Wyrok WSA w Opolu, sygn. akt I SA/Op 379/17
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Opolu
Data orzeczenia: 2018-08-22 00:00:00+02:00 (orzeczenie nieprawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono decyzję I i II instancji
Powołane przepisy: article: art. 75 par. 4 i 4a, art. 74 a, art. 76 b par. 1 art. 79 par.1i 3;
journal: Dz.U. 2017 poz 201
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa - tekst jedn.
article: art. 86 ust. 1 i ust.2 pkt 1 lit a, art. 87 ust 2 i ust.7
journal: Dz.U. 2011 nr 177 poz 1054
law: Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług - tekst jednolity
article: art. 22 ust. 1, art. 11 ust.1 i 2
journal: Dz.U. 2016 poz 1454
law: Ustawa z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych  przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw  członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Opolu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Marzena Łozowska (spr.) Sędziowie Sędzia WSA Marta Wojciechowska Sędzia WSA Anna Wójcik Protokolant Starszy inspektor sądowy Iwona Bergiel po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 22 sierpnia 2018 r. sprawy ze skargi Gminy Prudnik na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Opolu z dnia 22 sierpnia 2017 r., nr 1601-IOV-2.4103.61.2017 w przedmiocie podatku od towarów i usług za październik 2009 r. I. uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w Prudniku z dnia 28 lutego 2017 r., nr 1611-PP.4403.10.15.2014, II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Opolu na rzecz strony skarżącej Gminy Prudnik kwotę 462,00 zł (słownie złotych: czterysta sześćdziesiąt dwa 00/100) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.


UZASADNIENIE

Zaskarżoną decyzją z dnia 22 sierpnia 2017 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Opolu działając na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2017 r., poz. 201 ze zm.) - dalej jako: "op", uchylił decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w Prudniku z dnia 28 lutego 2017r. - w części, w której, na podstawie art. 75 § 4a op – w zakresie, w jakim powstanie nadpłaty związane jest ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za październik 2009r. określono kwotę tego zobowiązania w wysokości 15.468 zł - i w tym zakresie umorzył postępowanie w sprawie; a w pozostałej części - stwierdzającej kwotę nadpłaty w wysokości 234 zł i odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w wysokości 4.032 zł - utrzymał rozstrzygnięcie organu I instancji w mocy.

Wydanie powyższej decyzji poprzedziło postępowanie o następującym przebiegu.

Gmina Prudnik (dalej określana jako: skarżąca, strona, Gmina) złożyła w dniu 16 listopada 2009r. deklarację VAT-7 za październik 2009 r. z wykazaną kwotą zobowiązania podatkowego podlegającą wpłacie do urzędu skarbowego w wysokości 15.702 zł.

Wnioskiem z dnia 20 grudnia 2013 r. Gmina zwróciła się do Naczelnika Urzędu Skarbowego w Prudniku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za w/w miesiąc w wysokości 4.266 zł. Do wniosku dołączyła korektę deklaracji VAT-7 z wykazaną kwotą zobowiązania podatkowego w wysokości 11.436 zł.

W uzasadnieniu wniosku wyjaśniła, że powodem korekty jest uwzględnienie nierozliczonych wcześniej kwot podatku naliczonego, wynikającego z poniesionych bezpośrednio przez Gminę wydatków z tytułu nabycia usług dostawy energii elektrycznej i cieplnej (mediów) oraz zakupów inwestycyjnych związanych z: rozbudową cmentarza komunalnego, budową inkubatorów przedsiębiorczości, budową schronisk młodzieżowych - wykorzystywanych przez Gminę i jej jednostki budżetowe do wykonywania czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług. Powołując się na wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej jako TSUE) z dnia 1.03.2013 r. w sprawie C-280/10 (Kopalnia Odkrywkowa Polski Trawertyn) oraz uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego (NSA) z dnia 24.06.2013 r. sygn. akt I FPS 1/13, Gmina stwierdziła, że przysługuje jej prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur dokumentujących zakupy inwestycyjne także w przypadku, gdy inwestycje te zostały następnie przekazane gminnym jednostkom budżetowym oraz zakładom budżetowym, które przy wykorzystaniu tych inwestycji wykonują czynności opodatkowane podatkiem VAT.

Po rozpatrzeniu wniosku Gminy Naczelnik Urzędu Skarbowego w Prudniku decyzją z dnia 10 września 2014 r. wydaną na podstawie art. 74a i art. 75 § 2 pkt 1 lit. b op stwierdził nadpłatę w podatku od towarów i usług za październik 2009 r. w wysokości 762 zł i odmówił stwierdzenia nadpłaty w kwocie 4.266 zł.

Organ nie podzielił stanowiska strony o prawie do odliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami na inwestycje, przekazane następnie gminnym jednostkom budżetowym. Zdaniem organu, jednostki organizacyjne wyodrębnione ze struktury gminy jako jednostki budżetowe, zobowiązane do wykonywania określonych zadań, posiadające odrębne numery identyfikacji podatkowej, własny budżet, własny plan wydatków oraz zatrudniające własnych pracowników - są odrębnymi od gminy podatnikami VAT. Tym samym, w przypadku inwestycji nieodpłatnie przekazanych przez Gminę jednostce organizacyjnej, tj. innemu podatnikowi (który od tego momentu nabył prawo do pozyskiwania pożytków z tego mienia), Gminie nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego, co wpływa na wysokość nadpłaty.

W wyniku rozpatrzenia wniesionego od tej decyzji odwołania Dyrektor Izby Skarbowej w Opolu decyzją z dnia 8 maja 2015 r. uchylił decyzję organu podatkowego I instancji w całości i orzekając co do istoty odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku VAT za październik 2009 r. wysokości 3.500 zł oraz stwierdził nadpłatę w wysokości 766 zł.

W uzasadnieniu wyjaśnił, że w celu weryfikacji prawidłowości dokonanego przez Gminę w korekcie rozliczenia podatku VAT za październik 2009 r., z urzędu zostało wszczęte odrębne postępowanie podatkowe (wymiarowe) w zakresie podatku od towarów i usług za badany okres. W ramach tego postępowania Dyrektor Izby Skarbowej w Opolu, po rozpatrzeniu odwołania Gminy, decyzją z dnia 4 września 2014 r. określił Gminie kwotę zobowiązania w podatku od towarów i usług za w/w okres w wysokości 14.940 zł w miejsce zadeklarowanego zwrotu w wysokości 11.436 zł.

Rozpatrując zatem wniosek Gminy o stwierdzenie nadpłaty za październik 2009 r. organ II instancji uznał, że brak jest podstaw do stwierdzenia wykazanej w korekcie nadpłaty. Rozliczenie w podatku VAT za badany okres wynika bowiem bezpośrednio z decyzji wymiarowej II instancji, która uchyliła skutki podatkowe wynikające ze złożonej przez Gminę korekty deklaracji VAT-7. Skoro w decyzji wymiarowej II instancji określono Gminie zobowiązanie podatkowe w wysokości 14.936 zł w miejsce zadeklarowanej pierwotnie i wpłaconej przez Gminę rachunek bankowy urzędu skarbowego kwoty zobowiązania podatkowego w wysokości 15.702 zł, to tym samym kwota nadpłaconego przez Gminę podatku wyniosła w badanym okresie 766 zł. Decyzja powyższa stała się przedmiotem skargi wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Opolu, który wyrokiem z 13 listopada 2015 r., sygn. akt I SA/Op 384/15 uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika US w Prudniku.

Uchylając w/w decyzje Sąd zobowiązał organ podatkowy I instancji do ponownego przeprowadzenia postępowania w sprawie z wniosku Gminy o stwierdzenie nadpłaty w podatku VAT za przedmiotowy okres rozliczeniowy z uwzględnieniem stanowiska Sądu w zakresie podmiotowości prawno-podatkowej jednostek organizacyjnych gminy oraz sposobu wyliczenia proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (wynikającego z orzeczenia z dnia 13 listopada 2015 r., sygn. akt I SA/Op 514/15 – dot. wymiaru podatku od towarów i usług za październik 2009 r.).

Rozpatrując ponownie wniosek Gminy o stwierdzenie nadpłaty, Naczelnik US w Prudniku decyzją z dnia 28 lutego 2017 r., wydaną na podstawie art. 207 oraz art. 74a i art. 75 § 4a op, określił – w zakresie, w jakim powstanie nadpłaty związane jest ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za październik 2009r. – prawidłową kwotę tego zobowiązania w wysokości 15.468 zł i jednocześnie stwierdził nadpłatę za ten okres w wysokości 234 zł oraz odmówił stwierdzenia nadpłaty w wysokości 4.032 zł.

W uzasadnieniu wyjaśnił, że w związku z orzeczeniem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej TSUE) w sprawie C-276/14, z dniem 1.10.2016r. weszła w życie ustawa z dnia 5 września 2016r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (Dz. U. z 2016 r. poz. 1454 ze zm.) -/zwana dalej "uszr" lub "ustawą centralizacyjną"/, określająca te zasady w odniesieniu do jednostek samorządu terytorialnego.

Powołując się na treść art. 11 ust. 1 i 2 tej ustawy, organ zwrócił uwagę, że dla dokonania skutecznej korekty "scentralizowanej" wymagane jest spełnienie warunków przewidzianych w ustawie centralizacyjnej, w szczególności złożenia korekt deklaracji podatkowych za wszystkie okresy rozliczeniowe, w których jednostki organizacyjne rozliczały odrębnie podatek, licząc od najwcześniejszego okresu rozliczeniowego, za jaki została złożona korekta deklaracji podatkowej (art. 11 ust. 1 pkt 2 lit. c uszr).

W myśl natomiast art. 22 ust 1 cyt. ustawy postępowania podatkowe wszczęte i niezakończone przed dniem wejścia w życie ustawy - w odniesieniu do jednostki samorządu terytorialnego lub jej jednostek organizacyjnych obejmują tylko rozliczenie podatku odpowiednio tej jednostki samorządu terytorialnego lub jej jednostki organizacyjnej.

