określono w oparciu o art. 152 p.p.s.a.

Na wniosek Skarżącej, Sąd zasądził na jej rzecz koszty postępowania sądowego zgodnie z art. 200 w związku z art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a., w kwocie równej sumie uiszczonego wpisu, opłaty skarbowej od pełnomocnictwa oraz kosztów zastępstwa procesowego w wysokości określonej w § 2 ust. 1 pkt 1 lit. f) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 2 grudnia 2003 r. w sprawie w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz szczegółowych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z urzędu (Dz. U. Nr 212, poz. 2075).