W sprawie nie budzi wątpliwości, że Gmina w dniu 20 października 2016r., na podstawie art. 11 ust. 1 pkt 2a uszr, przedłożyła informację, w której stwierdziła, iż korekty deklaracji za miesiące: grudzień 2010r., styczeń, luty, kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, październik i grudzień 2011 r., styczeń, marzec, kwiecień, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad i grudzień 2012r., styczeń, luty, kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, sierpień i październik 2013r. są składane w związku z wyrokiem TSUE C-276/14. Jednocześnie zapowiedziała, iż korekty deklaracji podatkowych za miesiące: marzec, sierpień, wrzesień i listopad 2011 r. zostaną złożone do dnia 15.12.2016r., natomiast deklaracje za pozostałe miesiące - do dnia 30.12.2016r. Wbrew jednak tym zapowiedziom Gmina nie złożyła w powyższym terminie korekt deklaracji podatkowych za brakujące okresy rozliczeniowe, nie zachowując tym samym ciągłości rozliczenia wspólnego z jej jednostkami organizacyjnymi.

Zatem, jak przyjął organ, dopiero począwszy od grudnia 2011 r., tj. od miesiąca, za który Gmina złożyła korekty deklaracji zgodnie z zasadami wynikającymi z art. 11 uszr, dokonała ona tzw. "centralizacji", polegającej na wspólnym rozliczeniu podatku VAT wraz ze wszystkimi jednostkami organizacyjnymi. Tym samym wszczęte na wniosek Gminy postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za październik 2009 r. należało traktować jako obejmujące odrębne rozliczenie Gminy (bez jej jednostek organizacyjnych).

W dalszej kolejności organ wskazał, że w myśl obowiązującego od 1.01.2016r. przepisu art. 75 § 4a op, w decyzji stwierdzającej nadpłatę określa się także wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. Przepis ten, jak przyjął organ, był właściwym trybem do procedowania w sprawie wniosku Gminy o stwierdzenie nadpłaty.

Kierując się zatem dyspozycją tego przepisu organ I instancji, w celu określenia prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego za październik 2009 r., zweryfikował uwzględnione przez Gminę (w skorygowanej deklaracji VAT- 7) faktury zakupu.

W odniesieniu do wydatków inwestycyjnych, organ stwierdził, iż Gmina w przedmiotowym okresie rozliczeniowym niezasadnie dokonała odliczenia podatku naliczonego z tytułu:

1. zakupu usługi nadzoru inwestycyjnego nad robotami budowlanymi związanymi z realizacją zadania Pt.: " Stworzenie regionalnej bazy turystyczno-noclegowej przedgórza Gór Opawskich" – budową 2 wież widokowych w Prudniku i Wieszczynie, zgodnie z fakturą z dnia 16 października 2009 r. , nr [...], wystawiona przez A J. S. na kwotę netto 7.500 zł, VAT 1.650 zł,

2. zakupu usługi wykonania opracowania na temat założeń funkcjonowania [...] w [...] w związku z realizacją zadania PN. "Regionalny Inkubator Przedsiębiorczości w [...]", zgodnie z fakturą z dnia 15 października 2009 r., nr [...], wystawioną przez B Sp. z o.o. na kwotę netto 8.000 zł, VAT 1.760 zl.

Organ podkreślił, że nabywając usługi celem wytworzenia inwestycji z zamiarem ich nieodpłatnego udostępnienia Szkolnemu Schronisku Młodzieżowemu w Prudniku oraz Agencji Promocji i Rozwoju Gminy Prudnik (tj. swoim jednostkom budżetowym), nie nabywała ich do działalności gospodarczej, tym samym nie działała w charakterze podatnika VAT, co uniemożliwia dokonanie z tego tytułu odliczenia podatku naliczonego na podstawie art. 86 ust. 1 uptu.

Organ przyznał natomiast Gminie pełne prawo do odliczenia w stosunku do wydatków, wynikających z faktury nr [...] z dnia 30 września 2009 r. dokumentującej opłaty za energię cieplną we wrześniu 2009 r. wystawionej przez C w związku z dokonaną przez Gminę refakturą na rzecz D.

Z kolei w przypadku faktur dot. mediów, organ podatkowy I instancji stwierdził, że Gminie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego przy wykorzystaniu proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 3 uptu, która w roku 2009r., zgodnie z wyliczeniami organu, wyniosła 47%.

W oparciu o dokonane wyliczenia organ stwierdził, że wartość podatku naliczonego kształtowała się na poziomie 559,00 zł, zamiast określonej przez stronę w korekcie deklaracji kwoty 11.436 zł. Jednocześnie organ skorygował wartość podatku należnego, przyjmując jego prawidłową wysokość w kwocie 16.027 zł. W rezultacie organ I instancji określił prawidłową kwotę zobowiązania w podatku od towarów i usług za październik 2009 r., wynoszącą 4.032 zł.

Uwzględniając powyższe, w wyniku rozpoznania wniosku o stwierdzenie nadpłaty, mając na uwadze uregulowania wynikające z art. 72 § 1, art. 74a, art. 75 § 4 i § 4a op, organ podatkowy I instancji stwierdził, że kwota nadpłaty w podatku od towarów i usług za badany okres, z uwagi na opisane powyżej ustalenia, jest niższa od wynikającej z wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Jak bowiem ustalono, w dniu 16 listopada 2009r. z tytułu zobowiązania w podatku od towarów i usług za w/w miesiąc Gmina wpłaciła na rachunek bankowy Urzędu Skarbowego kwotę 15.702 zł. Tym samym nadpłata w podatku od towarów i usług za ww. miesiąc wynosi 234 zł (15.702 -15.468), co znalazło odzwierciedlenie w opisanej wyżej decyzji organu I instancji.

W złożonym od tej decyzji odwołaniu Gmina, reprezentowana przez pełnomocnika, podniosła zarzuty naruszenia: art. 15 ust. 1 i 2, art. 86 ust. 1 i art. 87 ust. 7 uptu.

Wskazaną na wstępie decyzją organ II instancji uchylił decyzję Naczelnika US w Prudniku w zakresie określenia, na podstawia art. 75 § 4a op, kwoty zobowiązania podatkowego i w tym zakresie umorzył postępowanie, a w pozostałym zakresie utrzymał ją w mocy.

W motywach rozstrzygnięcia organ II instancji przedstawił dotychczasowy przebieg postępowania, wskazując, że zobowiązanie objęte wnioskiem Gminy o stwierdzenie nadpłaty (tj. październik 2009 r.) przedawniało się, po myśli art. 70 § 1 op, z dniem 31 grudnia 2014 r. Przed upływem terminu przedawnienia wobec Gminy prowadzone były postępowania zarówno w przedmiocie określenia zobowiązania w podatku od towarów i usług za październik 2009 r., jak i w przedmiocie nadpłaty za ten okres, które to postępowania zostały zakończone ostatecznymi decyzjami Dyrektora Izby Skarbowej w Opolu. Przy czym, wydane w tych sprawach rozstrzygnięcia organów podatkowych obu instancji zostały uchylone przez Wojewódzki Sąd Administracyjny wyrokami z 13 listopada 2015 r. (o sygn. I SA/Op 514/15 – decyzje wymiarowe i o sygn. I SA/Op 384/15 – decyzje w sprawie nadpłaty). W konsekwencji uchylenia przez Sąd decyzji w przedmiocie wymiaru podatku VAT za październik 2009 r. dalsze prowadzenie postępowania w tym zakresie nie było możliwe, gdyż stało się ono bezprzedmiotowe. Stąd decyzją z dnia 22 grudnia 2016r., organ podatkowy I instancji, na podstawie art. 208 § 1 op, umorzył postępowanie w sprawie podatku VAT za w/w miesiąc.

Natomiast w przypadku postępowania w przedmiocie nadpłaty za ten okres zastosowanie miał art. 79 § 3 op, zgodnie z którym decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty na wniosek złożony przed upływem terminu przedawnienia można wydać także po upływie tego terminu.

W dalszej kolejności organ, rozpatrując skuteczność złożonej przez Gminę - wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty - korekty deklaracji VAT- 7 za październik 2009 r. odwołał się do regulacji zawartych w ustawie centralizacyjnej. Zaznaczył, że ustawa ta dopuszcza możliwość objęcia rozliczeniem scentralizowanym - czyli obejmującym daną jednostkę samorządu terytorialnego wraz z jej wszystkimi jednostkami organizacyjnymi - okresów rozliczeniowych sprzed wejścia w życie ustawy, przy czym dotyczy to wyłącznie zobowiązań które nie uległy przedawnieniu przed tym terminem. Wyjaśnił przy tym, że przepisy tej ustawy, na mocy jej rozdziału 6, mają zastosowanie także do postępowań, które w dniu wejścia ustawy w życie (1.10.2016r.) nie zostały zakończone (co ma miejsce w niniejszej sprawie). Dalszy sposób prowadzenia takich postępowań uzależniony jest jednakże od tego, czy jednostka samorządu terytorialnego złoży korekty deklaracji podatkowych, o których mowa w art. 11 ust. 1 pkt 2 uszr. Co do zasady bowiem, zgodnie z art. 22 ust. 1 pkt 1 uszr, postępowania podatkowe wszczęte i niezakończone przed dniem wejścia w życie ustawy w odniesieniu do jednostki samorządu terytorialnego lub jej jednostek organizacyjnych obejmują tylko rozliczenie podatku odpowiednio tej jednostki samorządu terytorialnego lub tej jednostki organizacyjnej. W przypadku okresów nieprzedawnionych, jednostka samorządu terytorialnego może złożyć korekty scaleniowe za okresy minione i jeśli to uczyni, dotychczasowe postępowanie podatkowe obejmie nowe, "scentralizowane" rozliczenie jednostki samorządu terytorialnego wraz z jej wszystkimi jednostkami organizacyjnymi (art. 22 ust. 4 uszr). Jednocześnie ww. art. 11 ust. 1 pkt 2 określa szereg warunków, które muszą być spełnione, aby skorygowane rozliczenie (scentralizowane) mogło zostać uznane za skuteczne. Z treści tej regulacji wynika, że centralizacja ma być pełna nie tylko w zakresie przedmiotowym (tzn. ma obejmować wszystkie jednostki organizacyjne), lecz także w zakresie czasowym (tzn. centralizacja powinna być dokonana od wybranego przeszłego okresu rozliczeniowego za wszystkie następne okresy rozliczeniowe). Jednostki samorządu terytorialnego nie mogą więc dokonywać wybiórczej centralizacji, tzn. scalania się tylko z wybranymi jednostkami organizacyjnymi lub uwzględniania w swoich korektach deklaracji podatkowych tylko niektórych aspektów rozliczeń swoich jednostek organizacyjnych, bądź tylko wybranych okresów rozliczeniowych. Zgodnie natomiast z brzmieniem art. 12 uszr, korekty deklaracji podatkowych niespełniające warunków, o których mowa w art. 11, nie wywołują skutków prawnych.

W rozpatrywanej sprawie podatek od towarów i usług za październik 2009 r. uległ przedawnieniu przed wejściem w życie ustawy, co stanowi przesłankę obiektywną uniemożliwiającą dokonanie przez Gminę rozliczenia scentralizowanego. Poza tym, Gmina nie zachowała ciągłości centralizacji w 2011 r. (czyli za okresy, za które - po wejściu w życie ustawy centralizacyjnej – mogła złożyć rozliczenie scentralizowane). Jak bowiem wynikało z okoliczności faktycznych sprawy, wobec Gminy toczyły się także postępowania w przedmiocie podatku od towarów i usług oraz w sprawie nadpłat w tym podatku za m.in. trzy inne miesiące 2009r., wybrane miesiące 2010r., 2011r., 2012r. i 2013r. W odniesieniu do miesięcy "nieprzedawnionych" (wybrane okresy od grudnia 2010r. do listopada 2013r.), w stosunku do których toczyło się postępowanie podatkowe przed organem podatkowym I instancji, wystosowano do Gminy, na podstawie art. 22 ust. 3 uszr, wezwanie z dnia 3.10.2016r., dotyczące ewentualnego dokonania przez Gminę korekt deklaracji podatkowych. W odpowiedzi Gmina przedłożyła informację, w której zapowiedziała, iż do końca października 2016r. zamierza złożyć korekty "scentralizowane", za miesiące: grudzień 2010r., styczeń, luty, kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, październik, listopad i grudzień 2011r., styczeń, marzec, kwiecień, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad i grudzień 2012r. oraz styczeń, luty, kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, sierpień i październik 2013r. Następnie w informacji z dnia 13.10.2016r. doprecyzowała, iż korekty deklaracji podatkowych za miesiące: marzec, sierpień, wrzesień i listopad 2011r. zostaną złożone do dnia 15.12.2016r., natomiast deklaracje za pozostałe miesiące - do dnia 30.12.2016r. Gmina złożyła jednak scentralizowane korekty dot. grudnia 2010r., 2011r. oraz lat następnych (aż do grudnia 2015r.) za wyjątkiem scentralizowanych korekt deklaracji podatkowych za miesiące: marzec, sierpień, wrzesień i listopad 2011r. Powyższe oznacza, że Gmina dokonała skutecznie tzw. "centralizacji" jedynie za okresy liczone od grudnia 2011 r., natomiast wcześniejsze okresy rozliczeniowe nie zostały skutecznie "scentralizowane".

W rezultacie, zdaniem Dyrektora Izby, skorygowane rozliczenie Gminy za październik 2009 r. należało traktować, jako obejmujące wyłącznie zakupy i sprzedaż Gminy (bez jej jednostek organizacyjnych) z wszystkimi tego konsekwencjami. Prawidłowo więc uznano w zaskarżonej decyzji, że postępowanie wszczęte wnioskiem Gminy o stwierdzenie nadpłaty za przedmiotowy okres rozliczeniowy należy prowadzić - zgodnie z art. 22 ust. 1 pkt 1 uszr - w odniesieniu do jednostki samorządu terytorialnego (Gminy) z uwzględnieniem wyłącznie jej rozliczenia.

Akceptując więc dokonaną przez organ I instancji ocenę o konieczności rozliczenia podatku od towarów i usług (wynikającego z korekty deklaracji) i rozstrzygnięcia kwestii nadpłaty w taki sposób, jakby Gmina i jej jednostki organizacyjne nadal stanowiły odrębnie rozliczających się podatników – Dyrektor Izby nie zgodził się z zarzutami naruszenia art. 86 ust 1 i 2 uptu, wskutek pozbawienia prawa do odliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami inwestycyjnymi. Zdaniem organu, w okolicznościach sprawy brak jest bezpośredniego związku pomiędzy zakupionymi towarami i usługami (wytworzonymi inwestycjami przekazanymi nieodpłatnie jednostkom budżetowym), a opodatkowaną działalnością gospodarczą Gminy (wykazanym podatkiem należnym). Stąd Gminie, której rozliczenie traktować należy w sposób odrębny, nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego, wynikającego z kwestionowanej faktury dotyczącej budowy Inkubatora Przedsiębiorczości w wysokości 1.760 zł. Przy czym brak bezpośredniego związku wynika nie tyle z charakteru wydatku i czynności opodatkowanej, lecz z zaistniałej, szczególnej sytuacji "rozdzielającej" wydatek oraz przyporządkowaną mu czynność opodatkowaną pomiędzy dwa podmioty, których rozliczenia z uwagi na przedawnienie, a także z uwagi na niezachowanie wymaganej ciągłości centralizacji - traktowane są odrębnie ze wszystkimi tego konsekwencjami podatkowymi.

Organ odwoławczy zaakceptował także ustalenia organu I instancji w zakresie prawa do odliczenia w stosunku do pozostałych faktur, uwzględnionych w zaskarżonej decyzji (tabela nr 1), w tym w stosunku do 4 faktur z tytułu wydatków za "media", wobec których prawidłowo obliczono i zastosowano współczynnik, o którym mowa w art. 90 ust. 1uptu, wynoszący 47%, zmniejszając kwotę podatku naliczonego do odliczenia o 625,74 zł.

Tym samym, zdaniem organu, Gmina zawyżyła kwotę podatku naliczonego o łączną kwotę 4.032 zł, albowiem prawidłowa korekta podatku od towarów i usług za przedmiotowy okres rozliczeniowy winna wskazywać kwotę zobowiązania podatkowego wynoszącą 15.468 zł a nie - jak zadeklarowała strona kwotę do zwrotu: 11.436 zł. Końcowo organ II instancji stwierdził, że art. 75 § 4a op, na podstawie którego organ podatkowy I instancji określił Gminie za październik 2009r. kwotę zobowiązania w wys. 15.468 zł, nie miał w sprawie zastosowania. Przepis ten, jak wyjaśnił organ, dodany został ustawą z dnia 10.09.2015r. o zmianie ustawy Ordynacja podatkowa i niektórych innych ustaw (Dz.U z 2015r., poz. 1649), która weszła wżycie w dniu 1.01.2016r. Zgodnie natomiast z art. 27 ust. 1 ustawy zmieniającej, postępowania podatkowe, kontrole podatkowe, czynności sprawdzające oraz inne sprawy podatkowe w zakresie podatku od towarów i usług, rozpoczęte i niezakończone do dnia wejścia w życie tej ustawy, podlegają załatwieniu przez naczelników właściwych w zakresie podatku od towarów i usług na podstawie przepisów obowiązujących przed dniem wejścia w życie tej ustawy. Powyższe uzasadniało uchylenie decyzji organu podatkowego I instancji w części, w jakiej określa ona Gminie kwotę zobowiązania w podatku od towarów i usług za październik 2009r. i w tym zakresie umorzenie postępowania w sprawie.

W skardze wniesionej na powyższą decyzję pełnomocnik Gminy wniósł o uchylenie w całości decyzji organów podatkowych obu instancji i zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych, podnosząc zarzuty naruszenia:

• art. 75 § 4 op, poprzez jego niezastosowanie w obliczu przedawnienia zobowiązania podatkowego i umorzenia postępowania wymiarowego,

• art. 99 ust. 12 uptu poprzez jego niezastosowanie i nieuznanie, że kwota zwrotu wynika ze złożonej deklaracji, w sytuacji, gdy nie określono tego zwrotu w innej wysokości w drodze decyzji,

• art. 15 ust. 1 i ust. 2 uptu w zw. z art. 22 ust. 1 uszr, polegające na uznaniu, że Gmina w obliczu niepodjęcia decyzji o centralizacji nie działała w charakterze podatnika w związku z wydatkami ponoszonymi na wskazaną w skarżonej decyzji inwestycję,

• art. 86 ust. 1 uptu w zw. z art. 15 ust. 1 tej ustawy, poprzez przyjęcie, że nie istnieje związek pomiędzy wydatkami poniesionymi przez Gminę w zakresie nakładów inwestycyjnych a wykonaniem czynności opodatkowanych przez Gminę za pośrednictwem jednostki organizacyjnej,

• art. 86 ust. 1 uptu poprzez pozbawienie Gminy prawa do odliczenia podatku naliczonego.

W uzasadnieniu skargi pełnomocnik podniósł, że w sprawie winny mieć zastosowanie przepisy Ordynacji podatkowej dotyczące nadpłaty w brzmieniu obowiązującym od 1.01.2016 r. Wskazał, że ustawa przewiduje trzy tryby orzekania o nadpłacie. Tryb o którym mowa w art. 75 § 4a op, nie może mieć zastosowania, gdyż w sprawie wszczęto odrębne postępowanie wymiarowe, a nadto tryb ten nie zakłada możliwości określenia prawidłowej kwoty zwrotu podatku VAT. Odnośnie trybu o którym mowa w art. 79 § 1 op wyjaśnił, że organ wszczął postępowanie podatkowe, jednak obecnie z uwagi na upływ terminu przedawnienia w postępowaniu tym nie można orzekać o wniosku Gminy (dla tego trybu ustawa nie przewiduje dłuższego okresu przedawnienia - w szczególności wynikającego z art. 79 § 3 op). Zatem to tryb z art. 75 § 4 op winien mieć w ocenie Gminy zastosowanie do zwrotu VAT i nadpłat (tj. zwrot, bez wydania decyzji, gdy korekta nie budzi wątpliwości). Skoro bowiem postępowanie wymiarowe było wszczęte, a nie została wydana decyzja określająca wysokość zobowiązania podatkowego, organ nie może już twierdzić, że prawidłowość skorygowanej deklaracji VAT-7 budzi jego wątpliwości.

Uzasadniając zarzut naruszenia art. 86 uptu pełnomocnik skarżącej nie zgodził się ze stanowiskiem organów, że jedynym sposobem realizacji prawa do odliczenia podatku naliczonego z tytułu wydatków inwestycyjnych było skuteczne złożenie, zgodnie z wymogami ustawy centralizacyjnej, scentralizowanych deklaracji obejmujących rozliczenie Gminy wraz z jej jednostkami organizacyjnymi za wszystkie przeszłe okresy rozliczeniowe. Prawo do odliczenia podatku w tego rodzaju przypadkach istnieje bowiem niezależnie od wyroku TSUE w sprawie C-276/14. Zatem, skoro Gmina poniosła ciężar ekonomiczny wydatków na realizację inwestycji, które - w ramach spoczywających na niej zadań komunalnych - generują jednocześnie podatek należny, a inwestycja ta jest wykorzystana do wykonywania czynności opodatkowanych przez jej jednostkę organizacyjną, to pozbawienie jej możliwości odliczenia podatku naliczonego podważałoby podstawową zasadę podatku VAT jaką jest zasada neutralności. Według pełnomocnika, tego rodzaju korekty, w których jednostka samorządu terytorialnego ujmuje swój podatek naliczony - związany z tego typu sytuacjami (obsługą sprzedaży przez samorządowy zakład budżetowy lub jednostkę budżetową) - nie stanowią korekt scaleniowych, tylko korekty zwykłe, zaś przy ich składaniu nie jest konieczne dokonywanie wstecznej centralizacji. W rezultacie, zdaniem pełnomocnika, brak było podstaw do zastosowania art. 22 uszr.

W konkluzji pełnomocnik stwierdził, że ponieważ w sprawie było prowadzone postępowanie wymiarowe, to właśnie w tym postępowaniu organ winien orzec o wysokości nadpłaty. Skoro tego nie zrobił (postępowanie zostało umorzone), los nadpłaty podzielił los decyzji wymiarowej - możliwość orzekania o wysokości nadpłaty uległa przedawnieniu. Organ powinien zatem zwrócić nadpłatę oraz zwrot podatku VAT w trybie art. 75 § 4 op, na podstawie wniosku o stwierdzenie nadpłaty i deklaracji VAT-7 z dnia 21 lutego 2014 r.

W dodatkowym piśmie procesowym pełnomocnik podtrzymał prezentowane przez Gminę stanowisko o konieczności zastosowania trybu z art. 75 § 4a op. Odwołując się do wyroku WSA w Rzeszowie (sygn. akt I SA/Rz 509/17), przedstawił szeroką argumentację, przemawiającą, w jego ocenie, za brakiem podstaw do zastosowania trybów postępowania z art. 75 § 4a i art. 79 op.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko wyrażone w zaskarżonej decyzji. Odpowiadając na pismo procesowe pełnomocnika skarżącej nie zgodził się z tezą o konieczności bezdecyzyjnego zwrotu nadpłaty, na podstawie art. 75 § 4 op, argumentując jak w decyzji i odpowiedzi na skargę.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Opolu zważył, co następuje:

Skarga zasługuje na uwzględnienie, aczkolwiek nie wszystkie podniesione w niej zarzuty okazały się uzasadnione.

Kryteria sądowej kontroli zaskarżonych aktów organów administracji publicznej zostały wyznaczone przepisem art. 145 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r. poz. 1302 ze zm.) - dalej jako: [ppsa], zgodnie z którym decyzja podlega uchyleniu w razie stwierdzenia przez Sąd naruszenia przepisów prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, naruszenia przepisów prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania lub innego naruszenia przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy jak też w razie stwierdzenia okoliczności uzasadniających stwierdzenie nieważności zaskarżonej decyzji (pkt 2). Równocześnie w myśl art. 134 § 1 ppsa, sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną (z zastrzeżeniem niemającym tu zastosowania).

Kontrolując zaskarżoną decyzję według wskazanych kryteriów Sąd stwierdza, że narusza ona prawo w stopniu powodującym konieczność wyeliminowania jej z obrotu prawnego.

Przedmiotem kontrolowanej sprawy jest prawidłowość rozstrzygnięć organów podatkowych, wydanych w wyniku rozpoznania wniosku skarżącej o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za październik 2009 r. Zasadnicza kwestia sporna sprowadza się do zbadania, czy w realiach rozpatrywanej sprawy organy zasadnie przyjęły, iż brak spełnienia przez Gminę przewidzianych w ustawie centralizacyjnej wymogów skutecznego dokonania korekt rozliczeń podatku VAT za okresy sprzed wejścia w życie tej ustawy wyklucza możliwość skorzystania przez Gminę z prawa do odliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami inwestycyjnymi, w związku z którymi powstała infrastruktura została przekazana nieodpłatnie przez Gminę jej jednostce organizacyjnej.

Przed przystąpieniem jednak do oceny tak zarysowanej kwestii spornej należy w pierwszej kolejności rozważyć, jaki tryb, w zaistniałych okolicznościach faktycznych, był właściwy do orzekania przez organy podatkowe w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty, gdyż to na tej właśnie kwestii koncentrują się przede wszystkim zarzuty skargi.

W opinii skarżącej, z uwagi na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za październik 2009 r. organy podatkowe nie były władne do przyjęcia - na potrzeby orzeczenia o nadpłacie - odmiennych, niż wykazane w złożonej przez Gminę korekcie deklaracji VAT-7 z dnia 20 grudnia 2013 r., wartości składających się na elementy konstrukcyjne podatku VAT. Według skarżącej brak jest bowiem podstaw prawnych, by w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty orzekać w zakresie określenia wysokości zobowiązania podatkowego, skoro przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania organy nie zdołały wydać decyzji w trybie art. 21 § 3 op (prowadzone w tym zakresie postępowanie wymiarowe zostało umorzone). W konsekwencji, jak uważa strona, organy podatkowe zobowiązane były do zastosowania trybu określonego w art. 75 § 4 op, czyli winny uznać złożoną korektę deklaracji za październik 2009 r. z dnia 20 grudnia 2013 r. za skuteczną i dokonać zwrotu nadpłaty bez wydania decyzji w tym zakresie.

Odmiennie uważają organy podatkowe, stojąc na stanowisku, że okoliczność przedawnienia zobowiązania objętego wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty - w sytuacji gdy załączona do wniosku korekta deklaracji budziła wątpliwości - nie stoi na przeszkodzie wydaniu decyzji weryfikującej zadeklarowane w takiej korekcie wartości, przekładające się na wysokość nadpłaty. Przy czym organ I instancji w wydanej decyzji z dnia 28 lutego 2017 r. przyjął, że podstawę do rozpatrzenia wniosku Gminy stanowił obowiązujący od 1 stycznia 2016 r. art. 75 § 4a op, który to przepis umożliwiał, zdaniem organu, określenie prawidłowej kwoty zobowiązania podatkowego i na tej podstawie określenie faktycznej wysokości nadpłaty. Organ odwoławczy natomiast uznał, że samodzielną podstawę orzekania o nadpłacie stanowił art. 79 § 3 op, co skutkowało uchyleniem decyzji organu I instancji w zakresie w jakim określono, na podstawie art. 75 § 4a op, wysokość zobowiązania.

Odniesienie się do tego zagadnienia wymaga wpierw przedstawienia dotychczasowego przebiegu postępowania i jego ram czasowych. W sprawie niniejszej - co bezsporne - zobowiązanie w podatku od towarów i usług za październik 2009 r., objęte przedmiotowym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, uległo przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2014 r. Poza sporem jest też okoliczność, że ów wniosek Gmina złożyła w dniu 20 grudnia 2013 r., czyli jeszcze przed upływem terminu przedawnienia.

W wyniku złożenia wniosku zostało wszczęte wobec Gminy, stosownie do treści art. 165 § 1 op, postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty, w ramach którego organ powziął wątpliwości co do prawidłowości złożonej wraz z wnioskiem korekty deklaracji podatkowej za omawiany okres. W konsekwencji Naczelnik US w Prudniku uznał za zasadne wszczęcie z urzędu wobec skarżącej postępowania w przedmiocie wymiaru podatku VAT za badany okres, które to postępowanie zostało zakończone decyzją ostateczną Dyrektora Izby Skarbowej w Opolu z dnia 16 grudnia 2014 r. Decyzją tego organu z dnia 8 maja 2015 r. rozstrzygnięte zostało również postępowanie w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty. Obie decyzje ostateczne zostały następnie zaskarżone skargami wniesionymi do tut. Sądu, który wyrokami z dnia 13 listopada 2015 r., podzielając stanowisko skarżącej w zakresie przysługującego Gminie - jako wyłącznemu podatnikowi VAT - prawie do odliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami inwestycyjnymi, uchylił rozstrzygnięcia organów obu instancji wydane zarówno w postępowaniu wymiarowym (sygn. akt I SA/Op 514/15), jak i w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty (I SA/Op 384/15), zobowiązując jednocześnie organ w tym ostatnim wyroku do ponownego rozpatrzenia wniosku Gminy o stwierdzenie nadpłaty. Ponieważ jednak wskazane wyroki zapadły już po upływie terminu przedawnienia zobowiązania w podatku od towarów i usług za październik 2009 r., organy podatkowe utraciły tym samym prawo do wydania decyzji określającej prawidłową kwotę tego zobowiązania w trybie art. 21 § 3 op i w rezultacie zobowiązane były umorzyć prowadzone postępowanie wymiarowe, na podstawie art. 208 § 1 op, co też uczynił Naczelnik US w Prudniku decyzją z dnia 22 grudnia 2016 r.

Dla oceny trybu postępowania organów podatkowych istotne znaczenie ma okoliczność, że w odniesieniu do nadpłaty ustawodawca z dniem 1 stycznia 2016r. - na mocy ustawy z dnia 10 września 2015 r. o zmianie ustawy Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2015 r., poz. 1649 ze zm.- dalej jako: ustawa zmieniająca) - wprowadził szerokie zmiany w tej instytucji. Na gruncie rozpatrywanej sprawy kluczowe były zmiany dokonane w przepisach art. 75 i 79 op. Otóż, w pierwszym z tych przepisów wprowadzono m.in. nowy paragraf 4a, o treści: "W decyzji stwierdzającej nadpłatę organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. W zakresie, w jakim wniosek jest niezasadny, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty." Natomiast w art. 79 znowelizowano dotychczasową treść paragrafu 3, który obecnie stanowi: "decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty na wniosek złożony przed upływem terminu przedawnienia można wydać także po upływie tego terminu." Równocześnie zmieniono brzmienie art. 76 b § 1, który nakazuje odpowiednio stosować do zwrotu podatku przepisy art. 79 i art. 80 op.

Zauważyć należy, że omawiana ustawa zmieniająca nie zawiera przepisów przejściowych, które regulują kwestie wniosków złożonych przed wejściem w życie nowych przepisów i rozpoznawanych po ich wejściu w życie. Regułą jest natomiast, że o ile z norm intertemporalnych nie wynika nic innego (także wobec ich braku, jak to ma miejsce w tym przypadku), przepisy formalne (proceduralne) stosuje się według stanu na dzień wydania decyzji, a przepisy materialne według stanu prawnego obowiązującego w czasie wystąpienia zdarzeń powodujących skutki podatkowe (zob. np. wyrok NSA z 21 stycznia 2016 r. sygn. akt II FSK 3217/13, wyrok NSA z dnia 6 marca 2008 r, sygn. akt II FSK 102/07). Jeżeli bowiem przy zmianie przepisów ustawodawca w sposób wyraźny nie wprowadza przepisów przejściowych, zgodnie z ogólnie obowiązującymi zasadami dotyczącymi stanowienia aktów prawnych, prowadząc sprawę, organ ma obowiązek stosować przepisy obowiązujące w dniu rozstrzygania sprawy (tak np. wyrok NSA z 12 maja 2016 r. sygn. akt II FSK 672/14).

W ocenie Sądu, zgodzić się należy z pełnomocnikiem skarżącej, że zmienione przepisy art. 75 § 4a i art. 79 § 3 op - z których pierwszy reguluje, jaki zakres i treść ma mieć decyzja wydana wskutek rozpatrzenia wniosku podatnika o stwierdzenie nadpłaty a drugi uprawnia organy podatkowe do wydania decyzji w przedmiocie nadpłaty także po upływie terminu przedawnienia - mają charakter procesowy i że przy rozpoznawaniu sprawy organy obowiązane były uwzględnić nowy stan prawny. Z treści tych regulacji jednoznacznie wynika, że ich adresatami są organy podatkowe, nie określają one natomiast żadnych konsekwencji podatkowych działań podatnika, w zakresie jego praw, czy obowiązków. Skoro więc to właśnie do organów kierowana jest dyspozycja tych przepisów, niewątpliwie miały one obowiązek stosować przepisy obowiązujące w dniu rozstrzygania sprawy. Rację ma również skarżąca, że powołanego przez organ II instancji art. 27 ustawy zmieniającej, o treści: "postępowania podatkowe, kontrole podatkowe, czynności sprawdzające oraz inne sprawy podatkowe w zakresie podatku od towarów i usług, rozpoczęte i niezakończone do dnia wejścia w życie tej ustawy, podlegają załatwieniu przez naczelników właściwych w zakresie podatku od towarów i usług na podstawie przepisów obowiązujących przed dniem wejścia w życie tej ustawy" - nie można utożsamiać z normą o charakterze intertemporalnym, gdyż mówi on jedynie o właściwości organu uprawnionego do załatwienia sprawy. Przepis ten nie mógł więc stanowić - jak błędnie uznał organ odwoławczy - podstawy do uchylenia (w części) decyzji pierwszoinstancyjnej, albowiem nie ma on żadnego przełożenia na zasady stosowania (niestosowania) nowego prawa. Mimo jednak błędnego uzasadnienia, Sąd akceptuje stanowisko organu odwoławczego co do błędnego zastosowania w sprawie przez organ I instancji art. 75 § 4a op, jak i dalszych tego skutków w postaci częściowego uchylenia decyzji organu I instancji. Szersza argumentacja w tym zakresie zostanie przedstawiona w dalszej części uzasadnienia.

W ocenie Sądu, biorąc pod uwagę okoliczności faktyczne sprawy oceniane przez pryzmat przedstawionego stanu prawnego, nie sposób zgodzić się ze stanowiskiem skarżącej, że jedynym właściwym trybem postępowania organów był bezdecyzyjny zwrot nadpłaty, na podstawie art. 75 § 4 op. Zgodnie z tym przepisem, "jeżeli prawidłowość skorygowanego zeznania (deklaracji) nie budzi wątpliwości organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydawania decyzji stwierdzającej nadpłatę. W takim przypadku korekta wywołuje skutki prawne." Sąd w pełni akceptuje stanowisko organów o braku możliwości zastosowania w realiach sprawy ww. przepisu, skoro prawidłowość złożonej wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty korekty deklaracji budziła wątpliwości. Zastosowanie tego przepisu, co ewidentnie wynika z jego treści, ustawodawca ograniczył wyłącznie do sytuacji, w której organ podatkowy nie kwestionuje prawidłowości skorygowanej deklaracji, co w tej sprawie bezsprzecznie nie miało miejsca. W żadnej natomiast mierze z jego treści nie da się wyciągnąć wniosku, jaki proponuje skarżąca, by przesłanką jego zastosowania była okoliczność przedawnienia zobowiązania. Co więcej, wniosek taki jest całkowicie nieuprawniony w korelacji z treścią art. 79 § 3 op.

Wyjaśnienia zatem wymaga, że przedawnienie zobowiązania wywołało wprawdzie ten skutek, że organ utracił prawo do wydania decyzji w trybie art. 21 § 3 op., niemniej jednak organy nadal były zobowiązane do rozpatrzenia wniosku skarżącej o stwierdzenie nadpłaty złożonego jeszcze przed terminem przedawnienia, o czym expressis verbis stanowi art. 79 § 3 op w brzmieniu nadanym ustawą zmieniającą (i do czego również zobowiązywał organ wyrok tut. Sądu z 13 listopada 2015 r., o sygn. I SA/Op 384/15). Niemożność przeprowadzenia postępowania podatkowego (wymiarowego) nie czyni bowiem bezzasadnym żądania podatnika w przedmiocie nadpłaty, jeśli wniosek został złożony przed upływem terminu przedawnienia. Spór między stronami wywołuje natomiast kwestia, czy w ramach rozpatrzenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty organ, działający w warunkach przedawnienia, był uprawniony do odmiennego, niż zadeklarowała Gmina w korekcie, określenia wartości elementów konstrukcyjnych podatku VAT.

W ocenie Sądu odpowiedź na to pytanie musi być twierdząca. Nie ulega wątpliwości, że aby można było określić czy faktycznie doszło do nadpłaty bądź nie, konieczne jest dokonanie przez organ porównania wartości podatku zapłaconego przez podatnika z wartością podatku, jaka w ocenie organu była należna w świetle przepisów prawa. Innymi słowy, aby organ mógł ustalić czy istnieje nadpłata, wymagane jest ustalenie, na potrzeby postępowania o stwierdzenie nadpłaty, właściwej wysokości zobowiązania podatkowego. Niedopuszczalne jest, zdaniem Sądu, przyjęcie, że jeżeli postępowanie o stwierdzenie nadpłaty toczy się już w warunkach przedawnienia, to organ zobowiązany jest - czego domaga się skarżąca - wydać rozstrzygnięcie zgodnie z wnioskiem strony o stwierdzenie nadpłaty oraz korektą deklaracji (bądź też dokonać zwrotu zadeklarowanych kwot, zgodnie ze złożoną przed upływem terminu przedawnienia korektą deklaracji). Akceptacja bowiem takiego stanowiska prowadziłaby do całkowitego wypaczenia celu art. 79 § 3 op, w brzmieniu nadanym ustawą zmieniającą. Podkreślenia wymaga, że wprowadzenie tego przepisu miało zapobiec sytuacji, w której organ podatkowy nie miałby faktycznej i prawnej możliwości reakcji na wnioski podatników o stwierdzenie nadpłaty (i zwrot podatku) złożone na krótko przed upływem terminu przedawnienia, tzn. przeprowadzenia postępowania weryfikującego zadeklarowane do zwrotu wielkości. Przepis ten stanowi równocześnie gwarancję dla podatników, że wnioski o stwierdzenie nadpłaty (także o zwrot podatku – art. 76b § 1op) złożone przed upływem terminu przedawnienia będą mogły być przez organ merytorycznie rozpatrzone.

Przyjęcie więc koncepcji skarżącej, że upływ terminu przedawnienia uniemożliwia weryfikację wniosku o stwierdzenie nadpłaty i określenie - na potrzeby rozpatrzenia takiego wniosku - prawidłowej kwoty zobowiązania, obligując organ do dokonania zwrotu nadpłaty czynnością materialno-techniczną, nie znajduje oparcia w przepisach prawa regulujących kwestię nadpłaty i szczególnej sytuacji, uregulowanej w art. 79 op. Pogląd, że także po upływie terminu przedawnienia organ ma prawo do ustalenia właściwej wysokości zobowiązania podatkowego na potrzeby postępowania o stwierdzenie nadpłaty potwierdza również obecne orzecznictwo. Jak bowiem wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 15 marca 2017 r., sygn. akt II FSK 580/15, "organ podatkowy w ramach postępowania w sprawie nadpłaty - jeżeli jego zdaniem zasadność wysokości nadpłaty budzi wątpliwości - jest uprawniony do wypowiedzenia się co do wysokości zobowiązania podatkowego. Niemożność przeprowadzenia postępowania podatkowego (wymiarowego) nie czyni bezzasadnym żądania podatnika w przedmiocie nadpłaty. Warto zauważyć, iż spółka złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty przed upływem przedawnienia zobowiązania podatkowego, w związku z czym fakt przedawnienia zobowiązania podatkowego nie zwalnia organu od zbadania zasadności owego wniosku i podjęcia wszelkich koniecznych czynności. Przypomnieć należy, iż przedmiotem postępowania o stwierdzenie nadpłaty jest ustalenie właściwej wysokości zobowiązania podatkowego (...)" Podobnie wypowiedział się Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie w wyroku z dnia 6 lipca 2018 r., sygn. akt I SA/Sz 300/18.

Podsumowując tę część rozważań Sąd stwierdza, że mimo upływu terminu do wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego w oparciu o art. 21 § 3 op z uwagi na przedawnienie, organ podatkowy w ramach postępowania w sprawie nadpłaty - jeżeli jego zdaniem zasadność korekty zeznania i wysokość nadpłaty budzą wątpliwości - jest uprawniony do wypowiedzenia się co do zasadności skorygowania zeznania i wysokości nadpłaty oraz zwrotu podatku, a także wskazanych przez stronę przesłanek uzasadniających przyczynę korekty. Nie można zatem podzielić wyrażonego przez stronę w skardze poglądu, że w powyższej sytuacji organ powinien wydać rozstrzygnięcie zgodnie z wnioskiem strony o stwierdzenie nadpłaty oraz korektą deklaracji albo też dokonać zwrotu zadeklarowanej w korekcie nadpłaty czynnością materialno-techniczną. Na tym tle powstaje jednak pytanie, jaką formę może przyjąć owe "wypowiedzenie się" organu, tj. czy organ może w oparciu o art. 75 § 4a op wydać decyzję, w której sentencji określi prawidłową kwotę zobowiązania - jak to uczynił organ I instancji, czy też - jak przyjął organ odwoławczy - podstawę rozpatrzenia wniosku Gminy stanowił wyłącznie art. 79 § 3 op.

Wskazać należy, że kwestią relacji między tymi dwoma przepisami zajmował się Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie w powołanym wyżej wyroku o sygn. I SA/Sz 300/18. Chociaż sąd ten orzekał w sprawie dotyczącej podatku dochodowego od osób fizycznych, jednak wyrażone tam poglądy dotyczące trybu postępowania o stwierdzenie nadpłaty w warunkach przedawnienia, są adekwatne także w sprawie niniejszej. Warto zatem odwołać się do przedstawionej w tym wyroku argumentacji. Otóż, jak zauważył WSA w Szczecinie, decyzja stwierdzająca nadpłatę może być wydana zarówno przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania, jak i w ściśle określonych warunkach również po jego przedawnieniu. Przepis art. 75 § 4a znajduje niewątpliwie zastosowanie w warunkach gdy zobowiązanie nie jest przedawnione i wtedy stosowanie jego postanowień nie budzi żadnych wątpliwości, ani trudności. Wówczas organ stwierdzając nadpłatę określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego, zaś w zakresie, w jakim wniosek jest niezasadny, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty. Trudności w stosowaniu powyższego przepisu pojawiają się w przypadku takim jak w rozpoznawanej sprawie, gdy w myśl art. 79 § 3 op. organ wydaje decyzję o stwierdzeniu nadpłaty już po upływie terminu przedawnienia. Sąd ten podkreślił następnie, że postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty po upływie terminu przedawnienia zobowiązania jest ograniczone wyłącznie do tych okoliczności, które wynikają z wniosku o stwierdzenie nadpłaty - tym zaś jest żądanie stwierdzenia nadpłaty. Organy mogą po upływie terminu przedawnienia orzekać w granicach wniosku, a ten wniosek, którego elementem jest korekta, dotyczy stwierdzenia nadpłaty. Organ podatkowy w ramach postępowania w sprawie nadpłaty po upływie terminu przedawnienia - jeżeli jego zdaniem wysokość nadpłaty budzi wątpliwości - jest uprawniony do wypowiedzenia się co do wysokości zobowiązania podatkowego, także przedawnionego, a w szczególności co do elementów konstrukcyjnych podatku, takich jak prawidłowość wykazanej wysokości kosztów uzyskania przychodów, jednak ma to wyłącznie charakter techniczny i winno znaleźć się jedynie w uzasadnieniu decyzji. Postępowanie bowiem w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie jest tożsame z postępowaniem w sprawie określenia zobowiązania podatkowego o którym mowa w art. 21 § 3 op. Zdaniem tego Sądu dodatkowym argumentem przeciwko możliwości odrębnego orzekania po upływie terminu przedawnienia o wysokości zobowiązania w ramach postępowania wszczętego wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest fakt, iż w obrocie istnieje ostateczna decyzja umarzająca postępowanie wymiarowe z uwagi na przedawnienie przedmiotowego zobowiązania (co ma też miejsce na gruncie rozpatrywanej sprawy). Wobec powyższego, odrębne określanie wysokości zobowiązania w rozstrzygnięciu decyzji stwierdzającej nadpłatę i odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w pozostałej części, wydanej po decyzji umarzającej postępowanie z uwagi na przedawnienie tegoż zobowiązania - było nieprawidłowe.

Podzielając zatem w pełni powyższe stanowisko tut. Sąd stwierdza, że wadliwie organ I instancji w wydanej decyzji z 28 lutego 2017 r. oparł rozstrzygnięcie w zakresie orzeczenia o nadpłacie o przepis art. 75 § 4a op, co słusznie zweryfikował organ odwoławczy, uchylając w tym zakresie tę decyzję i przyjmując za samodzielną podstawę orzekania w sprawie stwierdzenia nadpłaty przepis art. 79 § 3 op.

Przechodząc do istoty sporu Sąd stwierdza, że zasadne okazały się zarzuty naruszenia art. 86 ust. 1 uptu. Tytułem przypomnienia wskazać należy, że Gmina pierwotnie nie uwzględniała w ramach swojego rozliczenia podatku od towarów i usług podatku naliczonego z poniesionych przez siebie wydatków na budowę inkubatorów przedsiębiorczości i schronisk młodzieżowych z uwagi na fakt, że infrastruktura związana z tymi wydatkami została przekazana w nieodpłatne użytkowanie jednostkom budżetowym Gminy, a co za tym idzie nie miała ona związku z czynnościami opodatkowanymi samej Gminy. Działanie takie znajdowało uzasadnienie w praktyce organów podatkowych i orzecznictwie sądów administracyjnych, gdzie przyjmowano odrębność podatkową gminy, zakładów budżetowych i jednostek budżetowych. Praktyka ta jednak została zakwestionowana zarówno przez Naczelny Sąd Administracyjny (zob. uchwały z dnia 24 czerwca 2013 r., I FPS 1/13, oraz z dnia 26 października 2015 r., I FPS 4/15), jak i Trybunał Sprawiedliwości UE, który wyrokiem z dnia 29 września 2015 r., C-276/14 w sprawie Gmina Wrocław, przesądził, że jednostka samorządu terytorialnego ma prawo do odliczenia podatku naliczonego od zakupów związanych z inwestycjami przekazywanymi jej jednostkom organizacyjnym, gdyż nie mają one odrębnej od tej jednostki samorządu terytorialnego osobowości prawnopodatkowej na gruncie podatku VAT. W związku z ww. orzeczeniem TSUE, z dniem 1 października 2016r. weszła w życie ustawa centralizacyjna, która wprowadziła obowiązek centralizacji, tzn. dokonywania rozliczeń podatku od towarów i usług (samoobliczenia tego podatku) łącznie przez jednostkę samorządu terytorialnego i jej jednostki organizacyjne - najpóźniej od dnia 1 stycznia 2017 r. Ustawa ta dopuszczała również możliwość dobrowolnej wstecznej centralizacji, tzn. składania korekt deklaracji podatkowych, w ramach których ma być ujęte wspólne rozliczenie się z podatku za okresy minione przez jednostkę samorządu terytorialnego wespół z jej jednostkami organizacyjnymi. Wynikało to z faktu, że TSUE nie ograniczył w czasie skutków swojego wyroku C-276/14. Zgodnie zaś z ogólną zasadą wyroki Trybunału wskazują, jak należy rozumieć konkretne przepisy od chwili, w której upłynął termin ich implementacji. W Polsce tym terminem jest zatem 1.05.2004 r., przy czym oczywiście możliwość dokonania tzw. wstecznej centralizacji jest praktycznie ograniczona terminem przedawnienia zobowiązań podatkowych.

W rozpoznawanej sprawie organy podatkowe, odmawiając skarżącej prawa do odliczenia podatku naliczonego z tytułu wydatków inwestycyjnych, stanęły na stanowisku, że realizacji tego prawa stoi na przeszkodzie fakt niedokonania przez Gminę pełnej centralizacji rozliczeń. Podkreśliły, że Gminę wezwano w trybie art. 22 ust. 3 uszr do złożenia informacji, czy dokona korekt deklaracji podatkowych, o których mowa w art. 11 ust. 1 pkt 2 tej ustawy. W reakcji na to wezwanie Gmina wyraziła wolę scentralizowanego rozliczenia, jednak nie złożyła korekt za wszystkie okresy rozliczeniowe 2011 r., wobec czego organy podatkowe przyjęły, iż dopiero począwszy od grudnia 2011 r. ciągłość centralizacji została zachowana. Natomiast w odniesieniu do badanego okresu organy uznały, że przeszkodą do odliczenia podatku naliczonego jest przedawnienie zobowiązania za październik 2009 r. i Gmina utraciła za ten miesiąc prawo do dokonania centralizacji rozliczenia, gdyż okresy, które uległy przedawnieniu przed wejściem w życie ustawy centralizacyjnej, nie są objęte jej zastosowaniem. Zdaniem organów, w tej sytuacji zastosowanie miał art. 22 ust. 1 uszr, zgodnie z którym postępowania podatkowe, kontrole celno-skarbowe, kontrole podatkowe oraz czynności sprawdzające w zakresie podatku wszczęte i niezakończone przed dniem wejścia w życie ustawy obejmują tylko rozliczenie podatku odpowiednio tej jednostki samorządu terytorialnego lub jej jednostki organizacyjnej. W konsekwencji, złożoną przez Gminę za październik 2009 r. korektę deklaracji VAT- 7 organy uznały za bezskuteczną i w wydanych w wyniku rozpatrzenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty rozstrzygnięciach dokonały odmiennego - niż Gmina w złożonej korekcie - rozliczenia podatku za ten miesiąc, kierując się założeniem, że Gmina i jej jednostki organizacyjne nadal stanowiły odrębnie rozliczających się podatników.

W ocenie Sądu, taki sposób rozliczenia podatku VAT, jaki przyjęły organy podatkowe, nie mógł zostać zaakceptowany. Podkreślenia wymaga, że w aktualnym stanie prawnym nie może budzić wątpliwości, że Gmina była uprawniona do odliczenia podatku naliczonego z tytułu wydatków na inwestycje, przekazane następnie jej jednostkom organizacyjnym, to ona jest bowiem wyłącznie podatnikiem VAT a nie jej jednostki organizacyjne. Bezspornym jest, że z uwagi na niezgodną z prawem dotychczasową praktykę, zakładającą odrębność podatkową gminy, zakładów budżetowych i jednostek budżetowych, skarżąca Gmina nie mogła zrealizować tego prawa do odliczenia w chwili poniesienia wydatków. Nie ulega przy tym wątpliwości, że wyrok TSUE z dnia 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 nie ograniczył w czasie skutków wynikających z zapadłego rozstrzygnięcia i możliwe jest łączne (Gmina i jej jednostki organizacyjne) dokonanie rozliczeń za przeszłe okresy rozliczeniowe poprzez składanie korekt deklaracji VAT. Pamiętać również należy, że o przysługującym Gminie Prudnik prawie do odliczenia podatku naliczonego od spornych wydatków przesądzono już w wyrokach tut. Sądu z dnia 13 listopada 2015 r. o sygn. I SA/Op 514/15 i I SA/Op 384/15. Oceną prawną wyrażoną w tym ostatnim wyroku organy były związane przy ponownym rozpoznaniu sprawy, na mocy art. 153 ppsa.

Mając powyższe na względzie nie można, zdaniem Sądu, odmówić Gminie w tej konkretnej sprawie, mającej za przedmiot stwierdzenie nadpłaty, prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków inwestycyjnych z tej przyczyny, że z uwagi na upływ terminu przedawnienia, nie mogła ona dokonać, na podstawie ustawy centralizacyjnej, centralizacji rozliczeń za przedmiotowy okres rozliczeniowy (pamiętać należy, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty wraz z korektą deklaracji Gmina złożyła jeszcze przed upływem okresu przedawnienia i organy podatkowe zobowiązane były nadal do jego rozpatrzenia). W ocenie Sądu wejście w życie 1 października 2016 r. przepisów ustawy centralizacyjnej nie może ograniczać prawa jednostek samorządu terytorialnego do uzyskania zweryfikowania rozliczenia VAT za okresy przed wejściem w życie tej ustawy, jeśli - w tej szczególnej, jak w tej sprawie, sytuacji procesowej - za okresy objęte przedawnieniem Gmina nie mogła dokonać centralizacji według zasad ustawy centralizacyjnej. Trzeba bowiem szczególnie podkreślić, że źródłem centralizacji jest nie tyle omawiana ustawa centralizacyjna, ile przede wszystkim określony sposób interpretacji przepisów definiujących podatnika, który to sposób został zaprezentowany w wyroku C-274/14 oraz w uchwale składu 7 sędziów NSA z 26.10.2015 r., I FPS 4/15. W efekcie, ustawę z dnia 5 września 2016 r. należy, zdaniem Sądu uznać za regulację o charakterze "w dużej mierze technicznym", której celem jest możliwie bezproblemowe wdrożenie do praktyki podatkowej skutków wyroku TSUE C-276/14.W świetle powyższego nieuprawniona, zdaniem Sądu, jest praktyka, w której organy bezkrytycznie stosują art. 22 uszr, jako podstawę do przyjęcia takiego systemu rozliczenia, w którym Gmina i jej jednostki organizacyjne traktowani są jako odrębni podatnicy, pomimo że – jak twierdzi sam organ – Gmina nie mogła zostać objęta ustawą centralizacyjną za okresy objęte przedawnieniem. Zdaniem Sądu, przepis art. 22 ust. 1 uszr nie będzie miał zastosowania do postępowań dotyczących tych zobowiązań podatkowych, które ze względu na przedawnienie pozostają poza zakresem działania ustawy centralizacyjnej.

Z drugiej jednak strony nie można się również zgodzić ze stanowiskiem prezentowanym przez skarżącą, że prawo do odliczenia przysługuje jej na mocy samego art. 86 ust. 1 uptu, niezależnie od tego, czy dokonała pełnej wstecznej "centralizacji", tzn. wstecznego rozliczenia obejmującego zarówno całość zakupów (podatek naliczony) i sprzedaży (podatek należny) Gminy i jej jednostek organizacyjnych. Jeśli bowiem Gmina domagała się prawa do odliczenia, powołując się na swój status wyłącznego podatnika VAT, to oczywistym jest, że zmiana rozliczenia podatku za okres, w którym nie mogła odliczyć podatku naliczonego, musi obejmować wszystkie elementy konstrukcyjne podatku VAT, wynikające z przyznania Gminie statusu wyłącznego podatnika VAT. Innymi słowy, Gmina musi przejąć pełne rozliczenia swych jednostek organizacyjnych, gdyż w innym przypadku mogłoby dojść do zaburzenia prawidłowości rozliczenia VAT, poprzez uwzględnienie tylko jednego elementu tego rozliczenia (korzystnego dla Gminy) a mianowicie podatku naliczonego. Problem ten został wyjaśniony w wyroku składu 7 sędziów NSA z dnia 23 kwietnia 2018 r. o sygn. I FSK 1237/17, w którego tezie Sąd ten stwierdził, że "dla skuteczności złożonej przez jednostkę samorządu terytorialnego przed dniem 1 października 2016 r. deklaracji korygującej rozliczenie w zakresie podatku od towarów i usług w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości z dnia 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14, Gmina Wrocław przeciwko Ministrowi Finansów, tj. w celu realizacji uprawnienia z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 ze zm.), wymagana jest w świetle art. 23 w zw. z art. 12 ustawy z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (Dz.U. poz. 1454 ze zm.) centralizacja rozliczeń jednostki samorządu terytorialnego i wszystkich jej niesamodzielnych jednostek organizacyjnych, począwszy od najwcześniejszego okresu rozliczeniowego, którego dotyczy korekta"

Istotne dla stanu faktycznego tej sprawy (w której do centralizacji rozliczeń na podstawie ustawy centralizacyjnej nie mogło dojść, a to z uwagi na przedawnienie zobowiązania podatkowego) są rozważania sądu kasacyjnego dotyczące w ogólności wyjaśnienia konsekwencji prawnych uwzględniania wyroku TSUE C-276/14 przy dokonywaniu rozliczeń VAT. Stwierdzono zatem, że "na gruncie VAT konsekwencje uznania, komu przysługuje status podatnika VAT, a komu nie, nie mogą ograniczać się do elementu rozliczenia, na którym - co do zasady - zależy podatnikowi, tj. uprawnienia do odliczenia podatku naliczonego. Wymaga podkreślenia, że wynikająca z otrzymanych (czy przez Gminę, czy jej jednostki organizacyjne) faktur kwota podatku naliczonego sama w sobie nie ma dla rozliczeń z zakresu VAT-u istotnego znaczenia. Znaczenia takiego nabiera dopiero w sytuacji, gdy podatnik deklaruje odliczenie tej kwoty od podatku należnego, wtedy bowiem podatek należny przestaje pokrywać się z zobowiązaniem podatkowym, które bądź ulega stosownemu pomniejszeniu, bądź przekształca się w nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym, która z kolei jest rozliczana przez przeniesienie na następny okres rozliczeniowy albo zwrot bezpośredni. Jest oczywiste, że ustalenie, czy podatnik powinien uiścić podatek VAT, czy też jest uprawniony do uzyskania zwrotu oraz jakiej kwoty ten obowiązek/uprawnienie dotyczy, jest wynikiem operacji matematycznej, dla której decydujące znaczenie ma nie tylko wielkość podatku naliczonego, ale również podatku należnego. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego nie do zaakceptowania jest sytuacja, w której dany podmiot uważa się za podatnika VAT w odniesieniu do transakcji, w których status ten daje mu korzyść (w postaci kwoty podatku naliczonego do odliczenia), ale już nie co do transakcji, które spowodowałyby obowiązek wykazania podatku należnego. Akceptacja takiego podejścia skutkowałaby nierealnością elementów rozliczenia istotnych dla ostatecznego wyniku tego rozliczenia, tj. wielkości zobowiązania podatkowego lub zwrotu (pośredniego/bezpośredniego). NSA przywołał tu wyrok TSUE z dnia 28 listopada 2013 r., C-319/12, MDDP, w którym zwrócono uwagę na ścisłe powiązanie podatku naliczonego i należnego opowiadając się przeciwko wybiórczemu korzystaniu z systemu VAT - powoływaniu się na prawo do odliczenia bez równoczesnego opodatkowania własnej działalności. Nie można więc w oparciu o brak samodzielności jednostek organizacyjnych wywodzić o prawie Gminy do odliczenia podatku naliczonego, pomijając równocześnie obowiązek wykazania i rozliczenia podatku należnego związanych z działalnością tych jednostek.

NSA zwrócił uwagę, że (w tamtej sprawie) "Gmina próbuje skorzystać z dorobku orzecznictwa krajowego i unijnego deklarując wyższą kwotę podatku naliczonego, akceptując tym samym to, że OSiR nie jest odrębnym od niej podatnikiem VAT, a równocześnie nie dostrzega, że konsekwencją takiego stanowiska jest to, że to ona - korygując dotychczasowe rozliczenie VAT - powinna zadeklarować podatek należny "wypracowany" w badanym okresie rozliczeniowym przez OSiR. Skoro bowiem wykonane przez tę jednostkę organizacyjną czynności opodatkowane stanowiły w istocie czynności Gminy (tylko ona mogła być podatnikiem z ich tytułu), powinno to znaleźć odzwierciedlenie w wykazywanych przez nią kwotach podatku należnego. Przy czym należy podkreślić, że "przejęcie" podatku należnego powinno być całościowe, tj. powinno obejmować wszystkie niesamodzielne jednostki organizacyjne, prowadzące w ramach struktury Gminy jej działalność gospodarczą, nie może być bowiem tak, że to do Gminy jako podatnika należy wybór, których jednostek rozliczenia podatkowe będą scalane z jej własnym, a których nie. Nie ma wątpliwości, że status podatnika VAT jest obiektywny i kreowany przez przepisy prawa, nie wolę podmiotów temu prawu podlegających. (...) Brak jest podstaw do odstąpienia od tej zasady w przypadku jednostek samorządu terytorialnego prowadzących działalność gospodarczą za pomocą swoich jednostek organizacyjnych, w tym jednostek budżetowych i zakładów budżetowych.

Szczególnie istotne znaczenie w tej sprawie ma stwierdzenie NSA (podzielane przez Sąd w składzie rozpoznającym tę sprawę), że "regulacje ustawy z dnia 5 września 2016 r., w tym zwłaszcza art. 22 ust. 1, należy traktować jako przyjęcie ze względów praktycznych przejściowej fikcji prawnej zakładającej odrębność wskazanych podmiotów na gruncie VAT, niemniej nie może ona dotyczyć sytuacji, w której odrębność ta jest zaburzona przez same działania Gminy, ujmującej w swej deklaracji korygującej podatek naliczony związany z czynnościami opodatkowanymi wykonywanymi bezpośrednio nie przez nią, tylko przez jej niesamodzielną jednostkę organizacyjną". (...)

Stanowiące konsekwencję aprobaty częściowej centralizacji rozliczeń uznanie, że to od wyboru Gminy zależałoby, czy w tym zakresie wykazałaby ona podatek należny, czy też nie, nie może być zaakceptowane choćby z punktu widzenia zasady powszechności opodatkowania VAT. Odstępstwa od niej mogą mieć charakter jedynie wyjątkowy i muszą być w tym zakresie zgodne z przepisami unijnymi. Wyłączenie bowiem niektórych transakcji z opodatkowania, względnie objęcie ich zwolnieniem od podatku, zakłóciłoby jego naliczanie w sposób umożliwiający osiągnięcie celu, jakim jest opodatkowanie wyłącznie ostatecznej konsumpcji towarów i usług. Nie sposób też nie zauważyć, że powszechność VAT zapewnia równowagę warunków konkurencji, co jest jednym z powodów zobowiązania państw członkowskich do zapewnienia, by również organy prawa publicznego uznawane były za podatników VAT w zakresie realizowanych przez siebie czynności i transakcji, gdy wykluczenie ich z kategorii podatników prowadziłoby do zakłóceń konkurencji. Do takich zakłóceń mogłoby natomiast dojść, gdyby zaakceptować postulowaną przez Gminę i sąd pierwszej instancji możliwość wybiórczej centralizacji rozliczeń za okres poprzedzający wprowadzenie obowiązku takiej centralizacji.

W powyższym wyroku w składzie poszerzonym NSA odniósł się również do sposobu rozpatrywania przez organy korekt wstecznych jednostek samorządu terytorialnego, które nie zostały objęte pełną centralizacją. Wymaga szczególnego podkreślenia stanowisko tego Sądu, że samo powołanie się na niedokonanie centralizacji rozliczeń nie upoważniało organów do ograniczenia się do zanegowania skorygowanej kwoty podatku naliczonego do odliczenia. Zdaniem NSA, w sytuacji, w której występują wątpliwości co do tego elementu rozliczenia, organ powinien podjąć działania zmierzające do określenia wysokości podatku należnego. Nie można bowiem zapomnieć o tym, że - w przeciwieństwie do podatku naliczonego do odliczenia, w stosunku do którego podatnik ma prawo do takiego odliczenia, ale z tego prawa nie musi korzystać - podatek należny w VAT stanowi (w pewnym uproszczeniu) odpowiednik zobowiązania podatkowego w innych podatkach w rozumieniu art. 5 o.p. (w postaci "czystej", tj. gdy podatnik nie korzysta z prawa z art. 86 ust. 1 u.p.t.u.). Kontrola prawidłowości samoobliczenia przez podatnika kwoty, która powinna co do zasady przypaść Skarbowi Państwa z tytułu wykonania przez podatnika czynności podlegających opodatkowaniu na podstawie art. 5 ust. 1 u.p.t.u., należy do organów podatkowych, konsekwencją uznania zatem, że wysokość zadeklarowanej przez podatnika kwoty podatku należnego jest inna niż zadeklarowana, powinno być określenie jej w prawidłowej wysokości, jako mającej znaczenie dla stwierdzenia, czy deklarowana kwota zwrotu podatku jest prawidłowa. Bez pewności co do wysokości podatku należnego niemożliwe jest bowiem dokonanie operacji matematycznej, której wynik wskazywałby na zasadność (bądź jej brak) deklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. W okolicznościach sprawy złożenie przez Gminę korekty deklaracji VAT-7, w której Gmina ujęła "wybiórczo scentralizowany" podatek naliczony związany z działalnością OSiR-u, powinno zatem skutkować przeprowadzeniem postępowania wyjaśniającego pozwalającego na określenie, jakiej wysokości podatek należny stanowi podstawę do odliczenia deklarowanego przez Gminę podatku naliczonego, a nie tylko stwierdzeniem, że podatek należny na pewno jest nieprawidłowy, bo nie został scentralizowany. Tymczasem w realiach tej sprawy takiej wypowiedzi organów zabrakło.

Wydanie w takiej sytuacji decyzji wymiarowej, w której organ "wraca" do - już uznanej w orzecznictwie krajowym i unijnym za nieprawidłową - praktyki traktowania Gminy i jej jednostek organizacyjnych za odrębnych podatników należy ocenić jako błędne (przy ustaleniu, że nie ma zastosowania ustawa centralizacyjna).

Podzielając w pełni ocenę prawną dokonaną w ww. wyroku NSA, tut. Sąd stwierdza, że o ile za prawidłowe należało uznać stanowisko organów, że realizacja przez Gminę Prudnik prawa do odliczenia z tytułu spornych wydatków inwestycyjnych może się dokonać wyłącznie w warunkach pełnej centralizacji rozliczeń wraz z wszystkimi jej jednostkami organizacyjnymi, o tyle nie sposób zaakceptować dokonanego w zaskarżonej decyzji sposobu rozliczenia podatku VAT, opartego na niezgodnej z prawem krajowym i unijnym praktyce traktowania Gminy i jej jednostek organizacyjnych za odrębnych podatników tylko na podstawie art. 22 uszr. Mając bowiem na względzie fakt, że Gmina wniosek o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem podatkowym złożyła jeszcze przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania, obowiązkiem organów było jego rzetelne rozpatrzenie i dokonanie rozliczenia podatku VAT Gminy z uwzględnieniem nade wszystko wskazań płynących z wyroku TSUE C-276/14. W tej sytuacji nieuprawnione było całkowite przerzucenie na Gminę obowiązków "centralizacyjnych". W takim bowiem przypadku - jak to wynika z wyżej przedstawionego wyroku NSA o sygn. I FSK 1237/17 - to rolą organu jest podjęcie działań zmierzających do prawidłowego określenia zobowiązania Gminy (co w realiach tej sprawy dokonane winno było zostać w ramach postępowania o stwierdzenie nadpłaty). W szczególności, że w przedmiotowej sprawie upływ terminu przedawnienia zobowiązania skutkował niemożnością dokonania przez Gminę takiego scentralizowanego rozliczenia pod rządami ustawy centralizacyjnej a jednocześnie po stronie organów obowiązek ten nie został zniesiony, gdyż zobowiązane one nadal były do rozpatrzenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty.

Wadliwość dokonanego przez organy rozliczenia podatku VAT za badany miesiąc rozliczeniowy zaważyła i przesądziła o konieczności uchylenia decyzji organów obu instancji. Ponownie rozpatrując sprawę organy dokonają prawidłowego rozliczenia w zakresie podatku od towarów i usług, zarówno po stronie podatku naliczonego jak i należnego skarżącej Gminy, traktowanej jako wyłączny podatnik VAT, z uwzględnieniem przedstawionego wyżej stanowiska Sądu.

Mając na względzie powyższe skargę, po myśli art. 145 § 1 pkt 1 lit a ppsa należało uwzględnić, orzekając jak w sentencji. O kosztach orzeczono na podstawie art. 200 i 205 § 2 ppsa oraz § 3 ust. 1 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 31 stycznia 2011 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz szczegółowych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z urzędu (Dz. U. Nr 31 poz. 153). Jeśli chodzi o koszty wynagrodzenia pełnomocnika, Sąd dokonał ich miarkowania na podstawie art. 206 ppsa i przyznał 50% wynagrodzenia przysługującemu pełnomocnikowi będącemu doradcą podatkowym na podstawie § 3 ust. 1 pkt 1 lit. e ww. rozporządzenia, tj. 50% z kwoty 600 zł (a zatem 300 zł). Przyczyną tego miarkowania było reprezentowanie Gminy przez tego samego pełnomocnika w kilkunastu sprawach o tożsamej problematyce i złożenie w nich skarg i pism procesowych o tożsamej treści, a także uwagi na fakt, iż nie cała merytoryczna argumentacja skarżącej, zasługiwała na uwzględnienie.